Publications HAL de Alain,Denise

2018

Article dans une revue

titre
Mining for recurrent long-range interactions in RNA structures reveals embedded hierarchies in network families
auteur
Vladimir Reinharz, Antoine Soulé, Eric Westhof, Jérôme Waldispühl, Alain Denise
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2018
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01745345/file/gky197-definitif.pdf BibTex

2017

Article dans une revue

titre
GARN2: coarse-grained prediction of 3D structure of large RNA molecules by regret minimization.
auteur
Mélanie Boudard, Dominique Barth, Julie Bernauer, Alain Denise, Johanne Cohen
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 16, pp.2479-2486. 〈10.1093/bioinformatics/btx175〉
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2016

Communication dans un congrès

titre
Heterogeneous Graph Mining for Biological Pattern Discovery in Metabolic Pathways
auteur
Alexandra Zaharia, Bernard Labedan, Christine Froidevaux, Alain Denise
article
SeqBio 2016, Nov 2016, Nantes, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01745390/file/definitif-zaharia_seqbio2016.pdf BibTex
titre
Homology ­modeling of complex structural RNAs
auteur
Wei Wang​, Matthieu Barba​, Philippe Rinaudo​, Alain Denise, Yann Ponty
article
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - 2016, Jun 2016, Lyon, France. 2016
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https://hal.inria.fr/hal-01332642/file/Homology-modelingofcomplexstructuralRNAs.pdf BibTex

2015

Article dans une revue

titre
Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis
auteur
Bryan Brancotte, Bo Yang, Guillaume Blin, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
article
Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), VLDB Endowment, 2015, pp.2051
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01165336/file/p1202-brancotte.pdf BibTex
titre
GARN: Sampling RNA 3D Structure Space with Game Theory and Knowledge-Based Scoring Strategies.
auteur
Mélanie Boudard, Julie Bernauer, Dominique Barth, Johanne Cohen, Alain Denise
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10 (8), pp.e0136444
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Communication dans un congrès

titre
Résultats algorithmiques pour le design d’ARN avec contraintes de séquence
auteur
Vincent Le Gallic, Alain Denise, Yann Ponty
article
SeqBio 2015, Nov 2015, Orsay, France. Proceedings of the SeqBio 2015 workshop: String algorithms for bioinformatics, pp.26-31, 2015
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titre
Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis
auteur
Bryan Brancotte, Bo Yang, Guillaume Blin, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
article
The 41st International Conference on Very Large Data Bases, Aug 2015, Kohala Coast, Hawaï, United States. 8 (11)
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Direction d'ouvrage, Proceedings, Dossier

titre
Proceedings of the SeqBio 2015 workshop: String algorithms for bioinformatics
auteur
Alain Denise, Olivier Lespinet, Mireille Régnier
article
Alain Denise; Olivier Lespinet; Mireille Régnier. Nov 2015, Orsay, France. 2015
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01264187/file/SeqBio15-Proceedings.pdf BibTex

Poster

titre
Interrogation de bases de données biologiques publiques par reformulation de requêtes et classement des résultats avec ConQuR-Bio
auteur
Bryan Brancotte, Bastien Rance, Alain Denise, Sarah Cohen-Boulakia
article
JOBIM (Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques), Jul 2015, Clermont-Ferrand, France
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2014

Article dans une revue

titre
Optimisation problems for pairwise RNA sequence and structure comparison: a brief survey
auteur
Alain Denise, Philippe Rinaudo
article
Transactions on Computational Collective Intelligence, 2014, 13, pp.70-82. 〈10.1007/978-3-642-54455-2_3〉
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titre
A meta-approach for improving the prediction and the functional annotation of ortholog groups
auteur
Cécile Pereira, Alain Denise, Olivier Lespinet
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2014, 〈10.1186/1471-2164-15-S6-S16〉
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http://www.hal.inserm.fr/inserm-01229454/file/1471-2164-15-S6-S16.pdf BibTex
titre
Mechanisms for U2AF to define 3' splice sites and regulate alternative splicing in the human genome
auteur
Changwei Shao, Bo Yang, Tongbin Wu, Jie Huang, Peng Tang, Yu Zhou, Jie Zhou, Jinsong Qiu, Li Jiang, Hairi Li, Geng Chen, Hui Sun, Yi Zhang, Alain Denise, Dong-Er Zhang, Xiang-Dong Fu
article
Nature Structural and Molecular Biology, Nature Publishing Group, 2014, 21, pp.997-1005. 〈10.1038/nsmb.2906〉
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Communication dans un congrès

titre
ConQuR-Bio: Consensus Ranking with Query Reformulation for Biological Data
auteur
Bryan Brancotte, Bastien Rance, Alain Denise, Sarah Cohen-Boulakia
article
10th International Conference, Data Integration in the Life Sciences, Jul 2014, Lisbon, Portugal. pp.128 - 142, 2014, 〈10.1007/978-3-319-08590-6_13〉
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https://hal.inria.fr/hal-01091053/file/DILS-BrancotteEtAl.pdf BibTex

Poster

titre
A new method for improving the prediction and the functional annotation of ortholog groups
auteur
Cécile Pereira, Alain Denise, Olivier Lespinet
article
Proc. ECCB'14, the 13th European Conference on Computational Biology, 2014, Strasbourg, France. Proc. ECCB'14, the 13th European Conference on Computational Biology, 2014
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2013

Article dans une revue

titre
A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages (journal version)
auteur
Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2013, 502, pp.165-176
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00716558/file/main.pdf BibTex
titre
An Algorithmic Game-Theory Approach for Coarse-Grain Prediction of RNA 3D Structure.
auteur
Alexis Lamiable, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Alain Denise
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2013, 10 (1), pp.193-199. 〈10.1109/TCBB.2012.148〉
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Communication dans un congrès

titre
Flexible RNA design under structure and sequence constraints using formal languages
auteur
Yu Zhou, Yann Ponty, Stéphane Vialette, Jérôme Waldispühl, Yi Zhang, Alain Denise
article
ACM-BCB - ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics - 2013, Sep 2013, Bethesda, Washigton DC, United States. 2013
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https://hal.inria.fr/hal-00823279/file/design.pdf BibTex
titre
Comparative analysis of phylogenetic profiles for the enzymatic characterization of fungal group
auteur
Cécile Pereira, Jérôme Azé, Alain Denise, Christine Drevet, Christine Froidevaux, Philippe Silar, Olivier Lespinet
article
JOBIM 2013 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. à paraître, 2013
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2012

Article dans une revue

titre
Automated prediction of three-way junction topological families in RNA secondary structures
auteur
Alexis Lamiable, Dominique Barth, Alain Denise, Franck Quessette, Sandrine Vial, Eric Westhof
article
Computational Biology and Chemistry, Elsevier, 2012, 37, pp.1-5. 〈10.1016〉
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titre
Coverage-biased random exploration of large models and application to testing
auteur
Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Sandrine-Dominique Gouraud, Richard Lassaigne, Johan Oudinet, Sylvain Peyronnet
article
Software Tools for Technology Transfer (STTT), Springer, 2012, 14 (1), pp.73-93
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BibTex
titre
BRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
auteur
Julien Allali, Cédric Saule, Cedric Chauve, Yves D'Aubenton-Carafa, Alain Denise, Christine Drevet, Pascal Ferraro, Daniel Gautheret, Claire Herrbach, Fabrice Leclerc, Antoine De Monte, Aida Ouangraoua, Marie-France Sagot, Michel Termier, Claude Thermes, Hélène Touzet
article
Advances in Bioinformatics, Hindawi Publishing Corporation, 2012, 2012, pp.1-5. 〈10.1155/2012/893048〉
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Communication dans un congrès

titre
Tree decomposition and parameterized algorithms for RNA structure-sequence alignment including tertiary interactions and pseudoknots
auteur
Philippe Rinaudo, Yann Ponty, Dominique Barth, Alain Denise
article
Ben Raphael and Jijun Tang. WABI - 12th Workshop on Algorithms in Bioinformatics - 2012, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia. 2012, tba
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https://hal.inria.fr/hal-00708580/file/article.pdf BibTex
titre
Graph Algorithms and Software Framework for Interactive RNA Structure Modelling
auteur
Fabrice Jossinet, Alexis Lamiable, Philippe Rinaudo, Liza Al-Shikhley, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Eric Westhof, Alain Denise
article
Journees Ouvertes de Biologie Informatique et Mathematiques - JOBIM'12, Jul 2012, Rennes, France. pp.475-476, 2012
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2011

Article dans une revue

titre
Counting RNA pseudoknotted structures
auteur
Cédric Saule, Mireille Regnier, Jean-Marc Steyaert, Alain Denise
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2011, 18 (10), pp.1339-1351. 〈10.1089/cmb.2010.0086〉
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https://hal.inria.fr/inria-00537117/file/JCB10.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
A new approach to suboptimal pairwise sequence alignment
auteur
Peter Clote, Lou Feng, Alain Denise
article
CompBio 2011: IASTED International Conference on Computational Bioscience, 2011, Cambridge, United Kingdom. 2011
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BibTex
titre
Using medians to generate consensus rankings for biological data
auteur
Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
article
SSDBM 2011: Scientific and Statistical Database Management Conference, 2011, Portland, United States. 2011
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BibTex
titre
Uniform Monte-Carlo Model Checking
auteur
Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Richard Lassaigne, Sylvain Peyronnet
article
FASE 2011, 2011, Saarbrücken, Germany. 2011
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BibTex

2010

Article dans une revue

titre
Regulation of splicing enhancer activities by RNA secondary structures
auteur
Wei Liu, Yu Zhou, Zexi Hu, Tao Sun, Alain Denise, Xiang-Dong Fu, Yi Zhang
article
FEBS Letters, Wiley, 2010, 584 (21), pp.4401-7. 〈10.1016/j.febslet.2010.09.039〉
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BibTex
titre
Average complexity of the Jiang-Wang-Zhang pairwise tree alignment algorithm and of a RNA secondary structure alignment algorithm
auteur
Claire Herrbach, Alain Denise, Serge Dulucq
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2010, 411, pp.2423-2432
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https://hal.inria.fr/inria-00541269/file/HeDeDuTCS.pdf BibTex
titre
Controlled non uniform random generation of decomposable structures
auteur
Alain Denise, Yann Ponty, Michel Termier
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2010, 411 (40-42), pp.3527-3552. 〈10.1016/j.tcs.2010.05.010〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00483581/file/NonUniform2009.pdf BibTex
titre
Alignments of RNA structures.
auteur
Guillaume Blin, Alain Denise, Serge Dulucq, Claire Herrbach, Helene Touzet
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2010, 7 (2), pp.309-322. 〈10.1109/TCBB.2008.28〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00506348/file/hal.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Uniform and non-uniform random generation of RNA secondary structures with pseudoknots
auteur
Cédric Saule, Claire Wallon, Alain Denise
article
GASCOM, Sep 2010, Montreal, Canada. 2010
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https://hal.inria.fr/inria-00543315/file/SaWaDe2010.pdf BibTex
titre
A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages
auteur
Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel
article
GASCom 2010, 2010, Montreal, Canada. 2010
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BibTex
titre
Counting RNA pseudoknotted structures (extended abstract)
auteur
Cédric Saule, Mireille Regnier, Jean-Marc Steyaert, Alain Denise
article
Billey, Sara and Reiner, Victor. 22nd International Conference on Formal Power Series and Algebraic Combinatorics (FPSAC 2010), 2010, San Francisco, United States. Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, DMTCS Proceedings vol. AN, 22nd International Conference on Formal Power Series and Algebraic Combinatorics (FPSAC 2010), pp.1037-1048, 2010, DMTCS Proceedings
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https://hal.inria.fr/hal-01186262/file/dmAN0180.pdf BibTex

2009

Article dans une revue

titre
VARNA: Interactive drawing and editing of the RNA secondary structure.
auteur
Kévin Darty, Alain Denise, Yann Ponty
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2009, 25 (15), pp.1974-5. 〈10.1093/bioinformatics/btp250〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00432548/file/VARNA-Bioinfo-R2-NoHighlight.pdf BibTex

2008

Article dans une revue

titre
Automated motif extraction and classification in RNA tertiary structures.
auteur
Mahassine Djelloul, Alain Denise
article
RNA, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2008, 14 (12), pp.2489-97. 〈10.1261/rna.1061108〉
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BibTex
titre
A method for automated discovering of RNA tertiary motifs
auteur
M. Djelloul, Alain Denise
article
Proc. JOBIM, 2008, pp.47-52
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BibTex
titre
Shuffling biological sequences with motif constraints
auteur
R. Rivière, D. Barth, J. Cohen, Alain Denise
article
Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2008, 6 (2), pp.192-204
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BibTex

Communication dans un congrès

titre
Benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
auteur
Julien Allali, Yves D'Aubenton-Carafa, Cedric Chauve, Alain Denise, Christine Drevet, Pascal Ferraro, Daniel Gautheret, Claire Herrbach, Fabrice Leclerc, Antoine De Monte, Aïda Ouangraoua, Marie-France Sagot, C. Saule, Michel Termier, Claude Thermes, Helene Touzet
article
JOBIM'08, 2008, Lille, France. pp.67-68, 2008
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BibTex

2007

Article dans une revue

titre
Adding pyrrolysine to the Escherichia coli genetic code.
auteur
Olivier Namy, Yu Zhou, Sarath Gundllapalli, Carla R Polycarpo, Alain Denise, Jean-Pierre Rousset, Dieter Söll, Alexandre Ambrogelly
article
FEBS Letters, Wiley, 2007, 581 (27), pp.5282-8. 〈10.1016/j.febslet.2007.10.022〉
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BibTex
titre
Shuffling biological sequences with motif constraints.
auteur
Dominique Barth, Johanne Cohen, Alain Denise, Romain Rivière
article
Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2007, 〈10.1016/j.jda.2007.06.001〉
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BibTex

2006

Article dans une revue

titre
GenRGenS: Software for Generating Random Genomic Sequences and Structures
auteur
Yann Ponty, Michel Termier, Alain Denise
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2006, 22 (12), pp.1534--1535. 〈10.1093/bioinformatics/btl113〉
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https://hal.inria.fr/inria-00548871/file/GenRGenS.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Uniform Random Sampling of Traces in Very Large Models
auteur
Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Sandrine-Dominique Gouraud, Richard Lasseigne, Sylvain Peyronnet
article
Johannes Mayer, Robert Merkel. First International Workshop on Random Testing, 2006, Portland, Maine, United States. ACM, pp.10-19, 2006
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00080471/file/paperRT6.pdf BibTex
titre
Motifs Enumeration Algorithms in Biological Networks
auteur
Dominique Barth, Alain Denise, Romain Rivière
article
2006, aaa, 2006
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BibTex

2004

Article dans une revue

titre
Rare Events and Conditional Events on Random Strings
auteur
Mireille Régnier, Alain Denise
article
Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, DMTCS, 2004, 6 (2), pp.191-214
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/hal-00959004/file/dm060203.pdf BibTex

Communication dans un congrès

titre
Shuffling biological sequencess with motifs constraints
auteur
Dominique Barth, Johanne Cohen, Alain Denise, Romain Rivière
article
Algorithms and Computational Methods for Biochemical and Evolutionary Networks - CompBioNets'2004, Dec 2004, Recife, Brazil. 18 p, 2004
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00099891/file/A04-R-272.pdf BibTex

2002

Article dans une revue

titre
Generating functions for generating trees
auteur
Cyril Banderier, Philippe Flajolet, Danièle Gardy, Mireille Bousquet-Mélou, Alain Denise, Dominique Gouyou-Beauchamps
article
Discrete Mathematics, Elsevier, 2002, 246 (1-3), pp.29-55
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00003258/file/eco.pdf BibTex

2001

Rapport

titre
Assessing Statistical Significance of Overrepresented Oligonucleotides
auteur
Alain Denise, Mireille Regnier, Mathias Vandenbogaert
article
[Research Report] RR-4132, INRIA. 2001
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https://hal.inria.fr/inria-00072496/file/RR-4132.pdf BibTex

1999

Article dans une revue

titre
Uniform Random Generation of Decomposable Structures Using Floating-Point Arithmetic
auteur
Alain Denise, Paul Zimmermann
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 1999, 218 (2), pp.233-248
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BibTex

Rapport

titre
On Generating Functions of Generating Trees
auteur
Cyril Banderier, Mireille Bousquet-Mélou, Alain Denise, Philippe Flajolet, Danièle Gardy, Dominique Gouyou-Beauchamps
article
[Research Report] RR-3661, INRIA. 1999
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00073011/file/RR-3661.pdf BibTex

1998

Article dans une revue

titre
CS: a MuPAD package for counting and randomly generating combinatorial structures
auteur
Alain Denise, Isabelle Dutour, Paul Zimmermann
article
MathPAD, Paderborn University, 1998, 8, pp.23-30
Accès au bibtex
BibTex

Communication dans un congrès

titre
CS: a MuPAD Package for Counting and Randomly Generating Combinatorial Structures
auteur
Alain Denise, Isabelle Dutour, Paul Zimmermann
article
The Fields Institute. 10-th conference Formal Power Series and Algebraic Combinatorics, 1998, Toronto, pp.195-204, 1998
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00107518/file/98-R-055.pdf BibTex

1997

Rapport

titre
Uniform Random Generation of Decomposable Structures Using Floating-Point Arithmetic
auteur
Alain Denise, Paul Zimmermann
article
[Research Report] RR-3242, INRIA. 1997
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00073447/file/RR-3242.pdf BibTex