Publications HAL de cournède;letort;de reffye; trevezas du labo/EPI MAS;digiplante

2016

Journal articles

titre
Estimation of stem and leaf dry biomass using a non-destructive method applied to African Coffea species
auteur
P. Okoma, S. Akaffou, P. De Reffye, P. Hamon, S. Hamon, O. Konan, H. Kouassi, H. Legnate, V. Letort, S. Sabatier
article
Agroforestry Systems, Springer Verlag, 2016, 92 (3), pp.667 - 675. 〈10.1007/s10457-016-0031-z〉
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https://hal-centralesupelec.archives-ouvertes.fr/hal-01823899/file/Okoma%20et%20al%202016%20-%20Allometries%20Coffea%20Agroforest%20Syst.pdf BibTex

Conference papers

titre
Modeling soil temperature to predict emergence
auteur
Etienne Claverie, Jérémie Lecoeur, Veronique Letort, Paul-Henry Cournède
article
2016 IEEE International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA), Nov 2016, Qingdao, China
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2015

Journal articles

titre
A Regularized Particle Filter EM Algorithm Based on Gaussian Randomization with an Application to Plant Growth Modeling
auteur
Yuting Chen, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
article
Methodology and Computing in Applied Probability, Springer Verlag, 2015, 17 (4), pp.847-870. 〈10.1007/s11009-015-9440-0〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00997732/file/IterativeRPF_PH1406.pdf BibTex
titre
A nonlinear mixed effects model of plant growth and estimation via stochastic variants of the EM algorithm.
auteur
Charlotte Baey, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
article
Communications in Statistics - Theory and Methods, 2015, pp.00. 〈10.1080/03610926.2014.930909〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01068327/file/baey_et_al_revised2.pdf BibTex
titre
Modeling tree crown dynamics with 3D partial differential equations
auteur
Paul-Henry Cournède, Veronique Letort
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2015, pp.8. 〈10.3389/fpls.2014.00329〉
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titre
Interaction of Vaccination and Reduction of Antibiotic Use Drives Unexpected Increase of Pneumococcal Meningitis
auteur
Matthieu Domenech de Cellès, Margarita Pons-Salort, Emmanuelle Varon, Marie-Anne Vibet, Caroline Ligier, Véronique Letort, Lulla Opatowski, Didier Guillemot
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2015, 5, pp.11293. 〈10.1038/srep11293〉
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01223296/file/srep11293.pdf BibTex

Conference papers

titre
Autonomous learning of parameters in differential equations
auteur
Adel Mezine, Artémis Llamosi, Veronique Letort, Michele Sebag, Florence D'Alché-Buc
article
32nd International Conference on Machine Learning (ICML) - AutoML workshop, Jul 2015, Lille, France
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https://hal-ecp.archives-ouvertes.fr/hal-01272370/file/AutoML_soumis.pdf BibTex
titre
A Comparison of a Generic MCMC-Based Algorithm for Bayesian Estimation in C++, R and Julia. Application to Plant Growth Modeling
auteur
Gautier Viaud, Yuting Chen, Benoît Bayol, Paul-Henry Cournède
article
2015 Spring Simulation Multi-Conference The Society for Modeling & Simulation International, Apr 2015, Alexandria, United States. 2015
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01250999/file/hal.pdf BibTex

2014

Journal articles

titre
Modeling tree crown dynamics with 3D partial differential equations
auteur
Robert Beyer, Véronique Letort, Paul-Henry Cournède
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2014, 5, pp.329. 〈10.3389/fpls.2014.00329〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01272213/file/Beyer%202014%20Frontiers%20published.pdf BibTex
titre
Sunlab: a Functional-Structural Model for Genotypic and Phenotypic Characterization of the Sunflower Crop
auteur
Fenni Kang, Paul-Henry Cournede, Jeremie Lecoeur, Véronique Letort
article
Ecological Modelling, Elsevier, 2014, 290, pp.21-33. 〈10.1016/j.ecolmodel.2014.02.006〉
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https://hal-centralesupelec.archives-ouvertes.fr/hal-01272125/file/SUNLAB_two_VL.pdf BibTex
titre
Model-Based Analysis-Synthesis for Realistic Tree Reconstruction and Growth Simulation
auteur
Corina Iovan, Paul-Henry Cournède, Thomas Guyard, Benoît Bayol, Dider Boldo, Matthieu Cord
article
IEEE Transactions on Geoscience and Remote Sensing, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2014, 52 (2), pp.1438-1450. 〈10.1109/TGRS.2013.2251467〉
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https://hal-ecp.archives-ouvertes.fr/hal-00826023/file/TGRS_final.pdf BibTex
titre
Data assimilation to reduce uncertainty of crop model prediction with convolution particle filtering
auteur
Yuting Chen, Paul-Henry Cournède
article
Ecological Modelling, Elsevier, 2014, in press. 〈10.1016/ j.ecolmodel. 2014.01.030〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00997728/file/EM_Chen_Final.pdf BibTex
titre
Parametrization of five classical plant growth models applied to sugar beet and comparison of their predictive capacities on root yield and total biomass
auteur
Charlotte Baey, Anne Didier, Sébastien Lemaire, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède
article
Ecological Modelling, Elsevier, 2014, 290, pp.11-20. 〈10.1016/j.ecolmodel.2013.11.003〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00919753/file/baey_corr.pdf BibTex
titre
Application of a probabilistic model for analysing the abortion of seeds and pods in winter oilseed rape (Brassica napus)
auteur
Xiu Wang, Amélie Mathieu, P Cournède, P De Reffye, B Zhang
article
Annals of Applied Biology, Wiley, 2014, 165 (3), pp.414- 428. 〈10.1111/aab.12152〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01510245/file/Annals%20of%20Applied%20Biology-Xiujuan%20Wang.pdf BibTex

Conference papers

titre
Experimental Design in Dynamical System Identification: A Bandit-Based Active Learning Approach
auteur
Artémis Llamosi, Adel Mezine, Florence D'Alché-Buc, Véronique Letort, Michèle Sebag
article
Machine Learning and Knowledge Discovery in Databases - Part II, Sep 2014, Nancy, France. Springer Verlag, Lecture Notes in Artificial Intelligence, 8725, pp.306 - 321, 2014, 〈10.1007/978-3-662-44851-9_20〉
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https://hal.inria.fr/hal-01109775/file/dalcheSebagECML2014-author.pdf BibTex
titre
Numerical Study and Ex Vivo Assessment of HIFU Treatment Time Reduction through Optimization of Focal Point Trajectory
auteur
A Grisey, S Yon, T Pechoux, V Letort, P Lafitte
article
The 14th International Symposium on Therapeutic Ultrasound (ISTU), Apr 2014, Las Vegas, United States. 〈10.1063/1.4977659 〉
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https://hal-ecp.archives-ouvertes.fr/hal-01272364/file/ISTU2014_proceedings.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
Automated Cell Tracking and Analysis in Phase-Contrast Videos (iTrack4U): Development of Java Software Based on Combined Mean-Shift Processes
auteur
Fabrice Cordelières, Valérie Petit, Mayuko Kumasaka, Olivier Debeir, Veronique Letort, Stuart Gallagher, Lionel Larue
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (11), pp.81266 - 81266. 〈10.1371/journal.pone.0081266〉
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https://hal-centralesupelec.archives-ouvertes.fr/hal-01823887/file/Cordelieres%202013%20PlosOne.pdf BibTex
titre
Development and Evaluation of Plant Growth Models: Methodology and Implementation in the PYGMALION platform
auteur
Paul-Henry Cournède, Yuting Chen, Qiongli Wu, Charlotte Baey, Benoît Bayol
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2013, 8 (4), pp.112-130. 〈10.1051/mmnp/20138407 〉
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https://hal-ecp.archives-ouvertes.fr/hal-00860902/file/Cournede_etal_2013_MMNP8_4_.pdf BibTex
titre
A sequential Monte Carlo approach for MLE in a plant growth model
auteur
Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
article
Journal of Agricultural, Biological, and Environmental Statistics, Springer Verlag, 2013, pp.online first. 〈10.1007/s13253-013-0134-1〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00796154/file/SMC-MLE_TrevezasCournede.pdf BibTex
titre
Modelling the interindividual variability of organogenesis in sugar beet populations using a hierarchical segmented model
auteur
Charlotte Baey, Anne Didier, Lemaire Sébastien, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède
article
Ecological Modelling, Elsevier, 2013, 263, pp.56-63. 〈10.1016/j.ecolmodel.2013.04.013 〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00819919/file/Baeyetal.pdf BibTex

Conference papers

titre
A multi-task learning approach for compartmental model parameter estimation in DCE-CT sequences
auteur
Blandine Romain, Veronique Letort, Olivier Lucidarme, Laurence Rouet, Florence D'Alché-Buc
article
16th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI 2013), Sep 2013, Nagoya, Japan. 8150, pp.271--278, 2013, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-40763-5_34〉
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titre
Towards an EDSL to enhance good modelling practice for non-linear stochastic discrete dynamical models Application to plant growth models
auteur
Benoit Bayol, Yuting Chen, Paul-Henry Cournède
article
SIMULTECH 2013, Jul 2013, Iceland. pp.132-138, 2014, 〈10.5220/0004481101320138〉
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https://hal-ecp.archives-ouvertes.fr/hal-01001669/file/bbayol_paper.pdf BibTex
titre
Iterative convolution particle filtering for nonlinear parameter estimation and data assimilation with application to crop yield prediction
auteur
Yuting Chen, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
article
Society for Industrial and Applied Mathematics (SIAM): Control & its Applications 2013, Jul 2013, San Diego, United States. pp.CHEN, 2013, 〈10.1137/1.9781611973273.10 〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00826052/file/1304_SIAM.pdf BibTex
titre
Sensitivity Analysis for Plant Models with Correlated Parameters: Application to the Characterization of Sun flower Genotypes
auteur
Qiongli Wu, Benoît Bayol, Fenni Kang, Jérémie Lecoeur, Paul-Henry Cournède
article
7th International Conference on Sensitivity Analysis of Model Output, Jul 2013, Nice, France. 2013
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BibTex
titre
Some sequential Monte Carlo techniques for Data Assimilation in a plant growth model
auteur
Yuting Chen, Samis Trevezas, Aman Gupta, Paul-Henry Cournède
article
Applied Stochastic Models and Data Analysis International Conference (ASMDA) 2013, Jun 2013, Spain. in press, 2013
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00997736/file/article-ASMDA2013.pdf BibTex
titre
A nonlinear mixed effects model to explain inter-individual variability in plant populations
auteur
Charlotte Baey, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
article
Applied Stochastic Models and Data Analysis International Conference (ASMDA) 2013, Jun 2013, Barcelona, Spain. 2013
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00826175/file/baeyetal_asmda.pdf BibTex
titre
Assessment of Interactions in Complex Mechanistic Models using Global Sensitivity Analysis
auteur
Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède
article
International Conference "Interactions in Complex Systems", Jun 2013, Orléans, France. 2013
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BibTex
titre
A comprehensive global sensitivity analysis for biological model diagnosis and parameterization: application to the NEMA model
auteur
Qiongli Wu, Jessica Bertheloot, Paul-Henry Cournède
article
Seventh International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland. 2013
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BibTex
titre
Global sensitivity analysis of the NEMA model for its parameterization and biological diagnosis.
auteur
Qiongli Wu, Jessica Bertheloot, Paul-Henry Cournède
article
7th International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM 2013), Jun 2013, Saariselkä, Finland. 2013
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BibTex
titre
Modelling Competition in Crop Populations via Reaction-­Diffusion Foliage Dynamics. With an Outlook on Tree Modelling
auteur
Robert Beyer, Paul-Henry Cournède
article
Risto Sievänen and Eero Nikinmaa and Christophe Godin and Anna Lintunen and Pekka Nygren. 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM 2013), Jun 2013, Saariselkä, Finland. Proceedings of the 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models, pp.201-203, 2013
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Other publications

titre
Simulation techniques for parameter estimation via a stochastic ECM algorithm with applications to plant growth modeling
auteur
Samis Trevezas, Sonia Malefaki, Paul-Henry Cournède
article
preprint. 2013
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00798695/file/MCMC-ECM_TrevezasMalefakiCournede.pdf BibTex

2012

Journal articles

titre
Exploring individual HPV coinfections is essential to predict HPV-vaccination impact on genotype distribution: A model-based approach.
auteur
Margarita Pons-Salort, Véronique Letort, Michel Favre, Isabelle Heard, Benoit Dervaux, Lulla Opatowski, Didier Guillemot
article
Vaccine, Elsevier, 2012, 31 (8), pp.1238-1245. 〈10.1016/j.vaccine.2012.11.098〉
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BibTex
titre
Oscillations in Functional Structural Plant Growth Models
auteur
Amélie Mathieu, Veronique Letort, Paul-Henry Cournède, Baogui Zhang, Patrick Heuret, Philippe De Reffye
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2012, 7 (6), pp.47-66. 〈10.1051/mmnp/20127603〉
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https://hal-ecp.archives-ouvertes.fr/hal-00780592/file/Mathieu_2012_Published_mmnp201276p47.pdf BibTex
titre
A Functional and Structural Mongolian Scots Pine (Pinus sylvestris var. mongolica) Model Integrating Architecture, Biomass and Effects of Precipitation
auteur
Feng Wang, Veronique Letort, Qi Lu, Xuefeng Bai, Yan Guo, P. De Reffye, Baoguo Li
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (8), pp.e43531. 〈10.1371/journal.pone.0043531〉
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https://hal-ecp.archives-ouvertes.fr/hal-00780368/file/Wang_2012_PlosOne.pdf BibTex
titre
Characterization of the effects of inter-tree competition on source-sink balance in Chinese pine trees with the GreenLab model
auteur
Hong Guo, Xiangdong Lei, Paul-Henry Cournède, Veronique Letort
article
Trees - Structure and Function, Springer Verlag, 2012, 26, pp.1057-1067. 〈10.1007/s00468-012-0683-x〉
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BibTex
titre
An optimal control methodology for plant growth--Case study of a water supply problem of sunflower
auteur
Lin Wu, François-Xavier Le Dimet, Philippe De Reffye, Bao-Gang Hu, Paul-Henry Cournède, Meng-Zhen Kang
article
Mathematics and Computers in Simulation, Elsevier, 2012, 82 (5), pp.909-923. 〈10.1016/j.matcom.2011.12.007〉
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BibTex
titre
Parallel Graph Grammars with Instantiation Rules Allow Efficient Structural Factorization of Virtual Vegetation
auteur
Katarina Smolenova, Winfried Kurth, Paul-Henry Cournède
article
Electronic Communications of the EASST, 2012, pp.114-128
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BibTex
titre
Simulation of the topological development of young eucalyptus using a stochastic model and sampling measurement strategy
auteur
Jun Diao, Philippe De Reffye, Xiangdong Lei, Hong Guo, Veronique Letort
article
Computers and Electronics in Agriculture, Elsevier, 2012, 80, pp.105-114. 〈10.1016/j.compag.2011.10.019〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00651975/file/Diao_Eucalyptus_tree_CEA_joli.pdf BibTex
titre
An efficient computational method for global sensitivity analysis and its application to tree growth modelling
auteur
Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède, Amélie Mathieu
article
Reliability Engineering and System Safety, Elsevier, 2012, 107, pp.35-43. 〈http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0951832011001359〉. 〈10.1016/j.ress.2011.07.001〉
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BibTex

Conference papers

titre
Evaluation of the Predictive Capacity of Five Plant Growth Models for Sugar Beet
auteur
Charlotte Baey, Anne Didier, Li Song, Sébastien Lemaire, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède
article
Mengzhen Kang, Yves Dumont, Yan Guo. Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications - PMA12, Nov 2012, Shanghai, China. IEEE, pp.30-37, 2012
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00776389/file/baey_etal.pdf BibTex
titre
SUNLAB: a Functional-Structral Model for Genotypic and Phenotypic Characterization of the Sunflower Crop
auteur
Fenni Kang, Veronique Letort, Hugo Magaldi, Paul-Henry Cournède, Jérémie Lecoeur
article
Kang Mengzhen, Yves Dumont, Yan Guo. 2012 IEEE 4th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, Oct 2012, Shanghai, China. IEEE Press, pp.148-151, 2012
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https://hal-ecp.archives-ouvertes.fr/hal-00781183/file/final_submitted_sunlab-1_2_.pdf BibTex
titre
Source-sink relationships vary with age in Chinese pine (Pinus tabulaeformis Carr.): analysis using the GreenLab model
auteur
Hong Guo, Veronique Letort, Yuanchang Lu, Jun Diao, Philippe De Reffye
article
Kang Mengzhen, Yves Dumont, Yan Guo. 2012 IEEE 4th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, Oct 2012, Shanghai, China. IEEE Press, pp.148-151, 2012, 〈10.1109/pma.2012.6524826 〉
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https://hal-ecp.archives-ouvertes.fr/hal-00781173/file/paper_35_LAST.pdf BibTex
titre
Interspecific Variability of Biomass Production of Young Coffea: No Influence of Branch Pruning. Experimental Evidence and Theoretical Analysis
auteur
Veronique Letort, Sylvie Sabatier, Sélastique Akaffou, Serge Hamon, Perla Hamon, P. De Reffye
article
Kang Mengzhen, Yves Dumont, Yan Guo. 2012 IEEE 4th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, Oct 2012, Shanghai, China. IEEE Press, pp.224-227, 2012, 〈10.1109/pma.2012.6524838 〉
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https://hal-ecp.archives-ouvertes.fr/hal-00781194/file/Coffea.pdf BibTex
titre
Assessment of Parameter Uncertainty in Plant Growth Model Identification
auteur
Yuting Chen, Paul-Henry Cournède
article
2012 IEEE 4th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, Oct 2012, China. CHEN, page 43, 2012
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00776551/file/ChenCournede_0509.pdf BibTex
titre
Registration of free-breathing abdominal 3D contrast-enhanced CT
auteur
Blandine Romain, Veronique Letort, Olivier Lucidarme, Florence D'Alché-Buc, Laurence Rouet
article
H. Yoshida, D. Hawkes, M. W. Vannier. 4th International Workshop on Abdominal Imaging. Computational and Clinical Applications, Held in Conjunction with MICCAI 2012, Oct 2012, Nice, France. Springer Berlin Heidelberg, 7601, pp.274-282, 2012, Lecture Notes in Computer Science. 〈10.1007/978-3-642-33612-6_29〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00780707/file/Romain_MICCAI12.pdf BibTex
titre
Filtrage par noyaux de convolution itératif
auteur
Yuting Chen, Benoît Bayol, Cédric Loi, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
article
Les 44 Journées de Statistique, May 2012, Bruxelles, Belgique. pp.CHEN, 2012
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00776397/file/CHEN.pdf BibTex
titre
Optimisation of reconstruction for the registration of CT liver perfusion sequences
auteur
Blandine Romain, Veronique Letort, Olivier Lucidarme, Florence D'Alché-Buc, Laurence Rouet
article
SPIE Medical Imaging 2012, Feb 2012, San Diego, CA, United States. 8314, (elec. proc), 2012, Progress in Biomedical Optics and Imaging. 〈10.1117/12.910929〉
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2011

Journal articles

titre
基于GreenLab原理构建油松成年树的结构-功能模型 (A functional-structural model for adults of Pinus tabulaeformis based on GreenLab)
auteur
Hong Guo, Xiangdong Lei, Veronique Letort, Yuanchang Lu
article
Chinese Journal of Plant Ecology, 2011, 35 (4), pp.422-430. 〈10.3724/SP.J.1258.2011.00422〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00781236/file/Guo_Hong_2011_Chinese_J._of_Plant_Ecology.pdf BibTex
titre
Analysing the effects of local environment on the source-sink balance of Cecropia sciadophylla: a methodological approach based on model inversion
auteur
Veronique Letort, Patrick Heuret, Paul Camilo Zalamea, P. De Reffye, Eric Nicolini
article
Annals of Forest Science, Springer Verlag/EDP Sciences, 2011, 69, pp.167-180. 〈10.1007/s13595-011-0131-x〉
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https://hal-ecp.archives-ouvertes.fr/hal-00780347/file/Letort2011AFS.pdf BibTex
titre
Exact MLE and asymptotic properties for nonparametric semi-Markov models
auteur
Samis Trevezas, Nikolaos Limnios
article
Journal of Nonparametric Statistics, American Statistical Association, 2011, 23 (3), pp.719-739. 〈10.1080/10485252.2011.555543〉
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https://hal.inria.fr/inria-00625293/file/ExactMLE_Trevezas_Limnios.pdf BibTex
titre
Growth and development simulation based on functional-structural model GreenLab for poplar (Salicaceae)
auteur
Yang Gang, Cao Weiqun, Liu Dongxiang, Meng Zhen Kang, Veronique Letort, Xing Meijun, Huang Xinyuan
article
African Journal of Agricultural Research, 2011, 6 (13), pp.3071-3077
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https://hal-ecp.archives-ouvertes.fr/hal-00780322/file/Yang_2011_AJAR_poplar.pdf BibTex
titre
NEMA, a functional-structural model of nitrogen economy within wheat culms after flowering. II. Evaluation and sensitivity analysis
auteur
Jessica Bertheloot, Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède, Andrieu Bruno
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2011, 108 (6), pp.1097-1109. 〈10.1093/aob/mcr125〉
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titre
Simulation of fruit-set and trophic competition and optimization of yield advantages in six Capsicum cultivars using functional-structural plant modelling
auteur
Yuntao Ma, A. M. Wubs, E. Heuvelink, Amélie Mathieu, J. Y. Zhu, Bao-Gang Hu, Paul-Henry Cournède, Philippe De Reffye
article
Annals of Botany -London- Oup then Academic Press then Oxford University Press-, 2011, 107 (5), pp.793-803. 〈10.1093/aob/mcq223〉
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titre
Characterization of the interactions between architecture and source-sink relationships in winter oilseed rape (Brassica napus) using the GreenLab model
auteur
Alexandra Jullien, Amélie Mathieu, Jean-Michel Allirand, Amélie Pinet, Paul-Henry Cournède, Philippe De Reffye, Bertrand Ney
article
Annals of Botany -London- Oup then Academic Press then Oxford University Press-, 2011, 107 (5), pp.765-779. 〈10.1093/aob/mcq205〉
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titre
Variability and regulation of the number of ovules, seeds and pods according to assimilate availability in winter oilseed rape (Brassica napus L.).
auteur
Xiujuan Wang, Amélie Mathieu, Paul-Henry Cournède, Jean Michel Allirand, Alexandra Jullien, Philippe De Reffye, Bao Gui Zhang
article
Field Crops Research, Elsevier, 2011, 122 (1), pp.60-69. 〈10.1016/j.fcr.2011.02.008〉
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titre
Variability and regulation of the number of ovules, seeds and pods according to assimilate availability in winter oilseed rape (Brassica napus L.)
auteur
Xiujuan Wang, Amélie Mathieu, Paul-Henry Cournède, Alexandra Jullien, Jean-Michel Allirand, Philippe De Reffye, Baogui Zhang
article
Field Crops Research, Elsevier, 2011, 122 (1), pp.60-69
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titre
NEMA, a functional-structural model of nitrogen economy within wheat culms after flowering. I.Model description
auteur
Jessica Bertheloot, Paul-Henry Cournède, Bruno Andrieu
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2011, 108 (6), pp.1085-1096. 〈10.1093/aob/mcr119〉
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titre
Characterisation of the interactions between architecture and source-sink relationships in Winter Oilseed Rape (Brassica Napus L.) using the GreenLab model
auteur
Alexandra Jullien, Amélie Mathieu, Jean-Michel Allirand, Amélie Pinet, P. De Reffye, Paul-Henry Cournède, Bertrand Ney
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2011, 107 (5), pp.765-779
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titre
NEMA, a functional-structural model of N economy within wheat culms after flowering: I. Model description
auteur
Jessica Bertheloot, Paul-Henry Cournède, Bruno Andrieu
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2011, 108 (6), pp.1085-1096
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titre
Some Parameter Estimation Issues in Functional-Structural Plant Modelling
auteur
Paul-Henry Cournède, Veronique Letort, Amélie Mathieu, Meng Zhen Kang, Sébastien Lemaire, Samis Trevezas, François Houllier, Philippe De Reffye
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2011, 6 (2), pp.133-159. 〈10.1051/mmnp/20116205〉
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Conference papers

titre
A methodology to study Complex Biophysical Systems with Global Sensitivity Analysis
auteur
Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède
article
Christophe Berenguer,Antoine Grall,Carlos Guedes Soares. ESREL2011, Sep 2011, Troyes, France. CRC press, 2011
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titre
Bayesian Estimation in Functional-Structural Plant Models with Stochastic Organogenesis
auteur
Cédric Loi, Paul-Henry Cournède, Samis Trevezas
article
14th Applied Stochastic Models and Data Analysis International Conference (ASMDA 2011), Jun 2011, Rome, Italy. 2011
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https://hal.inria.fr/hal-00653672/file/article-ASMDA2011_Final.pdf BibTex
titre
Using a hierarchical segmented model to assess the dynamics of leaf appearance in plant populations.
auteur
Charlotte Baey, Paul-Henry Cournède
article
14th Applied Stochastic Models and Data Analysis International Conference (ASMDA 2011), Jun 2011, Rome, Italy. 2011
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https://hal.inria.fr/inria-00602419/file/BaeyCournede_ASMDA2011.pdf BibTex
titre
Effects of pod position and its appearance time on pod and seed abortion in winter oilseed rape (Brassica napus L.)
auteur
Xiujuan Wang, Amélie Mathieu, Paul-Henry Cournède, Jean Michel Allirand, Alexandra Jullien, Philippe De Reffye, Bao Gui Zhang
article
13. International Rapeseed Congress, Jun 2011, Pargue, Czech Republic. Union of Oilseeds Growers and Processors, pp.154-157, 2011
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Book sections

titre
Parameterization of plant growth models to characterize genotype by environment interactions: a methodology adapted to breeding programs
auteur
Fenni Kang, Thomas Galinier, Paul-Henry Cournède, Jérémie Lecoeur
article
Halford, N. and Semenov, M. Aspects of Applied Biology 107: Systems Approaches to Crop Improvement, The Association of Applied Biologists, pp.27-35, 2011
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Preprints, Working Papers, ...

titre
Irrigation Optimization by Modeling of Plant-Soil Interaction
auteur
Zhongping Li, Paul-Henry Cournède, Jean-Claude Mailhol
article
2011
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00606408/file/ASM2011proceedings715-093.pdf BibTex

2010

Journal articles

titre
Optimization of source-sink dynamics in plant growth for ideotype breeding: a case study on maize
auteur
Rui Qi, Yuntao Ma, Baogang Hu, Phillipe De Reffye, Paul-Henry Cournède
article
Computers and Electronics in Agriculture, Elsevier, 2010, 71 (1), pp.96-105. 〈10.1016/j.compag.2009.12.008〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00493526/file/QIetal_COMPAG.pdf BibTex
titre
Cultivons notre jardin
auteur
Philippe De Reffye
article
Interstices, INRIA, 2010, 〈https://interstices.info/jcms/n_50352/cultivons-notre-jardin〉
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titre
Comparison of three approaches to model grapevine organogenesis in conditions of fluctuating temperature, solar radiation and soil water content
auteur
Benoît Pallas, Cedric Loi, Angélique Christophe, Paul-Henry Cournède, Jérémy Lecoeur
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2010, pp.Non connues
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BibTex
titre
A stochastic model of tree architecture and biomass partitioning: application to Mongolian Scots pines
auteur
Feng Wang, Mengzhen Kang, Qi Lu, Véronique Letort, Hui Han, Yan Guo, P. De Reffye, Baoguo Li
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2010, pp.1-20. 〈10.1093/aob/mcq218〉
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titre
Quantitative analysis of melanocyte migration in vitro based on automated cell tracking under phase contrast microscopy considering the combined influence of cell division and cell-matrix interactions.
auteur
Véronique Letort, Sylvain Fouliard, Gaëlle Letort, Ivan Adanja, Mayuko Kumasaka, Stuart Gallagher, Olivier Debeir, Lionel Larue, Françoise Xavier
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, EDP Sciences, 2010, 5 (1), pp.4-33. 〈10.1051/mmnp/20105101〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00546727/file/MMNP-format.pdf BibTex

Conference papers

titre
Sensitivity analysis of GreenLab model for maize
auteur
Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède
article
3rd international symposium on Plant Growth and Applications (PMA09), Nov 2010, Beijing, China. 2009
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https://hal.inria.fr/inria-00532950/file/WU_04072009.pdf BibTex
titre
Calibration of a probabilistic model of oilseed rape fertility to analyze the inter-variety variability in number of seeds
auteur
X. Wang, Amélie Mathieu, P.H. Cournède, Jean Michel Allirand, Alexandra Jullien, Philippe Verchère de Reffye, B.G. Zhang
article
6. International Workshop, Sep 2010, Davis, United States. University of California, 2010
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titre
Assessment of Non-Linearity in Functional-Structural Plant Models
auteur
Qiongli Wu, Jessica Bertheloot, Amélie Mathieu, Andrieu Bruno, Paul-Henry Cournède
article
FSPM 2010 - 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Sep 2010, Davis, California, United States. 2010
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https://hal.inria.fr/hal-01192293/file/Wu_etal_FSPM10_V_after_review.pdf BibTex
titre
A functional-structural model of nitrogen economy within wheat culms after flowering
auteur
Jessica Bertheloot, P.H. Cournède, Q. Wu, Bruno Andrieu
article
12. ESA Congress, Aug 2010, Montpellier, France. Agropolis International Editions, 2010
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titre
The use of Sensitivity Analysis for the design of Functional Structural Plant Models
auteur
Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède
article
Sixth international conference on sensitivity analysis of model output, Jul 2010, Milan, Italy. 2 (6), pp.7768-7769, 2010
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00534046/file/submitted_HAL.pdf BibTex
titre
A stochastic, functional-structural model for cotton plants
auteur
Dong Li, Veronique Letort, Meng Zhen Kang, Feng Wang, Yan Guo, Baoguo Li, P. De Reffye, Zhigang Zhan
article
Theodore DeJong and David Da Silva. Functional-Structural Plant Models, Jul 2010, Davis, United States. IEEE Computer Society Press, pp.20-22, 2010
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titre
A symbolic method to compute the probability distribution of the number of pattern occurences in random texts generated by stochastic 0L-systems
auteur
Cedric Loi, Paul-Henry Cournède, Jean Françon
article
Drmota, Michael and Gittenberger, Bernhard. 21st International Meeting on Probabilistic, Combinatorial, and Asymptotic Methods in the Analysis of Algorithms (AofA'10), 2010, Vienna, Austria. Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, DMTCS Proceedings vol. AM, 21st International Meeting on Probabilistic, Combinatorial, and Asymptotic Methods in the Analysis of Algorithms (AofA'10), pp.473-488, 2010, DMTCS Proceedings
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https://hal.inria.fr/inria-00529137/file/dmAM0133.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
A symbolic method to analyse patterns in plant structure whose organogenesis is driven by a multitype branching process
auteur
Cedric Loi, Paul-Henry Cournède, Jean Françon
article
2010
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https://hal.inria.fr/inria-00546309/file/JCST_LOI_final.pdf BibTex

2009

Journal articles

titre
A dynamic model of plant growth with interactions between development and functional mechanisms to study plant structural plasticity related to trophic competition.
auteur
A. Mathieu, Paul-Henry Cournède, Véronique Letort, D. Barthélémy, P. De Reffye
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2009, 103 (8), pp.1173-1186. 〈10.1093/aob/mcp054〉
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BibTex
titre
基于GreenLab的油松结构-功能模型 (A FUNCTIONAL-STRUCTURAL MODEL GREENLAB FOR PINUS TABULAEFORMIS)
auteur
Hong Guo, Xiangdong Lei, Veronique Letort, Yuanchang Lu, Philippe De Reffye
article
Chinese Journal of Plant Ecology, 2009, 33 (5), pp.950-957. 〈10.3773/j.issn.1005-264x.2009.05.014〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00781242/file/Guo_Hong_2009_Chinese_J_of_Plant_Ecology.pdf BibTex
titre
Une histoire de la modélisation des plantes
auteur
Philippe De Reffye, Marc Jaeger, Paul-Henry Cournède
article
Interstices, INRIA, 2009, 〈https://interstices.info/jcms/c_38032/une-histoire-de-la-modelisation-des-plantes〉
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titre
Using a mathematical model to evaluate the trophic and non-trophic determinants of axis development in grapevine (Vitis vinifera L.)
auteur
Benoit Pallas, Angélique Christophe, Paul-Henry Cournède, Jérémie Lecoeur
article
Functional Plant Biology, CSIRO Publishing, 2009, 36, pp.156-170
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BibTex
titre
Application of the GreenLab model to simulate and optimize wood production and tree stability: a theoretical study
auteur
Rui Qi, Véronique Letort, M. Z. Kang, Paul-Henry Cournède, Philippe De Reffye, Thierry Fourcaud
article
Silva Fennica, Suomen Metsätieteellinen Seura ry, 2009, 43 (3), pp.465-487
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Conference papers

titre
Towards a continuous approach of functional-structural plant growth
auteur
Zhongping Li, Vincent Le Chevalier, Paul-Henry Cournède
article
Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Beijing, China. The Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation,Visualization and Applications. Proceedings - PMA09, pp.334-340, 2009, 〈10.1109/PMA.2009.69〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00529351/file/PMA09.pdf BibTex
titre
Preliminary Functional-Structural Modeling on Poplar (Salicaceae)
auteur
Dongxiang Liu, Meng Zhen Kang, Véronique Letort, Meijun Xing, Yang Gang, Xinyuan Huang, Weiqun Cao
article
Li Baoguo, Jaeger Marc, Guo Yan. Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Beijing, China. IEEE Computer Society Press, 3, pp.49-52, 2010, 〈10.1109/pma.2009.47 〉
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00546787/file/paper_49.pdf BibTex
titre
Plants as Combinatorial Structures and Applications
auteur
Cedric Loi, Paul-Henry Cournède, Jean Françon
article
Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Pékin, China. pp.319-326, 2009, 〈10.1109/pma.2009.27 〉
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https://hal.inria.fr/inria-00546283/file/PMA46_Loi.pdf BibTex
titre
A stochastic growth model of grapevine with full interaction between environment, trophic competition and plant development.
auteur
Benoit Pallas, Cedric Loi, Angélique Christophe, Paul-Henry Cournède, Jérémie Lecoeur
article
Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Pékin, China. Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA 2009), pp.95-102, 2009
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https://hal.inria.fr/inria-00546291/file/PMA_2009.pdf BibTex
titre
Stochastic models in floral biology and application to the study of oilseed rape fertility
auteur
Xiujuan Wang, Amélie Mathieu, Paul-Hendry Cournède, Jean Michel Allirand, Alexandra Jullien, Philippe Verchère de Reffye, Bao Gui Zhang
article
Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Beijing, China. IEEE Computer Society, Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, 454 p., 2010
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BibTex
titre
Impact of topology on plant functioning : a theoretical analysis based on the GreenLab model equations
auteur
Véronique Letort, Paul-Henry Cournède, Philippe De Reffye
article
Li Baoguo, Jaeger Marc, Guo Yan. 2009 Plant Growth Modeling And Applications, Nov 2009, Beijing, China. IEEE Computer Society Press, Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, 3, pp.341-348, 2010
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00546801/file/LetortPMA09_revised.pdf BibTex
titre
Stochastic models in floral biology and its application to the study of oilseed rape (Brassica napus L.) fertility
auteur
Wang Xiujuan, Amélie Mathieu, Paul-Henry Cournède, Jean-Michel Allirand, Alexandra Jullien, Philippe De Reffye, Bao Gui Zhang
article
Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Beijing, China. 2010
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https://hal.inria.fr/inria-00529375/file/PID1083909.pdf BibTex
titre
Applying GreenLab Model to Adult Chinese Pine Trees with Topology Simplification
auteur
Hong Guo, Véronique Letort, Xiangdong Lei, Yuanchang Lu, P. De Reffye
article
Li Baoguo, Jaeger Marc, Guo Yan. Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications - PMA09, Nov 2009, Beijing, China. IEEE Computer Society Press, 3, pp.58-64, 2010
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00546792/file/paper_33.pdf BibTex
titre
Calibration of topological development in the procedure of parametric identification: application to the stochastic GreenLab model for Pinus Sylvestris var. Mongolica
auteur
Feng Wang, Meng Zhen Kang, Hui Han, Qi Lu, Véronique Letort, Yan Guo, P. De Reffye, Baoguo Li
article
Li Baoguo, Jaeger Marc, Guo Yan. 2009 Plant Growth Modeling And Applications, Nov 2009, Beijing, China. IEEE Computer Society Press, Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, 3, pp.26-33, 2010
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00546799/file/pma09_submission_64.pdf BibTex
titre
Analysis of Cecropia sciadophylla Morphogenesis Based on a Sink-Source Dynamic Model
auteur
Véronique Letort, Patrick Heuret, Paul Camilo Zalamea, Eric Nicolini, P. De Reffye
article
Li Baoguo, Jaeger Marc, Guo Yan. 2009 Plant Growth Modeling And Applications, Nov 2009, Beijing, China. IEEE Computer Society Press, Plant growth modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA 2009), 3, pp.10-17, 2010
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00546782/file/Cecropia_revised.pdf BibTex
titre
Modeling branching effects on source-sink relationships of the cotton plant
auteur
Dong Li, Véronique Letort, Yan Guo, P. De Reffye, Zhigang Zhan
article
Li Baoguo, Jaeger Marc, Guo Yan. 2009 Plant Growth Modeling And Applications, Nov 2009, Beijing, China. IEEE Computer Society Press, Plant growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, 3, pp.293-300, 2010
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00546791/file/paper_57.pdf BibTex
titre
Comparison between empirical or functional sinks of organs - Application on Tomato plant
auteur
Baogui Zhang, Meng Zhen Kang, Véronique Letort, Xiujuan Wang, P. De Reffye
article
Li Baoguo, Jaeger Marc, Guo Yan. 2009 Plant Growth Modeling And Applications, Nov 2009, Beijing, China. IEEE Computer Society Press, Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, 3, pp.191-197, 2010
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00546803/file/paper_60.pdf BibTex
titre
Nitrogen acquisition and utilization by crops: review of different approaches and proposition of a mechanistic modeling
auteur
Jessica Bertheloot, Paul-Henry Cournède, Bruno Andrieu
article
Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Beijing, China. IEEE Computer Society, Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, 454 p., 2010
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BibTex
titre
Modelling of branch and flower expansion in GreenLab model to account for the whole crop cycle of Winter Oilseed Rape (Brassica Napus L.)
auteur
Alexandra Jullien, Amélie Mathieu, Jean Michel Allirand, Amélie Pinet, Philippe Verchère de Reffye, Bertrand Ney, P.H. Cournède
article
Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Beijing, China. Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, 454 p., 2010
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titre
Analysis of the density effects on the source-sink dynamics in Sugar-Beet growth
auteur
Sébastien Lemaire, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède, Jean Michel Allirand, Philippe Verchère de Reffye, Bertrand Ney
article
Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, Nov 2009, Pekin, China. IEEE Computer Society, 454 p., 2010
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BibTex
titre
A Forest Growth Simulator Based on Functional-Structural Modelling of Individual Trees
auteur
Paul-Henry Cournède, Thomas Guyard, Benoit Bayol, Sébastien Griffon, François De Coligny, Philippe Borianne, Marc Jaeger, Philippe De Reffye
article
LI, B.-G. and JAEGER, M. and GUO, Y. Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Beijing, China. 3rd international symposium on Plant Growth Modeling and Applications (PMA09), pp.34-41, 2009, 〈http://doi.ieeecomputersociety.org/10.1109/PMA.2009.55〉. 〈10.1109/PMA.2009.55〉
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https://hal.inria.fr/inria-00529096/file/cournede_etal_competition_PMA09_2.pdf BibTex
titre
Modeling Inter-Individual Variability in Sugar Beet Populations
auteur
P. De Reffye, Sébastien Lemaire, Nitish Srivastava, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède
article
Li, B.G. and Jaeger, M. and Guo, Y. Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Beijing, China. IEEE, 2009, 3rd international symposium on Plant Growth and Applications(PMA09)
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https://hal.inria.fr/inria-00537646/file/dereffye_etal_PMA09_final.pdf BibTex
titre
Analysis of the density effects on the source-sink dynamics in Sugar-Beet growth
auteur
Sébastien Lemaire, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède, Jean-Michel Allirand, Bertrand Ney, P. De Reffye
article
Li, B.-G. and Jaeger, M. and Guo, Y. Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Beijing, China. IEEE Computer Society (Los Alamitos, California), 2009, Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications
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https://hal.inria.fr/inria-00543137/file/PMA09_Lemaire_etal.pdf BibTex
titre
Simulation of morphological plasticity of Acacia tortilis in response to herbivore attacks
auteur
Amélie Mathieu, Véronique Letort, Renaud Gosset, Jacques Gignoux, Paul-Henry Cournède
article
Li, B.-G. and Jaeger, M. and Guo, Y. Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), 2009, Beijing, China. IEEE Computer Society (Los Alamitos, California), 2009, Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09)
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https://hal.inria.fr/inria-00543136/file/Acacia_IEEE.pdf BibTex

Book sections

titre
A Functional-Structural Plant Model: Theories and its Applications in Agronomy
auteur
Meng Zhen Kang, Paul-Henry Cournède, Amélie Mathieu, Veronique Letort, Rui Qi
article
Cao, W. and White, J. and Wang, E. Crop Modeling and Decision Support, Springer, pp.148-160, 2009, 978-3-642-01131-3. 〈10.1007/978-3-642-01132-0_16〉
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Habilitation à diriger des recherches

titre
Dynamic System of Plant Growth
auteur
Paul-Henry Cournède
article
Mathematics [math]. Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2009
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2008

Journal articles

titre
Analytical study of a stochastic plant growth model: application to the GreenLab model
auteur
M. Z. Kang, Paul-Henry Cournède, Philippe De Reffye, Daniel Auclair, Bao-Gang Hu
article
Mathematics and Computers in Simulation, Elsevier, 2008, 78 (1), pp.57-78. 〈10.1016/j.matcom.2007.06.003〉
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BibTex
titre
Structural Identifiability of Generalized Constraint Neural Network Models for Nonlinear Regression
auteur
Shuang-Hong Yang, Bao-Gang Hu, Paul-Henry Cournède
article
Neurocomputing, Elsevier, 2008, 72 (1-3), pp.392-400. 〈10.1016/j.neucom.2007.12.013〉
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BibTex
titre
A model-based analysis of the dynamics of carbon balance at the whole-plant level in Arabidopsis thaliana
auteur
Angélique Christophe, Veronique Letort, Irène Hummel, Paul-Henry Cournède, P. De Reffye, Jérémie Lecoeur
article
Functional Plant Biology, CSIRO Publishing, 2008, 35, pp.1147-1162. 〈10.1071/FP08099〉
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BibTex
titre
Parametric identification of a functional-structural tree growth model and application to beech trees (Fagus sylvatica)
auteur
Veronique Letort, Paul-Henry Cournède, Amélie Mathieu, Philippe De Reffye, Thiéry Constant
article
Functional Plant Biology, CSIRO Publishing, 2008, 35, pp.951-963. 〈http://www.publish.csiro.au/paper/FP08065.htm〉. 〈10.1071/fp08065 〉
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https://hal.inria.fr/inria-00529461/file/Letort_et_al_2008_FSPM07_Beech_tree_Postprint.pdf BibTex
titre
Does the structure function model GREENLAB deal with crop phenotypic plasticity induced by plant spacing? A case study on tomato
auteur
Qiao Xue Dong, G. Louarn, Yiming Wang, Jean-François Barczi, Philippe De Reffye
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2008, 101 (8), pp.1195-1206. 〈10.1093/aob/mcm317〉
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BibTex
titre
Quantitative genetics and functional-structural plant growth models : Simulation of quantitative trait loci detection for model parameters and application to potential yield optimization
auteur
Véronique Letort, Paul Mahe, Paul-Henry Cournède, Philippe De Reffye, Brigitte Courtois
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2008, 101 (8), pp.1243-1254. 〈10.1093/aob/mcm197〉
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BibTex
titre
Computing competition for light in the GREENLAB model of plant growth: a contribution to the study of the effects of density on resource acquisition and architectural development.
auteur
Paul-Henry Cournède, Amélie Mathieu, François Houllier, Daniel Barthélémy, Philippe De Reffye
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2008, 101 (8), pp.1207-1219. 〈10.1093/aob/mcm272〉
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BibTex
titre
Rhythms and alternating patterns in plants as emergent properties of a model of interaction between development and functioning
auteur
Amélie Mathieu, Daniel Barthélémy, Paul-Henry Cournède, Philippe De Reffye
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2008, 101 (8), pp.1233-1242. 〈10.1093/aob/mcm171〉
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BibTex
titre
The derivation of sink functions of wheat organs using the GREENLAB Model
auteur
M. Z. Kang, Jochem B. Evers, Philippe De Reffye, Jan Vos
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2008, 101 (8), pp.1099-1108. 〈10.1093/aob/mcm212〉
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BibTex
titre
AMAPsim: A Structural Whole-plant Simulator Based on Botanical Knowledge and Designed to Host External Functional Models
auteur
Jean-François Barczi, Hervé Rey, Yves Caraglio, Philippe De Reffye, Daniel Barthélémy, Thierry Fourcaud, Qiao Xue Dong
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2008, 101 (8), pp.1125-1138. 〈10.1093/aob/mcm194〉
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titre
Parameter optimization and field validation of the functional-structural model GREENLAB for Maize at different population densities
auteur
Yuntao Ma, Wen Meiping, Yan Guo, Baoguo Li, Paul-Henry Cournède, Philippe De Reffye
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2008, 101 (8), pp.1185-1194. 〈10.1093/aob/mcm233〉
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Conference papers

titre
A Functional-Structural Plant Model-Theory and Applications in Agronomy
auteur
Meng Zhen Kang, Paul-Henry Cournède, Amélie Mathieu, Véronique Letort, Rui Qi, Zhi Gang Zhan
article
International Symposium on Crop Modeling and Decision Support: ISCMDS 2008, Apr 2008, Nanjing, China. 2008
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https://hal.inria.fr/inria-00380520/file/ISCMDS08_Kang.pdf BibTex
titre
A morphogenetic crop model for sugar-beet (Beta vulgaris L.)
auteur
Sébastien Lemaire, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède, Philippe De Reffye
article
ISCMDS, Apr 2008, Nanjing, China. 2008
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https://hal.inria.fr/inria-00336415/file/A_morphogenetic_crop_model_for_sugar_beet_ISCMDS_final.pdf BibTex
titre
Analyse et modélisation de l'architecture des Plantes
auteur
Daniel Auclair, Jean-François Barczi, Daniel Barthélémy, Frédéric Blaise, Yves Caraglio, Paul-Henri Cournède, Thierry Fourcaud, Patrick Heuret, Marc Jaeger, Philippe Verchère de Reffye
article
Plantes et peuplements virtuels, Mar 2008, Lyon, France
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titre
Generating Functions of Stochastic L-Systems and Application to Models of Plant Development
auteur
Cedric Loi, Paul Henry Cournède
article
Roesler, Uwe. Fifth Colloquium on Mathematics and Computer Science, 2008, Kiel, Germany. Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, DMTCS Proceedings vol. AI, Fifth Colloquium on Mathematics and Computer Science, pp.325-338, 2008, DMTCS Proceedings
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https://hal.inria.fr/hal-01194661/file/dmAI0121.pdf BibTex

Book sections

titre
Plant growth models
auteur
Philippe De Reffye, E. Heuvelink, Daniel Barthélémy, Paul-Henry Cournède
article
Jorgensen, S. E., Fath, B. D. Encyclopedia of Ecology, Elsevier, pp.2824-2838, 2008
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titre
Modélisation et simulation de l'architecture et de la production végétales
auteur
Philippe De Reffye, Daniel Barthélémy, Paul-Henry Cournède, Marc Jaeger
article
Francis Hallé. Aux origines des plantes : des plantes anciennes à la botanique du XXIe siècle, Fayard, pp.184-227, 2008
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Reports

titre
Computing the moments of probability distributions for branching processes
auteur
Cédric Loi, Paul-Henry Cournède
article
[Research Report] RR-6728, INRIA. 2008, pp.23
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https://hal.inria.fr/inria-00340055/file/RR-6728.pdf BibTex
titre
A Markovian framework to formalize stochastic L-systems and application to models of plant development
auteur
Cédric Loi, Paul-Henry Cournède
article
[Research Report] RR-6830, INRIA. 2008, pp.24
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https://hal.inria.fr/inria-00359515/file/RR-6830.pdf BibTex

Theses

titre
Adaptation of the GreenLab growth model to plants with complex architectures and multi-scale analysis of source-sink relationships for parametric identification.
auteur
Veronique Letort
article
Vegetal Biology. Ecole Centrale Paris, 2008. English
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00365172/file/These.pdf BibTex

2007

Journal articles

titre
Simulation and Visualisation of Functional Landscapes: Effects of the Water Resource Competition between Plants
auteur
Vincent Le Chevalier, Marc Jaeger, Xing Mei, Paul-Henry Cournède
article
JCST, Springer, 2007, 22 (6), pp.835-845
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https://hal.inria.fr/inria-00547631/file/JCST2007_22_6_VFinale_auteur.pdf BibTex
titre
Simulation and visualisation of functional landscape: effects of the water resource competition between plants
auteur
Vincent Le Chevalier, Marc Jaeger, Xing Mei, Paul-Henry Cournède
article
Journal of Computer Science and Technology, Iberoamerican Science & Technology Education Consortium, 2007, 22 (2), pp.835-845
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titre
GREENLAB-tomato: a 3D architectural model of tomato development
auteur
Qiao Xue Dong, L. L. Yang, Y. M. Wang, Jean-François Barczi, Philippe De Reffye
article
New Zealand Journal of Agricultural Research, Royal Society of New Zealand, 2007, 50 (5), pp.1229-1233
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Conference papers

titre
Is it possible to simulate rapeseed organ mass in relation to N nutrition ? Calibration of the functional-structural model GREENLAB for the oilseed rape Brassica napus L. during the vegetative phase for two nitrogen nutrition levels
auteur
Alexandra Jullien, Jean Michel Allirand, P.H. Cournède, A. Matthieu, P. De Reffye, Bertrand Ney
article
12. International Rapeseed Congress, Mar 2007, Wuhan, China. Science Press, 2007
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2006

Journal articles

titre
Building Virtual Chrysanthemum Based on Sink-Source Relationships: Preliminary Results
auteur
M. Z. Kang, E. Heuvelink, Philippe De Reffye
article
Acta Horticulturae, International Society for Horticultural Science, 2006, Acta Horticulturae, 718, pp.129-136
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titre
Positivity statements for a Mixed-Element-Volume scheme on fixed and moving grids
auteur
Bruno Koobus, Paul-Henry Cournède, Alain Dervieux
article
La revue européenne de mécanique numérique, 2006, 15 (7-8), pp.767-798
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titre
Structural Factorization of Plants to Compute their Functional and Architectural Growth
auteur
Paul-Henry Counède, M.Z. Kang, A. Mathieu, Jean-François Barczi, H.P. Yan, B.G. Hu, Philippe De Reffye
article
Simulation,Transactions of the society for modelling and simulation international, Sage journals, 2006, Simulation,Transactions of the society for modelling and simulation international, 82 (7), pp.427-438. 〈10.1177/0037549706069341〉
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https://hal.inria.fr/inria-00121231/file/2006Simulation_Cournede.pdf BibTex
titre
A dynamical model of plant growth with full retroaction between organogenesis and photosynthesis
auteur
Amélie Rostand-Mathieu, Paul-Henry Cournède, Philippe Reffye
article
Revue Africaine de la Recherche en Informatique et Mathématiques Appliquées, INRIA, 2006, 4, pp.101-107
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https://hal.inria.fr/inria-00122478/file/arima00407.pdf BibTex
titre
Parameter Stability of the Functional Structural Plant Model GREENLAB as Affected by Variation within Populations, among Seasons and among Growth Stages
auteur
Yuntao Ma, Baoguo Li, Zhigang Zhan, Yan Guo, Delphine Luquet, Philippe De Reffye, Michael Dingkuhn
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2006, Annals of Botany, 〈10.1093/aob/mcl245〉
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titre
Parameter Optimization and Field Validation of the Functional-Structural Model GREENLAB for Maize
auteur
Y. Guo, Y.T. Ma, Z.G. Zhan, B.G. Li, M. Dingkuhn, D. Luquet, Philippe De Reffye
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2006, Annals of Botany, 97, pp.217-230. 〈10.1093/aob/mcj033〉
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Conference papers

titre
Effect of topological and phenological changes on biomass partitioning in Arabidopsis thaliana inflorescence: a preliminary model-based study
auteur
Veronique Letort, Paul-Henry Cournède, Jérémie Lecoeur, Irène Hummel, Philippe De Reffye, Angélique Christophe
article
Fourcaud Thierry, Zhang XiaoPeng. PMA06, Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and applications, Nov 2006, Beijing, China. IEEE Computer Society Press, pp.65-69, 2006
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00576589/file/Proceedings_Arabido.pdf BibTex
titre
Adaptation of the GreenLab model for analyzing sink-source relationships in Chinese Pine saplings
auteur
Hong Guo, Veronique Letort, Lingxia Hong, Thierry Fourcaud, Paul-Henry Cournède, Yuanchang Lu, Philippe De Reffye
article
Fourcaud Thierry, Zhang XiaoPeng. PMA06, Plant growth modeling, Simulation, Visualization and Applications, Nov 2006, Beijing, China. IEEE Computer Society Press, II, pp.236-243, 2006
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00576583/file/article_for_Proceeding-2007_09_03_WH.pdf BibTex
titre
Optimizing plant growth model parameters for genetic selection based on QTL mapping
auteur
Veronique Letort, Paul Mahe, Paul-Henry Cournède, P. De Reffye, Brigitte Courtois
article
Fourcaud Thierry, Zhang XiaoPeng. Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and applications, Nov 2006, Beijing, China. IEEE Computer Society Press, pp.16-21, 2006
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https://hal-ecp.archives-ouvertes.fr/hal-00829810/file/Letort-QTLoptim_submitted.pdf BibTex
titre
GreenScilab:A toolbox simulating plant growth in the Scilab environment
auteur
M.Z. Kang, R. Qi, Philippe De Reffye, B.G. Hu
article
8th Middle Eastern Simulation Multiconference, Aug 2006, Alexandria / Egypt, pp.174-178, 2006
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titre
A Mathematical Approach Estimating Source and Sink Functioning of Competing Organs
auteur
M.Z. Kang, Philippe De Reffye
article
Vos, J.A. and Marcelis, L.F.M. Proceedings of the Frontis Workshop on Functional -structural Plant Modelling in Crop Production, Mar 2006, Wageningen / Netherlands, Netherlands. Springer / Kluwer, 2006
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https://hal.inria.fr/inria-00121569/file/2006Frontis_Kang.pdf BibTex

2005

Journal articles

titre
A Water Supply Optimization Problem for Plant Growth Based on GreenLab Model
auteur
Lin Wu, Philippe De Reffye, Bao-Gang Hu, François-Xavier Le Dimet, Paul-Henry Cournède
article
Revue Africaine de la Recherche en Informatique et Mathématiques Appliquées, INRIA, 2005, 3, pp.197-207
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https://hal.inria.fr/hal-01261708/file/CARI04_09.pdf BibTex
titre
GreenLab: A Dynamical Model of Plant Growth for Environmental Applications
auteur
Paul-Henry Counède, Philippe De Reffye
article
ERCIM News, ERCIM, 2005, Special : Environmental Modelling, 61, pp.39-40
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Conference papers

titre
A Water Supply Optimization Problem for Plant Growth Based on GreenLab Model
auteur
L. Wu, F.X. Le Dimet, B.G. Hu, Paul-Henry Cournède, Philippe De Reffye
article
7éme Colloque Africain sur la Recherche en Informatique (CARI'04), 2005, Mammamet / Tunisia, 2005
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2004

Journal articles

titre
Fast Construction of Geometrical Structure of Plant with Substructures Algorithm
auteur
M. Z. Kang, Philippe De Reffye, B.G. Hu, X. Zhao
article
International Journal of Image and Graphics, World Scientific Publishing, 2004, 9 (1), pp.79-86
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titre
A dynamic, architectural plant model simulating resource-dependent growth
auteur
Hongping Yan, Meng Zhen Kang, Philippe De Reffye, Michael Dingkuhn
article
Annals of Botany, Oxford University Press (OUP), 2004, Annals of Botany, 93, pp.591-602
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Conference papers

titre
Theoretical Study and Numerical Simulation of a Stochastic Model for Plant Growth
auteur
M.Z. Kang, Paul-Henry Cournède, J. Le Roux, Philippe De Reffye, B.G. Hu
article
7th African Conference on Research in Computer Science, Nov 2004, Hammamet, Tunisia. 2004
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titre
The Influence of Photosynthesis on the Number of Metamers per Growth Unit in GreenLab Model
auteur
Amelie Mathieu, Paul-Henry Cournède, Philippe De Reffye
article
4TH International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Jun 2004, Montpellier, France. 2004
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00124845/file/MathieuPaper4.pdf BibTex