2020
Journal articles
- titre
- Pandæsim: An Epidemic Spreading Stochastic Simulator
- auteur
- Patrick Amar
- article
- Biology, 2020, 9 (9), pp.299. ⟨10.3390/biology9090299⟩
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
- titre
- Biomachines For Medical Diagnosis
- auteur
- Francisco Santos Schneider, Amar Patrick, Asma Bahri, Julien Espeut, Mellis Alali, François Fages, Franck Molina
- article
- Advanced Materials Letters, 2020, 11 (4), pp.1-5. ⟨10.5185/amlett.2020.041499⟩
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
2018
Journal articles
- titre
- Computer‐aided biochemical programming of synthetic microreactors as diagnostic devices
- auteur
- Alexis Courbet, Patrick Amar, François Fages, Eric Renard, Franck Molina
- article
- Molecular Systems Biology, 2018, 14 (4), ⟨10.15252/msb.20177845⟩
- typdoc
- Journal articles
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Bio-calculateur booléen à base de réseaux métaboliques intégré dans une vésicule artificielle: temporisation par oscillateur enzymatique
- auteur
- Patrick Amar
- article
- Séminaire de la Société Francophone de Biologie Théorique, Jun 2018, Saint Flour, France
- typdoc
- Conference papers
- Accès au bibtex
-
Proceedings
- titre
- advances in Systems and Synthetic Biology
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Attila Csikasz-Nagy, Vic Norris
- article
- Patrick Amar; François Képès; Vic Norris; Attila Csikasz-Nagy. advances in Systems and Synthetic Biology, Mar 2018, Evry, France. EDP Sciences, pp.155, 2018, 978-2-7598-2266-9
- typdoc
- Proceedings
- Accès au bibtex
-
2017
Journal articles
- titre
- Hypothesis: Local variations in the speed of individual DNA replication forks determine the phenotype of daughter cells
- auteur
- Vic Norris, François Képès, Patrick Amar, Ina Koch, Laurent Janniere
- article
- Medical Research Archives, 2017, 5 (12), ⟨10.18103/mra.v5i12.1598⟩
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
Proceedings
- titre
- advances in Systems and Synthetic Biology
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Vic Norris
- article
- Patrick Amar; François Képès; Vic Norris. advances in Systems and Synthetic Biology, Mar 2017, Lyon, France. EDP Sciences, pp.173, 2017, 978-2-7598-2116-7
- typdoc
- Proceedings
- Accès au bibtex
-
2016
Journal articles
- titre
- Cell-cell communication enhances the capacity of cell ensembles to sense shallow gradients during morphogenesis
- auteur
- David Ellison, Andrew Mugler, Matthew D. Brennan, Sung Hoon Lee, Robert J. Huebner, Eliah R. Shamir, Laura A. Woo, Joseph Kim, Patrick Amar, Ilya Nemenman, Andrew J. Ewald, Andre Levchenko
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016, 113 (6), pp.E679--E688. ⟨10.1073/pnas.1516503113⟩
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
Proceedings
- titre
- advances in Systems and Synthetic Biology
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Victor Norris
- article
- Patrick Amar; François Képès; Vic Norris. advances in Systems and Synthetic Biology, Mar 2016, Evry, France. EDP Sciences, pp.143, 2016, 978-2-7598-1971-3
- typdoc
- Proceedings
- Accès au bibtex
-
2015
Journal articles
- titre
- Computing with Synthetic Protocells
- auteur
- Alexis Courbet, Franck Molina, Patrick Amar
- article
- Acta Biotheoretica, 2015, pp.15. ⟨10.1007/s10441-015-9258-8⟩
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Extracting logic gates from a metabolic network
- auteur
- Marc Bouffard, Franck Molina, Patrick Amar
- article
- advances in Systems and Synthetic Biology, Mar 2015, Strasbourg, France. pp.13
- typdoc
- Conference papers
- Accès au bibtex
-
Proceedings
- titre
- advances in Systems and Synthetic Biology
- auteur
- Patrick Amar, Francois Kepes, Vic Norris
- article
- Patrick Amar, François Képès, Vic Norris. advances in Systems and Synthetic Biology, France. EDP Sciences, pp.191, 2015, avances in Systems and Synthetic Biology, 978-2-7598-1764-1
- typdoc
- Proceedings
- Accès au bibtex
-
2014
Conference papers
- titre
- Parallel biological in silico simulation
- auteur
- Patrick Amar, Muriel Baillieul, Dominique Barth, Bertrand Lecun, Franck Quessette, Sandrine Vial
- article
- 29th Intenational Symposium on Computer and Information Sciences, Oct 2014, Krakow, Poland. pp.387-394, ⟨10.1007/978-3-319-09465-6_40⟩
- typdoc
- Conference papers
- Accès au bibtex
-
- titre
- Systèmes oscillants chaotiques en biologie
- auteur
- Patrick Amar
- article
- Ecole de Printemps 2014 de la Société Francophone de Biologie Théorique, Société Francophone de Biologie Théorique, May 2014, St Flour, France
- typdoc
- Conference papers
- Accès au bibtex
-
Proceedings
- titre
- avances in Systems and Synthetic Biology
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Vic Norris
- article
- Patrick Amar; François Képès; Vic Norris. avances in Systems and Synthetic Biology, France. EDP Sciences, pp.173, 2014, avances in Systems and Synthetic Biology, 978-2-7598-1201-1
- typdoc
- Proceedings
- Accès au bibtex
-
2013
Journal articles
- titre
- Sensor potency of the moonlighting enzyme-decorated cytoskeleton
- auteur
- Vic Norris, Patrick Amar, Guillaume Legent, Camille Ripoll, Michel Thellier, Judit Ovadi
- article
- BMC Biochemistry, 2013, 14 (3), pp.1-10. ⟨10.1186/1471-2091-14-3⟩
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
- titre
- Novel insights regarding the sigmoidal pattern of resistance to neomycin conferred by the aphII gene, in Streptomyces lividans.
- auteur
- Nicolas Seghezzi, Marie-Joelle Virolle, Patrick Amar
- article
- AMB Express, 2013, 3 (1), pp.13. ⟨10.1186/2191-0855-3-13⟩
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Contributions à l'étude de la dynamique des systèmes biologiques et aux systèmes de calcul en biologie synthétique
- auteur
- Patrick Amar
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud - Paris XI, 2013
- typdoc
- Habilitation à diriger des recherches
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Proceedings
- titre
- Proceedings of The Evry Spring School on advances in Systems and Synthetic Biology
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Vic Norris
- article
- EDP Sciences, pp.171, 2013, avances in Systems and Synthetic Biology, 978-2-7598-0974-5
- typdoc
- Proceedings
- Accès au bibtex
-
2012
Journal articles
- titre
- The Mimic Chain Reaction
- auteur
- Vic Norris, Alain R Thierry, Patrick Amar, Barry I Holland, Franck Molina
- article
- Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology, 2012, 22 (5), pp.335-343. ⟨10.1159/000345328⟩
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
- titre
- Chromosome Replication in Escherichia coli: Life on the Scales
- auteur
- Vic Norris, Patrick Amar
- article
- Life (Chicago, Ill. : 1978), 2012, 2 (4), pp.286-312. ⟨10.3390/life2040286⟩
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- HSIM: an hybrid stochastic simulation system for systems biology
- auteur
- Patrick Amar, Loïc Paulevé
- article
- The Third International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2012), Sep 2012, Deauville, France. pp.3 -- 21, ⟨10.1016/j.entcs.2015.04.016⟩
- typdoc
- Conference papers
- Accès au bibtex
-
- titre
- Comparative study of some methods for simulation of biochemical reactions
- auteur
- Patrick Amar
- article
- Ecole de Printemps 2012 de la Société Francophone de Biologie Théorique, Jun 2012, Saint Flour, France
- typdoc
- Conference papers
- Accès au bibtex
-
Books
- titre
- Proceedings of The 2012 Evry Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics
- auteur
- Patrick Amar, Francois Kepes, Victor Norris
- article
- P. Amar, F. Kepes, V. Norris. EDP Sciences, pp.159, 2012, 978-2-7598-0753-6
- typdoc
- Books
- Accès au bibtex
-
2011
Journal articles
- titre
- Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing
- auteur
- Vic Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben-Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto, Nicolas Glade, Patrick Greussay, Yohann Grondin, James A Foster, Guillaume Hutzler, Jürgen Jost, Francois Kepes, Olivier Michel, Franck Molina, Jacqueline Signorini, Pasquale Stano, Alain R Thierry
- article
- Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, 2011, 130 (3), pp.211-228. ⟨10.1007/s12064-010-0118-4⟩
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
- titre
- The construction of a library of synthetic promoters revealed some specific features of strong Streptomyces promoters.
- auteur
- Nicolas Seghezzi, Patrick Amar, Brian Koebmann, Peter R Jensen, Marie-Joëlle Virolle
- article
- Applied Microbiology and Biotechnology, 2011, 90 (2), pp.615-23. ⟨10.1007/s00253-010-3018-0⟩
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
- titre
- Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing
- auteur
- Victor Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin-Flaman, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto, Nicolas Glade, Patrick Greussay, Yohann Grondin, James A Foster, Guillaume Hutzler, Jürgen Jost, François Kepes, Olivier Michel, Franck Molina, Jacqueline Signorini, Pasquale Stano, Alain R. Thierry
- article
- Theory in Biosciences, 2011
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
Books
- titre
- Proceedings of the Sophia-Antipolis Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
- auteur
- Patrick Amar, François Kepes, Victor Norris
- article
- EDP Sciences, 2011, 978-2-7598-0644-7
- typdoc
- Books
- Accès au bibtex
-
2010
Journal articles
- titre
- Automatic characterization of emergent phenomena in complex systems
- auteur
- Thomas Moncion, Patrick Amar, Guillaume Hutzler
- article
- Journal of Biological Physics and Chemistry, 2010, 10, pp.16--23
- typdoc
- Journal articles
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Books
- titre
- Proceedings of the Evry Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Victor Norris
- article
- EDP Sciences, 2010, 978-2-7598-0445-7
- typdoc
- Books
- Accès au bibtex
-
2009
Books
- titre
- Proceedings of the Nice 2009 spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Gilles Bernot
- article
- EDP Sciences, pp.154, 2009, 978-2-7598-0437-5
- typdoc
- Books
- Accès au bibtex
-
2008
Journal articles
- titre
- A stochastic automaton shows how enzyme assemblies may contribute to metabolic efficiency.
- auteur
- Patrick Amar, Guillaume Legent, Michel Thellier, Camille Ripoll, Gilles Bernot, Thomas Nystrom, Milton H Saier, Vic Norris
- article
- BMC Systems Biology, 2008, 2, pp.27. ⟨10.1186/1752-0509-2-27⟩
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- From bioputing to bactoputing: computing with bacteria
- auteur
- Victor Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Pascal Ballet, Eshel Ben Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto, Nicolas Glade, Patrick Greussay, Yohann Grondin, James A. Foster, Guillaume Hutzler, François Képès, Olivier Michel, Gradimir Misevic, Franck Molina, Jacqueline Signorini, Pasquale Stano, Alain Thierry
- article
- Lille Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics, Apr 2008, Paris, France. pp.123-150
- typdoc
- Conference papers
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Books
- titre
- Proceedings of the Lille 2008 spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Bernard Vandenbunder
- article
- EDP Sciences, pp.197, 2008, 978-2-7598-0075-9
- typdoc
- Books
- Accès au bibtex
-
2007
Conference papers
- titre
- Hybolites: novel therapeutical tools based on stochastic automata
- auteur
- Victor Norris, Patrick Amar, Michel Thellier, Guillaume Legent, Armelle Cabin-Flaman, Jean-Christophe Plaquevent, Milton H Saier, Gilles Bernot, Gradimir Misevic, Camille Ripoll
- article
- modelling complex biological systems, 2007, Evry, France
- typdoc
- Conference papers
- Accès au bibtex
-
- titre
- Detection of emergent phenomena in multi-agent systems
- auteur
- Thomas Moncion, Guillaume Hutzler, Patrick Amar
- article
- Proceedings of the Evry Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics, 2007, Evry, France
- typdoc
- Conference papers
- Accès au bibtex
-
Books
- titre
- Proceedings of the Evry 2007 spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Gilles Bernot
- article
- EDP Sciences, pp.134, 2007, 978-2-7598-0019-3
- typdoc
- Books
- Accès au bibtex
-
2006
Journal articles
- titre
- Steady-state kinetic behaviour of functioning-dependent structures
- auteur
- Michel Thellier, Guillaume Legent, Patrick Amar, Vic Norris, Camille Ripoll
- article
- FEBS Journal, 2006, 273 (18), pp.4287-4299. ⟨10.1111/j.1742-4658.2006.05425.x⟩
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modelling of complex biological systems in the context of genomics: an account of a multidisciplinary thematic seminar held in Montpellier (France) in April 2005
- auteur
- Alain Thierry, François Képès, Patrick Amar, Georgia Barlovatz-Meimon, Gilles Bernot, Marie Beurton-Aimar, Marie Dutreix, Jean-Louis Giavitto, Janine Guespin, Jean-Pierre Mazat, Vic Norris, Vincent Schafter, Philippe Tracqui, Christophe Godin, Franck Molina
- article
- Journal of Biological Physics and Chemistry, 2006, 6, pp.103-107
- typdoc
- Journal articles
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Verification of Biochemical Agent-Based Models Using Petri Nets
- auteur
- Thomas Moncion, Guillaume Hutzler, Patrick Amar
- article
- International Symposium on Agent Based Modeling and Simulation (ABModSim 2006), 2006, Vianna, Austria. pp.695--700
- typdoc
- Conference papers
- Accès au bibtex
-
Books
- titre
- Proceedings of the Bordeaux spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Marie M. Beurton-Aimar, Jean-Pierre Mazat
- article
- EDP Sciences, pp.111, 2006, 978-2-7598-0014-8
- typdoc
- Books
- Accès au bibtex
-
2005
Conference papers
- titre
- Validation d'une simulation à base d'agents par l'utilisation d'un réseau de Petri
- auteur
- Thomas Moncion, Guillaume Hutzler, Patrick Amar
- article
- Systèmes multi-agents vers la conception de systèmes artificiels socio-mimétiques (JFSMA 2005), 2005, France. pp.187--190
- typdoc
- Conference papers
- Accès au bibtex
-
- titre
- Validation of an Agent Based System Using Petri Nets
- auteur
- Thomas Moncion, Guillaume Hutzler, Patrick Amar
- article
- Proceedings of the fourth international joint conference on Autonomous agents and multiagent systems, 2005, Netherlands. pp.1365--1366, ⟨10.1145/1082473.1082775⟩
- typdoc
- Conference papers
- Accès au bibtex
-
Books
- titre
- Proceedings of the Montpellier spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Franck Molina, Victor Norris
- article
- EDP Sciences, pp.176, 2005, 2-86883-947-9
- typdoc
- Books
- Accès au bibtex
-
2004
Journal articles
- titre
- questions for cell cyclists
- auteur
- Victor Norris, Patrick Amar, Gilles Bernot, Anthony Delaune, Cedric Dérue, Armelle Cabin-Flaman, Maurice Demarty, Yohann Grondin, Guillaume Legent, Chantal Monnier, Hélène Pollard, Derek Raine
- article
- Journal of Biological Physics and Chemistry, 2004
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
- titre
- HSIM: a simulation programme to study large assemblies of proteins
- auteur
- Patrick Amar, Gilles Bernot, Victor Norris
- article
- Journal of Biological Physics and Chemistry, 2004, 4, pp.124--130
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
Books
- titre
- Proceedings of the EVRY spring school on Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics
- auteur
- Patrick Amar, Jean-Paul Comet, François Képès, Victor Norris
- article
- Platypus Press, pp.210, 2004, 2-84704-0374
- typdoc
- Books
- Accès au bibtex
-
2003
Journal articles
- titre
- Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics
- auteur
- Victor Norris, Patrick Amar, Gilles Bernot, Jean-Louis Giavitto, Christophe Godin, Janine Guespin, Hélène Pollard, Philippe Tracqui, François Képès
- article
- Journal of Biological Physics and Chemistry, 2003, 3, pp.106-110
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
Books
- titre
- Proceedings of the DIEPPE spring school on Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Philippe Tracqui
- article
- Platypus Press, pp.272, 2003, 2-84704-036-6
- typdoc
- Books
- Accès au bibtex
-
2002
Journal articles
- titre
- Hyperstructures, genome analysis and I-Cells
- auteur
- Patrick Amar, Pascal Ballet, Georgia Barlovatz-Meimon, Arndt Benecke, Gilles Bernot, Yves Bouligand, Paul Bourguine, Franck Delaplace, Jean-Marc Delosme, Maurice Demarty, Itzhak Fishov, Jean Fourmentin-Guilbert, Joe Fralick, Jean-Louis Giavitto, Bernard Gleyse, Christophe Godin, Roberto. Incitti, François Képès, Catherine Lange, Lois Le Sceller, Corinne Loutellier, Franck Molina, Chantal Monnier, René Natowicz, Vic Norris, Nicole Orange, Hélène Pollard, Derek Raine, Camille Ripoll, Josette Rouviere-Yaniv, Milton Saier, Paul Soler, Pierre Tambourin, Michel Thellier, Philippe Tracqui, Dave Ussery, Jean-Claude Vincent, Jean-Pierre Vannier, Philippa Wiggins, Abdallah Zemirline, Olivier Michel
- article
- Acta Biotheoretica, 2002, 50 (4), pp.357-373. ⟨10.1023/A:1022629004589⟩
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Cellular automata, reaction-diffusion and multiagents systems for artificial cell modelling
- auteur
- Abdallah Zemirline, Pascal Ballet, Lionel Marcé, Patrick Amar, Gilles Bernot, Franck Delaplace, Jean-Louis Giavitto, Olivier Michel, Jean-Marc Delosme, Roberto Incitti, Paul Bourgine, Christophe Godin, François Képès, Philippe Tracqui, Victor Norris, Janine Guespin, Maurice Demarty, Camille Ripoll
- article
- Actes du Colloque Modélisation et simulation de processus biologiques dans le contexte de la génomique, 2002, Autrans, France. pp.257-280
- typdoc
- Conference papers
- Accès au bibtex
-
Books
- titre
- Proceedings of the AUTRANS spring school on Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics
- auteur
- Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Philippe Tracqui
- article
- , pp.294, 2002
- typdoc
- Books
- Accès au bibtex
-