Publications HAL de patrick-amar

2020

Journal articles

titre
Pandæsim: An Epidemic Spreading Stochastic Simulator
auteur
Patrick Amar
article
Biology, 2020, 9 (9), pp.299. ⟨10.3390/biology9090299⟩
typdoc
Journal articles
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titre
Biomachines For Medical Diagnosis
auteur
Francisco Santos Schneider, Amar Patrick, Asma Bahri, Julien Espeut, Mellis Alali, François Fages, Franck Molina
article
Advanced Materials Letters, 2020, 11 (4), pp.1-5. ⟨10.5185/amlett.2020.041499⟩
typdoc
Journal articles
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2018

Journal articles

titre
Computer‐aided biochemical programming of synthetic microreactors as diagnostic devices
auteur
Alexis Courbet, Patrick Amar, François Fages, Eric Renard, Franck Molina
article
Molecular Systems Biology, 2018, 14 (4), ⟨10.15252/msb.20177845⟩
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-01779791/file/msb.20177845.pdf BibTex

Conference papers

titre
Bio-calculateur booléen à base de réseaux métaboliques intégré dans une vésicule artificielle: temporisation par oscillateur enzymatique
auteur
Patrick Amar
article
Séminaire de la Société Francophone de Biologie Théorique, Jun 2018, Saint Flour, France
typdoc
Conference papers
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Proceedings

titre
advances in Systems and Synthetic Biology
auteur
Patrick Amar, François Képès, Attila Csikasz-Nagy, Vic Norris
article
Patrick Amar; François Képès; Vic Norris; Attila Csikasz-Nagy. advances in Systems and Synthetic Biology, Mar 2018, Evry, France. EDP Sciences, pp.155, 2018, 978-2-7598-2266-9
typdoc
Proceedings
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2017

Journal articles

titre
Hypothesis: Local variations in the speed of individual DNA replication forks determine the phenotype of daughter cells
auteur
Vic Norris, François Képès, Patrick Amar, Ina Koch, Laurent Janniere
article
Medical Research Archives, 2017, 5 (12), ⟨10.18103/mra.v5i12.1598⟩
typdoc
Journal articles
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Proceedings

titre
advances in Systems and Synthetic Biology
auteur
Patrick Amar, François Képès, Vic Norris
article
Patrick Amar; François Képès; Vic Norris. advances in Systems and Synthetic Biology, Mar 2017, Lyon, France. EDP Sciences, pp.173, 2017, 978-2-7598-2116-7
typdoc
Proceedings
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2016

Journal articles

titre
Cell-cell communication enhances the capacity of cell ensembles to sense shallow gradients during morphogenesis
auteur
David Ellison, Andrew Mugler, Matthew D. Brennan, Sung Hoon Lee, Robert J. Huebner, Eliah R. Shamir, Laura A. Woo, Joseph Kim, Patrick Amar, Ilya Nemenman, Andrew J. Ewald, Andre Levchenko
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016, 113 (6), pp.E679--E688. ⟨10.1073/pnas.1516503113⟩
typdoc
Journal articles
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Proceedings

titre
advances in Systems and Synthetic Biology
auteur
Patrick Amar, François Képès, Victor Norris
article
Patrick Amar; François Képès; Vic Norris. advances in Systems and Synthetic Biology, Mar 2016, Evry, France. EDP Sciences, pp.143, 2016, 978-2-7598-1971-3
typdoc
Proceedings
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2015

Journal articles

titre
Computing with Synthetic Protocells
auteur
Alexis Courbet, Franck Molina, Patrick Amar
article
Acta Biotheoretica, 2015, pp.15. ⟨10.1007/s10441-015-9258-8⟩
typdoc
Journal articles
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Conference papers

titre
Extracting logic gates from a metabolic network
auteur
Marc Bouffard, Franck Molina, Patrick Amar
article
advances in Systems and Synthetic Biology, Mar 2015, Strasbourg, France. pp.13
typdoc
Conference papers
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Proceedings

titre
advances in Systems and Synthetic Biology
auteur
Patrick Amar, Francois Kepes, Vic Norris
article
Patrick Amar, François Képès, Vic Norris. advances in Systems and Synthetic Biology, France. EDP Sciences, pp.191, 2015, avances in Systems and Synthetic Biology, 978-2-7598-1764-1
typdoc
Proceedings
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2014

Conference papers

titre
Parallel biological in silico simulation
auteur
Patrick Amar, Muriel Baillieul, Dominique Barth, Bertrand Lecun, Franck Quessette, Sandrine Vial
article
29th Intenational Symposium on Computer and Information Sciences, Oct 2014, Krakow, Poland. pp.387-394, ⟨10.1007/978-3-319-09465-6_40⟩
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Systèmes oscillants chaotiques en biologie
auteur
Patrick Amar
article
Ecole de Printemps 2014 de la Société Francophone de Biologie Théorique, Société Francophone de Biologie Théorique, May 2014, St Flour, France
typdoc
Conference papers
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Proceedings

titre
avances in Systems and Synthetic Biology
auteur
Patrick Amar, François Képès, Vic Norris
article
Patrick Amar; François Képès; Vic Norris. avances in Systems and Synthetic Biology, France. EDP Sciences, pp.173, 2014, avances in Systems and Synthetic Biology, 978-2-7598-1201-1
typdoc
Proceedings
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2013

Journal articles

titre
Sensor potency of the moonlighting enzyme-decorated cytoskeleton
auteur
Vic Norris, Patrick Amar, Guillaume Legent, Camille Ripoll, Michel Thellier, Judit Ovadi
article
BMC Biochemistry, 2013, 14 (3), pp.1-10. ⟨10.1186/1471-2091-14-3⟩
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Novel insights regarding the sigmoidal pattern of resistance to neomycin conferred by the aphII gene, in Streptomyces lividans.
auteur
Nicolas Seghezzi, Marie-Joelle Virolle, Patrick Amar
article
AMB Express, 2013, 3 (1), pp.13. ⟨10.1186/2191-0855-3-13⟩
typdoc
Journal articles
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Habilitation à diriger des recherches

titre
Contributions à l'étude de la dynamique des systèmes biologiques et aux systèmes de calcul en biologie synthétique
auteur
Patrick Amar
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud - Paris XI, 2013
typdoc
Habilitation à diriger des recherches
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https://theses.hal.science/tel-00929785/file/hdr.pdf BibTex

Proceedings

titre
Proceedings of The Evry Spring School on advances in Systems and Synthetic Biology
auteur
Patrick Amar, François Képès, Vic Norris
article
EDP Sciences, pp.171, 2013, avances in Systems and Synthetic Biology, 978-2-7598-0974-5
typdoc
Proceedings
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2012

Journal articles

titre
The Mimic Chain Reaction
auteur
Vic Norris, Alain R Thierry, Patrick Amar, Barry I Holland, Franck Molina
article
Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology, 2012, 22 (5), pp.335-343. ⟨10.1159/000345328⟩
typdoc
Journal articles
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titre
Chromosome Replication in Escherichia coli: Life on the Scales
auteur
Vic Norris, Patrick Amar
article
Life (Chicago, Ill. : 1978), 2012, 2 (4), pp.286-312. ⟨10.3390/life2040286⟩
typdoc
Journal articles
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Conference papers

titre
HSIM: an hybrid stochastic simulation system for systems biology
auteur
Patrick Amar, Loïc Paulevé
article
The Third International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2012), Sep 2012, Deauville, France. pp.3 -- 21, ⟨10.1016/j.entcs.2015.04.016⟩
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Comparative study of some methods for simulation of biochemical reactions
auteur
Patrick Amar
article
Ecole de Printemps 2012 de la Société Francophone de Biologie Théorique, Jun 2012, Saint Flour, France
typdoc
Conference papers
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Books

titre
Proceedings of The 2012 Evry Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics
auteur
Patrick Amar, Francois Kepes, Victor Norris
article
P. Amar, F. Kepes, V. Norris. EDP Sciences, pp.159, 2012, 978-2-7598-0753-6
typdoc
Books
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2011

Journal articles

titre
Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing
auteur
Vic Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben-Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto, Nicolas Glade, Patrick Greussay, Yohann Grondin, James A Foster, Guillaume Hutzler, Jürgen Jost, Francois Kepes, Olivier Michel, Franck Molina, Jacqueline Signorini, Pasquale Stano, Alain R Thierry
article
Theorie in den Biowissenschaften / Theory in Biosciences, 2011, 130 (3), pp.211-228. ⟨10.1007/s12064-010-0118-4⟩
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
The construction of a library of synthetic promoters revealed some specific features of strong Streptomyces promoters.
auteur
Nicolas Seghezzi, Patrick Amar, Brian Koebmann, Peter R Jensen, Marie-Joëlle Virolle
article
Applied Microbiology and Biotechnology, 2011, 90 (2), pp.615-23. ⟨10.1007/s00253-010-3018-0⟩
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Computing with bacterial constituents, cells and populations: from bioputing to bactoputing
auteur
Victor Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Jean Nicolas Audinot, Pascal Ballet, Eshel Ben Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Armelle Cabin-Flaman, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto, Nicolas Glade, Patrick Greussay, Yohann Grondin, James A Foster, Guillaume Hutzler, Jürgen Jost, François Kepes, Olivier Michel, Franck Molina, Jacqueline Signorini, Pasquale Stano, Alain R. Thierry
article
Theory in Biosciences, 2011
typdoc
Journal articles
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BibTex

Books

titre
Proceedings of the Sophia-Antipolis Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
auteur
Patrick Amar, François Kepes, Victor Norris
article
EDP Sciences, 2011, 978-2-7598-0644-7
typdoc
Books
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2010

Journal articles

titre
Automatic characterization of emergent phenomena in complex systems
auteur
Thomas Moncion, Patrick Amar, Guillaume Hutzler
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, 2010, 10, pp.16--23
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-00644627/file/MoncionAmarHutzler.pdf BibTex

Books

titre
Proceedings of the Evry Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
auteur
Patrick Amar, François Képès, Victor Norris
article
EDP Sciences, 2010, 978-2-7598-0445-7
typdoc
Books
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2009

Books

titre
Proceedings of the Nice 2009 spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
auteur
Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Gilles Bernot
article
EDP Sciences, pp.154, 2009, 978-2-7598-0437-5
typdoc
Books
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2008

Journal articles

titre
A stochastic automaton shows how enzyme assemblies may contribute to metabolic efficiency.
auteur
Patrick Amar, Guillaume Legent, Michel Thellier, Camille Ripoll, Gilles Bernot, Thomas Nystrom, Milton H Saier, Vic Norris
article
BMC Systems Biology, 2008, 2, pp.27. ⟨10.1186/1752-0509-2-27⟩
typdoc
Journal articles
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Conference papers

titre
From bioputing to bactoputing: computing with bacteria
auteur
Victor Norris, Abdallah Zemirline, Patrick Amar, Pascal Ballet, Eshel Ben Jacob, Gilles Bernot, Guillaume Beslon, Eric Fanchon, Jean-Louis Giavitto, Nicolas Glade, Patrick Greussay, Yohann Grondin, James A. Foster, Guillaume Hutzler, François Képès, Olivier Michel, Gradimir Misevic, Franck Molina, Jacqueline Signorini, Pasquale Stano, Alain Thierry
article
Lille Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics, Apr 2008, Paris, France. pp.123-150
typdoc
Conference papers
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https://hal.science/hal-00340470/file/Norris2008.pdf BibTex

Books

titre
Proceedings of the Lille 2008 spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
auteur
Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Bernard Vandenbunder
article
EDP Sciences, pp.197, 2008, 978-2-7598-0075-9
typdoc
Books
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2007

Conference papers

titre
Hybolites: novel therapeutical tools based on stochastic automata
auteur
Victor Norris, Patrick Amar, Michel Thellier, Guillaume Legent, Armelle Cabin-Flaman, Jean-Christophe Plaquevent, Milton H Saier, Gilles Bernot, Gradimir Misevic, Camille Ripoll
article
modelling complex biological systems, 2007, Evry, France
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Detection of emergent phenomena in multi-agent systems
auteur
Thomas Moncion, Guillaume Hutzler, Patrick Amar
article
Proceedings of the Evry Spring School on Modelling Complex Biological Systems in the Context of Genomics, 2007, Evry, France
typdoc
Conference papers
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Books

titre
Proceedings of the Evry 2007 spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
auteur
Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Gilles Bernot
article
EDP Sciences, pp.134, 2007, 978-2-7598-0019-3
typdoc
Books
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2006

Journal articles

titre
Steady-state kinetic behaviour of functioning-dependent structures
auteur
Michel Thellier, Guillaume Legent, Patrick Amar, Vic Norris, Camille Ripoll
article
FEBS Journal, 2006, 273 (18), pp.4287-4299. ⟨10.1111/j.1742-4658.2006.05425.x⟩
typdoc
Journal articles
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BibTex
titre
Modelling of complex biological systems in the context of genomics: an account of a multidisciplinary thematic seminar held in Montpellier (France) in April 2005
auteur
Alain Thierry, François Képès, Patrick Amar, Georgia Barlovatz-Meimon, Gilles Bernot, Marie Beurton-Aimar, Marie Dutreix, Jean-Louis Giavitto, Janine Guespin, Jean-Pierre Mazat, Vic Norris, Vincent Schafter, Philippe Tracqui, Christophe Godin, Franck Molina
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, 2006, 6, pp.103-107
typdoc
Journal articles
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https://inria.hal.science/hal-00830064/file/thierry06.pdf BibTex

Conference papers

titre
Verification of Biochemical Agent-Based Models Using Petri Nets
auteur
Thomas Moncion, Guillaume Hutzler, Patrick Amar
article
International Symposium on Agent Based Modeling and Simulation (ABModSim 2006), 2006, Vianna, Austria. pp.695--700
typdoc
Conference papers
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Books

titre
Proceedings of the Bordeaux spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
auteur
Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Marie M. Beurton-Aimar, Jean-Pierre Mazat
article
EDP Sciences, pp.111, 2006, 978-2-7598-0014-8
typdoc
Books
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2005

Conference papers

titre
Validation d'une simulation à base d'agents par l'utilisation d'un réseau de Petri
auteur
Thomas Moncion, Guillaume Hutzler, Patrick Amar
article
Systèmes multi-agents vers la conception de systèmes artificiels socio-mimétiques (JFSMA 2005), 2005, France. pp.187--190
typdoc
Conference papers
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BibTex
titre
Validation of an Agent Based System Using Petri Nets
auteur
Thomas Moncion, Guillaume Hutzler, Patrick Amar
article
Proceedings of the fourth international joint conference on Autonomous agents and multiagent systems, 2005, Netherlands. pp.1365--1366, ⟨10.1145/1082473.1082775⟩
typdoc
Conference papers
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Books

titre
Proceedings of the Montpellier spring school on Modelling Complex Biological Systems in the context of genomics
auteur
Patrick Amar, François Képès, Franck Molina, Victor Norris
article
EDP Sciences, pp.176, 2005, 2-86883-947-9
typdoc
Books
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2004

Journal articles

titre
questions for cell cyclists
auteur
Victor Norris, Patrick Amar, Gilles Bernot, Anthony Delaune, Cedric Dérue, Armelle Cabin-Flaman, Maurice Demarty, Yohann Grondin, Guillaume Legent, Chantal Monnier, Hélène Pollard, Derek Raine
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, 2004
typdoc
Journal articles
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titre
HSIM: a simulation programme to study large assemblies of proteins
auteur
Patrick Amar, Gilles Bernot, Victor Norris
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, 2004, 4, pp.124--130
typdoc
Journal articles
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Books

titre
Proceedings of the EVRY spring school on Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics
auteur
Patrick Amar, Jean-Paul Comet, François Képès, Victor Norris
article
Platypus Press, pp.210, 2004, 2-84704-0374
typdoc
Books
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2003

Journal articles

titre
Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics
auteur
Victor Norris, Patrick Amar, Gilles Bernot, Jean-Louis Giavitto, Christophe Godin, Janine Guespin, Hélène Pollard, Philippe Tracqui, François Képès
article
Journal of Biological Physics and Chemistry, 2003, 3, pp.106-110
typdoc
Journal articles
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Books

titre
Proceedings of the DIEPPE spring school on Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics
auteur
Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Philippe Tracqui
article
Platypus Press, pp.272, 2003, 2-84704-036-6
typdoc
Books
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2002

Journal articles

titre
Hyperstructures, genome analysis and I-Cells
auteur
Patrick Amar, Pascal Ballet, Georgia Barlovatz-Meimon, Arndt Benecke, Gilles Bernot, Yves Bouligand, Paul Bourguine, Franck Delaplace, Jean-Marc Delosme, Maurice Demarty, Itzhak Fishov, Jean Fourmentin-Guilbert, Joe Fralick, Jean-Louis Giavitto, Bernard Gleyse, Christophe Godin, Roberto. Incitti, François Képès, Catherine Lange, Lois Le Sceller, Corinne Loutellier, Franck Molina, Chantal Monnier, René Natowicz, Vic Norris, Nicole Orange, Hélène Pollard, Derek Raine, Camille Ripoll, Josette Rouviere-Yaniv, Milton Saier, Paul Soler, Pierre Tambourin, Michel Thellier, Philippe Tracqui, Dave Ussery, Jean-Claude Vincent, Jean-Pierre Vannier, Philippa Wiggins, Abdallah Zemirline, Olivier Michel
article
Acta Biotheoretica, 2002, 50 (4), pp.357-373. ⟨10.1023/A:1022629004589⟩
typdoc
Journal articles
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Conference papers

titre
Cellular automata, reaction-diffusion and multiagents systems for artificial cell modelling
auteur
Abdallah Zemirline, Pascal Ballet, Lionel Marcé, Patrick Amar, Gilles Bernot, Franck Delaplace, Jean-Louis Giavitto, Olivier Michel, Jean-Marc Delosme, Roberto Incitti, Paul Bourgine, Christophe Godin, François Képès, Philippe Tracqui, Victor Norris, Janine Guespin, Maurice Demarty, Camille Ripoll
article
Actes du Colloque Modélisation et simulation de processus biologiques dans le contexte de la génomique, 2002, Autrans, France. pp.257-280
typdoc
Conference papers
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Books

titre
Proceedings of the AUTRANS spring school on Modelling and simulation of biological processes in the context of genomics
auteur
Patrick Amar, François Képès, Victor Norris, Philippe Tracqui
article
, pp.294, 2002
typdoc
Books
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