Publications HAL du labo/EPI comix

2019

titre
Using automatic differentiation as a general framework for ptychographic reconstruction
auteur
Saugat Kandel, S. Maddali, Marc Allain, Stephan Hruszkewycz, Chris Jacobsen, Y. S. G. Nashed
article
Optics Express, Optical Society of America, 2019, 27 (13), pp.18653. ⟨10.1364/OE.27.018653⟩
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titre
Phase retrieval for Bragg coherent diffraction imaging at high x-ray energies
auteur
S. Maddali, Marc Allain, W. Cha, R. Harder, S. Park, P. Kenesei, J. Almer, Y. Nashed, S. Hruszkewycz
article
Physical Review A, American Physical Society, 2019, 99 (5), pp.053838. ⟨10.1103/PhysRevA.99.053838⟩
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titre
Impact and mitigation of angular uncertainties in Bragg coherent x-ray diffraction imaging
auteur
I. Calvo-Almazán, Marc Allain, S. Maddali, V. Chamard, S. Hruszkewycz
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2019, 9, pp.6386. ⟨10.1038/s41598-019-42797-4⟩
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titre
Joint estimation of object and probes in vectorial ptychography
auteur
Arthur Baroni, Marc Allain, Peng Li, Virginie Chamard, Patrick Ferrand
article
Optics Express, Optical Society of America, 2019, 27 (6), pp.8143. ⟨10.1364/OE.27.008143⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02059897/file/Baroni-oe-27-6-8143.pdf BibTex

2018

titre
Three-Dimensional Imaging of Phase Ordering in an Fe-Al Alloy by Bragg Ptychography
auteur
Chan Kim, Virginie Chamard, Jörg Hallmann, Thomas Roth, Wei Lu, Ulrike Boesenberg, Alexey Zozulya, Steven Leake, Anders Madsen
article
Physical Review Letters, American Physical Society, 2018, 121 (25), pp.256101. ⟨10.1103/physrevlett.121.256101⟩
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titre
Numerical study of Bragg CDI on thick polycrystalline specimens
auteur
Anders Filsøe Pedersen, Virginie Chamard, Henning Friis Poulsen
article
Optics Express, Optical Society of America, 2018, 26 (18), pp.23411-23425. ⟨10.1364/oe.26.023411⟩
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titre
A New Look on Biomineralization With X-ray Crystalline 3D Microscopy
auteur
Virginie Chamard
article
Microscopy and Microanalysis, Cambridge University Press (CUP), 2018, 24 (supp 2), pp.2-5. ⟨10.1017/S1431927618012461⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01887201/file/XRM2018-Chamard.pdf BibTex
titre
Quantitative imaging of anisotropic material properties with vectorial ptychography
auteur
Patrick Ferrand, Arthur Baroni, Marc Allain, Virginie Chamard
article
Optics Letters, Optical Society of America, 2018, 43 (4), pp.763-766. ⟨10.1364/OL.43.000763⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01653296/file/FerrandV02.pdf BibTex
titre
On the super-resolution capacity of imagers using unknown speckle illuminations
auteur
Jérôme Idier, Simon Labouesse, Marc Allain, Penghuan Liu, Sébastien Bourguignon, Anne Sentenac
article
IEEE Transactions on Computational Imaging, IEEE, 2018, 4 (1), pp.87 - 98. ⟨http://ieeexplore.ieee.org/document/8100885/⟩. ⟨10.1109/TCI.2017.2771729⟩
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BibTex
titre
Two-photon speckle illumination for super-resolution microscopy
auteur
Awoke Negash, Simon Labouesse, Patrick Chaumet, Kamal Belkebir, Hugues Giovannini, Marc Allain, Jérôme Idier, Anne Sentenac
article
Journal of the Optical Society of America. A Optics, Image Science, and Vision, Optical Society of America, 2018, 35 (6), ⟨10.1364/JOSAA.35.001028⟩
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BibTex
titre
Measuring three dimensional strain and structural defects in a single InGaAs nanowire using coherent x-ray multi-angle Bragg projection ptychography
auteur
Megan Hill, Irene Calvo-Almazan, Marc Allain, Martin Holt, Andrew Ulvestad, Julian Treu, Gregor Koblmueller, C. Huang, Xiaojing Huang, Hanfei Yan, E. Nazarestski, Yong Chu, G. Brian Stephenson, Virginie Chamard, Lincoln Lauhon, Stephan Hruszkewycz
article
Nano Letters, American Chemical Society, 2018, 18 (2), pp.811-819. ⟨10.1021/acs.nanolett.7b04024⟩
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2017

titre
Lipid Order Degradation in Autoimmune Demyelination Probed by Polarized Coherent Raman Microscopy
auteur
Paulina Gasecka, Alexandre Jaouen, Fatma-Zohra Bioud, Hilton B. de Aguiar, Julien Duboisset, Patrick Ferrand, Herve Rigneault, Naveen K. Balla, Franck Debarbieux, Sophie Brasselet
article
Biophysical Journal, Biophysical Society, 2017, 113 (7), pp.1520 - 1530. ⟨10.1016/j.bpj.2017.07.033⟩
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BibTex
titre
Noise-Corrected Principal Component Analysis of fluorescence lifetime imaging data
auteur
Alix Le Marois, Simon Labouesse, Klaus Suhling, Rainer Heintzmann
article
Journal of Biophotonics, Wiley, 2017, 10 (9), pp.1124 - 1133. ⟨10.1002/jbio.201600160⟩
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titre
Introduction to the special issue on high-resolution X-ray diffraction and imaging
auteur
Virginie Chamard, V. Holý
article
Journal of Applied Crystallography, International Union of Crystallography, 2017, 50, pp.671-672. ⟨10.1107/S1600576717007257⟩
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titre
Quantifying the polarization properties of non-depolarizing optical elements with virtual distorting elements
auteur
Xiao Wang, Feng Yang, Jiahnua Yin, Patrick Ferrand, Sophie Brasselet
article
Applied optics, Optical Society of America, 2017, 56 (10), pp.2589-2596. ⟨10.1364/AO.56.002589⟩
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titre
High-resolution three-dimensional structural microscopy by single-angle Bragg ptychography
auteur
S. O. Hruszkewycz, M. Allain, M. V. Holt, C. E. Murray, J. R. Holt, P. H. Fuoss, V. Chamard
article
Nature Materials, Nature Publishing Group, 2017, 16, pp.244-251. ⟨10.1038/nmat4798⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01252892/file/3DBPP_accepted.pdf BibTex
titre
Revealing crystalline domains in a mollusc shell single-crystalline prism
auteur
Francesca Mastropietro, Pierre Godard, Manfred Burghammer, Corinne Chevallard, Jean Daillant, Julien Duboisset, Marc Allain, Patrick Guenoun, Julius Nouet, Virginie Chamard
article
Nature Materials, Nature Publishing Group, 2017, 16, pp.946-952. ⟨10.1038/nmat4937⟩
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2016

titre
Three dimensional variable-wavelength x-ray Bragg coherent diffraction imaging
auteur
W. Cha, A. Ulvestad, Marc Allain, Virginie Chamard, R. Harder, S. Leake, J. Maser, P. H. Fuoss, S. O. Hruszkewycz
article
Physical Review Letters, American Physical Society, 2016, 117, pp.225501. ⟨10.1103/PhysRevLett.117.225501⟩
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titre
Far-field diffraction microscopy at λ/10 resolution
auteur
Ting Zhang, Charankumar Godavarthi, Patrick C. Chaumet, Guillaume Maire, Hugues Giovannini, Anne Talneau, Marc Allain, Kamal Belkebir, Anne Sentenac
article
Optica, Optical Society of America (OSA), 2016, 3 (6), pp.609-612. ⟨10.1364/OPTICA.3.000609⟩
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BibTex
titre
Improving the axial and lateral resolution of three-dimensional fluorescence microscopy using random speckle illuminations
auteur
A. Negash, S. Labouesse, Nicolas Sandeau, Marc Allain, Hugues Giovannini, Jérome Idier, Rainer Heintzmann, Patrick C. Chaumet, Kamal Belkebir, Anne Sentenac
article
Journal of the Optical Society of America. A, Optics and image science, Optical Society of America, 2016, 33, pp.1089-1094. ⟨10.1364/JOSAA.33.001089⟩
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BibTex
titre
Coupling Emitters and Silver Nanowires to Achieve Long-Range Plasmon-Mediated Fluorescence Energy Transfer
auteur
Juan de Torres, Patrick Ferrand, Gérard Colas Des Francs, Jérôme Wenger
article
ACS Nano, American Chemical Society, 2016, 10, pp.3968-3976. ⟨10.1021/acsnano.6b00287⟩
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BibTex
titre
Super-resolution photoacoustic fluctuation imaging with multiple speckle illumination
auteur
Thomas Chaigne, Jérôme Gateau, Marc Allain, Ori Katz, Anne Sentenac, Emmanuel Bossy
article
Optica, Optical Society of America (OSA), 2016, 3 (1), pp.54-57. ⟨10.1364/OPTICA.3.000054⟩
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https://arxiv.org/pdf/1508.01305 BibTex
titre
Direct imaging of molecular symmetry by coherent anti-Stokes Raman scattering
auteur
Carsten Cleff, Alicja Gasecka, Patrick Ferrand, Hervé Rigneault, Sophie Brasselet, Julien Duboisset
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2016, 7, pp.11562. ⟨10.1038/ncomms11562⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01303363/file/ncomms11562.pdf BibTex

2015

titre
Nondestructive three-dimensional imaging of crystal strain and rotations in an extended bonded semiconductor heterostructure
auteur
Anastasios I. Pateras, Marc Allain, Pierre Godard, L. Largeau, G. Patriarche, Anne Talneau, K. Pantzas, M. Burghammer, A. A. Minkevich, Virginie Chamard
article
Physical Review B : Condensed matter and materials physics, American Physical Society, 2015, 92 (20), pp.205305. ⟨10.1103/PhysRevB.92.205305⟩
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titre
Ptychography in anisotropic media
auteur
Patrick Ferrand, Marc Allain, Virginie Chamard
article
Optics Letters, Optical Society of America, 2015, 40 (22), pp.5144-5147. ⟨10.1364/OL.40.005144⟩
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titre
Efficient modeling of Bragg coherent x-ray nanobeam diffraction
auteur
S. O. Hruszkewycz, M. V. Holt, M. Allain, V. Chamard, S. M. Polvino, C. E. Murray, P. H. Fuoss
article
Optics Letters, Optical Society of America, 2015, 40 (14), pp.3241-3244. ⟨10.1364/OL.40.003241⟩
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BibTex
titre
Strain in a silicon-on-insulator nanostructure revealed by 3D x-ray Bragg ptychography
auteur
V. Chamard, M. Allain, P. Godard, A. Talneau, G. Patriarche, M. Burghammer
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2015, 5, pp.9827. ⟨10.1038/srep09827⟩
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titre
GPScan.VI: A general-purpose LabVIEW program for scanning imaging or any application requiring synchronous analog voltage generation and data acquisition
auteur
Patrick Ferrand
article
Computer Physics Communications, Elsevier, 2015, 192, pp.342. ⟨http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010465515001095⟩. ⟨10.1016/j.cpc.2015.03.010⟩
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2014

titre
Evidence of a Biological Control over Origin, Growth and End of the Calcite Prisms in the Shells of Pinctada margaritifera (Pelecypod, Pterioidea)
auteur
J.P. Cuif, Manfred Burghammer, Virginie Chamard, Y. Dauphin, Pierre Godard, Gilles Le Moullac, G. Nehrke, A. Perez-Huerta
article
Minerals, MDPI, 2014, 4, pp.815. ⟨10.3390/min4040815⟩
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2013

titre
X-ray lensless microscopy from undersampled diffraction intensities
auteur
F. Berenguer, Pierre Godard, Marc Allain, J.-M. Belloir, A. Talneau, S. Ravy, V. Chamard
article
Physical Review B : Condensed matter and materials physics, American Physical Society, 2013, 88, pp.144101-1. ⟨10.1103/PhysRevB.88.144101⟩
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titre
Ageing dynamics of ion bombardment induced self-organization processes
auteur
O. Bikondoa, D. Carbone, Virginie Chamard, T.H. Metzger
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2013, 3, pp.1850. ⟨10.1038/srep01850⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00936249/file/Bikondoa_srep01850.pdf BibTex

2012

titre
Structured illumination microscopy using unknown speckle patterns
auteur
Emeric Mudry, Kamal Belkebir, J. Girard, Julien Savatier, E. Le Moal, C. Nicoletti, Marc Allain, Anne Sentenac
article
Nature Photonics, Nature Publishing Group, 2012, 6 (5), pp.312-315. ⟨10.1038/nphoton.2012.83⟩
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BibTex
titre
Ion beam sputtered surface dynamics investigated with two-time correlation functions : a model study
auteur
O. Bikondoa, G. Carbone, Virginie Chamard, T.H. Metzger
article
Journal of Physics: Condensed Matter, IOP Publishing, 2012, 24, pp.445006. ⟨10.1088/0953-8984/24/44/445006⟩
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BibTex
titre
Noise models for low counting rate coherent diffraction imaging
auteur
Pierre Godard, Marc Allain, V. Chamard, J. Rodenburg
article
Optics Express, Optical Society of America, 2012, 20, pp.25914-25934. ⟨10.1364/OE.20.025914⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00870322/file/Godard-oe-20-23-25914.pdf BibTex

2011

titre
Imaging of highly inhomogeneous strain field in nanocrystals using x-ray Bragg ptychography: A numerical study
auteur
Pierre Godard, Marc Allain, V. Chamard
article
Physical Review B : Condensed matter and materials physics, American Physical Society, 2011, 84 (14), pp.144109. ⟨10.1103/PhysRevB.84.144109⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00649563/file/Godard.PhysRevB.84.144109.pdf BibTex
titre
Cramer-Rao analysis of steady-state and time-domain fluorescence diffuse optical imaging
auteur
Matthieu Boffety, Marc Allain, Anne Sentenac, M. Massonneau, Rémi Carminati
article
Biomedical optics express, Optical Society - SOA Publishing, 2011, pp.1626-36. ⟨10.1364/BOE.2.001626⟩
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BibTex
titre
Smooth contour coding with minimal description length active grid segmentation techniques
auteur
Frédéric Galland, Arnaud Jaegler, Marc Allain, David Savery, Philippe Réfrégier
article
Pattern Recognition Letters, Elsevier, 2011, 32 (5), pp.721-730. ⟨10.1016/j.patrec.2010.12.007⟩
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BibTex
titre
Three-dimensional high-resolution quantitative microscopy of extended crystals
auteur
Pierre Godard, G. Carbone, Marc Allain, Francesca Mastropietro, G. Chen, L. Capello, A. Diaz, T.H. Metzger, J. Stangl, Virginie Chamard
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2011, 2, pp.568. ⟨10.1038/ncomms1569⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00738278/file/Godard_ncomm_2011.pdf BibTex
titre
Coherent x-ray wavefront reconstruction of a partially illuminated Fresnel zone plate
auteur
Francesca Mastropietro, A. Diaz, D. Carbone, J. Eymery, Anne Sentenac, T.H. Metzger, Virginie Chamard, Vincent Favre-Nicolin
article
Optics Express, Optical Society of America, 2011, 19, pp.19223. ⟨10.1364/OE.19.019223⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00942432/file/Mastropietro.oe-19-20-19223.pdf BibTex