Publications HAL du labo/EPI 1006225

2023

Journal articles

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Florent Kempf, Guido Cordoni, Anne-Marie Chaussé, Rosanna Drumo, Helen Brown, et al.. Inflammatory Responses Induced by the Monophasic Variant of Salmonella Typhimurium in Pigs Play a Role in the High Shedder Phenotype and Fecal Microbiota Composition. mSystems, In press, ⟨10.1128/msystems.00852-22⟩. ⟨hal-03947262⟩
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2022

Journal articles

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Fátima Jorge, Céline Froissard, Nolwenn Dheilly, Robert Poulin. Bacterial community dynamics following antibiotic exposure in a trematode parasite. International Journal for Parasitology, 2022, 52 (5), pp.265-274. ⟨10.1016/j.ijpara.2021.11.006⟩. ⟨hal-03778892⟩
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Nolwenn Dheilly, Pierrick Lucas, Yannick Blanchard, Karyna Rosario. A World of Viruses Nested within Parasites: Unraveling Viral Diversity within Parasitic Flatworms (Platyhelminthes). Microbiology Spectrum, 2022, 10 (3), pp.e00138-22. ⟨10.1128/spectrum.00138-22⟩. ⟨hal-03778735⟩
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Peter Walker, Laurent Bigarré, Gael Kurath, Laurent Dacheux, Laurane Pallandre. Revised Taxonomy of Rhabdoviruses Infecting Fish and Marine Mammals. Animals, 2022, 12 (11), pp.1363. ⟨10.3390/ani12111363⟩. ⟨anses-03798567⟩
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Jennifer Tardiveau, Lerica Leroux-Pullen, Ronette Gehring, Gaël Touchais, Marie-Pierre Chotard, et al.. A physiologically based pharmacokinetic (PBPK) model exploring the blood-milk barrier in lactating species - A case study with oxytetracycline administered to dairy cows and goats. Food and Chemical Toxicology, 2022, 161, pp.112848. ⟨10.1016/j.fct.2022.112848⟩. ⟨hal-03615752⟩
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Gustavo Machado, Trevor Farthing, Mathieu Andraud, Francisco Paulo Nunes Lopes, Cristina Lanzas. Modelling the role of mortality‐based response triggers on the effectiveness of African swine fever control strategies. Transboundary and emerging diseases, 2022, 69 (4), pp.e532-e546. ⟨10.1111/tbed.14334⟩. ⟨anses-03815003⟩
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Pachka Hammami, Stefan Widgren, Vladimir Grosbois, Andrea Apolloni, Nicolas Rose, et al.. Complex network analysis to understand trading partnership in French swine production. PLoS ONE, 2022, 17 (4), pp.e0266457. ⟨10.1371/journal.pone.0266457⟩. ⟨hal-03652449⟩
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Jessy Le Du-Carrée, Joëlle Cabon, Lénaïg Louboutin, Thierry Morin, Morgane Danion. Changes in defense capacity to infectious hematopoietic necrosis virus (IHNv) in rainbow trout intergenerationally exposed to glyphosate. Fish and Shellfish Immunology, 2022, 122, pp.67-70. ⟨10.1016/j.fsi.2021.12.021⟩. ⟨anses-03610469⟩
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Billy Bauzile, Gabriel Sicard, Claire Guinat, Mathieu Andraud, Nicolas Rose, et al.. Unravelling direct and indirect contact patterns between duck farms in France and their association with the 2016–2017 epidemic of Highly Pathogenic Avian Influenza (H5N8). Preventive Veterinary Medicine, 2022, 198, pp.105548. ⟨10.1016/j.prevetmed.2021.105548⟩. ⟨anses-03659158⟩
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Lu Luo, Lisette E van Der Zande, Manon a Van Marwijk, Egbert Frank Knol, T. Bas Rodenburg, et al.. Impact of enrichment and repeated mixing on resilience in pigs. Frontiers in Veterinary Science, 2022, 9, ⟨10.3389/fvets.2022.829060⟩. ⟨hal-03837309⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03837309/file/Luo_2022.pdf BibTex
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Annonciade Molinet, Céline Courtillon, Maryvonne Le Men, Nadia Amenna-Bernard, Charlotte Retaux, et al.. Full-Length Genome Sequence of a Novel European Antigenic Variant Strain of Infectious Bursal Disease Virus. Microbiology Resource Announcements, 2022, 11 (7), pp.e0010222. ⟨10.1128/mra.00102-22⟩. ⟨anses-03815400⟩
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Valérie Courboulay, B. Barbier, T. Bellec, T. Bellec, T. Bellec, et al.. RHAPORC - Améliorer la relation homme animal en élevage porcin au bénéfice de l’homme et de ses animaux.. Innovations Agronomiques, 2022, 85, pp.323-334. ⟨10.17180/ciag-2022-vol85-art25⟩. ⟨hal-03784093⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03784093/file/2022_Courboulay_Innovations%2085.pdf BibTex
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Fátima Jorge, Jaelle Brealey, Paul Brindley, Marie Buysse, Cinzia Cantacessi, et al.. MIxS-SA: a MIxS extension defining the minimum information standard for sequence data from symbiont-associated micro-organisms. ISME Communications, 2022, 2 (1), pp.9. ⟨10.1038/s43705-022-00092-w⟩. ⟨hal-03701954⟩
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Benjamin Félix, Yann Sevellec, Federica Palma, Pierre Emmanuel Douarre, Arnaud Felten, et al.. A European-wide dataset to uncover adaptive traits of Listeria monocytogenes to diverse ecological niches. Scientific Data , 2022, 9 (1), pp.190. ⟨10.1038/s41597-022-01278-6⟩. ⟨anses-03665051⟩
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Juliette Dupré, Marie-Frédérique Le Potier, Damien Vitour, Grégory Caignard. Modulation de la réponse immunitaire innée par le virus de la peste porcine africaine. Virologie, 2022, 26 (5), pp.387-400. ⟨10.1684/vir.2022.0974⟩. ⟨anses-03878835⟩
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Rozenn Souillard, Jeanne Laurentie, Isabelle Kempf, Virginie Le Caër, Sophie Le Bouquin, et al.. Increasing incidence of Enterococcus-associated diseases in poultry in France over the past 15 years. Veterinary Microbiology, 2022, pp.109426. ⟨10.1016/j.vetmic.2022.109426⟩. ⟨anses-03658970⟩
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Mélanie Martignon, Christine Burel, Maryse Guinebretière, Gilbert Postollec, Didier Huonnic, et al.. Feeding behaviour of the growing rabbit fed freely or restricted, and impact on performances and digestive organs. World Rabbit Science, 2022, 30 (2), pp.119-130. ⟨10.4995/wrs.2022.14513⟩. ⟨hal-03714656⟩
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Debapriyo Chakraborty, Claire Guinat, Nicola F. Müller, Francois-Xavier Briand, Mathieu Andraud, et al.. Phylodynamic analysis of the highly pathogenic avian influenza H5N8 epidemic in France, 2016–2017. Transboundary and emerging diseases, 2022, 69 (5), pp.e1574-e1583. ⟨10.1111/tbed.14490⟩. ⟨anses-03659141⟩
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Rima El Hage, Youssef El Rayess, Laetitia Bonifait, Bassam El Hafi, Louise Baugé, et al.. A national study through a ‘Farm‐to‐fork’ Approach to determine Salmonella dissemination along with the Lebanese poultry production chain. Zoonoses and Public Health, 2022, 69 (5), pp.499-513. ⟨10.1111/zph.12939⟩. ⟨anses-03659090⟩
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Alassane Keita, Laetitia Le Devendec, Michel Amelot, Julie Puterflam, Camille Lucas, et al.. Efficacy of passive immunization in broiler chicks via an inactivated Escherichia coli autogenous vaccine administered to broiler breeder hens. Avian Pathology, 2022, 51 (5), pp.445-456. ⟨10.1080/03079457.2022.2084362⟩. ⟨hal-03700012⟩
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Charlotte Valat, Marisa Haenni, Youssef Arnaout, Antoine Drapeau, Edouard Hirchaud, et al.. F74 plasmids are major vectors of virulence genes in bovine NTEC2. Letters in Applied Microbiology, 2022, 75 (2), pp.355-362. ⟨10.1111/lam.13733⟩. ⟨anses-03715577⟩
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Isabelle Kempf, Laetitia Le Devendec, Pierrick Lucas, Céline Druilhe, Anne-Marie Pourcher. Impact of mesophilic anaerobic digestion and post-treatment of digestates on the transfer of conjugative antimicrobial resistance plasmids. Waste Management, 2022, 152, pp.1-5. ⟨10.1016/j.wasman.2022.08.002⟩. ⟨anses-03879183⟩
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Laetitia Bonifait, Hélène Marfaing, Anne Le Roux, Hervé Jaunet, Ronan Pierre, et al.. Research Note: Effect of a phlorotannin extract of the brown seaweed Ascophyllum nodosum as a potential control strategy against Campylobacter in broilers. Poultry Science, 2022, 101 (9), pp.101994. ⟨10.1016/j.psj.2022.101994⟩. ⟨anses-03799140⟩
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Anqi Wang, Xiaolei Liu, Aurélie Heckmann, Grégory Caignard, Damien Vitour, et al.. A Trichinella spiralis new born larvae-specific protein, Ts-NBL1, interacts with host’s cell vimentin. Parasitology Research, 2022, 121 (5), pp.1369-1378. ⟨10.1007/s00436-022-07479-7⟩. ⟨anses-03659181⟩
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Maarten Nauta, Declan Bolton, Matteo Crotta, Johanne Ellis-Iversen, Thomas Alter, et al.. An updated assessment of the effect of control options to reduce Campylobacter concentrations in broiler caeca on human health risk in the European Union. Microbial Risk Analysis, 2022, 21, pp.100197. ⟨10.1016/j.mran.2021.100197⟩. ⟨anses-03594995⟩
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Gissandra F. Braz, Marcos Bryan Heinemann, Jenner K.P. Reis, Bruno M. Teixeira, Juliano C.M. Cruz, et al.. Genetic and antigenic characterization of Brazilian SRLV strains: Natural small ruminant interspecies transmission from mixed herds.. Infection, Genetics and Evolution, 2022, 103, pp.105322. ⟨10.1016/j.meegid.2022.105322⟩. ⟨anses-03799030⟩
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Sophie Le Bouquin-Leneveu, Camille Lucas, Rozenn Souillard, Caroline Le Maréchal, Karine Petit, et al.. Human and animal botulism surveillance in France from 2008 to 2019. Frontiers in Public Health, 2022, 10, pp.1003917. ⟨10.3389/fpubh.2022.1003917⟩. ⟨anses-03899782⟩
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Megan Hahn, Agnes Piecyk, Fátima Jorge, Robert Cerrato, Martin Kalbe, et al.. Host phenotype and microbiome vary with infection status, parasite genotype, and parasite microbiome composition. Molecular Ecology, 2022, 31 (5), pp.1577-1594. ⟨10.1111/mec.16344⟩. ⟨hal-03778887⟩
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Aurore Fablet, Cindy Kundlacz, Juliette Dupré, Edouard Hirchaud, Lydie Postic, et al.. Comparative Virus-Host Protein Interactions of the Bluetongue Virus NS4 Virulence Factor. Viruses, 2022, 14 (2), pp.182. ⟨10.3390/v14020182⟩. ⟨anses-03659032⟩
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Noemie Gloanec, Daniel Dory, Ségolène Quesne, Véronique Béven, Typhaine Poezevara, et al.. Impact of DNA Prime/Protein Boost Vaccination against Campylobacter jejuni on Immune Responses and Gut Microbiota in Chickens. Vaccines, 2022, 10 (6), pp.981. ⟨10.3390/vaccines10060981⟩. ⟨hal-03718350⟩
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Alba Fresco-Taboada, Mercedes Montón, Istar Tapia, Elena Soria, Juan Bárcena, et al.. Development and Evaluation of a Duplex Lateral Flow Assay for the Detection and Differentiation between Rabbit Haemorrhagic Disease Virus Lagovirus europaeus/GI.1 and /GI.2. Biology, 2022, 11 (3), pp.401. ⟨10.3390/biology11030401⟩. ⟨anses-03659008⟩
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Patricia Renson, Marie-Frédérique Le Potier. La peste porcine classique (PPC) : vers de nouveaux défis. Virologie, 2022, 26 (5), pp.327-341. ⟨10.1684/vir.2022.0970⟩. ⟨anses-03878808⟩
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Julie Puterflam, Rozenn Souillard, Loïc Balaine, P. Galliot, Pierrick Lucas, et al.. Colisée - Maîtrise de la colibacillose du poulet : quelles pistes d’action ?. Innovations Agronomiques, 2022, 85, pp.83-92. ⟨10.17180/ciag-2022-vol85-art07⟩. ⟨hal-03727784⟩
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Adeline Huneau-Salaün, Axelle Scoizec, Rodolphe Thomas, Claire Martenot, Audrey Schmitz, et al.. Avian influenza outbreaks: evaluating the efficacy of cleaning and disinfection of vehicles and transport crates. Poultry Science, 2022, 101 (1), pp.101569. ⟨10.1016/j.psj.2021.101569⟩. ⟨anses-03610357⟩
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Nikolaus Huber, Mathieu Andraud, Elena Sassu, Christopher Prigge, Veit Zoche-Golob, et al.. What is a biosecurity measure? A definition proposal for animal production and linked processing operations. One Health, 2022, 15, pp.100433. ⟨10.1016/j.onehlt.2022.100433⟩. ⟨anses-03879745⟩
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Sébastien Lambert, Benoit Durand, Mathieu Andraud, Roxane Delacourt, Axelle Scoizec, et al.. Two major epidemics of highly pathogenic avian influenza virus H5N8 and H5N1 in domestic poultry in France, 2020–2022. Transboundary and emerging diseases, In press, ⟨10.1111/tbed.14722⟩. ⟨anses-03926786⟩
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Maxime Delsart, Christelle Fablet, Nicolas Rose, Jean-Michel Répérant, Radu Blaga, et al.. Descriptive Epidemiology of the Main Internal Parasites on Alternative Pig Farms in France. Journal of Parasitology, 2022, 108 (4), pp.306-321. ⟨10.1645/21-126⟩. ⟨hal-03738336⟩
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Alexandre Flageul, Chantal Allée, Céline Courtillon, Véronique Béven, Hélène Quenault, et al.. Infectious Bronchitis Coronavirus: Genome Evolution in Vaccinated and Non-Vaccinated SPF Chickens. Viruses, 2022, 14 (7), pp.1392. ⟨10.3390/v14071392⟩. ⟨anses-03799273⟩
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Brigitte Lamy, Sandrine Baron, Olivier Barraud. Aeromonas: the multifaceted middleman in the One Health world. Current Opinion in Microbiology, 2022, 65, pp.24-32. ⟨10.1016/j.mib.2021.09.012⟩. ⟨anses-03798758⟩
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Mariana Ribeiro, N. Zephyr, J.A.L. Silva, Morgane Danion, Thierry Guérin, et al.. Assessment of the mercury-selenium antagonism in rainbow trout fish. Chemosphere, 2022, 286 (Pt 2), pp.131749. ⟨10.1016/j.chemosphere.2021.131749⟩. ⟨anses-03651307⟩
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Fátima Jorge, Nolwenn Dheilly, Céline Froissard, Robert Poulin. Association between parasite microbiomes and caste development and colony structure in a social trematode. Molecular Ecology, 2022, 31 (21), pp.5608-5617. ⟨10.1111/mec.16671⟩. ⟨hal-03778762⟩
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Lénaïg Louboutin, Nolwenn Dheilly, Joëlle Cabon, Sara Picon Camacho, Aurélie Leroux, et al.. Characterization of a novel picornavirus isolated from moribund gilthead seabream ( Sparus aurata ) larvae. Journal of Fish Diseases, 2022, 45 (5), pp.707-716. ⟨10.1111/jfd.13596⟩. ⟨anses-03610448⟩
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Mathieu Andraud, Pachka Hammami, Brandon H. Hayes, Jason A. Galvis, Timothée Vergne, et al.. Modelling African swine fever virus spread in pigs using time‐respective network data: Scientific support for decision makers. Transboundary and emerging diseases, 2022, 69 (5), pp.e2132-e2144. ⟨10.1111/tbed.14550⟩. ⟨anses-03888302⟩
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https://arxiv.org/pdf/2111.13412 BibTex
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Éric Niqueux, Marion Flodrops, Chantal Allée, Marie-Odile Lebras, Isabelle Pierre, et al.. Evaluation of three hemagglutinin-based vaccines for the experimental control of a panzootic clade 2.3.4.4b A(H5N8) high pathogenicity avian influenza virus in mule ducks. Vaccine, 2022, 41 (1), pp.145-158. ⟨10.1016/j.vaccine.2022.11.012⟩. ⟨anses-03868510⟩
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Dongsheng Yang, Dick Heederik, Dik Mevius, Peter Scherpenisse, Roosmarijn E. C. Luiken, et al.. Risk factors for the abundance of antimicrobial resistance genes aph(3′)-III, erm (B) , sul2 and tet (W) in pig and broiler faeces in nine European countries. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, 2022, 77 (4), pp.969-978. ⟨10.1093/jac/dkac002⟩. ⟨anses-03659195⟩
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Virginie Michel, Jutta Berk, Nadya Bozakova, Jerine van Der Eijk, Inma Estevez, et al.. The Relationships between Damaging Behaviours and Health in Laying Hens. Animals, 2022, 12 (8), pp.986. ⟨10.3390/ani12080986⟩. ⟨anses-03641424⟩
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https://hal-anses.archives-ouvertes.fr/anses-03641424/file/Michel_Animals_2022.pdf BibTex
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Xavier Bry, Ndèye Niang, Thomas Verron, Stéphanie Bougeard. Clusterwise elastic-net regression based on a combined information criterion. Advances in Data Analysis and Classification, 2022, ⟨10.1007/s11634-021-00489-w⟩. ⟨hal-03541125⟩
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Alexandre Flageul, Celine Courtillon, Chantal Allee, Aurelie Leroux, Yannick Blanchard, et al.. Extracting turkey coronaviruses from the intestinal lumen of infected turkey embryos yields full genome data with good coverage by NGS. Avian Pathology, 2022, 51 (3), pp.291-294. ⟨10.1080/03079457.2022.2046701⟩. ⟨hal-03660708⟩
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Pauline Creach, Paul Robin, G. Amand, Alassane Keita, Cecil Nicolas, et al.. GestCO2 -Mesurage des concentrations en dioxyde de carbone en bâtiment de poulets de chair. Innovations Agronomiques, 2022, 85, pp.157-169. ⟨10.17180/ciag-2022-vol85-art12⟩. ⟨hal-03745528⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03745528/file/2022_Cr%C3%A9ach_Innovations%20Agronomiques%2085.pdf BibTex
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Camille Lucas, Sabine Delannoy, Catherine Schouler, Rozenn Souillard, Laetitia Le Devendec, et al.. Description and validation of a new set of PCR markers predictive of avian pathogenic Escherichia coli virulence. Veterinary Microbiology, 2022, 273, 7 p. ⟨10.1016/j.vetmic.2022.109530⟩. ⟨hal-03768115⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03768115/file/2022_Lucas-Vet-Microbiol-MAA.pdf BibTex
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Céline Courtillon, Chantal Allée, Michel Amelot, Alassane Keita, Stéphanie Bougeard, et al.. Blood B Cell Depletion Reflects Immunosuppression Induced by Live-Attenuated Infectious Bursal Disease Vaccines. Frontiers in Veterinary Science, 2022, 9, pp.871549. ⟨10.3389/fvets.2022.871549⟩. ⟨anses-03798831⟩
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Mishal Cohen-Rengifo, Morgane Danion, Anne-Alicia Gonzalez, Marie-Laure Bégout, Alexandre Cormier, et al.. The extensive transgenerational transcriptomic effects of ocean acidification on the olfactory epithelium of a marine fish are associated with a better viral resistance. BMC Genomics, 2022, 23 (1), pp.448. ⟨10.1186/s12864-022-08647-w⟩. ⟨hal-03718439⟩
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Frédérique Mocz, Virginie Michel, Mathilde Janvrot, Jean-Philippe Moysan, Alassane Keita, et al.. Positive Effects of Elevated Platforms and Straw Bales on the Welfare of Fast-Growing Broiler Chickens Reared at Two Different Stocking Densities. Animals, 2022, 12 (5), pp.542. ⟨10.3390/ani12050542⟩. ⟨anses-03610434⟩
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https://hal-anses.archives-ouvertes.fr/anses-03610434/file/animals-12-00542-v2.pdf BibTex
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Nathalie Rousset, Antoine Battaglia, Pascal Galliot, Marion Pertusa, Marion Ruch, et al.. Utilisation des désinfectants du couvoir au transport des animaux pour l’abattoir – bilan des pratiques et évaluation des risques pour la santé. TeMA, 2022. ⟨anses-03707456⟩
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Younes Laidoudi, Bernard Davoust, Stéphanie Watier-Grillot, Aurélie Oger, Marie-Frédérique Le Potier, et al.. Serological Survey of Aujeszky’s Disease in Wild Boar from Southeastern France. Pathogens, 2022, 11 (10), pp.1107. ⟨10.3390/pathogens11101107⟩. ⟨anses-03845126⟩
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https://hal-anses.archives-ouvertes.fr/anses-03845126/file/pathogens-11-01107.pdf BibTex
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Noura Hazime, Yanath Belguesmia, Isabelle Kempf, Alexandre Barras, Djamel Drider, et al.. Enhancing Colistin Activity against Colistin-Resistant Escherichia coli through Combination with Alginate Nanoparticles and Small Molecules. Pharmaceuticals, 2022, 15 (6), pp.682. ⟨10.3390/ph15060682⟩. ⟨hal-03689287⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03689287/file/Hazime_2022_pharmaceuticals-15-00682.pdf BibTex
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Martine Denis, Christine Ziebal, Evelyne Boscher, Sylvie Picard, Morgane Perrot, et al.. Occurrence and Diversity of Listeria monocytogenes Isolated from Two Pig Manure Treatment Plants in France. Microbes and environments / JSME, 2022, 37 (4), pp.ME22019. ⟨10.1264/jsme2.ME22019⟩. ⟨anses-03855051⟩
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Marianne Chemaly. Comment lutter contre les cinq principales bactéries responsables des intoxications alimentaires en France. The Conversation, 2022. ⟨anses-03814654⟩
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https://hal-anses.archives-ouvertes.fr/anses-03814654/file/Comment%20lutter%20contre%20les%20cinq%20principales%20bact%C3%A9ries%20responsables%20des%20intoxications%20alimentaires%20en%20France.pdf BibTex
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Jens H Kuhn, Scott Adkins, Sergey V Alkhovsky, Tatjana Avšič-Županc, María A Ayllón, et al.. 2022 taxonomic update of phylum Negarnaviricota (Riboviria: Orthornavirae), including the large orders Bunyavirales and Mononegavirales. Archives of Virology, 2022, 167 (12), pp.2857 - 2906. ⟨10.1007/s00705-022-05546-z⟩. ⟨pasteur-03908704⟩
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Luis G. Salazar, Nicolas Rose, Brandon Hayes, Pachka Hammami, Eric Baubet, et al.. Effects of habitat fragmentation and hunting activities on African swine fever dynamics among wild boar populations. Preventive Veterinary Medicine, 2022, 208, pp.105750. ⟨10.1016/j.prevetmed.2022.105750⟩. ⟨anses-03879845⟩
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https://hal-anses.archives-ouvertes.fr/anses-03879845/file/Salazar_Prev%20Vet%20Med_2022.pdf BibTex
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Djamel Drider, Rabah Boukherroub, Laetitia Le Devendec, Yanath Belguesmia, Noura Hazime, et al.. Impact of colistin and colistin-loaded on alginate nanoparticles on pigs infected with a colistin-resistant enterotoxigenic Escherichia coli strain. Veterinary Microbiology, 2022, 266, pp.109359. ⟨10.1016/j.vetmic.2022.109359⟩. ⟨hal-03561670⟩
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https://hal.science/hal-03561670/file/Impact%20of%20colistin%20and%20colistin-loaded%20on%20alginate%20nanoparticles%20on%20pigs%20infected%20with%20a%20colistin-resistant%20enterotoxigenic%20Escherichia%20coli%20strain.pdf BibTex
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Maryse Guinebretière, Julie Puterflam, Alassane Keïta, Sophie Réhault-Godbert, Rodolphe Thomas, et al.. Storage Temperature or Thermal Treatments During Long Egg Storage Duration Influences Hatching Performance and Chick Quality. Frontiers in Physiology, 2022, 13, pp.852733. ⟨10.3389/fphys.2022.852733⟩. ⟨hal-03596886⟩
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Laure Bellec, Jessy Le Du-Carré, Fabrice Almeras, Lucile Durand, Marie-Anne Cambon-Bonavita, et al.. Glyphosate-based herbicide exposure: effects on gill microbiota of rainbow trout ( Oncorhynchus mykiss ) and the aquatic bacterial ecosystem. FEMS Microbiology Ecology, 2022, 98 (8), ⟨10.1093/femsec/fiac076⟩. ⟨anses-03790870⟩
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Conference papers

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Adeline Huneau-Salaün, Tapie Isabelle, Tribéhou Guillaume, Marie-Bénédicte Peyrat, Sophie Lebouquin-Leneveu. How are laying hen farms contaminated by Salmonella? Useful insights from official epidemiological surveys in outbreaks in France. International Symposium Salmonella and Salmonellosis, Jun 2022, Saint-Malo, France. pp.87. ⟨hal-03845591⟩
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Sandrine Baron, Laetitia Le Devendec, Eric Jouy, Isabelle Kempf, Claire Chauvin, et al.. Surveillance de la résistance bactérienne aux antibiotiques en pisciculture d’eau douce : les spécificités. 7èmes Journées de la Recherche Piscicole, Jul 2022, Paris, France. ⟨anses-03889023⟩
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Annonciade Molinet, Céline Courtillon, Michel Amelot, Alassane Keita, Béatrice Grasland, et al.. Can machine learning models help us with pathotyping infectious bursal disease virus strains?. Journées Scientifiques et Doctorales de l'ANSES (JSDA) 2022, Oct 2022, Maisons-Alfort, France. ⟨anses-03855772⟩
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Alexandra Rahmani, Leila Parizadeh, Marine Baud, Yoannah François, Yannick Fleury, et al.. Evaluation de l’effet probiotique potentiel de souches marines du genre Pseudoalteromonas chez des bars européens imprégnés puis infectés expérimentalement avec Vibrio harveyi. 7. Journées de la Filière Piscicole (JRFP), Jul 2022, Paris, France. ⟨anses-03845226⟩
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Claire Yvon, Pierre-Emmanuel Douarre, Vincent Leclerc, Jean-Charles Leblanc, Laetitia Bonifait, et al.. Study of the genomic diversity of Salmonella Agona in France: a persistent serotype?. International Symposium Salmonella and Salmonellosis, Jun 2022, Saint-Malo, France. pp.149. ⟨hal-03845732⟩
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Sandrine Baron, Emeline Larvor, Héloïse Duprey, Aurélien Tocqueville, Matthieu Gaumé, et al.. RESIST3A – Suivi longitudinal de l’antibiorésistance sur un bassin versant : premiers résultats. 7èmes Journées de la Recherche Piscicole, Jul 2022, Paris, France. ⟨anses-03889013⟩
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Vianney Sicard, Mathieu Andraud, Sébastien Picault. Coupling spatial and temporal structure in batch rearing modeling for understanding the spread of the swine influenza A virus. Annual Conference of the Society for Veterinary Epidemiology and Preventive Medicine (SVEPM), Mar 2022, Belfast, United Kingdom. pp.177-187. ⟨hal-03790020⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03790020/file/SVEPM_vs_final.pdf BibTex
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Berthelot Marianne, Andrade Ariane, Marie-Madeleine Mialon, Blandine Gausserès, Gilles Foucras, et al.. Adaptation des chevrettes au sevrage (changement d'alimentation et d'environnement) : réponses physiologiques et comportementales. 26. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants (3R 2022), Idele; INRAE, Dec 2022, Paris, France. pp.à venir. ⟨hal-03924634⟩
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Marine Baud, L. Montacq, Stéphane Bertagnoli, Laurent Bigarré, Amélie Charrier, et al.. Etude épidémiologique de la maladie du sommeil de la carpe en France. 7èmes Journées de la Recherche Filière Piscicole (JRFP), Jul 2022, Paris, France. ⟨anses-03889081⟩
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Jonathan D’ambrosio, Mathieu Besson, Anastasia Bestin, Jean-Sébastien Bruant, Aline Bajek, et al.. Réduction du coût de la sélection génomique par utilisation de panels à plus faible densité de marqueurs chez le bar et la daurade. 7. Journées de la Recherche Piscicole, Jul 2022, Paris, France. ⟨anses-03889117⟩
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Laetitia Bonifait, Amandine Thépault, Louise Baugé, Markwitz Blandine, Bris Valérie, et al.. Salmonella kedougou, from feed to poultry farms using wgs. International Symposium Salmonella and Salmonellosis, Jun 2022, Saint-Malo, France. pp.40. ⟨hal-03845328⟩
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Valerie Courboulay, Christine Filliat, Marie Lefrançois, Armelle Prunier, Céline Tallet, et al.. Evaluation de protocoles associant tranquillisation, analgésie et anesthésie lors de la castration des porcelets. 54. Journées de la recherche porcine, Feb 2022, En ligne, France. pp.275-280. ⟨hal-03621544⟩
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Laura Warin, Maryse Guinebretière, Lucille Bellegarde, Sophie Brajon, Françoise Burgaud, et al.. What are the behavioural needs of the Gallus gallus species?. 14. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie gras, Mar 2022, Tours, France. ⟨hal-03797364⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03797364/file/JRA-2022-Besoins-poulet.pdf BibTex
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Lise Frézal, Guido Bloemberg, Laura Villa, Laetitia Bonifait, Sabrina Cadel-Six, et al.. The Whole-Genome Based Population Analysis of Salmonella Enterica Serovar Napoli. International Symposium Salmonella and Salmonellosis, Jun 2022, Saint-Malo, France. pp.148. ⟨hal-03845464⟩
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Pauline Kooh, Moez Sanaa, Mickaël Boni, Stéphanie Bougeard, Bernard Caron, et al.. Control of Salmonella in Powdered Infant Formula. International Symposium Salmonella and Salmonellosis, Jun 2022, Saint-Malo, France. pp.90. ⟨hal-03845650⟩
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Pachka Hammami, Stefan Widgren, Vladimir Grosbois, Andrea Apolloni, Nicolas Rose, et al.. Propagation du virus de l'hépatite E de la case à la filière : analyse de réseaux complexes et modélisation. 54. Journées de la Recherche Porcine, Feb 2022, en ligne, France. pp.339-344. ⟨anses-03845204⟩
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Florent Kempf, Guido Cordoni, Anne-Marie Chaussé, Rosanna Drumo, Helen Brown, et al.. Salmonella in pigs: impact on faecal microbiota related to the immune response. International Symposium Salmonella and Salmonellosis, Jun 2022, Saint-Malo, France. ⟨hal-03729344⟩
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Bertrand Méda, Maryse Guinebretière, Cécile Berri, Sandrine Mignon-Grasteau, Jean-Philippe Moysan, et al.. Effets souche et densité sur les performances et la qualité de viande de poulets élevés avec lumière naturelle et enrichissements. 14. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2022, Tours, France. ⟨hal-03601335⟩
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Sandrine Mignon-Grasteau, Laura Warin, Léa Mabille, Bertrand Méda, Elisabeth Le Bihan-Duval, et al.. Effet de la souche et de la densité sur le comportement et la santé du poulet de chair élevé en lumière naturelle avec des enrichissements. 14. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2022, Tours, France. ⟨hal-03601317⟩
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Laure Augendre, Sandie Escotte-Binet, Dominique Aubert, Anne Silvestre, Jean-Michel Répérant, et al.. Évaluation des parasites protozoaires Eimeria spp. comme modèles d’étude de l’inactivation des oocystes de Toxoplasma gondii. Congrès annuel de la Société Française de Parasitologie et de la société française de Mycologie Médicale (SFP-SFMM) - 2022, SFP - SFMM, Jun 2022, Rouen, France. ⟨hal-03736719⟩
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Noemie Gloanec, Muriel Guyard-Nicodème, Raphael Brunetti, Ségolène Quesne, Véronique Béven, et al.. Immune responses and caecal microbiota composition in response to Campylobacter vaccination in poultry: 3 years of thesis in 3 minutes. Journées Scientifiques et Doctorales de l'ANSES (JSDA) 2022, Oct 2022, Maisons-Alfort, France. ⟨anses-03855729⟩
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Vianney Sicard, Mathieu Andraud, Sébastien Picault. A declarative modelling language for the design of complex structured agent-based epidemiological models. 20th International Conference on Practical Applications of Agents and Multi-Agent Systems (PAAMS), Jul 2022, L'Aquila, Italy. ⟨hal-03790017⟩
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Elsa Jourdain, Xavier Lafarge, Pierre-Edouard Fournier, Magali Perroquin, David Abrial, et al.. Seroprevalence of Q fever among blood donors and screening for Coxiella burnetii DNA in environmental dust in a French conurbation recently confronted to clustered human cases. ESCCAR International congress on Rickettsiae and 9th Meeting of the European Society for Chlamydia Research (ESCR), American Rickettsia Society; European Society for Chlamydia Research; European Society on intracellular bacteria (ESCCAR), Aug 2022, Lausanne, Switzerland. ⟨hal-03757385⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03757385/file/Jourdain_ESCCAR_EXPAIRCOX_Sero_2022-08-26.pdf BibTex
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Maryse Guinebretière, Laura Warin, Léa Mabille, Jean-Philippe Moysan, Bertrand Méda, et al.. Effect of genotype and stocking density on behavior and health of broiler chickens. 26. World's Poultry Congress, Aug 2022, Paris, France. pp.538. ⟨hal-03752615⟩
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Book sections

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Rémi Pereira de Oliveira, Laurence Vial, Marie-Frédérique Le Potier. Quantification of ASFV DNA and RNA in Ornithodoros Soft Ticks. African Swine Fever Virus, 2503, Springer US, pp.105-118, 2022, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-2332-9. ⟨10.1007/978-1-0716-2333-6_7⟩. ⟨hal-03745840⟩
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Poster communications

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Bertrand Méda, Maryse Guinebretière, Cécile Berri, Sandrine Mignon-Grasteau, Jean-Philippe Moysan, et al.. Influence of strain and stocking density on performances and meat quality of broilers reared with enrichments and natural light. 26. World's Poultry Congress, Aug 2022, Paris, France. pp.60. ⟨hal-03752633⟩
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Laetitia Bonifait, Amandine Thépault, Louise Baugé, Ariane Payne, Annaëlle Kerouanton, et al.. Detection and characterization of Salmonella spp. in wildlife in France. International Symposium Salmonella and Salmonellosis, Jun 2022, Saint-Malo, France. , pp.65, 2022, International Symposium Salmonella and Salmonellosis - I3S - 2022. ⟨hal-03845367⟩
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Pauline Kooh, Moez Sanaa, M. Boni, Stephanie Bougeard, Bernard Caron, et al.. Control of Salmonella and Cronobacter spp. in powdered infant formula. FoodMicro2022, Aug 2022, Athene, Greece. . ⟨anses-03903055⟩
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Vianney Sicard, Mathieu Andraud, Sébastien Picault. Modéliser la propagation et la maîtrise de maladies dans les élevages fortement structurés : application à la conduite en bandes. Journées d'Animation Scientifique du Département de Santé Animale (JAS), Oct 2022, Anglet, France. pp.P.07, Journées d'Animation Scientifique du Département de Santé Animale (JAS). ⟨hal-03841995⟩
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Manon Delaplace, Hélène Huet, Gambino Adèle, Chantal Allee, Paul Brown, et al.. Role des cyclophilines dans le cycle des Coronavirus. Journées Scientifiques et Doctorales de l'ANSES (JSDA) 2022, Oct 2022, Maisons-Alfort, France. ⟨anses-03856075⟩
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Muriel Guyard-Nicodème, Marc Tabouret, Adeline Huneau-Salaün, Louise Baugé, Ségolène Quesne, et al.. Les poly-élevages volailles-bovins : des élevages à risques pour la présence et la circulation de Campylobacter et Salmonella ?. Journées Scientifiques et Doctorales de l'ANSES (JSDA) 2022, Oct 2022, Maisons-Alfort, France. ⟨anses-03856028⟩
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Guy Kouokam, Benoit Croisé, Mireille Le Dimna, Patricia Renson, Marie-Frédérique Le Potier, et al.. Développement d’un test de diagnostic sérologique différentiel des infections à Pestivirus. Journées Scientifiques et Doctorales de l'ANSES (JSDA) 2022, Oct 2022, Maisons-Alfort, France. ⟨anses-03855829⟩
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Bruno Meunier, L. Deschrevel, Quentin Delahaye, Christian Boisseau, Marianne Berthelot, et al.. Mesure automatique et continue de la durée et de la fréquence d’utilisation de quatre modèles de brosse par des chèvres laitières. 26. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants (3R 2022), Dec 2022, Paris, France. ⟨hal-03927210⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03927210/file/MesureAutoBrossageChevre_3R_2022_BrunoMeunier.pdf BibTex
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Alexandre Poissonnet, Isabelle Corrégé, Claire Chauvin, Anne Hémonic. Panel INAPORC, suivi des usages d'antibiotiques en élevage de porcs en France entre 2010, 2016 et 2019. 54es Journées de la Recherche Porcine, Feb 2022, en ligne, France. Ifip, Journées de la Recherche Porcine, 54, 54es Journées de la Recherche Porcine. ⟨hal-03752758⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03752758/file/s10.pdf BibTex
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Maud Contrant, Cécilia Bernard, Lionel Bigault, Christelle Fablet, Valérie Normand, et al.. Description du premier cas d’identification d’un nouveau circovirus porcin, le PCV3, en France. 54. Journées de la Recherche Porcine, Feb 2022, en ligne, France. Ifip; Inrae, Journées de la Recherche Porcine, pp.407-408. ⟨anses-03831021⟩
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Christophe Plantamp, Laetitia Caddoux, Pierrick Lucas, Fabrice Touzain, Yannick Blanchard, et al.. Projet QUANTALL : QUANTification haut débit d’ALLèles liés à la résistance des bioagresseurs aux produits de protection des plantes. Journées Scientifiques et Doctorales de l'ANSES (JSDA) 2022, Oct 2022, Maisons-Alfort, France. ⟨anses-03855874⟩
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Laetitia Le Devendec, Maï-Lan Tran, Emeline Larvor, Patrick Fach, Isabelle Kempf, et al.. Détection de E. coli de sensibilité réduite aux carbapénèmes dans l’environnement. Journées Scientifiques et Doctorales de l'ANSES (JSDA) 2022, Oct 2022, Maisons-Alfort, France. ⟨anses-03855915⟩
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