Publications HAL du labo/EPI 1006225

2022

Journal articles

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Aurore Fablet, Cindy Kundlacz, Juliette Dupré, Edouard Hirchaud, Lydie Postic, et al.. Comparative Virus-Host Protein Interactions of the Bluetongue Virus NS4 Virulence Factor. Viruses, MDPI, 2022, 14 (2), pp.182. ⟨10.3390/v14020182⟩. ⟨anses-03659032⟩
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Jessy Le Du-Carrée, Joëlle Cabon, Lénaïg Louboutin, Thierry Morin, Morgane Danion. Changes in defense capacity to infectious hematopoietic necrosis virus (IHNv) in rainbow trout intergenerationally exposed to glyphosate. Fish and Shellfish Immunology, Elsevier, 2022, 122, pp.67-70. ⟨10.1016/j.fsi.2021.12.021⟩. ⟨anses-03610469⟩
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Jennifer Tardiveau, Lerica Leroux-Pullen, Ronette Gehring, Gaël Touchais, Marie-Pierre Chotard, et al.. A physiologically based pharmacokinetic (PBPK) model exploring the blood-milk barrier in lactating species - A case study with oxytetracycline administered to dairy cows and goats. Food and Chemical Toxicology, Elsevier, 2022, 161, pp.112848. ⟨10.1016/j.fct.2022.112848⟩. ⟨hal-03615752⟩
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Billy Bauzile, Gabriel Sicard, Claire Guinat, Mathieu Andraud, Nicolas Rose, et al.. Unravelling direct and indirect contact patterns between duck farms in France and their association with the 2016–2017 epidemic of Highly Pathogenic Avian Influenza (H5N8). Preventive Veterinary Medicine, 2022, 198, pp.105548. ⟨10.1016/j.prevetmed.2021.105548⟩. ⟨anses-03659158⟩
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Pachka Hammami, Stefan Widgren, Vladimir Grosbois, Andrea Apolloni, Nicolas Rose, et al.. Complex network analysis to understand trading partnership in French swine production. PLoS ONE, Public Library of Science, 2022, 17 (4), pp.e0266457. ⟨10.1371/journal.pone.0266457⟩. ⟨hal-03652449⟩
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Alassane Keita, Laetitia Le Devendec, Michel Amelot, Julie Puterflam, Camille Lucas, et al.. Efficacy of passive immunization in broiler chicks via an inactivated Escherichia coli autogenous vaccine administered to broiler breeder hens. Avian Pathology, Taylor & Francis, In press, 25 p. ⟨10.1080/03079457.2022.2084362⟩. ⟨hal-03700012⟩
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Debapriyo Chakraborty, Claire Guinat, Nicola Müller, Francois-Xavier Briand, Mathieu Andraud, et al.. Phylodynamic analysis of the highly pathogenic avian influenza H5N8 epidemic in France, 2016–2017. Transboundary and emerging diseases, Wiley-Blackwell, In press, ⟨10.1111/tbed.14490⟩. ⟨anses-03659141⟩
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Rima El Hage, Youssef El Rayess, Laetitia Bonifait, Bassam El Hafi, Louise Baugé, et al.. A national study through a ‘Farm‐to‐fork’ Approach to determine Salmonella dissemination along with the Lebanese poultry production chain. Zoonoses and Public Health, Wiley, In press, ⟨10.1111/zph.12939⟩. ⟨anses-03659090⟩
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Benjamin Félix, Yann Sevellec, Federica Palma, Pierre Emmanuel Douarre, Arnaud Felten, et al.. A European-wide dataset to uncover adaptive traits of Listeria monocytogenes to diverse ecological niches. Scientific Data , Nature Publishing Group, 2022, 9 (1), pp.190. ⟨10.1038/s41597-022-01278-6⟩. ⟨anses-03665051⟩
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Charlotte Valat, Marisa Haenni, Youssef Arnaout, Antoine Drapeau, Edouard Hirchaud, et al.. F74 plasmids are major vectors of virulence genes in bovine NTEC2. Letters in Applied Microbiology, Wiley, In press, ⟨10.1111/lam.13733⟩. ⟨anses-03715577⟩
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Fátima Jorge, Jaelle Brealey, Paul Brindley, Marie Buysse, Cinzia Cantacessi, et al.. MIxS-SA: a MIxS extension defining the minimum information standard for sequence data from symbiont-associated micro-organisms. ISME Communications, Springer Nature, 2022, 2 (1), pp.9. ⟨10.1038/s43705-022-00092-w⟩. ⟨hal-03701954⟩
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Rozenn Souillard, Jeanne Laurentie, Isabelle Kempf, Virginie Le Caër, Sophie Le Bouquin, et al.. Increasing incidence of Enterococcus-associated diseases in poultry in France over the past 15 years. Veterinary Microbiology, Elsevier, 2022, pp.109426. ⟨10.1016/j.vetmic.2022.109426⟩. ⟨anses-03658970⟩
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Anqi Wang, Xiaolei Liu, Aurélie Heckmann, Grégory Caignard, Damien Vitour, et al.. A Trichinella spiralis new born larvae-specific protein, Ts-NBL1, interacts with host’s cell vimentin. Parasitology Research, Springer Verlag (Germany), 2022, 121 (5), pp.1369-1378. ⟨10.1007/s00436-022-07479-7⟩. ⟨anses-03659181⟩
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Maarten Nauta, Declan Bolton, Matteo Crotta, Johanne Ellis-Iversen, Thomas Alter, et al.. An updated assessment of the effect of control options to reduce Campylobacter concentrations in broiler caeca on human health risk in the European Union. Microbial Risk Analysis, 2022, 21, pp.100197. ⟨10.1016/j.mran.2021.100197⟩. ⟨anses-03594995⟩
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Maxime Delsart, Christelle Fablet, Nicolas Rose, Jean-Michel Répérant, Radu Blaga, et al.. Descriptive Epidemiology of the Main Internal Parasites on Alternative Pig Farms in France. Journal of Parasitology, American Society of Parasitologists, 2022, 108 (4), pp.306-321. ⟨10.1645/21-126⟩. ⟨hal-03738336⟩
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Alba Fresco-Taboada, Mercedes Montón, Istar Tapia, Elena Soria, Juan Bárcena, et al.. Development and Evaluation of a Duplex Lateral Flow Assay for the Detection and Differentiation between Rabbit Haemorrhagic Disease Virus Lagovirus europaeus/GI.1 and /GI.2. Biology, MDPI 2022, 11 (3), pp.401. ⟨10.3390/biology11030401⟩. ⟨anses-03659008⟩
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Adeline Huneau-Salaün, Axelle Scoizec, Rodolphe Thomas, Claire Martenot, Audrey Schmitz, et al.. Avian influenza outbreaks: evaluating the efficacy of cleaning and disinfection of vehicles and transport crates. Poultry Science, 2022, 101 (1), pp.101569. ⟨10.1016/j.psj.2021.101569⟩. ⟨anses-03610357⟩
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Lénaïg Louboutin, Nolwenn Dheilly, Joëlle Cabon, Sara Picon Camacho, Aurélie Leroux, et al.. Characterization of a novel picornavirus isolated from moribund gilthead seabream ( Sparus aurata ) larvae. Journal of Fish Diseases, Wiley, 2022, ⟨10.1111/jfd.13596⟩. ⟨anses-03610448⟩
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Maëline Ribeiro, N. Zephyr, J.A.L. Silva, Morgane Danion, Thierry Guérin, et al.. Assessment of the mercury-selenium antagonism in rainbow trout fish. Chemosphere, Elsevier, 2022, 286 (Pt 2), pp.131749. ⟨10.1016/j.chemosphere.2021.131749⟩. ⟨anses-03651307⟩
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Alexandre Flageul, Celine Courtillon, Chantal Allee, Aurelie Leroux, Yannick Blanchard, et al.. Extracting turkey coronaviruses from the intestinal lumen of infected turkey embryos yields full genome data with good coverage by NGS. Avian Pathology, Taylor & Francis, 2022, ⟨10.1080/03079457.2022.2046701⟩. ⟨hal-03660708⟩
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Dongsheng Yang, Dick Heederik, Dik Mevius, Peter Scherpenisse, Roosmarijn Luiken, et al.. Risk factors for the abundance of antimicrobial resistance genes aph(3′)-III, erm (B) , sul2 and tet (W) in pig and broiler faeces in nine European countries. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, Oxford University Press (OUP), 2022, 77 (4), pp.969-978. ⟨10.1093/jac/dkac002⟩. ⟨anses-03659195⟩
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Mishal Cohen-Rengifo, Morgane Danion, Anne-Alicia Gonzalez, Marie-Laure Begout, Alexandre Cormier, et al.. The extensive transgenerational transcriptomic effects of ocean acidification on the olfactory epithelium of a marine fish are associated with a better viral resistance. Bmc Genomics, 2022, 23 (1), pp.448. ⟨10.1186/s12864-022-08647-w⟩. ⟨hal-03718439⟩
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Virginie Michel, Jutta Berk, Nadya Bozakova, Jerine van Der Eijk, Inma Estevez, et al.. The Relationships between Damaging Behaviours and Health in Laying Hens. Animals, MDPI, 2022, 12 (8), pp.986. ⟨10.3390/ani12080986⟩. ⟨anses-03641424⟩
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Frédérique Mocz, Virginie Michel, Mathilde Janvrot, Jean-Philippe Moysan, Alassane Keita, et al.. Positive Effects of Elevated Platforms and Straw Bales on the Welfare of Fast-Growing Broiler Chickens Reared at Two Different Stocking Densities. Animals, MDPI, 2022, 12 (5), pp.542. ⟨10.3390/ani12050542⟩. ⟨anses-03610434⟩
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Xavier Bry, Ndèye Niang, Thomas Verron, Stéphanie Bougeard. Clusterwise elastic-net regression based on a combined information criterion. Advances in Data Analysis and Classification, Springer Verlag, 2022, ⟨10.1007/s11634-021-00489-w⟩. ⟨hal-03541125⟩
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Maryse Guinebretière, Julie Puterflam, Alassane Keïta, Sophie Réhault-Godbert, Rodolphe Thomas, et al.. Storage Temperature or Thermal Treatments During Long Egg Storage Duration Influences Hatching Performance and Chick Quality. Frontiers in Physiology, Frontiers, 2022, 13, pp.852733. ⟨10.3389/fphys.2022.852733⟩. ⟨hal-03596886⟩
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Djamel Drider, Rabah Boukherroub, Laetitia Le Devendec, Yanath Belguesmia, Noura Hazime, et al.. Impact of colistin and colistin-loaded on alginate nanoparticles on pigs infected with a colistin-resistant enterotoxigenic Escherichia coli strain. Veterinary Microbiology, Elsevier, 2022, 266, pp.109359. ⟨10.1016/j.vetmic.2022.109359⟩. ⟨hal-03561670⟩
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Noura Hazime, Yanath Belguesmia, Isabelle Kempf, Alexandre Barras, Djamel Drider, et al.. Enhancing Colistin Activity against Colistin-Resistant Escherichia coli through Combination with Alginate Nanoparticles and Small Molecules. Pharmaceuticals, MDPI, 2022, 15 (6), pp.682. ⟨10.3390/ph15060682⟩. ⟨hal-03689287⟩
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Nathalie Rousset, Antoine Battaglia, Pascal Galliot, Marion Pertusa, Marion Ruch, et al.. Utilisation des désinfectants du couvoir au transport des animaux pour l’abattoir – bilan des pratiques et évaluation des risques pour la santé. TeMA, 2022. ⟨anses-03707456⟩
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Conference papers

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Valerie Courboulay, Christine Filliat, Marie Lefrançois, Armelle Prunier, Céline Tallet, et al.. Evaluation de protocoles associant tranquillisation, analgésie et anesthésie lors de la castration des porcelets. 54. Journées de la recherche porcine, Feb 2022, En ligne, France. pp.275-280. ⟨hal-03621544⟩
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Florent Kempf, Guido Cordoni, Anne-Marie Chaussé, Rosanna Drumo, Helen Brown, et al.. Salmonella in pigs: impact on faecal microbiota related to the immune response. International Symposium Salmonella and Salmonellosis, Jun 2022, Saint-Malo, France. ⟨hal-03729344⟩
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Bertrand Méda, Maryse Guinebretière, Cécile Berri, Sandrine Mignon-Grasteau, Jean-Philippe Moysan, et al.. Effets souche et densité sur les performances et la qualité de viande de poulets élevés avec lumière naturelle et enrichissements. 14. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2022, Tours, France. ⟨hal-03601335⟩
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Sandrine Mignon-Grasteau, Laura Warin, Léa Mabille, Bertrand Méda, Elisabeth Le Bihan-Duval, et al.. Effet de la souche et de la densité sur le comportement et la santé du poulet de chair élevé en lumière naturelle avec des enrichissements. 14. Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras, Mar 2022, Tours, France. ⟨hal-03601317⟩
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Book sections

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Rémi Pereira de Oliveira, Laurence Vial, Marie-Frédérique Le Potier. Quantification of ASFV DNA and RNA in Ornithodoros Soft Ticks. African Swine Fever Virus, 2503, Springer US, pp.105-118, 2022, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-2333-6_7⟩. ⟨hal-03745840⟩
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Poster communications

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Annonciade Molinet, Céline Courtillon, Pierrick Lucas, Edouard Hirchaud, Michel Amelot, et al.. Impact du pathotype du virus de la bursite infectieuse aviaire sur l’activité transcriptionnelle in vivo des cellules de la bourse de Fabricius infectées. XXIVes Journées Francophones de Virologie, Apr 2022, Strasbourg, France. John Libbey Eurotext, Virologie, 26 (2), pp.160. ⟨anses-03684706⟩
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2021

Journal articles

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Liliana Cubas-Gaona, Alexandre Flageul, Céline Courtillon, Francois-Xavier Briand, Maud Contrant, et al.. Genome Evolution of Two Genetically Homogeneous Infectious Bursal Disease Virus Strains During Passages in vitro and ex vivo in the Presence of a Mutagenic Nucleoside Analog. Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2021, 12, pp.678563. ⟨10.3389/fmicb.2021.678563⟩. ⟨anses-03455514⟩
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Brandon Hayes, Mathieu Andraud, Luis G. Salazar, Nicolas Rose, Timothée Vergne. Mechanistic modelling of African swine fever: A systematic review. Preventive Veterinary Medicine, 2021, 191, pp.105358. ⟨10.1016/j.prevetmed.2021.105358⟩. ⟨hal-03475391⟩
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Laurane Pallandre, Armand Lautraite, Claudette Feuvrier, Françoise Pozet, Laurent Dacheux, et al.. A New Lineage of Perch Rhabdovirus Associated with Mortalities of Farmed Perch. Pathogens, MDPI, 2021, 10 (10), pp.1256. ⟨10.3390/pathogens10101256⟩. ⟨anses-03471355⟩
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M. Martignon, C. Burel, D. Licois, E. Reperant, G. Postollec, et al.. Challenging the growing rabbit with a moderately pathogenic E. coli under ad libitum or limited feed intake conditions: impact on digestive physiology, bacterial communities, and on post-weaning growth. World Rabbit Science, Universidad Politécnica de Valencia, 2021, 29 (1), pp.1-10. ⟨10.4995/wrs.2021.14089⟩. ⟨hal-03187454⟩
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Veronica Roman, Christophe Merlin, Sandrine Baron, Emeline Larvor, Laetitia Le Devendec, et al.. Abundance and environmental host range of the SXT/R391 ICEs in aquatic environmental communities. Environmental Pollution, Elsevier, 2021, 288, pp.117673. ⟨10.1016/j.envpol.2021.117673⟩. ⟨hal-03280978⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03280978/file/Paper_SXT-R391.pdf BibTex
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Sandrine Baron, Emeline Larvor, Eric Jouy, Isabelle Kempf, Sophie Le Bouquin, et al.. Agreement between the categorization of isolates of Aeromonas salmonicida and Yersinia ruckeri by disc diffusion and MIC tests performed at 22℃. Journal of Fish Diseases, Wiley, 2021, 44 (7), pp.979-985. ⟨10.1111/jfd.13356⟩. ⟨anses-03610555⟩
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Manon Lemasson, Grégory Caignard, Yves Unterfinger, Houssam Attoui, Lesley Bell-Sakyi, et al.. Exploration of binary protein–protein interactions between tick-borne flaviviruses and Ixodes ricinus. Parasites & Vectors, 2021, 14 (1), pp.1-17. ⟨10.1186/s13071-021-04651-3⟩. ⟨hal-03318279⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03318279/file/2021_Lemasson_ParVec.pdf BibTex
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François-Xavier Briand, Eric Niqueux, Audrey Schmitz, Claire Martenot, Martine Cherbonnel, et al.. Highly Pathogenic Avian Influenza A(H5N8) Virus Spread by Short- and Long-Range Transmission, France, 2016–17. Emerging Infectious Diseases, Centers for Disease Control and Prevention, 2021, 27 (2), pp.508-516. ⟨10.3201/eid2702.202920⟩. ⟨anses-03455139⟩
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Lénaïg Louboutin, Joëlle Cabon, Estelle Vigouroux, Thierry Morin, Morgane Danion. Comparative analysis of the course of infection and the immune response in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) infected with the 5 genotypes of infectious hematopoietic necrosis virus. Virology, Elsevier, 2021, 552, pp.20 - 31. ⟨10.1016/j.virol.2020.09.003⟩. ⟨hal-03493043⟩
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Jens Kuhn, Scott Adkins, Bernard Agwanda, Rim Al Kubrusli, Sergey Alkhovsky, et al.. 2021 Taxonomic update of phylum Negarnaviricota (Riboviria: Orthornavirae), including the large orders Bunyavirales and Mononegavirales. Archives of Virology, Springer Verlag, 2021, 166 (12), pp.3513-3566. ⟨10.1007/s00705-021-05143-6⟩. ⟨hal-03352483⟩
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Claire Guinat, Benoit Durand, Marius Gilbert, Anne Bronner, Tifenn Corre, et al.. Revue des facteurs de risque spatialisés de transmission du virus de l’influenza aviaire hautement pathogène H5N8 en France en 2016-2017. Bulletin épidémiologique, ANSES, 2021, 92, pp.3. ⟨hal-03335797⟩
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Adeline Huneau-Salaün, Samuel Boucher, Julie Fontaine, Bernadette Le Normand, Sébastien Lopez, et al.. Retrospective studies on rabbit haemorrhagic disease outbreaks caused by RHDV GI.2 virus on farms in France from 2013 to 2018. World Rabbit Science, Universidad Politécnica de Valencia, 2021, 29 (2), pp.87. ⟨10.4995/WRS.2021.12800⟩. ⟨anses-03471323⟩
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Ronan Griot, François Allal, Florence Phocas, Sophie Brard-Fudulea, Romain Morvezen, et al.. Optimization of Genomic Selection to Improve Disease Resistance in Two Marine Fishes, the European Sea Bass (Dicentrarchus labrax) and the Gilthead Sea Bream (Sparus aurata). Frontiers in Genetics, Frontiers, 2021, 12, ⟨10.3389/fgene.2021.665920⟩. ⟨hal-03360561⟩
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Julie Eclercy, Patricia Renson, Edouard Hirchaud, Mathieu Andraud, Véronique Beven, et al.. Phenotypic and Genetic Evolutions of a Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Modified Live Vaccine after Limited Passages in Pigs. Vaccines, MDPI, 2021, 9 (4), pp.392. ⟨10.3390/vaccines9040392⟩. ⟨anses-03471269⟩
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Philippe Fravalo, Pauline Kooh, Lapo Mughini-Gras, Julie David, Anne Thébault, et al.. Risk factors for sporadic campylobacteriosis: A systematic review and meta-analysis. Microbial Risk Analysis, 2021, 17, pp.100118. ⟨10.1016/j.mran.2020.100118⟩. ⟨anses-03436508⟩
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Octavio Mesa-Varona, Rodolphe Mader, Martina Velasova, Jean-Yves Madec, Sophie Granier, et al.. Comparison of Phenotypical Antimicrobial Resistance between Clinical and Non-Clinical E. coli Isolates from Broilers, Turkeys and Calves in Four European Countries. Microorganisms, MDPI, 2021, 9 (4), pp.678. ⟨10.3390/microorganisms9040678⟩. ⟨anses-03279069⟩
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https://hal-anses.archives-ouvertes.fr/anses-03279069/file/MesaVarona2021.pdf BibTex
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Antoine Culot, Noel Grosset, Quentin Bruey, Michel Auzou, Jean-Christophe J.-C. Giard, et al.. Isolation of Harveyi clade Vibrio spp. collected in aquaculture farms: How can the identification issue be addressed?. Journal of Microbiological Methods, Elsevier, 2021, 180, pp.106106. ⟨10.1016/j.mimet.2020.106106⟩. ⟨hal-03099757⟩
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Marine Baud, Laurane Pallandre, Fabrice Almeras, Loeiz Maillet, David Stone, et al.. Genetic diversity of the carp oedema virus in France. Journal of Fish Diseases, Wiley, 2021, 44 (10), pp.1531-1542. ⟨10.1111/jfd.13474⟩. ⟨anses-03610583⟩
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Laurent Guillier, Anne Thébault, Philippe Fravalo, Lapo Mughini-Gras, Nathalie Jourdan-da Silva, et al.. Risk factors for sporadic salmonellosis: a systematic review and meta-analysis. Microbial Risk Analysis, 2021, 17, pp.100138. ⟨10.1016/j.mran.2020.100138⟩. ⟨anses-03436993⟩
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Timothée Vergne, Simon Gubbins, Claire Guinat, Billy Bauzile, Mattias Delpont, et al.. Inferring within‐flock transmission dynamics of highly pathogenic avian influenza H5N8 virus in France, 2020. Transboundary and emerging diseases, Wiley-Blackwell, 2021, 68 (6), pp.3151-3155. ⟨10.1111/tbed.14202⟩. ⟨hal-03479732⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03479732/file/TED-07-2021.pdf BibTex
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Fabien Verliat, Anne Hemonic, Sylvie Chouet, Philippe Le Coz, Mélanie Liber, et al.. An efficient cephalosporin stewardship programme in French swine production. Veterinary Medicine and Science, Wiley, 2021, 7 (2), pp.432-439. ⟨10.1002/vms3.377⟩. ⟨anses-03266047⟩
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https://hal-anses.archives-ouvertes.fr/anses-03266047/file/Verliat432.pdf BibTex
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Agnès Perrin-Guyomard, Isabelle Kempf, Cécile Adam, Sophie Granier. Prévalence des Escherichia coli résistants aux céphalosporines de troisième génération ou aux carbapénèmes dans les viandes fraiches a la distribution en France. Bulletin épidémiologique, ANSES, 2021, pp.1-9. ⟨anses-03266001⟩
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Timothée Vergne, Mathieu Andraud, Sarah Bonnet, Nick de Regge, Marc Desquesnes, et al.. Mechanical transmission of African swine fever virus by Stomoxys calcitrans : Insights from a mechanistic model. Transboundary and emerging diseases, Wiley-Blackwell, 2021, 68 (3), pp.1541-1549. ⟨10.1111/tbed.13824⟩. ⟨hal-02958879⟩
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Adeline Huneau-Salaün, Stéphanie Bougeard, Loïc Balaine, Florent Eono, Éric Eveno, et al.. Do Rubber Floor Mats Prevent Lameness in Gestating Sows Housed in Large Groups? A Field Experiment on Three Commercial Farms in France. Animals, MDPI, 2021, 11 (11), pp.3160. ⟨10.3390/ani11113160⟩. ⟨anses-03462283⟩
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Jean-Michel Répérant, Martine Thomas-Hénaff, Chantal Benoit, Pierre Le Bihannic, Nicolas Eterradossi. The impact of maturity on the ability of Eimeria acervulina and Eimeria meleagrimitis oocysts to sporulate. Parasite, EDP Sciences, 2021, 28, pp.32. ⟨10.1051/parasite/2021031⟩. ⟨anses-03471392⟩
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Claude Saegerman, Sarah Bonnet, Emilie Bouhsira, Nick de Regge, Johanna Fite, et al.. An expert opinion assessment of blood‐feeding arthropods based on their capacity to transmit African swine fever virus in Metropolitan France. Transboundary and emerging diseases, Wiley-Blackwell, 2021, 68 (3), pp.1190-1204. ⟨10.1111/tbed.13769⟩. ⟨hal-02934678⟩
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Ronan Griot, François Allal, Florence Phocas, Sophie Brard-Fudulea, Romain Morvezen, et al.. Genome-wide association studies for resistance to viral nervous necrosis in three populations of European sea bass (Dicentrarchus labrax) using a novel 57k SNP array DlabChip. Aquaculture, 2021, 530, pp.735930. ⟨10.1016/j.aquaculture.2020.735930⟩. ⟨hal-03544239⟩
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Céline Courtillon, François-Xavier Briand, Chantal Allée, Maud Contrant, Véronique Beven, et al.. Description of the first isolates of guinea fowl corona and picornaviruses obtained from a case of guinea fowl fulminating enteritis. Avian Pathology, Taylor & Francis, 2021, 50 (6), pp.507-521. ⟨10.1080/03079457.2021.1976725⟩. ⟨anses-03610624⟩
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Jessy Le Du-Carrée, Thierry Morin, Morgane Danion. Impact of chronic exposure of rainbow trout, Oncorhynchus mykiss, to low doses of glyphosate or glyphosate-based herbicides. Aquatic Toxicology, Elsevier, 2021, 230, pp.105687. ⟨10.1016/j.aquatox.2020.105687⟩. ⟨hal-03494065⟩
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Daniel Dory, André Jestin. Vaccins à ADN et à ARN: des technologies également utilisées en vaccinologie vétérinaire. Bulletin de l'Académie Vétérinaire de France, Académie vétérinaire de France, 2021, 174, ⟨10.3406/BAVF.2021.70927⟩. ⟨anses-03484048⟩
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Mayu Horie, Dongsheng Yang, Philip Joosten, Patrick Munk, Katharina Wadepohl, et al.. Risk Factors for Antimicrobial Resistance in Turkey Farms: A Cross-Sectional Study in Three European Countries. Antibiotics, MDPI, 2021, 10 (7), pp.820. ⟨10.3390/antibiotics10070820⟩. ⟨anses-03444656⟩
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https://hal-anses.archives-ouvertes.fr/anses-03444656/file/Horie820.pdf BibTex
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Olivier Terrier, Mustapha Si-Tahar, Mariette Ducatez, Christophe Chevalier, Andrés Pizzorno, et al.. Influenza viruses and coronaviruses: Knowns, unknowns, and common research challenges. PLoS Pathogens, Public Library of Science, 2021, 17 (12), pp.e1010106. ⟨10.1371/journal.ppat.1010106⟩. ⟨hal-03518306⟩
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https://hal.univ-grenoble-alpes.fr/hal-03518306/file/Terrier%20et%20al.%20Plos%20Pathogens.pdf BibTex
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Alexis Viel, Antoine Rostang, Marie-Line Morvan, Catherine Fournel, Patrick Daniel, et al.. Population pharmacokinetics/pharmacodynamics modelling of enrofloxacin for the three major trout pathogens Aeromonas salmonicida, Flavobacterium psychrophilum and Yersinia ruckeri. Aquaculture, Elsevier, 2021, 545, pp.737119. ⟨10.1016/j.aquaculture.2021.737119⟩. ⟨anses-03318243⟩
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https://hal-anses.archives-ouvertes.fr/anses-03318243/file/AQUA_2020_3542_R2-1.pdf BibTex
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Alicia C. Bertolotti, Eva Forsgren, Marc O. Schäfer, Fabrice Sircoulomb, Nicolas Gaïani, et al.. Development and evaluation of a core genome multilocus sequence typing scheme for Paenibacillus larvae , the deadly American foulbrood pathogen of honeybees. Environmental Microbiology, Society for Applied Microbiology and Wiley-Blackwell, 2021, ⟨10.1111/1462-2920.15442⟩. ⟨hal-03191806⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03191806/file/Bertolotti_Environ%20Microbiol_2021.pdf BibTex
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Juliette Bougon, Céline Deblanc, Patricia Renson, Stéphane Quéguiner, Stéphane Gorin, et al.. Successive Inoculations of Pigs with Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus 1 (PRRSV-1) and Swine H1N2 Influenza Virus Suggest a Mutual Interference between the Two Viral Infections. Viruses, MDPI, 2021, 13 (11), pp.2169. ⟨10.3390/v13112169⟩. ⟨hal-03469247⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03469247/file/viruses-13-02169-v3.pdf BibTex
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Clémence Cuzin, Paméla Houée, Pierrick Lucas, Yannick Blanchard, Christophe Soumet, et al.. Selection of a Gentamicin-Resistant Variant Following Polyhexamethylene Biguanide (PHMB) Exposure in Escherichia coli Biofilms. Antibiotics, MDPI, In press, 10 (5), pp.553. ⟨10.3390/antibiotics10050553⟩. ⟨anses-03264882⟩
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Mathieu Andraud, Stéphanie Bougeard, Theodora Chesnoiu, Nicolas Rose. Spatiotemporal clustering and Random Forest models to identify risk factors of African swine fever outbreak in Romania in 2018–2019. Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), pp.2098. ⟨10.1038/s41598-021-81329-x⟩. ⟨anses-03455221⟩
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Manon Dechêne-Tempier, Corinne Marois-Créhan, Virginie Libante, Eric Jouy, Nathalie Leblond-Bourget, et al.. Update on the Mechanisms of Antibiotic Resistance and the Mobile Resistome in the Emerging Zoonotic Pathogen Streptococcus suis. Microorganisms, MDPI, 2021, 9 (8), pp.1765. ⟨10.3390/microorganisms9081765⟩. ⟨anses-03483995⟩
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Clément Droillard, Evelyne Lemaitre, Michel Amelot, yannick Blanchard, Alassane Keita, et al.. Rabbit haemorrhagic disease virus Lagovirus europaeus/GI.1d strain: genome sequencing, in vivo virus replication kinetics, and viral dose effect. BMC Veterinary Research, BioMed Central, 2021, 17 (1), pp.257. ⟨10.1186/s12917-021-02962-2⟩. ⟨anses-03455554⟩
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Séverine Hervé, Audrey Schmitz, François-Xavier Briand, Stéphane Gorin, Stéphane Quéguiner, et al.. Serological Evidence of Backyard Pig Exposure to Highly Pathogenic Avian Influenza H5N8 Virus during 2016–2017 Epizootic in France. Pathogens, MDPI, 2021, 10 (5), pp.621. ⟨10.3390/pathogens10050621⟩. ⟨anses-03455289⟩
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Laetitia Bonifait, Amandine Thépault, Louise Baugé, Sandra Rouxel, Françoise Le Gall, et al.. Occurrence of Salmonella in the Cattle Production in France. Microorganisms, MDPI, 2021, 9 (4), pp.872. ⟨10.3390/microorganisms9040872⟩. ⟨anses-03455476⟩
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Patricia Renson, Céline Deblanc, Juliette Bougon, Mireille Le Dimna, Stéphane Gorin, et al.. Concomitant Swine Influenza A Virus Infection Alters PRRSV1 MLV Viremia in Piglets but Does Not Interfere with Vaccine Protection in Experimental Conditions. Vaccines, MDPI, 2021, 9 (4), pp.356. ⟨10.3390/vaccines9040356⟩. ⟨anses-03470830⟩
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https://hal-anses.archives-ouvertes.fr/anses-03470830/file/vaccines-09-00356-v2.pdf BibTex
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Estelle Dubreil-Cheneau, Michel Laurentie, Jean-Michel Delmas, Morgane Danion, Thierry Morin, et al.. Tissue distribution, metabolism, and elimination of Victoria Pure Blue BO in rainbow trout: Main metabolite as an appropriate residue marker. Chemosphere, Elsevier, 2021, 262, pp.127636. ⟨10.1016/j.chemosphere.2020.127636⟩. ⟨anses-02958944⟩
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Sabine Delannoy, Catherine Schouler, Rozenn Souillard, Léna Yousfi, Laetitia Le Devendec, et al.. Diversity of Escherichia coli strains isolated from day-old broiler chicks, their environment and colibacillosis lesions in 80 flocks in France. Veterinary Microbiology, Elsevier, 2021, 252, 8 p. ⟨10.1016/j.vetmic.2020.108923⟩. ⟨hal-03107169⟩
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Derongs Lorine, Druilhe Céline, Le Maréchal Caroline, Barbut Frédéric, Heurtevent Lorette, et al.. Influence of operating conditions on the persistence of E. coli, enterococci, Clostridium perfringens and Clostridioides difficile in semi-continuous mesophilic anaerobic reactors. Waste Management, Elsevier, 2021, 134, pp.32-41. ⟨10.1016/j.wasman.2021.08.003⟩. ⟨hal-03445801⟩
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Thibault Le Gratiet, Caroline Le Marechal, Marie Devaere, Marianne Chemaly, Cédric Woudstra. Exploration of the Diversity of Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats-Cas Systems in Clostridium novyi sensu lato. Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2021, 12, pp.711413. ⟨10.3389/fmicb.2021.711413⟩. ⟨anses-03454889⟩
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Thérèse Callet, Mathilde Dupont-Nivet, Morgane Danion, Christine Burel, Marianne Cluzeaud, et al.. Why Do Some Rainbow Trout Genotypes Grow Better With a Complete Plant-Based Diet? Transcriptomic and Physiological Analyses on Three Isogenic Lines. Frontiers in Physiology, Frontiers, 2021, 12, ⟨10.3389/fphys.2021.732321⟩. ⟨hal-03349230⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03349230/file/2021_Callet_FrontiersPhysiology.pdf BibTex
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Rozenn Souillard, Daniel Grosjean, Thibault Le Gratiet, Typhaine Poezevara, Sandra Rouxel, et al.. Asymptomatic Carriage of C. botulinum Type D/C in Broiler Flocks as the Source of Contamination of a Massive Botulism Outbreak on a Dairy Cattle Farm. Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2021, 12, pp.679377. ⟨10.3389/fmicb.2021.679377⟩. ⟨anses-03455039⟩
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Conference papers

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yoannah François, Marie Villa, Bruno Peyrou, Pierrick Haffray, Thierry Morin, et al.. Toward a selection to improve turbot (Scophthalmus maximus) resistance to edwardsiellosis. EAFP 2021 - 20th International Conference on Diseases of Fish and Shellfish, Sep 2021, Aberdeen - Online, United Kingdom. ⟨hal-03373927⟩
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Marc Tabouret, Michaël Treilles, Raphaël Lamothe, Karine Sommier, Racquel Ceniceros, et al.. Fièvre Q : état d'avancement du projet EXPAIRCOX sur les risques de transmission et la perception de ces risques. Comité Technique du Cluster REXCAP «Etat des lieux et enjeux sanitaires en filière caprine en Grand Ouest », Mar 2021, A distance, France. ⟨hal-03164663⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03164663/file/Fi%C3%A8vreQ_EXPAIRCOX_REXCAP_2021-03-03-VFinale-Corrig%C3%A9e.pdf BibTex
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Vianney Sicard, Mathieu Andraud, Sébastien Picault. L'organisation comme Design Pattern dans les systèmes multi-agents multi-niveaux. Journées Francophones sur les Systèmes Multi-Agents (JFSMA), Jun 2021, Bordeaux, France. pp.73-82. ⟨hal-03665779⟩
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Florian Tomal, Charlotte Raybaud, Christophe Ripoll, Hélène Esselin, Jean-Michel Répérant, et al.. In vitro evaluation of plant extracts to control the chicken coccidium Eimeria tenella or to support anticoccidial vaccines. Journées d'Animation Scientifique de la Fédération de Recherche en Infectionlogie (FéRI 2021) - Féri Scientific Days, Fédération de Recherche en Infectiologie (FéRI), Jul 2021, Online, France. ⟨hal-03380604⟩
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Poster communications

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Manon Dechêne-Tempier, Eric Jouy, Virginie Libante, Sophie Payot, Corinne Marois-Créhan. Resistance to macrolides-lincosamides and tetracyclines of Streptococcus suis strains isolated from swine in France. 16e congrès national de la Société Française de Microbiologie « MICROBES », Sep 2021, Nantes, France. ⟨hal-03495833⟩
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Céline Tallet, Patrice Barbier, Thierry Bellec, Xavier Boivin, Mickael Delion, et al.. Développement d'un outil d'évaluation de la relation homme-animal pour la formation des éleveurs et futurs éleveurs de porcs. 53. Journées de la Recherche Porcine, Feb 2021, En ligne, France. Ifip, Journées de la Recherche Porcine, 53, pp.107-108, 2021, 53èmes Journées de la Recherche Porcine. ⟨hal-03214955⟩
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Guido Cordoni, Daniel Horton, Annaëlle Kerouanton, Martine Denis, Philippe Velge, et al.. 16S rRNA microbial community analysis and relationship with Salmonella Super shedder status in pigs. EJP-One Health Annual Scientific Meeting, Jun 2021, Copenhagen, Denmark. ⟨hal-03472743⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03472743/file/Cordoni_poster-OH-EJP-2021.pdf BibTex

Reports

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Béatrice Anger, Mireille Bruneau, Claire Chauvin, Pamela Houée, Murielle Gaugain, et al.. Antibiorésistance des bactéries zoonotiques et commensales isolées chez les animaux producteurs d'aliments et leurs denrées. Bilan de surveillance 2014-2022. [Autre] 2021, pp.1-55. ⟨anses-03624228⟩
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https://hal-anses.archives-ouvertes.fr/anses-03624228/file/LABO-Ra-AntibioresistanceBacteries2020.pdf BibTex
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Barbara Dufour, Matthieu Andraud, Olivier Dehorter, Mariette Ducatez, Durand Benoit, et al.. Avis de l'Anses relatif à un retour d’expérience sur la crise influenza aviaire hautement pathogène 2020-2021 (1ère partie). [Autre] Saisine n° 2021-SA-0022, 2021, 79 p. ⟨anses-03674371⟩
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François Meurens, Henri-Jean Boulouis, Frederic Carlin, Michel M. Federighi, Maria-Eleni Filippitzi, et al.. Clostridium botulinum : mise à jour des connaissances sur les différentes formes des types C, D, mosaïque C/D et D/C et E : Rapport intermédiaire d’expertise collective. [Autre] Saisines 2019-SA-0112 (filière bovine); 2019-SA-0113 (nettoyage et désinfection); 2019-SA-0114 (filière avicole); 2019-SA-0115 (faune sauvage), 2021, 171 p. ⟨anses-03674557⟩
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Barbara Dufour, Matthieu Andraud, Olivier Dehorter, Mariette Ducatez, Durand Benoit, et al.. Avis de l'Anses relatif à un retour d’expérience sur la crise influenza aviaire hautement pathogène 2020-2021 (2eme partie). [Autre] Saisine n° 2021-SA-0022, 2021, 38 p. ⟨anses-03674493⟩
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Daniel Camus, Christian Chidiac, Jean-François Gehanno, Sophie Matheron, Élisabeth Nicand, et al.. Avis relatif à l'adaptation des conduites à tenir et des recommandations pour les personnes ayant bénéficié d'un schéma vaccinal complet contre le Covid-19. [Rapport de recherche] HCSP. 2021. ⟨hal-03207658⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03207658/file/hcspa20210411_covadadescontenpoulespervac.pdf BibTex
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Sophie Le Poder, Sibylle S. Bernard-Stoecklin, Paul Brown, Gaetan Deffontaines, Meriadeg Legouil, et al.. Avis de l’Anses relatif à la surveillance sanitaire à mettre en œuvre pour le SARS-CoV-2 au sein des élevages de visons et lien avec la santé des travailleurs auprès des visons. [Autre] 2020-SA-0158, 2021, 26 p. ⟨anses-03667862⟩
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Jean-François Certin, Marc Baril, Corine Bayourthe, Céline Botineau, Jean-Marc Brignon, et al.. Avis de l'Anses relatif aux études des alternatives potentielles au formaldéhyde en alimentation humaine dans le secteur sucrier. [Autre] Saisine n° 2014-SA-0236, 2021, 264 p. ⟨anses-03668988⟩
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Barbara Dufour, Mathieu Andraud, Olivier Dehorter, Mariette Ducatez, Durand Benoit, et al.. Avis de l'Anses relatif à « la possibilité de levée de la zone tampon mise en place dans le Sud-Ouest ». [Autre] Saisine n° 2021-SA-0023, 2021, 19 p. ⟨anses-03668801⟩
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Berthelot Marianne, Caramelle-Holtz Emmanuelle, Bezançon Camille, Marie-Madeleine Mialon, Aubert Christophe, et al.. Rapport final du projet GOATWELL: Améliorer le bien-être animal et la biosécurité pour renforcer la santé des chèvres et leur robustesse. [Rapport Technique] ANSES. 2021, 140 p. ⟨hal-03558599⟩
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Theses

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Jessy Le Du-Carrée. Ecotoxicité directe et transgénérationnelle du glyphosate seul ou associé à des co-formulants sur la santé de la truite arc-en-ciel (Oncorhynchus mykiss) : reproduction, immunité et défenses antioxydantes. Biologie animale. Université de Bretagne occidentale - Brest, 2021. Français. ⟨NNT : 2021BRES0016⟩. ⟨tel-03614998⟩
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03614998/file/These-2021-EGAAL-Biologie_et_physiologie_animales-LE_DU_CARREE_Jessy.pdf BibTex