Publications HAL du labo/EPI 122678

2022

Journal articles

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Yasmine Oucheriah, Nouzha Heleili, Adélie Colin, Catherine Mottet, Florence Tardy, et al.. Prevalence of Mycoplasma bovis in Algeria and Characterisation of the Isolated Clones. Frontiers in Veterinary Science, Frontiers Media, 2022, 9, pp.910799. ⟨10.3389/fvets.2022.910799⟩. ⟨hal-03673327⟩
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Agnes Perrin-Guyomard, Sophie Granier, Jannice Schau Slettemeås, Muna Anjum, Luke Randall, et al.. Multicentre evaluation of a selective isolation protocol for detection of mcr ‐positive E. coli and Salmonella spp. in food‐producing animals and meat. Letters in Applied Microbiology, Wiley, In press, ⟨10.1111/lam.13717⟩. ⟨anses-03654006⟩
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Cindy Dierikx, Stefan Börjesson, Agnès Perrin-Guyomard, Marisa Haenni, Madelaine Norström, et al.. A European multicenter evaluation study to investigate the performance on commercially available selective agar plates for the detection of carbapenemase producing Enterobacteriaceae. Journal of Microbiological Methods, 2022, 193, pp.106418. ⟨10.1016/j.mimet.2022.106418⟩. ⟨anses-03669950⟩
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Matthieu Chourrout, Margaux Roux, Carlie Boisvert, Coralie Gislard, David Legland, et al.. Brain virtual histology with X-ray phase-contrast tomography Part II: 3D morphologies of amyloid-β plaques in Alzheimer’s disease models. Biomedical optics express, Optical Society of America - OSA Publishing, 2022, 13 (3), pp.1640-1653. ⟨10.1364/BOE.438890⟩. ⟨hal-03451419v2⟩
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Marisa Haenni, Christophe Dagot, Olivier Chesneau, Delphine Bibbal, Jérôme Labanowski, et al.. Environmental contamination in a high-income country (France) by antibiotics, antibiotic-resistant bacteria, and antibiotic resistance genes: Status and possible causes. Environment International, Elsevier, 2022, 159, pp.107047. ⟨10.1016/j.envint.2021.107047⟩. ⟨hal-03496334⟩
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G. Jean Harry, Sandra Mcbride, Shannah Witchey, Sakina Mhaouty-Kodja, Alain Trembleau, et al.. Roadbumps at the Crossroads of Integrating Behavioral and In Vitro Approaches for Neurotoxicity Assessment. Frontiers in Toxicology, Frontiers Media, 2022, 4, pp.812863. ⟨10.3389/ftox.2022.812863⟩. ⟨anses-03669496⟩
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Quentin Hamdaoui, Yanis Zekri, Sabine Richard, Denise Aubert, Romain Guyot, et al.. Prenatal exposure to paraquat and nanoscaled TiO2 aerosols alters the gene expression of the developing brain. Chemosphere, Elsevier, 2022, 287 (Pt 3), pp.132253. ⟨10.1016/j.chemosphere.2021.132253⟩. ⟨hal-03403617⟩
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Carla Rodrigues, Kathrin Hauser, Niamh Cahill, Małgorzata Ligowska-Marzęta, Gabriella Centorotola, et al.. High Prevalence of Klebsiella pneumoniae in European Food Products: a Multicentric Study Comparing Culture and Molecular Detection Methods. Microbiology Spectrum, American Society for Microbiology, 2022, 10 (1), pp.e0237621. ⟨10.1128/spectrum.02376-21⟩. ⟨pasteur-03589312⟩
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Conference papers

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T. Lurier, Camille Delavenne, Maria Laura Boschiroli, Fabrice Chevalier, Sophie Carles, et al.. Méthode utilisée pour redéfinir les seuils de positivité du test Interféron Gamma utilisé dans le cadre du programme de surveillance de la tuberculose bovine. 18ème Rencontre des Microbiologistes du Pôle Clermontois, Apr 2022, Clermont-Ferrand, France. ⟨hal-03655016⟩
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T. Lurier, Camille Delavenne, Maria Laura Boschiroli, Fabrice Chevalier, Sophie Carles, et al.. Méthode utilisée pour redéfinir les seuils de positivité du test Interféron Gamma utilisé dans le cadre du programme de surveillance de la tuberculose bovine. [Résumé]. 18ème Rencontre des Microbiologistes du Pôle Clermontois, Apr 2022, Clermont-Ferrand, France. ⟨hal-03655008⟩
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2021

Journal articles

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Elodie Monchatre-Leroy, Sandrine Lesellier, Marine Wasniewski, Evelyne Picard-Meyer, Céline Richomme, et al.. Hamster and ferret experimental infection with intranasal low dose of a single strain of SARS-CoV-2. Journal of General Virology, Microbiology Society, 2021, 102 (3), pp.001567. ⟨10.1099/jgv.0.001567⟩. ⟨anses-03292543⟩
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Thibaut Lurier, Elodie Rousset, Patrick Gasqui, Carole Sala, Clément Claustre, et al.. Evaluation using latent class models of the diagnostic performances of three ELISA tests commercialized for the serological diagnosis of Coxiella burnetii infection in domestic ruminants. Veterinary Research, BioMed Central, 2021, 52 (1), ⟨10.1186/s13567-021-00926-w⟩. ⟨hal-03198853⟩
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Sandrine Bayle, Antoine Drapeau, Janick Rocher, Frédéric Laurent, Véronique Métayer, et al.. Characterization of cultivable airborne bacteria and their antimicrobial resistance pattern in French milking parlour. Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2021, 28 (9), pp.11689-11696. ⟨10.1007/s11356-020-11974-8⟩. ⟨hal-03128696⟩
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Halifa Farchati, Aurélie Merlin, Mathilde Saussac, Xavier Dornier, Mathilde Dhollande, et al.. Is the French SIRE equine information system a good basis for surveillance and epidemiological research? Quality assessment using two surveys. Research in Veterinary Science, Elsevier, 2021, 134, pp.96-101. ⟨10.1016/j.rvsc.2020.12.001⟩. ⟨hal-03143130⟩
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Guillaume Castel, Elodie Monchatre-Leroy, Marc López-Roig, Séverine Murri, Mathilde Couteaudier, et al.. Puumala Virus Variants Circulating in Forests of Ardennes, France: Ten Years of Genetic Evolution. Pathogens, MDPI, 2021, 10 (9), pp.1164. ⟨10.3390/pathogens10091164⟩. ⟨anses-03388067⟩
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R4p Network, Benoit Barrès, Marie-France Corio-Costet, Daniele Debieu, Christophe Délye, et al.. Monitoring systems for resistance to plant protection products across the world: Between redundancy and complementarity. Pest Management Science, Wiley, 2021, 77 (6), pp.2697-2709. ⟨10.1002/ps.6275⟩. ⟨hal-03185069⟩
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Johann Vulin, Séverine Murri, Sarah Madrières, Maxime Galan, Caroline Tatard, et al.. Isolation and Genetic Characterization of Puumala Orthohantavirus Strains from France. Pathogens, MDPI, 2021, 10 (3), pp.349. ⟨10.3390/pathogens10030349⟩. ⟨hal-03231544⟩
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Marie-Anne Arcangioli, K. Hauray, T. Lurier, Florence Tardy. Large-size fattening calves’ lots fed with automatic milk feeders may have an increased risk for Mycoplasma bovis infection spread and for antibiotic use. Animal, Published by Elsevier (since 2021) / Cambridge University Press (until 2020), 2021, 15 (12), pp.100397. ⟨10.1016/j.animal.2021.100397⟩. ⟨hal-03455177⟩
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Lucile Blouquy, Claire Mottet, Jérôme Olivares, Christophe Plantamp, Myriam Siegwart, et al.. How varying parameters impact insecticide resistance bioassay: An example on the worldwide invasive pest Drosophila suzukii. PLoS ONE, Public Library of Science, 2021, 16 (3), pp.e0247756. ⟨10.1371/journal.pone.0247756⟩. ⟨hal-03469172⟩
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Octavio Mesa-Varona, Rodolphe Mader, Martina Velasova, Jean-Yves Madec, Sophie Granier, et al.. Comparison of Phenotypical Antimicrobial Resistance between Clinical and Non-Clinical E. coli Isolates from Broilers, Turkeys and Calves in Four European Countries. Microorganisms, MDPI, 2021, 9 (4), pp.678. ⟨10.3390/microorganisms9040678⟩. ⟨anses-03279069⟩
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Véronique Dupouy, Jean-Yves Madec, Jessica Wucher, Nathalie Arpaillange, Véronique Métayer, et al.. Selection of ESBL-producing Escherichia coli in the gut of calves experimentally fed with milk containing antibiotic residues. Veterinary Microbiology, Elsevier, 2021, 257, pp.109049. ⟨10.1016/j.vetmic.2021.109049⟩. ⟨hal-03279732⟩
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Quentin Hamdaoui, A. Bencsik, Frederic Flamant, Simon Delcour, Tatiana Macé, et al.. Metrological Characterization of an Aerosol Exposure Chamber to Explore the Inhalation Effects of the Combination of Paraquat and TiO2 Nano-objects. Aerosol and Air Quality Research, Taiwan Association for Aerosol Research, 2021, 21 (8), pp.200626. ⟨10.4209/aaqr.200626⟩. ⟨hal-03416520⟩
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Jingjing Liu, Jean-Yves Madec, Alain Bousquet‐mélou, Marisa Haenni, Aude Ferran. Destruction of Staphylococcus aureus biofilms by combining an antibiotic with subtilisin A or calcium gluconate. Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), pp.1-12. ⟨10.1038/s41598-021-85722-4⟩. ⟨hal-03194522⟩
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Jonathan Bastard, Marisa Haenni, Emilie Gay, Philippe Glaser, Jean-Yves Madec, et al.. Drivers of ESBL-producing Escherichia coli dynamics in calf fattening farms: A modelling study. One Health, Elsevier, 2021, 12, pp.100238. ⟨10.1016/j.onehlt.2021.100238⟩. ⟨hal-03201353⟩
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Viviane Hénaux, Claire Ponsart, Justine Corre, Florence Etore, Henri-Jean Boulouis, et al.. Sensitivity of bovine tuberculosis surveillance through intradermal tests in cattle in France: An evaluation of different scenarios. Preventive Veterinary Medicine, Elsevier, 2021, 191, ⟨10.1016/j.prevetmed.2021.105364⟩. ⟨hal-03229145⟩
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Adrien de Guilhem de Lataillade, Jeremy Verchere, Alice Prigent, Tony Durand, Michel Neunlist, et al.. LRRK2 is reduced in Parkinson’s disease gut. Acta Neuropathologica, Springer Verlag, 2021, 142 (3), pp.601-603. ⟨10.1007/s00401-021-02334-y⟩. ⟨hal-03389327⟩
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M. Martignon, C. Burel, D. Licois, E. Reperant, G. Postollec, et al.. Challenging the growing rabbit with a moderately pathogenic E. coli under ad libitum or limited feed intake conditions: impact on digestive physiology, bacterial communities, and on post-weaning growth. World Rabbit Science, Universidad Politécnica de Valencia, 2021, 29 (1), pp.1-10. ⟨10.4995/wrs.2021.14089⟩. ⟨hal-03187454⟩
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Conference papers

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T. Lurier, Elodie Rousset, Patrick Gasqui, Carole Sala, Clément Caustre, et al.. Evaluation, à l’aide de modèles à classes latentes, des performances diagnostic des tests ELISA commercialisés pour le diagnostic sérologique des infections par Coxiella burnetii chez les ruminants domestiques. 17ème Rencontre des Microbiologistes du Pôle Clermontois, Apr 2021, Clermont-Ferrand, France. ⟨hal-03339453⟩
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Thibaut Lurier, Elodie Rousset, Patrick Gasqui, Carole Sala, Eric Morignat, et al.. Evaluation using latent class models of the diagnostic performances of three ELISA tests commercialized for the serological diagnosis of Coxiella burnetii infection in domestic ruminants. Gemeinsamen Arbeitstagung der Nationalen Referenzlabore Chlamydiose, Q-Fieber, Paratuberkulose und Tuberkulose der Rinder - Online-Tagung veranstaltet, Friedrich Loeffler Institut, Apr 2021, Naumburger, Germany. pp.17 slides. ⟨hal-03225582⟩
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Theses

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Jingjing Liu. Activity of antibiotics and non-antibiotics substances on Staphylococcus aureus biofilms. Pharmacology. Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2021. English. ⟨NNT : 2021TOU30079⟩. ⟨tel-03609570⟩
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2020

Journal articles

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Maryne Jaÿ, Chloé Ambroset, Agnès Tricot, Adélie Colin, Florence Tardy. Population structure and antimicrobial susceptibility of Mycoplasma ovipneumoniae isolates in France. Veterinary Microbiology, Elsevier, 2020, 248, pp.108828 -. ⟨10.1016/j.vetmic.2020.108828⟩. ⟨hal-03492236⟩
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Anne-Sophie Godeux, Elin Svedholm, Agnese Lupo, Marisa Haenni, Samuel Venner, et al.. Scarless Removal of Large Resistance Island AbaR Results in Antibiotic Susceptibility and Increased Natural Transformability in Acinetobacter baumannii. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, American Society for Microbiology, 2020, 64 (10), pp.e00951-20. ⟨10.1128/AAC.00951-20⟩. ⟨hal-03240439⟩
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Marisa Haenni, Farid El Garch, Christine Miossec, Jean-Yves Madec, Didier Hocquet, et al.. High genetic diversity among methicillin-susceptible Staphylococcus pseudintermedius in dogs in Europe. Journal of Global Antimicrobial Resistance, Elsevier, 2020, 21, pp.57-59. ⟨10.1016/j.jgar.2020.02.016⟩. ⟨hal-02541555⟩
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Sarah Madrières, Caroline Tatard, Séverine Murri, Johann Vulin, Maxime Galan, et al.. How Bank Vole-PUUV Interactions Influence the Eco-Evolutionary Processes Driving Nephropathia Epidemica Epidemiology-An Experimental and Genomic Approach. Pathogens, MDPI, 2020, 9 (10), pp.789. ⟨10.3390/pathogens9100789⟩. ⟨hal-02981959⟩
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Séverine Murri, Sarah Madrières, Caroline Tatard, Sylvain Piry, Laure Benoit, et al.. Detection and Genetic Characterization of Puumala Orthohantavirus S-Segment in Areas of France Non-Endemic for Nephropathia Epidemica. Pathogens, MDPI, 2020, 9 (9), pp.721. ⟨10.3390/pathogens9090721⟩. ⟨hal-03275200⟩
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Marie-Pierre Chapuis, Louis Raynal, Christophe Plantamp, Christine Meynard, Laurence Blondin, et al.. A young age of subspecific divergence in the desert locust Schistocerca gregaria , inferred by ABC Random Forest. Molecular Ecology, Wiley, 2020, Peer Community in Evolutionary Biology, 29 (23), pp.4542-4558. ⟨10.1101/671867⟩. ⟨hal-02953927⟩
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Marwan Osman, Fatima B. Halimeh, Rayane Rafei, Hassan Mallat, Jad El Tom, et al.. Investigation of an XDR-Acinetobacter baumannii ST2 outbreak in an intensive care unit of a Lebanese tertiary care hospital. Future Microbiology, 2020, 15 (16), pp.1535-1542. ⟨10.2217/fmb-2020-0079⟩. ⟨hal-03149247⟩
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Marion Bordier, Theethawat Uea-Anuwong, Aurélie Binot, Pascal Hendrikx, Flavie Goutard. Characteristics of One Health surveillance systems: A systematic literature review. Preventive Veterinary Medicine, Elsevier, 2020, 181, pp.104560. ⟨10.1016/j.prevetmed.2018.10.005⟩. ⟨hal-02944160⟩
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A. Merlin, J. Schneider, G. Cazeau, C. Sala, M. Linster, et al.. Identification of levers for improving dead equine traceability: A survey of French equine owners’ perception of regulatory procedures following their animal’s death. Preventive Veterinary Medicine, Elsevier, 2020, 174, pp.104834 -. ⟨10.1016/j.prevetmed.2019.104834⟩. ⟨hal-03488613⟩
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Nicolas Keck, Antoine Dunie-Merigot, Mélody Dazas, Edouard Hirchaud, Stéphanie Laurence, et al.. Long-lasting nosocomial persistence of chlorhexidine-resistant Serratia marcescens in a veterinary hospital. Veterinary Microbiology, Elsevier, 2020, 245, pp.108686 -. ⟨10.1016/j.vetmic.2020.108686⟩. ⟨hal-03490497⟩
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Mélanie Mercier-Darty, Guilhem Royer, Brigitte Lamy, Chadly Charron, Olivier Lemenand, et al.. Comparative Whole-Genome Phylogeny of Animal, Environmental, and Human Strains Confirms the Genogroup Organization and Diversity of the Stenotrophomonas maltophilia Complex. Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2020, 86 (10), ⟨10.1128/AEM.02919-19⟩. ⟨hal-03047669⟩
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Rafael Patino-Navarrete, Isabelle Rosinski-Chupin, Nicolas Cabanel, Lauraine Gauthier, Julie Takissian, et al.. Stepwise evolution and convergent recombination underlie the global dissemination of carbapenemase-producing Escherichia coli. Genome Medicine, BioMed Central, 2020, 12, pp.10. ⟨10.1186/s13073-019-0699-6⟩. ⟨pasteur-02565307⟩
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Rémy Bonnin, Delphine Girlich, Agnès Jousset, Lauraine Gauthier, Gaelle Cuzon, et al.. A single Proteus mirabilis lineage from human and animal sources: a hidden reservoir of OXA-23 or OXA-58 carbapenemases in Enterobacterales. Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2020, 10 (1), pp.9160. ⟨10.1038/s41598-020-66161-z⟩. ⟨inserm-02889214⟩
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Clémence Bourély, Thomas Coeffic, Jocelyne Caillon, Sonia Thibaut, Géraldine Cazeau, et al.. Trends in antimicrobial resistance among Escherichia coli from defined infections in humans and animals. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, Oxford University Press (OUP), 2020, 75 (6), pp.1525-1529. ⟨10.1093/jac/dkaa022⟩. ⟨hal-03280830⟩
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Poster communications

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Renaud Lailler, Choreh Farrokh, Sophie Carles, Céline Dupuy, Hélène Amar. A new French organization based on multi-partner platforms for a more efficient and integrated surveillance on the food chain: a two year's experience on Salmonella. 6th World One Health Congress, Oct 2020, Edinburgh, United Kingdom. The 6th World One Health Congress, virtual edition (30 October -3 November 2020), 2020. ⟨anses-03007544⟩
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Theses

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Hiba Al Mir. Prevalence and molecular characterization of colistinresistant, ESBL-AmpC- and carbapenemase-producing Enterobacterales in humans, animals and in food chains in Lebanon. Microbiology and Parasitology. Université de Lyon; Université Libanaise, 2020. English. ⟨NNT : 2020LYSE1287⟩. ⟨tel-03489363⟩
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Sofia Mlala. Efficience du système de surveillance-lutte de la brucellose bovine en France : évaluation, caractérisation et pistes d’amélioration par les approches épidémiologique et sociologique. Biologie animale. Université de Lyon, 2020. Français. ⟨NNT : 2020LYSE1138⟩. ⟨tel-03351832⟩
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2019

Journal articles

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Pauline Carrié, Séverine Barry, Elodie Rousset, Carole Sala, Didier Calavas, et al.. Swab cloths as a tool for revealing environmental contamination by Q fever in ruminant farms. Transboundary and emerging diseases, Wiley-Blackwell, 2019, 66, pp.1202-1209. ⟨10.1111/tbed.13137⟩. ⟨hal-02493511⟩
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Clémence Bourély, Géraldine Cazeau, Eric Jouy, Marisa Haenni, Jean-Yves Madec, et al.. Antimicrobial resistance of Pasteurella multocida isolated from diseased food-producing animals and pets. Veterinary Microbiology, Elsevier, 2019, 235, pp.280-284. ⟨10.1016/j.vetmic.2019.07.017⟩. ⟨hal-02622656⟩
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Emmanuelle Chiffoleau, A. Bencsik. Valorisation de la Revue Française d'Histotechnologie. La Revue Française d'Histotechnologie: Etat de l'art, visibilité et améliorations présente et future de cette visibilité. Revue Française d'Histotechnologie, Association française d'histotechnologie, 2019, 31 (1), pp.93-120. ⟨10.25830/afh.rfh.2019.31.1.93⟩. ⟨anses-02266715⟩
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Séverine Hervé, Emmanuel Garin, Didier Calavas, Ludovic Lecarpentier, David Ngwa-Mbot, et al.. Virological and epidemiological patterns of swine influenza A virus infections in France: Cumulative data from the RESAVIP surveillance network, 2011–2018. Veterinary Microbiology, Elsevier, 2019, 239, pp.108477 -. ⟨10.1016/j.vetmic.2019.108477⟩. ⟨hal-03488763⟩
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Reports

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Gilles Meyer, Catherine Belloc, Stéphane Bertagnoli, Alain Boissy, Henri-Jean Boulouis, et al.. Avis de l’Anses, de l’environnement et du travail relatif à « la mise à jour des connaissances sur les méthodes et procédés d’inactivation du virus de la peste porcine africaine (PPA) ». [Autre] Saisine n°2018-SA-0237, Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES). 2019, 39 p. ⟨anses-02154220⟩
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Theses

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Pierre Villard. Évaluation de l'impact et de l'efficacité de la surveillance et de la lutte de la fièvre catarrhale ovine en France. Santé publique et épidémiologie. Université de Lyon, 2019. Français. ⟨NNT : 2019LYSE1351⟩. ⟨tel-02524618⟩
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2018

Journal articles

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Anne-Sophie Godeux, Agnese Lupo, Marisa Haenni, Simon Guette-Marquet, Gottfried Wilharm, et al.. Fluorescence-Based Detection of Natural Transformation in Drug-Resistant Acinetobacter baumannii. Journal of Bacteriology, American Society for Microbiology, 2018, 200 (19), ⟨10.1128/JB.00181-18⟩. ⟨hal-01920908⟩
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Clémence Bourély, Didier Calavas, Nicolas Fortané, Emilie Gay, Agnès Leblond. Why do veterinarians ask for antimicrobial susceptibility testing? A qualitative study exploring determinants and evaluating the impact of antibiotic reduction policy. Preventive Veterinary Medicine, Elsevier, 2018, 159 (1), pp.123-134. ⟨10.1016/j.prevetmed.2018.09.009⟩. ⟨hal-02015782⟩
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Nathalie Jarrige, Magdéléna Chanteperdrix, Emilie Gay. Exposition des veaux de boucherie aux antibiotiques. Bulletin épidémiologique, ANSES, 2018, pp.1-4. ⟨anses-01704813⟩
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Clémence Boireau, Nathalie Jarrige, Géraldine Cazeau, Eric Jouy, Marisa Haenni, et al.. Représentativité et couverture du Résapath, le réseau d’épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales. Bulletin épidémiologique, ANSES, 2018, pp.1-4. ⟨anses-01704818⟩
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Viviane Hénaux, Didier Calavas. Scénarios alternatifs pour l'amélioration de l'efficience du système de surveillance de la brucellose bovine en France. Bulletin épidémiologique, ANSES, 2018, pp.15-19. ⟨anses-01704823⟩
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Dorian Sargent, Dominique Bétemps, Matthieu Drouyer, Jérémy Verchere, Damien Gaillard, et al.. Investigating the neuroprotective effect of AAV-mediated β-synuclein overexpression in a transgenic model of synucleinopathy. Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2018, 8, pp.17563. ⟨10.1038/s41598-018-35825-2⟩. ⟨hal-03326879⟩
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Julien Cauchard, Alizé Mercier, Sylvain Falala, Anne Bronner, Renaud Lancelot, et al.. Dermatose nodulaire contagieuse bovine : situation épidémiologique dans les Balkans et en Turquie au 30 novembre 2017. Bulletin épidémiologique, ANSES, 2018, pp.1-5. ⟨anses-01704803⟩
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Aurélie Jayol, Camille Corlouer, Marisa Haenni, Mélanie Darty, Karine Maillard, et al.. Are animals a source of Stenotrophomonas maltophilia in human infections? Contributions of a nationwide molecular study. European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Springer Verlag, 2018, 37 (6), pp.1039-1045. ⟨10.1007/s10096-018-3203-0⟩. ⟨hal-03047714⟩
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Marisa Haenni, Racha Beyrouthy, Agnese Lupo, Pierre Châtre, Jean-Yves Madec, et al.. Epidemic spread of Escherichia coli ST744 isolates carrying mcr-3 and blaCTX-M-55 in cattle in France. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, Oxford University Press (OUP), 2018, 73 (2), pp.533-536. ⟨10.1093/jac/dkx418⟩. ⟨hal-01682274⟩
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Other publications

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Benoit Barrès, M.-F. Corio-Costet, Daniele Debieu, Christophe Délye, Sabine Fillinger, et al.. Auteurs du site web Réseau de Réflexion et de Recherche sur la Résistance aux Pesticides (R4P) www.r4p-inra.fr. Réseau de Réflexion et de Recherche sur la Résistance aux Pesticides (R4P), 2018. ⟨hal-03318933⟩
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Reports

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Claude Saegerman, Eric Baubet, Catherine Belloc, Eric Collin, Claude Fischer, et al.. Avis de l’Anses relatif à « une évaluation du risque lié au dépeuplement d’élevages porcins, opérations mises en œuvre en cas de foyers de PPA en élevage ». [Autre] Saisine n°2018-SA-0251, Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES). 2018, 21 p. ⟨anses-02154071⟩
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2017

Journal articles

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Nicolas Naudet, Emilie Antier, Damien Gaillard, Eric Morignat, Latifa Lakhdar, et al.. Oral Exposure to Paraquat Triggers Earlier Expression of Phosphorylated α-Synuclein in the Enteric Nervous System of A53T Mutant Human α-Synuclein Transgenic Mice. Journal of Neuropathology and Experimental Neurology, Lippincott, Williams & Wilkins, 2017, 76 (12), pp.1046 - 1057. ⟨10.1093/jnen/nlx092⟩. ⟨anses-01773080⟩
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Gérard Moulin, Anne Chevance, Delphine Méheust, Eric Jouy, Nathalie Jarrige, et al.. Ecoantibio 2017 : bilan, évolution des consommations et des résistances, pourquoi un Ecoantibio 2?. Bulletin des GTV, 2017, pp.15-25. ⟨anses-01678554⟩
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Pascal Hendrickx, Axel Decourtye, Maryline Pioz, Stéphanie Franco, Sébastien Wendling, et al.. L'épidémiologie appliquée à la santé de l'abeille domestique. Bulletin épidémiologique, ANSES, 2017, 5 p. ⟨hal-02622568⟩
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Marisa Haenni, Pierre Châtre, Céline Dupieux-Chabert, Véronique Métayer, Michèle Bes, et al.. Molecular Epidemiology of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus in Horses, Cats, and Dogs Over a 5-Year Period in France. Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2017, 8, pp.2493. ⟨10.3389/fmicb.2017.02493⟩. ⟨hal-01911521⟩
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Eliette Schultz, Olivier Barraud, Jean Yves Madec, Marisa Haenni, Axel Cloeckaert, et al.. Multidrug resistance Salmonella genomic island 1 in a Morganella morganii subsp. morganii human clinical isolate from France. MSphere, American Society for Microbiology., 2017, 2 (2), 5 p. ⟨10.1128/mSphere.00118-17⟩. ⟨hal-01606703⟩
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Eliette Schultz, Sylvie Baucheron-Monnier, Agnese Lupo, Estelle Saras, Axel Cloeckaert, et al.. Complete sequences of qnrD-carrying plasmids in Proteus spp. collected from French animals. Journal of Global Antimicrobial Resistance, Elsevier, 2017, 10, pp.306-307. ⟨10.1016/j.jgar.2017.08.003⟩. ⟨hal-01608215⟩
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Books

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Sylvie Maugat, Anne Berger-Carbonne, Mélanie Colomb-Cotinat, Catherine Dumartin, Muriel Péfau, et al.. Consommation d'antibiotiques et résistance aux antibiotiques en France : soyons concernés, soyons responsables. Santé publique France. pp.1-11, 2017, 979-10-289-0397-8. ⟨anses-01678803⟩
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Theses

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Nicolas Naudet. Impact moléculaire de l’exposition subchronique par voie orale à un pesticide, le paraquat, dans un modèle murin transgénique de synucléinopathie humaine : implication du système nerveux entérique. Autre [q-bio.OT]. Université de Lyon, 2017. Français. ⟨NNT : 2017LYSE1280⟩. ⟨tel-01768310⟩
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2016

Journal articles

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Claudia Filippone, Guillaume Castel, Séverine Murri, Frédérik Beaulieux, Myriam Ermonval, et al.. Discovery of hantavirus circulating among Rattus rattus in French Mayotte island, Indian Ocean.. Journal of General Virology, Microbiology Society, 2016, 97 (5), pp.1060-1065. ⟨10.1099/jgv.0.000440⟩. ⟨pasteur-01350075⟩
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https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-01350075/file/JGV-2016.pdf BibTex
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Philippe Marianneau, Damien Vitour, Julie Gouzil, Virginie Doceul, Stephan Zientara. Données virologiques et épidémiologiques récentes sur les orthobunyavirus humains et animaux : conséquences sur les risques de diffusion et d’introduction de nouvelles maladies.. Bulletin épidémiologique, ANSES, 2016, pp.22-24. ⟨hal-02630171⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02630171/file/2016_Marianneau_Bulletin%20%C3%A9pid%C3%A9miologique%20sant%C3%A9%20animale%20et%20alimentation_1.pdf BibTex
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Jean-Yves Madec, Marisa Haenni, Cécile Ponsin, Nicolas Kieffer, Emmanuelle Rion, et al.. Sequence Type 48 Escherichia coli Carrying the bla CTX-M-1 IncI1/ST3 Plasmid in Drinking Water in France. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, American Society for Microbiology, 2016, 60 (10), pp.6430-6432. ⟨10.1128/AAC.01135-16⟩. ⟨anses-03440485⟩
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2015

Journal articles

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Anne Bronner, Jean-Baptiste Perrin, Céline Dupuy, Carole Sala, Emilie Gay, et al.. La surveillance syndromique peut-elle renforcer la détection précoce des maladies exotiques ou émergentes ?. Bulletin épidémiologique, ANSES, 2015, pp.55-59. ⟨hal-02636615⟩
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Zaher Khraibani, Christine Jacob, Christian Ducrot, Myriam Garrido, Carole Sala. A non parametric exact test based on the number of records for an early detection of emerging events: illustration in epidemiology. Communications in Statistics - Theory and Methods, Taylor & Francis, 2015, 44, pp.726-749. ⟨10.1080/03610926.2013.799695⟩. ⟨hal-02630295⟩
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A. Bencsik. Les nanoparticules nuisent-elles au cerveau ?. Pour la science, Société Pour la Science 2015, pp.16-19. ⟨anses-02114501⟩
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Julie Valantin, A. Bencsik, Mickael Leboidre. Les oligodendrocytes sont-ils concernés par l'accumulation d'alpha-synucleine pathologique dans le cerveau de souris TGM83 : études immunohistochimiques comparées. Revue Française d'Histotechnologie, Association française d'histotechnologie, 2015, 27 (1), pp.29-45. ⟨anses-01874783⟩
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https://hal-anses.archives-ouvertes.fr/anses-01874783/file/valantin29.pdf BibTex
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Claire A.M. Becker, François Thibault, Marie-Anne Arcangioli, Florence Tardy. Loss of diversity within Mycoplasma bovis isolates collected in France from bovines with respiratory diseases over the last 35 years. Infection, Genetics and Evolution, Elsevier, 2015, 33, pp.118-126. ⟨10.1016/j.meegid.2015.04.019⟩. ⟨hal-03455223⟩
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Gilles Rault, Dominique Pougheon, Jean-Claude Moisdon, Michel Pépin, Frédéric Kletz, et al.. Analyse de la prise en charge hospitalière ambulatoire de la mucoviscidose. Santé Publique, Société Française de Santé Publique, 2015, 27 (3). ⟨hal-01258110⟩
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Clementine Calba, Flavie Luce Goutard, Linda Hoinville, Pascal Hendrikx, Ann Lindberg, et al.. Surveillance systems evaluation: a systematic review of the existing approaches. BMC Public Health, BioMed Central, 2015, 15, pp.448. ⟨10.1186/s12889-015-1791-5⟩. ⟨hal-01154186⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01154186/file/s12889-015-1791-5.pdf BibTex
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Jean-Baptiste Perrin, Benoît Durand, Emilie Gay, Christian Ducrot, Pascal Hendrikx, et al.. Simulation-Based Evaluation of the Performances of an Algorithm for Detecting Abnormal Disease-Related Features in Cattle Mortality Records. PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10 (11), pp.e0141273. ⟨10.1371/journal.pone.0141273⟩. ⟨hal-01226770⟩
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Poster communications

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Claire Lemaire, Pauline Otz, Gilles Le Sobre, Marie-Anne Arcangioli. Risk factors of calf omphalitis: a clinical study. European Buiatric Forum, Dec 2015, Roma, Italy. ⟨hal-03455662⟩
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https://hal-vetagro-sup.archives-ouvertes.fr/hal-03455662/file/lemaire%20C.%2C%20Arcangioli%20M.A..pdf BibTex

2014

Journal articles

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Marisa Haenni, Pierre Châtre, Jason Tasse, Nathalie Nowak, Michèle Bes, et al.. Geographical clustering of mecC-positive Staphylococcus aureus from bovine mastitis in France. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, Oxford University Press (OUP), 2014, 69 (8), pp.2292 - 2293. ⟨10.1093/jac/dku130⟩. ⟨hal-01920932⟩
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Anna A Bencsik. Le cerveau est-il à l’abri d’un impact d’une exposition à des nanomatériaux ?. Biologie Aujourd'hui, EDP sciences, 2014, 208 (2), pp.159 - 165. ⟨10.1051/jbio/2014020⟩. ⟨anses-01572022⟩
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Céline Dupuy, Claire Morlot, Emmanuelle Gilot Fromont, Pierre Demont, Michel Mas, et al.. Prévalence, facteurs associés et répartition spatiale de la cysticercose bovine en France en 2010 et perspectives en termes de surveillance épidémiologique. Bulletin épidémiologique, ANSES, 2014, pp.24-28. ⟨hal-02630154⟩
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Armelle Peyraud, François Poumarat, Florence Tardy, Lucía Manso-Silván, Karomatullo Hamroev, et al.. An international collaborative study to determine the prevalence of contagious caprine pleuropneumonia by monoclonal antibody-based cELISA. BMC Veterinary Research, BioMed Central, 2014, 10, pp.48. ⟨10.1186/1746-6148-10-48⟩. ⟨hal-01274573⟩
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https://hal.univ-reunion.fr/hal-01274573/file/International_collaborative_study_determine_prevalence_contagious_caprine_pleuropneumonia_cELISA.pdf BibTex

Conference papers

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Vivien Genthon-Troncy, Philippe Nicollet, Jean-Michel Quillet, Jean-Yves Madec, Sébastien Assie. Antibiorésistance d'Eschrichia coli isolée sur fèces des veaux allaitants. Journées Nationales des Groupements Techniques Vétérinaires (JNGTV), May 2014, Reims, France. 1010 p. ⟨hal-02743194⟩
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2013

Journal articles

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Hayssam Soueidan, Florence Maurier, Alexis Groppi, Pascal Sirand-Pugnet, Florence Tardy, et al.. Finishing bacterial genome assemblies with Mix. BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2013, pp.doi:10.1186/1471-2105-14-S15-S16. ⟨hal-00879163⟩
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Jean-Pierre Bouillet, Jean-Paul Laclau, Jose Leonardo Moraes Goncalves, Maureen Voigtlaender, Jose Luis Gava, et al.. Eucalyptus and Acacia tree growth over entire rotation in single- and mixed-species plantations across five sites in Brazil and Congo. Forest Ecology and Management, Elsevier, 2013, 301 (SI), pp.89-101. ⟨10.1016/j.foreco.2012.09.019⟩. ⟨hal-01540238⟩
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Anne Bronner, Viviane Henaux, Nicolas Fortané, Didier Calavas. Identification des facteurs influençant la décision des avortements chez les bovins par les éleveurs et les vétérinaires. Bulletin épidémiologique, ANSES, 2013, pp.5-8. ⟨hal-02647247⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02647247/file/Facteurs_1.pdf BibTex
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Lise Roy, Séverine Fontaine, Maurice Hullé, Laëtitia Caddoux, Christine Brazier, et al.. La résistance aux insecticides chez le puceron vert du pêcher : Étude des allèles de résistance aux insecticides chez le puceron vert du pêcher (Myzus persicae) et de leur dispersion spatio-temporelle dans diverses cultures. Les cahiers de la Recherche. Santé, Environnement, Travail, ANSES, 2013, Les multi-résistances, pp.24-26. ⟨anses-01707351⟩
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https://hal-anses.archives-ouvertes.fr/anses-01707351/file/2013_CDLR_roy_fontaine_hulle_caddoux_brazier_morignat_micoud_calavas_simon_resistance_insecticides_puceron_vert_pecher.pdf BibTex
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C. Filippone, P. Marianneau, S. Murri, N. Mollard, T. Avsic-Zupanc, et al.. Molecular diagnostic and genetic characterization of highly pathogenic viruses: application during Crimean–Congo haemorrhagic fever virus outbreaks in Eastern Europe and the Middle East. Clinical Microbiology and Infection, Elsevier for the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2013, 19 (2), pp.E118-E128. ⟨10.1111/1469-0691.12075⟩. ⟨pasteur-03516032⟩
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https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-03516032/file/1-s2.0-S1198743X14602640-main.pdf BibTex
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Lucía Manso-Silván, Florence Tardy, Eric Baranowski, Aurélien Barré, Alain Blanchard, et al.. Draft Genome Sequences of Mycoplasma alkalescens, Mycoplasma arginini, and Mycoplasma bovigenitalium, Three Species with Equivocal Pathogenic Status for Cattle. Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2013, 1 (3), pp.e00348-13. ⟨10.1128/genomeA.00348-13⟩. ⟨hal-00907454⟩
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2012

Journal articles

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Maryline Pioz, Hélène Guis, Laurent Crespin, Emilie Gay, Didier Calavas, et al.. Why did bluetongue spread the way it did? Environmental factors influencing the velocity of bluetongue virus serotype 8 epizootic wave in France.. PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (8), pp.e43360. ⟨10.1371/journal.pone.0043360⟩. ⟨hal-00965551⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00965551/file/A-450_1.pdf BibTex
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Nadine Frances, Simon Nicot, Sylvie Rouland, Anne-Gaëlle Biacabe, Isabelle Quadrio, et al.. Oral transmission of L-type bovine spongiform encephalopathy in primate model.. Emerging Infectious Diseases, Centers for Disease Control and Prevention, 2012, 18 (1), pp.142-5. ⟨10.3201/eid1801.111092⟩. ⟨hal-00662793⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00662793/file/11-1092.pdf BibTex
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Sarah Chuzeville, Aurore Puymege, Jean-Yves Madec, Marisa Haenni, Sophie Payot. Characterization of a new CAMP factor carried by an integrative and conjugative element in Streptococcus agalactiae and spreading in Streptococci. PLoS ONE, Public Library of Science, 2012, 7 (11), ⟨10.1371/journal.pone.0048918⟩. ⟨hal-01637786⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01637786/file/journal.pone.0048918.pdf BibTex
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Carole Sala, Benoit Durand, Dominique Costagliola, Christian Ducrot, Didier Calavas. Is the age-period-cohort model well suited to an epidemic context? The case of the French BSE epidemic. Statistical Communications in Infectious Diseases, 2012, 4 (1), pp.1-27. ⟨10.1515/1948-4690.1047⟩. ⟨hal-02645149⟩
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Anne Chevance, Gérard Moulin, Claire Chauvin, Emilie Gay. La consommation des antibiotiques à usage vétérinaire en France entre 1999 et 2010. Bulletin épidémiologique, ANSES, 2012, pp.3-6. ⟨hal-00751495⟩
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https://hal-anses.archives-ouvertes.fr/hal-00751495/file/chevance3.pdf BibTex