Publications HAL du labo/EPI 122678

2022

Journal articles

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Sabine Delannoy, Corine Hoffer, Raphaëlle Youf, Emilie Dauvergne, Hattie E Webb, et al.. High Throughput Screening of Antimicrobial Resistance Genes in Gram-Negative Seafood Bacteria. Microorganisms, MDPI, 2022, 10 (6), pp.1225. ⟨10.3390/microorganisms10061225⟩. ⟨anses-03707197⟩
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Cindy Dierikx, Stefan Börjesson, Agnès Perrin-Guyomard, Marisa Haenni, Madelaine Norström, et al.. A European multicenter evaluation study to investigate the performance on commercially available selective agar plates for the detection of carbapenemase producing Enterobacteriaceae. Journal of Microbiological Methods, 2022, 193, pp.106418. ⟨10.1016/j.mimet.2022.106418⟩. ⟨anses-03669950⟩
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Agnes Perrin-Guyomard, Sophie Granier, Jannice Schau Slettemeås, Muna Anjum, Luke Randall, et al.. Multicentre evaluation of a selective isolation protocol for detection of mcr ‐positive E. coli and Salmonella spp. in food‐producing animals and meat. Letters in Applied Microbiology, Wiley, In press, ⟨10.1111/lam.13717⟩. ⟨anses-03654006⟩
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Charlotte Valat, Marisa Haenni, Youssef Arnaout, Antoine Drapeau, Edouard Hirchaud, et al.. F74 plasmids are major vectors of virulence genes in bovine NTEC2. Letters in Applied Microbiology, Wiley, In press, ⟨10.1111/lam.13733⟩. ⟨anses-03715577⟩
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Sébastien Wurtzer, Sandra Lacote, Severine Murri, Philippe Marianneau, Elodie Monchatre-Leroy, et al.. Reduction in SARS-CoV-2 Virus Infectivity in Human and Hamster Feces. Viruses, MDPI, 2022, 14 (8), pp.1777. ⟨10.3390/v14081777⟩. ⟨anses-03790195⟩
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G. Jean Harry, Sandra Mcbride, Shannah Witchey, Sakina Mhaouty-Kodja, Alain Trembleau, et al.. Roadbumps at the Crossroads of Integrating Behavioral and In Vitro Approaches for Neurotoxicity Assessment. Frontiers in Toxicology, Frontiers Media, 2022, 4, pp.812863. ⟨10.3389/ftox.2022.812863⟩. ⟨anses-03669496⟩
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Luiz W. Ribeiro, Mathé Pietri, Hector Ardila-Osorio, Anne Baudry, François Boudet-Devaud, et al.. Titanium dioxide and carbon black nanoparticles disrupt neuronal homeostasis via excessive activation of cellular prion protein signaling. Particle and Fibre Toxicology, BioMed Central, 2022, 19 (1), pp.48. ⟨10.1186/s12989-022-00490-x⟩. ⟨anses-03736622⟩
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Sofia Mlala, François Dedieu, Didier Calavas, Viviane Hénaux. Flow of information for bovine health surveillance: Two socio-economic models demonstrating the impact of the organisational profiles of local actors. Preventive Veterinary Medicine, 2022, 199, ⟨10.1016/j.prevetmed.2021.105549⟩. ⟨hal-03726563⟩
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François Verheggen, Benoit Barrès, Romain Bonafos, Nicolas Desneux, Abraham Escobar-Gutiérrez, et al.. Producing sugar beets without neonicotinoids: An evaluation of alternatives for the management of viruses-transmitting aphids. Entomologia Generalis, 2022, 42 (4), pp.491 - 498. ⟨10.1127/entomologia/2022/1511⟩. ⟨hal-03741244⟩
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Yasmine Oucheriah, Nouzha Heleili, Adélie Colin, Catherine Mottet, Florence Tardy, et al.. Prevalence of Mycoplasma bovis in Algeria and Characterisation of the Isolated Clones. Frontiers in Veterinary Science, Frontiers Media, 2022, 9, pp.910799. ⟨10.3389/fvets.2022.910799⟩. ⟨hal-03673327⟩
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Lise Roy, Benoît Barrès, Cécile Capderrey, Frédérique Mahéo, Annie Micoud, et al.. Host plants and insecticides shape the evolution of genetic and clonal diversity in a major aphid crop pest. Evolutionary Applications, Blackwell, 2022, ⟨10.1111/eva.13417⟩. ⟨hal-03736450⟩
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Marisa Haenni, Christophe Dagot, Olivier Chesneau, Delphine Bibbal, Jérôme Labanowski, et al.. Environmental contamination in a high-income country (France) by antibiotics, antibiotic-resistant bacteria, and antibiotic resistance genes: Status and possible causes. Environment International, Elsevier, 2022, 159, pp.107047. ⟨10.1016/j.envint.2021.107047⟩. ⟨hal-03496334⟩
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Emmanuelle Chiffoleau, A. Bencsik. Laboratoires d'histologie et impact environnemental: comment l'évaluer et quelles mesures mettre en œuvre pour assurer une recherche efficace et plus respectueuse de l'environnement ?. Revue Française d'Histotechnologie, Association française d'histotechnologie, 2022, 34 (1), pp.115-166. ⟨anses-03709828⟩
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Quentin Hamdaoui, Yanis Zekri, Sabine Richard, Denise Aubert, Romain Guyot, et al.. Prenatal exposure to paraquat and nanoscaled TiO2 aerosols alters the gene expression of the developing brain. Chemosphere, Elsevier, 2022, 287 (Pt 3), pp.132253. ⟨10.1016/j.chemosphere.2021.132253⟩. ⟨hal-03403617⟩
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Matthieu Chourrout, Margaux Roux, Carlie Boisvert, Coralie Gislard, David Legland, et al.. Brain virtual histology with X-ray phase-contrast tomography Part II: 3D morphologies of amyloid-β plaques in Alzheimer’s disease models. Biomedical optics express, Optical Society of America - OSA Publishing, 2022, 13 (3), pp.1640-1653. ⟨10.1364/BOE.438890⟩. ⟨hal-03451419v2⟩
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Carla Rodrigues, Kathrin Hauser, Niamh Cahill, Małgorzata Ligowska-Marzęta, Gabriella Centorotola, et al.. High Prevalence of Klebsiella pneumoniae in European Food Products: a Multicentric Study Comparing Culture and Molecular Detection Methods. Microbiology Spectrum, American Society for Microbiology, 2022, 10 (1), pp.e0237621. ⟨10.1128/spectrum.02376-21⟩. ⟨pasteur-03589312⟩
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Alizée Taquet, Hélène Jourdan-Pineau, Christophe Simiand, Martial Grondin, Benoit Barrès, et al.. Distribution of invasive versus native whitefly species and their pyrethroid knock-down resistance allele in a context of interspecific hybridization. Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2022, 12 (1), pp.8448. ⟨10.1038/s41598-022-12373-4⟩. ⟨hal-03702876⟩
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Séverine Fontaine, Laëtitia Caddoux, Florent Remuson, Benoit Barrès. Thiophanate‐methyl and carbendazim resistance in Fusicoccum amygdali , the causal agent of constriction canker of peach and almond. Plant Pathology, Wiley, In press, ⟨10.1111/ppa.13525⟩. ⟨hal-03551003⟩
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Elodie Monchatre-Leroy, Franck Yves Sauvage, Franck Boué, Denis Augot, Philippe Marianneau, et al.. Seroprevalence and incidence of Puumala orthohantavirus in its bank vole (Myodes glareolus) host population in northeastern France: Between-site and seasonal variability. Epidemics, Elsevier, 2022, 40, pp.100600. ⟨10.1016/j.epidem.2022.100600⟩. ⟨hal-03719299⟩
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Conference papers

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Matthieu Martineau, Sophie Castagnet, Éléna Kokabi, Agnès Tricot, Maryne Jay, et al.. Les mycoplasmes dans les pathologies respiratoires équines. Journées sciences et innovations équines 2022, IFCE, Jun 2022, Saumur, France. ⟨hal-03690326⟩
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T. Lurier, Camille Delavenne, Maria Laura Boschiroli, Fabrice Chevalier, Sophie Carles, et al.. Méthode utilisée pour redéfinir les seuils de positivité du test Interféron Gamma utilisé dans le cadre du programme de surveillance de la tuberculose bovine. 18ème Rencontre des Microbiologistes du Pôle Clermontois, Apr 2022, Clermont-Ferrand, France. ⟨hal-03655016⟩
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Poster communications

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Emmanuelle Chiffoleau, A. Bencsik. Analyse et réduction de l'empreinte carbone dans les laboratoires d'histologie : de l'information à l'application de gestes réflexes. Labo1point5. 2ème Journée Labos 1point5: S’engager ensemble pour réduire l’empreinte de nos activités de recherche, 01/06/2022, Paris, France, Jun 2022, Paris, France. 2022. ⟨anses-03708488⟩
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Reports

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James Devillers, Haoues Alout, Benoît Barrès, Sébastien Chouin, Vincent Corbel, et al.. Proposition de lignes directrices pour la surveillance de la résistance des moustiques vecteurs de type Aedes, Anopheles et Culex aux insecticides : Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective. [Autre] Saisine n° 2020-SA-0029, 2022, 166 p. ⟨anses-03791600⟩
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2021

Journal articles

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Véronique Dupouy, Jean-yves Madec, Jessica Wucher, Nathalie Arpaillange, Véronique Métayer, et al.. Selection of ESBL-producing Escherichia coli in the gut of calves experimentally fed with milk containing antibiotic residues. Veterinary Microbiology, Elsevier, 2021, 257, pp.109049. ⟨10.1016/j.vetmic.2021.109049⟩. ⟨hal-03279732⟩
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M. Martignon, C. Burel, D. Licois, E. Reperant, G. Postollec, et al.. Challenging the growing rabbit with a moderately pathogenic E. coli under ad libitum or limited feed intake conditions: impact on digestive physiology, bacterial communities, and on post-weaning growth. World Rabbit Science, Universidad Politécnica de Valencia, 2021, 29 (1), pp.1-10. ⟨10.4995/wrs.2021.14089⟩. ⟨hal-03187454⟩
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Sandrine Bayle, Antoine Drapeau, Janick Rocher, Frédéric Laurent, Véronique Métayer, et al.. Characterization of cultivable airborne bacteria and their antimicrobial resistance pattern in French milking parlour. Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2021, 28 (9), pp.11689-11696. ⟨10.1007/s11356-020-11974-8⟩. ⟨hal-03128696⟩
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Octavio Mesa-Varona, Rodolphe Mader, Martina Velasova, Jean-Yves Madec, Sophie Granier, et al.. Comparison of Phenotypical Antimicrobial Resistance between Clinical and Non-Clinical E. coli Isolates from Broilers, Turkeys and Calves in Four European Countries. Microorganisms, MDPI, 2021, 9 (4), pp.678. ⟨10.3390/microorganisms9040678⟩. ⟨anses-03279069⟩
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Quentin Hamdaoui, A. Bencsik, Frederic Flamant, Simon Delcour, Tatiana Macé, et al.. Metrological Characterization of an Aerosol Exposure Chamber to Explore the Inhalation Effects of the Combination of Paraquat and TiO2 Nano-objects. Aerosol and Air Quality Research, Taiwan Association for Aerosol Research, 2021, 21 (8), pp.200626. ⟨10.4209/aaqr.200626⟩. ⟨hal-03416520⟩
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Anna Bencsik, Philippe Lestaevel. The Challenges of 21st Century Neurotoxicology: The Case of Neurotoxicology Applied to Nanomaterials. Frontiers in Toxicology, Frontiers Media, 2021, 3, pp.629256. ⟨10.3389/ftox.2021.629256⟩. ⟨anses-03706791⟩
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Halifa Farchati, Aurélie Merlin, Mathilde Saussac, Xavier Dornier, Mathilde Dhollande, et al.. Is the French SIRE equine information system a good basis for surveillance and epidemiological research? Quality assessment using two surveys. Research in Veterinary Science, Elsevier, 2021, 134, pp.96-101. ⟨10.1016/j.rvsc.2020.12.001⟩. ⟨hal-03143130⟩
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Lucile Blouquy, Claire Mottet, Jérôme Olivares, Christophe Plantamp, Myriam Siegwart, et al.. How varying parameters impact insecticide resistance bioassay: An example on the worldwide invasive pest Drosophila suzukii. PLoS ONE, Public Library of Science, 2021, 16 (3), pp.e0247756. ⟨10.1371/journal.pone.0247756⟩. ⟨hal-03469172⟩
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Johann Vulin, Séverine Murri, Sarah Madrières, Maxime Galan, Caroline Tatard, et al.. Isolation and Genetic Characterization of Puumala Orthohantavirus Strains from France. Pathogens, MDPI, 2021, 10 (3), pp.349. ⟨10.3390/pathogens10030349⟩. ⟨hal-03231544⟩
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M.-A. Arcangioli, T. Lurier, K. Hauray, Florence Tardy. Large-size fattening calves’ lots fed with automatic milk feeders may have an increased risk for Mycoplasma bovis infection spread and for antibiotic use. Animal, Published by Elsevier (since 2021) / Cambridge University Press (until 2020), 2021, 15 (12), pp.100397. ⟨10.1016/j.animal.2021.100397⟩. ⟨hal-03455177⟩
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Ingvild Loubet, Laëtitia Caddoux, Séverine Fontaine, Séverine Michel, Fanny Pernin, et al.. A high diversity of mechanisms endows ALS-inhibiting herbicide resistance in the invasive common ragweed (Ambrosia artemisiifolia L.). Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-99306-9⟩. ⟨hal-03452053⟩
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Jingjing Liu, Jean-Yves Madec, Alain Bousquet‐mélou, Marisa Haenni, Aude Ferran. Destruction of Staphylococcus aureus biofilms by combining an antibiotic with subtilisin A or calcium gluconate. Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), pp.1-12. ⟨10.1038/s41598-021-85722-4⟩. ⟨hal-03194522⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03194522/file/2021_LIU%20J_Destruction%20of%20Staphylococcus%20aureus%20biofilms%20by%20combining%20an%20antibiotican%20antibiotic%20-Scientific%20Reports.pdf BibTex
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Viviane Hénaux, Claire Ponsart, Justine Corre, Florence Etore, Henri-Jean Boulouis, et al.. Sensitivity of bovine tuberculosis surveillance through intradermal tests in cattle in France: An evaluation of different scenarios. Preventive Veterinary Medicine, Elsevier, 2021, 191, ⟨10.1016/j.prevetmed.2021.105364⟩. ⟨hal-03229145⟩
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R4p Network, Benoit Barrès, Marie-France Corio-Costet, Daniele Debieu, Christophe Délye, et al.. Monitoring systems for resistance to plant protection products across the world: Between redundancy and complementarity. Pest Management Science, Wiley, 2021, 77 (6), pp.2697-2709. ⟨10.1002/ps.6275⟩. ⟨hal-03185069⟩
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Jonathan Bastard, Marisa Haenni, Emilie Gay, Philippe Glaser, Jean-Yves Madec, et al.. Drivers of ESBL-producing Escherichia coli dynamics in calf fattening farms: A modelling study. One Health, Elsevier, 2021, 12, pp.100238. ⟨10.1016/j.onehlt.2021.100238⟩. ⟨hal-03201353⟩
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Adrien de Guilhem de Lataillade, Jeremy Verchere, Alice Prigent, Tony Durand, Michel Neunlist, et al.. LRRK2 is reduced in Parkinson’s disease gut. Acta Neuropathologica, Springer Verlag, 2021, 142 (3), pp.601-603. ⟨10.1007/s00401-021-02334-y⟩. ⟨hal-03389327⟩
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Elodie Monchatre-Leroy, Sandrine Lesellier, Marine Wasniewski, Evelyne Picard-Meyer, Céline Richomme, et al.. Hamster and ferret experimental infection with intranasal low dose of a single strain of SARS-CoV-2. Journal of General Virology, Microbiology Society, 2021, 102 (3), pp.001567. ⟨10.1099/jgv.0.001567⟩. ⟨anses-03292543⟩
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Thibaut Lurier, Elodie Rousset, Patrick Gasqui, Carole Sala, Clément Claustre, et al.. Evaluation using latent class models of the diagnostic performances of three ELISA tests commercialized for the serological diagnosis of Coxiella burnetii infection in domestic ruminants. Veterinary Research, BioMed Central, 2021, 52 (1), ⟨10.1186/s13567-021-00926-w⟩. ⟨hal-03198853⟩
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Guillaume Castel, Elodie Monchatre-Leroy, Marc López-Roig, Séverine Murri, Mathilde Couteaudier, et al.. Puumala Virus Variants Circulating in Forests of Ardennes, France: Ten Years of Genetic Evolution. Pathogens, MDPI, 2021, 10 (9), pp.1164. ⟨10.3390/pathogens10091164⟩. ⟨anses-03388067⟩
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Conference papers

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Thibaut Lurier, Elodie Rousset, Patrick Gasqui, Carole Sala, Eric Morignat, et al.. Evaluation using latent class models of the diagnostic performances of three ELISA tests commercialized for the serological diagnosis of Coxiella burnetii infection in domestic ruminants. Gemeinsamen Arbeitstagung der Nationalen Referenzlabore Chlamydiose, Q-Fieber, Paratuberkulose und Tuberkulose der Rinder - Online-Tagung veranstaltet, Friedrich Loeffler Institut, Apr 2021, Naumburger, Germany. pp.17 slides. ⟨hal-03225582⟩
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T. Lurier, Elodie Rousset, Patrick Gasqui, Carole Sala, Clément Caustre, et al.. Evaluation, à l’aide de modèles à classes latentes, des performances diagnostic des tests ELISA commercialisés pour le diagnostic sérologique des infections par Coxiella burnetii chez les ruminants domestiques. 17ème Rencontre des Microbiologistes du Pôle Clermontois, Apr 2021, Clermont-Ferrand, France. ⟨hal-03339453⟩
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Ingvild Loubet, Valérie Le Corre, Benoit Barrès, Christophe Délye. Évolution de la résistance aux herbicides chez l’Ambroisie (Ambrosia artemisiifolia) : recherche des déterminismes génétiques et application au diagnostic moléculaire. Journée des doctorants UMR Agroécologie, Apr 2021, Virtuel, France. ⟨hal-03320866⟩
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Other publications

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A. Bencsik, Emmanuelle Chiffoleau. Guide d'aide à la rédaction d'un article scientifique dans la revue de l'AFH. 2021. ⟨anses-03744569⟩
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Reports

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Philippe Schmidely, Jean-Noël Arsac, Corine Bayourthe, Catherine Belloc, Vincent Béringue, et al.. Risque associé à l’allègement du « feed ban » : Avis de l’Anses Rapport d’expertise collective. [Autre] Saisine n° 2020-SA-0094; Saisines liées n° 2011-SA-0014 et n°2014-SA-0153, 2021, 124 p. ⟨anses-03794811⟩
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Theses

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Jingjing Liu. Activity of antibiotics and non-antibiotics substances on Staphylococcus aureus biofilms. Pharmacology. Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2021. English. ⟨NNT : 2021TOU30079⟩. ⟨tel-03609570⟩
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Tony Rochegüe. Impact of amoxicillin treatment on intestinal microbiota and antibiotic resistances in calves. Microbiology and Parasitology. Université de Lyon, 2021. English. ⟨NNT : 2021LYSE1321⟩. ⟨tel-03774899⟩
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2020

Journal articles

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Sarah Madrières, Caroline Tatard, Séverine Murri, Johann Vulin, Maxime Galan, et al.. How Bank Vole-PUUV Interactions Influence the Eco-Evolutionary Processes Driving Nephropathia Epidemica Epidemiology-An Experimental and Genomic Approach. Pathogens, MDPI, 2020, 9 (10), pp.789. ⟨10.3390/pathogens9100789⟩. ⟨hal-02981959⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02981959/file/2020_madri%C3%A8res_pathogens.pdf BibTex
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A. Merlin, J. Schneider, G. Cazeau, C. Sala, M. Linster, et al.. Identification of levers for improving dead equine traceability: A survey of French equine owners’ perception of regulatory procedures following their animal’s death. Preventive Veterinary Medicine, Elsevier, 2020, 174, pp.104834. ⟨10.1016/j.prevetmed.2019.104834⟩. ⟨hal-03488613⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03488613/file/S0167587719302879.pdf BibTex
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Benoît Barrès, Marie-France Corio-Costet, Daniele Debieu, Christophe Délye, Sabine Fillinger, et al.. Les "mots" de la résistance. Phytoma la Défense des Végétaux, Ruralia/Le Carrousel, 2020, pp.12-14. ⟨hal-02866641⟩
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Marisa Haenni, Farid El Garch, Christine Miossec, Jean-Yves Madec, Didier Hocquet, et al.. High genetic diversity among methicillin-susceptible Staphylococcus pseudintermedius in dogs in Europe. Journal of Global Antimicrobial Resistance, Elsevier, 2020, 21, pp.57-59. ⟨10.1016/j.jgar.2020.02.016⟩. ⟨hal-02541555⟩
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Marwan Osman, Fatima B. Halimeh, Rayane Rafei, Hassan Mallat, Jad El Tom, et al.. Investigation of an XDR-Acinetobacter baumannii ST2 outbreak in an intensive care unit of a Lebanese tertiary care hospital. Future Microbiology, 2020, 15 (16), pp.1535-1542. ⟨10.2217/fmb-2020-0079⟩. ⟨hal-03149247⟩
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Séverine Murri, Sarah Madrières, Caroline Tatard, Sylvain Piry, Laure Benoit, et al.. Detection and Genetic Characterization of Puumala Orthohantavirus S-Segment in Areas of France Non-Endemic for Nephropathia Epidemica. Pathogens, MDPI, 2020, 9 (9), pp.721. ⟨10.3390/pathogens9090721⟩. ⟨hal-03275200⟩
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Clémence Bourély, Thomas Coeffic, Jocelyne Caillon, Sonia Thibaut, Géraldine Cazeau, et al.. Trends in antimicrobial resistance among Escherichia coli from defined infections in humans and animals. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, Oxford University Press (OUP), 2020, 75 (6), pp.1525-1529. ⟨10.1093/jac/dkaa022⟩. ⟨hal-03280830⟩
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Alizée Taquet, Hélène Delatte, Benoit Barrès, Christophe Simiand, Martial Grondin, et al.. Insecticide resistance and fitness cost in Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae) invasive and resident species in La Réunion Island. Pest Management Science, Wiley, 2020, 76 (4), pp.1235-1244. ⟨10.1002/ps.5633⟩. ⟨hal-02543155⟩
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Mélanie Mercier-Darty, Guilhem Royer, Brigitte Lamy, Chadly Charron, Olivier Lemenand, et al.. Comparative Whole-Genome Phylogeny of Animal, Environmental, and Human Strains Confirms the Genogroup Organization and Diversity of the Stenotrophomonas maltophilia Complex. Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2020, 86 (10), ⟨10.1128/AEM.02919-19⟩. ⟨hal-03047669⟩
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Rafael Patino-Navarrete, Isabelle Rosinski-Chupin, Nicolas Cabanel, Lauraine Gauthier, Julie Takissian, et al.. Stepwise evolution and convergent recombination underlie the global dissemination of carbapenemase-producing Escherichia coli. Genome Medicine, BioMed Central, 2020, 12, pp.10. ⟨10.1186/s13073-019-0699-6⟩. ⟨pasteur-02565307⟩
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Marie-Pierre Chapuis, Louis Raynal, Christophe Plantamp, Christine N. Meynard, Laurence Blondin, et al.. A young age of subspecific divergence in the desert locust Schistocerca gregaria , inferred by ABC Random Forest. Molecular Ecology, Wiley, 2020, Peer Community in Evolutionary Biology, 29 (23), pp.4542-4558. ⟨10.1101/671867⟩. ⟨hal-02953927⟩
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Marion Bordier, Theethawat Uea-Anuwong, Aurélie Binot, Pascal Hendrikx, Flavie Goutard. Characteristics of One Health surveillance systems: A systematic literature review. Preventive Veterinary Medicine, Elsevier, 2020, 181, pp.104560. ⟨10.1016/j.prevetmed.2018.10.005⟩. ⟨hal-02944160⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02944160/file/S0167587718303659.pdf BibTex
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Fletcher Halliday, Rachel Penczykowski, Benoit Barrès, Jenalle Eck, Elina Numminen, et al.. Facilitative priority effects drive parasite assembly under coinfection. Nature Ecology & Evolution, Nature, 2020, 4 (11), pp.1510-1521. ⟨10.1038/s41559-020-01289-9⟩. ⟨hal-03151857⟩
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Maryne Jaÿ, Chloé Ambroset, Agnès Tricot, Adélie Colin, Florence Tardy. Population structure and antimicrobial susceptibility of Mycoplasma ovipneumoniae isolates in France. Veterinary Microbiology, Elsevier, 2020, 248, pp.108828 -. ⟨10.1016/j.vetmic.2020.108828⟩. ⟨hal-03492236⟩
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Rémy A Bonnin, Delphine Girlich, Agnès B Jousset, Lauraine Gauthier, Gaelle Cuzon, et al.. A single Proteus mirabilis lineage from human and animal sources: a hidden reservoir of OXA-23 or OXA-58 carbapenemases in Enterobacterales. Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2020, 10 (1), pp.9160. ⟨10.1038/s41598-020-66161-z⟩. ⟨inserm-02889214⟩
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Nicolas Keck, Antoine Dunie-Merigot, Mélody Dazas, Edouard Hirchaud, Stéphanie Laurence, et al.. Long-lasting nosocomial persistence of chlorhexidine-resistant Serratia marcescens in a veterinary hospital. Veterinary Microbiology, Elsevier, 2020, 245, pp.108686 -. ⟨10.1016/j.vetmic.2020.108686⟩. ⟨hal-03490497⟩
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Anne-Sophie Godeux, Elin Svedholm, Agnese Lupo, Marisa Haenni, Samuel Venner, et al.. Scarless Removal of Large Resistance Island AbaR Results in Antibiotic Susceptibility and Increased Natural Transformability in Acinetobacter baumannii. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, American Society for Microbiology, 2020, 64 (10), pp.e00951-20. ⟨10.1128/AAC.00951-20⟩. ⟨hal-03240439⟩
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Conference papers

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Sofia Mlala, Sébastien Picault, Carole Sala, Pierre Villard, Jean-Luc Vinard, et al.. Evaluation of the cost-effectiveness of the bovine brucellosis surveillance-control system in France through epidemiological modelling. Conference of the International Society for Economics and Social Sciences of Animal Health (ISESSAH), Nov 2020, online, Denmark. ⟨hal-03788681⟩
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Emmanuelle Chiffoleau, A. Bencsik. Aide à la rédaction d'un article dans la revue de l'AFH - Association française d'histotechnologie. Congrès numérique 2020, 08/06-12/06/2022, Association française d'histotechnologie (AFH), Jun 2020, Numérique, France. ⟨anses-03744672⟩
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Poster communications

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Renaud Lailler, Choreh C. Farrokh, Sophie Carles, Céline Dupuy, Hélène Amar. A new French organization based on multi-partner platforms for a more efficient and integrated surveillance on the food chain: a two year's experience on Salmonella. 6th World One Health Congress, Oct 2020, Edinburgh, United Kingdom. The 6th World One Health Congress, virtual edition (30 October -3 November 2020), 2020. ⟨anses-03007544⟩
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Theses

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Hiba Al Mir. Prevalence and molecular characterization of colistinresistant, ESBL-AmpC- and carbapenemase-producing Enterobacterales in humans, animals and in food chains in Lebanon. Microbiology and Parasitology. Université de Lyon; Université Libanaise, 2020. English. ⟨NNT : 2020LYSE1287⟩. ⟨tel-03489363⟩
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Sofia Mlala. Efficience du système de surveillance-lutte de la brucellose bovine en France : évaluation, caractérisation et pistes d’amélioration par les approches épidémiologique et sociologique. Biologie animale. Université de Lyon, 2020. Français. ⟨NNT : 2020LYSE1138⟩. ⟨tel-03351832⟩
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2019

Journal articles

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Séverine Hervé, Emmanuel Garin, Didier Calavas, Ludovic Lecarpentier, David Ngwa-Mbot, et al.. Virological and epidemiological patterns of swine influenza A virus infections in France: Cumulative data from the RESAVIP surveillance network, 2011–2018. Veterinary Microbiology, Elsevier, 2019, 239, pp.108477 -. ⟨10.1016/j.vetmic.2019.108477⟩. ⟨hal-03488763⟩
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Pauline Carrié, Séverine Barry, Elodie Rousset, Carole Sala, Didier Calavas, et al.. Swab cloths as a tool for revealing environmental contamination by Q fever in ruminant farms. Transboundary and emerging diseases, Wiley-Blackwell, 2019, 66, pp.1202-1209. ⟨10.1111/tbed.13137⟩. ⟨hal-02493511⟩
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Emmanuelle Chiffoleau, A. Bencsik. Valorisation de la Revue Française d'Histotechnologie. La Revue Française d'Histotechnologie: Etat de l'art, visibilité et améliorations présente et future de cette visibilité. Revue Française d'Histotechnologie, Association française d'histotechnologie, 2019, 31 (1), pp.93-120. ⟨10.25830/afh.rfh.2019.31.1.93⟩. ⟨anses-02266715⟩
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Clémence Bourély, Géraldine Cazeau, Eric Jouy, Marisa Haenni, Jean-Yves Madec, et al.. Antimicrobial resistance of Pasteurella multocida isolated from diseased food-producing animals and pets. Veterinary Microbiology, Elsevier, 2019, 235, pp.280-284. ⟨10.1016/j.vetmic.2019.07.017⟩. ⟨hal-02622656⟩
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Conference papers

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Quentin Hamdaoui, François Gaie-Levrel, Tatiana Macé, Sophie Vaslin-Reimann, Frédéric Flamant, et al.. Development and metrological characterization of an aerosol generation device dedicated to inhalation toxicology studies: the nanopesticide case. 19th International Congress of Metrology, Sep 2019, Paris, France. pp.07002, ⟨10.1051/metrology/201907002⟩. ⟨anses-03725755⟩
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Reports

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Gilles G. Meyer, Catherine C. Belloc, Stéphane Bertagnoli, Alain Boissy, Henri-Jean Boulouis, et al.. Avis de l’Anses, de l’environnement et du travail relatif à « la mise à jour des connaissances sur les méthodes et procédés d’inactivation du virus de la peste porcine africaine (PPA) ». [Autre] Saisine n°2018-SA-0237, Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES). 2019, 39 p. ⟨anses-02154220⟩
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Theses

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Pierre Villard. Évaluation de l'impact et de l'efficacité de la surveillance et de la lutte de la fièvre catarrhale ovine en France. Santé publique et épidémiologie. Université de Lyon, 2019. Français. ⟨NNT : 2019LYSE1351⟩. ⟨tel-02524618⟩
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2018

Journal articles

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Dorian Sargent, Dominique Bétemps, Matthieu Drouyer, Jérémy Verchere, Damien Gaillard, et al.. Investigating the neuroprotective effect of AAV-mediated β-synuclein overexpression in a transgenic model of synucleinopathy. Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2018, 8, pp.17563. ⟨10.1038/s41598-018-35825-2⟩. ⟨hal-03326879⟩
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Clémence Boireau, Nathalie Jarrige, Géraldine Cazeau, Eric Jouy, Marisa Haenni, et al.. Représentativité et couverture du Résapath, le réseau d’épidémiosurveillance de l’antibiorésistance des bactéries pathogènes animales. Bulletin épidémiologique, ANSES, 2018, pp.1-4. ⟨anses-01704818⟩
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https://hal-anses.archives-ouvertes.fr/anses-01704818/file/O-002_2018-01-23_Antibiogramme_Boireau_Maq-VF_0.pdf BibTex
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Viviane Hénaux, Didier Calavas. Scénarios alternatifs pour l'amélioration de l'efficience du système de surveillance de la brucellose bovine en France. Bulletin épidémiologique, ANSES, 2018, pp.15-19. ⟨anses-01704823⟩
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Aurélie Jayol, Camille Corlouer, Marisa Haenni, Mélanie Darty, Karine Maillard, et al.. Are animals a source of Stenotrophomonas maltophilia in human infections? Contributions of a nationwide molecular study. European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Springer Verlag, 2018, 37 (6), pp.1039-1045. ⟨10.1007/s10096-018-3203-0⟩. ⟨hal-03047714⟩
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Anne-Sophie Godeux, Agnese Lupo, Marisa Haenni, Simon Guette-Marquet, Gottfried Wilharm, et al.. Fluorescence-Based Detection of Natural Transformation in Drug-Resistant Acinetobacter baumannii. Journal of Bacteriology, American Society for Microbiology, 2018, 200 (19), ⟨10.1128/JB.00181-18⟩. ⟨hal-01920908⟩
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Nathalie Jarrige, Magdéléna Chanteperdrix, Emilie Gay. Exposition des veaux de boucherie aux antibiotiques. Bulletin épidémiologique, ANSES, 2018, pp.1-4. ⟨anses-01704813⟩
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Marisa Haenni, Racha Beyrouthy, Agnese Lupo, Pierre Châtre, Jean-Yves Madec, et al.. Epidemic spread of Escherichia coli ST744 isolates carrying mcr-3 and blaCTX-M-55 in cattle in France. Journal of Antimicrobial Chemotherapy, Oxford University Press (OUP), 2018, 73 (2), pp.533-536. ⟨10.1093/jac/dkx418⟩. ⟨hal-01682274⟩
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Clémence Bourély, Didier Calavas, Nicolas Fortané, Emilie Gay, Agnès Leblond. Why do veterinarians ask for antimicrobial susceptibility testing? A qualitative study exploring determinants and evaluating the impact of antibiotic reduction policy. Preventive Veterinary Medicine, Elsevier, 2018, 159 (1), pp.123-134. ⟨10.1016/j.prevetmed.2018.09.009⟩. ⟨hal-02015782⟩
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Julien Cauchard, Alizé Mercier, Sylvain Falala, Anne Bronner, Renaud Lancelot, et al.. Dermatose nodulaire contagieuse bovine : situation épidémiologique dans les Balkans et en Turquie au 30 novembre 2017. Bulletin épidémiologique, ANSES, 2018, pp.1-5. ⟨anses-01704803⟩
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Other publications

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Benoit Barrès, M.-F. Corio-Costet, Daniele Debieu, Christophe Délye, Sabine Fillinger, et al.. Auteurs du site web Réseau de Réflexion et de Recherche sur la Résistance aux Pesticides (R4P) www.r4p-inra.fr. Réseau de Réflexion et de Recherche sur la Résistance aux Pesticides (R4P), 2018. ⟨hal-03318933⟩
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Reports

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Claude Saegerman, Eric Baubet, Catherine C. Belloc, Eric Collin, Claude Fischer, et al.. Avis de l’Anses relatif à « une évaluation du risque lié au dépeuplement d’élevages porcins, opérations mises en œuvre en cas de foyers de PPA en élevage ». [Autre] Saisine n°2018-SA-0251, Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (ANSES). 2018, 21 p. ⟨anses-02154071⟩
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2017

Journal articles

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Marisa Haenni, Pierre Châtre, Céline Dupieux-Chabert, Véronique Métayer, Michèle Bes, et al.. Molecular Epidemiology of Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus in Horses, Cats, and Dogs Over a 5-Year Period in France. Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2017, 8, pp.2493. ⟨10.3389/fmicb.2017.02493⟩. ⟨hal-01911521⟩
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Eliette Schultz, Sylvie Baucheron-Monnier, Agnese Lupo, Estelle Saras, Axel Cloeckaert, et al.. Complete sequences of qnrD-carrying plasmids in Proteus spp. collected from French animals. Journal of Global Antimicrobial Resistance, Elsevier, 2017, 10, pp.306-307. ⟨10.1016/j.jgar.2017.08.003⟩. ⟨hal-01608215⟩
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Pascal Hendrickx, Axel Decourtye, Maryline Pioz, Stéphanie Franco, Sébastien Wendling, et al.. L'épidémiologie appliquée à la santé de l'abeille domestique. Bulletin épidémiologique, ANSES, 2017, 5 p. ⟨hal-02622568⟩
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BibTex
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Eliette Schultz, Olivier Barraud, Jean Yves Madec, Marisa Haenni, Axel Cloeckaert, et al.. Multidrug resistance Salmonella genomic island 1 in a Morganella morganii subsp. morganii human clinical isolate from France. MSphere, American Society for Microbiology., 2017, 2 (2), 5 p. ⟨10.1128/mSphere.00118-17⟩. ⟨hal-01606703⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01606703/file/e00118-17.full.pdf BibTex
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Nicolas Naudet, Emilie Antier, Damien Gaillard, Eric Morignat, Latifa Lakhdar, et al.. Oral Exposure to Paraquat Triggers Earlier Expression of Phosphorylated α-Synuclein in the Enteric Nervous System of A53T Mutant Human α-Synuclein Transgenic Mice. Journal of Neuropathology and Experimental Neurology, Oxford University Press, 2017, 76 (12), pp.1046 - 1057. ⟨10.1093/jnen/nlx092⟩. ⟨anses-01773080⟩
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Gérard Moulin, Anne Chevance, Delphine Méheust, Eric Jouy, Nathalie Jarrige, et al.. Ecoantibio 2017 : bilan, évolution des consommations et des résistances, pourquoi un Ecoantibio 2?. Bulletin des GTV, 2017, pp.15-25. ⟨anses-01678554⟩
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Books

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Sylvie Maugat, Anne Berger-Carbonne, Mélanie Colomb-Cotinat, Catherine Dumartin, Muriel Péfau, et al.. Consommation d'antibiotiques et résistance aux antibiotiques en France : soyons concernés, soyons responsables. Santé publique France. pp.1-11, 2017, 979-10-289-0397-8. ⟨anses-01678803⟩
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Theses

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Nicolas Naudet. Impact moléculaire de l’exposition subchronique par voie orale à un pesticide, le paraquat, dans un modèle murin transgénique de synucléinopathie humaine : implication du système nerveux entérique. Autre [q-bio.OT]. Université de Lyon, 2017. Français. ⟨NNT : 2017LYSE1280⟩. ⟨tel-01768310⟩
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2016

Journal articles

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Philippe Marianneau, Damien Vitour, Julie Gouzil, Virginie Doceul, Stephan Zientara. Données virologiques et épidémiologiques récentes sur les orthobunyavirus humains et animaux : conséquences sur les risques de diffusion et d’introduction de nouvelles maladies.. Bulletin épidémiologique, ANSES, 2016, pp.22-24. ⟨hal-02630171⟩
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Jean-Yves Madec, Marisa Haenni, Cécile Ponsin, Nicolas Kieffer, Emmanuelle Rion, et al.. Sequence Type 48 Escherichia coli Carrying the bla CTX-M-1 IncI1/ST3 Plasmid in Drinking Water in France. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, American Society for Microbiology, 2016, 60 (10), pp.6430-6432. ⟨10.1128/AAC.01135-16⟩. ⟨anses-03440485⟩
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BibTex
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Claudia Filippone, Guillaume Castel, Séverine Murri, Frédérik Beaulieux, Myriam Ermonval, et al.. Discovery of hantavirus circulating among Rattus rattus in French Mayotte island, Indian Ocean.. Journal of General Virology, Microbiology Society, 2016, 97 (5), pp.1060-1065. ⟨10.1099/jgv.0.000440⟩. ⟨pasteur-01350075⟩
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