Publications HAL du labo/EPI 482911

2024

Journal articles

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Armelle Marais, Pascal Gentit, Yoann Brans, Jean Philippe Renvoisé, Chantal Faure, et al.. Comparative performance evaluation of double-stranded RNA high-throughput sequencing for the detection of viral infection in temperate fruit crops. Phytopathology, 2024, early view, ⟨10.1094/PHYTO-12-23-0480-R⟩. ⟨hal-04530518⟩
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Guillaume Fried, Laurence Affre, Arnaud Albert, Philippe Antonetti, François Bretagnolle, et al.. Analysis of the terminology relating to exogenous vascular plants: application to the inventory of archaeo-phytes and neophytes of metropolitan France. Naturae, 2024, 2024 (4), pp.69-97. ⟨10.5852/naturae2024a4⟩. ⟨hal-04504129⟩
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Andrea Battisti, Andre A. Walker, Mizuki Uemura, Myron P. Zalucki, Anne Sophie A. S. Brinquin, et al.. Look but do not touch: the occurrence of venomous species across Lepidoptera. Entomologia Generalis, In press, ⟨10.1127/entomologia/2023/2295⟩. ⟨hal-04520674⟩
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2023

Journal articles

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Emeline Charbonnel, Marie‐Pierre Chapuis, Andrea Taddei, Mark K Schutze, Melissa L Starkie, et al.. Evaluation of identification methods for cryptic Bactrocera dorsalis (Diptera: Tephritidae) specimens: combining morphological and molecular techniques. Journal of Economic Entomology, 2023, 116 (6), pp.2193-2200. ⟨10.1093/jee/toad178⟩. ⟨hal-04271012v2⟩
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Jean‐Claude Streito, Emilie Mendes, Emmanuel Sanquer, Martin Strugarek, David Ouvrard, et al.. Incursion Preparedness, Citizen Science and Early Detection of Invasive Insects: The Case of Aleurocanthus spiniferus (Hemiptera, Aleyrodidae) in France. Insects, 2023, 14 (12), pp.916. ⟨10.3390/insects14120916⟩. ⟨hal-04395756⟩
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Isis Poinas, Guillaume Fried, Laura Henckel, Christine N. Meynard. Agricultural drivers of field margin plant communities are scale-dependent. Basic and Applied Ecology, 2023, 72, pp.55-63. ⟨10.1016/j.baae.2023.08.003⟩. ⟨hal-04254641⟩
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Enora Dupas, Karine Durand, Adrien Rieux, Martial Briand, Olivier Pruvost, et al.. Suspicions of two bridgehead invasions of Xylella fastidiosa subsp. multiplex in France. Communications Biology, 2023, 6 (1), pp.103. ⟨10.1038/s42003-023-04499-6⟩. ⟨hal-03975291⟩
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Elodie Muller, Miloň Dvořák, Benoit Marçais, Elsa Caeiro, Bernard Clot, et al.. Conditions of emergence of the Sooty Bark Disease and aerobiology of Cryptostroma corticale in Europe. NeoBiota, 2023, 84, pp.319 - 347. ⟨10.3897/neobiota.84.90549⟩. ⟨hal-04231296⟩
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Sébastien Boinot, Cendrine Mony, Guillaume Fried, Aude Ernoult, Stéphanie Aviron, et al.. Weed communities are more diverse, but not more abundant, in dense and complex bocage landscapes. Journal of Applied Ecology, In press, 60 (1), pp.4-16. ⟨10.1111/1365-2664.14312⟩. ⟨hal-03864795⟩
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Charly Géron, Ross N. Cuthbert, Hoël Hotte, David Renault. Density-dependent predatory impacts of an invasive beetle across a subantarctic archipelago. Scientific Reports, 2023, 13 (1), pp.14456. ⟨10.1038/s41598-023-41089-2⟩. ⟨hal-04225862⟩
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Guillaume Fried, Isis Poinas, Laura Henckel, Audrey Alignier. Major field margin vegetation types in France and their relationships with climate, agricultural landscapes and management intensity. Botany Letters, In press, pp.1-18. ⟨10.1080/23818107.2023.2269243⟩. ⟨hal-04309328⟩
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Nicolas Mariette, Hoël Hotte, Anne-Marie Chappé, Marie Grosdidier, Géraldine Anthoine, et al.. Two decades of epidemiological surveillance of the pine wood nematode in France reveal its absence despite suitable conditions for its establishment. Annals of Forest Science, 2023, 80 (1), pp.21. ⟨10.1186/s13595-023-01186-8⟩. ⟨hal-04160801⟩
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Damien Richard, Philippe Roumagnac, Olivier Pruvost, Pierre Lefeuvre. A network approach to decipher the dynamics of Lysobacteraceae plasmid gene sharing. Molecular Ecology, 2023, 32 (10), pp.2660-2673. ⟨10.1111/mec.16536⟩. ⟨hal-03792397⟩
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Isabelle Robène, Véronique Maillot, Yann Pecrix, Santatra Ravelomanantsoa, Delphine Massé, et al.. Loop-Mediated Isothermal Amplification assays for rapid detection of Ralstonia solanacearum species complex and Phylotype I in solanaceous crops. PhytoFrontiers, 2023, 3 (3), pp.582--593. ⟨10.1094/phytofr-08-22-0089-r⟩. ⟨hal-04330483⟩
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Renaud Ioos, Alexandra Puertolas, Camille Renault, Aida Ndiaye, Isabelle Cerf-Wendling, et al.. Harnessing the power of comparative genomics to support the distinction of sister species within Phyllosticta and development of highly specific detection of Phyllosticta citricarpa causing citrus black spot by real-time PCR. PeerJ, 2023, 11, pp.e16354. ⟨10.7717/peerj.16354⟩. ⟨anses-04399883⟩
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Gilles Cellier, Thibault Nordey, Laura Cortada, Mirana Gauche, Hasina Rasoamanana, et al.. Molecular Epidemiology of Ralstonia pseudosolanacearum Phylotype I Strains in the Southwest Indian Ocean Region and Their Relatedness to African Strains. Phytopathology, 2023, 113 (3), pp.423-435. ⟨10.1094/PHYTO-09-22-0355-R⟩. ⟨anses-04398197⟩
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Laurence Svanella-Dumas, Iason Tsarmpopoulos, Armelle Marais, Chantal Faure, Sebastien Theil, et al.. Molecular and biological characterization of novel and known Sequiviridae members infecting lettuce. Phytopathology, 2023, 113 (8), ⟨10.1094/PHYTO-03-23-0095-R⟩. ⟨hal-04083420⟩
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Anne-Laure Boutigny, Benoît Remenant, Bruno Legendre, Véronique Béven, Mathieu Rolland, et al.. Direct Xylella fastidiosa whole genome sequencing from various plant species using targeted enrichment. Journal of Microbiological Methods, 2023, 208, pp.106719. ⟨10.1016/j.mimet.2023.106719⟩. ⟨anses-04074627⟩
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Stéphane Cordeau, Guillaume Adeux, Bruno Chauvel, Simon Giuliano, Alain Rodriguez, et al.. Caractérisation de l’état du sol. Les adventices sont-elles (bio)indicatrices ?. TCS. Techniques Culturales Simplifiées, 2023, 122, pp.8-17. ⟨hal-04114763⟩
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Pascal Rousse, Nicolas Borowiec, P. Reynaud. Un nouvel auxiliaire potentiel pour freiner Drosophila suzukii. Phytoma , 2023, 761, pp.45-47. ⟨hal-04166198⟩
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Ella Z Daly, Olivier Chabrerie, Francois Massol, Benoit Facon, Manon C M Hess, et al.. A synthesis of biological invasion hypotheses associated with the introduction–naturalisation–invasion continuum. Oikos, 2023, 5, pp.e09645. ⟨10.1111/oik.09645⟩. ⟨hal-04007040⟩
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C. Besombes, M. Marsot, P. Parneix, C. Fourichon, Philippe Reignault, et al.. Conference report on preparedness for new emerging infectious disease epidemics and their socio-economic consequences. Infectious Diseases Now, 2023, 53 (4), pp.104705. ⟨10.1016/j.idnow.2023.104705⟩. ⟨hal-04185872⟩
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Poster communications

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Anne-Laure Boutigny, Quentin Pouderoux, Christine Tayeh, A. Fraisse, Jaime Aguayo, et al.. Pathobiome analyses in vegetable food products. 12th International Congress of Plant Pathology, Aug 2023, LYON, France. , Poster. ⟨anses-04450015⟩
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Reports

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Michel Gautier, Guillaume Fried, Thaura Ghneim-Herrera, Florian Guillou, Valérie Le Corre, et al.. Méthodes d’évaluation des risques sanitaires et environnementaux et des enjeux socio-économiques associés aux plantes obtenues au moyen de certaines nouvelles techniques génomiques (NTG). Saisine n° 2021-SA-0019, ANSES. 2023, 287 p. ⟨anses-04502537⟩
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Nicolas Desneux, Andrea Battisti, Anne-Sophie Brinquin, Rudy Caparros Megido, Gilbert Gault, et al.. Analyse des risques sanitaires liés à l’exposition aux chenilles émettrices de poils urticants et élaboration de recommandations de gestion. Saisine n°2020-SA-0005, Anses. 2023, 360 p. ⟨anses-04415035⟩
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Chris Roth, Sandrine Fraize-Frontier, Yannick Bayona, Maïté Brugioni, Aymeric Dopter, et al.. Guide méthodologique pour la planification des expertises, l’analyse d’incertitude, la revue de la littérature et l’évaluation du poids des preuves - Rapport du Groupe de travail « Accompagnement de la mise en œuvre des recommandations du GT MER » [GT ACCMER]. Anses. 2023, 114 p. ⟨anses-04276684⟩
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Jean-Claude Gregoire, Martin Godefroid, Hervé Jactel, Raphaëlle Mouttet, Cécile Robin, et al.. Avis de l'Anses relatif à « la catégorisation de Xylotrechus chinensis ». Saisine n°2023-SA-0028, Anses. 2023, 33 p. ⟨anses-04353534⟩
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2022

Journal articles

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Thomas Dumartinet, Sébastien Ravel, Véronique Roussel, Luis Perez‐vicente, Jaime Aguayo, et al.. Complex adaptive architecture underlies adaptation to quantitative host resistance in a fungal plant pathogen. Molecular Ecology, 2022, 31 (4), pp.1160-1179. ⟨10.1111/mec.16297⟩. ⟨hal-03510878⟩
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Guillaume Fried, Cécile Blanchet, Loreleï Cazenave, Marie‐Charlotte Bopp, Elena Kazakou, et al.. Consistent response of weeds according to Grime's CSR strategies along disturbance and resource gradients in Bordeaux vineyards. Weed Research, 2022, 62, pp.347-359. ⟨10.1111/wre.12549⟩. ⟨hal-03759629⟩
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https://hal.science/hal-03759629/file/Weed%20Research%20-%202022%20-%20Fried%20-%20Consistent%20response%20of%20weeds%20according%20to%20Grime%20s%20CSR%20strategies%20along%20disturbance%20and%281%29.pdf BibTex
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Sofia Branco, Massimo Faccoli, Eckehard G. Brockerhoff, Géraldine Roux, Hervé Jactel, et al.. Preventing invasions of Asian longhorn beetle and citrus longhorn beetle: are we on the right track?. Journal of Pest Science, 2022, 95 (1), pp.41-66. ⟨10.1007/s10340-021-01431-x⟩. ⟨hal-03366792⟩
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Nathan Garcia, Eric Grenier, Alain Buisson, Laurent Folcher. Diversity of plant parasitic nematodes characterized from fields of the French national monitoring programme for the Columbia root-knot nematode. PLoS ONE, 2022, 17 (3), pp.e0265070. ⟨10.1371/journal.pone.0265070⟩. ⟨hal-03696582⟩
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Christine Tayeh, Maria Rosaria Mannino, Olaf Mosbach‐schulz, Giuseppe Stancanelli, Sara Tramontini, et al.. Proposal of a ranking methodology for plant threats in the EU. EFSA Journal, 2022, 20 (1), pp.e07025. ⟨10.2903/j.efsa.2022.7025⟩. ⟨hal-03580503⟩
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Jana Bürger, Filip Küzmič, Urban Šilc, Florian Jansen, Erwin Bergmeier, et al.. Two sides of one medal: Arable weed vegetation of Europe in phytosociological data compared to agronomical weed surveys. Applied Vegetation Science, 2022, 25 (1), ⟨10.1111/avsc.12460⟩. ⟨hal-03637578⟩
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Marie-Charlotte Bopp, Guillaume Fried, Aurélie Metay, Denis Bastianelli, Laurent Bonnal, et al.. Linkages between traits and decomposition of weed communities along a soil management and pedoclimate gradient in Mediterranean vineyards. Annals of Botany, 2022, 130 (4), pp.547-560. ⟨10.1093/aob/mcac099⟩. ⟨hal-03819778⟩
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Margarita C G Correa, Ferran Palero, Vitor C Pacheco da Silva, M. Bora Kaydan, Jean-Francois Germain, et al.. Identifying cryptic species of Planococcus infesting vineyards to improve control efforts. Journal of Pest Science, 2022, 96 (2), pp.573 - 586. ⟨10.1007/s10340-022-01532-1⟩. ⟨hal-04228799⟩
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François Verheggen, Benoit Barrès, Romain Bonafos, Nicolas Desneux, Abraham Escobar-Gutiérrez, et al.. Producing sugar beets without neonicotinoids: An evaluation of alternatives for the management of viruses-transmitting aphids. Entomologia Generalis, 2022, 42 (4), pp.491 - 498. ⟨10.1127/entomologia/2022/1511⟩. ⟨hal-03741244⟩
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Guillaume Fried, Valérie Le Corre, Tiana Rakotoson, Julie Buchmann, Thomas Germain, et al.. Impact of new management practices on arable and field margin plant communities in sunflower, with an emphasis on the abundance of Ambrosia artemisiifolia (Asteraceae). Weed Research, 2022, 62 (2), pp.134-148. ⟨10.1111/wre.12522⟩. ⟨hal-03605124⟩
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Delphine Massé, Denis Filloux, Thierry T. Candresse, Sébastien Massart, Armelle Marais, et al.. Identification of a novel vitivirus from pineapple in Reunion Island. Archives of Virology, 2022, 167, pp.2355-2357. ⟨10.1007/s00705-022-05512-9⟩. ⟨hal-03741440⟩
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Marie-Charlotte Bopp, Elena Kazakou, Aurélie Metay, Guillaume Fried. Relative importance of region, seasonality and weed management practice effects on the functional structure of weed communities in French vineyards. Agriculture, Ecosystems & Environment, 2022, 330, pp.107892. ⟨10.1016/j.agee.2022.107892⟩. ⟨hal-04024218⟩
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Guillaume Adeux, Séverin Yvoz, Luc Biju-Duval, Emilie Cadet, Pascal Farcy, et al.. Cropping system diversification does not always beget weed diversity. European Journal of Agronomy, 2022, 133, pp.126438. ⟨10.1016/j.eja.2021.126438⟩. ⟨hal-03566019⟩
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Aurélie Metay, Léo Garcia, Elena Kazakou, Guillaume Fried. Effet des couverts sur la flore en viticulture. Agronomie, Environnement & Sociétés, 2022, Pour gérer les adventices, quelles opportunités et quels effets des couverts végétaux?, 12 (1), pp.1-19. ⟨10.54800/prt789⟩. ⟨hal-03776173⟩
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Philippe Kreiter, Vincent Lépinay, Nicolas Ris, Sylvie Warot, Andréanne Belet, et al.. COCHORTI -Les cochenilles sur les plantes ornementales et leurs parasitoïdes. Innovations - Revue d’économie et de management de l'innovation, 2022, 85, pp.61-71. ⟨10.17180/ciag-2022-vol85-art05⟩. ⟨hal-03707511⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03707511/file/2022_Kreiter_Innovations%20Agronomiques%2085.pdf BibTex
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Benedicte Lebas, Ian Adams, Maher Al Rwahnih, Steve Baeyen, Guillaume J. Bilodeau, et al.. Facilitating the adoption of high‐throughput sequencing technologies as a plant pest diagnostic test in laboratories: A step‐by‐step description. EPPO Bulletin, 2022, 52 (2), pp.394-418. ⟨10.1111/epp.12863⟩. ⟨hal-03753454⟩
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Maud Thierry, Florian Charriat, Joëlle Milazzo, Henri Adreit, Sébastien Ravel, et al.. Maintenance of divergent lineages of the Rice Blast Fungus Pyricularia oryzae through niche separation, loss of sex and post-mating genetic incompatibilities. PLoS Pathogens, 2022, 18, pp.e1010687. ⟨10.1371/journal.ppat.1010687⟩. ⟨hal-03948351⟩
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Sylvain Poggi, Nicolas Desneux, Hervé Jactel, Christine Tayeh, François Verheggen. A nationwide pest risk analysis in the context of the ongoing Japanese beetle invasion in Continental Europe: The case of metropolitan France. Frontiers in Insect Science, 2022, 2, ⟨10.3389/finsc.2022.1079756⟩. ⟨hal-04169728⟩
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D. Renault, C. Leclerc, M.A. Colleu, A. Boutet, H. Hotte, et al.. The rising threat of climate change for arthropods from Earth’s cold regions: Taxonomic rather than native status drives species sensitivity. Global Change Biology, 2022, 28 (20), pp.1-14. ⟨10.1111/gcb.16338⟩. ⟨hal-03735798⟩
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Coline Temple, Arnaud G. Blouin, Kris de Jonghe, Yoika Foucart, Marleen Botermans, et al.. Biological and genetic characterization of Physostegia chlorotic mottle virus in Europe based on host range, location, and time.. Plant Disease, In press, 106, pp.2797-2807. ⟨10.1094/PDIS-12-21-2800-RE⟩. ⟨hal-03650383⟩
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Hoël Hotte, Marie-Sophie Neveux, Fabrice Ollivier, Nicolas Mariette, Laurent Folcher, et al.. Can quarantine plant-parasitic nematodes within wastes be managed by useful tools in a circular economy approach?. Journal of Environmental Management, 2022, 323, pp.116184. ⟨10.1016/j.jenvman.2022.116184⟩. ⟨anses-04051118⟩
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Poster communications

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Delphine Massé, Thierry T. Candresse, Denis Filloux, Sébastien Massart, E Fernandez, et al.. Characterization of the viral community associated with pineapple mealybug wilt diseased plants in Reunion Island through a metagenomic approach. 15. International symposium of plant virus epidemiology, Jun 2022, Madrid, Spain. , 2022. ⟨hal-03695116⟩
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Reports

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François Verheggen, Nicolas Desneux, Hervé Jactel, Sylvain Poggi, Antonio Biondi, et al.. Demande d’évaluation du risque simplifiée (ERS) lié à Popillia japonica, le scarabée japonais, pour la France métropolitaine : Avis de l’Anses Rapport d’expertise collective. Saisine n° 2021-SA-0090, Anses. 2022, 202 p. ⟨anses-04023723⟩
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Laurent Gentzbittel, Marie-Laure Desprez-Loustau, Florence Fontaine, Ivan Sache, Didier Tharreau, et al.. Stratégies de lutte vis-à-vis du chancre coloré du platane (Ceratocystis platani) : Avis de l’Anses Rapport d’expertise collective. Saisine n° 2020-SA-0073, Anses. 2022, 123 p. ⟨anses-04023467⟩
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Jean-Claude Malausa, Romain Bonafos, Serge Kreiter, Nicolas Desneux, Bénédicte Gautier, et al.. Avis de l'Anses relatif à l’élaboration d’un guide précisant les éléments à renseigner dans le cadre des demandes d’autorisation d’introduction dans l’environnement de macro-organismes non indigènes utiles aux végétaux. Saisine n°2021-AUTO-0134, Anses. 2022, 49 p. ⟨anses-04079597⟩
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Preprints, Working Papers, ...

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Jean-Michel Lett, Delphine Massé, Denis Filloux, Thierry T. Candresse, Sébastien Massart, et al.. Identification of a novel vitivirus from pineapple in Reunion Island. 2022. ⟨hal-03752377⟩
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2021

Journal articles

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Bérenger Bourgeois, François Munoz, Sabrina Gaba, Pierre Denelle, Guillaume Fried, et al.. Functional biogeography of weeds reveals how anthropogenic management blurs trait–climate relationships. Journal of Vegetation Science, 2021, 32 (2), pp.1-12. ⟨10.1111/jvs.12999⟩. ⟨hal-03230615⟩
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Denis Kutnjak, Lucie Tamisier, Ian Adams, Neil Boonham, Thierry T. Candresse, et al.. A Primer on the Analysis of High-Throughput Sequencing Data for Detection of Plant Viruses. Microorganisms, 2021, 9 (4), pp.841. ⟨10.3390/microorganisms9040841⟩. ⟨hal-03200602⟩
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Olivier Pruvost, Damien Richard, Karine Boyer, Stéphanie Javegny, Claudine Boyer, et al.. Diversity and Geographical Structure of Xanthomonas citri pv. citri on Citrus in the South West Indian Ocean Region. Microorganisms, 2021, 9 (5), pp.945. ⟨10.3390/microorganisms9050945⟩. ⟨hal-03276628⟩
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Bruno Chauvel, Guillaume Fried, Swen Follak, Daniel Chapman, Yuliana Kulakova, et al.. Monographs on invasive plants in Europe N° 5: Ambrosia trifida L.. Botany Letters, 2021, 168 (2), pp.167-190. ⟨10.1080/23818107.2021.1879674⟩. ⟨hal-03162038⟩
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Arturo Goldarazena, Bruno Michel, Laurence Mound. Pennathrips (Thysanoptera: Thripidae), a new panchaetothripine genus from New Caledonia. Zootaxa, 2021, 5016 (1), pp.142-146. ⟨10.11646/zootaxa.5016.1.8⟩. ⟨hal-03334443⟩
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Nadine Ali, Johannes Tavoillot, Bernard Martiny, Odile Fossati- Gaschignard, Stephan Plas, et al.. Legacy of plant-parasitic nematode communities from past ecosystems and shift by recent afforestation. Global Ecology and Conservation, 2021, 26, pp.e01423. ⟨10.1016/j.gecco.2020.e01423⟩. ⟨hal-03092223⟩
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Damien Derrouch, Fabrice Dessaint, Guillaume Fried, Bruno Chauvel. Weed community diversity in conservation agriculture: Post-adoption changes. Agriculture, Ecosystems & Environment, 2021, 312, pp.107351. ⟨10.1016/j.agee.2021.107351⟩. ⟨hal-03272802⟩
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Cecile Desbiez, Pascal Gentit, Pascaline Cousseau-Suhard, Isabelle Renaudin, Eric Verdin. First report of Tomato leaf curl New Delhi virus infecting courgette in France. New Disease Reports, 2021, 42 (2), pp.e12006. ⟨10.1002/ndr2.12006⟩. ⟨hal-03230529⟩
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Jaime Aguayo, Claude Husson, Emilie Chancerel, Olivier Fabreguettes, Anne Chandelier, et al.. Combining permanent aerobiological networks and molecular analyses for large‐scale surveillance of forest fungal pathogens: A proof‐of‐concept. Plant Pathology, 2021, 70 (1), pp.181-194. ⟨10.1111/ppa.13265⟩. ⟨hal-02950504⟩
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Nicolas Sauvion, Jean Peccoud, Christine N. Meynard, David Ouvrard. Occurrence data for the two cryptic species of Cacopsylla pruni (Hemiptera: Psylloidea). Biodiversity Data Journal, 2021, 9, pp.e68860. ⟨10.3897/BDJ.9.e68860⟩. ⟨hal-03230951v2⟩
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Samia Laala, Sophie Cesbron, Mohamed Kerkoud, Franco Valentini, Zouaoui Bouznad, et al.. Characterization of Xanthomonas campestris pv. campestris in Algeria. Phytopathologia Mediterranea, 2021, 60 (1), pp.51-62. ⟨10.36253/phyto-11726⟩. ⟨hal-03312974⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03312974/file/riccardo%252C%2BOP04282_05.pdf%22%3Bfilename%2A%3DUTF-8%27%27riccardo%252C%2BOP04282_05.pdf BibTex
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Elena Kazakou, Guillaume Fried, Pierre‐olivier Cheptou, Olivier Gimenez. Does seed mass drive interspecies variation in the effect of management practices on weed demography?. Ecology and Evolution, 2021, 11 (19), pp.13166-13174. ⟨10.1002/ece3.8038⟩. ⟨hal-03442201⟩
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Camila Andrade, Alexandre Villers, Gerard Balent, Avner Bar-Hen, Joël Chadoeuf, et al.. A real‐world implementation of a nationwide, long‐term monitoring program to assess the impact of agrochemicals and agricultural practices on biodiversity. Ecology and Evolution, 2021, 11 (9), pp.3771-3793. ⟨10.1002/ece3.6459⟩. ⟨hal-03169155⟩
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Romain Thevenoux, Van-Linh Le, Heloïse Villessèche, Alain Buisson, Marie Beurton-Aimar, et al.. Image based species identification of Globodera quarantine nematodes using computer vision and deep learning. Computers and Electronics in Agriculture, 2021, 186, ⟨10.1016/j.compag.2021.106058⟩. ⟨hal-03319310⟩
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D. Massé, N. Cassam, B. Hostachy, M.-L. Iskra-Caruana, M. Darnaudery, et al.. First Report of Three Pineapple Mealybug Wilt-Associated Viruses in Queen Victoria Pineapples in Reunion Island. Plant Disease, 2021, 105 (3), pp.715-715. ⟨10.1094/PDIS-05-20-1068-PDN⟩. ⟨hal-03469315⟩
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Kévin Fontaine, Céline Fourrier-Jeandel, Andrew Armitage, Anne-Laure Boutigny, Manuela Crépet, et al.. Identification and pathogenicity of Alternaria species associated with leaf blotch disease and premature defoliation in French apple orchards. PeerJ, 2021, 9, pp.e12496. ⟨10.7717/peerj.12496⟩. ⟨hal-03538379⟩
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Arturo Goldarazena, Bruno Michel, Fred Jacq. Copidothrips octarticulatus recorded from Tahiti, with first description of the male and larvae (Thysanoptera, Thripidae, Panchaetothripinae). Zootaxa, 2021, 4949 (3), pp.591-594. ⟨10.11646/zootaxa.4949.3.10⟩. ⟨hal-03211916⟩
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Reports

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Pascal Gentit, Thierry Wetzel, Emmanuel Gachet, Xavier Tassus. Avis sur l'efficacité des méthodes visant à la destruction de végétaux contaminés par le virus de la sharka en verger de Prunus : Avis de l’Anses Rapport d’expertise collective. [0] Saisine n° 2019-SA-0048, Anses. 2021, 66 p. ⟨anses-03799162⟩
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Thierry Candresse, Marie‐hélène Balesdent, Bruno Hostachy, Sébastien Massart, Xavier Tassus. Demande d’avis de l’Anses sur les cahiers des charges relatifs aux obligations incombant aux établissements producteurs de vitroplants (VP) de bananiers à destination de la Guadeloupe, de la Guyane, de la Martinique, de Mayotte et de la Réunion, et aux conditions d’acclimatation de VP de bananier sur ces mêmes territoires. : Avis de l’Anses Rapport d’expertise collective. Saisine n° 2020-SA-0119, Anses. 2021, 62 p. ⟨anses-03927347⟩
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Jean-Pierre Rossi, Philippe Ryckewaert, Jean-Claude Streito, Christine Tayeh. Demande d’évaluation du risque phytosanitaire simplifiée pour la Martinique et la Guyane suite au signalement d’une punaise invasive Brachyplatys subaeneus en Guadeloupe : Avis de l’Anses Rapport d’expertise collective. [0] Saisine n° 2020-SA-0133, Anses. 2021, 60 p. ⟨anses-03798981⟩
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Hervé Jactel, Benoît Barrès, Romain Bonafos, Nicolas Desneux, Abraham Escobar-Gutiérrez, et al.. Efficacité des traitements disponibles pour lutter contre les pucerons de la betterave : Avis de l’Anses Rapport d’expertise collective. [0] Saisine n° 2020-SA-0102, Anses. 2021, 137 p. ⟨anses-03799074⟩
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2020

Journal articles

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Arturo Goldarazena, Masami Matsumoto, Tolotra Ranarilalatiana, Niry Dianzinga, Enric Frago, et al.. Dendrothripoides moundi (Thysanoptera, Thripidae), a new species from Madagascar. Zootaxa, 2020, 4877 (2), pp.396-400. ⟨10.11646/zootaxa.4877.2.12⟩. ⟨hal-03037718⟩
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Hasina Rasoamanana, Santatra Ravelomanantsoa, Noura Yahiaoui, Niry Dianzinga, Emeline Rébert, et al.. Contrasting genetic diversity and structure among Malagasy Ralstonia pseudosolanacearum phylotype I populations inferred from an optimized Multilocus Variable Number of Tandem Repeat Analysis scheme. PLoS ONE, 2020, 15 (12), pp.e0242846. ⟨10.1371/journal.pone.0242846⟩. ⟨hal-03274020⟩
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François Munoz, Guillaume Fried, Laura Armengot, Bérenger Bourgeois, Vincent Bretagnolle, et al.. Ecological Specialization and Rarity of Arable Weeds: Insights from a Comprehensible Survey in France. Plants, 2020, 9 (7), pp.824. ⟨10.3390/plants9070824⟩. ⟨hal-02886083⟩
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Alienor Jeliazkov, Darko Mijatovic, Stéphane Chantepie, Nigel Andrew, Raphaël Arlettaz, et al.. A global database for metacommunity ecology, integrating species, traits, environment and space. Scientific Data , 2020, 7 (1), pp.6. ⟨10.1038/s41597-019-0344-7⟩. ⟨hal-02438887⟩
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https://univ-lyon1.hal.science/hal-02438887/file/s41597-019-0344-7.pdf BibTex
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Romain Thevenoux, Laurent Folcher, Magali Esquibet, Didier Fouville, Josselin Montarry, et al.. The hidden diversity of the potato cyst nematode Globodera pallida in the south of Peru. Evolutionary Applications, 2020, 13 (4), pp.727-737. ⟨10.1111/eva.12896⟩. ⟨hal-03132824⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03132824/file/Thevenoux-2020-The%20hidden%20diversity%20of%20the%20potato%20cyst%20nematode.pdf BibTex
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Sophie Cesbron, Enora Dupas, Quentin Beaurepère, Martial Briand, Miguel Montes-Borrego, et al.. Development of A Nested-MultiLocus Sequence Typing Approach for A Highly Sensitive and Specific Identification of Xylella fastidiosa Subspecies Directly from Plant Samples. Agronomy, 2020, 10 (8), pp.1099. ⟨10.3390/agronomy10081099⟩. ⟨hal-02941839⟩
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Jaime Aguayo, Céline Fourrier-Jeandel, Xavier Capdevielle, Fabrice Vetillard, Dominique Piou, et al.. Assessment of molecular detection of Fusarium circinatum in insects and passive spore traps in Pinus radiata plantations. Forest Pathology, 2020, Online first, pp.1-13. ⟨10.1111/efp.12574⟩. ⟨hal-02627738⟩
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Thomas Barnouin, Fabien Soldati, Alain Roques, Massimo Faccoli, Lawrence Kirkendall, et al..

Bark beetles and pinhole borers recently or newly introduced to France (Coleoptera: Curculionidae, Scolytinae and Platypodinae)

. Zootaxa, 2020, 4877 (1), pp.51-74. ⟨10.11646/zootaxa.4877.1.2⟩. ⟨hal-03291145⟩
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Amandine Cunty, Bruno Legendre, Pauline Jerphanion, Virginie Juteau, Aurélie Forveille, et al.. Xylella fastidiosa subspecies and sequence types detected in Philaenus spumarius and in infected plants in France share the same locations. Plant Pathology, 2020, 69 (9), pp.1798-1811. ⟨10.1111/ppa.13248⟩. ⟨hal-04059669⟩
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Clément Bezier, Géraldine Anthoine, Abdérafi Charki. Reliability of RT-PCR tests to detect SARS-CoV-2: risk analysis. International Journal of Metrology and Quality Engineering, 2020, 11, ⟨10.1051/ijmqe/2020009⟩. ⟨hal-03024227⟩
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https://univ-angers.hal.science/hal-03024227/file/ijmqe200025PUBLISHED.pdf BibTex
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Lucie Mahaut, Pierre-Olivier Cheptou, Guillaume Fried, François Munoz, Jonathan Storkey, et al.. Weeds: Against the Rules?. Trends in Plant Science, 2020, 25 (11), pp.1107-1116. ⟨10.1016/j.tplants.2020.05.013⟩. ⟨hal-02894548⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02894548/file/S1360138520301965.pdf BibTex
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Clément Bezier, Géraldine Anthoine, Abdérafi Charki. Reliability of real-time RT-PCR tests to detect SARS-Cov-2: A literature review. International Journal of Metrology and Quality Engineering, 2020, ⟨10.1051/ijmqe/2020014⟩. ⟨hal-03024214⟩
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https://univ-angers.hal.science/hal-03024214/file/ijmqe200027PUBLISHED.pdf BibTex
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Julie Hurel, Sophie S. Schbath, Stéphanie Bougeard, Mathieu Rolland, Mauro Petrillo, et al.. DUGMO: tool for the detection of unknown genetically modified organisms with high-throughput sequencing data for pure bacterial samples. BMC Bioinformatics, 2020, 21 (1), ⟨10.1186/s12859-020-03611-5⟩. ⟨hal-02914869⟩
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Arturo Goldarazena, Niry Dianzinga, Enric Frago, Bruno Michel, Philippe Reynaud. A new species of the genus Thrips (Thysanoptera, Thripidae) from the Malagasy Region. Zootaxa, 2020, 4750 (3), pp.443-446. ⟨10.11646/zootaxa.4750.3.13⟩. ⟨hal-03837537⟩
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Christelle Robinet, Philippe Castagnone-Sereno, Manuel Mota, Géraldine Roux, Corinne Sarniguet, et al.. Effectiveness of clear‐cuttings in non‐fragmented pine forests in relation to EU regulations for the eradication of the pine wood nematode. Journal of Applied Ecology, 2020, 57 (3), pp.460-466. ⟨10.1111/1365-2664.13564⟩. ⟨hal-02542093⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02542093/file/2020_Robinet_JAPPL_last%20version_postprint.pdf BibTex
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Léo Garcia, Gaelle Damour, Elena Kazakou, Guillaume Fried, Marie-Charlotte Bopp, et al.. Seasonal and interannual variations in functional traits of sown and spontaneous species in vineyard inter‐rows. Ecosphere, 2020, 11 (5), pp.e03140. ⟨10.1002/ecs2.3140⟩. ⟨hal-02886187⟩
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Marie Grosdidier, Thomas Scordia, Renaud Ioos, Benoit Marçais. Landscape epidemiology of ash dieback. Journal of Ecology, 2020, 108 (5), pp.1789-1799. ⟨10.1111/1365-2745.13383⟩. ⟨hal-02541917⟩
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Conference papers

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Raphaëlle Mouttet, Valérie Balmes, Eric Pierre, Jean-Marie Ramel, P. Reynaud, et al.. Insectes ravageurs introduits en France métropolitaine sur la période 2014-2020. Webiphyl du 11 décembre 2020, Végéphyl, Dec 2020, Alfortville, France. ⟨hal-03851913⟩
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Romain Valade, Béatrice Orlando, Claude Maumené, Valerie Laval, Anne-Sophie Walker, et al.. La fusariose des épis des céréales à paille : synthèse de 10 années de recherche pour une meilleure gestion intégrée de la maladie.. Phloème 2020 : biennales de l’innovation céréalière, Arvalis - Institut du Végétal, Jan 2020, Paris, France. ⟨hal-03123216⟩
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Reports

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Eric Verdin, Anne Sicard, Laurent Gentzbittel, Bruno Legendre, Frédéric Suffert, et al.. Demande d’avis relatif à la stratégie de lutte vis-à-vis de Xylella fastidiosa Phase 2 : Avis de l’Anses Rapport d’expertise collective. [0] Saisine n° 2018-SA-0248, Anses. 2020, 48 p. ⟨hal-02906127⟩
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https://hal.science/hal-02906127/file/2020_Verdin-Anses-Xylella.pdf BibTex
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Eric Verdin, Pascal Gentit, Stéphan Steyer, Thierry Wetzel. Évaluation du risque simplifiée du tomato brown rugose fruit virus pour la France métropolitaine : Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective. [0] Saisine n° 2019-SA-0080, Anses. 2020, 90 p. ⟨hal-02473673⟩
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https://hal.science/hal-02473673/file/2020_Verdin_Anses_1.pdf BibTex
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Péninna Deberdt, Philippe Legrand, Charles Manceau, Xavier Nesme, Valérie Olivier, et al.. Saisine relative à une demande d’avis sur la période de latence de Xylella fastidiosa sur le genre Citrus : Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective. [0] Saisine n°2019-SA-0050, Anses. 2020, 62 p. ⟨hal-02906098⟩
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Eric Verdin, Anne Sicard, Laurent Gentzbittel, Bruno Legendre, Frédéric Suffert, et al.. Stratégie de lutte vis-à-vis de Xylella fastidiosa - Phase 2 : Avis de l'Anses. Rapport d'expertise collective. [0] Saisine n° 2018-SA-0248, Anses. 2020, 58 p. ⟨hal-03321004⟩
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https://hal.science/hal-03321004/file/SANTVEG2018SA0248Ra-1.pdf BibTex

Theses

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Romain Thevenoux. Mise en évidence et première caractérisation d'une espèce cryptique au sein du complexe Globodera pallida. Amélioration des plantes. Agrocampus Ouest, 2020. Français. ⟨NNT : 2020NSARA087⟩. ⟨tel-03329821⟩
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Preprints, Working Papers, ...

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Sophie Cesbron, Enora Dupas, Quentin Beaurepère, Martial Briand, Miguel Montes Borrego, et al.. Development of a Nested-MultiLocus Sequence Typing approach for a highly sensitive and specific identification of Xylella fastidiosa subspecies directly from plant samples. 2020. ⟨hal-02886841⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02886841/file/2020_Cesbron_bioRxiv.pdf BibTex

2019

Journal articles

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Guillaume Fried, Camilla Andrade, Alexandre Villers, Emmanuelle Porcher, Daniel Cylly, et al.. Premiers résultats du réseau Biovigilance 500 ENI sur le suivi des effets non-intentionnels des pratiques agricoles sur la biodiversité.. Innovations Agronomiques, 2019, 75, pp.87-98. ⟨10.15454/tmdo06⟩. ⟨hal-02392219⟩
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https://hal.science/hal-02392219/file/2019_Fried_Innovations%20Agronomiques.pdf BibTex