Publications HAL de la collection UMR5240

2020

titre
Characterization and application of a family B DNA polymerase from the hyperthermophilic and radioresistant euryarchaeon Thermococcus gammatolerans
auteur
Likui Zhang, Donghao Jiang, Haoqiang Shi, Mai Wu, Qi Gan, Zhihui Yang, Philippe Oger
article
International Journal of Biological Macromolecules, Elsevier, 2020, 156, pp.217-224. ⟨10.1016/j.ijbiomac.2020.03.204⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.ijbiomac.2020.03.204
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titre
Characterization of a Family IV uracil DNA glycosylase from the hyperthermophilic euryarchaeon Thermococcus barophilus Ch5
auteur
Qi Gan, Mengfan He, Haoqiang Shi, Phil Oger, Zhihui Yang, Liping Ran, Likui Zhang
article
International Journal of Biological Macromolecules, Elsevier, 2020, 146, pp.475-481. ⟨10.1016/j.ijbiomac.2019.12.202⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.ijbiomac.2019.12.202
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titre
Draft Genome Sequence of Collimonas pratensis Strain PMB3(1), an Effective Mineral-Weathering and Chitin-Hydrolyzing Bacterial Strain
auteur
Laura Picard, Philippe Oger, Marie-Pierre Turpault, Stephane Uroz
article
Microbiology Resource Announcements, American Society for Microbiology, 2020, 9 (37), ⟨10.1128/MRA.00601-20⟩
DOI
DOI : 10.1128/MRA.00601-20
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titre
Systems-Based Approaches to Unravel Networks and Individual Elements Involved in Apple Superficial Scald
auteur
Evangelos Karagiannis, Georgia Tanou, Federico Scossa, Martina Samiotaki, Michail Michailidis, Maria Manioudaki, François Laurens, Dominique Job, Alisdair Fernie, Mathilde Orsel, Athanassios Molassiotis
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00008⟩
DOI
DOI : 10.3389/fpls.2020.00008
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titre
Induction of non-lamellar phases in archaeal lipids at high temperature and high hydrostatic pressure by apolar polyisoprenoids
auteur
Marta Salvador-Castell, Nicholas Brooks, Judith Peters, P. Oger
article
Biochimica et Biophysica Acta:Biomembranes, Elsevier, 2020, 1862 (2), pp.183130. ⟨10.1016/j.bbamem.2019.183130⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.bbamem.2019.183130
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titre
Novel intact polar and core lipid compositions in the Pyrococcus model species, P. furiosus and P. yayanosii, reveal the largest lipid diversity amongst Thermococcales
auteur
Maxime Tourte, Vanessa Kuentz, Philippe Schaeffer, Vincent Grossi, Anaïs Cario, Philippe Oger
article
Biomolecules, MDPI, 2020, 10 (6), pp.830. ⟨10.3390/biom10060830⟩
DOI
DOI : 10.3390/biom10060830
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titre
Lipid phase separation induced by the apolar polyisoprenoid squalane demonstrates its role in membrane domain formation in archaeal membranes
auteur
Marta Salvador-Castell, Bruno Demé, Phil Oger, Judith Peters
article
Langmuir, American Chemical Society, In press, ⟨10.1021/acs.langmuir.0c00901⟩
DOI
DOI : 10.1021/acs.langmuir.0c00901
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titre
Original sequence divergence among Pseudomonas putida CadRs drive specificity
auteur
Julien Cayron, Géraldine Effantin, Elsa Prudent, Agnès Rodrigue
article
Research in Microbiology, Elsevier, In press, 171, pp.21-27. ⟨10.1016/j.resmic.2019.11.001⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.resmic.2019.11.001
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titre
Functionalized Membrane Domains: An Ancestral Feature of Archaea?
auteur
Maxime Tourte, Philippe Schaeffer, Vincent Grossi, Phil Oger
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2020, 11, pp.526. ⟨10.3389/fmicb.2020.00526⟩
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2020.00526
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02553764/file/2020%20Tourte%20Front%20Microbiol.pdf BibTex
titre
Insect mouthpart transcriptome unveils extension of cuticular protein repertoire and complex organization
auteur
Natalia Guschinskaya, Denis Ressnikoff, Karim Arafah, Sebastien Voisin, Philippe Bulet, Marilyne Uzest, Yvan Rahbé
article
iScience, Elsevier, 2020, 23 (2), pp.100828. ⟨10.1016/j.isci.2020.100828⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.isci.2020.100828
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titre
Antioxidative Enzyme Responses to Antimony Stress of Serratia marcescens – an Endophytic Bacteria of Hedysarum pallidum Roots
auteur
Mounia Kassa-Laouar, Aicha Mechakra, Agnès Rodrigue, Ouissem Meghnous, Alima Bentellis, Oualida Rached
article
Polish Journal of Environmental studies, HARD Pub. Co., 2020, 29 (1), pp.141-152. ⟨10.15244/pjoes/100494⟩
DOI
DOI : 10.15244/pjoes/100494
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02293166/file/Antioxidative%20Enzyme%20Responses%20to%20Antimony%20Stress%20of%20Serratia%20marcescens%20%E2%80%93%20an%20Endophytic%20Bacteria%20of%20Hedysarum%20pallidum%20Roots.pdf BibTex
titre
Cuticular Structure Proteomics in the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum Reveals New Plant Virus Receptor Candidates at the Tip of Maxillary Stylets
auteur
Maelle Deshoux, Victor Masson, Karim Arafah, Sebastien Voisin, Natalia Guschinskaya, Manuella van Munster, Bastien Cayrol, Craig Webster, Yvan Rahbé, Stéphane Blanc, Philippe Bulet, Marilyne Uzest
article
Journal of Proteome Research, American Chemical Society, 2020, 19 (3), pp.1319-1337. ⟨10.1021/acs.jproteome.9b00851⟩
DOI
DOI : 10.1021/acs.jproteome.9b00851
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Dual transcriptomics and proteomics analyses of the early stage of interaction between Caballeronia mineralivorans PML1(12) and mineral
auteur
Stephane Uroz, Laura Picard, Marie‐pierre Turpault, Lucas Auer, Jean Armengaud, P. Oger
article
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, In press, ⟨10.1111/1462-2920.15159⟩
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.15159
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titre
Structural Characterization of an Archaeal Lipid Bilayer as a Function of Hydration and Temperature
auteur
Marta Salvador-Castell, Bruno Demé, Philippe Oger, Judith Peters
article
International Journal of Molecular Sciences, MDPI, 2020, 21 (5), pp.1816. ⟨10.3390/ijms21051816⟩
DOI
DOI : 10.3390/ijms21051816
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titre
New Insights Into DNA Repair Revealed by NucS Endonucleases From Hyperthermophilic Archaea
auteur
Likui Zhang, Donghao Jiang, Mai Wu, Zhihui Yang, Philippe Oger
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.01263⟩
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2020.01263
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titre
The Multiple Facets of Plant–Fungal Interactions Revealed Through Plant and Fungal Secretomics
auteur
Delphine Vincent, Maryam Rafiqi, Dominique Job
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2020, 10, pp.1626. ⟨10.3389/fpls.2019.01626⟩
DOI
DOI : 10.3389/fpls.2019.01626
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titre
An alternative pathway for repair of deaminated bases in DNA triggered by archaeal NucS endonuclease
auteur
Likui Zhang, Haoqiang Shi, Qi Gan, Yuxiao Wang, Mai Wu, Zhihui Yang, Philippe Oger, Jianting Zheng
article
DNA Repair, Elsevier, 2020, pp.102734. ⟨10.1016/j.dnarep.2019.102734⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.dnarep.2019.102734
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titre
Does Biological Denitrification Inhibition (BDI) in the Field Induce an Increase in Plant Growth and Nutrition in Apium graveolens L. Grown for a Long Period?
auteur
William Galland, Florence Piola, Céline Mathieu, Lyna Bouladra, Laurent Simon, Feth El Zahar Haichar
article
Microorganisms, MDPI, 2020, 8 (8), pp.1204. ⟨10.3390/microorganisms8081204⟩
DOI
DOI : 10.3390/microorganisms8081204
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titre
The genome sequence of the grape phylloxera provides insights into the evolution, adaptation, and invasion routes of an iconic pest
auteur
Claude Rispe, Fabrice Legeai, Paul Nabity, Rosa Fernández, Arinder Arora, Patrice Baa-Puyoulet, Celeste Banfill, Leticia Bao, Miquel Barberà, Maryem Bouallegue, Anthony Bretaudeau, Jennifer Brisson, Federica Calevro, Pierre Capy, Olivier Catrice, Thomas Chertemps, Carole Couture, Laurent Deliere, Angela Douglas, Keith Dufault-Thompson, Paula Escuer, Honglin Feng, Astrid Forneck, Toni Gabaldón, Roderic Guigó, Frédérique Hilliou, Silvia Hinojosa-Alvarez, Yi-Min Hsiao, Sylvie Hudaverdian, Emmanuelle Jacquin-Joly, Edward James, Spencer Johnston, Benjamin Joubard, Gaëlle Le Goff, Gaël Le Trionnaire, Pablo Librado, Shanlin Liu, Eric Lombaert, Hsiao-Ling Lu, Martine Maïbèche, Mohamed Makni, Marina Marcet-Houben, David Martinez-Torres, Camille Meslin, Nicolas Montagné, Nancy Moran, Daciana Papura, Nicolas Parisot, Yvan Rahbé, Mélanie Ribeiro Lopes, Aida Ripoll-Cladellas, Stéphanie Robin, Céline Roques, Celine Lopez-Roques, Pascale Roux, Julio Rozas, Alejandro Sanchez-Gracia, Jose Sánchez-Herrero, Didac Santesmasses, Iris Scatoni, Rémy-Félix Serre, Ming Tang, Wenhua Tian, Paul Umina, Manuella van Munster, Carole Vincent-Monégat, Joshua Wemmer, Alex Wilson, Ying Zhang, Chaoyang Zhao, Jing Zhao, Serena Zhao, Xin Zhou, François Delmotte, Denis Tagu
article
BMC Biology, BioMed Central, 2020, 18 (1), pp.90. ⟨10.1186/s12915-020-00820-5⟩
DOI
DOI : 10.1186/s12915-020-00820-5
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titre
Plant nitrogen supply affects the Botrytis cinerea infection process and modulates known and novel virulence factors
auteur
Marie‐christine Soulie, Shamsuddin Mia Koka, Kévin Floch, Baptiste Vancostenoble, Deborah Barbe, Antoine Daviere, Ludivine Soubigou‐taconnat, Veronique Brunaud, Nathalie Poussereau, Elise Loisel, Amelie Devallee, Dominique Expert, Mathilde Fagard
article
Molecular Plant Pathology, Wiley, In press, ⟨10.1111/mpp.12984⟩
DOI
DOI : 10.1111/mpp.12984
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2019

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A secreted metal-binding protein protects necrotrophic phytopathogens from reactive oxygen species
auteur
Lulu Liu, Virginie Gueguen-Chaignon, Isabelle R. Gonçalves, Christine Rascle, Martine Rigault, Alia Dellagi, Elise Loisel, Nathalie Poussereau, Agnès Rodrigue, Laurent Terradot, Guy Condemine
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2019, 10 (1), pp.4853. ⟨10.1038/s41467-019-12826-x⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41467-019-12826-x
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titre
Les insectes comme modèles dans l'imaginaire des artistes: symboles et anti-symboles
auteur
Yvan Rahbé, Sibylle Orlandi
article
Comptes Rendus Biologies, Elsevier Masson, 2019, 342 (7-8), pp.249-250. ⟨10.1016/j.crvi.2019.09.004⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.crvi.2019.09.004
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02069668/file/Rahbe-2019-xxx.pdf BibTex
titre
Modeling the bioconversion of polysaccharides in a continuous reactor: A case study of the production of oligo-galacturonates by Dickeya dadantii
auteur
Jacques-Alexandre Sepulchre, Sylvie Reverchon, Jean-Luc Gouzé, William Nasser
article
Journal of Biological Chemistry, American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2019, 294 (5), pp.1753-1762. ⟨10.1074/jbc.RA118.004615⟩
DOI
DOI : 10.1074/jbc.RA118.004615
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https://hal.inria.fr/hal-01952846/file/Article_JBC20181105.pdf BibTex
titre
Biochemical characterization and mutational studies of the thermostable uracil DNA glycosylase from the hyperthermophilic euryarchaeon Thermococcus barophilus Ch5
auteur
Haoqiang Shi, Qi Gan, Donghao Jiang, Yuqi Wu, Youcheng Yin, Haiyue Hou, Hongxun Chen, Yinuo Yin, Li Miao, Zhihui Yang, Phil M. Oger, Likui Zhang, P. Oger
article
International Journal of Biological Macromolecules, Elsevier, In press, ⟨10.1016/j.ijbiomac.2019.05.073⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.ijbiomac.2019.05.073
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titre
Biochemical characterization of a thermostable DNA ligase from the hyperthermophilic euryarchaeon Thermococcus barophilus Ch5
auteur
Haoqiang Shi, Yanchao Huang, Qi Gan, Mianwen Rui, Hongxun Chen, Chuandeng Tu, Zhihui Yang, Likui Zhang, P. Oger
article
Applied Microbiology and Biotechnology, Springer Verlag, 2019, ⟨10.1007/s00253-019-09736-9⟩
DOI
DOI : 10.1007/s00253-019-09736-9
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02091415/file/Revised%20MS%20Likui_PO.docx.pdf BibTex
titre
Biochemical characterization and mutational studies of the 8-oxoguanine DNA glycosylase from the hyperthermophilic and radioresistant archaeon Thermococcus gammatolerans
auteur
Likui Zhang, Yuting Li, Haoqiang Shi, Dai Zhang, Zhihui Yang, P. Oger, Jianting Zheng
article
Applied Microbiology and Biotechnology, Springer Verlag, 2019, ⟨10.1007/s00253-019-10031-w⟩
DOI
DOI : 10.1007/s00253-019-10031-w
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titre
Protomembranes at the origin of life
auteur
Loreto Misuraca, Bruno Demé, Judith Peters, Phil M. Oger, P. Oger
article
European Biophysics Journal, Springer Verlag (Germany), 2019
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titre
Coherent Domains of Transcription Coordinate Gene Expression During Bacterial Growth and Adaptation
auteur
Georgi Muskhelishvili, Raphaël Forquet, Sylvie Reverchon, Sam Meyer, William Nasser
article
Microorganisms, MDPI, 2019, 7 (12), pp.694. ⟨10.3390/microorganisms7120694⟩
DOI
DOI : 10.3390/microorganisms7120694
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02412664/file/Revue%20CODOS%20microorganisms-07-00694.pdf BibTex
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The hypoxic expression of the glucose transporter RAG1 reveals the role of the bHLH transcription factor Sck1 as a novel hypoxic modulator in Kluyveromyces lactis
auteur
Rosa Santomartino, Daniela Ottaviano, Ilaria Camponeschi, Tracy Ann Alcarpio Landicho, Luca Falato, Andrea Visca, Alexandre Soulard, Marc Lemaire, Michele Maria Bianchi
article
FEMS Yeast Research, Oxford University Press (OUP), 2019, 19 (4), pp.foz041. ⟨10.1093/femsyr/foz041⟩
DOI
DOI : 10.1093/femsyr/foz041
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titre
RecA and DNA recombination: a review of molecular mechanisms
auteur
Elsa del Val, William Nasser, Hafid Abaibou, Sylvie Reverchon
article
Biochemical Society Transactions, Portland Press, 2019, ⟨10.1042/BST20190558⟩
DOI
DOI : 10.1042/BST20190558
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titre
Corrigendum to “Caballeronia mineralivorans sp. nov., isolated from oak-Scleroderma citrinum mycorrhizosphere” [Syst. Appl. Microbiol. 40 (2017) 345–351]
auteur
S. Uroz, Phil M. Oger
article
Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2019, 42 (3), pp.423-424. ⟨10.1016/j.syapm.2019.03.001⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.syapm.2019.03.001
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titre
Plasmid‐chromosome crosstalks
auteur
Ludovic Vial, Florence Hommais
article
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2019, ⟨10.1111/1462-2920.14880⟩
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.14880
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titre
DNA Supercoiling: an Ancestral Regulator of Gene Expression in Pathogenic Bacteria?
auteur
Shiny Martis B., Raphaël Forquet, Sylvie Reverchon, William Nasser, Sam Meyer
article
Computational and Structural Biotechnology Journal, Elsevier, 2019, 17, pp.1047-1055. ⟨10.1016/j.csbj.2019.07.013⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.csbj.2019.07.013
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02266633/file/Martis-2019-CSBJ.pdf BibTex
titre
Acetic acid bacteria (AAB) involved in cocoa fermentation from Ivory Coast: species diversity and performance in acetic acid production
auteur
Souleymane Soumahoro, Honoré Ouattara, Michel Droux, William Nasser, Sébastien Niamke, Sylvie Reverchon
article
Journal of Food Science and Technology, Springer Link, 2019, ⟨10.1007/s13197-019-04226-2⟩
DOI
DOI : 10.1007/s13197-019-04226-2
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titre
Identification by Tn-seq of Dickeya dadantii genes required for survival in chicory plants
auteur
Kévin Royet, Nicolas Parisot, Agnès Rodrigue, Erwan Gueguen, Guy Condemine
article
Molecular Plant Pathology, Wiley, 2019, 20 (2), pp.287-306. ⟨10.1111/mpp.12754⟩
DOI
DOI : 10.1111/mpp.12754
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01922287/file/Royet_et_al-2018-Molecular_Plant_Pathology.pdf BibTex
titre
Dickeya lacustris sp. nov., a water-living pectinolytic bacterium isolated from lakes in France
auteur
Nicole Hugouvieux-Cotte-Pattat, Cécile Jacot-Des-Combes, Jérôme Briolay
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2019, 69, pp.721-726. ⟨10.1099/ijsem.0.003208⟩
DOI
DOI : 10.1099/ijsem.0.003208
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titre
Bacterial genome architecture shapes global transcriptional regulation by DNA supercoiling
auteur
Bilal El houdaigui, Raphaël Forquet, Thomas Hindré, Dominique Schneider, William Nasser, Sylvie Reverchon, Sam Meyer
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2019, 47 (11), pp.5648-5657. ⟨10.1093/nar/gkz300⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkz300
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02127001/file/ElHoudaigui-2019-NAR.pdf BibTex
titre
Dual 0.02% chlorhexidine digluconate - 0.1% disodium EDTA loaded thermosensitive ocular gel for Acanthamoeba keratitis treatment
auteur
A. Cucina, S. Filali, A. Risler, C. Febvay, D. Salmon, C. Pivot, M. Pelandakis, F. Pirot
article
International Journal of Pharmaceutics, Elsevier, 2019, 556, pp.330-337. ⟨10.1016/j.ijpharm.2018.12.016⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.ijpharm.2018.12.016
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titre
A novel plasmid‐transcribed regulatory sRNA, QfsR, controls chromosomal polycistronic gene expression in Agrobacterium fabrum
auteur
Benjamin Diel, Magali Dequivre, Florence Wisniewski‐dyé, Ludovic Vial, Florence Hommais
article
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2019, 21 (8), pp.3063-3075. ⟨10.1111/1462-2920.14704⟩
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.14704
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titre
The phytopathogenic nature of Dickeya aquatica 174/2 and the dynamic early evolution of Dickeya pathogenicity
auteur
Alexandre Duprey, Najwa Taïb, Simon Leonard, Tiffany Garin, Jean-Pierre Flandrois, William Nasser, Céline Brochier-Armanet, Sylvie Reverchon
article
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2019, 21 (8), pp.2809-2835. ⟨10.1111/1462-2920.14627⟩
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.14627
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titre
Hexokinase and Glucokinases Are Essential for Fitness and Virulence in the Pathogenic Yeast Candida albicans
auteur
Romain Laurian, Karine Dementhon, Bastien Doumèche, Alexandre Soulard, Thierry Noël, Marc Lemaire, Pascale Cotton
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, 10
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titre
In Search for the Membrane Regulators of Archaea
auteur
Marta Salvador-Castell, Maxime Tourte, Philippe Oger
article
International Journal of Molecular Sciences, MDPI, 2019, 20 (18), pp.4434. ⟨10.3390/ijms20184434⟩
DOI
DOI : 10.3390/ijms20184434
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titre
The first study on the impact of osmolytes in whole cells of high temperature-adapted microorganisms
auteur
Marta Salvador-Castell, Maksym Golub, Nicolas Martinez, Jacques Ollivier, Judith Peters, Philippe Oger
article
Soft Matter, Royal Society of Chemistry, 2019, ⟨10.1039/c9sm01196j⟩
DOI
DOI : 10.1039/c9sm01196j
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titre
Plant Symbionts Are Engineers of the Plant-Associated Microbiome
auteur
Stéphane Uroz, Pierre Emmanuel Courty, P. Oger
article
Trends in Plant Science, Elsevier, 2019, 24 (10), pp.905-916. ⟨10.1016/j.tplants.2019.06.008⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.tplants.2019.06.008
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titre
Analysis of Environmental Conditions Affecting Acids Production in Lactic Acid Bacteria Involved in Ivorian Cocoa Fermentation
auteur
Djeneba Ouattara., Honore Ouattara, Michel Droux, Sebastien Niamke
article
Scholars Academic Journal of Biosciences, AS Publishers, India 2019, 7 (4), pp.158-165. ⟨10.21276/sajb.2019.7.4.1⟩
DOI
DOI : 10.21276/sajb.2019.7.4.1
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titre
A Similar Secretome Disturbance as a Hallmark of Non-pathogenic Botrytis cinerea ATMT-Mutants?
auteur
Amélie de Vallée, Pascal Bally, Christophe Bruel, Lucie Chandat, Mathias Choquer, Cindy Dieryckx, Jean William Dupuy, Sophie Kaiser, Marie-Pascale Latorse, Elise Loisel, Géraldine Mey, Guillaume Morgant, Christine Rascle, Julia Schumacher, Adeline Simon, Eytham Souibgui, Muriel Viaud, François Villalba, Nathalie Poussereau
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, 10 (2829), 13 p. ⟨10.3389/fmicb.2019.02829⟩
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2019.02829
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titre
Monitoring of abiotic degradation of photocrosslinked silicone acrylate coatings: the fate of the photoinitiator
auteur
Salma Ouali, Patrick Germain, Rémy Gourdon, Valérie Desjardin, Yoann Louis
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2019, 26 (15), pp.15324-15332. ⟨10.1007/s11356-019-04937-1⟩
DOI
DOI : 10.1007/s11356-019-04937-1
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titre
APERO: a genome-wide approach for identifying bacterial small RNAs from RNA-Seq data
auteur
Simon Leonard, Sam Meyer, Stéphan Lacour, William Nasser, Florence Hommais, Sylvie Reverchon
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2019, 47 (15), pp.1-12. ⟨10.1093/nar/gkz485⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkz485
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titre
Amborella – Bearing witness to the past ?
auteur
Valerie Poncet, Philippe Birnbaum, Valerie Burtet-Sarramegna, Alexandre de Kochko, Bruno Fogliani, Gildas Gateble, Sandrine Isnard, Tanguy Jaffré, Dominique Job, François Munoz, Jérôme Munzinger, Charles P Scutt, Rémi Tournebize, Santiago Trueba, Yohan Pillon
article
Annual Plant Reviews Online, Wiley, 2019, 3, pp.1 - 41. ⟨10.1002/9781119312994.apr0689⟩
DOI
DOI : 10.1002/9781119312994.apr0689
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2018

titre
Gene stacking of multiple traits for high yield of fermentable sugars in plant biomass
auteur
A. Aznar, C. Chalvin, P. M. Shih, M. Maimann, B. Ebert, D. S. Birdseye, D. Loque, H. V. Scheller
article
Biotechnology for Biofuels, BioMed Central, 2018, 11, pp.2
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titre
Biochemical characterization of a thermostable endonuclease V from the hyperthermophilic euryarchaeon Thermococcus barophilus Ch5
auteur
Y. Wang, L. Zhang, X. Zhu, Y. Li, H. Shi, P. Oger, Z. Yang
article
International Journal of Biological Macromolecules, Elsevier, 2018, 117, pp.17-24. ⟨10.1016/j.ijbiomac.2018.05.155⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.ijbiomac.2018.05.155
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02001372/file/2018%20Shi%20IJBioMac%20EndoV.pdf BibTex
titre
The Effect of Crowding on Protein Stability, Rigidity, and High Pressure Sensitivity in Whole Cells
auteur
M. Golub, N. Martinez, G. Michoud, J. Ollivier, M. Jebbar, P. Oger, J. Peters
article
Langmuir, American Chemical Society, 2018, 34 (35), pp.10419-10425
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titre
Production of muconic acid in plants
auteur
A. Eudes, R. Berthomieu, Z. Hao, N. Zhao, V. T. Benites, E. E. K. Baidoo, D. Loque
article
Metabolic Engineering, Elsevier, 2018, 46, pp.13-19
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titre
Dynamic root exudate chemistry and microbial substrate preferences drive patterns in rhizosphere microbial community assembly
auteur
K. Zhalnina, K. B. Louie, Z. Hao, N. Mansoori, U. N. Rocha, S. Shi, H. Cho, U. Karaoz, D. Loque, B. P. Bowen, M. K. Firestone, T. R. Northen, E. L. Brodie
article
Nature Microbiology, Nature Publishing Group, 2018, 3 (4), pp.470-480
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titre
Bacteriocyte Reprogramming to Cope With Nutritional Stress in a Phloem Sap Feeding Hemipteran, the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum
auteur
Stefano Colella, Nicolas Parisot, Pierre Simonet, Karen Gaget, Gabrielle Duport, Patrice Baa-Puyoulet, Yvan Rahbé, Hubert Charles, Gérard Febvay, Patrick Callaerts, Federica Calevro
article
Frontiers in Physiology, Frontiers, 2018, 9, pp.1498. ⟨10.3389/fphys.2018.01498⟩
DOI
DOI : 10.3389/fphys.2018.01498
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01905508/file/Colella_2018-17436.pdf BibTex
titre
Chromosomal organization of transcription: in a nutshell
auteur
Sam Meyer, S. Reverchon, W. Nasser, G. Muskhelishvili
article
Current Genetics, Springer Verlag, 2018, 64 (3), pp.555-565
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titre
Complete Genome Sequences of 11 Type Species from the Thermococcus Genus of Hyperthermophilic and Piezophilic Archaea
auteur
P. M. Oger
article
Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2018, 6 (8)
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titre
Interplay of classic Exp and specific Vfm quorum sensing systems on the phenotypic features of Dickeya solani strains exhibiting different virulence levels
auteur
M. Potrykus, N. Hugouvieux-Cotte-Pattat, E. Lojkowska
article
Molecular Plant Pathology, Wiley, 2018, 19 (5), pp.1238-1251
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titre
The pH regulator PacC: a host-dependent virulence factor in Botrytis cinerea
auteur
Christine Rascle, Cindy Dieryckx, Jean William Dupuy, Laetitia Muszkieta, Eytham Souibgui, Michel Droux, Christophe Bruel, Vincent Girard, Nathalie Poussereau
article
Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2018, 10 (5), pp.555-568. ⟨10.1111/1758-2229.12663⟩
DOI
DOI : 10.1111/1758-2229.12663
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titre
Comparison of Highly and Weakly Virulent Dickeya solani Strains, With a View on the Pangenome and Panregulon of This Species
auteur
M. Golanowska, M. Potrykus, A. Motyka-Pomagruk, M. Kabza, G. Bacci, M. Galardini, M. Bazzicalupo, I. Makalowska, K. Smalla, A. Mengoni, N. Hugouvieux-Cotte-Pattat, E. Lojkowska
article
Front Microbiol, 2018, 9, pp.1940
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titre
Dickeya dadantii pectic enzymes necessary for virulence are also responsible for activation of the Arabidopsis thaliana innate immune system
auteur
D. Expert, O. Patrit, V. E. Shevchik, C. Perino, V. Boucher, C. Creze, E. Wenes, M. Fagard
article
Molecular Plant Pathology, Wiley, 2018, 19 (2), pp.313-327. ⟨10.1111/mpp.12522⟩
DOI
DOI : 10.1111/mpp.12522
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titre
ThreaDNA: predicting DNA mechanics’ contribution to sequence selectivity of proteins along whole genomes
auteur
Jasmin Cevost, Cédric Vaillant, Sam Meyer
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2018, 34 (4), pp.609-616. ⟨10.1093/bioinformatics/btx634⟩
DOI
DOI : 10.1093/bioinformatics/btx634
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02001634/file/depot.pdf BibTex
titre
Patterns of protein carbonylation during Medicago truncatula seed maturation
auteur
Pascale Satour, Chvan Youssef, Benoit Ly Vu, Béatrice Teulat, Emilie Chatelain, Claudette Job, Dominique Job, Françoise Montrichard
article
Plant, Cell and Environment, Wiley, 2018, 41 (9), pp.2183-2194. ⟨10.1111/pce.13194⟩
DOI
DOI : 10.1111/pce.13194
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titre
Leaching and Biodegradation of Darocur 1173 used as a Photo-Initiator in the Production of Photocrosslinked Silicone Acrylates
auteur
Salma Ouali, Yoann Louis, Patrick Germain, Rémy Gourdon, Valérie Desjardin
article
Journal of Polymers and the Environment, Springer Verlag, 2018, 26 (1), pp.244-253. ⟨10.1007/s10924-017-0939-z⟩
DOI
DOI : 10.1007/s10924-017-0939-z
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titre
The Two-Component System ZraPSR Is a Novel ESR that Contributes to Intrinsic Antibiotic Tolerance in Escherichia coli
auteur
Kevin Rome, Céline Borde, Raleb Taher, Julien Cayron, Christian Lesterlin, Erwan Gueguen, Eve de Rosny, Agnès Rodrigue
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 2018, 430 (24), pp.4971-4985. ⟨10.1016/j.jmb.2018.10.021⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.jmb.2018.10.021
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2017

titre
Semi-autonomous inline water analyzer: design of a common light detector for bacterial, phage, and immunological biosensors
auteur
Elodie C. T. Descamps, Damien Meunier, Catherine Brutesco, Sandra Prévéral, Nathalie Franche, Ingrid Bazin, Bertrand Miclot, Philippe Larosa, Camille Escoffier, Jean-Raphaël Fantino, Daniel Garcia, Mireille Ansaldi, Agnès Rodrigue, David Pignol, Pierre Cholat, Nicolas Ginet
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2017, 24 (1), pp.66--72. ⟨10.1007/s11356-016-8010-5⟩
DOI
DOI : 10.1007/s11356-016-8010-5
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titre
Epsilonproteobacteria dominate bacterial diversity at a natural tar seep
auteur
F. Lormieres, P. M. Oger
article
Comptes Rendus Biologies, Elsevier Masson, 2017, 340 (4), pp.238-243
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titre
The uniform structure of O-polysaccharides isolated from Dickeya solani strains of different origin
auteur
Karolina Ossowska, Małgorzata Czerwicka, Wojciech Sledz, Sabina Zoledowska, Agata Motyka, Małgorzata Golanowska, Guy Condemine, Ewa Lojkowska, Zbigniew Kaczyński
article
Carbohydrate Research, Elsevier, 2017, 445, pp.40 - 43. ⟨10.1016/j.carres.2017.04.001⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.carres.2017.04.001
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titre
Erratum to: Multiple controls affect arsenite oxidase gene expression in Herminiimonas arsenicoxydans
auteur
S. Koechler, J. Cleiss-Arnold, C. Proux, O. Sismeiro, M. A. Dillies, F. Goulhen-Chollet, F. Hommais, D. Lièvremont, F. Arsène-Ploetze, J. Y. Coppe, P. N. Bertin
article
BMC Microbiology, BioMed Central, 2017, 17 (1), pp.74
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titre
Bacterial host and reporter gene optimization for genetically encoded whole cell biosensors
auteur
Catherine Brutesco, Sandra Preveral, Camille Escoffier, Elodie C. T. Descamps, Elsa Prudent, Julien Cayron, Louis Dumas, Manon Ricquebourg, Géraldine Adryanczyk-Perrier, Arjan de Groot, Daniel Garcia, Agnès Rodrigue, David Pignol, Nicolas Ginet
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2017, 24 (1), pp.52--65. ⟨10.1007/s11356-016-6952-2⟩
DOI
DOI : 10.1007/s11356-016-6952-2
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01640038/file/Brutesco%20et%20al%20depot.pdf BibTex
titre
Regulation of the synthesis of pulp degrading enzymes in Bacillus isolated from cocoa fermentation
auteur
H. G. Ouattara, S. Reverchon, S. L. Niamke, W. Nasser
article
Food Microbiology, Elsevier, 2017, 63, pp.255-262
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BibTex
titre
Pushing the limits of nickel detection to nanomolar range using a set of engineered bioluminescent Escherichia coli
auteur
Julien Cayron, Elsa Prudent, Camille Escoffier, Erwan Gueguen, Marie-Andrée Mandrand-Berthelot, David Pignol, Daniel Garcia, Agnès Rodrigue
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2017, 24 (1), pp.4 - 14. ⟨10.1007/s11356-015-5580-6⟩
DOI
DOI : 10.1007/s11356-015-5580-6
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01731565/file/Pushing%20the%20limits%20of%20nickel%20detection%20to%20nanomolar%20range%20using%20a%20set%20of%20engineered%20bioluminescent%20Escherichia%20coli_2017.pdf BibTex
titre
SbCOMT (Bmr12) is involved in the biosynthesis of tricin-lignin in sorghum
auteur
A. Eudes, T. Dutta, K. Deng, N. Jacquet, A. Sinha, V. T. Benites, E. E. K. Baidoo, A. Richel, S. E. Sattler, T. R. Northen, S. Singh, B. A. Simmons, D. Loque
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 12 (6), pp.e0178160
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BibTex
titre
Caballeronia mineralivorans sp. nov., isolated from oak-Scleroderma citrinum mycorrhizosphere.
auteur
Stéphane Uroz, P. Oger
article
Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2017, 40 (6), pp.345-351. ⟨10.1016/j.syapm.2017.05.005⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.syapm.2017.05.005
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BibTex
titre
Spatial organization of DNA sequences directs the assembly of bacterial chromatin by a nucleoid-associated protein
auteur
Aleksandre Japaridze, Sylvain Renevey, Patrick Sobetzko, Liubov Stoliar, William Nasser, Giovanni Dietler, Georgi Muskhelishvili
article
Journal of Biological Chemistry, American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2017, 292 (18), pp.7607-7618. ⟨10.1074/jbc.M117.780239⟩
DOI
DOI : 10.1074/jbc.M117.780239
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BibTex
titre
Endoribonuclease-Based Two-Component Repressor Systems for Tight Gene Expression Control in Plants
auteur
Y. Liang, S. Richardson, V. T. Benites, C. Cheng-Yue, T. Tran, J. Mortimer, A. Mukhopadhyay, J. D. Keasling, H. V. Scheller, D. Loque
article
ACS Synthetic Biology, American Chemical Society, 2017, 6 (5), pp.806-816
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BibTex
titre
The role of intrinsic disorder and dynamics in the assembly and function of the type II secretion system
auteur
S. Gu, V. E. Shevchik, R. Shaw, R. W. Pickersgill, J. A. Garnett
article
Biochim Biophys Acta Proteins Proteom, 2017, 1865 (10), pp.1255-1266
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BibTex
titre
2-Substituted Aniline as a Simple Scaffold for LuxR-Regulated QS Modulation
auteur
S. Li, J. Wawrzyniak, Y. Queneau, L. Soulère
article
Molecules, MDPI, 2017, 22 (12), pp.E2090. ⟨10.3390/molecules22122090⟩
DOI
DOI : 10.3390/molecules22122090
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02001353/file/LiS_WawrzyniakJ-QueneauY_EtAl_2017.pdf BibTex
titre
Complete Genome Sequence of the Hyperthermophilic Piezophilic Archaeon Pyrococcus kukulkanii NCB100 Isolated from the Rebecca's Roost Hydrothermal Vent in the Guaymas Basin
auteur
P. M. Oger, N. Callac, C. Oger-Desfeux, S. Hughes, B. Gillet, M. Jebbar, A. Godfroy
article
Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2017, 5 (7)
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BibTex
titre
Plant-phytopathogen interactions: bacterial responses to environmental and plant stimuli
auteur
Simon Leonard, Florence Hommais, William Nasser, Sylvie Reverchon
article
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2017, 19 (5), pp.1689 - 1716. ⟨10.1111/1462-2920.13611⟩
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.13611
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BibTex
titre
Lactic acid bacteria involved in cocoa beans fermentation from Ivory Coast: Species diversity and citrate lyase production
auteur
Hadja Ouattara, Honoré Ouattara, Michel Droux, Sylvie Reverchon, William Nasser, Sébastien Niamke
article
International Journal of Food Microbiology, Elsevier, 2017, 256, pp.11-19. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2017.05.008⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.ijfoodmicro.2017.05.008
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BibTex
titre
A Combination of Histological, Physiological, and Proteomic Approaches Shed Light on Seed Desiccation Tolerance of the Basal Angiosperm Amborella trichopoda.
auteur
Matthieu Villegente, Philippe Marmey, Claudette Job, Marc Galland, Gwendal Cueff, Beatrice Godin, Loïc Rajjou, Thierry Balliau, Michel Zivy, Bruno Fogliani, Valerie Burtet-Sarramegna, Dominique Job
article
Proteomes, MDPI, 2017, 5 (3), pp.19. ⟨10.3390/proteomes5030019⟩
DOI
DOI : 10.3390/proteomes5030019
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01615957/file/2017_Villegente_Proteomes_1.pdf BibTex
titre
New nucleic acid testing devices to diagnose infectious diseases in resource-limited settings
auteur
P. Maffert, S. Reverchon, W. Nasser, C. Rozand, H. Abaibou
article
European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Springer Verlag, 2017, 36 (10), pp.1717-1731
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BibTex
titre
Copper transporters are responsible for copper isotopic fractionation in eukaryotic cells
auteur
Jean-Loup Cadiou, Sylvain Pichat, Victor P. Bondanese, Alexandre Soulard, Toshiyuki Fujii, Francis Albarède, Philippe Oger
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7, ⟨10.1038/srep44533⟩
DOI
DOI : 10.1038/srep44533
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01632761/file/srep44533.pdf BibTex
titre
Coping with the pressure: Microbial adaptation to high hydrostatic pressure in deep sea hydrothermal vents
auteur
Phil M. Oger
article
Journal of Physics: Conference Series, IOP Publishing, 2017, 950, pp.032016. ⟨10.1088/1742-6596/950/3/032016⟩
DOI
DOI : 10.1088/1742-6596/950/3/032016
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BibTex
titre
Diversity of free-living amoebae in soils and their associated human opportunistic bacteria
auteur
Elodie Denet, Bénédicte Coupat-Goutaland, Sylvie Nazaret, Michel Pélandakis, Sabine Favre-Bonté
article
Parasitology Research, Springer Verlag (Germany), 2017, 116 (11), pp.3151-3162. ⟨10.1007/s00436-017-5632-6⟩
DOI
DOI : 10.1007/s00436-017-5632-6
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02335511/file/Denet2017_Article_DiversityOfFree-livingAmoebaeI.pdf BibTex
titre
Comprehensive proteome profiling in Aedes albopictus to decipher Wolbachia-arbovirus interference phenomenon
auteur
Yoann Saucereau, Claire Valiente Moro, Cindy Dieryckx, Jean-William Dupuy, Florence-Hélène Tran, Vincent Girard, Patrick Potier, Patrick Mavingui
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2017, 18 (1), pp.635. ⟨10.1186/s12864-017-3985-y⟩
DOI
DOI : 10.1186/s12864-017-3985-y
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https://hal.univ-reunion.fr/hal-01589764/file/Saucerau%20et%20al%202017%20BMC%20Genomics%20%28proteomics%29.pdf BibTex
titre
700 MPa sample stick for studying liquid samples or solid-gas reactions down to 1.8 K and up to 550 K
auteur
E. Lelièvre-Berna, B. Demé, J. Gonthier, J-P. Gonzales, J. Maurice, Y. Memphis, C. Payre, P. Oger, J. Peters, S. Vial
article
Journal of Neutron Research, IOS Press, 2017, 19 (1/2), pp.77-84
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BibTex
titre
The interaction of the bioinsecticide PA1b (Pea Albumin 1 subunit b) with the insect V-ATPase triggers apoptosis
auteur
Vanessa Eyraud, Séverine Balmand, Lamis Karaki, Isabelle Rahioui, Catherine Sivignon, Agnès F. Delmas, Corinne Royer, Yvan Rahbé, Pedro da Silva, Frédéric Gressent
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7 (1), pp.4902. ⟨10.1038/s41598-017-05315-y⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41598-017-05315-y
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01558484/file/Eyraud_2017-17332.pdf BibTex
titre
Toward inline multiplex biodetection of metals, bacteria, and toxins in water networks: the COMBITOX project
auteur
Mireille Ansaldi, Ingrid Bazin, Pierre Cholat, Agnès Rodrigue, David Pignol
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2017, 24 (1), pp.1-3. ⟨10.1007/s11356-015-5582-4⟩
DOI
DOI : 10.1007/s11356-015-5582-4
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01640054/file/AnsaldiM_BazinI_CholatP_EtAl_2017.pdf BibTex

2016

titre
Expression of S-adenosylmethionine Hydrolase in Tissues Synthesizing Secondary Cell Walls Alters Specific Methylated Cell Wall Fractions and Improves Biomass Digestibility
auteur
A. Eudes, N. Zhao, N. Sathitsuksanoh, E. E. Baidoo, J. Lao, G. Wang, S. Yogiswara, T. S. Lee, S. Singh, J. C. Mortimer, J. D. Keasling, B. A. Simmons, D. Loque
article
Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, Frontiers, 2016, 4, pp.58
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BibTex
titre
A robust gene-stacking method utilizing yeast assembly for plant synthetic biology
auteur
P. M. Shih, K. Vuu, N. Mansoori, L. Ayad, K. B. Louie, B. P. Bowen, T. R. Northen, D. Loque
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2016, 7, pp.13215
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BibTex
titre
Regulation of pel genes, major virulence factors in the plant pathogen bacterium Dickeya dadantii, is mediated by cooperative binding of the nucleoid-associated protein H-NS
auteur
O. Zghidi-Abouzid, E. Herault, S. Rimsky, S. Reverchon, W. Nasser, M. Buckle
article
Research in Microbiology, Elsevier, 2016, 167 (4), pp.247-253
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BibTex
titre
Temporal control of Dickeya dadantii main virulence gene expression by growth phase-dependent alteration of regulatory nucleoprotein complexes
auteur
A. Duprey, G. Muskhelishvili, S. Reverchon, W. Nasser
article
Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms , Elsevier, 2016, 1859 (11), pp.1470-1480
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BibTex
titre
Erratum to: Temperature-induced variation in gene expression burst size in metazoan cells
auteur
O. Arnaud, Sam Meyer, E. Vallin, G. Beslon, O. Gandrillon
article
BMC Molecular Biology, BioMed Central, 2016, 17, pp.2
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BibTex
titre
Coordinated Regulation of Species-Specific Hydroxycinnamic Acid Degradation and Siderophore Biosynthesis Pathways in Agrobacterium fabrum
auteur
Jessica Baude, Ludovic Vial, Camille Villard, Tony Campillo, Céline Lavire, Xavier Nesme, Florence Hommais
article
Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2016, 82 (12), pp.3515-3524. ⟨10.1128/aem.00419-16⟩
DOI
DOI : 10.1128/aem.00419-16
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Antimicrobial Peptide Resistance Genes in the Plant Pathogen Dickeya dadantii
auteur
Caroline Pandin, Martine Caroff, Guy Condemine
article
Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2016, 82 (21), pp.6423-6430. ⟨10.1128/AEM.01757-16⟩
DOI
DOI : 10.1128/AEM.01757-16
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01385490/file/Pandin_2016-27565623.pdf BibTex
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Castles fall from inside: Evidence for dominant internal photo-catalytic mechanisms during treatment of Saccharomyces cerevisiae by photo-Fenton at neutral pH
auteur
S. Giannakis, C. Ruales-Lonfat, S. Rtimi, S. Thabet, P. Cotton, C. Pulgarín
article
Applied Catalysis B: Environmental, Elsevier, 2016, 185, pp.150-162
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Silencing of natural transformation by an RNA chaperone and a multitarget small RNA
auteur
Laetitia Attaiech, Aïda Boughammoura, Céline Brochier-Armanet, Omran Allatif, Flora Peillard-Fiorente, Ross A. Edwards, Ayat R. Omar, Andrew M. Macmillan, Mark Glover, Xavier Charpentier
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2016, 113 (31), pp.8813-8818. ⟨10.1073/pnas.1601626113⟩
DOI
DOI : 10.1073/pnas.1601626113
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Relationship between digital information and thermodynamic stability in bacterial genomes
auteur
D. Nigatu, W. Henkel, P. Sobetzko, G. Muskhelishvili
article
EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology, SpringerOpen, 2016, 2016 (1), pp.4
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Medical applications of Cu, Zn, and S isotope effects
auteur
F. Albarede, P. Telouk, V. Balter, V. P. Bondanese, E. Albalat, P. Oger, P. Bonaventura, P. Miossec, T. Fujii
article
Metallomics, Royal Society of Chemistry, 2016, 8 (10), pp.1056-1070. ⟨10.1039/c5mt00316d⟩
DOI
DOI : 10.1039/c5mt00316d
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Editorial: How Can Secretomics Help Unravel the Secrets of Plant-Microbe Interactions?
auteur
D. Vincent, K. M. Plummer, P. S. Solomon, M. H. Lebrun, D. Job, M. Rafiqi
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2016, 7, pp.1777
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Pichia kudrazevii and Candida nitrativorans are the most well-adapted and relevant yeast species fermenting cocoa in Agneby-Tiassa, a local Ivorian cocoa producing region
auteur
L. Samagaci, H. Ouattara, S. Niamke, M. Lemaire
article
Food Research International, Elsevier, 2016, 89 (Part 1), pp.773-780
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Ni exposure impacts the pool of free Fe and modifies DNA supercoiling via metal-induced oxidative stress in Escherichia coli K-12
auteur
Manon Gault, Géraldine Effantin, Agnès Rodrigue
article
Free Radical Biology and Medicine, Elsevier, 2016, 97, pp.351 - 361. ⟨10.1016/j.freeradbiomed.2016.06.030⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.freeradbiomed.2016.06.030
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Complete Genome Sequence of the Hyperthermophilic and Piezophilic Archeon Thermococcus piezophilus CDGST, Able To Grow under Extreme Hydrostatic Pressures
auteur
C. Dalmasso, P. Oger, D. Courtine, M. Georges, K. Takai, L. Maignien, K. Alain
article
Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2016, 4 (4)
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Erratum for Dalmasso et al., Complete Genome Sequence of the Hyperthermophilic and Piezophilic Archaeon Thermococcus piezophilus CDGST, Able To Grow under Extreme Hydrostatic Pressures
auteur
C. Dalmasso, P. Oger, D. Courtine, M. Georges, K. Takai, L. Maignien, K. Alain
article
Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2016, 4 (5)
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Hypoxia induces copper stable isotope fractionation in hepatocellular carcinoma, in a HIF-independent manner
auteur
Victor Bondanese, Aline Lamboux, Mélanie Simon, Jérôme Lafont, Emmanuelle Albalat, Sylvain Pichat, Jean-Marc Vanacker, Philippe Telouk, Vincent Balter, Philippe Oger, Francis Albarède
article
Metallomics, Royal Society of Chemistry, 2016, 8 (11), pp.1177-1184. ⟨10.1039/c6mt00102e⟩
DOI
DOI : 10.1039/c6mt00102e
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Population Structure in Naegleria fowleri as Revealed by Microsatellite Markers
auteur
B. Coupat-Goutaland, E. Regoudis, M. Besseyrias, A. Mularoni, M. Binet, P. Herbelin, M. Pelandakis
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2016, 11 (4), pp.e0152434
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Transcriptional start site turnover in the evolution of bacterial paralogous genes - the pelE-pelD virulence genes in Dickeya
auteur
Alexandre Duprey, William Nasser, Simon Leonard, Céline Brochier-Armanet, S. Reverchon
article
FEBS Journal, Wiley, 2016, 283 (22), pp.4192-4207
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Exploiting members of the BAHD acyltransferase family to synthesize multiple hydroxycinnamate and benzoate conjugates in yeast
auteur
A. Eudes, M. Mouille, D. S. Robinson, V. T. Benites, G. Wang, L. Roux, Y. L. Tsai, E. E. Baidoo, T. Y. Chiu, J. L. Heazlewood, H. V. Scheller, A. Mukhopadhyay, J. D. Keasling, S. Deutsch, D. Loque
article
Microbial Cell Factories, BioMed Central, 2016, 15 (1), pp.198
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Metabolism and Virulence Strategies in Dickeya–Host Interactions
auteur
N. Hugouvieux-Cotte-Pattat
article
Progress in Molecular Biology and Translational Science, Zafar U. Khan and E. Chris Muly, 2016, 142, pp.93-129. ⟨10.1016/bs.pmbts.2016.05.006⟩
DOI
DOI : 10.1016/bs.pmbts.2016.05.006
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Genome-wide analysis identifies gain and loss/change of function within the small multigenic insecticidal Albumin 1 family of Medicago truncatula
auteur
L Karaki, P da Silva, F Rizk, C Chouabe, N Chantret, V Eyraud, F Gressent, C Sivignon, I Rahioui, D Kahn, Céline Brochier-Armanet, Yvan Rahbé, C Royer
article
BMC Plant Biology, BioMed Central, 2016, 16 (1), pp.63. ⟨10.1186/s12870-016-0745-0⟩
DOI
DOI : 10.1186/s12870-016-0745-0
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01287229/file/Karaki_2016-BMC_Plant_Biol.pdf BibTex
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Global transcriptional response of Dickeya dadantii to environmental stimuli relevant to the plant infection
auteur
X. Jiang, O. Zghidi-Abouzid, C. Oger-Desfeux, F. Hommais, N. Greliche, G. Muskhelishvili, W. Nasser, S. Reverchon
article
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2016, 18 (11), pp.3651-3672
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titre
Data set for transcriptome analysis of Escherichia coli exposed to nickel
auteur
Manon Gault, Agnès Rodrigue
article
Data in Brief, 2016, 9, pp.314 - 317. ⟨10.1016/j.dib.2016.08.069⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.dib.2016.08.069
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01667550/file/Data%20set%20for%20transcriptome%20analysis%20of%20Escherichia%20coli%20exposed%20to%20nickel_2016%20%281%29.pdf BibTex
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Meningoencephalitis due to the amoeboflagellate Naegleria fowleri in ruminants in Algeria
auteur
M. S. Benterki, A. Ayachi, O. Bennoune, E. Regoudis, M. Pelandakis
article
Parasite, 2016, 23, pp.11
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Pyrococcus kukulkanii sp. nov., a hyperthermophilic, piezophilic archaeon isolated from a deep-sea hydrothermal vent
auteur
N. Callac, P. Oger, F. Lesongeur, J. E. Rattray, P. Vannier, G. Michoud, M. Beauverger, N. Gayet, O. Rouxel, M. Jebbar, A. Godfroy
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2016, 66 (8), pp.3142-9
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titre
Complete Genome Sequence of the Hyperthermophilic and Piezophilic Archaeon Thermococcus barophilus Ch5, Capable of Growth at the Expense of Hydrogenogenesis from Carbon Monoxide and Formate
auteur
P. Oger, T. G. Sokolova, D. A. Kozhevnikova, E. A. Taranov, P. Vannier, H. S. Lee, K. K. Kwon, S. G. Kang, J. H. Lee, E. A. Bonch-Osmolovskaya, A. V. Lebedinsky
article
Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2016, 4 (1), ⟨10.1128/genomeA.01534-15⟩
DOI
DOI : 10.1128/genomeA.01534-15
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titre
Detection of the free living amoeba Naegleria fowleri by using conventional and real-time PCR based on a single copy DNA sequence
auteur
E. Regoudis, M. Pelandakis
article
Experimental Parasitology, Elsevier, 2016, 161, pp.35-9
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titre
Biotechnology and synthetic biology approaches for metabolic engineering of bioenergy crops
auteur
P. M. Shih, Y. Liang, D. Loque
article
Plant Journal, Wiley, 2016, 87 (1), pp.103-17
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Random mutagenesis of the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus using in vitro mariner transposition and natural transformation
auteur
Natalia Guschinskaya, Romain Brunel, Maxime Tourte, Gina L. Lipscomb, Michael W. W. Adams, Philippe Oger, Xavier Charpentier
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6, pp.36711. ⟨10.1038/srep36711⟩
DOI
DOI : 10.1038/srep36711
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From multiple pathogenicity islands to a unique organized pathogenicity archipelago
auteur
C. Bouyioukos, S. Reverchon, F. Kepes
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6, pp.27978
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titre
Molecular chaperone accumulation as a function of stress evidences adaptation to high hydrostatic pressure in the piezophilic archaeon Thermococcus barophilus
auteur
A. Cario, M. Jebbar, A. Thiel, N. Kervarec, P. M. Oger
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6, pp.29483. ⟨10.1038/srep29483⟩
DOI
DOI : 10.1038/srep29483
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Genome-wide analyses of chitin synthases identify horizontal gene transfers towards bacteria and allow a robust and unifying classification into fungi
auteur
Isabelle R. Gonçalves, Sophie Brouillet, Marie-Christine Soulié, Simonetta Gribaldo, Catherine Sirven, Noémie Charron, Martine Boccara, Mathias Choquer
article
BMC Evolutionary Biology, BioMed Central, 2016, 16, pp.252. ⟨10.1186/s12862-016-0815-9⟩
DOI
DOI : 10.1186/s12862-016-0815-9
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01425978/file/genome.pdf BibTex
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Outbreak of diarrhoeal illness in participants in an obstacle adventure race, Alpes-Maritimes, France, June 2015
auteur
C. Six, S. Aboukais, S. Giron, J. C. d'Oliveira, F. Peloux-Petiot, F. Franke, H. Terrien, F. Dassonville, J. Deniau, K. Ambert-Balay, T. Chesnot, R. Ruimy, M. Pelandakis, P. Basset, M. Munoz Rivero, P. Malfait
article
Eurosurveillance, European Centre for Disease Prevention and Control, 2016, 21 (23), ⟨10.2807/1560-7917.ES.2016.21.23.30253⟩
DOI
DOI : 10.2807/1560-7917.ES.2016.21.23.30253
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Synthesis of new dicinnamoyl 4-deoxy quinic acid and methyl ester derivatives and evaluation of the toxicity against the pea aphid Acyrthosiphon pisum.
auteur
Xiubin Li, Lucie Grand, Thomas Pouleriguen, Yves Queneau, Pedro da Silva, Yvan Rahbé, Jean-Luc Poëssel, Sylvie Moebs-Sanchez
article
Organic and Biomolecular Chemistry, Royal Society of Chemistry, 2016, 14 (8), pp.2487-2497. ⟨10.1039/c5ob02483h⟩
DOI
DOI : 10.1039/c5ob02483h
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01263941/file/Li_2016-17282b.pdf BibTex
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How Can Secretomics Help Unravel the Secrets of Plant-Microbe Interactions?
auteur
Delphine Vincent, Kim M. Plummer, Peter S. Solomon, Marc-Henri Lebrun, Dominique Job, Maryam Rafiqi
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2016, 1 p. ⟨10.3389/fpls.2016.01777⟩
DOI
DOI : 10.3389/fpls.2016.01777
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01604807/file/fpls-07-01777_1.pdf BibTex
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Citrus Plants: A Model System for Unlocking the Secrets of NO and ROS-Inspired Priming Against Salinity and Drought
auteur
Athanassios Molassiotis, Dominique Job, Vasileios Ziogas, Georgia Tanou
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2016, 7, pp.229. ⟨10.3389/fpls.2016.00229⟩
DOI
DOI : 10.3389/fpls.2016.00229
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Effect of a static magnetic field on Escherichia coli adhesion and orientation
auteur
Lotfi Mhamdi, Nejib Mhamdi, Naceur Mhamdi, Philippe Lejeune, Nicole Jaffrezic-Renault, Noël Burais, Riccardo Scorretti, Jiry Pokorny, Laurence Ponsonnet
article
Canadian Journal of Microbiology, NRC Research Press, 2016, 62 (11), pp.944-952. ⟨10.1139/cjm-2015-0839⟩
DOI
DOI : 10.1139/cjm-2015-0839
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titre
Thermococcus piezophilus sp. nov., a novel hyperthermophilic and piezophilic archaeon with a broad pressure range for growth, isolated from a deepest hydrothermal vent at the Mid-Cayman Rise
auteur
C. Dalmasso, P. Oger, G. Selva, D. Courtine, S. l'Haridon, A. Garlaschelli, E. Roussel, J. Miyazaki, J. Reveillaud, M. Jebbar, K. Takai, L. Maignien, K. Alain
article
Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2016, 39 (7), pp.440-444
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