2024

titre

Lineage-dependent partitioning of activities in chemoclines defines Woesearchaeota ecotypes in an extreme aquatic ecosystem

auteur

Lilian A Cloarec, Thomas Bacchetta, Maxime Bruto, Christophe Leboulanger, Vincent Grossi, Céline Brochier-Armanet, Jean-Pierre Flandrois, Adrian Zurmely, Cécile Bernard, Marc Troussellier, Hélène Agogué, Magali Ader, Christine Oger-Desfeux, Philippe M Oger, Adrien Vigneron, Mylène Hugoni

article

Microbiome, 2024, 12 (1), pp.249. ⟨10.1186/s40168-024-01956-0⟩

DOI

DOI : 10.1186/s40168-024-01956-0

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titre

Insights in extreme microbiology

auteur

Andreas Teske, Phil M. Oger

article

Frontiers in Microbiology, 2024, 15, pp.1473691. ⟨10.3389/fmicb.2024.1473691⟩

DOI

DOI : 10.3389/fmicb.2024.1473691

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titre

Microbial diversity and secondary metabolism potential in relation to dark alterations in Paleolithic Lascaux Cave

auteur

Zélia Bontemps, Danis Abrouk, Sita Venier, Pierre Vergne, Serge Michalet, Gilles Comte, Yvan Moënne-Loccoz, Mylène Hugoni

article

npj Biofilms and Microbiomes, 2024, 10 (1), pp.121. ⟨10.1038/s41522-024-00589-3⟩

DOI

DOI : 10.1038/s41522-024-00589-3

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titre

Transcriptomic changes in the PacC transcription factor deletion mutant of the plant pathogenic fungus Botrytis cinerea under acidic and neutral conditions

auteur

Christine Rascle, Bastien Malbert, Isabelle R Gonçalves, Mathias Choquer, Christophe Bruel, Nathalie Poussereau

article

BMC Genomic Data, 2024, 25 (1), pp.87. ⟨10.1186/s12863-024-01257-3⟩

DOI

DOI : 10.1186/s12863-024-01257-3

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titre

DNA as a Double-Coding Device for Information Conversion and Organization of a Self-Referential Unity

auteur

Georgi Muskhelishvili, William Nasser, Sylvie Reverchon, Andrew Travers

article

DNA, 2024, 4 (4), pp.473-493. ⟨10.3390/dna4040032⟩

DOI

DOI : 10.3390/dna4040032

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titre

The bZIP transcription factor BIP1 of the rice blast fungus is essential for infection and regulates a specific set of appressorium genes

auteur

Karine Lambou, Andrew Tag, Alexandre Lassagne, Jérôme Collemare, Pierre-Henri Clergeot, Crystel Barbisan, Philippe Perret, Didier Tharreau, Joelle Millazo, Elia Chartier, Ronald de Vries, Judith Hirsch, Jean-Benoit Morel, Roland Beffa, Thomas Kroj, Terry Thomas, Marc-Henri Lebrun

article

PLoS Pathogens, 2024, 20 (1), pp.e1011945. ⟨10.1371/journal.ppat.1011945⟩

DOI

DOI : 10.1371/journal.ppat.1011945

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titre

Diversity and diversification of Pectobacteriaceae, a family of phytopathogenic bacteria with a global importance

auteur

Céline Brochier, Nicole Hugouvieux-Cotte-Pattat, Jean-Pierre Flandrois, Sylvie Reverchon, Jérôme Briolay

article

Cahiers Scientifiques de la Fondation Pierre Vérots, 2024, 10, pp.19-29

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titre

Biochemical characterization and mutational analysis of the NurA protein from the hyperthermophilic euryarchaeon Thermococcus barophilus Ch5

auteur

Guangyu Ma, Tan Lin, Peng Cao, Phil M. Oger, Kunming Dong, Li Miao, Likui Zhang

article

Research in Microbiology, 2024, pp.104189. ⟨10.1016/j.resmic.2024.104189⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.resmic.2024.104189

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titre

New insights into thermostable iron-containing/activated alcohol dehydrogenases from hyperthermophiles

auteur

Yushan Lin, Youcheng Yin, Phil M. Oger, Yong Gong, Xiaojian Zhou, Yanchao Bai, Likui Zhang

article

International Journal of Biological Macromolecules, 2024, 275, pp.133707. ⟨10.1016/j.ijbiomac.2024.133707⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.ijbiomac.2024.133707

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titre

Description of a new genus of the Pectobacteriaceae family isolated from water in coastal brackish wetlands of the French Camargue region, Prodigiosinella gen. nov., including the new species Prodigiosinella aquatilis sp. nov

auteur

Nicole Hugouvieux-Cotte-Pattat, Jean-Pierre Flandrois, Jérôme Briolay, Sylvie Reverchon, Céline Brochier-Armanet

article

Systematic and Applied Microbiology, 2024, 47 (2-3), pp.126497. ⟨10.1016/j.syapm.2024.126497⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.syapm.2024.126497

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titre

Function and mechanism of action of the small regulatory RNA ArcZ in Enterobacterales .

auteur

Quentin Dubois, Typhaine Brual, Charlotte Oriol, Pierre Mandin, Guy Condemine, Erwan Gueguen

article

RNA, In press, ⟨10.1261/rna.080010.124⟩

DOI

DOI : 10.1261/rna.080010.124

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titre

Acidification-based mineral weathering mechanism involves a glucose/methanol/choline oxidoreductase in Caballeronia mineralivorans PML1(12)

auteur

Cintia Blanco Nouche, Laura Picard, Carine Cochet, Cédric Paris, Philippe Oger, Marie-Pierre M.-P. Turpault, Stéphane Uroz

article

Applied and Environmental Microbiology, 2024, 90 (12), ⟨10.1128/aem.01221-24⟩

DOI

DOI : 10.1128/aem.01221-24

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titre

A LysM Effector Mediates Adhesion and Plant Immunity Suppression in the Necrotrophic Fungus Botrytis cinerea

auteur

Mélanie Crumière, Amélie de Vallée, Christine Rascle, François‐xavier Gillet, Shamsun Nahar, Jan van Kan, Christophe Bruel, Nathalie Poussereau, Mathias Choquer

article

Journal of Basic Microbiology, 2024, ⟨10.1002/jobm.202400552⟩

DOI

DOI : 10.1002/jobm.202400552

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titre

Impact of Isotopic Exchange on Hydrated Protein Dynamics Revealed by Polarized Neutron Scattering

auteur

Agathe Nidriche, Martine Moulin, Phil M. Oger, J. Ross Stewart, Lucile Mangin-Thro, Wolfgang Schmidt, Gerald Kneller, Judith Peters

article

PRX Life, 2024, 2 (1), pp.013005. ⟨10.1103/prxlife.2.013005⟩

DOI

DOI : 10.1103/prxlife.2.013005

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titre

Cross-regulation and cross-talk of conserved and accessory two-component regulatory systems orchestrate Pseudomonas copper resistance

auteur

Sylvie Elsen, Victor Simon, Ina Attrée

article

PLoS Genetics, 2024, 20, pp.1011325. ⟨10.1371/journal.pgen.1011325⟩

DOI

DOI : 10.1371/journal.pgen.1011325

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titre

The development of the piercing mouth during the last molt of the diseases-transmitting aphids and mosquitoes as revealed by synchrotron X-ray microtomography

auteur

Bastien Cayrol, Irene Arnoldi, Vladimir Novak, Sara Epis, Matteo Brilli, Yvan Rahbé, Marilyne Uzest, Paolo Gabrieli

article

Entomologia Generalis, 2024, 44 (4), pp.1069-1079. ⟨10.1127/entomologia/2024/2475⟩

DOI

DOI : 10.1127/entomologia/2024/2475

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titre

Transcriptomic insights into the dominance of two phototrophs throughout the water column of a tropical hypersaline-alkaline crater lake (Dziani Dzaha, Mayotte)

auteur

Sébastien Duperron, Sébastien Halary, Jean-Pierre Bouly, Théotime Roussel, Mylène Hugoni, Maxime Bruto, Phil M. Oger, Charlotte Duval, Anthony C. Woo, Didier Jézéquel, Magali Ader, Christophe Leboulanger, Hélène Agogué, Vincent Grossi, Marc Troussellier, Cécile Bernard

article

Frontiers in Microbiology, 2024, 15, pp.1368523. ⟨10.3389/fmicb.2024.1368523⟩

DOI

DOI : 10.3389/fmicb.2024.1368523

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titre

Haloarchaea as Promising Chassis to Green Chemistry

auteur

Emma Bonnaud, Phil M. Oger, Avigaël Ohayon, Yoann Louis

article

Microorganisms, 2024, 12 (8), pp.1738. ⟨10.3390/microorganisms12081738⟩

DOI

DOI : 10.3390/microorganisms12081738

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titre

Seismic events as potential drivers of the microbial community structure and evolution in a paleo-ocean analog

auteur

Adrien Vigneron, Lilian Cloarec, Hélène Agogué, Cécile Bernard, Sébastien Duperron, Christophe Leboulanger, Claire Carré, Patrice Got, Cécile Roques, Marc Troussellier, Didier Jézéquel, Alexis Groleau, Magali Ader, Phil M. Oger, Mylène Hugoni

article

Communications Earth & Environment, 2024, 5 (1), pp.504. ⟨10.1038/s43247-024-01615-0⟩

DOI

DOI : 10.1038/s43247-024-01615-0

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2023

titre

Bradyrhizobium commune sp. nov., isolated from nodules of a wide range of native legumes across the Australian continent

auteur

Bénédicte Lafay, Elina Coquery, Phil M. Oger

article

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2023, 73 (7), pp.005971. ⟨10.1099/ijsem.0.005971⟩

DOI

DOI : 10.1099/ijsem.0.005971

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titre

Post-translational regulation of photosynthetic activity via the TOR kinase in plants

auteur

Stefano D’alessandro, Florent Velay, Marwa Mehrez, Shanna Romand, Rim Saadouni, Céline Forzani, Sylvie Citerne, Marie-Hélène Montané, Christophe Robaglia, Benoît Menand, Christian Meyer, Ben Field

article

BioRxiv, 2023, ⟨10.1101/2023.05.05.539554⟩

DOI

DOI : 10.1101/2023.05.05.539554

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titre

Phytoplanktonic species in the haloalkaline Lake Dziani Dzaha select their archaeal microbiome

auteur

Maxime Bruto, Phil M. Oger, Patrice Got, Cécile Bernard, Delphine Melayah, Lilian Cloarec, Charlotte Duval, Arthur Escalas, Sébastien Duperron, Ludivine Guigard, Christophe Leboulanger, Magali Ader, Gerard Sarazin, Didier Jézéquel, Hélène Agogué, Marc Troussellier, Mylène Hugoni

article

Molecular Ecology, 2023, 32 (24), pp.6824-6838. ⟨10.1111/mec.17179⟩

DOI

DOI : 10.1111/mec.17179

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titre

Biochemical and mutational studies of an endonuclease V from the hyperthermophilic crenarchaeon Sulfolobus islandicus REY15A

auteur

Youcheng Yin, Jingru Shi, Likui Zhang, Qing Liu, Yong Gong, Phil M. Oger, Xipeng Liu

article

World Journal of Microbiology and Biotechnology, 2023, 39 (4), pp.90. ⟨10.1007/s11274-023-03526-2⟩

DOI

DOI : 10.1007/s11274-023-03526-2

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titre

Coordination of host and endosymbiont gene expression governs endosymbiont growth and elimination in the cereal weevil Sitophilus spp.

auteur

Mariana Galvão Ferrarini, Agnès Vallier, Carole Vincent-Monégat, Elisa Dell’aglio, Benjamin Gillet, Sandrine Hughes, Ophélie Hurtado, Guy Condemine, Anna Zaidman-Rémy, Rita Rebollo, Nicolas Parisot, Abdelaziz Heddi

article

Microbiome, 2023, 11 (1), pp.274. ⟨10.1186/s40168-023-01714-8⟩

DOI

DOI : 10.1186/s40168-023-01714-8

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titre

Extracellular vesicles of the plant pathogen Botrytis cinerea

auteur

Amélie de Vallée, Jean-William Dupuy, Christine Moriscot, Benoit Gallet, Solène Vanderperre, Gaëtan Guignard, Christine Rascle, Glen Calvar, Bastien Malbert, François-Xavier Gillet, Cindy Dieryckx, Mathias Choquer, Vincent Girard, Nathalie Poussereau, Christophe Bruel

article

Journal of Fungi, 2023, 9 (4), pp.495. ⟨10.3390/jof9040495⟩

DOI

DOI : 10.3390/jof9040495

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titre

Membrane plasticity induced by myo-inositol derived archaeal lipids: chemical synthesis and biophysical characterization

auteur

Johal Ruiz, Josephine G Loricco, Laurent Soulère, Marta Salvador-Castell, Axelle Grélard, Brice Kauffmann, Erick J Dufourc, Bruno Demé, Florence Popowycz, Judith Peters

article

Physical Chemistry Chemical Physics, 2023, 25 (24), pp.16273 - 16287. ⟨10.1039/d3cp01646c⟩

DOI

DOI : 10.1039/d3cp01646c

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titre

Effects of Crowding and Cosolutes on Biomolecular Function at Extreme Environmental Conditions

auteur

Judith Peters, Rosario Oliva, Antonino Caliò, Phil M. Oger, Roland Winter

article

Chemical Reviews, 2023, 123 (23), pp.13441-13488. ⟨10.1021/acs.chemrev.3c00432⟩

DOI

DOI : 10.1021/acs.chemrev.3c00432

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titre

A R-loop sensing pathway mediates the relocation of transcribed genes to nuclear pore complexes

auteur

Arianna Penzo, Marion Dubarry, Clémentine Brocas, Myriam Zheng, Raphaël Mangione, Mathieu Rougemaille, Coralie Goncalves, Ophélie Lautier, Domenico Libri, Marie-Noëlle Simon, Vincent Géli, Karine Dubrana, Benoit Palancade

article

Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.5606. ⟨10.1038/s41467-023-41345-z⟩

DOI

DOI : 10.1038/s41467-023-41345-z

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titre

Incorporation and localisation of alkanes in a protomembrane model

auteur

Loreto Misuraca, Josephine Loricco, Phil M. Oger, Judith Peters, Bruno Demé

article

Biochimica et Biophysica Acta:Biomembranes, 2023, 1865 (3), pp.184119. ⟨10.1016/j.bbamem.2023.184119⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.bbamem.2023.184119

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Biochemical characterization and mutational studies of endonuclease Q from the hyperthermophilic euryarchaeon Thermococcus gammatolerans

auteur

Mai Wu, Guangyu Ma, Yushan Lin, Phil M. Oger, Peng Cao, Likui Zhang

article

DNA Repair, 2023, 126, pp.103490. ⟨10.1016/j.dnarep.2023.103490⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.dnarep.2023.103490

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Single-celled bioturbators: benthic foraminifera mediate oxygen penetration and prokaryotic diversity in intertidal sediment

auteur

Dewi Langlet, Florian Mermillod-Blondin, Noémie Deldicq, Arthur Bauville, Gwendoline Duong, Lara Konecny, Mylène Hugoni, Lionel Denis, Vincent Bouchet

article

Biogeosciences, 2023, 20 (23), pp.4875-4891. ⟨10.5194/bg-20-4875-2023⟩

DOI

DOI : 10.5194/bg-20-4875-2023

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titre

A natural single nucleotide mutation in the small regulatory RNA ArcZ of Dickeya solani switches off the antimicrobial activities against yeast and bacteria

auteur

Typhaine Brual, Géraldine Effantin, Julie Baltenneck, Laetitia Attaiech, Cloé Grosbois, Monique Royer, Jérémy Cigna, Denis Faure, Nicole Hugouvieux-Cotte-Pattat, Erwan Gueguen

article

PLoS Genetics, 2023, 19 (4), pp.e1010725. ⟨10.1371/journal.pgen.1010725⟩

DOI

DOI : 10.1371/journal.pgen.1010725

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titre

NPCs and APBs: two HUBs of non-canonical homology-based recombination at telomeres?

auteur

Paula Aguilera, Marion Dubarry, Vincent Géli, Marie-Noëlle Simon

article

Cell Cycle, 2023, 22 (10), pp.1163-1168. ⟨10.1080/15384101.2023.2206350⟩

DOI

DOI : 10.1080/15384101.2023.2206350

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titre

Dissimilar gene repertoires of Dickeya solani involved in colonization of lesions and roots of Solanum tuberosum

auteur

Kévin Robic, Euphrasie Munier, Géraldine Effantin, Joy Lachat, Delphine Naquin, Erwan Gueguen, Denis Faure

article

Frontiers in Plant Science, 2023, 14, pp.1154110. ⟨10.3389/fpls.2023.1154110⟩

DOI

DOI : 10.3389/fpls.2023.1154110

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titre

The non-ribosomal peptide synthetase-independent siderophore (NIS) rhizobactin produced by Caballeronia mineralivorans PML1(12) confers the ability to weather minerals

auteur

Cintia Blanco Nouche, Cédric Paris, Tiphaine Dhalleine, Phil M. Oger, Marie-Pierre Turpault, Stéphane Uroz

article

Applied and Environmental Microbiology, 2023, 89 (10), pp.0045323. ⟨10.1128/aem.00453-23⟩

DOI

DOI : 10.1128/aem.00453-23

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titre

Interaction networks of Escherichia coli replication proteins under different bacterial growth conditions

auteur

Joanna Morcinek-Orłowska, Beata Walter, Raphaël Forquet, Dominik Cysewski, Maxime Carlier, Michał Mozolewski, Sam Meyer, Monika Glinkowska

article

Scientific Data , 2023, 10, ⟨10.1038/s41597-023-02710-1⟩

DOI

DOI : 10.1038/s41597-023-02710-1

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titre

Thermostable DNA ligases from hyperthermophiles in biotechnology

auteur

Jingru Shi, Phil M. Oger, Peng Cao, Likui Zhang

article

Frontiers in Microbiology, 2023, 14, ⟨10.3389/fmicb.2023.1198784⟩

DOI

DOI : 10.3389/fmicb.2023.1198784

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titre

Molecular Rearrangements in Protomembrane Models Probed by Laurdan Fluorescence

auteur

Loreto Misuraca, Roland Winter, Bruno Demé, Phil M. Oger, Judith Peters

article

Membranes, 2023, 13 (4), pp.386. ⟨10.3390/membranes13040386⟩

DOI

DOI : 10.3390/membranes13040386

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titre

The membrane regulator squalane increases membrane rigidity under high hydrostatic pressure in archaeal membrane mimics

auteur

Josephine Loricco, Ingo Hoffmann, Antonino Caliò, Judith Peters

article

Soft Matter, 2023, 19 (33), pp.6280-6286. ⟨10.1039/d3sm00352c⟩

DOI

DOI : 10.1039/d3sm00352c

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2022

titre

Implications of carbon catabolite repression for plant–microbe interactions

auteur

Théophile Franzino, Hasna Boubakri, Tomislav Cernava, Danis Abrouk, Wafa Achouak, Sylvie Reverchon, William Nasser, Feth El Zahar Haichar

article

Plant Communications, 2022, 3, pp.100272. ⟨10.1016/j.xplc.2021.100272⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.xplc.2021.100272

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titre

Genomic erosion and horizontal gene transfer shape functional differences of the ExlA toxin in Pseudomonas spp.

auteur

Viviana Job, Laura Gomez-Valero, Adèle Renier, Christophe Rusniok, Stephanie Bouillot, Viviane Chenal-Francisque, Erwan Gueguen, Annie Adrait, Mylène Robert-Genthon, Katy Jeannot, Peter Panchev, Sylvie Elsen, Marie-Odile Fauvarque, Yohann Couté, Carmen Buchrieser, Ina Attrée

article

iScience, 2022, 25 (7), pp.104596. ⟨10.1016/j.isci.2022.104596⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.isci.2022.104596

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titre

The Candida glabrata glycogen branching enzyme structure reveals unique features of branching enzymes of the Saccharomycetaceae phylum

auteur

Léa Conchou, Juliette Martin, Isabelle R Gonçalves, Frédéric Galisson, Sébastien Violot, Florence Guillière, Nushin Aghajari, Lionel Ballut

article

Glycobiology, 2022, 32 (4), pp.343-355. ⟨10.1093/glycob/cwab110⟩

DOI

DOI : 10.1093/glycob/cwab110

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titre

A Comprehensive Overview of the Genes and Functions Required for Lettuce Infection by the Hemibiotrophic Phytopathogen Xanthomonas hortorum pv. vitians

auteur

Lucas Morinière, Laurène Mirabel, Erwan Gueguen, Franck Bertolla

article

mSystems, 2022, 7 (2), ⟨10.1128/msystems.01290-21⟩

DOI

DOI : 10.1128/msystems.01290-21

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titre

A Genome-Wide Evolutionary Simulation of the Transcription-Supercoiling Coupling

auteur

Théotime Grohens, Sam Meyer, Guillaume Beslon

article

Artificial Life, 2022, CogNet, 28 (4), pp.440-457. ⟨10.1162/artl_a_00373⟩

DOI

DOI : 10.1162/artl_a_00373

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titre

Unravelling the Adaptation Mechanisms to High Pressure in Proteins

auteur

Antonino Caliò, Cécile Dubois, Stéphane Fontanay, Michael Marek Koza, François Hoh, Christian Roumestand, Phil M. Oger, Judith Peters

article

International Journal of Molecular Sciences, 2022, Feature Papers in Molecular Biophysics, 23 (15), pp.8469. ⟨10.3390/ijms23158469⟩

DOI

DOI : 10.3390/ijms23158469

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titre

The Exploration of the Thermococcus barophilus Lipidome Reveals the Widest Variety of Phosphoglycolipids in Thermococcales

auteur

Maxime Tourte, Sarah Coffinet, Lars Wörmer, Julius S Lipp, Kai-Uwe Hinrichs, Phil M. Oger

article

Frontiers in Microbiology, 2022, 13, pp.869479. ⟨10.3389/fmicb.2022.869479⟩

DOI

DOI : 10.3389/fmicb.2022.869479

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titre

Identification of new Dickeya dadantii virulence factors secreted by the type 2 secretion system

auteur

Guy Condemine, Bastien Le Derout

article

PLoS ONE, 2022, 17 (4), pp.e0265075. ⟨10.1371/journal.pone.0265075⟩

DOI

DOI : 10.1371/journal.pone.0265075

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titre

Scaffolding Protein GspB/OutB Facilitates Assembly of the Dickeya dadantii Type 2 Secretion System by Anchoring the Outer Membrane Secretin Pore to the Inner Membrane and to the Peptidoglycan Cell Wall

auteur

Shiheng Zhang, Shuang Gu, Piers Rycroft, Florence Ruaudel, Frédéric Delolme, Xavier Robert, Lionel Ballut, Richard W. Pickersgill, Vladimir Shevchik

article

mBio, 2022, 13 (3), pp.e0025322. ⟨10.1128/mbio.00253-22⟩

DOI

DOI : 10.1128/mbio.00253-22

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titre

Synthesis of phospholipids under plausible prebiotic conditions and analogies with phospholipid biochemistry or origin of life studies

auteur

Michele Fiore, Carolina Chieffo, Augustin Lopez, Dimitri Fayolle, Johal Ruiz, Laurent Soulère, Phil M. Oger, Emiliano Altamura, Florence Popowycz, René Buchet

article

Astrobiology, In press, ⟨10.1089/ast.2021.0059⟩

DOI

DOI : 10.1089/ast.2021.0059

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titre

Biochemical characterization and mutational analysis of a novel flap endonuclease 1 from Thermococcus barophilus Ch5

auteur

Tan Lin, Likui Zhang, Donghao Jiang, Leilei Wu, Kaige Chen, Li Li, Cuili Jin, Zheng Li, Phil M. Oger

article

International Journal of Biochemistry and Cell Biology, 2022, 143, pp.106154. ⟨10.1016/j.biocel.2021.106154⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.biocel.2021.106154

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titre

Snf1 Kinase Differentially Regulates Botrytis cinerea Pathogenicity according to the Plant Host

auteur

Szabina Lengyel, Christine Rascle, Nathalie Poussereau, Christophe Bruel, Luca Sella, Mathias Choquer, Francesco Favaron

article

Microorganisms, 2022, 10 (2), pp.444. ⟨10.3390/microorganisms10020444⟩

DOI

DOI : 10.3390/microorganisms10020444

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titre

Evidencing New Roles for the Glycosyl-Transferase Cps1 in the Phytopathogenic Fungus Botrytis cinerea

auteur

Matthieu Blandenet, Isabelle R Gonçalves, Christine Rascle, Jean-William Dupuy, François-Xavier Gillet, Nathalie Poussereau, Mathias Choquer, Christophe Bruel

article

Journal of Fungi, 2022, 8 (9), pp.899. ⟨10.3390/jof8090899⟩

DOI

DOI : 10.3390/jof8090899

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titre

Relationship between the Chromosome Structural Dynamics and Gene Expression-A Chicken and Egg Dilemma?

auteur

Diana Le Berre, Georgi Muskhelishvili, William Nasser, Sylvie Reverchon

article

Microorganisms, 2022, 10 (5), pp.846. ⟨10.3390/microorganisms10050846⟩

DOI

DOI : 10.3390/microorganisms10050846

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titre

Alkanes as Membrane Regulators of the Response of Early Membranes to Extreme Temperatures

auteur

Loreto Misuraca, Antonino Caliò, Josephine Loricco, Ingo Hoffmann, Roland Winter, Bruno Demé, Judith Peters, Phil M. Oger

article

Life, 2022, 12 (3), pp.445. ⟨10.3390/life12030445⟩

DOI

DOI : 10.3390/life12030445

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titre

Microbiome Analysis of New, Insidious Cave Wall Alterations in the Apse of Lascaux Cave

auteur

Lise Alonso, Thomas Pommier, Danis Abrouk, Mylène Hugoni, Van Tran Van, Guillaume Minard, Claire Valiente Moro, Yvan Moënne-Loccoz

article

Microorganisms, 2022, 10 (12), pp.2449. ⟨10.3390/microorganisms10122449⟩

DOI

DOI : 10.3390/microorganisms10122449

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Influence of aphotic haloclines and euxinia on organic biomarkers and microbial communities in a thalassohaline and alkaline volcanic crater lake

auteur

David Sala, Vincent Grossi, Hélène Agogué, Christophe Leboulanger, Didier Jézéquel, Gérard Sarazin, Ingrid Antheaume, Cécile Bernard, Magali Ader, Mylène Hugoni

article

Geobiology, 2022, 20 (2), pp.292-309. ⟨10.1111/gbi.12477⟩

DOI

DOI : 10.1111/gbi.12477

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What is a supercoiling-sensitive gene? Insights from topoisomerase I inhibition in the Gram-negative bacterium Dickeya dadantii

auteur

Maïwenn Pineau, Shiny Martis Badiadka, Raphaël Forquet, Jessica Baude, Camille Villard, Lucie Grand, Florence Popowycz, Laurent Soulère, Florence Hommais, William Nasser, Sylvie Reverchon, Sam Meyer

article

Nucleic Acids Research, 2022, 50 (16), pp.9149-9161. ⟨10.1093/nar/gkac679⟩

DOI

DOI : 10.1093/nar/gkac679

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High temperature molecular motions within a model protomembrane architecture

auteur

Loreto Misuraca, Tatsuhito Matsuo, Aline Cisse, Josephine Loricco, Antonino Caliò, Jean-Marc Zanotti, Bruno Demé, Phil M. Oger, Judith Peters

article

Physical Chemistry Chemical Physics, 2022, 24, pp.15083-15090. ⟨10.1039/D2CP01205G⟩

DOI

DOI : 10.1039/D2CP01205G

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titre

A Flexible and Original Architecture of Two Unrelated Zinc Fingers Underlies the Role of the Multitask P1 in RYMV Spread

auteur

Vianney Poignavent, François Hoh, Guillaume Terral, Yinshan Yang, François-Xavier Gillet, Jeong-Hyeon Kim, Frédéric Allemand, Eric Lacombe, Christophe Brugidou, Sarah Cianferani, Hélène Déméné, Florence Vignols

article

Journal of Molecular Biology, 2022, 434 (16), pp.167715. ⟨10.1016/j.jmb.2022.167715⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.jmb.2022.167715

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titre

Are Methionine Sulfoxide-Containing Proteins Related to Seed Longevity? A Case Study of Arabidopsis thaliana Dry Mature Seeds Using Cyanogen Bromide Attack and Two-Dimensional-Diagonal Electrophoresis

auteur

Ewa Marzena Kalemba, Benoît Valot, Dominique Job, Christophe Bailly, Patrice Meimoun

article

Plants, 2022, 11 (4), pp.569. ⟨10.3390/plants11040569⟩

DOI

DOI : 10.3390/plants11040569

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titre

Mapping the Complex Transcriptional Landscape of the Phytopathogenic Bacterium Dickeya dadantii

auteur

Raphaël Forquet, Xuejiao Jiang, William Nasser, Florence Hommais, Sylvie Reverchon, Sam Meyer

article

mBio, 2022, 13, ⟨10.1128/mbio.00524-22⟩

DOI

DOI : 10.1128/mbio.00524-22

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Carbon catabolite repression in pectin digestion by the phytopathogen Dickeya dadantii

auteur

Shiny Martis Badiadka, Michel Droux, William Nasser, Sylvie Reverchon, Sam Meyer

article

Journal of Biological Chemistry, 2022, 298 (1), pp.101446. ⟨10.1016/j.jbc.2021.101446⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.jbc.2021.101446

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Chemical Composition, Antibacterial Activity using Micro-broth Dilution Method and Antioxidant Activity of Essential Oil and Water Extract from Aerial Part of Tunisian Thymus algeriensis Boiss. & Reut.

auteur

Amal Ghorbel, Jawhar Fakhfakh, Vincent Brieudes, Maria Halabalaki, Stéphane Fontanay, Raphaël Duval, Khaled Mliki, Sami Sayadi, Noureddine Allouche

article

Journal of Essential Oil Bearing Plants, 2022, 24 (6), pp.1349-1364. ⟨10.1080/0972060X.2021.2021112⟩

DOI

DOI : 10.1080/0972060X.2021.2021112

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titre

Mosquito sex and mycobiota contribute to fructose metabolism in the Asian tiger mosquito Aedes albopictus

auteur

Morgane Guégan, Edwige Martin, Van Tran Van, Benjamin Fel, Anne-Emmanuelle Hay, Laurent Simon, Noémie Butin, Floriant Bellvert, Feth El Zahar Haichar, Claire Valiente Moro

article

Microbiome, 2022, 10 (1), pp.138. ⟨10.1186/s40168-022-01325-9⟩

DOI

DOI : 10.1186/s40168-022-01325-9

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Biochemical characterization and mutational analysis of a mismatch glycosylase from the hyperthermophilic euryarchaeon Thermococcus barophilus Ch5

auteur

Lei Wang, Tan Lin, Phil M. Oger, Yong Gong, Likui Zhang

article

DNA Repair, 2022, 114, pp.103321. ⟨10.1016/j.dnarep.2022.103321⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.dnarep.2022.103321

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titre

Quantitative contribution of the spacer length in the supercoiling-sensitivity of bacterial promoters

auteur

Raphaël Forquet, William Nasser, Sylvie Reverchon, Sam Meyer

article

Nucleic Acids Research, 2022, 50 (13), pp.7287-7297. ⟨10.1093/nar/gkac579⟩

DOI

DOI : 10.1093/nar/gkac579

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Tertiary and Quaternary Structure Organization in GMP Synthetases: Implications for Catalysis

auteur

Lionel Ballut, Sébastien Violot, Frédéric Galisson, Isabelle R Gonçalves, Juliette Martin, Santosh Shivakumaraswamy, Loïc Carrique, Hemalatha Balaram, Nushin Aghajari

article

Biomolecules, 2022, 12 (7), pp.871. ⟨10.3390/biom12070871⟩

DOI

DOI : 10.3390/biom12070871

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Genomic and transcriptomic characterization of the Collimonas quorum sensing genes and regulon

auteur

Stephane Uroz, Océane Geisler, Laure Fauchery, Raphaël Lami, Alice M.S. Rodrigues, Emmanuelle Morin, Johan Leveau, Phil M. Oger

article

FEMS Microbiology Ecology, 2022, 98 (11), ⟨10.1093/femsec/fiac100⟩

DOI

DOI : 10.1093/femsec/fiac100

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Membrane adaptation in the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus relies upon a novel strategy involving glycerol monoalkyl glycerol tetraether lipids

auteur

Maxime Tourte, Philippe Schaeffer, Vincent Grossi, Phil M. Oger

article

Environmental Microbiology, 2022, 24 (4), pp.2029-2046. ⟨10.1111/1462-2920.15923⟩

DOI

DOI : 10.1111/1462-2920.15923

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The mineral weathering ability of Collimonas pratensis PMB3(1) involves a Malleobactin-mediated iron acquisition system

auteur

Laura Picard, Cédric Paris, Tiphaine Dhalleine, Emmanuelle Morin, Phil M. Oger, Marie-Pierre M.-P. Turpault, Stéphane Uroz

article

Environmental Microbiology, 2022, 24 (2), pp. 784-802. ⟨10.1111/1462-2920.15508⟩

DOI

DOI : 10.1111/1462-2920.15508

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titre

Secondary structure and 1H, 15 N & 13C resonance assignments of the periplasmic domain of OutG, major pseudopilin from Dickeya dadantii type II secretion system

auteur

Theis Jacobsen, Régine Dazzoni, Melvin Renault, Benjamin Bardiaux, Michael Nilges, Vladimir Shevchik, Nadia Izadi-Pruneyre

article

Biomolecular NMR Assignments, 2022, 16 (2), pp.231-236. ⟨10.1007/s12104-022-10085-4⟩

DOI

DOI : 10.1007/s12104-022-10085-4

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Specificity and genetic polymorphism in the Vfm quorum sensing system of plant pathogenic bacteria of the genus Dickeya

auteur

Nicole Hugouvieux-Cotte-Pattat, Monique Royer, Erwan Gueguen, Paul Le Guen, Roderich Süssmuth, Sylvie Reverchon, Stéphane Cociancich

article

Environmental Microbiology, 2022, pp.1467-1483. ⟨10.1111/1462-2920.15889⟩

DOI

DOI : 10.1111/1462-2920.15889

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2021

titre

The infection cushion of Botrytis cinerea : a fungal ‘weapon’ of plant‐biomass destruction

auteur

Mathias Choquer, Christine Rascle, Isabelle R Gonçalves, Amélie de Vallée, Cécile Ribot, Elise Loisel, Pavlé Smilevski, Jordan Ferria, Mahamadi Savadogo, Eytham Souibgui, Marie-Josèphe Gagey, Jean‐william Dupuy, Jeffrey Rollins, Riccardo Marcato, Camille Noûs, Christophe Bruel, Nathalie Poussereau

article

Environmental Microbiology, 2021, 23, pp.2293-2314. ⟨10.1111/1462-2920.15416⟩

DOI

DOI : 10.1111/1462-2920.15416

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titre

Complete genome of Bradyrhizobium sp. strain BDV5419, representative of Australian genospecies L

auteur

Christine Oger-Desfeux, Jerome Briolay, Phil M. Oger, Bénédicte Lafay

article

Microbiology Resource Announcements, 2021, 10 (8), pp.e00042-21. ⟨10.1128/MRA.00042-21⟩

DOI

DOI : 10.1128/MRA.00042-21

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titre

The Piezo-Hyperthermophilic Archaeon Thermococcus piezophilus Regulates Its Energy Efficiency System to Cope With Large Hydrostatic Pressure Variations

auteur

Yann Moalic, Jordan Hartunians, Cécile Dalmasso, Damien Courtine, Myriam Georges, Phil M. Oger, Zongze Shao, Mohamed Jebbar, Karine Alain

article

Frontiers in Microbiology, 2021, 12, pp.730231. ⟨10.3389/fmicb.2021.730231⟩

DOI

DOI : 10.3389/fmicb.2021.730231

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titre

Alkanes increase the stability of early life membrane models under extreme pressure and temperature conditions

auteur

Loreto Misuraca, Bruno Demé, Phil M. Oger, Judith Peters

article

Communications Chemistry, 2021, ⟨10.1038/s42004-021-00467-5⟩

DOI

DOI : 10.1038/s42004-021-00467-5

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titre

Reappraisal of archaeal C20-C25 diether lipid (extended archaeol) origin and use as a biomarker of hypersalinity

auteur

Flore Vandier, Maxime Tourte, Cara Doumbe-Kingue, Julien Plancq, Philippe Schaeffer, Phil M. Oger, Vincent Grossi

article

Organic Geochemistry, 2021, 159, pp.104276. ⟨10.1016/j.orggeochem.2021.104276⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.orggeochem.2021.104276

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titre

Identification and characterization of a new soybean promoter induced by Phakopsora pachyrhizi, the causal agent of Asian soybean rust

auteur

Lisa Cabre, S. Peyrard, C. Sirven, L. Gilles, B. Pelissier, S. Ducerf, Nathalie Poussereau

article

BMC Biotechnology, 2021, 21, pp.27. ⟨10.1186/s12896-021-00684-9⟩

DOI

DOI : 10.1186/s12896-021-00684-9

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titre

Identification of a novel bifunctional uracil DNA glycosylase from Thermococcus barophilus Ch5

auteur

Likui Zhang, Donghao Jiang, Qi Gan, Haoqiang Shi, Li Miao, Yong Gong, Phil M. Oger

article

Applied Microbiology and Biotechnology, In press, ⟨10.1007/s00253-021-11422-8⟩

DOI

DOI : 10.1007/s00253-021-11422-8

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titre

Straightforward Synthesis of Chiral Terpenoid Building Blocks by Ru-Catalyzed Enantioselective Hydrogenation

auteur

Johal Ruiz, Phil M. Oger, Laurent Soulère, Florence Popowycz

article

Journal of Organic Chemistry, 2021, ⟨10.1021/acs.joc.1c00677⟩

DOI

DOI : 10.1021/acs.joc.1c00677

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titre

Diversity within the Dickeya zeae complex, identification of Dickeya zeae and Dickeya oryzae members, proposal of the novel species Dickeya parazeae sp. nov.

auteur

Nicole Hugouvieux-Cotte-Pattat, Frédérique van Gijsegem

article

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2021, 71 (11), pp.005059. ⟨10.1099/ijsem.0.005059⟩

DOI

DOI : 10.1099/ijsem.0.005059

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titre

In vitro exploration of the Xanthomonas hortorum pv. vitians genome using transposon insertion sequencing and comparative genomics to discriminate between core and contextual essential genes

auteur

Lucas Morinière, Solène Lecomte, Erwan Gueguen, Franck Bertolla

article

Microbial Genomics, 2021, ⟨10.1099/mgen.0.000546⟩

DOI

DOI : 10.1099/mgen.0.000546

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Agrobacterium fabrum C58 involved nitrate reductase NapA and antisense RNA NorR to denitrify

auteur

Solène Lecomte, Xavier Nesme, Théophile Franzino, Camille Villard, Mariane Pivard, Ludovic Vial, Jeanne Doré, Florence Hommais, Feth El Zahar Haichar

article

FEMS Microbiology Ecology, 2021, 97 (1), ⟨10.1093/femsec/fiaa233⟩

DOI

DOI : 10.1093/femsec/fiaa233

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titre

Effects of the denitrification inhibitor “procyanidins” on the diversity, interactions, and potential functions of rhizosphere-associated microbiome

auteur

Mylène Hugoni, William Galland, Solène Lecomte, Maxime Bruto, ​mohamed Barakat, Florence Piola, Wafa Achouak, Feth El Zahar Haichar

article

Microorganisms, 2021, 9 (7), pp.1406. ⟨10.3390/microorganisms9071406⟩

DOI

DOI : 10.3390/microorganisms9071406

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titre

Pattern and causes of the establishment of the invasive bacterial potato pathogen Dickeya solani and of the maintenance of the resident pathogen D. dianthicola

auteur

Pauline Blin, Kévin Robic, Slimane Khayi, Jérémy Cigna, Euphrasie Munier-Lépinay, Pauline Dewaegeneire, Angélique Laurent, Yan Jaszczyszyn, Kar‐wai Hong, Kok-Gan Chan, Amélie Beury, Sylvie Reverchon, Tatiana E Giraud, Valerie Hélias, Denis Faure

article

Molecular Ecology, 2021, 30 (2), pp.608-624. ⟨10.1111/mec.15751⟩

DOI

DOI : 10.1111/mec.15751

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titre

Candida albicans Hexokinase 2 Challenges the Saccharomyces cerevisiae Moonlight Protein Model

auteur

Romain Laurian, Jade Ravent, Karine Dementhon, Marc Lemaire, Alexandre Soulard, Pascale Cotton

article

Microorganisms, 2021, 9 (4), pp.848. ⟨10.3390/microorganisms9040848⟩

DOI

DOI : 10.3390/microorganisms9040848

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titre

Complete Genome Sequence of Bradyrhizobium sp. Strain BDV5040, Representative of Widespread Genospecies B in Australia

auteur

Christine Oger-Desfeux, Jérôme Briolay, Phil M. Oger, Bénédicte Lafay

article

Microbiology Resource Announcements, 2021, 10 (3), pp.e01326-20. ⟨10.1128/MRA.01326-20⟩

DOI

DOI : 10.1128/MRA.01326-20

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titre

Structure–function analysis of pectate lyase Pel3 reveals essential facets of protein recognition by the bacterial type 2 secretion system.

auteur

Camille Pineau, Natalia Guschinskaya, Isabelle R Gonçalves, Florence Ruaudel, Xavier Robert, Patrice Gouet, Lionel Ballut, Vladimir Shevchik

article

Journal of Biological Chemistry, 2021, pp.100305. ⟨10.1016/j.jbc.2021.100305⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.jbc.2021.100305

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titre

Clathrin Is Important for Virulence Factors Delivery in the Necrotrophic Fungus Botrytis cinerea

auteur

Eytham Souibgui, Christophe Bruel, Mathias Choquer, Amélie de Vallée, Cindy Dieryckx, Jean William Dupuy, Marie-Pascale Latorse, Christine Rascle, Nathalie Poussereau

article

Frontiers in Plant Science, 2021, 12, pp.668937. ⟨10.3389/fpls.2021.668937⟩

DOI

DOI : 10.3389/fpls.2021.668937

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titre

Acid Hydrolysis for the Extraction of Archaeal Core Lipids and HPLC-MS Analysis

auteur

Maxime Tourte, Philippe Schaeffer, Vincent Grossi, Phil M. Oger

article

Bio-protocol , 2021, 11 (16), ⟨10.21769/bioprotoc.4118⟩

DOI

DOI : 10.21769/bioprotoc.4118

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titre

Quorum Sensing Regulation in Phytopathogenic Bacteria

auteur

Julie Baltenneck, Sylvie Reverchon, Florence Hommais

article

Microorganisms, 2021, 9 (2), pp.239. ⟨10.3390/microorganisms9020239⟩

DOI

DOI : 10.3390/microorganisms9020239

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titre

Design and comparative characterization of RecA variants

auteur

Elsa del Val, William Nasser, Hafid Abaibou, Sylvie Reverchon

article

Scientific Reports, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-00589-9⟩

DOI

DOI : 10.1038/s41598-021-00589-9

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titre

Characterization of a novel type III alcohol dehydrogenase from Thermococcus barophilus Ch5

auteur

Likui Zhang, Donghao Jiang, Yuting Li, Leilei Wu, Qing Liu, Kunming Dong, Phil M. Oger

article

International Journal of Biological Macromolecules, 2021

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titre

RNA Chaperones Hfq and ProQ Play a Key Role in the Virulence of the Plant Pathogenic Bacterium Dickeya dadantii

auteur

Simon Leonard, Camille Villard, William Nasser, Sylvie Reverchon, Florence Hommais

article

Frontiers in Microbiology, 2021, 12, pp.687484. ⟨10.3389/fmicb.2021.687484⟩

DOI

DOI : 10.3389/fmicb.2021.687484

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titre

Biochemical characterization and mutational studies of a novel 3-methlyadenine DNA glycosylase II from the hyperthermophilic Thermococcus gammatolerans

auteur

Donghao Jiang, Likui Zhang, Kunming Dong, Yong Gong, Phil M. Oger

article

DNA Repair, 2021

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titre

Identification of a novel type of glucose dehydrogenase involved in the mineral weathering ability of Collimonas pratensis strain PMB3(1)

auteur

Laura Picard, Marie-Pierre M.-P. Turpault, Phil M. Oger, Stephane Uroz

article

FEMS Microbiology Ecology, 2021, 97 (1), pp.fiaa232. ⟨10.1093/femsec/fiaa232⟩

DOI

DOI : 10.1093/femsec/fiaa232

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titre

Targeted-antibacterial-plasmids (TAPs) combining conjugation and CRISPR/Cas systems achieve strain-specific antibacterial activity

auteur

Audrey Reuter, Cécile Hilpert, Annick Dedieu-Berne, Sophie Lematre, Erwan Gueguen, Guillaume Launay, Sarah Bigot, Christian Lesterlin

article

Nucleic Acids Research, 2021, 49 (6), pp.3584-3598. ⟨10.1093/nar/gkab126⟩

DOI

DOI : 10.1093/nar/gkab126

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titre

Role of the Discriminator Sequence in the Supercoiling Sensitivity of Bacterial Promoters

auteur

Raphaël Forquet, Maïwenn Pineau, William Nasser, Sylvie Reverchon, Sam Meyer

article

mSystems, 2021, ⟨10.1128/mSystems.00978-21⟩

DOI

DOI : 10.1128/mSystems.00978-21

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titre

Datamining and functional environmental genomics reassess the phylogenetics and functional diversity of fungal monosaccharide transporters

auteur

Florian Barbi, Laurent Vallon, Carmen Guerrero-Galán, Sabine D. Zimmermann, Delphine Melayah, Danis Abrouk, Jeanne Dore, Marc Lemaire, Laurence Fraissinet-Tachet, Patricia Luis, Roland Marmeisse

article

Applied Microbiology and Biotechnology, 2021, 105 (2), pp.647-660. ⟨10.1007/s00253-020-11076-y⟩

DOI

DOI : 10.1007/s00253-020-11076-y

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titre

Biological inhibition of denitrification (BDI) in the field: Effect on plant growth in two different soils

auteur

William Galland, Feth El Zahar Haichar, Sonia Czarnes, Celine Mathieu, Jean-Louis Demorge, Simon Laurent, Sara Puijalon, Florence Piola

article

Applied Soil Ecology, 2021, 159, pp.103857. ⟨10.1016/j.apsoil.2020.103857⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.apsoil.2020.103857

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titre

DNA sequence-directed cooperation between nucleoid-associated proteins

auteur

Aleksandre Japaridze, Wayne Yang, Cees Dekker, William Nasser, Georgi Muskhelishvili

article

iScience, 2021, 24 (5), pp.102408. ⟨10.1016/j.isci.2021.102408⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.isci.2021.102408

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titre

ScreenSeed as a novel high throughput seed germination phenotyping method

auteur

Nicolas Merieux, Pierre Cordier, Marie-Hélène Wagner, Sylvie Ducournau, Sophie Aligon, Dominique Job, Philippe Grappin, Edwin Grappin

article

Scientific Reports, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-020-79115-2⟩

DOI

DOI : 10.1038/s41598-020-79115-2

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titre

Design and synthesis of 3, 5- hetero diesters of 4-deoxy quinic acid and their aphicidal activity against Acyrthosiphon pisum

auteur

Xiubin Li, Catherine Sivignon, Pedro da Silva, Yvan Rahbé, Yves Queneau, Sylvie Moebs-Sanchez

article

Tetrahedron, 2021, pp.131982. ⟨10.1016/j.tet.2021.131982⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.tet.2021.131982

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titre

Characterisation of a synthetic Archeal membrane reveals a possible new adaptation route to extreme conditions

auteur

Marta Salvador-Castell, Maksym Golub, Nelli Erwin, Bruno Demé, Nicholas J Brooks, Roland Winter, Judith Peters, Phil M. Oger

article

Communications Biology, 2021, 4, ⟨10.1038/s42003-021-02178-y⟩

DOI

DOI : 10.1038/s42003-021-02178-y

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titre

Separation and quantification of 2-Keto-3-deoxy-gluconate (KDG) a major metabolite in pectin and alginate degradation pathways

auteur

Shiny Martis Badiadka, Michel Droux, Florelle Deboudard, William Nasser, Sam Meyer, Sylvie Reverchon

article

Analytical Biochemistry, 2021, 619, pp.114061. ⟨10.1016/j.ab.2020.114061⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.ab.2020.114061

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titre

Non-Polar Lipids as Regulators of Membrane Properties in Archaeal Lipid Bilayer Mimics

auteur

Marta Salvador-Castell, Nicholas J Brooks, Roland Winter, Judith Peters, Phil M. Oger

article

International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (11), ⟨10.3390/ijms22116087⟩

DOI

DOI : 10.3390/ijms22116087

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2020

titre

An alternative pathway for repair of deaminated bases in DNA triggered by archaeal NucS endonuclease

auteur

Likui Zhang, Haoqiang Shi, Qi Gan, Yuxiao Wang, Mai Wu, Zhihui Yang, Phil M. Oger, Jianting Zheng

article

DNA Repair, 2020, pp.102734. ⟨10.1016/j.dnarep.2019.102734⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.dnarep.2019.102734

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titre

Advances on Antiviral Activity of Morus spp. Plant Extracts: Human Coronavirus and Virus-Related Respiratory Tract Infections in the Spotlight

auteur

Inès Thabti, Quentin Albert, Stéphanie Philippot, François Dupire, Brenda Westerhuis, Stéphane Fontanay, Arnaud Risler, Thomas Kassab, Walid Elfalleh, Ali Aferchichi, Mihayl Varbanov

article

Molecules, 2020, 25 (8), pp.1876. ⟨10.3390/molecules25081876⟩

DOI

DOI : 10.3390/molecules25081876

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titre

Antioxidative Enzyme Responses to Antimony Stress of Serratia marcescens – an Endophytic Bacteria of Hedysarum pallidum Roots

auteur

Mounia Kassa-Laouar, Aicha Mechakra, Agnès Rodrigue, Ouissem Meghnous, Alima Bentellis, Oualida Rached

article

Polish Journal of Environmental studies, 2020, 29 (1), pp.141-152. ⟨10.15244/pjoes/100494⟩

DOI

DOI : 10.15244/pjoes/100494

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titre

Characterization and application of a family B DNA polymerase from the hyperthermophilic and radioresistant euryarchaeon Thermococcus gammatolerans

auteur

Likui Zhang, Donghao Jiang, Haoqiang Shi, Mai Wu, Qi Gan, Zhihui Yang, Phil M. Oger

article

International Journal of Biological Macromolecules, 2020, 156, pp.217-224. ⟨10.1016/j.ijbiomac.2020.03.204⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.ijbiomac.2020.03.204

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titre

Characterization of a Family IV uracil DNA glycosylase from the hyperthermophilic euryarchaeon Thermococcus barophilus Ch5

auteur

Qi Gan, Mengfan He, Haoqiang Shi, Phil M. Oger, Zhihui Yang, Liping Ran, Likui Zhang

article

International Journal of Biological Macromolecules, 2020, 146, pp.475-481. ⟨10.1016/j.ijbiomac.2019.12.202⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.ijbiomac.2019.12.202

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titre

Does Biological Denitrification Inhibition (BDI) in the Field Induce an Increase in Plant Growth and Nutrition in Apium graveolens L. Grown for a Long Period?

auteur

William Galland, Florence Piola, Céline Mathieu, Lyna Bouladra, Laurent Simon, Feth El Zahar Haichar

article

Microorganisms, 2020, 8 (8), pp.1-13. ⟨10.3390/microorganisms8081204⟩

DOI

DOI : 10.3390/microorganisms8081204

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titre

Humanité Bio-Inspirée

auteur

Yvan Rahbé

article

Pour la science, 2020, pp.17

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titre

Cuticular Structure Proteomics in the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum Reveals New Plant Virus Receptor Candidates at the Tip of Maxillary Stylets

auteur

Maelle Deshoux, Victor Masson, Karim Arafah, Sebastien Voisin, Natalia Guschinskaya, Manuella van Munster, Bastien Cayrol, Craig Webster, Yvan Rahbé, Stéphane Blanc, Philippe Bulet, Marilyne Uzest

article

Journal of Proteome Research, 2020, 19 (3), pp.1319-1337. ⟨10.1021/acs.jproteome.9b00851⟩

DOI

DOI : 10.1021/acs.jproteome.9b00851

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titre

Carbon metabolism snapshot by ddPCR during the early step of Candida albicans phagocytosis by macrophages

auteur

Romain Laurian, Cécile Jacot-Des-Combes, Fabiola Bastian, Karine Dementhon, Pascale Cotton

article

Pathogens and Disease, 2020, 78 (1), pp.ftaa014. ⟨10.1093/femspd/ftaa014⟩

DOI

DOI : 10.1093/femspd/ftaa014

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titre

Original sequence divergence among Pseudomonas putida CadRs drive specificity

auteur

Julien Cayron, Géraldine Effantin, Elsa Prudent, Agnès Rodrigue

article

Research in Microbiology, In press, 171, pp.21-27. ⟨10.1016/j.resmic.2019.11.001⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.resmic.2019.11.001

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titre

TwisTranscripT: stochastic simulation of the transcription-supercoiling coupling

auteur

Bilal El Houdaigui, Sam Meyer

article

Bioinformatics, 2020, 36 (12), pp.3899-3901. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa221⟩

DOI

DOI : 10.1093/bioinformatics/btaa221

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titre

Induction of non-lamellar phases in archaeal lipids at high temperature and high hydrostatic pressure by apolar polyisoprenoids

auteur

Marta Salvador-Castell, Nicholas Brooks, Judith Peters, Phil M. Oger

article

Biochimica et Biophysica Acta:Biomembranes, 2020, 1862 (2), pp.183130. ⟨10.1016/j.bbamem.2019.183130⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.bbamem.2019.183130

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titre

Novel intact polar and core lipid compositions in the Pyrococcus model species, P. furiosus and P. yayanosii, reveal the largest lipid diversity amongst Thermococcales

auteur

Maxime Tourte, Vanessa Kuentz, Philippe Schaeffer, Vincent Grossi, Anaïs Cario, Phil M. Oger

article

Biomolecules, 2020, 10 (6), pp.830. ⟨10.3390/biom10060830⟩

DOI

DOI : 10.3390/biom10060830

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titre

Dual transcriptomics and proteomics analyses of the early stage of interaction between Caballeronia mineralivorans PML1(12) and mineral

auteur

Stephane Uroz, Laura Picard, Marie-Pierre M.-P. Turpault, Lucas Auer, J. Armengaud, Phil M. Oger

article

Environmental Microbiology, In press, 22 (9), pp.3838-3862. ⟨10.1111/1462-2920.15159⟩

DOI

DOI : 10.1111/1462-2920.15159

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titre

Plasmid‐chromosome crosstalks

auteur

Ludovic Vial, Florence Hommais

article

Environmental Microbiology, 2020, 22 (2), pp.540-556. ⟨10.1111/1462-2920.14880⟩

DOI

DOI : 10.1111/1462-2920.14880

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titre

Structural Characterization of an Archaeal Lipid Bilayer as a Function of Hydration and Temperature

auteur

Marta Salvador-Castell, Bruno Demé, Phil M. Oger, Judith Peters

article

International Journal of Molecular Sciences, 2020, 21 (5), pp.1816. ⟨10.3390/ijms21051816⟩

DOI

DOI : 10.3390/ijms21051816

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titre

Dickeya poaceiphila sp. nov., a plant-pathogenic bacterium isolated from sugar cane (Saccharum officinarum)

auteur

Nicole Hugouvieux-Cotte-Pattat, Celine Brochier-Armanet, Jean-Pierre Flandrois, Sylvie Reverchon

article

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2020, 70 (8), pp.4508-4514. ⟨10.1099/ijsem.0.004306⟩

DOI

DOI : 10.1099/ijsem.0.004306

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titre

Lipid phase separation induced by the apolar polyisoprenoid squalane demonstrates its role in membrane domain formation in archaeal membranes

auteur

Marta Salvador-Castell, Bruno Demé, Phil M. Oger, Judith Peters

article

Langmuir, 2020, 36 (26), pp.7375-7382. ⟨10.1021/acs.langmuir.0c00901⟩

DOI

DOI : 10.1021/acs.langmuir.0c00901

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titre

The Multiple Facets of Plant–Fungal Interactions Revealed Through Plant and Fungal Secretomics

auteur

Delphine Vincent, Maryam Rafiqi, Dominique Job

article

Frontiers in Plant Science, 2020, 10, pp.1626. ⟨10.3389/fpls.2019.01626⟩

DOI

DOI : 10.3389/fpls.2019.01626

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titre

Apolar Polyisoprenoids Located in the Midplane of the Bilayer Regulate the Response of an Archaeal-Like Membrane to High Temperature and Pressure

auteur

Josephine Loricco, Marta Salvador-Castell, Bruno Demé, Judith Peters, Phil M. Oger

article

Frontiers in Chemistry, 2020, 8, pp.594039. ⟨10.3389/fchem.2020.594039⟩

DOI

DOI : 10.3389/fchem.2020.594039

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titre

High-Temperature Behavior of Early Life Membrane Models

auteur

Loreto Misuraca, Antonino Caliò, Isabelle Grillo, Axelle Grélard, Phil M. Oger, Judith Peters, Bruno Demé

article

Langmuir, 2020, 36 (45), pp.13516-13526. ⟨10.1021/acs.langmuir.0c02258⟩

DOI

DOI : 10.1021/acs.langmuir.0c02258

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titre

The nucleoid-associated protein IHF acts as a ‘transcriptional domainin’ protein coordinating the bacterial virulence traits with global transcription

auteur

Sylvie Reverchon, Sam Meyer, Raphaël Forquet, Florence Hommais, Georgi Muskhelishvili, William Nasser

article

Nucleic Acids Research, 2020, ⟨10.1093/nar/gkaa1227⟩

DOI

DOI : 10.1093/nar/gkaa1227

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titre

Insect mouthpart transcriptome unveils extension of cuticular protein repertoire and complex organization

auteur

Natalia Guschinskaya, Denis Ressnikoff, Karim Arafah, Sebastien Voisin, Philippe Bulet, Marilyne Uzest, Yvan Rahbé

article

iScience, 2020, 23 (2), pp.100828. ⟨10.1016/j.isci.2020.100828⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.isci.2020.100828

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titre

Systems-Based Approaches to Unravel Networks and Individual Elements Involved in Apple Superficial Scald

auteur

Evangelos Karagiannis, Georgia Tanou, Federico Scossa, Martina Samiotaki, Michail Michailidis, Maria Manioudaki, François Laurens, Dominique Job, Alisdair Fernie, Mathilde Orsel, Athanassios Molassiotis

article

Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.00008⟩

DOI

DOI : 10.3389/fpls.2020.00008

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titre

New Insights Into DNA Repair Revealed by NucS Endonucleases From Hyperthermophilic Archaea

auteur

Likui Zhang, Donghao Jiang, Mai Wu, Zhihui Yang, Phil M. Oger

article

Frontiers in Microbiology, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.01263⟩

DOI

DOI : 10.3389/fmicb.2020.01263

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titre

Plant nitrogen supply affects the Botrytis cinerea infection process and modulates known and novel virulence factors

auteur

Marie‐christine Soulie, Shamsuddin Mia Koka, Kévin Floch, Baptiste Vancostenoble, Deborah Barbe, Antoine Daviere, Ludivine Soubigou‐taconnat, Veronique Brunaud, Nathalie Poussereau, Elise Loisel, Amélie de Vallée, Dominique Expert, Mathilde Fagard

article

Molecular Plant Pathology, 2020, 21, pp.1436-1450. ⟨10.1111/mpp.12984⟩

DOI

DOI : 10.1111/mpp.12984

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titre

Functionalized Membrane Domains: An Ancestral Feature of Archaea?

auteur

Maxime Tourte, Philippe Schaeffer, Vincent Grossi, Phil M. Oger

article

Frontiers in Microbiology, 2020, 11, pp.526. ⟨10.3389/fmicb.2020.00526⟩

DOI

DOI : 10.3389/fmicb.2020.00526

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titre

Draft Genome Sequence of Collimonas pratensis Strain PMB3(1), an Effective Mineral-Weathering and Chitin-Hydrolyzing Bacterial Strain

auteur

Laura Picard, Phil M. Oger, Marie-Pierre M.-P. Turpault, Stephane Uroz

article

Microbiology Resource Announcements, 2020, 9 (37), ⟨10.1128/MRA.00601-20⟩

DOI

DOI : 10.1128/MRA.00601-20

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titre

The genome sequence of the grape phylloxera provides insights into the evolution, adaptation, and invasion routes of an iconic pest

auteur

Claude Rispe, Fabrice Legeai, Paul Nabity, Rosa Fernández, Arinder Arora, Patrice Baa-Puyoulet, Celeste Banfill, Leticia Bao, Miquel Barberà, Maryem Bouallegue, Anthony Bretaudeau, Jennifer A. Brisson, Federica Calevro, Pierre Capy, Olivier Catrice, Thomas Chertemps, Carole Couture, Laurent Deliere, Angela Douglas, Keith Dufault-Thompson, Paula Escuer, Honglin Feng, Astrid Forneck, Toni Gabaldón, Roderic Guigó, Frédérique Hilliou, Silvia Hinojosa-Alvarez, Yi-Min Hsiao, Sylvie Hudaverdian, Emmanuelle Jacquin-Joly, Edward James, Spencer J. Johnston, Benjamin Joubard, Gaëlle Le Goff, Gaël Le Trionnaire, Pablo Librado, Shanlin Liu, Eric Lombaert, Hsiao-Ling Lu, Martine Maïbèche, Mohamed Makni, Marina Marcet-Houben, David Martinez-Torres, Camille Meslin, Nicolas Montagné, Nancy Moran, Daciana Papura, Nicolas Parisot, Yvan Rahbé, Mélanie Ribeiro Lopes, Aida Ripoll-Cladellas, Stéphanie Robin, Céline Roques, Celine Lopez-Roques, Pascale Roux, Julio Rozas, Alejandro Sanchez-Gracia, Jose Sánchez-Herrero, Didac Santesmasses, Iris Scatoni, Rémy-Félix Serre, Ming Tang, Wenhua Tian, Paul Umina, Manuella van Munster, Carole Vincent-Monégat, Joshua Wemmer, Alex Wilson, Ying Zhang, Chaoyang Zhao, Jing Zhao, Serena Zhao, Xin Zhou, François Delmotte, Denis Tagu

article

BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.90. ⟨10.1186/s12915-020-00820-5⟩

DOI

DOI : 10.1186/s12915-020-00820-5

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2019

titre

A novel plasmid‐transcribed regulatory sRNA, QfsR, controls chromosomal polycistronic gene expression in Agrobacterium fabrum

auteur

Benjamin Diel, Magali Dequivre, Florence Wisniewski-Dyé, Ludovic Vial, Florence Hommais

article

Environmental Microbiology, 2019, 21 (8), pp.3063-3075. ⟨10.1111/1462-2920.14704⟩

DOI

DOI : 10.1111/1462-2920.14704

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titre

In Search for the Membrane Regulators of Archaea

auteur

Marta Salvador-Castell, Maxime Tourte, Phil M. Oger

article

International Journal of Molecular Sciences, 2019, 20 (18), pp.4434. ⟨10.3390/ijms20184434⟩

DOI

DOI : 10.3390/ijms20184434

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titre

The first study on the impact of osmolytes in whole cells of high temperature-adapted microorganisms

auteur

Marta Salvador-Castell, Maksym Golub, Nicolas Martinez, Jacques Ollivier, Judith Peters, Phil M. Oger

article

Soft Matter, 2019, 15 (41), pp.8381-8391. ⟨10.1039/c9sm01196j⟩

DOI

DOI : 10.1039/c9sm01196j

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titre

Biochemical characterization and mutational studies of the thermostable uracil DNA glycosylase from the hyperthermophilic euryarchaeon Thermococcus barophilus Ch5

auteur

Haoqiang Shi, Qi Gan, Donghao Jiang, Yuqi Wu, Youcheng Yin, Haiyue Hou, Hongxun Chen, Li Miao, Zhihui Yang, Phil M. Oger, Likui Zhang

article

International Journal of Biological Macromolecules, 2019, ⟨10.1016/j.ijbiomac.2019.05.073⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.ijbiomac.2019.05.073

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titre

DNA Supercoiling: an Ancestral Regulator of Gene Expression in Pathogenic Bacteria?

auteur

Shiny Martis Badiadka, Raphaël Forquet, Sylvie Reverchon, William Nasser, Sam Meyer

article

Computational and Structural Biotechnology Journal, 2019, 17, pp.1047-1055. ⟨10.1016/j.csbj.2019.07.013⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.csbj.2019.07.013

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titre

Corrigendum to “Caballeronia mineralivorans sp. nov., isolated from oak-Scleroderma citrinum mycorrhizosphere” [Syst. Appl. Microbiol. 40 (2017) 345–351]

auteur

S. Uroz, Phil M. Oger

article

Systematic and Applied Microbiology, 2019, 42 (3), pp.423-424. ⟨10.1016/j.syapm.2019.03.001⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.syapm.2019.03.001

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titre

Bacterial genome architecture shapes global transcriptional regulation by DNA supercoiling

auteur

Bilal El houdaigui, Raphaël Forquet, Thomas Hindré, Dominique Schneider, William Nasser, Sylvie Reverchon, Sam Meyer

article

Nucleic Acids Research, 2019, 47 (11), pp.5648-5657. ⟨10.1093/nar/gkz300⟩

DOI

DOI : 10.1093/nar/gkz300

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titre

The hypoxic expression of the glucose transporter RAG1 reveals the role of the bHLH transcription factor Sck1 as a novel hypoxic modulator in Kluyveromyces lactis

auteur

Rosa Santomartino, Daniela Ottaviano, Ilaria Camponeschi, Tracy Ann Alcarpio Landicho, Luca Falato, Andrea Visca, Alexandre Soulard, Marc Lemaire, Michele Maria Bianchi

article

FEMS Yeast Research, 2019, 19 (4), pp.foz041. ⟨10.1093/femsyr/foz041⟩

DOI

DOI : 10.1093/femsyr/foz041

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titre

Plant Symbionts Are Engineers of the Plant-Associated Microbiome

auteur

Stéphane Uroz, Pierre-Emmanuel Courty, Phil M. Oger

article

Trends in Plant Science, 2019, 24 (10), pp.905-916. ⟨10.1016/j.tplants.2019.06.008⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.tplants.2019.06.008

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titre

A Similar Secretome Disturbance as a Hallmark of Non-pathogenic Botrytis cinerea ATMT-Mutants?

auteur

Amélie de Vallée, Pascal Bally, Christophe Bruel, Lucie Chandat, Mathias Choquer, Cindy Dieryckx, Jean William Dupuy, Sophie Kaiser, Marie-Pascale Latorse, Elise Loisel, Géraldine Mey, Guillaume Morgant, Christine Rascle, Julia Schumacher, Adeline Simon, Eytham Souibgui, Muriel Viaud, François Villalba, Nathalie Poussereau

article

Frontiers in Microbiology, 2019, 10, pp.2829. ⟨10.3389/fmicb.2019.02829⟩

DOI

DOI : 10.3389/fmicb.2019.02829

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titre

Biochemical characterization of a thermostable DNA ligase from the hyperthermophilic euryarchaeon Thermococcus barophilus Ch5

auteur

Haoqiang Shi, Yanchao Huang, Qi Gan, Mianwen Rui, Hongxun Chen, Chuandeng Tu, Zhihui Yang, Likui Zhang, Phil M. Oger

article

Applied Microbiology and Biotechnology, 2019, ⟨10.1007/s00253-019-09736-9⟩

DOI

DOI : 10.1007/s00253-019-09736-9

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titre

Coherent Domains of Transcription Coordinate Gene Expression During Bacterial Growth and Adaptation

auteur

Georgi Muskhelishvili, Raphaël Forquet, Sylvie Reverchon, Sam Meyer, William Nasser

article

Microorganisms, 2019, 7 (12), pp.694. ⟨10.3390/microorganisms7120694⟩

DOI

DOI : 10.3390/microorganisms7120694

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titre

Protomembranes at the origin of life

auteur

Loreto Misuraca, Bruno Demé, Judith Peters, Phil M. Oger, Phil M. Oger

article

European Biophysics Journal, 2019

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titre

Insects as interactants in artists minds: symbols and anti-symbols

auteur

Yvan Rahbé, Sibylle Orlandi

article

Comptes Rendus Biologies, 2019, 342 (7-8), pp.249-250. ⟨10.1016/j.crvi.2019.09.004⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.crvi.2019.09.004

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titre

The phytopathogenic nature of Dickeya aquatica 174/2 and the dynamic early evolution of Dickeya pathogenicity

auteur

Alexandre Duprey, Najwa Taïb, Simon Leonard, Tiffany Garin, Jean-Pierre Flandrois, William Nasser, Céline Brochier-Armanet, Sylvie Reverchon

article

Environmental Microbiology, 2019, 21 (8), pp.2809-2835. ⟨10.1111/1462-2920.14627⟩

DOI

DOI : 10.1111/1462-2920.14627

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titre

Acetic acid bacteria (AAB) involved in cocoa fermentation from Ivory Coast: species diversity and performance in acetic acid production

auteur

Souleymane Soumahoro, Honoré Ouattara, Michel Droux, William Nasser, Sébastien Niamke, Sylvie Reverchon

article

Journal of Food Science and Technology, 2019, 57, pp.1904-1916. ⟨10.1007/s13197-019-04226-2⟩

DOI

DOI : 10.1007/s13197-019-04226-2

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titre

Biochemical characterization and mutational studies of the 8-oxoguanine DNA glycosylase from the hyperthermophilic and radioresistant archaeon Thermococcus gammatolerans

auteur

Likui Zhang, Yuting Li, Haoqiang Shi, Dai Zhang, Zhihui Yang, Phil M. Oger, Jianting Zheng

article

Applied Microbiology and Biotechnology, 2019, ⟨10.1007/s00253-019-10031-w⟩

DOI

DOI : 10.1007/s00253-019-10031-w

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titre

APERO: a genome-wide approach for identifying bacterial small RNAs from RNA-Seq data

auteur

Simon Leonard, Sam Meyer, Stéphan Lacour, William Nasser, Florence Hommais, Sylvie Reverchon

article

Nucleic Acids Research, 2019, 47 (15), pp.1-12. ⟨10.1093/nar/gkz485⟩

DOI

DOI : 10.1093/nar/gkz485

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titre

Monitoring of abiotic degradation of photocrosslinked silicone acrylate coatings: the fate of the photoinitiator

auteur

Salma Ouali, Patrick Germain, Rémy Gourdon, Valérie Desjardin, Yoann Louis

article

Environmental Science and Pollution Research, 2019, 26 (15), pp.15324-15332. ⟨10.1007/s11356-019-04937-1⟩

DOI

DOI : 10.1007/s11356-019-04937-1

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titre

Analysis of Environmental Conditions Affecting Acids Production in Lactic Acid Bacteria Involved in Ivorian Cocoa Fermentation

auteur

Djeneba H. Ouattara., Honore G. Ouattara, Michel Droux, Sebastien L. Niamke

article

Scholars Academic Journal of Biosciences, 2019, 7 (4), pp.158-165. ⟨10.21276/sajb.2019.7.4.1⟩

DOI

DOI : 10.21276/sajb.2019.7.4.1

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titre

RecA and DNA recombination: a review of molecular mechanisms

auteur

Elsa del Val, William Nasser, Hafid Abaibou, Sylvie Reverchon

article

Biochemical Society Transactions, 2019, ⟨10.1042/BST20190558⟩

DOI

DOI : 10.1042/BST20190558

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titre

A secreted metal-binding protein protects necrotrophic phytopathogens from reactive oxygen species

auteur

Lulu Liu, Virginie Gueguen-Chaignon, Isabelle R Gonçalves, Christine Rascle, Martine Rigault, Alia Dellagi, Elise Loisel, Nathalie Poussereau, Agnès Rodrigue, Laurent Terradot, Guy Condemine

article

Nature Communications, 2019, 10 (1), pp.4853. ⟨10.1038/s41467-019-12826-x⟩

DOI

DOI : 10.1038/s41467-019-12826-x

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titre

Modeling the bioconversion of polysaccharides in a continuous reactor: A case study of the production of oligo-galacturonates by Dickeya dadantii

auteur

Jacques-Alexandre Sepulchre, Sylvie Reverchon, Jean-Luc Gouzé, William Nasser

article

Journal of Biological Chemistry, 2019, 294 (5), pp.1753-1762. ⟨10.1074/jbc.RA118.004615⟩

DOI

DOI : 10.1074/jbc.RA118.004615

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titre

Identification by Tn-seq of Dickeya dadantii genes required for survival in chicory plants

auteur

Kévin Royet, Nicolas Parisot, Agnès Rodrigue, Erwan Gueguen, Guy Condemine

article

Molecular Plant Pathology, 2019, 20 (2), pp.287-306. ⟨10.1111/mpp.12754⟩

DOI

DOI : 10.1111/mpp.12754

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titre

Hexokinase and Glucokinases Are Essential for Fitness and Virulence in the Pathogenic Yeast Candida albicans

auteur

Romain Laurian, Karine Dementhon, Bastien Doumèche, Alexandre Soulard, Thierry Noël, Marc Lemaire, Pascale Cotton

article

Frontiers in Microbiology, 2019, 10, pp.327. ⟨10.3389/fmicb.2019.00327⟩

DOI

DOI : 10.3389/fmicb.2019.00327

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Amborella – Bearing witness to the past ?

auteur

Valerie Poncet, Philippe Birnbaum, Valérie Burtet-Sarramegna, Alexandre de Kochko, Bruno Fogliani, Gildas Gateble, Sandrine Isnard, Tanguy Jaffré, Dominique Job, François F. Munoz, Jérôme Munzinger, C.P. Scutt, Rémi Tournebize, Santiago Trueba, Yohan Pillon

article

Annual Plant Reviews Online, 2019, 3, pp.1 - 41. ⟨10.1002/9781119312994.apr0689⟩

DOI

DOI : 10.1002/9781119312994.apr0689

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titre

Dual 0.02% chlorhexidine digluconate - 0.1% disodium EDTA loaded thermosensitive ocular gel for Acanthamoeba keratitis treatment

auteur

A. Cucina, S. Filali, A. Risler, C. Febvay, D. Salmon, C. Pivot, Michel Pélandakis, F. Pirot

article

International Journal of Pharmaceutics, 2019, 556, pp.330-337. ⟨10.1016/j.ijpharm.2018.12.016⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.ijpharm.2018.12.016

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titre

Dickeya lacustris sp. nov., a water-living pectinolytic bacterium isolated from lakes in France

auteur

Nicole Hugouvieux-Cotte-Pattat, Cécile Jacot-Des-Combes, Jérôme Briolay

article

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2019, 69, pp.721-726. ⟨10.1099/ijsem.0.003208⟩

DOI

DOI : 10.1099/ijsem.0.003208

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2018

titre

Leaching and Biodegradation of Darocur 1173 used as a Photo-Initiator in the Production of Photocrosslinked Silicone Acrylates

auteur

Salma Ouali, Yoann Louis, Patrick Germain, Rémy Gourdon, Valérie Desjardin

article

Journal of Polymers and the Environment, 2018, 26 (1), pp.244-253. ⟨10.1007/s10924-017-0939-z⟩

DOI

DOI : 10.1007/s10924-017-0939-z

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titre

Production of muconic acid in plants

auteur

A. Eudes, R. Berthomieu, Z. Hao, N. Zhao, V. T. Benites, E. E. K. Baidoo, Dominique Loque

article

Metabolic Engineering, 2018, 46, pp.13-19. ⟨10.1016/j.ymben.2018.02.002⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.ymben.2018.02.002

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titre

Gene stacking of multiple traits for high yield of fermentable sugars in plant biomass

auteur

A. Aznar, C. Chalvin, P. M. Shih, M. Maimann, B. Ebert, D. S. Birdseye, Dominique Loque, H. V. Scheller

article

Biotechnology for Biofuels, 2018, 11, pp.2. ⟨10.1186/s13068-017-1007-6⟩

DOI

DOI : 10.1186/s13068-017-1007-6

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titre

Bacteriocyte Reprogramming to Cope With Nutritional Stress in a Phloem Sap Feeding Hemipteran, the Pea Aphid Acyrthosiphon pisum

auteur

Stefano Colella, Nicolas Parisot, Pierre Simonet, Karen Gaget, Gabrielle Duport, Patrice Baa-Puyoulet, Yvan Rahbé, Hubert Charles, Gérard Febvay, Patrick Callaerts, Federica Calevro

article

Frontiers in Physiology, 2018, 9, pp.1498. ⟨10.3389/fphys.2018.01498⟩

DOI

DOI : 10.3389/fphys.2018.01498

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titre

Dickeya dadantii pectic enzymes necessary for virulence are also responsible for activation of the Arabidopsis thaliana innate immune system

auteur

D. Expert, O. Patrit, Vladimir Shevchik, C. Perino, V. Boucher, C. Creze, E. Wenes, M. Fagard

article

Molecular Plant Pathology, 2018, 19 (2), pp.313-327. ⟨10.1111/mpp.12522⟩

DOI

DOI : 10.1111/mpp.12522

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titre

The Two-Component System ZraPSR Is a Novel ESR that Contributes to Intrinsic Antibiotic Tolerance in Escherichia coli

auteur

Kevin Rome, Céline Borde, Raleb Taher, Julien Cayron, Christian Lesterlin, Erwan Gueguen, Eve de Rosny, Agnès Rodrigue

article

Journal of Molecular Biology, 2018, 430 (24), pp.4971-4985. ⟨10.1016/j.jmb.2018.10.021⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.jmb.2018.10.021

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titre

Patterns of protein carbonylation during Medicago truncatula seed maturation

auteur

Pascale Satour, Chvan Youssef, Benoit Ly Vu, Béatrice Teulat, Emilie Chatelain, Claudette Job, Dominique Job, Françoise Montrichard

article

Plant, Cell and Environment, 2018, 41 (9), pp.2183-2194. ⟨10.1111/pce.13194⟩

DOI

DOI : 10.1111/pce.13194

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titre

Complete Genome Sequences of 11 Type Species from the Thermococcus Genus of Hyperthermophilic and Piezophilic Archaea

auteur

Phil M. Oger

article

Genome Announcements, 2018, 6 (8)

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The pH regulator PacC: a host-dependent virulence factor in Botrytis cinerea

auteur

Christine Rascle, Cindy Dieryckx, Jean William Dupuy, Laetitia Muszkieta, Eytham Souibgui, Michel Droux, Christophe Bruel, Vincent Girard, Nathalie Poussereau

article

Environmental Microbiology Reports, 2018, Pathogen and resistance ecology, 10 (5), pp.555-568. ⟨10.1111/1758-2229.12663⟩

DOI

DOI : 10.1111/1758-2229.12663

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titre

Interplay of classic Exp and specific Vfm quorum sensing systems on the phenotypic features of Dickeya solani strains exhibiting different virulence levels

auteur

M. Potrykus, Nicole Hugouvieux-Cotte-Pattat, E. Lojkowska

article

Molecular Plant Pathology, 2018, 19 (5), pp.1238-1251. ⟨10.1111/mpp.12614⟩

DOI

DOI : 10.1111/mpp.12614

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titre

Biochemical characterization of a thermostable endonuclease V from the hyperthermophilic euryarchaeon Thermococcus barophilus Ch5

auteur

Yuxiao Wang, Likui Zhang, Xinyuan Zhu, Yuting Li, Haoqiang Shi, Phil M. Oger, Zhihui Yang

article

International Journal of Biological Macromolecules, 2018, 117, pp.17-24. ⟨10.1016/j.ijbiomac.2018.05.155⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.ijbiomac.2018.05.155

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Comparison of Highly and Weakly Virulent Dickeya solani Strains, With a View on the Pangenome and Panregulon of This Species

auteur

M. Golanowska, M. Potrykus, A. Motyka-Pomagruk, M. Kabza, G. Bacci, M. Galardini, M. Bazzicalupo, I. Makalowska, K. Smalla, A. Mengoni, Nicole Hugouvieux-Cotte-Pattat, E. Lojkowska

article

Frontiers in Microbiology, 2018, 9, pp.1940. ⟨10.3389/fmicb.2018.01940⟩

DOI

DOI : 10.3389/fmicb.2018.01940

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titre

ThreaDNA: predicting DNA mechanics’ contribution to sequence selectivity of proteins along whole genomes

auteur

Jasmin Cevost, Cédric Vaillant, Sam Meyer

article

Bioinformatics, 2018, 34 (4), pp.609-616. ⟨10.1093/bioinformatics/btx634⟩

DOI

DOI : 10.1093/bioinformatics/btx634

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titre

Chromosomal organization of transcription: in a nutshell

auteur

Sam Meyer, Sylvie Reverchon, William Nasser, Georgi Muskhelishvili

article

Current Genetics, 2018, 64 (3), pp.555-565

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titre

Dynamic root exudate chemistry and microbial substrate preferences drive patterns in rhizosphere microbial community assembly

auteur

K. Zhalnina, K. B. Louie, Z. Hao, N. Mansoori, U. N. Da Rocha, S. Shi, H. Cho, U. Karaoz, Dominique Loque, B. P. Bowen, M. K. Firestone, T. R. Northen, E. L. Brodie

article

Nature Microbiology, 2018, 3 (4), pp.470-480. ⟨10.1038/s41564-018-0129-3⟩

DOI

DOI : 10.1038/s41564-018-0129-3

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titre

The Effect of Crowding on Protein Stability, Rigidity, and High Pressure Sensitivity in Whole Cells

auteur

M. Golub, N. Martinez, G. Michoud, J. Ollivier, M. Jebbar, Phil M. Oger, J. Peters

article

Langmuir, 2018, 34 (35), pp.10419-10425. ⟨10.1021/acs.langmuir.8b01240⟩

DOI

DOI : 10.1021/acs.langmuir.8b01240

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2017

titre

Spatial organization of DNA sequences directs the assembly of bacterial chromatin by a nucleoid-associated protein

auteur

Aleksandre Japaridze, Sylvain Renevey, Patrick Sobetzko, Liubov Stoliar, William Nasser, Giovanni Dietler, Georgi Muskhelishvili

article

Journal of Biological Chemistry, 2017, 292 (18), pp.7607-7618. ⟨10.1074/jbc.M117.780239⟩

DOI

DOI : 10.1074/jbc.M117.780239

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titre

Plant-phytopathogen interactions: bacterial responses to environmental and plant stimuli

auteur

Simon Leonard, Florence Hommais, William Nasser, Sylvie Reverchon

article

Environmental Microbiology, 2017, 19 (5), pp.1689 - 1716. ⟨10.1111/1462-2920.13611⟩

DOI

DOI : 10.1111/1462-2920.13611

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titre

The role of intrinsic disorder and dynamics in the assembly and function of the type II secretion system

auteur

S. Gu, Vladimir Shevchik, R. Shaw, R. W. Pickersgill, J. A. Garnett

article

Biochim Biophys Acta Proteins Proteom, 2017, 1865 (10), pp.1255-1266. ⟨10.1016/j.bbapap.2017.07.006⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.bbapap.2017.07.006

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titre

Bacterial host and reporter gene optimization for genetically encoded whole cell biosensors

auteur

Catherine Brutesco, Sandra Preveral, Camille Escoffier, Elodie C. T. Descamps, Elsa Prudent, Julien Cayron, Louis Dumas, Manon Ricquebourg, Géraldine Adryanczyk-Perrier, Arjan de Groot, Daniel Garcia, Agnès Rodrigue, David Pignol, Nicolas Ginet

article

Environmental Science and Pollution Research, 2017, 24 (1), pp.52--65. ⟨10.1007/s11356-016-6952-2⟩

DOI

DOI : 10.1007/s11356-016-6952-2

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titre

Coping with the pressure: Microbial adaptation to high hydrostatic pressure in deep sea hydrothermal vents

auteur

Phil M. Oger

article

Journal of Physics: Conference Series, 2017, 950, pp.032016. ⟨10.1088/1742-6596/950/3/032016⟩

DOI

DOI : 10.1088/1742-6596/950/3/032016

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titre

Copper transporters are responsible for copper isotopic fractionation in eukaryotic cells

auteur

Jean-Loup Cadiou, Sylvain Pichat, Victor P. Bondanese, Alexandre Soulard, Toshiyuki Fujii, Francis Albarède, Philippe Oger

article

Scientific Reports, 2017, 7, ⟨10.1038/srep44533⟩

DOI

DOI : 10.1038/srep44533

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titre

The interaction of the bioinsecticide PA1b (Pea Albumin 1 subunit b) with the insect V-ATPase triggers apoptosis

auteur

Vanessa Eyraud, Severine Balmand, Lamis Karaki, Isabelle Rahioui, Catherine Sivignon, Agnès F. Delmas, Corinne Royer, Yvan Rahbé, Pedro da Silva, Frédéric Gressent

article

Scientific Reports, 2017, 7 (1), pp.4902. ⟨10.1038/s41598-017-05315-y⟩

DOI

DOI : 10.1038/s41598-017-05315-y

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titre

Diversity of free-living amoebae in soils and their associated human opportunistic bacteria

auteur

Elodie Denet, Bénédicte Coupat-Goutaland, Sylvie Nazaret, Michel Pélandakis, Sabine Favre-Bonté

article

Parasitology Research, 2017, 116 (11), pp.3151-3162. ⟨10.1007/s00436-017-5632-6⟩

DOI

DOI : 10.1007/s00436-017-5632-6

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titre

2-Substituted Aniline as a Simple Scaffold for LuxR-Regulated QS Modulation

auteur

S. Li, Julien Wawrzyniak, Y. Queneau, L. Soulère

article

Molecules, 2017, 22 (12), pp.E2090. ⟨10.3390/molecules22122090⟩

DOI

DOI : 10.3390/molecules22122090

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titre

Endoribonuclease-Based Two-Component Repressor Systems for Tight Gene Expression Control in Plants

auteur

Y. Liang, S. Richardson, V. T. Benites, C. Cheng-Yue, T. Tran, J. Mortimer, A. Mukhopadhyay, J. D. Keasling, H. V. Scheller, Dominique Loque

article

ACS Synthetic Biology, 2017, 6 (5), pp.806-816. ⟨10.1021/acssynbio.6b00295⟩

DOI

DOI : 10.1021/acssynbio.6b00295

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titre

Regulation of the synthesis of pulp degrading enzymes in Bacillus isolated from cocoa fermentation

auteur

H. G. Ouattara, Sylvie Reverchon, S. L. Niamke, William Nasser

article

Food Microbiology, 2017, 63, pp.255-262

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titre

New nucleic acid testing devices to diagnose infectious diseases in resource-limited settings

auteur

P. Maffert, Sylvie Reverchon, William Nasser, C. Rozand, H. Abaibou

article

European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2017, 36 (10), pp.1717-1731

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titre

700 MPa sample stick for studying liquid samples or solid-gas reactions down to 1.8 K and up to 550 K

auteur

Eddy Lelièvre-Berna, Bruno Demé, Julien Gonthier, Jean-Paul Gonzales, James Maurice, Yohan Memphis, Claude Payre, Philippe M. Oger, Judith Peters, Sébastien Vial

article

Journal of Neutron Research, 2017, 19 (1-2), pp.77-84. ⟨10.3233/JNR-170044⟩

DOI

DOI : 10.3233/JNR-170044

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titre

Complete Genome Sequence of the Hyperthermophilic Piezophilic Archaeon Pyrococcus kukulkanii NCB100 Isolated from the Rebecca's Roost Hydrothermal Vent in the Guaymas Basin

auteur

Phil M. Oger, N. Callac, C. Oger-Desfeux, S. Hughes, B. Gillet, M. Jebbar, A. Godfroy

article

Genome Announcements, 2017, 5 (7), ⟨10.1128/genomeA.01667-16⟩

DOI

DOI : 10.1128/genomeA.01667-16

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titre

Toward inline multiplex biodetection of metals, bacteria, and toxins in water networks: the COMBITOX project

auteur

Mireille Ansaldi, Ingrid Bazin, Pierre Cholat, Agnès Rodrigue, David Pignol

article

Environmental Science and Pollution Research, 2017, 24 (1), pp.1-3. ⟨10.1007/s11356-015-5582-4⟩

DOI

DOI : 10.1007/s11356-015-5582-4

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titre

SbCOMT (Bmr12) is involved in the biosynthesis of tricin-lignin in sorghum

auteur

A. Eudes, T. Dutta, K. Deng, N. Jacquet, A. Sinha, V. T. Benites, E. E. K. Baidoo, A. Richel, S. E. Sattler, T. R. Northen, S. Singh, B. A. Simmons, Dominique Loque

article

PLoS ONE, 2017, 12 (6), pp.e0178160. ⟨10.1371/journal.pone.0178160⟩

DOI

DOI : 10.1371/journal.pone.0178160

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titre

Epsilonproteobacteria dominate bacterial diversity at a natural tar seep

auteur

F. Lormieres, Phil M. Oger

article

Comptes Rendus Biologies, 2017, 340 (4), pp.238-243. ⟨10.1016/j.crvi.2016.10.001⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.crvi.2016.10.001

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titre

Erratum to: Multiple controls affect arsenite oxidase gene expression in Herminiimonas arsenicoxydans

auteur

S. Koechler, J. Cleiss-Arnold, C. Proux, O. Sismeiro, M. A. Dillies, F. Goulhen-Chollet, Florence Hommais, D. Lièvremont, F. Arsène-Ploetze, J. Y. Coppe, P. N. Bertin

article

BMC Microbiology, 2017, 17 (1), pp.74. ⟨10.1186/s12866-017-0976-8⟩

DOI

DOI : 10.1186/s12866-017-0976-8

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titre

The uniform structure of O-polysaccharides isolated from Dickeya solani strains of different origin

auteur

Karolina Ossowska, Małgorzata Czerwicka, Wojciech Sledz, Sabina Zoledowska, Agata Motyka, Małgorzata Golanowska, Guy Condemine, Ewa Lojkowska, Zbigniew Kaczyński

article

Carbohydrate Research, 2017, 445, pp.40 - 43. ⟨10.1016/j.carres.2017.04.001⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.carres.2017.04.001

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titre

Lactic acid bacteria involved in cocoa beans fermentation from Ivory Coast: Species diversity and citrate lyase production

auteur

Hadja Ouattara, Honoré Ouattara, Michel Droux, Sylvie Reverchon, William Nasser, Sébastien Niamke

article

International Journal of Food Microbiology, 2017, 256, pp.11-19. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2017.05.008⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.ijfoodmicro.2017.05.008

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titre

Pushing the limits of nickel detection to nanomolar range using a set of engineered bioluminescent Escherichia coli

auteur

Julien Cayron, Elsa Prudent, Camille Escoffier, Erwan Gueguen, Marie-Andrée Mandrand-Berthelot, David Pignol, Daniel Garcia, Agnès Rodrigue

article

Environmental Science and Pollution Research, 2017, 24 (1), pp.4 - 14. ⟨10.1007/s11356-015-5580-6⟩

DOI

DOI : 10.1007/s11356-015-5580-6

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titre

Caballeronia mineralivorans sp. nov., isolated from oak-Scleroderma citrinum mycorrhizosphere.

auteur

Stéphane Uroz, Phil M. Oger

article

Systematic and Applied Microbiology, 2017, 40 (6), pp.345-351. ⟨10.1016/j.syapm.2017.05.005⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.syapm.2017.05.005

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titre

A Combination of Histological, Physiological, and Proteomic Approaches Shed Light on Seed Desiccation Tolerance of the Basal Angiosperm Amborella trichopoda.

auteur

Matthieu Villegente, Philippe Marmey, Claudette Job, Marc M. Galland, Gwendal Cueff, Beatrice Godin, Loïc Rajjou, Thierry Balliau, Michel Zivy, Bruno Fogliani, Valérie Burtet-Sarramegna, Dominique Job

article

Proteomes, 2017, 5 (3), pp.19. ⟨10.3390/proteomes5030019⟩

DOI

DOI : 10.3390/proteomes5030019

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titre

Comprehensive proteome profiling in Aedes albopictus to decipher Wolbachia-arbovirus interference phenomenon

auteur

Yoann Saucereau, Claire Valiente Moro, Cindy Dieryckx, Jean-William Dupuy, Florence-Hélène Tran, Vincent Girard, Patrick Potier, Patrick Mavingui

article

BMC Genomics, 2017, 18 (1), pp.635. ⟨10.1186/s12864-017-3985-y⟩

DOI

DOI : 10.1186/s12864-017-3985-y

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titre

Semi-autonomous inline water analyzer: design of a common light detector for bacterial, phage, and immunological biosensors

auteur

Elodie C. T. Descamps, Damien Meunier, Catherine Brutesco, Sandra Prévéral, Nathalie Franche, Ingrid Bazin, Bertrand Miclot, Philippe Larosa, Camille Escoffier, Jean-Raphaël Fantino, Daniel Garcia, Mireille Ansaldi, Agnès Rodrigue, David Pignol, Pierre Cholat, Nicolas Ginet

article

Environmental Science and Pollution Research, 2017, 24 (1), pp.66--72. ⟨10.1007/s11356-016-8010-5⟩

DOI

DOI : 10.1007/s11356-016-8010-5

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2016

titre

Detection of the free living amoeba Naegleria fowleri by using conventional and real-time PCR based on a single copy DNA sequence

auteur

E. Regoudis, Michel Pélandakis

article

Experimental Parasitology, 2016, 161, pp.35-9

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titre

Transcriptional start site turnover in the evolution of bacterial paralogous genes - the pelE-pelD virulence genes in Dickeya

auteur

Alexandre Duprey, William Nasser, Simon Leonard, Céline Brochier-Armanet, Sylvie Reverchon

article

FEBS Journal, 2016, 283 (22), pp.4192-4207

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titre

Biotechnology and synthetic biology approaches for metabolic engineering of bioenergy crops

auteur

P. M. Shih, Y. Liang, Dominique Loque

article

The Plant Journal, 2016, 87 (1), pp.103-17. ⟨10.1111/tpj.13176⟩

DOI

DOI : 10.1111/tpj.13176

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titre

Antimicrobial Peptide Resistance Genes in the Plant Pathogen Dickeya dadantii

auteur

Caroline Pandin, Martine Caroff, Guy Condemine

article

Applied and Environmental Microbiology, 2016, 82 (21), pp.6423-6430. ⟨10.1128/AEM.01757-16⟩

DOI

DOI : 10.1128/AEM.01757-16

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titre

Citrus Plants: A Model System for Unlocking the Secrets of NO and ROS-Inspired Priming Against Salinity and Drought

auteur

Athanassios Molassiotis, Dominique Job, Vasileios Ziogas, Georgia Tanou

article

Frontiers in Plant Science, 2016, 7, pp.229. ⟨10.3389/fpls.2016.00229⟩

DOI

DOI : 10.3389/fpls.2016.00229

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titre

Metabolism and Virulence Strategies in Dickeya–Host Interactions

auteur

Nicole Hugouvieux-Cotte-Pattat

article

Progress in Molecular Biology and Translational Science, 2016, 142, pp.93-129. ⟨10.1016/bs.pmbts.2016.05.006⟩

DOI

DOI : 10.1016/bs.pmbts.2016.05.006

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titre

Pichia kudrazevii and Candida nitrativorans are the most well-adapted and relevant yeast species fermenting cocoa in Agneby-Tiassa, a local Ivorian cocoa producing region

auteur

Lamine Samagaci, Honoré Ouattara, Sébastien Niamke, Marc Lemaire

article

Food Research International, 2016, 89 (Part 1), pp.773-780. ⟨10.1016/j.foodres.2016.10.007⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.foodres.2016.10.007

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Population Structure in Naegleria fowleri as Revealed by Microsatellite Markers

auteur

Bénédicte Coupat-Goutaland, E. Regoudis, M. Besseyrias, A. Mularoni, M. Binet, P. Herbelin, Michel Pélandakis

article

PLoS ONE, 2016, 11 (4), pp.e0152434

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Relationship between digital information and thermodynamic stability in bacterial genomes

auteur

D. Nigatu, W. Henkel, P. Sobetzko, Georgi Muskhelishvili

article

EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology, 2016, 2016 (1), pp.4

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Outbreak of diarrhoeal illness in participants in an obstacle adventure race, Alpes-Maritimes, France, June 2015

auteur

C. Six, S. Aboukais, S. Giron, J. C. d'Oliveira, F. Peloux-Petiot, F. Franke, H. Terrien, F. Dassonville, J. Deniau, K. Ambert-Balay, T. Chesnot, R. Ruimy, Michel Pélandakis, P. Basset, M. Munoz Rivero, P. Malfait

article

Eurosurveillance, 2016, 21 (23), ⟨10.2807/1560-7917.ES.2016.21.23.30253⟩

DOI

DOI : 10.2807/1560-7917.ES.2016.21.23.30253

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How Can Secretomics Help Unravel the Secrets of Plant-Microbe Interactions?

auteur

Delphine Vincent, Kim M. Plummer, Peter S. Solomon, Marc-Henri Lebrun, Dominique Job, Maryam Rafiqi

article

Frontiers in Plant Science, 2016, open access, 1 p. ⟨10.3389/fpls.2016.01777⟩

DOI

DOI : 10.3389/fpls.2016.01777

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Effect of a static magnetic field on Escherichia coli adhesion and orientation

auteur

Lotfi Mhamdi, Nejib Mhamdi, Naceur Mhamdi, Philippe Lejeune, Nicole Jaffrezic-Renault, Noël Burais, Riccardo Scorretti, Jiry Pokorny, Laurence Ponsonnet

article

Canadian Journal of Microbiology, 2016, 62 (11), pp.944-952. ⟨10.1139/cjm-2015-0839⟩

DOI

DOI : 10.1139/cjm-2015-0839

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Erratum for Dalmasso et al., Complete Genome Sequence of the Hyperthermophilic and Piezophilic Archaeon Thermococcus piezophilus CDGST, Able To Grow under Extreme Hydrostatic Pressures

auteur

C. Dalmasso, Phil M. Oger, D. Courtine, M. Georges, K. Takai, L. Maignien, K. Alain

article

Genome Announcements, 2016, 4 (5)

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Ni exposure impacts the pool of free Fe and modifies DNA supercoiling via metal-induced oxidative stress in Escherichia coli K-12

auteur

Manon Gault, Géraldine Effantin, Agnès Rodrigue

article

Free Radical Biology and Medicine, 2016, 97, pp.351 - 361. ⟨10.1016/j.freeradbiomed.2016.06.030⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.freeradbiomed.2016.06.030

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Data set for transcriptome analysis of Escherichia coli exposed to nickel

auteur

Manon Gault, Agnès Rodrigue

article

Data in Brief, 2016, 9, pp.314 - 317. ⟨10.1016/j.dib.2016.08.069⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.dib.2016.08.069

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Erratum to: Temperature-induced variation in gene expression burst size in metazoan cells

auteur

O. Arnaud, Sam Meyer, E. Vallin, G. Beslon, O. Gandrillon

article

BMC Molecular Biology, 2016, 17, pp.2

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Castles fall from inside: Evidence for dominant internal photo-catalytic mechanisms during treatment of Saccharomyces cerevisiae by photo-Fenton at neutral pH

auteur

S. Giannakis, C. Ruales-Lonfat, S. Rtimi, S. Thabet, Pascale Cotton, C. Pulgarín

article

Applied Catalysis B: Environmental, 2016, 185, pp.150-162

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Complete Genome Sequence of the Hyperthermophilic and Piezophilic Archaeon Thermococcus barophilus Ch5, Capable of Growth at the Expense of Hydrogenogenesis from Carbon Monoxide and Formate

auteur

Phil M. Oger, T. G. Sokolova, D. A. Kozhevnikova, E. A. Taranov, P. Vannier, H. S. Lee, K. K. Kwon, S. G. Kang, J. H. Lee, E. A. Bonch-Osmolovskaya, A. V. Lebedinsky

article

Genome Announcements, 2016, 4 (1), ⟨10.1128/genomeA.01534-15⟩

DOI

DOI : 10.1128/genomeA.01534-15

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Pyrococcus kukulkanii sp. nov., a hyperthermophilic, piezophilic archaeon isolated from a deep-sea hydrothermal vent

auteur

N. Callac, Phil M. Oger, F. Lesongeur, J. E. Rattray, P. Vannier, G. Michoud, M. Beauverger, N. Gayet, O. Rouxel, M. Jebbar, A. Godfroy

article

International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2016, 66 (8), pp.3142-9. ⟨10.1099/ijsem.0.001160⟩

DOI

DOI : 10.1099/ijsem.0.001160

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Regulation of pel genes, major virulence factors in the plant pathogen bacterium Dickeya dadantii, is mediated by cooperative binding of the nucleoid-associated protein H-NS

auteur

O. Zghidi-Abouzid, E. Herault, S. Rimsky, Sylvie Reverchon, William Nasser, M. Buckle

article

Research in Microbiology, 2016, 167 (4), pp.247-253

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From multiple pathogenicity islands to a unique organized pathogenicity archipelago

auteur

C. Bouyioukos, Sylvie Reverchon, F. Kepes

article

Scientific Reports, 2016, 6, pp.27978. ⟨10.1038/srep27978⟩

DOI

DOI : 10.1038/srep27978

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Medical applications of Cu, Zn, and S isotope effects

auteur

F. Albarede, P. Telouk, V. Balter, V. P. Bondanese, E. Albalat, P. Oger, P. Bonaventura, P. Miossec, T. Fujii

article

Metallomics, 2016, 8 (10), pp.1056-1070. ⟨10.1039/c5mt00316d⟩

DOI

DOI : 10.1039/c5mt00316d

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Silencing of natural transformation by an RNA chaperone and a multitarget small RNA

auteur

Laetitia Attaiech, Aïda Boughammoura, Céline Brochier-Armanet, Omran Allatif, Flora Peillard-Fiorente, Ross A. Edwards, Ayat R. Omar, Andrew M. Macmillan, Mark Glover, Xavier Charpentier

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016, 113 (31), pp.8813-8818. ⟨10.1073/pnas.1601626113⟩

DOI

DOI : 10.1073/pnas.1601626113

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Expression of S-adenosylmethionine Hydrolase in Tissues Synthesizing Secondary Cell Walls Alters Specific Methylated Cell Wall Fractions and Improves Biomass Digestibility

auteur

A. Eudes, N. Zhao, N. Sathitsuksanoh, E. E. Baidoo, J. Lao, Gang Wang, S. Yogiswara, T. S. Lee, S. Singh, J. C. Mortimer, J. D. Keasling, B. A. Simmons, D. Loque

article

Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2016, 4, pp.58

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Genome-wide analysis identifies gain and loss/change of function within the small multigenic insecticidal Albumin 1 family of Medicago truncatula

auteur

L Karaki, P da Silva, F Rizk, C Chouabe, N Chantret, V Eyraud, F Gressent, C Sivignon, I Rahioui, D Kahn, Céline Brochier-Armanet, Yvan Rahbé, C Royer

article

BMC Plant Biology, 2016, 16 (1), pp.63. ⟨10.1186/s12870-016-0745-0⟩

DOI

DOI : 10.1186/s12870-016-0745-0

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Meningoencephalitis due to the amoeboflagellate Naegleria fowleri in ruminants in Algeria

auteur

M. S. Benterki, A. Ayachi, O. Bennoune, E. Regoudis, Michel Pélandakis

article

Parasite, 2016, 23, pp.11. ⟨10.1051/parasite/2016011⟩

DOI

DOI : 10.1051/parasite/2016011

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Global transcriptional response of Dickeya dadantii to environmental stimuli relevant to the plant infection

auteur

X. Jiang, O. Zghidi-Abouzid, C. Oger-Desfeux, F. Hommais, N. Greliche, G. Muskhelishvili, William Nasser, Sylvie Reverchon

article

Environmental Microbiology, 2016, 18 (11), pp.3651-3672

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Exploiting members of the BAHD acyltransferase family to synthesize multiple hydroxycinnamate and benzoate conjugates in yeast

auteur

A. Eudes, M. Mouille, D. S. Robinson, V. T. Benites, Gang Wang, L. Roux, Y. L. Tsai, E. E. Baidoo, T. Y. Chiu, J. L. Heazlewood, H. V. Scheller, A. Mukhopadhyay, J. D. Keasling, S. Deutsch, Dominique Loque

article

Microbial Cell Factories, 2016, 15 (1), pp.198. ⟨10.1186/s12934-016-0593-5⟩

DOI

DOI : 10.1186/s12934-016-0593-5

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Coordinated Regulation of Species-Specific Hydroxycinnamic Acid Degradation and Siderophore Biosynthesis Pathways in Agrobacterium fabrum

auteur

Jessica Baude, Ludovic Vial, Camille Villard, Tony Campillo, Céline Lavire, Xavier Nesme, Florence Hommais

article

Applied and Environmental Microbiology, 2016, 82 (12), pp.3515-3524. ⟨10.1128/aem.00419-16⟩

DOI

DOI : 10.1128/aem.00419-16

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Random mutagenesis of the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus using in vitro mariner transposition and natural transformation

auteur

Natalia Guschinskaya, Romain Brunel, Maxime Tourte, Gina L. Lipscomb, Michael W. W. Adams, Phil M. Oger, Xavier Charpentier

article

Scientific Reports, 2016, 6, pp.36711. ⟨10.1038/srep36711⟩

DOI

DOI : 10.1038/srep36711

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Temporal control of Dickeya dadantii main virulence gene expression by growth phase-dependent alteration of regulatory nucleoprotein complexes

auteur

A. Duprey, G. Muskhelishvili, Sylvie Reverchon, William Nasser

article

Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms , 2016, 1859 (11), pp.1470-1480

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Synthesis of new dicinnamoyl 4-deoxy quinic acid and methyl ester derivatives and evaluation of the toxicity against the pea aphid Acyrthosiphon pisum.

auteur

Xiubin Li, Lucie Grand, Thomas Pouleriguen, Yves Queneau, Pedro da Silva, Yvan Rahbé, Jean-Luc Poëssel, Sylvie Moebs-Sanchez

article

Organic & Biomolecular Chemistry, 2016, 14 (8), pp.2487-2497. ⟨10.1039/c5ob02483h⟩

DOI

DOI : 10.1039/c5ob02483h

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Molecular chaperone accumulation as a function of stress evidences adaptation to high hydrostatic pressure in the piezophilic archaeon Thermococcus barophilus

auteur

A. Cario, M. Jebbar, A. Thiel, N. Kervarec, Phil M. Oger

article

Scientific Reports, 2016, 6, pp.29483. ⟨10.1038/srep29483⟩

DOI

DOI : 10.1038/srep29483

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A robust gene-stacking method utilizing yeast assembly for plant synthetic biology

auteur

P. M. Shih, K. Vuu, N. Mansoori, L. Ayad, K. B. Louie, B. P. Bowen, T. R. Northen, Dominique Loque

article

Nature Communications, 2016, 7, pp.13215. ⟨10.1038/ncomms13215⟩

DOI

DOI : 10.1038/ncomms13215

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Genome-wide analyses of chitin synthases identify horizontal gene transfers towards bacteria and allow a robust and unifying classification into fungi

auteur

Isabelle R Gonçalves, Sophie Brouillet, Marie-Christine Soulié, Simonetta Gribaldo, Catherine Sirven, Noémie Charron, Martine Boccara, Mathias Choquer

article

BMC Evolutionary Biology, 2016, 16, pp.252. ⟨10.1186/s12862-016-0815-9⟩

DOI

DOI : 10.1186/s12862-016-0815-9

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