2020
Article dans une revue
- titre
- Physics-Based Computational Protein Design: An Update
- auteur
- David Mignon, Karen Druart, Eleni Michael, Vaitea Opuu, Savvas Polydorides, Francesco Villa, Thomas Gaillard, Nicolas Panel, Georgios Archontis, Thomas Simonson
- article
- Journal of Physical Chemistry A, 2020, 124 (51), pp.10637-10648. ⟨10.1021/acs.jpca.0c07605⟩
- DOI
- DOI : 10.1021/acs.jpca.0c07605
- pubmedId
: 33170681
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-
- titre
- Cryo-EM study of an archaeal 30S initiation complex gives insights into evolution of translation initiation
- auteur
- Pierre-Damien Coureux, Christine Lazennec-Schurdevin, Sophie Bourcier, Yves Mechulam, Emmanuelle Schmitt
- article
- Communications Biology, 2020, 3 (1), ⟨10.1038/s42003-020-0780-0⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s42003-020-0780-0
- pubmedId
: 32029867
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-
- titre
- The catalytic activity of the translation termination factor methyltransferase Mtq2-Trm112 complex is required for large ribosomal subunit biogenesis
- auteur
- Caroline Lacoux, Ludivine Wacheul, Kritika Saraf, Nicolas Pythoud, Emmeline Huvelle, Sabine Figaro, Marc Graille, Christine Carapito, Denis L J Lafontaine, Valérie Heurgué-Hamard
- article
- Nucleic Acids Research, 2020, 48 (21), pp.gkaa972. ⟨10.1093/nar/gkaa972⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkaa972
- pubmedId
: 33166396
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-
- titre
- Structural and functional insights into $Archaeoglobus\ fulgidus$ m$^2$G$_{10}$ tRNA methyltransferase Trm11 and its Trm112 activator
- auteur
- Can Wang, Nhan Van tran, Vincent Jactel, Vincent Guérineau, Marc Graille
- article
- Nucleic Acids Research, 2020, 48 (19), pp.11068 - 11082. ⟨10.1093/nar/gkaa830⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkaa830
- pubmedId
: 33035335
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-
- titre
- Recent Advances in Archaeal Translation Initiation
- auteur
- Emmanuelle Schmitt, Pierre-Damien Coureux, Ramy Kazan, Gabrielle Bourgeois, Christine Lazennec-Schurdevin, Yves Mechulam
- article
- Frontiers in Microbiology, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.584152⟩
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2020.584152
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-
- titre
- Application of Various Molecular Modelling Methods in the Study of Estrogens and Xenoestrogens
- auteur
- Anna Helena Mazurek, Łukasz Szeleszczuk, Thomas Simonson, Dariusz Maciej Pisklak
- article
- International Journal of Molecular Sciences, 2020, 21 (17), pp.6411. ⟨10.3390/ijms21176411⟩
- DOI
- DOI : 10.3390/ijms21176411
- pubmedId
: 32899216
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-
- titre
- Hybrid MC/MD for protein design
- auteur
- Eleni Michael, Savvas Polydorides, Thomas Simonson, Georgios Archontis
- article
- The Journal of Chemical Physics, 2020, 153 (5), pp.054113. ⟨10.1063/5.0013320⟩
- DOI
- DOI : 10.1063/5.0013320
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-
- titre
- A physics-based energy function allows the computational redesign of a PDZ domain
- auteur
- Vaitea Opuu, Young Joo Sun, Titus Hou, Nicolas Panel, Ernesto Fuentes, Thomas Simonson
- article
- Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.11150. ⟨10.1038/s41598-020-67972-w⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41598-020-67972-w
- pubmedId
: 32636412
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-
- titre
- The 18S ribosomal RNA m 6 A methyltransferase Mettl5 is required for normal walking behavior in Drosophila
- auteur
- Jessica Leismann, Mariangela Spagnuolo, Mihika Pradhan, Ludivine Wacheul, Minh Anh Vu, Michael Musheev, Pablo Mier, Miguel Andrade‐navarro, Marc Graille, Christof Niehrs, Denis Lj Lafontaine, Jean‐yves Roignant
- article
- EMBO Reports, 2020, 21 (7), pp.e49443. ⟨10.15252/embr.201949443⟩
- DOI
- DOI : 10.15252/embr.201949443
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-
- titre
- Pby1 is a direct partner of the Dcp2 decapping enzyme
- auteur
- Clément Charenton, Claudine Gaudon-Plesse, Régis Back, Nathalie Ulryck, Loreline Cosson, Bertrand Séraphin, Marc Graille
- article
- Nucleic Acids Research, 2020, 48 (11), ⟨10.1093/nar/gkaa337⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkaa337
- pubmedId
: 32396195
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-
- titre
- Meeting Report – Workshop ‘Actin-based mechanosensation and force generation in health and disease’
- auteur
- Anna Polesskaya, Miguel Vicente-Manzanares
- article
- Journal of Cell Science, 2020, 133 (6), pp.jcs244319. ⟨10.1242/jcs.244319⟩
- DOI
- DOI : 10.1242/jcs.244319
- pubmedId
: 32184275
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-
- titre
- ERH proteins: connecting RNA processing to tumorigenesis?
- auteur
- Marc Graille, Mathieu Rougemaille
- article
- Current Genetics, 2020, 66 (4), pp.689-692. ⟨10.1007/s00294-020-01065-z⟩
- DOI
- DOI : 10.1007/s00294-020-01065-z
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-
- titre
- Formation of S. pombe Erh1 homodimer mediates gametogenic gene silencing and meiosis progression
- auteur
- Ditipriya Hazra, Vedrana Andrić, Benoit Palancade, Mathieu Rougemaille, Marc Graille
- article
- Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.1034. ⟨10.1038/s41598-020-57872-4⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41598-020-57872-4
- pubmedId
: 31974447
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-
- titre
- Adaptive landscape flattening allows the design of both enzyme: Substrate binding and catalytic power
- auteur
- Vaitea Opuu, Giuliano Nigro, Thomas Gaillard, Emmanuelle Schmitt, Yves Mechulam, Thomas Simonson
- article
- PLoS Computational Biology, 2020, 16 (1), pp.e1007600. ⟨10.1371/journal.pcbi.1007600⟩
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pcbi.1007600
- pubmedId
: 31917825
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-
- titre
- Actin polymerization downstream of integrins: signaling pathways and mechanotransduction
- auteur
- Stéphane Romero, Christophe Le Clainche, Alexis Gautreau
- article
- Biochemical Journal, 2020, 477 (1), pp.1--21. ⟨10.1042/BCJ20170719⟩
- DOI
- DOI : 10.1042/BCJ20170719
- pubmedId
: 31913455
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-
- titre
- Structural basis of the interaction between cyclodipeptide synthases and aminoacylated tRNA substrates
- auteur
- Gabrielle Bourgeois, Jérôme Seguin, Morgan Babin, Muriel Gondry, Yves Mechulam, Emmanuelle Schmitt
- article
- RNA, 2020, ⟨10.1261/rna.075184.120⟩
- DOI
- DOI : 10.1261/rna.075184.120
- pubmedId
: 32680846
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-
- titre
- MasterPATH: network analysis of functional genomics screening data
- auteur
- Natalia Rubanova, Guillaume Pinna, Jeremie Kropp, Anna Campalans, Juan Pablo Radicella, Anna Polesskaya, Annick Harel-Bellan, Nadya Morozova
- article
- BMC Genomics, 2020, 21 (1), pp.632. ⟨10.1186/s12864-020-07047-2⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/s12864-020-07047-2
- pubmedId
: 32928103
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-
- titre
- Use of β3-methionine as an amino acid substrate of Escherichia coli methionyl-tRNA synthetase
- auteur
- Giuliano Nigro, Sophie Bourcier, Christine Lazennec-Schurdevin, Emmanuelle Schmitt, Philippe Marlière, Yves Mechulam
- article
- Journal of Structural Biology, 2020, 209 (2), pp.107435. ⟨10.1016/j.jsb.2019.107435⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.jsb.2019.107435
- pubmedId
: 31862305
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-
- titre
- Mutational drivers of cancer cell migration and invasion
- auteur
- Nikita M Novikov, Sofia y Zolotaryova, Alexis Gautreau, Evgeny V Denisov
- article
- British Journal of Cancer, 2020, 124, pp.102-114. ⟨10.1038/s41416-020-01149-0⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41416-020-01149-0
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-
- titre
- Recognition of different base tetrads by RHAU (DHX36): X-ray crystal structure of the G4 recognition motif bound to the 3'-end tetrad of a DNA G-quadruplex
- auteur
- Brahim Heddi, Vee Vee Cheong, Emmanuelle Schmitt, Yves Mechulam, Anh Tuân Phan
- article
- Journal of Structural Biology, 2020, 209 (1), pp.S1047-8477(19)30210-2. ⟨10.1016/j.jsb.2019.10.001⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.jsb.2019.10.001
- pubmedId
: 31586599
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-
2019
Article dans une revue
- titre
- The human 18S rRNA m6A methyltransferase METTL5 is stabilized by TRMT112
- auteur
- Nhan Van tran, Felix G m Ernst, Ben Hawley, Christiane Zorbas, Nathalie Ulryck, Philipp Hackert, Katherine Bohnsack, Markus Bohnsack, Samie Jaffrey, Marc Graille, Denis L j Lafontaine
- article
- Nucleic Acids Research, 2019, 47 (15), pp.7719-7733. ⟨10.1093/nar/gkz619⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkz619
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-
- titre
- Suicide and suicide attempts after subthalamic nucleus stimulation in Parkinson disease
- auteur
- Giulia Giannini, Matthieu Francois, Eugénie Lhommée, Mircea Polosan, Emmanuelle Schmitt, Valérie Fraix, Anna Castrioto, Claire Ardouin, Amélie Bichon, Pierre Pollak, Alim-Louis Benabid, Eric Seigneuret, Stephan Chabardes, Maxime Wack, Paul Krack, Elena Moro
- article
- Neurology, 2019, 93 (1), ⟨10.1212/WNL.0000000000007665⟩
- DOI
- DOI : 10.1212/WNL.0000000000007665
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-
- titre
- SponGee: A Genetic Tool for Subcellular and Cell-Specific cGMP Manipulation
- auteur
- Oriol Ros, Yvrick Zagar, Solène Ribes, Sarah Baudet, Karine Loulier, Sandrine Couvet, Delphine Ladarre, Alain Aghaie, Alice Louail, Christine Petit, Yves Mechulam, Zsolt Lenkei, Xavier Nicol
- article
- Cell Reports, 2019, 27 (13), pp.4003-4012.e6. ⟨10.1016/j.celrep.2019.05.102⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.celrep.2019.05.102
- pubmedId
: 31242429
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-
- titre
- NMR solution and X-ray crystal structures of a DNA molecule containing both right- and left-handed parallel-stranded G-quadruplexes
- auteur
- Fernaldo Richtia Winnerdy, Blaž Bakalar, Arijit Maity, J Jeya Vandana, Yves Mechulam, Emmanuelle Schmitt, Anh Tuân Phan
- article
- Nucleic Acids Research, 2019, 47, pp.gkz349. ⟨10.1093/nar/gkz349⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkz349
- pubmedId
: 31216034
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-
- titre
- The DEAH-box RNA helicase Dhr1 contains a remarkable carboxyl terminal domain essential for small ribosomal subunit biogenesis
- auteur
- Amlan Roychowdhury, Clément Joret, Gabrielle Bourgeois, Valérie Heurgué-Hamard, Denis Lafontaine, Marc Graille
- article
- Nucleic Acids Research, 2019, pp.gkz529. ⟨10.1093/nar/gkz529⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkz529
- pubmedId
: 31188444
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-
- titre
- Cortical branched actin determines cell cycle progression
- auteur
- Nicolas Molinie, Svetlana N Rubtsova, Artem Fokin, Sai Visweshwaran, Nathalie Rocques, Anna Polesskaya, Anne Schnitzler, Sophie Vacher, Evgeny V Denisov, Lubov Tashireva, Vladimir M Perelmuter, Nadezhda Cherdyntseva, Ivan Bièche, Alexis Gautreau
- article
- Cell Research, 2019, 29 (6), pp.432-445. ⟨10.1038/s41422-019-0160-9⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41422-019-0160-9
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-
- titre
- Purification of tubulin with controlled post-translational modifications by polymerization–depolymerization cycles
- auteur
- Judith Souphron, Satish Bodakuntla, A. S Jijumon, Goran Lakisic, Alexis Gautreau, Carsten Janke, Maria M. Magiera
- article
- Nature Protocols, 2019, 14 (5), pp.1634-1660. ⟨10.1038/s41596-019-0153-7⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41596-019-0153-7
- pubmedId
: 30996262
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-
- titre
- Start Codon Recognition in Eukaryotic and Archaeal Translation Initiation: A Common Structural Core
- auteur
- Emmanuelle Schmitt, Pierre-Damien Coureux, Auriane Monestier, Etienne Dubiez, Yves Mechulam
- article
- International Journal of Molecular Sciences, 2019, 20 (4), pp.939. ⟨10.3390/ijms20040939⟩
- DOI
- DOI : 10.3390/ijms20040939
- pubmedId
: 30795538
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-
- titre
- m6A mRNA Destiny: Chained to the rhYTHm by the YTH-Containing Proteins
- auteur
- Ditipriya Hazra, Clément Chapat, Marc Graille
- article
- Genes, 2019, 10 (1), pp.49. ⟨10.3390/genes10010049⟩
- DOI
- DOI : 10.3390/genes10010049
- pubmedId
: 30650668
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-
- titre
- Variable Neighborhood Search with Cost Function Networks To Solve Large Computational Protein Design Problems
- auteur
- Antoine Charpentier, David Mignon, Sophie Barbe, Juan Cortés, Thomas Schiex, Thomas Simonson, David Allouche
- article
- Journal of Chemical Information and Modeling, 2019, 59 (1), pp.127-136. ⟨10.1021/acs.jcim.8b00510⟩
- DOI
- DOI : 10.1021/acs.jcim.8b00510
- pubmedId
: 30380857
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Phosphorylation of Merlin by Aurora A kinase appears necessary for mitotic progression
- auteur
- Vinay Mandati, Laurence Del Maestro, Florent Dingli, Berangère Lombard, Damarys Loew, Nicolas Molinie, Stephane Romero, Daniel Bouvard, Daniel Louvard, Alexis Gautreau, Eric Pasmant, Dominique Lallemand
- article
- Journal of Biological Chemistry, In press, pp.jbc.RA118.006937. ⟨10.1074/jbc.RA118.006937⟩
- DOI
- DOI : 10.1074/jbc.RA118.006937
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-
- titre
- A Minimal Sequence for Left-Handed G-Quadruplex Formation
- auteur
- Blaž Bakalar, Brahim Heddi, Emmanuelle Schmitt, Yves Mechulam, Anh Tuân Phan
- article
- Angewandte Chemie International Edition, 2019, 58 (8), pp.2331-2335. ⟨10.1002/anie.201812628⟩
- DOI
- DOI : 10.1002/anie.201812628
- pubmedId
: 30481397
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-
2018
Article dans une revue
- titre
- mRNA decapping: finding the right structures
- auteur
- Clément Charenton, Marc Graille
- article
- Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2018, 373 (1762), pp.20180164. ⟨10.1098/rstb.2018.0164⟩
- DOI
- DOI : 10.1098/rstb.2018.0164
- pubmedId
: 30397101
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-
- titre
- Cyclization Reaction Catalyzed by Cyclodipeptide Synthases Relies on a Conserved Tyrosine Residue
- auteur
- Emmanuelle Schmitt, Gabrielle Bourgeois, Muriel Gondry, Alexey Aleksandrov
- article
- Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.7031. ⟨10.1038/s41598-018-25479-5⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41598-018-25479-5
- pubmedId
: 29728603
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Multifaceted Study on a Cytochalasin Scaffold: Lessons on Reactivity, Multidentate Catalysis, and Anticancer Properties
- auteur
- Mehdi Zaghouani, Oscar Gayraud, Vincent Jactel, Sébastien Prevost, Ambre Dezaire, Michèle Sabbah, Alexandre E. Escargueil, Thanh-Lan Lai, Christophe Le clainche, Nathalie Rocques, Stéphane Romero, Alexis Gautreau, Florent Blanchard, Gilles Frison, Bastien Nay
- article
- Chemistry - A European Journal, 2018, 24 (62), pp.16686-16691. ⟨10.1002/chem.201804023⟩
- DOI
- DOI : 10.1002/chem.201804023
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-
- titre
- Adaptive landscape flattening in amino acid sequence space for the computational design of protein:peptide binding
- auteur
- Francesco Villa, Nicolas Panel, Xingyu Chen, Thomas Simonson
- article
- The Journal of Chemical Physics, 2018, 149 (7), pp.072302. ⟨10.1063/1.5022249⟩
- DOI
- DOI : 10.1063/1.5022249
- pubmedId
: 30134674
- Accès au bibtex
-
- titre
- Classical Drude Polarizable Force Field Model for Methyl Phosphate and Its Interactions with Mg 2+
- auteur
- Francesco Villa, Alexander Mackerell, Benoît Roux, Thomas Simonson
- article
- Journal of Physical Chemistry A, 2018, 122 (29), pp.6147-6155. ⟨10.1021/acs.jpca.8b04418⟩
- DOI
- DOI : 10.1021/acs.jpca.8b04418
- pubmedId
: 29966419
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-
- titre
- Evaluation of AutoDock and AutoDock Vina on the CASF-2013 Benchmark
- auteur
- Thomas Gaillard
- article
- Journal of Chemical Information and Modeling, 2018, 58 (8), pp.1697-1706. ⟨10.1021/acs.jcim.8b00312⟩
- DOI
- DOI : 10.1021/acs.jcim.8b00312
- Accès au bibtex
-
- titre
- Structural basis for partition of the cyclodipeptide synthases into two subfamilies
- auteur
- Gabrielle Bourgeois, Jérôme Seguin, Morgan Babin, Pascal Belin, Mireille Moutiez, Yves Mechulam, Muriel Gondry, Emmanuelle Schmitt
- article
- Journal of Structural Biology, 2018, 203 (1), pp.17-26. ⟨10.1016/j.jsb.2018.03.001⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.jsb.2018.03.001
- pubmedId
: 29505829
- Accès au bibtex
-
- titre
- Accurate PDZ/Peptide Binding Specificity with Additive and Polarizable Free Energy Simulations
- auteur
- Nicolas Panel, Francesco Villa, Ernesto Fuentes, Thomas Simonson
- article
- Biophysical Journal, 2018, 114 (5), pp.1091-1102. ⟨10.1016/j.bpj.2018.01.008⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.bpj.2018.01.008
- pubmedId
: 29539396
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-
- titre
- The Arp2/3 Regulatory System and Its Deregulation in Cancer
- auteur
- Nicolas Molinie, Alexis Gautreau
- article
- Physiological Reviews, 2018, 98 (1), pp.215-238. ⟨10.1152/physrev.00006.2017⟩
- DOI
- DOI : 10.1152/physrev.00006.2017
- pubmedId
: 29212790
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-
- titre
- Evolutionary insights into Trm112-methyltransferase holoenzymes involved in translation between archaea and eukaryotes
- auteur
- Nhan Van tran, Leslie Muller, Robert L Ross, Roxane Lestini, Juliette Létoquart, Nathalie Ulryck, Patrick A Limbach, Valérie De crécy-Lagard, Sarah Cianférani, Marc Graille
- article
- Nucleic Acids Research, 2018, 46 (16), pp.8483 - 8499. ⟨10.1093/nar/gky638⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gky638
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Role of aIF1 in Pyrococcus abyssi translation initiation
- auteur
- Auriane Monestier, Christine Lazennec-Schurdevin, Pierre-Damien Coureux, Yves Mechulam, Emmanuelle Schmitt
- article
- Nucleic Acids Research, 2018, 46 (20), pp.11061-11074. ⟨10.1093/nar/gky850⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gky850
- pubmedId
: 30239976
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-
- titre
- GBF1 and Arf1 interact with Miro and regulate mitochondrial positioning within cells
- auteur
- Laurence Walch, Emilie Pellier, Weihua Leng, Goran Lakisic, Alexis Gautreau, Vincent Contremoulins, Jean-Marc Verbavatz, Catherine Jackson
- article
- Scientific Reports, 2018, 8, pp.17121. ⟨10.1038/s41598-018-35190-0⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41598-018-35190-0
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The trimeric coiled‐coil HSBP 1 protein promotes WASH complex assembly at centrosomes
- auteur
- Sai Visweshwaran, Peter Thomason, Raphaël Guérois, Sophie Vacher, Evgeny V Denisov, Lubov Tashireva, Maria Lomakina, Christine Lazennec‐schurdevin, Goran Lakisic, Sergio Lilla, Nicolas Molinie, Veronique Henriot, Yves Mechulam, Antonina Alexandrova, Nadezhda Cherdyntseva, Ivan Bièche, Emmanuelle Schmitt, Robert Insall, Alexis Gautreau
- article
- EMBO Journal, 2018, 37 (13), pp.e97706. ⟨10.15252/embj.201797706⟩
- DOI
- DOI : 10.15252/embj.201797706
- pubmedId
: 29844016
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-
Chapitre d'ouvrage
- titre
- Contribution of the Yeast Saccharomyces cerevisiae Model to Understand the Mechanisms of Selenium Toxicity
- auteur
- Myriam Lazard, Marc Dauplais, Pierre Plateau
- article
- Molecular and Integrative Toxicology, 16, Springer International Publishing, pp.71-87, 2018, Selenium, 978-3-319-95389-2. ⟨10.1007/978-3-319-95390-8_4⟩
- DOI
- DOI : 10.1007/978-3-319-95390-8_4
- Accès au bibtex
-
- titre
- Directional Collective Migration in Wound Healing Assays
- auteur
- Nicolas Molinie, Alexis Gautreau
- article
- Humana Press. Methods in Molecular Biology, 1749, Springer Science+Business Media, pp.11-19, 2018, Cell Migration, 978-1-4939-7700-0. ⟨10.1007/978-1-4939-7701-7_2⟩
- DOI
- DOI : 10.1007/978-1-4939-7701-7_2
- pubmedId
: 29525986
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- titre
- Random Migration Assays of Mammalian Cells and Quantitative Analyses of Single Cell Trajectories
- auteur
- Irene Dang, Alexis Gautreau
- article
- Methods in Molecular Biology, 1749, Humana Press, pp.1-9, 2018, Cell Migration, 978-1-4939-7700-0. ⟨10.1007/978-1-4939-7701-7_1⟩
- DOI
- DOI : 10.1007/978-1-4939-7701-7_1
- pubmedId
: 29525985
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-
2017
Article dans une revue
- titre
- Computational design of fully overlapping coding schemes for protein pairs and triplets
- auteur
- Vaitea Opuu, Martin Silvert, Thomas Simonson
- article
- Scientific Reports, 2017, 7 (1), ⟨10.1038/s41598-017-16221-8⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41598-017-16221-8
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-
- titre
- A unique surface on Pat1 C-terminal domain directly interacts with Dcp2 decapping enzyme and Xrn1 5′–3′ mRNA exonuclease in yeast
- auteur
- Clément Charenton, Claudine Gaudon-Plesse, Zaineb Fourati, Valério Taverniti, Régis Back, Olga Kolesnikova, Bertrand Séraphin, Marc Graille
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2017, 114 (45), pp.E9493-E9501. ⟨10.1073/pnas.1711680114⟩
- DOI
- DOI : 10.1073/pnas.1711680114
- pubmedId
: 29078363
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- titre
- Simple models for nonpolar solvation: Parameterization and testing
- auteur
- Eleni Michael, Savvas Polydorides, Thomas Simonson, Georgios Archontis
- article
- Journal of Computational Chemistry, 2017, 38 (29), pp.2509-2519. ⟨10.1002/jcc.24910⟩
- DOI
- DOI : 10.1002/jcc.24910
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-
- titre
- On the Relation between Chemical Oscillations and Self-Replication
- auteur
- Erwan Bigan, Pierre Plateau
- article
- Artificial Life, 2017, 23 (4), pp.453-480. ⟨10.1162/ARTL_a_00241⟩
- DOI
- DOI : 10.1162/ARTL_a_00241
- pubmedId
: 28985117
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-
- titre
- Comparing pairwise-additive and many-body generalized Born models for acid/base calculations and protein design
- auteur
- Francesco Villa, David Mignon, Savvas Polydorides, Thomas Simonson
- article
- Journal of Computational Chemistry, 2017, 38 (28), pp.2396-2410. ⟨10.1002/jcc.24898⟩
- DOI
- DOI : 10.1002/jcc.24898
- pubmedId
: 28749575
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-
- titre
- Full Protein Sequence Redesign with an MMGBSA Energy Function
- auteur
- Thomas Gaillard, Thomas Simonson
- article
- Journal of Chemical Theory and Computation, 2017, 13 (10), pp.4932-4943. ⟨10.1021/acs.jctc.7b00202⟩
- DOI
- DOI : 10.1021/acs.jctc.7b00202
- pubmedId
: 28886244
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- titre
- A Simple PB/LIE Free Energy Function Accurately Predicts the Peptide Binding Specificity of the Tiam1 PDZ Domain
- auteur
- Nicolas Panel, Young Joo Sun, Ernesto Fuentes, Thomas Simonson
- article
- Frontiers in Molecular Biosciences, 2017, 4, ⟨10.3389/fmolb.2017.00065⟩
- DOI
- DOI : 10.3389/fmolb.2017.00065
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-
- titre
- Recent advances in the mechanism of selenoamino acids toxicity in eukaryotic cells
- auteur
- Myriam Lazard, Marc Dauplais, Sylvain Blanquet, Pierre Plateau
- article
- Biomolecular concepts, 2017, 8 (2), pp.93-104. ⟨10.1515/bmc-2017-0007⟩
- DOI
- DOI : 10.1515/bmc-2017-0007
- pubmedId
: 28574376
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-
- titre
- The structure of an E. coli tRNA f Met A 1-U 72 variant shows an unusual conformation of the A 1-U 72 base pair
- auteur
- Auriane Monestier, Alexey Aleksandrov, Pierre-Damien Coureux, Michel Panvert, Yves Mechulam, Emmanuelle Schmitt
- article
- RNA, 2017, 23 (5), pp.673-682. ⟨10.1261/rna.057877.116⟩
- DOI
- DOI : 10.1261/rna.057877.116
- pubmedId
: 28143889
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-
- titre
- Computational Design of the Tiam1 PDZ Domain and Its Ligand Binding
- auteur
- David Mignon, Nicolas Panel, Xingyu Chen, Ernesto Fuentes, Thomas Simonson
- article
- Journal of Chemical Theory and Computation, 2017, 13 (5), pp.2271-2289. ⟨10.1021/acs.jctc.6b01255⟩
- DOI
- DOI : 10.1021/acs.jctc.6b01255
- pubmedId
: 28394603
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- titre
- The Arp2/3 inhibitory protein Arpin is dispensable for chemotaxis
- auteur
- Irene Dang, Joern Linkner, Jun Yan, Daniel Irimia, Jan Faix, Alexis Gautreau
- article
- Biology of the Cell, 2017, 109 (4), pp.162-166. ⟨10.1111/boc.201600064⟩
- DOI
- DOI : 10.1111/boc.201600064
- pubmedId
: 28186323
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- titre
- Exposure to selenomethionine causes selenocysteine misincorporation and protein aggregation in Saccharomyces cerevisiae.
- auteur
- Pierre Plateau, Cosmin Saveanu, Roxane Lestini, Marc Dauplais, Laurence Decourty, Alain Jacquier, Sylvain Blanquet, Myriam Lazard
- article
- Scientific Reports, 2017, 7, pp.44761. ⟨10.1038/srep44761⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/srep44761
- pubmedId
: 28303947
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- titre
- DNA binding specificities of Escherichia coli Cas1–Cas2 integrase drive its recruitment at the CRISPR locus
- auteur
- Clara Moch, Michel Fromant, Sylvain Blanquet, Pierre Plateau
- article
- Nucleic Acids Research, 2017, 45 (5), pp.2714-2723. ⟨10.1093/nar/gkw1309⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkw1309
- pubmedId
: 28034956
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- titre
- Equivalence of M- and P-Summation in Calculations of Ionic Solvation Free Energies
- auteur
- Thomas Simonson, Gerhard Hummer, Benoît Roux
- article
- Journal of Physical Chemistry A, 2017, 121 (7), pp.1525-1530. ⟨10.1021/acs.jpca.6b12691⟩
- DOI
- DOI : 10.1021/acs.jpca.6b12691
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- titre
- Trm112, a Protein Activator of Methyltransferases Modifying Actors of the Eukaryotic Translational Apparatus
- auteur
- Gabrielle Bourgeois, Juliette Létoquart, Nhan van Tran, Marc Graille
- article
- Biomolecules, 2017, 7 (1), pp.7. ⟨10.3390/biom7010007⟩
- DOI
- DOI : 10.3390/biom7010007
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- titre
- Structural Basis of Arp2/3 Complex Inhibition by GMF, Coronin, and Arpin
- auteur
- Olga Sokolova, Angelina Chemeris, Siyang Guo, Salvatore L Alioto, Meghal Gandhi, Shae Padrick, Evgeniya Pechnikova, Violaine David, Alexis Gautreau, Bruce Goode
- article
- Journal of Molecular Biology, 2017, 429 (2), pp.237-248. ⟨10.1016/j.jmb.2016.11.030⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.jmb.2016.11.030
- pubmedId
: 27939292
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- titre
- Probing the stereospecificity of tyrosyl- and glutaminyl-tRNA synthetase with molecular dynamics
- auteur
- Karen Druart, Maeva Le Guennec, Zoltan Palmai, Thomas Simonson
- article
- Journal of Molecular Graphics and Modelling, 2017, 71, pp.192-199. ⟨10.1016/j.jmgm.2016.11.007⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.jmgm.2016.11.007
- pubmedId
: 27939931
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- titre
- Gradients of Rac1 Nanoclusters Support Spatial Patterns of Rac1 Signaling
- auteur
- Amanda Remorino, Simon de Beco, Fanny Cayrac, Fahima Di Federico, Gaetan Cornilleau, Alexis Gautreau, Maria Carla Parrini, Jean-Baptiste Masson, Maxime Dahan, Mathieu Coppey
- article
- Cell Reports, 2017, 21 (7), pp.1922-1935. ⟨10.1016/j.celrep.2017.10.069⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/j.celrep.2017.10.069
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- titre
- β1 integrin dependent Rac/group I PAK signaling mediates YAP activation of Yes associated protein 1 (YAP1) via NF2/merlin.
- auteur
- Hiba Sabra, Molly Brunner, Vinay Mandati, Bernhard Wehrle-Haller, Dominique Lallemand, Anne-Sophie Ribba, Genevieve Chevalier, Philippe Guardiola, Marc R. Block, Daniel Bouvard
- article
- Journal of Biological Chemistry, 2017, ⟨10.1074/jbc.M117.808063⟩
- DOI
- DOI : 10.1074/jbc.M117.808063
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- titre
- Activation mode of the eukaryotic m2G10 tRNA methyltransferase Trm11 by its partner protein Trm112
- auteur
- Gabrielle Bourgeois, Julien Marcoux, Jean-Michel Saliou, Sarah Cianférani, Marc Graille
- article
- Nucleic Acids Research, 2017, 45 (4), pp.1971-1982. ⟨10.1093/nar/gkw1271⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkw1271
- Accès au texte intégral et bibtex
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