Publications HAL de la structure 1044368;82660

2020

Journal articles

titre: Physics-Based Computational Protein Design: An Update
auteur: David Mignon, Karen Druart, Eleni Michael, Vaitea Opuu, Savvas Polydorides, Francesco Villa, Thomas Gaillard, Nicolas Panel, Georgios Archontis, Thomas Simonson
article: Journal of Physical Chemistry A, 2020, 124 (51), pp.10637-10648. ⟨10.1021/acs.jpca.0c07605⟩
identifiant: hal-03252554
DOI: DOI : 10.1021/acs.jpca.0c07605
pubmedId: : 33170681
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titre: Cryo-EM study of an archaeal 30S initiation complex gives insights into evolution of translation initiation
auteur: Pierre-Damien Coureux, Christine Lazennec-Schurdevin, Sophie Bourcier, Yves Mechulam, Emmanuelle Schmitt
article: Communications Biology, 2020, 3 (1), ⟨10.1038/s42003-020-0780-0⟩
identifiant: hal-02493692
DOI: DOI : 10.1038/s42003-020-0780-0
pubmedId: : 32029867
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titre: The catalytic activity of the translation termination factor methyltransferase Mtq2-Trm112 complex is required for large ribosomal subunit biogenesis
auteur: Caroline Lacoux, Ludivine Wacheul, Kritika Saraf, Nicolas Pythoud, Emmeline Huvelle, Sabine Figaro, Marc Graille, Christine Carapito, Denis L J Lafontaine, Valérie Heurgué-Hamard
article: Nucleic Acids Research, 2020, 48 (21), pp.gkaa972. ⟨10.1093/nar/gkaa972⟩
identifiant: hal-03001115
DOI: DOI : 10.1093/nar/gkaa972
pubmedId: : 33166396
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titre: Structural and functional insights into $Archaeoglobus\ fulgidus$ m$^2$G$_{10}$ tRNA methyltransferase Trm11 and its Trm112 activator
auteur: Can Wang, Nhan Van tran, Vincent Jactel, Vincent Guérineau, Marc Graille
article: Nucleic Acids Research, 2020, 48 (19), pp.11068 - 11082. ⟨10.1093/nar/gkaa830⟩
identifiant: hal-03402458
DOI: DOI : 10.1093/nar/gkaa830
pubmedId: : 33035335
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titre: Recent Advances in Archaeal Translation Initiation
auteur: Emmanuelle Schmitt, Pierre-Damien Coureux, Ramy Kazan, Gabrielle Bourgeois, Christine Lazennec-Schurdevin, Yves Mechulam
article: Frontiers in Microbiology, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.584152⟩
identifiant: hal-02981025
DOI: DOI : 10.3389/fmicb.2020.584152
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titre: Application of Various Molecular Modelling Methods in the Study of Estrogens and Xenoestrogens
auteur: Anna Helena Mazurek, Łukasz Szeleszczuk, Thomas Simonson, Dariusz Maciej Pisklak
article: International Journal of Molecular Sciences, 2020, 21 (17), pp.6411. ⟨10.3390/ijms21176411⟩
identifiant: hal-03334587
DOI: DOI : 10.3390/ijms21176411
pubmedId: : 32899216
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titre: Hybrid MC/MD for protein design
auteur: Eleni Michael, Savvas Polydorides, Thomas Simonson, Georgios Archontis
article: The Journal of Chemical Physics, 2020, 153 (5), pp.054113. ⟨10.1063/5.0013320⟩
identifiant: hal-03664020
DOI: DOI : 10.1063/5.0013320
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titre: A physics-based energy function allows the computational redesign of a PDZ domain
auteur: Vaitea Opuu, Young Joo Sun, Titus Hou, Nicolas Panel, Ernesto Fuentes, Thomas Simonson
article: Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.11150. ⟨10.1038/s41598-020-67972-w⟩
identifiant: hal-02988336
DOI: DOI : 10.1038/s41598-020-67972-w
pubmedId: : 32636412
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titre: The 18S ribosomal RNA m 6 A methyltransferase Mettl5 is required for normal walking behavior in Drosophila
auteur: Jessica Leismann, Mariangela Spagnuolo, Mihika Pradhan, Ludivine Wacheul, Minh Anh Vu, Michael Musheev, Pablo Mier, Miguel Andrade‐navarro, Marc Graille, Christof Niehrs, Denis Lj Lafontaine, Jean‐yves Roignant
article: EMBO Reports, 2020, 21 (7), pp.e49443. ⟨10.15252/embr.201949443⟩
identifiant: hal-02996361
DOI: DOI : 10.15252/embr.201949443
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titre: Pby1 is a direct partner of the Dcp2 decapping enzyme
auteur: Clément Charenton, Claudine Gaudon-Plesse, Régis Back, Nathalie Ulryck, Loreline Cosson, Bertrand Séraphin, Marc Graille
article: Nucleic Acids Research, 2020, 48 (11), ⟨10.1093/nar/gkaa337⟩
identifiant: hal-02882225
DOI: DOI : 10.1093/nar/gkaa337
pubmedId: : 32396195
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titre: Meeting Report – Workshop ‘Actin-based mechanosensation and force generation in health and disease’
auteur: Anna Polesskaya, Miguel Vicente-Manzanares
article: Journal of Cell Science, 2020, 133 (6), pp.jcs244319. ⟨10.1242/jcs.244319⟩
identifiant: hal-03001303
DOI: DOI : 10.1242/jcs.244319
pubmedId: : 32184275
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titre: ERH proteins: connecting RNA processing to tumorigenesis?
auteur: Marc Graille, Mathieu Rougemaille
article: Current Genetics, 2020, 66 (4), pp.689-692. ⟨10.1007/s00294-020-01065-z⟩
identifiant: hal-02503603
DOI: DOI : 10.1007/s00294-020-01065-z
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titre: Formation of S. pombe Erh1 homodimer mediates gametogenic gene silencing and meiosis progression
auteur: Ditipriya Hazra, Vedrana Andrić, Benoit Palancade, Mathieu Rougemaille, Marc Graille
article: Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.1034. ⟨10.1038/s41598-020-57872-4⟩
identifiant: hal-02456264
DOI: DOI : 10.1038/s41598-020-57872-4
pubmedId: : 31974447
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titre: Adaptive landscape flattening allows the design of both enzyme: Substrate binding and catalytic power
auteur: Vaitea Opuu, Giuliano Nigro, Thomas Gaillard, Emmanuelle Schmitt, Yves Mechulam, Thomas Simonson
article: PLoS Computational Biology, 2020, 16 (1), pp.e1007600. ⟨10.1371/journal.pcbi.1007600⟩
identifiant: hal-02493715
DOI: DOI : 10.1371/journal.pcbi.1007600
pubmedId: : 31917825
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titre: Actin polymerization downstream of integrins: signaling pathways and mechanotransduction
auteur: Stéphane Romero, Christophe Le Clainche, Alexis Gautreau
article: Biochemical Journal, 2020, 477 (1), pp.1--21. ⟨10.1042/BCJ20170719⟩
identifiant: hal-02445471
DOI: DOI : 10.1042/BCJ20170719
pubmedId: : 31913455
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titre: MasterPATH: network analysis of functional genomics screening data
auteur: Natalia Rubanova, Guillaume Pinna, Jeremie Kropp, Anna Campalans, Juan Pablo Radicella, Anna Polesskaya, Annick Harel-Bellan, Nadya Morozova
article: BMC Genomics, 2020, 21 (1), pp.632. ⟨10.1186/s12864-020-07047-2⟩
identifiant: hal-02944249
DOI: DOI : 10.1186/s12864-020-07047-2
pubmedId: : 32928103
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titre: Structural basis of the interaction between cyclodipeptide synthases and aminoacylated tRNA substrates
auteur: Gabrielle Bourgeois, Jérôme Seguin, Morgan Babin, Muriel Gondry, Yves Mechulam, Emmanuelle Schmitt
article: RNA (New York, N.Y.), 2020, ⟨10.1261/rna.075184.120⟩
identifiant: hal-02907478
DOI: DOI : 10.1261/rna.075184.120
pubmedId: : 32680846
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titre: Use of β3-methionine as an amino acid substrate of Escherichia coli methionyl-tRNA synthetase
auteur: Giuliano Nigro, Sophie Bourcier, Christine Lazennec-Schurdevin, Emmanuelle Schmitt, Philippe Marlière, Yves Mechulam
article: Journal of Structural Biology, 2020, 209 (2), pp.107435. ⟨10.1016/j.jsb.2019.107435⟩
identifiant: hal-02493753
DOI: DOI : 10.1016/j.jsb.2019.107435
pubmedId: : 31862305
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titre: Mutational drivers of cancer cell migration and invasion
auteur: Nikita M Novikov, Sofia y Zolotaryova, Alexis Gautreau, Evgeny V Denisov
article: British Journal of Cancer, 2020, 124, pp.102-114. ⟨10.1038/s41416-020-01149-0⟩
identifiant: hal-03278149
DOI: DOI : 10.1038/s41416-020-01149-0
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titre: Recognition of different base tetrads by RHAU (DHX36): X-ray crystal structure of the G4 recognition motif bound to the 3'-end tetrad of a DNA G-quadruplex
auteur: Brahim Heddi, Vee Vee Cheong, Emmanuelle Schmitt, Yves Mechulam, Anh Tuân Phan
article: Journal of Structural Biology, 2020, 209 (1), pp.S1047-8477(19)30210-2. ⟨10.1016/j.jsb.2019.10.001⟩
identifiant: hal-02355168
DOI: DOI : 10.1016/j.jsb.2019.10.001
pubmedId: : 31586599
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2019

Journal articles

titre: The human 18S rRNA m6A methyltransferase METTL5 is stabilized by TRMT112
auteur: Nhan Van tran, Felix G m Ernst, Ben Hawley, Christiane Zorbas, Nathalie Ulryck, Philipp Hackert, Katherine Bohnsack, Markus Bohnsack, Samie Jaffrey, Marc Graille, Denis L j Lafontaine
article: Nucleic Acids Research, 2019, 47 (15), pp.7719-7733. ⟨10.1093/nar/gkz619⟩
identifiant: hal-02333696
DOI: DOI : 10.1093/nar/gkz619
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titre: SponGee: A Genetic Tool for Subcellular and Cell-Specific cGMP Manipulation
auteur: Oriol Ros, Yvrick Zagar, Solène Ribes, Sarah Baudet, Karine Loulier, Sandrine Couvet, Delphine Ladarre, Alain Aghaie, Alice Louail, Christine Petit, Yves Mechulam, Zsolt Lenkei, Xavier Nicol
article: Cell Reports, 2019, 27 (13), pp.4003-4012.e6. ⟨10.1016/j.celrep.2019.05.102⟩
identifiant: hal-02165731
DOI: DOI : 10.1016/j.celrep.2019.05.102
pubmedId: : 31242429
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titre: NMR solution and X-ray crystal structures of a DNA molecule containing both right- and left-handed parallel-stranded G-quadruplexes
auteur: Fernaldo Richtia Winnerdy, Blaž Bakalar, Arijit Maity, J Jeya Vandana, Yves Mechulam, Emmanuelle Schmitt, Anh Tuân Phan
article: Nucleic Acids Research, 2019, 47, pp.gkz349. ⟨10.1093/nar/gkz349⟩
identifiant: hal-02163879
DOI: DOI : 10.1093/nar/gkz349
pubmedId: : 31216034
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titre: The DEAH-box RNA helicase Dhr1 contains a remarkable carboxyl terminal domain essential for small ribosomal subunit biogenesis
auteur: Amlan Roychowdhury, Clément Joret, Gabrielle Bourgeois, Valérie Heurgué-Hamard, Denis Lafontaine, Marc Graille
article: Nucleic Acids Research, 2019, pp.gkz529. ⟨10.1093/nar/gkz529⟩
identifiant: hal-02170772
DOI: DOI : 10.1093/nar/gkz529
pubmedId: : 31188444
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titre: Cortical branched actin determines cell cycle progression
auteur: Nicolas Molinie, Svetlana N Rubtsova, Artem Fokin, Sai Visweshwaran, Nathalie Rocques, Anna Polesskaya, Anne Schnitzler, Sophie Vacher, Evgeny V Denisov, Lubov Tashireva, Vladimir M Perelmuter, Nadezhda Cherdyntseva, Ivan Bièche, Alexis Gautreau
article: Cell Research, 2019, 29 (6), pp.432-445. ⟨10.1038/s41422-019-0160-9⟩
identifiant: hal-02266355
DOI: DOI : 10.1038/s41422-019-0160-9
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titre: Purification of tubulin with controlled post-translational modifications by polymerization–depolymerization cycles
auteur: Judith Souphron, Satish Bodakuntla, A. S Jijumon, Goran Lakisic, Alexis Gautreau, Carsten Janke, Maria M. Magiera
article: Nature Protocols, 2019, 14 (5), pp.1634-1660. ⟨10.1038/s41596-019-0153-7⟩
identifiant: hal-02266354
DOI: DOI : 10.1038/s41596-019-0153-7
pubmedId: : 30996262
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titre: Start Codon Recognition in Eukaryotic and Archaeal Translation Initiation: A Common Structural Core
auteur: Emmanuelle Schmitt, Pierre-Damien Coureux, Auriane Monestier, Etienne Dubiez, Yves Mechulam
article: International Journal of Molecular Sciences, 2019, 20 (4), pp.939. ⟨10.3390/ijms20040939⟩
identifiant: hal-02164363
DOI: DOI : 10.3390/ijms20040939
pubmedId: : 30795538
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titre: m6A mRNA Destiny: Chained to the rhYTHm by the YTH-Containing Proteins
auteur: Ditipriya Hazra, Clément Chapat, Marc Graille
article: Genes, 2019, 10 (1), pp.49. ⟨10.3390/genes10010049⟩
identifiant: hal-01996108
DOI: DOI : 10.3390/genes10010049
pubmedId: : 30650668
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titre: A Minimal Sequence for Left-Handed G-Quadruplex Formation
auteur: Blaž Bakalar, Brahim Heddi, Emmanuelle Schmitt, Yves Mechulam, Anh Tuân Phan
article: Angewandte Chemie International Edition, 2019, 58 (8), pp.2331-2335. ⟨10.1002/anie.201812628⟩
identifiant: hal-02164372
DOI: DOI : 10.1002/anie.201812628
pubmedId: : 30481397
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titre: Variable Neighborhood Search with Cost Function Networks To Solve Large Computational Protein Design Problems
auteur: Antoine Charpentier, David Mignon, Sophie Barbe, Juan Cortés, Thomas Schiex, Thomas Simonson, David Allouche
article: Journal of Chemical Information and Modeling, 2019, 59 (1), pp.127-136. ⟨10.1021/acs.jcim.8b00510⟩
identifiant: hal-01943616
DOI: DOI : 10.1021/acs.jcim.8b00510
pubmedId: : 30380857
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titre: Phosphorylation of Merlin by Aurora A kinase appears necessary for mitotic progression
auteur: Vinay Mandati, Laurence Del Maestro, Florent Dingli, Berangère Lombard, Damarys Loew, Nicolas Molinie, Stephane Romero, Daniel Bouvard, Daniel Louvard, Alexis Gautreau, Eric Pasmant, Dominique Lallemand
article: Journal of Biological Chemistry, In press, pp.jbc.RA118.006937. ⟨10.1074/jbc.RA118.006937⟩
identifiant: hal-02266353
DOI: DOI : 10.1074/jbc.RA118.006937
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2018

Journal articles

titre: mRNA decapping: finding the right structures
auteur: Clément Charenton, Marc Graille
article: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2018, 373 (1762), pp.20180164. ⟨10.1098/rstb.2018.0164⟩
identifiant: hal-01969480
DOI: DOI : 10.1098/rstb.2018.0164
pubmedId: : 30397101
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titre: Cyclization Reaction Catalyzed by Cyclodipeptide Synthases Relies on a Conserved Tyrosine Residue
auteur: Emmanuelle Schmitt, Gabrielle Bourgeois, Muriel Gondry, Alexey Aleksandrov
article: Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.7031. ⟨10.1038/s41598-018-25479-5⟩
identifiant: hal-01974171
DOI: DOI : 10.1038/s41598-018-25479-5
pubmedId: : 29728603
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titre: Multifaceted Study on a Cytochalasin Scaffold: Lessons on Reactivity, Multidentate Catalysis, and Anticancer Properties
auteur: Mehdi Zaghouani, Oscar Gayraud, Vincent Jactel, Sébastien Prevost, Ambre Dezaire, Michèle Sabbah, Alexandre E. Escargueil, Thanh-Lan Lai, Christophe Le clainche, Nathalie Rocques, Stéphane Romero, Alexis Gautreau, Florent Blanchard, Gilles Frison, Bastien Nay
article: Chemistry - A European Journal, 2018, 24 (62), pp.16686-16691. ⟨10.1002/chem.201804023⟩
identifiant: hal-02135339
DOI: DOI : 10.1002/chem.201804023
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titre: Adaptive landscape flattening in amino acid sequence space for the computational design of protein:peptide binding
auteur: Francesco Villa, Nicolas Panel, Xingyu Chen, Thomas Simonson
article: The Journal of Chemical Physics, 2018, 149 (7), pp.072302. ⟨10.1063/1.5022249⟩
identifiant: hal-01975456
DOI: DOI : 10.1063/1.5022249
pubmedId: : 30134674
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titre: Classical Drude Polarizable Force Field Model for Methyl Phosphate and Its Interactions with Mg 2+
auteur: Francesco Villa, Alexander Mackerell, Benoît Roux, Thomas Simonson
article: Journal of Physical Chemistry A, 2018, 122 (29), pp.6147-6155. ⟨10.1021/acs.jpca.8b04418⟩
identifiant: hal-01975114
DOI: DOI : 10.1021/acs.jpca.8b04418
pubmedId: : 29966419
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titre: Evaluation of AutoDock and AutoDock Vina on the CASF-2013 Benchmark
auteur: Thomas Gaillard
article: Journal of Chemical Information and Modeling, 2018, 58 (8), pp.1697-1706. ⟨10.1021/acs.jcim.8b00312⟩
identifiant: hal-04583576
DOI: DOI : 10.1021/acs.jcim.8b00312
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titre: Structural basis for partition of the cyclodipeptide synthases into two subfamilies
auteur: Gabrielle Bourgeois, Jérôme Seguin, Morgan Babin, Pascal Belin, Mireille Moutiez, Yves Mechulam, Muriel Gondry, Emmanuelle Schmitt
article: Journal of Structural Biology, 2018, 203 (1), pp.17-26. ⟨10.1016/j.jsb.2018.03.001⟩
identifiant: hal-01969469
DOI: DOI : 10.1016/j.jsb.2018.03.001
pubmedId: : 29505829
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titre: Accurate PDZ/Peptide Binding Specificity with Additive and Polarizable Free Energy Simulations
auteur: Nicolas Panel, Francesco Villa, Ernesto Fuentes, Thomas Simonson
article: Biophysical Journal, 2018, 114 (5), pp.1091-1102. ⟨10.1016/j.bpj.2018.01.008⟩
identifiant: hal-01974145
DOI: DOI : 10.1016/j.bpj.2018.01.008
pubmedId: : 29539396
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titre: NRL and CRX Define Photoreceptor Identity and Reveal Subgroup-Specific Dependencies in Medulloblastoma
auteur: Alexandra Garancher, Charles Lin, Morgane Morabito, Wilfrid Richer, Nathalie Rocques, Magalie Larcher, Laure Bihannic, Kyle Smith, Catherine Miquel, Sophie Leboucher, Nirmitha Herath, Fanny Dupuy, Pascale Varlet, Christine Haberler, Christine Walczak, Nadine El Tayara, Andreas Volk, Stéphanie Puget, François Doz, Olivier Delattre, Sabine Druillennec, Olivier Ayrault, Robert Wechsler-Reya, Alain Eychène, Franck Bourdeaut, Paul Northcott, Celio Pouponnot
article: Cancer Cell, 2018, 33 (3), pp.435-449.e6. ⟨10.1016/j.ccell.2018.02.006⟩
identifiant: hal-02347200
DOI: DOI : 10.1016/j.ccell.2018.02.006
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titre: The Arp2/3 Regulatory System and Its Deregulation in Cancer
auteur: Nicolas Molinie, Alexis Gautreau
article: Physiological Reviews, 2018, 98 (1), pp.215-238. ⟨10.1152/physrev.00006.2017⟩
identifiant: hal-02266360
DOI: DOI : 10.1152/physrev.00006.2017
pubmedId: : 29212790
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titre: Role of aIF1 in Pyrococcus abyssi translation initiation
auteur: Auriane Monestier, Christine Lazennec-Schurdevin, Pierre-Damien Coureux, Yves Mechulam, Emmanuelle Schmitt
article: Nucleic Acids Research, 2018, 46 (20), pp.11061-11074. ⟨10.1093/nar/gky850⟩
identifiant: hal-01974980
DOI: DOI : 10.1093/nar/gky850
pubmedId: : 30239976
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titre: Evolutionary insights into Trm112-methyltransferase holoenzymes involved in translation between archaea and eukaryotes
auteur: Nhan Van tran, Leslie Muller, Robert L Ross, Roxane Lestini, Juliette Létoquart, Nathalie Ulryck, Patrick A Limbach, Valérie De crécy-Lagard, Sarah Cianférani, Marc Graille
article: Nucleic Acids Research, 2018, 46 (16), pp.8483 - 8499. ⟨10.1093/nar/gky638⟩
identifiant: hal-03295432
DOI: DOI : 10.1093/nar/gky638
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titre: GBF1 and Arf1 interact with Miro and regulate mitochondrial positioning within cells
auteur: Laurence Walch, Emilie Pellier, Weihua Leng, Goran Lakisic, Alexis Gautreau, Vincent Contremoulins, Jean-Marc Verbavatz, Catherine Jackson
article: Scientific Reports, 2018, 8, pp.17121. ⟨10.1038/s41598-018-35190-0⟩
identifiant: hal-02266357
DOI: DOI : 10.1038/s41598-018-35190-0
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titre: The trimeric coiled‐coil HSBP 1 protein promotes WASH complex assembly at centrosomes
auteur: Sai Visweshwaran, Peter Thomason, Raphaël Guérois, Sophie Vacher, Evgeny V Denisov, Lubov Tashireva, Maria Lomakina, Christine Lazennec‐schurdevin, Goran Lakisic, Sergio Lilla, Nicolas Molinie, Veronique Henriot, Yves Mechulam, Antonina Alexandrova, Nadezhda Cherdyntseva, Ivan Bièche, Emmanuelle Schmitt, Robert Insall, Alexis Gautreau
article: EMBO Journal, 2018, 37 (13), pp.e97706. ⟨10.15252/embj.201797706⟩
identifiant: hal-02266358
DOI: DOI : 10.15252/embj.201797706
pubmedId: : 29844016
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Book sections

titre: Contribution of the Yeast Saccharomyces cerevisiae Model to Understand the Mechanisms of Selenium Toxicity
auteur: Myriam Lazard, Marc Dauplais, Pierre Plateau
article: Molecular and Integrative Toxicology, 16, Springer International Publishing, pp.71-87, 2018, Selenium, 978-3-319-95389-2. ⟨10.1007/978-3-319-95390-8_4⟩
identifiant: hal-01975692
DOI: DOI : 10.1007/978-3-319-95390-8_4
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titre: Directional Collective Migration in Wound Healing Assays
auteur: Nicolas Molinie, Alexis Gautreau
article: Humana Press. Methods in Molecular Biology, 1749, Springer Science+Business Media, pp.11-19, 2018, Cell Migration, 978-1-4939-7700-0. ⟨10.1007/978-1-4939-7701-7_2⟩
identifiant: hal-01974114
DOI: DOI : 10.1007/978-1-4939-7701-7_2
pubmedId: : 29525986
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titre: Random Migration Assays of Mammalian Cells and Quantitative Analyses of Single Cell Trajectories
auteur: Irene Dang, Alexis Gautreau
article: Methods in Molecular Biology, 1749, Humana Press, pp.1-9, 2018, Cell Migration, 978-1-4939-7700-0. ⟨10.1007/978-1-4939-7701-7_1⟩
identifiant: hal-01969520
DOI: DOI : 10.1007/978-1-4939-7701-7_1
pubmedId: : 29525985
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2017

Journal articles

titre: Trm112, a Protein Activator of Methyltransferases Modifying Actors of the Eukaryotic Translational Apparatus
auteur: Gabrielle Bourgeois, Juliette Létoquart, Nhan van Tran, Marc Graille
article: Biomolecules, 2017, 7 (4), pp.7. ⟨10.3390/biom7010007⟩
identifiant: hal-01948152
DOI: DOI : 10.3390/biom7010007
pubmedId: : 28134793
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titre: Computational design of fully overlapping coding schemes for protein pairs and triplets
auteur: Vaitea Opuu, Martin Silvert, Thomas Simonson
article: Scientific Reports, 2017, 7 (1), ⟨10.1038/s41598-017-16221-8⟩
identifiant: hal-01961705
DOI: DOI : 10.1038/s41598-017-16221-8
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titre: A unique surface on Pat1 C-terminal domain directly interacts with Dcp2 decapping enzyme and Xrn1 5′–3′ mRNA exonuclease in yeast
auteur: Clément Charenton, Claudine Gaudon-Plesse, Zaineb Fourati, Valério Taverniti, Régis Back, Olga Kolesnikova, Bertrand Séraphin, Marc Graille
article: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2017, 114 (45), pp.E9493-E9501. ⟨10.1073/pnas.1711680114⟩
identifiant: hal-01953029
DOI: DOI : 10.1073/pnas.1711680114
pubmedId: : 29078363
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titre: Simple models for nonpolar solvation: Parameterization and testing
auteur: Eleni Michael, Savvas Polydorides, Thomas Simonson, Georgios Archontis
article: Journal of Computational Chemistry, 2017, 38 (29), pp.2509-2519. ⟨10.1002/jcc.24910⟩
identifiant: hal-01955056
DOI: DOI : 10.1002/jcc.24910
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titre: On the Relation between Chemical Oscillations and Self-Replication
auteur: Erwan Bigan, Pierre Plateau
article: Artificial Life, 2017, 23 (4), pp.453-480. ⟨10.1162/ARTL_a_00241⟩
identifiant: hal-01948090
DOI: DOI : 10.1162/ARTL_a_00241
pubmedId: : 28985117
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titre: Comparing pairwise-additive and many-body generalized Born models for acid/base calculations and protein design
auteur: Francesco Villa, David Mignon, Savvas Polydorides, Thomas Simonson
article: Journal of Computational Chemistry, 2017, 38 (28), pp.2396-2410. ⟨10.1002/jcc.24898⟩
identifiant: hal-01964492
DOI: DOI : 10.1002/jcc.24898
pubmedId: : 28749575
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titre: Full Protein Sequence Redesign with an MMGBSA Energy Function
auteur: Thomas Gaillard, Thomas Simonson
article: Journal of Chemical Theory and Computation, 2017, 13 (10), pp.4932-4943. ⟨10.1021/acs.jctc.7b00202⟩
identifiant: hal-01954913
DOI: DOI : 10.1021/acs.jctc.7b00202
pubmedId: : 28886244
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titre: A Simple PB/LIE Free Energy Function Accurately Predicts the Peptide Binding Specificity of the Tiam1 PDZ Domain
auteur: Nicolas Panel, Young Joo Sun, Ernesto Fuentes, Thomas Simonson
article: Frontiers in Molecular Biosciences, 2017, 4, ⟨10.3389/fmolb.2017.00065⟩
identifiant: hal-01961715
DOI: DOI : 10.3389/fmolb.2017.00065
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titre: Recent advances in the mechanism of selenoamino acids toxicity in eukaryotic cells
auteur: Myriam Lazard, Marc Dauplais, Sylvain Blanquet, Pierre Plateau
article: Biomolecular concepts, 2017, 8 (2), pp.93-104. ⟨10.1515/bmc-2017-0007⟩
identifiant: hal-01955807
DOI: DOI : 10.1515/bmc-2017-0007
pubmedId: : 28574376
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titre: The structure of an E. coli tRNA f Met A 1-U 72 variant shows an unusual conformation of the A 1-U 72 base pair
auteur: Auriane Monestier, Alexey Aleksandrov, Pierre-Damien Coureux, Michel Panvert, Yves Mechulam, Emmanuelle Schmitt
article: RNA, 2017, 23 (5), pp.673-682. ⟨10.1261/rna.057877.116⟩
identifiant: hal-01961641
DOI: DOI : 10.1261/rna.057877.116
pubmedId: : 28143889
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titre: Computational Design of the Tiam1 PDZ Domain and Its Ligand Binding
auteur: David Mignon, Nicolas Panel, Xingyu Chen, Ernesto Fuentes, Thomas Simonson
article: Journal of Chemical Theory and Computation, 2017, 13 (5), pp.2271-2289. ⟨10.1021/acs.jctc.6b01255⟩
identifiant: hal-01961585
DOI: DOI : 10.1021/acs.jctc.6b01255
pubmedId: : 28394603
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titre: The Arp2/3 inhibitory protein Arpin is dispensable for chemotaxis
auteur: Irene Dang, Joern Linkner, Jun Yan, Daniel Irimia, Jan Faix, Alexis Gautreau
article: Biology of the Cell, 2017, 109 (4), pp.162-166. ⟨10.1111/boc.201600064⟩
identifiant: hal-01955789
DOI: DOI : 10.1111/boc.201600064
pubmedId: : 28186323
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titre: Exposure to selenomethionine causes selenocysteine misincorporation and protein aggregation in Saccharomyces cerevisiae.
auteur: Pierre Plateau, Cosmin Saveanu, Roxane Lestini, Marc Dauplais, Laurence Decourty, Alain Jacquier, Sylvain Blanquet, Myriam Lazard
article: Scientific Reports, 2017, 7, pp.44761. ⟨10.1038/srep44761⟩
identifiant: pasteur-01496769
DOI: DOI : 10.1038/srep44761
pubmedId: : 28303947
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titre: DNA binding specificities of Escherichia coli Cas1–Cas2 integrase drive its recruitment at the CRISPR locus
auteur: Clara Moch, Michel Fromant, Sylvain Blanquet, Pierre Plateau
article: Nucleic Acids Research, 2017, 45 (5), pp.2714-2723. ⟨10.1093/nar/gkw1309⟩
identifiant: hal-01961608
DOI: DOI : 10.1093/nar/gkw1309
pubmedId: : 28034956
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titre: Equivalence of M- and P-Summation in Calculations of Ionic Solvation Free Energies
auteur: Thomas Simonson, Gerhard Hummer, Benoît Roux
article: Journal of Physical Chemistry A, 2017, 121 (7), pp.1525-1530. ⟨10.1021/acs.jpca.6b12691⟩
identifiant: hal-01964473
DOI: DOI : 10.1021/acs.jpca.6b12691
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titre: Structural Basis of Arp2/3 Complex Inhibition by GMF, Coronin, and Arpin
auteur: Olga Sokolova, Angelina Chemeris, Siyang Guo, Salvatore L Alioto, Meghal Gandhi, Shae Padrick, Evgeniya Pechnikova, Violaine David, Alexis Gautreau, Bruce Goode
article: Journal of Molecular Biology, 2017, 429 (2), pp.237-248. ⟨10.1016/j.jmb.2016.11.030⟩
identifiant: hal-01964479
DOI: DOI : 10.1016/j.jmb.2016.11.030
pubmedId: : 27939292
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titre: Probing the stereospecificity of tyrosyl- and glutaminyl-tRNA synthetase with molecular dynamics
auteur: Karen Druart, Maeva Le Guennec, Zoltan Palmai, Thomas Simonson
article: Journal of Molecular Graphics and Modelling, 2017, 71, pp.192-199. ⟨10.1016/j.jmgm.2016.11.007⟩
identifiant: hal-01954902
DOI: DOI : 10.1016/j.jmgm.2016.11.007
pubmedId: : 27939931
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titre: Gradients of Rac1 Nanoclusters Support Spatial Patterns of Rac1 Signaling
auteur: Amanda Remorino, Simon de Beco, Fanny Cayrac, Fahima Di Federico, Gaetan Cornilleau, Alexis Gautreau, Maria Carla Parrini, Jean-Baptiste Masson, Maxime Dahan, Mathieu Coppey
article: Cell Reports, 2017, 21 (7), pp.1922-1935. ⟨10.1016/j.celrep.2017.10.069⟩
identifiant: hal-01637091
DOI: DOI : 10.1016/j.celrep.2017.10.069
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titre: β1 integrin dependent Rac/group I PAK signaling mediates YAP activation of Yes associated protein 1 (YAP1) via NF2/merlin.
auteur: Hiba Sabra, Molly Brunner, Vinay Mandati, Bernhard Wehrle-Haller, Dominique Lallemand, Anne-Sophie Ribba, Genevieve Chevalier, Philippe Guardiola, Marc R. Block, Daniel Bouvard
article: Journal of Biological Chemistry, 2017, ⟨10.1074/jbc.M117.808063⟩
identifiant: hal-01612087
DOI: DOI : 10.1074/jbc.M117.808063
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titre: Trm112, a Protein Activator of Methyltransferases Modifying Actors of the Eukaryotic Translational Apparatus
auteur: Gabrielle Bourgeois, Juliette Létoquart, Nhan van Tran, Marc Graille
article: Biomolecules, 2017, 7 (1), pp.7. ⟨10.3390/biom7010007⟩
identifiant: hal-03295436
DOI: DOI : 10.3390/biom7010007
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titre: Activation mode of the eukaryotic m2G10 tRNA methyltransferase Trm11 by its partner protein Trm112
auteur: Gabrielle Bourgeois, Julien Marcoux, Jean-Michel Saliou, Sarah Cianférani, Marc Graille
article: Nucleic Acids Research, 2017, 45 (4), pp.1971-1982. ⟨10.1093/nar/gkw1271⟩
identifiant: hal-01953006
DOI: DOI : 10.1093/nar/gkw1271
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