Publications HAL de la structure 40427

2020

Journal articles

titre
A MORC-driven transcriptional switch controls Toxoplasma developmental trajectories and sexual commitment
auteur
Dayana Farhat, Christopher Swale, Céline Dard, Dominique Cannella, Philippe Ortet, Mohamed Barakat, Fabien Sindikubwabo, Lucid Belmudes, Pieter-Jan de Bock, Yohann Couté, Alexandre Bougdour, Mohamed-Ali Hakimi
article
Nature Microbiology, Nature Publishing Group, 2020, 5 (4), pp.570-583. ⟨10.1038/s41564-020-0674-4⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41564-020-0674-4
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titre
Who is eating fructose within the Aedes albopictus gut microbiota?
auteur
Morgane Guégan, Van van Tran, Edwige Martin, Guillaume Minard, Florence Hélène Tran, Benjamin Fel, Anne-Emmanuelle Hay, Laurent Simon, Mohamed Barakat, Patrick Potier, Feth El Zahar Haichar, Claire Valiente Moro
article
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, In press, ⟨10.1111/1462-2920.14915⟩
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.14915
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2019

Journal articles

titre
Light on the cell cycle of the non-photosynthetic bacterium $Ramlibacter\ tataouinensis$
auteur
Gilles de Luca, Sylvain Fochesato, Jérôme Lavergne, Katrina Forest, Mohamed Barakat, Philippe Ortet, Wafa Achouak, Thierry Heulin, André Verméglio
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2019, 9, pp.16505. ⟨10.1038/s41598-019-52927-7⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41598-019-52927-7
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titre
Complete Genome Sequences of Four Microbacterium Strains Isolated from Metal- and Radionuclide-Rich Soils
auteur
Philippe Ortet, Nicolas Gallois, Justine Long, Séverine Zirah, Catherine Berthomieu, Jean Armengaud, Béatrice Alpha-Bazin, Mohamed Barakat, Virginie Chapon
article
Microbiology Resource Announcements, American Society for Microbiology, 2019, 8 (42), ⟨10.1128/mra.00846-19⟩
DOI
DOI : 10.1128/mra.00846-19
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https://hal-cea.archives-ouvertes.fr/cea-02363446/file/Microbiology%20Resource%20Announcements-2019-Ortet-e00846-19.full%20%281%29.pdf BibTex
titre
Metataxonomics of Tunisian phosphogypsum based on five bioinformatics pipelines: Insights for bioremediation
auteur
Houda Trifi, Afef Najjari, Wafa Achouak, Mohamed Barakat, Kais Ghedira, Faten Mrad, Mouldi Saidi, Haïtham Sghaier
article
Genomics, Elsevier, In press, ⟨10.1016/j.ygeno.2019.06.014⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.ygeno.2019.06.014
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titre
Electroautotrophy of Thioalkalivibrio nitratireducens
auteur
Mickaël Rimboud, Wafa Achouak
article
Bioelectrochemistry, Elsevier, 2019, 126, pp.48-55. ⟨10.1016/j.bioelechem.2018.11.001⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.bioelechem.2018.11.001
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titre
Plant hosts control microbial denitrification activity
auteur
Wafa Achouak, Danis Abrouk, Julien Guyonnet, Mohamed Barakat, Philippe Ortet, Laurent Simon, Catherine Lerondelle, Thierry Heulin, Feth El Zahar Haichar
article
FEMS Microbiology Ecology, Wiley-Blackwell, 2019, 95 (3), pp.fiz021. ⟨10.1093/femsec/fiz021⟩
DOI
DOI : 10.1093/femsec/fiz021
pubmedId
Pubmed icone : 30726948
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titre
Growth and heavy metals uptake by Vicia Faba in mining soil and tolerance of its symbiotic rhizobacteria
auteur
Aicha El Alaoui, Bechtaoui Noura, Benidire Loubna, Abdelhay El Gharmali, Wafa Achouak, Khalid Daoui, Imziln Boujamaa, Khalid Oufdou
article
Environment Protection Engineering, 2019, 45 (1), pp.83-96. ⟨10.5277/epe190107⟩
DOI
DOI : 10.5277/epe190107
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titre
Contribution of mesocosm testing to a single-step and exposure-driven environmental risk assessment of engineered nanomaterials
auteur
Melanie Auffan, Armand Masion, Catherine Mouneyrac, Camille de Garidel-Thoron, Christine Hendren, Alain Thiery, Catherine Santaella, Laure Giamberini, Jean-Yves Bottero, Mark Wiesner, Jérôme Rose
article
NanoImpact, Elsevier, 2019, 13, pp.66-69. ⟨10.1016/j.impact.2018.12.005⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.impact.2018.12.005
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titre
Electrode material properties for designing effective microbial electrosynthesis systems
auteur
Mohita Sharma, Yolanda Alvarez-Gallego, Wafa Achouak, Deepak Pant, Priyangshu Sarma, Xochitl Dominguez-Benetton
article
Journal of Materials Chemistry A, Royal Society of Chemistry, 2019, 7 (42), pp.24420-24436. ⟨10.1039/C9TA04886C⟩
DOI
DOI : 10.1039/C9TA04886C
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titre
Phytoavailability of silver at predicted environmental concentrations: does the initial ionic or nanoparticulate form matter?
auteur
C. Layet, C. Santaella, M. Auffan, C. Chevassus-Rosset, M. Montes, C. Levard, P. Ortet, M. Barakat, E. Doelsch
article
Environmental science‎.Nano, Royal Society of Chemistry, 2019, 6 (1), pp.127-135. ⟨10.1039/c8en00644j⟩
DOI
DOI : 10.1039/c8en00644j
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Book sections

titre
Stable Isotope Probing of Microbiota Structure and Function in the Plant Rhizosphere
auteur
Wafa Achouak, Feth El Zahar Haichar
article
Dumont M., Hernández García M. (eds). Stable Isotope Probing. Methods in Molecular Biology, Humana, pp.233-243, 2019, ⟨10.1007/978-1-4939-9721-3_18⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-1-4939-9721-3_18
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Poster communications

titre
Phytobeneficial Traits under the Control of Multiple Crosstalks' Belowground
auteur
Wafa Achouak, Arnaud Laveilhé, Sylvain Fochesato, Marie Bertrand-Huleux, Joris Tulumello, Mohamed Barakat, Thierry Heulin
article
18th International Congress on Molecular Plant-Microbe Interactions, Jul 2019, Glasgow, United Kingdom. 32 (10 (Supplement)), pp.60, 2019, Molecular Plant-Microbe Interactions, ISSN 0894-0282
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2018

Journal articles

titre
Proteomics data for characterizing $Microbacterium$ $oleivorans\ A9$, an uranium-tolerant actinobacterium isolated near the Chernobyl nuclear power plant
auteur
Nicolas Gallois, Laurie Piette, Philippe Ortet, Mohamed Barakat, Justine Long, Catherine Berthomieu, Jean Armengaud, Virginie Chapon, Béatrice Alpha-Bazin
article
Data in Brief, Elsevier, 2018, 21, pp.1125-1129. ⟨10.1016/j.dib.2018.10.136⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.dib.2018.10.136
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titre
Plant Nutrient Resource Use Strategies Shape Active Rhizosphere Microbiota Through Root Exudation
auteur
Julien Guyonnet, Martin Guillemet, Audrey Dubost, Laurent Simon, Philippe Ortet, Mohamed Barakat, Thierry Heulin, Wafa Achouak, Feth El Zahar Haichar
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2018, 9, pp.1-13. ⟨10.3389/fpls.2018.01662⟩
DOI
DOI : 10.3389/fpls.2018.01662
pubmedId
Pubmed icone : 30559748
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titre
Two new secreted proteases generate a casein-derived antimicrobial peptide in $Bacillus\ cereus$ food born isolate leading to bacterial competition in milk
auteur
Awatef Ouertani, Ines Chaabouni, Amor Mosbah, Justine Long, Mohamed Barakat, Pascal Mansuelle, Olfa Mghirbi, Afef Najjari, Hadda-Imene Ouzari, Ahmed Masmoudi, Marc Maresca, Philippe Ortet, Didier Gigmes, Kamel Mabrouk, Ameur Cherif
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2018, 9, pp.1148. ⟨10.3389/fmicb.2018.01148⟩
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2018.01148
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titre
Holobiont: a conceptual framework to explore the eco-evolutionary and functional implications of host-microbiota interactions in all ecosystems
auteur
Denis Faure, Jean-Christophe Simon, Thierry Heulin
article
New Phytologist, Wiley, 2018, 218 (4), pp.1321-1324. ⟨10.1111/nph.15199⟩
DOI
DOI : 10.1111/nph.15199
pubmedId
Pubmed icone : 29738088
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titre
Proteogenomic insights into uranium tolerance of a Chernobyl's $Microbacterium$ bacterial isolate
auteur
Nicolas Gallois, Béatrice Alpha-Bazin, Philippe Ortet, Mohamed Barakat, Laurie Piette, Justine Long, Catherine Berthomieu, Jean Armengaud, Virginie Chapon
article
Journal of Proteomics, Elsevier, 2018, 177, pp.148-157. ⟨10.1016/j.jprot.2017.11.021⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.jprot.2017.11.021
pubmedId
Pubmed icone : 29223802
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titre
Sequencing, De Novo Assembly, and Annotation of the Complete Genome of a New Thraustochytrid Species, Strain CCAP_4062/3
auteur
Khawla Seddiki, François Godart, Riccardo Aiese Cigliano, Walter Sanseverino, Mohamed Barakat, Philippe Ortet, Fabrice Rébeillé, Eric Maréchal, Olivier Cagnac, Alberto Amato
article
Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2018, 6 (11), pp.e01335-01317. ⟨10.1128/genomeA.01335-17⟩
DOI
DOI : 10.1128/genomeA.01335-17
pubmedId
Pubmed icone : 29545303
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titre
Quorum sensing improves current output with Acidithiobacillus ferrooxidans
auteur
Nicolas Chabert, Violaine Bonnefoy, Wafa Achouak
article
Microbial Biotechnology, Wiley, 2018, 11 (1), pp.136 - 140. ⟨10.1111/1751-7915.12797⟩
DOI
DOI : 10.1111/1751-7915.12797
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titre
Geometagenomics illuminates the impact of agriculture on the distribution and prevalence of plant viruses at the ecosystem scale
auteur
Pauline Bernardo, Tristan Charles-Dominique, Mohamed Barakat, Philippe Ortet, Emmanuel Fernandez, Denis Filloux, Penelope Hartnady, Tony Rebelo, Stephen Cousins, François Mesléard, Damien Cohez, Nicole Yavercovski, Arvind Varsani, Gordon Harkins, Michel Peterschmitt, Carolyn Malmstrom, Darren Martin, Philippe Roumagnac
article
ISME Journal, Nature Publishing Group, 2018, 12 (1), pp.173 - 184. ⟨10.1038/ismej.2017.155⟩
DOI
DOI : 10.1038/ismej.2017.155
pubmedId
Pubmed icone : 29053145
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https://hal-univ-avignon.archives-ouvertes.fr/hal-01790932/file/Hal%20article.pdf BibTex
titre
Bayesian selection of mixed covariates from a latent layer: application to hierarchical modeling of soil carbon dynamics
auteur
Rana Jreich, Christine Hatté, Éric Parent, Jérôme Balesdent
article
Journal de la Société Française de Statistique, Société Française de Statistique et Société Mathématique de France, 2018, 159 (2), pp.128-155
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titre
Diversifying anaerobic respiration strategies to compete in the rhizosphere
auteur
Solène Lecomte, Wafa Achouak, Danis Abrouk, Thierry Heulin, Xavier Nesme, Feth El Zahar Haichar
article
Frontiers in Environmental Science, Frontiers, 2018, 6, pp.139. ⟨10.3389/fenvs.2018.00139⟩
DOI
DOI : 10.3389/fenvs.2018.00139
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https://hal-cea.archives-ouvertes.fr/cea-01968930/file/2018_Lecomte_Frontiers_in_Environmental_Science.pdf BibTex
titre
In Vitro and in Silico Evidence of Phosphatase Diversity in the Biomineralizing Bacterium Ramlibacter tataouinensis
auteur
Fériel Skouri-Panet, Karim Benzerara, Julie Cosmidis, Céline Férard, Géraldine Caumes, Gilles de Luca, Thierry Heulin, Elodie Duprat
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2018, 8, pp.2592. ⟨10.3389/fmicb.2017.02592⟩
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2017.02592
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01696430/file/fmicb-08-02592.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
Modifications at K31 on the lateral surface of histone H4 contribute to genome structure and expression in apicomplexan parasites
auteur
Fabien Sindikubwabo, Shuai Ding, Tahir Hussain, Philippe Ortet, Mohamed Barakat, Sebastian Baumgarten, Dominique Cannella, Andrés Palencia, Alexandre Bougdour, Lucid Belmudes, Yohann Coute, Isabelle Tardieux, Cyrille Botté, Artur Scherf, Mohamed Hakimi
article
eLife, eLife Sciences Publication, 2017, 6, pii: e29391. ⟨10.7554/eLife.29391⟩
DOI
DOI : 10.7554/eLife.29391
pubmedId
Pubmed icone : 29101771
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02022719/file/elife-29391-v3.pdf BibTex
titre
Evidence that Soil Properties and Organic Coating Drive the Phytoavailability of Cerium Oxide Nanoparticles
auteur
Clement Layet, Mélanie Auffan, Catherine Santaella, Claire Chevassus-Rosset, Melanie Montes, Philippe Ortet, Mohamed Barakat, Blanche Collin, Samuel Legros, Matthieu N. Bravin, Bernard Angeletti, Isabelle Kieffer, Olivier Proux, Jean-Louis Hazemann, Emmanuel Doelsch
article
Environmental Science and Technology, American Chemical Society, 2017, 51 (17), pp.9756-9764. ⟨10.1021/acs.est.7b02397⟩
DOI
DOI : 10.1021/acs.est.7b02397
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titre
Different methods used to form oxygen reducing biocathodes lead to different biomass quantities, bacterial communities, and electrochemical kinetics
auteur
Mickaël Rimboud, Mohamed Barakat, Alain Bergel, Benjamin Erable
article
Bioelectrochemistry, Elsevier, 2017, 116, pp.24-32. ⟨10.1016/j.bioelechem.2017.03.001⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.bioelechem.2017.03.001
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titre
Effectiveness of the Plant Growth-Promoting Rhizobacterium Pantoea sp. BRM17 in Enhancing Brassica napus Growth in Phosphogypsum-Amended Soil
auteur
Houda Trifi, Issam Ben Salem, Naïma Kolsi Benzina, Amine Fourati, Maria Clara Costa, Wafa Achouak, Haïtham Sghaier, Mouldi Saidi
article
Pedosphere, Elsevier, 2017
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titre
Soil prokaryotic communities in Chernobyl waste disposal trench T22 are modulated by organic matter and radionuclide contamination
auteur
Nicolas Theodorakopoulos, Laureline Fevrier, Mohamed Barakat, Philippe Ortet, Richard Christen, Laurie Piette, Sviatoslav Levchuk, Karine Beaugelin-Seiller, Claire Sergeant, Catherine Berthomieu, Virginie Chapon
article
FEMS Microbiology Ecology, Wiley-Blackwell, 2017, 93 (8), ⟨10.1093/femsec/fix079⟩
DOI
DOI : 10.1093/femsec/fix079
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01680959/file/s1-ln267500681728519391-1939656818Hwf-1493670027IdV125966449726750068PDF_HI0001%20%281%29.pdf BibTex
titre
SERENADE : safer and ecodesign research and education applied to nanomaterial development, the new generation of materials safer by design
auteur
J Bottero, Jérôme Rose, C. de Garidel, A. Masion, Th. Deutsch, G. Brochard, M. Carrière, N. Gontard, Henri Wortham, T. Rabilloud, Bernard Salles, M. Dubosson, C Cathala, D. Boutry, Alexander Ereskovsky, C. Auplat, L. Charlet, T. Heulin, E Frejafon, S. Lanone
article
Environmental science‎.Nano, Royal Society of Chemistry, 2017, 4 (3), pp.526 - 538. ⟨10.1039/c6en00282j⟩
DOI
DOI : 10.1039/c6en00282j
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01456312/file/Bottero%20et_2017.pdf BibTex
titre
Single medium microbial fuel cell: Stainless steel and graphite electrode materials select bacterial communities resulting in opposite electrocatalytic activities
auteur
Benjamin Erable, N. Byrne, Luc Etcheverry, W. Achouak, Alain Bergel
article
International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2017, 42 (41), pp.26059-26067. ⟨10.1016/j.ijhydene.2017.08.178⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.ijhydene.2017.08.178
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01844497/file/Erable_20414_1.pdf BibTex
titre
Draft Genome Sequence of Microbacterium oleivorans Strain A9, a Bacterium Isolated from Chernobyl Radionuclide-Contaminated Soil
auteur
Philippe Ortet, Nicolas Gallois, Laurie Piette, Justine Long, Catherine Berthomieu, Jean Armengaud, Mohamed Barakat, Virginie Chapon
article
Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2017, 5 (14), pp.e00092-17. ⟨10.1128/genomeA.00092-17⟩
DOI
DOI : 10.1128/genomeA.00092-17
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01560969/file/Ortet-2017.pdf BibTex
titre
Nanoparticle Uptake in Plants: Gold Nanomaterial Localized in Roots of Arabidopsis thaliana by X-Ray Computed Nanotomography and Hyperspectral Imaging
auteur
Astrid Avellan, Fabienne Schwab, Armand Masion, Perrine Chaurand, Daniel Borschneck, Vladimir Vidal, Jérôme Rose, Catherine Santaella, Clement Levard
article
Environmental Science & Technology, American Chemical Society, 2017, 51, pp.8692-8691. ⟨10.1021/acs.est.7b01133⟩
DOI
DOI : 10.1021/acs.est.7b01133
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01566237/file/Avellan2017_preprint.pdf BibTex
titre
Pearl Millet Genetic Traits Shape Rhizobacterial Diversity and Modulate Rhizosphere Aggregation
auteur
Papa Ndour, Mariama Gueye, Mohamed Barakat, Philippe Ortet, Marie Bertrand-Huleux, Anne-Laure Pablo, Damien Dezette, Lydie Chapuis-Lardy, Komi Assigbetsé, Ndjido Kane, Yves Vigouroux, Wafa Achouak, Ibrahima Ndoye, Thierry Heulin, Laurent Cournac
article
Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2017, 8, pp.1288. ⟨10.3389/fpls.2017.01288⟩
DOI
DOI : 10.3389/fpls.2017.01288
pubmedId
Pubmed icone : 28798755
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01770162/file/Ndour%20et%20al.pdf BibTex
titre
Polysaccharide coating on environmental collectors affects the affinity and deposition of nanoparticles
auteur
Yuliya Dzumedzey, Jerome Labille, Bernard Cathala, Celine Moreau, Catherine Santaella
article
NanoImpact, Elsevier, 2017, 5, pp.83-91. ⟨10.1016/j.impact.2016.12.004⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.impact.2016.12.004
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