Publications HAL de la structure ;553450;1043280;1061099;553451;1043278;1061100;553452;1043279;1061098;1153147;1153146;1153148

2019

Journal articles

titre
Human Proteome Project Mass Spectrometry Data Interpretation Guidelines 3.0
auteur
Eric W Deutsch, Lydie Lane, Christopher M Overall, Nuno Bandeira, Mark D. Baker, Charles Pineau, Robert L Moritz, Fernando Corrales, Sandra Orchard, Jennifer E van Eyk, Young-Ki Paik, Susan T Weintraub, Yves Vandenbrouck, Gilbert S Omenn
article
Journal of Proteome Research, 2019, 18 (12), pp.4108-4116. ⟨10.1021/acs.jproteome.9b00542⟩
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https://univ-rennes.hal.science/hal-02364721/file/Deutsch%20et%20al-2019-Human%20Proteome%20Project%20Mass%20Spectrometry%20Data%20Interpretation%20Guidelines%203.pdf BibTex
titre
Physical and functional interaction between SET1/COMPASS complex component CFP-1 and a Sin3S HDAC complex in C. elegans
auteur
Flore Beurton, Przemyslaw Stempor, Matthieu Caron, Alex Appert, Yan Dong, Ron A-J Chen, David Cluet, Yohann Couté, Marion Herbette, Ni Huang, Hélène Polvèche, Martin Spichty, Cécile Bedet, Julie Ahringer, Francesca Palladino
article
Nucleic Acids Research, 2019, 47 (21), pp.11164-11180. ⟨10.1093/nar/gkz880⟩
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https://hal.science/hal-02375443/file/436147v1.full%20%281%29.pdf BibTex
titre
Comprehensive and comparative exploration of the Atp7b(-/-) mouse plasma proteome
auteur
Maud Lacombe, Michel Jaquinod, Lucid Belmudes, Yohann Couté, Claire Ramus, Florence Combes, Thomas Burger, Elisabeth Mintz, Justine Barthelon, Vincent Leroy, Aurélia Poujois, Alain Lachaux, France Woimant, Virginie Brun
article
Metallomics, 2019, 12 (2), pp.249-258. ⟨10.1039/c9mt00225a⟩
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https://hal.science/hal-02465747/file/Lacombe%20et%20al_Revised-lastpreprint-nolayout.pdf BibTex
titre
Physical and functional interaction between SET1/COMPASS complex component CFP-1 and a Sin3S HDAC complex in C. elegans
auteur
Flore Beurton, Przemyslaw Stempor, Matthieu Caron, Alex Appert, Yan Dong, Ron A-J Chen, David Cluet, Yohann Couté, Marion Herbette, Ni Huang, Hélène Polveche, Martin Spichty, Cécile Bedet, Julie Ahringer, Francesca Palladino
article
Nucleic Acids Research, 2019, 47 (21), pp.11164-11180. ⟨10.1093/nar/gkz880⟩
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Polarization Induced Electro-Functionalization of Pore Walls: A Contactless Technology
auteur
Aurelie Bouchet-Spinelli, Emeline Descamps, Jie Liu, Abdulghani Ismail, Pascale Pham, François Chatelain, Thierry Leichle, Loic Leroy, Patrice Noël Marche, Camille Raillon, André Roget, Yoann Roupioz, Neso Sojic, Arnaud Buhot, Vincent Haguet, Thierry Livache, Pascal Mailley
article
Biosensors, 2019, 9 (4), pp.E121. ⟨10.3390/bios9040121⟩
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https://laas.hal.science/hal-02382079/file/biosensors-09-00121-v4.pdf BibTex
titre
Dissecting the Shared and Context-Dependent Pathways Mediated by the p140Cap Adaptor Protein in Cancer and in Neurons
auteur
Jennifer Chapelle, Oksana Sorokina, Colin Mclean, Vincenzo Salemme, Annalisa Alfieri, Costanza Angelini, Alessandro Morellato, Annie Adrait, Elisabetta Menna, Michela Matteoli, Yohann Couté, Ugo Ala, Emilia Turco, Paola Defilippi, J. Douglas Armstrong
article
Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2019, 7, ⟨10.3389/fcell.2019.00222⟩
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titre
Rotator Cuff Tenocytes Differentiate into Hypertrophic Chondrocyte-Like Cells to Produce Calcium Deposits in an Alkaline Phosphatase-Dependent Manner
auteur
Christelle Darrieutort-Laffite, Paul Arnolfo, Thomas Garraud, Annie Adrait, Yohann Couté, Guy Louarn, Valérie Trichet, Pierre Layrolle, Benoit Le Goff, Fréderic Blanchard
article
Journal of Clinical Medicine, 2019, 8 (10), pp.1544. ⟨10.3390/jcm8101544⟩
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titre
Chimeric Protein–Protein Interface Inhibitors Allow Efficient Inhibition of Type III Secretion Machinery and Pseudomonas aeruginosa Virulence
auteur
Tuan-Dung Ngo, Sophie Plé, Aline Thomas, Caroline Barette, Antoine Fortuné, Younes Bouzidi, Marie-Odile Fauvarque, Rossimiriam Pereira de Freitas, Flaviane Francisco Hilário, Ina Attree, Yung-Sing Wong, Eric Faudry
article
ACS Infectious Diseases, 2019, 5 (11), pp.1843-1854. ⟨10.1021/acsinfecdis.9b00154⟩
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https://hal.science/hal-02318760/file/NgoACSInfectDisease2019-HALversion%20%281%29.pdf BibTex
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Identification of the Arabidopsis calmodulin-dependent NAD+ kinase that sustains the elicitor-induced oxidative burst
auteur
Elisa Dell'Aglio, Cécile Giustini, Alexandra Kraut, Yohann Couté, Alex Costa, Guillaume Decros, Yves Gibon, Christian Mazars, Michel Matringe, Giovanni Finazzi, Gilles Curien
article
Plant Physiology, 2019, 181 (4), pp.1449-1458. ⟨10.1104/pp.19.00912⟩
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https://hal.science/hal-02361156/file/Dell%27aglio_2019_Plant_Physiology.pdf BibTex
titre
Signaling Pathways, Chemical and Biological Modulators of Nucleotide Excision Repair: The Faithful Shield against UV Genotoxicity
auteur
F. Kobaisi, N. Fayyad, H. Rezvani, M. Fayyad-Kazan, E. Sulpice, B. Badran, H. Fayyad-Kazan, X. Gidrol, Walid Rachidi
article
Oxidative Medicine and Cellular Longevity, 2019, 2019, pp.1-18. ⟨10.1155/2019/4654206⟩
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High-Content Screening Identifies New Inhibitors of Connexin 43 Gap Junctions
auteur
Christèle Picoli, Emmanuelle Soleilhac, Agnès Journet, Caroline Barette, Marjorie Comte, Christian Giaume, Franck Mouthon, Marie-Odile Fauvarque, Mathieu Charvériat
article
ASSAY and Drug Development Technologies, 2019, 17 (5), pp.240-248. ⟨10.1089/adt.2019.927⟩
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Androgen receptor-modulatory microRNAs provide insight into therapy resistance and therapeutic targets in advanced prostate cancer
auteur
Claire Fletcher, Eric Sulpice, Stéphanie Combe, Akifumi Shibakawa, Damien Leach, Mark Hamilton, Stelios Chrysostomou, Adam Sharp, Jon Welti, Wei Yuan, Dafydd. Dart, Eleanor Knight, Jian Ning, Jeffrey Francis, Evangelia Kounatidou, Luke Gaughan, Amanda Swain, Shawn Lupold, Johann de Bono, Sean Mcguire, Xavier Gidrol, Charlotte Bevan
article
Oncogene, 2019, 38 (28), pp.5700-5724. ⟨10.1038/s41388-019-0823-5⟩
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Interactome of the yeast RNA polymerase III transcription machinery constitutes several chromatin modifiers and regulators of the genes transcribed by RNA polymerase II
auteur
Pratibha Bhalla, Dipti Vinayak Vernekar, Benoit Gilquin, Yohann Couté, Purnima Bhargava
article
Gene, 2019, 702, pp.205-214. ⟨10.1016/j.gene.2018.12.037⟩
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USP1 links platinum resistance to cancer cell dissemination by regulating Snail stability
auteur
Maura Sonego, Ilenia Pellarin, Alice Costa, Gian Luca Rampioni Vinciguerra, Michela Coan, Alexandra Kraut, Sara D’andrea, Alessandra Dall’acqua, Dan Cacsire Castillo-Tong, Daniela Califano, Simona Losito, Riccardo Spizzo, Yohann Couté, Andrea Vecchione, Barbara Belletti, Monica Schiappacassi, Gustavo Baldassarre
article
Science Advances , 2019, 5 (5), pp.eaav3235. ⟨10.1126/sciadv.aav3235⟩
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Cyclins B1, T1, and H differ in their molecular mode of interaction with cytomegalovirus protein kinase pUL97
auteur
Mirjam Steingruber, Lena Keller, Eileen Socher, Sabrina Ferré, Anne-Marie Hesse, Yohann Couté, Friedrich Hahn, Nicole Büscher, Bodo Plachter, Heinrich Sticht, Manfred Marschall
article
Journal of Biological Chemistry, 2019, 294 (15), pp.6188-6203. ⟨10.1074/jbc.RA118.007049⟩
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BMP9 is a paracrine factor controlling liver sinusoidal endothelial cell fenestration and protecting from hepatic fibrosis
auteur
Agnès Desroches-Castan, Emmanuelle Tillet, Nicolas Ricard, Marie Ouarné, Christine Mallet, Lucid Belmudes, Yohann Couté, Olivier Boillot, Jean-Yves Scoazec, Sabine Bailly, Jean-Jacques Feige
article
Hepatology, 2019, ⟨10.1002/hep.30655⟩
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UAP56 associates with DRM2 and is localized to chromatin in Arabidopsis
auteur
Jacinthe Azevedo, Claire Picart, Laurent Dureau, Dominique Pontier, Sylvie Jaquinod-Kieffer, Mohamed-Ali Hakimi, Thierry Lagrange
article
FEBS Open Bio, 2019, 9 (5), pp.973-985. ⟨10.1002/2211-5463.12627⟩
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https://hal.science/hal-02326416/file/UAP56%20associates%20with%20DRM2%20and%20is%20localised%20to%20chromatin%20in%20Arabidopsis_Azevedo_Febsopen_0419.pdf BibTex
titre
Unravelling hidden components of the chloroplast envelope proteome: opportunities and limits of better MS sensitivity
auteur
Imen Bouchnak, Sabine Brugière, Lucas Moyet, Sophie Le Gall, Daniel Salvi, Marcel Kuntz, Marianne Tardif, Norbert Rolland
article
Molecular and Cellular Proteomics, 2019, 18 (7), mcp.RA118.000988. ⟨10.1074/mcp.RA118.000988⟩
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https://hal.science/hal-02151114/file/Bouchnak.pdf BibTex
titre
Insertion sequences drive the emergence of a highly adapted human pathogen
auteur
Erwin Sentausa, Pauline Basso, Alice Berry, Annie Adrait, Gwendoline Bellement, Stephen Lory, Sylvie Elsen, Yohann Coute, Ina Attree
article
Microbial Genomics, 2019, 6 (9), ⟨10.1099/mgen.0.000265⟩
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https://hal.science/hal-02301533/file/2019%20Sentausa%20et%20al.pdf BibTex
titre
Ribosomal Proteins Regulate MHC Class I Peptide Generation for Immunosurveillance
auteur
Jiajie Wei, Rigel Kishton, Matthew Angel, Crystal Conn, Nicole Dalla Venezia, Virginie Marcel, Anne Vincent, Frédéric Catez, Sabrina Ferré, Lilia Ayadi, Virginie Marchand, Devin Dersh, Louis M. Staudt, James Gibbs, Ivaylo Ivanov, Nathan Fridlyand, Yohann Coute, Jean-Jacques Diaz, Shu-Bing Qian, Nicholas P Restifo, Jonathan Yewdell
article
Molecular Cell, 2019, ⟨10.1016/j.molcel.2018.12.020⟩
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titre
Five simple yet essential steps to correctly estimate the rate of false differentially abundant proteins in mass spectrometry analyses
auteur
Samuel Wieczorek, Quentin Giai Gianetto, Thomas Burger
article
Journal of Proteomics, 2019, 207, pp.103441. ⟨10.1016/j.jprot.2019.103441⟩
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https://hal.science/hal-02267178/file/5tips-VF-accepted.pdf BibTex
titre
Building blocks for a European Organ-on-Chip roadmap
auteur
Christine L. Mummery, Peter Loskill, Dries Braeken, Wolfgang Eberle, Madalena Cipriano, Luis Fernandez, Mart Graef, Xavier X. Gidrol, Nathalie Picollet-d'Hahan, Berend van Meer, Ignacio Ochoa, Mieke Schutte, Massimo Mastrangeli, Sylvie Millet, The Orchid Partners, Janny van den Eijnden-van Raaij
article
Altex -Heidelberg-, 2019, 36 (4), pp.481-492. ⟨10.14573/altex.1905221⟩
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titre
Distinguishing between Spectral Clustering and Cluster Analysis of Mass Spectra
auteur
Hélène Borges, Romain Guibert, Olga Permiakova, Thomas Burger
article
Journal of Proteome Research, 2019, 18 (1), pp.571-573. ⟨10.1021/acs.jproteome.8b00516⟩
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https://hal.science/hal-02082928/file/LetterSpectralClusteringRevised2.pdf BibTex
titre
Pandoravirus Celtis Illustrates the Microevolution Processes at Work in the Giant Pandoraviridae Genomes
auteur
Matthieu Legendre, Jean-Marie Alempic, Nadège Philippe, Audrey Lartigue, Sandra Jeudy, Olivier Poirot, Ngan Thi Ta, Sébastien Nin, Yohann Couté, Chantal Abergel, Jean-Michel Claverie
article
Frontiers in Microbiology, 2019, 10, pp.430. ⟨10.3389/fmicb.2019.00430⟩
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https://hal.science/hal-02135607/file/Pandoravirus%20Celtis%20Illustrates%20the%20Microevolution%20Processes%20at%20Work%20in%20the%20Giant%20Pandoraviridae%20Genomes.pdf BibTex
titre
A Soluble Metabolon Synthesizes the Isoprenoid Lipid Ubiquinone
auteur
Mahmoud Hajj Chehade, Ludovic Pelosi, Cameron David Fyfe, Laurent Loiseau, Bérengère Rascalou, Sabine Brugière, Katayoun Kazemzadeh, Chau-Duy-Tam Vo, Lidia Ciccone, Laurent Aussel, Yohann Couté, Marc Fontecave, Frédéric Barras, Murielle Lombard, Fabien Pierrel
article
Cell Chemical Biology, 2019, 26 (4), pp.482-492.e7. ⟨10.1016/j.chembiol.2018.12.001⟩
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https://hal.science/hal-02071798/file/CELL-CHEMICAL-BIOLOGY-D-18-00418_v%20HAL.pdf BibTex
titre
Bioinformatics tools and workflow to select blood biomarkers for early cancer diagnosis: an application to pancreatic cancer
auteur
Yves Vandenbrouck, David Christiany, Florence Combes, Valentin Loux, Virginie Brun
article
Proteomics, 2019, 19 (21-22), pp.e1800489. ⟨10.1002/pmic.201800489⟩
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BibTex
titre
The architecture of lipid droplets in the diatom Phaeodactylum tricornutum
auteur
Josselin Lupette, Antoine Jaussaud, Khawla Seddiki, Christian Morabito, Sabine Brugière, Hubert Schaller, Marcel Kuntz, Jean-Luc Putaux, Pierre-Henri Jouneau, Fabrice Rébeillé, Denis Falconet, Yohann Coute, Juliette Jouhet, Marianne Tardif, Juliette Salvaing, Eric Marechal
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, 2019, 38, pp.101415. ⟨10.1016/j.algal.2019.101415⟩
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https://hal.science/hal-02021446/file/Lupette%20et%20al%20main%20text%20Algal%20Res%20Dec%202018%20revised.pdf BibTex
titre
Ruminococcin C, a promising antibiotic produced by a human gut symbiont
auteur
Steve Chiumento, Clarisse Roblin, Sylvie Kieffer-Jaquinod, Sybille Tachon, Chloé Leprêtre, Christian Basset, Dwi Aditiyarini, Hamza Olleik, Cendrine Nicoletti, Olivier Bornet, Olga Iranzo, Marc Maresca, Renaud Hardré, Michel Fons, Thierry Giardina, Estelle Devillard, Françoise Guerlesquin, Yohann Couté, Mohamed Atta, Josette Perrier, Mickael Lafond, Victor Duarte
article
Science Advances , 2019, 5 (9), pp.eaaw9969. ⟨10.1126/sciadv.aaw9969⟩
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https://hal.science/hal-02371747/file/aaw9969.pdf BibTex

Book sections

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Ultrasensitive Quantification of Recombinant Proteins Using AAA-MS
auteur
Mathilde Louwagie, Sylvie Kieffer-Jaquinod, Virginie Brun
article
Ultrasensitive Quantification of Recombinant Proteins Using AAA-MS, pp.1-10, 2019
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BibTex
titre
Designing an in silico strategy to select tissue-leakage biomarkers using the galaxy framework
auteur
Lien Nguyen, Virginie Brun, Florence Combes, Valentin Loux, Yves Vandenbrouck
article
Proteomics for biomarker discovery: Methods and protocols, 1959, pp.275-289, 2019, Methods in Molecular Biology book series (MIMB), ISBN: 978-1-4939-9164-8. ⟨10.1007/978-1-4939-9164-8_18⟩
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titre
Protein Biomarker Discovery in Non-depleted Serum by Spectral Library-Based Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry
auteur
Alexandra Kraut, Mathilde Louwagie, Christophe Bruley, Christophe D. Masselon, Yohann Couté, Virginie Brun, Anne-Marie Hesse
article
Methods in Molecular Biology, 1959, pp.129-150, 2019
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BibTex
titre
Protein-Level Statistical Analysis of Quantitative Label-Free Proteomics Data with ProStaR
auteur
Samuel Wieczorek, Florence Combes, Hélène Borges, Thomas Burger
article
Proteomics for Biomarker Discovery, pp.225-246, 2019, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-4939-9164-8_15⟩
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https://hal.science/hal-02284988/file/MiMB_Burger_FinalVersion2.pdf BibTex