Journal articles

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Generation of XPA p.Arg228T mutant LUMCi004-A cell line for modeling Xeroderma pigmentosum group A

auteur

Halida Widyastuti, Babet van der Vaart, Spyridon Pachis, Christian Freund, Xavier Gidrol, Karine Raymond

article

Stem Cell Research, 2024, 81, pp.103564. ⟨10.1016/j.scr.2024.103564⟩

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Generation and genetic repair of two human induced pluripotent stem cell lines from patients with Epidermolysis Bullosa simplex associated with a heterozygous mutation in the translation initiation codon of KLHL24

auteur

Spyridon Pachis, Veronika Ramovs, Christian Freund, Cristina Has, Karine Raymond

article

Stem Cell Research, 2024, 81, pp.103551. ⟨10.1016/j.scr.2024.103551⟩

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Generation and genetic repair of two human induced pluripotent stem cell lines from patients with Epidermolysis Bullosa simplex associated with a heterozygous mutation in the translation initiation codon of KLHL24

auteur

Spyridon Pachis, Veronika Ramovs, Christian Freund, Cristina Has, Karine Raymond

article

Stem Cell Research, 2024, 81, pp.103551. ⟨10.1016/j.scr.2024.103551⟩

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Synthetic rescue of Xeroderma Pigmentosum C phenotype via PIK3C3 downregulation

auteur

Farah Kobaisi, Eric Sulpice, Ali Nasrallah, Patricia Obeïd, Hussein Fayyad-Kazan, Walid Rachidi, Xavier Gidrol

article

Cell Death and Disease, 2024, 15 (11), pp.847. ⟨10.1038/s41419-024-07186-4⟩

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The α/β hydrolase domain-containing protein 1 (ABHD1) acts as a lysolipid lipase and is involved in lipid droplet formation

auteur

Ismael Torres-Romero, Bertrand Légeret, Marie Bertrand, Damien Sorigue, Alicia Damm, Stéphan Cuiné, Florian Veillet, Carla Blot, Sabine Brugière, Yohann Couté, Matthew Garneau, Hari Kotapati, Yi Xin, Jian Xu, Philip Bates, Abdou Thiam, Fred Beisson, Yonghua Li‐beisson

article

National Science Review, 2024, ⟨10.1093/nsr/nwae398⟩

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Incontinentia pigmenti underlies thymic dysplasia, autoantibodies to type I IFNs, and viral diseases

auteur

Jérémie Rosain, Tom Le Voyer, Xian Liu, Adrian Gervais, Laura Polivka, Axel Cederholm, Laureline Berteloot, Audrey V Parent, Alessandra Pescatore, Ezia Spinosa, Snezana Minic, Ana Elisa Kiszewski, Miyuki Tsumura, Chloé Thibault, Maria Esnaola Azcoiti, Jelena Martinovic, Quentin Philippot, Taushif Khan, Astrid Marchal, Bénédicte Charmeteau-de Muylder, Lucy Bizien, Caroline Deswarte, Lillia Hadjem, Marie-Odile Fauvarque, Karim Dorgham, Daniel Eriksson, Emilia Liana Falcone, Mathilde Puel, Sinem Ünal, Amyrath Geraldo, Corentin Le Floc’h, Hailun Li, Sylvie Rheault, Christine Muti, Claire Bobrie-Moyrand, Anne Welfringer-Morin, Ramsay L Fuleihan, Romain Lévy, Marie Roelens, Liwei Gao, Marie Materna, Silvia Pellegrini, Lorenzo Piemonti, Emilie Catherinot, Jean-Christophe Goffard, Arnaud Fekkar, Aissata Sacko-Sow, Camille Soudée, Soraya Boucherit, Anna-Lena Neehus, Cristina Has, Stefanie Hübner, Géraldine Blanchard-Rohner, Blanca Amador-Borrero, Takanori Utsumi, Maki Taniguchi, Hiroo Tani, Kazushi Izawa, Takahiro Yasumi, Sotaro Kanai, Mélanie Migaud, Mélodie Aubart, Nathalie Lambert, Guy Gorochov, Capucine Picard, Claire Soudais, Anne-Sophie L’honneur, Flore Rozenberg, Joshua D Milner, Shen-Ying Zhang, Pierre Vabres, Dusan Trpinac, Nico Marr, Nathalie Boddaert, Isabelle Desguerre, Manolis Pasparakis, Corey N Miller, Cláudia S Poziomczyk, Laurent Abel, Satoshi Okada, Emmanuelle Jouanguy, Rémi Cheynier, Qian Zhang, Aurélie Cobat, Vivien Béziat, Bertrand Boisson, Julie Steffann, Francesca Fusco, Matilde Valeria Ursini, Smail Hadj-Rabia, Christine Bodemer, Jacinta Bustamante, Hervé Luche, Anne Puel, Gilles Courtois, Paul Bastard, Nils Landegren, Mark S Anderson, Jean-Laurent Casanova

article

Journal of Experimental Medicine, 2024, 221 (11), ⟨10.1084/jem.20231152⟩

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Matrix design for optimal pancreatic β cells transplantation

auteur

Nikita Rajkumari, Ibrahim Shalayel, Emily Tubbs, Quentin Perrier, Clovis Chabert, Sandrine Lablanche, Pierre-Yves Benhamou, Capucine Arnol, Laetitia Gredy, Thibaut Divoux, Olivier Stephan, Abdelkader Zebda, Boudewijn van der Sanden

article

Biomaterials Advances, 2024, 164, pp.213980. ⟨10.1016/j.bioadv.2024.213980⟩

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The Circulating Proteome─Technological Developments, Current Challenges, and Future Trends

auteur

Philipp Geyer, Daniel Hornburg, Maria Pernemalm, Stefanie Hauck, Krishnan Palaniappan, Vincent Albrecht, Laura Dagley, Robert Moritz, Xiaobo Yu, Fredrik Edfors, Yves Vandenbrouck, Johannes Mueller-Reif, Zhi Sun, Virginie Brun, Sara Ahadi, Gilbert Omenn, Eric Deutsch, Jochen Schwenk

article

Journal of Proteome Research, 2024, Online ahead of print. ⟨10.1021/acs.jproteome.4c00586⟩

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Complex transcriptional regulations of a hyperparasitic quadripartite system in giant viruses infecting protists

auteur

Alexandra Bessenay, Hugo Bisio, Lucid Belmudes, Yohann Couté, Lionel Bertaux, Jean-Michel Claverie, Chantal Abergel, Sandra Jeudy, Matthieu Legendre

article

Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.8608. ⟨10.1038/s41467-024-52906-1⟩

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Stable GDP-tubulin islands rescue dynamic microtubules

auteur

Nassiba Bagdadi, Juliette Wu, Julie Delaroche, Laurence Serre, Christian Delphin, Manon de Andrade, Marion Carcel, Homaira Nawabi, Benoît Pinson, Claire Vérin, Yohann Couté, Sylvie Gory-Fauré, Annie Andrieux, Virginie Stoppin-Mellet, Isabelle Arnal

article

Journal of Cell Biology, 2024, 223 (8), pp.e202307074. ⟨10.1083/jcb.202307074⟩

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Proteomic Methods to Study Autophagy in Skin Exposed to Pollutants

auteur

Mohammad Fayyad-Kazan, Sandrine Bourgoin-Voillard, Walid Rachidi, Michel Seve

article

MethodsMol Biol, 2024, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/7651_2024_555⟩

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Comparative transcriptomics reveal a novel tardigrade specific DNA binding protein induced in response to ionizing radiation

auteur

M. Anoud, Emmanuelle Delagoutte, Quentin Helleu, A. Brion, Evelyne Duvernois-Berthet, M. As, X. Marques, K. Lamribet, C. Senamaud, L. Jourdren, A. Adrait, S. Heinrich, G. Toutirais, S. Hamlaoui, G. Gropplero, I. Giovannini, L. Ponger, M. Gèze, C. Blugeon, Y. Coute, R. Guidetti, L Rebecchi, C. Giovannangeli, A. de Cian, J-P. Concordet

article

eLife, 2024, 13 (RP92621), ⟨10.7554/eLife.92621⟩

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Patient-derived tumor organoids: a new avenue for preclinical research and precision medicine in oncology

auteur

Lucie Thorel, Marion Perréard, Romane Florent, Jordane Divoux, Sophia Coffy, Audrey Vincent, Cédric Gaggioli, Géraldine Guasch, Xavier Gidrol, Louis-Bastien Weiswald, Laurent Poulain

article

Experimental & Molecular Medicine, 2024, 56 (7), pp.1531-1551. ⟨10.1038/s12276-024-01272-5⟩

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A Hybrid Orbitrap‐Nanoelectromechanical Systems Approach for the Analysis of Individual, Intact Proteins in Real Time

auteur

Adam Neumann, Eric Sage, Dmitri Boll, Maria Reinhardt-Szyba, Warren Fon, Christophe Masselon, Sébastien Hentz, John Sader, Alexander Makarov, Michael Roukes

article

Angewandte Chemie International Edition, 2024, 63 (33), ⟨10.1002/anie.202317064⟩

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Good Manufacturing Practice–compliant human induced pluripotent stem cells: from bench to putative clinical products

auteur

Juan Novoa, Inge Westra, Esther Steeneveld, Natascha Fonseca Neves, Christiaan Arendzen, Bahareh Rajaei, Esmée Grundeken, Mehmet Yildiz, Wouter van der Valk, Alison Salvador, Françoise Carlotti, Pascale Dijkers, Heiko Locher, Cathelijne van den Berg, Karine Raymond, Agnete Kirkeby, Christine Mummery, Ton Rabelink, Christian Freund, Pauline Meij, Brigitte Wieles

article

Cytotherapy, 2024, 26 (6), pp.556-566. ⟨10.1016/j.jcyt.2024.02.021⟩

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Plasma ALS and Gal-3BP differentiate early from advanced liver fibrosis in MASLD patients

auteur

David Pérez Compte, Lucas Etourneau, Anne-Marie Hesse, Alexandra Kraut, Justine Barthelon, Nathalie Sturm, Hélène Borges, Salomé Biennier, Marie Courçon, Marc de Saint Loup, Victoria Mignot, Charlotte Costentin, Thomas Burger, Yohann Couté, Christophe Bruley, Thomas Decaens, Michel Jaquinod, Jérôme Boursier, Virginie Brun

article

Biomarker Research, 2024, 12 (1), pp.44. ⟨10.1186/s40364-024-00583-z⟩

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Multimode fiber-coupled VIPA spectrometer for high-throughput Brillouin imaging of biological samples

auteur

Pierre Bouvet, Flora Clément, Anastasia Papoz, Thomas Dehoux, Jean-Charles Baritaux

article

Journal of Physics: Photonics, 2024, 6 (2), pp.025010. ⟨10.1088/2515-7647/ad378c⟩

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Large-scale phosphoproteomics reveals activation of the MAPK/GADD45β/P38 axis and cell cycle inhibition in response to BMP9 and BMP10 stimulation in endothelial cells

auteur

Mohammad Al Tarrass, Lucid Belmudes, Dzenis Koça, Valentin Azemard, Hequn Liu, Tala Al Tabosh, Delphine Ciais, Agnès Desroches-Castan, Christophe Battail, Yohann Couté, Claire Bouvard, Sabine Bailly

article

Cell Communication and Signaling, 2024, 22 (1), pp.158. ⟨10.1186/s12964-024-01486-0⟩

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titre

A microfluidic platform integrating functional vascularized organoids-on-chip

auteur

Clément Quintard, Emily Tubbs, Gustav Jonsson, Jie Jiao, Jun Wang, Nicolas Werschler, Camille Laporte, Amandine Pitaval, Thierno-Sidy Bah, Gideon Pomeranz, Caroline Bissardon, Joris Kaal, Alexandra Leopoldi, David Long, Pierre Blandin, Jean-Luc Achard, Christophe Battail, Astrid Hagelkruys, Fabrice Navarro, Yves Fouillet, Josef Penninger, Xavier Gidrol

article

Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.1452. ⟨10.1038/s41467-024-45710-4⟩

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Fudging the volcano-plot without dredging the data

auteur

Thomas Burger

article

Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.1392. ⟨10.1038/s41467-024-45834-7⟩

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Cellular neurobiology of hyperforin

auteur

Alexandre Bouron

article

Phytotherapy Research, 2024, 38 (2), pp.636-645. ⟨10.1002/ptr.8063⟩

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Cytoskeleton remodeling induced by SMYD2 methyltransferase drives breast cancer metastasis

auteur

Alexandre Casanova, Gael Roth, Simone Hausmann, Xiaoyin Lu, Ludivine Bischoff, Emilie Froeliger, Lucid Belmudes, Ekaterina Bourova-Flin, Natasha Flores, Ana Morales Benitez, Tourkian Chasan, Marcello Caporicci, Jessica Vayr, Sandrine Blanchet, Francesco Ielasi, Sophie Rousseaux, Pierre Hainaut, Or Gozani, Muriel Le Romancer, Yohann Couté, Andres Palencia, Pawel Mazur, Nicolas Reynoird

article

Cell Discovery, 2024, 10 (1), pp.12. ⟨10.1038/s41421-023-00644-x⟩

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Modeling nanoelectromechanical resonator signals for experimental mass measurements : a Total Variation formulation

auteur

T. Fortin, A. Reynaud, S. Jeudy, S-H. Lai, V. Çumaku, C. Abergel, S. Hentz, C. Masselon

article

IEEE Access, 2024, pp.1-1. ⟨10.1109/access.2024.3506155⟩

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Intricate ribosome composition and translational reprogramming in epithelial–mesenchymal transition

auteur

Chloé Morin, Agnès Baudin-Baillieu, Flora Nguyen van Long, Caroline Isaac, Laure Bidou, Hugo Arbes, Pauline François, Roxane M Pommier, Annie Adrait, Akari Saku, Stephanie Gran-Ruaz, Camélia Machkouri, Christophe Vanbelle, Romain Morichon, Mathieu Boissan, Frédéric Catez, Anthony Ferrari, Anne-Pierre Morel, Yohann Couté, Sophie Chat, Emmanuel Giudice, Reynald Gillet, Alain Puisieux, Caroline Moyret-Lalle, Jean-Jacques Diaz, Olivier Namy, V. Marcel

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2024, 121 (50), pp.e2408114121. ⟨10.1073/pnas.2408114121⟩

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titre

Detecting abnormal cell behaviors from dry mass time series

auteur

Romain Bailly, Marielle Malfante, Cédric Allier, Chiara Paviolo, Lamya Ghenim, Kiran Padmanabhan, Sabine Bardin, Jerome I. Mars

article

Scientific Reports, 2024, 14 (7053), ⟨10.1038/s41598-024-57684-w⟩

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Multimode fiber-coupled VIPA spectrometer for high-throughput Brillouin imaging of biological samples

auteur

Pierre Bouvet, Flora Clement, Anastasia Papoz, Thomas Dehoux, Jean-Charles Baritaux

article

Journal of Physics: Photonics, 2024, 6, pp.025010. ⟨10.1088/2515-7647/ad378c⟩

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Journal articles

titre

In vitro production of cat-restricted $Toxoplasma$ pre-sexual stages

auteur

Ana Vera Antunes, Martina Shahinas, Christopher Swale, Dayana Farhat, Chandra Ramakrishnan, Christophe Bruley, Dominique Cannella, Marie Robert, Charlotte Corrao, Yohann Couté, Adrian Hehl, Alexandre Bougdour, Isabelle Coppens, Mohamed-Ali Hakimi

article

Nature, 2023, 625 (7994), pp.366-376. ⟨10.1038/s41586-023-06821-y⟩

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titre

Ontogenesis of the Mouse Ocular Surface Lymphatic Vascular Network

auteur

Mariela Subileau, Daniel Vittet

article

Investigative Ophthalmology & Visual Science, 2023, 64 (15), pp.7. ⟨10.1167/iovs.64.15.7⟩

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titre

Pour une bonne compréhension et un bon usage du terme « organoïdes »

auteur

Hervé Chneiweiss, Anne Dubart-Kupperschmitt, Jean-Charles Duclos-Vallée, Bruno Clément, Vincent Flacher, Jean-Luc Galzi, Xavier Gidrol, Olivier Goureau, Géraldine Guasch, Jacques Haiech, Christine Lemaitre, Maxime Mahé, Sophie Martin, Laurent Poulain, Corinne Sebastiani, Nathalie Vergnolle, Frank Yates

article

Médecine/Sciences, 2023, 39 (11), pp.876-878. ⟨10.1051/medsci/2023155⟩

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Histological features of liver disease development in the Atp7b −/− mouse: a model of Wilson’s disease

auteur

Pierre-Marie Lavrut, Olivier Guillaud, Jérôme Dumortier, Elisabeth Mintz, Virginie Brun, Sophie Heissat, Eduardo Couchonnal Bedoya, Alain Lachaux, Muriel Bost, Valerie Hervieu

article

Journal of Clinical Pathology, 2023, jcp-2023-209190. ⟨10.1136/jcp-2023-209190⟩

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titre

SIN-3 acts in distinct complexes to regulate the germline transcriptional program in Caenorhabditis elegans

auteur

Valerie Robert, Matthieu Caron, Loic Gely, Annie Adrait, Victoria Pakulska, Yohann Couté, Manon Chevalier, Christian Riedel, Cecile Bedet, Francesca Palladino

article

Development (Cambridge, England), 2023, 150 (21), ⟨10.1242/dev.201755⟩

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titre

Mpox virus infection and drug treatment modelled in human skin organoids

auteur

Pengfei Li, Spyridon Pachis, Guige Xu, Rick Schraauwen, Roberto Incitti, Annemarie de Vries, Marco Bruno, Maikel Peppelenbosch, Intikhab Alam, Karine Raymond, Qiuwei Pan

article

Nature Microbiology, 2023, 8 (11), pp.2067-2079. ⟨10.1038/s41564-023-01489-6⟩

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Deciphering evolutionary trajectories of lactate dehydrogenases provides new insights into allostery.

auteur

Adeline Robin, Céline Brochier-Armanet, Quentin Bertrand, Caroline Barette, Eric Girard, Dominique Madern

article

Molecular Biology and Evolution, 2023, msad223, ⟨10.1093/molbev/msad223⟩

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titre

Is a real-time quantifiable liquid biopsy achievable using a microfluidic lab-on-chip ?

auteur

Veronica Casali, Ingrid Clerc Guithon, Boudewijn van Der Sanden, Olivier Stephan, Laetitia Gredy, Isabelle Vilgrain, Donald Martin

article

The EuroBiotech Journal, 2023, 7 (4), pp.189-195. ⟨10.2478/ebtj-2023-0014⟩

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Is a real-time quantifiable liquid biopsy achievable using a microfluidic lab-on-chip ?

auteur

Veronica Casali, Ingrid Clerc Guithon, Boudewijn van Der Sanden, Olivier Stephan, Laetitia Gredy, Isabelle Vilgrain, Donald Martin

article

The EuroBiotech Journal, 2023, 7 (4), pp.189-195. ⟨10.2478/ebtj-2023-0014⟩

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Photobiomodulation promotes the functionality and viability of human pancreatic islets in basal conditions and under cytokine stress conditions

auteur

Quentin Perrier, Emily Tubbs, Pierre-Yves Benhamou, Cécile Moro, Sandrine Lablanche

article

American Journal of Transplantation, 2023, 190 (5), pp.177. ⟨10.1016/j.ajt.2023.10.014⟩

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Cell-type-specific control of secondary cell wall formation by Musashi-type translational regulators in Arabidopsis

auteur

Alicia Kairouani, Dominique Pontier, Claire Picart, Fabien Mounet, Yves Martinez, Lucie Le-Bot, Mathieu Fanuel, Philippe Hammann, Lucid Belmudes, Remy Merret, Jacinthe Azevedo, Marie-Christine Carpentier, Dominique Gagliardi, Yohann Couté, Richard Sibout, Natacha Bies-Etheve, Thierry Lagrange

article

eLife, 2023, 12, pp.RP88207. ⟨10.7554/eLife.88207⟩

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A Proteomics-Based Approach Identifies the NEDD4 Adaptor NDFIP2 as an Important Regulator of Ifitm3 Levels

auteur

Federico Marziali, Yuxin Song, Xuan-Nhi Nguyen, Lucid Belmudes, Julien Burlaud-Gaillard, Philippe Roingeard, Yohann Couté, Andrea Cimarelli

article

Viruses, 2023, 15 (10), pp.1993. ⟨10.3390/v15101993⟩

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titre

Compact and modular system architecture for a nano-resonator-mass spectrometer

auteur

Adrien Reynaud, Wioletta Trzpil, Louis Dartiguelongue, Vaitson Çumaku, Thomas Fortin, Marc Sansa, Sebastien Hentz, Christophe Masselon

article

Frontiers in Chemistry, 2023, 11, pp.1238674. ⟨10.3389/fchem.2023.1238674⟩

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Pulse-SILAC and interactomics reveal distinct DDB1-CUL4 associated factors (DCAFs), cellular functions, and protein substrates

auteur

Jennifer Raisch, Marie-Line Dubois, Marika Groleau, Dominique Lévesque, Thomas Burger, Carla-Marie Jurkovic, Romain Brailly, Gwendoline Marbach, Alyson Mckenna, Catherine Barrette, Pierre-Étienne Jacques, François-Michel Boisvert

article

Molecular and Cellular Proteomics, 2023, pp.100644. ⟨10.1016/j.mcpro.2023.100644⟩

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Fetal Muse-based therapy prevents lethal radio-induced gastrointestinal syndrome by intestinal regeneration

auteur

Honorine Dushime, Stéphanie Moreno, Christine Linard, Annie Adrait, Yohann Couté, Juliette Peltzer, Sébastien Messiaen, Claire Torres, Lydia Bensemmane, Daniel Lewandowski, Paul Henri Romeo, Vanessa Petit, Nathalie Gault

article

Stem Cell Research and Therapy, 2023, 14 (201), pp.1-22. ⟨10.1186/s13287-023-03425-1⟩

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Molecular Mechanisms of Endothelialitis in SARS-CoV-2 Infection: Evidence for VE-Cadherin Cleavage by ACE2

auteur

Laurence Bouillet, Alban Deroux, Meryem Benmarce, Chloé Guérin, Laura Bouvet, Olivia Garnier, Donald Martin, Isabelle Vilgrain

article

International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (15), pp.12525. ⟨10.3390/ijms241512525⟩

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titre

Single tyrosine mutation in VE-cadherin modulates gene lung expressions: evidence for FOXF1 mediated S1PR1 upregulation to stabilize vessels in mice

auteur

Olivia Garnier, Florian Jeanneret, Aude Durand, Arnold Fertin, Donald Martin, Sarah Berndt, Gilles Carpentier, Christophe Battail, Isabelle Vilgrain

article

BioRxiv, 2023, ⟨10.1101/2023.07.28.550978⟩

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titre

A Bayesian Implementation of Quality-by-Design for the Development of Cationic Nano-Lipid for siRNA Transfection

auteur

Thierry Bastogne, Lucie Hassler, Jonathan Bruniaux, Magalie Thomassin, Xavier Gidrol, Eric Sulpice, Fabrice Navarro

article

IEEE Transactions on NanoBioscience, 2023, 22 (3), pp.455-466. ⟨10.1109/TNB.2022.3213412⟩

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titre

Neuronal Store-Operated Calcium Channels

auteur

Alexandre Bouron

article

Molecular Neurobiology, 2023, 60, pp.4517-4546. ⟨10.1007/s12035-023-03352-5⟩

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titre

Controlling for false discoveries subsequently to large scale one‐way ANOVA testing in proteomics: Practical considerations

auteur

Thomas Burger

article

Proteomics, 2023, 2022, pp.00406. ⟨10.1002/pmic.202200406⟩

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The catalytic-dead Pcif1 regulates gene expression and fertility in Drosophila

auteur

Giulia Franco, Emmanuel Taillebourg, Elena Delfino, David Homolka, Nathalie Gueguen, Emilie Brasset, Radha Raman Pandey, Ramesh Pillai, Marie-Odile Fauvarque

article

RNA, 2023, 29 (5), pp.609-619. ⟨10.1261/rna.079192.122⟩

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titre

Neuronal Store-Operated Calcium Channels

auteur

Alexandre Bouron

article

Molecular Neurobiology, 2023, ⟨10.1007/s12035-023-03352-5⟩

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Role of the deubiquitinating enzyme UCH-L1 in mitochondrial function

auteur

Alexandre Bouron, Laurence Aubry, Desirée Loreth, Marie-Odile Fauvarque, Catherine Meyer-Schwesinger

article

Frontiers in Cellular Neuroscience, 2023, 17, ⟨10.3389/fncel.2023.1149954⟩

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Effect of Ultraviolet Radiation and Benzo[a]pyrene Co-Exposure on Skin Biology: Autophagy as a Potential Target

auteur

Mohammad Fayyad-Kazan, Farah Kobaisi, Ali Nasrallah, Patrick Matarrese, Richard Fitoussi, Sandrine Bourgoin-Voillard, Michel Seve, Walid Rachidi

article

International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (6), pp.5863. ⟨10.3390/ijms24065863⟩

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The AAA + ATPase ATAD3A Controls Mitochondrial Dynamics at the Interface of the Inner and Outer Membranes

auteur

Benoît Gilquin, Emmanuel Taillebourg, Nadia Cherradi, Arnaud Hubstenberger, Olivia Gay, Nicolas Merle, Nicole Assard, Marie-Odile Fauvarque, Shiho Tomohiro, Osamu Kuge, Jacques Baudier

article

Molecular and Cellular Biology, 2023, 30 (8), pp.1984-1996. ⟨10.1128/MCB.00007-10⟩

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titre

Detection of genes with differential expression dispersion unravels the role of autophagy in cancer progression

auteur

Christophe Le Priol, Chloé-Agathe Azencott, Xavier Gidrol

article

PLoS Computational Biology, 2023, 19 (3), pp.e1010342. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010342⟩

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Apoptosis-modulatory miR-361-3p as a novel treatment target in endocrine-responsive and endocrine-resistant breast cancer

auteur

J Zamarbide Losada, E Sulpice, S Combe, G Almeida, D Leach, J Choo, L Protopapa, M Hamilton, S Mcguire, X Gidrol, C Bevan, C Fletcher

article

Journal of Endocrinology, 2023, 256 (3), ⟨10.1530/JOE-22-0229⟩

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titre

Co-Transplantation of Barcoded Lymphoid-Primed Multipotent (LMPP) and Common Lymphocyte (CLP) Progenitors Reveals a Major Contribution of LMPP to the Lymphoid Lineage

auteur

Victoria Michaels, Smahane Chalabi, Agnes Legrand, Julie Renard, Emmanuel Tejerina, Marina Daouya, Sylvie Fabrega, Jérôme Megret, Robert Olaso, Anne Boland, Jean-François Deleuze, Christophe Battail, Diana Tronik-Le Roux, Sophie Ezine

article

International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (5), pp.4368. ⟨10.3390/ijms24054368⟩

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Inflammasome-independent NLRP3 function enforces ATM activity in response to genotoxic stress

auteur

Mélanie Bodnar-Wachtel, Anne-Laure Huber, Julie Gorry, Sabine Hacot, Delphine Burlet, Laetitia Gérossier, Baptiste Guey, Nadège Goutagny, Birke Bartosch, Elise Ballot, Julie Lecuelle, Caroline Truntzer, François Ghiringhelli, Bénédicte F Py, Yohann Couté, Annabelle Ballesta, Sylvie Lantuejoul, Janet Hall, Agnès Tissier, Virginie Petrilli

article

Life Science Alliance, 2023, 6 (4), pp.e202201494. ⟨10.26508/lsa.202201494⟩

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Dialogue between VE-Cadherin and Sphingosine 1 Phosphate Receptor1 (S1PR1) for Protecting Endothelial Functions

auteur

Olivia Garnier, Isabelle Vilgrain

article

International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (4), pp.4018. ⟨10.3390/ijms24044018⟩

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Membrane vesicles released by Lacticaseibacillus casei BL23 inhibit the biofilm formation of Salmonella Enteritidis

auteur

David da Silva Barreira, Julie Laurent, Jessica Lourenço, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Jean Guzzo, Aurélie Rieu

article

Scientific Reports, 2023, 13 (1), pp.1163. ⟨10.1038/s41598-023-27959-9⟩

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Immune-Mediated Rippling Muscle Disease Associated With Thymoma and Anti-MURC/Cavin-4 Autoantibodies

auteur

Juliette Svahn, Laurent Coudert, Nathalie Streichenberger, Alexandra Kraut, Alice Gravier-Dumonceau-Mazelier, Ludivine Rotard, Laurence Calemard-Michel, Rita Menassa, Elisabeth Errazuriz-Cerda, Lara Chalabreysse, Alexis Osseni, Christophe Vial, Laurentiu Jomir, François Tronc, Do Le Duy, Emilien Bernard, Vincent Gache, Yohann Couté, Vincent Jacquemond, Laurent Schaeffer, Pascal Leblanc

article

Neurology Neuroimmunology & Neuroinflammation, 2023, 10 (1), pp.e200068. ⟨10.1212/NXI.0000000000200068⟩

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Investigation of chemical composition and biological activities of $Ajuga\ pyramidalis$—isolation of iridoids and phenylethanoid glycosides

auteur

Anthonin Gori, Benjamin Boucherle, Aurélien Rey, Maxime Rome, Caroline Barette, Emmanuelle Soleilhac, Christian Philouze, Marie-Odile Fauvarque, Nicola Fuzzati, Marine Peuchmaur

article

Metabolites, 2023, 13, pp.128. ⟨10.3390/metabo13010128⟩

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Mechanistic and functional aspects of the Ruminococcin C sactipeptide isoforms

auteur

Lama Shamseddine, Clarisse Roblin, Iris Veyrier, Christian Basset, Lisa de Macedo, Anne Boyeldieu, Marc Maresca, Cendrine Nicoletti, Gaël Brasseur, Sylvie Kieffer– Jaquinod, Elise Courvoisier‐dezord, Agnès Amouric, Philippe Carpentier, Nathalie Campo, Mathieu Bergé, Patrice Polard, Josette Perrier, Victor Duarte, Mickaël Lafond

article

iScience, 2023, 26 (9), pp.107563. ⟨10.1016/j.isci.2023.107563⟩

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RSL24D1 sustains steady-state ribosome biogenesis and pluripotency translational programs in embryonic stem cells

auteur

Sébastien Durand, Marion Bruelle, Fleur Bourdelais, Bigitha Bennychen, Juliana Blin-Gonthier, Caroline Isaac, Aurélia Huyghe, Sylvie Martel, Antoine Seyve, Christophe Vanbelle, Annie Adrait, Yohann Couté, David Meyronet, Frédéric Catez, Jean-Jacques Diaz, Fabrice Lavial, Emiliano Ricci, François Ducray, Mathieu Gabut

article

Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.356. ⟨10.1038/s41467-023-36037-7⟩

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RSK3 switches cell fate: from stress-induced senescence to malignant progression

auteur

Anda Huna, Jean-Michel Flaman, Catalina Lodillinsky, Kexin Zhu, Gabriela Makulyte, Victoria Pakulska, Yohann Coute, Clémence Ruisseaux, Pierre Saintigny, Hector Hernandez-Vargas, Pierre-Antoine Defossez, Mathieu Boissan, Nadine Martin, David Bernard

article

Journal of experimental & clinical cancer research, 2023, 42, pp.318. ⟨10.1186/s13046-023-02909-5⟩

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Arabidopsis eIF4E1 protects the translational machinery during TuMV infection and restricts virus accumulation

auteur

Delyan Zafirov, Nathalie Giovinazzo, Cécile Lecampion, Ben Field, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Karen S Browning, Christophe Robaglia, Jean-Luc Gallois

article

PLoS Pathogens, 2023, 19 (11), pp.e1011417. ⟨10.1371/journal.ppat.1011417⟩

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Molecular Mechanisms of Endothelialitis in SARS-CoV-2 Infection: Evidence for VE-Cadherin Cleavage by ACE2

auteur

Laurence Bouillet, Alban Deroux, Meryem Benmarce, Chloé Guérin, Laura Bouvet, Olivia Garnier, Donald K Martin, Isabelle Vilgrain

article

International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (15), pp.12525. ⟨10.3390/ijms241512525⟩

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Kampo herbal ointments for skin wound healing

auteur

Manon Paul-Traversaz, Kaoru Umehara, Kenji Watanabe, Walid Rachidi, Michel Sève, Florence Souard

article

Frontiers in Pharmacology, 2023, 14, pp.1116260. ⟨10.3389/fphar.2023.1116260⟩

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Journal articles

titre

Genome-wide analysis of genes encoding core components of the ubiquitin system during cerebral cortex development

auteur

Alexandre Bouron, Marie-Odile Fauvarque

article

Molecular Brain, 2022, 15 (1), pp.72. ⟨10.1186/s13041-022-00958-z⟩

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titre

565 hiPSC-derived skin organoids as tools for disease modelling: characterization of the epidermal-dermal junction

auteur

V. Ramovs, H. Janssen, I. Fuentes, A. Pitaval, W. Rachidi, S.M. Chuva de Sousa Lopes, C. Freund, X. Gidrol, C. Mummery, K. Raymond

article

Journal of Investigative Dermatology, 2022, 142 (12), pp.S278. ⟨10.1016/j.jid.2022.09.581⟩

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titre

Guidance landscapes unveiled by quantitative proteomics to control reinnervation in adult visual system

auteur

Noemie Vilallongue, Julia Schaeffer, Anne-Marie Hesse, Céline Delpech, Béatrice Blot, Antoine Paccard, Elise Plissonnier, Blandine Excoffier, Yohann Couté, Stephane Belin, Homaira Nawabi

article

Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.6040. ⟨10.1038/s41467-022-33799-4⟩

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titre

Human histone pre-mRNA assembles histone or canonical mRNA-processing complexes by overlapping 3′-end sequence elements

auteur

Francesco Ielasi, Sara Ternifi, Emeline Fontaine, Domenico Iuso, Yohann Couté, Andrés Palencia

article

Nucleic Acids Research, 2022, 50 (21), pp.12425-12443. ⟨10.1093/nar/gkac878⟩

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titre

Structure of the human heparan sulfate polymerase complex EXT1-EXT2

auteur

Francisco Leisico, Juneina Omeiri, Christine Le Narvor, Joël Beaudouin, Michael Hons, Daphna Fenel, Guy Schoehn, Yohann Couté, David Bonnaffé, Rabia Sadir, Hugues Lortat-Jacob, Rebekka Wild

article

Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.7110. ⟨10.1038/s41467-022-34882-6⟩

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titre

Spontaneous Prophage Induction Contributes to the Production of Membrane Vesicles by the Gram-Positive Bacterium Lacticaseibacillus casei BL23

auteur

David da Silva Barreira, Pierre Lapaquette, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Jean Guzzo, Aurélie Rieu

article

mBio, 2022, 13 (5), pp.2200155. ⟨10.1128/mbio.02375-22⟩

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titre

Toward more potent imidazopyridine inhibitors of Candida albicans Bdf1: Modeling the role of structural waters in selective ligand binding

auteur

Yingsheng Zhou, Justin Overhulse, Nathan Dupper, Yanchun Guo, Boris Kashemirov, Kaiyao Wei, Jérôme Govin, Carlo Petosa, Charles Mckenna

article

Journal of Computational Chemistry, 2022, 43, pp.2121-2130. ⟨10.1002/jcc.26997⟩

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titre

Microtumor Spheroids Provide a Model for Studying Molecules Involved in Vascular Organization: An Illustrative Study for VE-cadherin

auteur

Paul Dembélé, Olivia Garnier, Donald Martin, Isabelle Vilgrain

article

Anticancer Research, 2022, 42 (10), pp.4689-4700. ⟨10.21873/anticanres.15973⟩

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titre

Real-time monitoring of oxygen levels within thermoplastic Organ-on-Chip devices

auteur

Anubhav Bussooa, Emily Tubbs, Frédéric Revol-Cavalier, Ayman Chmayssem, Manuel Alessio, Marie-Line Cosnier, Nicolas Verplanck

article

Biosensors and Bioelectronics: X, 2022, 11, pp.100198. ⟨10.1016/j.biosx.2022.100198⟩

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titre

Store-operated ion channels: a growing family ?

auteur

Alexandre Bouron

article

Cell Calcium, 2022, pp.102657. ⟨10.1016/j.ceca.2022.102657⟩

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Letter re: Integration of deep learning-based image analysis and genomic data in cancer pathology: A systematic review

auteur

Isabelle Vilgrain, Donald Martin

article

European Journal of Cancer, 2022, 172, pp.400-402. ⟨10.1016/j.ejca.2022.04.032⟩

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Proteomics Evidence of a Systemic Response to Desiccation in the Resurrection Plant Haberlea rhodopensis

auteur

Petko Mladenov, Diana Zasheva, Sébastien Planchon, Céline C Leclercq, Denis Falconet, Lucas Moyet, Sabine Brugière, Daniela Moyankova, Magdalena Tchorbadjieva, Myriam Ferro, Norbert Rolland, Jenny Renaut, Dimitar Djilianov, Xin Deng

article

International Journal of Molecular Sciences, 2022, 23 (15), pp.8520. ⟨10.3390/ijms23158520⟩

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Inhibition of Vascular Endothelial Cadherin Cleavage Prevents Elastic Fiber Alterations and Atherosclerosis Induced by Intermittent Hypoxia in the Mouse Aorta

auteur

Olfa Harki, Sophie Bouyon, Marine Sallé, Alejandro Arco-Hierves, Emeline Lemarié, Alexandra Demory, Carole Chirica, Isabelle Vilgrain, Jean-Louis Pépin, Gilles Faury, Anne Briançon-Marjollet

article

International Journal of Molecular Sciences, 2022, 23 (13), pp.7012. ⟨10.3390/ijms23137012⟩

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titre

A Micrarchaeon Isolate Is Covered by a Proteinaceous S-Layer

auteur

Sabrina Gfrerer, Dennis Winkler, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Reinhard Rachel, Johannes Gescher

article

Applied and Environmental Microbiology, 2022, 88 (5), pp.e202101140. ⟨10.1128/AEM.01553-21⟩

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titre

Direct visualization of pre-protamine 2 detects protamine assembly failures and predicts ICSI success

auteur

Maryam Rezaei-Gazik, Alexandra Vargas, Amir Amiri-Yekta, Anne-Laure Vitte, Arvand Akbari, Sophie Barral, Vahid Esmaeili, Florent Chuffart, Mohammad Ali Sadighi-Gilani, Yohann Couté, Poopak Eftekhari-Yazdi, Saadi Khochbin, Sophie Rousseaux, Mehdi Totonchi

article

Molecular Human Reproduction, 2022, 28 (2), ⟨10.1093/molehr/gaac004⟩

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titre

Local nanocarrier delivery of JAK1 siRNA for IBD treatment: an in vivo mouse model

auteur

A Garrido Trigo, M Veny, I Dotti, M Esteller, E Sulpice, D Jary, F Clément, X Gidrol, F Navarro, A Salas

article

Journal of Crohn's and Colitis, 2022, 16 (Supplement_1), pp.i166-i167. ⟨10.1093/ecco-jcc/jjab232.185⟩

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Journal articles

titre

Developing Rhodobacter sphaeroides for cathodic biopolymer production

auteur

Ferdinand Schmid, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Johannes Gescher

article

Bioresource Technology, 2021, 336 (1), pp.125340. ⟨10.1016/j.biortech.2021.125340⟩

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titre

Multiorgan-on-a-Chip: A Systemic Approach To Model and Decipher Inter-Organ Communication

auteur

Nathalie Picollet-D’hahan, Agnieszka Zuchowska, Iris Lemeunier, Séverine Le Gac

article

Trends in Biotechnology, 2021, 39 (8), pp.788-810. ⟨10.1016/j.tibtech.2020.11.014⟩

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titre

Production of acetoin from renewable resources under heterotrophic and mixotrophic conditions

auteur

Daniel Härrer, Carina Windhorst, Nicola Böhner, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Johannes Gescher

article

Bioresource Technology, 2021, 329 (17), pp.124866. ⟨10.1111/pce.14013⟩

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titre

Human primary 2D culture as a tool to explore JAK1 pathway inhibition in the intestinal epithelium using siRNA technology

auteur

I Dotti, E Sulpice, A Nougarède, D Jary, F Clément, X Gidrol, F Navarro, A Salas

article

Journal of Crohn's and Colitis, 2021, 15 (Supplement_1), pp.S147-S148. ⟨10.1093/ecco-jcc/jjab076.163⟩

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titre

Combretastatin A-4 sulfur-containing heterocyclic derivatives: Synthesis, antiproliferative activities and molecular docking studies

auteur

Abdelfattah Faouzi, Alexandre Arnaud, Alexandre Bancet, Caroline Barette, Jordane Preto, Cong Viet Do, Lars Petter Jordheim, Zineb Bousfiha, Thi Thanh Binh Nguyen, Marion Verrière, Amaury Farce, Marie-Odile Fauvarque, Roland Barret, Thierry Lomberget

article

European Journal of Medicinal Chemistry, 2021, 215, pp.113275. ⟨10.1016/j.ejmech.2021.113275⟩

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titre

Goldberg-Shprintzen Syndrome Protein KIF1BP Is a CITK Interactor Implicated in Cytokinesis.

auteur

Gianmarco Pallavicini, Marta Gai, Giorgia Iegiani, Gaia Elena Berto, Annie Adrait, Yohann Couté, Ferdinando Di Cunto

article

Journal of Cell Science, 2021, jcs.250902, ⟨10.1242/jcs.250902⟩

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titre

ChloroKB, a cell metabolism reconstruction of the model plant Arabidopsis thaliana

auteur

Pauline Gloaguen, Yves Vandenbrouck, Jacques Joyard, Gilles Curien

article

Comptes Rendus Biologies, 2021, 344 (2), pp.157-163. ⟨10.5802/crbiol.49⟩

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titre

The emerging landscape of single-molecule protein sequencing technologies

auteur

Javier Antonio Alfaro, Peggy Bohländer, Mingjie Dai, Mike Filius, Cecil J. Howard, Xander F. Van Kooten, Shilo Ohayon, Adam Pomorski, Sonja Schmid, Aleksei Aksimentiev, Eric V. Anslyn, Georges Bedran, Chan Cao, Mauro Chinappi, Etienne Coyaud, Cees Dekker, Gunnar Dittmar, Nicholas Drachman, Rienk Eelkema, David Goodlett, Sébastien Hentz, Umesh Kalathiya, Neil L. Kelleher, Ryan T. Kelly, Zvi Kelman, Sung Hyun Kim, Bernhard Kuster, David Rodriguez-Larrea, Stuart Lindsay, Giovanni Maglia, Edward M. Marcotte, John P. Marino, Christophe D. Masselon, Michael Mayer, Patroklos Samaras, Kumar Sarthak, Lusia Sepiashvili, Derek Stein, Meni Wanunu, Mathias Wilhelm, Peng Yin, Amit Meller, Chirlmin Joo

article

Nature Methods, 2021, 18 (6), pp.604--617. ⟨10.1038/s41592-021-01143-1⟩

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titre

Mass Spectrometry-Based Proteomics Reveal Alcohol Dehydrogenase 1B as a Blood Biomarker Candidate to Monitor Acetaminophen-Induced Liver Injury

auteur

Floriane Pailleux, Pauline Maes, Michel Jaquinod, Justine Barthelon, Marion Darnaud, Claire Lacoste, Yves Vandenbrouck, Benoit Gilquin, Mathilde Louwagie, Anne-Marie Hesse, Alexandra Kraut, Jérôme Garin, Vincent Leroy, Jean-Pierre Zarski, Christophe Bruley, Yohann Couté, Didier Samuel, Philippe Ichai, Jamila Faivre, Virginie Brun

article

International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (20), pp.11071. ⟨10.3390/ijms222011071⟩

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titre

Argonaute Autoantibodies as Biomarkers in Autoimmune Neurologic Diseases

auteur

Le-Duy Do, Christian P. Moritz, Sergio Muñiz-Castrillo, Anne-Laurie Pinto, Yannick Tholance, Sabine Brugiere, Yohann Couté, Oda Stoevesandt, Michael J. Taussig, Véronique Rogemond, Alberto Vogrig, Bastien Joubert, Karine Ferraud, Jean-Philippe Camdessanché, Jean-Christophe Antoine, Jérôme Honnorat

article

Neurology Neuroimmunology & Neuroinflammation, 2021, 8 (5), pp.e1032. ⟨10.1212/NXI.0000000000001032⟩

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titre

Extracellular Riboflavin Induces Anaerobic Biofilm Formation in Shewanella Oneidensis

auteur

Miriam Edel, Gunnar Sturm, Katrin Sturm-Richter, Michael Wagner, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Harald Horn, Johannes Gescher

article

Biotechnology for Biofuels, 2021, 14 (1), pp.130. ⟨10.1186/s13068-021-01981-3⟩

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Journal articles

titre

Xeroderma Pigmentosum C (XPC) Mutations in Primary Fibroblasts Impair Base Excision Repair Pathway and Increase Oxidative DNA Damage

auteur

Nour Fayyad, Farah Kobaisi, David Beal, Walid Mahfouf, Cécile Ged, Fanny Morice-Picard, Mohammad Fayyad-Kazan, Hussein Fayyad-Kazan, Bassam Badran, Hamid Rezvani, Walid Rachidi

article

Frontiers in Genetics, 2020, 11 (22), pp.561687. ⟨10.3389/fgene.2020.561687⟩

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titre

The blood copper isotopic composition is a prognostic indicator of the hepatic injury in Wilson disease

auteur

Aline Lamboux, Eduardo Couchonnal-Bedoya, Olivier Guillaud, Chloé Laurencin, Laurence Lion-François, Abdelouahed Belmalih, Elisabeth Mintz, Virginie Brun, Muriel Bost, Alain Lachaux, Vincent Balter

article

Metallomics, 2020, 12 (11), pp.1781-1790. ⟨10.1039/d0mt00167h⟩

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titre

High-throughput synthetic rescue for exhaustive characterization of suppressor mutations in human genes

auteur

Farah Kobaisi, Nour Fayyad, Eric Sulpice, Bassam Badran, Hussein Fayyad-Kazan, Walid Rachidi, Xavier Gidrol

article

Cellular and Molecular Life Sciences, 2020, 77 (21), pp.4209-4222. ⟨10.1007/s00018-020-03519-6⟩

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titre

The PopN gate-keeper complex acts on the ATPase PscN to regulate the T3SS secretion switch from early to middle substrates in Pseudomonas aeruginosa

auteur

Tuan Dung Ngo, Caroline Perdu, Bakhos Jneid, Michel Ragno, Julia Novion Ducassou, Alexandra Kraut, Yohann Couté, Charles Stopford, Ina Attrée, Arne Rietsch, Eric Faudry

article

Journal of Molecular Biology, 2020, ⟨10.1016/j.jmb.2020.10.024⟩

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titre

A high-stringency blueprint of the human proteome

auteur

S Adhikari, Edouard C Nice, E Deutsch, Lydie Lane, Gilbert S Omenn, Stephen R Pennington, Young-Ki Paik, Christopher M Overall, Fernando J Corrales, Ileana M Cristea, Jennifer E van Eyk, Mathias Uhlén, Cecilia Lindskog, Daniel W Chan, Amos Bairoch, James C Waddington, Joshua L Justice, Joshua Labaer, Henry Rodriguez, Fuchu He, Markus Kostrzewa, Peipei Ping, Rebekah L Gundry, Peter Stewart, Sanjeeva Srivastava, Sudhir Srivastava, Fabio C S Nogueira, Gilberto B Domont, Yves Vandenbrouck, Maggie P y Lam, Sara Wennersten, Juan Antonio Vizcaíno, Marc Wilkins, Jochen M Schwenk, Emma Lundberg, Nuno Bandeira, György Marko-Varga, Susan T Weintraub, Charles Pineau, Ulrike Kusebauch, Robert L Moritz, Seong Beom Ahn, Magnus Palmblad, Michael P Snyder, Ruedi Aebersold, Mark S Baker

article

Nature Communications, 2020, 11 (1), pp.5301. ⟨10.1038/s41467-020-19045-9⟩

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titre

Liquid Biopsy of Bile based on Targeted Mass Spectrometry for the Diagnosis of Malignant Biliary Strictures

auteur

Annie Adrait, Jean‐marc Dumonceau, Myriam Delhaye, Isabelle Annessi‐ramseyer, Jean‐louis Frossard, Yohann Couté, Annarita Farina

article

Clinical and Translational Science., 2020, ⟨10.1111/cts.12890⟩

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titre

AtPME17 is a functional Arabidopsis thaliana pectin methylesterase regulated by its PRO region that triggers PME activity in the resistance to Botrytis cinerea

auteur

Daniele del Corpo, Maria R Fullone, Rossella Miele, Mickaël Lafond, Daniela Pontiggia, Sacha Grisel, Sylvie Kieffer‐jaquinod, Thierry Giardina, Daniela Bellincampi, Vincenzo Lionetti

article

Molecular Plant Pathology, 2020, ⟨10.1111/mpp.13002⟩

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titre

Beyond target-decoy competition: stable validation of peptide and protein identifications in mass spectrometry-based discovery proteomics

auteur

Yohann Couté, Christophe Bruley, Thomas Burger

article

Analytical Chemistry, 2020, ⟨10.1021/acs.analchem.0c00328⟩

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titre

Systematic genetic and proteomic screens during gametogenesis identify H2BK34 methylation as an evolutionary conserved meiotic mark

auteur

Marion Crespo, Lacey J Luense, Marie Arlotto, Jialei Hu, Jean Dorsey, Encar García-Oliver, Parisha P Shah, Delphine Pflieger, Shelley L Berger, Jérôme Govin

article

Epigenetics & Chromatin, 2020, 13 (1), ⟨10.1186/s13072-020-00349-5⟩

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titre

Quantitative Automated Assays in Living Cells to Screen for Inhibitors of Hemichannel Function

auteur

Emmanuelle Soleilhac, Marjorie Comte, Anaelle da Costa, Caroline Barette, Christèle Picoli, Magda Mortier, Laurence Aubry, Franck Mouthon, Marie-Odile Fauvarque, Mathieu Charvériat

article

Slas Discovery, 2020, pp.247255522095438. ⟨10.1177/2472555220954388⟩

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titre

The unusual structure of Ruminococcin C1 antimicrobial peptide confers clinical properties

auteur

Clarisse Roblin, Steve Chiumento, Olivier Bornet, Matthieu Nouailler, Christina S. Müller, Katy Jeannot, Christian Basset, Sylvie Kieffer-Jaquinod, Yohann Couté, Stéphane Torelli, Laurent Le pape, Volker Schünemann, Hamza Olleik, Bruno de La Villeon, Philippe Sockeel, Eric Di Pasquale, Cendrine Nicoletti, Nicolas Vidal, Leonora Poljak, Olga Iranzo, Thierry Giardina, Michel Fons, Estelle Devillard, Patrice Polard, Marc Maresca, Josette Perrier, Mohamed Atta, Francoise Guerlesquin, Mickaël Lafond, Victor Duarte

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2020, 120 (13), pp.e2302405120. ⟨10.1073/pnas.2302405120⟩

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titre

Transcriptomic Profiling of Ca$^{2+}$ Transport Systems during the Formation of the Cerebral Cortex in Mice

auteur

Alexandre Bouron

article

Cells, 2020, 9 (8), pp.1800. ⟨10.3390/cells9081800⟩

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titre

Target verification of artesunate-related antiviral drugs: Assessing the role of mitochondrial and regulatory proteins by click chemistry and fluorescence labeling

auteur

Friedrich Hahn, Aischa Niesar, Christina Wangen, Markus Wild, Benedikt Grau, Lars Herrmann, Aysun Capci, Annie Adrait, Yohann Couté, Svetlana Tsogoeva, Manfred Marschall

article

Antiviral Research, 2020, 180, pp.104861. ⟨10.1016/j.antiviral.2020.104861⟩

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titre

The Mammalian Cap-Specific m6Am RNA Methyltransferase PCIF1 Regulates Transcript Levels in Mouse Tissues

auteur

Radha Raman Pandey, Elena Delfino, David Homolka, Adriana Roithova, Kuan-Ming Chen, Lingyun Li, Giulia Franco, Cathrine Broberg Vågbø, Emmanuel Taillebourg, Marie-Odile Fauvarque, Ramesh Pillai

article

Cell Reports, 2020, 32 (7), pp.108038. ⟨10.1016/j.celrep.2020.108038⟩

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titre

Optomechanical mass spectrometry

auteur

Marc Sansa, Martial Defoort, Ariel Brenac, Maxime Hermouet, Louise Banniard, Alexandre Fafin, Marc Gely, Christophe D. Masselon, Ivan Favero, Guillaume Jourdan, Sébastien Hentz

article

Nature Communications, 2020, 11 (1), pp.3781. ⟨10.1038/s41467-020-17592-9⟩

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titre

Current status of the multinational Arabidopsis community

auteur

Keith Adams, Wagner Araújo, Sebastien Aubourg, Sacha Baginsky, Erica Bakker, Katja Bärenfaller, Jacqui Batley, Mike Beale, Mark Beilstein, Youssef Belkhadir, Gregor Mendel, Tanya Berardini, Joy Bergelson, Francisca Blanco‐herrera, Siobhan Brady, Hans‐peter Braun, Steve Briggs, Lynette Brownfield, Maura Cardarelli, Marcos Castellanos‐uribe, Gloria Coruzzi, Maheshi Dassanayake, Geert de Jaeger, Brian Dilkes, Colleen Doherty, Joe Ecker, Pat Edger, David A. Edwards, Farid El Kasmi, Maria Eriksson, Moises Exposito‐alonso, Pascal Falter‐braun, Alisdair Fernie, Myriam Ferro, Oliver Fiehn, Joanna Friesner, Katie Greenham, Yalong Guo, Thorsten Hamann, Angela Hancock, Marie‐theres Hauser, Joshua L Heazlewood, Cheng‐hsun Ho, Hanna Hõrak, Eva Huala, Inhwan Hwang, Satoshi Iuchi, Pankaj Jaiswal, Liina Jakobson, Yunhe Jiang, Yuling Jiao, Alexandra Jones, Yasuhiro Kadota, Jitendra Khurana, Dan Kliebenstein, Emma Knee, Masatomo Kobayashi, Marcus Koch, Gabriel Krouk, Tony Larson, Rob Last, Loic L. Lepiniec, Song Li, Claire Lurin, Martin Lysak, Steven Maere, Robert Malinowski, Florian Maumus, Sean May, Klaus Mayer, David Mendoza‐cozatl, Isabel Mendoza‐poudereux, José Luis Micol, Harvey H. Millar, Hans‐peter Mock, Karolina Mukhtar, Shahid Mukhtar, Monika Murcha, Hirofumi Nakagami, Yasukazu Nakamura, Luke Nicolov, Basil Nikolau, Moritz Nowack, Adriano Nunes‐nesi, Michael Palmgren, Geraint Parry, Nicola Patron, Scott Peck, Ullas Pedmale, Catherine Perrot‐rechenmann, Roland Pieruschka, José Pío‐beltrán, J. Chris Pires, Nicholas Provart, Loïc Rajjou, Leonore Reiser, Sue Rhee, Stamatis Rigas, Norbert Rolland, Andres Romanowski, Véronique Santoni-Kervella, Sigal Savaldi‐goldstein, Robert Schmitz, Waltraud Schulze, Motoaki Seki, Kentaro Shimizu, Keith Slotkin, Ian Small, David Somers, Rosangela Sozzani, Charles Spillane, Ramamurthy Srinivasan, Nicolas Taylor, Marcela‐karey Tello‐ruiz, Jay J. Thelen, Takayuki Tohge, Christopher Town, Tetsuro Toyoda, Baris Uzilday, Justin Walley, Doreen Ware, Wolfram Weckwerth, Julian Whitelegge, Stefanie Wienkoop, Clay Wright, Michael Wrzaczek, Misako Yamazaki, Marcelo Yanovsky, Viktor Žárský, Xuehua Zhong, Yves Peer, Klaas Wijk, Philipp Gillhaussen

article

Plant Direct, 2020, 4 (7), pp.e00248. ⟨10.1002/pld3.248⟩

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titre

A Nucleolar Isoform of the Drosophila Ubiquitin Specific Protease dUSP36 Regulates MYC-Dependent Cell Growth

auteur

Dominique Thevenon, Ilham Seffouh, Catherine Pillet, Xenia Crespo-Yanez, Marie-Odile Fauvarque, Emmanuel Taillebourg

article

Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2020, 8, ⟨10.3389/fcell.2020.00506⟩

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Multi-omics analysis delineates the distinct functions of sub-cellular acetyl-CoA pools in Toxoplasma gondii

auteur

Joachim Kloehn, Rebecca D Oppenheim, Ghizal Siddiqui, Pieter-Jan de Bock, Sunil Kumar Dogga, Yohann Couté, Mohamed-Ali Hakimi, Darren J Creek, Dominique Soldati-Favre

article

BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.67. ⟨10.1186/s12915-020-00791-7⟩

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Mass Spectrometry-Based Characterization of the Virion Proteome, Phosphoproteome, and Associated Kinase Activity of Human Cytomegalovirus

auteur

Yohann Couté, Alexandra Kraut, Christine Zimmermann, Nicole Büscher, Anne-Marie Hesse, Christophe Bruley, Marco de Andrea, Christina Wangen, Friedrich Hahn, Manfred Marschall, Bodo Plachter

article

Microorganisms, 2020, 8 (6), pp.820. ⟨10.3390/microorganisms8060820⟩

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Analytical techniques for multiplex analysis of protein biomarkers

auteur

Alain van Gool, Fernado Corrales, Mirjana Čolović, Danijela Krstić, Begona Oliver-Martos, Eva Martínez-Cáceres, Ivone Jakasa, Goran Gajski, Virginie Brun, Kyriacos Kyriacou, Izabela Burzynska-Pedziwiatr, Lucyna Alicja Wozniak, Stephan Nierkens, César Pascual García, Jaroslav Katrlik, Zanka Bojic-Trbojevic, Jan Vacek, Alicia Llorente, Felicia Antohe, Viorel Suica, Guillaume Suarez, Ruben T’kindt, Petra Martin, Deborah Penque, Ines Lanca Martins, Ede Bodoki, Bogdan-Cezar Iacob, Eda Celikbas, Suna Timur, John Allinson, Christopher Sutton, Theo Luider, Saara Wittfooth, Marei Sammar

article

Expert Review of Proteomics, 2020, 17 (4), pp.257-273. ⟨10.1080/14789450.2020.1763174⟩

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titre

A New Quantitative Cell-Based Assay Reveals Unexpected Microtubule Stabilizing Activity of Certain Kinase Inhibitors, Clinically Approved or in the Process of Approval

auteur

Sacnicte Ramirez-Rios, Sophie Michallet, Leticia Peris, Caroline Barette, Clotilde Rabat, Yangbo Feng, Marie-Odile Fauvarque, Annie Andrieux, Karin Sadoul, Laurence Lafanechère

article

Frontiers in Pharmacology, 2020, 11, ⟨10.3389/fphar.2020.00543⟩

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Hyd ubiquitinates the NF-κB co-factor Akirin to operate an effective immune response in Drosophila

auteur

Alexandre Cammarata-Mouchtouris, Xuan-Hung Nguyen, Adrian Acker, François Bonnay, Akira Goto, Amir Orian, Marie-Odile Fauvarque, Michael Boutros, Jean-Marc Reichhart, Nicolas Matt

article

PLoS Pathogens, 2020, 16 (4), pp.e1008458. ⟨10.1371/journal.ppat.1008458⟩

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A MORC-driven transcriptional switch controls Toxoplasma developmental trajectories and sexual commitment

auteur

Dayana Farhat, Christopher Swale, Céline Dard, Dominique Cannella, Philippe Ortet, ​mohamed Barakat, Fabien Sindikubwabo, Lucid Belmudes, Pieter-Jan de Bock, Yohann Couté, Alexandre Bougdour, Mohamed-Ali Hakimi

article

Nature Microbiology, 2020, 5 (4), pp.570-583. ⟨10.1038/s41564-020-0674-4⟩

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Förster Resonance Energy Transfer Based Biosensor for Targeting the hNTH1–YB1 Interface as a Potential Anticancer Drug Target

auteur

Muge Senarisoy, Caroline Barette, Françoise Lacroix, Salvatore Debonis, Meike Stelter, Fabienne Hans, Jean-Philippe Kleman, Marie-Odile Fauvarque, Joanna Timmins

article

ACS Chemical Biology, 2020, 15 (4), pp.990-1003. ⟨10.1021/acschembio.9b01023⟩

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Exploration of the propagation of transpovirons within Mimiviridae reveals a unique example of commensalism in the viral world

auteur

Sandra Jeudy, Lionel Bertaux, Jean-Marie Alempic, Audrey Lartigue, Matthieu Legendre, Lucid Belmudes, Sébastien Santini, Nadège Philippe, Laure Beucher, Emanuele G Biondi, Sissel Juul, Daniel J. Turner, Yohann Couté, Jean-Michel Claverie, Chantal Abergel

article

The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2020, ⟨10.1038/s41396-019-0565-y⟩

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Fetuin-A and thyroxin binding globulin predict rituximab response in rheumatoid arthritis patients with insufficient response to anti-TNFα

auteur

Minh Vu Chuong Nguyen, Anaïs Courtier, Annie Adrait, Federica Defendi, Yohann Couté, Athan Baillet, Lisa Guigue, Jacques-Eric Gottenberg, Chantal Dumestre-Perard, Virginie Brun, Philippe Gaudin

article

Clinical Rheumatology, 2020, 39, pp.2553-2562. ⟨10.1007/s10067-020-05030-6⟩

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titre

Proline: an efficient and user-friendly software suite for large-scale proteomics

auteur

David Bouyssié, Anne-Marie Hesse, Emmanuelle Mouton-Barbosa, Magali Rompais, Charlotte Macron, Christine Carapito, Anne Gonzalez de Peredo, Yohann Couté, Véronique Dupierris, Alexandre Burel, Jean-Philippe Menetrey, Andrea Kalaitzakis, Julie Poisat, Aymen Romdhani, Odile Burlet-Schiltz, Sarah Cianférani, Jérôme Garin, Christophe Bruley

article

Bioinformatics, 2020, 36 (10), pp.3148-3155. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa118⟩

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titre

A behavior-manipulating virus relative as a source of adaptive genes for Drosophila parasitoids

auteur

D Di Giovanni, D. Lepetit, B Guinet, B Bennetot, M. Boulesteix, Yohann Couté, O. Bouchez, Marc Ravallec, J. Varaldi

article

Molecular Biology and Evolution, 2020, 37 (10), pp.2791-2807. ⟨10.1093/molbev/msaa030⟩

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Ribosomal protein gene RPL9 variants can differentially impair ribosome function and cellular metabolism

auteur

Marco Lezzerini, Marianna Penzo, Marie-Françoise O'Donohue, Carolina Marques dos santos vieira, Manon Saby, Hyung Elfrink, Illja Diets, Anne-Marie Hesse, Yohann Couté, Marc Gastou, Alexandra Nin-Velez, Peter Nikkels, Alexandra Olson, Evelien Zonneveld-Huijssoon, Marjolijn Jongmans, Guangjun Zhang, Michel Van weeghel, Riekelt Houtkooper, Marcin Wlodarski, Roland Kuiper, Marc Bierings, Jutte Van der werff ten bosch, Thierry Leblanc, Lorenzo Montanaro, Jonathan Dinman, Lydie Da costa, Pierre-Emmanuel Gleizes, Alyson Macinnes

article

Nucleic Acids Research, 2020, 48 (2), pp.770-787. ⟨10.1093/nar/gkz1042⟩

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Ex-Vivo Treatment of Tumor Tissue Slices as a Predictive Preclinical Method to Evaluate Targeted Therapies for Patients with Renal Carcinoma

auteur

Caroline Roelants, Catherine Pillet, Quentin Franquet, Clément Sarrazin, Nicolas Peilleron, Sofia Giacosa, Laurent Guyon, Amina Fontanell, Gaelle Fiard, Jean-Alexandre Long, Jean-Luc Descotes, Claude Cochet, Odile Filhol

article

Cancers, 2020, 12 (1), pp.E232. ⟨10.3390/cancers12010232⟩

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Rhomboid intramembrane protease YqgP licenses bacterial membrane protein quality control as adaptor of FtsH AAA protease

auteur

Jakub Began, Baptiste Cordier, Jana Březinová, Jordan Delisle, Rozálie Hexnerová, Pavel Srb, Petra Rampírová, Milan Kožíšek, Mathieu Baudet, Yohann Coute, Anne Galinier, Václav Veverka, Thierry Doan, Kvido Strisovsky

article

EMBO Journal, 2020, ⟨10.15252/embj.2019102935⟩

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titre

Gadolinium-based nanoparticles can overcome the radioresistance of head and neck squamous cell carcinoma through the induction of autophagy

auteur

S. Simonet, C. Rodriguez-Lafrasse, D. Béal, S. Gerbaud, C. Malesys, O. Tillement, François Lux, H. Fayyad-Kazan, Walid Rachidi, D. Ardail

article

Journal of Biomedical Nanotechnology, 2020, 16 (1), pp.111-124. ⟨10.1166/jbn.2020.2871⟩

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titre

Hybrid cluster proteins in a photosynthetic microalga

auteur

Robert van Lis, Sabine Brugière, Carole Baffert, Yohann Coute, Wolfgang Nitschke, Ariane Atteia

article

FEBS Journal, 2020, 287 (4), pp.721-735. ⟨10.1111/febs.15025⟩

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titre

Inhibition of store-operated calcium channels by N-arachidonoyl glycine (NAGly): no evidence for the involvement of lipid-sensing G protein coupled receptors

auteur

Aykut Deveci, Jessy Hasna, Alexandre Bouron

article

Scientific Reports, 2020, 10 (1), ⟨10.1038/s41598-020-59565-4⟩

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A liver-targeting Cu(l) chelator relocates Cu in hepatocytes and promotes Cu excretion in a murine model of Wilson's disease

auteur

Marie Monestier, Anais M. Pujol, Aline Lamboux, Martine Cuillel, Isabelle Pignot-Paintrand, Doris Cassio, Peggy Charbonnier, Khémary Um, Amélie Harel, Sylvain Bohic, Christelle Gateau, Vincent Balter, Virginie Brun, Pascale Delangle, Elisabeth Mintz

article

Metallomics, 2020, 12 (6), pp.1000-1008. ⟨10.1039/d0mt00069h⟩

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titre

LymphoAtlas: a dynamic and integrated phosphoproteomic resource of TCR signaling in primary T cells reveals ITSN 2 as a regulator of effector functions

auteur

Marie Locard‐paulet, Guillaume Voisinne, Carine Froment, Marisa Goncalves Menoita, Youcef Ounoughene, Laura Girard, Claude Gregoire, Daiki Mori, Manuel Martinez, Hervé Luche, Jerôme Garin, Marie Malissen, Odile Burlet-Schiltz, Bernard Malissen, Anne Gonzalez de Peredo, Romain Roncagalli

article

Molecular Systems Biology, 2020, 16 (7), pp.e9524. ⟨10.15252/msb.20209524⟩

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Hepatitis B virus Core protein nuclear interactome identifies SRSF10 as a host RNA-binding protein restricting HBV RNA production

auteur

Hélène Chabrolles, Héloïse Auclair, Serena Vegna, Thomas Lahlali, Caroline Pons, Maud Michelet, Yohann Couté, Lucid Belmudes, Gilliane Chadeuf, Yujin Kim, Ariel Di Bernardo, Pascal Jalaguier, Cosset François-Loïc, Floriane Fusil, Michel Rivoire, Lee Arnold, Uri Lopatin, Christophe Combet, Fabien Zoulim, David Grierson, Benoit Chabot, Julie Lucifora, David Durantel, Anna Salvetti

article

PLoS Pathogens, 2020, 16 (11), pp.e1008593. ⟨10.1371/journal.ppat.1008593⟩

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titre

Probing Protein Interaction Networks by Combining MS-Based Proteomics and Structural Data Integration

auteur

Guillaume Postic, Julien Marcoux, Victor Reys, Jessica Andreani, Yves Vandenbrouck, Marie-Pierre Bousquet, Emmanuelle Mouton-Barbosa, Sarah Cianférani, Odile Burlet-Schiltz, Raphael Guerois, Gilles Labesse, Pierre Tufféry

article

Journal of Proteome Research, 2020, 19 (7), pp.2807-2820. ⟨10.1021/acs.jproteome.0c00066⟩

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titre

Using Unlabeled Data to Discover Bivariate Causality with Deep Restricted Boltzmann Machines

auteur

Nataliya Sokolovska, Olga Permiakova, Sofia K Forslund, Jean-Daniel Zucker

article

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2020, 17 (1), pp.358-364. ⟨10.1109/TCBB.2018.2879504⟩

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titre

miRViz: a novel webserver application to visualize and interpret microRNA datasets

auteur

Pierre Giroux, Ricky Bhajun, Stéphane Segard, Claire Picquenot, Céline Charavay, Lise Desquilles, Guillaume Pinna, Christophe Ginestier, Josiane Denis, Nadia Cherradi, Laurent Guyon

article

Nucleic Acids Research, 2020, ⟨10.1093/nar/gkaa259⟩

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titre

Reduced reticulum–mitochondria Ca2+ transfer is an early and reversible trigger of mitochondrial dysfunctions in diabetic cardiomyopathy

auteur

Maya Dia, Ludovic Gomez, Helene Thibault, Nolwenn Tessier, Christelle Leon, Christophe Chouabe, Sylvie Ducreux, Noelle Gallo-Bona, Emily Tubbs, Nadia Bendridi, Stéphanie Chanon, Aymeric Leray, Lucid Belmudes, Yohann Couté, Mazen Kurdi, Michel Ovize, Jennifer Rieusset, Melanie Paillard

article

Basic Research in Cardiology, 2020, 115 (6), pp.74. ⟨10.1007/s00395-020-00835-7⟩

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Journal articles

titre

Human Proteome Project Mass Spectrometry Data Interpretation Guidelines 3.0

auteur

Eric W Deutsch, Lydie Lane, Christopher M Overall, Nuno Bandeira, Mark D. Baker, Charles Pineau, Robert L Moritz, Fernando Corrales, Sandra Orchard, Jennifer E van Eyk, Young-Ki Paik, Susan T Weintraub, Yves Vandenbrouck, Gilbert S Omenn

article

Journal of Proteome Research, 2019, 18 (12), pp.4108-4116. ⟨10.1021/acs.jproteome.9b00542⟩

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titre

Comprehensive and comparative exploration of the Atp7b(-/-) mouse plasma proteome

auteur

Maud Lacombe, Michel Jaquinod, Lucid Belmudes, Yohann Couté, Claire Ramus, Florence Combes, Thomas Burger, Elisabeth Mintz, Justine Barthelon, Vincent Leroy, Aurélia Poujois, Alain Lachaux, France Woimant, Virginie Brun

article

Metallomics, 2019, 12 (2), pp.249-258. ⟨10.1039/c9mt00225a⟩

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titre

Physical and functional interaction between SET1/COMPASS complex component CFP-1 and a Sin3S HDAC complex in C. elegans

auteur

Flore Beurton, Przemyslaw Stempor, Matthieu Caron, Alex Appert, Yan Dong, Ron A-J Chen, David Cluet, Yohann Couté, Marion Herbette, Ni Huang, Hélène Polveche, Martin Spichty, Cécile Bedet, Julie Ahringer, Francesca Palladino

article

Nucleic Acids Research, 2019, 47 (21), pp.11164-11180. ⟨10.1093/nar/gkz880⟩

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titre

Physical and functional interaction between SET1/COMPASS complex component CFP-1 and a Sin3S HDAC complex in C. elegans

auteur

Flore Beurton, Przemyslaw Stempor, Matthieu Caron, Alex Appert, Yan Dong, Ron A-J Chen, David Cluet, Yohann Couté, Marion Herbette, Ni Huang, Hélène Polvèche, Martin Spichty, Cécile Bedet, Julie Ahringer, Francesca Palladino

article

Nucleic Acids Research, 2019, 47 (21), pp.11164-11180. ⟨10.1093/nar/gkz880⟩

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titre

Polarization Induced Electro-Functionalization of Pore Walls: A Contactless Technology

auteur

Aurelie Bouchet-Spinelli, Emeline Descamps, Jie Liu, Abdulghani Ismail, Pascale Pham, François Chatelain, Thierry Leichle, Loic Leroy, Patrice Noël Marche, Camille Raillon, André Roget, Yoann Roupioz, Neso Sojic, Arnaud Buhot, Vincent Haguet, Thierry Livache, Pascal Mailley

article

Biosensors, 2019, 9 (4), pp.E121. ⟨10.3390/bios9040121⟩

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titre

Towards a molecular understanding of the water purification properties of Moringa seed proteins

auteur

M. Moulin, E. Mossou, Luca Signor, S. Kieffer-Jaquinod, H. M. Kwaambwa, F. Nermark, P. Gutfreund, E. P. Mitchell, M. Haertlein, V. T. Forsyth, A. R. Rennie

article

Journal of Colloid and Interface Science, 2019, 554, pp.296-304. ⟨10.1016/j.jcis.2019.06.071⟩

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titre

Dissecting the Shared and Context-Dependent Pathways Mediated by the p140Cap Adaptor Protein in Cancer and in Neurons

auteur

Jennifer Chapelle, Oksana Sorokina, Colin Mclean, Vincenzo Salemme, Annalisa Alfieri, Costanza Angelini, Alessandro Morellato, Annie Adrait, Elisabetta Menna, Michela Matteoli, Yohann Couté, Ugo Ala, Emilia Turco, Paola Defilippi, J. Douglas Armstrong

article

Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2019, 7, ⟨10.3389/fcell.2019.00222⟩

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titre

Rotator Cuff Tenocytes Differentiate into Hypertrophic Chondrocyte-Like Cells to Produce Calcium Deposits in an Alkaline Phosphatase-Dependent Manner

auteur

Christelle Darrieutort-Laffite, Paul Arnolfo, Thomas Garraud, Annie Adrait, Yohann Couté, Guy Louarn, Valérie Trichet, Pierre Layrolle, Benoit Le Goff, Frédéric Blanchard

article

Journal of Clinical Medicine, 2019, 8 (10), pp.1544. ⟨10.3390/jcm8101544⟩

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titre

Chimeric Protein–Protein Interface Inhibitors Allow Efficient Inhibition of Type III Secretion Machinery and Pseudomonas aeruginosa Virulence

auteur

Tuan-Dung Ngo, Sophie Plé, Aline Thomas, Caroline Barette, Antoine Fortuné, Younes Bouzidi, Marie-Odile Fauvarque, Rossimiriam Pereira de Freitas, Flaviane Francisco Hilário, Ina Attree, Yung-Sing Wong, Eric Faudry

article

ACS Infectious Diseases, 2019, 5 (11), pp.1843-1854. ⟨10.1021/acsinfecdis.9b00154⟩

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titre

Identification of the Arabidopsis calmodulin-dependent NAD+ kinase that sustains the elicitor-induced oxidative burst

auteur

Elisa Dell'Aglio, Cécile Giustini, Alexandra Kraut, Yohann Couté, Alex Costa, Guillaume Decros, Yves Gibon, Christian Mazars, Michel Matringe, Giovanni Finazzi, Gilles Curien

article

Plant Physiology, 2019, 181 (4), pp.1449-1458. ⟨10.1104/pp.19.00912⟩

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titre

Moderate hypothermia inhibits both proliferation and migration of human glioblastoma cells

auteur

Clémentine Fulbert, Christophe Gaude, Eric Sulpice, Stéphan Chabardès, David Ratel

article

Journal of Neuro-Oncology, 2019, 144 (3), pp.489-499. ⟨10.1007/s11060-019-03263-3⟩

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titre

Signaling Pathways, Chemical and Biological Modulators of Nucleotide Excision Repair: The Faithful Shield against UV Genotoxicity

auteur

F. Kobaisi, N. Fayyad, H. Rezvani, M. Fayyad-Kazan, E. Sulpice, B. Badran, H. Fayyad-Kazan, X. Gidrol, Walid Rachidi

article

Oxidative Medicine and Cellular Longevity, 2019, 2019, pp.1-18. ⟨10.1155/2019/4654206⟩

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titre

P11.02 Hypothermia effect on glioblastoma cell viability, proliferation and migration

auteur

C Fulbert, C Gaude, E Sulpice, S Chabardès, D Ratel

article

Neuro-Oncology, 2019, 21 (Supplement_3), pp.iii42-iii42. ⟨10.1093/neuonc/noz126.148⟩

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titre

Androgen receptor-modulatory microRNAs provide insight into therapy resistance and therapeutic targets in advanced prostate cancer

auteur

Claire Fletcher, Eric Sulpice, Stéphanie Combe, Akifumi Shibakawa, Damien Leach, Mark Hamilton, Stelios Chrysostomou, Adam Sharp, Jon Welti, Wei Yuan, Dafydd. Dart, Eleanor Knight, Jian Ning, Jeffrey Francis, Evangelia Kounatidou, Luke Gaughan, Amanda Swain, Shawn Lupold, Johann de Bono, Sean Mcguire, Xavier Gidrol, Charlotte Bevan

article

Oncogene, 2019, 38 (28), pp.5700-5724. ⟨10.1038/s41388-019-0823-5⟩

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titre

High-Content Screening Identifies New Inhibitors of Connexin 43 Gap Junctions

auteur

Christèle Picoli, Emmanuelle Soleilhac, Agnès Journet, Caroline Barette, Marjorie Comte, Christian Giaume, Franck Mouthon, Marie-Odile Fauvarque, Mathieu Charvériat

article

ASSAY and Drug Development Technologies, 2019, 17 (5), pp.240-248. ⟨10.1089/adt.2019.927⟩

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titre

The Toxoplasma effector TEEGR promotes parasite persistence by modulating NF-κB signalling via EZH2

auteur

Laurence Braun, Marie-Pierre Brenier-Pinchart, Pierre-Mehdi Hammoudi, Dominique Cannella, Sylvie Kieffer-Jaquinod, Julien Vollaire, Véronique Josserand, Bastien Touquet, Yohann Coute, Isabelle Tardieux, Alexandre Bougdour, Mohamed-Ali Hakimi

article

Nature Microbiology, 2019, 4 (7), pp.1208-1220. ⟨10.1038/s41564-019-0431-8⟩

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titre

Interactome of the yeast RNA polymerase III transcription machinery constitutes several chromatin modifiers and regulators of the genes transcribed by RNA polymerase II

auteur

Pratibha Bhalla, Dipti Vinayak Vernekar, Benoit Gilquin, Yohann Couté, Purnima Bhargava

article

Gene, 2019, 702, pp.205-214. ⟨10.1016/j.gene.2018.12.037⟩

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titre

Francisella tularensis: FupA mutation contributes tofluoroquinolone resistance by increasing vesicle secretion and biofilm formation

auteur

Claire Siebert, Helena Lindgren, Sabrina Ferré, Corinne Villers, Sandrine Boisset, Julien Pérard, Anders Sjöstedt, Max Maurin, Celine Brochier-Armanet, Yohann Couté, Patricia Renesto

article

Emerging microbes & infections, 2019, 8 (1), pp.808-822. ⟨10.1080/22221751.2019.1615848⟩

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titre

USP1 links platinum resistance to cancer cell dissemination by regulating Snail stability

auteur

Maura Sonego, Ilenia Pellarin, Alice Costa, Gian Luca Rampioni Vinciguerra, Michela Coan, Alexandra Kraut, Sara D’andrea, Alessandra Dall’acqua, Dan Cacsire Castillo-Tong, Daniela Califano, Simona Losito, Riccardo Spizzo, Yohann Couté, Andrea Vecchione, Barbara Belletti, Monica Schiappacassi, Gustavo Baldassarre

article

Science Advances , 2019, 5 (5), pp.eaav3235. ⟨10.1126/sciadv.aav3235⟩

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titre

Cyclins B1, T1, and H differ in their molecular mode of interaction with cytomegalovirus protein kinase pUL97

auteur

Mirjam Steingruber, Lena Keller, Eileen Socher, Sabrina Ferré, Anne-Marie Hesse, Yohann Couté, Friedrich Hahn, Nicole Büscher, Bodo Plachter, Heinrich Sticht, Manfred Marschall

article

Journal of Biological Chemistry, 2019, 294 (15), pp.6188-6203. ⟨10.1074/jbc.RA118.007049⟩

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titre

BMP9 is a paracrine factor controlling liver sinusoidal endothelial cell fenestration and protecting from hepatic fibrosis

auteur

Agnès Desroches-Castan, Emmanuelle Tillet, Nicolas Ricard, Marie Ouarné, Christine Mallet, Lucid Belmudes, Yohann Couté, Olivier Boillot, Jean-Yves Scoazec, Sabine Bailly, Jean-Jacques Feige

article

Hepatology, 2019, ⟨10.1002/hep.30655⟩

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titre

UAP56 associates with DRM2 and is localized to chromatin in Arabidopsis

auteur

Jacinthe Azevedo, Claire Picart, Laurent Dureau, Dominique Pontier, Sylvie Jaquinod-Kieffer, Mohamed-Ali Hakimi, Thierry Lagrange

article

FEBS Open Bio, 2019, 9 (5), pp.973-985. ⟨10.1002/2211-5463.12627⟩

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titre

Unravelling hidden components of the chloroplast envelope proteome: opportunities and limits of better MS sensitivity

auteur

Imen Bouchnak, Sabine Brugière, Lucas Moyet, Sophie Le Gall, Daniel Salvi, Marcel Kuntz, Marianne Tardif, Norbert Rolland

article

Molecular and Cellular Proteomics, 2019, 18 (7), mcp.RA118.000988. ⟨10.1074/mcp.RA118.000988⟩

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titre

Insertion sequences drive the emergence of a highly adapted human pathogen

auteur

Erwin Sentausa, Pauline Basso, Alice Berry, Annie Adrait, Gwendoline Bellement, Stephen Lory, Sylvie Elsen, Yohann Coute, Ina Attree

article

Microbial Genomics, 2019, 6 (9), ⟨10.1099/mgen.0.000265⟩

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titre

Analysis of femurs from mice embarked on board BION-M1 biosatellite reveals a decrease in immune cell development, including B cells, after 1 wk of recovery on Earth

auteur

Georg Tascher, Maude Gerbaix, Pauline Maes, Blandine Chazarin, Stephanie Ghislin, Evgenia Antropova, Galina Vassilieva, Nassima Ouzren-Zarhloul, Guillemette Gauquelin-Koch, Laurence Vico, Jean-Pol Frippiat, Fabrice Bertile

article

FASEB Journal, 2019, 33 (3), pp.3772-3783. ⟨10.1096/fj.201801463R⟩

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titre

Ribosomal Proteins Regulate MHC Class I Peptide Generation for Immunosurveillance

auteur

Jiajie Wei, Rigel Kishton, Matthew Angel, Crystal Conn, Nicole Dalla Venezia, Virginie Marcel, Anne Vincent, Frédéric Catez, Sabrina Ferré, Lilia Ayadi, Virginie Marchand, Devin Dersh, Louis M. Staudt, James Gibbs, Ivaylo Ivanov, Nathan Fridlyand, Yohann Coute, Jean-Jacques Diaz, Shu-Bing Qian, Nicholas P Restifo, Jonathan Yewdell

article

Molecular Cell, 2019, ⟨10.1016/j.molcel.2018.12.020⟩

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titre

Rotator Cuff Tenocytes Differentiate into Hypertrophic Chondrocyte-Like Cells to Produce Calcium Deposits in an Alkaline Phosphatase-Dependent Manner

auteur

Christelle Darrieutort-Laffite, Paul Arnolfo, Thomas Garraud, Annie Adrait, Yohann Couté, Guy Louarn, Valérie Trichet, Pierre Layrolle, Benoit Le Goff, Fréderic Blanchard

article

Journal of Clinical Medicine, 2019, 8 (10), pp.1544. ⟨10.3390/jcm8101544⟩

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titre

Distinguishing between Spectral Clustering and Cluster Analysis of Mass Spectra

auteur

Hélène Borges, Romain Guibert, Olga Permiakova, Thomas Burger

article

Journal of Proteome Research, 2019, 18 (1), pp.571-573. ⟨10.1021/acs.jproteome.8b00516⟩

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titre

Pandoravirus Celtis Illustrates the Microevolution Processes at Work in the Giant Pandoraviridae Genomes

auteur

Matthieu Legendre, Jean-Marie Alempic, Nadège Philippe, Audrey Lartigue, Sandra Jeudy, Olivier Poirot, Ngan Thi Ta, Sébastien Nin, Yohann Couté, Chantal Abergel, Jean-Michel Claverie

article

Frontiers in Microbiology, 2019, 10, pp.430. ⟨10.3389/fmicb.2019.00430⟩

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A Soluble Metabolon Synthesizes the Isoprenoid Lipid Ubiquinone

auteur

Mahmoud Hajj Chehade, Ludovic Pelosi, Cameron David Fyfe, Laurent Loiseau, Bérengère Rascalou, Sabine Brugière, Katayoun Kazemzadeh, Chau-Duy-Tam Vo, Lidia Ciccone, Laurent Aussel, Yohann Couté, Marc Fontecave, Frédéric Barras, Murielle Lombard, Fabien Pierrel

article

Cell Chemical Biology, 2019, 26 (4), pp.482-492.e7. ⟨10.1016/j.chembiol.2018.12.001⟩

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Bioinformatics tools and workflow to select blood biomarkers for early cancer diagnosis: an application to pancreatic cancer

auteur

Yves Vandenbrouck, David Christiany, Florence Combes, Valentin Loux, Virginie Brun

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Proteomics, 2019, 19 (21-22), pp.e1800489. ⟨10.1002/pmic.201800489⟩

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The architecture of lipid droplets in the diatom Phaeodactylum tricornutum

auteur

Josselin Lupette, Antoine Jaussaud, Khawla Seddiki, Christian Morabito, Sabine Brugière, Hubert Schaller, Marcel Kuntz, Jean-Luc Putaux, Pierre-Henri Jouneau, Fabrice Rébeillé, Denis Falconet, Yohann Coute, Juliette Jouhet, Marianne Tardif, Juliette Salvaing, Eric Marechal

article

Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, 2019, 38, pp.101415. ⟨10.1016/j.algal.2019.101415⟩

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Ruminococcin C, a promising antibiotic produced by a human gut symbiont

auteur

Steve Chiumento, Clarisse Roblin, Sylvie Kieffer-Jaquinod, Sybille Tachon, Chloé Leprêtre, Christian Basset, Dwi Aditiyarini, Hamza Olleik, Cendrine Nicoletti, Olivier Bornet, Olga Iranzo, Marc Maresca, Renaud Hardré, Michel Fons, Thierry Giardina, Estelle Devillard, Françoise Guerlesquin, Yohann Couté, Mohamed Atta, Josette Perrier, Mickael Lafond, Victor Duarte

article

Science Advances , 2019, 5 (9), pp.eaaw9969. ⟨10.1126/sciadv.aaw9969⟩

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Five simple yet essential steps to correctly estimate the rate of false differentially abundant proteins in mass spectrometry analyses

auteur

Samuel Wieczorek, Quentin Giai Gianetto, Thomas Burger

article

Journal of Proteomics, 2019, 207, pp.103441. ⟨10.1016/j.jprot.2019.103441⟩

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Building blocks for a European Organ-on-Chip roadmap

auteur

Massimo Mastrangeli, Christine L. Mummery, Peter Loskill, Dries Braeken, Wolfgang Eberle, Madalena Cipriano, Luis Fernandez, Mart Graef, Xavier X. Gidrol, Nathalie Picollet-d'Hahan, Berend van Meer, Ignacio Ochoa, Mieke Schutte, Sylvie Millet, The Orchid Partners, Janny van den Eijnden-van Raaij

article

Altex -Heidelberg-, 2019, 36 (4), pp.481-492. ⟨10.14573/altex.1905221⟩

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