Publications HAL de la structure 226010;1043277;1153144

2024

Journal articles

titre
Deciphering the phospho-signature induced by hepatitis B virus in primary human hepatocytes
auteur
Florentin Pastor, Emilie Charles, Lucid Belmudes, Hélène Chabrolles, Marion Cescato, Michel Rivoire, Thomas Burger, Guillaume Passot, David Durantel, Julie Lucifora, Yohann Couté, Anna Salvetti
article
Frontiers in Microbiology, 2024, 15, ⟨10.3389/fmicb.2024.1415449⟩
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titre
Plasma ALS and Gal-3BP differentiate early from advanced liver fibrosis in MASLD patients
auteur
David Pérez Compte, Lucas Etourneau, Anne-Marie Hesse, Alexandra Kraut, Justine Barthelon, Nathalie Sturm, Hélène Borges, Salomé Biennier, Marie Courçon, Marc de Saint Loup, Victoria Mignot, Charlotte Costentin, Thomas Burger, Yohann Couté, Christophe Bruley, Thomas Decaens, Michel Jaquinod, Jérôme Boursier, Virginie Brun
article
Biomarker Research, 2024, 12 (1), pp.44. ⟨10.1186/s40364-024-00583-z⟩
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https://hal.science/hal-04563728/file/s40364-024-00583-z.pdf BibTex
titre
Pseudomonas aeruginosa MipA-MipB envelope proteins act as new sensors of polymyxins
auteur
Manon Janet-Maitre, Viviana Job, Maxime Bour, Mylène Robert-Genthon, Sabine Brugière, Pauline Triponney, David Cobessi, Yohann Couté, Katy Jeannot, Ina Attrée
article
mBio, 2024, 15 (3), pp.e0221123. ⟨10.1128/mbio.02211-23⟩
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titre
Large-scale phosphoproteomics reveals activation of the MAPK/GADD45β/P38 axis and cell cycle inhibition in response to BMP9 and BMP10 stimulation in endothelial cells
auteur
Mohammad Al Tarrass, Lucid Belmudes, Dzenis Koça, Valentin Azemard, Hequn Liu, Tala Al Tabosh, Delphine Ciais, Agnès Desroches-Castan, Christophe Battail, Yohann Couté, Claire Bouvard, Sabine Bailly
article
Cell Communication and Signaling, 2024, 22 (1), pp.158. ⟨10.1186/s12964-024-01486-0⟩
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titre
A microfluidic platform integrating functional vascularized organoids-on-chip
auteur
Clément Quintard, Emily Tubbs, Gustav Jonsson, Jie Jiao, Jun Wang, Nicolas Werschler, Camille Laporte, Amandine Pitaval, Thierno-Sidy Bah, Gideon Pomeranz, Caroline Bissardon, Joris Kaal, Alexandra Leopoldi, David Long, Pierre Blandin, Jean-Luc Achard, Christophe Battail, Astrid Hagelkruys, Fabrice Navarro, Yves Fouillet, Josef Penninger, Xavier Gidrol
article
Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.1452. ⟨10.1038/s41467-024-45710-4⟩
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titre
Fudging the volcano-plot without dredging the data
auteur
Thomas Burger
article
Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.1392. ⟨10.1038/s41467-024-45834-7⟩
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titre
Cellular neurobiology of hyperforin
auteur
Alexandre Bouron
article
Phytotherapy Research, 2024, 38 (2), pp.636-645. ⟨10.1002/ptr.8063⟩
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https://hal.science/hal-04286229/file/Bouron_Phytotherapy%20Research.pdf BibTex
titre
Comparative transcriptomics reveal a novel tardigrade specific DNA binding protein induced in response to ionizing radiation
auteur
M. Anoud, Emmanuelle Delagoutte, Quentin Helleu, A. Brion, Evelyne Duvernois-Berthet, M. As, X. Marques, K. Lamribet, C. Senamaud, L. Jourdren, A. Adrait, S. Heinrich, G. Toutirais, S. Hamlaoui, G. Gropplero, I. Giovannini, L. Ponger, M. Gèze, C. Blugeon, Y. Coute, R. Guidetti, L Rebecchi, C. Giovannangeli, A. de Cian, J-P. Concordet
article
eLife, 2024, ⟨10.7554/eLife.92621.1⟩
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https://mnhn.hal.science/mnhn-04286192/file/AnoudEtAl2023.pdf BibTex
titre
Cytoskeleton remodeling induced by SMYD2 methyltransferase drives breast cancer metastasis
auteur
Alexandre Casanova, Gael Roth, Simone Hausmann, Xiaoyin Lu, Ludivine Bischoff, Emilie Froeliger, Lucid Belmudes, Ekaterina Bourova-Flin, Natasha Flores, Ana Morales Benitez, Tourkian Chasan, Marcello Caporicci, Jessica Vayr, Sandrine Blanchet, Francesco Ielasi, Sophie Rousseaux, Pierre Hainaut, Or Gozani, Muriel Le Romancer, Yohann Couté, Andres Palencia, Pawel Mazur, Nicolas Reynoird
article
Cell Discovery, 2024, 10 (1), pp.12. ⟨10.1038/s41421-023-00644-x⟩
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https://hal.science/hal-04245506/file/s41421-023-00644-x.pdf BibTex
titre
Multimode fiber-coupled VIPA spectrometer for high-throughput Brillouin imaging of biological samples
auteur
Pierre Bouvet, Flora Clement, Anastasia Papoz, Thomas Dehoux, Jean-Charles Baritaux
article
Journal of Physics: Photonics, 2024, 6, pp.025010. ⟨10.1088/2515-7647/ad378c⟩
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Conference papers

titre
Vascularized pancreatic islet-on-chip for type 1 diabetes
auteur
Emily Tubbs, Clément Quintard, Amandine Pitaval, Joris Kaal, François Boizot, Yves Fouillet, Fabrice Navarro, Xavier Gidrol
article
EUROocs 2024 - EUROoCS Annual Meeting 2024, Jul 2024, Milan, Italy
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https://hal.science/hal-04399755/file/EUROoCS_2024_Abstract_48%20%281%29.pdf BibTex
titre
Characterizing biomarkers for early diagnosis of pancreatic cancer
auteur
Flora Clement, Monika Hospodiuk-Karwowski, Anastasia Papoz, Amandine Pitaval, Emily Tubbs, Vincent Haguet, Nathalie Bertacchi, Stéphanie Combe, Xavier Gidrol
article
EUROoCS2024 - The EUROOCS conference 2024, Jul 2024, Milan, Italy
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https://hal.science/hal-04396840/file/EUROoCS2024_FC2.pdf BibTex
titre
Development of an all-human vascularized model of pancreatic islets on-chip: towards personalized medicine for type 1 diabetes
auteur
Mélanie Lopes, Emily Tubbs, Joris Kaal, Fabrice Navarro, Sandrine Lablanche, Xavier Gidrol
article
EUROoCS 2024 - The Annual Meeting of the European Organ-on-Chip Society, Jul 2024, Milan, Italy
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https://hal.science/hal-04536883/file/EUROoCS2024_Abstract-M.Lopes_E.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
A plastidial DEAD box RNA helicase plays a critical role in high light acclimation by modulating ribosome biogenesis in Chlamydomonas reinhardtii
auteur
El Batoul Djouani-Tahri, Sreedhar Nellaepalli, Pascaline Auroy, Emmanuelle Billon, Adrien Burlacot, Frédéric Chaux-Jukic, Stéphan Cuiné, Virginie Epting, Marie Huleux, Bart Ghysels, Miriam Schulz-Raffelt, Isabelle Te, Sabine Brugière, Yohann Couté, Yuichiro Takahashi, Yonghua Li‐beisson, Gilles Peltier
article
2024
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titre
Phototropin connects blue light perception to starch metabolism in green algae
auteur
Yizhong Yuan, Anthony Iannetta, Minjae Kim, Patric Sadecki, Marius Arend, Angeliki Tsichla, M. Águila Ruiz-Sola, Georgios Kepesidis, Denis Falconet, Emmanuel Thevenon, Marianne Tardif, Sabine Brugière, Yohann Couté, Jean Philippe Kleman, Irina Sizova, Marion Schilling, Juliette Jouhet, Peter Hegemann, Yonghua Li‐beisson, Zoran Nikoloski, Olivier Bastien, Leslie Hicks, Dimitris Petroutsos
article
2024
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titre
The α/β hydrolase domain-containing protein 1 (ABHD1) acts as a lysolipid lipase and is involved in lipid droplet formation
auteur
Ismael Torres-Romero, Bertrand Légeret, Marie Huleux, Damien Sorigue, Alicia Damm, Stéphan Cuiné, Florian Veillet, Carla Blot, Sabine Brugière, Yohann Couté, Matthew Garneau, Hari Kiran Kotapati, Yi Xin, Jian Xu, Philip Bates, Abdou Rachid Thiam, Fred Beisson, Yonghua Li-Beisson
article
2024
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2023

Journal articles

titre
Pour une bonne compréhension et un bon usage du terme « organoïdes »
auteur
Hervé Chneiweiss, Anne Dubart-Kupperschmitt, Jean-Charles Duclos-Vallée, Bruno Clément, Vincent Flacher, Jean-Luc Galzi, Xavier Gidrol, Olivier Goureau, Géraldine Guasch, Jacques Haiech, Christine Lemaitre, Maxime Mahé, Sophie Martin, Laurent Poulain, Corinne Sebastiani, Nathalie Vergnolle, Frank Yates
article
Médecine/Sciences, 2023, 39 (11), pp.876-878. ⟨10.1051/medsci/2023155⟩
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titre
Histological features of liver disease development in the Atp7b −/− mouse: a model of Wilson’s disease
auteur
Pierre-Marie Lavrut, Olivier Guillaud, Jérôme Dumortier, Elisabeth Mintz, Virginie Brun, Sophie Heissat, Eduardo Couchonnal Bedoya, Alain Lachaux, Muriel Bost, Valerie Hervieu
article
Journal of Clinical Pathology, 2023, jcp-2023-209190. ⟨10.1136/jcp-2023-209190⟩
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titre
SIN-3 acts in distinct complexes to regulate the germline transcriptional program in Caenorhabditis elegans
auteur
Valerie Robert, Matthieu Caron, Loic Gely, Annie Adrait, Victoria Pakulska, Yohann Couté, Manon Chevalier, Christian Riedel, Cecile Bedet, Francesca Palladino
article
Development (Cambridge, England), 2023, 150 (21), ⟨10.1242/dev.201755⟩
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titre
Deciphering evolutionary trajectories of lactate dehydrogenases provides new insights into allostery.
auteur
Adeline Robin, Céline Brochier-Armanet, Quentin Bertrand, Caroline Barette, Eric Girard, Dominique Madern
article
Molecular Biology and Evolution, 2023, msad223, ⟨10.1093/molbev/msad223⟩
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https://hal.science/hal-04235286/file/Robin%20et%20al.%20MBE.pdf BibTex
titre
Is a real-time quantifiable liquid biopsy achievable using a microfluidic lab-on-chip ?
auteur
Veronica Casali, Ingrid Clerc Guithon, Boudewijn van Der Sanden, Olivier Stephan, Laetitia Gredy, Isabelle Vilgrain, Donald Martin
article
The EuroBiotech Journal, 2023, 7 (4), pp.189-195. ⟨10.2478/ebtj-2023-0014⟩
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titre
Photobiomodulation promotes the functionality and viability of human pancreatic islets in basal conditions and under cytokine stress conditions
auteur
Quentin Perrier, Emily Tubbs, Pierre-Yves Benhamou, Cécile Moro, Sandrine Lablanche
article
American Journal of Transplantation, 2023, 190 (5), pp.177. ⟨10.1016/j.ajt.2023.10.014⟩
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titre
Cell-type-specific control of secondary cell wall formation by Musashi-type translational regulators in Arabidopsis
auteur
Alicia Kairouani, Dominique Pontier, Claire Picart, Fabien Mounet, Yves Martinez, Lucie Le-Bot, Mathieu Fanuel, Philippe Hammann, Lucid Belmudes, Remy Merret, Jacinthe Azevedo, Marie-Christine Carpentier, Dominique Gagliardi, Yohann Couté, Richard Sibout, Natacha Bies-Etheve, Thierry Lagrange
article
eLife, 2023, 12, ⟨10.7554/eLife.88207⟩
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https://hal.science/hal-04230426/file/islandora_167735.pdf BibTex
titre
Compact and modular system architecture for a nano-resonator-mass spectrometer
auteur
Adrien Reynaud, Wioletta Trzpil, Louis Dartiguelongue, Vaitson Çumaku, Thomas Fortin, Marc Sansa, Sebastien Hentz, Christophe Masselon
article
Frontiers in Chemistry, 2023, 11, ⟨10.3389/fchem.2023.1238674⟩
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titre
Pulse-SILAC and interactomics reveal distinct DDB1-CUL4 associated factors (DCAFs), cellular functions, and protein substrates
auteur
Jennifer Raisch, Marie-Line Dubois, Marika Groleau, Dominique Lévesque, Thomas Burger, Carla-Marie Jurkovic, Romain Brailly, Gwendoline Marbach, Alyson Mckenna, Catherine Barrette, Pierre-Étienne Jacques, François-Michel Boisvert
article
Molecular and Cellular Proteomics, 2023, pp.100644. ⟨10.1016/j.mcpro.2023.100644⟩
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https://hal.science/hal-04203140/file/Dubois%20et%20al.Manuscrit_Re_v5.pdf BibTex
titre
Fetal Muse-based therapy prevents lethal radio-induced gastrointestinal syndrome by intestinal regeneration
auteur
Honorine Dushime, Stéphanie Moreno, Christine Linard, Annie Adrait, Yohann Couté, Juliette Peltzer, Sébastien Messiaen, Claire Torres, Lydia Bensemmane, Daniel Lewandowski, Paul Henri Romeo, Vanessa Petit, Nathalie Gault
article
Stem Cell Research and Therapy, 2023, 14 (201), pp.1-22. ⟨10.1186/s13287-023-03425-1⟩
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https://irsn.hal.science/irsn-04249687/file/Stem%20cell%20Res%20Ther%202023.pdf BibTex
titre
Molecular Mechanisms of Endothelialitis in SARS-CoV-2 Infection: Evidence for VE-Cadherin Cleavage by ACE2
auteur
Laurence Bouillet, Alban Deroux, Meryem Benmarce, Chloé Guérin, Laura Bouvet, Olivia Garnier, Donald Martin, Isabelle Vilgrain
article
International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (15), pp.12525. ⟨10.3390/ijms241512525⟩
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BibTex
titre
Single tyrosine mutation in VE-cadherin modulates gene lung expressions: evidence for FOXF1 mediated S1PR1 upregulation to stabilize vessels in mice
auteur
Olivia Garnier, Florian Jeanneret, Aude Durand, Arnold Fertin, Donald Martin, Sarah Berndt, Gilles Carpentier, Christophe Battail, Isabelle Vilgrain
article
BioRxiv, 2023, ⟨10.1101/2023.07.28.550978⟩
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titre
Neuronal Store-Operated Calcium Channels
auteur
Alexandre Bouron
article
Molecular Neurobiology, 2023, 60, pp.4517-4546. ⟨10.1007/s12035-023-03352-5⟩
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BibTex
titre
Controlling for false discoveries subsequently to large scale one‐way ANOVA testing in proteomics: Practical considerations
auteur
Thomas Burger
article
Proteomics, 2023, 2022, pp.00406. ⟨10.1002/pmic.202200406⟩
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https://hal.science/hal-04140803/file/PHTFDR-revised2-v2-final.pdf BibTex
titre
Neuronal Store-Operated Calcium Channels
auteur
Alexandre Bouron
article
Molecular Neurobiology, 2023, ⟨10.1007/s12035-023-03352-5⟩
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titre
Role of the deubiquitinating enzyme UCH-L1 in mitochondrial function
auteur
Alexandre Bouron, Laurence Aubry, Desirée Loreth, Marie-Odile Fauvarque, Catherine Meyer-Schwesinger
article
Frontiers in Cellular Neuroscience, 2023, 17, ⟨10.3389/fncel.2023.1149954⟩
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BibTex
titre
Detection of genes with differential expression dispersion unravels the role of autophagy in cancer progression
auteur
Christophe Le Priol, Chloé-Agathe Azencott, Xavier Gidrol
article
PLoS Computational Biology, 2023, 19 (3), pp.e1010342. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010342⟩
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titre
Co-Transplantation of Barcoded Lymphoid-Primed Multipotent (LMPP) and Common Lymphocyte (CLP) Progenitors Reveals a Major Contribution of LMPP to the Lymphoid Lineage
auteur
Victoria Michaels, Smahane Chalabi, Agnes Legrand, Julie Renard, Emmanuel Tejerina, Marina Daouya, Sylvie Fabrega, Jérôme Megret, Robert Olaso, Anne Boland, Jean-François Deleuze, Christophe Battail, Diana Tronik-Le Roux, Sophie Ezine
article
International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (5), pp.4368. ⟨10.3390/ijms24054368⟩
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https://u-paris.hal.science/hal-04092164/file/ijms-24-04368-v2.pdf BibTex
titre
Inflammasome-independent NLRP3 function enforces ATM activity in response to genotoxic stress
auteur
Mélanie Bodnar-Wachtel, Anne-Laure Huber, Julie Gorry, Sabine Hacot, Delphine Burlet, Laetitia Gérossier, Baptiste Guey, Nadège Goutagny, Birke Bartosch, Elise Ballot, Julie Lecuelle, Caroline Truntzer, François Ghiringhelli, Bénédicte F Py, Yohann Couté, Annabelle Ballesta, Sylvie Lantuejoul, Janet Hall, Agnès Tissier, Virginie Petrilli
article
Life Science Alliance, 2023, 6 (4), pp.e202201494. ⟨10.26508/lsa.202201494⟩
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https://hal.science/hal-04052301/file/Bodnar-Wachtel2023.pdf BibTex
titre
Dialogue between VE-Cadherin and Sphingosine 1 Phosphate Receptor1 (S1PR1) for Protecting Endothelial Functions
auteur
Olivia Garnier, Isabelle Vilgrain
article
International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (4), pp.4018. ⟨10.3390/ijms24044018⟩
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titre
Membrane vesicles released by Lacticaseibacillus casei BL23 inhibit the biofilm formation of Salmonella Enteritidis
auteur
David da Silva Barreira, Julie Laurent, Jessica Lourenço, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Jean Guzzo, Aurélie Rieu
article
Scientific Reports, 2023, 13 (1), pp.1163. ⟨10.1038/s41598-023-27959-9⟩
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titre
Immune-Mediated Rippling Muscle Disease Associated With Thymoma and Anti-MURC/Cavin-4 Autoantibodies
auteur
Juliette Svahn, Laurent Coudert, Nathalie Streichenberger, Alexandra Kraut, Alice Gravier-Dumonceau-Mazelier, Ludivine Rotard, Laurence Calemard-Michel, Rita Menassa, Elisabeth Errazuriz-Cerda, Lara Chalabreysse, Alexis Osseni, Christophe Vial, Laurentiu Jomir, François Tronc, Do Le Duy, Emilien Bernard, Vincent Gache, Yohann Couté, Vincent Jacquemond, Laurent Schaeffer, Pascal Leblanc
article
Neurology Neuroimmunology & Neuroinflammation, 2023, 10 (1), pp.e200068. ⟨10.1212/NXI.0000000000200068⟩
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https://cnrs.hal.science/hal-04293370/file/e200068.full.pdf BibTex
titre
Investigation of chemical composition and biological activities of $Ajuga\ pyramidalis$—isolation of iridoids and phenylethanoid glycosides
auteur
Anthonin Gori, Benjamin Boucherle, Aurélien Rey, Maxime Rome, Caroline Barette, Emmanuelle Soleilhac, Christian Philouze, Marie-Odile Fauvarque, Nicola Fuzzati, Marine Peuchmaur
article
Metabolites, 2023, 13, pp.128. ⟨10.3390/metabo13010128⟩
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https://hal.science/hal-04014499/file/Gori-metabolites-2023.pdf BibTex
titre
RSK3 switches cell fate: from stress-induced senescence to malignant progression
auteur
Anda Huna, Jean-Michel Flaman, Catalina Lodillinsky, Kexin Zhu, Gabriela Makulyte, Victoria Pakulska, Yohann Coute, Clémence Ruisseaux, Pierre Saintigny, Hector Hernandez-Vargas, Pierre-Antoine Defossez, Mathieu Boissan, Nadine Martin, David Bernard
article
Journal of experimental & clinical cancer research, 2023, 42, pp.318. ⟨10.1186/s13046-023-02909-5⟩
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https://cnrs.hal.science/hal-04373725/file/13046_2023_Article_2909.pdf BibTex
titre
RSL24D1 sustains steady-state ribosome biogenesis and pluripotency translational programs in embryonic stem cells
auteur
Sébastien Durand, Marion Bruelle, Fleur Bourdelais, Bigitha Bennychen, Juliana Blin-Gonthier, Caroline Isaac, Aurélia Huyghe, Sylvie Martel, Antoine Seyve, Christophe Vanbelle, Annie Adrait, Yohann Couté, David Meyronet, Frédéric Catez, Jean-Jacques Diaz, Fabrice Lavial, Emiliano Ricci, François Ducray, Mathieu Gabut
article
Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.356. ⟨10.1038/s41467-023-36037-7⟩
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https://cnrs.hal.science/hal-04010880/file/41467_2023_Article_36037.pdf BibTex
titre
Mechanistic and functional aspects of the Ruminococcin C sactipeptide isoforms
auteur
Lama Shamseddine, Clarisse Roblin, Iris Veyrier, Christian Basset, Lisa de Macedo, Anne Boyeldieu, Marc Maresca, Cendrine Nicoletti, Gaël Brasseur, Sylvie Kieffer– Jaquinod, Elise Courvoisier‐dezord, Agnès Amouric, Philippe Carpentier, Nathalie Campo, Mathieu Bergé, Patrice Polard, Josette Perrier, Victor Duarte, Mickaël Lafond
article
iScience, 2023, 26 (9), pp.107563. ⟨10.1016/j.isci.2023.107563⟩
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https://hal.science/hal-04227419/file/PIIS2589004223016401.pdf BibTex
titre
Arabidopsis eIF4E1 protects the translational machinery during TuMV infection and restricts virus accumulation
auteur
Delyan Zafirov, Nathalie Giovinazzo, Cécile Lecampion, Ben Field, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Karen S Browning, Christophe Robaglia, Jean-Luc Gallois
article
PLoS Pathogens, 2023, 19 (11), pp.e1011417. ⟨10.1371/journal.ppat.1011417⟩
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https://hal.science/hal-04447408/file/2023e%20Zafirov%20Plos%20Pathogens.pdf BibTex
titre
A Proteomics-Based Approach Identifies the NEDD4 Adaptor NDFIP2 as an Important Regulator of Ifitm3 Levels
auteur
Federico Marziali, Yuxin Song, Xuan-Nhi Nguyen, Lucid Belmudes, Julien Burlaud-Gaillard, Philippe Roingeard, Yohann Couté, Andrea Cimarelli
article
Viruses, 2023, 15 (10), pp.1993. ⟨10.3390/v15101993⟩
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Conference papers

titre
Chloroplast biogenesis: towards the role of localized translation in Arabidopsis
auteur
Norbert Rolland, Laura Dimnet, Sara Pullara, Lucas Moyet, Chloé Genevey, Samantha Moulin, Sabine Brugière, Alexandra Launay-Avon, Yohann Couté, Etienne Delannoy, Rémy Merret, Marcel Kuntz
article
59th Congress of the Argentine Society for Research in Biochemistry and Molecular Biology (SAIB), SAIB, Nov 2023, Rosario, Argentina
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BibTex
titre
Development of an amphicrine pancreas-on-a-chip to study tumor initiation in a diabetic microenvironment
auteur
Flora Clement, Monika Hospodiuk-Karwowski, Vincent Haguet, Amandine Pitaval, Anastasia Papoz, Emily Tubbs, Stéphanie Combe, Xavier Gidrol
article
Pancreatic Cancer Symposium - 3e International Pancreatic Cancer Symposium, Oct 2023, Bordeaux, France
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https://hal.science/hal-04399625/file/Abstract-Flora%20Clement.pdf BibTex
titre
Développement d'un pancréas-amphicrine-sur-puce pour étudier l'initiation tumorale en contexte diabétique
auteur
Flora Clement, Monika Hospodiuk-Karwowski, Vincent Haguet, Amandine Pitaval, Eric Sulpice, Anastasia Papoz, Clémence Pfeil, Stéphanie Combe, Xavier Gidrol
article
37ème Réunion du Club Francais du pancréas, Club Francais du pancréas, Sep 2023, Lille, France
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https://hal.science/hal-04399642/file/Abstract-Flora%20Clement.pdf BibTex
titre
Comparaison des capacités prédictives de réseaux de neurones, application à la masse sèche de cellules
auteur
Romain Bailly, Marielle Malfante, Cédric Allier, Lamya Ghenim, Jerome I. Mars
article
GRETSI 2023 - XXIXème Colloque Francophone de Traitement du Signal et des Images, Aug 2023, Grenoble, France
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https://cea.hal.science/cea-04249437/file/Gretsi2023_final.pdf BibTex
titre
Chloroplast biogenesis: towards the role of localized translation in Arabidopsis
auteur
Sara Pullara, Laura Dimnet, Lucas Moyet, Chloé Genevey, Samantha Moulin, Sabine Brugière, Alexandra Launay-Avon, Yohann Couté, Etienne Delannoy, Marcel Kuntz, Norbert Rolland
article
Journées du "Protéome Vert" 2023, Réseau Protéome Vert, Jun 2023, Gif-Sur-Yvette, France
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Book sections

titre
Statistical Analysis of Quantitative Peptidomics and Peptide-Level Proteomics Data with Prostar
auteur
Marianne Tardif, Enora Fremy, Anne-Marie Hesse, Thomas Burger, Yohann Couté, Samuel Wieczorek
article
Statistical Analysis of Proteomic Data, 2426, Springer US, pp.163-196, 2023, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1967-4_9⟩
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BibTex
titre
Validation of MS/MS identifications and label-free quantification using Proline
auteur
Véronique Dupierris, Anne-Marie Hesse, Jean-Philippe Menetrey, David Bouyssié, Thomas Burger, Yohann Couté, Christophe Bruley
article
Statistical Analysis of Proteomic Data, 2426, Springer US, pp.67-89, 2023, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1967-4_4⟩
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https://hal.science/hal-03244240/file/ProlineBH-preprint-version.pdf BibTex
titre
Validation of MS/MS Identifications and Label-Free Quantification Using Proline
auteur
Véronique Dupierris, Anne-Marie Hesse, Jean-Philippe Menetrey, David Bouyssié, Thomas Burger, Yohann Couté, Christophe Bruley
article
Statistical Analysis of Proteomic Data, 2426, Springer US, pp.67-89, 2023, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1967-4_4⟩
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titre
Statistical analysis of quantitative peptidomics and peptide-level proteomics data with Prostar
auteur
Marianne Tardif, Enora Fremy, Anne-Marie Hesse, Thomas Burger, Yohann Couté, Samuel Wieczorek
article
Statistical Analysis of Proteomic Data, 2426, Springer US, pp.163-196, 2023, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1967-4_9⟩
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https://hal.science/hal-03242797/file/Prostar-peptidelevel-preprint.pdf BibTex
titre
Unveiling the links between peptide identification and differential analysis FDR controls by means of a practical introduction to knockoff filters
auteur
Lucas Etourneau, Nelle Varoquaux, Thomas Burger
article
Statistical Analysis of Proteomic Data, 2426, Springer US, pp.1-24, 2023, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1101/2021.08.20.454134⟩
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Theses

titre
A single point mutation Y685F within the VE-cadherin cytoplasmic domain affects endothelial transcriptomic : from fundamental studies to clinical applications.
auteur
Olivia Garnier
article
Biologie cellulaire. Université Grenoble Alpes [2020-..], 2023. Français. ⟨NNT : 2023GRALV099⟩
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https://theses.hal.science/tel-04556676/file/GARNIER_2023_archivage.pdf BibTex
titre
Quantitative proteomic analysis methods for the discovery and validation of circulating biomarkers : application to liver diseases
auteur
David Perez Compte
article
Biotechnologie. Université Grenoble Alpes [2020-..], 2023. Français. ⟨NNT : 2023GRALV056⟩
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https://theses.hal.science/tel-04434513/file/PEREZ_2023_archivage.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Detecting abnormal cell behaviors from dry mass time series
auteur
Romain Bailly, Marielle Malfante, Cédric Allier, Chiara Paviolo, Lamya Ghenim, Kiran Padmanabhan, Sabine Bardin, Jerome Mars
article
2023
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https://cnrs.hal.science/hal-04275745/file/Scientifc_Reports_lamyaghenim_soumis.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
Genome-wide analysis of genes encoding core components of the ubiquitin system during cerebral cortex development
auteur
Alexandre Bouron, Marie-Odile Fauvarque
article
Molecular Brain, 2022, 15 (1), pp.72. ⟨10.1186/s13041-022-00958-z⟩
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titre
Guidance landscapes unveiled by quantitative proteomics to control reinnervation in adult visual system
auteur
Noemie Vilallongue, Julia Schaeffer, Anne-Marie Hesse, Céline Delpech, Béatrice Blot, Antoine Paccard, Elise Plissonnier, Blandine Excoffier, Yohann Couté, Stephane Belin, Homaira Nawabi
article
Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.6040. ⟨10.1038/s41467-022-33799-4⟩
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titre
Human histone pre-mRNA assembles histone or canonical mRNA-processing complexes by overlapping 3′-end sequence elements
auteur
Francesco Ielasi, Sara Ternifi, Emeline Fontaine, Domenico Iuso, Yohann Couté, Andrés Palencia
article
Nucleic Acids Research, 2022, 50 (21), pp.12425-12443. ⟨10.1093/nar/gkac878⟩
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titre
Structure of the human heparan sulfate polymerase complex EXT1-EXT2
auteur
Francisco Leisico, Juneina Omeiri, Christine Le Narvor, Joël Beaudouin, Michael Hons, Daphna Fenel, Guy Schoehn, Yohann Couté, David Bonnaffé, Rabia Sadir, Hugues Lortat-Jacob, Rebekka Wild
article
Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.7110. ⟨10.1038/s41467-022-34882-6⟩
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https://hal.science/hal-04234530/file/EXT-ms.pdf BibTex
titre
Spontaneous Prophage Induction Contributes to the Production of Membrane Vesicles by the Gram-Positive Bacterium Lacticaseibacillus casei BL23
auteur
David da Silva Barreira, Pierre Lapaquette, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Jean Guzzo, Aurélie Rieu
article
mBio, 2022, 13 (5), pp.2200155. ⟨10.1128/mbio.02375-22⟩
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titre
Toward more potent imidazopyridine inhibitors of Candida albicans Bdf1: Modeling the role of structural waters in selective ligand binding
auteur
Yingsheng Zhou, Justin Overhulse, Nathan Dupper, Yanchun Guo, Boris Kashemirov, Kaiyao Wei, Jérôme Govin, Carlo Petosa, Charles Mckenna
article
Journal of Computational Chemistry, 2022, ⟨10.1002/jcc.26997⟩
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titre
Microtumor Spheroids Provide a Model for Studying Molecules Involved in Vascular Organization: An Illustrative Study for VE-cadherin
auteur
Paul Dembélé, Olivia Garnier, Donald Martin, Isabelle Vilgrain
article
Anticancer Research, 2022, 42 (10), pp.4689-4700. ⟨10.21873/anticanres.15973⟩
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titre
Store-operated ion channels: a growing family ?
auteur
Alexandre Bouron
article
Cell Calcium, 2022, pp.102657. ⟨10.1016/j.ceca.2022.102657⟩
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titre
Real-time monitoring of oxygen levels within thermoplastic Organ-on-Chip devices
auteur
Anubhav Bussooa, Emily Tubbs, Frédéric Revol-Cavalier, Ayman Chmayssem, Manuel Alessio, Marie-Line Cosnier, Nicolas Verplanck
article
Biosensors and Bioelectronics: X, 2022, 11, pp.100198. ⟨10.1016/j.biosx.2022.100198⟩
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titre
Proteomics Evidence of a Systemic Response to Desiccation in the Resurrection Plant Haberlea rhodopensis
auteur
Petko Mladenov, Diana Zasheva, Sébastien Planchon, Céline C Leclercq, Denis Falconet, Lucas Moyet, Sabine Brugière, Daniela Moyankova, Magdalena Tchorbadjieva, Myriam Ferro, Norbert Rolland, Jenny Renaut, Dimitar Djilianov, Xin Deng
article
International Journal of Molecular Sciences, 2022, 23 (15), pp.8520. ⟨10.3390/ijms23158520⟩
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https://hal.science/hal-03747437/file/Mladenov%20et%20al%20-%20Int%20J%20Mol%20Sci%20.pdf BibTex
titre
A Micrarchaeon Isolate Is Covered by a Proteinaceous S-Layer
auteur
Sabrina Gfrerer, Dennis Winkler, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Reinhard Rachel, Johannes Gescher
article
Applied and Environmental Microbiology, 2022, 88 (5), pp.e202101140. ⟨10.1128/AEM.01553-21⟩
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titre
Direct visualization of pre-protamine 2 detects protamine assembly failures and predicts ICSI success
auteur
Maryam Rezaei-Gazik, Alexandra Vargas, Amir Amiri-Yekta, Anne-Laure Vitte, Arvand Akbari, Sophie Barral, Vahid Esmaeili, Florent Chuffart, Mohammad Ali Sadighi-Gilani, Yohann Couté, Poopak Eftekhari-Yazdi, Saadi Khochbin, Sophie Rousseaux, Mehdi Totonchi
article
Molecular Human Reproduction, 2022, 28 (2), ⟨10.1093/molehr/gaac004⟩
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2021

Journal articles

titre
Developing Rhodobacter sphaeroides for cathodic biopolymer production
auteur
Ferdinand Schmid, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Johannes Gescher
article
Bioresource Technology, 2021, 336 (1), pp.125340. ⟨10.1016/j.biortech.2021.125340⟩
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titre
Production of acetoin from renewable resources under heterotrophic and mixotrophic conditions
auteur
Daniel Härrer, Carina Windhorst, Nicola Böhner, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Johannes Gescher
article
Bioresource Technology, 2021, 329 (17), pp.124866. ⟨10.1111/pce.14013⟩
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titre
Combretastatin A-4 sulfur-containing heterocyclic derivatives: Synthesis, antiproliferative activities and molecular docking studies
auteur
Abdelfattah Faouzi, Alexandre Arnaud, Alexandre Bancet, Caroline Barette, Jordane Preto, Cong Viet Do, Lars Petter Jordheim, Zineb Bousfiha, Thi Thanh Binh Nguyen, Marion Verrière, Amaury Farce, Marie-Odile Fauvarque, Roland Barret, Thierry Lomberget
article
European Journal of Medicinal Chemistry, 2021, 215, pp.113275. ⟨10.1016/j.ejmech.2021.113275⟩
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titre
ChloroKB, a cell metabolism reconstruction of the model plant Arabidopsis thaliana
auteur
Pauline Gloaguen, Yves Vandenbrouck, Jacques Joyard, Gilles Curien
article
Comptes Rendus Biologies, 2021, 344 (2), pp.157-163. ⟨10.5802/crbiol.49⟩
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https://hal.science/hal-03282179/file/Gloaguen_et_al_ChloroKB_CRAS_2021.pdf BibTex
titre
The emerging landscape of single-molecule protein sequencing technologies
auteur
Javier Antonio Alfaro, Peggy Bohländer, Mingjie Dai, Mike Filius, Cecil J. Howard, Xander F. Van Kooten, Shilo Ohayon, Adam Pomorski, Sonja Schmid, Aleksei Aksimentiev, Eric V. Anslyn, Georges Bedran, Chan Cao, Mauro Chinappi, Etienne Coyaud, Cees Dekker, Gunnar Dittmar, Nicholas Drachman, Rienk Eelkema, David Goodlett, Sébastien Hentz, Umesh Kalathiya, Neil L. Kelleher, Ryan T. Kelly, Zvi Kelman, Sung Hyun Kim, Bernhard Kuster, David Rodriguez-Larrea, Stuart Lindsay, Giovanni Maglia, Edward M. Marcotte, John P. Marino, Christophe D. Masselon, Michael Mayer, Patroklos Samaras, Kumar Sarthak, Lusia Sepiashvili, Derek Stein, Meni Wanunu, Mathias Wilhelm, Peng Yin, Amit Meller, Chirlmin Joo
article
Nature Methods, 2021, 18 (6), pp.604--617. ⟨10.1038/s41592-021-01143-1⟩
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https://hal.science/hal-03605364/file/s41592-021-01143-1-2.pdf BibTex
titre
Argonaute Autoantibodies as Biomarkers in Autoimmune Neurologic Diseases
auteur
Le-Duy Do, Christian P. Moritz, Sergio Muñiz-Castrillo, Anne-Laurie Pinto, Yannick Tholance, Sabine Brugiere, Yohann Couté, Oda Stoevesandt, Michael J. Taussig, Véronique Rogemond, Alberto Vogrig, Bastien Joubert, Karine Ferraud, Jean-Philippe Camdessanché, Jean-Christophe Antoine, Jérôme Honnorat
article
Neurology - Neuroimmunology Neuroinflammation, 2021, 8 (5), pp.e1032. ⟨10.1212/NXI.0000000000001032⟩
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titre
Mass Spectrometry-Based Proteomics Reveal Alcohol Dehydrogenase 1B as a Blood Biomarker Candidate to Monitor Acetaminophen-Induced Liver Injury
auteur
Floriane Pailleux, Pauline Maes, Michel Jaquinod, Justine Barthelon, Marion Darnaud, Claire Lacoste, Yves Vandenbrouck, Benoit Gilquin, Mathilde Louwagie, Anne-Marie Hesse, Alexandra Kraut, Jérôme Garin, Vincent Leroy, Jean-Pierre Zarski, Christophe Bruley, Yohann Couté, Didier Samuel, Philippe Ichai, Jamila Faivre, Virginie Brun
article
International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (20), pp.11071. ⟨10.3390/ijms222011071⟩
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titre
Apoptotic Mesenchymal Stromal Cells Support Osteoclastogenesis While Inhibiting Multinucleated Giant Cells Formation in Vitro
auteur
Paul Humbert, Meadhbh Á. Brennan, Julien de Lima, Régis Brion, Annie Adrait, Céline Charrier, Bénédicte Brulin, Valérie Trichet, Yohann Couté, Frédéric Blanchard, Pierre Layrolle
article
Scientific Reports, 2021, 11 (1), pp.12144. ⟨10.1038/s41598-021-91258-4⟩
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titre
Goldberg-Shprintzen Syndrome Protein KIF1BP Is a CITK Interactor Implicated in Cytokinesis.
auteur
Gianmarco Pallavicini, Marta Gai, Giorgia Iegiani, Gaia Elena Berto, Annie Adrait, Yohann Couté, Ferdinando Di Cunto
article
Journal of Cell Science, 2021, jcs.250902, ⟨10.1242/jcs.250902⟩
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titre
Extracellular Riboflavin Induces Anaerobic Biofilm Formation in Shewanella Oneidensis
auteur
Miriam Edel, Gunnar Sturm, Katrin Sturm-Richter, Michael Wagner, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Harald Horn, Johannes Gescher
article
Biotechnology for Biofuels, 2021, 14 (1), pp.130. ⟨10.1186/s13068-021-01981-3⟩
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2020

Journal articles

titre
The blood copper isotopic composition is a prognostic indicator of the hepatic injury in Wilson disease
auteur
Aline Lamboux, Eduardo Couchonnal-Bedoya, Olivier Guillaud, Chloé Laurencin, Laurence Lion-François, Abdelouahed Belmalih, Elisabeth Mintz, Virginie Brun, Muriel Bost, Alain Lachaux, Vincent Balter
article
Metallomics, 2020, 12 (11), pp.1781-1790. ⟨10.1039/d0mt00167h⟩
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titre
High-throughput synthetic rescue for exhaustive characterization of suppressor mutations in human genes
auteur
Farah Kobaisi, Nour Fayyad, Eric Sulpice, Bassam Badran, Hussein Fayyad-Kazan, Walid Rachidi, Xavier Gidrol
article
Cellular and Molecular Life Sciences, 2020, 77 (21), pp.4209-4222. ⟨10.1007/s00018-020-03519-6⟩
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titre
The PopN gate-keeper complex acts on the ATPase PscN to regulate the T3SS secretion switch from early to middle substrates in Pseudomonas aeruginosa
auteur
Tuan Dung Ngo, Caroline Perdu, Bakhos Jneid, Michel Ragno, Julia Novion Ducassou, Alexandra Kraut, Yohann Couté, Charles Stopford, Ina Attrée, Arne Rietsch, Eric Faudry
article
Journal of Molecular Biology, 2020, ⟨10.1016/j.jmb.2020.10.024⟩
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titre
A high-stringency blueprint of the human proteome
auteur
S Adhikari, Edouard C Nice, E Deutsch, Lydie Lane, Gilbert S Omenn, Stephen R Pennington, Young-Ki Paik, Christopher M Overall, Fernando J Corrales, Ileana M Cristea, Jennifer E van Eyk, Mathias Uhlén, Cecilia Lindskog, Daniel W Chan, Amos Bairoch, James C Waddington, Joshua L Justice, Joshua Labaer, Henry Rodriguez, Fuchu He, Markus Kostrzewa, Peipei Ping, Rebekah L Gundry, Peter Stewart, Sanjeeva Srivastava, Sudhir Srivastava, Fabio C S Nogueira, Gilberto B Domont, Yves Vandenbrouck, Maggie P y Lam, Sara Wennersten, Juan Antonio Vizcaíno, Marc Wilkins, Jochen M Schwenk, Emma Lundberg, Nuno Bandeira, György Marko-Varga, Susan T Weintraub, Charles Pineau, Ulrike Kusebauch, Robert L Moritz, Seong Beom Ahn, Magnus Palmblad, Michael P Snyder, Ruedi Aebersold, Mark S Baker
article
Nature Communications, 2020, 11 (1), pp.5301. ⟨10.1038/s41467-020-19045-9⟩
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https://hal.science/hal-03004830/file/s41467-020-19045-9.pdf BibTex
titre
Liquid Biopsy of Bile based on Targeted Mass Spectrometry for the Diagnosis of Malignant Biliary Strictures
auteur
Annie Adrait, Jean‐marc Dumonceau, Myriam Delhaye, Isabelle Annessi‐ramseyer, Jean‐louis Frossard, Yohann Couté, Annarita Farina
article
Clinical and Translational Science., 2020, ⟨10.1111/cts.12890⟩
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BibTex
titre
Beyond target-decoy competition: stable validation of peptide and protein identifications in mass spectrometry-based discovery proteomics
auteur
Yohann Couté, Christophe Bruley, Thomas Burger
article
Analytical Chemistry, 2020, ⟨10.1021/acs.analchem.0c00328⟩
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https://hal.science/hal-02963041/file/preprint-finalversion-bioRxiv.pdf BibTex
titre
Systematic genetic and proteomic screens during gametogenesis identify H2BK34 methylation as an evolutionary conserved meiotic mark
auteur
Marion Crespo, Lacey J Luense, Marie Arlotto, Jialei Hu, Jean Dorsey, Encar García-Oliver, Parisha P Shah, Delphine Pflieger, Shelley L Berger, Jérôme Govin
article
Epigenetics & Chromatin, 2020, 13 (1), ⟨10.1186/s13072-020-00349-5⟩
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https://hal.science/hal-02945586/file/EpigeneticsChromatin_2020.pdf BibTex
titre
Quantitative Automated Assays in Living Cells to Screen for Inhibitors of Hemichannel Function
auteur
Emmanuelle Soleilhac, Marjorie Comte, Anaelle da Costa, Caroline Barette, Christèle Picoli, Magda Mortier, Laurence Aubry, Franck Mouthon, Marie-Odile Fauvarque, Mathieu Charvériat
article
Slas Discovery, 2020, pp.247255522095438. ⟨10.1177/2472555220954388⟩
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BibTex
titre
The unusual structure of Ruminococcin C1 antimicrobial peptide confers clinical properties
auteur
Clarisse Roblin, Steve Chiumento, Olivier Bornet, Matthieu Nouailler, Christina S. Müller, Katy Jeannot, Christian Basset, Sylvie Kieffer-Jaquinod, Yohann Couté, Stéphane Torelli, Laurent Le pape, Volker Schünemann, Hamza Olleik, Bruno de La Villeon, Philippe Sockeel, Eric Di Pasquale, Cendrine Nicoletti, Nicolas Vidal, Leonora Poljak, Olga Iranzo, Thierry Giardina, Michel Fons, Estelle Devillard, Patrice Polard, Marc Maresca, Josette Perrier, Mohamed Atta, Francoise Guerlesquin, Mickaël Lafond, Victor Duarte
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2020, 120 (13), pp.e2302405120. ⟨10.1073/pnas.2302405120⟩
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https://hal.science/hal-02920462/file/Combined%20manuscript.pdf BibTex
titre
Transcriptomic Profiling of Ca$^{2+}$ Transport Systems during the Formation of the Cerebral Cortex in Mice
auteur
Alexandre Bouron
article
Cells, 2020, 9 (8), pp.1800. ⟨10.3390/cells9081800⟩
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https://hal.science/hal-02925944/file/ABour.pdf BibTex
titre
Target verification of artesunate-related antiviral drugs: Assessing the role of mitochondrial and regulatory proteins by click chemistry and fluorescence labeling
auteur
Friedrich Hahn, Aischa Niesar, Christina Wangen, Markus Wild, Benedikt Grau, Lars Herrmann, Aysun Capci, Annie Adrait, Yohann Couté, Svetlana Tsogoeva, Manfred Marschall
article
Antiviral Research, 2020, 180, pp.104861. ⟨10.1016/j.antiviral.2020.104861⟩
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BibTex
titre
The Mammalian Cap-Specific m6Am RNA Methyltransferase PCIF1 Regulates Transcript Levels in Mouse Tissues
auteur
Radha Raman Pandey, Elena Delfino, David Homolka, Adriana Roithova, Kuan-Ming Chen, Lingyun Li, Giulia Franco, Cathrine Broberg Vågbø, Emmanuel Taillebourg, Marie-Odile Fauvarque, Ramesh Pillai
article
Cell Reports, 2020, 32 (7), pp.108038. ⟨10.1016/j.celrep.2020.108038⟩
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BibTex
titre
Optomechanical mass spectrometry
auteur
Marc Sansa, Martial Defoort, Ariel Brenac, Maxime Hermouet, Louise Banniard, Alexandre Fafin, Marc Gely, Christophe D. Masselon, Ivan Favero, Guillaume Jourdan, Sébastien Hentz
article
Nature Communications, 2020, 11 (1), pp.3781. ⟨10.1038/s41467-020-17592-9⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-02946794/file/s41467-020-17592-9.pdf BibTex
titre
Current status of the multinational Arabidopsis community
auteur
Keith Adams, Wagner Araújo, Sebastien Aubourg, Sacha Baginsky, Erica Bakker, Katja Bärenfaller, Jacqui Batley, Mike Beale, Mark Beilstein, Youssef Belkhadir, Gregor Mendel, Tanya Berardini, Joy Bergelson, Francisca Blanco‐herrera, Siobhan Brady, Hans‐peter Braun, Steve Briggs, Lynette Brownfield, Maura Cardarelli, Marcos Castellanos‐uribe, Gloria Coruzzi, Maheshi Dassanayake, Geert de Jaeger, Brian Dilkes, Colleen Doherty, Joe Ecker, Pat Edger, David A. Edwards, Farid El Kasmi, Maria Eriksson, Moises Exposito‐alonso, Pascal Falter‐braun, Alisdair Fernie, Myriam Ferro, Oliver Fiehn, Joanna Friesner, Katie Greenham, Yalong Guo, Thorsten Hamann, Angela Hancock, Marie‐theres Hauser, Joshua L Heazlewood, Cheng‐hsun Ho, Hanna Hõrak, Eva Huala, Inhwan Hwang, Satoshi Iuchi, Pankaj Jaiswal, Liina Jakobson, Yunhe Jiang, Yuling Jiao, Alexandra Jones, Yasuhiro Kadota, Jitendra Khurana, Dan Kliebenstein, Emma Knee, Masatomo Kobayashi, Marcus Koch, Gabriel Krouk, Tony Larson, Rob Last, Loic L. Lepiniec, Song Li, Claire Lurin, Martin Lysak, Steven Maere, Robert Malinowski, Florian Maumus, Sean May, Klaus Mayer, David Mendoza‐cozatl, Isabel Mendoza‐poudereux, José Luis Micol, Harvey H. Millar, Hans‐peter Mock, Karolina Mukhtar, Shahid Mukhtar, Monika Murcha, Hirofumi Nakagami, Yasukazu Nakamura, Luke Nicolov, Basil Nikolau, Moritz Nowack, Adriano Nunes‐nesi, Michael Palmgren, Geraint Parry, Nicola Patron, Scott Peck, Ullas Pedmale, Catherine Perrot‐rechenmann, Roland Pieruschka, José Pío‐beltrán, J. Chris Pires, Nicholas Provart, Loïc Rajjou, Leonore Reiser, Sue Rhee, Stamatis Rigas, Norbert Rolland, Andres Romanowski, Véronique Santoni-Kervella, Sigal Savaldi‐goldstein, Robert Schmitz, Waltraud Schulze, Motoaki Seki, Kentaro Shimizu, Keith Slotkin, Ian Small, David Somers, Rosangela Sozzani, Charles Spillane, Ramamurthy Srinivasan, Nicolas Taylor, Marcela‐karey Tello‐ruiz, Jay J. Thelen, Takayuki Tohge, Christopher Town, Tetsuro Toyoda, Baris Uzilday, Justin Walley, Doreen Ware, Wolfram Weckwerth, Julian Whitelegge, Stefanie Wienkoop, Clay Wright, Michael Wrzaczek, Misako Yamazaki, Marcelo Yanovsky, Viktor Žárský, Xuehua Zhong, Yves Peer, Klaas Wijk, Philipp Gillhaussen
article
Plant Direct, 2020, 4 (7), pp.e00248. ⟨10.1002/pld3.248⟩
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https://hal.science/hal-02927028/file/pld3.248.pdf BibTex
titre
A Nucleolar Isoform of the Drosophila Ubiquitin Specific Protease dUSP36 Regulates MYC-Dependent Cell Growth
auteur
Dominique Thevenon, Ilham Seffouh, Catherine Pillet, Xenia Crespo-Yanez, Marie-Odile Fauvarque, Emmanuel Taillebourg
article
Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2020, 8, ⟨10.3389/fcell.2020.00506⟩
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titre
Multi-omics analysis delineates the distinct functions of sub-cellular acetyl-CoA pools in Toxoplasma gondii
auteur
Joachim Kloehn, Rebecca D Oppenheim, Ghizal Siddiqui, Pieter-Jan de Bock, Sunil Kumar Dogga, Yohann Couté, Mohamed-Ali Hakimi, Darren J Creek, Dominique Soldati-Favre
article
BMC Biology, 2020, 18 (1), pp.67. ⟨10.1186/s12915-020-00791-7⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-02971633/file/s12915-020-00791-7.pdf BibTex
titre
Mass Spectrometry-Based Characterization of the Virion Proteome, Phosphoproteome, and Associated Kinase Activity of Human Cytomegalovirus
auteur
Yohann Couté, Alexandra Kraut, Christine Zimmermann, Nicole Büscher, Anne-Marie Hesse, Christophe Bruley, Marco de Andrea, Christina Wangen, Friedrich Hahn, Manfred Marschall, Bodo Plachter
article
Microorganisms, 2020, 8 (6), pp.820. ⟨10.3390/microorganisms8060820⟩
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titre
A New Quantitative Cell-Based Assay Reveals Unexpected Microtubule Stabilizing Activity of Certain Kinase Inhibitors, Clinically Approved or in the Process of Approval
auteur
Sacnicte Ramirez-Rios, Sophie Michallet, Leticia Peris, Caroline Barette, Clotilde Rabat, Yangbo Feng, Marie-Odile Fauvarque, Annie Andrieux, Karin Sadoul, Laurence Lafanechère
article
Frontiers in Pharmacology, 2020, 11, ⟨10.3389/fphar.2020.00543⟩
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https://hal.science/hal-03034431/file/Ramirez-Rios%20et%20al.%20R1.pdf BibTex
titre
Hyd ubiquitinates the NF-κB co-factor Akirin to operate an effective immune response in Drosophila
auteur
Alexandre Cammarata-Mouchtouris, Xuan-Hung Nguyen, Adrian Acker, François Bonnay, Akira Goto, Amir Orian, Marie-Odile Fauvarque, Michael Boutros, Jean-Marc Reichhart, Nicolas Matt
article
PLoS Pathogens, 2020, 16 (4), pp.e1008458. ⟨10.1371/journal.ppat.1008458⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-02912364/file/journal.ppat.1008458.pdf BibTex
titre
A MORC-driven transcriptional switch controls Toxoplasma developmental trajectories and sexual commitment
auteur
Dayana Farhat, Christopher Swale, Céline Dard, Dominique Cannella, Philippe Ortet, ​mohamed Barakat, Fabien Sindikubwabo, Lucid Belmudes, Pieter-Jan de Bock, Yohann Couté, Alexandre Bougdour, Mohamed-Ali Hakimi
article
Nature Microbiology, 2020, 5 (4), pp.570-583. ⟨10.1038/s41564-020-0674-4⟩
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titre
Förster Resonance Energy Transfer Based Biosensor for Targeting the hNTH1–YB1 Interface as a Potential Anticancer Drug Target
auteur
Muge Senarisoy, Caroline Barette, Françoise Lacroix, Salvatore Debonis, Meike Stelter, Fabienne Hans, Jean-Philippe Kleman, Marie-Odile Fauvarque, Joanna Timmins
article
ACS Chemical Biology, 2020, 15 (4), pp.990-1003. ⟨10.1021/acschembio.9b01023⟩
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https://cea.hal.science/cea-02517754/file/Preprint_Senarisoy_etal.pdf BibTex
titre
Exploration of the propagation of transpovirons within Mimiviridae reveals a unique example of commensalism in the viral world
auteur
Sandra Jeudy, Lionel Bertaux, Jean-Marie Alempic, Audrey Lartigue, Matthieu Legendre, Lucid Belmudes, Sébastien Santini, Nadège Philippe, Laure Beucher, Emanuele G Biondi, Sissel Juul, Daniel J. Turner, Yohann Couté, Jean-Michel Claverie, Chantal Abergel
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2020, ⟨10.1038/s41396-019-0565-y⟩
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https://amu.hal.science/hal-02409597/file/s41396-019-0565-y.pdf BibTex
titre
Fetuin-A and thyroxin binding globulin predict rituximab response in rheumatoid arthritis patients with insufficient response to anti-TNFα
auteur
Minh Vu Chuong Nguyen, Anaïs Courtier, Annie Adrait, Federica Defendi, Yohann Couté, Athan Baillet, Lisa Guigue, Jacques-Eric Gottenberg, Chantal Dumestre-Perard, Virginie Brun, Philippe Gaudin
article
Clinical Rheumatology, 2020, 39, pp.2553-2562. ⟨10.1007/s10067-020-05030-6⟩
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titre
Proline: an efficient and user-friendly software suite for large-scale proteomics
auteur
David Bouyssié, Anne-Marie Hesse, Emmanuelle Mouton-Barbosa, Magali Rompais, Charlotte Macron, Christine Carapito, Anne Gonzalez de Peredo, Yohann Couté, Véronique Dupierris, Alexandre Burel, Jean-Philippe Menetrey, Andrea Kalaitzakis, Julie Poisat, Aymen Romdhani, Odile Burlet-Schiltz, Sarah Cianférani, Jérôme Garin, Christophe Bruley
article
Bioinformatics, 2020, 36 (10), pp.3148-3155. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa118⟩
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https://hal.science/hal-02551168/file/btaa118%20%281%29.pdf BibTex
titre
A behavior-manipulating virus relative as a source of adaptive genes for Drosophila parasitoids
auteur
D Di Giovanni, D. Lepetit, B Guinet, B Bennetot, M. Boulesteix, Yohann Couté, O. Bouchez, M Ravallec, J. Varaldi
article
Molecular Biology and Evolution, 2020, 37 (10), pp.2791-2807. ⟨10.1093/molbev/msaa030⟩
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https://hal.science/hal-02551178/file/msaa030.pdf BibTex
titre
Ribosomal protein gene RPL9 variants can differentially impair ribosome function and cellular metabolism
auteur
Marco Lezzerini, Marianna Penzo, Marie-Françoise O'Donohue, Carolina Marques dos santos vieira, Manon Saby, Hyung Elfrink, Illja Diets, Anne-Marie Hesse, Yohann Couté, Marc Gastou, Alexandra Nin-Velez, Peter Nikkels, Alexandra Olson, Evelien Zonneveld-Huijssoon, Marjolijn Jongmans, Guangjun Zhang, Michel Van weeghel, Riekelt Houtkooper, Marcin Wlodarski, Roland Kuiper, Marc Bierings, Jutte Van der werff ten bosch, Thierry Leblanc, Lorenzo Montanaro, Jonathan Dinman, Lydie Da costa, Pierre-Emmanuel Gleizes, Alyson Macinnes
article
Nucleic Acids Research, 2020, 48 (2), pp.770-787. ⟨10.1093/nar/gkz1042⟩
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https://hal.science/hal-02551186/file/sans-titre.pdf BibTex
titre
Ex-Vivo Treatment of Tumor Tissue Slices as a Predictive Preclinical Method to Evaluate Targeted Therapies for Patients with Renal Carcinoma
auteur
Caroline Roelants, Catherine Pillet, Quentin Franquet, Clément Sarrazin, Nicolas Peilleron, Sofia Giacosa, Laurent Guyon, Amina Fontanell, Gaelle Fiard, Jean-Alexandre Long, Jean-Luc Descotes, Claude Cochet, Odile Filhol
article
Cancers, 2020, 12 (1), pp.E232. ⟨10.3390/cancers12010232⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-02465631/file/Roelants%20cancers-2020.pdf BibTex
titre
Rhomboid intramembrane protease YqgP licenses bacterial membrane protein quality control as adaptor of FtsH AAA protease
auteur
Jakub Began, Baptiste Cordier, Jana Březinová, Jordan Delisle, Rozálie Hexnerová, Pavel Srb, Petra Rampírová, Milan Kožíšek, Mathieu Baudet, Yohann Coute, Anne Galinier, Václav Veverka, Thierry Doan, Kvido Strisovsky
article
EMBO Journal, 2020, ⟨10.15252/embj.2019102935⟩
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https://hal.science/hal-02439524/file/Began_et_al-2020-The_EMBO_Journal.pdf BibTex
titre
Gadolinium-based nanoparticles can overcome the radioresistance of head and neck squamous cell carcinoma through the induction of autophagy
auteur
S. Simonet, C. Rodriguez-Lafrasse, D. Béal, S. Gerbaud, C. Malesys, O. Tillement, François Lux, H. Fayyad-Kazan, Walid Rachidi, D. Ardail
article
Journal of Biomedical Nanotechnology, 2020, 16 (1), pp.111-124. ⟨10.1166/jbn.2020.2871⟩
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titre
Inhibition of store-operated calcium channels by N-arachidonoyl glycine (NAGly): no evidence for the involvement of lipid-sensing G protein coupled receptors
auteur
Aykut Deveci, Jessy Hasna, Alexandre Bouron
article
Scientific Reports, 2020, 10 (1), ⟨10.1038/s41598-020-59565-4⟩
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https://hal.science/hal-03005881/file/Deveci%20et%20al%20Sci%20Rep%20v4_2_1.pdf BibTex
titre
Hybrid cluster proteins in a photosynthetic microalga
auteur
Robert van Lis, Sabine Brugière, Carole Baffert, Yohann Coute, Wolfgang Nitschke, Ariane Atteia
article
FEBS Journal, 2020, 287 (4), pp.721-735. ⟨10.1111/febs.15025⟩
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titre
A liver-targeting Cu(l) chelator relocates Cu in hepatocytes and promotes Cu excretion in a murine model of Wilson's disease
auteur
Marie Monestier, Anais M. Pujol, Aline Lamboux, Martine Cuillel, Isabelle Pignot-Paintrand, Doris Cassio, Peggy Charbonnier, Khémary Um, Amélie Harel, Sylvain Bohic, Christelle Gateau, Vincent Balter, Virginie Brun, Pascale Delangle, Elisabeth Mintz
article
Metallomics, 2020, 12 (6), pp.1000-1008. ⟨10.1039/d0mt00069h⟩
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https://hal.science/hal-02911050/file/Monestier_Metallomics_2020.pdf BibTex
titre
Hepatitis B virus Core protein nuclear interactome identifies SRSF10 as a host RNA-binding protein restricting HBV RNA production
auteur
Hélène Chabrolles, Héloïse Auclair, Serena Vegna, Thomas Lahlali, Caroline Pons, Maud Michelet, Yohann Couté, Lucid Belmudes, Gilliane Chadeuf, Yujin Kim, Ariel Di Bernardo, Pascal Jalaguier, Cosset François-Loïc, Floriane Fusil, Michel Rivoire, Lee Arnold, Uri Lopatin, Christophe Combet, Fabien Zoulim, David Grierson, Benoit Chabot, Julie Lucifora, David Durantel, Anna Salvetti
article
PLoS Pathogens, 2020, 16 (11), pp.e1008593. ⟨10.1371/journal.ppat.1008593⟩
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https://hal.science/hal-03122641/file/FLcosset%2012112021.pdf BibTex
titre
LymphoAtlas: a dynamic and integrated phosphoproteomic resource of TCR signaling in primary T cells reveals ITSN 2 as a regulator of effector functions
auteur
Marie Locard‐paulet, Guillaume Voisinne, Carine Froment, Marisa Goncalves Menoita, Youcef Ounoughene, Laura Girard, Claude Gregoire, Daiki Mori, Manuel Martinez, Hervé Luche, Jerôme Garin, Marie Malissen, Odile Burlet-Schiltz, Bernard Malissen, Anne Gonzalez de Peredo, Romain Roncagalli
article
Molecular Systems Biology, 2020, 16 (7), pp.e9524. ⟨10.15252/msb.20209524⟩
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https://hal.science/hal-02981035/file/msb.20209524.pdf BibTex
titre
Probing Protein Interaction Networks by Combining MS-Based Proteomics and Structural Data Integration
auteur
Guillaume Postic, Julien Marcoux, Victor Reys, Jessica Andreani, Yves Vandenbrouck, Marie-Pierre Bousquet, Emmanuelle Mouton-Barbosa, Sarah Cianférani, Odile Burlet-Schiltz, Raphael Guerois, Gilles Labesse, Pierre Tufféry
article
Journal of Proteome Research, 2020, 19 (7), pp.2807-2820. ⟨10.1021/acs.jproteome.0c00066⟩
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https://hal.science/hal-02571410/file/Postic%20et%20al%20JPR%202020%20pr-2020-000662.R2_Proof_hi.pdf BibTex
titre
miRViz: a novel webserver application to visualize and interpret microRNA datasets
auteur
Pierre Giroux, Ricky Bhajun, Stéphane Segard, Claire Picquenot, Céline Charavay, Lise Desquilles, Guillaume Pinna, Christophe Ginestier, Josiane Denis, Nadia Cherradi, Laurent Guyon
article
Nucleic Acids Research, 2020, ⟨10.1093/nar/gkaa259⟩
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https://hal.science/hal-02557471/file/Giroux_Guyon_NAR_2020_miRViz.pdf BibTex
titre
Using Unlabeled Data to Discover Bivariate Causality with Deep Restricted Boltzmann Machines
auteur
Nataliya Sokolovska, Olga Permiakova, Sofia K Forslund, Jean-Daniel Zucker
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2020, 17 (1), pp.358-364. ⟨10.1109/TCBB.2018.2879504⟩
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https://hal.science/hal-01938646/file/submission_causality.pdf BibTex
titre
Reduced reticulum–mitochondria Ca2+ transfer is an early and reversible trigger of mitochondrial dysfunctions in diabetic cardiomyopathy
auteur
Maya Dia, Ludovic Gomez, Helene Thibault, Nolwenn Tessier, Christelle Leon, Christophe Chouabe, Sylvie Ducreux, Noelle Gallo-Bona, Emily Tubbs, Nadia Bendridi, Stéphanie Chanon, Aymeric Leray, Lucid Belmudes, Yohann Couté, Mazen Kurdi, Michel Ovize, Jennifer Rieusset, Melanie Paillard
article
Basic Research in Cardiology, 2020, 115 (6), pp.74. ⟨10.1007/s00395-020-00835-7⟩
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https://hal.science/hal-03122630/file/Dia2020_BRIC.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
A new ultradian rhythm in mammalian cell dry mass observed by holography
auteur
Lamya Ghenim, Cédric Allier, Patricia Obeïd, Lionel Hervé, Jean-Yves Fortin, Maxim Balakirev, Xavier Gidrol
article
2020
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https://hal.science/hal-03100163/file/naturescientificreports_ultradianrhythm_december10th_manuscript.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Human Proteome Project Mass Spectrometry Data Interpretation Guidelines 3.0
auteur
Eric W Deutsch, Lydie Lane, Christopher M Overall, Nuno Bandeira, Mark D. Baker, Charles Pineau, Robert L Moritz, Fernando Corrales, Sandra Orchard, Jennifer E van Eyk, Young-Ki Paik, Susan T Weintraub, Yves Vandenbrouck, Gilbert S Omenn
article
Journal of Proteome Research, 2019, 18 (12), pp.4108-4116. ⟨10.1021/acs.jproteome.9b00542⟩
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https://univ-rennes.hal.science/hal-02364721/file/Deutsch%20et%20al-2019-Human%20Proteome%20Project%20Mass%20Spectrometry%20Data%20Interpretation%20Guidelines%203.pdf BibTex
titre
Comprehensive and comparative exploration of the Atp7b(-/-) mouse plasma proteome
auteur
Maud Lacombe, Michel Jaquinod, Lucid Belmudes, Yohann Couté, Claire Ramus, Florence Combes, Thomas Burger, Elisabeth Mintz, Justine Barthelon, Vincent Leroy, Aurélia Poujois, Alain Lachaux, France Woimant, Virginie Brun
article
Metallomics, 2019, 12 (2), pp.249-258. ⟨10.1039/c9mt00225a⟩
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https://hal.science/hal-02465747/file/Lacombe%20et%20al_Revised-lastpreprint-nolayout.pdf BibTex
titre
Physical and functional interaction between SET1/COMPASS complex component CFP-1 and a Sin3S HDAC complex in C. elegans
auteur
Flore Beurton, Przemyslaw Stempor, Matthieu Caron, Alex Appert, Yan Dong, Ron A-J Chen, David Cluet, Yohann Couté, Marion Herbette, Ni Huang, Hélène Polveche, Martin Spichty, Cécile Bedet, Julie Ahringer, Francesca Palladino
article
Nucleic Acids Research, 2019, 47 (21), pp.11164-11180. ⟨10.1093/nar/gkz880⟩
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titre
Physical and functional interaction between SET1/COMPASS complex component CFP-1 and a Sin3S HDAC complex in C. elegans
auteur
Flore Beurton, Przemyslaw Stempor, Matthieu Caron, Alex Appert, Yan Dong, Ron A-J Chen, David Cluet, Yohann Couté, Marion Herbette, Ni Huang, Hélène Polvèche, Martin Spichty, Cécile Bedet, Julie Ahringer, Francesca Palladino
article
Nucleic Acids Research, 2019, 47 (21), pp.11164-11180. ⟨10.1093/nar/gkz880⟩
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https://hal.science/hal-02375443/file/436147v1.full%20%281%29.pdf BibTex
titre
Polarization Induced Electro-Functionalization of Pore Walls: A Contactless Technology
auteur
Aurelie Bouchet-Spinelli, Emeline Descamps, Jie Liu, Abdulghani Ismail, Pascale Pham, François Chatelain, Thierry Leichle, Loic Leroy, Patrice Noël Marche, Camille Raillon, André Roget, Yoann Roupioz, Neso Sojic, Arnaud Buhot, Vincent Haguet, Thierry Livache, Pascal Mailley
article
Biosensors, 2019, 9 (4), pp.E121. ⟨10.3390/bios9040121⟩
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https://laas.hal.science/hal-02382079/file/biosensors-09-00121-v4.pdf BibTex
titre
Towards a molecular understanding of the water purification properties of Moringa seed proteins
auteur
M. Moulin, E. Mossou, Luca Signor, S. Kieffer-Jaquinod, H. M. Kwaambwa, F. Nermark, P. Gutfreund, E. P. Mitchell, M. Haertlein, V. T. Forsyth, A. R. Rennie
article
Journal of Colloid and Interface Science, 2019, 554, pp.296-304. ⟨10.1016/j.jcis.2019.06.071⟩
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BibTex
titre
Dissecting the Shared and Context-Dependent Pathways Mediated by the p140Cap Adaptor Protein in Cancer and in Neurons
auteur
Jennifer Chapelle, Oksana Sorokina, Colin Mclean, Vincenzo Salemme, Annalisa Alfieri, Costanza Angelini, Alessandro Morellato, Annie Adrait, Elisabetta Menna, Michela Matteoli, Yohann Couté, Ugo Ala, Emilia Turco, Paola Defilippi, J. Douglas Armstrong
article
Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2019, 7, ⟨10.3389/fcell.2019.00222⟩
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BibTex
titre
Rotator Cuff Tenocytes Differentiate into Hypertrophic Chondrocyte-Like Cells to Produce Calcium Deposits in an Alkaline Phosphatase-Dependent Manner
auteur
Christelle Darrieutort-Laffite, Paul Arnolfo, Thomas Garraud, Annie Adrait, Yohann Couté, Guy Louarn, Valérie Trichet, Pierre Layrolle, Benoit Le Goff, Fréderic Blanchard
article
Journal of Clinical Medicine, 2019, 8 (10), pp.1544. ⟨10.3390/jcm8101544⟩
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BibTex
titre
Chimeric Protein–Protein Interface Inhibitors Allow Efficient Inhibition of Type III Secretion Machinery and Pseudomonas aeruginosa Virulence
auteur
Tuan-Dung Ngo, Sophie Plé, Aline Thomas, Caroline Barette, Antoine Fortuné, Younes Bouzidi, Marie-Odile Fauvarque, Rossimiriam Pereira de Freitas, Flaviane Francisco Hilário, Ina Attree, Yung-Sing Wong, Eric Faudry
article
ACS Infectious Diseases, 2019, 5 (11), pp.1843-1854. ⟨10.1021/acsinfecdis.9b00154⟩
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https://hal.science/hal-02318760/file/NgoACSInfectDisease2019-HALversion%20%281%29.pdf BibTex
titre
Identification of the Arabidopsis calmodulin-dependent NAD+ kinase that sustains the elicitor-induced oxidative burst
auteur
Elisa Dell'Aglio, Cécile Giustini, Alexandra Kraut, Yohann Couté, Alex Costa, Guillaume Decros, Yves Gibon, Christian Mazars, Michel Matringe, Giovanni Finazzi, Gilles Curien
article
Plant Physiology, 2019, 181 (4), pp.1449-1458. ⟨10.1104/pp.19.00912⟩
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https://hal.science/hal-02361156/file/Dell%27aglio_2019_Plant_Physiology.pdf BibTex
titre
Signaling Pathways, Chemical and Biological Modulators of Nucleotide Excision Repair: The Faithful Shield against UV Genotoxicity
auteur
F. Kobaisi, N. Fayyad, H. Rezvani, M. Fayyad-Kazan, E. Sulpice, B. Badran, H. Fayyad-Kazan, X. Gidrol, Walid Rachidi
article
Oxidative Medicine and Cellular Longevity, 2019, 2019, pp.1-18. ⟨10.1155/2019/4654206⟩
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BibTex
titre
Androgen receptor-modulatory microRNAs provide insight into therapy resistance and therapeutic targets in advanced prostate cancer
auteur
Claire Fletcher, Eric Sulpice, Stéphanie Combe, Akifumi Shibakawa, Damien Leach, Mark Hamilton, Stelios Chrysostomou, Adam Sharp, Jon Welti, Wei Yuan, Dafydd. Dart, Eleanor Knight, Jian Ning, Jeffrey Francis, Evangelia Kounatidou, Luke Gaughan, Amanda Swain, Shawn Lupold, Johann de Bono, Sean Mcguire, Xavier Gidrol, Charlotte Bevan
article
Oncogene, 2019, 38 (28), pp.5700-5724. ⟨10.1038/s41388-019-0823-5⟩
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titre
High-Content Screening Identifies New Inhibitors of Connexin 43 Gap Junctions
auteur
Christèle Picoli, Emmanuelle Soleilhac, Agnès Journet, Caroline Barette, Marjorie Comte, Christian Giaume, Franck Mouthon, Marie-Odile Fauvarque, Mathieu Charvériat
article
ASSAY and Drug Development Technologies, 2019, 17 (5), pp.240-248. ⟨10.1089/adt.2019.927⟩
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titre
Interactome of the yeast RNA polymerase III transcription machinery constitutes several chromatin modifiers and regulators of the genes transcribed by RNA polymerase II
auteur
Pratibha Bhalla, Dipti Vinayak Vernekar, Benoit Gilquin, Yohann Couté, Purnima Bhargava
article
Gene, 2019, 702, pp.205-214. ⟨10.1016/j.gene.2018.12.037⟩
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BibTex
titre
Francisella tularensis: FupA mutation contributes tofluoroquinolone resistance by increasing vesicle secretion and biofilm formation
auteur
Claire Siebert, Helena Lindgren, Sabrina Ferré, Corinne Villers, Sandrine Boisset, Julien Pérard, Anders Sjöstedt, Max Maurin, Celine Brochier-Armanet, Yohann Couté, Patricia Renesto
article
Emerging microbes & infections, 2019, 8 (1), pp.808-822. ⟨10.1080/22221751.2019.1615848⟩
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https://hal.science/hal-03019231/file/2019-Siebert%20C%20et%20al%2C%20EMI.pdf BibTex
titre
USP1 links platinum resistance to cancer cell dissemination by regulating Snail stability
auteur
Maura Sonego, Ilenia Pellarin, Alice Costa, Gian Luca Rampioni Vinciguerra, Michela Coan, Alexandra Kraut, Sara D’andrea, Alessandra Dall’acqua, Dan Cacsire Castillo-Tong, Daniela Califano, Simona Losito, Riccardo Spizzo, Yohann Couté, Andrea Vecchione, Barbara Belletti, Monica Schiappacassi, Gustavo Baldassarre
article
Science Advances , 2019, 5 (5), pp.eaav3235. ⟨10.1126/sciadv.aav3235⟩
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BibTex
titre
Cyclins B1, T1, and H differ in their molecular mode of interaction with cytomegalovirus protein kinase pUL97
auteur
Mirjam Steingruber, Lena Keller, Eileen Socher, Sabrina Ferré, Anne-Marie Hesse, Yohann Couté, Friedrich Hahn, Nicole Büscher, Bodo Plachter, Heinrich Sticht, Manfred Marschall
article
Journal of Biological Chemistry, 2019, 294 (15), pp.6188-6203. ⟨10.1074/jbc.RA118.007049⟩
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BibTex
titre
BMP9 is a paracrine factor controlling liver sinusoidal endothelial cell fenestration and protecting from hepatic fibrosis
auteur
Agnès Desroches-Castan, Emmanuelle Tillet, Nicolas Ricard, Marie Ouarné, Christine Mallet, Lucid Belmudes, Yohann Couté, Olivier Boillot, Jean-Yves Scoazec, Sabine Bailly, Jean-Jacques Feige
article
Hepatology, 2019, ⟨10.1002/hep.30655⟩
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BibTex
titre
UAP56 associates with DRM2 and is localized to chromatin in Arabidopsis
auteur
Jacinthe Azevedo, Claire Picart, Laurent Dureau, Dominique Pontier, Sylvie Jaquinod-Kieffer, Mohamed-Ali Hakimi, Thierry Lagrange
article
FEBS Open Bio, 2019, 9 (5), pp.973-985. ⟨10.1002/2211-5463.12627⟩
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https://hal.science/hal-02326416/file/UAP56%20associates%20with%20DRM2%20and%20is%20localised%20to%20chromatin%20in%20Arabidopsis_Azevedo_Febsopen_0419.pdf BibTex
titre
Unravelling hidden components of the chloroplast envelope proteome: opportunities and limits of better MS sensitivity
auteur
Imen Bouchnak, Sabine Brugière, Lucas Moyet, Sophie Le Gall, Daniel Salvi, Marcel Kuntz, Marianne Tardif, Norbert Rolland
article
Molecular and Cellular Proteomics, 2019, 18 (7), mcp.RA118.000988. ⟨10.1074/mcp.RA118.000988⟩
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https://hal.science/hal-02151114/file/Bouchnak.pdf BibTex
titre
Insertion sequences drive the emergence of a highly adapted human pathogen
auteur
Erwin Sentausa, Pauline Basso, Alice Berry, Annie Adrait, Gwendoline Bellement, Stephen Lory, Sylvie Elsen, Yohann Coute, Ina Attree
article
Microbial Genomics, 2019, 6 (9), ⟨10.1099/mgen.0.000265⟩
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https://hal.science/hal-02301533/file/2019%20Sentausa%20et%20al.pdf BibTex
titre
Analysis of femurs from mice embarked on board BION-M1 biosatellite reveals a decrease in immune cell development, including B cells, after 1 wk of recovery on Earth
auteur
Georg Tascher, Maude Gerbaix, Pauline Maes, Blandine Chazarin, Stephanie Ghislin, Evgenia Antropova, Galina Vassilieva, Nassima Ouzren-Zarhloul, Guillemette Gauquelin-Koch, Laurence Vico, Jean-Pol Frippiat, Fabrice Bertile
article
FASEB Journal, 2019, 33 (3), pp.3772-3783. ⟨10.1096/fj.201801463R⟩
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https://hal.univ-lorraine.fr/hal-02107520/file/VERSION%20FINALE%20ACCEPTEE.pdf BibTex
titre
Ribosomal Proteins Regulate MHC Class I Peptide Generation for Immunosurveillance
auteur
Jiajie Wei, Rigel Kishton, Matthew Angel, Crystal Conn, Nicole Dalla Venezia, Virginie Marcel, Anne Vincent, Frédéric Catez, Sabrina Ferré, Lilia Ayadi, Virginie Marchand, Devin Dersh, Louis M. Staudt, James Gibbs, Ivaylo Ivanov, Nathan Fridlyand, Yohann Coute, Jean-Jacques Diaz, Shu-Bing Qian, Nicholas P Restifo, Jonathan Yewdell
article
Molecular Cell, 2019, ⟨10.1016/j.molcel.2018.12.020⟩
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BibTex
titre
Pandoravirus Celtis Illustrates the Microevolution Processes at Work in the Giant Pandoraviridae Genomes
auteur
Matthieu Legendre, Jean-Marie Alempic, Nadège Philippe, Audrey Lartigue, Sandra Jeudy, Olivier Poirot, Ngan Thi Ta, Sébastien Nin, Yohann Couté, Chantal Abergel, Jean-Michel Claverie
article
Frontiers in Microbiology, 2019, 10, pp.430. ⟨10.3389/fmicb.2019.00430⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02135607/file/Pandoravirus%20Celtis%20Illustrates%20the%20Microevolution%20Processes%20at%20Work%20in%20the%20Giant%20Pandoraviridae%20Genomes.pdf BibTex
titre
Distinguishing between Spectral Clustering and Cluster Analysis of Mass Spectra
auteur
Hélène Borges, Romain Guibert, Olga Permiakova, Thomas Burger
article
Journal of Proteome Research, 2019, 18 (1), pp.571-573. ⟨10.1021/acs.jproteome.8b00516⟩
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https://hal.science/hal-02082928/file/LetterSpectralClusteringRevised2.pdf BibTex
titre
Bioinformatics tools and workflow to select blood biomarkers for early cancer diagnosis: an application to pancreatic cancer
auteur
Yves Vandenbrouck, David Christiany, Florence Combes, Valentin Loux, Virginie Brun
article
Proteomics, 2019, 19 (21-22), pp.e1800489. ⟨10.1002/pmic.201800489⟩
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BibTex
titre
A Soluble Metabolon Synthesizes the Isoprenoid Lipid Ubiquinone
auteur
Mahmoud Hajj Chehade, Ludovic Pelosi, Cameron David Fyfe, Laurent Loiseau, Bérengère Rascalou, Sabine Brugière, Katayoun Kazemzadeh, Chau-Duy-Tam Vo, Lidia Ciccone, Laurent Aussel, Yohann Couté, Marc Fontecave, Frédéric Barras, Murielle Lombard, Fabien Pierrel
article
Cell Chemical Biology, 2019, 26 (4), pp.482-492.e7. ⟨10.1016/j.chembiol.2018.12.001⟩
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https://hal.science/hal-02071798/file/CELL-CHEMICAL-BIOLOGY-D-18-00418_v%20HAL.pdf BibTex
titre
The architecture of lipid droplets in the diatom Phaeodactylum tricornutum
auteur
Josselin Lupette, Antoine Jaussaud, Khawla Seddiki, Christian Morabito, Sabine Brugière, Hubert Schaller, Marcel Kuntz, Jean-Luc Putaux, Pierre-Henri Jouneau, Fabrice Rébeillé, Denis Falconet, Yohann Coute, Juliette Jouhet, Marianne Tardif, Juliette Salvaing, Eric Marechal
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, 2019, 38, pp.101415. ⟨10.1016/j.algal.2019.101415⟩
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https://hal.science/hal-02021446/file/Lupette%20et%20al%20main%20text%20Algal%20Res%20Dec%202018%20revised.pdf BibTex
titre
Ruminococcin C, a promising antibiotic produced by a human gut symbiont
auteur
Steve Chiumento, Clarisse Roblin, Sylvie Kieffer-Jaquinod, Sybille Tachon, Chloé Leprêtre, Christian Basset, Dwi Aditiyarini, Hamza Olleik, Cendrine Nicoletti, Olivier Bornet, Olga Iranzo, Marc Maresca, Renaud Hardré, Michel Fons, Thierry Giardina, Estelle Devillard, Françoise Guerlesquin, Yohann Couté, Mohamed Atta, Josette Perrier, Mickael Lafond, Victor Duarte
article
Science Advances , 2019, 5 (9), pp.eaaw9969. ⟨10.1126/sciadv.aaw9969⟩
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https://hal.science/hal-02371747/file/aaw9969.pdf BibTex
titre
Five simple yet essential steps to correctly estimate the rate of false differentially abundant proteins in mass spectrometry analyses
auteur
Samuel Wieczorek, Quentin Giai Gianetto, Thomas Burger
article
Journal of Proteomics, 2019, 207, pp.103441. ⟨10.1016/j.jprot.2019.103441⟩
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https://hal.science/hal-02267178/file/5tips-VF-accepted.pdf BibTex
titre
Building blocks for a European Organ-on-Chip roadmap
auteur
Christine L. Mummery, Peter Loskill, Dries Braeken, Wolfgang Eberle, Madalena Cipriano, Luis Fernandez, Mart Graef, Xavier X. Gidrol, Nathalie Picollet-d'Hahan, Berend van Meer, Ignacio Ochoa, Mieke Schutte, Massimo Mastrangeli, Sylvie Millet, The Orchid Partners, Janny van den Eijnden-van Raaij
article
Altex -Heidelberg-, 2019, 36 (4), pp.481-492. ⟨10.14573/altex.1905221⟩
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Book sections

titre
Ultrasensitive Quantification of Recombinant Proteins Using AAA-MS
auteur
Mathilde Louwagie, Sylvie Kieffer-Jaquinod, Virginie Brun
article
Ultrasensitive Quantification of Recombinant Proteins Using AAA-MS, pp.1-10, 2019
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titre
Designing an in silico strategy to select tissue-leakage biomarkers using the galaxy framework
auteur
Lien Nguyen, Virginie Brun, Florence Combes, Valentin Loux, Yves Vandenbrouck
article
Proteomics for biomarker discovery: Methods and protocols, 1959, pp.275-289, 2019, Methods in Molecular Biology book series (MIMB), ISBN: 978-1-4939-9164-8. ⟨10.1007/978-1-4939-9164-8_18⟩
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titre
Protein-Level Statistical Analysis of Quantitative Label-Free Proteomics Data with ProStaR
auteur
Samuel Wieczorek, Florence Combes, Hélène Borges, Thomas Burger
article
Proteomics for Biomarker Discovery, pp.225-246, 2019, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-4939-9164-8_15⟩
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https://hal.science/hal-02284988/file/MiMB_Burger_FinalVersion2.pdf BibTex
titre
Protein Biomarker Discovery in Non-depleted Serum by Spectral Library-Based Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry
auteur
Alexandra Kraut, Mathilde Louwagie, Christophe Bruley, Christophe D. Masselon, Yohann Couté, Virginie Brun, Anne-Marie Hesse
article
Methods in Molecular Biology, 1959, pp.129-150, 2019
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Theses

titre
Translational epigenetics applied to histone variants and chromatin readers
auteur
Sara El Kennani
article
Biotechnologies. Université Grenoble Alpes, 2019. Français. ⟨NNT : 2019GREAV059⟩
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https://theses.hal.science/tel-03270933/file/EL_kENNANI_2019_archivage.pdf BibTex
titre
MicroRNA and messenger RNA expression variance in cancer
auteur
Christophe Le Priol
article
Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Grenoble Alpes, 2019. Français. ⟨NNT : 2019GREAS023⟩
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https://theses.hal.science/tel-02469341/file/LE_PRIOL_2019_archivage.pdf BibTex