Publications HAL de la structure 552728;1043106

2024

Journal articles

titre
Plant-TFClass: a structural classification for plant transcription factors
auteur
Romain Blanc-Mathieu, Renaud Dumas, Laura Turchi, Jérémy Lucas, François Parcy
article
Trends in Plant Science, In press, 29, pp.40-51. ⟨10.1016/j.tplants.2023.06.023⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04212079/file/PLANT%20TF%20CLASS_forHAL.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Phototropin connects blue light perception to starch metabolism in green algae
auteur
Yizhong Yuan, Anthony Iannetta, Minjae Kim, Patric Sadecki, Marius Arend, Angeliki Tsichla, M. Águila Ruiz-Sola, Georgios Kepesidis, Denis Falconet, Emmanuel Thevenon, Marianne Tardif, Sabine Brugière, Yohann Couté, Jean Philippe Kleman, Irina Sizova, Marion Schilling, Juliette Jouhet, Peter Hegemann, Yonghua Li‐beisson, Zoran Nikoloski, Olivier Bastien, Leslie Hicks, Dimitris Petroutsos
article
2024
Accès au bibtex
BibTex

2023

Journal articles

titre
Thinking outside the F‐box: how UFO controls angiosperm development
auteur
Philippe Rieu, Moïra Arnoux-Courseaux, Gabrielle Tichtinsky, François Parcy
article
New Phytologist, 2023, 240 (3), pp.945-959. ⟨10.1111/nph.19234⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04237241/file/Rieu-2023-Thinking%20outside%20the.pdf BibTex
titre
The F-box protein UFO controls flower development by redirecting the master transcription factor LEAFY to new cis-elements
auteur
Philippe Rieu, Laura Turchi, Emmanuel Thévenon, Eleftherios Zarkadas, Max Nanao, Hicham Chahtane, Gabrielle Tichtinsky, Jérémy Lucas, Romain Blanc-Mathieu, Chloe Zubieta, Guy Schoehn, François Parcy
article
Nature Plants, 2023, 9 (2), pp.315-329. ⟨10.1038/s41477-022-01336-2⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://cnrs.hal.science/hal-03993820/file/NP_manuscript.pdf BibTex
titre
Cauliflowers or how the perseverance of a plant to make flowers produces an amazing fractal structure
auteur
Eugenio Azpeitia, François Parcy, Christophe Godin
article
Comptes Rendus. Biologies, 2023, 346 (G1), pp.75-83. ⟨10.5802/crbiol.120⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-04242307/file/Azpeitia-2023-Comptes%20Rendus.%20Biologies.pdf BibTex

Book sections

titre
Flower Development in Arabidopsis
auteur
Hicham Chahtane, Xuelei Lai, Gabrielle Tichtinsky, Philippe Rieu, Moïra Arnoux-Courseaux, Coralie Cancé, Claudius Marondedze, François Parcy
article
Flower Development, 2686, Springer US, pp.3-38, 2023, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-3299-4_1⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Identification of Plant Transcription Factor DNA-Binding Sites Using seq-DAP-seq
auteur
Stephanie Hutin, Romain Blanc-Mathieu, Philippe Rieu, François Parcy, Xuelei Lai, Chloe Zubieta
article
Kerstin Kaufmann; Bernd Mueller-Roeber. Plant Gene Regulatory Networks Methods and Protocols. Series: Methods in Molecular Biology, 2698, Humana Press/Springer, pp.119-145, 2023, 978-1-4939-7124-4. ⟨10.1007/978-1-0716-3354-0_9⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04225070/file/combinepdf%20%281%29.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
Transcriptional reprogramming during floral fate acquisition
auteur
Antoine Larrieu, Géraldine Brunoud, Aurore Guérault, Stéphanie Lainé, Lauriane Hennet, Arnaud Stigliani, Iris Gildea, Jeremy Just, Ludivine Soubigou-Taconnat, Sandrine Balzergue, Brendan Davies, Enrico Scarpella, Ykä Helariutta, François Parcy, Teva Vernoux
article
iScience, 2022, 25 (7), pp.104683. ⟨10.1016/j.isci.2022.104683⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03726426/file/2022_Larrieu_Cell.Press.pdf BibTex
titre
Auxin response factors are keys to the many auxin doors
auteur
Coralie Cancé, Raquel Martin-Arevalillo, Kenza Boubekeur, Renaud Dumas
article
New Phytologist, 2022, 235, pp.402-419. ⟨10.1111/nph.18159⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03692354/file/Canc%C3%A9%20et%20al%202022.pdf BibTex
titre
Adaptive evolution of viruses infecting marine microalgae (haptophytes), from acute infections to stable coexistence
auteur
Ruth‐anne Sandaa, Marius R Saltvedt, Håkon Dahle, Haina Wang, Selina Våge, Romain Blanc‐mathieu, Ida H Steen, Nigel Grimsley, Bente Edvardsen, Hiroyuki Ogata, Janice Lawrence
article
Biological Reviews, 2022, 97, pp.179-194. ⟨10.1111/brv.12795⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03350464/file/brv.12795.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
The F-box cofactor UFO redirects the LEAFY floral regulator to novel cis -elements
auteur
Philippe Rieu, Laura Turchi, Emmanuel Thévenon, Eleftherios Zarkadas, Max Nanao, Hicham Chahtane, Gabrielle Tichtinsky, Jérémy Lucas, Romain Blanc-Mathieu, Chloe Zubieta, Guy Schoehn, François Parcy
article
2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03808419/file/Rieu%20et%20al.pdf BibTex

2021

Journal articles

titre
Lipid-mediated regulation of flowering time
auteur
Yvon Jaillais, François Parcy
article
Science, 2021, 373 (6559), pp.1086-1087. ⟨10.1126/science.abl4883⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03349739/file/abl4883_Jailais_v1a_HAL_READY.pdf BibTex
titre
LEAFY protein crystals with a honeycomb structure as a platform for selective preparation of outstanding stable bio-hybrid materials
auteur
Lucile Chiari, Philippe Carpentier, Sylvie Kieffer-Jaquinod, Alice Gogny, Julien Pérard, Stéphane Ravanel, David Cobessi, Stéphane Ménage, Renaud Dumas, Olivier Hamelin
article
Nanoscale, 2021, 13 (19), pp.8901-8908. ⟨10.1039/d1nr00268f⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03225550/file/Chiari%20et%20al.%20Nanoscale.pdf BibTex
titre
Cauliflower fractal forms arise from perturbations of floral gene networks
auteur
Eugenio Azpeitia, Gabrielle Tichtinsky, Marie Le Masson, Antonio Serrano-Mislata, Jérémy Lucas, Veronica Gregis, Carlos Gimenez, Nathanaël Prunet, Etienne Farcot, Martin Kater, Desmond Bradley, Francisco Madueño, Christophe Godin, Francois Parcy
article
Science, 2021, 373 (6551), pp.192-197. ⟨10.1126/science.abg5999⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03291136/file/Azpeitia%20et%20al_main_final.pdf BibTex
titre
Characterization of the Bubblegum acyl-CoA synthetase of Microchloropsis gaditana
auteur
Elodie Billey, Leonardo Magneschi, Sébastien Leterme, Mariette Bedhomme, Amélie Andres-Robin, Laurent Poulet, Morgane Michaud, Giovanni Finazzi, Renaud Dumas, Serge Crouzy, Frédéric Laueffer, Laurent Fourage, Fabrice Rébeillé, Alberto Amato, Séverine Collin, Juliette Jouhet, Eric Marechal
article
Plant Physiology, 2021, 185 (3), pp.815-835. ⟨10.1093/plphys/kiaa110⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03185953/file/Billey%20et%20al%20-%20Plant%20Physiol%202021.pdf BibTex
titre
Self-Assembly of a Ginkgo Oligomerization Domain Creates a Sub-10-nm Honeycomb Architecture on Carbon and Silicon Surfaces with Customizable Pores: Implications for Nanoelectronics, Biosensing, and Biocatalysis
auteur
Elise Jacquier, Pierre-Henri Jouneau, Denis Falconet, Denis Mariolle, Emmanuel Thévenon, Grégory Si Larbi, Raluca Tiron, François Parcy, Pierre-Henri Elchinger, Renaud Dumas
article
ACS Applied Nano Materials, 2021, 4, pp.9518-9526. ⟨10.1021/acsanm.1c01944⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03354102/file/Jacquier%20et%20al%202021%20%281%29.pdf BibTex
titre
A network of transcriptional repressors modulates auxin responses.
auteur
Jekaterina Truskina, Jingyi Han, Elina Chrysanthou, Carlos Galvan-Ampudia, Stéphanie Lainé, Geraldine Brunoud, Julien Macé, Simon Bellows, Jonathan Legrand, Anne-Maarit Bågman, Margot Smit, Ondrej Smetana, Arnaud Stigniani, Silvana Porco, Malcom J. Bennett, Ari Pekka Mähönen, Francois Parcy, Etienne Farcot, François Roudier, Siobhan M Brady, Anthony Bishopp, Teva Vernoux
article
Nature, 2021, 589 (7840), pp.116-119. ⟨10.1038/s41586-020-2940-2⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03021204/file/Truskina_%20main_text_all-rev6_CorrLegendFig3_withallFig.pdf BibTex
titre
The LEAFY floral regulator displays pioneer transcription factor properties
auteur
Xuelei Lai, Romain Blanc-Mathieu, Loïc Grandvuillemin, Ying Huang, Arnaud Stigliani, Jérémy Lucas, Emmanuel Thévenon, Jeanne Loue-Manifel, Laura Turchi, Hussein Daher, Eugenia Brun-Hernandez, Gilles Vachon, David Latrasse, Moussa Benhamed, Renaud Dumas, Chloe Zubieta, François Parcy
article
Molecular Plant, In press, 14, pp.829-837. ⟨10.1016/j.molp.2021.03.004⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03180115/file/Lai_2021_HAL.pdf BibTex
titre
OsFD4 promotes the rice floral transition via florigen activation complex formation in the shoot apical meristem
auteur
Martina Cerise, Francesca Giaume, Mary Galli, Bahman Khahani, Jérémy Lucas, Federico Podico, Elahe Tavakol, François Parcy, Andrea Gallavotti, Vittoria Brambilla, Fabio Fornara
article
New Phytologist, In press, 229, pp.429-443. ⟨10.1111/nph.16834⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02953028/file/Cerise_accepted.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
Genome-wide binding of SEPALLATA3 and AGAMOUS complexes determined by sequential DNA-affinity purification sequencing
auteur
Xuelei Lai, Arnaud Stigliani, Jérémy Lucas, Véronique Hugouvieux, François Parcy, Chloe Zubieta
article
Nucleic Acids Research, 2020, 48 (17), pp.9637-9648. ⟨10.1093/nar/gkaa729⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02954090/file/Lai%20-%20Stigliani.pdf BibTex
titre
Contrasted evolutionary trajectories of plant transcription factors
auteur
Xuelei Lai, Hicham Chahtane, Raquel Martin-Arevalillo, Chloe Zubieta, François Parcy
article
Current Opinion in Plant Biology, 2020, 54, pp.101-107. ⟨10.1016/j.pbi.2020.03.002⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02614102/file/COPLBI.pdf BibTex
titre
JASPAR 2020: update of the open-access database of transcription factor binding profiles.
auteur
Oriol Fornés, Jaime Castro-Mondragon, Aziz Khan, Robin van Der Lee, Xi Zhang, Phillip Richmond, Bhavi Modi, Solenne Correard, Marius Gheorghe, Damir Baranašić, Walter Santana-Garcia, Ge Tan, Jeanne Chèneby, Benoit Ballester, François Parcy, Albin Sandelin, Boris Lenhard, Wyeth W. Wasserman, Anthony Mathelier
article
Nucleic Acids Research, 2020, 48 (D1), pp.D87-D92. ⟨10.1093/nar/gkz1001⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02365013/file/gkz1001.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Evolution of the Auxin Response Factors from charophyte ancestors
auteur
Raquel Martin-Arevalillo, Emmanuel Thevenon, Fanny Jégu, Thomas Vinos-Poyo, Teva Vernoux, François Parcy, Renaud Dumas
article
PLoS Genetics, 2019, 15 (9), pp.e1008400. ⟨10.1371/journal.pgen.1008400⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02329218/file/2019_Martin_Plos_Gen_1.pdf BibTex
titre
Origin of Gibberellin-Dependent Transcriptional Regulation by Molecular Exploitation of a Transactivation Domain in DELLA Proteins
auteur
Jorge Hernández-García, Asier Briones-Moreno, Renaud Dumas, Miguel Blázquez
article
Molecular Biology and Evolution, 2019, 36 (5), pp.908-918. ⟨10.1093/molbev/msz009⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02132420/file/Hern%C3%A1ndez-Garc%C3%ADa%3BBriones-Moreno%3BDumas%20-%20Origin%20of%20gibberellin-dependent%20transcriptional%20regulatio....pdf BibTex
titre
Building Transcription Factor Binding Site Models to Understand Gene Regulation in Plants
auteur
Xuelei Lai, Arnaud Stigliani, Gilles Vachon, Cristel Carles, Cezary Smaczniak, Chloe Zubieta, Kerstin Kaufmann, François Parcy
article
Molecular Plant, 2019, 12 (6), pp.743-763. ⟨10.1016/j.molp.2018.10.010⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02088235/file/Lai_et_al_final.pdf BibTex
titre
Capturing Auxin Response Factors Syntax Using DNA Binding Models
auteur
Arnaud Stigliani, Raquel Martin-Arevalillo, Jérémy Lucas, Adrien Bessy, Thomas Vinos-Poyo, Victoria Mironova, Teva Vernoux, Renaud Dumas, François Parcy
article
Molecular Plant, 2019, 12 (6), pp.822-832. ⟨10.1016/j.molp.2018.09.010⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02088272/file/Stigliani_total.pdf BibTex
titre
Crystal structure of the transcriptional repressor DdrO: insight into the metalloprotease/repressor-controlled radiation response in Deinococcus
auteur
Arjan de Groot, Marina I. Siponen, Romaric Magerand, Nicolas Eugenie, Raquel Martin-Arevalillo, Jade Doloy, David Lemaire, Géraldine Brandelet, François Parcy, Renaud Dumas, Philippe Roche, Pascale Servant, Fabrice Confalonieri, Pascal Arnoux, David Pignol, Laurence Blanchard
article
Nucleic Acids Research, 2019, 47 (21), pp.11403-11417. ⟨10.1093/nar/gkz883⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://cea.hal.science/cea-02315882/file/DeGroot-2019-NAR-gkz883.pdf BibTex

Books

titre
L’histoire secrète des fleurs. Collection « Comment a-t-on-su? »
auteur
Francois Parcy
article
Etienne Klein. Humensciences Editions, pp.230, 2019, 9782379310270
Accès au bibtex
BibTex