Publications HAL de la structure 553450;1043280;1061099;1153147

2024

Journal articles

titre
Large-scale phosphoproteomics reveals activation of the MAPK/GADD45β/P38 axis and cell cycle inhibition in response to BMP9 and BMP10 stimulation in endothelial cells
auteur
Mohammad Al Tarrass, Lucid Belmudes, Dzenis Koça, Valentin Azemard, Hequn Liu, Tala Al Tabosh, Delphine Ciais, Agnès Desroches-Castan, Christophe Battail, Yohann Couté, Claire Bouvard, Sabine Bailly
article
Cell Communication and Signaling, 2024, 22 (1), pp.158. ⟨10.1186/s12964-024-01486-0⟩
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titre
Fudging the volcano-plot without dredging the data
auteur
Thomas Burger
article
Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.1392. ⟨10.1038/s41467-024-45834-7⟩
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titre
Comparative transcriptomics reveal a novel tardigrade specific DNA binding protein induced in response to ionizing radiation
auteur
M. Anoud, Emmanuelle Delagoutte, Quentin Helleu, A. Brion, Evelyne Duvernois-Berthet, M. As, X. Marques, K. Lamribet, C. Senamaud, L. Jourdren, A. Adrait, S. Heinrich, G. Toutirais, S. Hamlaoui, G. Gropplero, I. Giovannini, L. Ponger, M. Gèze, C. Blugeon, Y. Coute, R. Guidetti, L Rebecchi, C. Giovannangeli, A. de Cian, J-P. Concordet
article
eLife, 2024, ⟨10.7554/eLife.92621.1⟩
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https://mnhn.hal.science/mnhn-04286192/file/AnoudEtAl2023.pdf BibTex
titre
Cytoskeleton remodeling induced by SMYD2 methyltransferase drives breast cancer metastasis
auteur
Alexandre Casanova, Gael Roth, Simone Hausmann, Xiaoyin Lu, Ludivine Bischoff, Emilie Froeliger, Lucid Belmudes, Ekaterina Bourova-Flin, Natasha Flores, Ana Morales Benitez, Tourkian Chasan, Marcello Caporicci, Jessica Vayr, Sandrine Blanchet, Francesco Ielasi, Sophie Rousseaux, Pierre Hainaut, Or Gozani, Muriel Le Romancer, Yohann Couté, Andres Palencia, Pawel Mazur, Nicolas Reynoird
article
Cell Discovery, 2024, 10 (1), pp.12. ⟨10.1038/s41421-023-00644-x⟩
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https://hal.science/hal-04245506/file/s41421-023-00644-x.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
The α/β hydrolase domain-containing protein 1 (ABHD1) acts as a lysolipid lipase and is involved in lipid droplet formation
auteur
Ismael Torres-Romero, Bertrand Légeret, Marie Huleux, Damien Sorigue, Alicia Damm, Stéphan Cuiné, Florian Veillet, Carla Blot, Sabine Brugière, Yohann Couté, Matthew Garneau, Hari Kiran Kotapati, Yi Xin, Jian Xu, Philip Bates, Abdou Rachid Thiam, Fred Beisson, Yonghua Li-Beisson
article
2024
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titre
A plastidial DEAD box RNA helicase plays a critical role in high light acclimation by modulating ribosome biogenesis in Chlamydomonas reinhardtii
auteur
El Batoul Djouani-Tahri, Sreedhar Nellaepalli, Pascaline Auroy, Emmanuelle Billon, Adrien Burlacot, Frédéric Chaux-Jukic, Stéphan Cuiné, Virginie Epting, Marie Huleux, Bart Ghysels, Miriam Schulz-Raffelt, Isabelle Te, Sabine Brugière, Yohann Couté, Yuichiro Takahashi, Yonghua Li‐beisson, Gilles Peltier
article
2024
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titre
Phototropin connects blue light perception to starch metabolism in green algae
auteur
Yizhong Yuan, Anthony Iannetta, Minjae Kim, Patric Sadecki, Marius Arend, Angeliki Tsichla, M. Águila Ruiz-Sola, Georgios Kepesidis, Denis Falconet, Emmanuel Thevenon, Marianne Tardif, Sabine Brugière, Yohann Couté, Jean Philippe Kleman, Irina Sizova, Marion Schilling, Juliette Jouhet, Peter Hegemann, Yonghua Li‐beisson, Zoran Nikoloski, Olivier Bastien, Leslie Hicks, Dimitris Petroutsos
article
2024
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2023

Journal articles

titre
Histological features of liver disease development in the Atp7b −/− mouse: a model of Wilson’s disease
auteur
Pierre-Marie Lavrut, Olivier Guillaud, Jérôme Dumortier, Elisabeth Mintz, Virginie Brun, Sophie Heissat, Eduardo Couchonnal Bedoya, Alain Lachaux, Muriel Bost, Valerie Hervieu
article
Journal of Clinical Pathology, 2023, jcp-2023-209190. ⟨10.1136/jcp-2023-209190⟩
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titre
SIN-3 acts in distinct complexes to regulate the germline transcriptional program in Caenorhabditis elegans
auteur
Valerie Robert, Matthieu Caron, Loic Gely, Annie Adrait, Victoria Pakulska, Yohann Couté, Manon Chevalier, Christian Riedel, Cecile Bedet, Francesca Palladino
article
Development (Cambridge, England), 2023, 150 (21), ⟨10.1242/dev.201755⟩
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titre
Cell-type-specific control of secondary cell wall formation by Musashi-type translational regulators in Arabidopsis
auteur
Alicia Kairouani, Dominique Pontier, Claire Picart, Fabien Mounet, Yves Martinez, Lucie Le-Bot, Mathieu Fanuel, Philippe Hammann, Lucid Belmudes, Remy Merret, Jacinthe Azevedo, Marie-Christine Carpentier, Dominique Gagliardi, Yohann Couté, Richard Sibout, Natacha Bies-Etheve, Thierry Lagrange
article
eLife, 2023, 12, ⟨10.7554/eLife.88207⟩
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https://hal.science/hal-04230426/file/islandora_167735.pdf BibTex
titre
Compact and modular system architecture for a nano-resonator-mass spectrometer
auteur
Adrien Reynaud, Wioletta Trzpil, Louis Dartiguelongue, Vaitson Çumaku, Thomas Fortin, Marc Sansa, Sebastien Hentz, Christophe Masselon
article
Frontiers in Chemistry, 2023, 11, ⟨10.3389/fchem.2023.1238674⟩
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titre
Pulse-SILAC and interactomics reveal distinct DDB1-CUL4 associated factors (DCAFs), cellular functions, and protein substrates
auteur
Jennifer Raisch, Marie-Line Dubois, Marika Groleau, Dominique Lévesque, Thomas Burger, Carla-Marie Jurkovic, Romain Brailly, Gwendoline Marbach, Alyson Mckenna, Catherine Barrette, Pierre-Étienne Jacques, François-Michel Boisvert
article
Molecular and Cellular Proteomics, 2023, pp.100644. ⟨10.1016/j.mcpro.2023.100644⟩
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https://hal.science/hal-04203140/file/Dubois%20et%20al.Manuscrit_Re_v5.pdf BibTex
titre
Fetal Muse-based therapy prevents lethal radio-induced gastrointestinal syndrome by intestinal regeneration
auteur
Honorine Dushime, Stéphanie Moreno, Christine Linard, Annie Adrait, Yohann Couté, Juliette Peltzer, Sébastien Messiaen, Claire Torres, Lydia Bensemmane, Daniel Lewandowski, Paul Henri Romeo, Vanessa Petit, Nathalie Gault
article
Stem Cell Research and Therapy, 2023, 14 (201), pp.1-22. ⟨10.1186/s13287-023-03425-1⟩
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https://irsn.hal.science/irsn-04249687/file/Stem%20cell%20Res%20Ther%202023.pdf BibTex
titre
Controlling for false discoveries subsequently to large scale one‐way ANOVA testing in proteomics: Practical considerations
auteur
Thomas Burger
article
Proteomics, 2023, 2022, pp.00406. ⟨10.1002/pmic.202200406⟩
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https://hal.science/hal-04140803/file/PHTFDR-revised2-v2-final.pdf BibTex
titre
Inflammasome-independent NLRP3 function enforces ATM activity in response to genotoxic stress
auteur
Mélanie Bodnar-Wachtel, Anne-Laure Huber, Julie Gorry, Sabine Hacot, Delphine Burlet, Laetitia Gérossier, Baptiste Guey, Nadège Goutagny, Birke Bartosch, Elise Ballot, Julie Lecuelle, Caroline Truntzer, François Ghiringhelli, Bénédicte F Py, Yohann Couté, Annabelle Ballesta, Sylvie Lantuejoul, Janet Hall, Agnès Tissier, Virginie Petrilli
article
Life Science Alliance, 2023, 6 (4), pp.e202201494. ⟨10.26508/lsa.202201494⟩
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https://hal.science/hal-04052301/file/Bodnar-Wachtel2023.pdf BibTex
titre
Membrane vesicles released by Lacticaseibacillus casei BL23 inhibit the biofilm formation of Salmonella Enteritidis
auteur
David da Silva Barreira, Julie Laurent, Jessica Lourenço, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Jean Guzzo, Aurélie Rieu
article
Scientific Reports, 2023, 13 (1), pp.1163. ⟨10.1038/s41598-023-27959-9⟩
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titre
Immune-Mediated Rippling Muscle Disease Associated With Thymoma and Anti-MURC/Cavin-4 Autoantibodies
auteur
Juliette Svahn, Laurent Coudert, Nathalie Streichenberger, Alexandra Kraut, Alice Gravier-Dumonceau-Mazelier, Ludivine Rotard, Laurence Calemard-Michel, Rita Menassa, Elisabeth Errazuriz-Cerda, Lara Chalabreysse, Alexis Osseni, Christophe Vial, Laurentiu Jomir, François Tronc, Do Le Duy, Emilien Bernard, Vincent Gache, Yohann Couté, Vincent Jacquemond, Laurent Schaeffer, Pascal Leblanc
article
Neurology Neuroimmunology & Neuroinflammation, 2023, 10 (1), pp.e200068. ⟨10.1212/NXI.0000000000200068⟩
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https://cnrs.hal.science/hal-04293370/file/e200068.full.pdf BibTex
titre
RSL24D1 sustains steady-state ribosome biogenesis and pluripotency translational programs in embryonic stem cells
auteur
Sébastien Durand, Marion Bruelle, Fleur Bourdelais, Bigitha Bennychen, Juliana Blin-Gonthier, Caroline Isaac, Aurélia Huyghe, Sylvie Martel, Antoine Seyve, Christophe Vanbelle, Annie Adrait, Yohann Couté, David Meyronet, Frédéric Catez, Jean-Jacques Diaz, Fabrice Lavial, Emiliano Ricci, François Ducray, Mathieu Gabut
article
Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.356. ⟨10.1038/s41467-023-36037-7⟩
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https://cnrs.hal.science/hal-04010880/file/41467_2023_Article_36037.pdf BibTex
titre
A Proteomics-Based Approach Identifies the NEDD4 Adaptor NDFIP2 as an Important Regulator of Ifitm3 Levels
auteur
Federico Marziali, Yuxin Song, Xuan-Nhi Nguyen, Lucid Belmudes, Julien Burlaud-Gaillard, Philippe Roingeard, Yohann Couté, Andrea Cimarelli
article
Viruses, 2023, 15 (10), pp.1993. ⟨10.3390/v15101993⟩
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Conference papers

titre
Chloroplast biogenesis: towards the role of localized translation in Arabidopsis
auteur
Norbert Rolland, Laura Dimnet, Sara Pullara, Lucas Moyet, Chloé Genevey, Samantha Moulin, Sabine Brugière, Alexandra Launay-Avon, Yohann Couté, Etienne Delannoy, Rémy Merret, Marcel Kuntz
article
59th Congress of the Argentine Society for Research in Biochemistry and Molecular Biology (SAIB), SAIB, Nov 2023, Rosario, Argentina
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titre
Chloroplast biogenesis: towards the role of localized translation in Arabidopsis
auteur
Sara Pullara, Laura Dimnet, Lucas Moyet, Chloé Genevey, Samantha Moulin, Sabine Brugière, Alexandra Launay-Avon, Yohann Couté, Etienne Delannoy, Marcel Kuntz, Norbert Rolland
article
Journées du "Protéome Vert" 2023, Réseau Protéome Vert, Jun 2023, Gif-Sur-Yvette, France
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Book sections

titre
Statistical Analysis of Quantitative Peptidomics and Peptide-Level Proteomics Data with Prostar
auteur
Marianne Tardif, Enora Fremy, Anne-Marie Hesse, Thomas Burger, Yohann Couté, Samuel Wieczorek
article
Statistical Analysis of Proteomic Data, 2426, Springer US, pp.163-196, 2023, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1967-4_9⟩
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titre
Validation of MS/MS Identifications and Label-Free Quantification Using Proline
auteur
Véronique Dupierris, Anne-Marie Hesse, Jean-Philippe Menetrey, David Bouyssié, Thomas Burger, Yohann Couté, Christophe Bruley
article
Statistical Analysis of Proteomic Data, 2426, Springer US, pp.67-89, 2023, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1967-4_4⟩
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titre
Validation of MS/MS identifications and label-free quantification using Proline
auteur
Véronique Dupierris, Anne-Marie Hesse, Jean-Philippe Menetrey, David Bouyssié, Thomas Burger, Yohann Couté, Christophe Bruley
article
Statistical Analysis of Proteomic Data, 2426, Springer US, pp.67-89, 2023, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1967-4_4⟩
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https://hal.science/hal-03244240/file/ProlineBH-preprint-version.pdf BibTex
titre
Statistical analysis of quantitative peptidomics and peptide-level proteomics data with Prostar
auteur
Marianne Tardif, Enora Fremy, Anne-Marie Hesse, Thomas Burger, Yohann Couté, Samuel Wieczorek
article
Statistical Analysis of Proteomic Data, 2426, Springer US, pp.163-196, 2023, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1967-4_9⟩
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https://hal.science/hal-03242797/file/Prostar-peptidelevel-preprint.pdf BibTex
titre
Unveiling the links between peptide identification and differential analysis FDR controls by means of a practical introduction to knockoff filters
auteur
Lucas Etourneau, Nelle Varoquaux, Thomas Burger
article
Statistical Analysis of Proteomic Data, 2426, Springer US, pp.1-24, 2023, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1101/2021.08.20.454134⟩
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Books

titre
Statistical Analysis of Proteomic Data
auteur
Thomas Burger
article
Springer US, 2426, pp.225-246, 2023, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-0716-1967-4⟩
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2022

Journal articles

titre
Guidance landscapes unveiled by quantitative proteomics to control reinnervation in adult visual system
auteur
Noemie Vilallongue, Julia Schaeffer, Anne-Marie Hesse, Céline Delpech, Béatrice Blot, Antoine Paccard, Elise Plissonnier, Blandine Excoffier, Yohann Couté, Stephane Belin, Homaira Nawabi
article
Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.6040. ⟨10.1038/s41467-022-33799-4⟩
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titre
Human histone pre-mRNA assembles histone or canonical mRNA-processing complexes by overlapping 3′-end sequence elements
auteur
Francesco Ielasi, Sara Ternifi, Emeline Fontaine, Domenico Iuso, Yohann Couté, Andrés Palencia
article
Nucleic Acids Research, 2022, 50 (21), pp.12425-12443. ⟨10.1093/nar/gkac878⟩
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titre
Structure of the human heparan sulfate polymerase complex EXT1-EXT2
auteur
Francisco Leisico, Juneina Omeiri, Christine Le Narvor, Joël Beaudouin, Michael Hons, Daphna Fenel, Guy Schoehn, Yohann Couté, David Bonnaffé, Rabia Sadir, Hugues Lortat-Jacob, Rebekka Wild
article
Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.7110. ⟨10.1038/s41467-022-34882-6⟩
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https://hal.science/hal-04234530/file/EXT-ms.pdf BibTex
titre
Analysis of the Arabidopsis coilin mutant reveals a positive role of AtCOILIN in plant immunity
auteur
Aala A Abulfaraj, Hanna M Alhoraibi, Kiruthiga Mariappan, Jean Bigeard, Huoming Zhang, Marilia Almeida-Trapp, Olga Artyukh, Fatimah Abdulhakim, Sabiha Parween, Delphine Pflieger, Ikram Blilou, Heribert Hirt, Naganand Rayapuram
article
Plant Physiology, 2022, 190, pp.745 - 761. ⟨10.1093/plphys/kiac280⟩
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https://hal.science/hal-03859987/file/PlantPhysiol_2022_DPflieger.pdf BibTex
titre
Quantitative proteomic analyses reveal the impact of nitrogen starvation on the proteome of the model diatom Phaeodactylum tricornutum
auteur
Josselin Lupette, Marianne Tardif, Sabine Brugière, Yohann Couté, Juliette Salvaing, Eric Maréchal
article
Proteomics, 2022, 22 (22), pp.2200155. ⟨10.1002/pmic.202200155⟩
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https://hal.science/hal-03814829/file/Lupette%20et%20al%20Proteomics.pdf BibTex
titre
Spontaneous Prophage Induction Contributes to the Production of Membrane Vesicles by the Gram-Positive Bacterium Lacticaseibacillus casei BL23
auteur
David da Silva Barreira, Pierre Lapaquette, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Jean Guzzo, Aurélie Rieu
article
mBio, 2022, 13 (5), pp.2200155. ⟨10.1128/mbio.02375-22⟩
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BibTex
titre
Can Omics Biology Go Subjective because of Artificial Intelligence? A Comment on “Challenges and Opportunities for Bayesian Statistics in Proteomics” by Crook et al.
auteur
Thomas Burger
article
Journal of Proteome Research, 2022, ⟨10.1021/acs.jproteome.2c00161⟩
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https://hal.science/hal-03695779/file/Can%20omics%20biology%20go%20subjective%20because%20of%20artificial%20intelligence.pdf BibTex
titre
A Micrarchaeon Isolate Is Covered by a Proteinaceous S-Layer
auteur
Sabrina Gfrerer, Dennis Winkler, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Reinhard Rachel, Johannes Gescher
article
Applied and Environmental Microbiology, 2022, 88 (5), pp.e202101140. ⟨10.1128/AEM.01553-21⟩
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BibTex
titre
Direct visualization of pre-protamine 2 detects protamine assembly failures and predicts ICSI success
auteur
Maryam Rezaei-Gazik, Alexandra Vargas, Amir Amiri-Yekta, Anne-Laure Vitte, Arvand Akbari, Sophie Barral, Vahid Esmaeili, Florent Chuffart, Mohammad Ali Sadighi-Gilani, Yohann Couté, Poopak Eftekhari-Yazdi, Saadi Khochbin, Sophie Rousseaux, Mehdi Totonchi
article
Molecular Human Reproduction, 2022, 28 (2), ⟨10.1093/molehr/gaac004⟩
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titre
Genomic erosion and horizontal gene transfer shape functional differences of the ExlA toxin in Pseudomonas spp.
auteur
Viviana Job, Laura Gomez-Valero, Adèle Renier, Christophe Rusniok, Stephanie Bouillot, Viviane Chenal-Francisque, Erwan Gueguen, Annie Adrait, Mylène Robert-Genthon, Katy Jeannot, Peter Panchev, Sylvie Elsen, Marie-Odile Fauvarque, Yohann Couté, Carmen Buchrieser, Ina Attrée
article
iScience, 2022, 25 (7), pp.104596. ⟨10.1016/j.isci.2022.104596⟩
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https://hal.science/hal-03725826/file/1-s2.0-S2589004222008689-main.pdf BibTex
titre
Challenging targets or describing mismatches? A comment on Common Decoy Distribution by Madej et al
auteur
Lucas Etourneau, Thomas Burger
article
Journal of Proteome Research, 2022, 21 (12), pp.2840-2845. ⟨10.1021/acs.jproteome.2c00279⟩
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https://hal.science/hal-03815002/file/Challenging%20target%20or%20describing%20mismatches-vRevised5.pdf BibTex
titre
Developmental Defects in Huntington's Disease Show That Axonal Growth and Microtubule Reorganization Require NUMA1
auteur
Mariacristina Capizzi, Rémi Carpentier, Eric Denarier, Annie Adrait, Rayane Kassem, Marina Mapelli, Yohann Couté, Sandrine Humbert
article
Neuron, 2022, 110 (1), pp.36-50.e5. ⟨10.1016/j.neuron.2021.10.033⟩
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https://hal.science/hal-03605365/file/S0896627321008631.pdf BibTex

2021

Journal articles

titre
Developing Rhodobacter sphaeroides for cathodic biopolymer production
auteur
Ferdinand Schmid, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Johannes Gescher
article
Bioresource Technology, 2021, 336 (1), pp.125340. ⟨10.1016/j.biortech.2021.125340⟩
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BibTex
titre
Sketched Stochastic Dictionary Learning for large‐scale data and application to high‐throughput mass spectrometry
auteur
Olga Permiakova, Thomas Burger
article
Statistical Analysis and Data Mining: The ASA Data Science Journal, 2021, ⟨10.1002/sam.11542⟩
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https://hal.science/hal-03324568/file/Sketched_Stochastic_Dictionary_Learning-preprintVersion.pdf BibTex
titre
Production of acetoin from renewable resources under heterotrophic and mixotrophic conditions
auteur
Daniel Härrer, Carina Windhorst, Nicola Böhner, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Johannes Gescher
article
Bioresource Technology, 2021, 329 (17), pp.124866. ⟨10.1111/pce.14013⟩
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BibTex
titre
Production of acetoin from renewable resources under heterotrophic and mixotrophic conditions
auteur
Daniel Härrer, Carina Windhorst, Nicola Böhner, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Johannes Gescher
article
Bioresource Technology, 2021, 329, pp.124866. ⟨10.1016/j.biortech.2021.124866⟩
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BibTex
titre
LEAFY protein crystals with a honeycomb structure as a platform for selective preparation of outstanding stable bio-hybrid materials
auteur
Lucile Chiari, Philippe Carpentier, Sylvie Kieffer-Jaquinod, Alice Gogny, Julien Pérard, Stéphane Ravanel, David Cobessi, Stéphane Ménage, Renaud Dumas, Olivier Hamelin
article
Nanoscale, 2021, 13 (19), pp.8901-8908. ⟨10.1039/d1nr00268f⟩
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https://hal.science/hal-03225550/file/Chiari%20et%20al.%20Nanoscale.pdf BibTex
titre
Mixotrophic growth of the extremophile galdieria sulphuraria reveals the flexibility of its carbon assimilation metabolism
auteur
Gilles Curien, Dagmar Lyska, Erika Guglielmino, Phillip Westhoff, Janina Janetzko, Marianne Tardif, Clément Hallopeau, Sabine Brugière, Davide Dal Bo, Johan Decelle, Benoit Gallet, Denis Falconet, Michele Carone, Claire Remacle, Myriam Ferro, Andreas Weber, Giovanni Finazzi
article
New Phytologist, 2021, ⟨10.1111/nph.17359⟩
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https://hal.science/hal-03193983/file/Curien_et_al_2021_New_Phytologist_plus_Supporting_information.pdf BibTex
titre
Phylogenetic and functional diversity of aldehyde-alcohol dehydrogenases in microalgae
auteur
Robert van Lis, Yohann Couté, Sabine Brugière, Nicolas Tourasse, Benoist Laurent, Wolfgang Nitschke, Olivier Vallon, Ariane Atteia
article
Plant Molecular Biology, 2021, 105 (4-5), pp.497-511. ⟨10.1007/s11103-020-01105-9⟩
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https://hal.science/hal-03404235/file/van%20Lis%20et%20al_PMB2021_accepted%20manuscript.pdf BibTex
titre
CHICKN: extraction of peptide chromatographic elution profiles from large scale mass spectrometry data by means of Wasserstein compressive hierarchical cluster analysis
auteur
Olga Permiakova, Romain Guibert, Alexandra Kraut, Thomas Fortin, Anne-Marie Hesse, Thomas Burger
article
BMC Bioinformatics, 2021, 22 (1), ⟨10.1186/s12859-021-03969-0⟩
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https://hal.science/hal-03145601/file/CHICKN-preprint.pdf BibTex
titre
Well Plate Maker: A user-friendly randomized block design application to limit batch effects in largescale biomedical studies
auteur
Hélène Borges, Anne-Marie Hesse, Alexandra Kraut, Yohann Couté, Virginie Brun, Thomas Burger
article
Bioinformatics, 2021, ⟨10.1093/bioinformatics/btab065⟩
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https://hal.science/hal-03135100/file/WPM_final_no_template.pdf BibTex
titre
PepS: An Innovative Microfluidic Device for Bedside Whole Blood Processing before Plasma Proteomics Analyses
auteur
Benoit Gilquin, Myriam Cubizolles, Remco den Dulk, Frédéric Revol-Cavalier, Manuel Alessio, Charles-Elie Goujon, Camille Echampard, Gorka Arrizabalaga, Annie Adrait, Mathilde Louwagie, Patricia Laurent, Fabrice Navarro, Yohann Couté, Marie-Line Cosnier, Virginie Brun
article
Analytical Chemistry, 2021, 93 (2), pp.683-690. ⟨10.1021/acs.analchem.0c02270⟩
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BibTex
titre
Microglia modulate gliotransmission through the regulation of VAMP2 proteins in astrocytes
auteur
Fuyuko Takata‐tsuji, Naura Chounlamountri, Le‐duy Do, Camille Philippot, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Sarrah Ben Achour, Jérôme Honnorat, Christophe Place, Olivier Pascual
article
Glia, 2021, 69 (1), pp.61-72. ⟨10.1002/glia.23884⟩
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BibTex
titre
A plant-like mechanism coupling m6A reading to polyadenylation safeguards transcriptome integrity and developmental gene partitioning in Toxoplasma
auteur
Dayana C Farhat, Matthew W Bowler, Guillaume Communie, Dominique Pontier, Lucid Belmudes, Caroline Mas, Charlotte Corrao, Yohann Couté, Alexandre Bougdour, Thierry Lagrange, Mohamed-Ali Hakimi, Christopher Swale
article
eLife, 2021, 10, pp.e68312. ⟨10.7554/elife.68312⟩
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https://univ-perp.hal.science/hal-03313548/file/elife-68312-v2.pdf BibTex
titre
Mass Spectrometry-Based Proteomics Reveal Alcohol Dehydrogenase 1B as a Blood Biomarker Candidate to Monitor Acetaminophen-Induced Liver Injury
auteur
Floriane Pailleux, Pauline Maes, Michel Jaquinod, Justine Barthelon, Marion Darnaud, Claire Lacoste, Yves Vandenbrouck, Benoit Gilquin, Mathilde Louwagie, Anne-Marie Hesse, Alexandra Kraut, Jérôme Garin, Vincent Leroy, Jean-Pierre Zarski, Christophe Bruley, Yohann Couté, Didier Samuel, Philippe Ichai, Jamila Faivre, Virginie Brun
article
International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (20), pp.11071. ⟨10.3390/ijms222011071⟩
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titre
Control of SRC Molecular Dynamics Encodes Distinct Cytoskeletal Responses by Specifying Signaling Pathway Usage
auteur
Adèle Kerjouan, Cyril Boyault, Christiane Oddou, Edwige Hiriart-Bryant, Alexei Grichine, Alexandra Kraut, Mylène Pezet, Martial Balland, Eva Faurobert, Isabelle Bonnet, Yohann Couté, Bertrand Fourcade, Corinne Albiges-Rizo, Olivier Destaing
article
Journal of Cell Science, 2021, 134 (2), ⟨10.1242/jcs.254599⟩
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titre
An Innovative Standard for LC-MS-based HCP-profiling and Accurate Quantity Assessment: Application to Batch Consistency in Viral Vaccine Samples
auteur
Mathieu Trauchessec, Anne Marie Hesse, Alexandra Kraut, Yves Berard, Laura Herment, Tanguy Fortin, Christophe Bruley, Myriam Ferro, Catherine Manin
article
Proteomics, 2021, pp.e2000152. ⟨10.1002/pmic.202000152⟩
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titre
Structural and functional analysis of the Francisella lysine decarboxylase as a key actor in oxidative stress resistance
auteur
Jan Felix, Claire Siebert, Juila Novion Ducassou, Jérôme Nigou, Pierre Simon Garcia, Angélique Fraudeau, Karine Huard, Caroline Mas, Celine Brochier-Armanet, Yohann Couté, Irina Gutsche, Patricia Renesto
article
Scientific Reports, 2021, 11 (1), pp.972. ⟨10.1038/s41598-020-79611-5⟩
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https://hal.science/hal-03118173/file/Felix%20et%20al.%20Nature.pdf BibTex
titre
Plastidial and cytosolic thiol reductases participate in the control of stomatal functioning
auteur
Jean‐luc Montillet, Damien Rondet, Sabine Brugière, Patricia Henri, Dominique Rumeau, Jean‐philippe Reichheld, Yohann Couté, Nathalie Leonhardt, Pascal Rey
article
Plant, Cell and Environment, 2021, 44 (5), pp.1417-1435. ⟨10.1111/pce.14013⟩
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https://hal.science/hal-03186495/file/Montillet%20et%20al%20PCE%2009-12-20-1.pdf BibTex
titre
Advances and Utility of the Human Plasma Proteome
auteur
Eric W. Deutsch, Gilbert S. Omenn, Zhi Sun, Michal Maes, Maria Pernemalm, Krishnan K. Palaniappan, Natasha Letunica, Yves Vandenbrouck, Virginie Brun, Sheng-Ce Tao, Xiaobo Yu, Philipp E. Geyer, Vera Ignjatovic, Robert L. Moritz, Jochen M. Schwenk
article
Journal of Proteome Research, 2021, ⟨10.1021/acs.jproteome.1c00657⟩
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titre
Small Mass but Strong Information: Diagnostic Ions Provide Crucial Clues to Correctly Identify Histone Lysine Modifications
auteur
Alaa Hseiky, Marion Crespo, Sylvie Kieffer-Jaquinod, François Fenaille, Delphine Pflieger
article
Proteomes, 2021, 9 (2), ⟨10.3390/proteomes9020018⟩
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https://hal.science/hal-03389071/file/Proteomes-AlaaHseiky_2021.pdf BibTex
titre
Requirements and Attributes of Nano-Resonator Mass Spectrometry for the Analysis of Intact Viral Particles
auteur
Kavya Clément, Adrien Reynaud, Martial Defoort, Bogdan Vysotskyi, Thomas Fortin, Szu-Hsueh Lai, Vaitson Çumaku, Sergio Dominguez-Medina, Sébastien Hentz, Christophe D. Masselon
article
Analytical and Bioanalytical Chemistry, 2021, ⟨10.1007/s00216-021-03511-4⟩
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Theses

titre
Méthodes statistiques pour le traitement des données de protéomique quantitative longitudinale
auteur
Hélène Borges
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Grenoble Alpes [2020-..], 2021. Français. ⟨NNT : 2021GRALS024⟩
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Preprints, Working Papers, ...

titre
A peptide-level multiple imputation strategy accounting for the different natures of missing values in proteomics data
auteur
Q. Giai Gianetto, S. Wieczorek, Y. Couté, T. Burger
article
2021
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https://pasteur.hal.science/pasteur-03243577/file/2020.05.29.122770v1.full.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
The blood copper isotopic composition is a prognostic indicator of the hepatic injury in Wilson disease
auteur
Aline Lamboux, Eduardo Couchonnal-Bedoya, Olivier Guillaud, Chloé Laurencin, Laurence Lion-François, Abdelouahed Belmalih, Elisabeth Mintz, Virginie Brun, Muriel Bost, Alain Lachaux, Vincent Balter
article
Metallomics, 2020, 12 (11), pp.1781-1790. ⟨10.1039/d0mt00167h⟩
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titre
The PopN gate-keeper complex acts on the ATPase PscN to regulate the T3SS secretion switch from early to middle substrates in Pseudomonas aeruginosa
auteur
Tuan Dung Ngo, Caroline Perdu, Bakhos Jneid, Michel Ragno, Julia Novion Ducassou, Alexandra Kraut, Yohann Couté, Charles Stopford, Ina Attrée, Arne Rietsch, Eric Faudry
article
Journal of Molecular Biology, 2020, ⟨10.1016/j.jmb.2020.10.024⟩
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titre
Liquid Biopsy of Bile based on Targeted Mass Spectrometry for the Diagnosis of Malignant Biliary Strictures
auteur
Annie Adrait, Jean‐marc Dumonceau, Myriam Delhaye, Isabelle Annessi‐ramseyer, Jean‐louis Frossard, Yohann Couté, Annarita Farina
article
Clinical and Translational Science., 2020, ⟨10.1111/cts.12890⟩
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titre
Systematic genetic and proteomic screens during gametogenesis identify H2BK34 methylation as an evolutionary conserved meiotic mark
auteur
Marion Crespo, Lacey J Luense, Marie Arlotto, Jialei Hu, Jean Dorsey, Encar García-Oliver, Parisha P Shah, Delphine Pflieger, Shelley L Berger, Jérôme Govin
article
Epigenetics & Chromatin, 2020, 13 (1), ⟨10.1186/s13072-020-00349-5⟩
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https://hal.science/hal-02945586/file/EpigeneticsChromatin_2020.pdf BibTex
titre
Target verification of artesunate-related antiviral drugs: Assessing the role of mitochondrial and regulatory proteins by click chemistry and fluorescence labeling
auteur
Friedrich Hahn, Aischa Niesar, Christina Wangen, Markus Wild, Benedikt Grau, Lars Herrmann, Aysun Capci, Annie Adrait, Yohann Couté, Svetlana Tsogoeva, Manfred Marschall
article
Antiviral Research, 2020, 180, pp.104861. ⟨10.1016/j.antiviral.2020.104861⟩
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titre
Mass Spectrometry-Based Characterization of the Virion Proteome, Phosphoproteome, and Associated Kinase Activity of Human Cytomegalovirus
auteur
Yohann Couté, Alexandra Kraut, Christine Zimmermann, Nicole Büscher, Anne-Marie Hesse, Christophe Bruley, Marco de Andrea, Christina Wangen, Friedrich Hahn, Manfred Marschall, Bodo Plachter
article
Microorganisms, 2020, 8 (6), pp.820. ⟨10.3390/microorganisms8060820⟩
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titre
A MORC-driven transcriptional switch controls Toxoplasma developmental trajectories and sexual commitment
auteur
Dayana Farhat, Christopher Swale, Céline Dard, Dominique Cannella, Philippe Ortet, ​mohamed Barakat, Fabien Sindikubwabo, Lucid Belmudes, Pieter-Jan de Bock, Yohann Couté, Alexandre Bougdour, Mohamed-Ali Hakimi
article
Nature Microbiology, 2020, 5 (4), pp.570-583. ⟨10.1038/s41564-020-0674-4⟩
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titre
Exploration of the propagation of transpovirons within Mimiviridae reveals a unique example of commensalism in the viral world
auteur
Sandra Jeudy, Lionel Bertaux, Jean-Marie Alempic, Audrey Lartigue, Matthieu Legendre, Lucid Belmudes, Sébastien Santini, Nadège Philippe, Laure Beucher, Emanuele G Biondi, Sissel Juul, Daniel J. Turner, Yohann Couté, Jean-Michel Claverie, Chantal Abergel
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2020, ⟨10.1038/s41396-019-0565-y⟩
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https://amu.hal.science/hal-02409597/file/s41396-019-0565-y.pdf BibTex
titre
Fetuin-A and thyroxin binding globulin predict rituximab response in rheumatoid arthritis patients with insufficient response to anti-TNFα
auteur
Minh Vu Chuong Nguyen, Anaïs Courtier, Annie Adrait, Federica Defendi, Yohann Couté, Athan Baillet, Lisa Guigue, Jacques-Eric Gottenberg, Chantal Dumestre-Perard, Virginie Brun, Philippe Gaudin
article
Clinical Rheumatology, 2020, 39, pp.2553-2562. ⟨10.1007/s10067-020-05030-6⟩
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titre
Proline: an efficient and user-friendly software suite for large-scale proteomics
auteur
David Bouyssié, Anne-Marie Hesse, Emmanuelle Mouton-Barbosa, Magali Rompais, Charlotte Macron, Christine Carapito, Anne Gonzalez de Peredo, Yohann Couté, Véronique Dupierris, Alexandre Burel, Jean-Philippe Menetrey, Andrea Kalaitzakis, Julie Poisat, Aymen Romdhani, Odile Burlet-Schiltz, Sarah Cianférani, Jérôme Garin, Christophe Bruley
article
Bioinformatics, 2020, 36 (10), pp.3148-3155. ⟨10.1093/bioinformatics/btaa118⟩
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https://hal.science/hal-02551168/file/btaa118%20%281%29.pdf BibTex
titre
A behavior-manipulating virus relative as a source of adaptive genes for Drosophila parasitoids
auteur
D Di Giovanni, D. Lepetit, B Guinet, B Bennetot, M. Boulesteix, Yohann Couté, O. Bouchez, M Ravallec, J. Varaldi
article
Molecular Biology and Evolution, 2020, 37 (10), pp.2791-2807. ⟨10.1093/molbev/msaa030⟩
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https://hal.science/hal-02551178/file/msaa030.pdf BibTex
titre
Ribosomal protein gene RPL9 variants can differentially impair ribosome function and cellular metabolism
auteur
Marco Lezzerini, Marianna Penzo, Marie-Françoise O'Donohue, Carolina Marques dos santos vieira, Manon Saby, Hyung Elfrink, Illja Diets, Anne-Marie Hesse, Yohann Couté, Marc Gastou, Alexandra Nin-Velez, Peter Nikkels, Alexandra Olson, Evelien Zonneveld-Huijssoon, Marjolijn Jongmans, Guangjun Zhang, Michel Van weeghel, Riekelt Houtkooper, Marcin Wlodarski, Roland Kuiper, Marc Bierings, Jutte Van der werff ten bosch, Thierry Leblanc, Lorenzo Montanaro, Jonathan Dinman, Lydie Da costa, Pierre-Emmanuel Gleizes, Alyson Macinnes
article
Nucleic Acids Research, 2020, 48 (2), pp.770-787. ⟨10.1093/nar/gkz1042⟩
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https://hal.science/hal-02551186/file/sans-titre.pdf BibTex
titre
Rhomboid intramembrane protease YqgP licenses bacterial membrane protein quality control as adaptor of FtsH AAA protease
auteur
Jakub Began, Baptiste Cordier, Jana Březinová, Jordan Delisle, Rozálie Hexnerová, Pavel Srb, Petra Rampírová, Milan Kožíšek, Mathieu Baudet, Yohann Coute, Anne Galinier, Václav Veverka, Thierry Doan, Kvido Strisovsky
article
EMBO Journal, 2020, ⟨10.15252/embj.2019102935⟩
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https://hal.science/hal-02439524/file/Began_et_al-2020-The_EMBO_Journal.pdf BibTex
titre
Hepatitis B virus Core protein nuclear interactome identifies SRSF10 as a host RNA-binding protein restricting HBV RNA production
auteur
Hélène Chabrolles, Héloïse Auclair, Serena Vegna, Thomas Lahlali, Caroline Pons, Maud Michelet, Yohann Couté, Lucid Belmudes, Gilliane Chadeuf, Yujin Kim, Ariel Di Bernardo, Pascal Jalaguier, Cosset François-Loïc, Floriane Fusil, Michel Rivoire, Lee Arnold, Uri Lopatin, Christophe Combet, Fabien Zoulim, David Grierson, Benoit Chabot, Julie Lucifora, David Durantel, Anna Salvetti
article
PLoS Pathogens, 2020, 16 (11), pp.e1008593. ⟨10.1371/journal.ppat.1008593⟩
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https://hal.science/hal-03122641/file/FLcosset%2012112021.pdf BibTex
titre
A liver-targeting Cu(l) chelator relocates Cu in hepatocytes and promotes Cu excretion in a murine model of Wilson's disease
auteur
Marie Monestier, Anais M. Pujol, Aline Lamboux, Martine Cuillel, Isabelle Pignot-Paintrand, Doris Cassio, Peggy Charbonnier, Khémary Um, Amélie Harel, Sylvain Bohic, Christelle Gateau, Vincent Balter, Virginie Brun, Pascale Delangle, Elisabeth Mintz
article
Metallomics, 2020, 12 (6), pp.1000-1008. ⟨10.1039/d0mt00069h⟩
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https://hal.science/hal-02911050/file/Monestier_Metallomics_2020.pdf BibTex
titre
Hybrid cluster proteins in a photosynthetic microalga
auteur
Robert van Lis, Sabine Brugière, Carole Baffert, Yohann Coute, Wolfgang Nitschke, Ariane Atteia
article
FEBS Journal, 2020, 287 (4), pp.721-735. ⟨10.1111/febs.15025⟩
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BibTex
titre
Reduced reticulum–mitochondria Ca2+ transfer is an early and reversible trigger of mitochondrial dysfunctions in diabetic cardiomyopathy
auteur
Maya Dia, Ludovic Gomez, Helene Thibault, Nolwenn Tessier, Christelle Leon, Christophe Chouabe, Sylvie Ducreux, Noelle Gallo-Bona, Emily Tubbs, Nadia Bendridi, Stéphanie Chanon, Aymeric Leray, Lucid Belmudes, Yohann Couté, Mazen Kurdi, Michel Ovize, Jennifer Rieusset, Melanie Paillard
article
Basic Research in Cardiology, 2020, 115 (6), pp.74. ⟨10.1007/s00395-020-00835-7⟩
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https://hal.science/hal-03122630/file/Dia2020_BRIC.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Human Proteome Project Mass Spectrometry Data Interpretation Guidelines 3.0
auteur
Eric W Deutsch, Lydie Lane, Christopher M Overall, Nuno Bandeira, Mark D. Baker, Charles Pineau, Robert L Moritz, Fernando Corrales, Sandra Orchard, Jennifer E van Eyk, Young-Ki Paik, Susan T Weintraub, Yves Vandenbrouck, Gilbert S Omenn
article
Journal of Proteome Research, 2019, 18 (12), pp.4108-4116. ⟨10.1021/acs.jproteome.9b00542⟩
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https://univ-rennes.hal.science/hal-02364721/file/Deutsch%20et%20al-2019-Human%20Proteome%20Project%20Mass%20Spectrometry%20Data%20Interpretation%20Guidelines%203.pdf BibTex
titre
Comprehensive and comparative exploration of the Atp7b(-/-) mouse plasma proteome
auteur
Maud Lacombe, Michel Jaquinod, Lucid Belmudes, Yohann Couté, Claire Ramus, Florence Combes, Thomas Burger, Elisabeth Mintz, Justine Barthelon, Vincent Leroy, Aurélia Poujois, Alain Lachaux, France Woimant, Virginie Brun
article
Metallomics, 2019, 12 (2), pp.249-258. ⟨10.1039/c9mt00225a⟩
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https://hal.science/hal-02465747/file/Lacombe%20et%20al_Revised-lastpreprint-nolayout.pdf BibTex
titre
Physical and functional interaction between SET1/COMPASS complex component CFP-1 and a Sin3S HDAC complex in C. elegans
auteur
Flore Beurton, Przemyslaw Stempor, Matthieu Caron, Alex Appert, Yan Dong, Ron A-J Chen, David Cluet, Yohann Couté, Marion Herbette, Ni Huang, Hélène Polveche, Martin Spichty, Cécile Bedet, Julie Ahringer, Francesca Palladino
article
Nucleic Acids Research, 2019, 47 (21), pp.11164-11180. ⟨10.1093/nar/gkz880⟩
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BibTex
titre
Physical and functional interaction between SET1/COMPASS complex component CFP-1 and a Sin3S HDAC complex in C. elegans
auteur
Flore Beurton, Przemyslaw Stempor, Matthieu Caron, Alex Appert, Yan Dong, Ron A-J Chen, David Cluet, Yohann Couté, Marion Herbette, Ni Huang, Hélène Polvèche, Martin Spichty, Cécile Bedet, Julie Ahringer, Francesca Palladino
article
Nucleic Acids Research, 2019, 47 (21), pp.11164-11180. ⟨10.1093/nar/gkz880⟩
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https://hal.science/hal-02375443/file/436147v1.full%20%281%29.pdf BibTex
titre
Dissecting the Shared and Context-Dependent Pathways Mediated by the p140Cap Adaptor Protein in Cancer and in Neurons
auteur
Jennifer Chapelle, Oksana Sorokina, Colin Mclean, Vincenzo Salemme, Annalisa Alfieri, Costanza Angelini, Alessandro Morellato, Annie Adrait, Elisabetta Menna, Michela Matteoli, Yohann Couté, Ugo Ala, Emilia Turco, Paola Defilippi, J. Douglas Armstrong
article
Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2019, 7, ⟨10.3389/fcell.2019.00222⟩
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BibTex
titre
Rotator Cuff Tenocytes Differentiate into Hypertrophic Chondrocyte-Like Cells to Produce Calcium Deposits in an Alkaline Phosphatase-Dependent Manner
auteur
Christelle Darrieutort-Laffite, Paul Arnolfo, Thomas Garraud, Annie Adrait, Yohann Couté, Guy Louarn, Valérie Trichet, Pierre Layrolle, Benoit Le Goff, Fréderic Blanchard
article
Journal of Clinical Medicine, 2019, 8 (10), pp.1544. ⟨10.3390/jcm8101544⟩
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BibTex
titre
Identification of the Arabidopsis calmodulin-dependent NAD+ kinase that sustains the elicitor-induced oxidative burst
auteur
Elisa Dell'Aglio, Cécile Giustini, Alexandra Kraut, Yohann Couté, Alex Costa, Guillaume Decros, Yves Gibon, Christian Mazars, Michel Matringe, Giovanni Finazzi, Gilles Curien
article
Plant Physiology, 2019, 181 (4), pp.1449-1458. ⟨10.1104/pp.19.00912⟩
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https://hal.science/hal-02361156/file/Dell%27aglio_2019_Plant_Physiology.pdf BibTex
titre
Interactome of the yeast RNA polymerase III transcription machinery constitutes several chromatin modifiers and regulators of the genes transcribed by RNA polymerase II
auteur
Pratibha Bhalla, Dipti Vinayak Vernekar, Benoit Gilquin, Yohann Couté, Purnima Bhargava
article
Gene, 2019, 702, pp.205-214. ⟨10.1016/j.gene.2018.12.037⟩
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BibTex
titre
USP1 links platinum resistance to cancer cell dissemination by regulating Snail stability
auteur
Maura Sonego, Ilenia Pellarin, Alice Costa, Gian Luca Rampioni Vinciguerra, Michela Coan, Alexandra Kraut, Sara D’andrea, Alessandra Dall’acqua, Dan Cacsire Castillo-Tong, Daniela Califano, Simona Losito, Riccardo Spizzo, Yohann Couté, Andrea Vecchione, Barbara Belletti, Monica Schiappacassi, Gustavo Baldassarre
article
Science Advances , 2019, 5 (5), pp.eaav3235. ⟨10.1126/sciadv.aav3235⟩
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BibTex
titre
Cyclins B1, T1, and H differ in their molecular mode of interaction with cytomegalovirus protein kinase pUL97
auteur
Mirjam Steingruber, Lena Keller, Eileen Socher, Sabrina Ferré, Anne-Marie Hesse, Yohann Couté, Friedrich Hahn, Nicole Büscher, Bodo Plachter, Heinrich Sticht, Manfred Marschall
article
Journal of Biological Chemistry, 2019, 294 (15), pp.6188-6203. ⟨10.1074/jbc.RA118.007049⟩
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BibTex
titre
BMP9 is a paracrine factor controlling liver sinusoidal endothelial cell fenestration and protecting from hepatic fibrosis
auteur
Agnès Desroches-Castan, Emmanuelle Tillet, Nicolas Ricard, Marie Ouarné, Christine Mallet, Lucid Belmudes, Yohann Couté, Olivier Boillot, Jean-Yves Scoazec, Sabine Bailly, Jean-Jacques Feige
article
Hepatology, 2019, ⟨10.1002/hep.30655⟩
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BibTex
titre
UAP56 associates with DRM2 and is localized to chromatin in Arabidopsis
auteur
Jacinthe Azevedo, Claire Picart, Laurent Dureau, Dominique Pontier, Sylvie Jaquinod-Kieffer, Mohamed-Ali Hakimi, Thierry Lagrange
article
FEBS Open Bio, 2019, 9 (5), pp.973-985. ⟨10.1002/2211-5463.12627⟩
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https://hal.science/hal-02326416/file/UAP56%20associates%20with%20DRM2%20and%20is%20localised%20to%20chromatin%20in%20Arabidopsis_Azevedo_Febsopen_0419.pdf BibTex
titre
Unravelling hidden components of the chloroplast envelope proteome: opportunities and limits of better MS sensitivity
auteur
Imen Bouchnak, Sabine Brugière, Lucas Moyet, Sophie Le Gall, Daniel Salvi, Marcel Kuntz, Marianne Tardif, Norbert Rolland
article
Molecular and Cellular Proteomics, 2019, 18 (7), mcp.RA118.000988. ⟨10.1074/mcp.RA118.000988⟩
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https://hal.science/hal-02151114/file/Bouchnak.pdf BibTex
titre
Insertion sequences drive the emergence of a highly adapted human pathogen
auteur
Erwin Sentausa, Pauline Basso, Alice Berry, Annie Adrait, Gwendoline Bellement, Stephen Lory, Sylvie Elsen, Yohann Coute, Ina Attree
article
Microbial Genomics, 2019, 6 (9), ⟨10.1099/mgen.0.000265⟩
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https://hal.science/hal-02301533/file/2019%20Sentausa%20et%20al.pdf BibTex
titre
Ribosomal Proteins Regulate MHC Class I Peptide Generation for Immunosurveillance
auteur
Jiajie Wei, Rigel Kishton, Matthew Angel, Crystal Conn, Nicole Dalla Venezia, Virginie Marcel, Anne Vincent, Frédéric Catez, Sabrina Ferré, Lilia Ayadi, Virginie Marchand, Devin Dersh, Louis M. Staudt, James Gibbs, Ivaylo Ivanov, Nathan Fridlyand, Yohann Coute, Jean-Jacques Diaz, Shu-Bing Qian, Nicholas P Restifo, Jonathan Yewdell
article
Molecular Cell, 2019, ⟨10.1016/j.molcel.2018.12.020⟩
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BibTex
titre
Distinguishing between Spectral Clustering and Cluster Analysis of Mass Spectra
auteur
Hélène Borges, Romain Guibert, Olga Permiakova, Thomas Burger
article
Journal of Proteome Research, 2019, 18 (1), pp.571-573. ⟨10.1021/acs.jproteome.8b00516⟩
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https://hal.science/hal-02082928/file/LetterSpectralClusteringRevised2.pdf BibTex
titre
Pandoravirus Celtis Illustrates the Microevolution Processes at Work in the Giant Pandoraviridae Genomes
auteur
Matthieu Legendre, Jean-Marie Alempic, Nadège Philippe, Audrey Lartigue, Sandra Jeudy, Olivier Poirot, Ngan Thi Ta, Sébastien Nin, Yohann Couté, Chantal Abergel, Jean-Michel Claverie
article
Frontiers in Microbiology, 2019, 10, pp.430. ⟨10.3389/fmicb.2019.00430⟩
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https://hal.science/hal-02135607/file/Pandoravirus%20Celtis%20Illustrates%20the%20Microevolution%20Processes%20at%20Work%20in%20the%20Giant%20Pandoraviridae%20Genomes.pdf BibTex
titre
Bioinformatics tools and workflow to select blood biomarkers for early cancer diagnosis: an application to pancreatic cancer
auteur
Yves Vandenbrouck, David Christiany, Florence Combes, Valentin Loux, Virginie Brun
article
Proteomics, 2019, 19 (21-22), pp.e1800489. ⟨10.1002/pmic.201800489⟩
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BibTex
titre
A Soluble Metabolon Synthesizes the Isoprenoid Lipid Ubiquinone
auteur
Mahmoud Hajj Chehade, Ludovic Pelosi, Cameron David Fyfe, Laurent Loiseau, Bérengère Rascalou, Sabine Brugière, Katayoun Kazemzadeh, Chau-Duy-Tam Vo, Lidia Ciccone, Laurent Aussel, Yohann Couté, Marc Fontecave, Frédéric Barras, Murielle Lombard, Fabien Pierrel
article
Cell Chemical Biology, 2019, 26 (4), pp.482-492.e7. ⟨10.1016/j.chembiol.2018.12.001⟩
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https://hal.science/hal-02071798/file/CELL-CHEMICAL-BIOLOGY-D-18-00418_v%20HAL.pdf BibTex
titre
The architecture of lipid droplets in the diatom Phaeodactylum tricornutum
auteur
Josselin Lupette, Antoine Jaussaud, Khawla Seddiki, Christian Morabito, Sabine Brugière, Hubert Schaller, Marcel Kuntz, Jean-Luc Putaux, Pierre-Henri Jouneau, Fabrice Rébeillé, Denis Falconet, Yohann Coute, Juliette Jouhet, Marianne Tardif, Juliette Salvaing, Eric Marechal
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, 2019, 38, pp.101415. ⟨10.1016/j.algal.2019.101415⟩
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https://hal.science/hal-02021446/file/Lupette%20et%20al%20main%20text%20Algal%20Res%20Dec%202018%20revised.pdf BibTex
titre
Ruminococcin C, a promising antibiotic produced by a human gut symbiont
auteur
Steve Chiumento, Clarisse Roblin, Sylvie Kieffer-Jaquinod, Sybille Tachon, Chloé Leprêtre, Christian Basset, Dwi Aditiyarini, Hamza Olleik, Cendrine Nicoletti, Olivier Bornet, Olga Iranzo, Marc Maresca, Renaud Hardré, Michel Fons, Thierry Giardina, Estelle Devillard, Françoise Guerlesquin, Yohann Couté, Mohamed Atta, Josette Perrier, Mickael Lafond, Victor Duarte
article
Science Advances , 2019, 5 (9), pp.eaaw9969. ⟨10.1126/sciadv.aaw9969⟩
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https://hal.science/hal-02371747/file/aaw9969.pdf BibTex
titre
Five simple yet essential steps to correctly estimate the rate of false differentially abundant proteins in mass spectrometry analyses
auteur
Samuel Wieczorek, Quentin Giai Gianetto, Thomas Burger
article
Journal of Proteomics, 2019, 207, pp.103441. ⟨10.1016/j.jprot.2019.103441⟩
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https://hal.science/hal-02267178/file/5tips-VF-accepted.pdf BibTex

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titre
Ultrasensitive Quantification of Recombinant Proteins Using AAA-MS
auteur
Mathilde Louwagie, Sylvie Kieffer-Jaquinod, Virginie Brun
article
Ultrasensitive Quantification of Recombinant Proteins Using AAA-MS, pp.1-10, 2019
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Designing an in silico strategy to select tissue-leakage biomarkers using the galaxy framework
auteur
Lien Nguyen, Virginie Brun, Florence Combes, Valentin Loux, Yves Vandenbrouck
article
Proteomics for biomarker discovery: Methods and protocols, 1959, pp.275-289, 2019, Methods in Molecular Biology book series (MIMB), ISBN: 978-1-4939-9164-8. ⟨10.1007/978-1-4939-9164-8_18⟩
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Protein Biomarker Discovery in Non-depleted Serum by Spectral Library-Based Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry
auteur
Alexandra Kraut, Mathilde Louwagie, Christophe Bruley, Christophe D. Masselon, Yohann Couté, Virginie Brun, Anne-Marie Hesse
article
Methods in Molecular Biology, 1959, pp.129-150, 2019
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titre
Protein-Level Statistical Analysis of Quantitative Label-Free Proteomics Data with ProStaR
auteur
Samuel Wieczorek, Florence Combes, Hélène Borges, Thomas Burger
article
Proteomics for Biomarker Discovery, pp.225-246, 2019, Methods in Molecular Biology, ⟨10.1007/978-1-4939-9164-8_15⟩
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https://hal.science/hal-02284988/file/MiMB_Burger_FinalVersion2.pdf BibTex