Publications HAL de la collection AMAP

2022

Article dans une revue

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Hervé Goëau, Titouan Lorieul, Patrick Heuret, Alexis Joly, Pierre Bonnet. Can Artificial Intelligence Help in the Study of Vegetative Growth Patterns from Herbarium Collections? An Evaluation of the Tropical Flora of the French Guiana Forest. Plants, MDPI, 2022, 11 (4), 22 p. ⟨10.3390/plants11040530⟩. ⟨hal-03601464⟩
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Dimitri Justeau-Allaire, Charles Prud'Homme. Global domain views for expressive and cross-domain constraint programming. Constraints, Springer Verlag, In press, ⟨10.1007/s10601-021-09324-7⟩. ⟨hal-03534058⟩
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Abel Masson, Yves Caraglio, Eric-André Nicolini, Philippe Borianne, Jean-François Barczi. Modelling the functional dependency between root and shoot compartments to predict the impact of the environment on the architecture of the whole plant. Methodology for model fitting on simulated data using Deep Learning techniques. in silico Plants, Oxford Academic, 2022, 4 (1), ⟨10.1093/insilicoplants/diab036⟩. ⟨hal-03456803⟩
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Simon Taugourdeau, Mathilde Dionisi, Mylène Lascoste, Matthieu Lesnoff, Jean-Marie Capron, et al.. A First Attempt to Combine NIRS and Plenoptic Cameras for the Assessment of Grasslands Functional Diversity and Species Composition. Agriculture, MDPI, 2022, 12 (5), ⟨10.3390/agriculture12050704⟩. ⟨hal-03671263⟩
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Sasha Woods, Maria Daskolia, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Karen Soacha, et al.. How Networks of Citizen Observatories Can Increase the Quality and Quantity of Citizen-Science-Generated Data Used to Monitor SDG Indicators. Sustainability, MDPI, 2022, 14 (7), ⟨10.3390/su14074078⟩. ⟨hal-03658842⟩
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2021

Article dans une revue

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Antoine Affouard, Mathias Chouet, Jean-Christophe Lombardo, Hugo Gresse, Hervé Goëau, et al.. Customized e-floras: How to develop your own project on the Pl@ntNet platform. Biodiversity Information Science and Standards, Sofia : Pensoft Publishers, 2017-, 2021, 5, pp.1-4. ⟨10.3897/biss.5.73857⟩. ⟨hal-03338811⟩
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Christophe Botella, Alexis Joly, Pierre Bonnet, François Munoz, Pascal Monestiez. Jointly estimating spatial sampling effort and habitat suitability for multiple species from opportunistic presence‐only data. Methods in Ecology and Evolution, Wiley, 2021, 12 (5), pp.933-945. ⟨10.1111/2041-210X.13565⟩. ⟨hal-03150701⟩
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Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet, Christophe Botella, François Munoz, et al.. Convolutional neural networks improve species distribution modelling by capturing the spatial structure of the environment. PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2021, 17 (4), pp.e1008856. ⟨10.1371/journal.pcbi.1008856⟩. ⟨hal-03220977⟩
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Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly. AI-based Identification of Plant Photographs from Herbarium Specimens. Biodiversity Information Science and Standards, Sofia : Pensoft Publishers, 2017-, 2021, 5, pp.1-4. ⟨10.3897/biss.5.73751⟩. ⟨hal-03338823⟩
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J. Lamour, Gilles Le Moguedec, Olivier Naud, M. Léchaudel, James Taylor, et al.. Evaluating the drivers of banana flowering cycle duration using a stochastic model and on farm production data. Precision Agriculture, Springer Verlag, 2021, 22, pp.873-896. ⟨10.1007/s11119-020-09762-y⟩. ⟨hal-02968756⟩
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Natalie Love, Pierre Bonnet, Hervé Goëau, Alexis Joly, Susan Mazer. Machine Learning Undercounts Reproductive Organs on Herbarium Specimens but Accurately Derives Their Quantitative Phenological Status: A Case Study of Streptanthus tortuosus. Plants, MDPI, 2021, 10 (11), pp.2471. ⟨10.3390/plants10112471⟩. ⟨hal-03454183⟩
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Nigel Pitman, Tomomi Suwa, Carmen Ulloa Ulloa, James Miller, James Solomon, et al.. Identifying gaps in the photographic record of the vascular plant flora of the Americas. Nature Plants, Nature Publishing Group, 2021, 7, pp.1010-1014. ⟨10.1038/s41477-021-00974-2⟩. ⟨hal-03312029⟩
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2020

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Tom August, Oliver Pescott, Alexis Joly, Pierre Bonnet. AI Naturalists Might Hold the Key to Unlocking Biodiversity Data in Social Media Imagery. Patterns, Cell Press Elsevier, 2020, 1 (7), pp.100116. ⟨10.1016/j.patter.2020.100116⟩. ⟨hal-02989043⟩
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Pierre Bonnet, Julien Champ, Hervé Goëau, Fabian-Robert Stöter, Benjamin Deneu, et al.. Biodiversity Information Science and Standards 4: e58933 Pl@ntNet Services, a Contribution to the Monitoring and Sharing of Information on the World Flora. Biodiversity Information Science and Standards, Sofia : Pensoft Publishers, 2017-, 2020, 4, ⟨10.3897/biss.4.58933⟩. ⟨hal-02973673⟩
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Pierre Bonnet, Alexis Joly, Jean-Michel Faton, Susan Brown, David Kimiti, et al.. How citizen scientists contribute to monitor protected areas thanks to automatic plant identification tools. Ecological Solutions and Evidence, Wiley, 2020, 1 (2), ⟨10.1002/2688-8319.12023⟩. ⟨hal-02937618⟩
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Pierre Bonnet, Hervé Goëau, Frantz Hopkins, Errol Véla, Amandine Sahl, et al.. Contribution citoyenne au suivi de la flore d'un parc national français, un exemple remarquable à l'échelle du Parc national des Cévennes. Carnets Botaniques, Société Botanique d'Occitanie, 2020, pp.1-9. ⟨10.34971/zaz0-n247⟩. ⟨hal-02981760⟩
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Christophe Botella, Alexis Joly, Pascal Monestiez, Pierre Bonnet, François Munoz. Bias in presence-only niche models related to sampling effort and species niches: Lessons for background point selection. PLoS ONE, Public Library of Science, 2020, 15 (5), pp.e0232078. ⟨10.1371/journal.pone.0232078⟩. ⟨hal-02639237⟩
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Julien Champ, Adán Mora‐fallas, Hervé Goëau, Erick Mata‐montero, Pierre Bonnet, et al.. Instance segmentation for the fine detection of crop and weed plants by precision agricultural robots. Applications in Plant Sciences, Wiley, 2020, 8 (7), pp.e11373. ⟨10.1002/aps3.11373⟩. ⟨hal-02910844⟩
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Charles Davis, Julien Champ, Daniel Park, Ian Breckheimer, Goia Lyra, et al.. A New Method for Counting Reproductive Structures in Digitized Herbarium Specimens Using Mask R-CNN. Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.01129⟩. ⟨hal-02909794⟩
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Hervé Goëau, Adán Mora‐fallas, Julien Champ, Natalie Lauren Rossington Love, Susan Mazer, et al.. A new fine‐grained method for automated visual analysis of herbarium specimens: A case study for phenological data extraction. Applications in Plant Sciences, Wiley, 2020, 8 (6), pp.#e11368. ⟨10.1002/aps3.11368⟩. ⟨hal-02894994⟩
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Jianwei Guo, Shibiao Xu, Dong-Ming Yan, Zhanglin Cheng, Marc Jaeger, et al.. Realistic Procedural Plant Modeling from Multiple View Images. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2020, 26 (2), pp.1372-1384. ⟨10.1109/TVCG.2018.2869784⟩. ⟨hal-02291248⟩
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Sue Han Lee, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly. Attention-Based Recurrent Neural Network for Plant Disease Classification. Frontiers in Plant Science, Frontiers, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.601250⟩. ⟨hal-03064464⟩
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Sue Han Lee, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly. New perspectives on plant disease characterization based on deep learning. Computers and Electronics in Agriculture, Elsevier, 2020, 170, pp.105220. ⟨10.1016/j.compag.2020.105220⟩. ⟨hal-02470280⟩
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Katelin Pearson, Gil Nelson, Myla Aronson, Pierre Bonnet, Laura Brenskelle, et al.. Machine Learning Using Digitized Herbarium Specimens to Advance Phenological Research. Bioscience, Oxford University Press (OUP), 2020, 70 (7), pp.610-620. ⟨10.1093/biosci/biaa044⟩. ⟨hal-02573627⟩
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