Publications HAL de la collection AMAP

2023

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Reza Akbarinia, Christophe Botella, Alexis Joly, Florent Masseglia, Marta Mattoso, et al.. Life Science Workflow Services (LifeSWS): motivations and architecture. Transactions on Large-Scale Data- and Knowledge-Centered Systems, 2023, 14280, pp.1-24. ⟨10.1007/978-3-662-68100-8_1⟩. ⟨lirmm-04173545⟩
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Chloé Alexandre, Léa Tresch, Julien Sarron, Jéremy Lavarenne, Gaspard Bringer, et al.. Creating shared value(s) from On-Farm Experimentation: ten key lessons learned from the development of the SoYield® digital solution in Africa. Agronomy for Sustainable Development, 2023, 43 (3), pp.38. ⟨10.1007/s13593-023-00888-7⟩. ⟨hal-04125329⟩
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Pierre Bonnet, Antoine Affouard, Jean-Christophe Lombardo, Mathias Chouet, Hugo Gresse, et al.. Synergizing Digital, Biological, and Participatory Sciences for Global Plant Species Identification: Enabling access to a worldwide identification service. Biodiversity Information Science and Standards, 2023, 7, pp.e112545. ⟨10.3897/biss.7.112545⟩. ⟨hal-04430929⟩
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Philippe Borianne, Julien Sarron, Frédéric Borne, Emile Faye. Deep mango cultivars: cultivar detection by classification method with maximum misidentification rate estimation. Precision Agriculture, 2023, 24, pp.1619-1637. ⟨10.1007/s11119-023-10012-0⟩. ⟨hal-04065799⟩
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Quentin Groom, Mathias Dillen, Wouter Addink, Arturo Ariño, Christian Bölling, et al.. Envisaging a global infrastructure to exploit the potential of digitised collections. BDJ Open, 2023, 11, ⟨10.3897/BDJ.11.e109439⟩. ⟨hal-03871553⟩
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Toke Thomas Høye, Tom August, Mario V Balzan, Koos Biesmeijer, Pierre Bonnet, et al.. Modern Approaches to the Monitoring of Biоdiversity (MAMBO). Research Ideas and Outcomes, 2023, 9, pp.e116951. ⟨10.3897/rio.9.e116951⟩. ⟨hal-04405026⟩
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Mengzhen Kang, Xiujuan Wang, Haoyu Wang, Jing Hua, Philippe de Reffye, et al.. The Development of AgriVerse: Past, Present, and Future. IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernetics: Systems, 2023, 53 (6), pp.3718 - 3727. ⟨10.1109/tsmc.2022.3230830⟩. ⟨hal-03993630⟩
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Thomas Le Bourgeois, Cassandra Favale, Samantha Bazan, Prabhakar Rajagopal, Thomas Vattakaven, et al.. Quand la gestion des plantes envahissantes dans les pâturages tropicaux peut être facilitée par les outils numériques : l’exemple du portail WIKTROP. Revue d'Elevage et de Médecine Vétérinaire des Pays Tropicaux, 2023, 76, pp.1 - 8. ⟨10.19182/remvt.37266⟩. ⟨hal-04356463⟩
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Shamprikta Mehreen, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Sophie Chau, Julien Champ, et al.. Estimating Compositions and Nutritional Values of Seed Mixes Based on Vision Transformers. Plant Phenomics, 2023, 5 (#0112), ⟨10.34133/plantphenomics.0112⟩. ⟨hal-04322179⟩
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Pamela S Soltis, Luiza Teixeira‐costa, Pierre Bonnet, R Gil Nelson. Advances in plant imaging across scales. Applications in Plant Sciences, 2023, 11, ⟨10.1002/aps3.11550⟩. ⟨hal-04286816⟩
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Marijn van Der Velde, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Raphaël d'Andrimont, Martin Yordanov, et al.. Pl@ntNet Crops: merging citizen science observations and structured survey data to improve crop recognition for agri-food-environment applications. Environmental Research Letters, 2023, 18 (2), pp.025005. ⟨10.1088/1748-9326/acadf3⟩. ⟨hal-03965684⟩
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2022

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Christophe Botella, Pierre Bonnet, Cang Hui, Alexis Joly, David M. Richardson. Dynamic Species Distribution Modeling Reveals the Pivotal Role of Human-Mediated Long-Distance Dispersal in Plant Invasion. Biology, 2022, 11 (9), pp.1293. ⟨10.3390/biology11091293⟩. ⟨hal-03771760⟩
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Benjamin Deneu, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Maximilien Servajean, François Munoz. Very High Resolution Species Distribution Modeling Based on Remote Sensing Imagery: How to Capture Fine-Grained and Large-Scale Vegetation Ecology With Convolutional Neural Networks?. Frontiers in Plant Science, 2022, 13, ⟨10.3389/fpls.2022.839279⟩. ⟨hal-03695760⟩
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Joaquim Estopinan, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet, François Munoz, Alexis Joly. Deep Species Distribution Modeling From Sentinel-2 Image Time-Series: A Global Scale Analysis on the Orchid Family. Frontiers in Plant Science, 2022, 13, pp.839327. ⟨10.3389/fpls.2022.839327⟩. ⟨hal-03693593⟩
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Hervé Goëau, Titouan Lorieul, Patrick Heuret, Alexis Joly, Pierre Bonnet. Can Artificial Intelligence Help in the Study of Vegetative Growth Patterns from Herbarium Collections? An Evaluation of the Tropical Flora of the French Guiana Forest. Plants, 2022, 11 (4), pp.530-552. ⟨10.3390/plants11040530⟩. ⟨hal-03601464⟩
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Dimitri Justeau-Allaire, Charles Prud'Homme. Global domain views for expressive and cross-domain constraint programming. Constraints, 2022, 27 (1-2), pp.1-7. ⟨10.1007/s10601-021-09324-7⟩. ⟨hal-03534058⟩
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Mengzhen Kang, Wenzhong Qiu, Zifu Chen, Meng Wang, Shasha Xu, et al.. Parallel Yuan-Ming Yuan Imperial Garden: from digital twin garden to metaverse smart heritage parkMengzhen KANG. Chinese Journal of Intelligent Science and Technology, 2022, 4 (3), pp.301-307. ⟨10.11959/j.issn.2096-6652.202247⟩. ⟨hal-03966125⟩
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Abel Louis Masson, Yves Caraglio, Eric-André Nicolini, Philippe Borianne, Jean-François Barczi. Modelling the functional dependency between root and shoot compartments to predict the impact of the environment on the architecture of the whole plant. Methodology for model fitting on simulated data using Deep Learning techniques. in silico Plants, 2022, 4 (1), ⟨10.1093/insilicoplants/diab036⟩. ⟨hal-03456803⟩
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Simon Taugourdeau, Mathilde Dionisi, Mylène Lascoste, Matthieu Lesnoff, Jean-Marie Capron, et al.. A First Attempt to Combine NIRS and Plenoptic Cameras for the Assessment of Grasslands Functional Diversity and Species Composition. Agriculture, 2022, 12 (5), ⟨10.3390/agriculture12050704⟩. ⟨hal-03671263⟩
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Paul Tresson, Philippe Tixier, William Puech, Bernard Abufera, Antoine Wyvekens, et al.. Caught on camera: Field imagery reveals the unexpected importance of vertebrates for biological control of the banana weevil (Cosmopolites sordidus Col. Curculionidae). PLoS ONE, 2022, 17 (9), pp.1-17/e0274223. ⟨10.1371/journal.pone.0274223⟩. ⟨hal-03789580⟩
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Xiujuan Wang, Mengzhen Kang, Hequan Sun, Philippe de Reffye, Fei-Yue Wang. DeCASA in AgriVerse: Parallel Agriculture for Smart Villages in Metaverses. IEEE/CAA Journal of Automatica Sinica, 2022, 9 (12), pp.2055-2062. ⟨10.1109/jas.2022.106103⟩. ⟨hal-03941046⟩
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Sasha Woods, Maria Daskolia, Alexis Joly, Pierre Bonnet, Karen Soacha, et al.. How Networks of Citizen Observatories Can Increase the Quality and Quantity of Citizen-Science-Generated Data Used to Monitor SDG Indicators. Sustainability, 2022, 14 (7), ⟨10.3390/su14074078⟩. ⟨hal-03658842⟩
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2021

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Antoine Affouard, Mathias Chouet, Jean-Christophe Lombardo, Hugo Gresse, Hervé Goëau, et al.. Customized e-floras: How to develop your own project on the Pl@ntNet platform. Biodiversity Information Science and Standards, 2021, 5, pp.1-4. ⟨10.3897/biss.5.73857⟩. ⟨hal-03338811⟩
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Christophe Botella, Alexis Joly, Pierre Bonnet, François Munoz, Pascal Monestiez. Jointly estimating spatial sampling effort and habitat suitability for multiple species from opportunistic presence‐only data. Methods in Ecology and Evolution, 2021, 12 (5), pp.933-945. ⟨10.1111/2041-210X.13565⟩. ⟨hal-03150701⟩
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Benjamin Deneu, Maximilien Servajean, Pierre Bonnet, Christophe Botella, François Munoz, et al.. Convolutional neural networks improve species distribution modelling by capturing the spatial structure of the environment. PLoS Computational Biology, 2021, 17 (4), pp.e1008856. ⟨10.1371/journal.pcbi.1008856⟩. ⟨hal-03220977⟩
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Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly. AI-based Identification of Plant Photographs from Herbarium Specimens. Biodiversity Information Science and Standards, 2021, 5, pp.1-4. ⟨10.3897/biss.5.73751⟩. ⟨hal-03338823⟩
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J. Lamour, Gilles Le Moguedec, Olivier Naud, M. Léchaudel, James Taylor, et al.. Evaluating the drivers of banana flowering cycle duration using a stochastic model and on farm production data. Precision Agriculture, 2021, 22, pp.873-896. ⟨10.1007/s11119-020-09762-y⟩. ⟨hal-02968756⟩
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Natalie Love, Pierre Bonnet, Hervé Goëau, Alexis Joly, Susan Mazer. Machine Learning Undercounts Reproductive Organs on Herbarium Specimens but Accurately Derives Their Quantitative Phenological Status: A Case Study of Streptanthus tortuosus. Plants, 2021, 10 (11), pp.2471. ⟨10.3390/plants10112471⟩. ⟨hal-03454183⟩
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Nigel C. A. Pitman, Tomomi Suwa, Carmen Ulloa Ulloa, James Miller, James Solomon, et al.. Identifying gaps in the photographic record of the vascular plant flora of the Americas. Nature Plants, 2021, 7, pp.1010-1014. ⟨10.1038/s41477-021-00974-2⟩. ⟨hal-03312029⟩
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2020

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Tom August, Oliver Pescott, Alexis Joly, Pierre Bonnet. AI Naturalists Might Hold the Key to Unlocking Biodiversity Data in Social Media Imagery. Patterns, 2020, 1 (7), pp.100116. ⟨10.1016/j.patter.2020.100116⟩. ⟨hal-02989043⟩
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Pierre Bonnet, Julien Champ, Hervé Goëau, Fabian-Robert Stöter, Benjamin Deneu, et al.. Pl@ntNet Services, a Contribution to the Monitoring and Sharing of Information on the World Flora. Biodiversity Information Science and Standards, 2020, 4, pp.e58933. ⟨10.3897/biss.4.58933⟩. ⟨hal-02973673⟩
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Pierre Bonnet, Hervé Goëau, Frantz Hopkins, Errol Véla, Amandine Sahl, et al.. Contribution citoyenne au suivi de la flore d'un parc national français, un exemple remarquable à l'échelle du Parc national des Cévennes. Carnets Botaniques, 2020, pp.1-9. ⟨10.34971/zaz0-n247⟩. ⟨hal-02981760⟩
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Pierre Bonnet, Alexis Joly, Jean-Michel Faton, Susan Brown, David Kimiti, et al.. How citizen scientists contribute to monitor protected areas thanks to automatic plant identification tools. Ecological Solutions and Evidence, 2020, 1 (2), ⟨10.1002/2688-8319.12023⟩. ⟨hal-02937618⟩
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Christophe Botella, Alexis Joly, Pascal Monestiez, Pierre Bonnet, François Munoz. Bias in presence-only niche models related to sampling effort and species niches: Lessons for background point selection. PLoS ONE, 2020, 15 (5), pp.e0232078. ⟨10.1371/journal.pone.0232078⟩. ⟨hal-02639237⟩
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https://hal.science/hal-02639237/file/Botella_etal_PlosOne_2020_15_5.pdf BibTex
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Julien Champ, Adán Mora‐fallas, Hervé Goëau, Erick Mata‐montero, Pierre Bonnet, et al.. Instance segmentation for the fine detection of crop and weed plants by precision agricultural robots. Applications in Plant Sciences, 2020, 8 (7), pp.e11373. ⟨10.1002/aps3.11373⟩. ⟨hal-02910844⟩
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Charles C. Davis, Julien Champ, Daniel Park, Ian Breckheimer, Goia Lyra, et al.. A New Method for Counting Reproductive Structures in Digitized Herbarium Specimens Using Mask R-CNN. Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.01129⟩. ⟨hal-02909794⟩
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Hervé Goëau, Adán Mora‐fallas, Julien Champ, Natalie Lauren Rossington Love, Susan Mazer, et al.. A new fine‐grained method for automated visual analysis of herbarium specimens: A case study for phenological data extraction. Applications in Plant Sciences, 2020, 8 (6), pp.#e11368. ⟨10.1002/aps3.11368⟩. ⟨hal-02894994⟩
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Jianwei Guo, Shibiao Xu, Dong-Ming Yan, Zhanglin Cheng, Marc Jaeger, et al.. Realistic Procedural Plant Modeling from Multiple View Images. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, 2020, 26 (2), pp.1372-1384. ⟨10.1109/TVCG.2018.2869784⟩. ⟨hal-02291248⟩
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Sue Han Lee, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly. New perspectives on plant disease characterization based on deep learning. Computers and Electronics in Agriculture, 2020, 170, pp.105220. ⟨10.1016/j.compag.2020.105220⟩. ⟨hal-02470280⟩
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Sue Han Lee, Hervé Goëau, Pierre Bonnet, Alexis Joly. Attention-Based Recurrent Neural Network for Plant Disease Classification. Frontiers in Plant Science, 2020, 11, ⟨10.3389/fpls.2020.601250⟩. ⟨hal-03064464⟩
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https://inria.hal.science/hal-03064464/file/Lee_etal_Fontiers_in_Plantes_2020_11.pdf BibTex
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Katelin D. Pearson, Gil Nelson, Myla Aronson, Pierre Bonnet, Laura Brenskelle, et al.. Machine Learning Using Digitized Herbarium Specimens to Advance Phenological Research. Bioscience, 2020, 70 (7), pp.610-620. ⟨10.1093/biosci/biaa044⟩. ⟨hal-02573627⟩
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