Publications HAL de la structure ;553450;1043280;1061099;553451;1043278;1061100;553452;1043279;1061098;1153147;1153146;1153148

2021

Journal articles

titre
A new ultradian rhythm in mammalian cell dry mass observed by holography
auteur
Lamya Ghenim, Cédric Allier, Patricia Obeid, Lionel Hervé, Jean-Yves Fortin, Maxim Balakirev, Xavier Gidrol
article
Scientific Reports, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-020-79661-9⟩
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https://hal.science/hal-03450438/file/s41598-020-79661-9%20%287%29_SR_Ultradianrhythm_2021%20%281%29.pdf BibTex
titre
Developing Rhodobacter sphaeroides for cathodic biopolymer production
auteur
Ferdinand Schmid, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Johannes Gescher
article
Bioresource Technology, 2021, 336 (1), pp.125340. ⟨10.1016/j.biortech.2021.125340⟩
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titre
Sketched Stochastic Dictionary Learning for large‐scale data and application to high‐throughput mass spectrometry
auteur
Olga Permiakova, Thomas Burger
article
Statistical Analysis and Data Mining: The ASA Data Science Journal, 2021, ⟨10.1002/sam.11542⟩
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https://hal.science/hal-03324568/file/Sketched_Stochastic_Dictionary_Learning-preprintVersion.pdf BibTex
titre
Isoconazole and Clemizole Hydrochloride Partially Reverse the Xeroderma Pigmentosum C Phenotype
auteur
Farah Kobaisi, Eric Sulpice, Caroline Barette, Nour Fayyad, Marie-Odile Fauvarque, Bassam Badran, Mohammad Fayyad-Kazan, Hussein Fayyad-Kazan, Xavier Gidrol, Walid Rachidi
article
International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (15), pp.8156. ⟨10.3390/ijms22158156⟩
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titre
The bacterial toxin ExoU requires a host trafficking chaperone for transportation and to induce necrosis
auteur
Vincent Deruelle, Stéphanie Bouillot, Viviana Job, Emmanuel Taillebourg, Marie-Odile Fauvarque, Ina Attrée, Philippe Huber
article
Nature Communications, 2021, 12 (1), ⟨10.1038/s41467-021-24337-9⟩
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https://hal.science/hal-03280070/file/Deruelle_et_al-2021-Nature_Communications.pdf BibTex
titre
Production of acetoin from renewable resources under heterotrophic and mixotrophic conditions
auteur
Daniel Härrer, Carina Windhorst, Nicola Böhner, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Johannes Gescher
article
Bioresource Technology, 2021, 329 (17), pp.124866. ⟨10.1111/pce.14013⟩
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Production of acetoin from renewable resources under heterotrophic and mixotrophic conditions
auteur
Daniel Härrer, Carina Windhorst, Nicola Böhner, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Johannes Gescher
article
Bioresource Technology, 2021, 329, pp.124866. ⟨10.1016/j.biortech.2021.124866⟩
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titre
LEAFY protein crystals with a honeycomb structure as a platform for selective preparation of outstanding stable bio-hybrid materials
auteur
Lucile Chiari, Philippe Carpentier, Sylvie Kieffer-Jaquinod, Alice Gogny, Julien Pérard, Stéphane Ravanel, David Cobessi, Stéphane Ménage, Renaud Dumas, Olivier Hamelin
article
Nanoscale, 2021, 13 (19), pp.8901-8908. ⟨10.1039/d1nr00268f⟩
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https://hal.science/hal-03225550/file/Chiari%20et%20al.%20Nanoscale.pdf BibTex
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Mixotrophic growth of the extremophile galdieria sulphuraria reveals the flexibility of its carbon assimilation metabolism
auteur
Gilles Curien, Dagmar Lyska, Erika Guglielmino, Phillip Westhoff, Janina Janetzko, Marianne Tardif, Clément Hallopeau, Sabine Brugière, Davide Dal Bo, Johan Decelle, Benoit Gallet, Denis Falconet, Michele Carone, Claire Remacle, Myriam Ferro, Andreas Weber, Giovanni Finazzi
article
New Phytologist, 2021, ⟨10.1111/nph.17359⟩
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https://hal.science/hal-03193983/file/Curien_et_al_2021_New_Phytologist_plus_Supporting_information.pdf BibTex
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Phylogenetic and functional diversity of aldehyde-alcohol dehydrogenases in microalgae
auteur
Robert van Lis, Yohann Couté, Sabine Brugière, Nicolas Tourasse, Benoist Laurent, Wolfgang Nitschke, Olivier Vallon, Ariane Atteia
article
Plant Molecular Biology, 2021, 105 (4-5), pp.497-511. ⟨10.1007/s11103-020-01105-9⟩
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https://hal.science/hal-03404235/file/van%20Lis%20et%20al_PMB2021_accepted%20manuscript.pdf BibTex
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CHICKN: extraction of peptide chromatographic elution profiles from large scale mass spectrometry data by means of Wasserstein compressive hierarchical cluster analysis
auteur
Olga Permiakova, Romain Guibert, Alexandra Kraut, Thomas Fortin, Anne-Marie Hesse, Thomas Burger
article
BMC Bioinformatics, 2021, 22 (1), ⟨10.1186/s12859-021-03969-0⟩
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https://hal.science/hal-03145601/file/CHICKN-preprint.pdf BibTex
titre
Well Plate Maker: A user-friendly randomized block design application to limit batch effects in largescale biomedical studies
auteur
Hélène Borges, Anne-Marie Hesse, Alexandra Kraut, Yohann Couté, Virginie Brun, Thomas Burger
article
Bioinformatics, 2021, ⟨10.1093/bioinformatics/btab065⟩
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https://hal.science/hal-03135100/file/WPM_final_no_template.pdf BibTex
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PepS: An Innovative Microfluidic Device for Bedside Whole Blood Processing before Plasma Proteomics Analyses
auteur
Benoit Gilquin, Myriam Cubizolles, Remco den Dulk, Frédéric Revol-Cavalier, Manuel Alessio, Charles-Elie Goujon, Camille Echampard, Gorka Arrizabalaga, Annie Adrait, Mathilde Louwagie, Patricia Laurent, Fabrice Navarro, Yohann Couté, Marie-Line Cosnier, Virginie Brun
article
Analytical Chemistry, 2021, 93 (2), pp.683-690. ⟨10.1021/acs.analchem.0c02270⟩
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Microglia modulate gliotransmission through the regulation of VAMP2 proteins in astrocytes
auteur
Fuyuko Takata‐tsuji, Naura Chounlamountri, Le‐duy Do, Camille Philippot, Julia Novion Ducassou, Yohann Couté, Sarrah Ben Achour, Jérôme Honnorat, Christophe Place, Olivier Pascual
article
Glia, 2021, 69 (1), pp.61-72. ⟨10.1002/glia.23884⟩
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Requirements and Attributes of Nano-Resonator Mass Spectrometry for the Analysis of Intact Viral Particles
auteur
Kavya Clément, Adrien Reynaud, Martial Defoort, Bogdan Vysotskyi, Thomas Fortin, Szu-Hsueh Lai, Vaitson Çumaku, Sergio Dominguez-Medina, Sébastien Hentz, Christophe D. Masselon
article
Analytical and Bioanalytical Chemistry, 2021, ⟨10.1007/s00216-021-03511-4⟩
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Mass Spectrometry-Based Proteomics Reveal Alcohol Dehydrogenase 1B as a Blood Biomarker Candidate to Monitor Acetaminophen-Induced Liver Injury
auteur
Floriane Pailleux, Pauline Maes, Michel Jaquinod, Justine Barthelon, Marion Darnaud, Claire Lacoste, Yves Vandenbrouck, Benoit Gilquin, Mathilde Louwagie, Anne-Marie Hesse, Alexandra Kraut, Jérôme Garin, Vincent Leroy, Jean-Pierre Zarski, Christophe Bruley, Yohann Couté, Didier Samuel, Philippe Ichai, Jamila Faivre, Virginie Brun
article
International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (20), pp.11071. ⟨10.3390/ijms222011071⟩
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Control of SRC Molecular Dynamics Encodes Distinct Cytoskeletal Responses by Specifying Signaling Pathway Usage
auteur
Adèle Kerjouan, Cyril Boyault, Christiane Oddou, Edwige Hiriart-Bryant, Alexei Grichine, Alexandra Kraut, Mylène Pezet, Martial Balland, Eva Faurobert, Isabelle Bonnet, Yohann Couté, Bertrand Fourcade, Corinne Albiges-Rizo, Olivier Destaing
article
Journal of Cell Science, 2021, 134 (2), ⟨10.1242/jcs.254599⟩
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An Innovative Standard for LC-MS-based HCP-profiling and Accurate Quantity Assessment: Application to Batch Consistency in Viral Vaccine Samples
auteur
Mathieu Trauchessec, Anne Marie Hesse, Alexandra Kraut, Yves Berard, Laura Herment, Tanguy Fortin, Christophe Bruley, Myriam Ferro, Catherine Manin
article
Proteomics, 2021, pp.e2000152. ⟨10.1002/pmic.202000152⟩
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Structural and functional analysis of the Francisella lysine decarboxylase as a key actor in oxidative stress resistance
auteur
Jan Felix, Claire Siebert, Juila Novion Ducassou, Jérôme Nigou, Pierre Simon Garcia, Angélique Fraudeau, Karine Huard, Caroline Mas, Celine Brochier-Armanet, Yohann Couté, Irina Gutsche, Patricia Renesto
article
Scientific Reports, 2021, 11 (1), pp.972. ⟨10.1038/s41598-020-79611-5⟩
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https://hal.science/hal-03118173/file/Felix%20et%20al.%20Nature.pdf BibTex
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A plant-like mechanism coupling m6A reading to polyadenylation safeguards transcriptome integrity and developmental gene partitioning in Toxoplasma
auteur
Dayana C Farhat, Matthew W Bowler, Guillaume Communie, Dominique Pontier, Lucid Belmudes, Caroline Mas, Charlotte Corrao, Yohann Couté, Alexandre Bougdour, Thierry Lagrange, Mohamed-Ali Hakimi, Christopher Swale
article
eLife, 2021, 10, pp.e68312. ⟨10.7554/elife.68312⟩
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P.171: Long-term Study of Vascularized Pancreas-on-chip
auteur
Fabrice Navarro, Marie Line Cosnier, Remco Den Dulk, Camille Laporte, Estelle André, Amandine Pitaval, Emily Tubbs, Sandrine Lablanche, Pierre Yves Benhamou, Yves Fouillet, Xavier Gidrol
article
Transplantation, 2021, 105 (12S1), pp.S72-S73. ⟨10.1097/01.tp.0000804728.22916.26⟩
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Plastidial and cytosolic thiol reductases participate in the control of stomatal functioning
auteur
Jean‐luc Montillet, Damien Rondet, Sabine Brugière, Patricia Henri, Dominique Rumeau, Jean‐philippe Reichheld, Yohann Couté, Nathalie Leonhardt, Pascal Rey
article
Plant, Cell and Environment, 2021, 44 (5), pp.1417-1435. ⟨10.1111/pce.14013⟩
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https://hal.science/hal-03186495/file/Montillet%20et%20al%20PCE%2009-12-20-1.pdf BibTex
titre
Cooperative Blockade of CK2 and ATM Kinases Drives Apoptosis in VHL-Deficient Renal Carcinoma Cells through ROS Overproduction
auteur
Sofia Giacosa, Catherine Pillet, Irinka Séraudie, Laurent Guyon, Yann Wallez, Caroline Roelants, Christophe Battail, Bertrand Evrard, Frédéric Chalmel, Caroline Barette, Emmanuelle Soleilhac, Marie-Odile Fauvarque, Quentin Franquet, Gaëlle Fiard, Jean-Alexandre Long, Jean-Luc Descotes, Claude Cochet, Odile Filhol, Clément Sarrazin
article
Cancers, 2021, 13 (3), pp.576. ⟨10.3390/cancers13030576⟩
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titre
Advances and Utility of the Human Plasma Proteome
auteur
Eric W. Deutsch, Gilbert S. Omenn, Zhi Sun, Michal Maes, Maria Pernemalm, Krishnan K. Palaniappan, Natasha Letunica, Yves Vandenbrouck, Virginie Brun, Sheng-Ce Tao, Xiaobo Yu, Philipp E. Geyer, Vera Ignjatovic, Robert L. Moritz, Jochen M. Schwenk
article
Journal of Proteome Research, 2021, ⟨10.1021/acs.jproteome.1c00657⟩
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titre
Small Mass but Strong Information: Diagnostic Ions Provide Crucial Clues to Correctly Identify Histone Lysine Modifications
auteur
Alaa Hseiky, Marion Crespo, Sylvie Kieffer-Jaquinod, François Fenaille, Delphine Pflieger
article
Proteomes, 2021, 9 (2), ⟨10.3390/proteomes9020018⟩
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https://hal.science/hal-03389071/file/Proteomes-AlaaHseiky_2021.pdf BibTex

Theses

titre
Méthodes statistiques pour le traitement des données de protéomique quantitative longitudinale
auteur
Hélène Borges
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Grenoble Alpes [2020-..], 2021. Français. ⟨NNT : 2021GRALS024⟩
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https://theses.hal.science/tel-03586760/file/BORGES_2021_archivage.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
A peptide-level multiple imputation strategy accounting for the different natures of missing values in proteomics data
auteur
Q. Giai Gianetto, S. Wieczorek, Y. Couté, T. Burger
article
2021
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https://pasteur.hal.science/pasteur-03243577/file/2020.05.29.122770v1.full.pdf BibTex