Publications HAL de la structure 1044368;82660

2024

Article dans une revue

titre
A novel mutation in the NR3C1 gene associated with reversible glucocorticoid resistance
auteur
Margaux Laulhé, Emmanuelle Kuhn, Jérôme Bouligand, Larbi Amazit, Julie Perrot, Elise Lebigot, Peter Kamenickỷ, Marc Lombès, Jérôme Fagart, Say Viengchareun, Laetitia Martinerie
article
European Journal of Endocrinology, 2024, 190 (4), pp.284-295. ⟨10.1093/ejendo/lvae031⟩
DOI
DOI : 10.1093/ejendo/lvae031
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https://hal.science/hal-04566600/file/Laulhe%20et%20al%2CEJE%2C2024.pdf BibTex
titre
Visualization of translation reorganization upon persistent ribosome collision stress in mammalian cells
auteur
Juliette Fedry, Joana Silva, Mihajlo Vanevic, Stanley Fronik, Yves Mechulam, Emmanuelle Schmitt, Amédée Des Georges, William James Faller, Friedrich Förster
article
Molecular Cell, 2024, 84 (6), pp.1078-1089.e4. ⟨10.1016/j.molcel.2024.01.015⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.molcel.2024.01.015
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titre
Inactivating negative regulators of cortical branched actin enhances persistence of single cell migration
auteur
Artem I Fokin, Arthur Boutillon, John James, Laura Courtois, Sophie Vacher, Gleb Simanov, Yanan Wang, Anna Polesskaya, Ivan Bièche, Nicolas B David, Alexis M Gautreau
article
Journal of Cell Science, 2024, 137 (1), pp.jcs261332. ⟨10.1242/jcs.261332⟩
DOI
DOI : 10.1242/jcs.261332
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https://hal.science/hal-04383176/file/JOCES-2023-261332v3-Gautreau.pdf BibTex

2023

Article dans une revue

titre
PLP-Dependent Enzyme Methionine γ-Lyase: Insights into the Michaelis Complex from Molecular Dynamics and Free Energy Simulations
auteur
Xingyu Chen, Nathan Ferchaud, Pierre Briozzo, David Machover, Thomas Simonson
article
Biochemistry, 2023, 62 (18), pp.2791 - 2801. ⟨10.1021/acs.biochem.3c00355⟩
DOI
DOI : 10.1021/acs.biochem.3c00355
pubmedId
Pubmed icone : 37668546
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titre
Codependencies of mTORC1 signaling and endolysosomal actin structures
auteur
Amulya Priya, Sandra Antoine-Bally, Anne-Sophie Macé, Pedro Monteiro, Valentin Sabatet, David Remy, Florent Dingli, Damarys Loew, Constantinos Demetriades, Alexis Gautreau, Philippe Chavrier
article
Science Advances , 2023, 9 (37), pp.eadd9084. ⟨10.1126/sciadv.add9084⟩
DOI
DOI : 10.1126/sciadv.add9084
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https://hal.science/hal-04213679/file/sciadv.add9084.pdf BibTex
titre
Redesigning methionyl‐tRNA synthetase for β‐methionine activity with adaptive landscape flattening and experiments
auteur
Vaitea Opuu, Giuliano Nigro, Christine Lazennec-Schurdevin, Yves Mechulam, Emmanuelle Schmitt, Thomas Simonson
article
Protein Science, 2023, 32 (9), ⟨10.1002/pro.4738⟩
DOI
DOI : 10.1002/pro.4738
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https://polytechnique.hal.science/hal-04285116/file/opuu-et-al.pdf BibTex
titre
Binding of human Cdc123 to eIF2γ
auteur
Cristina Cardenal Peralta, Paul Vandroux, Lea Neumann-Arnold, Michel Panvert, Jérôme Fagart, Wolfgang Seufert, Yves Mechulam, Emmanuelle Schmitt
article
Journal of Structural Biology, 2023, 215 (3), pp.108006. ⟨10.1016/j.jsb.2023.108006⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.jsb.2023.108006
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https://polytechnique.hal.science/hal-04285088/file/Article-consolidated-submission.pdf BibTex
titre
Nanopore-based RNA sequencing deciphers the formation, processing, and modification steps of rRNA intermediates in archaea
auteur
Felix Grünberger, Michael Jüttner, Robert Knüppel, Sébastien Ferreira-Cerca, Dina Grohmann
article
RNA, 2023, 29 (8), pp.1255-1273. ⟨10.1261/rna.079636.123⟩
DOI
DOI : 10.1261/rna.079636.123
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https://hal.science/hal-04207618/file/2023-Gr%C3%BCnberger-RNA.pdf BibTex
titre
ERH : a plug‐and‐play protein important for gene silencing and cell cycle progression
auteur
Marc Graille
article
FEBS Journal, 2023, 290 (3), pp.688-691. ⟨10.1111/febs.16669⟩
DOI
DOI : 10.1111/febs.16669
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https://hal.science/hal-04240123/file/Commentary-Marc-Graille-ERH-CIZ1-final.pdf BibTex
titre
Best Practices of Using AI-Based Models in Crystallography and Their Impact in Structural Biology
auteur
Marc Graille, Sophie Sacquin-Mora, Antoine Taly
article
Journal of Chemical Information and Modeling, In press, ⟨10.1021/acs.jcim.3c00381⟩
DOI
DOI : 10.1021/acs.jcim.3c00381
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https://hal.science/hal-04130165/file/Perspective%20Structure_AI%20%283%29.pdf BibTex
titre
Structural insights into the evolution of late steps of translation initiation in the three domains of life
auteur
Ramy Kazan, Gabrielle Bourgeois, Christine Lazennec-Schurdevin, Pierre-Damien Coureux, Yves Mechulam, Emmanuelle Schmitt
article
Biochimie, In press, pp.S0300-9084(23)00030-5. ⟨10.1016/j.biochi.2023.02.002⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.biochi.2023.02.002
pubmedId
Pubmed icone : 36773835
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https://polytechnique.hal.science/hal-04058214/file/hal-04058214.pdf BibTex
titre
Transcriptional and translational dynamics underlying heat shock response in the thermophilic crenarchaeon Sulfolobus acidocaldarius
auteur
Rani Baes, Felix Grünberger, Sébastien Pyr Dit Ruys, Mohea Couturier, Sarah de Keulenaer, Sonja Skevin, Filip van Nieuwerburgh, Didier Vertommen, Dina Grohmann, Sébastien Ferreira-Cerca, Eveline Peeters
article
mBio, In press, ⟨10.1128/mbio.03593-22⟩
DOI
DOI : 10.1128/mbio.03593-22
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https://hal.science/hal-04207631/file/2023-Baes-mBio.pdf BibTex
titre
Computational protein design repurposed to explore enzyme vitality and help predict antibiotic resistance
auteur
Eleni Michael, Rémy Saint-Jalme, David Mignon, Thomas Simonson
article
Frontiers in Molecular Biosciences, 2023, 9, pp.905588. ⟨10.3389/fmolb.2022.905588⟩
DOI
DOI : 10.3389/fmolb.2022.905588
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https://cnrs.hal.science/hal-04192628/file/fmb23.pdf BibTex
titre
N 2-methylguanosine modifications on human tRNAs and snRNA U6 are important for cell proliferation, protein translation and pre-mRNA splicing
auteur
Can Wang, Nathalie Ulryck, Lydia Herzel, Nicolas Pythoud, Nicole Kleiber, Vincent Guerineau, Vincent Jactel, Chloé Moritz, Markus T Bohnsack, Christine Carapito, David Touboul, Katherine E Bohnsack, Marc Graille
article
Nucleic Acids Research, 2023, 51 (14), pp.7496-7519. ⟨10.1093/nar/gkad487⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkad487
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https://hal.science/hal-04138117/file/Wang-NAR-2023-Human-m2G-MTases.pdf BibTex
titre
PPP2R1A regulates migration persistence through the NHSL1-containing WAVE Shell Complex
auteur
Yanan Wang, Giovanni Chiappetta, Raphaël Guérois, Yijun Liu, Stéphane Romero, Daniel Boesch, Matthias Krause, Claire Dessalles, Avin Babataheri, Abdul Barakat, Baoyu Chen, Joelle Vinh, Anna Polesskaya, Alexis Gautreau
article
Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.3541. ⟨10.1038/s41467-023-39276-w⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41467-023-39276-w
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https://hal.science/hal-04228580/file/s41467-023-39276-w.pdf BibTex

2022

Article dans une revue

titre
Molecular mechanism of Arp2/3 complex inhibition by Arpin
auteur
Fred Fregoso, Trevor van Eeuwen, Gleb Simanov, Grzegorz Rebowski, Malgorzata Boczkowska, Austin Zimmet, Alexis Gautreau, Roberto Dominguez
article
Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.628. ⟨10.1038/s41467-022-28112-2⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41467-022-28112-2
pubmedId
Pubmed icone : 35110533
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titre
Medical contrast agents as promising tools for biomacromolecular SAXS experiments
auteur
Frank Gabel, Sylvain Engilberge, Emmanuelle Schmitt, Aurélien Thureau, Yves Mechulam, Javier Pérez, Eric Girard
article
Acta crystallographica Section D : Structural biology [1993-..], 2022, 78 (9), pp.1120-1130. ⟨10.1107/S2059798322007392⟩
DOI
DOI : 10.1107/S2059798322007392
pubmedId
Pubmed icone : 36048152
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https://polytechnique.hal.science/hal-03789538/file/jc5050.pdf BibTex
titre
The SARS-CoV-2 protein NSP2 impairs the silencing capacity of the human 4EHP-GIGYF2 complex
auteur
Limei Zou, Clara Moch, Marc Graille, Clément Chapat
article
iScience, 2022, 25, ⟨10.1016/j.isci.2022.104646⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.isci.2022.104646
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https://hal.science/hal-03809915/file/Zou-iScience-2012-Nsp2-GIGYF.pdf BibTex
titre
The SARS-CoV-2 protein NSP2 impairs the silencing capacity of the human 4EHP-GIGYF2 complex
auteur
Limei Zou, Clara Moch, Marc Graille, Clément Chapat
article
iScience, 2022, 25 (7), pp.104646. ⟨10.1016/j.isci.2022.104646⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.isci.2022.104646
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titre
Role of aIF5B in archaeal translation initiation
auteur
Ramy Kazan, Gabrielle Bourgeois, Christine Lazennec-Schurdevin, Eric Larquet, Yves Mechulam, Pierre-Damien Coureux, Emmanuelle Schmitt
article
Nucleic Acids Research, 2022, ⟨10.1093/nar/gkac490⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkac490
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https://hal.science/hal-03703315/file/gkac490.pdf BibTex
titre
Nucleation, stabilization, and disassembly of branched actin networks
auteur
Alexis Gautreau, Fred Fregoso, Gleb Simanov, Roberto Dominguez
article
Trends in Cell Biology, 2022, 32 (5), pp.421-432. ⟨10.1016/j.tcb.2021.10.006⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.tcb.2021.10.006
pubmedId
Pubmed icone : 34836783
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titre
Cg1246, a new player in mycolic acid biosynthesis in Corynebacterium glutamicum
auteur
Célia de Sousa-d'Auria, Florence Constantinesco, Nicolas Bayan, Patricia Constant, Maryelle Tropis, Mamadou Daffé, Marc Graille, Christine Houssin
article
Microbiology, 2022, 168, ⟨10.1099/mic.0.001171⟩
DOI
DOI : 10.1099/mic.0.001171
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https://hal.science/hal-03808004/file/deSousa-dAuria-Microbiol-2022-Cg1246.pdf BibTex
titre
The X-ray crystallography phase problem solved thanks to AlphaFold and RoseTTAFold models: a case-study report
auteur
Irène Barbarin-Bocahu, Marc Graille
article
Acta crystallographica Section D : Structural biology [1993-..], 2022, 78 (4), ⟨10.1107/S2059798322002157⟩
DOI
DOI : 10.1107/S2059798322002157
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https://hal.science/hal-03612659/file/JC5047-submitted-version.pdf BibTex
titre
How much can physics do for protein design?
auteur
Eleni Michael, Thomas Simonson
article
Current Opinion in Structural Biology, 2022, 72, pp.46-54. ⟨10.1016/j.sbi.2021.07.011⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.sbi.2021.07.011
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https://polytechnique.hal.science/hal-03663952/file/S0959440X21001196.pdf BibTex
titre
A Computational Model for the PLP-Dependent Enzyme Methionine γ-Lyase
auteur
Xingyu Chen, Pierre Briozzo, David Machover, Thomas Simonson
article
Frontiers in Molecular Biosciences, 2022, 9, pp.886358. ⟨10.3389/fmolb.2022.886358⟩
DOI
DOI : 10.3389/fmolb.2022.886358
pubmedId
Pubmed icone : 35558556
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https://cnrs.hal.science/hal-03835739/file/fmb22.pdf BibTex
titre
Structural and molecular determinants for the interaction of ExbB from Serratia marcescens and HasB, a TonB paralog
auteur
Valérie Biou, Ricardo Jorge Diogo Adaixo, Mohamed Chami, Pierre-Damien Coureux, Benoist Laurent, Véronique Yvette Ntsogo Enguéné, Gisele Cardoso de Amorim, Nadia Izadi-Pruneyre, Christian Malosse, Julia Chamot-Rooke, Henning Stahlberg, Philippe Delepelaire
article
Communications Biology, 2022, 5 (1), pp.355. ⟨10.1038/s42003-022-03306-y⟩
DOI
DOI : 10.1038/s42003-022-03306-y
pubmedId
Pubmed icone : 35418619
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https://u-paris.hal.science/hal-03662822/file/s42003-022-03306-y.pdf BibTex
titre
Grid batch-dependent tuning of glow discharge parameters
auteur
Ramy Kazan, Gabrielle Bourgeois, Dominique Carisetti, Ileana Florea, Eric Larquet, Jean-Luc Maurice, Yves Mechulam, François Ozanam, Emmanuelle Schmitt, Pierre-Damien Coureux
article
Frontiers in Molecular Biosciences, 2022, 9, pp.910218. ⟨10.3389/fmolb.2022.910218⟩
DOI
DOI : 10.3389/fmolb.2022.910218
pubmedId
Pubmed icone : 36060254
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https://polytechnique.hal.science/hal-03789564/file/fmolb-09-910218.pdf BibTex

Ouvrages

titre
Computational Peptide Science
auteur
Thomas Simonson
article
Springer US, 2405, 2022, Methods in Molecular Biology, 978-1-0716-1854-7. ⟨10.1007/978-1-0716-1855-4⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-1-0716-1855-4
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2021

Article dans une revue

titre
Forces generated by lamellipodial actin filament elongation regulate the WAVE complex during cell migration
auteur
Amine Mehidi, Frieda Kage, Zeynep Karatas, Maureen Cercy, Matthias Schaks, Anna Polesskaya, Matthieu Sainlos, Alexis Gautreau, Olivier Rossier, Klemens Rottner, Grégory Giannone
article
Nature Cell Biology, 2021, 23 (11), pp.1148-1162. ⟨10.1038/s41556-021-00786-8⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41556-021-00786-8
pubmedId
Pubmed icone : 34737443
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titre
A millisecond passive micromixer with low flow rate, low sample consumption and easy fabrication
auteur
Yuanyuan Liao, Yves Mechulam, Benedikt Lassalle-Kaiser
article
Scientific Reports, 2021, 11, ⟨10.1038/s41598-021-99471-x⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41598-021-99471-x
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https://hal.science/hal-03375876/file/Liao_et_al-2021-Scientific_Reports.pdf BibTex
titre
Selenium metabolism and toxicity in the yeast Saccharomyces cerevisiae
auteur
Myriam Lazard
article
Medical Research Archives, 2021, 9 (9), ⟨10.18103/mra.v9i9.2550⟩
DOI
DOI : 10.18103/mra.v9i9.2550
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https://hal.science/hal-03431228/file/MRA.pdf BibTex
titre
Nuclear Magnetic Resonance Spectroscopy: A Multifaceted Toolbox to Probe Structure, Dynamics, Interactions, and Real-Time In Situ Release Kinetics in Peptide-Liposome Formulations
auteur
Camille Doyen, Eric Larquet, Pierre-Damien Coureux, Oriane Frances, Frédéric Herman, Serge Sablé, Jean-Pierre Burnouf, Christina Sizun, Ewen Lescop
article
Molecular Pharmaceutics, 2021, 18 (7), pp.2521-2539. ⟨10.1021/acs.molpharmaceut.1c00037⟩
DOI
DOI : 10.1021/acs.molpharmaceut.1c00037
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https://hal.science/hal-03301899/file/Liposome_2021.pdf BibTex
titre
Exposure to the Methylselenol Precursor Dimethyldiselenide Induces a Reductive Endoplasmic Reticulum Stress in Saccharomyces cerevisiae
auteur
Marc Dauplais, Pierre Mahou, Pierre Plateau, Myriam Lazard
article
International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (11), pp.5467. ⟨10.3390/ijms22115467⟩
DOI
DOI : 10.3390/ijms22115467
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https://hal.science/hal-03300089/file/ijms-22-05467-1%20%28version%20publie%CC%81e%29.pdf BibTex
titre
Division of labor in epitranscriptomics: What have we learnt from the structures of eukaryotic and viral multimeric RNA methyltransferases?
auteur
Marc Graille
article
Wiley Interdisciplinary Reviews-RNA, 2021, ⟨10.1002/wrna.1673⟩
DOI
DOI : 10.1002/wrna.1673
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https://hal.science/hal-03294722/file/RNA-999-revised-with-figures.pdf BibTex
titre
Arpin Regulates Migration Persistence by Interacting with Both Tankyrases and the Arp2/3 Complex
auteur
Gleb Simanov, Irene Dang, Artem I Fokin, Ksenia Oguievetskaia, Valérie Campanacci, Jacqueline Cherfils, Alexis Gautreau
article
International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (8), ⟨10.3390/ijms22084115⟩
DOI
DOI : 10.3390/ijms22084115
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https://hal.science/hal-03278143/file/Simanov%20IJMS%202021.pdf BibTex
titre
Assembly and Activity of the WASH Molecular Machine: Distinctive Features at the Crossroads of the Actin and Microtubule Cytoskeletons
auteur
Artem I Fokin, Alexis Gautreau
article
Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2021, 9, pp.658865. ⟨10.3389/fcell.2021.658865⟩
DOI
DOI : 10.3389/fcell.2021.658865
pubmedId
Pubmed icone : 33869225
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https://hal.science/hal-03278130/file/Fokin%20Frontiers%20Cell%20Dev%20Biol%202021.pdf BibTex
titre
A scaffold lncRNA shapes the mitosis to meiosis switch
auteur
Vedrana Andric, Alicia Nevers, Ditipriya Hazra, Sylvie Auxilien, Alexandra Menant, Marc Graille, Benoit Palancade, Mathieu Rougemaille
article
Nature Communications, 2021, 12 (1), pp.770. ⟨10.1038/s41467-021-21032-7⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41467-021-21032-7
pubmedId
Pubmed icone : 33536434
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https://hal.science/hal-03375358/file/andr1.pdf BibTex
titre
The Arp1/11 minifilament of dynactin primes the endosomal Arp2/3 complex
auteur
Artem I. Fokin, Violaine David, Ksenia Oguievetskaia, Emmanuel Derivery, Caroline E. Stone, Luyan Cao, Nathalie Rocques, Nicolas Molinie, Véronique Henriot, Magali Aumont-Nicaise, Maria-Victoria Hinckelmann, Frédéric Saudou, Christophe Le Clainche, Andrew P. Carter, Guillaume Romet ‐ Lemonne, Alexis M. Gautreau
article
Science Advances , 2021, ⟨10.1126/sciadv.abd5956⟩
DOI
DOI : 10.1126/sciadv.abd5956
pubmedId
Pubmed icone : 33523880
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https://hal.science/hal-03368431/file/Fokin-David-Dynactin-Science-Adv%20%281%29.pdf BibTex
titre
Bulges in left-handed G-quadruplexes
auteur
Poulomi Das, Khac Huy Ngo, Fernaldo richtia Winnerdy, Arijit Maity, Blaž Bakalar, Yves Mechulam, Emmanuelle Schmitt, Anh Tuân Phan
article
Nucleic Acids Research, 2021, 49 (3), pp.1724-1736. ⟨10.1093/nar/gkaa1259⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkaa1259
pubmedId
Pubmed icone : 33503265
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https://polytechnique.hal.science/hal-03188426/file/gkaa1259.pdf BibTex
titre
The Arp2/3 Inhibitory Protein Arpin Is Required for Intestinal Epithelial Barrier Integrity
auteur
Sandra Chánez-Paredes, Armando Montoya-García, Karla F Castro-Ochoa, Julio García-Cordero, Leticia Cedillo-Barrón, Mineko Shibayama, Porfirio Nava, Sven Flemming, Nicolas Schlegel, Alexis Gautreau, Hilda Vargas-Robles, Ricardo Mondragón-Flores, Michael Schnoor
article
Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2021, 9, pp.625719. ⟨10.3389/fcell.2021.625719⟩
DOI
DOI : 10.3389/fcell.2021.625719
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https://hal.science/hal-03278147/file/Chanez-Paredes%20Frontiers%20Cell%20Dev%20Biol%202021.pdf BibTex
titre
Methylselenol Produced In Vivo from Methylseleninic Acid or Dimethyl Diselenide Induces Toxic Protein Aggregation in Saccharomyces cerevisiae
auteur
Marc Dauplais, Katarzyna Bierla, Coralie Maizeray, Roxane Lestini, Ryszard Lobinski, Pierre Plateau, Joanna Szpunar, Myriam Lazard
article
International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (5), pp.2241. ⟨10.3390/ijms22052241⟩
DOI
DOI : 10.3390/ijms22052241
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https://polytechnique.hal.science/hal-03212042/file/ijms-22-02241-v2.pdf BibTex
titre
A novel minimal motif for left-handed G-quadruplex formation
auteur
Poulomi Das, Fernaldo Richtia Winnerdy, Arijit Maity, Yves Mechulam, Anh Tuân Phan
article
Chemical Communications, 2021, 57 (20), pp.2527-2530. ⟨10.1039/d0cc08146a⟩
DOI
DOI : 10.1039/d0cc08146a
pubmedId
Pubmed icone : 33690751
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https://polytechnique.hal.science/hal-03188419/file/Das-Accepted%20version.pdf BibTex