2025
Preprints, Working Papers, ...
titre
Empathi: Embedding-based Phage Protein Annotation Tool by Hierarchical Assignment
auteur
Alexandre Boulay, Audrey Leprince, François Enault, Elsa Rousseau, Clovis Galiez
article
2025
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2024
Journal articles
titre
A Two-Fold Deep-Learning Strategy To Correct And Downscale Winds Over Mountains
auteur
Louis Le Toumelin, Isabelle Gouttevin, Clovis Galiez, Nora Helbig
article
Nonlinear Processes in Geophysics
, 2024, 31, pp.75-97.
⟨10.5194/npg-31-75-2024⟩
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Conference papers
titre
Exploring climate, soil, and land-use effects on plant distribution - a large-scale study in Europe
auteur
Gabrielle Deschamps, Sara Si-Moussi, Clovis Galiez, Wilfried Thuiller
article
SFE2 - Internation congress in ecology and evolution
, Oct 2024, Lyon, France
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titre
Linking traits to species predictions: the key to plant community conservation!
auteur
Gabrielle Deschamps, Sara Si-Moussi, Clovis Galiez, Wilfried Thuiller
article
world biodiversity forum 2024
, Jun 2024, Davos, Switzerland
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titre
Predicting plant communities: a matter of species and traits!
auteur
Gabrielle Deschamps, Sara Si-Moussi, Clovis Galiez, Wilfried Thuiller
article
International biogeography society 11th Biennial Conference
, Jan 2024, Prague, Czech Republic
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Preprints, Working Papers, ...
titre
EnVhog: an extended view of the viral protein families on Earth through a vast collection of HMM profiles
auteur
Pérez-Bucio Rubén, François Enault, Clovis Galiez
article
2024
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titre
Gamma Approximation of Stratified Truncated Exact test (GASTE-test) & Application
auteur
Alexandre Wendling, Clovis Galiez
article
2024
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2023
Journal articles
titre
Predict first–assemble later versus assemble first–predict later: Revisiting the dilemma for functional biogeography
auteur
Gabrielle Deschamps, Giovanni Poggiato, Philipp Brun, Clovis Galiez, Wilfried Thuiller
article
Methods in Ecology and Evolution
, 2023, 14 (10), pp.2680-2696.
⟨10.1111/2041-210X.14203⟩
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titre
Emulating the adaptation of wind fields to complex terrain with deep-learning
auteur
Louis Le Toumelin, Isabelle Gouttevin, Nora Helbig, Clovis Galiez, Mathis Roux, Fatima Karbou
article
Artificial Intelligence for the Earth Systems
, 2023, 2 (1), pp.1-19.
⟨10.1175/AIES-D-22-0034.1⟩
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2022
Journal articles
titre
PHROG: families of prokaryotic virus proteins clustered using remote homology
auteur
Paul Terzian, Eric Olo Ndela, Clovis Galiez, Julien Lossouarn, Rubén Enrique Pérez Bucio, Robin Mom, Ariane Toussaint, Marie-Agnès Petit, François Enault
article
NAR Genomics and Bioinformatics
, 2022, 3 (3), pp.lqab067:1-12.
⟨10.1093/nargab/lqab067⟩
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titre
Nonlinear sensitivity of glacier mass balance to future climate change unveiled by deep learning
auteur
Jordi Bolibar, Antoine Rabatel, Isabelle Gouttevin, Harry Zekollari, Clovis Galiez
article
Nature Communications
, 2022, 13 (1), pp.409.
⟨10.1038/s41467-022-28033-0⟩
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2021
Journal articles
titre
SpacePHARER: sensitive identification of phages from CRISPR spacers in prokaryotic hosts
auteur
Ruoshi Zhang, Milot Mirdita, Eli Levy Karin, Clovis Norroy, Clovis Galiez, Johannes Söding
article
Bioinformatics
, 2021, 37 (19), pp.3364-3366.
⟨10.1093/bioinformatics/btab222⟩
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2020
Journal articles
titre
A deep learning reconstruction of mass balance series for all glaciers in the French Alps: 1967–2015
auteur
Jordi Bolibar, Antoine Rabatel, Isabelle Gouttevin Gouttevin, Clovis Galiez
article
Earth System Science Data
, 2020, 12 (3), pp.1973-1983.
⟨10.5194/essd-12-1973-2020⟩
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titre
Deep learning applied to glacier evolution modelling
auteur
Jordi Bolibar, Antoine Rabatel, Isabelle Gouttevin Gouttevin, Clovis Galiez, Thomas Condom, Eric Sauquet
article
The Cryosphere
, 2020, 14 (2), pp.565-584.
⟨10.5194/tc-14-565-2020⟩
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Conference papers
titre
Generalization of iterative sampling in autoencoders
auteur
Miguel Solinas, Clovis Galiez, Romain Cohendet, Stéphane Rousset, Marina Reyboz, Martial Mermillod
article
19th IEEE International Conference on Machine Learning and Applications (ICMLA)
, Dec 2020, Miami, FL, United States. pp.877-882,
⟨10.1109/ICMLA51294.2020.00143⟩
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