2026

Journal articles

titre

Two-photon light-sheet live imaging at kilohertz frame rate using birefringence-based pulse splitting

auteur

Lei Zhu, Dale Gottlieb, Vincent Maioli, Antoine Hubert, Frédéric Druon, Pierre Mahou, Emmanuel Beaurepaire, Willy Supatto

article

Optica, 2026, 13 (6), pp.1086. ⟨10.1364/OPTICA.588084⟩

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titre

Resonant third harmonic generation in biological pigments

auteur

Stella Dees, Júlia Ferrer Ortas, Pierre Mahou, Willy Supatto, Nicolas Olivier, Emmanuel Beaurepaire

article

APL Photonics, 2026, 11 (8), pp.086116. ⟨10.1063/5.0341777⟩

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Proceedings

titre

How nonlinear photodamage arises in multiphoton light-sheet microscopy: insights from numerical simulation and live imaging

auteur

Xue Bing, Lei Zhu, Pierre Mahou, Nicolas Olivier, Emmanuel Beaurepaire, Willy Supatto

article

Biomedical Spectroscopy, Microscopy, and Imaging IV, Apr 2026, Strasbourg, France. 14094, SPIE, pp.40, 2026, ⟨10.1117/12.3097950⟩

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2025

Journal articles

titre

Label-free nonlinear microscopy probes cellular metabolism and myelin dynamics in live tissue

auteur

Bahar Asadipour, Josephine Morizet, Remi Ronzano, Xingjian Zhang, Marie-Stephane Aigrot, Pierre Mahou, Xavier Solinas, Minh Son Phan, Anatole Chessel, Bruno Stankoff, Anne Desmazieres, Emmanuel Beaurepaire, Chiara Stringari

article

Communications Biology, 2025, ⟨10.1038/s42003-025-09192-4⟩

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titre

Multiscale characterization of myelin distribution with polarized THG microscopy

auteur

Josephine Morizet, Nicolas Olivier, Marie-Stephane Aigrot, Pierre Mahou, Elodie Martin, Anne Desmazieres, Bruno Stankoff, Chiara Stringari, Emmanuel Beaurepaire

article

Optica, 2025, 12 (7), pp.1122. ⟨10.1364/optica.562091⟩

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2024

Journal articles

titre

Non-random spatial organization of telomeres varies during the cell cycle and requires LAP2 and BAF

auteur

Debora Keller, Sonia Stinus, David Umlauf, Edith Gourbeyre, Eric Biot, Nicolas Olivier, Pierre Mahou, Emmanuel Beaurepaire, Philippe Andrey, Laure Crabbe

article

iScience, 2024, 27 (4), pp.109343. ⟨10.1016/j.isci.2024.109343⟩

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titre

Modeling and Predicting Second-Harmonic Generation from Protein Molecular Structure

auteur

Bahar Asadipour, Emmanuel Beaurepaire, Xingjian Zhang, Anatole Chessel, Pierre Mahou, Willy Supatto, Marie-Claire Schanne-Klein, Chiara Stringari

article

Physical Review X, 2024, 14 (1), pp.011038. ⟨10.1103/PhysRevX.14.011038⟩

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titre

Understanding the cell fate and behavior of progenitors at the origin of the mouse cardiac mitral valve

auteur

Batoul Farhat, Ignacio Bordeu, Bernd Jagla, Stéphanie Ibrahim, Sonia Stefanovic, Hugo Blanc, Karine Loulier, Benjamin Simons, Emmanuel Beaurepaire, Jean Livet, Michel Pucéat

article

Developmental Cell, 2024, 59 (3), ⟨10.1016/j.devcel.2023.12.006⟩

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titre

Multiplexed Orthogonal Polarizations Harmonic Imaging for Probing Dynamic Biological Processes

auteur

Matthew Gleeson, Sophie Escot, Xavier Solinas, Bahar Asadipour, Willy Supatto, Pierre Mahou, Chiara Stringari, Emmanuel Beaurepaire

article

ACS photonics, 2024, 11 (8), pp.3259-3266. ⟨10.1021/acsphotonics.4c00660⟩

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2023

Journal articles

titre

Fluorescence to measure light intensity

auteur

Aliénor Lahlou, Hessam Sepasi Tehrani, Ian Coghill, Yuriy Shpinov, Mrinal Mandal, Marie-Aude Plamont, Isabelle Aujard, Yuxi Niu, Ladislav Nedbal, Dusan Lazár, Pierre Mahou, Willy Supatto, Emmanuel Beaurepaire, Isabelle Eisenmann, Nicolas Desprat, Vincent Croquette, Raphaël Jeanneret, Thomas Le Saux, Ludovic Jullien

article

Nature Methods, 2023, 20, pp.1930-1938. ⟨10.1038/s41592-023-02063-y⟩

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titre

Chromatically Corrected Multicolor Multiphoton Microscopy

auteur

Hugo Blanc, Gabriel Kaddour, Nicolas B David, Willy Supatto, Jean Livet, Emmanuel Beaurepaire, Pierre Mahou

article

ACS photonics, 2023, ⟨10.1021/acsphotonics.3c01104⟩

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titre

Kidney Stone Classification Using Multimodal Multiphoton Microscopy

auteur

Matthew Gleeson, Joséphine Morizet, Pierre Mahou, Michel Daudon, Dominique Bazin, Chiara Stringari, Marie-Claire Schanne-Klein, Emmanuel Beaurepaire

article

ACS photonics, 2023, 10 (10), pp.3594-3604. ⟨10.1021/acsphotonics.3c00651⟩

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titre

Apical size and deltaA expression predict adult neural stem cell decisions along lineage progression

auteur

Laure Mancini, Boris Guirao, Sara Ortica, Miriam Labusch, Felix Cheysson, Valentin Bonnet, Minh Son Phan, Sébastien Herbert, Pierre Mahou, Emilie Menant, Sébastien Bedu, Jean-Yves Tinevez, Charles Baroud, Emmanuel Beaurepaire, Yohanns Bellaiche, Laure Bally-Cuif, Nicolas Dray

article

Science Advances , 2023, 9 (35), pp.eadg7519. ⟨10.1126/sciadv.adg7519⟩

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titre

Third harmonic imaging contrast from tubular structures in the presence of index discontinuity

auteur

Joséphine Morizet, Nicolas Olivier, Pierre Mahou, Arthur Boutillon, Chiara Stringari, Emmanuel Beaurepaire

article

Scientific Reports, 2023, 13, pp.7850. ⟨10.1038/s41598-023-34528-7⟩

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titre

Label-free imaging of red blood cells and oxygenation with color third-order sum-frequency generation microscopy

auteur

Júlia Ferrer Ortas, Pierre Mahou, Sophie Escot, Chiara Stringari, Nicolas B David, Laure Bally-Cuif, Nicolas Dray, Michel Négrerie, Willy Supatto, Emmanuel Beaurepaire

article

Light: Science and Applications, 2023, 12 (1), pp.29. ⟨10.1038/s41377-022-01064-4⟩

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Proceedings

titre

Color TSFG microscopy of red blood cells and oxygenation

auteur

Júlia Ferrer Ortas, Pierre Mahou, Sophie Escot, Chiara Stringari, Nicolas B David, Laure Bally-Cuif, Nicolas Dray, Michel Négrerie, Willy Supatto, Emmanuel Beaurepaire

article

Advances in Microscopic Imaging, Proceedings of SPIE, the International Society for Optical Engineering, 12630, SPIE, pp.1, 2023, 9781510664692. ⟨10.1117/12.2670229⟩

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titre

NU-Net: A Self-Supervised Smart Filter for Enhancing Blobs in Bioimages

auteur

Seongbin Lim, Emmanuel Beaurepaire, Anatole Chessel

article

ICCV (International Conference on Computer Vision ) BIC (Bio-image computing ) workshop, IEEE, pp.3884-3893, 2023, ⟨10.1109/ICCVW60793.2023.00420⟩

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2022

Journal articles

titre

nAdder: A scale-space approach for the 3D analysis of neuronal traces

auteur

Minh Son Phan, Katherine Matho, Emmanuel Beaurepaire, Jean Livet, Anatole Chessel

article

PLoS Computational Biology, 2022, 18 (7), pp.e1010211. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010211⟩

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titre

Intravital deep-tumor single-beam 3-photon, 4-photon, and harmonic microscopy

auteur

Gert-Jan Bakker, Sarah Weischer, Júlia Ferrer Ortas, Judith Heidelin, Volker Andresen, Marcus Beutler, Emmanuel Beaurepaire, Peter Friedl

article

eLife, 2022, 11, pp.e63776. ⟨10.7554/eLife.63776⟩

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2021

Journal articles

titre

The TPLATE complex mediates membrane bending during plant clathrin–mediated endocytosis

auteur

Alexander Johnson, Dana A Dahhan, Nataliia Gnyliukh, Walter A Kaufmann, Vanessa Zheden, Tommaso Costanzo, Pierre Mahou, Mónika Hrtyan, Jie Wang, Juan Aguilera-Servin, Daniël van Damme, Emmanuel Beaurepaire, Martin Loose, Sebastian Y Bednarek, Jiří Friml

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2021, 118 (51), ⟨10.1073/pnas.2113046118⟩

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titre

Modeling nonlinear microscopy near index-mismatched interfaces

auteur

Josephine Morizet, Giovanni Sartorello, Nicolas Dray, Chiara Stringari, Emmanuel Beaurepaire, Nicolas Olivier

article

Optica, 2021, 8 (7), pp.944. ⟨10.1364/OPTICA.421257⟩

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titre

Dynamic spatiotemporal coordination of neural stem cell fate decisions occurs through local feedback in the adult vertebrate brain

auteur

Nicolas Dray, Laure Mancini, Udi Binshtok, Felix Cheysson, Willy Supatto, Pierre Mahou, Sébastien Bedu, Sara Ortica, Emmanuel Than-Trong, Monika Krecsmarik, Sébastien Herbert, Jean-Baptiste Masson, Jean-Yves Tinevez, Gabriel Lang, Emmanuel Beaurepaire, David Sprinzak, Laure Bally-Cuif

article

Cell Stem Cell, 2021, 28 (8), pp.1-16. ⟨10.1016/j.stem.2021.03.014⟩

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titre

Simultaneous NAD(P)H and FAD fluorescence lifetime microscopy of long UVA–induced metabolic stress in reconstructed human skin

auteur

Thi Phuong Lien Ung, Seongbin Lim, Xavier Solinas, Pierre Mahou, Anatole Chessel, Claire Marionnet, Thomas Bornschlögl, Emmanuel Beaurepaire, Françoise Bernerd, Ana-Maria Pena, Chiara Stringari

article

Scientific Reports, 2021, 11, pp.22171. ⟨10.1038/s41598-021-00126-8⟩

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Proceedings

titre

Fast in vivo multiphoton microscopy using optimized light-sheet illumination

auteur

Vincent Maioli, Antoine Boniface, Pierre Mahou, Júlia Ferrer Ortas, Lamiae Abdeladim, Emmanuel Beaurepaire, Willy Supatto

article

SPIE BiOS, Proceedings of SPIE, the International Society for Optical Engineering, 11648, SPIE, 2021, Proceedings of SPIE, ⟨10.1117/12.2578703⟩

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2020

Journal articles

titre

Fast in vivo multiphoton light-sheet microscopy with optimal pulse frequency

auteur

Vincent Maioli, Antoine Boniface, Pierre Mahou, Júlia Ferrer Ortas, Lamiae Abdeladim, Emmanuel Beaurepaire, Willy Supatto

article

Biomedical optics express, 2020, 11 (10), pp.6012-6026. ⟨10.1364/BOE.400113⟩

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titre

In Utero Electroporation of Multiaddressable Genome-Integrating Color (MAGIC) Markers to Individualize Cortical Mouse Astrocytes

auteur

Laura Dumas, Solène Clavreul, Jason Durand, Edwin Hernandez-Garzon, Lamiae Abdeladim, Raphaëlle Barry-Martinet, Alicia Caballero-Megido, Emmanuel Beaurepaire, Gilles Bonvento, Jean Livet, Karine Loulier

article

Journal of visualized experiments : JoVE, 2020, 159, ⟨10.3791/61110⟩

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titre

In Utero Electroporation of Multiaddressable Genome-Integrating Color (MAGIC) Markers to Individualize Cortical Mouse Astrocytes

auteur

Laura Dumas, Solène Clavreul, Jason Durand, Edwin Hernandez-Garzon, Lamiae Abdeladim, Raphaëlle Barry-Martinet, Alicia Caballero-Megido, Emmanuel Beaurepaire, Gilles Bonvento, Jean Livet, Karine Loulier

article

Journal of visualized experiments : JoVE, 2020, 159, ⟨10.3791/61110⟩

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titre

Fast In Vivo Imaging of SHG Nanoprobes with Multiphoton Light-Sheet Microscopy

auteur

Guy Malkinson, Pierre Mahou, Élodie Chaudan, Thierry Gacoin, Ali Sonay, Periklis Pantazis, Emmanuel Beaurepaire, Willy Supatto

article

ACS photonics, 2020, 7 (4), pp.1036-1049. ⟨10.1021/acsphotonics.9b01749⟩

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2019

Journal articles

titre

Multicolor multiscale brain imaging with chromatic multiphoton serial microscopy

auteur

Lamiae Abdeladim, Katherine S. Matho, Solène Clavreul, Pierre Mahou, Jean-Marc Sintes, Xavier Solinas, Ignacio Arganda-Carreras, Stephen Turney, Jeff Lichtman, Anatole Chessel, Alexis-Pierre Bemelmans, Karine Loulier, Willy Supatto, Jean Livet, Emmanuel Beaurepaire

article

Nature Communications, 2019, 10 (1), pp.1662. ⟨10.1038/s41467-019-09552-9⟩

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titre

Cortical astrocytes develop in a plastic manner at both clonal and cellular levels

auteur

Solène Clavreul, Lamiae Abdeladim, Edwin Hernández-Garzón, Dragos Niculescu, Jason Durand, Sio-Hoi Ieng, Raphaëlle Barry, Gilles Bonvento, Emmanuel Beaurepaire, Jean Livet, Karine Loulier

article

Nature Communications, 2019, 10 (1), ⟨10.1038/s41467-019-12791-5⟩

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titre

Publisher correction: Multicolor multiscale brain imaging with chromatic multiphoton serial microscopy

auteur

Lamiae Abdeladim, Katherine S Matho, Solène Clavreul, Pierre Mahou, Jean-Marc Sintes, Xavier Solinas, Ignacio Arganda-Carreras, Stephen G Turney, Jeff W Lichtman, Anatole Chessel, Alexis-Pierre Bemelmans, Karine Loulier, Willy Supatto, Jean Livet, Emmanuel Beaurepaire

article

Nature Communications, 2019, 10, pp.2160. ⟨10.1038/s41467-019-10225-w⟩

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titre

High-speed polarization-resolved third-harmonic microscopy

auteur

Joséphine Morizet, Guillaume Ducourthial, Willy Supatto, Arthur Boutillon, Renaud Legouis, Marie-Claire Schanne-Klein, Chiara Stringari, Emmanuel Beaurepaire

article

Optica, 2019, 6 (3), pp.385-388. ⟨10.1364/OPTICA.6.000385⟩

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titre

Third harmonic generation imaging and analysis of the effect of low gravity on the lacuno-canalicular network of mouse bone

auteur

Rachel Genthial, Maude Gerbaix, Delphine Farlay, Laurence Vico, Emmanuel Beaurepaire, Delphine Débarre, Aurélien Gourrier

article

PLoS ONE, 2019, 14 (1), pp.e0209079. ⟨10.1371/journal.pone.0209079⟩

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titre

Monitoring dynamic collagen reorganization during skin stretching with fast polarization‐resolved second harmonic generation imaging

auteur

Guillaume Ducourthial, Jean‐sébastien Affagard, Margaux Schmeltz, Xavier Solinas, Maeva Lopez‐poncelas, Christelle Bonod‐bidaud, Ruth Rubio‐amador, Florence Ruggiero, Jean-Marc Allain, Emmanuel Beaurepaire, Marie-Claire Schanne-Klein

article

Journal of Biophotonics, 2019, 12 (5), pp.e201800336. ⟨10.1002/jbio.201800336⟩

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titre

An actin-based viscoplastic lock ensures progressive body-axis elongation

auteur

Alicia Lardennois, Teresa Ferraro, Flora Llense, Michel Labouesse, Gabriella Pásti, Julien Pontabry, David Rodriguez, Samantha Kim, Christelle Gally, Pierre Mahou, Emmanuel Beaurepaire, Shoichiro Ono

article

Nature, 2019, 573 (7773), pp.266-270. ⟨10.1038/s41586-019-1509-4⟩

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Proceedings

titre

Label-free THG imaging of bone tissue microstructure: effect of low gravity on the lacuno-canalicular network

auteur

Rachel Genthial, Emmanuel Beaurepaire, Marie-Claire Schanne-Klein, Françoise Peyrin, Cécile Olivier, Maude Gerbaix, Laurence Vico, Aurélien Gourrier, Delphine Débarre

article

European Conferences on Biomedical Optics, Advances in Microscopic Imaging II, Proc SPIE 11076, Proceedings of SPIE, the International Society for Optical Engineering, 11076, pp.110760E, 2019, Proc. SPIE 11076, Advances in Microscopic Imaging II, ⟨10.1117/12.2527209⟩

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titre

Chromatic serial multiphoton microscopy for multicolor imaging of large brain volumes

auteur

Lamiae Abdeladim, Katherine S. Matho, Solène Clavreul, Pierre Mahou, Jean-Marc Sintes, Xavier Solinas, Ignacio Arganda-Carreras, Anatole Chessel, Steve Turney, Jeff Lichtman, Alexis-Pierre Bemelmans, Karine Loulier, Willy Supatto, Jean Livet, Emmanuel Beaurepaire

article

Advances in Microscopic Imaging, Proceedings of SPIE, the International Society for Optical Engineering, SPIE, pp.7, 2019, ⟨10.1117/12.2526947⟩

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titre

Automated Quantification With Sub-Micrometer Scale Precision In Volumetric Multicolor Multiphoton Microscopy Images

auteur

Minh Son Phan, Katherine S. Matho, Lamiae Abdeladim, Jean Livet, Emmanuel Beaurepaire, Anatole Chessel

article

2019 IEEE 16th International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), IEEE, pp.521-525, 2019, IEEE ISBI, ⟨10.1109/ISBI.2019.8759200⟩

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titre

Fast P-THG microscopy for the characterization of biomaterials

auteur

Joséphine Morizet, Guillaume Ducourthial, Willy Supatto, Arthur Boutillon, Renaud Legouis, Marie-Claire Schanne-Klein, Chiara Stringari, Emmanuel Beaurepaire

article

European Conference on Biomedical Optics, Advances in Microscopic Imaging II, Proc SPIE 1107613, Proceedings of SPIE, the International Society for Optical Engineering, 11076, pp.1107613, 2019, Proc. SPIE 11076, Advances in Microscopic Imaging II, ⟨10.1117/12.2527209⟩

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2018

Journal articles

titre

Color Imaging with Multimodal Three-Photon Microscopy

auteur

Lamiae Abdeladim, Pierre Mahou, Willy Supatto, Emmanuel Beaurepaire, Khmaies Guesmi, Karolis Jurkus, Philippe Rigaud, Patrick Georges, Marc Hanna, Frédéric Druon, Samuel Tozer, Takuma Kumamoto, Karine Loulier, Jean Livet, Nicolas Dray

article

Optics and photonics news, 2018

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titre

Snapshots of archaeal DNA replication and repair in living cells using super-resolution imaging

auteur

Floriane Delpech, Yoann Collien, Pierre Mahou, Emmanuel Beaurepaire, Hannu Myllykallio, Roxane Lestini

article

Nucleic Acids Research, 2018, ⟨10.1093/nar/gky829⟩

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titre

Dual-color deep-tissue three-photon microscopy with a multiband infrared laser

auteur

Khmaies Guesmi, Lamiae Abdeladim, Samuel Tozer, Pierre Mahou, Takuma Kumamoto, Karolis Jurkus, Philippe Rigaud, Karine Loulier, Nicolas Dray, Patrick Georges, Marc Hanna, Jean Livet, Willy Supatto, Emmanuel Beaurepaire, Frédéric Druon

article

Light: Science and Applications, 2018, 7 (1), pp.12. ⟨10.1038/s41377-018-0012-2⟩

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Proceedings

titre

Neural Cell Segmentation in Large-Scale 3D Color Fluorescence Microscopy Images for Developemental Neuroscience

auteur

Farshad Nourbakhsh, Lamiae Abdeladim, Solène Clavreul, Karine Loulier, Emmanuel Beaurepaire, Jean Livet, Anatole Chessel

article

25th IEEE International Conference on Image Processing (ICIP 2018), IEEE; IEEE, pp.3828-3832, 2018, ⟨10.1109/ICIP.2018.8451702⟩

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2017

Journal articles

titre

Multicolor two-photon imaging of endogenous fluorophores in living tissues by wavelength mixing

auteur

Chiara Stringari, Lamiae Abdeladim, Guy Malkinson, Pierre Mahou, Xavier Solinas, Isabelle Lamarre, Sébastien Brizion, Jean-Baptiste Galey, Willy Supatto, Renaud Legouis, Ana-Maria Pena, Emmanuel Beaurepaire

article

Scientific Reports, 2017, 7 (1), pp.3792 - 3792. ⟨10.1038/s41598-017-03359-8⟩

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titre

Metrology of Multiphoton Microscopes Using Second Harmonic Generation Nanoprobes

auteur

Pierre Mahou, Guy Malkinson, Élodie Chaudan, Thierry Gacoin, Emmanuel Beaurepaire, Willy Supatto

article

Small, 2017, 13 (42), pp.1701442. ⟨10.1002/smll.201701442⟩

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titre

Label-free imaging of bone multiscale porosity and interfaces using third-harmonic generation microscopy

auteur

Rachel Genthial, Emmanuel Beaurepaire, Marie-Claire Schanne-Klein, Françoise Peyrin, Delphine Farlay, Cécile Olivier, Yohann Bala, Georges Boivin, Jean-Claude Vial, Delphine Débarre, Aurélien Gourrier

article

Scientific Reports, 2017, 7 (1), 16 p. ⟨10.1038/s41598-017-03548-5⟩

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titre

Life-Long Neurogenic Activity of Individual Neural Stem Cells and Continuous Growth Establish an Outside-In Architecture in the Teleost Pallium

auteur

Giacomo Furlan, Valentina Cuccioli, Nelly Vuillemin, Lara Dirian, Anna Janue Muntasell, Marion Coolen, Nicolas Dray, Sébastien Bedu, Corinne Houart, Emmanuel Beaurepaire, Isabelle Foucher, Laure Bally-Cuif

article

Current Biology, 2017, 27 (21), pp.3288-3301.e3. ⟨10.1016/j.cub.2017.09.052⟩

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2016

Journal articles

titre

Efficient second-harmonic imaging of collagen in histological slides using Bessel beam excitation

auteur

Nelly Vuillemin, Pierre Mahou, Delphine Débarre, Thierry Gacoin, Pierre-Louis Tharaux, Marie-Claire Schanne-Klein, Willy Supatto, Emmanuel Beaurepaire

article

Scientific Reports, 2016, 6 (29863 (2016)), ⟨10.1038/srep29863⟩

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2015

Journal articles

titre

Large-scale live imaging of adult neural stem cells in their endogenous niche

auteur

Nicolas Dray, Sébastien Bedu, Nelly Vuillemin, Alessandro Alunni, Marion Coolen, Monika Krecsmarik, Willy Supatto, Emmanuel Beaurepaire, Laure Bally-Cuif

article

Development (Cambridge, England), 2015, 142 (20), pp.3592-3600. ⟨10.1242/dev.123018⟩

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titre

Whole-brain functional imaging with two-photon light-sheet microscopy

auteur

Sébastien Wolf, Willy Supatto, Georges Debrégeas, Pierre Mahou, Sergei G Kruglik, Jean-Marc Sintes, Emmanuel Beaurepaire, Raphaël Candelier

article

Nature Methods, 2015, 12 (5), pp.379-380. ⟨10.1038/nmeth.3371⟩

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2014

Journal articles

titre

Mitigating Phototoxicity during Multiphoton Microscopy of Live Drosophila Embryos in the 1.0–1.2 mm Wavelength Range

auteur

Delphine Débarre, Nicolas Olivier, Willy Supatto, Emmanuel Beaurepaire

article

PLoS ONE, 2014, pp.0104250. ⟨10.1371/journal.pone.0104250⟩

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titre

Multicolor two-photon light-sheet microscopy

auteur

Pierre Mahou, Julien Vermot, Emmanuel Beaurepaire, Willy Supatto

article

Nature Methods, 2014, 11, pp.600-601. ⟨10.1038/nmeth.2963⟩

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titre

Multiplex Cell and Lineage Tracking with Combinatorial Labels

auteur

Karine Loulier, Raphaëlle Barry, Pierre Mahou, Yann Le franc, Willy Supatto, Katherine s. Matho, Siohoi Ieng, Stéphane Fouquet, Elisabeth Dupin, Ryad Benosman, Alain Chédotal, Emmanuel Beaurepaire, Xavier Morin, Jean Livet

article

Neuron, 2014, 81 (3), pp.505-520. ⟨10.1016/j.neuron.2013.12.016⟩

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2013

Journal articles

titre

Non-invasive monitoring of cell metabolism and lipid production in 3D engineered human adipose tissues using label-free multiphoton microscopy

auteur

Tyler Chang, Maxwell Zimmerley, Kyle P. Quinn, Isabelle Lamarre-Jouenne, David Kaplan, Emmanuel Beaurepaire, Irene Georgakoudi

article

Biomaterials, 2013, 34 (34), pp.8607-8616. ⟨10.1016/j.biomaterials.2013.07.066⟩

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titre

Probing ordered lipid assemblies with polarized third-harmonic-generation microscopy

auteur

Maxwell Zimmerley, Pierre Mahou, Delphine Débarre, Marie-Claire Schanne-Klein, Emmanuel Beaurepaire

article

Physical Review X, 2013, 3 (1), pp.11002. ⟨10.1103/PhysRevX.3.011002⟩

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Book sections

titre

THG microscopy of cells and tissues: contrast mechanisms and applications

auteur

Nicolas Olivier, Delphine Débarre, Emmanuel Beaurepaire

article

Francesco S Pavone and Paul J Campagnola. Second Harmonic Generation Imaging, Taylor & Francis, pp.51-80, 2013, 978-1-4398-4914-9

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2012

Journal articles

titre

Third-harmonic generation microscopy with Bessel beams: a numerical study

auteur

Nicolas Olivier, Delphine Débarre, Pierre Mahou, Emmanuel Beaurepaire

article

Optics Express, 2012, 20 (22), pp.24886-24902. ⟨10.1364/OE.20.024886⟩

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titre

Methodology for reconstructing early zebrafish development from in vivo multiphoton microscopy.

auteur

Miguel Angel Luengo-Oroz, José L. Rubio-Guivernau, Emmanuel Faure, Thierry Savy, Louise Duloquin, Nicolas Olivier, David Pastor-Escuredo, María Jesús Ledesma-Carbayo, Delphine Debarre, Paul Bourgine, Emmanuel Beaurepaire, Nadine Peyriéras, Andrés Santos

article

IEEE Transactions on Image Processing, 2012, 21 (4), pp.2335-40. ⟨10.1109/TIP.2011.2177911⟩

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titre

Accuracy of correction in modal sensorless adaptive optics.

auteur

Aurélie Facomprez, Emmanuel Beaurepaire, Delphine Débarre

article

Optics Express, 2012, 20 (3), pp.2598-612

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titre

Multicolor two-photon tissue imaging by wavelength mixing

auteur

Pierre Mahou, Maxwell Zimmerley, Karine Loulier, Katherine S. Matho, Guillaume Labroille, Xavier Morin, Willy Supatto, Jean Livet, Delphine Débarre, Emmanuel Beaurepaire

article

Nature Methods, 2012, 9 (8), pp.815-818. ⟨10.1038/nmeth.2098⟩

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2011

Journal articles

titre

Simple characterisation of a deformable mirror inside a high numerical aperture microscope using phase diversity.

auteur

D. Débarre, T. Vieille, Emmanuel Beaurepaire

article

Journal of Microscopy, 2011, 244 (2), pp.136-43. ⟨10.1111/j.1365-2818.2011.03518.x⟩

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titre

Combined third-harmonic generation and four-wave mixing microscopy of tissues and embryos.

auteur

Pierre Mahou, Nicolas Olivier, Guillaume Labroille, Louise Duloquin, Jean-Marc Sintes, Nadine Peyriéras, Renaud Legouis, Delphine Débarre, Emmanuel Beaurepaire

article

Biomedical optics express, 2011, 2 (10), pp.2837-49. ⟨10.1364/BOE.2.002837⟩

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titre

Advances in multiphoton microscopy for imaging embryos

auteur

Willy Supatto, T.V. Truong, Delphine Débarre, Emmanuel Beaurepaire

article

Current Opinion in Genetics and Development, 2011, 21 (5), pp.538. ⟨10.1016/j.gde.2011.08.003⟩

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Book sections

titre

Processing pipeline for digitalizing the lineage tree of early zebrafish embryogenesis from multiharmonic imaging

auteur

Miguel Angel Luengo-Oroz, Thierry Savy, José L. Rubio-Guivernau, Louise Duloquin, Emmanuel Faure, Nicolas Olivier, María Jesús Ledesma-Carbayo, Delphine Debarre, Paul Bourgine, Emmanuel Beaurepaire, Nadine Peyriéras

article

Biomedical Imaging : From Nano to Macro, IEEE Institute of Electrical and Electronics Engineers, pp.1561-1564, 2011, IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, 978-1-4244-4127-3. ⟨10.1109/ISBI.2011.5872699⟩

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2010

Journal articles

titre

Multiphoton microscopy of engineered dermal substitutes: assessment of 3-D collagen matrix remodeling induced by fibroblast contraction.

auteur

Ana-Maria Pena, Dominique Fagot, Christian Olive, Jean-François Michelet, Jean-Baptiste Galey, Frédéric Leroy, Emmanuel Beaurepaire, Jean-Louis Martin, Anne Colonna, Marie-Claire Schanne-Klein

article

Journal of Biomedical Optics, 2010, 15 (5), ⟨10.1117/1.3503411⟩

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titre

Cell lineage reconstruction of early zebrafish embryos using label-free nonlinear microscopy

auteur

Nicolas Olivier, Miguel Angel Luengo-Oroz, Louise Duloquin, Emmanuel Faure, Thierry Savy, Israël Veilleux, Xavier Solinas, Delphine Débarre, Paul Bourgine, Andrés Santos, Nadine Peyriéras, Emmanuel Beaurepaire

article

Science, 2010, 329 (5994), pp.967-71. ⟨10.1126/science.1189428⟩

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titre

Harmonic microscopy of isotropic and anisotropic microstructure of the human cornea

auteur

Nicolas Olivier, Florent Aptel, Karsten Plamann, Marie-Claire Schanne-Klein, Emmanuel Beaurepaire

article

Optics Express, 2010, 18 (5), pp.5028-5040. ⟨10.1364/OE.18.005028⟩

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titre

Multimodal Nonlinear Imaging of the Human Cornea

auteur

Florent Aptel, Nicolas Olivier, Ariane Deniset-Besseau, Jean-Marc Legeais, Karsten Plamann, Marie-Claire Schanne-Klein, Emmanuel Beaurepaire

article

Investigative Ophthalmology & Visual Science, 2010, 51 (5), pp.2459-2465. ⟨10.1167/iovs.09-4586⟩

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titre

Dispersion-based pulse shaping for multiplexed two-photon fluorescence microscopy

auteur

Guillaume Labroille, Rajesh Pillai, Xavier Solinas, Caroline Boudoux, Nicolas Olivier, Emmanuel Beaurepaire, Manuel Joffre

article

Optics Letters, 2010, 35 (20), pp.3444. ⟨10.1364/OL.35.003444⟩

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2009

Journal articles

titre

Dynamic aberration correction for multiharmonic microscopy.

auteur

Nicolas Olivier, Delphine Débarre, Emmanuel Beaurepaire

article

Optics Letters, 2009, 34 (20), pp.3145-7

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titre

Multiplexed two-photon microscopy of dynamic biological samples with shaped broadband pulses.

auteur

Rajesh S. Pillai, Caroline Boudoux, Guillaume Labroille, Nicolas Olivier, Israel Veilleux, Emmanuel Farge, Manuel Joffre, Emmanuel Beaurepaire

article

Optics Express, 2009, 17 (15), pp.12741-52. ⟨10.1364/OE.17.012741⟩

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titre

Two-photon microscopy with simultaneous standard and extended depth of field using a tunable acoustic gradient-index lens.

auteur

Nicolas Olivier, Alexandre Mermillod-Blondin, Craig B. Arnold, Emmanuel Beaurepaire

article

Optics Letters, 2009, 34 (11), pp.1684-1686. ⟨10.1364/OL.34.001684⟩

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titre

Embryos Drosophila Invagination in Mechanical Signals Trigger Myosin II Redistribution and Mesoderm

auteur

Nicolas Desprat, Willy Supatto, Emmanuel Beaurepaire, Emmanuel Farge, Philippe-Alexandre Pouille, Padra Ahmadi, Anne-Christine Brunet

article

Science Signaling, 2009, 2 (66), pp.ra16-ra16. ⟨10.1126/scisignal.2000098]⟩

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titre

Multimodal Multiphoton Imaging of Human Eye Tissues

auteur

Florent Aptel, Nicolas Olivier, Ariane Deniset, Karsten Plamann, P. Denis, Jean-Marc Legeais, Marie-Claire Schanne-Klein, Emmanuel Beaurepaire

article

Investigative Ophthalmology & Visual Science, 2009, 50, pp.E-Abstract 3693

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2008

Journal articles

titre

Third-harmonic generation microscopy with focus-engineered beams: a numerical study

auteur

Nicolas Olivier, Emmanuel Beaurepaire

article

Optics Express, 2008, 16 (19), pp.14703-14715. ⟨10.1364/OE.16.014703⟩

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titre

Mechanical factors activate beta-catenin-dependent oncogene expression in APC1638N/+ mouse colon

auteur

J. Whitehead, Danijela Vignjevic, C. Fütterer, Emmanuel Beaurepaire, Sylvie Robine, Emmanuel Farge

article

HFSP Journal, 2008, 2 (5), pp.286. ⟨10.2976/1.2955566⟩

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titre

Tissue deformation modulates Twist expression to determine anterior midgut differentiation in Drosophila embryos

auteur

Nicolas Desprat, Willy Supatto, Philippe-Alexandre Pouille, Emmanuel Beaurepaire, Emmanuel Farge

article

Developmental Cell, 2008, 15 (3), pp.470-477. ⟨10.1016/j.devcel.2008.07.009⟩

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2007

Journal articles

titre

Signal epidetection in third-harmonic generation microscopy of turbid media

auteur

Delphine Débarre, Nicolas Olivier, Emmanuel Beaurepaire

article

Optics Express, 2007, 15, pp.8913-8924. ⟨10.1364/OE.15.008913⟩

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titre

Second harmonic imaging and scoring of collagen in fibrotic tissues.

auteur

Mathias Strupler, Ana-Maria Pena, Monica Hernest, Pierre-Louis Tharaux, Jean-Louis Martin, Emmanuel Beaurepaire, Marie-Claire Schanne-Klein

article

Optics Express, 2007, 15 (7), pp.4054-4065. ⟨10.1364/OE.15.004054⟩

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titre

Quantitative characterization of biological liquids for third-harmonic generation microscopy.

auteur

Delphine Débarre, Emmanuel Beaurepaire

article

Biophysical Journal, 2007, 92 (2), pp.603-12. ⟨10.1529/biophysj.106.094946⟩

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titre

Three-dimensional investigation and scoring of extracellular matrix remodeling during lung fibrosis using multiphoton microscopy

auteur

Ana-Maria Pena, Aurelie J Fabre, Delphine Débarre, J. Marchal-Somme, Bruno Crestani, Jean-Louis Martin, Emmanuel Beaurepaire, Marie-Claire Schanne-Klein

article

Microscopy Research and Technique, 2007, 70 (2), pp.162-170. ⟨10.1002/jemt.20400⟩

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2006

Journal articles

titre

Fourier-transform coherent anti-Stokes Raman scattering microscopy.

auteur

Jennifer P. Ogilvie, Emmanuel Beaurepaire, Antigoni Alexandrou, Manuel Joffre

article

Optics Letters, 2006, 31 (4), pp.480-2. ⟨10.1364/OL.31.000480⟩

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titre

Use of coherent control for selective two-photon fluorescence microscopy in live organisms.

auteur

Jennifer P. Ogilvie, Delphine Débarre, Xavier Solinas, Jean-Louis Martin, Emmanuel Beaurepaire, Manuel Joffre

article

Optics Express, 2006, 14 (2), pp.759-766. ⟨10.1364/OPEX.14.000759⟩

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titre

Micrometer scale ex vivo multiphoton imaging of unstained arterial wall structure

auteur

Thierry Boulesteix, Ana-Maria Pena, Nicole Pagès, G. Godeau, Martin-Pierre Sauviat, Emmanuel Beaurepaire, Marie-Claire Schanne-Klein

article

Cytometry Part A, 2006, 69A (1), pp.20-26. ⟨10.1002/cyto.a.20196⟩

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titre

Imaging lipid bodies in cells and tissues using third-harmonic generation microscopy.

auteur

Delphine Débarre, Willy Supatto, Ana-Maria Pena, Aurelie J Fabre, Thierry Tordjmann, Laurent Combettes, Marie-Claire Schanne-Klein, Emmanuel Beaurepaire

article

Nature Methods, 2006, 3 (1), pp.47-53. ⟨10.1038/nmeth813⟩

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titre

Nouvelle approche des fibroses par microscopie multiphotonique avec génération de second harmonique [New approach of fibrosis by multiphoton microscopy with second harmonic generation]

auteur

Monica Hernest, Ana-Maria Pena, Mathias Strupler, Emmanuel Beaurepaire, Jean-Louis Martin, Marie-Claire Schanne-Klein, Pierre-Louis Tharaux

article

Médecine/Sciences, 2006, 22 (10), pp.820-821. ⟨10.1051/medsci/20062210820⟩

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titre

Microscopies multiharmoniques pour l'imagerie structurale de tissus intacts [Second- and third-harmonic generation microscopies for the structural imaging of intact tissues]

auteur

Delphine Débarre, Ana-Maria Pena, Willy Supatto, Thierry Boulesteix, Mathias Strupler, Jean-Louis Martin, Martin-Pierre Sauviat, Marie-Claire Schanne-Klein, Emmanuel Beaurepaire

article

Médecine/Sciences, 2006, 22 (10), pp.845. ⟨10.1051/medsci/20062210845⟩

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titre

Emission properties and applications of nanostructured luminescent oxide nanoparticles

auteur

D. Giaume, V. Buissette, K. Lahlil, T. Gacoin, J.-P. Boilot, Didier Casanova, Emmanuel Beaurepaire, Martin-Pierre Sauviat, Antigoni Alexandrou

article

Progress in Solid State Chemistry, 2006, 33 (2-4), pp.99. ⟨10.1016/j.progsolidstchem.2005.11.041⟩

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titre

Optical in situ size determination of single lanthanide-ion doped oxide nanoparticles

auteur

Didier Casanova, Domitile Giaume, Emmanuel Beaurepaire, Thierry Gacoin, Jean-Pierre Boilot, Antigoni Alexandrou

article

Applied Physics Letters, 2006, 89 (25), pp.253103. ⟨10.1063/1.2405871⟩

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titre

Chiroptical effects in the second harmonic generation from collagens I and IV: applications in nonlinear microscopy

auteur

Ana-Maria Pena, Thierry Boulesteix, Thibault Dartigalongue, Mathias Strupler, Emmanuel Beaurepaire, Marie-Claire Schanne-Klein

article

Nonlinear optics, quantum optics , 2006, 35 (1-3), pp.235-240

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2005

Journal articles

titre

Structure sensitivity in third-harmonic generation microscopy

auteur

Delphine Débarre, Willy Supatto, Emmanuel Beaurepaire

article

Optics Letters, 2005, 30, pp.2134-2136. ⟨10.1364/OL.30.002134⟩

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titre

In vivo modulation of morphogenetic movements in Drosophila embryos with femtosecond laser pulses

auteur

Willy Supatto, Delphine Débarre, Bruno B. Moulia, Eric Brouzés, Jean-Louis Martin, Emmanuel Farge, Emmanuel Beaurepaire

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2005, 102 (4), pp.1047. ⟨10.1073/pnas.0405316102⟩

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2004

Journal articles

titre

Velocimetric third-harmonic generation microscopy: micrometer-scale quantification of morphogenetic movements in unstained embryos

auteur

Delphine Débarre, Willy Supatto, Emmanuel Farge, Bruno B. Moulia, Marie-Claire Schanne-Klein, Emmanuel Beaurepaire

article

Optics Letters, 2004, 29, pp.2881-2883. ⟨10.1364/OL.29.002881⟩

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titre

Second-harmonic microscopy of unstained living cardiac myocytes: measurements of sarcomere length with 20-nm accuracy.

auteur

Thierry Boulesteix, Emmanuel Beaurepaire, Martin-Pierre Sauviat, Marie-Claire Schanne-Klein

article

Optics Letters, 2004, 29 (17), pp.2031-3. ⟨10.1364/OL.29.002031⟩

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titre

Functionalized fluorescent oxide nanoparticles: Artificial toxins for sodium channel targeting and imaging at the single-molecule level

auteur

Emmanuel Beaurepaire, Valérie Buissette, Martin-Pierre Sauviat, Domitile Giaume, Khalid Lahlil, Antoine Mercuri, Didier Casanova, Arnaud Huignard, Jean-Louis Martin, Thierry Gacoin, Jean-Pierre Boilot, Antigoni Alexandrou

article

Nano Letters, 2004, 4 (11), pp.2079-2083. ⟨10.1021/nl049105g⟩

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2002

Journal articles

titre

Epifluorescence collection in two-photon microscopy.

auteur

Emmanuel Beaurepaire, Jérôme Mertz

article

Applied optics, 2002, 41 (25), pp.5376-82. ⟨10.1364/AO.41.005376⟩

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titre

High-resolution full-field optical coherence tomography with a Linnik microscope

auteur

Arnaud Dubois, Laurent Vabre, Claude Boccara, Emmanuel Beaurepaire

article

Applied optics, 2002, 41, pp.805

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2001

Journal articles

titre

Erratum to ‘Two-photon microscopy in brain tissue: parameters influencing the imaging depth’

auteur

Martin Oheim, Emmanuel Beaurepaire, Emmanuelle Chaigneau, Jerome Mertz, Serge Charpak

article

Journal of Neuroscience Methods, 2001, 112 (2), pp.205. ⟨10.1016/S0165-0270(01)00495-2⟩

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titre

Two-photon microscopy in brain tissue: parameters influencing the imaging depth

auteur

Martin Oheim, Emmanuel Beaurepaire, Emmanuelle Chaigneau, Jerome Mertz, Serge Charpak

article

Journal of Neuroscience Methods, 2001, 111 (1), pp.29-37. ⟨10.1016/S0165-0270(01)00438-1⟩

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titre

Ultra-deep two-photon fluorescence excitation in turbid media

auteur

Emmanuel Beaurepaire, Martin Oheim, Jerome Mertz

article

Optics Communications, 2001, 188 (1-4), pp.25-29. ⟨10.1016/S0030-4018(00)01156-1⟩

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titre

Odor-evoked calcium signals in dendrites of rat mitral cells

auteur

Serge Charpak, Jerome Mertz, Emmanuel Beaurepaire, Laurent Moreaux, Kerry Delaney

article

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2001, 98 (3), pp.1230-1234. ⟨10.1073/pnas.98.3.1230⟩

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Book sections

titre

Applications biologiques de la microscopie nonlinéaire

auteur

Jérôme Mertz, Laurent Moreaux, Emmanuel Beaurepaire, Serge Charpak

article

Salin, François and Laporte, Pierre. Systèmes femtosecondes, 1, PUSE-MRCT-CNRS, pp.311-318, 2001, Intégrations [des savoirs et savoir-faire], 2-86272-210-3

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1999

Journal articles

titre

Combined scanning optical coherence and two-photon-excited fluorescence microscopy

auteur

Emmanuel Beaurepaire, Laurent Moreaux, François Amblard, Jerome Mertz

article

Optics Letters, 1999, 24 (14), pp.969. ⟨10.1364/OL.24.000969⟩

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1998

Journal articles

titre

Full-field optical coherence microscopy

auteur

Emmanuel Beaurepaire, Albert-Claude Boccara, Martial Lebec, Loïc Blanchot, Hervé Saint-Jalmes

article

Optics Letters, 1998, 23 (4), pp.244. ⟨10.1364/OL.23.000244⟩

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1994

Journal articles

titre

La sociologie cellulaire : modéliser et simuler une "société" cellulaire pour étudier le vivant

auteur

Raphael Marcelpoil, Emmanuel Beaurepaire, Sylvie Pesty

article

Intellectica - La revue de l’Association pour la Recherche sur les sciences de la Cognition (ARCo), 1994, 19 (2), pp.53-72. ⟨10.3406/intel.1994.1461⟩

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