Publications HAL de Isabelle,Navizet

2023

Journal articles

auteur
Javier Cerezo, Cristina García-Iriepa, Fabrizio Santoro, Isabelle Navizet, Giacomo Prampolini
titre
Unraveling the contributions to the spectral shape of flexible dyes in solution: insights on the absorption spectrum of an oxyluciferin analogue
article
Physical Chemistry Chemical Physics, 2023, 25 (6), pp.5007-5020. ⟨10.1039/d2cp05701h⟩
DOI
DOI : 10.1039/d2cp05701h
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Conference papers

auteur
Houda Moumene, Etienne Mangaud, Isabelle Navizet
titre
QM/MM calculations and spectra modelling of the Nanoluc-Furimamide bioluminescent system
article
20th Congress of the European Society for Photobiology, Aug 2023, Lyon, France
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auteur
Isabelle Navizet
titre
Modelling absorption and emission spectra of chemi- and biol-luminescent systems: challenges and perspectives
article
20th Congress of the European Society for Photobiology, Aug 2023, Lyon, France
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auteur
Houda Moumene, Etienne Mangaud, Isabelle Navizet
titre
Force field for Modelling Absorption Spectra of the bioluminescent System Nanoluc-Furimamide
article
F-CECAM Discussion Meeting force fields to study spectroscopic propertie, Apr 2023, Marne la Vallée (Ile de France), France
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Book sections

auteur
Isabelle Navizet
titre
Chemi- and bioluminescence : Bioluminescence
article
García Iriepa Cristina; Marco Marazzi. Theoretical and Computational Photochemistry, Elsevier, 2023, 9780323917384
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2022

Journal articles

auteur
Marieh Al-Handawi, Srujana Polavaram, Anastasiya Kurlevskaya, Patrick Commins, Stefan Schramm, César Carrasco-López, Nathan Lui, Kyril Solntsev, Sergey Laptenok, Isabelle Navizet, Panče Naumov
titre
Spectrochemistry of Firefly Bioluminescence
article
Chemical Reviews, 2022, 122 (16), pp.13207-13234. ⟨10.1021/acs.chemrev.1c01047⟩
DOI
DOI : 10.1021/acs.chemrev.1c01047
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auteur
Juan Sanz Garcia, Marie Gaschard, Isabelle Navizet, Mehdi Sahihi, Siden Top, Yong Wang, Pascal Pigeon, Anne Vessieres, Michèle Salmain, Gerard Jaouen
titre
Inhibition of cathepsin B by ferrocenyl indenes highlights a new pharmacological facet of ferrocifens
article
European Journal of Inorganic Chemistry, 2022, 2022 (9), pp.e202101075. ⟨10.1002/ejic.202101075⟩
DOI
DOI : 10.1002/ejic.202101075
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https://hal.science/hal-03527077/file/catB-10_jan.pdf BibTex

Conference papers

auteur
Isabelle Navizet, Romain Berraud-Pache, Cristina Garcia-Iriepa, Madjid Zemmouche
titre
Modelling absorption and emission spectra for bioluminescence
article
Photo-IUPAC, Jul 2022, Amsterdam, Netherlands
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auteur
Matthieu Caruel, Fabrice Detrez, Isabelle Navizet, Robin Manevy
titre
Umbrella Sampling for the estimation of the free energy barrier of Pi release in Myosin
article
ESB2022 Congress, Jun 2022, Porto, Portugal
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auteur
Isabelle Navizet
titre
Modelling absorption and emission spectra of chemi- and biol-luminescent systems: challenges and perspectives
article
21st ISBC & XIX ISLS, May 2022, Gijon (SPAIN), Spain
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2021

Journal articles

auteur
Mehdi Sahihi, Fatma Gaci, Isabelle Navizet
titre
Identification of new alpha-synuclein fibrillogenesis inhibitor using in silico structure-based virtual screening
article
Journal of Molecular Graphics and Modelling, 2021, 108, pp.108010. ⟨10.1016/j.jmgm.2021.108010⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.jmgm.2021.108010
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https://hal.science/hal-03705000/file/Manuscript-Sahihi-JMGM-pourHal.pdf BibTex
auteur
Ana Borrego-Sánchez, Madjid Zemmouche, Javier Carmona-García, Antonio Francés-Monerris, Pep Mulet, Isabelle Navizet, Daniel Roca-Sanjuán
titre
Multiconfigurational Quantum Chemistry Determinations of Absorption Cross Sections (σ) in the Gas Phase and Molar Extinction Coefficients (ε) in Aqueous Solution and Air–Water Interface
article
Journal of Chemical Theory and Computation, 2021, 17 (6), pp.3571-3582. ⟨10.1021/acs.jctc.0c01083⟩
DOI
DOI : 10.1021/acs.jctc.0c01083
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auteur
Maria‐andrea Mroginski, Suliman Adam, Gil Amoyal, Avishai Barnoy, Ana‐nicoleta Bondar, Veniamin Borin, Jonathan Church, Tatiana Domratcheva, Bernd Ensing, Francesca Fanelli, Nicolas Ferré, Ofer Filiba, Laura Pedraza‐gonzález, Ronald González, Cristina González‐espinoza, Rajiv Kar, Lukas Kemmler, Seung Soo Kim, Jacob Kongsted, Anna Krylov, Yigal Lahav, Michalis Lazaratos, Qays Nassereddin, Isabelle Navizet, Alexander Nemukhin, Massimo Olivucci, Jógvan Magnus Haugaard Olsen, Alberto Pérez de Alba Ortíz, Elisa Pieri, Aditya Rao, Young Min Rhee, Niccolò Ricardi, Saumik Sen, Ilia Solov'Yov, Luca de Vico, Tomasz Wesolowski, Christian Wiebeler, Xuchun Yang, Igor Schapiro
titre
Frontiers in Multiscale Modeling of Photoreceptor Proteins
article
Photochemistry and Photobiology, 2021, 97 (2), pp.243-269. ⟨10.1111/php.13372⟩
DOI
DOI : 10.1111/php.13372
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https://hal.science/hal-03163976/file/nihms-1810309.pdf BibTex

Conference papers

auteur
Cristina García-Iriepa, Romain Berraud-Pache, Madjid Zemmouche, Isabelle Navizet
titre
Modelling absorption and emission spectra taking into account the dynamic environment: example of firefly bioluminescent systems
article
SPEP’21, Nov 2021, Rennes, France
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auteur
Isabelle Navizet
titre
QM/MM studies of bioluminescent systems
article
Online European Conference on Computational and Theoretical, Nov 2021, online, France
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auteur
Isabelle Navizet, Romain Berraud-Pache, Cristina Garcia-Iriepa, Madjid Zemmouche
titre
Light emitted by bioluminescence: A theoretical investigation
article
Day of Light and Matter, Nov 2021, Orsay, France
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auteur
Isabelle Navizet, Romain Berraud-Pache, Cristina García-Iriepa, Madjid Zemmouche
titre
Modelling absorption and emission spectra taking into account the dynamic environment: example of firefly bioluminescent systems
article
Quantum Dynamics and Spectroscopy of Functional Molecular Materials and Biological Photosystems, May 2021, Les Houches, online, France
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auteur
Robin Manevy, M Caruel, Fabrice Detrez, Isabelle Navizet
titre
Étude mécanique d'une protéine du muscle
article
Journée thématique Biomécanque et Biomatériaux, Apr 2021, Paris, France
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auteur
Isabelle Navizet, Romain Berraud-Pache, Cristina García-Iriepa, Madjid Zemmouche
titre
Modelling absorption and emission spectra to better understand firefly bioluminescence system
article
French Swiss Photochemistry Symposium P-FSPS2021, Jan 2021, Grenoble, online, France
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Book sections

auteur
Isabelle Navizet
titre
QM/MM Study of Bioluminescent Systems
article
QM/MM Studies of Light-responsive Biological Systems, 31, Springer International Publishing, pp.227-270, 2021, Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics, ⟨10.1007/978-3-030-57721-6_5⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-030-57721-6_5
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2020

Journal articles

auteur
Cristina Garcia-Iriepa, Marco Marazzi, Isabelle Navizet
titre
The role of CO 2 detachment in fungal bioluminescence: thermally vs. excited state induced pathways
article
Physical Chemistry Chemical Physics, 2020, 22 (46), pp.26787-26795. ⟨10.1039/d0cp05037g⟩
DOI
DOI : 10.1039/d0cp05037g
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auteur
Gerard G. Lambert, Hadrien Depernet, Guillaume Gotthard, Darrin T. Schultz, Isabelle Navizet, Talley Lambert, Stephen R. Adams, Albertina Torreblanca-Zanca, Meihua Chu, Daphne S. Bindels, Vincent Levesque, Jennifer Nero Moffat, Anya Salih, Antoine Royant, Nathan C. Shaner
titre
Aequorea's secrets revealed: New fluorescent proteins with unique properties for bioimaging and biosensing
article
PLoS Biology, 2020, 18 (11), pp.e3000936. ⟨10.1371/journal.pbio.3000936⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pbio.3000936
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https://hal.science/hal-03015356/file/journal.pbio.3000936.pdf BibTex
auteur
Cristina García-Iriepa, Raúl Losantos, Diana Fernández-Martínez, Diego Sampedro, Isabelle Navizet
titre
Fungal Light Emitter: Understanding Its Chemical Nature and pH-Dependent Emission in Water Solution
article
Journal of Organic Chemistry, 2020, 85 (8), pp.5503-5510. ⟨10.1021/acs.joc.0c00246⟩
DOI
DOI : 10.1021/acs.joc.0c00246
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auteur
Mehdi Sahihi, Juan Sanz Garcia, Isabelle Navizet
titre
Bioluminescent Nanoluciferase–Furimamide Complex: A Theoretical Study on Different Protonation States
article
Journal of Physical Chemistry B, 2020, 124 (13), pp.2539-2548. ⟨10.1021/acs.jpcb.9b11597⟩
DOI
DOI : 10.1021/acs.jpcb.9b11597
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https://hal.science/hal-02945203/file/Manuscript_sahihi_revised_JPCB.pdf BibTex
auteur
Madjid Zemmouche, Cristina Garcia-Iriepa, Isabelle Navizet
titre
Light emission colour modulation study of oxyluciferin synthetic analogues via QM and QM/MM approaches
article
Physical Chemistry Chemical Physics, 2020, 22 (1), pp.82-91. ⟨10.1039/C9CP04687A⟩
DOI
DOI : 10.1039/C9CP04687A
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Conference papers

auteur
Juan Sanz García, Mehdi Sahihi, Isabelle Navizet
titre
Unravelling the luminescent pathways of the Nanoluciferase-furimamide Complex
article
JTMS (virtuel), https://jtms2020.sciencesconf.org, Nov 2020, Online, France
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auteur
Isabelle Navizet, Romain Berraud-Pache, Cristina Garcia-Iriepa, Madjid Zemmouche
titre
Modelling absorption and emission spectra to better understand firefly bioluminescence system
article
Modelling Photoinduced Processes in Molecular Systems, Feb 2020, London, France
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auteur
Juan Sanz García, Isabelle Navizet
titre
Bringing to light the spectroscopic properties of new synthetic luciferase-based emitters
article
French Swiss Photochemistry Symposium, Jan 2020, Grenoble ( Online ), France
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2019

Journal articles

auteur
Nuno Manuel de Almeida Barbosa, Madjid Zemmouche, Pauline Gosset, Cristina García‐iriepa, Vincent Ledentu, Isabelle Navizet, Pascal Didier, Nicolas Ferré
titre
pH‐Dependent Absorption Spectrum of Oxyluciferin Analogues in the Presence of Adenosine Monophosphate
article
ChemPhotoChem, 2019, ⟨10.1002/cptc.201900150⟩
DOI
DOI : 10.1002/cptc.201900150
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https://amu.hal.science/hal-02409332/file/OxyLH2_AMP_in_water.pdf BibTex
auteur
Cristina Garcia-Iriepa, Isabelle Navizet
titre
Effect of Protein Conformation and AMP Protonation State on Fireflies’ Bioluminescent Emission
article
Molecules, 2019, 24 (8), pp.1565. ⟨10.3390/molecules24081565⟩
DOI
DOI : 10.3390/molecules24081565
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auteur
Aurélien de la Lande, Aurelio Alvarez-Ibarra, Karim Hasnaoui, Fabien Cailliez, Xiaojing Wu, Tzonka Mineva, Jérôme Cuny, Patrizia Calaminici, Luis López-Sosa, Gerald Geudtner, Isabelle Navizet, Cristina Garcia-Iriepa, Dennis R. Salahub, Andreas M Köster
titre
Molecular Simulations with in-deMon2k QM/MM, a Tutorial-Review
article
Molecules, 2019, 24 (9), pp.1653. ⟨10.3390/molecules24091653⟩
DOI
DOI : 10.3390/molecules24091653
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https://hal.science/hal-02129887/file/molecules-24-01653-v4.pdf BibTex
auteur
Cristina Garcia-Iriepa, Madjid Zemmouche, Miguel Ponce-Vargas, Isabelle Navizet
titre
The role of solvation models on the computed absorption and emission spectra: the case of fireflies oxyluciferin
article
Physical Chemistry Chemical Physics, 2019, 21 (8), pp.4613-4623. ⟨10.1039/C8CP07352J⟩
DOI
DOI : 10.1039/C8CP07352J
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Conference papers

auteur
Isabelle Navizet, Cristina Garcia-Iriepa, Romain Berraud-Pache, Madjid Zemmouche
titre
Theoretical insights to understand when Bioluminescence and Fluorescence spectra should be alike or not
article
Journées 2019 de la Société Française de Photobiologie, Nov 2019, Paris, France
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auteur
Madjid Zemmouche, Cristina Garcia-Iriepa, Isabelle Navizet
titre
Fluorescence emission of the oxyluciferin and some of its analogues by QM and QM/MM methods
article
Journées 2019 de la Société Française de Photobiologie, Nov 2019, Paris, France
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auteur
Mehdi Sahihi, Isabelle Navizet
titre
Computational Investigation on Bioluminescence of NanoLuc-Furimamide Complex: Effect of Protonation
article
Journées 2019 de la Société Française de Photobiologie,, Nov 2019, Paris, France
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BibTex
auteur
Madjid Zemmouche, Cristina Garcia-Iriepa, Romain Berraud-Pache, Isabelle Navizet
titre
The use of classical Molecular Dynamic to improve Absorption and Fluorescence spectra.
article
Journées GDR TheMS2019, Nov 2019, Orsay, France
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auteur
Isabelle Navizet
titre
Multiscale modelling of the light emitter system in firefly bioluminescence
article
Frontiers in Multiscale Modelling of Photoreceptor Proteins, Igor Schapiro; Maria-Andrea Mroginski, Nov 2019, Tel Aviv, Israel
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BibTex
auteur
Isabelle Navizet, Cristina Garcia-Iriepa, Madjid Zemmouche, Romain Berraud-Pache
titre
Theoretical studies of bioluminescence of fireflies : how to predict the color?
article
17th International Congress of Photobiology / 18th Congress of the European Society for Photobiology, Santi Nonell; John Spudich, Aug 2019, Barcelona, Spain
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BibTex
auteur
Madjid Zemmouche, Cristina Garcia-Iriepa, Isabelle Navizet
titre
QM/MM study of the fluorescence emission of the oxyluciferin and some of its analogues
article
JTMS Journées "Théorie, Modélisation et Simulations", Jun 2019, Paris, France
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BibTex
auteur
Isabelle Navizet, Romain Berraud-Pache, Cristina Garcia-Iriepa, Madjid Zemmouche
titre
Importance of the modelling of the surrounding environment: example of absorption and emission spectra of oxyluciferin analogues.
article
7th Chinese-French Workshop in Theoretical Chemistry (CFWTC2019), May 2019, Toulouse, France
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auteur
Isabelle Navizet
titre
Spectroscopie de chromophores issus de la bioluminescence dans un solvant ou une protéine
article
10 ans du laboratoire MSME, May 2019, Noisy-Champs, France
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auteur
Isabelle Navizet
titre
Theoretical studies of fireflies bioluminescence
article
60 ans du laboratoire de biochimie théorique, IBPC, Chantal Prevost; Fabio Sterpone; Guillaume Stirnemann, Apr 2019, Paris, France
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Book sections

auteur
Cristina Garcia-Iriepa, Isabelle Navizet, Romain Berraud-Pache
titre
Theoretical Studies of Chemiluminescence
article
Luis Pinto da Silva. A Comprehensive Guide to Chemiluminescence, Nova Sciences Publisher, 2019, A Comprehensive Guide to Chemiluminescence, 978-1-53616-170-0
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2018

Journal articles

auteur
César Carrasco-López, Juliana Ferreira, Nathan Lui, Stefan Schramm, Romain Berraud-Pache, Isabelle Navizet, Santosh Panjikar, Panče Naumov, Wael Rabeh
titre
Beetle luciferases with naturally red- and blue-shifted emission
article
Life Science Alliance, 2018, 1 (4), pp.e201800072
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auteur
Cloé Azarias, Miguel-Armando Ponce-Vargas, Isabelle Navizet, Paul Fleurat-Lessard, Anthony Romieu, Boris Le Guennic, Jean-Alexandre Richard, Denis Jacquemin
titre
Rationalisation of the Optical Signatures of nor-Dihydroxanthene-Hemicyanine Fused Near-Infrared Fluorophores By First Principle Tools
article
Physical Chemistry Chemical Physics, 2018, 20 (17), pp.12120-12128. ⟨10.1039/C8CP01587B⟩
DOI
DOI : 10.1039/C8CP01587B
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auteur
Romain Berraud-Pache, Cristina Garcia-Iriepa, Isabelle Navizet
titre
Modeling Chemical Reactions by QM/MM Calculations: The Case of the Tautomerization in Fireflies Bioluminescent Systems
article
Frontiers in Chemistry, 2018, 6, ⟨10.3389/fchem.2018.00116⟩
DOI
DOI : 10.3389/fchem.2018.00116
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auteur
Romain Berraud-Pache, Roland Lindh, Isabelle Navizet
titre
QM/MM Study of the Formation of the Dioxetanone Ring in Fireflies Through a Superoxide Ion
article
Journal of Physical Chemistry B, 2018, ⟨10.1021/acs.jpcb.8b00642⟩
DOI
DOI : 10.1021/acs.jpcb.8b00642
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auteur
Cristina Garcia-Iriepa, Pauline Gosset, Romain Berraud-Pache, Madjid Zemmouche, Gregory Taupier, Kokou Dodzi Dorkenoo, Pascal Didier, Jérémie Léonard, Nicolas Ferré, Isabelle Navizet
titre
Simulation and Analysis of the Spectroscopic Properties of Oxyluciferin and Its Analogues in Water
article
Journal of Chemical Theory and Computation, 2018, 14 (4), pp.2117 - 2126. ⟨10.1021/acs.jctc.7b01240⟩
DOI
DOI : 10.1021/acs.jctc.7b01240
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https://hal.science/hal-01769577/file/Manuscript_submitted.pdf BibTex
auteur
Morgane Vacher, Ignacio Fdez. Galván, Bo-Wen Ding, Stefan Schramm, Romain Berraud-Pache, Panče Naumov, Nicolas Ferré, Ya-Jun Liu, Isabelle Navizet, Daniel Roca-Sanjuán, Wilhelm Baader, Roland Lindh
titre
Chemi- and Bioluminescence of Cyclic Peroxides
article
Chemical Reviews, 2018, ⟨10.1021/acs.chemrev.7b00649⟩
DOI
DOI : 10.1021/acs.chemrev.7b00649
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Conference papers

auteur
Cristina Garcia-Iriepa, Madjid Zemmouche, Isabelle Navizet
titre
Analyzing the influence of the surrounding in the emission of fireflies' oxyluciferin chemical forms
article
Ab-initio modelling of molecular processes under confinement (MOLIM), Dec 2018, Madrid, Spain
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BibTex
auteur
Isabelle Navizet
titre
Fireflies (beetle) bioluminescence: better understanding thanks to theoretical tools.
article
SCF national symposium thematic chemistry and life., Jul 2018, Montpellier, France
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BibTex
auteur
Isabelle Navizet, Romain Berraud-Pache, Cristina Garcia-Iriepa
titre
Is the tautomerization of firefly oxyluciferin feasible at the excited state inside the protein?
article
Photoinduced Processes in Embedded Systems, Jun 2018, Pisa, Italy
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BibTex
auteur
Cristina Garcia-Iriepa, Isabelle Navizet
titre
Revealing Spectroscopic Features of Firefly Oxyluciferin and its Analogues by QM/MM methods
article
20th International Symposium on Bioluminescence & Chemiluminescence (ISBC 2018), May 2018, Nantes, France
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BibTex
auteur
Isabelle Navizet, Romain Berraud-Pache, Cristina Garcia-Iriepa, Madjid Zemmouche
titre
How theoretical simulations can help to a better understanding of firefly bioluminescence ?
article
20th International Symposium on Bioluminescence & Chemiluminescence, May 2018, Nantes, France
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2017

Journal articles

auteur
Stefan Schramm, Isabelle Navizet, Durga Prasad Karothu, Pascal Oesau, Veronika Bensmann, Dieter Weiss, Rainer Beckert, Panče Naumov
titre
Mechanistic investigations of the 2-coumaranone chemiluminescence
article
Physical Chemistry Chemical Physics, 2017, 19 (34), pp.22852 - 22859. ⟨10.1039/C7CP03425C⟩
DOI
DOI : 10.1039/C7CP03425C
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Conference papers

auteur
Isabelle Navizet
titre
QM/MM with Molcas/Tinker
article
The 8th MOLCAS users' Workshop, Nov 2017, Uppsala, Sweden
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BibTex
auteur
Isabelle Navizet, Romain Berraud-Pache, Cristina Garcia-Iriepa
titre
Blue-Green-Red bioluminescence: theoretical insights, Japanese Symposium of Bioluminescence and Chemiluminescence
article
Japanese Symposium of Bioluminescence and Chemiluminescence , Oct 2017, Tokyo, Japan
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auteur
Isabelle Navizet, Romain Berraud-Pache, Cristina Garcia-Iriepa
titre
Role of the environment in bioluminescence emission: QM/MM study
article
11th Triennial Congress of the World Association of Theoretical and Computational Chemistry WATOC 2017, Aug 2017, München, Germany
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2016

Journal articles

auteur
Stefan Schramm, Isabelle Navizet, Panče Naumov, Naba K. Nath, Romain Berraud-Pache, Pascal Oesau, Dieter Weiss, Rainer Beckert
titre
The Light Emitter of the 2-Coumar­anone Chemiluminescence: Theoretical and Experimental Elucidation of a Possible Model for Bioluminescent Systems
article
European Journal of Inorganic Chemistry, 2016, 2016 (4), pp.678-681. ⟨10.1002/ejoc.201501515⟩
DOI
DOI : 10.1002/ejoc.201501515
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BibTex
auteur
Romain Berraud-Pache, Isabelle Navizet
titre
QM/MM calculations on a newly synthesised oxyluciferin substrate: new insights into the conformational effect
article
Physical Chemistry Chemical Physics, 2016, 18, ⟨10.1039/c6cp02585d⟩
DOI
DOI : 10.1039/c6cp02585d
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Conference papers

auteur
Romain Berraud-Pache, Isabelle Navizet
titre
Theoretical study of excited state in a bioluminescent reaction
article
Excited States in Complex Systems ESCS 2016 , Nov 2016, Paris, France
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auteur
Romain Berraud-Pache, Isabelle Navizet
titre
Theoretical study of a red-emitter of firefly oxyluciferin
article
Chemical Physics Conference (CPC2016), Oct 2016, Nancy, France
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auteur
Romain Berraud-Pache, Isabelle Navizet
titre
Calcul QM/MM sur un nouvel émetteur de la luciférine
article
Rencontre de Chimistes Théoriciens Francophones , Jun 2016, Lyon, France
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BibTex
auteur
Isabelle Navizet
titre
QM/MM study of firefly bioluminescence
article
The 8th Molecular Quantum Mechanics, Roland Lindh, Jun 2016, Uppsala, Sweden
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BibTex
auteur
Stefan Schramm, Isabelle Navizet, Pascal Oesau, Dieter Weiss, Rainer Beckert
titre
A New Class of Strongly Chemiluminescent Models for Dioxetanone-Mediated Bioluminescence
article
International Society for Bioluminescence and Chemiluminescence, May 2016, Tsukuba, Japan
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2015

Journal articles

auteur
S. Schramm, Luiz Francisco Monteiro Leite Ciscato, Pascal Oeseau, Reimar Krieg, Jan Frank Richter, Isabelle Navizet, D. Roca-Sanjuan, D. Weiss, Rainer Beckert
titre
Investigations on the synthesis and chemiluminescenceof novel 2-coumaranones - II
article
ARKIVOC - Online Journal of Organic Chemistry, 2015, 2015 (5), pp.44-59. ⟨10.3998/ark.5550190.p009.044⟩
DOI
DOI : 10.3998/ark.5550190.p009.044
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BibTex

Conference papers

auteur
Isabelle Navizet, Romain Berraud-Pache
titre
QM/MM calculations of light emission in firefly
article
International Workshop on Bioluminescence, Sep 2015, Beijing, China
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BibTex
auteur
Isabelle Navizet
titre
DFT/MM approach
article
CECAM DeMon Tutorial School, May 2015, Orsay, France
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2014

Journal articles

auteur
Shufeng Chen, Isabelle Navizet, Roland Lindh, Yajun Liu, Nicolas Ferré
titre
Bioluminescence of Obelin: identification of the light emitters using QM/MM models
article
Luminescence, 2014, 29, pp.19--19
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BibTex
auteur
C. F. Zipp, J. P. Michael, M. A. Fernandes, S. Mathura, C. B. Perry, Isabelle Navizet, P. P. Govender, H. M. Marques
titre
The synthesis of a corrole analogue of aquacobalamin (vitamin B12a) and its ligand substitution reactions.
article
Inorganic Chemistry, 2014, 53 (9), pp.4418-29. ⟨10.1021/ic5000793⟩
DOI
DOI : 10.1021/ic5000793
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auteur
S.-F. Chen, Isabelle Navizet, R. Lindh, Y.-J. Liu, N. Ferré
titre
Hybride QM/MM Simulations of the Obelin Bioluminescence and Fluorescence Reveal an Unexpected Light Emitter
article
Journal of Physical Chemistry B, 2014, 118 (11), pp.2896-2903. ⟨10.1021/jp412198w⟩
DOI
DOI : 10.1021/jp412198w
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auteur
Nicolas Ferré, Miquel Huix-Rotllant, Michael Filatov, Samer Gozem, Igor Schapiro, Massimo Olivucci, Shufeng Chen, Isabelle Navizet, Roland Lindh, Yajun Liu
titre
Approximate density functional theory for complex photoreactions in biological systems
article
Abstracts of Papers of the American Chemical Society, 2014, 247
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auteur
I. Fdez Galvan, H.-Y. Xiao, Isabelle Navizet, Y.-J. Liu, R. Lindh
titre
S0 -> S3 transition in recombination products of photodissociated dihalomethanes
article
Molecular Physics, 2014, 112 (5-6), pp.575-582. ⟨10.1080/00268976.2013.832429⟩
DOI
DOI : 10.1080/00268976.2013.832429
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Conference papers

auteur
Isabelle Navizet
titre
Systèmes bioluminescents: ce qu’apportent les études théoriques
article
Journées Modélisation Paris, Sep 2014, Paris, France
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auteur
Isabelle Navizet
titre
DFT study of chemiluminescence and fluorescence of coumaranone derivatives
article
International Symposium on Bioluminescence and Chemiluminescence, Jun 2014, Uppsala, Sweden
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auteur
Isabelle Navizet
titre
CASPT2 QM/MM calculations on bioluminescent systems
article
CFCAM "discussion meeting: Excited states from small molecules to more complex systems", Apr 2014, Marne-la-Vallée, France
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2013

Journal articles

auteur
S. Mathura, D. Sannasy, A. S. de Soussa, C. B. Perry, Isabelle Navizet, H. M. Marques
titre
The preparation of N-acetyl-Co(III)-microperoxidase-8 (NAcCoMP8) and its ligand substitution reactions: A comparison with aquacobalamin (vitamin B12a).
article
Journal of Inorganic Biochemistry, 2013, 123 (1), pp.66-79. ⟨10.1016/j.jinorgbio.2013.03.001⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.jinorgbio.2013.03.001
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auteur
S. Schramm, D. Weiss, Isabelle Navizet, D. Roca-Sanjuan, H. Brandl, R. Beckert, H. Görls
titre
Investigations on the synthesis and chemiluminescence of novel 2-coumaranones
article
ARKIVOC - Online Journal of Organic Chemistry, 2013, iii (1), pp.174-188
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auteur
P. P. Govender, Isabelle Navizet, C. B. Perry, H. M. Marques
titre
DFT studies of trans and cis influences in the homolysis of the Co-C bond in models of the alkylcobalamins.
article
Journal of Physical Chemistry A, 2013, 117 (14), pp.3057-68. ⟨10.1021/jp311788t⟩
DOI
DOI : 10.1021/jp311788t
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auteur
Isabelle Navizet, D. Roca-Sanjuan, L. Yue, Y.-J. Liu, N. Ferré, R. Lindh
titre
Are the Bio- and Chemiluminescence States of the Firefly Oxyluciferin the Same as the Fluorescence State?
article
Photochemistry and Photobiology, 2013, 89 (2), pp.319-25. ⟨10.1111/php.12007⟩
DOI
DOI : 10.1111/php.12007
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Conference papers

auteur
Isabelle Navizet
titre
The light inside the fireflies: A QMMM study
article
4th Chinese-French Workshop in Theoretical Chemistry, Jun 2013, Nanjing, China
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2012

Journal articles

auteur
P. P. Govender, Isabelle Navizet, C. B. Perry, H. M. Marques
titre
The cis influence of the corrin in vitamin B12 models
article
Chemical Physics Letters, 2012, 550 (1), pp.150-155. ⟨10.1016/j.cplett.2012.08.061⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.cplett.2012.08.061
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auteur
Isabelle Navizet, C. B. Perry, P. P. Govender, H. M. Marques
titre
cis influence in models of cobalt corrins by DFT and TD-DFT studies.
article
Journal of Physical Chemistry B, 2012, 116 (30), pp.8836-45. ⟨10.1021/jp304007a⟩
DOI
DOI : 10.1021/jp304007a
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auteur
S.-F. Chen, Isabelle Navizet, D. Roca-Sanjuan, R. Lindh, N. Ferré, Y.-J. Liu
titre
Chemiluminescence of coelenterazine and fluorescence of coelenteramide: a systematic theoretical study
article
Journal of Chemical Theory and Computation, 2012, 8 (8), pp.2796−2807. ⟨10.1021/ct300356j⟩
DOI
DOI : 10.1021/ct300356j
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auteur
Daniel Roca-Sanjuán, Mickaël G. Delcey, Isabelle Navizet, Nicolas Ferré, Ya-Jun Liu, Roland Lindh
titre
WARNING: The light-emitting molecular structures responsible for the chemiluminescence and fluorescence phenomena are not necessarily the same!
article
Luminescence, 2012, 27 (2), pp.155--156
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Conference papers

auteur
Isabelle Navizet
titre
Light emission in firefly: a theoretical study
article
17th international symposium on bioluminescence and chemiluminescence (ISBC), May 2012, Guelph, Canada. pp.1
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auteur
Isabelle Navizet
titre
Mechanistic insights into chemiluminescent decomposition of firefly dioxetanone
article
17th international symposium on bioluminescence and chemiluminescence (ISBC), May 2012, Guelph, Canada. pp.1
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auteur
Isabelle Navizet
titre
Light emision in firefly: a QMMM study
article
CECAM New QM/MM opportunities for in silico macromolecular photochemistry Workshop, Mar 2012, Lyon, France. pp.1
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2011

Journal articles

auteur
Isabelle Navizet, Y.-J. Liu, N. Ferré, D. Roca-Sanjuan, R. Lindh
titre
The chemistry of bioluminescence: an analysis of chemical functionalities.
article
ChemPhysChem, 2011, 12 (17), pp.3064-76. ⟨10.1002/cphc.201100504⟩
DOI
DOI : 10.1002/cphc.201100504
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auteur
D. Roca-Sanjuan, M. G. Delcey, Isabelle Navizet, N. Ferré, Y.-J. Liu, R. Lindh
titre
Chemiluminescence and Fluorescence States of a Small Model for Coelenteramide and Cypridina Oxyluciferin: A CASSCF/CASPT2 Study
article
Journal of Chemical Theory and Computation, 2011, 7 (12), pp.4060-4069. ⟨10.1021/ct2004758⟩
DOI
DOI : 10.1021/ct2004758
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auteur
M. Marazzi, Isabelle Navizet, R. Lindh, L. M. Frutos
titre
Photostability Mechanisms in Human γB-Crystallin: Role of the Tyrosine Corner Unveiled by Quantum Mechanics and Hybrid Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Methodologies
article
Journal of Chemical Theory and Computation, 2011, 8 (4), pp.1351-1359. ⟨10.1021/ct300114w⟩
DOI
DOI : 10.1021/ct300114w
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auteur
S.-F. Chen, Y.-J. Liu, Isabelle Navizet, N. Ferre, W.-H. Fang, R. Lindh
titre
Systematic Theoretical Investigation on the Light Emitter of Firefly
article
Journal of Chemical Theory and Computation, 2011, 7 (3), pp.798--803. ⟨10.1021/ct200045q⟩
DOI
DOI : 10.1021/ct200045q
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Conference papers

auteur
Isabelle Navizet, Y.-J. Liu, S.-F. Chen, H.-Y. Xiao, N. Ferré, R. Lindh
titre
Modelling of firefly light emission system.
article
Workshop Modelling of biologically-inspired photoacitve systems, Mar 2011, Marseille, France. pp.1
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auteur
Isabelle Navizet, Y.-J. Liu, N. Ferré, R. Lindh
titre
Theoretical Approach for Investigating Color-Modulation in Bioluminescence
article
40th South African Chemical Institute National Convention SACI2011 and Federation of African Chemical Societies meeting, Jan 2011, Johannesburg, South Africa
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2010

Journal articles

auteur
Isabelle Navizet, N. Komiha, Roberto Linguerri, Gilberte Chambaud, P. Rosmus
titre
On the formation of S2O at low energies: An ab initio study
article
Chemical Physics Letters, 2010, 500 (4-6), pp.207-210. ⟨10.1016/j.cplett.2010.10.012⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.cplett.2010.10.012
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auteur
Isabelle Navizet, Y.-J. Liu, N. Ferré, H.-Y. Xiao, W.-H. Fang, R. Lindh
titre
Color-tuning mechanism of firefly investigated by multi-configurational perturbation method.
article
Journal of the American Chemical Society, 2010, 132 (2), pp.706-12. ⟨10.1021/ja908051h⟩
DOI
DOI : 10.1021/ja908051h
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Conference papers

auteur
Isabelle Navizet, Y.-J. Liu, N. Ferré, R. Lindh
titre
Color-Modulation of firefly luciferin-luciferase system investigated by theoretical approach
article
16th International Symposium on Bioluminescence and Chemiluminescence (ISBC), Apr 2010, Lyon, France. pp.1
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2008

Conference papers

auteur
Isabelle Navizet
titre
Etude par dynamique moléculaire et approaches QMMM d'une réaction de phosphorylation au sein de la tyrosine kinase d'E. Coli.
article
11ème Rencontre des Chimistes Théoriciens Francophones (XI RCTF), Dinard, France, June 30- July 4, 2008., Jun 2008, Dinard, France. pp.1
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auteur
Isabelle Navizet
titre
Dynamique moléculaire et calculs QMMM pour l'étude d'une tyrosine kinase,
article
Journée Modélisation de l'ENS-ENSCP, Paris, France, June, 16-17, 2008, (20 min)., Jun 2008, Paris, France. pp.1
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2007

Journal articles

auteur
E. Chasovskikh, E. B. Jochnowitz, E. Kim, J.P. Maier, Isabelle Navizet
titre
Electronic spectrum of the AlC(2) radical.
article
Journal of Physical Chemistry A, 2007, 111 (47), pp.11986-9. ⟨10.1021/jp075169e⟩
DOI
DOI : 10.1021/jp075169e
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2006

Journal articles

auteur
Isabelle Navizet, Gilberte Chambaud, P. Rosmus, N. Komiha
titre
The spin-orbit coupling in the bond formation region of the electronic ground states of O-3(+), S-3(+) and SO2+
article
Chemical Physics, 2006, 329 (1-3), pp.251--255. ⟨10.1016/j.chemphys.2006.06.008⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.chemphys.2006.06.008
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2005

Journal articles

auteur
Roberto Linguerri, Isabelle Navizet, P. Rosmus, S. Carter, J. P. Maier
titre
Vibrations in the B4 rhombic structure
article
Journal of Chemical Physics, 2005, 122 (3), pp.034301. ⟨10.1063/1.1828045⟩
DOI
DOI : 10.1063/1.1828045
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auteur
Roberto Linguerri, Isabelle Navizet, P. Rosmus, S. Carter, J.P. Maier
titre
Vibrations in the B4 rhombic structure.
article
Journal of Chemical Physics, 2005, 122 (3), pp.34301. ⟨10.1063/1.1828045⟩
DOI
DOI : 10.1063/1.1828045
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auteur
Isabelle Navizet, P. Rosmus
titre
The asymptotic region of the potential energy surfaces relevant for the O(P-3)+SO(X-3 Sigma(-)) reaction
article
Chemical Physics Letters, 2005, 411 (4-6), pp.457--462. ⟨10.1016/j.cplett.2005.06.054⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.cplett.2005.06.054
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2004

Journal articles

auteur
Isabelle Navizet, Fabien Cailliez, Richard Lavery
titre
Probing Protein Mechanics: Residue-Level Properties and Their Use in Defining Domains
article
Biophysical Journal, 2004, 87 (3), pp.1426-1435. ⟨10.1529/biophysj.104.042085⟩
DOI
DOI : 10.1529/biophysj.104.042085
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auteur
Isabelle Navizet, Richard Lavery, Robert L. Jernigan
titre
Myosin flexibility: Structural domains and collective vibrations
article
Proteins: Structure, Function, and Genetics, 2004, 54 (3), pp.384-393. ⟨10.1002/prot.10476⟩
DOI
DOI : 10.1002/prot.10476
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auteur
Isabelle Navizet, F. Cailliez, R. Lavery
titre
Probing protein mechanics: residue-level properties and their use in defining domains.
article
Biophysical Journal, 2004, 87, pp.1426-1435
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auteur
Isabelle Navizet, R. Lavery, Rl Jernigan
titre
Myosin flexibility: structural domains and collective vibrations.
article
Proteins - Structure, Function and Bioinformatics, 2004, 54, pp.384-393
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2002

Journal articles

auteur
P. Doruker, Isabelle Navizet, R. L. Jernigan, R. Hernandez
titre
Important fluctuation dynamics of large protein structures are preserved upon coarse-grained renormalization
article
International Journal of Quantum Chemistry, 2002, 90 (2), pp.822-837. ⟨10.1002/qua.955⟩
DOI
DOI : 10.1002/qua.955
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