Journal articles

auteur

Javier Cerezo, Cristina García-Iriepa, Fabrizio Santoro, Isabelle Navizet, Giacomo Prampolini

titre

Unraveling the contributions to the spectral shape of flexible dyes in solution: insights on the absorption spectrum of an oxyluciferin analogue

article

Physical Chemistry Chemical Physics, 2023, 25 (6), pp.5007-5020. ⟨10.1039/d2cp05701h⟩

DOI

DOI : 10.1039/d2cp05701h

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Journal articles

auteur

Marieh Al-Handawi, Srujana Polavaram, Anastasiya Kurlevskaya, Patrick Commins, Stefan Schramm, César Carrasco-López, Nathan Lui, Kyril Solntsev, Sergey Laptenok, Isabelle Navizet, Panče Naumov

titre

Spectrochemistry of Firefly Bioluminescence

article

Chemical Reviews, 2022, 122 (16), pp.13207-13234. ⟨10.1021/acs.chemrev.1c01047⟩

DOI

DOI : 10.1021/acs.chemrev.1c01047

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auteur

Juan Sanz Garcia, Marie Gaschard, Isabelle Navizet, Mehdi Sahihi, Siden Top, Yong Wang, Pascal Pigeon, Anne Vessieres, Michèle Salmain, Gerard Jaouen

titre

Inhibition of cathepsin B by ferrocenyl indenes highlights a new pharmacological facet of ferrocifens

article

European Journal of Inorganic Chemistry, 2022, 2022 (9), pp.e202101075. ⟨10.1002/ejic.202101075⟩

DOI

DOI : 10.1002/ejic.202101075

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Journal articles

auteur

Mehdi Sahihi, Fatma Gaci, Isabelle Navizet

titre

Identification of new alpha-synuclein fibrillogenesis inhibitor using in silico structure-based virtual screening

article

Journal of Molecular Graphics and Modelling, 2021, 108, pp.108010. ⟨10.1016/j.jmgm.2021.108010⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.jmgm.2021.108010

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auteur

Ana Borrego-Sánchez, Madjid Zemmouche, Javier Carmona-García, Antonio Francés-Monerris, Pep Mulet, Isabelle Navizet, Daniel Roca-Sanjuán

titre

Multiconfigurational Quantum Chemistry Determinations of Absorption Cross Sections (σ) in the Gas Phase and Molar Extinction Coefficients (ε) in Aqueous Solution and Air–Water Interface

article

Journal of Chemical Theory and Computation, 2021, 17 (6), pp.3571-3582. ⟨10.1021/acs.jctc.0c01083⟩

DOI

DOI : 10.1021/acs.jctc.0c01083

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auteur

Maria‐andrea Mroginski, Suliman Adam, Gil Amoyal, Avishai Barnoy, Ana‐nicoleta Bondar, Veniamin Borin, Jonathan Church, Tatiana Domratcheva, Bernd Ensing, Francesca Fanelli, Nicolas Ferré, Ofer Filiba, Laura Pedraza‐gonzález, Ronald González, Cristina González‐espinoza, Rajiv Kar, Lukas Kemmler, Seung Soo Kim, Jacob Kongsted, Anna Krylov, Yigal Lahav, Michalis Lazaratos, Qays Nassereddin, Isabelle Navizet, Alexander Nemukhin, Massimo Olivucci, Jógvan Magnus Haugaard Olsen, Alberto Pérez de Alba Ortíz, Elisa Pieri, Aditya Rao, Young Min Rhee, Niccolò Ricardi, Saumik Sen, Ilia Solov'Yov, Luca de Vico, Tomasz Wesolowski, Christian Wiebeler, Xuchun Yang, Igor Schapiro

titre

Frontiers in Multiscale Modeling of Photoreceptor Proteins

article

Photochemistry and Photobiology, 2021, 97 (2), pp.243-269. ⟨10.1111/php.13372⟩

DOI

DOI : 10.1111/php.13372

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Journal articles

auteur

Cristina Garcia-Iriepa, Marco Marazzi, Isabelle Navizet

titre

The role of CO 2 detachment in fungal bioluminescence: thermally vs. excited state induced pathways

article

Physical Chemistry Chemical Physics, 2020, 22 (46), pp.26787-26795. ⟨10.1039/d0cp05037g⟩

DOI

DOI : 10.1039/d0cp05037g

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auteur

Gerard G. Lambert, Hadrien Depernet, Guillaume Gotthard, Darrin T. Schultz, Isabelle Navizet, Talley Lambert, Stephen R. Adams, Albertina Torreblanca-Zanca, Meihua Chu, Daphne S. Bindels, Vincent Levesque, Jennifer Nero Moffat, Anya Salih, Antoine Royant, Nathan C. Shaner

titre

Aequorea's secrets revealed: New fluorescent proteins with unique properties for bioimaging and biosensing

article

PLoS Biology, 2020, 18 (11), pp.e3000936. ⟨10.1371/journal.pbio.3000936⟩

DOI

DOI : 10.1371/journal.pbio.3000936

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auteur

Cristina García-Iriepa, Raúl Losantos, Diana Fernández-Martínez, Diego Sampedro, Isabelle Navizet

titre

Fungal Light Emitter: Understanding Its Chemical Nature and pH-Dependent Emission in Water Solution

article

Journal of Organic Chemistry, 2020, 85 (8), pp.5503-5510. ⟨10.1021/acs.joc.0c00246⟩

DOI

DOI : 10.1021/acs.joc.0c00246

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auteur

Mehdi Sahihi, Juan Sanz Garcia, Isabelle Navizet

titre

Bioluminescent Nanoluciferase–Furimamide Complex: A Theoretical Study on Different Protonation States

article

Journal of Physical Chemistry B, 2020, 124 (13), pp.2539-2548. ⟨10.1021/acs.jpcb.9b11597⟩

DOI

DOI : 10.1021/acs.jpcb.9b11597

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auteur

Madjid Zemmouche, Cristina Garcia-Iriepa, Isabelle Navizet

titre

Light emission colour modulation study of oxyluciferin synthetic analogues via QM and QM/MM approaches

article

Physical Chemistry Chemical Physics, 2020, 22 (1), pp.82-91. ⟨10.1039/C9CP04687A⟩

DOI

DOI : 10.1039/C9CP04687A

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Journal articles

auteur

Nuno Manuel de Almeida Barbosa, Madjid Zemmouche, Pauline Gosset, Cristina García‐iriepa, Vincent Ledentu, Isabelle Navizet, Pascal Didier, Nicolas Ferré

titre

pH‐Dependent Absorption Spectrum of Oxyluciferin Analogues in the Presence of Adenosine Monophosphate

article

ChemPhotoChem, 2019, ⟨10.1002/cptc.201900150⟩

DOI

DOI : 10.1002/cptc.201900150

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auteur

Aurélien de la Lande, Aurelio Alvarez-Ibarra, Karim Hasnaoui, Fabien Cailliez, Xiaojing Wu, Tzonka Mineva, Jérôme Cuny, Patrizia Calaminici, Luis López-Sosa, Gerald Geudtner, Isabelle Navizet, Cristina Garcia-Iriepa, Dennis R. Salahub, Andreas M Köster

titre

Molecular Simulations with in-deMon2k QM/MM, a Tutorial-Review

article

Molecules, 2019, 24 (9), pp.1653. ⟨10.3390/molecules24091653⟩

DOI

DOI : 10.3390/molecules24091653

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auteur

Cristina Garcia-Iriepa, Isabelle Navizet

titre

Effect of Protein Conformation and AMP Protonation State on Fireflies’ Bioluminescent Emission

article

Molecules, 2019, 24 (8), pp.1565. ⟨10.3390/molecules24081565⟩

DOI

DOI : 10.3390/molecules24081565

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auteur

Cristina Garcia-Iriepa, Madjid Zemmouche, Miguel Ponce-Vargas, Isabelle Navizet

titre

The role of solvation models on the computed absorption and emission spectra: the case of fireflies oxyluciferin

article

Physical Chemistry Chemical Physics, 2019, 21 (8), pp.4613-4623. ⟨10.1039/C8CP07352J⟩

DOI

DOI : 10.1039/C8CP07352J

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Journal articles

auteur

César Carrasco-López, Juliana Ferreira, Nathan Lui, Stefan Schramm, Romain Berraud-Pache, Isabelle Navizet, Santosh Panjikar, Panče Naumov, Wael Rabeh

titre

Beetle luciferases with naturally red- and blue-shifted emission

article

Life Science Alliance, 2018, 1 (4), pp.e201800072

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auteur

Cloé Azarias, Miguel-Armando Ponce-Vargas, Isabelle Navizet, Paul Fleurat-Lessard, Anthony Romieu, Boris Le Guennic, Jean-Alexandre Richard, Denis Jacquemin

titre

Rationalisation of the Optical Signatures of nor-Dihydroxanthene-Hemicyanine Fused Near-Infrared Fluorophores By First Principle Tools

article

Physical Chemistry Chemical Physics, 2018, 20 (17), pp.12120-12128. ⟨10.1039/C8CP01587B⟩

DOI

DOI : 10.1039/C8CP01587B

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auteur

Romain Berraud-Pache, Cristina Garcia-Iriepa, Isabelle Navizet

titre

Modeling Chemical Reactions by QM/MM Calculations: The Case of the Tautomerization in Fireflies Bioluminescent Systems

article

Frontiers in Chemistry, 2018, 6, ⟨10.3389/fchem.2018.00116⟩

DOI

DOI : 10.3389/fchem.2018.00116

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auteur

Romain Berraud-Pache, Roland Lindh, Isabelle Navizet

titre

QM/MM Study of the Formation of the Dioxetanone Ring in Fireflies Through a Superoxide Ion

article

Journal of Physical Chemistry B, 2018, ⟨10.1021/acs.jpcb.8b00642⟩

DOI

DOI : 10.1021/acs.jpcb.8b00642

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auteur

Cristina Garcia-Iriepa, Pauline Gosset, Romain Berraud-Pache, Madjid Zemmouche, Gregory Taupier, Kokou Dodzi Dorkenoo, Pascal Didier, Jérémie Léonard, Nicolas Ferré, Isabelle Navizet

titre

Simulation and Analysis of the Spectroscopic Properties of Oxyluciferin and Its Analogues in Water

article

Journal of Chemical Theory and Computation, 2018, 14 (4), pp.2117 - 2126. ⟨10.1021/acs.jctc.7b01240⟩

DOI

DOI : 10.1021/acs.jctc.7b01240

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auteur

Morgane Vacher, Ignacio Fdez. Galván, Bo-Wen Ding, Stefan Schramm, Romain Berraud-Pache, Panče Naumov, Nicolas Ferré, Ya-Jun Liu, Isabelle Navizet, Daniel Roca-Sanjuán, Wilhelm Baader, Roland Lindh

titre

Chemi- and Bioluminescence of Cyclic Peroxides

article

Chemical Reviews, 2018, ⟨10.1021/acs.chemrev.7b00649⟩

DOI

DOI : 10.1021/acs.chemrev.7b00649

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Journal articles

auteur

Stefan Schramm, Isabelle Navizet, Durga Prasad Karothu, Pascal Oesau, Veronika Bensmann, Dieter Weiss, Rainer Beckert, Panče Naumov

titre

Mechanistic investigations of the 2-coumaranone chemiluminescence

article

Physical Chemistry Chemical Physics, 2017, 19 (34), pp.22852 - 22859. ⟨10.1039/C7CP03425C⟩

DOI

DOI : 10.1039/C7CP03425C

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Journal articles

auteur

Stefan Schramm, Isabelle Navizet, Panče Naumov, Naba K. Nath, Romain Berraud-Pache, Pascal Oesau, Dieter Weiss, Rainer Beckert

titre

The Light Emitter of the 2-Coumar­anone Chemiluminescence: Theoretical and Experimental Elucidation of a Possible Model for Bioluminescent Systems

article

European Journal of Inorganic Chemistry, 2016, 2016 (4), pp.678-681. ⟨10.1002/ejoc.201501515⟩

DOI

DOI : 10.1002/ejoc.201501515

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auteur

Romain Berraud-Pache, Isabelle Navizet

titre

QM/MM calculations on a newly synthesised oxyluciferin substrate: new insights into the conformational effect

article

Physical Chemistry Chemical Physics, 2016, 18, ⟨10.1039/c6cp02585d⟩

DOI

DOI : 10.1039/c6cp02585d

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Journal articles

auteur

S. Schramm, Luiz Francisco Monteiro Leite Ciscato, Pascal Oeseau, Reimar Krieg, Jan Frank Richter, Isabelle Navizet, D. Roca-Sanjuan, D. Weiss, Rainer Beckert

titre

Investigations on the synthesis and chemiluminescenceof novel 2-coumaranones - II

article

ARKIVOC - Online Journal of Organic Chemistry, 2015, 2015 (5), pp.44-59. ⟨10.3998/ark.5550190.p009.044⟩

DOI

DOI : 10.3998/ark.5550190.p009.044

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Journal articles

auteur

Shufeng Chen, Isabelle Navizet, Roland Lindh, Yajun Liu, Nicolas Ferré

titre

Bioluminescence of Obelin: identification of the light emitters using QM/MM models

article

Luminescence, 2014, 29, pp.19--19

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auteur

C. F. Zipp, J. P. Michael, M. A. Fernandes, S. Mathura, C. B. Perry, Isabelle Navizet, P. P. Govender, H. M. Marques

titre

The synthesis of a corrole analogue of aquacobalamin (vitamin B12a) and its ligand substitution reactions.

article

Inorganic Chemistry, 2014, 53 (9), pp.4418-29. ⟨10.1021/ic5000793⟩

DOI

DOI : 10.1021/ic5000793

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auteur

S.-F. Chen, Isabelle Navizet, R. Lindh, Y.-J. Liu, N. Ferré

titre

Hybride QM/MM Simulations of the Obelin Bioluminescence and Fluorescence Reveal an Unexpected Light Emitter

article

Journal of Physical Chemistry B, 2014, 118 (11), pp.2896-2903. ⟨10.1021/jp412198w⟩

DOI

DOI : 10.1021/jp412198w

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auteur

Nicolas Ferré, Miquel Huix-Rotllant, Michael Filatov, Samer Gozem, Igor Schapiro, Massimo Olivucci, Shufeng Chen, Isabelle Navizet, Roland Lindh, Yajun Liu

titre

Approximate density functional theory for complex photoreactions in biological systems

article

Abstracts of Papers of the American Chemical Society, 2014, 247

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auteur

I. Fdez Galvan, H.-Y. Xiao, Isabelle Navizet, Y.-J. Liu, R. Lindh

titre

S0 -> S3 transition in recombination products of photodissociated dihalomethanes

article

Molecular Physics, 2014, 112 (5-6), pp.575-582. ⟨10.1080/00268976.2013.832429⟩

DOI

DOI : 10.1080/00268976.2013.832429

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Journal articles

auteur

S. Mathura, D. Sannasy, A. S. de Soussa, C. B. Perry, Isabelle Navizet, H. M. Marques

titre

The preparation of N-acetyl-Co(III)-microperoxidase-8 (NAcCoMP8) and its ligand substitution reactions: A comparison with aquacobalamin (vitamin B12a).

article

Journal of Inorganic Biochemistry, 2013, 123 (1), pp.66-79. ⟨10.1016/j.jinorgbio.2013.03.001⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.jinorgbio.2013.03.001

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auteur

S. Schramm, D. Weiss, Isabelle Navizet, D. Roca-Sanjuan, H. Brandl, R. Beckert, H. Görls

titre

Investigations on the synthesis and chemiluminescence of novel 2-coumaranones

article

ARKIVOC - Online Journal of Organic Chemistry, 2013, iii (1), pp.174-188

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auteur

P. P. Govender, Isabelle Navizet, C. B. Perry, H. M. Marques

titre

DFT studies of trans and cis influences in the homolysis of the Co-C bond in models of the alkylcobalamins.

article

Journal of Physical Chemistry A, 2013, 117 (14), pp.3057-68. ⟨10.1021/jp311788t⟩

DOI

DOI : 10.1021/jp311788t

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auteur

Isabelle Navizet, D. Roca-Sanjuan, L. Yue, Y.-J. Liu, N. Ferré, R. Lindh

titre

Are the Bio- and Chemiluminescence States of the Firefly Oxyluciferin the Same as the Fluorescence State?

article

Photochemistry and Photobiology, 2013, 89 (2), pp.319-25. ⟨10.1111/php.12007⟩

DOI

DOI : 10.1111/php.12007

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Journal articles

auteur

P. P. Govender, Isabelle Navizet, C. B. Perry, H. M. Marques

titre

The cis influence of the corrin in vitamin B12 models

article

Chemical Physics Letters, 2012, 550 (1), pp.150-155. ⟨10.1016/j.cplett.2012.08.061⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.cplett.2012.08.061

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auteur

Isabelle Navizet, C. B. Perry, P. P. Govender, H. M. Marques

titre

cis influence in models of cobalt corrins by DFT and TD-DFT studies.

article

Journal of Physical Chemistry B, 2012, 116 (30), pp.8836-45. ⟨10.1021/jp304007a⟩

DOI

DOI : 10.1021/jp304007a

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auteur

S.-F. Chen, Isabelle Navizet, D. Roca-Sanjuan, R. Lindh, N. Ferré, Y.-J. Liu

titre

Chemiluminescence of coelenterazine and fluorescence of coelenteramide: a systematic theoretical study

article

Journal of Chemical Theory and Computation, 2012, 8 (8), pp.2796−2807. ⟨10.1021/ct300356j⟩

DOI

DOI : 10.1021/ct300356j

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auteur

Daniel Roca-Sanjuán, Mickaël G. Delcey, Isabelle Navizet, Nicolas Ferré, Ya-Jun Liu, Roland Lindh

titre

WARNING: The light-emitting molecular structures responsible for the chemiluminescence and fluorescence phenomena are not necessarily the same!

article

Luminescence, 2012, 27 (2), pp.155--156

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Journal articles

auteur

Isabelle Navizet, Y.-J. Liu, N. Ferré, D. Roca-Sanjuan, R. Lindh

titre

The chemistry of bioluminescence: an analysis of chemical functionalities.

article

ChemPhysChem, 2011, 12 (17), pp.3064-76. ⟨10.1002/cphc.201100504⟩

DOI

DOI : 10.1002/cphc.201100504

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auteur

D. Roca-Sanjuan, M. G. Delcey, Isabelle Navizet, N. Ferré, Y.-J. Liu, R. Lindh

titre

Chemiluminescence and Fluorescence States of a Small Model for Coelenteramide and Cypridina Oxyluciferin: A CASSCF/CASPT2 Study

article

Journal of Chemical Theory and Computation, 2011, 7 (12), pp.4060-4069. ⟨10.1021/ct2004758⟩

DOI

DOI : 10.1021/ct2004758

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auteur

M. Marazzi, Isabelle Navizet, R. Lindh, L. M. Frutos

titre

Photostability Mechanisms in Human γB-Crystallin: Role of the Tyrosine Corner Unveiled by Quantum Mechanics and Hybrid Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Methodologies

article

Journal of Chemical Theory and Computation, 2011, 8 (4), pp.1351-1359. ⟨10.1021/ct300114w⟩

DOI

DOI : 10.1021/ct300114w

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auteur

S.-F. Chen, Y.-J. Liu, Isabelle Navizet, N. Ferre, W.-H. Fang, R. Lindh

titre

Systematic Theoretical Investigation on the Light Emitter of Firefly

article

Journal of Chemical Theory and Computation, 2011, 7 (3), pp.798--803. ⟨10.1021/ct200045q⟩

DOI

DOI : 10.1021/ct200045q

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Journal articles

auteur

Isabelle Navizet, N. Komiha, Roberto Linguerri, Gilberte Chambaud, P. Rosmus

titre

On the formation of S2O at low energies: An ab initio study

article

Chemical Physics Letters, 2010, 500 (4-6), pp.207-210. ⟨10.1016/j.cplett.2010.10.012⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.cplett.2010.10.012

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auteur

Isabelle Navizet, Y.-J. Liu, N. Ferré, H.-Y. Xiao, W.-H. Fang, R. Lindh

titre

Color-tuning mechanism of firefly investigated by multi-configurational perturbation method.

article

Journal of the American Chemical Society, 2010, 132 (2), pp.706-12. ⟨10.1021/ja908051h⟩

DOI

DOI : 10.1021/ja908051h

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Journal articles

auteur

E. Chasovskikh, E. B. Jochnowitz, E. Kim, J.P. Maier, Isabelle Navizet

titre

Electronic spectrum of the AlC(2) radical.

article

Journal of Physical Chemistry A, 2007, 111 (47), pp.11986-9. ⟨10.1021/jp075169e⟩

DOI

DOI : 10.1021/jp075169e

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Journal articles

auteur

Isabelle Navizet, Gilberte Chambaud, P. Rosmus, N. Komiha

titre

The spin-orbit coupling in the bond formation region of the electronic ground states of O-3(+), S-3(+) and SO2+

article

Chemical Physics, 2006, 329 (1-3), pp.251--255. ⟨10.1016/j.chemphys.2006.06.008⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.chemphys.2006.06.008

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Journal articles

auteur

Roberto Linguerri, Isabelle Navizet, P. Rosmus, S. Carter, J. P. Maier

titre

Vibrations in the B4 rhombic structure

article

The Journal of Chemical Physics, 2005, 122 (3), pp.034301. ⟨10.1063/1.1828045⟩

DOI

DOI : 10.1063/1.1828045

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auteur

Roberto Linguerri, Isabelle Navizet, P. Rosmus, S. Carter, J.P. Maier

titre

Vibrations in the B4 rhombic structure.

article

The Journal of Chemical Physics, 2005, 122 (3), pp.34301. ⟨10.1063/1.1828045⟩

DOI

DOI : 10.1063/1.1828045

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auteur

Isabelle Navizet, P. Rosmus

titre

The asymptotic region of the potential energy surfaces relevant for the O(P-3)+SO(X-3 Sigma(-)) reaction

article

Chemical Physics Letters, 2005, 411 (4-6), pp.457--462. ⟨10.1016/j.cplett.2005.06.054⟩

DOI

DOI : 10.1016/j.cplett.2005.06.054

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Journal articles

auteur

Isabelle Navizet, Fabien Cailliez, Richard Lavery

titre

Probing Protein Mechanics: Residue-Level Properties and Their Use in Defining Domains

article

Biophysical Journal, 2004, 87 (3), pp.1426-1435. ⟨10.1529/biophysj.104.042085⟩

DOI

DOI : 10.1529/biophysj.104.042085

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auteur

Isabelle Navizet, Richard Lavery, Robert L. Jernigan

titre

Myosin flexibility: Structural domains and collective vibrations

article

Proteins: Structure, Function, and Genetics, 2004, 54 (3), pp.384-393. ⟨10.1002/prot.10476⟩

DOI

DOI : 10.1002/prot.10476

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auteur

Isabelle Navizet, R. Lavery, Rl Jernigan

titre

Myosin flexibility: structural domains and collective vibrations.

article

Proteins - Structure, Function and Bioinformatics, 2004, 54, pp.384-393

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auteur

Isabelle Navizet, F. Cailliez, R. Lavery

titre

Probing protein mechanics: residue-level properties and their use in defining domains.

article

Biophysical Journal, 2004, 87, pp.1426-1435

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Journal articles

auteur

P. Doruker, Isabelle Navizet, R. L. Jernigan, R. Hernandez

titre

Important fluctuation dynamics of large protein structures are preserved upon coarse-grained renormalization

article

International Journal of Quantum Chemistry, 2002, 90 (2), pp.822-837. ⟨10.1002/qua.955⟩

DOI

DOI : 10.1002/qua.955

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