Publications HAL de Jean-Benoist, Leger

2024

Conference papers

titre
Benchmarking predictive models: evaluating parametric, ensemble, and deep learning approaches for animal phenotype prediction from genotypes.
auteur
Eric Barrey, Blaise Hanczar, Julien Chiquet, Didier Boichard, Jocelyn de Goër de Herve, Anne Ricard, Thierry Tribout, Joon Kwon, Jean-Benoist Leger, Tristan Mary-Huard, Beatriz Castro Dias Castro Dias Cuyabano, Pascal Croiseau
article
AI and biology Symposium, EMBO EMBL, Heidelberg, Mar 2024, HEIDELBERG, Germany
identifiant
hal-04510253
Resume_court
Over the past two decades, advancements in DNA genotyping have revolutionized the acquisition of ext .....
typdoc
Conference papers
audience
International
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2023

Journal articles

titre
Chance-Constrained Flight Level Assignment Problem
auteur
Chenghao Wang, Akli Fundo, Jean-Benoist Leger, Dritan Nace
article
IEEE Transactions on Intelligent Transportation Systems, In press, pp.1-17. ⟨10.1109/TITS.2023.3253303⟩
identifiant
hal-04033430
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1109/TITS.2023.3253303
audience
International
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Conference papers

titre
Efficient preconditioned stochastic gradient descent for estimation in latent variable models
auteur
Charlotte Baey, Maud Delattre, Estelle Kuhn, Jean-Benoist Leger, Sarah Lemler
article
40th International Conference on Machine Learning, Jul 2023, Honolulu, United States
identifiant
hal-04131641
Resume_court
Latent variable models are powerful tools for modeling complex phenomena involving in particular par .....
typdoc
Conference papers
audience
International
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2022

Journal articles

titre
Learning from missing data with the binary latent block model
auteur
Gabriel Frisch, Jean-Benoist Leger, Yves Grandvalet
article
Statistics and Computing, 2022, 32 (9), pp.1-21. ⟨10.1007/s11222-021-10058-y⟩
identifiant
hal-03876850
Resume_court
Missing data can be informative. Ignoring this information can lead to misleading conclusions when t .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1007/s11222-021-10058-y
audience
International
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https://hal.science/hal-03876850/file/STCO-D-21-00200.pdf BibTex

2021

Journal articles

titre
Learning from missing data with the Latent Block Model
auteur
Gabriel Frisch, Jean-Benoist Leger, Yves Grandvalet
article
Statistics and Computing, 2021, 32, pp.9. ⟨10.1007/s11222-021-10058-y⟩
identifiant
hal-02973814
Resume_court
Missing data can be informative. Ignoring this information can lead to misleading conclusions when t .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1007/s11222-021-10058-y
audience
International
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Conference papers

titre
Co-clustering for fair recommendation
auteur
Gabriel Frisch, Jean-Benoist Leger, Yves Grandvalet
article
21st European Conference on Machine Learning and Principles and Practice of Knowledge Discovery in Databases (ECML PKDD 2021), Sep 2021, Bilbao, Spain. pp.607-630, ⟨10.1007/978-3-030-93736-2_44⟩
identifiant
hal-03239856
Resume_court
Collaborative filtering relies on a sparse rating matrix, where each user rates a few products, to p .....
typdoc
Conference papers
DOI
DOI : 10.1007/978-3-030-93736-2_44
audience
International
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https://hal.science/hal-03239856/file/fair_coclust.pdf BibTex
titre
Stereotype-aware collaborative filtering
auteur
Gabriel Frisch, Jean-Benoist Leger, Yves Grandvalet
article
16th Conference on Computer Science and Intelligence Systems (FedCSIS 2021), Sep 2021, Sofia, Bulgaria. pp.69-79, ⟨10.15439/2021F117⟩
identifiant
hal-03456466
typdoc
Conference papers
DOI
DOI : 10.15439/2021F117
audience
International
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titre
Estimation des paramètres d'un modèle de culture à partir de données de plein champ et de données de plateforme de phénotypage
auteur
Jean-Benoist Leger, Estelle Kuhn, Boris Parent, François Tardieu, Claude Welcker
article
52èmes Journées de Statistique de la Société Française de Statistique, Société Française de Statistique; Université Côte d'Azur, Jun 2021, Nice, France
identifiant
hal-03326210
Resume_court
Les modèles de culture élaborés par des écophysiologistes décrivent les processus de développe .....
typdoc
Conference papers
audience
International
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https://hal.inrae.fr/hal-03326210/file/JDS2021_leger_kuhn_etal.pdf BibTex
titre
Joint modelling for parameter estimation involving genotypic effects in crop model from platform and open field experiments
auteur
Estelle Kuhn, Jean-Benoist Leger, Boris Parent, François Tardieu, Claude Welcker
article
Modelling Heterogeneous Populations with applications in Biology, May 2021, Grenoble, en ligne, France
identifiant
hal-03336094
typdoc
Conference papers
audience
International
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Preprints, Working Papers, ...

titre
SparseBM: A Python Module for Handling Sparse Graphs with Block Models
auteur
Gabriel Frisch, Jean-Benoist Leger, Yves Grandvalet
article
2021
identifiant
hal-03139586
Resume_court
The stochastic and latent block models are clustering and coclustering tools that are commonly used .....
typdoc
Preprints, Working Papers, ...
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2020

Conference papers

titre
Inférence efficace des modèles à blocs stochastiques et à blocs latents pour les graphes creux
auteur
Gabriel Frisch, Jean-Benoist Leger, Yves Grandvalet
article
52èmes Journées de Statistiques de la Société Française de Statistique (SFdS - jds 2020), May 2020, Nice, France
identifiant
hal-02973828
Resume_court
Nous présentons un algorithme d'inférence variationnelle pour les modèles à blocs stochastiques .....
typdoc
Conference papers
audience
National
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https://hal.science/hal-02973828/file/sparsebm.pdf BibTex
titre
Dealing with uncertainty in ATM - the Flight Level Assignment problem
auteur
Akli Fundo, Jean-Benoist Leger, Dritan Nace, Chenghao Wang
article
21e congrès annuel de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d'Aide à la Décision (ROADEF 2020), Feb 2020, Montpellier, France
identifiant
hal-02944622
typdoc
Conference papers
audience
International
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https://hal.science/hal-02944622/file/ROADEF2020_paper_200.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Genetic background and immunological status influence B cell repertoire diversity in mice
auteur
Nancy Chaaya, Melody Shahsavarian, Irene Maffucci, Alain Friboulet, Bernard Offmann, Jean-Benoist Leger, Sylvain Rousseau, Bérangère Avalle, Séverine Padiolleau-Lefevre
article
Scientific Reports, 2019, 9 (1), pp.14261. ⟨10.1038/s41598-019-50714-y⟩
identifiant
hal-02307169
Resume_court
The relationship between the immune repertoire and the physiopathological status of individuals is e .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1038/s41598-019-50714-y
audience
International
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https://hal.science/hal-02307169/file/s41598-019-50714-y.pdf BibTex

Conference papers

titre
Données manquantes dans un modèle à blocs latents pour la recommandation
auteur
Gabriel Frisch, Jean-Benoist Leger, Yves Grandvalet
article
51es Journées de statistique de la Société Française de Statistique (SFdS - jds 2019), Jun 2019, Nancy, France
identifiant
hal-02484713
Resume_court
Nous présentons un modèle statistique basé sur le LBM pour réaliser une recommandation sociale. .....
typdoc
Conference papers
audience
National
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2016

Journal articles

titre
Modelling the influence of dimerisation sequence dissimilarities on the auxin signalling network
auteur
Jonathan Legrand, Jean-Benoist Leger, Stephane S. Robin, Teva Vernoux, Yann Guédon
article
BMC Systems Biology, 2016, 10 (22), pp.17. ⟨10.1186/s12918-016-0254-7⟩
identifiant
hal-01361020
Resume_court
Background: Auxin is a major phytohormone involved in many developmental processes by controlling ge .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1186/s12918-016-0254-7
pubmedId
Pubmed icone : 26932351
audience
International
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2015

Journal articles

titre
Clustering methods differ in their ability to detect patterns in ecological networks
auteur
Jean-Benoist Leger, Jean-Jacques Daudin, Corinne Vacher
article
Methods in Ecology and Evolution, 2015, online first (4), ⟨10.1111/2041-210X.12334⟩
identifiant
hal-01197632
Resume_court
1- Network ecology has been an extraordinarily fertile field of research over the last 20 years. Its .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1111/2041-210X.12334
audience
Not specified
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2014

Journal articles

titre
Detection of structurally homogeneous subsets in graphs
auteur
Jean-Benoist Leger, Corinne Vacher, Jean-Jacques Daudin
article
Statistics and Computing, 2014, online first (5), 18 p. ⟨10.1007/s11222-013-9395-3⟩
identifiant
hal-01019247
Resume_court
The analysis of complex networks is a rapidly growing topic with many applications in different doma .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1007/s11222-013-9395-3
audience
Not specified
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Conference papers

titre
Clustering methods differ in their ability to detect patterns in ecological networks
auteur
Corinne Vacher, Jean-Benoist Leger, Jean-Jacques Daudin
article
Joint 2014 Annual Meeting British Ecological Society and Société Française d’Ecologie (BES & SFE ), Dec 2014, Lille, France
identifiant
hal-01604066
Resume_court
Clustering methods differ in their ability to detect patterns in ecological networks. Joint 2014 Ann .....
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
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BibTex

Theses

titre
Modelling the topology of ecological bipartite networks with statistical models for heterogeneous random graphs
auteur
Jean-Benoist Léger
article
Life Sciences [q-bio]. Université Paris Diderot - Paris 7, 2014. English. ⟨NNT : ⟩
identifiant
tel-02795630
Resume_court
An ecological network is a representation of the whole set of interactions between species in a give .....
typdoc
Theses
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https://hal.inrae.fr/tel-02795630/file/Th%C3%A8se_Jen-Benoit_Leger_1.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
Putting the biological species concept to the test: using mating networks to delimit species
auteur
Lelia L. Lagache, Jean-Benoist Leger, Jean-Jacques J.-J. Daudin, Remy Petit Petit R.J., Corinne C. Vacher
article
PLoS ONE, 2013, 8 (6), 11 p. ⟨10.1371/journal.pone.0068267⟩
identifiant
hal-01001112
Resume_court
Although interfertility is the key criterion upon which Mayr's biological species concept is based, .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0068267
audience
Not specified
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https://hal.science/hal-01001112/file/journal.pone.0068267_1.pdf BibTex

2012

Conference papers

titre
Mating networks to delimit species according to the biological species concept
auteur
Lelia Lagache, Jean-Benoist Leger, Jean-Jacques Daudin, Remy Petit R.J., Corinne Vacher
article
IUFRO working group "Genetics of Quercus and Nothofagus", Institut National de Recherche Agronomique (INRA). UMR Biodiversité, Gènes et Communautés (1202)., Oct 2012, Bordeaux, France. 1 p
identifiant
hal-01019062
Resume_court
absent
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
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BibTex

2011

Conference papers

titre
Compartmentalization in antagonistic networks: how to assess the relative contribution of the underlying mechanisms?
auteur
Corinne Vacher, Jean-Benoist Leger, Dominique Piou, Jean-Jacques Daudin
article
Conférence européenne d’écologie (EEF), Sep 2011, Avila, Spain
identifiant
hal-01197617
Resume_court
absent
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
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2010

Conference papers

titre
Guaranteed Robust Distributed Estimation in a Network of sensors
auteur
Jean-Benoist Léger, Michel Kieffer
article
Int. Conf. on Acousticas, Speech, and Signal Processing, Mar 2010, Dallas, Texas, United States. pp.3378 - 3381, ⟨10.1109/ICASSP.2010.5496002⟩
identifiant
hal-00549168
Resume_court
This paper proposes a guaranteed robust bounded-error distributed estimation algorithm. It may be em .....
typdoc
Conference papers
DOI
DOI : 10.1109/ICASSP.2010.5496002
audience
International
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https://hal.science/hal-00549168/file/ICASSP_Leger_10.pdf BibTex