2015
Journal articles
- titre
- Overview of a surface-ripened cheese community functioning by meta-omics analyses
- auteur
- Eric Dugat-Bony, Cecile Straub, Aurélie Teissandier, Djamila Onesime, Valentin Loux, Christophe Monnet, Francoise Irlinger, Sophie Landaud-Liautaud, Marie Noelle Leclercq-Perlat, Pascal Bento, Sébastien Fraud, Jean-Francois Gibrat, Julie Aubert, Frédéric Fer, Eric Guédon, Nicolas Pons, Sean Kennedy, Jean-Marie Beckerich, Dominique Swennen, Pascal Bonnarme
- article
- PLoS ONE, 2015, 10 (4), pp.e0124360. ⟨10.1371/journal.pone.0124360⟩
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-
Conference papers
- titre
- Quels effets la diversité microbienne du sol a-t-elle sur la croissance et la santé des plantes ?
- auteur
- Christophe Mougel, Julie Aubert, Lydia Bousset, Anne-Marie Cortesero, Stéphanie Daval, Magali Ermel, Céline Faivre-Primot, Sylvain Fournet, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, Tom Lachaise, Lionel Lebreton, Clémentine Lepinay, Juliette Linglin, Martin Luquet, P.A. Maron, Denis Poinsot, Catherine Porte, T Rigaud, Christophe Salon, Alain Sarniguet, Jean-Christophe Simon, S. Terrat
- article
- Colloque de Génomique Environnementale, Oct 2015, Montpellier, France
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-
- titre
- Latent Block Model for ecological abundance data
- auteur
- Julie Aubert, Sophie Schbath, Christophe Mougel, Stephane Robin
- article
- 30. European Meeting of Statisticians, Jul 2015, Amsterdam, Netherlands
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-
- titre
- Latent Block Model for ecological abundance data
- auteur
- Julie Aubert
- article
- ISB Channel Network, Apr 2015, Nimègues, Netherlands
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-
2014
Journal articles
- titre
- Elucidating the response of Kluyveromyces lactis to arsenite and peroxide stress and the role of the transcription factor KlYap8
- auteur
- Jenny Veide Vilg, Nallani Vijay Kumar, Ewa Maciaszczyk-Dziubinska, Ewa Sloma, Djamila Onesime, Julie Aubert, Magdalena Migocka, Robert Wysocki, Markus Tamás
- article
- Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms , 2014, 1839 (11), pp.1295-1306. ⟨10.1016/j.bbagrm.2014.09.004⟩
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-
- titre
- Elucidating the response of Kluyveromyces lactis to arsenite and peroxide stress and the role of the transcription factor KlYap8
- auteur
- Jenny Veide Vilg, Nallani Vijay Kumar, Ewa Maciaszczyk-Dziubinska, Ewa Sloma, Djamila Onesime, Julie Aubert, Magdalena Migocka, Robert Wysocki, Markus J. Tamas
- article
- Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms , 2014, 1839 (11), pp.1295 - 1306. ⟨10.1016/j.bbagrm.2014.09.004⟩
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-
Conference papers
- titre
- Metagenomics data analysis using a latent block model: application to plant-microbial communities interactions in the rhizosphere .
- auteur
- Julie Aubert, Sophie Schbath, Béatrice Laroche
- article
- ECMTB14 - European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jun 2014, Gôteborg, Sweden. pp.1
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-
- titre
- Modèle à blocs latents pour l'analyse de données métagénomiques
- auteur
- Julie Aubert
- article
- 46. Journées de Statistique, Jun 2014, Rennes, France
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-
Poster communications
- titre
- How to Design a good RNA-Seq experiment in an interdisciplinary context?
- auteur
- Julie Aubert, Christelle Hennequet-Antier, Cyprien Guerin, Delphine Labourdette, Anne de La Foye, Nathalie Marsaud, Fabrice Legeai, Frederique Hilliou, Brigitte Schaeffer
- article
- European conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. , 2014
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-
- titre
- Combining kinetic modeling and transcriptomic analysis to study the resilience 2014 on a model of microbial ecosystem
- auteur
- Julie Aubert, Frédéric Fer, Jean-Marie Beckerich
- article
- ECCB'14 : European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. , 2014, Proceedings of the 14ème European Conference on Computational Biology
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-
2013
Conference papers
- titre
- Resilience in a cheese ecosystem
- auteur
- Julie Aubert, Frédéric Fer, Jean-Marie Beckerich
- article
- 14. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM 2013, Jul 2013, Toulouse, France
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-
- titre
- An evaluation of normalization methods for the sequencing depth bias in comparative metagenomics studies
- auteur
- Julie Aubert
- article
- 5. Workshop Statistical Methods for Post-Genomic Data (SMPGD), Jan 2013, Amsterdam, Netherlands
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-
Poster communications
- titre
- Soil microbial diversity effects on primary production and symbiotic interactions
- auteur
- Clémentine Lepinay, Céline Faivre-Primot, Florence Deau, Julie Aubert, Sébastien Terrat, T. Rigaud, Christophe Salon, Pierre-Alain Maron, Christophe Mougel
- article
- 32. New Phytologist Symposium. Plant interactions with other organisms: molecules, ecology and evolution, Nov 2013, Buenos Aires, Argentina. , 2013
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-
2012
Journal articles
- titre
- Accumulation of Intracellular Glycogen and Trehalose by Propionibacterium freudenreichii under Conditions Mimicking Cheese Ripening in the Cold
- auteur
- Marion Dalmasso, Julie Aubert, Sergine Even, Hélène Falentin, Marie-Bernadette Maillard, Sandrine Parayre, Valentin Loux, Jarna Tanskanen, Anne Thierry
- article
- Applied and Environmental Microbiology, 2012, 78 (17), pp.6357-6364. ⟨10.1128/AEM.00561-12⟩
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-
- titre
- Correction: A Temporal -omic Study of Propionibacterium freudenreichii CIRM-BIA1 T Adaptation Strategies in Conditions Mimicking Cheese Ripening in the Cold
- auteur
- Marion Dalmasso, Julie Aubert, Valérie Briard-Bion, Victoria Chuat, Stéphanie-Marie Deutsch, Sergine Even, Hélène Falentin, Gwénaël Jan, Julien Jardin, Marie-Bernadette Maillard, Sandrine Parayre, Michel Piot, Jarna Tanskanen, Anne Thierry
- article
- PLoS ONE, 2012, 7 (4), ⟨10.1371/annotation/e0ff065d-a52d-44f2-8727-328393ed60b6⟩
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-
- titre
- A Temporal -omic study of propionibacterium freudenreichii CIRM-BIA1T adaptation strategies in conditions mimicking cheese ripening in the cold
- auteur
- Marion Dalmasso, Julie Aubert, Valérie Briard-Bion, Victoria Chuat, Stéphanie-Marie Deutsch, Sergine Even, Hélène Falentin, Gwénaël Jan, Julien Jardin, Marie-Bernadette Maillard, Sandrine Parayre-Breton, Michel Piot, Jarna Tanskanen, Anne Thierry
- article
- PLoS ONE, 2012, 7 (1), pp.e29083 (1-15). ⟨10.1371/journal.pone.0029083⟩
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-
- titre
- Accumulation of intracellular glycogen and trehalose by [i]Propionibacterium Freudenreichii[/i] under conditions mimicking cheese ripening in the cold
- auteur
- Marion Dalmasso, Julie Aubert, Sergine Even, Hélène Falentin, Marie-Bernadette Maillard, Sandrine Parayre-Breton, Valentin Loux, Jarna Tanskanen, Anne Thierry
- article
- Applied and Environmental Microbiology, 2012, 78 (17), pp.6357-6364. ⟨10.1128/AEM.00561-12⟩
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-
- titre
- A comprehensive evaluation of normalization methods for Illumina high-throughput RNA sequencing data analysis
- auteur
- Marie-Agnès Dillies, Andrea Rau, Julie Aubert, Christelle Hennequet-Antier, Marine Jeanmougin, Nicolas Servant, Céline Keime, Guillemette Marot, David Castel, Jordi Estellé, Grégory Guernec, Bernd Jagla, Luc Jouneau, Denis Laloë, Caroline Le Gall, Brigitte Schaeffer, Stéphane Le Crom, Mickaël Guedj, Florence Jaffrezic
- article
- Briefings in Bioinformatics, 2012, 14 (6), pp.671-683. ⟨10.1093/bib/bbs046⟩
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-
Conference papers
- titre
- Comprehensive evaluation of normalization methods for High-throughput rnaSequencing Data analysis
- auteur
- Julie Aubert, Marie-Agnes Dillies, Andrea Rau, Christelle Hennequet-Antier, Marine Jeanmougin, Nicolas Servant, Céline Keime, Stephane Le Crom, Mickaël Guedj, Florence Jaffrezic
- article
- 4 Workshop of StatSeq COST Action TD0801, Apr 2012, Vérone, Italy
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-
Poster communications
- titre
- Stratégie d’adaptation et de survie de Propionibacterium freudenreichii dans des conditions simulant celle du fromage à basse température
- auteur
- Marion Dalmasso, Julie Aubert, Stéphanie-Marie Deutsch, Hélène Falentin, J. Tanskanen, Anne Thierry
- article
- Journéés des Microbiologistes de l'INRA 2012, Nov 2012, L'Isle sur la Sorgue, France. , 2012
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-
- titre
- Adaptation and survival strategies of Propionibacterium freudenreichii under conditions mimicking cheese ripening in the cold
- auteur
- Marion Dalmasso, Julie Aubert, Stéphanie-Marie Deutsch, Hélène Falentin, J. Tanskanen, Anne Thierry
- article
- 6.IDF Cheese Ripening & Technology Symposium, May 2012, Madison, France. , 2012
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-
2011
Conference papers
- titre
- On the use of the negative binomial regression model for comparing differential expression or abundance with ngs data
- auteur
- Julie Aubert, Jean-Jacques Daudin
- article
- 12.Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM 2011, Institut Pasteur [Paris]. FRA., Jun 2011, Paris, France
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-
2010
Conference papers
- titre
- An insight into normal and pathological pregnancies using large-scale microarrays: lessons from microarrays
- auteur
- Gérard Chaouat, Nathalie Rodde, Marie Petitbarat, Roberta Bulla, Mona Rahmati, Sylvie Dubanchet, Sandrine Zourbas, Isabelle Fleurot, Nathalie Coqué, Benoit Hennuy, Jacques Martal, Carine Munaut, Julie Aubert, Valérie Sérazin, Thiel Steffen, Jens Christian Jensenius, Jean-Michel Foidart, Olivier Sandra, Francesco Tedesco, Nathalie Lédée
- article
- 7. International Workshop on Reproductive Immunology, Immunological Tolerance and Immunology of Preeclampsia, European Society for Reproductive Immunology (ESRI). POL., Aug 2010, Tioman Island, Malaysia. ⟨10.1016/j.jri.2010.12.006⟩
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-
2009
Journal articles
- titre
- Gene expression profiles of bovine caruncular and intercaruncular endometrium at implantation
- auteur
- Nadera Mansouri-Atiia, Julie Aubert, Pierrette Reinaud, Corinne Giraud-Delville, Geraldine Taghouti, Laurent Galio, Robin, E. Everts, Severine Degrelle, Christophe Richard, Isabelle Hue, Xiangzhong Yang, X. Cindy Tian, Harris A. Lewin, Jean Paul Renard, Olivier Sandra
- article
- Physiological Genomics, 2009, 39 (1), pp.14-27. ⟨10.1152/physiolgenomics.90404.2008⟩
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-
- titre
- Terminal differentiation of goat mammary tissue during pregnancy requires the expression of genes involved in immune functions
- auteur
- Felicie Faucon, Emmanuelle Rebours, Claudia Bevilacqua, Jean-Christophe Helbling, Julie Aubert, Samira Makhzami, Sophie Pollet, Stephane Robin, Patrice Martin
- article
- Physiological Genomics, 2009, 40 (1), pp.61-82
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-
2008
Journal articles
- titre
- Statistical methodology for the analysis of dye-switch microarray experiments
- auteur
- Tristan Mary-Huard, Julie Aubert, Nadera Mansouri, Olivier Sandra, Jean-Jacques Daudin
- article
- BMC Bioinformatics, 2008, 9 (98), ⟨10.1186/1471-2105-9-98⟩
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-
- titre
- Normalization for triple-target microarray experiments
- auteur
- Marie-Laure Magniette, Julie Aubert, Avner Bar-Hen, Samira Elftieh, Fréderic Magniette, Jean-Pierre Renou, Jean-Jacques Daudin
- article
- BMC Bioinformatics, 2008, 9, pp.216. ⟨10.1186/1471-2105-9-216⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Impact du conceptus sur le transcriptome de l’endomètre bovin à l’implantation
- auteur
- Olivier Sandra, Nadera Mansouri, Julie Aubert, Pierrette Reinaud, Corinne Giraud-Delville, Laurent Galio, Severine Degrelle, Isabelle Hue, Yvan Heyman, R. Everts, Christophe Richard, Daniel Krauss, J. Yang, H.A. Lewin, Jean Paul Renard
- article
- 15. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2008, Paris, France
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-
- titre
- Statistical methodology for the analysis of dye-switch microarray experiments
- auteur
- Tristan Mary-Huard, Julie Aubert, Nadera Mansouri, Olivier Sandra, Jean-Jacques Daudin
- article
- 24. International Biometric Conference, Jul 2008, Dublin, Ireland. 17 p
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Lowess extension to normalize three dyes cDNA microarray experiments
- auteur
- Julie Aubert, Marie-Laure Martin-Magniette, Samira Elftieh, Avner Bar-Hen, Jean-Pierre Renou, Jean-Jacques Daudin
- article
- Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2008, Lille, France
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-
2007
Journal articles
- titre
- Classification of variations of HSA21 gene expression in down syndrome lymphoblastoid cell lines : impact on disease phenotype
- auteur
- E. Aït Yahya-Graison, Julie Aubert, L. Dauphinot, Isabelle Rivals, Marguerite Prieur, G. Golfier, J. Rossier, L. Personnaz, N Créau, Stephane Robin, J. Delabar, M.C Potier
- article
- American Journal of Human Genetics, 2007, 81 (3), pp.475-491
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-
- titre
- Profiling at mRNA, protein and metabolite level reveals alterations in renal amino acid handling and glutathione metabolism in kidney tissue of Pept2-I- mice
- auteur
- Isabelle M. Frey, Isabel Rubio-Aliaga, Anne Siewert, Daniela Sailer, Aleksey Drobyshev, Johannes Beckers, Martin Hrabé de Angelis, Julie Aubert, Avner Bar-Hen, Olivier Fiehn, Hans M. Eichnger, Hannelore Daniel
- article
- Physiological Genomics, 2007, 28 (3), pp.301-310. ⟨10.1152/physiolgenomics.00193.2006⟩
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-
- titre
- Classification of human chromosome 21 gene-expression variations in down syndrome: Impact on disease phenotypes
- auteur
- E. Aït Yahya-Graison, Julie Aubert, Stephane Robin, L. Dauphinot, I. Rivals, M. Prieur, G. Golfier, G. Rossier, L. Personnaz, N. Créau, H. Bléhaut, J.M. Delabar, M.C. Potier
- article
- American Journal of Human Genetics, 2007, 81 (3), pp.475-491. ⟨10.1086/520000⟩
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Statistical analysis for identifying differentially expressed genes in microarrays data, an overview
- auteur
- Jean-Jacques Daudin, Julie Aubert, Nadera Mansouri, G. Chaouat, Olivier Sandra, Nathalie Coqué
- article
- 2. International Meeting Mammalian Embryogenomics, Oct 2007, Paris, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Analysis of gene expression profiles in the ruminant endometrium using a 13K microarray
- auteur
- Nadera Mansouri, Olivier Sandra, Julie Aubert, R. Everts, Laurent Galio, Yvan Heyman, Daniel Krauss, Severine Degrelle, Isabelle Hue, X. Yang, H.A. Lewin, Jean Paul Renard
- article
- 2. International Meeting on Mammalian Embryogenomics, Oct 2007, Paris, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Gene expression profiles in endometrium of cyclic and pregnant cows during the peri-implantation period
- auteur
- Nadera Mansouri, Laurent Galio, Isabelle Hue, Severine Degrelle, Xavier Vignon, Christophe Richard, Jean Paul Renard, Olivier Sandra, Carine Bigorne, Julie Aubert, Robin E. Everts, Harris Lewin, J. Yang
- article
- 3. EMBIC (EMBryo Implantation Control) Summer School, Sep 2007, Jena, Germany
- Accès au bibtex
-
- titre
- Identification of genes involved in the implantation process in cattle
- auteur
- Nadera Mansouri, Julie Aubert, R.E. Everts, Laurent Galio, Yvan Heyman, Christophe Audouard, Severine Degrelle, Isabelle Hue, X. Yang, H.A. Lewin, Jean Paul Renard, Olivier Sandra
- article
- 3. EMBIC Summer School, Sep 2007, Jena, Germany
- Accès au bibtex
-
2004
Journal articles
- titre
- Determination of the regulated genes in microarray experiments using local FDR
- auteur
- Julie Aubert, Avner Bar-Hen, Jean-Jacques Daudin, Stephane Robin
- article
- BMC Bioinformatics, 2004, 5 (125), ⟨10.1186/1471-2105-5-125⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
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