Publications HAL de Julie, Aubert

2015

Journal articles

titre
Overview of a surface-ripened cheese community functioning by meta-omics analyses
auteur
Eric Dugat-Bony, Cecile Straub, Aurélie Teissandier, Djamila Onesime, Valentin Loux, Christophe Monnet, Francoise Irlinger, Sophie Landaud-Liautaud, Marie Noelle Leclercq-Perlat, Pascal Bento, Sébastien Fraud, Jean-Francois Gibrat, Julie Aubert, Frédéric Fer, Eric Guédon, Nicolas Pons, Sean Kennedy, Jean-Marie Beckerich, Dominique Swennen, Pascal Bonnarme
article
PLoS ONE, 2015, 10 (4), pp.e0124360. ⟨10.1371/journal.pone.0124360⟩
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https://hal.science/hal-01195505/file/Overview%20of%20a%20Surface_Ripened%20Cheese%20Community.PDF BibTex

Conference papers

titre
Quels effets la diversité microbienne du sol a-t-elle sur la croissance et la santé des plantes ?
auteur
Christophe Mougel, Julie Aubert, Lydia Bousset, Anne-Marie Cortesero, Stéphanie Daval, Magali Ermel, Céline Faivre-Primot, Sylvain Fournet, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, Tom Lachaise, Lionel Lebreton, Clémentine Lepinay, Juliette Linglin, Martin Luquet, P.A. Maron, Denis Poinsot, Catherine Porte, T Rigaud, Christophe Salon, Alain Sarniguet, Jean-Christophe Simon, S. Terrat
article
Colloque de Génomique Environnementale, Oct 2015, Montpellier, France
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titre
Latent Block Model for ecological abundance data
auteur
Julie Aubert, Sophie Schbath, Christophe Mougel, Stephane Robin
article
30. European Meeting of Statisticians, Jul 2015, Amsterdam, Netherlands
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titre
Latent Block Model for ecological abundance data
auteur
Julie Aubert
article
ISB Channel Network, Apr 2015, Nimègues, Netherlands
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2014

Journal articles

titre
Elucidating the response of Kluyveromyces lactis to arsenite and peroxide stress and the role of the transcription factor KlYap8
auteur
Jenny Veide Vilg, Nallani Vijay Kumar, Ewa Maciaszczyk-Dziubinska, Ewa Sloma, Djamila Onesime, Julie Aubert, Magdalena Migocka, Robert Wysocki, Markus Tamás
article
Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms , 2014, 1839 (11), pp.1295-1306. ⟨10.1016/j.bbagrm.2014.09.004⟩
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titre
Elucidating the response of Kluyveromyces lactis to arsenite and peroxide stress and the role of the transcription factor KlYap8
auteur
Jenny Veide Vilg, Nallani Vijay Kumar, Ewa Maciaszczyk-Dziubinska, Ewa Sloma, Djamila Onesime, Julie Aubert, Magdalena Migocka, Robert Wysocki, Markus J. Tamas
article
Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms , 2014, 1839 (11), pp.1295 - 1306. ⟨10.1016/j.bbagrm.2014.09.004⟩
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Conference papers

titre
Metagenomics data analysis using a latent block model: application to plant-microbial communities interactions in the rhizosphere .
auteur
Julie Aubert, Sophie Schbath, Béatrice Laroche
article
ECMTB14 - European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jun 2014, Gôteborg, Sweden. pp.1
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https://hal.science/hal-01197629/file/ECMTB_JAubert_1.pdf https://hal.science/hal-01197629/file/no20_2.pdf BibTex
titre
Modèle à blocs latents pour l'analyse de données métagénomiques
auteur
Julie Aubert
article
46. Journées de Statistique, Jun 2014, Rennes, France
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Poster communications

titre
How to Design a good RNA-Seq experiment in an interdisciplinary context?
auteur
Julie Aubert, Christelle Hennequet-Antier, Cyprien Guerin, Delphine Labourdette, Anne de La Foye, Nathalie Marsaud, Fabrice Legeai, Frederique Hilliou, Brigitte Schaeffer
article
European conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. , 2014
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https://hal.science/hal-01462728/file/PosterECCB_pepiIBIS_1.pdf BibTex
titre
Combining kinetic modeling and transcriptomic analysis to study the resilience 2014 on a model of microbial ecosystem
auteur
Julie Aubert, Frédéric Fer, Jean-Marie Beckerich
article
ECCB'14 : European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. , 2014, Proceedings of the 14ème European Conference on Computational Biology
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2013

Conference papers

titre
Resilience in a cheese ecosystem
auteur
Julie Aubert, Frédéric Fer, Jean-Marie Beckerich
article
14. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM 2013, Jul 2013, Toulouse, France
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titre
An evaluation of normalization methods for the sequencing depth bias in comparative metagenomics studies
auteur
Julie Aubert
article
5. Workshop Statistical Methods for Post-Genomic Data (SMPGD), Jan 2013, Amsterdam, Netherlands
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Poster communications

titre
Soil microbial diversity effects on primary production and symbiotic interactions
auteur
Clémentine Lepinay, Céline Faivre-Primot, Florence Deau, Julie Aubert, Sébastien Terrat, T. Rigaud, Christophe Salon, Pierre-Alain Maron, Christophe Mougel
article
32. New Phytologist Symposium. Plant interactions with other organisms: molecules, ecology and evolution, Nov 2013, Buenos Aires, Argentina. , 2013
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2012

Journal articles

titre
Accumulation of Intracellular Glycogen and Trehalose by Propionibacterium freudenreichii under Conditions Mimicking Cheese Ripening in the Cold
auteur
Marion Dalmasso, Julie Aubert, Sergine Even, Hélène Falentin, Marie-Bernadette Maillard, Sandrine Parayre, Valentin Loux, Jarna Tanskanen, Anne Thierry
article
Applied and Environmental Microbiology, 2012, 78 (17), pp.6357-6364. ⟨10.1128/AEM.00561-12⟩
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titre
Correction: A Temporal -omic Study of Propionibacterium freudenreichii CIRM-BIA1 T Adaptation Strategies in Conditions Mimicking Cheese Ripening in the Cold
auteur
Marion Dalmasso, Julie Aubert, Valérie Briard-Bion, Victoria Chuat, Stéphanie-Marie Deutsch, Sergine Even, Hélène Falentin, Gwénaël Jan, Julien Jardin, Marie-Bernadette Maillard, Sandrine Parayre, Michel Piot, Jarna Tanskanen, Anne Thierry
article
PLoS ONE, 2012, 7 (4), ⟨10.1371/annotation/e0ff065d-a52d-44f2-8727-328393ed60b6⟩
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titre
A Temporal -omic study of propionibacterium freudenreichii CIRM-BIA1T adaptation strategies in conditions mimicking cheese ripening in the cold
auteur
Marion Dalmasso, Julie Aubert, Valérie Briard-Bion, Victoria Chuat, Stéphanie-Marie Deutsch, Sergine Even, Hélène Falentin, Gwénaël Jan, Julien Jardin, Marie-Bernadette Maillard, Sandrine Parayre-Breton, Michel Piot, Jarna Tanskanen, Anne Thierry
article
PLoS ONE, 2012, 7 (1), pp.e29083 (1-15). ⟨10.1371/journal.pone.0029083⟩
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https://hal.science/hal-01189567/file/2012_Dalmasso_Plos%20One_1.pdf BibTex
titre
Accumulation of intracellular glycogen and trehalose by [i]Propionibacterium Freudenreichii[/i] under conditions mimicking cheese ripening in the cold
auteur
Marion Dalmasso, Julie Aubert, Sergine Even, Hélène Falentin, Marie-Bernadette Maillard, Sandrine Parayre-Breton, Valentin Loux, Jarna Tanskanen, Anne Thierry
article
Applied and Environmental Microbiology, 2012, 78 (17), pp.6357-6364. ⟨10.1128/AEM.00561-12⟩
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BibTex
titre
A comprehensive evaluation of normalization methods for Illumina high-throughput RNA sequencing data analysis
auteur
Marie-Agnès Dillies, Andrea Rau, Julie Aubert, Christelle Hennequet-Antier, Marine Jeanmougin, Nicolas Servant, Céline Keime, Guillemette Marot, David Castel, Jordi Estellé, Grégory Guernec, Bernd Jagla, Luc Jouneau, Denis Laloë, Caroline Le Gall, Brigitte Schaeffer, Stéphane Le Crom, Mickaël Guedj, Florence Jaffrezic
article
Briefings in Bioinformatics, 2012, 14 (6), pp.671-683. ⟨10.1093/bib/bbs046⟩
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Conference papers

titre
Comprehensive evaluation of normalization methods for High-throughput rnaSequencing Data analysis
auteur
Julie Aubert, Marie-Agnes Dillies, Andrea Rau, Christelle Hennequet-Antier, Marine Jeanmougin, Nicolas Servant, Céline Keime, Stephane Le Crom, Mickaël Guedj, Florence Jaffrezic
article
4 Workshop of StatSeq COST Action TD0801, Apr 2012, Vérone, Italy
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Poster communications

titre
Stratégie d’adaptation et de survie de Propionibacterium freudenreichii dans des conditions simulant celle du fromage à basse température
auteur
Marion Dalmasso, Julie Aubert, Stéphanie-Marie Deutsch, Hélène Falentin, J. Tanskanen, Anne Thierry
article
Journéés des Microbiologistes de l'INRA 2012, Nov 2012, L'Isle sur la Sorgue, France. , 2012
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titre
Adaptation and survival strategies of Propionibacterium freudenreichii under conditions mimicking cheese ripening in the cold
auteur
Marion Dalmasso, Julie Aubert, Stéphanie-Marie Deutsch, Hélène Falentin, J. Tanskanen, Anne Thierry
article
6.IDF Cheese Ripening & Technology Symposium, May 2012, Madison, France. , 2012
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2011

Conference papers

titre
On the use of the negative binomial regression model for comparing differential expression or abundance with ngs data
auteur
Julie Aubert, Jean-Jacques Daudin
article
12.Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM 2011, Institut Pasteur [Paris]. FRA., Jun 2011, Paris, France
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2010

Conference papers

titre
An insight into normal and pathological pregnancies using large-scale microarrays: lessons from microarrays
auteur
Gérard Chaouat, Nathalie Rodde, Marie Petitbarat, Roberta Bulla, Mona Rahmati, Sylvie Dubanchet, Sandrine Zourbas, Isabelle Fleurot, Nathalie Coqué, Benoit Hennuy, Jacques Martal, Carine Munaut, Julie Aubert, Valérie Sérazin, Thiel Steffen, Jens Christian Jensenius, Jean-Michel Foidart, Olivier Sandra, Francesco Tedesco, Nathalie Lédée
article
7. International Workshop on Reproductive Immunology, Immunological Tolerance and Immunology of Preeclampsia, European Society for Reproductive Immunology (ESRI). POL., Aug 2010, Tioman Island, Malaysia. ⟨10.1016/j.jri.2010.12.006⟩
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2009

Journal articles

titre
Terminal differentiation of goat mammary tissue during pregnancy requires the expression of genes involved in immune functions
auteur
Felicie Faucon, Emmanuelle Rebours, Claudia Bevilacqua, Jean-Christophe Helbling, Julie Aubert, Samira Makhzami, Sophie Pollet, Stephane Robin, Patrice Martin
article
Physiological Genomics, 2009, 40 (1), pp.61-82
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https://hal.science/hal-01193417/file/2009_Faucon_Physiological%20Genomics_1.pdf BibTex
titre
Gene expression profiles of bovine caruncular and intercaruncular endometrium at implantation
auteur
Nadera Mansouri-Atiia, Julie Aubert, Pierrette Reinaud, Corinne Giraud-Delville, Geraldine Taghouti, Laurent Galio, Robin, E. Everts, Severine Degrelle, Christophe Richard, Isabelle Hue, Xiangzhong Yang, X. Cindy Tian, Harris A. Lewin, Jean Paul Renard, Olivier Sandra
article
Physiological Genomics, 2009, 39 (1), pp.14-27. ⟨10.1152/physiolgenomics.90404.2008⟩
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https://hal.science/hal-01197513/file/34318_20100909030847869_1.pdf BibTex

2008

Journal articles

titre
Statistical methodology for the analysis of dye-switch microarray experiments
auteur
Tristan Mary-Huard, Julie Aubert, Nadera Mansouri, Olivier Sandra, Jean-Jacques Daudin
article
BMC Bioinformatics, 2008, 9 (98), ⟨10.1186/1471-2105-9-98⟩
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https://hal.science/hal-01197510/file/1471-2105-9-98_1.pdf BibTex
titre
Normalization for triple-target microarray experiments
auteur
Marie-Laure Magniette, Julie Aubert, Avner Bar-Hen, Samira Elftieh, Fréderic Magniette, Jean-Pierre Renou, Jean-Jacques Daudin
article
BMC Bioinformatics, 2008, 9, pp.216. ⟨10.1186/1471-2105-9-216⟩
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https://hal.science/hal-01197566/file/51225_20120531094654026_1.pdf BibTex

Conference papers

titre
Impact du conceptus sur le transcriptome de l’endomètre bovin à l’implantation
auteur
Olivier Sandra, Nadera Mansouri, Julie Aubert, Pierrette Reinaud, Corinne Giraud-Delville, Laurent Galio, Severine Degrelle, Isabelle Hue, Yvan Heyman, R. Everts, Christophe Richard, Daniel Krauss, J. Yang, H.A. Lewin, Jean Paul Renard
article
15. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2008, Paris, France
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https://hal.science/hal-01197538/file/49426_20120308093324430_1.pdf BibTex
titre
Statistical methodology for the analysis of dye-switch microarray experiments
auteur
Tristan Mary-Huard, Julie Aubert, Nadera Mansouri, Olivier Sandra, Jean-Jacques Daudin
article
24. International Biometric Conference, Jul 2008, Dublin, Ireland. 17 p
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https://hal.science/hal-01197571/file/51603_20120315110820726_1.pdf BibTex
titre
Lowess extension to normalize three dyes cDNA microarray experiments
auteur
Julie Aubert, Marie-Laure Martin-Magniette, Samira Elftieh, Avner Bar-Hen, Jean-Pierre Renou, Jean-Jacques Daudin
article
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2008, Lille, France
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https://hal.science/hal-01197563/file/51062_20120312110725937_1.pdf BibTex

2007

Journal articles

titre
Classification of human chromosome 21 gene-expression variations in down syndrome: Impact on disease phenotypes
auteur
E. Aït Yahya-Graison, Julie Aubert, Stephane Robin, L. Dauphinot, I. Rivals, M. Prieur, G. Golfier, G. Rossier, L. Personnaz, N. Créau, H. Bléhaut, J.M. Delabar, M.C. Potier
article
American Journal of Human Genetics, 2007, 81 (3), pp.475-491. ⟨10.1086/520000⟩
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BibTex
titre
Classification of variations of HSA21 gene expression in down syndrome lymphoblastoid cell lines : impact on disease phenotype
auteur
E. Aït Yahya-Graison, Julie Aubert, L. Dauphinot, Isabelle Rivals, Marguerite Prieur, G. Golfier, J. Rossier, L. Personnaz, N Créau, Stephane Robin, J. Delabar, M.C Potier
article
American Journal of Human Genetics, 2007, 81 (3), pp.475-491
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https://hal.science/hal-01208111/file/AAD07-AJHM_%7BC3CDA6E5-F1F6-46C7-A1B1-16B213249640%7D.pdf BibTex
titre
Profiling at mRNA, protein and metabolite level reveals alterations in renal amino acid handling and glutathione metabolism in kidney tissue of Pept2-I- mice
auteur
Isabelle M. Frey, Isabel Rubio-Aliaga, Anne Siewert, Daniela Sailer, Aleksey Drobyshev, Johannes Beckers, Martin Hrabé de Angelis, Julie Aubert, Avner Bar-Hen, Olivier Fiehn, Hans M. Eichnger, Hannelore Daniel
article
Physiological Genomics, 2007, 28 (3), pp.301-310. ⟨10.1152/physiolgenomics.00193.2006⟩
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https://hal.science/hal-01197531/file/2007_Frey_Physiological%20Genomics_1.pdf BibTex

Conference papers

titre
Analysis of gene expression profiles in the ruminant endometrium using a 13K microarray
auteur
Nadera Mansouri, Olivier Sandra, Julie Aubert, R. Everts, Laurent Galio, Yvan Heyman, Daniel Krauss, Severine Degrelle, Isabelle Hue, X. Yang, H.A. Lewin, Jean Paul Renard
article
2. International Meeting on Mammalian Embryogenomics, Oct 2007, Paris, France
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titre
Statistical analysis for identifying differentially expressed genes in microarrays data, an overview
auteur
Jean-Jacques Daudin, Julie Aubert, Nadera Mansouri, G. Chaouat, Olivier Sandra, Nathalie Coqué
article
2. International Meeting Mammalian Embryogenomics, Oct 2007, Paris, France
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titre
Gene expression profiles in endometrium of cyclic and pregnant cows during the peri-implantation period
auteur
Nadera Mansouri, Laurent Galio, Isabelle Hue, Severine Degrelle, Xavier Vignon, Christophe Richard, Jean Paul Renard, Olivier Sandra, Carine Bigorne, Julie Aubert, Robin E. Everts, Harris Lewin, J. Yang
article
3. EMBIC (EMBryo Implantation Control) Summer School, Sep 2007, Jena, Germany
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titre
Identification of genes involved in the implantation process in cattle
auteur
Nadera Mansouri, Julie Aubert, R.E. Everts, Laurent Galio, Yvan Heyman, Christophe Audouard, Severine Degrelle, Isabelle Hue, X. Yang, H.A. Lewin, Jean Paul Renard, Olivier Sandra
article
3. EMBIC Summer School, Sep 2007, Jena, Germany
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2004

Journal articles

titre
Determination of the regulated genes in microarray experiments using local FDR
auteur
Julie Aubert, Avner Bar-Hen, Jean-Jacques Daudin, Stephane Robin
article
BMC Bioinformatics, 2004, 5 (125), ⟨10.1186/1471-2105-5-125⟩
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https://hal.science/hal-01208107/file/ABD04-BMCbioinfo_%7B9DDFD831-D8B5-4DC8-A408-D63ACF00B36D%7D.pdf BibTex