Publications HAL de Lorenza,Pacini de la collection AMPERE

Article dans une revue

2022

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Laetitia Bourgeat, Lorenza Pacini, Anatoli Serghei, Claire Lesieur. A protocol to measure slow protein dynamics of the cholera toxin B pentamers using broadband dielectric spectroscopy. STAR Protocols, 2022, 3 (3), pp.101561. ⟨10.1016/j.xpro.2022.101561⟩. ⟨hal-03814967⟩
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https://hal.science/hal-03814967/file/1-s2.0-S2666166722004415-main.pdf BibTex
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Lorenza Pacini, Claire Lesieur. GCAT: A network model of mutational influences between amino acid positions in PSD95pdz3. Frontiers in Molecular Biosciences, 2022, 9, pp.1035248. ⟨10.3389/fmolb.2022.1035248⟩. ⟨hal-03845107⟩
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https://hal.science/hal-03845107/file/fmolb-09-1035248.pdf BibTex

2021

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Laëtitia Bourgeat, Lorenza Pacini, Anatoli Serghei, Claire Lesieur. Experimental diagnostic of sequence-variant dynamic perturbations revealed by broadband dielectric spectroscopy. Structure, 2021, ⟨10.1016/j.str.2021.05.005⟩. ⟨hal-03428657⟩
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Lorenza Pacini, Rodrigo Dorantes-Gilardi, Laurent Vuillon, Claire Lesieur. Mapping Function from Dynamics: Future Challenges for Network-Based Models of Protein Structures. Frontiers in Molecular Biosciences, 2021, 8, ⟨10.3389/fmolb.2021.744646⟩. ⟨hal-03428669⟩
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https://hal.science/hal-03428669/file/fmolb-08-744646%281%29.pdf BibTex
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Lorenza Pacini, Claire Lesieur. A computational methodology to diagnose sequence-variant dynamic perturbations by comparing atomic protein structures. Bioinformatics, 2021, ⟨10.1093/bioinformatics/btab736⟩. ⟨hal-03428663⟩
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https://hal.science/hal-03428663/file/BioinformaticsRevision2.pdf BibTex

2020

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Lorenza Pacini, Laetitia Bourgeat, Anatoli Serghei, Claire Lesieur. Analysis of Nanoconfined Protein Dielectric Signals Using Charged Amino Acid Network Models. Australian Journal of Chemistry, 2020, 73 (8), pp.803. ⟨10.1071/CH19502⟩. ⟨hal-03060094⟩
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Lorenza Pacini, Laurent Vuillon, Claire Lesieur. Induced Perturbation Network and tiling for modeling the L55P Transthyretin amyloid fiber. Procedia Computer Science, 2020, 178, pp.8-17. ⟨10.1016/j.procs.2020.11.002⟩. ⟨hal-03428679⟩
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https://hal.science/hal-03428679/file/1-s2.0-S1877050920323747-main.pdf BibTex

2019

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Aria Gheeraert, Lorenza Pacini, Victor Batista, Laurent Vuillon, Claire Lesieur, et al.. Exploring Allosteric Pathways of a V-Type Enzyme with Dynamical Perturbation Networks. Journal of Physical Chemistry B, 2019, 123 (16), pp.3452-3461. ⟨10.1021/acs.jpcb.9b01294⟩. ⟨hal-02134286⟩
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2018

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Rodrigo Dorantes-Gilardi, Laëtitia Bourgeat, Lorenza Pacini, Laurent Vuillon, Claire Lesieur. In proteins, the structural responses of a position to mutation rely on the Goldilocks principle: not too many links, not too few. Physical Chemistry Chemical Physics, 2018, 20 (39), pp.25399 - 25410. ⟨10.1039/C8CP04530E⟩. ⟨hal-01921198⟩
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Communication dans un congrès

2019

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Lorenza Pacini, Laëtitia Bourgeat, Rodrigo Dorantes-Gilardi, Laurent Vuillon, Claire Lesieur. Proteins: an example of supervised dynamics. PhysChem, Feb 2019, Perth, Australia. ⟨hal-02404550⟩
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Poster de conférence

2019

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Lorenza Pacini, Claire Lesieur, Laurent Vuillon. Network-based Analysis of Transthyretin Variants. PhysChem2019 Conference, Feb 2019, Perth, Australia. ⟨hal-02404538⟩
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https://hal.science/hal-02404538/file/PosterAustralia.pdf BibTex

Thèse

2021

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Lorenza Pacini. Investigation of protein structure sustainability and bio-inspiration for urban systems. Bioengineering. Université de Lyon, 2021. English. ⟨NNT : 2021LYSE1195⟩. ⟨tel-03640284⟩
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