2024
Conference papers
- titre
- HILARE@LAAS around 1982 and a bit before
- auteur
- Aurélie Clodic, Raja Chatila, Marc Vaisset, Matthieu Herrb, Stéphy Le Foll, Jérôme Lamy, Simon Lacroix
- article
- 40th Anniversary of the IEEE Conference on Robotics and Automation (ICRA@40), ieee, Sep 2024, Rotterdam (NL), Netherlands
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-
2022
Journal articles
- titre
- MoMA-LoopSampler: A web server to exhaustively sample protein loop conformations
- auteur
- Amélie Barozet, Kevin Molloy, Marc Vaisset, Christophe Zanon, Pierre Fauret, Thierry Siméon, Juan Cortés
- article
- Bioinformatics, 2022, 38 (2), pp.552-553. ⟨10.1093/bioinformatics/btab584⟩
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-
2021
Journal articles
- titre
- Protein loops with multiple meta-stable conformations: a challenge for sampling and scoring methods
- auteur
- Amélie Barozet, Marc Bianciotto, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Hervé Minoux, Juan Cortés
- article
- Proteins - Structure, Function and Bioinformatics, 2021, 89 (2), pp.218-231. ⟨10.1002/prot.26008⟩
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-
2020
Journal articles
- titre
- Predicting secondary structure propensities in IDPs using simple statistics from three-residue fragments
- auteur
- Alejandro N Estaña, Amélie Barozet, Assia Mouhand, Marc Vaisset, Christophe Zanon, Pierre Fauret, Nathalie Sibille, Pau N Bernadó, Juan Cortés
- article
- Journal of Molecular Biology, 2020, 342 (19), pp.5447-5459. ⟨10.1016/j.jmb.2020.07.026⟩
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-
- titre
- A Reinforcement-Learning-Based Approach to Enhance Exhaustive Protein Loop Sampling
- auteur
- Amélie Barozet, Kevin Molloy, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Juan Cortés
- article
- Bioinformatics, 2020, 36 (4), pp.1099-1106. ⟨10.1093/bioinformatics/btz684⟩
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-
Book sections
- titre
- Combining System Design and Path Planning
- auteur
- Laurent Denarie, Kevin Molloy, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Juan Cortés
- article
- Goldberg K., Abbeel P., Bekris K., Miller L. Algorithmic Foundations of Robotics XII, 13, , pp.112-127, 2020, Springer Proceedings in Advanced Robotics, ⟨10.1007/978-3-030-43089-4_8⟩
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2019
Journal articles
- titre
- Simultaneous System Design and Path Planning: A Sampling-based Algorithm.
- auteur
- Kevin Molloy, Laurent Denarie, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Juan Cortés
- article
- The International Journal of Robotics Research, 2019, 38 (2-3), pp.375-387. ⟨10.1177/0278364918783054⟩
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-
- titre
- Realistic Ensemble Models of Intrinsically Disordered Proteins Using a Structure-Encoding Coil Database
- auteur
- Alejandro N Estaña, Nathalie Sibille, Elise Delaforge, Marc Vaisset, Juan Cortés, Pau Bernadó
- article
- Structure, 2019, 27 (5), pp.381-391.e2. ⟨10.1016/j.str.2018.10.016⟩
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-
2018
Journal articles
- titre
- Exhaustive exploration of the conformational landscape of small cyclic peptides using a robotics approach
- auteur
- Maud Jusot, Dirk Stratmann, Marc Vaisset, Jacques Chomilier, Juan Cortés
- article
- Journal of Chemical Information and Modeling, 2018, 58 (11), pp.2355-2368. ⟨10.1021/acs.jcim.8b00375⟩
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-
- titre
- Segmenting Proteins into Tripeptides to Enhance Conformational Sampling with Monte Carlo Methods
- auteur
- Laurent Denarie, Ibrahim Al Bluwi, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Juan Cortés
- article
- Molecules, 2018, 23 (2), pp.373. ⟨10.3390/molecules23020373⟩
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-
- titre
- Hybrid parallelization of a multi-tree path search algorithm: Application to highly-flexible biomolecules
- auteur
- Alejandro N Estaña, Kevin Molloy, Marc Vaisset, Nathalie Sibille, Thierry Simeon, Pau N Bernadó, Juan Cortés
- article
- Parallel Computing, 2018, 77, pp.84-100. ⟨10.1016/j.parco.2018.06.005⟩
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2016
Conference papers
- titre
- Combining System Design and Path Planning
- auteur
- Laurent Denarie, Kevin Molloy, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Juan Cortés
- article
- Workshop on the Algorithmic Foundations of Robotics (WAFR), Dec 2016, San Francisco, United States
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2015
Journal articles
- titre
- Characterizing Energy Landscapes of Peptides using a Combination of Stochastic Algorithms
- auteur
- Didier Devaurs, Kevin Molloy, Marc Vaisset, Amarda Shehu, Thierry Simeon, Juan Cortés
- article
- IEEE Transactions on NanoBioscience, 2015, 14 (5), pp. 545-552
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Conference papers
- titre
- A Reinforcement Learning Approach to Protein Loop Modeling
- auteur
- Kevin Molloy, Nicolas Buhours, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Étienne Ferré, Juan Cortés
- article
- IEEE/RSJ International Conference on Intelligent Robots and Systems, Sep 2015, Hamburg, Germany
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2013
Journal articles
- titre
- Modeling protein conformational transitions by a combination of coarse-grained normal mode analysis and robotics-inspired methods
- auteur
- Ibrahim Al Bluwi, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Juan Cortés
- article
- BMC Structural Biology, 2013, 13 (Suppl 1), pp.S2. ⟨10.1186/1472-6807-13-S1-S2⟩
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-
- titre
- MoMA-LigPath: A web server to simulate protein-ligand unbinding
- auteur
- Didier Devaurs, Léa Bouard, Marc Vaisset, Christophe Zanon, Ibrahim Al Bluwi, Romain Iehl, Thierry Simeon, Juan Cortés
- article
- Nucleic Acids Research, 2013, vol. 41, pp. 297-302. ⟨10.1093/nar/gkt380⟩
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Conference papers
- titre
- A multi-tree approach to compute transition paths on energy landscapes
- auteur
- Didier Devaurs, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Juan Cortés
- article
- Workshop on Artificial Intelligence and Robotics Methods in Computational Biology, AAAI '13, Jul 2013, Bellevue, United States. pp. 8-13
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2012
Conference papers
- titre
- Coarse-grained elastic networks, normal mode analysis and robotics-inspired methods for modeling protein conformational transitions
- auteur
- Ibrahim Al Bluwi, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Juan Cortés
- article
- IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Workshops, Oct 2012, Philadelphia, United States. pp.40-47, ⟨10.1109/BIBMW.2012.6470359⟩
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2011
Journal articles
- titre
- Atomic Scale Determination of Enzyme Flexibility and Active Site Stability through Static Modes: Case of Dihydrofolate Reductase
- auteur
- Marie Brut, Alain Estève, Georges Landa, Guillaume Renvez, Mehdi Djafari-Rouhani, Marc Vaisset
- article
- Journal of Physical Chemistry B, 2011, 115 (7), pp.1616-1622. ⟨10.1021/jp109874z⟩
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2010
Journal articles
- titre
- Deformation of thiolated nucleic acid deposited on a silicon surface: A Static Mode approach
- auteur
- Marie Brut, Alain Estève, Georges Landa, Guillaume Renvez, Mehdi Djafari-Rouhani, Marc Vaisset, David Gauchard
- article
- Materials Science and Engineering: B, 2010, 169 (1-3), pp.23-27. ⟨10.1016/j.mseb.2009.11.014⟩
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1995
Conference papers
- titre
- Administration de l'espace des fichiers sur le réseau de machines UNIX du LAAS
- auteur
- Marc Vaisset
- article
- JRES (Journées réseaux de l'enseignement et de la recherche ) 1995, Renater, Nov 1995, Chambery, France
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