Publications HAL de Marc VAISSET du labo/EPI LAAS

2020

Journal articles

titre
Protein loops with multiple meta-stable conformations: a challenge for sampling and scoring methods
auteur
Amélie Barozet, Marc Bianciotto, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Hervé Minoux, Juan Cortés
article
Proteins - Structure, Function and Bioinformatics, Wiley, 2020, ⟨10.1002/prot.26008⟩
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https://hal.laas.fr/hal-02947409/file/Barozet_LoopModeling_2020.pdf BibTex
titre
Predicting secondary structure propensities in IDPs using simple statistics from three-residue fragments
auteur
Alejandro Estaña, Amélie Barozet, Assia Mouhand, Marc Vaisset, Christophe Zanon, Pierre Fauret, Nathalie Sibille, Pau Bernadó, Juan Cortés
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 2020, 342 (19), pp.5447-5459. ⟨10.1016/j.jmb.2020.07.026⟩
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https://hal.laas.fr/hal-02920302/file/MS_Estana_LS2P_2020_R1.pdf BibTex
titre
A Reinforcement-Learning-Based Approach to Enhance Exhaustive Protein Loop Sampling
auteur
Amélie Barozet, Kevin Molloy, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Juan Cortés
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2020, 36 (4), pp.1099-1106. ⟨10.1093/bioinformatics/btz684⟩
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https://hal.laas.fr/hal-02289207/file/momaLS_main_manuscript.pdf BibTex

Book sections

titre
Combining System Design and Path Planning
auteur
Laurent Denarie, Kevin Molloy, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Juan Cortés
article
Goldberg K., Abbeel P., Bekris K., Miller L. Algorithmic Foundations of Robotics XII, 13, pp.112-127, 2020, Springer Proceedings in Advanced Robotics, ⟨10.1007/978-3-030-43089-4_8⟩
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https://hal.laas.fr/hal-02571707/file/Denarie_SDAP.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Simultaneous System Design and Path Planning: A Sampling-based Algorithm.
auteur
Kevin Molloy, Laurent Denarie, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Juan Cortés
article
The International Journal of Robotics Research, SAGE Publications, 2019, 38 (2-3), pp.375-387. ⟨10.1177/0278364918783054⟩
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https://hal.laas.fr/hal-01834414/file/Molloy_SDAP_IJRR-2018.pdf BibTex
titre
Realistic Ensemble Models of Intrinsically Disordered Proteins Using a Structure-Encoding Coil Database
auteur
Alejandro Estaña, Nathalie Sibille, Elise Delaforge, Marc Vaisset, Juan Cortés, Pau Bernadó
article
Structure, Elsevier (Cell Press), 2019, 27 (5), pp.381-391.e2. ⟨10.1016/j.str.2018.10.016⟩
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https://hal.laas.fr/hal-01954977/file/Estana_IDPs_Structure_2019.pdf BibTex

2018

Journal articles

titre
Exhaustive exploration of the conformational landscape of small cyclic peptides using a robotics approach
auteur
Maud Jusot, Dirk Stratmann, Marc Vaisset, Jacques Chomilier, Juan Cortés
article
Journal of Chemical Information and Modeling, American Chemical Society, 2018, 58 (11), pp.2355-2368. ⟨10.1021/acs.jcim.8b00375⟩
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https://hal.laas.fr/hal-01893751/file/manuscript.pdf BibTex
titre
Segmenting Proteins into Tripeptides to Enhance Conformational Sampling with Monte Carlo Methods
auteur
Laurent Denarie, Ibrahim Al Bluwi, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Juan Cortés
article
Molecules, MDPI, 2018, 23 (2), pp.373. ⟨10.3390/molecules23020373⟩
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https://hal.laas.fr/hal-01708710/file/molecules-23-00373-v2.pdf BibTex
titre
Hybrid parallelization of a multi-tree path search algorithm: Application to highly-flexible biomolecules
auteur
Alejandro Estaña, Kevin Molloy, Marc Vaisset, Nathalie Sibille, Thierry Simeon, Pau Bernadó, Juan Cortés
article
Parallel Computing, Elsevier, 2018, 77, pp.84-100. ⟨10.1016/j.parco.2018.06.005⟩
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https://hal.laas.fr/hal-01823694/file/Hybrid_MultiTRRT.pdf BibTex

2016

Conference papers

titre
Combining System Design and Path Planning
auteur
Laurent Denarie, Kevin Molloy, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Juan Cortés
article
Workshop on the Algorithmic Foundations of Robotics (WAFR), Dec 2016, San Francisco, United States
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https://hal.inria.fr/hal-01364042/file/Denarie_SDAP.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
Characterizing Energy Landscapes of Peptides using a Combination of Stochastic Algorithms
auteur
Didier Devaurs, Kevin Molloy, Marc Vaisset, Amarda Shehu, Thierry Simeon, Juan Cortés
article
IEEE Transactions on NanoBioscience, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2015, 14 (5), pp. 545-552
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01143833/file/TNB-00041-2015.pdf BibTex

Conference papers

titre
A Reinforcement Learning Approach to Protein Loop Modeling
auteur
Kevin Molloy, Nicolas Buhours, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Étienne Ferré, Juan Cortés
article
IEEE/RSJ International Conference on Intelligent Robots and Systems, Sep 2015, Hamburg, Germany
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01206128/file/MolloyCortes_IROS15_Abstract.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
Modeling protein conformational transitions by a combination of coarse-grained normal mode analysis and robotics-inspired methods
auteur
Ibrahim Al Bluwi, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Juan Cortés
article
BMC Structural Biology, BioMed Central, 2013, 13 (Suppl 1), pp.S2. ⟨10.1186/1472-6807-13-S1-S2⟩
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https://hal.laas.fr/hal-01980925/file/13BMC_SB_AlBluwi.pdf BibTex
titre
MoMA-LigPath: A web server to simulate protein-ligand unbinding
auteur
Didier Devaurs, Léa Bouard, Marc Vaisset, Christophe Zanon, Ibrahim Al Bluwi, Romain Iehl, Thierry Simeon, Juan Cortés
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2013, vol. 41, pp. 297-302. ⟨10.1093/nar/gkt380⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00843321/file/Devaurs_9222.pdf BibTex

Conference papers

titre
A multi-tree approach to compute transition paths on energy landscapes
auteur
Didier Devaurs, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Juan Cortés
article
Workshop on Artificial Intelligence and Robotics Methods in Computational Biology, AAAI '13, Jul 2013, Bellevue, United States. pp. 8-13
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00872247/file/devaurs-aaai-13.pdf BibTex

2012

Conference papers

titre
Coarse-grained elastic networks, normal mode analysis and robotics-inspired methods for modeling protein conformational transitions
auteur
Ibrahim Al Bluwi, Marc Vaisset, Thierry Simeon, Juan Cortés
article
IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine Workshops, Oct 2012, Philadelphia, United States. pp.40-47, ⟨10.1109/BIBMW.2012.6470359⟩
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https://hal.laas.fr/hal-01981799/file/AlBluwi_SCBW_2012.pdf BibTex

2011

Journal articles

titre
Atomic Scale Determination of Enzyme Flexibility and Active Site Stability through Static Modes: Case of Dihydrofolate Reductase
auteur
Marie Brut, Alain Estève, Georges Landa, Guillaume Renvez, Mehdi Djafari-Rouhani, Marc Vaisset
article
Journal of Physical Chemistry B, American Chemical Society, 2011, 115 (7), pp.1616-1622. ⟨10.1021/jp109874z⟩
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2010

Journal articles

titre
Deformation of thiolated nucleic acid deposited on a silicon surface: A Static Mode approach
auteur
Marie Brut, Alain Estève, Georges Landa, Guillaume Renvez, Mehdi Djafari-Rouhani, Marc Vaisset, David Gauchard
article
Materials Science and Engineering: B, Elsevier, 2010, 169 (1-3), pp.23-27. ⟨10.1016/j.mseb.2009.11.014⟩
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