Journal articles
- titre
- BioFlow-Insight: facilitating reuse of Nextflow workflows with structure reconstruction and visualization
- auteur
- George Marchment, Bryan Brancotte, Marie Schmit, Frédéric Lemoine, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- NAR Genomics and Bioinformatics, 2024, 6 (3), pp.lqae092. ⟨10.1093/nargab/lqae092⟩
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-
- titre
- A unifying rank aggregation framework to suitably and efficiently aggregate any kind of rankings
- auteur
- Pierre Andrieu, Sarah Cohen-Boulakia, Miguel Couceiro, Alain Denise, Adeline Pierrot
- article
- International Journal of Approximate Reasoning, 2023, 162, pp.109035. ⟨10.1016/j.ijar.2023.109035⟩
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-
- titre
- Reprohackathons: promoting reproducibility in bioinformatics through training
- auteur
- Thomas Cokelaer, Sarah Cohen-Boulakia, Frédéric Lemoine
- article
- Bioinformatics, 2023, 39 (Sup 1), pp.i11 - i20. ⟨10.1093/bioinformatics/btad227⟩
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-
- titre
- Toward an observatory of the evolution of COVID-19 Vaccines Trials through phylomemy reconstruction
- auteur
- Quentin Lobbé, David Chavalarias, Alexandre Delanoë, Gabriel Ferrand, Sarah Cohen-Boulakia, Philippe Ravaud, Isabelle Boutron
- article
- Journal of Clinical Epidemiology, 2022, 149, pp.34-44. ⟨10.1016/j.jclinepi.2022.05.004⟩
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-
- titre
- FAIR Scientific Workflows: Status, Challenges and Research Opportunities
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, 2022, Extraction et Gestion des Connaissances, EGC 2022, RNTI-E-38, pp.7-8
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-
- titre
- Research response to coronavirus disease 2019 needed better coordination and collaboration: a living mapping of registered trials
- auteur
- Van Thu Nguyen, Philippe Riviere, Pierre Ripoll, Julien Barnier, Romain Vuillemot, Gabriel Ferrand, Sarah Cohen-Boulakia, Philippe Ravaud, Isabelle Boutron
- article
- Journal of Clinical Epidemiology, 2021, 130, pp.107-116. ⟨10.1016/j.jclinepi.2020.10.010⟩
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-
- titre
- FAIR Computational Workflows
- auteur
- Carole Goble, Sarah Cohen-Boulakia, Stian Soiland-Reyes, Daniel Garijo, Yolanda Gil, Michael R Crusoe, Kristian Peters, Daniel Schober
- article
- Journal of Data Intelligence, 2020, 2, pp.108 - 121. ⟨10.1162/dint_a_00033⟩
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-
- titre
- VersionClimber: version upgrades without tears
- auteur
- Christophe Pradal, Sarah Cohen-Boulakia, Patrick Valduriez, Dennis Shasha
- article
- Computing in Science and Engineering, 2019, 21 (5), pp.87-93. ⟨10.1109/MCSE.2019.2921898⟩
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-
- titre
- NGPhylogeny.fr: new generation phylogenetic services for non-specialists
- auteur
- Frédéric Lemoine, Damien Correia, Vincent Lefort, Olivia Doppelt-Azeroual, Fabien Mareuil, Sarah Cohen-Boulakia, Olivier Gascuel
- article
- Nucleic Acids Research, 2019, 47 (W1), pp.W260-W265. ⟨10.1093/nar/gkz303⟩
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-
- titre
- The CoLoMoTo Interactive Notebook: Accessible and Reproducible Computational Analyses for Qualitative Biological Networks
- auteur
- Aurélien Naldi, Céline Hernandez, Nicolas Levy, Gautier Stoll, Pedro Monteiro, Claudine Chaouiya, Tomáš Helikar, Andrei Zinovyev, Laurence Calzone, Sarah Cohen-Boulakia, Denis Thieffry, Loïc Paulevé
- article
- Frontiers in Physiology, 2018, 9, pp.n°680:1-13. ⟨10.3389/fphys.2018.00680⟩
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-
- titre
- Distributed Management of Scientific Workflows for High-Throughput Plant Phenotyping
- auteur
- Christophe Pradal, Sarah Cohen-Boulakia, Gaëtan Heidsieck, Esther Pacitti, Francois Tardieu, Patrick Valduriez
- article
- ERCIM News, 2018, Smart Farming, 113, pp.36-37
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-
- titre
- Scientific workflows for computational reproducibility in the life sciences: Status, challenges and opportunities
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Khalid Belhajjame, Olivier Collin, Jérôme Chopard, Christine Froidevaux, Alban Gaignard, Konrad Hinsen, Pierre Larmande, Yvan Le Bras, Frédéric Lemoine, Fabien Mareuil, Hervé Ménager, Christophe Pradal, Christophe Blanchet
- article
- Future Generation Computer Systems, 2017, 75, pp.284-298. ⟨10.1016/j.future.2017.01.012⟩
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-
- titre
- InfraPhenoGrid: A scientific workflow infrastructure for Plant Phenomics on the Grid
- auteur
- Christophe Pradal, Simon Artzet, Jérôme Chopard, Dimitri Dupuis, Christian Fournier, Michael Mielewczik, Vincent Negre, Pascal Neveu, Didier Parigot, Patrick Valduriez, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Future Generation Computer Systems, 2017, 67, pp.341-353. ⟨10.1016/j.future.2016.06.002⟩
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-
- titre
- Effective and Efficient Similarity Search in Scientific Workflow Repositories
- auteur
- Johannes Starlinger, Sarah Cohen-Boulakia, Sanjeev Khanna, Susan Davidson, Ulf Leser
- article
- Future Generation Computer Systems, 2016, 56, pp.584-594. ⟨10.1016/j.future.2015.06.012⟩
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-
- titre
- Querying and Managing bioinformatic data for molecular biology
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Patrick Valduriez
- article
- Techniques de l'Ingénieur, 2015, Interrogation et gestion de données bio-informatiques pour la biologie moléculaire, TIP140WEB, pp.BIO7055. ⟨10.51257/a-v1-bio7055⟩
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-
- titre
- Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis
- auteur
- Bryan Brancotte, Bo Yang, Guillaume Blin, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
- article
- Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 2015, Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 8 (11), pp.1202-1213. ⟨10.14778/2809974.2809982⟩
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-
- titre
- Similarity Search for Scientific Workflows
- auteur
- Johannes Starlinger, Bryan Brancotte, Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
- article
- Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 2014, 7 (12), pp.1143-1154. ⟨10.14778/2732977.2732988⟩
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-
- titre
- Distilling structure in Taverna scientific workflows: a refactoring approach
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Jiuqiang Chen, Paolo Missier, Carole Goble, Alan Williams, Christine Froidevaux
- article
- BMC Bioinformatics, 2014, 15 (Suppl 1), pp.S12
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-
- titre
- Gene List significance at-a-glance with GeneValorization.
- auteur
- Bryan Brancotte, Anne Biton, Isabelle Bernard-Pierrot, François Radvanyi, Fabien Reyal, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Bioinformatics, 2011, 27 (8), pp.1187-9. ⟨10.1093/bioinformatics/btr073⟩
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-
- titre
- Search, adapt, and reuse: the future of scientific workflows
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
- article
- SIGMOD record, 2011, ⟨10.1145/2034863.2034865⟩
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-
- titre
- PDiffView: Viewing the Difference in Provenance of Workflow Results
- auteur
- Zhuowei Bao, Sarah Cohen-Boulakia, Susan Davidson, Pierrick Girard, Anat Eyal, Sanjeev Khanna, Sudeepa Roy
- article
- Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 2009, 2 (2), pp.1638-1641
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-
- titre
- Review of the selected proceedings of the Fifth International Workshop on Data Integration in the Life Sciences 2008.
- auteur
- Amos Bairoch, Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux
- article
- BMC Bioinformatics, 2008, 9 Suppl 8, pp.S1. ⟨10.1186/1471-2105-9-S8-S1⟩
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-
Conference papers
- titre
- Assessing bioinformatics software annotations: bio.tools case-study
- auteur
- Ulysse Le Clanche, Sarah Cohen-Boulakia, Yann Le Cunff, Olivier Dameron, Alban Gaignard
- article
- JOBIM 2025 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2025, Bordeaux & Online, France. pp.1-7
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-
- titre
- Reproducibility in Named Entity Recognition: A Case Study Analysis
- auteur
- Carlos Cuevas Villarmin, Sarah Cohen-Boulakia, Nona Naderi
- article
- 2024 IEEE 20th International Conference on e-Science (e-Science), Sep 2024, Osaka, Japan. ⟨10.1109/e-Science62913.2024.10678721⟩
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-
- titre
- Extraction d’entités nommées décrivant des chaînes de traitement bioinformatiques dans des articles scientifiques en anglais
- auteur
- Clémence Sebe, Sarah Cohen-Boulakia, Olivier Ferret, Aurélie Névéol
- article
- 31ème Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles (TALN 2024), Jul 2024, Toulouse, France. pp.422-434
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-
- titre
- Extraction d'informations sur les workflows scientifiques à partir de la littérature
- auteur
- Clémence Sebe, Aurélie Névéol, Sarah Cohen-Boulakia, Alban Gaignard
- article
- 23ème conférence francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances (EGC), Jan 2023, Lyon, France. pp.313-320
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-
- titre
- A Coq formalization of data provenance
- auteur
- Véronique Benzaken, Sarah Cohen-Boulakia, Évelyne Contejean, Chantal Keller, Rébecca Zucchini
- article
- Certified Programs and Proofs, ACM, Jan 2021, Virtual Event, Denmark. ⟨10.1145/3437992.3439920⟩
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-
- titre
- Vers une formalisation en Coq de la provenance de données
- auteur
- Véronique Benzaken, Sarah Cohen-Boulakia, Évelyne Contejean, Chantal Keller, Rébecca Zucchini
- article
- 31ème Journées Francophones des Langages Applicatifs, Jan 2020, Gruissan, France. pp.72-87
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-
- titre
- Reliability-Aware and Graph-Based Approach for Rank Aggregation of Biological Data
- auteur
- Pierre Andrieu, Bryan Brancotte, Laurent Bulteau, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Adeline Pierrot, Stéphane Vialette
- article
- 2019 15th International Conference on eScience (eScience), Sep 2019, San Diego, France. pp.136-145, ⟨10.1109/eScience.2019.00022⟩
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-
- titre
- Designing scientific SPARQL queries using autocompletion by snippets
- auteur
- Karima Rafes, Serge Abiteboul, Sarah Cohen-Boulakia, Bastien Rance
- article
- 14th IEEE International Conference on eScience, Oct 2018, Amsterdam, Netherlands. pp.234-244, ⟨10.1109/eScience.2018.00038⟩
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-
- titre
- Une autocomplétion générique de SPARQL dans un contexte multi-services
- auteur
- Karima Rafes, Sarah Cohen-Boulakia, Serge Abiteboul
- article
- BDA 2017 - 33ème conférence sur la «Gestion de Données — Principes, Technologies et Applications», Nov 2017, Nancy, France
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-
- titre
- Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
- auteur
- Vincent Henry, Arnaud Ferré, Christine Froidevaux, Anne Goelzer, Vincent Fromion, Sarah Cohen-Boulakia, Sandra Derozier, Marc Dinh, Ghislain Fievet, Stéphan Fischer, Jean-Francois Gibrat, Valentin Loux, Sabine Pérès
- article
- IC201: 27es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
- auteur
- Vincent J. Henry, Arnaud Ferré, Christine Froidevaux, Anne Goelzer, Vincent V. Fromion, Sarah Cohen-Boulakia, Sandra S. Derozier, Marc Dinh, Ghislain Fiévet, Stephan Fischer, Jean-Francois J.-F. Gibrat, Valentin Loux, Sabine Pérès
- article
- IC2016 - Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France
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-
- titre
- Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis
- auteur
- Bryan Brancotte, Bo Yang, Guillaume Blin, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
- article
- The 41st International Conference on Very Large Data Bases, Aug 2015, Kohala Coast, Hawaï, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- OpenAlea: Scientific Workflows Combining Data Analysis and Simulation
- auteur
- Christophe Pradal, Christian Fournier, Patrick Valduriez, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- SSDBM: Scientific and Statistical Database Management, Jun 2015, San Diego, United States. ⟨10.1145/2791347.2791365⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Layer Decomposition: An Effective Structure-based Approach for Scientific Workflow Similarity
- auteur
- Johannes Starlinger, Sarah Cohen-Boulakia, Sanjeev Khanna, Susan Davidson, Ulf Leser
- article
- International Conference on e-Science, Oct 2014, Guarujá, Brazil. pp.169-176, ⟨10.1109/eScience.2014.19⟩
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-
- titre
- ConQuR-Bio: Consensus Ranking with Query Reformulation for Biological Data
- auteur
- Bryan Brancotte, Bastien Rance, Alain Denise, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- 10th International Conference, Data Integration in the Life Sciences, Jul 2014, Lisbon, Portugal. pp.128 - 142, ⟨10.1007/978-3-319-08590-6_13⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- DistillFlow: removing redundancy in scientific workflows
- auteur
- Jiuqiang Chen, Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Carole Goble, Paolo Missier, Alan Williams
- article
- SSDBM '14 Proceedings of the 26th International Conference on Scientific and Statistical Database Management, Jun 2014, Aalborg, Denmark. ⟨10.1145/2618243.2618287⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Distilling Structure in Scientific Workflows
- auteur
- Jiuqiang Chen, Christine Froidevaux, Carole Goble, Alan Williams, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Proc. of the 12th International Workshop on Network Tools and Applications in Biology, Nettab 2012 (Poster), Nov 2012, Como, Italy. pp.10-102
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Réécriture de workflows scientifiques et provenance
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Jiuqiang Chen
- article
- Proc. of the 28th Journées de Bases de Données Avancées, Oct 2012, Clermont Ferrand, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Scientific Workflow Rewriting while Preserving Provenance
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Jiuqiang Chen
- article
- Proc. of the 8th IEEE International Conference in eScience, Oct 2012, Chicago, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- Towards a logic-based method to infer provenance-aware molecular networks
- auteur
- Zahira Aslaoui-Errafi, Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Pauline Gloaguen, Anne Poupon, Adrien Rougny, Meriem Yahiaoui
- article
- Proc. of the 1st ECML/PKDD International workshop on Learning and Discovery in Symbolic Systems Biology (LDSSB), Sep 2012, Bristol, United Kingdom. pp.103-110
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- (Re)Use in Public Scientific Workflow Repositories
- auteur
- Johannes Starlinger, Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
- article
- Scientific and Statistical Database Management - 24th International Conference, SSDBM 2012, Jun 2012, Chania, Greece. pp.361-378
- Accès au bibtex
-
- titre
- Next Generation Data Integration for the Life Sciences
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
- article
- IEEE International Conference on Data Engineering (ICDE), Apr 2011, Hannover, Germany
- Accès au bibtex
-
- titre
- Using medians to generate consensus rankings for biological data
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
- article
- SSDBM 2011: Scientific and Statistical Database Management Conference, 2011, Portland, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- Privacy Issues in Scientific Workflow Provenance
- auteur
- Susan Davidson, Sanjeev Khanna, Sudeepa Roy, Sarah Cohen-Boulakia, Zhuowei Bao, Anat Eyal
- article
- 1st Int. Workshop on Workflow Approaches to New Data-centric Science (SIGMOD Workshop), Jun 2010, Indianapolis, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- On User Views in Scientific Workflow Systems (Invited Paper)
- auteur
- Susan Davidson, Yi Chen, Peng Sun, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Proc. of the the First Int. Workshop on the role of Semantic Web in Provenance Management (ISWC 2009 Workshop), Oct 2009, Washington DC, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- PDiffView: Viewing the Difference in Provenance of Workflow Results
- auteur
- Bao Zhuowei, Sarah Cohen-Boulakia, Susan B. Davidson, Pierrick Girard
- article
- VLDB- Very Large DataBase systems-2009, Serge Abiteboul and Tova Milo and Jignesh Patel and Philippe Rigaux, Aug 2009, Lyon, France. pp.1638-1641
- Accès au bibtex
-
- titre
- BioBrowsing: Making the Most of the Data Available in Entrez
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Kevin Masini
- article
- 21st Int. Conf. in Scientific and Statistical Database Management (SSDBM), LNCS 5566, Springer, Jun 2009, New Orleans, United States. pp.283-291
- Accès au bibtex
-
- titre
- Differencing Provenance in Scientific Workflows
- auteur
- Zhuowei Bao, Sarah Cohen-Boulakia, Susan Davidson, Anat Eyal, Sanjeev Khanna
- article
- Proc. of the 25th Int. Conf. on Data Engineering (ICDE), IEEE, Mar 2009, Shanghai, China. pp.808-819
- Accès au bibtex
-
- titre
- Selecting Biological Data Sources and Tools with XPR, a Path Language for RDF
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Emmanuel Pietriga
- article
- Pacific Symposium on Biocomputing, Jan 2006, Maui, United States. pp.116-127, ⟨10.1142/9789812701626_0012⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Biological Resource Discovery
- auteur
- Zoé Lacroix, R. Cartik, Peter Mork, Rami Rifaieh, Mark Wilkinson, Juliana Freire, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Ling Liu, M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.220-223, 2009
- Accès au bibtex
-
- titre
- Provenance in Scientific Databases
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Wang Chiew Tan
- article
- Ling Liu, M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.2202-2207, 2009
- Accès au bibtex
-
- titre
- Biological Metadata Management
- auteur
- Zoé Lacroix, R. Cartik, Peter Mork, Mark Wilkinson, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Ling Liu and M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.215-219, 2009, 978-0-387-35544-3, 978-0-387-39940-9
- Accès au bibtex
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Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Data Integration in the Life Sciences: Scientific Workflows, Provenance, and Ranking
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Paris-Sud, 2015
- Accès au texte intégral et bibtex
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Poster communications
- titre
- Representing bioinformatics Nextflow workflows in RO-Crate : challenges and opportunities
- auteur
- George Marchment, Marie Schmit, Clémence Sebe, Frédéric Lemoine, Hervé Ménager, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences, Feb 2024, Leiden, Netherlands. Zenodo, 2024, ⟨10.5281/zenodo.10822156⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Phenomenal: a software framework for model-assisted analysis of high throughput plant phenotyping data
- auteur
- Christian Fournier, Simon Artzet, Jérôme Chopard, Michael Mielewczik, Nicolas Brichet, Llorenç Cabrera, Xavier Sirault, Sarah Cohen-Boulakia, Christophe Pradal
- article
- IAMPS 2015 (International Workshop on Image Analysis Methods for the Plant Sciences), Sep 2015, Louvain-la-Neuve, Belgium.
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Interrogation de bases de données biologiques publiques par reformulation de requêtes et classement des résultats avec ConQuR-Bio
- auteur
- Bryan Brancotte, Bastien Rance, Alain Denise, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- JOBIM: Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , pp.35 slides, 2015
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- Bioinformatics big data processing
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Patrick Valduriez
- article
- [Rapport de recherche] RR-8915, Inria Sophia Antipolis; LRI - CNRS, University Paris-Sud. 2016, pp.8
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Phenomenal: An automatic open source library for 3D shoot architecture reconstruction and analysis for image-based plant phenotyping
- auteur
- Simon Artzet, Tsu Wei Chen, Jérôme Chopard, Nicolas Brichet, Michael Mielewczik, Sarah Cohen-Boulakia, Llorenç Cabrera Bosquet, Francois Tardieu, Christian Fournier, Christophe Pradal
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
-