Journal articles
- titre
- Workflow abstractions for automatic modularity: improving workflow code reusability
- auteur
- George Marchment, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Frédéric Lemoine
- article
- Future Generation Computer Systems, 2027, 187, pp.108776. ⟨10.1016/j.future.2026.108776⟩
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-
- titre
- BioFlow-Insight: facilitating reuse of Nextflow workflows with structure reconstruction and visualization
- auteur
- George Marchment, Bryan Brancotte, Marie Schmit, Frédéric Lemoine, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- NAR Genomics and Bioinformatics, 2024, 6 (3), pp.lqae092. ⟨10.1093/nargab/lqae092⟩
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-
- titre
- A unifying rank aggregation framework to suitably and efficiently aggregate any kind of rankings
- auteur
- Pierre Andrieu, Sarah Cohen-Boulakia, Miguel Couceiro, Alain Denise, Adeline Pierrot
- article
- International Journal of Approximate Reasoning, 2023, 162, pp.109035. ⟨10.1016/j.ijar.2023.109035⟩
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-
- titre
- Reprohackathons: promoting reproducibility in bioinformatics through training
- auteur
- Thomas Cokelaer, Sarah Cohen-Boulakia, Frédéric Lemoine
- article
- Bioinformatics, 2023, 39 (Sup 1), pp.i11 - i20. ⟨10.1093/bioinformatics/btad227⟩
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-
- titre
- Developing and reusing bioinformatics data analysis pipelines using scientific workflow systems
- auteur
- Marine Djaffardjy, George Marchment, Clémence Sebe, Raphaël Blanchet, Khalid Belhajjame, Alban Gaignard, Frédéric Lemoine, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Computational and Structural Biotechnology Journal, 2023, 21, pp.2075-2085. ⟨10.1016/j.csbj.2023.03.003⟩
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-
- titre
- Toward an observatory of the evolution of COVID-19 Vaccines Trials through phylomemy reconstruction
- auteur
- Quentin Lobbé, David Chavalarias, Alexandre Delanoë, Gabriel Ferrand, Sarah Cohen-Boulakia, Philippe Ravaud, Isabelle Boutron
- article
- Journal of Clinical Epidemiology, 2022, 149, pp.34-44. ⟨10.1016/j.jclinepi.2022.05.004⟩
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-
- titre
- FAIR Scientific Workflows: Status, Challenges and Research Opportunities
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Revue des Nouvelles Technologies de l'Information, 2022, Extraction et Gestion des Connaissances, EGC 2022, RNTI-E-38, pp.7-8
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-
- titre
- Efficient, robust and effective rank aggregation for massive biological datasets
- auteur
- Pierre Andrieu, Bryan Brancotte, Laurent Bulteau, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Adeline Pierrot, Stéphane Vialette
- article
- Future Generation Computer Systems, 2021, 124, pp.406-421. ⟨10.1016/j.future.2021.06.013⟩
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-
- titre
- Research response to coronavirus disease 2019 needed better coordination and collaboration: a living mapping of registered trials
- auteur
- Van Thu Nguyen, Philippe Riviere, Pierre Ripoll, Julien Barnier, Romain Vuillemot, Gabriel Ferrand, Sarah Cohen-Boulakia, Philippe Ravaud, Isabelle Boutron
- article
- Journal of Clinical Epidemiology, 2021, 130, pp.107-116. ⟨10.1016/j.jclinepi.2020.10.010⟩
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-
- titre
- FAIR Computational Workflows
- auteur
- Carole Goble, Sarah Cohen-Boulakia, Stian Soiland-Reyes, Daniel Garijo, Yolanda Gil, Michael R Crusoe, Kristian Peters, Daniel Schober
- article
- Journal of Data Intelligence, 2020, 2, pp.108 - 121. ⟨10.1162/dint_a_00033⟩
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-
- titre
- VersionClimber: version upgrades without tears
- auteur
- Christophe Pradal, Sarah Cohen-Boulakia, Patrick Valduriez, Dennis Shasha
- article
- Computing in Science and Engineering, 2019, 21 (5), pp.87-93. ⟨10.1109/MCSE.2019.2921898⟩
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-
- titre
- NGPhylogeny.fr: new generation phylogenetic services for non-specialists
- auteur
- Frédéric Lemoine, Damien Correia, Vincent Lefort, Olivia Doppelt-Azeroual, Fabien Mareuil, Sarah Cohen-Boulakia, Olivier Gascuel
- article
- Nucleic Acids Research, 2019, 47 (W1), pp.W260-W265. ⟨10.1093/nar/gkz303⟩
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-
- titre
- The CoLoMoTo Interactive Notebook: Accessible and Reproducible Computational Analyses for Qualitative Biological Networks
- auteur
- Aurélien Naldi, Céline Hernandez, Nicolas Levy, Gautier Stoll, Pedro Monteiro, Claudine Chaouiya, Tomáš Helikar, Andrei Zinovyev, Laurence Calzone, Sarah Cohen-Boulakia, Denis Thieffry, Loïc Paulevé
- article
- Frontiers in Physiology, 2018, 9, pp.n°680:1-13. ⟨10.3389/fphys.2018.00680⟩
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-
- titre
- Distributed Management of Scientific Workflows for High-Throughput Plant Phenotyping
- auteur
- Christophe Pradal, Sarah Cohen-Boulakia, Gaëtan Heidsieck, Esther Pacitti, Francois Tardieu, Patrick Valduriez
- article
- ERCIM News, 2018, Smart Farming, 113, pp.36-37
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-
- titre
- Scientific workflows for computational reproducibility in the life sciences: Status, challenges and opportunities
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Khalid Belhajjame, Olivier Collin, Jérôme Chopard, Christine Froidevaux, Alban Gaignard, Konrad Hinsen, Pierre Larmande, Yvan Le Bras, Frédéric Lemoine, Fabien Mareuil, Hervé Ménager, Christophe Pradal, Christophe Blanchet
- article
- Future Generation Computer Systems, 2017, 75, pp.284-298. ⟨10.1016/j.future.2017.01.012⟩
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-
- titre
- InfraPhenoGrid: A scientific workflow infrastructure for Plant Phenomics on the Grid
- auteur
- Christophe Pradal, Simon Artzet, Jérôme Chopard, Dimitri Dupuis, Christian Fournier, Michael Mielewczik, Vincent Negre, Pascal Neveu, Didier Parigot, Patrick Valduriez, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Future Generation Computer Systems, 2017, 67, pp.341-353. ⟨10.1016/j.future.2016.06.002⟩
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-
- titre
- Effective and Efficient Similarity Search in Scientific Workflow Repositories
- auteur
- Johannes Starlinger, Sarah Cohen-Boulakia, Sanjeev Khanna, Susan Davidson, Ulf Leser
- article
- Future Generation Computer Systems, 2016, 56, pp.584-594. ⟨10.1016/j.future.2015.06.012⟩
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-
- titre
- Querying and Managing bioinformatic data for molecular biology
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Patrick Valduriez
- article
- Techniques de l'Ingénieur, 2015, Interrogation et gestion de données bio-informatiques pour la biologie moléculaire, TIP140WEB, pp.BIO7055. ⟨10.51257/a-v1-bio7055⟩
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-
- titre
- Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis
- auteur
- Bryan Brancotte, Bo Yang, Guillaume Blin, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
- article
- Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 2015, Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 8 (11), pp.1202-1213. ⟨10.14778/2809974.2809982⟩
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-
- titre
- Similarity Search for Scientific Workflows
- auteur
- Johannes Starlinger, Bryan Brancotte, Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
- article
- Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 2014, 7 (12), pp.1143-1154. ⟨10.14778/2732977.2732988⟩
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-
- titre
- Distilling structure in Taverna scientific workflows: a refactoring approach
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Jiuqiang Chen, Paolo Missier, Carole Goble, Alan Williams, Christine Froidevaux
- article
- BMC Bioinformatics, 2014, 15 (Suppl 1), pp.S12
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-
- titre
- Gene List significance at-a-glance with GeneValorization.
- auteur
- Bryan Brancotte, Anne Biton, Isabelle Bernard-Pierrot, François Radvanyi, Fabien Reyal, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Bioinformatics, 2011, 27 (8), pp.1187-9. ⟨10.1093/bioinformatics/btr073⟩
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-
- titre
- Search, adapt, and reuse: the future of scientific workflows
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
- article
- SIGMOD record, 2011, ⟨10.1145/2034863.2034865⟩
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-
- titre
- PDiffView: Viewing the Difference in Provenance of Workflow Results
- auteur
- Zhuowei Bao, Sarah Cohen-Boulakia, Susan Davidson, Pierrick Girard, Anat Eyal, Sanjeev Khanna, Sudeepa Roy
- article
- Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 2009, 2 (2), pp.1638-1641
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-
- titre
- Review of the selected proceedings of the Fifth International Workshop on Data Integration in the Life Sciences 2008.
- auteur
- Amos Bairoch, Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux
- article
- BMC Bioinformatics, 2008, 9 Suppl 8, pp.S1. ⟨10.1186/1471-2105-9-S8-S1⟩
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-
Conference papers
- titre
- MetroFlow: Visualizing Bioinformatics Workflow Source Code as Interactive Metro-Maps
- auteur
- Lenora Buggenhoudt, George Marchment, Anne-Flore Cabouat, Frédéric Lemoine, Caroline Appert, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- VISSOFT 2026 - 14th IEEE Working conference on Software Visualization, Sep 2026, Benevento, Italy
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-
- titre
- ShareFAIR-KG, a centralised knowledge base of scientific workflows
- auteur
- Marie Schmit, Melvin Selim Atay, Khalid Belhajjame, Ulysse Le Clanche, Emmanuel Coquery, Olivier Dameron, Fabien Duchateau, Alban Gaignard, Mouna El Garb, Jaffar Gura, Nicolas Lumineau, George Marchment, Camille Maumet, Clémence Sebe, Frédéric Lemoine, Sarah Cohen-Boulakia, Hervé M Énager
- article
- JOBIM 2026 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2026, Strasbourg, France
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-
- titre
- A Standards-Based Knowledge Graph that Bridges Scientific Workflows, Run-Time Provenance, and Tool Registries
- auteur
- Marie Schmit, Ulysse Le Clanche, George Marchment, Sarah Cohen-Boulakia, Olivier Dameron, Alban Gaignard, Frédéric Lemoine, Hervé Ménager
- article
- SWAT4HCLS 2026, Mar 2026, Amsterdam, Netherlands
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-
- titre
- Attempt to rerun, reproduce and replicate Clinical Trials Sentence Classification Studies: lessons learnt
- auteur
- Anca Dobrescu, Sarah Cohen-Boulakia, Nona Naderi
- article
- REP'25 ACM Conference on Reproducibility and Replicability, Jul 2025, Vancouver, Canada. pp.243-244, ⟨10.1145/3736731.3746133⟩
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-
- titre
- Computational Reproducibility With Scientific Workflows: Analysing viral genomes with Nextflow
- auteur
- George Marchment, Sarah Cohen-Boulakia, Frédéric Lemoine
- article
- REP'25 ACM Conference on Reproducibility and Replicability, Jul 2025, Vancouver, Canada
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-
- titre
- Assessing bioinformatics software annotations: bio.tools case-study
- auteur
- Ulysse Le Clanche, Sarah Cohen-Boulakia, Yann Le Cunff, Olivier Dameron, Alban Gaignard
- article
- JOBIM 2025 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2025, Bordeaux & Online, France. pp.1-7
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-
- titre
- Extracting Information in a Low-resource Setting: Case Study on Bioinformatics Workflows
- auteur
- Clémence Sebe, Sarah Cohen-Boulakia, Olivier Ferret, Aurélie Névéol
- article
- IDA 2025 - Symposium on Intelligent Data Analysis, May 2025, Konstanz, Germany. pp.274-287, ⟨10.1007/978-3-031-91398-3_21⟩
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-
- titre
- Reproducibility in Named Entity Recognition: A Case Study Analysis
- auteur
- Carlos Cuevas Villarmin, Sarah Cohen-Boulakia, Nona Naderi
- article
- 2024 IEEE 20th International Conference on e-Science (e-Science), Sep 2024, Osaka, Japan. ⟨10.1109/e-Science62913.2024.10678721⟩
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-
- titre
- Extraction d’entités nommées décrivant des chaînes de traitement bioinformatiques dans des articles scientifiques en anglais
- auteur
- Clémence Sebe, Sarah Cohen-Boulakia, Olivier Ferret, Aurélie Névéol
- article
- 31ème Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles (TALN 2024), Jul 2024, Toulouse, France. pp.422-434
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Extraction d'informations sur les workflows scientifiques à partir de la littérature
- auteur
- Clémence Sebe, Aurélie Névéol, Sarah Cohen-Boulakia, Alban Gaignard
- article
- 23ème conférence francophone sur l'Extraction et la Gestion des Connaissances (EGC), Jan 2023, Lyon, France. pp.313-320
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Coq formalization of data provenance
- auteur
- Véronique Benzaken, Sarah Cohen-Boulakia, Évelyne Contejean, Chantal Keller, Rébecca Zucchini
- article
- Certified Programs and Proofs, ACM, Jan 2021, Virtual Event, Denmark. ⟨10.1145/3437992.3439920⟩
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-
- titre
- Vers une formalisation en Coq de la provenance de données
- auteur
- Véronique Benzaken, Sarah Cohen-Boulakia, Évelyne Contejean, Chantal Keller, Rébecca Zucchini
- article
- 31ème Journées Francophones des Langages Applicatifs, Jan 2020, Gruissan, France. pp.72-87
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Reliability-Aware and Graph-Based Approach for Rank Aggregation of Biological Data
- auteur
- Pierre Andrieu, Bryan Brancotte, Laurent Bulteau, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Adeline Pierrot, Stéphane Vialette
- article
- 2019 15th International Conference on eScience (eScience), Sep 2019, San Diego, France. pp.136-145, ⟨10.1109/eScience.2019.00022⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Designing scientific SPARQL queries using autocompletion by snippets
- auteur
- Karima Rafes, Serge Abiteboul, Sarah Cohen-Boulakia, Bastien Rance
- article
- 14th IEEE International Conference on eScience, Oct 2018, Amsterdam, Netherlands. pp.234-244, ⟨10.1109/eScience.2018.00038⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Une autocomplétion générique de SPARQL dans un contexte multi-services
- auteur
- Karima Rafes, Sarah Cohen-Boulakia, Serge Abiteboul
- article
- BDA 2017 - 33ème conférence sur la «Gestion de Données — Principes, Technologies et Applications», Nov 2017, Nancy, France
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-
- titre
- Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
- auteur
- Vincent J. Henry, Arnaud Ferré, Christine Froidevaux, Anne Goelzer, Vincent V. Fromion, Sarah Cohen-Boulakia, Sandra S. Derozier, Marc Dinh, Ghislain Fiévet, Stephan Fischer, Jean-Francois J.-F. Gibrat, Valentin Loux, Sabine Pérès
- article
- IC2016 - Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Représentation systémique multi-échelle des processus biologiques de la bactérie
- auteur
- Vincent Henry, Arnaud Ferré, Christine Froidevaux, Anne Goelzer, Vincent Fromion, Sarah Cohen-Boulakia, Sandra Derozier, Marc Dinh, Ghislain Fievet, Stéphan Fischer, Jean-Francois Gibrat, Valentin Loux, Sabine Pérès
- article
- IC201: 27es Journées francophones d'Ingénierie des Connaissances, Jun 2016, Montpellier, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis
- auteur
- Bryan Brancotte, Bo Yang, Guillaume Blin, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
- article
- The 41st International Conference on Very Large Data Bases, Aug 2015, Kohala Coast, Hawaï, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- OpenAlea: Scientific Workflows Combining Data Analysis and Simulation
- auteur
- Christophe Pradal, Christian Fournier, Patrick Valduriez, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- SSDBM: Scientific and Statistical Database Management, Jun 2015, San Diego, United States. ⟨10.1145/2791347.2791365⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Layer Decomposition: An Effective Structure-based Approach for Scientific Workflow Similarity
- auteur
- Johannes Starlinger, Sarah Cohen-Boulakia, Sanjeev Khanna, Susan Davidson, Ulf Leser
- article
- International Conference on e-Science, Oct 2014, Guarujá, Brazil. pp.169-176, ⟨10.1109/eScience.2014.19⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- ConQuR-Bio: Consensus Ranking with Query Reformulation for Biological Data
- auteur
- Bryan Brancotte, Bastien Rance, Alain Denise, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- 10th International Conference, Data Integration in the Life Sciences, Jul 2014, Lisbon, Portugal. pp.128 - 142, ⟨10.1007/978-3-319-08590-6_13⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- DistillFlow: removing redundancy in scientific workflows
- auteur
- Jiuqiang Chen, Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Carole Goble, Paolo Missier, Alan Williams
- article
- SSDBM '14 Proceedings of the 26th International Conference on Scientific and Statistical Database Management, Jun 2014, Aalborg, Denmark. ⟨10.1145/2618243.2618287⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Distilling Structure in Scientific Workflows
- auteur
- Jiuqiang Chen, Christine Froidevaux, Carole Goble, Alan Williams, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Proc. of the 12th International Workshop on Network Tools and Applications in Biology, Nettab 2012 (Poster), Nov 2012, Como, Italy. pp.10-102
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Réécriture de workflows scientifiques et provenance
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Jiuqiang Chen
- article
- Proc. of the 28th Journées de Bases de Données Avancées, Oct 2012, Clermont Ferrand, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Scientific Workflow Rewriting while Preserving Provenance
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Jiuqiang Chen
- article
- Proc. of the 8th IEEE International Conference in eScience, Oct 2012, Chicago, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- Towards a logic-based method to infer provenance-aware molecular networks
- auteur
- Zahira Aslaoui-Errafi, Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Pauline Gloaguen, Anne Poupon, Adrien Rougny, Meriem Yahiaoui
- article
- Proc. of the 1st ECML/PKDD International workshop on Learning and Discovery in Symbolic Systems Biology (LDSSB), Sep 2012, Bristol, United Kingdom. pp.103-110
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- (Re)Use in Public Scientific Workflow Repositories
- auteur
- Johannes Starlinger, Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
- article
- Scientific and Statistical Database Management - 24th International Conference, SSDBM 2012, Jun 2012, Chania, Greece. pp.361-378
- Accès au bibtex
-
- titre
- Next Generation Data Integration for the Life Sciences
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Ulf Leser
- article
- IEEE International Conference on Data Engineering (ICDE), Apr 2011, Hannover, Germany
- Accès au bibtex
-
- titre
- Using medians to generate consensus rankings for biological data
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
- article
- SSDBM 2011: Scientific and Statistical Database Management Conference, 2011, Portland, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- Privacy Issues in Scientific Workflow Provenance
- auteur
- Susan Davidson, Sanjeev Khanna, Sudeepa Roy, Sarah Cohen-Boulakia, Zhuowei Bao, Anat Eyal
- article
- 1st Int. Workshop on Workflow Approaches to New Data-centric Science (SIGMOD Workshop), Jun 2010, Indianapolis, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- On User Views in Scientific Workflow Systems (Invited Paper)
- auteur
- Susan Davidson, Yi Chen, Peng Sun, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Proc. of the the First Int. Workshop on the role of Semantic Web in Provenance Management (ISWC 2009 Workshop), Oct 2009, Washington DC, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- PDiffView: Viewing the Difference in Provenance of Workflow Results
- auteur
- Bao Zhuowei, Sarah Cohen-Boulakia, Susan B. Davidson, Pierrick Girard
- article
- VLDB- Very Large DataBase systems-2009, Serge Abiteboul and Tova Milo and Jignesh Patel and Philippe Rigaux, Aug 2009, Lyon, France. pp.1638-1641
- Accès au bibtex
-
- titre
- BioBrowsing: Making the Most of the Data Available in Entrez
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Kevin Masini
- article
- 21st Int. Conf. in Scientific and Statistical Database Management (SSDBM), LNCS 5566, Springer, Jun 2009, New Orleans, United States. pp.283-291
- Accès au bibtex
-
- titre
- Differencing Provenance in Scientific Workflows
- auteur
- Zhuowei Bao, Sarah Cohen-Boulakia, Susan Davidson, Anat Eyal, Sanjeev Khanna
- article
- Proc. of the 25th Int. Conf. on Data Engineering (ICDE), IEEE, Mar 2009, Shanghai, China. pp.808-819
- Accès au bibtex
-
- titre
- Selecting Biological Data Sources and Tools with XPR, a Path Language for RDF
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Christine Froidevaux, Emmanuel Pietriga
- article
- Pacific Symposium on Biocomputing, Jan 2006, Maui, United States. pp.116-127, ⟨10.1142/9789812701626_0012⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Reprohackathons: training efforts to increase bioinformatics reproducibility using scientific workflow systems
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, George Marchment, Thomas Cokelaer, Frédéric Lemoine
- article
- Ulf Leser, Marcus Hilbrich, Sean R. Wilkinson, Rafael Ferreira da Silva. Workflow systems for large-scale scientific data analysis, Berlin Universities Publishing, pp.547-564, 2026, 978-3-98781-067-1 (print) ; 978-3-98781-068-8 (online). ⟨10.14279/depositonce-25835⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Reuse and reproduce bioinformatic pipelines using scientific workflow systems
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Frédéric Lemoine, George Marchment, Marine Djaffardjy, Alban Gaignard, Clémence Sebe, Khalid Belhajjame
- article
- Berlin Universities Publishing. Workflow systems for large-scale scientific data analysis, Berlin Universities Publishing, 2026, 978-3-98781-067-1. ⟨10.14279/depositonce-25828⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Provenance in Scientific Databases
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Wang Chiew Tan
- article
- Ling Liu, M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.2202-2207, 2009
- Accès au bibtex
-
- titre
- Biological Resource Discovery
- auteur
- Zoé Lacroix, R. Cartik, Peter Mork, Rami Rifaieh, Mark Wilkinson, Juliana Freire, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Ling Liu, M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.220-223, 2009
- Accès au bibtex
-
- titre
- Biological Metadata Management
- auteur
- Zoé Lacroix, R. Cartik, Peter Mork, Mark Wilkinson, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Ling Liu and M. Tamer Özsu. Encyclopedia of Database Systems, Springer US, pp.215-219, 2009, 978-0-387-35544-3, 978-0-387-39940-9
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-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Data Integration in the Life Sciences: Scientific Workflows, Provenance, and Ranking
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Paris-Sud, 2015
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Representing bioinformatics Nextflow workflows in RO-Crate : challenges and opportunities
- auteur
- George Marchment, Marie Schmit, Clémence Sebe, Frédéric Lemoine, Hervé Ménager, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences, Feb 2024, Leiden, Netherlands. Zenodo, 2024, ⟨10.5281/zenodo.10822156⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Towards improving workflows reproducibility : Extracting information on workflows from text and code repositories
- auteur
- Clémence Sebe, Frédéric Lemoine, Alban Gaignard, Olivier Ferret, Sarah Cohen-Boulakia, Aurélie Névéol
- article
- 31st Annual Intelligent Systems For Molecular Biology and 22nd Annual European Conference on Computational Biology (ISMB/ECCB 2023), Jul 2023, Lyon, France.
- Accès au bibtex
-
- titre
- Phenomenal: a software framework for model-assisted analysis of high throughput plant phenotyping data
- auteur
- Christian Fournier, Simon Artzet, Jérôme Chopard, Michael Mielewczik, Nicolas Brichet, Llorenç Cabrera, Xavier Sirault, Sarah Cohen-Boulakia, Christophe Pradal
- article
- IAMPS 2015 (International Workshop on Image Analysis Methods for the Plant Sciences), Sep 2015, Louvain-la-Neuve, Belgium.
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- titre
- Interrogation de bases de données biologiques publiques par reformulation de requêtes et classement des résultats avec ConQuR-Bio
- auteur
- Bryan Brancotte, Bastien Rance, Alain Denise, Sarah Cohen-Boulakia
- article
- JOBIM: Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , pp.35 slides, 2015
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Reports
- titre
- Classements consensuels de données biologiques massives
- auteur
- Pierre Andrieu, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise
- article
- [Rapport de recherche] Université Paris-Saclay/Université Paris-Sud; Laboratoire Interdisciplinaire des Sciences du Numérique. 2021
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- titre
- Bioinformatics big data processing
- auteur
- Sarah Cohen-Boulakia, Patrick Valduriez
- article
- [Rapport de recherche] RR-8915, Inria Sophia Antipolis; LRI - CNRS, University Paris-Sud. 2016, pp.8
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-
Software
- titre
- BioFlow-Insight
- auteur
- George Marchment, Sarah Cohen-Boulakia, Frédéric Lemoine, Bryan Brancotte
- article
- 2026, ⟨swh:1:dir:9cbc8a04afc7b791fb5796f9b286ddb1f0f7af01;origin=https://gitlab.liris.cnrs.fr/sharefair/bioflow-insight;visit=swh:1:snp:0073ce5b2737e3fa95b37406b1436f2fd7e9f369;anchor=swh:1:rev:e6005d56f5bb93c7cf63248d43451fd07abb71aa⟩
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- titre
- ShareFAIR-KG
- auteur
- Marie Schmit, Ulysse Le Clanche, George Marchment, Sarah Cohen-Boulakia, Olivier Dameron, Alban Gaignard, Frédéric Lemoine, Hervé Ménager
- article
- 2025, ⟨swh:1:rev:a96c28345857df13aafbc85461df2ab0cf259ef8;origin=https://gitlab.liris.cnrs.fr/sharefair/knowledge_base_workflow_annotations/ShareFAIR-KG.git;visit=swh:1:snp:e53f57ef45e971e1b9b76477d1f39f4fbe3de77f⟩
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Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Phenomenal: An automatic open source library for 3D shoot architecture reconstruction and analysis for image-based plant phenotyping
- auteur
- Simon Artzet, Tsu Wei Chen, Jérôme Chopard, Nicolas Brichet, Michael Mielewczik, Sarah Cohen-Boulakia, Llorenç Cabrera Bosquet, Francois Tardieu, Christian Fournier, Christophe Pradal
- article
- 2019
- Accès au texte intégral et bibtex
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