Publications HAL de Yvinec

2023

titre
Comparative dynamics of female germ cell populations : insight from imaging and multiscale modeling
article
Journées INRAE-INRIA 2023, Jul 2023, Nancy, France
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https://hal.inrae.fr/hal-04194047/file/Seminaire_INRAE_INRIA-4.pdf BibTex
titre
Time scale separation in life-long ovarian follicles population dynamics model
article
Séminar EDP/ProbaStat Laboratoire de Mathématiques et Applications (LMA) de Poitiers, Mar 2023, Poitiers, France
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https://hal.inrae.fr/hal-04194051/file/yvinec_poitiers_020323.pdf BibTex

2022

titre
Kinetic biased signaling: towards a system biology definition of drugs selectivity.
article
Gonadotropins in the Physiopathology: Current advances in the Mechanisms of Action, Le studium, Sep 2022, Online, France
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https://hal.inrae.fr/hal-04194064/file/yvinec_studium_meeting_2022.pdf BibTex
titre
Stochastic Becker-Döring model: large population and large time results for phase transition phenomena
article
Seminar on the Mathematics of Reaction Networks, Nov 2022, online, Italy
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https://hal.inrae.fr/hal-04194061/file/yvinec_morn_2022.pdf BibTex
titre
Time scale separation in life-long ovarian follicles population dynamics model
article
Seminar Mathematical Biology at Duke University, Oct 2022, online, United States
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https://hal.inrae.fr/hal-04194053/file/yvinec_duke_141022.pdf BibTex
titre
Time scale separation in life-long ovarian follicles population dynamics model
article
ECMTB 2022 - The 12th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Sep 2022, Heidelberg, Germany
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https://hal.inrae.fr/hal-04194057/file/yvinec_heidelberg_200922.pdf BibTex
titre
Stochastic Becker-Döring model: large population and large time results for phase transition phenomena
article
Seminar "Seminario de Ecuaciones Diferenciales", University of Granada, Dec 2022, Granada, Spain
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https://hal.inrae.fr/hal-04194058/file/yvinec_granada_2022.pdf BibTex
titre
Stochastic Becker-Döring model: large population and large time results for phase transition phenomena
article
Chemical Reaction Networks Workshop, Jul 2022, Turin, Italy
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https://hal.inrae.fr/hal-03727240/file/yvinec_turin_2022.pdf BibTex

2021

titre
Dynamical modeling of reaction networks. Application to biased signaling
article
Mapping Group Online Symposium, Dec 2021, Online, France
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https://hal.inrae.fr/hal-03727416/file/tutorial_mapping_group_2021.pdf BibTex
titre
Modeling (some aspects of ) the female reproductive system
article
Séminaire d’analyse appliquée A³, Laboratoire Amiénois de Mathématique Fondamentale et Appliquée, Oct 2021, Amiens, France
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https://hal.inrae.fr/hal-03727263/file/yvinec_amiens_011021.pdf BibTex

2020

titre
Kinetic biased signaling: towards a system biology definition of drugs selectivity
article
Thematic Month on Mathematical Issues in Biology - Networks and molecular biology, Mar 2020, Luminy, France. pp.1-75
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https://hal.science/hal-03115087/file/yvinec_cirm_2020.pdf BibTex
titre
Ovarian follicle morphogenesis
article
CompuCell3D Multicell Virtual-Tissue Modeling Summer School, Aug 2020, Online, United States
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titre
Modeling GPCR-induced biased signaling Towards a system biology definition of drugs selectivity
article
9th GDR3545-GPCR international meeting, Nov 2020, Online, France. pp.1-42
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https://hal.science/hal-03115093/file/yvinec_GDR_GPCR_2020.pdf BibTex
titre
Dynamical modeling of reaction networks and biased signaling. Mathematics of system biology
article
8th Workshop of the GDR35 - Bioinformatics and biomathematical approaches to integrate the GPCR signals, Nov 2020, online, France
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https://hal.inrae.fr/hal-03727411/file/tutorial_slides_2020.pdf BibTex
titre
Modeling (some aspects of ) the female reproductive system
article
Thematic Month on Mathematical Issues in Biology - Mathematics of complex systems in biology and medicine, Feb 2020, Luminy, France. pp.1-65
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https://hal.science/hal-03115069/file/yvinec_cirm_24022020.pdf BibTex
titre
Dynamical modeling of reaction networksMathematics of system biology
article
2020 Workshop - ‘bioinformatics and biomathematical approaches to integrate the GPCR signal, Nov 2020, Online, France. pp.1-70
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https://hal.science/hal-03115099/file/tutorial_slides_2020.pdf BibTex

2019

titre
Dynamique de populations cellulaires structures : morphogenèse des follicules ovariens
article
ATMOSPHASE, Mar 2019, Paris, France
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titre
Modélisation mathématique de processus d’assemblage (protéı̈ques)
article
1ere réunion du GDR MéDynA, Oct 2019, Sainte-Montaine, France. pp.1-35
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https://hal.science/hal-03115106/file/yvinec_medyna_2019.pdf BibTex
titre
Stochastic model of nucleation Becker-Döring Model
article
1ere réunion du GDR MéDynA, Oct 2019, Sainte-Montaine, France
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titre
Stochastic population dynamics applied to ovarian follicles development
article
BioHasard 2019, Aug 2019, Rennes, France
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https://hal.science/hal-03115063/file/yvinec_biohasard_290819.pdf BibTex

2018

titre
Modeling (some aspects of) the female reproductive system : Gonadotropin and follicular dynamics
article
CEMRACS 2018, Jul 2018, Luminy, France
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titre
Stochastic single gene expression model: analytical results on bursting models
article
Reverse mathematical methods for reconstructing molecular dynamics in single cell, Oct 2018, Pise, Italy. pp.1-45
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titre
Using dynamical reaction network to infer drugs selectivity in pharmacology
article
ICSB 2018, Oct 2018, Lyon, France. pp.1-66
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https://hal.science/hal-03115045/file/RY_lyon_2018_bias.pdf BibTex

2017

titre
Dynamiques de populations cellulaires structurées Morphogenèse des follicules ovariens
article
Session du GDR Mamovi 2017, 2017, Villeurbanne, France
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https://hal.inrae.fr/hal-02785500/file/2017_Cl%C3%A9ment_mathbio_folliculo_1.pdf BibTex
titre
Building GPCR signalisation networks. Example of the FSH receptor
article
6.Annual Meeting of the CNRS GDR-3545 G Protein-coupled Receptors: from Physiology to Drugs (RCPG-Physio-Med), Nov 2017, Paris, France
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https://hal.inrae.fr/hal-02794534/file/RY_2016_GDR3545workshop_1.pdf BibTex
titre
Biased signaling and L1 penalization
article
ODE Modelling in Systems Biology, Sep 2017, freibourg, Germany
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https://hal.inrae.fr/hal-02785169/file/2017_Yvinec_Freiburgs_1.pdf BibTex
titre
Time scales in a coagulation-fragmentation model, Nucleation Time in Stochastic Becker-Döring Model
article
Workshop on Protein Aggregation: Biophysics and Mathematics, Jun 2017, vienna, Austria
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https://hal.inrae.fr/hal-02785742/file/2017_Yvinec_vienna_bdls_1.pdf BibTex

2016

titre
Stochastic coagulation-fragmentation models for the study of protein aggregation phenomena
article
Stochastic Dynamical Systems in Biology: Numerical Methods and Applications, Isaac Newton Institute. GBR., Jan 2016, Cambridge, United Kingdom. 31 diapositives
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https://hal.inrae.fr/hal-02795563/file/RY_2016_cambridge_bdls_1.pdf BibTex
titre
Les maths de la biologie des systèmes
article
Seminar at the Groupe de travail Bio-Maths Tours/Orléans, 2016, Tours, France
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https://hal.inrae.fr/hal-02794535/file/2016_%20Yvinec_Tours_gdt_mathbio_crn_1.pdf BibTex
titre
Time scales in a coagulation-fragmentation model
article
2. BCAM Workshop on Nonlinear Dynamics in Biological Systems, Basque Center for Applied Mathematics (BCAM). ESP., Sep 2016, Bilbao, Spain
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titre
Nucleation time in stochastic Becker-Doring model
article
11. AIMS Conference on Dynamical Systems, Differential Equations and Applications, American Institute of Mathematical Science (AIMS). USA., Jul 2016, Orlando, United States. 45 diapositives
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https://hal.inrae.fr/hal-02797058/file/RY_2016_orlando_bdls_1.pdf BibTex
titre
Probalistic and piecewise deterministic models in biology
article
Journées MAS 2016. Phénomènes complexes et hétérogènes, Société de Mathématiques Appliquées et Industrielles (SMAI). FRA., Aug 2016, Grenoble, France. pp.1-19
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https://hal.science/hal-01595098/file/2016_Cloez_MAS_1.pdf BibTex

2015

titre
From Becker-Döring to Lifshitz-Slyozov: deriving the non-local boundary condition of a non-linear transport equation
article
Workshop on Multiscale and Hybrid Modelling in Cell and Cell Population Biology, Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC). Paris, FRA., Mar 2015, Paris, France. ⟨10.1051/itmconf/20150500017⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02741964/file/2015_RYvinec_ITMWebConferences_1.pdf BibTex
titre
Bursting in gene expression model
article
Colloque PDMP, Agence Nationale de la Recherche (ANR). FRA., May 2015, Saint Martin de Londres, France
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https://hal.inrae.fr/hal-02797859/file/RY_2015_saintmartin_pdmp2015_1.pdf BibTex
titre
From Becker-Doring to Lifshitz-Slyozov: deriving the boundary condition
article
BIOMAT 2015, Instituto Nacional de Matemática Pura e Aplicada. BRA., Mar 2015, Cabo Frio, Brazil
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https://hal.inrae.fr/hal-02792548/file/RY_2015_cabofrio_bd_ls_1.pdf BibTex
titre
Accurate parameter optimization leads to predictive dynamical models for systems biology
article
Design, Optimization and Control in Systems and Synthetic Biology DOC'15, Ecole Normale Supérieure - Paris (ENS Paris). FRA., Nov 2015, Paris, France
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https://hal.inrae.fr/hal-02799275/file/RY_2015_DOC_param_1.pdf BibTex
titre
Accute parameter optimization leads to predictive dynamical models for systems biology
article
Perspectives in Environmental and Systems Biology, Structure Fédérative de Recherche (SFR). FRA., Apr 2015, Grenoble, France
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titre
Accurate parameter optimization leads to predictive dynamical models for systems biology
article
23. Journée du projet CASCIMODOT, Université d'Orléans (UO). FRA. Université François Rabelais (Tours)., Dec 2015, Tours, France
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https://hal.inrae.fr/hal-02793656/file/RY_2015_cascimodot_param_1.pdf BibTex
titre
Bursting in gene expression
article
Colloque PDMP, Agence Nationale de la Recherche (ANR). FRA., Nov 2015, Tours, France
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https://hal.inrae.fr/hal-02797860/file/RY_2015_pdmp_tours_1.pdf BibTex
titre
Passage du discret au continu pour un modèle d'agrégation fragmentation
article
Séminaire de Probabilités et Théorie Ergodique, ( LMPT ), Oct 2015, Tours, France
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titre
Stochastic single gene expression model: analytical results on bursting and rate production estimation
article
ICB Seminar, Oct 2015, Munich, France
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Nucleation time in coagulation-fragmentation models
article
Journées Modélisation Aléatoire et Statistique de la SMAI (Société de Mathématiques Appliquées et Industrielles), Société de Mathématiques Appliquées et Industrielles (SMAI). FRA., Jun 2015, Les Karellis, France
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https://hal.inrae.fr/hal-02794818/file/RY_2015_smai_15_bd_ls_1.pdf BibTex

2014

titre
Towards nonlinear cell population model structured by molecular content
article
9. European Conference on Mathematical and Theoretical Biology - ECMTB14, Chalmers University of Technology. SWE., Jun 2014, Göteborg, Sweden
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https://hal.inrae.fr/hal-02797850/file/RY_2014_ecmtb_celldiff_1.pdf BibTex
titre
Towards nonlinear cell population model structured by molecular content
article
Structured Integro-Differential models in Mathematical Biology, Vienna International Science Conferences and Events Association. AUT., Apr 2014, Vienne, Austria
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https://hal.inrae.fr/hal-02797854/file/RY_2014_pauli_celldiff_1.pdf BibTex

2013

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Modèle probabiliste multi-échelle de différentiation cellulaire
article
Groupe de Travail Maths bio et santé, Laboratoire Jacques-Louis Lions, Feb 2013, Paris, France
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https://hal.science/hal-03115016/file/RY_2013_ljllparis_stochhemato.pdf BibTex
titre
Temps de premier passage pour le modèle de nucléation aléatoire de Becker-Doring
article
Séminaire du Laboratoire de Mathématiques Appliquées de Compiègne, Feb 2013, Compiègne, France
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2012

titre
Modeles probabiliste de nucléation
article
École d'été Modélisation en dynamique des populations et évolution, Probabilité et EDP, Sep 2012, La Londe-Les Maures, France
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titre
Modeles stochastiques d'expression des genes
article
Journées de probabilités 2012, Jun 2012, Roscoff, France
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Modeles probabiliste de nucléation-polymérisation
article
Journées Modélisation Mathématiques et Calcul Scientifique, Sep 2012, Villeurbanne, France
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2011

titre
Stochastic self-regulated gene expression model
article
5th International Conference on Stochastic Analysis and its Applications (ICSAA 2011), Sep 2011, Bonn, Germany
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titre
Modeles stochastiques d'expression des genes
article
Séminaire des thésards du Centre de Mathématiques Appilquées de Polytechnique (CMAP), Dec 2011, Paris, France
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2010

titre
Intrinsic and Extrinsic Noise Effects on Molecular Distributions in Bacteria
article
11th International Conference on Systems Biology, (ICSB 2010), Oct 2010, Edinburgh, United Kingdom
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titre
Intrinsic and Extrinsic Noise Effects on Molecular Distributions in Bacteria
article
SMB Annual Conference,, Jul 2010, Rio de Janerio, Brazil
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Intrinsic and Extrinsic Noise Effects on Molecular Distributions in Bacteria
article
First International workshop on Differential and Integral Equations with Applications in Biology and Medicine (DIEBM 2010), Sep 2010, Mytilène, Samos island, Greece
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titre
Stochastic Nucleation-Polymerization Model of Prion fibrils formation
article
CAMBAM Seminar Serie, Apr 2010, Montreal, Canada
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Stochastic Model of Prion's Disease: Nucleation-Polymerisation Model Part II
article
Mathematical Biology Seminar Series at the Center for Mathematical Biology, University of Alberta, Mar 2010, Edmonton, Canada
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