Publications HAL de anne,siegel

2024

Article dans une revue

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Marine Louarn, Guillaume Collet, Eve Barre, Thierry Fest, Olivier Dameron, et al.. Regulus infers signed regulatory relations from few samples' information using discretization and likelihood constraints. PLoS Computational Biology, 2024, 20 (1), pp.e1011816. ⟨10.1371/journal.pcbi.1011816⟩. ⟨hal-04443527⟩
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Maëlle Zonnequin, Arnaud Belcour, Ludovic Delage, Anne Siegel, Samuel Blanquart, et al.. Empirical evidence for metabolic drift in plant and algal lipid biosynthesis pathways. Frontiers in Plant Science, 2024, 15, pp.1339132. ⟨10.3389/fpls.2024.1339132⟩. ⟨hal-04473577⟩
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Communication dans un congrès

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Kerian Thuillier, Anne Siegel, Loïc Paulevé. CEGAR-Based Approach for Solving Combinatorial Optimization Modulo Quantified Linear Arithmetics Problems. AAAI 2024 - The 38th Annual AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2024, Vancouver, Canada. pp.1-8. ⟨hal-04420454⟩
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Poster de conférence

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Juliette Audemard, Sébastien Halary, Gabriel Markov, Jeanne Got, Anne Siegel, et al.. Metagenome-scale metabolic modelling for the characterization of cross-feeding interactions in Microcystis-associated microbial communities, in the context of freshwater cyanobacterial blooms. JOBIM 2024 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2024, Toulouse, France. pp.1-1, 2024. ⟨hal-04654522⟩
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2023

Article dans une revue

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Ibrahim Fakih, Jeanne Got, Carlos Eduardo Robles-Rodriguez, Anne Siegel, Evelyne Forano, et al.. Dynamic genome-based metabolic modeling of the predominant cellulolytic rumen bacterium Fibrobacter succinogenes S85. mSystems, 2023, 8 (3), pp.1-23. ⟨10.1128/msystems.01027-22⟩. ⟨hal-04131368⟩
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Arnaud Belcour, Jeanne Got, Méziane Aite, Ludovic Delage, Jonas Collén, et al.. Inferring and comparing metabolism across heterogeneous sets of annotated genomes using AuCoMe. Genome Research, 2023, 33, pp.972 - 987. ⟨10.1101/gr.277056.122⟩. ⟨hal-04192851v3⟩
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Hetty Kleinjan, Clémence Frioux, Gianmaria Califano, Méziane Aite, Enora Fremy, et al.. Insights into the potential for mutualistic and harmful host‐microbe interactions affecting brown alga freshwater acclimation. Molecular Ecology, In press, 32 (3), pp.703-723. ⟨10.1111/mec.16766⟩. ⟨hal-03868898⟩
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https://hal.science/hal-03868898/file/Molecular%20Ecology%20-%202022%20-%20KleinJan%20-%20Insights%20into%20the%20potential%20for%20mutualistic%20and%20harmful%20host%20microbe%20interactions.pdf BibTex

2022

Article dans une revue

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Marine Louarn, Fabrice Chatonnet, Xavier Garnier, Thierry Fest, Anne Siegel, et al.. Improving reusability along the data life cycle: a Regulatory Circuits Case Study. Journal of Biomedical Semantics, 2022, 13 (1), pp.1-11. ⟨10.1186/s13326-022-00266-4⟩. ⟨hal-03602177⟩
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Milka Popova, Ibrahim Fakih, Evelyne Forano, Anne Siegel, Rafael Muñoz-Tamayo, et al.. Rumen microbial genomics: from cells to genes (and back to cells). CAB Reviews Perspectives in Agriculture Veterinary Science Nutrition and Natural Resources, 2022, 2022, ⟨10.1079/cabireviews202217025⟩. ⟨hal-03929845⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03929845/file/Rumen_microbial_genomics_Popova_et-al_revised_HAL.pdf BibTex
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Anna Niarakis, Dagmar Waltemath, James Glazier, Falk Schreiber, Sarah Keating, et al.. Addressing barriers in comprehensiveness, accessibility, reusability, interoperability and reproducibility of computational models in systems biology. Briefings in Bioinformatics, 2022, 23 (4), pp.1-11. ⟨10.1093/bib/bbac212⟩. ⟨hal-03690604⟩
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https://inria.hal.science/hal-03690604/file/Addressing%2520barriers%2520in%2520comprehensiveness%252C%2520accessibility%252C%2520reusability%252C%2520interoperability%2520and%2520reproducibility%2520of%2520computational%2520.pdf BibTex
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Kerian Thuillier, Caroline Baroukh, Alexander Bockmayr, Ludovic Cottret, Loïc Paulevé, et al.. MERRIN: MEtabolic Regulation Rule INference from time series data. Bioinformatics, 2022, 38 (Supplement_2), pp.ii127-ii133. ⟨10.1093/bioinformatics/btac479⟩. ⟨hal-03701755v2⟩
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https://hal.science/hal-03701755/file/Tuillier-O-2022.pdf BibTex
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Pierre Vignet, Jean Coquet, Sébastien Aubert, Matéo Boudet, Anne Siegel, et al.. Discrete modeling for integration and analysis of large-scale signaling networks. PLoS Computational Biology, 2022, 18 (6), pp.e1010175. ⟨10.1371/journal.pcbi.1010175⟩. ⟨hal-03693653⟩
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Communication dans un congrès

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Baptiste Ruiz, Arnaud Belcour, Samuel Blanquart, Isabelle Luron Le Huërou-Luron, Sylvie Buffet-Bataillon, et al.. Highlighting discriminating functional annotations in patients' gut microbiota through Machine Learning classification applied to functional descriptions of the microbiome. International Conference on Clinical Metagenomics, Oct 2022, Geneve, Switzerland. ⟨hal-04155604⟩
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Oumarou Abdou Arbi, Anne Siegel, Jérémie Bourdon. Contributions des entrées sur les sorties pour les réseaux métaboliques sur génomes entiers: performances et utilisation pour des études en nutrition humaine. CARI 2022 - Colloque Africain sur la Recherche en Informatique et en Mathématiques Appliquées, Oct 2022, Yaoundé, Cameroun. pp.1-12. ⟨hal-03689107v2⟩
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Chapitre d'ouvrage

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Clémence Frioux, Anne Siegel. Problèmes d'optimisation combinatoire pour l'étude du métabolisme. Approches symboliques de la modélisation et de l’analyse des systèmes biologiques, ISTE éditions, 2022, Encyclopédie Sciences, 9781789480290. ⟨10.51926/ISTE.9029.ch2⟩. ⟨hal-03885249⟩
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Poster de conférence

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Baptiste Ruiz, Arnaud Belcour, Samuel Blanquart, Isabelle Luron Le Huërou-Luron, Sylvie Buffet-Bataillon, et al.. Machine Learning classification performance on mechanistic representations of the gut microbiota built from abundance profiles. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM), Jul 2022, Rennes, France. , pp.181, 2022, Proceedings. ⟨hal-04155624⟩
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Pré-publication, Document de travail

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Ibrahim Fakih, Jeanne Got, Carlos Eduardo Robles-Rodriguez, Anne Siegel, Evelyne Forano, et al.. Dynamic genome-based metabolic modeling of the predominant cellulolytic rumen bacteriumFibrobacter succinogenesS85. 2022. ⟨hal-03871397⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03871397/file/2022_Fakih_Dynamic%20genome-based%20metabolic%20modeling%20of%20the%20predominant%20cellulolytic%20rumen%20bacterium%20Fibrobacter%20succinogenes%20S85%20%282%29.pdf BibTex
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Arnaud Belcour, Baptiste Ruiz, Clémence Frioux, Samuel Blanquart, Anne Siegel. EsMeCaTa: Estimating metabolic capabilities from taxonomic affiliations. 2022. ⟨hal-03697249⟩
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2021

Article dans une revue

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Mael Conan, Nathalie Theret, Sophie Langouet, Anne Siegel. Constructing xenobiotic maps of metabolism to predict enzymes catalyzing metabolites capable of binding to DNA. BMC Bioinformatics, 2021, 22 (1), pp.1-26. ⟨10.1186/s12859-021-04363-6⟩. ⟨inserm-03355908⟩
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Elham Karimi, Enora Geslain, Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, et al.. Robustness analysis of metabolic predictions in algal microbial communities based on different annotation pipelines. PeerJ, 2021, 9, pp.1-24. ⟨10.7717/peerj.11344⟩. ⟨hal-03223662⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03223662/file/Karimi%20et%20al.%20-%202021%20-%20Robustness%20analysis%20of%20metabolic%20predictions%20in%20al.pdf BibTex
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Laurence Garczarek, Ulysse Guyet, Hugo Doré, Gregory Farrant, Mark Hoebeke, et al.. Cyanorak v2.1: a scalable information system dedicated to the visualization and expert curation of marine and brackish picocyanobacteria genomes. Nucleic Acids Research, 2021, 49 (D1), pp.D667-D676. ⟨10.1093/nar/gkaa958⟩. ⟨hal-02988562⟩
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https://hal.science/hal-02988562/file/Garczarek%20et%20al_NAR_Database%20issue_2020_final_with%20Figures%20and%20suppl%20Figures.pdf BibTex
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François Moreews, Hugo Simon, Anne Siegel, Florence Gondret, Emmanuelle Becker. PAX2GRAPHML: a Python library for large-scale regulation network analysis using BIOPAX. Bioinformatics, 2021, 37 (24), pp.4889-4891. ⟨10.1093/bioinformatics/btab441⟩. ⟨hal-03265223⟩
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Jean Girard, Goulven Lanneau, Ludovic Delage, Cédric Leroux, Arnaud Belcour, et al.. Semi-Quantitative Targeted Gas Chromatography-Mass Spectrometry Profiling Supports a Late Side-Chain Reductase Cycloartenol-to-Cholesterol Biosynthesis Pathway in Brown Algae. Frontiers in Plant Science, 2021, 12, pp.1-10. ⟨10.3389/fpls.2021.648426⟩. ⟨hal-03222505⟩
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Communication dans un congrès

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Fakih Ibrahim, Jeanne Got, Anne Siegel, Evelyne Forano, Rafael Munoz Tamayo. Genome-scale network reconstruction of the predominant cellulolytic rumen bacterium Fibrobacter succinogenes S85. 2021 - 12th International Symposium on Gut Microbiology, INRAE ; Rowett Institute UK, Oct 2021, En ligne, France. ⟨hal-03402155⟩
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Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, et al.. Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species. CMSB 2021 - 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France. pp.1-27. ⟨hal-03440212⟩
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Kerian Thuillier, Caroline Baroukh, Alexander Bockmayr, Ludovic Cottret, Loïc Paulevé, et al.. Learning Boolean controls in regulated metabolic networks: a case-study. CMSB 2021 - 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France. pp.159-180, ⟨10.1007/978-3-030-85633-5_10⟩. ⟨hal-03207589v3⟩
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Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, et al.. Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species. MPA 2021 - 8th Metabolic Pathway Analysis, Aug 2021, Knoxville, TN, United States. pp.1-27. ⟨hal-03440221⟩
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Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Meziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, et al.. Metabolic complementarity applied to the screening of microbiota and the identification of key species. JOBIM 2021 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2021, Paris, France. ⟨hal-03440232⟩
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Ouvrages

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Ali Charara, Olivier Serre, Anne Siegel (Dir.). Les décodeuses du numérique. CNRS Editions, 2021, 2271139481. ⟨hal-03661197⟩
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Poster de conférence

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Clémence Frioux, Arnaud Belcour, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, et al.. Assessment of metabolic complementarity in large-scale microbiotas for the identification of key species. IHMC 2021 - 8th International Human Microbiome Consortium Congress, Jun 2021, Barcelone, Spain. pp.1. ⟨hal-03438983⟩
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Pré-publication, Document de travail

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Hetty Kleinjan, Gianmaria Caliafano, Méziane Aite, Enora Fremy, Clémence Frioux, et al.. Changing microbial activities during low salinity acclimation in the brown alga Ectocarpus subulatus. 2021. ⟨hal-03429533⟩
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https://hal.science/hal-03429533/file/2021.04.13.439635v1.full.pdf BibTex

2020

Article dans une revue

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Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, et al.. Metage2Metabo, microbiota-scale metabolic complementarity for the identification of key species. eLife, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.61968⟩. ⟨hal-02395024v2⟩
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Dinka Mandakovic, Ángela Cintolesi, Jonathan Maldonado, Sebastián Mendoza, Méziane Aite, et al.. Genome-scale metabolic models of Microbacterium species isolated from a high altitude desert environment. Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.1-12. ⟨10.1038/s41598-020-62130-8⟩. ⟨hal-02524471⟩
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Maël Conan, Sophie Langouët, Anne Siegel, Nathalie Theret. Innovative Approach to Predict DNA Adduct Formation of Environnemental Contaminants. Environmental and Molecular Mutagenesis, 2020, 61 (S1), pp.58. ⟨10.1002/em.22405⟩. ⟨hal-02964170⟩
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Ulysse Guyet, Ngoc Thanh Nguyen, Hugo Doré, Julie Haguait, Justine Pittera, et al.. Synergic Effects of Temperature and Irradiance on the Physiology of the Marine Synechococcus Strain WH7803. Frontiers in Microbiology, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.01707⟩. ⟨hal-02929424⟩
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Clémence Frioux, Simon Dittami, Anne Siegel. Using automated reasoning to explore the metabolism of unconventional organisms: a first step to explore host–microbial interactions. Biochemical Society Transactions, 2020, 48 (3), pp.901-913. ⟨10.1042/BST20190667⟩. ⟨hal-02569935⟩
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Bertille Burgunter-Delamare, Hetty Kleinjan, Clémence Frioux, Enora Fremy, Margot Wagner, et al.. Metabolic Complementarity Between a Brown Alga and Associated Cultivable Bacteria Provide Indications of Beneficial Interactions. Frontiers in Marine Science, 2020, 7, pp.1-11. ⟨10.3389/fmars.2020.00085⟩. ⟨hal-02866101v2⟩
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https://inria.hal.science/hal-02866101/file/burgunter2020.pdf BibTex
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Arnaud Belcour, Jean Girard, Méziane Aite, Ludovic Delage, Camille Trottier, et al.. Inferring Biochemical Reactions and Metabolite Structures to Understand Metabolic Pathway Drift. iScience, 2020, 23 (2), pp.100849. ⟨10.1016/j.isci.2020.100849⟩. ⟨hal-01943880v2⟩
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https://inria.hal.science/hal-01943880/file/Belcour2020.pdf BibTex
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Simon M. Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Guéguen, Agnieszka Lipinska, Noé Pontoizeau, et al.. The genome of Ectocarpus subulatus – A highly stress-tolerant brown alga. Marine Genomics, 2020, 52, pp.100740. ⟨10.1016/j.margen.2020.100740⟩. ⟨hal-02866117⟩
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https://inria.hal.science/hal-02866117/file/307165v3.full.pdf BibTex

Poster de conférence

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Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Méziane Aite, Anthony Bretaudeau, Falk Hildebrand, et al.. Metage2Metabo: metabolic complementarity applied to genomes of large-scale microbiotas for the identification of keystone species. JOBIM 2020 - Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique, Jun 2020, Montpellier / Virtual, France. ⟨10.1101/803056⟩. ⟨hal-03151934⟩
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Rapport

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Aurélien Cornet, Christian Barillot, Olivier Dameron, Alban Gaignard, Camille Maumet, et al.. État des lieux MoDaL (Multi-Scale Data Links). [Rapport de recherche] IRISA, Inria Rennes. 2020. ⟨hal-02557351⟩
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https://hal.science/hal-02557351/file/MoDaL_2019_synthese_Ver1.pdf BibTex
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Aurélien Cornet, Christian Barillot, Olivier Dameron, Alban Gaignard, Camille Maumet, et al.. Atelier MoDaL (Multi-Scale Data Links). [Rapport de recherche] IRISA, Inria Rennes. 2020. ⟨inserm-02507799v4⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-02507799/file/MoDaL_2019_workshop_report_V4.pdf BibTex

2019

Article dans une revue

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Delphine Nègre, Méziane Aite, Arnaud Belcour, Clémence Frioux, Loraine Brillet-Guéguen, et al.. Genome–Scale Metabolic Networks Shed Light on the Carotenoid Biosynthesis Pathway in the Brown Algae Saccharina japonica and Cladosiphon okamuranus. Antioxidants , 2019, 8 (11), pp.564. ⟨10.3390/antiox8110564⟩. ⟨hal-02395080⟩
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Victorien Delannée, Sophie Langouët, Anne Siegel, Nathalie Théret. In silico prediction of Heterocyclic Aromatic Amines metabolism susceptible to form DNA adducts in humans. Toxicology Letters, 2019, 300, pp.18-30. ⟨10.1016/j.toxlet.2018.10.011⟩. ⟨hal-01903264⟩
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https://univ-rennes.hal.science/hal-01903264/file/hal-01903264.pdf BibTex
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Méline Wery, Olivier Dameron, Jacques Nicolas, Elisabeth Rémy, Anne Siegel. Formalizing and enriching phenotype signatures using Boolean networks. Journal of Theoretical Biology, 2019, 467, pp.66-79. ⟨10.1016/j.jtbi.2019.01.015⟩. ⟨hal-02018724⟩
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https://inria.hal.science/hal-02018724/file/JTB_WERY%282%29.pdf BibTex

Communication dans un congrès

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Anne Siegel. Learning boolean regulations based on prior-knowledge data: a logical-based viewpoint. SASB 2019 - 10th International Workshop on Static Analysis for Systems Biology, Oct 2019, Porto, Portugal. ⟨hal-02412421⟩
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BibTex
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Marine Louarn, Fabrice Chatonnet, Xavier Garnier, Thierry Fest, Anne Siegel, et al.. Increasing life science resources re-usability using Semantic Web technologies. eScience 2019 - 15th International eScience Conference, Sep 2019, San Diego, United States. pp.1-9. ⟨hal-02274982⟩
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https://inria.hal.science/hal-02274982/file/PID6102547.pdf BibTex
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Anne Siegel. Using automated reasoning to explore unconventional organisms: a first step to explore host-microbial interactions. MPA 2019 - Conference on Metabolic Pathway Analysis, Aug 2019, Riga, Latvia. ⟨hal-02412419⟩
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Xavier Garnier, Anthony Bretaudeau, Fabrice Legeai, Anne Siegel, Olivier Dameron. AskOmics: a user-friendly interface to Semantic Web technologies for integrating local datasets with reference resources. JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1. ⟨hal-02401750⟩
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https://hal.science/hal-02401750/file/Jobim2019___AskOmics___poster%281%29.pdf BibTex

Poster de conférence

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Méline Wery, Emmanuelle Becker, Franck Auge, Charles Bettembourg, Olivier Dameron, et al.. Identification of causal signature using omics data integration and network reasoning-based analysis. JOBIM 2019 - Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2019, Nantes, France. pp.1. ⟨hal-02193860⟩
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https://inria.hal.science/hal-02193860/file/PosterJOBIM19.pdf BibTex

Pré-publication, Document de travail

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Simon M. Dittami, Erwan Corre, Loraine Brillet-Guéguen, Agnieszka Lipinska, Méziane Aite, et al.. The genome of Ectocarpus subulatus -a highly stress-tolerant brown alga. 2019. ⟨hal-02333021⟩
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2018

Article dans une revue

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Clémence Frioux, Torsten Schaub, Sebastian Schellhorn, Anne Siegel, Philipp Wanko. Hybrid Metabolic Network Completion. Theory and Practice of Logic Programming, 2018, pp.1-23. ⟨10.1017/S1471068418000455⟩. ⟨hal-01936778⟩
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https://inria.hal.science/hal-01936778/file/1808.04149.pdf BibTex
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Stéphanie Gay, Jérôme Bugeon, Amine Bouchareb, Laure Henry, Clara Delahaye, et al.. MiR-202 controls female fecundity by regulating medaka oogenesis. PLoS Genetics, 2018, 14 (9), pp.1-26. ⟨10.1371/journal.pgen.1007593⟩. ⟨hal-01871468⟩
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https://hal.science/hal-01871468/file/2018_Thermes_PlosOne.pdf BibTex
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Clémence Frioux, Enora Fremy, Camille Trottier, Anne Siegel. Scalable and exhaustive screening of metabolic functions carried out by microbial consortia. Bioinformatics, 2018, 34 (17), pp.i934 - i943. ⟨10.1093/bioinformatics/bty588⟩. ⟨hal-01871600⟩
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Méziane Aite, Marie Chevallier, Clémence Frioux, Camille Trottier, Jeanne Got, et al.. Traceability, reproducibility and wiki-exploration for "à-la-carte" reconstructions of genome-scale metabolic models. PLoS Computational Biology, 2018, 14 (5), pp.e1006146. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006146⟩. ⟨hal-01807842⟩
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https://univ-rennes.hal.science/hal-01807842/file/journal.pcbi.1006146.pdf BibTex
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Misbah Razzaq, Loïc Paulevé, Anne Siegel, Julio Saez-Rodriguez, Jérémie Bourdon, et al.. Computational Discovery of Dynamic Cell Line Specific Boolean Networks from Multiplex Time-Course Data. PLoS Computational Biology, 2018, 14, pp.1-23. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006538⟩. ⟨hal-01897020⟩
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https://hal.science/hal-01897020/file/preprint.pdf BibTex

Communication dans un congrès

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Clémence Frioux, Enora Fremy, Camille Trottier, Anne Siegel. Scalable and exhaustive screening of metabolic functions carried out by microbial consortia. ECCB - 2018 - 17th European Conference on Computational Biology, Sep 2018, Athènes, Greece. pp.i934-i943. ⟨hal-01946860⟩
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https://inria.hal.science/hal-01946860/file/Frioux%20et%20al.%20-%202018%20-%20Scalable%20and%20exhaustive%20screening%20of%20metabolic%20functions%20carried%20out%20by%20microbial%20consortia.pdf BibTex

2017

Article dans une revue

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Maria-Paz Cortés, Sebastián N. Mendoza, Dante Travisany, Alexis Gaete, Anne Siegel, et al.. Analysis of Piscirickettsia salmonis Metabolism Using Genome-Scale Reconstruction, Modeling, and Testing. Frontiers in Microbiology, 2017, 8, pp.15. ⟨10.3389/fmicb.2017.02462⟩. ⟨hal-01661270⟩
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https://inria.hal.science/hal-01661270/file/fmicb-08-02462.pdf BibTex
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Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon. A Logic for Checking the Probabilistic Steady-State Properties of Reaction Networks. Journal of Computational Biology, 2017, 24 (8), pp.1--12. ⟨10.1089/cmb.2017.0099⟩. ⟨hal-01552190⟩
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Sylvain Prigent, Clémence Frioux, Simon M Dittami, Sven Thiele, Abdelhalim Larhlimi, et al.. Meneco, a Topology-Based Gap-Filling Tool Applicable to Degraded Genome-Wide Metabolic Networks. PLoS Computational Biology, 2017, 13 (1), pp.32. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005276⟩. ⟨hal-01449100⟩
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https://inria.hal.science/hal-01449100/file/prigent2017.pdf BibTex
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Julie Laniau, Clémence Frioux, Jacques Nicolas, Caroline Baroukh, Maria-Paz Cortés, et al.. Combining graph and flux-based structures to decipher phenotypic essential metabolites within metabolic networks. PeerJ, 2017, 5, pp.e3860. ⟨10.7717/peerj.3860⟩. ⟨hal-01635688⟩
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https://hal.science/hal-01635688/file/publi17-lipm-048laniau_combining_1.pdf BibTex
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Victorien Delannée, Sophie Langouët, Nathalie Théret, Anne Siegel. A modeling approach to evaluate the balance between bioactivation and detoxification of MeIQx in human hepatocytes. PeerJ, 2017, 5, pp.e3703. ⟨10.7717/peerj.3703⟩. ⟨hal-01575579⟩
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https://inria.hal.science/hal-01575579/file/Delanne_A%20modeling%20approach.pdf BibTex
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Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houée-Bigot, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, et al.. A transcriptome multi-tissue analysis identifies biological pathways and genes associated with variations in feed efficiency of growing pigs. BMC Genomics, 2017, 18 (1), pp.244. ⟨10.1186/s12864-017-3639-0⟩. ⟨hal-01494107⟩
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https://hal.science/hal-01494107/file/Gondret_et_al-2017-BMC_Genomics_%7BF0E95270-5F39-418D-A2C8-2BDF35110611%7D.pdf BibTex
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Santiago Videla, Julio Saez-Rodriguez, Carito Guziolowski, Anne Siegel. caspo: a toolbox for automated reasoning on the response of logical signaling networks families. Bioinformatics, 2017, ⟨10.1093/bioinformatics/btw738⟩. ⟨hal-01426880⟩
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Communication dans un congrès

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Claire Lippold, Camille Trottier, Clémence Frioux, Marie Chevallier, Simon M Dittami, et al.. Toward the study of metabolic functions in algal holobionts. 4ème Colloque de Génomique Environnementale, Sep 2017, Marseille, France. ⟨hal-01576484⟩
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Victoria Potdevin, Marie Chevallier, Ruben Garrido Oter, Anne Siegel, Stéphane Hacquard, et al.. Toward a better understanding of the plant microbiota. 4ème colloque de Génomique Environnementale, GDR Génomique Environnementale, Sep 2017, Marseille, France. ⟨hal-01576743⟩
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Xavier Garnier, Anthony Bretaudeau, Olivier Filangi, Fabrice Legeai, Anne Siegel, et al.. AskOmics, a web tool to integrate and query biological data using semantic web technologies. JOBIM 2017 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2017, Lille, France. pp.1. ⟨hal-01577425⟩
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Clémence Frioux, Torsten Schaub, Sebastian Schellhorn, Anne Siegel, Philipp Wanko. Hybrid Metabolic Network Completion. 14th International Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning - LPNMR 2017, Jul 2017, Espoo, Finland. pp.308-321. ⟨hal-01557347⟩
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Valentin Wucher, Fabrice Legeai, Lucas Bourneuf, Thomas Derrien, Aurore Gallot, et al.. Integrative genomics and gene networks for studying phenotypic plasticity in the pea aphid. 10th Arthropod Genomics Symposium, Jun 2017, Notre Dame, United States. ⟨hal-01566438⟩
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Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houee, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, et al.. Identification des fonctions biologiques, spécifiques d’un tissu ou partagées entre tissus, associées aux différences d’efficacité alimentaire chez le porc en croissance. 49. Journées de la Recherche Porcine, Jan 2017, Paris, France. pp.13-18. ⟨hal-01602699⟩
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Chapitre d'ouvrage

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Damien Eveillard, Anne Siegel, Philippe Vandenkoornhuyse. L'écologie des systèmes. Mokrane Bouzeghoub et Rémy Mosseri. Les Big Data à Découvert, CNRS éditions, 2017, 978-2-271-11464-8. ⟨hal-01575603⟩
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Damien Eveillard, Anne Siegel, Philippe Vandenkoornhuyse. L’écologie des systèmes. CNRS éditions. Les big data à découvert, Mokrane Bouzeghoub et Rémy Mosseri, 2017, 978-2-271-11464-8. ⟨hal-02389705⟩
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2016

Article dans une revue

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Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houée-Bigot, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, et al.. Molecular alterations induced by a high-fat high-fiber diet in porcine adipose tissues: variations according to the anatomical fat location. BMC Genomics, 2016, 17 (1), pp.120. ⟨10.1186/s12864-016-2438-3⟩. ⟨hal-01286555⟩
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https://hal.science/hal-01286555/file/16GondretBMC_%7BA4C911BE-7131-4ADB-90F7-8E1460807C53%7D.pdf BibTex
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Vicente Acuña, Andrés Aravena, Carito Guziolowski, Damien Eveillard, Anne Siegel, et al.. Deciphering transcriptional regulations coordinating the response to environmental changes. BMC Bioinformatics, 2016, 17 (1), pp.129-42. ⟨10.1186/s12859-016-0885-0⟩. ⟨hal-01260866⟩
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Vincent Picard, Odile Mulner-Lorillon, Jérémie Bourdon, Julia Morales, Patrick Cormier, et al.. Model of the delayed translation of cyclin B maternal mRNA after sea urchin fertilization. Molecular Reproduction and Development, 2016, ⟨10.1002/mrd.22746⟩. ⟨hal-01390047⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01390047/file/Picard_2016_Model_of_the.pdf BibTex
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Masoomeh Taghipoor, Sophie Lemosquet, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel, Daniel Sauvant, et al.. Modélisation de la flexibilité métabolique : vers une meilleure compréhension des capacités adaptatives de l’animal. INRA Productions Animales, 2016, 29 (3), pp.201-216. ⟨10.20870/productions-animales.2016.29.3.2960⟩. ⟨hal-01391135⟩
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Philippe Bordron, Mauricio Latorre, Maria-Paz Cortés, Mauricio Gonzales, Sven Thiele, et al.. Putative bacterial interactions from metagenomic knowledge with an integrative systems ecology approach. MicrobiologyOpen, 2016, 5 (1), pp.106-117. ⟨10.1002/mbo3.315⟩. ⟨hal-01246173⟩
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Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski. Boolean Network Identification from Perturbation Time Series Data combining Dynamics Abstraction and Logic Programming. BioSystems, 2016, ⟨10.1016/j.biosystems.2016.07.009⟩. ⟨hal-01354075⟩
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https://hal.science/hal-01354075/file/preprint.pdf BibTex
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Valérie Berthé, Jérémie Bourdon, Timo Jolivet, Anne Siegel. A combinatorial approach to products of Pisot substitutions. Ergodic Theory and Dynamical Systems, 2016, 36 (6), pp.1757-1794. ⟨10.1017/etds.2014.141⟩. ⟨hal-01196326⟩
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https://arxiv.org/pdf/1401.0704v2 BibTex

Communication dans un congrès

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Marie Chevallier, Méziane Aite, Jeanne Got, Guillaume Collet, Nicolas Loira, et al.. Handling the heterogeneity of genomic and metabolic networks data within flexible workflows with the PADMet toolbox. Jobim 2016 : 17ème Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2016, Lyon, France. ⟨hal-01377844⟩
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https://inria.hal.science/hal-01377844/file/soumission_Jobim_106437.pdf BibTex
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Anne Siegel. A system biology loop for the identification of boolean networks to model signaling networks. . European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, 2016, Nottingham, France. ⟨hal-01399456⟩
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2015

Article dans une revue

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Santiago Videla, Carito Guziolowski, Federica Eduati, Sven Thiele, Martin Gebser, et al.. Learning Boolean logic models of signaling networks with ASP. Theoretical Computer Science, 2015, 599, pp.79-101. ⟨10.1016/j.tcs.2014.06.022⟩. ⟨hal-01058610⟩
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https://inria.hal.science/hal-01058610/file/paper.pdf BibTex
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Santiago Videla, Irina Konokotina, Leonidas Alexopoulos, Julio Saez-Rodriguez, Torsten Schaub, et al.. Designing experiments to discriminate families of logic models. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2015, pp.9. ⟨10.3389/fbioe.2015.00131⟩. ⟨hal-01196178⟩
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Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon. Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: Limit Theorem and Applications. Electronic Notes in Theoretical Computer Science, 2015, 316C, pp.67-82. ⟨10.1016/j.entcs.2015.06.011⟩. ⟨hal-01196533⟩
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Communication dans un congrès

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Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski. Boolean Network Identification from Multiplex Time Series Data. CMSB 2015 - 13th conference on Computational Methods for Systems Biology, Sep 2015, Nantes, France. pp.170-181, ⟨10.1007/978-3-319-23401-4_15⟩. ⟨hal-01164751⟩
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https://hal.science/hal-01164751/file/report.pdf BibTex
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Florence Gondret, Isabelle Louveau, Magalie Houee, David Causeur, Anne Siegel. Data integration: How unraveling the various data obtained in different tissues and possibly in different experiments on RFI lines in a comprehensive manner ?. Meeting INRA-ISU, Mar 2015, Ames, United States. 11 diapositives. ⟨hal-01210940⟩
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Timo Jolivet, Anne Siegel. Decidability Problems for Self-induced Systems Generated by a Substitution. MCU 2015 : Machines, Computation and Universality, 2015, Famagusta, Cyprus. ⟨10.1007/978-3-319-23111-2⟩. ⟨hal-01196152⟩
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https://inria.hal.science/hal-01196152/file/report.pdf https://inria.hal.science/hal-01196152/file/MCUSiegelJolivet.pdf BibTex
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Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon. A Logic for Checking the Probabilistic Steady-State Properties of Reaction Networks. IJCAI workshop BAI: Bioinformatics and Artificial Intelligence, 2015, Buenos Aeres, Argentina. ⟨hal-01196598⟩
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https://inria.hal.science/hal-01196598/file/ijcai15_picard_et_al.pdf BibTex

Poster de conférence

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Florence Gondret, Annie Vincent, Magalie Houee, Sandrine Lagarrigue, Anne Siegel, et al.. Integrative responses of pig adipose tissues to high-fat high-fiber diet: towards key regulators of energy flexibility. ASAS/ADSA midwest meeting, Mar 2015, Des Moines, United States. Journal of Animal Science, 93 (Suppl. 2), 2015, Abstract book of the ASAS/ADSA midwest meeting. ⟨hal-01210925⟩
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https://hal.science/hal-01210925/file/77-Abstract%20ASAS%20Midwest%20meeting_1.pdf https://hal.science/hal-01210925/file/77-Abstract%20ASAS%20Midwest%20meeting_2.docx BibTex

Pré-publication, Document de travail

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Julie Laniau, Anne Siegel, Damien Eveillard. Combinatorial optimization methods to complete and analyse a metabolic network. 2015. ⟨hal-01244179⟩
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https://inria.hal.science/hal-01244179/file/jlaniau.pdf BibTex

2014

Article dans une revue

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Sylvain Prigent, Guillaume Collet, Simon M Dittami, Ludovic Delage, Floriane Ethis de Corny, et al.. The genome-scale metabolic network of Ectocarpus siliculosus (EctoGEM): a resource to study brown algal physiology and beyond.. The Plant Journal, 2014, 80 (2), pp.367-381. ⟨10.1111/tpj.12627⟩. ⟨hal-01057153⟩
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Simon M Dittami, Tristan Barbeyron, Catherine Boyen, Jeanne Cambefort, Guillaume Collet, et al.. Genome and metabolic network of "Candidatus Phaeomarinobacter ectocarpi" Ec32, a new candidate genus of Alphaproteobacteria frequently associated with brown algae. Frontiers in Genetics, 2014, 5, pp.241. ⟨10.3389/fgene.2014.00241⟩. ⟨hal-01079739⟩
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https://inria.hal.science/hal-01079739/file/fgene-05-00241.pdf BibTex
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Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel. Using a large-scale knowledge database on reactions and regulations to propose key upstream regulators of various sets of molecules participating in cell metabolism. BMC Systems Biology, 2014, 8 (1), pp.32. ⟨10.1186/1752-0509-8-32⟩. ⟨hal-00980499⟩
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https://inria.hal.science/hal-00980499/file/1752-0509-8-32.pdf BibTex
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Sébastien Laurent, Adrien Richard, Odile Mulner-Lorillon, Julia Morales, Didier Flament, et al.. Modelization of the regulation of protein synthesis following fertilization in sea urchin shows requirement of two processes: a destabilization of eIF4E:4E-BP complex and a great stimulation of the 4E-BP-degradation mechanism, both rapamycin-sensitive. Frontiers in Genetics, 2014, 5, pp.117. ⟨10.3389/fgene.2014.00117⟩. ⟨hal-01079758⟩
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Oumarou Abdou-Arbi, Sophie Lemosquet, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel, Jérémie Bourdon. Exploring metabolism flexibility in complex organisms through quantitative study of precursor sets for system outputs. BMC Systems Biology, 2014, 8 (1), pp.8. ⟨10.1186/1752-0509-8-8⟩. ⟨hal-00947219⟩
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https://inria.hal.science/hal-00947219/file/1752-0509-8-8.pdf BibTex
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Valérie Berthé, Timo Jolivet, Anne Siegel. Connectedness of fractals associated with Arnoux–Rauzy substitutions. RAIRO - Theoretical Informatics and Applications (RAIRO: ITA), 2014, 48 (3), pp.249-266. ⟨10.1051/ita/2014008⟩. ⟨hal-01079727⟩
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https://arxiv.org/pdf/1101.1784 BibTex

Communication dans un congrès

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Anne Siegel, Carito Guziolowski, Santiago Videla, Torsten Schaub. Improving robustness in the study of logical model of signalling networks with answer set programming. ECCB 2014 - Workshop on Logical Modelling and Analysis of Cellular Networks, Sep 2014, Strasbourg, France. ⟨hal-01095607⟩
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Anne Siegel. Using ASP to integrate large-scale heterogeneous information about the response of a biological system. 5th Workshop on Logic and Systems Biology (associated with CSL/LICS 2014), Jul 2014, VIenna, Austria. ⟨hal-01095609⟩
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Vicente Acuña, Andrés Aravena, Alejandro Maass, Anne Siegel. Modeling parsimonious putative regulatory networks: complexity and heuristic approach. 15th conference in Verification, Model Checking, and Abstract Interpretation, 2014, San Diego, United States. pp.322-336, ⟨10.1007/978-3-642-54013-4_18⟩. ⟨hal-00926477⟩
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https://inria.hal.science/hal-00926477/file/complex.pdf BibTex
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Vincent Picard, Anne Siegel, Jérémie Bourdon. Multivariate Normal Approximation for the Stochastic Simulation Algorithm: limit theorem and applications. SASB - 5th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology, 2014, Munchen, Germany. ⟨hal-01079768⟩
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https://inria.hal.science/hal-01079768/file/sasb2014_picard_et_al_rev1.pdf BibTex

Chapitre d'ouvrage

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Torsten Schaub, Anne Siegel, Santiago Videla. Reasoning on the response of logical signaling networks with Answer Set Programming. Logical Modeling of Biological Systems, Wiley Online Librairy, pp.49-92, 2014, ⟨10.1002/9781119005223.ch2⟩. ⟨hal-01079762⟩
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https://inria.hal.science/hal-01079762/file/SchaubSiegelVidela.pdf BibTex

2013

Article dans une revue

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Roland Kaminski, Anne Siegel, Torsten Schaub, Santiago Videla. Minimal Intervention Strategies in Logical Signaling Networks with ASP. Theory and Practice of Logic Programming, 2013, 29th International Conference on Logic Programming, 13 (Special issue 4-5.), pp.675-690. ⟨10.1017/S1471068413000422⟩. ⟨hal-00853747⟩
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Carito Guziolowski, Santiago Videla, Federica Eduati, Sven Thiele, Thomas Cokelaer, et al.. Exhaustively characterizing feasible logic models of a signaling network using Answer Set Programming. Bioinformatics, 2013, 29 (18), pp.2320-2326. ⟨10.1093/bioinformatics/btt393⟩. ⟨hal-00853704⟩
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Communication dans un congrès

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Valerie Berthe, Jérémie Bourdon, Timo Jolivet, Anne Siegel. Generating discrete planes with substitutions. WORDS - 9th International Conference on Words - 2013, Sep 2013, Turku, Finland. ⟨hal-00853758⟩
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Guillaume Collet, Damien Eveillard, Martin Gebser, Sylvain Prigent, Torsten Schaub, et al.. Extending the Metabolic Network of Ectocarpus Siliculosus using Answer Set Programming. LPNMR - 12th Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning - 2013, Sep 2013, Corunna, Spain. ⟨hal-00853752⟩
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Philippe Bordron, Damien Eveillard, Alejandro Maass, Anne Siegel, Sven Thiele. An ASP application in integrative biology: identification of functional gene units. LPNMR - 12th Conference on Logic Programming and Nonmonotonic Reasoning - 2013, Sep 2013, Corunna, Spain. ⟨hal-00853762⟩
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Anne Siegel. Extracting robust information from knowledge and observations on a biological system: a formal system framework. PRIB - Eighth IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics - 2013, Jun 2013, Nice, France. ⟨hal-00853839⟩
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Guillaume Collet, Damien Eveillard, Martin Gebser, Sylvain Prigent, Torsten Schaub, et al.. Extending the Metabolic Network of Ectocarpus Siliculosus Using Answer Set Programming. LPNMR, 2013, ⟨10.1007/978-3-642-40564-8_25⟩. ⟨hal-02745669⟩
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Poster de conférence

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Sophie Lemosquet, O. Abdou Arbi, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel, J. Bourdon. Exploring the metabolic flexibility of the mammary gland of dairy cows through flux-balance analysis. Meeting of the Animal Science Modelling Group, Jul 2013, Indianapolis, United States. , Canadian Journal of Animal Science, 93 (4), 2013, Canadian Journal of Animal Science. ⟨hal-01210552⟩
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2012

Article dans une revue

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Valérie Berthé, Timo Jolivet, Anne Siegel. Substitutive Arnoux-rauzy sequences have pure discrete spectrum. Uniform Distribution Theory, 2012, 7 (1), pp.173-197. ⟨hal-00750209⟩
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Communication dans un congrès

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Santiago Videla, Carito Guziolowski, Federica Eduati, Sven Thiele, Niels Grabe, et al.. Revisiting the Training of Logic Models of Protein Signaling Networks with a Formal Approach based on Answer Set Programming. CMSB - 10th Computational Methods in Systems Biology 2012, D. Gilbert and M. Heiner, Oct 2012, London, United Kingdom. pp.342-361, ⟨10.1007/978-3-642-33636-2_20⟩. ⟨hal-00737112v2⟩
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https://inria.hal.science/hal-00737112/file/paper.pdf BibTex
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Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel. Exploitation à large échelle de bases de données de connaissance sur les réactions et régulations pour trouver des régulateurs clés de groupe de gènes. Journées ouvertes en biologie, informatique et mathématiques, Jul 2012, Rennes, France. pp.161-170. ⟨hal-01210385⟩
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https://hal.science/hal-01210385/file/Blavy-JOBIM2012_1 BibTex
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Andres Aravena, Carito Guziolowski, Anne Siegel, Alejandro Maass. Using Mutual Information and Answer Set Programming to refine PWM based transcription regulation network. Jobim 2012, Jul 2012, Rennes, France. pp.171. ⟨hal-00740722⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00740722/file/jobim2012.03.15.pdf BibTex
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Thierry Tonon, Patricia Bonin, Sylvain Prigent, Z. Shao, Agnès Groisillier, et al.. Systems biology approaches at cellular level in the model organism Ectocarpus siliculosus to better understand brown algal physiology. Esil 2012: algal post-genomics, Apr 2012, Roscoff, France. ⟨hal-00760640⟩
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Pierre Blavy, Florence Gondret, Sandrine Lagarrigue, Jaap J. van Milgen, Anne Siegel. Using large scale knowledge database about reactions and regulations to find key regulators of sets of genes. JOBIM 2012, Inria, 2012, Rennes, France. pp.123-132. ⟨hal-00750512⟩
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2011

Article dans une revue

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Thierry Tonon, Damien Eveillard, Sylvain Prigent, Jérémie Bourdon, Philippe Potin, et al.. Toward systems biology in brown algae to explore acclimation and adaptation to the shore environment.. OMICS, 2011, 15 (12), pp.883-892. ⟨10.1089/omi.2011.0089⟩. ⟨hal-00661751⟩
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https://hal.science/hal-00661751/file/Tonon_et_al._OMICS_2011.pdf BibTex
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Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Anne Siegel. Integrating quantitative knowledge into a qualitative gene regulatory network.. PLoS Computational Biology, 2011, 7 (9), pp.e1002157. ⟨10.1371/journal.pcbi.1002157⟩. ⟨hal-00626708⟩
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Valerie Berthe, Anne Siegel, Wolfgang Steiner, Paul Surer, Jörg Thuswaldner. Fractal tiles associated with shift radix systems. Advances in Mathematics, 2011, 226 (1), pp.139-175. ⟨10.1016/j.aim.2010.06.010⟩. ⟨hal-00407999v2⟩
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https://hal.science/hal-00407999/file/srstiling.pdf BibTex
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Carito Guziolowski, Sylvain Blachon, Tatiana Baumuratova, Gautier Stoll, Ovidiu Radulescu, et al.. Designing Logical Rules to Model the Response of Biomolecular Networks with Complex Interactions: An Application to Cancer Modeling.. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2011, 8 (5), pp.1223-1234. ⟨10.1109/TCBB.2010.71⟩. ⟨inria-00538134⟩
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Ovidiu Radulescu, Anne Siegel, Elisabeth Pecou, Clément Chatelain, Sandrine Lagarrigue. Genetically regulated metabolic networks: Gale-Nikaido modules and differential inequalities. Transactions on Computational Systems Biology, 2011, Transactions on Computational Systems Biology XIII, 6575 (Lecture Notes in Computer Science 6575), pp.110-130. ⟨10.1007/978-3-642-19748-2_6⟩. ⟨inria-00538136⟩
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Communication dans un congrès

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Pierre Blavy, Florence Gondret, Sven Thiele, Carito Guziolowski, Sandrine Lagarrigue, et al.. A new method for modeling reactions and regulations to analyze high-throughout data. 4. International Symposium on Animal Functional Genomics, Sorcha De Gras; Sorcha De Gras, Oct 2011, Dublin, Ireland. ⟨hal-02748096⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02748096/file/44518_20111018033227419_1.pdf BibTex

2010

Article dans une revue

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Robert Bellé, Sylvain Prigent, Anne Siegel, Patrick Cormier. Model of cap-dependent translation initiation in sea urchin: a step towards the eukaryotic translation regulation network.. Molecular Reproduction and Development, 2010, 77 (3), pp.257-64. ⟨10.1002/mrd.21142⟩. ⟨hal-00486418⟩
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Boris Adamczewski, Christiane Frougny, Anne Siegel, Wolfgang Steiner. Rational numbers with purely periodic $\beta$-expansion. Bulletin of the London Mathematical Society, 2010, 42 (3), pp.538-552. ⟨10.1112/blms/bdq019⟩. ⟨hal-00400799v2⟩
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https://hal.science/hal-00400799/file/AFSS.pdf BibTex
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Tatiana Baumuratova, Didier Surdez, Bernard Delyon, Gautier Stoll, Olivier Delattre, et al.. Localizing potentially active post-transcriptional regulations in the Ewing's sarcoma gene regulatory network.. BMC Systems Biology, 2010, 4 (1), pp.146. ⟨10.1186/1752-0509-4-146⟩. ⟨inserm-00984711⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-00984711/file/1752-0509-4-146.pdf BibTex

Communication dans un congrès

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Martin Gebser, Carito Guziolowski, Mihail Ivanchev, Torsten Schaub, Anne Siegel, et al.. Repair and Prediction (under Inconsistency) in Large Biological Networks with Answer Set Programming. Principles of Knowledge Representation and Reasoning, 2010, Toronto, Canada. ⟨inria-00538137⟩
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Chapitre d'ouvrage

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Valerie Berthe, Anne Siegel, Jorg Thuswaldner. Substitutions, Rauzy fractals and tilings. Cambridge University Press. Combinatorics, Automata and Number Theory, 135, Cambridge University Press, 2010, Encyclopedia of Mathematics and its Applications, 9780521515979. ⟨inria-00538135⟩
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Sophie Lemosquet, Oumarou Abdou-Arbi, Anne Siegel, Jocelyne Guinard-Flament, Jaap J. van Milgen, et al.. A generic stoichiometric model to analyse the metabolic flexibility of the mammary gland in lactating dairy cows. D. Sauvant, J. Van Milgen, P. Faverdin and N. Friggens. Modelling nutrient digestion and utilization in farm animals, Wageningen Academic Publishers, 2010, 978-90-8686-156-9. ⟨inria-00538138⟩
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2009

Article dans une revue

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Anne Siegel, Boris Adamczewski, Wolfgang Steiner. Présentation de "Numeration: Mathematics and Computer Science" (CIRM, 2009). Actes des rencontres du CIRM, 2009, 1 (1), pp.1-2. ⟨inria-00429811⟩
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Carito Guziolowski, Annabel Bourdé, François Moreews, Anne Siegel. BioQuali Cytoscape plugin: analysing the global consistency of regulatory networks. BMC Genomics, 2009, 26 (10), pp.244. ⟨10.1186/1471-2164-10-244⟩. ⟨inria-00429804⟩
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https://inria.hal.science/inria-00429804/file/2009_Guziolowski_BMC-Genomics_1.pdf BibTex

Communication dans un congrès

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Oumarou Abdou-Arbi, Jérémie Bourdon, Anne Siegel, Jaap J. van Milgen, Sophie Lemosquet. "La calculette métabolique": une approche de modélisation biochimique pour explorer les contraintes au sein du métabolisme des mammifères. 3. Journées d’Animation Scientifique du Département de Physiologie Animale et Systèmes d’Elevage, Oct 2009, Tours, France. ⟨hal-02758027⟩
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Anne Siegel. From pure discrete spectrum conditions to topological properties of self-affine tiles. Aperiodic Order, Sep 2009, Leceister, United Kingdom. ⟨inria-00429814⟩
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Anne Siegel. Rational numbers with purely periodic beta-expansions. Fractals and Tilings, Jul 2009, Strobl, Austria. ⟨inria-00429815⟩
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Sylvain Blachon, Gautier Stoll, Carito Guziolowski, Andrei Zinovyev, Emmanuel Barillot, et al.. Method for Relating Inter-patient Gene Copy Numbers Variations with Gene Expression via Gene Influence Networks. AIAI 2009 Workshop -- Workshop on Biomedical Informatics and Intelligent Approaches in the Support of Genomic Medicine (BMIINT), Apr 2009, Thessalonik, Greece. pp.72-87. ⟨inria-00429801⟩
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Ouvrages

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Anne Siegel, Jorg Thuswaldner. Topological properties of Rauzy fractals. Société Mathématiques de France, 118, pp.144, 2009, Mémoires de la SMF. ⟨inria-00539742⟩
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2008

Article dans une revue

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Shigeki Akiyama, Guy Barat, Valerie Berthe, Anne Siegel. Boundary of central tiles associated with Pisot beta-numeration and purely periodic expansions. Monatshefte für Mathematik, 2008, 155 (3-4), pp.377-419. ⟨10.1007/s00605-008-0009-7⟩. ⟨inria-00330567⟩
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https://arxiv.org/pdf/0710.3584 BibTex
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Philippe Veber, Carito Guziolowski, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. Inferring the role of transcription factors in regulatory networks. BMC Bioinformatics, 2008, 9, ⟨10.1186/1471-2105-9-228⟩. ⟨inria-00330578⟩
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Communication dans un congrès

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Carito Guziolowski, Jérémy Gruel, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. CURATING A LARGE-SCALE REGULATORY NETWORK BY EVALUATING ITS CONSISTENCY WITH EXPRESSION DATASETS. CIBB 2008: COMPUTATIONAL INTELLIGENCE METHODS FOR BIOINFORMATICS AND BIOSTATISTICS, Oct 2008, Salerno, Italy. pp.144-155. ⟨inria-00331385⟩
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https://inria.hal.science/inria-00331385/file/cibb.pdf BibTex
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Pierre Blavy, Florence Gondret, Hervé Guillou, Sandrine Lagarrigue, Pascal G.P. Martin, et al.. A minimal and dynamic model for fatty acid metabolism in mouse liver. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2008, Lille (FR), France. ⟨hal-00729742⟩
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https://institut-agro-rennes-angers.hal.science/hal-00729742/file/BLAVY_version2.pdf BibTex
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Pierre Blavy, Florence Gondret, Hervé Guillou, Sandrine Lagarrigue, Pascal G.P. Martin, et al.. A minimal and dynamic model for fatty acid metabolism in mouse liver. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2008, Lille, France. ⟨hal-02756716⟩
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Anne Siegel. Topological properties of central tiles and boundary graphs. Number Theory and Ergodic Theory, 2008, Kanazawa, Japan. ⟨inria-00330588⟩
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HDR

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Anne Siegel. Analyse de systèmes dynamiques par discrétisation. Exemples d'applications en théorie des nombres et en biologie moléculaire. Mathématiques [math]. Université Rennes 1, 2008. ⟨tel-00358996⟩
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https://theses.hal.science/tel-00358996/file/HDR.pdf BibTex

Ouvrages

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Didier Caucal, Anne Siegel (Dir.). Special Issue: Journées Montoises d'informatique théorique (Rennes, 2006). Caucal, Didier and Siegel, Anne. RAIRO - Theoretical Informatics and Applications, EDP Sciences, RAIRO - Theoretical Informatics and Applications 42(3), pp.240, 2008. ⟨inria-00330569⟩
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Rapport

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Jacques Nicolas, Christine Rousseau, Anne Siegel, Pierre Peterlongo, François Coste, et al.. Modeling local repeats on genomic sequences. [Research Report] RR-6802, INRIA. 2008, pp.43. ⟨inria-00353690⟩
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https://inria.hal.science/inria-00353690/file/RR-6802.pdf BibTex

2007

Article dans une revue

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Valerie Berthe, Anne Siegel. Purely Periodic beta-Expansions in the Pisot Non-unit Case. Journal of Number Theory, 2007, 127 (2), pp.153-172. ⟨10.1016/j.jnt.2007.07.005⟩. ⟨inria-00181997⟩
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https://inria.hal.science/inria-00181997/file/shift.pdf BibTex
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Carito Guziolowski, Philippe Veber, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. Checking Consistency Between Expression Data and Large Scale Regulatory Networks: A Case Study. Journal of Biological Physics and Chemistry, 2007, 7, pp.37-43. ⟨inria-00178914⟩
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https://inria.hal.science/inria-00178914/file/jbpc_article.pdf BibTex
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Anne Siegel, Carito Guziolowski, Philippe Veber, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne. Optimiser un plan d'expérience à partir de modèles qualitatifs?. Biofutur, 2007, 275, pp.27-31. ⟨inria-00178791⟩
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https://inria.hal.science/inria-00178791/file/SiegelFinal.pdf BibTex

Communication dans un congrès

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Pierre Blavy, Anne Siegel, Ovidiu Radulescu, Florence Gondret, Jaap J. van Milgen, et al.. Modélisation multi-organes et multi-espèces du métabolisme des lipides. 2. Journées d'Animation Scientifique du Département PHASE, Oct 2007, Tours, France. ⟨hal-02756643⟩
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Anne Siegel, Carito Guziolowski, Philippe Veber, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne. Qualitative response of interaction networks: application to the validation of biological models. 6th International Congress on Industrial and Applied Mathematics. ICIAM 07, Jul 2007, Zurich, Switzerland. ⟨inria-00178854⟩
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https://inria.hal.science/inria-00178854/file/ICIAM.pdf BibTex
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Anne Siegel, Jorg Thuswaldner. Topological properties of central tiles for substitutions. Journées de Numération, Apr 2007, Graz, Austria. ⟨inria-00180246⟩
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Rapport

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Shigeki Akiyama, Guy Barat, Valerie Berthe, Anne Siegel. Boundary of central tiles associated with Pisot beta-numeration and purely periodic expansions. [Research Report] 2007. ⟨inria-00180239⟩
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https://inria.hal.science/inria-00180239/file/ABBS_Submitted.pdf BibTex
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Carito Guziolowski, Philippe Veber, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. Checking Consistency Between Expression Data and Large Scale Regulatory Networks: A Case Study. [Research Report] RR-6190, INRIA. 2007, pp.14. ⟨inria-00145537v2⟩
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https://inria.hal.science/inria-00145537/file/RR-6190.pdf BibTex
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Philippe Veber, Carito Guziolowski, Michel Le Borgne, Ovidiu Radulescu, Anne Siegel. Inferring the role of transcription factors in regulatory networks. [Research Report] 2007. ⟨inria-00185038⟩
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https://inria.hal.science/inria-00185038/file/sign_inference.pdf BibTex

2006

Article dans une revue

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Pierre Arnoux, Valerie Berthe, Arnaud Hilion, Anne Siegel. Fractal representation of the attractive lamination of an automorphism of the free group. Annales de l'Institut Fourier, 2006, 56 (7), pp.2161-2212. ⟨10.5802/aif.2237⟩. ⟨inria-00178799⟩
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https://inria.hal.science/inria-00178799/file/ABHS.pdf BibTex
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Ovidiu Radulescu, Sandrine Lagarrigue, Anne Siegel, Philippe Veber, Michel Le Borgne. Topology and static response of interaction networks in molecular biology. Journal of the Royal Society Interface, 2006, 3 (6), pp.185 - 196. ⟨10.1098/rsif.2005.0092⟩. ⟨inria-00178842⟩
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https://inria.hal.science/inria-00178842/file/newton2.pdf BibTex
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Anne Siegel, Ovidiu Radulescu, Michel Le Borgne, Philippe Veber, Julien Ouy, et al.. Qualitative analysis of the relation between DNA microarray data and behavioral models of regulation networks. BioSystems, 2006, 84, pp.153-174. ⟨inria-00178809⟩
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https://inria.hal.science/inria-00178809/file/BiosystemsSRLVOL.pdf BibTex

Communication dans un congrès

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Pierre Arnoux, Valerie Berthe, Anne Siegel. Finiteness properties for Pisot $S$-adic tilings. Journées Montoises d'Informatique Théorique, Aug 2006, RENNES, France. ⟨inria-00180242⟩
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https://inria.hal.science/inria-00180242/file/ABS-JM.pdf BibTex

2005

Article dans une revue

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Philippe Veber, Michel Le Borgne, Anne Siegel, Sandrine Lagarrigue, Ovidiu Radulescu. Complex Qualitative Models in Biology: a new approach. Complexus, 2005, 2, pp.140-151. ⟨inria-00178819⟩
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BibTex
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Valerie Berthe, Anne Siegel. Tilings Associated with Beta-numeration and Substitutions. Integers : Electronic Journal of Combinatorial Number Theory, 2005, Proceedings of the 2004 Number Theoretic Algorithms and Related Topics Workshop, 5 (3), pp.A2. ⟨lirmm-00105299⟩
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-00105299/file/D437.PDF BibTex

2004

Pré-publication, Document de travail

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Valerie Berthe, Anne Siegel. Purely periodic beta-expansions in the Pisot non-unit case. 2004. ⟨hal-00002208⟩
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https://hal.science/hal-00002208/file/BertheSiegel.pdf BibTex

2002

Chapitre d'ouvrage

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Valerie Berthe, Anne Siegel. Basic notions on substitutions. Substitutions in Dynamics, Arithmetics and Combinatorics, 1794, Springer Verlag, pp.1-32, 2002, Lecture Note Mathematical Series, 978-3-540-44141-0. ⟨10.1007/3-540-45714-3_1⟩. ⟨lirmm-00268671⟩
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Rapport

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Valerie Berthe, Anne Siegel. Purely Periodic beta-Expansions in the Pisot Non-unit Case. [Research Report] RR-4619, INRIA. 2002. ⟨inria-00071966⟩
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https://inria.hal.science/inria-00071966/file/RR-4619.pdf BibTex