2023
Conference papers
- titre
- Characterization and quantification of antibiotic resistance gene variants in gut microbiota
- auteur
- Ouléye Sidibe, Anne-Carmen Sanchez, Guillaume Kon Kam King, Fanny Calenge, Benoît Doublet, Sylvie Baucheron, Anne-Laure Abraham, Sébastien Leclercq
- article
- 9; Symposium on Antimicrobial Resistance in Animals and the Environment - ARAE, INRAE, Jul 2023, Tours (France), France
- typdoc
- Conference papers
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-
- titre
- TANDEM : Flux microbiens au sein d’une chaîne alimentaire
- auteur
- Anne-Laure Abraham, Juliette Bloor, Céline Delbès, Annick Bernalier Donadille, Matthieu Bouchon, Pascal Carrère, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Pascal Piveteau, P. Dabert, Evelyne Forano, Jean-Jacques Godon, Mahendra Mariadassou, Bruno Martin, Philippe Ruiz, Isabelle Verdier-Metz, Sébastien Theil, Marie-Caroline Michalski, Guillaume Kon Kam King, Sébastien Mouret, Cécile C. Bord, Dorian Nicolle, Panos Sapountzis, Benoit Graulet, Patrice Cayre
- article
- Journées Portes Ouvertes UMRF, Jun 2023, Aurillac, France
- typdoc
- Conference papers
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-
Poster communications
- titre
- Characterization and quantification of antibiotic resistance gene variants in gut microbiota.
- auteur
- Ouléye Sidibe, Anne-Carmen Sanchez, Guillaume Kon Kam King, Fanny Calenge, Benoît Doublet, Sylvie Baucheron, Sébastien Leclercq, Anne-Laure Abraham
- article
- JOBIM 2023, Jun 2023, Tours, France. 2023, JOBIM 2023 Proceedings
- typdoc
- Poster communications
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-
- titre
- Microbial transfers across a food chain: from grassland to cheese using metagenetic high-throughput sequencing approaches
- auteur
- Anne-Laure Abraham, Juliette Bloor, Céline Delbès, Annick Bernalier Donadille, Matthieu Bouchon, Pascal Carrère, Nicolas Chemidlin Prévost-Bouré, Pascal Piveteau, P. Dabert, Evelyne Forano, Jean-Jacques Godon, Mahendra Mariadassou, Philippe Ruiz, Guillaume Kon Kam King, Bruno Martin, Isabelle Verdier-Metz, Sébastien Theil
- article
- FORUM ON FERMENTED FOODS, May 2023, Lyon, France
- typdoc
- Poster communications
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-
2022
Poster communications
- titre
- Combining marker genes in amplicon sequencing: a novel approach enhancing taxonomic profiling of microbial ecosystems
- auteur
- Benoît Goutorbe, Anne-Laure Abraham, Mahendra Mariadassou, Marion Bonnet, Anne Plauzolles, Ghislain Bidaut, Philippe Halfon, Sophie Schbath
- article
- 3rd International Conference on Holobionts, Jul 2022, Lyon, France. 2022
- typdoc
- Poster communications
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-
- titre
- Construction of a reference genome catalog to decipher shared strains along an agrifood chain with shotgun metagenomic data
- auteur
- Solène Pety, Fiona Bottin, Sébastien Theil, Céline Delbès, Panagiotis Sapountzsis, Hélène Chiapello, Pierre Nicolas, Guillaume Kon Kam King, Anne-Laure Abraham
- article
- JOBIM, Jul 2022, Rennes, France
- typdoc
- Poster communications
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Characterizing the limits of shallow shotgun metagenomics for taxonomic profiling of human gut microbiota in clinical studies
- auteur
- Benoit Goutorbe, Anne-Laure Abraham, Mahendra Mariadassou, Anne Plauzolles, Ghislain Bidaut, Philippe Halfon, Sophie Schbath
- article
- 2022
- typdoc
- Preprints, Working Papers, ...
- DOI
- DOI : 10.21203/rs.3.rs-1306026/v1
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-
2021
Journal articles
- titre
- Unraveling the world of halophilic and halotolerant bacteria in cheese by combining cultural, genomic and metagenomic approaches
- auteur
- Caroline Isabel Kothe, Alexander Bolotin, Bochra-Farah Kraïem, Bedis Dridi, Sandra Dérozier, Valentin Loux, Anne-Laure Abraham, Nacer Mohellibi, Pierre Renault
- article
- International Journal of Food Microbiology, 2021, 358, pp.109312. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2021.109312⟩
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1016/j.ijfoodmicro.2021.109312
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-
Conference papers
- titre
- Shallow Shotgun Metagenomics as a cost-effective and accurate alternative to WGS for taxonomic profiling and clinical diagnosis
- auteur
- Benoit Goutorbe, Anne-Laure Abraham, Mahendra Mariadassou, Anne Plauzolles, Ghislain Bidaut, Philippe Halfon, Sophie Schbath
- article
- Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2021, Paris, France
- typdoc
- Conference papers
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-
Poster communications
- titre
- Precise detection of antibiotic resistance genes in chicken microbiota
- auteur
- Anne-Carmen Sanchez, Guillaume Kon Kam King, Sylvie Baucheron, Fanny Calenge, Hélène Chiapello, Pierre P. Nicolas, Sébastien Leclercq, Anne-Laure Abraham
- article
- Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM - colloque virtuel, Jul 2021, Paris, France.
- typdoc
- Poster communications
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-
2020
Poster communications
- titre
- Shallow sequencing: a cost-effective and accurate alternative to WGS for taxonomic profiling ?
- auteur
- Benoit Goutorbe, Anne-Laure Abraham, Mahendra Mariadassou, Valentin Loux, Olivier Rué, Anne Plauzolles, Ghislain Bidaut, Philippe Halfon, Sophie Schbath
- article
- JOBIM, Jun 2020, Montpellier, France.
- typdoc
- Poster communications
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-
2019
Journal articles
- titre
- Serine protease inhibitors and human wellbeing interplay: new insights for old friends
- auteur
- Héla Mkaouar, Nizar Akermi, Aicha Kriaa, Anne-Laure Abraham, Amin Jablaoui, Souha Soussou, Raja Mokdad-Gargouri, Emmanuelle Maguin, Moez Rhimi
- article
- PeerJ, 2019, 7, pp.e7224. ⟨10.7717/peerj.7224⟩
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.7717/peerj.7224
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-
- titre
- A Guide for Ex Vivo Handling and storage of stool samples Intended for Fecal Microbiota transplantation
- auteur
- Sebastian D Burz, Anne-Laure Abraham, Fernanda Fonseca, Olivier David, Audrey Chapron, Fabienne F. Beguet-Crespel, Stéphanie Cenard, Karine Le Roux, Florence Levenez, Carole Schwintner, Herve H. Blottiere, Christel Béra-Maillet, Patricia Lepage, Joel Dore, Catherine Juste
- article
- Scientific Reports, 2019, 9 (1), pp.8897. ⟨10.1038/s41598-019-45173-4⟩
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1038/s41598-019-45173-4
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-
- titre
- Serine protease inhibitors and human wellbeing interplay: new insights for old friends
- auteur
- Hela Mkaouar, Nizar Akermi, Aicha Kriaa, Anne-Laure Abraham, Amin Jablaoui, Souha Soussou, Raja Mokdad-Gargouri, Emmanuelle Maguin, Moez Rhimi
- article
- PeerJ, 2019, 7, pp.e7224. ⟨10.7717/peerj.7224⟩
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.7717/peerj.7224
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-
- titre
- Guide pratique à destination des biologistes, bioinformaticiens et statisticiens qui souhaitent s’initier aux analyses métabarcoding
- auteur
- Hélène Falentin, Lucas Auer, Mahendra Mariadassou, Géraldine Pascal, Olivier Rué, Eric Dugat-Bony, Céline Delbes, Aurélie Nicolas, Etienne Rifa, Samuel Mondy, Malo Le Boulch, Laurent Cauquil, Guillermina Hernandez Raquet, Sébastien Terrat, Anne-Laure Abraham
- article
- Le Cahier des Techniques de l'INRA, 2019, 2019 (97), pp.1-23
- typdoc
- Journal articles
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-
Poster communications
- titre
- Metagenomic analysis of an african beer ecosystem using Food Microbiome Transfert application
- auteur
- Anne-Laure Abraham, Sandra Derozier, Quentin Cavaillé, Thibaut Guirimand, Solange Aka, Valentin Loux, Pierre Renault
- article
- jobim 2019, Jul 2019, Nantes, France. 2019
- typdoc
- Poster communications
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-
2018
Journal articles
- titre
- Identification of New Factors Modulating Adhesion Abilities of the Pioneer Commensal Bacterium Streptococcus salivarius
- auteur
- Benoit Couvigny, Saulius Kulakauskas, Nicolas Pons, Benoit Quinquis, Anne-Laure Abraham, Thierry Meylheuc, Christine Delorme, Pierre Renault, Romain Briandet, Nicolas Lapaque, Eric Guédon
- article
- Frontiers in Microbiology, 2018, 9 (article 273), ⟨10.3389/fmicb.2018.00273⟩
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2018.00273
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-
Conference papers
- titre
- A metagenomic tool for cheese ecosystems
- auteur
- Anne-Laure Abraham, Quentin Cavaillé, Thibaut Guirimand, Pierre Renault, Sandra Derozier, Charlie Pauvert, Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Bedis Dridi
- article
- 17. European Conference on Computational Biology (ECCB 2018, Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)", Sep 2018, Athenes, Greece
- typdoc
- Conference papers
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-
Poster communications
- titre
- FoodMicrobiome transfert: Web based metagenomic analysis
- auteur
- Quentin Cavaillé, Thibaut Guirimand, Sandra Derozier, Anne-Laure Abraham, Bedis Dridi, Valentin Loux, Pierre Renault
- article
- JOBIM 2018 Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2018, Marseille, France. , 2018
- typdoc
- Poster communications
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-
2017
Journal articles
- titre
- A fibrolytic potential in the human ileum mucosal microbiota revealed by functional metagenomic
- auteur
- Orlane Patrascu, Fabienne Beguet-Crespel, Ludovica Marinelli, Emmanuelle Le Chatelier, Anne-Laure Abraham, Marion Leclerc, Christophe C. Klopp, Nicolas Terrapon, Bernard Henrissat, Hervé Blottiere, Joël Dore, Christel Maillet
- article
- Scientific Reports, 2017, 7, ⟨10.1038/srep40248⟩
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1038/srep40248
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-
- titre
- Unprecedented large inverted repeats at the replication terminus of circular bacterial chromosomes suggest a novel mode of chromosome rescue
- auteur
- Hela El Kafsi, Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Camille Blin, Hélène Chiapello, Anne-Laure Abraham, Emmanuelle Maguin, Maarten van de Guchte
- article
- Scientific Reports, 2017, 7, pp.1-11. ⟨10.1038/srep44331⟩
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1038/srep44331
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-
Conference papers
- titre
- Food-Microbiomes Transfert, a shotgun metagenomic tool and a database to analyze cheese ecosystems
- auteur
- Thibaut Guirimand, Anne-Laure Abraham, Sandra Derozier, Charlie Pauvert, Mahendra Mariadassou, Valentin Loux, Pierre Renault
- article
- JOBIM 2017 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2017, Lille, France
- typdoc
- Conference papers
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-
2016
Journal articles
- titre
- Beneficial metabolic effects of selected probiotics on diet-induced obesity and insulin resistance in mice are associated with improvement of dysbiotic gut microbiota
- auteur
- Jeanne Alard, Véronique Lehrter, Moez Rhimi, Irène Mangin, Véronique Peucelle, Anne-Laure Abraham, Mahendra Mariadassou, Emmanuelle Maguin, Anne-Judith Waligora-Dupriet, Bruno Pot, Isabelle Wolowczuk, Corinne Grangette
- article
- Environmental Microbiology, 2016, 18 (5), pp.1484-1497. ⟨10.1111/1462-2920.13181⟩
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1111/1462-2920.13181
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-
- titre
- Functional comparison of bacteria from the human gut and closely related non-gut bacteria reveals the importance of conjugation and a paucity of motility and chemotaxis functions in the gut environment
- auteur
- Dragana Dobrijevic, Anne-Laure Abraham, Alexandre Jamet, Emmanuelle Maguin, Maarten van de Guchte
- article
- PLoS ONE, 2016, 11 (7), pp.e0159030. ⟨10.1371/journal.pone.0159030⟩
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pone.0159030
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-
Poster communications
- titre
- Cheese ecosystems insights with shotgun metagenomics and a metadata extended genomics database.
- auteur
- Thibaut Guirimand, Charlie Pauvert, Sandra Derozier, Anne-Laure Abraham, Mahendra Mariadassou, Valentin Loux, Pierre Renault
- article
- JOBIM 2016 : Journées ouvertes de biologie informatique et mathématiques, Jun 2016, Lyon, France. , 2016
- typdoc
- Poster communications
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Food Microbiome-Transfert a database to characterize cheese ecosystems.
- auteur
- Thibaut Guirimand, Sandra S. Derozier, Charlie Pauvert, Anne-Laure Abraham, Valentin Loux, Pierre Renault
- article
- Journées Bioinformatique Inra, Mar 2016, Toulouse, France. , 2016
- typdoc
- Poster communications
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2015
Poster communications
- titre
- How to design an efficient and robust pipeline for 16S rRNA-gene sequence analysis to improve our understanding on microbial communities?
- auteur
- Lucas Auer, Laurent Cauquil, Stephane Chaillou, Céline Delbes, Eric Dugat-Bony, Hélène Falentin, Guillermina Hernandez Raquet, Mahendra Mariadassou, Aurélie Nicolas, Géraldine Pascal, Etienne Rifa, Sophie Schbath, Anne-Laure Abraham, Sébastien Terrat
- article
- JOBIM 16. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , 2015
- typdoc
- Poster communications
- Accès au bibtex
-
- titre
- Accurate taxonomy assignments in cheeses ecosystems via a metagenomic approach
- auteur
- Charlie Pauvert, Anne-Laure Abraham, Mathieu Almeida, Nicolas Pons, Mahendra Mariadassou, Emna Achouri, Sophie Schbath, Pierre Renault
- article
- JOBIM 2015 - Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. , pp.1, 2015
- typdoc
- Poster communications
- Accès au bibtex
-
2014
Journal articles
- titre
- Genomics of Streptococcus salivarius, a major human commensal
- auteur
- Christine Delorme, Anne-Laure Abraham, Pierre Renault, Eric Guédon
- article
- Infection, Genetics and Evolution, 2014, 33, ⟨10.1016/j.meegid.2014.10.001⟩
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1016/j.meegid.2014.10.001
- Accès au bibtex
-
- titre
- Multiple recent horizontal transfers of a large genomic region in cheese making fungi
- auteur
- Kevin Cheeseman, Jeanne Ropars, Pierre Renault, Joelle Dupont, Jerome Gouzy, Antoine Branca, Anne-Laure Abraham, Maurizio Ceppi, Emmanuel Conseiller, Robert Debuchy, Fabienne Malagnac, Anne Goarin, Philippe Silar, Sandrine Lacoste, Erika Sallet, Aaron Bensimon, Tatiana Giraud, Yves Brygoo
- article
- Nature Communications, 2014, 5 (5), pp.2876. ⟨10.1038/ncomms3876⟩
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1038/ncomms3876
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Genome Sequence of the Lactic Acid Bacterium Lactococcus lactis subsp. lactis TOMSC161, Isolated from a Nonscalded Curd Pressed Cheese
- auteur
- Hélène Velly, Pierre Renault, Anne-Laure Abraham, Valentin Loux, Agnes Delacroix-Buchet, Fernanda Fonseca, Marielle Bouix
- article
- Genome Announcements, 2014, 2 (6), ⟨10.1128/genomeA.01121-14⟩
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1128/genomeA.01121-14
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Construction of a dairy microbial genome catalog opens new perspectives for the metagenomic analysis of dairy fermented products
- auteur
- Mathieu Almeida, Agnes Hebert, Anne-Laure Abraham, Simon Rasmussen, Christophe Monnet, Nicolas Pons, Céline Delbes, Valentin Loux, Jean-Michel Batto, Pierre Léonard, Sean Kennedy, Stanislav Ehrlich, Mihai Pop, Marie-Christine Montel, Francoise Irlinger, Pierre Renault
- article
- BMC Genomics, 2014, 15, article 1101 (16 p.). ⟨10.1186/1471-2164-15-1101⟩
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1186/1471-2164-15-1101
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- A shotgun metagenomic method to characterise low abundant species and assign precisely taxonomy in complex microbial ecosystems
- auteur
- Anne-Laure Abraham, Mathieu Almeida, Nicolas Pons, Charlie Pauvert, Sophie Schbath, Pierre Renault
- article
- ECCB'08: 7. European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. , 2014
- typdoc
- Poster communications
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2013
Journal articles
- titre
- Dynamics and biological relevance of DNA demethylation in Arabidopsis antibacterial defense
- auteur
- Agnès Yu, Gersende Lepère, Florence Jay, Jingyu Wang, Laure Bapaume, Yu Wang, Anne-Laure Abraham, Jon Penterman, Robert. L Fischer, Olivier Voinnet, Lionel Navarro
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2013, 110 (6), pp.2389-2394. ⟨10.1073/pnas.1211757110⟩
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1073/pnas.1211757110
- Accès au bibtex
-
2012
Journal articles
- titre
- Genetic Modifiers of Chromatin Acetylation Antagonize the Reprogramming of Epi-Polymorphisms
- auteur
- Anne-Laure Abraham, Muniyandi Nagarajan, Jean-Baptiste Veyrieras, Hélène Bottin, Lars M. Steinmetz, Gaël Yvert
- article
- PLoS Genetics, 2012, 8 (e1002958), pp.e1002958
- typdoc
- Journal articles
- Accès au bibtex
-
- titre
- Genetic modifiers of chromatin acetylation antagonize the reprogramming of epi-polymorphisms.
- auteur
- Anne-Laure Abraham, Muniyandi Nagarajan, Jean-Baptiste Veyrieras, Hélène Bottin, Lars M Steinmetz, Gaël Yvert
- article
- PLoS Genetics, 2012, 8 (9), pp.e1002958. ⟨10.1371/journal.pgen.1002958⟩
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pgen.1002958
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2010
Journal articles
- titre
- Natural single-nucleosome epi-polymorphisms in yeast.
- auteur
- Muniyandi Nagarajan, Jean-Baptiste Veyrieras, Maud de Dieuleveult, Hélène Bottin, Steffen Fehrmann, Anne-Laure Abraham, Séverine Croze, Lars M Steinmetz, Xavier Gidrol, Gaël Yvert
- article
- PLoS Genetics, 2010, 6 (4), pp.e1000913. ⟨10.1371/journal.pgen.1000913⟩
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pgen.1000913
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2009
Journal articles
- titre
- Alternative to homo-oligomerisation: the creation of local symmetry in proteins by internal amplification
- auteur
- Anne-Laure Abraham, Joël Pothier, Eduardo P.C Rocha
- article
- Journal of Molecular Biology, 2009, 394 (3), pp.522-534. ⟨10.1016/j.jmb.2009.09.031⟩
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1016/j.jmb.2009.09.031
- Accès au bibtex
-
- titre
- Genesis, effects and fates of repeats in prokaryotic genomes
- auteur
- Todd J. Treangen, Anne-Laure Abraham, Marie Touchon, Eduardo P.C Rocha
- article
- FEMS Microbiology Reviews, 2009, 33 (3), pp.539-571. ⟨10.1111/j.1574-6976.2009.00169.x⟩
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1111/j.1574-6976.2009.00169.x
- Accès au bibtex
-
2008
Journal articles
- titre
- Swelfe: a detector of internal repeats in sequences and structures.
- auteur
- Anne-Laure Abraham, Eduardo P C Rocha, Joël Pothier
- article
- Bioinformatics, 2008, 24 (13), pp.1536-7. ⟨10.1093/bioinformatics/btn234⟩
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1093/bioinformatics/btn234
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Caractérisation et analyse évolutive des répétitions intragéniques : une étude au niveau des gènes, des séquences protéiques et des structures tridimensionnelles
- auteur
- Anne-Laure Abraham
- article
- Sciences du Vivant [q-bio]. Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2008. Français. ⟨NNT : ⟩
- typdoc
- Theses
- Accès au texte intégral et bibtex
-