Publications HAL de bahram, houchmandzadeh; A., Halperin; Jan, Bednar; Irina Mihalcescu; Alexandre, Dawid; Olivier Rivoire; Clément Nizak; Geiselmann; Lacour du labo/EPI laboratoire interdisciplinaire de physique; lsp; laboratoire de spectrométrie physique

Journal articles

2019

titre
Acetate metabolism and the inhibition of bacterial growth by acetate
auteur
Stéphane Pinhal, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
Journal of Bacteriology, American Society for Microbiology, 2019, 201 (13), pp.147 - 166. ⟨10.1128/JB.00147-19⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02195459/file/Journal%20of%20Bacteriology-2019-Pinhal-JB.00147-19.full.pdf BibTex

2018

titre
Giant fluctuations in logistic growth
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, American Physical Society, 2018, 98, pp.042118. ⟨https://journals.aps.org/pre/abstract/10.1103/PhysRevE.98.042118⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01813897/file/Log_Noise_HAL.pdf BibTex
titre
Inheritance of Cell-Cycle Duration in the Presence of Periodic Forcing
auteur
Noga Mosheiff, Bruno M. c. Martins, Sivan Pearl-Mizrahi, Alexander Grünberger, Stefan Helfrich, Irina Mihalcescu, Dietrich Kohlheyer, James C. w. Locke, Leon Glass, Nathalie Balaban
article
Physical Review X, American Physical Society, 2018, 8 (2)
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2017

titre
Fisher Waves: an individual based stochastic model
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
article
Physical Review E , American Physical Society (APS), 2017, 96, pp.012414. ⟨10.1103/PhysRevE.96.012414⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01483999/file/FisherWave_pre.pdf BibTex
titre
Neutral Aggregation in Finite Length Genotype space
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
Physical Review E , American Physical Society (APS), 2017, 95, pp.012402. ⟨http://journals.aps.org/pre/abstract/10.1103/PhysRevE.95.012402⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01377505/file/NGA_hal.pdf BibTex
titre
Resource reallocation in bacteria by reengineering the gene expression machinery
auteur
Hidde de Jong, Johannes Geiselmann, Delphine Ropers
article
Trends in Microbiology, Elsevier, 2017, 25 (6), pp.480-493. ⟨10.1016/j.tim.2016.12.009⟩
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BibTex
titre
Synthesis of new hydrophilic rhodamine based enzymatic substrates compatible with droplet-based microfluidic assays
auteur
Johan Fenneteau, Dany Chauvin, Andrew Griffiths, Clément Nizak, Janine Cossy
article
Chemical Communications, Royal Society of Chemistry, 2017, 53 (39), pp.5437-5440. ⟨10.1039/c7cc01506b⟩
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2016

titre
Nonlinear modification of the laser noise power spectrum induced by frequency-shifted optical feedback
auteur
Eric Lacot, Bahram Houchmandzadeh, Vadim Girardeau, Olivier Hugon, Olivier Jacquin
article
Physical Review A, American Physical Society, 2016, ⟨10.1103/PhysRevA.94.033843⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01371635/file/PhysRevA.94.033843.pdf BibTex
titre
Conserved Units of Co-Expression in Bacterial Genomes: An Evolutionary Insight into Transcriptional Regulation
auteur
Ivan Junier, Olivier Rivoire
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2016, 11 (5), ⟨10.1371/journal.pone.0155740⟩
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BibTex
titre
A simple, general result for the variance of substitution number in molecular evolution.
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
article
Molecular Biology and Evolution, Oxford University Press (OUP), 2016, 33 (7), pp.1858. ⟨http://mbe.oxfordjournals.org/⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01275060/file/Dispersion_number2.pdf BibTex
titre
Dynamical allocation of cellular resources as an optimal control problem: Novel insights into microbial growth strategies
auteur
Nils Giordano, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2016, 12 (3), pp.e1004802. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004802⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01332394/file/pcbi.1004802.pdf BibTex
titre
Hierarchy and extremes in selections from pools of randomized proteins
auteur
Sébastien Boyer, Dipanwita Biswas, Anandakumar Soshee, Natate Scaramozzino, Clément Nizak, Olivier Rivoire
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2016, ⟨10.1073/pnas.1517813113⟩
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https://arxiv.org/pdf/1509.02450 BibTex
titre
Informations in Models of Evolutionary Dynamics
auteur
Olivier Rivoire
article
Journal of Statistical Physics, Springer Verlag, 2016, ⟨10.1007/s10955-015-1381-z⟩
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https://arxiv.org/pdf/1504.07761 BibTex

2015

titre
Green autofluorescence, a double edged monitoring tool for bacterial growth and activity in micro-plates
auteur
Irina Mihalcescu, Mathilde Van-Melle Gateau, Bernard Chelli, Corinne Pinel, Jean-Luc Ravanat
article
Physical Biology, Institute of Physics: Hybrid Open Access, 2015, 12 (6), ⟨10.1088/1478-3975/12/6/066016⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01628395/file/Autofluorescence_with_Supplementary%20Information.pdf BibTex
titre
A synthetic growth switch based on controlled expression of RNA polymerase
auteur
Jérôme Izard, Cindy Gomez-Balderas, Delphine Ropers, Stephan Lacour, Xiaohu Song, Yifan Yang, Ariel Lindner, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
Molecular Systems Biology, EMBO Press, 2015, 11 (11), pp.840. ⟨http://msb.embopress.org/content/11/11/840⟩
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BibTex
titre
Neutron fluctuations: the importance of being delayed
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Eric Dumonteil, Mazzolo Alain, Zoia Andrea
article
Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, American Physical Society, 2015, 92, pp.052114
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https://arxiv.org/pdf/1510.08594 BibTex
titre
General formulation of Luria-Delbrück distribution of the number of mutants
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, American Physical Society, 2015, 92, pp.012719. ⟨http://journals.aps.org/pre/pdf/10.1103/PhysRevE.92.012719⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01148693/file/LuriaDelbruck_h2.pdf BibTex
titre
Exact results for a noise-induced bistable system
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
article
Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, American Physical Society, 2015, 91, pp.022115. ⟨http://journals.aps.org/pre/abstract/10.1103/PhysRevE.91.022115⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01096388/file/noise_bistable_rev.pdf BibTex
titre
Fluctuation driven fixation of cooperative behavior
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
BioSystems, Elsevier, 2015, 127, pp.60. ⟨10.1016/j.biosystems.2014.11.006⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00959575/file/FW_altruism_biosys_2ndRev.pdf BibTex
titre
Breaking evolutionary constraint with a tradeoff ratchet
auteur
Marjon G. J. de Vos, Alexandre Dawid, Vanda Sunderlikova, Sander J Tans
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2015, 112 (48), pp.14906-11. ⟨10.1073/pnas.1510282112⟩
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BibTex
titre
Evolution of sparsity and modularity in a model of protein allostery
auteur
Mathieu Hemery, Olivier Rivoire
article
Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, American Physical Society, 2015, ⟨10.1103/PhysRevE.91.042704⟩
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https://arxiv.org/pdf/1408.3240 BibTex
titre
Understanding carbon catabolite repression in Escherichia coli using quantitative models
auteur
Andreas Kremling, Johannes Geiselmann, Delphine Ropers, Hidde de Jong
article
Trends in Microbiology, Elsevier, 2015, 23 (2), pp.99-109. ⟨10.1016/j.tim.2014.11.002⟩
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BibTex
titre
Inference of quantitative models of bacterial promoters from time-series reporter gene data
auteur
Diana Stefan, Corinne Pinel, Stephane Pinhal, Eugenio Cinquemani, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
PLoS Computational Biology, Public Library of Science, 2015, 11 (1), pp.e1004028. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004028⟩
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BibTex
titre
Robust reconstruction of gene expression profiles from reporter gene data using linear inversion
auteur
Valentin Zulkower, Michel Page, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2015, 31 (12), pp.i71-i79. ⟨10.1093/bioinformatics/btv246⟩
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2014

titre
An evolutionarily significant unicellular strategy in response to starvation stress in Dictyostelium social amoebae
auteur
Darja Dubravcic, Minus van Baalen, Clément Nizak
article
F1000Research, Faculty of 1000, 2014, 3, pp.133. ⟨10.12688/f1000research.4218.1⟩
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BibTex
titre
Selection of Arginine-Rich Anti-Gold Antibodies Engineered for Plasmonic Colloid Self-Assembly
auteur
Purvi Jain, Anandakumar Soshee, S.Shankara Narayanan, Jadab Sharma, Christian Girard, Erik Dujardin, Clément Nizak
article
Journal of Physical Chemistry C, American Chemical Society, 2014, 10.1021/jp502118n. ⟨10.1021/jp502118n⟩
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BibTex
titre
A model for the generation and transmission of variations in evolution.
auteur
Olivier Rivoire, Stanislas Leibler
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2014, 111 (19), pp.E1940-9. ⟨10.1073/pnas.1323901111⟩
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BibTex
titre
The remarkable discreteness of being
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
Journal of Biosciences, Indian Academy of Sciences, 2014, 39 (2), pp.1-10. ⟨10.1007/s12038-013-9350-7⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00816423/file/discretness_of_being.pdf BibTex
titre
Recombinant antibody mediated delivery of organelle-specific DNA pH sensors along endocytic pathways
auteur
Souvik Modi, S. Haider, Clément Nizak, Yamuna Krishnan
article
Nanoscale, Royal Society of Chemistry, 2014, 6 (2), pp.1144-52. ⟨10.1039/c3nr03769j⟩
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BibTex
titre
General in vitro method to analyze the interactions of synthetic polymers with human antibody repertoires.
auteur
Anandakumar Soshee, Stefan Zürcher, Nicholas D Spencer, Avraham Halperin, Clément Nizak
article
Biomacromolecules, American Chemical Society, 2014, 15 (1), pp.113-21. ⟨10.1021/bm401360y⟩
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titre
General in vitro method to analyze the interactions of synthetic polymers with human antibody repertoires
auteur
Anandakumar Soshee, Stefan Zürcher, N. Spencer, A. Halperin, Clément Nizak
article
Biomacromolecules, American Chemical Society, 2014, 15 (1), pp.113-21. ⟨10.1021/bm401360y⟩
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BibTex
titre
An alternative to the breeder's and Lande's equations.
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
G3, Genetics Society of America, 2014, 4(1) (1), pp.97-108. ⟨10.1534/g3.113.008433⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00722308/file/breeder_alt.pdf BibTex

2013

titre
Procedure to construct a multi-scale coarse-grained model of DNA-coated colloids from experimental data
auteur
Bianca M. Mladek, Julia Fornleitner, Francisco J. Martinez-Veracoechea, Alexandre Dawid, Daan Frenkel
article
Soft Matter, Royal Society of Chemistry, 2013, 9, pp.7342. ⟨10.1039/C3SM50701G⟩
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https://arxiv.org/pdf/1305.0682 BibTex
titre
Two DNA nanomachines map pH changes along intersecting endocytic pathways inside the same cell.
auteur
Souvik Modi, Clément Nizak, Sunaina Surana, Saheli Halder, Yamuna Krishnan
article
Nature Nanotechnology, Nature Publishing Group, 2013, 8 (6), pp.459-67. ⟨10.1038/nnano.2013.92⟩
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BibTex
titre
Exact results for fixation probability of bithermal evolutionary graphs.
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
article
BioSystems, Elsevier, 2013, 112 (1), pp.49-54. ⟨10.1016/j.biosystems.2013.03.020⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00750778/file/EGT_bithermal.pdf BibTex
titre
Elements of Coevolution in Biological Sequences
auteur
Olivier Rivoire
article
Physical Review Letters, American Physical Society, 2013, 110, pp.178102. ⟨10.1103/PHYSREVLETT.110.178102⟩
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https://arxiv.org/pdf/1212.3205 BibTex

2012

titre
Selection for altruism through random drift in variable size populations.
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
article
BMC Evolutionary Biology, BioMed Central, 2012, 12, pp.61. ⟨10.1186/1471-2148-12-61⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00680195/file/bmc_altruism_fig.pdf BibTex
titre
Nucleosomes stacked with aligned dyad axes are found in native compact chromatin in vitro.
auteur
Margot P Scheffer, Mikhail Eltsov, Jan Bednar, Achilleas S Frangakis
article
Journal of Structural Biology, Elsevier, 2012, 178 (2), pp.207-14. ⟨10.1016/j.jsb.2011.11.020⟩
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BibTex
titre
Interactions of a hydrophobically modified polycation with zwitterionic lipid membranes.
auteur
Mariusz Kepczynski, Dorota Jamróz, Magdalena Wytrwal, Jan Bednar, Ewa Rzad, Maria Nowakowska
article
Langmuir, American Chemical Society, 2012, 28 (1), pp.676-88. ⟨10.1021/la203748q⟩
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BibTex
titre
Quantitative Prediction of the Phase Diagram of DNA-Functionalized Nanosized Colloids
auteur
Bianca M. Mladek, Julia Fornleitner, Francisco J. Martinez-Veracoechea, Alexandre Dawid, Daan Frenkel
article
Physical Review Letters, American Physical Society, 2012, 108 (26), pp.268301. ⟨10.1103/PhysRevLett.108.268301⟩
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BibTex
titre
Selection and use of intracellular antibodies (intrabodies).
auteur
Sandrine Moutel, Clément Nizak, Franck Perez
article
Methods in Molecular Biology, Humana Press/Springer Imprint, 2012, 907, pp.667-79. ⟨10.1007/978-1-61779-974-7_37⟩
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BibTex

2011

titre
Fluctuations importance and control in biological systems
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Irina Mihalcescu
article
Europhysics News, EDP Sciences, 2011, 42 (6), pp.36. ⟨10.1051/epn/2011606⟩
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BibTex
titre
From crystal and NMR structures, footprints and cryo-electron-micrographs to large and soft structures: nanoscale modeling of the nucleosomal stem.
auteur
Sam Meyer, Nils B Becker, Sajad Hussain Syed, Damien Goutte-Gattat, Manu Shubhdarshan Shukla, Jeffrey J Hayes, Dimitar Angelov, Jan Bednar, Stefan Dimitrov, Ralf Everaers
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2011, 39 (21), pp.9139-54. ⟨10.1093/nar/gkr573⟩
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BibTex
titre
Chromatin under mechanical stress: from single 30 nm fibers to single nucleosomes.
auteur
Jan Bednar, Stefan Dimitrov
article
FEBS Journal, Wiley, 2011, 278 (13), pp.2231-43. ⟨10.1111/j.1742-4658.2011.08153.x⟩
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BibTex
titre
The fixation probability of a beneficial mutation in a geographically structured population
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
article
New Journal of Physics, Institute of Physics: Open Access Journals, 2011, 13, pp.3020. ⟨10.1088/1367-2630/13/7/073020⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00633731/file/mutinspace.pdf BibTex
titre
Bilayer structures in dioctadecyldimethylammonium bromide/oleic acid dispersions.
auteur
Mariusz Kepczynski, Joanna Lewandowska, Karolina Witkowska, Sylwia Kędracka-Krok, Veronika Mistrikova, Jan Bednar, Paweł Wydro, Maria Nowakowska
article
Chemistry and Physics of Lipids, Elsevier, 2011, 164 (5), pp.359-67. ⟨10.1016/j.chemphyslip.2011.04.007⟩
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BibTex
titre
The Value of Information for Populations in Varying Environments
auteur
Olivier Rivoire, Stanislas Leibler
article
Journal of Statistical Physics, Springer Verlag, 2011, 142, pp.1124-1166. ⟨10.1007/S10955-011-0166-2⟩
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https://arxiv.org/pdf/1010.5092 BibTex
titre
The docking domain of histone H2A is required for H1 binding and RSC-mediated nucleosome remodeling.
auteur
Manu Shubhdarshan Shukla, Sajad Hussain Syed, Damien Goutte-Gattat, John Lalith Charles Richard, Fabien Montel, Ali Hamiche, Andrew Travers, Cendrine Faivre-Moskalenko, Jan Bednar, Jeffrey J Hayes, Dimitar Angelov, Stefan Dimitrov
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2011, 39 (7), pp.2559-70. ⟨10.1093/nar/gkq1174⟩
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BibTex
titre
Laser microstructuration of three-dimensional enzyme reactors in microfluidic channels
auteur
Monica Iosin, Teodora Scheul, Clément Nizak, Olivier Stephan, Simion Astilean, Patrice Baldeck
article
Microfluidics and Nanofluidics, Springer Verlag, 2011, 10 (3), pp.685-690. ⟨10.1007/s10404-010-0698-9⟩
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BibTex
titre
The cyst-dividing bacterium Ramlibacter tataouinensis TTB310 genome reveals a well-stocked toolbox for adaptation to a desert environment.
auteur
Gilles de Luca, Mohamed Barakat, Philippe Ortet, Sylvain Fochesato, Cécile Jourlin-Castelli, Mireille Ansaldi, Béatrice Py, Gwennaele Fichant, Pedro M Coutinho, Romé Voulhoux, Olivier Bastien, Eric Maréchal, Bernard Henrissat, Yves Quentin, Philippe Noirot, Alain Filloux, Vincent Méjean, Michael S Dubow, Frédéric Barras, Valérie Barbe, Jean Weissenbach, Irina Mihalcescu, André Verméglio, Wafa Achouak, Thierry Heulin
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (9), pp.e23784. ⟨10.1371/journal.pone.0023784⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00636313/file/De_Luca_-_PLoS_One_-_2011.pdf BibTex

2010

titre
Behavior of 2,6-bis(decyloxy)naphthalene inside lipid bilayer.
auteur
Mariusz Kepczynski, Marta Kumorek, Michał Stepniewski, Tomasz Róg, Bartłomiej Kozik, Dorota Jamróz, Jan Bednar, Maria Nowakowska
article
Journal of Physical Chemistry B, American Chemical Society, 2010, 114 (47), pp.15483-94. ⟨10.1021/jp103753f⟩
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BibTex
titre
Alternative to the diffusion equation in population genetics.
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
article
Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, American Physical Society, 2010, 82 (5), pp.051913. ⟨10.1103/PhysRevE.82.051913⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00633718/file/pgf_popgenetics.pdf BibTex
titre
Characterization of single chain antibody targets through yeast two hybrid
auteur
O. Vielemeyer, Clément Nizak, Aj Jimenez, A. Echard, Bruno Goud, J. Camonis, Jc Rain, Franck Perez
article
BMC Biotechnology, BioMed Central, 2010, pp.PMID: 20727208
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BibTex
titre
Importance et contrôle des fluctuations dans les systèmes biologiques
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Irina Mihalcescu
article
Jahrbuch für Computerphilologie, Hg. v. Karl Eibl, Volker Deubel, Fotis Jannidis, 2010, pp.17-21. ⟨10.1051/refdp/2010017⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00633894/file/fluctuations_v8-2010.pdf BibTex
titre
Atomic force microscopy of polymer brushes: colloidal versus sharp tips.
auteur
A. Halperin, E. B. Zhulina
article
Langmuir, American Chemical Society, 2010, 26 (11), pp.8933-40. ⟨10.1021/la9047374⟩
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BibTex
titre
Single-base resolution mapping of H1-nucleosome interactions and 3D organization of the nucleosome
auteur
Sajad Hussain Syed, Damien Goutte-Gattat, Nils Becker, Sam Meyer, Manu Shubhdarshan Shukla, Jeffrey J. Hayes, Ralf Everaers, Dimitar Angelov, Jan Bednar, Stefan Dimitrov
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2010, 107 (21), pp.9620-9625. ⟨10.1073⟩
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BibTex
titre
Single-base resolution mapping of H1-nucleosome interactions and 3D organization of the nucleosome.
auteur
Sajad Hussain Syed, Damien Goutte-Gattat, Nils Becker, Sam Meyer, Manu Shubhdarshan Shukla, Jeffrey J Hayes, Ralf Everaers, Dimitar Angelov, Jan Bednar, Stefan Dimitrov
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2010, 107 (21), pp.9620-5. ⟨10.1073/pnas.1000309107⟩
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BibTex
titre
Remosomes: RSC generated non-mobilized particles with approximately 180 bp DNA loosely associated with the histone octamer
auteur
Manu Shubhdarshan Shukla, Sajad Hussain Syed, Fabien Montel, Cendrine Faivre-Moskalenko, Jan Bednar, Andrew Travers, Dimitar Angelov, Stefan Dimitrov
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2010, 107 (5), pp.1936-1941. ⟨10.1073⟩
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BibTex
titre
From Grazing Resistance to Pathogenesis: The Coincidental Evolution of Virulence Factors
auteur
Sandrine Adiba, Clément Nizak, Minus van Baalen, Erick Denamur, Frantz Depaulis
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2010, 5 (8), pp.e11882. ⟨10.1371/journal.pone.0011882⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00528524/file/AdibaEtal2010.pdf BibTex
titre
Characterization of single chain antibody targets through yeast two hybrid.
auteur
Ole Vielemeyer, Clément Nizak, Ana Jimenez, Arnaud Echard, Bruno Goud, Jacques Camonis, Jean-Christophe Rain, Franck Perez
article
BMC Biotechnology, BioMed Central, 2010, 10 (1), pp.59. ⟨10.1186/1472-6750-10-59⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00617227/file/1472-6750-10-59.pdf BibTex

2009

titre
Theory of neutral clustering for growing populations.
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
article
Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, American Physical Society, 2009, 80 (5), pp.051920. ⟨10.1103/PhysRevE.80.051920⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00633709/file/Stoclust_theory.pdf BibTex
titre
Ternary protein adsorption onto brushes: strong versus weak.
auteur
A. Halperin, M. Kröger
article
Langmuir, American Chemical Society, 2009, 25 (19), pp.11621-34. ⟨10.1021/la9008569⟩
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titre
Direct selection of monoclonal phosphospecific antibodies without prior phosphoamino acid mapping
auteur
O. Vielemeyer, H. Yuan, S. Moutel, R. Saint-Fort, D. Tang, Clément Nizak, Bruno Goud, Y. Wang, Franck Perez
article
Journal of Biological Chemistry, American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2009, pp.PMID: 19473967
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titre
The dynamics of individual nucleosomes controls the chromatin condensation pathway: direct atomic force microscopy visualization of variant chromatin.
auteur
Fabien Montel, Hervé Menoni, Martin Castelnovo, Jan Bednar, Stefan Dimitrov, Dimitar Angelov, Cendrine Faivre-Moskalenko
article
Biophysical Journal, Biophysical Society, 2009, 97 (2), pp.544-53. ⟨10.1016/j.bpj.2009.04.042⟩
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https://hal-ens-lyon.archives-ouvertes.fr/ensl-00379692/file/Montel2009.pdf BibTex
titre
A multi-Fc-species system for recombinant antibody production
auteur
S. Moutel, A. El Marjou, O. Vielemeyer, Clément Nizak, P. Benaroch, S. Dübel, Franck Perez
article
BMC Biotechnology, BioMed Central, 2009, pp.PMID: 19245715
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2008

titre
Neutral Clustering in a Simple Experimental Ecological Community
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
Physical Review Letters, American Physical Society, 2008, 101, pp.078103. ⟨10.1103/PhysRevLett.101.078103⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00384587/file/PRL_rev3_author.pdf BibTex

2007

titre
Cyanobacterial clock, a stable phase oscillator with negligible intercellular coupling
auteur
M. Amdaoud, M. Vallade, C. Weiss-Schaber, Irina Mihalcescu
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2007, 104 (17), pp.7051 - 7056. ⟨10.1073/pnas.0609315104⟩
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titre
Exploitation of other social amoebae by Dictyostelium caveatum
auteur
Clément Nizak, Rj Fitzhenry, Rh Kessin
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2007, pp.PMID: 17299592
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2006

titre
Dissection of the unusual structural and functional properties of the variant H2A.Bbd nucleosome.
auteur
Cécile-Marie Doyen, Fabien Montel, Thierry Gautier, Hervé Menoni, Cyril Claudet, Marlène Delacour-Larose, Dimitar Angelov, Ali Hamiche, Jan Bednar, Cendrine Faivre-Moskalenko, Philippe Bouvet, Stefan Dimitrov
article
EMBO Journal, EMBO Press, 2006, 25 (18), pp.4234-44. ⟨10.1038/sj.emboj.7601310⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00335077/file/Figs1-8.pdf https://www.hal.inserm.fr/inserm-00335077/file/H2A.Bbd.pdf BibTex
titre
Species abundance distribution and population dynamics in a two-community model of neutral ecology
auteur
Marcel Vallade, Bahram Houchmandzadeh
article
Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, American Physical Society, 2006, 74², pp.051914. ⟨10.1103/PhysRevE.74.051914⟩
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2005

titre
Histone octamer instability under single molecule experiment conditions.
auteur
Cyril Claudet, Dimitar Angelov, Philippe Bouvet, Stefan Dimitrov, Jan Bednar
article
Journal of Biological Chemistry, American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2005, 280 (20), pp.19958-65. ⟨10.1074/jbc.M500121200⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00445540/file/ClaudetJBC.pdf BibTex
titre
Precise domain specification in the developing Drosophila embryo
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Eric Wieschaus, Stanislas Leibler
article
Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, American Physical Society, 2005, 72, pp.061920. ⟨10.1103/PhysRevE.72.061920⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00384601/file/twograds_hal.pdf BibTex
titre
Filtering the noise of embryonic development
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
Journal of Physics: Condensed Matter, IOP Publishing, 2005, 17, pp.S1245-S1258. ⟨10.1088/0953-8984/17/14/014⟩
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2004

titre
Resilient circadian oscillator revealed in individual cyanobacteria
auteur
Irina Mihalcescu, Weihong Hsing, Stanislas Leibler
article
Nature, Nature Publishing Group, 2004, 430 (6995), pp.81 - 85. ⟨10.1038/nature02533⟩
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2002

titre
Clustering of diffusing organisms.
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics, American Physical Society, 2002, pp.052902
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01085049/file/brown_cluster_hal.pdf BibTex
titre
Establishment of developmental precision and proportions in the early Drosophila embryo.
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Eric Wieschaus, Stanislas Leibler
article
Nature, Nature Publishing Group, 2002, pp.798-802
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2000

titre
Improvement in the luminescence properties of Si/CaF2 nanostructures
auteur
F. Bassani, S. Menard, Isabelle Berbezier, F.Arnaud D’avitaya, Irina Mihalcescu
article
Materials Science and Engineering: B, Elsevier, 2000, 69-70, pp.340 - 344. ⟨10.1016/S0921-5107(99)00233-0⟩
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Book sections

2018

titre
Selection and Use of Intracellular Antibodies
auteur
Sandrine Moutel, Clément Nizak, Franck Perez
article
Methods in molecular biology, pp.491-503, 2018
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2015

titre
La cellule procaryote en biotechnologies
auteur
Sandrine Bourgoin-Voillard, Claire Durmort, Johannes Geiselmann, Audrey Le Gouellec, Delphine Ropers, Michel Sève
article
Introduction aux biotechnologies en santé, Tome 1, Tec & Doc Lavoisier, pp.318, 2015, Les biotechnologies en santé, 2743020857. ⟨https://www.lavoisier.fr/livre/sciences-de-la-vie/les-biotechnologies-en-sante-tome-1/bourgoin/descriptif-9782743020859⟩
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Theses

2003

titre
Développement d'outils pour l'étude de la dynamique de l'appareil de Golgi en interphase et en mitose
auteur
Clément Nizak
article
Biophysique [physics.bio-ph]. Université Paris-Diderot - Paris VII, 2003. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00190898/file/these.pdf BibTex