2025
Book sections
- titre
- The Transition from the Single Plant to the Stand
- auteur
- Paul-Henry Cournède, Frédéric Blaise, Philippe de Reffye, Mengzhen Kang
- article
- Philippe de Reffye; Mengzhen Kang; Marc Jaeger; Baogui Zhang. Plant Model Greenlab for Botany and Agronomy, Springer Nature Singapore, pp.541-582, 2025, ⟨10.1007/978-981-97-7541-5_11⟩
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-
- titre
- Modeling Plant Growth: Deterministic Case
- auteur
- Philippe de Reffye, Ep Heuvelink, Véronique Letort, Mengzhen Kang
- article
- Philippe de Reffye; Mengzhen Kang; Marc Jaeger; Baogui Zhang. Plant Model Greenlab for Botany and Agronomy, Springer Nature Singapore, pp.127-187, 2025, ⟨10.1007/978-981-97-7541-5_5⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Estimation and variable selection in high dimension in nonlinear mixed-effects models.
- auteur
- Antoine Caillebotte, Estelle Kuhn, Sarah Lemler
- article
- 2025
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-
- titre
- Adaptive Local Maxima Windows for Tree Segmentation: A Point Process Perspective
- auteur
- Konstantinos Florakis, Véronique Letort, Raphaël Canals, Gilles Faÿ, Samis Trevezas
- article
- 2025
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-
2024
Journal articles
- titre
- Life years lost by childhood cancer treatment and health related late effects among childhood cancer survivors
- auteur
- Thibaud Charrier, Nadia Haddy, Brice Fresneau, Boris Schwartz, Neige Journy, Charlotte Demoor-Goldschmidt, Ibrahima Diallo, Isabelle Aerts, François Doz, Vincent Souchard, Giao Vu-Bezin, Anne Laprie, Sarah Lemler, Véronique Letort, Carole Rubino, Kaniav Kamary, Naïla Myriam Aba, Claire Ducos, Médéa Locquet, Florent De Vathaire, Rodrigue S Allodji, Aurélien Latouche
- article
- Cancer Epidemiology, 2024, 93, ⟨10.1016/j.canep.2024.102692⟩
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-
- titre
- Liquid Biopsy versus CT: Comparison of Tumor Burden Quantification in 1065 Patients with Metastases
- auteur
- Lama Dawi, Younes Belkouchi, Littisha Lawrance, Othilie Gautier, Samy Ammari, Damien Vasseur, Felix Wirth, Joya Hadchiti, Salome Morer, Clemence David, François Bidault, Corinne Balleyguier, Michèle Kind, Arnaud Bayle, Laila Belcaid, Mihaela Aldea, Claudio Nicotra, Arthur Geraud, Madona Sakkal, Felix Blanc-Durand, Sophie Moog, Maria Fernanda Mosele, Marco Tagliamento, Alice Bernard-Tessier, Benjamin Verret, Cristina Smolenschi, Nathalie Auger, Anas Gazzah, Jean-Baptiste Micol, Olivier Caron, Antoine Hollebecque, Yohann Loriot, Benjamin Besse, Ludovic Lacroix, Etienne Rouleau, Santiago Ponce, Fabrice André, Jean-Charles Soria, Fabrice Barlesi, Serge Muller, Paul-Henry Cournede, Hugues Talbot, Antoine Italiano, Nathalie Lassau
- article
- Radiology, 2024, 313 (2), ⟨10.1148/radiol.232674⟩
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-
- titre
- Editorial: Plant architectural models and crop production
- auteur
- Véronique Letort, Mengzhen Kang, Philippe de Reffye
- article
- Frontiers in Plant Science, 2024, 15, pp.1-3. ⟨10.3389/fpls.2024.1430205⟩
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-
- titre
- Methods for comparing theoretical models parameterized with field data using biological criteria and Sobol analysis
- auteur
- Léo Lusardi, Eliot André, Irene Castañeda, Sarah Lemler, Pauline Lafitte, Diane Zarzoso-Lacoste, Elsa Bonnaud
- article
- Ecological Modelling, 2024, 493, pp.110728. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2024.110728⟩
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-
- titre
- Imaging-guided prognostic score-based approach to assess the benefits of combotherapy versus monotherapy with immune checkpoint inhibitors in metastatic MSI-H colorectal cancer patients
- auteur
- Rémy Barbe, Younes Belkouchi, Yves Menu, Romain Cohen, Clemence David, Michele Kind, Sana Harguem, Lama Dawi, Joya Hadchiti, Fatine Selhane, Nicolas Billet, Samy Ammari, Ambroise Bertin, Littisha Lawrance, Baptiste Cervantes, Antoine Hollebecque, Corinne Balleyguier, Paul-Henry Cournede, Hugues Talbot, Nathalie Lassau, Thierry Andre
- article
- European Journal of Cancer, 2024, 202, pp.114020. ⟨10.1016/j.ejca.2024.114020⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Stochastic modelling of development and biomass allocation: Computation applied to architecture of young mahogany trees (Khaya senegalensis Desr. A. Juss), a native African savannah emblematic agroforestry species
- auteur
- Beda Innocent Adji, Xiujuan Wang, Véronique Letort, Doffou Sélastique Akaffou, Sylvie-Annabel Sabatier, Mengzhen Kang, Kouadio Henri Kouassi, Yao Sabas Barima, Jérôme Duminil, Marc Jaeger, Philippe de Reffye
- article
- Computers and Electronics in Agriculture, 2024, 220, pp.108864. ⟨10.1016/j.compag.2024.108864⟩
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-
- titre
- Practical Identifiability of Plant Growth Models: A Unifying Framework and Its Specification for Three Local Indices
- auteur
- Jean Velluet, Antonin Della Noce, Véronique Letort
- article
- Plant Phenomics, 2024, 6, pp.0133. ⟨10.34133/plantphenomics.0133⟩
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-
- titre
- Confidence intervals of survival predictions with neural networks trained on molecular data
- auteur
- Elvire Roblin, Paul-Henry Cournède, Stefan Michiels
- article
- Informatics in Medicine Unlocked, 2024, 44 (2024), pp.101426. ⟨10.1016/j.imu.2023.101426⟩
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-
Conference papers
- titre
- Amplification of Von Willebrand Factor-Positive CALRmut Disease-Initiating Hematopoietic Stem Cells Is Associated to the Activation of the PERK/EiF2a Branch of Unfolded Protein Response
- auteur
- Camelia Benlabiod, Gurvan Hermange, Laetitia Borderon, Quentin Blampey, Maxime Evrard, Antonio Rodriguez Romera, Stéphanie Moreno, Nathalie Gault, Philippe Rameau, Cyril Catelain, Elodie Rosa, Bethan Psaila, Claus Nerlov, Sten Eirik Waelgaard Jacobsen, William Vainchenker, Hana Raslova, Paul-Henry Cournède, Isabelle Plo, Caroline Marty
- article
- 66th ASH Annual Meeting, Dec 2024, SAN DIEGO CA, United States. pp.752-752, ⟨10.1182/blood-2024-205477⟩
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-
- titre
- Counterfactual Analysis for Digital Histopathology Slides Using Human Interpretable Features
- auteur
- Hakim Benkirane, Maria Vakalopoulou, Stefan Michiels, Paul-Henry Cournède, William Lotter
- article
- MIDL 2024 - Medical Imaging with Deep Learning, Jul 2024, Paris, France. Online ahead of print
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-
2023
Journal articles
- titre
- Increased Cardiac Risk After a Second Malignant Neoplasm Among Childhood Cancer Survivors
- auteur
- Thibaud Charrier, Nadia Haddy, Boris Schwartz, Neige Journy, Brice Fresneau, Charlotte Demoor-Goldschmidt, Ibrahima Diallo, Aurore Surun, Isabelle Aerts, François Doz, Vincent Souchard, Giao Vu-Bezin, Anne Laprie, Sarah Lemler, Véronique Letort, Carole Rubino, Stéfania Chounta, Florent de Vathaire, Aurélien Latouche, Rodrigue S Allodji
- article
- JACC: CardioOncology, 2023, 5 (6), pp.792-803. ⟨10.1016/j.jaccao.2023.07.008⟩
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-
- titre
- Predicting tomato water consumption in a hydroponic greenhouse: contribution of light interception models
- auteur
- Konstantinos Florakis, Samis Trevezas, Véronique Letort
- article
- Frontiers in Plant Science, 2023, 14, pp.1264915. ⟨10.3389/fpls.2023.1264915⟩
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-
- titre
- Machine learning identifies a profile of inadequate responder to methotrexate in rheumatoid arthritis
- auteur
- Julien Duquesne, Vincent Bouget, Paul-Henry Cournede, Bruno Fautrel, Francis Guillemin, Pascal de Jong, Judith Heutz, Samuel Bitoun, Marloes Verstappen, Annette van der Helm-van Mil, Xavier Mariette
- article
- Rheumatology, 2023, 62 (7), pp.2402-2409. ⟨10.1093/rheumatology/keac645⟩
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-
- titre
- BR55 Ultrasound Molecular Imaging of Clear Cell Renal Cell Carcinoma Reflects Tumor Vascular Expression of VEGFR-2 in a Patient-Derived Xenograft Model
- auteur
- Jean Courcier, Ingrid Leguerney, Baya Benatsou, Sibylle Pochon, Isabelle Tardy, Laurence Albiges, Paul-Henry Cournède, Alexandre de la Taille, Nathalie Lassau, Alexandre Ingels
- article
- International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (22), pp.16211. ⟨10.3390/ijms242216211⟩
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-
- titre
- Optimizing IFN Alpha Therapy against Myeloproliferative Neoplasms
- auteur
- Gurvan Hermange, Paul-Henry Cournède, Isabelle Plo
- article
- Journal of Pharmacology and Experimental Therapeutics, 2023, 387 (1), pp.31-43. ⟨10.1124/jpet.122.001561⟩
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-
- titre
- A biology-driven deep generative model for cell-type annotation in cytometry
- auteur
- Quentin Blampey, Nadège Bercovici, Charles-Antoine Dutertre, Isabelle Pic, Joana Mourato Ribeiro, Fabrice André, Paul-Henry Cournède
- article
- Briefings in Bioinformatics, 2023, 24 (5), ⟨10.1093/bib/bbad260⟩
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-
- titre
- Improving HLA typing imputation accuracy and eplet identification with local next‐generation sequencing training data
- auteur
- Romain Lhotte, Véronique Letort, Cédric Usureau, Debora Jorge-Cordeiro, Jérémy Siemowski, Lionel Gabet, Paul‐henry Cournede, Jean‐luc Taupin
- article
- HLA: Immune Response Genetics, 2023, 103 (1), pp.e15222. ⟨10.1111/tan.15222⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Rethinking Iconic Species Reforestation in West Africa: Seed Shape Harnessing Is Strategic for Enhanced Germination and Vigorous Growth in Khaya senegalensis and Parkia biglobosa
- auteur
- Beda Innocent Adji, Véronique Letort, Xiujuan Wang, Mengzhen Kang, Philippe de Reffye, Marc Jaeger, Christian Cilas, Kouadio Henri Kouassi, Jérôme Duminil, Sylvie Sabatier, Doffou Sélastique Akaffou
- article
- Forests, 2023, 14 (7), pp.1311. ⟨10.3390/f14071311⟩
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-
- titre
- Better than RECIST and Faster than iRECIST: Defining the Immunotherapy Progression Decision Score to Better Manage Progressive Tumors on Immunotherapy
- auteur
- Younes Belkouchi, Hugues Talbot, Nathalie Lassau, Littisha Lawrance, Siham Farhane, Rahma Feki-Mkaouar, Joya Hadchiti, Lama Dawi, Julien Vibert, Paul-Henry Cournède, Clara Cousteix, Camille Mazza, Michele Kind, Antoine Italiano, Aurelien Marabelle, Samy Ammari, Stephane Champiat
- article
- Clinical Cancer Research, 2023, 29 (8), pp.1528-1534. ⟨10.1158/1078-0432.CCR-22-0890⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Dosiomics-Based Prediction of Radiation-Induced Valvulopathy after Childhood Cancer
- auteur
- Stefania Chounta, Rodrigue S. Allodji, Maria Vakalopoulou, Mahmoud Bentriou, Duyen Thi Do, Florent de Vathaire, Ibrahima Sory Diallo, Brice C. Fresneau, Thibaud Charrier, Vincent Zossou, Stergios Christodoulidis, Sarah Lemler, Véronique Letort Le Chevalier
- article
- Cancers, 2023, 15 (12), ⟨10.3390/cancers15123107⟩
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-
- titre
- The risk of valvular heart disease in the French Childhood Cancer Survivors’ Study: Contribution of dose-volume histogram parameters
- auteur
- Stefania Chounta, Sarah Lemler, Nadia Haddy, Brice Fresneau, Imène Mansouri, Mahmoud Bentriou, Charlotte Demoor-Goldschmidt, Ibrahima Diallo, Vincent Souchard, Thi Duyen Do, Cristina Veres, Aurore Surun, François F. Doz, Damien Llanas, Giao Vu-Bezin, Carolé Rubino, Véronique Letort, Florent de Vathaire, Rodrigue S. Allodji
- article
- Radiotherapy & Oncology, 2023, 180, ⟨10.1016/j.radonc.2023.109479⟩
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-
Conference papers
- titre
- 1022MO Predicting overall survival of patients with melanoma and NSCLC treated with immunotherapy using AI combining total tumor volume and tumor heterogeneity on CT-Scans
- auteur
- Lama Dawi, Samy Ammari, Younes Belkouchi, Joya Hadchiti, L. Lawrance, F. Wirth, Aline Bertin, S. Morer, N. Billet, Corinne Balleyguier, Paul-Henry Cournede, Hugues Talbot, Nathalie Lassau
- article
- ESMO 2023 - Congress of European Society for Medical Oncology, European Society for Medical Oncology, Oct 2023, Madrid, Spain. pp.S622, ⟨10.1016/j.annonc.2023.09.2161⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Spatio-Temporal Analysis of Patient-Derived Organoid Videos Using Deep Learning for the Prediction of Drug Efficacy
- auteur
- Leo Fillioux, Emilie Gontran, Jérôme Cartry, Jacques RR Mathieu, Sabrina Bedja, Alice Boilève, Paul-Henry Cournède, Fanny Jaulin, Stergios Christodoulidis, Maria Vakalopoulou
- article
- ICCV workshop 2023, Oct 2023, Paris, France
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-
- titre
- Estimation and variable selection in joint models of survival times and longitudinal data
- auteur
- Antoine Caillebotte, Estelle Kuhn, Sarah Lemler
- article
- Colloque Jeunes Probabilistes et Statisticiens, Oct 2023, Saint-Pierre d'Oléron, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Efficient preconditioned stochastic gradient descent for estimation in latent variable models
- auteur
- Charlotte Baey, Maud Delattre, Estelle Kuhn, Jean-Benoist Leger, Sarah Lemler
- article
- 40th International Conference on Machine Learning (ICML 2023), Jul 2023, Honolulu, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Estimation and variable selection in joint models of survival times and longitudinal data
- auteur
- Antoine Caillebotte, Estelle Kuhn, Sarah Lemler
- article
- European Meeting of Statisticians, Bernoulli Society, Jul 2023, Warsaw, Poland
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- Increased Cardiac Risk After a Second Malignant Neoplasm Among Childhood Cancer Survivors, a FCCSS Study
- auteur
- Thibaud Charrier, Nadia Haddy, Boris Schwartz, Neige Journy, Brice Fresneau, Charlotte Demoor-Goldschmidt, Ibrahima Diallo, Aurore Surun, Isabelle Aerts, François Doz, Vincent Souchard, Giao Vu-Bezin, Anne Laprie, Sarah Lemler, Véronique Letort, Carole Rubino, Stéfania Chounta, Florent De Vathaire, Aurélien Latouche, Rodrigue S. Allodji
- article
- ISCB, Aug 2023, Milan, Italy
- Accès au bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Methods for comparing theoretical models parameterized with field data using biological criteria and Sobol analysis
- auteur
- Léo Lusardi, Eliot André, Irene Castañeda, Sarah Lemler, Pauline Lafitte, Diane Zarzoso-Lacoste, Elsa Bonnaud
- article
- 2023
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Estimation and variable selection in a joint model of survival times and longitudinal outcomes with random effects.
- auteur
- Antoine Caillebotte, Estelle Kuhn, Sarah Lemler
- article
- 2023
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-
2022
Journal articles
- titre
- Inferring the initiation and development of myeloproliferative neoplasms
- auteur
- Gurvan Hermange, Alicia Rakotonirainy, Mahmoud Bentriou, Amandine Tisserand, Mira El-Khoury, François Girodon, Christophe Marzac, William Vainchenker, Isabelle Plo, Paul-Henry Cournède
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022, 119 (37), ⟨10.1073/pnas.2120374119⟩
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-
- titre
- Leveraging conditional generative models in a general explanation framework of classifier decisions
- auteur
- Martin Charachon, Paul-Henry Cournède, Céline Hudelot, Roberto Ardon
- article
- Future Generation Computer Systems, 2022, 132, pp.223-238. ⟨10.1016/j.future.2022.02.020⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Neuronal Network Inference and Membrane Potential Model using Multivariate Hawkes Processes
- auteur
- Anna Bonnet, Charlotte Dion, François Gindraud, Sarah Lemler
- article
- Journal of Neuroscience Methods, 2022, 372, pp.109550. ⟨10.1016/j.jneumeth.2022.109550⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Prediction of Early Response to Immunotherapy: DCE-US as a New Biomarker
- auteur
- Raphael Naccache, Younes Belkouchi, Littisha Lawrance, Baya Benatsou, Joya Hadchiti, Paul-Henry Cournede, Samy Ammari, Hugues Talbot, Nathalie Lassau
- article
- Cancers, 2022, 14 (5), pp.1337. ⟨10.3390/cancers14051337⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The Architectural Unit Setting up and Architectural Characteristics of Néré, Parkia biglobosa, Jack, R. Br. (Fabaceae)
- auteur
- Beda Innocent Adji, Doffou Sélastique Akaffou, Véronique Letort, Mengzhen Kang, Xiujuan Wang, Marc Jaeger, Philippe de Reffye, Kouadio Henri Kouassi, Yao Patrice Houphouet, Jerôme Duminil, Yves Caraglio, Sylvie-Annabel Sabatier
- article
- American Journal of Plant Sciences, 2022, 13 (1), pp.109 - 136. ⟨10.4236/ajps.2022.131008⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- On the nonparametric inference of coefficients of self-exciting jump-diffusion
- auteur
- Chiara Amorino, Charlotte Dion, Arnaud Gloter, Sarah Lemler
- article
- Electronic Journal of Statistics , 2022, 16, ⟨10.1214/22-EJS2019⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Interpretable Generative Modeling Using a Hierarchical Topological VAE
- auteur
- Etienne Desticourt, Véronique Letort, Florence d'Alché-Buc
- article
- 2022 International Conference on Computational Science and Computational Intelligence (CSCI), Dec 2022, Las Vegas, United States. pp.1415-1421, ⟨10.1109/CSCI58124.2022.00253⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Hyper-AdaC: Adaptive clustering-based hypergraph representation of whole slide images for survival analysis
- auteur
- Hakim Benkirane, Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Ingrid-Judith Garberis, Stefan Michiels, Paul-Henry Cournède
- article
- ML4H 2022 - Machine Learning for Health, Nov 2022, New Orelans, France. pp.405-418
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Increased Cardiac Risk After a Second Malignant Neoplasm Among Childhood Cancer Survivors, a FCCSS Study
- auteur
- Thibaud Charrier, Nadia Haddy, Boris Schwartz, Neige Journy, Brice Fresneau, Charlotte Demoor-Goldschmidt, Ibrahima Diallo, Aurore Surun, Isabelle Aerts, François Doz, Vincent Souchard, Giao Vu-Bezin, Anne Laprie, Sarah Lemler, Véronique Letort, Carole Rubino, Stéfania Chounta, Florent De Vathaire, Aurélien Latouche, Rodrigue S. Allodji
- article
- Les Journées de Biostatistiques, Groupe de Recherche « Statistique et Santé »; Société Française de Biométrie; groupe « Biopharmacie & Santé » de la Société Française de Statistique, Nov 2022, Rennes, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- How to efficiently handle 300 projects on Model Representations and Analysis?
- auteur
- Cristina Stoica Maniu, Véronique Letort, Guillaume Sandou, Hugo Lhachemi, Stéphane Font, Cristina Vlad
- article
- 13th Symposium on Advances in Control Education, Jul 2022, Hamburg Bergedorf, Germany. ⟨10.1016/j.ifacol.2022.09.291⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Approximate Bayesian Inference using the Mean-Field Distribution
- auteur
- Antonin Della Noce, Paul-Henry Cournède
- article
- Data Analysis and Related Applications 1: Computational, Algorithmic and Applied Economic Data Analysis, Volume 9, 1, Wiley, 2022, 9781394165513. ⟨10.1002/9781394165513.ch24⟩
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- Increased Cardiac Risk After a Second Malignant Neoplasm Among Childhood Cancer Survivors, a FCCSS Study
- auteur
- Thibaud Charrier, Brice Fresneau, Nadia Haddy, Boris Schwartz, Neige Journy, Charlotte Demoor-Goldschmidt, Ibrahima Diallo, Aurore Surun, Isabelle Aerts, François Doz, Vincent Souchard, Giao Vu-Bezin, Sarah Lemler, Véronique Letort, Carole Rubino, Brice Fresneau, Nadia Haddy, Boris Schwartz, Neige Journy, Charlotte Demoor-Goldschmidt, Ibrahima Diallo, Aurore Surun, Isabelle Aerts, François Doz, Vincent Souchard, Giao Vu-Bezin, Véronique Letort, Carole Rubino, Florent de Vathaire, Aurélien Latouche, Rodrigue S Allodji
- article
- RADRES, Oct 2022, Waikoloa, United States
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2021
Journal articles
- titre
- Automaton-ABC: A statistical method to estimate the probability of spatio-temporal properties for parametric Markov population models
- auteur
- Mahmoud Bentriou, Paolo Ballarini, Paul-Henry Cournède
- article
- Theoretical Computer Science, 2021, 893, pp.191-219. ⟨10.1016/j.tcs.2021.09.039⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Exponential ergodicity for diffusions with jumps driven by a Hawkes process
- auteur
- Charlotte Dion, Sarah Lemler, Eva Löcherbach
- article
- Theory of Probability and Mathematical Statistics, 2021, ⟨10.1090/tpms/1129⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Two decades of research with the GreenLab model in Agronomy
- auteur
- Philippe de Reffye, Baogang Hu, Mengzhen Kang, Véronique Letort, Marc Jaeger
- article
- Annals of Botany, 2021, 127 (3), pp.281-295. ⟨10.1093/aob/mcaa172⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Neural Networks to Predict Survival from RNA-seq Data in Oncology
- auteur
- Mathilde Sautreuil, Sarah Lemler, Paul-Henry P.-H. Cournède
- article
- Computational Methods in Systems Biology, pp.122-140, 2021, ⟨10.1007/978-3-030-85633-5_8⟩
- Accès au bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Neural networks to predict survival from RNA-seq data in oncology
- auteur
- Mathilde Sautreuil, Sarah Lemler, Paul-Henry P.-H. Cournède
- article
- 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2020
Journal articles
- titre
- Internal trophic pressure, a regulator of plant development? Insights from a stochastic functional–structural plant growth model applied to Coffea trees
- auteur
- Véronique Letort, Sylvie Sabatier, Michelle Pamelas Okoma, Marc Jaeger, Philippe de Reffye
- article
- Annals of Botany, 2020, 126 (4), pp.687-699. ⟨10.1093/aob/mcaa023⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Comprehensive landscape of immune-checkpoints uncovered in clear cell renal cell carcinoma reveals new and emerging therapeutic targets.
- auteur
- Diana Tronik-Le Roux, Mathilde Sautreuil, Mahmoud Bentriou, Jérôme Verine, Maria Belén Palma, Marina Daouya, Fatiha Bouhidel, Sarah Lemler, Joel Lemaoult, François Desgrandchamps, Paul-Henry Cournède, Edgardo D. Carosella
- article
- Cancer Immunology, Immunotherapy, 2020, 69 (7), pp.1237-1252. ⟨10.1007/s00262-020-02530-x⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Nonparametric drift estimation for diffusions with jumps driven by a Hawkes process
- auteur
- Charlotte Dion, Sarah Lemler
- article
- Statistical Inference for Stochastic Processes, 2020, ⟨10.1007/s11203-020-09213-5⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Phenotypic diversity assessment wihin a major ex situ collection of coffees in Madagascar
- auteur
- Aurore Rimlinger, Nathalie Raharimalala, Véronique Letort, Jean-Jacques Rakotomalala, Dominique Crouzillat, Romain Guyot, Perla Hamon, Sylvie Sabatier
- article
- Annals of Botany, 2020, 126 (5), pp.849-863. ⟨10.1093/aob/mcaa073⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Identifying clusters of health risk behaviors and their predictors in adult survivors of childhood cancer: A report from the French Childhood Cancer Survivor Study
- auteur
- Sandrine Pinto, Brice C. Fresneau, Hubert C. Hounsossou, Auŕelie Mayet, Joeffrey Marchi, François Pein, Neige M.Y. Journy, Imène Mansouri, Damien Drubay, Véronique Letort, Sarah Lemler, Charlotte Demoor-Goldschmidt, Angela Jackson, Vincent Souchard, Giao Vu-Bezin, Ibrahima Diallo, Carolé Rubino, Odile Oberlin, Nadia Haddy, Florent de Vathaire, Agnès Dumas, Setcheou Rodrigue Allodji
- article
- Psycho-Oncology, 2020, 29 (10), pp.1595-1603. ⟨10.1002/pon.5470⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Dynamic monitoring of software use with recurrent neural networks
- auteur
- Chloé Adam, Antoine Aliotti, Fragkiskos Malliaros, Paul-Henry Cournède
- article
- Data and Knowledge Engineering, 2020, 125, pp.101781. ⟨10.1016/j.datak.2019.101781⟩
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- A Study on New Trends in Systems Modeling based on 850 Students' Interest
- auteur
- Cristina Stoica Maniu, Véronique Letort, Cristina Vlad, G. Sandou
- article
- IFAC 2020 - 21st IFAC World Congress, Jul 2020, Berlin, Germany
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2019
Conference papers
- titre
- Feedback on Innovative Pedagogy for teaching Systems Modeling
- auteur
- Cristina Stoica Maniu, G. Sandou, Véronique Letort
- article
- 12th IFAC Symposium on Advances in Control Education, Jul 2019, Philadelphia, United States. ⟨10.1016/j.ifacol.2019.08.205⟩
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-
Book sections
- titre
- Reachability Design Through Approximate Bayesian Computation
- auteur
- Mahmoud Bentriou, Paolo Ballarini, Paul-Henry Cournède
- article
- Computational Methods in Systems Biology, pp.207-223, 2019, ⟨10.1007/978-3-030-31304-3_11⟩
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-
Other publications
- titre
- 800 students using Matlab during a new course on Systems Modeling at CentraleSupélec
- auteur
- Cristina Stoica Maniu, Guillaume Sandou, Véronique Letort
- article
- 2019
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-
2018
Journal articles
- titre
- Computational botany: advancing plant science through functional–structural plant modelling
- auteur
- Jochem Evers, Veronique Letort, Michael Renton, Mengzhen Kang
- article
- Annals of Botany, 2018, 121 (5), pp.767 - 772. ⟨10.1093/aob/mcy050⟩
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-
- titre
- The pipe model theory half a century on: a review
- auteur
- Romain Lehnebach, Robert Beyer, Veronique Letort, Patrick Heuret
- article
- Annals of Botany, 2018, 121 (5), pp.773 - 795. ⟨10.1093/aob/mcx194⟩
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-
- titre
- Estimation of stem and leaf dry biomass using a non-destructive method applied to African Coffea species
- auteur
- Michelle P. Okoma, Sélastique Akaffou, Philippe de Reffye, Perla Hamon, Serge Hamon, Olivier Konan, H. Kouassi, Hyacinthe Legnate, Véronique Letort, Sylvie A. Sabatier
- article
- Agroforestry Systems, 2018, 92 (3), pp.667 - 675. ⟨10.1007/s10457-016-0031-z⟩
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-
Conference papers
- titre
- Modelling the interaction between functioning and organogenesis in a stochastic plant growth model Methodology for parameter estimation and illustration
- auteur
- Philippe de Reffye, Marc Jaeger, Sylvie Sabatier, Véronique Letort
- article
- 4. International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, (PMA), Nov 2018, Hefei, China. pp.9
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-
- titre
- Modelling the interaction between functioning and organogenesis in a stochastic plant growth model : Methodology for parameter estimation and illustration
- auteur
- Philippe de Reffye, Marc Jaeger, Sylvie Sabatier, Véronique Letort
- article
- 6th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA), Nov 2018, Hefei, China. pp.102-110, ⟨10.1109/PMA.2018.8611628⟩
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-
- titre
- Application of Weighted Regression for the Prediction of Soft Wheat Production in France
- auteur
- Xiangtuo Chen, Benoît Bayol, Paul-Henry Cournède
- article
- 6th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA) 2018, Nov 2018, Hefei, China. pp.141-146, ⟨10.1109/pma.2018.8611566⟩
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-
- titre
- Data visualization for vegetal landscapes: Building 3D representations of organ biomass compartments: How plant production could constrain 3D lollypop-like representations
- auteur
- Marc Jaeger, Sylvie-Annabel Sabatier, Philippe Borianne, Philippe de Reffye, Y. Gang, Véronique Letort, X. P. Zhang, M. Z. Kang
- article
- 2018 6th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA), Nov 2018, Hefei, China. pp.8, ⟨10.1109/PMA.2018.8611608⟩
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-
Book sections
- titre
- Modélisation de la croissance végétale : cas déterministe
- auteur
- Phillipe de Reffye, E. Heuvelink, Véronique Letort, Meng-Zhen Kang
- article
- Architecture des plantes et production végétale. Les apports de la modélisation mathématique, Editions Quae, pp.89-127, 2018, 978-2-759226207
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- High-dimensional time-varying Aalen and Cox models
- auteur
- Mokhtar Z. Alaya, Sarah Lemler, Agathe Guilloux, Thibault Allart
- article
- 2018
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-
2017
Journal articles
- titre
- Validation of a functional-structural tree model using terrestrial Lidar data
- auteur
- Robert Beyer, Dominik Bayer, Veronique Letort, Hans Pretzsch, Paul-Henry Cournède
- article
- Ecological Modelling, 2017, 357, pp.55 - 57. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2017.02.018⟩
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-
- titre
- Leaf density-based modelling of phototropic crown dynamics and long-term predictive application to European beech
- auteur
- Robert Beyer, Veronique Letort, Dominik Bayer, Hans Pretzsch, Paul-Henry Cournède
- article
- Ecological Modelling, 2017, 347, pp.63 - 71. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2016.12.012⟩
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-
- titre
- Parameter estimation of perfusion models in dynamic contrast-enhanced imaging: a unified framework for model comparison
- auteur
- Blandine Romain, Laurence Rouet, Daniel Ohayon, Olivier Lucidarme, Florence d'Alché-Buc, Véronique Letort
- article
- Medical Image Analysis, 2017, 35, pp.360--374. ⟨10.1016/j.media.2016.07.008⟩
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-
- titre
- Indices de Sobol généralisés aux variables dépendantes : tests de performance de l’algorithme HOGS couplé à plusieurs estimateurs paramétriques
- auteur
- Julien Sainte-Marie, Gautier Viaud, Paul-Henry Cournède
- article
- Journal de la Société Française de Statistique, 2017, 158 (1), pp.68-89
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-
- titre
- Leaf segmentation and tracking in arabidopsis thaliana combined to an organ-scale plant model for genotypic differentiation
- auteur
- Gautier Viaud, Olivier Loudet, Paul-Henry Cournede
- article
- Frontiers in Plant Science, 2017, 7, pp.1-14. ⟨10.3389/fpls.2016.02057⟩
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-
2016
Journal articles
- titre
- Influence of Skin and Subcutaneous Tissue on High-Intensity Focused Ultrasound Beam: Experimental Quantification and Numerical Modeling
- auteur
- Anthony Grisey, Marc Heidmann, Véronique Letort, Pauline Godillon-Lafitte, Sylvain Yon
- article
- Ultrasound in Medicine & Biology, 2016, 42 (10), pp.2457 - 2465. ⟨10.1016/j.ultrasmedbio.2016.06.013⟩
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-
- titre
- Bayesian parameter estimation for the Wnt pathway: an infinite mixture models approach
- auteur
- Konstantinos Koutroumpas, Paolo Ballarini, Irene Votsi, Paul-Henry Cournède
- article
- Bioinformatics, 2016, 32 (17), pp.i781 - i789. ⟨10.1093/bioinformatics/btw471⟩
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-
- titre
- Adaptive kernel estimation of the baseline function in the Cox model with high-dimensional covariates
- auteur
- Agathe Guilloux, Sarah Lemler, Marie-Luce Taupin
- article
- Journal of Multivariate Analysis, 2016, 148, pp.141-159. ⟨10.1016/j.jmva.2016.03.002⟩
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-
- titre
- Turgidity-dependent petiole flexibility enables efficient water use by a tree subjected to water stress
- auteur
- David Gonzalez-Rodriguez, Paul-Henry Cournède, Emmanuel de Langre
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2016, 398, pp.20-31. ⟨10.1016/j.jtbi.2016.03.011⟩
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-
- titre
- Simulation of high-intensity focused ultrasound lesions in presence of boiling
- auteur
- Anthony Grisey, Sylvain Yon, Véronique Letort, Pauline Lafitte
- article
- Journal of Therapeutic Ultrasound, 2016, 4 (1), pp.11. ⟨10.1186/s40349-016-0056-9⟩
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-
- titre
- Learning from User Workflows for the Characterization and Prediction of Software Crashes
- auteur
- Chloé Adam, Antoine Aliotti, Paul-Henry Cournède
- article
- 2016 IEEE 16th International Conference on Data Mining Workshops (ICDMW), 2016, pp.1023 - 1030. ⟨10.1109/ICDMW.2016.0148⟩
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-
Conference papers
- titre
- Modeling soil temperature to predict emergence
- auteur
- Etienne Claverie, Jérémie J. Lecoeur, Veronique Letort, Paul-Henry P.-H. Cournède
- article
- 2016 IEEE International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA), Nov 2016, Qingdao, China. ⟨10.1109/FSPMA.2016.7818285⟩
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-
- titre
- Modeling the inter-individual variability of single-stemmed plant development
- auteur
- Antonin Della Della Noce, Véronique Letort, Amandine Hansart, Charlotte Baey, Gautier Viaud, Sébastien Barot, Jean-Christophe Lata, Xavier Raynaud, Paul-Henry Cournède, Jacques Gignoux
- article
- International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA 2016), Nov 2016, Qingdao, China. ⟨10.1109/fspma.2016.7818287⟩
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-
- titre
- Plant growth architecture and production dynamics : A set of e-learning resources
- auteur
- Marc Jaeger, Philippe de Reffye, Sylvie Sabatier, Yves Caraglio, Hatem Krit, Marie-Helene Lafond, Veronique Letort, Ep Heuvelink, Matacha Motisi, Baogui Zhang, Mengzhen Kang
- article
- International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA 2016), Nov 2016, Qingdao, China. ⟨10.1109/fspma.2016.7818292⟩
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-
- titre
- A data augmentation scheme embedding a sequential Monte Carlo method for Bayesian parameter inference in state space models
- auteur
- Irene Votsi, Paul-Henry Cournède
- article
- 48èmes Journées de Statistique de la SFdS, May 2016, Montpellier, France
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-
Book sections
- titre
- La croissance secondaire
- auteur
- Véronique Letort, Francois Houllier, Philippe de Reffye, Frédéric Blaise
- article
- Philippe de Reffye; Marc Jaeger; Daniel Barthélémy; François Houllier. Architecture et croissance des plantes. Modélisation et applications, Quae Editions, 2016, Synthèses, 978-27592-2622-1
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modélisation de la croissance végétale, les opérateurs de croissance, cas déterministe
- auteur
- Philippe de Reffye, E. Heuvelink, Véronique Letort, Meng Zhen Kang
- article
- Philippe de Reffye; Marc Jaeger; Daniel Barthélémy; François Houllier. Architecture et croissance des plantes. Modélisation et applications, , 2016, Synthèses, 978-27592-2622-1
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-
- titre
- Des variantes possibles sur la formulation des fonctions sources-puits
- auteur
- Philippe de Reffye, Baogui Zhang, Véronique Letort, Meng Zhen Kang
- article
- Philippe de Reffye; Marc Jaeger; Daniel Barthélémy; François Houllier. Architecture et croissance des plantes. Modélisation et applications, Quae Editions, 2016, Synthèses, 978-27592-2622-1
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-
2015
Journal articles
- titre
- A Regularized Particle Filter EM Algorithm Based on Gaussian Randomization with an Application to Plant Growth Modeling
- auteur
- Yuting Chen, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
- article
- Methodology and Computing in Applied Probability, 2015, 17 (4), pp.847-870. ⟨10.1007/s11009-015-9440-0⟩
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-
- titre
- A nonlinear mixed effects model of plant growth and estimation via stochastic variants of the EM algorithm.
- auteur
- Charlotte Baey, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
- article
- Communications in Statistics - Theory and Methods, 2015, pp.00. ⟨10.1080/03610926.2014.930909⟩
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-
- titre
- Adaptive estimation of the baseline hazard function in the Cox model by model selection, with high-dimensional covariates
- auteur
- Agathe Guilloux, Sarah Lemler, Marie-Luce Taupin
- article
- Journal of Statistical Planning and Inference, 2015, 171, pp.38-62. ⟨10.1016/j.jspi.2015.11.005⟩
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-
- titre
- Interaction of Vaccination and Reduction of Antibiotic Use Drives Unexpected Increase of Pneumococcal Meningitis
- auteur
- Matthieu Domenech de Cellès, Margarita Pons-Salort, Emmanuelle Varon, Marie-Anne Vibet, Caroline Ligier, Véronique Letort, Lulla Opatowski, Didier Guillemot
- article
- Scientific Reports, 2015, 5, pp.11293. ⟨10.1038/srep11293⟩
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-
Conference papers
- titre
- Autonomous learning of parameters in differential equations
- auteur
- Adel Mezine, Artémis Llamosi, Véronique Letort, Michèle Sebag, Florence d'Alché-Buc
- article
- 32nd International Conference on Machine Learning (ICML) - AutoML workshop, Jul 2015, Lille, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Comparison of a Generic MCMC-Based Algorithm for Bayesian Estimation in C++, R and Julia. Application to Plant Growth Modeling
- auteur
- Gautier Viaud, Yuting Chen, Benoît Bayol, Paul-Henry Cournède
- article
- 2015 Spring Simulation Multi-Conference The Society for Modeling & Simulation International, Apr 2015, Alexandria, United States
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Adaptive kernel estimation of the baseline function in the Cox model with high-dimensional covariates
- auteur
- Agathe Guilloux, Sarah Lemler, Marie-Luce Taupin
- article
- 2015
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-
2014
Journal articles
- titre
- A comprehensive methodology of global sensitivity analysis for complex mechanistic models with an application to plant growth
- auteur
- Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède
- article
- Ecological Complexity, 2014, 20, pp.219-232. ⟨10.1016/j.ecocom.2013.12.005⟩
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-
- titre
- Modeling tree crown dynamics with 3D partial differential equations
- auteur
- Robert Beyer, Véronique Letort, Paul-Henry Cournède
- article
- Frontiers in Plant Science, 2014, 5, pp.329. ⟨10.3389/fpls.2014.00329⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Insights into Persistence Mechanisms of a Zoonotic Virus in Bat Colonies Using a Multispecies Metapopulation Model
- auteur
- Margarita Pons-Salort, Jordi Serra-Cobo, Flora Jay, Marc Ló Pez-Roig, Rachel Lavenir, Didier Guillemot, Véronique Letort, Hervé Bourhy, Lulla Opatowski
- article
- PLoS ONE, 2014, 9 (4), pp.e95610. ⟨10.1371/journal.pone.0095610⟩
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-
- titre
- Sunlab: a Functional-Structural Model for Genotypic and Phenotypic Characterization of the Sunflower Crop
- auteur
- Fenni Kang, Paul-Henry Cournede, Jeremie Lecoeur, Véronique Letort
- article
- Ecological Modelling, 2014, 290, pp.21-33. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2014.02.006⟩
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-
- titre
- Model-Based Analysis-Synthesis for Realistic Tree Reconstruction and Growth Simulation
- auteur
- Corina Iovan, Paul-Henry Cournède, Thomas Guyard, Benoît Bayol, Dider Boldo, Matthieu Cord
- article
- IEEE Transactions on Geoscience and Remote Sensing, 2014, 52 (2), pp.1438-1450. ⟨10.1109/TGRS.2013.2251467⟩
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-
- titre
- Data assimilation to reduce uncertainty of crop model prediction with convolution particle filtering
- auteur
- Yuting Chen, Paul-Henry Cournède
- article
- Ecological Modelling, 2014, in press. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2014.01.030⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Parametrization of five classical plant growth models applied to sugar beet and comparison of their predictive capacities on root yield and total biomass
- auteur
- Charlotte Baey, Anne Didier, Sébastien Lemaire, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède
- article
- Ecological Modelling, 2014, 290, pp.11-20. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2013.11.003⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Experimental Design in Dynamical System Identification: A Bandit-Based Active Learning Approach
- auteur
- Artémis Llamosi, Adel Mezine, Florence d'Alché-Buc, Véronique Letort, Michèle Sebag
- article
- Machine Learning and Knowledge Discovery in Databases - Part II, Sep 2014, Nancy, France. pp.306 - 321, ⟨10.1007/978-3-662-44851-9_20⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Numerical Study and Ex Vivo Assessment of HIFU Treatment Time Reduction through Optimization of Focal Point Trajectory
- auteur
- A Grisey, S Yon, T Pechoux, Pauline Godillon-Lafitte, Véronique Letort
- article
- The 14th International Symposium on Therapeutic Ultrasound (ISTU), Apr 2014, Las Vegas, United States. ⟨10.1063/1.4977659⟩
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-
Theses
- titre
- Estimation for counting processes with high-dimensional covariates
- auteur
- Sarah Lemler
- article
- Statistics [stat]. Universite d'Evry Val d'Essonne, 2014. English. ⟨NNT : ⟩
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-
2013
Journal articles
- titre
- Automated Cell Tracking and Analysis in Phase-Contrast Videos (iTrack4U): Development of Java Software Based on Combined Mean-Shift Processes
- auteur
- Fabrice Cordelières, Valérie Petit, Mayuko Kumasaka, Olivier Debeir, Veronique Letort, Stuart Gallagher, Lionel Larue
- article
- PLoS ONE, 2013, 8 (11), pp.81266 - 81266. ⟨10.1371/journal.pone.0081266⟩
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-
- titre
- Development and Evaluation of Plant Growth Models: Methodology and Implementation in the PYGMALION platform
- auteur
- Paul-Henry Cournède, Yuting Chen, Qiongli Wu, Charlotte Baey, Benoît Bayol
- article
- Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2013, 8 (4), pp.112-130. ⟨10.1051/mmnp/20138407⟩
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-
- titre
- A sequential Monte Carlo approach for MLE in a plant growth model
- auteur
- Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
- article
- Journal of Agricultural, Biological, and Environmental Statistics, 2013, pp.online first. ⟨10.1007/s13253-013-0134-1⟩
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-
- titre
- Modelling the interindividual variability of organogenesis in sugar beet populations using a hierarchical segmented model
- auteur
- Charlotte Baey, Anne Didier, Lemaire Sébastien, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède
- article
- Ecological Modelling, 2013, 263, pp.56-63. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2013.04.013⟩
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-
Conference papers
- titre
- A multi-task learning approach for compartmental model parameter estimation in DCE-CT sequences
- auteur
- Blandine Romain, Veronique Letort, Olivier Lucidarme, Laurence Rouet, Florence d'Alché-Buc
- article
- 16th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI 2013), Sep 2013, Nagoya, Japan. pp.271-278, ⟨10.1007/978-3-642-40763-5_34⟩
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-
- titre
- Towards an EDSL to enhance good modelling practice for non-linear stochastic discrete dynamical models Application to plant growth models
- auteur
- Benoit Bayol, Yuting Chen, Paul-Henry Cournède
- article
- SIMULTECH 2013, Jul 2013, Iceland. pp.132-138, ⟨10.5220/0004481101320138⟩
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-
- titre
- Optimal Control of Crop Irrigation based on the Hamilton-Jacobi-Bellman Equation
- auteur
- Jacques Ramanathan, Yuting Chen, Paul-Henry Cournède
- article
- SIAM Conference on Control and its Applications, Jul 2013, San Diego, United States. pp.21-28, ⟨10.1137/1.9781611973273.4⟩
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-
- titre
- Iterative convolution particle filtering for nonlinear parameter estimation and data assimilation with application to crop yield prediction
- auteur
- Yuting Chen, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
- article
- Society for Industrial and Applied Mathematics (SIAM): Control & its Applications 2013, Jul 2013, San Diego, United States. pp.CHEN, ⟨10.1137/1.9781611973273.10⟩
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-
- titre
- Sensitivity Analysis for Plant Models with Correlated Parameters: Application to the Characterization of Sun flower Genotypes
- auteur
- Qiongli Wu, Benoît Bayol, Fenni Kang, Jérémie Lecoeur, Paul-Henry Cournède
- article
- 7th International Conference on Sensitivity Analysis of Model Output, Jul 2013, Nice, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Some sequential Monte Carlo techniques for Data Assimilation in a plant growth model
- auteur
- Yuting Chen, Samis Trevezas, Aman Gupta, Paul-Henry Cournède
- article
- Applied Stochastic Models and Data Analysis International Conference (ASMDA) 2013, Jun 2013, Spain. in press
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A nonlinear mixed effects model to explain inter-individual variability in plant populations
- auteur
- Charlotte Baey, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
- article
- Applied Stochastic Models and Data Analysis International Conference (ASMDA) 2013, Jun 2013, Barcelona, Spain
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Assessment of Interactions in Complex Mechanistic Models using Global Sensitivity Analysis
- auteur
- Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède
- article
- International Conference "Interactions in Complex Systems", Jun 2013, Orléans, France
- Accès au bibtex
-
- titre
- Global sensitivity analysis of the NEMA model for its parameterization and biological diagnosis.
- auteur
- Qiongli Wu, Jessica Bertheloot, Paul-Henry Cournède
- article
- 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM 2013), Jun 2013, Saariselkä, Finland
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modelling Competition in Crop Populations via Reaction-Diffusion Foliage Dynamics. With an Outlook on Tree Modelling
- auteur
- Robert Beyer, Paul-Henry Cournède
- article
- 7th International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM 2013), Jun 2013, Saariselkä, Finland. pp.201-203
- Accès au bibtex
-
- titre
- A comprehensive global sensitivity analysis for biological model diagnosis and parameterization: application to the NEMA model
- auteur
- Qiongli Wu, Jessica Bertheloot, Paul-Henry Cournède
- article
- Seventh International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland
- Accès au bibtex
-
Other publications
- titre
- Simulation techniques for parameter estimation via a stochastic ECM algorithm with applications to plant growth modeling
- auteur
- Samis Trevezas, Sonia Malefaki, Paul-Henry Cournède
- article
- 2013
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Oracle inequalities for the Lasso in the high-dimensional Aalen multiplicative intensity model
- auteur
- Sarah Lemler
- article
- 2013
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2012
Journal articles
- titre
- Exploring individual HPV coinfections is essential to predict HPV-vaccination impact on genotype distribution: A model-based approach.
- auteur
- Margarita Pons-Salort, Véronique Letort, Michel Favre, Isabelle Heard, Benoit Dervaux, Lulla Opatowski, Didier Guillemot
- article
- Vaccine, 2012, 31 (8), pp.1238-1245. ⟨10.1016/j.vaccine.2012.11.098⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Oscillations in Functional Structural Plant Growth Models
- auteur
- Amélie Mathieu, Veronique Letort, Paul-Henry Cournède, Baogui Zhang, Patrick Heuret, Philippe de Reffye
- article
- Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2012, 7 (6), pp.47-66. ⟨10.1051/mmnp/20127603⟩
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-
- titre
- A Functional and Structural Mongolian Scots Pine (Pinus sylvestris var. mongolica) Model Integrating Architecture, Biomass and Effects of Precipitation
- auteur
- Feng Wang, Veronique Letort, Qi Lu, Xuefeng Bai, Yan Guo, P. de Reffye, Baoguo Li
- article
- PLoS ONE, 2012, 7 (8), pp.e43531. ⟨10.1371/journal.pone.0043531⟩
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-
- titre
- Characterization of the effects of inter-tree competition on source-sink balance in Chinese pine trees with the GreenLab model
- auteur
- Hong Guo, Xiangdong Lei, Paul-Henry Cournède, Veronique Letort
- article
- Trees - Structure and Function, 2012, 26, pp.1057-1067. ⟨10.1007/s00468-012-0683-x⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- An optimal control methodology for plant growth--Case study of a water supply problem of sunflower
- auteur
- Lin Wu, François-Xavier Le Dimet, Philippe de Reffye, Bao-Gang Hu, Paul-Henry Cournède, Meng-Zhen Kang
- article
- Mathematics and Computers in Simulation, 2012, 82 (5), pp.909-923. ⟨10.1016/j.matcom.2011.12.007⟩
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-
- titre
- Simulation of the topological development of young eucalyptus using a stochastic model and sampling measurement strategy
- auteur
- Jun Diao, Philippe de Reffye, Xiangdong Lei, Hong Guo, Veronique Letort
- article
- Computers and Electronics in Agriculture, 2012, 80, pp.105-114. ⟨10.1016/j.compag.2011.10.019⟩
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-
- titre
- An efficient computational method for global sensitivity analysis and its application to tree growth modelling
- auteur
- Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède, Amélie Mathieu
- article
- Reliability Engineering and System Safety, 2012, 107, pp.35-43. ⟨10.1016/j.ress.2011.07.001⟩
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-
- titre
- Parallel Graph Grammars with Instantiation Rules Allow Efficient Structural Factorization of Virtual Vegetation
- auteur
- Katarina Smolenova, Winfried Kurth, Paul-Henry Cournède
- article
- Electronic Communications of the EASST, 2012, pp.114-128. ⟨10.14279/tuj.eceasst.61.830.825⟩
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-
Conference papers
- titre
- Evaluation of the Predictive Capacity of Five Plant Growth Models for Sugar Beet
- auteur
- Charlotte Baey, Anne Didier, Li Song, Sébastien Lemaire, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède
- article
- Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications - PMA12, Nov 2012, Shanghai, China. pp.30-37
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-
- titre
- Interspecific Variability of Biomass Production of Young Coffea: No Influence of Branch Pruning. Experimental Evidence and Theoretical Analysis
- auteur
- Veronique Letort, Sylvie Sabatier, Sélastique Akaffou, Serge Hamon, Perla Hamon, P. de Reffye
- article
- 2012 IEEE 4th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, Oct 2012, Shanghai, China. pp.224-227, ⟨10.1109/pma.2012.6524838⟩
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-
- titre
- SUNLAB: a Functional-Structral Model for Genotypic and Phenotypic Characterization of the Sunflower Crop
- auteur
- Fenni Kang, Veronique Letort, Hugo Magaldi, Paul-Henry Cournède, Jérémie Lecoeur
- article
- 2012 IEEE 4th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, Oct 2012, Shanghai, China. pp.148-151
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-
- titre
- Assessment of Parameter Uncertainty in Plant Growth Model Identification
- auteur
- Yuting Chen, Paul-Henry Cournède
- article
- 2012 IEEE 4th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, Oct 2012, China. CHEN, page 43
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-
- titre
- Source-sink relationships vary with age in Chinese pine (Pinus tabulaeformis Carr.): analysis using the GreenLab model
- auteur
- Hong Guo, Veronique Letort, Yuanchang Lu, Jun Diao, Philippe de Reffye
- article
- 2012 IEEE 4th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, Oct 2012, Shanghai, China. pp.148-151, ⟨10.1109/pma.2012.6524826⟩
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-
- titre
- Registration of free-breathing abdominal 3D contrast-enhanced CT
- auteur
- Blandine Romain, Veronique Letort, Olivier Lucidarme, Florence d'Alché-Buc, Laurence Rouet
- article
- 4th International Workshop on Abdominal Imaging. Computational and Clinical Applications, Held in Conjunction with MICCAI 2012, Oct 2012, Nice, France. pp.274-282, ⟨10.1007/978-3-642-33612-6_29⟩
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-
- titre
- Limit theorems and inequalities via martingales methods
- auteur
- J. -R. Chazottes, Christophe Cuny, J Dedecker, Xiequan Fan, Sarah Lemler
- article
- Journées MAS 2012, Aug 2012, Clermont-Ferrand, France. pp.177-196
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-
- titre
- Filtrage par noyaux de convolution itératif
- auteur
- Yuting Chen, Benoît Bayol, Cédric Loi, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
- article
- Les 44 Journées de Statistique, May 2012, Bruxelles, Belgique. pp.CHEN
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-
- titre
- Optimisation of reconstruction for the registration of CT liver perfusion sequences
- auteur
- Blandine Romain, Veronique Letort, Olivier Lucidarme, Florence d'Alché-Buc, Laurence Rouet
- article
- SPIE Medical Imaging 2012, Feb 2012, San Diego, United States. ⟨10.1117/12.910929⟩
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-
2011
Journal articles
- titre
- 基于GreenLab原理构建油松成年树的结构-功能模型 (A functional-structural model for adults of Pinus tabulaeformis based on GreenLab)
- auteur
- Hong Guo, Xiangdong Lei, Veronique Letort, Yuanchang Lu
- article
- Chinese Journal of Plant Ecology, 2011, 35 (4), pp.422-430. ⟨10.3724/SP.J.1258.2011.00422⟩
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-
- titre
- Analysing the effects of local environment on the source-sink balance of Cecropia sciadophylla: a methodological approach based on model inversion
- auteur
- Veronique Letort, Patrick Heuret, Paul Camilo Zalamea, P. de Reffye, Eric A. Nicolini
- article
- Annals of Forest Science, 2011, 69, pp.167-180. ⟨10.1007/s13595-011-0131-x⟩
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-
- titre
- Growth and development simulation based on functional-structural model GreenLab for poplar (Salicaceae)
- auteur
- Yang Gang, Cao Weiqun, Liu Dongxiang, Meng Zhen Kang, Veronique Letort, Xing Meijun, Huang Xinyuan
- article
- African Journal of Agricultural Research, 2011, 6 (13), pp.3071-3077
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-
- titre
- NEMA, a functional-structural model of nitrogen economy within wheat culms after flowering. II. Evaluation and sensitivity analysis
- auteur
- Jessica Bertheloot, Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède, Bruno Andrieu
- article
- Annals of Botany, 2011, 108 (6), pp.1097-1109. ⟨10.1093/aob/mcr125⟩
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-
- titre
- Some Parameter Estimation Issues in Functional-Structural Plant Modelling
- auteur
- Paul-Henry Cournède, Veronique Letort, Amélie Mathieu, Meng Zhen Kang, Sébastien Lemaire, Samis Trevezas, François Houllier, Philippe de Reffye
- article
- Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2011, 6 (2), pp.133-159. ⟨10.1051/mmnp/20116205⟩
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-
- titre
- Characterization of the interactions between architecture and source-sink relationships in winter oilseed rape (Brassica napus) using the GreenLab model
- auteur
- Alexandra Jullien, Amélie Mathieu, Jean-Michel Allirand, Amélie Pinet, Philippe de Reffye, Paul-Henry Cournède, Bertrand Ney
- article
- Annals of Botany, 2011, 107 (5), pp.765-779. ⟨10.1093/aob/mcq205⟩
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-
- titre
- Simulation of fruit-set and trophic competition and optimization of yield advantages in six Capsicum cultivars using functional-structural plant modelling
- auteur
- Yuntao Ma, A. M. Wubs, E. Heuvelink, Amélie Mathieu, J. Y. Zhu, Bao-Gang Hu, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye
- article
- Annals of Botany, 2011, 107 (5), pp.793-803. ⟨10.1093/aob/mcq223⟩
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-
- titre
- NEMA, a functional-structural model of nitrogen economy within wheat culms after flowering. I.Model description
- auteur
- Jessica Bertheloot, Paul-Henry Cournède, Bruno Andrieu
- article
- Annals of Botany, 2011, 108 (6), pp.1085-1096. ⟨10.1093/aob/mcr119⟩
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-
Conference papers
- titre
- A methodology to study Complex Biophysical Systems with Global Sensitivity Analysis
- auteur
- Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède
- article
- ESREL2011, Antoine Grall, Sep 2011, Troyes, France
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-
- titre
- Bayesian Estimation in Functional-Structural Plant Models with Stochastic Organogenesis
- auteur
- Cédric Loi, Paul-Henry Cournède, Samis Trevezas
- article
- 14th Applied Stochastic Models and Data Analysis International Conference (ASMDA 2011), Jun 2011, Rome, Italy
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-
- titre
- Using a hierarchical segmented model to assess the dynamics of leaf appearance in plant populations.
- auteur
- Charlotte Baey, Paul-Henry Cournède
- article
- 14th Applied Stochastic Models and Data Analysis International Conference (ASMDA 2011), Jun 2011, Rome, Italy
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-
Book sections
- titre
- Parameterization of plant growth models to characterize genotype by environment interactions: a methodology adapted to breeding programs
- auteur
- Fenni Kang, Thomas Galinier, Paul-Henry Cournède, Jérémie Lecoeur
- article
- Halford, N. and Semenov, M. Aspects of Applied Biology 107: Systems Approaches to Crop Improvement, The Association of Applied Biologists, pp.27-35, 2011
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Irrigation Optimization by Modeling of Plant-Soil Interaction
- auteur
- Zhongping Li, Paul-Henry Cournède, Jean-Claude Mailhol
- article
- 2011
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-
2010
Journal articles
- titre
- Optimization of source-sink dynamics in plant growth for ideotype breeding: a case study on maize
- auteur
- Rui Qi, Yuntao Ma, Baogang Hu, Philippe de Reffye, Paul-Henry Cournède
- article
- Computers and Electronics in Agriculture, 2010, 71 (1), pp.96-105. ⟨10.1016/j.compag.2009.12.008⟩
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-
- titre
- Comparison of three approaches to model grapevine organogenesis in conditions of fluctuating temperature, solar radiation and soil water content
- auteur
- Benoît Pallas, Cedric Loi, Angélique Christophe, Paul-Henry Cournède, Jérémy Lecoeur
- article
- Annals of Botany, 2010, 107 (5), pp.Non connues. ⟨10.1093/aob/mcq173⟩
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-
- titre
- A stochastic model of tree architecture and biomass partitioning: application to Mongolian Scots pines
- auteur
- Feng Wang, Mengzhen Kang, Qi Lu, Véronique Letort, Hui Han, Yan Guo, P. de Reffye, Baoguo Li
- article
- Annals of Botany, 2010, pp.1-20. ⟨10.1093/aob/mcq218⟩
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-
- titre
- Quantitative analysis of melanocyte migration in vitro based on automated cell tracking under phase contrast microscopy considering the combined influence of cell division and cell-matrix interactions.
- auteur
- Véronique Letort, Sylvain Fouliard, Gaëlle Letort, Ivan Adanja, Mayuko Kumasaka, Stuart Gallagher, Olivier Debeir, Lionel Larue, Françoise Xavier
- article
- Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2010, 5 (1), pp.4-33. ⟨10.1051/mmnp/20105101⟩
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-
Conference papers
- titre
- Sensitivity analysis of GreenLab model for maize
- auteur
- Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède
- article
- 3rd international symposium on Plant Growth and Applications (PMA09), Nov 2010, Beijing, China
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-
- titre
- Assessment of Non-Linearity in Functional-Structural Plant Models
- auteur
- Qiongli Wu, Jessica Bertheloot, Amélie Mathieu, Bruno Andrieu, Paul-Henry Cournède
- article
- FSPM 2010 - 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Sep 2010, Davis, California, United States
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-
- titre
- The use of Sensitivity Analysis for the design of Functional Structural Plant Models
- auteur
- Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède
- article
- Sixth international conference on sensitivity analysis of model output, Jul 2010, Milan, Italy. pp.7768-7769
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-
- titre
- A stochastic, functional-structural model for cotton plants
- auteur
- Dong Li, Veronique Letort, Meng Zhen Kang, Feng Wang, Yan Guo, Baoguo Li, P. de Reffye, Zhigang Zhan
- article
- Functional-Structural Plant Models, Jul 2010, Davis, United States. pp.20-22
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-
- titre
- A symbolic method to compute the probability distribution of the number of pattern occurences in random texts generated by stochastic 0L-systems
- auteur
- Cedric Loi, Paul-Henry Cournède, Jean Françon
- article
- 21st International Meeting on Probabilistic, Combinatorial, and Asymptotic Methods in the Analysis of Algorithms (AofA'10), 2010, Vienna, Austria. pp.473-488, ⟨10.46298/dmtcs.2774⟩
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-
Book sections
- titre
- Nitrogen acquisition and utilization by crops: review of different approaches and proposition of a mechanistic modeling
- auteur
- Jessica Bertheloot, Paul-Henry Cournède, Bruno Andrieu
- article
- Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications: proceedings, 9-13 November 2009, Beijing, China, IEEE Computer Society, 454 p., 2010, Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, 978-0-7695-3988-1
- Accès au bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- A symbolic method to analyse patterns in plant structure whose organogenesis is driven by a multitype branching process
- auteur
- Cedric Loi, Paul-Henry Cournède, Jean Françon
- article
- 2010
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-
2009
Journal articles
- titre
- A dynamic model of plant growth with interactions between development and functional mechanisms to study plant structural plasticity related to trophic competition.
- auteur
- A. Mathieu, Paul-Henry Cournède, Véronique Letort, Daniel Barthélémy, P. de Reffye
- article
- Annals of Botany, 2009, 103 (8), pp.1173-1186. ⟨10.1093/aob/mcp054⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- 基于GreenLab的油松结构-功能模型 (A FUNCTIONAL-STRUCTURAL MODEL GREENLAB FOR PINUS TABULAEFORMIS)
- auteur
- Hong Guo, Xiangdong Lei, Veronique Letort, Yuanchang Lu, Philippe de Reffye
- article
- Chinese Journal of Plant Ecology, 2009, 33 (5), pp.950-957. ⟨10.3773/j.issn.1005-264x.2009.05.014⟩
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-
- titre
- Une histoire de la modélisation des plantes
- auteur
- Philippe de Reffye, Marc Jaeger, Paul-Henry Cournède
- article
- Interstices, 2009
- Accès au bibtex
-
- titre
- Using a mathematical model to evaluate the trophic and non-trophic determinants of axis development in grapevine
- auteur
- Benoit Pallas, Angélique Christophe, Paul-Henry Cournède, Jérémie Lecoeur
- article
- Functional Plant Biology, 2009, 36 (2), pp.156-170. ⟨10.1071/fp08178⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Application of the GreenLab model to simulate and optimize wood production and tree stability: a theoretical study
- auteur
- Rui Qi, Véronique Letort, M. Z. Kang, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye, Thierry Fourcaud
- article
- Silva Fennica, 2009, 43 (3), pp.465-487
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Using a mathematical model to evaluate the trophic and non-trophic determinants of axis development in grapevine (Vitis vinifera L.)
- auteur
- Benoit Pallas, Angélique Christophe, Paul-Henry Cournède, Jérémie Lecoeur
- article
- Functional Plant Biology, 2009, 36, pp.156-170
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Impact of topology on plant functioning : a theoretical analysis based on the GreenLab model equations
- auteur
- Véronique Letort, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye
- article
- 2009 Plant Growth Modeling And Applications, Nov 2009, Beijing, China. pp.341-348
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Calibration of topological development in the procedure of parametric identification: application to the stochastic GreenLab model for Pinus Sylvestris var. Mongolica
- auteur
- Feng Wang, Meng Zhen Kang, Hui Han, Qi Lu, Véronique Letort, Yan Guo, P. de Reffye, Baoguo Li
- article
- 2009 Plant Growth Modeling And Applications, Nov 2009, Beijing, China. pp.26-33
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Plants as Combinatorial Structures and Applications
- auteur
- Cedric Loi, Paul-Henry Cournède, Jean Françon
- article
- Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Pékin, China. pp.319-326, ⟨10.1109/pma.2009.27⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Towards a continuous approach of functional-structural plant growth
- auteur
- Zhongping Li, Vincent Le Chevalier, Paul-Henry Cournède
- article
- Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Beijing, China. pp.334-340, ⟨10.1109/PMA.2009.69⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Applying GreenLab Model to Adult Chinese Pine Trees with Topology Simplification
- auteur
- Hong Guo, Véronique Letort, Xiangdong Lei, Yuanchang Lu, P. de Reffye
- article
- Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications - PMA09, Nov 2009, Beijing, China. pp.58-64
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Preliminary Functional-Structural Modeling on Poplar (Salicaceae)
- auteur
- Dongxiang Liu, Meng Zhen Kang, Véronique Letort, Meijun Xing, Yang Gang, Xinyuan Huang, Weiqun Cao
- article
- Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Beijing, China. pp.49-52, ⟨10.1109/pma.2009.47⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Analysis of Cecropia sciadophylla Morphogenesis Based on a Sink-Source Dynamic Model
- auteur
- Véronique Letort, Patrick Heuret, Paul Camilo Zalamea, Eric A. Nicolini, P. de Reffye
- article
- 2009 Plant Growth Modeling And Applications, Nov 2009, Beijing, China. pp.10-17
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Stochastic models in floral biology and its application to the study of oilseed rape (Brassica napus L.) fertility
- auteur
- Wang Xiujuan, Amélie Mathieu, Paul-Henry Cournède, Jean-Michel Allirand, Alexandra Jullien, Philippe de Reffye, Bao Gui Zhang
- article
- Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Beijing, China
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Comparison between empirical or functional sinks of organs - Application on Tomato plant
- auteur
- Baogui Zhang, Meng Zhen Kang, Véronique Letort, Xiujuan Wang, P. de Reffye
- article
- 2009 Plant Growth Modeling And Applications, Nov 2009, Beijing, China. pp.191-197
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A stochastic growth model of grapevine with full interaction between environment, trophic competition and plant development.
- auteur
- Benoit Pallas, Cedric Loi, Angélique Christophe, Paul-Henry Cournède, Jérémie Lecoeur
- article
- Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Pékin, China. pp.95-102
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modeling branching effects on source-sink relationships of the cotton plant
- auteur
- Dong Li, Véronique Letort, Yan Guo, P. de Reffye, Zhigang Zhan
- article
- 2009 Plant Growth Modeling And Applications, Nov 2009, Beijing, China. pp.293-300
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Analysis of the density effects on the source-sink dynamics in Sugar-Beet growth
- auteur
- Sébastien Lemaire, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède, Jean-Michel Allirand, Bertrand Ney, P. de Reffye
- article
- Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Beijing, China. 454 p
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modeling Inter-Individual Variability in Sugar Beet Populations
- auteur
- P. de Reffye, Sébastien Lemaire, Nitish Srivastava, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède
- article
- Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Beijing, China
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A Forest Growth Simulator Based on Functional-Structural Modelling of Individual Trees
- auteur
- Paul-Henry Cournède, Thomas Guyard, Benoit Bayol, Sébastien Griffon, François de Coligny, Philippe Borianne, Marc Jaeger, Philippe de Reffye
- article
- Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), IEEE, Nov 2009, Beijing, China. pp.34-41, ⟨10.1109/PMA.2009.55⟩
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-
- titre
- Simulation of morphological plasticity of Acacia tortilis in response to herbivore attacks
- auteur
- Amélie Mathieu, Véronique Letort, Renaud Gosset, Jacques Gignoux, Paul-Henry Cournède
- article
- Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Saisissez le nom du laboratoire, du service ou du département., Ville service., 2009, Beijing, China. 454 p
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- A Functional-Structural Plant Model: Theories and its Applications in Agronomy
- auteur
- Meng Zhen Kang, Paul-Henry Cournède, Amélie Mathieu, Veronique Letort, Rui Qi
- article
- Cao, W. and White, J. and Wang, E. Crop Modeling and Decision Support, Springer, pp.148-160, 2009, 978-3-642-01131-3. ⟨10.1007/978-3-642-01132-0_16⟩
- Accès au bibtex
-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Dynamic System of Plant Growth
- auteur
- Paul-Henry Cournède
- article
- Mathematics [math]. Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2009
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-
2008
Journal articles
- titre
- Rhythms and alternating patterns in plants as emergent properties of a model of interaction between development and functioning
- auteur
- Amélie Mathieu, Daniel Barthélémy, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye
- article
- Annals of Botany, 2008, 101 (8), pp.1233-1242. ⟨10.1093/aob/mcm171⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Analytical study of a stochastic plant growth model: application to the GreenLab model
- auteur
- M. Z. Kang, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye, Daniel Auclair, Bao-Gang Hu
- article
- Mathematics and Computers in Simulation, 2008, 78 (1), pp.57-78. ⟨10.1016/j.matcom.2007.06.003⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Computing competition for light in the GREENLAB model of plant growth: a contribution to the study of the effects of density on resource acquisition and architectural development.
- auteur
- Paul-Henry Cournède, Amélie Mathieu, François Houllier, Daniel Barthélémy, Philippe de Reffye
- article
- Annals of Botany, 2008, 101 (8), pp.1207-1219. ⟨10.1093/aob/mcm272⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- A model-based analysis of the dynamics of carbon balance at the whole-plant level in Arabidopsis thaliana
- auteur
- Angélique Christophe, Veronique Letort, Irène Hummel, Paul-Henry Cournède, P. de Reffye, Jérémie Lecoeur
- article
- Functional Plant Biology, 2008, 35, pp.1147-1162. ⟨10.1071/FP08099⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Quantitative genetics and functional-structural plant growth models : Simulation of quantitative trait loci detection for model parameters and application to potential yield optimization
- auteur
- Véronique Letort, Paul Mahe, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye, Brigitte Courtois
- article
- Annals of Botany, 2008, 101 (8), pp.1243-1254. ⟨10.1093/aob/mcm197⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Structural Identifiability of Generalized Constraint Neural Network Models for Nonlinear Regression
- auteur
- Shuang-Hong Yang, Bao-Gang Hu, Paul-Henry Cournède
- article
- Neurocomputing, 2008, 72 (1-3), pp.392-400. ⟨10.1016/j.neucom.2007.12.013⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Parameter optimization and field validation of the functional-structural model GREENLAB for Maize at different population densities
- auteur
- Yuntao Ma, Wen Meiping, Yan Guo, Baoguo Li, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye
- article
- Annals of Botany, 2008, 101 (8), pp.1185-1194. ⟨10.1093/aob/mcm233⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Parametric identification of a functional-structural tree growth model and application to beech trees (Fagus sylvatica)
- auteur
- Veronique Letort, Paul-Henry Cournède, Amélie Mathieu, Philippe de Reffye, Thiéry Constant
- article
- Functional Plant Biology, 2008, 35, pp.951-963. ⟨10.1071/fp08065⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- A Functional-Structural Plant Model-Theory and Applications in Agronomy
- auteur
- Meng Zhen Kang, Paul-Henry Cournède, Amélie Mathieu, Véronique Letort, Rui Qi, Zhi Gang Zhan
- article
- International Symposium on Crop Modeling and Decision Support: ISCMDS 2008, Apr 2008, Nanjing, China
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- A morphogenetic crop model for sugar-beet (Beta vulgaris L.)
- auteur
- Sébastien Lemaire, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye
- article
- ISCMDS, Apr 2008, Nanjing, China
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Book sections
- titre
- Modélisation et simulation de l'architecture et de la production végétales
- auteur
- Philippe de Reffye, Daniel Barthélémy, Paul-Henry Cournède, Marc Jaeger
- article
- Francis Hallé. Aux origines des plantes : des plantes anciennes à la botanique du XXIe siècle, Fayard, pp.184-227, 2008
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- titre
- Plant growth models
- auteur
- Philippe de Reffye, E. Heuvelink, Daniel Barthélémy, Paul-Henry Cournède
- article
- Jorgensen, S. E., Fath, B. D. Encyclopedia of Ecology, Elsevier, pp.2824-2838, 2008
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Reports
- titre
- A Markovian framework to formalize stochastic L-systems and application to models of plant development
- auteur
- Cédric Loi, Paul-Henry Cournède
- article
- [Research Report] RR-6830, INRIA. 2008, pp.24
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- titre
- Computing the moments of probability distributions for branching processes
- auteur
- Cédric Loi, Paul-Henry Cournède
- article
- [Research Report] RR-6728, INRIA. 2008, pp.23
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Theses
- titre
- Adaptation of the GreenLab growth model to plants with complex architectures and multi-scale analysis of source-sink relationships for parametric identification.
- auteur
- Veronique Letort
- article
- Vegetal Biology. Ecole Centrale Paris, 2008. English. ⟨NNT : ⟩
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2007
Journal articles
- titre
- Simulation and Visualisation of Functional Landscapes: Effects of the Water Resource Competition between Plants
- auteur
- Vincent Le Chevalier, Marc Jaeger, Xing Mei, Paul-Henry Cournède
- article
- Journal of Computer Science and Technology, 2007, 22 (6), pp.835-845. ⟨10.1007/s11390-007-9105-8⟩
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2006
Journal articles
- titre
- A dynamical model of plant growth with full retroaction between organogenesis and photosynthesis
- auteur
- Amélie Rostand-Mathieu, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye
- article
- Revue Africaine de Recherche en Informatique et Mathématiques Appliquées, 2006, 7ème Colloque Africain sur la Recherche en Informatique (CARI'04), Volume 4, 2006, pp.101-107. ⟨10.46298/arima.1844⟩
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- titre
- Structural Factorization of Plants to Compute their Functional and Architectural Growth
- auteur
- Paul-Henry Cournède, M.Z. Kang, A. Mathieu, Jean-François Barczi, H.P. Yan, B.G. Hu, Philippe de Reffye
- article
- SIMULATION: Transactions of The Society for Modeling and Simulation International, 2006, Simulation,Transactions of the society for modelling and simulation international, 82 (7), pp.427-438. ⟨10.1177/0037549706069341⟩
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- titre
- Positivity statements for a Mixed-Element-Volume scheme on fixed and moving grids
- auteur
- Bruno Koobus, Paul-Henry Cournède, Alain Dervieux
- article
- Revue Européenne de Mécanique Numérique/European Journal of Computational Mechanics, 2006, 15 (7-8), pp.767-798. ⟨10.3166/remn.15.767-798⟩
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Conference papers
- titre
- Generation of rhythms in plant development controlled by their functioning: theoretical and numerical study
- auteur
- Amélie Mathieu, Paul-Henry Cournède, Daniel Barthélémy, Philippe de Reffye
- article
- 2. International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, Nov 2006, Beijing, China
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- titre
- Rhythms and alternating patterns in plants as emergent properties of a model of interaction between development and functioning
- auteur
- Amélie Mathieu, Paul-Henry Cournède, Daniel Barthélémy, Philippe de Reffye
- article
- Second International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, PMA06, Nov 2006, Beijin, China. ⟨10.1093/aob/mcm171⟩
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- titre
- Effect of topological and phenological changes on biomass partitioning in Arabidopsis thaliana inflorescence: a preliminary model-based study
- auteur
- Veronique Letort, Paul-Henry Cournède, Jérémie Lecoeur, Irène Hummel, Philippe de Reffye, Angélique Christophe
- article
- PMA06, Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and applications, Nov 2006, Beijing, China. pp.65-69
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- titre
- Adaptation of the GreenLab model for analyzing sink-source relationships in Chinese Pine saplings
- auteur
- Hong Guo, Veronique Letort, Lingxia Hong, Thierry Fourcaud, Paul-Henry Cournède, Yuanchang Lu, Philippe de Reffye
- article
- PMA06, Plant growth modeling, Simulation, Visualization and Applications, Nov 2006, Beijing, China. pp.236-243
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- titre
- Optimizing plant growth model parameters for genetic selection based on QTL mapping
- auteur
- Veronique Letort, Paul Mahe, Paul-Henry Cournède, P. de Reffye, Brigitte Courtois
- article
- Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and applications, Nov 2006, Beijing, China. pp.16-21
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2005
Journal articles
- titre
- A Water Supply Optimization Problem for Plant Growth Based on GreenLab Model
- auteur
- Lin Wu, Philippe de Reffye, Bao-Gang Hu, François-Xavier Le Dimet, Paul-Henry Cournède
- article
- Revue Africaine de Recherche en Informatique et Mathématiques Appliquées, 2005, Volume 3, Special Issue CARI'04, november 2005, pp.197-207. ⟨10.46298/arima.1836⟩
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- titre
- GreenLab: A Dynamical Model of Plant Growth for Environmental Applications
- auteur
- Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye
- article
- ERCIM News, 2005, Special : Environmental Modelling, 61, pp.39-40
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2004
Conference papers
- titre
- Theoretical Study and Numerical Simulation of a Stochastic Model for Plant Growth
- auteur
- M.Z. Kang, Paul-Henry Cournède, J. Le Roux, Philippe de Reffye, B.G. Hu
- article
- 7th African Conference on Research in Computer Science, Nov 2004, Hammamet, Tunisia
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- titre
- A Water Supply Optimization Problem for Plant Growth Based on GreenLab Model
- auteur
- L. Wu, François-Xavier Le Dimet, B.G. Hu, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye
- article
- 7éme Colloque Africain sur la Recherche en Informatique (CARI'04), Nov 2004, Mammamet, Tunisia
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- titre
- The Influence of Photosynthesis on the Number of Metamers per Growth Unit in GreenLab Model
- auteur
- Amelie Mathieu, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye
- article
- 4TH International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Jun 2004, Montpellier, France
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