Publications HAL de robin de la structure 37825;135757

2019

Journal articles

titre
SimkaMin: fast and resource frugal de novo comparative metagenomics
auteur
Gaëtan Benoit, Mahendra Mariadassou, Stéphane Robin, Sophie Schbath, Pierre Peterlongo, Claire Lemaitre
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2019, pp.1-2. ⟨10.1093/bioinformatics/btz685⟩
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https://hal.inria.fr/hal-02308101/file/main.pdf BibTex
titre
Epidemiologic network inference
auteur
Pierre Barbillon, Loic Schwaller, Stéphane Robin, Andrew Flachs, Glenn Davis Stone
article
Statistics and Computing, Springer Verlag (Germany), 2019, ⟨10.1007/s11222-019-09865-1⟩
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Conference papers

titre
Data-driven Modeling of Building Consumption Profile for Optimal Flexibility: Application to Energy Intensive Industry
auteur
Camille Pajot, Quang Nguyen, Benoît Delinchant, Yves Maréchal, Frédéric Wurtz, Stephane Robin, Benjamin Vincent, Francois Debray
article
Building Simulation Conference 2019, Sep 2019, Rome, Italy
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02364669/file/BS2019_256_8_211201_Pajot_2019-06-28_15-55_a.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Bayesian inference for network Poisson models
auteur
Sophie Donnet, Stéphane Robin
article
2019
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https://arxiv.org/pdf/1907.09771 BibTex
titre
Nine Quick Tips for Analyzing Network Data
auteur
Stephane Robin, Vincent Miele, Catherine Matias, Stéphane Dray
article
2019
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02089501/file/simple_rules_v2.pdf BibTex

2018

Journal articles

titre
A factor model approach for the joint segmentation with between-series correlation
auteur
Xavier Collilieux, Émilie Lebarbier, Stéphane Robin
article
Scandinavian Journal of Statistics, Wiley, 2018, ⟨10.1111/sjos.12368⟩
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BibTex
titre
Variational inference for probabilistic Poisson PCA
auteur
Julien Chiquet, Mahendra Mariadassou, Stephane Robin
article
Annals of Applied Statistics, Institute of Mathematical Statistics, 2018, 12 (4), pp.2674-2698. ⟨10.1214/18-AOAS1177⟩
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titre
A variable selection approach in the multivariate linear model: an application to LC-MS metabolomics data
auteur
Marie Perrot-Dockes, Celine Levy Leduc, Julien Chiquet, Laure Sansonnet, Margaux Brégère, Marie Pierre Etienne, Stephane Robin, Grégory Genta-Jouve
article
Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, De Gruyter, 2018, ⟨10.1515/sagmb-2017-0077⟩
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titre
Goodness of fit of logistic regression models for random graphs
auteur
Pierre Latouche, Stephane Robin, Sarah Ouadah
article
Journal of Computational and Graphical Statistics, Taylor & Francis, 2018, 27 (1), pp.98-109. ⟨10.1080/10618600.2017.1349663⟩
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Preprints, Working Papers, ...

titre
Incomplete graphical model inference via latent tree aggregation
auteur
Geneviève Robin, Christophe Ambroise, Stephane Robin
article
2018
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01686841/file/Robin2018_latent_tree.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
SegCorr a statistical procedure for the detection of genomic regions of correlated expression
auteur
Eleni Delatola, Emilie Lebarbier, Tristan Mary-Huard, François Radvanyi, Stéphane Robin, Jennifer Wong
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2017, 18 (1), pp.333. ⟨10.1186/s12859-017-1742-5⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-02059501/file/12859_2017_Article_1742.pdf BibTex
titre
A robust approach for estimating change-points in the mean of an AR(1) process
auteur
Souhil Chakar, Émilie Lebarbier, Céline Levy Leduc, Stephane Robin
article
Bernoulli, Bernoulli Society for Mathematical Statistics and Probability, 2017, 23 (2), pp.1408-1447. ⟨10.3150/15-BEJ782⟩
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BibTex
titre
Detection of adaptive shifts on phylogenies by using shifted stochastic processes on a tree
auteur
Paul Bastide, Mahendra Mariadassou, Stephane Robin
article
Journal of the Royal Statistical Society: Series B, Royal Statistical Society, 2017
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BibTex
titre
Exact Bayesian inference for off-line change-point detection in tree-structured graphical models
auteur
Loic Schwaller, Stephane Robin
article
Statistics and Computing, Springer Verlag (Germany), 2017, 27 (5), pp.1331-1345. ⟨10.1007/s11222-016-9689-3⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01555266/file/ScR16-StatComp_%7B5A359203-F58A-4213-B15F-6E8ABBFE2DC3%7D.pdf BibTex

Conference papers

titre
Exact and approximate inference in graphical models
auteur
Regis Sabbadin, Nathalie Peyrard, Marie-Josee Cros, Simon de Givry, Alain Franc, Stephane Robin, Thomas Schiex, Matthieu Vignes
article
10th International Conference on Scalable Uncertainty Management (SUM), Oct 2017, Granada, Spain
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titre
CHMM : an R package for coupled Hidden Markov Models
auteur
Julie Aubert, Xiaoqiang Wang, Émilie Lebarbier, Stephane Robin
article
R User Conference 2017, Jul 2017, Bruxelles, Belgium
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Book sections

titre
Convex estimation
auteur
Cécile Durot, Jade Giguelay, Sylvie Huet, François Koladjo, Stephane Robin
article
Capture-recapture methods for the social and medical sciences, CRC Press (Taylor \& Francis Group), pp.417, 2017, Interdisciplinary Statistics Series, 978-1-4987-4531-4
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Reports

titre
Inference of Adaptive Shifts for Multivariate Correlated Traits
auteur
Paul Bastide, Céline Ané, Stephane Robin, Mahendra Mariadassou
article
[University works] auto-saisine. 2017
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BibTex
titre
Variational inference for probabilistic Poisson PCA
auteur
Julien Chiquet, Mahendra Mariadassou, Stephane Robin
article
[University works] auto-saisine. 2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01608912/file/variational_%7BCE66C6D5-8A36-4981-BF8A-04F537890B08%7D.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Shortened Bridge Sampler: Using deterministic approximations to accelerate SMC for posterior sampling
auteur
Sophie Donnet, Stéphane Robin
article
2017
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01566898/file/DoR17-StCo.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
Modeling overdispersion heterogeneity in differential expression analysis using mixtures
auteur
E. Bonafede, Franck Picard, S. Robin, C. Viroli
article
Biometrics, Wiley, 2016, 72, pp.804-814. ⟨10.1111/biom.12458⟩
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titre
Deciphering the pathobiome: intra- and interkingdom interactions involving the pathogen erysiphe alphitoides
auteur
Boris Jakuschkin, Virgil Fievet, Loïc Schwaller, Thomas Fort, Cécile Robin, Corinne Vacher
article
Microbial Ecology, Springer Verlag, 2016, 72 (4), pp.870-880. ⟨10.1007/s00248-016-0777-x⟩
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titre
Variational Bayes model averaging for graphon functions and motif frequencies inference in W-graph models
auteur
Pierre Latouche, Stephane Robin
article
Statistics and Computing, Springer Verlag (Germany), 2016, 26 (6), pp.1173 - 1185. ⟨10.1007/s11222-015-9607-0⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01519750/file/LaR15-StatComp.pdf BibTex
titre
Modelling the influence of dimerisation sequence dissimilarities on the auxin signalling network
auteur
Jonathan Legrand, Jean-Benoist Leger, Stephane Robin, Teva Vernoux, Yann Guédon
article
BMC Systems Biology, BioMed Central, 2016, 10 (22), pp.17. ⟨10.1186/s12918-016-0254-7⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01361020/file/LegrandLegerRobinVernouxGuedon2016.pdf BibTex
titre
Structured regularization for conditional Gaussian graphical models
auteur
Julien Chiquet, Tristan Mary, Stephane Robin
article
Statistics and Computing, Springer Verlag (Germany), 2016, pp.1-16. ⟨10.1007/s11222-016-9654-1⟩
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BibTex
titre
Comparing change-point location in independent series
auteur
Alice Cleynen, Stephane Robin
article
Statistics and Computing, Springer Verlag (Germany), 2016, pp.1-14. ⟨10.1007/s11222-014-9492-y⟩
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Conference papers

titre
Latent Block Model for metagenomic data
auteur
Julie Aubert, Sophie Schbath, Stephane Robin
article
17. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM 2016), Jun 2016, Lyon, France
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Poster communications

titre
Latent Block Model for metagenomic data
auteur
Julie Aubert, Sophie Schbath, Stephane Robin
article
15. European Conference on Computational Biology (ECCB 2016), Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)", Sep 2016, La Haye, Netherlands. 2016
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2015

Journal articles

titre
Nonparametric species richness estimation under convexity constraint
auteur
Cécile Durot, Sylvie Huet, François Koladjo, Stéphane Robin
article
Environmetrics, Wiley, 2015, ⟨10.1002/env.2352⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01250079/file/SpRichness.pdf BibTex
titre
Inference in finite state space non parametric hidden markov models and applications
auteur
E. Gassiat, Alice Cleynen, Stephane Robin
article
Statistics and Computing, Springer Verlag (Germany), 2015, ⟨10.1007/s11222-014-9523-8⟩
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titre
Network impact on persistence in a finite population dynamic diffusion model: Application to an emergent seed exchange network
auteur
Pierre Barbillon, Mathieu Thomas, Isabelle Goldringer, Frédéric Hospital, Stéphane Robin
article
Journal of Theoretical Biology, Elsevier, 2015, 365, pp.365-376. ⟨10.1016/j.jtbi.2014.10.032⟩
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BibTex
titre
Les nouveaux défis de la biologie moléculaire
auteur
Celine Levy Leduc, Stephane Robin
article
Symbiose (Magazine d'Agroparistech Alumni), 2015, 12
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titre
Apprentissage de réseaux par agrégation bayésienne d’arbres couvrants
auteur
Stephane Robin, Loic Schwaller
article
Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série RIA : Revue d'Intelligence Artificielle, Lavoisier, 2015, 2, pp.153-172. ⟨10.3166/RIA.29.153-172⟩
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Conference papers

titre
Deciphering the pathobiome: intra- and interkingdom interactions involving the pathogen Erysiphe alphitoides
auteur
Corinne Vacher, Virgil Fievet, Boris Jakuschkin, Sarah Ouadah, Cécile Robin, Stephane Robin, Loïc Schwaller
article
10. International symposium on phyllosphere microbiology, Jul 2015, Ascona, Switzerland
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titre
Latent Block Model for ecological abundance data
auteur
Julie Aubert, Sophie Schbath, Christophe Mougel, Stephane Robin
article
30. European Meeting of Statisticians, Jul 2015, Amsterdam, Netherlands
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Preprints, Working Papers, ...

titre
A degree-based goodness-of-fit test for heterogeneous random graph models
auteur
Sarah Ouadah, Stéphane Robin, Pierre Latouche
article
2015
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01187889/file/1507.08140v1.pdf BibTex
titre
Goodness of fit of logistic models for random graphs
auteur
Pierre Latouche, Stéphane Robin, Sarah Ouadah
article
2015
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01187890/file/1508.00286v1.pdf BibTex
titre
Exact and approximate inference in graphical models: variable elimination and beyond
auteur
Nathalie Dubois Peyrard, Simon de Givry, Alain Franc, Stephane Robin, Regis Sabbadin, Thomas Schiex, Matthieu Vignes
article
2015
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https://arxiv.org/pdf/1506.08544 BibTex

2014

Journal articles

titre
Modeling heterogeneity in random graphs through latent space models: a selective review
auteur
Catherine Matias, Stéphane Robin
article
ESAIM: Proceedings, EDP Sciences, 2014, MMCS, Mathematical Modelling of Complex Systems, 47, pp.55 - 74
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00948421/file/Graphs_review_preprintV2.pdf BibTex
titre
Segmentor3IsBack: an R package for the fast and exact segmentation of Seq-data
auteur
Alice Cleynen, Michel Koskas, Émilie Lebarbier, Guillem Rigaill, Stephane Robin
article
Algorithms for Molecular Biology, BioMed Central, 2014, 9, ⟨10.1186/1748-7188-9-6⟩
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BibTex
titre
Comparing segmentation methods for genome annotation based on RNA-Seq data
auteur
Alice Cleynen, Sandrine Dudoit, Stephane Robin
article
Journal of Agricultural, Biological, and Environmental Statistics, Springer Verlag, 2014, 19 (1), pp.101-118. ⟨10.1007/s13253-013-0159-5⟩
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Conference papers

titre
Two-dimensional segmentation for analyzing HiC data
auteur
Celine Levy Leduc, Maud Delattre, Tristan Mary-Huard, Stephane Robin
article
ECCB 2014: The 13th European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. pp.386-392, ⟨10.1093/bioinformatics/btu443⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01148580/file/2014_L%C3%A9vy%20Leduc_Bioinformatics_%7B1806FE76-9C65-45D2-A38B-2B708871909B%7D.pdf BibTex
titre
Detecting genomic alteration in genomic profiles: the infinite population case
auteur
Marie-Pierre Etienne, Laurent Decreusefond, Gabriel Lang, Stephane Robin
article
IWAP (International Workshop on Applied Probability) , Jun 2014, Antaly, Turkey
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Reports

titre
Nonparametric species richness estimation under convexity constrain
auteur
Cécile Durot, Sylvie Huet, François Koladjo, Stephane Robin
article
[Technical Report] auto-saisine. 2014, 36 p
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2013

Journal articles

titre
Genomic instability : a stronger prognostic marker than proliferation for early stage luminal breast carcinomas
auteur
Anne Vincent-Salomon, Vanessa Benhamo, Eleonore Gravier, Guillem Rigaill, Nadège Gruel, Stephane Robin, Yann de Rycke, Odette Mariani, Gaëlle Pierron, David Gentien, Fabien Reyal, Paul Cottu, Alain Fourquet, Roman Rouzier, Xavier Sastre-Garau, Olivier Delattre
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (10), ⟨10.1371/journal.pone.0076496⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01219550/file/VBG13-PLoSOne_%7B35633296-186A-40E1-84B0-A5FB07D959CD%7D.pdf BibTex
titre
Detection of significant genomic alterations via simultaneous minimal sojourns at a state by independent continuous-time markov chains
auteur
Stephane Robin, Valeri T. Stefanov
article
Methodology and Computing in Applied Probability, Springer Verlag, 2013, 17 (2), pp.479-487. ⟨10.1007/s11009-013-9374-3⟩
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BibTex
titre
Hidden Markov Models with mixtures as emission distributions
auteur
Stavenn Volant, Caroline Berard, Marie-Laure Magniette, Stephane Robin
article
Statistics and Computing, Springer Verlag (Germany), 2013, n.p. ⟨10.1007/s11222-013-9383-7⟩
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BibTex
titre
Least-squares estimation of a convex discrete distribution
auteur
Cécile Durot, Sylvie Huet, François Koladjo, Stephane Robin
article
Computational Statistics and Data Analysis, Elsevier, 2013, 67, pp.282-298. ⟨10.1016/j.csda.2013.04.019⟩
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BibTex
titre
HOMER : a homogenization software - methods and applications
auteur
Olivier Mestre, Peter Domonkos, Franck Picard, Ingeborg Auer, Stephane Robin, Émilie Lebarbier, Reinhard Boehm, Enric Aguilar, Jose Guijarro, Gregor Vertachnik, Matija Klancar, Brigitte Dubuisson, Petr Stepanek
article
IDOJARAS, 2013, 117 (1), pp.47 - 67
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BibTex

Conference papers

titre
Segmentor3isback : an r package for the fast and exact segmentation of seq-data
auteur
Alice Cleynen, Michel Koskas, Emilie Lebarbier, Guillem Rigaill, Stéphane Robin
article
The R User Conference, Jun 2013, Albacete, Spain
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BibTex
titre
A multivariate HMM with dependency structure for the detection of copy number variations
auteur
Xiaoqiang Wang, Émilie Lebarbier, Julie Aubert, Stephane Robin
article
45e Journées de Statistique de la SfDS, May 2013, Toulouse, France
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BibTex
titre
Estimation de la fonction graphon d'un W-graphe. Application au réseau de la blogosphere politique française
auteur
Pierre Latouche, Stéphane Robin
article
45èmes journées de Statistique, 2013, Toulouse, France. pp.JdS
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00830095/file/latouche_robin.pdf BibTex

Poster communications

titre
Multi-trait genomic selection via multivariate regression with structured regularization
auteur
Julien Chiquet, Tristan Mary, Stephane Robin
article
MLCB NIPS 2013, Oct 2013, South Lake Thao, United States. 2013
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BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Bayesian Model Averaging of Stochastic Block Models to Estimate the Graphon Function and Motif Frequencies in a W-graph Model
auteur
Pierre Latouche, Stéphane Robin
article
2013
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https://arxiv.org/pdf/1310.6150 BibTex

2012

Journal articles

titre
The influence of public programs on inter-firm R&D collaboration strategies: project-level evidence from EU FP5 and FP6
auteur
Mireille Matt, Stephane Robin, Sandrine Wolff
article
Journal of Technology Transfer, Springer Verlag, 2012, 37 (6), pp.885 - 916. ⟨10.1007/s10961-011-9232-9⟩
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BibTex
titre
Exact posterior distributions and model selection criteria for multiple change-point detection problems
auteur
Guillem Rigaill, Émilie Lebarbier, Stephane Robin
article
Statistics and Computing, Springer Verlag (Germany), 2012, 22 (4), pp.917-929. ⟨10.1007/s11222-011-9258-8⟩
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BibTex
titre
Classification and estimation in the Stochastic Blockmodel based on the empirical degrees
auteur
Antoine Channarond, Jean-Jacques Daudin, Stephane Robin
article
Electronic journal of statistics , Shaker Heights, OH : Institute of Mathematical Statistics, 2012, 6, pp.2574-2601. ⟨10.1214/12-EJS753 (1)⟩
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BibTex
titre
Bayesian model averaging for estimating the number of classes: applications to the total number of species in metagenomics
auteur
Sébastien Li-Thiao-Te, Jean-Jacques Daudin, Stephane Robin
article
Journal of Applied Statistics, Taylor & Francis (Routledge), 2012, 39 (7), pp.1489-1504. ⟨10.1080/02664763.2012.658358⟩
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BibTex
titre
ExactDAS: an exact test procedure for the detection of differential alternative splicing in microarray experiments
auteur
Tristan Mary-Huard, Florence Jaffrézic, Stephane Robin
article
Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, De Gruyter, 2012, 11, online (5), Non paginé. ⟨10.1515/1544-6115.1814⟩
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BibTex
titre
Variational Bayes approach for model aggregation in unsupervised classification with Markovian dependency
auteur
Stavenn Volant, Marie-Laure Martin-Magniette, Stephane Robin
article
Computational Statistics and Data Analysis, Elsevier, 2012, 56 (8), pp.2375-2387. ⟨10.1016/j.csda.2012.01.027⟩
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BibTex
titre
Accuracy of variational estimates for random graph mixture models
auteur
Steven Gazal, Jean-Jacques Daudin, Stephane Robin
article
Journal of Statistical Computation and Simulation, Taylor & Francis, 2012, 82 (6), pp.849-862. ⟨10.1080/00949655.2011.560117⟩
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BibTex

Conference papers

titre
ExactDAS: An exact test procedure for the detection of differential alternative splicing
auteur
Tristan Mary-Huard, Florence Jaffrézic, Stéphane Robin
article
4th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (BICoB), Mar 2012, Las Vegas, United States
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BibTex

2011

Journal articles

titre
Integrative epigenomic mapping defines four main chromatin states in Arabidopsis
auteur
François Roudier, Ikhlak Ahmed, Alexis Sarazin, Caroline Berard, Tristan Mary-Huard, Sandra Cortijo, Daniel Bouyer, Erwann Caillieux, Evelyne Duvernois-Berthet, Al-Shikhley Liza, Laurene Giraut, Barbara Després, Stéphanie Drevensek, Frédy Barneche, Sandra Derozier, Veronique Brunaud, Sebastien Aubourg, Arp Schnittger, Chris Bowler, Marie-Laure Magniette, Stephane Robin, Michel Caboche, Vincent Colot
article
EMBO Journal, EMBO Press, 2011, 30 (10), pp.1928 - 1938. ⟨10.1038/emboj.2011.103⟩
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BibTex
titre
Unsupervised Classification for Tiling Arrays: ChIP-chip and Transcriptome
auteur
Caroline Berard, Marie-Laure Magniette, Veronique Brunaud, Sebastien Aubourg, Stephane Robin
article
Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, De Gruyter, 2011, 10 (1), ⟨10.2202/1544-6115.1692 ⟩
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BibTex
titre
Predicting invasion success of forest pathogenic fungi from species traits
auteur
Aurore Philibert, Marie Laure Desprez Loustau, Bénédicte Fabre, Pascal Frey, Fabien Halkett, Claude Husson, Brigitte Lung-Escarmant, Benoit Marcais, Cécile Robin, Corinne Vacher, David Makowski
article
Journal of Applied Ecology, Wiley, 2011, 48 (6), pp.1381 - 1390. ⟨10.1111/j.1365-2664.2011.02039.x⟩
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BibTex
titre
Occurrence of structured motifs in random sequences: Arbitrary number of boxes
auteur
Valeri T. Stefanov, Stephane Robin, Sophie Schbath
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2011, 159 (8), pp.826-831. ⟨10.1016/j.dam.2010.12.023⟩
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BibTex
titre
Joint segmentation of multivariate Gaussian processes using mixed linear models
auteur
Franck Picard, Émilie Lebarbier, E. Budinska, Stephane Robin
article
Computational Statistics and Data Analysis, Elsevier, 2011, 55 (2), pp.1160 - 1170. ⟨10.1016/j.csda.2010.09.015⟩
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BibTex
titre
Joint segmentation, calling, and normalization of multiple CGH profiles
auteur
Franck Picard, Émilie Lebarbier, Mark Hoebeke, Guillem Rigaill, Baba Thiam, Stephane Robin
article
Biostatistics, Oxford University Press (OUP), 2011, 12 (3), pp.413-428. ⟨10.1093/biostatistics/kxq076⟩
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BibTex

Conference papers

titre
NeMo: Fast Count and Statistical Significance of Network Motifs
auteur
Michel Koskas, Gilles Grasseau, Etienne Birmelé, Sophie Schbath, Stephane Robin
article
MARAMI 2011 : 2. Conférence sur les Modèles et l'Analyse des Réseaux : Approches Mathématiques et Informatique, Oct 2011, Grenoble, France. n.p
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BibTex
titre
NeMo: Fast Count of Network Motifs
auteur
Michel Koskas, Gilles Grasseau, Etienne Birmelé, Sophie Schbath, Stephane Robin
article
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM), Jun 2011, Paris, France. pp.53-60
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BibTex
titre
Inférence dans le Stochastic Block Model pour de grands graphes
auteur
Antoine Channarond, Jean-Jacques Daudin, Stephane Robin
article
JDS 2011 : 43. Journées de Statistique, May 2011, Gammarth, Tunisie. 416 p
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BibTex

Book sections

titre
Introduction to statistical methods for complex systems
auteur
Stephane Robin
article
Handbook of Statistical Systems Biology, Wiley and Sons, 530 p., 2011, 978-0-470-71086-9
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BibTex

2010

Journal articles

titre
A cross-validation based estimation of the proportion of true null hypotheses
auteur
Alain Célisse, Stephane Robin
article
Journal of Statistical Planning and Inference, Elsevier, 2010, 140 (11), pp.3132-3147. ⟨10.1016/j.jspi.2010.04.014⟩
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titre
Uncovering latent structure in valued graphs: a variational approach
auteur
Mahendra Mariadassou, Stephane Robin, Corinne Vacher
article
Annals of Applied Statistics, Institute of Mathematical Statistics, 2010, 4 (2), pp.715-742. ⟨10.1214/10-AOAS361⟩
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Conference papers

titre
Statistical methodology for the analysis of multi-sample ChIP-chip experiments
auteur
Tristan Mary-Huard, Marie-Laure Martin-Magniette, Caroline Berard, Stephane Robin
article
25. International Biometric Conference, Dec 2010, Florianopolis, Brazil. 1 p
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titre
Inférence dans le Stochastic Block Model pour les grands graphes
auteur
Antoine Channarond, Jean-Jacques Daudin, Stephane Robin
article
JFGG'10 : Journée thématique Fouille de grands graphes, Oct 2010, Toulouse, France. 20 p
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titre
Properties of variational estimates of a mixture model for random graphs
auteur
Jean-Jacques Daudin, Alain Célisse, Steven Gazal, Stephane Robin
article
ECCS10 European Conference on Complex Systems, Sep 2010, Lisbonne, France
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titre
Mixture models of truncated data for estimating the number of species
auteur
Sébastien Li-Thiao-Te, Jean-Jacques Daudin, Stephane Robin
article
19. International Conference on Computational Statistics, Aug 2010, Paris, France
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titre
Modèle linéaire mixte avec segmentation : application à la détection de changements dans les dates de vendanges
auteur
Émilie Lebarbier, Franck Picard, Eva Budinska, Stephane Robin
article
42. Journées de Statistique, May 2010, Marseille, France
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titre
Approche bayésienne variationnelle pour l'agrégation de modèles en classification.
auteur
Stevenn Volant, Marie-Laure Martin-Magniette, Stéphane Robin
article
42èmes Journées de Statistique, 2010, Marseille, France, France
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https://hal.inria.fr/inria-00494832/file/p197.pdf BibTex
titre
Modèle linéaire mixte avec segmentation : application à la détection de changements dans les dates de vendanges
auteur
Emilie Lebarbier, Franck Picard, Eva Budinska, Stéphane Robin
article
42èmes Journées de Statistique, 2010, Marseille, France, France
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https://hal.inria.fr/inria-00494861/file/p242.pdf BibTex
titre
Modèles de mélange tronqués pour l'écologie microbienne. Estimation du nombre d'espèces manquantes.
auteur
Sebastien Li-Thiao-Te, Jean-Jacques Daudin, Stéphane Robin, Emilie Lebarbier
article
42èmes Journées de Statistique, 2010, Marseille, France, France
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https://hal.inria.fr/inria-00494719/file/p61.pdf BibTex
titre
Accuracy of Variational Estimates for Random Graph Mixture Models
auteur
Steven Gazal, Jean-Jacques Daudin, Stéphane Robin
article
42èmes Journées de Statistique, 2010, Marseille, France, France
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https://hal.inria.fr/inria-00494740/file/p80.pdf BibTex

Book sections

titre
Exact posterior distributions over the segmentation space and model selection for multiple change-point detection problems
auteur
Guillem Rigaill, Émilie Lebarbier, Stephane Robin
article
Proceedings of COMPSTAT'2010: 19th International Conference on Computational StatisticsParis France, August 22-27, 2010 Keynote, Invited and Contributed Papers, Springer - Verlag, 2010, 978-3-7908-2603-6. ⟨10.1007/978-3-7908-2604-3_57⟩
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2009

Journal articles

titre
Simultaneous occurrences of runs in independent markov chains
auteur
Stephane Robin, V.T. Stefanov
article
Methodology and Computing in Applied Probability, Springer Verlag, 2009, 11 (2), pp.267-275. ⟨10.1007/s11009-008-9093-3 ⟩
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titre
Tailored Aggregation for Classification
auteur
Tristan Mary-Huard, Stephane Robin
article
IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2009, 31 (11), pp.2098-2105. ⟨10.1109/TPAMI.2009.55⟩
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titre
Terminal differentiation of goat mammary tissue during pregnancy requires the expression of genes involved in immune functions
auteur
Felicie Faucon, Emmanuelle Rebours, Claudia Bevilacqua, Jean-Christophe Helbling, Julie Aubert, Samira Makhzami, Sophie Pollet, Stephane Robin, Patrice Martin
article
Physiological Genomics, American Physiological Society, 2009, 40 (1), pp.61-82. ⟨10. 1152/ physiolgenomics. 00032. 2009⟩
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titre
Mélanges gaussiens bidimensionnels pour la comparaison de deux échantillons de chromatine immunoprécipitée
auteur
Caroline Berard, Marie-Laure Martin-Magniette, Alexandra To, François Roudier, Vincent Colot, Stephane Robin
article
Revue Modulad, 2009, pp.53-68
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titre
Transcriptional landscape estimation from tiling array data using a model of signal shift and drift
auteur
Pierre Nicolas, Aurelie Leduc, Stephane Robin, Simon Rasmussen, Hanne Jarmer, Philippe Bessieres
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2009, 25 (18), pp.2341-2347. ⟨10.1093/bioinformatics/btp395⟩
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titre
Kerfdr: a semi-parametric kernel-based approach to local false discovery rate estimation
auteur
Mickaël Guedj, Stephane Robin, Alain Célisse, Grégory Nuel
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2009, 10, pp.1-12. ⟨10.1186/1471-2105-10-84⟩
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titre
Kerfdr: a semi-parametric kernel-based approach to local false discovery rate estimation
auteur
M. Guedj, S. Robin, A. Celisse, Gregory Nuel
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2009, 10, pp.84
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Conference papers

titre
Statistical assessment of chromosomal aberrations at the cohort level: the CGHSeg package
auteur
Franck Picard, Émilie Lebarbier, Baba Thiam, Stephane Robin
article
The 5. R useR Conference, Jul 2009, Rennes, France. 18 p
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titre
A statistical approach to detect chromosomal domains of gene expression
auteur
Tristan Mary-Huard, Émilie Lebarbier, Stephane Robin
article
International Federation of Classification Societies 2009 Conference, Mar 2009, Dresde, Germany. 14 p
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BibTex
titre
Mélange de gaussiennes bidimensionnelles pour l'analyse de données de ChIP-chip IP/IP
auteur
Caroline Bérard, Marie-Laure Martin-Magniette, François Roudier, Stéphane Robin
article
41èmes Journées de Statistique, SFdS, Bordeaux, 2009, Bordeaux, France, France
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https://hal.inria.fr/inria-00386657/file/p98.pdf BibTex
titre
Segmentation de signal et détection d'aberrations chromosomiques
auteur
Stéphane Robin
article
41èmes Journées de Statistique, SFdS, Bordeaux, 2009, Bordeaux, France, France
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https://hal.inria.fr/inria-00386788/file/p228.pdf BibTex
titre
Distribution de l'espace des segmentations
auteur
Guillem Rigaill, Stéphane Robin, Emilie Lebarbier
article
41èmes Journées de Statistique, SFdS, Bordeaux, 2009, Bordeaux, France, France
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https://hal.inria.fr/inria-00386673/file/p113.pdf BibTex

Book sections

titre
How can pattern statistics be useful for DNA motif discovery ?
auteur
Sophie Schbath, Stephane Robin
article
Scan Statistics. Methods and Applications, 28, Birkhäuser Publishing, 2009, Statistics for Industry and Technology, 978-0-8176-4748-3
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2008

Journal articles

titre
The MatP/matS site-specific system organizes the terminus region of the E. coli chromosome into a macrodomain
auteur
Romain Mercier, Marie Agnes Petit, Sophie Schbath, Stephane Robin, Meriem El Karoui, Frédéric Boccard, Olivier Espéli
article
Cell, Elsevier, 2008, 135 (3), pp.475-485. ⟨10.1016/j.cell.2008.08.031 ⟩
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titre
Nonparametric density estimation by exact leave-p-out cross-validation
auteur
Alain Célisse, Stephane Robin
article
Computational Statistics and Data Analysis, Elsevier, 2008, 52 (5), pp.2250-2368. ⟨10.1016/j.csda.2007.10.002 ⟩
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titre
Individual signature in canary songs: contribution of multiple levels of song structure
auteur
Katia Lehongre, Thierry Aubin, Stephane Robin, Catherine del Negro
article
Ethology, Wiley, 2008, 114 (5), pp.425-435. ⟨10.1111/j.1439-0310.2008.01486.x ⟩
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titre
Assessing the exceptionality of network motifs
auteur
Franck Picard, Jean-Jacques Daudin, Michel Koskas, Sophie Schbath, Stephane Robin
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2008, 15 (1), pp.1-20. ⟨10.1089/cmb.2007.0137⟩
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titre
A mixture model for random graphs
auteur
Jean-Jacques Daudin, Franck Picard, Stephane Robin
article
Statistics and Computing, Springer Verlag (Germany), 2008, 18 (2), pp.173-183. ⟨10.1007/s11222-007-9046-7⟩
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titre
ChIPmix: mixture model of regressions for two-color ChIP-chip analysis
auteur
Marie-Laure Magniette, Tristan Mary-Huard, Caroline Berard, Stephane Robin
article
Bioinformatics (Oxford, England), 2008, 24 (16), pp.i181-i186. ⟨10.1093/bioinformatics/btn280⟩
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titre
Transcriptomic analysis of the dialogue between Pseudorabies virus and porcine epithelial cells during infection.
auteur
Laurence Flori, Claire Rogel-Gaillard, Marielle Cochet, Gaetan Lemonnier, Karine Hugot, Patrick Chardon, Stéphane Robin, François Lefèvre
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2008, 9, pp.123. ⟨10.1186/1471-2164-9-123⟩
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https://hal-cea.archives-ouvertes.fr/cea-00307390/file/BMCgenomics-mars2008.pdf BibTex
titre
Amplification biases: possible differences among deviating gene expressions.
auteur
Séverine A Degrelle, Christelle Hennequet-Antier, Hélène Chiapello, Karine Piot-Kaminski, Francois Piumi, Stéphane Robin, Jean-Paul Renard, Isabelle Hue
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2008, 9, pp.46. ⟨10.1186/1471-2164-9-46⟩
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https://hal-cea.archives-ouvertes.fr/cea-00307623/file/BMCgenomics-28janv2008.pdf BibTex

Conference papers

titre
ChIPmix: Mixture model of regressions for two-color ChIP-chip analysis
auteur
Tristan Mary-Huard, Marie-Laure Martin-Magniette, Caroline Berard, Stephane Robin
article
ECCB'08: 7. European Conference on Computational Biology, Sep 2008, Calgari, Italy. 19 p
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titre
Segmentation simultanée de signaux: application aux données de microarray CGH
auteur
Baba Thiam, Stephane Robin, Émilie Lebarbier
article
Congrès conjoint de la Société Statistique du Canada et de la Société Française de Statistique, May 2008, Ottawa, Canada. pp.219
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titre
Expression de gènes de l'immunité dans le tissu mammaire caprin gestant
auteur
Felicie Faucon, Emmanuelle Rebours, Jean-Christophe Helbling, Claudia Bevilacqua, J. Aubert, Marie-Laure Magniette, Stephane Robin, Patrice Martin
article
Journées Scientifiques, Département de Génétique Animale, Apr 2008, Lacanau, France
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2007

Journal articles

titre
Classification of variations of HSA21 gene expression in down syndrome lymphoblastoid cell lines : impact on disease phenotype
auteur
E. Aït Yahya-Graison, Julie Aubert, L. Dauphinot, Isabelle Rivals, Marguerite Prieur, G. Golfier, J. Rossier, L. Personnaz, N Créau, Stephane Robin, J. Delabar, M.C Potier
article
American Journal of Human Genetics, Elsevier (Cell Press), 2007, 81 (3), pp.475-491
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01208111/file/AAD07-AJHM_%7BC3CDA6E5-F1F6-46C7-A1B1-16B213249640%7D.pdf BibTex
titre
Identification of DNA Motifs Implicated in Maintenance of Bacterial Core Genomes by Predictive Modeling
auteur
David Halpern, Helene Chiapello, Sophie Schbath, Stephane Robin, Christelle Hennequet-Antier, Alexandra Gruss, Meriem El Karoui
article
PLoS Genetics, Public Library of Science, 2007, 3 (9), pp.1614-1621;e153. ⟨10.1371/journal.pgen.0030153⟩
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BibTex
titre
Waiting times for clumps of patterns and for structured motifs in random sequences
auteur
V.T. Stefanov, Stephane Robin, Sophie Schbath
article
Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2007, 155 (6-7), pp.868-880. ⟨10.1016/j.dam.2005.07.016⟩
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titre
A penalized criterion for variable selection in classification
auteur
Tristan Mary-Huard, Stephane Robin, Jean-Jacques Daudin
article
Journal of Multivariate Analysis, Elsevier, 2007, 98 (4), pp.695-705. ⟨10.1016/j.jmva.2006.06.003⟩
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titre
A segmentation/clustering model for the analysis of array CGH data
auteur
Franck Picard, Stephane Robin, Émilie Lebarbier, Jean-Jacques Daudin
article
Biometrics, Wiley, 2007, 63 (3), pp.758-766. ⟨10.1111/j.1541-0420.2006.00729.x⟩
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titre
Classification of human chromosome 21 gene-expression variations in down syndrome: Impact on disease phenotypes
auteur
E. Aït Yahya-Graison, Julie Aubert, Stephane Robin, L. Dauphinot, I. Rivals, M. Prieur, G. Golfier, G. Rossier, L. Personnaz, N. Créau, H. Bléhaut, J.M. Delabar, M.C. Potier
article
American Journal of Human Genetics, Elsevier (Cell Press), 2007, 81 (3), pp.475-491. ⟨10.1086/520000⟩
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titre
A semi-parametric approach for mixture models: Application to local false discovery rate estimation
auteur
Stephane Robin, Avner Bar-Hen, Jean-Jacques Daudin, Laurent Pierre
article
Computational Statistics and Data Analysis, Elsevier, 2007, 51 (12), pp.5483-5493. ⟨10.1016/j.csda.2007.02.028⟩
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BibTex
titre
Statistical tests to compare motif count exceptionalities
auteur
Stephane Robin, Sophie Schbath, Vincent Vandewalle
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2007, 8, pp.84. ⟨10.1186/1471-2105-8-84⟩
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Conference papers

titre
Différenciation fonctionnelle de l'épithélium sécrétoire mammaire caprin
auteur
Felicie Faucon, Emmanuelle Rebours, Jean-Christophe Helbling, Claudia Bevilacqua, Marie-Laure Magniette, Stephane Robin, Patrice Martin
article
14. Rencontres Recherches Ruminants, Dec 2007, Paris, France
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BibTex
titre
Assessing the exceptionality of network motifs
auteur
Franck Picard, Jean-Jacques Daudin, Michel Koskas, Sophie Schbath, Stephane Robin
article
JOBIM Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2007, Marseille, France
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BibTex
titre
Statistical tests to compare motif count exceptionalities
auteur
Stephane Robin, Sophie Schbath, Marine Vandewalle
article
JOBIM : Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2007, Marseille, France
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BibTex
titre
A Combined Transcriptomic Approach to Analyse the Dialogue between Pseudorabies Virus and Porcine Cells
auteur
Laurence Flori, Claire Gaillard, Valentina Mariani, Gaëtan Lemonnier, M. Cochet, Karine Hugot, Patrick Chardon, Stephane Robin, Francois Lefèvre
article
International Symposium on Animal Genomics for Animal Health, 2007, Paris, France
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Book sections

titre
DNA microarrays in Plants
auteur
Patrick Doumas, Christophe Rothan, Yves Al-Ghazi, Stephane Robin
article
Functional Plant Genomics, Science Publishers, 2007, 978-1-57808-506-4
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Preprints, Working Papers, ...

titre
A leave-p-out based estimation of the proportion of null hypotheses
auteur
Alain Celisse, Stéphane Robin
article
2007
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00270908/file/pi0estimation.pdf BibTex

2006

Journal articles

titre
Networks motifs: mean and variance for the count
auteur
Catherine Matias, Sophie Schbath, Etienne Birmelé, Jj Daudin, Stéphane Robin
article
Revstat, 2006, 4 (1), pp.31-51
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BibTex
titre
Comparaisons multiples pour les microarrays
auteur
Avner Bar-Hen, Jean-Jacques Daudin, Stephane Robin
article
Journal de la Société Française de Statistique, Société Française de Statistique et Société Mathématique de France, 2006, 146 (1-2), pp.45-62
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2005

Journal articles

titre
VarMixt: efficient variance modelling for the differential analysis of replicated gene expression data
auteur
P. Delmar, S. Robin, Jj Daudin
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2005, 21 (4), pp.502-508. ⟨10.1093/bioinformatics/bti023⟩
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BibTex
titre
Mixture model on the variance for the differential analysis of gene expression data
auteur
P. Delmar, S. Robin, D. Tronik Le Roux, Jj Daudin
article
Journal of the Royal Statistical Society: Series C Applied Statistics, Wiley, 2005, 54, pp.31-50 Part 1. ⟨10.1111/j.1467-9876.2005.00468.x⟩
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BibTex
titre
Checking homogeneity of patterns distribution in heterogeneous sequences
auteur
Sabrina Ledent, Stephane Robin
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2005, 12 (6), pp.672-685
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BibTex
titre
Factors associated with time to neonatal diarrhoea in french beef calves
auteur
Tristan Lorino, Jean-Jacques Daudin, Stephane Robin, Moez Sanaa
article
Preventive Veterinary Medicine, Elsevier, 2005, 68 (2-4), pp.91-102. ⟨10.1016/j.prevetmed.2004.11.013⟩
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BibTex
titre
A statistical approach for array CGH data analysis
auteur
Franck Picard, Stephane Robin, Marc Lavielle, Christian Vaisse, Jean-Jacques Daudin
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2005, 6, ⟨10.1186/1471-2105-6-27⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01222433/file/PRLV05-BMCBioinfo_%7B8B2F568E-BB62-44E3-B8C4-AB6FB0B60C40%7D.pdf BibTex

2004

Journal articles

titre
A Game Theoretical Approach of Price Negotiation and Coordination in an Innovative Firm-Supplier Context: An Experimental Analysis
auteur
Alexis Garapin, Jeanne Duvallet, Stephane Robin, Daniel Llerena
article
International Negotiation, Brill Academic Publishers, 2004, 9 (2), pp.245 - 269. ⟨10.1163/1571806042403045⟩
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BibTex
titre
Comparison of semiparametric regression models for correlated survival data
auteur
Tristan Lorino, Moez Sanaa, Stephane Robin, Jean-Jacques Daudin
article
Communications in Statistics - Simulation and Computation, Taylor & Francis, 2004, 33 (8), pp.1975-1991. ⟨10.1081/STA-120037453⟩
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BibTex
titre
Determination of the regulated genes in microarray experiments using local FDR
auteur
Julie Aubert, Avner Bar-Hen, Jean-Jacques Daudin, Stephane Robin
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2004, 5 (125), ⟨10.1186/1471-2105-5-125⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01208107/file/ABD04-BMCbioinfo_%7B9DDFD831-D8B5-4DC8-A408-D63ACF00B36D%7D.pdf BibTex

Book sections

titre
Techniques statistique pour l’analyse du transcriptome
auteur
Stephane Robin, Marie-Laure Magniette
article
Informatique pour l’analyse du transcriptome, Editions Lavoisier, 320 p., 2004
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BibTex
titre
Analyse du transcriptome végétal pas les puces à ADN
auteur
Stephane Robin, Patrick Doumas, Christophe Rothan
article
La génomique en biologie végétale, Quae éditions, 582 p., 2004, Science Update, 978-2-7380-1167-1
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2003

Journal articles

titre
A procedure for the clustering of cell wall mutants in the model plant arabidopsis based on fourier-transform infrared (FT-IR) spectroscopy
auteur
Stephane Robin, Mannaïg Lecomte, Hermanus Höfte, Gregory Mouille
article
Journal of Applied Statistics, Taylor & Francis (Routledge), 2003, 30 (6), pp.669-681. ⟨10.1080/0266476032000053745⟩
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BibTex
titre
An iterative procedure for differential analysis of gene expression
auteur
Avner Bar-Hen, Stephane Robin
article
Comptes Rendus Mathématique, Elsevier Masson, 2003, 337 (5), pp.343-346. ⟨10.1016/S1631-073X(03)00365-0⟩
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Book sections

titre
Some statistical issues in microarray data analysis
auteur
Stephane Robin
article
Between Data Science And Applied Data Analysis, Springer-Verlag, 2003, Studies in Classification, Data Analysis, and Knowledge Organization, 978-3-642-18991-3
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2002

Journal articles

titre
A compound Poisson model for words occurrences in DNA sequences
auteur
Stephane Robin
article
Journal of the Royal Statistical Society: Series C Applied Statistics, Wiley, 2002, 51 (4), pp.437-451. ⟨10.1111/1467-9876.00279⟩
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BibTex
titre
Back to the local score in the logarithmic case : a direct and simple proof
auteur
Jean-Nöel Bacro, Jean-Jacques Daudin, Sabine Mercier, Stephane Robin
article
Annals of the Institute of Statistical Mathematics, Springer Verlag, 2002, 54, pp.748-757. ⟨10.1023/A:1022407200882⟩
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titre
Back to the local score in the logarithmic case : a direct and simple proof,
auteur
Jean-Noel Bacro, Jean-Jacques Daudin, Sabine Mercier, Stéphane Robin
article
Annals of the Institute of Statistical Mathematics, Springer Verlag, 2002, 54 (4), pp.748-757
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2001

Journal articles

titre
Predicting phenotypic distances using a linear model : the case of varietal distinctness
auteur
Gregory Nuel, Stephane Robin, Claire Baril
article
Journal of Applied Statistics, Taylor & Francis (Routledge), 2001, 28 (5), pp.607-621. ⟨10.1080/02664760120047942⟩
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titre
Exact distribution of the distances between any occurrences of a set of words
auteur
Stephane Robin, Jean-Jacques Daudin
article
Annals of the Institute of Statistical Mathematics, Springer Verlag, 2001, 36 (4), pp.895-905. ⟨10.1023/A:1014633825822⟩
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BibTex
titre
Extracting biological information from dna arrays : an unexpected link between arginine and methionine metabolism in bacillus subtilis
auteur
Agnieszka Sekowska, Stephane Robin, Jean-Jacques Daudin, Alain Hénaut, Antoine Danchin
article
Genome Biology, BioMed Central, 2001, 2 (6), ⟨10.1186/gb-2001-2-6-research0019⟩
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1999

Journal articles

titre
Exact distribution of word occurrences in a random sequence of letters
auteur
Stephane Robin, Jean-Jacques Daudin
article
Journal of Applied Probability, Applied Probability Trust, 1999, 36 (1), pp.179-193
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BibTex
titre
A model for thermograms
auteur
Stephane Robin
article
Biometrics, Wiley, 1999, 55 (1), pp.37-43. ⟨10.1111/j.0006-341X.1999.00037.x⟩
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BibTex