Publications HAL de sarah lemler;paul-henry cournede;maria vakalopoulou;veronique letort;marion carrier;cedric adam;pascal laurent-gengoux

2024

Journal articles

titre
Stochastic modelling of development and biomass allocation: Computation applied to architecture of young mahogany trees (Khaya senegalensis Desr. A. Juss), a native African savannah emblematic agroforestry species
auteur
Beda Innocent Adji, Xiujuan Wang, Véronique Letort, Doffou Sélastique Akaffou, Sylvie-Annabel Sabatier, Mengzhen Kang, Kouadio Henri Kouassi, Yao Sabas Barima, Jérôme Duminil, Marc Jaeger, Philippe de Reffye
article
Computers and Electronics in Agriculture, 2024, 220, pp.108864. ⟨10.1016/j.compag.2024.108864⟩
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titre
Kinetic modelling of biomass fast devolatilization using Py-MS: Model-free and model-based approaches
auteur
Manel NASFi, Marion Carrier, Sylvain Salvador
article
Journal of Analytical and Applied Pyrolysis, 2024, 174, pp.106128. ⟨10.1016/j.jaap.2023.106128⟩
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https://imt-mines-albi.hal.science/hal-04233051/file/2023-Kinetic-modelling-biomass-fast-devolatilization-using-PY-MS-Model-free-Model-based-approaches.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
GHOST: Graph-based Higher-Order Similarity Transformation for Classification
auteur
Enzo Battistella, Maria Vakalopoulou, Nikos Paragios, Eric Deutsch
article
2024
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https://centralesupelec.hal.science/hal-03563705/file/main.pdf BibTex

2023

Journal articles

titre
Increased Cardiac Risk After a Second Malignant Neoplasm Among Childhood Cancer Survivors
auteur
Thibaud Charrier, Nadia Haddy, Boris Schwartz, Neige Journy, Brice Fresneau, Charlotte Demoor-Goldschmidt, Ibrahima Diallo, Aurore Surun, Isabelle Aerts, François Doz, Vincent Souchard, Giao Vu-Bezin, Anne Laprie, Sarah Lemler, Véronique Letort, Carole Rubino, Stéfania Chounta, Florent de Vathaire, Aurélien Latouche, Rodrigue S Allodji
article
JACC: CardioOncology, 2023, 5 (6), pp.792-803. ⟨10.1016/j.jaccao.2023.07.008⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-04424032/file/Thibaud_etal_2023.pdf BibTex
titre
Increased Cardiac Risk After a Second Malignant Neoplasm Among Childhood Cancer Survivors
auteur
Thibaud Charrier, Nadia Haddy, Boris Schwartz, Neige Journy, Brice Fresneau, Charlotte Demoor-Goldschmidt, Ibrahima Diallo, Aurore Surun, Isabelle Aerts, François Doz, Vincent Souchard, Giao Vu-Bezin, Anne Laprie, Sarah Lemler, Véronique Letort, Carole Rubino, Stéfania Chounta, Florent de Vathaire, Aurélien Latouche, Rodrigue S Allodji
article
JACC: CardioOncology, 2023, 5 (6), pp.792-803. ⟨10.1016/j.jaccao.2023.07.008⟩
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https://hal.science/hal-04426758/file/Thibaud_etal_2023.pdf BibTex
titre
Machine learning identifies a profile of inadequate responder to methotrexate in rheumatoid arthritis
auteur
Julien Duquesne, Vincent Bouget, Paul-Henry Cournede, Bruno Fautrel, Francis Guillemin, Pascal de Jong, Judith Heutz, Samuel Bitoun, Marloes Verstappen, Annette van der Helm-van Mil, Xavier Mariette
article
Rheumatology, 2023, 62 (7), pp.2402-2409. ⟨10.1093/rheumatology/keac645⟩
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https://hal.science/hal-03986625/file/3071.pdf BibTex
titre
BR55 Ultrasound Molecular Imaging of Clear Cell Renal Cell Carcinoma Reflects Tumor Vascular Expression of VEGFR-2 in a Patient-Derived Xenograft Model
auteur
Jean Courcier, Ingrid Leguerney, Baya Benatsou, Sibylle Pochon, Isabelle Tardy, Laurence Albiges, Paul-Henry Cournède, Alexandre de la Taille, Nathalie Lassau, Alexandre Ingels
article
International Journal of Molecular Sciences, 2023, 24 (22), pp.16211. ⟨10.3390/ijms242216211⟩
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BibTex
titre
Optimizing IFN Alpha Therapy against Myeloproliferative Neoplasms
auteur
Gurvan Hermange, Paul-Henry Cournède, Isabelle Plo
article
Journal of Pharmacology and Experimental Therapeutics, 2023, 387 (1), pp.31-43. ⟨10.1124/jpet.122.001561⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-04308358/file/optimizing_final.pdf BibTex
titre
A biology-driven deep generative model for cell-type annotation in cytometry
auteur
Quentin Blampey, Nadège Bercovici, Charles-Antoine Dutertre, Isabelle Pic, Joana Mourato Ribeiro, Fabrice André, Paul-Henry Cournède
article
Briefings in Bioinformatics, 2023, 24 (5), ⟨10.1093/bib/bbad260⟩
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https://hal.science/hal-04287005/file/Blampey%202023.pdf BibTex
titre
Trastuzumab deruxtecan in metastatic breast cancer with variable HER2 expression: the phase 2 DAISY trial
auteur
Fernanda Mosele, Elise Deluche, Amelie Lusque, Loïc Le Bescond, Thomas Filleron, Yoann Pradat, Agnes Ducoulombier, Barbara Pistilli, Thomas Bachelot, Frederic Viret, Christelle Levy, Nicolas Signolle, Alexia Alfaro, Diep T N Tran, Ingrid Judith Garberis, Hugues Talbot, Stergios Christodoulidis, Maria Vakalopoulou, Nathalie Droin, Aurelie Stourm, Maki Kobayashi, Tomoya Kakegawa, Ludovic Lacroix, Patrick Saulnier, Bastien Job, Marc Deloger, Marta Jimenez, Celine Mahier, Vianney Baris, Pierre Laplante, Patricia Kannouche, Virginie Marty, Magali Lacroix-Triki, Veronique Diéras, Fabrice André
article
Nature Medicine, 2023, 29 (8), pp.2110 - 2120. ⟨10.1038/s41591-023-02478-2⟩
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https://hal.science/hal-04187928/file/s41591-023-02478-2.pdf BibTex
titre
Rethinking Iconic Species Reforestation in West Africa: Seed Shape Harnessing Is Strategic for Enhanced Germination and Vigorous Growth in Khaya senegalensis and Parkia biglobosa
auteur
Beda Innocent Adji, Véronique Letort, Xiujuan Wang, Mengzhen Kang, Philippe de Reffye, Marc Jaeger, Christian Cilas, Kouadio Henri Kouassi, Jérôme Duminil, Sylvie Sabatier, Doffou Sélastique Akaffou
article
Forests, 2023, 14 (7), pp.1311. ⟨10.3390/f14071311⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04148597/file/adji_etal_forests_2023_14_7.pdf BibTex
titre
Better than RECIST and Faster than iRECIST: Defining the Immunotherapy Progression Decision Score to Better Manage Progressive Tumors on Immunotherapy
auteur
Younes Belkouchi, Hugues Talbot, Nathalie Lassau, Littisha Lawrance, Siham Farhane, Rahma Feki-Mkaouar, Joya Hadchiti, Lama Dawi, Julien Vibert, Paul-Henry Cournède, Clara Cousteix, Camille Mazza, Michele Kind, Antoine Italiano, Aurelien Marabelle, Samy Ammari, Stephane Champiat
article
Clinical Cancer Research, 2023, 29 (8), pp.1528-1534. ⟨10.1158/1078-0432.CCR-22-0890⟩
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titre
Convolutional neural network for automatic detection and characterization of abdominal aortic aneurysm
auteur
Fabien Lareyre, Cédric Adam, Marion Carrier, Juliette Raffort
article
Journal of Vascular Surgery Cases and Innovative Techniques, 2023, 9 (1), pp.101088. ⟨10.1016/j.jvscit.2022.101088⟩
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BibTex
titre
Learn2Reg: Comprehensive Multi-Task Medical Image Registration Challenge, Dataset and Evaluation in the Era of Deep Learning
auteur
Alessa Hering, Lasse Hansen, Tony Mok, Albert Chung, Hanna Siebert, Stephanie Hager, Annkristin Lange, Sven Kuckertz, Stefan Heldmann, Wei Shao, Sulaiman Vesal, Mirabela Rusu, Geoffrey Sonn, Theo Estienne, Maria Vakalopoulou, Luyi Han, Yunzhi Huang, Pew-Thian Yap, Mikael Brudfors, Yael Balbastre, Samuel Joutard, Marc Modat, Gal Lifshitz, Dan Raviv, Jinxin Lv, Qiang Li, Vincent Jaouen, Dimitris Visvikis, Constance Fourcade, Mathieu Rubeaux, Wentao Pan, Zhe Xu, Bailiang Jian, Francesca de Benetti, Marek Wodzinski, Niklas Gunnarsson, Jens Sjolund, Daniel Grzech, Huaqi Qiu, Zeju Li, Alexander Thorley, Jinming Duan, Christoph Grosbrohmer, Andrew Hoopes, Ingerid Reinertsen, Yiming Xiao, Bennett Landman, Yuankai Huo, Keelin Murphy, Nikolas Lessmann, Bram van Ginneken, Adrian Dalca, Mattias Heinrich
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, 2023, 42 (3), pp.697-712. ⟨10.1109/TMI.2022.3213983⟩
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https://arxiv.org/pdf/2112.04489 BibTex
titre
Automatic Detection of Visceral Arterial Aneurysms on Computed Tomography Angiography Using Artificial Intelligence Based Segmentation of the Vascular System
auteur
Fabien Lareyre, Caroline Caradu, Arindam Chaudhuri, Cong Duy Lê, Gilles Di Lorenzo, Cédric Adam, Marion Carrier, Juliette Raffort, Raphaël Coscas, Jérémie Jayet, Raphaël Soler
article
EJVES Vascular Forum, 2023, 59, pp.15-19. ⟨10.1016/j.ejvsvf.2023.05.001⟩
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BibTex
titre
A Monte Carlo-Based Strategy to Assess Complex Kinetics: Application of the Null-Reaction Method to DAEM
auteur
Yaniss Nyffenegger-Pere, Marion Carrier, Simon Eibner, Mouna El-Hafi, Manel NASFi, Abderrahim Sahim
article
Journal of Physical Chemistry A, 2023, 127 (8), pp.1988-1997. ⟨10.1021/acs.jpca.2c06893⟩
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https://imt-mines-albi.hal.science/hal-04001767/file/2023_Yaniss_A-Monte-Carlo-Based-Strategy-to-Assess-Complex-Kinetics-Application-of-the-Null-Reaction-Method-to-DAEM.pdf BibTex
titre
Dosiomics-Based Prediction of Radiation-Induced Valvulopathy after Childhood Cancer
auteur
Stefania Chounta, Rodrigue S. Allodji, Maria Vakalopoulou, Mahmoud Bentriou, Duyen Thi Do, Florent de Vathaire, Ibrahima Sory Diallo, Brice C. Fresneau, Thibaud Charrier, Vincent Zossou, Stergios Christodoulidis, Sarah Lemler, Véronique Letort Le Chevalier
article
Cancers, 2023, 15 (12), ⟨10.3390/cancers15123107⟩
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https://hal.science/hal-04191649/file/cancers-15-03107.pdf BibTex
titre
The risk of valvular heart disease in the French Childhood Cancer Survivors’ Study: Contribution of dose-volume histogram parameters
auteur
Stefania Chounta, Sarah Lemler, Nadia Haddy, Brice Fresneau, Imène Mansouri, Mahmoud Bentriou, Charlotte Demoor-Goldschmidt, Ibrahima Diallo, Vincent Souchard, Thi Duyen Do, Cristina Veres, Aurore Surun, François F. Doz, Damien Llanas, Giao Vu-Bezin, Carolé Rubino, Véronique Letort, Florent de Vathaire, Rodrigue S. Allodji
article
Radiotherapy & Oncology, 2023, 180, ⟨10.1016/j.radonc.2023.109479⟩
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Conference papers

titre
1022MO Predicting overall survival of patients with melanoma and NSCLC treated with immunotherapy using AI combining total tumor volume and tumor heterogeneity on CT-Scans
auteur
Lama Dawi, Samy Ammari, Younes Belkouchi, Joya Hadchiti, L. Lawrance, F. Wirth, Aline Bertin, S. Morer, N. Billet, Corinne Balleyguier, Paul-Henry Cournede, Hugues Talbot, Nathalie Lassau
article
ESMO 2023 - Congress of European Society for Medical Oncology, European Society for Medical Oncology, Oct 2023, Madrid, Spain. pp.S622, ⟨10.1016/j.annonc.2023.09.2161⟩
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BibTex
titre
Prompt-MIL: Boosting Multi-instance Learning Schemes via Task-Specific Prompt Tuning
auteur
Jingwei Zhang, Saarthak Kapse, Ke Ma, Prateek Prasanna, Joel Saltz, Maria Vakalopoulou, Dimitris Samaras
article
MICCAI 2023 - 26th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2023, Vancouver, Canada. pp.624-634, ⟨10.1007/978-3-031-43993-3_60⟩
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https://arxiv.org/pdf/2303.12214 BibTex
titre
Certification of Deep Learning Models for Medical Image Segmentation
auteur
Othmane Laousy, Alexandre Araujo, Guillaume Chassagnon, Nikos Paragios, Marie Pierre Revel, Maria Vakalopoulou
article
MICCAI 2023 - 26th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2023, Vancouver (BC), Canada. pp.611-621, ⟨10.1007/978-3-031-43901-8_58⟩
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https://hal.science/hal-04388114/file/paper2489.pdf BibTex
titre
Structured State Space Models for Multiple Instance Learning in Digital Pathology
auteur
Leo Fillioux, Joseph Boyd, Maria Vakalopoulou, Paul-Henry P.-H. Cournède, Stergios Christodoulidis
article
MICCAI 2023, Oct 2023, Vancouver, Canada. ⟨10.1007/978-3-031-43907-0_57⟩
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https://hal.science/hal-04331431/file/paper3313.pdf BibTex
titre
SAM-Path: A Segment Anything Model for Semantic Segmentation in Digital Pathology
auteur
Jingwei Zhang, Ke Ma, Saarthak Kapse, Joel Saltz, Maria Vakalopoulou, Prateek Prasanna, Dimitris Samaras
article
MICCAI 2023 - Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2023, Vancouver, Canada. pp.161-170, ⟨10.1007/978-3-031-47401-9_16⟩
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https://arxiv.org/pdf/2307.09570 BibTex
titre
On the detection of Out-Of-Distribution samples in Multiple Instance Learning
auteur
Loïc Le Bescond, Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Fabrice Andre, Hugues Talbot
article
Out Of Distribution Generalization in Computer Vision, Oct 2023, Paris, France
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https://hal.science/hal-04337462/file/2309.05528.pdf BibTex
titre
Spatio-Temporal Analysis of Patient-Derived Organoid Videos Using Deep Learning for the Prediction of Drug Efficacy
auteur
Leo Fillioux, Emilie Gontran, Jérôme Cartry, Jacques RR Mathieu, Sabrina Bedja, Alice Boilève, Paul-Henry Cournède, Fanny Jaulin, Stergios Christodoulidis, Maria Vakalopoulou
article
ICCV workshop 2023, Oct 2023, Paris, France
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https://hal.science/hal-04331446/file/iccv_bic_paper.pdf BibTex
titre
Estimation and variable selection in joint models of survival times and longitudinal data
auteur
Antoine Caillebotte, Estelle Kuhn, Sarah Lemler
article
Colloque Jeunes Probabilistes et Statisticiens, Oct 2023, Saint-Pierre d'Oléron, France
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BibTex
titre
Towards Better Certified Segmentation via Diffusion Models
auteur
Othmane Laousy, Alexandre Araujo, Guillaume Chassagnon, Marie-Pierre Revel, Siddharth Garg, Farshad Khorrami, Maria Vakalopoulou
article
UAI 2023 - The 39th Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence -, Jul 2023, Pittsburgh (Pennsylvania), United States. pp.1185-1195
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https://hal.science/hal-04388219/file/laousy_507.pdf BibTex
titre
Efficient preconditioned stochastic gradient descent for estimation in latent variable models
auteur
Charlotte Baey, Maud Delattre, Estelle Kuhn, Jean-Benoist Leger, Sarah Lemler
article
40th International Conference on Machine Learning, Jul 2023, Honolulu, United States
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https://hal.science/hal-04131641/file/main_regular.pdf BibTex
titre
Have Foundational Models Seen Satellite Images?
auteur
Akash Panigrahi, Sagar Verma, Matthieu Terris, Maria Vakalopoulou
article
IGARSS 2023 - International Geoscience and Remote Sensing Symposium, IEEE, Jul 2023, Pasadena, United States
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https://hal.science/hal-04112634/file/IGARSS2023_ZeroShot.pdf BibTex
titre
MEDIMP: 3D Medical Images with clinical Prompts from limited tabular data for renal transplantation
auteur
Leo Milecki, Vicky Kalogeiton, Sylvain Bodard, Dany Anglicheau, Jean-Michel Correas, Marc-Olivier Timsit, Maria Vakalopoulou
article
MIDL 2023 - Medical Imaging with Deep Learning, Jul 2023, Nashville (Tennessee), United States
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https://centralesupelec.hal.science/hal-04040697/file/midl23_85_camera_ready.pdf BibTex
titre
Estimation and variable selection in joint models of survival times and longitudinal data
auteur
Antoine Caillebotte, Estelle Kuhn, Sarah Lemler
article
European Meeting of Statisticians, Bernoulli Society, Jul 2023, Warsaw, Poland
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BibTex
titre
Differentiable Gamma Index-Based Loss Functions: Accelerating Monte-Carlo Radiotherapy Dose Simulation
auteur
Sonia Martinot, Nikos Komodakis, Maria Vakalopoulou, Norbert Bus, Charlotte Robert, Eric Deutsch, Nikos Paragios
article
Information Processing in Medical Imaging, Jun 2023, San Carlos De Bariloche, Argentina. pp.485-496, ⟨10.1007/978-3-031-34048-2_37⟩
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Book sections

titre
Deep learning: basics and convolutional neural networks (CNN)
auteur
Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Ninon Burgos, Olivier Colliot, Vincent Lepetit
article
Olivier Colliot. Machine Learning for Brain Disorders, Springer, 2023, ⟨10.1007/978-1-0716-3195-9_3⟩
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https://hal.science/hal-03957224/file/Chapter03.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Methods for comparing theoretical models parameterized with field data using biological criteria and Sobol analysis
auteur
Léo Lusardi, Eliot André, Irene Castañeda, Sarah Lemler, Pauline Lafitte, Diane Zarzoso-Lacoste, Elsa Bonnaud
article
2023
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https://hal.science/hal-04324767/file/LACLLZB_HAL.pdf BibTex
titre
Estimation and variable selection in a joint model of survival times and longitudinal outcomes with random effects.
auteur
Antoine Caillebotte, Estelle Kuhn, Sarah Lemler
article
2023
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https://hal.inrae.fr/hal-04145010/file/main.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
Assessment of Functional and Nutritional Status and Skeletal Muscle Mass for the Prognosis of Critically Ill Solid Cancer Patients
auteur
Clara Vigneron, Othmane Laousy, Guillaume Chassagnon, Maria Vakalopoulou, Julien Charpentier, Jérôme Alexandre, Matthieu Jamme, Frédéric Pène
article
Cancers, 2022, 14 (23), pp.5870. ⟨10.3390/cancers14235870⟩
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https://hal.science/hal-03939202/file/cancers-14-05870.pdf BibTex
titre
Artificial intelligence in lung cancer: current applications and perspectives
auteur
Guillaume Chassagnon, Constance de Margerie-Mellon, Maria Vakalopoulou, Rafael Marini, Trieu-Nghi Hoang-Thi, Marie-Pierre Revel, Philippe Soyer
article
Japanese Journal of Radiology, 2022, 41, ⟨10.1007/s11604-022-01359-x⟩
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https://hal.science/hal-03939209/file/s11604-022-01359-x.pdf BibTex
titre
Inferring the initiation and development of myeloproliferative neoplasms
auteur
Gurvan Hermange, Alicia Rakotonirainy, Mahmoud Bentriou, Amandine Tisserand, Mira El-Khoury, François Girodon, Christophe Marzac, William Vainchenker, Isabelle Plo, Paul-Henry Cournède
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022, 119 (37), ⟨10.1073/pnas.2120374119⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-03844872/file/PNAS22.pdf BibTex
titre
Diversity of approaches in artificial intelligence: an opportunity for discoveries in thoracic imaging
auteur
Guillaume Chassagnon, Alienor Campredon, Maria Vakalopoulou, Pierre-Régis Burgel
article
European Respiratory Journal, 2022, 60 (1), pp.2200022. ⟨10.1183/13993003.00022-2022⟩
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BibTex
titre
Bibliometric Analysis on Artificial Intelligence and Machine Learning in Vascular Surgery
auteur
Fabien Lareyre, Cong Duy Lê, Cédric Adam, Marion Carrier, Juliette Raffort
article
Annals of Vascular Surgery, 2022, ⟨10.1016/j.avsg.2022.06.002⟩
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BibTex
titre
Applications of artificial intelligence for patients with peripheral artery disease
auteur
Fabien Lareyre, Christian-Alexander Behrendt, Arindam Chaudhuri, Regent Lee, Marion Carrier, Cédric Adam, Cong Duy Lê, Juliette Raffort
article
Journal of Vascular Surgery, 2022, ⟨10.1016/j.jvs.2022.07.160⟩
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BibTex
titre
Neuronal Network Inference and Membrane Potential Model using Multivariate Hawkes Processes
auteur
Anna Bonnet, Charlotte Dion, François Gindraud, Sarah Lemler
article
Journal of Neuroscience Methods, 2022, 372, pp.109550. ⟨10.1016/j.jneumeth.2022.109550⟩
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https://hal.science/hal-03309709/file/articleneuro.pdf BibTex
titre
Prediction of Early Response to Immunotherapy: DCE-US as a New Biomarker
auteur
Raphael Naccache, Younes Belkouchi, Littisha Lawrance, Baya Benatsou, Joya Hadchiti, Paul-Henry Cournede, Samy Ammari, Hugues Talbot, Nathalie Lassau
article
Cancers, 2022, 14 (5), pp.1337. ⟨10.3390/cancers14051337⟩
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https://hal.science/hal-03792594/file/cancers-14-01337.pdf BibTex
titre
Automatic Measurement of Vascular Calcifications in Patients with Aorto-Iliac Occlusive Disease to Predict the Risk of Re-intervention After Endovascular Repair
auteur
Lucas Guidi, Fabien Lareyre, Arindam Chaudhuri, Cong Duy Lê, Cédric Adam, Marion Carrier, Réda Hassen-Khodja, Elixène Jean-Baptiste, Juliette Raffort
article
Annals of Vascular Surgery, 2022, ⟨10.1016/j.avsg.2022.02.013⟩
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BibTex
titre
The Architectural Unit Setting up and Architectural Characteristics of Néré, Parkia biglobosa, Jack, R. Br. (Fabaceae)
auteur
Beda Innocent Adji, Doffou Sélastique Akaffou, Véronique Letort, Mengzhen Kang, Xiujuan Wang, Marc Jaeger, Philippe de Reffye, Kouadio Henri Kouassi, Yao Patrice Houphouet, Jerôme Duminil, Yves Caraglio, Sylvie-Annabel Sabatier
article
American Journal of Plant Sciences, 2022, 13 (1), pp.109 - 136. ⟨10.4236/ajps.2022.131008⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03546796/file/Adji_etal_American_J_Plant_Sci_2022_13_1.pdf BibTex
titre
Applications of Artificial Intelligence in Non-cardiac Vascular Diseases: A Bibliographic Analysis
auteur
Fabien Lareyre, Cong Duy Lê, Ali Ballaith, Cédric Adam, Marion Carrier, Samantha Amrani, Caroline Caradu, Juliette Raffort
article
Angiology, 2022, pp.000331972110622. ⟨10.1177/00033197211062280⟩
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BibTex
titre
Automatic Segmentation of Maximum Aortic Diameter to Standardize Methods of Measurements on Computed Tomography Angiography
auteur
Fabien Lareyre, Cong Duy Lê, Cédric Adam, Marion Carrier, Juliette Raffort
article
Annals of Vascular Surgery, 2022, ⟨10.1016/j.avsg.2022.01.001⟩
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BibTex
titre
Reconsidering the potential of micropyrolyzer to investigate biomass fast pyrolysis without heat transfer limitations
auteur
Manel Nasfi, Marion Carrier, Sylvain Salvador
article
Journal of Analytical and Applied Pyrolysis, 2022, 165, pp.105582. ⟨10.1016/j.jaap.2022.105582⟩
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https://imt-mines-albi.hal.science/hal-03712702/file/2022_Reconsidering-the-potential-of-micropyrolyzer-to-investigate-biomass-fast-pyrolysis-without-heat-transfer-limitations.pdf BibTex
titre
Lumped chemical kinetic modelling of raw and torrefied biomass under pressurized pyrolysis
auteur
Saartjie Gouws, Marion Carrier, John Reginald Bunt, Hein W.J.P. Neomagus
article
Energy Conversion and Management, 2022, 253, pp.115199. ⟨10.1016/j.enconman.2021.115199⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://imt-mines-albi.hal.science/hal-03529219/file/2022_Lumped-chemical-kinetic-modelling%20%281%29.pdf BibTex
titre
On the nonparametric inference of coefficients of self-exciting jump-diffusion
auteur
Chiara Amorino, Charlotte Dion, Arnaud Gloter, Sarah Lemler
article
Electronic Journal of Statistics , 2022, 16, ⟨10.1214/22-EJS2019⟩
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https://hal.science/hal-03021151/file/main-revision.pdf BibTex
titre
Co-pyrolysis of torrefied biomass and coal: Effect of pressure on synergistic reactions
auteur
Saartjie M Gouws, Marion Carrier, John R Bunt, Hein W J P Neomagus
article
Journal of Analytical and Applied Pyrolysis, 2022, 161, pp.105363. ⟨10.1016/j.jaap.2021.105363⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://imt-mines-albi.hal.science/hal-03461257/file/Co-pyrolysis-of-torrefied-biomass.pdf BibTex

Conference papers

titre
Hyper-AdaC: Adaptive clustering-based hypergraph representation of whole slide images for survival analysis
auteur
Hakim Benkirane, Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Ingrid-Judith Garberis, Stefan Michiels, Paul-Henry Cournède
article
ML4H 2022 - Machine Learning for Health, Nov 2022, New Orelans, France. pp.405-418
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https://hal.science/hal-04330534/file/benkirane22a.pdf BibTex
titre
Increased Cardiac Risk After a Second Malignant Neoplasm Among Childhood Cancer Survivors, a FCCSS Study
auteur
Thibaud Charrier, Nadia Haddy, Boris Schwartz, Neige Journy, Brice Fresneau, Charlotte Demoor-Goldschmidt, Ibrahima Diallo, Aurore Surun, Isabelle Aerts, François Doz, Vincent Souchard, Giao Vu-Bezin, Anne Laprie, Sarah Lemler, Véronique Letort, Carole Rubino, Stéfania Chounta, Florent De Vathaire, Aurélien Latouche, Rodrigue S. Allodji
article
Les Journées de Biostatistiques, Groupe de Recherche « Statistique et Santé »; Société Française de Biométrie; groupe « Biopharmacie & Santé » de la Société Française de Statistique, Nov 2022, Rennes, France
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titre
Region-Guided CycleGANs for Stain Transfer in Whole Slide Images
auteur
Joseph Boyd, Irène Villa, Marie-Christine Mathieu, Eric Deutsch, Nikos Paragios, Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis
article
MICCAI 2022 - 25th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2022, Singapore, Singapore. pp.356-365, ⟨10.1007/978-3-031-16434-7_35⟩
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https://hal.science/hal-03939229/file/MICCAI2022.pdf BibTex
titre
Unsupervised Nuclei Segmentation using Spatial Organization Priors
auteur
Loïc Le Bescond, Marvin Lerousseau, Ingrid Garberis, Fabrice André, Stergios Christodoulidis, Maria Vakalopoulou, Hugues Talbot
article
MICCAI 2022 - 25th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2022, Singapore, Singapore. pp.325-335
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https://hal.science/hal-03644463/file/paper2097.pdf BibTex
titre
Contrastive Masked Transformers for Forecasting Renal Transplant Function
auteur
Leo Milecki, Vicky Kalogeiton, Sylvain Bodard, Dany Anglicheau, Jean-Michel Correas, Marc-Olivier Timsit, Maria Vakalopoulou
article
MICCAI 2022 - 25th International Confernce on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2022, Singapore, Singapore. pp 244-254
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https://hal.science/hal-03738395/file/paper1582.pdf BibTex
titre
Gigapixel Whole-Slide Images Classification Using Locally Supervised Learning
auteur
Jingwei Zhang, Xin Zhang, Ke Ma, Rajarsi Gupta, Joel Saltz, Maria Vakalopoulou, Dimitris Samaras
article
MICCAI 2022 - 25th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Locally supervised learning; Whole slide image; Multiple instance learning; Classification, Sep 2022, Singapore, Singapore. pp.192-201, ⟨10.1007/978-3-031-16434-7_19⟩
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https://arxiv.org/pdf/2207.08267 BibTex
titre
Contrastive Masked Transformers for Forecasting Renal Transplant Function
auteur
Leo Milecki, Vicky Kalogeiton, Sylvain Bodard, Dany Anglicheau, Jean-Michel Correas, Marc-Olivier Timsit, Maria Vakalopoulou
article
Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2022, Singapore, Singapore. pp.244-254, ⟨10.1007/978-3-031-16449-1_24⟩
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BibTex
titre
How to efficiently handle 300 projects on Model Representations and Analysis?
auteur
Cristina Stoica Maniu, Véronique Letort, Guillaume Sandou, Hugo Lhachemi, Stéphane Font, Cristina Vlad
article
13th Symposium on Advances in Control Education, Jul 2022, Hamburg Bergedorf, Germany. ⟨10.1016/j.ifacol.2022.09.291⟩
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https://hal.science/hal-03771236/file/ACE22_HAL.pdf BibTex
titre
Constrative Learning for Kidney Transplant Analysis using MRI data and Deep Convolutional Networks
auteur
Leo Milecki, Vicky Kalogeiton, Sylvain Bodard, Jean-Michel Correas, Marc-Olivier Timsit, Maria Vakalopoulou
article
Medical Imaging with Deep Learning 2022, Jul 2022, Zürich, Switzerland
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https://hal.science/hal-04528420/file/89_constrative_learning_for_kidne.pdf BibTex

Book sections

titre
Approximate Bayesian Inference using the Mean-Field Distribution
auteur
Antonin Della Noce, Paul-Henry Cournède
article
Data Analysis and Related Applications 1: Computational, Algorithmic and Applied Economic Data Analysis, Volume 9, 1, Wiley, 2022, 9781394165513. ⟨10.1002/9781394165513.ch24⟩
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2021

Journal articles

titre
Automatic measurement of maximal diameter of abdominal aortic aneurysm on computed tomography angiography using artificial intelligence
auteur
Fabien Lareyre, Arindam Chaudhuri, Violaine Flory, Emmanuel Augène, Cédric Adam, Marion Carrier, Samantha Amrani, Julien Chikande, Cong Duy Lê, Juliette Raffort
article
Annals of vascular surgery, 2021, ⟨10.1016/j.avsg.2021.12.008⟩
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titre
COMBING: Clustering in Oncology for Mathematical and Biological Identification of Novel Gene Signatures
auteur
Enzo Battistella, Maria Vakalopoulou, Roger Sun, Théo Estienne, Marvin Lerousseau, Sergey Nikolaev, Émilie Alvarez Andres, Alexandre Carré, Stéphane Niyoteka, Charlotte Robert, Nikos Paragios, Emilie Alvarez Andres, Eric Deutsch
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2021, pp.1-1. ⟨10.1109/TCBB.2021.3123910⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-03530265/file/IEEE_transactions_on_bio_Hal.pdf BibTex
titre
Automaton-ABC: A statistical method to estimate the probability of spatio-temporal properties for parametric Markov population models
auteur
Mahmoud Bentriou, Paolo Ballarini, Paul-Henry Cournède
article
Theoretical Computer Science, 2021, 893, pp.191-219. ⟨10.1016/j.tcs.2021.09.039⟩
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titre
Deep learning for lung disease segmentation on CT: Which reconstruction kernel should be used?
auteur
Trieu-Nghi Hoang-Thi, Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel, Guillaume Chassagnon
article
Diagnostic and Interventional Imaging, 2021, 102 (11), pp.691-695. ⟨10.1016/j.diii.2021.10.001⟩
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https://hal.science/hal-03539082/file/S2211568421002254.pdf BibTex
titre
Automatic Measurement of Abdominal Aortic Aneurysm Maximum Diameter Using Artificial Intelligence
auteur
Fabien Lareyre, Cédric Adam, Juliette Raffort
article
European Journal of Vascular and Endovascular Surgery, 2021, ⟨10.1016/j.ejvs.2021.10.053⟩
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BibTex
titre
Using chest CT scan and unsupervised machine learning for predicting and evaluating response to lumacaftor-ivacaftor in people with cystic fibrosis
auteur
Alienor Campredon, Enzo Battistella, Clémence Martin, Isabelle Durieu, Laurent Mely, Christophe Marguet, Chantal Belleguic, Marlène Murris-Espin, Raphaël Chiron, Annlyse Fanton, Stéphanie Bui, Martine Reynaud-Gaubert, Philippe Reix, Trieu-Nghi Hoang-Thi, Maria Vakalopoulou, Marie-Pierre Revel, Jennifer da Silva, Pierre-Régis Burgel, Guillaume Chassagnon
article
European Respiratory Journal, 2021, pp.2101344. ⟨10.1183/13993003.01344-2021⟩
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BibTex
titre
Automated Segmentation of the Human Abdominal Vascular System Using a Hybrid Approach Combining Expert System and Supervised Deep Learning
auteur
Fabien Lareyre, Cédric Adam, Marion Carrier, Juliette Raffort
article
Journal of Clinical Medicine, 2021, 10 (15), pp.3347. ⟨10.3390/jcm10153347⟩
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titre
Applications of Head-Mounted Displays and Smart Glasses in Vascular Surgery
auteur
Fabien Lareyre, Arindam Chaudhuri, Cédric Adam, Marion Carrier, Claude Mialhe, Juliette Raffort
article
Annals of Vascular Surgery, 2021, pp.497-512. ⟨10.1016/j.avsg.2021.02.033⟩
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https://hal.science/hal-03362909/file/S0890509621002521.pdf BibTex
titre
Artificial intelligence and automatic segmentation of abdominal aortic aneurysm: Past, present, and future
auteur
Fabien Lareyre, Cédric Adam, Marion Carrier, Juliette Raffort
article
Journal of Vascular Surgery, 2021, pp.347-348. ⟨10.1016/j.jvs.2021.01.073⟩
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BibTex
titre
Unsupervised Multistep Deformable Registration of Remote Sensing Imagery Based on Deep Learning
auteur
Maria Papadomanolaki, Stergios Christodoulidis, Konstantinos Karantzalos, Maria Vakalopoulou
article
Remote Sensing, 2021, 13 (7), ⟨10.3390/rs13071294⟩
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https://inria.hal.science/hal-03538150/file/remotesensing-13-01294.pdf BibTex
titre
Exponential ergodicity for diffusions with jumps driven by a Hawkes process
auteur
Charlotte Dion, Sarah Lemler, Eva Löcherbach
article
Theory of Probability and Mathematical Statistics, 2021, ⟨10.1090/tpms/1129⟩
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https://hal.science/hal-02094514/file/Finalversion-article-proba-19-12-2019.pdf BibTex
titre
A Deep Multi-Task Learning Framework Coupling Semantic Segmentation and Fully Convolutional LSTM Networks for Urban Change Detection
auteur
Maria Papadomanolaki, Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karantzalos
article
IEEE Transactions on Geoscience and Remote Sensing, 2021, ⟨10.1109/TGRS.2021.3055584⟩
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https://inria.hal.science/hal-03140492/file/IEEE_Transactions_on_Geoscience_and_Remote_Sensing.pdf BibTex
titre
AI-driven quantification, staging and outcome prediction of COVID-19 pneumonia
auteur
Guillaume Chassagnon, Maria Vakalopoulou, Enzo Battistella, Stergios Christodoulidis, Trieu-Nghi Hoang-Thi, Severine Dangeard, Eric Deutsch, Fabrice Andre, Enora Guillo, Nara Halm, Stefany El Hajj, Florian Bompard, Sophie Neveu, Chahinez Hani, Ines Saab, Aliénor Campredon, Hasmik Koulakian, Souhail Bennani, Gael Freche, Maxime Barat, Aurelien Lombard, Laure Fournier, Hippolyte Monnier, Téodor Grand, Jules Gregory, Yann Nguyen, Antoine Khalil, Elyas Mahdjoub, Pierre-Yves Brillet, Stéphane Tran Ba, Valérie Bousson, Ahmed Mekki, Robert-Yves Carlier, Marie-Pierre Revel, Nikos Paragios
article
Medical Image Analysis, 2021, 67, pp.101860. ⟨10.1016/j.media.2020.101860⟩
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https://hal.science/hal-03133234/file/S1361841520302243.pdf BibTex
titre
Elastic Registration–driven Deep Learning for Longitudinal Assessment of Systemic Sclerosis Interstitial Lung Disease at CT
auteur
Guillaume Chassagnon, Maria Vakalopoulou, Alexis Régent, Mihir Sahasrabudhe, Rafael Marini, Trieu-Nghi Hoang-Thi, Anh-Tuan Dinh-Xuan, Bertrand Dunogué, Luc Mouthon, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel
article
Radiology, 2021, 298 (1), pp.189-198. ⟨10.1148/radiol.2020200319⟩
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BibTex
titre
Co-pyrolysis of coal and raw/torrefied biomass: A review on chemistry, kinetics and implementation
auteur
Saartjie M. Gouws, Marion Carrier, John Reginald Bunt, Hein W.J.P. Neomagus
article
Renewable and Sustainable Energy Reviews, 2021, 135, pp.1-24/110189. ⟨10.1016/j.rser.2020.110189⟩
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https://imt-mines-albi.hal.science/hal-02927962/file/Co-pyrolysis-of-coal-and-raw-torrefied-biomass-A-review-on-chemistry-kinetics-and-implementation.pdf BibTex
titre
Two decades of research with the GreenLab model in Agronomy
auteur
Philippe de Reffye, Baogang Hu, Mengzhen Kang, Véronique Letort, Marc Jaeger
article
Annals of Botany, 2021, 127 (3), pp.281-295. ⟨10.1093/aob/mcaa172⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02950606/file/mcaa172.pdf BibTex

Conference papers

titre
Self-Supervised Representation Learning using Visual Field Expansion on Digital Pathology
auteur
Joseph Boyd, Mykola Liashuha, Eric Deutsch, Nikos Paragios, Stergios Christodoulidis, Maria Vakalopoulou
article
2021 IEEE/CVF International Conference on Computer Vision Workshops (ICCVW), Oct 2021, Montreal, Canada. pp.639-647, ⟨10.1109/ICCVW54120.2021.00077⟩
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BibTex
titre
Weakly Supervised Pan-Cancer Segmentation Tool
auteur
Marvin Lerousseau, Marion Classe, Enzo Battistella, Théo Estienne, Théophraste Henry, Amaury Leroy, Roger Sun, Maria Vakalopoulou, Jean-Yves Scoazec, Eric Deutsch, Nikos Paragios
article
Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2021, Stansbroug, France. pp.248-256, ⟨10.1007/978-3-030-87237-3_24⟩
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BibTex
titre
Deep Reinforcement Learning for L3 Slice Localization in Sarcopenia Assessment
auteur
Othmane Laousy, Guillaume Chassagnon, Edouard Oyallon, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel, Maria Vakalopoulou
article
Machine Learning in Medical Imaging @MICCAI, Sep 2021, Strasbourg, France. pp.317-326, ⟨10.1007/978-3-030-87589-3_33⟩
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https://hal.science/hal-03532954/file/MLMI_2021_camera_ready.pdf BibTex
titre
Exploring Deep Registration Latent Spaces
auteur
Théo Estienne, Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Enzo Battistella, Théophraste Henry, Marvin Lerousseau, Amaury Leroy, Guillaume Chassagnon, Marie-Pierre Revel, Nikos Paragios, Eric Deutsch
article
DART in MICCAI 2021, the 24th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Sep 2021, Strasbourg, France. pp.112-122, ⟨10.1007/978-3-030-87722-4_11⟩
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https://hal.science/hal-03524105/file/arxiv_submission.pdf BibTex
titre
SparseConvMIL: Sparse Convolutional Context-Aware Multiple Instance Learning for Whole Slide Image Classification
auteur
Marvin Lerousseau, Maria Vakalopoulou, Eric Deutsch, Nikos Paragios
article
Machine Learning Research 156, Sep 2021, Strasbourg, France
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https://arxiv.org/pdf/2105.02726 BibTex
titre
Me-NDT: Neural-backed Decision Tree for visual Explainability of deep Medical models
auteur
Guanghui Fu, Ruiqian Wang, Jianqiang Li, Maria Vakalopoulou, Vicky Kalogeiton
article
Medical Imaging with Deep Learning 2021, Jul 2021, Lübeck (virtual), Germany
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https://polytechnique.hal.science/hal-03353559/file/MIDL_2021_MeNDT_NeuralBackedDecisionTree.pdf BibTex
titre
A Joint Spatial and Magnification Based Attention Framework for Large Scale Histopathology Classification
auteur
Jingwei Zhang, Ke Ma, John van Arman, Rajarsi Gupta, Joel Saltz, Maria Vakalopoulou, Dimitris Samaras
article
CVMI, Jun 2021, Nashville, United States. ⟨10.1109/CVPRW53098.2021.00418⟩
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BibTex
titre
Biomass fast pyrolysis: Chemistry and thermodynamics
auteur
Marion Carrier, Manel Nasfi, Malek Ajam, Laurent Cassayre, Sylvain Salvador
article
EGU21 - EGU General Assembly 2021, Apr 2021, Online, Germany. 2 p., ⟨10.5194/egusphere-egu21-2878⟩
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https://imt-mines-albi.hal.science/hal-03197332/file/Biomass-fast-pyrolysis-Chemistry-and-thermodynamics.pdf BibTex
titre
3D Unsupervised Kidney Graft Segmentation Based on Deep Learning and Multi-Sequence MRI
auteur
Leo Milecki, Sylvain Bodard, Jean-Michel Correas, Marc-Olivier Timsit, Maria Vakalopoulou
article
IEEE ISBI 2021 - International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2021, Nice / Virtual, France
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https://hal.science/hal-03141528/file/ISBI21__home_papercept_embs.papercept.net_www_conferences_conferences_ISBI21_submissions_0601_FI.pdf BibTex

Book sections

titre
Deep Learning for the Earth Sciences
auteur
Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Mihir Sahasrabudhe, Nikos Paragios
article
Deep Learning for the Earth Sciences: A Comprehensive Approach to Remote Sensing, Climate Science, and Geosciences, 1, Wiley, 2021, ⟨10.1002/9781119646181.ch9⟩
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BibTex
titre
Neural Networks to Predict Survival from RNA-seq Data in Oncology
auteur
Mathilde Sautreuil, Sarah Lemler, Paul-Henry P.-H. Cournède
article
Computational Methods in Systems Biology, pp.122-140, 2021, ⟨10.1007/978-3-030-85633-5_8⟩
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https://arxiv.org/pdf/2105.08338 BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Neural networks to predict survival from RNA-seq data in oncology
auteur
Mathilde Sautreuil, Sarah Lemler, Paul-Henry P.-H. Cournède
article
2021
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https://centralesupelec.hal.science/hal-03224492/file/paper_2021.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
Radiomics to predict outcomes and abscopal response of patients with cancer treated with immunotherapy combined with radiotherapy using a validated signature of CD8 cells
auteur
Roger Sun, Nora Sundahl, Markus Hecht, Florian Putz, Andrea Lancia, Angela Rouyar, Marina Milic, Alexandre Carré, Enzo Battistella, Emilie Alvarez Andres, Stéphane Niyoteka, Edouard Romano, Guillaume Louvel, Jérôme Durand-Labrunie, Sophie Bockel, Rastilav Bahleda, Charlotte Robert, Celine Boutros, Maria Vakalopoulou, Nikos Paragios, Benjamin Frey, Jean-Charles Soria, Christophe Massard, Charles Ferté, Rainer Fietkau, Piet Ost, Udo Gaipl, Eric Deutsch
article
Journal for Immunotherapy of Cancer, 2020, 8 (2), pp.e001429. ⟨10.1136/jitc-2020-001429⟩
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BibTex
titre
Dosimetry-Driven Quality Measure of Brain Pseudo Computed Tomography Generated From Deep Learning for MRI-Only Radiation Therapy Treatment Planning
auteur
Emilie Alvarez Andres, Lucas Fidon, Maria Vakalopoulou, Marvin Lerousseau, Alexandre Carré, Roger Sun, Guillaume Klausner, Samy Ammari, Nathan Benzazon, Sylvain Reuzé, Théo Estienne, Stéphane Niyoteka, Enzo Battistella, Angéla Rouyar, Georges Noël, Anne Beaudre, Frédéric Dhermain, Eric Deutsch, Nikos Paragios, Charlotte Robert
article
International Journal of Radiation Oncology, Biology, Physics, 2020, 108 (3), pp.813-823. ⟨10.1016/j.ijrobp.2020.05.006⟩
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BibTex
titre
Internal trophic pressure, a regulator of plant development? Insights from a stochastic functional–structural plant growth model applied to Coffea trees
auteur
Véronique Letort, Sylvie Sabatier, Michelle Pamelas Okoma, Marc Jaeger, Philippe de Reffye
article
Annals of Botany, 2020, 126 (4), pp.687-699. ⟨10.1093/aob/mcaa023⟩
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BibTex
titre
Artificial Intelligence in Vascular Surgery: Moving from Big Data to Smart Data
auteur
Fabien Lareyre, Cédric Adam, Marion Carrier, Juliette Raffort
article
Annals of Vascular Surgery, 2020, 67, pp.e575-e576. ⟨10.1016/j.avsg.2020.04.022⟩
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BibTex
titre
Using Digital Twins for Precision Medicine in Vascular Surgery
auteur
Fabien Lareyre, Cédric Adam, Marion Carrier, Juliette Raffort
article
Annals of Vascular Surgery, 2020, 67, pp.e577-e578. ⟨10.1016/j.avsg.2020.04.042⟩
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BibTex
titre
Virtual assistants for vascular surgeons
auteur
Fabien Lareyre, Cédric Adam, Marion Carrier, Juliette Raffort
article
Journal of Vascular Surgery, 2020, 72 (2), pp.772-773. ⟨10.1016/j.jvs.2019.12.028⟩
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BibTex
titre
Standardization of brain MR images across machines and protocols: bridging the gap for MRI-based radiomics
auteur
Alexandre Carré, Guillaume Klausner, Myriam Edjlali, Marvin Lerousseau, Jade Briend-Diop, Roger Sun, Samy Ammari, Sylvain Reuzé, Emilie Alvarez Andres, Théo Estienne, Stéphane Niyoteka, Enzo Battistella, Maria Vakalopoulou, Frédéric Dhermain, Nikos Paragios, Eric Deutsch, Catherine Oppenheim, Johan Pallud, Charlotte Robert
article
Scientific Reports, 2020, 10 (1), pp.12340. ⟨10.1038/s41598-020-69298-z⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-02943189/file/s41598-020-69298-z.pdf BibTex
titre
Comprehensive landscape of immune-checkpoints uncovered in clear cell renal cell carcinoma reveals new and emerging therapeutic targets.
auteur
Diana Tronik-Le Roux, Mathilde Sautreuil, Mahmoud Bentriou, Jérôme Verine, Maria Belén Palma, Marina Daouya, Fatiha Bouhidel, Sarah Lemler, Joel Lemaoult, François Desgrandchamps, Paul-Henry Cournède, Edgardo D. Carosella
article
Cancer Immunology, Immunotherapy, 2020, 69 (7), pp.1237-1252. ⟨10.1007/s00262-020-02530-x⟩
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BibTex
titre
Deep Learning–based Approach for Automated Assessment of Interstitial Lung Disease in Systemic Sclerosis on CT Images
auteur
Guillaume Chassagnon, Maria Vakalopoulou, Alexis Régent, Evangelia Zacharaki, Galit Aviram, Charlotte Martin, Rafael Marini, Norbert Bus, Naïm Jerjir, Arsène Mekinian, Thông Hua-Huy, Laurence Monnier-Cholley, Nouria Benmostefa, Luc Mouthon, Anh-Tuan Dinh-Xuan, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel
article
Radiology: Artificial Intelligence, 2020, 2 (4), pp.e190006. ⟨10.1148/ryai.2020190006⟩
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BibTex
titre
Nonparametric drift estimation for diffusions with jumps driven by a Hawkes process
auteur
Charlotte Dion, Sarah Lemler
article
Statistical Inference for Stochastic Processes, 2020, ⟨10.1007/s11203-020-09213-5⟩
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https://hal.science/hal-02094627/file/Final.pdf BibTex
titre
Prediction of Abdominal Aortic Aneurysm Growth and Risk of Rupture in the Era of Machine Learning
auteur
Fabien Lareyre, Cédric Adam, Marion Carrier, Juliette Raffort
article
Angiology, 2020, 71 (8), pp.767-767. ⟨10.1177/0003319720916300⟩
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BibTex
titre
Deep Learning-Based Concurrent Brain Registration and Tumor Segmentation
auteur
Théo Estienne, Marvin Lerousseau, Maria Vakalopoulou, Emilie Alvarez Andres, Enzo Battistella, Alexandre Carré, Siddhartha Chandra, Stergios Christodoulidis, Mihir Sahasrabudhe, Roger Sun, Charlotte Robert, Hugues Talbot, Nikos Paragios, Eric Deutsch
article
Frontiers in Computational Neuroscience, 2020, Multimodal Brain Tumor Segmentation and Beyond, ⟨10.3389/fncom.2020.00017⟩
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https://hal.science/hal-02974826/file/Frontiers%281%29.pdf BibTex
titre
Artificial intelligence applications for thoracic imaging
auteur
Guillaume Chassagnon, Maria Vakalopoulou, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel
article
European Journal of Radiology, 2020, 123, pp.108774. ⟨10.1016/j.ejrad.2019.108774⟩
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BibTex
titre
Fast pyrolysis of hemicelluloses into short-chain acids: An investigation on concerted mechanisms
auteur
Marion Carrier, René Fournet, Baptiste Sirjean, Samuel Amsbury, Yoselin Benitez-Alfonso, Pierre-Yves Pontalier, Anthony Bridgwater
article
Energy & Fuels, 2020, 34 (11), pp.14232-14248. ⟨10.1021/acs.energyfuels.0c02901⟩
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https://imt-mines-albi.hal.science/hal-02952179/file/2020_Fast-pyrolysis-of-hemicelluloses-into-short-chain-acids-An-investigation-on-concerted-mechanisms.pdf BibTex
titre
Phenotypic diversity assessment wihin a major ex situ collection of coffees in Madagascar
auteur
Aurore Rimlinger, Nathalie Raharimalala, Véronique Letort, Jean-Jacques Rakotomalala, Dominique Crouzillat, Romain Guyot, Perla Hamon, Sylvie Sabatier
article
Annals of Botany, 2020, 126 (5), pp.849-863. ⟨10.1093/aob/mcaa073⟩
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https://hal.science/hal-03167205/file/artfloraison-31janvier2020.pdf BibTex
titre
Identifying clusters of health risk behaviors and their predictors in adult survivors of childhood cancer: A report from the French Childhood Cancer Survivor Study
auteur
Sandrine Pinto, Brice C. Fresneau, Hubert C. Hounsossou, Auŕelie Mayet, Joeffrey Marchi, François Pein, Neige M.Y. Journy, Imène Mansouri, Damien Drubay, Véronique Letort, Sarah Lemler, Charlotte Demoor-Goldschmidt, Angela Jackson, Vincent Souchard, Giao Vu-Bezin, Ibrahima Diallo, Carolé Rubino, Odile Oberlin, Nadia Haddy, Florent de Vathaire, Agnès Dumas, Setcheou Rodrigue Allodji
article
Psycho-Oncology, 2020, 29 (10), pp.1595-1603. ⟨10.1002/pon.5470⟩
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https://hal.science/hal-02984270/file/Pinto%20et%20al%202020%20Cluster%20of%20risk%20behaviors%20in%20CCS.pdf BibTex
titre
Dynamic monitoring of software use with recurrent neural networks
auteur
Chloé Adam, Antoine Aliotti, Fragkiskos Malliaros, Paul-Henry Cournède
article
Data and Knowledge Engineering, 2020, 125, pp.101781. ⟨10.1016/j.datak.2019.101781⟩
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Conference papers

titre
Thermodynamic Evaluation of the Intermediate Liquid Compounds (ILC) from Biomass Fast Pyrolysis
auteur
Guiyu Xiao, Marion Carrier, Jean‐jacques Letourneau, Yani Zhang, Yi Wang
article
GESD 2020 - 3rd International Conference on Green Energy and Sustainable Development, Nov 2020, Shenyang City, China. 7 p., ⟨10.1088/1755-1315/651/2/022001⟩
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https://hal.science/hal-03016998/file/Thermodynamic-Evaluation-of-the-Intermediate-Liquid-Compounds.pdf BibTex
titre
Self-supervised Nuclei Segmentation in Histopathological Images Using Attention
auteur
Mihir Sahasrabudhe, Stergios Christodoulidis, Roberto Salgado, Stefan Michiels, Sherene Loi, Fabrice André, Nikos Paragios, Maria Vakalopoulou
article
MICCAI 2020 - International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Oct 2020, Lima, Peru. pp.393-402, ⟨10.1007/978-3-030-59722-1_38⟩
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https://hal.science/hal-03087006/file/arxiv.pdf BibTex
titre
Weakly Supervised Multiple Instance Learning Histopathological Tumor Segmentation
auteur
Marvin Lerousseau, Maria Vakalopoulou, Marion Classe, Julien Adam, Enzo Battistella, Alexandre Carré, Théo Estienne, Théophraste Henry, Eric Deutsch, Nikos Paragios
article
MICCAI 2020 - Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention, Oct 2020, Lima, Peru. pp.470-479, ⟨10.1007/978-3-030-59722-1_45⟩
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titre
A Study on New Trends in Systems Modeling based on 850 Students' Interest
auteur
Cristina Stoica Maniu, Véronique Letort, Cristina Vlad, G. Sandou
article
IFAC 2020 - 21st IFAC World Congress, Jul 2020, Berlin, Germany
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https://hal.science/hal-02632581/file/IFAC_2020_Modelisation_HAL.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Deep Multi-Instance Learning Using Multi-Modal Data for Diagnosis of Lymphocytosis
auteur
Mihir Sahasrabudhe, Pierre Sujobert, Evangelia I Zacharaki, Eugénie Maurin, Béatrice Grange, Laurent Jallades, Nikos Paragios, Maria Vakalopoulou
article
2020
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https://hal.science/hal-03032875/file/hal.pdf BibTex
titre
Deep learning based registration using spatial gradients and noisy segmentation labels
auteur
Théo Estienne, Maria Vakalopoulou, Enzo Battistella, Alexandre Carré, Théophraste Henry, Marvin Lerousseau, Charlotte Robert, Nikos Paragios, Eric Deutsch
article
2020
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https://hal.science/hal-02974930/file/Learn2Reg.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Deep learning: definition and perspectives for thoracic imaging
auteur
Maria Vakalopoulou, Guillaume Chassagnon, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel
article
European Radiology, 2019, 30, p. 2021-2030. ⟨10.1007/s00330-019-06564-3⟩
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titre
Modeling and analysis of melanoblast motion
auteur
Pascal Laurent-Gengoux, Valérie Petit, Lionel Larue
article
Journal of Mathematical Biology, 2019, 79 (6-7), pp.2111-2132. ⟨10.1007/s00285-019-01422-8⟩
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titre
Use of Elastic Registration in Pulmonary MRI for the Assessment of Pulmonary Fibrosis in Patients with Systemic Sclerosis
auteur
Guillaume Chassagnon, Charlotte Martin, Rafael Marini, Maria Vakalopoulou, Alexis Régent, Luc Mouthon, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel
article
Radiology, 2019, 291 (2), pp.487-492. ⟨10.1148/radiol.2019182099⟩
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titre
Gene Expression High-Dimensional Clustering Towards a Novel, Robust, Clinically Relevant and Highly Compact Cancer Signature
auteur
Enzo Battistella, Maria Vakalopoulou, Théo Estienne, Marvin Lerousseau, Roger Sun, Charlotte Robert, Nikos Paragios, Eric Deutsch
article
Lecture Notes in Computer Science, 2019, Lecture Notes in Computer Science, 11465, pp.462-474. ⟨10.1007/978-3-030-17938-0_41⟩
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BibTex
titre
A Novel Object-Based Deep Learning Framework for Semantic Segmentation of Very High-Resolution Remote Sensing Data: Comparison with Convolutional and Fully Convolutional Networks
auteur
Maria Papadomanolaki, Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karantzalos
article
Remote Sensing, 2019, 11 (6), pp.684. ⟨10.3390/rs11060684⟩
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https://inria.hal.science/hal-02078539/file/MDPI_journal.pdf BibTex

Conference papers

titre
U-ReSNet: Ultimate Coupling of Registration and Segmentation with Deep Nets
auteur
Théo Estienne, Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Enzo Battistella, Marvin Lerousseau, Alexandre Carre, Guillaume Klausner, Roger Sun, Charlotte Robert, Stavroula Mougiakakou, Nikos Paragios, Eric Deutsch
article
MICCAI 2019: Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – MICCAI 2019, MICCAI, Oct 2019, Shenzhen, China. pp.310-319, ⟨10.1007/978-3-030-32248-9_35⟩
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https://hal.science/hal-02365899/file/U_ReSNet.pdf BibTex
titre
Image Registration of Satellite Imagery with Deep Convolutional Neural Networks
auteur
Maria Vakalopoulou, Stergios Christodoulidis, Mihir Sahasrabudhe, Stavroula Mougiakakou, Nikos Paragios
article
IGARSS 2019 - 2019 IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium, Jul 2019, Yokohama, France. pp.4939-4942, ⟨10.1109/IGARSS.2019.8898220⟩
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https://inria.hal.science/hal-02422555/file/Image_Registration_with_CNNs.pdf BibTex
titre
Detecting urban changes with recurrent neural networks from multitemporal Sentinel-2 data
auteur
Maria Papadomanolaki, Sagar Verma, Maria Vakalopoulou, Siddharth Gupta, Konstantinos Karantzalos
article
IGARSS 2019 - IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium, Jul 2019, Yokohama, Japan
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https://inria.hal.science/hal-02266094/file/20190527122608_825039_4393.pdf BibTex
titre
A multi-task deep learning framework coupling semantic segmentation and image reconstruction for very high resolution imagery
auteur
Maria Papadomanolaki, Konstantinos Karantzalos, Maria Vakalopoulou
article
IGARSS 2019 - IEEE International Geoscience and Remote Sensing Symposium, Jul 2019, Yokohama, Japan. ⟨10.1109/igarss.2019.8898133⟩
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https://inria.hal.science/hal-02266085/file/20190527122343_978326_4652.pdf BibTex
titre
Feedback on Innovative Pedagogy for teaching Systems Modeling
auteur
Cristina Stoica Maniu, G. Sandou, Véronique Letort
article
12th IFAC Symposium on Advances in Control Education, Jul 2019, Philadelphia, United States. ⟨10.1016/j.ifacol.2019.08.205⟩
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https://hal.science/hal-02275100/file/art_mod.pdf BibTex
titre
Gene Expression High-Dimensional Clustering towards a Novel, Robust, Clinically Relevant and Highly Compact Cancer Signature
auteur
Enzo Battistella, Maria Vakalopoulou, Théo Estienne, Marvin Lerousseau, Roger Sun, Charlotte Robert, Nikos Paragios, Eric Deutsch
article
IWBBIO 2019 - 7th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, May 2019, Granada, Spain
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https://hal.science/hal-02076104/file/iwbbio19%20%281%29.pdf BibTex

Book sections

titre
Reachability Design Through Approximate Bayesian Computation
auteur
Mahmoud Bentriou, Paolo Ballarini, Paul-Henry Cournède
article
Computational Methods in Systems Biology, pp.207-223, 2019, ⟨10.1007/978-3-030-31304-3_11⟩
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Other publications

titre
800 students using Matlab during a new course on Systems Modeling at CentraleSupélec
auteur
Cristina Stoica Maniu, Guillaume Sandou, Véronique Letort
article
2019
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https://hal.science/hal-02275159/file/Mathworks_expo_Modelisation_HAL.pdf BibTex

2018

Journal articles

titre
A radiomics approach to assess tumour-infiltrating CD8 cells and response to anti-PD-1 or anti-PD-L1 immunotherapy: an imaging biomarker, retrospective multicohort study
auteur
Roger Sun, Elaine Johanna Limkin, Maria Vakalopoulou, Laurent Dercle, Stéphane Champiat, Shan Rong Han, Loic Verlingue, David Brandao, Andrea Lancia, Samy Ammari, Antoine Hollebecque, Jean-Yves Scoazec, Aurélien Marabelle, Christophe Massard, Jean-Charles Soria, Charlotte Robert, Nikos Paragios, Éric Deutsch, Charles Ferté
article
Lancet Oncology, 2018, 19 (9), pp.1180-1191. ⟨10.1016/S1470-2045(18)30413-3⟩
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BibTex
titre
Demystification of AI-driven medical image interpretation: past, present and future
auteur
Peter Savadjiev, Jaron Chong, Anthony Dohan, Maria Vakalopoulou, Caroline Reinhold, Nikos Paragios, Benoit Gallix
article
European Radiology, 2018, 29, p. 1616-1624. ⟨10.1007/s00330-018-5674-x⟩
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titre
Detailed Land Cover Mapping from Multitemporal Landsat-8 Data of Different Cloud Cover
auteur
Christina Karakizi, Konstantinos Karantzalos, Maria Vakalopoulou, Georgia Antoniou
article
Remote Sensing, 2018, 10 (8), pp.1214. ⟨10.3390/rs10081214⟩
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BibTex
titre
Simulation of melanoblast displacements reveals new features of developmental migration
auteur
Pascal Laurent-Gengoux, Valérie Petit, Zackie Aktary, Stuart Gallagher, Luke Tweedy, Laura Machesky, Lionel Larue
article
Development (Cambridge, England), 2018, 145 (12), pp.dev160200. ⟨10.1242/dev.160200⟩
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BibTex
titre
Computational botany: advancing plant science through functional–structural plant modelling
auteur
Jochem Evers, Veronique Letort, Michael Renton, Mengzhen Kang
article
Annals of Botany, 2018, 121 (5), pp.767 - 772. ⟨10.1093/aob/mcy050⟩
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BibTex
titre
The pipe model theory half a century on: a review
auteur
Romain Lehnebach, Robert Beyer, Veronique Letort, Patrick Heuret
article
Annals of Botany, 2018, 121 (5), pp.773 - 795. ⟨10.1093/aob/mcx194⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-01823925/file/Lehnenbach%202018%20PMT_letort.pdf BibTex
titre
Estimation of stem and leaf dry biomass using a non-destructive method applied to African Coffea species
auteur
Michelle P. Okoma, Sélastique Akaffou, Philippe de Reffye, Perla Hamon, Serge Hamon, Olivier Konan, H. Kouassi, Hyacinthe Legnate, Véronique Letort, Sylvie A. Sabatier
article
Agroforestry Systems, 2018, 92 (3), pp.667 - 675. ⟨10.1007/s10457-016-0031-z⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-01823899/file/Okoma%20et%20al%202016%20-%20Allometries%20Coffea%20Agroforest%20Syst.pdf BibTex
titre
Fast pyrolysis of tannins from pine bark as a renewable source of catechols
auteur
Oscar Pinto, Romina Romero, Marion Carrier, Jörn Appelt, Cristina Segura
article
Journal of Analytical and Applied Pyrolysis, 2018, 136, p.69-76. ⟨10.1016/j.jaap.2018.10.022⟩
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https://imt-mines-albi.hal.science/hal-01937284/file/2018_Pinto_Fast-pyrolysis-of-tannins.pdf BibTex

Conference papers

titre
Application of Weighted Regression for the Prediction of Soft Wheat Production in France
auteur
Xiangtuo Chen, Benoît Bayol, Paul-Henry Cournède
article
6th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA) 2018, Nov 2018, Hefei, China. pp.141-146, ⟨10.1109/pma.2018.8611566⟩
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BibTex
titre
Data visualization for vegetal landscapes: Building 3D representations of organ biomass compartments: How plant production could constrain 3D lollypop-like representations
auteur
Marc Jaeger, Sylvie-Annabel Sabatier, Philippe Borianne, Philippe de Reffye, Y. Gang, Véronique Letort, X. P. Zhang, M. Z. Kang
article
2018 6th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA), Nov 2018, Hefei, China. pp.8, ⟨10.1109/PMA.2018.8611608⟩
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BibTex
titre
Modelling the interaction between functioning and organogenesis in a stochastic plant growth model Methodology for parameter estimation and illustration
auteur
Philippe de Reffye, Marc Jaeger, Sylvie Sabatier, Véronique Letort
article
4. International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, (PMA), Nov 2018, Hefei, China. pp.9
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BibTex
titre
Modelling the interaction between functioning and organogenesis in a stochastic plant growth model : Methodology for parameter estimation and illustration
auteur
Philippe de Reffye, Marc Jaeger, Sylvie Sabatier, Véronique Letort
article
6th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA), Nov 2018, Hefei, China. pp.102-110, ⟨10.1109/PMA.2018.8611628⟩
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BibTex
titre
AtlasNet: Multi-atlas Non-linear Deep Networks for Medical Image Segmentation
auteur
Maria Vakalopoulou, Guillaume Chassagnon, Norbert Bus, Rafael Marini Silva, Evangelia I. Zacharaki, Marie-Pierre Revel, Nikos Paragios
article
International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Sep 2018, Granada, Spain
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https://inria.hal.science/hal-01958236/file/camera_ready.pdf BibTex
titre
Linear and Deformable Image Registration with 3D Convolutional Neural Networks
auteur
Stergios Christodoulidis, Mihir Sahasrabudhe, Maria Vakalopoulou, Guillaume Chassagnon, Marie-Pierre Revel, Stavroula Mougiakakou, Nikos Paragios
article
Reconstruction and Analysis of Moving Body Organs, 21th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention 2018, Sep 2018, Grenada, Spain
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https://hal.science/hal-01935607/file/linear_and_deformable_image_registration_RAMBO2018.pdf BibTex
titre
Context Aware 3D CNNs for Brain Tumor Segmentation
auteur
Siddhartha Chandra, Maria Vakalopoulou, Lucas Fidon, Enzo Battistella, Théo Estienne, Roger Sun, Charlotte Robert, Eric Deutsch, Nikos Paragios
article
MICCAI Brainlesion Workshop, Sep 2018, Granada, Spain
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https://inria.hal.science/hal-01959610/file/chandra_etal.pdf BibTex
titre
Stacked Encoder-Decoders for Accurate Semantic Segmentation of Very High Resolution Satellite Datasets
auteur
Maria Papadomanolaki, Maria Vakalopoulou, Nikos Paragios, Konstantinos Karantzalos
article
IGARSS 2018 - 38th annual International Geoscience and Remote Sensing Symposium, Jul 2018, Valencia, Spain. pp.1-4
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https://hal.science/hal-01870857/file/IGARSS2018_v8.pdf BibTex
titre
Deep patch-based priors under a fully convolutional encoder-decoder architecture for interstitial lung disease segmentation
auteur
Maria Vakalopoulou, Guillaume Chassagnon, Nikos Paragios, Marie-Pierre Revel, Evangelia I. Zacharaki
article
ISBI’18 - IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, Apr 2018, Washington, D.C., United States
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https://inria.hal.science/hal-01721714/file/Vakalopoulou_etal_ISBI18.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Identifying the Best Machine Learning Algorithms for Brain Tumor Segmentation, Progression Assessment, and Overall Survival Prediction in the BRATS Challenge
auteur
Spyridon Bakas, Mauricio Reyes, Enzo Battistella, Siddhartha Chandra, Théo Estienne, Lucas Fidon, Maria Vakalopoulou, Roger Sun, Et Al., Éric Deutsch, Charlotte Robert, Nikos Paragios, Bjoern Menze
article
2018
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BibTex
titre
High-dimensional time-varying Aalen and Cox models
auteur
Mokhtar Z. Alaya, Sarah Lemler, Agathe Guilloux, Thibault Allart
article
2018
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https://hal.science/hal-01798390/file/aagl2.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
Chemical and structural characterization of char development during lignocellulosic biomass pyrolysis
auteur
Lihle Mafu, Hein W.J.P. Neomagus, Raymond Everson, Christien Strydom, Marion Carrier, Gregory Okolo, John Bunt
article
Bioresource Technology, 2017, 243, pp.941-948. ⟨10.1016/j.biortech.2017.07.017⟩
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BibTex
titre
Quantitative Insights into the Fast Pyrolysis of Extracted Cellulose, Hemicelluloses, and Lignin
auteur
Marion Carrier, Michael Windt, Bernhard Ziegler, Jörn Appelt, Bodo Saake, Dietrich Meier, Anthony Bridgwater
article
ChemSusChem, 2017, 10 (16), pp.3212-3224
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BibTex
titre
Validation of a functional-structural tree model using terrestrial Lidar data
auteur
Robert Beyer, Dominik Bayer, Veronique Letort, Hans Pretzsch, Paul-Henry Cournède
article
Ecological Modelling, 2017, 357, pp.55 - 57. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2017.02.018⟩
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BibTex
titre
Leaf density-based modelling of phototropic crown dynamics and long-term predictive application to European beech
auteur
Robert Beyer, Veronique Letort, Dominik Bayer, Hans Pretzsch, Paul-Henry Cournède
article
Ecological Modelling, 2017, 347, pp.63 - 71. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2016.12.012⟩
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BibTex
titre
Parameter estimation of perfusion models in dynamic contrast-enhanced imaging: a unified framework for model comparison
auteur
Blandine Romain, Laurence Rouet, Daniel Ohayon, Olivier Lucidarme, Florence d'Alché-Buc, Véronique Letort
article
Medical Image Analysis, 2017, 35, pp.360--374. ⟨10.1016/j.media.2016.07.008⟩
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BibTex
titre
Indices de Sobol généralisés aux variables dépendantes : tests de performance de l’algorithme HOGS couplé à plusieurs estimateurs paramétriques
auteur
Julien Sainte-Marie, Gautier Viaud, Paul-Henry Cournède
article
Journal de la Société Française de Statistique, 2017, 158 (1), pp.68-89
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https://centralesupelec.hal.science/hal-01630985/file/603-2304-1-PB.pdf BibTex
titre
Leaf segmentation and tracking in arabidopsis thaliana combined to an organ-scale plant model for genotypic differentiation
auteur
Gautier Viaud, Olivier Loudet, Paul-Henry Cournede
article
Frontiers in Plant Science, 2017, 7, pp.1-14. ⟨10.3389/fpls.2016.02057⟩
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https://hal.science/hal-01602596/file/2017_Viaud_Frontiers%20in%20Plant%20Science_1.pdf BibTex

Conference papers

titre
Integrating edge/boundary priors with classification scores for building detection in very high resolution data
auteur
Maria Vakalopoulou, Norbert Bus, Konstantinos Karantzalos, Nikos Paragios
article
IEEE International geoscience and remote sensing symposium (IGARSS), Jul 2017, Fort Worth, TX, United States. pp.3309-3312, ⟨10.1109/IGARSS.2017.8127705⟩
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BibTex
titre
Patch-based deep learning architectures for sparse annotated very high resolution datasets
auteur
Maria Papadomanolaki, Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karantzalos
article
Joint Urban Remote Sensing Event (JURSE), Mar 2017, Dubai, United Arab Emirates. ⟨10.1109/JURSE.2017.7924538⟩
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BibTex
titre
Per city-block, density estimation at build-up areas from aerial RGB imagery with deep learning
auteur
Theodosia Vardoulaki, Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karantzalos
article
Joint Urban Remote Sensing Event (JURSE), Mar 2017, Dubai, United Arab Emirates. ⟨10.1109/JURSE.2017.7924605⟩
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BibTex

2016

Journal articles

titre
Influence of Skin and Subcutaneous Tissue on High-Intensity Focused Ultrasound Beam: Experimental Quantification and Numerical Modeling
auteur
Anthony Grisey, Marc Heidmann, Véronique Letort, Pauline Godillon-Lafitte, Sylvain Yon
article
Ultrasound in Medicine & Biology, 2016, 42 (10), pp.2457 - 2465. ⟨10.1016/j.ultrasmedbio.2016.06.013⟩
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BibTex
titre
Using Apparent Activation Energy as a Reactivity Criterion for Biomass Pyrolysis
auteur
Marion Carrier, Lidia Auret, Anthony Bridgwater, Johannes Knoetze
article
Energy & Fuels, 2016, 30 (10), pp.7834-7841
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BibTex
titre
Pyrolysis and combustion of municipal solid wastes: Evaluation of synergistic effects using TGA-MS
auteur
Sanjana Gunasee, Marion Carrier, Johann Gorgens, Romeela Mohee
article
Journal of Analytical and Applied Pyrolysis, 2016, 121, pp.50-61
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BibTex
titre
Bayesian parameter estimation for the Wnt pathway: an infinite mixture models approach
auteur
Konstantinos Koutroumpas, Paolo Ballarini, Irene Votsi, Paul-Henry Cournède
article
Bioinformatics, 2016, 32 (17), pp.i781 - i789. ⟨10.1093/bioinformatics/btw471⟩
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https://hal.science/hal-01817488/file/mainHALversion.pdf BibTex
titre
Turgidity-dependent petiole flexibility enables efficient water use by a tree subjected to water stress
auteur
David Gonzalez-Rodriguez, Paul-Henry Cournède, Emmanuel de Langre
article
Journal of Theoretical Biology, 2016, 398, pp.20-31. ⟨10.1016/j.jtbi.2016.03.011⟩
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BibTex
titre
Adaptive kernel estimation of the baseline function in the Cox model with high-dimensional covariates
auteur
Agathe Guilloux, Sarah Lemler, Marie-Luce Taupin
article
Journal of Multivariate Analysis, 2016, 148, pp.141-159. ⟨10.1016/j.jmva.2016.03.002⟩
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https://arxiv.org/pdf/1507.01397 BibTex
titre
Energy conversion assessment of vacuum, slow and fast pyrolysis processes for low and high ash paper waste sludge
auteur
Angelo Ridout, Marion Carrier, François-Xavier Collard, Johann Görgens
article
Energy Conversion and Management, 2016, 111, pp.103-114
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BibTex
titre
Structural and chemical modifications of typical South African biomasses during torrefaction
auteur
Lihle Mafu, Hein W.J.P. Neomagus, Raymond Everson, Marion Carrier, Christien Strydom, John Bunt
article
Bioresource Technology, 2016, 202, pp.192-197
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BibTex
titre
Learning from User Workflows for the Characterization and Prediction of Software Crashes
auteur
Chloé Adam, Antoine Aliotti, Paul-Henry Cournède
article
2016 IEEE 16th International Conference on Data Mining Workshops (ICDMW), 2016, pp.1023 - 1030. ⟨10.1109/ICDMW.2016.0148⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01616232/file/learning-user-workflows_CA.pdf BibTex
titre
Simulation of high-intensity focused ultrasound lesions in presence of boiling
auteur
Anthony Grisey, Sylvain Yon, Véronique Letort, Pauline Lafitte
article
Journal of Therapeutic Ultrasound, 2016, 4 (1), pp.11. ⟨10.1186/s40349-016-0056-9⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01706350/file/s40349-016-0056-9.pdf BibTex
titre
Graph-Based Registration, Change Detection, and Classification in Very High Resolution Multitemporal Remote Sensing Data
auteur
Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karantzalos, Nikos Komodakis, Nikos Paragios
article
IEEE Journal of Selected Topics in Applied Earth Observations and Remote Sensing, 2016, 9, pp.2940 - 2951. ⟨10.1109/JSTARS.2016.2557081⟩
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https://inria.hal.science/hal-01413419/file/Vak_etal_JSTARS_2016.pdf BibTex

Conference papers

titre
Modeling the inter-individual variability of single-stemmed plant development
auteur
Antonin Della Della Noce, Véronique Letort, Amandine Hansart, Charlotte Baey, Gautier Viaud, Sébastien Barot, Jean-Christophe Lata, Xavier Raynaud, Paul-Henry Cournède, Jacques Gignoux
article
International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA 2016), Nov 2016, Qingdao, China. ⟨10.1109/fspma.2016.7818287⟩
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https://hal.science/hal-01490367/file/dellanoce2016.pdf BibTex
titre
Plant growth architecture and production dynamics : A set of e-learning resources
auteur
Marc Jaeger, Philippe de Reffye, Sylvie Sabatier, Yves Caraglio, Hatem Krit, Marie-Helene Lafond, Veronique Letort, Ep Heuvelink, Matacha Motisi, Baogui Zhang, Mengzhen Kang
article
International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA 2016), Nov 2016, Qingdao, China. ⟨10.1109/fspma.2016.7818292⟩
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titre
Modeling soil temperature to predict emergence
auteur
Etienne Claverie, Jérémie J. Lecoeur, Veronique Letort, Paul-Henry P.-H. Cournède
article
2016 IEEE International Conference on Functional-Structural Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (FSPMA), Nov 2016, Qingdao, China. ⟨10.1109/FSPMA.2016.7818285⟩
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titre
Simultaneous registration, segmentation and change detection from multisensor, multitemporal satellite image pairs.
auteur
Maria Vakalopoulou, Christos Platias, Maria Papadomanolaki, Nikos Paragios, Konstantinos Karantzalos
article
International Geoscience and Remote Sensing Symposium (IGARSS), Jul 2016, Beijing, China. ⟨10.1109/IGARSS.2016.7729469⟩
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https://inria.hal.science/hal-01413373/file/vakalopoulou_etal_igarss_2016.pdf BibTex
titre
A data augmentation scheme embedding a sequential Monte Carlo method for Bayesian parameter inference in state space models
auteur
Irene Votsi, Paul-Henry Cournède
article
48èmes Journées de Statistique de la SFdS, May 2016, Montpellier, France
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https://hal.science/hal-01355334/file/sfds_irene.pdf BibTex

Book sections

titre
Modélisation de la croissance végétale, les opérateurs de croissance, cas déterministe
auteur
Philippe de Reffye, E. Heuvelink, Véronique Letort, Meng Zhen Kang
article
Philippe de Reffye; Marc Jaeger; Daniel Barthélémy; François Houllier. Architecture et croissance des plantes. Modélisation et applications, , 2016, Synthèses, 978-27592-2622-1
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BibTex
titre
La croissance secondaire
auteur
Véronique Letort, Francois Houllier, Philippe de Reffye, Frédéric Blaise
article
Philippe de Reffye; Marc Jaeger; Daniel Barthélémy; François Houllier. Architecture et croissance des plantes. Modélisation et applications, Quae Editions, 2016, Synthèses, 978-27592-2622-1
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BibTex
titre
Des variantes possibles sur la formulation des fonctions sources-puits
auteur
Philippe de Reffye, Baogui Zhang, Véronique Letort, Meng Zhen Kang
article
Philippe de Reffye; Marc Jaeger; Daniel Barthélémy; François Houllier. Architecture et croissance des plantes. Modélisation et applications, Quae Editions, 2016, Synthèses, 978-27592-2622-1
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2015

Journal articles

titre
A Regularized Particle Filter EM Algorithm Based on Gaussian Randomization with an Application to Plant Growth Modeling
auteur
Yuting Chen, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
article
Methodology and Computing in Applied Probability, 2015, 17 (4), pp.847-870. ⟨10.1007/s11009-015-9440-0⟩
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https://hal.science/hal-00997732/file/IterativeRPF_PH1406.pdf BibTex
titre
Lignocellulose pyrolysis with condensable volatiles quantification by thermogravimetric analysis—Thermal desorption/gas chromatography–mass spectrometry method
auteur
Frank Nsaful, François-Xavier Collard, Marion Carrier, Johann Görgens, Johann Knoetze
article
Journal of Analytical and Applied Pyrolysis, 2015, 116, pp.86-95
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BibTex
titre
Stable time step estimates for NURBS-based explicit dynamics
auteur
Cédric Adam, Salim Bouabdallah, Malek Zarroug, Habibou Maitournam
article
Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, 2015, 295, pp.581-605. ⟨10.1016/j.cma.2015.03.017⟩
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titre
Fast pyrolysis of lignin-coated radiata pine
auteur
Andrew Moore, Sunkyu Park, Cristina Segura, Marion Carrier
article
Journal of Analytical and Applied Pyrolysis, 2015, 115, pp.203-213
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BibTex
titre
A nonlinear mixed effects model of plant growth and estimation via stochastic variants of the EM algorithm.
auteur
Charlotte Baey, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
article
Communications in Statistics - Theory and Methods, 2015, pp.00. ⟨10.1080/03610926.2014.930909⟩
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https://hal.science/hal-01068327/file/baey_et_al_revised2.pdf BibTex
titre
Inherent process variations between fast pyrolysis technologies: A case study on Eucalyptus grandis
auteur
Jan-Erns Joubert, Marion Carrier, Nicolaus Dahmen, Ralph Stahl, Johannes Hansie Knoetze
article
Fuel Processing Technology, 2015, 131, pp.389-395
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BibTex
titre
Selective and reduced numerical integrations for NURBS-based isogeometric analysis
auteur
Cédric Adam, T.R.J. Hughes, Salim Bouabdallah, Malek Zarroug, Habibou Maitournam
article
Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, 2015, Isogeometric Analysis Special Issue, 284, pp.732-761. ⟨10.1016/j.cma.2014.11.001⟩
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BibTex
titre
Fast pyrolysis of low and high ash paper waste sludge: Influence of reactor temperature and pellet size
auteur
Angelo Ridout, Marion Carrier, Johann Görgens
article
Journal of Analytical and Applied Pyrolysis, 2015, 111, pp.64-75
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BibTex
titre
Adaptive estimation of the baseline hazard function in the Cox model by model selection, with high-dimensional covariates
auteur
Agathe Guilloux, Sarah Lemler, Marie-Luce Taupin
article
Journal of Statistical Planning and Inference, 2015, 171, pp.38-62. ⟨10.1016/j.jspi.2015.11.005⟩
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https://hal.science/hal-01120683/file/GuillouxLemlerTaupin_ModelSelection.pdf BibTex
titre
Modeling spatial competition for light in plant populations with the porous medium equation
auteur
Robert Beyer, Octave Etard, Paul-Henry P.-H. Cournède, Pascal Laurent-Gengoux
article
Journal of Mathematical Biology, 2015, 70 (3), pp.533-547. ⟨10.1007/s00285-014-0763-1⟩
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BibTex
titre
Improved numerical integration for locking treatment in isogeometric structural elements. Part II: Plates and shells
auteur
Cédric Adam, Salim Bouabdallah, Malek Zarroug, Habibou Maitournam
article
Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, 2015, ⟨10.1016/j.cma.2014.07.020⟩
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BibTex
titre
Interaction of Vaccination and Reduction of Antibiotic Use Drives Unexpected Increase of Pneumococcal Meningitis
auteur
Matthieu Domenech de Cellès, Margarita Pons-Salort, Emmanuelle Varon, Marie-Anne Vibet, Caroline Ligier, Véronique Letort, Lulla Opatowski, Didier Guillemot
article
Scientific Reports, 2015, 5, pp.11293. ⟨10.1038/srep11293⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01223296/file/srep11293.pdf BibTex

Conference papers

titre
Building detection in very high resolution multispectral data with deep learning features
auteur
Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karantzalos, Nikos Komodakis, Nikos Paragios
article
Geoscience and Remote Sensing Symposium (IGARSS), 2015 IEEE International, Jul 2015, Milan, Italy. pp.1873-1876, ⟨10.1109/IGARSS.2015.7326158⟩
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https://hal.science/hal-01264084/file/igarss_vak15.pdf BibTex
titre
Autonomous learning of parameters in differential equations
auteur
Adel Mezine, Artémis Llamosi, Véronique Letort, Michèle Sebag, Florence d'Alché-Buc
article
32nd International Conference on Machine Learning (ICML) - AutoML workshop, Jul 2015, Lille, France
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https://hal.science/hal-01272370/file/AutoML_soumis.pdf BibTex
titre
Simultaneous Registration and Change Detection in Multitemporal, Very High Resolution Remote Sensing Data
auteur
Maria Vakalopoulou, Konstantinos Karatzalos, Nikos Komodakis, Nikos Paragios
article
2015 IEEE Conference on Computer Vision and Pattern Recognition Workshops (CVPRW), Jun 2015, Boston, United States. pp.61-69, ⟨10.1109/CVPRW.2015.7301384⟩
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https://hal.science/hal-01264072/file/vak_etal_cvprw.pdf BibTex
titre
Intégration réduite d'un élément de coque isogéométrique de type Reissner-Mindlin dans le cadre de l'analyse non-linéaire par T-splines
auteur
Cédric Adam, Salim Bouabdallah, Malek Zarroug, Habibou Maitournam
article
12e Colloque national en calcul des structures, CSMA, May 2015, Giens, France
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https://hal.science/hal-01514305/file/r_370F5C0G.pdf BibTex
titre
A Comparison of a Generic MCMC-Based Algorithm for Bayesian Estimation in C++, R and Julia. Application to Plant Growth Modeling
auteur
Gautier Viaud, Yuting Chen, Benoît Bayol, Paul-Henry Cournède
article
2015 Spring Simulation Multi-Conference The Society for Modeling & Simulation International, Apr 2015, Alexandria, United States
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https://hal.science/hal-01250999/file/hal.pdf BibTex

Book sections

titre
A Reduced Integration for Reissner-Mindlin Non-linear Shell Analysis Using T-Splines
auteur
Cédric Adam, Salim Bouabdallah, Malek Zarroug, Habibou Maitournam
article
Bert Jüttler, Bernd Simeon. Isogeometric Analysis and Applications 2014, Lecture Notes in Computational Science and Engineering (107), Springer International Publishing, pp.103-125, 2015, 978-3-319-23315-4. ⟨10.1007/978-3-319-23315-4_5⟩
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BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Adaptive kernel estimation of the baseline function in the Cox model with high-dimensional covariates
auteur
Agathe Guilloux, Sarah Lemler, Marie-Luce Taupin
article
2015
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https://hal.science/hal-01171775/file/RevisionLemlerGuillouxTaupin.pdf BibTex

2014

Journal articles

titre
A comprehensive methodology of global sensitivity analysis for complex mechanistic models with an application to plant growth
auteur
Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède
article
Ecological Complexity, 2014, 20, pp.219-232. ⟨10.1016/j.ecocom.2013.12.005⟩
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BibTex
titre
Improved numerical integration for locking treatment in isogeometric structural elements, Part I: Beams
auteur
Cédric Adam, Salim Bouabdallah, Malek Zarroug, Habibou Maitournam
article
Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, 2014, 279, pp.1-28. ⟨10.1016/j.cma.2014.06.023⟩
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BibTex
titre
Modeling tree crown dynamics with 3D partial differential equations
auteur
Robert Beyer, Véronique Letort, Paul-Henry Cournède
article
Frontiers in Plant Science, 2014, 5, pp.329. ⟨10.3389/fpls.2014.00329⟩
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https://hal.science/hal-01272213/file/Beyer%202014%20Frontiers%20published.pdf BibTex
titre
Vacuum pyrolysis of agricultural wastes and adsorptive criteria description of biochars governed by the presence of oxides
auteur
Ümit Uras-Postma, Marion Carrier, Johannes (hansie) Knoetze
article
Journal of Analytical and Applied Pyrolysis, 2014, 107, pp.123-132
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BibTex
titre
Insights into Persistence Mechanisms of a Zoonotic Virus in Bat Colonies Using a Multispecies Metapopulation Model
auteur
Margarita Pons-Salort, Jordi Serra-Cobo, Flora Jay, Marc Ló Pez-Roig, Rachel Lavenir, Didier Guillemot, Véronique Letort, Hervé Bourhy, Lulla Opatowski
article
PLoS ONE, 2014, 9 (4), pp.e95610. ⟨10.1371/journal.pone.0095610⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-01272324/file/Pons%202014%20rabies%20bats%20persistence.pdf BibTex
titre
Sunlab: a Functional-Structural Model for Genotypic and Phenotypic Characterization of the Sunflower Crop
auteur
Fenni Kang, Paul-Henry Cournede, Jeremie Lecoeur, Véronique Letort
article
Ecological Modelling, 2014, 290, pp.21-33. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2014.02.006⟩
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https://hal.science/hal-01272125/file/SUNLAB_two_VL.pdf BibTex
titre
Model-Based Analysis-Synthesis for Realistic Tree Reconstruction and Growth Simulation
auteur
Corina Iovan, Paul-Henry Cournède, Thomas Guyard, Benoît Bayol, Dider Boldo, Matthieu Cord
article
IEEE Transactions on Geoscience and Remote Sensing, 2014, 52 (2), pp.1438-1450. ⟨10.1109/TGRS.2013.2251467⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-00826023/file/TGRS_final.pdf BibTex
titre
Data assimilation to reduce uncertainty of crop model prediction with convolution particle filtering
auteur
Yuting Chen, Paul-Henry Cournède
article
Ecological Modelling, 2014, in press. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2014.01.030⟩
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https://hal.science/hal-00997728/file/EM_Chen_Final.pdf BibTex
titre
Parametrization of five classical plant growth models applied to sugar beet and comparison of their predictive capacities on root yield and total biomass
auteur
Charlotte Baey, Anne Didier, Sébastien Lemaire, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède
article
Ecological Modelling, 2014, 290, pp.11-20. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2013.11.003⟩
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https://hal.science/hal-00919753/file/baey_corr.pdf BibTex

Conference papers

titre
Experimental Design in Dynamical System Identification: A Bandit-Based Active Learning Approach
auteur
Artémis Llamosi, Adel Mezine, Florence d'Alché-Buc, Véronique Letort, Michèle Sebag
article
Machine Learning and Knowledge Discovery in Databases - Part II, Sep 2014, Nancy, France. pp.306 - 321, ⟨10.1007/978-3-662-44851-9_20⟩
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https://inria.hal.science/hal-01109775/file/dalcheSebagECML2014-author.pdf BibTex
titre
Numerical Study and Ex Vivo Assessment of HIFU Treatment Time Reduction through Optimization of Focal Point Trajectory
auteur
A Grisey, S Yon, T Pechoux, Pauline Godillon-Lafitte, Véronique Letort
article
The 14th International Symposium on Therapeutic Ultrasound (ISTU), Apr 2014, Las Vegas, United States. ⟨10.1063/1.4977659⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-01272364/file/ISTU2014_proceedings.pdf BibTex

Theses

titre
Estimation for counting processes with high-dimensional covariates
auteur
Sarah Lemler
article
Statistics [stat]. Universite d'Evry Val d'Essonne, 2014. English. ⟨NNT : ⟩
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https://theses.hal.science/tel-01119228/file/TheseLemler.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
Impact of the lignocellulosic material on fast pyrolysis yields and product quality
auteur
Marion Carrier, Jan-Erns Joubert, Stephen Danje, Thomas Hugo, Johann Görgens, Johann Knoetze
article
Bioresource Technology, 2013, 150, pp.129-138
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BibTex
titre
Automated Cell Tracking and Analysis in Phase-Contrast Videos (iTrack4U): Development of Java Software Based on Combined Mean-Shift Processes
auteur
Fabrice Cordelières, Valérie Petit, Mayuko Kumasaka, Olivier Debeir, Veronique Letort, Stuart Gallagher, Lionel Larue
article
PLoS ONE, 2013, 8 (11), pp.81266 - 81266. ⟨10.1371/journal.pone.0081266⟩
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https://hal.science/hal-01823887/file/Cordelieres%202013%20PlosOne.pdf BibTex
titre
Development and Evaluation of Plant Growth Models: Methodology and Implementation in the PYGMALION platform
auteur
Paul-Henry Cournède, Yuting Chen, Qiongli Wu, Charlotte Baey, Benoît Bayol
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2013, 8 (4), pp.112-130. ⟨10.1051/mmnp/20138407⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-00860902/file/Cournede_etal_2013_MMNP8_4_.pdf BibTex
titre
A sequential Monte Carlo approach for MLE in a plant growth model
auteur
Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
article
Journal of Agricultural, Biological, and Environmental Statistics, 2013, pp.online first. ⟨10.1007/s13253-013-0134-1⟩
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https://hal.science/hal-00796154/file/SMC-MLE_TrevezasCournede.pdf BibTex
titre
Thermogravimetric study of the pyrolysis characteristics and kinetics of coal blends with corn and sugarcane residues
auteur
Akinwale Aboyade, Johann Görgens, Marion Carrier, Edson Meyer, Johann Knoetze
article
Fuel Processing Technology, 2013, 106, pp.310-320
Accès au bibtex
BibTex
titre
Slow and pressurized co-pyrolysis of coal and agricultural residues
auteur
Akinwale Aboyade, Marion Carrier, Edson Meyer, Hansie Knoetze, Johann Görgens
article
Energy Conversion and Management, 2013, 65, pp.198-207
Accès au bibtex
BibTex
titre
Modelling the interindividual variability of organogenesis in sugar beet populations using a hierarchical segmented model
auteur
Charlotte Baey, Anne Didier, Lemaire Sébastien, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède
article
Ecological Modelling, 2013, 263, pp.56-63. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2013.04.013⟩
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https://hal.science/hal-00819919/file/Baeyetal.pdf BibTex

Conference papers

titre
A multi-task learning approach for compartmental model parameter estimation in DCE-CT sequences
auteur
Blandine Romain, Veronique Letort, Olivier Lucidarme, Laurence Rouet, Florence d'Alché-Buc
article
16th International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention (MICCAI 2013), Sep 2013, Nagoya, Japan. pp.271-278, ⟨10.1007/978-3-642-40763-5_34⟩
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https://hal.science/hal-00832184/file/Romain2013.pdf BibTex
titre
Towards an EDSL to enhance good modelling practice for non-linear stochastic discrete dynamical models Application to plant growth models
auteur
Benoit Bayol, Yuting Chen, Paul-Henry Cournède
article
SIMULTECH 2013, Jul 2013, Iceland. pp.132-138, ⟨10.5220/0004481101320138⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-01001669/file/bbayol_paper.pdf BibTex
titre
Optimal Control of Crop Irrigation based on the Hamilton-Jacobi-Bellman Equation
auteur
Jacques Ramanathan, Yuting Chen, Paul-Henry Cournède
article
SIAM Conference on Control and its Applications, Jul 2013, San Diego, United States. pp.21-28, ⟨10.1137/1.9781611973273.4⟩
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BibTex
titre
Iterative convolution particle filtering for nonlinear parameter estimation and data assimilation with application to crop yield prediction
auteur
Yuting Chen, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
article
Society for Industrial and Applied Mathematics (SIAM): Control & its Applications 2013, Jul 2013, San Diego, United States. pp.CHEN, ⟨10.1137/1.9781611973273.10⟩
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https://hal.science/hal-00826052/file/1304_SIAM.pdf BibTex
titre
Sensitivity Analysis for Plant Models with Correlated Parameters: Application to the Characterization of Sun flower Genotypes
auteur
Qiongli Wu, Benoît Bayol, Fenni Kang, Jérémie Lecoeur, Paul-Henry Cournède
article
7th International Conference on Sensitivity Analysis of Model Output, Jul 2013, Nice, France
Accès au bibtex
BibTex
titre
Some sequential Monte Carlo techniques for Data Assimilation in a plant growth model
auteur
Yuting Chen, Samis Trevezas, Aman Gupta, Paul-Henry Cournède
article
Applied Stochastic Models and Data Analysis International Conference (ASMDA) 2013, Jun 2013, Spain. in press
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00997736/file/article-ASMDA2013.pdf BibTex
titre
A nonlinear mixed effects model to explain inter-individual variability in plant populations
auteur
Charlotte Baey, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
article
Applied Stochastic Models and Data Analysis International Conference (ASMDA) 2013, Jun 2013, Barcelona, Spain
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00826175/file/baeyetal_asmda.pdf BibTex
titre
Assessment of Interactions in Complex Mechanistic Models using Global Sensitivity Analysis
auteur
Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède
article
International Conference "Interactions in Complex Systems", Jun 2013, Orléans, France
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BibTex
titre
Modelling Competition in Crop Populations via Reaction-­Diffusion Foliage Dynamics. With an Outlook on Tree Modelling
auteur
Robert Beyer, Paul-Henry Cournède
article
7th International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM 2013), Jun 2013, Saariselkä, Finland. pp.201-203
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BibTex
titre
A comprehensive global sensitivity analysis for biological model diagnosis and parameterization: application to the NEMA model
auteur
Qiongli Wu, Jessica Bertheloot, Paul-Henry Cournède
article
Seventh International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Jun 2013, Saariselkä, Finland
Accès au bibtex
BibTex
titre
Global sensitivity analysis of the NEMA model for its parameterization and biological diagnosis.
auteur
Qiongli Wu, Jessica Bertheloot, Paul-Henry Cournède
article
7th International Conference on Functional-Structural Plant Models (FSPM 2013), Jun 2013, Saariselkä, Finland
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01456018/file/2013_Wu_Fspm2013_1.pdf BibTex
titre
Formulation d'un élément coque en analyse isogéométrique pour la simulation du choc
auteur
Cédric Adam, Salim Bouabdallah, Malek Zarroug, Habibou Maitournam
article
11e colloque national en calcul des structures, CSMA, May 2013, Giens, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01717841/file/a_S4W30ZM0.pdf BibTex

Other publications

titre
Simulation techniques for parameter estimation via a stochastic ECM algorithm with applications to plant growth modeling
auteur
Samis Trevezas, Sonia Malefaki, Paul-Henry Cournède
article
2013
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00798695/file/MCMC-ECM_TrevezasMalefakiCournede.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Oracle inequalities for the Lasso in the high-dimensional Aalen multiplicative intensity model
auteur
Sarah Lemler
article
2013
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00710685/file/ArticleSarahLemler.pdf BibTex

2012

Journal articles

titre
Exploring individual HPV coinfections is essential to predict HPV-vaccination impact on genotype distribution: A model-based approach.
auteur
Margarita Pons-Salort, Véronique Letort, Michel Favre, Isabelle Heard, Benoit Dervaux, Lulla Opatowski, Didier Guillemot
article
Vaccine, 2012, 31 (8), pp.1238-1245. ⟨10.1016/j.vaccine.2012.11.098⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Oscillations in Functional Structural Plant Growth Models
auteur
Amélie Mathieu, Veronique Letort, Paul-Henry Cournède, Baogui Zhang, Patrick Heuret, Philippe de Reffye
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2012, 7 (6), pp.47-66. ⟨10.1051/mmnp/20127603⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-00780592/file/Mathieu_2012_Published_mmnp201276p47.pdf BibTex
titre
Physico-chemical characterization of biochars from vacuum pyrolysis of South African agricultural wastes for application as soil amendments
auteur
Ümit Uras, Marion Carrier, Ailsa Hardie, Johannes Knoetze
article
Journal of Analytical and Applied Pyrolysis, 2012, 98, pp.207-213
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titre
A Functional and Structural Mongolian Scots Pine (Pinus sylvestris var. mongolica) Model Integrating Architecture, Biomass and Effects of Precipitation
auteur
Feng Wang, Veronique Letort, Qi Lu, Xuefeng Bai, Yan Guo, P. de Reffye, Baoguo Li
article
PLoS ONE, 2012, 7 (8), pp.e43531. ⟨10.1371/journal.pone.0043531⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-00780368/file/Wang_2012_PlosOne.pdf BibTex
titre
Influence of Chemical Pretreatment on the Internal Structure and Reactivity of Pyrolysis Chars Produced from Sugar Cane Bagasse
auteur
Marion Carrier, Hein Wjp Neomagus, Johann Görgens, Johann Knoetze
article
Energy & Fuels, 2012, 26 (7), pp.4497-4506
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titre
Production of char from vacuum pyrolysis of South-African sugar cane bagasse and its characterization as activated carbon and biochar
auteur
Marion Carrier, Ailsa Hardie, Ümit Uras, Johann Görgens, Johann Knoetze
article
Journal of Analytical and Applied Pyrolysis, 2012, 96, pp.24-32
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titre
Characterization of the effects of inter-tree competition on source-sink balance in Chinese pine trees with the GreenLab model
auteur
Hong Guo, Xiangdong Lei, Paul-Henry Cournède, Veronique Letort
article
Trees - Structure and Function, 2012, 26, pp.1057-1067. ⟨10.1007/s00468-012-0683-x⟩
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titre
Model fitting kinetic analysis and characterisation of the devolatilization of coal blends with corn and sugarcane residues
auteur
Akinwale Aboyade, Marion Carrier, Edson Meyer, Johannes Knoetze, Johann Görgens
article
Thermochimica Acta, 2012, 530, pp.95-106
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titre
An optimal control methodology for plant growth--Case study of a water supply problem of sunflower
auteur
Lin Wu, François-Xavier Le Dimet, Philippe de Reffye, Bao-Gang Hu, Paul-Henry Cournède, Meng-Zhen Kang
article
Mathematics and Computers in Simulation, 2012, 82 (5), pp.909-923. ⟨10.1016/j.matcom.2011.12.007⟩
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titre
Parallel Graph Grammars with Instantiation Rules Allow Efficient Structural Factorization of Virtual Vegetation
auteur
Katarina Smolenova, Winfried Kurth, Paul-Henry Cournède
article
Electronic Communications of the EASST, 2012, pp.114-128. ⟨10.14279/tuj.eceasst.61.830.825⟩
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titre
An efficient computational method for global sensitivity analysis and its application to tree growth modelling
auteur
Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède, Amélie Mathieu
article
Reliability Engineering and System Safety, 2012, 107, pp.35-43. ⟨10.1016/j.ress.2011.07.001⟩
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titre
Degradation pathways of holocellulose, lignin and a-cellulose from Pteris vittata fronds in sub- and super critical conditions
auteur
Marion Carrier, Anne Loppinet-Serani, Christelle Absalon, Cyril Aymonier, Michel Mench
article
Biomass and Bioenergy, 2012, 43, pp.65-71. ⟨10.1016/j.biombioe.2012.03.035⟩
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BibTex
titre
Simulation of the topological development of young eucalyptus using a stochastic model and sampling measurement strategy
auteur
Jun Diao, Philippe de Reffye, Xiangdong Lei, Hong Guo, Veronique Letort
article
Computers and Electronics in Agriculture, 2012, 80, pp.105-114. ⟨10.1016/j.compag.2011.10.019⟩
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https://hal.science/hal-00651975/file/Diao_Eucalyptus_tree_CEA_joli.pdf BibTex

Conference papers

titre
Evaluation of the Predictive Capacity of Five Plant Growth Models for Sugar Beet
auteur
Charlotte Baey, Anne Didier, Li Song, Sébastien Lemaire, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède
article
Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications - PMA12, Nov 2012, Shanghai, China. pp.30-37
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https://hal.science/hal-00776389/file/baey_etal.pdf BibTex
titre
Interspecific Variability of Biomass Production of Young Coffea: No Influence of Branch Pruning. Experimental Evidence and Theoretical Analysis
auteur
Veronique Letort, Sylvie Sabatier, Sélastique Akaffou, Serge Hamon, Perla Hamon, P. de Reffye
article
2012 IEEE 4th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, Oct 2012, Shanghai, China. pp.224-227, ⟨10.1109/pma.2012.6524838⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-00781194/file/Coffea.pdf BibTex
titre
SUNLAB: a Functional-Structral Model for Genotypic and Phenotypic Characterization of the Sunflower Crop
auteur
Fenni Kang, Veronique Letort, Hugo Magaldi, Paul-Henry Cournède, Jérémie Lecoeur
article
2012 IEEE 4th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, Oct 2012, Shanghai, China. pp.148-151
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https://centralesupelec.hal.science/hal-00781183/file/final_submitted_sunlab-1_2_.pdf BibTex
titre
Assessment of Parameter Uncertainty in Plant Growth Model Identification
auteur
Yuting Chen, Paul-Henry Cournède
article
2012 IEEE 4th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, Oct 2012, China. CHEN, page 43
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https://hal.science/hal-00776551/file/ChenCournede_0509.pdf BibTex
titre
Source-sink relationships vary with age in Chinese pine (Pinus tabulaeformis Carr.): analysis using the GreenLab model
auteur
Hong Guo, Veronique Letort, Yuanchang Lu, Jun Diao, Philippe de Reffye
article
2012 IEEE 4th International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, Oct 2012, Shanghai, China. pp.148-151, ⟨10.1109/pma.2012.6524826⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-00781173/file/paper_35_LAST.pdf BibTex
titre
Registration of free-breathing abdominal 3D contrast-enhanced CT
auteur
Blandine Romain, Veronique Letort, Olivier Lucidarme, Florence d'Alché-Buc, Laurence Rouet
article
4th International Workshop on Abdominal Imaging. Computational and Clinical Applications, Held in Conjunction with MICCAI 2012, Oct 2012, Nice, France. pp.274-282, ⟨10.1007/978-3-642-33612-6_29⟩
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https://hal.science/hal-00780707/file/Romain_MICCAI12.pdf BibTex
titre
Limit theorems and inequalities via martingales methods
auteur
J. -R. Chazottes, Christophe Cuny, J Dedecker, Xiequan Fan, Sarah Lemler
article
Journées MAS 2012, Aug 2012, Clermont-Ferrand, France. pp.177-196
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BibTex
titre
Filtrage par noyaux de convolution itératif
auteur
Yuting Chen, Benoît Bayol, Cédric Loi, Samis Trevezas, Paul-Henry Cournède
article
Les 44 Journées de Statistique, May 2012, Bruxelles, Belgique. pp.CHEN
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https://hal.science/hal-00776397/file/CHEN.pdf BibTex
titre
Optimisation of reconstruction for the registration of CT liver perfusion sequences
auteur
Blandine Romain, Veronique Letort, Olivier Lucidarme, Florence d'Alché-Buc, Laurence Rouet
article
SPIE Medical Imaging 2012, Feb 2012, San Diego, United States. ⟨10.1117/12.910929⟩
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https://hal.science/hal-00744964/file/romain2012.pdf BibTex

2011

Journal articles

titre
基于GreenLab原理构建油松成年树的结构-功能模型 (A functional-structural model for adults of Pinus tabulaeformis based on GreenLab)
auteur
Hong Guo, Xiangdong Lei, Veronique Letort, Yuanchang Lu
article
Chinese Journal of Plant Ecology, 2011, 35 (4), pp.422-430. ⟨10.3724/SP.J.1258.2011.00422⟩
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https://hal.science/hal-00781236/file/Guo_Hong_2011_Chinese_J._of_Plant_Ecology.pdf BibTex
titre
Analysing the effects of local environment on the source-sink balance of Cecropia sciadophylla: a methodological approach based on model inversion
auteur
Veronique Letort, Patrick Heuret, Paul Camilo Zalamea, P. de Reffye, Eric A. Nicolini
article
Annals of Forest Science, 2011, 69, pp.167-180. ⟨10.1007/s13595-011-0131-x⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-00780347/file/Letort2011AFS.pdf BibTex
titre
Vacuum pyrolysis of intruder plant biomasses
auteur
Willem de Jongh, Marion Carrier, J.H. (hansie) Knoetze
article
Journal of Analytical and Applied Pyrolysis, 2011, 92 (1), pp.184-193
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BibTex
titre
Growth and development simulation based on functional-structural model GreenLab for poplar (Salicaceae)
auteur
Yang Gang, Cao Weiqun, Liu Dongxiang, Meng Zhen Kang, Veronique Letort, Xing Meijun, Huang Xinyuan
article
African Journal of Agricultural Research, 2011, 6 (13), pp.3071-3077
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https://centralesupelec.hal.science/hal-00780322/file/Yang_2011_AJAR_poplar.pdf BibTex
titre
NEMA, a functional-structural model of nitrogen economy within wheat culms after flowering. II. Evaluation and sensitivity analysis
auteur
Jessica Bertheloot, Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède, Bruno Andrieu
article
Annals of Botany, 2011, 108 (6), pp.1097-1109. ⟨10.1093/aob/mcr125⟩
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BibTex
titre
Non-isothermal kinetic analysis of the devolatilization of corn cobs and sugar cane bagasse in an inert atmosphere
auteur
Akinwale Aboyade, Thomas Hugo, Marion Carrier, Edson Meyer, Ralph Stahl, Johannes Knoetze, Johann Görgens
article
Thermochimica Acta, 2011, 517 (1-2), pp.81-89
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BibTex
titre
Thermogravimetric analysis as a new method to determine the lignocellulosic composition of biomass
auteur
Marion Carrier, Anne Loppinet-Serani, Dominique Denux, Jean-Michel Lasnier, Frédérique Ham-Pichavant, François Cansell, Cyril Aymonier
article
Biomass and Bioenergy, 2011, 35 (1), pp.298-307. ⟨10.1016/j.biombioe.2010.08.067⟩
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BibTex
titre
Comparison of slow and vacuum pyrolysis of sugar cane bagasse
auteur
Marion Carrier, Thomas Hugo, Johann Gorgens, Hansie Knoetze
article
Journal of Analytical and Applied Pyrolysis, 2011, 90 (1), pp.18-26
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BibTex
titre
Conversion of fern (Pteris vittata L.) biomass from a phytoremediation trial in sub- and supercritical water conditions
auteur
Marion Carrier, Anne Loppinet-Serani, Christelle Absalon, Frederic Marias, Cyril Aymonier, Michel Mench
article
Biomass and Bioenergy, 2011, 35 (2), pp.872-883. ⟨10.1016/j.biombioe.2010.11.007⟩
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BibTex
titre
Simulation of fruit-set and trophic competition and optimization of yield advantages in six Capsicum cultivars using functional-structural plant modelling
auteur
Yuntao Ma, A. M. Wubs, E. Heuvelink, Amélie Mathieu, J. Y. Zhu, Bao-Gang Hu, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye
article
Annals of Botany, 2011, 107 (5), pp.793-803. ⟨10.1093/aob/mcq223⟩
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BibTex
titre
Some Parameter Estimation Issues in Functional-Structural Plant Modelling
auteur
Paul-Henry Cournède, Veronique Letort, Amélie Mathieu, Meng Zhen Kang, Sébastien Lemaire, Samis Trevezas, François Houllier, Philippe de Reffye
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2011, 6 (2), pp.133-159. ⟨10.1051/mmnp/20116205⟩
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https://centralesupelec.hal.science/hal-00631509/file/cournede_etal_MMNP_6_2_pp133-159.pdf BibTex
titre
Characterization of the interactions between architecture and source-sink relationships in winter oilseed rape (Brassica napus) using the GreenLab model
auteur
Alexandra Jullien, Amélie Mathieu, Jean-Michel Allirand, Amélie Pinet, Philippe de Reffye, Paul-Henry Cournède, Bertrand Ney
article
Annals of Botany, 2011, 107 (5), pp.765-779. ⟨10.1093/aob/mcq205⟩
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BibTex
titre
NEMA, a functional-structural model of nitrogen economy within wheat culms after flowering. I.Model description
auteur
Jessica Bertheloot, Paul-Henry Cournède, Bruno Andrieu
article
Annals of Botany, 2011, 108 (6), pp.1085-1096. ⟨10.1093/aob/mcr119⟩
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Conference papers

titre
A methodology to study Complex Biophysical Systems with Global Sensitivity Analysis
auteur
Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède
article
ESREL2011, Antoine Grall, Sep 2011, Troyes, France
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BibTex
titre
Bayesian Estimation in Functional-Structural Plant Models with Stochastic Organogenesis
auteur
Cédric Loi, Paul-Henry Cournède, Samis Trevezas
article
14th Applied Stochastic Models and Data Analysis International Conference (ASMDA 2011), Jun 2011, Rome, Italy
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https://inria.hal.science/hal-00653672/file/article-ASMDA2011_Final.pdf BibTex
titre
Using a hierarchical segmented model to assess the dynamics of leaf appearance in plant populations.
auteur
Charlotte Baey, Paul-Henry Cournède
article
14th Applied Stochastic Models and Data Analysis International Conference (ASMDA 2011), Jun 2011, Rome, Italy
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https://inria.hal.science/inria-00602419/file/BaeyCournede_ASMDA2011.pdf BibTex

Book sections

titre
Parameterization of plant growth models to characterize genotype by environment interactions: a methodology adapted to breeding programs
auteur
Fenni Kang, Thomas Galinier, Paul-Henry Cournède, Jérémie Lecoeur
article
Halford, N. and Semenov, M. Aspects of Applied Biology 107: Systems Approaches to Crop Improvement, The Association of Applied Biologists, pp.27-35, 2011
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Preprints, Working Papers, ...

titre
Irrigation Optimization by Modeling of Plant-Soil Interaction
auteur
Zhongping Li, Paul-Henry Cournède, Jean-Claude Mailhol
article
2011
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https://hal.science/hal-00606408/file/ASM2011proceedings715-093.pdf BibTex

2010

Journal articles

titre
Optimization of source-sink dynamics in plant growth for ideotype breeding: a case study on maize
auteur
Rui Qi, Yuntao Ma, Baogang Hu, Philippe de Reffye, Paul-Henry Cournède
article
Computers and Electronics in Agriculture, 2010, 71 (1), pp.96-105. ⟨10.1016/j.compag.2009.12.008⟩
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https://hal.science/hal-00493526/file/QIetal_COMPAG.pdf BibTex
titre
A stochastic model of tree architecture and biomass partitioning: application to Mongolian Scots pines
auteur
Feng Wang, Mengzhen Kang, Qi Lu, Véronique Letort, Hui Han, Yan Guo, P. de Reffye, Baoguo Li
article
Annals of Botany, 2010, pp.1-20. ⟨10.1093/aob/mcq218⟩
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BibTex
titre
Quantitative analysis of melanocyte migration in vitro based on automated cell tracking under phase contrast microscopy considering the combined influence of cell division and cell-matrix interactions.
auteur
Véronique Letort, Sylvain Fouliard, Gaëlle Letort, Ivan Adanja, Mayuko Kumasaka, Stuart Gallagher, Olivier Debeir, Lionel Larue, Françoise Xavier
article
Mathematical Modelling of Natural Phenomena, 2010, 5 (1), pp.4-33. ⟨10.1051/mmnp/20105101⟩
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https://hal.science/hal-00546727/file/MMNP-format.pdf BibTex
titre
Comparison of three approaches to model grapevine organogenesis in conditions of fluctuating temperature, solar radiation and soil water content
auteur
Benoît Pallas, Cedric Loi, Angélique Christophe, Paul-Henry Cournède, Jérémy Lecoeur
article
Annals of Botany, 2010, 107 (5), pp.Non connues. ⟨10.1093/aob/mcq173⟩
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Conference papers

titre
Sensitivity analysis of GreenLab model for maize
auteur
Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède
article
3rd international symposium on Plant Growth and Applications (PMA09), Nov 2010, Beijing, China
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https://inria.hal.science/inria-00532950/file/WU_04072009.pdf BibTex
titre
Assessment of Non-Linearity in Functional-Structural Plant Models
auteur
Qiongli Wu, Jessica Bertheloot, Amélie Mathieu, Bruno Andrieu, Paul-Henry Cournède
article
FSPM 2010 - 6th International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Sep 2010, Davis, California, United States
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https://inria.hal.science/hal-01192293/file/Wu_etal_FSPM10_V_after_review.pdf BibTex
titre
The use of Sensitivity Analysis for the design of Functional Structural Plant Models
auteur
Qiongli Wu, Paul-Henry Cournède
article
Sixth international conference on sensitivity analysis of model output, Jul 2010, Milan, Italy. pp.7768-7769
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https://hal.science/hal-00534046/file/submitted_HAL.pdf BibTex
titre
A stochastic, functional-structural model for cotton plants
auteur
Dong Li, Veronique Letort, Meng Zhen Kang, Feng Wang, Yan Guo, Baoguo Li, P. de Reffye, Zhigang Zhan
article
Functional-Structural Plant Models, Jul 2010, Davis, United States. pp.20-22
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BibTex
titre
A symbolic method to compute the probability distribution of the number of pattern occurences in random texts generated by stochastic 0L-systems
auteur
Cedric Loi, Paul-Henry Cournède, Jean Françon
article
21st International Meeting on Probabilistic, Combinatorial, and Asymptotic Methods in the Analysis of Algorithms (AofA'10), 2010, Vienna, Austria. pp.473-488, ⟨10.46298/dmtcs.2774⟩
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https://inria.hal.science/inria-00529137/file/dmAM0133.pdf BibTex

Book sections

titre
Nitrogen acquisition and utilization by crops: review of different approaches and proposition of a mechanistic modeling
auteur
Jessica Bertheloot, Paul-Henry Cournède, Bruno Andrieu
article
Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications: proceedings, 9-13 November 2009, Beijing, China, IEEE Computer Society, 454 p., 2010, Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, 978-0-7695-3988-1
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Master thesis

titre
Etude d'un modèle de croissance tumorale
auteur
Gaëlle Drouot, Cédric Adam
article
Sciences de l'ingénieur [physics]. 2010
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BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
A symbolic method to analyse patterns in plant structure whose organogenesis is driven by a multitype branching process
auteur
Cedric Loi, Paul-Henry Cournède, Jean Françon
article
2010
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https://inria.hal.science/inria-00546309/file/JCST_LOI_final.pdf BibTex

2009

Journal articles

titre
A dynamic model of plant growth with interactions between development and functional mechanisms to study plant structural plasticity related to trophic competition.
auteur
A. Mathieu, Paul-Henry Cournède, Véronique Letort, Daniel Barthélémy, P. de Reffye
article
Annals of Botany, 2009, 103 (8), pp.1173-1186. ⟨10.1093/aob/mcp054⟩
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BibTex
titre
基于GreenLab的油松结构-功能模型 (A FUNCTIONAL-STRUCTURAL MODEL GREENLAB FOR PINUS TABULAEFORMIS)
auteur
Hong Guo, Xiangdong Lei, Veronique Letort, Yuanchang Lu, Philippe de Reffye
article
Chinese Journal of Plant Ecology, 2009, 33 (5), pp.950-957. ⟨10.3773/j.issn.1005-264x.2009.05.014⟩
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https://hal.science/hal-00781242/file/Guo_Hong_2009_Chinese_J_of_Plant_Ecology.pdf BibTex
titre
Une histoire de la modélisation des plantes
auteur
Philippe de Reffye, Marc Jaeger, Paul-Henry Cournède
article
Interstices, 2009
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BibTex
titre
Using a mathematical model to evaluate the trophic and non-trophic determinants of axis development in grapevine (Vitis vinifera L.)
auteur
Benoit Pallas, Angélique Christophe, Paul-Henry Cournède, Jérémie Lecoeur
article
Functional Plant Biology, 2009, 36, pp.156-170
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BibTex
titre
Removal of herbicide diuron and thermal degradation products under Catalytic Wet Air Oxidation conditions
auteur
Marion Carrier, M. Besson, C. Guillard, E. Gonze
article
Applied Catalysis B: Environmental, 2009, 91 (1-2), pp.275-283. ⟨10.1016/j.apcatb.2009.05.036⟩
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BibTex
titre
Using a mathematical model to evaluate the trophic and non-trophic determinants of axis development in grapevine
auteur
Benoit Pallas, Angélique Christophe, Paul-Henry Cournède, Jérémie Lecoeur
article
Functional Plant Biology, 2009, 36 (2), pp.156-170. ⟨10.1071/fp08178⟩
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BibTex
titre
Photocatalytic Degradation of Diuron: Experimental Analyses and Simulation of HO degrees Radical Attacks by Density Functional Theory Calculations
auteur
Marion Carrier, C. Guillard, M. Besson, C. Bordes, H. Chermette
article
Journal of Physical Chemistry A, 2009, 113 (22), pp.6365-6374. ⟨10.1021/jp810146v⟩
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BibTex
titre
Application of the GreenLab model to simulate and optimize wood production and tree stability: a theoretical study
auteur
Rui Qi, Véronique Letort, M. Z. Kang, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye, Thierry Fourcaud
article
Silva Fennica, 2009, 43 (3), pp.465-487
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https://hal.science/halsde-00436297/file/2009_Qi_Silva%20Fenn_1.pdf BibTex

Conference papers

titre
Modeling branching effects on source-sink relationships of the cotton plant
auteur
Dong Li, Véronique Letort, Yan Guo, P. de Reffye, Zhigang Zhan
article
2009 Plant Growth Modeling And Applications, Nov 2009, Beijing, China. pp.293-300
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00546791/file/paper_57.pdf BibTex
titre
Preliminary Functional-Structural Modeling on Poplar (Salicaceae)
auteur
Dongxiang Liu, Meng Zhen Kang, Véronique Letort, Meijun Xing, Yang Gang, Xinyuan Huang, Weiqun Cao
article
Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Beijing, China. pp.49-52, ⟨10.1109/pma.2009.47⟩
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https://hal.science/hal-00546787/file/paper_49.pdf BibTex
titre
Analysis of Cecropia sciadophylla Morphogenesis Based on a Sink-Source Dynamic Model
auteur
Véronique Letort, Patrick Heuret, Paul Camilo Zalamea, Eric A. Nicolini, P. de Reffye
article
2009 Plant Growth Modeling And Applications, Nov 2009, Beijing, China. pp.10-17
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https://hal.science/hal-00546782/file/Cecropia_revised.pdf BibTex
titre
Towards a continuous approach of functional-structural plant growth
auteur
Zhongping Li, Vincent Le Chevalier, Paul-Henry Cournède
article
Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Beijing, China. pp.334-340, ⟨10.1109/PMA.2009.69⟩
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https://hal.science/hal-00529351/file/PMA09.pdf BibTex
titre
Applying GreenLab Model to Adult Chinese Pine Trees with Topology Simplification
auteur
Hong Guo, Véronique Letort, Xiangdong Lei, Yuanchang Lu, P. de Reffye
article
Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications - PMA09, Nov 2009, Beijing, China. pp.58-64
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00546792/file/paper_33.pdf BibTex
titre
Plants as Combinatorial Structures and Applications
auteur
Cedric Loi, Paul-Henry Cournède, Jean Françon
article
Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Pékin, China. pp.319-326, ⟨10.1109/pma.2009.27⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/inria-00546283/file/PMA46_Loi.pdf BibTex
titre
Calibration of topological development in the procedure of parametric identification: application to the stochastic GreenLab model for Pinus Sylvestris var. Mongolica
auteur
Feng Wang, Meng Zhen Kang, Hui Han, Qi Lu, Véronique Letort, Yan Guo, P. de Reffye, Baoguo Li
article
2009 Plant Growth Modeling And Applications, Nov 2009, Beijing, China. pp.26-33
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00546799/file/pma09_submission_64.pdf BibTex
titre
Impact of topology on plant functioning : a theoretical analysis based on the GreenLab model equations
auteur
Véronique Letort, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye
article
2009 Plant Growth Modeling And Applications, Nov 2009, Beijing, China. pp.341-348
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https://hal.science/hal-00546801/file/LetortPMA09_revised.pdf BibTex
titre
Comparison between empirical or functional sinks of organs - Application on Tomato plant
auteur
Baogui Zhang, Meng Zhen Kang, Véronique Letort, Xiujuan Wang, P. de Reffye
article
2009 Plant Growth Modeling And Applications, Nov 2009, Beijing, China. pp.191-197
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https://hal.science/hal-00546803/file/paper_60.pdf BibTex
titre
Stochastic models in floral biology and its application to the study of oilseed rape (Brassica napus L.) fertility
auteur
Wang Xiujuan, Amélie Mathieu, Paul-Henry Cournède, Jean-Michel Allirand, Alexandra Jullien, Philippe de Reffye, Bao Gui Zhang
article
Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Beijing, China
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https://inria.hal.science/inria-00529375/file/PID1083909.pdf BibTex
titre
A stochastic growth model of grapevine with full interaction between environment, trophic competition and plant development.
auteur
Benoit Pallas, Cedric Loi, Angélique Christophe, Paul-Henry Cournède, Jérémie Lecoeur
article
Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Pékin, China. pp.95-102
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https://inria.hal.science/inria-00546291/file/PMA_2009.pdf BibTex
titre
A Forest Growth Simulator Based on Functional-Structural Modelling of Individual Trees
auteur
Paul-Henry Cournède, Thomas Guyard, Benoit Bayol, Sébastien Griffon, François de Coligny, Philippe Borianne, Marc Jaeger, Philippe de Reffye
article
Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), IEEE, Nov 2009, Beijing, China. pp.34-41, ⟨10.1109/PMA.2009.55⟩
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https://inria.hal.science/inria-00529096/file/cournede_etal_competition_PMA09_2.pdf BibTex
titre
Analysis of the density effects on the source-sink dynamics in Sugar-Beet growth
auteur
Sébastien Lemaire, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède, Jean-Michel Allirand, Bertrand Ney, P. de Reffye
article
Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Beijing, China. 454 p
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https://inria.hal.science/inria-00543137/file/PMA09_Lemaire_etal.pdf BibTex
titre
Modeling Inter-Individual Variability in Sugar Beet Populations
auteur
P. de Reffye, Sébastien Lemaire, Nitish Srivastava, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède
article
Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Nov 2009, Beijing, China
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https://inria.hal.science/inria-00537646/file/dereffye_etal_PMA09_final.pdf BibTex
titre
Simulation of morphological plasticity of Acacia tortilis in response to herbivore attacks
auteur
Amélie Mathieu, Véronique Letort, Renaud Gosset, Jacques Gignoux, Paul-Henry Cournède
article
Third International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications (PMA09), Saisissez le nom du laboratoire, du service ou du département., Ville service., 2009, Beijing, China. 454 p
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https://inria.hal.science/inria-00543136/file/Acacia_IEEE.pdf BibTex

Book sections

titre
A Functional-Structural Plant Model: Theories and its Applications in Agronomy
auteur
Meng Zhen Kang, Paul-Henry Cournède, Amélie Mathieu, Veronique Letort, Rui Qi
article
Cao, W. and White, J. and Wang, E. Crop Modeling and Decision Support, Springer, pp.148-160, 2009, 978-3-642-01131-3. ⟨10.1007/978-3-642-01132-0_16⟩
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BibTex

Habilitation à diriger des recherches

titre
Dynamic System of Plant Growth
auteur
Paul-Henry Cournède
article
Mathematics [math]. Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2009
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https://theses.hal.science/tel-00377462/file/hdr.pdf BibTex

2008

Journal articles

titre
Ultrasonic cavitation applied to the treatment of bisphenol A. Effect of sonochemical parameters and analysis of BPA by-products
auteur
Ricardo Torres, Christian Pétrier, Evelyne Combet, Marion Carrier, Cesar Pulgarin
article
Ultrasonics Sonochemistry, 2008, 15 (4), pp.605 - 611. ⟨10.1016/j.ultsonch.2007.07.003⟩
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BibTex
titre
Rhythms and alternating patterns in plants as emergent properties of a model of interaction between development and functioning
auteur
Amélie Mathieu, Daniel Barthélémy, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye
article
Annals of Botany, 2008, 101 (8), pp.1233-1242. ⟨10.1093/aob/mcm171⟩
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BibTex
titre
Computing competition for light in the GREENLAB model of plant growth: a contribution to the study of the effects of density on resource acquisition and architectural development.
auteur
Paul-Henry Cournède, Amélie Mathieu, François Houllier, Daniel Barthélémy, Philippe de Reffye
article
Annals of Botany, 2008, 101 (8), pp.1207-1219. ⟨10.1093/aob/mcm272⟩
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BibTex
titre
Analytical study of a stochastic plant growth model: application to the GreenLab model
auteur
M. Z. Kang, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye, Daniel Auclair, Bao-Gang Hu
article
Mathematics and Computers in Simulation, 2008, 78 (1), pp.57-78. ⟨10.1016/j.matcom.2007.06.003⟩
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BibTex
titre
A model-based analysis of the dynamics of carbon balance at the whole-plant level in Arabidopsis thaliana
auteur
Angélique Christophe, Veronique Letort, Irène Hummel, Paul-Henry Cournède, P. de Reffye, Jérémie Lecoeur
article
Functional Plant Biology, 2008, 35, pp.1147-1162. ⟨10.1071/FP08099⟩
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BibTex
titre
Quantitative genetics and functional-structural plant growth models : Simulation of quantitative trait loci detection for model parameters and application to potential yield optimization
auteur
Véronique Letort, Paul Mahe, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye, Brigitte Courtois
article
Annals of Botany, 2008, 101 (8), pp.1243-1254. ⟨10.1093/aob/mcm197⟩
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https://arxiv.org/pdf/1010.5222 BibTex
titre
Parameter optimization and field validation of the functional-structural model GREENLAB for Maize at different population densities
auteur
Yuntao Ma, Wen Meiping, Yan Guo, Baoguo Li, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye
article
Annals of Botany, 2008, 101 (8), pp.1185-1194. ⟨10.1093/aob/mcm233⟩
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BibTex
titre
Structural Identifiability of Generalized Constraint Neural Network Models for Nonlinear Regression
auteur
Shuang-Hong Yang, Bao-Gang Hu, Paul-Henry Cournède
article
Neurocomputing, 2008, 72 (1-3), pp.392-400. ⟨10.1016/j.neucom.2007.12.013⟩
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BibTex
titre
Parametric identification of a functional-structural tree growth model and application to beech trees (Fagus sylvatica)
auteur
Veronique Letort, Paul-Henry Cournède, Amélie Mathieu, Philippe de Reffye, Thiéry Constant
article
Functional Plant Biology, 2008, 35, pp.951-963. ⟨10.1071/fp08065⟩
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https://inria.hal.science/inria-00529461/file/Letort_et_al_2008_FSPM07_Beech_tree_Postprint.pdf BibTex

Conference papers

titre
A Functional-Structural Plant Model-Theory and Applications in Agronomy
auteur
Meng Zhen Kang, Paul-Henry Cournède, Amélie Mathieu, Véronique Letort, Rui Qi, Zhi Gang Zhan
article
International Symposium on Crop Modeling and Decision Support: ISCMDS 2008, Apr 2008, Nanjing, China
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https://inria.hal.science/inria-00380520/file/ISCMDS08_Kang.pdf BibTex
titre
A morphogenetic crop model for sugar-beet (Beta vulgaris L.)
auteur
Sébastien Lemaire, Fabienne Maupas, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye
article
ISCMDS, Apr 2008, Nanjing, China
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https://inria.hal.science/inria-00336415/file/A_morphogenetic_crop_model_for_sugar_beet_ISCMDS_final.pdf BibTex

Book sections

titre
Modélisation et simulation de l'architecture et de la production végétales
auteur
Philippe de Reffye, Daniel Barthélémy, Paul-Henry Cournède, Marc Jaeger
article
Francis Hallé. Aux origines des plantes : des plantes anciennes à la botanique du XXIe siècle, Fayard, pp.184-227, 2008
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titre
Plant growth models
auteur
Philippe de Reffye, E. Heuvelink, Daniel Barthélémy, Paul-Henry Cournède
article
Jorgensen, S. E., Fath, B. D. Encyclopedia of Ecology, Elsevier, pp.2824-2838, 2008
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Reports

titre
A Markovian framework to formalize stochastic L-systems and application to models of plant development
auteur
Cédric Loi, Paul-Henry Cournède
article
[Research Report] RR-6830, INRIA. 2008, pp.24
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https://inria.hal.science/inria-00359515/file/RR-6830.pdf BibTex
titre
Computing the moments of probability distributions for branching processes
auteur
Cédric Loi, Paul-Henry Cournède
article
[Research Report] RR-6728, INRIA. 2008, pp.23
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https://inria.hal.science/inria-00340055/file/RR-6728.pdf BibTex

Theses

titre
Adaptation of the GreenLab growth model to plants with complex architectures and multi-scale analysis of source-sink relationships for parametric identification.
auteur
Veronique Letort
article
Vegetal Biology. Ecole Centrale Paris, 2008. English. ⟨NNT : ⟩
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https://theses.hal.science/tel-00365172/file/These.pdf BibTex

2007

Journal articles

titre
Simulation and Visualisation of Functional Landscapes: Effects of the Water Resource Competition between Plants
auteur
Vincent Le Chevalier, Marc Jaeger, Xing Mei, Paul-Henry Cournède
article
Journal of Computer Science and Technology, 2007, 22 (6), pp.835-845. ⟨10.1007/s11390-007-9105-8⟩
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https://inria.hal.science/inria-00547631/file/JCST2007_22_6_VFinale_auteur.pdf BibTex

2006

Journal articles

titre
A dynamical model of plant growth with full retroaction between organogenesis and photosynthesis
auteur
Amélie Rostand-Mathieu, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye
article
Revue Africaine de Recherche en Informatique et Mathématiques Appliquées, 2006, 7ème Colloque Africain sur la Recherche en Informatique (CARI'04), Volume 4, 2006, pp.101-107. ⟨10.46298/arima.1844⟩
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https://inria.hal.science/inria-00122478/file/arima00407.pdf BibTex
titre
Kinetics and reactional pathway of Imazapyr photocatalytic degradation Influence of pH and metallic ions
auteur
Marion Carrier, Nathalie Perol, Jean-Marie Hermann, Bordes Claire, Horikoshi Satoshi, Jean-Olivier Païssé, Robert Baudot, Guillard Chantal
article
Applied Catalysis B: Environmental, 2006, 65 (1-2), pp.11-20. ⟨10.1016/j.apcatb.2005.11.014⟩
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BibTex
titre
Structural Factorization of Plants to Compute their Functional and Architectural Growth
auteur
Paul-Henry Cournède, M.Z. Kang, A. Mathieu, Jean-François Barczi, H.P. Yan, B.G. Hu, Philippe de Reffye
article
SIMULATION: Transactions of The Society for Modeling and Simulation International, 2006, Simulation,Transactions of the society for modelling and simulation international, 82 (7), pp.427-438. ⟨10.1177/0037549706069341⟩
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https://inria.hal.science/inria-00121231/file/2006Simulation_Cournede.pdf BibTex
titre
Positivity statements for a Mixed-Element-Volume scheme on fixed and moving grids
auteur
Bruno Koobus, Paul-Henry Cournède, Alain Dervieux
article
Revue Européenne de Mécanique Numérique/European Journal of Computational Mechanics, 2006, 15 (7-8), pp.767-798. ⟨10.3166/remn.15.767-798⟩
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BibTex

Conference papers

titre
Adaptation of the GreenLab model for analyzing sink-source relationships in Chinese Pine saplings
auteur
Hong Guo, Veronique Letort, Lingxia Hong, Thierry Fourcaud, Paul-Henry Cournède, Yuanchang Lu, Philippe de Reffye
article
PMA06, Plant growth modeling, Simulation, Visualization and Applications, Nov 2006, Beijing, China. pp.236-243
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https://hal.science/hal-00576583/file/article_for_Proceeding-2007_09_03_WH.pdf BibTex
titre
Effect of topological and phenological changes on biomass partitioning in Arabidopsis thaliana inflorescence: a preliminary model-based study
auteur
Veronique Letort, Paul-Henry Cournède, Jérémie Lecoeur, Irène Hummel, Philippe de Reffye, Angélique Christophe
article
PMA06, Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and applications, Nov 2006, Beijing, China. pp.65-69
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https://hal.science/hal-00576589/file/Proceedings_Arabido.pdf BibTex
titre
Generation of rhythms in plant development controlled by their functioning: theoretical and numerical study
auteur
Amélie Mathieu, Paul-Henry Cournède, Daniel Barthélémy, Philippe de Reffye
article
2. International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, Nov 2006, Beijing, China
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BibTex
titre
Rhythms and alternating patterns in plants as emergent properties of a model of interaction between development and functioning
auteur
Amélie Mathieu, Paul-Henry Cournède, Daniel Barthélémy, Philippe de Reffye
article
Second International Symposium on Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and Applications, PMA06, Nov 2006, Beijin, China. ⟨10.1093/aob/mcm171⟩
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BibTex
titre
Optimizing plant growth model parameters for genetic selection based on QTL mapping
auteur
Veronique Letort, Paul Mahe, Paul-Henry Cournède, P. de Reffye, Brigitte Courtois
article
Plant Growth Modeling, Simulation, Visualization and applications, Nov 2006, Beijing, China. pp.16-21
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https://centralesupelec.hal.science/hal-00829810/file/Letort-QTLoptim_submitted.pdf BibTex
titre
Toxic effects of degradated Diuron by advanced oxidation processes (AOPs) on microalgae and rotifere
auteur
Marion Carrier, Anne Ponticelli, Agnes Bouchez, B. Vollat, M. Besson, Christine Guillard, Bernard Montuelle
article
Analytical Chemistry and Ecotoxicology, Feb 2006, Geneve, Switzerland
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BibTex
titre
Treatment of herbicides by Advanced Oxidation Processes
auteur
Marion Carrier, M. Besson, E. Gonze, C. Petrier, Agnes Bouchez, B. Vollat, B. Montuelle, C. Guillard
article
4th European Meeting on Solar Chemistry and Photocatalysis: Environmental Applications, 2006, Las Palmas de Gran Canaria, Spain
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BibTex
titre
Toxic effect of degradated Diuron by Advanced Oxidation Processes (AOPs) on microalgae and rotifere
auteur
Marion Carrier, A. Ponticelli, Agnes Bouchez, B. Vollat, M. Besson, C. Guillard, B. Montuelle
article
Workshop Analytical Chemistry and Ecotoxicology, 2006, Genève, Switzerland
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BibTex
titre
Comparison of advanced oxidation processes (AOPs) for decontamination of water containing Diuron
auteur
Marion Carrier, M. Besson, C. Guillard, E. Gonze, C. Pétrier, A. Ponticelli, Agnes Bouchez, B. Vollat, B. Montuelle
article
First European Conference on Environmental Applications of Advanced Oxidation Processes, EAAOP-1, 2006, Chania, Greece. 7-9 septembre
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2005

Journal articles

titre
A Water Supply Optimization Problem for Plant Growth Based on GreenLab Model
auteur
Lin Wu, Philippe de Reffye, Bao-Gang Hu, François-Xavier Le Dimet, Paul-Henry Cournède
article
Revue Africaine de Recherche en Informatique et Mathématiques Appliquées, 2005, Volume 3, Special Issue CARI'04, november 2005, pp.197-207. ⟨10.46298/arima.1836⟩
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https://inria.hal.science/hal-01261708/file/CARI04_09.pdf BibTex
titre
GreenLab: A Dynamical Model of Plant Growth for Environmental Applications
auteur
Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye
article
ERCIM News, 2005, Special : Environmental Modelling, 61, pp.39-40
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BibTex

Conference papers

titre
Elimination de phytosanitaires par des procédés d'oxydation avancés
auteur
Marion Carrier, M. Besson, C. Guillard, E. Gonze
article
Journée SFC Rhône-Alpes, 2005, Le Bourget du Lac, France. pp.16 juin
Accès au bibtex
BibTex
titre
Treatment of agricultural wastewater containing herbicides by Advanced Oxidation Processes
auteur
Marion Carrier, M. Besson, C. Guillard, E. Gonze
article
RAC-2005, Recent Advances in Catalysis, 2005, Rennes, France. 5-9 Septembre
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BibTex
titre
Influence of Interfacial Forces on the Hyperbolicity of the Two-Fluid Model
auteur
Michael Ndjinga, Anela Kumbaro, Florian de Vuyst, Pascal Laurent-Gengoux
article
5th International Symposium on Multiphase Flow, Heat Mass Transfer and Energy Conversion, 2005, Xi'an, China
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https://hal.science/hal-00019387/file/ISMF05_Paper_Ndjinga.pdf BibTex

2004

Conference papers

titre
Theoretical Study and Numerical Simulation of a Stochastic Model for Plant Growth
auteur
M.Z. Kang, Paul-Henry Cournède, J. Le Roux, Philippe de Reffye, B.G. Hu
article
7th African Conference on Research in Computer Science, Nov 2004, Hammamet, Tunisia
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BibTex
titre
A Water Supply Optimization Problem for Plant Growth Based on GreenLab Model
auteur
L. Wu, François-Xavier Le Dimet, B.G. Hu, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye
article
7éme Colloque Africain sur la Recherche en Informatique (CARI'04), Nov 2004, Mammamet, Tunisia
Accès au bibtex
BibTex
titre
The Influence of Photosynthesis on the Number of Metamers per Growth Unit in GreenLab Model
auteur
Amelie Mathieu, Paul-Henry Cournède, Philippe de Reffye
article
4TH International Workshop on Functional-Structural Plant Models, Jun 2004, Montpellier, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00124845/file/MathieuPaper4.pdf BibTex