Publications HAL de Bahram Houchmandzadeh; Delphine Ropers; Natale Scaramozzino; Dawid Alexandre; Johannes Geiselmann; MARKOWICZ Yves; CINQUEMANI Eugenio; MARGUET Aline; BELCOUR Arnaud; FONTE SANCHEZ Claudia; Thibault Clavier; Charles Medous; Elizabeth Barthelemy; Maaike Fonsine Sangster; Antrea Pavlou; Gabriel Joel Espel; Nasab Reda; Vanessa Escobar

2026

Journal articles

titre
A master equation approach to the n-coalescent problem
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
Physical Review E , 2026, 113 (2), pp.024404. ⟨10.1103/yw3t-dwnb⟩
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https://hal.science/hal-05344723/file/ME_coalescent_v2.pdf BibTex
titre
A Novel Biomimetic Opto-electronic Nose Combining Cross-Reactive Peptides with Selective Phage Display Peptides for Enhanced Performance
auteur
Vanessa Escobar, Sophie Brenet, Charlotte Hurot, Marielle El Kazzy, Jonathan Weerakkody, Raphael Mathey, Natale Scaramozzino, Arnaud Buhot, Yanxia Hou
article
Biosensors and Bioelectronics, 2026, 302, pp.118551. ⟨10.1016/j.bios.2026.118551⟩
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Preprints, Working Papers, ...

titre
Antibody targeting the anti-parallel topology of human telomeric G-quadruplex DNA
auteur
Nasab Reda, Sofia Muret, Clément Estève, Emilie Derathe, Maria Fidélia Susanto, Eve Pitot, Hugues Bonnet, Thomas Lavergne, Dennis Gomez, Jérôme Dejeu, Natale Scaramozzino, Eric Defrancq
article
2026
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2025

Journal articles

titre
Predicting coarse-grained representations of biogeochemical cycles from metabarcoding data
auteur
Arnaud Belcour, Loris Megy, Sylvain Stephant, Caroline Michel, Sétareh Rad, Petra Bombach, Nicole Dopffel, Hidde de Jong, Delphine Ropers
article
Bioinformatics, 2025, 41 (Supplement_1), pp.i49-i57. ⟨10.1093/bioinformatics/btaf230⟩
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https://inria.hal.science/hal-04938367/file/btaf230.pdf BibTex
titre
Antibody targeting the anti-parallel topology of human telomeric G-quadruplex DNA
auteur
Nasab Reda, Sofia Muret, Clément Estève, Emilie Derathe, Maria Fidélia Susanto, Eve Pitot, Hugues Bonnet, Thomas Lavergne, Dennis Gomez, Jérôme Dejeu, Natale Scaramozzino, Eric Defrancq
article
BioRxiv, 2025, ⟨10.1101/2025.05.13.653741⟩
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titre
When lowering temperature, the in vivo circadian clock in cyanobacteria follows and surpasses the in vitro protein clock trough the Hopf bifurcation
auteur
Irina Mihalcescu, Hotaka Kaji, Hina Maruyama, Jerôme Giraud, Mathilde Van Melle-Gateau, Bahram Houchmandzadeh, Hiroshi Ito
article
Scientific Reports, 2025, 15 (1), pp.14884. ⟨10.1038/s41598-025-97412-6⟩
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https://hal.science/hal-05238541/file/s41598-025-97412-6.pdf BibTex
titre
A geometric derivation of Noether's theorem
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
European Journal of Physics, 2025, 46 (2), pp.025003. ⟨10.1088/1361-6404/adb546⟩
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https://hal.science/hal-04682603/file/Noether_v3.pdf BibTex
titre
Single-cell data reveal heterogeneity of investment in ribosomes across a bacterial population
auteur
Antrea Pavlou, Eugenio Cinquemani, Corinne Pinel, Nils Giordano, Mathilde Van Melle-Gateau, Irina Mihalcescu, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
Nature Communications, 2025, 16 (1), pp.285. ⟨10.1038/s41467-024-55394-5⟩
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https://inria.hal.science/hal-04880507/file/article_published.pdf BibTex

Conference papers

titre
Assessment of Potential Microbial Hydrogen Consumption in European Hydrogen Underground Storage Sites
auteur
Kateřina Černá, Jakub Říha, Kristýna Fadrhonc, Petra Bombach, Sétareh Rad, Sylvain Stephant, Caroline Michel, Laura Fablet, Delphine Ropers, Arnaud Belcour, Joachim Tremosa, Khine Kyaw, Nicola Paltrinieri, Biwen Annie An-Stepec, Nicole Dopffel
article
GET 2025 - Sixth EAGE Global Energy Transition Conference & Exhibition, Oct 2025, Rotterdam, Netherlands. pp.1-5, ⟨10.3997/2214-4609.202521032⟩
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https://inria.hal.science/hal-05448781/file/Cerna_GET_2025.pdf BibTex
titre
Microbial activity in hot springs: impact on volcanic rock at the weathering front in Lesser Antilles
auteur
Sétareh Rad, Catherine Joulian, Hafida Tris, Cindy Gassaud, Patrick Ollivier, Marie Pettenati, Arnaud Belcour, Delphine Ropers, Yoann Legendre, Fabienne Battaglia-Brunet
article
Goldschmidt Conference 2025, EAG, Jul 2025, Prague, Czech Republic
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BibTex
titre
Antibody targeting the anti-parallel topology of human telomeric G- quadruplex DNA
auteur
Natale Scaramozzino, Jérôme Dejeu, T. Lavergne, Dennis Gomez, Éric Defrancq
article
Congrès annuel SFBBM 2025, Société Française de Biochimie et Biologie Moléculaire (SFBBM), Jun 2025, Paris, France
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titre
Chemobiologie des ADN G-Quadruplex : de la conception de l’outil chimique jusqu’à l’immunofluorescence sur cellules
auteur
Jérôme Dejeu, Dennis Gomez, Natale Scaramozzino, Éric Defrancq
article
5ème journée du GDR ChemBio, Jun 2025, Nantes, France
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titre
Biomimetic electronic nose based on peptides and odorant binding proteins
auteur
Vanessa Escobar, Marielle El Kazzy, Jonathan Weerakkody, Charlotte Hurot, Sophie Brenet, Raphaël Mathey, Arnaud Buhot, Yanxia Hou
article
Anniversary World Congress on Biosensors, May 2025, Lisbon, Portugal
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Book sections

titre
Advances in rapid detection of zoonotic pathogens in poultry production and processing environments
auteur
Jeanne Malet-Villemagne, Francesco Rizzotto, Vincent Léguillier, Jasmina Vidic, Vanessa Escobar, Yanxia Hou, Nicole Jaffrezic-Renault
article
Steven C. Ricke. Improving poultry meat safety and sustainability, Burleigh Dodds Science Publishing, 2025, 978-1-80146-789-6
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https://hal.science/hal-05036721/file/Chapter%2006.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Microbial-geochemical interactions in underground reservoirs: Implications for hydrogen storage
auteur
Laura Fablet, Arnaud Belcour, Sylvain Stephant, Caroline Michel, Delphine Ropers, Katerina Cerna, Petra Bombach, Jakub Riha, Joachim Tremosa, Biwen Annie An-Stepec, Kristyna Fadrhonc, Nicole Dopffel, Setareh Rad
article
2025
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https://inria.hal.science/hal-05468099/file/v1.pdf BibTex
titre
Spinal study of a population model for colonial species with interactions and environmental noise
auteur
Sylvain Billiard, Charles Medous, Charline Smadi
article
2025
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https://hal.science/hal-04921079/file/2501.17608v1.pdf BibTex

2024

Journal articles

titre
Improving the genetic stability of bacterial growth control for long‐term bioproduction
auteur
Thibault Clavier, Corinne Pinel, Hidde de Jong, Johannes Geiselmann
article
Biotechnology and Bioengineering, 2024, 121 (9), pp.2808-2819. ⟨10.1002/bit.28756⟩
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https://inria.hal.science/hal-04880509/file/Main_file.pdf BibTex
titre
A general method for the estimation of moments of substitution number in molecular evolution
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
Physica Scripta, 2024, 99 (6), pp.065035. ⟨10.1088/1402-4896/ad48cc⟩
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https://hal.science/hal-04275933/file/SubstNumber.pdf BibTex
titre
Spinal constructions for continuous type-space branching processes with interactions
auteur
Charles Medous
article
Electronic Journal of Probability, 2024, 29, pp.1-46. ⟨10.1214/24-EJP1227⟩
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https://hal.science/hal-04179190/file/paper1227.pdf BibTex

Conference papers

titre
Development and Optimization of SPRI-based Electronic Nose for Highly Selective Detection of Volatile Organic Compounds
auteur
Vanessa Escobar, Arnaud Buhot, Natale Noel Scaramozzino, Yanxia Hou
article
EUROSENSORS XXXVI, Sep 2024, Debrecen, Hungary
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BibTex
titre
Microbial Risks Associated with Hydrogen Underground Storage in Europe
auteur
Nicole Dopffel, Biwen Annie An-Stepec, Petra Bombach, Kateřina Černá, Jakub Říha, Khine Kyaw, Nicola Paltrinieri, Are Oust, Delphine Ropers, Sétareh Rad, Sylvain Stephant, Joachim Tremosa
article
EAGE 2024 - 85th Annual Conference & Exhibition, Jun 2024, Oslo, Norway. pp.1-5, ⟨10.3997/2214-4609.202410805⟩
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https://inria.hal.science/hal-04872329/file/EAGE85-Dopffel2024.pdf BibTex
titre
Novel High-Affinity Peptides Selected by Phage Display for Selective Detection of Aromatic VOCs
auteur
Vanessa Escobar, Sophie Brenet, Charlotte Hurot, Marielle El Kazzy, Arnaud Buhot, Natale Noel Scaramozzino, Yanxia Hou
article
2024 IEEE International Symposium on Olfaction and Electronic Nose (ISOEN), May 2024, Grapevine, Texas, USA, United States
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BibTex
titre
Microbial risks associated with hydrogen underground storage in Europe
auteur
Nicole Dopffel, Katerina Černa, Sylvain Stephant, Petra Bombach, Kenneth Wunch, Biwen Annie An-Stepec, Alsu Valiakhmetova, Tzvetanka Boiadjieva-Scherzer, Joachim Tremosa, Sétareh Rad, Delphine Ropers
article
SMRI 2024 -Conference on Solution Mining Research Institute Spring, Solution Mining Research Institute, Apr 2024, Krakow, Poland. pp.1-12
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https://inria.hal.science/hal-04872318/file/SMRI%20Spring%202024%20_HyLife_FINAL.pdf BibTex

Book sections

titre
Peptides
auteur
Vanessa Escobar, Yanxia Hou
article
Elsevier. Nature-Inspired Sensors, pp.215-231, 2024, 9780443156847
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Patents

titre
DNA G-QUADRUPLEX-SPECIFIC ANTIBODIES AND USES
auteur
Éric Defrancq, Natale Scaramozzino
article
France, Patent n° : WO/2025/153793 (FR2400468 / FR3158314). 2024
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Theses

titre
Design and selection of peptides based on phage display for the development of biosensors and electronic noses
auteur
Vanessa Escobar
article
Chemical Sciences. Université grenoble Alpes, 2024. English. ⟨NNT : ⟩
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BibTex
titre
Interacting population, spine construction and stochastic simulations
auteur
Charles Medous
article
Probability [math.PR]. Université Grenoble Alpes [2020-..], 2024. English. ⟨NNT : 2024GRALM092⟩
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https://hal.science/tel-04902806/file/MEDOUS_2024_archivage.pdf BibTex
titre
Genetic control of bacterial growth : optimization of process conditions for maximizing the yield of biotechnological products in E. coli
auteur
Thibault Clavier
article
Sciences du Vivant [q-bio]. Université Grenoble Alpes [2020-..], 2024. Français. ⟨NNT : 2024GRALV011⟩
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https://hal.science/tel-04904078/file/CLAVIER_2024_archivage.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
When lowering temperature, the in vivo circadian clock in cyanobacteria follows and surpasses the in vitro protein clock trough the Hopf bifurcation
auteur
Irina Mihalcescu, Hotaka Kaji, Hina Maruyama, Jerome Giraud, Mathilde Van Melle-Gateau, Bahram Houchmandzadeh, Hiroshi Ito
article
2024
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https://hal.science/hal-04692920/file/paper_cyano.pdf BibTex
titre
Design proposition for continuous bioreactors optimization against the mutation risk
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
2024
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https://hal.science/hal-04907672/file/BR_optimization_v2.pdf BibTex

2023

Journal articles

titre
Hybrid quantum systems with high‑Tc superconducting resonators
auteur
Z. Velluire-Pellat, E. Maréchal, N. Moulonguet, G. Saïz, G. Ménard, S. Kozlov, F. Couëdo, P. Amari, Charles Medous, J. Paris, R. Hostein, J. Lesueur, C. Feuillet-Palma, N. Bergeal
article
Scientific Reports, 2023, 13 (1), pp.14366. ⟨10.1038/s41598-023-41472-z⟩
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https://hal.science/hal-04835865/file/s41598-023-41472-z.pdf BibTex
titre
Resource allocation accounts for the large variability of rate-yield phenotypes across bacterial strains
auteur
Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé, Tomas Gedeon, Hidde de Jong
article
eLife, 2023, 12, pp.1-29. ⟨10.7554/eLife.79815⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04145943/file/article_published.pdf BibTex
titre
A novel procedure for CFU plating and counting
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Patrice Ballet
article
Journal of Microbiological Methods, 2023, 206, pp.106693. ⟨10.1016/j.mimet.2023.106693⟩
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https://hal.science/hal-03890465/file/Platorix_v7.pdf BibTex
titre
Recent Advances in Electrochemical Biosensors for Food Control
auteur
Francesco Rizzotto, Majd Khalife, Yanxia Hou, Carole Chaix, Florence Lagarde, Natale Scaramozzino, Jasmina Vidic
article
Micromachines, 2023, 14 (7), pp. 1412. ⟨10.3390/mi14071412⟩
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https://hal.science/hal-04172926/file/micromachines-14-01412.pdf BibTex
titre
Recent Advances on Peptide-Based Biosensors and Electronic Noses for Foodborne Pathogen Detection
auteur
Vanessa Escobar, Natale Scaramozzino, Jasmina Vidic, Arnaud Buhot, Raphaël Mathey, Carole Chaix, Yanxia Hou
article
Biosensors, 2023, 13, ⟨10.3390/bios13020258⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04307631/file/biosensors-13-00258-v2.pdf BibTex

Conference papers

titre
Resource allocation strategies behind rate-yield phenotypes in E.coli
auteur
Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé, Tomas Gedeon, Hidde de Jong
article
2023 - Workshop on Advanced School on Quantitative Principles in Microbial Physiology: from Single Cells to Cell Communities, ICTP, Oct 2023, Trieste, Italy. pp.1
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https://hal.inrae.fr/hal-04216644/file/abstract_talk.pdf BibTex
titre
Exploration of Phage Display peptides as novel sensing materials for highly sensitive and selective biomimetic optoelectronic nose
auteur
Vanessa Escobar, Charlotte Hurot, Sophie Brenet, Marielle El Kazzy, Natale Scaramozzino, Raphaël Mathey, Arnaud Buhot, Yanxia Hou
article
9th International Conference on Sensors Engineering and Electronics Instrumentation Advances (SEIA'), Sep 2023, Funchal (Madeira Island), Portugal
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Theses

titre
Development, characterization and control of E.coli communities on an automated experimental platform
auteur
Maaike Fonsine Sangster
article
Cellular Biology. Université Grenoble Alpes [2020-..], 2023. English. ⟨NNT : 2023GRALV041⟩
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https://theses.hal.science/tel-04276365/file/SANGSTER_2023_archivage.pdf BibTex
titre
Eco-evolutionary biodiversity dynamics : understanding and predicting the influence of environmental heterogeneity at multiple temporal and spatial scales
auteur
Elizabeth Barthelemy
article
Biodiversité. Université Grenoble Alpes [2020-..], 2023. Français. ⟨NNT : 2023GRALV016⟩
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https://theses.hal.science/tel-04144726/file/BARTHELEMY_2023_archivage.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
Maturation models of fluorescent proteins are necessary for unbiased estimates of promoter activity
auteur
Antrea Pavlou, Eugenio Cinquemani, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
Biophysical Journal, 2022, 121 (21), pp.4179-4188. ⟨10.1016/j.bpj.2022.09.021⟩
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https://inria.hal.science/hal-03938428/file/mat_paper_final.pdf BibTex
titre
The essential role of mRNA degradation in understanding and engineering E. coli metabolism
auteur
Charlotte Roux, Thibault Etienne, Eliane Hajnsdorf, Delphine Ropers, Agamemnon J. Carpousis, Muriel Cocaign-Bousquet, Laurence Girbal
article
Biotechnology Advances, 2022, 54, pp.107805. ⟨10.1016/j.biotechadv.2021.107805⟩
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https://hal.science/hal-03325744/file/1-s2.0-S0734975021001117-main.pdf BibTex

Patents

titre
A genetically engineered bacterium and genetically stable method for the production of metabolites, peptides, and/or recombinant proteins
auteur
Hidde de Jong, Johannes Geiselmann, Thibault Clavier, Célia Boyat
article
France, N° de brevet: FR3141471A1. 2022, pp.32
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BibTex
titre
Methods for counting the number of living microorganisms contained in a specimen sample and apparatuses for implementing such methods
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Patrice Ballet
article
France, Patent n° : WO2022/207514. 2022
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BibTex

Theses

titre
Quantification of bacterial resource allocation in changing environments on the single-cell level
auteur
Antrea Pavlou
article
Virology. Université Grenoble Alpes [2020-..], 2022. English. ⟨NNT : 2022GRALV046⟩
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https://theses.hal.science/tel-03827395/file/PAVLOU_2022_archivage.pdf BibTex
titre
Selection and production of specific DNA G-quadruplex antibody fragments
auteur
Nasab Reda
article
Sciences du Vivant [q-bio]. Université Grenoble Alpes, 2022. Français. ⟨NNT : ⟩
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BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
A nonlinear mixed-effects approach for the mechanistic interpretation of time-series transcriptomics data
auteur
Thibault Etienne, Charlotte Roux, Eugenio Cinquemani, Laurence Girbal, Muriel Cocaign-Bousquet, Delphine Ropers
article
2022
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https://inria.hal.science/hal-03652397/file/Etienne-Submitted-HAL.pdf BibTex

2021

Journal articles

titre
Multiomics Study of Bacterial Growth Arrest in a Synthetic Biology Application
auteur
Delphine Ropers, Yohann Couté, Laëtitia Faure, Sabrina Ferré, Delphine Labourdette, Arieta Shabani, Lidwine Trouilh, Perrine Vasseur, Gwénaëlle Corre, Myriam Ferro, Marie-Ange Teste, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
ACS Synthetic Biology, 2021, 10 (11), pp.2910-2926. ⟨10.1021/acssynbio.1c00115⟩
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BibTex
titre
An Overview of Artificial Olfaction Systems with a Focus on Surface Plasmon Resonance for the Analysis of Volatile Organic Compounds
auteur
Marielle El Kazzy, Jonathan Weerakkody, Charlotte Hurot, Raphaël Mathey, Arnaud Buhot, Natale Scaramozzino, Yanxia Hou
article
Biosensors, 2021, 11 (8), pp.244. ⟨10.3390/bios11080244⟩
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https://hal.science/hal-03340297/file/An%20Overview%20of%20Artificial%20Olfaction%20Systems%20with%20a%20Focus%20on%20Surface%20Plasmon%20Resonance%20for%20the%20Analysis%20of%20Volatile.pdf BibTex
titre
Imprints of Past Habitat Area Reduction on Extant Taxonomic, Functional, and Phylogenetic Composition
auteur
Elizabeth Barthelemy, Claire Fortunel, Maxime Jaunatre, François Munoz
article
Frontiers in Ecology and Evolution, 2021, 9, ⟨10.3389/fevo.2021.634413⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03280157/file/Fortunel_etal_Frontiers_Ecol_Evol_2021_9_332.pdf BibTex

Habilitation à diriger des recherches

titre
Modelling biochemical reaction networks in bacteria – From data to models and back
auteur
Delphine Ropers
article
Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Claude Bernard Lyon I, 2021
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https://inria.hal.science/tel-03252736/file/Manuscript-HDR-DRopers-final.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
From Newton to Hamilton, bypassing Lagrange and Legendre.
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
2021
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https://hal.science/hal-03259814/file/Hamilton_Equation_v2.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
Competitive effects in bacterial mRNA decay
auteur
Thibault Etienne, Muriel Cocaign-Bousquet, Delphine Ropers
article
Journal of Theoretical Biology, 2020, 504, ⟨10.1016/j.jtbi.2020.110333⟩
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https://inria.hal.science/hal-02967513/file/S0022519320301880.pdf BibTex
titre
Genomewide Stabilization of mRNA during a "Feast-to- Famine" Growth Transition in Escherichia coli Downloaded from
auteur
Manon Morin, Brice Enjalbert, Delphine Ropers, Laurence Girbal, Muriel Cocaign-Bousquet
article
MSphere, 2020, 5 (3), ⟨10.1128/mSphere.00276-20⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02967494/file/2020_Morin_mSphere.pdf BibTex
titre
The Hamilton-Jacobi Equation : an intuitive approach.
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
American Journal of Physics, 2020, 88 (5), pp.353-359
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https://hal.science/hal-02317455/file/hamilton_jacobi.pdf BibTex
titre
Bio-Inspired Strategies for Improving the Selectivity and Sensitivity of Artificial Noses: A Review
auteur
Charlotte Hurot, Natale Scaramozzino, Arnaud Buhot, Yanxia Hou
article
Sensors, 2020, 20 (6), pp.1803. ⟨10.3390/s20061803⟩
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https://hal.science/hal-02527981/file/Sensors%20Hurot%20el%20al.pdf BibTex
titre
Large deviation of long time average for a stochastic process : an alternative method.
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical, 2020, 53 (9), pp.095004
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02315555/file/LD_timeaverage.pdf BibTex

Theses

titre
Design and in vivo implementation of synthetic RNA switches in E.coli
auteur
Gabriel Joël Espel
article
Biologie structurale [q-bio.BM]. Université Grenoble Alpes [2020-..], 2020. Français. ⟨NNT : 2020GRALV051⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-03399389/file/ESPEL_2020_archivage.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Rawls's “original position” is not sufficient to specify the rules of cooperation.
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
2020
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https://hal.science/hal-01922792/file/Rawls_c.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Acetate metabolism and the inhibition of bacterial growth by acetate
auteur
Stéphane Pinhal, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
Journal of Bacteriology, 2019, 201 (13), pp.147 - 166. ⟨10.1128/JB.00147-19⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inria.hal.science/hal-02195459/file/Journal%20of%20Bacteriology-2019-Pinhal-JB.00147-19.full.pdf BibTex

Poster communications

titre
Development of novel biomimetic sensor materials for optoelectronic nose applications
auteur
Charlotte Hurot, Sophie Brenet, Arnaud Buhot, Emilie Barou, Christine Belloir, Loïc Briand, Natale Scaramozzino, Yanxia Hou
article
Ecole thématique Biosurf, Jun 2019, Ile de Porquerolles, France.
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BibTex

2018

Journal articles

titre
An ensemble of mathematical models showing diauxic growth behaviour
auteur
Andreas Kremling, Johannes Geiselmann, Delphine Ropers, Hidde de Jong
article
BMC Systems Biology, 2018, 12 (1), pp.1-16. ⟨10.1186/s12918-018-0604-8⟩
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BibTex
titre
Giant fluctuations in logistic growth
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics [2001-2015], 2018, 98, pp.042118
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01813897/file/Log_Noise_HAL.pdf BibTex
titre
Principal process analysis of biological models
auteur
Stefano Casagranda, Suzanne Touzeau, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
article
BMC Systems Biology, 2018, 12, pp.68. ⟨10.1186/s12918-018-0586-6⟩
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https://inria.hal.science/hal-01818033/file/2018_Casagranda_BMC%20Systems%20Biology_1.pdf BibTex
titre
Reduction and stability analysis of a transcription-translation model of RNA polymerase
auteur
Ismail Belgacem, Stefano Casagranda, Edith Grac, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
article
Bulletin of Mathematical Biology, 2018, 80 (2), pp.294-318. ⟨10.1007/s11538-017-0372-4⟩
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https://inria.hal.science/hal-01655367/file/templateBMAB.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
Mathematical modelling of microbes: metabolism, gene expression and growth
auteur
Hidde de Jong, Stefano Casagranda, Nils Giordano, Eugenio Cinquemani, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Jean-Luc Gouzé
article
Journal of the Royal Society Interface, 2017, 14 (136), pp.1-14. ⟨10.1098/rsif.2017.0502⟩
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https://inria.hal.science/hal-01666954/file/20170502.full.pdf BibTex
titre
The Csr System Regulates Escherichia coli Fitness by Controlling Glycogen Accumulation and Energy Levels
auteur
Manon Morin, Delphine Ropers, Eugenio Cinquemani, Jean-Charles Portais, Brice Enjalbert, Muriel Cocaign-Bousquet
article
mBio, 2017, 8 (5), pp.1-14. ⟨10.1128/mBio.01628-17⟩
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https://inria.hal.science/hal-01672038/file/mBio-2017-Morin.pdf BibTex
titre
Fisher Waves: an individual based stochastic model
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
article
Physical Review E , 2017, 96, pp.012414. ⟨10.1103/PhysRevE.96.012414⟩
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https://hal.science/hal-01483999/file/FisherWave_pre.pdf BibTex
titre
Neutral Aggregation in Finite Length Genotype space
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
Physical Review E , 2017, 95, pp.012402. ⟨10.1103/physreve.95.012402⟩
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https://hal.science/hal-01377505/file/NGA_hal.pdf BibTex
titre
Resource reallocation in bacteria by reengineering the gene expression machinery
auteur
Hidde de Jong, Johannes Geiselmann, Delphine Ropers
article
Trends in Microbiology, 2017, 25 (6), pp.480-493. ⟨10.1016/j.tim.2016.12.009⟩
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BibTex
titre
Estimation of time-varying growth, uptake and excretion rates from dynamic metabolomics data
auteur
Eugenio Cinquemani, Valérie Laroute, Muriel Bousquet, Hidde de Jong, Delphine Ropers
article
Bioinformatics, 2017, 33 (14), pp.i301-i310. ⟨10.1093/bioinformatics/btx250⟩
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titre
Piecewise linear approximations to model the dynamics of adaptation to osmotic stress by food-borne pathogens
auteur
Aline Métris, Susan George, Delphine Ropers
article
International Journal of Food Microbiology, 2017, 240, pp.63-74. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2016.06.022⟩
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Conference papers

titre
SR and hnRNP proteins regulate HIV-1 multiplication by modulating mRNA splicing and translation
auteur
Lilia Ayadi, Georges Khoury, Jean-Michel Saliou, Sarah Cianferani-Sanglier, Alain Vandorsselaer, Delphine Ropers, Houda Hallay, Isabelle Behm-Ansmant, Christiane Branlant
article
22nd Annual Meeting of the RNA Society, May 2017, Prague, Czech Republic
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2016

Journal articles

titre
Nonlinear modification of the laser noise power spectrum induced by frequency-shifted optical feedback
auteur
Eric Lacot, Bahram Houchmandzadeh, Vadim Girardeau, Olivier Hugon, Olivier Jacquin
article
Physical Review A : Atomic, molecular, and optical physics [1990-2015], 2016, ⟨10.1103/PhysRevA.94.033843⟩
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https://hal.science/hal-01371635/file/PhysRevA.94.033843.pdf BibTex
titre
Data for the qualitative modeling of the osmotic stress response to NaCl in Escherichia coli
auteur
Delphine Ropers, Aline Métris
article
Data in Brief, 2016, 9, pp.606-612. ⟨10.1016/j.dib.2016.09.028⟩
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BibTex
titre
The post-transcriptional regulatory system CSR controls the balance of metabolic pools in upper glycolysis of Escherichia coli
auteur
Manon Morin, Delphine Ropers, Fabien Letisse, Sandrine Laguerre, Jean-Charles Portais, Muriel Cocaign-Bousquet, Brice Enjalbert
article
Molecular Microbiology, 2016, 100 (4), pp.686-700. ⟨10.1111/mmi.13343⟩
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https://hal.science/hal-02147255/file/Morin%20Enjalbert%202016.pdf BibTex
titre
A simple, general result for the variance of substitution number in molecular evolution.
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
article
Molecular Biology and Evolution, 2016, 33 (7), pp.1858. ⟨10.1093/molbev/msw063⟩
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https://hal.science/hal-01275060/file/Dispersion_number2.pdf BibTex
titre
Hierarchy and extremes in selections from pools of randomized proteins
auteur
Sébastien Boyer, Dipanwita Biswas, Ananda Kumar Soshee, Natale Scaramozzino, Clément Nizak, Olivier Rivoire
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016, 113 (13), pp.3482-3487. ⟨10.1073/pnas.1517813113⟩
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BibTex
titre
Dynamical allocation of cellular resources as an optimal control problem: Novel insights into microbial growth strategies
auteur
Nils Giordano, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
PLoS Computational Biology, 2016, 12 (3), pp.e1004802. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004802⟩
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https://inria.hal.science/hal-01332394/file/pcbi.1004802.pdf BibTex

Conference papers

titre
SR and hnRNP proteins regulate HIV-1 multiplication by modulating mRNA splicing and translation
auteur
Lilia Ayadi, Georges Khoury, Jean-Michel Saliou, Sarah Cianferani-Sanglier, Alain Vandorsselaer, Delphine Ropers, Houda Hallay, Isabelle Behm-Ansmant, Christiane Branlant
article
4th Post-EURASNET Meeting, Sep 2016, Poznan, Poland
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BibTex
titre
Model simplification and process analysis of biological models
auteur
Stefano Casagranda, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
article
The 5th International Symposium on Positive Systems (POSTA), Sep 2016, Rome, Italy
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2015

Journal articles

titre
A synthetic growth switch based on controlled expression of RNA polymerase
auteur
Jérôme Izard, Cindy Gomez-Balderas, Delphine Ropers, Stephan Lacour, Xiaohu Song, Yifan Yang, Ariel B. Lindner, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
Molecular Systems Biology, 2015, 11 (11), pp.840
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BibTex
titre
General formulation of Luria-Delbrück distribution of the number of mutants
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics [2001-2015], 2015, 92, pp.012719
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https://hal.science/hal-01148693/file/LuriaDelbruck_h2.pdf BibTex
titre
Exact results for a noise-induced bistable system
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
article
Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics [2001-2015], 2015, 91, pp.022115
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https://hal.science/hal-01096388/file/noise_bistable_rev.pdf BibTex
titre
Fluctuation driven fixation of cooperative behavior
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
BioSystems, 2015, 127, pp.60. ⟨10.1016/j.biosystems.2014.11.006⟩
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https://hal.science/hal-00959575/file/FW_altruism_biosys_2ndRev.pdf BibTex
titre
Characterization of the Escherichia coli σ(S) core regulon by Chromatin Immunoprecipitation-sequencing (ChIP-seq) analysis
auteur
Clelia Peano, Johannes Wolf, Julien Demol, Elio Rossi, Luca Petiti, Gianluca de Bellis, Johannes Geiselmann, Thomas Egli, Stephan Lacour, Paolo Landini
article
Scientific Reports, 2015, 5, pp.10469. ⟨10.1038/srep10469⟩
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BibTex
titre
Inference of quantitative models of bacterial promoters from time-series reporter gene data
auteur
Diana Stefan, Corinne Pinel, Stephane Pinhal, Eugenio Cinquemani, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
PLoS Computational Biology, 2015, 11 (1), pp.e1004028. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004028⟩
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BibTex
titre
Robust reconstruction of gene expression profiles from reporter gene data using linear inversion
auteur
Valentin Zulkower, Michel Page, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
Bioinformatics, 2015, 31 (12), pp.i71-i79. ⟨10.1093/bioinformatics/btv246⟩
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BibTex
titre
Understanding carbon catabolite repression in Escherichia coli using quantitative models
auteur
Andreas Kremling, Johannes Geiselmann, Delphine Ropers, Hidde de Jong
article
Trends in Microbiology, 2015, 23 (2), pp.99-109. ⟨10.1016/j.tim.2014.11.002⟩
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BibTex

Conference papers

titre
Model reduction and process analysis of biological models
auteur
Stefano Casagranda, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
article
2015 23th Mediterranean Conference on Control and Automation (MED), Jun 2015, Torremolinos, Spain. ⟨10.1109/MED.2015.7158908⟩
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https://inria.hal.science/hal-01239356/file/MED2015-paper.pdf BibTex
titre
A dynamic network analysis of the physiological state of foodborne pathogens: application to Escherichia coli during osmotic stress and comparison with Salmonella Typhimurium
auteur
Aline Métris, Susan George, Delphine Ropers, Jozsef Baranyi
article
9th International Conference on Predictive Modelling in Food, 2015, Rio de Janeiro, Brazil
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BibTex
titre
Fluorescent reporter genes and the analysis of bacterial regulatory networks
auteur
Hidde de Jong, Johannes Geiselmann
article
Hybrid Systems Biology: Proceedings of the Second International Workshop, HSB 2013, and Third International Workshop, HSB 2014, 2015, Vienna, Austria. pp.1-24, ⟨10.1007/978-3-319-27656-4_2⟩
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Book sections

titre
La cellule procaryote en biotechnologies
auteur
Sandrine Bourgoin-Voillard, Claire Durmort, Johannes Geiselmann, Audrey Le Gouellec, Delphine Ropers, Michel Sève
article
Introduction aux biotechnologies en santé, Tome 1, Tec & Doc Lavoisier, pp.318, 2015, Les biotechnologies en santé, 2743020857
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Patents

titre
Method for producing metabolites, peptides and recombinant proteins
auteur
Johannes Geiselmann, Hidde de Jong, Delphine Ropers, Jérôme Izard
article
France, Patent n° : EP2848695 (A1). 2015
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titre
Method for producing metabolites, peptides and recombinant proteins
auteur
Johannes Geiselmann, Hidde de Jong, Delphine Ropers, Jérôme Izard
article
France, Patent n° : EP2848695. 2015
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2014

Journal articles

titre
The remarkable discreteness of being
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
Journal of Biosciences, 2014, 39 (2), pp.1-10. ⟨10.1007/s12038-013-9350-7⟩
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https://hal.science/hal-00816423/file/discretness_of_being.pdf BibTex
titre
A Global-Local Synthesis Approach for Large Non-Regular Arrays
auteur
Thibault Clavier, Nima Razavi-Ghods, François Glineur, David Gonzalez-Ovejero, Eloy de Lera Acedo, Christophe Craeye, Paul Alexander
article
IEEE Transactions on Antennas and Propagation, 2014, 62 (4), pp.1596-1606. ⟨10.1109/TAP.2013.2284816⟩
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BibTex
titre
Mass spectrometry-based workflow for accurate quantification of E. coli enzymes: how proteomics can play a key role in metabolic engineering.
auteur
Mathieu Trauchessec, Michel Jaquinod, Aline Bonvalot, Virginie Brun, Christophe Bruley, Delphine Ropers, Hidde de Jong, Jerome Garin, Gwenaelle Bestel-Corre, Myriam Ferro
article
Molecular and Cellular Proteomics, 2014, 13 (4), pp.954-968. ⟨10.1074/mcp.M113.032672⟩
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BibTex
titre
An alternative to the breeder's and Lande's equations.
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
G3, 2014, 4(1) (1), pp.97-108. ⟨10.1534/g3.113.008433⟩
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https://hal.science/hal-00722308/file/breeder_alt.pdf BibTex
titre
Repression of flagellar genes in exponential phase by CsgD and CpxR, two crucial modulators of Escherichia coli biofilm formation
auteur
Omaya Dudin, Johannes Geiselmann, Hiroshi Ogasawara, Akira Ishihama, Stéphan Lacour
article
Journal of Bacteriology, 2014, 196 (3), ⟨10.1128/JB.00938-13⟩
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BibTex
titre
Anodic deposit from respiration metabolic pathway of Escherichia coli
auteur
Uyen Hoang Phuong Nguyen, Denys Grekov, Johannes Geiselmann, Valérie Stambouli, Marianne Weidenhaupt, Didier Delabouglise
article
Electrochimica Acta, 2014, 130, pp.200-205. ⟨10.1016/j.electacta.2014.03.019⟩
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Conference papers

titre
Stability analysis of a reduced transcription-translation model of RNA polymerase
auteur
Ismail Belgacem, Edith Grac, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
article
Proceedings of the 53rd IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2014, Los Angeles, CA, United States
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BibTex
titre
A coupled transcription-translation mathematical model of RNA polymerase
auteur
Ismail Belgacem, Edith Grac, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
article
21st International Symposium on Mathematical Theory of Networks and Systems, Jul 2014, Groningen, Netherlands
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BibTex
titre
Dynamic optimisation of resource allocation in microorganisms
auteur
Nils Giordano, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
21st International Symposium on Mathematical Theory of Networks and Systems (MTNS 2014), University of Groningen. NLD., Jul 2014, Groningen, Netherlands
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https://inria.hal.science/hal-01079299/file/extended_abstract.pdf BibTex

Book sections

titre
Systems biology and metabolic engineering in bacteria
auteur
Johannes Geiselmann
article
Miguel A. Aon and Valdur Saks and Uwe Schlattner. Systems Biology of Metabolic and Signaling Networks : Energy, Mass and Information Transfer, 16, Springer, pp.351-367, 2014, Springer Series in Biophysics, ⟨10.1007/978-3-642-38505-6_13⟩
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Poster communications

titre
Sediment bed destabilization induced by oscillating horizontal pressure gradients
auteur
Céline Berni, H. Michallet, Elizabeth Barthélemy
article
EGU General Assembly, Apr 2014, Vienne, Austria. pp.1, 2014
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https://hal.inrae.fr/hal-02600969/file/pub00043455.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
Exact results for fixation probability of bithermal evolutionary graphs.
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
article
BioSystems, 2013, 112 (1), pp.49-54. ⟨10.1016/j.biosystems.2013.03.020⟩
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https://hal.science/hal-00750778/file/EGT_bithermal.pdf BibTex
titre
Shared control of gene expression in bacteria by transcription factors and global physiology of the cell
auteur
Sara Berthoumieux, Hidde de Jong, Guillaume Baptist, Corinne Pinel, Caroline Ranquet, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann
article
Molecular Systems Biology, 2013, 9 (1), pp.634. ⟨10.1038/msb.2012.70⟩
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BibTex
titre
A genome-wide screen for identifying all regulators of a target gene
auteur
Guillaume Baptist, Corinne Pinel, Caroline Ranquet, Jérôme Izard, Delphine Ropers, Hidde de Jong, Johannes Geiselmann
article
Nucleic Acids Research, 2013, 41 (17), pp.e164. ⟨10.1093/nar/gkt655⟩
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BibTex
titre
Expression dynamics of RpoS/Crl-dependent genes in Escherichia coli
auteur
Omaya Dudin, Stéphan Lacour, Johannes Geiselmann
article
Research in Microbiology, 2013, 164 (8), pp.838-847. ⟨10.1016/j.resmic.2013.07.002⟩
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BibTex

Conference papers

titre
Rip current morphodynamics in a wave basin
auteur
Céline Berni, H. Michallet, B. Castelle, Elizabeth Barthélemy, P. Bonneton
article
8th Symposium on River, Coastal and Estuarine Morphodynamics, RCEM 2013, Jun 2013, Santander, Spain. pp.1
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2012

Journal articles

titre
Selection for altruism through random drift in variable size populations.
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
article
BMC Evolutionary Biology, 2012, 12, pp.61. ⟨10.1186/1471-2148-12-61⟩
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https://hal.science/hal-00680195/file/bmc_altruism_fig.pdf BibTex
titre
Importance of metabolic coupling for the dynamics of gene expression following a diauxic shift in Escherichia coli
auteur
Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Daniel Kahn, Hidde de Jong
article
Journal of Theoretical Biology, 2012, 295, pp.100-115. ⟨10.1016/j.jtbi.2011.11.010⟩
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BibTex

Conference papers

titre
Dynamique de la transition glucose/acétate chez la bactérie Escherichia coli.
auteur
Brice Enjalbert, Delphine Ropers, Pierre Millard, Stéphanie Durand, Fabien Létisse, Hidde de Jong, Jean-Charles Portais
article
Journées des Microbiologistes de l'INRA, Département Mircrobiologie et Chaîne Alimentaire - MICA, Nov 2012, L'isle-sur-la-Sorgue, France
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Book sections

titre
Genetic Network Analyzer: A Tool for the Qualitative Modeling and Simulation of Bacterial Regulatory Networks
auteur
Grégory Batt, Bruno Besson, Pierre-Emmanuel Ciron, Hidde de Jong, Estelle Dumas, Johannes Geiselmann, Regis Monte, Pedro T. Monteiro, Michel Page, François Rechenmann, Delphine Ropers
article
Jacques van Helden, Ariane Toussaint, Denis Thieffry. Bacterial Molecular Networks Methods and Protocols, 804, Springer, pp.439-462, 2012, Methods in Molecular Biology,, 978-1-61779-361-5. ⟨10.1007/978-1-61779-361-5_22⟩
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BibTex

2011

Journal articles

titre
Fluctuations importance and control in biological systems
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Irina Mihalcescu
article
Europhysics News, 2011, 42 (6), pp.36. ⟨10.1051/epn/2011606⟩
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BibTex
titre
The fixation probability of a beneficial mutation in a geographically structured population
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
article
New Journal of Physics, 2011, 13, pp.3020. ⟨10.1088/1367-2630/13/7/073020⟩
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https://hal.science/hal-00633731/file/mutinspace.pdf BibTex
titre
Qualitative modelling and formal verification of the FLR1 gene mancozeb response in Saccharomyces cerevisiae
auteur
Pedro T. Monteiro, P.J. Dias, Delphine Ropers, A.L. Oliveira, I. Sa-Correia, M.C. Teixeira, Ana T. Freitas
article
IET Systems Biology, 2011, 5, pp.308-316. ⟨10.1049/iet-syb.2011.0001⟩
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BibTex
titre
Model reduction using piecewise-linear approximations preserves dynamic properties of the carbon starvation response in Escherichia coli
auteur
Delphine Ropers, Valentina Baldazzi, Hidde De Jong
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2011, 8, pp.166-181. ⟨10.1109/TCBB.2009.49⟩
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Conference papers

titre
Importance of metabolic coupling for the dynamics of gene expression following a diauxic shift in E. coli
auteur
Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Hans Geiselmann, Daniel Kahn, Hidde De Jong
article
Proceedings of the 18th IFAC World Congress, 2011, Milan, Italy. pp.14851-14856
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Book sections

titre
Qualitative analysis of genetic regulatory networks in bacteria
auteur
Valentina Baldazzi, Pedro T. Monteiro, Michel Page, Delphine Ropers, Hans Geiselmann, Hidde De Jong
article
W. Dubitzky and J. Southgate and H. Fuss. Understanding the Dynamics of Biological Systems: Lessons Learned from Integrative Systems Biology, Springer, pp.111-130, 2011, 978-1-4419-7964-3. ⟨10.1007/978-1-4419-7964-3_6⟩
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Books

titre
De la complexité génomique à la diversité protéique : Analyse par modélisation et expériences de la régulation de l'épissage alternatif de l'ARN du virus VIH-1
auteur
Delphine Ropers
article
Editions Universitaires Européennes, pp.288, 2011
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Reports

titre
Importance of metabolic coupling for the dynamics of gene expression following a diauxic shift in E. coli
auteur
Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Daniel Kahn, Hidde de Jong
article
[Research Report] RR-7617, INRIA. 2011
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https://inria.hal.science/inria-00593109/file/RR-7617.pdf BibTex

2010

Journal articles

titre
Alternative to the diffusion equation in population genetics.
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
article
Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics [2001-2015], 2010, 82 (5), pp.051913. ⟨10.1103/PhysRevE.82.051913⟩
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https://hal.science/hal-00633718/file/pgf_popgenetics.pdf BibTex
titre
Importance et contrôle des fluctuations dans les systèmes biologiques
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Irina Mihalcescu
article
Jahrbuch für Computerphilologie, 2010, 20, pp.17-21. ⟨10.1051/refdp/2010017⟩
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https://hal.science/hal-00633894/file/fluctuations_v8-2010.pdf BibTex
titre
The carbon assimilation network in Escherichia coli is densely connected and largely sign-determined by directions of metabolic fluxes.
auteur
Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Yves Markowicz, Daniel Kahn, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
PLoS Computational Biology, 2010, 6 (6), pp.e1000812. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000812⟩
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https://inria.hal.science/inria-00527140/file/journal.pcbi.1000812.pdf BibTex
titre
WellReader: a MATLAB program for the analysis of fluorescence and luminescence reporter gene data.
auteur
Frédéric Boyer, Bruno Besson, Guillaume Baptist, Jérôme Izard, Corinne Pinel, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
article
Bioinformatics, 2010, 26 (9), pp.1262-3. ⟨10.1093/bioinformatics/btq016⟩
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BibTex
titre
Experimental and computational validation of models of fluorescent and luminescent reporter genes in bacteria.
auteur
Hidde de Jong, Caroline Ranquet, Delphine Ropers, Corinne Pinel, Johannes Geiselmann
article
BMC Systems Biology, 2010, 4 (1), pp.55. ⟨10.1186/1752-0509-4-55⟩
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https://inria.hal.science/hal-00784438/file/1752-0509-4-55.pdf BibTex

Conference papers

titre
The carbon assimilation network in Escherichia coli is densely connected and largely sign-determined by directions of metabolic fluxes
auteur
Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Yves Markowicz, Daniel Kahn, Hans Geiselmann, Hidde De Jong
article
Actes des Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2010), 2010, Montpellier, France. pp.11-12
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BibTex
titre
Computational modeling and analysis of the yeast FLR1 regulatory network in mancozeb-challenged cells
auteur
Pedro T. Monteiro, Paulo J. Dias, Delphine Ropers, Arlindo L. Oliveira, Isabel Sà-Correia, M.C. Teixeira, Ana T. Freitas
article
11th International Conference on Systems Biology, ICSB 2010, 2010, Edinburgh, United Kingdom. pp.105
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titre
Modeling and formal verification of biological regulatory networks: an integrative approach
auteur
Pedro T. Monteiro, Ana T. Freitas, Delphine Ropers, Radu Mateescu, Hidde De Jong
article
Proceedings of the IEEE International Conference on Bioinformatics & Biomedicine (BIBM 2010). First Workshop on Knowledge Engineering, Discovery and Dissemination in Health (KEDDH10), 2010, Ottawa, Canada
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Lectures

titre
Mathématiques pour la Physique
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
Licence. Mathématiques pour la Physique., France. 2010, pp.270
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https://hal.science/cel-01148916/file/M4Phys2018.pdf BibTex
titre
Les processus stochastiques
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
Doctoral. Les processus stochastiques, Grenoble, France. 2010
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https://hal.science/cel-01148909/file/Stochastic2.pdf BibTex

2009

Journal articles

titre
Theory of neutral clustering for growing populations.
auteur
Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
article
Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics [2001-2015], 2009, 80 (5), pp.051920. ⟨10.1103/PhysRevE.80.051920⟩
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https://hal.science/hal-00633709/file/Stoclust_theory.pdf BibTex
titre
New actors in regulation of HIV-1 mRNA production
auteur
Georges Khoury, Lilia Ayadi, Jean-Michel Saliou, Sarah Sanglier, Delphine Ropers, Christiane Branlant
article
Retrovirology, 2009, 6, pp.46
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titre
A declarative constraint-based method for analyzing discrete genetic regulatory networks
auteur
Fabien Corblin, Sebastien Tripodi, Eric Fanchon, Delphine Ropers, Laurent Trilling
article
BioSystems, 2009, 98 (2), pp.91-104. ⟨10.1016/j.biosystems.2009.07.007⟩
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titre
Role of RNA structure and protein factors in the control of HIV-1 splicing
auteur
Jean-Michel Saliou, Cyril Bourgeois, L. Ayadi-Ben Mena, Delphine Ropers, S. Jacquenet, V. Marchand, James Stévenin, Christiane Branlant
article
Frontiers in Bioscience-Landmark, 2009, 14, pp.2714-2729
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Conference papers

titre
The regulatory network underlying the transcriptional up-regulation of the FRL1 gene in mancozeb stressed yeast cells: qualitative modeling and simulation
auteur
Pedro T. Monteiro, P.J. Dias, Delphine Ropers, A.L. Oliveira, Ana T. Freitas, I. Sa-Correia, M.C. Teixeira
article
Proceedings of the Congresso Nacional MicroBiotec'09, 2009, Vilamoura, Portugal
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titre
Reduction of a kinetic model of the carbon starvation response in Escherichia coli
auteur
Delphine Ropers, Valentina Baldazzi, Hidde De Jong
article
Proceedings of the 15th IFAC Symposium on System Identification, SYSID 2009, 2009, Saint Malo, France
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Book sections

titre
Mathematical modeling of genetic regulatory networks: Stress responses in ıt Escherichia coli
auteur
Delphine Ropers, Hidde De Jong, Hans Geiselmann
article
P. Fu and M. Letterich and S. Panke. Systems Biology and Synthetic Biology, John Wiley & Sons, pp.235-271, 2009
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2008

Journal articles

titre
Symbolic reachability analysis of genetic regulatory networks using discrete abstractions
auteur
Grégory Batt, Hidde de Jong, Michel Page, Johannes Geiselmann
article
Automatica, 2008, 44 (4), pp.982-989
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titre
Temporal Logic Patterns for Querying Dynamic Models of Cellular Interaction Networks
auteur
Pedro T. Monteiro, Delphine Ropers, Radu Mateescu, Ana T. Freitas, Hidde de Jong
article
Bioinformatics, 2008, ECCB 2008 CONFERENCE PROCEEDINGS 22-26 SEPTEMBER 2008, CAGLIARI, ITALY, 24 (16), pp.i227-i233. ⟨10.1093/bioinformatics/btn275⟩
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https://inria.hal.science/inria-00357805/file/Bioinformatics_ECCB2008_Patterns.pdf BibTex
titre
Neutral Clustering in a Simple Experimental Ecological Community
auteur
Bahram Houchmandzadeh
article
Physical Review Letters, 2008, 101, pp.078103. ⟨10.1103/PhysRevLett.101.078103⟩
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https://hal.science/hal-00384587/file/PRL_rev3_author.pdf BibTex
titre
De la cellule à la puce
auteur
Hidde de Jong, Delphine Ropers, Radu Mateescu, Johannes Geiselmann
article
Les Cahiers de l'INRIA - La Recherche, 2008, 419, pp.I-II
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Conference papers

titre
Temporal Logic Patterns for Querying Qualitative Models of Genetic Regulatory Networks
auteur
Pedro T. Monteiro, Delphine Ropers, Radu Mateescu, Ana T. Freitas, Hidde de Jong
article
18th European Conference on Artificial Intelligence, Aug 2008, Patras, Greece
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Reports

titre
Temporal Logic Patterns for Querying Dynamic Models of Cellular Interaction Networks
auteur
Pedro T. Monteiro, Delphine Ropers, Radu Mateescu, Ana T. Freitas, Hidde de Jong
article
[Research Report] RR-6470, INRIA. 2008
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https://inria.hal.science/inria-00260980/file/RR-6470.pdf BibTex