2026
Journal articles
- titre
- A master equation approach to the n-coalescent problem
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh
- article
- Physical Review E , 2026, 113 (2), pp.024404. ⟨10.1103/yw3t-dwnb⟩
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-
- titre
- A Novel Biomimetic Opto-electronic Nose Combining Cross-Reactive Peptides with Selective Phage Display Peptides for Enhanced Performance
- auteur
- Vanessa Escobar, Sophie Brenet, Charlotte Hurot, Marielle El Kazzy, Jonathan Weerakkody, Raphael Mathey, Natale Scaramozzino, Arnaud Buhot, Yanxia Hou
- article
- Biosensors and Bioelectronics, 2026, 302, pp.118551. ⟨10.1016/j.bios.2026.118551⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Antibody targeting the anti-parallel topology of human telomeric G-quadruplex DNA
- auteur
- Nasab Reda, Sofia Muret, Clément Estève, Emilie Derathe, Maria Fidélia Susanto, Eve Pitot, Hugues Bonnet, Thomas Lavergne, Dennis Gomez, Jérôme Dejeu, Natale Scaramozzino, Eric Defrancq
- article
- 2026
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-
2025
Journal articles
- titre
- Predicting coarse-grained representations of biogeochemical cycles from metabarcoding data
- auteur
- Arnaud Belcour, Loris Megy, Sylvain Stephant, Caroline Michel, Sétareh Rad, Petra Bombach, Nicole Dopffel, Hidde de Jong, Delphine Ropers
- article
- Bioinformatics, 2025, 41 (Supplement_1), pp.i49-i57. ⟨10.1093/bioinformatics/btaf230⟩
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-
- titre
- Antibody targeting the anti-parallel topology of human telomeric G-quadruplex DNA
- auteur
- Nasab Reda, Sofia Muret, Clément Estève, Emilie Derathe, Maria Fidélia Susanto, Eve Pitot, Hugues Bonnet, Thomas Lavergne, Dennis Gomez, Jérôme Dejeu, Natale Scaramozzino, Eric Defrancq
- article
- BioRxiv, 2025, ⟨10.1101/2025.05.13.653741⟩
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-
- titre
- When lowering temperature, the in vivo circadian clock in cyanobacteria follows and surpasses the in vitro protein clock trough the Hopf bifurcation
- auteur
- Irina Mihalcescu, Hotaka Kaji, Hina Maruyama, Jerôme Giraud, Mathilde Van Melle-Gateau, Bahram Houchmandzadeh, Hiroshi Ito
- article
- Scientific Reports, 2025, 15 (1), pp.14884. ⟨10.1038/s41598-025-97412-6⟩
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-
- titre
- A geometric derivation of Noether's theorem
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh
- article
- European Journal of Physics, 2025, 46 (2), pp.025003. ⟨10.1088/1361-6404/adb546⟩
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-
- titre
- Single-cell data reveal heterogeneity of investment in ribosomes across a bacterial population
- auteur
- Antrea Pavlou, Eugenio Cinquemani, Corinne Pinel, Nils Giordano, Mathilde Van Melle-Gateau, Irina Mihalcescu, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
- article
- Nature Communications, 2025, 16 (1), pp.285. ⟨10.1038/s41467-024-55394-5⟩
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-
Conference papers
- titre
- Assessment of Potential Microbial Hydrogen Consumption in European Hydrogen Underground Storage Sites
- auteur
- Kateřina Černá, Jakub Říha, Kristýna Fadrhonc, Petra Bombach, Sétareh Rad, Sylvain Stephant, Caroline Michel, Laura Fablet, Delphine Ropers, Arnaud Belcour, Joachim Tremosa, Khine Kyaw, Nicola Paltrinieri, Biwen Annie An-Stepec, Nicole Dopffel
- article
- GET 2025 - Sixth EAGE Global Energy Transition Conference & Exhibition, Oct 2025, Rotterdam, Netherlands. pp.1-5, ⟨10.3997/2214-4609.202521032⟩
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-
- titre
- Microbial activity in hot springs: impact on volcanic rock at the weathering front in Lesser Antilles
- auteur
- Sétareh Rad, Catherine Joulian, Hafida Tris, Cindy Gassaud, Patrick Ollivier, Marie Pettenati, Arnaud Belcour, Delphine Ropers, Yoann Legendre, Fabienne Battaglia-Brunet
- article
- Goldschmidt Conference 2025, EAG, Jul 2025, Prague, Czech Republic
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-
- titre
- Antibody targeting the anti-parallel topology of human telomeric G- quadruplex DNA
- auteur
- Natale Scaramozzino, Jérôme Dejeu, T. Lavergne, Dennis Gomez, Éric Defrancq
- article
- Congrès annuel SFBBM 2025, Société Française de Biochimie et Biologie Moléculaire (SFBBM), Jun 2025, Paris, France
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-
- titre
- Chemobiologie des ADN G-Quadruplex : de la conception de l’outil chimique jusqu’à l’immunofluorescence sur cellules
- auteur
- Jérôme Dejeu, Dennis Gomez, Natale Scaramozzino, Éric Defrancq
- article
- 5ème journée du GDR ChemBio, Jun 2025, Nantes, France
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-
- titre
- Biomimetic electronic nose based on peptides and odorant binding proteins
- auteur
- Vanessa Escobar, Marielle El Kazzy, Jonathan Weerakkody, Charlotte Hurot, Sophie Brenet, Raphaël Mathey, Arnaud Buhot, Yanxia Hou
- article
- Anniversary World Congress on Biosensors, May 2025, Lisbon, Portugal
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-
Book sections
- titre
- Advances in rapid detection of zoonotic pathogens in poultry production and processing environments
- auteur
- Jeanne Malet-Villemagne, Francesco Rizzotto, Vincent Léguillier, Jasmina Vidic, Vanessa Escobar, Yanxia Hou, Nicole Jaffrezic-Renault
- article
- Steven C. Ricke. Improving poultry meat safety and sustainability, Burleigh Dodds Science Publishing, 2025, 978-1-80146-789-6
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Microbial-geochemical interactions in underground reservoirs: Implications for hydrogen storage
- auteur
- Laura Fablet, Arnaud Belcour, Sylvain Stephant, Caroline Michel, Delphine Ropers, Katerina Cerna, Petra Bombach, Jakub Riha, Joachim Tremosa, Biwen Annie An-Stepec, Kristyna Fadrhonc, Nicole Dopffel, Setareh Rad
- article
- 2025
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-
- titre
- Spinal study of a population model for colonial species with interactions and environmental noise
- auteur
- Sylvain Billiard, Charles Medous, Charline Smadi
- article
- 2025
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-
2024
Journal articles
- titre
- Improving the genetic stability of bacterial growth control for long‐term bioproduction
- auteur
- Thibault Clavier, Corinne Pinel, Hidde de Jong, Johannes Geiselmann
- article
- Biotechnology and Bioengineering, 2024, 121 (9), pp.2808-2819. ⟨10.1002/bit.28756⟩
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-
- titre
- A general method for the estimation of moments of substitution number in molecular evolution
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh
- article
- Physica Scripta, 2024, 99 (6), pp.065035. ⟨10.1088/1402-4896/ad48cc⟩
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-
- titre
- Spinal constructions for continuous type-space branching processes with interactions
- auteur
- Charles Medous
- article
- Electronic Journal of Probability, 2024, 29, pp.1-46. ⟨10.1214/24-EJP1227⟩
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-
Conference papers
- titre
- Development and Optimization of SPRI-based Electronic Nose for Highly Selective Detection of Volatile Organic Compounds
- auteur
- Vanessa Escobar, Arnaud Buhot, Natale Noel Scaramozzino, Yanxia Hou
- article
- EUROSENSORS XXXVI, Sep 2024, Debrecen, Hungary
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-
- titre
- Microbial Risks Associated with Hydrogen Underground Storage in Europe
- auteur
- Nicole Dopffel, Biwen Annie An-Stepec, Petra Bombach, Kateřina Černá, Jakub Říha, Khine Kyaw, Nicola Paltrinieri, Are Oust, Delphine Ropers, Sétareh Rad, Sylvain Stephant, Joachim Tremosa
- article
- EAGE 2024 - 85th Annual Conference & Exhibition, Jun 2024, Oslo, Norway. pp.1-5, ⟨10.3997/2214-4609.202410805⟩
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-
- titre
- Novel High-Affinity Peptides Selected by Phage Display for Selective Detection of Aromatic VOCs
- auteur
- Vanessa Escobar, Sophie Brenet, Charlotte Hurot, Marielle El Kazzy, Arnaud Buhot, Natale Noel Scaramozzino, Yanxia Hou
- article
- 2024 IEEE International Symposium on Olfaction and Electronic Nose (ISOEN), May 2024, Grapevine, Texas, USA, United States
- Accès au bibtex
-
- titre
- Microbial risks associated with hydrogen underground storage in Europe
- auteur
- Nicole Dopffel, Katerina Černa, Sylvain Stephant, Petra Bombach, Kenneth Wunch, Biwen Annie An-Stepec, Alsu Valiakhmetova, Tzvetanka Boiadjieva-Scherzer, Joachim Tremosa, Sétareh Rad, Delphine Ropers
- article
- SMRI 2024 -Conference on Solution Mining Research Institute Spring, Solution Mining Research Institute, Apr 2024, Krakow, Poland. pp.1-12
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-
Book sections
- titre
- Peptides
- auteur
- Vanessa Escobar, Yanxia Hou
- article
- Elsevier. Nature-Inspired Sensors, pp.215-231, 2024, 9780443156847
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-
Patents
- titre
- DNA G-QUADRUPLEX-SPECIFIC ANTIBODIES AND USES
- auteur
- Éric Defrancq, Natale Scaramozzino
- article
- France, Patent n° : WO/2025/153793 (FR2400468 / FR3158314). 2024
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-
Theses
- titre
- Design and selection of peptides based on phage display for the development of biosensors and electronic noses
- auteur
- Vanessa Escobar
- article
- Chemical Sciences. Université grenoble Alpes, 2024. English. ⟨NNT : ⟩
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-
- titre
- Interacting population, spine construction and stochastic simulations
- auteur
- Charles Medous
- article
- Probability [math.PR]. Université Grenoble Alpes [2020-..], 2024. English. ⟨NNT : 2024GRALM092⟩
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-
- titre
- Genetic control of bacterial growth : optimization of process conditions for maximizing the yield of biotechnological products in E. coli
- auteur
- Thibault Clavier
- article
- Sciences du Vivant [q-bio]. Université Grenoble Alpes [2020-..], 2024. Français. ⟨NNT : 2024GRALV011⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- When lowering temperature, the in vivo circadian clock in cyanobacteria follows and surpasses the in vitro protein clock trough the Hopf bifurcation
- auteur
- Irina Mihalcescu, Hotaka Kaji, Hina Maruyama, Jerome Giraud, Mathilde Van Melle-Gateau, Bahram Houchmandzadeh, Hiroshi Ito
- article
- 2024
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Design proposition for continuous bioreactors optimization against the mutation risk
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh
- article
- 2024
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-
2023
Journal articles
- titre
- Hybrid quantum systems with high‑Tc superconducting resonators
- auteur
- Z. Velluire-Pellat, E. Maréchal, N. Moulonguet, G. Saïz, G. Ménard, S. Kozlov, F. Couëdo, P. Amari, Charles Medous, J. Paris, R. Hostein, J. Lesueur, C. Feuillet-Palma, N. Bergeal
- article
- Scientific Reports, 2023, 13 (1), pp.14366. ⟨10.1038/s41598-023-41472-z⟩
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-
- titre
- Resource allocation accounts for the large variability of rate-yield phenotypes across bacterial strains
- auteur
- Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé, Tomas Gedeon, Hidde de Jong
- article
- eLife, 2023, 12, pp.1-29. ⟨10.7554/eLife.79815⟩
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-
- titre
- A novel procedure for CFU plating and counting
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh, Patrice Ballet
- article
- Journal of Microbiological Methods, 2023, 206, pp.106693. ⟨10.1016/j.mimet.2023.106693⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Recent Advances in Electrochemical Biosensors for Food Control
- auteur
- Francesco Rizzotto, Majd Khalife, Yanxia Hou, Carole Chaix, Florence Lagarde, Natale Scaramozzino, Jasmina Vidic
- article
- Micromachines, 2023, 14 (7), pp. 1412. ⟨10.3390/mi14071412⟩
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-
- titre
- Recent Advances on Peptide-Based Biosensors and Electronic Noses for Foodborne Pathogen Detection
- auteur
- Vanessa Escobar, Natale Scaramozzino, Jasmina Vidic, Arnaud Buhot, Raphaël Mathey, Carole Chaix, Yanxia Hou
- article
- Biosensors, 2023, 13, ⟨10.3390/bios13020258⟩
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-
Conference papers
- titre
- Resource allocation strategies behind rate-yield phenotypes in E.coli
- auteur
- Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé, Tomas Gedeon, Hidde de Jong
- article
- 2023 - Workshop on Advanced School on Quantitative Principles in Microbial Physiology: from Single Cells to Cell Communities, ICTP, Oct 2023, Trieste, Italy. pp.1
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Exploration of Phage Display peptides as novel sensing materials for highly sensitive and selective biomimetic optoelectronic nose
- auteur
- Vanessa Escobar, Charlotte Hurot, Sophie Brenet, Marielle El Kazzy, Natale Scaramozzino, Raphaël Mathey, Arnaud Buhot, Yanxia Hou
- article
- 9th International Conference on Sensors Engineering and Electronics Instrumentation Advances (SEIA'), Sep 2023, Funchal (Madeira Island), Portugal
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-
Theses
- titre
- Development, characterization and control of E.coli communities on an automated experimental platform
- auteur
- Maaike Fonsine Sangster
- article
- Cellular Biology. Université Grenoble Alpes [2020-..], 2023. English. ⟨NNT : 2023GRALV041⟩
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-
- titre
- Eco-evolutionary biodiversity dynamics : understanding and predicting the influence of environmental heterogeneity at multiple temporal and spatial scales
- auteur
- Elizabeth Barthelemy
- article
- Biodiversité. Université Grenoble Alpes [2020-..], 2023. Français. ⟨NNT : 2023GRALV016⟩
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-
2022
Journal articles
- titre
- Maturation models of fluorescent proteins are necessary for unbiased estimates of promoter activity
- auteur
- Antrea Pavlou, Eugenio Cinquemani, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
- article
- Biophysical Journal, 2022, 121 (21), pp.4179-4188. ⟨10.1016/j.bpj.2022.09.021⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The essential role of mRNA degradation in understanding and engineering E. coli metabolism
- auteur
- Charlotte Roux, Thibault Etienne, Eliane Hajnsdorf, Delphine Ropers, Agamemnon J. Carpousis, Muriel Cocaign-Bousquet, Laurence Girbal
- article
- Biotechnology Advances, 2022, 54, pp.107805. ⟨10.1016/j.biotechadv.2021.107805⟩
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-
Patents
- titre
- A genetically engineered bacterium and genetically stable method for the production of metabolites, peptides, and/or recombinant proteins
- auteur
- Hidde de Jong, Johannes Geiselmann, Thibault Clavier, Célia Boyat
- article
- France, N° de brevet: FR3141471A1. 2022, pp.32
- Accès au bibtex
-
- titre
- Methods for counting the number of living microorganisms contained in a specimen sample and apparatuses for implementing such methods
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh, Patrice Ballet
- article
- France, Patent n° : WO2022/207514. 2022
- Accès au bibtex
-
Theses
- titre
- Quantification of bacterial resource allocation in changing environments on the single-cell level
- auteur
- Antrea Pavlou
- article
- Virology. Université Grenoble Alpes [2020-..], 2022. English. ⟨NNT : 2022GRALV046⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Selection and production of specific DNA G-quadruplex antibody fragments
- auteur
- Nasab Reda
- article
- Sciences du Vivant [q-bio]. Université Grenoble Alpes, 2022. Français. ⟨NNT : ⟩
- Accès au bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- A nonlinear mixed-effects approach for the mechanistic interpretation of time-series transcriptomics data
- auteur
- Thibault Etienne, Charlotte Roux, Eugenio Cinquemani, Laurence Girbal, Muriel Cocaign-Bousquet, Delphine Ropers
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2021
Journal articles
- titre
- Multiomics Study of Bacterial Growth Arrest in a Synthetic Biology Application
- auteur
- Delphine Ropers, Yohann Couté, Laëtitia Faure, Sabrina Ferré, Delphine Labourdette, Arieta Shabani, Lidwine Trouilh, Perrine Vasseur, Gwénaëlle Corre, Myriam Ferro, Marie-Ange Teste, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
- article
- ACS Synthetic Biology, 2021, 10 (11), pp.2910-2926. ⟨10.1021/acssynbio.1c00115⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- An Overview of Artificial Olfaction Systems with a Focus on Surface Plasmon Resonance for the Analysis of Volatile Organic Compounds
- auteur
- Marielle El Kazzy, Jonathan Weerakkody, Charlotte Hurot, Raphaël Mathey, Arnaud Buhot, Natale Scaramozzino, Yanxia Hou
- article
- Biosensors, 2021, 11 (8), pp.244. ⟨10.3390/bios11080244⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Imprints of Past Habitat Area Reduction on Extant Taxonomic, Functional, and Phylogenetic Composition
- auteur
- Elizabeth Barthelemy, Claire Fortunel, Maxime Jaunatre, François Munoz
- article
- Frontiers in Ecology and Evolution, 2021, 9, ⟨10.3389/fevo.2021.634413⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Habilitation à diriger des recherches
- titre
- Modelling biochemical reaction networks in bacteria – From data to models and back
- auteur
- Delphine Ropers
- article
- Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Claude Bernard Lyon I, 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- From Newton to Hamilton, bypassing Lagrange and Legendre.
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh
- article
- 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2020
Journal articles
- titre
- Competitive effects in bacterial mRNA decay
- auteur
- Thibault Etienne, Muriel Cocaign-Bousquet, Delphine Ropers
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2020, 504, ⟨10.1016/j.jtbi.2020.110333⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Genomewide Stabilization of mRNA during a "Feast-to- Famine" Growth Transition in Escherichia coli Downloaded from
- auteur
- Manon Morin, Brice Enjalbert, Delphine Ropers, Laurence Girbal, Muriel Cocaign-Bousquet
- article
- MSphere, 2020, 5 (3), ⟨10.1128/mSphere.00276-20⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The Hamilton-Jacobi Equation : an intuitive approach.
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh
- article
- American Journal of Physics, 2020, 88 (5), pp.353-359
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Bio-Inspired Strategies for Improving the Selectivity and Sensitivity of Artificial Noses: A Review
- auteur
- Charlotte Hurot, Natale Scaramozzino, Arnaud Buhot, Yanxia Hou
- article
- Sensors, 2020, 20 (6), pp.1803. ⟨10.3390/s20061803⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Large deviation of long time average for a stochastic process : an alternative method.
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh
- article
- Journal of Physics A: Mathematical and Theoretical, 2020, 53 (9), pp.095004
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Theses
- titre
- Design and in vivo implementation of synthetic RNA switches in E.coli
- auteur
- Gabriel Joël Espel
- article
- Biologie structurale [q-bio.BM]. Université Grenoble Alpes [2020-..], 2020. Français. ⟨NNT : 2020GRALV051⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Rawls's “original position” is not sufficient to specify the rules of cooperation.
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh
- article
- 2020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2019
Journal articles
- titre
- Acetate metabolism and the inhibition of bacterial growth by acetate
- auteur
- Stéphane Pinhal, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
- article
- Journal of Bacteriology, 2019, 201 (13), pp.147 - 166. ⟨10.1128/JB.00147-19⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Development of novel biomimetic sensor materials for optoelectronic nose applications
- auteur
- Charlotte Hurot, Sophie Brenet, Arnaud Buhot, Emilie Barou, Christine Belloir, Loïc Briand, Natale Scaramozzino, Yanxia Hou
- article
- Ecole thématique Biosurf, Jun 2019, Ile de Porquerolles, France.
- Accès au bibtex
-
2018
Journal articles
- titre
- An ensemble of mathematical models showing diauxic growth behaviour
- auteur
- Andreas Kremling, Johannes Geiselmann, Delphine Ropers, Hidde de Jong
- article
- BMC Systems Biology, 2018, 12 (1), pp.1-16. ⟨10.1186/s12918-018-0604-8⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Giant fluctuations in logistic growth
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh
- article
- Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics [2001-2015], 2018, 98, pp.042118
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Principal process analysis of biological models
- auteur
- Stefano Casagranda, Suzanne Touzeau, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
- article
- BMC Systems Biology, 2018, 12, pp.68. ⟨10.1186/s12918-018-0586-6⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Reduction and stability analysis of a transcription-translation model of RNA polymerase
- auteur
- Ismail Belgacem, Stefano Casagranda, Edith Grac, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
- article
- Bulletin of Mathematical Biology, 2018, 80 (2), pp.294-318. ⟨10.1007/s11538-017-0372-4⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2017
Journal articles
- titre
- Mathematical modelling of microbes: metabolism, gene expression and growth
- auteur
- Hidde de Jong, Stefano Casagranda, Nils Giordano, Eugenio Cinquemani, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Jean-Luc Gouzé
- article
- Journal of the Royal Society Interface, 2017, 14 (136), pp.1-14. ⟨10.1098/rsif.2017.0502⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- The Csr System Regulates Escherichia coli Fitness by Controlling Glycogen Accumulation and Energy Levels
- auteur
- Manon Morin, Delphine Ropers, Eugenio Cinquemani, Jean-Charles Portais, Brice Enjalbert, Muriel Cocaign-Bousquet
- article
- mBio, 2017, 8 (5), pp.1-14. ⟨10.1128/mBio.01628-17⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Fisher Waves: an individual based stochastic model
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
- article
- Physical Review E , 2017, 96, pp.012414. ⟨10.1103/PhysRevE.96.012414⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Neutral Aggregation in Finite Length Genotype space
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh
- article
- Physical Review E , 2017, 95, pp.012402. ⟨10.1103/physreve.95.012402⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Resource reallocation in bacteria by reengineering the gene expression machinery
- auteur
- Hidde de Jong, Johannes Geiselmann, Delphine Ropers
- article
- Trends in Microbiology, 2017, 25 (6), pp.480-493. ⟨10.1016/j.tim.2016.12.009⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Estimation of time-varying growth, uptake and excretion rates from dynamic metabolomics data
- auteur
- Eugenio Cinquemani, Valérie Laroute, Muriel Bousquet, Hidde de Jong, Delphine Ropers
- article
- Bioinformatics, 2017, 33 (14), pp.i301-i310. ⟨10.1093/bioinformatics/btx250⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Piecewise linear approximations to model the dynamics of adaptation to osmotic stress by food-borne pathogens
- auteur
- Aline Métris, Susan George, Delphine Ropers
- article
- International Journal of Food Microbiology, 2017, 240, pp.63-74. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2016.06.022⟩
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- SR and hnRNP proteins regulate HIV-1 multiplication by modulating mRNA splicing and translation
- auteur
- Lilia Ayadi, Georges Khoury, Jean-Michel Saliou, Sarah Cianferani-Sanglier, Alain Vandorsselaer, Delphine Ropers, Houda Hallay, Isabelle Behm-Ansmant, Christiane Branlant
- article
- 22nd Annual Meeting of the RNA Society, May 2017, Prague, Czech Republic
- Accès au bibtex
-
2016
Journal articles
- titre
- Nonlinear modification of the laser noise power spectrum induced by frequency-shifted optical feedback
- auteur
- Eric Lacot, Bahram Houchmandzadeh, Vadim Girardeau, Olivier Hugon, Olivier Jacquin
- article
- Physical Review A : Atomic, molecular, and optical physics [1990-2015], 2016, ⟨10.1103/PhysRevA.94.033843⟩
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-
- titre
- Data for the qualitative modeling of the osmotic stress response to NaCl in Escherichia coli
- auteur
- Delphine Ropers, Aline Métris
- article
- Data in Brief, 2016, 9, pp.606-612. ⟨10.1016/j.dib.2016.09.028⟩
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-
- titre
- The post-transcriptional regulatory system CSR controls the balance of metabolic pools in upper glycolysis of Escherichia coli
- auteur
- Manon Morin, Delphine Ropers, Fabien Letisse, Sandrine Laguerre, Jean-Charles Portais, Muriel Cocaign-Bousquet, Brice Enjalbert
- article
- Molecular Microbiology, 2016, 100 (4), pp.686-700. ⟨10.1111/mmi.13343⟩
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-
- titre
- A simple, general result for the variance of substitution number in molecular evolution.
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2016, 33 (7), pp.1858. ⟨10.1093/molbev/msw063⟩
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-
- titre
- Hierarchy and extremes in selections from pools of randomized proteins
- auteur
- Sébastien Boyer, Dipanwita Biswas, Ananda Kumar Soshee, Natale Scaramozzino, Clément Nizak, Olivier Rivoire
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2016, 113 (13), pp.3482-3487. ⟨10.1073/pnas.1517813113⟩
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-
- titre
- Dynamical allocation of cellular resources as an optimal control problem: Novel insights into microbial growth strategies
- auteur
- Nils Giordano, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
- article
- PLoS Computational Biology, 2016, 12 (3), pp.e1004802. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004802⟩
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-
Conference papers
- titre
- SR and hnRNP proteins regulate HIV-1 multiplication by modulating mRNA splicing and translation
- auteur
- Lilia Ayadi, Georges Khoury, Jean-Michel Saliou, Sarah Cianferani-Sanglier, Alain Vandorsselaer, Delphine Ropers, Houda Hallay, Isabelle Behm-Ansmant, Christiane Branlant
- article
- 4th Post-EURASNET Meeting, Sep 2016, Poznan, Poland
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-
- titre
- Model simplification and process analysis of biological models
- auteur
- Stefano Casagranda, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
- article
- The 5th International Symposium on Positive Systems (POSTA), Sep 2016, Rome, Italy
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-
2015
Journal articles
- titre
- A synthetic growth switch based on controlled expression of RNA polymerase
- auteur
- Jérôme Izard, Cindy Gomez-Balderas, Delphine Ropers, Stephan Lacour, Xiaohu Song, Yifan Yang, Ariel B. Lindner, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
- article
- Molecular Systems Biology, 2015, 11 (11), pp.840
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-
- titre
- General formulation of Luria-Delbrück distribution of the number of mutants
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh
- article
- Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics [2001-2015], 2015, 92, pp.012719
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-
- titre
- Exact results for a noise-induced bistable system
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
- article
- Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics [2001-2015], 2015, 91, pp.022115
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-
- titre
- Fluctuation driven fixation of cooperative behavior
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh
- article
- BioSystems, 2015, 127, pp.60. ⟨10.1016/j.biosystems.2014.11.006⟩
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-
- titre
- Characterization of the Escherichia coli σ(S) core regulon by Chromatin Immunoprecipitation-sequencing (ChIP-seq) analysis
- auteur
- Clelia Peano, Johannes Wolf, Julien Demol, Elio Rossi, Luca Petiti, Gianluca de Bellis, Johannes Geiselmann, Thomas Egli, Stephan Lacour, Paolo Landini
- article
- Scientific Reports, 2015, 5, pp.10469. ⟨10.1038/srep10469⟩
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-
- titre
- Inference of quantitative models of bacterial promoters from time-series reporter gene data
- auteur
- Diana Stefan, Corinne Pinel, Stephane Pinhal, Eugenio Cinquemani, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
- article
- PLoS Computational Biology, 2015, 11 (1), pp.e1004028. ⟨10.1371/journal.pcbi.1004028⟩
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-
- titre
- Robust reconstruction of gene expression profiles from reporter gene data using linear inversion
- auteur
- Valentin Zulkower, Michel Page, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
- article
- Bioinformatics, 2015, 31 (12), pp.i71-i79. ⟨10.1093/bioinformatics/btv246⟩
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-
- titre
- Understanding carbon catabolite repression in Escherichia coli using quantitative models
- auteur
- Andreas Kremling, Johannes Geiselmann, Delphine Ropers, Hidde de Jong
- article
- Trends in Microbiology, 2015, 23 (2), pp.99-109. ⟨10.1016/j.tim.2014.11.002⟩
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-
Conference papers
- titre
- Model reduction and process analysis of biological models
- auteur
- Stefano Casagranda, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
- article
- 2015 23th Mediterranean Conference on Control and Automation (MED), Jun 2015, Torremolinos, Spain. ⟨10.1109/MED.2015.7158908⟩
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-
- titre
- A dynamic network analysis of the physiological state of foodborne pathogens: application to Escherichia coli during osmotic stress and comparison with Salmonella Typhimurium
- auteur
- Aline Métris, Susan George, Delphine Ropers, Jozsef Baranyi
- article
- 9th International Conference on Predictive Modelling in Food, 2015, Rio de Janeiro, Brazil
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-
- titre
- Fluorescent reporter genes and the analysis of bacterial regulatory networks
- auteur
- Hidde de Jong, Johannes Geiselmann
- article
- Hybrid Systems Biology: Proceedings of the Second International Workshop, HSB 2013, and Third International Workshop, HSB 2014, 2015, Vienna, Austria. pp.1-24, ⟨10.1007/978-3-319-27656-4_2⟩
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-
Book sections
- titre
- La cellule procaryote en biotechnologies
- auteur
- Sandrine Bourgoin-Voillard, Claire Durmort, Johannes Geiselmann, Audrey Le Gouellec, Delphine Ropers, Michel Sève
- article
- Introduction aux biotechnologies en santé, Tome 1, Tec & Doc Lavoisier, pp.318, 2015, Les biotechnologies en santé, 2743020857
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-
Patents
- titre
- Method for producing metabolites, peptides and recombinant proteins
- auteur
- Johannes Geiselmann, Hidde de Jong, Delphine Ropers, Jérôme Izard
- article
- France, Patent n° : EP2848695 (A1). 2015
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-
- titre
- Method for producing metabolites, peptides and recombinant proteins
- auteur
- Johannes Geiselmann, Hidde de Jong, Delphine Ropers, Jérôme Izard
- article
- France, Patent n° : EP2848695. 2015
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-
2014
Journal articles
- titre
- The remarkable discreteness of being
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh
- article
- Journal of Biosciences, 2014, 39 (2), pp.1-10. ⟨10.1007/s12038-013-9350-7⟩
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-
- titre
- A Global-Local Synthesis Approach for Large Non-Regular Arrays
- auteur
- Thibault Clavier, Nima Razavi-Ghods, François Glineur, David Gonzalez-Ovejero, Eloy de Lera Acedo, Christophe Craeye, Paul Alexander
- article
- IEEE Transactions on Antennas and Propagation, 2014, 62 (4), pp.1596-1606. ⟨10.1109/TAP.2013.2284816⟩
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-
- titre
- Mass spectrometry-based workflow for accurate quantification of E. coli enzymes: how proteomics can play a key role in metabolic engineering.
- auteur
- Mathieu Trauchessec, Michel Jaquinod, Aline Bonvalot, Virginie Brun, Christophe Bruley, Delphine Ropers, Hidde de Jong, Jerome Garin, Gwenaelle Bestel-Corre, Myriam Ferro
- article
- Molecular and Cellular Proteomics, 2014, 13 (4), pp.954-968. ⟨10.1074/mcp.M113.032672⟩
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-
- titre
- An alternative to the breeder's and Lande's equations.
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh
- article
- G3, 2014, 4(1) (1), pp.97-108. ⟨10.1534/g3.113.008433⟩
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-
- titre
- Repression of flagellar genes in exponential phase by CsgD and CpxR, two crucial modulators of Escherichia coli biofilm formation
- auteur
- Omaya Dudin, Johannes Geiselmann, Hiroshi Ogasawara, Akira Ishihama, Stéphan Lacour
- article
- Journal of Bacteriology, 2014, 196 (3), ⟨10.1128/JB.00938-13⟩
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-
- titre
- Anodic deposit from respiration metabolic pathway of Escherichia coli
- auteur
- Uyen Hoang Phuong Nguyen, Denys Grekov, Johannes Geiselmann, Valérie Stambouli, Marianne Weidenhaupt, Didier Delabouglise
- article
- Electrochimica Acta, 2014, 130, pp.200-205. ⟨10.1016/j.electacta.2014.03.019⟩
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-
Conference papers
- titre
- Stability analysis of a reduced transcription-translation model of RNA polymerase
- auteur
- Ismail Belgacem, Edith Grac, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
- article
- Proceedings of the 53rd IEEE Conference on Decision and Control, Dec 2014, Los Angeles, CA, United States
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-
- titre
- A coupled transcription-translation mathematical model of RNA polymerase
- auteur
- Ismail Belgacem, Edith Grac, Delphine Ropers, Jean-Luc Gouzé
- article
- 21st International Symposium on Mathematical Theory of Networks and Systems, Jul 2014, Groningen, Netherlands
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-
- titre
- Dynamic optimisation of resource allocation in microorganisms
- auteur
- Nils Giordano, Francis Mairet, Jean-Luc Gouzé, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
- article
- 21st International Symposium on Mathematical Theory of Networks and Systems (MTNS 2014), University of Groningen. NLD., Jul 2014, Groningen, Netherlands
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-
Book sections
- titre
- Systems biology and metabolic engineering in bacteria
- auteur
- Johannes Geiselmann
- article
- Miguel A. Aon and Valdur Saks and Uwe Schlattner. Systems Biology of Metabolic and Signaling Networks : Energy, Mass and Information Transfer, 16, Springer, pp.351-367, 2014, Springer Series in Biophysics, ⟨10.1007/978-3-642-38505-6_13⟩
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-
Poster communications
- titre
- Sediment bed destabilization induced by oscillating horizontal pressure gradients
- auteur
- Céline Berni, H. Michallet, Elizabeth Barthélemy
- article
- EGU General Assembly, Apr 2014, Vienne, Austria. pp.1, 2014
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-
2013
Journal articles
- titre
- Exact results for fixation probability of bithermal evolutionary graphs.
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
- article
- BioSystems, 2013, 112 (1), pp.49-54. ⟨10.1016/j.biosystems.2013.03.020⟩
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-
- titre
- Shared control of gene expression in bacteria by transcription factors and global physiology of the cell
- auteur
- Sara Berthoumieux, Hidde de Jong, Guillaume Baptist, Corinne Pinel, Caroline Ranquet, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann
- article
- Molecular Systems Biology, 2013, 9 (1), pp.634. ⟨10.1038/msb.2012.70⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- A genome-wide screen for identifying all regulators of a target gene
- auteur
- Guillaume Baptist, Corinne Pinel, Caroline Ranquet, Jérôme Izard, Delphine Ropers, Hidde de Jong, Johannes Geiselmann
- article
- Nucleic Acids Research, 2013, 41 (17), pp.e164. ⟨10.1093/nar/gkt655⟩
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-
- titre
- Expression dynamics of RpoS/Crl-dependent genes in Escherichia coli
- auteur
- Omaya Dudin, Stéphan Lacour, Johannes Geiselmann
- article
- Research in Microbiology, 2013, 164 (8), pp.838-847. ⟨10.1016/j.resmic.2013.07.002⟩
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-
Conference papers
- titre
- Rip current morphodynamics in a wave basin
- auteur
- Céline Berni, H. Michallet, B. Castelle, Elizabeth Barthélemy, P. Bonneton
- article
- 8th Symposium on River, Coastal and Estuarine Morphodynamics, RCEM 2013, Jun 2013, Santander, Spain. pp.1
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-
2012
Journal articles
- titre
- Selection for altruism through random drift in variable size populations.
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
- article
- BMC Evolutionary Biology, 2012, 12, pp.61. ⟨10.1186/1471-2148-12-61⟩
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-
- titre
- Importance of metabolic coupling for the dynamics of gene expression following a diauxic shift in Escherichia coli
- auteur
- Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Daniel Kahn, Hidde de Jong
- article
- Journal of Theoretical Biology, 2012, 295, pp.100-115. ⟨10.1016/j.jtbi.2011.11.010⟩
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-
Conference papers
- titre
- Dynamique de la transition glucose/acétate chez la bactérie Escherichia coli.
- auteur
- Brice Enjalbert, Delphine Ropers, Pierre Millard, Stéphanie Durand, Fabien Létisse, Hidde de Jong, Jean-Charles Portais
- article
- Journées des Microbiologistes de l'INRA, Département Mircrobiologie et Chaîne Alimentaire - MICA, Nov 2012, L'isle-sur-la-Sorgue, France
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-
Book sections
- titre
- Genetic Network Analyzer: A Tool for the Qualitative Modeling and Simulation of Bacterial Regulatory Networks
- auteur
- Grégory Batt, Bruno Besson, Pierre-Emmanuel Ciron, Hidde de Jong, Estelle Dumas, Johannes Geiselmann, Regis Monte, Pedro T. Monteiro, Michel Page, François Rechenmann, Delphine Ropers
- article
- Jacques van Helden, Ariane Toussaint, Denis Thieffry. Bacterial Molecular Networks Methods and Protocols, 804, Springer, pp.439-462, 2012, Methods in Molecular Biology,, 978-1-61779-361-5. ⟨10.1007/978-1-61779-361-5_22⟩
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-
2011
Journal articles
- titre
- Fluctuations importance and control in biological systems
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh, Irina Mihalcescu
- article
- Europhysics News, 2011, 42 (6), pp.36. ⟨10.1051/epn/2011606⟩
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-
- titre
- The fixation probability of a beneficial mutation in a geographically structured population
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
- article
- New Journal of Physics, 2011, 13, pp.3020. ⟨10.1088/1367-2630/13/7/073020⟩
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-
- titre
- Qualitative modelling and formal verification of the FLR1 gene mancozeb response in Saccharomyces cerevisiae
- auteur
- Pedro T. Monteiro, P.J. Dias, Delphine Ropers, A.L. Oliveira, I. Sa-Correia, M.C. Teixeira, Ana T. Freitas
- article
- IET Systems Biology, 2011, 5, pp.308-316. ⟨10.1049/iet-syb.2011.0001⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Model reduction using piecewise-linear approximations preserves dynamic properties of the carbon starvation response in Escherichia coli
- auteur
- Delphine Ropers, Valentina Baldazzi, Hidde De Jong
- article
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2011, 8, pp.166-181. ⟨10.1109/TCBB.2009.49⟩
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Importance of metabolic coupling for the dynamics of gene expression following a diauxic shift in E. coli
- auteur
- Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Hans Geiselmann, Daniel Kahn, Hidde De Jong
- article
- Proceedings of the 18th IFAC World Congress, 2011, Milan, Italy. pp.14851-14856
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- Qualitative analysis of genetic regulatory networks in bacteria
- auteur
- Valentina Baldazzi, Pedro T. Monteiro, Michel Page, Delphine Ropers, Hans Geiselmann, Hidde De Jong
- article
- W. Dubitzky and J. Southgate and H. Fuss. Understanding the Dynamics of Biological Systems: Lessons Learned from Integrative Systems Biology, Springer, pp.111-130, 2011, 978-1-4419-7964-3. ⟨10.1007/978-1-4419-7964-3_6⟩
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-
Books
- titre
- De la complexité génomique à la diversité protéique : Analyse par modélisation et expériences de la régulation de l'épissage alternatif de l'ARN du virus VIH-1
- auteur
- Delphine Ropers
- article
- Editions Universitaires Européennes, pp.288, 2011
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-
Reports
- titre
- Importance of metabolic coupling for the dynamics of gene expression following a diauxic shift in E. coli
- auteur
- Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Daniel Kahn, Hidde de Jong
- article
- [Research Report] RR-7617, INRIA. 2011
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2010
Journal articles
- titre
- Alternative to the diffusion equation in population genetics.
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
- article
- Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics [2001-2015], 2010, 82 (5), pp.051913. ⟨10.1103/PhysRevE.82.051913⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Importance et contrôle des fluctuations dans les systèmes biologiques
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh, Irina Mihalcescu
- article
- Jahrbuch für Computerphilologie, 2010, 20, pp.17-21. ⟨10.1051/refdp/2010017⟩
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-
- titre
- The carbon assimilation network in Escherichia coli is densely connected and largely sign-determined by directions of metabolic fluxes.
- auteur
- Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Yves Markowicz, Daniel Kahn, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
- article
- PLoS Computational Biology, 2010, 6 (6), pp.e1000812. ⟨10.1371/journal.pcbi.1000812⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- WellReader: a MATLAB program for the analysis of fluorescence and luminescence reporter gene data.
- auteur
- Frédéric Boyer, Bruno Besson, Guillaume Baptist, Jérôme Izard, Corinne Pinel, Delphine Ropers, Johannes Geiselmann, Hidde de Jong
- article
- Bioinformatics, 2010, 26 (9), pp.1262-3. ⟨10.1093/bioinformatics/btq016⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Experimental and computational validation of models of fluorescent and luminescent reporter genes in bacteria.
- auteur
- Hidde de Jong, Caroline Ranquet, Delphine Ropers, Corinne Pinel, Johannes Geiselmann
- article
- BMC Systems Biology, 2010, 4 (1), pp.55. ⟨10.1186/1752-0509-4-55⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- The carbon assimilation network in Escherichia coli is densely connected and largely sign-determined by directions of metabolic fluxes
- auteur
- Valentina Baldazzi, Delphine Ropers, Yves Markowicz, Daniel Kahn, Hans Geiselmann, Hidde De Jong
- article
- Actes des Journées Ouvertes Biologie, Informatique et Mathématiques (JOBIM 2010), 2010, Montpellier, France. pp.11-12
- Accès au bibtex
-
- titre
- Computational modeling and analysis of the yeast FLR1 regulatory network in mancozeb-challenged cells
- auteur
- Pedro T. Monteiro, Paulo J. Dias, Delphine Ropers, Arlindo L. Oliveira, Isabel Sà-Correia, M.C. Teixeira, Ana T. Freitas
- article
- 11th International Conference on Systems Biology, ICSB 2010, 2010, Edinburgh, United Kingdom. pp.105
- Accès au bibtex
-
- titre
- Modeling and formal verification of biological regulatory networks: an integrative approach
- auteur
- Pedro T. Monteiro, Ana T. Freitas, Delphine Ropers, Radu Mateescu, Hidde De Jong
- article
- Proceedings of the IEEE International Conference on Bioinformatics & Biomedicine (BIBM 2010). First Workshop on Knowledge Engineering, Discovery and Dissemination in Health (KEDDH10), 2010, Ottawa, Canada
- Accès au bibtex
-
Lectures
- titre
- Mathématiques pour la Physique
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh
- article
- Licence. Mathématiques pour la Physique., France. 2010, pp.270
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Les processus stochastiques
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh
- article
- Doctoral. Les processus stochastiques, Grenoble, France. 2010
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2009
Journal articles
- titre
- Theory of neutral clustering for growing populations.
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh, Marcel Vallade
- article
- Physical Review E : Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics [2001-2015], 2009, 80 (5), pp.051920. ⟨10.1103/PhysRevE.80.051920⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- New actors in regulation of HIV-1 mRNA production
- auteur
- Georges Khoury, Lilia Ayadi, Jean-Michel Saliou, Sarah Sanglier, Delphine Ropers, Christiane Branlant
- article
- Retrovirology, 2009, 6, pp.46
- Accès au bibtex
-
- titre
- A declarative constraint-based method for analyzing discrete genetic regulatory networks
- auteur
- Fabien Corblin, Sebastien Tripodi, Eric Fanchon, Delphine Ropers, Laurent Trilling
- article
- BioSystems, 2009, 98 (2), pp.91-104. ⟨10.1016/j.biosystems.2009.07.007⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Role of RNA structure and protein factors in the control of HIV-1 splicing
- auteur
- Jean-Michel Saliou, Cyril Bourgeois, L. Ayadi-Ben Mena, Delphine Ropers, S. Jacquenet, V. Marchand, James Stévenin, Christiane Branlant
- article
- Frontiers in Bioscience-Landmark, 2009, 14, pp.2714-2729
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- The regulatory network underlying the transcriptional up-regulation of the FRL1 gene in mancozeb stressed yeast cells: qualitative modeling and simulation
- auteur
- Pedro T. Monteiro, P.J. Dias, Delphine Ropers, A.L. Oliveira, Ana T. Freitas, I. Sa-Correia, M.C. Teixeira
- article
- Proceedings of the Congresso Nacional MicroBiotec'09, 2009, Vilamoura, Portugal
- Accès au bibtex
-
- titre
- Reduction of a kinetic model of the carbon starvation response in Escherichia coli
- auteur
- Delphine Ropers, Valentina Baldazzi, Hidde De Jong
- article
- Proceedings of the 15th IFAC Symposium on System Identification, SYSID 2009, 2009, Saint Malo, France
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- Mathematical modeling of genetic regulatory networks: Stress responses in ıt Escherichia coli
- auteur
- Delphine Ropers, Hidde De Jong, Hans Geiselmann
- article
- P. Fu and M. Letterich and S. Panke. Systems Biology and Synthetic Biology, John Wiley & Sons, pp.235-271, 2009
- Accès au bibtex
-
2008
Journal articles
- titre
- Symbolic reachability analysis of genetic regulatory networks using discrete abstractions
- auteur
- Grégory Batt, Hidde de Jong, Michel Page, Johannes Geiselmann
- article
- Automatica, 2008, 44 (4), pp.982-989
- Accès au bibtex
-
- titre
- Temporal Logic Patterns for Querying Dynamic Models of Cellular Interaction Networks
- auteur
- Pedro T. Monteiro, Delphine Ropers, Radu Mateescu, Ana T. Freitas, Hidde de Jong
- article
- Bioinformatics, 2008, ECCB 2008 CONFERENCE PROCEEDINGS 22-26 SEPTEMBER 2008, CAGLIARI, ITALY, 24 (16), pp.i227-i233. ⟨10.1093/bioinformatics/btn275⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Neutral Clustering in a Simple Experimental Ecological Community
- auteur
- Bahram Houchmandzadeh
- article
- Physical Review Letters, 2008, 101, pp.078103. ⟨10.1103/PhysRevLett.101.078103⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- De la cellule à la puce
- auteur
- Hidde de Jong, Delphine Ropers, Radu Mateescu, Johannes Geiselmann
- article
- Les Cahiers de l'INRIA - La Recherche, 2008, 419, pp.I-II
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Temporal Logic Patterns for Querying Qualitative Models of Genetic Regulatory Networks
- auteur
- Pedro T. Monteiro, Delphine Ropers, Radu Mateescu, Ana T. Freitas, Hidde de Jong
- article
- 18th European Conference on Artificial Intelligence, Aug 2008, Patras, Greece
- Accès au bibtex
-
Reports
- titre
- Temporal Logic Patterns for Querying Dynamic Models of Cellular Interaction Networks
- auteur
- Pedro T. Monteiro, Delphine Ropers, Radu Mateescu, Ana T. Freitas, Hidde de Jong
- article
- [Research Report] RR-6470, INRIA. 2008
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