Publications HAL

2025

Journal articles

titre
The lamprey habenula provides an extreme example for the temporal regulation of asymmetric development
auteur
Lucile Guichard, Ronan Lagadec, Léo Michel, Hélène Mayeur, Michaël Fuentès, Jordan Pain, Noah Heier, Quentin Rougemont, Maria Celina Rodicio, Antón Barreiro-Iglesias, Patrick Blader, Michael Schubert, Sylvie Mazan
article
Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2025, 13, ⟨10.3389/fcell.2025.1528797⟩
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https://cnrs.hal.science/hal-05010250/file/Lamprey%20Brain%20Asymmetry.pdf BibTex

2024

Journal articles

titre
Warming and polymetallic stress induce proteomic and physiological shifts in the neurotoxic Alexandrium pacificum as possible response to global changes
auteur
Natacha Jean, Amandin James, Thierry Balliau, Christian Martino, Jérôme Ghersy, Veronique Savar, Mohamed Laabir, Amandine Caruana
article
Marine Pollution Bulletin, 2024, 209, 117221 (19p.). ⟨10.1016/j.marpolbul.2024.117221⟩
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titre
Analysis of a shark reveals ancient, Wnt-dependent, habenular asymmetries in vertebrates
auteur
Maxence Lanoizelet, Léo Michel, Ronan Lagadec, Hélène Mayeur, Lucile Guichard, Valentin Logeux, Dany Séverac, Kyle Martin, Christophe Klopp, Sylvain Marcellini, Héctor Castillo, Nicolas Pollet, Eva Candal, Mélanie Debiais-Thibaud, Catherine Boisvert, Bernard Billoud, Michael Schubert, Patrick Blader, Sylvie Mazan
article
Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.10194. ⟨10.1038/s41467-024-54042-2⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04810399/file/s41467-024-54042-2.pdf BibTex
titre
Bivalve shell growth from molecular to sclerochronological scale: Environment and intrinsic factors control increment deposition
auteur
Victoria Louis, Florian Desbordes, Laurence Besseau, Franck Lartaud
article
Marine Environmental Research, 2024, 202, pp.106730. ⟨10.1016/j.marenvres.2024.106730⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-04699473/file/1-s2.0-S014111362400391X-main.pdf BibTex
titre
Unveiling Prasinovirus diversity and host specificity through targeted enrichment in the South China Sea
auteur
Julie Thomy, Frederic Sanchez, Camille Prioux, Sheree Yau, Yangbing Xu, Julian Mak, Ruixian Sun, Gwenael Piganeau, Charmaine Yung
article
ISME Communications, 2024, 4 (1), ⟨10.1093/ismeco/ycae109⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-04745739/file/Thomy_Piganeau_Yung2024.pdf BibTex
titre
Link between bacterial communities and contrasted loads in ectoparasitic monogeneans from the external mucus of two wild sparid species (Teleostei)
auteur
Judith Revault, Yves Desdevises, Élodie Magnanou
article
Animal Microbiome, 2024, 6 (1), pp.42. ⟨10.1186/s42523-024-00329-0⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-04680575/file/s42523-024-00329-0.pdf BibTex
titre
An amphioxus neurula stage cell atlas supports a complex scenario for the emergence of vertebrate head mesoderm
auteur
Xavier Grau-Bové, Lucie Subirana, Lydvina Meister, Anaël Soubigou, Ana Neto, Anamaria Elek, Silvia Naranjo, Oscar Fornas, Jose Luis Gomez-Skarmeta, Juan Tena, Manuel Irimia, Stéphanie Bertrand, Arnau Sebé-Pedrós, Hector Escriva
article
Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.4550. ⟨10.1038/s41467-024-48774-4⟩
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titre
The sensory shark: high-quality morphological, genomic and transcriptomic data for the small-spotted catshark Scyliorhinus canicula reveal the molecular bases of sensory organ evolution in jawed vertebrates
auteur
H. Mayeur, J. Leyhr, J. Mulley, Nicolas Leurs, L. Michel, K. Sharma, R. Lagadec, J.-M. Aury, O.G. Osborne, P. Mulhair, J. Poulain, S. Mangenot, D. Mead, M. Smith, C. Corton, K Olive, J. Skelton, E. Betteridge, J. Dolucan, O. Dudchenko, A.D. Omer, D. Weisz, E.L. Aiden, S. Mccarthy, Y. Sims, J. Torrance, A. Tracey, K. Howe, T Baril, A. Hayward, C. Martinand-Mari, S. Sanchez, T. Haitina, K. Martin, S.I. Korsching, S. Mazan, M. Debiais-Thibaud
article
Molecular Biology and Evolution, 2024, 41 (12), pp.msae246. ⟨10.1101/2024.05.23.595469⟩
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https://hal.science/hal-04785835/file/msae246%281%29.pdf BibTex
titre
Erosion vs. accretion of sandy beaches: their impacts on nursery areas of coral reef fish
auteur
David Lecchini, Julien Tessonneau, Maguy Dulormne, Emma Gairin, Natacha Roux, Viliame Waqalevu, Léa Vignaud, Lana Minier, Océane Beaufort, Dorothée James, Malika Trouillefou, Charlotte. Dromard, Frédéric Bertucci
article
Environmental Biology of Fishes, 2024, 107 (5), pp.593-598. ⟨10.1007/s10641-024-01547-w⟩
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titre
A single-nucleus RNA sequencing atlas of the postnatal retina of the shark Scyliorhinus canicula
auteur
Nicolás Vidal-Vázquez, Ismael Hernández-Núñez, Pablo Carballo-Pacoret, Sarah Salisbury, Paula Villamayor, Francisca Hervas-Sotomayor, Xuefei Yuan, Francesco Lamanna, Céline Schneider, Julia Schmidt, Sylvie Mazan, Henrik Kaessmann, Fátima Adrio, Diego Robledo, Antón Barreiro-Iglesias, Eva Candal
article
BioRxiv, 2024, ⟨10.1101/2024.04.12.589211⟩
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titre
Evolution of tissue-specific expression of ancestral genes across vertebrates and insects
auteur
Federica Mantica, Luis Iñiguez, Yamile Marquez, Jon Permanyer, Antonio Torres-Mendez, Josefa Cruz, Xavier Franch-Marro, Frank Tulenko, Demian Burguera, Stephanie Bertrand, Toby Doyle, Marcela Nouzova, Peter Currie, Fernando Noriega, Hector Escriva, Maria Ina Arnone, Caroline Albertin, Karl Wotton, Isabel Almudi, David Martin, Manuel Irimia
article
Nature Ecology & Evolution, 2024, 8 (6), pp.1140-1153. ⟨10.1038/s41559-024-02398-5⟩
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BibTex
titre
Molecular control of cellulosic fin morphogenesis in ascidians
auteur
Maxence Lanoizelet, Christel Elkhoury Youhanna, Agnès Roure, Sébastien Darras
article
BMC Biology, 2024, 22, pp.74. ⟨10.1186/s12915-024-01872-7⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-04457625/file/s12915-024-01872-7.pdf BibTex
titre
Genetic diversity, demography and connectivity in the marine snail Thaisella chocolata (Duclos, 1832): implications for sustainable fisheries management along the Peruvian coast.
auteur
Victoria Louis, Marc Kochzius, Juana Jiménez, Séverine Fourdrilis, Carmen Yamashiro, Quentin Jossart
article
Journal of Molluscan Studies, 2024, 90 (1), pp.eyae003. ⟨10.1093/mollus/eyae003⟩
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https://ube.hal.science/hal-04567996/file/Louis%20et%20al%202024%20JMS.pdf BibTex
titre
Genomic resources and annotations for a colonial ascidian, the light-bulb sea squirt Clavelina lepadiformis
auteur
Vladimir Daric, Maxence Lanoizelet, Hélène Mayeur, Cécile Leblond, Sébastien Darras
article
Genome Biology and Evolution, 2024, ⟨10.1093/gbe/evae038⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-04511455/file/evae038.pdf BibTex
titre
Evolution of the ribbon-like organization of the Golgi apparatus in animal cells
auteur
Giovanna Benvenuto, Serena Leone, Emanuele Astoricchio, Sophia Bormke, Sanja Jasek, Enrico D’aniello, Maike Kittelmann, Kent Mcdonald, Volker Hartenstein, Valentina Baena, Héctor Escrivà, Stephanie Bertrand, Bernd Schierwater, Pawel Burkhardt, Iñaki Ruiz-Trillo, Gáspár Jékely, Jack Ullrich-Lüter, Carsten Lüter, Salvatore D’aniello, Maria Ina Arnone, Francesco Ferraro
article
Cell Reports, 2024, 43 (3), pp.113791. ⟨10.1016/j.celrep.2024.113791⟩
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titre
Restoring the reef: Coral restoration yields rapid impacts on certain fish assemblages
auteur
Stéphanie Krimou, Xavier Raick, Ethel Mery, Jeremy Carlot, Camille Carpentier, Jérome Sowinski, Lucille Sowinski, Lana Minier, Natacha Roux, Tehani Maueau, Frédéric Bertucci, David Lecchini
article
Estuarine, Coastal and Shelf Science, 2024, pp.108734. ⟨10.1016/j.ecss.2024.108734⟩
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https://hal.science/hal-04526895/file/1-s2.0-S0272771424001227-main.pdf BibTex
titre
Coral reef fish density at a tourist destination responded rapidly to COVID-19 restrictions
auteur
Emma Gairin, Frédéric Bertucci, Natacha Roux, Lana Minier, Cécile Berthe, Viliame Waqalevu, Tehani Maueau, Vincent Sturny, Gaston Tong Sang, Suzanne C. Mills, David Lecchini
article
Oecologia, 2024, 205 (3), pp.533--543. ⟨10.1007/s00442-024-05589-w⟩
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Theses

titre
Evolution of mesoderm compartments in chordates : contribution of the study of somite development in amphioxus
auteur
Anaël Soubigou
article
Biodiversité et Ecologie. Sorbonne Université, 2024. Français. ⟨NNT : 2024SORUS416⟩
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https://theses.hal.science/tel-05039095/file/144275_SOUBIGOU_2024_archivage.pdf BibTex
titre
Monogeneans specificity for their sparids hosts (teleost, perciform) : experimental and functional approaches at the holobiont scale
auteur
Judith Revault
article
Microbiologie et Parasitologie. Sorbonne Université, 2024. Français. ⟨NNT : 2024SORUS056⟩
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https://theses.hal.science/tel-04713647/file/133168_REVAULT_2024_archivage.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Unveiling Crocosphaera responses to phosphorus depletion: insights from genome analysis and functional characterization
auteur
Chloé Caille, Sophie Rabouille, Eva Ortega-Retuerta, Yann Denis, Olivier Crispi, Barbara Marie, Mireille Pujo-Pay, Vladimir Daric, Emmanuel Talla, Amel Latifi
article
2024
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https://hal.science/hal-04786428/file/Caille-ea_BioRxiv_2024.pdf BibTex

2023

Journal articles

titre
Host-microbiota-parasite interactions in two wild sparid fish species, Diplodus annularis and Oblada melanura (Teleostei, Sparidae) over a year: a pilot study
auteur
Mathilde Scheifler, Elodie Magnanou, Sophie Sanchez-Brosseau, Yves Desdevises
article
BMC Microbiology, 2023, 23 (1), pp.340. ⟨10.1186/s12866-023-03086-3⟩
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https://cnrs.hal.science/hal-04682429/file/s12866-023-03086-3.pdf BibTex
titre
3D RNA profile of habenulae in the catshark Scyliorhinus canicula : a reference in jawed vertebrates
auteur
L. Michel, H. Mayeur, A Quillien, N. Heier, J. Clairet, S. Dejean, P. Blader, R. Lagadec, S. Mazan
article
BioRxiv, 2023, ⟨10.1101/2023.10.17.562684⟩
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BibTex
titre
Amphioxus as a model to study the evolution of development in chordates
auteur
Salvatore d'Aniello, Stephanie Bertrand, Hector Escriva
article
eLife, 2023, 12, ⟨10.7554/eLife.87028⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-04211427/file/105-eLife%20natural%20history%20amphioxus.pdf BibTex
titre
The multi-level regulation of clownfish metamorphosis by thyroid hormones
auteur
Natacha Roux, Saori Miura, Mélanie Dussene, Yuki Tara, Fiona Lee, Simon de Bernard, Mathieu Reynaud, Pauline Salis, Agneesh Barua, Abdelhay Boulahtouf, Patrick Balaguer, Karine Gauthier, David Lecchini, Yann Gibert, Laurence Besseau, Vincent Laudet
article
Cell Reports, 2023, 42 (7), pp.112661. ⟨10.1016/j.celrep.2023.112661⟩
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https://hal.science/hal-03977652/file/2022_Roux%20et%20al_Multilevel%20regulation.pdf BibTex
titre
A high frequency of chromosomal duplications in unicellular algae is compensated by translational regulation
auteur
Marc Krasovec, Rémy Merret, Frédéric Sanchez, Sophie Sanchez-Brosseau, Gwenaël Piganeau
article
Genome Biology and Evolution, 2023, 15 (6), pp.evad086. ⟨10.1093/gbe/evad086⟩
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https://univ-perp.hal.science/hal-04104946/file/evad086.pdf BibTex
titre
Regulation of anterior neurectoderm specification and differentiation by BMP signaling in ascidians
auteur
Agnès Roure, Rafath Chowdhury, Sébastien Darras
article
Development (Cambridge, England), 2023, 150 (10), ⟨10.1242/dev.201575⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-04122603/file/DEVELOP-2022-201575v2-Darras.pdf BibTex
titre
Editorial: Algal symbiotic relationships in freshwater and marine environments
auteur
Leila Tirichine, Gwenael Piganeau
article
Frontiers in Plant Science, 2023, 14, ⟨10.3389/fpls.2023.1155759⟩
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https://hal.science/hal-04284580/file/algal%20symbiotic%20interactions.pdf BibTex
titre
Impacts of microplastics and the associated plastisphere on physiological, biochemical, genetic expression and gut microbiota of the filter-feeder amphioxus
auteur
Jingguang Cheng, Anne-Leila Meistertzheim, David Leistenschneider, Lena Philip, Justine Jacquin, Marie-Line Escande, Valérie Barbe, Alexandra ter Halle, Leila Chapron, Franck Lartaud, Stéphanie Bertrand, Hector Escriva, Jean-François Ghiglione
article
Environment International, 2023, 172, pp.107750. ⟨10.1016/j.envint.2023.107750⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-04010790/file/1-s2.0-S0160412023000235-main.pdf BibTex
titre
Establishing Bilateral Symmetry in Hydrozoan Planula Larvae, a Review of Siphonophore Early Development
auteur
Maciej Mańko, Catriona Munro, Lucas Leclère
article
Integrative and Comparative Biology, In press, 63 (5), pp.975-989. ⟨10.1093/icb/icad081⟩
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https://hal.science/hal-04252414/file/Manko-Munro-Leclere-2023-accepted-PDF.pdf BibTex
titre
Analysis of the P. lividus sea urchin genome highlights contrasting trends of genomic and regulatory evolution in deuterostomes
auteur
Ferdinand Marlétaz, Arnaud Couloux, Julie Poulain, Karine Labadie, Corinne da Silva, Sophie Mangenot, Benjamin Noel, Albert J Poustka, Philippe Dru, Cinta Pegueroles, Marco Borra, Elijah K Lowe, Guy Lhomond, Lydia Besnardeau, Stéphanie Le Gras, Tao Ye, Daria Gavriouchkina, Roberta Russo, Caterina Costa, Francesca Zito, Letizia Anello, Aldo Nicosia, Maria Antonietta Ragusa, Marta Pascual, M. Dolores Molina, Aline Chessel, Marta Di Carlo, Xavier Turon, Richard R Copley, Jean-Yves Exposito, Pedro Martinez, Vincenzo Cavalieri, Smadar Ben Tabou de Leon, Jenifer Croce, Paola Oliveri, Valeria Matranga, Maria Di Bernardo, Julia Morales, Patrick Cormier, Anne-Marie Geneviève, Jean Marc Aury, Valérie Barbe, Patrick Wincker, Maria Ina Arnone, Christian Gache, Thierry Lepage
article
Cell Genomics, 2023, 3 (4), pp.100295. ⟨10.1016/j.xgen.2023.100295⟩
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https://cnrs.hal.science/hal-04093287/file/2023_GenomePlividusR.pdf BibTex
titre
Coevolution of the Tlx homeobox gene with medusa development (Cnidaria: Medusozoa)
auteur
Matthew Travert, Reed Boohar, Steven Sanders, Manon Boosten, Lucas Leclère, Robert Steele, Paulyn Cartwright
article
Communications Biology, 2023, 6 (1), pp.709. ⟨10.1038/s42003-023-05077-6⟩
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https://hal.science/hal-04252470/file/Travert-et-al2023ComBiology.pdf BibTex
titre
The origin and evolution of sex chromosomes, revealed by sequencing of the Silene latifolia female genome
auteur
Jingjing Yue, Marc Krasovec, Yusuke Kazama, Xingtan Zhang, Wangyang Xie, Shencheng Zhang, Xiuming Xu, Baolin Kan, Ray Ming, Dmitry A Filatov
article
Current Biology, 2023, 33 (12), pp.2504-2514.e3. ⟨10.1016/j.cub.2023.05.046⟩
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https://hal.science/hal-04269359/file/1-s2.0-S0960982223006784-main.pdf BibTex
titre
Validation of ‘Picochlorum costavermella Hemon & Grimsley’ nom. inval. (Trebouxiophyceae) isolated from the northwestern Mediterranean Sea.
auteur
Marc Krasovec, Emmelien Vancaester, Stephane Rombauts, François Bucchini, Sheree Yau, Claire Hemon, Marie-Line Escande, Hugo Lebredonchel, Nigel Grimsley, Herve Moreau, Sophie Sanchez-Brosseau, Klaas Vandepoele, G. Piganeau
article
Notulae algarum, 2023, 2023, pp.285
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https://hal.science/hal-04295862/file/Krasovec_NotulaeAlgarum%20No.285_2023.pdf BibTex
titre
Predicting global distributions of eukaryotic plankton communities from satellite data
auteur
Hiroto Kaneko, Hisashi Endo, Nicolas Henry, Cédric Berney, Frédéric Mahé, Julie Poulain, Karine Labadie, Odette Beluche, Roy El Hourany, Silvia Acinas, Marcel Babin, Peer Bork, Chris Bowler, Guy Cochrane, Colomban de Vargas, Gabriel Gorsky, Lionel Guidi, Nigel Grimsley, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Stefanie Kandels, Eric Karsenti, Fabrice Not, Nicole Poulton, Stéphane Pesant, Christian Sardet, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Matthew Sullivan, Shinichi Sunagawa, Patrick Wincker, Ryosuke Nakamura, Lee Karp-Boss, Emmanuel Boss, Chris Bowler, Colomban de Vargas, Kentaro Tomii, Hiroyuki Ogata, Samuel Chaffron
article
ISME Communications, 2023, 3 (1), pp.101. ⟨10.1038/s43705-023-00308-7⟩
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https://hal.science/hal-04394784/file/s43705-023-00308-7.pdf BibTex
titre
Low Spontaneous Mutation Rate in Complex Multicellular Eukaryotes with a Haploid–Diploid Life Cycle
auteur
Marc Krasovec, Masakazu Hoshino, Min Zheng, Agnieszka P Lipinska, Susana M Coelho
article
Molecular Biology and Evolution, 2023, 40 (6), pp.msad105. ⟨10.1093/molbev/msad105⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-04130751/file/msad105%20%281%29.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Equatorial to Polar genomic variability of the microalgae Bathycoccus prasinos
auteur
Jade Leconte, Youri Timsit, Tom O Delmont, Magali Lescot, Gwenael Piganeau, Patrick Wincker, Olivier Jaillon
article
2023
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titre
Loss of the benthic life stage in Medusozoa and colonization of the open ocean
auteur
Manon Boosten, Camille Sant, Ophélie da Silva, Samuel Chaffron, Lionel Guidi, Lucas Leclère
article
2023
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BibTex

2022

Journal articles

titre
Spatiotemporal thermal variation drives diversity trends in experimental landscapes
auteur
Ellie Wolfe, Francesco Cerini, Marc Besson, Duncan O'Brien, Christopher F Clements
article
Journal of Animal Ecology, 2022, ⟨10.1111/1365-2656.13867⟩
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https://hal.science/hal-03948580/file/Journal%20of%20Animal%20Ecology%20-%202022%20-%20Wolfe%20-%20Spatiotemporal%20thermal%20variation%20drives%20diversity%20trends%20in%20experimental%20%282%29.pdf BibTex
titre
Active DNA demethylation of developmental cis -regulatory regions predates vertebrate origins
auteur
Ksenia Skvortsova, Stephanie Bertrand, Danila Voronov, Paul Duckett, Samuel Ross, Marta Silvia Magri, Ignacio Maeso, Robert Weatheritt, Jose Luis Gómez Skarmeta, Maria Ina Arnone, Hector Escriva, Ozren Bogdanovic
article
Science Advances , 2022, 8 (48), ⟨10.1126/sciadv.abn2258⟩
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titre
Evidence of microplastic-mediated transfer of PCB-153 to sea urchin tissues using radiotracers
auteur
Marine Pyl, Angus Taylor, François Oberhänsli, Peter Swarzenski, Marc Besson, Bruno Danis, Marc Metian
article
Marine Pollution Bulletin, 2022, 185, pp.114322. ⟨10.1016/j.marpolbul.2022.114322⟩
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https://hal.science/hal-03948652/file/Pyl%20et%20al.%2C%202022%20-%20Evidence%20of%20microplastic-mediated%20transfer%20of%20PCB-153%20to%20sea%20urchin%20tissues%20using%20radiotracers.pdf BibTex
titre
Parallel evolution of amphioxus and vertebrate small-scale gene duplications
auteur
Marina Brasó-Vives, Ferdinand Marlétaz, Amina Echchiki, Federica Mantica, Rafael D Acemel, José L Gómez-Skarmeta, Diego A Hartasánchez, Lorlane Le Targa, Pierre Pontarotti, Juan J Tena, Ignacio Maeso, Hector Escriva, Manuel Irimia, Marc Robinson-Rechavi
article
Genome Biology, 2022, 23 (1), pp.243. ⟨10.1186/s13059-022-02808-6⟩
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https://hal.science/hal-03860371/file/s13059-022-02808-6.pdf BibTex
titre
Evolutionary origin of vertebrate OCT4/POU5 functions in supporting pluripotency
auteur
Woranop Sukparangsi, Elena Morganti, Molly Lowndes, Hélène Mayeur, Melanie Weisser, Fella Hammachi, Hanna Peradziryi, Fabian Roske, Jurriaan Hölzenspies, Alessandra Livigni, Benoit Gilbert Godard, Fumiaki Sugahara, Shigeru Kuratani, Guillermo Montoya, Stephen Frankenberg, Sylvie Mazan, Joshua Brickman
article
Nature Communications, 2022, 13 (1), pp.5537. ⟨10.1038/s41467-022-32481-z⟩
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BibTex
titre
Diversity and structure of sparids external microbiota (Teleostei) and its link with monogenean ectoparasites
auteur
Mathilde Scheifler, Sophie Sanchez-Brosseau, Elodie Magnanou, Yves Desdevises
article
Animal Microbiome, 2022, 4 (1), pp.27. ⟨10.1186/s42523-022-00180-1⟩
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BibTex
titre
Anemone bleaching impacts the larval recruitment success of an anemone-associated fish
auteur
Marc Besson, William E Feeney, Camille Gache, Duncan A O’brien, Cécile Berthe, Zara-Louise Cowan, Rohan M Brooker, Vincent Laudet, David Lecchini
article
Coral Reefs, 2022, ⟨10.1007/s00338-022-02323-x⟩
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https://hal.science/hal-03872411/file/Besson%20et%20al.%2C%202022%20-%20Anemone%20bleaching%20impacts%20the%20larval%20recruitment%20success%20of%20an%20anemone-associated%20fish.pdf BibTex
titre
Diversification of habenular organization and asymmetries in teleosts: Insights from the Atlantic salmon and European eel
auteur
Léo Michel, Karina Palma, Mauricio Cerda, Ronan Lagadec, Hélène Mayeur, Michaël Fuentès, Laurence Besseau, Elodie Magnanou, Patrick Blader, Miguel Concha, Sylvie Mazan, Patrick Martin
article
Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2022, 10, pp.1015074. ⟨10.3389/fcell.2022.1015074⟩
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https://hal.science/hal-03884551/file/MICHEL_2022.pdf BibTex
titre
Towards the fully automated monitoring of ecological communities
auteur
Marc Besson, Jamie Alison, Kim Bjerge, Thomas E Gorochowski, Toke T Høye, Tommaso Jucker, Hjalte M R Mann, Christopher F Clements
article
Ecology Letters, 2022, ⟨10.1111/ele.14123⟩
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https://hal.science/hal-03824235/file/Besson%20et%20al.%2C%202022%20-%20Towards%20the%20fully%20automated%20monitoring%20of%20ecological%20communities.pdf BibTex
titre
A Comparative Study of the Dynamics and Diversity of Bdellovibrio and Like Organisms in Lakes Annecy and Geneva
auteur
Jade A Ezzedine, Mathilde Scheifler, Yves Desdevises, Stéphan Jacquet
article
Microorganisms, 2022, 10 (10), pp.1960. ⟨10.3390/microorganisms10101960⟩
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https://hal.science/hal-03836509/file/Ezzedine%20-%20Microorganisms.pdf BibTex
titre
Harbours as unique environmental sites of multiple anthropogenic stressors on fish hormonal systems
auteur
Emma Gairin, Mélanie Dussenne, Manon Mercader, Cécile Berthe, Mathieu Reynaud, Marc Metian, Suzanne C Mills, Philippe Lenfant, Laurence Besseau, Frédéric Bertucci, David Lecchini
article
Molecular and Cellular Endocrinology, 2022, 555, pp.111727. ⟨10.1016/j.mce.2022.111727⟩
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https://hal.science/hal-03956616/file/ms%20harbour%20review%20final%20version.pdf BibTex
titre
Host-parasite relationships in invasive species: macroecological framework
auteur
Volodimir Sarabeev, Juan Antonio Balbuena, Yves Desdevises, Serge Morand
article
Biological Invasions, 2022, 24 (9), pp.2649-2664. ⟨10.1007/s10530-022-02821-7⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03939991/file/Sarabeev_et_al22.pdf BibTex
titre
Size-dependent transfer of microplastics across the intestinal wall of the echinoid Paracentrotus lividus
auteur
Marine Pyl, Angus Taylor, François Oberhänsli, Peter Swarzenski, Leila Hussamy, Marc Besson, Bruno Danis, Marc Metian
article
Aquatic Toxicology, 2022, 250, pp.106235. ⟨10.1016/j.aquatox.2022.106235⟩
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https://hal.science/hal-03948818/file/Pyl%20et%20al.%2C%202022%20-%20Size-dependent%20transfer%20of%20microplastics%20across%20the%20intestinal%20wall%20of%20the%20echinoid%20Paracentrotus%20lividus.pdf BibTex
titre
Developmental genoarchitectonics as a key tool to interpret the mature anatomy of the chondrichthyan hypothalamus according to the prosomeric model
auteur
Susana Ferreiro-Galve, Sylvie Mazan, Ramón Anadón, Isabel Rodríguez-Moldes, Gabriel N Santos-Durán
article
Frontiers in Neuroanatomy, 2022, 16 (901451), ⟨10.3389/fnana.2022.901451⟩
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BibTex
titre
Step in Time: Biomineralisation of Bivalve’s Shell
auteur
Victoria Louis, Laurence Besseau, Franck Lartaud
article
Frontiers in Marine Science, 2022, 9, pp.906085. ⟨10.3389/fmars.2022.906085⟩
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https://hal.science/hal-03880883/file/fmars-09-906085.pdf BibTex
titre
Host specificity of monogenean ectoparasites on fish skin and gills assessed by a metabarcoding approach
auteur
Mathilde Scheifler, Elodie Magnanou, Sophie Sanchez-Brosseau, Yves Desdevises
article
International Journal for Parasitology, 2022, 52 (8), pp.559-567. ⟨10.1016/j.ijpara.2022.02.001⟩
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https://hal.science/hal-03921006/file/S0020751922000522.pdf BibTex
titre
Functions of the FGF signalling pathway in cephalochordates provide insight into the evolution of the prechordal plate
auteur
Lydvina Meister, Hector Escriva, Stephanie Bertrand
article
Development (Cambridge, England), 2022, 149, ⟨10.1242/dev.200252⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03670427/file/devLydvina200252.pdf BibTex
titre
Long-Term Stability of Bacterial Associations in a Microcosm of Ostreococcus tauri (Chlorophyta, Mamiellophyceae)
auteur
Sophie Vacant, L. Felipe Benites, Christophe Salmeron, Laurent Intertaglia, Manon Norest, Adrien Cadoudal, Frederic Sanchez, Carlos Caceres, Gwenael Piganeau
article
Frontiers in Plant Science, 2022, 13, ⟨10.3389/fpls.2022.814386⟩
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https://hal.science/hal-03851575/file/main.pdf BibTex
titre
Gain of gene regulatory network interconnectivity at the origin of vertebrates
auteur
Alejandro Gil-Gálvez, Sandra Jiménez-Gancedo, Alberto Pérez-Posada, Martin Franke, Rafael Acemel, Che-Yi Lin, Cindy Chou, Yi-Hsien Su, Jr-Kai Yu, Stéphanie Bertrand, Michael Schubert, Héctor Escrivá, Juan Tena, José Luis Gómez-Skarmeta
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2022, 119 (1), ⟨10.1073/pnas.2114802119⟩
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https://hal.science/hal-03007547/file/pnas.202114802%20%281%29.pdf BibTex
titre
The Evolution of Invertebrate Animals
auteur
Stephanie Bertrand, Hector Escriva
article
Genes, 2022, 13 (3), pp.454. ⟨10.3390/genes13030454⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03880927/file/97-Editorial%20Genes.pdf BibTex
titre
Diversity and Evolution of Mamiellophyceae: Early-Diverging Phytoplanktonic Green Algae Containing Many Cosmopolitan Species
auteur
Charmaine C M Yung, Elvira Rey Redondo, Frederic Sanchez, Sheree Yau, Gwenael Piganeau
article
Journal of Marine Science and Engineering, 2022, 10 (2), ⟨10.3390/jmse10020240⟩
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https://hal.science/hal-03870281/file/Yung_2022_Mamiellophyceae_review.pdf BibTex
titre
The spontaneous mutation rate of Drosophila pseudoobscura
auteur
Marc Krasovec
article
G3, 2022, 11 (7), ⟨10.1093/g3journal/jkab151⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03525878/file/jkab151%281%29.pdf BibTex
titre
Transient Receptor Potential-Vanilloid (TRPV1-TRPV4) Channels in the Atlantic Salmon, Salmo salar. A Focus on the Pineal Gland and Melatonin Production
auteur
Laura Gabriela Nisembaum, Guillaume Loentgen, Thibaut L'Honore, Patrick Martin, Charles-Hubert Paulin, Michael Fuentès, Karine Escoubeyrou, María Jesús Delgado, Laurence Besseau, Jack Falcón
article
Frontiers in Physiology, 2022, 12, ⟨10.3389/fphys.2021.784416⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03543463/file/fphys-12-784416.pdf BibTex
titre
Exploring tissue morphodynamics using the photoconvertible Kaede protein in amphioxus embryos
auteur
Lydvina Meister, H. Escriva, Stephanie Bertrand
article
PLoS ONE, 2022, 17 (9), pp.e0275193. ⟨10.1371/journal.pone.0275193⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03880917/file/journal.pone.0275193.pdf BibTex
titre
Codon Usage Bias in Phytoplankton
auteur
Marc Krasovec, Dmitry A Filatov
article
Journal of Marine Science and Engineering, 2022, 10 (2), pp.168. ⟨10.3390/jmse10020168⟩
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https://hal.science/hal-03766808/file/jmse-10-00168.pdf BibTex
titre
Highly distinct genetic programs for peripheral nervous system formation in chordates
auteur
Rafath Chowdhury, Agnès Roure, Yann Le Pétillon, Hélène Mayeur, Vladimir Daric, Sébastien Darras
article
BMC Biology, 2022, 20 (1), pp.152. ⟨10.1186/s12915-022-01355-7⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03711448/file/s12915-022-01355-7.pdf BibTex
titre
Adaptive evolution of viruses infecting marine microalgae (haptophytes), from acute infections to stable coexistence
auteur
Ruth‐anne Sandaa, Marius R Saltvedt, Håkon Dahle, Haina Wang, Selina Våge, Romain Blanc‐mathieu, Ida H Steen, Nigel Grimsley, Bente Edvardsen, Hiroyuki Ogata, Janice Lawrence
article
Biological Reviews, 2022, 97, pp.179-194. ⟨10.1111/brv.12795⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03350464/file/brv.12795.pdf BibTex
titre
Gene Regulatory Networks of Epidermal and Neural Fate Choice in a Chordate
auteur
Anthony Leon, Lucie Subirana, Kevin Magre, Ildefonso Cases, Juan Tena, Manuel Irimia, Jose Luis Gomez-Skarmeta, Hector Escriva, Stephanie Bertrand
article
Molecular Biology and Evolution, 2022, 39 (4), pp.msac055. ⟨10.1093/molbev/msac055⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03643321/file/MBE_Anthony_msac055.pdf BibTex
titre
Aquariology in Banyuls-sur-Mer, a legacy from Henri de Lacaze-Duthiers: An essential tool for research and mediation in marine sciences
auteur
Victoria Louis, Julien Loubet, Laurence Besseau
article
Vie et Milieu / Life & Environment, 2022, 72 (3-4), pp.191-198. ⟨10.57890/VIEMILIEU/2022.72.3/4:191-198⟩
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BibTex
titre
Evolutionary Transition in the Regulation of Vertebrate Pronephros Development: A New Role for Retinoic Acid
auteur
Pascal Schmidt, Eva Leman, Ronan Lagadec, Michael Schubert, Sylvie Mazan, Ram Reshef
article
Cells, 2022, 11 (8), pp.1304. ⟨10.3390/cells11081304⟩
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https://hal.science/hal-03660742/file/Chordate%20Pronephros%20Development.pdf BibTex
titre
When a Marine Biologist Goes Terrestrial: Henri de Laclaze-Duthiers and Plant Galls
auteur
Emmanuelle Jousselin, Yves Desdevises, Joseph Garrigue
article
Vie et Milieu / Life & Environment, 2022, 72 (3-4), pp.179-189. ⟨10.57890/VIEMILIEU/2022.72.3/4:179-189⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04282167/file/723-4-6-Jousselin.pdf BibTex

Conference papers

titre
Nucleolus structure and processing of ribosomal RNA are compromised in Arabidopsis thaliana upon heat stress
auteur
Tommy Darriere, Edouard Jobet, Marie-Line Escande, Anne Debures, Attina Aurore, Christophe Hirtz, Alexandre David, Sébastien Gourbière, Julio Sáez-Vásquez
article
RNAOcc’ Club RNA Occitanie, Jun 2022, Toulouse, France
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Book sections

titre
Neuroendocrinology of Life History and Stress in Anemonefishes
auteur
Mélanie Dussenne, Alexander Goikoetxea, Benjamin Geffroy, Laurence Besseau
article
Evolution, Development and Ecology of Anemonefishes, 1, CRC Press, pp.103-114, 2022, ⟨10.1201/9781003125365-13⟩
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Theses

titre
Environment, biological clocks and biomineralisation of the shell, in the mussel Mytilus galloprovincialis : the integration of the environment in the shell of bivalves
auteur
Victoria Louis
article
Earth Sciences. Sorbonne Université, 2022. English. ⟨NNT : 2022SORUS512⟩
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https://theses.hal.science/tel-04063132/file/LOUIS_Victoria_these_2022.pdf BibTex
titre
Genomic approaches to the Ostreococcus tauri-Prasinovirus interaction
auteur
Julie Thomy
article
Sciences de la Terre. Sorbonne Université, 2022. Français. ⟨NNT : 2022SORUS245⟩
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https://theses.hal.science/tel-04046461/file/THOMY_Julie_these_2022.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
High rates of spontaneous chromosomal duplications are compensated by translational regulation in a photosynthetic unicellular eukaryote
auteur
Marc Krasovec, Remy Merret, Frédéric Sanchez, Sophie Sanchez-Brosseau, Gwenaël Piganeau
article
2022
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https://univ-perp.hal.science/hal-03847070/file/2022.02.03.478961v1.full.pdf BibTex
titre
Overconfidence undermines global wildlife abundance trends
auteur
Thomas Frederick Johnson, Andrew P Beckerman, Dylan Z Childs, Christopher A Griffiths, Pol Capdevila, Christopher F Clements, Marc Besson, Richard D Gregory, Eva Delmas, Gavin Thomas, Karl Evans, Tom Webb, Rob Freckleton
article
2022
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https://hal.science/hal-03977522/file/Johnson%20et%20al.%2C%202022%20-%20Overconfidence%20undermines%20global%20wildlife%20abundance%20trends.pdf BibTex

2021

Journal articles

titre
Pituitary Hormones mRNA Abundance in the Mediterranean Sea Bass Dicentrarchus labrax: Seasonal Rhythms, Effects of Melatonin and Water Salinity
auteur
Jack Falcón, Maria Jesus Herrero, Laura Gabriela Nisembaum, Esther Isorna, Elodie Peyric, Marilyn Beauchaud, Joël Attia, Denis Covès, Michael Fuentès, Maria Jesus Delgado, Laurence Besseau
article
Frontiers in Physiology, 2021, 12, pp.774975. ⟨10.3389/fphys.2021.774975⟩
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https://hal.science/hal-04798620/file/fphys-12-774975.pdf BibTex
titre
The HIV-1 Nucleocapsid Regulates Its Own Condensation by Phase-Separated Activity-Enhancing Sequestration of the Viral Protease during Maturation
auteur
Sébastien Lyonnais, S. Kashif Sadiq, Cristina Lorca-Oró, Laure Dufau, Sara Nieto-Marquez, Tuixent Escribà, Natalia Gabrielli, Xiao Tan, Mohamed Ouizougun-Oubari, Josephine Okoronkwo, Michèle Reboud-Ravaux, José Maria Gatell, Roland Marquet, Jean-Christophe Paillart, Andreas Meyerhans, Carine Tisné, Robert J Gorelick, Gilles Mirambeau
article
Viruses, 2021, 13 (11), pp.2312. ⟨10.3390/v13112312⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03449191/file/viruses-13-02312-v3.pdf BibTex
titre
When Bigger Is Better: 3D RNA Profiling of the Developing Head in the Catshark Scyliorhinus canicula
auteur
Hélène Mayeur, Maxence Lanoizelet, Aurélie Quillien, Arnaud Menuet, Léo Michel, Kyle John Martin, Sébastien Dejean, Patrick Blader, Sylvie Mazan, Ronan Lagadec
article
Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2021, 9, pp.744982. ⟨10.3389/fcell.2021.744982⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03424791/file/fcell-09-744982.pdf BibTex
titre
Identifying Amygdala-Like Territories in Scyliorhinus canicula (Chondrichthyan): Evidence for a Pallial Amygdala
auteur
Isabel Rodríguez-Moldes, Idoia Quintana-Urzainqui, Gabriel Nicolás Santos-Durán, Susana Ferreiro-Galve, Santiago Pereira-Guldrís, María Candás, Sylvie Mazan, Eva Candal
article
Brain, Behavior and Evolution, 2021, pp.1-22. ⟨10.1159/000519221⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03388393/file/519221.pdf BibTex
titre
Evolutionary genomics of sex-related chromosomes at the base of the green lineage 2
auteur
L Felipe Benites, François Bucchini, Sophie Sanchez-Brosseau, Nigel Grimsley, Klaas Vandepoele, Gwenael Piganeau
article
Genome Biology and Evolution, 2021, ⟨10.1093/gbe/evab216/6380139⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03369980/file/evab216.pdf BibTex
titre
Bdellovibrio and like organisms: current understanding and knowledge gaps of the smallest cellular hunters of the microbial world
auteur
Jade Ezzedine, Yves Desdevises, Stéphan Jacquet
article
Critical Reviews in Microbiology, 2021, 48 (4), pp.428-449. ⟨10.1080/1040841X.2021.1979464⟩
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BibTex
titre
Evolution of lbx spinal cord expression and function
auteur
José Luis Juárez-Morales, Frida Weierud, Samantha England, Celia Demby, Nicole Santos, Ginny Grieb, Sylvie Mazan, Katharine Lewis
article
Evolution and Development, 2021, 23 (5), pp.404-422. ⟨10.1111/ede.12387⟩
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BibTex
titre
Crosstalk between nitric oxide and retinoic acid pathways is essential for amphioxus pharynx development
auteur
Filomena Caccavale, Giovanni Annona, Lucie Subirana, Hector Escriva, Stephanie Bertrand, Salvatore d'Aniello
article
eLife, 2021, 10, ⟨10.7554/elife.58295⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03353580/file/elife-58295-v1.pdf BibTex
titre
Features of the Opportunistic Behaviour of the Marine Bacterium Marinobacter algicola in the Microalga Ostreococcus tauri Phycosphere
auteur
Jordan Pinto, Raphaël Lami, Marc Krasovec, Regis Grimaud, Laurent Urios, Josselin Lupette, Marie-Line Escande, Frédéric Sanchez, Laurent Intertaglia, Nigel Grimsley, Gwenael G. Piganeau, Sophie Sanchez-Brosseau
article
Microorganisms, 2021, 9 (8), pp.1777. ⟨10.3390/microorganisms9081777⟩
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https://univ-pau.hal.science/hal-03348932/file/microorganisms-09-01777-v2.pdf BibTex
titre
ChronoRoot: High-throughput phenotyping by deep segmentation networks reveals novel temporal parameters of plant root system architecture
auteur
Nicolás Gaggion, Federico Ariel, Vladimir Daric, Eric Lambert, Simon Legendre, Thomas Roulé, Alejandra Camoirano, Diego H Milone, Martin Crespi, Thomas Blein, Enzo Ferrante
article
GigaScience, 2021, 10 (7), pp.giab052. ⟨10.1093/gigascience/giab052⟩
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https://hal.science/hal-03324566/file/giab052.pdf BibTex
titre
Schistosome W-linked genes inform temporal dynamics of sex chromosome evolution and suggest candidate for sex determination
auteur
Marwan Elkrewi, Mikhail A Moldovan, Marion A.L. Picard, Beatriz Vicoso
article
Molecular Biology and Evolution, 2021, ⟨10.1093/molbev/msab178⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03269538/file/msab178.pdf BibTex
titre
Stem cells of aquatic invertebrates as an advanced tool for assessing ecotoxicological impacts
auteur
Amalia Rosner, Jean Armengaud, Loriano Ballarin, Stéphanie Barnay-Verdier, Francesca Cima, Ana Varela Coelho, Isabelle J. Domart-Coulon, Damjana Drobne, Anne-Marie Genevière, Anita Jemec Kokalj, Ewa Kotlarska, Daniel Mark Lyons, Tali Mass, Guy Paz, Ksenia Pazdro, Lorena Perić, Andreja Ramšak, Sebastian Rakers, Baruch Rinkevich, Antonietta Spagnuolo, Michela Sugni, Sébastien Cambier
article
Science of the Total Environment, 2021, 771, ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.144565⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03176325/file/1-s2.0-S0048969720380967-main.pdf BibTex
titre
Thyroid hormones regulate the formation and environmental plasticity of white bars in clownfishes
auteur
Pauline Salis, Natacha Roux, Delai Huang, Anna Marcionetti, Pierick Mouginot, Mathieu Reynaud, Océane Salles, Nicolas Salamin, Benoit Pujol, David Parichy, Serge Planes, Vincent Laudet
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2021, 118 (23), pp.e2101634118. ⟨10.1073/pnas.2101634118⟩
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https://hal.science/hal-03368778/file/Salis%20et%20al%20In%20Press%20PNAS%20525675_1_merged_1617273802_small.pdf BibTex
titre
Crown defoliation decreases reproduction and wood growth in a marginal European beech population
auteur
Sylvie Oddou-Muratorio, Cathleen Petit-Cailleux, Valentin Journé, Matthieu Lingrand, Jean-André Magdalou, Christophe Hurson, Joseph Garrigue, Hendrik Davi, Elodie Magnanou
article
Annals of Botany, 2021, 128 (2), pp.193-204. ⟨10.1093/aob/mcab054⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03279430/file/474874.full.pdf BibTex
titre
Combining Nanopore and Illumina Sequencing Permits Detailed Analysis of Insertion Mutations and Structural Variations Produced by PEG-Mediated Transformation in Ostreococcus tauri
auteur
Julie Thomy, Frédéric Sanchez, Marta Gut, Fernando Cruz, Tyler Alioto, Gwenael Piganeau, Nigel Grimsley, Sheree Yau
article
Cells, 2021, 10 (3), pp.664. ⟨10.3390/cells10030664⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03190245/file/cells-10-00664-v2.pdf BibTex
titre
The emergence of the brain non-CpG methylation system in vertebrates
auteur
Alex de Mendoza, Daniel Poppe, Sam Buckberry, Jahnvi Pflueger, Caroline Albertin, Tasman Daish, Stephanie Bertrand, Elisa de la Calle-Mustienes, José Luis Gómez-Skarmeta, Joseph Nery, Joseph Ecker, Boris Baer, Clifton Ragsdale, Frank Grützner, Hector Escriva, Byrappa Venkatesh, Ozren Bogdanovic, Ryan Lister
article
Nature Ecology & Evolution, 2021, 5 (3), pp.369-378. ⟨10.1038/s41559-020-01371-2⟩
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BibTex
titre
Loss of Active Neurogenesis in the Adult Shark Retina
auteur
Ismael Hernández-Núñez, Diego Robledo, Laura Sánchez, Fátima Adrio, Antón Barreiro-Iglesias, Eva Candal, Hélène Mayeur, Sylvie Mazan
article
Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2021, 9 (628721), ⟨10.3389/fcell.2021.628721⟩
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BibTex
titre
Ca2+-Dependent Protein Kinase 6 Enhances KAT2 Shaker Channel Activity in Arabidopsis thaliana
auteur
Elsa Ronzier, Claire Corratgé-Faillie, Frédéric Sanchez, Christian Brière, Tou Cheu Xiong
article
International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (4), pp.1596. ⟨10.3390/ijms22041596⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03134601/file/RonzierE.-et%20al-PostPrint-IntJ.MolSci-2021.pdf BibTex
titre
Dietary taurine improves vision in different age gilthead sea bream (Sparus aurata) larvae potentially contributing to increased prey hunting success and growth
auteur
A. Gaon, O. Nixon, A. Tandler, J. Falcon, Laurence Besseau, M. Escande, S. El Sadin, G. Allon, W. Koven
article
Aquaculture, 2021, 533, pp.736129. ⟨10.1016/j.aquaculture.2020.736129⟩
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BibTex
titre
Diversity of Modes of Reproduction and Sex Determination Systems in Invertebrates, and the Putative Contribution of Genetic Conflict
auteur
Marion A.L. Picard, Beatriz Vicoso, Stephanie Bertrand, Hector Escriva
article
Genes, 2021, 12 (8), pp.1136. ⟨10.3390/genes12081136⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03351968/file/genes-12-01136-v2%281%29.pdf BibTex
titre
The Ontology of the Amphioxus Anatomy and Life Cycle (AMPHX)
auteur
Stephanie Bertrand, João E Carvalho, Delphine Dauga, Nicolas Matentzoglu, Vladimir Daric, Jr-Kai Yu, Michael Schubert, Hector Escriva
article
Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2021, 9, pp.668025. ⟨10.3389/fcell.2021.668025⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03229748/file/fcell-09-668025.pdf BibTex
titre
En masse DNA Electroporation for in vivo Transcriptional Assay in Ascidian Embryos
auteur
Sébastien Darras
article
Bio-protocol , 2021, 11 (18), pp.e4160. ⟨10.21769/BioProtoc.4160⟩
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https://hal.science/hal-03767873/file/Bio-protocol4160.pdf BibTex
titre
An Updated Staging System for Cephalochordate Development: One Table Suits Them All
auteur
João Carvalho, François Lahaye, Luok Wen Yong, Jenifer Croce, Hector Escrivá, Jr-Kai Yu, Michael Schubert
article
Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2021, 9, pp.668006. ⟨10.3389/fcell.2021.668006⟩
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https://hal.science/hal-03272511/file/fcell-09-668006.pdf BibTex
titre
The real Nemo movie: Description of embryonic development in Amphiprion ocellaris from first division to hatching
auteur
Pauline Salis, Shu‐hua Lee, Natacha Roux, David Lecchini, Vincent Laudet
article
Developmental Dynamics, In press, ⟨10.1002/dvdy.354⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03229742/file/dvdy.354.pdf BibTex
titre
A star is born again: Methods for larval rearing of an emerging model organism, the False clownfish Amphiprion ocellaris
auteur
Natacha Roux, Valentin Logeux, Nancy Trouillard, Rémi Pillot, Kevin Magré, Pauline Salis, David Lecchini, Laurence Besseau, Vincent Laudet, Pascal Romans
article
Journal of Experimental Zoology Part B: Molecular and Developmental Evolution, In press, ⟨10.1002/jez.b.23028⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03134428/file/jez.b.23028.pdf BibTex
titre
Henri de Lacaze-Duthiers (1821–1901), the father of experimental zoology and founder of the marine stations of Roscoff and Banyuls
auteur
Catherine Jessus, Yves Desdevises, Bernard Kloareg, André Toulmond
article
Comptes Rendus. Biologies, 2021, 344 (4), pp.311-324. ⟨10.5802/crbiol.68>⟩
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https://hal.science/hal-03830910/file/CRBIOL_2021_Lacaze.pdf BibTex
titre
JNK Mediates Differentiation, Cell Polarity and Apoptosis During Amphioxus Development by Regulating Actin Cytoskeleton Dynamics and ERK Signalling
auteur
Ildiko M L Somorjai, Matthias T Ehebauer, Hector Escrivà, Jordi Garcia-Fernàndez
article
Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2021, 9, pp.749806. ⟨10.3389/fcell.2021.749806⟩
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Book sections

titre
Marine Bacterial Models for Experimental Biology
auteur
Raphaël Lami, Regis. Grimaud, Sophie Sanchez-Brosseau, Christophe Six, François Thomas, Nyree West, Fabien Joux, Laurent Urios
article
Handbook of Marine Model Organisms in Experimental Biology, 1, CRC Press, pp.1-26, 2021, ⟨10.1201/9781003217503-1⟩
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https://hal.science/hal-04059671/file/10.1201_9781003217503-1_chapterpdf%20%281%29.pdf BibTex
titre
Anemonefishes
auteur
Marleen Klann, Manon Mercader, Pauline Salis, Mathieu Reynaud, Natacha Roux, Vincent Laudet, Laurence Besseau
article
Handbook of Marine Model Organisms in Experimental Biology, 1, CRC Press, pp.443-464, 2021, ⟨10.1201/9781003217503-24⟩
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BibTex

Books

titre
Du Laboratoire Arago à l'Observatoire Océanologique de Banyuls
auteur
Guy Jacques, Yves Desdevises
article
2021, 979-10-231-0713-5
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Theses

titre
Specificity, diversity and evolution of ectosymbiotic communities in sparids (Teleostei)
auteur
Mathilde Scheifler
article
Parasitologie. Sorbonne Université, 2021. Français. ⟨NNT : 2021SORUS507⟩
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https://theses.hal.science/tel-04004583/file/SCHEIFLER_Mathilde_these_2021.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
The medium-size noncoding RNA transcriptome of Ostreococcus tauri, the smallest living eukaryote, reveals a large family of small nucleolar RNAs displaying multiple genomic expression strategies
auteur
Laurie Bousquet, Claire Hemon, Paul Malburet, François Bucchini, Klaas Vandepoele, Nigel Grimsley, Hervé Moreau, Manuel Echeverria
article
NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (4), ⟨10.1093/nargab/lqaa080⟩
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https://hal.science/hal-03947207/file/lqaa080-2%20corrected.pdf BibTex
titre
Anemonefish, a model for Eco-Evo-Devo
auteur
Natacha Roux, Pauline Salis, Shu-Hua Lee, Laurence Besseau, Vincent Laudet
article
EvoDevo, 2020, 11 (1), ⟨10.1186/s13227-020-00166-7⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02975505/file/document.pdf BibTex
titre
Conservation of peripheral nervous system formation mechanisms in divergent ascidian embryos.
auteur
Joshua F Coulcher, Agnès Roure, Rafath Chowdhury, Méryl Robert, Laury Lescat, Aurélie Bouin, Juliana Carvajal Cadavid, Hiroki Nishida, Sébastien Darras
article
eLife, 2020, 9, ⟨10.7554/eLife.59157⟩
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https://hal.science/hal-03025546/file/elife-59157-v1.pdf BibTex
titre
Interplay between hormonal and morphological changes throughout a critical period of larval rearing in the orbicular batfish
auteur
Viliame Waqalevu, Marc Besson, Camille Gache, Natacha Roux, Lily Fogg, Frédéric Bertucci, Marc Metian, Marc-André Lafille, Moana Maamaatuaiahutapu, Eric Gasset, Denis Saulnier, Vincent Laudet, David Lecchini
article
Aquaculture Reports, 2020, 18, pp.100521. ⟨10.1016/j.aqrep.2020.100521⟩
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BibTex
titre
Effects of a temperature rise on melatonin and thyroid hormones during smoltification of Atlantic salmon, Salmo salar
auteur
Laura Gabriela Nisembaum, Patrick Martin, Michael Fuentes, Laurence Besseau, Elodie Magnanou, Stephen Mccormick, Jack Falcón
article
Journal of Comparative Physiology B, 2020, 190 (6), pp.731-748. ⟨10.1007/s00360-020-01304-2⟩
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BibTex
titre
Responses to iron oxide and zinc oxide nanoparticles in echinoderm embryos and microalgae: uptake, growth, morphology, and transcriptomic analysis
auteur
Anne-Marie Genevière, Evelyne Derelle, Marie-Line Escande, Nigel Grimsley, Christophe Klopp, Christine Ménager, Aude Michel, Hervé Moreau
article
Nanotoxicology, 2020, pp.1-20. ⟨10.1080/17435390.2020.1827074⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02978528/file/Genevi%C3%A8re%20et%20al.%20-%202020%20-%20Responses%20to%20iron%20oxide%20and%20zinc%20oxide%20nanoparticl.pdf BibTex
titre
Phylogenetic reconstruction of diatoms using a seven-gene dataset, multiple outgroups, and morphological data for a total evidence approach
auteur
Linda Medlin, Yves Desdevises
article
Phycologia, 2020, 59 (5), pp.422-436. ⟨10.1080/00318884.2020.1795962⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03939982/file/Medlin%26Desdevises20.pdf BibTex
titre
Anthropogenic stressors impact fish sensory development and survival via thyroid disruption
auteur
Marc Besson, William E Feeney, Isadora Moniz, Loïc François, Rohan M Brooker, Guillaume Holzer, Marc Metian, Natacha Roux, Vincent Laudet, David Lecchini
article
Nature Communications, 2020, 11 (1), ⟨10.1038/s41467-020-17450-8⟩
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https://univ-perp.hal.science/hal-02923717/file/41467_2020_Article_17450.pdf BibTex
titre
Performance criteria for the verification of IgE and tryptase assay methods: recommendations from the AllergoBioNet network
auteur
Anne Sarrat, Rémy Couderc, Marie-Alexandra Alyanakian, Pol-André Apoil, Céline Beauvillain, Lionel Chollet, Pascale Chrétien, Arnaud Ciree, Benoit Cypriani, Erwan Dumontet, Bertrand Evrard, Lorna Garnier, Angelique Grenier, Valérie Guérin, Caroline Hemont, Anthony Leon, Delphine Mariotte, Pascale Nicaise-Roland, Martine Pernollet, Stephanie Rogeau, Thierry Tabary, Béatrice Uring-Lambert, Mylène Vivinus, Joana Vitte
article
Annales de Biologie Clinique, 2020, 78 (3), pp.329-342. ⟨10.1684/abc.2020.1549⟩
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https://amu.hal.science/hal-03150166/file/Recommandations%20AllergoBioNet%20re%CC%81vise%CC%81%20ABC%202019%2010%2024.pdf BibTex
titre
The Location of the Pseudoautosomal Boundary in Silene latifolia
auteur
Marc Krasovec, Yu Zhang, Dmitry A Filatov
article
Genes, 2020, 11, ⟨10.3390/genes11060610⟩
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https://hal.science/hal-03766816/file/genes-11-00610.pdf BibTex
titre
Tara Oceans: towards global ocean ecosystems biology
auteur
Shinichi Sunagawa, Silvia Acinas, Peer Bork, Chris Bowler, Silvia Acinas, Marcel Babin, Peer Bork, Emmanuel Boss, Chris Bowler, Guy Cochrane, Colomban de Vargas, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Lionel Guidi, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Stefanie Kandels, Lee Karp-Boss, Eric Karsenti, Magali Lescot, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Stéphane Pesant, Nicole Poulton, Jeroen Raes, Christian Sardet, Mike Sieracki, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Matthew Sullivan, Shinichi Sunagawa, Patrick Wincker, Damien Eveillard, Gabriel Gorsky, Lionel Guidi, Daniele Iudicone, Eric Karsenti, Fabien Lombard, Hiroyuki Ogata, Stephane Pesant, Matthew Sullivan, Patrick Wincker, Colomban de Vargas
article
Nature Reviews Microbiology, 2020, 18 (8), pp.428-445. ⟨10.1038/s41579-020-0364-5⟩
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BibTex
titre
Virus-host coexistence in phytoplankton through the genomic lens
auteur
Sheree Yau, Marc Krasovec, L. Felipe Felipe Benites, Stéphane Rombauts, Mathieu Groussin, Emmelien Vancaester, Jean-Marc Aury, Evelyne Derelle, Yves Desdevises, Marie-Line Escande, Nigel Grimsley, Julie Guy, Hervé Moreau, Sophie Sanchez-Brosseau, Yves Y. van de Peer, Klaas Vandepoele, Sébastien Gourbière, Gwenael Piganeau
article
Science Advances , 2020, 6 (14), pp.eaay2587. ⟨10.1126/sciadv.aay2587⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02557501/file/eaay2587.full.pdf BibTex
titre
High diversity of fish ectoparasitic monogeneans ( Dactylogyrus ) in the Iberian Peninsula: a case of adaptive radiation?
auteur
Michal Benovics, Yves Desdevises, Radek Šanda, Jasna Vukić, Mathilde Scheifler, Ignacio Doadrio, Carla Sousa-Santos, Andrea Šimková
article
Parasitology, 2020, 147 (4), pp.418-430. ⟨10.1017/S0031182020000050⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03939978/file/Benovics_et_al20.pdf BibTex
titre
Differential expression of five prosomatostatin genes in the central nervous system of the catshark Scyliorhinus canicula
auteur
Daniel Sobrido‐cameán, Hervé Tostivint, Sylvie Mazan, María Celina Rodicio, Isabel Rodríguez‐moldes, Eva Candal, Ramón Anadón, Antón Barreiro‐iglesias
article
Journal of Comparative Neurology, In press, ⟨10.1002/cne.24898⟩
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BibTex
titre
Asymmetron lucayanum: How many species are valid?
auteur
Lucie Subirana, Viviana Farstey, Stéphanie Bertrand, Hector Escriva
article
PLoS ONE, 2020, 15 (3), pp.e0229119. ⟨10.1371/journal.pone.0229119⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02862415/file/journal.pone.0229119.pdf BibTex
titre
Characterization of neurogenic niches in the telencephalon of juvenile and adult sharks
auteur
S. Pereira-Guldrís, N. Sánchez-Farías, S. Mazan, M. Rodríguez, Eva Candal, A. Docampo-Seara
article
Brain Structure and Function, 2020, 225 (2), pp.817-839. ⟨10.1007/s00429-020-02038-1⟩
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BibTex
titre
Cophylogenetic relationships between Dactylogyrus (Monogenea) ectoparasites and endemic cyprinoids of the north‐eastern European peri‐Mediterranean region
auteur
Michal Benovics, Yves Desdevises, Radek Šanda, Jasna Vukić, Andrea Šimková
article
Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research, 2020, 58 (1), pp.1-21. ⟨10.1111/jzs.12341⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03939958/file/Benovics_et_al2019.pdf BibTex
titre
Assaying Chromatin Accessibility Using ATAC-Seq in Invertebrate Chordate Embryos
auteur
Marta Silvia Magri, Sandra Jiménez-Gancedo, Stephanie Bertrand, Alicia Madgwick, Hector Escrivà, Patrick Lemaire, José Luis Gómez-Skarmeta
article
Frontiers in Cell and Developmental Biology, 2020, 7, ⟨10.3389/fcell.2019.00372⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03881743/file/89-Frontiers%20ATAC.pdf BibTex
titre
Genome Resolved Biogeography of Mamiellales
auteur
Jade Leconte, L. Felipe Felipe Benites, Thomas Vannier, Patrick Wincker, Gwenael Piganeau, Olivier Jaillon
article
Genes, 2020, 11 (1), pp.66. ⟨10.3390/genes11010066⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02505108/file/genes-11-00066-v2.pdf BibTex
titre
Visualization of Viral Infection Dynamics in a Unicellular Eukaryote and Quantification of Viral Production Using Virus Fluorescence in situ Hybridization
auteur
Yaiza M Castillo, Marta Sebastián, Irene Forn, Nigel Grimsley, Sheree Yau, Cristina Moraru, Dolors Vaqué
article
Frontiers in Microbiology, 2020, 11, pp.1559. ⟨10.3389/fmicb.2020.01559⟩
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https://cnrs.hal.science/hal-04007044/file/Castillo%20et%20al.%20-%202020%20-%20Visualization%20of%20Viral%20Infection%20Dynamics%20in%20a%20Uni.pdf BibTex
titre
Bdellovibrio and Like Organisms in Lake Geneva: An Unseen Elephant in the Room?
auteur
Jade Ezzedine, Louis Jacas, Yves Y. Desdevises, Stéphan Jacquet
article
Frontiers in Microbiology, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.00098⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02518788/file/2020_Ezzedine_Front_Microbiol.pdf BibTex
titre
Host Species and Body Site Explain the Variation in the Microbiota Associated to Wild Sympatric Mediterranean Teleost Fishes
auteur
M. Ruiz-Rodríguez, M. Scheifler, S. Sanchez-Brosseau, E. Magnanou, N. West, M. Suzuki, S. Duperron, Y. Desdevises
article
Microbial ecology, In press, ⟨10.1007/s00248-020-01484-y⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02451111/file/Ruiz-Rodr%C3%ADguez%20et%20al.%20-%202020%20-%20Host%20Species%20and%20Body%20Site%20Explain%20the%20Variation%20i.pdf BibTex
titre
Investigating microbial associations from sequencing survey data with co-correspondence analysis
auteur
Benjamin Alric, Cajo J.F. ter Braak, Yves Desdevises, Hugo Lebredonchel, Stéphane Dray
article
Molecular Ecology Resources, 2020, 20 (2), pp.468-480. ⟨10.1111/1755-0998.13126⟩
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https://univ-lyon1.hal.science/hal-02400150/file/manuscript_MER-19-0328_v2.pdf BibTex
titre
Metabolomic Insights into Marine Phytoplankton Diversity
auteur
Rémy Marcellin-Gros, Gwenael Piganeau, Didier Stien
article
Marine drugs, 2020, 18 (2), pp.78. ⟨10.3390/md18020078⟩
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https://hal.science/hal-02466066/file/2020%20R%C3%A9my%20Marine%20Drugs.pdf BibTex

Book sections

titre
Spawning Induction and Embryo Micromanipulation Protocols in the Amphioxus Branchiostoma lanceolatum
auteur
Yann Le Pétillon, Stephanie Bertrand, Hector Escriva
article
Brain Development. Methods in Molecular Biology, pp.347-359, 2020, ⟨10.1007/978-1-4939-9732-9_19⟩
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BibTex

Theses

titre
Metabolomic and transcriptomic signatures of Ostreococcus mediterraneus antiviral immunity
auteur
Rémy Marcellin-Gros
article
Biologie moléculaire. Sorbonne Université, 2020. Français. ⟨NNT : 2020SORUS131⟩
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https://theses.hal.science/tel-03476474/file/MARCELLIN_GROS_Remy_2020.pdf BibTex
titre
Non-coding RNA in Ostreococcus tauri and their implications in host-prasinovirus interaction
auteur
Laurie Bousquet
article
Biologie cellulaire. Sorbonne Université, 2020. Français. ⟨NNT : 2020SORUS427⟩
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https://theses.hal.science/tel-03583900/file/BOUSQUET_Laurie_these_2020.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Correspondence: An appraisal of the effects on human health and the environment of using light-emitting diodes
auteur
Christophe Martinsons, Dina Attia, Francine Behar-Cohen, Samuel Carré, Olivier Enouf, Jack Falcón, Claude Gronfier, David Hicks, Arnaud Metlaine, Leena Tahkamo, Alicia Torriglia, Françoise Viénot
article
Lighting Research & Technology, 2019, 51 (8), pp.1275-1276. ⟨10.1177/1477153519891878⟩
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https://hal.science/hal-04691341/file/LRT%20Issue%208%20Dec.%202019%20Martinsons%20et%20al%20.pdf BibTex
titre
Arctic charr brain transcriptome strongly affected by summer seasonal growth but only subtly by feed deprivation
auteur
Anja Striberny, Even H Jørgensen, Christophe Klopp, Elodie Magnanou
article
BMC Genomics, 2019, 20 (1), ⟨10.1186/s12864-019-5874-z⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02182476/file/document.pdf BibTex
titre
Mantoniella beaufortii and Mantoniella baffinensis sp. nov. (Mamiellales, Mamiellophyceae), two new green algal species from the high arctic
auteur
Sheree Yau, Adriana Lopes dos Santos, Wenche Eikrem, Catherine Gérikas Ribeiro, Priscillia Gourvil, Sergio Balzano, Marie‐line Escande, Hervé Moreau, Daniel Vaulot
article
Journal of Phycology, 2019, ⟨10.1111/jpy.12932⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02407962/file/Yau%20et%20al.%20-%20Mantoniella%20beaufortii%20and%20Mantoniella%20baffinensis.pdf BibTex
titre
Evolution of Codon Usage Bias in Diatoms
auteur
Marc Krasovec, Dmitry A Filatov
article
Genes, 2019, 10 (11), pp.894. ⟨10.3390/genes10110894⟩
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https://hal.science/hal-03766830/file/genes-10-00894.pdf BibTex
titre
A genomics approach reveals the global genetic polymorphism, structure, and functional diversity of ten accessions of the marine model diatom Phaeodactylum tricornutum
auteur
Achal Rastogi, Fabio Rocha Jimenez Vieira, Anne-Flore Deton-Cabanillas, Alaguraj Veluchamy, Catherine Cantrel, Gaohong Wang, Pieter Vanormelingen, Chris Bowler, Gwenael Piganeau, Hanhua Hu, Leïla Tirichine
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2019, 14 (2), pp.347-363. ⟨10.1038/s41396-019-0528-3⟩
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BibTex
titre
Skeletal Mineralization in Association with Type X Collagen Expression Is an Ancestral Feature for Jawed Vertebrates
auteur
Mélanie Debiais-Thibaud, Paul Simion, Stéphanie Venteo, David Muñoz, Sylvain Marcellini, Sylvie Mazan, Tatjana Haitina
article
Molecular Biology and Evolution, 2019, 36 (10), pp.2265-2276. ⟨10.1093/molbev/msz145⟩
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https://hal.science/hal-02386750/file/debiais-thibaud2019a.pdf BibTex
titre
Genetic regulation of amphioxus somitogenesis informs the evolution of the vertebrate head mesoderm
auteur
Daniel Aldea, Lucie L. Subirana, Celine Keime, Lydvina Meister, Ignacio Maeso, Sylvain Marcellini, José Luis Gomez-Skarmeta, Stephanie Bertrand, Hector Escriva
article
Nature Ecology & Evolution, 2019, 3 (8), pp.1233-1240. ⟨10.1038/s41559-019-0933-z⟩
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BibTex
titre
Immediate Dosage Compensation Is Triggered by the Deletion of Y-Linked Genes in Silene latifolia
auteur
Marc Krasovec, Yusuke Kazama, Kotaro Ishii, Tomoko Abe, Dmitry Filatov
article
Current Biology, 2019, 29 (13), pp.2214-2221.e4. ⟨10.1016/j.cub.2019.05.060⟩
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https://hal.science/hal-03800078/file/1-s2.0-S0960982219306748-main%20%281%29.pdf BibTex
titre
SETDB1-dependent heterochromatin stimulates alternative lengthening of telomeres
auteur
Mathilde Gauchier, Sophie Kan, Amandine Barral, Sandrine Sauzet, Eneritz Agirre, Erin Bonnell, Nehmé Saksouk, Teresa Barth, Satoru Ide, Serge Urbach, Raymund Wellinger, Reini F Luco, Axel Imhof, Jérôme Déjardin
article
Science Advances , 2019, 5 (5), pp.eaav3673. ⟨10.1126/sciadv.aav3673⟩
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https://hal.science/hal-02350110/file/eaav3673.full.pdf BibTex
titre
Magic Traits in Magic Fish: Understanding Color Pattern Evolution Using Reef Fish
auteur
Pauline Salis, Thibault Lorin, Vincent Laudet, Bruno Frédérich
article
Trends in Genetics, 2019, 35 (4), pp.265-278. ⟨10.1016/j.tig.2019.01.006⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02344534/file/Salis%20et%20al.%20-%202019%20-%20Magic%20Traits%20in%20Magic%20Fish%20Understanding%20Color%20Pa.pdf BibTex
titre
Community‐Level Responses to Iron Availability in Open Ocean Plankton Ecosystems
auteur
Luigi Caputi, Quentin Carradec, Damien Eveillard, Amos Kirilovsky, Eric Pelletier, Juan Pierella Karlusich, Fabio Rocha Jimenez Vieira, Emilie Villar, Samuel Chaffron, Shruti Malviya, Eleonora Scalco, Silvia G Acinas, Adriana A. Alberti, Jean Marc Aury, Anne-Sophie Benoiston, Alexis Bertrand, Tristan Biard, Lucie Bittner, Martine Boccara, Jennifer R. Brum, Christophe Brunet, Greta Busseni, Anna Carratalà, Hervé Claustre, Luis Pedro Coelho, Sébastien Colin, Salvatore d'Aniello, Corinne da Silva, Marianna del Core, Hugo Doré, Stéphane Gasparini, Florian Kokoszka, Jean-Louis Jamet, Christophe Lejeusne, Cyrille Lepoivre, Magali Lescot, Gipsi Lima-Mendez, Fabien Lombard, Julius Lukeš, Nicolas Maillet, Mohammed-Amin Madoui, Elodie Martinez, Maria Grazia Mazzocchi, Mario B Néou, Javier Paz-Yepes, Julie Poulain, Simon Ramondenc, Jean-Baptiste Romagnan, Simon Roux, Daniela Salvagio Manta, Remo Sanges, Sabrina Speich, Mario Sprovieri, Shinichi Sunagawa, Vincent Taillandier, Atsuko Tanaka, Leila Tirichine, Camille Trottier, Julia Uitz, Alaguraj Veluchamy, Jana Veselá, Flora Vincent, Sheree Yau, Stefanie Kandels-Lewis, Sarah Searson, Céline Dimier, Marc Picheral, Peer Bork, Emmanuel Boss, Colomban de Vargas, Michael Follows, Nigel Grimsley, Lionel Guidi, Pascal Hingamp, Eric Karsenti, Paolo Sordino, Lars Stemmann, Matthew B. Sullivan, Alessandro Tagliabue, Adriana Zingone, Laurence Garczarek, Fabrizio d'Ortenzio, Pierre Testor, Fabrice Not, Maurizio Ribera d'Alcalà, Patrick Wincker, Gabriel Gorsky, Olivier Jaillon, Lee Karp-Boss, Uros Krzic, Hiroyuki Ogata, Stéphane Pesant, Jeroen Raes, Emmanuel G Reynaud, Christian Sardet, Mike Sieracki, Didier Velayoudon, Jean Weissenbach, Chris Bowler, Daniele Iudicone
article
Global Biogeochemical Cycles, 2019, 33 (3), pp.391-419. ⟨10.1029/2018GB006022⟩
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https://hal.science/hal-02999805/file/2018GB006022.pdf BibTex
titre
Developmental and comparative transcriptomic identification of iridophore contribution to white barring in clownfish
auteur
Pauline Salis, Thibault Lorin, Victor Lewis, Carine Rey, Anna Marcionetti, Marie‐line Escande, Natacha Roux, Laurence Besseau, Nicolas Salamin, Marie Sémon, David Parichy, Jean‐nicolas Volff, Vincent Laudet
article
Pigment Cell & melanoma research, 2019, 32 (3), pp.391-402. ⟨10.1111/pcmr.12766⟩
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BibTex
titre
Mitral cell development in the olfactory bulb of sharks: evidences of a conserved pattern of glutamatergic neurogenesis
auteur
A. Docampo-Seara, M. Lanoizelet, R. Lagadec, S. Mazan, E. Candal, M. A. Rodríguez
article
Brain Structure and Function, In press, ⟨10.1007/s00429-019-01906-9⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02171986/file/Docampo-Seara2019_Article_MitralCellDevelopmentInTheOlfa.pdf BibTex
titre
Marine DNA viral macro- and microdiversity from Pole to Pole
auteur
Ann Gregory, Ahmed Zayed, Nádia Conceição-Neto, Ben Temperton, Ben Bolduc, Adriana A. Alberti, Mathieu Ardyna, Ksenia Arkhipova, Margaux Carmichael, Corinne Cruaud, Céline Dimier, Guillermo Domínguez-Huerta, Joannie Ferland, Stefanie Kandels, Yunxiao Liu, Claudie Marec, Stéphane Pesant, Marc Picheral, Sergey Pisarev, Julie Poulain, Jean-Éric Tremblay, Dean Vik, Peer Bork, Alexander Culley, Hiroyuki Ogata, Bas E Dutilh, Simon Roux, Silvia G. Acinas, Marcel Babin, Emmanuel Boss, Chris Bowler, Guy Cochrane, Colomban de Vargas, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Lionel Guidi, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Stefanie Kandels-Lewis, Lee Karp-Boss, Eric Karsenti, Fabrice Not, Nicole Poulton, Jeroen Raes, Christian Sardet, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Matthew Sullivan, Shinichi Sunagawa, Patrick Wincker
article
Cell, 2019, 177 (5), pp.1109-1123.e14. ⟨10.1016/j.cell.2019.03.040⟩
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https://hal.science/hal-02387010/file/nihms-1525378.pdf BibTex
titre
Assessing the viral content of uncultured picoeukaryotes in the global-ocean by single cell genomics
auteur
Yaiza M. Castillo, Jean-François Mangot, Luiz Felipe Benites, Ramiro Logares, Megumi Kuronishi, Hiroyuki Ogata, Olivier Jaillon, Ramon Massana, Marta Sebastian, Dolors Vaque
article
Molecular Ecology, 2019, 28 (18), pp.4272-4289. ⟨10.1111/mec.15210⟩
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https://cea.hal.science/cea-04307624/file/Castillo_et_al_2019_preprint.pdf BibTex
titre
Low-diversity bacterial microbiota in Southern Ocean representatives of lanternfish genera Electrona, Protomyctophum and Gymnoscopelus (family Myctophidae)
auteur
Alison Gallet, Philippe Koubbi, Nelly Léger, Mathilde Scheifler, Magdalena Ruiz-Rodriguez, Marcelino Suzuki, Yves Desdevises, Sébastien Duperron
article
PLoS ONE, 2019, 14 (12), pp.e0226159. ⟨10.1371/journal.pone.0226159⟩
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https://mnhn.hal.science/mnhn-02421136/file/Gallet%20et%20al_Fish%20gut.pdf BibTex
titre
Characterization of ecto-and endoparasite communities of wild Mediterranean teleosts by a metabarcoding approach
auteur
Mathilde Scheifler, Magdalena Ruiz-Rodríguez, Sophie Sanchez-Brosseau, Elodie Magnanou, Marcelino T. Suzuki, Nyree West, Sébastien Duperron, Yves Desdevises
article
PLoS ONE, 2019, 14 (9), pp.e0221475. ⟨10.1371/journal.pone.0221475⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02451292/file/journal.pone.0221475.pdf BibTex
titre
Antero-posterior ectoderm patterning by canonical Wnt signaling during ascidian development
auteur
Stacy Feinberg, Agnès Roure, Julie Piron, Sébastien Darras
article
PLoS Genetics, 2019, 15 (3), pp.e1008054. ⟨10.1371/journal.pgen.1008054⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02103799/file/journal.pgen.1008054.pdf BibTex
titre
Modeling Edar expression reveals the hidden dynamics of tooth signaling center patterning
auteur
Alexa Sadier, Monika Twarogowska, Klara Steklikova, Luke Hayden, Anne Lambert, Pascal Schneider, Vincent Laudet, Maria Hovorakova, Vincent Calvez, Sophie Pantalacci
article
PLoS Biology, 2019, 17 (2), pp.e3000064. ⟨10.1371/journal.pbio.3000064⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02080524/file/journal.pbio.3000064.pdf BibTex
titre
Staging and normal table of postembryonic development of the clownfish ( Amphiprion ocellaris )
auteur
Natacha Roux, Pauline Salis, Anne Lambert, Valentin Logeux, Olivier Soulat, Pascal Romans, Bruno Frédérich, David Lecchini, Vincent Laudet
article
Developmental Dynamics, 2019, 248 (7), pp.545-568. ⟨10.1002/dvdy.46⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02272895/file/Roux_et_al-2019-Developmental_Dynamics.pdf BibTex
titre
Functional lability of RNA-dependent RNA polymerases in animals
auteur
Natalia Pinzón, Stéphanie Bertrand, Lucie Subirana, Isabelle Busseau, Hector Escriva, Hervé Seitz
article
PLoS Genetics, 2019, 15 (2), pp.e1007915. ⟨10.1371/journal.pgen.1007915⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02081479/file/journal.pgen.1007915.pdf BibTex
titre
First Estimation of the Spontaneous Mutation Rate in Diatoms
auteur
Marc Krasovec, Sophie Sanchez-Brosseau, Gwenael Piganeau
article
Genome Biology and Evolution, 2019, ⟨10.1093/gbe/evz130⟩
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https://hal.science/hal-02978190/file/Krasovec_GBE_2019.pdf BibTex
titre
Simplified Transformation of Ostreococcus tauri Using Polyethylene Glycol
auteur
Frédéric Sanchez, Solène Geffroy, Manon Norest, Sheree Yau, Hervé Moreau, Nigel Grimsley
article
Genes, 2019, Genetics and Genomics of Phytoplankton, 10 (5), pp.399. ⟨10.3390/genes10050399⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02172986/file/genes-10-00399-v3.pdf BibTex
titre
Single cell ecogenomics reveals mating types of individual cells and ssDNA viral infections in the smallest photosynthetic eukaryotes
auteur
L. Felipe Felipe Benites, Nicole Poulton, Karine Labadie, Michael E. Sieracki, Nigel Grimsley, Gwenael Piganeau
article
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2019, 374 (1786), pp.20190089. ⟨10.1098/rstb.2019.0089⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02310726/file/PTB_BENITES_manuscript_preprint.pdf BibTex
titre
Sea anemone and clownfish microbiota diversity and variation during the initial steps of symbiosis
auteur
Natacha Roux, Raphaël Lami, Pauline Salis, Kevin Magré, Pascal Romans, Patrick Masanet, David Lecchini, Vincent Laudet
article
Scientific Reports, 2019, 9 (1), pp.19491. ⟨10.1038/s41598-019-55756-w⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02468924/file/s41598-019-55756-w.pdf BibTex
titre
Insights into the Genomics of Clownfish Adaptive Radiation: Genetic Basis of the Mutualism with Sea Anemones
auteur
Anna Marcionetti, Victor Rossier, Natacha Roux, Pauline Salis, Vincent Laudet, Nicolas Salamin
article
Genome Biology and Evolution, 2019, 11 (3), pp.869-882. ⟨10.1093/gbe/evz042⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02276127/file/evz042.pdf BibTex
titre
Les larves de poissons coralliens : un nouveau modèle d’étude de la métamorphose et des hormones thyroïdiennes
auteur
Natacha Roux, Pauline Salis, Vincent Laudet
article
Biologie Aujourd'hui, 2019, 213 (1-2), pp.27-33. ⟨10.1051/jbio/2019010⟩
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titre
Viruses of Polar Aquatic Environments
auteur
Sheree Yau, Mansha Seth-Pasricha
article
Viruses, 2019, 11 (2), pp.189. ⟨10.3390/v11020189⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02081589/file/viruses-11-00189.pdf BibTex
titre
The Chemosensory Receptor Repertoire of a True Shark Is Dominated by a Single Olfactory Receptor Family
auteur
Kanika Sharma, Adnan S Syed, Sara Ferrando, Sylvie N Mazan, Sigrun I Korsching
article
Genome Biology and Evolution, 2019, 11 (2), pp.398-405. ⟨10.1093/gbe/evz002⟩
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Other publications

titre
Comparing statistical and mechanistic models to identify the drivers of mortality within a rear-edge beech population
auteur
Cathleen Petit-Cailleux, Hendrik Davi, Francois Lefèvre, Joseph Garrigue, Jean-André Magdalou, Christophe Hurson, Elodie Magnanou, Sylvie Oddou-Muratorio
article
2019, ⟨10.1101/645747⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-03279313/file/2021_Petit-Cailleux_etal_PCIEcology_v7.pdf BibTex
titre
REPORT OF MEETING 2nd general meeting and working group meetings of the COST Action 16203: STEM CELLS OF MARINE/AQUATIC INVERTEBRATES: FROM BASIC RESEARCH TO INNOVATIVE APPLICATIONS (MARISTEM), November 28-30, 2018, Marine Biology Station -Laboratoire Arago, Banyuls-sur-Mer, France Organizer: A-M Genevière
auteur
Anne Marie Geneviere
article
2019
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https://cnrs.hal.science/hal-02408028/file/494-1-1054-1-10-20190401.pdf BibTex

Theses

titre
Genomic insights into mamiellophyceae organismal interactions
auteur
Luiz Felipe Benites
article
Symbiosis. Sorbonne Université, 2019. English. ⟨NNT : 2019SORUS583⟩
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2018

Journal articles

titre
Amphioxus functional genomics and the origins of vertebrate gene regulation
auteur
Ferdinand Marletaz, Panos N. Firbas, Ignacio Maeso, Juan J. Tena, Ozren Bogdanovic, Malcolm Perry, Christopher D. R. Wyatt, Elisa de La Calle-Mustienes, Stephanie Bertrand, Demian Burguera, Rafael D. Acemel, Simon J. Van Heeringen, Silvia Naranjo, Carlos Herrera-Ubeda, Ksenia Skvortsova, Sandra Jimenez-Gancedo, Daniel Aldea, Yamile Marquez, Lorena Buono, Iryna Kozmikova, Jon Permanyer, Alexandra Louis, Beatriz Albuixech-Crespo, Yann Le Petillon, Anthony Leon, Lucie Subirana, Piotr J. Balwierz, Paul Edward Duckett, Ensieh Farahani, Jean-Marc Aury, Sophie Mangenot, Patrick Wincker, Ricard Albalat, Elia Benito-Gutierrez, Cristian Canestro, Filipe Castro, Salvatore d'Aniello, David E. K. Ferrier, Shengfeng Huang, Vincent Laudet, Gabriel A. B. Marais, Pierre Pontarotti, Michael Schubert, Herve Seitz, Ildiko Somorjai, Tokiharu Takahashi, Olivier Mirabeau, Anlong Xu, Jr-Kai Yu, Piero Carninci, Juan Ramon Martinez-Morales, Hugues Roest Crollius, Zbynek Kozmik, Matthew T. Weirauch, Jordi Garcia-Fernandez, Ryan Lister, Boris Lenhard, Peter W. H. Holland, Hector Escriva, Jose Luis Gomez-Skarmeta, Manuel Irimia
article
Nature, 2018, 564 (7734), pp.64-70. ⟨10.1038/s41586-018-0734-6⟩
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https://hal.science/hal-02000511/file/s41586-018-0734-6.pdf BibTex
titre
Wnt evolution and function shuffling in liberal and conservative chordate genomes
auteur
Ildikó M. L. Somorjai, Josep Martí-Solans, Miriam Diaz-Gracia, Hiroki Nishida, Kaoru S. Imai, Hector Escrivà, Cristian Cañestro, Ricard Albalat
article
Genome Biology, 2018, 19 (1), ⟨10.1186/s13059-018-1468-3⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01933426/file/document.pdf BibTex
titre
Single-cell genomics of multiple uncultured stramenopiles reveals underestimated functional diversity across oceans
auteur
Yoann Seeleuthner, Samuel Mondy, Vincent Lombard, Quentin Carradec, Eric Pelletier, Marc Wessner, Jade Leconte, Jean-François Mangot, Julie Poulain, Karine Labadie, Ramiro Logares, Shinichi Sunagawa, Véronique de Berardinis, Marcel Salanoubat, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Sarah Searson, Stéphane Pesant, Nicole Poulton, Ramunas Stepanauskas, Peer Bork, Chris Bowler, Pascal Hingamp, Matthew B. Sullivan, Daniele Iudicone, Ramon Massana, Jean-Marc Aury, Bernard Henrissat, Eric Karsenti, Olivier Jaillon, Mike Sieracki, Colomban de Vargas, Patrick Wincker, Silvia G. Acinas, Emmanuel Boss, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Lee Karp-Boss, Uros Krzic, Fabrice Not, Jeroen Raes, Emmanuel G. Reynaud, Christian Sardet, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Jean Weissenbach, Didier Velayoudon
article
Nature Communications, 2018, 9, pp.310. ⟨10.1038/s41467-017-02235-3⟩
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https://hal.science/hal-01771839/file/2018_%20Seeleuthner_Nature%20Communications_1.pdf BibTex
titre
Metazoan evolution of glutamate receptors reveals unreported phylogenetic groups and divergent lineage-specific events
auteur
David Ramos-Vicente, Jie Ji, Esther Gratacòs-Batlle, Gemma Gou, Rita Reig-Viader, Javier Luís, Demian Burguera, Enrique Navas-Perez, Jordi García-Fernández, Pablo Fuentes-Prior, Hector Escriva, Nerea Roher, David Soto, Àlex Bayés
article
eLife, 2018, 7, ⟨10.7554/eLife.35774⟩
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BibTex
titre
Study of pallial neurogenesis in shark embryos and the evolutionary origin of the subventricular zone
auteur
A. Docampo-Seara, R. Lagadec, S. Mazan, M. A Rodríguez, I. Quintana-Urzainqui, E. Candal
article
Brain Structure and Function, 2018, 223 (8), pp.3593 - 3612. ⟨10.1007/s00429-018-1705-2⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01919448/file/Docampo-Seara2018_Article_StudyOfPallialNeurogenesisInSh.pdf BibTex
titre
Introduction générale aux méthodes comparatives phylogénétiques
auteur
Yves Desdevises
article
Biosystema, 2018, 31, pp.23-43
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03939973/file/Desdevises18.pdf BibTex
titre
Decreased retention of olfactory predator recognition in juvenile surgeon fish exposed to pesticide
auteur
Frédéric Bertucci, Hugo Jacob, Alexandre Mignucci, Camille Gache, Natacha Roux, Marc Besson, Cécile Berthe, Marc Metian, David Lecchini
article
Chemosphere, 2018, 208, pp.469-475. ⟨10.1016/j.chemosphere.2018.06.017⟩
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BibTex
titre
Ontogenetic and phylogenetic simplification during white stripe evolution in clownfishes
auteur
Pauline Salis, Natacha Roux, Olivier Soulat, David Lecchini, Vincent Laudet, Bruno Frédérich
article
BMC Biology, 2018, 16, pp.90. ⟨10.1186/s12915-018-0559-7⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01875575/file/s12915-018-0559-7.pdf BibTex
titre
Genome Analyses of the Microalga Picochlorum Provide Insights into the Evolution of Thermotolerance in the Green Lineage
auteur
Marc Krasovec, Emmelien Vancaester, Stéphane Rombauts, François Bucchini, Sheree Yau, Sheree Yau, Claire Hemon, Hugo Lebredonchel, Nigel Grimsley, Hervé Moreau, Sophie Sanchez-Brosseau, Klaas Vandepoele, Gwenael Piganeau
article
Genome Biology and Evolution, 2018
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BibTex
titre
Rapidity of Genomic Adaptations to Prasinovirus Infection in a Marine Microalga
auteur
Sheree Yau, Gaëtan Caravello, Nadège Fonvieille, Élodie Desgranges, Hervé Moreau, Nigel Grimsley
article
Viruses, 2018, 10 (8), pp.441. ⟨10.3390/v10080441⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01876183/file/viruses-10-00441-v2.pdf BibTex
titre
Gut Microbiota of Great Spotted Cuckoo Nestlings is a Mixture of Those of Their Foster Magpie Siblings and of Cuckoo Adults
auteur
Magdalena Ruiz-Rodriguez, Manuel Martín-Vivaldi, Manuel Martínez-Bueno, Juan José Soler
article
Genes, 2018, 9 (8), pp.381. ⟨10.3390/genes9080381⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01875679/file/genes-09-00381-v2.pdf BibTex
titre
Co-occurring nematodes and bacteria in submarine canyon sediments
auteur
Jadwiga Rzeznik-Orignac, Antoine Puisay, Evelyne Derelle, Erwan Peru, Nadine Le Bris, Pierre Galand
article
PeerJ, 2018, 6, pp.e5396. ⟨10.7717/peerj.5396⟩
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https://hal.science/hal-02506163/file/Rzeznik-Orignac_etal_PeerJ_2018.pdf BibTex
titre
Convergent Acquisition of Nonembryonic Development in Styelid Ascidians
auteur
Alexandre Alié, Laurel Sky Hiebert, Paul Simion, Marta Scelzo, Maria Mandela Prünster, Sonia Lotito, Frédéric Delsuc, Emmanuel J.P. Douzery, Christelle Dantec, Patrick Lemaire, Sébastien Darras, Kazuo Kawamura, Federico D Brown, Stefano Tiozzo
article
Molecular Biology and Evolution, 2018, 35 (7), pp.1728 - 1743. ⟨10.1093/molbev/msy068⟩
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https://sde.hal.science/hal-01879150/file/Alie%CC%81-MolBiolEvol-2018.pdf BibTex
titre
Boat noise prevents soundscape-based habitat selection by coral planulae
auteur
David Lecchini, Frédéric Bertucci, Camille Gache, Adam Khalife, Marc Besson, Natacha Roux, Cécile Berthe, Shubha Singh, Eric Parmentier, Maggy Nugues, Rohan M Brooker, Danielle L Dixson, Laetitia Hédouin
article
Scientific Reports, 2018, 8, pp.9283. ⟨10.1038/s41598-018-27674-w⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01833989/file/s41598-018-27674-w.pdf BibTex
titre
The Mutation Rate and the Age of the Sex Chromosomes in Silene latifolia
auteur
Marc Krasovec, Michael Chester, Kate Ridout, Dmitry A. Filatov
article
Current Biology, 2018, 28, pp.1832-1838. ⟨10.1016/j.cub.2018.04.069⟩
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https://hal.science/hal-02978184/file/Krasovec_CurrentBiology_2018.pdf BibTex
titre
A Comparison of Selective Pressures in Plant X-Linked and Autosomal Genes
auteur
Marc Krasovec, Bruno Nevado, Dmitry A Filatov
article
Genes, 2018, 9 (5), pp.234. ⟨10.3390/genes9050234⟩
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https://hal.science/hal-03766822/file/genes-09-00234.pdf BibTex
titre
Neurogenetic asymmetries in the catshark developing habenulae: mechanistic and evolutionary implications
auteur
Ronan Lagadec, Maxence Lanoizelet, Nuria Sánchez-Farías, Fanny Hérard, Arnaud Menuet, Hélène Mayeur, Bernard Billoud, Isabel Rodriguez-Moldes, Eva Candal, Sylvie Mazan
article
Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.4616. ⟨10.1038/s41598-018-22851-3⟩
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BibTex
titre
The Shark Basal Hypothalamus: Molecular Prosomeric Subdivisions and Evolutionary Trends
auteur
Gabriel Santos-Durán, Susana Ferreiro-Galve, Arnaud Menuet, Sylvie Mazan, Isabel Rodríguez-Moldes, Eva Candal
article
Frontiers in Neuroanatomy, 2018, 12 (17), ⟨10.3389/fnana.2018.00017⟩
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BibTex
titre
Prasinovirus Attack of Ostreococcus Is Furtive by Day but Savage by Night
auteur
Evelyne Derelle, Sheree Yau, Hervé Moreau, Nigel Grimsley
article
Journal of Virology, 2018, pp.JVI.01703-17. ⟨10.1128/JVI.01703-17⟩
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BibTex
titre
The effect of dietary DHA and taurine on rotifer capture success, growth, survival and vision in the larvae of Atlantic bluefin tuna ( Thunnus thynnus )
auteur
W. Koven, O. Nixon, G. Allon, A. Gaon, S. El Sadin, J. Falcon, Laurence Besseau, M. Escande, R. Vassallo Agius, H. Gordin, A. Tandler
article
Aquaculture, 2018, 482, pp.137-145. ⟨10.1016/j.aquaculture.2017.09.039⟩
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BibTex
titre
The phylogenetic relationships and species richness of host-specific Dactylogyrus parasites shaped by the biogeography of Balkan cyprinids
auteur
Michal Benovics, Yves Desdevises, Jasna Vukić, Radek Šanda, Andrea Šimková
article
Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.13006. ⟨10.1038/s41598-018-31382-w⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01870454/file/Benovics%20et%20al.%20-%202018%20-%20The%20phylogenetic%20relationships%20and%20species%20richnes.pdf BibTex
titre
Effects of three pesticides used to control sea lice on the early development of Choromytilus chorus, Sphaerechinus granularis, and Paracentrotus lividus
auteur
Sandra Sanhueza-Guevara, Karina Neira-Osses, Claudia Rojas, Anne Marie Geneviere, Camila Fernandez
article
Latin American Journal of Aquatic Research, 2018, 46 (5), pp.969-980. ⟨10.3856/vol46-issue5-fulltext-10⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01945927/file/Art%C3%ADculo_46_5_10.pdf BibTex
titre
Distribution Patterns of Ocellated Eagle Rays, Aetobatus Ocellatus, along Two Sites in Moorea Island, French Polynesia
auteur
Cécile Berthe, Viliame Pita Waqalevu, Lise Latry, Marc Besson, Franck Lerouvreur, Gilles Siu, Gaël Lecellier, Jodie L. Rummer, Frédéric Bertucci, Samuel Iglésias, David Lecchini
article
Cybium : Revue Internationale d’Ichtyologie, 2018, 42 (4), pp.313-320. ⟨10.26028/cybium/2018-424-002⟩
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BibTex
titre
Sequence analysis confirms a new algal class
auteur
Linda K. L. K. Medlin, Yves Desdevises
article
Vie et Milieu / Life & Environment, 2018
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https://hal.science/hal-02144544/file/7750E234-0D16-44B0-AF65-AF90FC839FA0.pdf BibTex
titre
A New Freshwater Cyanosiphovirus Harboring Integrase
auteur
Kevin Xu Zhong, Curtis A. Suttle, Anne-Claire Baudoux, Evelyne Derelle, Jonathan Colombet, Anna Cho, Jessica Caleta, Christophe Six, Stéphan Jacquet
article
Frontiers in Microbiology, 2018, 9, pp.2204. ⟨10.3389/fmicb.2018.02204⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01884603/file/fmicb-09-02204.pdf BibTex
titre
Characterization of Gonadotropin-Releasing Hormone (GnRH) Genes From Cartilaginous Fish: Evolutionary Perspectives
auteur
Anne-Laure Gaillard, Boon-Hui Tay, Daniela I Pérez Sirkin, Anne-Gaëlle Lafont, Céline de Flori, Paula G Vissio, Sylvie Mazan, Sylvie Dufour, Byrappa Venkatesh, Hervé Tostivint
article
Frontiers in Neuroscience, 2018, 12, pp.607. ⟨10.3389/fnins.2018.00607⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01879962/file/fnins-12-00607.pdf BibTex
titre
My Favorite Animal, Amphioxus: Unparalleled for Studying Early Vertebrate Evolution
auteur
Hector Escriva
article
BioEssays, 2018, 40 (12), pp.1800130. ⟨10.1002/bies.201800130⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01974406/file/83-Escriva-2018-BioEssays_sans%20marque.pdf BibTex
titre
The nanos1 gene was duplicated in early Vertebrates and the two paralogs show different gonadal expression profiles in a shark
auteur
Laura Gribouval, Pascal Sourdaine, Jean-Jacques Lareyre, Johanna Bellaïche, Florence Le Gac, Syvie Mazan, Cécile Guiardiere, Pierrick Auvray, Aude Gautier
article
Scientific Reports, 2018, 8:6942 (1), pp.1-14. ⟨10.1038/s41598-018-24643-1⟩
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titre
Teleost Fish-Specific Preferential Retention of Pigmentation Gene-Containing Families After Whole Genome Duplications in Vertebrates
auteur
Thibault Lorin, Frédéric G. Brunet, Vincent Laudet, Jean-Nicolas Volff
article
G3, 2018, 8 (5), pp.1795-1806. ⟨10.1534/g3.118.200201⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01806995/file/1795.full.pdf BibTex
titre
Coupling molecular data and experimental crosses sheds light about species delineation: a case study with the genus Ciona
auteur
Marine Malfant, Sébastien Darras, Frédérique Viard
article
Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.1480. ⟨10.1038/s41598-018-19811-2⟩
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https://hal.science/hal-03767870/file/s41598-018-19811-2.pdf BibTex
titre
Taxon Richness of “Megaviridae” Exceeds those of Bacteria and Archaea in the Ocean
auteur
Tomoko Mihara, Hitoshi Koyano, Pascal Hingamp, Nigel Grimsley, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata
article
Microbes and environments / JSME, 2018, 33 (2), pp.162-171. ⟨10.1264/jsme2.me17203⟩
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https://hal.science/hal-01978927/file/33_ME17203.pdf BibTex
titre
Characterization of the TLR Family in Branchiostoma lanceolatum and Discovery of a Novel TLR22-Like Involved in dsRNA Recognition in Amphioxus
auteur
Jie Ji, David Ramos-Vicente, Enrique Navas-Pérez, Carlos Herrera-Úbeda, José Miguel Lizcano, Jordi Garcia-Fernàndez, Hector Escriva, Alex Bayes, Nerea Roher
article
Frontiers in Immunology, 2018, 9, pp.2525. ⟨10.3389/fimmu.2018.02525⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01926829/file/fimmu-09-02525.pdf BibTex
titre
Spontaneous mutation rate as a source of diversity for improving desirable traits in cultured microalgae
auteur
Marc Krasovec, Sophie Sanchez-Brosseau, Nigel Grimsley, Gwenael Piganeau
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, 2018, 35, pp.85-90. ⟨10.1016/j.algal.2018.08.003⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01957301/file/Krasovec_AR_2018_sans%20marque.pdf BibTex

Theses

titre
Role of the Nodal Signaling pathway in amphioxus neural induction
auteur
Luis Anthony Leon Florian
article
Molecular biology. Sorbonne Université, 2018. English. ⟨NNT : 2018SORUS151⟩
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https://theses.hal.science/tel-02470798/file/LEON_FLORIAN_L_A_these_2018.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
Exposure to agricultural pesticide impairs visual lateralization in a larval coral reef fish
auteur
Marc Besson, Camille Gache, Frédéric Bertucci, Rohan Brooker, Natacha Roux, Hugo Jacob, Cécile Berthe, Valeria Anna Sovrano, Danielle Dixson, David Lecchini
article
Scientific Reports, 2017, 7 (1), pp.9165. ⟨10.1038/s41598-017-09381-0⟩
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BibTex
titre
Snapshot recordings provide a first description of the acoustic signatures of deeper habitats adjacent to coral reefs of Moorea
auteur
Frédéric Bertucci, Eric Parmentier, Cécile Berthe, Marc Besson, Anthony D Hawkins, Thierry Aubin, David Lecchini
article
PeerJ, 2017, 5, pp.e4019. ⟨10.7717/peerj.4019⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01654685/file/peerj-4019.pdf BibTex
titre
Conservation of BMP2/4 expression patterns within the clade Branchiostoma (amphioxus): Resolving interspecific discrepancies
auteur
Luok Wen Yong, Stéphanie Bertrand, Jr-Kai Yu, Hector Escriva, Nicholas D Holland
article
Gene Expression Patterns, 2017, 25-26, pp.71-75. ⟨10.1016/j.gep.2017.06.004⟩
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BibTex
titre
Fish larval recruitment to reefs is a thyroid hormone-mediated metamorphosis sensitive to the pesticide chlorpyrifos
auteur
Guillaume Holzer, Marc Besson, Anne Lambert, Loïc François, Paul Barth, Benjamin Gillet, Sandrine Hughes, Gwenaël Piganeau, Francois Leulier, Laurent Viriot, David Lecchini, Vincent Laudet
article
eLife, 2017, 6, ⟨10.7554/eLife.27595⟩
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BibTex
titre
Host-derived viral transporter protein for nitrogen uptake in infected marine phytoplankton
auteur
Adam Monier, Aurélie Chambouvet, David Milner, Victoria Attah, Ramón Terrado, Connie Lovejoy, Hervé Moreau, Alyson Santoro, Evelyne Derelle, Thomas Richards
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2017, 114 (36), pp.E7489-E7498. ⟨10.1073/pnas.1708097114⟩
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https://hal.science/hal-02406334/file/Monier_etal_PNAS_2017.pdf BibTex
titre
Viral to metazoan marine plankton nucleotide sequences from the Tara Oceans expedition
auteur
Adriana A. Alberti, Julie Poulain, Stefan Engelen, Karine Labadie, Sarah Romac, Isabel Ferrera, Guillaume Albini, Jean-Marc Aury, Caroline Belser, Alexis Bertrand, Corinne Cruaud, Corinne da Silva, Carole Dossat, Frédérick F. Gavory, Shahinaz Gas, Guy Guy, Maud Haquelle, E'Krame Jacoby, Olivier Jaillon, Arnaud Lemainque, Eric Pelletier, Gaëlle Samson, Mark Wessner, Pascal Bazire, Odette Beluche, Laurie Bertrand, Marielle Besnard-Gonnet, Isabelle Bordelais, Magali Boutard, Maria Dubois, Corinne Dumont, Evelyne Ettedgui, Patricia Fernandez, Espérance Garcia, Nathalie Aiach, Thomas Guerin, Chadia Hamon, Élodie Brun, Sandrine Lebled, Patricia Lenoble, Claudine Louesse, Eric Mahieu, Barbara Mairey, Nathalie Martins, Catherine Megret, Claire Milani, Jacqueline Muanga, Céline Orvain, Emilie Payen, Peggy Perroud, Emmanuel Petit, Dominique Robert, Murielle Ronsin, Benoit Vacherie, Silvia G. Acinas, Marta Royo-Llonch, Francisco Cornejo-Castillo, Ramiro Logares, Beatriz Fernández-Gómez, Chris Bowler, Guy Cochrane, Clara Amid, Petra Ten Hoopen, Colomban de Vargas, Nigel Grimsley, Elodie Desgranges, Stefanie Kandels-Lewis, Hiroyuki Ogata, Nicole Poulton, Michael E. Sieracki, Ramunas Stepanauskas, Matthew Sullivan, Jennifer Brum, Melissa Duhaime, Bonnie Poulos, Bonnie Hurwitz, Peer Bork, Emmanuel Boss, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Lee Karp-Boss, Eric Karsenti, Fabrice Not, Stéphane Pesant, Jeroen Raes, Christian Sardet, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Shinichi Sunagawa, Patrick Wincker
article
Scientific Data , 2017, 4, ⟨10.1038/sdata.2017.93⟩
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https://hal.science/hal-01771844/file/sdata201793.pdf BibTex
titre
Nodal–Activin pathway is a conserved neural induction signal in chordates
auteur
Yann Le Pétillon, Guillaume Luxardi, Pierluigi Scerbo, Marie Cibois, Anthony Léon, Lucie Subirana, Manuel Irimia, Laurent Kodjabachian, Hector Escriva, Stéphanie Bertrand
article
Nature Ecology & Evolution, 2017, 1 (8), pp.1192-1200. ⟨10.1038/s41559-017-0226-3⟩
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https://hal.science/hal-01691634/file/main.pdf BibTex
titre
Population genomics of picophytoplankton unveils novel chromosome hypervariability
auteur
Romain Blanc-Mathieu, Marc Krasovec, Maxime Hebrard, Sheree Yau, Elodie Desgranges, Joel Martin, Wendy Schackwitz, Alan Kuo, Gerald Salin, Cecile Donnadieu, Yves Desdevises, Sophie Sanchez-Ferandin, Hervé Moreau, Eric Rivals, Igor V Grigoriev, Nigel Grimsley, Adam Eyre-Walker, Gwenael Piganeau
article
Science Advances , 2017, 3 (7), pp.e1700239. ⟨10.1126/sciadv.1700239⟩
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01842137/file/tauri-var-e1700239-2017.pdf BibTex
titre
Consistency in the supply of larval fishes among coral reefs in French Polynesia
auteur
Marc Besson, Camille Gache, Rohan Brooker, Rakamaly Madi Moussa, Viliame Pita Waqalevu, Moana Lerohellec, Vincent Jaouen, Kévin Peyrusse, Cécile Berthe, Frédéric Bertucci, Hugo Jacob, Christophe Brié, Bruno Wan, René Galzin, David Lecchini
article
PLoS ONE, 2017, 12 (6), pp.e0178795. ⟨10.1371/journal.pone.0178795⟩
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titre
Fin-fold development in paddlefish and catshark and implications for the evolution of the autopod
auteur
Frank Tulenko, James Massey, Elishka Holmquist, Gabriel Kigundu, Sarah Thomas, Susan Smith, Sylvie Mazan, Marcus Davis
article
Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 2017, 284 (1855), pp.20162780. ⟨10.1098/rspb.2016.2780⟩
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BibTex
titre
A Developmental Study of the Cerebellar Nucleus in the Catshark, a Basal Gnathostome
auteur
Sol Pose-Méndez, Isabel Rodríguez-Moldes, Eva Candal, Sylvie Mazan, Ramón Anadón
article
Brain, Behavior and Evolution, 2017, 89 (1), pp.1-14. ⟨10.1159/000453654⟩
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BibTex
titre
Comparison of meiofaunal diversity by combined morphological and molecular approaches in a shallow Mediterranean sediment
auteur
Jadwiga Rzeznik-Orignac, Dimitri Kalenitchenko, Jérôme J. Mariette, Jean-Yves Bodiou, Nadine Le Bris, Evelyne Derelle
article
Marine Biology, 2017, 164 (3), pp.40. ⟨10.1007/s00227-017-3074-4⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01492903/file/comparison.pdf BibTex
titre
Habitat selection by marine larvae in changing chemical environments
auteur
D. Lecchini, D.L. Dixson, G. Lecellier, N. Roux, B. Frédérich, M. Besson, Y. Tanaka, B. Banaigs, Y. Nakamura
article
Marine Pollution Bulletin, 2017, 114 (1), pp.210-217. ⟨10.1016/j.marpolbul.2016.08.083⟩
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BibTex
titre
Developmental cell-cell communication pathways in the cephalochordate amphioxus: actors and functions
auteur
Stephanie Bertrand, Yann Le Pétillon, Ildikó M.L. Somorjai, Hector Escriva
article
International Journal of Developmental Biology, 2017, 61 (10-11-12), pp.697-722. ⟨10.1387/ijdb.170202sb⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02095318/file/80-IJDBcellCellPathways.pdf BibTex
titre
Complete and rapid reversal of the body color pattern in juveniles of the convict surgeonfish Acanthurus triostegus at Moorea Island (French Polynesia)
auteur
Marc Besson, Pauline Salis, Vincent Laudet, David Lecchini
article
Coral Reefs, 2017, 37 (1), pp.31-35. ⟨10.1007/s00338-017-1631-4⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01628304/file/Besson_2017_Complete_and_rapid.pdf BibTex
titre
Fish larval recruitment to reefs is a thyroid hormone-mediated metamorphosis sensitive to the pesticide chlorpyrifos
auteur
Guillaume Holzer, Marc Besson, Anne Lambert, Loïc François, Paul Barth, Benjamin Gillet, Sandrine Hughes, Gwenael Piganeau, François Leulier, Laurent Viriot, David Lecchini, Vincent Laudet
article
eLife, 2017, 6, pp.e27595. ⟨10.7554/eLife.27595⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01633712/file/elife-27595-v1.pdf BibTex
titre
Large Diversity and Original Structures of Acyl-Homoserine Lactones in Strain MOLA 401, a Marine Rhodobacteraceae Bacterium
auteur
Margot Doberva, Didier Stien, Jonathan Sorres, Nathalie Hue, Sophie Sanchez-Ferandin, Véronique Eparvier, Yoan Ferandin, Philippe Lebaron, Raphaël Lami
article
Frontiers in Microbiology, 2017, 8, pp.1152. ⟨10.3389/fmicb.2017.01152⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01556563/file/fmicb-08-01152.pdf BibTex
titre
Spontaneous Mutation Rate in the Smallest Photosynthetic Eukaryotes
auteur
Marc Krasovec, Adam Eyre-Walker, Sophie Sanchez-Ferandin, Gwenael Piganeau
article
Molecular Biology and Evolution, 2017, 34 (7), pp.1770-1779. ⟨10.1093/molbev/msx119⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01546014/file/msx119.pdf BibTex
titre
Evolution of ligands, receptors and metabolizing enzymes of thyroid signaling
auteur
Guillaume Holzer, Natacha Roux, Vincent Laudet
article
Molecular and Cellular Endocrinology, 2017, ⟨10.1016/j.mce.2017.03.021⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01494487/file/Holzer_Evolution_of.pdf BibTex
titre
Crumbs, Moesin and Yurt regulate junctional stability and dynamics for a proper morphogenesis of the Drosophila pupal wing epithelium
auteur
Pauline Salis, François Payre, Philippe Valenti, Elsa Bazellières, André Le Bivic, Giovanna Mottola
article
Scientific Reports, 2017, 7 (1), pp.16778. ⟨10.1038/s41598-017-15272-1⟩
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https://hal.science/hal-01796116/file/Salis%20P%202017.pdf BibTex
titre
Revision of the Genus Micromonas Manton et Parke (Chlorophyta, Mamiellophyceae), of the Type Species M. pusilla (Butcher) Manton & Parke and of the Species M. commoda van Baren, Bachy and Worden and Description of Two New Species Based on the Genetic and Phenotypic Characterization of Cultured Isolates
auteur
Nathalie Simon, Elodie Foulon, Daphné Grulois, Christophe Six, Yves Desdevises, Marie Latimier, Florence Le Gall, Margot Tragin, Aude Houdan, Evelyne Derelle, Fabien Jouenne, Dominique Marie, Sophie Le Panse, Daniel Vaulot, Birger B. Marin
article
Protist, 2017, 168 (5), pp.612-635. ⟨10.1016/j.protis.2017.09.002⟩
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Conference papers

titre
Duplication of nanos1 gene and expression in dogfish gonads
auteur
Laura Gribouval, Pascal Sourdaine, Jean-Jacques Lareyre, Johanna Bellaïche, Florence Le Gac, Syvie Mazan, Aude Gautier
article
6. International Workshop on the Biology of Fish Gametes, University of South Bohemia in České Budějovice. CZE., Sep 2017, Vodnany, Czech Republic. 156 p
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Reports

titre
Devenir et effets de polluants organiques persistants (PCB, PBDE) sur la reproduction des poissons, le développement et la survie de la descendance - Fish'N'POPs
auteur
Marie Laure Begout, Salima Aroua, Julien Bobe, Thibaut Larcher, Laurence Besseau
article
[Contrat] ANR 13-CESA-020 Fish'N'POPs, auto-saisine. 2017
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2016

Journal articles

titre
The Shark Alar Hypothalamus: Molecular Characterization of Prosomeric Subdivisions and Evolutionary Trends
auteur
Gabriel N Santos-Durán, Susana N Ferreiro-Galve, Arnaud Menuet, Idoia N Quintana-Urzainqui, Sylvie N Mazan, Isabel N Rodríguez-Moldes, Eva N Candal
article
Frontiers in Neuroanatomy, 2016, 10, pp.113. ⟨10.3389/fnana.2016.00113⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01425986/file/fnana-10-00113.pdf BibTex
titre
Genetically Blocking the Zebrafish Pineal Clock Affects Circadian Behavior
auteur
Zohar Ben-Moshe Livne, Shahar Alon, Daniela Vallone, Yared Bayleyen, Adi Tovin, Inbal Shainer, Laura G. Nisenbaum, Idit Aviram, Sima Smajda-Storz, Michael Fuentes, Jack Falcon, Eli Eisenberg, David C. Klein, Harold A. Burgess, Nicholas S Foulkes, Yoav Gothilf
article
PLoS Genetics, 2016, 12 (11), pp.e1006445. ⟨10.1371/journal.pgen.1006445⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01470483/file/journal.pgen.1006445.pdf BibTex
titre
Habitat selection by marine larvae in changing chemical environments
auteur
David Lecchini, D.L. Dixson, Gaël Lecellier, Natacha Roux, Bruno Frédérich, Marc Besson, Y. Tanaka, B. Banaigs, Y. Nakamura
article
Marine Pollution Bulletin, 2016, 114, pp.210-217. ⟨10.1016/j.marpolbul.2016.08.083⟩
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BibTex
titre
Marinobacter Dominates the Bacterial Community of the Ostreococcus tauri Phycosphere in Culture
auteur
Josselin Lupette, Raphaël Lami, Marc Krasovec, Nigel Grimsley, Hervé Moreau, Gwenaël Piganeau, Sophie Sanchez-Ferandin
article
Frontiers in Microbiology, 2016, 7, pp.1414. ⟨10.3389/fmicb.2016.01414⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01373902/file/2016_Lupette_Frontiers%20in%20Microbiology_1.pdf BibTex
titre
Editorial: Evolution of Organismal Form: From Regulatory Interactions to Developmental Processes and Biological Patterns
auteur
Sylvain Marcellini, Hector Escriva
article
Frontiers in Genetics, 2016, 7, pp.148. ⟨10.3389/fgene.2016.00148⟩
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BibTex
titre
Brain lateralization involved in visual recognition of conspecifics in coral reef fish at recruitment
auteur
Natacha Roux, Emilio Duran, Rynae G. Lanyon, Bruno Frédérich, Cécile Berthe, Marc Besson, Danielle L. Dixson, David Lecchini
article
Animal Behaviour, 2016, 117, ⟨10.1016/j.anbehav.2016.04.011⟩
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https://univ-perp.hal.science/hal-01340504/file/Roux%2520et%2520al%25202016%2520%2528An%2520Behav%2529.pdf BibTex
titre
Discovery of an Active RAG Transposon Illuminates the Origins of V(D)J Recombination
auteur
Shengfeng Huang, Xin Tao, Shaochun Yu, Yuhang Yu, Peiyi Li, Helen a. Beilinson, Ya Zhang, Wenjuan Yu, Pierre Pontarotti, Hector Escriva, Yann Le petillon, Xiaolong Liu, Shangwu Chen, David g. Schatz, Anlong Xu
article
Cell, 2016, 166 (1), pp.102 - 114. ⟨10.1016/j.cell.2016.05.032⟩
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BibTex
titre
A single three-dimensional chromatin compartment in amphioxus indicates a stepwise evolution of vertebrate Hox bimodal regulation
auteur
Rafael Acemel, Juan Tena, Ibai Irastorza-Azcarate, Ferdinand Marlétaz, Carlos Gómez-Marín, Elisa de la Calle-Mustienes, Stéphanie Bertrand, Sergio Diaz, Daniel Aldea, Jean-Marc Aury, Sophie Mangenot, Peter Holland, Damien Devos, Ignacio Maeso, Hector Escriva, José Luis Gómez-Skarmeta
article
Nature Genetics, 2016, 48 (3), pp.336-341. ⟨10.1038/ng.3497⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03881440/file/AcemelRD.pdf BibTex
titre
Msxb is a core component of the genetic circuitry specifying the dorsal and ventral neurogenic midlines in the ascidian embryo
auteur
Agnès Roure, Sébastien Darras
article
Developmental Biology, 2016, 409 (1), pp.277-287. ⟨10.1016/j.ydbio.2015.11.009⟩
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BibTex
titre
A Viral Immunity Chromosome in the Marine Picoeukaryote, Ostreococcus tauri
auteur
Sheree Yau, Claire Hemon, Evelyne Derelle, Hervé Moreau, Gwenaë L Piganeau, Nigel Grimsley
article
PLoS Pathogens, 2016, 12 (10), pp.e1005965. ⟨10.1371/journal.ppat.1005965⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01391068/file/journal.ppat.1005965.pdf BibTex
titre
Phylogeny of ‘araphid’ diatoms inferred from SSU and LSU rDNA, RBCL and PSBA sequences
auteur
Linda K. L. K. Medlin, Yves Desdevises
article
Vie et Milieu / Life & Environment, 2016
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https://hal.science/hal-02144540/file/99A49C5F-5242-460D-8415-95FAB5EDC499.pdf BibTex
titre
CDK13, a Kinase Involved in Pre-mRNA Splicing, Is a Component of the Perinucleolar Compartment
auteur
Yasmine Even, Marie-Line Escande, Claire Fayet, Anne-Marie Genevière
article
PLoS ONE, 2016, 11 (2), pp.e0149184. ⟨10.1371/journal.pone.0149184⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01278617/file/journal.pone.0149184.pdf BibTex
titre
Fitness Effects of Spontaneous Mutations in Picoeukaryotic Marine Green Algae
auteur
Marc Krasovec, Adam Eyre-Walker, Nigel Grimsley, Christophe Salmeron, David Pecqueur, Gwenael Piganeau, Sophie Sanchez-Ferandin
article
G3, 2016, 6, pp.2063 - 2071. ⟨10.1534/g3.116.029769⟩
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https://hal.science/hal-03800071/file/2063.pdf BibTex
titre
HoxD expression in the fin-fold compartment of basal gnathostomes and implications for paired appendage evolution
auteur
Frank J. Tulenko, Gaius J. Augustus, James L. Massey, Seth E. Sims, Sylvie Mazan, Marcus C. Davis
article
Scientific Reports, 2016, 6, pp.22720. ⟨10.1038/srep22720⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01285085/file/srep22720.pdf BibTex
titre
Quorum sensing and quorum quenching in the phycosphere of phytoplankton: a case of chemical interactions in ecology
auteur
Jean-Luc Rolland, Didier Stien, Sophie Sanchez-Ferandin, Raphaël Lami
article
Journal of Chemical Ecology, 2016, 42 (12), pp.1201-1211. ⟨10.1007/s10886-016-0791-y⟩
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https://sde.hal.science/hal-01472696/file/Review%20QS-QQ%20phycosphere_FINAL.pdf BibTex

Conference papers

titre
A new shockwaves based technique for cell lysis
auteur
Hadrien Lamotte, Jean-Maxime Roux, Josselin Lupette, Eric Maréchal, Jean-Luc Achard
article
Annual meeting of GDR Micro et Nanofluidique, Jun 2016, Paris, France
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BibTex

Theses

titre
Estimation of mutation rates : implications for diversification and evolution of eukaryotic phytoplankton
auteur
Marc Krasovec
article
Génétique des plantes. Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2016. Français. ⟨NNT : 2016PA066371⟩
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https://theses.hal.science/tel-01647210/file/2016PA066371.pdf BibTex
titre
Amphioxus illuminates the origin of the vertebrates' head
auteur
Daniel Aldea
article
Development Biology. Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2016. English. ⟨NNT : 2016PA066704⟩
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https://theses.hal.science/tel-01879096/file/2016PA066704.pdf BibTex
titre
Diversity and environmental control of Prasinoviruses (Phycodnaviridae)
auteur
Hugo Lebredonchel
article
Microbiologie et Parasitologie. Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2016. Français. ⟨NNT : 2016PA066005⟩
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https://theses.hal.science/tel-01345234/file/2016PA066005.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
In the Heat of the Night: Thermo-TRPV Channels in the Salmonid Pineal Photoreceptors and Modulation of Melatonin Secretion
auteur
Laura Gabriela Nisembaum, Laurence Besseau, Charles-Hubert Paulin, Alice Charpantier, Patrick Martin, Elodie Magnanou, Michael Fuentès, Maria-Jesus Delgado, Jack Falcon
article
Endocrinology, 2015, 156 (12), ⟨10.1210/en.2015-1684⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01297458/file/Nisembaum_2015_In_the_Heat_of_the.pdf BibTex
EMI4_12345_supp-0001-Supporting_information_figures_clerissi_et_al_EMIR.pdf
titre
Deep sequencing of amplified Prasinovirus and host green algal genes from an Indian Ocean transect reveals interacting trophic dependencies and new genotypes
auteur
Camille Clerissi, Yves Desdevises, Sarah Romac, Stéphane Audic, Colomban de Vargas, Silvia G Acinas, Raffaela Casotti, Julie Poulain, Patrick Wincker, Pascal Hingamp, Hiroyuki Ogata, Nigel Grimsley
article
Environmental Microbiology Reports, 2015, 7 (6), pp.979-989. ⟨10.1111/1758-2229.12345⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01246259/file/Clerissi_2015_Deep_sequencing_of.pdf BibTex
titre
The rate of adaptive evolution in animal mitochondria
auteur
Jennifer E. James, Gwenael Piganeau, Adam Eyre-Walker
article
Molecular Ecology, 2015, 25 (1), pp.67-78 ⟨10.1111/mec.13475⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01246333/file/mec13475.pdf BibTex
titre
Subfunctionalization of arylalkylamine N-acetyltransferases in the sea bass Dicentrarchus labrax: two-ones for one two
auteur
Charles-Hubert Paulin, Damien Cazaméa-Catalan, Bina Zilberman-Peled, Patricia Herrera-Perez, Sandrine Sauzet, Elodie Magnanou, Michael Fuentès, Yoav Gothilf, Jose Antonio Muñoz-Cueto, Jack Falcón, Laurence Besseau
article
Journal of Pineal Research, 2015, 59 (3), pp.354-364. ⟨10.1111/jpi.12266⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01204652/file/Paulin_2015_Subfunctionalization.pdf BibTex
titre
Evolution of the Role of RA and FGF Signals in the Control of Somitogenesis in Chordates
auteur
Stéphanie Bertrand, Daniel Aldea, Silvan Oulion, Lucie Subirana, Angel R. de Lera, Ildiko Somorjai, Hector Escriva
article
PLoS ONE, 2015, 10 (9), pp.e0136587. ⟨10.1371/journal.pone.0136587⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01273354/file/journal.pone.0136587.pdf BibTex
titre
Diversity of Viruses Infecting the Green Microalga Ostreococcus lucimarinus.
auteur
Evelyne Derelle, Adam Monier, Richard Cooke, Alexandra Z Worden, Nigel H Grimsley, Hervé Moreau
article
Journal of Virology, 2015, 89 (11), pp.5812-21
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BibTex
titre
Structure and function of the global ocean microbiome
auteur
Shinichi Sunagawa, Luis Pedro Coelho, Samuel Chaffron, Jens Roat Kultima, Karine Labadie, Guillem Salazar, Bardya Djahanschiri, Georg Zeller, Daniel R. Mende, Adriana A. Alberti, Francisco M. Cornejo-Castillo, Paul I. Costea, Corinne Cruaud, Francesco d'Ovidio, Stefan Engelen, Isabel Ferrera, Josep M. Gasol, Lionel Guidi, Falk Hildebrand, Florian Kokoszka, Cyrille Lepoivre, Gipsi Lima-Mendez, Julie Poulain, Bonnie T. Poulos, Marta Royo-Llonch, Hugo Sarmento, Sara Vieira-Silva, Céline Dimier, Marc Picheral, Sarah Searson, Stefanie Kandels-Lewis, (team) Tara Oceans Coordinators, Chris Bowler, Colomban de Vargas, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Stéphane Pesant, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Matthew B. Sullivan, Jean Weissenbach, Patrick Wincker, Eric Karsenti, Jeroen Raes, Silvia G. Acinas, Peer Bork
article
Science, 2015, 348 (6237), pp.1261359. ⟨10.1126/science.1261359⟩
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https://hal.science/hal-01233742/file/Sunagawa_et_al_2015_preprint.pdf BibTex
titre
Quand virus et hôtes évoluent ensemble : la fidélité est-elle la règle ?
auteur
Laure Bellec, Yves Desdevises
article
Virologie, 2015, ⟨10.1684/vir.2015.0612⟩
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https://hal.science/hal-02144530/file/Bellec%26Desdevises_Virologie2015.pdf BibTex
titre
Diversity of quorum sensing autoinducer synthases in the Global Ocean Sampling metagenomic database
auteur
Margot Doberva, Sophie Sanchez-Ferandin, Eve Toulza, Philippe Lebaron, Raphaël Lami
article
Aquatic Microbial Ecology, 2015, 74 (2), pp.107-119. ⟨10.3354/ame01734⟩
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https://hal.science/hal-01141144/file/Doberva-2015-AquatMicrobEcol-Diversity-MANUSCRIT.pdf BibTex
titre
A comparative examination of neural circuit and brain patterning between the lamprey and amphioxus reveals the evolutionary origin of the vertebrate visual center
auteur
Daichi G Suzuki, Yasunori Murakami, Hector Escriva, Hiroshi Wada
article
Journal of Comparative Neurology, 2015, 523 (2), pp.251-261. ⟨10.1002/cne.23679⟩
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BibTex
titre
Identification, Evolution and Expression of an Insulin-Like Peptide in the Cephalochordate Branchiostoma lanceolatum
auteur
Claire Lecroisey, Yann Le Pétillon, Hector Escriva, Eckhard Lammert, Vincent Laudet
article
PLoS ONE, 2015, 10 (3), pp.e0119461. ⟨10.1371/journal.pone.0119461⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03881472/file/72-PLoSONE%20ILP.pdf BibTex
titre
Expression of Fox genes in the cephalochordate Branchiostoma lanceolatum
auteur
Daniel Aldea, Anthony Leon, Stephanie Bertrand, Hector Escriva
article
Frontiers in Ecology and Evolution, 2015, 3, pp.80. ⟨10.3389/fevo.2015.00080⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03881458/file/73-Frontiers%20Fox.pdf BibTex
titre
Open science resources for the discovery and analysis of Tara Oceans data
auteur
Stéphane Pesant, Fabrice Not, Marc Picheral, Stefanie Kandels-Lewis, Noan Le Bescot, Gabriel Gorsky, Daniele Iudicone, Eric Karsenti, Sabrina Speich, Romain Troublé, Céline Dimier, Sarah Searson, Silvia G. Acinas, Peer Bork, Emmanuel Boss, Chris Bowler, Colomban de Vargas, Michael Follows, Nigel Grimsley, Pascal Hingamp, Olivier Jaillon, Lee Karp-Boss, Uros Krzic, Hiroyuki Ogata, Jeroen Raes, Emmanuel G. Reynaud, Christian Sardet, Mike Sieracki, Lars Stemmann, Matthew B. Sullivan, Shinichi Sunagawa, Didier Velayoudon, Jean Weissenbach, Patrick Wincker
article
Scientific Data , 2015, 2, pp.150023. ⟨10.1038/sdata.2015.23⟩
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https://hal.science/hal-01253984/file/sdata201523.pdf BibTex
titre
Eukaryotic plankton diversity in the sunlit ocean
auteur
Noan Le Bescot, Ian Probert, Margaux Carmichael, Julie Poulain, Sarah Romac, Sebastien Colin, Jean-Marc Aury, Lucie Bittner, Samuel Chaffron, Micah Dunthorn, Stefan Engelen, Olga Flegontova, Lionel Guidi, Ales Horák, Olivier Jaillon, Gipsi Lima-Mendez, Julius Lukes, Shruti Malviya, Raphaël Morard, Matthieu Mulot, Eleonora Scalco, Raffaele Siano, Flora Vincent, Adriana Zingone, Celine Dimier, Marc Picheral, Sarah Searson, Stefanie Kandels-Lewis, Silvia G. Acinas, Peer Bork, Chris Bowler, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Stephane Pesant, Jeroen Raes, Michael E. Sieracki, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Shinichi Sunagawa, Jean Weissenbach, Patrick Wincker, Eric Karsenti, Tara Oceans Coordinators, Stéphane Audic, Nicolas Henry, Johan Decelle, Frédéric Mahé, Ramiro Logares, Enrique Lara, Cédric Berney
article
Science, 2015, 348 (6237), pp.1261605. ⟨10.1126/science.1261605⟩
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https://hal.science/hal-01253979/file/37217.pdf BibTex
titre
Interplay between the genetic clades of Micromonas and their viruses in the Western English Channel
auteur
Anne-Claire Baudoux, H Lebredonchel, H Dehmer, M Latimier, R Edern, Fabienne Rigaut-Jalabert, P Ge, Laure Guillou, Elodie Foulon, Yves Bozec, T. Cariou, Y Desdevises, Evelyne Derelle, N Grimsley, H Moreau, Nathalie Simon
article
Environmental Microbiology Reports, 2015, 7 (5), pp.765-773. ⟨10.1111/1758-2229.12309⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01196410/file/Baudoux_2015_Interplay_between.pdf BibTex

Book sections

titre
Comparative analysis - recent developments and uses with parasites
auteur
Yves Desdevises, Serge Morand, Boris R. Krasnov, Julien Claude
article
Parasite diversity and diversification : evolutionary ecology meets phylogenetics, 2015
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BibTex

2014

Journal articles

titre
The Timing of Timezyme Diversification in Vertebrates
auteur
Damien Cazaméa-Catalan, Laurence Besseau, Jack Falcón, Elodie Magnanou
article
PLoS ONE, 2014, 9 (12), pp.e112380. ⟨10.1371/journal.pone.0112380⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01345054/file/journal.pone.0112380.PDF BibTex
titre
Genome Sequence of the Sponge-Associated Ruegeria halocynthiae Strain MOLA R1/13b, a Marine Roseobacter with Two Quorum-Sensing-Based Communication Systems
auteur
Margot Doberva, Sophie Sanchez-Ferandin, Yoan Ferandin, Laurent Intertaglia, Julie Croué, Marcelino Suzuki, Philippe Lebaron, Raphaël Lami
article
Genome Announcements, 2014, 2 (5), pp.e00998-14. ⟨10.1128/genomeA.00998-14⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01228529/file/Genome%20Announc.-2014-Doberva-.pdf BibTex
titre
An Otx/Nodal Regulatory Signature for Posterior Neural Development in Ascidians
auteur
Agnès Roure, Patrick Lemaire, Sébastien Darras
article
PLoS Genetics, 2014, 10 (8), pp.e1004548. ⟨10.1371/journal.pgen.1004548⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01342669/file/journal.pgen.1004548.PDF BibTex
titre
Community The Marine Microbial Eukaryote Transcriptome Sequencing Project (MMETSP): Illuminating the Functional Diversity of Eukaryotic Life in the Oceans through Transcriptome Sequencing
auteur
Patrick J Keeling, Fabien Burki, Heather M. Wilcox, Bassem Allam, Eric E Allen, Linda Amaral-Zettler, E Virginia Armbrust, John M. Archibald, Arvind K. Bharti, Callum J. Bell, Bank Beszteri, Kay D. Bidle, Connor T. Cameron, Lisa Campbell, David A. Caron, Rose Ann Cattolico, Jackie L. Collier, Kathryn Coyne, Simon K. Davy, Phillipe Deschamps, Sonya T. Dyhrman, Bente Edvarsen, Ruth D Gates, Christopher J. Gobler, Spencer J. Greenwood, Stephanie M. Guida, Jennifer L. Jacobi, Kjetill S. Jakobsen, Erick R James, Bethany Jenkins, Uwe John, Matthew D. Johnson, Andrew R. Juhl, Anja Kamp, Laura A. Katz, Ronald Kiene, Alexander Kudryavtsev, Brian S. Leander, Senjie Lin, Connie Lovejoy, Denis Lynn, Adrian Marchetti, George Mcmanus, Aurora M Nedelcu, Susanne Menden-Deuer, Cristina Miceli, Thomas Mock, Marina Montresor, Mary Ann Moran, Shauna Murray, Govind Nadathur, Satoshi Nagai, Peter B. Ngam, Brian Palenik, Jan Pawlowski, Giulio Petroni, Gwenaël Piganeau, Matthew C. Posewitz, Karin Rengefors, Giovanna Romano, Mary E. Rumpho, Tatiana Rynearson, Kelly B. Schilling, Declan C. Schroeder, Alastair G.B. Simpson, Claudio H. Slamovits, David R. Smith, G. Jason Smith, Sarah R. Smith, Heidi M. Sosik, Peter Stief, Edward Theriot, Scott N. Twary, Pooja E. Umale, Daniel Vaulot, Boris Wawrik, Glen L. Wheeler, William H. Wilson, Yan Xu, Adriana Zingone, Alexandra Z Worden
article
PLoS Biology, 2014, 12 (6), pp.e1001889. ⟨10.1371/journal.pbio.1001889⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01109521/file/Keeling_2014_The_Marine.pdf BibTex
titre
Cophylogenetic interactions between marine viruses and eukaryotic picophytoplankton
auteur
Laure Bellec, Camille Clerissi, Roseline Edern, Elodie Foulon, Nathalie Simon, Nigel Grimsley, Yves Desdevises
article
BMC Evolutionary Biology, 2014, 14 (1), pp.59. ⟨10.1186/1471-2148-14-59⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01100644/file/Bellec_2014_Cophylogenetic.pdf BibTex
titre
Bacteria in Ostreococcus tauri cultures – friends, foes or hitchhikers?
auteur
Sophie S Abby, Marie Touchon, Aurelien de Jode, Nigel Grimsley, Gwenael Piganeau
article
Frontiers in Microbiology, 2014, 5, pp.505. ⟨10.3389/fmicb.2014.00505⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01321228/file/fmicb-05-00505.pdf BibTex
titre
Generation and characterization of the sea bass Dicentrarchus labrax brain and liver transcriptomes.
auteur
Elodie Magnanou, Christophe Klopp, Céline Noirot, Laurence Besseau, Jack Falcon
article
Gene, 2014, 544 (1), pp.56-66. ⟨10.1016/j.gene.2014.04.032⟩
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BibTex
titre
Unveiling of the Diversity of Prasinoviruses (Phycodnaviridae) in Marine Samples by Using High-Throughput Sequencing Analyses of PCR-Amplified DNA Polymerase and Major Capsid Protein Genes
auteur
Camille Clerissi, Nigel Grimsley, Hiroyuki Ogata, Pascal Hingamp, Julie Poulain, Yves Desdevises
article
Applied and Environmental Microbiology, 2014, 80 (10), pp.3150-3160. ⟨10.1128/aem.00123-14⟩
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BibTex
titre
Genome Sequence of Maribius sp. Strain MOLA 401, a Marine Roseobacter with a Quorum-Sensing Cell-Dependent Physiology
auteur
Margot Doberva, Sophie Sanchez-Ferandin, Yoan Ferandin, Laurent Intertaglia, Fabien Joux, Philippe Lebaron, Raphaël Lami
article
Genome Announcements, 2014, 2 (5), pp.e00997-14. ⟨10.1128/genomeA.00997-14⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01214297/file/Genome%20Announc.-2014-Doberva-.pdf BibTex
titre
An improved genome of the model marine alga [i]Ostreococcus tauri[/i] unfolds by assessing Illumina [i]de novo[/i] assemblies
auteur
Romain Blanc Mathieu, Bram Verhelst, Evelyne Derelle, Stephane Rombauts, Francois-Yves Bouget, Isabelle Carré, Annie Chateau, Adam Eyre Walker, Nigel Grimsley, Hervé Moreau, Benoit Piegu, Eric Rivals, Wendy Schackwitz, Yves van de Peer, Gwenaël Piganeau
article
BMC Genomics, 2014, 15, pp.1-11. ⟨10.1186/1471-2164-15-1103⟩
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https://hal.science/hal-01130514/file/2014_RBlanc-Mathieu_BMCGenomics_%7BA7942CCB-858D-4A8B-854F-DAF269855349%7D.pdf BibTex

Book sections

titre
Chordates: The acquisition of an axial backbone
auteur
Stephanie Bertrand, H. Escriva
article
P. Vargas; R. Zardoya. The tree of life, Sinauer Associates, Inc., 2014
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BibTex
titre
The Pineal Organ of the European Sea BAss: A Neuroanatomical Approach
auteur
Patricia Herrera-Pérez, Arianna Servili, María Del Carmen Rendón, Jack Falcón, Jose Antonio Munoz-Cueto
article
Munoz-Cueto J. A.; Sanchez-Vazquez F. J. Biology of European Sea Bass, CRC Press, pp.57--89, 2014, 978-1-4665-9945-1. ⟨10.1201/b16043⟩
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BibTex

Other publications

titre
Un nouveau modèle animal de Mediterranée au Laboratoire Arago
auteur
H. Escriva
article
2014, pp.27
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BibTex

Theses

titre
Functional study of neutral induction in the cephalochordate Branchiostoma lanceolatum
auteur
Yann Le Petillon
article
Biologie du développement. Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2014. Français. ⟨NNT : 2014PA066116⟩
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https://theses.hal.science/tel-01164975/file/2014PA066116.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
Somatotropic axis genes are expressed before pituitary onset during zebrafish and sea bass development
auteur
Laurence Besseau, Michael Fuentes, Sandrine Sauzet, Marilyn Beauchaud, Beatrice Chatain, Denis Covès, Gilles Boeuf, Jack Falcón
article
General and Comparative Endocrinology, 2013, 194, pp.133-141. ⟨10.1016/j.ygcen.2013.08.018⟩
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BibTex
titre
FGF Signaling Emerged Concomitantly with the Origin of Eumetazoans
auteur
Stéphanie Bertrand, Thomas Iwema, Hector Escriva
article
Molecular Biology and Evolution, 2013, 31 (2), pp.310 - 318. ⟨10.1093/molbev/mst222⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03882514/file/68-Mol%20Biol%20Evol-2014-Bertrand-310-8.pdf BibTex
titre
Exploring nucleo-cytoplasmic large DNA viruses in Tara Oceans microbial metagenomes
auteur
Pascal Hingamp, Nigel Grimsley, Silvia G Acinas, Camille Clerissi, Lucie Subirana, Julie Poulain, Isabel Ferrera, Hugo Sarmento, Emilie Villar, Gipsi Lima-Mendez, Karoline Faust, Shinichi Sunagawa, Jean-Michel Claverie, Hervé Moreau, Yves Desdevises, Peer Bork, Jeroen Raes, Colomban de Vargas, Eric Karsenti, Stefanie Kandels-Lewis, Olivier Jaillon, Fabrice Not, Stéphane Pesant, Patrick Wincker, Hiroyuki Ogata
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2013, 7 (9), pp.1678-1695. ⟨10.1038/ismej.2013.59⟩
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https://hal.science/hal-01258223/file/ismej201359a.pdf BibTex
titre
Identification and expression analysis of BMP signaling inhibitors genes of the DAN family in amphioxus
auteur
Yann Le Petillon, Silvan Oulion, Marie-Line Escande, Hector Escriva, Stephanie Bertrand
article
Gene Expression Patterns, 2013, 13 (8), pp.377 - 383. ⟨10.1016/j.gep.2013.07.005⟩
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BibTex
titre
Evolution of the vertebrate bone matrix: An expression analysis of the network forming collagen paralogues in amphibian osteoblasts
auteur
Daniel Aldea, Patricia Hanna, David Munoz, Javier Espinoza, Marcela Torrejon, Laurent Sachs, Nicolas Buisine, Silvan Oulion, Hector Escriva, Sylvain Marcellini
article
Journal of Experimental Zoology Part B: Molecular and Developmental Evolution, 2013, 320 (6), pp.375 - 384. ⟨10.1002/jez.b.22511⟩
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BibTex
titre
Evolution of bilaterian central nervous systems: a single origin?
auteur
Linda Z Holland, Joao E Carvalho, Hector Escriva, Vincent Laudet, Michael Schubert, Sebastian M Shimeld, Jr-Kai Yu
article
EvoDevo, 2013, 4, pp.27. ⟨10.1186/2041-9139-4-27⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01551130/file/2041-9139-4-27.pdf BibTex
titre
A single betaproteobacterium dominates the microbial community of the crambescidine-containing sponge Crambe crambe
auteur
Julie Croué, Nyree West, Marie-Line Escande, Laurent Intertaglia, Philippe Lebaron, Marcelino Suzuki
article
Scientific Reports, 2013, 3 (1), pp.2583 ⟨10.1038/srep02583⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01610534/file/srep02583.pdf BibTex
titre
Organellar Inheritance in the Green Lineage: Insights from Ostreococcus tauri
auteur
Romain Blanc-Mathieu, Sophie Sanchez-Ferandin, Adam Eyre-Walker, Gwenael Piganeau
article
Genome Biology and Evolution, 2013, 5 (8), pp.1503-1511. ⟨10.1093/gbe/evt106⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01579089/file/evt106.pdf BibTex
titre
Stronger spatial genetic structure in recolonized areas than in refugia in the European beech
auteur
Guillaume de Lafontaine, Alexis A. Ducousso, Sophie Lefevre, Elodie Magnanou, Remy Petit Petit R.J.
article
Molecular Ecology, 2013, 22 (17), pp.4397-4412. ⟨10.1111/mec.12403⟩
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BibTex
titre
Cophylogenetic relationships between Anicetus parasitoids (Hymenoptera: Encyrtidae) and their scale insect hosts (Hemiptera: Coccidae)
auteur
Jun Deng, Fang Yu, Hai-Bin Li, Marco Gebiola, Yves Desdevises, San-An Wu, Yan-Zhou Zhang
article
BMC Evolutionary Biology, 2013, 13, pp.275. ⟨10.1186/1471-2148-13-275⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01548299/file/1471-2148-13-275.pdf BibTex
titre
Morphology, Genome Plasticity, and Phylogeny in the Genus Ostreococcus Reveal a Cryptic Species, O. mediterraneus sp nov (Mamiellales, Mamiellophyceae)
auteur
Lucie L. Subirana, Berangere B. Pequin, Stéphanie S. Michely, Marie-Line M.-L. Escande, Julie J. Meilland, Evelyne Derelle, Birger B. Marin, Gwenael G. Piganeau, Yves Y. Desdevises, Herve H. Moreau, Nigel H. N. H. Grimsley
article
Protist, 2013, 164 (5), pp.643 - 659. ⟨10.1016/j.protis.2013.06.002⟩
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BibTex

2012

Journal articles

titre
The Protease Degrading Sperm Histones Post-Fertilization in Sea Urchin Eggs Is a Nuclear Cathepsin L That Is Further Required for Embryo Development
auteur
Violeta Morin, Andrea Sanchez-Rubio, Antoine Aze, Claudio Iribarren, Claire Fayet, Yves Desdevises, Jenaro Garcia-Huidobro, Maria Imschenetzky, Marcia Puchi, Anne-Marie Genevière
article
PLoS ONE, 2012, 7 (11), pp.e46850. ⟨10.1371/journal.pone.0046850⟩
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https://hal.science/hal-03403483/file/pone.0046850.pdf BibTex
titre
An original mode of symbiosis in open ocean plankton
auteur
Johan Decelle, Ian Probert, Lucie Bittner, Yves Desdevises, Sébastien Colin, Colomban de Vargas, Marti Gali, Rafel Simo, Fabrice Not
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012, 109 (44), pp.18000-18005. ⟨10.1073/pnas.1212303109⟩
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BibTex
titre
Gene functionalities and genome structure in Bathycoccus prasinos reflect cellular specializations at the base of the green lineage
auteur
Hervé Moreau, Bram Verhelst, Arnaud Couloux, Evelyne Derelle, Stephane Rombauts, Nigel Grimsley, Michiel van Bel, Julie Poulain, Michaël Katinka, Martin Hohmann-Marriott, Gwenael Piganeau, Pierre Rouzé, Corinne da Silva, Patrick Wincker, Yves van de Peer, Klaas Vandepoele
article
Genome Biology, 2012, 13 (8), pp.R74. ⟨10.1186/gb-2012-13-8-r74⟩
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BibTex
titre
Strategies and mechanisms of resistance to viruses in photosynthetic aquatic microorganisms
auteur
Rozenn Thomas, Stéphan Jacquet, Nigel Grimsley, Hervé Moreau
article
Advances in Oceanography and Limnology, 2012, 3 (2), pp.171-191. ⟨10.1080/19475721.2012.672338⟩
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BibTex
titre
Metagenomes of the picoalga Bathycoccus from the Chile coastal upwelling.
auteur
Daniel Vaulot, Cécile Lepère, Eve Toulza, Rodrigo de La Iglesia, Julie Poulain, Frédéric Gaboyer, Hervé Moreau, Klaas Vandepoele, Osvaldo Ulloa, Frédérick F. Gavory, Gwenael Piganeau
article
PLoS ONE, 2012, 7 (6), pp.e39648. ⟨10.1371/journal.pone.0039648⟩
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https://hal.science/hal-00848707/file/Vaulot2012_Metagenomes.pdf BibTex

2011

Journal articles

titre
Acquisition and maintenance of resistance to viruses in eukaryotic phytoplankton populations
auteur
Rozenn Thomas, Nigel Grimsley, Marie-Line Escande, Lucie Subirana, Evelyne Derelle, Hervé Moreau
article
Environmental Microbiology, 2011, 13 (6), pp.1412-1420. ⟨10.1111/j.1462-2920.2011.02441.x⟩
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BibTex
titre
The homology of odontodes in gnathostomes: insights from Dlx gene expression in the dogfish, Scyliorhinus canicula
auteur
Mélanie Debiais-Thibaud, Silvan Oulion, Franck Bourrat, Patrick Laurenti, Didier Casane, Véronique Borday-Birraux
article
BMC Evolutionary Biology, 2011, 11, pp.307. ⟨10.1186/1471-2148-11-307⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-01920909/file/Debiais2011_dlx_exp_catshark.pdf BibTex

2010

Journal articles

titre
Abundance, spatial distribution and genetic diversity of Ostreococcus tauri viruses in two different environments
auteur
Laure Bellec, Nigel Grimsley, Evelyne Derelle, Hervé Moreau, Yves Desdevises
article
Environmental Microbiology Reports, 2010, 2 (2), pp.313-321. ⟨10.1111/j.1758-2229.2010.00138.x⟩
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BibTex
titre
Marine natural meroterpenes: synthesis and antiproliferative activity
auteur
Annabel Simon-Levert, Christophe Menniti, Laurent Soulère, Anne-Marie Genevière, Chantal Barthomeuf, Bernard Banaigs, Anne Witczak
article
Marine drugs, 2010, 8 (2), pp.347-358. ⟨10.3390/md8020347⟩
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https://udl.hal.science/hal-02190465/file/marinedrugs-08-00347.pdf BibTex

2008

Journal articles

titre
Life-Cycle and Genome of OtV5, a Large DNA Virus of the Pelagic Marine Unicellular Green Alga Ostreococcus tauri
auteur
Evelyne Derelle, Conchita Ferraz, Marie-Line Escande, Sophie Eychenié, Richard Cooke, Gwenael Piganeau, Yves Desdevises, Laure Bellec, Hervé Moreau, Nigel Grimsley
article
PLoS ONE, 2008, 3 (5), pp.e2250. ⟨10.1371/journal.pone.0002250⟩
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https://hal.science/hal-02114367/file/pone.0002250.pdf BibTex
titre
Molecular Characterization of Iron-Containing Superoxide Dismutases in the Heterotrophic Dinoflagellate Crypthecodinium cohnii
auteur
Fabienne Dufernez, Evelyne Derelle, Christophe Noël, Giovanna Sanciu, Cléa Mantini, Daniel Dive, Marie-Odile Soyer-Gobillard, Monique Capron, Raymond Pierce, René Wintjens, Delphine Guillebault, Eric Viscogliosi
article
Protist, 2008, 159 (2), pp.223-238. ⟨10.1016/j.protis.2007.11.005⟩
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titre
Novel Insights into Evolution of Protistan Polyketide Synthases through Phylogenomic Analysis
auteur
Uwe John, Bánk Beszteri, Evelyne Derelle, Yves van de Peer, Betsy Read, Hervé Moreau, Allan Cembella
article
Protist, 2008, 159 (1), pp.21-30. ⟨10.1016/j.protis.2007.08.001⟩
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titre
Picoeukaryotic sequences in the Sargasso Sea metagenome
auteur
Gwenael Piganeau, Yves Desdevises, Evelyne Derelle, Herve Moreau
article
Genome Biology, 2008, 9 (1), pp.R5. ⟨10.1186/gb-2008-9-1-r5⟩
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2007

Journal articles

titre
The tiny eukaryote Ostreococcus provides genomic insights into the paradox of plankton speciation
auteur
Brian Palenik, Jane Grimwood, Andrea Aerts, Pierre Rouzé, Asaf Salamov, Nicholas Putnam, Chris Dupont, Richard Jorgensen, Evelyne Derelle, Stephane Rombauts, Kemin Zhou, Robert Otillar, Sabeeha Merchant, Sheila Podell, Terry Gaasterland, Carolyn Napoli, Karla Gendler, Andrea Manuell, Vera Tai, Olivier Vallon, Gwenael Piganeau, Séverine Jancek, Marc Heijde, Kamel Jabbari, Chris Bowler, Martin Lohr, Steven Robbens, Gregory Werner, Inna Dubchak, Gregory Pazour, Qinghu Ren, Ian Paulsen, Chuck Delwiche, Jeremy Schmutz, Daniel Rokhsar, Yves van de Peer, Hervé Moreau, Igor Grigoriev
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2007, 104 (18), pp.7705-7710. ⟨10.1073/pnas.0611046104⟩
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2006

Journal articles

titre
CDC2L5, a Cdk-like kinase with RS domain, interacts with the ASF/SF2-associated protein p32 and affects splicing in vivo
auteur
Yasmine Even, Sandrine Durieux, Marie-Line Escande, Jean Claude Lozano, Gérard Peaucellier, Dominique Weil, Anne-Marie Genevière
article
Journal of Cellular Biochemistry, 2006, 99 (3), pp.890-904. ⟨10.1002/jcb.20986⟩
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2005

Journal articles

titre
Ecotype diversity in the marine picoeukaryote Ostreococcus (Chlorophyta, Prasinophyceae)
auteur
Francisco Rodríguez, Evelyne Derelle, Laure Guillou, Florence Le Gall, Daniel Vaulot, Hervé Moreau
article
Environmental Microbiology, 2005, 7 (6), pp.853-859. ⟨10.1111/j.1462-2920.2005.00758.x⟩
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titre
Genome-Wide Analysis of Core Cell Cycle Genes in the Unicellular Green Alga Ostreococcus tauri
auteur
Steven Robbens, Basheer Khadaroo, Alain Camasses, Evelyne Derelle, Conchita Ferraz, Dirk Inzé, Yves van de Peer, Hervé Moreau
article
Molecular Biology and Evolution, 2005, 22 (3), pp.589-597. ⟨10.1093/molbev/msi044⟩
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2004

Journal articles

titre
The First Green Lineage cdc25 Dual-Specificity Phosphatase
auteur
B. Khadaroo, S. Robbens, C. Ferraz, E. Derelle, S. Eychenié, R. Cooke, G. Peaucellier, M. Delseny, J. Demaille, Y. van De Peer, A. Picard, H. Moreau
article
Cell Cycle, 2004, 3 (4), pp.511-516. ⟨10.4161/cc.3.4.815⟩
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2003

Journal articles

titre
Mitochondrial phylogeography of the Woodmouse (Apodemus sylvaticus) in the Western Palearctic region
auteur
J. Michaux, E. Magnanou, E. Paradis, C. Nieberding, R. Libois
article
Molecular Ecology, 2003, 12 (3), pp.685-697. ⟨10.1046/j.1365-294X.2003.01752.x⟩
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2002

Journal articles

titre
DNA libraries for sequencing the genome of Ostreococcus tauri Chlorophytae; Prasinophyceae: the smallest free-living eukaryotic cell
auteur
Evelyne Derelle, Conchita Ferraz, Pierre Lagoda, Sophie Eychenié, Richard Cooke, Farid Regad, Xavier Sabau, Claude Courties, Michel Delseny, Jacques Demaille, André Picard, Hervé Moreau
article
European Journal of Phycology, 2002, 38 (6), pp.1150-1156. ⟨10.1046/j.1529-8817.2002.02021.x⟩
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2001

Journal articles

titre
Role of Nuclear WW Domains and Proline-Rich Proteins in Dinoflagellate Transcription
auteur
Delphine Guillebault, Evelyne Derelle, Yvonne Bhaud, Hervé. Moreau
article
Protist, 2001, 152 (2), pp.127-138. ⟨10.1078/1434-4610-00051⟩
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