2021
Journal articles
- titre
- Metal resistance genes enrichment in marine biofilm communities selected by biocide-containing surfaces in temperate and tropical coastal environments
- auteur
- Elisa C.P. Catao, Nicolas Gallois, Fabienne Fay, Benjamin Misson, Jean-François Briand
- article
- Environmental Pollution, Elsevier, 2021, 268, pp.115835. ⟨10.1016/j.envpol.2020.115835⟩
- identifiant
- hal-03027551
- DOI
- DOI : 10.1016/j.envpol.2020.115835
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-
- titre
- Efficiency of benthic diatom-associated bacteria in the removal of benzo(a)pyrene and fluoranthene
- auteur
- Oumayma Kahla, Sondes Melliti Ben Garali, Fatma Karray, Manel Ben Abdallah, Najwa Kallel, Najla Mhiri, Hatem Zaghden, Badreddine Barhoumi, Olivier Pringault, Marianne Quemeneur, Marc Tedetti, Sami Sayadi, Asma Sakka Hlaili
- article
- Science of the Total Environment, Elsevier, 2021, 751, pp.141399. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.141399⟩
- identifiant
- hal-02925530
- DOI
- DOI : 10.1016/j.scitotenv.2020.141399
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-

- titre
- Alkaliphilus serpentinus sp. nov. and Alkaliphilus pronyensis sp. nov., two novel anaerobic alkaliphilic species isolated from the serpentinite-hosted Prony Bay Hydrothermal Field (New Caledonia)
- auteur
- Anne Postec, Marianne Quemeneur, Aurélien Lecoeuvre, Nicolas Chabert, Manon Joseph, Gaël Erauso
- article
- Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2021, 44 (2), pp.126175. ⟨10.1016/j.syapm.2020.126175⟩
- identifiant
- hal-03107003
- DOI
- DOI : 10.1016/j.syapm.2020.126175
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-
2020
Journal articles
- titre
- Iron corrosion induced by the hyperthermophilic sulfate-reducing archaeon Archaeoglobus fulgidus at 70 °C
- auteur
- Oulfat Amin Ali, Emmanuel Aragon, Armand Fahs, Sylvain Davidson, Bernard Ollivier, Agnès Hirschler-Réa
- article
- International Biodeterioration & Biodegradation, 2020, 154, pp.105056. ⟨10.1016/j.ibiod.2020.105056⟩
- identifiant
- hal-02972980
- DOI
- DOI : 10.1016/j.ibiod.2020.105056
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-
-

- titre
- Stress factors resulting from the Arctic vernal sea-ice melt: Impact on the viability of bacterial communities associated with sympagic algae
- auteur
- Rémi Amiraux, Christopher Burot, Patricia Bonin, Guillaume Massé, Sophie Guasco, Marcel Babin, Frederic Vaultier, Jean-Francois Rontani
- article
- Elementa: Science of the Anthropocene, University of California Press, In press, 8, ⟨10.1525/elementa.076⟩
- identifiant
- hal-03020051
- DOI
- DOI : 10.1525/elementa.076
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-
- titre
- Meta-omics Provides Insights into the Impact of Hydrocarbon Contamination on Microbial Mat Functioning
- auteur
- Johanne Aubé, Pavel Senin, Patricia Bonin, Olivier Pringault, Céline Jeziorski, Olivier Bouchez, Christophe Klopp, Rémy Guyoneaud, Marisol Goñi-Urriza
- article
- Microbial Ecology, Springer Verlag, 2020, ⟨10.1007/s00248-020-01493-x⟩
- identifiant
- hal-02498623
- DOI
- DOI : 10.1007/s00248-020-01493-x
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-
- titre
- Two new bacteria isolated from vagina of a patient with vaginosis: Atopobium massiliense sp. nov. and Butyricimonas vaginalis sp. nov.
- auteur
- A. Bordigoni, C.I. Lo, E. Kuete Yimagou, B. Nicaise, K. Diop, D. Raoult, C. Desnues, F. Fenollar
- article
- New Microbes and New Infections, Wiley Online Library 2020, 38, pp.100771. ⟨10.1016/j.nmni.2020.100771⟩
- identifiant
- hal-02999173
- DOI
- DOI : 10.1016/j.nmni.2020.100771
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-
- titre
- Megasphaera vaginalis sp. nov. and Anaerococcus vaginimassiliensis sp. nov., new bacteria isolated from vagina of French woman with bacterial vaginosis
- auteur
- A. Bordigoni, C.I. Lo, E.K. Yimagou, K. Diop, B. Nicaise, D. Raoult, Christelle Desnues, F. Fenollar
- article
- New Microbes and New Infections, Wiley Online Library 2020, 37, pp.100706. ⟨10.1016/j.nmni.2020.100706⟩
- identifiant
- hal-02962477
- DOI
- DOI : 10.1016/j.nmni.2020.100706
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-
- titre
- Intraspecific variability in membrane proteome, cell growth, and morphometry of the invasive marine neurotoxic dinoflagellate Alexandrium pacificum grown in metal-contaminated conditions
- auteur
- Cherif Chetouhi, Estelle Masseret, Cecilia Teodora Satta, Thierry Balliau, Mohamed Laabir, Natacha Jean
- article
- Science of the Total Environment, Elsevier, 2020, 715, pp.136834. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.136834⟩
- identifiant
- hal-02959936
- DOI
- DOI : 10.1016/j.scitotenv.2020.136834
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-
- titre
- Impacts of copper and lead exposure on prokaryotic communities from contaminated contrasted coastal seawaters: the influence of previous metal exposure
- auteur
- Clément Coclet, Cédric Garnier, Gaël Durrieu, Sébastien d'Onofrio, Nicolas Layglon, Jean-François Briand, Benjamin Misson
- article
- FEMS Microbiology Ecology, Wiley-Blackwell, 2020, 96 (6), ⟨10.1093/femsec/fiaa048⟩
- identifiant
- hal-03027561
- DOI
- DOI : 10.1093/femsec/fiaa048
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-

- titre
- Long-read only assembly of Drechmeria coniospora genomes reveals widespread chromosome plasticity and illustrates the limitations of current nanopore methods
- auteur
- Damien Courtine, Jan Provaznik, Jerome Reboul, Guillaume Blanc, Vladimir Benes, Jonathan Ewbank
- article
- GigaScience, BioMed Central, 2020, 9 (9), pp.1 - 11. ⟨10.1093/gigascience/giaa099⟩
- identifiant
- hal-02964511
- DOI
- DOI : 10.1093/gigascience/giaa099
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-

- titre
- Oyster hemolymph is a complex and dynamic ecosystem hosting bacteria, protists and viruses
- auteur
- Samuel Dupont, A. Lokmer, E. Corre, J.-C. Auguet, Bruno Petton, E. Toulza, C. Montagnani, G. Tanguy, D. Pecqueur, C. Salmeron, Laure Guillou, Christelle Desnues, B. La Scola, J. Khalil, J. de Lorgeril, G. Mitta, Y. Gueguen, J.-M. Escoubas
- article
- Animal Microbiome, 2020, 2 (1), pp.12. ⟨10.1186/s42523-020-00032-w⟩
- identifiant
- hal-02563300
- DOI
- DOI : 10.1186/s42523-020-00032-w
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-
-

- titre
- Archaea, specific genetic traits, and development of improved bacterial live biotherapeutic products: another face of next-generation probiotics
- auteur
- Khaled Fadhlaoui, Marie-Edith Arnal, Matthieu Martineau, Paméla Camponova, Bernard Ollivier, Paul O’toole, Jean-François Brugere
- article
- Applied Microbiology and Biotechnology, Springer Verlag, 2020, 104 (11), pp.4705-4716. ⟨10.1007/s00253-020-10599-8⟩
- identifiant
- hal-02996543
- DOI
- DOI : 10.1007/s00253-020-10599-8
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- titre
- Comparative Genomics Unveils Regionalized Evolution of the Faustovirus Genomes
- auteur
- Khalil Geballa-Koukoulas, Hadjer Boudjemaa, Julien Andreani, Bernard Scola, Guillaume Blanc
- article
- Viruses, MDPI, 2020, 12 (5), pp.577. ⟨10.3390/v12050577⟩
- identifiant
- hal-02639526
- DOI
- DOI : 10.3390/v12050577
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- titre
- Long-term monitoring emphasizes impacts of the dredging on dissolved Cu and Pb contamination along with ultraplankton distribution and structure in Toulon Bay (NW Mediterranean Sea, France)
- auteur
- Nicolas Layglon, Benjamin Misson, Gaël Durieu, Clément Coclet, Sébastien d'Onofrio, Duc Huy Dang, David François, Jean-Ulrich Mullot, Stéphane Mounier, Véronique Lenoble, Dario Omanović, Cédric Garnier
- article
- Marine Pollution Bulletin, Elsevier, 2020, 156, pp.111196. ⟨10.1016/j.marpolbul.2020.111196⟩
- identifiant
- hal-02571468
- DOI
- DOI : 10.1016/j.marpolbul.2020.111196
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- titre
- Have decades of abiotic studies in sediments been misinterpreted?
- auteur
- Nicolas Layglon, Benjamin Misson, Stéphane Mounier, Véronique Lenoble, Dario Omanović, Cédric Garnier
- article
- Science of the Total Environment, Elsevier, 2020, 707, pp.135949. ⟨10.1016/j.scitotenv.2019.135949⟩
- identifiant
- hal-02409414
- DOI
- DOI : 10.1016/j.scitotenv.2019.135949
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- titre
- In situ observations and modelling revealed environmental factors favouring occurrence of Vibrio in microbiome of the pelagic Sargassum responsible for strandings
- auteur
- Valerie Michotey, Aurelie BlanfunÉ, Cristele Chevalier, Marc Garel, Frédéric Diaz, Léo Berline, Louis Le Grand, Fabrice Armougom, Sophie Guasco, Sandrine Ruitton, Thomas Changeux, Bruno Belloni, Jean Blanchot, Frédéric Ménard, Thierry Thibaut
- article
- Science of the Total Environment, Elsevier, 2020, 748, pp.141216. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.141216⟩
- identifiant
- hal-02933822
- DOI
- DOI : 10.1016/j.scitotenv.2020.141216
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- titre
- A Multi-Omics Analysis Suggests Links Between the Differentiated Surface Metabolome and Epiphytic Microbiota Along the Thallus of a Mediterranean Seaweed Holobiont
- auteur
- Benoît Paix, Carriot Nathan, Raphaëlle Barry-Martinet, Stephane Greff, Benjamin Misson, Jean-François Briand, Gérald Culioli
- article
- Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2020, 11, pp.494. ⟨10.3389/fmicb.2020.00494⟩
- identifiant
- hal-02519482
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2020.00494
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-
- titre
- Desulfobotulus mexicanus sp. nov., a novel sulfate-reducing bacterium isolated from the sediment of an alkaline crater lake in Mexico
- auteur
- Maria Fernanda Pérez-Bernal, Elcia Brito, Manon Bartoli, Johanne Aubé, Bernard Ollivier, Remy Guyoneaud, Agnès Hirschler-Réa
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2020, 70 (5), pp.3219-3225. ⟨10.1099/ijsem.0.004159⟩
- identifiant
- hal-02860502
- DOI
- DOI : 10.1099/ijsem.0.004159
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- titre
- Production of Current by Syntrophy Between Exoelectrogenic and Fermentative Hyperthermophilic Microorganisms in Heterotrophic Biofilm from a Deep-Sea Hydrothermal Chimney
- auteur
- Guillaume Pillot, Sylvain Davidson, Richard Auria, Yannick Combet-Blanc, Anne Godfroy, Pierre-Pol Liebgott
- article
- Microbial Ecology, Springer Verlag, 2020, 79 (1), pp.38-49. ⟨10.1007/s00248-019-01381-z⟩
- identifiant
- hal-02962527
- DOI
- DOI : 10.1007/s00248-019-01381-z
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-
- titre
- Dissolved organic matter controls of arsenic bioavailability to bacteria
- auteur
- Martin Pothier, Véronique Lenoble, Cédric Garnier, Benjamin Misson, Charlotte Rentmeister, Alexandre Poulain
- article
- Science of the Total Environment, Elsevier, 2020, 716, pp.137118. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.137118⟩
- identifiant
- hal-03027565
- DOI
- DOI : 10.1016/j.scitotenv.2020.137118
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-
- titre
- Anaerohalosphaera lusitana gen. nov., sp. nov., and Limihaloglobus sulfuriphilus gen. nov., sp. nov., isolated from solar saltern sediments, and proposal of Anaerohalosphaeraceae fam. nov. within the order Sedimentisphaerales
- auteur
- Nathalie Pradel, Marie-Laure Fardeau, Brian Tindall, Stefan Spring
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, In press, ⟨10.1099/ijsem.0.003919⟩
- identifiant
- hal-02462868
- DOI
- DOI : 10.1099/ijsem.0.003919
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- titre
- Prokaryotic Diversity and Distribution Along Physical and Nutrient Gradients in the Tunisian Coastal Waters (South Mediterranean Sea)
- auteur
- Marianne Quemeneur, Malika Bel Hassen, Fabrice Armougom, Yosra Khammeri, Rim Lajnef, Amel Bellaaj-Zouari
- article
- Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.593540⟩
- identifiant
- hal-03033038
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2020.593540
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-
- titre
- Impact of cigarette butts on microbial diversity and dissolved trace metals in coastal marine sediment
- auteur
- Marianne Quéméneur, Marianne Quemeneur, Sandrine Chifflet, Fourat Akrout, Amel Bellaaj-Zouari, Malika Belhassen
- article
- Estuarine, Coastal and Shelf Science, Elsevier, 2020, 240, pp.106785. ⟨10.1016/j.ecss.2020.106785⟩
- identifiant
- hal-02881380
- DOI
- DOI : 10.1016/j.ecss.2020.106785
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- titre
- A novel Thermotoga strain TFO isolated from a Californian petroleum reservoir phylogenetically related to Thermotoga petrophila and T. naphthophila, two thermophilic anaerobic isolates from a Japanese reservoir: Taxonomic and genomic considerations
- auteur
- Zara Summers, Hassiba Belahbib, Nathalie Pradel, Manon Bartoli, Pooja Mishra, Christian Tamburini, Alain Dolla, Bernard Ollivier, Fabrice Armougom
- article
- Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2020, 43 (6), pp.126132. ⟨10.1016/j.syapm.2020.126132⟩
- identifiant
- hal-03007670
- DOI
- DOI : 10.1016/j.syapm.2020.126132
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-

- titre
- Reviews and syntheses: Bacterial bioluminescence – ecology and impact in the biological carbon pump
- auteur
- Lisa Tanet, Severine Martini, Laurie Casalot, Christian Tamburini
- article
- Biogeosciences, European Geosciences Union, 2020, 17 (14), pp.3757-3778. ⟨10.5194/bg-17-3757-2020⟩
- identifiant
- hal-02901948
- DOI
- DOI : 10.5194/bg-17-3757-2020
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-
- titre
- Impact of the microbial inoculum source on pre-treatment efficiency for fermentative H2 production from glycerol
- auteur
- Javiera Toledo-Alarcón, Léa Cabrol, David Jeison, Eric Trably, Jean-Philippe Steyer, Estela Tapia-Venegas
- article
- International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2020, 45 (3), pp.1597-1607. ⟨10.1016/j.ijhydene.2019.11.113⟩
- identifiant
- hal-02531470
- DOI
- DOI : 10.1016/j.ijhydene.2019.11.113
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-

- titre
- Diversity and evolution of bacterial bioluminescence genes in the global ocean
- auteur
- Thomas Vannier, Pascal Hingamp, Floriane Turrel, Lisa Tanet, Magali Lescot, Y. Timsit
- article
- NAR Genomics and Bioinformatics, Oxford University Press, 2020, 2 (2), ⟨10.1093/nargab/lqaa018⟩
- identifiant
- hal-02514159
- DOI
- DOI : 10.1093/nargab/lqaa018
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-

- titre
- Widespread microbial mercury methylation genes in the global ocean
- auteur
- Emilie Villar, Léa Cabrol, Lars-Eric Heimbürger
- article
- Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2020, 12 (3), pp.277-287. ⟨10.1111/1758-2229.12829⟩
- identifiant
- hal-02935272
- DOI
- DOI : 10.1111/1758-2229.12829
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-
Conference papers
- titre
- Oil Spill response in mangroves: why a specific Ecosystem-based Management is required?
- auteur
- Philippe Cuny, Ronan Jézéquel, Emma Michaud, Lea Sylvi, Cécile Militon
- article
- International Workshop on Ecosystem-based Management, Feb 2020, Marseille, France
- identifiant
- hal-03096700
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Book sections
- titre
- Un risque littoral avéré non représenté : la pollution par les hydrocarbures pétroliers
- auteur
- Cristele Chevalier, Philippe Cuny, Valérie Morel
- article
- Atlas critique de la Guyane, pp.302-303, 2020, 978-2-271-13213-0
- identifiant
- hal-02968133
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Global Genetic Cartography of Urban Metagenomes and Anti-Microbial Resistance
- auteur
- David Danko, Daniela Bezdan, Ebrahim Afshinnekoo, Sofia Ahsanuddin, Chandrima Bhattacharya, Daniel Butler, Kern Rei Chng, Daisy Donnellan, Jochen Hecht, Katerina Kuchin, Mikhail Karasikov, Abigail Lyons, Lauren Mak, Dmitry Meleshko, Harun Mustafa, Beth Mutai, Russell Neches, Amanda Ng, Olga Nikolayeva, Tatyana Nikolayeva, Eileen Png, Krista Ryon, Jorge Sanchez, Heba Shaaban, Maria Sierra, Dominique Thomas, Ben Young, Omar Abudayyeh, Josue Alicea, Malay Bhattacharyya, Ran Blekhman, Eduardo Castro-Nallar, Ana Cañas, Aspassia Chatziefthimiou, Robert Crawford, Francesca de Filippis, Youping Deng, Christelle Desnues, Emmanuel Dias-Neto, Marius Dybwad, Eran Elhaik, Danilo Ercolini, Alina Frolova, Dennis Gankin, Jonathan Gootenberg, Alexandra Graf, David Green, Iman Hajirasouliha, Mark Hernandez, Gregorio Iraola, Soojin Jang, Andre Kahles, Frank Kelly, Kaymisha Knights, Nikos Kyrpides, Paweł Łabaj, Patrick Lee, Marcus Leung, Per Ljungdahl, Gabriella Mason-Buck, Ken Mcgrath, Cem Meydan, Emmanuel Mongodin, Milton Ozorio Moraes, Niranjan Nagarajan, Marina Nieto-Caballero, Houtan Noushmehr, Manuela Oliveira, Stephan Ossowski, Olayinka Osuolale, Orhan Özcan, David Paez-Espino, Nicolas Rascovan, Hugues Richard, Gunnar Rätsch, Lynn Schriml, Torsten Semmler, Osman Sezerman, Leming Shi, Tieliu Shi, Le Huu Song, Haruo Suzuki, Scott Tighe, Xinzhao Tong, Klas Udekwu, Juan Ugalde, Brandon Valentine, Dimitar Vassilev, Elena Vayndorf, Thirumalaisamy Velavan, Jun Wu, María Zambrano, Jifeng Zhu, Sibo Zhu, Christopher Mason
- article
- 2020
- identifiant
- hal-02962785
- DOI
- DOI : 10.1101/724526
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-
- titre
- On the barium-oxygen consumption relationship in the Mediterranean Sea: implications for mesopelagic marine snow remineralisation
- auteur
- Stéphanie Jacquet, Dominique Lefèvre, Christian Tamburini, Marc Garel, Frédéric A.C. Le Moigne, Nagib Bhairy, Marie Roumagnac, Sophie Guasco
- article
- 2020
- identifiant
- hal-02960676
- DOI
- DOI : 10.5194/bg-2020-241
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-
- titre
- Particulate biogenic barium tracer of mesopelagic carbon remineralization in the Mediterranean Sea (PEACETIME project)
- auteur
- Stéphanie Jacquet, Christian Tamburini, Marc Garel, Aurélie Dufour, France Van-Vambeke, Frédéric A.C. Le Moigne, Nagib Bhairy, Sophie Guasco
- article
- 2020
- identifiant
- hal-02960674
- DOI
- DOI : 10.5194/bg-2020-271
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-
-

- titre
- Genomic evidence for global ocean plankton biogeography shaped by large-scale current systems
- auteur
- Daniel Richter, Romain Watteaux, Thomas Vannier, Jade Leconte, Paul Frémont, Gabriel Reygondeau, Nicolas Maillet, Nicolas Henry, Gaëtan Benoit, Antonio Fernandez-Guerra, Samir Suweis, Romain Narci, Cédric Berney, Damien Eveillard, Frédérick Gavory, Lionel Guidi, Karine Labadie, Eric Mahieu, Julie Poulain, Sarah Romac, Simon Roux, Céline Dimier, Stefanie Kandels, Marc Picheral, Sarah Searson, Stéphane Pesant, Jean-Marc Aury, Jennifer Brum, Claire Lemaitre, Eric Pelletier, Peer Bork, Shinichi Sunagawa, Lee Karp-Boss, Chris Bowler, Matthew Sullivan, Eric Karsenti, Mahendra Mariadassou, Ian Probert, Pierre Peterlongo, Patrick Wincker, Colomban de Vargas, Maurizio Ribera d'Alcalà, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon
- article
- 2020
- identifiant
- hal-02399723
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-
2019
Journal articles
-

- titre
- The lichen symbiosis re-viewed through the genomes of Cladonia grayi and its algal partner Asterochloris glomerata
- auteur
- Daniele Armaleo, Olaf Müller, François Lutzoni, Guillaume Blanc, Helge Bode, Frank Collart, Francesco Dal Grande, Fred Dietrich, Igor Grigoriev, Suzanne Joneson, Alan Kuo, Peter Larsen, John Logsdon, David López, Francis Martin, Susan May, Tami Mcdonald, Sabeeha Merchant, Vivian Miao, Emmanuelle Morin, Ryoko Oono, Matteo Pellegrini, Nimrod Rubinstein, Maria Virginia Sanchez-Puerta, Elizabeth Savelkoul, Imke Schmitt, Jason Slot, Darren Soanes, Péter Szövényi, Nicholas Talbot, Claire Veneault-Fourrey, Basil Xavier
- article
- BMC Genomics, BioMed Central, 2019, 20 (1), pp.605. ⟨10.1186/s12864-019-5629-x⟩
- identifiant
- hal-02192633
- DOI
- DOI : 10.1186/s12864-019-5629-x
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-
-

- titre
- Towards Integrating Evolution, Metabolism, and Climate Change Studies of Marine Ecosystems
- auteur
- Federico Baltar, Barbara Bayer, Nina Bednarsek, Stacy Deppeler, Ruben Escribano, Carolina Gonzalez, Roberta Hansman, Rajani Kanta Mishra, Mary Ann Moran, Daniel Repeta, Carol Robinson, Eva Sintes, Christian Tamburini, Luis Valentin, Gerhard Herndl
- article
- Trends in Ecology and Evolution, Elsevier, 2019, 34 (11), pp.1022-1033. ⟨10.1016/J.TREE.2019.07.003⟩
- identifiant
- hal-02989907
- DOI
- DOI : 10.1016/J.TREE.2019.07.003
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-
-

- titre
- Seasonal changes of chemical contamination in coastal waters during sediment resuspension
- auteur
- Chrystelle Bancon-Montigny, Catherine Gonzalez, Sophie Delpoux, Muriel Avenzac, Sylvie Spinelli, Takoua Mhadhbi, Kaouther Mejri, Asma Sakka Hlaili, Olivier Pringault
- article
- Chemosphere, Elsevier, 2019, 235, pp.651-661. ⟨10.1016/j.chemosphere.2019.06.213⟩
- identifiant
- hal-02192471
- DOI
- DOI : 10.1016/j.chemosphere.2019.06.213
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-
-

- titre
- Enhancement of biotic degradation of terrestrial particulate organic matter in an estuarine salinity gradient: Interactive effects of organic matter pools and changes of bacterial communities.
- auteur
- Patricia Bonin, Anne-Hélène Prime, Mairie-Aimée Galeron, Sophie Guasco, Jean-Francois Rontani
- article
- Aquatic Microbial Ecology, Inter Research, 2019, 83, pp.147 - 159. ⟨10.3354/ame01908⟩
- identifiant
- hal-03019979
- DOI
- DOI : 10.3354/ame01908
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-
-

- titre
- Community‐Level Responses to Iron Availability in Open Ocean Plankton Ecosystems
- auteur
- Luigi Caputi, Quentin Carradec, Damien Eveillard, Amos Kirilovsky, Eric Pelletier, Juan J Pierella Karlusich, Fabio Rocha Jimenez Vieira, Emilie Villar, Samuel Chaffron, Shruti Malviya, Eleonora Scalco, Silvia Acinas, Adriana Alberti, Jean-Marc Aury, Anne-Sophie Benoiston, Alexis Bertrand, Tristan Biard, Lucie Bittner, Martine Boccara, Jennifer R. Brum, Christophe Brunet, Greta Busseni, Anna Carratalà, Hervé Claustre, Luis Pedro Coelho, Sébastien Colin, Salvatore d'Aniello, Corinne da Silva, Marianna del Core, Hugo Doré, Stéphane Gasparini, Florian Kokoszka, Jean-Louis Jamet, Christophe Lejeusne, Cyrille Lepoivre, Magali Lescot, Gipsi Lima-Mendez, Fabien Lombard, Julius Lukeš, Nicolas Maillet, Mohammed-Amin Madoui, Elodie Martinez, Maria Grazia Mazzocchi, Mario Néou, Javier Paz-Yepes, Julie Poulain, Simon Ramondenc, Jean-Baptiste Romagnan, Simon Roux, Daniela Salvagio Manta, Remo Sanges, Mario Sprovieri, Shinichi Sunagawa, Vincent Taillandier, Atsuko Tanaka, Leila Tirichine, Camille Trottier, Julia Uitz, Alaguraj Veluchamy, Jana Veselá, Flora Vincent, Sheree Yau, Stefanie Kandels-Lewis, Sarah Searson, Céline Dimier, Marc Picheral, Peer Bork, Emmanuel Boss, Colomban de Vargas, Michael Follows, Nigel Grimsley, Lionel Guidi, Pascal Hingamp, Eric Karsenti, Paolo Sordino, Lars Stemmann, Matthew B. Sullivan, Alessandro Tagliabue, Adriana Zingone, Laurence Garczarek, Fabrizio d'Ortenzio, Pierre Testor, Fabrice Not, Maurizio Ribera d'Alcalà, Patrick Wincker, Chris Bowler, Daniele Iudicone, Gabriel Gorsky, Olivier Jaillon, Lee Karp-Boss, Uros Krzic, Hiroyuki Ogata, Stéphane Pesant, Jeroen Raes, Emmanuel Reynaud, Christian Sardet, Mike Sieracki, Sabrina Speich, Didier Velayoudon
- article
- Global Biogeochemical Cycles, American Geophysical Union, 2019, 3 (33), pp.391-419. ⟨10.1029/2018GB006022⟩
- identifiant
- hal-02074931
- DOI
- DOI : 10.1029/2018GB006022
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-

- titre
- Shear Stress as a Major Driver of Marine Biofilm Communities in the NW Mediterranean Sea
- auteur
- Elisa Catão, Thomas Pollet, Benjamin Misson, Cédric Garnier, Jean-François Ghiglione, Raphaëlle Barry-Martinet, Marine Maintenay, Christine Bressy, Jean-François Briand
- article
- Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, ⟨10.3389/fmicb.2019.01768⟩
- identifiant
- hal-02269986
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2019.01768
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- titre
- Halanaerobaculum
- auteur
- Jean Luc Cayol
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2019, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01725⟩
- identifiant
- hal-02883868
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01725
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- titre
- Impact of sterilization methods on dissolved trace metals concentrations in complex natural samples: optimization of UV irradiation
- auteur
- Sandrine Chifflet, Marianne Quemeneur, Aude Barani, Bernard Angeletti, Morgane Didry, Gérald Grégori, Nathalie Pradel
- article
- MethodsX, Elsevier, 2019, 6, pp.1133-1146. ⟨10.1016/j.mex.2019.04.020⟩
- identifiant
- hal-02128494
- DOI
- DOI : 10.1016/j.mex.2019.04.020
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- titre
- Dynamics of trace metals in a shallow coastal ecosystem : insights from the Gulf of Gabès (southern Mediterranean Sea)
- auteur
- Sandrine Chifflet, Marc Tedetti, Hana Zouch, Rania Fourati, Hatem Zaghden, Boubaker Elleuch, Marianne Quemeneur, Fatma Karray, Sami Sayadi
- article
- Aims Environmental Science, AIMS Press, 2019, 6 (4), pp.277-297. ⟨10.3934/environsci.2019.4.277⟩
- identifiant
- hal-02184270
- DOI
- DOI : 10.3934/environsci.2019.4.277
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- titre
- Changes in Bacterioplankton Communities Resulting From Direct and Indirect Interactions With Trace Metal Gradients in an Urbanized Marine Coastal Area
- auteur
- Clément Coclet, Cédric Garnier, Gaël Durrieu, Dario Omanović, Sébastien d'Onofrio, Christophe Le Poupon, Jean-Ulrich Mullot, Jean-François Briand, Benjamin Misson
- article
- Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, 10, ⟨10.3389/fmicb.2019.00257⟩
- identifiant
- hal-02049263
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2019.00257
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- titre
- Seasonal and plant-part isotopic and biochemical variation in Posidonia oceanica
- auteur
- Pierre Cresson, Charles Francois Boudouresque, Sandrine Ruitton, Laurie Casalot, Marc Verlaque, Mireille Harmelin-Vivien
- article
- Mediterranean Marine Science, Athens : National Centre for Marine Research, 2019, 20 (2), pp.357. ⟨10.12681/mms.18660⟩
- identifiant
- hal-02458445
- DOI
- DOI : 10.12681/mms.18660
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-
- titre
- Global phylogeography and ancient evolution of the widespread human gut virus crAssphage
- auteur
- Robert Edwards, Alejandro Vega, Holly Norman, Maria Ohaeri, Kyle Levi, Elizabeth Dinsdale, Ondrej Cinek, Ramy Aziz, Katelyn Mcnair, Jeremy Barr, Kyle Bibby, Stan Brouns, Adrian Cazares, Patrick de Jonge, Christelle Desnues, Samuel Díaz Muñoz, Peter Fineran, Alexander Kurilshikov, Rob Lavigne, Karla Mazankova, David Mccarthy, Franklin Nobrega, Alejandro Reyes Muñoz, German Tapia, Nicole Trefault, Alexander Tyakht, Pablo Vinuesa, Jeroen Wagemans, Alexandra Zhernakova, Frank Aarestrup, Gunduz Ahmadov, Abeer Alassaf, Josefa Anton, Abigail Asangba, Emma Billings, Adrian Cantu, Jane Carlton, Daniel Cazares, Gyu-Sung Cho, Tess Condeff, Pilar Cortés, Mike Cranfield, Daniel Cuevas, Rodrigo de la Iglesia, Przemyslaw Decewicz, Michael Doane, Nathaniel Dominy, Lukasz Dziewit, Bashir Mukhtar Elwasila, A. Murat Eren, Charles Franz, Jingyuan Fu, Cristina Garcia-Aljaro, Elodie Ghedin, Kristen Gulino, John Haggerty, Steven Head, Rene Hendriksen, Colin Hill, Heikki Hyöty, Elena Ilina, Mitchell Irwin, Thomas Jeffries, Juan Jofre, Randall Junge, Scott Kelley, Mohammadali Khan Mirzaei, Martin Kowalewski, Deepak Kumaresan, Steven Leigh, David Lipson, Eugenia Lisitsyna, Montserrat Llagostera, Julia Maritz, Linsey Marr, Angela Mccann, Shahar Molshanski-Mor, Sílvia Monteiro, Benjamin Moreira-Grez, Megan Morris, Lawrence Mugisha, Maite Muniesa, Horst Neve, Nam-Phuong Nguyen, Olivia Nigro, Anders Nilsson, Taylor O’connell, Rasha Odeh, Andrew Oliver, Maria Piuri, Aaron Prussin Ii, Udi Qimron, Zhe-Xue Quan, Petra Rainetova, Adán Ramírez-Rojas, Raul Raya, Kim Reasor, Gillian Rice, Alessandro Rossi, Ricardo Santos, John Shimashita, Elyse Stachler, Lars Stene, Ronan Strain, Rebecca Stumpf, Pedro Torres, Alan Twaddle, Maryann Ugochi Ibekwe, Nicolás Villagra, Stephen Wandro, Bryan White, Andy White, Katrine White, Cisca Wijmenga, Maria Zambrano, Henrike Zschach, Bas Dutilh
- article
- Nature Microbiology, Nature Publishing Group, 2019, ⟨10.1038/s41564-019-0494-6⟩
- identifiant
- hal-02195894
- DOI
- DOI : 10.1038/s41564-019-0494-6
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-
- titre
- Fonticella
- auteur
- Marie Laure Fardeau, Anne Postec, Bernard Ollivier
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2019, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01633⟩
- identifiant
- hal-02884215
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01633
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-

- titre
- Methanocalculus
- auteur
- Marie-Laure Fardeau, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2019
- identifiant
- hal-02883889
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-
- titre
- Anaerosalibacter
- auteur
- Marie Laure Fardeau, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2019, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01397⟩
- identifiant
- hal-02884004
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01397
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- titre
- Genus Paludifilum
- auteur
- Marie-Laure Fardeau, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2019
- identifiant
- hal-02883924
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- titre
- Metabolomic and proteomic changes induced by growth inhibitory concentrations of copper in the biofilm-forming marine bacterium Pseudoalteromonas lipolytica
- auteur
- Laurie Favre, Annick Ortalo-Magné, Lionel Kerloch, Carole Pichereaux, Benjamin Misson, Jean-François Briand, Cédric Garnier, Gérald Culioli
- article
- Metallomics, Royal Society of Chemistry, 2019, 11 (11), pp.1887-1899. ⟨10.1039/C9MT00184K⟩
- identifiant
- hal-02435001
- DOI
- DOI : 10.1039/C9MT00184K
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- titre
- Evidence of high N2 fixation rates in the temperate northeast Atlantic
- auteur
- Debany Fonseca-Batista, Xuefeng Li, Virginie Riou, Valerie Michotey, Florian Deman, François Fripiat, Sophie Guasco, Natacha Brion, Nolwenn Lemaitre, Manon Tonnard, Morgane Gallinari, Hélène Planquette, Frédéric Planchon, Géraldine Sarthou, Marc Elskens, Julie Laroche, Lei Chou, Frank Dehairs
- article
- Biogeosciences, European Geosciences Union, 2019, 16 (5), pp.999-1017. ⟨10.5194/bg-16-999-2019⟩
- identifiant
- hal-02066554
- DOI
- DOI : 10.5194/bg-16-999-2019
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- titre
- A Novel Highly Efficient Device for Growing Micro-Aerophilic Microorganisms
- auteur
- Maxime Fuduche, Sylvain Davidson, Celine Boileau, Long-Fei Wu, Yannick Combet-Blanc
- article
- Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, 10, ⟨10.3389/fmicb.2019.00534⟩
- identifiant
- hal-02237351
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2019.00534
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-
- titre
- Crassaminicella
- auteur
- Gregoire Gales, Anne Postec, Jean Luc Cayol
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2019, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01636⟩
- identifiant
- hal-02884038
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01636
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- titre
- Pressure-Retaining Sampler and High-Pressure Systems to Study Deep-Sea Microbes Under in situ Conditions
- auteur
- Marc Garel, Patricia Bonin, Severine Martini, Sophie Guasco, Marie Roumagnac, Nagib Bhairy, Fabrice Armougom, Christian Tamburini
- article
- Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, 10, pp.453. ⟨10.3389/fmicb.2019.00453⟩
- identifiant
- hal-02094373
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2019.00453
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- titre
- Effects of catchment area and nutrient deposition regime on phytoplankton functionality in alpine lakes
- auteur
- Coralie Jacquemin, Céline Bertrand, Evelyne Franquet, Stéphane Mounier, Benjamin Misson, Benjamin Oursel, Laurent Cavalli
- article
- Science of the Total Environment, Elsevier, 2019, 674, pp.114-127. ⟨10.1016/j.scitotenv.2019.04.117⟩
- identifiant
- hal-02176058
- DOI
- DOI : 10.1016/j.scitotenv.2019.04.117
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- titre
- Microbial and chemical investigation of 2000 m deep Triassic rock (Meuse/Haute Marne, France)
- auteur
- Vanessa Leblanc, Jennifer Hellal, Marie Laure Fardeau, Saber Khelaifia, Claire Sergeant, Françis Garrido, Bernard Ollivier, Catherine Joulian
- article
- Geosciences, MDPI, 2019, 9 (1), pp.3. ⟨10.3390/geosciences9010003⟩
- identifiant
- in2p3-02362139
- DOI
- DOI : 10.3390/geosciences9010003
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- titre
- Consequences of a contaminant mixture of bisphenol A (BPA) and di-(2-ethylhexyl) phthalate (DEHP), two plastic-derived chemicals, on the diversity of coastal phytoplankton
- auteur
- Charaf M’ Rabet, Ons Kéfi-Daly Yahia, Douglas Couet, Sonia Khadija Maïté Gueroun, Olivier Pringault
- article
- Marine Pollution Bulletin, Elsevier, 2019, 138 (1), pp.385-396. ⟨10.1016/j.marpolbul.2018.11.035⟩
- identifiant
- ird-02048491
- DOI
- DOI : 10.1016/j.marpolbul.2018.11.035
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- titre
- Microbial abundance, activity and population genomic profiling with mOTUs2
- auteur
- Alessio Milanese, Daniel Mende, Lucas Paoli, Guillem Salazar, Hans-Joachim Ruscheweyh, Miguelangel Cuenca, Pascal Hingamp, Renato Alves, Paul Costea, Luis Pedro Coelho, Thomas Schmidt, Alexandre Almeida, Alex Mitchell, Robert Finn, Jaime Huerta-Cepas, Peer Bork, Georg Zeller, Shinichi Sunagawa
- article
- Nature Communications, Nature Publishing Group, 2019, 10 (1), ⟨10.1038/s41467-019-08844-4⟩
- identifiant
- hal-02281129
- DOI
- DOI : 10.1038/s41467-019-08844-4
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- titre
- Metagenomic Analysis of Microdissected Valvular Tissue for Etiologic Diagnosis of Blood Culture Negative Endocarditis
- auteur
- Matthieu Million, Maxime Gaudin, Clea Melenotte, Lionel Chasson, Sophie Edouard, Constance Verdonk, Elsa Prudent, Bernard Amphoux, Stéphane Meresse, Richard Dorent, Hubert Lepidi, Bernard La Scola, Jean-Pierre Gorvel, Christelle Desnues, Didier Raoult
- article
- Clinical Infectious Diseases, Oxford University Press (OUP), 2019, 70 (11), ⟨10.1093/cid/ciz655⟩
- identifiant
- hal-02195898
- DOI
- DOI : 10.1093/cid/ciz655
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- titre
- From In Situ to satellite observations of pelagic Sargassum distribution and aggregation in the Tropical North Atlantic Ocean
- auteur
- Anouck Ody, Thierry Thibaut, L. Berline, Thomas Changeux, Jean-Michel André, Cristele Chevalier, Aurelie BlanfunÉ, Jean Blanchot, Sandrine Ruitton, Valérie Stiger-Pouvreau, Solène Connan, Jacques Grelet, D. Aurelle, Mathilde Guéné, Hubert Bataille, Celine Bachelier, Dorian Guillemain, Natascha Schmidt, Vincent Fauvelle, Sophie Guasco, Frédéric Ménard
- article
- PLoS ONE, Public Library of Science, 2019, 14 (9), pp.e0222584. ⟨10.1371/journal.pone.0222584⟩
- identifiant
- hal-02291680
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pone.0222584
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- titre
- The bacterial MrpORP is a novel Mrp/NBP35 protein involved in iron-sulfur biogenesis
- auteur
- Romain Pardoux, Anouchka Fiévet, Cíntia Carreira, Céline Brochier-Armanet, Odile Valette, Zorah Dermoun, Beatrice Py, Alain Dolla, Sofia Pauleta, Corinne Aubert
- article
- Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2019, 9 (1), pp.360-373. ⟨10.1038/s41598-018-37021-8⟩
- identifiant
- hal-02186929
- DOI
- DOI : 10.1038/s41598-018-37021-8
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- titre
- Direct and indirect impact of the bacterial strain Pseudomonas aeruginosa on the dissolution of synthetic Fe(III)- and Fe(II)-bearing basaltic glasses
- auteur
- Anne Perez, Stéphanie Rossano, Nicolas Trcera, Aurélie Verney-Carron, Céline Rommevaux, Chloé Fourdrin, Ana Carolina Agnello, David Huguenot, François Guyot
- article
- Chemical Geology, Elsevier, 2019, 523, pp.9-18. ⟨10.1016/j.chemgeo.2019.05.033⟩
- identifiant
- hal-02359923
- DOI
- DOI : 10.1016/j.chemgeo.2019.05.033
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- titre
- Hydrostatic Pressure Helps to Cultivate an Original Anaerobic Bacterium From the Atlantis Massif Subseafloor (IODP Expedition 357): Petrocella atlantisensis gen. nov. sp. nov.
- auteur
- Marianne Quéméneur, Gaël Erauso, Eléonore Frouin, Emna Zeghal, Céline Vandecasteele, Bernard Ollivier, Christian Tamburini, Marc Garel, Bénédicte Ménez, Anne Postec
- article
- Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, 10, pp.1497. ⟨10.3389/fmicb.2019.01497⟩
- identifiant
- hal-02297216
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2019.01497
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- titre
- Discovery and Further Studies on Giant Viruses at the IHU Mediterranee Infection That Modified the Perception of the Virosphere
- auteur
- Clara Rolland, Julien Andreani, Amina Louazani, Sarah Aherfi, Rania Francis, Rodrigo Rodrigues, Ludmila Silva, Dehia Sahmi, Said Mougari, Nisrine Chelkha, Meriem Bekliz, Lorena Silva, Felipe Assis, Fabio Dornas, Jacques Khalil, Isabelle Pagnier, Christelle Desnues, Anthony Levasseur, Philippe Colson, Jonatas Abrahao, Bernard Scola
- article
- Viruses, MDPI, 2019, 11 (4), pp.312. ⟨10.3390/v11040312⟩
- identifiant
- hal-02094406
- DOI
- DOI : 10.3390/v11040312
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- titre
- Prokaryote Communities at Active Chimney and In-Situ Colonization Devices after a Magmatic Degassing Event (37°N MAR, EMSO-Azores Deep-Sea Observatory)
- auteur
- Céline Rommevaux, Pauline Henri, Jefferson Degboe, Valérie Chavagnac, Françoise Lesongeur, Anne Godfroy, Cédric Boulart, Christine Destrigneville, Alain Castillo
- article
- Geochemistry, Geophysics, Geosystems, AGU and the Geochemical Society, 2019, ⟨10.1029/2018GC008107⟩
- identifiant
- hal-02142449
- DOI
- DOI : 10.1029/2018GC008107
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- titre
- Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG)
- auteur
- Simon Roux, Evelien M. Adriaenssens, Bas E. Dutilh, Eugene V. Koonin, Andrew M. Kropinski, Mart Krupovic, Jens H. Kuhn, Rob Lavigne, J. Rodney Brister, Arvind Varsani, Clara Amid, Ramy K. Aziz, Seth R. Bordenstein, Peer Bork, Mya Breitbart, Guy R. Cochrane, Rebecca A. Daly, Christelle Desnues, Melissa B. Duhaime, Joanne B. Emerson, François Enault, Jed A. Fuhrman, Pascal Hingamp, Philip Hugenholtz, Bonnie L. Hurwitz, Natalia N. Ivanova, Jessica M. Labonté, Kyung-Bum Lee, Rex R. Malmstrom, Manuel Martinez-Garcia, Ilene Karsch Mizrachi, Hiroyuki Ogata, David Páez-Espino, Marie-Agnès Petit, Catherine Putonti, Thomas Rattei, Alejandro Reyes, Francisco Rodriguez-Valera, Karyna Rosario, Lynn Schriml, Frederik Schulz, Grieg F. Steward, Matthew B. Sullivan, Shinichi Sunagawa, Curtis A. Suttle, Ben Temperton, Susannah G. Tringe, Rebecca Vega Thurber, Nicole S. Webster, Katrine L. Whiteson, Steven W. Wilhelm, K. Eric Wommack, Tanja Woyke, Kelly C. Wrighton, Pelin Yilmaz, Takashi Yoshida, Mark J. Young, Natalya Yutin, Lisa Zeigler Allen, Nikos C. Kyrpides, Emiley A. Eloe-Fadrosh
- article
- Nature Biotechnology, Nature Publishing Group, 2019, 37 (1), pp.29-37. ⟨10.1038/nbt.4306⟩
- identifiant
- pasteur-01977322
- DOI
- DOI : 10.1038/nbt.4306
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- titre
- Gene Expression Changes and Community Turnover Differentially Shape the Global Ocean Metatranscriptome
- auteur
- Guillem Salazar, Lucas Paoli, Adriana Alberti, Jaime Huerta-Cepas, Hans-Joachim Ruscheweyh, Miguelangel Cuenca, Christopher Field, Luis Pedro Coelho, Corinne Cruaud, Stefan Engelen, Ann Gregory, Karine Labadie, Claudie Marec, Eric Pelletier, Marta Royo-Llonch, Simon Roux, Pablo Sánchez, Hideya Uehara, Ahmed Zayed, Georg Zeller, Margaux Carmichael, Céline Dimier, Joannie Ferland, Stefanie Kandels, Marc Picheral, Sergey Pisarev, Julie Poulain, Silvia Acinas, Marcel Babin, Peer Bork, Emmanuel Boss, Chris Bowler, Guy Cochrane, Colomban de Vargas, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Lionel Guidi, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Stefanie Kandels-Lewis, Lee Karp-Boss, Eric Karsenti, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Stephane Pesant, Nicole Poulton, Jeroen Raes, Christian Sardet, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Matthew Sullivan, Shinichi Sunagawa, Patrick Wincker
- article
- Cell, Elsevier, 2019, 179 (5), pp.1068-1083.e21. ⟨10.1016/j.cell.2019.10.014⟩
- identifiant
- hal-02964513
- DOI
- DOI : 10.1016/j.cell.2019.10.014
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-

- titre
- Dissecting the membrane lipid binding properties and lipase activity of Mycobacterium tuberculosis LipY domains
- auteur
- Pierre Santucci, Nabil Smichi, Sadia Diomandé, Isabelle Poncin, Vanessa Point, Hélène Gaussier, Jean‐françois Cavalier, Laurent Kremer, Stéphane Canaan
- article
- FEBS Journal, Wiley, 2019, ⟨10.1111/febs.14864⟩
- identifiant
- hal-02137694
- DOI
- DOI : 10.1111/febs.14864
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-

- titre
- Growth of an anaerobic sulfate-reducing bacterium sustained by oxygen respiratory energy conservation after O 2 -driven experimental evolution
- auteur
- Marine Schoeffler, Anne-Laure Gaudin, Fanny Ramel, Odile Valette, Yann Denis, Wagdi Ben Hania, Agnès Hirschler-Réa, Alain Dolla
- article
- Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2019, ⟨10.1111/1462-2920.14466⟩
- identifiant
- hal-01976026
- DOI
- DOI : 10.1111/1462-2920.14466
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-

- titre
- THE DIVERSITY OF CULTIVABLE HYDROCARBON-DEGRADING BACTERIA ISOLATED FROM CRUDE OIL CONTAMINATED SOIL AND SLUDGE FROM ARZEW REFINERY IN ALGERIA
- auteur
- Sonia Sekkour, Abdelkader Bekki, Zoulikha Bouchiba, Timothy Vogel, Elisabeth Navarro, Ing Sonia
- article
- Journal of Microbiology, Biotechnology and Food Sciences, Faculty of Biotechnology and Food Sciences, Slovak University of Agriculture in Nitra, 2019, 9 (1), pp.70-77. ⟨10.15414/jmbfs.2019.9.1.70-77⟩
- identifiant
- ird-02497490
- DOI
- DOI : 10.15414/jmbfs.2019.9.1.70-77
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-

- titre
- Bacterial Bioluminescence: Light Emission in Photobacterium phosphoreum Is Not Under Quorum-Sensing Control
- auteur
- Lisa Tanet, Christian Tamburini, Chloé Baumas, Marc Garel, Gwenola Simon, Laurie Casalot
- article
- Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, 10, ⟨10.3389/fmicb.2019.00365⟩
- identifiant
- hal-02055577
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2019.00365
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-

- titre
- Nervous-Like Circuits in the Ribosome Facts, Hypotheses and Perspectives
- auteur
- Y. Timsit, Daniel Bennequin
- article
- International Journal of Molecular Sciences, MDPI, 2019, ⟨10.3390/ijms20122911⟩
- identifiant
- hal-02390099
- DOI
- DOI : 10.3390/ijms20122911
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-
- titre
- Modicisalibacter
- auteur
- Ben-Ali-Gam Zouhair, Laurie Casalot, Marc Labat
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2019, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01717⟩
- identifiant
- hal-02884023
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01717
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-
Conference papers
- titre
- Ecological gradients as an evolutionary opportunity for Mediterranean biodiversity
- auteur
- Bruno Fady, Marc Bally, Alberte Bondeau, Francois Carlotti, Anne Chenuil, Wolfgang Cramer, Jean-Pierre Féral, Thierry Gauquelin, Anne-Christine Monnet, Séverine Thomas, France van Wambeke, D. Aurelle
- article
- OTMED Final Conference - What kind of environmental transition for the mediterranean region?, Oct 2019, Marseille, France
- identifiant
- hal-03024537
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-
Book sections
- titre
- The Human Virome
- auteur
- Alexia Bordigoni, Sebastien Halary, Christelle Desnues
- article
- Reference Module in Life Sciences, Elsevier, 2019, ⟨10.1016/B978-0-12-809633-8.20960-6⟩
- identifiant
- hal-02902342
- DOI
- DOI : 10.1016/B978-0-12-809633-8.20960-6
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-
- titre
- Cartographier les ressources pour gérer les priorités
- auteur
- Marie-Lise Sabrié, Thomas Mourier, Corinne Lavagne, V. Thivent, Isabelle Guérin, François Roubaud, Christophe Guilmoto, Mireille Razafindrakoto, Marc Pilon, Isabelle Léglise, Pierre Le Meur, Fatoumata Ouattara, Christian Seignobos, Pierre Chauveau, Eric Léonard, Dominique Guillaud, Alain Froment, Nelly Robin, Michel Agier, Sophie Bava, Annabel Desgrées Du Loû, Flore Gubert, Eric Delaporte, Gonzague Jourdain, Alexandre Dumont, Serge Trèche, Jacques Berger, Pierre Traissac, Valérie Delaunay, Vincent Robert, Frédéric Darriet, Cheikh Sokhna, Michel Cot, Martine Peeters, Eric Leroy, Alice Desclaux, Marc Hougard, Didier Paugy, Michel Boussinesq, Philippe Solano, Dorothée Missé, Louis-Clément Gouagna, Jean Lemesre, Anne-Laure Bañuls, Christophe E. Menkès, Morgan Mangeas, Benjamin Sultan, Thomas Condom, Marie Gosset, Serge Janicot, Jean Nocquet, Luc Le Pennec, Sébastien Hardy, Philippe Charvis, Yann Hello, Emmanuel Bonnet, Emilie Strady, David Point, Bernard Ollivier, Isabelle C. Biegala, Christian Feller, Christian Valentin, Eric Giraud, Eric Blanchart, Pierre Montoroi, Philippe Cecchi, Jean Albergel, Jean-Michel Vouillamoz, Vincent Simonneaux, Gil Boulet, Thierry Ruf, Geneviève Michon, Jean-Baptiste Boutrais, Laure Emperaire, Robin Duponnois, Philippe Boulanger, Eugénie Hébrard, Valerie Verdier, Boris Szurek, Bruno Le Ru, Paul-André Calatayud, Olivier Dangles, Frédérique Aberlenc, Sevastianos Roussos, Gauthier Dobigny, Marc Legendre, Daniel Gaertner, Pierre Chavance, Pascal Bach, Arnaud Bertrand, Jérôme Vialard, Jacques Merle, Bruno Voituriez, Bernard Bourlès, Pierrick Penven, Gil Mahe, Thierry Lebel, Luc Descroix, Pierre Chevallier, Stéphane Calmant, Bruno Turcq, Adrien Favreau, Jean-Louis Rajot, Raphaël Pelissier, Philippe Cury, Riccardo Rodolfo-Metalpa, Hervé De Tricornot, Frédéric Simard, Jean-François Etard, Bernard Taverne, Florence Fournet, Alexis Drogoul, Marc Souris, Monique Simier, Marie Bonnin, Alain Ghesquière, Serge Hamon, Yves Vigouroux, Sophie Gonzalez, Jean-François Molino, Geneviève Bourdy, Christian Moretti, Pierre Ottino Garanger, Francisco Valdez, Benoît Antheaume, Nicolas Gratiot
- article
- Science et développement durable : 75 ans de recherche au Sud, IRD, 2019, 978-2-7099-2737-6
- identifiant
- ird-02272452
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-
Directions of work or proceedings
- titre
- Science et développement durable : 75 ans de recherche au Sud
- auteur
- Marie-Lise Sabrié, Thomas Mourier, Corinne Lavagne, V. Thivent, Isabelle Guérin, François Roubaud, Christophe Guilmoto, Mireille Razafindrakoto, Marc Pilon, Isabelle Léglise, Pierre-Yves Le Meur, Fatoumata Ouattara, Christian Seignobos, Jean-Pierre Chauveau, Eric Léonard, Dominique Guillaud, Alain Froment, Nelly Robin, Michel Agier, Sophie Bava, Annabel Desgrées Du Loû, Flore Gubert, Eric Delaporte, Gonzague Jourdain, Alexandre Dumont, Serge Trèche, Jacques Berger, Pierre Traissac, Valérie Delaunay, Vincent Robert, Frédéric Darriet, Cheikh Sokhna, Michel Cot, Martine Peeters, Eric Leroy, Alice Desclaux, Jean-Marc Hougard, Didier Paugy, Michel Boussinesq, Philippe Solano, Dorothée Missé, Louis-Clément Gouagna, Jean-Loup Lemesre, Anne-Laure Bañuls, Christophe E. Menkès, Morgan Mangeas, Benjamin Sultan, Thomas Condom, Marielle Gosset, Serge Janicot, Jean Nocquet, Jean-Luc Le Pennec, Sébastien Hardy, Philippe Charvis, Yann Hello, Emmanuel Bonnet, Emilie Strady, David Point, Bernard Ollivier, Isabelle C. Biegala, Christian Feller, Christian Valentin, Eric Giraud, Eric Blanchart, Jean-Pierre Montoroi, Philippe Cecchi, Jean Albergel, Jean-Michel Vouillamoz, Vincent Simonneaux, Gilles Boulet, Thierry Ruf, Geneviève Michon, Jean-Baptiste Boutrais, Laure Emperaire, Robin Duponnois, Philippe Boulanger, Eugénie Hébrard, Valerie Verdier, Boris Szurek, Bruno Le Ru, Paul-André Calatayud, Olivier Dangles, Frédérique Aberlenc, Sevastianos Roussos, Gauthier Dobigny, Marc Legendre, Daniel Gaertner, Pierre Chavance, Pascal Bach, Arnaud Bertrand, Jérôme Vialard, Jacques Merle, Bruno Voituriez, Bernard Bourlès, Pierrick Penven, Thierry Lebel, Gil Mahe, Luc Descroix, Pierre Chevallier, Stéphane Calmant, Bruno Turcq, Adrien Favreau, Jean-Louis Rajot, Raphaël Pelissier, Philippe Cury, Riccardo Rodolfo-Metalpa, Hervé De Tricornot, Frédéric Simard, Jean-François Etard, Bernard Taverne, Florence Fournet, Alexis Drogoul, Marc Souris, Monique Simier, Marie Bonnin, Alain Ghesquière, Serge Hamon, Yves Vigouroux, Sophie Gonzalez, Jean-François Molino, Geneviève Bourdy, Christian Moretti, Pierre Ottino Garanger, Francisco Valdez, Benoît Antheaume, Nicolas Gratiot
- article
- IRD, 2019
- identifiant
- hal-02194504
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-
2018
Journal articles
-

- titre
- The nature of electron acceptor (MnIV/NO3) triggers differential expression of genes associated with stress and ammonium limitation responses in Shewanella algae C6G3
- auteur
- Axel Aigle, Patricia Bonin, Nicolas Fernandez -Nunez, Béatrice Loriod, Sophie Guasco, Aurélie Bergon, Fabrice Armougom, Chantal Iobbi-Nivol, Jean Imbert, Valerie Michotey
- article
- FEMS Microbiology Letters, Wiley-Blackwell, In press, ⟨10.1093/femsle/fny068⟩
- identifiant
- hal-01766209
- DOI
- DOI : 10.1093/femsle/fny068
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-
- titre
- Pleomorphochaeta naphthae sp. nov., a new anaerobic fermentative bacterium isolated from an oil field
- auteur
- Boussad Arroua, Régis Grimaud, Agnès Hirschler-Réa, Patrick Bouriat, Michel Magot, Laurent Urios, Anthony Ranchou-Peyruse
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2018, 68 (12), pp.3747-3753. ⟨10.1099/ijsem.0.003048⟩
- identifiant
- hal-02024167
- DOI
- DOI : 10.1099/ijsem.0.003048
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-

- titre
- Towards a congruent reclassification and nomenclature of the thermophilic species of the genus Pseudothermotoga within the order Thermotogales
- auteur
- Hassiba Belahbib, Zarath Summers, Marie-Laure Fardeau, Manon Joseph, Christian Tamburini, Alain Dolla, Bernard Ollivier, Fabrice Armougom
- article
- Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2018, 41 (6), pp.555-563. ⟨10.1016/J.SYAPM.2018.04.007⟩
- identifiant
- hal-01975970
- DOI
- DOI : 10.1016/J.SYAPM.2018.04.007
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-
- titre
- Abundance and diversity of prokaryotes in ephemeral hypersaline lake Chott El Jerid using Illumina Miseq sequencing, DGGE and qPCR assays
- auteur
- Manel Ben Abdallah, Fatma Karray, Najwa Kallel, Fabrice Armougom, Najla Mhiri, Marianne Quemeneur, Jean-Luc Cayol, Gaël Erauso, Sami Sayadi
- article
- Extremophiles, Springer Verlag, 2018, 22 (5), pp.811-823. ⟨10.1007/s00792-018-1040-9⟩
- identifiant
- hal-01981823
- DOI
- DOI : 10.1007/s00792-018-1040-9
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-
-

- titre
- Characterization of Desulfovibrio salinus sp. nov., a slightly halophilic sulfate-reducing bacterium isolated from a saline lake in Tunisia
- auteur
- Zouhaier Ben Ali Gam, Abdoulaye Thioye, Jean-Luc Cayol, Manon Joseph, Guy Fauque, Marc Labat
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2018, 68 (3), pp.715-720. ⟨10.1099/ijsem.0.002567⟩
- identifiant
- hal-01981629
- DOI
- DOI : 10.1099/ijsem.0.002567
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-
- titre
- Archaea: Microbial Candidates in Next-generation Probiotics Development
- auteur
- Jean-François Brugère, Wajdi Ben Hania, Marie-Edith Arnal, Céline Ribière, Nathalie Ballet, Pascal Vandeckerkove, Bernard Ollivier, Paul O’toole
- article
- Journal of Clinical Gastroenterology, Lippincott, Williams & Wilkins, 2018, 52, pp.S71-S73. ⟨10.1097/MCG.0000000000001043⟩
- identifiant
- hal-01981676
- DOI
- DOI : 10.1097/MCG.0000000000001043
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-

- titre
- A global ocean atlas of eukaryotic genes
- auteur
- Quentin Carradec, Eric Pelletier, Corinne da Silva, Adriana Alberti, Yoann Seeleuthner, Romain Blanc-Mathieu, Gipsi Lima-Mendez, Fabio Rocha, Leila Tirichine, Karine Labadie, Amos Kirilovsky, Alexis Bertrand, Stefan Engelen, Mohammed-Amin Madoui, Raphaël Méheust, Julie Poulain, Sarah Romac, Daniel Richter, Genki Yoshikawa, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Sarah Searson, Olivier Jaillon, Jean-Marc Aury, Eric Karsenti, Matthew Sullivan, Shinichi Sunagawa, Peer Bork, Fabrice Not, Pascal Hingamp, Jeroen Raes, Lionel Guidi, Hiroyuki Ogata, Colomban de Vargas, Daniele Iudicone, Chris Bowler, Patrick Wincker, Jean Weissenbach
- article
- Nature Communications, Nature Publishing Group, 2018, 9 (1), pp.373. ⟨10.1038/s41467-017-02342-1⟩
- identifiant
- cea-01874711
- DOI
- DOI : 10.1038/s41467-017-02342-1
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-
- titre
- Trace metal contamination as a toxic and structuring factor impacting ultraphytoplankton communities in a multicontaminated Mediterranean coastal area
- auteur
- Clément Cloclet, Cédric Garnier, Floriane Delpy, Dominique Jamet, Gaël Durrieu, Christophe Le Poupon, Marie Mayer, Benjamin Misson
- article
- Progress in Oceanography, Elsevier, 2018, 163, pp.196 - 213. ⟨10.1016/j.pocean.2017.06.006⟩
- identifiant
- hal-01791337
- DOI
- DOI : 10.1016/j.pocean.2017.06.006
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-
-

- titre
- Obligate sugar oxidation in Mesotoga spp., phylum Thermotogae , in the presence of either elemental sulfur or hydrogenotrophic sulfate-reducers as electron acceptor
- auteur
- Khaled Fadhlaoui, Wagdi Ben Hania, Fabrice Armougom, Manon Joseph, Marie-Laure Fardeau, Gaël Erauso, Gael Brasseur, Corinne Aubert, Moktar Hamdi, Céline Brochier-Armanet, Alain Dolla, Bernard Ollivier
- article
- Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2018, 20 (1), pp.281-292. ⟨10.1111/1462-2920.13995⟩
- identifiant
- hal-01976008
- DOI
- DOI : 10.1111/1462-2920.13995
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-
- titre
- Sporosalibacterium
- auteur
- Marie Laure Fardeau, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2018, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01447⟩
- identifiant
- hal-02883987
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01447
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-

- titre
- Diversity of rare and abundant prokaryotic phylotypes in the Prony hydrothermal field and comparison with other serpentinite-hosted ecosystems
- auteur
- Eléonore Frouin, Méline Bes, Bernard Ollivier, Marianne Quéméneur, Anne Postec, Didier Debroas, Fabrice Armougom, Gaël Erauso
- article
- Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2018, 9, ⟨10.3389/fmicb.2018.00102⟩
- identifiant
- hal-01734508
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2018.00102
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- titre
- Magmatism, serpentinization and life: Insights through drilling the Atlantis Massif (IODP Expedition 357)
- auteur
- Gretchen Früh-Green, Beth Orcutt, Stéphane Rouméjon, Marvin Lilley, Yuki Morono, Carol Cotterill, Sophie Green, Javier Escartin, Barbara John, Andrew Mccaig, Mathilde Cannat, Bénédicte Ménez, Esther Schwarzenbach, Morgan Williams, Morgan Morgan, Susan Lang, Matthew Schrenk, William Brazelton, Norikatsu Akizawa, Chiara Boschi, Kristina Dunkel, Marianne Quemeneur, Scott Whattam, Lisa Mayhew, Michelle Harris, Gaye Bayrakci, Jan-Hinrich Behrmann, Emilio Herrero-Bervera, Kirsten Hesse, Hai-Quan Liu, Amila Sandaruwan Ratnayake, Katrina Twing, Dominique Weis, Rui Zhao, Laura Bilenker
- article
- Lithos, Elsevier, 2018, 323, pp.137-155. ⟨10.1016/j.lithos.2018.09.012⟩
- identifiant
- hal-02024193
- DOI
- DOI : 10.1016/j.lithos.2018.09.012
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- titre
- A simple gas pressure manometer for measuring hydrogen production by hydrogenogenic cultures in serum bottles
- auteur
- Hana Gannoun, Lamia Ben Gaida, Rafika Saidi, Baligh Miladi, Moktar Hamdi, Hassib Bouallagui, Pierre-Pol Liebgott, Richard Auria
- article
- Process Biochemistry, Elsevier, 2018, 65, pp.157-163. ⟨10.1016/j.procbio.2017.10.011⟩
- identifiant
- hal-01629103
- DOI
- DOI : 10.1016/j.procbio.2017.10.011
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- titre
- Functional characterization and FTIR-based 3D modeling of full length and truncated forms of Scorpio maurus venom phospholipase A 2
- auteur
- Najeh Krayem, Goetz Parsiegla, Hélène Gaussier, Hanen Louati, Raida Jallouli, Pascal Mansuelle, Frédéric Carrière, Youssef Gargouri
- article
- Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects, Elsevier, 2018, 1862 (5), pp.1247-1261. ⟨10.1016/j.bbagen.2018.02.004⟩
- identifiant
- hal-01739569
- DOI
- DOI : 10.1016/j.bbagen.2018.02.004
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- titre
- The Physcomitrella patens chromosome-scale assembly reveals moss genome structure and evolution
- auteur
- Daniel Lang, Kristian Ullrich, Florent Murat, Jörg Fuchs, Jerry Jenkins, Fabian Haas, Carl Li, Guillaume Blanc, Heidrun Gundlach, Michiel van Bel, Rabea Meyberg, Cristina Vives, Jordi Morata, Aikaterini Symeonidi, Manuel Hiss, Wellington Muchero, Lee Kamisugi, Omar Saleh, Eva Decker, Nico van Gessel, Jane Grimwood, Richard Hayes, Sean Graham, Lee Gunter, Daniel Mcdaniel, Sebastian N.W. Hoernstein, Anders Larsson, Fay-Wei Li, Pierre-François Perroud, Jeremy Phillips, Priya Ranjan, Daniel Rokshar, Carl Rothfels, Lucas Schneider, Shengqiang Shu, Dennis Stevenson, Fritz Thümmler, Michael Tillich, Juan Villarreal Aguilar, Thomas Widiez, Gane Ka-Shu Wong, Ann Wymore, Yong Zhang, Andreas Zimmer, Ralph Quatrano, Klaus F.X. Mayer, David Goodstein, Josep Casacuberta, Klaas Vandepoele, Ralf Reski, Andrew Cuming, Gerald Tuskan, Florian Maumus, Jérôme Salse, Jeremy Schmutz, Stefan Rensing
- article
- Plant Journal, Wiley, 2018, 93 (3), pp.515 - 533. ⟨10.1111/tpj.13801⟩
- identifiant
- hal-01760352
- DOI
- DOI : 10.1111/tpj.13801
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- titre
- Degenerate PCR Primers to Reveal the Diversity of Giant Viruses in Coastal Waters
- auteur
- Yanze Li, Pascal Hingamp, Hiroyasu Watai, Hisashi Endo, Takashi Yoshida, Hiroyuki Ogata
- article
- Viruses, MDPI, 2018, 10 (9), pp.496. ⟨10.3390/v10090496⟩
- identifiant
- hal-01874850
- DOI
- DOI : 10.3390/v10090496
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-

- titre
- Bacterial diversity obtained by culturable approaches in the gut of Glossina pallidipes population from a non sleeping sickness focus in Tanzania: preliminary results
- auteur
- Imna Malele, Hamis Nyingilili, Eugen Lyaruu, Marc Tauzin, Bernard Ollivier, Jean-Luc Cayol, Marie-Laure Fardeau, Anne Geiger
- article
- BMC Microbiology, BioMed Central, 2018, 18 (S1), pp.811-823. ⟨10.1186/s12866-018-1288-3⟩
- identifiant
- hal-02053582
- DOI
- DOI : 10.1186/s12866-018-1288-3
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- titre
- IR spectroscopy analysis of pancreatic lipase-related protein 2 interaction with phospholipids: 2. Discriminative recognition of various micellar systems and characterization of PLRP2-DPPC-bile salt complexes
- auteur
- Eduardo Mateos-Diaz, Priscila Sutto-Ortiz, Moulay Sahaka, Deborah Byrne, Hélène Gaussier, Frédéric Carrière
- article
- Chemistry and Physics of Lipids, Elsevier, 2018, 211, pp.66-76. ⟨10.1016/j.chemphyslip.2017.11.012⟩
- identifiant
- hal-02325977
- DOI
- DOI : 10.1016/j.chemphyslip.2017.11.012
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- titre
- IR spectroscopy analysis of pancreatic lipase-related protein 2 interaction with phospholipids: 1. Discriminative recognition of mixed micelles versus liposomes
- auteur
- Eduardo Mateos-Diaz, Jean-Claude Bakala N’goma, Deborah Byrne, Sylvie Robert, Frédéric Carrière, Hélène Gaussier
- article
- Chemistry and Physics of Lipids, Elsevier, 2018, 211, pp.52-65. ⟨10.1016/j.chemphyslip.2017.02.005⟩
- identifiant
- hal-02325970
- DOI
- DOI : 10.1016/j.chemphyslip.2017.02.005
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- titre
- Taxon Richness of “Megaviridae” Exceeds those of Bacteria and Archaea in the Ocean
- auteur
- Tomoko Mihara, Hitoshi Koyano, Pascal Hingamp, Nigel Grimsley, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata
- article
- Microbes and environments / JSME, Nakanishi Printing Co, 2018, 33 (2), pp.162-171. ⟨10.1264/jsme2.me17203⟩
- identifiant
- hal-01978927
- DOI
- DOI : 10.1264/jsme2.me17203
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- titre
- Exploring the microbiome of the “star” freshwater diatom Asterionella formosa in a laboratory context
- auteur
- Kojadinovic-Sirinelli Mila, Villain Adrien, Puppo Carine, Fon Sing Sophie, Prioretti Laura, Hubert Pierre, Gérald Grégori, Zhang Yizhi, Sassi Jean-François, Claverie Jean-Michel, Guillaume Blanc, Brigitte Gontero
- article
- Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2018, 20 (10), pp.3601-3615. ⟨10.1111/1462-2920.14337⟩
- identifiant
- hal-01863990
- DOI
- DOI : 10.1111/1462-2920.14337
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- titre
- Specific enrichment of hyperthermophilic electroactive Archaea from deep-sea hydrothermal vent on electrically conductive support
- auteur
- Guillaume Pillot, Eléonore Frouin, Emilie Pasero, Anne Godfroy, Yannick Combet-Blanc, Sylvain Davidson, Pierre-Pol Liebgott
- article
- Bioresource Technology, Elsevier, 2018, 259, pp.304-311. ⟨10.1016/j.biortech.2018.03.053⟩
- identifiant
- hal-02049432
- DOI
- DOI : 10.1016/j.biortech.2018.03.053
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- titre
- Prokaryotic community successions and interactions in marine biofilms: the key role of Flavobacteriia
- auteur
- Thomas Pollet, Lyria Berdjeb, Cédric Garnier, Gaël Durrieu, Christophe Le Poupon, Benjamin Misson, Jean-François Briand
- article
- FEMS Microbiology Ecology, Wiley-Blackwell, 2018, 94 (6), ⟨10.1093/femsec/fiy083⟩
- identifiant
- hal-02024255
- DOI
- DOI : 10.1093/femsec/fiy083
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- titre
- Biodegradation of Emiliania huxleyi aggregates by a natural Mediterranean prokaryotic community under increasing hydrostatic pressure
- auteur
- Virginie Riou, Julien Para, Marc Garel, Catherine Guigue, Badr Al Ali, Chiara Santinelli, Dominique Lefèvre, Jean-Pierre Gattuso, Madeleine Goutx, Stephanie Jacquet, Frédéric A.C. Le Moigne, Kazuyo Tachikawa, Christian Tamburini
- article
- Progress in Oceanography, Elsevier, 2018, 163, pp.271-281. ⟨10.1016/j.pocean.2017.01.005⟩
- identifiant
- hal-01975994
- DOI
- DOI : 10.1016/j.pocean.2017.01.005
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-

- titre
- Biohydrogen production from hyperthermophilic anaerobic digestion of fruit and vegetable wastes in seawater: Simplification of the culture medium of Thermotoga maritima
- auteur
- Rafika Saidi, Pierre-Pol Liebgott, Hana Gannoun, Lamia Ben Gaïda, Baligh Miladi, Moktar Hamdi, Hassib Bouallagui, Richard Auria
- article
- Waste Management, Elsevier, 2018, 71, pp.474 - 484. ⟨10.1016/j.wasman.2017.09.042⟩
- identifiant
- hal-01728309
- DOI
- DOI : 10.1016/j.wasman.2017.09.042
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-

- titre
- Corrosion at the carbon steel-clay borehole water interface under anoxic alkaline and fluctuating temperature conditions
- auteur
- Michel Schlegel, Sophia Necib, Sylvie Daumas, Marc Labat, Cecile Blanc, Eddy Foy, Yannick Linard
- article
- Corrosion Science, Elsevier, 2018, 136, pp.70-90. ⟨10.1016/j.corsci.2018.02.052⟩
- identifiant
- cea-01736952
- DOI
- DOI : 10.1016/j.corsci.2018.02.052
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-
-

- titre
- Single-cell genomics of multiple uncultured stramenopiles reveals underestimated functional diversity across oceans
- auteur
- Yoann Seeleuthner, Samuel Mondy, Vincent Lombard, Quentin Carradec, Eric Pelletier, Marc Wessner, Jade Leconte, Jean-François Mangot, Julie Poulain, Karine Labadie, Ramiro Logares, Shinichi Sunagawa, Véronique de Berardinis, Marcel Salanoubat, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Sarah Searson, Stéphane Pesant, Nicole Poulton, Ramunas Stepanauskas, Peer Bork, Chris Bowler, Pascal Hingamp, Matthew Sullivan, Daniele Iudicone, Ramon Massana, Jean-Marc Aury, Bernard Henrissat, Eric Karsenti, Olivier Jaillon, Mike Sieracki, Colomban de Vargas, Patrick Wincker, Silvia G. Acinas, Emmanuel Boss, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Lee Karp-Boss, Uros Krzic, Fabrice Not, Jeroen Raes, Emmanuel G. Reynaud, Christian Sardet, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Jean Weissenbach, Didier Velayoudon
- article
- Nature Communications, Nature Publishing Group, 2018, 9, pp.310. ⟨10.1038/s41467-017-02235-3⟩
- identifiant
- hal-01771839
- DOI
- DOI : 10.1038/s41467-017-02235-3
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-

- titre
- Fate of petroleum hydrocarbons in bioturbated pristine sediments from Caleta Valdés (Patagonia Argentina): An ex situ bioassay
- auteur
- Julieta Sturla Lompré, Marina Nievas, Marcos Franco, Vincent Grossi, Agustina Ferrando, Cécile Militon, Franck Gilbert, Philippe Cuny, Georges Stora, Marcela Sepúlveda, José Luis Esteves, Marta Commendatore
- article
- Ecotoxicology and Environmental Safety, Elsevier, 2018, 162, pp.673-682. ⟨10.1016/j.ecoenv.2018.06.069⟩
- identifiant
- hal-02095651
- DOI
- DOI : 10.1016/j.ecoenv.2018.06.069
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-

- titre
- The Ocean Gene Atlas: exploring the biogeography of plankton genes online
- auteur
- Emilie Villar, Thomas Vannier, Caroline Vernette, Magali Lescot, Miguelangel Cuenca, Aurélien Alexandre, Paul Bachelerie, Thomas Rosnet, Eric Pelletier, Shinichi Sunagawa, Pascal Hingamp
- article
- Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2018, 46 (W1), pp.gky376. ⟨10.1093/nar/gky376⟩
- identifiant
- hal-01803597
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gky376
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- titre
- Locality and diel cycling of viral production revealed by a 24 h time course cross-omics analysis in a coastal region of Japan
- auteur
- Takashi Yoshida, Yosuke Nishimura, Hiroyasu Watai, Nana Haruki, Daichi Morimoto, Hiroto Kaneko, Takashi Honda, Keigo Yamamoto, Pascal Hingamp, Yoshihiko Sako, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata
- article
- ISME Journal, Nature Publishing Group, 2018, ⟨10.1038/s41396-018-0052-x⟩
- identifiant
- hal-01771838
- DOI
- DOI : 10.1038/s41396-018-0052-x
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- titre
- Salinity shifts in marine sediment: Importance of number of fluctuation rather than their intensities on bacterial denitrifying community
- auteur
- Imen Zaghmouri, Valérie Michotey, Fabrice Armougom, Sophie Guasco, Patricia Bonin
- article
- Marine Pollution Bulletin, Elsevier, 2018, 130, pp.76 - 83. ⟨10.1016/j.marpolbul.2018.03.020⟩
- identifiant
- hal-01735881
- DOI
- DOI : 10.1016/j.marpolbul.2018.03.020
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- titre
- Effect of acidic industrial efluent release on microbial diversity and trace metal dynamics during resuspension of coastal sediment
- auteur
- Hana Zouch, Léa Cabrol, Marc Tedetti, Sandrine Chifflet, Fatma Karray, Hatem Zaghden, Sami Sayadi, Marianne Quemeneur
- article
- Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2018, 9, ⟨10.3389/fmicb.2018.03103⟩
- identifiant
- hal-01976501
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2018.03103
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-
Conference papers
- titre
- Climate change and the evolutionary challenge of Mediterranean biodiversity
- auteur
- Marc Bally, Alberte Bondeau, Francois Carlotti, Anne Chenuil, Wolfgang Cramer, Thierry Gauquelin, Anne-Christine Monnet, Bruno Fady, Séverine Thomas, France van Wambeke, D. Aurelle
- article
- ESEB 2018 Evolution conference Montpellier, Aug 2018, Montpellier, France
- identifiant
- hal-02962496
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-
- titre
- Role of microorganisms in marine mercury cycling: current knowledge and future directions
- auteur
- Andrea Garcia Bravo, Claudia Cosio, Léa Cabrol, Benjamin Misson, Cynthia Gilmour, Marisol Goñi, Remy Guyoneaud, Marianne Quemeneur, Lars-Eric Heimbürger, Silvia G Acinas, Alexandre J. Poulain
- article
- MISTRALS Contamination & Pollution workshop, Nov 2018, Marseille, France
- identifiant
- hal-02173548
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Book sections
- titre
- Prokaryote/eukaryote dichotomy and bacteria/archaea/eukarya domains : two inseparable concepts
- auteur
- J.C. Bertrand, Pierre Caumette, P. Normand, Bernard Ollivier, T. Sime-Ngando
- article
- Bertrand, J.C. (ed.); Normand, P. (ed.); Ollivier, Bernard (ed.); Sime-Ngando, T. (ed.). Prokaryotes and evolution, Springer, p. 1-21, 2018, 978-3-319-99782-7. ⟨10.1007/978-3-319-99784-1_1⟩
- identifiant
- hal-02328632
- DOI
- DOI : 10.1007/978-3-319-99784-1_1
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-
- titre
- Evolutionary success of prokaryotes
- auteur
- J.C. Bertrand, P. Bonin, Bernard Ollivier, K. Alain, A. Godfroy, Nathalie Pradel, P. Normand
- article
- Bertrand, J.C. (ed.); Normand, P. (ed.); Ollivier, Bernard (ed.); Sime-Ngando, T. (ed.). Prokaryotes and evolution, Springer, pp.131-240, 2018, 978-3-319-99782-7. ⟨10.1007/978-3-319-99784-1_4⟩
- identifiant
- hal-02328653
- DOI
- DOI : 10.1007/978-3-319-99784-1_4
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-
- titre
- Importance of Prokaryotes in the Functioning and Evolution of the Present and Past Geosphere and Biosphere
- auteur
- Bernard Ollivier, Nina Zeyen, Grégoire Galès, Keyron Hickman-Lewis, Frédéric Gaboyer, Karim Benzerara, Frances Westall
- article
- Prokaryotes and Evolution, Springer International Publishing, pp.57-129, 2018, 978-3-319-99782-7. ⟨10.1007/978-3-319-99784-1_3⟩
- identifiant
- hal-02067819
- DOI
- DOI : 10.1007/978-3-319-99784-1_3
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-
- titre
- The evolution of living beings started with prokaryotes and in interaction with prokaryotes
- auteur
- T. Sime-Ngando, J.C. Bertrand, Didier Bogusz, J.F. Brugère, Claudine Franche, Marie-Laure Fardeau, Emilie Froussart, Anne Geiger, Maria Soledad Goñi Urriza, Bernard Ollivier, P. O'Toole
- article
- Bertrand, J.C. (ed.); Normand, P. (ed.); Ollivier, Bernard (ed.); Sime-Ngando (ed.). Prokaryotes and evolution, Springer, p. 241-338, 2018, 978-3-319-99782-7
- identifiant
- hal-02337509
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-
Books
- titre
- Prokaryotes and evolution
- auteur
- J.C. Bertrand, P. Normand, Bernard Ollivier, T. Sime Ngando
- article
- Springer, 396 p., 2018, 978-3-319-99782-7. ⟨10.1007/978-3-319-99784-1⟩
- identifiant
- hal-02328683
- DOI
- DOI : 10.1007/978-3-319-99784-1
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-
Poster communications
-

- titre
- Climate change and the evolutionary challenge of Mediterranean biodiversity
- auteur
- Bruno Fady, Alberte Bondeau, Marc Bally, Wolfgang Cramer, Thierry Gauquelin, Jean-Pierre Féral, Anne-Christine Monnet, Séverine Thomas, France van Wambeke, Anne Chenuil, Didier Aurelle
- article
- 2. Joint Congress on Evolutionary Biology (EVOLUTION 2018), Aug 2018, Montpellier, France. 2018
- identifiant
- hal-02737804
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-
2017
Journal articles
-

- titre
- Stacked search for time shifted high energy neutrinos from gamma ray bursts with the Antares neutrino telescope
- auteur
- S. Adrián-Martínez, A. Albert, M. Andre, M. Anghinolfi, G. Anton, M. Ardid, J. Aubert, B. Baret, J. Barrios-Marti, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, R. Bormuth, C. Bouwhuis, R. Bruijn, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, J. Carr, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, I. Dekeyser, A. Deschamps, G. de Bonis, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, D. Drouhin, A. Dumas, T. Eberl, D. Elsässer, A. Enzenhöfer, K. Fehn, I. Felis, P. Fermani, F. Folger, A. Fusco, S. Galatà, P. Gay, S. Geißelsöder, K. Geyer, V. Giordano, A. Gleixner, R. Gracia-Ruiz, K. Graf, S. Hallmann, H. van Haren, J. Heijboer, Y. Hello, J. Hernández-Rey, J. Hößl, J. Hofestädt, C. Hugon, C. James, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, U. Katz, D. Kießling, P. Kooijman, A. Kouchner, M. Kreter, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, Dominique Lefèvre, E. Leonora, S. Loucatos, M. Marcelin, A. Margiotta, A. Marinelli, J. Martínez-Mora, A. Mathieu, T. Michael, P. Migliozzi, A. Moussa, C. Müller, E. Nezri, E. Păvălaş, C. Pellegrino, C. Perrina, P. Piattelli, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, G. Riccobene, R. Richter, K. Roensch, M. Saldaña, D. Samtleben, A. Sanchez-Losa, M. Sanguineti, P. Sapienza, J. Schmid, J. Schnabel, F. Schüssler, T. Seitz, C. Sieger, M. Spurio, J. Steijger, Th. Stolarczyk, M. Taiuti, Christian Tamburini, A. Trovato, M. Tselengidou, C. Tönnis, B. Vallage, C. Vallee, V. van Elewyck, E. Visser, D. Vivolo, S. Wagner, J. Wilms, J. Zornoza, J. Zúñiga
- article
- European Physical Journal C: Particles and Fields, Springer Verlag (Germany), 2017, C77 (1), pp.20. ⟨10.1140/epjc/s10052-016-4496-8⟩
- identifiant
- hal-01621701
- DOI
- DOI : 10.1140/epjc/s10052-016-4496-8
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-

- titre
- Physiological and transcriptional approaches reveal connection between nitrogen and manganese cycles in Shewanella algae C6G3
- auteur
- Axel Aigle, Patricia Bonin, Chantal Iobbi-Nivol, Vincent Méjean, Valérie Michotey
- article
- Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, Scientific Reports 7, 7, ⟨10.1038/srep44725⟩
- identifiant
- hal-01493279
- DOI
- DOI : 10.1038/srep44725
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-
- titre
- Viral to metazoan marine plankton nucleotide sequences from the Tara Oceans expedition
- auteur
- Adriana Alberti, Julie Poulain, Stefan Engelen, Karine Labadie, Sarah Romac, Isabel Ferrera, Guillaume Albini, Jean-Marc Aury, Caroline Belser, Alexis Bertrand, Corinne Cruaud, Corinne da Silva, Carole Dossat, Frédérick Gavory, Shahinaz Gas, Guy Guy, Maud Haquelle, E'Krame Jacoby, Olivier Jaillon, Arnaud Lemainque, Eric Pelletier, Gaëlle Samson, Mark Wessner, Pascal Bazire, Odette Beluche, Laurie Bertrand, Marielle Besnard-Gonnet, Isabelle Bordelais, Magali Boutard, Maria Dubois, Corinne Dumont, Evelyne Ettedgui, Patricia Fernandez, Espérance Garcia, Nathalie Aiach, Thomas Guerin, Chadia Hamon, Élodie Brun, Sandrine Lebled, Patricia Lenoble, Claudine Louesse, Eric Mahieu, Barbara Mairey, Nathalie Martins, Catherine Megret, Claire Milani, Jacqueline Muanga, Céline Orvain, Emilie Payen, Peggy Perroud, Emmanuel Petit, Dominique Robert, Murielle Ronsin, Benoit Vacherie, Silvia Acinas, Marta Royo-Llonch, Francisco Cornejo-Castillo, Ramiro Logares, Beatriz Fernández-Gómez, Chris Bowler, Guy Cochrane, Clara Amid, Petra Ten Hoopen, Colomban de Vargas, Nigel Grimsley, Elodie Desgranges, Stefanie Kandels-Lewis, Hiroyuki Ogata, Nicole Poulton, Michael Sieracki, Ramunas Stepanauskas, Matthew Sullivan, Jennifer Brum, Melissa Duhaime, Bonnie Poulos, Bonnie Hurwitz, Peer Bork, Emmanuel Boss, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Lee Karp-Boss, Eric Karsenti, Fabrice Not, Stéphane Pesant, Jeroen Raes, Christian Sardet, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Shinichi Sunagawa, Patrick Wincker
- article
- Scientific Data , Nature Publishing Group, 2017, 4, ⟨10.1038/sdata.2017.93⟩
- identifiant
- hal-01771844
- DOI
- DOI : 10.1038/sdata.2017.93
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-
- titre
- Monitoring photo-oxidative and salinity-induced bacterial stress in the Canadian Arctic using specific lipid tracers
- auteur
- Remi Amiraux, Simon Belt, Frederic Vaultier, Virginie Galindo, Michel Gosselin, Patricia Bonin, Jean-Francois Rontani
- article
- Marine Chemistry, Elsevier, 2017, 194, pp.89-99. ⟨10.1016/j.marchem.2017.05.006⟩
- identifiant
- hal-02325940
- DOI
- DOI : 10.1016/j.marchem.2017.05.006
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-
- titre
- Virgibacillus ainsalahensis sp. nov., a Moderately Halophilic Bacterium Isolated from Sediment of a Saline Lake in South of Algeria
- auteur
- Meriam Amziane, Amel Darenfed-Bouanane, Ahmed Abderrahmani, Okba Selama, Lydia Jouadi, Jean-Luc Cayol, Farida Nateche, Marie-Laure Fardeau
- article
- Current Microbiology, Springer Verlag, 2017, 74 (2), pp.219 - 223. ⟨10.1007/s00284-016-1171-0⟩
- identifiant
- hal-01621699
- DOI
- DOI : 10.1007/s00284-016-1171-0
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-
-

- titre
- Characterization of the first cultured representative of a Bacteroidetes clade specialized on the scavenging of cyanobacteria
- auteur
- Wajdi Ben Hania, Manon Joseph, Boyke Bunk, Cathrin Sproer, Hans-Peter Klenk, Marie-Laure Fardeau, Stefan Spring
- article
- Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2017, 19 (3), pp.1134 - 1148. ⟨10.1111/1462-2920.13639⟩
- identifiant
- hal-01621708
- DOI
- DOI : 10.1111/1462-2920.13639
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- titre
- When riverine dissolved organic matter (DOM) meets labile DOM in coastal waters: changes in bacterial community activity and composition
- auteur
- Marine Blanchet, Olivier Pringault, Christos Panagiotopoulos, Dominique Lefèvre, Bruno Charrìère, Jean-François Ghiglione, Camila Fernandez, Fran L. Aparicio, Cèlia Marrasé, Philippe Catala, Louise Oriol, Jocelyne Caparros, Fabien Joux
- article
- Aquatic Sciences - Research Across Boundaries, Springer Verlag, 2017, 79 (1), pp.27-43. ⟨10.1007/s00027-016-0477-0⟩
- identifiant
- hal-01285402
- DOI
- DOI : 10.1007/s00027-016-0477-0
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- titre
- Characterization of recombinant Trypanosoma brucei gambiense Translationally Controlled Tumor Protein (r Tbg TCTP) and its interaction with Glossina midgut bacteria
- auteur
- Géraldine Bossard, Manon Bartoli, Marie-Laure Fardeau, Philippe Holzmuller, Bernard Ollivier, Anne Geiger
- article
- Gut microbes, Taylor & Francis, 2017, 8 (5), pp.413 - 427. ⟨10.1080/19490976.2017.1331833⟩
- identifiant
- hal-01621726
- DOI
- DOI : 10.1080/19490976.2017.1331833
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- titre
- Impact of heavy metal contamination on oxidative stress of Eisenia andrei and bacterial community structure in Tunisian mine soil
- auteur
- Iteb Boughattas, Sabrine Hattab, Hamadi Boussetta, Mohamed Banni, Elisabeth Navarro
- article
- Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2017, 24 (22), pp.18083-18095. ⟨10.1007/s11356-017-9449-8⟩
- identifiant
- ird-02497519
- DOI
- DOI : 10.1007/s11356-017-9449-8
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- titre
- Rapid Characterization of Microcystin-Producing Cyanobacteria in Freshwater Lakes by TSA-FISH (Tyramid Signal Amplification-Fluorescent In Situ Hybridization)
- auteur
- Luc Brient, Nihel Ben Gamra, Marine Periot, Marie Roumagnac, Perrine Zeller, Myriam Bormans, Annick Mejean, Olivier Ploux, Isabelle C. Biegala
- article
- Frontiers in Environmental Science, Frontiers, 2017, 5, pp.43. ⟨10.3389/fenvs.2017.00043⟩
- identifiant
- hal-01580363
- DOI
- DOI : 10.3389/fenvs.2017.00043
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-
- titre
- Inhibitory effects of sodium azide on microbial growth in experimental resuspension of marine sediment
- auteur
- Léa Cabrol, Marianne Quemeneur, Benjamin Misson
- article
- Journal of Microbiological Methods, Elsevier, 2017, 133, pp.62 - 65. ⟨10.1016/j.mimet.2016.12.021⟩
- identifiant
- ird-01647866
- DOI
- DOI : 10.1016/j.mimet.2016.12.021
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-

- titre
- Microbial ecology of fermentative hydrogen producing bioprocesses: useful insights for driving the ecosystem function
- auteur
- Léa Cabrol, Antonella Marone, Estela Tapia Venegas, Jean-Philippe Steyer, Gonzalo Ruiz-Filippi, Eric Trably
- article
- FEMS Microbiology Reviews, Wiley-Blackwell, 2017, 41 (2), pp.158-181. ⟨10.1093/femsre/fuw043⟩
- identifiant
- hal-01595278
- DOI
- DOI : 10.1093/femsre/fuw043
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- titre
- Regional and local environmental conditions do not shape the response to warming of a marine habitat-forming species
- auteur
- Carolina Crisci, J. -B. Ledoux, K. Mokhtar-Jamai, Marc Bally, N. Bensoussan, D. Aurelle, E. Cebrian, R. Coma, Jean-Pierre Féral, Marie La Riviere, C. Linares, P. Lopez-Sendino, C. Marschal, M. Ribes, N. Teixido, Frederic Zuberer, J. Garrabou
- article
- Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7 (1), pp.5069. ⟨10.1038/s41598-017-05220-4⟩
- identifiant
- hal-01591643
- DOI
- DOI : 10.1038/s41598-017-05220-4
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-
- titre
- Dental pulp as a source of low-contaminated DNA
- auteur
- Michel Drancourt, Gerard Aboudharam, Olivier Croce, Fabrice Armougom, Catherine Robert, Didier Raoult
- article
- Microbial Pathogenesis, Elsevier, 2017, 105, pp.63-67. ⟨10.1016/j.micpath.2017.02.007⟩
- identifiant
- hal-01521247
- DOI
- DOI : 10.1016/j.micpath.2017.02.007
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-
- titre
- Deep sediment resuspension and thick nepheloid layer generation by open-ocean convection
- auteur
- Xavier Durrieu de Madron, Simon Ramondenc, L. Berline, Loïc Houpert, A. Bosse, S. Martini, Lionel Guidi, Pascal Conan, Christian Curtil, N. Delsaut, Stéphane Kunesch, Jean-François Ghiglione, Patrick Marsaleix, Mireille Pujo-Pay, Tatiana Séverin, Pierre Testor, Christian Tamburini
- article
- Journal of Geophysical Research. Oceans, Wiley-Blackwell, 2017, 122 (3), pp.2291-2318. ⟨10.1002/2016JC012062⟩
- identifiant
- hal-02999866
- DOI
- DOI : 10.1002/2016JC012062
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-
- titre
- Defluviitalea
- auteur
- Marie Laure Fardeau, Anne Postec, Bernard Ollivier
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2017, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01386⟩
- identifiant
- hal-02884209
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01386
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-
- titre
- Defluviitaleaceae
- auteur
- Marie-Laure Fardeau, Anne Postec, Bernard Ollivier
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2017, ⟨10.1002/9781118960608.fbm00280⟩
- identifiant
- hal-02884206
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.fbm00280
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-
-

- titre
- Genome Sequence of Piezophilic Bacterium Desulfovibrio profundus Strain 500-1, Isolated from a Deep Sediment Layer in the Japan Sea
- auteur
- Stéphanie Fouteau, Thomas Guerin, Ghislaine Magdelenat, Marie Roumagnac, Manon Bartoli, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Valérie Barbe, Nathalie Pradel
- article
- Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2017, 5 (44), ⟨10.1128/genomeA.01181-17⟩
- identifiant
- hal-01728313
- DOI
- DOI : 10.1128/genomeA.01181-17
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-
-

- titre
- Comparative Genomics of Chrysochromulina Ericina Virus and Other Microalga-Infecting Large DNA Viruses Highlights Their Intricate Evolutionary Relationship with the Established Mimiviridae Family
- auteur
- Lucie Gallot-Lavallée, Guillaume Blanc, Jean-Michel Claverie
- article
- Journal of Virology, American Society for Microbiology, 2017, 91 (14), pp.230 - 247. ⟨10.1128/JVI.00230-17⟩
- identifiant
- hal-01622036
- DOI
- DOI : 10.1128/JVI.00230-17
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-
-

- titre
- A Glimpse of Nucleo-Cytoplasmic Large DNA Virus Biodiversity through the Eukaryotic Genomics Window
- auteur
- Lucie Gallot-Lavallée, Guillaume Blanc
- article
- Viruses, MDPI, 2017, 9 (1), ⟨10.3390/v9010017⟩
- identifiant
- hal-01622035
- DOI
- DOI : 10.3390/v9010017
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-
- titre
- Desulfobulbus aggregans sp. nov., a Novel Sulfate Reducing Bacterium Isolated from Marine Sediment from the Gulf of Gabes
- auteur
- Hanen Kharrat, Fatma Karray, Manon Bartoli, Wajdi Ben Hania, Najla Mhiri, Marie-Laure Fardeau, Feten Bennour, Lotfi Kamoun, Didier Alazard, Sami Sayadi
- article
- Current Microbiology, Springer Verlag, 2017, 74 (4), pp.449 - 454. ⟨10.1007/s00284-017-1211-4⟩
- identifiant
- hal-01621962
- DOI
- DOI : 10.1007/s00284-017-1211-4
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-
-

- titre
- Environmental Viral Genomes Shed New Light on Virus-Host Interactions in the Ocean
- auteur
- Yosuke Nishimura, Hiroyasu Watai, Takashi Honda, Tomoko Mihara, Kimiho Omae, Simon Roux, Romain Blanc-Mathieu, Keigo Yamamoto, Pascal Hingamp, Yoshihiko Sako, Matthew Sullivan, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata, Takashi Yoshida
- article
- MSphere, American Society for Microbiology., 2017, 2 (2), ⟨10.1128/mSphere.00359-16⟩
- identifiant
- hal-01771841
- DOI
- DOI : 10.1128/mSphere.00359-16
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-
-

- titre
- Transfer of Pseudomonas pictorum Gray and Thornton 1928 to genus Stenotrophomonas as Stenotrophomonas pictorum comb. nov., and emended description of the genus Stenotrophomonas
- auteur
- Aboubakar Sidiki Ouattara, Jean Le Mer, Manon Joseph, Hervé Macarie
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2017, 67 (6), pp.1894 - 1900. ⟨10.1099/ijsem.0.001880⟩
- identifiant
- ird-01563113
- DOI
- DOI : 10.1099/ijsem.0.001880
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-
- titre
- Desulfonatronum parangueonense sp. nov., a sulfate-reducing bacterium isolated from sediment of an alkaline crater lake
- auteur
- M.F. Pérez Bernal, E.M.S. Brito, Manon Bartoli, Johanne Aubé, M.-L. Fardeau, G.C. Rodriguez, B. Ollivier, R. Guyoneaud, Agnès Hirschler-Réa
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2017, 67 (12), pp.4999-5005. ⟨10.1099/ijsem.0.002399⟩
- identifiant
- hal-01679475
- DOI
- DOI : 10.1099/ijsem.0.002399
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-
-

- titre
- Mineralizing Filamentous Bacteria from the Prony Bay Hydrothermal Field Give New Insights into the Functioning of Serpentinization-Based Subseafloor Ecosystems
- auteur
- Céline Pisapia, Emmanuelle Gérard, Martine Gérard, Léna Lecourt, Susan Q. Lang, Bernard Pelletier, Claude Payri, Christophe Monnin, Linda Guentas, Anne Postec, Marianne Quéméneur, Gaël Erauso, Bénédicte Ménez
- article
- Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2017, 8, pp.57. ⟨10.3389/fmicb.2017.00057⟩
- identifiant
- hal-01484419
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2017.00057
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-
-

- titre
- Objection to the proposition of the new genus Abyssivirga
- auteur
- Anne Postec, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2017, 67 (1), pp.174. ⟨10.1099/ijsem.0.001601⟩
- identifiant
- hal-01622044
- DOI
- DOI : 10.1099/ijsem.0.001601
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-
- titre
- Desulfovibrio senegalensis sp. nov., a mesophilic sulfate reducer isolated from marine sediment
- auteur
- Abdoulaye Thioye, Zouhaier Ben Ali Gam, Malick Mbengue, Jean-Luc Cayol, Manon Joseph-Bartoli, Coumba Touré-Kane, Marc Labat
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2017, 67 (9), pp.3162 - 3166. ⟨10.1099/ijsem.0.001997⟩
- identifiant
- hal-01728316
- DOI
- DOI : 10.1099/ijsem.0.001997
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-
-

- titre
- Complete mitochondrial genome sequence of the freshwater diatom Asterionella formosa
- auteur
- Adrien Villain, Mila Kojadinovic, Carine Puppo, Laura Prioretti, Pierre Hubert, Gérald Grégori, Alain Roulet, Céline Roques, Jean-Michel Claverie, Brigitte Gontero, Guillaume Blanc, Yizhi Zhang
- article
- Mitochondrial DNA Part B Resources, Taylor & Francis Online, 2017, 2 (1), pp.97 - 98. ⟨10.1080/23802359.2017.1285210⟩
- identifiant
- hal-01760365
- DOI
- DOI : 10.1080/23802359.2017.1285210
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-
-

- titre
- Microbial Diversity in Sulfate-Reducing Marine Sediment Enrichment Cultures Associated with Anaerobic Biotransformation of Coastal Stockpiled Phosphogypsum (Sfax, Tunisia)
- auteur
- Hana Zouch, Fatma Karray, Fabrice Armougom, Sandrine Chifflet, Agnès Hirschler-Réa, Hanen Kharrat, Lotfi Kamoun, Wajdi Ben Hania, Bernard Ollivier, Sami Sayadi, Marianne Quéméneur
- article
- Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2017, 8, pp.1583 ⟨10.3389/fmicb.2017.01583⟩
- identifiant
- hal-01622007
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2017.01583
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-
Conference papers
- titre
- Assessment of oil weathering and impact in mangrove ecosystem: PRISME Experiment.
- auteur
- Ronan Jézéquel, Karine Duboscq, Léa Sylvi, Emma Michaud, Lise Millera Ferriz, Enora Roic, Robert Duran, Cristiana Cravo-Laureau, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Franck Gilbert, Marc Tedetti, Cécile Militon, Philippe Cuny
- article
- International Oil Spill Conference Proceedings 2017, May 2017, Long Beach, United States. pp.634-656, ⟨10.7901/2169-3358-2017.1.634⟩
- identifiant
- hal-02967246
- DOI
- DOI : 10.7901/2169-3358-2017.1.634
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-
Book sections
- titre
- Protocols for Subtidal and Deep-Sea Benthic Oil Spill Simulations
- auteur
- Philippe Cuny, Vincent Grossi, Cécile Militon, Christian Tamburini, Georges Stora, Franck Gilbert
- article
- McGenity, Terry J., Timmis, Kenneth N., Nogales Fernández, Balbina. Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols. Meso- and Microcosms, pp.91-102, 2017, 978-3-662-53108-2
- identifiant
- hal-02968434
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-
2016
Journal articles
- titre
- Optical and X-ray early follow-up of ANTARES neutrino alerts
- auteur
- S. Adrián-Martínez, M. Ageron, A. Albert, Imen Al Samarai, M. André, G. Anton, M. Ardid, J. -J. Aubert, B. Baret, J. Barrios-Marti, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, C. Bogazzi, R. Bormuth, M. Bou-Cabo, M. C. Bouwhuis, R. Bruijnk, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, J. Carr, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, I. Dekeyser, Anne Deschamps, G. de Bonis, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, D. Drouhin, Alexis Dumas, T. Eberl, D. Elsasser, A. Enzenhöfer, K. Fehn, I. Feis, P. Fermani, F. Folger, L. A. Fusco, S. Galatà, P. Gay, S. Geisselsoder, K. Geyer, V. Giordano, A. Gleixner, R. Gracia-Ruiz, K. Graf, H. Haren, A. J. Heijboer, Y. Hello, J. J. Hernandez-Rey, A. Herrero, J. Hossl, J. Hofestadt, C. Hugon, C. W. James, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, U. Katz, D. Kiessling, P. Kooijman, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, G. Lambard, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, E. Leonora, S. Loucatos, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martinez-Mora, S. Martini, A. Mathieu, T. Michael, P. Piattelli, P. Migliozzi, A. Moussa, C. Mueller, M. Neff, E. Nezri, G. E. Pavalas, C. Pellegrino, C. Perrina, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, G. Riccobene, R. Richter, K. Roensch, A. Rostovtsev, M. Saldana, D. F. E. Samtleben, M. Sanguinetiz, P. Sapienza, J. Schmid, J. Schnabel, S. Schulte, F. Schüssler, T. Seitz, C. Sieger, M. Spurio, J. J. M. Steijger, Th. Stolarczyk, A. Sanchez-Losa, M. Taiuti, Christian Tamburini, A. Trovato, M. Tselengidou, C. Tonnis, D. Turpin, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, M. Vecchi, E. Visser, D. Vivolo, S. Wagner, J. Wilms, J. D. Zornoza, J. Zúñiga, A. Klotz, M. Boer, A. Le van Suu, C. Akerlof, W. Zheng, P. Evans, N. Gehrels, J. Kennea, J. P. Osborne, D. M. Coward, Antares Collaboration
- article
- JOURNAL OF COSMOLOGY AND ASTROPARTICLE PHYSICS, 2016, ⟨10.1088/1475-7516/2016/02/062⟩
- identifiant
- hal-01441181
- DOI
- DOI : 10.1088/1475-7516/2016/02/062
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-
- titre
- Deciphering the adaptation strategies of Desulfovibrio piezophilus to hydrostatic pressure through metabolic and transcriptional analyses.
- auteur
- Amira Amrani, Jacques van Helden, Aurélie Bergon, Aicha Aouane, Wajdi Ben Hania, Christian Tamburini, Béatrice Loriod, Jean Imbert, Bernard Ollivier, Nathalie Pradel, Alain Dolla
- article
- Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2016, 8 (4), pp.520-6. ⟨10.1111/1758-2229.12427⟩
- identifiant
- hal-01410149
- DOI
- DOI : 10.1111/1758-2229.12427
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-
-

- titre
- Genomic Insights into a new Citrobacter koseri strain revealed gene exchanges with the virulence-associated Yersinia pestis pPCP1 plasmid
- auteur
- Fabrice Armougom, Idir Bitam, Olivier Croce, Vicky Merhej, Lina Barassi, Ti-Thien Nguyen, Bernard La Scola, Didier Raoult
- article
- Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2016, 7, pp.340. ⟨10.3389/fmicb.2016.00340⟩
- identifiant
- hal-01459560
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2016.00340
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-
- titre
- The impact of long-term hydrocarbon exposure on the structure, activity, and biogeochemical functioning of microbial mats
- auteur
- Johanne Aubé, Pavel Senin, Olivier Pringault, Patricia Bonin, Bruno Deflandre, Olivier Bouchez, Noëlle Bru, Edurne Biritxinaga-Etchart, Christophe Klopp, Rémy Guyoneaud, Marisol Goñi-Urriza
- article
- Marine Pollution Bulletin, Elsevier, 2016, 111 (1-2), pp.115-125. ⟨10.1016/j.marpolbul.2016.07.023⟩
- identifiant
- ird-02048573
- DOI
- DOI : 10.1016/j.marpolbul.2016.07.023
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-
- titre
- Hydrogen production by the hyperthermophilic bacterium Thermotoga maritima Part II: modeling and experimental approaches for hydrogen production
- auteur
- Richard Auria, Celine Boileau, Sylvain Davidson, Laurence Casalot, Pierre Christen, Pierre-Pol Liebgott, Yannick Combet-Blanc
- article
- Biotechnology for Biofuels, BioMed Central, 2016, 9, ⟨10.1186/s13068-016-0681-0⟩
- identifiant
- hal-01443222
- DOI
- DOI : 10.1186/s13068-016-0681-0
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-
- titre
- Prokaryotic diversity in a Tunisian hypersaline lake, Chott El Jerid
- auteur
- Manel Ben Abdallah, Fatma Karray, Najla Mhiri, Nan Mei, Marianne Quemeneur, Jean-Luc Cayol, Gaël Erauso, Jean-Luc Tholozan, Didier Alazard, Sami Sayadi
- article
- Extremophiles, Springer Verlag, 2016, 20 (2), pp.125-138. ⟨10.1007/s00792-015-0805-7⟩
- identifiant
- hal-01437952
- DOI
- DOI : 10.1007/s00792-015-0805-7
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-
- titre
- Reclassification of Anaerobaculum mobile, Anaerobaculum thermoterrenum, Anaerobaculum hydrogeniformans as Acetomicrobium mobile comb. nov., Acetomicrobium thermoterrenum comb. nov and Acetomicrobium hydrogeniformans comb. nov., respectively, and emendation of the genus Acetomicrobium
- auteur
- Wajdi Ben Hania, Amel Bouanane-Darenfed, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2016, 66, pp.1506-1509. ⟨10.1099/ijsem.0.000910⟩
- identifiant
- hal-01438759
- DOI
- DOI : 10.1099/ijsem.0.000910
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-
- titre
- Desulfotomaculum aquiferis sp nov and Desulfotomaculum profundi sp nov., isolated from a deep natural gas storage aquifer
- auteur
- Sabrina Berlendis, Magali Ranchou-Peyruse, Marie-Laure Fardeau, Jean-Francois Lascourreges, Manon Joseph, Bernard Ollivier, Thomas Auello, David Dequidt, Michel Magot, Anthony Ranchou-Peyruse
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2016, 66 (11), pp.4329-4338. ⟨10.1099/ijsem.0.001352⟩
- identifiant
- hal-01443240
- DOI
- DOI : 10.1099/ijsem.0.001352
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-
- titre
- Hydrogen production by the hyperthermophilic bacterium Thermotoga maritima part I: effects of sulfured nutriments, with thiosulfate as model, on hydrogen production and growth
- auteur
- Celine Boileau, Richard Auria, Sylvain Davidson, Laurence Casalot, Pierre Christen, Pierre-Pol Liebgott, Yannick Combet-Blanc
- article
- Biotechnology for Biofuels, BioMed Central, 2016, 9, ⟨10.1186/s13068-016-0678-8⟩
- identifiant
- hal-01443237
- DOI
- DOI : 10.1186/s13068-016-0678-8
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-
- titre
- Novel serine keratinase from Caldicoprobacter algeriensis exhibiting outstanding hide dehairing abilities.
- auteur
- Khelifa Bouacem, Amel Bouanane-Darenfed, Nadia Zaraî Jaouadi, Manon Joseph, Hocine Hacene, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau, Samir Bejar, Bassem Jaouadi
- article
- International Journal of Biological Macromolecules, Elsevier, 2016, 86, pp.321-8. ⟨10.1016/j.ijbiomac.2016.01.074⟩
- identifiant
- hal-01439233
- DOI
- DOI : 10.1016/j.ijbiomac.2016.01.074
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-
- titre
- Molecular microbiology methods for environmental diagnosis
- auteur
- T. Bouchez, A. Blieux, S. Dequiedt, I. Domaizon, A. Dufresne, S. Ferreira, J. Godon, J. Hellal, C. Joulian, A. Quaiser, F. Martin-Laurent, A. Mauffret, J. Monier, P. Peyret, P. Schmitt-Koplin, O. Sibourg, E. D’oiron, A. Bispo, I. Deportes, C. Grand, Philippe Cuny, A. Maron, L. Ranjard
- article
- Environmental Chemistry Letters, Springer Verlag, 2016, 14 (4), pp.423-441. ⟨10.1007/s10311-016-0581-3⟩
- identifiant
- hal-02065518
- DOI
- DOI : 10.1007/s10311-016-0581-3
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-
- titre
- Novel species and expanded distribution of ellipsoidal multicellular magnetotactic prokaryotes
- auteur
- Yi-Ran Chen, Wen-Yan Zhang, Ke Zhou, Hong-Miao Pan, Hai-Jian Du, Cong Xu, Jian-Hong Xu, Nathalie Pradel, Claire-Lise Santini, Jin-Hua Li, Hui Huang, Yong-Xin Pan, Tian Xiao, Long-Fei Wu
- article
- Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2016, 8 (2), pp.218--226. ⟨10.1111/1758-2229.12371⟩
- identifiant
- hal-01440767
- DOI
- DOI : 10.1111/1758-2229.12371
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-
- titre
- Oil removal and effects of spilled oil on active microbial communities in close to salt-saturation brines.
- auteur
- Yannick Corsellis, Marc M Krasovec, Lea Sylvi, Philippe Cuny, Cécile Militon
- article
- Extremophiles, Springer Verlag, 2016, pp.26955981. ⟨10.1007/s00792-016-0818-x⟩
- identifiant
- hal-01435956
- DOI
- DOI : 10.1007/s00792-016-0818-x
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-
- titre
- Balneicella halophila gen. nov., sp nov., an anaerobic bacterium, isolated from a thermal spring and description of Balneicellaceae fam. nov.
- auteur
- Khaled Fadhlaoui, Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2016, 66 (11), pp.4692-4696. ⟨10.1099/ijsem.0.001412⟩
- identifiant
- hal-01443241
- DOI
- DOI : 10.1099/ijsem.0.001412
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-
- titre
- Denitrification activity in mangrove sediments varies with associated vegetation
- auteur
- Sheryl Oliveira Fernandes, Pinky Dutta, Maria-Judith Gonsalves, Patricia C. Bonin, P. A. Lokabharathi
- article
- Ecological Engineering, Elsevier, 2016, 95, pp.671-681. ⟨10.1016/j.ecoleng.2016.06.102⟩
- identifiant
- hal-01443226
- DOI
- DOI : 10.1016/j.ecoleng.2016.06.102
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-
- titre
- Coupling of bacterial nitrification with denitrification and anammox supports N removal in intertidal sediments (Arcachon Bay, France)
- auteur
- Sheryl Fernandes, Cedric Javanaud, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Pierre Anschutz, Patricia Bonin
- article
- Estuarine, Coastal and Shelf Science, Elsevier, 2016, 179, pp.39-50. ⟨10.1016/j.ecss.2015.10.009⟩
- identifiant
- hal-01408734
- DOI
- DOI : 10.1016/j.ecss.2015.10.009
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-
-

- titre
- Preservation of ancestral Cretaceous microflora recovered from a hypersaline oil reservoir
- auteur
- Gregoire Gales, Nicolas Tsesmetzis, Isabel Neria, Didier Alazard, Stéphanie Coulon, Bart P. Lomans, Dominique Morin, Bernard Ollivier, Jean Borgomano, Catherine Joulian
- article
- Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6, ⟨10.1038/srep22960⟩
- identifiant
- hal-01443597
- DOI
- DOI : 10.1038/srep22960
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-
- titre
- Thermanaeromonas burensis sp nov., a thermophilic anaerobe isolated from a subterranean clay environment
- auteur
- Zouhaier Ben Ali Gam, Sylvie Daumas, Laurie Casalot, Manon Bartoli-Joseph, Sophia Necib, Yannick Linard, Marc Labatt
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2016, 66, pp.445-449. ⟨10.1099/ijsem.0.000739⟩
- identifiant
- hal-01409620
- DOI
- DOI : 10.1099/ijsem.0.000739
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-

- titre
- Plankton networks driving carbon export in the oligotrophic ocean
- auteur
- Lionel Guidi, Samuel Chaffron, Lucie Bittner, Damien Eveillard, Abdelhalim Larhlimi, Simon Roux, Youssef Darzi, Stéphane Audic, L. Berline, Jennifer R. Brum, Luis Pedro Coelho, Julio Cesar Ignacio Espinoza, Shruti Malviya, Shinichi Sunagawa, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Julie Poulain, Sarah Searson, Lars Stemmann, Fabrice Not, Pascal Hingamp, Sabrina Speich, Mick Follows, Lee Karp-Boss, Emmanuel Boss, Hiroyuki Ogata, Stephane Pesant, Jean Weissenbach, Patrick Wincker, Silvia G. Acinas, Peer Bork, Daniele Iudicone, Matthew B. Sullivan, Jeroen Raes, Eric Karsenti, Chris Bowler, Gabriel Gorsky
- article
- Nature, Nature Publishing Group, 2016, 532, pp.465-470. ⟨10.1038/nature16942⟩
- identifiant
- hal-01275276
- DOI
- DOI : 10.1038/nature16942
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-
-

- titre
- Bacterial ecology of abattoir wastewater treated by an anaerobic digestor
- auteur
- Linda Jabari, Hana Gannoun, Eltaief Khelifi, Jean-Luc Cayol, Jean-Jacques Godon, Moktar Hamdi, Marie-Laure Fardeau
- article
- Brazilian Journal of Microbiology, Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2016, 47 (1), pp.73-84. ⟨10.1016/j.bjm.2015.11.029⟩
- identifiant
- hal-02633155
- DOI
- DOI : 10.1016/j.bjm.2015.11.029
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-
- titre
- The chimeric nature of the genomes of marine magnetotactic coccoid-ovoid bacteria defines a novel group of Proteobacteria.
- auteur
- Boyang Ji, Sheng-Da Zhang, Wei-Jia Zhang, Zoe Rouy, François Alberto, Claire-Lise Santini, Sophie Mangenot, Séverine Gagnot, Nadège Philippe, Nathalie Pradel, Lichen Zhang, Sébastien Tempel, Ying Li, Claudine Médigue, Bernard Henrissat, Pedro M Coutinho, Valérie Barbe, Emmanuel Talla, Long-Fei Wu
- article
- Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2016, pp.doi: 10.1111/1462-2920.13637. ⟨10.1111/1462-2920.13637⟩
- identifiant
- hal-01410134
- DOI
- DOI : 10.1111/1462-2920.13637
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-
- titre
- Localization of endobacteria in the gastrodermis of a Mediterranean gorgonian coral, Paramuricea clavata, using fluorescence in situ hybridization
- auteur
- Marie La Riviere, Marc Garel, Marc Bally
- article
- Marine Biology, Springer Verlag, 2016, 163, ⟨10.1007/s00227-016-2975-y⟩
- identifiant
- hal-01365605
- DOI
- DOI : 10.1007/s00227-016-2975-y
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- titre
- Reverse transcriptase genes are highly abundant and transcriptionally active in marine plankton assemblages
- auteur
- Magali Lescot, Pascal Hingamp, Kenji Kojima, Emilie Villar, Sarah Romac, Alaguraj Veluchamy, Martine Boccara, Olivier Jaillon, Daniele Iudicone, Chris Bowler, Patrick Wincker, Jean-Michel Claverie, Hiroyuki Ogata
- article
- ISME Journal, Nature Publishing Group, 2016, 10 (5), pp.1134-1146. ⟨10.1038/ismej.2015.192⟩
- identifiant
- hal-02964380
- DOI
- DOI : 10.1038/ismej.2015.192
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-
- titre
- Bacteria as part of bioluminescence emission at the deep ANTARES station (North-Western Mediterranean Sea) during a one-year survey
- auteur
- Severine Martini, Valerie Michotey, Laurie Casalot, Patricia Bonin, Sophie Guasco, Marc Garel, Christian Tamburini
- article
- Deep-Sea Research, 2016, 116, pp.33-40. ⟨10.1016/j.dsr.2016.07.014⟩
- identifiant
- hal-01408722
- DOI
- DOI : 10.1016/j.dsr.2016.07.014
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-
- titre
- Mobilisporobacter senegalensis gen. nov., sp nov., an anaerobic bacterium isolated from tropical shea cake
- auteur
- Malick Mbengue, Abdoulaye Thioye, Marc Labat, Laurie Casalot, Manon Joseph, Abdoulaye Samb, Zouhaier Ben Ali Gam
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2016, 66, pp.1383-1388. ⟨10.1099/ijsem.0.000889⟩
- identifiant
- hal-01409621
- DOI
- DOI : 10.1099/ijsem.0.000889
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- titre
- Serpentinicella alkaliphila gen. nov., sp. nov., a novel alkaliphilic anaerobic bacterium isolated from the serpentinite-hosted Prony hydrothermal field, New Caledonia.
- auteur
- Nan Mei, Anne Postec, Gaël Erauso, Manon Joseph, Bernard Pelletier, Claude Payri, Bernard Ollivier, Marianne Quemeneur
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2016, 66 (11), pp.4464-4470. ⟨10.1099/ijsem.0.001375⟩
- identifiant
- hal-01436930
- DOI
- DOI : 10.1099/ijsem.0.001375
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-
-

- titre
- Metagenomic and PCR-Based Diversity Surveys of [FeFe]-Hydrogenases Combined with Isolation of Alkaliphilic Hydrogen-Producing Bacteria from the Serpentinite-Hosted Prony Hydrothermal Field, New Caledonia
- auteur
- Nan Mei, Anne Postec, Christophe Monnin, Bernard Pelletier, Claude Payri, Bénédicte Ménez, Eléonore Frouin, Bernard Ollivier, Gaël Erauso, Marianne Quéméneur
- article
- Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2016, 7, pp.1301. ⟨10.3389/fmicb.2016.01301⟩
- identifiant
- insu-01473338
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2016.01301
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-
- titre
- Linking Virus Genomes with Host Taxonomy.
- auteur
- Tomoko Mihara, Yosuke Nishimura, Yugo Shimizu, Hiroki Nishiyama, Genki Yoshikawa, Hideya Uehara, Pascal Hingamp, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata
- article
- AIDS Research and Human Retroviruses, Mary Ann Liebert, 2016, 8 (3), pp.66. ⟨10.3390/v8030066⟩
- identifiant
- hal-01435950
- DOI
- DOI : 10.3390/v8030066
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-
- titre
- Metatranscriptomes of oil-contaminated marine coastal sediment affected by oil addition and/or by the bioturbating activity of the marine polychaete Hediste diversicolor: Who are the microbial players?
- auteur
- Cécile Militon, Alexandre Atkinson, Valerie Michotey, Celine Jeziorski, Cristiana Cravo-Laureau, Robert Duran, Patricia Bonin, Philippe Cuny
- article
- Marine Genomics, Elsevier, 2016, 29, pp.55-59. ⟨10.1016/j.margen.2016.06.006⟩
- identifiant
- hal-01408732
- DOI
- DOI : 10.1016/j.margen.2016.06.006
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- titre
- Neuron-Like Networks Between Ribosomal Proteins Within the Ribosome
- auteur
- Olivier Poirot, Y. Timsit
- article
- Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6 (1), ⟨10.1038/srep26485⟩
- identifiant
- hal-01816591
- DOI
- DOI : 10.1038/srep26485
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Analysis of a population of magnetotactic bacteria of the Gulf of Gabes, Tunisia
- auteur
- Nathalie Pradel, Jean-Luc Cayol, Marie-Laure Fardeau, Fatma Karray, Sami Sayadi, Didier Alazard, Bernard Ollivier
- article
- Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2016, 23 (5), pp.4046-4053. ⟨10.1007/s11356-015-4314-0⟩
- identifiant
- hal-01443600
- DOI
- DOI : 10.1007/s11356-015-4314-0
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-
- titre
- Magnetotactic bacteria population in a pristine French Atlantic lagoon.
- auteur
- Nathalie Pradel, Maxime Fuduche, Bernard Ollivier
- article
- Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2016, 23 (1), pp.691-7. ⟨10.1007/s11356-015-5322-9⟩
- identifiant
- hal-01435958
- DOI
- DOI : 10.1007/s11356-015-5322-9
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-
- titre
- Bacterial community structure and functional arrA gene diversity associated with arsenic reduction and release in an industrially contaminated soil
- auteur
- Marianne Quéméneur, Françis Garrido, Patrick Billard, Dominique Breeze, Corinne Leyval, Michel Jauzein, Catherine Joulian
- article
- Geomicrobiology Journal, Taylor & Francis, 2016, 33 (10), pp.839-849. ⟨10.1080/01490451.2015.1118167⟩
- identifiant
- insu-01292649
- DOI
- DOI : 10.1080/01490451.2015.1118167
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-

- titre
- Impact of an intense water column mixing (0-1500 m) on prokaryotic diversity and activities during an open-ocean convection event in the NW Mediterranean Sea
- auteur
- Tatiana Severin, Caroline Sauret, Mehdi Boutrif, Thomas Duhaut, Fayçal Kessouri, Louise Oriol, Jocelyne Caparros, Mireille Pujo-Pay, Xavier Durrieu de Madron, Marc Garel, Christian Tamburini, Pascal Conan, Jean-François Ghiglione
- article
- Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2016, 18 (12), pp.4378 - 4390. ⟨10.1111/1462-2920.13324⟩
- identifiant
- hal-01480373
- DOI
- DOI : 10.1111/1462-2920.13324
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-
- titre
- Genomic and physiological analysis reveals versatile metabolic capacity of deep-sea Photobacterium phosphoreum ANT-2200.
- auteur
- Sheng-Da Zhang, Claire-Lise Santini, Wei-Jia Zhang, Valérie Barbe, Sophie Mangenot, Charlotte Guyomar, Marc Garel, Hai-Tao Chen, Xue-Gong Li, Qun-Jian Yin, Yuan Zhao, Jean Armengaud, Jean-Charles Gaillard, Severine Martini, Nathalie Pradel, Claude Vidaud, François Alberto, Claudine Médigue, Christian Tamburini, Long-Fei Wu
- article
- Extremophiles life under extreme conditions, 2016, 20 (3), pp.301-10. ⟨10.1007/s00792-016-0822-1⟩
- identifiant
- hal-01410136
- DOI
- DOI : 10.1007/s00792-016-0822-1
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-
Conference papers
- titre
- Microbiology of shallow subsurface aquifer and carbonate rocks studied by culture-dependent and culture-independent methods. Preliminary results on an underground laboratory, the LSBB, Rustrel, France
- auteur
- Gregoire Gales, Gaël Erauso, Jean-Luc Cayol, David Navarro, Daniel Boyer, Gilles Micolau
- article
- 6. International Conference on Inter-Disciplinary Underground Science and Technology (-DUST), Jun 2016, Avignon, France. pp.5, ⟨10.1051/e3sconf/20161205002⟩
- identifiant
- hal-01594526
- DOI
- DOI : 10.1051/e3sconf/20161205002
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-
- titre
- Life in deep subsurface
- auteur
- Gregoire Gales, Gaël Erauso
- article
- I-DUST 2016 - INTER-DISCIPLINARY UNDERGROUND SCIENCE & TECHNOLOGY, 2016, Unknown, Unknown Region. ⟨10.1051/e3sconf/20161205001⟩
- identifiant
- hal-01758948
- DOI
- DOI : 10.1051/e3sconf/20161205001
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-
- titre
- Fate and Impact of Oil in Mangrove Ecosystem PRISME Experiment
- auteur
- Ronan Jézéquel, Karine Duboscq, Lea Sylvi, Emma Michaud, Lise Millera Ferriz, Robert Duran, Cristiana Cravo-Laureau, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Gilbert Franck, Marc Tedetti, Cécile Militon, Philippe Cuny
- article
- AMOP Technical Seminar, Environment and Climate Change Canada, Ottawa, ON, 2016., Jun 2016, Halifax, Canada
- identifiant
- hal-02968524
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-
2015
Journal articles
- titre
- Draft-genome sequence of Shewanella algae strain C6G3
- auteur
- Axel Aigle, Valerie Michotey, Patricia Bonin
- article
- Standards in Genomic Sciences, 2015, 43 (10), pp.10.1186/s40793-015-0022-0. ⟨10.1186/s40793-015-0022-0⟩
- identifiant
- hal-01194459
- DOI
- DOI : 10.1186/s40793-015-0022-0
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-
- titre
- Aminomonas
- auteur
- Sandra Baena, Jean-Louis Garcia, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01251⟩
- identifiant
- hal-02981993
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01251
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-
- titre
- Aminobacterium
- auteur
- Sandra Baena, Jean-Louis Garcia, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01253⟩
- identifiant
- hal-02983507
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01253
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-
- titre
- Characterization of Alkaliphilus hydrothermalis sp. nov., a novel alkaliphilic anaerobic bacterium, isolated from a carbonaceous chimney of the Prony hydrothermal field, New Caledonia,
- auteur
- F. Ben Aissa, Anne Postec, Gaël Erauso, C. Payri, B. Pelletier, M. Hamdi, M-Laure Fardeau, B. Ollivier
- article
- Extremophiles, Springer Verlag, 2015, 19 (1), pp.183-188. ⟨10.1007/s00792-014-0697-y⟩
- identifiant
- hal-01362364
- DOI
- DOI : 10.1007/s00792-014-0697-y
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-
- titre
- Draft genome sequence of Mesotoga strain PhosAC3, a mesophilic member of the bacterial order Thermotogales, isolated from a digestor treating phosphogypsum in Tunisia
- auteur
- Wajdi Ben Hania, Khaled Fadhlaoui, Céline Brochier-Armanet, Cecile Persillon, Anne Postec, Moktar Hamdi, Alain Dolla, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau, Jean Le Mer, Gaël Erauso
- article
- Standards in Genomic Sciences, 2015, 10, ⟨10.1186/1944-3277-10-12⟩
- identifiant
- hal-01452069
- DOI
- DOI : 10.1186/1944-3277-10-12
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-
- titre
- Acetoanaerobium pronyense sp. nov., an anaerobic alkaliphilic bacterium isolated from the Prony alkaline Hydrothermal Field in New Caledonia.
- auteur
- Meline Bes, Mériem Merrouch, Manon Joseph, Marianne Quemeneur, Claude Payri, Bernard Pelletier, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau, Gaël Erauso, Anne Postec
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2015, pp.10.1099/ijs.0.000307. ⟨10.1099/ijs.0.000307⟩
- identifiant
- hal-01177195
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.000307
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-
- titre
- Mahella
- auteur
- M Bonillas-Salinas, Bernard Ollivier, Bkc Patel, Jean-Luc Cayol
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00758⟩
- identifiant
- hal-02981979
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.gbm00758
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-
-

- titre
- Substrates specialization in lipid compounds and hydrocarbons of Marinobacter genus.
- auteur
- Patricia Bonin, Christophe Vieira, Régis Grimaud, Cécile Militon, Philippe Cuny, Oscar Lima, Sophie Guasco, Corina P D Brussaard, Valerie Michotey
- article
- Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (20), pp.15347-15359. ⟨10.1007/s11356-014-4009-y⟩
- identifiant
- hal-01201711
- DOI
- DOI : 10.1007/s11356-014-4009-y
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-
- titre
- Thermohalobacter
- auteur
- Jean-Luc Cayol, Jean-Louis Garcia, Bernard Ollivier
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00624⟩
- identifiant
- hal-02981774
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.gbm00624
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-
- titre
- Halothermothrix
- auteur
- Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier, Jean-Louis Garcia
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00735⟩
- identifiant
- hal-02981799
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.gbm00735
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-
- titre
- Thermohalobacter
- auteur
- Jean-Luc Cayol, Jean-Louis Garcia, Bernard Ollivier
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00624⟩
- identifiant
- hal-02981675
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.gbm00624
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-
- titre
- Use of dispersant in mudflat oil-contaminated sediment: behavior and effects of dispersed oil on micro- and macrobenthos.
- auteur
- Philippe Cuny, Franck Gilbert, Cécile Militon, Georges Stora, Patricia Bonin, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Karine Duboscq, Christine Cagnon, Ronan Jézéquel, Cristiana Cravo-Laureau, Robert Duran
- article
- Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (20), pp.15370-15376. ⟨10.1007/s11356-015-4800-4⟩
- identifiant
- hal-01201710
- DOI
- DOI : 10.1007/s11356-015-4800-4
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-
- titre
- Complete genome sequence of a new member of the Marseilleviridae recovered from the Brackish submarine spring in the Cassis Port-Miou Calanque, France
- auteur
- Gabriel Doutre, Bruno Arfib, Pierre Rochette, Jean-Michel Claverie, Patricia Bonin, Chantal Abergel
- article
- Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2015, 3 (6), pp.e01148--15
- identifiant
- hal-01457497
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-
- titre
- Microbial ecology of hydrocarbon-polluted coastal sediments.
- auteur
- Robert Duran, Philippe Cuny, Patricia Bonin, Cristiana Cravo-Laureau
- article
- Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (20), pp.15195 - 15199. ⟨10.1007/s11356-015-5373-y⟩
- identifiant
- hal-01208482
- DOI
- DOI : 10.1007/s11356-015-5373-y
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-
- titre
- Effect of physical sediments reworking on hydrocarbon degradation and bacterial community structure in marine coastal sediments.
- auteur
- Robert Duran, Patricia Bonin, Ronan Jezequel, Karine Dubosc, Claire Gassie, Fanny Terrisse, Justine Abella, Christine Cagnon, Cécile Militon, Valerie Michotey, Franck Gilbert, Philippe Cuny, Cristiana Cravo-Laureau
- article
- Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (20), pp.15248-15259. ⟨10.1007/s11356-015-4373-2⟩
- identifiant
- hal-01201709
- DOI
- DOI : 10.1007/s11356-015-4373-2
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-
- titre
- Garciella
- auteur
- Miranda-Tello E., Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Didier Alazard
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00630⟩
- identifiant
- hal-02884234
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.gbm00630
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-
- titre
- Crassaminicella profunda gen. nov., sp. nov., an anaerobic marine bacterium isolated from deep-sea sediments
- auteur
- Marie-Laure Fardeau, Raja Lakhal, Bernard Ollivier, Anne Godfroy, Anne Postec, Jean-Luc Cayol, Grégoire Galès, Nathalie Pradel
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2015, 65 (9), pp.3097-3102. ⟨10.1099/ijsem.0.000386⟩
- identifiant
- hal-02463138
- DOI
- DOI : 10.1099/ijsem.0.000386
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-
- titre
- Caldanaerobacter
- auteur
- Marie-Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Jean-Luc Cayol
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00745⟩
- identifiant
- hal-02981646
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.gbm00745
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-
- titre
- Environmental microbiology as a mosaic of explored ecosystems and issues
- auteur
- Denis Faure, Patricia Bonin, Robert Duran, Pierre Amato, Florence Arsene-Ploetze, Jean-Christophe Auguet, Bernard Legrand, Philippe N. Bertin, Yvan Bettarel, Aurélie Bigot-Clivot, Nicolas Blot, Manuel Blouin, Myriam Bormans, Marc Bouvy, O Bruneel, Aurélie Cébron, Urania Christaki, Ivan Couée, Cristiana Cravo-Laureau, Michael Danger, Julien de Lorgeril, Yves Desdevises, Yves Dessaux, D Destoumieux-Garzón, Élodie Duprat, Gaël Erauso, Feth El Zahar Haichar, Éric Fouilland, Andre-Jean Francez, Nathalie Fromin, Alain Geffard, Jean-François Ghiglione, Arnaud Huguet, Vincent Grossi, Katell Guizien, Ludwig Jardillier, Pascal Jouquet, Fabien Joux, Aurore Kaisermann, Oliver Kaltz, Jean-Christophe Lata, Antoine Lecerf, Corinne Leyval, Patricia Luis, Estelle Masseret, Audrey Niboyet, Philippe Normand, Frédéric Plewniak, Franck Poly, Soizic Prado, Achim Quaiser, Pascal Ratet, Agnès Richaume, Jean-Luc Rolland, Jean-Luc Rols, Jf Rontani, Francesca Rossi, Sophie Sablé, P Sivadon, Philippe Soudant, Christian Tamburini, Aline Tribollet, Claire Valiente Moro, France van Wambeke, Philippe Vandenkoornhuyse, Stéphane Vuilleumier, Philippe Vandenkoornhuyse
- article
- Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (18), pp.13577-13598. ⟨10.1007/s11356-015-5164-5⟩
- identifiant
- hal-01247096
- DOI
- DOI : 10.1007/s11356-015-5164-5
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-
- titre
- Anaerobic nitrification-denitrification mediated by Mn-oxides in meso-tidal sediments: Implications for N-2 and N2O production
- auteur
- Sheryl Fernandes, Cedric Javanaud, Axel Aigle, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Jonathan Deborde, Bruno Deflandre, Pierre Anschutz, Patricia Bonin
- article
- Journal of Marine Systems, Elsevier, 2015, 144, pp.1-8. ⟨10.1016/j.jmarsys.2014.11.011⟩
- identifiant
- hal-01157960
- DOI
- DOI : 10.1016/j.jmarsys.2014.11.011
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-
-

- titre
- Oil spill effects on macrofaunal communities and bioturbation of pristine marine sediments (Caleta Valdés, Patagonia, Argentina): experimental evidence of low resistance capacities of benthic systems without history of pollution
- auteur
- Agustina Ferrando, Emilia Gonzalez, Marcos Franco, Marta Commendatore, Marina Nievas, Cécile Militon, Georges Stora, Franck Gilbert, José Luis Esteves, Philippe Cuny
- article
- Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, vol. 22 (n° 20), pp. 15294-15306. ⟨10.1007/s11356-015-4167-6⟩
- identifiant
- hal-01223400
- DOI
- DOI : 10.1007/s11356-015-4167-6
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-
- titre
- Diversity of magnetotactic bacteria from a French pristine Mediterranean area.
- auteur
- Maxime Fuduche, Anne Postec, Sylvain Davidson, Jean-Paul Chauvin, Grégoire Galès, Agnès Hirschler-Réa, Bernard Ollivier, Long-Fei Wu, Nathalie Pradel
- article
- Current Microbiology, Springer Verlag, 2015, 70 (4), pp.499-505. ⟨10.1007/s00284-014-0745-y⟩
- identifiant
- hal-01146287
- DOI
- DOI : 10.1007/s00284-014-0745-y
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-
- titre
- Sporanaerobacter
- auteur
- Hernandez-Eugenio G, Marie Laure Fardeau, Jean-Louis Garcia, Bernard Ollivier
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00720⟩
- identifiant
- hal-02884237
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.gbm00720
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-
- titre
- Sporobacter
- auteur
- Isabelle Grech-Mora, Marie Laure Fardeau, Jean-Louis Garcia, Bernard Ollivier
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00679⟩
- identifiant
- hal-02884228
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.gbm00679
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-
- titre
- Aminobacterium thunnarium sp. nov., a mesophilic, amino acid-degrading bacterium isolated from an anaerobic sludge digester, pertaining to the phylum Synergistetes.
- auteur
- Olfa Hamdi, Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Hassib Bouallagui, Moktar Hamdi, Patricia Bonin, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2015, 65 (Pt 2), pp.609-14. ⟨10.1099/ijs.0.068965-0⟩
- identifiant
- hal-01177834
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.068965-0
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-
- titre
- Thermodesulfobacterium
- auteur
- Claude Hatchikian, Bernard Ollivier
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01267⟩
- identifiant
- hal-02884181
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01267
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-
- titre
- Thermodesulfobacteriaceae fam. nov.
- auteur
- Claude Hatchikian, Bernard Ollivier
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.fbm00251⟩
- identifiant
- hal-02884187
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.fbm00251
- Accès au bibtex
-
- titre
- Thermodesulfobacteriales ord. nov.
- auteur
- Claude Hatchikian, Bernard Ollivier
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.obm00113⟩
- identifiant
- hal-02884200
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.obm00113
- Accès au bibtex
-
- titre
- Thermodesulfobacteria class. nov.
- auteur
- Claude Hatchikian, Bernard Ollivier
- article
- Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.cbm00049⟩
- identifiant
- hal-02884197
- DOI
- DOI : 10.1002/9781118960608.cbm00049
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-
- titre
- Evidence for host specificity among dominant bacterial symbionts in temperate gorgonian corals
- auteur
- Marie La Riviere, Joaquim Garrabou, Marc Bally
- article
- Coral Reefs, Springer Verlag, 2015, 34 (4), pp.1087. ⟨10.1007/s00338-015-1334-7⟩
- identifiant
- hal-01242229
- DOI
- DOI : 10.1007/s00338-015-1334-7
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-
- titre
- H4K44 Acetylation Facilitates Chromatin Accessibility during Meiosis
- auteur
- Matthieu Legendre, Audrey Lartigue, Lionel Bertaux, Sandra Jeudy, Julia Bartoli, Magali Lescot, Jean-Marie Alempic, Claire Ramus, Christophe Bruley, Karine Labadie, Lyubov Shmakova, Elizaveta Rivkina, Yohann Coute, Chantal Abergel, Jean-Michel Claverie
- article
- Cell Reports, Elsevier Inc, 2015, 13 (9), pp.1772-1780. ⟨10.1016/j.celrep.2015.10.070⟩
- identifiant
- hal-02193350
- DOI
- DOI : 10.1016/j.celrep.2015.10.070
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-
- titre
- Ecological significance of Synergistetes in the biological treatment of tuna cooking wastewater by an anaerobic sequencing batch reactor.
- auteur
- Cécile Militon, Olfa Hamdi, Valerie Michotey, Marie-Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Hassib Bouallagui, Moktar Hamdi, Patricia Bonin
- article
- Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, pp.2015 Jul 22. ⟨10.1007/s11356-015-4973-x⟩
- identifiant
- hal-01201712
- DOI
- DOI : 10.1007/s11356-015-4973-x
- Accès au bibtex
-
-

- titre
- Dynamics of bacterial assemblages and removal of polycyclic aromatic hydrocarbons in oil-contaminated coastal marine sediments subjected to contrasted oxygen regimes
- auteur
- Cécile Militon, Ronan Jezequel, Franck Gilbert, Yannick Corsellis, Léa Sylvi, Cristiana Cravo-Laureau, Robert Duran, Philippe Cuny
- article
- Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (20), pp.15260-15272. ⟨10.1007/s11356-015-4510-y⟩
- identifiant
- hal-01233392
- DOI
- DOI : 10.1007/s11356-015-4510-y
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Dynamic of bacterial communities attached to lightened phytodetritus
- auteur
- Morgan Petit, Patricia Bonin, Remi Amiraux, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Joshua Armitano, Cécile Jourlin-Castelli, Frederic Vaultier, Vincent Méjean, Jean-Francois Rontani
- article
- Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (18), pp.13681-92. ⟨10.1007/s11356-015-4209-0⟩
- identifiant
- hal-01201708
- DOI
- DOI : 10.1007/s11356-015-4209-0
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-

- titre
- Microbial diversity in a submarine carbonate edifice from the serpentinizing hydrothermal system of the Prony Bay (New Caledonia) over a 6-year period
- auteur
- Anne Postec, Marianne Quéméneur, Méline Bes, Nan Mei, Fatma Ben Aissa-Fennira, Claude Payri, Bernard Pelletier, Christophe Monnin, Linda Guentas-Dombrowsky, Bernard Ollivier, Emmanuelle Gérard, Céline Pisapia, Martine Gérard, Bénédicte Ménez, Gaël Erauso
- article
- Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2015, 6, pp.857. ⟨10.3389/fmicb.2015.00857⟩
- identifiant
- hal-01221183
- DOI
- DOI : 10.3389/fmicb.2015.00857
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-
- titre
- Endolithic microbial communities in carbonate precipitates from serpentinite-hosted hyperalkaline springs of the Voltri Massif (Ligurian Alps, Northern Italy).
- auteur
- Marianne Quemeneur, Alexandra Palvadeau, Anne Postec, Christophe Monnin, Valérie Chavagnac, Bernard Ollivier, Gaël Erauso
- article
- Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, pp.10.1007/s11356-015-4113-7. ⟨10.1007/s11356-015-4113-7⟩
- identifiant
- hal-01177194
- DOI
- DOI : 10.1007/s11356-015-4113-7
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- titre
- Growth of the Obligate Anaerobe Desulfovibrio vulgaris Hildenborough under Continuous Low Oxygen Concentration Sparging: Impact of the Membrane-Bound Oxygen Reductases
- auteur
- Fanny Ramel, Gael Brasseur, Laetitia Pieulle, Odile Valette, Agnès Hirschler-Réa, Marie Laure Fardeau, Alain Dolla
- article
- PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10, pp.e0123455. ⟨10.1371/journal.pone.0123455⟩
- identifiant
- hal-01216176
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pone.0123455
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-
- titre
- Crystallographic studies of [NiFe]-hydrogenase mutants: towards consensus structures for the elusive unready oxidized states.
- auteur
- Anne Volbeda, Lydie Martin, Elodie Barbier, Oscar Gutiérrez-Sanz, Antonio L de Lacey, Pierre-Pol Liebgott, Sébastien Dementin, Marc Rousset, Juan-Carlos Fontecilla-Camps
- article
- Journal of Biological Inorganic Chemistry, Springer Verlag, 2015, 20 (1), pp.11-22. ⟨10.1007/s00775-014-1203-9⟩
- identifiant
- hal-01166131
- DOI
- DOI : 10.1007/s00775-014-1203-9
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-
Book sections
- titre
- Antares Neutrino telescope and Deap Sea Observatory,
- auteur
- V. Bertin, J. Brunner, J. Carr, P. Coyle, C. Curtil, J. Destelle, A. Deschamps, S. Escoffier, K. Graf, C. Gojak, J. Hößl, R. Lahmann, Dominique Lefèvre, C. Lévèque, Christian Tamburini, P. Schuller, H. van Haren
- article
- Seafloor Observatories - A New Vision of the Earth from the Abyss, Springer Berlin Heidelberg, pp.369-414, 2015
- identifiant
- hal-02149668
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-
- titre
- Biogeochemical Cycles
- auteur
- Jean-Claude Bertrand, Patricia Bonin, Pierre Caumette, Jean-Pierre Gattuso, Gérald Grégori, Rémy Guyoneaud, Xavier Le Roux, Robert Matheron, Franck Poly
- article
- Jean-Claude Bertrand; Pierre Caumette; Philippe Lebaron; Robert Matheron; Philippe Normand; Télesphore Sime-Ngando. Environmental Microbiology: Fundamentals and Applications, Springer Netherlands, pp.511-617, 2015, 978-94-017-9118-2. ⟨10.1007/978-94-017-9118-2_14⟩
- identifiant
- hal-02457918
- DOI
- DOI : 10.1007/978-94-017-9118-2_14
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-
- titre
- Mudflat Benthic Spill Simulations
- auteur
- Cristiana Cravo-Laureau, Ronan Jézéquel, Franck Gilbert, Philippe Cuny, Robert Duran
- article
- McGenity, Terry J., Timmis, Kenneth N., Fernandez, Balbina Nogales. Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols. Meso- and Microcosms, Springer Protocols Handbooks, pp.79-89, 2015, 978-3-662-45179-3. ⟨10.1007/8623_2015_52⟩
- identifiant
- hal-02968493
- DOI
- DOI : 10.1007/8623_2015_52
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-
Reports
- titre
- ARP MERMED Forward-thinking Workshop : adapting to global changes in the Mediterranean Sea
- auteur
- F. Boulier (coord.), V. Chagué (coord.), Thomas Changeux (coord.), D. Lacroix (coord.), Christian Chaboud (collab.), Philippe Charvis (collab.), Philippe Cury (collab.), Florence Galletti (collab.), François Le Loc’h, Christophe Leboulanger (collab.), Bernard Moizo (collab.), Olivier Pringault
- article
- [Research Report] Agropolis International. 2015, 12 p
- identifiant
- hal-02566419
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-
- titre
- Atelier de Réflexion Prospective MERMED : adaptation aux changements globaux en mer Méditerranée
- auteur
- F. Boulier (coord.), V. Chagué (coord.), Thomas Changeux (coord.), D. Lacroix (coord.), Christian Chaboud (collab.), Philippe Charvis (collab.), Philippe Cury (collab.), Florence Galletti (collab.), François Le Loc'H (collab.), Christophe Leboulanger (collab.), Bernard Moizo (collab.), Olivier Pringault
- article
- [Rapport de recherche] Agropolis International. 2015, 12 p
- identifiant
- hal-02566399
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-
2014
Journal articles
- titre
- Constraining the neutrino emission of gravitationally lensed Flat-Spectrum Radio Quasars with ANTARES data
- auteur
- S. Adrián-Martínez, A. Albert, M. Andre, G. Anton, M. Ardid, J. J. Aubert, B. Baret, J. Barrios-Marti, S. Basa, V. Bertin, S. Biagii, C. Bogazzi, R. Bormuth, M. Bou-Cabo, M. C. Bouwhuis, R. Bruijn, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, J. Carr, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, L. Core, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, G. de Rosa, I. Dekeyser, A. Deschamps, G. de Bonis, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, A. Dumas, T. Eberl, D. Elsaesser, A. Enzenhoefer, S. Escoffier, K. Fehn, I. Fells, P. Fermani, F. Folger, L. A. Fusco, S. Galata, P. Gay, S. Geisselsoeder, K. Geyer, V. Giordano, A. Gleixner, J. P. Gomez-Gonzalez, K. Graf, G. Guillard, H. Haren, A. J. Heijboer, Y. Hello, J. J. Hernandez-Rey, B. Herold, A. Herrero, J. Hoessl, J. Hofestaedt, C. Hugon, C. W. James, M. Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, D. Kiessling, P. Kooijman, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, E. Lambard, G. Lambard, Dominique Lefèvre, E. Leonora, H. Loehner, S. Loucatos, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martinez-Mora, S. Martini, A. Mathieu, T. Michael, P. Migliozzi, C. Mueller, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G. E. Pavalas, C. Perrina, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, G. Riccobene, R. Richter, K. Roensch, A. Rostovtsev, M. Saldana, D. F. E. Samtleben, A. Sanchez-Losa, M. Sanguineti, J. Schmid, J. Schnabel, S. Schulte, F. Schuessler, T. Seitz, C. Sieger, A. Spies, M. Spurioi, J. J. M. Steijger, Th. Stolarczyk, M. Taiuti, Christian Tamburini, Y. Tayalati, A. Trovato, M. Tselengidou, C. Toennis, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, E. Visser, D. Vivolo, S. Wagner, J. Wilms, E. Wolf, K. Yatkin, H. Yepes, J. D. Zornoza, J. Zúñiga, E. E. Falco, Antares Collaboration
- article
- JOURNAL OF COSMOLOGY AND ASTROPARTICLE PHYSICS, 2014, ⟨10.1088/1475-7516/2014/11/017⟩
- identifiant
- hal-01441852
- DOI
- DOI : 10.1088/1475-7516/2014/11/017
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-
- titre
- A search for time dependent neutrino emission from microquasars with the ANTARES telescope
- auteur
- S. Adrián-Martínez, A. Albert, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, M. Ardid, T. Astraatmadja, J.-J. Aubert, B. Baret, J. Barrios, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, B. Bouhou, M. C. Bouwhuis, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, C. Cârloganu, J. Carr, S. Cecchini, P. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, L. Core, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, G. de Rosa, I. Dekeyser, Anne Deschamps, G. de Bonis, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, A. Dumas, T. Eberl, D. Elsässer, U. Emanuele, A. Enzenhöfer, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, K. Fehn, I. Felis, P. Fermani, F. Folger, L.A. Fusco, S. Galatà, Pascal Gay, S. Geißelsöder, K. Geyer, V. Giordano, A. Gleixner, J. P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, H. van Haren, A. J. Heijboer, Y. Hello, J.J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hößl, J. Hofestädt, C. W. James, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, P. Kooijman, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, E. Lambard, G. Lambard, G. Larosa, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, E. Leonora, H. Loehner, S. Loucatos, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martínez-Mora, S. Martini, A. Mathieu, T. Michael, P. Migliozzi, T. Montaruli, C. Müller, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G. E. Păvălaş, C. Perrina, P. Piattelli, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, G. Riccobene, R. Richter, C. Rivière, A. Robert, K. Roensch, A. Rostovtsev, M. Salda\na, D. F. E. Samtleben, A. Sánchez-Losa, M. Sanguineti, P. Sapienza, J. Schmid, J. Schnabel, S. Schulte, F. Schüssler, T. Seitz, C. Sieger, A. Spies, M. Spurio, J.J. M. Steijger, T. Stolarczyk, M. Taiuti, Christian Tamburini, Y. Tayalati, A. Trovato, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, P. Vernin, Eelco Visser, D. Vivolo, S. Wagner, J. Wilms, E. de Wolf, K. Yatkin, H. Yepes, J. D. Zornoza, J. Zúñiga
- article
- Journal of High Energy Astrophysics, 2014, 3-4, pp.9-17. ⟨10.1016/j.jheap.2014.06.002⟩
- identifiant
- in2p3-01071564
- DOI
- DOI : 10.1016/j.jheap.2014.06.002
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-
-

- titre
- Transcriptomics Reveal Several Gene Expression Patterns in the Piezophile Desulfovibrio hydrothermalis in Response to Hydrostatic Pressure
- auteur
- Amira Amrani, Aurélie Bergon, Hélène Holota, Christian Tamburini, Marc Garel, Bernard Ollivier, Jean Imbert, Alain Dolla, Nathalie Pradel
- article
- PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (9), pp.e106831. ⟨10.1371/journal.pone.0106831⟩
- identifiant
- hal-01628348
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pone.0106831
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-
- titre
- Vallitalea pronyensis sp. nov., isolated from a marine alkaline hydrothermal chimney
- auteur
- F. Ben Aissa, Anne Postec, Gaël Erauso, C. Payri, B. Pelletier, M. Hamdi, B. Ollivier, M.-L. Fardeau
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2014, 64 (Pt 4), pp.1160 - 1165. ⟨10.1099/ijs.0.055756-0⟩
- identifiant
- hal-01390088
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.055756-0
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-
- titre
- Bacterial diversity in relatively pristine and anthropogenically-influenced mangrove ecosystems (Goa, India).
- auteur
- Sheryl Fernandes, David L Kirchman, Valerie Michotey, Patricia Bonin, P A Lokabharathi
- article
- Brazilian Journal of Microbiology, Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2014, 45 (4), pp.1161-71
- identifiant
- hal-01166877
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-
- titre
- Reconciliation of the carbon budget in the ocean’s twilight zone
- auteur
- Sarah L. C. Giering, Richard Sanders, Richard S. Lampitt, Thomas R. Anderson, Christian Tamburini, Mehdi Boutrif, Mikhail V. Zubkov, Chris M. Marsay, Stephanie A. Henson, Kevin Saw, Kathryn Cook, Daniel J. Mayor
- article
- Nature, Nature Publishing Group, 2014, 507 (7493), pp.480-483. ⟨10.1038/nature13123⟩
- identifiant
- hal-01077017
- DOI
- DOI : 10.1038/nature13123
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-
- titre
- Mannitol metabolism in brown algae involves a new phosphatase family.
- auteur
- Agnès Groisillier, Zhanru Shao, Gurvan Michel, Sophie Goulitquer, Patricia Bonin, Stefan Krahulec, Bernd Nidetzky, Delin Duan, Catherine Boyen, Thierry Tonon
- article
- Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2014, 65 (2), pp.559-70. ⟨10.1093/jxb/ert405⟩
- identifiant
- hal-01002445
- DOI
- DOI : 10.1093/jxb/ert405
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-
- titre
- Desulfatiferula berrensis sp. nov., a n-alkene-degrading sulfate-reducing bacterium isolated from estuarine sediments.
- auteur
- Florence Hakil, Oulfat Amin, Agnès Hirschler-Réa, Damien Mollex, Vincent Grossi, Robert Duran, Robert Matheron, Cristiana Cravo-Laureau
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2014, 64 (Pt 2), pp.540-4. ⟨10.1099/ijs.0.057174-0⟩
- identifiant
- hal-00976570
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.057174-0
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-
- titre
- Comparative genomic analysis provides insights into the evolution and niche adaptation of marine Magnetospira sp. QH-2 strain
- auteur
- Boyang Ji, Sheng-Da Zhang, Pascal Arnoux, Zoe Rouy, François Alberto, Nadège Philippe, Dorothée Murat, Wei-Jia Zhang, Jean-Baptiste Rioux, Nicolas Ginet, Monique Sabaty, Sophie Mangenot, Nathalie Pradel, Jiesheng Tian, Jing Yang, Lichen Zhang, Wenyan Zhang, Hongmiao Pan, Bernard Henrissat, Pedro Coutinho, Ying Li, Tian Xiao, Claudine Médigue, Valérie Barbe, David Pignol, Emmanuel Talla, Long-Fei Wu
- article
- Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2014, 16 (2), pp.525-544. ⟨10.1111/1462-2920.12180⟩
- identifiant
- hal-02463127
- DOI
- DOI : 10.1111/1462-2920.12180
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-
- titre
- Anaerobic oxidation of long-chain n-alkanes by the hyperthermophilic sulfate-reducing archaeon, Archaeoglobus fulgidus.
- auteur
- Nadia Khelifi, Oulfat Amin Ali, Philippe Roche, Vincent Grossi, Céline Brochier-Armanet, Odile Valette, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Agnès Hirschler-Réa
- article
- ISME Journal, Nature Publishing Group, 2014, pp.18. ⟨10.1038/ismej.2014.58⟩
- identifiant
- hal-01165315
- DOI
- DOI : 10.1038/ismej.2014.58
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-
-

- titre
- Relation between deep bioluminescence and oceanographic variables: A statistical analysis using time–frequency decompositions
- auteur
- S. Martini, David Nerini, Christian Tamburini
- article
- Progress in Oceanography, Elsevier, 2014, 127, pp.117-128. ⟨10.1016/j.pocean.2014.07.003⟩
- identifiant
- hal-01076992
- DOI
- DOI : 10.1016/j.pocean.2014.07.003
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-
- titre
- Fermentative hydrogen production by a new alkaliphilic Clostridium sp (strain PROH2) isolated from a shallow submarine hydrothermal chimney in Prony Bay, New Caledonia
- auteur
- Nan Mei, Nesrine Zergane, Anne Postec, Gaël Erauso, Angelique Oilier, Claude Payri, Bernard Pelletier, Marie-Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Marianne Quemeneur
- article
- International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2014, 39 (34), pp.19465-19473. ⟨10.1016/j.ijhydene.2014.09.111⟩
- identifiant
- hal-01178221
- DOI
- DOI : 10.1016/j.ijhydene.2014.09.111
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-
- titre
- Do furanic and phenolic compounds of lignocellulosic and algae biomass hydrolyzate inhibit anaerobic mixed cultures? A comprehensive review
- auteur
- F. Monlau, C. Sambusiti, Abdellatif Barakat, Marianne Quemeneur, Eric Trably, Jean-Philippe Steyer, Hélène Carrère
- article
- Biotechnology Advances, Elsevier, 2014, 32 (5), pp.934 - 951. ⟨10.1016/j.biotechadv.2014.04.007⟩
- identifiant
- hal-01809612
- DOI
- DOI : 10.1016/j.biotechadv.2014.04.007
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-
-

- titre
- Fluid chemistry of the low temperature hyperalkaline hydrothermal system of Prony Bay (New Caledonia)
- auteur
- C. Monnin, V. Chavagnac, C. Boulart, B. Menez, M. Gerard, E. Gerard, C. Pisapia, Marianne Quemeneur, Gaël Erauso, Anne Postec, L. Guentas-Dombrowski, C. Payri, B. Pelletier
- article
- Biogeosciences, European Geosciences Union, 2014, 11 (20), pp.5687-5706. ⟨10.5194/bg-11-5687-2014⟩
- identifiant
- hal-01178210
- DOI
- DOI : 10.5194/bg-11-5687-2014
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-
- titre
- Spatial distribution of microbial communities in the shallow submarine alkaline hydrothermal field of the Prony Bay, New Caledonia
- auteur
- Marianne Quéméneur, Méline Bes, Anne Postec, Nan Mei, Jérôme Hamelin, Christophe Monnin, Valérie Chavagnac, Claude Payri, Bernard Pelletier, Linda Guentas-Dombrowsky, Martine Gérard, Céline Pisapia, Emmanuelle Gérard, Bénédicte Ménez, Bernard Ollivier, Gaël Erauso
- article
- Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2014, 6 (6), pp.665-674. ⟨10.1111/1758-2229.12184⟩
- identifiant
- hal-01190159
- DOI
- DOI : 10.1111/1758-2229.12184
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-
Conference papers
- titre
- Production d’hydrogène dans les systèmes hydrothermaux hyperalcalins des ophiolites (Oman, Ligurie, Nouvelle Calédonie)
- auteur
- C. Monnin, V. Chavagnac, C. Boulart, G. Ceuleneer, Guilhem Hoareau, B. Ménez, E. Gérard, M. Gérard, M. Quéméneur, Gaël Erauso, Anne Postec, L. Guentas-Dombrowski, C. Payri, B. Pelletier
- article
- 24ème Réunion des Sciences de la Terre : RST 2014, Pau, France, Oct 2014, 2014, Unknown, Unknown Region
- identifiant
- hal-01815920
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-
Book sections
- titre
- Members of the order Thermotogales: from microbiology to hydrogen production.
- auteur
- Martina Cappelletti, Davide Zannoni, Anne Postec, Bernard Ollivier
- article
- Davide Zannoni, Roberto De Philippis. Microbial BioEnergy: Hydrogen Production, Springer, pp.197-224, 2014, Advances in Photosynthesis and Respiration, 978-94-017-8553-2. ⟨10.1007/978-94-017-8554-9_9⟩
- identifiant
- hal-01027589
- DOI
- DOI : 10.1007/978-94-017-8554-9_9
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-
- titre
- Methods for Studying Microorganisms in the Environment
- auteur
- Fabien Joux, Jean Claude Bertrand, Rutger de Wit, Vincent Grossi, Laurent Intertaglia, Philippe Lebaron, Valérie Michotey, Philippe Normand, Pierre Peyret, Patrick Raimbault, Christian Tamburini, Laurent Urios
- article
- Environmental Microbiology: Fundamentals and Applications, Springer Netherlands, pp.757-829, 2014, 978-94-017-9117-5. ⟨10.1007/978-94-017-9118-2_17⟩
- identifiant
- hal-01235538
- DOI
- DOI : 10.1007/978-94-017-9118-2_17
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-
- titre
- Petroleum: from formation to microbiology.
- auteur
- Bernard Ollivier, Jean Borgomano, Philippe Oger
- article
- Microbial life in the deep biosphere, De Gruyter, pp.161 -185, 2014
- identifiant
- hal-00989881
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-
Poster communications
-

- titre
- Dynamique de l’holobionte corallien et plasticité transcriptomique : variabilité interspécifique, interpopulationnelle et interindividuelle
- auteur
- Kelly Brener, Jérémie Vidal-Dupiol, Mehdi Adjeroud, Pascal Romans, Julien Loubet, Rémi Pillot, D. Aurelle, Marine Pratlong, Anne Haguenauer, Pierre Pontaroti, Pascal Mirleau, Marc Bally, Eve Toulza, Guillaume Mitta
- article
- Journée de doctoriales Aragoyennes, Apr 2014, Banyuls sur Mer, France
- identifiant
- hal-01134460
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-
Reports
- titre
- Atelier de réflexion prospective MERMED : adaptation aux changements globaux en mer Méditerranée : rapport final
- auteur
- B. Hubert (coord.), M. Broin (coord.), F. Boulier, V. Chagué, Thomas Changeux, D. Lacroix, Christian Chaboud (contrib.), Philippe Charvis (contrib.), Philippe Cury (contrib.), Florence Galletti (contrib.), François Guilhaumon (contrib.), François Le Loc'H (contrib.), Christophe Leboulanger (contrib.), Bernard Moizo (contrib.), Bernard Ollivier, Olivier Pringault
- article
- [Rapport de recherche] Agropolis International. 2014, 156 p
- identifiant
- hal-02860473
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-
2013
Journal articles
- titre
- Measurement of the atmospheric $\nu_\mu$ energy spectrum from 100 GeV to 200 TeV with the ANTARES telescope
- auteur
- S. Adrián-Martínez, A. Albert, Imen Al Samarai, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, T. Astraatmadja, J-J. Aubert, B. Baret, J. Barrios-Martí, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, B. Bouhou, M. C. Bouwhuis, R. Bruijn, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, C. Carloganu, J. Carr, S. Cecchini, Z. Charif, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, F. Classen, L. Core, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, C. Curtil, I. Dekeyser, Anne Deschamps, G. de Bonis, M. P. Decowski, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, A. Dumas, T. Eberl, U. Emanuele, A. Enzenhöfer, J-P. Ernenwein, S. Escoffier, K. Fehn, P. Fermani, V. Flaminio, F. Folger, U. Fritsch, L. A. Fusco, S. Galatà, Pascal Gay, S. Geisselsöder, K. Geyer, G. Giacomelli, V. Giordano, A. Gleixner, J. P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, H. van Haren, A. J. Heijboer, Y. Hello, J. J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hössl, C. W. James, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, P. Kooijman, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, E. Lambard, G. Lambard, G. Larosa, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, E. Leonora, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Louis, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martínez-Mora, S. Martini, T. Michael, T. Montaruli, M. Morganti, H. Motz, C. Mueller, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G. E. Pavalas, C. Perrina, P. Piattelli, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, R. Richter, C. Rivière, A. Robert, K. Roensch, A. Rostovtsev, D. F. E. Samtleben, M. Sanguineti, P. Sapienza, J. Schmid, J. Schnabel, S. Schulte, F. Schüssler, T. Seitz, R. Shanidze, C. Sieger, F. Simeone, A. Spies, M. Spurio, J. J. M. Steijger, Th. Stolarczyk, A. Sánchez-Losa, M. Taiuti, Christian Tamburini, Y. Tayalati, A. Trovato, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, P. Vernin, Eelco Visser, S. Wagner, J. Wilms, E. de Wolf, K. Yatkin, H. Yepes, J.D. Zornoza, J. Zúñiga
- article
- European Physical Journal C: Particles and Fields, Springer Verlag (Germany), 2013, 73, pp.2606. ⟨10.1140/epjc/s10052-013-2606-4⟩
- identifiant
- in2p3-00861705
- DOI
- DOI : 10.1140/epjc/s10052-013-2606-4
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-

- titre
- Genome Sequence of the Sulfate-Reducing Bacterium Desulfotomaculum hydrothermale Lam5(T).
- auteur
- Oulfat Amin, Marie-Laure Fardeau, Odile Valette, Agnès Hirschler-Réa, Valérie Barbe, Claudine Médigue, Benoit Vacherie, Bernard Ollivier, Philippe N Bertin, Alain Dolla
- article
- Genome Announcements , American Society for Microbiology, 2013, 1 (1), epub ahead of print. ⟨10.1128/genomeA.00114-12⟩
- identifiant
- hal-00807485
- DOI
- DOI : 10.1128/genomeA.00114-12
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-
- titre
- Virgibacillus natechei sp. nov., A Moderately Halophilic Bacterium Isolated from Sediment of a Saline Lake in Southwest of Algeria.
- auteur
- Meriam Amziane, Farida Metiaz, Amel Darenfed-Bouanane, Zahia Djenane, Okba Selama, Ahmed Abderrahmani, Jean Luc Cayol, Marie Laure Fardeau
- article
- Current Microbiology, Springer Verlag, 2013, pp.1-60. ⟨10.1007/s00284-012-0300-7⟩
- identifiant
- hal-00776311
- DOI
- DOI : 10.1007/s00284-012-0300-7
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-
- titre
- Mesotoga infera sp. nov., a mesophilic member of the order Thermotogales, isolated from an underground gas storage aquifer.
- auteur
- Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Thomas Aüllo, Anthony Ranchou-Peyruse, Gaël Erauso, Céline Brochier-Armanet, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Stéphanie Saint-Laurent, Michel Magot, Marie-Laure Fardeau
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, 63 (Pt 8), pp.3003-8. ⟨10.1099/ijs.0.047993-0⟩
- identifiant
- hal-00972251
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.047993-0
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-
- titre
- Mesotoga infera sp. nov., a novel mesophilic member of the order Thermotogales, isolated from an underground gas storage in France
- auteur
- W Ben-Hamia, Anne Postec, T Aüllo, A Ranchou-Peyruse, Gaël Erauso, Céline Brochier-Armanet, M Hamdi, Bernard Ollivier, S Saint-Laurent, Michel Magot, Marie Laure Fardeau
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, pp.10.1099
- identifiant
- hal-00787581
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-

- titre
- Biochemical, Transcriptional and Translational Evidences of the Phenol-meta-Degradation Pathway by the Hyperthermophilic Sulfolobus solfataricus 98/2
- auteur
- Alexia Comte, Pierre Christen, Sylvain Davidson, Matthieu Pophillat, Jean Lorquin, Richard Auria, Gwenola Simon, Laurie Casalot
- article
- PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (12), pp.e82397. ⟨10.1371/journal.pone.0082397⟩
- identifiant
- hal-00999455
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pone.0082397
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-
- titre
- Evidence for surfactant production by the haloarchaeon Haloferax sp. MSNC14 in hydrocarbon-containing media
- auteur
- Ikram Djeridi, Cécile Militon, Vincent Grossi, Philippe Cuny
- article
- Extremophiles, Springer Verlag, 2013, 17 (4), pp.669-675. ⟨10.1007/s00792-013-0550-8⟩
- identifiant
- hal-02966876
- DOI
- DOI : 10.1007/s00792-013-0550-8
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-
- titre
- Denitrification activity is closely linked to the total ambient Fe concentration in mangrove sediments of Goa, India
- auteur
- S Fernandes, M Gonsalves, Valerie Michotey, Patricia Bonin, P Lokabharathi
- article
- Estuarine, Coastal and Shelf Science, Elsevier, 2013, 131, pp.64-74. ⟨10.1016/j.ecss.2013.08.008⟩
- identifiant
- hal-00872344
- DOI
- DOI : 10.1016/j.ecss.2013.08.008
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-
- titre
- Desulfotomaculum peckii sp. nov., a moderately thermophilic member of the genus Desulfotomaculum, isolated from an upflow anaerobic filter treating abattoir wastewaters.
- auteur
- Linda Jabari, Hana Gannoun, Jean Luc Cayol, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Guy Fauque, Marie Laure Fardeau
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, 63 (Pt 6), pp.2082-7. ⟨10.1099/ijs.0.043893-0⟩
- identifiant
- hal-00746774
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.043893-0
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-
-

- titre
- Complete Genome Sequence of the Piezophilic, Mesophilic, Sulfate-Reducing Bacterium Desulfovibrio hydrothermalis AM13(T.).
- auteur
- Boyang Ji, Gregory Gimenez, Valérie Barbe, Benoit Vacherie, Zoé Rouy, Amira Amrani, Marie-Laure Fardeau, Philippe Bertin, Didier Alazard, Sabine Leroy, Emmanuel Talla, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Nathalie Pradel
- article
- Genome Announc, 2013, 1 (1), epub ahead of print. ⟨10.1128/genomeA.00226-12⟩
- identifiant
- hal-00809071
- DOI
- DOI : 10.1128/genomeA.00226-12
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-
-

- titre
- Insights into dynamics of mobile genetic elements in hyperthermophilic environments from five new thermococcus plasmids.
- auteur
- Mart Krupovic, Mathieu Gonnet, Wajdi Ben Hania, Patrick Forterre, Gaël Erauso
- article
- PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (1), pp.e49044. ⟨10.1371/journal.pone.0049044⟩
- identifiant
- hal-00748527
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pone.0049044
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-

- titre
- Transient Shifts in Bacterial Communities Associated with the Temperate Gorgonian Paramuricea clavata in the Northwestern Mediterranean Sea
- auteur
- Marie La Riviere, Marie Roumagnac, Joaquim Garrabou, Marc Bally
- article
- PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (2), pp.e57385. ⟨10.1371/journal.pone.0057385⟩
- identifiant
- hal-00790768
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pone.0057385
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-
- titre
- Impact of contaminated-sediment resuspension on phytoplankton in the Biguglia lagoon (Corsica, Mediterranean Sea)
- auteur
- Céline Lafabrie, M. Garrido, Christophe Leboulanger, Philippe Cecchi, Gérald Grégori, Vanina Pasqualini, O. Pringault
- article
- Estuarine, Coastal and Shelf Science, Elsevier, 2013, 130, pp.70-80
- identifiant
- hal-00872706
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-
- titre
- Vallitalea guaymasensis gen. nov., sp. nov., isolated from marine sediment.
- auteur
- Raja Lakhal, Nathalie Pradel, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Anne Godfroy, Marie-Laure Fardeau
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, 63 (Pt 8), pp.3019-23. ⟨10.1099/ijs.0.045708-0⟩
- identifiant
- hal-01025550
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.045708-0
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-
- titre
- Characterization of Vallitalea guaymasensis gen. nov., sp. nov., a novel marine bacterium, isolated from sediments of Guaymas basin
- auteur
- R Lakhal, Nathalie Pradel, Anne Postec, M Hamdi, Bernard Ollivier, Anne Godfroy, Marie Laure Fardeau
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, pp.doi:10.1099/ijs.0.045708-0
- identifiant
- hal-00787559
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- titre
- Effects of Hydrostatic Pressure on Growth and Luminescence of a Moderately-Piezophilic Luminous Bacteria Photobacterium phosphoreum ANT-2200
- auteur
- Severine Martini, Badr Al Ali, Marc Garel, David Nerini, Vincent Grossi, Muriel Pacton, Laurence Casalot, Philippe Cuny, Christian Tamburini
- article
- PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (6), pp.e66580. ⟨10.1371/journal.pone.0066580⟩
- identifiant
- hal-01988033
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pone.0066580
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-
- titre
- Desulfosporosinus burensis sp. nov., a spore-forming, mesophilic, sulfate-reducing bacterium isolated from a deep clay environment.
- auteur
- Bruno Mayeux, Marie Laure Fardeau, Manon Joseph, Laurie Casalot, Agnes Vinsot, Marc Labat
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, 63 (Pt 2), pp.593-8. ⟨10.1099/ijs.0.035238-0⟩
- identifiant
- hal-00808229
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.035238-0
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-
- titre
- Isolation of Thermovenabulum gondwanense from a French hot spring and emended description of the species
- auteur
- Nathalie Pradel, Manon Bartoli, Alain Bernadac, Gregory Gimenez, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
- article
- Antonie van Leeuwenhoek, Springer Verlag, 2013, 104 (2), pp.271-279. ⟨10.1007/s10482-013-9947-8⟩
- identifiant
- hal-02463100
- DOI
- DOI : 10.1007/s10482-013-9947-8
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-
-

- titre
- The First Genomic and Proteomic Characterization of a Deep-Sea Sulfate Reducer: Insights into the Piezophilic Lifestyle of Desulfovibrio piezophilus
- auteur
- Nathalie Pradel, Boyang Ji, G Gimenez, E Talla, P Lenoble, Marc Garel, Christian Tamburini, Patrick Fourquet, Régine Lebrun, Philippe Bertin, Yann Denis, Matthieu Pophillat, Valérie Barbe, Bernard Ollivier, Alain Dolla
- article
- PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (1), pp.e55130. ⟨10.1371/journal.pone.0055130⟩
- identifiant
- hal-00787201
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pone.0055130
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-
- titre
- Anaerobic bacterial degradation of pristenes and phytenes in marine sediments does not lead to pristane and phytane during early diagenesis
- auteur
- Jean-Francois Rontani, Patricia Bonin, Sophie Guasco, Frederic Vaultier, John K. Volkman
- article
- Organic Geochemistry, Elsevier, 2013, 58, pp.43-55
- identifiant
- hal-00807479
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-
- titre
- Genome of Phaeocystis globosa virus PgV-16T highlights the common ancestry of the largest known DNA viruses infecting eukaryotes
- auteur
- S. Santini, J. Bartoli, O. Poirot, Magali Lescot, C. Abergel, V. Barbe, K. Wommack, A. Noordeloos, C. Brussaard, J.-M. Claverie
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2013, 110 (26), pp.10800-10805. ⟨10.1073/pnas.1303251110⟩
- identifiant
- hal-02978222
- DOI
- DOI : 10.1073/pnas.1303251110
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-
-

- titre
- Impact of oil on bacterial community structure in bioturbated sediments
- auteur
- Magali Stauffert, Cristiana Cravo-Laureau, Ronan Jezequel, Sandra Barantal, Philippe Cuny, Franck Gilbert, Christine Cagnon, Cécile Militon, David Amouroux, Fatima Mahdaoui, Brice Bouyssiere, Georges Stora, François-Xavier Merlin, Robert Duran
- article
- PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, vol. 8, pp. 1-15. ⟨10.1371/journal.pone.0065347⟩
- identifiant
- hal-00867612
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pone.0065347
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-
-

- titre
- Prokaryotic responses to hydrostatic pressure in the ocean - a review
- auteur
- Christian Tamburini, Mehdi Boutrif, Marc Garel, Rita Colwell, Jody Deming
- article
- Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2013, 15 (5), pp.1262-1274. ⟨10.1111/1462-2920.12084⟩
- identifiant
- hal-01988054
- DOI
- DOI : 10.1111/1462-2920.12084
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-
-

- titre
- Deep-Sea Bioluminescence Blooms after Dense Water Formation at the Ocean Surface
- auteur
- Christian Tamburini, Miquel Canals, Xavier Durrieu de Madron, Loïc Houpert, Dominique Lefèvre, Séverine Martini, Fabrizio d'Ortenzio, Anne Robert, Pierre Testor, Juan Antonio Aguilar, Imen Al Samarai, Arnaud Albert, Michel André, Marco Anghinolfi, Gisela Anton, Shebli Anvar, Miguel Ardid, Ana Carolina Assis Jesus, Tri L. Astraatmadja, Jean-Jacques Aubert, Bruny Baret, Stéphane Basa, Vincent Bertin, Simone Biagi, Armando Bigi, Ciro Bigongiari, Claudio Bogazzi, Manuel Bou-Cabo, Boutayeb Bouhou, Mieke C. Bouwhuis, Jurgen Brunner, José Busto, Francisco Camarena, Antonio Capone, Christina Cârloganu, Giada Carminati, John Carr, Stefano Cecchini, Ziad Charif, Philippe Charvis, Tommaso Chiarusi, Marco Circella, Rosa Coniglione, Heide Costantini, Paschal Coyle, Christian Curtil, Patrick Decowski, Ivan Dekeyser, Anne Deschamps, Corinne Donzaud, Damien Dornic, Hasankiadeh Q. Dorosti, Doriane Drouhin, Thomas Eberl, Umberto Emanuele, Jean-Pierre Ernenwein, Stéphanie Escoffier, Paolo Fermani, Marcelino Ferri, Vincenzo Flaminio, Florian Folger, Ulf Fritsch, Jean-Luc Fuda, Salvatore Galatà, Pascal Gay, Giorgio Giacomelli, Valentina Giordano, Juan-Pablo Gómez-González, Kay Graf, Goulven Guillard, Garadeb Halladjian, Gregory Hallewell, Hans van Haren, Joris Hartman, Aart J. Heijboer, Yann Hello, Juan Jose Hernández-Rey, Bjoern Herold, Jurgen Hößl, Ching-Cheng Hsu, Marteen de Jong, Matthias Kadler, Oleg Kalekin, Alexander Kappes, Uli Katz, Oksana Kavatsyuk, Paul Kooijman, Claudio Kopper, Antoine Kouchner, Ingo Kreykenbohm, Vladimir Kulikovskiy, Robert Lahmann, Patrick Lamare, Giuseppina Larosa, Dario Lattuada, Gordon Lim, Domenico Lo Presti, Herbert Loehner, Sotiris Loucatos, Salvatore Mangano, Michel Marcelin, Annarita Margiotta, Juan Antonio Martinez-Mora, Athina Meli, Teresa Montaruli, Luciano Moscoso, Holger Motz, Max Neff, Emma Nuel Nezri, Dimitris Palioselitis, Gabriela E. Păvălaş, Kevin Payet, Patrice Payre, Jelena Petrovic, Paolo Piattelli, Nicolas Picot-Clemente, Vlad Popa, Thierry Pradier, Eleonora Presani, Chantal Racca, Corey Reed, Giorgio Riccobene, Carsten Richardt, Roland Richter, Colas Rivière, Kathrin Roensch, Andrei Rostovtsev, Joaquin Ruiz-Rivas, Marius Rujoiu, Valerio G. Russo, Francisco Salesa, Augustin Sánchez-Losa, Piera Sapienza, Friederike Schöck, Jean-Pierre Schuller, Fabian Schussler, Rezo Shanidze, Francesco Simeone, Andreas Spies, Maurizio Spurio, Jos J. M. Steijger, Thierry Stolarczyk, Mauro G. F. Taiuti, Simona Toscano, Bertrand Vallage, Véronique van Elewyck, Giulia Vannoni, Manuela Vecchi, Pascal Vernin, Guus Wijnker, Jorn Wilms, Els de Wolf, Harold Yepes, Dmitry Zaborov, Juan de Dios Zornoza, Juan Zúñiga
- article
- PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (7), pp.e67523. ⟨10.1371/JOURNAL.PONE.0067523⟩
- identifiant
- hal-01012135
- DOI
- DOI : 10.1371/JOURNAL.PONE.0067523
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-
-

- titre
- DNA Self-Assembly: From Chirality to Evolution
- auteur
- Y. Timsit
- article
- International Journal of Molecular Sciences, MDPI, 2013, 14 (4), pp.8252-8270. ⟨10.3390/ijms14048252⟩
- identifiant
- hal-01816598
- DOI
- DOI : 10.3390/ijms14048252
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-
- titre
- Trends in salinity and inorganic nitrogen compounds in the Berre lagoon (1994-2011) bacterial activities and nitrogen budgets
- auteur
- Imen Zaghmouri, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Patrick Raimbault, Nicole Garcia, Guillaume Bernard, Patricia Bonin
- article
- Marine Pollution Bulletin, Elsevier, 2013, 67, pp.55-65. ⟨10.1016/j.marpolbul.2012.11.046⟩
- identifiant
- hal-00796981
- DOI
- DOI : 10.1016/j.marpolbul.2012.11.046
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-
Other publications
- titre
- Des Microoganismes très convoités
- auteur
- Bernard Ollivier
- article
- 2013, pp.n°70
- identifiant
- hal-00857880
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-
Poster communications
- titre
- Distribution spatiale des communautés microbiennes du système hydrothermal alcalin de la baie de Prony, Nouvelle Calédonie
- auteur
- Marianne Quemeneur, Méline Bes, Anne Postec, Nan Mei, Jérôme Hamelin, Claude Payri, Bernard Pelletier, Bernard Ollivier, Gaël Erauso
- article
- VI. Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM) "Microbiologie Environnementale : du Gène à l’Ecosystème", Oct 2013, Parent, France. 2013
- identifiant
- hal-02748380
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-
Reports
- titre
- Technical Design Report of the MEUST Infrastructure
- auteur
- M. Ageron, K. Bernardet, V. Bertin, S. Beurthey, M. Billault, J. Brunner, L. Caillat, A. Cosquer, P. Coyle, J.J. Destelle, D. Dornic, C. Gojak, Z. Hafidi, S. Henry, P. Keller, P. Lamare, Dominique Lefèvre, Y. Lenault, K. Mahiouz, J. Royon, M. Solazzo, Christian Tamburini, D. Tézier, S. Théraube, Corentin Vallée
- article
- 2013
- identifiant
- in2p3-01071800
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-
- titre
- Evaluation and Selection of the MEUST Submarine Site
- auteur
- V. Bertin, M. Billault, P. Coyle, C. Curtil, S. Deguero, J.-J. Destelle, D. Dornic, F. Gallo, S. Henry, P. Keller, P. Lamare, Dominique Lefèvre, F. LÉon, S. Martini, Christian Tamburini, Corentin Vallée
- article
- 2013, pp.1-15
- identifiant
- in2p3-01071770
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-
2012
Journal articles
-

- titre
- Melghirimyces thermohalophilus sp. nov., a novel thermoactinomycete isolated from an Algerian salt lake
- auteur
- A Addou, P Schumann, Cathrin Sproer, Amel Bouanane-Darenfed, S Amarouche, Hocine Hacene, Jean Luc Cayol, Marie Laure Fardeau
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 63, pp.1717-1722. ⟨10.1099/ijs.0.043760-0⟩
- identifiant
- hal-00805363
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.043760-0
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-
-

- titre
- Melghirimyces algeriensis gen. nov., sp. nov., a member of the family Thermoactinomycetaceae, isolated from a salt lake.
- auteur
- Ammara Nariman Addou, Peter Schumann, Cathrin Sproer, Hocine Hacene, Jean Luc Cayol, Marie Laure Fardeau
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (7), pp.1491-1498. ⟨10.1099/ijs.0.028985-0⟩
- identifiant
- hal-00745961
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.028985-0
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-
- titre
- Fusibacter tunisiensis sp. nov., isolated from an anaerobic reactor used to treat olive-mill wastewater.
- auteur
- Wajdi Ben Hania, Belkis Fraj, Anne Postec, Khaled Fadhlaoui, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (Pt 6), pp.1365-8. ⟨10.1099/ijs.0.034603-0⟩
- identifiant
- hal-00739974
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.034603-0
- Accès au bibtex
-
- titre
- Defluviitoga tunisiensis gen. nov., sp. nov., a thermophilic bacterium isolated from a mesothermic and anaerobic whey digester.
- auteur
- Wajdi Ben Hania, Ramzi Ghodbane, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (Pt 6), pp.1377-82. ⟨10.1099/ijs.0.033720-0⟩
- identifiant
- hal-00739989
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.033720-0
- Accès au bibtex
-
- titre
- Kinetics of aerobic phenol biodegradation by the acidophilic and hyperthermophilic archaeon Sulfolobus solfataricus 98/2
- auteur
- Pierre Christen, Armando Vega, Laurie Casalot, Gwenola Simon, Richard Auria
- article
- Biochemical Engineering Journal, Elsevier, 2012, 62, pp.56-61. ⟨10.1016/j.bej.2011.12.012⟩
- identifiant
- hal-00709293
- DOI
- DOI : 10.1016/j.bej.2011.12.012
- Accès au bibtex
-
- titre
- Analysis of Structure-Function Relationships in the Colibactin-Maturating Enzyme ClbP.
- auteur
- A Cougnoux, L Gibold, F Robin, D Dubois, Nathalie Pradel, A Darfeuille-Michaud, G Dalmasso, J Delmas, R Bonnet
- article
- Journal of Molecular Biology, Elsevier, 2012, 424 (3-4), in press. ⟨10.1016/j.jmb.2012.09.017⟩
- identifiant
- hal-00748966
- DOI
- DOI : 10.1016/j.jmb.2012.09.017
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-
- titre
- Methanomassiliicoccus luminyensis gen. nov., sp. nov., a methanogenic archaeon isolated from human faeces.
- auteur
- B Dribi, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Didier Raoult, Michel Drancourt
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (Pt 8), pp.1902-7. ⟨10.1099/ijs.0.033712-0⟩
- identifiant
- hal-00746616
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.033712-0
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-

- titre
- Tungsten-enhanced growth of Methanosphaera stadtmanae
- auteur
- Bédis Dridi, Saber Khelaifia, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Michel Drancourt
- article
- BMC Research Notes, BioMed Central, 2012, 5, pp.238. ⟨10.1186/1756-0500-5-238⟩
- identifiant
- hal-00746580
- DOI
- DOI : 10.1186/1756-0500-5-238
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-
- titre
- Denitrification prevails over anammox in tropical mangrove sediments (Goa, India)
- auteur
- Sheryl Fernandes, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Patricia Bonin, P. A. Loka Bharathi
- article
- Marine Environmental Research, Elsevier, 2012, 74, pp.9-19. ⟨10.1016/j.marenvres.2011.11.008⟩
- identifiant
- hal-00700304
- DOI
- DOI : 10.1016/j.marenvres.2011.11.008
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-
-

- titre
- Nitrogen-limited mangrove ecosystems conserve N through dissimilatory nitrate reduction to ammonium
- auteur
- Sheryl Fernandes, Patricia Bonin, Valerie Michotey, Nicole Garcia, P. A. Lokabharathi
- article
- Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2012, 2, pp.419. ⟨10.1038/srep00419⟩
- identifiant
- hal-00714213
- DOI
- DOI : 10.1038/srep00419
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- titre
- Isolation and characterization of Fonticella tunisiensis gen nov., sp. nov., a novel bacterium isolated from a Tunisian hot spring.
- auteur
- Belkis Fraj, Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, pp.10.1099/ijs.0.041947-0. ⟨10.1099/ijs.0.041947-0⟩
- identifiant
- hal-00739961
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.041947-0
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-
- titre
- Desulfosoma profundi sp nov., a thermophilic sulfate-reducing bacterium isolated from a deep terrestrial geothermal spring in France
- auteur
- Patrick Gregoire, Marie Laure Fardeau, Sophie Guasco, Joel Lagiere, Jean Cambar, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Bernard Ollivier
- article
- Antonie van Leeuwenhoek, Springer Verlag, 2012, 101, pp.595-602. ⟨10.1007/s10482-011-9675-x⟩
- identifiant
- hal-00690553
- DOI
- DOI : 10.1007/s10482-011-9675-x
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-
- titre
- Understanding and tuning the catalytic bias of hydrogenase.
- auteur
- Abbas Abou Hamdan, Sébastien Dementin, Pierre-Pol Liebgott, Oscar Gutierrez-Sanz, Pierre Richaud, Antonio de Lacey, Marc Rousset, Patrick Bertrand, Laurent Cournac, Christophe Léger
- article
- Journal of the American Chemical Society, American Chemical Society, 2012, 134 (20), pp.8368-71. ⟨10.1021/ja301802r⟩
- identifiant
- hal-00748324
- DOI
- DOI : 10.1021/ja301802r
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-
- titre
- Methanogenic octadecene degradation by syntrophic enrichment culture from brackish sediments
- auteur
- Agnès Hirschler-Réa, Cristiana Cravo-Laureau, Laurie Casalot, Robert Matheron
- article
- Current Microbiology, Springer Verlag, 2012, 65 (5), pp.561-7. ⟨10.1007/s00284-012-0195-3⟩
- identifiant
- hal-00740729
- DOI
- DOI : 10.1007/s00284-012-0195-3
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-
- titre
- Benthic pelagic coupling in a shallow oligotrophic ecosystem: Importance of microphytobenthos and physical forcing
- auteur
- Sébastien Hochard, Christel Pinazo, Emma Rochelle-Newall, O. Pringault
- article
- Ecological Modelling, Elsevier, 2012, 247, pp.307- 318. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2012.07.038⟩
- identifiant
- hal-00743516
- DOI
- DOI : 10.1016/j.ecolmodel.2012.07.038
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-
- titre
- Macellibacteroides fermentans gen. nov., sp. nov., a member of the family Porphyromonadaceae isolated from an upflow anaerobic filter treating abattoir wastewaters.
- auteur
- L Jabari, H Gannoun, Jean Luc Cayol, A Hedi, M Sakamoto, E Falsen, M Ohkuma, M Hamdi, Guy Fauque, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (Pt 10), pp.2522-7. ⟨10.1099/ijs.0.032508-0⟩
- identifiant
- hal-00746627
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.032508-0
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-
- titre
- Characterization of Defluviitalea saccharophila gen. nov., sp. nov., a thermophilic bacterium isolated from an upflow anaerobic filter treating abattoir wastewaters, and proposal of Defluviitaleaceae fam. nov.
- auteur
- Linda Jabari, Hana Gannoun, Jean Luc Cayol, Moktar Hamdi, Guy Fauque, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (Pt 3), pp.550-5. ⟨10.1099/ijs.0.030700-0⟩
- identifiant
- hal-00745978
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.030700-0
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-
- titre
- How to analyse bioluminescence time series from in situ observatories? Example from high frequency records and real time data at the ANTARES site
- auteur
- Severine Martini, David Nerini, Christian Tamburini
- article
- Luminescence, Wiley, 2012, 27 (2), pp.139-140
- identifiant
- hal-00741759
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-
- titre
- Halanaerobacter jeridensis sp. nov., isolated from a hypersaline lake.
- auteur
- M Mezghani, Didier Alazard, F Karray, Jean Luc Cayol, Manon Joseph, Anne Postec, Marie Laure Fardeau, Jean-Luc Tholozan, S Sayadi
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (Pt 8), pp.1970-3. ⟨10.1099/ijs.0.036301-0⟩
- identifiant
- hal-00740042
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.036301-0
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-
- titre
- Spatio-temporal diversity of free-living and particle-attached prokaryotes in the tropical lagoon of Ahe atoll (Tuamotu Archipelago) and its surrounding oceanic waters
- auteur
- Valerie Michotey, Sophie Guasco, Dominique Boeuf, Nicola Morezzi, Brice Durieu, Loïc Charpy, Patricia Bonin
- article
- Marine Pollution Bulletin, Elsevier, 2012, 65 (10), pp.525-537. ⟨10.1016/j.marpolbul.2012.01.009⟩
- identifiant
- hal-00739805
- DOI
- DOI : 10.1016/j.marpolbul.2012.01.009
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- titre
- Magnetotactic Bacteria in Microcosms Originating from the French Mediterranean Coast Subjected to Oil Industry Activities
- auteur
- Anne Postec, Nicolas Tapia, Alain Bernadac, Manon Joseph, Sylvain Davidson, Long-Fei Wu, Bernard Ollivier, Nathalie Pradel
- article
- Microbial Ecology, Springer Verlag, 2012, 63, pp.1-11. ⟨10.1007/s00248-011-9910-z⟩
- identifiant
- hal-00687453
- DOI
- DOI : 10.1007/s00248-011-9910-z
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- titre
- Effect of enzyme addition on fermentative hydrogen production from wheat straw
- auteur
- Marianne Quéméneur, Marine Bittel, Eric Trably, Claire Dumas, Laurent Fourage, Gilles Ravot, Jean-Philippe Steyer, Hélène Carrère
- article
- International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2012, 37 (14), pp.10639 - 10647. ⟨10.1016/j.ijhydene.2012.04.083⟩
- identifiant
- hal-01809613
- DOI
- DOI : 10.1016/j.ijhydene.2012.04.083
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-
- titre
- Inhibition of fermentative hydrogen production by lignocellulose-derived compounds in mixed cultures
- auteur
- Marianne Quéméneur, Jérôme Hamelin, Abdellatif Barakat, Jean-Philippe Steyer, Hélène Carrère, Eric Trably
- article
- International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2012, 37 (4), pp.3150 - 3159. ⟨10.1016/j.ijhydene.2011.11.033⟩
- identifiant
- hal-01809614
- DOI
- DOI : 10.1016/j.ijhydene.2011.11.033
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-
- titre
- Anaerosalibacter bizertensis gen. nov., sp. nov., a new halotolerant bacterium isolated from sludge.
- auteur
- Raja Rezgui, Abderrazek Maaroufi, Marie-Laure Fardeau, Zouhaier Ben Ali Gam, Jean-Luc Cayol, Saïd Ben Hamed, Marc Labat
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (10), pp.469-474. ⟨10.1099/ijs.0.036566-0⟩
- identifiant
- pasteur-00658466
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.036566-0
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-
-

- titre
- DNA-Directed Base Pair Opening
- auteur
- Y. Timsit
- article
- Molecules, MDPI, 2012, 17 (10), pp.11947-11964. ⟨10.3390/molecules171011947⟩
- identifiant
- hal-02008045
- DOI
- DOI : 10.3390/molecules171011947
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-
-

- titre
- DNA-DNA Recognition: From Tight Contact to Fatal Attraction
- auteur
- Y. Timsit
- article
- InTech, Isa Instrument Society of America, 2012
- identifiant
- hal-02008304
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-
-

- titre
- Mimicking floodplain reconnection and disconnection using 15N mesocosm incubations
- auteur
- N. Welti, E. Bondar-Kunze, M. Mair, Patricia Bonin, W. Wanek, Gilles Pinay, T. Hein
- article
- Biogeosciences, European Geosciences Union, 2012, 9 (11), pp.4263-4278. ⟨10.5194/bg-9-4263-2012⟩
- identifiant
- hal-01097829
- DOI
- DOI : 10.5194/bg-9-4263-2012
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-
Conference papers
- titre
- Effects of pressure, temperature and salinity on metabolic activity of anaerobic strains
- auteur
- Vanessa Barsotti, Sébastien Dupraz, Catherine Joulian, Fabienne Battaglia-Brunet, Claire Sergeant, Bernard Ollivier, Françis Garrido
- article
- 7th International Conference on High Pressure Bioscience and Biotechnology (HPBB2012), Oct 2012, Kyoto, Japan
- identifiant
- hal-00732361
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-
- titre
- Diversity of gorgonian-associated bacterial communities in Northwestern Mediterranean Sea
- auteur
- Marie La Riviere, Marie Roumagnac, Joaquim Garrabou, Marc Bally
- article
- The 14th International Symposium on Microbial Ecology (ISME), Aug 2012, Copenhague, Denmark
- identifiant
- hal-00748858
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-
- titre
- How to analyse bioluminescence time series from in situ observatories ? Example from high frequency records and real time data at the ANTARES site.
- auteur
- Severine Martini, Christian Tamburini, David Nerini
- article
- International symposium on bioluminescence and chemiluminescence (17th), May 2012, Guelph, Canada
- identifiant
- hal-00756806
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-
- titre
- Identification des liens entre communautés associées au cycle de l'azote par méthode d'enrichissement isotopique: Application aux zones d'interfaces aérobie/anaérobie des sédiments marins
- auteur
- Valerie Michotey
- article
- Identification des liens entre communautés associées au cycle de l'azote par méthode d'enrichissemen, Oct 2012, Clermont Ferrand, France
- identifiant
- hal-00796797
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-
Book sections
- titre
- Les conditions de vie extrêmes sur la planète et exobiologie
- auteur
- Jean Luc Cayol, Bernard Ollivier, Didier Alazard, Ricardo Amils, Anne Godfroy, Florence Piette, Daniel Prieur
- article
- Ecologie microbienne, Presses Universitaires de Pau et des Pays de l'Adour, pp.363-408, 2012
- identifiant
- hal-00747615
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-
Other publications
- titre
- Les micro-rois du pétrole
- auteur
- Bernard Ollivier
- article
- 2012
- identifiant
- hal-00746757
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-
- titre
- Bactéries de l'extrême.
- auteur
- Bernard Ollivier, Patrick Gregoire
- article
- 2012, pp.63
- identifiant
- hal-00746752
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-
Patents
- titre
- Culture et detection d'une Archaea méthanogène.
- auteur
- B Dridi, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Didier Raoult, Michel Drancourt
- article
- France, N° de brevet: N° H52 888 cas 8 PCT/MD. MIO:12-093. 2012
- identifiant
- hal-00746746
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-
2011
Journal articles
- titre
- The chemical-in-mu well: a high-throughput technique for identifying solutes eliciting a chemotactic response in motile bacteria
- auteur
- Joshua Armitano, Claudine Baraquet, Valerie Michotey, Vincent Mejean, Cecile Jourlin-Castelli
- article
- Research in Microbiology, Elsevier, 2011, 162, pp.934-938. ⟨10.1016/j.resmic.2011.03.001⟩
- identifiant
- hal-00725012
- DOI
- DOI : 10.1016/j.resmic.2011.03.001
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-
- titre
- Phenol biodegradation by the thermoacidophilic archaeon Sulfolobus solfataricus 98/2 in a fed-batch bioreactor
- auteur
- Pierre Christen, Sylvain Davidson, Yannick Combet-Blanc, Richard Auria
- article
- Biodegradation, Springer Verlag, 2011, 22 (3), pp.475 - 484. ⟨10.1007/s10532-010-9420-6⟩
- identifiant
- hal-01888843
- DOI
- DOI : 10.1007/s10532-010-9420-6
- Accès au bibtex
-
- titre
- Marine ecosystems’ responses to climatic and anthropogenic forcings in the Mediterranean
- auteur
- Xavier Durrieu de Madron, Cécile Guieu, Richard Sempere, Pascal Conan, Daniel Cossa, F. d'Ortenzio, Claude Estournel, Frédéric Gazeau, Christophe Rabouille, Lars Stemmann, Sophie Bonnet, Frederic Diaz, Philippe Koubbi, Olivier Radakovitch, Marcel Babin, Melika Baklouti, C. Bancon-Montigny, Sauveur Belviso, Nathaniel Bensoussan, Bernard Bonsang, Ioanna Bouloubassi, Christian Brunet, Jean-François Cadiou, F Carlotti, Malik Chami, Sabine Charmasson, Bruno Charrière, Jordi Dachs, David Doxaran, Jean-Claude Dutay, Françoise Elbaz-Poulichet, Marc Eléaume, F. Eyrolles, C. Fernandez, S. Fowler, Patrice Francour, Jean-Claude Gaertner, René Galzin, Gian Pietro Gasparini, Jean-François Ghiglione, Jean-Louis Gonzalez, Catherine Goyet, Lionel Guidi, Katell Guizien, Lars-Eric Heimbürger, Stéphanie H. M. Jacquet, Wade H. Jeffrey, Fabien Joux, Pierre Le Hir, K. Leblanc, Dominique Lefèvre, Christophe Lejeusne, R. Lemé, Marie-Dominique Loÿe-Pilot, M. Mallet, Laurence Méjanelle, Frédéric Mélin, Capucine Mellon, B. Merigot, Pierre-Laurent Merle, Christophe Migon, William Lewis Miller, Laurent Mortier, Behzad Mostajir, Laure Mousseau, T. Moutin, Julien Para, T. Pérez, Anne Petrenko, Jean-Christophe Poggiale, Louis Prieur, Mireille Pujo-Pay, Elvira Pulido-Villena, Patrick Raimbault, Andrew P. Rees, Céline Ridame, Jean-Francois Rontani, Diana Ruiz-Pino, Marie-Alexandrine Sicre, Vincent Taillandier, Christian Tamburini, Tsuneo Tanaka, I. Taupier Letage, Marc Tedetti, Pierre Testor, Hervé Thebault, Bénédicte Thouvenin, Franck Touratier, Jacek Tronczyński, Caroline Ulses, France van Wambeke, Vincent Vantrepotte, Sandrine Vaz, Romaric Verney
- article
- Progress in Oceanography, Elsevier, 2011, 91 (2), pp.97-166. ⟨10.1016/j.pocean.2011.02.003⟩
- identifiant
- hal-02163130
- DOI
- DOI : 10.1016/j.pocean.2011.02.003
- Accès au bibtex
-
- titre
- Caldilinea tarbellica sp nov., a filamentous, thermophilic, anaerobic bacterium isolated from a deep hot aquifer in the Aquitaine Basin
- auteur
- Patrick Gregoire, Malek Bohli, Jean Luc Cayol, Manon Joseph, Sophie Guasco, Karine Dubourg, Jean Cambar, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2011, 61, pp.1436-1441
- identifiant
- hal-00752944
- Accès au bibtex
-
- titre
- Isolation and characterization of Thermanaerothrix daxensis gen. nov., sp nov., a thermophilic anaerobic bacterium pertaining to the phylum "Chloroflexi", isolated from a deep hot aquifer in the Aquitaine Basin
- auteur
- Patrick Gregoire, Marie Laure Fardeau, Manon Joseph, Sophie Guasco, Francette Hamaide, Sandra Biasutti, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Bernard Ollivier
- article
- Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2011, 34, pp.494-497. ⟨10.1016/j.syapm.2011.02.004⟩
- identifiant
- hal-00690513
- DOI
- DOI : 10.1016/j.syapm.2011.02.004
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-
- titre
- Anaerobic ammonium oxidation mediated by Mn-oxides: from sediment to strain level
- auteur
- Cedric Javanaud, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Nicole Garcia, Pierre Anschutz, Mathieu Canton, Patricia Bonin
- article
- Research in Microbiology, Elsevier, 2011, 162, pp.848-857. ⟨10.1016/j.resmic.2011.01.011⟩
- identifiant
- hal-00725010
- DOI
- DOI : 10.1016/j.resmic.2011.01.011
- Accès au bibtex
-
- titre
- Functional versus phylogenetic fingerprint analyses for monitoring hydrogen-producing bacterial populations in dark fermentation cultures
- auteur
- Marianne Quéméneur, Jérôme Hamelin, Eric Latrille, Jean-Philippe Steyer, Eric Trably
- article
- International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2011, 36 (6), pp.3870 - 3879. ⟨10.1016/j.ijhydene.2010.12.100⟩
- identifiant
- hal-01809618
- DOI
- DOI : 10.1016/j.ijhydene.2010.12.100
- Accès au bibtex
-
- titre
- Local sensing of global DNA topology: from crossover geometry to type II topoisomerase processivity
- auteur
- Y. Timsit
- article
- Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2011, 39 (20), pp.8665-8676
- identifiant
- hal-02008064
- Accès au bibtex
-
- titre
- Cytosine, the double helix and DNA self-assembly
- auteur
- Y. Timsit, Peter Varnai
- article
- Journal of Molecular Recognition, Wiley, 2011, 24 (2), pp.137-138
- identifiant
- hal-02008070
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-
- titre
- New Cultural Approaches for Microaerophilic Hyperthermophiles
- auteur
- Rafael Uzarraga, Richard Auria, David Davidson, David Navarro, Yannick Combet-Blanc
- article
- Current Microbiology, Springer Verlag, 2011, 62 (2), pp.346 - 350. ⟨10.1007/s00284-010-9712-4⟩
- identifiant
- hal-01888771
- DOI
- DOI : 10.1007/s00284-010-9712-4
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-
- titre
- Acoustic and optical variations during rapid downward motion episodes in the deep north-western Mediterranean Sea
- auteur
- H. van Haren, I. Taupier Letage, J.A. Aguilar, A. Albert, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, A.C. Assis Jesus, T. Astraatmadja, J.-J. Aubert, R. Auer, B. Baret, S. Basa, M. Bazzotti, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, M. Bou-Cabo, M.C. Bouwhuis, A. Brown, J. Brunner, J. Busto, F. Camarena, A. Capone, G. Carminati, J. Carr, D. Castel, E. Castorina, V. Cavasinni, S. Cecchini, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, H. Costantini, N. Cottini, P. Coyle, C. Curtil, G. de Bonis, M.P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, F. Fehr, V. Flaminio, K. Fratini, U. Fritsch, J.-L. Fuda, G. Giacomelli, J.P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, A.J. Heijboer, Y. Hello, J.J. Hernández-Rey, J. Hößl, M. de Jong, N. Kalantar-Nayestanaki, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, W. Kretschmer, R. Lahmann, P. Lamare, G. Lambard, G. Larosa, H. Laschinsky, Dominique Lefèvre, G. Lelaizant, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Lucarelli, K. Lyons, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J.A. Martinez-Mora, G. Maurin, A. Mazure, M. Melissas, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, H. Motz, C. Naumann, M. Neff, R. Ostasch, G. Palioselitis, G.E. Păvălaş, P. Payre, J. Petrovic, P. Piattelli, N. Picot-Clemente, C. Picq, R. Pillet, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, A. Radu, C. Reed, G. Riccobene, C. Richardt, M. Rujoiu, G.V. Russo, F. Salesa, F. Schoeck, J.-P. Schuller, R. Shanidze, F. Simeone, M. Spurio, J.J.M. Steijger, Th. Stolarczyk, Christian Tamburini, L. Tasca, S. Toscano, B. Vallage, V. van Elewyck, M. Vecchi, P. Vernin, G. Wijnker, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zúñiga, M. Anghinolfi
- article
- Deep Sea Research Part I: Oceanographic Research Papers, Elsevier, 2011, 58, pp.875-884. ⟨10.1016/j.dsr.2011.06.006⟩
- identifiant
- in2p3-00605777
- DOI
- DOI : 10.1016/j.dsr.2011.06.006
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-
Conference papers
- titre
- Quantification des activités du cycle de l'azote dans des sédiments soumis à des apports d'eau douce: impact sur l'état d'eutrophisation de l'écosystème
- auteur
- Imen Zaghmouri, Patricia Bonin, Valerie Michotey
- article
- Lagun'R, Mar 2011, Aix en Provence, France. pp.178-182
- identifiant
- hal-00808460
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- Apports de la génomique descriptive et fonctionnelle en écologie microbienne. Chapitre 18
- auteur
- Philippe Bertin, Valérie Michotey, Philippe Normand
- article
- Ecologie Microbienne : Microbiologie des milieux naturels et anthropisés, Presses Universitaires de Pau et des Pays de l'Adour, 1004 p., 2011, 2-35311-022-3 9782353110223
- identifiant
- hal-02809856
- Accès au bibtex
-
- titre
- Les cycles géochimiques. Chapitre 14
- auteur
- Jean-Claude Bertrand, Patricia Bonin, Pierre Caumette, Jean-Pierre Gattuso, Gérald Grégori, Remy Guyoneaud, Xavier Le Roux, Robert Matheron, Franck Poly
- article
- Ecologie Microbienne : Microbiologie des milieux naturels et anthropisés, Presses Universitaires de Pau et des Pays de l'Adour, 1004 p., 2011, 2-35311-022-3 9782353110223
- identifiant
- hal-02811238
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-
- titre
- Méthodes d'études des micro-organismes dans l'environnement. Chapitre 17
- auteur
- Fabien Joux, Jean-Claude Bertrand, Rutger de Wit, Vincent Grossi, Laurent Intertaglia, Philippe Lebaron, Valérie Michotey, Philippe Normand, Pierre Peyret, Patrick Raimbault, Christian Tamburini, Laurent Urios
- article
- Ecologie Microbienne : Microbiologie des milieux naturels et anthropisés, Presses Universitaires de Pau et des Pays de l'Adour, 1004 p., 2011, 2-35311-022-3 9782353110223
- identifiant
- hal-02810643
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-
- titre
- Hydrocarbon degradation in coastal muddy areas and anoxic ecosystems (DHYVA project): Role of bacterial mechanisms and bioturbation effects on the biodisponibility of organic pollutants
- auteur
- Magalie Stauffert, Lionel Huang, Isabelle Vitte, Ronan Jézéquel, Cristiana Cravo-Laureau, Georges Stora, C. Pecheyran, Christine Cagnon, Franck Gilbert, Marisol Goñi-Urriza, François-Xavier Merlin, David Amouroux, Philippe Cuny, Robert Duran
- article
- Ceccaldi, H.-J., Dekeyser, I., Girault, M., Stora, G. Global Change: Mankind-Marine Environment Interactions, Springer, pp.393-395, 2011, ISBN 978-90-481-8630-3
- identifiant
- hal-01652257
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-
2010
Journal articles
- titre
- Fatty acids as biomarkers to indicate main carbon sources of four major invertebrate families in a large River (the Allier, France)
- auteur
- Aurélie Descroix, Alexandre Bec, Gilles Bourdier, Denis Sargos, Jeremy Sauvanet, Benjamin Misson, Christian Desvilettes
- article
- Fundamental and Applied Limnology, E Schweizerbart Science Publishers, 2010, 177 (1), pp.39 - 55. ⟨10.1127/1863-9135/2010/0177-0039⟩
- identifiant
- hal-01826050
- DOI
- DOI : 10.1127/1863-9135/2010/0177-0039
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-
-

- titre
- Effect of Oxygen and Redox Potential on Glucose Fermentation in Thermotoga maritima under Controlled Physicochemical Conditions
- auteur
- Raja Lakhal, Richard Auria, Sylvain Davidson, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Moktar Hamdi, Yannick Combet-Blanc
- article
- International Journal of Microbiology, Hindawi Publishing Corporation, 2010, 2010, pp.1 - 10 / 896510. ⟨10.1155/2010/896510⟩
- identifiant
- hal-01888723
- DOI
- DOI : 10.1155/2010/896510
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-
- titre
- Response of an archaeal community from anoxic coastal marine sediments to experimental petroleum contamination
- auteur
- Gilles Miralles, Monique Acquaviva, Jean Claude Bertrand, Philippe Cuny
- article
- Aquatic Microbial Ecology, Inter Research, 2010, 59, pp.25-31. ⟨10.3354/ame01379⟩
- identifiant
- hal-00692399
- DOI
- DOI : 10.3354/ame01379
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-
- titre
- Development and application of a functional CE-SSCP fingerprinting method based on [Fe–Fe]-hydrogenase genes for monitoring hydrogen-producing Clostridium in mixed cultures
- auteur
- Marianne Quéméneur, Jérôme Hamelin, Eric Latrille, Jean-Philippe Steyer, Eric Trably
- article
- International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2010, 35 (24), pp.13158 - 13167. ⟨10.1016/j.ijhydene.2010.07.076⟩
- identifiant
- hal-01809619
- DOI
- DOI : 10.1016/j.ijhydene.2010.07.076
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-
- titre
- Mesopelagic zone ecology and biogeochemistry - a synthesis
- auteur
- Carol Robinson, Deborah K. Steinberg, Thomas R. Anderson, Javier Aristegui, Craig A. Carlson, Jessica R. Frost, Jean-Francois Ghiglione, Santiago Hernandez-Leon, George A. Jackson, Rolf Koppelmann, Bernard Queguiner, Olivier Ragueneau, Fereidoun Rassoulzadegan, Bruce H. Robison, Christian Tamburini, Tsuneo Tanaka, Karen F. Wishner, Jing Zhang
- article
- Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, Elsevier, 2010, 57, pp.1504-1518. ⟨10.1016/j.dsr2.2010.02.018⟩
- identifiant
- hal-00695891
- DOI
- DOI : 10.1016/j.dsr2.2010.02.018
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-
- titre
- Differential stability of DNA crossovers in solution mediated by divalent cations
- auteur
- Péter Várnai, Y. Timsit
- article
- Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2010, 38 (12), pp.4163-4172
- identifiant
- hal-02008075
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-
2009
Journal articles
- titre
- Desulfovibrio marrakechensis sp nov., a 1,4-tyrosol-oxidizing, sulfate-reducing bacterium isolated from olive mill wastewater
- auteur
- Fatima Chamkh, Cathrin Sproeer, Paulo Costa Lemos, Stephane Besson, Abdel-Ghani El Asli, Rhizlane Bennisse, Marc Labat, Maria Reis, Abdel-Illah Qatibi
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2009, 59, pp.936-942. ⟨10.1099/ijs.0.003822-0⟩
- identifiant
- hal-00688552
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.003822-0
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-
- titre
- Mass mortality in Northwestern Mediterranean rocky benthic communities: effects of the 2003 heat wave
- auteur
- J. Garrabou, R. Coma, N. Bensoussan, Marc Bally, P. Chevaldonne, M. Cigliano, D. Diaz, Jean Georges Harmelin, M. C. Gambi, D. K. Kersting, Jean-Baptiste Ledoux, C. Lejeusne, C. Linares, C. Marschal, T. Perez, M. Ribes, J. C. Romano, E. Serrano, N. Teixido, O. Torrents, M. Zabala, Frederic Zuberer, C. Cerrano
- article
- Global Change Biology, Wiley, 2009, 15, pp.1090-1103. ⟨10.1111/j.1365-2486.2008.01823.x⟩
- identifiant
- hal-00687683
- DOI
- DOI : 10.1111/j.1365-2486.2008.01823.x
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-
- titre
- Hydroxytyrosol from tyrosol using hydroxyphenylacetic acid-induced bacterial cultures and evidence of the role of 4-HPA 3-hydroxylase
- auteur
- Pierre-Pol Liebgott, Agnès Amouric, Alexia Comte, Jean Tholozan, Jean Lorquin
- article
- Research in Microbiology, Elsevier, 2009, 160 (10), pp.757 - 766. ⟨10.1016/j.resmic.2009.09.015⟩
- identifiant
- hal-01825484
- DOI
- DOI : 10.1016/j.resmic.2009.09.015
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-
- titre
- Effect of O 2 concentrations on Sulfolobus solfataricus P2
- auteur
- Gwenola Simon, Jasper Walther, Nathalie Zabeti, Yannick Combet-Blanc, Richard Auria, John van der Oost, Laurence Casalot
- article
- FEMS Microbiology Letters, Wiley-Blackwell, 2009, 299 (2), pp.255 - 260. ⟨10.1111/j.1574-6968.2009.01759.x⟩
- identifiant
- hal-01888710
- DOI
- DOI : 10.1111/j.1574-6968.2009.01759.x
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-
-

- titre
- The Role of Disordered Ribosomal Protein Extensions in the Early Steps of Eubacterial 50 S Ribosomal Subunit Assembly
- auteur
- Y. Timsit, Zahir Acosta, Frédéric Allemand, Claude Chiaruttini, Mathias Springer
- article
- International Journal of Molecular Sciences, MDPI, 2009, 10 (3), pp.817-834. ⟨10.3390/ijms10030817⟩
- identifiant
- hal-02008085
- DOI
- DOI : 10.3390/ijms10030817
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-
Conference papers
- titre
- SI-OC Interactions during degradation of the diatom Skeletonema marinoï
- auteur
- Brivaëla Moriceau, Madeleine Goutx, Cindy Lee, A. Robert Armstrong, Catherine Guigue, Christian Tamburini, Marie Duflos, Olivier Ragueneau
- article
- ASLO, 2009, Nice, France
- identifiant
- hal-02534466
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-
Poster communications
- titre
- Particle flux : control and processes affecting POM degradation
- auteur
- Madeleine Goutx, Brivaëla Moriceau, Catherine Guigue, Marc Garel, Christian Tamburini, Cindy Lee
- article
- ASLO Meeting, 2009, Nice, France
- identifiant
- hal-02534473
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-
2008
Journal articles
- titre
- A Single Banana Streak Virus Integration Event in the Banana Genome as the Origin of Infectious Endogenous Pararetrovirus
- auteur
- Philippe Gayral, Juan-Carlos Noa-Carrazana, Magali Lescot, Fabrice Lheureux, Benham Lockhart, Takashi Matsumoto, Pietro Piffanelli, Marie-Line Iskra-Caruana
- article
- Journal of Virology, American Society for Microbiology, 2008, 82 (13), pp.6697-6710. ⟨10.1128/JVI.00212-08⟩
- identifiant
- hal-02978140
- DOI
- DOI : 10.1128/JVI.00212-08
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-
- titre
- Metabolism of n-alkanes and n-alkenes by anaerobic bacteria: A summary
- auteur
- Vincent Grossi, Cristiana Cravo-Laureau, Rémy Guyoneaud, Anthony Ranchou-Peyruse, Agnès Hirschler-Réa
- article
- Organic Geochemistry, Elsevier, 2008, 39 (8), pp.1197 - 1203. ⟨10.1016/j.orggeochem.2008.02.010⟩
- identifiant
- hal-01840098
- DOI
- DOI : 10.1016/j.orggeochem.2008.02.010
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-
- titre
- Insights into the Musa genome: Syntenic relationships to rice and between Musa species
- auteur
- Magali Lescot, Pietro Piffanelli, Ana Ciampi, Manuel Ruiz, Guillaume Blanc, Jim Leebens-Mack, Felipe da Silva, Candice Mr Santos, Angélique d'Hont, Olivier Garsmeur, Alberto Vilarinhos, Hiroyuki Kanamori, Takashi Matsumoto, Catherine Ronning, Foo Cheung, Brian Haas, Ryan Althoff, Tammy Arbogast, Erin Hine, Georgios Pappas, Takuji Sasaki, Manoel Souza, Robert Ng Miller, Jean-Christophe Glaszmann, Christopher Town
- article
- BMC Genomics, 2008, 9 (1), ⟨10.1186/1471-2164-9-58⟩
- identifiant
- hal-02978134
- DOI
- DOI : 10.1186/1471-2164-9-58
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-
- titre
- The Genome of Borrelia recurrentis, the Agent of Deadly Louse-Borne Relapsing Fever, Is a Degraded Subset of Tick-Borne Borrelia duttonii
- auteur
- Magali Lescot, Stephane Audic, Catherine Robert, Thi Tien Nguyen, Guillaume Blanc, Sally Cutler, Patrick Wincker, Arnaud Couloux, Jean-Michel Claverie, Didier Raoult, Michel Drancourt
- article
- PLoS Genetics, Public Library of Science, 2008, 4 (9), pp.e1000185. ⟨10.1371/journal.pgen.1000185⟩
- identifiant
- hal-02978141
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pgen.1000185
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-
- titre
- Phytoplankton-bacterioplankton coupling in a subtropical South Pacific coral reef lagoon
- auteur
- Ej Rochelle-Newall, Jp Torréton, Xavier Mari, O. Pringault
- article
- Aquatic Microbial Ecology, Inter Research, 2008, 50, pp.221-229. ⟨10.3354/ame01158⟩
- identifiant
- hal-02080104
- DOI
- DOI : 10.3354/ame01158
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-
2007
Journal articles
- titre
- Exiguobacterium profundum sp. nov., a moderately thermophilic, lactic acid-producing bacterium isolated from a deep-sea hydrothermal vent
- auteur
- S. Crapart, M.-L. Fardeau, J.-L. Cayol, P. Thomas, C. Sery, B. Ollivier, Yannick Combet-Blanc
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2007, 57 (2), pp.287 - 292. ⟨10.1099/ijs.0.64639-0⟩
- identifiant
- hal-01888699
- DOI
- DOI : 10.1099/ijs.0.64639-0
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-
- titre
- Natural material role in production, activation and stabilization of alkaline protease produced from a new isolated Geobacillus caldoxylosilyticus IRDO.
- auteur
- Mona Esawy, Wafaa Helmy, Samia Ahmed, Yannick Combet-Blanc
- article
- Journal of applied sciences research, 2007, 3 (10), pp.1062 - 8
- identifiant
- hal-01888682
- Accès au bibtex
-
- titre
- Bioconversion of tyrosol into hydroxytyrosol and 3,4-dihydroxyphenylacetic acid under hypersaline conditions by the new Halomonas sp. strain HTB24
- auteur
- Pierre-Pol Liebgott, Marc Labat, Laurence Casalot, Agnès Amouric, Jean Lorquin
- article
- FEMS Microbiology Letters, Wiley-Blackwell, 2007, 276 (1), pp.26 - 33. ⟨10.1111/j.1574-6968.2007.00896.x⟩
- identifiant
- hal-01825490
- DOI
- DOI : 10.1111/j.1574-6968.2007.00896.x
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-
- titre
- The 1.3 A resolution structure of the RNA tridecamer r(GCGUUUGAAACGC): Metal ion binding correlates with base unstacking and groove contraction
- auteur
- Y. Timsit, Sophie Bombard
- article
- RNA, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2007, 13 (12), pp.2098-2107
- identifiant
- hal-02008106
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-
Book sections
- titre
- Impact of the deep biosphere on CO2 storage performance
- auteur
- Bénédicte Ménez, S Dupraz, Emmanuelle Gérard, François Guyot, Céline Rommevaux, Maximilien Libert, Fabian Delorme, Christian Michel, Fabienne Battaglia-Brunet, Bruno Garcia, Denis Blanchet, Alain-Yves Huc, F. Haeseler, Phil M. Oger, Gilles Dromart, Bernard Ollivier, Michel Magot
- article
- Geotechnologien Science Reports, 9, pp.150-163, 2007, French-German Symposium on Geological storage of CO2
- identifiant
- hal-02122968
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-
2006
Journal articles
- titre
- Immobilization of Bacillus licheniformis 5A1 milk-clotting enzyme and characterization of its enzyme properties
- auteur
- Mona Esawy, Yannick Combet-Blanc
- article
- World Journal of Microbiology and Biotechnology, Springer Verlag, 2006, 22 (3), pp.197 - 200. ⟨10.1007/s11274-005-9018-z⟩
- identifiant
- hal-01888562
- DOI
- DOI : 10.1007/s11274-005-9018-z
- Accès au bibtex
-
- titre
- Coexistence of two protein folding states in the crystal structure of ribosomal protein L20
- auteur
- Y. Timsit, Frédéric Allemand, Claude Chiaruttini, Mathias Springer
- article
- EMBO Reports, EMBO Press, 2006, 7 (10), pp.1013-1018. ⟨10.1038/sj.embor.7400803⟩
- identifiant
- hal-02008118
- DOI
- DOI : 10.1038/sj.embor.7400803
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-
Poster communications
- titre
- Si-C interactions during degradation of the diatom Skeletonema costatum
- auteur
- Brivaëla Moriceau, Madeleine Goutx, Catherine Guigue, Cindy Lee, Marie Duflos, A. Robert Armstrong, Christian Tamburini, Bruno Charrìère
- article
- AGU conference, 2006, San Francisco, United States
- identifiant
- hal-02534536
- Accès au bibtex
-
2005
Journal articles
- titre
- Molecular, Biochemical, and Physiological Approaches for Understanding the Ecology of Denitrification
- auteur
- Christelle Goréguès, Valerie Michotey, Patricia Bonin
- article
- Microbial Ecology, Springer Verlag, 2005, 49 (2), pp.198-208
- identifiant
- hal-02007308
- Accès au bibtex
-
- titre
- GoArrays: highly dynamic and efficient microarray probe design
- auteur
- S. Rimour, D. Hill, Cécile Militon, P. Peyret
- article
- Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2005, 21 (7), pp.1094-1103. ⟨10.1093/bioinformatics/bti112⟩
- identifiant
- hal-02064225
- DOI
- DOI : 10.1093/bioinformatics/bti112
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-
Patents
- titre
- Use of bacterium strains for the preparation of metallic biocatalysts, in particular for the preparation of palladium biocatalysts
- auteur
- Marc Rousset, Laurence Casalot, Pascale de Philip, A. Belaich, L. E. Macaskie, I. Mykheenko
- article
- France, Patent n° : 05 290 387.9. 2005
- identifiant
- hal-00335328
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-
2004
Journal articles
- titre
- Molecular hydrogen from water radiolysis as an energy source for bacterial growth in a basin containing irradiating waste
- auteur
- Grégoire Galès, Marie-Françoise Libert, Régine Sellier, Laurent Cournac, Virginie Chapon, Thierry Heulin
- article
- FEMS Microbiology Letters, Wiley-Blackwell, 2004, ⟨10.1016/j.femsle.2004.09.025⟩
- identifiant
- hal-01560913
- DOI
- DOI : 10.1016/j.femsle.2004.09.025
- Accès au bibtex
-
- titre
- Isolation of hydrocarbonoclastic denitrifying bacteria from berre microbial mats
- auteur
- Christelle Goréguès, Valerie Michotey, Patricia Bonin
- article
- Ophelia, Taylor & Francis, 2004, 58 (3), pp.263-270
- identifiant
- hal-02008690
- Accès au bibtex
-
- titre
- Annotation of a 95-kb Populus deltoides genomic sequence reveals a disease resistance gene cluster and novel class I and class II transposable elements
- auteur
- Magali Lescot, S. Rombauts, J. Zhang, S. Aubourg, C. Mathé, S. Jansson, P. Rouzé, W. Boerjan
- article
- TAG Theoretical and Applied Genetics, Springer Verlag, 2004, 109 (1), pp.10-22. ⟨10.1007/s00122-004-1621-0⟩
- identifiant
- hal-02978143
- DOI
- DOI : 10.1007/s00122-004-1621-0
- Accès au bibtex
-
2003
Journal articles
- titre
- Glucose Fermentation by Propionibacterium microaerophilum : Effect of pH on Metabolism and Bioenergetic
- auteur
- Marina Koussémon, Yannick Combet-Blanc, Bernard Ollivier
- article
- Current Microbiology, Springer Verlag, 2003, 46 (2), pp.141 - 145. ⟨10.1007/s00284-002-3839-x⟩
- identifiant
- hal-01888555
- DOI
- DOI : 10.1007/s00284-002-3839-x
- Accès au bibtex
-
2002
Journal articles
- titre
- Inducibility by pathogen attack and developmental regulation of the rice Ltp1 gene
- auteur
- Emmanuel Guiderdoni, Maria José Cordero, Florence Vignols, José Manuel Garcia-Garrido, Magali Lescot, Didier Tharreau, Donaldo Meynard, Nicole Ferrière, Jean-Loup Notteghem, Michel Delseny
- article
- Plant Molecular Biology Reporter, Springer Verlag, 2002, 49 (6), pp.679-695. ⟨10.1023/a:1015595100145⟩
- identifiant
- hal-02978251
- DOI
- DOI : 10.1023/a:1015595100145
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-
- titre
- Characterization of three spiral-shaped purple nonsulfur bacteria isolated from coastal lagoon sediments, saline sulfur springs, and microbial mats: Emended description of the genus Roseospira and description of Roseospira marina sp. nov., Roseospira navarrensis sp. nov., and Roseospira thiosulfatophila sp. nov.
- auteur
- R. Guyoneaud, S. Mouné, C. Eatock, V. Bothorel, Agnès Hirschler-Réa, J. Willison, R. Duran, W. Liesack, R. Herbert, R. Matheron, Pierre Caumette
- article
- Archives of Microbiology, Springer Verlag, 2002, 178 (5), pp.315-324. ⟨10.1007/s00203-002-0454-y⟩
- identifiant
- hal-01841799
- DOI
- DOI : 10.1007/s00203-002-0454-y
- Accès au bibtex
-
- titre
- PlantCARE, a database of plant cis-acting regulatory elements and a portal to tools for in silico analysis of promoter sequences
- auteur
- Magali Lescot, P. Dehais, G. Thijs, K. Marchal, Y. Moreau, Y. van de Peer, P. Rouzé, S. Rombauts
- article
- Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2002, 30 (1), pp.325-327. ⟨10.1093/nar/30.1.325⟩
- identifiant
- hal-02978179
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/30.1.325
- Accès au bibtex
-
- titre
- Effect of auxin, cytokinin, and sucrose on cell cycle gene expression in Arabidopsis thaliana cell suspension cultures
- auteur
- Caroline Richard, Magali Lescot, Dirk Inzé, Lieven de Veylder
- article
- Plant Cell, Tissue and Organ Culture, Springer Verlag, 2002, 69 (2), pp.167-176. ⟨10.1023/a:1015241709145⟩
- identifiant
- hal-02964689
- DOI
- DOI : 10.1023/a:1015241709145
- Accès au bibtex
-
-

- titre
- A Gibbs Sampling Method to Detect Overrepresented Motifs in the Upstream Regions of Coexpressed Genes
- auteur
- Gert Thijs, Kathleen Marchal, Magali Lescot, Stephane Rombauts, Bart de Moor, Pierre Rouzé, Yves Moreau
- article
- Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2002, 9 (2), pp.447-464. ⟨10.1089/10665270252935566⟩
- identifiant
- hal-02978260
- DOI
- DOI : 10.1089/10665270252935566
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2001
Journal articles
- titre
- Propionibacterium microaerophilum sp. nov., a microaerophilic bacterium isolated from olive mill wastewater
- auteur
- Yannick Combet-Blanc, Pierre Thomas, Bernard Ollivier, Marina Koussémon, Jean-Luc Cayol, Jean-Louis Garcia, Bharat Patel
- article
- International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2001, 51 (4), pp.1373 - 1382. ⟨10.1099/00207713-51-4-1373⟩
- identifiant
- hal-01888543
- DOI
- DOI : 10.1099/00207713-51-4-1373
- Accès au bibtex
-
- titre
- Hydration and structural alterations of A-DNA. Implications for the accuracy of DNA replication.
- auteur
- C Mayer, Y. Timsit
- article
- Cellular and Molecular Biology, R. Wegmann, 2001, 47 (5), pp.815-22
- identifiant
- hal-02008139
- Accès au bibtex
-
- titre
- A higher-order background model improves the detection of promoter regulatory elements by Gibbs sampling
- auteur
- G. Thijs, Magali Lescot, K. Marchal, S. Rombauts, B. de Moor, P. Rouze, Y. Moreau
- article
- Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2001, 17 (12), pp.1113-1122. ⟨10.1093/bioinformatics/17.12.1113⟩
- identifiant
- hal-02978262
- DOI
- DOI : 10.1093/bioinformatics/17.12.1113
- Accès au bibtex
-
- titre
- Convergent Evolution of MutS and Topoisomerase II for Clamping DNA crossovers and stacked Holliday junctions
- auteur
- Y. Timsit
- article
- Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, Taylor & Francis: STM, Behavioural Science and Public Health Titles, 2001, 19 (2), pp.215-218. ⟨10.1080/07391102.2001.10506733⟩
- identifiant
- hal-02008143
- DOI
- DOI : 10.1080/07391102.2001.10506733
- Accès au bibtex
-
2000
Journal articles
- titre
- DNA Structure and Polymerase Fidelity: A New Role for A-DNA
- auteur
- Y. Timsit
- article
- Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, Taylor & Francis: STM, Behavioural Science and Public Health Titles, 2000, 17 (sup1), pp.169-176. ⟨10.1080/07391102.2000.10506617⟩
- identifiant
- hal-02008153
- DOI
- DOI : 10.1080/07391102.2000.10506617
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-
1999
Journal articles
- titre
- Effect of organic complex compounds on Bacillus thermoamylovorans growth and glucose fermentation
- auteur
- Yannick Combet-Blanc, M Dieng, Pierre Yves Kergoat
- article
- Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 1999, 65 (10), pp.4582-5
- identifiant
- hal-01888535
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-
- titre
- DNA structure and polymerase fidelity 1 1Edited by T. Richmond
- auteur
- Y. Timsit
- article
- Journal of Molecular Biology, Elsevier, 1999, 293 (4), pp.835-853. ⟨10.1006/jmbi.1999.3199⟩
- identifiant
- hal-02008161
- DOI
- DOI : 10.1006/jmbi.1999.3199
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-
- titre
- Left-handed DNA Crossovers. Implications for DNA-DNA Recognition and Structural Alterations
- auteur
- Y. Timsit, Michal Shatzky-Schwartz, Zippora Shakked
- article
- Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, Taylor & Francis: STM, Behavioural Science and Public Health Titles, 1999, 16 (4), pp.775-785. ⟨10.1080/07391102.1999.10508292⟩
- identifiant
- hal-02008182
- DOI
- DOI : 10.1080/07391102.1999.10508292
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-
1998
Journal articles
- titre
- Bacterial flora in the gut of Helix aspersa (Gastropoda Pulmonata): evidence for a permanent population with a dominant homolactic intestinal bacterium, Enterococcus casseliflavus
- auteur
- Maryvonne Charrier, Yannick Combet-Blanc, Bernard Ollivier
- article
- Canadian Journal of Microbiology, NRC Research Press, 1998, 44 (1), pp.20 - 27. ⟨10.1139/w97-120⟩
- identifiant
- hal-01888519
- DOI
- DOI : 10.1139/w97-120
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-
- titre
- Hydration and recognition of methylated CpG steps in DNA
- auteur
- C. Mayer-Jung, D. Moras, Y. Timsit
- article
- EMBO Journal, EMBO Press, 1998, 17 (9), pp.2709-2718. ⟨10.1093/emboj/17.9.2709⟩
- identifiant
- hal-02008233
- DOI
- DOI : 10.1093/emboj/17.9.2709
- Accès au bibtex
-
- titre
- DNA crossovers and type II DNA topoisomerases: a thermodynamical study 1 1Edited by T. Richmond
- auteur
- Y Sikorav, Bertrand Duplantier, Gérard Jannink, Y. Timsit, Jean-Louis Sikorav
- article
- Journal of Molecular Biology, Elsevier, 1998, 284 (5), pp.1279-1287. ⟨10.1006/jmbi.1998.2280⟩
- identifiant
- hal-02008229
- DOI
- DOI : 10.1006/jmbi.1998.2280
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-
- titre
- Symmetry and chirality in topoisomerase II-DNA crossover recognition 1 1Edited by T. Richmond
- auteur
- B Timsit, Bertrand Duplantier, J Jannink, Jean-Louis Sikorav, Y. Timsit, Gérard Jannink
- article
- Journal of Molecular Biology, Elsevier, 1998, 284 (5), pp.1289-1299. ⟨10.1006/jmbi.1998.2281⟩
- identifiant
- hal-02008222
- DOI
- DOI : 10.1006/jmbi.1998.2281
- Accès au bibtex
-
1997
Journal articles
- titre
- Effect of cytosine methylation on DNA-DNA recognition at CpG steps
- auteur
- Claudine Mayer-Jung, Dino Moras, Y. Timsit
- article
- Journal of Molecular Biology, Elsevier, 1997, 270 (3), pp.328-335. ⟨10.1006/jmbi.1997.1137⟩
- identifiant
- hal-02008237
- DOI
- DOI : 10.1006/jmbi.1997.1137
- Accès au bibtex
-
1996
Journal articles
- titre
- Cruciform structures and functions.
- auteur
- Y. Timsit, D. Moras
- article
- Quarterly Reviews of Biophysics, Cambridge University Press (CUP), 1996, 29 (4), pp.279-307
- identifiant
- hal-02008246
- Accès au bibtex
-
1995
Journal articles
- titre
- Effect of pH on Bacillus thermoamylovorans Growth and Glucose Fermentation.
- auteur
- Yannick Combet-Blanc, K Kalamba, P Kergoat
- article
- Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 1995, 61 (2), pp.656-9
- identifiant
- hal-01888503
- Accès au bibtex
-
- titre
- Self-fitting and Self-modifying Properties of theB-DNA Molecule
- auteur
- Y. Timsit, Dino Moras
- article
- Journal of Molecular Biology, Elsevier, 1995, 251 (5), pp.629-647. ⟨10.1006/jmbi.1995.0461⟩
- identifiant
- hal-02008250
- DOI
- DOI : 10.1006/jmbi.1995.0461
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-
Book sections
- titre
- DNA self-fitting
- auteur
- Y. Timsit
- article
- Proceeding of the eleventh conversation, state university of New York, Albany, eds R. Sarma and M. Sarma, Adenine press., 1995
- identifiant
- hal-02398491
- Accès au bibtex
-
1994
Journal articles
- titre
- DNA self-fitting: the double helix directs the geometry of its supramolecular assembly.
- auteur
- Y. Timsit, D. Moras
- article
- EMBO Journal, EMBO Press, 1994, 13 (12), pp.2737-46
- identifiant
- hal-02008254
- Accès au bibtex
-
1992
Journal articles
- titre
- Crystallization of DNA.
- auteur
- Y. Timsit, D. Moras
- article
- Methods in Enzymology, Elsevier, 1992, 211, pp.409-29
- identifiant
- hal-02008256
- Accès au bibtex
-
1991
Journal articles
- titre
- Base-pairing shift in the major groove of (CA)n tracts by B-DNA crystal structures
- auteur
- Y. Timsit, Eric Vilbois, Dino Moras
- article
- Nature, Nature Publishing Group, 1991, 354 (6349), pp.167-170. ⟨10.1038/354167a0⟩
- identifiant
- hal-02008260
- DOI
- DOI : 10.1038/354167a0
- Accès au bibtex
-
- titre
- Groove-backbone interaction in B-DNA. Implication for DNA condensation and recombination.
- auteur
- Y. Timsit, D. Moras
- article
- Journal of Molecular Biology, Elsevier, 1991, 221 (3), pp.919-40
- identifiant
- hal-02008263
- Accès au bibtex
-
1989
Journal articles
- titre
- Unusual helical packing in crystals of DNA bearing a mutation hot spot
- auteur
- R Timsit, Eric Westhof, Robert Fuchs, Dino Moras, Y. Timsit
- article
- Nature, Nature Publishing Group, 1989, 341 (6241), pp.459-462. ⟨10.1038/341459a0⟩
- identifiant
- hal-02008266
- DOI
- DOI : 10.1038/341459a0
- Accès au bibtex
-