Publications HAL de la collection MIO-MEB

2022

Journal articles

titre
The role of coupled DNRA-Anammox during nitrate removal in a highly saline lake
auteur
N. Valiente, F. Jirsa, T. Hein, W. Wanek, J. Prommer, P. Bonin, J.J. Gómez-Alday
article
Science of the Total Environment, Elsevier, 2022, 806, pp.150726. ⟨10.1016/j.scitotenv.2021.150726⟩
identifiant
hal-03427431
DOI
DOI : 10.1016/j.scitotenv.2021.150726
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2021

Journal articles

titre
Deep ocean metagenomes provide insight into the metabolic architecture of bathypelagic microbial communities
auteur
Silvia Acinas, Pablo Sánchez, Guillem Salazar, Francisco Cornejo-Castillo, Marta Sebastián, Ramiro Logares, Marta Royo-Llonch, Lucas Paoli, Shinichi Sunagawa, Pascal Hingamp, Hiroyuki Ogata, Gipsi Lima-Mendez, Simon Roux, José González, Jesús Arrieta, Intikhab Alam, Allan Kamau, Chris Bowler, Jeroen Raes, Stéphane Pesant, Peer Bork, Susana Agustí, Takashi Gojobori, Dolors Vaqué, Matthew Sullivan, Carlos Pedrós-Alió, Ramon Massana, Carlos Duarte, Josep Gasol
article
Communications Biology, Nature Publishing Group, 2021, 4 (1), ⟨10.1038/s42003-021-02112-2⟩
identifiant
hal-03238997
DOI
DOI : 10.1038/s42003-021-02112-2
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titre
COVID-19 drug practices risk antimicrobial resistance evolution
auteur
Ebrahim Afshinnekoo, Chandrima Bhattacharya, Ana Burguete-García, Eduardo Castro-Nallar, Youping Deng, Christelle Desnues, Emmanuel Dias-Neto, Eran Elhaik, Gregorio Iraola, Soojin Jang, Paweł Łabaj, Christopher Mason, Niranjan Nagarajan, Michael Poulsen, Bharath Prithiviraj, Rania Siam, Tieliu Shi, Haruo Suzuki, Johannes Werner, Maria Mercedes Zambrano, Malay Bhattacharyya
article
The Lancet Microbe, Elsevier, 2021, ⟨10.1016/S2666-5247(21)00039-2⟩
identifiant
hal-03160391
DOI
DOI : 10.1016/S2666-5247(21)00039-2
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titre
Mesopelagic microbial carbon production correlates with diversity across different marine particle fractions
auteur
Chloé Baumas, Frédéric Le Moigne, Marc Garel, Nagib Bhairy, Sophie Guasco, Virginie Riou, Fabrice Armougom, Hans-Peter Grossart, Christian Tamburini
article
ISME Journal, Nature Publishing Group, 2021, ⟨10.1038/s41396-020-00880-z⟩
identifiant
hal-03113293
DOI
DOI : 10.1038/s41396-020-00880-z
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Pacmanvirus S19, the Second Pacmanvirus Isolated from Sewage Waters in Oran, Algeria
auteur
Guillaume Blanc, Khalil Geballa-Koukoulas, Souhila Abdi, Bernard La Scola, Julien Andreani
article
Microbiology Resource Announcements, American Society for Microbiology, 2021, 10 (42), ⟨10.1128/MRA.00693-21⟩
identifiant
hal-03394563
DOI
DOI : 10.1128/MRA.00693-21
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titre
Isolation and Characterization of Gardnerella Phage vB_Gva_AB1, a Bacteriophage Infecting a Clinical Strain of Gardnerella vaginalis
auteur
Alexia Bordigoni, Sonia Bouchard, Christelle Desnues
article
Microbiology Resource Announcements, American Society for Microbiology, 2021, 10 (12), ⟨10.1128/MRA.00053-21⟩
identifiant
hal-03203911
DOI
DOI : 10.1128/MRA.00053-21
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Development and validation of a multiplex qPCR assay for detection and relative quantification of HPV16 and HPV18 E6 and E7 oncogenes
auteur
Alexia Bordigoni, Anne Motte, Hervé Tissot-Dupont, Philippe Colson, Christelle Desnues
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, ⟨10.1038/s41598-021-83489-2⟩
identifiant
hal-03145129
DOI
DOI : 10.1038/s41598-021-83489-2
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DOM Biological Lability in an Estuarine System in Two Contrasting Periods
auteur
Simona Brogi, Raffaella Casotti, Benjamin Misson, Cecilia Balestra, Margherita Gonnelli, Stefano Vestri, Chiara Santinelli
article
Journal of Marine Science and Engineering, MDPI, 2021, ⟨10.3390/jmse9020172⟩
identifiant
hal-03148207
DOI
DOI : 10.3390/jmse9020172
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titre
Viability and stress state of bacteria associated with primary production or zooplankton-derived suspended particulate matter in summer along a transect in Baffin Bay (Arctic Ocean)
auteur
Christopher Burot, Rémi Amiraux, Patricia Bonin, Sophie Guasco, Marcel Babin, Fabien Joux, Dominique Marie, Laure Vilgrain, Hermann Heipieper, Jean-Francois Rontani
article
Science of the Total Environment, Elsevier, 2021, 770, pp.145252. ⟨10.1016/j.scitotenv.2021.145252⟩
identifiant
hal-03154542
DOI
DOI : 10.1016/j.scitotenv.2021.145252
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titre
Metal resistance genes enrichment in marine biofilm communities selected by biocide-containing surfaces in temperate and tropical coastal environments
auteur
Elisa C.P. Catao, Nicolas Gallois, Fabienne Fay, Benjamin Misson, Jean-François Briand
article
Environmental Pollution, Elsevier, 2021, 268, pp.115835. ⟨10.1016/j.envpol.2020.115835⟩
identifiant
hal-03027551
DOI
DOI : 10.1016/j.envpol.2020.115835
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titre
A high rate algal pond hosting a dynamic community of RNA viruses
auteur
Emily Chase, Sonia Monteil-Bouchard, Felana Andrianjakarivony, Angélique Gobet, Christelle Desnues, Guillaume Blanc
article
VIRUSES-BASEL, In press, ⟨10.3390/xxxxx⟩
identifiant
hal-03394586
DOI
DOI : 10.3390/xxxxx
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titre
Trace Metal Contamination Impacts Predicted Functions More Than Structure of Marine Prokaryotic Biofilm Communities in an Anthropized Coastal Area
auteur
Clément Coclet, Cédric Garnier, Sébastien d'Onofrio, Gaël Durrieu, Emilie Pasero, Christophe Le Poupon, Dario Omanović, Jean-Ulrich Mullot, Benjamin Misson, Jean-François Briand
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2021, 12, pp.589948. ⟨10.3389/fmicb.2021.589948⟩
identifiant
hal-03148203
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2021.589948
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titre
Ecosystem maturity modulates greenhouse gases fluxes from artificial lakes
auteur
Fanny Colas, Jean-Marc Baudoin, Patricia Bonin, Léa Cabrol, Martin Daufresne, Rémy Lassus, Julien Cucherousset
article
Science of the Total Environment, Elsevier, 2021, 760, pp.144046. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.144046⟩
identifiant
hal-03110280
DOI
DOI : 10.1016/j.scitotenv.2020.144046
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titre
A global metagenomic map of urban microbiomes and antimicrobial resistance
auteur
David Danko, Daniela Bezdan, Evan Afshin, Sofia Ahsanuddin, Chandrima Bhattacharya, Daniel Butler, Kern Rei Chng, Daisy Donnellan, Jochen Hecht, Katelyn Jackson, Katerina Kuchin, Mikhail Karasikov, Abigail Lyons, Lauren Mak, Dmitry Meleshko, Harun Mustafa, Beth Mutai, Russell Neches, Amanda Ng, Olga Nikolayeva, Tatyana Nikolayeva, Eileen Png, Krista Ryon, Jorge Sanchez, Heba Shaaban, Maria Sierra, Dominique Thomas, Ben Young, Omar Abudayyeh, Josue Alicea, Malay Bhattacharyya, Ran Blekhman, Eduardo Castro-Nallar, Ana Cañas, Aspassia Chatziefthimiou, Robert Crawford, Francesca de Filippis, Youping Deng, Christelle Desnues, Emmanuel Dias-Neto, Marius Dybwad, Eran Elhaik, Danilo Ercolini, Alina Frolova, Dennis Gankin, Jonathan Gootenberg, Alexandra Graf, David Green, Iman Hajirasouliha, Jaden J.A. Hastings, Mark Hernandez, Gregorio Iraola, Soojin Jang, Andre Kahles, Frank Kelly, Kaymisha Knights, Nikos Kyrpides, Paweł Łabaj, Patrick K.H. Lee, Marcus H.Y. Leung, Per Ljungdahl, Gabriella Mason-Buck, Ken Mcgrath, Cem Meydan, Emmanuel Mongodin, Milton Ozorio Moraes, Niranjan Nagarajan, Marina Nieto-Caballero, Houtan Noushmehr, Manuela Oliveira, Stephan Ossowski, Olayinka Osuolale, Orhan Özcan, David Paez-Espino, Nicolás Rascovan, Hugues Richard, Gunnar Rätsch, Lynn Schriml, Torsten Semmler, Osman Sezerman, Leming Shi, Tieliu Shi, Rania Siam, Le Huu Song, Haruo Suzuki, Denise Syndercombe Court, Scott Tighe, Xinzhao Tong, Klas Udekwu, Juan Ugalde, Brandon Valentine, Dimitar Vassilev, Elena Vayndorf, Thirumalaisamy Velavan, Jun Wu, María Zambrano, Jifeng Zhu, Sibo Zhu, Christopher Mason, Gabriela Albuquerque, Alex Alexiev, Kalyn Ali, Lucia Alvarado-Arnez, Sarh Aly, Jennifer Amachee, Maria Amorim, Majelia Ampadu, Muhammad Al-Fath Amran, Nala An, Watson Andrew, Harilanto Andrianjakarivony, Michael Angelov, Verónica Antelo, Catharine Aquino, Álvaro Aranguren, Luiza Araujo, Hitler Francois Vasquez Arevalo, Jenny Arevalo, Carme Arnan, Lucia Elena Alvarado Arnez, Fernanda Arredondo, Matthew Arthur, Freddy Asenjo, Thomas Saw Aung, Juliette Auvinet, Nuria Aventin, Sadaf Ayaz, Silva Baburyan, Abd-Manaaf Bakere, Katrin Bakhl, Thais Bartelli, Erdenetsetseg Batdelger, François Baudon, Kevin Becher, Carla Bello, Médine Benchouaia, Hannah Benisty, Anne-Sophie Benoiston, Joseph Benson, Diego Benítez, Juliana Bernardes, Denis Bertrand, Silvia Beurmann, Tristan Bitard-Feildel, Lucie Bittner, Christina Black, Guillaume Blanc, Brittany Blyther, Toni Bode, Julia Boeri, Bazartseren Boldgiv, Kevin Bolzli, Alexia Bordigoni, Ciro Borrelli, Sonia Bouchard, Jean-Pierre Bouly, Alicia Boyd, Gabriela Branco, Alessandra Breschi, Björn Brindefalk, Christian Brion, Alan Briones, Paulina Buczansla, Catherine Burke, Aszia Burrell, Alina Butova, Irvind Buttar, Jalia Bynoe, Sven Bönigk, Kari Bøifot, Hiram Caballero, Xiao Wen Cai, Dayana Calderon, Angela Cantillo, Miguel Carbajo, Alessandra Carbone, Anais Cardenas, Katerine Carrillo, Laurie Casalot, Sofia Castro, Ana Castro, Astred Castro, Ana Valeria B. Castro, Simone Cawthorne, Jonathan Cedillo, Salama Chaker, Jasna Chalangal, Allison Chan, Anastasia Chasapi, Starr Chatziefthimiou, Sreya Ray Chaudhuri, Akash Keluth Chavan, Francisco Chavez, Gregory Chem, Xiaoqing Chen, Michelle Chen, Jenn-Wei Chen, Ariel Chernomoretz, Allaeddine Chettouh, Daisy Cheung, Diana Chicas, Shirley Chiu, Hira Choudhry, Carl Chrispin, Kianna Ciaramella, Erika Cifuentes, Jake Cohen, David Coil, Sylvie Collin, Colleen Conger, Romain Conte, Flavia Corsi, Cecilia Cossio, Ana Costa, Delisia Cuebas, Bruno D’alessandro, Katherine Dahlhausen, Aaron Darling, Pujita Das, Lucinda Davenport, Laurent David, Natalie Davidson, Gargi Dayama, Stéphane Delmas, Chris Deng, Chloé Dequeker, Alexandre Desert, Monika Devi, Felipe Dezem, Clara Dias, Timothy Ryan Donahoe, Sonia Dorado, Lashonda Dorsey, Valeriia Dotsenko, Steven Du, Alexandra Dutan, Naya Eady, Jonathan Eisen, Miar Elaskandrany, Lennard Epping, Juan Escalera-Antezana, Cassie Ettinger, Iqra Faiz, Luice Fan, Nadine Farhat, Emile Faure, Fazlina Fauzi, Charlie Feigin, Skye Felice, Laís Pereira Ferreira, Gabriel Figueroa, Aubin Fleiss, Denisse Flores, Jhovana Velasco Flores, Marcos A.S. Fonseca, Jonathan Foox, Juan Carlos Forero, Aaishah Francis, Kelly French, Pablo Fresia, Jacob Friedman, Jaime Fuentes, Josephine Galipon, Mathilde Garcia, Laura Garcia, Catalina García, Annie Geiger, Samuel Gerner, Sonia Ghose, Dao Phuong Giang, Matías Giménez, Donato Giovannelli, Dedan Githae, Spyridon Gkotzis, Liliana Godoy, Samantha Goldman, Gaston Gonnet, Juana Gonzalez, Andrea Gonzalez, Camila Gonzalez-Poblete, Andrew Gray, Tranette Gregory, Charlotte Greselle, Sophie Guasco, Juan Guerra, Nika Gurianova, Wolfgang Haehr, Sebastien Halary, Felix Hartkopf, Arya Hawkins-Zafarnia, Nur Hazlin Hazrin-Chong, Eric Helfrich, Eva Hell, Tamera Henry, Samuel Hernandez, Pilar Lopez Hernandez, David Hess-Homeier, Lauren Hittle, Nghiem Xuan Hoan, Aliaksei Holik, Chiaki Homma, Irene Hoxie, Michael Huber, Elizabeth Humphries, Stephanie Hyland, Andrea Hässig, Roland Häusler, Nathalie Hüsser, Robert Petit, Badamnyambuu Iderzorig, Mizuki Igarashi, Shaikh Iqbal, Shino Ishikawa, Sakura Ishizuka, Sharah Islam, Riham Islam, Kohei Ito, Sota Ito, Takayuki Ito, Tomislav Ivankovic, Tomoki Iwashiro, Sarah Jackson, Joann Jacobs, Marisano James, Marianne Jaubert, Marie-Laure Jerier, Esmeralda Jiminez, Ayantu Jinfessa, Ymke de Jong, Hyun Woo Joo, Guilllaume Jospin, Takema Kajita, Affifah Saadah Ahmad Kassim, Nao Kato, Amrit Kaur, Inderjit Kaur, Fernanda de Souza Gomes Kehdy, Vedbar Khadka, Shaira Khan, Mahshid Khavari, Michelle Ki, Gina Kim, Hyung Jun Kim, Sangwan Kim, Ryan King, Giuseppe Kolomonaco, Ellen Koag, Nadezhda Kobko-Litskevitch, Maryna Korshevniuk, Michael Kozhar, Jonas Krebs, Nanami Kubota, Andrii Kuklin, Sheelta Kumar, Rachel Kwong, Lawrence Kwong, Ingrid Lafontaine, Juliana Lago, Tsoi Ying Lai, Elodie Laine, Manolo Laiola, Olha Lakhneko, Isha Lamba, Gerardo de Lamotte, Romain Lannes, Eleonora de Lazzari, Madeline Leahy, Hyunjung Lee, Yunmi Lee, Lucy Lee, Vincent Lemaire, Emily Leong, Dagmara Lewandowska, Chenhao Li, Weijun Liang, Moses Lin, Priscilla Lisboa, Anna Litskevitch, Eric Minwei Liu, Tracy Liu, Mayra Arauco Livia, Yui Him Lo, Sonia Losim, Manon Loubens, Jennifer Lu, Olexandr Lykhenko, Simona Lysakova, Salah Mahmoud, Sara Abdul Majid, Natalka Makogon, Denisse Maldonado, Krizzy Mallari, Tathiane Malta, Maliha Mamun, Dimitri Manoir, German Marchandon, Natalia Marciniak, Sonia Marinovic, Brunna Marques, Nicole Mathews, Yuri Matsuzaki, Vincent Matthys, Madelyn May, Elias Mccomb, Annabelle Meagher, Adiell Melamed, Wayne Menary, Katterinne Mendez, Ambar Mendez, Irène Mauricette Mendy, Irene Meng, Ajay Menon, Mark Menor, Roy Meoded, Nancy Merino, Karishma Miah, Mathilde Mignotte, Tanja Miketic, Wilson Miranda, Athena Mitsios, Ryusei Miura, Kunihiko Miyake, Maria Moccia, Natasha Mohan, Mohammed Mohsin, Karobi Moitra, Mauricio Moldes, Laura Molina, Jennifer Molinet, Orgil-Erdene Molomjamts, Eftar Moniruzzaman, Sookwon Moon, Isabelle de Oliveira Moraes, Mario Moreno, Maritza Mosella, Josef Moser, Christopher Mozsary, Amanda Muehlbauer, Oasima Muner, Muntaha Munia, Naimah Munim, Maureen Muscat, Tatjana Mustac, Cristina Muñoz, Francesca Nadalin, Areeg Naeem, Dorottya Nagy-Szakal, Mayuko Nakagawa, Ashanti Narce, Masaki Nasu, Irene González Navarrete, Hiba Naveed, Bryan Nazario, Narasimha Rao Nedunuri, Thomas Neff, Aida Nesimi, Wan Chiew Ng, Synti Ng, Gloria Nguyen, Elsy Ngwa, Agier Nicolas, Pierre Nicolas, Abdollahi Nika, Hosna Noorzi, Avigdor Nosrati, Diana Nunes, Kathryn O’brien, Niamh O’hara, Gabriella Oken, Rantimi Olawoyin, Javier Quilez Oliete, Kiara Olmeda, Tolulope Oluwadare, Itunu Oluwadare, Nils Ordioni, Jenessa Orpilla, Jacqueline Orrego, Melissa Ortega, Princess Osma, Israel Osuolale, Oluwatosin Osuolale, Mitsuki Ota, Francesco Oteri, Yuya Oto, Rachid Ounit, Christos Ouzounis, Subhamitra Pakrashi, Rachel Paras, Coral Pardo-Este, Young-Ja Park, Paulina Pastuszek, Suraj Patel, Jananan Pathmanathan, Andrea Patrignani, Manuel Perez, Ante Peros, Sabrina Persaud, Anisia Peters, Adam Phillips, Lisbeth Pineda, Melissa Pizzi, Alma Plaku, Alketa Plaku, Brianna Pompa-Hogan, María Gabriela Portilla, Leonardo Posada, Max Priestman, Bharath Prithiviraj, Sambhawa Priya, Phanthira Pugdeethosal, Catherine Pugh, Benjamin Pulatov, Angelika Pupiec, Kyrylo Pyrshev, Tao Qing, Saher Rahiel, Savlatjon Rahmatulloev, Kannan Rajendran, Aneisa Ramcharan, Adan Ramirez-Rojas, Shahryar Rana, Prashanthi Ratnanandan, Timothy Read, Hubert Rehrauer, Renee Richer, Alexis Rivera, Michelle Rivera, Alessandro Robertiello, Courtney Robinson, Paula Rodríguez, Nayra Aguilar Rojas, Paul Roldán, Anyelic Rosario, Sandra Roth, Maria Ruiz, Stephen Eduard Boja Ruiz, Kaitlan Russell, Mariia Rybak, Thais Sabedot, Mahfuza Sabina, Ikuto Saito, Yoshitaka Saito, Gustavo Adolfo Malca Salas, Cecilia Salazar, Kaung Myat San, Khaliun Sanchir, Ryan Sankar, Paulo Thiago de Souza Santos, Zulena Saravi, Kai Sasaki, Yuma Sato, Masaki Sato, Seisuke Sato, Ryo Sato, Kaisei Sato, Nowshin Sayara, Steffen Schaaf, Oli Schacher, Anna-Lena Schinke, Ralph Schlapbach, Christian Schori, Jason Schriml, Felipe Segato, Felipe Sepulveda, Marianna Serpa, Paola de Sessions, Juan Severyn, Maheen Shakil, Sarah Shalaby, Aliyah Shari, Hyenah Shim, Hikaru Shirahata, Yuh Shiwa, Ophélie da Silva, Jordana Silva, Gwenola Simon, Shaleni Singh, Kasia Sluzek, Rebecca Smith, Eunice So, Núria Andreu Somavilla, Yuya Sonohara, Nuno Rufino de Sousa, Camila Souza, Jason Sperry, Nicolas Sprinsky, Stefan Stark, Antonietta La Storia, Kiyoshi Suganuma, Hamood Suliman, Jill Sullivan, Arif Asyraf Md Supie, Chisato Suzuki, Sora Takagi, Fumie Takahara, Naoya Takahashi, Kou Takahashi, Tomoki Takeda, Isabella Takenaka, Soma Tanaka, Anyi Tang, Yuk Man Tang, Emilio Tarcitano, Andrea Tassinari, Mahdi Taye, Alexis Terrero, Eunice Thambiraja, Antonin Thiébaut, Sade Thomas, Andrew Thomas, Yuto Togashi, Takumi Togashi, Anna Tomaselli, Masaru Tomita, Itsuki Tomita, Oliver Toth, Nora Toussaint, Jennifer Tran, Catalina Truong, Stefan Tsonev, Kazutoshi Tsuda, Takafumi Tsurumaki, Michelle Tuz, Yelyzaveta Tymoshenko, Carmen Urgiles, Mariko Usui, Sophie Vacant, Laura Vann, Fabienne Velter, Valeria Ventorino, Patricia Vera-Wolf, Riccardo Vicedomini, Michael Suarez-Villamil, Sierra Vincent, Renee Vivancos-Koopman, Andrew Wan, Cindy Wang, Tomoro Warashina, Ayuki Watanabe, Samuel Weekes, Johannes Werner, David Westfall, Lothar Wieler, Michelle Williams, Silver Wolf, Brian Wong, Yan Ling Wong, Tyler Wong, Rasheena Wright, Tina Wunderlin, Ryota Yamanaka, Jingcheng Yang, Hirokazu Yano, George Yeh, Olena Yemets, Tetiana Yeskova, Shusei Yoshikawa, Laraib Zafar, Yang Zhang, Shu Zhang, Amy Zhang, Yuanting Zheng, Stas Zubenko, Natasha Abdullah, Marcos Abraao, Adel Ait-Hamlat, Muhammad Afaq, Faisal Al-Quaddoomi, Ireen Alam
article
Cell, Elsevier, 2021, 184 (13), pp.3376-3393.e17. ⟨10.1016/j.cell.2021.05.002⟩
identifiant
hal-03357730
DOI
DOI : 10.1016/j.cell.2021.05.002
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-03357730/file/1-s2.0-S0092867421005857-main.pdf BibTex
titre
Effects of nickel oxide nanoparticles on survival, reproduction, and oxidative stress biomarkers in the marine calanoid copepod Centropages ponticus under short-term exposure
auteur
Emna Djebbi, Delphine Bonnet, Olivier Pringault, Khawla Tlili, Mohamed Néjib Daly Yahia
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2021, ⟨10.1007/s11356-020-11781-1⟩
identifiant
hal-03159234
DOI
DOI : 10.1007/s11356-020-11781-1
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03159234/file/Revised%20manuscript%20%28clean%20copy%29.pdf BibTex
titre
Phylogenomic fingerprinting of tempo and functions of horizontal gene transfer within ochrophytes
auteur
Richard Dorrell, Adrien Villain, Benoît Perez-Lamarque, Guillemette Audren de Kerdrel, Giselle Mccallum, Andrew Watson, Ouardia Ait-Mohamed, Adriana Alberti, Erwann Corre, Kyle Frischkorn, Juan Pierella Karlusich, Eric Pelletier, Hélène Morlon, Chris Bowler, Guillaume Blanc
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2021, 118 (4), pp.e2009974118. ⟨10.1073/pnas.2009974118⟩
identifiant
hal-03118631
DOI
DOI : 10.1073/pnas.2009974118
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03118631/file/e2009974118.full.pdf BibTex
titre
Microbial consortia in an ice‐covered high‐altitude lake impacted by additions of dissolved organic carbon and nutrients
auteur
Flavia Dory, Laurent Cavalli, Evelyne Franquet, Benjamin Misson, Thierry Tatoni, Céline Bertrand, Magalie Claeys-Bruno
article
Freshwater Biology, Wiley, 2021, 66 (8), pp.1648-1662. ⟨10.1111/fwb.13781⟩
identifiant
hal-03375780
DOI
DOI : 10.1111/fwb.13781
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BibTex
titre
Organic additive release from plastic to seawater is lower under deep-sea conditions
auteur
Vincent Fauvelle, Marc Garel, Christian Tamburini, David Nerini, Javier Castro-Jiménez, Natascha Schmidt, Andrea Paluselli, Armand Fahs, Laure Papillon, Andy Booth, Richard Sempere
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2021, 12 (1), ⟨10.1038/s41467-021-24738-w⟩
identifiant
hal-03293644
DOI
DOI : 10.1038/s41467-021-24738-w
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-03293644/file/Fauvelle-et-al-2021.pdf BibTex
titre
OrpR is a σ 54 ‐dependent activator using an iron‐sulfur cluster for redox sensing in Desulfovibrio vulgaris Hildenborough
auteur
Anouchka Fiévet, Meriem Merrouch, Gaël Brasseur, Danaé Eve, Emanuele Biondi, Odile Valette, Sofia Pauleta, Alain Dolla, Zorah Dermoun, Bénédicte Burlat, Corinne Aubert
article
Molecular Microbiology, Wiley, 2021, 116 (1), ⟨10.1111/mmi.14705⟩
identifiant
hal-03204123
DOI
DOI : 10.1111/mmi.14705
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03204123/file/mmi.14705.pdf BibTex
titre
Fishing for the Virome of Tropical Tuna
auteur
Elsa Gadoin, Christelle Desnues, Sonia Monteil-Bouchard, Thierry Bouvier, J.-C. Auguet, Emmanuelle Roque D’orbcastel, Yvan Bettarel
article
Viruses, MDPI, 2021, 13 (7), pp.1291. ⟨10.3390/v13071291⟩
identifiant
hal-03332237
DOI
DOI : 10.3390/v13071291
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-03332237/file/viruses-13-01291.pdf BibTex
titre
Does the Composition of the Gut Bacteriome Change during the Growth of Tuna?
auteur
Elsa Gadoin, Lucile Durand, Aurélie Guillou, Sandrine Crochemore, Thierry Bouvier, Emmanuelle Roque Roque, Laurent Dagorn, J.-C. Auguet, Antoinette Adingra, Christelle Desnues, Yvan Bettarel
article
Microorganisms, MDPI, 2021, 9 (6), pp.1157. ⟨10.3390/microorganisms9061157⟩
identifiant
hal-03332247
DOI
DOI : 10.3390/microorganisms9061157
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-03332247/file/microorganisms-09-01157-v2.pdf BibTex
titre
Does the Composition of the Gut Bacteriome Change during the Growth of Tuna?
auteur
Elsa Gadoin, Lucile Durand, Aurélie Guillou, Sandrine Crochemore, Thierry Bouvier, Emmanuelle Roque d'Orbcastel, Laurent Dagorn, Jean-Christophe Auguet, Antoinette Adingra, Christelle Desnues, Yvan Bettarel
article
Microorganisms, MDPI, 2021, 9, ⟨10.3390/microorganisms9061157⟩
identifiant
hal-03416962
DOI
DOI : 10.3390/microorganisms9061157
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https://hal-cnrs.archives-ouvertes.fr/hal-03416962/file/Gadoin%20et%20al.%20-%202021%20-%20Does%20the%20Composition%20of%20the%20Gut%20Bacteriome%20Change%20.pdf BibTex
titre
Contrasting degradation rates of natural dissolved organic carbon by deep-sea prokaryotes under stratified water masses and deep-water convection conditions in the NW Mediterranean Sea
auteur
Marc Garel, Christos Panagiotopoulos, Mehdi Boutrif, Daniel Repeta, Richard Sempere, Chiara Santinelli, Bruno Charrière, David Nerini, Jean-Christophe Poggiale, Christian Tamburini
article
Marine Chemistry, Elsevier, 2021, 231, pp.103932. ⟨10.1016/j.marchem.2021.103932⟩
identifiant
hal-03159104
DOI
DOI : 10.1016/j.marchem.2021.103932
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titre
Glutamate optimizes enzymatic activity under high hydrostatic pressure in Desulfovibrio species: effects on the ubiquitous thioredoxin system
auteur
Hélène Gaussier, M. Nouailler, Edouard Champaud, Edwige Garcin, Sebban -Kreuzer, Olivier Bornet, Marc Garel, Christian Tamburini, Laetitia Pieulle, Alain Dolla, Nathalie Pradel
article
Extremophiles, Springer Verlag, In press
identifiant
hal-03272295
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titre
The Kaumoebavirus LCC10 Genome Reveals a Unique Gene Strand Bias among “Extended Asfarviridae”
auteur
Khalil Geballa-Koukoulas, Julien Andreani, Bernard La Scola, Guillaume Blanc
article
Viruses, MDPI, 2021, 13 (2), pp.148. ⟨10.3390/v13020148⟩
identifiant
hal-03118634
DOI
DOI : 10.3390/v13020148
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titre
Similar Methanogenic Shift but Divergent Syntrophic Partners in Anaerobic Digesters Exposed to Direct versus Successive Ammonium Additions
auteur
Julie Hardy, Patricia Bonin, Adele Lazuka, Estelle Gonidec, Sophie Guasco, Corinne Valette, Sébastien Lacroix, Léa Cabrol
article
Microbiology Spectrum, American Society for Microbiology, 2021, 9 (2), ⟨10.1128/Spectrum.00805-21⟩
identifiant
hal-03427417
DOI
DOI : 10.1128/Spectrum.00805-21
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titre
Efficiency of benthic diatom-associated bacteria in the removal of benzo(a)pyrene and fluoranthene
auteur
Oumayma Kahla, Sondes Melliti Ben Garali, Fatma Karray, Manel Ben Abdallah, Najwa Kallel, Najla Mhiri, Hatem Zaghden, Badreddine Barhoumi, Olivier Pringault, Marianne Quemeneur, Marc Tedetti, Sami Sayadi, Asma Sakka Hlaili
article
Science of the Total Environment, Elsevier, 2021, 751, pp.141399. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.141399⟩
identifiant
hal-02925530
DOI
DOI : 10.1016/j.scitotenv.2020.141399
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titre
Negligible microbial heterotrophic quantitative contribution onto trace metals remobilization during marine sediment resuspension - insights from a Mediterranean urbanized bay
auteur
Nicolas Layglon, Benjamin Misson, Nicolas Gallois, Sébastien d'Onofrio, Véronique Lenoble, Stéphane Mounier, Dario Omanović, Cédric Garnier
article
Marine Chemistry, Elsevier, In press, ⟨10.1016/j.marchem.2021.103981⟩
identifiant
hal-03229764
DOI
DOI : 10.1016/j.marchem.2021.103981
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titre
First Assessment of the Benthic Meiofauna Sensitivity to Low Human-Impacted Mangroves in French Guiana
auteur
Claire Michelet, Daniela Zeppilli, Cédric Hubas, Elisa Baldrighi, Philippe Cuny, Guillaume Dirberg, Cécile Militon, Romain Walcker, Dominique Lamy, Ronan Jézéquel, Justine Receveur, Gilbert Franck, Amonda El Houssainy, Aurélie Dufour, Lars-Eric Heimbürger-Boavida, Isabelle Bihannic, Lea Sylvi, Baptiste Vivier, Emma Michaud
article
Forests, MDPI, 2021, 12 (3), pp.338. ⟨10.3390/f12030338⟩
identifiant
hal-03168449
DOI
DOI : 10.3390/f12030338
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titre
Limited influence of marine sediment lyophilization on prokaryotic community structure assessed via amplicon sequencing: an example from environmentally contrasted sediment layers in Toulon harbor (France)
auteur
Benjamin Misson, Cédric Garnier, Alexandre Poulain
article
PeerJ, PeerJ, 2021, 9, pp.e11075. ⟨10.7717/peerj.11075⟩
identifiant
hal-03191488
DOI
DOI : 10.7717/peerj.11075
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03191488/file/28.limited%20influence%20of%20sediment%20lyophilization_misson%20et%20al.%202021.pdf BibTex
titre
Forensic genetic identification of sharks involved in human attacks
auteur
Nicolas Oury, Sébastien Jaquemet, Gwenola Simon, Laurie Casalot, Géry Vangrevelynghe, Fanch Landron, Hélène Magalon
article
Forensic Science International: Genetics , Elsevier, 2021, pp.102558. ⟨10.1016/j.fsigen.2021.102558⟩
identifiant
hal-03273193
DOI
DOI : 10.1016/j.fsigen.2021.102558
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titre
Integration of spatio-temporal variations of surface metabolomes and epibacterial communities highlights the importance of copper stress as a major factor shaping host-microbiota interactions within a Mediterranean seaweed holobiont
auteur
Benoît Paix, Nicolas Layglon, Christophe Le Poupon, Sébastien D’onofrio, Benjamin Misson, Cédric Garnier, Gérald Culioli, Jean-François Briand
article
Microbiome, BioMed Central, 2021, 9 (1), ⟨10.1186/s40168-021-01124-8⟩
identifiant
hal-03426129
DOI
DOI : 10.1186/s40168-021-01124-8
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titre
Synergistic effects of temperature and light affect the relationship between Taonia atomaria and its epibacterial community: a controlled conditions study
auteur
Benoit Paix, Philippe Potin, Gaëtan Schires, Christophe Le Poupon, Benjamin Misson, Catherine Leblanc, Gérald Culioli, Jean‐françois Briand
article
Environmental Microbiology, Society for Applied Microbiology and Wiley-Blackwell, 2021, ⟨10.1111/1462-2920.15758⟩
identifiant
hal-03400714
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.15758
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titre
Metal-containing PAS/GAF domains in bacterial sensors
auteur
Romain Pardoux, Alain Dolla, Corinne Aubert
article
Coordination Chemistry Reviews, Elsevier, 2021, 442, pp.214000. ⟨10.1016/j.ccr.2021.214000⟩
identifiant
hal-03249747
DOI
DOI : 10.1016/j.ccr.2021.214000
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titre
Influence of Meteorological Conditions and Aerosol Properties on the COVID-19 Contamination of the Population in Coastal and Continental Areas in France: Study of Offshore and Onshore Winds
auteur
Jacques Piazzola, William Bruch, Christelle Desnues, Philippe Parent, Christophe Yohia, Elisa Canepa
article
Atmosphere, MDPI 2021, 12 (4), pp.523. ⟨10.3390/atmos12040523⟩
identifiant
hal-03210779
DOI
DOI : 10.3390/atmos12040523
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titre
Influence of Meteorological Conditions and Aerosol Properties on the COVID-19 Contamination of the Population in Coastal and Continental Areas in France: Study of Offshore and Onshore Winds
auteur
Jacques Piazzola, William Bruch, Christelle Desnues, Philippe Parent, Christophe Yohia, Elisa Canepa
article
Atmosphere, MDPI 2021, 12 (4), pp.523. ⟨10.3390/atmos12040523⟩
identifiant
hal-03210808
DOI
DOI : 10.3390/atmos12040523
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titre
Alkaliphilus serpentinus sp. nov. and Alkaliphilus pronyensis sp. nov., two novel anaerobic alkaliphilic species isolated from the serpentinite-hosted Prony Bay Hydrothermal Field (New Caledonia)
auteur
Anne Postec, Marianne Quemeneur, Aurélien Lecoeuvre, Nicolas Chabert, Manon Joseph, Gaël Erauso
article
Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2021, 44 (2), pp.126175. ⟨10.1016/j.syapm.2020.126175⟩
identifiant
hal-03107003
DOI
DOI : 10.1016/j.syapm.2020.126175
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titre
Phosphorus cycling in the upper waters of the Mediterranean Sea (PEACETIME cruise): relative contribution of external and internal sources
auteur
Elvira Pulido-Villena, Karine Desboeufs, Kahina Djaoudi, France van Wambeke, Stéphanie Barrillon, Andrea M. Doglioli, Anne Petrenko, Vincent Taillandier, Franck Fu, Tiphanie Gaillard, Sophie Guasco, Sandra Helias Nunige, Sylvain Triquet, Cécile Guieu
article
Biogeosciences, European Geosciences Union, 2021, 18 (21), pp.5871 - 5889. ⟨10.5194/bg-18-5871-2021⟩
identifiant
hal-03418751
DOI
DOI : 10.5194/bg-18-5871-2021
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titre
Benthic oxygen dynamics and implication for the maintenance of chronic hypoxia and ecosystem degradation in the Berre lagoon (France)
auteur
Sylvain Rigaud, Bruno Deflandre, Christian Grenz, Florian Cesbron, Lara Pozzato, Baptiste Voltz, Antoine Grémare, Alicia Romero-Ramirez, Pascal Mirleau, Samuel Meulé, Vincent Faure, Nicolas Mayot, Valérie Michotey, Patricia Bonin, Ludovic Pascal, Marie-Ange Cordier, Bastien Lamarque, Márcio Tenório, Olivier Radakovitch
article
Estuarine, Coastal and Shelf Science, Elsevier, 2021, pp.107437. ⟨10.1016/j.ecss.2021.107437⟩
identifiant
hal-03249104
DOI
DOI : 10.1016/j.ecss.2021.107437
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titre
Elutriate preparation affects embryo development test with Paracentrotus lividus: An in-depth study on the differences between two protocols and three different sediment/water mixing times
auteur
Davide Sartori, Simona Macchia, Nicolas Layglon, Sébastien d'Onofrio, Benjamin Misson, Maria Piccione, Rosa Bertolotto, Alice Scuderi, Fabiano Pilato, Silvia Giuliani, David Pellegrini, Andrea Gaion
article
Ecotoxicology and Environmental Safety, Elsevier, 2021, ⟨10.1016/j.ecoenv.2021.112010⟩
identifiant
hal-03148212
DOI
DOI : 10.1016/j.ecoenv.2021.112010
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03148212/file/25.elutriate%20preparation%20and%20ecotox%20urchins_Sartori%20et%20al.%202021.pdf BibTex
titre
Increasing Hydrostatic Pressure Impacts the Prokaryotic Diversity during Emiliania huxleyi Aggregates Degradation
auteur
Christian Tamburini, Marc Garel, Aude Barani, Dominique Boeuf, Patricia Bonin, Nagib Bhairy, Sophie Guasco, Stéphanie Jacquet, Frédéric Le Moigne, Christos Panagiotopoulos, Virginie Riou, Sandrine Veloso, Chiara Santinelli, Fabrice Armougom
article
Water, MDPI, 2021, 13 (19), pp.2616. ⟨10.3390/w13192616⟩
identifiant
hal-03356668
DOI
DOI : 10.3390/w13192616
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titre
Towards the Idea of Molecular Brains
auteur
Y. Timsit, Grégoire Sergeant-Perthuis
article
International Journal of Molecular Sciences, MDPI, 2021, 22 (21), pp.11868. ⟨10.3390/ijms222111868⟩
identifiant
hal-03430257
DOI
DOI : 10.3390/ijms222111868
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https://hal.univ-lorraine.fr/hal-03430257/file/ijms-22-11868.pdf BibTex
titre
Bioluminescence and Photoreception in Unicellular Organisms: Light-Signalling in a Bio-Communication Perspective
auteur
Y. Timsit, Magali Lescot, Martha Valiadi, Fabrice Not
article
International Journal of Molecular Sciences, MDPI, 2021, 22 (21), pp.11311. ⟨10.3390/ijms222111311⟩
identifiant
hal-03430260
DOI
DOI : 10.3390/ijms222111311
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https://hal.univ-lorraine.fr/hal-03430260/file/ijms-22-11311-v3.pdf BibTex
titre
Evolution of ribosomal protein network architectures
auteur
Y. Timsit, Grégoire Sergeant-Perthuis, Daniel Bennequin
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-020-80194-4⟩
identifiant
hal-03120751
DOI
DOI : 10.1038/s41598-020-80194-4
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03120751/file/s41598-020-80194-4.pdf BibTex
titre
Spatial patterns of ectoenzymatic kinetics in relation to biogeochemical properties in the Mediterranean Sea and the concentration of the fluorogenic substrate used
auteur
France van Wambeke, Elvira Pulido-Villena, Philippe Catala, Julie Dinasquet, Kahina Djaoudi, Anja Engel, Marc Garel, Sophie Guasco, Barbara Marie, Sandra Nunige, Vincent Taillandier, Birthe Zäncker, Christian Tamburini
article
Biogeosciences, European Geosciences Union, 2021, 18 (7), pp.2301-2323. ⟨10.5194/bg-18-2301-2021⟩
identifiant
hal-03195714
DOI
DOI : 10.5194/bg-18-2301-2021
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-03195714/file/bg-18-2301-2021.pdf BibTex
titre
The Ocean Barcode Atlas: a web service to explore the biodiversity and biogeography of marine organisms.
auteur
Caroline Vernette, Nicolas Henry, Julien Lecubin, Colomban de Vargas, Pascal Hingamp, Magali Lescot
article
Molecular Ecology Resources, Wiley/Blackwell, 2021, ⟨10.1111/1755-0998.13322⟩
identifiant
hal-03115219
DOI
DOI : 10.1111/1755-0998.13322
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Book sections

titre
DRIVERS OF CHANGE
auteur
Semia Cherif, Enrique Doblas-Miranda, Piero Lionello, Carlos Borrego, Filippo Giorgi, Ana Iglesias, Sihem Jebari, Ezzeddine Mahmoudi, Marco Moriondo, Olivier Pringault, Gil Rilov, Samuel Somot, Athanassios Tsikliras, Montserrat Vilà, George Zittis
article
Cramer W, Guiot J, Marini K. Climate and Environmental Change in the Mediterranean Basin -Current Situation and Risks for the Future, Union for the Mediterranean, Plan Bleu, UNEP/MAP, Marseille, France, pp.59-180, 2021, 978-2-9577416-0-1
identifiant
hal-03210029
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-03210029/file/MedECC_MAR1_2_Drivers%20of%20change.pdf BibTex
titre
Serpentinicella
auteur
Marianne Quéméneur, Nan Mei, Anne Postec, Gaël Erauso
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, Wiley, 2021, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01817⟩
identifiant
hal-03420813
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01817
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Preprints, Working Papers, ...

titre
Subsurface iron accumulation and rapid aluminium removal in the Mediterranean following African dust deposition
auteur
Matthieu Bressac, Thibaut Wagener, Nathalie Leblond, Antonio Tovar-Sánchez, Céline Ridame, Samuel Albani, Sophie Guasco, Aurélie Dufour, Stéphanie Jacquet, François Dulac, Karine Desboeufs, Cecile Guieu
article
2021
identifiant
hal-03201012
DOI
DOI : 10.5194/bg-2021-87
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-03201012/file/bg-2021-87.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
Iron corrosion induced by the hyperthermophilic sulfate-reducing archaeon Archaeoglobus fulgidus at 70 °C
auteur
Oulfat Amin Ali, Emmanuel Aragon, Armand Fahs, Sylvain Davidson, Bernard Ollivier, Agnès Hirschler-Réa
article
International Biodeterioration & Biodegradation, 2020, 154, pp.105056. ⟨10.1016/j.ibiod.2020.105056⟩
identifiant
hal-02972980
DOI
DOI : 10.1016/j.ibiod.2020.105056
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titre
Iron corrosion induced by the hyperthermophilic sulfate-reducing archaeon Archaeoglobus fulgidus at 70°C
auteur
Oulfat Amin Ali, Emmanuel Aragon, Armand Fahs, Sylvain Davidson, Bernard Ollivier, Agnès Hirschler-Réa
article
International Biodeterioration and Biodegradation, Elsevier, 2020, 154, pp.105056. ⟨10.1016/j.ibiod.2020.105056⟩
identifiant
hal-03181343
DOI
DOI : 10.1016/j.ibiod.2020.105056
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03181343/file/Amin%20Ali%20et%20al%202020.pdf BibTex
titre
Stress factors resulting from the Arctic vernal sea-ice melt: Impact on the viability of bacterial communities associated with sympagic algae
auteur
Rémi Amiraux, Christopher Burot, Patricia Bonin, Guillaume Massé, Sophie Guasco, Marcel Babin, Frederic Vaultier, Jean-Francois Rontani
article
Elementa: Science of the Anthropocene, University of California Press, In press, 8, ⟨10.1525/elementa.076⟩
identifiant
hal-03020051
DOI
DOI : 10.1525/elementa.076
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03020051/file/Elementa190076.pdf BibTex
titre
Meta-omics Provides Insights into the Impact of Hydrocarbon Contamination on Microbial Mat Functioning
auteur
Johanne Aubé, Pavel Senin, Patricia Bonin, Olivier Pringault, Céline Jeziorski, Olivier Bouchez, Christophe Klopp, Remy Guyoneaud, Marisol Goñi-Urriza
article
Microbial Ecology, Springer Verlag, 2020, 80 (2), pp.286-295. ⟨10.1007/s00248-020-01493-x⟩
identifiant
hal-03065790
DOI
DOI : 10.1007/s00248-020-01493-x
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03065790/file/Aube_etal_MicEco_revised.pdf BibTex
titre
Two new bacteria isolated from vagina of a patient with vaginosis: Atopobium massiliense sp. nov. and Butyricimonas vaginalis sp. nov.
auteur
A. Bordigoni, C.I. Lo, E. Kuete Yimagou, B. Nicaise, K. Diop, D. Raoult, C. Desnues, F. Fenollar
article
New Microbes and New Infections, Wiley Online Library 2020, 38, pp.100771. ⟨10.1016/j.nmni.2020.100771⟩
identifiant
hal-02999173
DOI
DOI : 10.1016/j.nmni.2020.100771
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02999173/file/Two%20new%20bacteria%20isolated%20from%20vagina%20of%20a%20patient%20with%20vaginosis-%20Atopobium%20massiliense%20sp.%20nov.%20and%20Butyricimonas%20vaginalis%20sp.%20nov..pdf BibTex
titre
Megasphaera vaginalis sp. nov. and Anaerococcus vaginimassiliensis sp. nov., new bacteria isolated from vagina of French woman with bacterial vaginosis
auteur
A. Bordigoni, C.I. Lo, E.K. Yimagou, K. Diop, B. Nicaise, D. Raoult, Christelle Desnues, F. Fenollar
article
New Microbes and New Infections, Wiley Online Library 2020, 37, pp.100706. ⟨10.1016/j.nmni.2020.100706⟩
identifiant
hal-02962477
DOI
DOI : 10.1016/j.nmni.2020.100706
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02962477/file/Megasphaera%20vaginalis%20sp.%20nov.%20and%20Anaerococcus%20vaginimassiliensis%20sp.%20nov.%2C%20new%20bacteria%20isolated%20from%20vagina%20of%20French%20woman%20with%20bacterial%20vaginosis.pdf BibTex
titre
Anaerobic oxidation of methane and associated microbiome in anoxic water of Northwestern Siberian lakes
auteur
Léa Cabrol, Frédéric Thalasso, Laure Gandois, Armando Sepulveda-Jauregui, Karla Martinez-Cruz, Roman Teisserenc, Nikita Tananaev, Alexander Tveit, Mette Svenning, Maialen Barret
article
Science of the Total Environment, Elsevier, 2020, 736, pp.139588. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.139588⟩
identifiant
hal-03151740
DOI
DOI : 10.1016/j.scitotenv.2020.139588
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-03151740/file/23-Cabrol_2020_AOM%20siberian%20lakes.pdf BibTex
titre
Intraspecific variability in membrane proteome, cell growth, and morphometry of the invasive marine neurotoxic dinoflagellate Alexandrium pacificum grown in metal-contaminated conditions
auteur
Cherif Chetouhi, Estelle Masseret, Cecilia Teodora Satta, Thierry Balliau, Mohamed Laabir, N. Jean
article
Science of the Total Environment, Elsevier, 2020, 715, pp.136834. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.136834⟩
identifiant
hal-02959936
DOI
DOI : 10.1016/j.scitotenv.2020.136834
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https://hal.inrae.fr/hal-02959936/file/Chetouhi%20et%20al.%202020%20REVU.pdf BibTex
titre
Impacts of copper and lead exposure on prokaryotic communities from contaminated contrasted coastal seawaters: the influence of previous metal exposure
auteur
Clément Coclet, Cédric Garnier, Gaël Durrieu, Sébastien d'Onofrio, Nicolas Layglon, Jean-François Briand, Benjamin Misson
article
FEMS Microbiology Ecology, Wiley-Blackwell, 2020, 96 (6), ⟨10.1093/femsec/fiaa048⟩
identifiant
hal-03027561
DOI
DOI : 10.1093/femsec/fiaa048
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03027561/file/Coclet_et_al_Research_Paper_preprint.pdf BibTex
titre
Long-read only assembly of Drechmeria coniospora genomes reveals widespread chromosome plasticity and illustrates the limitations of current nanopore methods
auteur
Damien Courtine, Jan Provaznik, Jerome Reboul, Guillaume Blanc, Vladimir Benes, Jonathan Ewbank
article
GigaScience, BioMed Central, 2020, 9 (9), pp.1 - 11. ⟨10.1093/gigascience/giaa099⟩
identifiant
hal-02964511
DOI
DOI : 10.1093/gigascience/giaa099
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02964511/file/giaa099.pdf BibTex
titre
Oil Spill response in mangroves: why a specific Ecosystem-based Management is required? The case of French Guiana – a mini-review.
auteur
Philippe Cuny, Ronan Jézéquel, Emma Michaud, Léa Sylvi, Gilbert Franck, Maud Fiard, Cristele Chevalier, Valérie Morel, Cécile Militon
article
Vie et Milieu / Life & Environment, Observatoire Océanologique - Laboratoire Arago, 2020, 70 (3-4), pp.69-76
identifiant
hal-03280501
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titre
Towards the development of ecosystem-based indicators of mangrove functioning state in the context of the EU Water Framework Directive.
auteur
Guillaume Dirberg, Geneviève Barnaud, Olivier Brivois, Pierre Caessteker, Marie-Christine Cormier-Salem, Philippe Cuny, Maud Fiard, Francois Fromard, Gilbert Franck, S. Grouard, Daniel Guiral, Cédric Hubas, Daniel Imbert, Dominique Lamy, Tarik Meziane, Emma Michaud, Claire Michelet, Cécile Militon, Alain Pibot, Christophe Proisy, Tony Robinet, Thomas Stieglitz, Lea Sylvi, Florent Taureau, Hélène Udo, Romain Walcker, Daniela Zeppilli, Olivier Monnier
article
Vie et Milieu / Life & Environment, Observatoire Océanologique - Laboratoire Arago, 2020, 70 (3-4), pp.303-310
identifiant
hal-03293829
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titre
Oyster hemolymph is a complex and dynamic ecosystem hosting bacteria, protists and viruses
auteur
Samuel Dupont, A. Lokmer, E. Corre, J.-C. Auguet, Bruno Petton, E. Toulza, C. Montagnani, G. Tanguy, D. Pecqueur, C. Salmeron, Laure Guillou, Christelle Desnues, B. La Scola, J. Khalil, J. de Lorgeril, G. Mitta, Y. Gueguen, J.-M. Escoubas
article
Animal Microbiome, 2020, 2 (1), pp.12. ⟨10.1186/s42523-020-00032-w⟩
identifiant
hal-02563300
DOI
DOI : 10.1186/s42523-020-00032-w
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titre
Archaea, specific genetic traits, and development of improved bacterial live biotherapeutic products: another face of next-generation probiotics
auteur
Khaled Fadhlaoui, Marie-Edith Arnal, Matthieu Martineau, Paméla Camponova, Bernard Ollivier, Paul O’toole, Jean-François Brugere
article
Applied Microbiology and Biotechnology, Springer Verlag, 2020, 104 (11), pp.4705-4716. ⟨10.1007/s00253-020-10599-8⟩
identifiant
hal-02996543
DOI
DOI : 10.1007/s00253-020-10599-8
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titre
Correlations between microbial population dynamics, bamA gene abundance and performance of anaerobic sequencing batch reactor (ASBR) treating increasing concentrations of phenol
auteur
Oscar Franchi, Léa Cabrol, Rolando Chamy, Francisca Rosenkranz
article
Journal of Biotechnology, Elsevier, 2020, 310, pp.40-48. ⟨10.1016/j.jbiotec.2020.01.010⟩
identifiant
hal-03147119
DOI
DOI : 10.1016/j.jbiotec.2020.01.010
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titre
Comparative Genomics Unveils Regionalized Evolution of the Faustovirus Genomes
auteur
Khalil Geballa-Koukoulas, Hadjer Boudjemaa, Julien Andreani, Bernard Scola, Guillaume Blanc
article
Viruses, MDPI, 2020, 12 (5), pp.577. ⟨10.3390/v12050577⟩
identifiant
hal-02639526
DOI
DOI : 10.3390/v12050577
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titre
Long-term monitoring emphasizes impacts of the dredging on dissolved Cu and Pb contamination along with ultraplankton distribution and structure in Toulon Bay (NW Mediterranean Sea, France)
auteur
Nicolas Layglon, Benjamin Misson, Gaël Durieu, Clément Coclet, Sébastien d'Onofrio, Duc Huy Dang, David François, Jean-Ulrich Mullot, Stéphane Mounier, Véronique Lenoble, Dario Omanović, Cédric Garnier
article
Marine Pollution Bulletin, Elsevier, 2020, 156, pp.111196. ⟨10.1016/j.marpolbul.2020.111196⟩
identifiant
hal-02571468
DOI
DOI : 10.1016/j.marpolbul.2020.111196
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titre
Have decades of abiotic studies in sediments been misinterpreted?
auteur
Nicolas Layglon, Benjamin Misson, Stéphane Mounier, Véronique Lenoble, Dario Omanović, Cédric Garnier
article
Science of the Total Environment, Elsevier, 2020, 707, pp.135949. ⟨10.1016/j.scitotenv.2019.135949⟩
identifiant
hal-02409414
DOI
DOI : 10.1016/j.scitotenv.2019.135949
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titre
In situ observations and modelling revealed environmental factors favouring occurrence of Vibrio in microbiome of the pelagic Sargassum responsible for strandings
auteur
Valerie Michotey, Aurelie BlanfunÉ, Cristele Chevalier, Marc Garel, Frédéric Diaz, Léo Berline, Louis Le Grand, Fabrice Armougom, Sophie Guasco, Sandrine Ruitton, T. Changeux, Bruno Belloni, Jean Blanchot, Frédéric Ménard, Thierry Thibaut
article
Science of the Total Environment, Elsevier, 2020, 748, pp.141216. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.141216⟩
identifiant
hal-02933822
DOI
DOI : 10.1016/j.scitotenv.2020.141216
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titre
A Multi-Omics Analysis Suggests Links Between the Differentiated Surface Metabolome and Epiphytic Microbiota Along the Thallus of a Mediterranean Seaweed Holobiont
auteur
Benoît Paix, Carriot Nathan, Raphaëlle Barry-Martinet, Stephane Greff, Benjamin Misson, Jean-François Briand, Gérald Culioli
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2020, 11, pp.494. ⟨10.3389/fmicb.2020.00494⟩
identifiant
hal-02519482
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2020.00494
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titre
Desulfobotulus mexicanus sp. nov., a novel sulfate-reducing bacterium isolated from the sediment of an alkaline crater lake in Mexico
auteur
Maria Fernanda Pérez-Bernal, Elcia Brito, Manon Bartoli, Johanne Aubé, Bernard Ollivier, Remy Guyoneaud, Agnès Hirschler-Réa
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2020, 70 (5), pp.3219-3225. ⟨10.1099/ijsem.0.004159⟩
identifiant
hal-02860502
DOI
DOI : 10.1099/ijsem.0.004159
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titre
CHLSOC: the Chilean Soil Organic Carbon database, a multi-institutional collaborative effort
auteur
Marco Pfeiffer, José Padarian, Rodrigo Osorio, Nelson Bustamante, Guillermo Federico Olmedo, Mario Guevara, Felipe Aburto, Francisco Albornoz, Monica Antilén, Elías Araya, Eduardo Arellano, Maialen Barret, Juan Barrera, Pascal Boeckx, Margarita Briceño, Sally Bunning, Léa Cabrol, Manuel Casanova, Pablo Cornejo, Fabio Corradini, Gustavo Curaqueo, Sebastian Doetterl, Paola Duran, Mauricio Escudey, Angelina Espinoza, Samuel Francke, Juan Pablo Fuentes, Marcel Fuentes, Gonzalo Gajardo, Rafael García, Audrey Gallaud, Mauricio Galleguillos, Andrés Gomez, Marcela Hidalgo, Jorge Ivelic-Sáez, Lwando Mashalaba, Francisco Matus, Francisco Meza, Maria de la Luz Mora, Jorge Mora, Cristina Muñoz, Pablo Norambuena, Carolina Olivera, Carlos Ovalle, Marcelo Panichini, Aníbal Pauchard, Jorge Pérez-Quezada, Sergio Radic, José Ramirez, Nicolás Riveras, Germán Ruiz, Osvaldo Salazar, Iván Salgado, Oscar Seguel, Maria Sepúlveda, Carlos Sierra, Yasna Tapia, Francisco Tapia, Balfredo Toledo, José Miguel Torrico, Susana Valle, Ronald Vargas, Michael Wolff, Erick Zagal
article
Earth System Science Data, Copernicus Publications, 2020, 12 (1), pp.457-468. ⟨10.5194/essd-12-457-2020⟩
identifiant
hal-03147125
DOI
DOI : 10.5194/essd-12-457-2020
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titre
Production of Current by Syntrophy Between Exoelectrogenic and Fermentative Hyperthermophilic Microorganisms in Heterotrophic Biofilm from a Deep-Sea Hydrothermal Chimney
auteur
Guillaume Pillot, Sylvain Davidson, Richard Auria, Yannick Combet-Blanc, Anne Godfroy, Pierre-Pol Liebgott
article
Microbial Ecology, Springer Verlag, 2020, 79 (1), pp.38-49. ⟨10.1007/s00248-019-01381-z⟩
identifiant
hal-02962527
DOI
DOI : 10.1007/s00248-019-01381-z
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titre
Dissolved organic matter controls of arsenic bioavailability to bacteria
auteur
Martin Pothier, Véronique Lenoble, Cédric Garnier, Benjamin Misson, Charlotte Rentmeister, Alexandre Poulain
article
Science of the Total Environment, Elsevier, 2020, 716, pp.137118. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.137118⟩
identifiant
hal-03027565
DOI
DOI : 10.1016/j.scitotenv.2020.137118
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titre
Anaerohalosphaera lusitana gen. nov., sp. nov., and Limihaloglobus sulfuriphilus gen. nov., sp. nov., isolated from solar saltern sediments, and proposal of Anaerohalosphaeraceae fam. nov. within the order Sedimentisphaerales
auteur
Nathalie Pradel, Marie-Laure Fardeau, Brian Tindall, Stefan Spring
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, In press, ⟨10.1099/ijsem.0.003919⟩
identifiant
hal-02462868
DOI
DOI : 10.1099/ijsem.0.003919
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titre
Prokaryotic Diversity and Distribution Along Physical and Nutrient Gradients in the Tunisian Coastal Waters (South Mediterranean Sea)
auteur
Marianne Quemeneur, Malika Bel Hassen, Fabrice Armougom, Yosra Khammeri, Rim Lajnef, Amel Bellaaj-Zouari
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.593540⟩
identifiant
hal-03033038
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2020.593540
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titre
Impact of cigarette butts on microbial diversity and dissolved trace metals in coastal marine sediment
auteur
Marianne Quemeneur, Sandrine Chifflet, Fourat Akrout, Amel Bellaaj-Zouari, Malika Belhassen
article
Estuarine, Coastal and Shelf Science, Elsevier, 2020, 240, pp.106785. ⟨10.1016/j.ecss.2020.106785⟩
identifiant
hal-02881380
DOI
DOI : 10.1016/j.ecss.2020.106785
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titre
Responses to the Hydrostatic Pressure of Surface and Subsurface Strains of Pseudothermotoga elfii Revealing the Piezophilic Nature of the Strain Originating From an Oil-Producing Well
auteur
Marie Roumagnac, Nathalie Pradel, Manon Bartoli, Marc Garel, Aaron Jones, Fabrice Armougom, Romain Fenouil, Christian Tamburini, Bernard Ollivier, Zarath Summers, Alain Dolla
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.588771⟩
identifiant
hal-03152104
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2020.588771
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titre
Characterization of the Gut Microbiota of the Antarctic Heart Urchin (Spatangoida) Abatus agassizii
auteur
Guillaume Schwob, Léa Cabrol, Elie Poulin, Julieta Orlando
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.00308⟩
identifiant
hal-03147115
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2020.00308
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titre
A novel Thermotoga strain TFO isolated from a Californian petroleum reservoir phylogenetically related to Thermotoga petrophila and T. naphthophila, two thermophilic anaerobic isolates from a Japanese reservoir: Taxonomic and genomic considerations
auteur
Zara Summers, Hassiba Belahbib, Nathalie Pradel, Manon Bartoli, Pooja Mishra, Christian Tamburini, Alain Dolla, Bernard Ollivier, Fabrice Armougom
article
Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2020, 43 (6), pp.126132. ⟨10.1016/j.syapm.2020.126132⟩
identifiant
hal-03007670
DOI
DOI : 10.1016/j.syapm.2020.126132
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titre
Reviews and syntheses: Bacterial bioluminescence – ecology and impact in the biological carbon pump
auteur
Lisa Tanet, Severine Martini, Laurie Casalot, Christian Tamburini
article
Biogeosciences, European Geosciences Union, 2020, 17 (14), pp.3757-3778. ⟨10.5194/bg-17-3757-2020⟩
identifiant
hal-02901948
DOI
DOI : 10.5194/bg-17-3757-2020
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titre
Sub-oxycline methane oxidation can fully uptake CH4 produced in sediments: case study of a lake in Siberia
auteur
Frédéric Thalasso, Armando Sepulveda-Jauregui, Laure Gandois, Karla Martinez-Cruz, Oscar Gerardo-Nieto, María Astorga-España, Roman Teisserenc, Céline Lavergne, Nikita Tananaev, Maialen Barret, Léa Cabrol
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2020, 10 (1), ⟨10.1038/s41598-020-60394-8⟩
identifiant
hal-03147113
DOI
DOI : 10.1038/s41598-020-60394-8
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titre
Impact of the microbial inoculum source on pre-treatment efficiency for fermentative H2 production from glycerol
auteur
Javiera Toledo-Alarcón, Léa Cabrol, David Jeison, Eric Trably, Jean-Philippe Steyer, Estela Tapia-Venegas
article
International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2020, 45 (3), pp.1597-1607. ⟨10.1016/j.ijhydene.2019.11.113⟩
identifiant
hal-02531470
DOI
DOI : 10.1016/j.ijhydene.2019.11.113
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02531470/file/17-Toledo_2019_hydrogen%20productionrevu.pdf BibTex
titre
Oxygen and light determine the pathways of nitrate reduction in a highly saline lake
auteur
Nicolás Valiente, Franz Jirsa, Thomas Hein, Wolfgang Wanek, Patricia Bonin, Juan José Gómez-Alday
article
Biogeosciences, European Geosciences Union, 2020, ⟨10.5194/bg-2020-20⟩
identifiant
hal-03022672
DOI
DOI : 10.5194/bg-2020-20
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titre
Diversity and evolution of bacterial bioluminescence genes in the global ocean
auteur
Thomas Vannier, Pascal Hingamp, Floriane Turrel, Lisa Tanet, Magali Lescot, Y. Timsit
article
NAR Genomics and Bioinformatics, Oxford University Press, 2020, 2 (2), ⟨10.1093/nargab/lqaa018⟩
identifiant
hal-02514159
DOI
DOI : 10.1093/nargab/lqaa018
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titre
Widespread microbial mercury methylation genes in the global ocean
auteur
Emilie Villar, Léa Cabrol, Lars-Eric Heimbürger-Boavida
article
Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2020, 12 (3), pp.277-287. ⟨10.1111/1758-2229.12829⟩
identifiant
hal-02935272
DOI
DOI : 10.1111/1758-2229.12829
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02935272/file/648329.full.pdf BibTex

Conference papers

titre
Oil Spill response in mangroves: why a specific Ecosystem-based Management is required?
auteur
Philippe Cuny, Ronan Jézéquel, Emma Michaud, Lea Sylvi, Cécile Militon
article
International Workshop on Ecosystem-based Management, Feb 2020, Marseille, France
identifiant
hal-03096700
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Book sections

titre
Un risque littoral avéré non représenté : la pollution par les hydrocarbures pétroliers
auteur
Cristele Chevalier, Philippe Cuny, Valérie Morel
article
Atlas critique de la Guyane, pp.302-303, 2020, 978-2-271-13213-0
identifiant
hal-02968133
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Preprints, Working Papers, ...

titre
Particulate biogenic barium tracer of mesopelagic carbon remineralization in the Mediterranean Sea (PEACETIME project)
auteur
Stéphanie Jacquet, Christian Tamburini, Marc Garel, Aurélie Dufour, France Van-Vambeke, Frédéric A.C. Le Moigne, Nagib Bhairy, Sophie Guasco
article
2020
identifiant
hal-02960674
DOI
DOI : 10.5194/bg-2020-271
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titre
On the barium-oxygen consumption relationship in the Mediterranean Sea: implications for mesopelagic marine snow remineralisation
auteur
Stéphanie Jacquet, Dominique Lefèvre, Christian Tamburini, Marc Garel, Frédéric A.C. Le Moigne, Nagib Bhairy, Marie Roumagnac, Sophie Guasco
article
2020
identifiant
hal-02960676
DOI
DOI : 10.5194/bg-2020-241
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titre
Electrotrophy as potential primary metabolism for colonization of conductive surfaces in deep-sea hydrothermal chimneys
auteur
Guillaume Pillot, Sylvain Davidson, Laetitia Shintu, Oulfat Amin, Anne Godfroy, Yannick Combet-Blanc, Patricia Bonin, Pierre-Pol Liebgott
article
2020
identifiant
hal-03022667
DOI
DOI : 10.1101/2020.11.11.377697
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titre
Genomic evidence for global ocean plankton biogeography shaped by large-scale current systems
auteur
Daniel Richter, Romain Watteaux, Thomas Vannier, Jade Leconte, Paul Frémont, Gabriel Reygondeau, Nicolas Maillet, Nicolas Henry, Gaëtan Benoit, Antonio Fernandez-Guerra, Samir Suweis, Romain Narci, Cédric Berney, Damien Eveillard, Frédérick Gavory, Lionel Guidi, Karine Labadie, Eric Mahieu, Julie Poulain, Sarah Romac, Simon Roux, Céline Dimier, Stefanie Kandels, Marc Picheral, Sarah Searson, Stéphane Pesant, Jean-Marc Aury, Jennifer Brum, Claire Lemaitre, Eric Pelletier, Peer Bork, Shinichi Sunagawa, Lee Karp-Boss, Chris Bowler, Matthew Sullivan, Eric Karsenti, Mahendra Mariadassou, Ian Probert, Pierre Peterlongo, Patrick Wincker, Colomban de Vargas, Maurizio Ribera d'Alcalà, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon
article
2020
identifiant
hal-02399723
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https://hal.inria.fr/hal-02399723/file/867739.full.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
New High-Tech Flexible Networks for the Monitoring of Deep-Sea Ecosystems
auteur
Jacopo Aguzzi, Damianos Chatzievangelou, Simone Marini, Emanuela Fanelli, Roberto Danovaro, Sascha Flögel, Nadine Lebris, Francis Juanes, Fabio de Leo, Joaquin del Rio, Laurenz Thomsen, Corrado Costa, Giorgio Riccobene, Christian Tamburini, Dominique Lefèvre, Carl Gojak, Pierre-Marie Poulain, Paolo Favali, Annalisa Griffa, Autun Purser, Danelle Cline, Duane Edgington, Joan Navarro, Sergio Stefanni, Steve D’hondt, Imants Priede, Rodney Rountree, Joan Company
article
Environmental Science and Technology, American Chemical Society, 2019, 53 (12), pp.6616-6631. ⟨10.1021/acs.est.9b00409⟩
identifiant
hal-02292665
DOI
DOI : 10.1021/acs.est.9b00409
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titre
The lichen symbiosis re-viewed through the genomes of Cladonia grayi and its algal partner Asterochloris glomerata
auteur
Daniele Armaleo, Olaf Müller, François Lutzoni, Guillaume Blanc, Helge Bode, Frank Collart, Francesco Dal Grande, Fred Dietrich, Igor Grigoriev, Suzanne Joneson, Alan Kuo, Peter Larsen, John Logsdon, David López, Francis Martin, Susan May, Tami Mcdonald, Sabeeha Merchant, Vivian Miao, Emmanuelle Morin, Ryoko Oono, Matteo Pellegrini, Nimrod Rubinstein, Maria Virginia Sanchez-Puerta, Elizabeth Savelkoul, Imke Schmitt, Jason Slot, Darren Soanes, Péter Szövényi, Nicholas Talbot, Claire Veneault-Fourrey, Basil Xavier
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2019, 20 (1), pp.605. ⟨10.1186/s12864-019-5629-x⟩
identifiant
hal-02192633
DOI
DOI : 10.1186/s12864-019-5629-x
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02192633/file/Armaleo_et_al-2019-BMC_Genomics.pdf BibTex
titre
Towards Integrating Evolution, Metabolism, and Climate Change Studies of Marine Ecosystems
auteur
Federico Baltar, Barbara Bayer, Nina Bednarsek, Stacy Deppeler, Ruben Escribano, Carolina Gonzalez, Roberta Hansman, Rajani Kanta Mishra, Mary Ann Moran, Daniel Repeta, Carol Robinson, Eva Sintes, Christian Tamburini, Luis Valentin, Gerhard Herndl
article
Trends in Ecology and Evolution, Elsevier, 2019, 34 (11), pp.1022-1033. ⟨10.1016/J.TREE.2019.07.003⟩
identifiant
hal-02989907
DOI
DOI : 10.1016/J.TREE.2019.07.003
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02989907/file/1-s2.0-S0169534719301934-main.pdf BibTex
titre
Seasonal changes of chemical contamination in coastal waters during sediment resuspension
auteur
Chrystelle Bancon-Montigny, Catherine Gonzalez, Sophie Delpoux, Murielle Avezac, Sylvie Spinelli, Takoua Mhadhbi, Kaouther Mejri, Asma Sakka Hlaili, Olivier Pringault
article
Chemosphere, Elsevier, 2019, 235, pp.651-661. ⟨10.1016/j.chemosphere.2019.06.213⟩
identifiant
hal-02192471
DOI
DOI : 10.1016/j.chemosphere.2019.06.213
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02192471/file/Bancon-Montigny%20et%20al%20revised%20version%20Chemosphere.pdf BibTex
titre
Enhancement of biotic degradation of terrestrial particulate organic matter in an estuarine salinity gradient: Interactive effects of organic matter pools and changes of bacterial communities.
auteur
Patricia Bonin, Anne-Hélène Prime, Mairie-Aimée Galeron, Sophie Guasco, Jean-Francois Rontani
article
Aquatic Microbial Ecology, Inter Research, 2019, 83, pp.147 - 159. ⟨10.3354/ame01908⟩
identifiant
hal-03019979
DOI
DOI : 10.3354/ame01908
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03019979/file/depot%20hal.pdf BibTex
titre
Community‐Level Responses to Iron Availability in Open Ocean Plankton Ecosystems
auteur
Luigi Caputi, Quentin Carradec, Damien Eveillard, Amos Kirilovsky, Eric Pelletier, Juan Pierella Karlusich, Fabio Rocha Jimenez Vieira, Emilie Villar, Samuel Chaffron, Shruti Malviya, Eleonora Scalco, Silvia G Acinas, Adriana Alberti, Jean Marc Aury, Anne-Sophie Benoiston, Alexis Bertrand, Tristan Biard, Lucie Bittner, Martine Boccara, Jennifer R. Brum, Christophe Brunet, Greta Busseni, Anna Carratalà, Hervé Claustre, Luis Pedro Coelho, Sébastien Colin, Salvatore d'Aniello, Corinne da Silva, Marianna del Core, Hugo Doré, Stéphane Gasparini, Florian Kokoszka, Jean-Louis Jamet, Christophe Lejeusne, Cyrille Lepoivre, Magali Lescot, Gipsi Lima-Mendez, Fabien Lombard, Julius Lukeš, Nicolas Maillet, Mohammed-Amin Madoui, Elodie Martinez, Maria Grazia Mazzocchi, Mario Néou, Javier Paz-Yepes, Julie Poulain, Simon Ramondenc, Jean-Baptiste Romagnan, Simon Roux, Daniela Salvagio Manta, Remo Sanges, Sabrina Speich, Mario Sprovieri, Shinichi Sunagawa, Vincent Taillandier, Atsuko Tanaka, Leila Tirichine, Camille Trottier, Julia Uitz, Alaguraj Veluchamy, Jana Veselá, Flora Vincent, Sheree Yau, Stefanie Kandels-Lewis, Sarah Searson, Céline Dimier, Marc Picheral, Peer Bork, Emmanuel Boss, Colomban de Vargas, Michael Follows, Nigel Grimsley, Lionel Guidi, Pascal Hingamp, Eric Karsenti, Paolo Sordino, Lars Stemmann, Matthew B. Sullivan, Alessandro Tagliabue, Adriana Zingone, Laurence Garczarek, Fabrizio d'Ortenzio, Pierre Testor, Fabrice Not, Maurizio Ribera d'Alcalà, Patrick Wincker, Chris Bowler, Daniele Iudicone, Gabriel Gorsky, Olivier Jaillon, Lee Karp-Boss, Uros Krzic, Hiroyuki Ogata, Stéphane Pesant, Jeroen Raes, Emmanuel Reynaud, Christian Sardet, Mike Sieracki, Didier Velayoudon, Jean Weissenbach
article
Global Biogeochemical Cycles, American Geophysical Union, 2019, 33 (3), pp.391-419. ⟨10.1029/2018GB006022⟩
identifiant
hal-02999805
DOI
DOI : 10.1029/2018GB006022
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titre
Shear Stress as a Major Driver of Marine Biofilm Communities in the NW Mediterranean Sea
auteur
Elisa Catão, Thomas Pollet, Benjamin Misson, Cédric Garnier, Jean-François Ghiglione, Raphaëlle Barry-Martinet, Marine Maintenay, Christine Bressy, Jean-François Briand
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, ⟨10.3389/fmicb.2019.01768⟩
identifiant
hal-02269986
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2019.01768
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https://hal-univ-tln.archives-ouvertes.fr/hal-02269986/file/17.Shear%20stress%20as%20a%20major%20driver%20of%20marine%20biofilm%20communities..._Catao%20et%20al.%202019.pdf BibTex
titre
Halanaerobaculum
auteur
Jean Luc Cayol
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2019, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01725⟩
identifiant
hal-02883868
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01725
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titre
In silico prediction of the secretome from the invasive neurotoxic marine dinoflagellate Alexandrium catenella
auteur
Cherif Chetouhi, Mohammed Laabir, Estelle Masseret, Natacha Jean
article
Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2019, 11 (4), pp.571--580. ⟨10.1111/1758-2229.12764⟩
identifiant
hal-02403261
DOI
DOI : 10.1111/1758-2229.12764
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titre
Impact of sterilization methods on dissolved trace metals concentrations in complex natural samples: optimization of UV irradiation
auteur
Sandrine Chifflet, Marianne Quemeneur, Aude Barani, Bernard Angeletti, Morgane Didry, Gérald Grégori, Nathalie Pradel
article
MethodsX, Elsevier, 2019, 6, pp.1133-1146. ⟨10.1016/j.mex.2019.04.020⟩
identifiant
hal-02128494
DOI
DOI : 10.1016/j.mex.2019.04.020
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02128494/file/Chifflet_all_2019.pdf BibTex
titre
Dynamics of trace metals in a shallow coastal ecosystem : insights from the Gulf of Gabès (southern Mediterranean Sea)
auteur
Sandrine Chifflet, Marc Tedetti, Hana Zouch, Rania Fourati, Hatem Zaghden, Boubaker Elleuch, Marianne Quemeneur, Fatma Karray, Sami Sayadi
article
Aims Environmental Science, AIMS Press, 2019, 6 (4), pp.277-297. ⟨10.3934/environsci.2019.4.277⟩
identifiant
hal-02184270
DOI
DOI : 10.3934/environsci.2019.4.277
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02184270/file/Chifflet%20et%20al%202019%20-%20AIMS.pdf BibTex
titre
Changes in Bacterioplankton Communities Resulting From Direct and Indirect Interactions With Trace Metal Gradients in an Urbanized Marine Coastal Area
auteur
Clément Coclet, Cédric Garnier, Gaël Durrieu, Dario Omanović, Sébastien d'Onofrio, Christophe Le Poupon, Jean-Ulrich Mullot, Jean-François Briand, Benjamin Misson
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, 10, ⟨10.3389/fmicb.2019.00257⟩
identifiant
hal-02049263
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2019.00257
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02049263/file/fmicb-10-00257.pdf BibTex
titre
Seasonal and plant-part isotopic and biochemical variation in Posidonia oceanica
auteur
Pierre Cresson, Charles Francois Boudouresque, Sandrine Ruitton, Laurie Casalot, Marc Verlaque, Mireille Harmelin-Vivien
article
Mediterranean Marine Science, Athens : National Centre for Marine Research, 2019, 20 (2), pp.357. ⟨10.12681/mms.18660⟩
identifiant
hal-02458445
DOI
DOI : 10.12681/mms.18660
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02458445/file/Cresson%20et%20al-2019-Med%20Mar%20Sc-Posidonia%20IS%20Bioch.pdf BibTex
titre
Global phylogeography and ancient evolution of the widespread human gut virus crAssphage
auteur
Robert Edwards, Alejandro Vega, Holly Norman, Maria Ohaeri, Kyle Levi, Elizabeth Dinsdale, Ondrej Cinek, Ramy Aziz, Katelyn Mcnair, Jeremy Barr, Kyle Bibby, Stan Brouns, Adrian Cazares, Patrick de Jonge, Christelle Desnues, Samuel Díaz Muñoz, Peter Fineran, Alexander Kurilshikov, Rob Lavigne, Karla Mazankova, David Mccarthy, Franklin Nobrega, Alejandro Reyes Muñoz, German Tapia, Nicole Trefault, Alexander Tyakht, Pablo Vinuesa, Jeroen Wagemans, Alexandra Zhernakova, Frank Aarestrup, Gunduz Ahmadov, Abeer Alassaf, Josefa Anton, Abigail Asangba, Emma Billings, Adrian Cantu, Jane Carlton, Daniel Cazares, Gyu-Sung Cho, Tess Condeff, Pilar Cortés, Mike Cranfield, Daniel Cuevas, Rodrigo de la Iglesia, Przemyslaw Decewicz, Michael Doane, Nathaniel Dominy, Lukasz Dziewit, Bashir Mukhtar Elwasila, A. Murat Eren, Charles Franz, Jingyuan Fu, Cristina Garcia-Aljaro, Elodie Ghedin, Kristen Gulino, John Haggerty, Steven Head, Rene Hendriksen, Colin Hill, Heikki Hyöty, Elena Ilina, Mitchell Irwin, Thomas Jeffries, Juan Jofre, Randall Junge, Scott Kelley, Mohammadali Khan Mirzaei, Martin Kowalewski, Deepak Kumaresan, Steven Leigh, David Lipson, Eugenia Lisitsyna, Montserrat Llagostera, Julia Maritz, Linsey Marr, Angela Mccann, Shahar Molshanski-Mor, Sílvia Monteiro, Benjamin Moreira-Grez, Megan Morris, Lawrence Mugisha, Maite Muniesa, Horst Neve, Nam-Phuong Nguyen, Olivia Nigro, Anders Nilsson, Taylor O’connell, Rasha Odeh, Andrew Oliver, Maria Piuri, Aaron Prussin Ii, Udi Qimron, Zhe-Xue Quan, Petra Rainetova, Adán Ramírez-Rojas, Raul Raya, Kim Reasor, Gillian Rice, Alessandro Rossi, Ricardo Santos, John Shimashita, Elyse Stachler, Lars Stene, Ronan Strain, Rebecca Stumpf, Pedro Torres, Alan Twaddle, Maryann Ugochi Ibekwe, Nicolás Villagra, Stephen Wandro, Bryan White, Andy White, Katrine White, Cisca Wijmenga, Maria Zambrano, Henrike Zschach, Bas Dutilh
article
Nature Microbiology, Nature Publishing Group, 2019, ⟨10.1038/s41564-019-0494-6⟩
identifiant
hal-02195894
DOI
DOI : 10.1038/s41564-019-0494-6
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titre
Anaerosalibacter
auteur
Marie Laure Fardeau, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2019, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01397⟩
identifiant
hal-02884004
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01397
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titre
Genus Paludifilum
auteur
Marie-Laure Fardeau, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2019
identifiant
hal-02883924
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02883924/file/Paludifilum-gbm01628.pdf BibTex
titre
Fonticella
auteur
Marie Laure Fardeau, Anne Postec, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2019, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01633⟩
identifiant
hal-02884215
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01633
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titre
Methanocalculus
auteur
Marie-Laure Fardeau, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2019
identifiant
hal-02883889
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02883889/file/Methanocalculus-gbm00512.pdf BibTex
titre
Metabolomic and proteomic changes induced by growth inhibitory concentrations of copper in the biofilm-forming marine bacterium Pseudoalteromonas lipolytica
auteur
Laurie Favre, Annick Ortalo-Magné, Lionel Kerloch, Carole Pichereaux, Benjamin Misson, Jean-François Briand, Cédric Garnier, Gérald Culioli
article
Metallomics, Royal Society of Chemistry, 2019, 11 (11), pp.1887-1899. ⟨10.1039/C9MT00184K⟩
identifiant
hal-02435001
DOI
DOI : 10.1039/C9MT00184K
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https://hal-univ-tln.archives-ouvertes.fr/hal-02435001/file/preprint.pdf.pdf BibTex
titre
Evidence of high N2 fixation rates in the temperate northeast Atlantic
auteur
Debany Fonseca-Batista, Xuefeng Li, Virginie Riou, Valerie Michotey, Florian Deman, François Fripiat, Sophie Guasco, Natacha Brion, Nolwenn Lemaitre, Manon Tonnard, Morgane Gallinari, Hélène Planquette, Frédéric Planchon, Géraldine Sarthou, Marc Elskens, Julie Laroche, Lei Chou, Frank Dehairs
article
Biogeosciences, European Geosciences Union, 2019, 16 (5), pp.999-1017. ⟨10.5194/bg-16-999-2019⟩
identifiant
hal-02066554
DOI
DOI : 10.5194/bg-16-999-2019
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02066554/file/bg-16-999-2019.pdf BibTex
titre
A Novel Highly Efficient Device for Growing Micro-Aerophilic Microorganisms
auteur
Maxime Fuduche, Sylvain Davidson, Celine Boileau, Long-Fei Wu, Yannick Combet-Blanc
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, 10, ⟨10.3389/fmicb.2019.00534⟩
identifiant
hal-02237351
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2019.00534
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02237351/file/fuduche_frontmic.pdf BibTex
titre
Crassaminicella
auteur
Gregoire Gales, Anne Postec, Jean Luc Cayol
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2019, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01636⟩
identifiant
hal-02884038
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01636
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titre
Pressure-Retaining Sampler and High-Pressure Systems to Study Deep-Sea Microbes Under in situ Conditions
auteur
Marc Garel, Patricia Bonin, Severine Martini, Sophie Guasco, Marie Roumagnac, Nagib Bhairy, Fabrice Armougom, Christian Tamburini
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, 10, pp.453. ⟨10.3389/fmicb.2019.00453⟩
identifiant
hal-02094373
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2019.00453
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02094373/file/Garel_etal_2019.pdf BibTex
titre
Effects of catchment area and nutrient deposition regime on phytoplankton functionality in alpine lakes
auteur
Coralie Jacquemin, Céline Bertrand, Evelyne Franquet, Stéphane Mounier, Benjamin Misson, Benjamin Oursel, Laurent Cavalli
article
Science of the Total Environment, Elsevier, 2019, 674, pp.114-127. ⟨10.1016/j.scitotenv.2019.04.117⟩
identifiant
hal-02176058
DOI
DOI : 10.1016/j.scitotenv.2019.04.117
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02176058/file/Jacquemin_2019_Main_text%20%281%29.pdf BibTex
titre
Microbial and chemical investigation of 2000 m deep Triassic rock (Meuse/Haute Marne, France)
auteur
Vanessa Leblanc, Jennifer Hellal, Marie Laure Fardeau, Saber Khelaifia, Claire Sergeant, Françis Garrido, Bernard Ollivier, Catherine Joulian
article
Geosciences, MDPI, 2019, 9 (1), pp.3. ⟨10.3390/geosciences9010003⟩
identifiant
in2p3-02362139
DOI
DOI : 10.3390/geosciences9010003
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http://hal.in2p3.fr/in2p3-02362139/file/geosciences-09-00003.pdf BibTex
titre
Consequences of a contaminant mixture of bisphenol A (BPA) and di-(2-ethylhexyl) phthalate (DEHP), two plastic-derived chemicals, on the diversity of coastal phytoplankton
auteur
Charaf M’ Rabet, Ons Kéfi-Daly Yahia, Douglas Couet, Sonia Khadija Maïté Gueroun, Olivier Pringault
article
Marine Pollution Bulletin, Elsevier, 2019, 138 (1), pp.385-396. ⟨10.1016/j.marpolbul.2018.11.035⟩
identifiant
ird-02048491
DOI
DOI : 10.1016/j.marpolbul.2018.11.035
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https://hal.ird.fr/ird-02048491/file/M%27Rabet%20et%20al.%2C%202019.pdf BibTex
titre
Microbial abundance, activity and population genomic profiling with mOTUs2
auteur
Alessio Milanese, Daniel Mende, Lucas Paoli, Guillem Salazar, Hans-Joachim Ruscheweyh, Miguelangel Cuenca, Pascal Hingamp, Renato Alves, Paul Costea, Luis Pedro Coelho, Thomas Schmidt, Alexandre Almeida, Alex Mitchell, Robert Finn, Jaime Huerta-Cepas, Peer Bork, Georg Zeller, Shinichi Sunagawa
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2019, 10 (1), ⟨10.1038/s41467-019-08844-4⟩
identifiant
hal-02281129
DOI
DOI : 10.1038/s41467-019-08844-4
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02281129/file/s41467-019-08844-4.pdf BibTex
titre
Metagenomic Analysis of Microdissected Valvular Tissue for Etiologic Diagnosis of Blood Culture Negative Endocarditis
auteur
Matthieu Million, Maxime Gaudin, Clea Melenotte, Lionel Chasson, Sophie Edouard, Constance Verdonk, Elsa Prudent, Bernard Amphoux, Stéphane Meresse, Richard Dorent, Hubert Lepidi, Bernard La Scola, Jean-Pierre Gorvel, Christelle Desnues, Didier Raoult
article
Clinical Infectious Diseases, Oxford University Press (OUP), 2019, 70 (11), ⟨10.1093/cid/ciz655⟩
identifiant
hal-02195898
DOI
DOI : 10.1093/cid/ciz655
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02195898/file/million2019.pdf BibTex
titre
From In Situ to satellite observations of pelagic Sargassum distribution and aggregation in the Tropical North Atlantic Ocean
auteur
Anouck Ody, Thierry Thibaut, L. Berline, T. Changeux, Jean-Michel André, Cristele Chevalier, Aurelie BlanfunÉ, Jean Blanchot, Sandrine Ruitton, Valérie Stiger-Pouvreau, Solène Connan, Jacques Grelet, D. Aurelle, Mathilde Guéné, Hubert Bataille, Celine Bachelier, Dorian Guillemain, Natascha Schmidt, Vincent Fauvelle, Sophie Guasco, Frédéric Ménard
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2019, 14 (9), pp.e0222584. ⟨10.1371/journal.pone.0222584⟩
identifiant
hal-02291680
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0222584
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02291680/file/journal.pone.0222584.pdf BibTex
titre
The bacterial MrpORP is a novel Mrp/NBP35 protein involved in iron-sulfur biogenesis
auteur
Romain Pardoux, Anouchka Fiévet, Cíntia Carreira, Céline Brochier-Armanet, Odile Valette, Zorah Dermoun, Beatrice Py, Alain Dolla, Sofia Pauleta, Corinne Aubert
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2019, 9 (1), pp.360-373. ⟨10.1038/s41598-018-37021-8⟩
identifiant
hal-02186929
DOI
DOI : 10.1038/s41598-018-37021-8
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02186929/file/pardoux_scirep.pdf BibTex
titre
Direct and indirect impact of the bacterial strain Pseudomonas aeruginosa on the dissolution of synthetic Fe(III)- and Fe(II)-bearing basaltic glasses
auteur
Anne Perez, Stéphanie Rossano, Nicolas Trcera, Aurélie Verney-Carron, Céline Rommevaux, Chloé Fourdrin, Ana Carolina Agnello, David Huguenot, François Guyot
article
Chemical Geology, Elsevier, 2019, 523, pp.9-18. ⟨10.1016/j.chemgeo.2019.05.033⟩
identifiant
hal-02359923
DOI
DOI : 10.1016/j.chemgeo.2019.05.033
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02359923/file/Perezetal_ChemGeol2019.pdf BibTex
titre
Hydrostatic Pressure Helps to Cultivate an Original Anaerobic Bacterium From the Atlantis Massif Subseafloor (IODP Expedition 357): Petrocella atlantisensis gen. nov. sp. nov.
auteur
Marianne Quéméneur, Gaël Erauso, Eléonore Frouin, Emna Zeghal, Céline Vandecasteele, Bernard Ollivier, Christian Tamburini, Marc Garel, Bénédicte Ménez, Anne Postec
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, 10, pp.1497. ⟨10.3389/fmicb.2019.01497⟩
identifiant
hal-02297216
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2019.01497
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02297216/file/fmicb-10-01497.pdf BibTex
titre
Discovery and Further Studies on Giant Viruses at the IHU Mediterranee Infection That Modified the Perception of the Virosphere
auteur
Clara Rolland, Julien Andreani, Amina Louazani, Sarah Aherfi, Rania Francis, Rodrigo Rodrigues, Ludmila Silva, Dehia Sahmi, Said Mougari, Nisrine Chelkha, Meriem Bekliz, Lorena Silva, Felipe Assis, Fabio Dornas, Jacques Khalil, Isabelle Pagnier, Christelle Desnues, Anthony Levasseur, Philippe Colson, Jonatas Abrahao, Bernard Scola
article
Viruses, MDPI, 2019, 11 (4), pp.312. ⟨10.3390/v11040312⟩
identifiant
hal-02094406
DOI
DOI : 10.3390/v11040312
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02094406/file/viruses-11-00312-v2.pdf BibTex
titre
Prokaryote Communities at Active Chimney and In-Situ Colonization Devices after a Magmatic Degassing Event (37°N MAR, EMSO-Azores Deep-Sea Observatory)
auteur
Céline Rommevaux, Pauline Henri, Jefferson Degboe, Valérie Chavagnac, Françoise Lesongeur, Anne Godfroy, Cédric Boulart, Christine Destrigneville, Alain Castillo
article
Geochemistry, Geophysics, Geosystems, AGU and the Geochemical Society, 2019, ⟨10.1029/2018GC008107⟩
identifiant
hal-02142449
DOI
DOI : 10.1029/2018GC008107
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02142449/file/Rommevaux_G3_2019.pdf BibTex
titre
Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG)
auteur
Simon Roux, Evelien M. Adriaenssens, Bas E. Dutilh, Eugene V. Koonin, Andrew M. Kropinski, Mart Krupovic, Jens H. Kuhn, Rob Lavigne, J. Rodney Brister, Arvind Varsani, Clara Amid, Ramy K. Aziz, Seth R. Bordenstein, Peer Bork, Mya Breitbart, Guy R. Cochrane, Rebecca A. Daly, Christelle Desnues, Melissa B. Duhaime, Joanne B. Emerson, François Enault, Jed A. Fuhrman, Pascal Hingamp, Philip Hugenholtz, Bonnie L. Hurwitz, Natalia N. Ivanova, Jessica M. Labonté, Kyung-Bum Lee, Rex R. Malmstrom, Manuel Martinez-Garcia, Ilene Karsch Mizrachi, Hiroyuki Ogata, David Páez-Espino, Marie-Agnès Petit, Catherine Putonti, Thomas Rattei, Alejandro Reyes, Francisco Rodriguez-Valera, Karyna Rosario, Lynn Schriml, Frederik Schulz, Grieg F. Steward, Matthew B. Sullivan, Shinichi Sunagawa, Curtis A. Suttle, Ben Temperton, Susannah G. Tringe, Rebecca Vega Thurber, Nicole S. Webster, Katrine L. Whiteson, Steven W. Wilhelm, K. Eric Wommack, Tanja Woyke, Kelly C. Wrighton, Pelin Yilmaz, Takashi Yoshida, Mark J. Young, Natalya Yutin, Lisa Zeigler Allen, Nikos C. Kyrpides, Emiley A. Eloe-Fadrosh
article
Nature Biotechnology, Nature Publishing Group, 2019, 37 (1), pp.29-37. ⟨10.1038/nbt.4306⟩
identifiant
pasteur-01977322
DOI
DOI : 10.1038/nbt.4306
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https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-01977322/file/nbt.4306.pdf BibTex
titre
Gene Expression Changes and Community Turnover Differentially Shape the Global Ocean Metatranscriptome
auteur
Guillem Salazar, Lucas Paoli, Adriana Alberti, Jaime Huerta-Cepas, Hans-Joachim Ruscheweyh, Miguelangel Cuenca, Christopher Field, Luis Pedro Coelho, Corinne Cruaud, Stefan Engelen, Ann Gregory, Karine Labadie, Claudie Marec, Eric Pelletier, Marta Royo-Llonch, Simon Roux, Pablo Sánchez, Hideya Uehara, Ahmed Zayed, Georg Zeller, Margaux Carmichael, Céline Dimier, Joannie Ferland, Stefanie Kandels, Marc Picheral, Sergey Pisarev, Julie Poulain, Silvia Acinas, Marcel Babin, Peer Bork, Emmanuel Boss, Chris Bowler, Guy Cochrane, Colomban de Vargas, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Lionel Guidi, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Stefanie Kandels-Lewis, Lee Karp-Boss, Eric Karsenti, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Stephane Pesant, Nicole Poulton, Jeroen Raes, Christian Sardet, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Matthew Sullivan, Shinichi Sunagawa, Patrick Wincker
article
Cell, Elsevier, 2019, 179 (5), pp.1068-1083.e21. ⟨10.1016/j.cell.2019.10.014⟩
identifiant
hal-02964513
DOI
DOI : 10.1016/j.cell.2019.10.014
Accès au bibtex
BibTex
titre
Dissecting the membrane lipid binding properties and lipase activity of Mycobacterium tuberculosis LipY domains
auteur
Pierre Santucci, Nabil Smichi, Sadia Diomandé, Isabelle Poncin, Vanessa Point, Hélène Gaussier, Jean-François Cavalier, Laurent Kremer, Stéphane Canaan
article
FEBS Journal, Wiley, 2019, ⟨10.1111/febs.14864⟩
identifiant
hal-02137694
DOI
DOI : 10.1111/febs.14864
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titre
Growth of an anaerobic sulfate-reducing bacterium sustained by oxygen respiratory energy conservation after O 2 -driven experimental evolution
auteur
Marine Schoeffler, Anne-Laure Gaudin, Fanny Ramel, Odile Valette, Yann Denis, Wagdi Ben Hania, Agnès Hirschler-Réa, Alain Dolla
article
Environmental Microbiology, Society for Applied Microbiology and Wiley-Blackwell, 2019, ⟨10.1111/1462-2920.14466⟩
identifiant
hal-01976026
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.14466
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titre
THE DIVERSITY OF CULTIVABLE HYDROCARBON-DEGRADING BACTERIA ISOLATED FROM CRUDE OIL CONTAMINATED SOIL AND SLUDGE FROM ARZEW REFINERY IN ALGERIA
auteur
Sonia Sekkour, Abdelkader Bekki, Zoulikha Bouchiba, Timothy Vogel, Elisabeth Navarro, Ing Sonia
article
Journal of Microbiology, Biotechnology and Food Sciences, Faculty of Biotechnology and Food Sciences, Slovak University of Agriculture in Nitra, 2019, 9 (1), pp.70-77. ⟨10.15414/jmbfs.2019.9.1.70-77⟩
identifiant
ird-02497490
DOI
DOI : 10.15414/jmbfs.2019.9.1.70-77
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titre
Bacterial Bioluminescence: Light Emission in Photobacterium phosphoreum Is Not Under Quorum-Sensing Control
auteur
Lisa Tanet, Christian Tamburini, Chloé Baumas, Marc Garel, Gwenola Simon, Laurie Casalot
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, 10, ⟨10.3389/fmicb.2019.00365⟩
identifiant
hal-02055577
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2019.00365
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titre
Nervous-Like Circuits in the Ribosome Facts, Hypotheses and Perspectives
auteur
Y. Timsit, Daniel Bennequin
article
International Journal of Molecular Sciences, MDPI, 2019, ⟨10.3390/ijms20122911⟩
identifiant
hal-02390099
DOI
DOI : 10.3390/ijms20122911
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titre
Global diversity and biogeography of bacterial communities in wastewater treatment plants
auteur
Linwei Wu, Daliang Ning, Bing Zhang, Yong Li, Ping Zhang, Xiaoyu Shan, Qiuting Zhang, Mathew Robert Brown, Zhenxin Li, Joy van Nostrand, Fangqiong Ling, Naijia Xiao, Ya Zhang, Julia Vierheilig, George Wells, Yunfeng Yang, Ye Deng, Qichao Tu, Aijie Wang, Tong Zhang, Zhili He, Jurg Keller, Per Nielsen, Pedro Alvarez, Craig Criddle, Michael Wagner, James Tiedje, Qiang He, Thomas Curtis, David Stahl, Lisa Alvarez-Cohen, Bruce Rittmann, Xianghua Wen, Jizhong Zhou, Léa Cabrol
article
Nature Microbiology, Nature Publishing Group, 2019, 4 (7), pp.1183-1195. ⟨10.1038/s41564-019-0426-5⟩
identifiant
hal-03147128
DOI
DOI : 10.1038/s41564-019-0426-5
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titre
Modicisalibacter
auteur
Ben-Ali-Gam Zouhair, Laurie Casalot, Marc Labat
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2019, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01717⟩
identifiant
hal-02884023
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01717
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Conference papers

titre
Ecological gradients as an evolutionary opportunity for Mediterranean biodiversity
auteur
Bruno Fady, Marc Bally, Alberte Bondeau, Francois Carlotti, Anne Chenuil, Wolfgang Cramer, Jean-Pierre Féral, Thierry Gauquelin, Anne-Christine Monnet, Séverine Thomas, France van Wambeke, D. Aurelle
article
OTMED Final Conference - What kind of environmental transition for the mediterranean region?, Oct 2019, Marseille, France
identifiant
hal-03024537
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Book sections

titre
The Human Virome
auteur
Alexia Bordigoni, Sebastien Halary, Christelle Desnues
article
Reference Module in Life Sciences, Elsevier, 2019, ⟨10.1016/B978-0-12-809633-8.20960-6⟩
identifiant
hal-02902342
DOI
DOI : 10.1016/B978-0-12-809633-8.20960-6
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titre
Cartographier les ressources pour gérer les priorités
auteur
Isabelle Guérin, François Roubaud, Christophe Guilmoto, Mireille Razafindrakoto, Marc Pilon, Isabelle Léglise, Pierre-Yves Le Meur, Fatoumata Ouattara, Christian Seignobos, Pierre Chauveau, Eric Léonard, Dominique Guillaud, Alain Froment, Nelly Robin, Michel Agier, Sophie Bava, Annabel Desgrées Du Loû, Flore Gubert, Eric Delaporte, Gonzague Jourdain, Alexandre Dumont, Serge Trèche, Jacques Berger, Pierre Traissac, Valérie Delaunay, Vincent Robert, Frédéric Darriet, Cheikh Sokhna, Michel Cot, Martine Peeters, Eric Leroy, Alice Desclaux, Marc Hougard, Didier Paugy, Michel Boussinesq, Philippe Solano, Dorothée Missé, Louis-Clément Gouagna, Jean Lemesre, Anne-Laure Bañuls, Christophe E. Menkès, Morgan Mangeas, Benjamin Sultan, Thomas Condom, Marie Gosset, Serge Janicot, Jean Nocquet, Luc Le Pennec, Sébastien Hardy, Philippe Charvis, Yann Hello, Emmanuel Bonnet, Emilie Strady, David Point, Bernard Ollivier, Isabelle C. Biegala, Christian Feller, Christian Valentin, Eric Giraud, Eric Blanchart, Pierre Montoroi, Philippe Cecchi, Jean Albergel, Jean-Michel Vouillamoz, Vincent Simonneaux, Gil Boulet, Thierry Ruf, Geneviève Michon, Jean-Baptiste Boutrais, Laure Emperaire, Robin Duponnois, Philippe Boulanger, Eugénie Hébrard, Valerie Verdier, Boris Szurek, Bruno Le Ru, Paul-André Calatayud, Olivier Dangles, Frédérique Aberlenc, Sevastianos Roussos, Gauthier Dobigny, Marc Legendre, Daniel Gaertner, Pierre Chavance, Pascal Bach, Arnaud Bertrand, Jérôme Vialard, Jacques Merle, Bruno Voituriez, Bernard Bourlès, Pierrick Penven, Gil Mahe, Thierry Lebel, Luc Descroix, Pierre Chevallier, Stéphane Calmant, Bruno Turcq, Adrien Favreau, Jean-Louis Rajot, Raphaël Pelissier, Philippe Cury, Riccardo Rodolfo-Metalpa, Hervé De Tricornot, Frédéric Simard, Jean-François Etard, Bernard Taverne, Florence Fournet, Alexis Drogoul, Marc Souris, Monique Simier, Marie Bonnin, Alain Ghesquière, Serge Hamon, Yves Vigouroux, Sophie Gonzalez, Jean-François Molino, Geneviève Bourdy, Christian Moretti, Pierre Ottino Garanger, Francisco Valdez, Benoît Antheaume, Nicolas Gratiot
article
Science et développement durable : 75 ans de recherche au Sud, IRD, 2019, 978-2-7099-2737-6
identifiant
ird-02272452
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2018

Journal articles

titre
The nature of electron acceptor (MnIV/NO3) triggers differential expression of genes associated with stress and ammonium limitation responses in Shewanella algae C6G3
auteur
Axel Aigle, Patricia Bonin, Nicolas Fernandez -Nunez, Béatrice Loriod, Sophie Guasco, Aurélie Bergon, Fabrice Armougom, Chantal Iobbi-Nivol, Jean Imbert, Valerie Michotey
article
FEMS Microbiology Letters, Wiley-Blackwell, In press, ⟨10.1093/femsle/fny068⟩
identifiant
hal-01766209
DOI
DOI : 10.1093/femsle/fny068
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titre
Pleomorphochaeta naphthae sp. nov., a new anaerobic fermentative bacterium isolated from an oil field
auteur
Boussad Arroua, Régis Grimaud, Agnès Hirschler-Réa, Patrick Bouriat, Michel Magot, Laurent Urios, Anthony Ranchou-Peyruse
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2018, 68 (12), pp.3747-3753. ⟨10.1099/ijsem.0.003048⟩
identifiant
hal-02024167
DOI
DOI : 10.1099/ijsem.0.003048
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titre
Towards a congruent reclassification and nomenclature of the thermophilic species of the genus Pseudothermotoga within the order Thermotogales
auteur
Hassiba Belahbib, Zarath Summers, Marie-Laure Fardeau, Manon Joseph, Christian Tamburini, Alain Dolla, Bernard Ollivier, Fabrice Armougom
article
Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2018, 41 (6), pp.555-563. ⟨10.1016/J.SYAPM.2018.04.007⟩
identifiant
hal-01975970
DOI
DOI : 10.1016/J.SYAPM.2018.04.007
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titre
Abundance and diversity of prokaryotes in ephemeral hypersaline lake Chott El Jerid using Illumina Miseq sequencing, DGGE and qPCR assays
auteur
Manel Ben Abdallah, Fatma Karray, Najwa Kallel, Fabrice Armougom, Najla Mhiri, Marianne Quemeneur, Jean-Luc Cayol, Gaël Erauso, Sami Sayadi
article
Extremophiles, Springer Verlag, 2018, 22 (5), pp.811-823. ⟨10.1007/s00792-018-1040-9⟩
identifiant
hal-01981823
DOI
DOI : 10.1007/s00792-018-1040-9
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titre
Characterization of Desulfovibrio salinus sp. nov., a slightly halophilic sulfate-reducing bacterium isolated from a saline lake in Tunisia
auteur
Zouhaier Ben Ali Gam, Abdoulaye Thioye, Jean-Luc Cayol, Manon Joseph, Guy Fauque, Marc Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2018, 68 (3), pp.715-720. ⟨10.1099/ijsem.0.002567⟩
identifiant
hal-01981629
DOI
DOI : 10.1099/ijsem.0.002567
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titre
Archaea: Microbial Candidates in Next-generation Probiotics Development
auteur
Jean-François Brugère, Wajdi Ben Hania, Marie-Edith Arnal, Céline Ribière, Nathalie Ballet, Pascal Vandeckerkove, Bernard Ollivier, Paul O’toole
article
Journal of Clinical Gastroenterology, Lippincott, Williams & Wilkins, 2018, 52, pp.S71-S73. ⟨10.1097/MCG.0000000000001043⟩
identifiant
hal-01981676
DOI
DOI : 10.1097/MCG.0000000000001043
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titre
A global ocean atlas of eukaryotic genes
auteur
Quentin Carradec, Eric Pelletier, Corinne da Silva, Adriana Alberti, Yoann Seeleuthner, Romain Blanc-Mathieu, Gipsi Lima-Mendez, Fabio Rocha, Leila Tirichine, Karine Labadie, Amos Kirilovsky, Alexis Bertrand, Stefan Engelen, Mohammed-Amin Madoui, Raphaël Méheust, Julie Poulain, Sarah Romac, Daniel Richter, Genki Yoshikawa, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Sarah Searson, Olivier Jaillon, Jean-Marc Aury, Eric Karsenti, Matthew Sullivan, Shinichi Sunagawa, Peer Bork, Fabrice Not, Pascal Hingamp, Jeroen Raes, Lionel Guidi, Hiroyuki Ogata, Colomban de Vargas, Daniele Iudicone, Chris Bowler, Patrick Wincker, Jean Weissenbach
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2018, 9 (1), pp.373. ⟨10.1038/s41467-017-02342-1⟩
identifiant
cea-01874711
DOI
DOI : 10.1038/s41467-017-02342-1
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titre
Trace metal contamination as a toxic and structuring factor impacting ultraphytoplankton communities in a multicontaminated Mediterranean coastal area
auteur
Clément Cloclet, Cédric Garnier, Floriane Delpy, Dominique Jamet, Gaël Durrieu, Christophe Le Poupon, Marie Mayer, Benjamin Misson
article
Progress in Oceanography, Elsevier, 2018, 163, pp.196 - 213. ⟨10.1016/j.pocean.2017.06.006⟩
identifiant
hal-01791337
DOI
DOI : 10.1016/j.pocean.2017.06.006
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titre
Obligate sugar oxidation in Mesotoga spp., phylum Thermotogae , in the presence of either elemental sulfur or hydrogenotrophic sulfate-reducers as electron acceptor
auteur
Khaled Fadhlaoui, Wagdi Ben Hania, Fabrice Armougom, Manon Joseph, Marie-Laure Fardeau, Gaël Erauso, Gael Brasseur, Corinne Aubert, Moktar Hamdi, Céline Brochier-Armanet, Alain Dolla, Bernard Ollivier
article
Environmental Microbiology, Society for Applied Microbiology and Wiley-Blackwell, 2018, 20 (1), pp.281-292. ⟨10.1111/1462-2920.13995⟩
identifiant
hal-01976008
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.13995
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titre
Sporosalibacterium
auteur
Marie Laure Fardeau, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2018, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01447⟩
identifiant
hal-02883987
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01447
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titre
Diversity of rare and abundant prokaryotic phylotypes in the Prony hydrothermal field and comparison with other serpentinite-hosted ecosystems
auteur
Eléonore Frouin, Méline Bes, Bernard Ollivier, Marianne Quéméneur, Anne Postec, Didier Debroas, Fabrice Armougom, Gaël Erauso
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2018, 9, ⟨10.3389/fmicb.2018.00102⟩
identifiant
hal-01734508
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2018.00102
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titre
Magmatism, serpentinization and life: Insights through drilling the Atlantis Massif (IODP Expedition 357)
auteur
Gretchen Früh-Green, Beth Orcutt, Stéphane Rouméjon, Marvin Lilley, Yuki Morono, Carol Cotterill, Sophie Green, Javier Escartin, Barbara John, Andrew Mccaig, Mathilde Cannat, Bénédicte Ménez, Esther Schwarzenbach, Morgan Williams, Morgan Morgan, Susan Lang, Matthew Schrenk, William Brazelton, Norikatsu Akizawa, Chiara Boschi, Kristina Dunkel, Marianne Quemeneur, Scott Whattam, Lisa Mayhew, Michelle Harris, Gaye Bayrakci, Jan-Hinrich Behrmann, Emilio Herrero-Bervera, Kirsten Hesse, Hai-Quan Liu, Amila Sandaruwan Ratnayake, Katrina Twing, Dominique Weis, Rui Zhao, Laura Bilenker
article
Lithos, Elsevier, 2018, 323, pp.137-155. ⟨10.1016/j.lithos.2018.09.012⟩
identifiant
hal-02024193
DOI
DOI : 10.1016/j.lithos.2018.09.012
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titre
A simple gas pressure manometer for measuring hydrogen production by hydrogenogenic cultures in serum bottles
auteur
Hana Gannoun, Lamia Ben Gaida, Rafika Saidi, Baligh Miladi, Moktar Hamdi, Hassib Bouallagui, Pierre-Pol Liebgott, Richard Auria
article
Process Biochemistry, Elsevier, 2018, 65, pp.157-163. ⟨10.1016/j.procbio.2017.10.011⟩
identifiant
hal-01629103
DOI
DOI : 10.1016/j.procbio.2017.10.011
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01629103/file/Gannoun%20et%20al.%202018%20Article%20HAL.pdf BibTex
titre
Functional characterization and FTIR-based 3D modeling of full length and truncated forms of Scorpio maurus venom phospholipase A 2
auteur
Najeh Krayem, Goetz Parsiegla, Hélène Gaussier, Hanen Louati, Raida Jallouli, Pascal Mansuelle, Frédéric Carrière, Youssef Gargouri
article
Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects, Elsevier, 2018, 1862 (5), pp.1247-1261. ⟨10.1016/j.bbagen.2018.02.004⟩
identifiant
hal-01739569
DOI
DOI : 10.1016/j.bbagen.2018.02.004
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01739569/file/Krayem-BBA-2018-1862-1247-1261_PREPRINT.pdf BibTex
titre
The Physcomitrella patens chromosome-scale assembly reveals moss genome structure and evolution
auteur
Daniel Lang, Kristian Ullrich, Florent Murat, Jörg Fuchs, Jerry Jenkins, Fabian Haas, Carl Li, Guillaume Blanc, Heidrun Gundlach, Michiel van Bel, Rabea Meyberg, Cristina Vives, Jordi Morata, Aikaterini Symeonidi, Manuel Hiss, Wellington Muchero, Lee Kamisugi, Omar Saleh, Eva Decker, Nico van Gessel, Jane Grimwood, Richard Hayes, Sean Graham, Lee Gunter, Daniel Mcdaniel, Sebastian N.W. Hoernstein, Anders Larsson, Fay-Wei Li, Pierre-François Perroud, Jeremy Phillips, Priya Ranjan, Daniel Rokshar, Carl Rothfels, Lucas Schneider, Shengqiang Shu, Dennis Stevenson, Fritz Thümmler, Michael Tillich, Juan Villarreal Aguilar, Thomas Widiez, Gane Ka-Shu Wong, Ann Wymore, Yong Zhang, Andreas Zimmer, Ralph Quatrano, Klaus F.X. Mayer, David Goodstein, Josep Casacuberta, Klaas Vandepoele, Ralf Reski, Andrew Cuming, Gerald Tuskan, Florian Maumus, Jérôme Salse, Jeremy Schmutz, Stefan Rensing
article
Plant Journal, Wiley, 2018, 93 (3), pp.515 - 533. ⟨10.1111/tpj.13801⟩
identifiant
hal-01760352
DOI
DOI : 10.1111/tpj.13801
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titre
Degenerate PCR Primers to Reveal the Diversity of Giant Viruses in Coastal Waters
auteur
Yanze Li, Pascal Hingamp, Hiroyasu Watai, Hisashi Endo, Takashi Yoshida, Hiroyuki Ogata
article
Viruses, MDPI, 2018, 10 (9), pp.496. ⟨10.3390/v10090496⟩
identifiant
hal-01874850
DOI
DOI : 10.3390/v10090496
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01874850/file/viruses-10-00496-v2.pdf BibTex
titre
Bacterial diversity obtained by culturable approaches in the gut of Glossina pallidipes population from a non sleeping sickness focus in Tanzania: preliminary results
auteur
Imna Malele, Hamis Nyingilili, Eugen Lyaruu, Marc Tauzin, Bernard Ollivier, Jean-Luc Cayol, Marie-Laure Fardeau, Anne Geiger
article
BMC Microbiology, BioMed Central, 2018, 18 (S1), pp.811-823. ⟨10.1186/s12866-018-1288-3⟩
identifiant
hal-02053582
DOI
DOI : 10.1186/s12866-018-1288-3
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02053582/file/12866_2018_Article_1288.pdf BibTex
titre
IR spectroscopy analysis of pancreatic lipase-related protein 2 interaction with phospholipids: 2. Discriminative recognition of various micellar systems and characterization of PLRP2-DPPC-bile salt complexes
auteur
Eduardo Mateos-Diaz, Priscila Sutto-Ortiz, Moulay Sahaka, Deborah Byrne, Hélène Gaussier, Frédéric Carrière
article
Chemistry and Physics of Lipids, Elsevier, 2018, 211, pp.66-76. ⟨10.1016/j.chemphyslip.2017.11.012⟩
identifiant
hal-02325977
DOI
DOI : 10.1016/j.chemphyslip.2017.11.012
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BibTex
titre
IR spectroscopy analysis of pancreatic lipase-related protein 2 interaction with phospholipids: 1. Discriminative recognition of mixed micelles versus liposomes
auteur
Eduardo Mateos-Diaz, Jean-Claude Bakala N’goma, Deborah Byrne, Sylvie Robert, Frédéric Carrière, Hélène Gaussier
article
Chemistry and Physics of Lipids, Elsevier, 2018, 211, pp.52-65. ⟨10.1016/j.chemphyslip.2017.02.005⟩
identifiant
hal-02325970
DOI
DOI : 10.1016/j.chemphyslip.2017.02.005
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BibTex
titre
Taxon Richness of “Megaviridae” Exceeds those of Bacteria and Archaea in the Ocean
auteur
Tomoko Mihara, Hitoshi Koyano, Pascal Hingamp, Nigel Grimsley, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata
article
Microbes and environments / JSME, Nakanishi Printing Co, 2018, 33 (2), pp.162-171. ⟨10.1264/jsme2.me17203⟩
identifiant
hal-01978927
DOI
DOI : 10.1264/jsme2.me17203
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titre
Exploring the microbiome of the “star” freshwater diatom Asterionella formosa in a laboratory context
auteur
Kojadinovic-Sirinelli Mila, Villain Adrien, Puppo Carine, Fon Sing Sophie, Prioretti Laura, Hubert Pierre, Gérald Grégori, Zhang Yizhi, Sassi Jean-François, Jean-Michel Claverie, Guillaume Blanc, Brigitte Gontero
article
Environmental Microbiology, Society for Applied Microbiology and Wiley-Blackwell, 2018, 20 (10), pp.3601-3615. ⟨10.1111/1462-2920.14337⟩
identifiant
hal-01863990
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.14337
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titre
Specific enrichment of hyperthermophilic electroactive Archaea from deep-sea hydrothermal vent on electrically conductive support
auteur
Guillaume Pillot, Eléonore Frouin, Emilie Pasero, Anne Godfroy, Yannick Combet-Blanc, Sylvain Davidson, Pierre-Pol Liebgott
article
Bioresource Technology, Elsevier, 2018, 259, pp.304-311. ⟨10.1016/j.biortech.2018.03.053⟩
identifiant
hal-02049432
DOI
DOI : 10.1016/j.biortech.2018.03.053
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02049432/file/10.1016%2540j.biortech.2018.03.053.pdf BibTex
titre
Prokaryotic community successions and interactions in marine biofilms: the key role of Flavobacteriia
auteur
Thomas Pollet, Lyria Berdjeb, Cédric Garnier, Gaël Durrieu, Christophe Le Poupon, Benjamin Misson, Jean-François Briand
article
FEMS Microbiology Ecology, Wiley-Blackwell, 2018, 94 (6), ⟨10.1093/femsec/fiy083⟩
identifiant
hal-02024255
DOI
DOI : 10.1093/femsec/fiy083
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02024255/file/Pollet%20et%20al_preprint_HAL.pdf BibTex
titre
Biodegradation of Emiliania huxleyi aggregates by a natural Mediterranean prokaryotic community under increasing hydrostatic pressure
auteur
Virginie Riou, Julien Para, Marc Garel, Catherine Guigue, Badr Al Ali, Chiara Santinelli, Dominique Lefèvre, Jean-Pierre Gattuso, Madeleine Goutx, Stephanie Jacquet, Frédéric A.C. Le Moigne, Kazuyo Tachikawa, Christian Tamburini
article
Progress in Oceanography, Elsevier, 2018, 163, pp.271-281. ⟨10.1016/j.pocean.2017.01.005⟩
identifiant
hal-01975994
DOI
DOI : 10.1016/j.pocean.2017.01.005
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01975994/file/Riou_etal_2017_Proof.pdf BibTex
titre
Biohydrogen production from hyperthermophilic anaerobic digestion of fruit and vegetable wastes in seawater: Simplification of the culture medium of Thermotoga maritima
auteur
Rafika Saidi, Pierre-Pol Liebgott, Hana Gannoun, Lamia Ben Gaïda, Baligh Miladi, Moktar Hamdi, Hassib Bouallagui, Richard Auria
article
Waste Management, Elsevier, 2018, 71, pp.474 - 484. ⟨10.1016/j.wasman.2017.09.042⟩
identifiant
hal-01728309
DOI
DOI : 10.1016/j.wasman.2017.09.042
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titre
Corrosion at the carbon steel-clay borehole water interface under anoxic alkaline and fluctuating temperature conditions
auteur
Michel Schlegel, Sophia Necib, Sylvie Daumas, Marc Labat, Cecile Blanc, Eddy Foy, Yannick Linard
article
Corrosion Science, Elsevier, 2018, 136, pp.70-90. ⟨10.1016/j.corsci.2018.02.052⟩
identifiant
cea-01736952
DOI
DOI : 10.1016/j.corsci.2018.02.052
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titre
Single-cell genomics of multiple uncultured stramenopiles reveals underestimated functional diversity across oceans
auteur
Yoann Seeleuthner, Samuel Mondy, Vincent Lombard, Quentin Carradec, Eric Pelletier, Marc Wessner, Jade Leconte, Jean-François Mangot, Julie Poulain, Karine Labadie, Ramiro Logares, Shinichi Sunagawa, Véronique de Berardinis, Marcel Salanoubat, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Sarah Searson, Stéphane Pesant, Nicole Poulton, Ramunas Stepanauskas, Peer Bork, Chris Bowler, Pascal Hingamp, Matthew Sullivan, Daniele Iudicone, Ramon Massana, Jean-Marc Aury, Bernard Henrissat, Eric Karsenti, Olivier Jaillon, Mike Sieracki, Colomban de Vargas, Patrick Wincker, Silvia G. Acinas, Emmanuel Boss, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Lee Karp-Boss, Uros Krzic, Fabrice Not, Jeroen Raes, Emmanuel G. Reynaud, Christian Sardet, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Jean Weissenbach, Didier Velayoudon
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2018, 9, pp.310. ⟨10.1038/s41467-017-02235-3⟩
identifiant
hal-01771839
DOI
DOI : 10.1038/s41467-017-02235-3
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titre
Fate of petroleum hydrocarbons in bioturbated pristine sediments from Caleta Valdés (Patagonia Argentina): An ex situ bioassay
auteur
Julieta Sturla Lompré, Marina Nievas, Marcos Franco, Vincent Grossi, Agustina Ferrando, Cécile Militon, Franck Gilbert, Philippe Cuny, Georges Stora, Marcela Sepúlveda, José Luis Esteves, Marta Commendatore
article
Ecotoxicology and Environmental Safety, Elsevier, 2018, 162, pp.673-682. ⟨10.1016/j.ecoenv.2018.06.069⟩
identifiant
hal-02095651
DOI
DOI : 10.1016/j.ecoenv.2018.06.069
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titre
The Ocean Gene Atlas: exploring the biogeography of plankton genes online
auteur
Emilie Villar, Thomas Vannier, Caroline Vernette, Magali Lescot, Miguelangel Cuenca, Aurélien Alexandre, Paul Bachelerie, Thomas Rosnet, Eric Pelletier, Shinichi Sunagawa, Pascal Hingamp
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2018, 46 (W1), pp.gky376. ⟨10.1093/nar/gky376⟩
identifiant
hal-01803597
DOI
DOI : 10.1093/nar/gky376
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titre
Locality and diel cycling of viral production revealed by a 24 h time course cross-omics analysis in a coastal region of Japan
auteur
Takashi Yoshida, Yosuke Nishimura, Hiroyasu Watai, Nana Haruki, Daichi Morimoto, Hiroto Kaneko, Takashi Honda, Keigo Yamamoto, Pascal Hingamp, Yoshihiko Sako, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata
article
ISME Journal, Nature Publishing Group, 2018, ⟨10.1038/s41396-018-0052-x⟩
identifiant
hal-01771838
DOI
DOI : 10.1038/s41396-018-0052-x
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titre
Salinity shifts in marine sediment: Importance of number of fluctuation rather than their intensities on bacterial denitrifying community
auteur
Imen Zaghmouri, Valérie Michotey, Fabrice Armougom, Sophie Guasco, Patricia Bonin
article
Marine Pollution Bulletin, Elsevier, 2018, 130, pp.76 - 83. ⟨10.1016/j.marpolbul.2018.03.020⟩
identifiant
hal-01735881
DOI
DOI : 10.1016/j.marpolbul.2018.03.020
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titre
Effect of acidic industrial efluent release on microbial diversity and trace metal dynamics during resuspension of coastal sediment
auteur
Hana Zouch, Léa Cabrol, Marc Tedetti, Sandrine Chifflet, Fatma Karray, Hatem Zaghden, Sami Sayadi, Marianne Quemeneur
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2018, 9, ⟨10.3389/fmicb.2018.03103⟩
identifiant
hal-01976501
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2018.03103
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Conference papers

titre
Role of microorganisms in marine mercury cycling: current knowledge and future directions
auteur
Andrea Garcia Bravo, Claudia Cosio, Léa Cabrol, Benjamin Misson, Cynthia Gilmour, Marisol Goñi, Remy Guyoneaud, Marianne Quemeneur, Lars-Eric Heimbürger-Boavida, Silvia G Acinas, Alexandre J. Poulain
article
MISTRALS Contamination & Pollution workshop, Nov 2018, Marseille, France
identifiant
hal-02173548
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titre
Climate change and the evolutionary challenge of Mediterranean biodiversity
auteur
Bruno Fady, Marc Bally, Alberte Bondeau, Francois Carlotti, Anne Chenuil, Wolfgang Cramer, Thierry Gauquelin, Anne-Christine Monnet, Séverine Thomas, France van Wambeke, D. Aurelle
article
ESEB 2018 Evolution conference Montpellier, Aug 2018, Montpellier, France. ⟨10.13140/RG.2.2.35257.62565⟩
identifiant
hal-02962496
DOI
DOI : 10.13140/RG.2.2.35257.62565
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Book sections

titre
Evolutionary success of prokaryotes
auteur
J.C. Bertrand, P. Bonin, Bernard Ollivier, K. Alain, A. Godfroy, Nathalie Pradel, P. Normand
article
Bertrand, J.C. (ed.); Normand, P. (ed.); Ollivier, Bernard (ed.); Sime-Ngando, T. (ed.). Prokaryotes and evolution, Springer, pp.131-240, 2018, 978-3-319-99782-7. ⟨10.1007/978-3-319-99784-1_4⟩
identifiant
hal-02328653
DOI
DOI : 10.1007/978-3-319-99784-1_4
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titre
Prokaryote/eukaryote dichotomy and bacteria/archaea/eukarya domains : two inseparable concepts
auteur
J.C. Bertrand, Pierre Caumette, P. Normand, Bernard Ollivier, T. Sime-Ngando
article
Bertrand, J.C. (ed.); Normand, P. (ed.); Ollivier, Bernard (ed.); Sime-Ngando, T. (ed.). Prokaryotes and evolution, Springer, p. 1-21, 2018, 978-3-319-99782-7. ⟨10.1007/978-3-319-99784-1_1⟩
identifiant
hal-02328632
DOI
DOI : 10.1007/978-3-319-99784-1_1
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titre
Importance of Prokaryotes in the Functioning and Evolution of the Present and Past Geosphere and Biosphere
auteur
Bernard Ollivier, Nina Zeyen, Grégoire Galès, Keyron Hickman-Lewis, Frédéric Gaboyer, Karim Benzerara, Frances Westall
article
Prokaryotes and Evolution, Springer International Publishing, pp.57-129, 2018, 978-3-319-99782-7. ⟨10.1007/978-3-319-99784-1_3⟩
identifiant
hal-02067819
DOI
DOI : 10.1007/978-3-319-99784-1_3
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titre
The evolution of living beings started with prokaryotes and in interaction with prokaryotes
auteur
T. Sime-Ngando, J.C. Bertrand, Didier Bogusz, J.F. Brugère, Claudine Franche, Marie-Laure Fardeau, Emilie Froussart, Anne Geiger, Maria Soledad Goñi Urriza, Bernard Ollivier, P. O'Toole
article
Bertrand, J.C. (ed.); Normand, P. (ed.); Ollivier, Bernard (ed.); Sime-Ngando (ed.). Prokaryotes and evolution, Springer, p. 241-338, 2018, 978-3-319-99782-7
identifiant
hal-02337509
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Books

titre
Prokaryotes and evolution
auteur
J.C. Bertrand, P. Normand, Bernard Ollivier, T. Sime Ngando
article
Springer, 396 p., 2018, 978-3-319-99782-7. ⟨10.1007/978-3-319-99784-1⟩
identifiant
hal-02328683
DOI
DOI : 10.1007/978-3-319-99784-1
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Poster communications

titre
Climate change and the evolutionary challenge of Mediterranean biodiversity
auteur
Bruno Fady, Alberte Bondeau, Marc Bally, Wolfgang Cramer, Thierry Gauquelin, Jean-Pierre Féral, Anne-Christine Monnet, Séverine Thomas, France van Wambeke, Anne Chenuil, Didier Aurelle
article
2. Joint Congress on Evolutionary Biology (EVOLUTION 2018), Aug 2018, Montpellier, France. 2018
identifiant
hal-02737804
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2017

Journal articles

titre
Stacked search for time shifted high energy neutrinos from gamma ray bursts with the Antares neutrino telescope
auteur
S. Adrián-Martínez, A. Albert, M. Andre, M. Anghinolfi, G. Anton, M. Ardid, J. Aubert, B. Baret, J. Barrios-Marti, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, R. Bormuth, C. Bouwhuis, R. Bruijn, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, J. Carr, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, I. Dekeyser, A. Deschamps, G. de Bonis, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, D. Drouhin, A. Dumas, T. Eberl, D. Elsässer, A. Enzenhöfer, K. Fehn, I. Felis, P. Fermani, F. Folger, A. Fusco, S. Galatà, P. Gay, S. Geißelsöder, K. Geyer, V. Giordano, A. Gleixner, R. Gracia-Ruiz, K. Graf, S. Hallmann, H. van Haren, J. Heijboer, Y. Hello, J. Hernández-Rey, J. Hößl, J. Hofestädt, C. Hugon, C. James, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, U. Katz, D. Kießling, P. Kooijman, A. Kouchner, M. Kreter, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, Dominique Lefèvre, E. Leonora, S. Loucatos, M. Marcelin, A. Margiotta, A. Marinelli, J. Martínez-Mora, A. Mathieu, T. Michael, P. Migliozzi, A. Moussa, C. Müller, E. Nezri, E. Păvălaş, C. Pellegrino, C. Perrina, P. Piattelli, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, G. Riccobene, R. Richter, K. Roensch, M. Saldaña, D. Samtleben, A. Sanchez-Losa, M. Sanguineti, P. Sapienza, J. Schmid, J. Schnabel, F. Schüssler, T. Seitz, C. Sieger, M. Spurio, J. Steijger, Th. Stolarczyk, M. Taiuti, Christian Tamburini, A. Trovato, M. Tselengidou, C. Tönnis, B. Vallage, C. Vallee, V. van Elewyck, E. Visser, D. Vivolo, S. Wagner, J. Wilms, J. Zornoza, J. Zúñiga
article
European Physical Journal C: Particles and Fields, Springer Verlag (Germany), 2017, C77 (1), pp.20. ⟨10.1140/epjc/s10052-016-4496-8⟩
identifiant
hal-01621701
DOI
DOI : 10.1140/epjc/s10052-016-4496-8
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titre
Physiological and transcriptional approaches reveal connection between nitrogen and manganese cycles in Shewanella algae C6G3
auteur
Axel Aigle, Patricia Bonin, Chantal Iobbi-Nivol, Vincent Méjean, Valérie Michotey
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, Scientific Reports 7, 7, ⟨10.1038/srep44725⟩
identifiant
hal-01493279
DOI
DOI : 10.1038/srep44725
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titre
Viral to metazoan marine plankton nucleotide sequences from the Tara Oceans expedition
auteur
Adriana Alberti, Julie Poulain, Stefan Engelen, Karine Labadie, Sarah Romac, Isabel Ferrera, Guillaume Albini, Jean-Marc Aury, Caroline Belser, Alexis Bertrand, Corinne Cruaud, Corinne da Silva, Carole Dossat, Frédérick Gavory, Shahinaz Gas, Guy Guy, Maud Haquelle, E'Krame Jacoby, Olivier Jaillon, Arnaud Lemainque, Eric Pelletier, Gaëlle Samson, Mark Wessner, Pascal Bazire, Odette Beluche, Laurie Bertrand, Marielle Besnard-Gonnet, Isabelle Bordelais, Magali Boutard, Maria Dubois, Corinne Dumont, Evelyne Ettedgui, Patricia Fernandez, Espérance Garcia, Nathalie Aiach, Thomas Guerin, Chadia Hamon, Élodie Brun, Sandrine Lebled, Patricia Lenoble, Claudine Louesse, Eric Mahieu, Barbara Mairey, Nathalie Martins, Catherine Megret, Claire Milani, Jacqueline Muanga, Céline Orvain, Emilie Payen, Peggy Perroud, Emmanuel Petit, Dominique Robert, Murielle Ronsin, Benoit Vacherie, Silvia Acinas, Marta Royo-Llonch, Francisco Cornejo-Castillo, Ramiro Logares, Beatriz Fernández-Gómez, Chris Bowler, Guy Cochrane, Clara Amid, Petra Ten Hoopen, Colomban de Vargas, Nigel Grimsley, Elodie Desgranges, Stefanie Kandels-Lewis, Hiroyuki Ogata, Nicole Poulton, Michael Sieracki, Ramunas Stepanauskas, Matthew Sullivan, Jennifer Brum, Melissa Duhaime, Bonnie Poulos, Bonnie Hurwitz, Peer Bork, Emmanuel Boss, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Lee Karp-Boss, Eric Karsenti, Fabrice Not, Stéphane Pesant, Jeroen Raes, Christian Sardet, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Shinichi Sunagawa, Patrick Wincker
article
Scientific Data , Nature Publishing Group, 2017, 4, ⟨10.1038/sdata.2017.93⟩
identifiant
hal-01771844
DOI
DOI : 10.1038/sdata.2017.93
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titre
Monitoring photo-oxidative and salinity-induced bacterial stress in the Canadian Arctic using specific lipid tracers
auteur
Remi Amiraux, Simon Belt, Frederic Vaultier, Virginie Galindo, Michel Gosselin, Patricia Bonin, Jean-Francois Rontani
article
Marine Chemistry, Elsevier, 2017, 194, pp.89-99. ⟨10.1016/j.marchem.2017.05.006⟩
identifiant
hal-02325940
DOI
DOI : 10.1016/j.marchem.2017.05.006
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titre
Virgibacillus ainsalahensis sp. nov., a Moderately Halophilic Bacterium Isolated from Sediment of a Saline Lake in South of Algeria
auteur
Meriam Amziane, Amel Darenfed-Bouanane, Ahmed Abderrahmani, Okba Selama, Lydia Jouadi, Jean-Luc Cayol, Farida Nateche, Marie-Laure Fardeau
article
Current Microbiology, Springer Verlag, 2017, 74 (2), pp.219 - 223. ⟨10.1007/s00284-016-1171-0⟩
identifiant
hal-01621699
DOI
DOI : 10.1007/s00284-016-1171-0
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titre
Characterization of the first cultured representative of a Bacteroidetes clade specialized on the scavenging of cyanobacteria
auteur
Wajdi Ben Hania, Manon Joseph, Boyke Bunk, Cathrin Sproer, Hans-Peter Klenk, Marie-Laure Fardeau, Stefan Spring
article
Environmental Microbiology, Society for Applied Microbiology and Wiley-Blackwell, 2017, 19 (3), pp.1134 - 1148. ⟨10.1111/1462-2920.13639⟩
identifiant
hal-01621708
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.13639
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01621708/file/1462-2920.13639.pdf BibTex
titre
When riverine dissolved organic matter (DOM) meets labile DOM in coastal waters: changes in bacterial community activity and composition
auteur
Marine Blanchet, Olivier Pringault, Christos Panagiotopoulos, Dominique Lefèvre, Bruno Charrìère, Jean-François Ghiglione, Camila Fernandez, Fran L. Aparicio, Cèlia Marrasé, Philippe Catala, Louise Oriol, Jocelyne Caparros, Fabien Joux
article
Aquatic Sciences - Research Across Boundaries, Springer Verlag, 2017, 79 (1), pp.27-43. ⟨10.1007/s00027-016-0477-0⟩
identifiant
hal-01285402
DOI
DOI : 10.1007/s00027-016-0477-0
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01285402/file/Blanchet_2016_When_riverine.pdf BibTex
titre
Characterization of recombinant Trypanosoma brucei gambiense Translationally Controlled Tumor Protein (r Tbg TCTP) and its interaction with Glossina midgut bacteria
auteur
Géraldine Bossard, Manon Bartoli, Marie-Laure Fardeau, Philippe Holzmuller, Bernard Ollivier, Anne Geiger
article
Gut microbes, Taylor & Francis, 2017, 8 (5), pp.413 - 427. ⟨10.1080/19490976.2017.1331833⟩
identifiant
hal-01621726
DOI
DOI : 10.1080/19490976.2017.1331833
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01621726/file/bossard_gutmicrobes_2018_1.pdf BibTex
titre
Impact of heavy metal contamination on oxidative stress of Eisenia andrei and bacterial community structure in Tunisian mine soil
auteur
Iteb Boughattas, Sabrine Hattab, Hamadi Boussetta, Mohamed Banni, Elisabeth Navarro
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2017, 24 (22), pp.18083-18095. ⟨10.1007/s11356-017-9449-8⟩
identifiant
ird-02497519
DOI
DOI : 10.1007/s11356-017-9449-8
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https://hal.ird.fr/ird-02497519/file/Boughattas-2017.pdf BibTex
titre
Rapid Characterization of Microcystin-Producing Cyanobacteria in Freshwater Lakes by TSA-FISH (Tyramid Signal Amplification-Fluorescent In Situ Hybridization)
auteur
Luc Brient, Nihel Ben Gamra, Marine Periot, Marie Roumagnac, Perrine Zeller, Myriam Bormans, Annick Mejean, Olivier Ploux, Isabelle C. Biegala
article
Frontiers in Environmental Science, Frontiers, 2017, 5, pp.43. ⟨10.3389/fenvs.2017.00043⟩
identifiant
hal-01580363
DOI
DOI : 10.3389/fenvs.2017.00043
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01580363/file/Brient%20-%20Rapid%20Characterization.pdf BibTex
titre
Inhibitory effects of sodium azide on microbial growth in experimental resuspension of marine sediment
auteur
Léa Cabrol, Marianne Quemeneur, Benjamin Misson
article
Journal of Microbiological Methods, Elsevier, 2017, 133, pp.62 - 65. ⟨10.1016/j.mimet.2016.12.021⟩
identifiant
ird-01647866
DOI
DOI : 10.1016/j.mimet.2016.12.021
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BibTex
titre
Microbial ecology of fermentative hydrogen producing bioprocesses: useful insights for driving the ecosystem function
auteur
Léa Cabrol, Antonella Marone, Estela Tapia Venegas, Jean-Philippe Steyer, Gonzalo Ruiz-Filippi, Eric Trably
article
FEMS Microbiology Reviews, Wiley-Blackwell, 2017, 41 (2), pp.158-181. ⟨10.1093/femsre/fuw043⟩
identifiant
hal-01595278
DOI
DOI : 10.1093/femsre/fuw043
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01595278/file/fuw043.pdf BibTex
titre
Regional and local environmental conditions do not shape the response to warming of a marine habitat-forming species
auteur
Carolina Crisci, J. -B. Ledoux, K. Mokhtar-Jamai, Marc Bally, N. Bensoussan, D. Aurelle, E. Cebrian, R. Coma, Jean-Pierre Féral, Marie La Riviere, C. Linares, P. Lopez-Sendino, C. Marschal, M. Ribes, N. Teixido, Frederic Zuberer, J. Garrabou
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7 (1), pp.5069. ⟨10.1038/s41598-017-05220-4⟩
identifiant
hal-01591643
DOI
DOI : 10.1038/s41598-017-05220-4
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01591643/file/s41598-017-05220-4.pdf BibTex
titre
Dental pulp as a source of low-contaminated DNA
auteur
Michel Drancourt, Gerard Aboudharam, Olivier Croce, Fabrice Armougom, Catherine Robert, Didier Raoult
article
Microbial Pathogenesis, Elsevier, 2017, 105, pp.63-67. ⟨10.1016/j.micpath.2017.02.007⟩
identifiant
hal-01521247
DOI
DOI : 10.1016/j.micpath.2017.02.007
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BibTex
titre
Defluviitaleaceae
auteur
Marie-Laure Fardeau, Anne Postec, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2017, ⟨10.1002/9781118960608.fbm00280⟩
identifiant
hal-02884206
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.fbm00280
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02884206/file/Family%20Defluviitaleaceae%20%281%29.pdf BibTex
titre
Defluviitalea
auteur
Marie Laure Fardeau, Anne Postec, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2017, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01386⟩
identifiant
hal-02884209
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01386
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BibTex
titre
Genome Sequence of Piezophilic Bacterium Desulfovibrio profundus Strain 500-1, Isolated from a Deep Sediment Layer in the Japan Sea
auteur
Stéphanie Fouteau, Thomas Guerin, Ghislaine Magdelenat, Marie Roumagnac, Manon Bartoli, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Valérie Barbe, Nathalie Pradel
article
Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2017, 5 (44), ⟨10.1128/genomeA.01181-17⟩
identifiant
hal-01728313
DOI
DOI : 10.1128/genomeA.01181-17
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01728313/file/Genome%20Announc.-2017-Fouteau-.pdf BibTex
titre
Comparative Genomics of Chrysochromulina Ericina Virus and Other Microalga-Infecting Large DNA Viruses Highlights Their Intricate Evolutionary Relationship with the Established Mimiviridae Family
auteur
Lucie Gallot-Lavallée, Guillaume Blanc, Jean-Michel Claverie
article
Journal of Virology, American Society for Microbiology, 2017, 91 (14), pp.230 - 247. ⟨10.1128/JVI.00230-17⟩
identifiant
hal-01622036
DOI
DOI : 10.1128/JVI.00230-17
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titre
A Glimpse of Nucleo-Cytoplasmic Large DNA Virus Biodiversity through the Eukaryotic Genomics Window
auteur
Lucie Gallot-Lavallée, Guillaume Blanc
article
Viruses, MDPI, 2017, 9 (1), ⟨10.3390/v9010017⟩
identifiant
hal-01622035
DOI
DOI : 10.3390/v9010017
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titre
Desulfobulbus aggregans sp. nov., a Novel Sulfate Reducing Bacterium Isolated from Marine Sediment from the Gulf of Gabes
auteur
Hanen Kharrat, Fatma Karray, Manon Bartoli, Wajdi Ben Hania, Najla Mhiri, Marie-Laure Fardeau, Feten Bennour, Lotfi Kamoun, Didier Alazard, Sami Sayadi
article
Current Microbiology, Springer Verlag, 2017, 74 (4), pp.449 - 454. ⟨10.1007/s00284-017-1211-4⟩
identifiant
hal-01621962
DOI
DOI : 10.1007/s00284-017-1211-4
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titre
Environmental Viral Genomes Shed New Light on Virus-Host Interactions in the Ocean
auteur
Yosuke Nishimura, Hiroyasu Watai, Takashi Honda, Tomoko Mihara, Kimiho Omae, Simon Roux, Romain Blanc-Mathieu, Keigo Yamamoto, Pascal Hingamp, Yoshihiko Sako, Matthew Sullivan, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata, Takashi Yoshida
article
MSphere, American Society for Microbiology., 2017, 2 (2), ⟨10.1128/mSphere.00359-16⟩
identifiant
hal-01771841
DOI
DOI : 10.1128/mSphere.00359-16
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titre
Transfer of Pseudomonas pictorum Gray and Thornton 1928 to genus Stenotrophomonas as Stenotrophomonas pictorum comb. nov., and emended description of the genus Stenotrophomonas
auteur
Aboubakar Sidiki Ouattara, Jean Le Mer, Manon Joseph, Hervé Macarie
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2017, 67 (6), pp.1894 - 1900. ⟨10.1099/ijsem.0.001880⟩
identifiant
ird-01563113
DOI
DOI : 10.1099/ijsem.0.001880
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https://hal.ird.fr/ird-01563113/file/Stenotrophomonas%20pictorum%20-%20Ouattara%20et%20al.%202016%20full%20paper%20for%20HAL%20with%20SI.pdf BibTex
titre
Desulfonatronum parangueonense sp. nov., a sulfate-reducing bacterium isolated from sediment of an alkaline crater lake
auteur
M.F. Pérez Bernal, E.M.S. Brito, Manon Bartoli, Johanne Aubé, M.-L. Fardeau, G.C. Rodriguez, B. Ollivier, R. Guyoneaud, Agnès Hirschler-Réa
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2017, 67 (12), pp.4999-5005. ⟨10.1099/ijsem.0.002399⟩
identifiant
hal-01679475
DOI
DOI : 10.1099/ijsem.0.002399
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titre
Mineralizing Filamentous Bacteria from the Prony Bay Hydrothermal Field Give New Insights into the Functioning of Serpentinization-Based Subseafloor Ecosystems
auteur
Céline Pisapia, Emmanuelle Gérard, Martine Gérard, Léna Lecourt, Susan Q. Lang, Bernard Pelletier, Claude Payri, Christophe Monnin, Linda Guentas, Anne Postec, Marianne Quéméneur, Gaël Erauso, Bénédicte Ménez
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2017, 8, pp.57. ⟨10.3389/fmicb.2017.00057⟩
identifiant
hal-01484419
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2017.00057
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titre
Objection to the proposition of the new genus Abyssivirga
auteur
Anne Postec, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2017, 67 (1), pp.174. ⟨10.1099/ijsem.0.001601⟩
identifiant
hal-01622044
DOI
DOI : 10.1099/ijsem.0.001601
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titre
Desulfovibrio senegalensis sp. nov., a mesophilic sulfate reducer isolated from marine sediment
auteur
Abdoulaye Thioye, Zouhaier Ben Ali Gam, Malick Mbengue, Jean-Luc Cayol, Manon Joseph-Bartoli, Coumba Touré-Kane, Marc Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2017, 67 (9), pp.3162 - 3166. ⟨10.1099/ijsem.0.001997⟩
identifiant
hal-01728316
DOI
DOI : 10.1099/ijsem.0.001997
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titre
Complete mitochondrial genome sequence of the freshwater diatom Asterionella formosa
auteur
Adrien Villain, Mila Kojadinovic, Carine Puppo, Laura Prioretti, Pierre Hubert, Gérald Grégori, Alain Roulet, Céline Roques, Jean-Michel Claverie, Brigitte Gontero, Guillaume Blanc, Yizhi Zhang
article
Mitochondrial DNA Part B Resources, Taylor & Francis Online, 2017, 2 (1), pp.97 - 98. ⟨10.1080/23802359.2017.1285210⟩
identifiant
hal-01760365
DOI
DOI : 10.1080/23802359.2017.1285210
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titre
Microbial Diversity in Sulfate-Reducing Marine Sediment Enrichment Cultures Associated with Anaerobic Biotransformation of Coastal Stockpiled Phosphogypsum (Sfax, Tunisia)
auteur
Hana Zouch, Fatma Karray, Fabrice Armougom, Sandrine Chifflet, Agnès Hirschler-Réa, Hanen Kharrat, Lotfi Kamoun, Wajdi Ben Hania, Bernard Ollivier, Sami Sayadi, Marianne Quéméneur
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2017, 8, pp.1583 ⟨10.3389/fmicb.2017.01583⟩
identifiant
hal-01622007
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2017.01583
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Conference papers

titre
Assessment of oil weathering and impact in mangrove ecosystem: PRISME Experiment.
auteur
Ronan Jézéquel, Karine Duboscq, Léa Sylvi, Emma Michaud, Lise Millera Ferriz, Enora Roic, Robert Duran, Cristiana Cravo-Laureau, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Franck Gilbert, Marc Tedetti, Cécile Militon, Philippe Cuny
article
International Oil Spill Conference Proceedings 2017, May 2017, Long Beach, United States. pp.634-656, ⟨10.7901/2169-3358-2017.1.634⟩
identifiant
hal-02967246
DOI
DOI : 10.7901/2169-3358-2017.1.634
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Book sections

titre
Protocols for Subtidal and Deep-Sea Benthic Oil Spill Simulations
auteur
Philippe Cuny, Vincent Grossi, Cécile Militon, Christian Tamburini, Georges Stora, Franck Gilbert
article
McGenity, Terry J., Timmis, Kenneth N., Nogales Fernández, Balbina. Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols. Meso- and Microcosms, pp.91-102, 2017, 978-3-662-53108-2
identifiant
hal-02968434
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2016

Journal articles

titre
Optical and X-ray early follow-up of ANTARES neutrino alerts
auteur
S. Adrián-Martínez, M. Ageron, A. Albert, Imen Al Samarai, M. André, G. Anton, M. Ardid, J. -J. Aubert, B. Baret, J. Barrios-Marti, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, C. Bogazzi, R. Bormuth, M. Bou-Cabo, M. C. Bouwhuis, R. Bruijnk, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, J. Carr, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, I. Dekeyser, Anne Deschamps, G. de Bonis, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, D. Drouhin, Alexis Dumas, T. Eberl, D. Elsasser, A. Enzenhöfer, K. Fehn, I. Feis, P. Fermani, F. Folger, L. A. Fusco, S. Galatà, P. Gay, S. Geisselsoder, K. Geyer, V. Giordano, A. Gleixner, R. Gracia-Ruiz, K. Graf, H. Haren, A. J. Heijboer, Y. Hello, J. J. Hernandez-Rey, A. Herrero, J. Hossl, J. Hofestadt, C. Hugon, C. W. James, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, U. Katz, D. Kiessling, P. Kooijman, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, G. Lambard, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, E. Leonora, S. Loucatos, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martinez-Mora, S. Martini, A. Mathieu, T. Michael, P. Piattelli, P. Migliozzi, A. Moussa, C. Mueller, M. Neff, E. Nezri, G. E. Pavalas, C. Pellegrino, C. Perrina, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, G. Riccobene, R. Richter, K. Roensch, A. Rostovtsev, M. Saldana, D. F. E. Samtleben, M. Sanguinetiz, P. Sapienza, J. Schmid, J. Schnabel, S. Schulte, F. Schüssler, T. Seitz, C. Sieger, M. Spurio, J. J. M. Steijger, Th. Stolarczyk, A. Sanchez-Losa, M. Taiuti, Christian Tamburini, A. Trovato, M. Tselengidou, C. Tonnis, D. Turpin, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, M. Vecchi, E. Visser, D. Vivolo, S. Wagner, J. Wilms, J. D. Zornoza, J. Zúñiga, A. Klotz, M. Boer, A. Le van Suu, C. Akerlof, W. Zheng, P. Evans, N. Gehrels, J. Kennea, J. P. Osborne, D. M. Coward, Antares Collaboration
article
JOURNAL OF COSMOLOGY AND ASTROPARTICLE PHYSICS, 2016, ⟨10.1088/1475-7516/2016/02/062⟩
identifiant
hal-01441181
DOI
DOI : 10.1088/1475-7516/2016/02/062
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titre
Deciphering the adaptation strategies of Desulfovibrio piezophilus to hydrostatic pressure through metabolic and transcriptional analyses.
auteur
Amira Amrani, Jacques van Helden, Aurélie Bergon, Aicha Aouane, Wajdi Ben Hania, Christian Tamburini, Béatrice Loriod, Jean Imbert, Bernard Ollivier, Nathalie Pradel, Alain Dolla
article
Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2016, 8 (4), pp.520-6. ⟨10.1111/1758-2229.12427⟩
identifiant
hal-01410149
DOI
DOI : 10.1111/1758-2229.12427
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titre
Genomic Insights into a new Citrobacter koseri strain revealed gene exchanges with the virulence-associated Yersinia pestis pPCP1 plasmid
auteur
Fabrice Armougom, Idir Bitam, Olivier Croce, Vicky Merhej, Lina Barassi, Ti-Thien Nguyen, Bernard La Scola, Didier Raoult
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2016, 7, pp.340. ⟨10.3389/fmicb.2016.00340⟩
identifiant
hal-01459560
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2016.00340
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titre
The impact of long-term hydrocarbon exposure on the structure, activity, and biogeochemical functioning of microbial mats
auteur
Johanne Aubé, Pavel Senin, Olivier Pringault, Patricia Bonin, Bruno Deflandre, Olivier Bouchez, Noëlle Bru, Edurne Biritxinaga-Etchart, Christophe Klopp, Rémy Guyoneaud, Marisol Goñi-Urriza
article
Marine Pollution Bulletin, Elsevier, 2016, 111 (1-2), pp.115-125. ⟨10.1016/j.marpolbul.2016.07.023⟩
identifiant
ird-02048573
DOI
DOI : 10.1016/j.marpolbul.2016.07.023
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titre
Prokaryotic diversity in a Tunisian hypersaline lake, Chott El Jerid
auteur
Manel Ben Abdallah, Fatma Karray, Najla Mhiri, Nan Mei, Marianne Quemeneur, Jean-Luc Cayol, Gaël Erauso, Jean-Luc Tholozan, Didier Alazard, Sami Sayadi
article
Extremophiles, Springer Verlag, 2016, 20 (2), pp.125-138. ⟨10.1007/s00792-015-0805-7⟩
identifiant
hal-01437952
DOI
DOI : 10.1007/s00792-015-0805-7
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titre
Reclassification of Anaerobaculum mobile, Anaerobaculum thermoterrenum, Anaerobaculum hydrogeniformans as Acetomicrobium mobile comb. nov., Acetomicrobium thermoterrenum comb. nov and Acetomicrobium hydrogeniformans comb. nov., respectively, and emendation of the genus Acetomicrobium
auteur
Wajdi Ben Hania, Amel Bouanane-Darenfed, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2016, 66, pp.1506-1509. ⟨10.1099/ijsem.0.000910⟩
identifiant
hal-01438759
DOI
DOI : 10.1099/ijsem.0.000910
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titre
Desulfotomaculum aquiferis sp nov and Desulfotomaculum profundi sp nov., isolated from a deep natural gas storage aquifer
auteur
Sabrina Berlendis, Magali Ranchou-Peyruse, Marie-Laure Fardeau, Jean-Francois Lascourreges, Manon Joseph, Bernard Ollivier, Thomas Auello, David Dequidt, Michel Magot, Anthony Ranchou-Peyruse
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2016, 66 (11), pp.4329-4338. ⟨10.1099/ijsem.0.001352⟩
identifiant
hal-01443240
DOI
DOI : 10.1099/ijsem.0.001352
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titre
Hydrogen production by the hyperthermophilic bacterium Thermotoga maritima part I: effects of sulfured nutriments, with thiosulfate as model, on hydrogen production and growth
auteur
Celine Boileau, Richard Auria, Sylvain Davidson, Laurence Casalot, Pierre Christen, Pierre-Pol Liebgott, Yannick Combet-Blanc
article
Biotechnology for Biofuels, BioMed Central, 2016, 9, ⟨10.1186/s13068-016-0678-8⟩
identifiant
hal-01443237
DOI
DOI : 10.1186/s13068-016-0678-8
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titre
Novel serine keratinase from Caldicoprobacter algeriensis exhibiting outstanding hide dehairing abilities.
auteur
Khelifa Bouacem, Amel Bouanane-Darenfed, Nadia Zaraî Jaouadi, Manon Joseph, Hocine Hacene, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau, Samir Bejar, Bassem Jaouadi
article
International Journal of Biological Macromolecules, Elsevier, 2016, 86, pp.321-8. ⟨10.1016/j.ijbiomac.2016.01.074⟩
identifiant
hal-01439233
DOI
DOI : 10.1016/j.ijbiomac.2016.01.074
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titre
Molecular microbiology methods for environmental diagnosis
auteur
T. Bouchez, A. Blieux, S. Dequiedt, I. Domaizon, A. Dufresne, S. Ferreira, J. Godon, J. Hellal, C. Joulian, A. Quaiser, F. Martin-Laurent, A. Mauffret, J. Monier, P. Peyret, P. Schmitt-Koplin, O. Sibourg, E. D’oiron, A. Bispo, I. Deportes, C. Grand, Philippe Cuny, A. Maron, L. Ranjard
article
Environmental Chemistry Letters, Springer Verlag, 2016, 14 (4), pp.423-441. ⟨10.1007/s10311-016-0581-3⟩
identifiant
hal-02065518
DOI
DOI : 10.1007/s10311-016-0581-3
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titre
Novel species and expanded distribution of ellipsoidal multicellular magnetotactic prokaryotes
auteur
Yi-Ran Chen, Wen-Yan Zhang, Ke Zhou, Hong-Miao Pan, Hai-Jian Du, Cong Xu, Jian-Hong Xu, Nathalie Pradel, Claire-Lise Santini, Jin-Hua Li, Hui Huang, Yong-Xin Pan, Tian Xiao, Long-Fei Wu
article
Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2016, 8 (2), pp.218--226. ⟨10.1111/1758-2229.12371⟩
identifiant
hal-01440767
DOI
DOI : 10.1111/1758-2229.12371
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titre
Oil removal and effects of spilled oil on active microbial communities in close to salt-saturation brines.
auteur
Yannick Corsellis, Marc M Krasovec, Lea Sylvi, Philippe Cuny, Cécile Militon
article
Extremophiles, Springer Verlag, 2016, pp.26955981. ⟨10.1007/s00792-016-0818-x⟩
identifiant
hal-01435956
DOI
DOI : 10.1007/s00792-016-0818-x
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titre
Balneicella halophila gen. nov., sp nov., an anaerobic bacterium, isolated from a thermal spring and description of Balneicellaceae fam. nov.
auteur
Khaled Fadhlaoui, Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2016, 66 (11), pp.4692-4696. ⟨10.1099/ijsem.0.001412⟩
identifiant
hal-01443241
DOI
DOI : 10.1099/ijsem.0.001412
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titre
Denitrification activity in mangrove sediments varies with associated vegetation
auteur
Sheryl Oliveira Fernandes, Pinky Dutta, Maria-Judith Gonsalves, Patricia C. Bonin, P. A. Lokabharathi
article
Ecological Engineering, Elsevier, 2016, 95, pp.671-681. ⟨10.1016/j.ecoleng.2016.06.102⟩
identifiant
hal-01443226
DOI
DOI : 10.1016/j.ecoleng.2016.06.102
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titre
Coupling of bacterial nitrification with denitrification and anammox supports N removal in intertidal sediments (Arcachon Bay, France)
auteur
Sheryl Fernandes, Cedric Javanaud, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Pierre Anschutz, Patricia Bonin
article
Estuarine, Coastal and Shelf Science, Elsevier, 2016, 179, pp.39-50. ⟨10.1016/j.ecss.2015.10.009⟩
identifiant
hal-01408734
DOI
DOI : 10.1016/j.ecss.2015.10.009
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titre
Preservation of ancestral Cretaceous microflora recovered from a hypersaline oil reservoir
auteur
Gregoire Gales, Nicolas Tsesmetzis, Isabel Neria, Didier Alazard, Stéphanie Coulon, Bart P. Lomans, Dominique Morin, Bernard Ollivier, Jean Borgomano, Catherine Joulian
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6, ⟨10.1038/srep22960⟩
identifiant
hal-01443597
DOI
DOI : 10.1038/srep22960
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01443597/file/srep22960.pdf BibTex
titre
Thermanaeromonas burensis sp nov., a thermophilic anaerobe isolated from a subterranean clay environment
auteur
Zouhaier Ben Ali Gam, Sylvie Daumas, Laurie Casalot, Manon Bartoli-Joseph, Sophia Necib, Yannick Linard, Marc Labatt
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2016, 66, pp.445-449. ⟨10.1099/ijsem.0.000739⟩
identifiant
hal-01409620
DOI
DOI : 10.1099/ijsem.0.000739
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BibTex
titre
Plankton networks driving carbon export in the oligotrophic ocean
auteur
Lionel Guidi, Samuel Chaffron, Lucie Bittner, Damien Eveillard, Abdelhalim Larhlimi, Simon Roux, Youssef Darzi, Stéphane Audic, L. Berline, Jennifer R. Brum, Luis Pedro Coelho, Julio Cesar Ignacio Espinoza, Shruti Malviya, Shinichi Sunagawa, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Julie Poulain, Sarah Searson, Lars Stemmann, Fabrice Not, Pascal Hingamp, Sabrina Speich, Mick Follows, Lee Karp-Boss, Emmanuel Boss, Hiroyuki Ogata, Stephane Pesant, Jean Weissenbach, Patrick Wincker, Silvia G. Acinas, Peer Bork, Daniele Iudicone, Matthew B. Sullivan, Jeroen Raes, Eric Karsenti, Chris Bowler, Gabriel Gorsky
article
Nature, Nature Publishing Group, 2016, 532, pp.465-470. ⟨10.1038/nature16942⟩
identifiant
hal-01275276
DOI
DOI : 10.1038/nature16942
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01275276/file/Mordret_2015_The_symbiotic_life.pdf BibTex
titre
Bacterial ecology of abattoir wastewater treated by an anaerobic digestor
auteur
Linda Jabari, Hana Gannoun, Eltaief Khelifi, Jean-Luc Cayol, Jean-Jacques Godon, Moktar Hamdi, Marie-Laure Fardeau
article
Brazilian Journal of Microbiology, Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2016, 47 (1), pp.73-84. ⟨10.1016/j.bjm.2015.11.029⟩
identifiant
hal-02633155
DOI
DOI : 10.1016/j.bjm.2015.11.029
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https://hal.inrae.fr/hal-02633155/file/JabariGannoun-BJM2016_1.pdf BibTex
titre
The chimeric nature of the genomes of marine magnetotactic coccoid-ovoid bacteria defines a novel group of Proteobacteria.
auteur
Boyang Ji, Sheng-Da Zhang, Wei-Jia Zhang, Zoe Rouy, François Alberto, Claire-Lise Santini, Sophie Mangenot, Séverine Gagnot, Nadège Philippe, Nathalie Pradel, Lichen Zhang, Sébastien Tempel, Ying Li, Claudine Médigue, Bernard Henrissat, Pedro M Coutinho, Valérie Barbe, Emmanuel Talla, Long-Fei Wu
article
Environmental Microbiology, Society for Applied Microbiology and Wiley-Blackwell, 2016, pp.doi: 10.1111/1462-2920.13637. ⟨10.1111/1462-2920.13637⟩
identifiant
hal-01410134
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.13637
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titre
Localization of endobacteria in the gastrodermis of a Mediterranean gorgonian coral, Paramuricea clavata, using fluorescence in situ hybridization
auteur
Marie La Riviere, Marc Garel, Marc Bally
article
Marine Biology, Springer Verlag, 2016, 163, ⟨10.1007/s00227-016-2975-y⟩
identifiant
hal-01365605
DOI
DOI : 10.1007/s00227-016-2975-y
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BibTex
titre
Reverse transcriptase genes are highly abundant and transcriptionally active in marine plankton assemblages
auteur
Magali Lescot, Pascal Hingamp, Kenji Kojima, Emilie Villar, Sarah Romac, Alaguraj Veluchamy, Martine Boccara, Olivier Jaillon, Daniele Iudicone, Chris Bowler, Patrick Wincker, Jean-Michel Claverie, Hiroyuki Ogata
article
ISME Journal, Nature Publishing Group, 2016, 10 (5), pp.1134-1146. ⟨10.1038/ismej.2015.192⟩
identifiant
hal-02964380
DOI
DOI : 10.1038/ismej.2015.192
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02964380/file/ismej2015192.pdf BibTex
titre
Bacteria as part of bioluminescence emission at the deep ANTARES station (North-Western Mediterranean Sea) during a one-year survey
auteur
Severine Martini, Valerie Michotey, Laurie Casalot, Patricia Bonin, Sophie Guasco, Marc Garel, Christian Tamburini
article
Deep-Sea Research, 2016, 116, pp.33-40. ⟨10.1016/j.dsr.2016.07.014⟩
identifiant
hal-01408722
DOI
DOI : 10.1016/j.dsr.2016.07.014
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titre
Mobilisporobacter senegalensis gen. nov., sp nov., an anaerobic bacterium isolated from tropical shea cake
auteur
Malick Mbengue, Abdoulaye Thioye, Marc Labat, Laurie Casalot, Manon Joseph, Abdoulaye Samb, Zouhaier Ben Ali Gam
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2016, 66, pp.1383-1388. ⟨10.1099/ijsem.0.000889⟩
identifiant
hal-01409621
DOI
DOI : 10.1099/ijsem.0.000889
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titre
Serpentinicella alkaliphila gen. nov., sp. nov., a novel alkaliphilic anaerobic bacterium isolated from the serpentinite-hosted Prony hydrothermal field, New Caledonia.
auteur
Nan Mei, Anne Postec, Gaël Erauso, Manon Joseph, Bernard Pelletier, Claude Payri, Bernard Ollivier, Marianne Quemeneur
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2016, 66 (11), pp.4464-4470. ⟨10.1099/ijsem.0.001375⟩
identifiant
hal-01436930
DOI
DOI : 10.1099/ijsem.0.001375
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titre
Metagenomic and PCR-Based Diversity Surveys of [FeFe]-Hydrogenases Combined with Isolation of Alkaliphilic Hydrogen-Producing Bacteria from the Serpentinite-Hosted Prony Hydrothermal Field, New Caledonia
auteur
Nan Mei, Anne Postec, Christophe Monnin, Bernard Pelletier, Claude Payri, Bénédicte Ménez, Eléonore Frouin, Bernard Ollivier, Gaël Erauso, Marianne Quéméneur
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2016, 7, pp.1301. ⟨10.3389/fmicb.2016.01301⟩
identifiant
insu-01473338
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2016.01301
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https://hal-insu.archives-ouvertes.fr/insu-01473338/file/fmicb-07-01301-mei.pdf BibTex
titre
Linking Virus Genomes with Host Taxonomy.
auteur
Tomoko Mihara, Yosuke Nishimura, Yugo Shimizu, Hiroki Nishiyama, Genki Yoshikawa, Hideya Uehara, Pascal Hingamp, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata
article
AIDS Research and Human Retroviruses, Mary Ann Liebert, 2016, 8 (3), pp.66. ⟨10.3390/v8030066⟩
identifiant
hal-01435950
DOI
DOI : 10.3390/v8030066
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titre
Metatranscriptomes of oil-contaminated marine coastal sediment affected by oil addition and/or by the bioturbating activity of the marine polychaete Hediste diversicolor: Who are the microbial players?
auteur
Cécile Militon, Alexandre Atkinson, Valerie Michotey, Celine Jeziorski, Cristiana Cravo-Laureau, Robert Duran, Patricia Bonin, Philippe Cuny
article
Marine Genomics, Elsevier, 2016, 29, pp.55-59. ⟨10.1016/j.margen.2016.06.006⟩
identifiant
hal-01408732
DOI
DOI : 10.1016/j.margen.2016.06.006
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titre
Neuron-Like Networks Between Ribosomal Proteins Within the Ribosome
auteur
Olivier Poirot, Y. Timsit
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6 (1), ⟨10.1038/srep26485⟩
identifiant
hal-01816591
DOI
DOI : 10.1038/srep26485
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titre
Analysis of a population of magnetotactic bacteria of the Gulf of Gabes, Tunisia
auteur
Nathalie Pradel, Jean-Luc Cayol, Marie-Laure Fardeau, Fatma Karray, Sami Sayadi, Didier Alazard, Bernard Ollivier
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2016, 23 (5), pp.4046-4053. ⟨10.1007/s11356-015-4314-0⟩
identifiant
hal-01443600
DOI
DOI : 10.1007/s11356-015-4314-0
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titre
Magnetotactic bacteria population in a pristine French Atlantic lagoon.
auteur
Nathalie Pradel, Maxime Fuduche, Bernard Ollivier
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2016, 23 (1), pp.691-7. ⟨10.1007/s11356-015-5322-9⟩
identifiant
hal-01435958
DOI
DOI : 10.1007/s11356-015-5322-9
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titre
Bacterial community structure and functional arrA gene diversity associated with arsenic reduction and release in an industrially contaminated soil
auteur
Marianne Quéméneur, Françis Garrido, Patrick Billard, Dominique Breeze, Corinne Leyval, Michel Jauzein, Catherine Joulian
article
Geomicrobiology Journal, Taylor & Francis, 2016, 33 (10), pp.839-849. ⟨10.1080/01490451.2015.1118167⟩
identifiant
insu-01292649
DOI
DOI : 10.1080/01490451.2015.1118167
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titre
Impact of an intense water column mixing (0-1500 m) on prokaryotic diversity and activities during an open-ocean convection event in the NW Mediterranean Sea
auteur
Tatiana Severin, Caroline Sauret, Mehdi Boutrif, Thomas Duhaut, Fayçal Kessouri, Louise Oriol, Jocelyne Caparros, Mireille Pujo-Pay, Xavier Durrieu de Madron, Marc Garel, Christian Tamburini, Pascal Conan, Jean-François Ghiglione
article
Environmental Microbiology, Society for Applied Microbiology and Wiley-Blackwell, 2016, 18 (12), pp.4378 - 4390. ⟨10.1111/1462-2920.13324⟩
identifiant
hal-01480373
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.13324
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titre
Genomic and physiological analysis reveals versatile metabolic capacity of deep-sea Photobacterium phosphoreum ANT-2200.
auteur
Sheng-Da Zhang, Claire-Lise Santini, Wei-Jia Zhang, Valérie Barbe, Sophie Mangenot, Charlotte Guyomar, Marc Garel, Hai-Tao Chen, Xue-Gong Li, Qun-Jian Yin, Yuan Zhao, J. Armengaud, Jean-Charles Gaillard, Severine Martini, Nathalie Pradel, Claude Vidaud, François Alberto, Claudine Médigue, Christian Tamburini, Long-Fei Wu
article
Extremophiles life under extreme conditions, 2016, 20 (3), pp.301-10. ⟨10.1007/s00792-016-0822-1⟩
identifiant
hal-01410136
DOI
DOI : 10.1007/s00792-016-0822-1
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Conference papers

titre
Microbiology of shallow subsurface aquifer and carbonate rocks studied by culture-dependent and culture-independent methods. Preliminary results on an underground laboratory, the LSBB, Rustrel, France
auteur
Gregoire Gales, Gaël Erauso, Jean-Luc Cayol, David Navarro, Daniel Boyer, Gilles Micolau
article
6. International Conference on Inter-Disciplinary Underground Science and Technology (-DUST), Jun 2016, Avignon, France. pp.5, ⟨10.1051/e3sconf/20161205002⟩
identifiant
hal-01594526
DOI
DOI : 10.1051/e3sconf/20161205002
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titre
Life in deep subsurface
auteur
Gregoire Gales, Gaël Erauso
article
I-DUST 2016 - INTER-DISCIPLINARY UNDERGROUND SCIENCE & TECHNOLOGY, 2016, Unknown, Unknown Region. ⟨10.1051/e3sconf/20161205001⟩
identifiant
hal-01758948
DOI
DOI : 10.1051/e3sconf/20161205001
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titre
Fate and Impact of Oil in Mangrove Ecosystem PRISME Experiment
auteur
Ronan Jézéquel, Karine Duboscq, Lea Sylvi, Emma Michaud, Lise Millera Ferriz, Robert Duran, Cristiana Cravo-Laureau, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Gilbert Franck, Marc Tedetti, Cécile Militon, Philippe Cuny
article
AMOP Technical Seminar, Environment and Climate Change Canada, Ottawa, ON, 2016., Jun 2016, Halifax, Canada
identifiant
hal-02968524
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2015

Journal articles

titre
Draft-genome sequence of Shewanella algae strain C6G3
auteur
Axel Aigle, Valerie Michotey, Patricia Bonin
article
Standards in Genomic Sciences, 2015, 43 (10), pp.10.1186/s40793-015-0022-0. ⟨10.1186/s40793-015-0022-0⟩
identifiant
hal-01194459
DOI
DOI : 10.1186/s40793-015-0022-0
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titre
Aminomonas
auteur
Sandra Baena, Jean-Louis Garcia, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01251⟩
identifiant
hal-02981993
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01251
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titre
Aminobacterium
auteur
Sandra Baena, Jean-Louis Garcia, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01253⟩
identifiant
hal-02983507
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01253
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titre
Characterization of Alkaliphilus hydrothermalis sp. nov., a novel alkaliphilic anaerobic bacterium, isolated from a carbonaceous chimney of the Prony hydrothermal field, New Caledonia,
auteur
F. Ben Aissa, Anne Postec, Gaël Erauso, C. Payri, B. Pelletier, M. Hamdi, M-Laure Fardeau, B. Ollivier
article
Extremophiles, Springer Verlag, 2015, 19 (1), pp.183-188. ⟨10.1007/s00792-014-0697-y⟩
identifiant
hal-01362364
DOI
DOI : 10.1007/s00792-014-0697-y
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titre
Draft genome sequence of Mesotoga strain PhosAC3, a mesophilic member of the bacterial order Thermotogales, isolated from a digestor treating phosphogypsum in Tunisia
auteur
Wajdi Ben Hania, Khaled Fadhlaoui, Céline Brochier-Armanet, Cecile Persillon, Anne Postec, Moktar Hamdi, Alain Dolla, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau, Jean Le Mer, Gaël Erauso
article
Standards in Genomic Sciences, 2015, 10, ⟨10.1186/1944-3277-10-12⟩
identifiant
hal-01452069
DOI
DOI : 10.1186/1944-3277-10-12
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titre
Acetoanaerobium pronyense sp. nov., an anaerobic alkaliphilic bacterium isolated from the Prony alkaline Hydrothermal Field in New Caledonia.
auteur
Meline Bes, Mériem Merrouch, Manon Joseph, Marianne Quemeneur, Claude Payri, Bernard Pelletier, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau, Gaël Erauso, Anne Postec
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2015, pp.10.1099/ijs.0.000307. ⟨10.1099/ijs.0.000307⟩
identifiant
hal-01177195
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.000307
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titre
Mahella
auteur
M Bonillas-Salinas, Bernard Ollivier, Bkc Patel, Jean-Luc Cayol
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00758⟩
identifiant
hal-02981979
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.gbm00758
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titre
Substrates specialization in lipid compounds and hydrocarbons of Marinobacter genus.
auteur
Patricia Bonin, Christophe Vieira, Régis Grimaud, Cécile Militon, Philippe Cuny, Oscar Lima, Sophie Guasco, Corina P D Brussaard, Valerie Michotey
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (20), pp.15347-15359. ⟨10.1007/s11356-014-4009-y⟩
identifiant
hal-01201711
DOI
DOI : 10.1007/s11356-014-4009-y
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01201711/file/Fichier%20Hal_Bonin%26al2015ESPR-D-14-03278-revised.pdf BibTex
titre
Thermohalobacter
auteur
Jean-Luc Cayol, Jean-Louis Garcia, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00624⟩
identifiant
hal-02981675
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.gbm00624
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titre
Halothermothrix
auteur
Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier, Jean-Louis Garcia
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00735⟩
identifiant
hal-02981799
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.gbm00735
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titre
Use of dispersant in mudflat oil-contaminated sediment: behavior and effects of dispersed oil on micro- and macrobenthos.
auteur
Philippe Cuny, Franck Gilbert, Cécile Militon, Georges Stora, Patricia Bonin, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Karine Duboscq, Christine Cagnon, Ronan Jézéquel, Cristiana Cravo-Laureau, Robert Duran
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (20), pp.15370-15376. ⟨10.1007/s11356-015-4800-4⟩
identifiant
hal-01201710
DOI
DOI : 10.1007/s11356-015-4800-4
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titre
Complete genome sequence of a new member of the Marseilleviridae recovered from the Brackish submarine spring in the Cassis Port-Miou Calanque, France
auteur
Gabriel Doutre, Bruno Arfib, Pierre Rochette, Jean-Michel Claverie, Patricia Bonin, Chantal Abergel
article
Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2015, 3 (6), pp.e01148--15. ⟨10.1128/genomeA.01148-15⟩
identifiant
hal-01457497
DOI
DOI : 10.1128/genomeA.01148-15
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01457497/file/DoutreArfibetal_GenomePortMiouVirus_Nov2015.pdf BibTex
titre
Microbial ecology of hydrocarbon-polluted coastal sediments.
auteur
Robert Duran, Philippe Cuny, Patricia Bonin, Cristiana Cravo-Laureau
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (20), pp.15195 - 15199. ⟨10.1007/s11356-015-5373-y⟩
identifiant
hal-01208482
DOI
DOI : 10.1007/s11356-015-5373-y
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BibTex
titre
Effect of physical sediments reworking on hydrocarbon degradation and bacterial community structure in marine coastal sediments.
auteur
Robert Duran, Patricia Bonin, Ronan Jezequel, Karine Dubosc, Claire Gassie, Fanny Terrisse, Justine Abella, Christine Cagnon, Cécile Militon, Valerie Michotey, Franck Gilbert, Philippe Cuny, Cristiana Cravo-Laureau
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (20), pp.15248-15259. ⟨10.1007/s11356-015-4373-2⟩
identifiant
hal-01201709
DOI
DOI : 10.1007/s11356-015-4373-2
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titre
Garciella
auteur
Miranda-Tello E., Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Didier Alazard
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00630⟩
identifiant
hal-02884234
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.gbm00630
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titre
Crassaminicella profunda gen. nov., sp. nov., an anaerobic marine bacterium isolated from deep-sea sediments
auteur
Marie-Laure Fardeau, Raja Lakhal, Bernard Ollivier, Anne Godfroy, Anne Postec, Jean-Luc Cayol, Grégoire Galès, Nathalie Pradel
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2015, 65 (9), pp.3097-3102. ⟨10.1099/ijsem.0.000386⟩
identifiant
hal-02463138
DOI
DOI : 10.1099/ijsem.0.000386
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titre
Caldanaerobacter
auteur
Marie-Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Jean-Luc Cayol
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00745⟩
identifiant
hal-02981646
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.gbm00745
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BibTex
titre
Environmental microbiology as a mosaic of explored ecosystems and issues
auteur
Denis Faure, Patricia Bonin, Robert Duran, Pierre Amato, Florence Arsene-Ploetze, Jean-Christophe Auguet, Bernard Legrand, Philippe N. Bertin, Yvan Bettarel, Aurélie Bigot-Clivot, Nicolas Blot, Manuel Blouin, Myriam Bormans, Marc Bouvy, O Bruneel, Aurélie Cébron, Urania Christaki, Ivan Couée, Cristiana Cravo-Laureau, Michael Danger, Julien de Lorgeril, Yves Desdevises, Yves Dessaux, D Destoumieux-Garzón, Élodie Duprat, Gaël Erauso, Feth El Zahar Haichar, Éric Fouilland, Andre-Jean Francez, Nathalie Fromin, Alain Geffard, Jean-François Ghiglione, Arnaud Huguet, Vincent Grossi, Katell Guizien, Ludwig Jardillier, Pascal Jouquet, Fabien Joux, Aurore Kaisermann, Oliver Kaltz, Jean-Christophe Lata, Antoine Lecerf, Corinne Leyval, Patricia Luis, Estelle Masseret, Audrey Niboyet, Philippe Normand, Frédéric Plewniak, Franck Poly, Soizic Prado, Achim Quaiser, Pascal Ratet, Agnès Richaume, Jean-Luc Rolland, Jean-Luc Rols, Jf Rontani, Francesca Rossi, Sophie Sablé, P Sivadon, Philippe Soudant, Christian Tamburini, Aline Tribollet, Claire Valiente Moro, France van Wambeke, Philippe Vandenkoornhuyse, Stéphane Vuilleumier, Philippe Vandenkoornhuyse
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (18), pp.13577-13598. ⟨10.1007/s11356-015-5164-5⟩
identifiant
hal-01247096
DOI
DOI : 10.1007/s11356-015-5164-5
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01247096/file/Faure-EC2CO-2015-EnvironSciPollutRes-Environmental-MANUSCRIT.pdf BibTex
titre
Anaerobic nitrification-denitrification mediated by Mn-oxides in meso-tidal sediments: Implications for N-2 and N2O production
auteur
Sheryl Fernandes, Cedric Javanaud, Axel Aigle, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Jonathan Deborde, Bruno Deflandre, Pierre Anschutz, Patricia Bonin
article
Journal of Marine Systems, Elsevier, 2015, 144, pp.1-8. ⟨10.1016/j.jmarsys.2014.11.011⟩
identifiant
hal-01157960
DOI
DOI : 10.1016/j.jmarsys.2014.11.011
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BibTex
titre
Oil spill effects on macrofaunal communities and bioturbation of pristine marine sediments (Caleta Valdés, Patagonia, Argentina): experimental evidence of low resistance capacities of benthic systems without history of pollution
auteur
Agustina Ferrando, Emilia Gonzalez, Marcos Franco, Marta Commendatore, Marina Nievas, Cécile Militon, Georges Stora, Franck Gilbert, José Luis Esteves, Philippe Cuny
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, vol. 22 (n° 20), pp. 15294-15306. ⟨10.1007/s11356-015-4167-6⟩
identifiant
hal-01223400
DOI
DOI : 10.1007/s11356-015-4167-6
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01223400/file/ferrando_14424.pdf BibTex
titre
Diversity of magnetotactic bacteria from a French pristine Mediterranean area.
auteur
Maxime Fuduche, Anne Postec, Sylvain Davidson, Jean-Paul Chauvin, Grégoire Galès, Agnès Hirschler-Réa, Bernard Ollivier, Long-Fei Wu, Nathalie Pradel
article
Current Microbiology, Springer Verlag, 2015, 70 (4), pp.499-505. ⟨10.1007/s00284-014-0745-y⟩
identifiant
hal-01146287
DOI
DOI : 10.1007/s00284-014-0745-y
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BibTex
titre
Sporanaerobacter
auteur
Hernandez-Eugenio G, Marie Laure Fardeau, Jean-Louis Garcia, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00720⟩
identifiant
hal-02884237
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.gbm00720
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BibTex
titre
Sporobacter
auteur
Isabelle Grech-Mora, Marie Laure Fardeau, Jean-Louis Garcia, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00679⟩
identifiant
hal-02884228
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.gbm00679
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BibTex
titre
Aminobacterium thunnarium sp. nov., a mesophilic, amino acid-degrading bacterium isolated from an anaerobic sludge digester, pertaining to the phylum Synergistetes.
auteur
Olfa Hamdi, Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Hassib Bouallagui, Moktar Hamdi, Patricia Bonin, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2015, 65 (Pt 2), pp.609-14. ⟨10.1099/ijs.0.068965-0⟩
identifiant
hal-01177834
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.068965-0
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BibTex
titre
Thermodesulfobacterium
auteur
Claude Hatchikian, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01267⟩
identifiant
hal-02884181
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.gbm01267
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BibTex
titre
Thermodesulfobacteriaceae fam. nov.
auteur
Claude Hatchikian, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.fbm00251⟩
identifiant
hal-02884187
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.fbm00251
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titre
Thermodesulfobacteria class. nov.
auteur
Claude Hatchikian, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.cbm00049⟩
identifiant
hal-02884197
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.cbm00049
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Thermodesulfobacteriales ord. nov.
auteur
Claude Hatchikian, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), Hoboken, New Jersey : Wiley, [2015]-, 2015, ⟨10.1002/9781118960608.obm00113⟩
identifiant
hal-02884200
DOI
DOI : 10.1002/9781118960608.obm00113
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Evidence for host specificity among dominant bacterial symbionts in temperate gorgonian corals
auteur
Marie La Riviere, Joaquim Garrabou, Marc Bally
article
Coral Reefs, Springer Verlag, 2015, 34 (4), pp.1087. ⟨10.1007/s00338-015-1334-7⟩
identifiant
hal-01242229
DOI
DOI : 10.1007/s00338-015-1334-7
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H4K44 Acetylation Facilitates Chromatin Accessibility during Meiosis
auteur
Matthieu Legendre, Audrey Lartigue, Lionel Bertaux, Sandra Jeudy, Julia Bartoli, Magali Lescot, Jean-Marie Alempic, Claire Ramus, Christophe Bruley, Karine Labadie, Lyubov Shmakova, Elizaveta Rivkina, Yohann Coute, Chantal Abergel, Jean-Michel Claverie
article
Cell Reports, Elsevier Inc, 2015, 13 (9), pp.1772-1780. ⟨10.1016/j.celrep.2015.10.070⟩
identifiant
hal-02193350
DOI
DOI : 10.1016/j.celrep.2015.10.070
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Ecological significance of Synergistetes in the biological treatment of tuna cooking wastewater by an anaerobic sequencing batch reactor.
auteur
Cécile Militon, Olfa Hamdi, Valerie Michotey, Marie-Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Hassib Bouallagui, Moktar Hamdi, Patricia Bonin
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, pp.2015 Jul 22. ⟨10.1007/s11356-015-4973-x⟩
identifiant
hal-01201712
DOI
DOI : 10.1007/s11356-015-4973-x
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titre
Dynamics of bacterial assemblages and removal of polycyclic aromatic hydrocarbons in oil-contaminated coastal marine sediments subjected to contrasted oxygen regimes
auteur
Cécile Militon, Ronan Jezequel, Franck Gilbert, Yannick Corsellis, Léa Sylvi, Cristiana Cravo-Laureau, Robert Duran, Philippe Cuny
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (20), pp.15260-15272. ⟨10.1007/s11356-015-4510-y⟩
identifiant
hal-01233392
DOI
DOI : 10.1007/s11356-015-4510-y
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titre
Dynamic of bacterial communities attached to lightened phytodetritus
auteur
Morgan Petit, Patricia Bonin, Remi Amiraux, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Joshua Armitano, Cécile Jourlin-Castelli, Frederic Vaultier, Vincent Méjean, Jean-Francois Rontani
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (18), pp.13681-92. ⟨10.1007/s11356-015-4209-0⟩
identifiant
hal-01201708
DOI
DOI : 10.1007/s11356-015-4209-0
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Microbial diversity in a submarine carbonate edifice from the serpentinizing hydrothermal system of the Prony Bay (New Caledonia) over a 6-year period
auteur
Anne Postec, Marianne Quéméneur, Méline Bes, Nan Mei, Fatma Ben Aissa-Fennira, Claude Payri, Bernard Pelletier, Christophe Monnin, Linda Guentas-Dombrowsky, Bernard Ollivier, Emmanuelle Gérard, Céline Pisapia, Martine Gérard, Bénédicte Ménez, Gaël Erauso
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2015, 6, pp.857. ⟨10.3389/fmicb.2015.00857⟩
identifiant
hal-01221183
DOI
DOI : 10.3389/fmicb.2015.00857
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Endolithic microbial communities in carbonate precipitates from serpentinite-hosted hyperalkaline springs of the Voltri Massif (Ligurian Alps, Northern Italy).
auteur
Marianne Quemeneur, Alexandra Palvadeau, Anne Postec, Christophe Monnin, Valérie Chavagnac, Bernard Ollivier, Gaël Erauso
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, pp.10.1007/s11356-015-4113-7. ⟨10.1007/s11356-015-4113-7⟩
identifiant
hal-01177194
DOI
DOI : 10.1007/s11356-015-4113-7
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titre
Growth of the Obligate Anaerobe Desulfovibrio vulgaris Hildenborough under Continuous Low Oxygen Concentration Sparging: Impact of the Membrane-Bound Oxygen Reductases
auteur
Fanny Ramel, Gael Brasseur, Laetitia Pieulle, Odile Valette, Agnès Hirschler-Réa, Marie Laure Fardeau, Alain Dolla
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10, pp.e0123455. ⟨10.1371/journal.pone.0123455⟩
identifiant
hal-01216176
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0123455
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titre
Crystallographic studies of [NiFe]-hydrogenase mutants: towards consensus structures for the elusive unready oxidized states.
auteur
Anne Volbeda, Lydie Martin, Elodie Barbier, Oscar Gutiérrez-Sanz, Antonio L de Lacey, Pierre-Pol Liebgott, Sébastien Dementin, Marc Rousset, Juan-Carlos Fontecilla-Camps
article
Journal of Biological Inorganic Chemistry, Springer Verlag, 2015, 20 (1), pp.11-22. ⟨10.1007/s00775-014-1203-9⟩
identifiant
hal-01166131
DOI
DOI : 10.1007/s00775-014-1203-9
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Book sections

titre
Antares Neutrino telescope and Deap Sea Observatory,
auteur
V. Bertin, J. Brunner, J. Carr, P. Coyle, C. Curtil, J. Destelle, A. Deschamps, S. Escoffier, K. Graf, C. Gojak, J. Hößl, R. Lahmann, Dominique Lefèvre, C. Lévèque, Christian Tamburini, P. Schuller, H. van Haren
article
Seafloor Observatories - A New Vision of the Earth from the Abyss, Springer Berlin Heidelberg, pp.369-414, 2015
identifiant
hal-02149668
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titre
Biogeochemical Cycles
auteur
Jean-Claude Bertrand, Patricia Bonin, Pierre Caumette, Jean-Pierre Gattuso, Gérald Grégori, Rémy Guyoneaud, Xavier Le Roux, Robert Matheron, Franck Poly
article
Jean-Claude Bertrand; Pierre Caumette; Philippe Lebaron; Robert Matheron; Philippe Normand; Télesphore Sime-Ngando. Environmental Microbiology: Fundamentals and Applications, Springer Netherlands, pp.511-617, 2015, 978-94-017-9118-2. ⟨10.1007/978-94-017-9118-2_14⟩
identifiant
hal-02457918
DOI
DOI : 10.1007/978-94-017-9118-2_14
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titre
Mudflat Benthic Spill Simulations
auteur
Cristiana Cravo-Laureau, Ronan Jézéquel, Franck Gilbert, Philippe Cuny, Robert Duran
article
McGenity, Terry J., Timmis, Kenneth N., Fernandez, Balbina Nogales. Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols. Meso- and Microcosms, Springer Protocols Handbooks, pp.79-89, 2015, 978-3-662-45179-3. ⟨10.1007/8623_2015_52⟩
identifiant
hal-02968493
DOI
DOI : 10.1007/8623_2015_52
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Reports

titre
ARP MERMED Forward-thinking Workshop : adapting to global changes in the Mediterranean Sea
auteur
F. Boulier (coord.), V. Chagué (coord.), T. Changeux, D. Lacroix (coord.), Christian Chaboud (collab.), Philippe Charvis (collab.), Philippe Cury (collab.), Florence Galletti (collab.), François Le Loc’h, Christophe Leboulanger, Bernard Moizo (collab.), Olivier Pringault
article
[Research Report] Agropolis International. 2015, 12 p
identifiant
hal-02566419
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titre
Atelier de Réflexion Prospective MERMED : adaptation aux changements globaux en mer Méditerranée
auteur
F. Boulier (coord.), V. Chagué (coord.), T. Changeux, D. Lacroix (coord.), Christian Chaboud (collab.), Philippe Charvis (collab.), Philippe Cury (collab.), Florence Galletti (collab.), François Le Loc'H (collab.), Christophe Leboulanger, Bernard Moizo (collab.), Olivier Pringault
article
[Rapport de recherche] Agropolis International. 2015, 12 p
identifiant
hal-02566399
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2014

Journal articles

titre
Constraining the neutrino emission of gravitationally lensed Flat-Spectrum Radio Quasars with ANTARES data
auteur
S. Adrián-Martínez, A. Albert, M. Andre, G. Anton, M. Ardid, J. J. Aubert, B. Baret, J. Barrios-Marti, S. Basa, V. Bertin, S. Biagii, C. Bogazzi, R. Bormuth, M. Bou-Cabo, M. C. Bouwhuis, R. Bruijn, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, J. Carr, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, L. Core, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, G. de Rosa, I. Dekeyser, A. Deschamps, G. de Bonis, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, A. Dumas, T. Eberl, D. Elsaesser, A. Enzenhoefer, S. Escoffier, K. Fehn, I. Fells, P. Fermani, F. Folger, L. A. Fusco, S. Galata, P. Gay, S. Geisselsoeder, K. Geyer, V. Giordano, A. Gleixner, J. P. Gomez-Gonzalez, K. Graf, G. Guillard, H. Haren, A. J. Heijboer, Y. Hello, J. J. Hernandez-Rey, B. Herold, A. Herrero, J. Hoessl, J. Hofestaedt, C. Hugon, C. W. James, M. Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, D. Kiessling, P. Kooijman, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, E. Lambard, G. Lambard, Dominique Lefèvre, E. Leonora, H. Loehner, S. Loucatos, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martinez-Mora, S. Martini, A. Mathieu, T. Michael, P. Migliozzi, C. Mueller, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G. E. Pavalas, C. Perrina, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, G. Riccobene, R. Richter, K. Roensch, A. Rostovtsev, M. Saldana, D. F. E. Samtleben, A. Sanchez-Losa, M. Sanguineti, J. Schmid, J. Schnabel, S. Schulte, F. Schuessler, T. Seitz, C. Sieger, A. Spies, M. Spurioi, J. J. M. Steijger, Th. Stolarczyk, M. Taiuti, Christian Tamburini, Y. Tayalati, A. Trovato, M. Tselengidou, C. Toennis, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, E. Visser, D. Vivolo, S. Wagner, J. Wilms, E. Wolf, K. Yatkin, H. Yepes, J. D. Zornoza, J. Zúñiga, E. E. Falco, Antares Collaboration
article
JOURNAL OF COSMOLOGY AND ASTROPARTICLE PHYSICS, 2014, ⟨10.1088/1475-7516/2014/11/017⟩
identifiant
hal-01441852
DOI
DOI : 10.1088/1475-7516/2014/11/017
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https://arxiv.org/pdf/1407.8525 BibTex
titre
A search for time dependent neutrino emission from microquasars with the ANTARES telescope
auteur
S. Adrián-Martínez, A. Albert, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, M. Ardid, T. Astraatmadja, J.-J. Aubert, B. Baret, J. Barrios, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, B. Bouhou, M. C. Bouwhuis, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, C. Cârloganu, J. Carr, S. Cecchini, P. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, L. Core, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, G. de Rosa, I. Dekeyser, Anne Deschamps, G. de Bonis, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, A. Dumas, T. Eberl, D. Elsässer, U. Emanuele, A. Enzenhöfer, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, K. Fehn, I. Felis, P. Fermani, F. Folger, L.A. Fusco, S. Galatà, Pascal Gay, S. Geißelsöder, K. Geyer, V. Giordano, A. Gleixner, J. P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, H. van Haren, A. J. Heijboer, Y. Hello, J.J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hößl, J. Hofestädt, C. W. James, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, P. Kooijman, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, E. Lambard, G. Lambard, G. Larosa, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, E. Leonora, H. Loehner, S. Loucatos, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martínez-Mora, S. Martini, A. Mathieu, T. Michael, P. Migliozzi, T. Montaruli, C. Müller, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G. E. Păvălaş, C. Perrina, P. Piattelli, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, G. Riccobene, R. Richter, C. Rivière, A. Robert, K. Roensch, A. Rostovtsev, M. Salda\na, D. F. E. Samtleben, A. Sánchez-Losa, M. Sanguineti, P. Sapienza, J. Schmid, J. Schnabel, S. Schulte, F. Schüssler, T. Seitz, C. Sieger, A. Spies, M. Spurio, J.J. M. Steijger, T. Stolarczyk, M. Taiuti, Christian Tamburini, Y. Tayalati, A. Trovato, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, P. Vernin, Eelco Visser, D. Vivolo, S. Wagner, J. Wilms, E. de Wolf, K. Yatkin, H. Yepes, J. D. Zornoza, J. Zúñiga
article
Journal of High Energy Astrophysics, 2014, 3-4, pp.9-17. ⟨10.1016/j.jheap.2014.06.002⟩
identifiant
in2p3-01071564
DOI
DOI : 10.1016/j.jheap.2014.06.002
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titre
Transcriptomics Reveal Several Gene Expression Patterns in the Piezophile Desulfovibrio hydrothermalis in Response to Hydrostatic Pressure
auteur
Amira Amrani, Aurélie Bergon, Hélène Holota, Christian Tamburini, Marc Garel, Bernard Ollivier, Jean Imbert, Alain Dolla, Nathalie Pradel
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (9), pp.e106831. ⟨10.1371/journal.pone.0106831⟩
identifiant
hal-01628348
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0106831
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01628348/file/journal.pone.0106831.PDF BibTex
titre
Vallitalea pronyensis sp. nov., isolated from a marine alkaline hydrothermal chimney
auteur
F. Ben Aissa, Anne Postec, Gaël Erauso, C. Payri, B. Pelletier, M. Hamdi, B. Ollivier, M.-L. Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2014, 64 (Pt 4), pp.1160 - 1165. ⟨10.1099/ijs.0.055756-0⟩
identifiant
hal-01390088
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.055756-0
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titre
Bacterial diversity in relatively pristine and anthropogenically-influenced mangrove ecosystems (Goa, India).
auteur
Sheryl Fernandes, David L Kirchman, Valerie Michotey, Patricia Bonin, P A Lokabharathi
article
Brazilian Journal of Microbiology, Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2014, 45 (4), pp.1161-71
identifiant
hal-01166877
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titre
Reconciliation of the carbon budget in the ocean’s twilight zone
auteur
Sarah L. C. Giering, Richard Sanders, Richard S. Lampitt, Thomas R. Anderson, Christian Tamburini, Mehdi Boutrif, Mikhail V. Zubkov, Chris M. Marsay, Stephanie A. Henson, Kevin Saw, Kathryn Cook, Daniel J. Mayor
article
Nature, Nature Publishing Group, 2014, 507 (7493), pp.480-483. ⟨10.1038/nature13123⟩
identifiant
hal-01077017
DOI
DOI : 10.1038/nature13123
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titre
Mannitol metabolism in brown algae involves a new phosphatase family.
auteur
Agnès Groisillier, Zhanru Shao, Gurvan Michel, Sophie Goulitquer, Patricia Bonin, Stefan Krahulec, Bernd Nidetzky, Delin Duan, Catherine Boyen, Thierry Tonon
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2014, 65 (2), pp.559-70. ⟨10.1093/jxb/ert405⟩
identifiant
hal-01002445
DOI
DOI : 10.1093/jxb/ert405
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titre
Desulfatiferula berrensis sp. nov., a n-alkene-degrading sulfate-reducing bacterium isolated from estuarine sediments.
auteur
Florence Hakil, Oulfat Amin, Agnès Hirschler-Réa, Damien Mollex, Vincent Grossi, Robert Duran, Robert Matheron, Cristiana Cravo-Laureau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2014, 64 (Pt 2), pp.540-4. ⟨10.1099/ijs.0.057174-0⟩
identifiant
hal-00976570
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.057174-0
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titre
Comparative genomic analysis provides insights into the evolution and niche adaptation of marine Magnetospira sp. QH-2 strain
auteur
Boyang Ji, Sheng-Da Zhang, Pascal Arnoux, Zoe Rouy, François Alberto, Nadège Philippe, Dorothée Murat, Wei-Jia Zhang, Jean-Baptiste Rioux, Nicolas Ginet, Monique Sabaty, Sophie Mangenot, Nathalie Pradel, Jiesheng Tian, Jing Yang, Lichen Zhang, Wenyan Zhang, Hongmiao Pan, Bernard Henrissat, Pedro Coutinho, Ying Li, Tian Xiao, Claudine Médigue, Valérie Barbe, David Pignol, Emmanuel Talla, Long-Fei Wu
article
Environmental Microbiology, Society for Applied Microbiology and Wiley-Blackwell, 2014, 16 (2), pp.525-544. ⟨10.1111/1462-2920.12180⟩
identifiant
hal-02463127
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.12180
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titre
Anaerobic oxidation of long-chain n-alkanes by the hyperthermophilic sulfate-reducing archaeon, Archaeoglobus fulgidus.
auteur
Nadia Khelifi, Oulfat Amin Ali, Philippe Roche, Vincent Grossi, Céline Brochier-Armanet, Odile Valette, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Agnès Hirschler-Réa
article
ISME Journal, Nature Publishing Group, 2014, pp.18. ⟨10.1038/ismej.2014.58⟩
identifiant
hal-01165315
DOI
DOI : 10.1038/ismej.2014.58
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titre
Effects of soot deposition on particle dynamics and microbial processes in marine surface waters
auteur
Xavier Mari, Jérôme Lefèvre, Jean-Pascal Torréton, Yvan Bettarel, Olivier Pringault, Emma J. Rochelle-Newall, Patrick Marchesiello, Christophe E. Menkès, Martine Rodier, Christophe Migon, Chiaki Motegi, Markus G. Weinbauer, Louis Legendre
article
Global Biogeochemical Cycles, American Geophysical Union, 2014, 28 (7), pp.662-678. ⟨10.1002/2014GB004878⟩
identifiant
hal-01139299
DOI
DOI : 10.1002/2014GB004878
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titre
Relation between deep bioluminescence and oceanographic variables: A statistical analysis using time–frequency decompositions
auteur
S. Martini, David Nerini, Christian Tamburini
article
Progress in Oceanography, Elsevier, 2014, 127, pp.117-128. ⟨10.1016/j.pocean.2014.07.003⟩
identifiant
hal-01076992
DOI
DOI : 10.1016/j.pocean.2014.07.003
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01076992/file/Martini_etal_2014_draft.pdf BibTex
titre
Fermentative hydrogen production by a new alkaliphilic Clostridium sp (strain PROH2) isolated from a shallow submarine hydrothermal chimney in Prony Bay, New Caledonia
auteur
Nan Mei, Nesrine Zergane, Anne Postec, Gaël Erauso, Angelique Oilier, Claude Payri, Bernard Pelletier, Marie-Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Marianne Quemeneur
article
International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2014, 39 (34), pp.19465-19473. ⟨10.1016/j.ijhydene.2014.09.111⟩
identifiant
hal-01178221
DOI
DOI : 10.1016/j.ijhydene.2014.09.111
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titre
Do furanic and phenolic compounds of lignocellulosic and algae biomass hydrolyzate inhibit anaerobic mixed cultures? A comprehensive review
auteur
F. Monlau, C. Sambusiti, Abdellatif Barakat, Marianne Quemeneur, Eric Trably, Jean-Philippe Steyer, Hélène Carrère
article
Biotechnology Advances, Elsevier, 2014, 32 (5), pp.934 - 951. ⟨10.1016/j.biotechadv.2014.04.007⟩
identifiant
hal-01809612
DOI
DOI : 10.1016/j.biotechadv.2014.04.007
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titre
Fluid chemistry of the low temperature hyperalkaline hydrothermal system of Prony Bay (New Caledonia)
auteur
C. Monnin, V. Chavagnac, C. Boulart, B. Menez, M. Gerard, E. Gerard, C. Pisapia, Marianne Quemeneur, Gaël Erauso, Anne Postec, L. Guentas-Dombrowski, C. Payri, B. Pelletier
article
Biogeosciences, European Geosciences Union, 2014, 11 (20), pp.5687-5706. ⟨10.5194/bg-11-5687-2014⟩
identifiant
hal-01178210
DOI
DOI : 10.5194/bg-11-5687-2014
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01178210/file/bg-11-5687-2014.pdf BibTex
titre
Spatial distribution of microbial communities in the shallow submarine alkaline hydrothermal field of the Prony Bay, New Caledonia
auteur
Marianne Quéméneur, Méline Bes, Anne Postec, Nan Mei, Jérôme Hamelin, Christophe Monnin, Valérie Chavagnac, Claude Payri, Bernard Pelletier, Linda Guentas-Dombrowsky, Martine Gérard, Céline Pisapia, Emmanuelle Gérard, Bénédicte Ménez, Bernard Ollivier, Gaël Erauso
article
Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2014, 6 (6), pp.665-674. ⟨10.1111/1758-2229.12184⟩
identifiant
hal-01190159
DOI
DOI : 10.1111/1758-2229.12184
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Conference papers

titre
Production d’hydrogène dans les systèmes hydrothermaux hyperalcalins des ophiolites (Oman, Ligurie, Nouvelle Calédonie)
auteur
C. Monnin, V. Chavagnac, C. Boulart, G. Ceuleneer, Guilhem Hoareau, B. Ménez, E. Gérard, M. Gérard, M. Quéméneur, Gaël Erauso, Anne Postec, L. Guentas-Dombrowski, C. Payri, B. Pelletier
article
24ème Réunion des Sciences de la Terre : RST 2014, Pau, France, Oct 2014, 2014, Unknown, Unknown Region
identifiant
hal-01815920
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Book sections

titre
Members of the order Thermotogales: from microbiology to hydrogen production.
auteur
Martina Cappelletti, Davide Zannoni, Anne Postec, Bernard Ollivier
article
Davide Zannoni, Roberto De Philippis. Microbial BioEnergy: Hydrogen Production, Springer, pp.197-224, 2014, Advances in Photosynthesis and Respiration, 978-94-017-8553-2. ⟨10.1007/978-94-017-8554-9_9⟩
identifiant
hal-01027589
DOI
DOI : 10.1007/978-94-017-8554-9_9
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titre
Methods for Studying Microorganisms in the Environment
auteur
Fabien Joux, Jean Claude Bertrand, Rutger de Wit, Vincent Grossi, Laurent Intertaglia, Philippe Lebaron, Valérie Michotey, Philippe Normand, Pierre Peyret, Patrick Raimbault, Christian Tamburini, Laurent Urios
article
Environmental Microbiology: Fundamentals and Applications, Springer Netherlands, pp.757-829, 2014, 978-94-017-9117-5. ⟨10.1007/978-94-017-9118-2_17⟩
identifiant
hal-01235538
DOI
DOI : 10.1007/978-94-017-9118-2_17
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titre
Petroleum: from formation to microbiology.
auteur
Bernard Ollivier, Jean Borgomano, Philippe Oger
article
Microbial life in the deep biosphere, De Gruyter, pp.161 -185, 2014
identifiant
hal-00989881
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Poster communications

titre
Dynamique de l’holobionte corallien et plasticité transcriptomique : variabilité interspécifique, interpopulationnelle et interindividuelle
auteur
Kelly Brener, Jeremie Vidal-Dupiol, Mehdi Adjeroud, Pascal Romans, Julien Loubet, Rémi Pillot, D. Aurelle, Marine Pratlong, Anne Haguenauer, Pierre Pontaroti, Pascal Mirleau, Marc Bally, Eve Toulza, Guillaume Mitta
article
Journée de doctoriales Aragoyennes, Apr 2014, Banyuls sur Mer, France
identifiant
hal-01134460
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01134460/file/Brener-poster-doctoriales-Arago2014.pdf BibTex

Reports

titre
Atelier de réflexion prospective MERMED : adaptation aux changements globaux en mer Méditerranée : rapport final
auteur
B. Hubert (coord.), M. Broin (coord.), F. Boulier, V. Chagué, T. Changeux, D. Lacroix, Christian Chaboud (contrib.), Philippe Charvis (contrib.), Philippe Cury (contrib.), Florence Galletti (contrib.), François Guilhaumon (contrib.), François Le Loc'H (contrib.), Christophe Leboulanger, Bernard Moizo (contrib.), Bernard Ollivier, Olivier Pringault
article
[Rapport de recherche] Agropolis International. 2014, 156 p
identifiant
hal-02860473
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2013

Journal articles

titre
Measurement of the atmospheric $\nu_\mu$ energy spectrum from 100 GeV to 200 TeV with the ANTARES telescope
auteur
S. Adrián-Martínez, A. Albert, Imen Al Samarai, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, T. Astraatmadja, J-J. Aubert, B. Baret, J. Barrios-Martí, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, B. Bouhou, M. C. Bouwhuis, R. Bruijn, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, C. Carloganu, J. Carr, S. Cecchini, Z. Charif, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, F. Classen, L. Core, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, C. Curtil, I. Dekeyser, Anne Deschamps, G. de Bonis, M. P. Decowski, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, A. Dumas, T. Eberl, U. Emanuele, A. Enzenhöfer, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, K. Fehn, P. Fermani, V. Flaminio, F. Folger, U. Fritsch, L. A. Fusco, S. Galatà, Pascal Gay, S. Geisselsöder, K. Geyer, G. Giacomelli, V. Giordano, A. Gleixner, J. P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, H. van Haren, A. J. Heijboer, Y. Hello, J. J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hössl, C. W. James, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, P. Kooijman, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, E. Lambard, G. Lambard, G. Larosa, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, E. Leonora, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Louis, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martínez-Mora, S. Martini, T. Michael, T. Montaruli, M. Morganti, H. Motz, C. Mueller, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G. E. Pavalas, C. Perrina, P. Piattelli, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, R. Richter, C. Rivière, A. Robert, K. Roensch, A. Rostovtsev, D. F. E. Samtleben, M. Sanguineti, P. Sapienza, J. Schmid, J. Schnabel, S. Schulte, F. Schüssler, T. Seitz, R. Shanidze, C. Sieger, F. Simeone, A. Spies, M. Spurio, J. J. M. Steijger, Th. Stolarczyk, A. Sánchez-Losa, M. Taiuti, Christian Tamburini, Y. Tayalati, A. Trovato, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, P. Vernin, Eelco Visser, S. Wagner, J. Wilms, E. de Wolf, K. Yatkin, H. Yepes, J.D. Zornoza, J. Zúñiga
article
European Physical Journal C: Particles and Fields, Springer Verlag (Germany), 2013, 73, pp.2606. ⟨10.1140/epjc/s10052-013-2606-4⟩
identifiant
in2p3-00861705
DOI
DOI : 10.1140/epjc/s10052-013-2606-4
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https://arxiv.org/pdf/1308.1599 BibTex
titre
Genome Sequence of the Sulfate-Reducing Bacterium Desulfotomaculum hydrothermale Lam5(T).
auteur
Oulfat Amin, Marie-Laure Fardeau, Odile Valette, Agnès Hirschler-Réa, Valérie Barbe, Claudine Médigue, Benoit Vacherie, Bernard Ollivier, Philippe N Bertin, Alain Dolla
article
Genome Announcements , American Society for Microbiology, 2013, 1 (1), epub ahead of print. ⟨10.1128/genomeA.00114-12⟩
identifiant
hal-00807485
DOI
DOI : 10.1128/genomeA.00114-12
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00807485/file/e00114-12.pdf BibTex
titre
Virgibacillus natechei sp. nov., A Moderately Halophilic Bacterium Isolated from Sediment of a Saline Lake in Southwest of Algeria.
auteur
Meriam Amziane, Farida Metiaz, Amel Darenfed-Bouanane, Zahia Djenane, Okba Selama, Ahmed Abderrahmani, Jean Luc Cayol, Marie Laure Fardeau
article
Current Microbiology, Springer Verlag, 2013, pp.1-60. ⟨10.1007/s00284-012-0300-7⟩
identifiant
hal-00776311
DOI
DOI : 10.1007/s00284-012-0300-7
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titre
Mesotoga infera sp. nov., a mesophilic member of the order Thermotogales, isolated from an underground gas storage aquifer.
auteur
Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Thomas Aüllo, Anthony Ranchou-Peyruse, Gaël Erauso, Céline Brochier-Armanet, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Stéphanie Saint-Laurent, Michel Magot, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, 63 (Pt 8), pp.3003-8. ⟨10.1099/ijs.0.047993-0⟩
identifiant
hal-00972251
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.047993-0
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titre
Mesotoga infera sp. nov., a novel mesophilic member of the order Thermotogales, isolated from an underground gas storage in France
auteur
W Ben-Hamia, Anne Postec, T Aüllo, A Ranchou-Peyruse, Gaël Erauso, Céline Brochier-Armanet, M Hamdi, Bernard Ollivier, S Saint-Laurent, Michel Magot, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, pp.10.1099
identifiant
hal-00787581
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titre
Biochemical, Transcriptional and Translational Evidences of the Phenol-meta-Degradation Pathway by the Hyperthermophilic Sulfolobus solfataricus 98/2
auteur
Alexia Comte, Pierre Christen, Sylvain Davidson, Matthieu Pophillat, Jean Lorquin, Richard Auria, Gwenola Simon, Laurie Casalot
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (12), pp.e82397. ⟨10.1371/journal.pone.0082397⟩
identifiant
hal-00999455
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0082397
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titre
Evidence for surfactant production by the haloarchaeon Haloferax sp. MSNC14 in hydrocarbon-containing media
auteur
Ikram Djeridi, Cécile Militon, Vincent Grossi, Philippe Cuny
article
Extremophiles, Springer Verlag, 2013, 17 (4), pp.669-675. ⟨10.1007/s00792-013-0550-8⟩
identifiant
hal-02966876
DOI
DOI : 10.1007/s00792-013-0550-8
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titre
Denitrification activity is closely linked to the total ambient Fe concentration in mangrove sediments of Goa, India
auteur
S Fernandes, M Gonsalves, Valerie Michotey, Patricia Bonin, P Lokabharathi
article
Estuarine, Coastal and Shelf Science, Elsevier, 2013, 131, pp.64-74. ⟨10.1016/j.ecss.2013.08.008⟩
identifiant
hal-00872344
DOI
DOI : 10.1016/j.ecss.2013.08.008
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titre
Desulfotomaculum peckii sp. nov., a moderately thermophilic member of the genus Desulfotomaculum, isolated from an upflow anaerobic filter treating abattoir wastewaters.
auteur
Linda Jabari, Hana Gannoun, Jean Luc Cayol, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Guy Fauque, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, 63 (Pt 6), pp.2082-7. ⟨10.1099/ijs.0.043893-0⟩
identifiant
hal-00746774
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.043893-0
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titre
Complete Genome Sequence of the Piezophilic, Mesophilic, Sulfate-Reducing Bacterium Desulfovibrio hydrothermalis AM13(T.).
auteur
Boyang Ji, Gregory Gimenez, Valérie Barbe, Benoit Vacherie, Zoé Rouy, Amira Amrani, Marie-Laure Fardeau, Philippe Bertin, Didier Alazard, Sabine Leroy, Emmanuel Talla, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Nathalie Pradel
article
Genome Announc, 2013, 1 (1), epub ahead of print. ⟨10.1128/genomeA.00226-12⟩
identifiant
hal-00809071
DOI
DOI : 10.1128/genomeA.00226-12
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titre
Insights into dynamics of mobile genetic elements in hyperthermophilic environments from five new thermococcus plasmids.
auteur
Mart Krupovic, Mathieu Gonnet, Wajdi Ben Hania, Patrick Forterre, Gaël Erauso
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (1), pp.e49044. ⟨10.1371/journal.pone.0049044⟩
identifiant
hal-00748527
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0049044
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00748527/file/journal.pone.0049044.pdf BibTex
titre
Transient Shifts in Bacterial Communities Associated with the Temperate Gorgonian Paramuricea clavata in the Northwestern Mediterranean Sea
auteur
Marie La Riviere, Marie Roumagnac, Joaquim Garrabou, Marc Bally
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (2), pp.e57385. ⟨10.1371/journal.pone.0057385⟩
identifiant
hal-00790768
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0057385
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00790768/file/journal.pone.0057385.PDF BibTex
titre
Impact of contaminated-sediment resuspension on phytoplankton in the Biguglia lagoon (Corsica, Mediterranean Sea)
auteur
Céline Lafabrie, M. Garrido, Christophe Leboulanger, Philippe Cecchi, Gérald Grégori, Vanina Pasqualini, O. Pringault
article
Estuarine, Coastal and Shelf Science, Elsevier, 2013, 130, pp.70-80
identifiant
hal-00872706
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titre
Vallitalea guaymasensis gen. nov., sp. nov., isolated from marine sediment.
auteur
Raja Lakhal, Nathalie Pradel, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Anne Godfroy, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, 63 (Pt 8), pp.3019-23. ⟨10.1099/ijs.0.045708-0⟩
identifiant
hal-01025550
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.045708-0
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titre
Characterization of Vallitalea guaymasensis gen. nov., sp. nov., a novel marine bacterium, isolated from sediments of Guaymas basin
auteur
R Lakhal, Nathalie Pradel, Anne Postec, M Hamdi, Bernard Ollivier, Anne Godfroy, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, pp.doi:10.1099/ijs.0.045708-0
identifiant
hal-00787559
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titre
Effects of Hydrostatic Pressure on Growth and Luminescence of a Moderately-Piezophilic Luminous Bacteria Photobacterium phosphoreum ANT-2200
auteur
Severine Martini, Badr Al Ali, Marc Garel, David Nerini, Vincent Grossi, Muriel Pacton, Laurence Casalot, Philippe Cuny, Christian Tamburini
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (6), pp.e66580. ⟨10.1371/journal.pone.0066580⟩
identifiant
hal-01988033
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0066580
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titre
Desulfosporosinus burensis sp. nov., a spore-forming, mesophilic, sulfate-reducing bacterium isolated from a deep clay environment.
auteur
Bruno Mayeux, Marie Laure Fardeau, Manon Joseph, Laurie Casalot, Agnes Vinsot, Marc Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, 63 (Pt 2), pp.593-8. ⟨10.1099/ijs.0.035238-0⟩
identifiant
hal-00808229
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.035238-0
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titre
Isolation of Thermovenabulum gondwanense from a French hot spring and emended description of the species
auteur
Nathalie Pradel, Manon Bartoli, Alain Bernadac, Gregory Gimenez, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
Antonie van Leeuwenhoek, Springer Verlag, 2013, 104 (2), pp.271-279. ⟨10.1007/s10482-013-9947-8⟩
identifiant
hal-02463100
DOI
DOI : 10.1007/s10482-013-9947-8
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titre
The First Genomic and Proteomic Characterization of a Deep-Sea Sulfate Reducer: Insights into the Piezophilic Lifestyle of Desulfovibrio piezophilus
auteur
Nathalie Pradel, Boyang Ji, G Gimenez, E Talla, P Lenoble, Marc Garel, Christian Tamburini, Patrick Fourquet, Régine Lebrun, Philippe Bertin, Yann Denis, Matthieu Pophillat, Valérie Barbe, Bernard Ollivier, Alain Dolla
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (1), pp.e55130. ⟨10.1371/journal.pone.0055130⟩
identifiant
hal-00787201
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0055130
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titre
Anaerobic bacterial degradation of pristenes and phytenes in marine sediments does not lead to pristane and phytane during early diagenesis
auteur
Jean-Francois Rontani, Patricia Bonin, Sophie Guasco, Frederic Vaultier, John K. Volkman
article
Organic Geochemistry, Elsevier, 2013, 58, pp.43-55
identifiant
hal-00807479
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titre
Genome of Phaeocystis globosa virus PgV-16T highlights the common ancestry of the largest known DNA viruses infecting eukaryotes
auteur
S. Santini, J. Bartoli, O. Poirot, Magali Lescot, C. Abergel, Valérie Barbe, K. Wommack, A. Noordeloos, C. Brussaard, J.-M. Claverie
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2013, 110 (26), pp.10800-10805. ⟨10.1073/pnas.1303251110⟩
identifiant
hal-02978222
DOI
DOI : 10.1073/pnas.1303251110
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titre
Impact of oil on bacterial community structure in bioturbated sediments
auteur
Magali Stauffert, Cristiana Cravo-Laureau, Ronan Jezequel, Sandra Barantal, Philippe Cuny, Franck Gilbert, Christine Cagnon, Cécile Militon, David Amouroux, Fatima Mahdaoui, Brice Bouyssiere, Georges Stora, François-Xavier Merlin, Robert Duran
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, vol. 8, pp. 1-15. ⟨10.1371/journal.pone.0065347⟩
identifiant
hal-00867612
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0065347
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00867612/file/Gilbert_9564.pdf BibTex
titre
Prokaryotic responses to hydrostatic pressure in the ocean - a review
auteur
Christian Tamburini, Mehdi Boutrif, Marc Garel, Rita Colwell, Jody Deming
article
Environmental Microbiology, Society for Applied Microbiology and Wiley-Blackwell, 2013, 15 (5), pp.1262-1274. ⟨10.1111/1462-2920.12084⟩
identifiant
hal-01988054
DOI
DOI : 10.1111/1462-2920.12084
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01988054/file/Tamburini_etal_EMI_draft.pdf BibTex
titre
Deep-Sea Bioluminescence Blooms after Dense Water Formation at the Ocean Surface
auteur
Christian Tamburini, Miquel Canals, Xavier Durrieu de Madron, Loïc Houpert, Dominique Lefèvre, Séverine Martini, Fabrizio d'Ortenzio, Anne Robert, Pierre Testor, Juan Antonio Aguilar, Imen Al Samarai, Arnaud Albert, Michel André, Marco Anghinolfi, Gisela Anton, Shebli Anvar, Miguel Ardid, Ana Carolina Assis Jesus, Tri L. Astraatmadja, Jean-Jacques Aubert, Bruny Baret, Stéphane Basa, Vincent Bertin, Simone Biagi, Armando Bigi, Ciro Bigongiari, Claudio Bogazzi, Manuel Bou-Cabo, Boutayeb Bouhou, Mieke C. Bouwhuis, Jurgen Brunner, José Busto, Francisco Camarena, Antonio Capone, Christina Cârloganu, Giada Carminati, John Carr, Stefano Cecchini, Ziad Charif, Philippe Charvis, Tommaso Chiarusi, Marco Circella, Rosa Coniglione, Heide Costantini, Paschal Coyle, Christian Curtil, Patrick Decowski, Ivan Dekeyser, Anne Deschamps, Corinne Donzaud, Damien Dornic, Hasankiadeh Q. Dorosti, Doriane Drouhin, Thomas Eberl, Umberto Emanuele, Jean-Pierre Ernenwein, Stéphanie Escoffier, Paolo Fermani, Marcelino Ferri, Vincenzo Flaminio, Florian Folger, Ulf Fritsch, Jean-Luc Fuda, Salvatore Galatà, Pascal Gay, Giorgio Giacomelli, Valentina Giordano, Juan-Pablo Gómez-González, Kay Graf, Goulven Guillard, Garadeb Halladjian, Gregory Hallewell, Hans van Haren, Joris Hartman, Aart J. Heijboer, Yann Hello, Juan Jose Hernández-Rey, Bjoern Herold, Jurgen Hößl, Ching-Cheng Hsu, Marteen de Jong, Matthias Kadler, Oleg Kalekin, Alexander Kappes, Uli Katz, Oksana Kavatsyuk, Paul Kooijman, Claudio Kopper, Antoine Kouchner, Ingo Kreykenbohm, Vladimir Kulikovskiy, Robert Lahmann, Patrick Lamare, Giuseppina Larosa, Dario Lattuada, Gordon Lim, Domenico Lo Presti, Herbert Loehner, Sotiris Loucatos, Salvatore Mangano, Michel Marcelin, Annarita Margiotta, Juan Antonio Martinez-Mora, Athina Meli, Teresa Montaruli, Luciano Moscoso, Holger Motz, Max Neff, Emma Nuel Nezri, Dimitris Palioselitis, Gabriela E. Păvălaş, Kevin Payet, Patrice Payre, Jelena Petrovic, Paolo Piattelli, Nicolas Picot-Clemente, Vlad Popa, Thierry Pradier, Eleonora Presani, Chantal Racca, Corey Reed, Giorgio Riccobene, Carsten Richardt, Roland Richter, Colas Rivière, Kathrin Roensch, Andrei Rostovtsev, Joaquin Ruiz-Rivas, Marius Rujoiu, Valerio G. Russo, Francisco Salesa, Augustin Sánchez-Losa, Piera Sapienza, Friederike Schöck, Jean-Pierre Schuller, Fabian Schussler, Rezo Shanidze, Francesco Simeone, Andreas Spies, Maurizio Spurio, Jos J. M. Steijger, Thierry Stolarczyk, Mauro G. F. Taiuti, Simona Toscano, Bertrand Vallage, Véronique van Elewyck, Giulia Vannoni, Manuela Vecchi, Pascal Vernin, Guus Wijnker, Jorn Wilms, Els de Wolf, Harold Yepes, Dmitry Zaborov, Juan de Dios Zornoza, Juan Zúñiga
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (7), pp.e67523. ⟨10.1371/JOURNAL.PONE.0067523⟩
identifiant
hal-01012135
DOI
DOI : 10.1371/JOURNAL.PONE.0067523
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01012135/file/journal.pone.0067523.PDF BibTex
titre
DNA Self-Assembly: From Chirality to Evolution
auteur
Y. Timsit
article
International Journal of Molecular Sciences, MDPI, 2013, 14 (4), pp.8252-8270. ⟨10.3390/ijms14048252⟩
identifiant
hal-01816598
DOI
DOI : 10.3390/ijms14048252
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01816598/file/ijms-14-08252.pdf BibTex
titre
Trends in salinity and inorganic nitrogen compounds in the Berre lagoon (1994-2011) bacterial activities and nitrogen budgets
auteur
Imen Zaghmouri, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Patrick Raimbault, Nicole Garcia, Guillaume Bernard, Patricia Bonin
article
Marine Pollution Bulletin, Elsevier, 2013, 67, pp.55-65. ⟨10.1016/j.marpolbul.2012.11.046⟩
identifiant
hal-00796981
DOI
DOI : 10.1016/j.marpolbul.2012.11.046
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Other publications

titre
Des Microoganismes très convoités
auteur
Bernard Ollivier
article
2013, pp.n°70
identifiant
hal-00857880
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Poster communications

titre
Distribution spatiale des communautés microbiennes du système hydrothermal alcalin de la baie de Prony, Nouvelle Calédonie
auteur
Marianne Quemeneur, Méline Bes, Anne Postec, Nan Mei, Jérôme Hamelin, Claude Payri, Bernard Pelletier, Bernard Ollivier, Gaël Erauso
article
VI. Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM) "Microbiologie Environnementale : du Gène à l’Ecosystème", Oct 2013, Parent, France. 2013
identifiant
hal-02748380
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Reports

titre
Technical Design Report of the MEUST Infrastructure
auteur
M. Ageron, K. Bernardet, V. Bertin, S. Beurthey, M. Billault, J. Brunner, L. Caillat, A. Cosquer, P. Coyle, J.J. Destelle, D. Dornic, C. Gojak, Z. Hafidi, S. Henry, P. Keller, P. Lamare, Dominique Lefèvre, Y. Lenault, K. Mahiouz, J. Royon, M. Solazzo, Christian Tamburini, D. Tézier, S. Théraube, Corentin Vallée
article
2013
identifiant
in2p3-01071800
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titre
Evaluation and Selection of the MEUST Submarine Site
auteur
V. Bertin, M. Billault, P. Coyle, C. Curtil, S. Deguero, J.-J. Destelle, D. Dornic, F. Gallo, S. Henry, P. Keller, P. Lamare, Dominique Lefèvre, F. LÉon, S. Martini, Christian Tamburini, Corentin Vallée
article
2013, pp.1-15
identifiant
in2p3-01071770
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2012

Journal articles

titre
Melghirimyces thermohalophilus sp. nov., a novel thermoactinomycete isolated from an Algerian salt lake
auteur
A Addou, P Schumann, Cathrin Sproer, Amel Bouanane-Darenfed, S Amarouche, Hocine Hacene, Jean Luc Cayol, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 63, pp.1717-1722. ⟨10.1099/ijs.0.043760-0⟩
identifiant
hal-00805363
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.043760-0
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titre
Melghirimyces algeriensis gen. nov., sp. nov., a member of the family Thermoactinomycetaceae, isolated from a salt lake.
auteur
Ammara Nariman Addou, Peter Schumann, Cathrin Sproer, Hocine Hacene, Jean Luc Cayol, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (7), pp.1491-1498. ⟨10.1099/ijs.0.028985-0⟩
identifiant
hal-00745961
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.028985-0
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titre
Defluviitoga tunisiensis gen. nov., sp. nov., a thermophilic bacterium isolated from a mesothermic and anaerobic whey digester.
auteur
Wajdi Ben Hania, Ramzi Ghodbane, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (Pt 6), pp.1377-82. ⟨10.1099/ijs.0.033720-0⟩
identifiant
hal-00739989
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.033720-0
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titre
Fusibacter tunisiensis sp. nov., isolated from an anaerobic reactor used to treat olive-mill wastewater.
auteur
Wajdi Ben Hania, Belkis Fraj, Anne Postec, Khaled Fadhlaoui, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (Pt 6), pp.1365-8. ⟨10.1099/ijs.0.034603-0⟩
identifiant
hal-00739974
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.034603-0
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titre
Kinetics of aerobic phenol biodegradation by the acidophilic and hyperthermophilic archaeon Sulfolobus solfataricus 98/2
auteur
Pierre Christen, Armando Vega, Laurie Casalot, Gwenola Simon, Richard Auria
article
Biochemical Engineering Journal, Elsevier, 2012, 62, pp.56-61. ⟨10.1016/j.bej.2011.12.012⟩
identifiant
hal-00709293
DOI
DOI : 10.1016/j.bej.2011.12.012
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titre
Analysis of Structure-Function Relationships in the Colibactin-Maturating Enzyme ClbP.
auteur
A Cougnoux, L Gibold, F Robin, D Dubois, Nathalie Pradel, A Darfeuille-Michaud, G Dalmasso, J Delmas, R Bonnet
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 2012, 424 (3-4), in press. ⟨10.1016/j.jmb.2012.09.017⟩
identifiant
hal-00748966
DOI
DOI : 10.1016/j.jmb.2012.09.017
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titre
Methanomassiliicoccus luminyensis gen. nov., sp. nov., a methanogenic archaeon isolated from human faeces.
auteur
B Dribi, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Didier Raoult, Michel Drancourt
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (Pt 8), pp.1902-7. ⟨10.1099/ijs.0.033712-0⟩
identifiant
hal-00746616
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.033712-0
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titre
Tungsten-enhanced growth of Methanosphaera stadtmanae
auteur
Bédis Dridi, Saber Khelaifia, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Michel Drancourt
article
BMC Research Notes, BioMed Central, 2012, 5, pp.238. ⟨10.1186/1756-0500-5-238⟩
identifiant
hal-00746580
DOI
DOI : 10.1186/1756-0500-5-238
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titre
Nitrogen-limited mangrove ecosystems conserve N through dissimilatory nitrate reduction to ammonium
auteur
Sheryl Fernandes, Patricia Bonin, Valerie Michotey, Nicole Garcia, P. A. Lokabharathi
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2012, 2, pp.419. ⟨10.1038/srep00419⟩
identifiant
hal-00714213
DOI
DOI : 10.1038/srep00419
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titre
Denitrification prevails over anammox in tropical mangrove sediments (Goa, India)
auteur
Sheryl Fernandes, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Patricia Bonin, P. A. Loka Bharathi
article
Marine Environmental Research, Elsevier, 2012, 74, pp.9-19. ⟨10.1016/j.marenvres.2011.11.008⟩
identifiant
hal-00700304
DOI
DOI : 10.1016/j.marenvres.2011.11.008
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titre
Isolation and characterization of Fonticella tunisiensis gen nov., sp. nov., a novel bacterium isolated from a Tunisian hot spring.
auteur
Belkis Fraj, Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, pp.10.1099/ijs.0.041947-0. ⟨10.1099/ijs.0.041947-0⟩
identifiant
hal-00739961
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.041947-0
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titre
Desulfosoma profundi sp nov., a thermophilic sulfate-reducing bacterium isolated from a deep terrestrial geothermal spring in France
auteur
Patrick Gregoire, Marie Laure Fardeau, Sophie Guasco, Joel Lagiere, Jean Cambar, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Bernard Ollivier
article
Antonie van Leeuwenhoek, Springer Verlag, 2012, 101, pp.595-602. ⟨10.1007/s10482-011-9675-x⟩
identifiant
hal-00690553
DOI
DOI : 10.1007/s10482-011-9675-x
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titre
Understanding and tuning the catalytic bias of hydrogenase.
auteur
Abbas Abou Hamdan, Sébastien Dementin, Pierre-Pol Liebgott, Oscar Gutierrez-Sanz, Pierre Richaud, Antonio de Lacey, Marc Rousset, Patrick Bertrand, Laurent Cournac, Christophe Léger
article
Journal of the American Chemical Society, American Chemical Society, 2012, 134 (20), pp.8368-71. ⟨10.1021/ja301802r⟩
identifiant
hal-00748324
DOI
DOI : 10.1021/ja301802r
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titre
Methanogenic octadecene degradation by syntrophic enrichment culture from brackish sediments
auteur
Agnès Hirschler-Réa, Cristiana Cravo-Laureau, Laurie Casalot, Robert Matheron
article
Current Microbiology, Springer Verlag, 2012, 65 (5), pp.561-7. ⟨10.1007/s00284-012-0195-3⟩
identifiant
hal-00740729
DOI
DOI : 10.1007/s00284-012-0195-3
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titre
Benthic pelagic coupling in a shallow oligotrophic ecosystem: Importance of microphytobenthos and physical forcing
auteur
Sébastien Hochard, Christel Pinazo, Emma Rochelle-Newall, O. Pringault
article
Ecological Modelling, Elsevier, 2012, 247, pp.307- 318. ⟨10.1016/j.ecolmodel.2012.07.038⟩
identifiant
hal-00743516
DOI
DOI : 10.1016/j.ecolmodel.2012.07.038
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titre
Macellibacteroides fermentans gen. nov., sp. nov., a member of the family Porphyromonadaceae isolated from an upflow anaerobic filter treating abattoir wastewaters.
auteur
L Jabari, H Gannoun, Jean Luc Cayol, A Hedi, M Sakamoto, E Falsen, M Ohkuma, M Hamdi, Guy Fauque, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (Pt 10), pp.2522-7. ⟨10.1099/ijs.0.032508-0⟩
identifiant
hal-00746627
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.032508-0
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titre
Characterization of Defluviitalea saccharophila gen. nov., sp. nov., a thermophilic bacterium isolated from an upflow anaerobic filter treating abattoir wastewaters, and proposal of Defluviitaleaceae fam. nov.
auteur
Linda Jabari, Hana Gannoun, Jean Luc Cayol, Moktar Hamdi, Guy Fauque, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (Pt 3), pp.550-5. ⟨10.1099/ijs.0.030700-0⟩
identifiant
hal-00745978
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.030700-0
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titre
How to analyse bioluminescence time series from in situ observatories? Example from high frequency records and real time data at the ANTARES site
auteur
Severine Martini, David Nerini, Christian Tamburini
article
Luminescence, Wiley, 2012, 27 (2), pp.139-140
identifiant
hal-00741759
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titre
Halanaerobacter jeridensis sp. nov., isolated from a hypersaline lake.
auteur
M Mezghani, Didier Alazard, F Karray, Jean Luc Cayol, Manon Joseph, Anne Postec, Marie Laure Fardeau, Jean-Luc Tholozan, S Sayadi
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (Pt 8), pp.1970-3. ⟨10.1099/ijs.0.036301-0⟩
identifiant
hal-00740042
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.036301-0
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titre
Spatio-temporal diversity of free-living and particle-attached prokaryotes in the tropical lagoon of Ahe atoll (Tuamotu Archipelago) and its surrounding oceanic waters
auteur
Valerie Michotey, Sophie Guasco, Dominique Boeuf, Nicola Morezzi, Brice Durieu, Loïc Charpy, Patricia Bonin
article
Marine Pollution Bulletin, Elsevier, 2012, 65 (10), pp.525-537. ⟨10.1016/j.marpolbul.2012.01.009⟩
identifiant
hal-00739805
DOI
DOI : 10.1016/j.marpolbul.2012.01.009
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titre
Magnetotactic Bacteria in Microcosms Originating from the French Mediterranean Coast Subjected to Oil Industry Activities
auteur
Anne Postec, Nicolas Tapia, Alain Bernadac, Manon Joseph, Sylvain Davidson, Long-Fei Wu, Bernard Ollivier, Nathalie Pradel
article
Microbial Ecology, Springer Verlag, 2012, 63, pp.1-11. ⟨10.1007/s00248-011-9910-z⟩
identifiant
hal-00687453
DOI
DOI : 10.1007/s00248-011-9910-z
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titre
Effect of enzyme addition on fermentative hydrogen production from wheat straw
auteur
Marianne Quéméneur, Marine Bittel, Eric Trably, Claire Dumas, Laurent Fourage, Gilles Ravot, Jean-Philippe Steyer, Hélène Carrère
article
International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2012, 37 (14), pp.10639 - 10647. ⟨10.1016/j.ijhydene.2012.04.083⟩
identifiant
hal-01809613
DOI
DOI : 10.1016/j.ijhydene.2012.04.083
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titre
Inhibition of fermentative hydrogen production by lignocellulose-derived compounds in mixed cultures
auteur
Marianne Quéméneur, Jérôme Hamelin, Abdellatif Barakat, Jean-Philippe Steyer, Hélène Carrère, Eric Trably
article
International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2012, 37 (4), pp.3150 - 3159. ⟨10.1016/j.ijhydene.2011.11.033⟩
identifiant
hal-01809614
DOI
DOI : 10.1016/j.ijhydene.2011.11.033
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titre
Anaerosalibacter bizertensis gen. nov., sp. nov., a new halotolerant bacterium isolated from sludge.
auteur
Raja Rezgui, Abderrazek Maaroufi, Marie-Laure Fardeau, Zouhaier Ben Ali Gam, Jean-Luc Cayol, Saïd Ben Hamed, Marc Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (10), pp.469-474. ⟨10.1099/ijs.0.036566-0⟩
identifiant
pasteur-00658466
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.036566-0
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titre
DNA-Directed Base Pair Opening
auteur
Y. Timsit
article
Molecules, MDPI, 2012, 17 (10), pp.11947-11964. ⟨10.3390/molecules171011947⟩
identifiant
hal-02008045
DOI
DOI : 10.3390/molecules171011947
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titre
DNA-DNA Recognition: From Tight Contact to Fatal Attraction
auteur
Y. Timsit
article
InTech, Isa Instrument Society of America, 2012
identifiant
hal-02008304
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titre
Mimicking floodplain reconnection and disconnection using 15N mesocosm incubations
auteur
N. Welti, E. Bondar-Kunze, M. Mair, Patricia Bonin, W. Wanek, Gilles Pinay, T. Hein
article
Biogeosciences, European Geosciences Union, 2012, 9 (11), pp.4263-4278. ⟨10.5194/bg-9-4263-2012⟩
identifiant
hal-01097829
DOI
DOI : 10.5194/bg-9-4263-2012
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Conference papers

titre
Effects of pressure, temperature and salinity on metabolic activity of anaerobic strains
auteur
Vanessa Barsotti, Sébastien Dupraz, Catherine Joulian, Fabienne Battaglia-Brunet, Claire Sergeant, Bernard Ollivier, Françis Garrido
article
7th International Conference on High Pressure Bioscience and Biotechnology (HPBB2012), Oct 2012, Kyoto, Japan
identifiant
hal-00732361
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titre
Diversity of gorgonian-associated bacterial communities in Northwestern Mediterranean Sea
auteur
Marie La Riviere, Marie Roumagnac, Joaquim Garrabou, Marc Bally
article
The 14th International Symposium on Microbial Ecology (ISME), Aug 2012, Copenhague, Denmark
identifiant
hal-00748858
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titre
How to analyse bioluminescence time series from in situ observatories ? Example from high frequency records and real time data at the ANTARES site.
auteur
Severine Martini, Christian Tamburini, David Nerini
article
International symposium on bioluminescence and chemiluminescence (17th), May 2012, Guelph, Canada
identifiant
hal-00756806
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titre
Identification des liens entre communautés associées au cycle de l'azote par méthode d'enrichissement isotopique: Application aux zones d'interfaces aérobie/anaérobie des sédiments marins
auteur
Valerie Michotey
article
Identification des liens entre communautés associées au cycle de l'azote par méthode d'enrichissemen, Oct 2012, Clermont Ferrand, France
identifiant
hal-00796797
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Book sections

titre
Les conditions de vie extrêmes sur la planète et exobiologie
auteur
Jean Luc Cayol, Bernard Ollivier, Didier Alazard, Ricardo Amils, Anne Godfroy, Florence Piette, Daniel Prieur
article
Ecologie microbienne, Presses Universitaires de Pau et des Pays de l'Adour, pp.363-408, 2012
identifiant
hal-00747615
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Other publications

titre
Bactéries de l'extrême.
auteur
Bernard Ollivier, Patrick Gregoire
article
2012, pp.63
identifiant
hal-00746752
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titre
Les micro-rois du pétrole
auteur
Bernard Ollivier
article
2012
identifiant
hal-00746757
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Patents

titre
Culture et detection d'une Archaea méthanogène.
auteur
B Dridi, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Didier Raoult, Michel Drancourt
article
France, N° de brevet: N° H52 888 cas 8 PCT/MD. MIO:12-093. 2012
identifiant
hal-00746746
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2011

Journal articles

titre
The chemical-in-mu well: a high-throughput technique for identifying solutes eliciting a chemotactic response in motile bacteria
auteur
Joshua Armitano, Claudine Baraquet, Valerie Michotey, Vincent Mejean, Cecile Jourlin-Castelli
article
Research in Microbiology, Elsevier, 2011, 162, pp.934-938. ⟨10.1016/j.resmic.2011.03.001⟩
identifiant
hal-00725012
DOI
DOI : 10.1016/j.resmic.2011.03.001
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titre
Phenol biodegradation by the thermoacidophilic archaeon Sulfolobus solfataricus 98/2 in a fed-batch bioreactor
auteur
Pierre Christen, Sylvain Davidson, Yannick Combet-Blanc, Richard Auria
article
Biodegradation, Springer Verlag, 2011, 22 (3), pp.475 - 484. ⟨10.1007/s10532-010-9420-6⟩
identifiant
hal-01888843
DOI
DOI : 10.1007/s10532-010-9420-6
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titre
Caldilinea tarbellica sp nov., a filamentous, thermophilic, anaerobic bacterium isolated from a deep hot aquifer in the Aquitaine Basin
auteur
Patrick Gregoire, Malek Bohli, Jean Luc Cayol, Manon Joseph, Sophie Guasco, Karine Dubourg, Jean Cambar, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2011, 61, pp.1436-1441
identifiant
hal-00752944
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titre
Isolation and characterization of Thermanaerothrix daxensis gen. nov., sp nov., a thermophilic anaerobic bacterium pertaining to the phylum "Chloroflexi", isolated from a deep hot aquifer in the Aquitaine Basin
auteur
Patrick Gregoire, Marie Laure Fardeau, Manon Joseph, Sophie Guasco, Francette Hamaide, Sandra Biasutti, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Bernard Ollivier
article
Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2011, 34, pp.494-497. ⟨10.1016/j.syapm.2011.02.004⟩
identifiant
hal-00690513
DOI
DOI : 10.1016/j.syapm.2011.02.004
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BibTex
titre
Anaerobic ammonium oxidation mediated by Mn-oxides: from sediment to strain level
auteur
Cedric Javanaud, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Nicole Garcia, Pierre Anschutz, Mathieu Canton, Patricia Bonin
article
Research in Microbiology, Elsevier, 2011, 162, pp.848-857. ⟨10.1016/j.resmic.2011.01.011⟩
identifiant
hal-00725010
DOI
DOI : 10.1016/j.resmic.2011.01.011
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BibTex
titre
Functional versus phylogenetic fingerprint analyses for monitoring hydrogen-producing bacterial populations in dark fermentation cultures
auteur
Marianne Quéméneur, Jérôme Hamelin, Eric Latrille, Jean-Philippe Steyer, Eric Trably
article
International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2011, 36 (6), pp.3870 - 3879. ⟨10.1016/j.ijhydene.2010.12.100⟩
identifiant
hal-01809618
DOI
DOI : 10.1016/j.ijhydene.2010.12.100
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BibTex
titre
Local sensing of global DNA topology: from crossover geometry to type II topoisomerase processivity
auteur
Y. Timsit
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2011, 39 (20), pp.8665-8676
identifiant
hal-02008064
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titre
Cytosine, the double helix and DNA self-assembly
auteur
Y. Timsit, Peter Varnai
article
Journal of Molecular Recognition, Wiley, 2011, 24 (2), pp.137-138
identifiant
hal-02008070
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titre
New Cultural Approaches for Microaerophilic Hyperthermophiles
auteur
Rafael Uzarraga, Richard Auria, David Davidson, David Navarro, Yannick Combet-Blanc
article
Current Microbiology, Springer Verlag, 2011, 62 (2), pp.346 - 350. ⟨10.1007/s00284-010-9712-4⟩
identifiant
hal-01888771
DOI
DOI : 10.1007/s00284-010-9712-4
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titre
Acoustic and optical variations during rapid downward motion episodes in the deep north-western Mediterranean Sea
auteur
H. van Haren, I. Taupier Letage, J.A. Aguilar, A. Albert, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, A.C. Assis Jesus, T. Astraatmadja, J.-J. Aubert, R. Auer, B. Baret, S. Basa, M. Bazzotti, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, M. Bou-Cabo, M.C. Bouwhuis, A. Brown, J. Brunner, J. Busto, F. Camarena, A. Capone, G. Carminati, J. Carr, D. Castel, E. Castorina, V. Cavasinni, S. Cecchini, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, H. Costantini, N. Cottini, P. Coyle, C. Curtil, G. de Bonis, M.P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, F. Fehr, V. Flaminio, K. Fratini, U. Fritsch, J.-L. Fuda, G. Giacomelli, J.P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, A.J. Heijboer, Y. Hello, J.J. Hernández-Rey, J. Hößl, M. de Jong, N. Kalantar-Nayestanaki, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, W. Kretschmer, R. Lahmann, P. Lamare, G. Lambard, G. Larosa, H. Laschinsky, Dominique Lefèvre, G. Lelaizant, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Lucarelli, K. Lyons, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J.A. Martinez-Mora, G. Maurin, A. Mazure, M. Melissas, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, H. Motz, C. Naumann, M. Neff, R. Ostasch, G. Palioselitis, G.E. Păvălaş, P. Payre, J. Petrovic, P. Piattelli, N. Picot-Clemente, C. Picq, R. Pillet, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, A. Radu, C. Reed, G. Riccobene, C. Richardt, M. Rujoiu, G.V. Russo, F. Salesa, F. Schoeck, J.-P. Schuller, R. Shanidze, F. Simeone, M. Spurio, J.J.M. Steijger, Th. Stolarczyk, Christian Tamburini, L. Tasca, S. Toscano, B. Vallage, V. van Elewyck, M. Vecchi, P. Vernin, G. Wijnker, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zúñiga, M. Anghinolfi
article
Deep Sea Research Part I: Oceanographic Research Papers, Elsevier, 2011, 58, pp.875-884. ⟨10.1016/j.dsr.2011.06.006⟩
identifiant
in2p3-00605777
DOI
DOI : 10.1016/j.dsr.2011.06.006
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Conference papers

titre
Quantification des activités du cycle de l'azote dans des sédiments soumis à des apports d'eau douce: impact sur l'état d'eutrophisation de l'écosystème
auteur
Imen Zaghmouri, Patricia Bonin, Valerie Michotey
article
Lagun'R, Mar 2011, Aix en Provence, France. pp.178-182
identifiant
hal-00808460
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Book sections

titre
Apports de la génomique descriptive et fonctionnelle en écologie microbienne. Chapitre 18
auteur
Philippe Bertin, Valérie Michotey, Philippe Normand
article
Ecologie Microbienne : Microbiologie des milieux naturels et anthropisés, Presses Universitaires de Pau et des Pays de l'Adour, 1004 p., 2011, 2-35311-022-3 9782353110223
identifiant
hal-02809856
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BibTex
titre
Les cycles géochimiques. Chapitre 14
auteur
Jean-Claude Bertrand, Patricia Bonin, Pierre Caumette, Jean-Pierre Gattuso, Gérald Grégori, Remy Guyoneaud, Xavier Le Roux, Robert Matheron, Franck Poly
article
Ecologie Microbienne : Microbiologie des milieux naturels et anthropisés, Presses Universitaires de Pau et des Pays de l'Adour, 1004 p., 2011, 2-35311-022-3 9782353110223
identifiant
hal-02811238
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titre
Méthodes d'études des micro-organismes dans l'environnement. Chapitre 17
auteur
Fabien Joux, Jean-Claude Bertrand, Rutger de Wit, Vincent Grossi, Laurent Intertaglia, Philippe Lebaron, Valérie Michotey, Philippe Normand, Pierre Peyret, Patrick Raimbault, Christian Tamburini, Laurent Urios
article
Ecologie Microbienne : Microbiologie des milieux naturels et anthropisés, Presses Universitaires de Pau et des Pays de l'Adour, 1004 p., 2011, 2-35311-022-3 9782353110223
identifiant
hal-02810643
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titre
Hydrocarbon degradation in coastal muddy areas and anoxic ecosystems (DHYVA project): Role of bacterial mechanisms and bioturbation effects on the biodisponibility of organic pollutants
auteur
Magalie Stauffert, Lionel Huang, Isabelle Vitte, Ronan Jézéquel, Cristiana Cravo-Laureau, Georges Stora, C. Pecheyran, Christine Cagnon, Franck Gilbert, Marisol Goñi-Urriza, François-Xavier Merlin, David Amouroux, Philippe Cuny, Robert Duran
article
Ceccaldi, H.-J., Dekeyser, I., Girault, M., Stora, G. Global Change: Mankind-Marine Environment Interactions, Springer, pp.393-395, 2011, ISBN 978-90-481-8630-3
identifiant
hal-01652257
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2010

Journal articles

titre
Fatty acids as biomarkers to indicate main carbon sources of four major invertebrate families in a large River (the Allier, France)
auteur
Aurélie Descroix, Alexandre Bec, Gilles Bourdier, Denis Sargos, Jeremy Sauvanet, Benjamin Misson, Christian Desvilettes
article
Fundamental and Applied Limnology, E Schweizerbart Science Publishers, 2010, 177 (1), pp.39 - 55. ⟨10.1127/1863-9135/2010/0177-0039⟩
identifiant
hal-01826050
DOI
DOI : 10.1127/1863-9135/2010/0177-0039
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titre
Effect of Oxygen and Redox Potential on Glucose Fermentation in Thermotoga maritima under Controlled Physicochemical Conditions
auteur
Raja Lakhal, Richard Auria, Sylvain Davidson, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Moktar Hamdi, Yannick Combet-Blanc
article
International Journal of Microbiology, Hindawi Publishing Corporation, 2010, 2010, pp.1 - 10 / 896510. ⟨10.1155/2010/896510⟩
identifiant
hal-01888723
DOI
DOI : 10.1155/2010/896510
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titre
Response of an archaeal community from anoxic coastal marine sediments to experimental petroleum contamination
auteur
Gilles Miralles, Monique Acquaviva, Jean Claude Bertrand, Philippe Cuny
article
Aquatic Microbial Ecology, Inter Research, 2010, 59, pp.25-31. ⟨10.3354/ame01379⟩
identifiant
hal-00692399
DOI
DOI : 10.3354/ame01379
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titre
Development and application of a functional CE-SSCP fingerprinting method based on [Fe–Fe]-hydrogenase genes for monitoring hydrogen-producing Clostridium in mixed cultures
auteur
Marianne Quéméneur, Jérôme Hamelin, Eric Latrille, Jean-Philippe Steyer, Eric Trably
article
International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2010, 35 (24), pp.13158 - 13167. ⟨10.1016/j.ijhydene.2010.07.076⟩
identifiant
hal-01809619
DOI
DOI : 10.1016/j.ijhydene.2010.07.076
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titre
Mesopelagic zone ecology and biogeochemistry - a synthesis
auteur
Carol Robinson, Deborah K. Steinberg, Thomas R. Anderson, Javier Aristegui, Craig A. Carlson, Jessica R. Frost, Jean-Francois Ghiglione, Santiago Hernandez-Leon, George A. Jackson, Rolf Koppelmann, Bernard Queguiner, Olivier Ragueneau, Fereidoun Rassoulzadegan, Bruce H. Robison, Christian Tamburini, Tsuneo Tanaka, Karen F. Wishner, Jing Zhang
article
Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, Elsevier, 2010, 57, pp.1504-1518. ⟨10.1016/j.dsr2.2010.02.018⟩
identifiant
hal-00695891
DOI
DOI : 10.1016/j.dsr2.2010.02.018
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titre
Differential stability of DNA crossovers in solution mediated by divalent cations
auteur
Péter Várnai, Y. Timsit
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2010, 38 (12), pp.4163-4172
identifiant
hal-02008075
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2009

Journal articles

titre
Desulfovibrio marrakechensis sp nov., a 1,4-tyrosol-oxidizing, sulfate-reducing bacterium isolated from olive mill wastewater
auteur
Fatima Chamkh, Cathrin Sproeer, Paulo Costa Lemos, Stephane Besson, Abdel-Ghani El Asli, Rhizlane Bennisse, Marc Labat, Maria Reis, Abdel-Illah Qatibi
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2009, 59, pp.936-942. ⟨10.1099/ijs.0.003822-0⟩
identifiant
hal-00688552
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.003822-0
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titre
Mass mortality in Northwestern Mediterranean rocky benthic communities: effects of the 2003 heat wave
auteur
J. Garrabou, R. Coma, N. Bensoussan, Marc Bally, P. Chevaldonne, M. Cigliano, D. Diaz, Jean Georges Harmelin, M. C. Gambi, D. K. Kersting, Jean-Baptiste Ledoux, C. Lejeusne, C. Linares, C. Marschal, T. Perez, M. Ribes, J. C. Romano, E. Serrano, N. Teixido, O. Torrents, M. Zabala, Frederic Zuberer, C. Cerrano
article
Global Change Biology, Wiley, 2009, 15, pp.1090-1103. ⟨10.1111/j.1365-2486.2008.01823.x⟩
identifiant
hal-00687683
DOI
DOI : 10.1111/j.1365-2486.2008.01823.x
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titre
Hydroxytyrosol from tyrosol using hydroxyphenylacetic acid-induced bacterial cultures and evidence of the role of 4-HPA 3-hydroxylase
auteur
Pierre-Pol Liebgott, Agnès Amouric, Alexia Comte, Jean Tholozan, Jean Lorquin
article
Research in Microbiology, Elsevier, 2009, 160 (10), pp.757 - 766. ⟨10.1016/j.resmic.2009.09.015⟩
identifiant
hal-01825484
DOI
DOI : 10.1016/j.resmic.2009.09.015
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titre
Effect of O 2 concentrations on Sulfolobus solfataricus P2
auteur
Gwenola Simon, Jasper Walther, Nathalie Zabeti, Yannick Combet-Blanc, Richard Auria, John van der Oost, Laurence Casalot
article
FEMS Microbiology Letters, Wiley-Blackwell, 2009, 299 (2), pp.255 - 260. ⟨10.1111/j.1574-6968.2009.01759.x⟩
identifiant
hal-01888710
DOI
DOI : 10.1111/j.1574-6968.2009.01759.x
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titre
The Role of Disordered Ribosomal Protein Extensions in the Early Steps of Eubacterial 50 S Ribosomal Subunit Assembly
auteur
Y. Timsit, Zahir Acosta, Frédéric Allemand, Claude Chiaruttini, Mathias Springer
article
International Journal of Molecular Sciences, MDPI, 2009, 10 (3), pp.817-834. ⟨10.3390/ijms10030817⟩
identifiant
hal-02008085
DOI
DOI : 10.3390/ijms10030817
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Conference papers

titre
SI-OC Interactions during degradation of the diatom Skeletonema marinoï
auteur
Brivaëla Moriceau, Madeleine Goutx, Cindy Lee, A. Robert Armstrong, Catherine Guigue, Christian Tamburini, Marie Duflos, Olivier Ragueneau
article
ASLO, 2009, Nice, France
identifiant
hal-02534466
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Poster communications

titre
Particle flux : control and processes affecting POM degradation
auteur
Madeleine Goutx, Brivaëla Moriceau, Catherine Guigue, Marc Garel, Christian Tamburini, Cindy Lee
article
ASLO Meeting, 2009, Nice, France
identifiant
hal-02534473
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2008

Journal articles

titre
A Single Banana Streak Virus Integration Event in the Banana Genome as the Origin of Infectious Endogenous Pararetrovirus
auteur
Philippe Gayral, Juan-Carlos Noa-Carrazana, Magali Lescot, Fabrice Lheureux, Benham Lockhart, Takashi Matsumoto, Pietro Piffanelli, Marie-Line Iskra-Caruana
article
Journal of Virology, American Society for Microbiology, 2008, 82 (13), pp.6697-6710. ⟨10.1128/JVI.00212-08⟩
identifiant
hal-02978140
DOI
DOI : 10.1128/JVI.00212-08
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titre
Metabolism of n-alkanes and n-alkenes by anaerobic bacteria: A summary
auteur
Vincent Grossi, Cristiana Cravo-Laureau, Rémy Guyoneaud, Anthony Ranchou-Peyruse, Agnès Hirschler-Réa
article
Organic Geochemistry, Elsevier, 2008, 39 (8), pp.1197 - 1203. ⟨10.1016/j.orggeochem.2008.02.010⟩
identifiant
hal-01840098
DOI
DOI : 10.1016/j.orggeochem.2008.02.010
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titre
Insights into the Musa genome: Syntenic relationships to rice and between Musa species
auteur
Magali Lescot, Pietro Piffanelli, Ana Ciampi, Manuel Ruiz, Guillaume Blanc, Jim Leebens-Mack, Felipe da Silva, Candice Mr Santos, Angélique d'Hont, Olivier Garsmeur, Alberto Vilarinhos, Hiroyuki Kanamori, Takashi Matsumoto, Catherine Ronning, Foo Cheung, Brian Haas, Ryan Althoff, Tammy Arbogast, Erin Hine, Georgios Pappas, Takuji Sasaki, Manoel Souza, Robert Ng Miller, Jean-Christophe Glaszmann, Christopher Town
article
BMC Genomics, 2008, 9 (1), ⟨10.1186/1471-2164-9-58⟩
identifiant
hal-02978134
DOI
DOI : 10.1186/1471-2164-9-58
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titre
The Genome of Borrelia recurrentis, the Agent of Deadly Louse-Borne Relapsing Fever, Is a Degraded Subset of Tick-Borne Borrelia duttonii
auteur
Magali Lescot, Stephane Audic, Catherine Robert, Thi Tien Nguyen, Guillaume Blanc, Sally Cutler, Patrick Wincker, Arnaud Couloux, Jean-Michel Claverie, Didier Raoult, Michel Drancourt
article
PLoS Genetics, Public Library of Science, 2008, 4 (9), pp.e1000185. ⟨10.1371/journal.pgen.1000185⟩
identifiant
hal-02978141
DOI
DOI : 10.1371/journal.pgen.1000185
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titre
Phytoplankton-bacterioplankton coupling in a subtropical South Pacific coral reef lagoon
auteur
Emma Rochelle-Newall, Jean-Philippe Torréton, Xavier Mari, O. Pringault
article
Aquatic Microbial Ecology, Inter Research, 2008, 50, pp.221-229. ⟨10.3354/ame01158⟩
identifiant
hal-02080104
DOI
DOI : 10.3354/ame01158
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2007

Journal articles

titre
Exiguobacterium profundum sp. nov., a moderately thermophilic, lactic acid-producing bacterium isolated from a deep-sea hydrothermal vent
auteur
S. Crapart, M.-L. Fardeau, J.-L. Cayol, P. Thomas, C. Sery, B. Ollivier, Yannick Combet-Blanc
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2007, 57 (2), pp.287 - 292. ⟨10.1099/ijs.0.64639-0⟩
identifiant
hal-01888699
DOI
DOI : 10.1099/ijs.0.64639-0
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titre
Natural material role in production, activation and stabilization of alkaline protease produced from a new isolated Geobacillus caldoxylosilyticus IRDO.
auteur
Mona Esawy, Wafaa Helmy, Samia Ahmed, Yannick Combet-Blanc
article
Journal of applied sciences research, 2007, 3 (10), pp.1062 - 8
identifiant
hal-01888682
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titre
Bioconversion of tyrosol into hydroxytyrosol and 3,4-dihydroxyphenylacetic acid under hypersaline conditions by the new Halomonas sp. strain HTB24
auteur
Pierre-Pol Liebgott, Marc Labat, Laurence Casalot, Agnès Amouric, Jean Lorquin
article
FEMS Microbiology Letters, Wiley-Blackwell, 2007, 276 (1), pp.26 - 33. ⟨10.1111/j.1574-6968.2007.00896.x⟩
identifiant
hal-01825490
DOI
DOI : 10.1111/j.1574-6968.2007.00896.x
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titre
The 1.3 A resolution structure of the RNA tridecamer r(GCGUUUGAAACGC): Metal ion binding correlates with base unstacking and groove contraction
auteur
Y. Timsit, Sophie Bombard
article
RNA, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2007, 13 (12), pp.2098-2107
identifiant
hal-02008106
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Book sections

titre
Impact of the deep biosphere on CO2 storage performance
auteur
Bénédicte Ménez, S Dupraz, Emmanuelle Gérard, François Guyot, Céline Rommevaux, Maximilien Libert, Fabian Delorme, Christian Michel, Fabienne Battaglia-Brunet, Bruno Garcia, Denis Blanchet, Alain-Yves Huc, F. Haeseler, Phil M. Oger, Gilles Dromart, Bernard Ollivier, Michel Magot
article
Geotechnologien Science Reports, 9, pp.150-163, 2007, French-German Symposium on Geological storage of CO2
identifiant
hal-02122968
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2006

Journal articles

titre
Immobilization of Bacillus licheniformis 5A1 milk-clotting enzyme and characterization of its enzyme properties
auteur
Mona Esawy, Yannick Combet-Blanc
article
World Journal of Microbiology and Biotechnology, Springer Verlag, 2006, 22 (3), pp.197 - 200. ⟨10.1007/s11274-005-9018-z⟩
identifiant
hal-01888562
DOI
DOI : 10.1007/s11274-005-9018-z
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titre
Coexistence of two protein folding states in the crystal structure of ribosomal protein L20
auteur
Y. Timsit, Frédéric Allemand, Claude Chiaruttini, Mathias Springer
article
EMBO Reports, EMBO Press, 2006, 7 (10), pp.1013-1018. ⟨10.1038/sj.embor.7400803⟩
identifiant
hal-02008118
DOI
DOI : 10.1038/sj.embor.7400803
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Poster communications

titre
Si-C interactions during degradation of the diatom Skeletonema costatum
auteur
Brivaëla Moriceau, Madeleine Goutx, Catherine Guigue, Cindy Lee, Marie Duflos, A. Robert Armstrong, Christian Tamburini, Bruno Charrìère
article
AGU conference, 2006, San Francisco, United States
identifiant
hal-02534536
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2005

Journal articles

titre
Molecular, Biochemical, and Physiological Approaches for Understanding the Ecology of Denitrification
auteur
Christelle Goréguès, Valerie Michotey, Patricia Bonin
article
Microbial Ecology, Springer Verlag, 2005, 49 (2), pp.198-208
identifiant
hal-02007308
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titre
GoArrays: highly dynamic and efficient microarray probe design
auteur
S. Rimour, D. Hill, Cécile Militon, P. Peyret
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2005, 21 (7), pp.1094-1103. ⟨10.1093/bioinformatics/bti112⟩
identifiant
hal-02064225
DOI
DOI : 10.1093/bioinformatics/bti112
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Patents

titre
Use of bacterium strains for the preparation of metallic biocatalysts, in particular for the preparation of palladium biocatalysts
auteur
Marc Rousset, Laurence Casalot, Pascale de Philip, A. Belaich, L. E. Macaskie, I. Mykheenko
article
France, Patent n° : 05 290 387.9. 2005
identifiant
hal-00335328
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2004

Journal articles

titre
Molecular hydrogen from water radiolysis as an energy source for bacterial growth in a basin containing irradiating waste
auteur
Grégoire Galès, Marie-Françoise Libert, Régine Sellier, Laurent Cournac, Virginie Chapon, Thierry Heulin
article
FEMS Microbiology Letters, Wiley-Blackwell, 2004, ⟨10.1016/j.femsle.2004.09.025⟩
identifiant
hal-01560913
DOI
DOI : 10.1016/j.femsle.2004.09.025
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titre
Isolation of hydrocarbonoclastic denitrifying bacteria from berre microbial mats
auteur
Christelle Goréguès, Valerie Michotey, Patricia Bonin
article
Ophelia, Taylor & Francis, 2004, 58 (3), pp.263-270
identifiant
hal-02008690
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titre
Annotation of a 95-kb Populus deltoides genomic sequence reveals a disease resistance gene cluster and novel class I and class II transposable elements
auteur
Magali Lescot, S. Rombauts, J. Zhang, S. Aubourg, C. Mathé, S. Jansson, P. Rouzé, W. Boerjan
article
TAG Theoretical and Applied Genetics, Springer Verlag, 2004, 109 (1), pp.10-22. ⟨10.1007/s00122-004-1621-0⟩
identifiant
hal-02978143
DOI
DOI : 10.1007/s00122-004-1621-0
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2003

Journal articles

titre
Glucose Fermentation by Propionibacterium microaerophilum : Effect of pH on Metabolism and Bioenergetic
auteur
Marina Koussémon, Yannick Combet-Blanc, Bernard Ollivier
article
Current Microbiology, Springer Verlag, 2003, 46 (2), pp.141 - 145. ⟨10.1007/s00284-002-3839-x⟩
identifiant
hal-01888555
DOI
DOI : 10.1007/s00284-002-3839-x
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2002

Journal articles

titre
Inducibility by pathogen attack and developmental regulation of the rice Ltp1 gene
auteur
Emmanuel Guiderdoni, Maria José Cordero, Florence Vignols, José Manuel Garcia-Garrido, Magali Lescot, Didier Tharreau, Donaldo Meynard, Nicole Ferrière, Jean-Loup Notteghem, Michel Delseny
article
Plant Molecular Biology, Springer Verlag (Germany), 2002, 49 (6), pp.679-695. ⟨10.1023/a:1015595100145⟩
identifiant
hal-02978251
DOI
DOI : 10.1023/a:1015595100145
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02978251/file/Guiderdoni%202002%20promotetr%20Ltp1%20in%20transgenic%20rice.pdf BibTex
titre
Characterization of three spiral-shaped purple nonsulfur bacteria isolated from coastal lagoon sediments, saline sulfur springs, and microbial mats: Emended description of the genus Roseospira and description of Roseospira marina sp. nov., Roseospira navarrensis sp. nov., and Roseospira thiosulfatophila sp. nov.
auteur
R. Guyoneaud, S. Mouné, C. Eatock, V. Bothorel, Agnès Hirschler-Réa, J. Willison, R. Duran, W. Liesack, R. Herbert, R. Matheron, Pierre Caumette
article
Archives of Microbiology, Springer Verlag, 2002, 178 (5), pp.315-324. ⟨10.1007/s00203-002-0454-y⟩
identifiant
hal-01841799
DOI
DOI : 10.1007/s00203-002-0454-y
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titre
PlantCARE, a database of plant cis-acting regulatory elements and a portal to tools for in silico analysis of promoter sequences
auteur
Magali Lescot, P. Dehais, G. Thijs, K. Marchal, Y. Moreau, Y. van de Peer, P. Rouzé, S. Rombauts
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2002, 30 (1), pp.325-327. ⟨10.1093/nar/30.1.325⟩
identifiant
hal-02978179
DOI
DOI : 10.1093/nar/30.1.325
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titre
Effect of auxin, cytokinin, and sucrose on cell cycle gene expression in Arabidopsis thaliana cell suspension cultures
auteur
Caroline Richard, Magali Lescot, Dirk Inzé, Lieven de Veylder
article
Plant Cell, Tissue and Organ Culture, Springer Verlag, 2002, 69 (2), pp.167-176. ⟨10.1023/a:1015241709145⟩
identifiant
hal-02964689
DOI
DOI : 10.1023/a:1015241709145
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titre
A Gibbs Sampling Method to Detect Overrepresented Motifs in the Upstream Regions of Coexpressed Genes
auteur
Gert Thijs, Kathleen Marchal, Magali Lescot, Stephane Rombauts, Bart de Moor, Pierre Rouzé, Yves Moreau
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2002, 9 (2), pp.447-464. ⟨10.1089/10665270252935566⟩
identifiant
hal-02978260
DOI
DOI : 10.1089/10665270252935566
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02978260/file/3207614.pdf BibTex

2001

Journal articles

titre
Propionibacterium microaerophilum sp. nov., a microaerophilic bacterium isolated from olive mill wastewater
auteur
Yannick Combet-Blanc, Pierre Thomas, Bernard Ollivier, Marina Koussémon, Jean-Luc Cayol, Jean-Louis Garcia, Bharat Patel
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2001, 51 (4), pp.1373 - 1382. ⟨10.1099/00207713-51-4-1373⟩
identifiant
hal-01888543
DOI
DOI : 10.1099/00207713-51-4-1373
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BibTex
titre
Hydration and structural alterations of A-DNA. Implications for the accuracy of DNA replication.
auteur
C Mayer, Y. Timsit
article
Cellular and Molecular Biology, R. Wegmann, 2001, 47 (5), pp.815-22
identifiant
hal-02008139
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titre
A higher-order background model improves the detection of promoter regulatory elements by Gibbs sampling
auteur
G. Thijs, Magali Lescot, K. Marchal, S. Rombauts, B. de Moor, P. Rouze, Y. Moreau
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2001, 17 (12), pp.1113-1122. ⟨10.1093/bioinformatics/17.12.1113⟩
identifiant
hal-02978262
DOI
DOI : 10.1093/bioinformatics/17.12.1113
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titre
Convergent Evolution of MutS and Topoisomerase II for Clamping DNA crossovers and stacked Holliday junctions
auteur
Y. Timsit
article
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, Taylor & Francis: STM, Behavioural Science and Public Health Titles, 2001, 19 (2), pp.215-218. ⟨10.1080/07391102.2001.10506733⟩
identifiant
hal-02008143
DOI
DOI : 10.1080/07391102.2001.10506733
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BibTex

2000

Journal articles

titre
DNA Structure and Polymerase Fidelity: A New Role for A-DNA
auteur
Y. Timsit
article
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, Taylor & Francis: STM, Behavioural Science and Public Health Titles, 2000, 17 (sup1), pp.169-176. ⟨10.1080/07391102.2000.10506617⟩
identifiant
hal-02008153
DOI
DOI : 10.1080/07391102.2000.10506617
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1999

Journal articles

titre
Effect of organic complex compounds on Bacillus thermoamylovorans growth and glucose fermentation
auteur
Yannick Combet-Blanc, M Dieng, Pierre Yves Kergoat
article
Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 1999, 65 (10), pp.4582-5
identifiant
hal-01888535
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titre
DNA structure and polymerase fidelity 1 1Edited by T. Richmond
auteur
Y. Timsit
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 1999, 293 (4), pp.835-853. ⟨10.1006/jmbi.1999.3199⟩
identifiant
hal-02008161
DOI
DOI : 10.1006/jmbi.1999.3199
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titre
Left-handed DNA Crossovers. Implications for DNA-DNA Recognition and Structural Alterations
auteur
Y. Timsit, Michal Shatzky-Schwartz, Zippora Shakked
article
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, Taylor & Francis: STM, Behavioural Science and Public Health Titles, 1999, 16 (4), pp.775-785. ⟨10.1080/07391102.1999.10508292⟩
identifiant
hal-02008182
DOI
DOI : 10.1080/07391102.1999.10508292
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1998

Journal articles

titre
Bacterial flora in the gut of Helix aspersa (Gastropoda Pulmonata): evidence for a permanent population with a dominant homolactic intestinal bacterium, Enterococcus casseliflavus
auteur
Maryvonne Charrier, Yannick Combet-Blanc, Bernard Ollivier
article
Canadian Journal of Microbiology, NRC Research Press, 1998, 44 (1), pp.20 - 27. ⟨10.1139/w97-120⟩
identifiant
hal-01888519
DOI
DOI : 10.1139/w97-120
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titre
Hydration and recognition of methylated CpG steps in DNA
auteur
C. Mayer-Jung, D. Moras, Y. Timsit
article
EMBO Journal, EMBO Press, 1998, 17 (9), pp.2709-2718. ⟨10.1093/emboj/17.9.2709⟩
identifiant
hal-02008233
DOI
DOI : 10.1093/emboj/17.9.2709
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titre
DNA crossovers and type II DNA topoisomerases: a thermodynamical study 1 1Edited by T. Richmond
auteur
Y Sikorav, Bertrand Duplantier, Gérard Jannink, Y. Timsit, Jean-Louis Sikorav
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 1998, 284 (5), pp.1279-1287. ⟨10.1006/jmbi.1998.2280⟩
identifiant
hal-02008229
DOI
DOI : 10.1006/jmbi.1998.2280
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titre
Symmetry and chirality in topoisomerase II-DNA crossover recognition 1 1Edited by T. Richmond
auteur
B Timsit, Bertrand Duplantier, J Jannink, Jean-Louis Sikorav, Y. Timsit, Gérard Jannink
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 1998, 284 (5), pp.1289-1299. ⟨10.1006/jmbi.1998.2281⟩
identifiant
hal-02008222
DOI
DOI : 10.1006/jmbi.1998.2281
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1997

Journal articles

titre
Effect of cytosine methylation on DNA-DNA recognition at CpG steps
auteur
Claudine Mayer-Jung, Dino Moras, Y. Timsit
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 1997, 270 (3), pp.328-335. ⟨10.1006/jmbi.1997.1137⟩
identifiant
hal-02008237
DOI
DOI : 10.1006/jmbi.1997.1137
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1996

Journal articles

titre
Cruciform structures and functions.
auteur
Y. Timsit, D. Moras
article
Quarterly Reviews of Biophysics, Cambridge University Press (CUP), 1996, 29 (4), pp.279-307
identifiant
hal-02008246
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1995

Journal articles

titre
Effect of pH on Bacillus thermoamylovorans Growth and Glucose Fermentation.
auteur
Yannick Combet-Blanc, K Kalamba, P Kergoat
article
Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 1995, 61 (2), pp.656-9
identifiant
hal-01888503
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titre
Self-fitting and Self-modifying Properties of theB-DNA Molecule
auteur
Y. Timsit, Dino Moras
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 1995, 251 (5), pp.629-647. ⟨10.1006/jmbi.1995.0461⟩
identifiant
hal-02008250
DOI
DOI : 10.1006/jmbi.1995.0461
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Book sections

titre
DNA self-fitting
auteur
Y. Timsit
article
Proceeding of the eleventh conversation, state university of New York, Albany, eds R. Sarma and M. Sarma, Adenine press., 1995
identifiant
hal-02398491
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1994

Journal articles

titre
DNA self-fitting: the double helix directs the geometry of its supramolecular assembly.
auteur
Y. Timsit, D. Moras
article
EMBO Journal, EMBO Press, 1994, 13 (12), pp.2737-46
identifiant
hal-02008254
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1992

Journal articles

titre
Crystallization of DNA.
auteur
Y. Timsit, D. Moras
article
Methods in Enzymology, Elsevier, 1992, 211, pp.409-29
identifiant
hal-02008256
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1991

Journal articles

titre
Base-pairing shift in the major groove of (CA)n tracts by B-DNA crystal structures
auteur
Y. Timsit, Eric Vilbois, Dino Moras
article
Nature, Nature Publishing Group, 1991, 354 (6349), pp.167-170. ⟨10.1038/354167a0⟩
identifiant
hal-02008260
DOI
DOI : 10.1038/354167a0
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titre
Groove-backbone interaction in B-DNA. Implication for DNA condensation and recombination.
auteur
Y. Timsit, D. Moras
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 1991, 221 (3), pp.919-40
identifiant
hal-02008263
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1989

Journal articles

titre
Unusual helical packing in crystals of DNA bearing a mutation hot spot
auteur
R Timsit, Eric Westhof, Robert Fuchs, Dino Moras, Y. Timsit
article
Nature, Nature Publishing Group, 1989, 341 (6241), pp.459-462. ⟨10.1038/341459a0⟩
identifiant
hal-02008266
DOI
DOI : 10.1038/341459a0
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