Publications HAL de la collection vidjilnet

2021

auteur
Marie-Laure Boulland, Samuel Vic, Florian Thonier, Michel Ganard, Thierry Lamy, Thierry Fest, Sophie De Guibert, Cédric Pastoret
titre
Reliable IGHV status assessment by next generation sequencing in routine practice for chronic lymphocytic leukemia
article
Leukemia & lymphoma, Taylor & Francis, 2021, 62 (11), pp.2800-2803. ⟨10.1080/10428194.2021.1933476⟩
DOI
DOI : 10.1080/10428194.2021.1933476
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2020

auteur
Chrystelle Abdo, Florian Thonier, Mathieu Simonin, Sophie Kaltenbach, Julie Valduga, Arnaud Petit, Monika Brüggemann, Elizabeth Macintyre
titre
Caution encouraged in next-generation sequencing immunogenetic analyses in acute lymphoblastic leukemia
article
Blood, American Society of Hematology, 2020, 136 (9), pp.1105-1107. ⟨10.1182/blood.2020005613⟩
DOI
DOI : 10.1182/blood.2020005613
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auteur
Rathana Kim, Nicolas Boissel, Aurore Touzart, Thibaut Leguay, Florian Thonier, Xavier Thomas, Emmanuel Raffoux, Françoise Huguet, Patrick Villarese, Cécile Fourrage, Loïc Passini, Mathilde Hunault, Stéphane Leprêtre, Patrice Chevallier, Thorsten Braun, Véronique Lhéritier, Sylvain Chantepie, Sébastien Maury, Martine Escoffre, Emmanuelle Tavernier, Yves Chalandon, Carlos Graux, Elizabeth Macintyre, Norbert Ifrah, Vahid Asnafi, Herve Dombret, Ludovic Lhermitte
titre
Adult T-cell acute lymphoblastic leukemias with IL7R pathway mutations are slow-responders who do not benefit from allogeneic stem-cell transplantation
article
Leukemia, Nature Publishing Group: Open Access Hybrid Model Option B, 2020, Epub ahead of print. ⟨10.1038/s41375-019-0685-4⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41375-019-0685-4
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-02551756/file/2020_Kim%20R_LeukemiaEq7.pdf BibTex

2019

auteur
Monika Brüggemann, Michaela Kotrova, Henrik Knecht, Jack Bartram, Myriam Boudjogrha, Vojtech Bystry, Grazia Fazio, Eva Froňková, Mathieu Giraud, Andrea Grioni, Jeremy Hancock, Dietrich Herrmann, Cristina Jimenez, Adam Krejci, John Moppett, Tomas Reigl, Mikaël Salson, Blanca Scheijen, Martin Schwarz, Simona Songia, Michael Svaton, Jacques van Dongen, Patrick Villarese, Stephanie Wakeman, Gary Wright, Giovanni Cazzaniga, Frédéric Davi, Ramón García-Sanz, David Davi, Patricia Groenen, Michael Hummel, Elizabeth Macintyre, Kostas Stamatopoulos, Christiane Pott, Jan Trka, Nikos Darzentas, Anton Langerak, David Gonzalez
titre
Standardized next-generation sequencing of immunoglobulin and T-cell receptor gene recombinations for MRD marker identification in acute lymphoblastic leukaemia; a EuroClonality-NGS validation study
article
Leukemia, Nature Publishing Group: Open Access Hybrid Model Option B, 2019, ⟨10.1038/s41375-019-0496-7⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41375-019-0496-7
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2018

auteur
Tatiana Rocher, Mathieu Giraud, Mikaël Salson
titre
Indexing labeled sequences
article
PeerJ Computer Science, PeerJ, 2018, 4, pp.1-14. ⟨10.7717/peerj-cs.148⟩
DOI
DOI : 10.7717/peerj-cs.148
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01743104/file/2018-Rocher-indexing-labeled-sequences.pdf BibTex
auteur
Tatiana Rocher
titre
Compression et indexation de séquences annotées
article
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université de Lille, 2018. Français
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01758361/file/2018-phd-rocher.pdf BibTex
auteur
Jean-Sebastien Allain, Florian Thonier, Morgane Pihan, Marie-Laure Boulland, Sophie de Guibert, Vincent Launay, Anne-Violaine Doncker, Michel Ganard, Amyra Aliouat, Céline Pangault, Roch Houot, Marie de Tayrac, Thierry Lamy, Mikael Roussel, Thierry Fest, Olivier Decaux, Cedric Pastoret
titre
IGHV segment utilization in immunoglobulin gene rearrangement differentiates patients with anti-myelin-associated glycoprotein neuropathy from others immunoglobulin M-gammopathies
article
Haematologica, Ferrata Storti Foundation, 2018, 103 (5), pp.e207-e210. ⟨10.3324/haematol.2017.177444⟩
DOI
DOI : 10.3324/haematol.2017.177444
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01863385/file/Allain%20et%20al_2018_IGVH%20segment%20utilization%20in%20immunoglobulin%20gene%20rearrangement%20differentiates.pdf BibTex

2017

auteur
Mikael Salson, Mathieu Giraud, Aurélie Caillault, Nathalie Grardel, Nicolas Duployez, Yann Ferret, Marc Duez, Ryan Herbert, Tatiana Rocher, Shéhérazade Sebda, Sabine Quief, Céline Villenet, Martin Figeac, Claude Preudhomme
titre
High-throughput sequencing in acute lymphoblastic leukemia: Follow-up of minimal residual disease and emergence of new clones
article
Leukemia Research, Elsevier, 2017, 53, pp.1-7. ⟨10.1016/j.leukres.2016.11.009⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.leukres.2016.11.009
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01404817/file/2017-SalsonGiraudCaillaultGrardel-mrd-hal.pdf BibTex
auteur
Anton W Langerak, Monika Brüggemann, Frédéric Davi, Nikos Darzentas, Jacques J M van Dongen, David Gonzalez, Gianni Cazzaniga, Véronique Giudicelli, Marie-Paule Lefranc, Mathieu Giraud, Elizabeth A Macintyre, Michael Hummel, Christiane Pott, Patricia J T A Groenen, Kostas Stamatopoulos
titre
High-Throughput Immunogenetics for Clinical and Research Applications in Immunohematology: Potential and Challenges.
article
Journal of Immunology, Publisher : Baltimore : Williams & Wilkins, c1950-. Latest Publisher : Bethesda, MD : American Association of Immunologists, 2017, pp.1602050. ⟨10.4049/jimmunol.1602050⟩
DOI
DOI : 10.4049/jimmunol.1602050
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2016

auteur
Mathieu Giraud
titre
Compter les globules blancs, analyser les partitions
article
Informatique [cs]. Université de Lille 1 – Sciences et Technologies, 2016
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01577763/file/2016-hdr-giraud.pdf BibTex
auteur
Mikael Salson, Aurélie Caillault, Marc Duez, Yann Ferret, Alice Fievet, Michaela Kotrova, Florian Thonier, Patrick Villarese, Stephanie Wakeman, Gary Wright, Mathieu Giraud
titre
A dataset of sequences with manually curated V(D)J designations
article
2016
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auteur
Yann Ferret, Aurélie Caillault, Shéhérazade Sebda, Marc Duez, Nathalie Grardel, Nicolas Duployez, Céline Villenet, Martin Figeac, Claude Preudhomme, Mikaël Salson, Mathieu Giraud
titre
Multi-loci diagnosis of acute lymphoblastic leukaemia with high-throughput sequencing and bioinformatics analysis
article
British Journal of Haematology, Wiley, 2016, 173 (3), pp.413-420. ⟨10.1111/bjh.13981⟩
DOI
DOI : 10.1111/bjh.13981
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01279160/file/2016-FerretCaillault-multi-loci-diagnosis-hal.pdf BibTex
auteur
Marc Duez, Mathieu Giraud, Ryan Herbert, Tatiana Rocher, Mikael Salson, Florian Thonier
titre
Vidjil: A Web Platform for Analysis of High-Throughput Repertoire Sequencing
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2016, 11 (11), ⟨10.1371/journal.pone.0166126⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0166126
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01397079/file/journal.pone.0166126.PDF BibTex

2015

auteur
Michaela Kotrova, Katerina Muzikova, Ester Mejstrikova, Michaela Novakova, Violeta Bakardjieva-Mihaylova, Karel Fiser, Jan Stuchly, Mathieu Giraud, Mikael Salson, Christiane Pott, Monika Brüggemann, Marc Füllgrabe, Jan Stary, Jan Trka, Eva Fronkova
titre
The predictive strength of next-generation sequencing MRD detection for relapse compared with current methods in childhood ALL.
article
Blood, American Society of Hematology, 2015, 126 (8), pp.1045-7. ⟨10.1182/blood-2015-07-655159⟩
DOI
DOI : 10.1182/blood-2015-07-655159
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2014

auteur
Mathieu Giraud, Mikaël Salson, Marc Duez, Céline Villenet, Sabine Quief, Aurélie Caillault, Nathalie Grardel, Christophe Roumier, Claude Preudhomme, Martin Figeac
titre
Fast multiclonal clusterization of V(D)J recombinations from high-throughput sequencing
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2014, 15 (1), pp.409. ⟨10.1186/1471-2164-15-409⟩
DOI
DOI : 10.1186/1471-2164-15-409
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01009173/file/1471-2164-15-409.pdf BibTex
auteur
Nathalie Grardel, Mikaël Salson, Aurélie Caillault, Marc Duez, Céline Villenet, Sabine Quief, Shéhérazade Sebda, Christophe Roumier, Martin Figeac, Claude Preudhomme, Mathieu Giraud
titre
Diagnostic et suivi des leucémies aiguës lymphoblastiques (LAL) par séquençage haut-débit (HTS)
article
Congrès de la Société Française d'Hématologie (SFH), 2014, Paris, France
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auteur
Nathalie Grardel, Mathieu Giraud, Mikaël Salson, Marc Duez
titre
Multiclonal Diagnosis and MRD Follow-up in ALL with HTS Coupled with a Bioinformatic Analysis
article
American Society of Hematology Annual Meeting, 2014, San Francisco, France. 2014
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2013

auteur
Mathieu Giraud, Mikaël Salson, Marc Duez, Jean-Stéphane Varré, Céline Villenet, Sabine Quief, Aurélie Caillault, Nathalie Grardel, Christophe Roumier, Claude Preudhomme, Martin Figeac
titre
Suivi de la leucémie résiduelle par séquençage haut-débit
article
JOBIM, Jul 2013, Toulouse, France
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