2026
Poster communications
- titre
- How does data pre-processing shape conclusions in metagenomics?
- auteur
- Emile Mardoc, Maxence Klock, Xavier Raffoux, Julie Aubert, Christelle Hennequet-Antier, Mathilde Sola, Emmanuelle Le Chatelier, Nicolas Maziers, Florence Thirion, Florian Plaza Oñate, Giacomo Vitali, Lindsay Goulet, Mahendra Mariadassou, Mathieu Almeida, Magali Berland
- article
- RR2026, Jun 2026, Nantes, France
- identifiant
- hal-05671846
- Resume_court
- Le microbiome intestinal, impliqué dans la digestion, l’immunité et la synthèse de métabolites .....
- typdoc
- Poster communications
- audience
- International
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2025
Journal articles
- titre
- A new scenario of pathogen-microbiota interactions involving the oomycete Plasmopara viticola
- auteur
- Paola Fournier, Lucile Pellan, Julie Aubert, Patrice This, Corinne Vacher
- article
- FEMS Microbiology Ecology, 2025, 101 (12), pp.fiaf111. ⟨10.1093/femsec/fiaf111⟩
- identifiant
- hal-05369425
- Resume_court
- A key question in microbial ecology is how the microbiota regulates host invasion by pathogens. Seve .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1093/femsec/fiaf111
- pubmedId
: 41206559
- audience
- International
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Global genotype by environment prediction competition reveals that diverse modeling strategies can deliver satisfactory maize yield estimates
- auteur
- Jacob Washburn, José Ignacio Varela, Alencar Xavier, Qiuyue Chen, David Ertl, Joseph Gage, James Holland, Dayane Cristina Lima, Maria Cinta Romay, Marco Lopez-Cruz, Gustavo de los Campos, Wesley Barber, Cristiano Zimmer, Ignacio Trucillo Silva, Fabiani Rocha, Renaud Rincent, Baber Ali, Haixiao Hu, Daniel Runcie, Kirill Gusev, Andrei Slabodkin, Phillip Bax, Julie Aubert, Hugo Gangloff, Tristan Mary-Huard, Theodore Vanrenterghem, Carles Quesada-Traver, Steven Yates, Daniel Ariza-Suárez, Argeo Ulrich, Michele Wyler, Daniel Kick, Emily Bellis, Jason Causey, Emilio Soriano Chavez, Yixing Wang, Ved Piyush, Gayara Fernando, Robert Hu, Rachit Kumar, Annan Timon, Rasika Venkatesh, Kenia Segura Abá, Huan Chen, Thilanka Ranaweera, Shin-Han Shiu, Peiran Wang, Max Gordon, B Kirtley Amos, Sebastiano Busato, Daniel Perondi, Abhishek Gogna, Dennis Psaroudakis, Chun-Peng James Chen, Hawlader Al-Mamun, Monica Danilevicz, Shriprabha Upadhyaya, David Edwards, Natalia de Leon
- article
- Genetics, 2025, 229 (2), ⟨10.1093/genetics/iyae195⟩
- identifiant
- hal-05201508
- Resume_court
- Abstract Predicting phenotypes from a combination of genetic and environmental factors is a grand ch .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1093/genetics/iyae195
- audience
- International
- Accès au bibtex
-
- titre
- Medicago truncatula genotype drives the plant nutritional strategy and its associated rhizosphere bacterial communities
- auteur
- Anouk Zancarini, Christine Le Signor, Sébastien Terrat, Julie Aubert, Christophe Salon, Nathalie Munier-Jolain, Christophe Mougel
- article
- New Phytologist, 2025, 245 (2), pp.767-784. ⟨10.1111/nph.20272⟩
- identifiant
- hal-04835437
- Resume_court
- Harnessing the plant microbiome through plant genetics is of increasing interest to those seeking to .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1111/nph.20272
- pubmedId
- : 39610111
- audience
- International
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- A new scenario of pathogen-microbiota interactions for the oomycete Plasmopara viticola
- auteur
- Paola Fournier, Lucile Pellan, Julie Aubert, Patrice This, Corinne Vacher
- article
- 15ème Journée des Doctorants de l'Ecole Doctorale Sciences et Environnements, Feb 2025, Talence, France
- identifiant
- hal-05290845
- Resume_court
- Les vignobles hébergent une grande diversité de micro-organismes qui interagissent entre eux et av .....
- typdoc
- Conference papers
- audience
- International
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- DCVAE: Leveraging Disentangled Representations to PredictUnobserved Genotype-Environment Combinations in PhenomicSelection.
- auteur
- Hugo Gangloff, Do Thanh Dat Le, Renaud Rincent, Julie Aubert, Tristan Mary-Huard
- article
- Eucarpia Biometrics in Plant Breeding 2025, Sep 2025, Edimbourg (GB), United Kingdom
- identifiant
- hal-05292841
- typdoc
- Poster communications
- audience
- International
- Accès au bibtex
-
- titre
- StatOmique: sharing experience on statistical analysis of omics data
- auteur
- Julie Aubert, Marie-Agnes Dillies, Christelle Hennequet-Antier
- article
- JOBIM (Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques), Jul 2025, Bordeaux, France
- identifiant
- hal-05178745
- Resume_court
- StatOmique is a working group of the Groupe de recherche Bio-informatique Moléculaire : Modélisati .....
- typdoc
- Poster communications
- audience
- International
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Integration of Proxy Intermediate Omics traits into a Nonlinear Two-Step model for accurate phenotypic prediction
- auteur
- Hayato Yoshioka, Tristan Mary-Huard, Julie Aubert, Yusuke Toda, Yoshihiro Ohmori, Yuji Yamasaki, Hisashi Tsujimoto, Hirokazu Takahashi, Mikio Nakazono, Hideki Takanashi, Toru Fujiwara, Mai Tsuda, Akito Kaga, Jun Inaba, Yushiro Fuji, Masami Yokota Hirai, Yui Nose, Kie Kumaishi, Erika Usui, Shungo Kobori, Takumi Sato, Megumi Narukawa, Yasunori Ichihashi, Hiroyoshi Iwata
- article
- 2025
- identifiant
- hal-05292871
- Resume_court
- Abstract Intermediate omics traits, which mediate the effects of genetic variation on phenotypic tra .....
- typdoc
- Preprints, Working Papers, ...
- DOI
- DOI : 10.1101/2025.03.14.643213
- Accès au bibtex
-
- titre
- Ridge Redundancy Analysis for High-Dimensional Omics Data
- auteur
- Hayato Yoshioka, Julie Aubert, Hiroyoshi Iwata, Tristan Mary-Huard
- article
- 2025
- identifiant
- hal-05292867
- Resume_court
- Abstract Motivation Redundancy Analysis (RDA) is a popular reduced rank regression approach for mode .....
- typdoc
- Preprints, Working Papers, ...
- DOI
- DOI : 10.1101/2025.04.16.649138
- Accès au bibtex
-
2024
Conference papers
- titre
- A new scenario of pathogen-microbiota interactions for the oomycete Plasmopara viticola
- auteur
- Paola Fournier, Lucile Pellan, Julie Aubert, Patrice This, Corinne Vacher
- article
- E3GP3 2024 - Réunion plénière du réseau "Ecologie, Evolution, Epidémiologie et Génétique des Populations des microorganismes Pathogènes de Plantes", Nov 2024, Paris, France
- identifiant
- hal-05304084
- typdoc
- Conference papers
- audience
- International
- Accès au bibtex
-
Software
- titre
- TANGO models: numerical multi-omics reconciliation of bacterial fermentation in cheese production
- auteur
- Julie Aubert, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe, Maxime Lecomte, David James Sherman
- article
- 2024, ⟨swh:1:dir:0a1da28c523c2f32e1214b5d1c1a60ac17ec29df;origin=https://forgemia.inra.fr/tango/tango_models.git;visit=swh:1:snp:722365d9bf1004d05edfe63717763283d4adf26f;anchor=swh:1:rev:bc0bd9895942ed6d82faa9553c1f0a32f60cbbef⟩
- identifiant
- hal-04562266
- Resume_court
- TANGO implements a numerical-based strategy to reconcile multi-omics data and metabolic networks for .....
- typdoc
- Software
- Accès au bibtex
-
2023
Conference papers
- titre
- How do two strains of lactic acid bacteria cooperate to improve soy juice fermentation?
- auteur
- Olivier Harlé, Sandrine Parayre, Jérôme Niay, Florence Valence, Julie J. Aubert, Marie-Bernadette Maillard, Gwénaële Henry, Anne Thierry, Eric Guédon, Stéphanie-Marie Deutsch, Hélène Falentin
- article
- 16 th symposium on Bacterial Genetics and Ecology BAGECO 2023, https://bageco2023.org/committees/, Jul 2023, Copenhague., Denmark
- identifiant
- hal-04149821
- Resume_court
- Green transition incites to food innovation, notably to favor the acceptability of plant proteins in .....
- typdoc
- Conference papers
- audience
- International
- Accès au bibtex
-
- titre
- Nouveaux outils en bioremédiation : prédiction du potentiel de dégradation d’une communauté à partir de sa composition et création de communautés multidégradantes par coalescence
- auteur
- Sylvia Thieffry, Julie J. Aubert, Marion Devers-Lamrani, Fabrice Martin-Laurent, Sana Romdhame, Nadine Rouard, Mathieu Siol, Spor, Aimé
- article
- Forum des Jeunes Chercheurs UBFC 2023, Jun 2023, Besançon, France
- identifiant
- hal-04147435
- Resume_court
- En bioremédiation, la bioaugmentation consiste en l’introduction de microorganismes dans un milie .....
- typdoc
- Conference papers
- audience
- International
- Accès au bibtex
-
Software
- titre
- shinySbm
- auteur
- Théodore Vanrenterghem, Julie J. Aubert, Saint-Clair Chabert-Liddell
- article
- 2023, ⟨swh:1:dir:1445449338afa5a1399ec8ddf5a24a9cf9671fd3;origin=https://cran.r-project.org/package%3DshinySbm;visit=swh:1:snp:56c5c23f21cf91de166ffc887dd3a1ea0ea40122;anchor=swh:1:rel:7bc4498b353dfb5bb55be365356c0a1fe11d3287⟩
- identifiant
- hal-04206080
- Resume_court
- We have developed the ShinySBM application, which facilitates the detection of structures and commun .....
- typdoc
- Software
- Accès au bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Revealing the dynamics and mechanisms of bacterial interactions in cheese production with metabolic modelling
- auteur
- Maxime Lecomte, Wenfan Cao, Julie J. Aubert, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
- article
- 2023
- identifiant
- hal-04088301
- Resume_court
- Cheese organoleptic properties result from complex metabolic processes occurring in microbial commun .....
- typdoc
- Preprints, Working Papers, ...
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2022
Journal articles
- titre
- Unraveling negative biotic interactions determining soil microbial community assembly and functioning
- auteur
- Sana Romdhane, Aymé Spor, Julie Aubert, David Bru, Marie-Christine Breuil, Sara Hallin, Arnaud Mounier, Sarah Ouadah, Myrto Tsiknia, Laurent Philippot
- article
- The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2022, 16 (1), pp.296-306. ⟨10.1038/s41396-021-01076-9⟩
- identifiant
- hal-03604836
- Resume_court
- Abstract Microbial communities play important roles in all ecosystems and yet a comprehensive unders .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1038/s41396-021-01076-9
- audience
- International
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Metatranscriptomics and metabolic modeling to identify bacterial metabolic interactions during the manufacture of a model pressed cheese.
- auteur
- Wenfan Cao, Maxime Lecomte, Solène Le Fur, Julie J. Aubert, Marie-Bernadette Maillard, Aurélie Nicolas, Stéphanie-Marie Deutsch, Sandrine Parayre, Françoise Boissel, Arlette Leduc, Ali Kerjouh, Marielle Harel-Oger, Gilles Garric, Clémence Frioux, David James Sherman, Simon Labarthe, Anne Thierry, Hélène Falentin
- article
- FOODMICRO 2022, Aug 2022, Athènes, Greece
- identifiant
- hal-03781287
- Resume_court
- In cheese production, lactic acid bacteria (LAB) and propionic bacteria are key players in the produ .....
- typdoc
- Conference papers
- audience
- International
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Métatranscriptomique et modèle métabolique pour identifier la succession des métabolismes bactériens en interaction lors de la fabrication d’un fromage modèle à pâte pressée.
- auteur
- Wenfan Cao, Maxime Lecomte, Solène Le Fur, Julie J. Aubert, Marie-Bernadette Maillard, Aurélie Nicolas, Stéphanie-Marie Deutsch, Sandrine Parayre, Françoise Boissel, Arlette Leduc, Anne Thierry, Ali Kerjouh, Marielle Harel-Oger, Gilles Garric, Clémence Frioux, David James Sherman, Simon Labarthe, Hélène Falentin
- article
- 23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques, UMR INRAE - Institut Agro STLO (Science et Technologie du Lait et de l’Œuf), Jun 2022, Rennes, France
- identifiant
- hal-03694338
- Resume_court
- En fabrication fromagère, les bactéries lactiques (BL) et propioniques sont des actrices clés de .....
- typdoc
- Conference papers
- audience
- International
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- titre
- Chapter 6: Using Latent Block Models to Detect Structure in Ecological Networks
- auteur
- Julie J. Aubert, Pierre M Barbillon, Sophie Donnet, Vincent Miele
- article
- Statistical Approaches for Hidden Variables in Ecology., Wiley, pp.117-134, 2022, ⟨10.1002/9781119902799.ch6⟩
- identifiant
- hal-03811607
- typdoc
- Book sections
- DOI
- DOI : 10.1002/9781119902799.ch6
- audience
- International
- Accès au bibtex
-
2021
Journal articles
- titre
- Temporal patterns in Ixodes ricinus microbial communities: an insight into tick-borne microbe interactions
- auteur
- E. Lejal, J. Chiquet, J. Aubert, S. Robin, A. Estrada-Peña, O. Rue, C. Midoux, M. Mariadassou, Xavier Bailly, A. Cougoul, Patrick Gasqui, J. Cosson, Karine Chalvet-Monfray, Muriel Vayssier Taussat, Thomas Pollet
- article
- Microbiome, 2021, 9 (1), pp.153. ⟨10.1186/s40168-021-01051-8⟩
- identifiant
- hal-03287263
- Resume_court
- Background Ticks transmit pathogens of medical and veterinary importance and are an increasing threa .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1186/s40168-021-01051-8
- pubmedId
- : 34217365
- audience
- International
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Fine-Tuning of Process Parameters Modulates Specific Metabolic Bacterial Activities and Aroma Compound Production in Semi-Hard Cheese
- auteur
- Wenfan Cao, Julie Aubert, Marie-Bernadette Maillard, Francoise Boissel, Arlette Leduc, Jean-Luc Thomas, Stéphanie-Marie Deutsch, Bénédicte Camier, Ali Kerjouh, Sandrine Parayre, Marielle Harel-Oger, Gilles Garric, Anne Thierry, Hélène Falentin
- article
- Journal of Agricultural and Food Chemistry, 2021, ⟨10.1021/acs.jafc.1c01634⟩
- identifiant
- hal-03313075
- Resume_court
- The formation of cheese flavor mainly results from the production of volatile compounds by microorga .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1021/acs.jafc.1c01634
- audience
- International
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Model‐based biclustering for overdispersed count data with application in microbial ecology
- auteur
- Julie Aubert, Sophie Schbath, Stéphane Robin
- article
- Methods in Ecology and Evolution, 2021, 12 (6), pp.1050-1061. ⟨10.1111/2041-210X.13582⟩
- identifiant
- hal-03323318
- Resume_court
- Different studies have shown that microbial communities living in animals (humans included), in or a .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1111/2041-210X.13582
- audience
- International
- Accès au bibtex
-
2020
Conference papers
- titre
- How LAB can cooperate to improve soy juice fermentation?
- auteur
- Stéphanie-Marie Deutsch, Olivier Harlé, Jérôme Niay, Florence Valence, Sandrine Parayre, Julie Aubert, Marie-Bernadette Maillard, Gwenaele Henry, Anne Thierry, Eric Guédon, Hélène Falentin
- article
- NIZO Plant Protein Functionality Conference, Fred van de Velde (NIZO; chair) René Floris (NIZO) John Giezen (NIZO) Marie-Claire Morley (Elsevier), Oct 2020, Conference - Online., France
- identifiant
- hal-02975394
- Resume_court
- Lactic acid bacteria (LAB) are largely used in coculture in food fermentations. The use of different .....
- typdoc
- Conference papers
- audience
- International
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2019
Journal articles
- titre
- Subclinical endometritis in dairy cattle is associated with distinct mRNA expression patterns in blood and endometrium
- auteur
- Mariam Raliou, Doulaye Dembélé, Anna Düvel, Philippe Bolifraud, J. Aubert, T. Mary-Huard, Dominique Rocha, François Piumi, Sophie Mockly, Maike Heppelmann, Isabelle Dieuzy-Labaye, Peter Zieger, G.E.D Smith, Hans Joachim Schuberth, I. M. Sheldon, Olivier Sandra
- article
- PLoS ONE, 2019, 14 (8), ⟨10.1371/journal.pone.0220244⟩
- identifiant
- hal-02264367
- Resume_court
- Cattle with subclinical endometritis (SCE) are sub-fertile and diagnosing subclinical uterine diseas .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pone.0220244
- pubmedId
- : 31374089
- audience
- Not specified
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Variational inference for coupled hidden markov models applied to the joint detection of copy number variations
- auteur
- Xiaoqiang Wang, Émilie Lebarbier, Julie Aubert, Stephane Robin
- article
- The international journal of biostatistics, 2019, 15 (1), ⟨10.1515/ijb-2018-0023⟩
- identifiant
- hal-02626026
- Resume_court
- Hidden Markov models provide a natural statistical framework for the detection of the copy number va .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1515/ijb-2018-0023
- pubmedId
- : 30779702
- audience
- International
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- titre
- Unraveling biotic interactions determining soil microbial community assembly and functioning
- auteur
- Sana Romdhane, Aymé Spor, Julie Aubert, David Bru, Marie-Christine Breuil, Sara Hallin, Arnaud Mounier, Sarah Ouadah, Myrto Tsiknia, Laurent Philippot
- article
- IX. Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne, AFEM 2019, Fonctions et diversité des microbiotes dans les environnements naturels et anthropisés, Nov 2019, Bussang, France. , 2019
- identifiant
- hal-02737617
- Resume_court
- Microbial communities are at the heart of all ecosystems and yet, a sound understanding of the ecolo .....
- typdoc
- Poster communications
- audience
- National
- Accès au bibtex
-
2018
Journal articles
- titre
- Translatome analysis at the egg-to-embryo transition in sea urchin
- auteur
- Héloïse Chassé, Julie Aubert, Sandrine Boulben, Gildas Le corguillé, Erwan Corre, Patrick Cormier, Julia Morales
- article
- Nucleic Acids Research, 2018, 46 (9), pp.4607 - 4621. ⟨10.1093/nar/gky258⟩
- identifiant
- hal-01803500
- Resume_court
- Early embryogenesis relies on the translational regulation of maternally stored mRNAs. In sea urchin .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gky258
- pubmedId
- : 29660001
- audience
- International
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Transcriptomic response of Debaryomyces hansenii during mixed culture in a liquid model cheese medium with Yarrowia lipolytica
- auteur
- Reine Malek, Pascal Bonnarme, Francoise Irlinger, Pascale Frey-Klett, Djamila Onesime, Julie Aubert, Valentin Loux, Jean-Marie Beckerich
- article
- International Journal of Food Microbiology, 2018, 264, pp.53-62. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2017.10.026⟩
- identifiant
- hal-01695894
- Resume_court
- Yeasts play a crucial role in cheese ripening. They contribute to the curd deacidification, the esta .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1016/j.ijfoodmicro.2017.10.026
- pubmedId
- : 29111498
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Plant genotype: a lever in the interactions between plant and its associated rhizosphere microbiome
- auteur
- Anouk Zancarini, Christine Le Signor, Julie J. Aubert, Sébastien Terrat, Joëlle Ronfort, Christophe Salon, Nathalie Munier-Jolain, Christophe Mougel
- article
- 2nd Plant Microbiome Symposium, Feb 2018, Amsterdam, Netherlands
- identifiant
- hal-04081016
- Resume_court
- In the context of highly pressured agricultural production using low levels of inputs, cropping stra .....
- typdoc
- Conference papers
- audience
- International
- Accès au bibtex
-
Software
- titre
- cobiclust: Biclustering via Latent Block Model Adapted to Overdispersed Count Data
- auteur
- Julie Aubert
- article
- 2018, ⟨swh:1:dir:b76ffd82ce2f270ad548bf4df9ab9f46ca53a3bf;origin=https://cran.r-project.org/package%3Dcobiclust;visit=swh:1:snp:b65946d4ccbf2ce41b8c9f2fe68f9b23f2bc2c0e;anchor=swh:1:rel:1b4d5f893e459e3c922581321f112decf6c807ae⟩
- identifiant
- hal-04532764
- Resume_court
- The cobiclust R package implements a probabilistic method for biclustering adapted to overdispersed .....
- typdoc
- Software
- Accès au bibtex
-
2017
Journal articles
- titre
- Can soil microbial diversity influence plant metabolites and life history traits of a rhizophagous insect?
- auteur
- Tom Lachaise, Morgane Ourry, Lionel Lebreton, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, Juliette Linglin, Chrystelle Paty, Valérie Chaminade, Nathalie Marnet, Julie Aubert, Denis Poinsot, Anne-Marie Cortesero, Christophe Mougel
- article
- Insect Science, 2017, 24 (6), pp.1045-1056. ⟨10.1111/1744-7917.12478⟩
- identifiant
- hal-01661250
- Resume_court
- Interactions between plants and phytophagous insects play an important part in shaping the biochemic .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1111/1744-7917.12478
- pubmedId
- : 28544806
- audience
- International
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- CHMM : an R package for coupled Hidden Markov Models
- auteur
- Julie Aubert, Xiaoqiang Wang, Emilie Lebarbier, Stephane Robin
- article
- R User Conference 2017, Jul 2017, Bruxelles, Belgium. 2017
- identifiant
- hal-01661257
- Resume_court
- CHMM : an R package for coupled Hidden Markov Models. R User Conference 2017
- typdoc
- Poster communications
- audience
- Not specified
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Software
- titre
- CHMM: Coupled Hidden Markov Models
- auteur
- Julie Aubert, Xiaoqiang Wang
- article
- 2017, ⟨swh:1:dir:931f86746bd8648062f8c78ac1cbe52864f3eeb2;origin=https://cran.r-project.org/package%3DCHMM;visit=swh:1:snp:a71f470404d95f6dfa1d172fd23c8ad7728347c1;anchor=swh:1:rel:cd36fa2bc45e5211ef524cdf219350e358a40713⟩
- identifiant
- hal-04532830
- Resume_court
- An exact and a variational inference for coupled Hidden Markov Models applied to the joint detection .....
- typdoc
- Software
- Accès au bibtex
-
Theses
- titre
- Statistical analysis of high-throughput biological data
- auteur
- Julie Aubert
- article
- Statistiques [math.ST]. Université Paris Saclay (COmUE), 2017. Français. ⟨NNT : 2017SACLS048⟩
- identifiant
- tel-01721318
- Resume_court
- The technological progress of the last twenty years allowed the emergence of an high-throuput biolog .....
- typdoc
- Theses
- DOI
- DOI : 10.70675/6eefb88az0386z4fa5zae43z093d44fe8f65
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2016
Conference papers
- titre
- Latent Block Model for metagenomic data
- auteur
- Julie Aubert, Sophie Schbath, Stephane Robin
- article
- 17. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM 2016), Jun 2016, Lyon, France
- identifiant
- hal-01661249
- Resume_court
- Latent Block Model for metagenomic data. 17. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques .....
- typdoc
- Conference papers
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- Qualité des données NGS : de la séquence aux bases de données
- auteur
- Pierre Peyret, Julie Aubert, Vincent Breton, François Enault, Line Le Gall, Denis Le Paslier, Tiphaine Martin, Guy Perriere, Eric Peyretaillade
- article
- La génomique environnementale, ISTE Editions, 180 p., 2016, 978-1-78405-151-8
- identifiant
- hal-01661251
- Resume_court
- Qualité des données NGS : de la séquence aux bases de données
- typdoc
- Book sections
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- Latent Block Model for metagenomic data
- auteur
- Julie Aubert, Sophie Schbath, Stephane Robin
- article
- 15. European Conference on Computational Biology (ECCB 2016), Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)", Sep 2016, La Haye, Netherlands. , 2016, Proceedings of the 15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016), Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)"
- identifiant
- hal-01661258
- Resume_court
- Latent Block Model for metagenomic data. 15. European Conference on Computational Biology (ECCB 2016 .....
- typdoc
- Poster communications
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
2015
Journal articles
- titre
- Overview of a surface-ripened cheese community functioning by meta-omics analyses
- auteur
- Eric Dugat-Bony, Cecile Straub, Aurélie Teissandier, Djamila Onesime, Valentin Loux, Christophe Monnet, Francoise Irlinger, Sophie Landaud-Liautaud, Marie Noelle Leclercq-Perlat, Pascal Bento, Sébastien Fraud, Jean-Francois Gibrat, Julie Aubert, Frédéric Fer, Eric Guédon, Nicolas Pons, Sean Kennedy, Jean-Marie Beckerich, Dominique Swennen, Pascal Bonnarme
- article
- PLoS ONE, 2015, 10 (4), pp.e0124360. ⟨10.1371/journal.pone.0124360⟩
- identifiant
- hal-01195505
- Resume_court
- Cheese ripening is a complex biochemical process driven by microbial communities composed of both eu .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pone.0124360
- pubmedId
- : 25867897
- audience
- Not specified
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Quels effets la diversité microbienne du sol a-t-elle sur la croissance et la santé des plantes ?
- auteur
- Christophe Mougel, Julie Aubert, Lydia Bousset, Anne-Marie Cortesero, Stéphanie Daval, Magali Ermel, Céline Faivre-Primot, Sylvain Fournet, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, Tom Lachaise, Lionel Lebreton, Clémentine Lepinay, Juliette Linglin, Martin Luquet, P.A. Maron, Denis Poinsot, Catherine Porte, T Rigaud, Christophe Salon, Alain Sarniguet, Jean-Christophe Simon, S. Terrat
- article
- Colloque de Génomique Environnementale, Oct 2015, Montpellier, France
- identifiant
- hal-03349078
- typdoc
- Conference papers
- audience
- International
- Accès au bibtex
-
- titre
- Latent Block Model for ecological abundance data
- auteur
- Julie Aubert, Sophie Schbath, Christophe Mougel, Stephane Robin
- article
- 30. European Meeting of Statisticians, Jul 2015, Amsterdam, Netherlands
- identifiant
- hal-01661254
- Resume_court
- Latent Block Model for ecological abundance data. 30. European Meeting of Statisticians
- typdoc
- Conference papers
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
- titre
- Latent Block Model for ecological abundance data
- auteur
- Julie Aubert
- article
- ISB Channel Network, Apr 2015, Nimègues, Netherlands
- identifiant
- hal-01661253
- Resume_court
- Latent Block Model for ecological abundance data. ISB Channel Network
- typdoc
- Conference papers
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
2014
Journal articles
- titre
- Elucidating the response of Kluyveromyces lactis to arsenite and peroxide stress and the role of the transcription factor KlYap8
- auteur
- Jenny Veide Vilg, Nallani Vijay Kumar, Ewa Maciaszczyk-Dziubinska, Ewa Sloma, Djamila Onesime, Julie Aubert, Magdalena Migocka, Robert Wysocki, Markus J. Tamas
- article
- Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms , 2014, 1839 (11), pp.1295 - 1306. ⟨10.1016/j.bbagrm.2014.09.004⟩
- identifiant
- hal-01197637
- Resume_court
- All organisms need to sense and respond to a range of stress conditions. In this study, we used tran .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1016/j.bbagrm.2014.09.004
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Metagenomics data analysis using a latent block model: application to plant-microbial communities interactions in the rhizosphere .
- auteur
- Julie Aubert, Sophie Schbath, Béatrice Laroche
- article
- ECMTB14 - European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jun 2014, Gôteborg, Sweden. pp.1
- identifiant
- hal-01197629
- Resume_court
- Metagenomics is the study of microbial communities directly from environmental samples. We will prop .....
- typdoc
- Conference papers
- audience
- Not specified
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Modèle à blocs latents pour l'analyse de données métagénomiques
- auteur
- Julie Aubert
- article
- 46. Journées de Statistique, Jun 2014, Rennes, France
- identifiant
- hal-01197625
- Resume_court
- Les modèles à blocs latents fournissent un cadre probabiliste pour la double classification de lig .....
- typdoc
- Conference papers
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- How to Design a good RNA-Seq experiment in an interdisciplinary context?
- auteur
- Julie Aubert, Christelle Hennequet-Antier, Cyprien Guerin, Delphine Labourdette, Anne de La Foye, Nathalie Marsaud, Fabrice Legeai, Frederique Hilliou, Brigitte Schaeffer
- article
- European conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. , 2014
- identifiant
- hal-01462728
- Resume_court
- How to Design a good RNA-Seq experiment in an interdisciplinary context?. European conference on Com .....
- typdoc
- Poster communications
- audience
- Not specified
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Combining kinetic modeling and transcriptomic analysis to study the resilience 2014 on a model of microbial ecosystem
- auteur
- Julie Aubert, Frédéric Fer, Jean-Marie Beckerich
- article
- ECCB'14 : European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. , 2014, Proceedings of the 14ème European Conference on Computational Biology
- identifiant
- hal-01661256
- Resume_court
- Combining kinetic modeling and transcriptomic analysis to study the resilience 2014 on a model of mi .....
- typdoc
- Poster communications
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
2013
Journal articles
- titre
- New insights into sulfur metabolism in yeasts as revealed by studies of yarrowia lipolytica
- auteur
- Agnes A. Hebert, Marie-Pierre M.-P. Forquin, Aurelie A. Roux, Julie J. Aubert, Christophe C. Junot, Jean-Francois J.-F. Heilier, Sophie S. Landaud-Liautaud, Pascal P. Bonnarme, Jean Marie J. M. Beckerich
- article
- Applied and Environmental Microbiology, 2013, 79 (4), pp.1200 - 1211. ⟨10.1128/AEM.03259-12⟩
- identifiant
- hal-01001589
- Resume_court
- Yarrowia lipolytica, located at the frontier of hemiascomycetous yeasts and fungi, is an excellent c .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1128/AEM.03259-12
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Resilience in a cheese ecosystem
- auteur
- Julie Aubert, Frédéric Fer, Jean-Marie Beckerich
- article
- 14. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM 2013, Jul 2013, Toulouse, France
- identifiant
- hal-01661259
- Resume_court
- Resilience in a cheese ecosystem. 14. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques .....
- typdoc
- Conference papers
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
- titre
- A multivariate HMM with dependency structure for the detection of copy number variations
- auteur
- Xiaoqiang Wang, Julie J. Aubert, Stephane S. Robin
- article
- 45e Journées de Statistique de la SfDS, May 2013, Toulouse, France
- identifiant
- hal-01589538
- typdoc
- Conference papers
- audience
- International
- Accès au bibtex
-
- titre
- An evaluation of normalization methods for the sequencing depth bias in comparative metagenomics studies
- auteur
- Julie Aubert
- article
- 5. Workshop Statistical Methods for Post-Genomic Data (SMPGD), Jan 2013, Amsterdam, Netherlands
- identifiant
- hal-01661252
- Resume_court
- An evaluation of normalization methods for the sequencing depth bias in comparative metagenomics stu .....
- typdoc
- Conference papers
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- Soil microbial diversity effects on primary production and symbiotic interactions
- auteur
- Clémentine Lepinay, Céline Faivre-Primot, Florence Deau, Julie Aubert, Sébastien Terrat, Thierry Rigaud, Christophe Salon, Pierre-Alain Maron, Christophe Mougel
- article
- 32. New Phytologist Symposium. Plant interactions with other organisms: molecules, ecology and evolution, Nov 2013, Buenos Aires, Argentina. , 2013
- identifiant
- hal-01197630
- Resume_court
- The importance of telluric microorganisms linked together by trophic exchanges with plants, that sus .....
- typdoc
- Poster communications
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
2012
Journal articles
- titre
- Accumulation of Intracellular Glycogen and Trehalose by Propionibacterium freudenreichii under Conditions Mimicking Cheese Ripening in the Cold
- auteur
- Marion Dalmasso, Julie Aubert, Sergine Even, Hélène Falentin, Marie-Bernadette Maillard, Sandrine Parayre, Valentin Loux, Jarna Tanskanen, Anne Thierry
- article
- Applied and Environmental Microbiology, 2012, 78 (17), pp.6357-6364. ⟨10.1128/AEM.00561-12⟩
- identifiant
- hal-02363390
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1128/AEM.00561-12
- audience
- International
- Accès au bibtex
-
- titre
- Correction: A Temporal -omic Study of Propionibacterium freudenreichii CIRM-BIA1 T Adaptation Strategies in Conditions Mimicking Cheese Ripening in the Cold
- auteur
- Marion Dalmasso, Julie Aubert, Valérie Briard-Bion, Victoria Chuat, Stéphanie-Marie Deutsch, Sergine Even, Hélène Falentin, Gwénaël Jan, Julien Jardin, Marie-Bernadette Maillard, Sandrine Parayre, Michel Piot, Jarna Tanskanen, Anne Thierry
- article
- PLoS ONE, 2012, 7 (4), ⟨10.1371/annotation/e0ff065d-a52d-44f2-8727-328393ed60b6⟩
- identifiant
- hal-02363413
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1371/annotation/e0ff065d-a52d-44f2-8727-328393ed60b6
- audience
- International
- Accès au bibtex
-
- titre
- A Temporal -omic study of propionibacterium freudenreichii CIRM-BIA1T adaptation strategies in conditions mimicking cheese ripening in the cold
- auteur
- Marion Dalmasso, Julie Aubert, Valérie Briard-Bion, Victoria Chuat, Stéphanie-Marie Deutsch, Sergine Even, Hélène Falentin, Gwénaël Jan, Julien Jardin, Marie-Bernadette Maillard, Sandrine Parayre-Breton, Michel Piot, Jarna Tanskanen, Anne Thierry
- article
- PLoS ONE, 2012, 7 (1), pp.e29083 (1-15). ⟨10.1371/journal.pone.0029083⟩
- identifiant
- hal-01189567
- Resume_court
- Propionibacterium freudenreichii is used as a ripening culture in Swiss cheese manufacture. It grows .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pone.0029083
- audience
- Not specified
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Accumulation of intracellular glycogen and trehalose by [i]Propionibacterium Freudenreichii[/i] under conditions mimicking cheese ripening in the cold
- auteur
- Marion Dalmasso, Julie Aubert, Sergine Even, Hélène Falentin, Marie-Bernadette Maillard, Sandrine Parayre-Breton, Valentin Loux, Jarna Tanskanen, Anne Thierry
- article
- Applied and Environmental Microbiology, 2012, 78 (17), pp.6357-6364. ⟨10.1128/AEM.00561-12⟩
- identifiant
- hal-01191223
- Resume_court
- Seven [i]Propionibacterium freudenreichii[/i] strains exhibited similar responses when placed at 4° .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1128/AEM.00561-12
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
- titre
- A comprehensive evaluation of normalization methods for Illumina high-throughput RNA sequencing data analysis
- auteur
- Marie-Agnès Dillies, Andrea Rau, Julie Aubert, Christelle Hennequet-Antier, Marine Jeanmougin, Nicolas Servant, Céline Keime, Guillemette Marot, David Castel, Jordi Estellé, Grégory Guernec, Bernd Jagla, Luc Jouneau, Denis Laloë, Caroline Le Gall, Brigitte Schaeffer, Stéphane Le Crom, Mickaël Guedj, Florence Jaffrezic
- article
- Briefings in Bioinformatics, 2012, 14 (6), pp.671-683. ⟨10.1093/bib/bbs046⟩
- identifiant
- hal-00782486
- Resume_court
- During the last 3 years, a number of approaches for the normalization of RNA sequencing data have em .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1093/bib/bbs046
- pubmedId
- : 22988256
- audience
- International
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- Comprehensive evaluation of normalization methods for High-throughput rnaSequencing Data analysis
- auteur
- Julie Aubert, Marie-Agnes Dillies, Andrea Rau, Christelle Hennequet-Antier, Marine Jeanmougin, Nicolas Servant, Céline Keime, Stephane Le Crom, Mickaël Guedj, Florence Jaffrezic
- article
- 4 Workshop of StatSeq COST Action TD0801, Apr 2012, Vérone, Italy. ⟨10.1093/bib/bbs046⟩
- identifiant
- hal-01661260
- Resume_court
- Comprehensive evaluation of normalization methods for High-throughput rnaSequencing Data analysis. 4 .....
- typdoc
- Conference papers
- DOI
- DOI : 10.1093/bib/bbs046
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
Poster communications
- titre
- Stratégie d’adaptation et de survie de Propionibacterium freudenreichii dans des conditions simulant celle du fromage à basse température
- auteur
- Marion Dalmasso, Julie Aubert, Stéphanie-Marie Deutsch, Hélène Falentin, J. Tanskanen, Anne Thierry
- article
- Journéés des Microbiologistes de l'INRA 2012, Nov 2012, L'Isle sur la Sorgue, France. , 2012
- identifiant
- hal-01191287
- Resume_court
- absent
- typdoc
- Poster communications
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
- titre
- Analyse de l’expression de Kluyveromyces lactis en interaction avec Brevibacterium aurantiacum
- auteur
- A. Hébert, M.P. Forquin, J. Aubert, S. Luiggi, S. Landaud, P. Bonnarme, M. Beckerich
- article
- Journées des Microbiologistes de l’INRA, Nov 2012, L’Isle-sur-la-Sorgue, France. 2012
- identifiant
- hal-01566447
- typdoc
- Poster communications
- audience
- National
- Accès au bibtex
-
- titre
- Adaptation and survival strategies of Propionibacterium freudenreichii under conditions mimicking cheese ripening in the cold
- auteur
- Marion Dalmasso, Julie Aubert, Stéphanie-Marie Deutsch, Hélène Falentin, J. Tanskanen, Anne Thierry
- article
- 6.IDF Cheese Ripening & Technology Symposium, May 2012, Madison, France. , 2012
- identifiant
- hal-01191245
- Resume_court
- Propionibacterium freudenreichii is used as a ripening culture in Swiss cheese manufacture. Swiss ch .....
- typdoc
- Poster communications
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
2011
Journal articles
- titre
- Global regulation of the response to sulfur availability in the cheese-related bacterium Brevibacterium aurantiacum
- auteur
- Marie-Pierre M.-P. Forquin, Agnes A. Hebert, Aurélie A. Roux, Julie J. Aubert, Caroline C. Proux, Jean-François J.-F. Heilier, Sophie Landaud-Liautaud Landaud, Christophe C. Junot, Pascal P. Bonnarme, Isabelle I. Martin-Verstraete
- article
- Applied and Environmental Microbiology, 2011, 77 (4), pp.1449-1459. ⟨10.1128/AEM.01708-10⟩
- identifiant
- hal-01000027
- Resume_court
- In this study, we combined metabolic reconstruction, growth assays, and metabolome and transcriptome .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1128/AEM.01708-10
- pubmedId
- : 21169450
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
- titre
- Exploration of sulfur metabolism in the yeast Kluyveromyces lactis
- auteur
- Agnes A. Hebert, Marie-Pierre Forquin Forquin-Gomez, Aurélie A. Roux, Julie J. Aubert, Christophe C. Junot, Valentin Loux, Jean-François J.-F. Heilier, Pascal P. Bonnarme, Jean Marie J. M. Beckerich, Sophie Landaud-Liautaud Landaud
- article
- Applied Microbiology and Biotechnology, 2011, 91 (5), pp.1409-1423. ⟨10.1007/s00253-011-3481-2⟩
- identifiant
- hal-01000029
- Resume_court
- Hemiascomycetes are separated by considerable evolutionary distances and, as a consequence, the mech .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1007/s00253-011-3481-2
- pubmedId
- : 21796381
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
- titre
- Specific and extensive endometrial deregulation is present before conception in IVF/ICSI repeated implantation failures (IF) or recurrent miscarriages
- auteur
- Nathalie N. Ledée, Carine C. Munaut, Julie J. Aubert, Valérie V. Sérazin, Mona M. Rahmati, Gérard G. Chaouat, Olivier Sandra, Jean Michel J. M. Foidart
- article
- Journal of Pathology, 2011, 225 (4), pp.554-564. ⟨10.1002/path.2948⟩
- identifiant
- hal-01000290
- Resume_court
- The objective was to examine if IVF/ICSI repeated implantation failures (IF) or recurrent miscarriag .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1002/path.2948
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
- titre
- Invading basement membrane matrix is sufficient for MDA-MB-231 breast cancer cells to develop a atable in vivo metastatic phenotype
- auteur
- M. Abdelkarim, N. Vintonenko, A. Starzec, A. Robles, J. Aubert, M. L. Martin, S. Mourah, M. P. Podgorniak, S. Rodrigues-Ferreira, C. Nahmias, P. O. Couraud, C. Doliger, O. Sainte-Catherine, N. Peyri, Lin Chen, J. Mariau, M. Etienne, G. Y. Perret, M. Crepin, J. L. Poyet, A. M. Khatib, M. Di Benedetto
- article
- PLoS ONE, 2011, 6 (8), pp.e23334. ⟨10.1371/journal.pone.0023334⟩
- identifiant
- hal-00705949
- Resume_court
- Introduction: The poor efficacy of various anti-cancer treatments against metastatic cells has focus .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pone.0023334
- audience
- Not specified
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- On the use of the negative binomial regression model for comparing differential expression or abundance with ngs data
- auteur
- Julie Aubert, Jean-Jacques Daudin
- article
- 12.Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM 2011, Institut Pasteur [Paris]. FRA., Jun 2011, Paris, France
- identifiant
- hal-01661248
- Resume_court
- On the use of the negative binomial regression model for comparing differential expression or abunda .....
- typdoc
- Conference papers
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
2010
Conference papers
- titre
- An insight into normal and pathological pregnancies using large-scale microarrays: lessons from microarrays
- auteur
- Gérard Chaouat, Nathalie Rodde, Marie Petitbarat, Roberta Bulla, Mona Rahmati, Sylvie Dubanchet, Sandrine Zourbas, Isabelle Fleurot, Nathalie Coqué, Benoit Hennuy, Jacques Martal, Carine Munaut, Julie Aubert, Valérie Sérazin, Thiel Steffen, Jens Christian Jensenius, Jean-Michel Foidart, Olivier Sandra, Francesco Tedesco, Nathalie Lédée
- article
- 7. International Workshop on Reproductive Immunology, Immunological Tolerance and Immunology of Preeclampsia, European Society for Reproductive Immunology (ESRI). POL., Aug 2010, Tioman Island, Malaysia. ⟨10.1016/j.jri.2010.12.006⟩
- identifiant
- hal-01239519
- Resume_court
- In the introduction, we briefly recall old but classic evidence that there is no tolerance to patern .....
- typdoc
- Conference papers
- DOI
- DOI : 10.1016/j.jri.2010.12.006
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
2009
Journal articles
- titre
- Endometrium as an early sensor of in vitro embryo manipulation technologies
- auteur
- N. Mansouri-Attia, Olivier Sandra, Julie J. Aubert, Séverine Degrelle, Robin E Everts, Corinne Giraud-Delville, Yvan Y. Heyman, Laurent Galio, Isabelle Hue, Xiangzhong Yang, X. Cindy Tian, Harris H. Lewin, Jean-Paul Renard
- article
- Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2009, 106 (14), pp.5687-5692. ⟨10.1073/pnas.0812722106⟩
- identifiant
- inserm-02440509
- Resume_court
- Implantation is crucial for placental development that will subsequently impact fetal growth and pre .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1073/pnas.0812722106
- pubmedId
- : 19297625
- audience
- International
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Terminal differentiation of goat mammary tissue during pregnancy requires the expression of genes involved in immune functions
- auteur
- Felicie Faucon, Emmanuelle Rebours, Claudia Bevilacqua, Jean-Christophe Helbling, Julie Aubert, Samira Makhzami, Sophie Pollet, Stephane Robin, Patrice Martin
- article
- Physiological Genomics, 2009, 40 (1), pp.61-82
- identifiant
- hal-01193417
- Resume_court
- Terminal differentiation of mammary tissue into a functional epithelium that synthesizes and secrete .....
- typdoc
- Journal articles
- audience
- Not specified
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Gene expression profiles of bovine caruncular and intercaruncular endometrium at implantation
- auteur
- Nadera Mansouri-Atiia, Julie Aubert, Pierrette Reinaud, Corinne Giraud-Delville, Geraldine Taghouti, Laurent Galio, Robin, E. Everts, Severine Degrelle, Christophe Richard, Isabelle Hue, Xiangzhong Yang, X. Cindy Tian, Harris A. Lewin, Jean Paul Renard, Olivier Sandra
- article
- Physiological Genomics, 2009, 39 (1), pp.14-27. ⟨10.1152/physiolgenomics.90404.2008⟩
- identifiant
- hal-01197513
- Resume_court
- At implantation the endometrium undergoes modifications necessary for its physical interactions with .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1152/physiolgenomics.90404.2008
- audience
- Not specified
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- The preconceptional endometrial environment affects both implantation and gestation in human
- auteur
- N. Ledée, J. Aubert, B. Hennuy, C. Munaut, V. Sérazin, S. Petitbarat, S. Dubanchet, G. Chaouat, Olivier Sandra
- article
- 7. ESRI, Sep 2009, Marathon, Greece
- identifiant
- hal-02754758
- typdoc
- Conference papers
- audience
- International
- Accès au bibtex
-
2008
Journal articles
- titre
- Statistical methodology for the analysis of dye-switch microarray experiments
- auteur
- Tristan Mary-Huard, Julie Aubert, Nadera Mansouri, Olivier Sandra, Jean-Jacques Daudin
- article
- BMC Bioinformatics, 2008, 9 (98), ⟨10.1186/1471-2105-9-98⟩
- identifiant
- hal-01197510
- Resume_court
- Background: In individually dye-balanced microarray designs, each biological sample is hybridized on .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1186/1471-2105-9-98
- audience
- Not specified
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Normalization for triple-target microarray experiments
- auteur
- Marie-Laure Magniette, Julie Aubert, Avner Bar-Hen, Samira Elftieh, Fréderic Magniette, Jean-Pierre Renou, Jean-Jacques Daudin
- article
- BMC Bioinformatics, 2008, 9, pp.216. ⟨10.1186/1471-2105-9-216⟩
- identifiant
- hal-01197566
- Resume_court
- Most microarray studies are made using labelling with one or two dyes which allows the hybridization .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1186/1471-2105-9-216
- pubmedId
- : 18442385
- audience
- International
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Impact du conceptus sur le transcriptome de l’endomètre bovin à l’implantation
- auteur
- Olivier Sandra, Nadera Mansouri, Julie Aubert, Pierrette Reinaud, Corinne Giraud-Delville, Laurent Galio, Severine Degrelle, Isabelle Hue, Yvan Heyman, R. Everts, Christophe Richard, Daniel Krauss, J. Yang, H.A. Lewin, Jean Paul Renard
- article
- 15. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2008, Paris, France
- identifiant
- hal-01197538
- Resume_court
- In cattle, peri-implantation is a critical step associated to the highest rate of pregnancy failures .....
- typdoc
- Conference papers
- audience
- Not specified
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Statistical methodology for the analysis of dye-switch microarray experiments
- auteur
- Tristan Mary-Huard, Julie Aubert, Nadera Mansouri, Olivier Sandra, Jean-Jacques Daudin
- article
- 24. International Biometric Conference, Jul 2008, Dublin, Ireland. 17 p
- identifiant
- hal-01197571
- Resume_court
- absent
- typdoc
- Conference papers
- audience
- Not specified
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- AI or IVF-ET technologies differentially affect the bovine endometrial transcriptome at implantation
- auteur
- Olivier Sandra, N. Mansouri-Attia, Pierrette P. Reinaud, J. Aubert, Robin E Everts, Laurent Galio, Nathalie N. Rodde, Yvan Heyman, Corinne Giraud-Delville, Severine S. Degrelle, Isabelle Hue, X. Yang, Harris A. Lewin, Jean Paul J. P. Renard
- article
- 24. Annual Meeting of The European Society for Human Reproduction and Embryology (ESHRE), Jul 2008, Barcelone, Spain
- identifiant
- hal-02756649
- typdoc
- Conference papers
- audience
- International
- Accès au bibtex
-
- titre
- Lowess extension to normalize three dyes cDNA microarray experiments
- auteur
- Julie Aubert, Marie-Laure Martin-Magniette, Samira Elftieh, Avner Bar-Hen, Jean-Pierre Renou, Jean-Jacques Daudin
- article
- Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2008, Lille, France
- identifiant
- hal-01197563
- Resume_court
- Most microarray studies are made using labelling with one or two dyes which allows the hybridization .....
- typdoc
- Conference papers
- audience
- Not specified
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Expression de gènes de l'immunité dans le tissu mammaire caprin gestant
- auteur
- Felicie Faucon, Emmanuelle Rebours, Jean-Christophe Helbling, Claudia Bevilacqua, J. Aubert, Marie-Laure Magniette, Stephane Robin, Patrice Martin
- article
- Journées Scientifiques, Département de Génétique Animale, Apr 2008, Lacanau, France
- identifiant
- hal-01193347
- Resume_court
- absent
- typdoc
- Conference papers
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
2007
Journal articles
- titre
- Classification of human chromosome 21 gene-expression variations in down syndrome: Impact on disease phenotypes
- auteur
- E. Aït Yahya-Graison, Julie Aubert, Stephane Robin, L. Dauphinot, I. Rivals, M. Prieur, G. Golfier, G. Rossier, L. Personnaz, N. Créau, H. Bléhaut, J.M. Delabar, M.C. Potier
- article
- American Journal of Human Genetics, 2007, 81 (3), pp.475-491. ⟨10.1086/520000⟩
- identifiant
- hal-01197498
- Resume_court
- Down syndrome caused by chromosome 21 trisomy is the most common genetic cause of mental retardation .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1086/520000
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
- titre
- Classification of variations of HSA21 gene expression in down syndrome lymphoblastoid cell lines : impact on disease phenotype
- auteur
- E. Aït Yahya-Graison, Julie Aubert, L. Dauphinot, Isabelle Rivals, Marguerite Prieur, G. Golfier, J. Rossier, L. Personnaz, N Créau, Stephane Robin, J. Delabar, M.C Potier
- article
- American Journal of Human Genetics, 2007, 81 (3), pp.475-491
- identifiant
- hal-01208111
- Resume_court
- absent
- typdoc
- Journal articles
- audience
- Not specified
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Profiling at mRNA, protein and metabolite level reveals alterations in renal amino acid handling and glutathione metabolism in kidney tissue of Pept2-I- mice
- auteur
- Isabelle M. Frey, Isabel Rubio-Aliaga, Anne Siewert, Daniela Sailer, Aleksey Drobyshev, Johannes Beckers, Martin Hrabé de Angelis, Julie Aubert, Avner Bar-Hen, Olivier Fiehn, Hans M. Eichnger, Hannelore Daniel
- article
- Physiological Genomics, 2007, 28 (3), pp.301-310. ⟨10.1152/physiolgenomics.00193.2006⟩
- identifiant
- hal-01197531
- Resume_court
- PEPT2 is an integral membrane protein in the apical membrane of renal epithelial cells that operates .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1152/physiolgenomics.00193.2006
- audience
- Not specified
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- titre
- Analysis of gene expression profiles in the ruminant endometrium using a 13K microarray
- auteur
- Nadera Mansouri, Olivier Sandra, Julie Aubert, R. Everts, Laurent Galio, Yvan Heyman, Daniel Krauss, Severine Degrelle, Isabelle Hue, X. Yang, H.A. Lewin, Jean Paul Renard
- article
- 2. International Meeting on Mammalian Embryogenomics, Oct 2007, Paris, France
- identifiant
- hal-01197493
- Resume_court
- absent
- typdoc
- Conference papers
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
- titre
- Statistical analysis for identifying differentially expressed genes in microarrays data, an overview
- auteur
- Jean-Jacques Daudin, Julie Aubert, Nadera Mansouri, G. Chaouat, Olivier Sandra, Nathalie Coqué
- article
- 2. International Meeting Mammalian Embryogenomics, Oct 2007, Paris, France
- identifiant
- hal-01197495
- Resume_court
- absent
- typdoc
- Conference papers
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
- titre
- Gene expression profiles in endometrium of cyclic and pregnant cows during the peri-implantation period
- auteur
- Nadera Mansouri, Laurent Galio, Isabelle Hue, Severine Degrelle, Xavier Vignon, Christophe Richard, Jean Paul Renard, Olivier Sandra, Carine Bigorne, Julie Aubert, Robin E. Everts, Harris Lewin, J. Yang
- article
- 3. EMBIC (EMBryo Implantation Control) Summer School, Sep 2007, Jena, Germany
- identifiant
- hal-01197494
- Resume_court
- absent
- typdoc
- Conference papers
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
- titre
- Identification of genes involved in the implantation process in cattle
- auteur
- Nadera Mansouri, Julie Aubert, R.E. Everts, Laurent Galio, Yvan Heyman, Christophe Audouard, Severine Degrelle, Isabelle Hue, X. Yang, H.A. Lewin, Jean Paul Renard, Olivier Sandra
- article
- 3. EMBIC Summer School, Sep 2007, Jena, Germany
- identifiant
- hal-01197496
- Resume_court
- absent
- typdoc
- Conference papers
- audience
- Not specified
- Accès au bibtex
-
2004
Journal articles
- titre
- Determination of the regulated genes in microarray experiments using local FDR
- auteur
- Julie Aubert, Avner Bar-Hen, Jean-Jacques Daudin, Stephane Robin
- article
- BMC Bioinformatics, 2004, 5 (125), ⟨10.1186/1471-2105-5-125⟩
- identifiant
- hal-01208107
- Resume_court
- Background: Thousands of genes in a genomewide data set are tested against some null hypothesis, for .....
- typdoc
- Journal articles
- DOI
- DOI : 10.1186/1471-2105-5-125
- audience
- Not specified
- Accès au texte intégral et bibtex
-