Publications HAL

2024

Software

titre
TANGO models: numerical multi-omics reconciliation of bacterial fermentation in cheese production
auteur
Julie Aubert, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe, Maxime Lecomte, David James Sherman
article
2024, ⟨swh:1:dir:0a1da28c523c2f32e1214b5d1c1a60ac17ec29df;origin=https://forgemia.inra.fr/tango/tango_models.git;visit=swh:1:snp:722365d9bf1004d05edfe63717763283d4adf26f;anchor=swh:1:rev:bc0bd9895942ed6d82faa9553c1f0a32f60cbbef⟩
identifiant
hal-04562266
Resume_court
TANGO implements a numerical-based strategy to reconcile multi-omics data and metabolic networks for .....
typdoc
Software
Accès au bibtex
BibTex

2023

Conference papers

titre
How do two strains of lactic acid bacteria cooperate to improve soy juice fermentation?
auteur
Olivier Harlé, Sandrine Parayre, Jérôme Niay, Florence Valence, Julie J. Aubert, Marie-Bernadette Maillard, Gwénaële Henry, Anne Thierry, Eric Guédon, Stéphanie-Marie Deutsch, Hélène Falentin
article
16 th symposium on Bacterial Genetics and Ecology BAGECO 2023, https://bageco2023.org/committees/, Jul 2023, Copenhague., Denmark
identifiant
hal-04149821
Resume_court
Green transition incites to food innovation, notably to favor the acceptability of plant proteins in .....
typdoc
Conference papers
audience
International
Accès au bibtex
BibTex
titre
Nouveaux outils en bioremédiation : prédiction du potentiel de dégradation d’une communauté à partir de sa composition et création de communautés multidégradantes par coalescence
auteur
Sylvia Thieffry, Julie J. Aubert, Marion Devers-Lamrani, Fabrice Martin-Laurent, Sana Romdhame, Nadine Rouard, Mathieu Siol, Spor, Aimé
article
Forum des Jeunes Chercheurs UBFC 2023, Jun 2023, Besançon, France
identifiant
hal-04147435
Resume_court
En bioremédiation, la bioaugmentation consiste en l’introduction de microorganismes dans un milie .....
typdoc
Conference papers
audience
International
Accès au bibtex
BibTex

Software

titre
shinySbm
auteur
Théodore Vanrenterghem, Julie J. Aubert, Saint-Clair Chabert-Liddell
article
2023, ⟨swh:1:dir:1445449338afa5a1399ec8ddf5a24a9cf9671fd3;origin=https://cran.r-project.org/package%3DshinySbm;visit=swh:1:snp:56c5c23f21cf91de166ffc887dd3a1ea0ea40122;anchor=swh:1:rel:7bc4498b353dfb5bb55be365356c0a1fe11d3287⟩
identifiant
hal-04206080
Resume_court
We have developed the ShinySBM application, which facilitates the detection of structures and commun .....
typdoc
Software
Accès au bibtex
BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Revealing the dynamics and mechanisms of bacterial interactions in cheese production with metabolic modelling
auteur
Maxime Lecomte, Wenfan Cao, Julie J. Aubert, David James Sherman, Hélène Falentin, Clémence Frioux, Simon Labarthe
article
2023
identifiant
hal-04088301
Resume_court
Cheese organoleptic properties result from complex metabolic processes occurring in microbial commun .....
typdoc
Preprints, Working Papers, ...
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-04088301/file/main_revised.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
Unraveling negative biotic interactions determining soil microbial community assembly and functioning
auteur
Sana Romdhane, Aymé Spor, Julie Aubert, David Bru, Marie-Christine Breuil, Sara Hallin, Arnaud Mounier, Sarah Ouadah, Myrto Tsiknia, Laurent Philippot
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2022, 16 (1), pp.296-306. ⟨10.1038/s41396-021-01076-9⟩
identifiant
hal-03604836
Resume_court
Abstract Microbial communities play important roles in all ecosystems and yet a comprehensive unders .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1038/s41396-021-01076-9
audience
International
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03604836/file/2022-4.pdf BibTex

Conference papers

titre
Metatranscriptomics and metabolic modeling to identify bacterial metabolic interactions during the manufacture of a model pressed cheese.
auteur
Wenfan Cao, Maxime Lecomte, Solène Le Fur, Julie J. Aubert, Marie-Bernadette Maillard, Aurélie Nicolas, Stéphanie-Marie Deutsch, Sandrine Parayre, Françoise Boissel, Arlette Leduc, Ali Kerjouh, Marielle Harel-Oger, Gilles Garric, Clémence Frioux, David James Sherman, Simon Labarthe, Anne Thierry, Hélène Falentin
article
FOODMICRO 2022, Aug 2022, Athènes, Greece
identifiant
hal-03781287
Resume_court
In cheese production, lactic acid bacteria (LAB) and propionic bacteria are key players in the produ .....
typdoc
Conference papers
audience
International
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03781287/file/Falentin-FoodMicro2022-Tango.pdf BibTex
titre
Métatranscriptomique et modèle métabolique pour identifier la succession des métabolismes bactériens en interaction lors de la fabrication d’un fromage modèle à pâte pressée.
auteur
Wenfan Cao, Maxime Lecomte, Solène Le Fur, Julie J. Aubert, Marie-Bernadette Maillard, Aurélie Nicolas, Stéphanie-Marie Deutsch, Sandrine Parayre, Françoise Boissel, Arlette Leduc, Anne Thierry, Ali Kerjouh, Marielle Harel-Oger, Gilles Garric, Clémence Frioux, David James Sherman, Simon Labarthe, Hélène Falentin
article
23ème édition du colloque du Club des Bactéries Lactiques, UMR INRAE - Institut Agro STLO (Science et Technologie du Lait et de l’Œuf), Jun 2022, Rennes, France
identifiant
hal-03694338
Resume_court
En fabrication fromagère, les bactéries lactiques (BL) et propioniques sont des actrices clés de .....
typdoc
Conference papers
audience
International
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03694338/file/Falentin-CBL2022-conf-Tango.pdf BibTex

Book sections

titre
Chapter 6: Using Latent Block Models to Detect Structure in Ecological Networks
auteur
Julie J. Aubert, Pierre M Barbillon, Sophie Donnet, Vincent Miele
article
Statistical Approaches for Hidden Variables in Ecology., Wiley, pp.117-134, 2022, ⟨10.1002/9781119902799.ch6⟩
identifiant
hal-03811607
typdoc
Book sections
DOI
DOI : 10.1002/9781119902799.ch6
audience
International
Accès au bibtex
BibTex

2021

Journal articles

titre
Temporal patterns in Ixodes ricinus microbial communities: an insight into tick-borne microbe interactions
auteur
E. Lejal, J. Chiquet, J. Aubert, S. Robin, A. Estrada-Peña, O. Rue, C. Midoux, M. Mariadassou, Xavier Bailly, A. Cougoul, Patrick Gasqui, J. Cosson, Karine Chalvet-Monfray, Muriel Vayssier Taussat, Thomas Pollet
article
Microbiome, 2021, 9 (1), pp.153. ⟨10.1186/s40168-021-01051-8⟩
identifiant
hal-03287263
Resume_court
Background Ticks transmit pathogens of medical and veterinary importance and are an increasing threa .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1186/s40168-021-01051-8
pubmedId
Pubmed icone : 34217365
audience
International
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03287263/file/s40168-021-01051-8.pdf BibTex
titre
Fine-Tuning of Process Parameters Modulates Specific Metabolic Bacterial Activities and Aroma Compound Production in Semi-Hard Cheese
auteur
Wenfan Cao, Julie Aubert, Marie-Bernadette Maillard, Francoise Boissel, Arlette Leduc, Jean-Luc Thomas, Stéphanie-Marie Deutsch, Bénédicte Camier, Ali Kerjouh, Sandrine Parayre, Marielle Harel-Oger, Gilles Garric, Anne Thierry, Hélène Falentin
article
Journal of Agricultural and Food Chemistry, 2021, ⟨10.1021/acs.jafc.1c01634⟩
identifiant
hal-03313075
Resume_court
The formation of cheese flavor mainly results from the production of volatile compounds by microorga .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1021/acs.jafc.1c01634
audience
International
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-03313075/file/Falentin-Tango-publi-mai-submission-def-WO-highlights.pdf BibTex
titre
Model‐based biclustering for overdispersed count data with application in microbial ecology
auteur
Julie Aubert, Sophie Schbath, Stéphane Robin
article
Methods in Ecology and Evolution, 2021, 12 (6), pp.1050-1061. ⟨10.1111/2041-210X.13582⟩
identifiant
hal-03323318
Resume_court
Different studies have shown that microbial communities living in animals (humans included), in or a .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1111/2041-210X.13582
audience
International
Accès au bibtex
BibTex

2020

Conference papers

titre
How LAB can cooperate to improve soy juice fermentation?
auteur
Stéphanie-Marie Deutsch, Olivier Harlé, Jérôme Niay, Florence Valence, Sandrine Parayre, Julie Aubert, Marie-Bernadette Maillard, Gwenaele Henry, Anne Thierry, Eric Guédon, Hélène Falentin
article
NIZO Plant Protein Functionality Conference, Fred van de Velde (NIZO; chair) René Floris (NIZO) John Giezen (NIZO) Marie-Claire Morley (Elsevier), Oct 2020, Conference - Online., France
identifiant
hal-02975394
Resume_court
Lactic acid bacteria (LAB) are largely used in coculture in food fermentations. The use of different .....
typdoc
Conference papers
audience
International
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02975394/file/PPt_OH_21102020.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Subclinical endometritis in dairy cattle is associated with distinct mRNA expression patterns in blood and endometrium
auteur
Mariam Raliou, Doulaye Dembélé, Anna Düvel, Philippe Bolifraud, J. Aubert, T. Mary-Huard, Dominique Rocha, François Piumi, Sophie Mockly, Maike Heppelmann, Isabelle Dieuzy-Labaye, Peter Zieger, G.E.D Smith, Hans Joachim Schuberth, I. M. Sheldon, Olivier Sandra
article
PLoS ONE, 2019, 14 (8), ⟨10.1371/journal.pone.0220244⟩
identifiant
hal-02264367
Resume_court
Cattle with subclinical endometritis (SCE) are sub-fertile and diagnosing subclinical uterine diseas .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0220244
pubmedId
Pubmed icone : 31374089
audience
Not specified
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02264367/file/20190805_Raliou%20et%20al.%20PlosOne.pdf BibTex
titre
Variational inference for coupled hidden markov models applied to the joint detection of copy number variations
auteur
Xiaoqiang Wang, Emilie Lebarbier, Julie Aubert, Stephane Robin
article
The international journal of biostatistics, 2019, 15 (1), ⟨10.1515/ijb-2018-0023⟩
identifiant
hal-02626026
Resume_court
Hidden Markov models provide a natural statistical framework for the detection of the copy number va .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1515/ijb-2018-0023
pubmedId
Pubmed icone : 30779702
audience
International
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inrae.fr/hal-02626026/file/1706.06742.pdf BibTex

Poster communications

titre
Unraveling biotic interactions determining soil microbial community assembly and functioning
auteur
Sana Romdhane, Aymé Spor, Julie Aubert, David Bru, Marie-Christine Breuil, Sara Hallin, Arnaud Mounier, Sarah Ouadah, Myrto Tsiknia, Laurent Philippot
article
IX. Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne, AFEM 2019, Fonctions et diversité des microbiotes dans les environnements naturels et anthropisés, Nov 2019, Bussang, France. , 2019
identifiant
hal-02737617
Resume_court
Microbial communities are at the heart of all ecosystems and yet, a sound understanding of the ecolo .....
typdoc
Poster communications
audience
National
Accès au bibtex
BibTex

2018

Journal articles

titre
Translatome analysis at the egg-to-embryo transition in sea urchin
auteur
Héloïse Chassé, Julie Aubert, Sandrine Boulben, Gildas Le corguillé, Erwan Corre, Patrick Cormier, Julia Morales
article
Nucleic Acids Research, 2018, 46 (9), pp.4607 - 4621. ⟨10.1093/nar/gky258⟩
identifiant
hal-01803500
Resume_court
Early embryogenesis relies on the translational regulation of maternally stored mRNAs. In sea urchin .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1093/nar/gky258
pubmedId
Pubmed icone : 29660001
audience
International
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01803500/file/2018_Chasse_Nucleic%20Acids%20Research_1.pdf BibTex
titre
Transcriptomic response of Debaryomyces hansenii during mixed culture in a liquid model cheese medium with Yarrowia lipolytica
auteur
Reine Malek, Pascal Bonnarme, Francoise Irlinger, Pascale Frey-Klett, Djamila Onesime, Julie Aubert, Valentin Loux, Jean-Marie Beckerich
article
International Journal of Food Microbiology, 2018, 264, pp.53-62. ⟨10.1016/j.ijfoodmicro.2017.10.026⟩
identifiant
hal-01695894
Resume_court
Yeasts play a crucial role in cheese ripening. They contribute to the curd deacidification, the esta .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1016/j.ijfoodmicro.2017.10.026
pubmedId
Pubmed icone : 29111498
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex

Conference papers

titre
Plant genotype: a lever in the interactions between plant and its associated rhizosphere microbiome
auteur
Anouk Zancarini, Christine Le Signor, Julie J. Aubert, Sébastien Terrat, Joëlle Ronfort, Christophe Salon, Nathalie Munier-Jolain, Christophe Mougel
article
2nd Plant Microbiome Symposium, Feb 2018, Amsterdam, Netherlands
identifiant
hal-04081016
Resume_court
In the context of highly pressured agricultural production using low levels of inputs, cropping stra .....
typdoc
Conference papers
audience
International
Accès au bibtex
BibTex

2017

Journal articles

titre
Can soil microbial diversity influence plant metabolites and life history traits of a rhizophagous insect?
auteur
Tom Lachaise, Morgane Ourry, Lionel Lebreton, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, Juliette Linglin, Chrystelle Paty, Valérie Chaminade, Nathalie Marnet, Julie Aubert, Denis Poinsot, Anne-Marie Cortesero, Christophe Mougel
article
Insect Science, 2017, 24 (6), pp.1045-1056. ⟨10.1111/1744-7917.12478⟩
identifiant
hal-01661250
Resume_court
Interactions between plants and phytophagous insects play an important part in shaping the biochemic .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1111/1744-7917.12478
pubmedId
Pubmed icone : 28544806
audience
International
Accès au bibtex
BibTex

Poster communications

titre
CHMM : an R package for coupled Hidden Markov Models
auteur
Julie Aubert, Xiaoqiang Wang, Emilie Lebarbier, Stephane Robin
article
R User Conference 2017, Jul 2017, Bruxelles, Belgium. 2017
identifiant
hal-01661257
Resume_court
CHMM : an R package for coupled Hidden Markov Models. R User Conference 2017
typdoc
Poster communications
audience
Not specified
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01661257/file/Poster_JAubert_1.pdf BibTex

Software

titre
CHMM: Coupled Hidden Markov Models
auteur
Julie Aubert, Xiaoqiang Wang
article
2017, ⟨swh:1:dir:931f86746bd8648062f8c78ac1cbe52864f3eeb2;origin=https://cran.r-project.org/package%3DCHMM;visit=swh:1:snp:a71f470404d95f6dfa1d172fd23c8ad7728347c1;anchor=swh:1:rel:cd36fa2bc45e5211ef524cdf219350e358a40713⟩
identifiant
hal-04532830
Resume_court
An exact and a variational inference for coupled Hidden Markov Models applied to the joint detection .....
typdoc
Software
Accès au bibtex
BibTex

Theses

titre
Analyse statistique de données biologiques à haut débit
auteur
Julie Aubert
article
Statistiques [math.ST]. Université Paris Saclay (COmUE), 2017. Français. ⟨NNT : 2017SACLS048⟩
identifiant
tel-01721318
Resume_court
Les progrès technologiques des vingt dernières années ont permis l’avènement d'une biologie à .....
typdoc
Theses
Accès au texte intégral et bibtex
https://theses.hal.science/tel-01721318/file/73150_AUBERT_2017_diffusion.pdf BibTex

2016

Conference papers

titre
Latent Block Model for metagenomic data
auteur
Julie Aubert, Sophie Schbath, Stephane Robin
article
17. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques (JOBIM 2016), Jun 2016, Lyon, France
identifiant
hal-01661249
Resume_court
Latent Block Model for metagenomic data. 17. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques .....
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex

Book sections

titre
Qualité des données NGS : de la séquence aux bases de données
auteur
Pierre Peyret, Julie Aubert, Vincent Breton, François Enault, Line Le Gall, Denis Le Paslier, Tiphaine Martin, Guy Perriere, Eric Peyretaillade
article
La génomique environnementale, ISTE Editions, 180 p., 2016, 978-1-78405-151-8
identifiant
hal-01661251
Resume_court
Qualité des données NGS : de la séquence aux bases de données
typdoc
Book sections
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex

Poster communications

titre
Latent Block Model for metagenomic data
auteur
Julie Aubert, Sophie Schbath, Stephane Robin
article
15. European Conference on Computational Biology (ECCB 2016), Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)", Sep 2016, La Haye, Netherlands. , 2016, Proceedings of the 15th European Conference on Computational Biology (ECCB 2016), Workshop "Recent Computational Advances in Metagenomics (RCAM)"
identifiant
hal-01661258
Resume_court
Latent Block Model for metagenomic data. 15. European Conference on Computational Biology (ECCB 2016 .....
typdoc
Poster communications
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex

2015

Journal articles

titre
Overview of a surface-ripened cheese community functioning by meta-omics analyses
auteur
Eric Dugat-Bony, Cecile Straub, Aurélie Teissandier, Djamila Onesime, Valentin Loux, Christophe Monnet, Francoise Irlinger, Sophie Landaud-Liautaud, Marie Noelle Leclercq-Perlat, Pascal Bento, Sébastien Fraud, Jean-Francois Gibrat, Julie Aubert, Frédéric Fer, Eric Guédon, Nicolas Pons, Sean Kennedy, Jean-Marie Beckerich, Dominique Swennen, Pascal Bonnarme
article
PLoS ONE, 2015, 10 (4), pp.e0124360. ⟨10.1371/journal.pone.0124360⟩
identifiant
hal-01195505
Resume_court
Cheese ripening is a complex biochemical process driven by microbial communities composed of both eu .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0124360
pubmedId
Pubmed icone : 25867897
audience
Not specified
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01195505/file/Overview%20of%20a%20Surface_Ripened%20Cheese%20Community.PDF BibTex

Conference papers

titre
Quels effets la diversité microbienne du sol a-t-elle sur la croissance et la santé des plantes ?
auteur
Christophe Mougel, Julie Aubert, Lydia Bousset, Anne-Marie Cortesero, Stéphanie Daval, Magali Ermel, Céline Faivre-Primot, Sylvain Fournet, Anne-Yvonne Guillerm-Erckelboudt, Tom Lachaise, Lionel Lebreton, Clémentine Lepinay, Juliette Linglin, Martin Luquet, P.A. Maron, Denis Poinsot, Catherine Porte, T Rigaud, Christophe Salon, Alain Sarniguet, Jean-Christophe Simon, S. Terrat
article
Colloque de Génomique Environnementale, Oct 2015, Montpellier, France
identifiant
hal-03349078
typdoc
Conference papers
audience
International
Accès au bibtex
BibTex
titre
Latent Block Model for ecological abundance data
auteur
Julie Aubert, Sophie Schbath, Christophe Mougel, Stephane Robin
article
30. European Meeting of Statisticians, Jul 2015, Amsterdam, Netherlands
identifiant
hal-01661254
Resume_court
Latent Block Model for ecological abundance data. 30. European Meeting of Statisticians
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex
titre
Latent Block Model for ecological abundance data
auteur
Julie Aubert
article
ISB Channel Network, Apr 2015, Nimègues, Netherlands
identifiant
hal-01661253
Resume_court
Latent Block Model for ecological abundance data. ISB Channel Network
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex

2014

Journal articles

titre
Elucidating the response of Kluyveromyces lactis to arsenite and peroxide stress and the role of the transcription factor KlYap8
auteur
Jenny Veide Vilg, Nallani Vijay Kumar, Ewa Maciaszczyk-Dziubinska, Ewa Sloma, Djamila Onesime, Julie Aubert, Magdalena Migocka, Robert Wysocki, Markus Tamás
article
Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms , 2014, 1839 (11), pp.1295-1306. ⟨10.1016/j.bbagrm.2014.09.004⟩
identifiant
hal-03274354
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1016/j.bbagrm.2014.09.004
audience
International
Accès au bibtex
BibTex
titre
Elucidating the response of Kluyveromyces lactis to arsenite and peroxide stress and the role of the transcription factor KlYap8
auteur
Jenny Veide Vilg, Nallani Vijay Kumar, Ewa Maciaszczyk-Dziubinska, Ewa Sloma, Djamila Onesime, Julie Aubert, Magdalena Migocka, Robert Wysocki, Markus J. Tamas
article
Biochimica et Biophysica Acta - Gene Regulatory Mechanisms , 2014, 1839 (11), pp.1295 - 1306. ⟨10.1016/j.bbagrm.2014.09.004⟩
identifiant
hal-01197637
Resume_court
All organisms need to sense and respond to a range of stress conditions. In this study, we used tran .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1016/j.bbagrm.2014.09.004
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex

Conference papers

titre
Metagenomics data analysis using a latent block model: application to plant-microbial communities interactions in the rhizosphere .
auteur
Julie Aubert, Sophie Schbath, Béatrice Laroche
article
ECMTB14 - European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, Jun 2014, Gôteborg, Sweden. pp.1
identifiant
hal-01197629
Resume_court
Metagenomics is the study of microbial communities directly from environmental samples. We will prop .....
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01197629/file/ECMTB_JAubert_1.pdf https://hal.science/hal-01197629/file/no20_2.pdf BibTex
titre
Modèle à blocs latents pour l'analyse de données métagénomiques
auteur
Julie Aubert
article
46. Journées de Statistique, Jun 2014, Rennes, France
identifiant
hal-01197625
Resume_court
Les modèles à blocs latents fournissent un cadre probabiliste pour la double classification de lig .....
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex

Poster communications

titre
How to Design a good RNA-Seq experiment in an interdisciplinary context?
auteur
Julie Aubert, Christelle Hennequet-Antier, Cyprien Guerin, Delphine Labourdette, Anne de La Foye, Nathalie Marsaud, Fabrice Legeai, Frederique Hilliou, Brigitte Schaeffer
article
European conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. , 2014
identifiant
hal-01462728
Resume_court
How to Design a good RNA-Seq experiment in an interdisciplinary context?. European conference on Com .....
typdoc
Poster communications
audience
Not specified
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01462728/file/PosterECCB_pepiIBIS_1.pdf BibTex
titre
Combining kinetic modeling and transcriptomic analysis to study the resilience 2014 on a model of microbial ecosystem
auteur
Julie Aubert, Frédéric Fer, Jean-Marie Beckerich
article
ECCB'14 : European Conference on Computational Biology, Sep 2014, Strasbourg, France. , 2014, Proceedings of the 14ème European Conference on Computational Biology
identifiant
hal-01661256
Resume_court
Combining kinetic modeling and transcriptomic analysis to study the resilience 2014 on a model of mi .....
typdoc
Poster communications
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex

2013

Journal articles

titre
New insights into sulfur metabolism in yeasts as revealed by studies of yarrowia lipolytica
auteur
Agnes A. Hebert, Marie-Pierre M.-P. Forquin, Aurelie A. Roux, Julie J. Aubert, Christophe C. Junot, Jean-Francois J.-F. Heilier, Sophie S. Landaud-Liautaud, Pascal P. Bonnarme, Jean Marie J. M. Beckerich
article
Applied and Environmental Microbiology, 2013, 79 (4), pp.1200 - 1211. ⟨10.1128/AEM.03259-12⟩
identifiant
hal-01001589
Resume_court
Yarrowia lipolytica, located at the frontier of hemiascomycetous yeasts and fungi, is an excellent c .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1128/AEM.03259-12
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex

Conference papers

titre
Resilience in a cheese ecosystem
auteur
Julie Aubert, Frédéric Fer, Jean-Marie Beckerich
article
14. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM 2013, Jul 2013, Toulouse, France
identifiant
hal-01661259
Resume_court
Resilience in a cheese ecosystem. 14. Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques .....
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex
titre
A multivariate HMM with dependency structure for the detection of copy number variations
auteur
Xiaoqiang Wang, Julie J. Aubert, Stephane S. Robin
article
45e Journées de Statistique de la SfDS, May 2013, Toulouse, France
identifiant
hal-01589538
typdoc
Conference papers
audience
International
Accès au bibtex
BibTex
titre
An evaluation of normalization methods for the sequencing depth bias in comparative metagenomics studies
auteur
Julie Aubert
article
5. Workshop Statistical Methods for Post-Genomic Data (SMPGD), Jan 2013, Amsterdam, Netherlands
identifiant
hal-01661252
Resume_court
An evaluation of normalization methods for the sequencing depth bias in comparative metagenomics stu .....
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex

Poster communications

titre
Soil microbial diversity effects on primary production and symbiotic interactions
auteur
Clémentine Lepinay, Céline Faivre-Primot, Florence Deau, Julie Aubert, Sébastien Terrat, T. Rigaud, Christophe Salon, Pierre-Alain Maron, Christophe Mougel
article
32. New Phytologist Symposium. Plant interactions with other organisms: molecules, ecology and evolution, Nov 2013, Buenos Aires, Argentina. , 2013
identifiant
hal-01197630
Resume_court
The importance of telluric microorganisms linked together by trophic exchanges with plants, that sus .....
typdoc
Poster communications
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex

2012

Journal articles

titre
Accumulation of Intracellular Glycogen and Trehalose by Propionibacterium freudenreichii under Conditions Mimicking Cheese Ripening in the Cold
auteur
Marion Dalmasso, Julie Aubert, Sergine Even, Hélène Falentin, Marie-Bernadette Maillard, Sandrine Parayre, Valentin Loux, Jarna Tanskanen, Anne Thierry
article
Applied and Environmental Microbiology, 2012, 78 (17), pp.6357-6364. ⟨10.1128/AEM.00561-12⟩
identifiant
hal-02363390
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1128/AEM.00561-12
audience
International
Accès au bibtex
BibTex
titre
Correction: A Temporal -omic Study of Propionibacterium freudenreichii CIRM-BIA1 T Adaptation Strategies in Conditions Mimicking Cheese Ripening in the Cold
auteur
Marion Dalmasso, Julie Aubert, Valérie Briard-Bion, Victoria Chuat, Stéphanie-Marie Deutsch, Sergine Even, Hélène Falentin, Gwénaël Jan, Julien Jardin, Marie-Bernadette Maillard, Sandrine Parayre, Michel Piot, Jarna Tanskanen, Anne Thierry
article
PLoS ONE, 2012, 7 (4), ⟨10.1371/annotation/e0ff065d-a52d-44f2-8727-328393ed60b6⟩
identifiant
hal-02363413
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1371/annotation/e0ff065d-a52d-44f2-8727-328393ed60b6
audience
International
Accès au bibtex
BibTex
titre
Accumulation of intracellular glycogen and trehalose by [i]Propionibacterium Freudenreichii[/i] under conditions mimicking cheese ripening in the cold
auteur
Marion Dalmasso, Julie Aubert, Sergine Even, Hélène Falentin, Marie-Bernadette Maillard, Sandrine Parayre-Breton, Valentin Loux, Jarna Tanskanen, Anne Thierry
article
Applied and Environmental Microbiology, 2012, 78 (17), pp.6357-6364. ⟨10.1128/AEM.00561-12⟩
identifiant
hal-01191223
Resume_court
Seven [i]Propionibacterium freudenreichii[/i] strains exhibited similar responses when placed at 4° .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1128/AEM.00561-12
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex
titre
A Temporal -omic study of propionibacterium freudenreichii CIRM-BIA1T adaptation strategies in conditions mimicking cheese ripening in the cold
auteur
Marion Dalmasso, Julie Aubert, Valérie Briard-Bion, Victoria Chuat, Stéphanie-Marie Deutsch, Sergine Even, Hélène Falentin, Gwénaël Jan, Julien Jardin, Marie-Bernadette Maillard, Sandrine Parayre-Breton, Michel Piot, Jarna Tanskanen, Anne Thierry
article
PLoS ONE, 2012, 7 (1), pp.e29083 (1-15). ⟨10.1371/journal.pone.0029083⟩
identifiant
hal-01189567
Resume_court
Propionibacterium freudenreichii is used as a ripening culture in Swiss cheese manufacture. It grows .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0029083
audience
Not specified
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01189567/file/2012_Dalmasso_Plos%20One_1.pdf BibTex
titre
A comprehensive evaluation of normalization methods for Illumina high-throughput RNA sequencing data analysis
auteur
Marie-Agnès Dillies, Andrea Rau, Julie Aubert, Christelle Hennequet-Antier, Marine Jeanmougin, Nicolas Servant, Céline Keime, Guillemette Marot, David Castel, Jordi Estellé, Grégory Guernec, Bernd Jagla, Luc Jouneau, Denis Laloë, Caroline Le Gall, Brigitte Schaeffer, Stéphane Le Crom, Mickaël Guedj, Florence Jaffrezic
article
Briefings in Bioinformatics, 2012, 14 (6), pp.671-683. ⟨10.1093/bib/bbs046⟩
identifiant
hal-00782486
Resume_court
During the last 3 years, a number of approaches for the normalization of RNA sequencing data have em .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1093/bib/bbs046
pubmedId
Pubmed icone : 22988256
audience
International
Accès au bibtex
BibTex

Conference papers

titre
Comprehensive evaluation of normalization methods for High-throughput rnaSequencing Data analysis
auteur
Julie Aubert, Marie-Agnes Dillies, Andrea Rau, Christelle Hennequet-Antier, Marine Jeanmougin, Nicolas Servant, Céline Keime, Stephane Le Crom, Mickaël Guedj, Florence Jaffrezic
article
4 Workshop of StatSeq COST Action TD0801, Apr 2012, Vérone, Italy
identifiant
hal-01661260
Resume_court
Comprehensive evaluation of normalization methods for High-throughput rnaSequencing Data analysis. 4 .....
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex

Poster communications

titre
Stratégie d’adaptation et de survie de Propionibacterium freudenreichii dans des conditions simulant celle du fromage à basse température
auteur
Marion Dalmasso, Julie Aubert, Stéphanie-Marie Deutsch, Hélène Falentin, J. Tanskanen, Anne Thierry
article
Journéés des Microbiologistes de l'INRA 2012, Nov 2012, L'Isle sur la Sorgue, France. , 2012
identifiant
hal-01191287
Resume_court
absent
typdoc
Poster communications
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex
titre
Analyse de l’expression de Kluyveromyces lactis en interaction avec Brevibacterium aurantiacum
auteur
A. Hébert, M.P. Forquin, J. Aubert, S. Luiggi, S. Landaud, P. Bonnarme, M. Beckerich
article
Journées des Microbiologistes de l’INRA, Nov 2012, L’Isle-sur-la-Sorgue, France. 2012
identifiant
hal-01566447
typdoc
Poster communications
audience
National
Accès au bibtex
BibTex
titre
Adaptation and survival strategies of Propionibacterium freudenreichii under conditions mimicking cheese ripening in the cold
auteur
Marion Dalmasso, Julie Aubert, Stéphanie-Marie Deutsch, Hélène Falentin, J. Tanskanen, Anne Thierry
article
6.IDF Cheese Ripening & Technology Symposium, May 2012, Madison, France. , 2012
identifiant
hal-01191245
Resume_court
Propionibacterium freudenreichii is used as a ripening culture in Swiss cheese manufacture. Swiss ch .....
typdoc
Poster communications
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex

2011

Journal articles

titre
Global regulation of the response to sulfur availability in the cheese-related bacterium Brevibacterium aurantiacum
auteur
Marie-Pierre M.-P. Forquin, Agnes A. Hebert, Aurélie A. Roux, Julie J. Aubert, Caroline C. Proux, Jean-François J.-F. Heilier, Sophie Landaud-Liautaud Landaud, Christophe C. Junot, Pascal P. Bonnarme, Isabelle I. Martin-Verstraete
article
Applied and Environmental Microbiology, 2011, 77 (4), pp.1449-1459. ⟨10.1128/AEM.01708-10⟩
identifiant
hal-01000027
Resume_court
In this study, we combined metabolic reconstruction, growth assays, and metabolome and transcriptome .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1128/AEM.01708-10
pubmedId
Pubmed icone : 21169450
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex
titre
Specific and extensive endometrial deregulation is present before conception in IVF/ICSI repeated implantation failures (IF) or recurrent miscarriages
auteur
Nathalie N. Ledée, Carine C. Munaut, Julie J. Aubert, Valérie V. Sérazin, Mona M. Rahmati, Gérard G. Chaouat, Olivier Sandra, Jean Michel J. M. Foidart
article
Journal of Pathology, 2011, 225 (4), pp.554-564. ⟨10.1002/path.2948⟩
identifiant
hal-01000290
Resume_court
The objective was to examine if IVF/ICSI repeated implantation failures (IF) or recurrent miscarriag .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1002/path.2948
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex
titre
Exploration of sulfur metabolism in the yeast Kluyveromyces lactis
auteur
Agnes A. Hebert, Marie-Pierre Forquin Forquin-Gomez, Aurélie A. Roux, Julie J. Aubert, Christophe C. Junot, Valentin Loux, Jean-François J.-F. Heilier, Pascal P. Bonnarme, Jean Marie J. M. Beckerich, Sophie Landaud-Liautaud Landaud
article
Applied Microbiology and Biotechnology, 2011, 91 (5), pp.1409-1423. ⟨10.1007/s00253-011-3481-2⟩
identifiant
hal-01000029
Resume_court
Hemiascomycetes are separated by considerable evolutionary distances and, as a consequence, the mech .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1007/s00253-011-3481-2
pubmedId
Pubmed icone : 21796381
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex
titre
Invading basement membrane matrix is sufficient for MDA-MB-231 breast cancer cells to develop a atable in vivo metastatic phenotype
auteur
M. Abdelkarim, N. Vintonenko, A. Starzec, A. Robles, J. Aubert, M. L. Martin, S. Mourah, M. P. Podgorniak, S. Rodrigues-Ferreira, C. Nahmias, P. O. Couraud, C. Doliger, O. Sainte-Catherine, N. Peyri, Lin Chen, J. Mariau, M. Etienne, G. Y. Perret, M. Crepin, J. L. Poyet, A. M. Khatib, M. Di Benedetto
article
PLoS ONE, 2011, 6 (8), pp.e23334. ⟨10.1371/journal.pone.0023334⟩
identifiant
hal-00705949
Resume_court
Introduction: The poor efficacy of various anti-cancer treatments against metastatic cells has focus .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1371/journal.pone.0023334
audience
Not specified
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00705949/file/journal.pone.0023334_1.pdf BibTex

Conference papers

titre
On the use of the negative binomial regression model for comparing differential expression or abundance with ngs data
auteur
Julie Aubert, Jean-Jacques Daudin
article
12.Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - JOBIM 2011, Institut Pasteur [Paris]. FRA., Jun 2011, Paris, France
identifiant
hal-01661248
Resume_court
On the use of the negative binomial regression model for comparing differential expression or abunda .....
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex

2010

Conference papers

titre
An insight into normal and pathological pregnancies using large-scale microarrays: lessons from microarrays
auteur
Gérard Chaouat, Nathalie Rodde, Marie Petitbarat, Roberta Bulla, Mona Rahmati, Sylvie Dubanchet, Sandrine Zourbas, Isabelle Fleurot, Nathalie Coqué, Benoit Hennuy, Jacques Martal, Carine Munaut, Julie Aubert, Valérie Sérazin, Thiel Steffen, Jens Christian Jensenius, Jean-Michel Foidart, Olivier Sandra, Francesco Tedesco, Nathalie Lédée
article
7. International Workshop on Reproductive Immunology, Immunological Tolerance and Immunology of Preeclampsia, European Society for Reproductive Immunology (ESRI). POL., Aug 2010, Tioman Island, Malaysia. ⟨10.1016/j.jri.2010.12.006⟩
identifiant
hal-01239519
Resume_court
In the introduction, we briefly recall old but classic evidence that there is no tolerance to patern .....
typdoc
Conference papers
DOI
DOI : 10.1016/j.jri.2010.12.006
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex

2009

Journal articles

titre
Endometrium as an early sensor of in vitro embryo manipulation technologies
auteur
N. Mansouri-Attia, Olivier Sandra, Julie J. Aubert, Séverine Degrelle, Robin E Everts, Corinne Giraud-Delville, Yvan Y. Heyman, Laurent Galio, Isabelle Hue, Xiangzhong Yang, X. Cindy Tian, Harris H. Lewin, Jean-Paul Renard
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2009, 106 (14), pp.5687-5692. ⟨10.1073/pnas.0812722106⟩
identifiant
inserm-02440509
Resume_court
Implantation is crucial for placental development that will subsequently impact fetal growth and pre .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1073/pnas.0812722106
pubmedId
Pubmed icone : 19297625
audience
International
Accès au texte intégral et bibtex
https://inserm.hal.science/inserm-02440509/file/B2_Mansouri_PNAS_2009.pdf BibTex
titre
Terminal differentiation of goat mammary tissue during pregnancy requires the expression of genes involved in immune functions
auteur
Felicie Faucon, Emmanuelle Rebours, Claudia Bevilacqua, Jean-Christophe Helbling, Julie Aubert, Samira Makhzami, Sophie Pollet, Stephane Robin, Patrice Martin
article
Physiological Genomics, 2009, 40 (1), pp.61-82
identifiant
hal-01193417
Resume_court
Terminal differentiation of mammary tissue into a functional epithelium that synthesizes and secrete .....
typdoc
Journal articles
audience
Not specified
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01193417/file/2009_Faucon_Physiological%20Genomics_1.pdf BibTex
titre
Gene expression profiles of bovine caruncular and intercaruncular endometrium at implantation
auteur
Nadera Mansouri-Atiia, Julie Aubert, Pierrette Reinaud, Corinne Giraud-Delville, Geraldine Taghouti, Laurent Galio, Robin, E. Everts, Severine Degrelle, Christophe Richard, Isabelle Hue, Xiangzhong Yang, X. Cindy Tian, Harris A. Lewin, Jean Paul Renard, Olivier Sandra
article
Physiological Genomics, 2009, 39 (1), pp.14-27. ⟨10.1152/physiolgenomics.90404.2008⟩
identifiant
hal-01197513
Resume_court
At implantation the endometrium undergoes modifications necessary for its physical interactions with .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1152/physiolgenomics.90404.2008
audience
Not specified
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01197513/file/34318_20100909030847869_1.pdf BibTex

Conference papers

titre
The preconceptional endometrial environment affects both implantation and gestation in human
auteur
N. Ledée, J. Aubert, B. Hennuy, C. Munaut, V. Sérazin, S. Petitbarat, S. Dubanchet, G. Chaouat, Olivier Sandra
article
7. ESRI, Sep 2009, Marathon, Greece
identifiant
hal-02754758
typdoc
Conference papers
audience
International
Accès au bibtex
BibTex

2008

Journal articles

titre
Statistical methodology for the analysis of dye-switch microarray experiments
auteur
Tristan Mary-Huard, Julie Aubert, Nadera Mansouri, Olivier Sandra, Jean-Jacques Daudin
article
BMC Bioinformatics, 2008, 9 (98), ⟨10.1186/1471-2105-9-98⟩
identifiant
hal-01197510
Resume_court
Background: In individually dye-balanced microarray designs, each biological sample is hybridized on .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1186/1471-2105-9-98
audience
Not specified
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01197510/file/1471-2105-9-98_1.pdf BibTex
titre
Normalization for triple-target microarray experiments
auteur
Marie-Laure Magniette, Julie Aubert, Avner Bar-Hen, Samira Elftieh, Fréderic Magniette, Jean-Pierre Renou, Jean-Jacques Daudin
article
BMC Bioinformatics, 2008, 9, pp.216. ⟨10.1186/1471-2105-9-216⟩
identifiant
hal-01197566
Resume_court
Most microarray studies are made using labelling with one or two dyes which allows the hybridization .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1186/1471-2105-9-216
pubmedId
Pubmed icone : 18442385
audience
International
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01197566/file/51225_20120531094654026_1.pdf BibTex

Conference papers

titre
Impact du conceptus sur le transcriptome de l’endomètre bovin à l’implantation
auteur
Olivier Sandra, Nadera Mansouri, Julie Aubert, Pierrette Reinaud, Corinne Giraud-Delville, Laurent Galio, Severine Degrelle, Isabelle Hue, Yvan Heyman, R. Everts, Christophe Richard, Daniel Krauss, J. Yang, H.A. Lewin, Jean Paul Renard
article
15. Rencontres autour des Recherches sur les Ruminants, Dec 2008, Paris, France
identifiant
hal-01197538
Resume_court
Chez les bovins, la période péri-implantatoire est une étape critique, associée à l’essentiel .....
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01197538/file/49426_20120308093324430_1.pdf BibTex
titre
Statistical methodology for the analysis of dye-switch microarray experiments
auteur
Tristan Mary-Huard, Julie Aubert, Nadera Mansouri, Olivier Sandra, Jean-Jacques Daudin
article
24. International Biometric Conference, Jul 2008, Dublin, Ireland. 17 p
identifiant
hal-01197571
Resume_court
absent
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01197571/file/51603_20120315110820726_1.pdf BibTex
titre
AI or IVF-ET technologies differentially affect the bovine endometrial transcriptome at implantation
auteur
Olivier Sandra, N. Mansouri-Attia, Pierrette P. Reinaud, J. Aubert, Robin E Everts, Laurent Galio, Nathalie N. Rodde, Yvan Heyman, Corinne Giraud-Delville, Severine S. Degrelle, Isabelle Hue, X. Yang, Harris A. Lewin, Jean Paul J. P. Renard
article
24. Annual Meeting of The European Society for Human Reproduction and Embryology (ESHRE), Jul 2008, Barcelone, Spain
identifiant
hal-02756649
typdoc
Conference papers
audience
International
Accès au bibtex
BibTex
titre
Lowess extension to normalize three dyes cDNA microarray experiments
auteur
Julie Aubert, Marie-Laure Martin-Magniette, Samira Elftieh, Avner Bar-Hen, Jean-Pierre Renou, Jean-Jacques Daudin
article
Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2008, Lille, France
identifiant
hal-01197563
Resume_court
Most microarray studies are made using labelling with one or two dyes which allows the hybridization .....
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01197563/file/51062_20120312110725937_1.pdf BibTex
titre
Expression de gènes de l'immunité dans le tissu mammaire caprin gestant
auteur
Felicie Faucon, Emmanuelle Rebours, Jean-Christophe Helbling, Claudia Bevilacqua, J. Aubert, Marie-Laure Magniette, Stephane Robin, Patrice Martin
article
Journées Scientifiques, Département de Génétique Animale, Apr 2008, Lacanau, France
identifiant
hal-01193347
Resume_court
absent
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex

2007

Journal articles

titre
Classification of human chromosome 21 gene-expression variations in down syndrome: Impact on disease phenotypes
auteur
E. Aït Yahya-Graison, Julie Aubert, Stephane Robin, L. Dauphinot, I. Rivals, M. Prieur, G. Golfier, G. Rossier, L. Personnaz, N. Créau, H. Bléhaut, J.M. Delabar, M.C. Potier
article
American Journal of Human Genetics, 2007, 81 (3), pp.475-491. ⟨10.1086/520000⟩
identifiant
hal-01197498
Resume_court
Down syndrome caused by chromosome 21 trisomy is the most common genetic cause of mental retardation .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1086/520000
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex
titre
Classification of variations of HSA21 gene expression in down syndrome lymphoblastoid cell lines : impact on disease phenotype
auteur
E. Aït Yahya-Graison, Julie Aubert, L. Dauphinot, Isabelle Rivals, Marguerite Prieur, G. Golfier, J. Rossier, L. Personnaz, N Créau, Stephane Robin, J. Delabar, M.C Potier
article
American Journal of Human Genetics, 2007, 81 (3), pp.475-491
identifiant
hal-01208111
Resume_court
absent
typdoc
Journal articles
audience
Not specified
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01208111/file/AAD07-AJHM_%7BC3CDA6E5-F1F6-46C7-A1B1-16B213249640%7D.pdf BibTex
titre
Profiling at mRNA, protein and metabolite level reveals alterations in renal amino acid handling and glutathione metabolism in kidney tissue of Pept2-I- mice
auteur
Isabelle M. Frey, Isabel Rubio-Aliaga, Anne Siewert, Daniela Sailer, Aleksey Drobyshev, Johannes Beckers, Martin Hrabé de Angelis, Julie Aubert, Avner Bar-Hen, Olivier Fiehn, Hans M. Eichnger, Hannelore Daniel
article
Physiological Genomics, 2007, 28 (3), pp.301-310. ⟨10.1152/physiolgenomics.00193.2006⟩
identifiant
hal-01197531
Resume_court
PEPT2 is an integral membrane protein in the apical membrane of renal epithelial cells that operates .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1152/physiolgenomics.00193.2006
audience
Not specified
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01197531/file/2007_Frey_Physiological%20Genomics_1.pdf BibTex

Conference papers

titre
Analysis of gene expression profiles in the ruminant endometrium using a 13K microarray
auteur
Nadera Mansouri, Olivier Sandra, Julie Aubert, R. Everts, Laurent Galio, Yvan Heyman, Daniel Krauss, Severine Degrelle, Isabelle Hue, X. Yang, H.A. Lewin, Jean Paul Renard
article
2. International Meeting on Mammalian Embryogenomics, Oct 2007, Paris, France
identifiant
hal-01197493
Resume_court
absent
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex
titre
Statistical analysis for identifying differentially expressed genes in microarrays data, an overview
auteur
Jean-Jacques Daudin, Julie Aubert, Nadera Mansouri, G. Chaouat, Olivier Sandra, Nathalie Coqué
article
2. International Meeting Mammalian Embryogenomics, Oct 2007, Paris, France
identifiant
hal-01197495
Resume_court
absent
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex
titre
Gene expression profiles in endometrium of cyclic and pregnant cows during the peri-implantation period
auteur
Nadera Mansouri, Laurent Galio, Isabelle Hue, Severine Degrelle, Xavier Vignon, Christophe Richard, Jean Paul Renard, Olivier Sandra, Carine Bigorne, Julie Aubert, Robin E. Everts, Harris Lewin, J. Yang
article
3. EMBIC (EMBryo Implantation Control) Summer School, Sep 2007, Jena, Germany
identifiant
hal-01197494
Resume_court
absent
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex
titre
Identification of genes involved in the implantation process in cattle
auteur
Nadera Mansouri, Julie Aubert, R.E. Everts, Laurent Galio, Yvan Heyman, Christophe Audouard, Severine Degrelle, Isabelle Hue, X. Yang, H.A. Lewin, Jean Paul Renard, Olivier Sandra
article
3. EMBIC Summer School, Sep 2007, Jena, Germany
identifiant
hal-01197496
Resume_court
absent
typdoc
Conference papers
audience
Not specified
Accès au bibtex
BibTex

2004

Journal articles

titre
Determination of the regulated genes in microarray experiments using local FDR
auteur
Julie Aubert, Avner Bar-Hen, Jean-Jacques Daudin, Stephane Robin
article
BMC Bioinformatics, 2004, 5 (125), ⟨10.1186/1471-2105-5-125⟩
identifiant
hal-01208107
Resume_court
Background: Thousands of genes in a genomewide data set are tested against some null hypothesis, for .....
typdoc
Journal articles
DOI
DOI : 10.1186/1471-2105-5-125
audience
Not specified
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01208107/file/ABD04-BMCbioinfo_%7B9DDFD831-D8B5-4DC8-A408-D63ACF00B36D%7D.pdf BibTex