Publications HAL

2019

Journal articles

auteur
Alexandra Zaharia, Bernard Labedan, Christine Froidevaux, Alain Denise
titre
CoMetGeNe: mining conserved neighborhood patterns in metabolic and genomic contexts
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2019, 20 (1)
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Conference papers

auteur
Maher Mallem, Alain Denise, Yann Ponty
titre
Forbidden substrings and the connectivity of the Hamming graph of RNA sequences: Partial disconnectivity tests
article
SEQBIM 2019 - Séquences en Bioinformatique, Informatique et Mathématiques, Dec 2019, Marne-la-Vallée, France
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https://hal.inria.fr/hal-02403517/file/Design_Connectivity_Maher_2019%283%29.pdf BibTex
auteur
Pierre Andrieu, Bryan Brancotte, Laurent Bulteau, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Adeline Pierrot, Stéphane Vialette
titre
Reliability-Aware and Graph-Based Approach for Rank Aggregation of Biological Data
article
2019 15th International Conference on eScience (eScience), Sep 2019, San Diego, France. pp.136-145, ⟨10.1109/eScience.2019.00022⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02527738/file/e_science2019_paper13_preprint.pdf BibTex

2018

Journal articles

auteur
Vladimir Reinharz, Antoine Soulé, Eric Westhof, Jérôme Waldispühl, Alain Denise
titre
Mining for recurrent long-range interactions in RNA structures reveals embedded hierarchies in network families
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2018
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01745345/file/gky197-definitif.pdf BibTex

2017

Journal articles

auteur
Mélanie Boudard, Dominique Barth, Julie Bernauer, Alain Denise, Johanne Cohen
titre
GARN2: coarse-grained prediction of 3D structure of large RNA molecules by regret minimization.
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2017, 16, pp.2479-2486. ⟨10.1093/bioinformatics/btx175⟩
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2016

Conference papers

auteur
Wei Wang​, Matthieu Barba​, Philippe Rinaudo​, Alain Denise, Yann Ponty
titre
Homology ­modeling of complex structural RNAs
article
JOBIM - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques - 2016, Jun 2016, Lyon, France
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https://hal.inria.fr/hal-01332642/file/Homology-modelingofcomplexstructuralRNAs.pdf BibTex
auteur
Alexandra Zaharia, Bernard Labedan, Christine Froidevaux, Alain Denise
titre
Heterogeneous Graph Mining for Biological Pattern Discovery in Metabolic Pathways
article
SeqBio 2016, Nov 2016, Nantes, France
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01745390/file/definitif-zaharia_seqbio2016.pdf BibTex

2015

Journal articles

auteur
Mélanie Boudard, Julie Bernauer, Dominique Barth, Johanne Cohen, Alain Denise
titre
GARN: Sampling RNA 3D Structure Space with Game Theory and Knowledge-Based Scoring Strategies.
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10 (8), pp.e0136444. ⟨10.1371/journal.pone.0136444⟩
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auteur
Bryan Brancotte, Bo Yang, Guillaume Blin, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
titre
Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis
article
Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), VLDB Endowment, 2015, Proceedings of the VLDB Endowment (PVLDB), 8 (11), pp.1202-1213. ⟨10.14778/2809974.2809982⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01165336/file/p1202-brancotte.pdf BibTex

Conference papers

auteur
Vincent Le Gallic, Alain Denise, Yann Ponty
titre
Résultats algorithmiques pour le design d’ARN avec contraintes de séquence
article
SeqBio 2015, Nov 2015, Orsay, France. pp.26-31
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auteur
Bryan Brancotte, Bo Yang, Guillaume Blin, Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
titre
Rank aggregation with ties: Experiments and Analysis
article
The 41st International Conference on Very Large Data Bases, Aug 2015, Kohala Coast, Hawaï, United States
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Directions of work or proceedings

auteur
Alain Denise, Olivier Lespinet, Mireille Régnier
titre
Proceedings of the SeqBio 2015 workshop: String algorithms for bioinformatics
article
Alain Denise; Olivier Lespinet; Mireille Régnier. Nov 2015, Orsay, France. 2015
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01264187/file/SeqBio15-Proceedings.pdf BibTex

Poster communications

auteur
Bryan Brancotte, Bastien Rance, Alain Denise, Sarah Cohen-Boulakia
titre
Interrogation de bases de données biologiques publiques par reformulation de requêtes et classement des résultats avec ConQuR-Bio
article
JOBIM: Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jul 2015, Clermont-Ferrand, France. pp.35 slides, 2015
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2014

Journal articles

auteur
Alain Denise, Philippe Rinaudo
titre
Optimisation problems for pairwise RNA sequence and structure comparison: a brief survey
article
Transactions on Computational Collective Intelligence, Springer, 2014, 13, pp.70-82. ⟨10.1007/978-3-642-54455-2_3⟩
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BibTex
auteur
Changwei Shao, Bo Yang, Tongbin Wu, Jie Huang, Peng Tang, Yu Zhou, Jie Zhou, Jinsong Qiu, Li Jiang, Hairi Li, Geng Chen, Hui Sun, Yi Zhang, Alain Denise, Dong-Er Zhang, Xiang-Dong Fu
titre
Mechanisms for U2AF to define 3' splice sites and regulate alternative splicing in the human genome
article
Nature Structural and Molecular Biology, Nature Publishing Group, 2014, 21, pp.997-1005. ⟨10.1038/nsmb.2906⟩
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BibTex
auteur
Cécile Pereira, Alain Denise, Olivier Lespinet
titre
A meta-approach for improving the prediction and the functional annotation of ortholog groups
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2014, ⟨10.1186/1471-2164-15-S6-S16⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-01229454/file/1471-2164-15-S6-S16.pdf BibTex

Conference papers

auteur
Bryan Brancotte, Bastien Rance, Alain Denise, Sarah Cohen-Boulakia
titre
ConQuR-Bio: Consensus Ranking with Query Reformulation for Biological Data
article
10th International Conference, Data Integration in the Life Sciences, Jul 2014, Lisbon, Portugal. pp.128 - 142, ⟨10.1007/978-3-319-08590-6_13⟩
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https://hal.inria.fr/hal-01091053/file/DILS-BrancotteEtAl.pdf BibTex

Poster communications

auteur
Cécile Pereira, Alain Denise, Olivier Lespinet
titre
A new method for improving the prediction and the functional annotation of ortholog groups
article
Proc. ECCB'14, the 13th European Conference on Computational Biology, 2014, Strasbourg, France. Proc. ECCB'14, the 13th European Conference on Computational Biology, 2014
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2013

Journal articles

auteur
Alexis Lamiable, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Alain Denise
titre
An Algorithmic Game-Theory Approach for Coarse-Grain Prediction of RNA 3D Structure.
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2013, 10 (1), pp.193-199. ⟨10.1109/TCBB.2012.148⟩
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BibTex
auteur
Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel
titre
A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages (journal version)
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2013, 502, pp.165-176
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00716558/file/main.pdf BibTex

Conference papers

auteur
Cécile Pereira, Jérôme Azé, Alain Denise, Christine Drevet, Christine Froidevaux, Philippe Silar, Olivier Lespinet
titre
Comparative analysis of phylogenetic profiles for the enzymatic characterization of fungal group
article
JOBIM 2013 - Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2013, Toulouse, France. à paraître
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BibTex
auteur
Yu Zhou, Yann Ponty, Stéphane Vialette, Jérôme Waldispühl, Yi Zhang, Alain Denise
titre
Flexible RNA design under structure and sequence constraints using formal languages
article
ACM-BCB - ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics - 2013, Sep 2013, Bethesda, Washigton DC, United States
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https://hal.inria.fr/hal-00823279/file/design.pdf BibTex

2012

Journal articles

auteur
Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Sandrine-Dominique Gouraud, Richard Lassaigne, Johan Oudinet, Sylvain Peyronnet
titre
Coverage-biased random exploration of large models and application to testing
article
International Journal on Software Tools for Technology Transfer, Springer Verlag, 2012, 14 (1), pp.73-93
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BibTex
auteur
Alexis Lamiable, Dominique Barth, Alain Denise, Franck Quessette, Sandrine Vial, Eric Westhof
titre
Automated prediction of three-way junction topological families in RNA secondary structures
article
Computational Biology and Chemistry, Elsevier, 2012, 37, pp.1-5
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BibTex
auteur
Julien Allali, Cédric Saule, Cedric Chauve, Yves d'Aubenton-Carafa, Alain Denise, Christine Drevet, Pascal Ferraro, Daniel Gautheret, Claire Herrbach, Fabrice Leclerc, Antoine de Monte, Aida Ouangraoua, Marie-France Sagot, Michel Termier, Claude Thermes, Hélène Touzet
titre
BRASERO: A resource for benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
article
Advances in Bioinformatics, Hindawi Publishing Corporation, 2012, 2012, pp.1-5. ⟨10.1155/2012/893048⟩
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Conference papers

auteur
Fabrice Jossinet, Alexis Lamiable, Philippe Rinaudo, Liza Al-Shikhley, Franck Quessette, Sandrine Vial, Dominique Barth, Eric Westhof, Alain Denise
titre
Graph Algorithms and Software Framework for Interactive RNA Structure Modelling
article
Journees Ouvertes de Biologie Informatique et Mathematiques - JOBIM'12, Jul 2012, Rennes, France. pp.475-476
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BibTex
auteur
Philippe Rinaudo, Yann Ponty, Dominique Barth, Alain Denise
titre
Tree decomposition and parameterized algorithms for RNA structure-sequence alignment including tertiary interactions and pseudoknots
article
WABI - 12th Workshop on Algorithms in Bioinformatics - 2012, University of Ljubljana, Sep 2012, Ljubljana, Slovenia
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https://hal.inria.fr/hal-00708580/file/article.pdf BibTex

2011

Journal articles

auteur
Cédric Saule, Mireille Regnier, Jean-Marc Steyaert, Alain Denise
titre
Counting RNA pseudoknotted structures
article
Journal of Computational Biology, Mary Ann Liebert, 2011, 18 (10), pp.1339-1351. ⟨10.1089/cmb.2010.0086⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00537117/file/JCB10.pdf BibTex

Conference papers

auteur
Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Richard Lassaigne, Sylvain Peyronnet
titre
Uniform Monte-Carlo Model Checking
article
FASE 2011, 2011, Saarbrücken, Germany
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BibTex
auteur
Sarah Cohen-Boulakia, Alain Denise, Sylvie Hamel
titre
Using medians to generate consensus rankings for biological data
article
SSDBM 2011: Scientific and Statistical Database Management Conference, 2011, Portland, United States
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BibTex
auteur
Peter Clote, Lou Feng, Alain Denise
titre
A new approach to suboptimal pairwise sequence alignment
article
CompBio 2011: IASTED International Conference on Computational Bioscience, 2011, Cambridge, United Kingdom
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BibTex

2010

Journal articles

auteur
Wei Liu, Yu Zhou, Zexi Hu, Tao Sun, Alain Denise, Xiang-Dong Fu, Yi Zhang
titre
Regulation of splicing enhancer activities by RNA secondary structures
article
FEBS Letters, Wiley, 2010, 584 (21), pp.4401-7. ⟨10.1016/j.febslet.2010.09.039⟩
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BibTex
auteur
Claire Herrbach, Alain Denise, Serge Dulucq
titre
Average complexity of the Jiang-Wang-Zhang pairwise tree alignment algorithm and of a RNA secondary structure alignment algorithm
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2010, 411, pp.2423-2432
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https://hal.inria.fr/inria-00541269/file/HeDeDuTCS.pdf BibTex
auteur
Alain Denise, Yann Ponty, Michel Termier
titre
Controlled non uniform random generation of decomposable structures
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 2010, 411 (40-42), pp.3527-3552. ⟨10.1016/j.tcs.2010.05.010⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00483581/file/NonUniform2009.pdf BibTex
auteur
Guillaume Blin, Alain Denise, Serge Dulucq, Claire Herrbach, Helene Touzet
titre
Alignments of RNA structures.
article
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Institute of Electrical and Electronics Engineers, 2010, 7 (2), pp.309-322. ⟨10.1109/TCBB.2008.28⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00506348/file/hal.pdf BibTex

Conference papers

auteur
Cédric Saule, Mireille Regnier, Jean-Marc Steyaert, Alain Denise
titre
Counting RNA pseudoknotted structures (extended abstract)
article
22nd International Conference on Formal Power Series and Algebraic Combinatorics (FPSAC 2010), 2010, San Francisco, United States. pp.1037-1048
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https://hal.inria.fr/hal-01186262/file/dmAN0180.pdf BibTex
auteur
Cédric Saule, Claire Wallon, Alain Denise
titre
Uniform and non-uniform random generation of RNA secondary structures with pseudoknots
article
GASCOM, Sep 2010, Montreal, Canada
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https://hal.inria.fr/inria-00543315/file/SaWaDe2010.pdf BibTex
auteur
Johan Oudinet, Alain Denise, Marie-Claude Gaudel
titre
A new dichotomic algorithm for the uniform random generation of words in regular languages
article
GASCom 2010, 2010, Montreal, Canada
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BibTex

2009

Journal articles

auteur
Kévin Darty, Alain Denise, Yann Ponty
titre
VARNA: Interactive drawing and editing of the RNA secondary structure.
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2009, 25 (15), pp.1974-5. ⟨10.1093/bioinformatics/btp250⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00432548/file/VARNA-Bioinfo-R2-NoHighlight.pdf BibTex

2008

Journal articles

auteur
Mahassine Djelloul, Alain Denise
titre
Automated motif extraction and classification in RNA tertiary structures.
article
RNA, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2008, 14 (12), pp.2489-97. ⟨10.1261/rna.1061108⟩
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BibTex
auteur
M. Djelloul, Alain Denise
titre
A method for automated discovering of RNA tertiary motifs
article
Proc. JOBIM, 2008, pp.47-52
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BibTex
auteur
R. Rivière, D. Barth, J. Cohen, Alain Denise
titre
Shuffling biological sequences with motif constraints
article
Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2008, 6 (2), pp.192-204
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BibTex

Conference papers

auteur
Julien Allali, Yves d'Aubenton-Carafa, Cedric Chauve, Alain Denise, Christine Drevet, Pascal Ferraro, Daniel Gautheret, Claire Herrbach, Fabrice Leclerc, Antoine de Monte, Aïda Ouangraoua, Marie-France Sagot, C. Saule, Michel Termier, Claude Thermes, Helene Touzet
titre
Benchmarking RNA secondary structure comparison algorithms
article
JOBIM'08, 2008, Lille, France. pp.67-68
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BibTex

2007

Journal articles

auteur
Dominique Barth, Johanne Cohen, Alain Denise, Romain Rivière
titre
Shuffling biological sequences with motif constraints.
article
Journal of Discrete Algorithms, Elsevier, 2007, ⟨10.1016/j.jda.2007.06.001⟩
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BibTex
auteur
Olivier Namy, Yu Zhou, Sarath Gundllapalli, Carla R Polycarpo, Alain Denise, Jean-Pierre Rousset, Dieter Söll, Alexandre Ambrogelly
titre
Adding pyrrolysine to the Escherichia coli genetic code.
article
FEBS Letters, Wiley, 2007, 581 (27), pp.5282-8. ⟨10.1016/j.febslet.2007.10.022⟩
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BibTex

2006

Journal articles

auteur
Yann Ponty, Michel Termier, Alain Denise
titre
GenRGenS: Software for Generating Random Genomic Sequences and Structures
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2006, 22 (12), pp.1534--1535. ⟨10.1093/bioinformatics/btl113⟩
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https://hal.inria.fr/inria-00548871/file/GenRGenS.pdf BibTex

Conference papers

auteur
Dominique Barth, Alain Denise, Romain Rivière
titre
Motifs Enumeration Algorithms in Biological Networks
article
2006
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BibTex
auteur
Alain Denise, Marie-Claude Gaudel, Sandrine-Dominique Gouraud, Richard Lasseigne, Sylvain Peyronnet
titre
Uniform Random Sampling of Traces in Very Large Models
article
First International Workshop on Random Testing, 2006, Portland, Maine, United States. pp.10-19
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00080471/file/paperRT6.pdf BibTex

2004

Journal articles

auteur
Mireille Régnier, Alain Denise
titre
Rare Events and Conditional Events on Random Strings
article
Discrete Mathematics and Theoretical Computer Science, DMTCS, 2004, 6 (2), pp.191-214
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https://hal.inria.fr/hal-00959004/file/dm060203.pdf BibTex

Conference papers

auteur
Dominique Barth, Johanne Cohen, Alain Denise, Romain Rivière
titre
Shuffling biological sequencess with motifs constraints
article
Algorithms and Computational Methods for Biochemical and Evolutionary Networks - CompBioNets'2004, Dec 2004, Recife, Brazil. 18 p
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https://hal.inria.fr/inria-00099891/file/A04-R-272.pdf BibTex

2002

Journal articles

auteur
Cyril Banderier, Philippe Flajolet, Danièle Gardy, Mireille Bousquet-Mélou, Alain Denise, Dominique Gouyou-Beauchamps
titre
Generating functions for generating trees
article
Discrete Mathematics, Elsevier, 2002, 246 (1-3), pp.29-55
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00003258/file/eco.pdf BibTex

2001

Reports

auteur
Alain Denise, Mireille Regnier, Mathias Vandenbogaert
titre
Assessing Statistical Significance of Overrepresented Oligonucleotides
article
[Research Report] RR-4132, INRIA. 2001
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https://hal.inria.fr/inria-00072496/file/RR-4132.pdf BibTex

1999

Journal articles

auteur
Alain Denise, Paul Zimmermann
titre
Uniform Random Generation of Decomposable Structures Using Floating-Point Arithmetic
article
Theoretical Computer Science, Elsevier, 1999, 218 (2), pp.233-248
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BibTex

Reports

auteur
Cyril Banderier, Mireille Bousquet-Mélou, Alain Denise, Philippe Flajolet, Danièle Gardy, Dominique Gouyou-Beauchamps
titre
On Generating Functions of Generating Trees
article
[Research Report] RR-3661, INRIA. 1999
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https://hal.inria.fr/inria-00073011/file/RR-3661.pdf BibTex

1998

Journal articles

auteur
Alain Denise, Isabelle Dutour, Paul Zimmermann
titre
CS: a MuPAD package for counting and randomly generating combinatorial structures
article
MathPAD, Paderborn University, 1998, 8, pp.23-30
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BibTex

Conference papers

auteur
Alain Denise, Isabelle Dutour, Paul Zimmermann
titre
CS: a MuPAD Package for Counting and Randomly Generating Combinatorial Structures
article
10-th conference Formal Power Series and Algebraic Combinatorics, 1998, Toronto, pp.195-204
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00107518/file/98-R-055.pdf BibTex

1997

Reports

auteur
Alain Denise, Paul Zimmermann
titre
Uniform Random Generation of Decomposable Structures Using Floating-Point Arithmetic
article
[Research Report] RR-3242, INRIA. 1997
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.inria.fr/inria-00073447/file/RR-3242.pdf BibTex