Publications HAL

2023

Journal articles

titre
Genome structures resolve the early diversification of teleost fishes
auteur
Elise Parey, Alexandra Louis, Jérôme Montfort, Olivier Bouchez, Céline Roques, Carole Iampietro, Jerome Lluch, Adrien Castinel, Cécile Donnadieu, Thomas Desvignes, Christabel Floi Bucao, Elodie Jouanno, Ming Wen, Sahar Mejri, Ron Dirks, Hans Jansen, Christiaan Henkel, Wei-Jen Chen, Margot Zahm, Cédric Cabau, Christophe Klopp, Andrew Thompson, Marc Robinson-Rechavi, Ingo Braasch, Guillaume Lecointre, Julien Bobe, John Postlethwait, Camille Berthelot, Hugues Roest Crollius, Yann Guiguen
article
Science, 2023, 379 (6632), pp.572-575. ⟨10.1101/2022.04.07.487469⟩
DOI
DOI : 10.1101/2022.04.07.487469
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https://hal.science/hal-03765882/file/2022.04.07.487469v1.full.pdf BibTex
titre
Reconstruction of hundreds of reference ancestral genomes across the eukaryotic kingdom
auteur
Matthieu Muffato, Alexandra Louis, Nga Thi Thuy Nguyen, Joseph Lucas, Camille Berthelot, Hugues Roest Crollius
article
Nature Ecology & Evolution, In press, ⟨10.1038/s41559-022-01956-z⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41559-022-01956-z
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https://hal.science/hal-03943655/file/s41559-022-01956-z.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
An atlas of fish genome evolution reveals delayed rediploidization following the teleost whole-genome duplication
auteur
Elise Parey, Alexandra Louis, Jérôme Montfort, Yann Guiguen, Hugues Roest Crollius, Camille Berthelot
article
Genome Research, 2022, 32 (9), pp.1685 - 1697. ⟨10.1101/gr.276953.122⟩
DOI
DOI : 10.1101/gr.276953.122
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https://hal.science/hal-03876769/file/Parey%20et%20al.%20-%202022%20-%20An%20atlas%20of%20fish%20genome%20evolution%20reveals%20delayed%20.pdf BibTex
titre
Classification of non-coding variants with high pathogenic impact
auteur
Lambert Moyon, Camille Berthelot, Alexandra Louis, Nga Thi Thuy Nguyen, Hugues Roest Crollius
article
PLoS Genetics, 2022, 18 (4), pp.e1010191. ⟨10.1371/journal.pgen.1010191⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pgen.1010191
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https://hal.science/hal-03698847/file/pgen.1010191.pdf BibTex
titre
Genomicus in 2022: comparative tools for thousands of genomes and reconstructed ancestors
auteur
Nga thi thuy Nguyen, Pierre Vincens, Jean François Dufayard, Hugues Roest crollius, Alexandra Louis
article
Nucleic Acids Research, 2022, 50 (D1), pp.D1025-D1031. ⟨10.1093/nar/gkab1091⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkab1091
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https://hal.science/hal-03438462/file/gkab1091.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Reconstruction of hundreds of reference ancestral genomes across the eukaryotic kingdom
auteur
Matthieu Muffato, Alexandra Louis, Nga Thi Thuy Nguyen, Joseph Lucas, Camille Berthelot, Hugues Roest Crollius
article
2022
DOI
DOI : 10.1101/2022.02.17.480882
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2021

Journal articles

titre
The bowfin genome illuminates the developmental evolution of ray-finned fishes
auteur
Andrew Thompson, M. Brent Hawkins, Elise Parey, Dustin Wcisel, Tatsuya Ota, Kazuhiko Kawasaki, Emily Funk, Mauricio Losilla, Olivia Fitch, Qiaowei Pan, Romain Feron, Alexandra Louis, Jérôme Montfort, Marine Milhes, Brett Racicot, Kevin Childs, Quenton Fontenot, Allyse Ferrara, Solomon David, Amy Mccune, Alex Dornburg, Jeffrey Yoder, Yann Guiguen, Hugues Roest Crollius, Camille Berthelot, Matthew Harris, Ingo Braasch
article
Nature Genetics, 2021, ⟨10.1038/s41588-021-00914-y⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41588-021-00914-y
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titre
RapGreen, an interactive software and web package to explore and analyze phylogenetic trees
auteur
Jean-François Dufayard, Stéphanie Bocs, Valentin Guignon, Delphine Larivière, Alexandra Louis, Nicolas Oubda, Mathieu Rouard, Manuel Ruiz, Frédéric F. de Lamotte
article
NAR Genomics and Bioinformatics, 2021, 3 (3), 6 p. ⟨10.1093/nargab/lqab088⟩
DOI
DOI : 10.1093/nargab/lqab088
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https://hal.science/hal-03541670/file/lqab088.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
Synteny-guided resolution of gene trees clarifies the functional impact of whole-genome duplications
auteur
Elise Parey, Alexandra Louis, Cédric Cabau, Yann Guiguen, Hugues Roest Crollius, Camille Berthelot
article
Molecular Biology and Evolution, 2020, 37 (11), pp.3324-3337. ⟨10.1093/molbev/msaa149⟩
DOI
DOI : 10.1093/molbev/msaa149
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titre
Synteny-Guided Resolution of Gene Trees Clarifies the Functional Impact of Whole-Genome Duplications
auteur
Elise Parey, Alexandra Louis, Cédric Cabau, Yann Guiguen, Hugues Roest Crollius, Camille Berthelot
article
Molecular Biology and Evolution, 2020, 37, pp.3324 - 3337. ⟨10.1093/molbev/msaa149⟩
DOI
DOI : 10.1093/molbev/msaa149
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https://hal.science/hal-03457579/file/Parey%20et%20al.%20-%202020%20-%20Synteny-Guided%20Resolution%20of%20Gene%20Trees%20Clarifies%20.pdf BibTex
titre
ANISEED 2019: 4D exploration of genetic data for an extended range of tunicates
auteur
Justine Dardaillon, Delphine Dauga, Paul Simion, Emmanuel Faure, Takeshi Onuma, Melissa Debiasse, Alexandra Louis, Kazuhiro Nitta, Magali Naville, Lydia Besnardeau, Wendy Reeves, Kai Wang, Marie Fagotto, Marion Gueroult-Bellone, Shigeki Fujiwara, Rémi Dumollard, Michael Veeman, Jean-Nicolas Volff, Hugues Roest Crollius, Emmanuel J.P. Douzery, Joseph F Ryan, Bradley Davidson, Hiroki Nishida, Christelle Dantec, Patrick Lemaire
article
Nucleic Acids Research, 2020, 48 (D1), pp.D668-D675. ⟨10.1093/nar/gkz955⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkz955
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https://hal.science/hal-02415680/file/gkz955.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Synteny-guided resolution of gene trees clarifies the functional impact of whole genome duplications
auteur
Elise Parey, Alexandra Louis, Cédric Cabau, Yann Guiguen, Hugues Roest-Crollius, Camille Berthelot
article
2020
DOI
DOI : 10.1101/2020.01.30.926915
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https://hal.inrae.fr/hal-02791038/file/2020_Parey_BioRxiv_1.pdf BibTex

2018

Journal articles

titre
Amphioxus functional genomics and the origins of vertebrate gene regulation
auteur
Ferdinand Marletaz, Panos N. Firbas, Ignacio Maeso, Juan J. Tena, Ozren Bogdanovic, Malcolm Perry, Christopher D. R. Wyatt, Elisa de La Calle-Mustienes, Stephanie Bertrand, Demian Burguera, Rafael D. Acemel, Simon J. Van Heeringen, Silvia Naranjo, Carlos Herrera-Ubeda, Ksenia Skvortsova, Sandra Jimenez-Gancedo, Daniel Aldea, Yamile Marquez, Lorena Buono, Iryna Kozmikova, Jon Permanyer, Alexandra Louis, Beatriz Albuixech-Crespo, Yann Le Petillon, Anthony Leon, Lucie Subirana, Piotr J. Balwierz, Paul Edward Duckett, Ensieh Farahani, Jean-Marc Aury, Sophie Mangenot, Patrick Wincker, Ricard Albalat, Elia Benito-Gutierrez, Cristian Canestro, Filipe Castro, Salvatore d'Aniello, David E. K. Ferrier, Shengfeng Huang, Vincent Laudet, Gabriel A. B. Marais, Pierre Pontarotti, Michael Schubert, Herve Seitz, Ildiko Somorjai, Tokiharu Takahashi, Olivier Mirabeau, Anlong Xu, Jr-Kai Yu, Piero Carninci, Juan Ramon Martinez-Morales, Hugues Roest Crollius, Zbynek Kozmik, Matthew T. Weirauch, Jordi Garcia-Fernandez, Ryan Lister, Boris Lenhard, Peter W. H. Holland, Hector Escriva, Jose Luis Gomez-Skarmeta, Manuel Irimia
article
Nature, 2018, 564 (7734), pp.64-70. ⟨10.1038/s41586-018-0734-6⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41586-018-0734-6
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https://hal.science/hal-02000511/file/s41586-018-0734-6.pdf BibTex
titre
Chromosome evolution at the origin of the ancestral vertebrate genome
auteur
Christine Sacerdot, Alexandra Louis, Céline Bon, Camille Berthelot, Hugues Roest Crollius
article
Genome Biology, 2018, 19 (1), ⟨10.1186/s13059-018-1559-1⟩
DOI
DOI : 10.1186/s13059-018-1559-1
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https://hal.science/hal-02415626/file/s13059-018-1559-1.pdf BibTex
titre
Genomicus 2018: karyotype evolutionary trees and on-the-fly synteny computing
auteur
Nga thi thuy Nguyen, Pierre Vincens, Hugues Roest Crollius, Alexandra Louis
article
Nucleic Acids Research, 2018, 46 (D1), pp.D816-D822. ⟨10.1093/nar/gkx1003⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkx1003
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https://hal.science/hal-02415691/file/gkx1003.pdf BibTex
titre
ANISEED 2017: extending the integrated ascidian database to the exploration and evolutionary comparison of genome-scale datasets
auteur
Matija Brozovic, Christelle Dantec, Justine Dardaillon, Delphine Dauga, Emmanuel Faure, Mathieu Gineste, Alexandra Louis, Magali Naville, Kazuhiro R. Nitta, Jacques Piette, Wendy Reeves, Celine Scornavacca, Paul Simion, Renaud Vincentelli, Maëlle Bellec, Sameh Ben Aicha, Marie Fagotto, Marion Gueroult-Bellone, Maximilian Haeussler, Edwin Jacox, Elijah K. Lowe, Mickaël Mendez, Alexis Roberge, Alberto Stolfi, Rui Yokomori, C. Titus Brown, Christian Cambillau, Lionel Christiaen, Frédéric Delsuc, Emmanuel J.P. Douzery, Rémi Dumollard, Takehiro Kusakabe, Kenta Nakai, Hiroki Nishida, Yutaka Satou, Billie Swalla, Michael Veeman, Jean-Nicolas Volff, Patrick Lemaire
article
Nucleic Acids Research, 2018, 46 (D1), pp.D718-D725. ⟨10.1093/nar/gkx1108⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkx1108
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https://hal.science/hal-01636650/file/gkx1108.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
Comparative epigenomics in the Brassicaceae reveals two evolutionarily conserved modes of PRC2-mediated gene regulation
auteur
Claudia Chica, Alexandra Louis, Hugues Roest Crollius, Vincent Colot, François Roudier
article
Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s13059-017-1333-9⟩
DOI
DOI : 10.1186/s13059-017-1333-9
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https://hal.science/hal-02415743/file/s13059-017-1333-9.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
Erratum to :"Understanding Brassicaceae evolution through ancestral genome reconstruction" (vol 16, 262, 2015)
auteur
Florent Murat, Alexandra Louis, Florian Maumus, Alix Armero, Richard Cooke, Hadi Quesneville, Hugues Roest Crollius, Jerome J. Salse
article
Genome Biology, 2016, 17 (64), ⟨10.1186/s13059-016-0887-2⟩
DOI
DOI : 10.1186/s13059-016-0887-2
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https://hal.inrae.fr/hal-02630062/file/2016_Murat_Genome%20Biology_1.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
Genomicus update 2015: KaryoView and MatrixView provide a genome-wide perspective to multispecies comparative genomics
auteur
Alexandra Louis, Nga thi thuy Nguyen, Matthieu Muffato, Hugues Roest crollius
article
Nucleic Acids Research, 2015, 43 (D1), pp.D682-D689. ⟨10.1093/nar/gku1112⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gku1112
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https://hal.science/hal-03352660/file/gku1112.pdf BibTex
titre
GenomicusPlants: a web resource to study genome evolution in flowering plants
auteur
Alexandra Louis, Florent Murat, Jerome Salse, Hugues Roest Crollius
article
Plant and Cell Physiology, 2015, 56 (1), pp.e4. ⟨10.1093/pcp/pcu177⟩
DOI
DOI : 10.1093/pcp/pcu177
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titre
Long-range evolutionary constraints reveal cis-regulatory interactions on the human X chromosome.
auteur
Magali Naville, Minaka Ishibashi, Marco Ferg, Hemant Bengani, Silke Rinkwitz, Monika Krecsmarik, Thomas A Hawkins, Stephen W Wilson, Elizabeth Manning, Chandra S R Chilamakuri, David I Wilson, Alexandra Louis, F Lucy Raymond, Sepand Rastegar, Uwe Strähle, Boris Lenhard, Laure Bally-Cuif, Veronica van Heyningen, David R Fitzpatrick, Thomas S Becker, Hugues Roest Crollius
article
Nature Communications, 2015, 6, pp.6904. ⟨10.1038/ncomms7904⟩
DOI
DOI : 10.1038/ncomms7904
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https://hal.science/hal-01156469/file/ncomms7904.pdf BibTex
titre
Understanding Brassicaceae evolution through ancestral genome reconstruction
auteur
Florent Murat, Alexandra Louis, Florian Maumus, Alix Armero Villanueva, Richard Cooke, Hadi Quesneville, Hugues Roest Crollius, Jerome Salse
article
Genome Biology, 2015, 16 (262), ⟨10.1186/s13059-015-0814-y⟩
DOI
DOI : 10.1186/s13059-015-0814-y
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https://hal.science/hal-01281832/file/2015_Murat_Genome%20Biology_%7BE3266011-5AC6-478A-AA7E-C7C054BE6E66%7D.pdf BibTex

2014

Journal articles

titre
The rainbow trout genome provides novel insights into evolution after whole-genome duplication in vertebrates.
auteur
Camille Berthelot, Frédéric Brunet, Domitille Chalopin, Amélie Juanchich, Maria Bernard, Benjamin Noël, Pascal Bento, Corinne da Silva, Karine Labadie, Adriana A. Alberti, Jean-Marc Aury, Alexandra Louis, Patrice Dehais, Philippe Bardou, Jérôme Montfort, Christophe C. Klopp, Cédric Cabau, Christine Gaspin, Gary H Thorgaard, Mekki Boussaha, Edwige Quillet, René Guyomard, Delphine Galiana-Arnoux, Julien Bobe, Jean-Nicolas Volff, Carine Genet, Patrick Wincker, Olivier Jaillon, Hugues Roest Crollius, Yann Guiguen
article
Nature Communications, 2014, 5, pp.1-10. ⟨10.1038/ncomms4657⟩
DOI
DOI : 10.1038/ncomms4657
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https://hal.science/hal-01193812/file/2014_berthelot_naturecom_1.pdf BibTex

2012

Journal articles

titre
Genomicus: five genome browsers for comparative genomics in eukaryota
auteur
Alexandra Louis, Matthieu Muffato, Hugues Roest Crollius
article
Nucleic Acids Research, 2012, 41 (D1), pp.D700-D705. ⟨10.1093/nar/gks1156⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gks1156
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titre
How much does the amphioxus genome represent the ancestor of chordates?
auteur
A. Louis, H. Roest Crollius, M. Robinson-Rechavi
article
Briefings in Functional Genomics and Proteomics, 2012, 11 (2), pp.89-95. ⟨10.1093/bfgp/els003⟩
DOI
DOI : 10.1093/bfgp/els003
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2010

Journal articles

titre
Plasticity of animal genome architecture unmasked by rapid evolution of a pelagic tunicate
auteur
France Denoeud, Simon Henriet, Sutada Mungpakdee, Jean-Marc Aury, Corinne da Silva, Henner Brinkmann, Jana Mikhaleva, Lisbeth Charlotte Olsen, Claire Jubin, Cristian Cañestro, Jean-Marie Bouquet, Gemma Danks, Julie Poulain, Coen Campsteijn, Marcin Adamski, Ismael Cross, Fekadu Yadetie, Matthieu Muffato, Alexandra Louis, Stephen Butcher, Georgia Tsagkogeorga, Anke Konrad, Sarabdeep Singh, Marit Flo Jensen, Evelyne Huynh Cong, Helen Eikeseth-Otteraa, Benjamin Noel, Véronique Anthouard, Betina M Porcel, Rym Kachouri-Lafond, Atsuo Nishino, Matteo Ugolini, Pascal Chourrout, Hiroki Nishida, Rein Aasland, Snehalata Huzurbazar, Eric Westhof, Frédéric Delsuc, Hans Lehrach, Richard Reinhardt, Jean Weissenbach, Scott W Roy, François Artiguenave, John H Postlethwait, J Robert Manak, Eric M. Thompson, Olivier Jaillon, Louis Du Pasquier, Pierre Boudinot, David A. Liberles, Jean-Nicolas Volff, Herve Philippe, Boris Lenhard, Hugues Roest Crollius, Patrick Wincker, Daniel Chourrout
article
Science, 2010, 330 (6009), pp.1381-1385. ⟨10.1126/science.1194167⟩
DOI
DOI : 10.1126/science.1194167
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https://hal.science/halsde-00544648/file/Denoeud-Science10_HAL.pdf https://hal.science/halsde-00544648/file/Denoeud-Science10-supp.pdf BibTex
titre
Genomicus: a database and a browser to study gene synteny in modern and ancestral genomes
auteur
M. Muffato, A. Louis, C. Poisnel, H. Crollius
article
Bioinformatics, 2010, 26 (8), pp.1119-1121. ⟨10.1093/bioinformatics/btq079⟩
DOI
DOI : 10.1093/bioinformatics/btq079
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Book sections

titre
Banques et bases de données en biologie
auteur
Hélène Chiapello, Alexandra Louis
article
Bio-Informatique - principes d'utilisation des outils, Editions Quae, 2010
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2005

Journal articles

titre
Identification of genomic features using microsyntenies of domains: Domain teams
auteur
S. Pasek, Anne Bergeron, Jean Loup Risler, Alexandra Louis, Emmanuelle Ollivier, Mathieu Raffinot
article
Genome Research, 2005, 15 (6), pp.867-874. ⟨10.1101/gr.3638405⟩
DOI
DOI : 10.1101/gr.3638405
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2004

Journal articles

titre
PHYTOPROT: a database of clusters of plant proteins
auteur
S. Mohseni-Zadeh, Alexandra Louis
article
Nucleic Acids Research, 2004, 32 (90001), pp.351D-353. ⟨10.1093/nar/gkh040⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkh040
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2002

Journal articles

titre
Deciphering Arabidopsis thaliana gene neighborhoods through bibliographic co-citations
auteur
A. Louis, H. Chiapello, C. Fabry, E. Ollivier, A. Hénaut
article
Computers and Chemistry, 2002, 26 (5), pp.511-519. ⟨10.1016/S0097-8485(02)00011-6⟩
DOI
DOI : 10.1016/S0097-8485(02)00011-6
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titre
An incremental algorithm for Z-value computations
auteur
J.-C. Aude, A. Louis
article
Computers and Chemistry, 2002, 26 (5), pp.402-410. ⟨10.1016/S0097-8485(02)00003-7⟩
DOI
DOI : 10.1016/S0097-8485(02)00003-7
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titre
Deciphering Arabidopsis thaliana gene neighborhoods through bibliographic co-citations
auteur
A. Louis, Hélène Chiapello, C. Fabry, E. Ollivier, A. Henaut
article
Computers and Chemistry, 2002, 26 (5), pp.511-519. ⟨10.1016/S0097-8485(02)00011-6⟩
DOI
DOI : 10.1016/S0097-8485(02)00011-6
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2001

Journal articles

titre
Massive Sequence Comparisons as a Help in Annotating Genomic Sequences
auteur
Alexandra Louis, Emmanuelle Ollivier, Jean-Christophe Aude, Jean Loup Risler
article
Genome Research, 2001
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Book sections

titre
Encyclopedia of Life Sciences
auteur
Jean-Loup Risler, Alexandra Louis
article
Genetic Databases: Mining, John Wiley & Sons, Ltd, 2001, ⟨10.1038/npg.els.0005313⟩
DOI
DOI : 10.1038/npg.els.0005313
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