2023
Journal articles
- titre
- Genome structures resolve the early diversification of teleost fishes
- auteur
- Elise Parey, Alexandra Louis, Jérôme Montfort, Olivier Bouchez, Céline Roques, Carole Iampietro, Jerome Lluch, Adrien Castinel, Cécile Donnadieu, Thomas Desvignes, Christabel Floi Bucao, Elodie Jouanno, Ming Wen, Sahar Mejri, Ron Dirks, Hans Jansen, Christiaan Henkel, Wei-Jen Chen, Margot Zahm, Cédric Cabau, Christophe Klopp, Andrew Thompson, Marc Robinson-Rechavi, Ingo Braasch, Guillaume Lecointre, Julien Bobe, John Postlethwait, Camille Berthelot, Hugues Roest Crollius, Yann Guiguen
- article
- Science, 2023, 379 (6632), pp.572-575. ⟨10.1101/2022.04.07.487469⟩
- DOI
- DOI : 10.1101/2022.04.07.487469
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-
- titre
- Reconstruction of hundreds of reference ancestral genomes across the eukaryotic kingdom
- auteur
- Matthieu Muffato, Alexandra Louis, Nga Thi Thuy Nguyen, Joseph Lucas, Camille Berthelot, Hugues Roest Crollius
- article
- Nature Ecology & Evolution, In press, ⟨10.1038/s41559-022-01956-z⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41559-022-01956-z
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-
2022
Journal articles
- titre
- An atlas of fish genome evolution reveals delayed rediploidization following the teleost whole-genome duplication
- auteur
- Elise Parey, Alexandra Louis, Jérôme Montfort, Yann Guiguen, Hugues Roest Crollius, Camille Berthelot
- article
- Genome Research, 2022, 32 (9), pp.1685 - 1697. ⟨10.1101/gr.276953.122⟩
- DOI
- DOI : 10.1101/gr.276953.122
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-
- titre
- Classification of non-coding variants with high pathogenic impact
- auteur
- Lambert Moyon, Camille Berthelot, Alexandra Louis, Nga Thi Thuy Nguyen, Hugues Roest Crollius
- article
- PLoS Genetics, 2022, 18 (4), pp.e1010191. ⟨10.1371/journal.pgen.1010191⟩
- DOI
- DOI : 10.1371/journal.pgen.1010191
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-
- titre
- Genomicus in 2022: comparative tools for thousands of genomes and reconstructed ancestors
- auteur
- Nga thi thuy Nguyen, Pierre Vincens, Jean François Dufayard, Hugues Roest crollius, Alexandra Louis
- article
- Nucleic Acids Research, 2022, 50 (D1), pp.D1025-D1031. ⟨10.1093/nar/gkab1091⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkab1091
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Reconstruction of hundreds of reference ancestral genomes across the eukaryotic kingdom
- auteur
- Matthieu Muffato, Alexandra Louis, Nga Thi Thuy Nguyen, Joseph Lucas, Camille Berthelot, Hugues Roest Crollius
- article
- 2022
- DOI
- DOI : 10.1101/2022.02.17.480882
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-
2021
Journal articles
- titre
- The bowfin genome illuminates the developmental evolution of ray-finned fishes
- auteur
- Andrew Thompson, M. Brent Hawkins, Elise Parey, Dustin Wcisel, Tatsuya Ota, Kazuhiko Kawasaki, Emily Funk, Mauricio Losilla, Olivia Fitch, Qiaowei Pan, Romain Feron, Alexandra Louis, Jérôme Montfort, Marine Milhes, Brett Racicot, Kevin Childs, Quenton Fontenot, Allyse Ferrara, Solomon David, Amy Mccune, Alex Dornburg, Jeffrey Yoder, Yann Guiguen, Hugues Roest Crollius, Camille Berthelot, Matthew Harris, Ingo Braasch
- article
- Nature Genetics, 2021, ⟨10.1038/s41588-021-00914-y⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41588-021-00914-y
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-
- titre
- RapGreen, an interactive software and web package to explore and analyze phylogenetic trees
- auteur
- Jean-François Dufayard, Stéphanie Bocs, Valentin Guignon, Delphine Larivière, Alexandra Louis, Nicolas Oubda, Mathieu Rouard, Manuel Ruiz, Frédéric F. de Lamotte
- article
- NAR Genomics and Bioinformatics, 2021, 3 (3), 6 p. ⟨10.1093/nargab/lqab088⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nargab/lqab088
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-
2020
Journal articles
- titre
- Synteny-guided resolution of gene trees clarifies the functional impact of whole-genome duplications
- auteur
- Elise Parey, Alexandra Louis, Cédric Cabau, Yann Guiguen, Hugues Roest Crollius, Camille Berthelot
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2020, 37 (11), pp.3324-3337. ⟨10.1093/molbev/msaa149⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/molbev/msaa149
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-
- titre
- Synteny-Guided Resolution of Gene Trees Clarifies the Functional Impact of Whole-Genome Duplications
- auteur
- Elise Parey, Alexandra Louis, Cédric Cabau, Yann Guiguen, Hugues Roest Crollius, Camille Berthelot
- article
- Molecular Biology and Evolution, 2020, 37, pp.3324 - 3337. ⟨10.1093/molbev/msaa149⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/molbev/msaa149
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-
- titre
- ANISEED 2019: 4D exploration of genetic data for an extended range of tunicates
- auteur
- Justine Dardaillon, Delphine Dauga, Paul Simion, Emmanuel Faure, Takeshi Onuma, Melissa Debiasse, Alexandra Louis, Kazuhiro Nitta, Magali Naville, Lydia Besnardeau, Wendy Reeves, Kai Wang, Marie Fagotto, Marion Gueroult-Bellone, Shigeki Fujiwara, Rémi Dumollard, Michael Veeman, Jean-Nicolas Volff, Hugues Roest Crollius, Emmanuel J.P. Douzery, Joseph F Ryan, Bradley Davidson, Hiroki Nishida, Christelle Dantec, Patrick Lemaire
- article
- Nucleic Acids Research, 2020, 48 (D1), pp.D668-D675. ⟨10.1093/nar/gkz955⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkz955
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- Synteny-guided resolution of gene trees clarifies the functional impact of whole genome duplications
- auteur
- Elise Parey, Alexandra Louis, Cédric Cabau, Yann Guiguen, Hugues Roest-Crollius, Camille Berthelot
- article
- 2020
- DOI
- DOI : 10.1101/2020.01.30.926915
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-
2018
Journal articles
- titre
- Amphioxus functional genomics and the origins of vertebrate gene regulation
- auteur
- Ferdinand Marletaz, Panos N. Firbas, Ignacio Maeso, Juan J. Tena, Ozren Bogdanovic, Malcolm Perry, Christopher D. R. Wyatt, Elisa de La Calle-Mustienes, Stephanie Bertrand, Demian Burguera, Rafael D. Acemel, Simon J. Van Heeringen, Silvia Naranjo, Carlos Herrera-Ubeda, Ksenia Skvortsova, Sandra Jimenez-Gancedo, Daniel Aldea, Yamile Marquez, Lorena Buono, Iryna Kozmikova, Jon Permanyer, Alexandra Louis, Beatriz Albuixech-Crespo, Yann Le Petillon, Anthony Leon, Lucie Subirana, Piotr J. Balwierz, Paul Edward Duckett, Ensieh Farahani, Jean-Marc Aury, Sophie Mangenot, Patrick Wincker, Ricard Albalat, Elia Benito-Gutierrez, Cristian Canestro, Filipe Castro, Salvatore d'Aniello, David E. K. Ferrier, Shengfeng Huang, Vincent Laudet, Gabriel A. B. Marais, Pierre Pontarotti, Michael Schubert, Herve Seitz, Ildiko Somorjai, Tokiharu Takahashi, Olivier Mirabeau, Anlong Xu, Jr-Kai Yu, Piero Carninci, Juan Ramon Martinez-Morales, Hugues Roest Crollius, Zbynek Kozmik, Matthew T. Weirauch, Jordi Garcia-Fernandez, Ryan Lister, Boris Lenhard, Peter W. H. Holland, Hector Escriva, Jose Luis Gomez-Skarmeta, Manuel Irimia
- article
- Nature, 2018, 564 (7734), pp.64-70. ⟨10.1038/s41586-018-0734-6⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/s41586-018-0734-6
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-
- titre
- Chromosome evolution at the origin of the ancestral vertebrate genome
- auteur
- Christine Sacerdot, Alexandra Louis, Céline Bon, Camille Berthelot, Hugues Roest Crollius
- article
- Genome Biology, 2018, 19 (1), ⟨10.1186/s13059-018-1559-1⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/s13059-018-1559-1
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-
- titre
- Genomicus 2018: karyotype evolutionary trees and on-the-fly synteny computing
- auteur
- Nga thi thuy Nguyen, Pierre Vincens, Hugues Roest Crollius, Alexandra Louis
- article
- Nucleic Acids Research, 2018, 46 (D1), pp.D816-D822. ⟨10.1093/nar/gkx1003⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkx1003
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-
- titre
- ANISEED 2017: extending the integrated ascidian database to the exploration and evolutionary comparison of genome-scale datasets
- auteur
- Matija Brozovic, Christelle Dantec, Justine Dardaillon, Delphine Dauga, Emmanuel Faure, Mathieu Gineste, Alexandra Louis, Magali Naville, Kazuhiro R. Nitta, Jacques Piette, Wendy Reeves, Celine Scornavacca, Paul Simion, Renaud Vincentelli, Maëlle Bellec, Sameh Ben Aicha, Marie Fagotto, Marion Gueroult-Bellone, Maximilian Haeussler, Edwin Jacox, Elijah K. Lowe, Mickaël Mendez, Alexis Roberge, Alberto Stolfi, Rui Yokomori, C. Titus Brown, Christian Cambillau, Lionel Christiaen, Frédéric Delsuc, Emmanuel J.P. Douzery, Rémi Dumollard, Takehiro Kusakabe, Kenta Nakai, Hiroki Nishida, Yutaka Satou, Billie Swalla, Michael Veeman, Jean-Nicolas Volff, Patrick Lemaire
- article
- Nucleic Acids Research, 2018, 46 (D1), pp.D718-D725. ⟨10.1093/nar/gkx1108⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkx1108
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-
2017
Journal articles
- titre
- Comparative epigenomics in the Brassicaceae reveals two evolutionarily conserved modes of PRC2-mediated gene regulation
- auteur
- Claudia Chica, Alexandra Louis, Hugues Roest Crollius, Vincent Colot, François Roudier
- article
- Genome Biology, 2017, 18 (1), pp.1-15. ⟨10.1186/s13059-017-1333-9⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/s13059-017-1333-9
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-
2016
Journal articles
- titre
- Erratum to :"Understanding Brassicaceae evolution through ancestral genome reconstruction" (vol 16, 262, 2015)
- auteur
- Florent Murat, Alexandra Louis, Florian Maumus, Alix Armero, Richard Cooke, Hadi Quesneville, Hugues Roest Crollius, Jerome J. Salse
- article
- Genome Biology, 2016, 17 (64), ⟨10.1186/s13059-016-0887-2⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/s13059-016-0887-2
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-
2015
Journal articles
- titre
- Genomicus update 2015: KaryoView and MatrixView provide a genome-wide perspective to multispecies comparative genomics
- auteur
- Alexandra Louis, Nga thi thuy Nguyen, Matthieu Muffato, Hugues Roest crollius
- article
- Nucleic Acids Research, 2015, 43 (D1), pp.D682-D689. ⟨10.1093/nar/gku1112⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gku1112
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-
- titre
- GenomicusPlants: a web resource to study genome evolution in flowering plants
- auteur
- Alexandra Louis, Florent Murat, Jerome Salse, Hugues Roest Crollius
- article
- Plant and Cell Physiology, 2015, 56 (1), pp.e4. ⟨10.1093/pcp/pcu177⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/pcp/pcu177
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-
- titre
- Long-range evolutionary constraints reveal cis-regulatory interactions on the human X chromosome.
- auteur
- Magali Naville, Minaka Ishibashi, Marco Ferg, Hemant Bengani, Silke Rinkwitz, Monika Krecsmarik, Thomas A Hawkins, Stephen W Wilson, Elizabeth Manning, Chandra S R Chilamakuri, David I Wilson, Alexandra Louis, F Lucy Raymond, Sepand Rastegar, Uwe Strähle, Boris Lenhard, Laure Bally-Cuif, Veronica van Heyningen, David R Fitzpatrick, Thomas S Becker, Hugues Roest Crollius
- article
- Nature Communications, 2015, 6, pp.6904. ⟨10.1038/ncomms7904⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/ncomms7904
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Understanding Brassicaceae evolution through ancestral genome reconstruction
- auteur
- Florent Murat, Alexandra Louis, Florian Maumus, Alix Armero Villanueva, Richard Cooke, Hadi Quesneville, Hugues Roest Crollius, Jerome Salse
- article
- Genome Biology, 2015, 16 (262), ⟨10.1186/s13059-015-0814-y⟩
- DOI
- DOI : 10.1186/s13059-015-0814-y
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-
2014
Journal articles
- titre
- The rainbow trout genome provides novel insights into evolution after whole-genome duplication in vertebrates.
- auteur
- Camille Berthelot, Frédéric Brunet, Domitille Chalopin, Amélie Juanchich, Maria Bernard, Benjamin Noël, Pascal Bento, Corinne da Silva, Karine Labadie, Adriana A. Alberti, Jean-Marc Aury, Alexandra Louis, Patrice Dehais, Philippe Bardou, Jérôme Montfort, Christophe C. Klopp, Cédric Cabau, Christine Gaspin, Gary H Thorgaard, Mekki Boussaha, Edwige Quillet, René Guyomard, Delphine Galiana-Arnoux, Julien Bobe, Jean-Nicolas Volff, Carine Genet, Patrick Wincker, Olivier Jaillon, Hugues Roest Crollius, Yann Guiguen
- article
- Nature Communications, 2014, 5, pp.1-10. ⟨10.1038/ncomms4657⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/ncomms4657
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-
2012
Journal articles
- titre
- Genomicus: five genome browsers for comparative genomics in eukaryota
- auteur
- Alexandra Louis, Matthieu Muffato, Hugues Roest Crollius
- article
- Nucleic Acids Research, 2012, 41 (D1), pp.D700-D705. ⟨10.1093/nar/gks1156⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gks1156
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-
- titre
- How much does the amphioxus genome represent the ancestor of chordates?
- auteur
- A. Louis, H. Roest Crollius, M. Robinson-Rechavi
- article
- Briefings in Functional Genomics and Proteomics, 2012, 11 (2), pp.89-95. ⟨10.1093/bfgp/els003⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/bfgp/els003
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-
2010
Journal articles
- titre
- Plasticity of animal genome architecture unmasked by rapid evolution of a pelagic tunicate
- auteur
- France Denoeud, Simon Henriet, Sutada Mungpakdee, Jean-Marc Aury, Corinne da Silva, Henner Brinkmann, Jana Mikhaleva, Lisbeth Charlotte Olsen, Claire Jubin, Cristian Cañestro, Jean-Marie Bouquet, Gemma Danks, Julie Poulain, Coen Campsteijn, Marcin Adamski, Ismael Cross, Fekadu Yadetie, Matthieu Muffato, Alexandra Louis, Stephen Butcher, Georgia Tsagkogeorga, Anke Konrad, Sarabdeep Singh, Marit Flo Jensen, Evelyne Huynh Cong, Helen Eikeseth-Otteraa, Benjamin Noel, Véronique Anthouard, Betina M Porcel, Rym Kachouri-Lafond, Atsuo Nishino, Matteo Ugolini, Pascal Chourrout, Hiroki Nishida, Rein Aasland, Snehalata Huzurbazar, Eric Westhof, Frédéric Delsuc, Hans Lehrach, Richard Reinhardt, Jean Weissenbach, Scott W Roy, François Artiguenave, John H Postlethwait, J Robert Manak, Eric M. Thompson, Olivier Jaillon, Louis Du Pasquier, Pierre Boudinot, David A. Liberles, Jean-Nicolas Volff, Herve Philippe, Boris Lenhard, Hugues Roest Crollius, Patrick Wincker, Daniel Chourrout
- article
- Science, 2010, 330 (6009), pp.1381-1385. ⟨10.1126/science.1194167⟩
- DOI
- DOI : 10.1126/science.1194167
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Genomicus: a database and a browser to study gene synteny in modern and ancestral genomes
- auteur
- M. Muffato, A. Louis, C. Poisnel, H. Crollius
- article
- Bioinformatics, 2010, 26 (8), pp.1119-1121. ⟨10.1093/bioinformatics/btq079⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/bioinformatics/btq079
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-
Book sections
- titre
- Banques et bases de données en biologie
- auteur
- Hélène Chiapello, Alexandra Louis
- article
- Bio-Informatique - principes d'utilisation des outils, Editions Quae, 2010
- Accès au bibtex
-
2005
Journal articles
- titre
- Identification of genomic features using microsyntenies of domains: Domain teams
- auteur
- S. Pasek, Anne Bergeron, Jean Loup Risler, Alexandra Louis, Emmanuelle Ollivier, Mathieu Raffinot
- article
- Genome Research, 2005, 15 (6), pp.867-874. ⟨10.1101/gr.3638405⟩
- DOI
- DOI : 10.1101/gr.3638405
- Accès au bibtex
-
2004
Journal articles
- titre
- PHYTOPROT: a database of clusters of plant proteins
- auteur
- S. Mohseni-Zadeh, Alexandra Louis
- article
- Nucleic Acids Research, 2004, 32 (90001), pp.351D-353. ⟨10.1093/nar/gkh040⟩
- DOI
- DOI : 10.1093/nar/gkh040
- Accès au bibtex
-
2002
Journal articles
- titre
- Deciphering Arabidopsis thaliana gene neighborhoods through bibliographic co-citations
- auteur
- A. Louis, H. Chiapello, C. Fabry, E. Ollivier, A. Hénaut
- article
- Computers and Chemistry, 2002, 26 (5), pp.511-519. ⟨10.1016/S0097-8485(02)00011-6⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/S0097-8485(02)00011-6
- Accès au bibtex
-
- titre
- An incremental algorithm for Z-value computations
- auteur
- J.-C. Aude, A. Louis
- article
- Computers and Chemistry, 2002, 26 (5), pp.402-410. ⟨10.1016/S0097-8485(02)00003-7⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/S0097-8485(02)00003-7
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-
- titre
- Deciphering Arabidopsis thaliana gene neighborhoods through bibliographic co-citations
- auteur
- A. Louis, Hélène Chiapello, C. Fabry, E. Ollivier, A. Henaut
- article
- Computers and Chemistry, 2002, 26 (5), pp.511-519. ⟨10.1016/S0097-8485(02)00011-6⟩
- DOI
- DOI : 10.1016/S0097-8485(02)00011-6
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-
2001
Journal articles
- titre
- Massive Sequence Comparisons as a Help in Annotating Genomic Sequences
- auteur
- Alexandra Louis, Emmanuelle Ollivier, Jean-Christophe Aude, Jean Loup Risler
- article
- Genome Research, 2001
- Accès au bibtex
-
Book sections
- titre
- Encyclopedia of Life Sciences
- auteur
- Jean-Loup Risler, Alexandra Louis
- article
- Genetic Databases: Mining, John Wiley & Sons, Ltd, 2001, ⟨10.1038/npg.els.0005313⟩
- DOI
- DOI : 10.1038/npg.els.0005313
- Accès au bibtex
-