Publications HAL de la collection LGDP

2024

titre
Detection of transcriptomic structural variations in wild rice using Nanopore direct RNA sequencing.
auteur
Marie-Christine Carpentier, Christel Llauro, Eric Lasserre, Marie Mirouze, Rod A. Wing, Olivier Panaud
article
JOBIM 2024: JOURNéES OUVERTES DE BIOLOGIE, INFORMATIQUE ET MATHéMATIQUES 2024, Jun 2024, TOULOUSE Université Paul Sabatier, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04919310/file/Poster_JOBIM_2024_159.pdf BibTex

2020

titre
Construction and characterisation of a knock-down RNA interference line of OsNRPD1 in rice (Oryza sativa ssp japonica cv Nipponbare)
auteur
Emilie Debladis, Tzuu-Fen Lee, Yan-Jiun Huang, Jui-Hsien Lu, Sandra M. Mathioni, Marie-Christine Carpentier, Christel Llauro, Davy Pierron, Delphine Mieulet, Emmanuel Guiderdoni, Pao-Yang Chen, Blake C. Meyers, Olivier Panaud, Eric Lasserre
article
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2020, 375 (1795), pp.20190338. ⟨10.1098/rstb.2019.0338⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://univ-perp.hal.science/hal-04274817/file/osnrpd1_hal.pdf BibTex

2019

titre
Retrotranspositional landscape of Asian rice revealed by 3000 genomes
auteur
Marie-Christine Carpentier, Ernandes Manfroi, Fu-Jin Wei, Hshin-Ping Wu, Eric Lasserre, Christel Llauro, Emilie Debladis, Roland Akakpo, Yue-Ie Hsing, Olivier Panaud
article
Nature Communications, 2019, 10 (1), ⟨10.1038/s41467-018-07974-5⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02098307/file/s41467-018-07974-5.pdf BibTex
titre
Unraveling the Retrotranspositional Landscape of Rice at Species Level using 3000 Genomes
auteur
Marie-Christine Carpentier, Ernandes Manfroi, Fu-Jin Wei, Hshin-Ping Wu, Eric Lasserre, Christel Llauro, Emilie Debladis, Roland Akakpo, Yue-Ie Hsing, Olivier Panaud
article
22nd National Congress on Transposable Elements - MobileET- Bioinformatics Days, Jul 2019, Lyon, France
Accès au bibtex
BibTex
titre
Unraveling the Retrotranspositional Landscape of Rice at Species Level using 3000 Genomes
auteur
Marie-Christine Carpentier, Ernandes Manfroi, Fu-Jin Wei, Hshin-Ping Wu, Eric Lasserre, Christel Llauro, Emilie Debladis, Roland Akakpo, Yue-Ie Hsing, Olivier Panaud
article
Plant and Animal Genomics Conference XXVII, Jan 2019, SAN DIEGO CA, United States
Accès au bibtex
BibTex

2018

titre
Genomes of 13 domesticated and wild rice relatives highlight genetic conservation, turnover and innovation across the genus Oryza
auteur
Joshua Stein, Yeisoo Yu, Dario Copetti, Derrick Zwickl, Li Zhang, Chengjun Zhang, Kapeel Chougule, Dongying Gao, Aiko Iwata, Jose Luis Goicoechea, Sharon Wei, Jun Wang, Yi Liao, Muhua Wang, Julie Jacquemin, Claude Becker, Dave Kudrna, Jianwei Zhang, Carlos Londono, Xiang Song, Seunghee Lee, Paul Sanchez, Andrea Zuccolo, Jetty Ammiraju, Jayson Talag, Ann Danowitz, Luis Rivera, Andrea Gschwend, Christos Noutsos, Cheng-Chieh Wu, Shu-Min Kao, Jhih-Wun Zeng, Fu-Jin Wei, Qiang Zhao, Qi Feng, Moaine El Baidouri, Marie-Christine Carpentier, Eric Lasserre, Richard Cooke, Daniel Da Rosa Farias, Carlos da Maia, Railson dos Santos, Kevin Nyberg, Kenneth Mcnally, Ramil Mauleon, Nickolai Alexandrov, Jeremy Schmutz, Dave Flowers, Chuanzhu Fan, Detlef Wei, Kshirod Jena, Thomas Wicker, Mingsheng Chen, Bin Han, Robert Henry, Yue-Ie Yu, Nori Kurata, António Costa de Oliveira, Olivier Panaud, Scott Jackson, Carlos Machado, Michael Sanderson, Manyuan Long, Doreen Ware, Rod Wing
article
Nature Genetics, 2018, 50 (2), pp.285-296. ⟨10.1038/s41588-018-0040-0⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02098593/file/s41588-018-0040-0.pdf BibTex
titre
Oak genome reveals facets of long lifespan
auteur
Christophe Plomion, Jean-Marc Aury, Joelle Amselem, Thibault Leroy, Florent Murat, Sébastien Duplessis, Sébastien Faye, Nicolas Francillonne, Karine Labadie, Grégoire Le Provost, Isabelle Lesur Kupin, Jérôme Bartholome, Patricia Faivre-Rampant, Annegret Kohler, Jean-Charles Leplé, Nathalie Chantret, Jun Chen, Anne Dievart, Tina Alaeitabar, Valérie Barbe, Caroline Belser, Helene Berges, Catherine Bodenes, Marie-Béatrice Bogeat-Triboulot, Marie-Lara Bouffaud, Benjamin Brachi, Emilie Chancerel, David Cohen, Arnaud Couloux, Corinne da Silva, Carole Dossat, François Ehrenmann, Christine Gaspin, Jacqueline Grima Pettenati, Erwan Guichoux, Arnaud Hecker, Sylvie Herrmann, Philippe Hugueney, Irène Hummel, Christophe Klopp, Céline Lalanne, Martin Lascoux, Eric Lasserre, Arnaud Lemainque, Marie Laure Desprez-Loustau, Isabelle Luyten, Mohammed-Amin Madoui, Sophie Mangenot, Clémence Marchal, Florian Maumus, Jonathan Mercier, Célia Michotey, Olivier Panaud, Nathalie Picault, Nicolas Rouhier, Olivier Rué, Camille Rustenholz, Franck Salin, Marçal Soler, Mika Tarkka, Amandine Velt, Amy E. Zanne, Francis Martin, Patrick Wincker, Hadi Quesneville, Antoine Kremer, Jerome Salse
article
Nature Plants, 2018, 4 (7), pp.440-452. ⟨10.1038/s41477-018-0172-3⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01820559/file/Publis18-agap-014_plomion_oak.pdf BibTex

2017

titre
Sequencing the extrachromosomal circular mobilome reveals retrotransposon activity in plants
auteur
Sophie Lanciano, Marie-Christine Carpentier, Christel Llauro, Edouard Jobet, Dagmara Robakowska-Hyzorek, Eric Lasserre, Alain Ghesquière, Olivier Panaud, Marie Mirouze
article
PLoS Genetics, 2017, 13 (2), pp.e1006630. ⟨10.1371/journal.pgen.1006630⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02098598/file/pgen.1006630.pdf BibTex

2015

titre
Modified Bean Seed Protein Phaseolin Did Not Accumulate Stably in Transgenic Tobacco Seeds after Methionine Enhancement Mutations
auteur
Eric Lasserre, T. Ko, John Dyer, Norimoto Murai
article
American Journal of Plant Sciences, 2015, 06 (05), pp.640-650. ⟨10.4236/ajps.2015.65069⟩
Accès au bibtex
BibTex

2014

titre
Widespread and frequent horizontal transfers of transposable elements in plants.
auteur
Moaine El Baidouri, Marie-Christine Carpentier, Richard Cooke, Dongying Gao, Eric Lasserre, Christel Llauro, Marie Mirouze, Nathalie Picault, Scott A Jackson, Olivier Panaud
article
Genome Research, 2014, 24 (5), pp.831-8. ⟨10.1101/gr.164400.113⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01218140/file/831.pdf BibTex

2013

titre
Tetracycline-Based Binary Ti Vectors pLSU with Efficient Cloning by the Gateway Technology for Agrobacterium tumefaciens-Mediated Transformation of Higher Plants
auteur
Seokhyun Lee, Guiying Su, Eric Lasserre, Norimoto Murai
article
American Journal of Plant Sciences, 2013, 04 (07), pp.1418-1426. ⟨10.4236/ajps.2013.47173⟩
Accès au bibtex
BibTex

2012

titre
Small high-yielding binary Ti vectors pLSU with co-directional replicons for Agrobacterium tumefaciens-mediated transformation of higher plants
auteur
Seokhyun Lee, Guiying Su, Eric Lasserre, Monty Arta Aghazadeh, Norimoto Murai
article
Plant Science, 2012, 187, pp.49-58. ⟨10.1016/j.plantsci.2012.01.012⟩
Accès au bibtex
BibTex

2010

titre
RLK7, a leucine-rich repeat receptor-like kinase, is required for proper germination speed and tolerance to oxidative stress in Arabidopsis thaliana.
auteur
Delphine Pitorre, Christel Llauro, Edouard Jobet, Jocelyne Guilleminot, Jean-Paul Brizard, Michel Delseny, Eric Lasserre
article
Planta, 2010, 232 (6), pp.1339-53. ⟨10.1007/s00425-010-1260-4⟩
Accès au bibtex
BibTex

2009

titre
Identification of an active LTR retrotransposon in rice.
auteur
Nathalie Picault, Cristian Chaparro, Cristel Llauro, Benoit Piegu, Willfried Stenger, Damien Formey, Julie Descombin, Francois Sabot, Eric Lasserre, Donaldo Meynard, Emmanuel Guiderdoni, Olivier Panaud
article
The Plant Journal, 2009, 58 (5), pp.754-65. ⟨10.1111/j.1365-313X.2009.03813.x⟩
Accès au bibtex
BibTex

2008

titre
AtERF38 (At2g35700), an AP2/ERF family transcription factor gene from Arabidopsis thaliana, is expressed in specific cell types of roots, stems and seeds that undergo suberization.
auteur
Eric Lasserre, Edouard Jobet, Christel Llauro, Michel Delseny
article
Plant Physiology and Biochemistry, 2008, 46 (12), pp.1051-61. ⟨10.1016/j.plaphy.2008.07.003⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Inventory, evolution and expression profiling diversity of the LEA (late embryogenesis abundant) protein gene family in Arabidopsis thaliana
auteur
Natacha Bies-Etheve, Pascale Gaubier-Comella, Anne Debures, Eric Lasserre, Edouard Jobet, Monique Raynal, Richard Cooke, Michel Delseny
article
Plant Molecular Biology, 2008, 67 (1-2), pp.107-124. ⟨10.1007/s11103-008-9304-x⟩
Accès au bibtex
BibTex