Publications HAL

2023

Journal articles

titre
Editorial: Automatic methods for multiple sclerosis new lesions detection and segmentation
auteur
Olivier Commowick, Benoît Combès, Frédéric Cervenansky, Michel Dojat
article
Frontiers in Neuroscience, 2023, 17, pp.1176625. ⟨10.3389/fnins.2023.1176625⟩
DOI
DOI : 10.3389/fnins.2023.1176625
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https://hal.science/hal-04076125/file/fnins-17-1176625.pdf BibTex

2022

Conference papers

titre
Projet ReproVIP
auteur
Gaël Vila, Axel Bonnet, Carole Frindel, Helene Ratiney, Frédéric Cervenansky, Morgane Des Ligneris, C. Mouton, Emmanuel Medernach, Jerome Pansanel, Tristan Glatard, Sorina Camarasu-Pop
article
Journée Reproductibilité Labex PRIMES, Dec 2022, Lyon, France
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https://hal.science/hal-04006460/file/Projet_ReproVIP.pdf BibTex
titre
AWESOMME : Application WEb pour la génération de maSse de dOnnées expertisées en iMageriE MEdicale
auteur
T. Diot, Frédéric Cervenansky, B. Leporq, H. Ratiney, O. Boeuf
article
JCAD 2022, Journées Calcul Données : Rencontres scientifiques et techniques autour du calcul et des données., Oct 2022, Dijon, France
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https://hal.science/hal-03891814/file/026_Presentation_longue_Orateur_Diot_Tiphaine_AWESOMME.pdf BibTex

Poster communications

titre
ReproVIP: Enhancing Reproducibility of Scientific Results in Medical Imaging
auteur
Gaël Vila, Axel Bonnet, Frédéric Cervenansky, Claire Mouton, Sorina Camarasu-Pop, Tristan Glatard, Emmanuel Medernach, Jerome Pansanel
article
EGI Conference 2022, Sep 2022, Prague, France
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https://hal.science/hal-03789321/file/Poster_EGI-2022_v5.pdf BibTex

2021

Conference papers

titre
MSSEG-2: Un challenge d'imagerie médicale sur VIP
auteur
Sorina Camarasu-Pop, Axel Bonnet, Arthur Masson, Michael Kain, Michel Dojat, Olivier Commowick, Frédéric Cervenansky
article
JCAD 2021, Dec 2021, En ligne, France
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https://hal.science/hal-03708108/file/Presentation_courte_Orateur_POP_Sorina_MSSEG-2_Un_challenge.pdf BibTex
titre
MSSEG-2: A medical imaging challenge on VIP
auteur
Sorina Camarasu-Pop, Axel Bonnet, Arthur Masson, Michael Kain, Michel Dojat, Olivier Commowick, Frédéric Cervenansky
article
EGI Conference 2021, Oct 2021, En ligne, France
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https://hal.science/hal-03708105/file/EGI_VIP_MSSEG2_v3.pdf BibTex

2020

Journal articles

titre
LU-Net: A Multistage Attention Network to Improve the Robustness of Segmentation of Left Ventricular Structures in 2-D Echocardiography
auteur
Sarah Leclerc, Erik Smistad, Andreas Ostvik, Frédéric Cervenansky, Florian Espinosa, Torvald Espeland, Erik Andreas Rye Berg, Mourad Belhamissi, Sardor Israilov, Thomas Grenier, Carole Lartizien, Pierre-Marc Jodoin, Lasse Lovstakken, Olivier Bernard
article
IEEE Transactions on Ultrasonics, Ferroelectrics and Frequency Control, 2020, 67 (12), pp.2519-2530. ⟨10.1109/TUFFC.2020.3003403⟩
DOI
DOI : 10.1109/TUFFC.2020.3003403
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https://hal.science/hal-03149347/file/tuffc_2020_sarah.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Deep Learning for Segmentation using an Open Large-Scale Dataset in 2D Echocardiography
auteur
Sarah Leclerc, Erik Smistad, Joao Pedrosa, Andreas Ostvik, Fréderic Cervenansky, Florian Espinosa, Torvald Espeland, Erik J. Berg, Pierre-Marc Jodoin, Thomas Grenier, Carole Lartizien, Jan Drhooge, Lasse Lovstakken, Olivier Bernard
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, 2019, 38 (9), pp.2198-2210. ⟨10.1109/TMI.2019.2900516⟩
DOI
DOI : 10.1109/TMI.2019.2900516
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https://hal.science/hal-02054458/file/tmi_2019_Leclerc.pdf BibTex

Conference papers

titre
RU-Net: A refining segmentation network for 2D echocardiography
auteur
Sarah Leclerc, Erik Smistad, Thomas Grenier, Carole Lartizien, Andreas Ostvik, Frédéric Cervenansky, Florian Espinosa, Torvald Espeland, Erik Andreas Rye Berg, Pierre-Marc Jodoin, Lasse Løvstakken, Olivier Bernard
article
2019 IEEE International Ultrasonics Symposium (IUS), Oct 2019, Glasgow, France. pp.1160-1163, ⟨10.1109/ULTSYM.2019.8926158⟩
DOI
DOI : 10.1109/ULTSYM.2019.8926158
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https://hal.science/hal-02570017/file/articleIUS2019%20%282%29.pdf BibTex
titre
Deep Learning Segmentation in 2D echocardiography using the CAMUS dataset : Automatic Assessment of the Anatomical Shape Validity
auteur
Sarah Leclerc, Erik Smistad, Andreas Ostvik, Frederic Cervenansky, Florian Espinosa, Torvald Espeland, Erik Andreas, Rye Berg, Pierre-Marc Jodoin, Thomas Grenier, Carole Lartizien, Lasse Lovstakken, Olivier Bernard
article
International conference on Medical Imaging with Deep Learning (MIDL 2019), Jul 2019, London, United Kingdom
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https://hal.science/hal-02395245/file/Leclerc_MIDL2019_final.pdf BibTex

2018

Journal articles

titre
Objective Evaluation of Multiple Sclerosis Lesion Segmentation using a Data Management and Processing Infrastructure
auteur
Olivier Commowick, Audrey Istace, Michael Kain, Baptiste Laurent, Florent Leray, Mathieu Simon, Sorina Camarasu Pop, Pascal Girard, Roxana Ameli, Jean-Christophe Ferré, Anne Kerbrat, Thomas Tourdias, Frédéric Cervenansky, Tristan Glatard, Jeremy Beaumont, Senan Doyle, Florence Forbes, Jesse Knight, April Khademi, Amirreza Mahbod, Chunliang Wang, Richard Mckinley, Franca Wagner, John Muschelli, Elizabeth Sweeney, Eloy Roura, Xavier Llado, Michel Santos, Wellington P Santos, Abel G Silva-Filho, Xavier Tomas-Fernandez, Hélène Urien, Isabelle Bloch, Sergi Valverde, Mariano Cabezas, Francisco Javier Vera-Olmos, Norberto Malpica, Charles R G Guttmann, Sandra Vukusic, Gilles Edan, Michel Dojat, Martin Styner, Simon K. Warfield, François Cotton, Christian Barillot
article
Scientific Reports, 2018, 8 (1), pp.13650. ⟨10.1038/s41598-018-31911-7⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41598-018-31911-7
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https://inserm.hal.science/inserm-01847873/file/s41598-018-31911-7.pdf BibTex
titre
Deep Learning Techniques for Automatic MRI Cardiac Multi-structures Segmentation and Diagnosis: Is the Problem Solved?
auteur
Olivier Bernard, Alain Lalande, Clement Zotti, Frederic Cervenansky, Xin Yang, Pheng-Ann Heng, Irem Cetin, Karim Lekadir, Oscar Camara, Miguel Angel Gonzalez Ballester, Gerard Sanroma, Sandy Napel, Steffen Petersen, Georgios Tziritas, Elias Grinias, Mahendra Khened, Varghese Alex Kollerathu, Ganapathy Krishnamurthi, Marc-Michel Rohé, Xavier Pennec, Maxime Sermesant, Fabian Isensee, Paul Jager, Klaus H Maier-Hein, Peter M. Full, Ivo Wolf, Sandy Engelhardt, Chrisitan Baumgartner, Lisa Koch, Jelmer Wolterink, Ivana Isgum, Yeonggul Jang, Yoonmi Hong, Jay Patravali, Shubham Jain, Olivier Humbert, Pierre-Marc Jodoin
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, 2018, 37 (11), pp.2514-2525. ⟨10.1109/TMI.2018.2837502⟩
DOI
DOI : 10.1109/TMI.2018.2837502
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titre
Boutiques: a flexible framework to integrate command-line applications in computing platforms
auteur
Tristan Glatard, Gregory Kiar, Tristan Aumentado-Armstrong, Natacha Beck, Pierre Bellec, Rémi Bernard, Axel Bonnet, Sorina Camarasu-Pop, F. Cervenansky, Samir Das, Rafael Ferreira da Silva, Guillaume Flandin, Pascal Girard, Krzysztof Gorgolewski, Charles R G Guttmann, Valérie Hayot-Sasson, Pierre Quirion, Pierre Rioux, Marc-Etienne Rousseau, Alan Evans
article
GigaScience, 2018, 7 (5), ⟨10.1093/gigascience/giy016⟩
DOI
DOI : 10.1093/gigascience/giy016
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titre
The first MICCAI challenge on PET tumor segmentation
auteur
Mathieu Hatt, Baptiste Laurent, Anouar Ouahabi, Hadi Fayad, Shan Tan, Laquan Li, Wei Lu, Vincent Jaouen, Clovis Tauber, Jakub Czakon, Filip Drapejkowski, Witold Dyrka, Sorina Camarasu-Pop, Frédéric Cervenansky, Pascal Girard, Tristan Glatard, Michael Kain, Yao Yao, Christian Barillot, Assen Kirov, Dimitris Visvikis
article
Medical Image Analysis, 2018, 44, pp.177-195. ⟨10.1016/j.media.2017.12.007⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.media.2017.12.007
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2017

Journal articles

titre
Robustness of spatio-temporal regularization in perfusion MRI deconvolution: An application to acute ischemic stroke
auteur
Mathilde Giacalone, Carole Frindel, Marc Robini, Frédéric Cervenansky, Emmanuel Grenier, David Rousseau
article
Magnetic Resonance in Medicine, 2017, 78 (5), pp.1981-1990 ⟨10.1002/mrm.26573⟩
DOI
DOI : 10.1002/mrm.26573
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Conference papers

titre
Suite logicielle pour l’imagerie de perfusion dans l’étude de l’accident vasculaire cérébral
auteur
Mathilde Giacalone, Camila Angel, Carole Frindel, Frédéric Cervenansky, Marc C. Robini, Tae-Hee Cho, Yves Berthezène, Norbert Nighoghossian, David Rousseau
article
Recherche en Imagerie et Technologies pour la Santé (RITS) 2017, Mar 2017, Lyon, France
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2016

Journal articles

titre
Standardized evaluation system for left ventricular segmentation algorithms in 3D echocardiography
auteur
Olivier Bernard, J.G.H. Bosch, B Heyde, M. Alessandrini, D. Barbosa, S. Camarasu-Pop, F. Cervenansky, Sébastien Valette, O. Mirea, M. Bernier, P.-M. Jodoin, J.-S. Domingos, R.V Stebbing, K Keraudren, O. Oktay, J. Caballero, W. Shi, D. Rueckert, F. Milletari, F. Ahmadi, E. Smistad, F. Lindseth, M van Stralen, Chen Wang, O. Smedby, Erwan Donal, M. Monaghan, A. Papachristidis, M.L. Geleijnse, Elena Galli, J. d'Hooge
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, 2016, 35 (4), pp.967-977. ⟨10.1109/TMI.2015.2503890⟩
DOI
DOI : 10.1109/TMI.2015.2503890
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Conference papers

titre
Plane-wave imaging challenge in medical ultrasound
auteur
Herve Liebgott, A Rodriguez-Molares, F. Cervenansky, Jørgen Arendt Jensen, Olivier Bernard
article
Ultrasonics Symposium (IUS), 2016 IEEE International, 2016, Unknown, Unknown Region. pp.1--4
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Proceedings

titre
MSSEG Challenge Proceedings: Multiple Sclerosis Lesions Segmentation Challenge Using a Data Management and Processing Infrastructure
auteur
Olivier Commowick, Frédéric Cervenansky, Roxana Ameli
article
MICCAI, Oct 2016, Athènes, Greece. 2016
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https://inserm.hal.science/inserm-01397806/file/MSSEG_Challenge_Proceedings.pdf BibTex

2015

Journal articles

titre
misoSR: Medical Image Isotropic Super-Resolution Reconstruction
auteur
Eric van Reeth van Reeth, Geetha Soujanya, Michaël Sdika, Frederic Cervenansky, Chueh Loo Poh
article
Midas Journal, 2015
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https://hal.science/hal-01799683/file/VanReeth2015.pdf BibTex
titre
OFSEP, a nationwide cohort of people with multiple sclerosis: Consensus minimal MRI protocol
auteur
Roxana Amélie, René Anxionnat, Jean-Paul Armspach, Bertrand Audoin, Christian Barillot, Isabelle Berry, Fabrice Bonneville, Claire Boutet, Giovanni Castelnovo, Frédéric Cervenansky, Mikael Cohen, Olivier Commowick, François Cotton, Jérôme de Seze, Vincent Dousset, Françoise Durand-Dubief, Gilles Edan, Jean-Christophe Ferre, Damien Galanaud, Tristan Glattard, Sylvie Grand, Justine Guillaumont, Rémy Guillevin, Charles Guttmann, Salem Hannoun, Fabrice Heitz, Alexandre Krainik, Stéphane Kremer, Pierre Labauge, Nicolas Menjot de Champfleur, Jean-Philippe Ranjeva, Jean-Amédée Roch, Dominique Sappey-Marinier, Julien Savatovsky, Bruno Stankoff, Thomas Tourdias, Ayman Tourbah, Sandra Vukusic
article
Journal de Neuroradiologie / Journal of Neuroradiology, 2015, 42 (3), pp.133 - 140. ⟨10.1016/j.neurad.2014.12.001⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.neurad.2014.12.001
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2014

Journal articles

titre
OntoVIP: An ontology for the annotation of object models used for medical image simulation.
auteur
Bernard Gibaud, Germain Forestier, Hugues Benoit-Cattin, Frédéric Cervenansky, Patrick Clarysse, Denis Friboulet, Alban Gaignard, Patrick Hugonnard, Carole Lartizien, Hervé Liebgott, Johan Montagnat, Joachim Tabary, Tristan Glatard
article
Journal of Biomedical Informatics, 2014, 52, pp.279-92. ⟨10.1016/j.jbi.2014.07.008⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.jbi.2014.07.008
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https://inserm.hal.science/inserm-01062371/file/ontovip-for-hal.pdf BibTex

Conference papers

titre
Challenge on Endocardial Three-dimensional Ultrasound Segmentation (CETUS)
auteur
Olivier Bernard, Brecht Heyde, Martino Alessandrini, Daniel Barbosa, Sorina Camarasu-Pop, Frédéric Cervenansky, Sébastien Valette, Oana Mirea, Elena Galli, Marcel L. Geleijnse, Alexandros Papachristidis, Johan G. Bosch, Jan d'Hooge
article
Challenge on Endocardial Three-dimensional Ultrasound Segmentation, Sep 2014, Boston, United States
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BibTex
titre
Global Initiative for Sentinel e-Health Network on Grid (GINSENG): Medical Data Integration and Semantic Developments for Epidemiology
auteur
S. Cipiere, G. Ereteo, A. Gaignard, N. Boujelben, S. Gaspard, Vincent Breton, F. Cervenansky, David R.C. Hill, T. Glatard, D. Manset, Johan Montagnat, Jérôme Revillard, L. Maigne
article
Workshop on Clusters, Clouds and Grids for Health 2014, May 2014, Chicago, United States. pp.755-763, ⟨10.1109/CCGrid.2014.45⟩
DOI
DOI : 10.1109/CCGrid.2014.45
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https://hal.science/hal-01048737/file/Cipiere2014.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
A virtual imaging platform for multi-modality medical image simulation.
auteur
Tristan Glatard, Carole Lartizien, Bernard Gibaud, Rafael Ferreira da Silva, Germain Forestier, Frederic Cervenansky, Martino Alessandrini, Hugues Benoit-Cattin, Olivier Bernard, Sorina Camarasu-Pop, Nadia Cerezo, Patrick Clarysse, Alban Gaignard, Patrick Hugonnard, Hervé Liebgott, Simon Marache-Francisco, Adrien Marion, Johan Montagnat, Joachim Tabary, Denis Friboulet
article
IEEE Transactions on Medical Imaging, 2013, 32 (1), pp.110-8. ⟨10.1109/TMI.2012.2220154⟩
DOI
DOI : 10.1109/TMI.2012.2220154
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Conference papers

titre
CreaTools: A development framework for medical image processing software ; an application to segmentation, anomaly detection and quantification for coronary arteries
auteur
C. Mouton, E. E. Dávila Serrano, F. Cervenansky, S. Camarasu-Pop, E. Correa, L. Flórez-Valencia, M. Hernandez Hoyos, M. Orkisz
article
European BioImage Analysis Symposium 2013, Oct 2013, Barcelone, Spain
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2012

Conference papers

titre
Design of an ontology for the annotation of object models used for medical image simulation
auteur
B. Gibaud, G. Forestier, B. Benoit-Cattin, F. Cervenansky, P. Clarysse, D. Friboulet, A. Gaignard, P. Hugonnard, C. Lartizien, H. Liebgott, Johan Montagnat, J. Tabary, T. Glatard
article
Nouvelles méthodologies en imagerie du vivant, Dec 2012, Lyon, France
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titre
OntoVIP: an ontology for the annotation of object models used for medical image simulation
auteur
B. Gibaud, G. Forestier, H. Benoit-Cattin, F. Cervenansky, P. Clarysse, D. Friboulet, A. Gaignard, P. Hugonnard, C. Lartizien, H. Liebgott, Johan Montagnat, J. Tabary, T. Glatard
article
IEEE International Conference on Healthcare Informatics, Imaging and Systems Biology (HISB), Sep 2012, La Jolla, United States. pp.110, ⟨10.1109/HISB.2012.35⟩
DOI
DOI : 10.1109/HISB.2012.35
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titre
CreaTools: a framework to develop medical image processing software. Application to simulate pipeline stent deployment in intracranial vessels with aneurysms
auteur
E. E. Dávila Serrano, L. Guigues, F. Cervenansky, S. Camarasu-Pop, J. G. Riveros Reyes, L. Flórez-Valencia, M. Hernández Hoyos, M. Orkisz
article
Int. Conf. Comput. Vision. Graphics., Sep 2012, Warsaw, Poland. pp.55-62
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titre
CreaTools: A Framework to Develop Medical Image Processing Software: Application to Simulate Pipeline Stent Deployment in Intracranial Vessels with Aneurysms
auteur
E. E. Dávila Serrano, L. Guigues, J.-P. Roux, F. Cervenansky, S. Camarasu-Pop, J. G. Riveros Reyes, L. Flórez-Valencia, M. Hern, M. Orkisz
article
International Conference on Computer Vision and Graphics, Sep 2012, Warsaw, Poland. pp.55-62, ⟨10.1007/978-3-642-33564-8_7⟩
DOI
DOI : 10.1007/978-3-642-33564-8_7
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titre
CreaTools: applications and development framework for medical image-processing software
auteur
E. E. Dávila Serrano, L. Guigues, J.P. Roux, F. Cervenansky, C. Mouton, S. Camarasu-Pop, L. Flórez-Valencia, M. Hernández Hoyos, M. Orkisz
article
13th Libre Software Meeting, Jul 2012, Genève, Switzerland
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titre
CreaTools: applications and development framework for medical image-processing software
auteur
E. E. Dávila Serrano, L. Guigues, J. P. Roux, F. Cervenansky, S. Camarasu-Pop, J. G. Riveros Reyes, L. Flórez-Valencia, M. Hernandez Hoyos, M. Orkisz
article
ISBI Workshop on Open Source Medical Image Analysis Software, Apr 2012, Barcelona, Spain
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2010

Journal articles

titre
The Virtual Physiological Human ToolKit
auteur
J. Cooper, F. Cervenansky, G. de Fabritiis, J. Fenner, D. Friboulet, T. Giorgino, S. Manos, Y. Martelli, J. Villa-Freixa, S. Zasada, S. Lloyd, K. Mccormack, P. Coveney
article
Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Series A, Mathematical and Physical Sciences (1934–1990), 2010, 368 (1925), pp.3925-3936. ⟨10.1098/rsta.2010.0144⟩
DOI
DOI : 10.1098/rsta.2010.0144
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Conference papers

titre
3D Ultrasound real-time monitoring of surgical tools
auteur
Fabian Gaufillet, Hervé Liegbott, Marián Uhercík, Fréderic Cervenansky, Jan Kybic, Christian Cachard
article
Ultrasonics Symposium (IUS), 2010 IEEE, 2010, Unknown, Unknown Region. pp.2360--2363
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BibTex
titre
Overview of Medical Data Management Solutions for Research Communities
auteur
Sorina Camarasu-Pop, Frederic Cervenansky, Yonny Cardenas, Jean-Yves Nief, Hugues Benoit-Cattin
article
Cluster, Cloud and Grid Computing (CCGrid), 2010 10th IEEE/ACM International Conference on, 2010, Unknown, Unknown Region. pp.739--744
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