Publications HAL

2023

Journal articles

titre
Analysis of a logical regulatory network reveals how Fe-S cluster biogenesis is controlled in the face of stress
auteur
Firas Hammami, Laurent Tichit, Béatrice Py, Frédéric Barras, Pierre Mandin, Élisabeth Remy
article
microLife, 2023, 4, ⟨10.1093/femsml/uqad003⟩
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https://hal.science/hal-04144637/file/uqad003.pdf BibTex
titre
Inferring cell cycle phases from a partially temporal network of protein interactions
auteur
Maxime Lucas, Arthur Morris, Alex Townsend-Teague, Laurent Tichit, Bianca Habermann, Alain Barrat
article
Cell Reports Methods, 2023, 3 (2), pp.100397. ⟨10.1016/j.crmeth.2023.100397⟩
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https://amu.hal.science/hal-04144618/file/PIIS2667237523000048.pdf BibTex

2021

Journal articles

titre
MultiVERSE: a multiplex and multiplex-heterogeneous network embedding approach
auteur
Léo Pio-Lopez, Alberto Valdeolivas, Laurent Tichit, Élisabeth Remy, Anaïs Baudot
article
Scientific Reports, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-87987-1⟩
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https://hal.science/hal-03359094/file/Pio-Lopez%20et%20al.%20-%202021%20-%20MultiVERSE%20a%20multiplex%20and%20multiplex-heterogeneou.pdf BibTex
titre
Introducing the novel Cytoscape app TimeNexus to analyze time-series data using temporal MultiLayer Networks (tMLNs)
auteur
Michaël Pierrelée, Ana Reynders, Fabrice Lopez, Aziz Moqrich, Laurent Tichit, Bianca H Habermann
article
Scientific Reports, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-93128-5⟩
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https://amu.hal.science/hal-03358832/file/s41598-021-93128-5.pdf BibTex
titre
A multi-objective genetic algorithm to find active modules in multiplex biological networks
auteur
Elva-María Novoa-Del-Toro, Efrén Mezura-Montes, Matthieu Vignes, Morgane Térézol, Frédérique Magdinier, Laurent Tichit, Anaïs Baudot
article
PLoS Computational Biology, 2021, 17 (8), pp.e1009263. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009263⟩
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https://hal.science/hal-03372492/file/Novoa-del-Toro%20et%20al.%20-%202021%20-%20A%20multi-objective%20genetic%20algorithm%20to%20find%20active.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
An integrated analysis tool reveals intrinsic biases in gene set enrichment
auteur
Nishant Thakur, Nathalie Pujol, Jacques van Helden, Robert H Waterston, Ladeana W. Hillier, Laurent Tichit, Jonathan J Ewbank
article
2021
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https://hal.science/hal-03374674/file/2021.07.12.452009v1.full.pdf BibTex

2020

Preprints, Working Papers, ...

titre
A Multi-Objective Genetic Algorithm to Find Active Modules in Multiplex Biological Networks
auteur
Elva-María Novoa-Del-Toro, Efrén Mezura-Montes, Matthieu Vignes, Frédérique Magdinier, Laurent Tichit, Anaïs Baudot
article
2020
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https://hal.science/hal-02997031/file/2020.05.25.114215v1.full.pdf BibTex

2019

Journal articles

titre
Assessment of network module identification across complex diseases
auteur
Sarvenaz Choobdar, Mehmet Ahsen, Jake Crawford, Mattia Tomasoni, Tao Fang, David Lamparter, Junyuan Lin, Benjamin Hescott, Xiaozhe Hu, Johnathan Mercer, Ted Natoli, Rajiv Narayan, Fabian Aicheler, Nicola Amoroso, Alex Arenas, Karthik Azhagesan, Aaron Baker, Michael Banf, Serafim Batzoglou, Anaïs Baudot, Roberto Bellotti, Keith A. Boroevich, Christine Brun, Stanley Cai, Michael Caldera, Alberto Calderone, Gianni Cesareni, Weiqi Chen, Christine Chichester, Hongzhu Cui, Phuong Dao, Manlio De Domenico, Andi Dhroso, Gilles Didier, Mathew Divine, Antonio Del Sol, Xuyang Feng, Jose C. Flores-Canales, Santo Fortunato, Anthony Gitter, Anna Gorska, Yuanfang Guan, Alain Guénoche, Sergio Gómez, Hatem Hamza, András Hartmann, Shan He, Anton Heijs, Julian Heinrich, Ying Hu, Xiaoqing Huang, V. Keith Hughitt, Minji Jeon, Lucas Jeub, Nathan T. Johnson, Keehyoung Joo, Insuk Joung, Sascha Jung, Susana G. Kalko, Piotr J. Kamola, Jaewoo Kang, Benjapun Kaveelerdpotjana, Minjun Kim, Yoo-Ah Kim, Oliver Kohlbacher, Dmitry Korkin, Kiryluk Krzysztof, Khalid Kunji, Zoltàn Kutalik, Sean Lang-Brown, Thuc Duy Le, Jooyoung Lee, Sunwon Lee, Juyong Lee, Dong Li, Jiuyong Li, Lin Liu, Antonis Loizou, Zhenhua Luo, Artem Lysenko, Tianle Ma, Raghvendra Mall, Tomasoni Mattia, Mario Medvedovic, Jörg Menche, Elisa Micarelli, Alfonso Monaco, Felix Müller, Oleksandr Narykov, Thea Norman, Sungjoon Park, Livia Perfetto, Dimitri Perrin, Stefano Pirrò, Teresa M. Przytycka, Xiaoning Qian, Karthik Raman, Daniele Ramazzotti, Emilie Ramsahai, Balaraman Ravindran, Philip Rennert, Charlotta Schärfe, Roded Sharan, Ning Shi, Wonho Shin, Hai Shu, Himanshu Sinha, Donna K. Slonim, Lionel Spinelli, Suhas Srinivasan, Christine Suver, Damian Szklarczyk, Sabina Tangaro, Suresh Thiagarajan, Laurent Tichit, Thorsten Tiede, Beethika Tripathi, Aviad Tsherniak, Tatsuhiko Tsunoda, Dénes Türei, Ehsan Ullah, Golnaz Vahedi, Alberto Valdeolivas, Jayaswal Vivek, Christian Von Mering, Andra Waagmeester, Bo Wang, Yijie Wang, Barbara A. Weir, Shana White, Sebastian Winkler, Ke Xu, Taosheng Xu, Chunhua Yan, Liuqing Yang, Kaixian Yu, Xiangtian Yu, Gaia Zaffaroni, Mikhail Zaslavskiy, Tao Zeng, Lu Zhang, Weijia Zhang, Lixia Zhang, Xinyu Zhang, Junpeng Zhang, Xin Zhou, Jiarui Zhou, Hongtu Zhu, Junjie Zhu, Guido Zuccon, Aravind Subramanian, Jitao D. Zhang, Gustavo Stolovitzky, Zoltán Kutalik, Kasper Lage, Donna Slonim, Julio Saez-Rodriguez, Lenore Cowen, Sven Bergmann, Daniel Marbach
article
Nature Methods, 2019, 16 (9), pp.843-852. ⟨10.1038/s41592-019-0509-5⟩
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https://amu.hal.science/hal-02333148/file/41592_2019_Article_509.pdf BibTex
titre
An Integrative Database of β-Lactamase Enzymes: Sequences, Structures, Functions, and Phylogenetic Trees
auteur
Vivek Keshri, Seydina Diene, Adrien Estienne, Justine Dardaillon, Olivier Chabrol, Laurent Tichit, Jean-Marc Rolain, Didier Raoult, Pierre Pontarotti
article
Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2019, 63 (5), ⟨10.1128/AAC.02319-18⟩
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BibTex
titre
Random walk with restart on multiplex and heterogeneous biological networks
auteur
Alberto Valdeolivas, Laurent Tichit, Claire L. Navarro, Sophie Perrin, Gaelle Odelin, Nicolas Lévy, Pierre Cau, Élisabeth Remy, Anaïs Baudot
article
Bioinformatics, 2019, ⟨10.1101/134734⟩
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https://hal.science/hal-01946427/file/Valdeolivas_BioRXIV2018.pdf BibTex

Conference papers

titre
Population-based meta-heuristic for active modules identification
auteur
Leandro Corrêa, Denis Pallez, Laurent Tichit, Olivier Soriani, Claude Pasquier
article
10th International Conference on Computational Systems-Biology and Bioinformatics (CSBio 2019), Dec 2019, Nice, France. pp.1-8, ⟨10.1145/3365953.3365957⟩
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https://hal.science/hal-02366236/file/article.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
Designing optimal-and fast-on-average pattern matching algorithms
auteur
Gilles Didier, Laurent Tichit
article
Journal of Discrete Algorithms, 2017, 42, pp.45-60
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https://hal.science/hal-01310165/file/Optimal.pdf BibTex

Conference papers

titre
Prediction of Disease-associated Genes by advanced Random Walk with Restart on Multiplex and Heterogeneous Biological Networks
auteur
Alberto Valdeolivas, Élisabeth Remy, Laurent Tichit, Gaëlle Odelin, Claire Navarro, Sophie Perrin, Pierre Cau, Nicolas Levy, Anaïs Baudot
article
JOBIM 2017, Jul 2017, Lille, France
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https://hal.science/hal-03582849/file/Jobim2017.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
A quantitative genome-wide RNAi screen in C. elegans for antifungal innate immunity genes
auteur
Olivier Zugasti, Nishant Thakur, Jerome Belougne, Barbara Squiban, C. Léopold Kurz, Julien Soule, Shizue Omi, Laurent Tichit, Nathalie Pujol, Jonathan J. Ewbank
article
BMC Biology, 2016, 14, ⟨10.1186/s12915-016-0256-3⟩
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https://hal.science/hal-01438537/file/12915_2016_Article_256.pdf BibTex

2014

Journal articles

titre
Clone Mapper: An Online Suite of Tools for RNAi Experiments in Caenorhabditis elegans
auteur
Nishant Thakur, Nathalie Pujol, Laurent Tichit, Jonathan J. Ewbank
article
G3, 2014, 4, pp.2137-2145. ⟨10.1534/g3.114.013052⟩
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https://amu.hal.science/hal-01243281/file/ptpmcrender.pdf BibTex
titre
Clone Mapper: An Online Suite of Tools for RNAi Experiments in Caenorhabditis elegans
auteur
Nishant Thakur, Nathalie Pujol, Laurent Tichit, Jonathan J. Ewbank
article
G3, 2014, G3 (Bethesda), 4 (11), pp.2137-45. ⟨10.1534/g3.114.013052⟩
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https://hal.science/hal-01261841/file/cloneMapper.pdf BibTex
titre
ICeE an interface for C. elegans experiments
auteur
Fr Montanana, Julien Renaud, Philippe Vaglio, Lisa Matthews, Laurent Tichit, Jonathan J. Ewbank
article
Worm, 2014, 3 (3), ⟨10.4161/21624046.2014.959420⟩
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BibTex

2013

Journal articles

titre
Dynamical modeling and analysis of large cellular regulatory networks
auteur
D Bérenguier, Claudine Chaouiya, Pedro T. Monteiro, A Naldi, Élisabeth Remy, Denis Thieffry, Laurent Tichit
article
Chaos: An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science, 2013, 23 (2), ⟨10.1063/1.4809783⟩
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https://hal.science/hal-01261849/file/revised_version_Berenguier_etal.pdf BibTex
titre
Clust&See: A Cytoscape plugin for the identification, visualization and manipulation of network clusters
auteur
Lionel Spinelli, Philippe Gambette, Charles E. Chapple, Benoît Robisson, Anaïs Baudot, Henri Garreta, Laurent Tichit, Alain Guénoche, Christine Brun
article
BioSystems, 2013, 113 (2), pp.91-93. ⟨10.1016/j.biosystems.2013.05.010⟩
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https://hal.science/hal-00832028/file/2013SpinelliEtAl.pdf BibTex

2012

Conference papers

titre
Logical modelling of cellular decision processes with GINsim
auteur
Claudine Chaouiya, Aurélien Naldi, Lionel Spinelli, Pedro Monteiro, Duncan Berenguier, Luca Grieco, Abibatou Mbodj, Samuel Collombet, Anna Niarakis, Laurent Tichit, Élisabeth Remy, Denis Thieffry
article
JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France
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https://hal.science/hal-01261855/file/jobim2012.pdf BibTex

2011

Journal articles

titre
A Comprehensive Analysis of Gene Expression Changes Provoked by Bacterial and Fungal Infection in C. elegans
auteur
Ilka Engelmann, Aurelien Griffon, Laurent Tichit, Fr Montañana-Sanchis, Guilin Wang, Valerie Reinke, Robert Waterson, Ladeana W Hillier, Jonathan J. Ewbank
article
PLoS ONE, 2011, ⟨10.1371/journal.pone.0019055⟩
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https://hal.science/hal-01261853/file/PLoS_Engelmann.pdf BibTex

Conference papers

titre
ModClust: a Cytoscape plugin for modularity-based clustering of networks
auteur
Laurent Tichit, Philippe Gambette, Alain Guénoche
article
MARAMI 2011, Oct 2011, Grenoble, France
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https://hal.science/hal-01261856/file/marami.pdf BibTex

2010

Journal articles

titre
About the largest subtree common to several X-trees
auteur
Alain Guénoche, Henri Garreta, Laurent Tichit
article
Mathématiques et Sciences Humaines, 2010, Mathématiques discrètes : théories et usages. Numéro en hommage à Bruno Leclerc, 190, pp.115-124. ⟨10.4000/msh.11751⟩
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https://hal.science/hal-04145727/file/GT10.pdf BibTex

2009

Journal articles

titre
SimCT: a generic tool to visualize ontology-based relationships for biological objects.
auteur
Carl Herrmann, Sèverine Bérard, Laurent Tichit
article
Bioinformatics, 2009, 25 (23), pp.3197-8. ⟨10.1093/bioinformatics/btp553⟩
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Conference papers

titre
About the largest subtree common to several phylogenetic trees
auteur
Laurent Tichit, Alain Guénoche, Henri Garreta
article
Applied Stochastic Models and Data Analysis ASMDA 2009: 13th International Conference, June 2009, Vilnius, Lithuania, Applied Stochastic Models and Data Analysis International Society (ASMDA), Jun 2009, Vilnius, Lithuania
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https://hal.science/hal-04145048/file/Last.pdf BibTex
titre
Dispersion sémantique dans des familles morpho-phonologiques : éléments théoriques et empiriques
auteur
Núria Gala, Véronique Rey, Laurent Tichit
article
Traitement Automatique des Langues (TALN 2009), Jun 2009, Senlis, France
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https://hal.science/hal-03198420/file/GalaReyTichit_taln09.pdf BibTex

2007

Journal articles

titre
Local Similarity Between Quotiented Ordered Trees
auteur
Pascal Ferraro, Aïda Ouangraoua, Laurent Tichit, Serge Dulucq
article
Journal of Discrete Algorithms, 2007, 5 (1), pp.23-35
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https://hal.science/hal-00307119/file/view.pdf BibTex

2005

Conference papers

titre
ClusterInspector: a tool to visualize ontology-based relationships between biological entities
auteur
Sèverine Bérard, Laurent Tichit, Carl Herrmann
article
Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques Actes de {JOBIM}' 2005, Jul 2005, Lyon, France
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https://hal.science/hal-04145768/file/BerardTichitHerrmannJOBIM05.pdf BibTex

2004

Conference papers

titre
Local Similarity Between Trees
auteur
Pascal Ferraro, Laurent Tichit, Serge Dulucq
article
Actes des 5ème Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2004, Montreal, Canada. pp.19
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2003

Journal articles

titre
R{NA} secondary structure comparison: exact analysis of the {Z}hang-{S}hasha tree edit algorithm
auteur
Serge Dulucq, Laurent Tichit
article
Theoretical Computer Science, 2003, 306, pp.471--484
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