2023
Journal articles
- titre
- Analysis of a logical regulatory network reveals how Fe-S cluster biogenesis is controlled in the face of stress
- auteur
- Firas Hammami, Laurent Tichit, Béatrice Py, Frédéric Barras, Pierre Mandin, Élisabeth Remy
- article
- microLife, 2023, 4, ⟨10.1093/femsml/uqad003⟩
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-
- titre
- Inferring cell cycle phases from a partially temporal network of protein interactions
- auteur
- Maxime Lucas, Arthur Morris, Alex Townsend-Teague, Laurent Tichit, Bianca Habermann, Alain Barrat
- article
- Cell Reports Methods, 2023, 3 (2), pp.100397. ⟨10.1016/j.crmeth.2023.100397⟩
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-
2021
Journal articles
- titre
- MultiVERSE: a multiplex and multiplex-heterogeneous network embedding approach
- auteur
- Léo Pio-Lopez, Alberto Valdeolivas, Laurent Tichit, Élisabeth Remy, Anaïs Baudot
- article
- Scientific Reports, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-87987-1⟩
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-
- titre
- Introducing the novel Cytoscape app TimeNexus to analyze time-series data using temporal MultiLayer Networks (tMLNs)
- auteur
- Michaël Pierrelée, Ana Reynders, Fabrice Lopez, Aziz Moqrich, Laurent Tichit, Bianca H Habermann
- article
- Scientific Reports, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-93128-5⟩
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-
- titre
- A multi-objective genetic algorithm to find active modules in multiplex biological networks
- auteur
- Elva-María Novoa-Del-Toro, Efrén Mezura-Montes, Matthieu Vignes, Morgane Térézol, Frédérique Magdinier, Laurent Tichit, Anaïs Baudot
- article
- PLoS Computational Biology, 2021, 17 (8), pp.e1009263. ⟨10.1371/journal.pcbi.1009263⟩
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-
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- An integrated analysis tool reveals intrinsic biases in gene set enrichment
- auteur
- Nishant Thakur, Nathalie Pujol, Jacques van Helden, Robert H Waterston, Ladeana W. Hillier, Laurent Tichit, Jonathan J Ewbank
- article
- 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2020
Preprints, Working Papers, ...
- titre
- A Multi-Objective Genetic Algorithm to Find Active Modules in Multiplex Biological Networks
- auteur
- Elva-María Novoa-Del-Toro, Efrén Mezura-Montes, Matthieu Vignes, Frédérique Magdinier, Laurent Tichit, Anaïs Baudot
- article
- 2020
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-
2019
Journal articles
- titre
- Assessment of network module identification across complex diseases
- auteur
- Sarvenaz Choobdar, Mehmet Ahsen, Jake Crawford, Mattia Tomasoni, Tao Fang, David Lamparter, Junyuan Lin, Benjamin Hescott, Xiaozhe Hu, Johnathan Mercer, Ted Natoli, Rajiv Narayan, Fabian Aicheler, Nicola Amoroso, Alex Arenas, Karthik Azhagesan, Aaron Baker, Michael Banf, Serafim Batzoglou, Anaïs Baudot, Roberto Bellotti, Keith A. Boroevich, Christine Brun, Stanley Cai, Michael Caldera, Alberto Calderone, Gianni Cesareni, Weiqi Chen, Christine Chichester, Hongzhu Cui, Phuong Dao, Manlio De Domenico, Andi Dhroso, Gilles Didier, Mathew Divine, Antonio Del Sol, Xuyang Feng, Jose C. Flores-Canales, Santo Fortunato, Anthony Gitter, Anna Gorska, Yuanfang Guan, Alain Guénoche, Sergio Gómez, Hatem Hamza, András Hartmann, Shan He, Anton Heijs, Julian Heinrich, Ying Hu, Xiaoqing Huang, V. Keith Hughitt, Minji Jeon, Lucas Jeub, Nathan T. Johnson, Keehyoung Joo, Insuk Joung, Sascha Jung, Susana G. Kalko, Piotr J. Kamola, Jaewoo Kang, Benjapun Kaveelerdpotjana, Minjun Kim, Yoo-Ah Kim, Oliver Kohlbacher, Dmitry Korkin, Kiryluk Krzysztof, Khalid Kunji, Zoltàn Kutalik, Sean Lang-Brown, Thuc Duy Le, Jooyoung Lee, Sunwon Lee, Juyong Lee, Dong Li, Jiuyong Li, Lin Liu, Antonis Loizou, Zhenhua Luo, Artem Lysenko, Tianle Ma, Raghvendra Mall, Tomasoni Mattia, Mario Medvedovic, Jörg Menche, Elisa Micarelli, Alfonso Monaco, Felix Müller, Oleksandr Narykov, Thea Norman, Sungjoon Park, Livia Perfetto, Dimitri Perrin, Stefano Pirrò, Teresa M. Przytycka, Xiaoning Qian, Karthik Raman, Daniele Ramazzotti, Emilie Ramsahai, Balaraman Ravindran, Philip Rennert, Charlotta Schärfe, Roded Sharan, Ning Shi, Wonho Shin, Hai Shu, Himanshu Sinha, Donna K. Slonim, Lionel Spinelli, Suhas Srinivasan, Christine Suver, Damian Szklarczyk, Sabina Tangaro, Suresh Thiagarajan, Laurent Tichit, Thorsten Tiede, Beethika Tripathi, Aviad Tsherniak, Tatsuhiko Tsunoda, Dénes Türei, Ehsan Ullah, Golnaz Vahedi, Alberto Valdeolivas, Jayaswal Vivek, Christian Von Mering, Andra Waagmeester, Bo Wang, Yijie Wang, Barbara A. Weir, Shana White, Sebastian Winkler, Ke Xu, Taosheng Xu, Chunhua Yan, Liuqing Yang, Kaixian Yu, Xiangtian Yu, Gaia Zaffaroni, Mikhail Zaslavskiy, Tao Zeng, Lu Zhang, Weijia Zhang, Lixia Zhang, Xinyu Zhang, Junpeng Zhang, Xin Zhou, Jiarui Zhou, Hongtu Zhu, Junjie Zhu, Guido Zuccon, Aravind Subramanian, Jitao D. Zhang, Gustavo Stolovitzky, Zoltán Kutalik, Kasper Lage, Donna Slonim, Julio Saez-Rodriguez, Lenore Cowen, Sven Bergmann, Daniel Marbach
- article
- Nature Methods, 2019, 16 (9), pp.843-852. ⟨10.1038/s41592-019-0509-5⟩
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-
- titre
- An Integrative Database of β-Lactamase Enzymes: Sequences, Structures, Functions, and Phylogenetic Trees
- auteur
- Vivek Keshri, Seydina Diene, Adrien Estienne, Justine Dardaillon, Olivier Chabrol, Laurent Tichit, Jean-Marc Rolain, Didier Raoult, Pierre Pontarotti
- article
- Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 2019, 63 (5), ⟨10.1128/AAC.02319-18⟩
- Accès au bibtex
-
- titre
- Random walk with restart on multiplex and heterogeneous biological networks
- auteur
- Alberto Valdeolivas, Laurent Tichit, Claire L. Navarro, Sophie Perrin, Gaelle Odelin, Nicolas Lévy, Pierre Cau, Élisabeth Remy, Anaïs Baudot
- article
- Bioinformatics, 2019, ⟨10.1101/134734⟩
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-
Conference papers
- titre
- Population-based meta-heuristic for active modules identification
- auteur
- Leandro Corrêa, Denis Pallez, Laurent Tichit, Olivier Soriani, Claude Pasquier
- article
- 10th International Conference on Computational Systems-Biology and Bioinformatics (CSBio 2019), Dec 2019, Nice, France. pp.1-8, ⟨10.1145/3365953.3365957⟩
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-
2017
Journal articles
- titre
- Designing optimal-and fast-on-average pattern matching algorithms
- auteur
- Gilles Didier, Laurent Tichit
- article
- Journal of Discrete Algorithms, 2017, 42, pp.45-60
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-
Conference papers
- titre
- Prediction of Disease-associated Genes by advanced Random Walk with Restart on Multiplex and Heterogeneous Biological Networks
- auteur
- Alberto Valdeolivas, Élisabeth Remy, Laurent Tichit, Gaëlle Odelin, Claire Navarro, Sophie Perrin, Pierre Cau, Nicolas Levy, Anaïs Baudot
- article
- JOBIM 2017, Jul 2017, Lille, France
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-
2016
Journal articles
- titre
- A quantitative genome-wide RNAi screen in C. elegans for antifungal innate immunity genes
- auteur
- Olivier Zugasti, Nishant Thakur, Jerome Belougne, Barbara Squiban, C. Léopold Kurz, Julien Soule, Shizue Omi, Laurent Tichit, Nathalie Pujol, Jonathan J. Ewbank
- article
- BMC Biology, 2016, 14, ⟨10.1186/s12915-016-0256-3⟩
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-
2014
Journal articles
- titre
- Clone Mapper: An Online Suite of Tools for RNAi Experiments in Caenorhabditis elegans
- auteur
- Nishant Thakur, Nathalie Pujol, Laurent Tichit, Jonathan J. Ewbank
- article
- G3, 2014, 4, pp.2137-2145. ⟨10.1534/g3.114.013052⟩
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-
- titre
- Clone Mapper: An Online Suite of Tools for RNAi Experiments in Caenorhabditis elegans
- auteur
- Nishant Thakur, Nathalie Pujol, Laurent Tichit, Jonathan J. Ewbank
- article
- G3, 2014, G3 (Bethesda), 4 (11), pp.2137-45. ⟨10.1534/g3.114.013052⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- ICeE an interface for C. elegans experiments
- auteur
- Fr Montanana, Julien Renaud, Philippe Vaglio, Lisa Matthews, Laurent Tichit, Jonathan J. Ewbank
- article
- Worm, 2014, 3 (3), ⟨10.4161/21624046.2014.959420⟩
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-
2013
Journal articles
- titre
- Dynamical modeling and analysis of large cellular regulatory networks
- auteur
- D Bérenguier, Claudine Chaouiya, Pedro T. Monteiro, A Naldi, Élisabeth Remy, Denis Thieffry, Laurent Tichit
- article
- Chaos: An Interdisciplinary Journal of Nonlinear Science, 2013, 23 (2), ⟨10.1063/1.4809783⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- titre
- Clust&See: A Cytoscape plugin for the identification, visualization and manipulation of network clusters
- auteur
- Lionel Spinelli, Philippe Gambette, Charles E. Chapple, Benoît Robisson, Anaïs Baudot, Henri Garreta, Laurent Tichit, Alain Guénoche, Christine Brun
- article
- BioSystems, 2013, 113 (2), pp.91-93. ⟨10.1016/j.biosystems.2013.05.010⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2012
Conference papers
- titre
- Logical modelling of cellular decision processes with GINsim
- auteur
- Claudine Chaouiya, Aurélien Naldi, Lionel Spinelli, Pedro Monteiro, Duncan Berenguier, Luca Grieco, Abibatou Mbodj, Samuel Collombet, Anna Niarakis, Laurent Tichit, Élisabeth Remy, Denis Thieffry
- article
- JOBIM 2012, Jul 2012, Rennes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2011
Journal articles
- titre
- A Comprehensive Analysis of Gene Expression Changes Provoked by Bacterial and Fungal Infection in C. elegans
- auteur
- Ilka Engelmann, Aurelien Griffon, Laurent Tichit, Fr Montañana-Sanchis, Guilin Wang, Valerie Reinke, Robert Waterson, Ladeana W Hillier, Jonathan J. Ewbank
- article
- PLoS ONE, 2011, ⟨10.1371/journal.pone.0019055⟩
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-
Conference papers
- titre
- ModClust: a Cytoscape plugin for modularity-based clustering of networks
- auteur
- Laurent Tichit, Philippe Gambette, Alain Guénoche
- article
- MARAMI 2011, Oct 2011, Grenoble, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2010
Journal articles
- titre
- About the largest subtree common to several X-trees
- auteur
- Alain Guénoche, Henri Garreta, Laurent Tichit
- article
- Mathématiques et Sciences Humaines, 2010, Mathématiques discrètes : théories et usages. Numéro en hommage à Bruno Leclerc, 190, pp.115-124. ⟨10.4000/msh.11751⟩
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-
2009
Journal articles
- titre
- SimCT: a generic tool to visualize ontology-based relationships for biological objects.
- auteur
- Carl Herrmann, Sèverine Bérard, Laurent Tichit
- article
- Bioinformatics, 2009, 25 (23), pp.3197-8. ⟨10.1093/bioinformatics/btp553⟩
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- titre
- About the largest subtree common to several phylogenetic trees
- auteur
- Laurent Tichit, Alain Guénoche, Henri Garreta
- article
- Applied Stochastic Models and Data Analysis ASMDA 2009: 13th International Conference, June 2009, Vilnius, Lithuania, Applied Stochastic Models and Data Analysis International Society (ASMDA), Jun 2009, Vilnius, Lithuania
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-
- titre
- Dispersion sémantique dans des familles morpho-phonologiques : éléments théoriques et empiriques
- auteur
- Núria Gala, Véronique Rey, Laurent Tichit
- article
- Traitement Automatique des Langues (TALN 2009), Jun 2009, Senlis, France
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2007
Journal articles
- titre
- Local Similarity Between Quotiented Ordered Trees
- auteur
- Pascal Ferraro, Aïda Ouangraoua, Laurent Tichit, Serge Dulucq
- article
- Journal of Discrete Algorithms, 2007, 5 (1), pp.23-35
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2005
Conference papers
- titre
- ClusterInspector: a tool to visualize ontology-based relationships between biological entities
- auteur
- Sèverine Bérard, Laurent Tichit, Carl Herrmann
- article
- Les Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques Actes de {JOBIM}' 2005, Jul 2005, Lyon, France
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2004
Conference papers
- titre
- Local Similarity Between Trees
- auteur
- Pascal Ferraro, Laurent Tichit, Serge Dulucq
- article
- Actes des 5ème Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématiques, Jun 2004, Montreal, Canada. pp.19
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-
2003
Journal articles
- titre
- R{NA} secondary structure comparison: exact analysis of the {Z}hang-{S}hasha tree edit algorithm
- auteur
- Serge Dulucq, Laurent Tichit
- article
- Theoretical Computer Science, 2003, 306, pp.471--484
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