2022
Journal articles
- auteur
- Bilal Shaikh, Lucian Smith, Dan Vasilescu, Gnaneswara Marupilla, Michael Wilson, Eran Agmon, Henry Agnew, Steven Andrews, Azraf Anwar, Moritz Beber, Frank Bergmann, David Brooks, Lutz Brusch, Laurence Calzone, Kiri Choi, Joshua Cooper, John Detloff, Brian Drawert, Michel Dumontier, G Bard Ermentrout, James Faeder, Andrew Freiburger, Fabian Fröhlich, Akira Funahashi, Alan Garny, John Gennari, Padraig Gleeson, Anne Goelzer, Zachary Haiman, Jan Hasenauer, Joseph Hellerstein, Henning Hermjakob, Stefan Hoops, Jon Ison, Diego Jahn, Henry Jakubowski, Ryann Jordan, Matúš Kalaš, Matthias König, Rahuman Sheriff, Synchon Mandal, Robert Mcdougal, J Kyle Medley, Pedro Mendes, Robert Müller, Chris Myers, Aurélien Naldi, Tung Nguyen, David Nickerson, Brett Olivier, Drashti Patoliya, Loïc Paulevé, Linda Petzold, Ankita Priya, Anand Rampadarath, Johann Rohwer, Ali Saglam, Dilawar Singh, Ankur Sinha, Jacky Snoep, Hugh Sorby, Ryan Spangler, Jörn Starruss, Payton Thomas, David van Niekerk, Daniel Weindl, Fengkai Zhang, Anna Zhukova, Arthur Goldberg, James Schaff, Michael Blinov, Herbert Sauro, Ion Moraru, Jonathan r Karr
- titre
- BioSimulators: a central registry of simulation engines and services for recommending specific tools
- article
- Nucleic Acids Research, 2022, pp.1-7. ⟨10.1093/nar/gkac331⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Kerian Thuillier, Caroline Baroukh, Alexander Bockmayr, Ludovic Cottret, Loïc Paulevé, Anne Siegel
- titre
- MERRIN: MEtabolic Regulation Rule INference from time series data
- article
- Bioinformatics, 2022, 38 (Supplement_2), pp.ii127-ii133. ⟨10.1093/bioinformatics/btac479⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- auteur
- Chabname Ghassemi Nedjad, Clémence Frioux, Loïc Paulevé
- titre
- A logic programming exploration of metabolic networks to explain microbial community models
- article
- Journée GT Bioss 2022, Nov 2022, Nantes, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Giann Karlo Aguirre-Samboní, Stefan Haar, Loïc Paulevé, Stefan Schwoon, Nick Würdemann
- titre
- Avoid One's Doom: Finding Cliff-Edge Configurations in Petri Nets
- article
- GandALF 2022 - Games, Automata, Logics, and Formal Verification, Sep 2022, Madrid, Spain. ⟨10.4204/EPTCS.370.12⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Théo Roncalli, Loïc Paulevé
- titre
- Variable-Depth Simulation of Most Permissive Boolean Networks
- article
- 20th International Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2022), 2022, Bucharest, Romania. ⟨10.1007/978-3-031-15034-0_7⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- auteur
- Loïc Paulevé
- titre
- Réseaux booléens : formalisme, sémantiques, et complexité
- article
- Cédric Lhoussaine; Élisabeth Remy. Approches symboliques de la modélisation et de l'analyse des systèmes biologiques, ISTE Editions, 2022, 9781789490299
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Loïc Paulevé, Sylvain Sené
- titre
- Boolean networks and their dynamics: the impact of updates
- article
- Systems Biology Modelling and Analysis: Formal Bioinformatics Methods and Tools, Wiley, 2022, 978-1-119-71658-7
- Accès au bibtex
-
Preprints, Working Papers, ...
- auteur
- Bilal Shaikh, Lucian Smith, Dan Vasilescu, Gnaneswara Marupilla, Michael Wilson, Eran Agmon, Henry Agnew, Steven Andrews, Azraf Anwar, Moritz Beber, Frank Bergmann, David Brooks, Lutz Brusch, Laurence Calzone, Kiri Choi, Joshua Cooper, John Detloff, Brian Drawert, Michel Dumontier, G Ermentrout, James Faeder, Andrew Freiburger, Fabian Fröhlich, Akira Funahashi, Alan Garny, John Gennari, Padraig Gleeson, Anne Goelzer, Zachary Haiman, Joseph Hellerstein, Stefan Hoops, Jon Ison, Diego Jahn, Henry Jakubowski, Ryann Jordan, Matúš Kalaš, Matthias König, Wolfram Liebermeister, Synchon Mandal, Robert Mcdougal, J Medley, Pedro Mendes, Robert Müller, Chris Myers, Aurélien Naldi, Tung Nguyen, David Nickerson, Brett Olivier, Drashti Patoliya, Loïc Paulevé, Linda Petzold, Ankita Priya, Anand Rampadarath, Johann Rohwer, Ali Saglam, Dilawar Singh, Ankur Sinha, Jacky Snoep, Hugh Sorby, Ryan Spangler, Jörn Starruss, Payton Thomas, David van Niekerk, Daniel Weindl, Fengkai Zhang, Anna Zhukova, Arthur Goldberg, Michael Blinov, Herbert Sauro, Ion Moraru, Jonathan Karr
- titre
- BioSimulators: a central registry of simulation engines and services for recommending specific tools
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Loïc Paulevé
- titre
- Marker and source-marker reprogramming of Most Permissive Boolean networks and ensembles with BoNesis
- article
- 2022
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2021
Journal articles
- auteur
- Loïc Paulevé
- titre
- Prédire le comportement des cellules avec la modélisation booléenne
- article
- Interstices, 2021
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Adrien Rougny, Loïc Paulevé, Michèle Teboul, Franck Delaunay
- titre
- A detailed map of coupled circadian clock and cell cycle with qualitative dynamics validation
- article
- BMC Bioinformatics, 2021, 22 (1), pp.240. ⟨10.1186/s12859-021-04158-9⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- auteur
- Kerian Thuillier, Caroline Baroukh, Alexander Bockmayr, Ludovic Cottret, Loïc Paulevé, Anne Siegel
- titre
- Learning Boolean controls in regulated metabolic networks: a case-study
- article
- CMSB 2021 - 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France. pp.159-180, ⟨10.1007/978-3-030-85633-5_10⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Loïc Paulevé, Sylvain Sené
- titre
- Non-deterministic updates of Boolean networks
- article
- 27th IFIP WG 1.5 International Workshop on Cellular Automata and Discrete Complex Systems (AUTOMATA 2021), 2021, Marseille, France. pp.10:1--10:16, ⟨10.4230/OASIcs.AUTOMATA.2021.10⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Proceedings
- auteur
- Eugenio Cinquemani, Loïc Paulevé
- titre
- Computational Methods in Systems Biology
- article
- CMSB 2021 - 19th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2021, Bordeaux, France. 12881, Springer International Publishing, pp.1-281, 2021, Lecture Notes in Computer Science, ⟨10.1007/978-3-030-85633-5⟩
- Accès au bibtex
-
2020
Journal articles
- auteur
- Loïc Paulevé, Juraj Kolčák, Thomas Chatain, Stefan Haar
- titre
- Reconciling Qualitative, Abstract, and Scalable Modeling of Biological Networks
- article
- Nature Communications, 2020, 11, ⟨10.1038/s41467-020-18112-5⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Thomas Chatain, Stefan Haar, Juraj Kolčák, Loïc Paulevé, Aalok Thakkar
- titre
- Concurrency in Boolean networks
- article
- Natural Computing, 2020, 19 (1), pp.91--109. ⟨10.1007/s11047-019-09748-4⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- auteur
- Stéphanie Chevalier, Vincent Noël, Laurence Calzone, Andrei Zinovyev, Loïc Paulevé
- titre
- Synthesis and Simulation of Ensembles of Boolean Networks for Cell Fate Decision
- article
- 18th International Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB), 2020, Online, Germany. pp.193--209, ⟨10.1007/978-3-030-60327-4_11⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Gilles Audemard, Loïc Paulevé, Laurent Simon
- titre
- SAT Heritage: a community-driven effort for archiving, building and running more than thousand SAT solvers
- article
- SAT 2020, The 23rd International Conference on Theory and Applications of Satisfiability Testing, 2020, Alghero, Italy. pp.107-113, ⟨10.1007/978-3-030-51825-7_8⟩
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-
- auteur
- Stefan Haar, Loïc Paulevé, Stefan Schwoon
- titre
- Drawing the Line: Basin Boundaries in Safe Petri Nets
- article
- CMSB 2020 - 18th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2020, Konstanz / Online, Germany. ⟨10.1007/978-3-030-60327-4_17⟩
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-
Habilitation à diriger des recherches
- auteur
- Loïc Paulevé
- titre
- Réseaux booléens : méthodes formelles et outils pour la modélisation en biologie
- article
- Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2020
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-
Reports
- auteur
- Thomas Chatain, Stefan Haar, Juraj Kolčák, Loïc Paulevé
- titre
- Most Permissive Semantics of Boolean Networks
- article
- [Research Report] Univ. Bordeaux, Bordeaux INP, CNRS, LaBRI, UMR5800, F-33400 Talence, France; LSV, ENS Cachan, CNRS, INRIA, Université Paris-Saclay, Cachan (France). 2020
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2019
Journal articles
- auteur
- Juraj Kolčák, David Šafránek, Stefan Haar, Loïc Paulevé
- titre
- Parameter Space Abstraction and Unfolding Semantics of Discrete Regulatory Networks
- article
- Theoretical Computer Science, 2019, 765, pp.120-144. ⟨10.1016/j.tcs.2018.03.009⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Hugues Mandon, Cui Su, Jun Pang, Soumya Paul, Stefan Haar, Loïc Paulevé
- titre
- Algorithms for the Sequential Reprogramming of Boolean Networks
- article
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2019, 16 (5), pp.1610-1619. ⟨10.1109/TCBB.2019.2914383⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- auteur
- Stéphanie Chevalier, Christine Froidevaux, Loïc Paulevé, Andrei Zinovyev
- titre
- Synthesis of Boolean Networks from Biological Dynamical Constraints using Answer-Set Programming
- article
- 2019 IEEE 31st International Conference on Tools with Artificial Intelligence (ICTAI), 2019, Portland, Oregon, United States. ⟨10.1109/ICTAI.2019.00014⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Hugues Mandon, Cui Su, Stefan Haar, Jun Pang, Loïc Paulevé
- titre
- Sequential Reprogramming of Boolean Networks Made Practical
- article
- CMSB 2019 - 17th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2019, Trieste, France. pp.3--19, ⟨10.1007/978-3-030-31304-3_1⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Stefan Haar, Juraj Kolčák, Loïc Paulevé
- titre
- Combining Refinement of Parametric Models with Goal-Oriented Reduction of Dynamics
- article
- VMCAI 2019 - 20th International Conference on Verification, Model Checking, and Abstract Interpretation, Jan 2019, Lisbon, Portugal. pp.555-576, ⟨10.1007/978-3-030-11245-5_26⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Special issue
- auteur
- Jérôme Feret, Loïc Paulevé, David Šafránek
- titre
- Formal Verification and Static Analysis of Molecular Devices and Biological Systems
- article
- Jérôme Feret; Loïc Paulevé; David Šafránek. Theoretical Computer Science, 765, Elsevier, 2019
- Accès au bibtex
-
2018
Journal articles
- auteur
- Loïc Paulevé
- titre
- Reduction of Qualitative Models of Biological Networks for Transient Dynamics Analysis
- article
- IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 2018, 15 (4), pp.1167-1179. ⟨10.1109/TCBB.2017.2749225⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Nicolas Levy, Aurélien Naldi, Céline Hernandez, Gautier Stoll, Denis Thieffry, Andrei Zinovyev, Laurence Calzone, Loïc Paulevé
- titre
- Prediction of Mutations to Control Pathways Enabling Tumour Cell Invasion with the CoLoMoTo Interactive Notebook (Tutorial)
- article
- Frontiers in Physiology, 2018, 9, pp.787. ⟨10.1101/319780⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Misbah Razzaq, Loïc Paulevé, Anne Siegel, Julio Saez-Rodriguez, Jérémie Bourdon, Carito Guziolowski
- titre
- Computational Discovery of Dynamic Cell Line Specific Boolean Networks from Multiplex Time-Course Data
- article
- PLoS Computational Biology, 2018, 14, pp.1-23. ⟨10.1371/journal.pcbi.1006538⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Aurélien Naldi, Céline Hernandez, Nicolas Levy, Gautier Stoll, Pedro Monteiro, Claudine Chaouiya, Tomáš Helikar, Andrei Zinovyev, Laurence Calzone, Sarah Cohen-Boulakia, Denis Thieffry, Loïc Paulevé
- titre
- The CoLoMoTo Interactive Notebook: Accessible and Reproducible Computational Analyses for Qualitative Biological Networks
- article
- Frontiers in Physiology, 2018, 9, pp.n°680:1-13. ⟨10.3389/fphys.2018.00680⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- auteur
- Thomas Chatain, Stefan Haar, Loïc Paulevé
- titre
- Boolean Networks: Beyond Generalized Asynchronicity
- article
- AUTOMATA 2018 - 24th IFIP WG 1.5 International Workshop on Cellular Automata and Discrete Complex Systems, Jun 2018, Ghent, Belgium. pp.29-42, ⟨10.1007/978-3-319-92675-9_3⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- auteur
- Loïc Paulevé, Adrien Richard
- titre
- Analyse statique des réseaux booléens
- article
- Emmanuel Jeandel; Laurent Vigneron. Informatique Mathématique, Une photographie en 2018, CNRS Éditions, pp.157-194, 2018, 78-2-271-11974-2
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2017
Journal articles
- auteur
- Louis Fippo Fitime, Olivier F. Roux, Carito Guziolowski, Loïc Paulevé
- titre
- Identification of bifurcation transitions in biological regulatory networks using Answer-Set Programming
- article
- Algorithms for Molecular Biology, 2017, 12 (1), pp.19. ⟨10.1186/s13015-017-0110-3⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- auteur
- Thomas Chatain, Loïc Paulevé
- titre
- Goal-Driven Unfolding of Petri Nets
- article
- 28th International Conference on Concurrency Theory (CONCUR 2017), Sep 2017, Berlin, Germany. ⟨10.4230/LIPIcs.CONCUR.2017.14⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Loïc Paulevé
- titre
- Pint: A Static Analyzer for Transient Dynamics of Qualitative Networks with IPython Interface
- article
- CMSB 2017 - 15th conference on Computational Methods for Systems Biology, Sep 2017, Darmstadt, Germany. pp.370 - 316, ⟨10.1007/978-3-319-67471-1_20⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Hugues Mandon, Stefan Haar, Loïc Paulevé
- titre
- Temporal Reprogramming of Boolean Networks
- article
- CMSB 2017 - 15th conference on Computational Methods for Systems Biology, Sep 2017, Darmstadt, Germany. pp.179 - 195, ⟨10.1007/978-3-319-67471-1_11⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Other publications
- auteur
- Loïc Paulevé, Philippe Dague
- titre
- Journées BIOSS-IA 2017
- article
- 2017
- Accès au bibtex
-
2016
Journal articles
- auteur
- Jorgelindo da Veiga Moreira, Minoo Hamraz, Mohammad Abolhassani, Erwan Bigan, Sabine Pérès, Loïc Paulevé, Marcel Levy Nogueira, Jean-Marc Steyaert, Laurent Schwartz
- titre
- The Redox Status of Cancer Cells Supports Mechanisms behind the Warburg Effect
- article
- Metabolites, 2016, 6 (4), 12 p. ⟨10.3390/metabo6040033⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Adrien Rougny, Christine Froidevaux, Laurence Calzone, Loïc Paulevé
- titre
- Qualitative dynamics semantics for SBGN process description
- article
- BMC Systems Biology, 2016, ⟨10.1186/s12918-016-0285-0⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski
- titre
- Boolean Network Identification from Perturbation Time Series Data combining Dynamics Abstraction and Logic Programming
- article
- BioSystems, 2016, ⟨10.1016/j.biosystems.2016.07.009⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Erwan Bigan, Loïc Paulevé, Jean-Marc Steyaert, Stéphane S. Douady
- titre
- Necessary and sufficient conditions for protocell growth
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2016, ⟨10.1007/s00285-016-0998-0⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Lirong Huang, Loïc Paulevé, Christoph Zechner, Michael Unger, Anders S. Hansen, Heinz Koeppl
- titre
- Reconstructing dynamic molecular states from single-cell time series
- article
- Journal of the Royal Society Interface, 2016, 13 (122), ⟨10.1098/rsif.2016.0533⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- auteur
- Juraj Kolčák, David Šafránek, Stefan Haar, Loïc Paulevé
- titre
- Unfolding of Parametric Boolean Networks
- article
- 7th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2016), Sep 2016, Edimbourg, United Kingdom. pp.67-90, ⟨10.1016/j.entcs.2018.03.009⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Louis Fippo Fitime, Olivier Roux, Carito Guziolowski, Loïc Paulevé
- titre
- Identification of Bifurcations in Biological Regulatory Networks using Answer-Set Programming
- article
- Constraint-Based Methods for Bioinformatics Workshop, Sep 2016, Toulouse, France
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Loïc Paulevé
- titre
- Goal-Oriented Reduction of Automata Networks
- article
- 14th International Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2016), Sep 2016, Cambridge, United Kingdom. pp.252-272, ⟨10.1007/978-3-319-45177-0_16⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Lukas Studer, Loïc Paulevé, Christoph Zechner, Matthias Reumann, Maria Rodriguez Martinez, Heinz Koeppl
- titre
- Marginalized Continuous Time Bayesian Networks for Network Reconstruction from Incomplete Observations
- article
- AAAI Conference on Artificial Intelligence, Feb 2016, Phoenix, Arizona, United States
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Hugues Mandon, Stefan Haar, Loïc Paulevé
- titre
- Relationship between the Reprogramming Determinants of Boolean Networks and their Interaction Graph
- article
- Fifth International Workshop on Hybrid Systems Biology (HSB 2016), Oct 2016, Grenoble, France. pp.113-127, ⟨10.1007/978-3-319-47151-8_8⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- auteur
- Loïc Paulevé
- titre
- Pint, a static analyzer for dynamics of Automata Networks
- article
- 14th International Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2016), Sep 2016, Cambridge, United Kingdom.
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Proceedings
- auteur
- Loïc Paulevé, Nathalie Théret
- titre
- 6th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2015)
- article
- Loïc Paulevé; Nathalie Theret. SASB, Sep 2015, Saint-Malo, France. 326, Elsevier, pp.88, 2016, Electronic Notes in Theoretical Computer Science
- Accès au bibtex
-
2015
Journal articles
- auteur
- Jorgelindo da Veiga Moreira, Sabine Pérès, Jean-Marc Steyaert, Erwan Bigan, Loïc Paulevé, Marcel Levy Nogeira, Laurent Schwartz
- titre
- Cell cycle progression is regulated by intertwined redox oscillators
- article
- Theoretical Biology and Medical Modelling, 2015, 12 (1), pp.10. ⟨10.1186/s12976-015-0005-2⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Katsumi Inoue, Morgan Magnin, Olivier Roux
- titre
- Identification of Biological Regulatory Networks from Process Hitting models
- article
- Theoretical Computer Science, 2015, 568, pp.39. ⟨10.1016/j.tcs.2014.12.002⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier F. Roux
- titre
- Sufficient Conditions for Reachability in Automata Networks with Priorities
- article
- Theoretical Computer Science, 2015, ⟨10.1016/j.tcs.2015.08.040⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Loïc Paulevé, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Olivier Roux
- titre
- Analyses statiques de la dynamique des réseaux d'automates indéterministes
- article
- Revue des Sciences et Technologies de l'Information - Série TSI : Technique et Science Informatiques, 2015, 34 (4), pp.22. ⟨10.3166/TSI.34.463-484⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- auteur
- Max Ostrowski, Loïc Paulevé, Torsten Schaub, Anne Siegel, Carito Guziolowski
- titre
- Boolean Network Identification from Multiplex Time Series Data
- article
- CMSB 2015 - 13th conference on Computational Methods for Systems Biology, Sep 2015, Nantes, France. pp.170-181, ⟨10.1007/978-3-319-23401-4_15⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Poster communications
- auteur
- Adrien Rougny, Christine Froidevaux, Loïc Paulevé
- titre
- Two Qualitative Dynamics Semantics for SBGN Process Description Maps
- article
- CMSB'15, Sep 2015, Nantes, France. 2015
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Proceedings
- auteur
- Loïc Paulevé, Heinz Koeppl
- titre
- 5th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2014)
- article
- Loïc Paulevé; Heinz Koeppl. SASB, Sep 2014, Munich, Germany. 316, Elsevier, pp.97, 2015, Electronic Notes in Theoretical Computer Science
- Accès au bibtex
-
2014
Conference papers
- auteur
- Thomas Chatain, Stefan Haar, Loïg Jezequel, Loïc Paulevé, Stefan Schwoon
- titre
- Characterization of Reachable Attractors Using Petri Net Unfoldings
- article
- CMSB 2014, Nov 2014, Manchester, United Kingdom. pp.14, ⟨10.1007/978-3-319-12982-2_10⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Book sections
- auteur
- Loïc Paulevé, Courtney Chancellor, Maxime Folschette, Morgan Magnin, Olivier Roux
- titre
- Analyzing Large Network Dynamics with Process Hitting
- article
- Luis Fariñas del Cerro; Katsumi Inoue. Logical Modeling of Biological Systems, Wiley, pp.125 - 166, 2014, 978-1-84821-680-8
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2013
Journal articles
- auteur
- Loïc Paulevé, Gheorghe Craciun, Heinz Koeppl
- titre
- Dynamical Properties of Discrete Reaction Networks
- article
- Journal of Mathematical Biology, 2013, pp.Online First, 1-18. ⟨10.1007/s00285-013-0686-2⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
Conference papers
- auteur
- Michael Klann, Loïc Paulevé, Tatjana Petrov, Heinz Koeppl
- titre
- Coarse-grained brownian dynamics simulation of rule-based models
- article
- The 11th Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB'13), Sep 2013, Klosterneuburg, Austria. pp.64-77, ⟨10.1007/978-3-642-40708-6_6⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Loïc Paulevé, Geoffroy Andrieux, Heinz Koeppl
- titre
- Under-approximating Cut Sets for Reachability in Large Scale Automata Networks
- article
- 25th International Conference, CAV 2013, Saint Petersburg, Russia, July 13-19, 2013. Proceedings, Jul 2013, Saint Petersburg, Russia. pp.69-84, ⟨10.1007/978-3-642-39799-8_4⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
- auteur
- Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux
- titre
- Under-approximation of Reachability in Multivalued Asynchronous Networks
- article
- fourth International Workshop on Interactions between Computer Science and Biology (CS2Bio'13), Jun 2013, Florence, Italy. pp.33--51, ⟨10.1016/j.entcs.2013.11.004⟩
- Accès au texte intégral et bibtex
-
2012
Journal articles
- auteur
- Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux
- titre
- Static analysis of Biological Regulatory Networks dynamics using abstract interpretation
- article
- Mathematical Structures in Computer Science, 2012, 22 (04), pp 651-685. ⟨10.1017/S0960129511000739⟩
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Matthew R. Lakin, Loïc Paulevé, Andrew Phillips
- titre
- Stochastic simulation of multiple process calculi for biology
- article
- Theoretical Computer Science, 2012, 431, pp.181-206. ⟨10.1016/j.tcs.2011.12.057⟩
- Accès au bibtex
-
Conference papers
- auteur
- Stefan Janssen, Loïc Paulevé, Yann Ponty, Balaji Raman, Matthias Zytnicki
- titre
- Can Probabilistic Model Checking Explore Ribo-Nucleic Acid Folding Space?
- article
- IWBDA - 4th International Workshop on Bio-Design Automation - 2012, Jun 2012, San Francisco, United States
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-
- auteur
- Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Katsumi Inoue, Morgan Magnin, Olivier Roux
- titre
- Concretizing the Process Hitting into Biological Regulatory Networks
- article
- Computational Methods in Systems Biology, Oct 2012, London, United Kingdom. p. 166-186, ⟨10.1007/978-3-642-33636-2_11⟩
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-
- auteur
- Maxime Folschette, Loïc Paulevé, Katsumi Inoue, Morgan Magnin, Olivier F. Roux
- titre
- Abducing Biological Regulatory Networks from Process Hitting models
- article
- ECML-PKDD 2012 Workshop on Learning and Discovery in Symbolic Systems Biology, Sep 2012, Bristol, United Kingdom
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-
- auteur
- Patrick Amar, Loïc Paulevé
- titre
- HSIM: an hybrid stochastic simulation system for systems biology
- article
- The Third International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2012), Sep 2012, Deauville, France. pp.3 -- 21, ⟨10.1016/j.entcs.2015.04.016⟩
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-
Reports
- auteur
- Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux
- titre
- From the Process Hitting to Petri Nets and Back
- article
- 2012
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-
- auteur
- Araks Martirosyan, Loïc Paulevé, Clair Poignard, Mireille Régnier, Jean-Marc Steyaert, Laurent Schwartz
- titre
- A Dynamical Model for the Transmembrane Potential Regulation by pH
- article
- [Research Report] LIX, Ecole polytechnique. 2012
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-
2011
Journal articles
- auteur
- Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux
- titre
- Refining Dynamics of Gene Regulatory Networks in a Stochastic π-Calculus Framework
- article
- Transactions on Computational Systems Biology, 2011, XIII, pp.171-191. ⟨10.1007/978-3-642-19748-2_8⟩
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-
- auteur
- Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux
- titre
- Tuning Temporal Features within the Stochastic π-Calculus
- article
- IEEE Transactions on Software Engineering, 2011, 37 (6), pp.858-871. ⟨10.1109/TSE.2010.95⟩
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-
Conference papers
- auteur
- Loïc Paulevé, Adrien Richard
- titre
- Static Analysis of Boolean Networks Based on Interaction Graphs: A Survey
- article
- 2nd International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2011), Sep 2011, Venice, Italy. pp.93-104, ⟨10.1016/j.entcs.2012.05.017⟩
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-
Reports
- auteur
- Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux
- titre
- Static Analysis by Abstract Interpretation of Biological Regulatory Networks Dynamics
- article
- 2011
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-
Theses
- auteur
- Loïc Paulevé
- titre
- Modélisation, Simulation et Vérification des Grands Réseaux de Régulation Biologique
- article
- Réseaux et télécommunications [cs.NI]. Ecole Centrale de Nantes (ECN), 2011. Français. ⟨NNT : ⟩
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-
2010
Journal articles
- auteur
- Loïc Paulevé, Hervé Jégou, Laurent Amsaleg
- titre
- Locality sensitive hashing: a comparison of hash function types and querying mechanisms
- article
- Pattern Recognition Letters, 2010, 31 (11), pp.1348-1358. ⟨10.1016/j.patrec.2010.04.004⟩
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-
- auteur
- Loïc Paulevé, Adrien Richard
- titre
- Topological fixed points in Boolean networks
- article
- Comptes rendus de l'Académie des sciences. Série I, Mathématique, 2010, 348 (15-16), pp.825-828. ⟨10.1016/j.crma.2010.07.014⟩
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-
Conference papers
- auteur
- Andrew Phillips, Matthew R. Lakin, Loïc Paulevé
- titre
- Stochastic simulation of process calculi for biology
- article
- Proceedings Fourth Workshop on Membrane Computing and Biologically Inspired Process Calculi 2010, Aug 2010, Jena, Germany. ⟨10.4204/EPTCS.40.1⟩
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-
- auteur
- Loïc Paulevé, Simon Youssef, Matthew R. Lakin, Andrew Phillips
- titre
- A generic abstract machine for stochastic process calculi
- article
- CMSB '10: The 8th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2010, Trento, Italy. pp.43--54, ⟨10.1145/1839764.1839771⟩
- Accès au bibtex
-
- auteur
- Loïc Paulevé, Morgan Magnin, Olivier Roux
- titre
- Abstract Interpretation of Dynamics of Biological Regulatory Networks
- article
- 1st International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2010), Sep 2010, Perpignan, France. pp.43-56, ⟨10.1016/j.entcs.2011.04.004⟩
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-
2008
Reports
- auteur
- Loïc Paulevé
- titre
- Euclidean lattices for high dimensional indexing and searching
- article
- [Research Report] PI 1903, 2008, pp.57
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