Publications HAL

Journal articles

2024

titre
Extended-depth of field random illumination microscopy, EDF-RIM, provides super-resolved projective imaging
auteur
Lorry Mazzella, Thomas Mangeat, Guillaume Giroussens, Benoit Rogez, Hao Li, Justine Creff, Mehdi Saadaoui, Carla Martins, Ronan Bouzignac, Simon Labouesse, Jérôme Idier, Frédéric Galland, Marc Allain, Anne Sentenac, Loïc Le Goff
article
Light: Science and Applications, 2024, 13, ⟨10.1038/s41377-024-01612-0⟩
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https://hal.science/hal-04734272/file/2024%2010%20Mazzella%20LSA.pdf BibTex
titre
Texture tomography, a versatile framework to study crystalline texture in 3D
auteur
Moritz P K Frewein, Jeremy Mason, Britta Maier, Helmut Cölfen, Asma Medjahed, Manfred Burghammer, M Allain, Tilman A Grünewald
article
IUCrJ, 2024, 11 (5), ⟨10.1107/s2052252524006547⟩
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https://hal.science/hal-04677684/file/Frewein%20et%20al.%20-%202024%20-%20Texture%20tomography%2C%20a%20versatile%20framework%20to%20study.pdf BibTex
titre
Super-resolution capacity of variance-based stochastic fluorescence microscopy
auteur
Simon Labouesse, Jérôme Idier, Marc Allain, Guillaume Giroussens, Thomas Mangeat, Anne Sentenac
article
Physical Review A, 2024, 109 (3), pp.033525. ⟨10.1103/PhysRevA.109.033525⟩
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https://hal.science/hal-04300036/file/RIM_variance_PRL_rev3.pdf BibTex
titre
Inhomogeneous probes for Bragg Coherent Diffraction Imaging: Toward the imaging of dynamic and distorted crystals
auteur
I Calvo-Almazán, V Chamard, T Grünewald, M Allain
article
Physical Review B, In press
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https://hal.science/hal-04730315/file/2403.06598.pdf BibTex

2023

titre
Concurrent multi-peak Bragg coherent x-ray diffraction imaging of 3D nanocrystal lattice displacement via global optimization
auteur
Siddharth Maddali, Travis Frazer, Nazar Delegan, Katherine Harmon, Sean Sullivan, Marc Allain, Wonsuk Cha, Alan Dibos, Ishwor Poudyal, Saugat Kandel, Youssef Nashed, F. Joseph Heremans, Hoydoo You, Yue Cao, Stephan Hruszkewycz
article
npj Computational Materials, 2023, 9 (1), pp.77. ⟨10.1038/s41524-023-01022-7⟩
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BibTex
titre
Super-resolved total internal reflection fluorescence microscopy using random illuminations
auteur
Kévin Affannoukoué, Simon Labouesse, Guillaume Maire, Laurent Gallais, Julien Savatier, Marc Allain, Md Rasedujjaman, Loïc Le Goff, Jérôme Idier, Renaud Poincloux, Florence Pelletier, Christophe Leterrier, Thomas Mangeat, Anne Sentenac
article
Optica, 2023, 10 (8), pp.1009. ⟨10.1364/optica.487003⟩
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https://hal.science/hal-04172900/file/Affannoukou%C3%A9%20et%20al.%20-%202023%20-%20Super-resolved%20total%20internal%20reflection%20fluoresce.pdf BibTex

2022

titre
4th generation synchrotron source boosts crystalline imaging at the nanoscale
auteur
Peng Li, Marc Allain, Tilman Grünewald, Marcus Rommel, Andrea Campos, Dina Carbone, Virginie Chamard
article
Light: Science and Applications, 2022, 11, pp.73. ⟨10.1038/s41377-022-00758-z⟩
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https://amu.hal.science/hal-03573695/file/s41377-022-00758-z.pdf BibTex

2021

titre
Revealing nano-scale lattice distortions in implanted material with 3D Bragg ptychography
auteur
Peng Li, Nicholas Phillips, Steven Leake, Marc Allain, Felix Hofmann, Virginie Chamard
article
Nature Communications, 2021, 12 (1), pp.7059. ⟨10.1038/s41467-021-27224-5⟩
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https://amu.hal.science/hal-03465546/file/s41467-021-27224-5.pdf BibTex
titre
Sub-pixel high-resolution imaging of high-energy x-rays inspired by sub-wavelength optical imaging
auteur
Marc Allain, N. Bertaux, J. Weizeorick, J.-S. Park, P. Kenesei, S. Shastri, J. Almer, M. Highland, S. Maddali, S. Hruszkewycz
article
Optics Express, 2021, 29 (22), pp.35003. ⟨10.1364/OE.438945⟩
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BibTex
titre
Efficient ptychographic phase retrieval via a matrix-free Levenberg-Marquardt algorithm
auteur
Marc Allain, Saugat Kandel, S. Maddali, Youssef Nashed, Stephan Hruszkewycz, Chris Jacobsen
article
Optics Express, 2021, 29 (15), pp.23019. ⟨10.1364/OE.422768⟩
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BibTex
titre
Super-resolved live-cell imaging using Random Illumination Microscopy
auteur
Thomas Mangeat, Simon Labouesse, Marc Allain, Awoke Negash, Emmanuel Martin, Aude Guénolé, Renaud Poincloux, Claire Estibal, Anais Bouissou, Sylvain Cantaloube, Elodie Vega, Tong Li, Christian Rouvière, Sophie Allard, Debora Keller, Valentin Debarnot, Xiaobo Wang, Grégoire Michaux, Mathieu Pinot, Roland Le Borgne, Sylvie Tournier, Magali Suzanne, Jérôme Idier, Anne Sentenac
article
Cell Reports Methods, 2021, 1 (1), pp.100009. ⟨10.1016/j.crmeth.2021.100009⟩
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https://hal.science/hal-02564126/file/2020.01.27.905083v1.full.pdf BibTex

2020

titre
General approaches for shear-correcting coordinate transformations in Bragg coherent diffraction imaging. Part II
auteur
P. Li, S. Maddali, A. Pateras, I. Calvo-Almazán, S.O. Hruszkewycz, W. Cha, Virginie Chamard, Marc Allain
article
Journal of Applied Crystallography, 2020, 53 (2), pp.404-418. ⟨10.1107/S1600576720001375⟩
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https://amu.hal.science/hal-02537405/file/to5204-2.pdf BibTex
titre
General approaches for shear-correcting coordinate transformations in Bragg coherent diffraction imaging. Part I
auteur
S. Maddali, P. Li, A. Pateras, D. Timbie, N. Delegan, A. L Crook, H. Lee, I. Calvo-Almazán, D. Sheyfer, W. Cha, F. J Heremans, D. D Awschalom, Virginie Chamard, Marc Allain, S. O Hruszkewycz
article
Journal of Applied Crystallography, 2020, 53 (2), pp.393-403. ⟨10.1107/S1600576720001363⟩
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https://amu.hal.science/hal-02537399/file/to5203-2.pdf BibTex
titre
Detector tilt considerations in high-energy Bragg coherent diffraction imaging: a simulation study
auteur
Siddharth Maddali, Marc Allain, Peng Li, Virginie Chamard, Stephan O. Hruszkewycz
article
Crystals, 2020, 10 (12), pp.1150. ⟨10.3390/cryst10121150⟩
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https://hal.science/hal-02933941/file/crystals-10-01150-v2.pdf BibTex

2019

titre
Using automatic differentiation as a general framework for ptychographic reconstruction
auteur
Saugat Kandel, S. Maddali, Marc Allain, Stephan Hruszkewycz, Chris Jacobsen, Y. S. G. Nashed
article
Optics Express, 2019, 27 (13), pp.18653. ⟨10.1364/OE.27.018653⟩
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https://amu.hal.science/hal-02163380/file/oe-27-13-18653.pdf BibTex
titre
Phase retrieval for Bragg coherent diffraction imaging at high x-ray energies
auteur
S. Maddali, Marc Allain, W. Cha, R. Harder, S. Park, P. Kenesei, J. Almer, Y. Nashed, S. Hruszkewycz
article
Physical Review A : Atomic, molecular, and optical physics [1990-2015], 2019, 99 (5), pp.053838. ⟨10.1103/PhysRevA.99.053838⟩
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https://amu.hal.science/hal-02139472/file/PhysRevA.99.053838.pdf BibTex
titre
Impact and mitigation of angular uncertainties in Bragg coherent x-ray diffraction imaging
auteur
I. Calvo-Almazán, Marc Allain, S. Maddali, Virginie Chamard, S. Hruszkewycz
article
Scientific Reports, 2019, 9, pp.6386. ⟨10.1038/s41598-019-42797-4⟩
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https://amu.hal.science/hal-02107745/file/Calvo-Almaz-n_et_al-2019-Scientific_Reports.pdf BibTex
titre
Joint estimation of object and probes in vectorial ptychography
auteur
Arthur Baroni, Marc Allain, Peng Li, Virginie Chamard, Patrick Ferrand
article
Optics Express, 2019, 27 (6), pp.8143. ⟨10.1364/OE.27.008143⟩
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https://amu.hal.science/hal-02059897/file/Baroni-oe-27-6-8143.pdf BibTex

2018

titre
Quantitative imaging of anisotropic material properties with vectorial ptychography
auteur
Patrick Ferrand, Arthur Baroni, Marc Allain, Virginie Chamard
article
Optics Letters, 2018, 43 (4), pp.763-766. ⟨10.1364/OL.43.000763⟩
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https://hal.science/hal-01653296/file/FerrandV02.pdf BibTex
titre
On the super-resolution capacity of imagers using unknown speckle illuminations
auteur
Jérôme Idier, Simon Labouesse, Marc Allain, Penghuan Liu, Sébastien Bourguignon, Anne Sentenac
article
IEEE Transactions on Computational Imaging, 2018, 4 (1), pp.87 - 98. ⟨10.1109/TCI.2017.2771729⟩
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https://hal.science/hal-01652762/file/1512.06260.pdf BibTex
titre
Measuring three dimensional strain and structural defects in a single InGaAs nanowire using coherent x-ray multi-angle Bragg projection ptychography
auteur
Megan Hill, Irene Calvo-Almazan, Marc Allain, Martin Holt, Andrew Ulvestad, Julian Treu, Gregor Koblmueller, C. Huang, Xiaojing Huang, Hanfei Yan, E. Nazarestski, Yong Chu, G. Brian Stephenson, Virginie Chamard, Lincoln Lauhon, Stephan Hruszkewycz
article
Nano Letters, 2018, 18 (2), pp.811-819. ⟨10.1021/acs.nanolett.7b04024⟩
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https://hal.science/hal-01687989/file/Hill_maBPP_final.pdf BibTex
titre
Two-photon speckle illumination for super-resolution microscopy
auteur
Awoke Negash, Simon Labouesse, Patrick C. Chaumet, Kamal Belkebir, Hugues Giovannini, Marc Allain, Jérôme Idier, Anne Sentenac
article
Journal of the Optical Society of America. A Optics, Image Science, and Vision, 2018, 35 (6), ⟨10.1364/JOSAA.35.001028⟩
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BibTex

2017

titre
High-resolution three-dimensional structural microscopy by single-angle Bragg ptychography
auteur
S. O. Hruszkewycz, Marc Allain, M. V. Holt, C. E. Murray, J. R. Holt, P. H. Fuoss, Virginie Chamard
article
Nature Materials, 2017, 16, pp.244-251. ⟨10.1038/nmat4798⟩
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https://hal.science/hal-01252892/file/3DBPP_accepted.pdf BibTex
titre
Joint reconstruction strategy for structured illumination microscopy with unknown illuminations
auteur
Simon Labouesse, Marc Allain, Jérôme Idier, Awoke Negash, Thomas Mangeat, Penghuan Liu, Anne Sentenac, Sébastien Bourguignon
article
IEEE Transactions on Image Processing, 2017, 26 (5), pp.2480-2493. ⟨10.1109/TIP.2017.2675200⟩
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https://hal.science/hal-01554090/file/1607.01980.pdf BibTex
titre
Revealing crystalline domains in a mollusc shell single-crystalline prism
auteur
Francesca Mastropietro, Pierre Godard, Manfred Burghammer, Corinne Chevallard, Jean Daillant, Julien Duboisset, Marc Allain, Patrick Guenoun, Julius Nouet, Virginie Chamard
article
Nature Materials, 2017, 16, pp.946-952. ⟨10.1038/nmat4937⟩
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https://hal.science/hal-01559691/file/chamard_4_main_submission.pdf https://hal.science/hal-01559691/file/chamard_4_SuppInfo_submission.pdf BibTex

2016

titre
Three dimensional variable-wavelength x-ray Bragg coherent diffraction imaging
auteur
W. Cha, A. Ulvestad, Marc Allain, Virginie Chamard, R. Harder, S. Leake, J. Maser, P. H. Fuoss, S. O. Hruszkewycz
article
Physical Review Letters, 2016, 117, pp.225501. ⟨10.1103/PhysRevLett.117.225501⟩
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https://hal.science/hal-01397101/file/PhysRevLett.117.225501.pdf BibTex
titre
Far-field diffraction microscopy at λ/10 resolution
auteur
Ting Zhang, Charankumar Godavarthi, Patrick C. Chaumet, Guillaume Maire, Hugues Giovannini, Anne Talneau, Marc Allain, Kamal Belkebir, Anne Sentenac
article
Optica, 2016, 3 (6), pp.609-612. ⟨10.1364/OPTICA.3.000609⟩
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https://hal.science/hal-01328835/file/optica-3-6-609.pdf BibTex
titre
Improving the axial and lateral resolution of three-dimensional fluorescence microscopy using random speckle illuminations
auteur
A. Negash, S. Labouesse, Nicolas Sandeau, Marc Allain, Hugues Giovannini, Jérome Idier, Rainer Heintzmann, Patrick C. Chaumet, Kamal Belkebir, Anne Sentenac
article
Journal of the Optical Society of America. A, Optics and image science, 2016, 33, pp.1089-1094. ⟨10.1364/JOSAA.33.001089⟩
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BibTex
titre
Super-resolution photoacoustic fluctuation imaging with multiple speckle illumination
auteur
Thomas Chaigne, Jérôme Gateau, Marc Allain, Ori Katz, Sylvain Gigan, Anne Sentenac, Emmanuel Bossy
article
Optica, 2016, 3 (1), pp.54-57. ⟨10.1364/OPTICA.3.000054⟩
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https://hal.science/hal-01634450/file/1508.01305v1.pdf BibTex

2015

titre
Nondestructive three-dimensional imaging of crystal strain and rotations in an extended bonded semiconductor heterostructure
auteur
Anastasios I. Pateras, Marc Allain, Pierre Godard, L. Largeau, G. Patriarche, Anne Talneau, K. Pantzas, M. Burghammer, A. A. Minkevich, Virginie Chamard
article
Physical Review B: Condensed Matter and Materials Physics (1998-2015), 2015, 92 (20), pp.205305. ⟨10.1103/PhysRevB.92.205305⟩
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https://hal.science/hal-01218363/file/pateras_PhysRevB_2015.pdf BibTex
titre
Ptychography in anisotropic media
auteur
Patrick Ferrand, Marc Allain, Virginie Chamard
article
Optics Letters, 2015, 40 (22), pp.5144-5147. ⟨10.1364/OL.40.005144⟩
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https://hal.science/hal-01213942/file/Ferrand-OL-2015.pdf BibTex
titre
Efficient modeling of Bragg coherent x-ray nanobeam diffraction
auteur
S. O. Hruszkewycz, M. V. Holt, Marc Allain, Virginie Chamard, S. M. Polvino, C. E. Murray, P. H. Fuoss
article
Optics Letters, 2015, 40 (14), pp.3241-3244. ⟨10.1364/OL.40.003241⟩
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BibTex
titre
Strain in a silicon-on-insulator nanostructure revealed by 3D x-ray Bragg ptychography
auteur
Virginie Chamard, Marc Allain, P. Godard, A. Talneau, G. Patriarche, M. Burghammer
article
Scientific Reports, 2015, 5, pp.9827. ⟨10.1038/srep09827⟩
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https://hal.science/hal-01205699/file/Chamard_SREP_2015.pdf BibTex

2013

titre
X-ray lensless microscopy from undersampled diffraction intensities
auteur
F. Berenguer, Pierre Godard, Marc Allain, J.-M. Belloir, A. Talneau, S. Ravy, Virginie Chamard
article
Physical Review B: Condensed Matter and Materials Physics (1998-2015), 2013, 88, pp.144101-1. ⟨10.1103/PhysRevB.88.144101⟩
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https://hal.science/hal-00870328/file/Berenguer.PhysRevB.88.144101.pdf BibTex

2012

titre
Noise models for low counting rate coherent diffraction imaging
auteur
Pierre Godard, Marc Allain, Virginie Chamard, J. Rodenburg
article
Optics Express, 2012, 20, pp.25914-25934. ⟨10.1364/OE.20.025914⟩
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https://hal.science/hal-00870322/file/Godard-oe-20-23-25914.pdf BibTex
titre
Structured illumination microscopy using unknown speckle patterns
auteur
Emeric Mudry, Kamal Belkebir, J. Girard, Julien Savatier, Emmeran Le Moal, C. Nicoletti, Marc Allain, Anne Sentenac
article
Nature Photonics, 2012, 6 (5), pp.312-315. ⟨10.1038/nphoton.2012.83⟩
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BibTex

2011

titre
Imaging of highly inhomogeneous strain field in nanocrystals using x-ray Bragg ptychography: A numerical study
auteur
Pierre Godard, Marc Allain, Virginie Chamard
article
Physical Review B: Condensed Matter and Materials Physics (1998-2015), 2011, 84 (14), pp.144109. ⟨10.1103/PhysRevB.84.144109⟩
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https://hal.science/hal-00649563/file/Godard.PhysRevB.84.144109.pdf BibTex
titre
Cramer-Rao analysis of steady-state and time-domain fluorescence diffuse optical imaging
auteur
Matthieu Boffety, Marc Allain, Anne Sentenac, M. Massonneau, Rémi Carminati
article
Biomedical optics express, 2011, pp.1626-36. ⟨10.1364/BOE.2.001626⟩
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BibTex
titre
Smooth contour coding with minimal description length active grid segmentation techniques
auteur
Frédéric Galland, Arnaud Jaegler, Marc Allain, David Savery, Philippe Réfrégier
article
Pattern Recognition Letters, 2011, 32 (5), pp.721-730. ⟨10.1016/j.patrec.2010.12.007⟩
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BibTex
titre
Three-dimensional high-resolution quantitative microscopy of extended crystals
auteur
Pierre Godard, G. Carbone, Marc Allain, Francesca Mastropietro, G. Chen, L. Capello, A. Diaz, T.H. Metzger, J. Stangl, Virginie Chamard
article
Nature Communications, 2011, 2, pp.568. ⟨10.1038/ncomms1569⟩
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https://hal.science/hal-00738278/file/Godard_ncomm_2011.pdf BibTex

2008

titre
Analysis of the depth resolution limit of luminescence diffuse optical imaging
auteur
Matthieu Boffety, Marc Allain, Anne Sentenac, M. Massonneau, Rémi Carminati
article
Optics Letters, 2008, 33 (20), pp.2290-2292. ⟨10.1364/OL.33.002290⟩
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BibTex

2007

titre
Efficient binary reconstruction for non destructive evaluation using gammagraphy
auteur
Marc Allain, Jérôme Idier
article
Inverse Problems, 2007, 23 (4), pp.1371-1393. ⟨10.1088/0266-5611/23/4/002⟩
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https://hal.science/hal-00147782/file/241631Rev03May07.pdf BibTex

2006

titre
Imaging techniques for gamma-ray diffuse emission: application to INTEGRAL/SPI
auteur
Marc Allain, Jean-Pierre Roques
article
Astronomy and Astrophysics - A&A, 2006, 447 (3), pp.1175-1187. ⟨10.1051/0004-6361:20042513⟩
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https://hal.science/hal-00457476/file/aa2513-04.pdf BibTex
titre
On global and local convergence of half-quadratic algorithms
auteur
Marc Allain, Jérôme Idier, Yves Goussard
article
IEEE Transactions on Image Processing, 2006, 15 (5), pp.1130-1142. ⟨10.1109/TIP.2005.864173⟩
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Conference papers

2024

titre
Imaging extended single crystal lattice distortion fields with multi- peak Bragg ptychography
auteur
Stephan Hruszkewycz, Saugat Kandel, Sidharth Maddali, Xiaojing Huang, Youssef Nashed, Chris Jacobsen, Marc Allain
article
11th international confererence on phase retrieval and coherent scattering (Coherence 2024), Jun 2024, Helsingborg, Sweden
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titre
Structured probes for BCDI: Toward the imaging of dynamic and distorted crystals
auteur
Irene Calvo, Tilman Grünewald, Peng Li, Paul Fenter, Fernando Bartolomé, Manfred Burghammer, Asma Medjahed, Virginie Chamard, Marc Allain
article
11th international confererence on phase retrieval and coherent scattering (Coherence 2024), Jun 2024, Helsingborg, Sweden
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titre
Studying Domain Dynamics of Charge-Density Wave Materials using X-ray Photon Correlation Spectroscopy at XFELs
auteur
Swan Htun, Paul Evans, Yue Cao, Simon Gerber, Stephan Hruszkewycz, Chris Jacobsen, Anders Madsen, Tai C Chiang, Ni Li, Marc Allain, Hao Zheng, Deepankar Sri Gyan, Joseph Hlevyack, Corinna Burri, Dina Sheyfer, Johannes Möller, David Le Bolloc’h, Nelson Hua, Dragan Mihailovic, Jo Wonhyuk
article
11th international confererence on phase retrieval and coherent scattering (Coherence 2024), Jun 2024, Helsingborg, Sweden
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2023

titre
Méthodes d'inversion rapide pour RIM (Random Illumination Microscopy)
auteur
Guillaume Giroussens, Marc Allain, Anne Sentenac, Jérôme Idier, Simon Labouesse, Thomas Mangeat
article
GRETSI 2023, Aug 2023, Grenoble (38000), France
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2021

titre
Proof of the resolution-doubling of Random Illumination Microscopy using the variance of the speckled images
auteur
Simon Labouesse, Jérôme Idier, Anne Sentenac, Marc Allain, Thomas Mangeat
article
2021 29th European Signal Processing Conference (EUSIPCO), Aug 2021, Dublin, Ireland. pp.1159-1162, ⟨10.23919/EUSIPCO54536.2021.9616038⟩
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https://hal.science/hal-03538553/file/labouesse21.pdf BibTex
titre
Random Illumination Microscopy from Variance Images
auteur
Simon Labouesse, Jérôme Idier, Anne Sentenac, Thomas Mangeat, Marc Allain
article
EUSIPCO 2020, Jan 2021, Amsterdam, Netherlands. pp.785-789, ⟨10.23919/Eusipco47968.2020.9287651⟩
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https://hal.science/hal-03010108/file/Labouesse20.pdf BibTex

2020

titre
Quantitative structural imaging of biominerals by vectorial ptychography
auteur
Arthur Baroni, Marc Allain, Peng Li, Virginie Chamard, Patrick Ferrand
article
14th International Coral Reef Symposium (ICRS 2020) (cancelled Covid-19), Jul 2020, Bremen, Germany
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2019

titre
Progress in vectorial ptychography: towards quantitative structural imaging of biominerals
auteur
Arthur Baroni, Marc Allain, Peng Li, Virginie Chamard, Patrick Ferrand
article
Microscience Microscopy Congress 2019 (mmc2019), Jul 2019, Manchester, United Kingdom
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BibTex
titre
Quantitative imaging of anisotropic materials by vectorial ptychography
auteur
Arthur Baroni, Marc Allain, Peng Li, Virginie Chamard, Patrick Ferrand
article
Focus on Microscopy (FOM 2019), Apr 2019, Londres, United Kingdom
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BibTex
titre
Multi-angle Bragg projection ptychography with probe retrieval
auteur
Peng Li, Felix Hofmann, Steven Leake, Marc Allain, Virginie Chamard
article
The Minerals, Metals & Materials Society Annual Meeting (TMS2019), Mar 2019, San Antonio, TX, United States
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2018

titre
Bragg Geometry X-ray Coherent Diffraction Imaging: Know before you go...
auteur
Marc Allain, S. O. Hruszkewycz, Virginie Chamard
article
Coherence 2018: International Workshop on Phase Retrieval and Coherent Scattering, Jun 2018, Port Jefferson, NY, United States
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titre
Microscopie de biréfringence par ptychographie vectorielle
auteur
Arthur Baroni, Patrick Ferrand, Marc Allain, Virginie Chamard
article
13e journées Imagerie Optique Non Conventionnelle (JOINC), Mar 2018, Paris, France
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titre
Characterising the illumination function for Bragg ptychography microscopy
auteur
Peng Li, Marc Allain, Chan Kim, Anders Madsen, Virginie Chamard
article
ESRF User Meeting 2018, Feb 2018, Grenoble, France
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2017

titre
Minimum contrast estimation for super-resolution fluorescence microscopy using speckle patterns
auteur
Penghuan Liu, Jérôme Idier, Sébastien Bourguignon, Simon Labouesse, Marc Allain, Anne Sentenac
article
GRETSI, Sep 2017, Juan-Les-Pins, France
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2016

titre
Fluorescence blind structured illumination microscopy: a new reconstruction strategy
auteur
S. Labouesse, Marc Allain, A. Negash, P. Liu, A. Sentenac, Jérôme Idier, Sébastien Bourguignon
article
IEEE International Conference on Image Processing, IEEE, Sep 2016, Phoenix, United States
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https://hal.science/hal-01264977/file/Labouesse2015.pdf BibTex
titre
Domain structure retrieval of a simulated ferroelectric film via 3D Bragg ptychography
auteur
A. Troian, Marc Allain, S. Matsen, V. L. R. Jacques, B. Noheda, Virginie Chamard, D. Carbone
article
International Workshop on Phase Retrieval and Coherent Scattering (Coherence 2016), Jun 2016, Saint Malo, France
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titre
Coherent imaging with polarized probes: when to go for vectorial?
auteur
Patrick Ferrand, Marc Allain, Virginie Chamard
article
International Workshop on Phase Retrieval and Coherent Scattering (Coherence 2016), Jun 2016, Saint Malo, France
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titre
Revealing the meso-crystallinity arrangement of a "single-crystalline" calcareous biomineral
auteur
Francesca Mastropietro, Marc Allain, M. Burghammer, Corinne Chevallard, A. Talneau, Jean Daillant, Julien Duboisset, P. Godard, P. Guenoun, Julius Nouet, Virginie Chamard
article
International Workshop on Phase Retrieval and Coherent Scattering (Coherence 2016), Jun 2016, Saint Malo, France
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titre
Three-dimensional in operando imaging of a semiconductor heterostructure through X-ray Bragg ptychography
auteur
A. I. Pateras, Marc Allain, P. Godard, L. Largeau, G. Patriarche, A. Talneau, K. Pantzas, M. Burghammer, A. A. Minkevitch, Virginie Chamard
article
International Workshop on Phase Retrieval and Coherent Scattering (Coherence 2016), Jun 2016, Saint Malo, France
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titre
A marginal image reconstruction approach in fluorescence microscopy with pseudo-random illumination patterns
auteur
Penghuan Liu, Sébastien Bourguignon, Jérôme Idier, Marc Allain, Simon Labouesse, Anne Sentenac
article
OSA Conference : Imaging and Applied Optics, 2016, Heidelberg, Germany
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titre
Super-resolution capacity of imagers using random illuminations
auteur
Simon Labouesse, Jérôme Idier, Penghuan Liu, Marc Allain, Sébastien Bourguignon, Anne Sentenac
article
OSA Conference : Imaging and Applied Optics, 2016, Heidelberg, Germany
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2015

titre
Anisotropic distribution of orientations of crystalline domains in calcite bio-minerals revealed by high-resolution x-ray diffraction microscopy
auteur
F. Mastropietro, P. Godard, Marc Allain, J.-P. Cuif, Y. Dauphin, C. Chevallard, P. Guenoun, J. Daillant, M. Burghammer, Virginie Chamard
article
ESRF User meeting, ESRF, Feb 2015, Grenoble, France
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titre
Blind fluorescence structured illumination microscopy: A new reconstruction strategy
auteur
Simon Labouesse, Marc Allain, Jérôme Idier, Sébastien Bourguignon, Penghuan Liu, Anne Sentenac
article
Actes du 25e colloque GRETSI, 2015, Lyon, France
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2014

titre
Reticulated nanostructures in calcareous biocrystals imaged by 3D ptychography
auteur
F. Mastropietro, P. Godard, Marc Allain, J.-P. Cuif, Y. Dauphin, J. Nouet, C. Chevallard, J. Daillant, M. Burghammer, Virginie Chamard
article
12th biennal conference on on High-resolution X-ray Diffraction and Imaging (XTOP 2014), Sep 2014, Vilards de Lans, France
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titre
Strain imaging of an InP nanostructured thin film by 3D X-Ray Bragg Ptychography
auteur
A. Pateras, Marc Allain, P. Godard, F. Mastropietro, L. Largeau, G. Patriarche, K. Pantzas, A. Talneau, M. Burghammer, A. Minkevich, T. Baumbach, Virginie Chamard
article
International Workshop on Phase Retrieval and Coherent Scattering (Coherence 2014), Argonne National Laboratory, Sep 2014, Chicago, IL, United States
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titre
Reticulated nanostructures in calcareous biocrystals imaged by 3D ptychography
auteur
F. Mastropietro, P. Godard, Marc Allain, J.-P. Cuif, Y. Dauphin, J. Nouet, C. Chevallard, J. Daillant, M. Burghammer, Virginie Chamard
article
International Workshop on Phase Retrieval and Coherent Scattering (Coherence 2014), Argonne National Laboratory, Sep 2014, Chicago, IL, United States
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2013

titre
Blind structured illumination microscopy with distorted light grids
auteur
Roland Ayuk, Emeric Mudry, Kamal Belkebir, Jules Girard, Anne Sentenac, Julien Savatier, Eric Le Moal, C. Nicoletti, Marc Allain, Nicolas Sandeau, H. Giovannini
article
Focus On Microscopy, Mar 2013, Maastricht, Netherlands
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2012

titre
Noise-model dependent iterative algorithms for Coherent Diffractive Imaging with low counting rate
auteur
Marc Allain, P. Godard, A. Talneau, M. Burghammer, J. Daillant, Virginie Chamard, J. Rodenburg
article
International workshop on Phase Retrieval and Coherent Scattering (Coherence 2012), Jun 2012, Fukuoka, Japan
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titre
Three-dimensional microscopy of shape, density and strain in a nano-structured crystal using Bragg Ptychography: methodological aspects
auteur
Virginie Chamard, Marc Allain, P. Godard, A. Talneau, M. Burghammer, J. Daillant
article
International workshop on Phase Retrieval and Coherent Scattering (Coherence 2012), Jun 2012, Fukuoka, Japan
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BibTex
titre
Three-dimensional high-resolution quantitative microscopy of extended crystals
auteur
P. Godard, G. Carbone, Marc Allain, F. Mastropietro, G. Chen, L. Capello, A. Diaz, T. H. Metzger, J. Stangl, Virginie Chamard
article
International workshop on Phase Retrieval and Coherent Scattering (Coherence 2012), Jun 2012, Fukuoka, Japan
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2011

titre
Strain at the nanoscale revealed by 3D lens-less x-ray microscopy
auteur
Virginie Chamard, Marc Allain
article
2nd Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography, International Union of Crystallography, Aug 2011, Madrid, Spain
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titre
Intrinsic precision limit in steady-state and time-domain fluorescence diffuse optical imaging
auteur
Matthieu Boffety, Marc Allain, Anne Sentenac, Marc Massonneau, Rémi Carminati
article
12th European Quantum Electronics Conference CLEO EUROPE/EQEC, May 2011, Munich, France. ⟨10.1109/CLEOE.2011.5943248⟩
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titre
Luminescence diffuse optical tomography on a reflectance imaging set-up
auteur
Matthieu Boffety, Marc Allain, Anne Sentenac, Marc Massonneau, Rémi Carminati
article
12th European Quantum Electronics Conference CLEO EUROPE/EQEC, May 2011, Munich, France. ⟨10.1109/CLEOE.2011.5943310⟩
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titre
Limite de précision pour la tomographie optique diffuse de fluorescence en régime continu et temporel.
auteur
Matthieu Boffety, Marc Allain, Anne Sentenac, Marc Massonneau, Rémi Carminati
article
Journées thématiques du GDR Ondes 2011, 2011, Paris, France
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2009

titre
Une revue de quelques applications de la minimisation de la complexité stochastique pour la segmentation d'images par grille active
auteur
Frédéric Galland, Philippe Réfrégier, Nicolas Bertaux, Marc Allain, Arnaud Jaegler, Emilie Vasquez, Jean-François Boulanger
article
Journées de probabilité - sélection de modèles, Jun 2009, Poitiers, France
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2008

titre
Nonparametric level-set segmentation based on the minimization of the stochastic complexity
auteur
Marc Allain, Nicolas Bertaux, Frédéric Galland
article
Advanced Concepts for Intelligent Vision Systems Acivs 2008, Oct 2008, Juan les Pins, France. pp.506-517
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titre
Determination of the depth resolution limit of fluorescence diffuse optical tomography.
auteur
Matthieu Boffety, Marc Allain, Anne Sentenac, Rémi Carminati, Marc Massonneau
article
TOPIM2008, Feb 2008, Les Houches, France
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Other publications

2013

titre
Three-dimensional microscopy of extended crystals through X-ray Bragg ptychography
auteur
P. Godard, G. Carbone, Marc Allain, F. Mastropietro, G. Chen, A. Diaz, T. H. Metzger, J. Stangl, Virginie Chamard
article
2013
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Poster communications

2008

titre
Methodology for the determination of the resolution limit of fluorescence diffuse optical tomography
auteur
Matthieu Boffety, Marc Allain, Anne Sentenac, Marc Massonneau, Rémi Carminati
article
World Molecular Imaging Congress (WMIC 2008), 2008, Nice, France
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titre
Sensitivity analysis of fluorescence signals for diffuse optical imaging of small animals
auteur
Matthieu Boffety, Marc Allain, Anne Sentenac, Marc Massonneau, Rémi Carminati
article
Biomedical Optics (BIOMED 2008), 2008, Saint Petersburg (Florida), United States
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2007

titre
Molecular imaging on small animals using reflection-mode fluorescence diffuse optical tomography
auteur
Matthieu Boffety, Marc Allain, Anne Sentenac, Marc Massonneau, Rémi Carminati
article
Photonics and Imaging in Biology and Medecine, 2007, Wuhan, China
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Theses

2002

titre
Approche pénalisée en tomographie hélicoïdale en vue de l'application à la conception d'une prothèse personnalisée du genou
auteur
Marc Allain
article
Interface homme-machine [cs.HC]. Université Paris Sud - Paris XI, 2002. Français. ⟨NNT : ⟩
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https://theses.hal.science/tel-00003756/file/tel-000037561.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

2024

titre
Fast super-resolved reconstructions in fluorescence random illumination microscopy (RIM)
auteur
Guillaume Giroussens, Simon Labouesse, Marc Allain, Thomas Mangeat, Anne Sentenac, Jérôme Idier, Loïc Le Goff, Lorry Mazzella
article
2024
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https://hal.science/hal-04139086/file/FastRIMInversionIEEE.pdf BibTex

2023

titre
Extended-depth of field random illumination microscopy, EDF-RIM, provides super-resolved projective imaging
auteur
Lorry Mazzella, Thomas Mangeat, Guillaume Giroussens, Benoit Rogez, Hao Li, Justine Creff, Mehdi Saadaoui, Carla Martins, Simon Labouesse, Jérôme Idier, Frederic Galland, Marc Allain, Anne Sentenac, Loïc Le Goff
article
2023
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https://hal.science/hal-04269066/file/2023%2010%20Mazzella.pdf BibTex

2021

titre
Super-resolved live-cell imaging using Random Illumination Microscopy
auteur
Thomas Mangeat, Simon Labouesse, Marc Allain, Emmanuel Martin, Renaud Poincloux, Anaïs Bouissou, Sylvain Cantaloube, Elise Courtaux, Elodie Vega, Tong Li, Aude Guénolé, Christian Rouvière, Sophie Allard, Nathalie Campo, Magali Suzanne, Xiaobo Wang, Grégoire Michaux, Mathieu Pinot, Roland Le Borgne, Sylvie Tournier, Jérôme Idier, Anne Sentenac
article
2021
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