Publications HAL

2022

Journal articles

titre
RSAT 2022: regulatory sequence analysis tools
auteur
Walter Santana-Garcia, Jaime Castro-Mondragon, Mónica Padilla-Gálvez, Nga Nguyen, Ana Elizondo-Salas, Najla Ksouri, François Gerbes, Denis Thieffry, Pierre Vincens, Bruno Contreras-Moreira, Jacques van Helden, Morgane Thomas-Chollier, Alejandra Medina-Rivera
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2022, ⟨10.1093/nar/gkac312⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkac312
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2021

Journal articles

titre
Logical modelling of in vitro differentiation of human monocytes into dendritic cells unravels novel transcriptional regulatory interactions
auteur
Karen J Nuñez-Reza, Aurélien Naldi, Arantza Sánchez-Jiménez, Ana V Leon-Apodaca, M. Angélica Angélica Santana, Morgane Thomas-Chollier, Denis Thieffry, Alejandra Medina-Rivera
article
Interface Focus, Royal Society publishing, 2021, 11 (4), pp.20200061. ⟨10.1098/rsfs.2020.0061⟩
DOI
DOI : 10.1098/rsfs.2020.0061
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titre
Cis-acting variation is common across regulatory layers but is often buffered during embryonic development
auteur
Swann Floc'Hlay, Emily S Wong, Bingqing Zhao, Rebecca R Viales, Morgane Thomas-Chollier, Denis Thieffry, David A Garfield, Eileen E M Furlong
article
Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2021, 31, pp.211 - 224. ⟨10.1101/gr.266338.120⟩
DOI
DOI : 10.1101/gr.266338.120
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2020

Journal articles

titre
Computational Verification of Large Logical Models—Application to the Prediction of T Cell Response to Checkpoint Inhibitors
auteur
Céline Hernandez, Morgane Thomas-Chollier, Aurélien Naldi, Denis Thieffry
article
Frontiers in Physiology, Frontiers, 2020, 11, ⟨10.3389/fphys.2020.558606⟩
DOI
DOI : 10.3389/fphys.2020.558606
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titre
The activation trajectory of plasmacytoid dendritic cells in vivo during a viral infection
auteur
Abdenour Abbas, Thien-Phong Vu Manh, Michael Valente, Nils Collinet, Noudjoud Attaf, Chuang Dong, Karima Naciri, Rabie Chelbi, Geoffray Brelurut, Inaki Cervera-Marzal, Benjamin Rauwel, Jean-Luc Davignon, Gilles Bessou, Morgane Thomas-Chollier, Denis Thieffry, Alexandra-Chloé Villani, Pierre Milpied, Marc Dalod, Elena Tomasello
article
Nature Immunology, Nature Publishing Group, 2020, 21 (9), pp.983-997. ⟨10.1038/s41590-020-0731-4⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41590-020-0731-4
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titre
IL-12 Signaling Contributes to the Reprogramming of Neonatal CD8+ T Cells
auteur
Darely Gutiérrez-Reyna, Alejandra Cedillo-Baños, Linda Kempis-Calanis, Oscar Ramírez-Pliego, Lisa Bargier, Denis Puthier, Jose Abad-Flores, Morgane Thomas-Chollier, Denis Thieffry, Alejandra Medina-Rivera, Salvatore Spicuglia, Maria Santana
article
Frontiers in Immunology, Frontiers, 2020, 11, ⟨10.3389/fimmu.2020.01089⟩
DOI
DOI : 10.3389/fimmu.2020.01089
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titre
Deciphering and modelling the TGF-β signalling interplays specifying the dorsal-ventral axis of the sea urchin embryo
auteur
Swann Floc'Hlay, Maria Dolores Molina, Céline Hernandez, Emmanuel Haillot, Morgane Thomas-Chollier, Thierry Lepage, Denis Thieffry
article
Development (Cambridge, England), Company of Biologists, 2020, ⟨10.1242/dev.189944⟩
DOI
DOI : 10.1242/dev.189944
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2019

Journal articles

titre
RSAT variation-tools: An accessible and flexible framework to predict the impact of regulatory variants on transcription factor binding
auteur
Walter Santana-Garcia, Maria Rocha-Acevedo, Lucia Ramirez-Navarro, Yvon Mbouamboua, Denis Thieffry, Morgane Thomas-Chollier, Bruno Contreras-Moreira, Jacques van Helden, Alejandra Medina-Rivera
article
Computational and Structural Biotechnology Journal, Elsevier, 2019, ⟨10.1016/j.csbj.2019.09.009⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.csbj.2019.09.009
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titre
Cooperation between T cell receptor and Toll-like receptor 5 signaling for CD4 + T cell activation
auteur
Otoniel Rodríguez-Jorge, Linda Kempis-Calanis, Wassim Abou-Jaoudé, Darely Gutiérrez-Reyna, Céline Hernandez, Oscar Ramirez-Pliego, Morgane Thomas-Chollier, Salvatore Spicuglia, Maria Santana, Denis Thieffry
article
Science Signaling, American Association for the Advancement of Science (AAAS), 2019, 12 (577), pp.eaar3641. ⟨10.1126/scisignal.aar3641⟩
DOI
DOI : 10.1126/scisignal.aar3641
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titre
Mitigating Anticipated Effects of Systematic Errors Supports Sister-Group Relationship between Xenacoelomorpha and Ambulacraria
auteur
Hervé Philippe, Albert J Poustka, Marta Chiodin, Katharina J Hoff, Christophe Dessimoz, Bartlomiej Tomiczek, Philipp H Schiffer, Steven Müller, Daryl Domman, Matthias Horn, Heiner Kuhl, Bernd Timmermann, Noriyuki Satoh, Tomoe Hikosaka-Katayama, Hiroaki Nakano, Matthew L Rowe, Maurice R Elphick, Morgane Thomas-Chollier, Thomas Hankeln, Florian Mertes, Andreas Wallberg, Jonathan P Rast, Richard R Copley, Pedro Martinez, Maximilian J Telford
article
Current Biology - CB, Elsevier, 2019, 29 (11), pp.1818-1826.e6. ⟨10.1016/j.cub.2019.04.009⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.cub.2019.04.009
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2018

Journal articles

titre
Synthetic STARR-seq reveals how DNA shape and sequence modulate transcriptional output and noise
auteur
Stefanie Schöne, Melissa Bothe, Edda Einfeldt, Marina Borschiwer, Philipp Benner, Martin Vingron, Morgane Thomas-Chollier, Sebastiaan H Meijsing
article
PLoS Genetics, Public Library of Science, 2018, 14 (11), pp.e1007793. ⟨10.1371/journal.pgen.1007793⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pgen.1007793
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titre
RSAT 2018: regulatory sequence analysis tools 20th anniversary
auteur
Nga thi thuy Nguyen, Bruno Contreras-Moreira, Jaime Castro-Mondragon, Walter Santana-Garcia, Raul Ossio, Carla daniela Robles-Espinoza, Mathieu Bahin, Samuel Collombet, Pierre Vincens, Denis Thieffry, Jacques Van helden, Alejandra Medina-Rivera, Morgane Thomas-Chollier
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2018, 46 (W1), pp.W209 - W214. ⟨10.1093/nar/gky317⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gky317
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Poster communications

titre
Groupe de travail sur les Métiers de la Bioinformatique (MetBIF)
auteur
Hélène Chiapello, Samuel Mondy, Morgane Thomas-Chollier
article
JOBIM 2018, Jul 2018, Marseille, France
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2017

Journal articles

titre
Krox20 hindbrain regulation incorporates multiple modes of cooperation between cis-acting elements
auteur
Elodie Thierion, Johan Le Men, Samuel Collombet, Céline Hernandez, Fanny Coulpier, Patrick Torbey, Morgane Thomas-Chollier, Daan Noordermeer, Patrick Charnay, Pascale Gilardi-Hebenstreit
article
PLoS Genetics, Public Library of Science, 2017, 13 (7), pp.e1006903. ⟨10.1371/journal.pgen.1006903⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pgen.1006903
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titre
RSAT matrix-clustering: dynamic exploration and redundancy reduction of transcription factor binding motif collections
auteur
Jaime Abraham Castro-Mondragon, Sébastien Jaeger, Denis Thieffry, Morgane Thomas-Chollier, Jacques Van helden
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2017, 45 (13), pp.e119--e119. ⟨10.1093/nar/gkx314⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkx314
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titre
Logical modeling of lymphoid and myeloid cell specification and transdifferentiation
auteur
Samuel Collombet, Chris van Oevelen, Jose Luis Sardina Ortega, Wassim Abou-Jaoudé, Bruno Di Stefano, Morgane Thomas-Chollier, Thomas Graf, Denis Thieffry
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, National Academy of Sciences, 2017, 114 (23), pp.5792-5799. ⟨10.1073/pnas.1610622114⟩
DOI
DOI : 10.1073/pnas.1610622114
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titre
Role of the chromatin landscape and sequence in determining cell type-specific genomic glucocorticoid receptor binding and gene regulation
auteur
Michael I Love, Matthew R Huska, Marcel Jurk, Robert Schöpflin, Stephan R Starick, Kevin Schwahn, Samantha B Cooper, Keith R Yamamoto, Morgane Thomas-Chollier, Martin Vingron, Sebastiaan H Meijsing
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2017, 45 (4), pp.1805 - 1819. ⟨10.1093/nar/gkw1163⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkw1163
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2016

Journal articles

titre
Sequences flanking the core-binding site modulate glucocorticoid receptor structure and activity
auteur
Stefanie Schöne, Marcel Jurk, Mahdi Bagherpoor Helabad, Iris Dror, Isabelle Lebars, Bruno Kieffer, Petra Imhof, Remo Rohs, Martin Vingron, Morgane Thomas-Chollier, Sebastiaan H Meijsing
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2016, 7 (1), ⟨10.1038/ncomms12621⟩
DOI
DOI : 10.1038/ncomms12621
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titre
Identification and characterization of DNA sequences that prevent glucocorticoid receptor binding to nearby response elements
auteur
Jonas Telorac, Sergey V Prykhozhij, Stefanie Schöne, David Meierhofer, Sascha Sauer, Morgane Thomas-Chollier, Sebastiaan H Meijsing
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2016, 44 (13), pp.6142 - 6156. ⟨10.1093/nar/gkw203⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkw203
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titre
Histone Chaperone SSRP1 is Essential for Wnt Signaling Pathway Activity During Osteoblast Differentiation
auteur
Tareq Hossan, Sankari Nagarajan, Simon J Baumgart, Wanhua Xie, Roberto Tirado Magallanes, Céline Hernandez, Pierre-Marie Chiaroni, Daniela Indenbirken, Melanie Spitzner, Morgane Thomas-Chollier, Marian Grade, Denis Thieffry, Adam Grundhoff, Florian Wegwitz, Steven A Johnsen
article
STEM CELLS, AlphaMed Press, 2016, 34 (5), pp.1369 - 1376. ⟨10.1002/stem.2287⟩
DOI
DOI : 10.1002/stem.2287
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Book sections

titre
Origin of Metazoan Patterning Systems and the Role of ANTP-Class Homeobox Genes
auteur
Morgane Thomas-Chollier, Pedro Martinez
article
eLS, 2016, ⟨10.1002/9780470015902.a0022852.pub2⟩
DOI
DOI : 10.1002/9780470015902.a0022852.pub2
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Habilitation à diriger des recherches

titre
Computational analysis of transcriptional regulation in metazoans
auteur
Morgane Thomas-Chollier
article
Quantitative Methods [q-bio.QM]. Ecole normale supérieure - ENS PARIS, 2016
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2015

Journal articles

titre
RSAT 2015: Regulatory Sequence Analysis Tools
auteur
Alejandra Medina-Rivera, Matthieu Defrance, Olivier Sand, Carl Herrmann, Jaime A. Castro-Mondragon, Jeremy Delerce, Sébastien Jaeger, Christophe Blanchet, Pierre Vincens, Christophe Caron, Daniel M. Staines, Bruno Contreras-Moreira, Marie Artufel, Lucie Charbonnier-Khamvongsa, Céline Hernandez, Denis Thieffry, Morgane Thomas-Chollier, Jacques Van helden
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2015, 43 (W1), pp.W50--W56. ⟨10.1093/nar/gkv362⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkv362
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01624369/file/gkv362.pdf BibTex
titre
ChIP-exo signal associated with DNA-binding motifs provides insight into the genomic binding of the glucocorticoid receptor and cooperating transcription factors
auteur
Stephan R Starick, Jonas Ibn-Salem, Marcel Jurk, Céline Hernandez, Michael I Love, Ho-Ryun Chung, Martin Vingron, Morgane Thomas-Chollier, Sebastiaan H Meijsing
article
Genome Research, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2015, 25 (6), pp.825 - 835. ⟨10.1101/gr.185157.114⟩
DOI
DOI : 10.1101/gr.185157.114
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2014

Journal articles

titre
Molecular insights into the origin of the Hox-TALE patterning system
auteur
Bruno Hudry, Morgane Thomas-Chollier, Yael Volovik, Marilyne Duffraisse, Amélie Dard, Dale Frank, Ulrich Technau, Samir Merabet
article
eLife, eLife Sciences Publication, 2014, 3, ⟨10.7554/elife.01939⟩
DOI
DOI : 10.7554/elife.01939
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2013

Journal articles

titre
A naturally occuring insertion of a single amino acid rewires transcriptional regulation by glucocorticoid receptor isoforms
auteur
Morgane Thomas-Chollier, Lisa C Watson, Samantha B Cooper, Miles A Pufall, Jennifer S Liu, Katja Borzym, Martin Vingron, Keith R Yamamoto, Sebastiaan H Meijsing
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, National Academy of Sciences, 2013, 110 (44), pp.17826 - 17831. ⟨10.1073/pnas.1316235110⟩
DOI
DOI : 10.1073/pnas.1316235110
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03352056/file/17826.full.pdf BibTex

2012

Journal articles

titre
A complete workflow for the analysis of full-size ChIP-seq (and similar) data sets using peak-motifs
auteur
Morgane Thomas-Chollier, Elodie Darbo, Carl Herrmann, Matthieu Defrance, Denis Thieffry, Jacques Van Helden
article
Nature Protocols, Nature Publishing Group, 2012, 7 (8), pp.1551-1568. ⟨10.1038/nprot.2012.088⟩
DOI
DOI : 10.1038/nprot.2012.088
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titre
RSAT peak-motifs: motif analysis in full-size ChIP-seq datasets
auteur
Morgane Thomas-Chollier, Carl Herrmann, Matthieu Defrance, Olivier Sand, Denis Thieffry, Jacques Van Helden
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2012, 40 (4), pp.e31-e31. ⟨10.1093/nar/gkr1104⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkr1104
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2011

Journal articles

titre
Transcription factor binding predictions using TRAP for the analysis of ChIP-seq data and regulatory SNPs
auteur
Morgane Thomas-Chollier, Andrew Hufton, Matthias Heinig, Sean O'Keeffe, Nassim El Masri, Helge Roider, Thomas Manke, Martin Vingron
article
Nature Protocols, Nature Publishing Group, 2011, 6 (12), pp.1860-1869. ⟨10.1038/nprot.2011.409⟩
DOI
DOI : 10.1038/nprot.2011.409
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titre
Theoretical and empirical quality assessment of transcription factor-binding motifs
auteur
Alejandra Medina-Rivera, Cei Abreu-Goodger, Morgane Thomas-Chollier, Heladia Salgado, Julio Collado-Vides, Jacques Van Helden
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2011, 39 (3), pp.808--824
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titre
RSAT 2011: regulatory sequence analysis tools
auteur
Morgane Thomas-Chollier, Matthieu Defrance, Alejandra Medina-Rivera, Olivier Sand, Carl Herrmann, Denis Thieffry, Jacques Van Helden
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2011, 39, pp.W86--W91
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2010

Journal articles

titre
A non-tree-based comprehensive study of metazoan Hox and ParaHox genes prompts new insights into their origin and evolution.
auteur
Morgane Thomas-Chollier, Valérie Ledent, Luc Leyns, Michel Vervoort
article
BMC Evolutionary Biology, BioMed Central, 2010, 10, pp.73. ⟨10.1186/1471-2148-10-73⟩
DOI
DOI : 10.1186/1471-2148-10-73
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2009

Journal articles

titre
Retrieve-ensembl-seq: user-friendly and large-scale retrieval of single or multi-genome sequences from Ensembl
auteur
O. Sand, M. Thomas-Chollier, J. Van Helden
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2009, 25 (20), pp.2739--2740
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2008

Journal articles

titre
Comparative phylogenomic analyses of teleost fish Hox gene clusters: lessons from the cichlid fish Astatotilapia burtoni: comment
auteur
Morgane Thomas-Chollier, Valérie Ledent
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2008, 9 (1), pp.35. ⟨10.1186/1471-2164-9-35⟩
DOI
DOI : 10.1186/1471-2164-9-35
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03352045/file/1471-2164-9-35.pdf BibTex
titre
Using RSAT to scan genome sequences for transcription factor binding sites and cis-regulatory modules
auteur
Jean-Valery Turatsinze, Morgane Thomas-Chollier, Matthieu Defrance, Jacques Van Helden
article
Nature Protocols, Nature Publishing Group, 2008, 3 (10), pp.1578--1588
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titre
RSAT: regulatory sequence analysis tools
auteur
M. Thomas-Chollier, O. Sand, J. V. Turatsinze, R. Janky, M. Defrance, E. Vervisch, S. Brohee, J. Van Helden
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2008, 36, pp.W119--W127
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titre
Analyzing multiple data sets by interconnecting RSAT programs via SOAP Web services-an example with ChIP-chip data
auteur
O. Sand, M. Thomas-Chollier, E. Vervisch, J. Van Helden
article
Nature Protocols, Nature Publishing Group, 2008, 3 (10), pp.1604--1615
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2007

Journal articles

titre
HoxPred: automated classification of Hox proteins using combinations of generalised profiles
auteur
Morgane Thomas-Chollier, Luc Leyns, Valérie Ledent
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2007, 8 (1), ⟨10.1186/1471-2105-8-247⟩
DOI
DOI : 10.1186/1471-2105-8-247
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titre
Origin and diversification of the basic helix-loop-helix gene family in metazoans: insights from comparative genomics.
auteur
Elena Simionato, Valérie Ledent, Gemma Richards, Morgane Thomas-Chollier, Pierre Kerner, David Coornaert, Bernard M Degnan, Michel Vervoort
article
BMC Evolutionary Biology, BioMed Central, 2007, 7, pp.33. ⟨10.1186/1471-2148-7-33⟩
DOI
DOI : 10.1186/1471-2148-7-33
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