Publications HAL

2022

Journal articles

titre
RSAT 2022: regulatory sequence analysis tools
auteur
Walter Santana-Garcia, Jaime Castro-Mondragon, Mónica Padilla-Gálvez, Nga Nguyen, Ana Elizondo-Salas, Najla Ksouri, François Gerbes, Denis Thieffry, Pierre Vincens, Bruno Contreras-Moreira, Jacques van Helden, Morgane Thomas-Chollier, Alejandra Medina-Rivera
article
Nucleic Acids Research, 2022, ⟨10.1093/nar/gkac312⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkac312
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2021

Journal articles

titre
Logical modelling of in vitro differentiation of human monocytes into dendritic cells unravels novel transcriptional regulatory interactions
auteur
Karen J Nuñez-Reza, Aurélien Naldi, Arantza Sánchez-Jiménez, Ana V Leon-Apodaca, M. Angélica Angélica Santana, Morgane Thomas-Chollier, Denis Thieffry, Alejandra Medina-Rivera
article
Interface Focus, 2021, 11 (4), pp.20200061. ⟨10.1098/rsfs.2020.0061⟩
DOI
DOI : 10.1098/rsfs.2020.0061
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titre
Cis-acting variation is common across regulatory layers but is often buffered during embryonic development
auteur
Swann Floc'Hlay, Emily S Wong, Bingqing Zhao, Rebecca R Viales, Morgane Thomas-Chollier, Denis Thieffry, David A Garfield, Eileen E M Furlong
article
Genome Research, 2021, 31, pp.211 - 224. ⟨10.1101/gr.266338.120⟩
DOI
DOI : 10.1101/gr.266338.120
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03352083/file/Genome%20Res.-2021-Floc%27hlay-211-24.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Eoulsan 2: an efficient workflow manager for reproducible bulk, long-read and single-cell transcriptomics analyses
auteur
Nathalie Lehmann, Sandrine Perrin, Claire Wallon, Xavier Bauquet, Vivien Deshaies, Cyril Firmo, Runxin Du, Charlotte Berthelier, Céline Hernandez, Cédric Michaud, Denis Thieffry, Stéphane Le Crom, Morgane Thomas-Chollier, Laurent Jourdren
article
2021
DOI
DOI : 10.1101/2021.10.13.464219
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2020

Journal articles

titre
Computational Verification of Large Logical Models—Application to the Prediction of T Cell Response to Checkpoint Inhibitors
auteur
Céline Hernandez, Morgane Thomas-Chollier, Aurélien Naldi, Denis Thieffry
article
Frontiers in Physiology, 2020, 11, ⟨10.3389/fphys.2020.558606⟩
DOI
DOI : 10.3389/fphys.2020.558606
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titre
The activation trajectory of plasmacytoid dendritic cells in vivo during a viral infection
auteur
Abdenour Abbas, Thien-Phong Vu Manh, Michael Valente, Nils Collinet, Noudjoud Attaf, Chuang Dong, Karima Naciri, Rabie Chelbi, Geoffray Brelurut, Inaki Cervera-Marzal, Benjamin Rauwel, Jean-Luc Davignon, Gilles Bessou, Morgane Thomas-Chollier, Denis Thieffry, Alexandra-Chloé Villani, Pierre Milpied, Marc Dalod, Elena Tomasello
article
Nature Immunology, 2020, 21 (9), pp.983-997. ⟨10.1038/s41590-020-0731-4⟩
DOI
DOI : 10.1038/s41590-020-0731-4
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titre
IL-12 Signaling Contributes to the Reprogramming of Neonatal CD8+ T Cells
auteur
Darely Gutiérrez-Reyna, Alejandra Cedillo-Baños, Linda Kempis-Calanis, Oscar Ramírez-Pliego, Lisa Bargier, Denis Puthier, Jose Abad-Flores, Morgane Thomas-Chollier, Denis Thieffry, Alejandra Medina-Rivera, Salvatore Spicuglia, Maria Santana
article
Frontiers in Immunology, 2020, 11, ⟨10.3389/fimmu.2020.01089⟩
DOI
DOI : 10.3389/fimmu.2020.01089
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titre
Deciphering and modelling the TGF-β signalling interplays specifying the dorsal-ventral axis of the sea urchin embryo
auteur
Swann Floc'Hlay, Maria Dolores Molina, Céline Hernandez, Emmanuel Haillot, Morgane Thomas-Chollier, Thierry Lepage, Denis Thieffry
article
Development (Cambridge, England), 2020, ⟨10.1242/dev.189944⟩
DOI
DOI : 10.1242/dev.189944
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2019

Journal articles

titre
RSAT variation-tools: An accessible and flexible framework to predict the impact of regulatory variants on transcription factor binding
auteur
Walter Santana-Garcia, Maria Rocha-Acevedo, Lucia Ramirez-Navarro, Yvon Mbouamboua, Denis Thieffry, Morgane Thomas-Chollier, Bruno Contreras-Moreira, Jacques van Helden, Alejandra Medina-Rivera
article
Computational and Structural Biotechnology Journal, 2019, ⟨10.1016/j.csbj.2019.09.009⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.csbj.2019.09.009
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titre
Cooperation between T cell receptor and Toll-like receptor 5 signaling for CD4 + T cell activation
auteur
Otoniel Rodríguez-Jorge, Linda Kempis-Calanis, Wassim Abou-Jaoudé, Darely Gutiérrez-Reyna, Céline Hernandez, Oscar Ramirez-Pliego, Morgane Thomas-Chollier, Salvatore Spicuglia, Maria Santana, Denis Thieffry
article
Science Signaling, 2019, 12 (577), pp.eaar3641. ⟨10.1126/scisignal.aar3641⟩
DOI
DOI : 10.1126/scisignal.aar3641
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titre
Mitigating Anticipated Effects of Systematic Errors Supports Sister-Group Relationship between Xenacoelomorpha and Ambulacraria
auteur
Hervé Philippe, Albert J Poustka, Marta Chiodin, Katharina J Hoff, Christophe Dessimoz, Bartlomiej Tomiczek, Philipp H Schiffer, Steven Müller, Daryl Domman, Matthias Horn, Heiner Kuhl, Bernd Timmermann, Noriyuki Satoh, Tomoe Hikosaka-Katayama, Hiroaki Nakano, Matthew L Rowe, Maurice R Elphick, Morgane Thomas-Chollier, Thomas Hankeln, Florian Mertes, Andreas Wallberg, Jonathan P Rast, Richard R Copley, Pedro Martinez, Maximilian J Telford
article
Current Biology - CB, 2019, 29 (11), pp.1818-1826.e6. ⟨10.1016/j.cub.2019.04.009⟩
DOI
DOI : 10.1016/j.cub.2019.04.009
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2018

Journal articles

titre
Synthetic STARR-seq reveals how DNA shape and sequence modulate transcriptional output and noise
auteur
Stefanie Schöne, Melissa Bothe, Edda Einfeldt, Marina Borschiwer, Philipp Benner, Martin Vingron, Morgane Thomas-Chollier, Sebastiaan H Meijsing
article
PLoS Genetics, 2018, 14 (11), pp.e1007793. ⟨10.1371/journal.pgen.1007793⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pgen.1007793
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titre
RSAT 2018: regulatory sequence analysis tools 20th anniversary
auteur
Nga thi thuy Nguyen, Bruno Contreras-Moreira, Jaime Castro-Mondragon, Walter Santana-Garcia, Raul Ossio, Carla daniela Robles-Espinoza, Mathieu Bahin, Samuel Collombet, Pierre Vincens, Denis Thieffry, Jacques Van helden, Alejandra Medina-Rivera, Morgane Thomas-Chollier
article
Nucleic Acids Research, 2018, 46 (W1), pp.W209 - W214. ⟨10.1093/nar/gky317⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gky317
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Poster communications

titre
Groupe de travail sur les Métiers de la Bioinformatique (MetBIF)
auteur
Hélène Chiapello, Samuel Mondy, Morgane Thomas-Chollier
article
JOBIM 2018, Jul 2018, Marseille, France
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2017

Journal articles

titre
Krox20 hindbrain regulation incorporates multiple modes of cooperation between cis-acting elements
auteur
Elodie Thierion, Johan Le Men, Samuel Collombet, Céline Hernandez, Fanny Coulpier, Patrick Torbey, Morgane Thomas-Chollier, Daan Noordermeer, Patrick Charnay, Pascale Gilardi-Hebenstreit
article
PLoS Genetics, 2017, 13 (7), pp.e1006903. ⟨10.1371/journal.pgen.1006903⟩
DOI
DOI : 10.1371/journal.pgen.1006903
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titre
RSAT matrix-clustering: dynamic exploration and redundancy reduction of transcription factor binding motif collections
auteur
Jaime Abraham Castro-Mondragon, Sébastien Jaeger, Denis Thieffry, Morgane Thomas-Chollier, Jacques Van helden
article
Nucleic Acids Research, 2017, 45 (13), pp.e119--e119. ⟨10.1093/nar/gkx314⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkx314
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titre
Logical modeling of lymphoid and myeloid cell specification and transdifferentiation
auteur
Samuel Collombet, Chris van Oevelen, Jose Luis Sardina Ortega, Wassim Abou-Jaoudé, Bruno Di Stefano, Morgane Thomas-Chollier, Thomas Graf, Denis Thieffry
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2017, 114 (23), pp.5792-5799. ⟨10.1073/pnas.1610622114⟩
DOI
DOI : 10.1073/pnas.1610622114
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BibTex
titre
Role of the chromatin landscape and sequence in determining cell type-specific genomic glucocorticoid receptor binding and gene regulation
auteur
Michael I Love, Matthew R Huska, Marcel Jurk, Robert Schöpflin, Stephan R Starick, Kevin Schwahn, Samantha B Cooper, Keith R Yamamoto, Morgane Thomas-Chollier, Martin Vingron, Sebastiaan H Meijsing
article
Nucleic Acids Research, 2017, 45 (4), pp.1805 - 1819. ⟨10.1093/nar/gkw1163⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkw1163
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2016

Journal articles

titre
Sequences flanking the core-binding site modulate glucocorticoid receptor structure and activity
auteur
Stefanie Schöne, Marcel Jurk, Mahdi Bagherpoor Helabad, Iris Dror, Isabelle Lebars, Bruno Kieffer, Petra Imhof, Remo Rohs, Martin Vingron, Morgane Thomas-Chollier, Sebastiaan H Meijsing
article
Nature Communications, 2016, 7 (1), ⟨10.1038/ncomms12621⟩
DOI
DOI : 10.1038/ncomms12621
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titre
Identification and characterization of DNA sequences that prevent glucocorticoid receptor binding to nearby response elements
auteur
Jonas Telorac, Sergey V Prykhozhij, Stefanie Schöne, David Meierhofer, Sascha Sauer, Morgane Thomas-Chollier, Sebastiaan H Meijsing
article
Nucleic Acids Research, 2016, 44 (13), pp.6142 - 6156. ⟨10.1093/nar/gkw203⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkw203
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titre
Histone Chaperone SSRP1 is Essential for Wnt Signaling Pathway Activity During Osteoblast Differentiation
auteur
Tareq Hossan, Sankari Nagarajan, Simon J Baumgart, Wanhua Xie, Roberto Tirado Magallanes, Céline Hernandez, Pierre-Marie Chiaroni, Daniela Indenbirken, Melanie Spitzner, Morgane Thomas-Chollier, Marian Grade, Denis Thieffry, Adam Grundhoff, Florian Wegwitz, Steven A Johnsen
article
STEM CELLS, 2016, 34 (5), pp.1369 - 1376. ⟨10.1002/stem.2287⟩
DOI
DOI : 10.1002/stem.2287
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Book sections

titre
Origin of Metazoan Patterning Systems and the Role of ANTP-Class Homeobox Genes
auteur
Morgane Thomas-Chollier, Pedro Martinez
article
eLS, 2016, ⟨10.1002/9780470015902.a0022852.pub2⟩
DOI
DOI : 10.1002/9780470015902.a0022852.pub2
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Habilitation à diriger des recherches

titre
Computational analysis of transcriptional regulation in metazoans
auteur
Morgane Thomas-Chollier
article
Quantitative Methods [q-bio.QM]. Ecole normale supérieure - ENS PARIS, 2016
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2015

Journal articles

titre
RSAT 2015: Regulatory Sequence Analysis Tools
auteur
Alejandra Medina-Rivera, Matthieu Defrance, Olivier Sand, Carl Herrmann, Jaime A. Castro-Mondragon, Jeremy Delerce, Sébastien Jaeger, Christophe Blanchet, Pierre Vincens, Christophe Caron, Daniel M. Staines, Bruno Contreras-Moreira, Marie Artufel, Lucie Charbonnier-Khamvongsa, Céline Hernandez, Denis Thieffry, Morgane Thomas-Chollier, Jacques Van helden
article
Nucleic Acids Research, 2015, 43 (W1), pp.W50--W56. ⟨10.1093/nar/gkv362⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkv362
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01624369/file/gkv362.pdf BibTex
titre
ChIP-exo signal associated with DNA-binding motifs provides insight into the genomic binding of the glucocorticoid receptor and cooperating transcription factors
auteur
Stephan R Starick, Jonas Ibn-Salem, Marcel Jurk, Céline Hernandez, Michael I Love, Ho-Ryun Chung, Martin Vingron, Morgane Thomas-Chollier, Sebastiaan H Meijsing
article
Genome Research, 2015, 25 (6), pp.825 - 835. ⟨10.1101/gr.185157.114⟩
DOI
DOI : 10.1101/gr.185157.114
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03352059/file/Genome%20Res.-2015-Starick-825-35.pdf BibTex

2014

Journal articles

titre
Molecular insights into the origin of the Hox-TALE patterning system
auteur
Bruno Hudry, Morgane Thomas-Chollier, Yael Volovik, Marilyne Duffraisse, Amélie Dard, Dale Frank, Ulrich Technau, Samir Merabet
article
eLife, 2014, 3, ⟨10.7554/elife.01939⟩
DOI
DOI : 10.7554/elife.01939
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2013

Journal articles

titre
A naturally occuring insertion of a single amino acid rewires transcriptional regulation by glucocorticoid receptor isoforms
auteur
Morgane Thomas-Chollier, Lisa C Watson, Samantha B Cooper, Miles A Pufall, Jennifer S Liu, Katja Borzym, Martin Vingron, Keith R Yamamoto, Sebastiaan H Meijsing
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2013, 110 (44), pp.17826 - 17831. ⟨10.1073/pnas.1316235110⟩
DOI
DOI : 10.1073/pnas.1316235110
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03352056/file/17826.full.pdf BibTex

2012

Journal articles

titre
A complete workflow for the analysis of full-size ChIP-seq (and similar) data sets using peak-motifs
auteur
Morgane Thomas-Chollier, Elodie Darbo, Carl Herrmann, Matthieu Defrance, Denis Thieffry, Jacques Van Helden
article
Nature Protocols, 2012, 7 (8), pp.1551-1568. ⟨10.1038/nprot.2012.088⟩
DOI
DOI : 10.1038/nprot.2012.088
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BibTex
titre
RSAT peak-motifs: motif analysis in full-size ChIP-seq datasets
auteur
Morgane Thomas-Chollier, Carl Herrmann, Matthieu Defrance, Olivier Sand, Denis Thieffry, Jacques Van Helden
article
Nucleic Acids Research, 2012, 40 (4), pp.e31-e31. ⟨10.1093/nar/gkr1104⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkr1104
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01624284/file/gkr1104.pdf BibTex

2011

Journal articles

titre
Transcription factor binding predictions using TRAP for the analysis of ChIP-seq data and regulatory SNPs
auteur
Morgane Thomas-Chollier, Andrew Hufton, Matthias Heinig, Sean O'Keeffe, Nassim El Masri, Helge Roider, Thomas Manke, Martin Vingron
article
Nature Protocols, 2011, 6 (12), pp.1860-1869. ⟨10.1038/nprot.2011.409⟩
DOI
DOI : 10.1038/nprot.2011.409
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BibTex
titre
Theoretical and empirical quality assessment of transcription factor-binding motifs
auteur
Alejandra Medina-Rivera, Cei Abreu-Goodger, Morgane Thomas-Chollier, Heladia Salgado, Julio Collado-Vides, Jacques van Helden
article
Nucleic Acids Research, 2011, 39 (3), pp.808--824. ⟨10.1093/nar/gkq710⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkq710
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01624287/file/Medina-Rivera%20et%20al.%20-%202011%20-%20Theoretical%20and%20empirical%20quality%20assessment%20of%20tr.pdf BibTex
titre
RSAT 2011: regulatory sequence analysis tools
auteur
Morgane Thomas-Chollier, Olivier Sand, Jean-Valery Turatsinze, Rekin'S Janky, Matthieu Defrance, Eric Vervisch, Sylvain Brohee, Jacques Van Helden
article
Nucleic Acids Research, 2011, 39, pp.W86--W91. ⟨10.1093/nar/gkr377⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkr377
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2010

Journal articles

titre
A non-tree-based comprehensive study of metazoan Hox and ParaHox genes prompts new insights into their origin and evolution.
auteur
Morgane Thomas-Chollier, Valérie Ledent, Luc Leyns, Michel Vervoort
article
BMC Evolutionary Biology, 2010, 10, pp.73. ⟨10.1186/1471-2148-10-73⟩
DOI
DOI : 10.1186/1471-2148-10-73
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2009

Journal articles

titre
Retrieve-ensembl-seq: user-friendly and large-scale retrieval of single or multi-genome sequences from Ensembl
auteur
O. Sand, M. Thomas-Chollier, J. Van Helden
article
Bioinformatics, 2009, 25 (20), pp.2739--2740
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2008

Journal articles

titre
Comparative phylogenomic analyses of teleost fish Hox gene clusters: lessons from the cichlid fish Astatotilapia burtoni: comment
auteur
Morgane Thomas-Chollier, Valérie Ledent
article
BMC Genomics, 2008, 9 (1), pp.35. ⟨10.1186/1471-2164-9-35⟩
DOI
DOI : 10.1186/1471-2164-9-35
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-03352045/file/1471-2164-9-35.pdf BibTex
titre
RSAT: regulatory sequence analysis tools
auteur
M. Thomas-Chollier, Olivier Sand, J. V. Turatsinze, R. Janky, M. Defrance, E. Vervisch, S. Brohee, J. Van Helden
article
Nucleic Acids Research, 2008, 36, pp.W119--W127. ⟨10.1093/nar/gkn304⟩
DOI
DOI : 10.1093/nar/gkn304
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01624302/file/gkn304_janv2022.pdf BibTex
titre
Using RSAT to scan genome sequences for transcription factor binding sites and cis-regulatory modules
auteur
Jean-Valery Turatsinze, Morgane Thomas-Chollier, Matthieu Defrance, Jacques Van Helden
article
Nature Protocols, 2008, 3 (10), pp.1578--1588
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titre
Analyzing multiple data sets by interconnecting RSAT programs via SOAP Web services-an example with ChIP-chip data
auteur
O. Sand, M. Thomas-Chollier, E. Vervisch, J. Van Helden
article
Nature Protocols, 2008, 3 (10), pp.1604--1615
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2007

Journal articles

titre
HoxPred: automated classification of Hox proteins using combinations of generalised profiles
auteur
Morgane Thomas-Chollier, Luc Leyns, Valérie Ledent
article
BMC Bioinformatics, 2007, 8 (1), ⟨10.1186/1471-2105-8-247⟩
DOI
DOI : 10.1186/1471-2105-8-247
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titre
Origin and diversification of the basic helix-loop-helix gene family in metazoans: insights from comparative genomics.
auteur
Elena Simionato, Valérie Ledent, Gemma Richards, Morgane Thomas-Chollier, Pierre Kerner, David Coornaert, Bernard M Degnan, Michel Vervoort
article
BMC Evolutionary Biology, 2007, 7, pp.33. ⟨10.1186/1471-2148-7-33⟩
DOI
DOI : 10.1186/1471-2148-7-33
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