Publications HAL de la collection LGDP

2024

titre
TEs as a major driver of genomic variation in trees ? Jumping MITEs in common beech revealed by TIPs and eccDNA
auteur
Abirami Soundiramourtty, Lauren Clement, Christel Llauro, Olivier Panaud, Christophe Plomion, Jean-Marc Aury, Marie Mirouze
article
ICTE 2024 - International Congress on Transposable Elements, Apr 2024, Saint Malo, France.
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04907176/file/Poster_2_2024-3.pdf BibTex
titre
Detection of transcriptomic structural variations in wild rice using Nanopore direct RNA sequencing.
auteur
Marie-Christine Carpentier, Christel Llauro, Eric Lasserre, Marie Mirouze, Rod A. Wing, Olivier Panaud
article
JOBIM 2024: JOURNéES OUVERTES DE BIOLOGIE, INFORMATIQUE ET MATHéMATIQUES 2024, Jun 2024, TOULOUSE Université Paul Sabatier, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04919310/file/Poster_JOBIM_2024_159.pdf BibTex
titre
Genome of the early spider-orchid Ophrys sphegodes provides insights into sexual deception and pollinator adaptation
auteur
Alessia Russo, Mattia Alessandrini, Moaine El Baidouri, Daniel Frei, Teresa Rosa Galise, Lara Gaidusch, Hannah F Oertel, Sara E Garcia Morales, Giacomo Potente, Qin Tian, Dmitry Smetanin, Joris a M Bertrand, Renske E Onstein, Olivier Panaud, Jürg E Frey, Salvatore Cozzolino, Thomas Wicker, Shuqing Xu, Ueli Grossniklaus, Philipp M Schlüter
article
Nature Communications, 2024, 15 (1), pp.6308. ⟨10.1038/s41467-024-50622-4⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04664022/file/Russo%20A%20et%20al.%282024%29_enome%20of%20the%20early%20spider-orchid%20Ophrys%20sphegodes%20provides%20insights%20into%20sexual%20deception%20and%20pollinator%20adaptation.pdf BibTex

2023

titre
Genome-wide analysis of horizontal transfer in non-model wild species from a natural ecosystem reveals new insights into genetic exchange in plants
auteur
Emilie Aubin, Christel Llauro, Joseph Garrigue, Marie Mirouze, Olivier Panaud, Moaine El Baidouri
article
PLoS Genetics, 2023, 19 (10), pp.e1010964. ⟨10.1371/journal.pgen.1010964⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://univ-perp.hal.science/hal-04274792/file/journal.pgen.1010964.pdf BibTex

2022

titre
Structural variation involving transposable elements associated with grain width in cultivated rice.
auteur
Marie-Christine Carpentier, Christel Llauro, Wan-Yi Qiu, Yue-Ie Hsing, Olivier Panaud
article
JOBIM 2022: JOURNéES OUVERTES DE BIOLOGIE, INFORMATIQUE ET MATHéMATIQUES 2022, Jul 2022, RENNES, France
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-04919402/file/Poster_JOBIM_2022.pdf BibTex
titre
Characterization Of Interspecific Gene Flows at The Genome-wide Level in a Natural Ecosystem The Massane Forest Reveals New Insights Into Horizontal Transfer In plants
auteur
Emilie Aubin, Christel Llauro, Joseph Garrigue, Marie Mirouze, Olivier Panaud, Moaine El Baidouri
article
2022
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03852424/file/2021.12.19.471934v2.full.pdf BibTex

2021

titre
Whole plastid genome-based phylogenomics supports an inner placement of the O. insectifera group rather than a basal position in the rapidly diversifying Ophrys genus (Orchidaceae)
auteur
Joris Bertrand, Anaïs Gibert, Christel Llauro, Olivier Panaud
article
Botany Letters, 2021, 168 (3), pp.452-457. ⟨10.1080/23818107.2021.1893216⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://univ-perp.hal.science/hal-03375011/file/BIORXIV-2020-423003v4-Bertrand.pdf BibTex
titre
Horizontal Gene Transfers in Plants
auteur
Emilie Aubin, Moaine El Baidouri, Olivier Panaud
article
Life, 2021, 11 (8), pp.857. ⟨10.3390/life11080857⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03443232/file/life-11-00857.pdf BibTex
titre
The Ecology of the Genome and the Dynamics of the Biological Dark Matter
auteur
Alheli Flores-Ferrer, Anne Nguyen, Sylvain Glémin, Jean-Marc Deragon, Olivier Panaud, Sébastien Gourbière
article
Journal of Theoretical Biology, 2021, 518, pp.110641. ⟨10.1016/j.jtbi.2021.110641⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03157289/file/Flores-Ferrer%20et%20al.%20-%202021%20-%20The%20Ecology%20of%20the%20Genome%20and%20the%20Dynamics%20of%20the%20.pdf BibTex

2020

titre
Construction and characterisation of a knock-down RNA interference line of OsNRPD1 in rice (Oryza sativa ssp japonica cv Nipponbare)
auteur
Emilie Debladis, Tzuu-Fen Lee, Yan-Jiun Huang, Jui-Hsien Lu, Sandra M. Mathioni, Marie-Christine Carpentier, Christel Llauro, Davy Pierron, Delphine Mieulet, Emmanuel Guiderdoni, Pao-Yang Chen, Blake C. Meyers, Olivier Panaud, Eric Lasserre
article
Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences, 2020, 375 (1795), pp.20190338. ⟨10.1098/rstb.2019.0338⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://univ-perp.hal.science/hal-04274817/file/osnrpd1_hal.pdf BibTex
titre
The impact of transposable elements on the structure, evolution and function of the rice genome
auteur
Roland Akakpo, Marie-Christine Carpentier, Yue Ie Hsing, Olivier Panaud
article
New Phytologist, 2020, ⟨10.1111/nph.16356⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://univ-perp.hal.science/hal-02434127/file/nph.16356%20%281%29.pdf BibTex

2019

titre
Using long-read nanopore sequencing to unravel structural genomic variations in plants
auteur
Marie-Christine Carpentier, Hshin-Ping Wu, Fu-Jin Wei, Christel Llauro, Marie Mirouze, Yue-Ie Hsing, Olivier Panaud
article
Nanopore London Calling 2019, Oxford Nanopore, May 2019, Londres (UK), United Kingdom
Accès au bibtex
BibTex
titre
Retrotranspositional landscape of Asian rice revealed by 3000 genomes
auteur
Marie-Christine Carpentier, Ernandes Manfroi, Fu-Jin Wei, Hshin-Ping Wu, Eric Lasserre, Christel Llauro, Emilie Debladis, Roland Akakpo, Yue-Ie Hsing, Olivier Panaud
article
Nature Communications, 2019, 10 (1), ⟨10.1038/s41467-018-07974-5⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02098307/file/s41467-018-07974-5.pdf BibTex
titre
Unraveling the Retrotranspositional Landscape of Rice at Species Level using 3000 Genomes
auteur
Marie-Christine Carpentier, Ernandes Manfroi, Fu-Jin Wei, Hshin-Ping Wu, Eric Lasserre, Christel Llauro, Emilie Debladis, Roland Akakpo, Yue-Ie Hsing, Olivier Panaud
article
22nd National Congress on Transposable Elements - MobileET- Bioinformatics Days, Jul 2019, Lyon, France
Accès au bibtex
BibTex
titre
Characterization of the complete plastome of Ophrys aveyronensis , a Euro-Mediterranean orchid with an intriguing disjunct geographic distribution
auteur
Joris Bertrand, Anaïs Gibert, Christel Llauro, Olivier Panaud
article
Mitochondrial DNA Part B Resources, 2019, 4 (2), pp.3256-3257. ⟨10.1080/23802359.2019.1670748⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://univ-perp.hal.science/hal-02297851/file/Bertrand%20JAM%20et%20al.%282019%29_Characterization%20of%20the%20complete%20plastome%20of%20Ophrys%20aveyronensis%20a%20Euro%20Mediterranean%20orchid%20with%20an%20intriguing%20disjunct%20geographic%20distribution.pdf BibTex
titre
Unraveling the Retrotranspositional Landscape of Rice at Species Level using 3000 Genomes
auteur
Marie-Christine Carpentier, Ernandes Manfroi, Fu-Jin Wei, Hshin-Ping Wu, Eric Lasserre, Christel Llauro, Emilie Debladis, Roland Akakpo, Yue-Ie Hsing, Olivier Panaud
article
Plant and Animal Genomics Conference XXVII, Jan 2019, SAN DIEGO CA, United States
Accès au bibtex
BibTex

2018

titre
Oak genome reveals facets of long lifespan
auteur
Christophe Plomion, Jean-Marc Aury, Joelle Amselem, Thibault Leroy, Florent Murat, Sébastien Duplessis, Sébastien Faye, Nicolas Francillonne, Karine Labadie, Grégoire Le Provost, Isabelle Lesur Kupin, Jérôme Bartholome, Patricia Faivre-Rampant, Annegret Kohler, Jean-Charles Leplé, Nathalie Chantret, Jun Chen, Anne Dievart, Tina Alaeitabar, Valérie Barbe, Caroline Belser, Helene Berges, Catherine Bodenes, Marie-Béatrice Bogeat-Triboulot, Marie-Lara Bouffaud, Benjamin Brachi, Emilie Chancerel, David Cohen, Arnaud Couloux, Corinne da Silva, Carole Dossat, François Ehrenmann, Christine Gaspin, Jacqueline Grima Pettenati, Erwan Guichoux, Arnaud Hecker, Sylvie Herrmann, Philippe Hugueney, Irène Hummel, Christophe Klopp, Céline Lalanne, Martin Lascoux, Eric Lasserre, Arnaud Lemainque, Marie Laure Desprez-Loustau, Isabelle Luyten, Mohammed-Amin Madoui, Sophie Mangenot, Clémence Marchal, Florian Maumus, Jonathan Mercier, Célia Michotey, Olivier Panaud, Nathalie Picault, Nicolas Rouhier, Olivier Rué, Camille Rustenholz, Franck Salin, Marçal Soler, Mika Tarkka, Amandine Velt, Amy E. Zanne, Francis Martin, Patrick Wincker, Hadi Quesneville, Antoine Kremer, Jerome Salse
article
Nature Plants, 2018, 4 (7), pp.440-452. ⟨10.1038/s41477-018-0172-3⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01820559/file/Publis18-agap-014_plomion_oak.pdf BibTex
titre
QTL Mapping Combined With Comparative Analyses Identified Candidate Genes for Reduced Shattering in Setaria italica
auteur
Sandra Odonkor, Soyeon Choi, Debkanta Chakraborty, Liliam Martinez-Bello, Xuewen Wang, Bochra Bahri, Maud Tenaillon, Olivier Panaud, Katrien Devos
article
Frontiers in Plant Science, 2018, 9, pp.1-9. ⟨10.3389/fpls.2018.00918⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02098582/file/2018_Odonkor_Frontiers%20in%20Plant%20Science_1.pdf BibTex
titre
Genomes of 13 domesticated and wild rice relatives highlight genetic conservation, turnover and innovation across the genus Oryza
auteur
Joshua Stein, Yeisoo Yu, Dario Copetti, Derrick Zwickl, Li Zhang, Chengjun Zhang, Kapeel Chougule, Dongying Gao, Aiko Iwata, Jose Luis Goicoechea, Sharon Wei, Jun Wang, Yi Liao, Muhua Wang, Julie Jacquemin, Claude Becker, Dave Kudrna, Jianwei Zhang, Carlos Londono, Xiang Song, Seunghee Lee, Paul Sanchez, Andrea Zuccolo, Jetty Ammiraju, Jayson Talag, Ann Danowitz, Luis Rivera, Andrea Gschwend, Christos Noutsos, Cheng-Chieh Wu, Shu-Min Kao, Jhih-Wun Zeng, Fu-Jin Wei, Qiang Zhao, Qi Feng, Moaine El Baidouri, Marie-Christine Carpentier, Eric Lasserre, Richard Cooke, Daniel Da Rosa Farias, Carlos da Maia, Railson dos Santos, Kevin Nyberg, Kenneth Mcnally, Ramil Mauleon, Nickolai Alexandrov, Jeremy Schmutz, Dave Flowers, Chuanzhu Fan, Detlef Wei, Kshirod Jena, Thomas Wicker, Mingsheng Chen, Bin Han, Robert Henry, Yue-Ie Yu, Nori Kurata, António Costa de Oliveira, Olivier Panaud, Scott Jackson, Carlos Machado, Michael Sanderson, Manyuan Long, Doreen Ware, Rod Wing
article
Nature Genetics, 2018, 50 (2), pp.285-296. ⟨10.1038/s41588-018-0040-0⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02098593/file/s41588-018-0040-0.pdf BibTex

2017

titre
Detection of active transposable elements in Arabidopsis thaliana using Oxford Nanopore Sequencing technology
auteur
Emilie Debladis, Christel Llauro, Marie-Christine Carpentier, Marie Mirouze, Olivier Panaud
article
BMC Genomics, 2017, 18, art. 537 [8 p.]. ⟨10.1186/s12864-017-3753-zg⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://ird.hal.science/ird-01626046/file/Detection_of_active.pdf BibTex
titre
Sequencing the extrachromosomal circular mobilome reveals retrotransposon activity in plants
auteur
Sophie Lanciano, Marie-Christine Carpentier, Christel Llauro, Edouard Jobet, Dagmara Robakowska-Hyzorek, Eric Lasserre, Alain Ghesquière, Olivier Panaud, Marie Mirouze
article
PLoS Genetics, 2017, 13 (2), pp.e1006630. ⟨10.1371/journal.pgen.1006630⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02098598/file/pgen.1006630.pdf BibTex

2016

titre
Horizontal transfers of transposable elements in eukaryotes: The flying genes
auteur
Olivier Panaud
article
Comptes Rendus. Biologies, 2016, 339 (7-8), pp.296-299. ⟨10.1016/j.crvi.2016.04.013⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Sequencing mobilome reveals real time transposable element activity in plants and animals
auteur
Marie Mirouze, Sophie Lanciano, Sophie Lanciano, Marie-Christine Carpentier, Christel Llauro, Olivier Panaud, Alain Ghesquiere
article
Conference on Epigenetic & Chromatin Regulation of Plant Traits, EpiTRAITS, Jan 2016, Strasbourg, France
Accès au bibtex
BibTex
titre
DNA transposon activity is associated with increased mutation rates in genes of rice and other grasses
auteur
Thomas Wicker, Yeisoo Yu, Georg Haberer, Klaus Mayer, Pradeep Reddy Marri, Steve Rounsley, Mingsheng Chen, Andrea Zuccolo, Olivier Panaud, Rod Wing, Stefan Roffler
article
Nature Communications, 2016, 7 (1), pp.12790 (2016). ⟨10.1038/ncomms12790⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02099869/file/ncomms12790.pdf BibTex
titre
Evolution of Plant Phenotypes, from Genomes to Traits
auteur
Josep Casacuberta, Scott Jackson, Olivier Panaud, Michael Purugganan, Jonathan F. Wendel
article
G3, 2016, 6 (4), pp.775-778. ⟨10.1534/g3.115.025502⟩
Accès au bibtex
BibTex

2015

titre
A new approach for annotation of transposable elements using small RNA mapping.
auteur
Moaine El Baidouri, Kyung Do Kim, Brian Abernathy, Siwaret Arikit, Florian Maumus, Blake C Meyers, Scott A Jackson, Olivier Panaud
article
Nucleic Acids Research, 2015, 43 (13), pp.e84. ⟨10.1093/nar/gkv257⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01215276/file/2015_El%20Baidouri_Nucleic%20Acids%20Research_1.pdf BibTex
titre
Abiotic stress and genome dynamics: specific genes and transposable elements response to iron excess in rice
auteur
Taciane Finatto, Antonio Costa de Oliveira, Cristian Chaparro, L.C. da Maia, D.R. Farias, L.G. Woyann, C.C. Mistura, A.P. Soares-Bresolin, Christel Llauro, Olivier Panaud, Nathalie Picault
article
Rice, 2015, 8, pp.13. ⟨10.1186/s12284-015-0045-6⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://sde.hal.science/hal-01162622/file/Finatto-2015-Rice-Abiotic.pdf BibTex
titre
RiTE database: a resource database for genus-wide rice genomics and evolutionary biology
auteur
Dario Copetti, Jianwei Zhang, Moaine El Baidouri, Dongying Gao, Jun Wang, Elena Barghini, Rosa Cossu, Angelina Angelova, Carlos Maldonado L., Stefan Roffler, Hajime Ohyanagi, Thomas Wicker, Chuanzhu Fan, Andrea Zuccolo, Mingsheng Chen, Antonio Costa de Oliveira, Bin Han, Robert Henry, Yue-Ie Hsing, Nori Kurata, Wen Wang, Scott Jackson, Olivier Panaud, Rod Wing
article
BMC Genomics, 2015, 16 (1), pp.538. ⟨10.1186/s12864-015-1762-3⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02099881/file/12864_2015_Article_1762.pdf BibTex

2014

titre
Drivers and dynamics of diversity in plant genomes.
auteur
Olivier Panaud, Scott A Jackson, Jonathan F Wendel
article
New Phytologist, 2014, 202 (1), pp.15-8
Accès au bibtex
BibTex
titre
The genome sequence of African rice (Oryza glaberrima) and evidence for independent domestication
auteur
Muhua Wang, Yeisoo Yu, Georg Haberer, Pradeep Reddy Marri, Chuanzhu Fan, Jose Luis Goicoechea, Andrea Zuccolo, Xiang Song, Dave Kudrna, Jetty Ammiraju, Rosa Maria Cossu, Carlos Maldonado, Jinfeng Chen, Seunghee Lee, Nick Sisneros, Kristi de Baynast, Wolfgang Golser, Marina Wissotski, Woojin Kim, Paul Sanchez, Marie-Noelle Ndjiondjop, Kayode Sanni, Manyuan Long, Judith Carney, Olivier Panaud, Thomas Wicker, Carlos Machado, Mingsheng Chen, Klaus Mayer, Steve Rounsley, Rod Wing
article
Nature Genetics, 2014, 46 (9), pp.982-988. ⟨10.1038/ng.3044⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02099904/file/41588_2014_Article_BFng3044.pdf BibTex
titre
Widespread and frequent horizontal transfers of transposable elements in plants.
auteur
Moaine El Baidouri, Marie-Christine Carpentier, Richard Cooke, Dongying Gao, Eric Lasserre, Christel Llauro, Marie Mirouze, Nathalie Picault, Scott A Jackson, Olivier Panaud
article
Genome Research, 2014, 24 (5), pp.831-8. ⟨10.1101/gr.164400.113⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01218140/file/831.pdf BibTex
titre
Plant root transcriptome profiling reveals a strain-dependent response during Azospirillum-rice cooperation
auteur
Benoît Drogue, Hervé Sanguin, Amel Chamam, Michael Mozar, Christel Llauro, Olivier Panaud, Claire Prigent-Combaret, Nathalie Picault, Florence Wisniewski-Dyé
article
Frontiers in Plant Science, 2014, 5, pp.1-14. ⟨10.3389/fpls.2014.00607⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02099891/file/2014_BDrogue_FrontiersPlantSci_1.pdf BibTex

2013

titre
Use of Next Generation Sequencing (NGS) Technologies for the Genome-Wide Detection of Transposition
auteur
Moaine Elbaidouri, Cristian Chaparro, Olivier Panaud
article
Methods in Molecular Biology, 2013, pp.265-274. ⟨10.1007/978-1-62703-568-2_19⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Genome structure and metabolic features in the red seaweed Chondrus crispus shed light on evolution of the Archaeplastida.
auteur
Jonas Collén, Betina Porcel, Wilfrid Carré, Steven G Ball, Cristian Chaparro, Thierry Tonon, Tristan Barbeyron, Gurvan Michel, Benjamin Noel, Klaus Valentin, Marek Elias, François Artiguenave, Alok Arun, Jean-Marc Aury, José F Barbosa-Neto, John H Bothwell, François-Yves Bouget, Loraine Brillet, Francisco Cabello-Hurtado, Salvador Capella-Gutiérrez, Bénédicte Charrier, Lionel Cladière, J Mark Cock, Susana M Coelho, Christophe Colleoni, Mirjam Czjzek, Corinne da Silva, Ludovic Delage, France Denoeud, Philippe Deschamps, Simon M Dittami, Toni Gabaldón, Claire M M Gachon, Agnès Groisillier, Cécile Hervé, Kamel Jabbari, Michael Katinka, Bernard Kloareg, Nathalie Kowalczyk, Karine Labadie, Catherine Leblanc, Pascal-Jean Lopez, Deirdre H Mclachlan, Laurence Meslet-Cladiere, Ahmed Moustafa, Zofia Nehr, Pi Nyvall Collén, Olivier Panaud, Frédéric Partensky, Julie Poulain, Stefan A Rensing, Sylvie Rousvoal, Gaelle Samson, Aikaterini Symeonidi, Jean Weissenbach, Antonios Zambounis, Patrick Wincker, Catherine Boyen
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2013, 110 (13), pp.5247-52. ⟨10.1073/pnas.1221259110⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01073830/file/ColleI_n_Chondrus_genome_PNAS_13.pdf BibTex
titre
Comparative Genomic Paleontology across Plant Kingdom Reveals the Dynamics of TE-Driven Genome Evolution
auteur
Moaine El Baidouri, Olivier Panaud
article
Genome Biology and Evolution, 2013, 5 (5), pp.954-965. ⟨10.1093/gbe/evt025⟩
Accès au bibtex
BibTex

2012

titre
Genome-Wide Analysis of Transposition Using Next Generation Sequencing Technologies
auteur
Moaine Elbaidouri, Olivier Panaud
article
Plant Transposable Elements. Topics in Current Genetics, vol 24. Springer, Berlin, Heidelberg, pp.59-70, 2012
Accès au bibtex
BibTex
titre
Reference genome sequence of the model plant Setaria
auteur
Jeffrey Bennetzen, Jeremy J. Schmutz, Hao Wang, Ryan Percifield, Jennifer Hawkins, Ana Pontaroli, Matt Estep, Liang Feng, Justin Vaughn, Jane Grimwood, Jerry Jenkins, Kerrie Barry, Erika Lindquist, Uffe Hellsten, Shweta Deshpande, Xuewen Wang, Xiaomei Wu, Therese Mitros, Jimmy Triplett, Xiaohan Yang, Chu-Yu Ye, Margarita Mauro-Herrera, Lin Wang, Pinghua Li, Manoj Sharma, Rita Sharma, Pamela Ronald, Olivier Panaud, Elizabeth Kellogg, Thomas Brutnell, Andrew Doust, Gerald Tuskan, Daniel Rokhsar, Katrien Devos
article
Nature Biotechnology, 2012, 30 (6), pp.555-561. ⟨10.1038/nbt.2196⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
The banana (Musa acuminata) genome and the evolution of monocotyledonous plants.
auteur
Angélique d'Hont, France Denoeud, Jean-Marc Aury, Franc-Christophe Baurens, Françoise Carreel, Olivier Garsmeur, Benjamin Noel, Stéphanie Bocs, Gaëtan Droc, Mathieu Rouard, Corinne da Silva, Kamel Jabbari, Céline Cardi, Julie Poulain, Marlène Souquet, Karine Labadie, Cyril Jourda, Juliette Lengellé, Marguerite Rodier-Goud, Adriana A. Alberti, Maria Bernard, Margot Correa, Saravanaraj Ayyampalayam, Michael R Mckain, Jim Leebens-Mack, Diane Burgess, Mike Freeling, Didier Mbéguié-A-Mbéguié, Matthieu Chabannes, Thomas Wicker, Olivier Panaud, Jose Barbosa, Eva Hribova, Pat Heslop-Harrison, Rémy Habas, Ronan Rivallan, Philippe Francois, Claire Poiron, Andrzej Kilian, Dheema Burthia, Christophe Jenny, Frédéric Bakry, Spencer Brown, Valentin Guignon, Gert Kema, Miguel Dita, Cees Waalwijk, Steeve Joseph, Anne Dievart, Olivier Jaillon, Julie Leclercq, Xavier Argout, Eric Lyons, Ana Almeida, Mouna Jeridi, Jaroslav Dolezel, Nicolas Roux, Ange-Marie Risterucci, Jean Weissenbach, Jean-Christophe Glaszmann, Francis Quétier, Nabila Yahiaoui, Patrick Wincker
article
Nature, 2012, 488 (7410), pp.213-7. ⟨10.1038/nature11241⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Isolation and characterisation of a bacterial strain degrading the herbicide sulcotrione from an agricultural soil
auteur
Christophe Calvayrac, Fabrice Martin-Laurent, Alexia Faveaux, Nathalie Picault, Olivier Panaud, Camille-Michel Coste, Hanene Chaabane, Jean-François Cooper
article
Pest Management Science, 2012, 68 (3), pp.340-347. ⟨10.1002/ps.2263⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-01137037/file/CALVEYRAC-2012-Pest%20Manag%20Sci%20%2068%20340%20347_%7B1208782A-6D56-4A59-9A0A-82C359090B83%7D.pdf BibTex
titre
International Congress on Transposable Elements (ICTE) 2012 in Saint Malo and the sea of TE stories.
auteur
Abdelkader Aïnouche, Mireille Bétermier, Mick Chandler, Richard Cordaux, Gaël Cristofari, Jean-Marc Deragon, Pascale Lesage, Olivier Panaud, Hadi Quesneville, Chantal Vaury, Cristina Vieira, Clémentine Vitte
article
Mobile DNA, 2012, 3 (1), pp.17. ⟨10.1186/1759-8753-3-17⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://inserm.hal.science/inserm-00764323/file/1759-8753-3-17.pdf BibTex
titre
Comparative genomic paleontology across plant kingdom reveals the dynamics of TE-driven genome evolution.
auteur
Moaine El Baidouri, Olivier Panaud
article
Genome Biology and Evolution, 2012, 5 (5), pp.954-65
Accès au bibtex
BibTex

2011

titre
Transpositional landscape of the rice genome revealed by paired-end mapping of high-throughput re-sequencing data
auteur
Francois Sabot, Nathalie Picault, Moaine El-Baidouri, Christel Llauro, Cristian Chaparro, Benoit Piegu, Anne Roulin, Emmanuel Guiderdoni, Mélissa Delabastide, Richard Mccombie, Olivier Panaud
article
The Plant Journal, 2011, 66 (2), pp.241-246. ⟨10.1111/j.1365-313X.2011.04492.x⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
The genome of Theobroma cacao.
auteur
Xavier Argout, Jerome Salse, Jean-Marc Aury, Mark J Guiltinan, Gaetan Droc, Jerome Gouzy, Mathilde Allegre, Cristian Chaparro, Thierry Legavre, Siela N Maximova, Michael Abrouk, Florent Murat, Olivier Fouet, Julie Poulain, Yolande Roguet, Maguy Rodier-Goud, Jose Fernandes Barbosa-Neto, Francois Sabot, Dave Kudrna, Jetty Siva S Ammiraju, Stephan C Schuster, John E Carlson, Erika Sallet, Thomas Schiex, Anne Dievart, Melissa Kramer, Laura Gelley, Zi Shi, Aurélie Bérard, Christopher Viot, Michel Boccara, Ange Marie Risterucci, Valentin Guignon, Xavier Sabau, Michael J Axtell, Zhaorong Ma, Yufan Zhang, Spencer Brown, Mickael Bourge, Wolfgang Golser, Xiang Song, Didier Clement, Ronan Rivallan, Mathias Tahi, Joseph Moroh Akaza, Bertrand Pitollat, Karina Gramacho, Angélique d'Hont, Dominique Brunel, Diogenes Infante, Ismael Kebe, Pierre Costet, Rod Wing, W Richard Mccombie, Emmanuel Guiderdoni, Francis Quetier, Olivier Panaud, Patrick Wincker, Stephanie Bocs, Claire Lanaud
article
Nature Genetics, 2011, 43 (2), pp.101-8. ⟨10.1038/ng.736⟩
Accès au bibtex
BibTex

2010

titre
Paleogenomic analysis of the short arm of chromosome 3 reveals the history of the African and Asian progenitors of cultivated rices.
auteur
Anne Roulin, Cristian Chaparro, Benoit Piegu, Scott Jackson, Olivier Panaud
article
Genome Biology and Evolution, 2010, 2, pp.132-9. ⟨10.1093/gbe/evq005⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
A genetic model for the female sterility barrier between Asian and African cultivated rice species.
auteur
Andrea Garavito, Romain Guyot, Jaime Lozano, Frédérick F. Gavory, Sylvie Samain, Olivier Panaud, Joe Tohme, Alain Ghesquière, Mathias Lorieux
article
Genetics, 2010, 185 (4), pp.1425-40. ⟨10.1534/genetics.110.116772⟩
Accès au bibtex
BibTex

2009

titre
Whole genome surveys of rice, maize and sorghum reveal multiple horizontal transfers of the LTR-retrotransposon Route66 in Poaceae.
auteur
Anne Roulin, Benoit Piegu, Philippe M Fortune, François Sabot, Angélique d'Hont, Domenica Manicacci, Olivier Panaud
article
BMC Evolutionary Biology, 2009, 9 (58), pp.58. ⟨10.1186/1471-2148-9-58⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00693471/file/2009_Roulin_BMC-Evolutionary-Biology_1 BibTex
titre
Reply: A unified classification system for eukaryotic transposable elements should reflect their phylogeny
auteur
Thomas Wicker, Francois Sabot, Aurélie Hua-Van, Jeffrey L. Bennetzen, Pierre Capy, Boulos Chalhoub, Andrew Flavell, Philippe Leroy, Michele Morgante, Olivier Panaud, Etienne Paux, Phillip Sanmiguel, Alan H Schulman
article
Nature Reviews Genetics, 2009, 10 (4), pp.276-276. ⟨10.1038/nrg2165-c4⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Green evolution and dynamic adaptations revealed by genomes of the marine picoeukaryotes Micromonas.
auteur
Alexandra Z Worden, Jae-Hyeok Lee, Thomas Mock, Pierre Rouzé, Melinda P Simmons, Andrea L Aerts, Andrew E Allen, Marie L Cuvelier, Evelyne Derelle, Meredith V Everett, Elodie Foulon, Jane Grimwood, Heidrun Gundlach, Bernard Henrissat, Carolyn Napoli, Sarah M Mcdonald, Micaela S Parker, Stephane Rombauts, Aasf Salamov, Peter von Dassow, Jonathan H Badger, Pedro M Coutinho, Elif Demir, Inna Dubchak, Chelle Gentemann, Wenche Eikrem, Jill E Gready, Uwe John, William Lanier, Erika A Lindquist, Susan Lucas, Klaus F X Mayer, Herve Moreau, Fabrice Not, Robert Otillar, Olivier Panaud, Jasmyn Pangilinan, Ian Paulsen, Benoit Piegu, Aaron Poliakov, Steven Robbens, Jeremy Schmutz, Eve Toulza, Tania Wyss, Alexander Zelensky, Kemin Zhou, E Virginia Armbrust, Debashish Bhattacharya, Ursula W Goodenough, Yves van de Peer, Igor V Grigoriev
article
Science, 2009, 324 (5924), pp.268-72. ⟨10.1126/science.1167222⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Identification of an active LTR retrotransposon in rice.
auteur
Nathalie Picault, Cristian Chaparro, Cristel Llauro, Benoit Piegu, Willfried Stenger, Damien Formey, Julie Descombin, Francois Sabot, Eric Lasserre, Donaldo Meynard, Emmanuel Guiderdoni, Olivier Panaud
article
The Plant Journal, 2009, 58 (5), pp.754-65. ⟨10.1111/j.1365-313X.2009.03813.x⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Diversity of the Ty-1 copia retrotransposon Tos17 in rice (Oryza sativa L.) and the AA genome of the Oryza genus.
auteur
Julie Petit, Emmanuelle Bourgeois, Wilfried Stenger, Martine Bès, Gaétan Droc, Donaldo Meynard, Brigitte Courtois, Alain Ghesquière, François Sabot, Olivier Panaud, Emmanuel Guiderdoni
article
Molecular Genetics and Genomics, 2009, 282 (6), pp.633-52. ⟨10.1007/s00438-009-0493-z⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
The molecular bases of cereal domestication and the history of rice.
auteur
Olivier Panaud
article
Comptes Rendus Biologies, 2009, 332 (2-3), pp.267-72. ⟨10.1016/j.crvi.2008.09.003⟩
Accès au bibtex
BibTex

2008

titre
Identification of precursor transcripts for 6 novel miRNAs expands the diversity on the genomic organisation and expression of miRNA genes in rice.
auteur
Séverine Lacombe, Hiroshi Nagasaki, Carole Santi, David Duval, Benoit Piegu, Martine Bangratz, Jean-Christophe Breitler, Emmanuel Guiderdoni, Christophe Brugidou, Judith Hirsch, Xiaofeng Cao, Claire Brice, Olivier Panaud, Wojciech M Karlowski, Yutaka Sato, Manuel Echeverria
article
BMC Plant Biology, 2008, 8, pp.123. ⟨10.1186/1471-2229-8-123⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-00366386/file/37409_20100512083817293_1.pdf BibTex
titre
The Rice Annotation Project Database (RAP-DB): 2008 update.
auteur
Tsuyoshi Tanaka, Baltazar A Antonio, Shoshi Kikuchi, Takashi Matsumoto, Yoshiaki Nagamura, Hisataka Numa, Hiroaki Sakai, Jianzhong Wu, Takeshi Itoh, Takuji Sasaki, Ryo Aono, Yasuyuki Fujii, Takuya Habara, Erimi Harada, Masako Kanno, Yoshihiro Kawahara, Hiroaki Kawashima, Hiromi Kubooka, Akihiro Matsuya, Hajime Nakaoka, Naomi Saichi, Ryoko Sanbonmatsu, Yoshiharu Sato, Yuji Shinso, Mami Suzuki, Jun-Ichi Takeda, Motohiko Tanino, Fusano Todokoro, Kaori Yamaguchi, Naoyuki Yamamoto, Chisato Yamasaki, Tadashi Imanishi, Toshihisa Okido, Masahito Tada, Kazuho Ikeo, Yoshio Tateno, Takashi Gojobori, Yao-Cheng Lin, Fu-Jin Wei, Yue-Ie Hsing, Qiang Zhao, Bin Han, Melissa R Kramer, Richard W Mccombie, David Lonsdale, Claire C O'Donovan, Eleanor J Whitfield, Rolf Apweiler, Kanako O Koyanagi, Jitendra P Khurana, Saurabh Raghuvanshi, Nagendra K Singh, Akhilesh K Tyagi, Georg Haberer, Masaki Fujisawa, Satomi Hosokawa, Yukiyo Ito, Hiroshi Ikawa, Michie Shibata, Mayu Yamamoto, Richard M Bruskiewich, Douglas R Hoen, Thomas E Bureau, Nobukazu Namiki, Hajime Ohyanagi, Yasumichi Sakai, Satoshi Nobushima, Katsumi Sakata, Roberto A Barrero, Yutaka Sato, Alexandre Souvorov, Brian Smith-White, Tatiana Tatusova, Suyoung An, Gynheung An, Satoshi Oota, Galina Fuks, Joachim Messing, Karen R Christie, Damien Lieberherr, Hyeran Kim, Andrea Zuccolo, Rod A Wing, Kan Nobuta, Pamela J Green, Cheng Lu, Blake C Meyers, Cristian Chaparro, Benoit Piegu, Olivier Panaud, Manuel Echeverria
article
Nucleic Acids Research, 2008, 36 (Database issue), pp.D1028-33. ⟨10.1093/nar/gkm978⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Evidence of multiple horizontal transfers of the long terminal repeat retrotransposon RIRE1 within the genus Oryza
auteur
Anne Roulin, Benoit Piegu, Rod Wing, Olivier Panaud
article
The Plant Journal, 2008, 53 (6), pp.950-959. ⟨10.1111/j.1365-313X.2007.03388.x⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
A universal classification of eukaryotic transposable elements implemented in Repbase
auteur
Thomas Wicker, Francois Sabot, Aurélie Hua-Van, Jeffrey L. Bennetzen, Pierre Capy, Boulos Chalhoub, Andrew Flavell, Philippe Leroy, Michele Morgante, Olivier Panaud, Etienne Paux, Phillip Sanmiguel, Alan H Schulman
article
Nature Reviews Genetics, 2008, 9 (5), pp.414. ⟨10.1038/nrg2165-c2⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Plant Transposable Elements
auteur
Jean-Marc Deragon, J.M. Casacuberta, O. Panaud
article
Plant Genomes, KARGER, pp.69-82, 2008, ⟨10.1159/000126007⟩
Accès au bibtex
BibTex

2007

titre
Evolutionary dynamics of an ancient retrotransposon family provides insights into evolution of genome size in the genus Oryza
auteur
Jetty Ammiraju, Andrea Zuccolo, Yeisoo Yu, Xiang Song, Benoit Piegu, Frederic Chevalier, Jason Walling, Jianxin Ma, Jayson Talag, Darshan Brar, Phillip Sanmiguel, Ning Jiang, Scott Jackson, Olivier Panaud, Rod Wing
article
The Plant Journal, 2007, 52 (2), pp.342-351. ⟨10.1111/j.1365-313X.2007.03242.x⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
From Rice to Other Cereals: Comparative Genomics
auteur
Richard Cooke, Benoit Piegu, Olivier Panaud, Romain Guyot, Jérôme Salse, Catherine Feuillet, Michel Delseny
article
Rice Functional Genomics, Springer New York, pp.429-479, 2007
Accès au bibtex
BibTex
titre
Spip and Squiq, two novel rice non-autonomous LTR retro-element families related to RIRE3 and RIRE8
auteur
Clémentine Vitte, Cristian Chaparro, Hadi H. Quesneville, Olivier Panaud
article
Plant Science, 2007, 172 (1), pp.8-19. ⟨10.1016/j.plantsci.2006.07.008⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
RetrOryza: a database of the rice LTR-retrotransposons.
auteur
Cristian Chaparro, Romain Guyot, Andrea Zuccolo, Benoit Piegu, Olivier Panaud
article
Nucleic Acids Research, 2007, 35 (Database issue), pp.D66-70. ⟨10.1093/nar/gkl780⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
A unified classification system for eukaryotic transposable elements should reflect their phylogeny
auteur
Thomas Wicker, Francois Sabot, Aurélie Hua-Van, Jeffrey L. Bennetzen, Pierre Capy, Boulos Chalhoub, Andrew Flavell, Philippe Leroy, Michele Morgante, Olivier Panaud, Etienne Paux, Phillip Sanmiguel, Alan H Schulman
article
Nature Reviews Genetics, 2007, 8 (12), pp.973-982. ⟨10.1038/nrg2165⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
LTR retrotransposons in rice (Oryza sativa, L.): recent burst amplifications followed by rapid DNA loss
auteur
Clémentine Vitte, Olivier Panaud, Hadi H. Quesneville
article
BMC Genomics, 2007, 8 (1), pp.218. ⟨10.1186/1471-2164-8-218⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02114382/file/1471-2164-8-218_1.pdf BibTex

2006

titre
Genome analysis of the smallest free-living eukaryote Ostreococcus tauri unveils many unique features.
auteur
Evelyne Derelle, Conchita Ferraz, Stephane Rombauts, Pierre Rouzé, Alexandra Z Worden, Steven Robbens, Frédéric Partensky, Sven Degroeve, Sophie Echeynié, Richard Cooke, Yvan Saeys, Jan Wuyts, Kamel Jabbari, Chris Bowler, Olivier Panaud, Benoit Piegu, Steven G Ball, Jean-Philippe Ral, François-Yves Bouget, Gwenael Piganeau, Bernard de Baets, André Picard, Michel Delseny, Jacques Demaille, Yves van de Peer, Hervé Moreau
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2006, 103 (31), pp.11647-52. ⟨10.1073/pnas.0604795103⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
Doubling genome size without polyploidization: dynamics of retrotransposition-driven genomic expansions in Oryza australiensis, a wild relative of rice.
auteur
Benoit Piegu, Romain Guyot, Nathalie Picault, Anne Roulin, Abhijit Saniyal, Hyeran Kim, Kristi Collura, Darshan S Brar, Scott Jackson, Rod A Wing, Olivier Panaud
article
Genome Research, 2006, 16 (10), pp.1262-9. ⟨10.1101/gr.5290206⟩
Accès au bibtex
BibTex

2005

titre
LTR retrotransposons and flowering plant genome size: emergence of the increase/decrease model.
auteur
C. Vitte, O. Panaud
article
Cytogenetic and Genome Researchearch, 2005, 110 (1-4), pp.91-107. ⟨10.1159/000084941⟩
Accès au bibtex
BibTex
titre
LTR retrotransposons and flowering plant genome size: emergence of the increase/decrease model
auteur
C. Vitte, O. Panaud
article
Cytogenetic and Genome Research, 2005, 110 (1-4), pp.91-107. ⟨10.1159/000084941⟩
Accès au bibtex
BibTex

2004

titre
Genomic paleontology provides evidence for two distinct origins of Asian rice (Oryza sativa L.)
auteur
C. Vitte, T. Ishii, F. Lamy, D. Brar, O. Panaud
article
Molecular Genetics and Genomics, 2004, 272 (5), pp.504-511. ⟨10.1007/s00438-004-1069-6⟩
Accès au bibtex
BibTex

2001

titre
Unmanaged sexual reproduction and the dynamics of genetic diversity of a vegetatively propagated crop plant, cassava ( Manihot esculenta Crantz), in a traditional farming system
auteur
M. Elias, L. Penet, P. Vindry, D. Mckey, O. Panaud, T. Robert
article
Molecular Ecology, 2001, 10 (8), pp.1895-1907. ⟨10.1046/j.0962-1083.2001.01331.x⟩
Accès au bibtex
BibTex