Publications HAL

2019

Journal articles

titre
The lichen symbiosis re-viewed through the genomes of Cladonia grayi and its algal partner Asterochloris glomerata
auteur
Daniele Armaleo, Olaf Müller, François Lutzoni, Ólafur Andrésson, Guillaume Blanc, Helge Bode, Frank Collart, Francesco Dal Grande, Fred Dietrich, Igor Grigoriev, Suzanne Joneson, Alan Kuo, Peter Larsen, John Logsdon, David López, Francis Martin, Susan May, Tami Mcdonald, Sabeeha Merchant, Vivian Miao, Emmanuelle Morin, Ryoko Oono, Matteo Pellegrini, Nimrod Rubinstein, Maria Virginia Sanchez-Puerta, Elizabeth Savelkoul, Imke Schmitt, Jason Slot, Darren Soanes, Péter Szövényi, Nicholas Talbot, Claire Veneault-Fourrey, Basil Xavier
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2019, 20 (1), ⟨10.1186/s12864-019-5629-x⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02192633/file/Armaleo_et_al-2019-BMC_Genomics.pdf BibTex
titre
The bacterial MrpORP is a novel Mrp/NBP35 protein involved in iron-sulfur biogenesis
auteur
Romain Pardoux, Anouchka Fiévet, Cíntia Carreira, Céline Brochier-Armanet, Odile Valette, Zorah Dermoun, Beatrice Py, Alain Dolla, Sofia Pauleta, Corinne Aubert
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2019, 9 (1), pp.360-373. ⟨10.1038/s41598-018-37021-8⟩
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titre
Shear Stress as a Major Driver of Marine Biofilm Communities in the NW Mediterranean Sea
auteur
Elisa Catão, Thomas Pollet, Benjamin Misson, Cédric Garnier, Jean-François Ghiglione, Raphaëlle Barry-Martinet, Marine Maintenay, Christine Bressy, Jean-François Briand
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, ⟨10.3389/fmicb.2019.01768⟩
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https://hal-univ-tln.archives-ouvertes.fr/hal-02269986/file/17.Shear%20stress%20as%20a%20major%20driver%20of%20marine%20biofilm%20communities..._Catao%20et%20al.%202019.pdf BibTex
titre
Effects of catchment area and nutrient deposition regime on phytoplankton functionality in alpine lakes
auteur
Coralie Jacquemin, Céline Bertrand, Evelyne Franquet, Stéphane Mounier, Benjamin Misson, Benjamin Oursel, Laurent Cavalli
article
Science of the Total Environment, Elsevier, 2019, 674, pp.114-127. ⟨10.1016/j.scitotenv.2019.04.117⟩
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titre
Prokaryote Communities at Active Chimney and In-Situ Colonization Devices after a Magmatic Degassing Event (37°N MAR, EMSO-Azores Deep-Sea Observatory)
auteur
Céline Rommevaux, Pauline Henri, Jefferson Degboe, Valérie Chavagnac, Françoise Lesongeur, Anne Godfroy, Cédric Boulart, Christine Destrigneville, Alain Castillo
article
Geochemistry, Geophysics, Geosystems, AGU and the Geochemical Society, 2019, ⟨10.1029/2018GC008107⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02142449/file/Rommevaux_G3_2019.pdf BibTex
titre
Dissecting the membrane lipid binding properties and lipase activity of Mycobacterium tuberculosis LipY domains
auteur
Pierre Santucci, Nabil Smichi, Sadia Diomandé, Isabelle Poncin, Vanessa Point, Hélène Gaussier, Jean‐françois Cavalier, Laurent Kremer, Stéphane Canaan
article
FEBS Journal, Wiley, 2019, ⟨10.1111/febs.14864⟩
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titre
Impact of sterilization methods on dissolved trace metals concentrations in complex natural samples: optimization of UV irradiation
auteur
Sandrine Chifflet, Marianne Quemeneur, Aude Barani, Bernard Angeletti, Morgane Didry, Gérald Grégori, Nathalie Pradel
article
MethodsX, Elsevier, 2019, 6, pp.1133-1146. ⟨10.1016/j.mex.2019.04.020⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02128494/file/Chifflet_all_2019.pdf BibTex
titre
Bacterial Bioluminescence: Light Emission in Photobacterium phosphoreum Is Not Under Quorum-Sensing Control
auteur
Lisa Tanet, Christian Tamburini, Chloé Baumas, Marc Garel, Gwenola Simon, Laurie Casalot
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, 10, ⟨10.3389/fmicb.2019.00365⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02055577/file/fmicb-10-00365.pdf BibTex
titre
Changes in Bacterioplankton Communities Resulting From Direct and Indirect Interactions With Trace Metal Gradients in an Urbanized Marine Coastal Area
auteur
Clément Coclet, Cédric Garnier, Gaël Durrieu, Dario Omanović, Sébastien d'Onofrio, Christophe Le Poupon, Jean-Ulrich Mullot, Jean-Francois Briand, Benjamin Misson
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, 10, ⟨10.3389/fmicb.2019.00257⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02049263/file/fmicb-10-00257.pdf BibTex
titre
Changes in Bacterioplankton Communities Resulting From Direct and Indirect Interactions With Trace Metal Gradients in an Urbanized Marine Coastal Area
auteur
Clément Coclet, Cédric Garnier, Gaël Durrieu, Dario Omanović, Sébastien d'Onofrio, Christophe Le Poupon, Jean-Ulrich Mullot, Jean-Francois Briand, Benjamin Misson
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, 10, ⟨10.3389/fmicb.2019.00257⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02053109/file/15.%20changes%20in%20bacterioplankton%20communities..._coclet%20et%20al.%202019.pdf BibTex
titre
Evidence of high N2 fixation rates in the temperate northeast Atlantic
auteur
Debany Fonseca-Batista, Xuefeng Li, Virginie Riou, Valerie Michotey, Florian Deman, François Fripiat, Sophie Guasco, Natacha Brion, Nolwenn Lemaitre, Manon Tonnard, Morgane Gallinari, Hélène Planquette, Frederic Planchon, Géraldine Sarthou, Marc Elskens, Julie Laroche, Lei Chou, Frank Dehairs
article
Biogeosciences, European Geosciences Union, 2019, 16 (5), pp.999-1017. ⟨10.5194/bg-16-999-2019⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02066554/file/bg-16-999-2019.pdf BibTex
titre
Pressure-Retaining Sampler and High-Pressure Systems to Study Deep-Sea Microbes Under in situ Conditions
auteur
Marc Garel, Patricia Bonin, Severine Martini, Sophie Guasco, Marie Roumagnac, Nagib Bhairy, Fabrice Armougom, Christian Tamburini
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2019, 10, pp.453. ⟨10.3389/fmicb.2019.00453⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02094373/file/Garel_etal_2019.pdf BibTex
titre
Dynamics of trace metals in a shallow coastal ecosystem : insights from the Gulf of Gabès (southern Mediterranean Sea)
auteur
Sandrine Chifflet, Marc Tedetti, Hana Zouch, Rania Fourati, Hatem Zaghden, Boubaker Elleuch, Marianne Quemeneur, Fatma Karray, Sami Sayadi
article
Aims Environmental Science, AIMS Press, 2019, 6 (4), pp.277-297. ⟨10.3934/environsci.2019.4.277⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02184270/file/Chifflet%20et%20al%202019%20-%20AIMS.pdf BibTex
titre
Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG)
auteur
Simon Roux, Evelien M. Adriaenssens, Bas E. Dutilh, Eugene V. Koonin, Andrew M. Kropinski, Mart Krupovic, Jens H. Kuhn, Rob Lavigne, J. Rodney Brister, Arvind Varsani, Clara Amid, Ramy K. Aziz, Seth R. Bordenstein, Peer Bork, Mya Breitbart, Guy R. Cochrane, Rebecca A. Daly, Christelle Desnues, Melissa B. Duhaime, Joanne B. Emerson, François Enault, Jed A. Fuhrman, Pascal Hingamp, Philip Hugenholtz, Bonnie L. Hurwitz, Natalia N. Ivanova, Jessica M. Labonté, Kyung-Bum Lee, Rex R. Malmstrom, Manuel Martinez-Garcia, Ilene Karsch Mizrachi, Hiroyuki Ogata, David Páez-Espino, Marie-Agnès Petit, Catherine Putonti, Thomas Rattei, Alejandro Reyes, Francisco Rodriguez-Valera, Karyna Rosario, Lynn Schriml, Frederik Schulz, Grieg F. Steward, Matthew B. Sullivan, Shinichi Sunagawa, Curtis A. Suttle, Ben Temperton, Susannah G. Tringe, Rebecca Vega Thurber, Nicole S. Webster, Katrine L. Whiteson, Steven W. Wilhelm, K. Eric Wommack, Tanja Woyke, Kelly C. Wrighton, Pelin Yilmaz, Takashi Yoshida, Mark J. Young, Natalya Yutin, Lisa Zeigler Allen, Nikos C. Kyrpides, Emiley A. Eloe-Fadrosh
article
Nature Biotechnology, Nature Publishing Group, 2019, 37, pp.29-37. ⟨10.1038/nbt.4306⟩
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https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/pasteur-01977322/file/nbt.4306.pdf BibTex

Directions of work or proceedings

titre
Science et développement durable : 75 ans de recherche au Sud
auteur
Marie-Lise Sabrié, Thomas Mourier, Corinne Lavagne, V. Thivent, Isabelle Guérin, François Roubaud, Christophe Guilmoto, Mireille Razafindrakoto, Marc Pilon, Isabelle Léglise, Pierre Le Meur, Fatoumata Ouattara, Christian Seignobos, Pierre Chauveau, Eric Léonard, Dominique Guillaud, Alain Froment, Robin Robin, Michel Agier, Sophie Bava, Annabel Desgrées Du Loû, Flore Gubert, Eric Delaporte, Gonzague Jourdain, Alexandre Dumont, Serge Trèche, Jacques Berger, Pierre Traissac, Valérie Delaunay, Vincent Robert, Frédéric Darriet, Cheikh Sokhna, Michel Cot, Martine Peeters, Eric Leroy, Alice Desclaux, Marc Hougard, Didier Paugy, Michel Boussinesq, Philippe Solano, Dorothée Missé, Louis-Clément Gouagna, Jean Lemesre, Laure Banuls, Christophe Menkès, Morgan Mangeas, Benjamin Sultan, Thomas Condom, Marie Gosset, Serge Janicot, Jean Nocquet, Luc Le Pennec, Sébastien Hardy, Philippe Charvis, Yann Hello, Emmanuel Bonnet, Emilie Strady, David Point, Bernard Ollivier, Isabelle Biegala, Christian Feller, Christian Valentin, Eric Giraud, Eric Blanchart, Pierre Montoroi, Philippe Cecchi, Jean Albergel, Jean-Michel Vouillamoz, Vincent Simonneaux, Gil Boulet, Thierry Ruf, Geneviève Michon, Jean-Baptiste Boutrais, Laure Emperaire, Robin Duponnois, Philippe Boulanger, Eugénie Hébrard, Valerie Verdier, Boris Szurek, Bruno Le Ru, Paul-André Calatayud, Olivier Dangles, Frédérique Aberlenc, Sevastianos Roussos, Gauthier Dobigny, Marc Legendre, Daniel Gaertner, Pierre Chavance, Pascal Bach, Arnaud Bertrand, Jérôme Vialard, Jacques Merle, Bruno Voituriez, Bernard Bourlès, Pierrick Penven, Thierry Lebel, Gil Mahé, Luc Descroix, Pierre Chevallier, Stéphane Calmant, Bruno Turcq, Adrien Favreau, Jean-Louis Rajot, Raphaël Pelissier, Philippe Cury, Riccardo Rodolfo-Metalpa, Hervé De Tricornot, Frédéric Simard, Jean-François Etard, Bernard Taverne, Florence Fournet, Alexis Drogoul, Marc Souris, Monique Simier, Marie Bonnin, Alain Ghesquière, Serge Hamon, Yves Vigouroux, Sophie Gonzalez, Jean-François Molino, Geneviève Bourdy, Christian Moretti, Pierre Ottino Garanger, Francisco Valdez, Benoît Antheaume, Nicolas Gratiot
article
IRD, 2019
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2018

Journal articles

titre
Effect of acidic industrial efluent release on microbial diversity and trace metal dynamics during resuspension of coastal sediment
auteur
Hana Zouch, Léa Cabrol, Marc Tedetti, Sandrine Chifflet, Fatma Karray, Hatem Zaghden, Sami Sayadi, Marianne Quemeneur
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2018, 9, ⟨10.3389/fmicb.2018.03103⟩
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titre
Pleomorphochaeta naphthae sp. nov., a new anaerobic fermentative bacterium isolated from an oil field
auteur
Boussad Arroua, Régis Grimaud, Agnès Hirschler-Réa, Patrick Bouriat, Michel Magot, Laurent Urios, Anthony Ranchou-Peyruse
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2018, 68 (12), pp.3747-3753. ⟨10.1099/ijsem.0.003048⟩
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titre
Magmatism, serpentinization and life: Insights through drilling the Atlantis Massif (IODP Expedition 357)
auteur
Gretchen Früh-Green, Beth Orcutt, Stéphane Rouméjon, Marvin Lilley, Yuki Morono, Carol Cotterill, Sophie Green, Javier Escartin, Barbara John, Andrew Mccaig, Mathilde Cannat, Bénédicte Ménez, Esther Schwarzenbach, Morgan Williams, Morgan Morgan, Susan Lang, Matthew Schrenk, William Brazelton, Norikatsu Akizawa, Chiara Boschi, Kristina Dunkel, Marianne Quemeneur, Scott Whattam, Lisa Mayhew, Michelle Harris, Gaye Bayrakci, Jan-Hinrich Behrmann, Emilio Herrero-Bervera, Kirsten Hesse, Hai-Quan Liu, Amila Sandaruwan Ratnayake, Katrina Twing, Dominique Weis, Rui Zhao, Laura Bilenker
article
Lithos, Elsevier, 2018, 323, pp.137-155
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titre
Single-cell genomics of multiple uncultured stramenopiles reveals underestimated functional diversity across oceans
auteur
Yoann Seeleuthner, Samuel Mondy, Vincent Lombard, Quentin Carradec, Eric Pelletier, Marc Wessner, Jade Leconte, Jean-François Mangot, Julie Poulain, Karine Labadie, Ramiro Logares, Shinichi Sunagawa, Véronique de Berardinis, Marc Salanoubat, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Sarah Searson, Stéphane Pesant, Nicole Poulton, Ramunas Stepanauskas, Peer Bork, Chris Bowler, Pascal Hingamp, Matthew Sullivan, Daniele Iudicone, Ramon Massana, Jean-Marc Aury, Bernard Henrissat, Eric Karsenti, Olivier Jaillon, Mike Sieracki, Colomban de Vargas, Patrick Wincker, Silvia G. Acinas, Emmanuel Boss, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Lee Karp-Boss, Uros Krzic, Fabrice Not, Jeroen Raes, Emmanuel G. Reynaud, Christian Sardet, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Jean Weissenbach, Didier Velayoudon
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2018, 9, pp.310. ⟨10.1038/s41467-017-02235-3⟩
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titre
A global ocean atlas of eukaryotic genes
auteur
Quentin Carradec, Eric Pelletier, Corinne da Silva, Adriana Alberti, Yoann Seeleuthner, Romain Blanc-Mathieu, Gipsi Lima-Mendez, Fabio Rocha, Leila Tirichine, Karine Labadie, Amos Kirilovsky, Alexis Bertrand, Stefan Engelen, Mohammed-Amin Madoui, Raphaël Méheust, Julie Poulain, Sarah Romac, Daniel Richter, Genki Yoshikawa, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Sarah Searson, Olivier Jaillon, Jean-Marc Aury, Eric Karsenti, Matthew Sullivan, Shinichi Sunagawa, Peer Bork, Fabrice Not, Pascal Hingamp, Jeroen Raes, Lionel Guidi, Hiroyuki Ogata, Colomban de Vargas, Daniele Iudicone, Chris Bowler, Patrick Wincker, Jean Weissenbach
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2018, 9 (1), pp.373. ⟨10.1038/s41467-017-02342-1⟩
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https://hal-cea.archives-ouvertes.fr/cea-01874711/file/1471.pdf BibTex
titre
Growth of an anaerobic sulfate-reducing bacterium sustained by oxygen respiratory energy conservation after O 2 -driven experimental evolution
auteur
Marine Schoeffler, Anne-Laure Gaudin, Fanny Ramel, Odile Valette, Yann Denis, Wagdi Ben Hania, Agnès Hirschler-Réa, Alain Dolla
article
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2018, ⟨10.1111/1462-2920.14466⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01976026/file/Schoeffler_et_al-2018-Environmental_Microbiology-hal.pdf BibTex
titre
Towards a congruent reclassification and nomenclature of the thermophilic species of the genus Pseudothermotoga within the order Thermotogales
auteur
Hassiba Belahbib, Zarath Summers, Marie-Laure Fardeau, Manon Joseph, Christian Tamburini, Alain Dolla, Bernard Ollivier, Fabrice Armougom
article
Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2018, 41 (6), pp.555-563. ⟨10.1016/J.SYAPM.2018.04.007⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01975970/file/hassiba-1et%20al%202018.pdf BibTex
titre
Fate of petroleum hydrocarbons in bioturbated pristine sediments from Caleta Valdés (Patagonia Argentina): An ex situ bioassay
auteur
J. Sturla Lompré, M. Nievas, M. Franco, V. Grossi, A. Ferrando, C. Militon, F. Gilbert, P. Cuny, G. Stora, M. Sepúlveda, J. Esteves, M. Commendatore
article
Ecotoxicology and Environmental Safety, Elsevier, 2018, 162, pp.673-682
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BibTex
titre
Degenerate PCR Primers to Reveal the Diversity of Giant Viruses in Coastal Waters
auteur
Yanze Li, Pascal Hingamp, Hiroyasu Watai, Hisashi Endo, Takashi Yoshida, Hiroyuki Ogata
article
Viruses, MDPI, 2018, 10 (9), pp.496. ⟨10.3390/v10090496⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01874850/file/viruses-10-00496-v2.pdf BibTex
titre
Abundance and diversity of prokaryotes in ephemeral hypersaline lake Chott El Jerid using Illumina Miseq sequencing, DGGE and qPCR assays
auteur
Manel Ben Abdallah, Fatma Karray, Najwa Kallel, Fabrice Armougom, Najla Mhiri, Marianne Quemeneur, Jean-Luc Cayol, Gael Erauso, Sami Sayadi
article
Extremophiles, Springer Verlag, 2018, 22 (5), pp.811-823. ⟨http://www.documentation.ird.fr/hor/fdi:010073760⟩. ⟨10.1007/s00792-018-1040-9⟩
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titre
The nature of electron acceptor (MnIV/NO3) triggers differential expression of genes associated with stress and ammonium limitation responses in Shewanella algae C6G3
auteur
Axel Aigle, Patricia Bonin, Nicolas Fernandez -Nunez, Béatrice Loriod, Sophie Guasco, Aurélie Bergon, Fabrice Armougom, Chantal Iobbi-Nivol, Jean Imbert, Valerie Michotey
article
FEMS Microbiology Letters, Wiley-Blackwell, In press, ⟨10.1093/femsle/fny068⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01766209/file/Aigle%20et%20al%20Fems%202018.pdf BibTex
titre
Specific enrichment of hyperthermophilic electroactive Archaea from deep-sea hydrothermal vent on electrically conductive support
auteur
Guillaume Pillot, Eléonore Frouin, Emilie Pasero, Anne Godfroy, Yannick Combet-Blanc, Sylvain Davidson, Pierre-Pol Liebgott
article
Bioresource Technology, Elsevier, 2018, 259, pp.304-311. ⟨10.1016%2540j.biortech.2018.03.053⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02049432/file/10.1016%2540j.biortech.2018.03.053.pdf BibTex
titre
Specific enrichment of hyperthermophilic electroactive Archaea from deep-sea hydrothermal vent on electrically conductive support
auteur
Guillaume Pillot, Eléonore Frouin, Emilie Pasero, Anne Godfroy, Yannick Combet-Blanc, Sylvain Davidson, Pierre-Pol Liebgott
article
Bioresource Technology, Elsevier, 2018, 259, pp.304 - 311. ⟨10.1016/j.biortech.2018.03.053⟩
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BibTex
titre
Prokaryotic community successions and interactions in marine biofilms: the key role of Flavobacteriia
auteur
Thomas Pollet, Lyria Berdjeb, Cédric Garnier, Gaël Durrieu, Christophe Le Poupon, Benjamin Misson, Jean-François Briand
article
FEMS Microbiology Ecology, Wiley-Blackwell, 2018, ⟨10.1093/femsec/fiy083⟩
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BibTex
titre
Prokaryotic community successions and interactions in marine biofilms: the key role of Flavobacteriia
auteur
Thomas Pollet, Lyria Berdjeb, Cédric Garnier, Gaël Durrieu, Christophe Le Poupon, Benjamin Misson, Jean-François Briand
article
FEMS Microbiology Ecology, Wiley-Blackwell, 2018, ⟨10.1093/femsec/fiy083⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-02024255/file/Pollet%20et%20al_preprint_HAL.pdf BibTex
titre
Salinity shifts in marine sediment: Importance of number of fluctuation rather than their intensities on bacterial denitrifying community
auteur
Imen Zaghmouri, Valérie Michotey, Fabrice Armougom, Sophie Guasco, Patricia Bonin
article
Marine Pollution Bulletin, Elsevier, 2018, 130, pp.76 - 83. ⟨10.1016/j.marpolbul.2018.03.020⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01735881/file/Zaghmouri%20et%20al-pagination.pdf BibTex
titre
Biodegradation of Emiliania huxleyi aggregates by a natural Mediterranean prokaryotic community under increasing hydrostatic pressure
auteur
Virginie Riou, Julien Para, Marc Garel, Catherine Guigue, Badr Al Ali, Chiara Santinelli, Dominique Lefevre, Jean-Pierre Gattuso, Madeleine Goutx, Stephanie Jacquet, Frédéric A.C. Le Moigne, Kazuyo Tachikawa, Christian Tamburini
article
Progress in Oceanography, Elsevier, 2018, 163, pp.271-281
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01975994/file/Riou_etal_2017_Proof.pdf BibTex
titre
Trace metal contamination as a toxic and structuring factor impacting ultraphytoplankton communities in a multicontaminated Mediterranean coastal area
auteur
Clément Cloclet, Cédric Garnier, Floriane Delpy, Dominique Jamet, Gaël Durrieu, Christophe Le Poupon, Marie Mayer, Benjamin Misson
article
Progress in Oceanography, Elsevier, 2018, 163, pp.196 - 213. ⟨10.1016/j.pocean.2017.06.006⟩
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BibTex
titre
Characterization of Desulfovibrio salinus sp. nov., a slightly halophilic sulfate-reducing bacterium isolated from a saline lake in Tunisia
auteur
Zouhaier Ben Ali Gam, Abdoulaye Thioye, Jean-Luc Cayol, Manon Joseph, Guy Fauque, Marc Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2018, 68 (3), pp.715-720. ⟨10.1099/ijsem.0.002567⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01981629/file/715_ijsem002567.pdf BibTex
titre
Diversity of rare and abundant prokaryotic phylotypes in the Prony hydrothermal field and comparison with other serpentinite-hosted ecosystems
auteur
Eléonore Frouin, Méline Bes, Bernard Ollivier, Marianne Quéméneur, Anne Postec, Didier Debroas, Fabrice Armougom, Gaël Erauso
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2018, 9, ⟨10.3389/fmicb.2018.00102⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01734508/file/fmicb-09-00102.pdf BibTex
titre
The Physcomitrella patens chromosome-scale assembly reveals moss genome structure and evolution
auteur
Daniel Lang, Kristian Ullrich, Florent Murat, Jörg Fuchs, Jerry Jenkins, Fabian Haas, Carl Li, Guillaume Blanc, Heidrun Gundlach, Michiel van Bel, Rabea Meyberg, Cristina Vives, Jordi Morata, Aikaterini Symeonidi, Manuel Hiss, Wellington Muchero, Lee Kamisugi, Omar Saleh, Eva Decker, Nico van Gessel, Jane Grimwood, Richard Hayes, Sean Graham, Lee Gunter, Daniel Mcdaniel, Sebastian N.W. Hoernstein, Anders Larsson, Fay-Wei Li, Pierre-François Perroud, Jeremy Phillips, Priya Ranjan, Daniel Rokshar, Carl Rothfels, Lucas Schneider, Shengqiang Shu, Dennis Stevenson, Fritz Thümmler, Michael Tillich, Juan Villarreal Aguilar, Thomas Widiez, Gane Ka-Shu Wong, Ann Wymore, Yong Zhang, Andreas Zimmer, Ralph Quatrano, Klaus F.X. Mayer, David Goodstein, Josep Casacuberta, Klaas Vandepoele, Ralf Reski, Andrew Cuming, Gerald Tuskan, Florian Maumus, Jérôme Salse, Jeremy Schmutz, Stefan Rensing
article
Plant Journal, Wiley, 2018, 93 (3), pp.515 - 533. ⟨10.1111/tpj.13801⟩
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BibTex
titre
Locality and diel cycling of viral production revealed by a 24 h time course cross-omics analysis in a coastal region of Japan
auteur
Takashi Yoshida, Yosuke Nishimura, Hiroyasu Watai, Nana Haruki, Daichi Morimoto, Hiroto Kaneko, Takashi Honda, Keigo Yamamoto, Pascal Hingamp, Yoshihiko Sako, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata
article
The ISME journal, International Society for Microbial Ecology 2018, ⟨10.1038/s41396-018-0052-x⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01771838/file/s41396-018-0052-x.pdf BibTex
titre
Obligate sugar oxidation in Mesotoga spp., phylum Thermotogae , in the presence of either elemental sulfur or hydrogenotrophic sulfate-reducers as electron acceptor
auteur
Khaled Fadhlaoui, Wagdi Ben Hania, Fabrice Armougom, Manon Joseph, Marie-Laure Fardeau, Gael Erauso, Gael Brasseur, Corinne Aubert, Moktar Hamdi, Céline Brochier-Armanet, Alain Dolla, Bernard Ollivier
article
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2018, 20 (1), pp.281-292. ⟨10.1111/1462-2920.13995⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01976008/file/Fadhlaoui_et_al-2018-Environmental_Microbiology-2018.pdf BibTex
titre
Taxon Richness of “Megaviridae” Exceeds those of Bacteria and Archaea in the Ocean
auteur
Tomoko Mihara, Hitoshi Koyano, Pascal Hingamp, Nigel Grimsley, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata
article
Microbes and environments / JSME, Nakanishi Printing Co, 2018, 33 (2), pp.162-171. ⟨10.1264/jsme2.me17203⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01978927/file/33_ME17203.pdf BibTex
titre
The Ocean Gene Atlas: exploring the biogeography of plankton genes online
auteur
Emilie Villar, Thomas Vannier, Caroline Vernette, Magali Lescot, Miguelangel Cuenca, Aurélien Alexandre, Paul Bachelerie, Thomas Rosnet, Eric Pelletier, Shinichi Sunagawa, Pascal Hingamp
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2018, pp.gky376. ⟨10.1093/nar/gky376⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01803597/file/gky376.pdf BibTex
titre
Functional characterization and FTIR-based 3D modeling of full length and truncated forms of Scorpio maurus venom phospholipase A 2
auteur
Najeh Krayem, Goetz Parsiegla, Hélène Gaussier, Hanen Louati, Raida Jallouli, Pascal Mansuelle, Frédéric Carrière, Youssef Gargouri
article
Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects, Elsevier, 2018, 1862 (5), pp.1247-1261. ⟨10.1016/j.bbagen.2018.02.004⟩
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titre
Archaea: Microbial Candidates in Next-generation Probiotics Development
auteur
Jean-François Brugère, Wajdi Ben Hania, Marie-Edith Arnal, Céline Ribière, Nathalie Ballet, Pascal Vandeckerkove, Bernard Ollivier, Paul O’toole
article
Journal of Clinical Gastroenterology, Lippincott, Williams & Wilkins, 2018, 52, pp.S71-S73. ⟨10.1097/MCG.0000000000001043⟩
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Conference papers

titre
Role of microorganisms in marine mercury cycling: current knowledge and future directions
auteur
Andrea Garcia Bravo, Claudia Cosio, Léa Cabrol, Benjamin Misson, Cynthia Gilmour, Marisol Goñi, Remy Guyoneaud, Marianne Quemeneur, Lars-Eric Heimbürger, Silvia G Acinas, Alexandre J. Poulain
article
MISTRALS Contamination & Pollution workshop, Nov 2018, Marseille, France
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Book sections

titre
Importance of Prokaryotes in the Functioning and Evolution of the Present and Past Geosphere and Biosphere
auteur
Bernard Ollivier, Nina Zeyen, Grégoire Galès, Keyron Hickman-Lewis, Frédéric Gaboyer, Karim Benzerara, Frances Westall
article
Prokaryotes and Evolution, Springer International Publishing, pp.57-129, 2018, 978-3-319-99782-7. ⟨10.1007/978-3-319-99784-1_3⟩
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2017

Journal articles

titre
Coordinated response of the Desulfovibrio desulfuricans 27774 transcriptome to nitrate, nitrite and nitric oxide
auteur
Ian Cadby, Matthew Faulkner, Jeanne Chèneby, Justine Long, Jacques van Helden, Alain Dolla, Jeffrey Cole
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7 (1), ⟨10.1038/s41598-017-16403-4⟩
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titre
Genome Sequence of Piezophilic Bacterium Desulfovibrio profundus Strain 500-1, Isolated from a Deep Sediment Layer in the Japan Sea
auteur
Stéphanie Fouteau, Thomas Guerin, Ghislaine Magdelenat, Marie Roumagnac, Manon Bartoli, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Valérie Barbe, Nathalie Pradel
article
Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2017, 5 (44), ⟨10.1128/genomeA.01181-17⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01728313/file/Genome%20Announc.-2017-Fouteau-.pdf BibTex
titre
Characterization of the eosinophilic myositis caused by CAPN3 mutations on a mouse model
auteur
J. Warnez-Soulie, B. Giannesini, S. Henri, I. Richard, Bernard Malissen, M. Krahn, Manon Bartoli
article
Neuromuscular Disorders, Elsevier, 2017, 27 (2), pp.S143-S144. ⟨10.1016/j.nmd.2017.06.185⟩
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titre
Biochemical Function, Molecular Structure and Evolution of an Atypical Thioredoxin Reductase from Desulfovibrio vulgaris
auteur
Odile Valette, Tam T. T. Tran, Christine Cavazza, Elodie Caudeville, Gaël Brasseur, Alain Dolla, Emmanuel Talla, Laetitia Pieulle
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2017, 8, pp.1855. ⟨10.3389/fmicb.2017.01855⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01619491/file/fmicb-08-01855.pdf BibTex
titre
Desulfovibrio senegalensis sp. nov., a mesophilic sulfate reducer isolated from marine sediment
auteur
Abdoulaye Thioye, Zouhaier Ben Ali Gam, Malick Mbengue, Jean-Luc Cayol, Manon Joseph-Bartoli, Coumba Touré-Kane, Marc Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2017, 67 (9), pp.3162 - 3166. ⟨10.1099/ijsem.0.001997⟩
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titre
Microbial Diversity in Sulfate-Reducing Marine Sediment Enrichment Cultures Associated with Anaerobic Biotransformation of Coastal Stockpiled Phosphogypsum (Sfax, Tunisia)
auteur
Hana Zouch, Fatma Karray, Fabrice Armougom, Sandrine Chifflet, Agnes Hirschler-Rea, Hanen Kharrat, Lotfi Kamoun, Wajdi Ben Hania, Bernard Ollivier, Sami Sayadi, Marianne Quéméneur
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2017, 8, pp.1583 ⟨10.3389/fmicb.2017.01583⟩
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titre
Viral to metazoan marine plankton nucleotide sequences from the Tara Oceans expedition
auteur
Adriana Alberti, Julie Poulain, Stefan Engelen, Karine Labadie, Sarah Romac, Isabel Ferrera, Guillaume Albini, Jean-Marc Aury, Caroline Belser, Alexis Bertrand, Corinne Cruaud, Corinne da Silva, Carole Dossat, Frederick Gavory, Shahinaz Gas, Guy Guy, Maud Haquelle, E'Krame Jacoby, Olivier Jaillon, Arnaud Lemainque, Eric Pelletier, Gaëlle Samson, Mark Wessner, Pascal Bazire, Odette Beluche, Laurie Bertrand, Marielle Besnard-Gonnet, Isabelle Bordelais, Magali Boutard, Maria Dubois, Corinne Dumont, Evelyne Ettedgui, Patricia Fernandez, Espérance Garcia, Nathalie Aiach, Thomas Guerin, Chadia Hamon, Élodie Brun, Sandrine Lebled, Patricia Lenoble, Claudine Louesse, Eric Mahieu, Barbara Mairey, Nathalie Martins, Catherine Megret, Claire Milani, Jacqueline Muanga, Céline Orvain, Emilie Payen, Peggy Perroud, Emmanuel Petit, Dominique Robert, Murielle Ronsin, Benoit Vacherie, Silvia Acinas, Marta Royo-Llonch, Francisco Cornejo-Castillo, Ramiro Logares, Beatriz Fernández-Gómez, Chris Bowler, Guy Cochrane, Clara Amid, Petra Ten Hoopen, Colomban de Vargas, Nigel Grimsley, Elodie Desgranges, Stefanie Kandels-Lewis, Hiroyuki Ogata, Nicole Poulton, Michael Sieracki, Ramunas Stepanauskas, Matthew Sullivan, Jennifer Brum, Melissa Duhaime, Bonnie Poulos, Bonnie Hurwitz, Peer Bork, Emmanuel Boss, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Lee Karp-Boss, Eric Karsenti, Fabrice Not, Stéphane Pesant, Jeroen Raes, Christian Sardet, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Shinichi Sunagawa, Patrick Wincker
article
Scientific Data , Nature Publishing Group, 2017, 4, ⟨10.1038/sdata.2017.93⟩
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titre
Monitoring photo-oxidative and salinity-induced bacterial stress in the Canadian Arctic using specific lipid tracers
auteur
Remi Amiraux, Simon Belt, Frederic Vaultier, Virginie Galindo, Michel Gosselin, Patricia Bonin, Jean-Francois Rontani
article
Marine Chemistry, Elsevier, 2017, 194, pp.89 - 99. ⟨10.1016/j.marchem.2017.05.006⟩
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BibTex
titre
Rapid Characterization of Microcystin-Producing Cyanobacteria in Freshwater Lakes by TSA-FISH (Tyramid Signal Amplification-Fluorescent In Situ Hybridization)
auteur
Luc Brient, Nihel Ben Gamra, Marine Periot, Marie Roumagnac, Perrine Zeller, Myriam Bormans, Annick Mejean, Olivier Ploux, Isabelle C. Biegala
article
Frontiers in Environmental Science, Frontiers, 2017, 5, pp.43. ⟨10.3389/fenvs.2017.00043⟩
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https://hal-univ-rennes1.archives-ouvertes.fr/hal-01580363/file/Brient%20-%20Rapid%20Characterization.pdf BibTex
titre
Regional and local environmental conditions do not shape the response to warming of a marine habitat-forming species
auteur
Carolina Crisci, J. -B. Ledoux, K. Mokhtar-Jamai, Marc Bally, N. Bensoussan, Didier Aurelle, E. Cebrian, R. Coma, Jean-Pierre Féral, Marie La Riviere, C. Linares, P. Lopez-Sendino, C. Marschal, M. Ribes, N. Teixido, Frederic Zuberer, J. Garrabou
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, 7 (1), pp.5069. ⟨10.1038/s41598-017-05220-4⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01591643/file/s41598-017-05220-4.pdf BibTex
titre
Comparative Genomics of Chrysochromulina Ericina Virus and Other Microalga-Infecting Large DNA Viruses Highlights Their Intricate Evolutionary Relationship with the Established Mimiviridae Family
auteur
Lucie Gallot-Lavallée, Guillaume Blanc, Jean-Michel Claverie
article
Journal of Virology, American Society for Microbiology, 2017, 91 (14), pp.230 - 247. ⟨10.1128/JVI.00230-17⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01622036/file/J.%20Virol.-2017-Gallot-Lavall%C3%A9e-.pdf BibTex
titre
Transfer of Pseudomonas pictorum Gray and Thornton 1928 to genus Stenotrophomonas as Stenotrophomonas pictorum comb. nov., and emended description of the genus Stenotrophomonas
auteur
Aboubakar Sidiki Ouattara, Jean Le Mer, Manon Joseph, Hervé Macarie
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2017, 67 (6), pp.1894 - 1900. ⟨10.1099/ijsem.0.001880⟩
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http://hal.ird.fr/ird-01563113/file/Stenotrophomonas%20pictorum%20-%20Ouattara%20et%20al.%202016%20full%20paper%20for%20HAL%20with%20SI.pdf BibTex
titre
Characterization of recombinant Trypanosoma brucei gambiense Translationally Controlled Tumor Protein (r Tbg TCTP) and its interaction with Glossina midgut bacteria
auteur
Géraldine Bossard, Manon Bartoli, Marie-Laure Fardeau, Philippe Holzmuller, Bernard Ollivier, Anne Geiger
article
Gut microbes, Taylor & Francis, 2017, 8 (5), pp.413 - 427. ⟨10.1080/19490976.2017.1331833⟩
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titre
Tectonic structure, evolution, and the nature of oceanic core complexes and their detachment fault zones (13 degrees 20 ' N and 13 degrees 30 ' N, Mid Atlantic Ridge)
auteur
Javier Escartín, Catherine Mevel, S. Petersen, Diane Bonnemains, Mathilde Cannat, Muriel Andreani, N. Augustin, Antoine Bezos, Valérie Chavagnac, Yujin Choi, Marguerite Godard, K. Haaga, C. Hamelin, Benoit Ildefonse, J. Jamieson, B. John, Thomas Leleu, C. J. Macleod, M. Massot-Campos, P. Nomikou, J. A. Olive, Marine Paquet, Céline Rommevaux-Jestin, M. Rothenbeck, A. Steinfuhrer, M. Tominaga, L. Triebe, R. Campos, N. Gracias, R. Garcia
article
Geochemistry, Geophysics, Geosystems, AGU and the Geochemical Society, 2017, 18 (4), pp.1451-1482. ⟨10.1002/2016GC006775⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01571973/file/Escart-n_et_al-2017-Geochemistry%2C_Geophysics%2C_Geosystems.pdf BibTex
titre
Dental pulp as a source of low-contaminated DNA
auteur
Michel Drancourt, Gerard Aboudharam, Olivier Croce, Fabrice Armougom, Catherine Robert, Didier Raoult
article
Microbial Pathogenesis, Elsevier, 2017, 105, pp.63-67. ⟨10.1016/j.micpath.2017.02.007⟩
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titre
Desulfobulbus aggregans sp. nov., a Novel Sulfate Reducing Bacterium Isolated from Marine Sediment from the Gulf of Gabes
auteur
Hanen Kharrat, Fatma Karray, Manon Bartoli, Wajdi Ben Hania, Najla Mhiri, Marie-Laure Fardeau, Feten Bennour, Lotfi Kamoun, Didier Alazard, Sami Sayadi
article
Current Microbiology, Springer Verlag, 2017, 74 (4), pp.449 - 454. ⟨10.1007/s00284-017-1211-4⟩
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titre
Physiological and transcriptional approaches reveal connection between nitrogen and manganese cycles in Shewanella algae C6G3
auteur
Axel Aigle, Patricia Bonin, Chantal Iobbi-Nivol, Vincent Méjean, Valérie Michotey
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2017, Scientific Reports 7, 7, ⟨http://www.nature.com/articles/srep44725⟩. ⟨10.1038/srep44725⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01493279/file/01493279%20srep44725.pdf BibTex
titre
Environmental Viral Genomes Shed New Light on Virus-Host Interactions in the Ocean
auteur
Yosuke Nishimura, Hiroyasu Watai, Takashi Honda, Tomoko Mihara, Kimiho Omae, Simon Roux, Romain Blanc-Mathieu, Keigo Yamamoto, Pascal Hingamp, Yoshihiko Sako, Matthew Sullivan, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata, Takashi Yoshida
article
MSphere, American Society for Microbiology., 2017, 2 (2), ⟨10.1128/mSphere.00359-16⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01771841/file/e00359-16.full.pdf BibTex
titre
Characterization of the first cultured representative of a Bacteroidetes clade specialized on the scavenging of cyanobacteria
auteur
Wajdi Ben Hania, Manon Joseph, Boyke Bunk, Cathrin Sproer, Hans-Peter Klenk, Marie-Laure Fardeau, Stefan Spring
article
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2017, 19 (3), pp.1134 - 1148. ⟨10.1111/1462-2920.13639⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01621708/file/1462-2920.13639.pdf BibTex
titre
Inhibitory effects of sodium azide on microbial growth in experimental resuspension of marine sediment
auteur
Léa Cabrol, Marianne Quemeneur, Benjamin Misson
article
Journal of Microbiological Methods, Elsevier, 2017, 133, pp.62 - 65. ⟨10.1016/j.mimet.2016.12.021⟩
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titre
Mineralizing Filamentous Bacteria from the Prony Bay Hydrothermal Field Give New Insights into the Functioning of Serpentinization-Based Subseafloor Ecosystems
auteur
Céline Pisapia, Emmanuelle Gérard, Martine Gérard, Léna Lecourt, Susan Q. Lang, Bernard Pelletier, Claude E. Payri, Christophe Monnin, Linda Guentas, Anne Postec, Marianne Quéméneur, Gaël Erauso, Bénédicte Ménez
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2017, 8, pp.57. ⟨10.3389/fmicb.2017.00057⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01484419/file/fmicb-08-00057.pdf BibTex
titre
A Glimpse of Nucleo-Cytoplasmic Large DNA Virus Biodiversity through the Eukaryotic Genomics Window
auteur
Lucie Gallot-Lavallée, Guillaume Blanc
article
Viruses, MDPI, 2017, 9 (1), ⟨10.3390/v9010017⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01622035/file/viruses-09-00017.pdf BibTex
titre
Deep sediment resuspension and thick nepheloid layer generation by open-ocean convection
auteur
Xavier Durrieu de Madron, S. Ramondenc, L. Berline, Loïc Houpert, Anthony Bosse, Séverine Martini, Lionel Guidi, P. Conan, Christian Curtil, N. Delsaut, Stéphane Kunesch, J.F. Ghiglione, Patrick Marsaleix, M. Pujo-Pay, T. Séverin, Pierre Testor, Christian Tamburini, Jean-Jacques Aubert, Vincent Bertin, Jurgen Brunner, José Busto, John Carr, Helde Costantini, Paschal Coyle, Damien Dornic, A. Enzenhöfer, Vladimir Kulikovskiy, L. Quinn, I. Salvadori
article
Journal of Geophysical Research. Oceans, Wiley-Blackwell, 2017, 122 (3), pp.2291-2318 ⟨10.1002/2016JC012062⟩
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titre
Objection to the proposition of the new genus Abyssivirga
auteur
Anne Postec, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2017, 67 (1), pp.174. ⟨10.1099/ijsem.0.001601⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01622044/file/174_ijsem001601.pdf BibTex
titre
Desulfonatronum parangueonense sp. nov., a sulfate-reducing bacterium isolated from sediment of an alkaline crater lake
auteur
M.F. Pérez Bernal, E.M.S. Brito, Manon Bartoli, J. Aubé, M.-L. Fardeau, G.C. Rodriguez, B. Ollivier, R. Guyoneaud, A. Hirschler-Réa
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2017, 67 (12), pp.4999-5005. ⟨http://ijs.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijsem.0.002399⟩. ⟨10.1099/ijsem.0.002399⟩
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titre
IR spectroscopy analysis of pancreatic lipase-related protein 2 interaction with phospholipids: 1. Discriminative recognition of mixed micelles versus liposomes
auteur
Eduardo Mateos Diaz, Jean-Claude Bakala N'Goma, Deborah Byrne, Sylvie Robert, Frédéric Carrière, Hélène Gaussier
article
Chemistry and Physics of Lipids, Elsevier, 2017, IN PRESS
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Conference papers

titre
Présentation du livre « La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental »
auteur
Philippe Cuny, Pierre-Alain Maron, Lionel Ranjard
article
Journée d’Animation Scientifique et Technique sur "La Microbiologie Moléculaire au Service du Diagnostic Environnemental". ADEME, L’Observatoire Français des Sols Vivants et le GDR Génomique Environnemental, Nov 2017, Angers, France
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Poster communications

titre
Animation scientifique et technique sur "La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental
auteur
Pierre Peyret, Théodore Bouchez, Philippe Cuny, Pierre-Alain Maron, Lionel Ranjard, Elisabeth D’oiron Verame, Antonio Bispo, Isabelle Deportes, C. Grand
article
Journée d’animation scientifique et technique sur "La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental". ADEME, L’Observatoire Français des Sols Vivants et le GDR Génomique Environnemental, Nov 2017, Angers, France. 2017
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2016

Journal articles

titre
Molecular microbiology methods for environmental diagnosis
auteur
T. Bouchez, A. Blieux, S. Dequiedt, I. Domaizon, A. Dufresne, S. Ferreira, J. Godon, J. Hellal, C. Joulian, A. Quaiser, F. Martin-Laurent, A. Mauffret, J. Monier, P. Peyret, P. Schmitt-Koplin, O. Sibourg, E. D’oiron, A. Bispo, I. Deportes, C. Grand, P. Cuny, A. Maron, L. Ranjard
article
Environmental Chemistry Letters, Springer Verlag, 2016, 14 (4), pp.423-441. ⟨10.1007/s10311-016-0581-3⟩
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titre
Hydrogen production by the hyperthermophilic bacterium Thermotoga maritima Part II: modeling and experimental approaches for hydrogen production
auteur
Richard Auria, Celine Boileau, Sylvain Davidson, Laurence Casalot, Pierre Christen, Pierre Pol Liebgott, Yannick Combet-Blanc
article
Biotechnology for Biofuels, BioMed Central, 2016, 9, ⟨10.1186/s13068-016-0681-0⟩
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titre
Hydrogen production by the hyperthermophilic bacterium Thermotoga maritima part I: effects of sulfured nutriments, with thiosulfate as model, on hydrogen production and growth
auteur
Celine Boileau, Richard Auria, Sylvain Davidson, Laurence Casalot, Pierre Christen, Pierre-Pol Liebgott, Yannick Combet-Blanc
article
Biotechnology for Biofuels, BioMed Central, 2016, 9, ⟨10.1186/s13068-016-0678-8⟩
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titre
Impact of an intense water column mixing (0-1500 m) on prokaryotic diversity and activities during an open-ocean convection event in the NW Mediterranean Sea
auteur
Tatiana Severin, Caroline Sauret, Mehdi Boutrif, Thomas Duhaut, Fayçal Kessouri, Louise Oriol, Jocelyne Caparros, Mireille Pujo-Pay, Xavier Durrieu de Madron, Marc Garel, Christian Tamburini, Pascal Conan, Jean-François Ghiglione
article
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2016, 18 (12), pp.4378 - 4390. ⟨10.1111/1462-2920.13324⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01480373/file/emi13324.pdf BibTex
titre
The chimeric nature of the genomes of marine magnetotactic coccoid-ovoid bacteria defines a novel group of Proteobacteria.
auteur
Boyang Ji, Sheng-Da Zhang, Wei-Jia Zhang, Zoe Rouy, François Alberto, Claire-Lise Santini, Sophie Mangenot, Séverine Gagnot, Nadège Philippe, Nathalie Pradel, Lichen Zhang, Sébastien Tempel, Ying Li, Claudine Médigue, Bernard Henrissat, Pedro M Coutinho, Valérie Barbe, Emmanuel Talla, Long-Fei Wu
article
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2016, pp.doi: 10.1111/1462-2920.13637. ⟨10.1111/1462-2920.13637⟩
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titre
Balneicella halophila gen. nov., sp nov., an anaerobic bacterium, isolated from a thermal spring and description of Balneicellaceae fam. nov.
auteur
Khaled Fadhlaoui, Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2016, 66 (11), pp.4692-4696. ⟨10.1099/ijsem.0.001412⟩
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BibTex
titre
Desulfotomaculum aquiferis sp nov and Desulfotomaculum profundi sp nov., isolated from a deep natural gas storage aquifer
auteur
Sabrina Berlendis, Magali Ranchou-Peyruse, Marie-Laure Fardeau, Jean-Francois Lascourreges, Manon Joseph, Bernard Ollivier, Thomas Auello, David Dequidt, Michel Magot, Anthony Ranchou-Peyruse
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2016, 66 (11), pp.4329-4338. ⟨10.1099/ijsem.0.001352⟩
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BibTex
titre
Serpentinicella alkaliphila gen. nov., sp. nov., a novel alkaliphilic anaerobic bacterium isolated from the serpentinite-hosted Prony hydrothermal field, New Caledonia.
auteur
Nan Mei, Anne Postec, Gael Erauso, Manon Joseph, Bernard Pelletier, Claude Payri, Bernard Ollivier, Marianne Quemeneur
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2016, 66 (11), pp.4464-4470. ⟨10.1099/ijsem.0.001375⟩
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BibTex
titre
Bacteria as part of bioluminescence emission at the deep ANTARES station (North-Western Mediterranean Sea) during a one-year survey
auteur
Severine Martini, Valerie Michotey, Laurie Casalot, Patricia Bonin, Sophie Guasco, Marc Garel, Christian Tamburini
article
Deep-Sea Research, 2016, 116, pp.33-40. ⟨10.1016/j.dsr.2016.07.014⟩
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titre
The impact of long-term hydrocarbon exposure on the structure, activity, and biogeochemical functioning of microbial mats
auteur
Johanne Aubé, Pavel Senin, Olivier Pringault, Patricia Bonin, Bruno Deflandre, Olivier Bouchez, Noëlle Bru, Edurne Biritxinaga-Etchart, Christophe Klopp, Rémy Guyoneaud, Marisol Goñi-Urriza
article
Marine Pollution Bulletin, Elsevier, 2016, 111 (1-2), pp.115-125. ⟨https://doi.org/10.1016/j.marpolbul.2016.07.023⟩. ⟨10.1016/j.marpolbul.2016.07.023⟩
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BibTex
titre
Metatranscriptomes of oil-contaminated marine coastal sediment affected by oil addition and/or by the bioturbating activity of the marine polychaete Hediste diversicolor: Who are the microbial players?
auteur
Cecile Militon, Alexandre Atkinson, Valerie Michotey, Celine Jeziorski, Cristiana Cravo-Laureau, Robert Duran, Patricia Bonin, Philippe Cuny
article
Marine Genomics, Elsevier, 2016, 29, pp.55-59. ⟨http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1874778716300605⟩. ⟨10.1016/j.margen.2016.06.006⟩
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BibTex
titre
Localization of endobacteria in the gastrodermis of a Mediterranean gorgonian coral, Paramuricea clavata, using fluorescence in situ hybridization
auteur
Marie La Riviere, Marc Garel, Marc Bally
article
Marine Biology, Springer Verlag, 2016, 163, ⟨10.1007/s00227-016-2975-y⟩
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BibTex
titre
Denitrification activity in mangrove sediments varies with associated vegetation
auteur
Sheryl Oliveira Fernandes, Pinky Dutta, Maria-Judith Gonsalves, Patricia C. Bonin, P. A. Lokabharathi
article
Ecological Engineering, Elsevier, 2016, 95, pp.671-681. ⟨10.1016/j.ecoleng.2016.06.102⟩
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BibTex
titre
Coupling of bacterial nitrification with denitrification and anammox supports N removal in intertidal sediments (Arcachon Bay, France)
auteur
Sheryl Fernandes, Cedric Javanaud, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Pierre Anschutz, Patricia Bonin
article
Estuarine, Coastal and Shelf Science, Elsevier, 2016, 179, pp.39-50. ⟨10.1016/j.ecss.2015.10.009⟩
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titre
Horizontal distribution of the cell abundance and toxicity of Microcystis in a hypereutrophic Moroccan reservoir
auteur
S. Samoudi, D. Latour, J. Robin, M. Sabart, Benjamin Misson, H. Ait Hammou, Kh. Mouhri, M. Loudiki
article
Contemporary Problems of Ecology, 2016, 9 (5), pp.554 - 562. ⟨10.1134/S1995425516050139⟩
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titre
Neuron-Like Networks Between Ribosomal Proteins Within the Ribosome
auteur
Y. Timsit, Olivier Poirot
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6 (1), ⟨10.1038/srep26485⟩
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Deciphering the adaptation strategies of Desulfovibrio piezophilus to hydrostatic pressure through metabolic and transcriptional analyses.
auteur
Amira Amrani, Jacques van Helden, Aurélie Bergon, Aicha Aouane, Wajdi Ben Hania, Christian Tamburini, Béatrice Loriod, Jean Imbert, Bernard Ollivier, Nathalie Pradel, Alain Dolla
article
Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2016, 8 (4), pp.520-6. ⟨10.1111/1758-2229.12427⟩
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titre
Chemical multi-contamination drives benthic prokaryotic diversity in the anthropized Toulon Bay
auteur
Benjamin Misson, Cédric Garnier, Béatrice Lauga, Duc Huy Dang, Jean-François Ghiglione, Jean-Ulrich Mullot, Robert Duran, Olivier Pringault
article
Science of the Total Environment, Elsevier, 2016, 556, pp.319 - 329. ⟨10.1016/j.scitotenv.2016.02.038⟩
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Genomic and physiological analysis reveals versatile metabolic capacity of deep-sea Photobacterium phosphoreum ANT-2200.
auteur
Sheng-Da Zhang, Claire-Lise Santini, Wei-Jia Zhang, Valérie Barbe, Sophie Mangenot, Charlotte Guyomar, Marc Garel, Hai-Tao Chen, Xue-Gong Li, Qun-Jian Yin, Yuan Zhao, Jean Armengaud, Jean-Charles Gaillard, Severine Martini, Nathalie Pradel, Claude Vidaud, François Alberto, Claudine Médigue, Christian Tamburini, Long-Fei Wu
article
Extremophiles life under extreme conditions, 2016, 20 (3), pp.301-10. ⟨10.1007/s00792-016-0822-1⟩
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titre
Glycans affect DNA extraction and induce substantial differences in gut metagenomic studies
auteur
Emmanouil Angelakis, Dipankar Bachar, Bernard Henrissat, Fabrice Armougom, Gilles Audoly, Jean-Christophe Lagier, Catherine Robert, Didier Raoult
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6, ⟨10.1038/srep26276⟩
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Novel serine keratinase from Caldicoprobacter algeriensis exhibiting outstanding hide dehairing abilities.
auteur
Khelifa Bouacem, Amel Bouanane-Darenfed, Nadia Zaraî Jaouadi, Manon Joseph, Hocine Hacene, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau, Samir Bejar, Bassem Jaouadi
article
International Journal of Biological Macromolecules, Elsevier, 2016, 86, pp.321-8. ⟨10.1016/j.ijbiomac.2016.01.074⟩
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Novel species and expanded distribution of ellipsoidal multicellular magnetotactic prokaryotes
auteur
Yi-Ran Chen, Wen-Yan Zhang, Ke Zhou, Hong-Miao Pan, Hai-Jian Du, Cong Xu, Jian-Hong Xu, Nathalie Pradel, Claire-Lise Santini, Jin-Hua Li, Hui Huang, Yong-Xin Pan, Tian Xiao, Long-Fei Wu
article
Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2016, 8 (2), pp.218--226. ⟨10.1111/1758-2229.12371⟩
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Oil removal and effects of spilled oil on active microbial communities in close to salt-saturation brines.
auteur
Yannick Corsellis, Marc M Krasovec, Lea Sylvi, Philippe Cuny, Cecile Militon
article
Extremophiles, Springer Verlag, 2016, pp.26955981. ⟨10.1007/s00792-016-0818-x⟩
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Linking Virus Genomes with Host Taxonomy.
auteur
Tomoko Mihara, Yosuke Nishimura, Yugo Shimizu, Hiroki Nishiyama, Genki Yoshikawa, Hideya Uehara, Pascal Hingamp, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata
article
AIDS Research and Human Retroviruses, Mary Ann Liebert, 2016, 8 (3), pp.66. ⟨10.3390/v8030066⟩
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titre
Linking Virus Genomes with Host Taxonomy
auteur
Tomoko Mihara, Yosuke Nishimura, Yugo Shimizu, Hiroki Nishiyama, Genki Yoshikawa, Hideya Uehara, Pascal Hingamp, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata
article
Viruses, MDPI, 2016, 8 (3), ⟨10.3390/v8030066⟩
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titre
Analysis of a population of magnetotactic bacteria of the Gulf of Gabes, Tunisia
auteur
Nathalie Pradel, Jean-Luc Cayol, Marie-Laure Fardeau, Fatma Karray, Sami Sayadi, Didier Alazard, Bernard Ollivier
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2016, 23 (5), pp.4046-4053. ⟨10.1007/s11356-015-4314-0⟩
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titre
Orange protein from Desulfovibrio alaskensis G20: insights into the Mo-Cu cluster protein-assisted synthesis
auteur
Marta S. P. Carepo, Cintia Carreira, Raquel Grazina, Malgorzata E. Zakrzewska, Alain Dolla, Corinne Aubert, Sofia R. Pauleta, Jose J. G. Moura, Isabel Moura
article
Journal of Biological Inorganic Chemistry, Springer Verlag, 2016, 21 (1), pp.53--62. ⟨10.1007/s00775-015-1323-x⟩
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titre
Preservation of ancestral Cretaceous microflora recovered from a hypersaline oil reservoir
auteur
Gregoire Gales, Nicolas Tsesmetzis, Isabel Neria, Didier Alazard, Stéphanie Coulon, Bart P. Lomans, Dominique Morin, Bernard Ollivier, Jean Borgomano, Catherine Joulian
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6, ⟨10.1038/srep22960⟩
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titre
Reclassification of Anaerobaculum mobile, Anaerobaculum thermoterrenum, Anaerobaculum hydrogeniformans as Acetomicrobium mobile comb. nov., Acetomicrobium thermoterrenum comb. nov and Acetomicrobium hydrogeniformans comb. nov., respectively, and emendation of the genus Acetomicrobium
auteur
Wajdi Ben Hania, Amel Bouanane-Darenfed, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2016, 66, pp.1506-1509. ⟨10.1099/ijsem.0.000910⟩
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titre
Mobilisporobacter senegalensis gen. nov., sp nov., an anaerobic bacterium isolated from tropical shea cake
auteur
Malick Mbengue, Abdoulaye Thioye, Marc Labat, Laurie Casalot, Manon Joseph, Abdoulaye Samb, Zouhaier Ben Ali Gam
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2016, 66, pp.1383-1388. ⟨10.1099/ijsem.0.000889⟩
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titre
Prokaryotic diversity in a Tunisian hypersaline lake, Chott El Jerid
auteur
Manel Ben Abdallah, Fatma Karray, Najla Mhiri, Nan Mei, Marianne Quemeneur, Jean-Luc Cayol, Gael Erauso, Jean-Luc Tholozan, Didier Alazard, Sami Sayadi
article
Extremophiles, Springer Verlag, 2016, 20 (2), pp.125-138. ⟨10.1007/s00792-015-0805-7⟩
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titre
Plankton networks driving carbon export in the oligotrophic ocean
auteur
Lionel Guidi, Samuel Chaffron, Lucie Bittner, Damien Eveillard, Abdelhalim Larhlimi, Simon Roux, Youssef Darzi, Stéphane Audic, Léo Berline, Jennifer R. Brum, Luis Pedro Coelho, Julio Cesar Ignacio Espinoza, Shruti Malviya, Shinichi Sunagawa, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Julie Poulain, Sarah Searson, Lars Stemmann, Fabrice Not, Pascal Hingamp, Sabrina Speich, Mick Follows, Lee Karp-Boss, Emmanuel Boss, Hiroyuki Ogata, Stephane Pesant, Jean Weissenbach, Patrick Wincker, Silvia G. Acinas, Peer Bork, Daniele Iudicone, Matthew B. Sullivan, Jeroen Raes, Eric Karsenti, Chris Bowler, Gabriel Gorsky
article
Nature, Nature Publishing Group, 2016, 532, pp.465-470. ⟨10.1038/nature16942⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01275276/file/Mordret_2015_The_symbiotic_life.pdf BibTex
titre
Thermanaeromonas burensis sp nov., a thermophilic anaerobe isolated from a subterranean clay environment
auteur
Zouhaier Ben Ali Gam, Sylvie Daumas, Laurie Casalot, Manon Bartoli-Joseph, Sophia Necib, Yannick Linard, Marc Labatt
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2016, 66, pp.445-449. ⟨10.1099/ijsem.0.000739⟩
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titre
Magnetotactic bacteria population in a pristine French Atlantic lagoon.
auteur
Nathalie Pradel, Maxime Fuduche, Bernard Ollivier
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2016, 23 (1), pp.691-7. ⟨10.1007/s11356-015-5322-9⟩
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titre
Bacterial community structure and functional arrA gene diversity associated with arsenic reduction and release in an industrially contaminated soil
auteur
Marianne Quéméneur, Françis Garrido, Patrick Billard, Dominique Breeze, Corinne Leyval, Michel Jauzein, Catherine Joulian
article
Geomicrobiology Journal, Taylor & Francis, 2016, 33 (10), pp.839-849. ⟨10.1080/01490451.2015.1118167⟩
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titre
Molecular microbiology methods for environmental diagnosis
auteur
Théodore Bouchez, A. L. Blieux, Samuel Dequiedt, Isabelle Domaizon, Alexis Dufresne, Stephanie Ferreira, Jean-Jacques Godon, Jennifer Hellal, Catherine Joulian, Achim Quaiser, Fabrice Martin-Laurent, A. Mauffret, Jean-Michel Monier, P. Peyret, P. Schmitt-Koplin, Olivier Sibourg, E. d'Oiron, Antonio Bispo, I. Deportes, C. Grand, Philippe Cuny, Pierre-Alain Maron, Lionel Ranjard
article
Environmental Chemistry Letters, Springer Verlag, 2016, 14 (4), pp.423--441. ⟨10.1007/s10311-016-0581-3⟩
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titre
Cyanobacterial symbionts diverged in the late Cretaceous towards lineage-specific nitrogen fixation factories in single-celled phytoplankton
auteur
Francisco M. Cornejo-Castillo, Ana M. Cabello, Guillem Salazar, Patricia Sánchez-Baracaldo, Gipsi Lima-Mendez, Pascal Hingamp, Adriana Alberti, Shinichi Sunagawa, Peer Bork, Colomban de Vargas, Jeroen Raes, Chris Bowler, Patrick Wincker, Jonathan P. Zehr, Josep M. Gasol, Ramon Massana, Silvia G. Acinas
article
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2016, 7, pp.11071. ⟨10.1038/ncomms11071⟩
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titre
Survey of the green picoalga Bathycoccus genomes in the global ocean
auteur
Thomas Vannier, Jade Leconte, Yoann Seeleuthner, Samuel Mondy, Eric Pelletier, Jean-Marc Aury, Colomban de Vargas, Michael Sieracki, Daniel Iudicone, Daniel Vaulot, Patrick Wincker, Olivier Jaillon
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6, pp.37900 ⟨10.1038/srep37900⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01410203/file/srep37900-1.pdf BibTex
titre
Genomic Insights into a new Citrobacter koseri strain revealed gene exchanges with the virulence-associated Yersinia pestis pPCP1 plasmid
auteur
Fabrice Armougom, Idir Bitam, Olivier Croce, Vicky Merhej, Lina Barassi, Ti-Thien Nguyen, Bernard La Scola, Didier Raoult
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2016, 7, pp.340. ⟨10.3389/fmicb.2016.00340⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01459560/file/fmicb-07-00340.pdf BibTex
titre
Metagenomic and PCR-Based Diversity Surveys of [FeFe]-Hydrogenases Combined with Isolation of Alkaliphilic Hydrogen-Producing Bacteria from the Serpentinite-Hosted Prony Hydrothermal Field, New Caledonia
auteur
Nan Mei, Anne Postec, Christophe Monnin, Bernard Pelletier, Claude Payri, Bénédicte Ménez, Eléonore Frouin, Bernard Ollivier, Gaël Erauso, Marianne Quéméneur
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2016, 7, pp.1301. ⟨10.3389/fmicb.2016.01301⟩
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https://hal-insu.archives-ouvertes.fr/insu-01473338/file/fmicb-07-01301-mei.pdf BibTex
titre
Increased Gut Redox and Depletion of Anaerobic and Methanogenic Prokaryotes in Severe Acute Malnutrition
auteur
Matthieu Million, Maryam Tidjani Alou, Saber Khelaifia, Dipankar Bachar, Jean-Christophe Lagier, Niokhor Dione, Souleymane Brah, Perrine Hugon, Vincent Lombard, Fabrice Armougom, Julien Fromonot, Catherine Robert, Caroline Michelle, Aldiouma Diallo, Alexandre Fabre, Régis Guieu, Cheikh Sokhna, Bernard Henrissat, Philippe Parola, Didier Raoult
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2016, 6 (1), pp.26051. ⟨10.1038/srep26051⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01439070/file/srep26051.pdf BibTex
titre
First direct observation of coseismic slip and seafloor rupture along a submarine normal fault and implications for fault slip history
auteur
Javier Escartín, Frédérique Leclerc, Jean-Arthur Olive, Catherine Mevel, Mathilde Cannat, Sven Petersen, Nico Augustin, Nathalie Feuillet, Christine Deplus, Antoine Bezos, Diane Bonnemains, Valérie Chavagnac, Yujin Choi, Marguerite Godard, Kristian Haaga, Cédric Hamelin, Benoit Ildefonse, John Jamieson, Barbara John, Thomas Leleu, Christopher Macleod, Miquel Campos, Paraskevi Nomikou, Marine Paquet, Céline Rommevaux-Jestin, Marcel Rothenbeck, Anja Steinführer, Masako Tominaga, Lars Triebe, Ricard Campos, Nuno Gracias, Rafael Garcia, Muriel Andreani, Géraud Vilaseca
article
Earth and Planetary Science Letters, Elsevier, 2016, 450, pp.96-107. ⟨10.1016/j.epsl.2016.06.024⟩
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Conference papers

titre
Microbiology of shallow subsurface aquifer and carbonate rocks studied by culture-dependent and culture-independent methods. Preliminary results on an underground laboratory, the LSBB, Rustrel, France
auteur
Gregoire Gales, Gael Erauso, Jean-Luc Cayol, David Navarro, Daniel Boyer, Gilles Micolau
article
6. International Conference on Inter-Disciplinary Underground Science and Technology (-DUST) , Jun 2016, Avignon, France. pp.5, ⟨10.1051/e3sconf/20161205002⟩
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titre
Life in deep subsurface
auteur
Gregoire Gales, Gael Erauso
article
I-DUST 2016 - INTER-DISCIPLINARY UNDERGROUND SCIENCE & TECHNOLOGY, 2016, Unknown, Unknown Region. ⟨10.1051/e3sconf/20161205001⟩
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Books

titre
La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental. Synthèse de Recherche. Contrat n°1406C0050. Projet de recherche coordonné par : "Observatoire des sols vivants
auteur
Théodore Bouchez, Anne Laure Blieux, Samuel Dequiedt, Isabelle Domaizon, Alexis Dufresne, Stéphanie Ferreira, Jean-Jacques Godon, Jennifer Hellal, Catherine Joulian, Achim Quaiser, Fabrice Martin, Aourell Mauffret, Jean Marie Monier, Pierre Peyret, Philippe Schmitt-Koplin, Olivier Sibourg, Elisabeth D’oiron Verame, Antonio Bispo, Isabelle Deportes, Cécile Grand, Philippe Cuny, Pierre-Alain Maron, Lionel Ranjard
article
ADEME Agence de l'Environnement et de la Maitrise de l'Energie, 34 p., 2016
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2015

Journal articles

titre
Evidence for host specificity among dominant bacterial symbionts in temperate gorgonian corals
auteur
Marie La Riviere, Joaquim Garrabou, Marc Bally
article
Coral Reefs, Springer Verlag, 2015, 34 (4), pp.1087. ⟨10.1007/s00338-015-1334-7⟩
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EMI4_12345_supp-0001-Supporting_information_figures_clerissi_et_al_EMIR.pdf
titre
Deep sequencing of amplified Prasinovirus and host green algal genes from an Indian Ocean transect reveals interacting trophic dependencies and new genotypes
auteur
Camille Clerissi, Yves Desdevises, Sarah Romac, Stéphane Audic, Silvia G Acinas, Raffaela Casotti, Julie Poulain, Patrick Wincker, Pascal Hingamp, Hiroyuki Ogata, Nigel Grimsley
article
Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2015, 7 (6), pp.979-989. ⟨10.1111/1758-2229.12345⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01246259/file/Clerissi_2015_Deep_sequencing_of.pdf BibTex
titre
H4K44 Acetylation Facilitates Chromatin Accessibility during Meiosis
auteur
Matthieu Legendre, Audrey Lartigue, Lionel Bertaux, Sandra Jeudy, Julia Bartoli, Magali Lescot, Jean-Marie Alempic, Claire Ramus, Christophe Bruley, Karine Labadie, Lyubov Shmakova, Elizaveta Rivkina, Yohann Coute, Chantal Abergel, Jean-Michel Claverie
article
Cell Reports , Elsevier Inc, 2015, 13 (9), pp.1772-1780. ⟨10.1016/j.celrep.2015.10.070⟩
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titre
Single-Cell Analysis of Growth and Cell Division of the Anaerobe Desulfovibrio vulgaris Hildenborough
auteur
Anouchka Fievet, Adrien Ducret, Tam Mignot, Odile Valette, Lydia Robert, Romain Pardoux, Alain R. Dolla, Corinne Aubert
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2015, 6, ⟨10.3389/fmicb.2015.01378⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01452066/file/fmicb-06-01378.pdf BibTex
titre
Reverse transcriptase genes are highly abundant and transcriptionally active in marine plankton assemblages
auteur
Magali Lescot, Pascal Hingamp, Kenji K Kojima, Emilie Villar, Sarah Romac, Alaguraj Veluchamy, Martine Boccara, Olivier Jaillon, Daniele Iudicone, Chris Bowler, Patrick Wincker, Jean-Michel Claverie, Hiroyuki Ogata
article
ISME Journal, Nature Publishing Group, 2015, pp.1-13. ⟨10.1038/ismej.2015.192⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01258212/file/ismej2015192a.pdf BibTex
titre
Oil spill effects on macrofaunal communities and bioturbation of pristine marine sediments (Caleta Valdés, Patagonia, Argentina): experimental evidence of low resistance capacities of benthic systems without history of pollution
auteur
Agustina Ferrando, Emilia Gonzalez, Marcos Franco, Marta Commendatore, Marina Nievas, Cécile Militon, Georges Stora, Franck Gilbert, José Luis Esteves, Philippe Cuny
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, vol. 22 (n° 20), pp. 15294-15306. ⟨10.1007/s11356-015-4167-6⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01223400/file/ferrando_14424.pdf BibTex
titre
Biogeographical distribution of Rimicaris exoculata resident gut epibiont communities along the Mid-Atlantic Ridge hydrothermal vent sites
auteur
Lucile Durand, Marie Roumagnac, Valérie Cueff-Gauchard, Cyrielle Jan, Mathieu Guri, Claire Tessier, Marine Haond, Philippe Crassous, Magali Zbinden, Sophie Arnaud-Haond, Marie-Anne Cambon-Bonavita
article
FEMS Microbiology Ecology, Wiley-Blackwell, 2015, 91 (10), ⟨10.1093/femsec/fiv101⟩
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titre
In-depth study of Mollivirus sibericum , a new 30,000-y-old giant virus infecting Acanthamoeba
auteur
Matthieu Legendre, Audrey Lartigue, Lionel Bertaux, Sandra Jeudy, Julia Bartoli, Magali Lescot, Jean-Marie Alempic, Claire Ramus, Christophe Bruley, Karine Labadie, Lyubov Shmakova, Elizaveta Rivkina, Yohann Coute, Chantal Abergel, Jean-Michel Claverie
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America , National Academy of Sciences, 2015, 112, pp.E5327 - E5335. ⟨10.1073/pnas.1510795112⟩
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titre
Microbial ecology of hydrocarbon-polluted coastal sediments.
auteur
Robert Duran, Philippe Cuny, Patricia Bonin, Cristiana Cravo-Laureau
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (20), pp.15195 - 15199. ⟨10.1007/s11356-015-5373-y⟩
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titre
A Metagenomic Investigation of the Duodenal Microbiota Reveals Links with Obesity
auteur
Emmanouil Angelakis, Fabrice Armougom, Frédéric Carrière, Dipankar Bachar, René Laugier, Jean-Christophe Lagier, Catherine Robert, Caroline Michelle, Bernard Henrissat, Didier Raoult
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10 (e0137784), ⟨10.1371/journal.pone.0137784⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01237967/file/fetchObject.pdf BibTex
titre
Dynamic of bacterial communities attached to lightened phytodetritus
auteur
Morgan Petit, Patricia Bonin, Remi Amiraux, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Joshua Armitano, Cécile Jourlin-Castelli, Frederic Vaultier, Vincent Méjean, Jean-Francois Rontani
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (18), pp.13681-92. ⟨10.1007/s11356-015-4209-0⟩
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titre
Molecular and biochemical characterization of mannitol-1-phosphate dehydrogenase from the model brown alga Ectocarpus sp.
auteur
Patricia Bonin, Agnès Groisillier, Alice Raimbault, Anaïs Guibert, Catherine Boyen, Thierry Tonon
article
Phytochemistry, Elsevier, 2015, 117, pp.509-520. ⟨10.1016/j.phytochem.2015.07.015⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01200617/file/Bonin_2015_Molecular_and.pdf BibTex
titre
Environmental microbiology reveals the Earth secret life.
auteur
Denis Faure, Patricia Bonin, Robert Duran
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (18), pp.13573-6
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titre
Microbial diversity in a submarine carbonate edifice from the serpentinizing hydrothermal system of the Prony Bay (New Caledonia) over a 6-year period
auteur
Anne Postec, Marianne Quéméneur, Méline Bes, Nan Mei, Fatma Ben Aissa-Fennira, Claude Payri, Bernard Pelletier, Christophe Monnin, Linda Guentas-Dombrowsky, Bernard Ollivier, Emmanuelle Gérard, Céline Pisapia, Martine Gérard, Bénédicte Ménez, Gaël Erauso
article
Frontiers in microbiology, Frontiers Research Foundation, 2015, 6, pp.857. ⟨10.3389/fmicb.2015.00857⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01221183/file/fmicb-06-00857.pdf BibTex
titre
Draft-genome sequence of Shewanella algae strain C6G3
auteur
Axel Aigle, Valerie Michotey, Patricia Bonin
article
Standards in Genomic Sciences, 2015, 43 (10), pp.10.1186/s40793-015-0022-0. ⟨10.1186/s40793-015-0022-0⟩
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titre
Ecological significance of Synergistetes in the biological treatment of tuna cooking wastewater by an anaerobic sequencing batch reactor.
auteur
Cecile Militon, Olfa Hamdi, Valerie Michotey, Marie-Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Hassib Bouallagui, Moktar Hamdi, Patricia Bonin
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, pp.2015 Jul 22. ⟨10.1007/s11356-015-4973-x⟩
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titre
Use of dispersant in mudflat oil-contaminated sediment: behavior and effects of dispersed oil on micro- and macrobenthos.
auteur
Philippe Cuny, Franck Gilbert, Cecile Militon, Georges Stora, Patricia Bonin, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Karine Duboscq, Christine Cagnon, Ronan Jézéquel, Cristiana Cravo-Laureau, Robert Duran
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (20), pp.15370-15376. ⟨10.1007/s11356-015-4800-4⟩
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titre
Patterns and ecological drivers of ocean viral communities
auteur
Jennifer Brum, J Cesar Ignacio-Espinoza, Simon Roux, Guilhem Doulcier, Silvia Acinas, Adriana Alberti, Samuel Chaffron, Corinne Cruaud, Colomban de Vargas, Josep Gasol, Gabriel Gorsky, Ann Gregory, Lionel Guidi, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Stéphane Pesant, Bonnie Poulos, Sarah Schwenck, Sabrina Speich, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Sarah Searson, Peer Bork, Chris Bowler, Shinichi Sunagawa, Patrick Wincker, Eric Karsenti, Matthew Sullivan, C. Ignacio-Espinoza, M. Gasol, C. Gregory, M. Schwenck
article
Science, American Association for the Advancement of Science, 2015, 348 ( 6237), pp.1261498. ⟨10.1126/science.1261498⟩
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titre
Environmental characteristics of Agulhas rings affect interocean plankton transport
auteur
E. Villar, G. Farrant, M. Follows, L. Garczarek, S. Speich, S. Audic, L. Bittner, Bruno Blanke, J. Brum, C. Brunet, R. Casotti, A. Chase, J. Dolan, F. d'Ortenzio, P. Gattuso, N. Grima, L. Guidi, C. Hill, O. Jahn, J.-L. Jamet, Hervé Le Goff, C. Lepoivre, S. Malviya, E. Pelletier, J.-B. Romagnan, S. Roux, S. Santini, E. Scalco, S. Schwenck, Pierre Testor, A. Tanaka, T. Vannier, F. Vincent, A. Zingone, C. Dimier, M. Picheral, S. Searson, S. Kandels-Lewis, S. Acinas, P. Bork, E. Boss, C. de Vargas, G. Gorsky, H. Ogata, S. Pesant, M. Sullivan, S. Sunagawa, P. Wincker, E. Karsenti, C. Bowler, F. Not, P. Hingamp, D. Iudicone
article
Science, American Association for the Advancement of Science, 2015, 348 (6237), pp.1261447 - 1261447. ⟨10.1126/science.1261447⟩
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Acetoanaerobium pronyense sp. nov., an anaerobic alkaliphilic bacterium isolated from the Prony alkaline Hydrothermal Field in New Caledonia.
auteur
Meline Bes, Mériem Merrouch, Manon Joseph, Marianne Quemeneur, Claude Payri, Bernard Pelletier, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau, Gael Erauso, Anne Postec
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2015, pp.10.1099/ijs.0.000307. ⟨10.1099/ijs.0.000307⟩
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Draft genome sequence of Mesotoga strain PhosAC3, a mesophilic member of the bacterial order Thermotogales, isolated from a digestor treating phosphogypsum in Tunisia
auteur
Wajdi Ben Hania, Khaled Fadhlaoui, Céline Brochier-Armanet, Cecile Persillon, Anne Postec, Moktar Hamdi, Alain Dolla, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau, Jean Le Mer, Gaël Erauso
article
Standards in Genomic Sciences, 2015, 10, ⟨10.1186/1944-3277-10-12⟩
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Structure and function of the global ocean microbiome
auteur
Shinichi Sunagawa, Luis Pedro Coelho, Samuel Chaffron, Jens Roat Kultima, Karine Labadie, Guillem Salazar, Bardya Djahanschiri, Georg Zeller, Daniel R. Mende, Adriana Alberti, Francisco M. Cornejo-Castillo, Paul I. Costea, Corinne Cruaud, Francesco d'Ovidio, Stefan Engelen, Isabel Ferrera, Josep M. Gasol, Lionel Guidi, Falk Hildebrand, Florian Kokoszka, Cyrille Lepoivre, Gipsi Lima-Mendez, Julie Poulain, Bonnie T. Poulos, Marta Royo-Llonch, Hugo Sarmento, Sara Vieira-Silva, Céline Dimier, Marc Picheral, Sarah Searson, Stefanie Kandels-Lewis, (team) Tara Oceans Coordinators, Chris Bowler, Colomban de Vargas, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Stéphane Pesant, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Matthew B. Sullivan, Jean Weissenbach, Patrick Wincker, Eric Karsenti, Jeroen Raes, Silvia G. Acinas, Peer Bork
article
Science, American Association for the Advancement of Science, 2015, 348 (6237 ), pp.1261359. ⟨http://science.sciencemag.org/content/348/6237/1261359⟩. ⟨10.1126/science.1261359⟩
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Biogeochemical insights into microbe–mineral–fluid interactions in hydrothermal chimneys using enrichment culture
auteur
Nolwenn Callac, Olivier Rouxel, Françoise Lesongeur, Céline Liorzou, Claire Bollinger, Patricia Pignet, Sandrine Chéron, Yves Fouquet, Céline Rommevaux-Jestin, Anne Godfroy
article
Extremophiles, Springer Verlag, 2015, 19 (3), pp.597-617. ⟨10.1007/s00792-015-0742-5⟩
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Environmental microbiology as a mosaic of explored ecosystems and issues
auteur
Denis Faure, Patricia Bonin, Robert Duran, Pierre Amato, Florence Arsene-Ploetze, J.C. Auguet, Bernard Legrand, P.N. Bertin, Y. Bettarel, A Bigot-Clivot, N Blot, Manuel Blouin, Myriam Bormans, M Bouvy, O Bruneel, A Cébron, U Christaki, Ivan Couée, Cristiana Cravo-Laureau, M Danger, J de Lorgeril, Y Desdevises, Y Dessaux, D Destoumieux-Garzón, E Duprat, G Erauso, Z Haichar Fel, E Fouilland, Andre-Jean Francez, N Fromin, Alain Geffard, Jf Ghiglione, Vincent Grossi, K Guizien, C Hubas, A Huguet, L Jardillier, P Jouquet, F Joux, A Kaisermann, O Kaltz, Jc Lata, A Lecerf, C Leyval, P Luis, E Masseret, A Niboyet, P Normand, F Plewniak, F Poly, S Prado, Achim Quaiser, P Ratet, A Richaume, Jl Rolland, Jl Rols, Jf Rontani, F Rossi, Sophie Sablé, P Sivadon, P Soudant, C Tamburini, Aline Tribollet, C Valiente Moro, F van Wambeke, Philippe Vandenkoornhuyse, Stéphane Vuilleumier, Philippe Vandenkoornhuyse
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (18), pp.13577-13598. ⟨10.1007/s11356-015-5164-5⟩
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Effect of physical sediments reworking on hydrocarbon degradation and bacterial community structure in marine coastal sediments.
auteur
Robert Duran, Patricia Bonin, Ronan Jezequel, Karine Dubosc, Claire Gassie, Fanny Terrisse, Justine Abella, Christine Cagnon, Cecile Militon, Valerie Michotey, Franck Gilbert, Philippe Cuny, Cristiana Cravo-Laureau
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (20), pp.15248-15259. ⟨10.1007/s11356-015-4373-2⟩
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Growth of the Obligate Anaerobe Desulfovibrio vulgaris Hildenborough under Continuous Low Oxygen Concentration Sparging: Impact of the Membrane-Bound Oxygen Reductases
auteur
Fanny Ramel, Gael Brasseur, Laetitia Pieulle, Odile Valette, Agnès Hirschler-Réa, Marie Laure Fardeau, Alain Dolla
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2015, 10, pp.e0123455. ⟨10.1371/journal.pone.0123455⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01216176/file/fetchObject.pdf BibTex
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Diversity of magnetotactic bacteria from a French pristine Mediterranean area.
auteur
Maxime Fuduche, Anne Postec, Sylvain Davidson, Jean-Paul Chauvin, Grégoire Galès, Agnes Hirschler, Bernard Ollivier, Long-Fei Wu, Nathalie Pradel
article
Current Microbiology, Springer Verlag, 2015, 70 (4), pp.499-505. ⟨10.1007/s00284-014-0745-y⟩
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Identification of variants in the 4q35 gene FAT1 in patients with a facioscapulohumeral dystrophy-like phenotype
auteur
Francesca Puppo, E. Dionnet, Mc. Gaillard, P. Gaildrat, C. Castro, C. Vovan, K. Bertaud, R. Bernard, Shahram Attarian, K. Goto, I. Nishino, Y. Hayashi, Frédérique Magdinier, M. Krahn, F Helmbacher, Manon Bartoli, Nicolas Lévy
article
Human Mutation, Wiley, 2015, 36 (4), pp.443-53. ⟨10.1002/humu.22760⟩
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Anaerobic nitrification-denitrification mediated by Mn-oxides in meso-tidal sediments: Implications for N-2 and N2O production
auteur
Sheryl Fernandes, Cedric Javanaud, Axel Aigle, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Jonathan Deborde, Bruno Deflandre, Pierre Anschutz, Patricia Bonin
article
Journal of Marine Systems, Elsevier, 2015, 144, pp.1-8. ⟨10.1016/j.jmarsys.2014.11.011⟩
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Genetic diversity along the life cycle of the cyanobacterium M icrocystis : highlight on the complexity of benthic and planktonic interactions
auteur
Marion Sabart, Benjamin Misson, Marlène Jobard, Gisèle Bronner, Florence Donnadieu-Bernard, Emilie Duffaud, Marie-José Salençon, Christian Amblard, Delphine Latour
article
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2015, 17 (3), pp.901 - 911. ⟨10.1111/1462-2920.12555⟩
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Aminobacterium thunnarium sp. nov., a mesophilic, amino acid-degrading bacterium isolated from an anaerobic sludge digester, pertaining to the phylum Synergistetes.
auteur
Olfa Hamdi, Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Hassib Bouallagui, Moktar Hamdi, Patricia Bonin, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2015, 65 (Pt 2), pp.609-14. ⟨10.1099/ijs.0.068965-0⟩
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Endolithic microbial communities in carbonate precipitates from serpentinite-hosted hyperalkaline springs of the Voltri Massif (Ligurian Alps, Northern Italy).
auteur
Marianne Quemeneur, Alexandra Palvadeau, Anne Postec, Christophe Monnin, Valérie Chavagnac, Bernard Ollivier, Gael Erauso
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, pp.10.1007/s11356-015-4113-7. ⟨10.1007/s11356-015-4113-7⟩
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Substrates specialization in lipid compounds and hydrocarbons of Marinobacter genus.
auteur
Patricia Bonin, Christophe Vieira, Régis Grimaud, Cecile Militon, Philippe Cuny, Oscar Lima, Sophie Guasco, Corina P D Brussaard, Valerie Michotey
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22, pp.15347-15359. ⟨10.1007/s11356-014-4009-y⟩
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titre
Characterization of Alkaliphilus hydrothermalis sp. nov., a novel alkaliphilic anaerobic bacterium, isolated from a carbonaceous chimney of the Prony hydrothermal field, New Caledonia,
auteur
F. Ben Aissa, A. Postec, Gael Erauso, C. Payri, B. Pelletier, M. Hamdi, M-Laure Fardeau, B. Ollivier
article
Extremophiles, Springer Verlag, 2015, 19 (1), pp.183-188. ⟨10.1007/s00792-014-0697-y⟩
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titre
Complete genome sequence of a new member of the Marseilleviridae recovered from the Brackish submarine spring in the Cassis Port-Miou Calanque, France
auteur
Gabriel Doutre, Bruno Arfib, Pierre Rochette, Jean-Michel Claverie, Patricia Bonin, Chantal Abergel
article
Genome Announcements, American Society for Microbiology, 2015, 3 (6), pp.e01148--15
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titre
Life-cycle modification in open oceans accounts for genome variability in a cosmopolitan phytoplankton
auteur
Peter von Dassow, Uwe John, Hiroyuki Ogata, Ian Probert, El Mahdi Bendif, Jessica U Kegel, Stéphane Audic, Patrick Wincker, Corinne da Silva, Jean-Michel Claverie, Scott Doney, David M Glover, Daniella Mella-Flores, Yeritza Herrera, Magali Lescot, Marie-José Garet-Delmas
article
ISME Journal, Nature Publishing Group, 2015, 9 (6), pp.1365-1377. ⟨10.1038/ismej.2014.221⟩
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titre
Dynamics of bacterial assemblages and removal of polycyclic aromatic hydrocarbons in oil-contaminated coastal marine sediments subjected to contrasted oxygen regimes
auteur
Cécile Militon, Ronan Jezequel, Franck Gilbert, Yannick Corsellis, Léa Sylvi, Cristiana Cravo-Laureau, Robert Duran, Philippe Cuny
article
Environmental Science and Pollution Research, Springer Verlag, 2015, 22 (20), pp.15260-15272. ⟨10.1007/s11356-015-4510-y⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01233392/file/militon_14472.pdf BibTex
titre
Open science resources for the discovery and analysis of Tara Oceans data
auteur
Stéphane Pesant, Fabrice Not, Marc Picheral, Stefanie Kandels-Lewis, Noan Le Bescot, Gabriel Gorsky, Daniele Iudicone, Eric Karsenti, Sabrina Speich, Romain Troublé, Céline Dimier, Sarah Searson, Silvia G. Acinas, Peer Bork, Emmanuel Boss, Chris Bowler, Michael Follows, Nigel Grimsley, Pascal Hingamp, Olivier Jaillon, Lee Karp-Boss, Uros Krzic, Hiroyuki Ogata, Jeroen Raes, Emmanuel G. Reynaud, Christian Sardet, Mike Sieracki, Lars Stemmann, Matthew B. Sullivan, Shinichi Sunagawa, Didier Velayoudon, Jean Weissenbach, Patrick Wincker
article
Scientific Data , Nature Publishing Group, 2015, 2, pp.150023. ⟨10.1038/sdata.2015.23⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01253984/file/sdata201523.pdf BibTex
titre
The primary pathway for lactate oxidation in Desulfovibrio vulgaris
auteur
Nicolas Vita, Odile Valette, Gael Brasseur, Sabrina Lignon, Yann Denis, Mireille Ansaldi, Alain Dolla, Laetitia Pieulle
article
Frontiers in Microbiology, Frontiers Media, 2015, 6, pp.606. ⟨10.3389/fmicb.2015.00606⟩
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titre
Structural Iron (II) of Basaltic Glass as an Energy Source for Zetaproteobacteria in an Abyssal Plain Environment, Off the Mid Atlantic Ridge
auteur
Pauline Henri, Céline Rommevaux-Jestin, Françoise Lesongeur, Adam Mumford, David Emerson, Anne Godfroy, Bénédicte Ménez
article
Frontiers in microbiology, Frontiers Research Foundation, 2015, 6, pp.1518. ⟨http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fmicb. 2015.01518⟩. ⟨10.3389/fmicb.2015.01518⟩
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https://hal-insu.archives-ouvertes.fr/insu-01472806/file/fmicb-06-01518-henri.pdf BibTex
titre
Patterns and ecological drivers of ocean viral communities
auteur
Jennifer R. Brum, J. Cesar Ignacio-Espinoza, Simon Roux, Guilhem Doulcier, Silvia G. Acinas, Adriana Alberti, Samuel Chaffron, Corinne Cruaud, Josep M. Gasol, Gabriel Gorsky, Ann C. Gregory, Lionel Guidi, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Stephane Pesant, Bonnie T. Poulos, Sarah M. Schwenck, Sabrina Speich, Celine Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Sarah Searson, Peer Bork, Chris Bowler, Shinichi Sunagawa, Patrick Wincker, Eric Karsenti, Matthew B. Sullivan, Tara Oceans Coordinators
article
Science, American Association for the Advancement of Science, 2015, 348 (6237), ⟨10.1126/science.1261498⟩
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titre
Eukaryotic plankton diversity in the sunlit ocean
auteur
Noan Le Bescot, Ian Probert, Margaux Carmichael, Julie Poulain, Sarah Romac, Sebastien Colin, Jean-Marc Aury, Lucie Bittner, Samuel Chaffron, Micah Dunthorn, Stefan Engelen, Olga Flegontova, Lionel Guidi, Ales Horák, Olivier Jaillon, Gipsi Lima-Mendez, Julius Lukes, Shruti Malviya, Raphaël Morard, Matthieu Mulot, Eleonora Scalco, Raffaele Siano, Flora Vincent, Adriana Zingone, Celine Dimier, Marc Picheral, Sarah Searson, Stefanie Kandels-Lewis, Silvia G. Acinas, Peer Bork, Chris Bowler, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Stephane Pesant, Jeroen Raes, Michael E. Sieracki, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Shinichi Sunagawa, Jean Weissenbach, Patrick Wincker, Eric Karsenti, Tara Oceans Coordinators, Stéphane Audic, Nicolas Henry, Johan Decelle, Frédéric Mahé, Ramiro Logares, Enrique Lara, Cédric Berney
article
Science, American Association for the Advancement of Science, 2015, 348 (6237), pp.1261605. ⟨10.1126/science.1261605⟩
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Book sections

titre
Biogeochemical Cycles
auteur
Jean-Claude Bertrand, Patricia Bonin, Pierre Caumette, Jean-Pierre Gattuso, Gérald Grégori, Rémy Guyoneaud, Xavier Le Roux, Robert Matheron, Franck Poly
article
Environmental microbiology: fundamentals and applications, Springer Science+Business Media, 933 p., 2015, 978-94-017-9117-5
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2014

Journal articles

titre
Fermentative hydrogen production by a new alkaliphilic Clostridium sp (strain PROH2) isolated from a shallow submarine hydrothermal chimney in Prony Bay, New Caledonia
auteur
Nan Mei, Nesrine Zergane, Anne Postec, Gael Erauso, Angelique Oilier, Claude Payri, Bernard Pelletier, Marie-Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Marianne Quemeneur
article
International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2014, 39 (34), pp.19465-19473. ⟨10.1016/j.ijhydene.2014.09.111⟩
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titre
Soil surface colonization by phototrophic indigenous organisms, in two contrasted soils treated by formulated maize herbicide mixtures
auteur
Pierre Joly, Benjamin Misson, Fanny Perrière, Frédérique Bonnemoy, Muriel Joly, Florence Donnadieu-Bernard, Jean-Pierre Aguer, Jacques Bohatier, Clarisse Mallet
article
Ecotoxicology, Springer Verlag, 2014, 23 (9), pp.1648 - 1658. ⟨10.1007/s10646-014-1304-9⟩
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titre
Do furanic and phenolic compounds of lignocellulosic and algae biomass hydrolyzate inhibit anaerobic mixed cultures? A comprehensive review
auteur
F. Monlau, C. Sambusiti, A. Barakat, Marianne Quemeneur, E. Trably, J.-P. Steyer, H. Carrère
article
Biotechnology Advances, Elsevier, 2014, 32 (5), pp.934 - 951. ⟨10.1016/j.biotechadv.2014.04.007⟩
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titre
Metagenomic 16S rDNA Illumina tags are a powerful alternative to amplicon sequencing to explore diversity and structure of microbial communities
auteur
Ramiro Logares, Shinichi Sunagawa, Guillem Salazar, Francisco M. Cornejo-Castillo, Isabel Ferrera, Hugo Sarmento, Pascal Hingamp, Hiroyuki Ogata, Gipsi Lima-Mendez, Jeroen Raes, Julie Poulain, Olivier Jaillon, Patrick Wincker, Stefanie Kandels-Lewis, Eric Karsenti, Peer Bork, Silvia G. Acinas
article
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2014, 16 (9, SI), pp.2659-2671. ⟨10.1111/1462-2920.12250⟩
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titre
Genetic diversity along the life cycle of the cyanobacterium Microcystis: highlight on the complexity of benthic and planktonic interactions
auteur
Marion Sabart, Benjamin Misson, Marlène Jobard, Gisèle Bronner, Florence Donnadieu-Bernard, Emilie Duffaud, Marie-José Salençon, Christian Amblard, Delphine Latour
article
Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2014, pp.1462-2920. ⟨10.1111/1462-2920.12555⟩
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titre
Identification of Bacterial Strains Isolated from the Mediterranean Sea Exhibiting Different Abilities of Biofilm Formation
auteur
Florence Brian-Jaisson, Annick Ortalo-Magné, Linda Guentas-Dombrowsky, Fabrice Armougom, Yves Blache, Maëlle Molmeret
article
Microbial Ecology, 2014, 68 (1), pp.94--110. ⟨10.1007/s00248-013-0342-9⟩
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titre
Anaerobic oxidation of long-chain n-alkanes by the hyperthermophilic sulfate-reducing archaeon, Archaeoglobus fulgidus.
auteur
Nadia Khelifi, Oulfat Amin Ali, Philippe Roche, Vincent Grossi, Céline Brochier-Armanet, Odile Valette, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Agnes Hirschler
article
ISME Journal, Nature Publishing Group, 2014, pp.18. ⟨10.1038/ismej.2014.58⟩
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titre
Mannitol metabolism in brown algae involves a new phosphatase family.
auteur
Agnès Groisillier, Zhanru Shao, Gurvan Michel, Sophie Goulitquer, Patricia Bonin, Stefan Krahulec, Bernd Nidetzky, Delin Duan, Catherine Boyen, Thierry Tonon
article
Journal of Experimental Botany, Oxford University Press (OUP), 2014, 65 (2), pp.559-70. ⟨10.1093/jxb/ert405⟩
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titre
Desulfatiferula berrensis sp. nov., a n-alkene-degrading sulfate-reducing bacterium isolated from estuarine sediments.
auteur
Florence Hakil, Oulfat Amin, Agnes Hirschler-Rea, Damien Mollex, Vincent Grossi, Robert Duran, Robert Matheron, Cristiana Cravo-Laureau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2014, 64 (Pt 2), pp.540-4. ⟨10.1099/ijs.0.057174-0⟩
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titre
Spatial distribution of microbial communities in the shallow submarine alkaline hydrothermal field of the Prony Bay, New Caledonia
auteur
Marianne Quéméneur, Méline Bes, Anne Postec, Nan Mei, Jérôme Hamelin, Christophe Monnin, Valérie Chavagnac, Claude Payri, Bernard Pelletier, Linda Guentas-Dombrowsky, Martine Gérard, Céline Pisapia, Emmanuelle Gérard, Bénédicte Ménez, Bernard Ollivier, Gaël Erauso
article
Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2014, 6 (6), pp.665-674. ⟨10.1111/1758-2229.12184⟩
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titre
IHF is required for the transcriptional regulation of the Desulfovibrio vulgaris Hildenborough orp operons
auteur
Anouchka Fiévet, Eric Cascales, Odile Valette, Alain Dolla, Corinne Aubert
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (1), pp.e86507. ⟨10.1371/journal.pone.0086507⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01458204/file/journal.pone.0086507.PDF BibTex
titre
Transcriptomics Reveal Several Gene Expression Patterns in the Piezophile Desulfovibrio hydrothermalis in Response to Hydrostatic Pressure
auteur
Amira Amrani, Aurélie Bergon, Hélène Holota, Christian Tamburini, Marc Garel, Bernard Ollivier, Jean Imbert, Alain Dolla, Nathalie Pradel
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (9), pp.e106831. ⟨http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0106831⟩. ⟨10.1371/journal.pone.0106831⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01628348/file/journal.pone.0106831.PDF BibTex
titre
Polyphasic analysis of a middle ages coprolite microbiota, Belgium
auteur
Sandra Appelt, Fabrice Armougom, Matthieu Le Bailly, Catherine Robert, Michel Drancourt
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2014, 9 (2), pp.e88376. ⟨10.1371/journal.pone.0088376⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00958070/file/journal.pone.0088376.PDF BibTex
titre
Bacterial diversity in relatively pristine and anthropogenically-influenced mangrove ecosystems (Goa, India).
auteur
Sheryl Fernandes, David L Kirchman, Valerie Michotey, Patricia Bonin, P A Lokabharathi
article
Brazilian Journal of Microbiology, Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2014, 45 (4), pp.1161-71
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titre
Reconciliation of the carbon budget in the ocean’s twilight zone
auteur
Sarah L. C. Giering, Richard Sanders, Richard S. Lampitt, Thomas R. Anderson, Christian Tamburini, Mehdi Boutrif, Mikhail V. Zubkov, Chris M. Marsay, Stephanie A. Henson, Kevin Saw, Kathryn Cook, Daniel J. Mayor
article
Nature, Nature Publishing Group, 2014, 507 (7493), pp.480-483. ⟨10.1038/nature13123⟩
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titre
Fluid chemistry of the low temperature hyperalkaline hydrothermal system of Prony Bay (New Caledonia)
auteur
C. Monnin, V. Chavagnac, C. Boulart, B. Menez, M. Gerard, E. Gerard, C. Pisapia, Marianne Quemeneur, Gael Erauso, Anne Postec, L. Guentas-Dombrowski, C. Payri, B. Pelletier
article
Biogeosciences, European Geosciences Union, 2014, 11 (20), pp.5687-5706. ⟨10.5194/bg-11-5687-2014⟩
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Conference papers

titre
COMMET: comparing and combining multiple metagenomic datasets
auteur
Nicolas Maillet, Guillaume Collet, Thomas Vannier, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
article
IEEE BIBM 2014, Nov 2014, Belfast, United Kingdom
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https://hal.inria.fr/hal-01080050/file/commet_camera_ready.pdf BibTex

Book sections

titre
Methods for Studying Microorganisms in the Environment
auteur
Fabien Joux, Jean Claude Bertrand, Rutger de Wit, Vincent Grossi, Laurent Intertaglia, Philippe Lebaron, Valérie Michotey, Philippe Normand, Pierre Peyret, Patrick Raimbault, Christian Tamburini, Laurent Urios
article
Environmental Microbiology: Fundamentals and Applications, Springer Netherlands, pp.757-829, 2014, 978-94-017-9117-5. ⟨10.1007/978-94-017-9118-2_17⟩
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titre
Petroleum: from formation to microbiology.
auteur
Bernard Ollivier, Jean Borgomano, Philippe Oger
article
Microbial life in the deep biosphere, De Gruyter, pp.161 -185, 2014
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titre
Members of the order Thermotogales: from microbiology to hydrogen production.
auteur
Martina Cappelletti, Davide Zannoni, Anne Postec, Bernard Ollivier
article
Davide Zannoni, Roberto De Philippis. Microbial BioEnergy: Hydrogen Production, Springer, pp.197-224, 2014, Advances in Photosynthesis and Respiration, 978-94-017-8553-2. ⟨10.1007/978-94-017-8554-9_9⟩
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Poster communications

titre
Dynamique de l’holobionte corallien et plasticité transcriptomique : variabilité interspécifique, interpopulationnelle et interindividuelle
auteur
Kelly Brener, Jérémie Vidal-Dupiol, Mehdi Adjeroud, Pascal Romans, Julien Loubet, Rémi Pillot, Didier Aurelle, Marine Pratlong, Anne Haguenauer, Pierre Pontaroti, Pascal Mirleau, Marc Bally, Eve Toulza, Guillaume Mitta
article
Journée de doctoriales Aragoyennes, Apr 2014, Banyuls sur Mer, France
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Theses

titre
Etude du métabolisme du mannitol chez l'algue brune modèle Ectocarpus siliculosus : caractérisation de l'enzyme clé mannitol-1-phosphate déshydrogénase.
auteur
Patricia Bonin
article
Biochimie, Biologie Moléculaire. Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2014. Français. ⟨NNT : 2014PA066618⟩
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2013

Journal articles

titre
Biochemical, Transcriptional and Translational Evidences of the Phenol-meta-Degradation Pathway by the Hyperthermophilic Sulfolobus solfataricus 98/2
auteur
Alexia Comte, Pierre Christen, Sylvain Davidson, Matthieu Pophillat, Jean Lorquin, Richard Auria, Gwenola Simon, Laurie Casalot
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (12), pp.e82397. ⟨10.1371/journal.pone.0082397⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00999455/file/journal.pone.0082397.pdf BibTex
titre
Denitrification activity is closely linked to the total ambient Fe concentration in mangrove sediments of Goa, India
auteur
S Fernandes, M Gonsalves, Valerie Michotey, Patricia Bonin, P Lokabharathi
article
Estuarine, Coastal and Shelf Science, Elsevier, 2013, 131, pp.64-74. ⟨10.1016/j.ecss.2013.08.008⟩
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titre
Exploring nucleo-cytoplasmic large DNA viruses in Tara Oceans microbial metagenomes
auteur
Pascal Hingamp, Nigel Grimsley, Silvia G Acinas, Camille Clerissi, Lucie Subirana, Julie Poulain, Isabel Ferrera, Hugo Sarmento, Emilie Villar, Gipsi Lima-Mendez, Karoline Faust, Shinichi Sunagawa, Jean-Michel Claverie, Hervé Moreau, Yves Desdevises, Peer Bork, Jeroen Raes, Eric Karsenti, Stefanie Kandels-Lewis, Olivier Jaillon, Fabrice Not, Stéphane Pesant, Patrick Wincker, Hiroyuki Ogata
article
ISME Journal, Nature Publishing Group, 2013, 7 (9), pp.1678-1695. ⟨10.1038/ismej.2013.59⟩
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titre
The importance of small colonies in sustaining Microcystis population exposed to mixing conditions: an exploration through colony size, genotypic composition and toxic potential
auteur
Benjamin Misson, Marion Sabart, Aurélie Descroix, Emilie Duffaud, Bruno Combourieu, Marie-José Salençon, Delphine Latour
article
Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2013, pp.n/a - n/a. ⟨10.1111/1758-2229.12077⟩
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titre
Vallitalea guaymasensis gen. nov., sp. nov., isolated from marine sediment.
auteur
Raja Lakhal, Nathalie Pradel, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Anne Godfroy, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, 63 (Pt 8), pp.3019-23. ⟨10.1099/ijs.0.045708-0⟩
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titre
Mesotoga infera sp. nov., a mesophilic member of the order Thermotogales, isolated from an underground gas storage aquifer.
auteur
Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Thomas Aüllo, Anthony Ranchou-Peyruse, Gaël Erauso, Céline Brochier-Armanet, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Stéphanie Saint-Laurent, Michel Magot, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, 63 (Pt 8), pp.3003-8. ⟨10.1099/ijs.0.047993-0⟩
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titre
Evidence of the megavirome in humans
auteur
Philippe Colson, Laura Fancello, Gregory Gimenez, Fabrice Armougom, Christelle Desnues, Ghislain Fournous, Niyaz Yoosuf, Matthieu Million, Bernard La Scola, Didier Raoult
article
Journal of Clinical Virology, Elsevier, 2013, 57 (3), pp.191-200
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titre
Effects of Hydrostatic Pressure on Growth and Luminescence of a Moderately-Piezophilic Luminous Bacteria Photobacterium phosphoreum ANT-2200
auteur
Severine Martini, Badr Al Ali, Marc Garel, David Nerini, Vincent Grossi, Muriel Pacton, Laurence Casalot, Philippe Cuny, Christian Tamburini
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (6), pp.e66580. ⟨10.1371/journal.pone.0066580⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01988033/file/Martini_etal_2013_PLoSONE.pdf BibTex
titre
Desulfotomaculum peckii sp. nov., a moderately thermophilic member of the genus Desulfotomaculum, isolated from an upflow anaerobic filter treating abattoir wastewaters.
auteur
Linda Jabari, Hana Gannoun, Jean Luc Cayol, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Guy Fauque, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, 63 (Pt 6), pp.2082-7. ⟨10.1099/ijs.0.043893-0⟩
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titre
Prokaryotic responses to hydrostatic pressure in the ocean - a review
auteur
Christian Tamburini, Mehdi Boutrif, Marc Garel, Rita Colwell, Jody Deming
article
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2013, 15 (5), pp.1262-1274. ⟨10.1111/1462-2920.12084⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01988054/file/Tamburini_etal_EMI_draft.pdf BibTex
titre
DNA Self-Assembly: From Chirality to Evolution
auteur
Y. Timsit
article
International Journal of Molecular Sciences, MDPI, 2013, 14 (4), pp.8252 - 8270. ⟨10.3390/ijms14048252⟩
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titre
Trends in salinity and inorganic nitrogen compounds in the Berre lagoon (1994-2011) bacterial activities and nitrogen budgets
auteur
Imen Zaghmouri, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Patrick Raimbault, Nicole Garcia, Guillaume Bernard, Patricia Bonin
article
Marine Pollution Bulletin, Elsevier, 2013, 67, pp.55-65. ⟨10.1016/j.marpolbul.2012.11.046⟩
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titre
Characterization of Vallitalea guaymasensis gen. nov., sp. nov., a novel marine bacterium, isolated from sediments of Guaymas basin
auteur
R Lakhal, Nathalie Pradel, Anne Postec, M Hamdi, Bernard Ollivier, Anne Godfroy, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, pp.doi:10.1099/ijs.0.045708-0. ⟨10.1099⟩
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titre
Mesotoga infera sp. nov., a novel mesophilic member of the order Thermotogales, isolated from an underground gas storage in France
auteur
W Ben-Hamia, Anne Postec, T Aüllo, A Ranchou-Peyruse, Gael Erauso, Céline Brochier-Armanet, M Hamdi, Bernard Ollivier, S Saint-Laurent, Michel Magot, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, pp.10.1099
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titre
Desulfosporosinus burensis sp. nov., a spore-forming, mesophilic, sulfate-reducing bacterium isolated from a deep clay environment.
auteur
Bruno Mayeux, Marie Laure Fardeau, Manon Joseph, Laurie Casalot, Agnes Vinsot, Marc Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2013, 63 (Pt 2), pp.593-8. ⟨10.1099/ijs.0.035238-0⟩
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titre
Complete Genome Sequence of the Piezophilic, Mesophilic, Sulfate-Reducing Bacterium Desulfovibrio hydrothermalis AM13(T.).
auteur
Boyang Ji, Gregory Gimenez, Valérie Barbe, Benoît Vacherie, Zoé Rouy, Amira Amrani, Marie-Laure Fardeau, Philippe Bertin, Didier Alazard, Sabine Leroy, Emmanuel Talla, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Nathalie Pradel
article
Genome Announc, 2013, 1 (1), epub ahead of print. ⟨10.1128/genomeA.00226-12⟩
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titre
Genome Sequence of the Sulfate-Reducing Bacterium Desulfotomaculum hydrothermale Lam5(T).
auteur
Oulfat Amin, Marie-Laure Fardeau, Odile Valette, Agnès Hirschler-Réa, Valérie Barbe, Claudine Médigue, Benoit Vacherie, Bernard Ollivier, Philippe N Bertin, Alain Dolla
article
Genome Anouncements, 2013, 1 (1), epub ahead of print. ⟨10.1128/genomeA.00114-12⟩
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titre
Insights into dynamics of mobile genetic elements in hyperthermophilic environments from five new thermococcus plasmids.
auteur
Mart Krupovic, Mathieu Gonnet, Wajdi Ben Hania, Patrick Forterre, Gael Erauso
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (1), pp.e49044. ⟨10.1371/journal.pone.0049044⟩
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titre
Vertical Heterogeneity of Genotypic Structure and Toxic Potential within Populations of the Harmful Cyanobacterium Microcystis aeruginosa
auteur
Benjamin Misson, Delphine Latour
article
Advances in Microbiology, Scientific Research Publishing, 2013
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titre
Microbial colonization of basaltic glasses in hydrothermal organic-rich sediments at Guaymas Basin.
auteur
Nolwenn Callac, Céline Rommevaux-Jestin, Olivier Rouxel, Françoise Lesongeur, Céline Liorzou, Claire Bollinger, Antony Ferrant, Anne Godfroy
article
Frontiers in microbiology, Frontiers Research Foundation, 2013, 4, pp.250. ⟨10.3389/fmicb.2013.00250⟩
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https://hal-insu.archives-ouvertes.fr/insu-00933493/file/Callac_FrontiersMicrobio13.pdf BibTex
titre
Culturomics identified 11 new bacterial species from a single anorexia nervosa stool sample
auteur
A. Pfleiderer, J.-C. Lagier, Fabrice Armougom, C. Robert, B. Vialettes, Didier Raoult
article
European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Springer Verlag, 2013, 32 (11), pp.1471-1481. ⟨10.1007/s10096-013-1900-2⟩
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titre
The First Genomic and Proteomic Characterization of a Deep-Sea Sulfate Reducer: Insights into the Piezophilic Lifestyle of Desulfovibrio piezophilus
auteur
Nathalie Pradel, Boyang Ji, G Gimenez, E Talla, P Lenoble, Marc Garel, Christian Tamburini, Patrick Fourquet, Régine Lebrun, Philippe Bertin, Yann Denis, Matthieu Pophillat, Valérie Barbe, Bernard Ollivier, Alain Dolla
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (1), pp.e55130. ⟨10.1371/journal.pone.0055130⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00787201/file/journal.pone.0055130.PDF BibTex
titre
Development and Validation of a Microarray for the Investigation of the CAZymes Encoded by the Human Gut Microbiome
auteur
Abdessamad El Kaoutari, Fabrice Armougom, Quentin Leroy, Bernard Vialettes, Matthieu Million, Didier Raoult, Bernard Henrissat
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (12), pp.e84033. ⟨10.1371/journal.pone.0084033⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01769722/file/journal.pone.0084033.PDF BibTex
titre
Deep-Sea Bioluminescence Blooms after Dense Water Formation at the Ocean Surface
auteur
Christian Tamburini, Miquel Canals, Xavier Durrieu de Madron, Loïc Houpert, Dominique Lefèvre, Séverine Martini, Fabrizio d'Ortenzio, Anne Robert, Pierre Testor, Juan Antonio Aguilar, Imen Al Samarai, Arnaud Albert, Michel André, Marco Anghinolfi, Gisela Anton, Shebli Anvar, Miguel Ardid, Ana Carolina Assis Jesus, Tri L. Astraatmadja, Jean-Jacques Aubert, Bruny Baret, Stéphane Basa, Vincent Bertin, Simone Biagi, Armando Bigi, Ciro Bigongiari, Claudio Bogazzi, Manuel Bou-Cabo, Boutayeb Bouhou, Mieke C. Bouwhuis, Jurgen Brunner, José Busto, Francisco Camarena, Antonio Capone, Christina Cârloganu, Giada Carminati, John Carr, Stefano Cecchini, Ziad Charif, Philippe Charvis, Tommaso Chiarusi, Marco Circella, Rosa Coniglione, Heide Costantini, Paschal Coyle, Christian Curtil, Patrick Decowski, Ivan Dekeyser, Anne Deschamps, Corinne Donzaud, Damien Dornic, Hasankiadeh Q. Dorosti, Doriane Drouhin, Thomas Eberl, Umberto Emanuele, Jean-Pierre Ernenwein, Stéphanie Escoffier, Paolo Fermani, Marcelino Ferri, Vincenzo Flaminio, Florian Folger, Ulf Fritsch, Jean-Luc Fuda, Salvatore Galatà, Pascal Gay, Giorgio Giacomelli, Valentina Giordano, Juan-Pablo Gómez-González, Kay Graf, Goulven Guillard, Garadeb Halladjian, Gregory Hallewell, Hans van Haren, Joris Hartman, Aart J. Heijboer, Yann Hello, Juan Jose Hernández-Rey, Bjoern Herold, Jurgen Hößl, Ching-Cheng Hsu, Marteen de Jong, Matthias Kadler, Oleg Kalekin, Alexander Kappes, Uli Katz, Oksana Kavatsyuk, Paul Kooijman, Claudio Kopper, Antoine Kouchner, Ingo Kreykenbohm, Vladimir Kulikovskiy, Robert Lahmann, Patrick Lamare, Giuseppina Larosa, Dario Lattuada, Gordon Lim, Domenico Lo Presti, Herbert Loehner, Sotiris Loucatos, Salvatore Mangano, Michel Marcelin, Annarita Margiotta, Juan Antonio Martinez-Mora, Athina Meli, Teresa Montaruli, Luciano Moscoso, Holger Motz, Max Neff, Emma Nuel Nezri, Dimitris Palioselitis, Gabriela E. Păvălaş, Kevin Payet, Patrice Payre, Jelena Petrovic, Paolo Piattelli, Nicolas Picot-Clemente, Vlad Popa, Thierry Pradier, Eleonora Presani, Chantal Racca, Corey Reed, Giorgio Riccobene, Carsten Richardt, Roland Richter, Colas Rivière, Kathrin Roensch, Andrei Rostovtsev, Joaquin Ruiz-Rivas, Marius Rujoiu, Valerio G. Russo, Francisco Salesa, Augustin Sánchez-Losa, Piera Sapienza, Friederike Schöck, Jean-Pierre Schuller, Fabian Schussler, Rezo Shanidze, Francesco Simeone, Andreas Spies, Maurizio Spurio, Jos J. M. Steijger, Thierry Stolarczyk, Mauro G. F. Taiuti, Simona Toscano, Bertrand Vallage, Véronique van Elewyck, Giulia Vannoni, Manuela Vecchi, Pascal Vernin, Guus Wijnker, Jorn Wilms, Els de Wolf, Harold Yepes, Dmitry Zaborov, Juan de Dios Zornoza, Juan Zúñiga
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (7), pp.e67523. ⟨10.1371/JOURNAL.PONE.0067523⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01012135/file/journal.pone.0067523.PDF BibTex
titre
Transient Shifts in Bacterial Communities Associated with the Temperate Gorgonian Paramuricea clavata in the Northwestern Mediterranean Sea
auteur
Marie La Riviere, Marie Roumagnac, Joaquim Garrabou, Marc Bally
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, 8 (2), pp.e57385. ⟨10.1371/journal.pone.0057385⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00790768/file/journal.pone.0057385.PDF BibTex
titre
Impact of oil on bacterial community structure in bioturbated sediments
auteur
Magali Stauffert, Cristiana Cravo-Laureau, Ronan Jezequel, Sandra Barantal, Philippe Cuny, Franck Gilbert, Christine Cagnon, Cécile Militon, David Amouroux, Fatima Mahdaoui, Brice Bouyssiere, Georges Stora, François-Xavier Merlin, Robert Duran
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2013, vol. 8, pp. 1-15. ⟨10.1371/journal.pone.0065347⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00867612/file/Gilbert_9564.pdf BibTex
titre
Anaerobic bacterial degradation of pristenes and phytenes in marine sediments does not lead to pristane and phytane during early diagenesis
auteur
Jean-Francois Rontani, Patricia Bonin, Sophie Guasco, Frederic Vaultier, John K. Volkman
article
Organic Geochemistry, Elsevier, 2013, 58, pp.43-55
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BibTex
titre
Pandoraviruses: Amoeba Viruses with Genomes Up to 2.5 Mb Reaching That of Parasitic Eukaryotes
auteur
Nadège Philippe, Matthieu Legendre, Gabriel Doutre, Yohann Couté, Olivier Poirot, Magali Lescot, Defne Arslan, Virginie Seltzer, Lionel Bertaux, Christophe Bruley, Jérome Garin, Claverie Jean-Michel, Abergel Chantal
article
Science, American Association for the Advancement of Science, 2013, 341 (6143), pp.281-286. ⟨10.1126/science.1239181⟩
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Other publications

titre
Des Microoganismes très convoités
auteur
Bernard Ollivier
article
2013, pp.n°70
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2012

Journal articles

titre
Methanogenic octadecene degradation by syntrophic enrichment culture from brackish sediments
auteur
Agnes Hirschler, Cristiana Cravo-Laureau, Laurie Casalot, Robert Matheron
article
Current Microbiology, Springer Verlag, 2012, 65 (5), pp.561-7. ⟨10.1007/s00284-012-0195-3⟩
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titre
Analysis of Structure-Function Relationships in the Colibactin-Maturating Enzyme ClbP.
auteur
A Cougnoux, L Gibold, F Robin, D Dubois, Nathalie Pradel, A Darfeuille-Michaud, G Dalmasso, J Delmas, R Bonnet
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 2012, in press. ⟨10.1016/j.jmb.2012.09.017⟩
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titre
Spatio-temporal diversity of free-living and particle-attached prokaryotes in the tropical lagoon of Ahe atoll (Tuamotu Archipelago) and its surrounding oceanic waters
auteur
Valerie Michotey, Sophie Guasco, Dominique Boeuf, Nicola Morezzi, Brice Durieu, Loïc Charpy, Patricia Bonin
article
Marine Pollution Bulletin, Elsevier, 2012, 65 (10), pp.525-537. ⟨10.1016/j.marpolbul.2012.01.009⟩
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titre
DNA-Directed Base Pair Opening
auteur
Y. Timsit
article
Molecules, MDPI, 2012, 17 (10), pp.11947-11964
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titre
Macellibacteroides fermentans gen. nov., sp. nov., a member of the family Porphyromonadaceae isolated from an upflow anaerobic filter treating abattoir wastewaters.
auteur
L Jabari, H Gannoun, Jean Luc Cayol, A Hedi, M Sakamoto, E Falsen, M Ohkuma, M Hamdi, Guy Fauque, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (Pt 10), pp.2522-7. ⟨10.1099/ijs.0.032508-0⟩
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titre
Isolation and characterization of Fonticella tunisiensis gen nov., sp. nov., a novel bacterium isolated from a Tunisian hot spring.
auteur
Belkis Fraj, Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, pp.10.1099/ijs.0.041947-0. ⟨10.1099/ijs.0.041947-0⟩
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titre
Innovative CO2 pretreatment for enhancing biohydrogen production from the organic fraction of municipal solid waste (OFMSW)
auteur
Kathy Bru, Vincent Blazy, Catherine Joulian, E. Trably, E. Latrille, Marianne Quéméneur, Marie Christine Dictor
article
International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2012, 37 (19), pp.14062-14071. ⟨10.1016/j.ijhydene.2012.06.111⟩
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titre
Methanomassiliicoccus luminyensis gen. nov., sp. nov., a methanogenic archaeon isolated from human faeces.
auteur
B Dribi, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Didier Raoult, Michel Drancourt
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (Pt 8), pp.1902-7. ⟨10.1099/ijs.0.033712-0⟩
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BibTex
titre
Halanaerobacter jeridensis sp. nov., isolated from a hypersaline lake.
auteur
M Mezghani, Didier Alazard, F Karray, Jean Luc Cayol, Manon Joseph, Anne Postec, Marie Laure Fardeau, Jean-Luc Tholozan, S Sayadi
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (Pt 8), pp.1970-3. ⟨10.1099/ijs.0.036301-0⟩
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BibTex
titre
Effect of enzyme addition on fermentative hydrogen production from wheat straw
auteur
Marianne Quéméneur, Marine Bittel, Eric Trably, Claire Dumas, Laurent Fourage, Gilles Ravot, Jean-Philippe Steyer, Hélène Carrère
article
International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2012, 37 (14), pp.10639 - 10647. ⟨10.1016/j.ijhydene.2012.04.083⟩
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BibTex
titre
Defluviitoga tunisiensis gen. nov., sp. nov., a thermophilic bacterium isolated from a mesothermic and anaerobic whey digester.
auteur
Wajdi Ben Hania, Ramzi Ghodbane, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (Pt 6), pp.1377-82. ⟨10.1099/ijs.0.033720-0⟩
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BibTex
titre
Fusibacter tunisiensis sp. nov., isolated from an anaerobic reactor used to treat olive-mill wastewater.
auteur
Wajdi Ben Hania, Belkis Fraj, Anne Postec, Khaled Fadhlaoui, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (Pt 6), pp.1365-8. ⟨10.1099/ijs.0.034603-0⟩
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BibTex
titre
Understanding and tuning the catalytic bias of hydrogenase.
auteur
Abbas Abou Hamdan, Sébastien Dementin, Pierre-Pol Liebgott, Oscar Gutierrez-Sanz, Pierre Richaud, Antonio de Lacey, Marc Rousset, Patrick Bertrand, Laurent Cournac, Christophe Léger
article
Journal of the American Chemical Society, American Chemical Society, 2012, 134 (20), pp.8368-71. ⟨10.1021/ja301802r⟩
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BibTex
titre
Mimicking floodplain reconnection and disconnection using 15N mesocosm incubations
auteur
N Welti, E Bondar-Kunze, M Mair, Patricia Bonin, W Wanek, G Pinay, T Hein
article
Biogeosciences Discussions, European Geosciences Union, 2012, 9, pp.4133-4176. ⟨10.5194/bgd-9-4133-2012⟩
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BibTex
titre
Short- and long-term dynamics of the toxic potential and genotypic structure in benthic populations of Microcystis.
auteur
Benjamin Misson, Florence Donnadieu-Bernard, Jean-Jacques Godon, Christian Amblard, Delphine Latour
article
Water Research, IWA Publishing, 2012, 46 (5), pp.1438-46. ⟨10.1016/j.watres.2011.11.011⟩
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BibTex
titre
Short- and long-term dynamics of the toxic potential and genotypic structure in benthic populations of Microcystis
auteur
Benjamin Misson, Florence Donnadieu-Bernard, Jean-Jacques Godon, Christian Amblard, Delphine Latour
article
Water Research, IWA Publishing, 2012, 46 (5), pp.1438 - 1446. ⟨10.1016/j.watres.2011.11.011⟩
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BibTex
titre
Characterization of Defluviitalea saccharophila gen. nov., sp. nov., a thermophilic bacterium isolated from an upflow anaerobic filter treating abattoir wastewaters, and proposal of Defluviitaleaceae fam. nov.
auteur
Linda Jabari, Hana Gannoun, Jean Luc Cayol, Moktar Hamdi, Guy Fauque, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2012, 62 (Pt 3), pp.550-5. ⟨10.1099/ijs.0.030700-0⟩
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BibTex
titre
Inhibition of fermentative hydrogen production by lignocellulose-derived compounds in mixed cultures
auteur
Marianne Quéméneur, Jérôme Hamelin, Abdellatif Barakat, Jean-Philippe Steyer, Hélène Carrère, Eric Trably
article
International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2012, 37 (4), pp.3150 - 3159. ⟨10.1016/j.ijhydene.2011.11.033⟩
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BibTex
titre
Influence of light, sediment mixing, temperature and duration of the benthic life phase on the benthic recruitment of Microcystis
auteur
Benjamin Misson, D. Latour
article
Journal of Plankton Research, Oxford University Press (OUP), 2012, 34 (2), pp.113 - 119. ⟨10.1093/plankt/fbr093⟩
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BibTex
titre
Benthic survival of Microcystis: Long-term viability and ability to transcribe microcystin genes
auteur
Benjamin Misson, Marion Sabart, Christian Amblard, Delphine Latour
article
Harmful Algae, Elsevier, 2012, 13, pp.20 - 25. ⟨10.1016/j.hal.2011.09.010⟩
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BibTex
titre
Spatial oxygen heterogeneity in a Hediste diversicolor irrigated burrow
auteur
Laura Pischedda, Philippe Cuny, José Luis Esteves, Jean-Christophe Poggiale, Franck Gilbert
article
Hydrobiologia, Springer, 2012, vol. 680, pp.109-124. ⟨http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs10750-011-0907-x⟩. ⟨10.1007/s10750-011-0907-x⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00780258/file/Pischedda_6080.pdf BibTex
titre
DNA-DNA Recognition: From Tight Contact to Fatal Attraction
auteur
Y. Timsit
article
InTech, Isa Instrument Society of America, 2012
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02008304/file/30530.pdf BibTex
titre
Benthic survival of Microcystis : Long-term viability and ability to transcribe microcystin genes
auteur
Benjamin Misson, Marion Sabart, Christian Amblard, Delphine Latour
article
Harmful Algae, Elsevier, 2012, 13, pp.20-25
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titre
How to analyse bioluminescence time series from in situ observatories? Example from high frequency records and real time data at the ANTARES site
auteur
Severine Martini, David Nerini, Christian Tamburini
article
Luminescence, Wiley, 2012, 27 (2), pp.139-140
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titre
Tungsten-enhanced growth of Methanosphaera stadtmanae
auteur
Bédis Dridi, Saber Khelaifia, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Michel Drancourt
article
BMC Research Notes, BioMed Central, 2012, 5, pp.238. ⟨10.1186/1756-0500-5-238⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00746580/file/document%289%29.pdf BibTex
titre
Comparative meta-analysis of the effect of Lactobacillus species on weight gain in humans and animals
auteur
Matthieu Million, Emmanouil Angelakis, Mical Paul, Fabrice Armougom, Leonard Leibovici, Didier Raoult
article
Microbial Pathogenesis, Elsevier, 2012, 53 (2), pp.100-108. ⟨10.1016/j.micpath.2012.05.007⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01773004/file/1-s2.0-S0882401012001106-main.pdf BibTex
titre
Desulfosoma profundi sp nov., a thermophilic sulfate-reducing bacterium isolated from a deep terrestrial geothermal spring in France
auteur
Patrick Gregoire, Marie Laure Fardeau, Sophie Guasco, Joel Lagiere, Jean Cambar, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Bernard Ollivier
article
Antonie van Leeuwenhoek, Springer Verlag, 2012, 101, pp.595-602. ⟨10.1007/s10482-011-9675-x⟩
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titre
Magmato-Tectonic Cyclicity at the Ultra-Slow Spreading Southwest Indian Ridge: Evidence from Variations of Axial Volcanic Ridge Morphology and Abyssal Hills Pattern.
auteur
Véronique Mendel, Daniel Sauter, Céline Rommevaux-Jestin, Philippe Patriat, F. Lefebvre, Lindsay Parson
article
Translated World Seismology, 2012, 3, pp.59-80
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titre
Kinetics of aerobic phenol biodegradation by the acidophilic and hyperthermophilic archaeon Sulfolobus solfataricus 98/2
auteur
Pierre Christen, Armando Vega, Laurie Casalot, Gwenola Simon, Richard Auria
article
Biochemical Engineering Journal, Elsevier, 2012, 62, pp.56-61. ⟨10.1016/j.bej.2011.12.012⟩
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titre
Influence of light, sediment mixing, temperature and duration of the benthic life phase on the benthic recruitment of Microcystis
auteur
Benjamin Misson, Delphine Latour
article
Journal of Plankton Research, Oxford University Press (OUP), 2012, 34 (2), pp.113-119
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titre
Nitrogen-limited mangrove ecosystems conserve N through dissimilatory nitrate reduction to ammonium
auteur
Sheryl Fernandes, Patricia Bonin, Valerie Michotey, Nicole Garcia, P. A. Lokabharathi
article
Scientific Reports, Nature Publishing Group, 2012, 2, pp.419. ⟨10.1038/srep00419⟩
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titre
Magnetotactic Bacteria in Microcosms Originating from the French Mediterranean Coast Subjected to Oil Industry Activities
auteur
Anne Postec, Nicolas Tapia, Alain Bernadac, Manon Joseph, Sylvain Davidson, Long-Fei Wu, Bernard Ollivier, Nathalie Pradel
article
Microbial Ecology, Springer Verlag, 2012, 63, pp.1-11. ⟨10.1007/s00248-011-9910-z⟩
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titre
Microbial culturomics: paradigm shift in the human gut microbiome study
auteur
J. -C. Lagier, Fabrice Armougom, M. Million, P. Hugon, I. Pagnier, C. Robert, F. Bittar, G. Fournous, G. Gimenez, Marie Maraninchi, J. -F. Trape, E. V. Koonin, B. La Scola, Didier Raoult
article
Clinical Microbiology and Infection, Elsevier for the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2012, 18 (12), pp.1185 - 1193. ⟨10.1111/1469-0691.12023⟩
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titre
Microbial culturomics: paradigm shift in the human gut microbiome study
auteur
C. Lagier, Fabrice Armougom, M. Million, P. Hugon, I. Pagnier, C. Robert, F. Bittar, G. Fournous, G. Gimenez, M. Maraninchi, J.-F. Trape, E.V. Koonin, B. La Scola, Didier Raoult
article
Clinical Microbiology and Infection, Elsevier for the European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2012, 18 (12), pp.1185 - 1193. ⟨10.1111/1469-0691.12023⟩
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titre
Denitrification prevails over anammox in tropical mangrove sediments (Goa, India)
auteur
Sheryl Fernandes, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Patricia Bonin, P. A. Loka Bharathi
article
Marine Environmental Research, Elsevier, 2012, 74, pp.9-19. ⟨10.1016/j.marenvres.2011.11.008⟩
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Conference papers

titre
Effects of pressure, temperature and salinity on metabolic activity of anaerobic strains
auteur
Vanessa Barsotti, Sébastien Dupraz, Catherine Joulian, Fabienne Battaglia-Brunet, Claire Sergeant, Bernard Ollivier, Françis Garrido
article
7th International Conference on High Pressure Bioscience and Biotechnology (HPBB2012), Oct 2012, Kyoto, Japan
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titre
Identification des liens entre communautés associées au cycle de l'azote par méthode d'enrichissement isotopique: Application aux zones d'interfaces aérobie/anaérobie des sédiments marins
auteur
Valerie Michotey
article
Identification des liens entre communautés associées au cycle de l'azote par méthode d'enrichissemen, Oct 2012, Clermont Ferrand, France
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titre
Diversity of gorgonian-associated bacterial communities in Northwestern Mediterranean Sea
auteur
Marie La Riviere, Marie Roumagnac, Joaquim Garrabou, Marc Bally
article
The 14th International Symposium on Microbial Ecology (ISME), Aug 2012, Copenhague, Denmark
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titre
How to analyse bioluminescence time series from in situ observatories ? Example from high frequency records and real time data at the ANTARES site.
auteur
Severine Martini, Christian Tamburini, David Nerini
article
International symposium on bioluminescence and chemiluminescence (17th), May 2012, Guelph, Canada
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Book sections

titre
Les conditions de vie extrêmes sur la planète et exobiologie
auteur
Jean Luc Cayol, Bernard Ollivier, Didier Alazard, Ricardo Amils, Anne Godfroy, Florence Piette, Daniel Prieur
article
Ecologie microbienne, Presses Universitaires de Pau et des Pays de l'Adour, pp.363-408, 2012
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Other publications

titre
Bactéries de l'extrême.
auteur
Bernard Ollivier, Patrick Gregoire
article
2012, pp.63
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titre
Les micro-rois du pétrole
auteur
Bernard Ollivier
article
2012
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Patents

titre
Culture et detection d'une Archaea méthanogène.
auteur
B Dridi, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Didier Raoult, Michel Drancourt
article
France, N° de brevet: N° H52 888 cas 8 PCT/MD. MIO:12-093. 2012
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2011

Journal articles

titre
Corrigendum to "Marine ecosystems' responses to climatic and anthropogenic forcings in the Mediterranean" [Prog. Oceanogr. 91 (2011) 97-166]
auteur
Xavier Durrieu de Madron, Cécile Guieu, R. Sempéré, P. Conan, D. Cossa, Fabrizio d'Ortenzio, Claude Estournel, F. Gazeau, C. Rabouille, Lars Stemmann, Sandrine Bonnet, F. Diaz, P. Koubbi, Olivier Radakovitch, M. Babin, Melika Baklouti, C. Bancon-Montigny, Sauveur Belviso, N. Bensoussan, B. Bonsang, Ioanna Bouloubassi, Christian Brunet, Jean-François Cadiou, François Carlotti, M. Chami, Sabine Charmasson, Bruno Charrière, J. Dachs, D. Doxaran, Jean-Claude Dutay, F. Elbaz-Poulichet, Marc Eléaume, F. Eyrolles, C. Fernandez, S. Fowler, P. Francour, J. C. Gaertner, R. Galzin, S. Gasparini, J.-F. Ghiglione, J.-L. Gonzalez, Catherine Goyet, L. Guidi, K. Guizien, Lars-Eric Heimbürger, S. H. M. Jacquet, W. H. Jeffrey, F. Joux, P. Le Hir, K. Leblanc, D. Lefèvre, C. Lejeusne, R. Lemé, M.-D. Loÿe-Pilot, M. Mallet, Laurence Méjanelle, F. Mélin, C. Mellon, B. Mérigot, P.-L. Merle, C. Migon, W. L. Miller, Laurent Mortier, B. Mostajir, L. Mousseau, T. Moutin, J. Para, T. Pérez, Andrei Petrenko, J.-C. Poggiale, Louis Prieur, M. Pujo-Pay, P Raimbault, A. P. Rees, Céline Ridame, J.-F. Rontani, Diana Ruiz-Pino, Marie-Alexandrine Sicre, Vincent Taillandier, Christian Tamburini, T. Tanaka, Isabelle Taupier-Letage, M. Tedetti, Pierre Testor, H. Thébault, Bénédicte Thouvenin, Franck Touratier, J. Tronczynski, Caroline Ulses, F. van Wambeke, Vincent Vantrepotte, S. Vaz, R. Verney
article
Progress in Oceanography, Elsevier, 2011, 91, pp.593-594. ⟨10.1016/J.POCEAN.2011.08.003⟩
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titre
Isolation and characterization of Thermanaerothrix daxensis gen. nov., sp. nov., a thermophilic anaerobic bacterium pertaining to the phylum "Chloroflexi", isolated from a deep hot aquifer in the Aquitaine Basin.
auteur
Patrick Gregoire, Marie Laure Fardeau, Manon Joseph, Sophie Guasco, F Hamaide, S Biasutti, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Bernard Ollivier
article
Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2011, 34 (7), pp.494-7
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BibTex
titre
Desulfovibrio piezophilus sp. nov., a piezophilic, sulfate-reducing bacterium isolated from wood falls in the Mediterranean Sea.
auteur
Saber Khelaifia, Marie Laure Fardeau, Nathalie Pradel, Clement Aussignargues, Marc Garel, Christian Tamburini, Jean Luc Cayol, Sylvie Gaudron, Françoise Gaill, Bernard Ollivier
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2011, 61 (Pt 11), pp.2706-11. ⟨10.1099/ijs.0.028670-0⟩
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BibTex
titre
Anaerobic oxidation of n-alkenes by sulphate-reducing bacteria from the genus Desulfatiferula: n-Ketones as potential metabolites
auteur
Vincent Grossi, Cristiana Cravo-Laureau, Jean François Rontani, Magali Cros, Agnès Hirschler-Réa
article
Research in Microbiology, Elsevier, 2011, 162 (9), pp.915-922. ⟨10.1016/j.resmic.2011.07.004⟩
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BibTex
titre
Local sensing of global DNA topology: from crossover geometry to type II topoisomerase processivity
auteur
Y. Timsit
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2011, 39 (20), pp.8665-8676
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titre
ClbP is a prototype of a peptidase subgroup involved in biosynthesis of nonribosomal peptides.
auteur
D Dubois, O Baron, A Cougnoux, J Delmas, Nathalie Pradel, M Boury, B Bouchon, M Bringer, J Nougayrède, E Oswald, R Bonnet
article
Journal of Biological Chemistry, American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011, 286 (41), pp.35562-70. ⟨10.1074/jbc.M111.221960⟩
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BibTex
titre
Benthic survival of Microcystis: Long-term viability and ability to transcribe microcystin genes
auteur
Benjamin Misson, Marion Sabart, Christian Amblard, Delphine Latour
article
Harmful Algae, Elsevier, 2011, 13, pp.20-25
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BibTex
titre
A holistic approach to marine eco-systems biology
auteur
Eric Karsenti, Silvia Acinas, Peer Bork, Chris Bowler, Jeroen Raes, Matthew Sullivan, Detlev Arendt, Francesca Benzoni, Jean-Michel Claverie, Mick Follows, Gaby Gorsky, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Stefanie Kandels-Lewis, Uros Krzic, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Stéphane Pesant, Emmanuel Georges Reynaud, Christian Sardet, Michael Sieracki, Sabrina Speich, Didier Velayoudon, Jean Weissenbach, Patrick Wincker
article
PLoS Biology, Public Library of Science, 2011, 9 (10), pp.e1001177. ⟨10.1371/journal.pbio.1001177⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00691580/file/journal.pbio.1001177.pdf BibTex
titre
Marine ecosystems' responses to climatic and anthropogenic forcings in the Mediterranean
auteur
Xavier Durrieu de Madron, Cécile Chanut-Guieu, Richard Sempere, Pascal Conan, Daniel Cossa, Fabrizio d'Ortenzio, Claude Estournel, Frédéric Gazeau, Christophe Rabouille, Lars Stemmann, Sophie Bonnet, Frederic Diaz, Philippe Koubbi, Olivier Radakovitch, Marcel Babin, Melika Baklouti, Chrystelle Bancon-Montigny, Sauveur Belviso, Nathaniel Bensoussan, Bernard Bonsang, Ioanna Bouloubassi, Christophe Brunet, Jean-Francois Cadiou, Francois Carlotti, Malik Chami, Sabine Charmasson, Bruno Charrière, Jordi Dachs, David Doxaran, Jean-Claude Dutay, Françoise Elbaz-Poulichet, Marc Eléaume, F. Eyrolles, Carlos Sainz Fernández, S. Fowler, Patrice Francour, Jean Claude Gaertner, René Galzin, Stéphane Gasparini, Jean François Ghiglione, Jean-Louis Gonzalez, Catherine Goyet, Lionel Guidi, Katell Guizien, Lars-Eric Heimbürger-Boavida, Stéphanie Jacquet, Wade H. Jeffrey, Fabien Joux, Pierre Le Hir, Karine Leblanc, Dominique Lefèvre, Christophe Lejeusne, R. Lemé, Marie-Dominique Loÿe-Pilot, Marc Mallet, Laurence Méjanelle, Frédéric Mélin, Capucine Mellon, Bastien Mérigot, Pierre-Laurent Merle, Christophe Migon, William Lewis Miller, Laurent Mortier, Behzad Mostajir, Laure Mousseau, Thierry Moutin, Julien Para, Thierry Perez, Anne Petrenko, Jean-Christophe Poggiale, Louis Prieur, Mireille Pujo-Pay, Elvira Pulido-Villena, Patrick Raimbault, Andrew P. Rees, Céline Ridame, Jean-Francois Rontani, Diana Ruiz-Pino, Marie-Alexandrine Sicre, Vincent Taillandier, Christian Tamburini, Tsuneo Tanaka, Isabelle Taupier-Letage, Marc Tedetti, Pierre Testor, Hervé Thebault, Bénédicte Thouvenin, Franck Touratier, Jacek Tronczyński, Caroline Ulses, France van Wambeke, Vincent Vantrepotte, Sandrine Vaz, Romaric Verney
article
Progress in Oceanography, Elsevier, 2011, 91 (2), pp.97-166. ⟨10.1016/J.POCEAN.2011.02.003⟩
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BibTex
titre
Dégradation physique des sols agricoles et forestiers liée au tassement : principaux résultats du projet GESSOL-ADD DST
auteur
Jean Roger-Estrade, V. Adamiade, D. Arrouays, E. Baranger, Manon Bartoli, H. Boizard, A. Brèthes, N. Brisson, Yvan Capowiez, Andre Chanzy, Véronique Chaplain, I. Cousin, Philippe Cosenza, Kai Cui, Yu-Jun Cui, D.S. Debuisson, Pauline Défossez, F. Gérard, P.A. Jayet, J. Labreuche, C. Le Bas, Y. Lefèvre, J. Léonard, E. Lévêque, F. Lévêque, B. Mary, M. Mumen, J. Ranger, Alain Tabbagh, J. Tabbagh, Anh Minh Tang, D. Tessier, Guy Richard
article
Etude et Gestion des Sols, Association française pour l'"étude des sols, 2011, 18 (3), pp.187-189
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BibTex
titre
Changes in hydrogenase genetic diversity and proteomic patterns in mixed culture dark fermentation of mono-, di- and tri-saccharides
auteur
Marianne Quéméneur, Jérôme Hamelin, Saida Benomar, Marie-Thérèse Giudici-Orticoni, E. Latrille, J.-P. Steyer, E. Trably
article
International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2011, pp.11654-11665
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BibTex
titre
Assimilation of marine extracellular polymeric substances by deep-sea prokaryotes in the NW Mediterranean Sea
auteur
Mehdi Boutrif, Marc Garel, Matthew T. Cottrell, Christian Tamburini
article
Environmental Microbiology Reports, Wiley, 2011, 3 (6), pp.705-709. ⟨10.1111/j.1758-2229.2011.00285.x⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00746979/file/Boutrif_etal_2011.pdf BibTex
titre
The genome sequence of Brucella pinnipedialis B2/94 sheds light on the evolutionary history of the genus Brucella
auteur
Stéphane Audic, Magali Lescot, Jean-Michel Claverie, Axel Cloeckaert, Michel S. Zygmunt
article
BMC Evolutionary Biology, BioMed Central, 2011, 11, pp.200. ⟨10.1186/1471-2148-11-200⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01258246/file/art_10.1186_1471-2148-11-200.pdf BibTex
titre
The anaerobe-specific orange protein complex of Desulfovibrio vulgaris hildenborough is encoded by two divergent operons coregulated by ?54 and a cognate transcriptional regulator.
auteur
Anouchka Fiévet, Laetitia My, Eric Cascales, Mireille Ansaldi, Sofia R Pauleta, Isabel Moura, Zorah Dermoun, Christophe S Bernard, Alain Dolla, Corinne Aubert
article
J. Bacteriol., 2011, 193 (13), pp.3207--19. ⟨10.1128/JB.00044-11⟩
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BibTex
titre
Oxygen uptake rates in the hyperthermophilic anaerobe Thermotoga maritima grown in a bioreactor under controlled oxygen exposure: clues to its defence strategy against oxidative stress.
auteur
Raja Lakhal, Richard Auria, Sylvain Davidson, Bernard Ollivier, Marie-Claire Durand, Alain Dolla, M Hamdi, Yannick Combet-Blanc
article
Archives of Microbiology, Springer Verlag, 2011, 193 (6), pp.429-38. ⟨10.1007/s00203-011-0687-8⟩
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titre
Emerging concepts on microbial processes in the bathypelagic ocean-ecology, biogeochemistry, and genomics
auteur
Toshi Nagata, Christian Tamburini, Javier Arístegui, Federico Baltar, Alexander B. Bochdansky, Serena Fonda-Umani, Hideki Fukuda, Alexandra Gogou, Dennis A. Hansell, Roberto Hansman, Gerhard J. Herndl, Christos Panagiotopoulos, Thomas Reinthaler, Rumi Sohrin, Pedro Verdugo, Namiha Yamada, Youhei Yamashita, Taichi Yokokawa, Douglas H. Barlett
article
Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, Elsevier, 2011, 57, pp.1519-1536. ⟨10.1016/j.dsr2.2010.02.019⟩
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BibTex
titre
Caldicoprobacter algeriensis sp. nov. a new thermophilic anaerobic, xylanolytic bacterium isolated from an Algerian hot spring.
auteur
Amel Bouanane-Darenfed, Marie Laure Fardeau, Patrick Gregoire, Manon Joseph, Salima Kebbouche-Gana, Tahar Benayad, Hocine Hacene, Jean Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Current Microbiology, Springer Verlag, 2011, 62 (3), pp.826-32. ⟨10.1007/s00284-010-9789-9⟩
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titre
Study of the Thiol/Disulfide Redox Systems of the Anaerobe Desulfovibrio vulgaris Points Out Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase as a New Target for Thioredoxin 1
auteur
Laetitia Pieulle, Pierre Stocker, Manon Vinay, Matthieu Nouailler, Nicolas Vita, Gaël Brasseur, Edwige Garcin, Corinne Sebban-Kreuzer, Alain Dolla
article
Journal of Biological Chemistry, American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2011, 286 (10), pp.7812--7821. ⟨10.1074/jbc.M110.197988⟩
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BibTex
titre
pAMT11, a novel plasmid isolated from a Thermococcus sp. strain closely related to the virus-like integrated element TKV1 of the Thermococcus kodakaraensis genome.
auteur
Mathieu Gonnet, Gaël Erauso, Daniel Prieur, Marc Le Romancer
article
Research in Microbiology, Elsevier, 2011, 162 (2), pp.132-143. ⟨10.1016/j.resmic.2010.11.003⟩
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BibTex
titre
Effect of reactive oxygen and carbonyl species on crucial cellular antioxidant enzymes
auteur
Jean-François Lesgards, Cyrielle Gauthier, Juan Iovanna, Nicolas Vidal, Alain Dolla, Pierre Stocker
article
Chemico-Biological Interactions, Elsevier, 2011, 190 (1), pp.28--34. ⟨10.1016/j.cbi.2010.12.028⟩
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BibTex
titre
Functional versus phylogenetic fingerprint analyses for monitoring hydrogen-producing bacterial populations in dark fermentation cultures
auteur
Marianne Quéméneur, Jérôme Hamelin, Eric Latrille, Jean-Philippe Steyer, Eric Trably
article
International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2011, 36 (6), pp.3870 - 3879. ⟨10.1016/j.ijhydene.2010.12.100⟩
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BibTex
titre
Cytosine, the double helix and DNA self-assembly
auteur
Y. Timsit, Peter Varnai
article
Journal of Molecular Recognition, Wiley, 2011, 24 (2), pp.137-138
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BibTex
titre
INVOLVEMENT OF MICROCYSTINS AND COLONY SIZE IN THE BENTHIC RECRUITMENT OF THE CYANOBACTERIUM MICROCYSTIS (CYANOPHYCEAE)1
auteur
Benjamin Misson, Marion Sabart, Christian Amblard, Delphine Latour
article
European Journal of Phycology, Taylor & Francis, 2011, 47 (1), pp.42 - 51. ⟨10.1111/j.1529-8817.2010.00943.x⟩
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BibTex
titre
Proposal that the arsenite-oxidizing organisms, Thiomonas cuprina and "Thiomonas arsenivorans" be reclassified as strains of Thiomonas delicata
auteur
Fabienne Battaglia-Brunet, Hafida El Achbouni, Marianne Quéméneur, Kevin B. Hallberg, Donovan P. Kelly, Catherine Joulian
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2011, 61 (décembre 2011), pp.2816-2821. ⟨10.1099/ijs.0.023408-0⟩
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BibTex
titre
Isolation and characterization of Thermanaerothrix daxensis gen. nov., sp nov., a thermophilic anaerobic bacterium pertaining to the phylum "Chloroflexi", isolated from a deep hot aquifer in the Aquitaine Basin
auteur
Patrick Gregoire, Marie Laure Fardeau, Manon Joseph, Sophie Guasco, Francette Hamaide, Sandra Biasutti, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Bernard Ollivier
article
Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2011, 34, pp.494-497. ⟨10.1016/j.syapm.2011.02.004⟩
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BibTex
titre
Cultivation of the first mesophilic representative ("mesotoga") within the order Thermotogales
auteur
Wajdi Ben Hania, Ramzi Ghodbane, Anne Postec, Celine Brochier-Armanet, Moktar Hamdi, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier
article
Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2011, 34, pp.581-585. ⟨10.1016/j.syapm.2011.04.001⟩
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BibTex
titre
Genomotyping of Coxiella burnetii using microarrays reveals a conserved genomotype for hard tick isolates
auteur
Quentin Leroy, Fabrice Armougom, Pascal Barbry, Didier Raoult
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (10), pp.e25781. ⟨10.1371/journal.pone.0025781⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00724260/file/journal.pone.0025781.PDF BibTex
titre
Interactions with M cells and macrophages as key steps in the pathogenesis of enterohemorrhagic Escherichia coli infections
auteur
L Etienne-Mesmin, B Chassaing, P Sauvanet, J Denizot, S Blanquet-Diot, A Darfeuille-Michaud, Nathalie Pradel, V Livrelli
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (8), pp.e23594. ⟨10.1371/journal.pone.0023594⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00748909/file/journal.pone.0023594.PDF BibTex
titre
Evidence for the role of horizontal transfer in generating pVT1, a large mosaic conjugative plasmid from the clam pathogen, Vibrio tapetis.
auteur
Gaël Erauso, Fatma Lakhal, Adeline Bidault-Toffin, Patrick Le Chevalier, Philippe Bouloc, Christine Paillard, Annick Jacq
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2011, 6 (2), pp.e16759. ⟨10.1371/journal.pone.0016759⟩
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BibTex
titre
A Holistic Approach to Marine Eco-Systems Biology
auteur
Eric Karsenti, Silvia Acinas, Peer Bork, Chris Bowler, Colomban de Vargas, Jeroen Raes, Matthew Sullivan, Detlev Arendt, Francesca Benzoni, Jean-Michel Claverie, Mick Follows, Gaby Gorsky, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Stefanie Kandels-Lewis, Uros Krzic, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Stéphane Pesant, Emmanuel Georges Reynaud, Christian Sardet, Michael Sieracki, Sabrina Speich, Didier Velayoudon, Jean Weissenbach, Patrick Wincker
article
PLoS Biology, Public Library of Science, 2011, 9 (10), pp.e1001177. ⟨10.1371/journal.pbio.1001177⟩
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titre
Caldilinea tarbellica sp nov., a filamentous, thermophilic, anaerobic bacterium isolated from a deep hot aquifer in the Aquitaine Basin
auteur
Patrick Gregoire, Malek Bohli, Jean Luc Cayol, Manon Joseph, Sophie Guasco, Karine Dubourg, Jean Cambar, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2011, 61, pp.1436-1441
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titre
The chemical-in-mu well: a high-throughput technique for identifying solutes eliciting a chemotactic response in motile bacteria
auteur
Joshua Armitano, Claudine Baraquet, Valerie Michotey, Vincent Mejean, Cecile Jourlin-Castelli
article
Research in Microbiology, Elsevier, 2011, 162, pp.934-938. ⟨10.1016/j.resmic.2011.03.001⟩
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titre
Anaerobic ammonium oxidation mediated by Mn-oxides: from sediment to strain level
auteur
Cedric Javanaud, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Nicole Garcia, Pierre Anschutz, Mathieu Canton, Patricia Bonin
article
Research in Microbiology, Elsevier, 2011, 162, pp.848-857. ⟨10.1016/j.resmic.2011.01.011⟩
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titre
Characterization of specificity of bacterial community structure within the burrow environment of the marine polychaete Hediste (Nereis) diversicolor
auteur
Laura Pischedda, Cécile Militon, Franck Gilbert, Philippe Cuny
article
Research in Microbiology, Elsevier, 2011, 162, pp.1033-1042. ⟨10.1016/j.resmic.2011.07.008⟩
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titre
Characterization of Halanaerocella petrolearia gen. nov., sp. nov., a new anaerobic moderately halophilic fermentative bacterium isolated from a deep subsurface hypersaline oil reservoir New taxa: Firmicutes (Class Clostridia, Order Halanaerobiales, Halobacteroidaceae, Halobacteroides)
auteur
G. Gales, N. Chehider, Catherine Joulian, Fabienne Battaglia-Brunet, Jean-Luc Cayol, A. Postec, J. Borgomano, I. Neria-Gonzales, B.P. Lomans, Bernard Ollivier
article
Extremophiles, Springer Verlag, 2011, 15 (5), pp.565-571. ⟨10.1007/s00792-011-0387-y⟩
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titre
Involvement of microcystins and colony size in the benthic recruitment of the cyanobacterium Microcystis (Cyanophyceae).
auteur
Benjamin Misson, Marion Sabart, Christian Amblard, Delphine Latour
article
Journal of Phycology, Wiley, 2011, 47 (1), pp.42-51
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Conference papers

titre
Biodiversité dans différents compartiments du Trias traversés par le forage ANDRA à 2000 mètres dans le Mésozoïque du Bassin de Paris
auteur
Vanessa Barsotti, Catherine Joulian, Claire Sergeant, Bernard Ollivier, Bénédicte Ménez, Claire Le Marrec, Marie-Laure Fardeau, Françis Garrido
article
13e congrès français de sédimentologie, Nov 2011, Dijon, France
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titre
Bacteria associated with the Mediterreanean gorgonian Paramuricea clavata: a spatio-temporal characterization
auteur
Marie La Riviere, Joaquim Garrabou, Marc Bally
article
"Microorganisms facing their environment" International Microorganism Conference, Oct 2011, paris, France
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titre
Quantification des activités du cycle de l'azote dans des sédiments soumis à des apports d'eau douce: impact sur l'état d'eutrophisation de l'écosystème
auteur
Imen Zaghmouri, Patricia Bonin, Valerie Michotey
article
Lagun'R, Mar 2011, Aix en Provence, France. pp.178-182
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Book sections

titre
Biodegradation of Hydrocarbons in Bioturbated Marine Sediments
auteur
Philippe Cuny, Cristiana Cravo-Laureau, Vincent Grossi, Franck Gilbert, Cécile Militon
article
Koukkou, Anna-Irini. MICROBIAL BIOREMEDIATION OF NON-METALS: CURRENT RESEARCH, Caister Academic Press, pp.55-92, 2011
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titre
Hydrocarbon degradation in coastal muddy areas and anoxic ecosystems (DHYVA project): Role of bacterial mechanisms and bioturbation effects on the biodisponibility of organic pollutants
auteur
Magalie Stauffert, Lionel Huang, Isabelle Vitte, Ronan Jézéquel, Cristiana Cravo-Laureau, Georges Stora, C. Pecheyran, Christine Cagnon, Franck Gilbert, Marisol Goñi-Urriza, François-Xavier Merlin, David Amouroux, Philippe Cuny, Robert Duran
article
Ceccaldi, H.-J., Dekeyser, I., Girault, M., Stora, G. Global Change: Mankind-Marine Environment Interactions, Springer, pp.393-395, 2011, ISBN 978-90-481-8630-3
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Theses

titre
Potentiel toxique et structure génétique de populations de Microcystis en lien avec les différentes phases de son cycle de vie
auteur
Benjamin Olivier Misson
article
Sciences agricoles. Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2011. Français. ⟨NNT : 2011CLF22168⟩
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2010

Journal articles

titre
Isolation of alkane-degrading bacteria from deep-sea Mediterranean sediments
auteur
Yosmina Tapilatu, Monique Acquaviva, Catherine Guigue, Gilles Miralles, Jean Claude Bertrand, Philippe Cuny
article
Letters in Applied Microbiology, Wiley, 2010, 50, pp.234-236. ⟨10.1111/j.1472-765X.2009.02788.x⟩
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titre
Development and application of a functional CE-SSCP fingerprinting method based on [Fe–Fe]-hydrogenase genes for monitoring hydrogen-producing Clostridium in mixed cultures
auteur
Marianne Quéméneur, Jérôme Hamelin, Eric Latrille, Jean-Philippe Steyer, Eric Trably
article
International Journal of Hydrogen Energy, Elsevier, 2010, 35 (24), pp.13158 - 13167. ⟨10.1016/j.ijhydene.2010.07.076⟩
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titre
Assessing the apparent imbalance between geochemical and biochemical indicators of meso- and bathypelagic biological activity: What the @$#! is wrong with present calculations of carbon budgets?
auteur
Adrian B. Burd, Dennis A. Hansell, Deborah K. Steinberg, Thomas R. Anderson, Javier Aristegui, Federico Baltar, Steven R. Beaupre, Ken O. Buesseler, Frank Dehairs, George A. Jackson, David C. Kadko, Rolf Koppelmann, Richard S. Lampitt, Toshi Nagata, Thomas Reinthaler, Carol Robinson, Bruce H. Robison, Christian Tamburini, Tsuneo Tanaka
article
Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, Elsevier, 2010, 57 (16), pp.1557-1571. ⟨10.1016/j.dsr2.2010.02.022⟩
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titre
Marinitoga litoralis sp. nov., a thermophilic, heterotrophic bacterium isolated from a coastal thermal spring on Ile Saint-Paul, Southern Indian Ocean.
auteur
Anne Postec, Maria Ciobanu, Jean-Louis Birrien, Nadège Bienvenu, Daniel Prieur, Marc Le Romancer
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2010, 60 (Pt 8), pp.1778-1782. ⟨10.1099/ijs.0.017574-0⟩
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titre
Hydrostatic pressure affects membrane and storage lipid compositions of the piezotolerant hydrocarbon-degrading Marinobacter hydrocarbonoclasticus strain #5
auteur
Vincent Grossi, Michail M. Yakimov, Badr Al Ali, Yosmina Tapilatu, Philippe Cuny, Madeleine Goutx, Violetta La Cono, Laura Giuliano, Christian Tamburini
article
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2010, 12 (7), pp.2020-2033. ⟨10.1111/j.1462-2920.2010.02213.x⟩
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BibTex
titre
Hydrostatic pressure effects membrane and storage lipid compositions of the piezotolerant hydrocarbon-degrading Marinobacter hydrocarbonoclasticus strain #5
auteur
Vincent Grossi, Michail M. Yakimov, Badr Al Ali, Yosmina Tapilatu, Philippe Cuny, Madeleine Goutx, Violetta La Cono, Laura Giuliano, Christian Tamburini
article
Environmental Microbiology, Wiley-Blackwell, 2010, 12(7), pp.2020-2033. ⟨10.1111/j.1462-2920.2010.02213.x⟩
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titre
Differential stability of DNA crossovers in solution mediated by divalent cations
auteur
Péter Várnai, Y. Timsit
article
Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2010, 38 (12), pp.4163-4172
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titre
Segment-scale and intrasegment lithospheric thickness and melt variations near the Andrew Bain megatransform fault and Marion hot spot: Southwest Indian Ridge, 25.5°E-35°E
auteur
Christopher Takeuchi, John Sclater, Nancy Grindlay, John Madsen, Céline Rommevaux-Jestin
article
Geochemistry, Geophysics, Geosystems, AGU and the Geochemical Society, 2010, 11 (7), pp.n/a - n/a. ⟨10.1029/2010GC003054⟩
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titre
Identification of different alkane hydroxylase systems in Rhodococcus ruber strain SP2B, an hexane-degrading actinomycete
auteur
A. Amouric, Marianne Quéméneur, Vincent Grossi, Pierre-Pol Liebgott, R. Auria, Laurie Casalot
article
Journal of Applied Microbiology, Wiley, 2010, 108 (6), pp.1903-1916. ⟨10.1111/j.1365-2672.2009.04592.x⟩
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titre
Denitrification : An important Pathway for Nitrous Oxide Production in Tropical Mangrove Sediments (Goa, India)
auteur
Sheryl Oliveira Fernandes, P.A. Loka Bharathi, Patricia Bonin, Valérie Michotey
article
Journal of Environmental Quality, Crop Science Society of America, 2010, 39, pp.1507-1516. ⟨10.2134/jeq2009.0477⟩
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titre
Potential alteration of UK37 paleothermometer due to selective degradation of alkenones by marine bacteria isolated from the haptophyte Emiliania huxleyi
auteur
Nathalie Zabeti, Patricia Bonin, John Kingston Volkmann, Ian D. Jameson, Sophie Guasco, Jean François Rontani
article
FEMS Microbiology Ecology, Wiley-Blackwell, 2010, 73, pp.83-94. ⟨10.1111/j.1574-6941.2010.00885.x⟩
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titre
Fatty acids as biomarkers to indicate main carbon sources of four major invertebrate families in a large River (the Allier, France)
auteur
Aurélie Descroix, Alexandre Bec, Gilles Bourdier, Denis Sargos, Jeremy Sauvanet, Benjamin Misson, Christian Desvilettes
article
Fundamental and Applied Limnology, E Schweizerbart Science Publishers, 2010, 177 (1), pp.39 - 55. ⟨10.1127/1863-9135/2010/0177-0039⟩
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titre
Anaerobic Oxidation of Fatty Acids and Alkenes by the Hyperthermophilic Sulfate-Reducing Archaeon Archaeoglobus fulgidus
auteur
Nadia Khélifi, Vincent Grossi, Moktar Hamdi, Alain Dolla, Jean-Luc Tholozan, Bernard Ollivier, Agnès Hirschler-Réa
article
Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2010, 76 (9), pp.3057-3060. ⟨10.1128/AEM.02810-09⟩
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titre
Desulfosporosinus acidiphilus sp. nov.: a moderately acidophilic sulfate-reducing bacterium isolated from acid mining drainage sediments : New taxa: Firmicutes (Class Clostridia, Order Clostridiales, Family Peptococcaceae).
auteur
Didier Alazard, Manon Joseph, Fabienne Battaglia-Brunet, Jean Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Extremophiles, Springer Verlag, 2010, 14 (3), pp.305-12. ⟨10.1007/s00792-010-0309-4⟩
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titre
Fatty acid composition of bacterial strains associated with living cells of the haptophyte Emiliania huxleyi
auteur
Nathalie Zabeti, Patricia Bonin, John K. Volkman, Sophie Guasco, Jean François Rontani
article
Organic Geochemistry, Elsevier, 2010, 41, pp.627-636. ⟨10.1016/j.orggeochem.2010.04.009⟩
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BibTex
titre
First evidence of aerobic biodegradation of BTEX compounds by pure cultures of Marinobacter.
auteur
Sabrina Berlendis, Jean Luc Cayol, Frederic Verhe, Sophie Laveau, Jean-Luc Tholozan, Bernard Ollivier, Richard Auria
article
Applied Biochemistry and Biotechnology, Humana Press, 2010, 160 (7), pp.1992-9. ⟨10.1007/s12010-009-8746-1⟩
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titre
Isolation of hydrocarbon-degrading extremely halophilic archaea from an uncontaminated hypersaline pond (Camargue, France)
auteur
Yosmina Tapilatu, Vincent Grossi, Monique Acquaviva, Cécile Militon, Jean Claude Bertrand, Philippe Cuny
article
Extremophiles, Springer Verlag, 2010, 14 (2), pp.225-231. ⟨10.1007/s00792-010-0301-z⟩
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titre
Luminous bacteria in the deep-sea waters near the ANTARES underwater neutrino telescope (Mediterraean Sea)
auteur
Badr Al Ali, Marc Garel, Philippe Cuny, Juan Carlos Miquel, Tarik Toubal, Anne Robert, Christian Tamburini
article
Chemistry and Ecology, Taylor & Francis, 2010, 26 (1), pp.57-72. ⟨10.1080/02757540903513766⟩
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titre
Caldinitratiruptor microaerophilus, gen.nov., sp. nov. isolated from a French hot spring (Chaudes-Aigues, Massif Central) : a novel cultivated facultative microaerophilic anaerobic thermophile pertaining to the Symbiobacterium branch within the Firmicutes
auteur
Marie-Laure Fardeau, Vanessa Barsotti, Jean Luc Cayol, Sophie Guasco, Valérie Michotey, Manon Joseph, Patricia Bonin, Bernard Ollivier
article
Extremophiles, Springer Verlag, 2010, 14, pp.241-247. ⟨10.1007/s00792-010-0302-y⟩
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titre
Luminous bacteria in the deep-sea waters near the ANTARES underwater neutrino telescope (Mediterranean Sea)
auteur
Badr Al Ali, Marc Garel, Philippe Cuny, Juan Carlos Miquel, Tarik Toubal, Anne Robert, Christian Tamburini
article
Chemistry and Ecology, Taylor & Francis, 2010, 26 (1), pp.57-72. ⟨10.1080/02757540903513766⟩
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titre
Thermodesulfatator atlanticus sp. nov., a thermophilic, chemolithoautotrophic, sulfate-reducing bacterium isolated from a Mid-Atlantic Ridge hydrothermal vent.
auteur
Karine Alain, Anne Postec, Elodie Grinsard, Françoise Lesongeur, Daniel Prieur, Anne Godfroy
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2010, 60 (Pt 1), pp.33-8. ⟨10.1099/ijs.0.009449-0⟩
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https://hal.univ-brest.fr/hal-00609631/file/Alain_et_al_thermodesulfatator_atlanticus_sp_nov_revised_complet.pdf BibTex
titre
Thalassobaculum salexigens sp. nov., a new member of the family Rhodospirillaceae from the NW Mediterranean Sea, and emended description of the genus Thalassobaculum
auteur
Laurent Urios, Valérie Michotey, Laurent Intertaglia, Françoise Lesongeur, Philippe Lebaron
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2010, 60 (Pt 1), pp.209-213. ⟨10.1099/ijs.0.011460-0⟩
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titre
Response of an archaeal community from anoxic coastal marine sediments to experimental petroleum contamination
auteur
Gilles Miralles, Monique Acquaviva, Jean Claude Bertrand, Philippe Cuny
article
Aquatic Microbial Ecology, Inter Research, 2010, 59, pp.25-31. ⟨10.3354/ame01379⟩
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titre
Helical Chirality: a Link between Local Interactions and Global Topology in DNA
auteur
Y. Timsit, Péter Várnai
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2010, 5 (2), pp.e9326. ⟨10.1371/journal.pone.0009326⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-02008080/file/journal.pone.0009326.PDF BibTex
titre
Coxiella burnetii transcriptional analysis reveals serendipity clusters of regulation in intracellular bacteria
auteur
Quentin Leroy, Kevin Lebrigand, Fabrice Armougom, Pascal Barbry, Richard Thiéry, Didier Raoult
article
PLoS ONE, Public Library of Science, 2010, 5 (12), pp.e15321. ⟨10.1371/journal.pone.0015321⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00626159/file/journal.pone.0015321.PDF BibTex
titre
Mesopelagic zone ecology and biogeochemistry - a synthesis
auteur
Carol Robinson, Deborah K. Steinberg, Thomas R. Anderson, Javier Aristegui, Craig A. Carlson, Jessica R. Frost, Jean-Francois Ghiglione, Santiago Hernandez-Leon, George A. Jackson, Rolf Koppelmann, Bernard Queguiner, Olivier Ragueneau, Fereidoun Rassoulzadegan, Bruce H. Robison, Christian Tamburini, Tsuneo Tanaka, Karen F. Wishner, Jing Zhang
article
Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, Elsevier, 2010, 57, pp.1504-1518. ⟨10.1016/j.dsr2.2010.02.018⟩
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BibTex
titre
Population Structure and Abundance of Arsenite-Oxidizing Bacteria along an Arsenic Pollution Gradient in Waters of the Upper Isle River Basin, France
auteur
Marianne Quéméneur, Aurélie Cébron, Patrick Billard, Fabienne Battaglia-Brunet, Françis Garrido, Corinne Leyval, Catherine Joulian
article
Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2010, 76 (13), p. 4566-4570. ⟨10.1128/AEM.03104-09⟩
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titre
Effect of Oxygen and Redox Potential on Glucose Fermentation in Thermotoga maritima under Controlled Physicochemical Conditions
auteur
Raja Lakhal, Richard Auria, Sylvain Davidson, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Moktar Hamdi, Yannick Combet-Blanc
article
International Journal of Microbiology, Hindawi Publishing Corporation, 2010, 2010, pp.1 - 10. ⟨10.1155/2010/896510⟩
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BibTex
titre
Characterization of Microaerobacter geothermalis gen. nov., sp nov., a novel microaerophilic, nitrate- and nitrite-reducing thermophilic bacterium isolated from a terrestrial hot spring in Tunisia
auteur
Nadia Khelifi, Emna Ben Romdhane, Abdeljabbar Hedi, Anne Postec, Marie Laure Fardeau, Moktar Hamdi, Jean-Luc Tholozan, Bernard Ollivier, Agnes Hirschler
article
Extremophiles, Springer Verlag, 2010, 14, pp.297-304. ⟨10.1007/s00792-010-0308-5⟩
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Conference papers

titre
Spatial and temporal analysis of microbial diversity associated with the Mediterranean gorgonian Paramuricea clavata
auteur
Marie La Riviere, Joaquim Garrabou, Marc Bally
article
The 13th International Symposium on Microbial Ecology (ISME), Aug 2010, Seattle, United States
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BibTex
titre
Spatial and temporal analysis of bacterial diversity associated with the Mediterranean gorgonian Paramuricea clavata
auteur
Marie La Riviere, Marc Bally, Joaquim Garrabou
article
39th Congress of CIESM, May 2010, Venise, Italy. pp.769
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Book sections

titre
Thermophilic Methanoarchaea Inhabiting Hot Ecosystems
auteur
Bernard Ollivier, Jean Luc Cayol
article
Timmis. Handbook of Hydrocarbon and Lipid Microbiology, Springer-Verlag, pp.682-690, 2010
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2009

Journal articles

titre
Hydroxytyrosol from tyrosol using hydroxyphenylacetic acid-induced bacterial cultures and evidence of the role of 4-HPA 3-hydroxylase
auteur
Pierre-Pol Liebgott, Agnès Amouric, Alexia Comte, Jean Tholozan, Jean Lorquin
article
Research in Microbiology, Elsevier, 2009, 160 (10), pp.757 - 766. ⟨10.1016/j.resmic.2009.09.015⟩
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BibTex
titre
Effect of O 2 concentrations on Sulfolobus solfataricus P2
auteur
Gwenola Simon, Jasper Walther, Nathalie Zabeti, Yannick Combet-Blanc, Richard Auria, John van der Oost, Laurence Casalot
article
FEMS Microbiology Letters, Wiley-Blackwell, 2009, 299 (2), pp.255 - 260. ⟨10.1111/j.1574-6968.2009.01759.x⟩
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BibTex
titre
Formation of pristane from a-tocopherol under simulated anoxic sedimentary conditions : A combination of biotic and abiotic degradative processes
auteur
Jean François Rontani, Mina Nassiry, Valérie Michotey, Sophie Guasco, Patricia Bonin
article
Geochimica et Cosmochimica Acta, Elsevier, 2009, 74, pp.252-263. ⟨10.1016/j.gca.2009.09.028⟩
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BibTex
titre
Spatial mode estimation for functional random fields with application to bioturbation problem
auteur
Sophie Dabo-Niang, Anne-Françoise Yao, Laura Pischedda, Philippe Cuny, Franck Gilbert
article
Stochastic Environmental Research and Risk Assessment, Springer Verlag (Germany), 2009, pp.1-12. ⟨10.1007/s00477-009-0339-6⟩
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titre
Cultivation-independent assessment of the bathypelagic archaeal diversity of Thyrrhenian Sea : comparative study of rDNA and rRNA-derived libraries and influence of sample decompression.
auteur
Violetta La Cono, Christian Tamburini, Lucrezia Genovese, Gina La Spada, Renata Denaro, Michail M. Yakimov
article
Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, Elsevier, 2009, 56, pp.768-773. ⟨10.1016/j.dsr2.2008.07.025⟩
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BibTex
titre
The role of disordered ribosomal protein extensions in the early steps of eubacterial 50S ribosomal subunit assembly
auteur
Y. Timsit, Z. Acosta, F. Allemand, C. Chiaruttini, M. Springer
article
Int. J. Mol. Sci., 2009, 10, pp.817-834
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BibTex
titre
Seasonal variation in di-nitrogen fluxes and associated processes (denitrification, anammox and nitrogen fixation) in sediment subject to shellfish farming influences
auteur
Laura Minjeaud, Valérie Michotey, Nicole Garcia, Patricia Bonin
article
Aquatic Sciences - Research Across Boundaries, Springer Verlag, 2009, pp.1-11. ⟨10.1007/s00027-009-0100-8⟩
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titre
Correcting for Electrocatalyst Desorption and Inactivation in Chronoamperometry Experiments
auteur
Vincent Fourmond, Thomas Lautier, Carole Baffert, Fanny Leroux, Pierre-Pol Liebgott, Sébastien Dementin, Marc Rousset, Pascal Arnoux, David Pignol, Isabelle Meynial-Salles, Phillippe Soucaille, Patrick Bertrand, Christophe Léger
article
Analytical Chemistry, American Chemical Society, 2009, 81, pp.2962 - 2968. ⟨10.1021/ac8025702⟩
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BibTex
titre
The Role of Disordered Ribosomal Protein Extensions in the Early Steps of Eubacterial 50 S Ribosomal Subunit Assembly
auteur
Y. Timsit, Zahir Acosta, Frédéric Allemand, Claude Chiaruttini, Mathias Springer
article
International Journal of Molecular Sciences, MDPI, 2009, 10 (3), pp.817-834
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BibTex
titre
Molybdenum induces the expression of a protein containing a new heterometallic Mo-Fe cluster in Desulfovibrio alaskensis.
auteur
Maria G Rivas, Marta S P Carepo, Cristiano S Mota, Malgorzata Korbas, Marie-Claire Durand, Ana T Lopes, Carlos D Brondino, Alice S Pereira, Graham N George, Alain Dolla, José J G Moura, Isabel Moura
article
Biochemistry, American Chemical Society, 2009, 48 (5), pp.873-82. ⟨10.1021/bi801773t⟩
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BibTex
titre
Effects of hydrostatic pressure on microbil alteration of sinking fecal pellets
auteur
Christian Tamburini, Madeleine Goutx, Catherine Guigue, Marc Garel, Dominique Lefèvre, Bruno Charrière, Richard Sempere, Stephane Pepa, Michael L. Peterson, Stuart G. Wakeham, Cindy Lee
article
Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, Elsevier, 2009, 56, pp.1533-1546. ⟨10.1016/j.dsr2.2008.12.035⟩
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BibTex
titre
Mass mortality in Northwestern Mediterranean rocky benthic communities : effects of the 2003 heat wave
auteur
Joaquim Garrabou, R. Coma, Nathaniel Bensoussan, Marc Bally, Pierre Chevaldonné, M. Cigliano, D. Diaz, Jean-Georges Harmelin, M.C. Gambi, D.K. Kersting, J. Ledoux, C. Lejeusne, T. Pérez, M. Ribes, Jean-Claude Romano, E. Serrano, C. Linares, C. Marschal, N. Teixido, O. Torrents, M. Zabala, F. Zuberer, C. Cerrano
article
Global Change Biology, Wiley, 2009, 15 (5), pp.1090-1103
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BibTex
titre
Spatial mode estimation for functional randoms fields with application to bioturbation problem
auteur
Sophie Dabo-Niang, A. F. Yao, L. Pischedda, P. Cuny, F. Gilbert
article
Stochastic Environmental Research and Risk Assessment, Springer Verlag (Germany), 2009, 24, pp.487-497
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BibTex
titre
Archaeoglobus fulgidus and Thermotoga elfii, Thermophilic Isolates from Deep Geothermal Water of the Paris Basin
auteur
Marie-Laure Fardeau, Florence Goulhen, Mireille Bruschi, Nadia Khélifi, Jean Luc Cayol, Ioannis Ignatiadis, François Guyot, Bernard Ollivier
article
Geomicrobiology Journal, Taylor & Francis, 2009, 26 (2), p. 119-130. ⟨10.1080/01490450802674970⟩
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titre
Mass mortality in Northwestern Mediterranean rocky benthic communities: effects of the 2003 heat wave
auteur
J. Garrabou, R. Coma, N. Bensoussan, Marc Bally, P. Chevaldonne, M. Cigliano, D. Diaz, Jean Georges Harmelin, M. C. Gambi, D. K. Kersting, Jean-Baptiste Ledoux, C. Lejeusne, C. Linares, C. Marschal, T. Perez, M. Ribes, J. C. Romano, E. Serrano, N. Teixido, O. Torrents, M. Zabala, Frédéric Zuberer, C. Cerrano
article
Global Change Biology, Wiley, 2009, 15, pp.1090-1103. ⟨10.1111/j.1365-2486.2008.01823.x⟩
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titre
Microbial diversity in the sputum of a cystic fibrosis patient studied with 16S rDNA pyrosequencing
auteur
Fabrice Armougom, F. Bittar, N. Stremler, J. Rolain, C. Robert, J. Dubus, J. Sarles, Didier Raoult, B. Scola
article
European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, Springer Verlag, 2009, 28 (9), pp.1151 - 1154. ⟨10.1007/s10096-009-0749-x⟩
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titre
Influence of Chironomus riparius (Diptera, Chironomidae) and Tubifex tubifex (Annelida, Oligochaeta) on oxygen uptake by sediments. Consequence of uranium contamination.
auteur
S. Lagauzère, L. Pischedda, P. Cuny, F. Gilbert, G. Stora, J.M. Bonzom
article
Environmental Pollution, Elsevier, 2009, 157, pp.1234-1242
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Conference papers

titre
Bacterial communities asociated with the mediterranean gorgonian Paramuricea clavata
auteur
Marc Bally, Marie La Riviere, Marie Roumagnac, Joaquim Garrabou
article
ASLO Aquatic Sciences Meeting, Jan 2009, Nice, France
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titre
BACTERIAL COMMUNITIES ASSOCIATED WITH THE MEDITERRANEAN GORGONIAN PARAMURICEA CLAVATA
auteur
Marc Bally, Marie La Riviere, Marie Roumagnac, Joaquim Garrabou
article
ASLO Aquatic Sciences Meeting, Jan 2009, Nice, France
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Book sections

titre
The genus Thermohalobacter
auteur
Jean Luc Cayol, Jean-Louis Garcia, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Springer-Verlag, pp.Vol 3: 848-850, 2009
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titre
The Genus Aminobacterium
auteur
Sandra Baena, Jean-Louis Garcia, Jean Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Springer-Verlag, pp.Vol 3 1165-1167, 2009
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titre
The genus Halothermothrix
auteur
Jean Luc Cayol, Bernard Ollivier, Jean-Louis Garcia
article
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Springer-Verlag, pp.Vol 3 : 1202-1205, 2009
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titre
The genus Caldanaerobacter
auteur
Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Jean Luc Cayol
article
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Springer-Verlag, pp.Vol 3: 1241-1244, 2009
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titre
The genus Mahella
auteur
M Bonillas-Salinas, Bernard Ollivier, Bharat Patel, Jean Luc Cayol
article
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Springer-Verlag, pp.Vol 3 : 1296-1298., 2009
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titre
The genus Aminomonas
auteur
Sandra Baena, Jean-Louis Garcia, Jean Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Springer-Verlag, pp.Vol 3 : 1167-1170, 2009
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2008

Journal articles

titre
Influence of Chironomus riparius (Diptera, Chironomidae) and Tubifex tubifex (Annelida, Oligochaeta) on oxygen uptake by sediments? Consequences of uranium contamination.
auteur
S. Lagauzère, Laura Pischedda, Philippe Cuny, Franck Gilbert, Georges Stora, J.M. Bonzom
article
Chemosphere, Elsevier, 2008, 157, pp.1234-1242. ⟨10.1016/j.envpol.2008.12.004⟩
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titre
Si–C interactions during degradation of the diatom Skeletonema marinoi
auteur
Brivaëla Moriceau, Madeleine Goutx, Catherine Guigue, Cindy Lee, Robert Armstrong, Marie Duflos, Christian Tamburini, Bruno Charrière, Olivier Ragueneau
article
Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, Elsevier, 2008, pp.1381-1395. ⟨http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0967064508004141⟩. ⟨10.1016/j.dsr2.2008.11.026⟩
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https://hal.univ-brest.fr/hal-00381507/file/Moriceau_et_al._DSRII.pdf BibTex
titre
Distribution and activity of Bacteria and Archaea in the different water masses of the Tyrrhenian Sea
auteur
Christian Tamburini, Marc Garel, Badr Al Ali, Bastien Mérigot, Pascal Kriwy, Bruno Charrière, Giorgio Budillon
article
Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, Elsevier, 2008, 56, pp.700-712. ⟨10.1016/j.dsr2.2008.07.021⟩
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titre
Nisaea denitrificans gen. nov., sp. nov. and Nisaea nitritireducens sp. nov., two novel members of the class Alphaproteobacteria from the Mediterranean Sea
auteur
Laurent Urios, Valérie Michotey, Laurent Intertaglia, Françoise Lesongeur, Philippe Lebaron
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2008, 58 (Pt 10), pp.2336-2341. ⟨10.1099/ijs.0.64592-0⟩
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titre
Nitrogen fluxes from marine sediments : quantification of the associated co-occurring bacterial processes
auteur
Laura Minjeaud, Patricia Bonin, Valérie Michotey
article
Biogeochemistry, Springer Verlag, 2008, 90, pp.141-157. ⟨10.1007/s10533-008-9241-4⟩
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titre
Nisaea denitrificans gen.nov., sp.nov. and Nisaea nitrireducens sp. nov., two novel members of the class Alphaproteobacteria from the Mediterranean Sea
auteur
Laurent Urios, Valérie Michotey, Laurent Intertaglia, Françoise Lesongeur, Philippe Lebaron
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2008, 58, pp.2336-2341. ⟨10.1099/ijs.0.64592-0⟩
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titre
Major viral impact on the functioning of benthic deep-sea ecosystems
auteur
Roberto Danovaro, Antonio Dell'Anno, Cinzia Corinaldesi, Mirko Magagnini, Rachel Noble, Christian Tamburini, Markus Weinbauer
article
Nature, Nature Publishing Group, 2008, 454, pp.1084-1109. ⟨10.1038/nature07268⟩
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titre
Major viral impact on the functioning of benthic deep-sea ecosytems
auteur
Roberto Danovaro, Antonio Dell'Anno, Cinzia Corinaldesi, Mirko Magagnini, Rachel Noble, Christian Tamburini, Markus Weinbauer
article
Nature, Nature Publishing Group, 2008, 454, pp.1084-1109. ⟨10.1038/nature07268⟩
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titre
Metabolism of n-alkanes and n-alkenes by anaerobic bacteria: A summary
auteur
Vincent Grossi, Cristiana Cravo-Laureau, Rémy Guyoneaud, Anthony Ranchou-Peyruse, Agnes Hirschler-Rea
article
Organic Geochemistry, Elsevier, 2008, 39 (8), pp.1197 - 1203. ⟨http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0146638008000508ER⟩. ⟨10.1016/j.orggeochem.2008.02.010⟩
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titre
Diversity surveys and evolutionary relationships of aoxB genes in aerobic arsenite-oxidizing bacteria.
auteur
Marianne Quéméneur, Audrey Heinrich-Salmeron, Daniel Muller, Didier Lièvremont, Michel Jauzein, Philippe N Bertin, Françis Garrido, Catherine Joulian
article
Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2008, 74 (14), pp.4567-73. ⟨10.1128/AEM.02851-07⟩
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titre
Aerobic metabolism of vitamin E by marine bacteria : interaction with free radical oxidation (autoxidation) processes
auteur
Jean François Rontani, Mina Nassiry, Sophie Guasco, Abdelkrim Mouzdahir, Patricia Bonin
article
Organic Geochemistry, Elsevier, 2008, 39, pp.676-688. ⟨10.1016/J.orggeochem.2008.02.018⟩
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titre
Thermodesulfovibrio hydrogeniphilus sp. nov., a new thermophilic sulphate-reducing bacterium isolated from a Tunisian hot spring.
auteur
Olfa Haouari, Marie Laure Fardeau, Jean Luc Cayol, Guy Fauque, Corinne Casiot, Francoise Elbaz-Poulichet, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier
article
Systematic and Applied Microbiology, Elsevier, 2008, 31 (1), pp.38-42. ⟨10.1016/j.syapm.2007.12.002⟩
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titre
Disulfide bond-dependent mechanism of protection against oxidative stress in pyruvate-ferredoxin oxidoreductase of anaerobic Desulfovibrio bacteria.
auteur
Nicolas Vita, E Claude Hatchikian, Matthieu Nouailler, Alain Dolla, Laetitia Pieulle
article
Biochemistry, American Chemical Society, 2008, 47 (3), pp.957-64. ⟨10.1021/bi7014713⟩
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titre
Clostridiisalibacter paucivorans gen. nov., sp. nov., a novel moderatly halophilic bacterium isolated from olive mill wastewater
auteur
Pierre-Pol Liebgott, Manon Joseph, Marie Laure Fardeau, Jean Luc Cayol, Enevold Falsen, Fatima Chamkh, Abdel-Illah Qatibi, Marc Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2008, 58, pp.61-67. ⟨10.1099/ijs.0.65182-0⟩
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titre
Optimized conditions for the synthesis of vanillic acid under hypersaline conditions by Halomonas elongata DSM 2581(T) resting cells
auteur
Slim Abdelkafi, Marc Labat, Zouhaier Ben Ali Gam, Jean Lorquin, Laurie Casalot, Sami Sayadi
article
WORLD JOURNAL OF MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY, 2008, 24, pp.675-680. ⟨10.1007/s11274-007-9523-3⟩
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titre
Comparative secretome analyses of two Trichoderma reesei RUT-C30 and CL847 hypersecretory strains.
auteur
Isabelle Herpoël-Gimbert, Antoine Margeot, Alain Dolla, Gwénaël Jan, Daniel Mollé, Sabrina Lignon, Hughes Mathis, Jean-Claude Sigoillot, Frédéric Monot, Marcel Asther
article
Biotechnol Biofuels, 2008, 1 (1), pp.18. ⟨10.1186/1754-6834-1-18⟩
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titre
Metagenome Annotation Using a Distributed Grid of Undergraduate Students
auteur
P. Hingamp, Céline Brochier-Armanet, E. Talla, D. Gautheret, D. Thieffry, C. Herrmann
article
PLoS Biology, Public Library of Science, 2008, 6, pp.239-241
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titre
NF-kB dependent expression of the antiapoptotic factor c-FLIP is regulated by calpain 3, the protein involved in limb-girdle muscular dystrophy type 2A.
auteur
B. Benayoun, S. Baghdiguian, A. Lajmanovich, Manon Bartoli, N. Daniele, E. Gicquel, N. Bourg, F. Raynaud, Ma Pasquier, L. Suel, H. Lochmuller, G. Lefranc, I. Richard
article
FASEB Journal, Federation of American Society of Experimental Biology, 2008, 22 (5), pp.1521-1529
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titre
Degradation of alkenones by aerobic heterotrophic bacteria : Selective or not ?
auteur
Jean François Rontani, Ranjita Harji, Sophie Guasco, F.G. Prahl, John K. Volkman, Narayan B. Bhosle, Patricia Bonin
article
Organic Geochemistry, Elsevier, 2008, 39, pp.34-51. ⟨10.1016/j.orgageochem.2007.10.003⟩
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titre
Imaging Oxygen Distribution in Marine Sediments. The Importance of Bioturbation and Sediment Heterogeneity
auteur
Laura Pischedda, Jean-Christophe Poggiale, Philippe Cuny, Franck Gilbert
article
Acta Biotheoretica, Springer Verlag, 2008, pp.1-13. ⟨10.1007/s10441-008-9033-1⟩
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Theses

titre
Les processus biogéochimiques impliqués dans la mobilité de l'arsenic : recherche de bioindicateurs
auteur
Marianne Quemeneur
article
Sciences de la Terre. Université Henri Poincaré - Nancy 1, 2008. Français. ⟨NNT : 2008NAN10088⟩
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2007

Journal articles

titre
Bioconversion of tyrosol into hydroxytyrosol and 3,4-dihydroxyphenylacetic acid under hypersaline conditions by the new Halomonas sp. strain HTB24
auteur
Pierre-Pol Liebgott, Marc Labat, Laurence Casalot, Agnès Amouric, Jean Lorquin
article
FEMS Microbiology Letters, Wiley-Blackwell, 2007, 276 (1), pp.26 - 33. ⟨10.1111/j.1574-6968.2007.00896.x⟩
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titre
Desulfatiferula olefinivorans gen. nov., sp. nov., a long-chain n-alkene-degrading, sulfate-reducing bacterium.
auteur
Cristiana Cravo-Laureau, Cindy Labat, Catherine Julian, Robert Matheron, Agnes Hirschler-Rea
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2007, 57, pp.2699-702. ⟨10.1099/ijs.0.65240-0⟩
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titre
The 1.3 A resolution structure of the RNA tridecamer r(GCGUUUGAAACGC): Metal ion binding correlates with base unstacking and groove contraction
auteur
Y. Timsit, S. Bombard
article
RNA, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2007, 13 (12), pp.2098-2107
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titre
Crystal structure of the 16 heme cytochrome from Desulfovibrio gigas: a glycosylated protein in a sulphate-reducing bacterium.
auteur
Teresa Santos-Silva, João Miguel Dias, Alain Dolla, Marie-Claire Durand, Luísa L Gonçalves, Jorge Lampreia, Isabel Moura, Maria João Romão
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 2007, 370 (4), pp.659-73. ⟨10.1016/j.jmb.2007.04.055⟩
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titre
Coexistence of two protein folding states in the crystal structure of ribosomal protein L20.
auteur
Y. Timsit, F. Allemand, C. Chiaruttini, M. Springer
article
EMBO Reports, EMBO Press, 2007, 7, pp.1013-1018
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titre
Seasonal and diel distributions of denitrifying and bacterial communities in a hypersaline microbial mat (Camargue, France)
auteur
Christelle Desnues, Valérie Michotey, Andrea Wieland, Cui Zhizang, Aude Fourçans, Robert Duran, Patricia Bonin
article
Water Research, IWA Publishing, 2007, 41, pp.3407-3419
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titre
Alkane biodegradation and dynamics of phylogenetic subgroups of sulfate-reducing bacteria in an anoxic coastal marine sediment artificially contaminated with oil
auteur
Gilles Miralles, Vincent Grossi, Monique Acquaviva, Robert Duran, Jean Claude Bertrand, Philippe Cuny
article
Chemosphere, Elsevier, 2007, 68, pp.1327-1334. ⟨10.1016/j.chemosphere.2007.01.033⟩
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titre
Effects of spilled Oil on Bacterial Communities of mediterranean Coastal Anoxic Chronically Subjected to oil Hydrocarbon Contamination
auteur
Gilles Miralles, David Nérini, Claude Manté, Monique Acquaviva, Pierre Doumenq, Valérie Michotey, Sylvie Nazaret, Jean Claude Bertrand, Philippe Cuny
article
Microbial Ecology, Springer Verlag, 2007, pp.1-16. ⟨10.1007/s00248-007-9221-6⟩
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titre
Influence of bioturbation by the polychaete Nereis diversicolor on the structure of bacterial communities in oil contamined coastal sediments
auteur
Philippe Cuny, Gilles Miralles, Véronique Cornet-Barthaux, Monique Acquaviva, Georges Stora, Vincent Grossi, Franck Gilbert
article
Marine Pollution Bulletin, Elsevier, 2007, 54, pp.452-459
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BibTex
titre
Influence of bioturbation by the polychaete Nereis diversicolor on the structure of bacterial communities in oil contaminated coastal sediments
auteur
Philippe Cuny, Gilles Miralles, Véronique Cornet-Barthaux, Monique Acquaviva, Georges Stora, Vincent Grossi, Franck Gilbert
article
Marine Pollution Bulletin, Elsevier, 2007, 54, pp.452-459. ⟨10.1016/j.marpolbul.2006.12.008⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00171096/file/Cuny_6089.pdf BibTex
titre
Anaerobic 1-Alkene Metabolism by the Alkane- and Alkene-Degrading Sulfate Reducer Desulfatibacillum aliphaticivorans Strain CV2803T▼_
auteur
Vincent Grossi, Cristiana Cravo-Laureau, Alain Méou, Danielle Raphel, Frédéric Garzino, Agnès Hirschler-Réa
article
Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2007, 73 (24), pp.7882-7890. ⟨10.1128/AEM.01097-07⟩
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BibTex
titre
Alkane biodegradation and dynamics of phylogenetic subgroups of sulfate-reducing bacteria in an anoxic coastal marine sediment artificially contaminated with oil
auteur
Gilles Miralles, Vincent Grossi, Monique Acquaviva, Robert Duran, Jean Claude Bertrand, Philippe Cuny
article
Chemosphere, Elsevier, 2007, 68, pp.1327-1334. ⟨10.1016/j.chemosphere.2007.01.033⟩
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BibTex
titre
Detection and phylogenetic identification of labeled prokaryotic cells on mineral surfaces using Scanning X-ray Microscopy
auteur
Bénédicte Ménez, Céline Rommevaux-Jestin, Murielle Salomé, Yuheng Wang, Pascal Philippot, Alain Bonneville, Emmanuelle Gérard
article
Chemical Geology, Elsevier, 2007, 240 (1-2), pp.182-192. ⟨10.1016/j.chemgeo.2007.02.009⟩
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BibTex
titre
Continuous enrichment cultures: insights into prokaryotic diversity and metabolic interactions in deep-sea vent chimneys
auteur
Anne Postec, Françoise Lesongeur, Patricia Pignet, Bernard Ollivier, Joël Querellou, Anne Godfroy
article
Extremophiles, Springer Verlag, 2007, 11, pp.747-757. ⟨10.1007/s00792-007-0092-z⟩
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Conference papers

titre
Metabolism of n-alkanes and n-alkeries by anaerobic bacteria: A summary
auteur
Vincent Grossi, Cristiana Cravo-Laureau, Remy Guyoneaud, Anthony Ranchou-Peyruse, Agnes Hirschler-Rea
article
23rd International Meeting on Organic Geochemistry, Sep 2007, Torquay (ENGLAND), France. pp.1197-1203
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Book sections

titre
Sulphate-reducing bacteria from oil fields environments and deep-sea hydrothermal vents
auteur
Bernard Ollivier, Jean Luc Cayol, Guy Fauque
article
Sulpate-Reducing Bacteria : Environmental and Engineered Systems, Cambridge University Press, pp.10, 305-328, 2007
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BibTex
titre
Impact of the deep biosphere on CO2 storage performance
auteur
Bénédicte Ménez, S Dupraz, Emmanuelle Gérard, François Guyot, Céline Rommevaux, Maximilien Libert, F Delorme, Christian Michel, Fabienne Battaglia-Brunet, Bruno Garcia, Denis Blanchet, Alain-Yves Huc, F. Haeseler, Phil M. Oger, Gilles Dromart, Bernard Ollivier, Michel Magot
article
Geotechnologien Science Reports, 9, pp.150-163, 2007, French-German Symposium on Geological storage of CO2
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titre
In Situ X-Ray Microscopy at High Temperature and Pressure
auteur
B. Ménez, H. Bureau, J. Cauzid, Valérie Malavergne, A. Somogyi, A. Simionovici, Manuel Munoz, L. Avoscan, C. Rommevaux-Jestin, B. Gouget
article
A. Méndez-Vilas, J. Díaz. Modern Research and Educational Topics in Microscopy, Formatex, pp.976 à 988, 2007
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2006

Journal articles

titre
Marinobacter vinifirmus sp. nov., a moderately halophilic bacterium isolated from a wine-barrel-decalcification wastewater
auteur
P.-P. Liebgott, L. Casalot, S. Paillard, J. Lorquin, M. Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2006, 56 (11), pp.2511 - 2516. ⟨10.1099/ijs.0.64368-0⟩
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titre
Oxygen defense in sulfate-reducing bacteria.
auteur
Alain Dolla, Marjorie Fournier, Zorah Dermoun
article
Journal of Biotechnology, Elsevier, 2006, 126 (1), pp.87-100. ⟨10.1016/j.jbiotec.2006.03.041⟩
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titre
Coexistence of two protein folding states in the crystal structure of ribosomal protein L20
auteur
Y. Timsit, Frédéric Allemand, Claude Chiaruttini, Mathias Springer
article
EMBO Reports, EMBO Press, 2006, 7 (10), pp.1013-1018
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titre
Response of the anaerobe Desulfovibrio vulgaris Hildenborough to oxidative conditions: proteome and transcript analysis.
auteur
Marjorie Fournier, Corinne Aubert, Zorah Dermoun, Marie-Claire Durand, Danielle Moinier, Alain Dolla
article
Biochimie, Elsevier, 2006, 88 (1), pp.85-94. ⟨10.1016/j.biochi.2005.06.012⟩
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BibTex
titre
Nitrogen budget in a microbial mat of Camargue (South of France)
auteur
Patricia Bonin, Valérie Michotey
article
Marine Ecology Progress Series, Inter Research, 2006, XXX, pp.XX Xx
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BibTex
titre
Purification and Preliminary Characterization of Tetraheme Cytochrome C3 and Adenylylsulfate Reductase from the Peptidolytic Sulfate-Reducing bacterium Desulfovibrio aminophilus DSM 12254
auteur
Alejandro Lopez-Cortes, Sergey Bursakov, Angelo Figueiredo, Anders Thapper, Smilja Todorovic, José J.G. Moura, Bernard Ollivier, Isabel Moura, Guy Fauque
article
Bioorganic Chemistry, Elsevier, 2006, xxx, pp.1-11
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BibTex
titre
Biochemical and spectroscopic characterization of an aldehyde oxidoreductase isolated from Desulfovibrio aminophilus
auteur
Anders Thapper, Maria G. Rivas, Carlos D. Brondino, Bernard Ollivier, Guy Fauque, Isabel Moura, José J.G. Moura
article
Journal of Inorganic Biochemistry, Elsevier, 2006, 100, pp.44-50
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titre
Impact of feeding by Arenicola marina (L.) and ageing of faecal material on fatty acid distribution and bacterial community structure in marine sediments: An experimental approach
auteur
Vincent Grossi, Philippe Cuny, Sarah Caradec, David Nerini, Richard Pancost, Franck Gilbert
article
Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, Elsevier, 2006, 336, pp.54-64. ⟨10.1016/j.jembe.2006.04.003⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00148497/file/Grossi_6095.pdf BibTex
titre
Impact of feeding by Arenicola marina (L.) and ageing of faecal material on fatty acid distribution and baterial community structure in marine sediments : an experimental approach
auteur
Vincent Grossi, Philippe Cuny, Sarah Caradec, David Nérini, Richard Pancost
article
Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, Elsevier, 2006, 336, pp.54-64
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BibTex
titre
Life under pressure
auteur
Christian Tamburini
article
Microbial Ecology, Springer Verlag, 2006, 10, pp.1-17
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titre
Reclassification of the sulfate- and nitrate-reducing bacterium Desulfovibrio vulgaris subsp. oxamicus as Desulfovibrio oxamicus sp. nov., comb. nov.
auteur
Alejandro Lopez-Cortes, Marie-Laure Fardeau, Guy Fauque, Catherine Joulian, Bernard Ollivier
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2006, 56, pp.1495-1499
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BibTex
titre
Experimental and field evidence for thiyl radical-induced stereomutation of alkenones and other lipids in sediments and seawater
auteur
Jean François Rontani, Patricia Bonin, F.G. Prahl, Ian D. Jameson, John K. Volkman
article
Organic Geochemistry, Elsevier, 2006, xxx, pp.1-16
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BibTex
titre
Coexistence of two protein folding states in the crystal structure of ribosomal protein L20
auteur
Y. Timsit, F. Allemand, C. Chiaruttini, M. Springer
article
EMBO Reports, EMBO Press, 2006, 7, pp.1013-1018
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titre
Stratified prokaryote network in the oxic-anoxic transition of a deep-sea halocline
auteur
Daniele Daffonchio, Sara Borin, Tullio Brusa, Lorenzo Brusetti, Paul W.J.J. van der Wielen, Henk Bolhuis, Michail M. Yakimov, Giuseppe d'Auria, Laura Giuliano, Danielle Marty, Christian Tamburini, Terry J. Mc Genity, John E. Hallsworth, Andrea M. Sass, Kenneth N. Timmis, Anastasios Tselepides, Gert J. de Lange, Andreas Hubner, John Thomson, Soterios P. Varnavas, Francesco Gasparoni, Hans W. Gerber, Elisa Malinverno, Cesare Corselli
article
Nature, Nature Publishing Group, 2006, 440, pp.203-207
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BibTex
titre
Bioconversion of ferulic acid to vanillic acid by Halomonas elongata isolated from table-olive fermentation
auteur
Slim Abdelkafi, Sami Sayadi, Zouhaier Ben Ali Gam, Laurie Casalot, Marc Labat
article
FEMS Microbiology Letters, Wiley-Blackwell, 2006, 262, pp.115-120. ⟨10.1111/j.1574-6968.2006.00381.x⟩
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Book sections

titre
Growth of hyperthermophilic microorganisms fo physiological and nutritional studies
auteur
Anne Godfroy, Anne Postec, N. Raven
article
Extremophiles, Elsevier, pp.93-107, 2006, Methods in Microbiology ; 35
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titre
Deep-sea Thermococcales and their Genetic Elements: Plasmids and Viruses
auteur
Daniel Prieur, Gaël Erauso, Didier Flament, Mélusine Gaillard, Claire Geslin, Mathieu Gonnet, Marc Le Romancer, Soizick Lucas, Patrick Forterre
article
Extremophiles, Elsevier, pp.253-272, 2006, Methods in Microbiology ; 35, ⟨10.1016/S0580-9517(08)70014-X⟩
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titre
Growth of hyperthermophilic microorganisms for physiological and nutritional studies
auteur
Anne Godfroy, Anne Postec, Neil Raven
article
Methods in Microbiology, Extremophiles, Elsevier, pp.VOLUME 35, 93-108, 2006, ⟨10.1016/S0580-9517(08)70007-2⟩
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2005

Journal articles

titre
Tectonic interpretation of the Andrew Bain transform fault: Southwest Indian Ocean
auteur
John Sclater, Nancy Grindlay, John Madsen, Céline Rommevaux-Jestin
article
Geochemistry, Geophysics, Geosystems, AGU and the Geochemical Society, 2005, 6 (9), pp.n/a - n/a. ⟨10.1029/2005GC000951⟩
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https://hal-insu.archives-ouvertes.fr/insu-01777716/file/Sclater_et_al-2005-Geochemistry%2C_Geophysics%2C_Geosystems.pdf BibTex
titre
Anaerobic n-alkane metabolism by a sulfate-reducing bacterium, Desulfatibacillum aliphaticivorans strain CV2803T.
auteur
Cristiana Cravo-Laureau, Vincent Grossi, Danielle Raphel, Robert Matheron, Agnes Hirschler-Rea
article
Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 2005, 71 (7), pp.3458-67. ⟨10.1128/AEM.71.7.3458-3467.2005⟩
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titre
Marinitoga hydrogenitolerans sp. nov., a novel member of the order Thermotogales isolated from a black smoker chimney on the Mid-Atlantic Ridge.
auteur
Anne Postec, Claire Le Breton, Marie Laure Fardeau, Françoise Lesongeur, Patricia Pignet, Joël Querellou, Bernard Ollivier, Anne Godfroy
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2005, 55 (Pt 3), pp.1217-21. ⟨10.1099/ijs.0.63550-0⟩
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titre
Proteome analysis of Rickettsia conorii by two-dimensional gel electrophoresis coupled with mass spectrometry.
auteur
Patricia Renesto, Saïd Azza, Alain Dolla, Patrick Fourquet, Guy Vestris, Jean-Pierre Gorvel, Didier Raoult
article
FEMS Microbiology Letters, Wiley-Blackwell, 2005, 245 (2), pp.231-8. ⟨10.1016/j.femsle.2005.03.004⟩
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titre
Continuous enrichment culture and molecular monitoring to investigate the microbial diversity of thermophiles inhabiting deep-sea hydrothermal ecosystems.
auteur
Anne Postec, Laurent Urios, Françoise Lesongeur, Bernard Ollivier, Joël Querellou, Anne Godfroy
article
Current Microbiology, Springer Verlag, 2005, 50 (3), pp.138-44. ⟨10.1007/s00284-004-4443-z⟩
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titre
Molecular, Biochemical, and Physiological Approaches for Understanding the Ecology of Denitrification
auteur
Christelle Goréguès, Valerie Michotey, Patricia Bonin
article
Microbial Ecology, Springer Verlag, 2005, 49 (2), pp.198-208
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titre
Optimisation of growth conditions for continuous culture of the hyperthermophilic archaeon Thermococcus hydrothermalis and development of sulphur-free defined and minimal media.
auteur
Anne Postec, Patricia Pignet, Valérie Cueff, Anne Schmitt, Joël Querellou, Anne Godfroy
article
Research in Microbiology, Elsevier, 2005, 156 (1), pp.82-7. ⟨10.1016/j.resmic.2004.08.001⟩
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titre
Molecular, Biochemical and Physiological Approaches for Understanding the Ecology of Denitrification
auteur
Christèle Goregues, Valérie Michotey, Patricia Bonin
article
Microbial Ecology, Springer Verlag, 2005, 49, pp.198-208
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Patents

titre
Use of bacterium strains for the preparation of metallic biocatalysts, in particular for the preparation of palladium biocatalysts
auteur
Marc Rousset, Laurence Casalot, Pascale de Philip, A. Belaich, L. E. Macaskie, I. Mykheenko
article
France, Patent n° : 05 290 387.9. 2005
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2004

Journal articles

titre
Isolation of hydrocarbonoclastic denitrifying bacteria from berre microbial mats
auteur
Christelle Goréguès, Valerie Michotey, Patricia Bonin
article
Ophelia, Taylor & Francis, 2004, 58 (3), pp.263-270
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titre
Thermosipho atlanticus sp. nov., a novel member of the Thermotogales isolated from a Mid-Atlantic Ridge hydrothermal vent.
auteur
Laurent Urios, Valérie Cueff, Patricia Pignet, Anne Postec, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Georges Barbier
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2004, 54 (Pt 6), pp.1953-7. ⟨10.1099/ijs.0.63069-0⟩
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titre
Desulfatibacillum alkenivorans sp. nov., a novel n-alkene-degrading, sulfate-reducing bacterium, and emended description of the genus Desulfatibacillum
auteur
Cristiana Cravo-Laureau, Robert Matheron, Catherine Julian, Jean Luc Cayol, Agnes Hirschler-Rea
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2004, 54, pp.1639-42. ⟨10.1099/ijs.0.63104-0⟩
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titre
Growth and cellular fatty-acid composition of a sulphate-reducing bacterium, Desulfatibacillum aliphaticivorans strain CV2803T, grown on n-alkenes
auteur
Cristiana Cravo-Laureau, Agnes Hirschler-Rea, Robert Matheron, Vincent Grossi
article
Comptes Rendus Biologies, Elsevier Masson, 2004, 327 (7), pp.687-94
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titre
Feature extraction and signal processing for nylon DNA microarrays.
auteur
Fabrice Lopez, Jacques Rougemont, Béatrice Loriod, Aude Bourgeois, Laurence Loï, François Bertucci, Pascal Hingamp, Rémi Houlgatte, Samuel Granjeaud
article
BMC Genomics, BioMed Central, 2004, 5 (1), pp.38. ⟨10.1186/1471-2164-5-38⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00112016/file/1471-2164-5-38.pdf BibTex
titre
Desulfatibacillum aliphaticivorans gen. nov., sp. nov., an n-alkane- and n-alkene-degrading, sulfate-reducing bacterium
auteur
Cristiana Cravo-Laureau, Robert Matheron, Jean Luc Cayol, Catherine Julian, Agnes Hirschler-Rea
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Microbiology Society, 2004, 54, pp.77-83
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titre
Les bactéries sulfato-réductrices : aspects environnementaux et métaboliques
auteur
Guy Fauque, Jean Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bulletin de la Société Française Microbiologie, 2004, 19, pp.85-91
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titre
Anaerobes : the sulfate-Reducing Bacteria as an Example of Metbolic Diversity
auteur
Guy Fauque, Bernard Ollivier
article
Microbial Diversity and Bioprospecting, 2004, 17, pp.169-176
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BibTex
titre
Isolation of hydrocarbonoclastic denitrifying bacteria from berre microbial mats
auteur
C Goregues, Valerie Michotey, Patricia Bonin
article
OPHELIA, 2004, 58, pp.263-270
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BibTex
titre
Ridge segmentation and the magnetic structure of the Southwest Indian Ridge (at 50°30'E, 55°30'E and 66°20'E): Implications for magmatic processes at ultraslow-spreading centers.
auteur
Daniel Sauter, Hélène Carton, Véronique Mendel, Marc Munschy, Céline Rommevaux-Jestin, Jean-Jacques Schott, Hubert Whitechurch
article
Geochemistry, Geophysics, Geosystems, AGU and the Geochemical Society, 2004, 5, pp.1-25. ⟨10.1029/2003GC000581⟩
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titre
Focused Magmatism versus Amagmatic spreading along the ultraslow-spreading Southwest Indian Ridge. Evidence from TOBI side scan sonar imagery
auteur
Daniel Sauter, Véronique Mendel, Céline Rommevaux-Jestin, Lindsay M. Parson, Hiromi Fujimoto, Catherine Mével, Mathilde Cannat, Kensaku Tamaki
article
Geochemistry, Geophysics, Geosystems, AGU and the Geochemical Society, 2004, 5, pp.20. ⟨10.1029/2004GC000738⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00104253/file/Sauter_et_al-2004-Geochemistry%2C_Geophysics%2C_Geosystems.pdf BibTex
titre
A simple and highly reproducible technique to extract the 14CO2 resulting from respiration of 14C-labeled seawater samples
auteur
Christian Tamburini, Marc Tedetti
article
Hydrobiologia, Springer, 2004, 523, pp.1-7
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2003

Journal articles

titre
DNA microarray data and contextual analysis of correlation graphs.
auteur
Jacques Rougemont, Pascal Hingamp
article
BMC Bioinformatics, BioMed Central, 2003, 4, pp.15. ⟨10.1186/1471-2105-4-15⟩
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https://www.hal.inserm.fr/inserm-00115584/file/1471-2105-4-15.pdf BibTex
titre
Glucose Fermentation by Propionibacterium microaerophilum : Effect of pH on Metabolism and Bioenergetic
auteur
Marina Koussémon, Yannick Combet-Blanc, Bernard Ollivier
article
Current Microbiology, Springer Verlag, 2003, 46 (2), pp.141 - 145. ⟨10.1007/s00284-002-3839-x⟩
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BibTex
titre
Melt supply variations to a magma-poor ultra-slow spreading ridge (Southwest Indian Ridge 61° to 69°E)
auteur
Mathilde Cannat, Céline Rommevaux-Jestin, Hiromi Fujimoto
article
Geochemistry, Geophysics, Geosystems, AGU and the Geochemical Society, 2003, 4 (8), ⟨10.1029/2002GC000480⟩
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titre
Magmato-Tectonic Cyclicity at the Ultra-Slow Spreading Southwest Indian Ridge: Evidence from Variations of Axial Volcanic Ridge Morphology and Abyssal Hills Pattern
auteur
Véronique Mendel, Daniel Sauter, Céline Rommevaux-Jestin, Philippe Patriat, F. Lefebvre, Lindsay Parson
article
Geochemistry, Geophysics, Geosystems, AGU and the Geochemical Society, 2003, 4 (5), ⟨10.1029/2002GC000417⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00104244/file/Mendel_et_al-2003-Geochemistry%2C_Geophysics%2C_Geosystems%20%281%29.pdf BibTex

2002

Journal articles

titre
EMBL-Align: a new public nucleotide and amino acid multiple sequence alignment database
auteur
V. Lombard, E.B. Camon, H.E. Parkinson, P. Hingamp, G. Stoesser, N. Redaschi
article
Bioinformatics, Oxford University Press (OUP), 2002, 18, pp.763-764
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BibTex
titre
TOBI Sidescan Sonar Imagery of the Very Slow-Spreading Southwest Indian Ridge: Evidence for Along-Axis Magma Distribution.
auteur
Daniel Sauter, Lindsay M. Parson, Véronique Mendel, Céline Rommevaux-Jestin, Olga Gomez, Anne Briais, Catherine Mével, Kensaku Tamaki, The Fuji Scientific Team
article
Earth and Planetary Science Letters, Elsevier, 2002, 199, pp.81-95
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Book sections

titre
Prognosis of breast cancer and gene expression profiling using DNA arrays
auteur
F Bertucci, R Houlgatte, S Granjeaud, V Nasser, Béatrice Loriod, E Beaudoing, P Hingamp, J Jacquemier, P Viens, D Birnbaum, C Nguyen
article
Microarrays, Immune Responses and Vaccines, 975, pp.217-231, 2002, 0077-8923;1-57331-446-3
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2001

Journal articles

titre
Convergent Evolution of MutS and Topoisomerase II for Clamping DNA crossovers and stacked Holliday junctions
auteur
Y. Timsit
article
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, Taylor & Francis: STM, Behavioural Science and Public Health Titles, 2001, 19 (2), pp.215-218. ⟨10.1080/07391102.2001.10506733⟩
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BibTex
titre
Hydration and structural alterations of A-DNA. Implications for the accuracy of DNA replication.
auteur
C Mayer, Y. Timsit
article
Cellular and Molecular Biology, R. Wegmann, 2001, 47 (5), pp.815-22
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BibTex
titre
The Southwest Indian Ridge between 49°15'E and 57°E: focused accretion and magma redistribution.
auteur
Daniel Sauter, Philippe Patriat, Céline Rommevaux-Jestin, Mathilde Cannat, Anne Briais, The Gallieni Shipboard Scientific Party
article
Earth and Planetary Science Letters, Elsevier, 2001, 192, pp.303-317
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2000

Journal articles

titre
Divergent N-terminal sequences target an inducible testis deubiquitinating enzyme to distinct subcellular structures.
auteur
L. Lin, Anne Keriel, C. Morales, N Bedard, Q. Zhao, P. Hingamp, S Lefrançois, L Combaret, S. Wing
article
Molecular and Cellular Biology, American Society for Microbiology, 2000, 20 (17), pp.6568-78
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titre
DNA Structure and Polymerase Fidelity: A New Role for A-DNA
auteur
Y. Timsit
article
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, Taylor & Francis: STM, Behavioural Science and Public Health Titles, 2000, 17 (sup1), pp.169-176. ⟨10.1080/07391102.2000.10506617⟩
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1999

Journal articles

titre
DNA structure and polymerase fidelity 1 1Edited by T. Richmond
auteur
Y. Timsit
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 1999, 293 (4), pp.835-853. ⟨10.1006/jmbi.1999.3199⟩
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BibTex
titre
Left-handed DNA Crossovers. Implications for DNA-DNA Recognition and Structural Alterations
auteur
Y. Timsit, Michal Shatzky-Schwartz, Zippora Shakked
article
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, Taylor & Francis: STM, Behavioural Science and Public Health Titles, 1999, 16 (4), pp.775-785. ⟨10.1080/07391102.1999.10508292⟩
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BibTex
titre
Assembly of XcpR in the Cytoplasmic Membrane Is Required for Extracellular Protein Secretion in Pseudomonas aeruginosa
auteur
Genevieve Ball, Virginie Chapon-Hervé, Sophie Bleves, Gérard Michel, Marc Bally
article
Journal of Bacteriology, American Society for Microbiology, 1999, 181 (2), pp.382-388. ⟨http://jb.asm.org/content/181/2/382.full?sid=30c23e25-fed4-4e53-9cbb-93cae9e26540⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01560898/file/Ball-1999.pdf BibTex
titre
Formation of the axial relief at the very slow spreading Southwest Indian Ridge (49° to 69°E)
auteur
Mathilde Cannat, Celine Rommevaux-Jestin, Daniel Sauter, Christine Deplus, Véronique Mendel
article
Journal of Geophysical Research : Solid Earth, American Geophysical Union, 1999, 104 (B10), pp.22,825-22,843. ⟨10.1029/1999JB900195⟩
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https://hal-insu.archives-ouvertes.fr/insu-01586126/file/Cannat_et_al-1999-Journal_of_Geophysical_Research__Solid_Earth_%281978-2012%29.pdf BibTex
titre
RpoS-dependent stress tolerance in Pseudomonas aeruginosa
auteur
Frieda Jorgensen, Marc Bally, Virginie Chapon-Hervé, Gérard Michel, Andree Lazdunski, Paul Williams, Gordon Stewart
article
Microbiology, Microbiology Society, 1999, 145, pp.835 - 844. ⟨10.1099/13500872-145-4-835⟩
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1998

Journal articles

titre
DNA crossovers and type II DNA topoisomerases: a thermodynamical study 1 1Edited by T. Richmond
auteur
Y Sikorav, Bertrand Duplantier, Gérard Jannink, Y. Timsit, Jean-Louis Sikorav
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 1998, 284 (5), pp.1279-1287. ⟨10.1006/jmbi.1998.2280⟩
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BibTex
titre
Symmetry and chirality in topoisomerase II-DNA crossover recognition 1 1Edited by T. Richmond
auteur
B Timsit, Bertrand Duplantier, J Jannink, Jean-Louis Sikorav, Y. Timsit, Gérard Jannink
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 1998, 284 (5), pp.1289-1299. ⟨10.1006/jmbi.1998.2281⟩
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BibTex
titre
Evidence for an uncommon alpha-actinin protein in Trichomonas vaginalis.
auteur
Geneviève Bricheux, Gérard Coffe, Nathalie Pradel, Guy Brugerolle
article
Molecular and Biochemical Parasitology, Elsevier, 1998, 95 (2), pp.241-9
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BibTex
titre
Hydration and recognition of methylated CpG steps in DNA
auteur
C. Mayer-Jung, D. Moras, Y. Timsit
article
EMBO Journal, EMBO Press, 1998, 17 (9), pp.2709-2718. ⟨10.1093/emboj/17.9.2709⟩
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BibTex
titre
Bacterial flora in the gut of Helix aspersa (Gastropoda Pulmonata): evidence for a permanent population with a dominant homolactic intestinal bacterium, Enterococcus casseliflavus
auteur
Maryvonne Charrier, Yannick Combet-Blanc, Bernard Ollivier
article
Canadian Journal of Microbiology, NRC Research Press, 1998, 44 (1), pp.20 - 27. ⟨10.1139/w97-120⟩
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BibTex
titre
Evidence and quantification of thiosulfate reducers unable to reduce sulfate in ricefield soils
auteur
S Escoffier, Bernard Ollivier, Jean Le Mer, J Garcin, P Roger
article
European Journal of Soil Biology, Elsevier, 1998, 34 (2), pp.69-74. ⟨10.1016/S1164-5563(99)90003-1⟩
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1997

Journal articles

titre
Mantle Bouguer Anomaly Along an Ultra Slow-Spreading Ridge: Implications for Accretionary Processes and Comparison with Results from Central Mid-Atlantic Ridge
auteur
Céline Rommevaux-Jestin, Christine Deplus, Philippe Patriat
article
Marine Geophysical Researches, 1997, 19 (6), pp.481 - 503. ⟨10.1023/a:1004269003009⟩
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BibTex
titre
Effect of cytosine methylation on DNA-DNA recognition at CpG steps
auteur
Claudine Mayer-Jung, Dino Moras, Y. Timsit
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 1997, 270 (3), pp.328-335. ⟨10.1006/jmbi.1997.1137⟩
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BibTex
titre
Hydrocarbon influence on denitrification in bioturbated Mediterranean coastal sediments
auteur
Franck Gilbert, Georges Stora, Patricia Bonin, Yveline Ledréau, Gilbert Mille, Jean-Claude Bertrand
article
Hydrobiologia, Springer, 1997, vol. 345, pp. 67-77. ⟨10.1023/A:1002931432250⟩
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https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-00823238/file/gilbert_6119.pdf BibTex
titre
Evidence for anaerobic bacterial processes in the water column: denitrification and dissimilatory nitrate ammonification in the northwestern Mediterranean Sea
auteur
Valerie Michotey, Patricia Bonin
article
Marine Ecology Progress Series, Inter Research, 1997, 160, pp.47-56
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BibTex
titre
Regulation of the xcp secretion pathway by multiple quorum-sensing modulons in Pseudomonas aeruginosa
auteur
Virginie Chapon-Hervé, Mohammed Akrim, Amel Latifi, Paul Williams, André Lazdunski, Marc Bally
article
Molecular Microbiology, Wiley, 1997, 24, pp.1169-1178. ⟨http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1046/j.1365-2958.1997.4271794.x/abstract⟩. ⟨10.1046/j.1365-2958.1997.4271794.x⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01560879/file/Chapon-Herv%C3%A9-1997.pdf BibTex
titre
Aerobic and anaerobic metabolism of 6,10,14-trimethylpentadecan-2-one by a denitrifying bacterium isolated from marine sediments
auteur
Jean-Francois Rontani, Mj Gilewicz, Valerie Michotey, Tl Zheng, Patricia Bonin, Jean Claude Bertrand
article
Applied and Environmental Microbiology, American Society for Microbiology, 1997, 63, pp.636-643
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BibTex
titre
Isolation and characterization of a marine bacterium capable of utilizing 2-methylphenanthrene
auteur
M Gilewicz, N Nihmatuzaron, T Nadalig, H Budzinski, Pierre Doumenq, Valerie Michotey, Jean Claude Bertrand
article
Applied Microbiology and Biotechnology, Springer Verlag, 1997, 48, pp.528-533
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BibTex

1996

Journal articles

titre
Cruciform structures and functions.
auteur
Y. Timsit, D. Moras
article
Quarterly Reviews of Biophysics, Cambridge University Press (CUP), 1996, 29 (4), pp.279-307
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BibTex
titre
Characterisation of the mcpA and mcpB genes capable of encoding methyl-accepting type chemoreceptors in Rhodobacter capsulatus
auteur
Valerie Michotey, B Toussaint, P Richaud, Pm Vignais
article
Gene, Elsevier, 1996, 170, pp.73-76
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BibTex

1995

Journal articles

titre
Multiple N-acyl-L-homoserine lactone signal molecules regulate production of virulence determinants and secondary metabolites in Pseudomonas aeruginosa
auteur
Michael Winson, Miguel Camara, Amel Latifi, Maryline Foglino, Ram Siri Chhabrat, Mavis Daykin, Marc Bally, Virginie Chapon, George Salmond, Barrie Bycroft, Andree Lazdunski, Paul Williams, Gordon Stewart
article
Microbiology, Microbiology Society, 1995, 92 (20), pp.9427 - 9431. ⟨http://www.pnas.org/content/92/20/9427.abstract⟩
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https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01560869/file/Winson-1995.pdf BibTex
titre
Temporal and spatial variations in crustal accretion along the Mid-Atlantic Ridge (29°-31°30′N) over the last 10 m.y.: Implications from a three-dimensional gravity study
auteur
Janet Pariso, Jean-Christophe Sempéré, Céline Rommevaux
article
Journal of Geophysical Research, American Geophysical Union, 1995, 100 (B9), pp.17781 - 17794. ⟨10.1029/95jb01146⟩
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BibTex
titre
Self-fitting and Self-modifying Properties of theB-DNA Molecule
auteur
Y. Timsit, Dino Moras
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 1995, 251 (5), pp.629-647. ⟨10.1006/jmbi.1995.0461⟩
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BibTex
titre
THE GLOBAL REGULATORY PROTEIN FRUR MODULATES THE DIRECTION OF CARBON FLOW IN ESCHERICHIA-COLI
auteur
Tm Ramseier, S Bledig, Valerie Michotey, R Feghali, Mh Saier
article
Molecular Microbiology, Wiley, 1995, 16, pp.1157-1169
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BibTex
titre
NOVEL PROTEINS OF THE PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM ENCODED WITHIN THE RPON OPERON OF ESCHERICHIA-COLI - ENZYME IIA(NTR) AFFECTS GROWTH ON ORGANIC NITROGEN AND THE CONDITIONAL LETHALITY OF AN ERA(TS) MUTANT
auteur
Bs Powell, Dl Court, T Inada, Y Nakamura, Valerie Michotey, Xw Cui, A Reizer, Mh Saier, J Reizer
article
Journal of Biological Chemistry, American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 1995, 270, pp.4822-4839
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BibTex
titre
EFFECT OF THE FRUR REGULATOR ON TRANSCRIPTION OF THE PTS OPERON IN ESCHERICHIA-COLI
auteur
S Ryu, Tm Ramseier, Valerie Michotey, Mh Saier, S Garges
article
Journal of Biological Chemistry, American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 1995, 270, pp.2489-2496
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BibTex

1994

Journal articles

titre
DNA self-fitting: the double helix directs the geometry of its supramolecular assembly.
auteur
Y. Timsit, D. Moras
article
EMBO Journal, EMBO Press, 1994, 13 (12), pp.2737-46
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BibTex
titre
Ocean crust formation processes at very slow spreading centers: A model for the Mohns Ridge, near 72°N, based on magnetic, gravity, and seismic data
auteur
Louis Géli, Vincent Renard, Céline Rommevaux
article
Journal of Geophysical Research, American Geophysical Union, 1994, 99 (B2), pp.2995 - 3013. ⟨10.1029/93jb02966⟩
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1992

Journal articles

titre
Marinobacter hydrocarbonoclasticus gen. nov., sp. nov., a new, extremely halotolerant, hydrocarbon-degrading marine bacterium.
auteur
Michel J. Gauthier, Bénédicte Lafay, Richard Christen, Luis Fernandez, M. Acquaviva, Patricia Bonin, Jean-Claude Bertrand
article
International Journal of Systematic Bacteriology, Society for General Microbiology, 1992, 42 (4), pp.568-76
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titre
Crystallization of DNA.
auteur
Y. Timsit, D. Moras
article
Methods in Enzymology, Elsevier, 1992, 211, pp.409-29
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1991

Journal articles

titre
Base-pairing shift in the major groove of (CA)n tracts by B-DNA crystal structures
auteur
Y. Timsit, Eric Vilbois, Dino Moras
article
Nature, Nature Publishing Group, 1991, 354 (6349), pp.167-170. ⟨10.1038/354167a0⟩
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titre
Groove-backbone interaction in B-DNA. Implication for DNA condensation and recombination.
auteur
Y. Timsit, D. Moras
article
Journal of Molecular Biology, Elsevier, 1991, 221 (3), pp.919-40
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1989

Journal articles

titre
Unusual helical packing in crystals of DNA bearing a mutation hot spot
auteur
R Timsit, Eric Westhof, Robert Fuchs, Dino Moras, Y. Timsit
article
Nature, Nature Publishing Group, 1989, 341 (6241), pp.459-462. ⟨10.1038/341459a0⟩
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1974

Journal articles

titre
Utilisation des photographies hémisphériques pour le cubage des arbres sur pied
auteur
M. Ducrey, Manon Bartoli
article
Annales des sciences forestières, INRA/EDP Sciences, 1974, 31 (4), pp.229-248. ⟨10.1051/forest/19740403⟩
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1971

Journal articles

titre
Densité de plantation : étude bibliographique et premiers résultats d'une expérience sur le Douglas (" Pseudostuga menziesii " Mirb.)
auteur
Manon Bartoli, N. Decourt
article
Annales des sciences forestières, INRA/EDP Sciences, 1971, 28 (1), pp.59-81. ⟨10.1051/forest/19710104⟩
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