Publications HAL

2025

Journal articles

titre
A trace metal cleaning protocol for laboratory equipment to enhance the repeatability of methanotroph cultures
auteur
Marie Noguer, Sandrine Chifflet, Sylvain Davidson, Florian Haitz, Bernard Angeletti, Jean Borgomano, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Yannick Combet-Blanc
article
MethodsX, 2025, 14, ⟨10.1016/j.mex.2025.103392⟩
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https://hal.science/hal-05106687/file/Noguer%20et%20al_2025.pdf BibTex
titre
Iron-rich microband formation in marine sediments by hydrothermal iron cycling bacteria at Lucky Strike
auteur
Jérémie Aubineau, Ernest Chi Fru, Christine Destrigneville, Thierry Decrausaz, Fleurice Parat, Fabien Baron, Alexandra Nederbragt, Manuel Henry, Alain Castillo, Céline Rommevaux, Valérie Chavagnac
article
Communications Earth & Environment, 2025, ⟨10.1038/s43247-025-02223-2⟩
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https://hal.science/hal-05053696/file/s43247-025-02223-2.pdf BibTex
titre
Representatives of the Synergistaceae family, taxonomic description and genome sequence of Caenicola nitritireducens gen nov., sp. nov., a novel fermenting and amino-acid degrading bacterium isolated from a municipal anaerobic digester sludge
auteur
Abdelaziz El Houari, Magali Ranchou-Peyruse, Elisabeth Carlier, Anthony Ranchou-Peyruse, Agnès Hirschler-Réa, Rhizlane Bennisse, Radia Bouterfas, James E Mcdonald, Remy Guyoneaud, Abdel-Illah Qatibi
article
Systematic and Applied Microbiology, 2025, 48 (3), pp.126607. ⟨10.1016/j.syapm.2025.126607⟩
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https://univ-pau.hal.science/hal-05085980/file/El%20Houari%20et%20al%2C%20SAM%2C%202025.pdf BibTex
titre
Influence of sediment on the chemical properties of water in coastal environment and their potential effect on heterotrophic prokaryotic growth
auteur
Clara Dignan, Benjamin Misson, Véronique Lenoble, Nicole Garcia, Benjamin Oursel, Virginie Sanial
article
Regional Studies in Marine Science, 2025, 85, pp.104145. ⟨10.1016/j.rsma.2025.104145⟩
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https://univ-tln.hal.science/hal-05018426/file/1-s2.0-S2352485525001367-main.pdf BibTex
titre
The role of ribosomal protein networks in ribosome dynamics
auteur
Youri Timsit, Grégoire Sergeant-Perthuis, Daniel Bennequin
article
Nucleic Acids Research, 2025, 53, ⟨10.1093/nar/gkae1308⟩
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https://hal.science/hal-04978839/file/gkae1308.pdf BibTex
titre
The Expanding Universe of Extensions and Tails: Ribosomal Proteins and Histones in RNA and DNA Complex Signaling and Dynamics
auteur
Youri Timsit
article
Genes, 2025, 16 (1), pp.45. ⟨10.3390/genes16010045⟩
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https://hal.science/hal-04978833/file/genes-16-00045-v2.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Deviation from Power-Law Distribution when Scaling the Distribution of Marine Plankton Folds from Genomes to Communities
auteur
Lucas Pavlovic, Caroline Vernette, Emanuele Pigani, Louis Joigneaux, Alexandre Labesse, Janaina Rigonato, Daniele Iudicone, Magali Lescot, Youri Timsit, Olivier Jaillon
article
2025
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BibTex

2024

Journal articles

titre
Viral dynamics in a high-rate algal pond reveals a burst of Phycodnaviridae diversity correlated with episodic algal mortality
auteur
Emily E Chase, T. Pitot, Sonia Bouchard, S. Triplet, Cyrille Przybyla, Angélique Gobet, Christelle Desnues, Guillaume Blanc
article
mBio, In press, ⟨10.1128/mbio.02803-24⟩
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https://hal.science/hal-04778092/file/chase-et-al-2024-viral-dynamics-in-a-high-rate-algal-pond-reveals-a-burst-of-phycodnaviridae-diversity-correlated-with.pdf BibTex
titre
Hypervariable DOM properties in coastal NW Mediterranean sea -evidences of strong human influences and potential consequences for the heterotrophic base of planktonic food webs
auteur
Clara Dignan, Véronique Lenoble, Nicole Garcia, Benjamin Oursel, Ana-Marija Cindrić, Benjamin Misson
article
Estuarine, Coastal and Shelf Science, 2024, 308, pp.108925. ⟨10.1016/j.ecss.2024.108925⟩
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https://hal.science/hal-04678315/file/Dignan%20et%20al%202024.pdf BibTex
titre
Protein Fold Usages in Ribosomes: Another Glance to the Past
auteur
Inzhu Tanoz, Youri Timsit
article
International Journal of Molecular Sciences, 2024, 25, ⟨10.3390/ijms25168806⟩
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https://hal.science/hal-04733039/file/ijms-25-08806.pdf BibTex
titre
Exploring the influence of fertilization on bacterial community fluctuations in Ulva cultivation
auteur
Paul Estoup, Vincent Gernigon, Amandine Avouac, Guillaume Blanc, Angélique Gobet
article
Algal Research - Biomass, Biofuels and Bioproducts, 2024, 82, pp.103688. ⟨10.1016/j.algal.2024.103688⟩
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https://hal.science/hal-04687427/file/1-s2.0-S221192642400300X-main.pdf BibTex
titre
First release of the Pelagic Size Structure database: global datasets of marine size spectra obtained from plankton imaging devices
auteur
Mathilde Dugenne, Marco Corrales-Ugalde, Jessica Luo, Rainer Kiko, Todd O'Brien, Jean-Olivier Irisson, Fabien Lombard, Lars Stemmann, Charles Stock, Clarissa Anderson, Marcel Babin, Nagib Bhairy, Sophie Bonnet, Francois Carlotti, Astrid Cornils, E. Taylor Crockford, Patrick Daniel, Corinne Desnos, Laetitia Drago, Amanda Elineau, Alexis Fischer, Nina Grandrémy, Pierre-Luc Grondin, Lionel Guidi, Cécile Guieu, Helena Hauss, Kendra Hayashi, Jenny Huggett, Laetitia Jalabert, Lee Karp-Boss, Kasia Kenitz, Raphael Kudela, Magali Lescot, Claudie Marec, Andrew Mcdonnell, Zoe Mériguet, Barbara Niehoff, Margaux Noyon, Thelma Panaïotis, Emily Peacock, Marc Picheral, Emilie Riquier, Collin Roesler, Jean-Baptiste Romagnan, Heidi Sosik, Gretchen Spencer, Jan Taucher, Chloé Tilliette, Marion Vilain
article
Earth System Science Data, 2024, 16 (6), pp.2971-2999. ⟨10.5194/essd-16-2971-2024⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-04648046/file/essd-16-2971-2024.pdf BibTex
titre
Morphological and Molecular Characters Differentiate Common Morphotypes of Atlantic Holopelagic Sargassum
auteur
Amy Siuda, Aurélie Blanfuné, Skye Dibner, Marc Verlaque, Charles-François Boudouresque, Solène Connan, Deborah Goodwin, Valérie Stiger-Pouvreau, Frédérique Viard, Florence Rousseau, Valérie Michotey, Jeffrey Schell, Thomas Changeaux, Didier Aurelle, Thierry Thibaut
article
Journal of Phycology, 2024, 4 (2), pp.256-275. ⟨10.3390/phycology4020014⟩
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https://mnhn.hal.science/mnhn-04572926/file/phycology-04-00014-v2.pdf BibTex
titre
Dissolved organic matter offsets the detrimental effects of climate change in the nitrogen‐fixing cyanobacterium Crocosphaera
auteur
Alba Filella, Jacqueline Umbricht, Angelina Klett, Angela Vogts, Thomas Vannier, Olivier Grosso, Maren Voss, Lasse Riemann, Mar Benavides
article
Limnology and Oceanography Letters, 2024, 9 (3), pp.296-306. ⟨10.1002/lol2.10380⟩
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https://hal.science/hal-04909142/file/Limnol%20Oceanogr%20Letters%20-%202024%20-%20Filella%20-%20Dissolved%20organic%20matter%20offsets%20the%20detrimental%20effects%20of%20climate%20change%20in.pdf BibTex
titre
Indexing and real-time user-friendly queries in terabyte-sized complex genomic datasets with kmindex and ORA
auteur
Téo Lemane, Nolan Lezzoche, Julien Lecubin, Eric Pelletier, Magali Lescot, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
article
Nature Computational Science, 2024, 4 (2), pp.104-109. ⟨10.1038/s43588-024-00596-6⟩
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https://hal.science/hal-04489740/file/2023.05.31.543043v4.full.pdf BibTex
titre
Indexer les données génomiques : un défi de taille à relever
auteur
Téo Lemane, Magali Lescot, Pierre Peterlongo
article
Interstices, 2024, pp.1-5
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https://inria.hal.science/hal-04757321/file/Indexer%20les%20donne%CC%81es%20ge%CC%81nomiques%20_%20un%20de%CC%81fi%20de%20taille%20a%CC%80%20relever%20-%20Interstices%20-%20Interstices.pdf BibTex
titre
Predominant heterotrophic diazotrophic bacteria are involved in Sargassum proliferation in the great Atlantic Sargassum Belt
auteur
M Léger-Pigout, E Navarro, F Menard, S Ruitton, F Le Loc’h, S Guasco, J-M Munaron, D Thibault, T Changeux, S Connan, V Stiger-Pouvreau, T Thibaut, V Michotey
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2024, ⟨10.1093/ismejo/wrad026⟩
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https://amu.hal.science/hal-04421726/file/wrad026.pdf BibTex
titre
Linking Zetaproteobacterial diversity and substratum type in iron-rich microbial mats from the Lucky Strike hydrothermal field (EMSO-Azores observatory)
auteur
Aina Astorch-Cardona, Giliane P Odin, Valérie Chavagnac, Alain Dolla, Hélène Gaussier, Céline Rommevaux
article
Applied and Environmental Microbiology, 2024, ⟨10.1128/aem.02041-23⟩
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https://hal.science/hal-04383660/file/astorch-cardona-et-al-2024-linking-zetaproteobacterial-diversity-and-substratum-type-in-iron-rich-microbial-mats-from.pdf BibTex
titre
Algal‐ and soil‐derived dissolved organic matter shapes bacteria‐phytoplankton interactions in a high‐altitude lake
auteur
Flavia Dory, Laurent Cavalli, Evelyne Franquet, France van Wambeke, Benjamin Misson, Stéphane Mounier, Christian Martino, Benjamin Oursel, Thierry Tatoni, Céline Bertrand
article
Freshwater Biology, 2024, 69 (4), pp.509-526. ⟨10.1111/fwb.14225⟩
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https://hal.science/hal-04453583/file/Freshwater%20Biology%20-%202024%20-%20Dory%20-%20Algal%E2%80%90%20and%20soil%E2%80%90derived%20dissolved%20organic%20matter%20shapes%20bacteria%E2%80%90phytoplankton.pdf BibTex
titre
In situ oil contamination in young mangroves: biodegradation of petroleum hydrocarbons and effects on the microbial and benthic communities, an experimental study in French Guiana
auteur
Cécile Militon, Emma Michaud, Léa Sylvi, Lise Millera Ferriz, Enora Roic, Franck Gilbert, Ronan Jézéquel, Philippe Cuny
article
Marine Pollution Bulletin, 2024, 209, pp.117285. ⟨10.1016/j.marpolbul.2024.117285⟩
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https://hal.science/hal-04817921/file/Final%20version%20HAL.pdf BibTex
titre
Diversity and dynamics of bacteria from iron-rich microbial mats and colonizers in the Mediterranean Sea (EMSO-Western Ligurian Sea Observatory): Focus on Zetaproteobacteria
auteur
Aina Astorch-Cardona, Lionel Bertaux, Yann Denis, Alain Dolla, Céline Rommevaux
article
PLoS ONE, 2024, 19 (7), pp.e0305626. ⟨10.1371/journal.pone.0305626⟩
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https://hal.science/hal-04649220/file/journal.pone.0305626.pdf BibTex
titre
What happens to biomass burning-emitted particles in the ocean? A laboratory experimental approach based on their tracers
auteur
Juan Miguel González-Sánchez, Christos Panagiotopoulos, Candice Antich, Laure Papillon, Nicole Garcia, France van Wambeke, Benjamin Misson
article
Science of the Total Environment, 2024, 907, pp.167770. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.167770⟩
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https://hal.science/hal-04268856/file/Gonzalez%20et%20al.%202024.pdf BibTex
titre
A novel method to sample individual marine snow particles for downstream molecular analyses
auteur
Chloé M.J. Baumas, Fatima‐ezzahra Ababou, Marc Garel, Mina Bizic, Danny Ionescu, Arthur Puzenat, Frederic A.C. Le Moigne, Hans-Peter Grossart, Christian Tamburini
article
Limnology and Oceanography: Methods, 2024, 22, pp.34-46. ⟨10.1002/lom3.10590⟩
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https://hal.science/hal-04285160/file/Limnology%20Ocean%20Methods%20-%202023%20-%20Baumas%20-%20A%20novel%20method%20to%20sample%20individual%20marine%20snow%20particles%20for%20downstream.pdf BibTex

Reports

titre
Prospective Surfaces et Interfaces Continentales : 2024-2028
auteur
Sophie Ayrault, Gilles Pinay, Eric Ferrage, Nizar Abcha, Philippe Ackerer, Julien Ackerer, Cécile H. Albert, Elena Alekseenko, Anne Alexandre, Marie Alexis, Thierry Allard, Pierre Amato, Philippe Amiotte-Suchet, David Amouroux, Anne-Sylvie André-Mayer, Sandrine Anquetin, Eric Armynot Du Châtelet, Marie Arnaud, Nicolas Olivier Arnaud, Cécile Asanuma-Brice, Dominique Aubert, Mélanie Auffan, Julie Aufort, Cédric Bacour, Etienne Balan, Valérie Ballu, Agnès Baltzer, Pierre Barré, Maialen Barret, P. Bauda, Audrey Beaussart, Beatrice Bechet, Thierry Beguiristain, Benjamin Belfort, Frida Ben Rais Lasram, Lucilla Benedetti, Marc F. Benedetti, Anne-Claire Bennis, Catherine Bertrand, Éric Beucler, Patrick Billard, Gilles Billen, Elise Billoir, Françoise Binet, Anne-Kristel Bittebiere, Stéphane Blanc, Marc Blanchard, J Blanchet, Helene Blanchoud, Damien Blaudez, Julien Boé, Patricia Bonin, Myriam Bormans, Gudrun Bornette, Julien Bouchez, Camille Bouchez, Brice Boudevillain, Guillaume Bouger, Olivier Bour, François Bourrin, Philippe Bousquet, Anne Bousquet-Mélou, Isabelle Braud, Odile Bruneel, Yves Brunet, Elisa Bruni, Hélène Budzinski, Damien Calmels, Isabelle Calmet, Simon Damien Carrière, Corinne Casiot, Antoine Casquin, Charlotte Catrouillet, Florence Cayocca, Aurélie Cébron, François Chabaux, Aude Chambodut, Nicolas Champollion, Bruno Charrière, Mathieu Chassé, Ghassan Chebo, P. Choler, Pascal Claquin, Jean-Martial Cohard, Steeve Comeau, Yoann Copard, Marie-Christine Cormier-Salem, Samuel Coussy, Alain Crave, Julien Crétat, Philippe Cuny, Carole Dalin, Michael Danger, José Darrozes, Karin Dassas, Emilie Dassié, Olivier Dauteuil, Mélanie Davranche, Jean-Raynald de Dreuzy, Olivier de Viron, François de Vleeschouwer, Maxime Debret, Christophe Delacourt, Christine Delire, Julien Deloffre, Claire Delon, Nicolas Delpierre, Jérôme Demarty, Delphine Destoumieux-Garzon, Simon Devin, Laurent Dezileau, Aline Dia, Jean-Francois Doussin, David Doxaran, Laurent Drapeau, Agnès Ducharne, Jérôme F.L. Duval, Céline Duwig, Fabien Esculier, Agathe Euzen, O. Evrard, Pierre Faure-Catteloin, Cyrille Flamant, Cyril Fleurant, Marianne Font-Ertlen, Julien Fouché, Anthony Foucher, Matthieu Fournier, Clémentine Fritsch, François Fromard, Lucille Furgerot, Jérôme Gaillardet, Catherine Galy, Laure Gandois, Antoine Gardel, Josette Garnier, Simon Gascoin, Cécile Gautheron, Mathieu Gautier, Frédéric Gérard, Emmanuelle Geslin, Laure Giamberini, Martin Giard, Ludovic Gielly, Charline Giguet-Covex, Daniel Gilbert, Virginie Girard Girard, Sébastien Gogo, Claire Golléty, Dominique Gommery, Swanne Gontharet, Vincent Gordard, Aurélie Goutte, Regis. Grimaud, Bertrand Guenet, Laure Guerit, Elodie Guignon, Stephane Guillot, Éric Guilyardi, Damien Guinoiseau, Vincent Guinot, Remy Guyoneaud, Florence Habets, Sophia V. Hansson, Basile Hector, Marina Hery, A. Hofmann, Martine Hossaert-Mckey, Fabien Hubert, Gwenael Imfeld, Françoise Immel, M.-P. Isaure, Jérémy Jacob, Abderrahim Jardani, Emilie Jardé, Lionel Jarlan, Laurent Jeanneau, Stanislav Jelavić, Marc Jolivet, Dominique Joly, Anne Jost, Damien Jougnot, Jean Kempf, Philippe Kerhervé, B.K. Hassani, Sylvain Kuppel, Pierre Labadie, Jérôme Labanowski, Thierry Labasque, Jérôme Labille, Patrick Lachassagne, Yvan Lagadeuc, France Lagroix, Dimitri Lague, Laurent Lanceleur, Bruno Lanson, Martine Lanson, Goulven Gildas Laruelle, Béatrice Lauga, Anniet M. Laverman, Valérie Le Dantec, Séverine Le Faucheur, Annaig Leguen, Marie Le Jean, Pierre Le Pape, Romain Leclercq, Hélène Lecomte, Marine Legrand, Jean-François Léon, Nolwenn Lesparre, Laurence Lestel, C. Levard, Jean-Marc Limousin, Emily Lloret, Esméralda Longépée, Laurent Longuevergne, Fanny Louis, Wolfgang Ludwig, Fabienne Maignan, Grégoire Maillet, Odin Marc, Cyril Marchand, Guillaume Marchand, Virginie Marécal, Christelle Marlin, Yves Marrochi, Remi Marsac, Beatrice Marticorena, Jean-Michel Martinez, Jean Martins, Jérémy Masbou, Armand Masion, Nicolas Massei, Sylvie Massemin, Olivier Mathieu, Olivier Merlin, Édouard Metzger, Arnaud Mialon, Emma Michaud, Raymond Michels, Laurent Michot, Valerie Michotey, Cécile Militon, Laetitia Minguez, Florence Moatar, Florence Moatar, Gilles Molinie, Leslie Mondamert, Anne Mone, Mathilde Monperrus, Jean-Sébastien Moquet, Valérie Morel, Guillaume Morin, Samuel Morin, Dominique Mouazé, Jean-Marie Mouchel, Emilie Muller, Benjamin Musnier, Jean Nabucet, Sylvie Nazaret, Julien Némery, Nathalie Niquil, Priscia Oliva, Laurent Orgogozo, Catherine Ottle, Ludovic Oudin, Christophe Pagnout, Carmen Palacios, Gérémy Panthou, Guillaume Paris, Pierre-Yves Pascal, Sylvain Payraudeau, Thierry Pellarin, Manuel Pelletier, Jean Louis Perrin, Fabienne Petit, Sabine Petit, Christophe Peugeot, Jean-Philippe Pezy, Caroline Pierre, Marie-Claire Pierret, Anne-Catherine Pierson-Wickmann, Thierry Pigot, Raphaël Pik, Sébastien Pinel, Christophe Piscart, Valérie Plagnes, Sandrine Plaud-Guérin, Pascal Poupin, Hugues Preud'Homme, Sophie Prud'Homme, Anne Puissant, Cécile Quantin, Antoine Rabatel, Christophe Rabouille, Damien Raclot, Olivier Ragueneau, Mélanie Raimonet, Jean Louis Rajot, Guillaume Ramillien, Anthony Ranchou-Peyruse, Fayçal Rejiba, David Renault, Pierre Renault, Eléonore Resongles, Céline Reylé, Jean Riotte, Henri Robain, Tony Robinet, Philippe Roche, Fabrice Rodriguez, Jérôme Rose, Isabelle Ruin, Cornelia Rumpel, Christian Salles, Elodie Salmon, Geraldine Sarret, Géraldine Sarthou, Thomas Saucède, Sabine Sauvage, Nicolas Savoye, I. Schimmelpfennig, Dirk S Schmeller, François Schmitt, Johann Schnyder, Mathieu Sebilo, Loïc Ségalen, Antoine Séjourné, Alexei Sentchev, Lucía Seoane, Liudmila S Shirokova, Marie Silvestre, Anaëlle Simonneau, Yann Sivry, Delphine Six, Marisol Goñi, Jeroen E. Sonke, Aldo Sottolichio, Cyprien Soulaine, Tiphaine Tallec, Roman Teisserenc, Bernadette Tessier, Mickaël Tharaud, Julien Thevenot, Aubin Thibaut de Chanvalon, Thomas Thiebault, Éric Thiébaut, Vincent Thieu, Gérard Thouzeau, Vanessa Tocut, Christophe Tournassat, Danièle Valdés-Lao, E.D. van Hullebusch, Delphine Vantelon, D. Verfaillie, Nathalie Vigier, Cyrille Violle, Didier Voisin, N. Vuichard, Stéphane Vuilleumier, Xiaoni Wang-Faivre, Sylvain Weill, Gaël Le Roux, Bastien Wild, A. Zegeye, Pierpaolo Zuddas
article
INSU, CNRS; INEE, CNRS. 2024, 147 p
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https://insu.hal.science/insu-05045026/file/ProspectiveSIC_2024_2028_CNRS-INSU.pdf BibTex
titre
Biological applications of the satellite Surface Water and Ocean Topography in the Mediterranean
auteur
Andrea M. Doglioli, Gérald Grégori, Francesco d'Ovidio, Anthony Bosse, Elvira Pulido-Villena, François Carlotti, Magali Lescot, Barani Aude, S. Barrillon, L. Berline, Maristella Berta, Pascale Bouruet-Aubertot, Chirurgien Laure, Caroline Comby, Veronique Cornet, Cédric Cotté, Alice Della Penna, Morgane Didry, Solange Duhamel, Jean-Luc Fuda, Sven Gastauer, Loic Guilloux, Dominique Lefèvre, Eva Le Merle, Adrien Martin, David Mccann, Milena Menna, Sandra Helias Nunige, Laurina Oms, M. Pacciaroni, Anne Petrenko, Robin Rolland, Louise Rousselet, Emily Waggoner
article
Ref. Rapport de campagne, Université Aix Marseille. 2024
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https://hal.science/hal-04737346/file/BIOSWOTMed_cruisereport_2024.pdf BibTex

2023

Journal articles

titre
Assessing the diversity of plankton-associated prokaryotes along a size-fraction gradient: A methodological evaluation
auteur
Léa Cabrol, Mélanie Delleuze, Arthur Szylit, Guillaume Schwob, Marianne Quemeneur, Benjamin Misson
article
Marine Pollution Bulletin, 2023, 197, pp.115688. ⟨10.1016/j.marpolbul.2023.115688⟩
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https://hal.science/hal-04383437/file/Cabrol%202023_plankton%20microbiome_methodo_without%20marks.pdf BibTex
titre
Epithelial disruption drives mesendoderm differentiation in human pluripotent stem cells by enabling TGF-β protein sensing
auteur
Thomas Legier, Diane Rattier, Jack Llewellyn, Thomas Vannier, Benoit Sorre, Flavio Maina, Rosanna Dono
article
Nature Communications, 2023, 14 (1), pp.349. ⟨10.1038/s41467-023-35965-8⟩
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https://hal.science/hal-04257331/file/23%20Nat%20Comm%20-%20Legier%20et%20al.pdf BibTex
titre
Assessing the bioavailability of black carbon-derived dissolved organic matter for marine heterotrophic prokaryotes
auteur
Pauline Martinot, Catherine Guigue, Sandrine Chifflet, Philippe Cuny, Aude Barani, Morgane Didry, Clara Dignan, Léa Guyomarc'h, Nathalie Pradel, Olivier Pringault, France van Wambeke, Cam Tu Vu, Xavier Mari, Marc Tedetti
article
Science of the Total Environment, 2023, 901, pp.165802. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.165802⟩
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https://hal.science/hal-04248922/file/HAL_Martinot_2023_STOTEN.pdf BibTex
titre
Methanomethylophilus alvi gen. nov., sp. nov., a Novel Hydrogenotrophic Methyl-Reducing Methanogenic Archaea of the Order Methanomassiliicoccales Isolated from the Human Gut and Proposal of the Novel Family Methanomethylophilaceae fam. nov.
auteur
Guillaume Borrel, Khaled Fadhlaoui, Wajdi Ben Hania, Nadia Gaci, Gérard Péhau‐arnaudet, Prem Prashant Chaudhary, Pascal Vandekerckove, Nathalie Ballet, Monique Alric, Paul William O’toole, Marie-Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Jean-François Brugère
article
Microorganisms, 2023, 11 (11), pp.2794. ⟨10.3390/microorganisms11112794⟩
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https://uca.hal.science/hal-04306127/file/microorganisms-11-02794.pdf BibTex
titre
An Effect-Based Method to Evaluate Spatio-Temporal Variations of Coastal Marine DOM Properties
auteur
Clara Dignan, Véronique Lenoble, Olivier Pringault, Benjamin Misson
article
Journal of Marine Science and Engineering, 2023, 11 (10), pp.1841. ⟨10.3390/jmse11101841⟩
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https://hal.science/hal-04254404/file/39.An%20effect-based%20method%20to%20evaluate%20Spatio-temporal%20variations%20of%20coastal%20marine%20DOM%20properties_Dignan%20et%20al.%202023.pdf BibTex
titre
Biological mechanisms underlying priming of vascular plant material in the presence of diatoms
auteur
Patricia Bonin, Aurélie Portas, Julie Hardy, Sophie Guasco, Ts Bianchi, Nd Ward, Jf Rontani
article
Aquatic Microbial Ecology, 2023, 89, pp.99-117. ⟨10.3354/ame01999⟩
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https://hal.science/hal-04286759/file/download-mm_ame-373-Bonin.pdf BibTex
titre
Metabolic challenges and key players in serpentinite-hosted microbial ecosystems
auteur
Rabja Maria Popall, Anne Postec, Aurélien Lecoeuvre, Marianne Quéméneur, Gaël Erauso
article
Frontiers in Microbiology, 2023, 14, ⟨10.3389/fmicb.2023.1197823⟩
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https://amu.hal.science/hal-04172274/file/fmicb-14-1197823.pdf BibTex
titre
Microbial taxa related to natural hydrogen and methane emissions in serpentinite-hosted hyperalkaline springs of New Caledonia
auteur
Marianne Quéméneur, Nan Mei, Christophe Monnin, Anne Postec, Sophie Guasco, Julie Jeanpert, Pierre Maurizot, Bernard Pelletier, Gaël Erauso
article
Frontiers in Microbiology, 2023, 14, ⟨10.3389/fmicb.2023.1196516⟩
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https://amu.hal.science/hal-04153312/file/Qu%C3%A9m%C3%A9neur_2023_Frontiers.pdf BibTex
titre
Cellular Damage of Bacteria Attached to Senescent Phytoplankton Cells as a Result of the Transfer of Photochemically Produced Singlet Oxygen: A Review
auteur
Jean-François Rontani, Patricia Bonin
article
Microorganisms, 2023, 11 (6), pp.1565. ⟨10.3390/microorganisms11061565⟩
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https://hal.science/hal-04286728/file/microorganisms-11-01565%20%281%29.pdf BibTex
titre
Prokaryotic Responses to Estuarine Coalescence Contribute to Planktonic Community Assembly in a Mediterranean Nutrient-Rich Estuary
auteur
Elisabeth Navarro, Chiara Santinelli, Simona Retelletti Brogi, Gaël Durrieu, Olivier Radakovitch, Cédric Garnier, Benjamin Misson
article
Journal of Marine Science and Engineering, 2023, 11 (5), pp.933. ⟨10.3390/jmse11050933⟩
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https://hal.science/hal-04254398/file/38.%20Prokaryotic%20Responses%20to%20Estuarine%20Coalescence%20Contribute%20to%20Planktonic%20Community%20Assembly_Navarro%20et%20al.%202023.pdf BibTex
titre
Contamination of planktonic food webs in the Mediterranean Sea: Setting the frame for the MERITE-HIPPOCAMPE oceanographic cruise (spring 2019)
auteur
Marc Tedetti, Jacek Tronczynski, François Carlotti, Marc Pagano, Sana Ben Ismail, Cherif Sammari, Malika Bel Hassen, Karine Desboeufs, Charlotte Poindron, Amel Bellaaj Zouari, Moufida Abdennadher, Sirine Amri, Daniela Bănaru, Lotfi Ben Abdallah, Nagib Bhairy, Ismail Boudriga, Aude Bourin, Christophe Brach-Papa, Nicolas Briant, Léa Cabrol, Cristele Chevalier, Sandrine Chifflet, Lassaad Chouba, Sylvain Coudray, Mohamed Nejib Daly Yahia, Thibault de Garidel-Thoron, Aurélie Dufour, Jean-Claude Dutay, Boris Espinasse, Pamela Fierro-González, Michel Fornier, Nicole Garcia, Stéphanie Jacquet, Catherine Guigue, Franck Giner, Loic Guilloux, Asma Hamza, Lars-Eric Heimbürger-Boavida, Joel Knoery, Rim Lajnef, Nouha Makhlouf Belkahia, Deny Malengros, Pauline Martinot, Anthony Bosse, Jean-Charles Mazur, Marouan Meddeb, Benjamin Misson, Olivier Pringault, Marianne Quemeneur, Olivier Radakovitch, Patrick Raimbault, Christophe Ravel, Javier Angel Tesán-Onrubia, Vincent Rossi, Bastien Thomas, Chaimaa Rwawi, Asma Sakka Hlaili, Melilotus Thyssen, Noureddine Zaaboub
article
Marine Pollution Bulletin, 2023, 189, pp.114765. ⟨10.1016/j.marpolbul.2023.114765⟩
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https://hal.science/hal-04033259/file/Tedetti%20et%20al_2023.pdf BibTex
titre
Bacterial diversity of an acid mine drainage beside the Xichú River (Mexico) accessed by culture-dependent and culture-independent approaches
auteur
Elcia Margareth Souza Brito, Remy Guyoneaud, César Augusto Caretta, Manon Joseph, Marisol Goñi-Urriza, Bernard Ollivier, Agnès Hirschler-Réa
article
Extremophiles, 2023, 27 (1), pp.5. ⟨10.1007/s00792-023-01291-6⟩
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BibTex
titre
Adaptation Strategies to High Hydrostatic Pressures in Pseudothermotoga species Revealed by Transcriptional Analyses
auteur
Romain Fenouil, Nathalie Pradel, Hassiba Belahbib, Marie Roumagnac, Manon Bartoli, Wajdi Ben Hania, Yann Denis, Marc Garel, C. Tamburini, Bernard Ollivier, Zarath Summers, Fabrice Armougom, Alain Dolla
article
Microorganisms, 2023, 11 (3), pp.773. ⟨10.3390/microorganisms11030773⟩
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https://hal.science/hal-04037893/file/microorganisms-11-00773.pdf BibTex
titre
Aminithiophilus ramosus gen. nov., sp. nov., a sulphur-reducing bacterium isolated from a pyrite-forming enrichment culture, and taxonomic revision of the family Synergistaceae
auteur
Nathalie Pradel, Marie-Laure Fardeau, Boyke Bunk, Cathrin Spröer, Christian Boedeker, Jacqueline Wolf, Meina Neumann-Schaal, Michael Pester, Stefan Spring
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2023, 73 (2), ⟨10.1099/ijsem.0.005691⟩
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https://amu.hal.science/hal-04455059/file/IJSEM_Manuscript_11042022.pdf BibTex
titre
Prokaryotic Diversity and Dynamics during Dinoflagellate Bloom Decays in Coastal Tunisian Waters
auteur
Rim Lajnef, Marianne Quéméneur, Moufida Abdennadher, Lamia Dammak Walha, Asma Hamza, Malika Belhassen, Amel Bellaaj Zouari
article
Diversity, 2023, 15 (2), pp.273. ⟨10.3390/d15020273⟩
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https://amu.hal.science/hal-04114131/file/diversity-15-00273.pdf BibTex
titre
Spark of life : role of electrotrophy in the emergence of life
auteur
Guillaume Pillot, Óscar Santiago, Sven Kerzenmacher, Pierre-Pol Liebgott
article
Life, 2023, 13 (2), pp.356. ⟨10.3390/life13020356⟩
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https://hal.science/hal-04978640/file/Manuscript%20Pillot%20et%20al.%20-%20Formated%20Life_GP.pdf BibTex
titre
Thermospira aquatica gen. nov., sp. nov., a novel thermophilic spirochete isolated from a Tunisian hot spring, and description of the novel family Thermospiraceae
auteur
Zouhaier Ben Ali Gam, Abdoulaye Thioye, Jean-Luc Cayol, Anne Postec, Manon Bartoli-Joseph, Céline Vandecasteele, Gaël Erauso, Marc Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2023, 73 (1), ⟨10.1099/ijsem.0.005690⟩
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https://hal.science/hal-04417428/file/22-FINAL-OK%20IJSEM%20F1F22-text%20%26Tables%26Fig.Legends-1.pdf BibTex
titre
Planktonic shift with dissolved organic matter properties: a functional perspective for sentinel lakes
auteur
Flavia Dory, Laurent Cavalli, Evelyne Franquet, Stéphane Mounier, Patrick Höhener, Benjamin Misson, Mathieu Martin, Quentin Arnault, Thierry Tatoni, Céline Bertrand
article
Journal of Ecology, 2023, 111 (1), pp.45-61. ⟨10.1111/1365-2745.14013⟩
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https://hal.science/hal-03816119/file/MAIN%20DOCUMENT_DORY2022.pdf BibTex
titre
Phage-Host Prediction Using a Computational Tool Coupled with 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing
auteur
Harilanto Felana Andrianjakarivony, Yvan Bettarel, Fabrice Armougom, Christelle Desnues
article
Viruses, 2023, 15 (1), pp.76. ⟨10.3390/v15010076⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-04032690/file/viruses-15-00076-v2.pdf BibTex
titre
Karenia selliformis bloom dynamics and growth rate estimation in the Sfax harbour (Tunisia), by using automated flow cytometry equipped with image in flow, during autumn 2019
auteur
Ismail Boudriga, Moufida Abdennadher, Yosra Khammeri, Mabrouka Mahfoudi, Marianne Quéméneur, Asma Hamza, Nader Bel Haj Hmida, Amel Bellaaj Zouari, Malika Bel Hassen
article
Harmful Algae, 2023, 121, pp.102366. ⟨10.1016/j.hal.2022.102366⟩
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BibTex
titre
Singlet oxygen‐induced alteration of bacteria associated with phytodetritus: Effect of irradiance
auteur
Christopher Burot, Patricia Bonin, Gwénola Simon, Laurie Casalot, Jean‐françois Rontani
article
Journal of Phycology, 2023, 59 (5), pp.980-988. ⟨10.1111/jpy.13376⟩
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https://hal.science/hal-04286500/file/JPY-22-138-ART.R2_Proof_hi.pdf BibTex
titre
Marinitoga aeolica sp. nov., a novel thermophilic anaerobic heterotroph isolated from a shallow hydrothermal field of Panarea Island in the Aeolian archipelago, Italy
auteur
Anne Postec, Grégoire Galès, Anne-Hélène Prime, Manon Bartoli, Roy E Price, Céline Vandecasteele, Gaël Erauso
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2023, 73 (11), pp.006186. ⟨10.1099/ijsem.0.006186⟩
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https://hal.science/hal-04338849/file/Postec-et-al-IJSEM_BP5C20A_hal.pdf BibTex
titre
Reconstructing the ocean's mesopelagic zone carbon budget: sensitivity and estimation of parameters associated with prokaryotic remineralization
auteur
Chloé Baumas, Robin Fuchs, Marc Garel, Jean-Christophe Poggiale, Laurent Memery, Frédéric A. C. Le Moigne, Christian Tamburini
article
Biogeosciences, 2023, 20 (19), pp.4165-4182. ⟨10.5194/BG-20-4165-2023⟩
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https://hal.science/hal-04245254/file/bg-20-4165-2023.pdf BibTex

Reports

titre
Prospective océan-atmosphère 2023-2028
auteur
Jean-Francois Doussin, Thibault de Garidel-Thoron, Anne Brès, Nicolas Arnaud, P. Lherminier, S. Bony, Sébastien Payan, Cyrille Flamant, Xavier Capet, P. Chazette, Claire Delon, Fleur Couvreux, G. Durand, Evelyn Freney, Kathy S. Law, R. Morrow, E. Sanchez-Gomez, J. Riédi, N. Savoye Riédi, Fabrizio d'Ortenzio, Fabienne Lohou, Paola Formenti, G. Forêt, G. Uzu, Jean-François Léon, Samuel Morin, Philippe Bousquet, M. Cirtog, Virginie Marécal, J. Savarino, Gaelle Dufour, Thibaut Wagener, Stephane Sauvage, Eric Villenave, Joel Savarino, Christian Tamburini, Urania Christaki
article
Institut National des Sciences de l'Univers. 2023, 135p
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https://hal.science/hal-04334125/file/Prospective%2520Oc%25C3%25A9an-Atmosph%25C3%25A8re_light.pdf BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
kmindex and ORA: indexing and real-time user-friendly queries in terabyte-sized complex genomic datasets
auteur
Téo Lemane, Nolan Lezzoche, Julien Lecubin, Eric Pelletier, Magali Lescot, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
article
2023
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BibTex
titre
Equatorial to Polar genomic variability of the microalgae Bathycoccus prasinos
auteur
Jade Leconte, Youri Timsit, Tom O Delmont, Magali Lescot, Gwenael Piganeau, Patrick Wincker, Olivier Jaillon
article
2023
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BibTex
titre
Singlet oxygen-induced alteration of bacteria associated with phytodetritus: effect of bacterial pigments
auteur
Gwénola Simon, Laurie Casalot, Corinne Valette, Christopher Burot, Jean-François Rontani, Patricia Bonin
article
2023
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https://hal.science/hal-04286634/file/v1_covered_160c3a0a-981c-4d2a-9aa9-eed070497a3e.pdf BibTex
titre
“Quasigenus” amongPhycodnaviridae: A diversity of chlorophyte-infecting viruses in response to a dense algal culture in a high-rate algal pond
auteur
Emily E Chase, Thomas M Pitot, Sonia Monteil-Bouchard, Christelle Desnues, Guillaume Blanc
article
2023
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https://hal.science/hal-04281548/file/2022.12.26.521929v1.full.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
Isotopic compositions of copper and zinc in plankton from the Mediterranean Sea (MERITE-HIPPOCAMPE campaign): Tracing trophic transfer and geogenic inputs
auteur
Sandrine Chifflet, Nicolas Briant, Rémi Freydier, Daniel Araùjo, Marianne Quéméneur, Hana Zouch, Amel Bellaaj-Zouari, François Carlotti, Marc Tedetti
article
Marine Pollution Bulletin, 2022, 185 (Part A), pp.114315. ⟨10.1016/j.marpolbul.2022.114315⟩
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https://hal.science/hal-03865956/file/Chifflet%20et%20al_Cu-Zn_manuscript%20accepted.pdf BibTex
titre
Effective degradation of organophosphate ester flame retardants and plasticizers in coastal sediments under high urban pressure
auteur
Javier Castro-Jimenez, Philippe Cuny, Cécile Militon, Lea Sylvi, F Royer, L Papillon, Richard Sempere
article
Scientific Reports, 2022, ⟨10.1038/s41598-022-24685-6⟩
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https://amu.hal.science/hal-03869637/file/Castro-et-al-2022%20Sci-reports.pdf BibTex
titre
Screening for Hyperthermophilic Electrotrophs for the Microbial Electrosynthesis of Organic Compounds
auteur
Rabja Maria Popall, Alenica Heussner, Sven Kerzenmacher, Pierre-Pol Liebgott, Guillaume Pillot
article
Microorganisms, 2022, 10 (11), pp.2249. ⟨10.3390/microorganisms10112249⟩
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https://amu.hal.science/hal-03993315/file/AI_2022_Tsirintanis_etal.pdf BibTex
titre
A RUpture‐Based detection method for the Active mesopeLagIc Zone (RUBALIZ): A crucial step toward rigorous carbon budget assessments
auteur
Robin Fuchs, Chloé M J Baumas, Marc Garel, David Nerini, Frédéric a C Le Moigne, Christian Tamburini
article
Limnology and Oceanography: Methods, 2022, ⟨10.1002/lom3.10520⟩
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https://hal.science/hal-03833918/file/Fuchs%20et%20al_A%20RUpture-Based%20detection%20method%20for%20the%20Active%20mesopeLagIc%20Zone%20%28RUBALIZ%29.pdf BibTex
titre
Methanobacterium alkalithermotolerans sp. nov., a novel alkaliphilic and hydrogen-utilizing methanogen isolated from an alkaline geothermal spring (La Crouen, New Caledonia)
auteur
Nan Mei, Anne Postec, Manon Bartoli, Céline Vandecasteele, Laura Wils, Lisa Gil, Christophe Monnin, Bernard Pelletier, Gael Erauso, Marianne Quéméneur
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2022, 72 (10), ⟨10.1099/ijsem.0.005554⟩
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https://amu.hal.science/hal-04114150/file/Article_CAN_revised_5_unmarked_2.pdf BibTex
titre
Comparative Metagenomics Highlight a Widespread Pathway Involved in Catabolism of Phosphonates in Marine and Terrestrial Serpentinizing Ecosystems
auteur
Eléonore Frouin, Aurélien Lecoeuvre, Fabrice Armougom, Matthew Schrenk, Gaël Erauso
article
mSystems, 2022, 7 (4), ⟨10.1128/msystems.00328-22⟩
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https://amu.hal.science/hal-03993290/file/msystems.00328-22.pdf BibTex
titre
Genomic evidence for global ocean plankton biogeography shaped by large-scale current systems
auteur
Daniel Richter, Romain Watteaux, Thomas Vannier, Jade Leconte, Paul Frémont, Gabriel Reygondeau, Nicolas Maillet, Nicolas Henry, Gaëtan Benoit, Antonio Fernandez-Guerra, Samir Suweis, Romain Narci, Cédric Berney, Damien Eveillard, Frédérick Gavory, Lionel Guidi, Karine Labadie, Eric Mahieu, Julie Poulain, Sarah Romac, Simon Roux, Céline Dimier, Stefanie Kandels, Marc Picheral, Sarah Searson, Stéphane Pesant, Jean-Marc Aury, Jennifer Brum, Claire Lemaitre, Eric Pelletier, Peer Bork, Shinichi Sunagawa, Lee Karp-Boss, Chris Bowler, Matthew Sullivan, Eric Karsenti, Mahendra Mariadassou, Ian Probert, Pierre Peterlongo, Patrick Wincker, Colomban de Vargas, Maurizio Ribera d'Alcalà, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Tom O. Delmont
article
eLife, 2022, 11, pp.e78129. ⟨10.7554/eLife.78129⟩
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https://inria.hal.science/hal-02399723/file/867739.full.pdf BibTex
titre
Temporal trends of two iconic Mediterranean gorgonians (Paramuricea clavata and Eunicella cavolini) in the climate change context
auteur
L. Iborra, M. Leduc, L. Fullgrabe, P. Cuny, S. Gobert
article
Journal of Sea Research (JSR), 2022, 186, pp.102241. ⟨10.1016/j.seares.2022.102241⟩
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https://hal.science/hal-03706571/file/1-s2.0-S138511012200079X-main.pdf BibTex
titre
Complete Genome Sequence of Tepidibacter sp. Strain 8C15b, Isolated from Bank Sediments of Haiphong Bay, Vietnam
auteur
Stéphanie Fouteau, Vuong Bui Van, Zoé Rouy, Mélanie Beraud, Corinne Cruaud, Jean-Luc Cayol, Sandrine Chifflet, Thuoc Chu Van, Thu Pham The, David Vallenet, Pedro Oliveira, Xavier Mari, Nathalie Pradel
article
Microbiology Resource Announcements, 2022, 11 (7), ⟨10.1128/mra.00132-22⟩
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https://hal.science/hal-03778996/file/mra.00132-22.pdf BibTex
titre
Integrated viral elements suggest the dual lifestyle of Tetraselmis spp. Polinton-like viruses
auteur
Emily Chase, Christelle Desnues, Guillaume Blanc
article
Virus Evolution, 2022, 8 (2), ⟨10.1093/ve/veac068⟩
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https://hal.science/hal-03799220/file/veac068%20%281%29.pdf BibTex
titre
Cd transfers during marine sediment resuspension over short and long-term period: Associated risk for coastal water quality
auteur
Nicolas Layglon, Véronique Lenoble, Longo Louis, Sébastien d'Onofrio, Stéphane Mounier, Jean-Ulrich Mullot, Davide Sartori, Dario Omanović, Cédric Garnier, Benjamin Misson
article
Marine Pollution Bulletin, 2022, 180, pp.113771. ⟨10.1016/j.marpolbul.2022.113771⟩
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https://hal.science/hal-03678347/file/HAL_Version_MPB-Revised%20Draft_Layglon%20et%20al..pdf BibTex
titre
The Ocean Gene Atlas v2.0: online exploration of the biogeography and phylogeny of plankton genes
auteur
Caroline Vernette, Julien Lecubin, Pablo Sánchez, (team) Tara Oceans Coordinators, Shinichi Sunagawa, Tom O. Delmont, Silvia G Acinas, Eric Pelletier, Pascal Hingamp, Magali Lescot
article
Nucleic Acids Research, 2022, 11, ⟨10.1093/nar/gkac420⟩
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https://hal.science/hal-03696136/file/gkac420.pdf BibTex
titre
Seasonal composition and activity of the intertidal macrobenthic community of Caleta Valdés (Patagonia, Argentina) applying in situ and ex situ experimental protocols
auteur
Agustina Ferrando, Julieta Sturla Lompré, Emilia Gonzalez, Marcos Franco, Marta Commendatore, Marina Nievas, Cécile Militon, Georges Stora, José Luis Esteves, Philippe Cuny, Franck Gilbert
article
Regional Studies in Marine Science, 2022, 53, pp.102444. ⟨10.1016/j.rsma.2022.102444⟩
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https://hal.science/hal-03700824/file/MS_Ferrando_etal_2203.pdf BibTex
titre
Living on an ever-changing coast: French Guiana populations facing coastal mobility
auteur
Marianne Palisse, Gérard Collomb, Dennis Lamaison, Valérie Morel, Philippe Cuny, Morgane Jolivet, Jean-Jacques Marquisar, Bettie Laplanche, Antoine Gardel
article
GeoJournal, 2022, ⟨10.1007/s10708-022-10694-5⟩
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https://cnrs.hal.science/hal-03861784/file/Palisse-et-al-Living-on-a-mobile-coastline_Geojournal_manuscrit-auteur.pdf BibTex
titre
Dry-Wet Cycles Affect Nitrous Oxide Emissions Across Aquatic-Terrestrial Interfaces: A Mesocosms Study
auteur
Renata Pinto, Gabriele Weigelhofer, Matthias Pucher, Rebecca Clare Hood-Nowotny, Patricia Bonin, António Guerreiro Brito, Thomas Hein
article
Frontiers in Soil Science, 2022, 2, ⟨10.3389/fsoil.2022.849210⟩
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https://amu.hal.science/hal-03844523/file/pinto.pdf BibTex
titre
Functional repertoire convergence of distantly related eukaryotic plankton lineages abundant in the sunlit ocean
auteur
Tom Delmont, Morgan Gaia, Damien Hinsinger, Paul Frémont, Chiara Vanni, Antonio Fernandez-Guerra, A. Murat Eren, Artem Kourlaiev, Leo d'Agata, Quentin Clayssen, Emilie Villar, Karine Labadie, Corinne Cruaud, Julie Poulain, Corinne da Silva, Marc Wessner, Benjamin Noel, Jean-Marc Aury, Colomban de Vargas, Chris Bowler, Eric Karsenti, Shinichi Sunagawa, Silvia Acinas, Peer Bork, Eric Karsenti, Chris Bowler, Christian Sardet, Lars Stemmann, Colomban de Vargas, Magali Lescot, Marcel Babin, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Lionel Guidi, Pascal Hingamp, Stefanie Kandels, Daniele Iudicone, Hiroyuki Ogata, Stéphane Pesant, Matthew Sullivan, Fabrice Not, Karp-Boss Lee, Emmanuel Boss, Guy Cochrane, Michael Follows, Olivier Jaillon, Nicole Poulton, Jeroen Raes, Mike Sieracki, Sabrina Speich, Eric Pelletier, Patrick Wincker
article
Cell Genomics, 2022, 2 (5), pp.100123. ⟨10.1016/j.xgen.2022.100123⟩
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https://hal.science/hal-03872935/file/S2666979X22000477.pdf BibTex
titre
Genome sequence and Carbohydrate Active Enzymes (CAZymes) repertoire of the thermophilic Caldicoprobacter algeriensis TH7C1T
auteur
Rihab Ameri, José Luis García, Amel Bouanane Derenfed, Nathalie Pradel, Sawssan Neifar, Sonia Mhiri, Monia Mezghanni, Nadia Zaraî Jaouadi, Jorge Barriuso, Samir Bejar
article
Microbial Cell Factories, 2022, 21 (1), pp.91. ⟨10.1186/s12934-022-01818-0⟩
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https://hal.science/hal-03675034/file/s12934-022-01818-0.pdf BibTex
titre
Diversity of Giant Viruses Infecting Vermamoeba vermiformis
auteur
Khalil Geballa-Koukoulas, Bernard La Scola, Guillaume Blanc, Julien Andreani
article
Frontiers in Microbiology, 2022, 13, ⟨10.3389/fmicb.2022.808499⟩
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https://hal.science/hal-03665826/file/fmicb-13-808499.pdf BibTex
titre
Mangrove microbiota along the urban-to-rural gradient of the Cayenne estuary (French Guiana, South America): Drivers and potential bioindicators
auteur
Maud Fiard, Philippe Cuny, Léa Sylvi, Cédric Hubas, Ronan Jézéquel, Dominique Lamy, Romain Walcker, Amonda El Houssainy, Lars-Eric Heimbürger-Boavida, Tony Robinet, Isabelle Bihannic, Franck Gilbert, Emma Michaud, Guillaume Dirberg, Cécile Militon
article
Science of the Total Environment, 2022, 807, pp.150667. ⟨10.1016/j.scitotenv.2021.150667⟩
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https://hal.science/hal-03576061/file/Fiard_etal_HAL.pdf BibTex
titre
Surface Characteristics Together With Environmental Conditions Shape Marine Biofilm Dynamics in Coastal NW Mediterranean Locations
auteur
Jean-François Briand, Thomas Pollet, Benjamin Misson, Cédric Garnier, Marlene Lejars, Marine Maintenay, Raphaëlle Barry-Martinet, Aurélie Portas, Jean-François Ghiglione, Christine Bressy
article
Frontiers in Marine Science, 2022, 8, ⟨10.3389/fmars.2021.746383⟩
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https://hal.science/hal-03608643/file/33.%20surface%20characteristics%20and%20environmental%20conditions%20shape%20marine%20biofilms%20dynamics_briand%20et%20al.%202022.pdf BibTex
titre
The role of coupled DNRA-Anammox during nitrate removal in a highly saline lake
auteur
N. Valiente, F. Jirsa, T. Hein, W. Wanek, J. Prommer, P. Bonin, J.J. Gómez-Alday
article
Science of the Total Environment, 2022, 806, pp.150726. ⟨10.1016/j.scitotenv.2021.150726⟩
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https://hal.science/hal-03427431/file/1-s2.0-S0048969721058046-main.pdf BibTex
titre
Summer dynamics drive the microbial response to carbon and nutrient additions in a high‐altitude lake
auteur
Flavia Dory, Laurent Cavalli, Evelyne Franquet, Magalie Claeys-Bruno, Benjamin Misson, Thierry Tatoni, Céline Bertrand
article
Limnology and Oceanography, 2022, 67 (5), pp.1142-1156. ⟨10.1002/lno.12062⟩
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https://hal.science/hal-03818173/file/DORY_Summer%20dynamics_FINAL.pdf BibTex
titre
Biodiversity, climate change, and adaptation in the Mediterranean
auteur
Didier Aurelle, Séverine Thomas, Cécile H. Albert, Marc Bally, Alberte Bondeau, Charles-François Boudouresque, Abigail E. Cahill, François Carlotti, Anne Chenuil, Wolfgang Cramer, Hendrik Davi, Aurélien De Jode, Alexander Ereskovsky, Anne Marie Farnet da Silva, Catherine Fernandez, Thierry Gauquelin, Pascal Mirleau, Anne-Christine Monnet, Bernard Prévosto, Vincent Rossi, Stéphane Sartoretto, France van Wambeke, Bruno Fady
article
Ecosphere, 2022, 13 (4), pp.2-23. ⟨10.1002/ecs2.3915⟩
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https://amu.hal.science/hal-03670020/file/Ecosphere%20-%202022%20-%20Aurelle%20-%20Biodiversity%20climate%20change%20and%20adaptation%20in%20the%20Mediterranean.pdf BibTex

Conference papers

titre
Holobiont diversity in heterogeneous and anthropized marine environments
auteur
D. Aurelle, Christelle Desnues, Stephane Sartoretto, Emma Rozis, Sonia Bouchard, Dorian Guillemain, Laurine Moirand, Sandrine Chenesseau, Pierre Pontarotti, Alessandra Accornero, Jean-Christophe Poggiale, Lamya Chaoui, M. Hichem Kara, Nur Eda Topçu, Sarah Samadi, Marc Bally
article
Ecology and Evolution: New perspectives and societal challenges, SFE² GfÖ EEF Joint meeting, International Conference on Ecological Sciences, Nov 2022, Metz, France
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BibTex
titre
Rising algal- and soil-derived dissolved organic matter modifies interactions between bacteria and phytoplankton in a high-altitude lake
auteur
Flavia Dory, Laurent Cavalli, Evelyne Franquet, France van Wambeke, Benjamin Misson, Stéphane Mounier, Martino Christian, Benjamin Oursel, Thierry Tatoni, Céline Bertrand
article
SIL2022: International Society of Limnology, International Society of Limnology, Aug 2022, Berlin, Germany
Accès au bibtex
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titre
Planktonic communities shift with dissolved organic matter properties: a functional perspective for sentinel lakes
auteur
Flavia Dory, Laurent Cavalli, Evelyne Franquet, Benjamin Misson, Patrick Höhener, Stéphane Mounier, Céline Bertrand
article
JASM 2022, May 2022, Grand Rapids, United States
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Poster communications

titre
Screening of physico-chemical properties of complex organic substrates to produce biohydrogen by extremophile microorganisms (dark fermentation)
auteur
Halima Chebbi, Dhifalli Khouloud, Yahyaoui Rawnak, Jouini Faten, César Arturo Aceves-Lara, Fillaudeau Luc, Pierre-Pol Liebgott, Fersi Cheima, Jaouani Atef, Hana Gannoun, Lamia Ben Gaïda
article
The 20th International Days of Biotechnology - IDB 2022, Dec 2022, Hammamet, Tunisia
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https://hal.science/hal-04987769/file/Chebbi-etal-LMI-BiotecH2-BioHydrogen-potential-poster-IDB2022.pdf BibTex
titre
Phytoplankton assemblage shifts with dissolved organic matter properties: a functional perspective for sentinel lakes
auteur
Flavia Dory, Laurent Cavalli, Evelyne Franquet, Stéphane Mounier, Patrick Höhener, Benjamin Misson, Mathieu Martin, Quentin Arnault, Thierry Tatoni, Céline Bertrand
article
5ème JILO, Oct 2022, corte, France
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2021

Journal articles

titre
Use of Stress Signals of Their Attached Bacteria to Monitor Sympagic Algae Preservation in Canadian Arctic Sediments
auteur
Rémi Amiraux, Patricia Bonin, Christopher Burot, Jean-Francois Rontani
article
Microorganisms, 2021, 9 (12), pp.2626. ⟨10.3390/microorganisms9122626⟩
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https://hal.science/hal-03525505/file/manuscript.v8.pdf BibTex
titre
Hydrothermal plumes as hotspots for deep-ocean heterotrophic microbial biomass production
auteur
Cécile Cathalot, Erwan Roussel, Antoine Perhirin, Vanessa Creff, Jean-Pierre Donval, Vivien Guyader, Guillaume Roullet, Jonathan Gula, Christian Tamburini, Marc Garel, Anne Godfroy, Pierre-Marie Sarradin
article
Nature Communications, 2021, 12 (1), ⟨10.1038/s41467-021-26877-6⟩
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https://amu.hal.science/hal-03456814/file/s41467-021-26877-6.pdf BibTex
titre
Evolution of Thermophilic Microbial Communities from a Deep-Sea Hydrothermal Chimney under Electrolithoautotrophic Conditions with Nitrate
auteur
Guillaume Pillot, Oulfat Amin Ali, Sylvain Davidson, Laetitia Shintu, Yannick Combet-Blanc, Anne Godfroy, Patricia Bonin, Pierre-Pol Liebgott
article
Microorganisms, 2021, 9 (12), pp.2475. ⟨10.3390/microorganisms9122475⟩
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https://hal.science/hal-03563636/file/89976.pdf BibTex
titre
Identification of enriched hyperthermophilic microbial communities from a deep-sea hydrothermal vent chimney under electrolithoautotrophic culture conditions
auteur
Guillaume Pillot, Oulfat Amin Ali, Sylvain Davidson, Laetitia Shintu, Anne Godfroy, Yannick Combet-Blanc, Patricia Bonin, Pierre-Pol Liebgott
article
Scientific Reports, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-94135-2⟩
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https://hal.science/hal-03427430/file/s41598-021-94135-2.pdf BibTex
titre
Integration of spatio-temporal variations of surface metabolomes and epibacterial communities highlights the importance of copper stress as a major factor shaping host-microbiota interactions within a Mediterranean seaweed holobiont
auteur
Benoît Paix, Nicolas Layglon, Christophe Le Poupon, Sébastien D’onofrio, Benjamin Misson, Cédric Garnier, Gérald Culioli, Jean-François Briand
article
Microbiome, 2021, 9 (1), ⟨10.1186/s40168-021-01124-8⟩
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https://univ-tln.hal.science/hal-03426129/file/32.%20copper%20stress%20as%20a%20major%20factor%20shaping%20host-microbiota%20interactions%20within%20a%20Mediterranean%20seaweed%20holobiont_Paix%20et%20al.%202021.pdf BibTex
titre
Deep ocean metagenomes provide insight into the metabolic architecture of bathypelagic microbial communities
auteur
Silvia Acinas, Pablo Sánchez, Guillem Salazar, Francisco Cornejo-Castillo, Marta Sebastián, Ramiro Logares, Marta Royo-Llonch, Lucas Paoli, Shinichi Sunagawa, Pascal Hingamp, Hiroyuki Ogata, Gipsi Lima-Mendez, Simon Roux, José González, Jesús Arrieta, Intikhab Alam, Allan Kamau, Chris Bowler, Jeroen Raes, Stéphane Pesant, Peer Bork, Susana Agustí, Takashi Gojobori, Dolors Vaqué, Matthew Sullivan, Carlos Pedrós-Alió, Ramon Massana, Carlos Duarte, Josep Gasol
article
Communications Biology, 2021, 4 (1), ⟨10.1038/s42003-021-02112-2⟩
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https://hal.science/hal-03238997/file/s42003-021-02112-2.pdf BibTex
titre
Towards the Idea of Molecular Brains
auteur
Y. Timsit, Grégoire Sergeant-Perthuis
article
International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (21), pp.11868. ⟨10.3390/ijms222111868⟩
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https://hal.univ-lorraine.fr/hal-03430257/file/ijms-22-11868.pdf BibTex
titre
Bioluminescence and Photoreception in Unicellular Organisms: Light-Signalling in a Bio-Communication Perspective
auteur
Youri Timsit, Magali Lescot, Martha Valiadi, Fabrice Not
article
International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (21), pp.11311. ⟨10.3390/ijms222111311⟩
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https://hal.science/hal-03402318/file/ijms-22-11311-v3.pdf BibTex
titre
Similar Methanogenic Shift but Divergent Syntrophic Partners in Anaerobic Digesters Exposed to Direct versus Successive Ammonium Additions
auteur
Julie Hardy, Patricia Bonin, Adele Lazuka, Estelle Gonidec, Sophie Guasco, Corinne Valette, Sébastien Lacroix, Léa Cabrol
article
Microbiology Spectrum, 2021, 9 (2), ⟨10.1128/Spectrum.00805-21⟩
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https://hal.science/hal-03435672/file/Spectrum.00805-21.pdf BibTex
titre
Pacmanvirus S19, the Second Pacmanvirus Isolated from Sewage Waters in Oran, Algeria
auteur
Guillaume Blanc, Khalil Geballa-Koukoulas, Souhila Abdi, Bernard La Scola, Julien Andreani
article
Microbiology Resource Announcements, 2021, 10 (42), ⟨10.1128/MRA.00693-21⟩
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https://hal.science/hal-03394563/file/MRA.00693-21.pdf BibTex
titre
Increasing Hydrostatic Pressure Impacts the Prokaryotic Diversity during Emiliania huxleyi Aggregates Degradation
auteur
Christian Tamburini, Marc Garel, Aude Barani, Dominique Boeuf, Patricia Bonin, Nagib Bhairy, Sophie Guasco, Stéphanie Jacquet, Frédéric A.C. Le Moigne, Christos Panagiotopoulos, Virginie Riou, Sandrine Veloso, Chiara Santinelli, Fabrice Armougom
article
Water, 2021, 13 (19), pp.2616. ⟨10.3390/w13192616⟩
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https://hal.science/hal-03356668/file/water-13-02616-v2.pdf BibTex
titre
Synergistic effects of temperature and light affect the relationship between Taonia atomaria and its epibacterial community: a controlled conditions study
auteur
Benoit Paix, Philippe Potin, Gaëtan Schires, Christophe Le Poupon, B. Misson, Catherine Leblanc, Gérald Culioli, Jean‐françois Briand
article
Environmental Microbiology, 2021, 23 (11), pp.6777-6797. ⟨10.1111/1462-2920.15758⟩
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https://amu.hal.science/hal-03400714/file/Paix%20et%20al_21_HAL.pdf BibTex
titre
Benthic oxygen dynamics and implication for the maintenance of chronic hypoxia and ecosystem degradation in the Berre lagoon (France)
auteur
Sylvain Rigaud, Bruno Deflandre, Christian Grenz, Florian Cesbron, Lara Pozzato, Baptiste Voltz, Antoine Grémare, Alicia Romero-Ramirez, Pascal Mirleau, Samuel Meulé, Vincent Faure, Nicolas Mayot, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Ludovic Pascal, Marie-Ange Cordier, Bastien Lamarque, Márcio Tenório, Olivier Radakovitch
article
Estuarine, Coastal and Shelf Science, 2021, 258, pp.107437. ⟨10.1016/j.ecss.2021.107437⟩
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https://hal.science/hal-03249104/file/RigaudS_EstCoastShelf_dep_2021.pdf BibTex
titre
Sediment reworking by the burrowing polychaete Hediste diversicolor modulated by environmental and biological factors across the temperate North Atlantic. A tribute to Gaston Desrosiers
auteur
Franck Gilbert, Erik Kristensen, Robert Aller, Gary Banta, Philippe Archambault, Rénald Belley, Luca Bellucci, Lois Calder, Philippe Cuny, Xavier de Montaudouin, Susanne Eriksson, Stefan Forster, Patrick Gillet, Jasmin Godbold, Ronnie Glud, Jonas Gunnarsson, Stefan Hulth, Stina Lindqvist, Anthony Maire, Emma Michaud, Karl Norling, Judith Renz, Martin Solan, Michael Townsend, Nils Volkenborn, Stephen Widdicombe, Georges Stora
article
Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 2021, 541, pp.151588. ⟨10.1016/j.jembe.2021.151588⟩
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https://hal.science/hal-03233589/file/gilbert_27951.pdf BibTex
titre
Organic additive release from plastic to seawater is lower under deep-sea conditions
auteur
Vincent Fauvelle, Marc Garel, Christian Tamburini, D. Nerini, Javier Castro-Jiménez, Natascha Schmidt, Andrea Paluselli, Armand Fahs, Laure Papillon, Andy M Booth, Richard Sempere
article
Nature Communications, 2021, 12 (1), ⟨10.1038/s41467-021-24738-w⟩
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https://amu.hal.science/hal-03293644/file/Fauvelle-et-al-2021.pdf BibTex
titre
Glutamate optimizes enzymatic activity under high hydrostatic pressure in Desulfovibrio species: effects on the ubiquitous thioredoxin system
auteur
H. Gaussier, M. Nouailler, E. Champaud, E. Garcin, C. Sebban-Kreuzer, O. Bornet, M. Garel, C. Tamburini, L. Pieulle, A. Dolla, N. Pradel
article
Extremophiles, 2021, 25 (4), pp.385-392. ⟨10.1007/s00792-021-01236-x⟩
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titre
Procaryotic Diversity and Hydrogenotrophic Methanogenesis in an Alkaline Spring (La Crouen, New Caledonia)
auteur
Marianne Quéméneur, Nan Mei, Christophe Monnin, Anne Postec, Laura Wils, Manon Bartoli, Sophie Guasco, Bernard Pelletier, Gael Erauso
article
Microorganisms, 2021, 9 (7), pp.1360. ⟨10.3390/microorganisms9071360⟩
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https://amu.hal.science/hal-03279565/file/microorganisms-09-01360.pdf BibTex
titre
Forensic genetic identification of sharks involved in human attacks
auteur
Nicolas Oury, Sébastien Jaquemet, Gwenola Simon, Laurie Casalot, Géry Vangrevelynghe, Fanch Landron, Hélène Magalon
article
Forensic Science International: Genetics , 2021, pp.102558. ⟨10.1016/j.fsigen.2021.102558⟩
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https://hal.univ-reunion.fr/hal-03273193/file/88658.pdf BibTex
titre
Microbial consortia in an ice‐covered high‐altitude lake impacted by additions of dissolved organic carbon and nutrients
auteur
Flavia Dory, Laurent Cavalli, Evelyne Franquet, B. Misson, Thierry Tatoni, Céline Bertrand, Magalie Claeys-Bruno
article
Freshwater Biology, 2021, 66 (8), pp.1648-1662. ⟨10.1111/fwb.13781⟩
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https://amu.hal.science/hal-03375780/file/Article%20Magalie.pdf BibTex
titre
A global metagenomic map of urban microbiomes and antimicrobial resistance
auteur
David Danko, Daniela Bezdan, Evan Afshin, Sofia Ahsanuddin, Chandrima Bhattacharya, Daniel Butler, Kern Rei Chng, Daisy Donnellan, Jochen Hecht, Katelyn Jackson, Katerina Kuchin, Mikhail Karasikov, Abigail Lyons, Lauren Mak, Dmitry Meleshko, Harun Mustafa, Beth Mutai, Russell Neches, Amanda Ng, Olga Nikolayeva, Tatyana Nikolayeva, Eileen Png, Krista Ryon, Jorge Sanchez, Heba Shaaban, Maria Sierra, Dominique Thomas, Ben Young, Omar Abudayyeh, Josue Alicea, Malay Bhattacharyya, Ran Blekhman, Eduardo Castro-Nallar, Ana Cañas, Aspassia Chatziefthimiou, Robert Crawford, Francesca de Filippis, Youping Deng, Christelle Desnues, Emmanuel Dias-Neto, Marius Dybwad, Eran Elhaik, Danilo Ercolini, Alina Frolova, Dennis Gankin, Jonathan Gootenberg, Alexandra Graf, David Green, Iman Hajirasouliha, Jaden J.A. Hastings, Mark Hernandez, Gregorio Iraola, Soojin Jang, Andre Kahles, Frank Kelly, Kaymisha Knights, Nikos Kyrpides, Paweł Łabaj, Patrick K.H. Lee, Marcus H.Y. Leung, Per Ljungdahl, Gabriella Mason-Buck, Ken Mcgrath, Cem Meydan, Emmanuel Mongodin, Milton Ozorio Moraes, Niranjan Nagarajan, Marina Nieto-Caballero, Houtan Noushmehr, Manuela Oliveira, Stephan Ossowski, Olayinka Osuolale, Orhan Özcan, David Paez-Espino, Nicolás Rascovan, Hugues Richard, Gunnar Rätsch, Lynn Schriml, Torsten Semmler, Osman Sezerman, Leming Shi, Tieliu Shi, Rania Siam, Le Huu Song, Haruo Suzuki, Denise Syndercombe Court, Scott Tighe, Xinzhao Tong, Klas Udekwu, Juan Ugalde, Brandon Valentine, Dimitar Vassilev, Elena Vayndorf, Thirumalaisamy Velavan, Jun Wu, María Zambrano, Jifeng Zhu, Sibo Zhu, Christopher Mason, Gabriela Albuquerque, Alex Alexiev, Kalyn Ali, Lucia Alvarado-Arnez, Sarh Aly, Jennifer Amachee, Maria Amorim, Majelia Ampadu, Muhammad Al-Fath Amran, Nala An, Watson Andrew, Harilanto Andrianjakarivony, Michael Angelov, Verónica Antelo, Catharine Aquino, Álvaro Aranguren, Luiza Araujo, Hitler Francois Vasquez Arevalo, Jenny Arevalo, Carme Arnan, Lucia Elena Alvarado Arnez, Fernanda Arredondo, Matthew Arthur, Freddy Asenjo, Thomas Saw Aung, Juliette Auvinet, Nuria Aventin, Sadaf Ayaz, Silva Baburyan, Abd-Manaaf Bakere, Katrin Bakhl, Thais Bartelli, Erdenetsetseg Batdelger, François Baudon, Kevin Becher, Carla Bello, Médine Benchouaia, Hannah Benisty, Anne-Sophie Benoiston, Joseph Benson, Diego Benítez, Juliana Bernardes, Denis Bertrand, Silvia Beurmann, Tristan Bitard-Feildel, Lucie Bittner, Christina Black, Guillaume Blanc, Brittany Blyther, Toni Bode, Julia Boeri, Bazartseren Boldgiv, Kevin Bolzli, Alexia Bordigoni, Ciro Borrelli, Sonia Bouchard, Jean-Pierre Bouly, Alicia Boyd, Gabriela Branco, Alessandra Breschi, Björn Brindefalk, Christian Brion, Alan Briones, Paulina Buczansla, Catherine Burke, Aszia Burrell, Alina Butova, Irvind Buttar, Jalia Bynoe, Sven Bönigk, Kari Bøifot, Hiram Caballero, Xiao Wen Cai, Dayana Calderon, Angela Cantillo, Miguel Carbajo, Alessandra Carbone, Anais Cardenas, Katerine Carrillo, Laurie Casalot, Sofia Castro, Ana Castro, Astred Castro, Ana Valeria B. Castro, Simone Cawthorne, Jonathan Cedillo, Salama Chaker, Jasna Chalangal, Allison Chan, Anastasia Chasapi, Starr Chatziefthimiou, Sreya Ray Chaudhuri, Akash Keluth Chavan, Francisco Chavez, Gregory Chem, Xiaoqing Chen, Michelle Chen, Jenn-Wei Chen, Ariel Chernomoretz, Allaeddine Chettouh, Daisy Cheung, Diana Chicas, Shirley Chiu, Hira Choudhry, Carl Chrispin, Kianna Ciaramella, Erika Cifuentes, Jake Cohen, David Coil, Sylvie Collin, Colleen Conger, Romain Conte, Flavia Corsi, Cecilia Cossio, Ana Costa, Delisia Cuebas, Bruno D’alessandro, Katherine Dahlhausen, Aaron Darling, Pujita Das, Lucinda Davenport, Laurent David, Natalie Davidson, Gargi Dayama, Stéphane Delmas, Chris Deng, Chloé Dequeker, Alexandre Desert, Monika Devi, Felipe Dezem, Clara Dias, Timothy Ryan Donahoe, Sonia Dorado, Lashonda Dorsey, Valeriia Dotsenko, Steven Du, Alexandra Dutan, Naya Eady, Jonathan Eisen, Miar Elaskandrany, Lennard Epping, Juan Escalera-Antezana, Cassie Ettinger, Iqra Faiz, Luice Fan, Nadine Farhat, Emile Faure, Fazlina Fauzi, Charlie Feigin, Skye Felice, Laís Pereira Ferreira, Gabriel Figueroa, Aubin Fleiss, Denisse Flores, Jhovana Velasco Flores, Marcos A.S. Fonseca, Jonathan Foox, Juan Carlos Forero, Aaishah Francis, Kelly French, Pablo Fresia, Jacob Friedman, Jaime Fuentes, Josephine Galipon, Mathilde Garcia, Laura Garcia, Catalina García, Annie Geiger, Samuel Gerner, Sonia Ghose, Dao Phuong Giang, Matías Giménez, Donato Giovannelli, Dedan Githae, Spyridon Gkotzis, Liliana Godoy, Samantha Goldman, Gaston Gonnet, Juana Gonzalez, Andrea Gonzalez, Camila Gonzalez-Poblete, Andrew Gray, Tranette Gregory, Charlotte Greselle, Sophie Guasco, Juan Guerra, Nika Gurianova, Wolfgang Haehr, Sebastien Halary, Felix Hartkopf, Arya Hawkins-Zafarnia, Nur Hazlin Hazrin-Chong, Eric Helfrich, Eva Hell, Tamera Henry, Samuel Hernandez, Pilar Lopez Hernandez, David Hess-Homeier, Lauren Hittle, Nghiem Xuan Hoan, Aliaksei Holik, Chiaki Homma, Irene Hoxie, Michael Huber, Elizabeth Humphries, Stephanie Hyland, Andrea Hässig, Roland Häusler, Nathalie Hüsser, Robert Petit, Badamnyambuu Iderzorig, Mizuki Igarashi, Shaikh Iqbal, Shino Ishikawa, Sakura Ishizuka, Sharah Islam, Riham Islam, Kohei Ito, Sota Ito, Takayuki Ito, Tomislav Ivankovic, Tomoki Iwashiro, Sarah Jackson, Joann Jacobs, Marisano James, Marianne Jaubert, Marie-Laure Jerier, Esmeralda Jiminez, Ayantu Jinfessa, Ymke de Jong, Hyun Woo Joo, Guilllaume Jospin, Takema Kajita, Affifah Saadah Ahmad Kassim, Nao Kato, Amrit Kaur, Inderjit Kaur, Fernanda de Souza Gomes Kehdy, Vedbar Khadka, Shaira Khan, Mahshid Khavari, Michelle Ki, Gina Kim, Hyung Jun Kim, Sangwan Kim, Ryan King, Giuseppe Kolomonaco, Ellen Koag, Nadezhda Kobko-Litskevitch, Maryna Korshevniuk, Michael Kozhar, Jonas Krebs, Nanami Kubota, Andrii Kuklin, Sheelta Kumar, Rachel Kwong, Lawrence Kwong, Ingrid Lafontaine, Juliana Lago, Tsoi Ying Lai, Elodie Laine, Manolo Laiola, Olha Lakhneko, Isha Lamba, Gerardo de Lamotte, Romain Lannes, Eleonora de Lazzari, Madeline Leahy, Hyunjung Lee, Yunmi Lee, Lucy Lee, Vincent Lemaire, Emily Leong, Dagmara Lewandowska, Chenhao Li, Weijun Liang, Moses Lin, Priscilla Lisboa, Anna Litskevitch, Eric Minwei Liu, Tracy Liu, Mayra Arauco Livia, Yui Him Lo, Sonia Losim, Manon Loubens, Jennifer Lu, Olexandr Lykhenko, Simona Lysakova, Salah Mahmoud, Sara Abdul Majid, Natalka Makogon, Denisse Maldonado, Krizzy Mallari, Tathiane Malta, Maliha Mamun, Dimitri Manoir, German Marchandon, Natalia Marciniak, Sonia Marinovic, Brunna Marques, Nicole Mathews, Yuri Matsuzaki, Vincent Matthys, Madelyn May, Elias Mccomb, Annabelle Meagher, Adiell Melamed, Wayne Menary, Katterinne Mendez, Ambar Mendez, Irène Mauricette Mendy, Irene Meng, Ajay Menon, Mark Menor, Roy Meoded, Nancy Merino, Karishma Miah, Mathilde Mignotte, Tanja Miketic, Wilson Miranda, Athena Mitsios, Ryusei Miura, Kunihiko Miyake, Maria Moccia, Natasha Mohan, Mohammed Mohsin, Karobi Moitra, Mauricio Moldes, Laura Molina, Jennifer Molinet, Orgil-Erdene Molomjamts, Eftar Moniruzzaman, Sookwon Moon, Isabelle de Oliveira Moraes, Mario Moreno, Maritza Mosella, Josef Moser, Christopher Mozsary, Amanda Muehlbauer, Oasima Muner, Muntaha Munia, Naimah Munim, Maureen Muscat, Tatjana Mustac, Cristina Muñoz, Francesca Nadalin, Areeg Naeem, Dorottya Nagy-Szakal, Mayuko Nakagawa, Ashanti Narce, Masaki Nasu, Irene González Navarrete, Hiba Naveed, Bryan Nazario, Narasimha Rao Nedunuri, Thomas Neff, Aida Nesimi, Wan Chiew Ng, Synti Ng, Gloria Nguyen, Elsy Ngwa, Agier Nicolas, Pierre Nicolas, Abdollahi Nika, Hosna Noorzi, Avigdor Nosrati, Diana Nunes, Kathryn O’brien, Niamh O’hara, Gabriella Oken, Rantimi Olawoyin, Javier Quilez Oliete, Kiara Olmeda, Tolulope Oluwadare, Itunu Oluwadare, Nils Ordioni, Jenessa Orpilla, Jacqueline Orrego, Melissa Ortega, Princess Osma, Israel Osuolale, Oluwatosin Osuolale, Mitsuki Ota, Francesco Oteri, Yuya Oto, Rachid Ounit, Christos Ouzounis, Subhamitra Pakrashi, Rachel Paras, Coral Pardo-Este, Young-Ja Park, Paulina Pastuszek, Suraj Patel, Jananan Pathmanathan, Andrea Patrignani, Manuel Perez, Ante Peros, Sabrina Persaud, Anisia Peters, Adam Phillips, Lisbeth Pineda, Melissa Pizzi, Alma Plaku, Alketa Plaku, Brianna Pompa-Hogan, María Gabriela Portilla, Leonardo Posada, Max Priestman, Bharath Prithiviraj, Sambhawa Priya, Phanthira Pugdeethosal, Catherine Pugh, Benjamin Pulatov, Angelika Pupiec, Kyrylo Pyrshev, Tao Qing, Saher Rahiel, Savlatjon Rahmatulloev, Kannan Rajendran, Aneisa Ramcharan, Adan Ramirez-Rojas, Shahryar Rana, Prashanthi Ratnanandan, Timothy Read, Hubert Rehrauer, Renee Richer, Alexis Rivera, Michelle Rivera, Alessandro Robertiello, Courtney Robinson, Paula Rodríguez, Nayra Aguilar Rojas, Paul Roldán, Anyelic Rosario, Sandra Roth, Maria Ruiz, Stephen Eduard Boja Ruiz, Kaitlan Russell, Mariia Rybak, Thais Sabedot, Mahfuza Sabina, Ikuto Saito, Yoshitaka Saito, Gustavo Adolfo Malca Salas, Cecilia Salazar, Kaung Myat San, Khaliun Sanchir, Ryan Sankar, Paulo Thiago de Souza Santos, Zulena Saravi, Kai Sasaki, Yuma Sato, Masaki Sato, Seisuke Sato, Ryo Sato, Kaisei Sato, Nowshin Sayara, Steffen Schaaf, Oli Schacher, Anna-Lena Schinke, Ralph Schlapbach, Christian Schori, Jason Schriml, Felipe Segato, Felipe Sepulveda, Marianna Serpa, Paola de Sessions, Juan Severyn, Maheen Shakil, Sarah Shalaby, Aliyah Shari, Hyenah Shim, Hikaru Shirahata, Yuh Shiwa, Ophélie da Silva, Jordana Silva, Gwenola Simon, Shaleni Singh, Kasia Sluzek, Rebecca Smith, Eunice So, Núria Andreu Somavilla, Yuya Sonohara, Nuno Rufino de Sousa, Camila Souza, Jason Sperry, Nicolas Sprinsky, Stefan Stark, Antonietta La Storia, Kiyoshi Suganuma, Hamood Suliman, Jill Sullivan, Arif Asyraf Md Supie, Chisato Suzuki, Sora Takagi, Fumie Takahara, Naoya Takahashi, Kou Takahashi, Tomoki Takeda, Isabella Takenaka, Soma Tanaka, Anyi Tang, Yuk Man Tang, Emilio Tarcitano, Andrea Tassinari, Mahdi Taye, Alexis Terrero, Eunice Thambiraja, Antonin Thiébaut, Sade Thomas, Andrew Thomas, Yuto Togashi, Takumi Togashi, Anna Tomaselli, Masaru Tomita, Itsuki Tomita, Oliver Toth, Nora Toussaint, Jennifer Tran, Catalina Truong, Stefan Tsonev, Kazutoshi Tsuda, Takafumi Tsurumaki, Michelle Tuz, Yelyzaveta Tymoshenko, Carmen Urgiles, Mariko Usui, Sophie Vacant, Laura Vann, Fabienne Velter, Valeria Ventorino, Patricia Vera-Wolf, Riccardo Vicedomini, Michael Suarez-Villamil, Sierra Vincent, Renee Vivancos-Koopman, Andrew Wan, Cindy Wang, Tomoro Warashina, Ayuki Watanabe, Samuel Weekes, Johannes Werner, David Westfall, Lothar Wieler, Michelle Williams, Silver Wolf, Brian Wong, Yan Ling Wong, Tyler Wong, Rasheena Wright, Tina Wunderlin, Ryota Yamanaka, Jingcheng Yang, Hirokazu Yano, George Yeh, Olena Yemets, Tetiana Yeskova, Shusei Yoshikawa, Laraib Zafar, Yang Zhang, Shu Zhang, Amy Zhang, Yuanting Zheng, Stas Zubenko, Natasha Abdullah, Marcos Abraao, Adel Ait-Hamlat, Muhammad Afaq, Faisal Al-Quaddoomi, Ireen Alam
article
Cell, 2021, 184 (13), pp.3376-3393.e17. ⟨10.1016/j.cell.2021.05.002⟩
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https://amu.hal.science/hal-03357730/file/1-s2.0-S0092867421005857-main.pdf BibTex
titre
The chemistry of hyperalkaline springs in serpentinizing environments: 1. the composition of free gases in New Caledonia compared to other springs worldwide
auteur
Christophe Monnin, Marianne Quemeneur, Roy Price, Julie Jeanpert, Pierre Maurizot, Cédric Boulart, Jean-Pierre Donval, Bernard Pelletier
article
Journal of Geophysical Research: Biogeosciences, In press, 9 (126), pp.e2021JG006243. ⟨10.1029/2021JG006243⟩
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https://hal.science/hal-03242378/file/Manuscript_free_gas_revised_version_May24_2021.pdf BibTex
titre
Alkalicella caledoniensis gen. nov., sp. nov., a novel alkaliphilic anaerobic bacterium isolated from ‘La Crouen’ alkaline thermal spring, New Caledonia
auteur
Marianne Quéméneur, Gaël Erauso, Manon Bartoli, Céline Vandecasteele, Laura Wils, Lisa Gil, Christophe Monnin, Bernard Pelletier, Anne Postec
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2021, 71 (5), pp.004810. ⟨10.1099/ijsem.0.004810⟩
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https://amu.hal.science/hal-03231234/file/Article_LB2_revised3_unmarked.pdf BibTex
titre
Viability and stress state of bacteria associated with primary production or zooplankton-derived suspended particulate matter in summer along a transect in Baffin Bay (Arctic Ocean)
auteur
Christopher Burot, Rémi Amiraux, Patricia Bonin, Sophie Guasco, Marcel Babin, Fabien Joux, Dominique Marie, Laure Vilgrain, Hermann Heipieper, Jean-Francois Rontani
article
Science of the Total Environment, 2021, 770, pp.145252. ⟨10.1016/j.scitotenv.2021.145252⟩
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https://hal.science/hal-03154542/file/1-s2.0-S0048969721003181-main.pdf BibTex
titre
Metal-containing PAS/GAF domains in bacterial sensors
auteur
Romain Pardoux, Alain Dolla, Corinne Aubert
article
Coordination Chemistry Reviews, 2021, 442, pp.214000. ⟨10.1016/j.ccr.2021.214000⟩
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https://hal.science/hal-03249747/file/pas-gaf%20review%202021.pdf BibTex
titre
Contrasting degradation rates of natural dissolved organic carbon by deep-sea prokaryotes under stratified water masses and deep-water convection conditions in the NW Mediterranean Sea
auteur
Marc Garel, Christos Panagiotopoulos, Mehdi Boutrif, Daniel Repeta, Richard Sempere, Chiara Santinelli, Bruno Charrière, David Nerini, Jean-Christophe Poggiale, Christian Tamburini
article
Marine Chemistry, 2021, 231, pp.103932. ⟨10.1016/j.marchem.2021.103932⟩
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https://amu.hal.science/hal-03159104/file/Garel_etal_pre-proof.pdf BibTex
titre
Limited influence of marine sediment lyophilization on prokaryotic community structure assessed via amplicon sequencing: an example from environmentally contrasted sediment layers in Toulon harbor (France)
auteur
Benjamin Misson, Cédric Garnier, Alexandre J Poulain
article
PeerJ, 2021, 9, pp.e11075. ⟨10.7717/peerj.11075⟩
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https://hal.science/hal-03191488/file/28.limited%20influence%20of%20sediment%20lyophilization_misson%20et%20al.%202021.pdf BibTex
titre
Elutriate preparation affects embryo development test with Paracentrotus lividus: An in-depth study on the differences between two protocols and three different sediment/water mixing times
auteur
Davide Sartori, Simona Macchia, Nicolas Layglon, Sébastien d'Onofrio, Benjamin Misson, Maria Elena Piccione, Rosa Maria Bertolotto, Alice Scuderi, Fabiano Pilato, Silvia Giuliani, David Pellegrini, Andrea Gaion
article
Ecotoxicology and Environmental Safety, 2021, ⟨10.1016/j.ecoenv.2021.112010⟩
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https://hal.science/hal-03148212/file/25.elutriate%20preparation%20and%20ecotox%20urchins_Sartori%20et%20al.%202021.pdf BibTex
titre
First Assessment of the Benthic Meiofauna Sensitivity to Low Human-Impacted Mangroves in French Guiana
auteur
Claire Michelet, Daniela Zeppilli, Cédric Hubas, Elisa Baldrighi, Philippe Cuny, Guillaume Dirberg, Cécile Militon, Romain Walcker, Dominique Lamy, Ronan Jézéquel, Justine Receveur, Gilbert Franck, Amonda El Houssainy, Aurélie Dufour, Lars-Eric Heimbürger-Boavida, Isabelle Bihannic, Lea Sylvi, Baptiste Vivier, Emma Michaud
article
Forests, 2021, 12 (3), pp.338. ⟨10.3390/f12030338⟩
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https://hal.science/hal-03168449/file/forests-12-00338.pdf BibTex
titre
Ecosystem maturity modulates greenhouse gases fluxes from artificial lakes
auteur
Fanny Colas, Jean-Marc Baudoin, Patricia Bonin, Léa Cabrol, Martin Daufresne, Rémy Lassus, Julien Cucherousset
article
Science of the Total Environment, 2021, 760, pp.144046. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.144046⟩
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https://hal.science/hal-03110280/file/publi%20complete.pdf BibTex
titre
OrpR is a σ 54 ‐dependent activator using an iron‐sulfur cluster for redox sensing in Desulfovibrio vulgaris Hildenborough
auteur
Anouchka Fiévet, Meriem Merrouch, Gaël Brasseur, Danaé Eve, Emanuele Biondi, Odile Valette, Sofia Pauleta, Alain Dolla, Zorah Dermoun, Bénédicte Burlat, Corinne Aubert
article
Molecular Microbiology, 2021, 116 (1), ⟨10.1111/mmi.14705⟩
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https://hal.science/hal-03204123/file/mmi.14705.pdf BibTex
titre
DOM Biological Lability in an Estuarine System in Two Contrasting Periods
auteur
Simona Retelletti Brogi, Raffaella Casotti, Benjamin Misson, Cecilia Balestra, Margherita Gonnelli, Stefano Vestri, Chiara Santinelli
article
Journal of Marine Science and Engineering, 2021, ⟨10.3390/jmse9020172⟩
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https://hal.science/hal-03148207/file/26.DOM%20biological%20lability%20Arno%20estuary_Retelletti%20Brogi%20et%20al.%202021.pdf BibTex
titre
The Kaumoebavirus LCC10 Genome Reveals a Unique Gene Strand Bias among “Extended Asfarviridae”
auteur
Khalil Geballa-Koukoulas, Julien Andreani, Bernard La Scola, Guillaume Blanc
article
Viruses, 2021, 13 (2), pp.148. ⟨10.3390/v13020148⟩
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https://hal.science/hal-03118634/file/viruses-13-00148-v2.pdf BibTex
titre
Mesopelagic microbial carbon production correlates with diversity across different marine particle fractions
auteur
Chloé Baumas, Frédéric Le Moigne, Marc Garel, Nagib Bhairy, Sophie Guasco, Virginie Riou, Fabrice Armougom, Hans-Peter Grossart, Christian Tamburini
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2021, ⟨10.1038/s41396-020-00880-z⟩
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https://hal.science/hal-03113293/file/s41396-020-00880-z.pdf BibTex
titre
The Ocean Barcode Atlas: a web service to explore the biodiversity and biogeography of marine organisms.
auteur
Caroline Vernette, Nicolas Henry, Julien Lecubin, Colomban de Vargas, Pascal Hingamp, Magali Lescot
article
Molecular Ecology Resources, 2021, ⟨10.1111/1755-0998.13322⟩
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BibTex
titre
Phylogenomic fingerprinting of tempo and functions of horizontal gene transfer within ochrophytes
auteur
Richard G Dorrell, Adrien Villain, Benoît Perez-Lamarque, Guillemette Audren de Kerdrel, Giselle Mccallum, Andrew K Watson, Ouardia Ait-Mohamed, Adriana Alberti, Erwann Corre, Kyle R Frischkorn, Juan J Pierella Karlusich, Eric Pelletier, Hélène Morlon, Chris Bowler, Guillaume Blanc
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2021, 118 (4), ⟨10.1073/pnas.2009974118/-/DCSupplemental⟩
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https://mnhn.hal.science/mnhn-03969507/file/pnas.2009974118.pdf BibTex
titre
Efficiency of benthic diatom-associated bacteria in the removal of benzo(a)pyrene and fluoranthene
auteur
Oumayma Kahla, Sondes Melliti Ben Garali, Fatma Karray, Manel Ben Abdallah, Najwa Kallel, Najla Mhiri, Hatem Zaghden, Badreddine Barhoumi, Olivier Pringault, Marianne Quemeneur, Marc Tedetti, Sami Sayadi, Asma Sakka Hlaili
article
Science of the Total Environment, 2021, 751, pp.141399. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.141399⟩
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https://hal.science/hal-02925530/file/Kahla%20et%20al.%202021%20%28Stoten%29.pdf BibTex
titre
Metal resistance genes enrichment in marine biofilm communities selected by biocide-containing surfaces in temperate and tropical coastal environments
auteur
Elisa C.P. Catao, Nicolas Gallois, Fabienne Fay, Benjamin Misson, Jean-François Briand
article
Environmental Pollution, 2021, 268, pp.115835. ⟨10.1016/j.envpol.2020.115835⟩
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https://hal.science/hal-03027551/file/Catao%20et%20al_HAL.pdf BibTex
titre
Rapid Spread of the Invasive Brown Alga Rugulopteryx okamurae in a National Park in Provence (France, Mediterranean Sea)
auteur
Sandrine Ruitton, A. Blanfuné, Charles F. Boudouresque, Dorian Guillemain, Valerie Michotey, Sylvain Roblet, Delphine Thibault, Thierry Thibaut, Marc Verlaque
article
Water, 2021, 13 (16), pp.2306. ⟨10.3390/w13162306⟩
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https://hal.science/hal-03342953/file/water-13-02306-v2.pdf BibTex
titre
Evolution of ribosomal protein network architectures
auteur
Y. Timsit, Grégoire Sergeant-Perthuis, Daniel Bennequin
article
Scientific Reports, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-020-80194-4⟩
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https://hal.science/hal-03120751/file/s41598-020-80194-4.pdf BibTex
titre
On the barium–oxygen consumption relationship in the Mediterranean Sea: implications for mesopelagic marine snow remineralization
auteur
Stéphanie Jacquet, Dominique Lefèvre, Christian Tamburini, Marc Garel, Frédéric A.C. Le Moigne, Nagib Bhairy, Sophie Guasco
article
Biogeosciences, 2021, 18 (6), pp.2205-2212. ⟨10.5194/bg-18-2205-2021⟩
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https://hal.science/hal-03357294/file/bg-18-2205-2021.pdf BibTex
titre
RadA, a MSCRAMM Adhesin of the Dominant Symbiote Ruminococcus gnavus E1, Binds Human Immunoglobulins and Intestinal Mucins
auteur
Marc Maresca, Radia Alatou, Ange Pujol, Cendrine Nicoletti, Josette Perrier, Thierry Giardina, Gwenola Simon, Vincent Méjean, Michel Fons
article
Biomolecules, 2021, 11 (11), pp.1613. ⟨10.3390/biom11111613⟩
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https://hal.science/hal-03455626/file/biomolecules-11-01613.pdf BibTex
titre
Trace Metal Contamination Impacts Predicted Functions More Than Structure of Marine Prokaryotic Biofilm Communities in an Anthropized Coastal Area
auteur
Clément Coclet, Cédric Garnier, Sébastien d'Onofrio, Gaël Durrieu, Emilie Pasero, Christophe Le Poupon, Dario Omanović, Jean-Ulrich Mullot, Benjamin Misson, Jean-François Briand
article
Frontiers in Microbiology, 2021, 12, pp.589948. ⟨10.3389/fmicb.2021.589948⟩
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https://hal.science/hal-03148203/file/27.Biofilm%20Communities%20in%20an%20Anthropized%20Coastal%20Area_Coclet%20et%20al.%202021.pdf BibTex
titre
Bacterial diversity and lipid biomarkers in sea ice and sinking particulate organic material during the melt season in the Canadian Arctic
auteur
Rémi Amiraux, Jean-Francois Rontani, Fabrice Armougom, Eléonore Frouin, Marcel Babin, Lise Artigue, Patricia Bonin
article
Elementa: Science of the Anthropocene, 2021, 9 (1), ⟨10.1525/elementa.2019.040⟩
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https://hal.science/hal-03424293/file/elementa.2021.040.pdf BibTex
titre
A high rate algal pond hosting a dynamic community of RNA viruses
auteur
Emily E Chase, Sonia Monteil-Bouchard, Angélique Gobet, Felana H Andrianjakarivony, Christelle Desnues, Guillaume Blanc
article
Viruses, 2021, 13 (11), pp.2163. ⟨10.3390/v13112163⟩
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https://hal.science/hal-03394586/file/viruses-13-02163.pdf BibTex
titre
Alkaliphilus serpentinus sp. nov. and Alkaliphilus pronyensis sp. nov., two novel anaerobic alkaliphilic species isolated from the serpentinite-hosted Prony Bay Hydrothermal Field (New Caledonia)
auteur
Anne Postec, Marianne Quemeneur, Aurélien Lecoeuvre, Nicolas Chabert, Manon Joseph, Gaël Erauso
article
Systematic and Applied Microbiology, 2021, 44 (2), pp.126175. ⟨10.1016/j.syapm.2020.126175⟩
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https://hal.science/hal-03107003/file/Postec-et-al_SAM-hal.pdf BibTex
titre
Spatial patterns of ectoenzymatic kinetics in relation to biogeochemical properties in the Mediterranean Sea and the concentration of the fluorogenic substrate used
auteur
France van Wambeke, Elvira Pulido-Villena, Philippe Catala, Julie Dinasquet, Kahina Djaoudi, Anja Engel, Marc Garel, Sophie Guasco, Barbara Marie, Sandra Nunige, Vincent Taillandier, Birthe Zäncker, Christian Tamburini
article
Biogeosciences, 2021, 18 (7), pp.2301-2323. ⟨10.5194/bg-18-2301-2021⟩
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https://amu.hal.science/hal-03195714/file/bg-18-2301-2021.pdf BibTex
titre
Negligible microbial heterotrophic quantitative contribution onto trace metals remobilization during marine sediment resuspension - insights from a Mediterranean urbanized bay
auteur
Nicolas Layglon, B. Misson, Nicolas Gallois, Sébastien d'Onofrio, V Lenoble, Stéphane Mounier, Dario Omanović, Cédric Garnier
article
Marine Chemistry, In press, ⟨10.1016/j.marchem.2021.103981⟩
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https://hal.science/hal-03229764/file/Abiotic%20control%20on%20metals%20transfers_Hal.pdf BibTex
titre
Glutamate optimizes enzymatic activity under high hydrostatic pressure in Desulfovibrio species: effects on the ubiquitous thioredoxin system
auteur
Hélène Gaussier, M. Nouailler, Edouard Champaud, Edwige Garcin, Sebban -Kreuzer, Olivier Bornet, Marc Garel, Christian Tamburini, Laetitia Pieulle, Alain Dolla, Nathalie Pradel
article
Extremophiles, 2021, 25, pp.385-392. ⟨10.1007/s00792-021-01236-x⟩
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https://hal.science/hal-03272295/file/version%20accepte-hal.pdf BibTex

Conference papers

titre
NEW INSIGHTS INTO MICROBIAL WAX ESTER BIOSYNTHESIS, NATURAL OCCURRENCE AND ADAPTIVE ROLE
auteur
Vincent Grossi, Ingrid Antheaume, Daniel Ariztegui, Guillaume Borrel, Cristiana Cravo-Laureau, Philippe Cuny, Mylène Hugoni, Cécile Militon, David Sala, Lea Sylvi, Camille Thomas
article
30th International Meeting on Organic Geochemistry (IMOG), Sep 2021, Montpellier (on line due to pandemic situation), France
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https://hal.science/hal-03761878/file/Abstract%20IMOG2021_Grossi.pdf BibTex
titre
The REINFORCE Project: Inviting Citizen Scientists to analyse KM3NeT data
auteur
Rémy Le Breton, Vincent Bertin, Paschal Coyle, Gwenhaël de Wasseige, Hervé Glotin, Carlo Guidi, Feifei Huang, Séverine Martini, Antoine Kouchner, Christian Tamburini, Veronique van Elewyck
article
37th International Cosmic Ray Conference, Jul 2021, Berlin, Germany. pp.1392, ⟨10.22323/1.395.1392⟩
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https://hal.science/hal-03373316/file/ICRC2021_1392.pdf BibTex

Book sections

titre
Serpentinicella
auteur
Marianne Quemeneur, Nan Mei, Anne Postec, Gaël Erauso
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, 1, Wiley, 2021, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01817⟩
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Preprints, Working Papers, ...

titre
Thriving of hyperthermophilic microbial communities from a deep-sea sulfidic hydrothermal chimney under electrolithoautotrophic conditions with nitrate as electron acceptor
auteur
G. Pillot, S. Davidson, L. Shintu, L. Tanet, Y. Combet-Blanc, A. Godfroy, Patricia Bonin, Pierre-Pol Liebgott
article
2021
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BibTex

2020

Journal articles

titre
Responses to the Hydrostatic Pressure of Surface and Subsurface Strains of Pseudothermotoga elfii Revealing the Piezophilic Nature of the Strain Originating From an Oil-Producing Well
auteur
Marie Roumagnac, Nathalie Pradel, Manon Bartoli, Marc Garel, Aaron Jones, Fabrice Armougom, Romain Fenouil, Christian Tamburini, Bernard Ollivier, Zarath Summers, Alain Dolla
article
Frontiers in Microbiology, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.588771⟩
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https://hal.science/hal-03152104/file/fmicb-11-588771.pdf BibTex
titre
Prokaryotic Diversity and Distribution Along Physical and Nutrient Gradients in the Tunisian Coastal Waters (South Mediterranean Sea)
auteur
Marianne Quemeneur, Malika Bel Hassen, Fabrice Armougom, Yosra Khammeri, Rim Lajnef, Amel Bellaaj-Zouari
article
Frontiers in Microbiology, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.593540⟩
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https://hal.science/hal-03033038/file/fmicb-11-593540.pdf BibTex
titre
In situ observations and modelling revealed environmental factors favouring occurrence of Vibrio in microbiome of the pelagic Sargassum responsible for strandings
auteur
Valerie Michotey, Aurelie Blanfuné, Cristele Chevalier, Marc Garel, Frédéric Diaz, Léo Berline, Louis Le Grand, Fabrice Armougom, Sophie Guasco, Sandrine Ruitton, T. Changeux, Bruno Belloni, Jean Blanchot, Frédéric Ménard, Thierry Thibaut
article
Science of the Total Environment, 2020, 748, pp.141216. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.141216⟩
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https://hal.science/hal-02933822/file/Michotey%20et%20al-J-Tot%20Env%20-hal.pdf BibTex
titre
Stress factors resulting from the Arctic vernal sea-ice melt
auteur
Rémi Amiraux, Christopher Burot, Patricia Bonin, Guillaume Massé, Sophie Guasco, Marcel Babin, Frederic Vaultier, Jean-Francois Rontani
article
Elementa: Science of the Anthropocene, 2020, 8 (1), ⟨10.1525/elementa.076⟩
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https://hal.science/hal-03458308/file/elementa.076.pdf BibTex
titre
A novel Thermotoga strain TFO isolated from a Californian petroleum reservoir phylogenetically related to Thermotoga petrophila and T. naphthophila, two thermophilic anaerobic isolates from a Japanese reservoir: Taxonomic and genomic considerations
auteur
Zara M Summers, Hassiba Belahbib, Nathalie Pradel, Manon Bartoli, Pooja Mishra, Christian Tamburini, Alain Dolla, Bernard Ollivier, Fabrice Armougom
article
Systematic and Applied Microbiology, 2020, 43 (6), pp.126132. ⟨10.1016/j.syapm.2020.126132⟩
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https://hal.science/hal-03007670/file/SYAPM-D-20-00093_R1.pdf BibTex
titre
Long-read only assembly of Drechmeria coniospora genomes reveals widespread chromosome plasticity and illustrates the limitations of current nanopore methods
auteur
Damien Courtine, Jan Provaznik, Jérôme Reboul, Guillaume Blanc, Vladimir Benes, Jonathan J Ewbank
article
GigaScience, 2020, 9 (9), pp.1 - 11. ⟨10.1093/gigascience/giaa099⟩
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https://hal.science/hal-02964511/file/giaa099.pdf BibTex
titre
Meta-omics Provides Insights into the Impact of Hydrocarbon Contamination on Microbial Mat Functioning
auteur
Johanne Aubé, Pavel Senin, Patricia Bonin, Olivier Pringault, Céline Jeziorski, Olivier Bouchez, Christophe Klopp, Remy Guyoneaud, Marisol Goñi
article
Microbial ecology, 2020, 80 (2), pp.286-295. ⟨10.1007/s00248-020-01493-x⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03065790/file/Aube_etal_MicEco_revised.pdf BibTex
titre
Impact of cigarette butts on microbial diversity and dissolved trace metals in coastal marine sediment
auteur
Marianne Quemeneur, Sandrine Chifflet, Fourat Akrout, Amel Bellaaj-Zouari, Malika Belhassen
article
Estuarine, Coastal and Shelf Science, 2020, 240, pp.106785. ⟨10.1016/j.ecss.2020.106785⟩
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https://hal.science/hal-02881380/file/Quemeneur_ECSS-2020-1.pdf BibTex
titre
Long-term monitoring emphasizes impacts of the dredging on dissolved Cu and Pb contamination along with ultraplankton distribution and structure in Toulon Bay (NW Mediterranean Sea, France)
auteur
N. Layglon, Benjamin Misson, Gaël Durieu, Clément Coclet, Sébastien d'Onofrio, Duc Huy Dang, David François, Jean-Ulrich Mullot, Stéphane Mounier, Véronique Lenoble, Dario Omanović, Cédric Garnier
article
Marine Pollution Bulletin, 2020, 156, pp.111196. ⟨10.1016/j.marpolbul.2020.111196⟩
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https://hal.science/hal-02571468/file/MPB-D-19-01045R2_preprint.pdf BibTex
titre
Diversity and evolution of bacterial bioluminescence genes in the global ocean
auteur
Thomas Vannier, Pascal Hingamp, Floriane Turrel, Lisa Tanet, Magali Lescot, Y. Timsit
article
NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (2), ⟨10.1093/nargab/lqaa018⟩
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https://hal.science/hal-02514159/file/lqaa018.pdf BibTex
titre
Impacts of copper and lead exposure on prokaryotic communities from contaminated contrasted coastal seawaters: the influence of previous metal exposure
auteur
Clément Coclet, Cédric Garnier, Gaël Durrieu, Sébastien d'Onofrio, Nicolas Layglon, Jean-François Briand, Benjamin Misson
article
FEMS Microbiology Ecology, 2020, 96 (6), ⟨10.1093/femsec/fiaa048⟩
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https://hal.science/hal-03027561/file/Coclet_et_al_Research_Paper_preprint.pdf BibTex
titre
Archaea, specific genetic traits, and development of improved bacterial live biotherapeutic products: another face of next-generation probiotics
auteur
Khaled Fadhlaoui, Marie-Edith Arnal, Matthieu Martineau, Paméla Camponova, Bernard Ollivier, Paul O'Toole, Jean-François Brugère
article
Applied Microbiology and Biotechnology, 2020, 104 (11), pp.4705-4716. ⟨10.1007/s00253-020-10599-8⟩
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https://hal.science/hal-02996543/file/2020_AMaB_Archaea-enhancedLBPs.pdf BibTex
titre
Tara Oceans: towards global ocean ecosystems biology
auteur
Shinichi Sunagawa, Silvia Acinas, Peer Bork, Chris Bowler, Silvia Acinas, Marcel Babin, Peer Bork, Emmanuel Boss, Chris Bowler, Guy Cochrane, Colomban de Vargas, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Lionel Guidi, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Stefanie Kandels, Lee Karp-Boss, Eric Karsenti, Magali Lescot, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Stéphane Pesant, Nicole Poulton, Jeroen Raes, Christian Sardet, Mike Sieracki, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Matthew Sullivan, Shinichi Sunagawa, Patrick Wincker, Damien Eveillard, Gabriel Gorsky, Lionel Guidi, Daniele Iudicone, Eric Karsenti, Fabien Lombard, Hiroyuki Ogata, Stephane Pesant, Matthew Sullivan, Patrick Wincker, Colomban de Vargas
article
Nature Reviews Microbiology, 2020, 18 (8), pp.428-445. ⟨10.1038/s41579-020-0364-5⟩
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BibTex
titre
Dissolved organic matter controls of arsenic bioavailability to bacteria
auteur
Martin Pothier, Véronique Lenoble, Cédric Garnier, Benjamin Misson, Charlotte Rentmeister, Alexandre Poulain
article
Science of the Total Environment, 2020, 716, pp.137118. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.137118⟩
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https://hal.science/hal-03027565/file/Pothier_MS_2020.pdf BibTex
titre
A Multi-Omics Analysis Suggests Links Between the Differentiated Surface Metabolome and Epiphytic Microbiota Along the Thallus of a Mediterranean Seaweed Holobiont
auteur
Benoît Paix, Nathan Carriot, Raphaëlle Barry-Martinet, Stephane Greff, Benjamin Misson, Jean-François Briand, Gérald Culioli
article
Frontiers in Microbiology, 2020, 11, pp.494. ⟨10.3389/fmicb.2020.00494⟩
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https://amu.hal.science/hal-02519482/file/fmicb-11-00494.pdf BibTex
titre
Oil spill response in mangroves: why a specific ecosystem-based management is required? The case of French Guiana – a mini-review
auteur
Philippe Cuny, Ronan Jezequel, Emma Michaud, Léa Sylvi, Franck Gilbert, Maud Fiard, C. Chevalier, Valérie Morel, Cécile Militon
article
Vie et Milieu / Life & Environment, 2020, 70 (3-4), pp.69-76
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-03425384/file/Cuny_28108.pdf BibTex
titre
Oxygen and light determine the pathways of nitrate reduction in a highly saline lake
auteur
Nicolás Valiente, Franz Jirsa, Thomas Hein, Wolfgang Wanek, Patricia Bonin, Juan José Gómez-Alday
article
Biogeosciences, 2020, ⟨10.5194/bg-2020-20⟩
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https://amu.hal.science/hal-03022672/file/bg-2020-20.pdf BibTex
titre
Production of Current by Syntrophy Between Exoelectrogenic and Fermentative Hyperthermophilic Microorganisms in Heterotrophic Biofilm from a Deep-Sea Hydrothermal Chimney
auteur
Guillaume Pillot, Sylvain Davidson, Richard Auria, Yannick Combet-Blanc, Anne Godfroy, Pierre-Pol Liebgott
article
Microbial ecology, 2020, 79 (1), pp.38-49. ⟨10.1007/s00248-019-01381-z⟩
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https://hal.science/hal-02962527/file/Pillot%20et%20al.%202020%20preprint%20ME.pdf BibTex
titre
Genome Resolved Biogeography of Mamiellales
auteur
Jade Leconte, L. Felipe Felipe Benites, Thomas Vannier, Patrick Wincker, Gwenael Piganeau, Olivier Jaillon
article
Genes, 2020, 11 (1), pp.66. ⟨10.3390/genes11010066⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-02505108/file/genes-11-00066-v2.pdf BibTex
titre
Reviews and syntheses: Bacterial bioluminescence – ecology and impact in the biological carbon pump
auteur
Lisa Tanet, Severine Martini, Laurie Casalot, Christian Tamburini
article
Biogeosciences, 2020, 17 (14), pp.3757-3778. ⟨10.5194/bg-17-3757-2020⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02901948/file/bg-17-3757-2020.pdf BibTex
titre
Towards the development of ecosystem-based indicators of mangroves functioning state in the context of the EU water framework directive
auteur
Guillaume Dirberg, Geneviève Barnaud, Olivier Brivois, Pierre Caessteker, Marie-Christine Cormier-Salem, Philippe Cuny, Maud Fiard, François Fromard, Franck Gilbert, Sandrine Grouard, Daniel Guiral, Cédric Hubas, Daniel Imbert, Dominique Lamy, Tarik Meziane, Emma Michaud, Claire Michelet, Cécile Militon, Alain Pibot, Christophe Proisy, Tony Robinet, Thomas Stieglitz, Léa Sylvi, F Taureau, Hélène Udo, Romain Walcker, Daniela Zeppilli, Olivier Monnier
article
Vie et Milieu / Life & Environment, 2020, 70 (3-4), pp.303-310
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https://hal.science/hal-03495716/file/Dirberg_28161.pdf BibTex
titre
Anaerohalosphaera lusitana gen. nov., sp. nov., and Limihaloglobus sulfuriphilus gen. nov., sp. nov., isolated from solar saltern sediments, and proposal of Anaerohalosphaeraceae fam. nov. within the order Sedimentisphaerales
auteur
Nathalie Pradel, Marie-Laure Fardeau, Brian Tindall, Stefan Spring
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, In press, ⟨10.1099/ijsem.0.003919⟩
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titre
Iron corrosion induced by the hyperthermophilic sulfate-reducing archaeon Archaeoglobus fulgidus at 70°C
auteur
Oulfat Amin Ali, Emmanuel Aragon, Armand Fahs, Sylvain Davidson, Bernard Ollivier, Agnès Hirschler-Réa
article
International Biodeterioration and Biodegradation, 2020, 154, pp.105056. ⟨10.1016/j.ibiod.2020.105056⟩
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https://hal.science/hal-03181343/file/Amin%20Ali%20et%20al%202020.pdf BibTex
titre
Comparative Genomics Unveils Regionalized Evolution of the Faustovirus Genomes
auteur
Khalil Geballa-Koukoulas, Hadjer Boudjemaa, Julien Andreani, Bernard Scola, Guillaume Blanc
article
Viruses, 2020, 12 (5), pp.577. ⟨10.3390/v12050577⟩
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https://hal.science/hal-02639526/file/viruses-12-00577-v2.pdf BibTex
titre
Desulfobotulus mexicanus sp. nov., a novel sulfate-reducing bacterium isolated from the sediment of an alkaline crater lake in Mexico
auteur
Maria Fernanda Pérez-Bernal, Elcia Margareth Souza Brito, Manon Bartoli, Johanne Aubé, Bernard Ollivier, Remy Guyoneaud, Agnès Hirschler-Réa
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2020, 70 (5), pp.3219-3225. ⟨10.1099/ijsem.0.004159⟩
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titre
Have decades of abiotic studies in sediments been misinterpreted?
auteur
N. Layglon, Benjamin Misson, Stéphane Mounier, Véronique Lenoble, Dario Omanović, Cédric Garnier
article
Science of the Total Environment, 2020, 707, pp.135949. ⟨10.1016/j.scitotenv.2019.135949⟩
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https://hal.science/hal-02409414/file/Layglon_Azide_Hal.pdf BibTex

Conference papers

titre
Oil Spill response in mangroves: why a specific Ecosystem-based Management is required?
auteur
Philippe Cuny, Ronan Jézéquel, Emma Michaud, Lea Sylvi, Cécile Militon
article
International Workshop on Ecosystem-based Management, Feb 2020, Marseille, France
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Book sections

titre
Un risque littoral avéré non représenté : la pollution par les hydrocarbures pétroliers
auteur
Cristele Chevalier, Philippe Cuny, Valérie Morel
article
Atlas critique de la Guyane, , pp.302-303, 2020, 978-2-271-13213-0
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Books

titre
Gilles Caron. Un monde imparfait
auteur
Isabella Seniuta, Clara Bouveresse, Guillaume Blanc
article
Le Point du Jour, 2020, 978-2-912132-91-8
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Preprints, Working Papers, ...

titre
Electrotrophy as potential primary metabolism for colonization of conductive surfaces in deep-sea hydrothermal chimneys
auteur
Guillaume Pillot, Sylvain Davidson, Laetitia Shintu, Oulfat Amin, Anne Godfroy, Yannick Combet-Blanc, Patricia Bonin, Pierre-Pol Liebgott
article
2020
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https://amu.hal.science/hal-03022667/file/2020.11.11.377697.full.pdf BibTex
titre
On the barium-oxygen consumption relationship in the Mediterranean Sea: implications for mesopelagic marine snow remineralisation
auteur
Stéphanie Jacquet, Dominique Lefèvre, Christian Tamburini, Marc Garel, Frédéric A.C. Le Moigne, Nagib Bhairy, Marie Roumagnac, Sophie Guasco
article
2020
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2019

Journal articles

titre
The global distribution and evolutionary history of the pT26‐2 archaeal plasmid family
auteur
Catherine Badel, Gaël Erauso, Annika Gomez, Ryan Catchpole, M. Gonnet, Jacques Oberto, Patrick Forterre, Violette da Cunha
article
Environmental Microbiology, 2019, 21 (12), ⟨10.1111/1462-2920.14800⟩
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https://hal.science/hal-02292276/file/2019_Badel_Environmental_Microbiology%20%281%29.pdf BibTex
titre
The lichen symbiosis re-viewed through the genomes of Cladonia grayi and its algal partner Asterochloris glomerata
auteur
Daniele Armaleo, Olaf Müller, François Lutzoni, Guillaume Blanc, Helge B Bode, Frank R Collart, Francesco Dal Grande, Fred Dietrich, Igor V Grigoriev, Suzanne Joneson, Alan Kuo, Peter Gorm Larsen, John M Logsdon, David López, Francis Martin, Susan P May, Tami R Mcdonald, Sabeeha S Merchant, Vivian Miao, Emmanuelle Morin, Ryoko Oono, Matteo Pellegrini, Nimrod Rubinstein, Maria Virginia Sanchez-Puerta, Elizabeth Savelkoul, Imke Schmitt, Jason C Slot, Darren Soanes, Péter Szövényi, Nicholas J Talbot, Claire Veneault-Fourrey, Basil B Xavier
article
BMC Genomics, 2019, 20 (1), pp.605. ⟨10.1186/s12864-019-5629-x⟩
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https://hal.science/hal-02192633/file/Armaleo_et_al-2019-BMC_Genomics.pdf BibTex
titre
Microbial abundance, activity and population genomic profiling with mOTUs2
auteur
Alessio Milanese, Daniel Mende, Lucas Paoli, Guillem Salazar, Hans-Joachim Ruscheweyh, Miguelangel Cuenca, Pascal Hingamp, Renato Alves, Paul Costea, Luis Pedro Coelho, Thomas Schmidt, Alexandre Almeida, Alex Mitchell, Robert Finn, Jaime Huerta-Cepas, Peer Bork, Georg Zeller, Shinichi Sunagawa
article
Nature Communications, 2019, 10 (1), ⟨10.1038/s41467-019-08844-4⟩
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https://hal.science/hal-02281129/file/s41467-019-08844-4.pdf BibTex
titre
Metabolomic and proteomic changes induced by growth inhibitory concentrations of copper in the biofilm-forming marine bacterium Pseudoalteromonas lipolytica
auteur
Laurie Favre, Annick Ortalo-Magné, Lionel Kerloch, Carole Pichereaux, Benjamin Misson, Jean-François Briand, Cédric Garnier, Gérald Culioli
article
Metallomics, 2019, 11 (11), pp.1887-1899. ⟨10.1039/C9MT00184K⟩
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https://univ-tln.hal.science/hal-02435001/file/preprint.pdf.pdf BibTex
titre
Direct and indirect impact of the bacterial strain Pseudomonas aeruginosa on the dissolution of synthetic Fe(III)- and Fe(II)-bearing basaltic glasses
auteur
Anne Perez, Stéphanie Rossano, Nicolas Trcera, Aurélie Verney-Carron, Céline Rommevaux, Chloé Fourdrin, Ana Carolina Agnello, David Huguenot, François Guyot
article
Chemical Geology, 2019, 523, pp.9-18. ⟨10.1016/j.chemgeo.2019.05.033⟩
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https://hal.science/hal-02359923/file/Perezetal_ChemGeol2019.pdf BibTex
titre
Enhancement of biotic degradation of terrestrial particulate organic matter in an estuarine salinity gradient: Interactive effects of organic matter pools and changes of bacterial communities.
auteur
Patricia Bonin, Anne-Hélène Prime, Mairie-Aimée Galeron, Sophie Guasco, Jean-Francois Rontani
article
Aquatic Microbial Ecology, 2019, 83 (2), pp.147 - 159. ⟨10.3354/ame01908⟩
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https://hal.science/hal-03019979/file/depot%20hal.pdf BibTex
titre
Shear Stress as a Major Driver of Marine Biofilm Communities in the NW Mediterranean Sea
auteur
Elisa C P Catão, Thomas Pollet, Benjamin Misson, Cédric Garnier, Jean-François Ghiglione, Raphaëlle Barry-Martinet, Marine Maintenay, Christine Bressy, Jean-François Briand
article
Frontiers in Microbiology, 2019, ⟨10.3389/fmicb.2019.01768⟩
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https://univ-tln.hal.science/hal-02269986/file/17.Shear%20stress%20as%20a%20major%20driver%20of%20marine%20biofilm%20communities..._Catao%20et%20al.%202019.pdf BibTex
titre
Effects of catchment area and nutrient deposition regime on phytoplankton functionality in alpine lakes
auteur
Coralie Jacquemin, Céline Bertrand, Evelyne Franquet, Stéphane Mounier, Benjamin Misson, Benjamin Oursel, Laurent Cavalli
article
Science of the Total Environment, 2019, 674, pp.114-127. ⟨10.1016/j.scitotenv.2019.04.117⟩
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https://hal.science/hal-02176058/file/Jacquemin_2019_Main_text%20%281%29.pdf BibTex
titre
Nervous-Like Circuits in the Ribosome Facts, Hypotheses and Perspectives
auteur
Y. Timsit, Daniel Bennequin
article
International Journal of Molecular Sciences, 2019, ⟨10.3390/ijms20122911⟩
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https://hal.science/hal-02390099/file/ijms-20-02911.pdf BibTex
titre
Prokaryote Communities at Active Chimney and In-Situ Colonization Devices after a Magmatic Degassing Event (37°N MAR, EMSO-Azores Deep-Sea Observatory)
auteur
Céline Rommevaux, Pauline A Henri, Jefferson Degboe, Valérie Chavagnac, Françoise A Lesongeur, Anne A Godfroy, Cédric Boulart, Christine Destrigneville, Alain Castillo
article
Geochemistry, Geophysics, Geosystems, 2019, ⟨10.1029/2018GC008107⟩
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https://amu.hal.science/hal-02142449/file/Rommevaux_G3_2019.pdf BibTex
titre
Seasonal and plant-part isotopic and biochemical variation in Posidonia oceanica
auteur
Pierre Cresson, Charles-François Boudouresque, Sandrine Ruitton, Laurie Casalot, Marc Verlaque, Mireille Harmelin-Vivien
article
Mediterranean Marine Science, 2019, 20 (2), pp.357. ⟨10.12681/mms.18660⟩
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https://amu.hal.science/hal-02458445/file/Cresson%20et%20al-2019-Med%20Mar%20Sc-Posidonia%20IS%20Bioch.pdf BibTex
titre
Dissecting the membrane lipid binding properties and lipase activity of Mycobacterium tuberculosis LipY domains
auteur
Pierre Santucci, Nabil Smichi, Sadia Diomandé, Isabelle Poncin, Vanessa Point, Hélène Gaussier, Jean-François Cavalier, Laurent Kremer, Stéphane Canaan
article
FEBS Journal, 2019, ⟨10.1111/febs.14864⟩
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https://amu.hal.science/hal-02137694/file/Santucci%20et%20al.%20FEBS-HAL.pdf BibTex
titre
Impact of sterilization methods on dissolved trace metals concentrations in complex natural samples: optimization of UV irradiation
auteur
Sandrine Chifflet, Marianne Quemeneur, Aude Barani, Bernard Angeletti, Morgane Didry, Gérald Grégori, Nathalie Pradel
article
MethodsX, 2019, 6, pp.1133-1146. ⟨10.1016/j.mex.2019.04.020⟩
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https://amu.hal.science/hal-02128494/file/Chifflet_all_2019.pdf BibTex
titre
Community‐Level Responses to Iron Availability in Open Ocean Plankton Ecosystems
auteur
Luigi Caputi, Quentin Carradec, Damien Eveillard, Amos Kirilovsky, Eric Pelletier, Juan Pierella Karlusich, Fabio Rocha Jimenez Vieira, Emilie Villar, Samuel Chaffron, Shruti Malviya, Eleonora Scalco, Silvia G Acinas, Adriana A. Alberti, Jean Marc Aury, Anne-Sophie Benoiston, Alexis Bertrand, Tristan Biard, Lucie Bittner, Martine Boccara, Jennifer R. Brum, Christophe Brunet, Greta Busseni, Anna Carratalà, Hervé Claustre, Luis Pedro Coelho, Sébastien Colin, Salvatore d'Aniello, Corinne da Silva, Marianna del Core, Hugo Doré, Stéphane Gasparini, Florian Kokoszka, Jean-Louis Jamet, Christophe Lejeusne, Cyrille Lepoivre, Magali Lescot, Gipsi Lima-Mendez, Fabien Lombard, Julius Lukeš, Nicolas Maillet, Mohammed-Amin Madoui, Elodie Martinez, Maria Grazia Mazzocchi, Mario B Néou, Javier Paz-Yepes, Julie Poulain, Simon Ramondenc, Jean-Baptiste Romagnan, Simon Roux, Daniela Salvagio Manta, Remo Sanges, Sabrina Speich, Mario Sprovieri, Shinichi Sunagawa, Vincent Taillandier, Atsuko Tanaka, Leila Tirichine, Camille Trottier, Julia Uitz, Alaguraj Veluchamy, Jana Veselá, Flora Vincent, Sheree Yau, Stefanie Kandels-Lewis, Sarah Searson, Céline Dimier, Marc Picheral, Peer Bork, Emmanuel Boss, Colomban de Vargas, Michael Follows, Nigel Grimsley, Lionel Guidi, Pascal Hingamp, Eric Karsenti, Paolo Sordino, Lars Stemmann, Matthew B. Sullivan, Alessandro Tagliabue, Adriana Zingone, Laurence Garczarek, Fabrizio d'Ortenzio, Pierre Testor, Fabrice Not, Maurizio Ribera d'Alcalà, Patrick Wincker, Gabriel Gorsky, Olivier Jaillon, Lee Karp-Boss, Uros Krzic, Hiroyuki Ogata, Stéphane Pesant, Jeroen Raes, Emmanuel G Reynaud, Christian Sardet, Mike Sieracki, Didier Velayoudon, Jean Weissenbach, Chris Bowler, Daniele Iudicone
article
Global Biogeochemical Cycles, 2019, 33 (3), pp.391-419. ⟨10.1029/2018GB006022⟩
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https://hal.science/hal-02999805/file/2018GB006022.pdf BibTex
titre
Bacterial Bioluminescence: Light Emission in Photobacterium phosphoreum Is Not Under Quorum-Sensing Control
auteur
Lisa Tanet, Christian Tamburini, Chloé Baumas, Marc Garel, Gwenola Simon, Laurie Casalot
article
Frontiers in Microbiology, 2019, 10, ⟨10.3389/fmicb.2019.00365⟩
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https://hal.science/hal-02055577/file/fmicb-10-00365.pdf BibTex
titre
Changes in Bacterioplankton Communities Resulting From Direct and Indirect Interactions With Trace Metal Gradients in an Urbanized Marine Coastal Area
auteur
Clément Coclet, Cédric Garnier, Gaël Durrieu, Dario Omanović, Sébastien d'Onofrio, Christophe Le Poupon, Jean-Ulrich Mullot, Jean-François Briand, Benjamin Misson
article
Frontiers in Microbiology, 2019, 10, ⟨10.3389/fmicb.2019.00257⟩
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https://hal.science/hal-02049263/file/fmicb-10-00257.pdf BibTex
titre
The bacterial MrpORP is a novel Mrp/NBP35 protein involved in iron-sulfur biogenesis
auteur
Romain Pardoux, Anouchka Fiévet, Cíntia Carreira, Céline Brochier-Armanet, Odile Valette, Zorah Dermoun, Beatrice Py, Alain Dolla, Sofia Pauleta, Corinne Aubert
article
Scientific Reports, 2019, 9 (1), pp.360-373. ⟨10.1038/s41598-018-37021-8⟩
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https://amu.hal.science/hal-02186929/file/pardoux_scirep.pdf BibTex
titre
Growth of an anaerobic sulfate-reducing bacterium sustained by oxygen respiratory energy conservation after O 2 -driven experimental evolution
auteur
Marine Schoeffler, Anne-Laure Gaudin, Fanny Ramel, Odile Valette, Yann Denis, Wagdi Ben Hania, Agnès Hirschler-Réa, Alain Dolla
article
Environmental Microbiology, 2019, ⟨10.1111/1462-2920.14466⟩
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https://hal.science/hal-01976026/file/Schoeffler_et_al-2018-Environmental_Microbiology-hal.pdf BibTex
titre
Modicisalibacter
auteur
Ben-Ali-Gam Zouhair, Laurie Casalot, Marc Labat
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2019, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01717⟩
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BibTex
titre
Dynamics of trace metals in a shallow coastal ecosystem : insights from the Gulf of Gabès (southern Mediterranean Sea)
auteur
Sandrine Chifflet, Marc Tedetti, Hana Zouch, Rania Fourati, Hatem Zaghden, Boubaker Elleuch, Marianne Quemeneur, Fatma Karray, Sami Sayadi
article
Aims Environmental Science, 2019, 6 (4), pp.277-297. ⟨10.3934/environsci.2019.4.277⟩
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https://hal.science/hal-02184270/file/Chifflet%20et%20al%202019%20-%20AIMS.pdf BibTex
titre
Microbial and chemical investigation of 2000 m deep Triassic rock (Meuse/Haute Marne, France)
auteur
Vanessa Leblanc, Jennifer Hellal, Marie Laure Fardeau, Saber Khelaifia, Claire Sergeant, Françis Garrido, Bernard Ollivier, Catherine Joulian
article
Geosciences, 2019, 9 (1), pp.3. ⟨10.3390/geosciences9010003⟩
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https://in2p3.hal.science/in2p3-02362139/file/geosciences-09-00003.pdf BibTex
titre
Evidence of high N2 fixation rates in the temperate northeast Atlantic
auteur
Debany Fonseca-Batista, Xuefeng Li, Virginie Riou, Valerie Michotey, Florian Deman, François Fripiat, Sophie Guasco, Natacha Brion, Nolwenn Lemaitre, Manon Tonnard, Morgane Gallinari, Hélène Planquette, Frédéric Planchon, Géraldine Sarthou, Marc Elskens, Julie Laroche, Lei Chou, Frank Dehairs
article
Biogeosciences, 2019, 16 (5), pp.999-1017. ⟨10.5194/bg-16-999-2019⟩
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https://amu.hal.science/hal-02066554/file/bg-16-999-2019.pdf BibTex
titre
Hydrostatic Pressure Helps to Cultivate an Original Anaerobic Bacterium From the Atlantis Massif Subseafloor (IODP Expedition 357): Petrocella atlantisensis gen. nov. sp. nov.
auteur
Marianne Quéméneur, Gaël Erauso, Eléonore E Frouin, Emna Zeghal, Céline Vandecasteele, Bernard Ollivier, Christian Tamburini, Marc Garel, Bénédicte Ménez, Anne Postec
article
Frontiers in Microbiology, 2019, 10, pp.1497. ⟨10.3389/fmicb.2019.01497⟩
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https://hal.science/hal-02297216/file/fmicb-10-01497.pdf BibTex
titre
Methanocalculus
auteur
Marie-Laure Fardeau, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2019, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00512.pub2⟩
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https://hal.science/hal-02883889/file/Methanocalculus-gbm00512.pdf BibTex
titre
Fonticella
auteur
Marie Laure Fardeau, Anne Postec, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2019, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01633⟩
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BibTex
titre
Marine DNA viral macro- and microdiversity from Pole to Pole
auteur
Ann Gregory, Ahmed Zayed, Nádia Conceição-Neto, Ben Temperton, Ben Bolduc, Adriana A. Alberti, Mathieu Ardyna, Ksenia Arkhipova, Margaux Carmichael, Corinne Cruaud, Céline Dimier, Guillermo Domínguez-Huerta, Joannie Ferland, Stefanie Kandels, Yunxiao Liu, Claudie Marec, Stéphane Pesant, Marc Picheral, Sergey Pisarev, Julie Poulain, Jean-Éric Tremblay, Dean Vik, Peer Bork, Alexander Culley, Hiroyuki Ogata, Bas E Dutilh, Simon Roux, Silvia G. Acinas, Marcel Babin, Emmanuel Boss, Chris Bowler, Guy Cochrane, Colomban de Vargas, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Lionel Guidi, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Stefanie Kandels-Lewis, Lee Karp-Boss, Eric Karsenti, Fabrice Not, Nicole Poulton, Jeroen Raes, Christian Sardet, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Matthew Sullivan, Shinichi Sunagawa, Patrick Wincker
article
Cell, 2019, 177 (5), pp.1109-1123.e14. ⟨10.1016/j.cell.2019.03.040⟩
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https://hal.science/hal-02387010/file/nihms-1525378.pdf BibTex
titre
Pressure-Retaining Sampler and High-Pressure Systems to Study Deep-Sea Microbes Under in situ Conditions
auteur
Marc Garel, Patricia Bonin, Severine Martini, Sophie Guasco, Marie Roumagnac, Nagib Bhairy, Fabrice Armougom, Christian Tamburini
article
Frontiers in Microbiology, 2019, 10, pp.453. ⟨10.3389/fmicb.2019.00453⟩
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https://hal.science/hal-02094373/file/Garel_etal_2019.pdf BibTex
titre
Towards Integrating Evolution, Metabolism, and Climate Change Studies of Marine Ecosystems
auteur
Federico Baltar, Barbara Bayer, Nina Bednarsek, Stacy Deppeler, Ruben Escribano, Carolina Gonzalez, Roberta Hansman, Rajani Kanta Mishra, Mary Ann Moran, Daniel Repeta, Carol Robinson, Eva Sintes, Christian Tamburini, Luis Valentin, Gerhard Herndl
article
Trends in Ecology & Evolution, 2019, 34 (11), pp.1022-1033. ⟨10.1016/J.TREE.2019.07.003⟩
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https://hal.science/hal-02989907/file/1-s2.0-S0169534719301934-main.pdf BibTex
titre
Anaerosalibacter
auteur
Marie Laure Fardeau, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2019, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01397⟩
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BibTex
titre
Crassaminicella
auteur
Gregoire Gales, Anne Postec, Jean Luc Cayol
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2019, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01636⟩
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BibTex
titre
LSST: from Science Drivers to Reference Design and Anticipated Data Products
auteur
Željko Ivezić, Steven M. Kahn, J.Anthony Tyson, Bob Abel, Emily Acosta, Robyn Allsman, David Alonso, Yusra Alsayyad, Scott F. Anderson, John Andrew, James Roger P. Angel, George Z. Angeli, Reza Ansari, Pierre Antilogus, Constanza Araujo, Robert Armstrong, Kirk T. Arndt, Pierre Astier, Éric Aubourg, Nicole Auza, Tim S. Axelrod, Deborah J. Bard, Jeff D. Barr, Aurelien Barrau, James G. Bartlett, Amanda E. Bauer, Brian J. Bauman, Sylvain Baumont, Ellen Bechtol, Keith Bechtol, Andrew C. Becker, Jacek Becla, Cristina Beldica, Steve Bellavia, Federica B. Bianco, Rahul Biswas, Guillaume Blanc, Jonathan Blazek, Roger D. Blandford, Josh S. Bloom, Joanne Bogart, Tim W. Bond, Michael T. Booth, Anders W. Borgland, Kirk Borne, James F. Bosch, Dominique Boutigny, Craig A. Brackett, Andrew Bradshaw, William Nielsen Brandt, Michael E. Brown, James S. Bullock, Patricia Burchat, David L. Burke, Gianpietro Cagnoli, Daniel Calabrese, Shawn Callahan, Alice L. Callen, Jeffrey L. Carlin, Erin L. Carlson, Srinivasan Chandrasekharan, Glenaver Charles-Emerson, Steve Chesley, Elliott C. Cheu, Hsin-Fang Chiang, James Chiang, Carol Chirino, Derek Chow, David R. Ciardi, Charles F. Claver, Johann Cohen-Tanugi, Joseph J. Cockrum, Rebecca Coles, Andrew J. Connolly, Kem H. Cook, Asantha Cooray, Kevin R. Covey, Chris Cribbs, Wei Cui, Roc Cutri, Philip N. Daly, Scott F. Daniel, Felipe Daruich, Guillaume Daubard, Greg Daues, William Dawson, Francisco Delgado, Alfred Dellapenna, Robert De Peyster, Miguel de Val-Borro, Seth W. Digel, Peter Doherty, Richard Dubois, Gregory P. Dubois-Felsmann, Josef Durech, Frossie Economou, Tim Eifler, Michael Eracleous, Benjamin L. Emmons, Angelo Fausti Neto, Henry Ferguson, Enrique Figueroa, Merlin Fisher-Levine, Warren Focke, Michael D. Foss, James Frank, Michael D. Freemon, Emmanuel Gangler, Eric Gawiser, John C. Geary, Perry Gee, Marla Geha, Charles J.B. Gessner, Robert R. Gibson, D.Kirk Gilmore, Thomas Glanzman, William Glick, Tatiana Goldina, Daniel A. Goldstein, Iain Goodenow, Melissa L. Graham, William J. Gressler, Philippe Gris, Leanne P. Guy, Augustin Guyonnet, Gunther Haller, Ron Harris, Patrick A. Hascall, Justine Haupt, Fabio Hernandez, Sven Herrmann, Edward Hileman, Joshua Hoblitt, John A. Hodgson, Craig Hogan, James D. Howard, Dajun Huang, Michael E. Huffer, Patrick Ingraham, Walter R. Innes, Suzanne H. Jacoby, Bhuvnesh Jain, Fabrice Jammes, James Jee, Tim Jenness, Garrett Jernigan, Darko Jevremović, Kenneth Johns, Anthony S. Johnson, Margaret W.G. Johnson, R.Lynne Jones, Claire Juramy-Gilles, Mario Jurić, Jason S. Kalirai, Nitya J. Kallivayalil, Bryce Kalmbach, Jeffrey P. Kantor, Pierre Karst, Mansi M. Kasliwal, Heather Kelly, Richard Kessler, Veronica Kinnison, David Kirkby, Lloyd Knox, Ivan V. Kotov, Victor L. Krabbendam, K.Simon Krughoff, Petr Kubánek, John Kuczewski, Shri Kulkarni, John Ku, Nadine R. Kurita, Craig S. Lage, Ron Lambert, Travis Lange, J.Brian Langton, Laurent Le Guillou, Deborah Levine, Ming Liang, Kian-Tat Lim, Chris J. Lintott, Kevin E. Long, Margaux Lopez, Paul J. Lotz, Robert H. Lupton, Nate B. Lust, Lauren A. Macarthur, Ashish Mahabal, Rachel Mandelbaum, Thomas W. Markiewicz, Darren S. Marsh, Philip J. Marshall, Stuart Marshall, Morgan May, Robert Mckercher, Michelle Mcqueen, Joshua Meyers, Myriam Migliore, Michelle Miller, David J. Mills, Connor Miraval, Joachim Moeyens, Fred E. Moolekamp, David G. Monet, Marc Moniez, Serge Monkewitz, Christopher Montgomery, Christopher B. Morrison, Fritz Mueller, Gary P. Muller, Freddy Muñoz Arancibia, Douglas R. Neill, Scott P. Newbry, Jean-Yves Nief, Andrei Nomerotski, Martin Nordby, Paul O'Connor, John Oliver, Scot S. Olivier, Knut Olsen, William O'Mullane, Sandra Ortiz, Shawn Osier, Russell E. Owen, Reynald Pain, Paul E. Palecek, John K. Parejko, James B. Parsons, Nathan M. Pease, J.Matt Peterson, John R. Peterson, Donald L. Petravick, M.E. Libby Petrick, Cathy E. Petry, Francesco Pierfederici, Stephen Pietrowicz, Rob Pike, Philip A. Pinto, Raymond Plante, Stephen Plate, Joel P. Plutchak, Paul A. Price, Michael Prouza, Veljko Radeka, Jayadev Rajagopal, Andrew P. Rasmussen, Nicolas Regnault, Kevin A. Reil, David J. Reiss, Michael A. Reuter, Stephen T. Ridgway, Vincent J. Riot, Steve Ritz, Sean Robinson, William Roby, Aaron Roodman, Wayne Rosing, Cecille Roucelle, Matthew R. Rumore, Stefano Russo, Abhijit Saha, Benoit Sassolas, Terry L. Schalk, Pim Schellart, Rafe H. Schindler, Samuel Schmidt, Donald P. Schneider, Michael D. Schneider, William Schoening, German Schumacher, Megan E. Schwamb, Jacques Sebag, Brian Selvy, Glenn H. Sembroski, Lynn G. Seppala, Andrew Serio, Eduardo Serrano, Richard A. Shaw, Ian Shipsey, Jonathan Sick, Nicole Silvestri, Colin T. Slater, J.Allyn Smith, R.Chris Smith, Shahram Sobhani, Christine Soldahl, Lisa Storrie-Lombardi, Edward Stover, Michael A. Strauss, Rachel A. Street, Christopher W. Stubbs, Ian S. Sullivan, Donald Sweeney, John D. Swinbank, Alexander Szalay, Peter Takacs, Stephen A. Tether, Jon J. Thaler, John Gregg Thayer, Sandrine Thomas, Adam J. Thornton, Vaikunth Thukral, Jeffrey Tice, David E. Trilling, Max Turri, Richard van Berg, Daniel Vanden Berk, Kurt Vetter, Francoise Virieux, Tomislav Vucina, William Wahl, Lucianne Walkowicz, Brian Walsh, Christopher W. Walter, Daniel L. Wang, Shin-Yawn Wang, Michael Warner, Oliver Wiecha, Beth Willman, Scott E. Winters, David Wittman, Sidney C. Wolff, W.Michael Wood-Vasey, Xiuqin Wu, Bo Xin, Peter Yoachim, Hu Zhan
article
Astrophys.J., 2019, 873 (2), pp.111. ⟨10.3847/1538-4357/ab042c⟩
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https://hal.science/hal-02080729/file/Ivezi%C4%87_2019_ApJ_873_111.pdf BibTex
titre
Genus Paludifilum
auteur
Marie-Laure Fardeau, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2019, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01628⟩
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https://hal.science/hal-02883924/file/Paludifilum-gbm01628.pdf BibTex
titre
Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG)
auteur
Simon Roux, Evelien M. Adriaenssens, Bas E. Dutilh, Eugene V. Koonin, Andrew M. Kropinski, Mart Krupovic, Jens H. Kuhn, Rob Lavigne, J. Rodney Brister, Arvind Varsani, Clara Amid, Ramy K. Aziz, Seth R. Bordenstein, Peer Bork, Mya Breitbart, Guy R. Cochrane, Rebecca A. Daly, Christelle Desnues, Melissa B. Duhaime, Joanne B. Emerson, François Enault, Jed A. Fuhrman, Pascal Hingamp, Philip Hugenholtz, Bonnie L. Hurwitz, Natalia N. Ivanova, Jessica M. Labonté, Kyung-Bum Lee, Rex R. Malmstrom, Manuel Martinez-Garcia, Ilene Karsch Mizrachi, Hiroyuki Ogata, David Páez-Espino, Marie-Agnès Petit, Catherine Putonti, Thomas Rattei, Alejandro Reyes, Francisco Rodriguez-Valera, Karyna Rosario, Lynn Schriml, Frederik Schulz, Grieg F. Steward, Matthew B. Sullivan, Shinichi Sunagawa, Curtis A. Suttle, Ben Temperton, Susannah G. Tringe, Rebecca Vega Thurber, Nicole S. Webster, Katrine L. Whiteson, Steven W. Wilhelm, K. Eric Wommack, Tanja Woyke, Kelly C. Wrighton, Pelin Yilmaz, Takashi Yoshida, Mark J. Young, Natalya Yutin, Lisa Zeigler Allen, Nikos C. Kyrpides, Emiley A. Eloe-Fadrosh
article
Nature Biotechnology, 2019, 37 (1), pp.29-37. ⟨10.1038/nbt.4306⟩
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https://pasteur.hal.science/pasteur-01977322/file/nbt.4306.pdf BibTex

Conference papers

titre
Ecological gradients as an evolutionary opportunity for Mediterranean biodiversity
auteur
Bruno Fady, Marc Bally, Alberte Bondeau, Francois Carlotti, Anne Chenuil, Wolfgang Cramer, Jean-Pierre Féral, Thierry Gauquelin, Anne-Christine Monnet, Séverine Thomas, France van Wambeke, D. Aurelle
article
OTMED Final Conference - What kind of environmental transition for the mediterranean region?, Oct 2019, Marseille, France
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2018

Journal articles

titre
Effect of acidic industrial efluent release on microbial diversity and trace metal dynamics during resuspension of coastal sediment
auteur
Hana Zouch, Léa Cabrol, Marc Tedetti, Sandrine Chifflet, Fatma Karray, Hatem Zaghden, Sami Sayadi, Marianne Quemeneur
article
Frontiers in Microbiology, 2018, 9, ⟨10.3389/fmicb.2018.03103⟩
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https://hal.science/hal-01976501/file/Zouch_Frontiers_2018.pdf BibTex
titre
Pleomorphochaeta naphthae sp. nov., a new anaerobic fermentative bacterium isolated from an oil field
auteur
Boussad Arroua, Régis Grimaud, Agnès Hirschler-Réa, Patrick Bouriat, Michel Magot, Laurent Urios, Anthony Ranchou-Peyruse
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2018, 68 (12), pp.3747-3753. ⟨10.1099/ijsem.0.003048⟩
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titre
A global ocean atlas of eukaryotic genes
auteur
Quentin Carradec, Eric Pelletier, Corinne da Silva, Adriana A. Alberti, Yoann Seeleuthner, Romain Blanc-Mathieu, Gipsi Lima-Mendez, Fabio Rocha, Leila Tirichine, Karine Labadie, Amos Kirilovsky, Alexis Bertrand, Stefan Engelen, Mohammed-Amin Madoui, Raphaël Méheust, Julie Poulain, Sarah Romac, Daniel Richter, Genki Yoshikawa, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Sarah Searson, Olivier Jaillon, Jean-Marc Aury, Eric Karsenti, Matthew Sullivan, Shinichi Sunagawa, Peer Bork, Fabrice Not, Pascal Hingamp, Jeroen J. Raes, Lionel Guidi, Hiroyuki Ogata, Colomban de Vargas, Daniele Iudicone, Chris Bowler, Patrick Wincker, Jean Weissenbach
article
Nature Communications, 2018, 9 (1), pp.373. ⟨10.1038/s41467-017-02342-1⟩
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https://cea.hal.science/cea-01874711/file/1471.pdf BibTex
titre
Magmatism, serpentinization and life: Insights through drilling the Atlantis Massif (IODP Expedition 357)
auteur
Gretchen Früh-Green, Beth Orcutt, Stéphane Rouméjon, Marvin Lilley, Yuki Morono, Carol Cotterill, Sophie Green, Javier Escartin, Barbara John, Andrew Mccaig, Mathilde Cannat, Bénédicte Ménez, Esther Schwarzenbach, Morgan Williams, Morgan Morgan, Susan Lang, Matthew Schrenk, William Brazelton, Norikatsu Akizawa, Chiara Boschi, Kristina G Dunkel, Marianne Quemeneur, Scott Whattam, Lisa Mayhew, Michelle Harris, Gaye Bayrakci, Jan-Hinrich Behrmann, Emilio Herrero-Bervera, Kirsten Hesse, Hai-Quan Liu, Amila Sandaruwan Ratnayake, Katrina Twing, Dominique Weis, Rui Zhao, Laura Bilenker
article
Lithos, 2018, 323, pp.137-155. ⟨10.1016/j.lithos.2018.09.012⟩
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https://amu.hal.science/hal-02024193/file/LITHOS7055_Revised_1.pdf BibTex
titre
Single-cell genomics of multiple uncultured stramenopiles reveals underestimated functional diversity across oceans
auteur
Yoann Seeleuthner, Samuel Mondy, Vincent Lombard, Quentin Carradec, Eric Pelletier, Marc Wessner, Jade Leconte, Jean-François Mangot, Julie Poulain, Karine Labadie, Ramiro Logares, Shinichi Sunagawa, Véronique de Berardinis, Marcel Salanoubat, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Sarah Searson, Stéphane Pesant, Nicole Poulton, Ramunas Stepanauskas, Peer Bork, Chris Bowler, Pascal Hingamp, Matthew B. Sullivan, Daniele Iudicone, Ramon Massana, Jean-Marc Aury, Bernard Henrissat, Eric Karsenti, Olivier Jaillon, Mike Sieracki, Colomban de Vargas, Patrick Wincker, Silvia G. Acinas, Emmanuel Boss, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Lee Karp-Boss, Uros Krzic, Fabrice Not, Jeroen Raes, Emmanuel G. Reynaud, Christian Sardet, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Jean Weissenbach, Didier Velayoudon
article
Nature Communications, 2018, 9, pp.310. ⟨10.1038/s41467-017-02235-3⟩
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https://hal.science/hal-01771839/file/2018_%20Seeleuthner_Nature%20Communications_1.pdf BibTex
titre
Sporosalibacterium
auteur
Marie Laure Fardeau, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2018, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01447⟩
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titre
Towards a congruent reclassification and nomenclature of the thermophilic species of the genus Pseudothermotoga within the order Thermotogales
auteur
Hassiba Belahbib, Zarath Summers, Marie-Laure Fardeau, Manon Joseph, Christian Tamburini, Alain Dolla, Bernard Ollivier, Fabrice Armougom
article
Systematic and Applied Microbiology, 2018, 41 (6), pp.555-563. ⟨10.1016/J.SYAPM.2018.04.007⟩
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https://hal.science/hal-01975970/file/hassiba-1et%20al%202018.pdf BibTex
titre
Bacterial diversity obtained by culturable approaches in the gut of Glossina pallidipes population from a non sleeping sickness focus in Tanzania: preliminary results
auteur
Imna Malele, Hamis Nyingilili, Eugen Lyaruu, Marc Tauzin, Bernard Ollivier, Jean-Luc Cayol, Marie-Laure Fardeau, Anne Geiger
article
BMC Microbiology, 2018, 18 (S1), pp.811-823. ⟨10.1186/s12866-018-1288-3⟩
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https://hal.science/hal-02053582/file/12866_2018_Article_1288.pdf BibTex
titre
Fate of petroleum hydrocarbons in bioturbated pristine sediments from Caleta Valdés (Patagonia Argentina): An ex situ bioassay
auteur
Julieta Sturla Lompré, Marina Nievas, Marcos Franco, Vincent Grossi, Agustina Ferrando, Cécile Militon, Franck Gilbert, Philippe Cuny, Georges Stora, Marcela Sepúlveda, José Luis Esteves, Marta Commendatore
article
Ecotoxicology and Environmental Safety, 2018, 162, pp.673-682. ⟨10.1016/j.ecoenv.2018.06.069⟩
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https://hal.science/hal-02095651/file/SturlaLompre_23645.pdf BibTex
titre
Degenerate PCR Primers to Reveal the Diversity of Giant Viruses in Coastal Waters
auteur
Yanze Li, Pascal Hingamp, Hiroyasu Watai, Hisashi Endo, Takashi Yoshida, Hiroyuki Ogata
article
Viruses, 2018, 10 (9), pp.496. ⟨10.3390/v10090496⟩
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https://hal.science/hal-01874850/file/viruses-10-00496-v2.pdf BibTex
titre
Abundance and diversity of prokaryotes in ephemeral hypersaline lake Chott El Jerid using Illumina Miseq sequencing, DGGE and qPCR assays
auteur
Manel Ben Abdallah, Fatma Karray, Najwa Kallel, Fabrice Armougom, Najla Mhiri, Marianne Quemeneur, Jean-Luc Cayol, Gaël Erauso, Sami Sayadi
article
Extremophiles, 2018, 22 (5), pp.811-823. ⟨10.1007/s00792-018-1040-9⟩
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titre
Exploring the microbiome of the “star” freshwater diatom Asterionella formosa in a laboratory context
auteur
Kojadinovic-Sirinelli Mila, Villain Adrien, Puppo Carine, Fon Sing Sophie, Prioretti Laura, Hubert Pierre, Gérald Grégori, Zhang Yizhi, Sassi Jean-François, Jean-Michel Claverie, Guillaume Blanc, Brigitte Gontero
article
Environmental Microbiology, 2018, 20 (10), pp.3601-3615. ⟨10.1111/1462-2920.14337⟩
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BibTex
titre
The nature of electron acceptor (MnIV/NO3) triggers differential expression of genes associated with stress and ammonium limitation responses in Shewanella algae C6G3
auteur
Axel Aigle, Patricia Bonin, Nicolas Fernandez -Nunez, Béatrice B. Loriod, Sophie Guasco, Aurélie Bergon, Fabrice Armougom, Chantal Iobbi-Nivol, Jean Imbert, Valerie Michotey
article
FEMS Microbiology Letters, In press, ⟨10.1093/femsle/fny068⟩
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https://amu.hal.science/hal-01766209/file/Aigle%20et%20al%20Fems%202018.pdf BibTex
titre
Specific enrichment of hyperthermophilic electroactive Archaea from deep-sea hydrothermal vent on electrically conductive support
auteur
Guillaume Pillot, Eléonore E Frouin, Emilie Pasero, Anne Godfroy, Yannick Combet-Blanc, Sylvain Davidson, Pierre-Pol Liebgott
article
Bioresource Technology, 2018, 259, pp.304-311. ⟨10.1016/j.biortech.2018.03.053⟩
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https://amu.hal.science/hal-02049432/file/10.1016%2540j.biortech.2018.03.053.pdf BibTex
titre
Prokaryotic community successions and interactions in marine biofilms: the key role of Flavobacteriia
auteur
Thomas Pollet, Lyria Berdjeb, Cédric Garnier, Gaël Durrieu, Christophe Le Poupon, Benjamin Misson, Jean-François Briand
article
FEMS Microbiology Ecology, 2018, 94 (6), ⟨10.1093/femsec/fiy083⟩
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https://amu.hal.science/hal-02024255/file/Pollet%20et%20al_preprint_HAL.pdf BibTex
titre
Salinity shifts in marine sediment: Importance of number of fluctuation rather than their intensities on bacterial denitrifying community
auteur
Imen Zaghmouri, Valerie Michotey, Fabrice Armougom, Sophie Guasco, Patricia Bonin
article
Marine Pollution Bulletin, 2018, 130, pp.76 - 83. ⟨10.1016/j.marpolbul.2018.03.020⟩
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https://amu.hal.science/hal-01735881/file/Zaghmouri%20et%20al-pagination.pdf BibTex
titre
Trace metal contamination as a toxic and structuring factor impacting ultraphytoplankton communities in a multicontaminated Mediterranean coastal area
auteur
Clément Coclet, Cédric Garnier, Floriane Delpy, Dominique Jamet, Gaël Durrieu, Christophe Le Poupon, Marie Mayer, Benjamin Misson
article
Progress in Oceanography, 2018, 163, pp.196 - 213. ⟨10.1016/j.pocean.2017.06.006⟩
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BibTex
titre
Biodegradation of Emiliania huxleyi aggregates by a natural Mediterranean prokaryotic community under increasing hydrostatic pressure
auteur
Virginie Riou, Julien Para, Marc Garel, Catherine Guigue, Badr Al Ali, Chiara Santinelli, Dominique Lefèvre, Jean-Pierre Gattuso, Madeleine Goutx, Stephanie Jacquet, Frédéric A.C. Le Moigne, K. Tachikawa, Christian Tamburini
article
Progress in Oceanography, 2018, 163, pp.271-281. ⟨10.1016/j.pocean.2017.01.005⟩
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https://hal.science/hal-01975994/file/Riou_etal_2017_Proof.pdf BibTex
titre
Characterization of Desulfovibrio salinus sp. nov., a slightly halophilic sulfate-reducing bacterium isolated from a saline lake in Tunisia
auteur
Zouhaier Ben Ali Gam, Abdoulaye Thioye, Jean-Luc Cayol, Manon Bartoli, Guy Fauque, Marc Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2018, 68 (3), pp.715-720. ⟨10.1099/ijsem.0.002567⟩
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https://amu.hal.science/hal-01981629/file/715_ijsem002567.pdf BibTex
titre
IR spectroscopy analysis of pancreatic lipase-related protein 2 interaction with phospholipids: 2. Discriminative recognition of various micellar systems and characterization of PLRP2-DPPC-bile salt complexes
auteur
Eduardo Mateos-Diaz, Priscila Sutto-Ortiz, Moulay Sahaka, Deborah Byrne, Hélène Gaussier, Frédéric Carrière
article
Chemistry and Physics of Lipids, 2018, 211, pp.66-76. ⟨10.1016/j.chemphyslip.2017.11.012⟩
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BibTex
titre
IR spectroscopy analysis of pancreatic lipase-related protein 2 interaction with phospholipids: 1. Discriminative recognition of mixed micelles versus liposomes
auteur
Eduardo Mateos-Diaz, Jean-Claude Bakala N’goma, Deborah Byrne, Sylvie Robert, Frédéric Carrière, Hélène Gaussier
article
Chemistry and Physics of Lipids, 2018, 211, pp.52-65. ⟨10.1016/j.chemphyslip.2017.02.005⟩
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BibTex
titre
Diversity of rare and abundant prokaryotic phylotypes in the Prony hydrothermal field and comparison with other serpentinite-hosted ecosystems
auteur
Eléonore E Frouin, Méline Bes, Bernard Ollivier, Marianne Quéméneur, Anne Postec, Didier Debroas, Fabrice Armougom, Gaël Erauso
article
Frontiers in Microbiology, 2018, 9, ⟨10.3389/fmicb.2018.00102⟩
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https://hal.science/hal-01734508/file/fmicb-09-00102.pdf BibTex
titre
The Physcomitrella patens chromosome-scale assembly reveals moss genome structure and evolution
auteur
Daniel Lang, Kristian Ullrich, Florent Murat, Jörg Fuchs, Jerry Jenkins, Fabian Haas, Carl Li, Guillaume Blanc, Heidrun H. Gundlach, Michiel van Bel, Rabea Meyberg, Cristina Vives, Jordi Morata, Aikaterini Symeonidi, Manuel Hiss, Wellington Muchero, Lee Kamisugi, Omar A. Saleh, Eva Decker, Nico van Gessel, Jane Grimwood, Richard Hayes, Sean Graham, Lee Gunter, Daniel Mcdaniel, Sebastian N.W. Hoernstein, Anders Larsson, Fay-Wei Li, Pierre-François Perroud, Jeremy Phillips, Priya Ranjan, Daniel Rokshar, Carl Rothfels, Lucas Schneider, Shengqiang Shu, Dennis Stevenson, Fritz Thümmler, Michael Tillich, Juan Villarreal Aguilar, Thomas Widiez, Gane Ka-Shu Wong, Ann Wymore, Yong Zhang, Andreas Zimmer, Ralph Quatrano, Klaus F.X. Mayer, David Goodstein, Josep Casacuberta, Klaas Vandepoele, Ralf Reski, Andrew Cuming, Gerald Tuskan, Florian Maumus, Jérôme Salse, Jeremy Schmutz, Stefan Rensing
article
The Plant Journal, 2018, 93 (3), pp.515 - 533. ⟨10.1111/tpj.13801⟩
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BibTex
titre
A simple gas pressure manometer for measuring hydrogen production by hydrogenogenic cultures in serum bottles
auteur
Hana Gannoun, Lamia Ben Gaida, Rafika Saidi, Baligh Miladi, Moktar Hamdi, Hassib Bouallagui, Pierre-Pol Liebgott, Richard Auria
article
Process Biochemistry, 2018, 65, pp.157-163. ⟨10.1016/j.procbio.2017.10.011⟩
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https://amu.hal.science/hal-01629103/file/Gannoun%20et%20al.%202018%20Article%20HAL.pdf BibTex
titre
Locality and diel cycling of viral production revealed by a 24 h time course cross-omics analysis in a coastal region of Japan
auteur
Takashi Yoshida, Yosuke Nishimura, Hiroyasu Watai, Nana Haruki, Daichi Morimoto, Hiroto Kaneko, Takashi Honda, Keigo Yamamoto, Pascal Hingamp, Yoshihiko Sako, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2018, ⟨10.1038/s41396-018-0052-x⟩
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https://hal.science/hal-01771838/file/s41396-018-0052-x.pdf BibTex
titre
Biohydrogen production from hyperthermophilic anaerobic digestion of fruit and vegetable wastes in seawater: Simplification of the culture medium of Thermotoga maritima
auteur
Rafika Saidi, Pierre-Pol Liebgott, Hana Gannoun, Lamia Ben Gaïda, Baligh Miladi, Moktar Hamdi, Hassib Bouallagui, Richard Auria
article
Waste Management, 2018, 71, pp.474 - 484. ⟨10.1016/j.wasman.2017.09.042⟩
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https://amu.hal.science/hal-01728309/file/Saidi%20et%20al%202018%20article%20HAL.pdf BibTex
titre
Obligate sugar oxidation in Mesotoga spp., phylum Thermotogae , in the presence of either elemental sulfur or hydrogenotrophic sulfate-reducers as electron acceptor
auteur
Khaled Fadhlaoui, Wagdi Ben Hania, Fabrice Armougom, Manon Joseph, Marie-Laure Fardeau, Gaël Erauso, Gael Brasseur, Corinne Aubert, Moktar Hamdi, Céline Brochier-Armanet, Alain Dolla, Bernard Ollivier
article
Environmental Microbiology, 2018, 20 (1), pp.281-292. ⟨10.1111/1462-2920.13995⟩
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https://hal.science/hal-01976008/file/Fadhlaoui_et_al-2018-Environmental_Microbiology-2018.pdf BibTex
titre
Archaea: Microbial Candidates in Next-generation Probiotics Development
auteur
Jean-François Brugère, Wajdi Ben Hania, Marie-Edith Arnal, Céline Ribière, Nathalie Ballet, Pascal Vandeckerkove, Bernard Ollivier, Paul O’toole
article
Journal of Clinical Gastroenterology, 2018, 52, pp.S71-S73. ⟨10.1097/MCG.0000000000001043⟩
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BibTex
titre
Enhancement of fermentative hydrogen production by Thermotoga maritima through hyperthermophilic anaerobic co-digestion of fruit-vegetable and fish wastes
auteur
Rafika Saidi, Pierre-Pol Liebgott, Moktar Hamdi, Richard Auria, Hassib Bouallagui
article
International Journal of Hydrogen Energy, 2018, 43 (52), pp.23168-23177. ⟨10.1016/j.ijhydene.2018.10.208⟩
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https://hal.science/hal-01976197/file/Saidi%20et%20al%202019%20article%20HAL.pdf BibTex
titre
Taxon Richness of “Megaviridae” Exceeds those of Bacteria and Archaea in the Ocean
auteur
Tomoko Mihara, Hitoshi Koyano, Pascal Hingamp, Nigel Grimsley, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata
article
Microbes and environments / JSME, 2018, 33 (2), pp.162-171. ⟨10.1264/jsme2.me17203⟩
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https://hal.science/hal-01978927/file/33_ME17203.pdf BibTex
titre
The Ocean Gene Atlas: exploring the biogeography of plankton genes online
auteur
Emilie Villar, Thomas Vannier, Caroline Vernette, Magali Lescot, Miguelangel Cuenca, Aurélien Alexandre, Paul Bachelerie, Thomas Rosnet, Eric Pelletier, Shinichi Sunagawa, Pascal Hingamp
article
Nucleic Acids Research, 2018, 46 (W1), pp.gky376. ⟨10.1093/nar/gky376⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01803597/file/gky376.pdf BibTex
titre
Functional characterization and FTIR-based 3D modeling of full length and truncated forms of Scorpio maurus venom phospholipase A 2
auteur
Najeh Krayem, Goetz Parsiegla, Hélène Gaussier, Hanen Louati, Raida Jallouli, Pascal Mansuelle, Frédéric Carrière, Youssef Gargouri
article
Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects, 2018, 1862 (5), pp.1247-1261. ⟨10.1016/j.bbagen.2018.02.004⟩
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https://amu.hal.science/hal-01739569/file/Krayem-BBA-2018-1862-1247-1261_PREPRINT.pdf BibTex

Conference papers

titre
Role of microorganisms in marine mercury cycling: current knowledge and future directions
auteur
Andrea Garcia Bravo, Claudia Cosio, Léa Cabrol, Benjamin Misson, Cynthia Gilmour, Marisol Goñi, Remy Guyoneaud, Marianne Quemeneur, Lars-Eric Heimbürger-Boavida, Silvia G Acinas, Alexandre J. Poulain
article
MISTRALS Contamination & Pollution workshop, Nov 2018, Marseille, France
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titre
Cheval et société : soyons Complet ! Les enjeux pour l’avenir du travail avec les chevaux
auteur
Guillaume Blanc, Vanina Deneux-Le Barh, Astrid Engelsen, Eurydice Schauly
article
10. Journées du Complet : rétrospectives et innovations, France Complet, Nov 2018, Saumur, France
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titre
Climate change and the evolutionary challenge of Mediterranean biodiversity
auteur
Bruno Fady, Marc Bally, Alberte Bondeau, Francois Carlotti, Anne Chenuil, Wolfgang Cramer, Jean-Pierre Féral, Thierry Gauquelin, Anne-Christine Monnet, Séverine Thomas, France van Wambeke, D. Aurelle
article
ESEB 2018 Evolution conference Montpellier, Aug 2018, Montpellier, France. ⟨10.13140/RG.2.2.35257.62565⟩
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Book sections

titre
Importance of Prokaryotes in the Functioning and Evolution of the Present and Past Geosphere and Biosphere
auteur
Bernard Ollivier, Nina Zeyen, Grégoire Galès, Keyron Hickman-Lewis, Frédéric Gaboyer, Karim Benzerara, Frances Westall
article
Prokaryotes and Evolution, Springer International Publishing, pp.57-129, 2018, 978-3-319-99782-7. ⟨10.1007/978-3-319-99784-1_3⟩
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titre
Prokaryote/eukaryote dichotomy and bacteria/archaea/eukarya domains : two inseparable concepts
auteur
Jean-Claude Bertrand, Pierre Caumette, P. Normand, Bernard Ollivier, T. Sime-Ngando
article
Bertrand, J.C. (ed.); Normand, P. (ed.); Ollivier, Bernard (ed.); Sime-Ngando, T. (ed.). Prokaryotes and evolution, Springer, p. 1-21, 2018, 978-3-319-99782-7. ⟨10.1007/978-3-319-99784-1_1⟩
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titre
Evolutionary success of prokaryotes
auteur
J.C. Bertrand, P. Bonin, Bernard Ollivier, K. Alain, A. Godfroy, Nathalie Pradel, P. Normand
article
Bertrand, J.C. (ed.); Normand, P. (ed.); Ollivier, Bernard (ed.); Sime-Ngando, T. (ed.). Prokaryotes and evolution, Springer, pp.131-240, 2018, 978-3-319-99782-7. ⟨10.1007/978-3-319-99784-1_4⟩
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titre
The evolution of living beings started with prokaryotes and in interaction with prokaryotes
auteur
T. Sime-Ngando, J.C. Bertrand, Didier Bogusz, J.F. Brugère, Claudine Franche, Marie-Laure Fardeau, Emilie Froussart, Anne Geiger, Maria Soledad Goñi Urriza, Bernard Ollivier, P. O'Toole
article
Bertrand, J.C. (ed.); Normand, P. (ed.); Ollivier, Bernard (ed.); Sime-Ngando (ed.). Prokaryotes and evolution, Springer, p. 241-338, 2018, 978-3-319-99782-7. ⟨10.1007/978-3-319-99784-1_5⟩
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Books

titre
Prokaryotes and evolution
auteur
J.C. Bertrand, P. Normand, Bernard Ollivier, T. Sime Ngando
article
Springer, 396 p., 2018, 978-3-319-99782-7. ⟨10.1007/978-3-319-99784-1⟩
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Poster communications

titre
Climate change and the evolutionary challenge of Mediterranean biodiversity
auteur
Bruno Fady, Alberte Bondeau, Marc Bally, Wolfgang Cramer, Thierry Gauquelin, Jean-Pierre Féral, Anne-Christine Monnet, Séverine Thomas, France van Wambeke, Anne Chenuil, Didier Aurelle
article
2. Joint Congress on Evolutionary Biology (EVOLUTION 2018), Aug 2018, Montpellier, France. 2018
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https://hal.inrae.fr/hal-02737804/file/2018_Fady_EvolMontp2018_Climate_Change_Mediterranean_Gradients_1.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
Coordinated response of the Desulfovibrio desulfuricans 27774 transcriptome to nitrate, nitrite and nitric oxide
auteur
Ian Cadby, Matthew Faulkner, Jeanne Chèneby, Justine Long, Jacques van Helden, Alain Dolla, Jeffrey Cole
article
Scientific Reports, 2017, 7 (1), ⟨10.1038/s41598-017-16403-4⟩
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https://amu.hal.science/hal-01874934/file/41598_2017_Article_16403.pdf BibTex
titre
Genome Sequence of Piezophilic Bacterium Desulfovibrio profundus Strain 500-1, Isolated from a Deep Sediment Layer in the Japan Sea
auteur
Stéphanie Fouteau, Thomas Guerin, Ghislaine Magdelenat, Marie Roumagnac, Manon Bartoli, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Valérie Barbe, Nathalie Pradel
article
Genome Announcements, 2017, 5 (44), ⟨10.1128/genomeA.01181-17⟩
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https://amu.hal.science/hal-01728313/file/Genome%20Announc.-2017-Fouteau-.pdf BibTex
titre
Biochemical Function, Molecular Structure and Evolution of an Atypical Thioredoxin Reductase from Desulfovibrio vulgaris
auteur
Odile Valette, Tam T. T. Tran, Christine Cavazza, Elodie Caudeville, Gaël Brasseur, Alain Dolla, Emmanuel Talla, Laetitia Pieulle
article
Frontiers in Microbiology, 2017, 8, pp.1855. ⟨10.3389/fmicb.2017.01855⟩
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https://hal.science/hal-01619491/file/fmicb-08-01855.pdf BibTex
titre
Desulfovibrio senegalensis sp. nov., a mesophilic sulfate reducer isolated from marine sediment
auteur
Abdoulaye Thioye, Zouhaier Ben Ali Gam, Malick Mbengue, Jean-Luc Cayol, Manon Bartoli, Coumba Touré-Kane, Marc Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2017, 67 (9), pp.3162 - 3166. ⟨10.1099/ijsem.0.001997⟩
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titre
Microbial Diversity in Sulfate-Reducing Marine Sediment Enrichment Cultures Associated with Anaerobic Biotransformation of Coastal Stockpiled Phosphogypsum (Sfax, Tunisia)
auteur
Hana Zouch, Fatma Karray, Fabrice Armougom, Sandrine Chifflet, Agnès Hirschler-Réa, Hanen Kharrat, Lotfi Kamoun, Wajdi Ben Hania, Bernard Ollivier, Sami Sayadi, Marianne Quéméneur
article
Frontiers in Microbiology, 2017, 8, pp.1583 ⟨10.3389/fmicb.2017.01583⟩
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titre
Viral to metazoan marine plankton nucleotide sequences from the Tara Oceans expedition
auteur
Adriana A. Alberti, Julie Poulain, Stefan Engelen, Karine Labadie, Sarah Romac, Isabel Ferrera, Guillaume Albini, Jean-Marc Aury, Caroline Belser, Alexis Bertrand, Corinne Cruaud, Corinne da Silva, Carole Dossat, Frédérick F. Gavory, Shahinaz Gas, Guy Guy, Maud Haquelle, E'Krame Jacoby, Olivier Jaillon, Arnaud Lemainque, Eric Pelletier, Gaëlle Samson, Mark Wessner, Pascal Bazire, Odette Beluche, Laurie Bertrand, Marielle Besnard-Gonnet, Isabelle Bordelais, Magali Boutard, Maria Dubois, Corinne Dumont, Evelyne Ettedgui, Patricia Fernandez, Espérance Garcia, Nathalie Aiach, Thomas Guerin, Chadia Hamon, Élodie Brun, Sandrine Lebled, Patricia Lenoble, Claudine Louesse, Eric Mahieu, Barbara Mairey, Nathalie Martins, Catherine Megret, Claire Milani, Jacqueline Muanga, Céline Orvain, Emilie Payen, Peggy Perroud, Emmanuel Petit, Dominique Robert, Murielle Ronsin, Benoit Vacherie, Silvia G. Acinas, Marta Royo-Llonch, Francisco Cornejo-Castillo, Ramiro Logares, Beatriz Fernández-Gómez, Chris Bowler, Guy Cochrane, Clara Amid, Petra Ten Hoopen, Colomban de Vargas, Nigel Grimsley, Elodie Desgranges, Stefanie Kandels-Lewis, Hiroyuki Ogata, Nicole Poulton, Michael E. Sieracki, Ramunas Stepanauskas, Matthew Sullivan, Jennifer Brum, Melissa Duhaime, Bonnie Poulos, Bonnie Hurwitz, Peer Bork, Emmanuel Boss, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Lee Karp-Boss, Eric Karsenti, Fabrice Not, Stéphane Pesant, Jeroen Raes, Christian Sardet, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Shinichi Sunagawa, Patrick Wincker
article
Scientific Data , 2017, 4, ⟨10.1038/sdata.2017.93⟩
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https://hal.science/hal-01771844/file/sdata201793.pdf BibTex
titre
Monitoring photo-oxidative and salinity-induced bacterial stress in the Canadian Arctic using specific lipid tracers
auteur
Remi Amiraux, Simon Belt, Frederic Vaultier, Virginie Galindo, Michel Gosselin, Patricia Bonin, Jean-Francois Rontani
article
Marine Chemistry, 2017, 194, pp.89-99. ⟨10.1016/j.marchem.2017.05.006⟩
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titre
Rapid Characterization of Microcystin-Producing Cyanobacteria in Freshwater Lakes by TSA-FISH (Tyramid Signal Amplification-Fluorescent In Situ Hybridization)
auteur
Luc Brient, Nihel Ben Gamra, Marine Periot, Marie Roumagnac, Perrine Zeller, Myriam Bormans, Annick Mejean, Olivier Ploux, Isabelle C. Biegala
article
Frontiers in Environmental Science, 2017, 5, pp.43. ⟨10.3389/fenvs.2017.00043⟩
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https://univ-rennes.hal.science/hal-01580363/file/Brient%20-%20Rapid%20Characterization.pdf BibTex
titre
Regional and local environmental conditions do not shape the response to warming of a marine habitat-forming species
auteur
Carolina Crisci, J. -B. Ledoux, K. Mokhtar-Jamai, Marc Bally, N. Bensoussan, Didier Aurelle, E. Cebrian, R. Coma, Jean-Pierre Féral, Marie La Riviere, C. Linares, P. Lopez-Sendino, Christian Marschal, M. Ribes, N. Teixido, Frederic Zuberer, J. Garrabou
article
Scientific Reports, 2017, 7 (1), pp.5069. ⟨10.1038/s41598-017-05220-4⟩
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https://hal.science/hal-01591643/file/s41598-017-05220-4.pdf BibTex
titre
Comparative Genomics of Chrysochromulina Ericina Virus and Other Microalga-Infecting Large DNA Viruses Highlights Their Intricate Evolutionary Relationship with the Established Mimiviridae Family
auteur
Lucie Gallot-Lavallée, Guillaume Blanc, Jean-Michel Claverie
article
Journal of Virology, 2017, 91 (14), pp.230 - 247. ⟨10.1128/JVI.00230-17⟩
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https://amu.hal.science/hal-01622036/file/J.%20Virol.-2017-Gallot-Lavall%C3%A9e-.pdf BibTex
titre
Transfer of Pseudomonas pictorum Gray and Thornton 1928 to genus Stenotrophomonas as Stenotrophomonas pictorum comb. nov., and emended description of the genus Stenotrophomonas
auteur
Aboubakar Sidiki Ouattara, Jean Le Mer, Manon Joseph, Hervé Macarie
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2017, 67 (6), pp.1894 - 1900. ⟨10.1099/ijsem.0.001880⟩
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https://ird.hal.science/ird-01563113/file/Stenotrophomonas%20pictorum%20-%20Ouattara%20et%20al.%202016%20full%20paper%20for%20HAL%20with%20SI.pdf BibTex
titre
Characterization of recombinant Trypanosoma brucei gambiense Translationally Controlled Tumor Protein (r Tbg TCTP) and its interaction with Glossina midgut bacteria
auteur
Géraldine Bossard, Manon Bartoli, Marie-Laure Fardeau, Philippe P. Holzmuller, Bernard Ollivier, Anne Geiger
article
Gut microbes, 2017, 8 (5), pp.413 - 427. ⟨10.1080/19490976.2017.1331833⟩
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https://amu.hal.science/hal-01621726/file/bossard_gutmicrobes_2018_1.pdf BibTex
titre
Desulfobulbus aggregans sp. nov., a Novel Sulfate Reducing Bacterium Isolated from Marine Sediment from the Gulf of Gabes
auteur
Hanen Kharrat, Fatma Karray, Manon Bartoli, Wajdi Ben Hania, Najla Mhiri, Marie-Laure Fardeau, Feten Bennour, Lotfi Kamoun, Didier Alazard, Sami Sayadi
article
Current Microbiology, 2017, 74 (4), pp.449 - 454. ⟨10.1007/s00284-017-1211-4⟩
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titre
Tectonic structure, evolution, and the nature of oceanic core complexes and their detachment fault zones (13 degrees 20 ' N and 13 degrees 30 ' N, Mid Atlantic Ridge)
auteur
Javier Escartin, Catherine Mevel, S. Petersen, Diane Bonnemains, Mathilde Cannat, Muriel Andreani, N. Augustin, Antoine Bézos, Valérie Chavagnac, Yujin Choi, Marguerite Godard, K. Haaga, C. Hamelin, Benoit Ildefonse, J. Jamieson, B. John, Thomas Leleu, C. J. Macleod, M. Massot-Campos, P. Nomikou, J. A. Olive, Marine Paquet, Céline Rommevaux-Jestin, M. Rothenbeck, A. Steinfuhrer, M. Tominaga, L. Triebe, R. Campos, N. Gracias, R. Garcia
article
Geochemistry, Geophysics, Geosystems, 2017, 18 (4), pp.1451-1482. ⟨10.1002/2016GC006775⟩
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https://hal.science/hal-01571973/file/Escart-n_et_al-2017-Geochemistry%2C_Geophysics%2C_Geosystems.pdf BibTex
titre
Dental pulp as a source of low-contaminated DNA
auteur
Michel Drancourt, Gerard Aboudharam, Olivier Croce, Fabrice Armougom, Catherine Robert, Didier Raoult
article
Microbial Pathogenesis, 2017, 105, pp.63-67. ⟨10.1016/j.micpath.2017.02.007⟩
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titre
Physiological and transcriptional approaches reveal connection between nitrogen and manganese cycles in Shewanella algae C6G3
auteur
Axel Aigle, Patricia Bonin, Chantal Iobbi-Nivol, Vincent Méjean, Valerie Michotey
article
Scientific Reports, 2017, Scientific Reports 7, 7, ⟨10.1038/srep44725⟩
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https://amu.hal.science/hal-01493279/file/01493279%20srep44725.pdf BibTex
titre
Environmental Viral Genomes Shed New Light on Virus-Host Interactions in the Ocean
auteur
Yosuke Nishimura, Hiroyasu Watai, Takashi Honda, Tomoko Mihara, Kimiho Omae, Simon Roux, Romain Blanc-Mathieu, Keigo Yamamoto, Pascal Hingamp, Yoshihiko Sako, Matthew Sullivan, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata, Takashi Yoshida
article
MSphere, 2017, 2 (2), ⟨10.1128/mSphere.00359-16⟩
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https://hal.science/hal-01771841/file/e00359-16.full.pdf BibTex
titre
Characterization of the first cultured representative of a Bacteroidetes clade specialized on the scavenging of cyanobacteria
auteur
Wajdi Ben Hania, Manon Bartoli, Boyke Bunk, Cathrin Sproer, Hans-Peter Klenk, Marie-Laure Fardeau, Stefan Spring
article
Environmental Microbiology, 2017, 19 (3), pp.1134 - 1148. ⟨10.1111/1462-2920.13639⟩
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https://amu.hal.science/hal-01621708/file/1462-2920.13639.pdf BibTex
titre
Complete mitochondrial genome sequence of the freshwater diatom Asterionella formosa
auteur
Adrien Villain, Mila Kojadinovic, Carine Puppo, Laura Prioretti, Pierre Hubert, Gérald Grégori, Alain Roulet, Céline Roques, Jean-Michel Claverie, Brigitte Gontero, Guillaume Blanc, Yizhi Zhang
article
Mitochondrial DNA Part B Resources, 2017, 2 (1), pp.97 - 98. ⟨10.1080/23802359.2017.1285210⟩
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https://amu.hal.science/hal-01760365/file/01534501Complete%20mitochondrial.pdf BibTex
titre
Inhibitory effects of sodium azide on microbial growth in experimental resuspension of marine sediment
auteur
Léa Cabrol, Marianne Quemeneur, Benjamin Misson
article
Journal of Microbiological Methods, 2017, 133, pp.62 - 65. ⟨10.1016/j.mimet.2016.12.021⟩
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https://ird.hal.science/ird-01647866/file/12.Inhibitory%20effects%20of%20sodium%20azide_Cabrol%20et%20al.%202017.pdf BibTex
titre
Mineralizing Filamentous Bacteria from the Prony Bay Hydrothermal Field Give New Insights into the Functioning of Serpentinization-Based Subseafloor Ecosystems
auteur
Céline E Pisapia, Emmanuelle E Gérard, Martine Gérard, Léna Lecourt, Susan Q. Lang, Bernard E Pelletier, Claude Payri, Christophe Monnin, Linda Guentas, Anne Postec, Marianne Q Quéméneur, Gaël Erauso, Bénédicte Ménez
article
Frontiers in Microbiology, 2017, 8, pp.57. ⟨10.3389/fmicb.2017.00057⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01484419/file/fmicb-08-00057.pdf BibTex
titre
Stacked search for time shifted high energy neutrinos from gamma ray bursts with the Antares neutrino telescope
auteur
S. Adrián-Martínez, A. Albert, M. Andre, M. Anghinolfi, G. Anton, M. Ardid, J. Aubert, B. Baret, J. Barrios-Marti, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, R. Bormuth, C. Bouwhuis, R. Bruijn, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, J. Carr, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, I. Dekeyser, Anne Deschamps, G. de Bonis, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, D. Drouhin, A. Dumas, T. Eberl, D. Elsässer, A. Enzenhöfer, K. Fehn, I. Felis, P. Fermani, F. Folger, A. Fusco, S. Galatà, P. Gay, S. Geisselsöder, K. Geyer, V. Giordano, A. Gleixner, R. Gracia-Ruiz, K. Graf, S. Hallmann, H. van Haren, J. Heijboer, Y. Hello, J. Hernández-Rey, J. Hössl, J. Hofestädt, C. Hugon, C. James, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, U. Katz, D. Kiessling, P. Kooijman, A. Kouchner, M. Kreter, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, Dominique Lefèvre, E. Leonora, S. Loucatos, M. Marcelin, A. Margiotta, A. Marinelli, J. Martínez-Mora, A. Mathieu, T. Michael, P. Migliozzi, A. Moussa, C. Müller, E. Nezri, E. Păvălaş, C. Pellegrino, C. Perrina, P. Piattelli, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, G. Riccobene, R. Richter, K. Roensch, M. Saldaña, D. Samtleben, A. Sanchez-Losa, M. Sanguineti, P. Sapienza, J. Schmid, J. Schnabel, F. Schüssler, T. Seitz, C. Sieger, M. Spurio, J. Steijger, Th. Stolarczyk, M. Taiuti, Christian Tamburini, A. Trovato, M. Tselengidou, C. Tönnis, B. Vallage, C. Vallee, V. van Elewyck, E. Visser, D. Vivolo, S. Wagner, J. Wilms, J. Zornoza, J. Zúñiga
article
European Physical Journal C: Particles and Fields, 2017, C77 (1), pp.20. ⟨10.1140/epjc/s10052-016-4496-8⟩
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https://amu.hal.science/hal-01621701/file/1608.08840.pdf BibTex
titre
A Glimpse of Nucleo-Cytoplasmic Large DNA Virus Biodiversity through the Eukaryotic Genomics Window
auteur
Lucie Gallot-Lavallée, Guillaume Blanc
article
Viruses, 2017, 9 (1), ⟨10.3390/v9010017⟩
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https://amu.hal.science/hal-01622035/file/viruses-09-00017.pdf BibTex
titre
Objection to the proposition of the new genus Abyssivirga
auteur
Anne Postec, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2017, 67 (1), pp.174. ⟨10.1099/ijsem.0.001601⟩
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https://amu.hal.science/hal-01622044/file/174_ijsem001601.pdf BibTex
titre
Defluviitalea
auteur
Marie Laure Fardeau, Anne Postec, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2017, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01386⟩
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BibTex
titre
Defluviitaleaceae
auteur
Marie-Laure Fardeau, Anne Postec, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2017, ⟨10.1002/9781118960608.fbm00280⟩
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https://hal.science/hal-02884206/file/Family%20Defluviitaleaceae%20%281%29.pdf BibTex
titre
IR spectroscopy analysis of pancreatic lipase-related protein 2 interaction with phospholipids: 1. Discriminative recognition of mixed micelles versus liposomes
auteur
Eduardo Mateos Diaz, Jean-Claude Bakala N'Goma, Deborah Byrne, Sylvie Robert, Frédéric Carrière, Hélène Gaussier
article
Chemistry and Physics of Lipids, 2017, IN PRESS
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BibTex
titre
Deep sediment resuspension and thick nepheloid layer generation by open-ocean convection
auteur
Xavier Durrieu de Madron, S. Ramondenc, L. Berline, Loïc Houpert, Anthony Bosse, S. Martini, L. Guidi, Pascal Conan, C. Curtil, N. Delsaut, S. Kunesch, J.F. Ghiglione, Patrick Marsaleix, M. Pujo-Pay, T. Séverin, Pierre Testor, Christian Tamburini
article
J.Geophys.Res.Oceans, 2017, 122 (3), pp.2291-2318. ⟨10.1002/2016jc012062⟩
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titre
Desulfonatronum parangueonense sp. nov., a sulfate-reducing bacterium isolated from sediment of an alkaline crater lake
auteur
M.F. Pérez Bernal, Elcia Margareth Souza Brito, Manon Bartoli, Johanne Aubé, Marie-Laure Fardeau, G.C. Rodriguez, B. Ollivier, Remy Guyoneaud, Agnès Hirschler-Réa
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2017, 67 (12), pp.4999-5005. ⟨10.1099/ijsem.0.002399⟩
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Conference papers

titre
Présentation du livre « La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental »
auteur
Philippe Cuny, Pierre-Alain Maron, Lionel Ranjard
article
Journée d’Animation Scientifique et Technique sur "La Microbiologie Moléculaire au Service du Diagnostic Environnemental". ADEME, L’Observatoire Français des Sols Vivants et le GDR Génomique Environnemental, Agence de l'Environnement et de la Maîtrise de l'Energie (ADEME). FRA., Nov 2017, Angers, France
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titre
Archaea microbial candidates in next-generation probiotics development
auteur
Jean François Brugere, Wajdi Ben Hania, Marie-Edith Arnal, Céline Ribière, Nathalie Ballet, Pascal Vandeckerkove, Bernard Ollivier, Paul W. O’toole
article
9. Meeting on Probiotics, Prebiotics and New Foods, Nutraceuticals and Botanicals for Nutrition and Human and Microbiota, Sep 2017, Rome, Italy. ⟨10.1097/MCG.0000000000001043⟩
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Book sections

titre
Protocols for Subtidal and Deep-Sea Benthic Oil Spill Simulations
auteur
Philippe Cuny, Vincent Grossi, Cécile Militon, Christian Tamburini, Georges Stora, Franck Gilbert
article
McGenity, Terry J., Timmis, Kenneth N., Nogales Fernández, Balbina. Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols. Meso- and Microcosms, , pp.91-102, 2017, 978-3-662-53108-2. ⟨10.1007/8623_2014_39⟩
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Books

titre
La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental
auteur
Lionel Ranjard, Pierre-Alain Maron, Philippe Cuny, Elisabeth d'Oiron Verame
article
ADEME, 15 p., 2017, 9791029704857
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Poster communications

titre
Animation scientifique et technique sur "La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental
auteur
Pierre Peyret, Théodore Bouchez, Philippe Cuny, Pierre-Alain Maron, Lionel Ranjard, Elisabeth D’oiron Verame, Antonio Bispo, Isabelle Deportes, C. Grand
article
Journée d’animation scientifique et technique sur "La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental". ADEME, L’Observatoire Français des Sols Vivants et le GDR Génomique Environnemental, Nov 2017, Angers, France. , 2017
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titre
Comparative approaches for metagenomic biogeography and population structures of eukaryotes
auteur
Thomas Vannier, Jade Leconte, Patrick Wincker, Olivier Jaillon
article
4th Environmental Genomics symposium, Sep 2017, Marseille, France
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Proceedings

titre
Assessment of oil weathering and impact in mangrove ecosystem: PRISME Experiment.
auteur
Ronan Jézéquel, Karine Duboscq, Léa Sylvi, Emma Michaud, Lise Millera Ferriz, Enora Roic, Robert Duran, Cristiana Cravo-Laureau, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Franck Gilbert, Marc Tedetti, Cécile Militon, Philippe Cuny
article
International Oil Spill Conference Proceedings 2017, 2017 (1), pp.634-656, 2017, ⟨10.7901/2169-3358-2017.1.634⟩
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Theses

titre
Dynamic of the structure of the genomes and of their biogeography : comparative analysis of Tara Oceans metagenomic data to study the Bathycoccus microalgeae and global planktonic communities
auteur
Thomas Vannier
article
Sciences agricoles. Université Paris Saclay (COmUE), 2017. Français. ⟨NNT : 2017SACLE002⟩
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https://theses.hal.science/tel-04191103/file/2017SACLE002.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
Impact of an intense water column mixing (0-1500 m) on prokaryotic diversity and activities during an open-ocean convection event in the NW Mediterranean Sea
auteur
Tatiana Severin, Caroline Sauret, Mehdi Boutrif, Thomas Duhaut, Fayçal Kessouri, Louise Oriol, Jocelyne Caparros, Mireille Pujo-Pay, Xavier Durrieu de Madron, Marc Garel, Christian Tamburini, Pascal Conan, Jean-François Ghiglione
article
Environmental Microbiology, 2016, 18 (12), pp.4378 - 4390. ⟨10.1111/1462-2920.13324⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01480373/file/emi13324.pdf BibTex
titre
Hydrogen production by the hyperthermophilic bacterium Thermotoga maritima part I: effects of sulfured nutriments, with thiosulfate as model, on hydrogen production and growth
auteur
Celine Boileau, Richard Auria, Sylvain Davidson, Laurence Casalot, Pierre Christen, Pierre-Pol Liebgott, Yannick Combet-Blanc
article
Biotechnology for Biofuels, 2016, 9, ⟨10.1186/s13068-016-0678-8⟩
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https://hal.science/hal-01443237/file/13068_2016_Article_678.pdf BibTex
titre
Hydrogen production by the hyperthermophilic bacterium Thermotoga maritima Part II: modeling and experimental approaches for hydrogen production
auteur
Richard Auria, Céline Boileau, Sylvain Davidson, Laurence Casalot, Pierre Christen, Pierre-Pol Liebgott, Yannick Combet-Blanc
article
Biotechnology for Biofuels, 2016, 9 (1), pp.268. ⟨10.1186/s13068-016-0681-0⟩
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titre
The chimeric nature of the genomes of marine magnetotactic coccoid-ovoid bacteria defines a novel group of Proteobacteria.
auteur
Boyang Ji, Sheng-Da Zhang, Wei-Jia Zhang, Zoe Rouy, François Alberto, Claire-Lise Santini, Sophie Mangenot, Séverine Gagnot, Nadège Philippe, Nathalie Pradel, Lichen Zhang, Sébastien Tempel, Ying Li, Claudine Médigue, Bernard Henrissat, Pedro M Coutinho, Valérie Barbe, Emmanuel Talla, Long-Fei Wu
article
Environmental Microbiology, 2016, pp.doi: 10.1111/1462-2920.13637. ⟨10.1111/1462-2920.13637⟩
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titre
Serpentinicella alkaliphila gen. nov., sp. nov., a novel alkaliphilic anaerobic bacterium isolated from the serpentinite-hosted Prony hydrothermal field, New Caledonia.
auteur
Nan Mei, Anne Postec, Gaël Erauso, Manon Bartoli, Bernard Pelletier, Claude Payri, Bernard Ollivier, Marianne Quemeneur
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2016, 66 (11), pp.4464-4470. ⟨10.1099/ijsem.0.001375⟩
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titre
Balneicella halophila gen. nov., sp nov., an anaerobic bacterium, isolated from a thermal spring and description of Balneicellaceae fam. nov.
auteur
Khaled Fadhlaoui, Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2016, 66 (11), pp.4692-4696. ⟨10.1099/ijsem.0.001412⟩
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titre
Desulfotomaculum aquiferis sp nov and Desulfotomaculum profundi sp nov., isolated from a deep natural gas storage aquifer
auteur
Sabrina Berlendis, Magali Ranchou-Peyruse, Marie-Laure Fardeau, Jean-Francois Lascourreges, Manon Joseph, Bernard Ollivier, Thomas Auello, David Dequidt, Michel Magot, Anthony Ranchou-Peyruse
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2016, 66 (11), pp.4329-4338. ⟨10.1099/ijsem.0.001352⟩
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titre
Bacteria as part of bioluminescence emission at the deep ANTARES station (North-Western Mediterranean Sea) during a one-year survey
auteur
Severine Martini, Valerie Michotey, Laurie Casalot, Patricia Bonin, Sophie Guasco, Marc Garel, Christian Tamburini
article
Deep Sea Research, 2016, 116, pp.33-40. ⟨10.1016/j.dsr.2016.07.014⟩
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titre
Localization of endobacteria in the gastrodermis of a Mediterranean gorgonian coral, Paramuricea clavata, using fluorescence in situ hybridization
auteur
Marie La Rivière, Marc Garel, Marc Bally
article
Marine Biology, 2016, 163, ⟨10.1007/s00227-016-2975-y⟩
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titre
Denitrification activity in mangrove sediments varies with associated vegetation
auteur
Sheryl Oliveira Fernandes, Pinky Dutta, Maria-Judith Gonsalves, Patricia Bonin, P. A. Lokabharathi
article
Ecological Engineering, 2016, 95, pp.671-681. ⟨10.1016/j.ecoleng.2016.06.102⟩
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titre
Metatranscriptomes of oil-contaminated marine coastal sediment affected by oil addition and/or by the bioturbating activity of the marine polychaete Hediste diversicolor: Who are the microbial players?
auteur
Cécile Militon, Alexandre Atkinson, Valerie Michotey, Celine Jeziorski, Cristiana Cravo-Laureau, Robert Duran, Patricia Bonin, Philippe Cuny
article
Marine Genomics, 2016, 29, pp.55-59. ⟨10.1016/j.margen.2016.06.006⟩
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titre
The impact of long-term hydrocarbon exposure on the structure, activity, and biogeochemical functioning of microbial mats
auteur
Johanne Aubé, Pavel Senin, Olivier Pringault, Patricia Bonin, Bruno Deflandre, Olivier Bouchez, Noëlle Bru, Edurne Biritxinaga-Etchart, Christophe Klopp, Remy Guyoneaud, Marisol Goñi
article
Marine Pollution Bulletin, 2016, 111 (1-2), pp.115-125. ⟨10.1016/j.marpolbul.2016.07.023⟩
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titre
Coupling of bacterial nitrification with denitrification and anammox supports N removal in intertidal sediments (Arcachon Bay, France)
auteur
Sheryl Fernandes, Cedric Javanaud, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Pierre Anschutz, Patricia Bonin
article
Estuarine, Coastal and Shelf Science, 2016, 179, pp.39-50. ⟨10.1016/j.ecss.2015.10.009⟩
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titre
Neuron-Like Networks Between Ribosomal Proteins Within the Ribosome
auteur
Olivier Poirot, Y. Timsit
article
Scientific Reports, 2016, 6 (1), ⟨10.1038/srep26485⟩
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https://hal.science/hal-01816591/file/srep26485.pdf BibTex
titre
Horizontal distribution of the cell abundance and toxicity of Microcystis in a hypereutrophic Moroccan reservoir
auteur
S. Samoudi, D. Latour, J. Robin, M. Sabart, Benjamin Misson, H. Ait Hammou, Kh. Mouhri, M. Loudiki
article
Contemporary Problems of Ecology, 2016, 9 (5), pp.554 - 562. ⟨10.1134/S1995425516050139⟩
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titre
Deciphering the adaptation strategies of Desulfovibrio piezophilus to hydrostatic pressure through metabolic and transcriptional analyses.
auteur
Amira Amrani, Jacques van Helden, Aurélie Bergon, Aicha Aouane, Wajdi Ben Hania, Christian Tamburini, Béatrice Loriod, Jean Imbert, Bernard Ollivier, Nathalie Pradel, Alain Dolla
article
Environmental Microbiology Reports, 2016, 8 (4), pp.520-6. ⟨10.1111/1758-2229.12427⟩
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titre
Novel serine keratinase from Caldicoprobacter algeriensis exhibiting outstanding hide dehairing abilities.
auteur
Khelifa Bouacem, Amel Bouanane-Darenfed, Nadia Zaraî Jaouadi, Manon Bartoli, Hocine Hacene, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau, Samir Bejar, Bassem Jaouadi
article
International Journal of Biological Macromolecules, 2016, 86, pp.321-8. ⟨10.1016/j.ijbiomac.2016.01.074⟩
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titre
Genomic and physiological analysis reveals versatile metabolic capacity of deep-sea Photobacterium phosphoreum ANT-2200.
auteur
Sheng-Da Zhang, Claire-Lise Santini, Wei-Jia Zhang, Valérie Barbe, Sophie Mangenot, Charlotte Guyomar, Marc Garel, Hai-Tao Chen, Xue-Gong Li, Qun-Jian Yin, Yuan Zhao, J. Armengaud, Jean-Charles Gaillard, Severine Martini, Nathalie Pradel, Claude Vidaud, François Alberto, Claudine Médigue, Christian Tamburini, Long-Fei Wu
article
Extremophiles life under extreme conditions, 2016, 20 (3), pp.301-10. ⟨10.1007/s00792-016-0822-1⟩
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titre
Glycans affect DNA extraction and induce substantial differences in gut metagenomic studies
auteur
Emmanouil Angelakis, Dipankar Bachar, Bernard Henrissat, Fabrice Armougom, Gilles Audoly, Jean-Christophe J.-C. Lagier, Catherine Robert, Didier Raoult
article
Scientific Reports, 2016, 6, ⟨10.1038/srep26276⟩
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titre
Novel species and expanded distribution of ellipsoidal multicellular magnetotactic prokaryotes
auteur
Yi-Ran Chen, Wen-Yan Zhang, Ke Zhou, Hong-Miao Pan, Hai-Jian Du, Cong Xu, Jian-Hong Xu, Nathalie Pradel, Claire-Lise Santini, Jin-Hua Li, Hui Huang, Yong-Xin Pan, Tian Xiao, Long-Fei Wu
article
Environmental Microbiology Reports, 2016, 8 (2), pp.218--226. ⟨10.1111/1758-2229.12371⟩
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titre
Oil removal and effects of spilled oil on active microbial communities in close to salt-saturation brines.
auteur
Yannick Corsellis, Marc M Krasovec, Lea Sylvi, Philippe Cuny, Cécile Militon
article
Extremophiles, 2016, pp.26955981. ⟨10.1007/s00792-016-0818-x⟩
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titre
Linking Virus Genomes with Host Taxonomy.
auteur
Tomoko Mihara, Yosuke Nishimura, Yugo Shimizu, Hiroki Nishiyama, Genki Yoshikawa, Hideya Uehara, Pascal Hingamp, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata
article
AIDS Research and Human Retroviruses, 2016, 8 (3), pp.66. ⟨10.3390/v8030066⟩
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titre
Orange protein from Desulfovibrio alaskensis G20: insights into the Mo-Cu cluster protein-assisted synthesis
auteur
Marta S. P. Carepo, Cintia Carreira, Raquel Grazina, Malgorzata E. Zakrzewska, Alain Dolla, Corinne Aubert, Sofia R. Pauleta, Jose J. G. Moura, Isabel Moura
article
Journal of Biological Inorganic Chemistry, 2016, 21 (1), pp.53--62. ⟨10.1007/s00775-015-1323-x⟩
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titre
Analysis of a population of magnetotactic bacteria of the Gulf of Gabes, Tunisia
auteur
Nathalie Pradel, Jean-Luc Cayol, Marie-Laure Fardeau, Fatma Karray, Sami Sayadi, Didier Alazard, Bernard Ollivier
article
Environmental Science and Pollution Research, 2016, 23 (5), pp.4046-4053. ⟨10.1007/s11356-015-4314-0⟩
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titre
Reclassification of Anaerobaculum mobile, Anaerobaculum thermoterrenum, Anaerobaculum hydrogeniformans as Acetomicrobium mobile comb. nov., Acetomicrobium thermoterrenum comb. nov and Acetomicrobium hydrogeniformans comb. nov., respectively, and emendation of the genus Acetomicrobium
auteur
Wajdi Ben Hania, Amel Bouanane-Darenfed, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2016, 66, pp.1506-1509. ⟨10.1099/ijsem.0.000910⟩
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titre
Prokaryotic diversity in a Tunisian hypersaline lake, Chott El Jerid
auteur
Manel Ben Abdallah, Fatma Karray, Najla Mhiri, Nan Mei, Marianne Quemeneur, Jean-Luc Cayol, Gaël Erauso, Jean-Luc Tholozan, Didier Alazard, Sami Sayadi
article
Extremophiles, 2016, 20 (2), pp.125-138. ⟨10.1007/s00792-015-0805-7⟩
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titre
Mobilisporobacter senegalensis gen. nov., sp nov., an anaerobic bacterium isolated from tropical shea cake
auteur
Malick Mbengue, Abdoulaye Thioye, Marc Labat, Laurie Casalot, Manon Bartoli, Abdoulaye Samb, Zouhaier Ben Ali Gam
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2016, 66, pp.1383-1388. ⟨10.1099/ijsem.0.000889⟩
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titre
Preservation of ancestral Cretaceous microflora recovered from a hypersaline oil reservoir
auteur
Gregoire Gales, Nicolas Tsesmetzis, Isabel Neria, Didier Alazard, Stéphanie Coulon, Bart P. Lomans, Dominique Morin, Bernard Ollivier, Jean Borgomano, Catherine Joulian
article
Scientific Reports, 2016, 6, ⟨10.1038/srep22960⟩
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https://hal.science/hal-01443597/file/srep22960.pdf BibTex
titre
Plankton networks driving carbon export in the oligotrophic ocean
auteur
Lionel Guidi, Samuel Chaffron, Lucie Bittner, Damien Eveillard, Abdelhalim Larhlimi, Simon Roux, Youssef Darzi, Stéphane Audic, L. Berline, Jennifer R. Brum, Luis Pedro Coelho, Julio Cesar Ignacio Espinoza, Shruti Malviya, Shinichi Sunagawa, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Julie Poulain, Sarah Searson, Lars Stemmann, Fabrice Not, Pascal Hingamp, Sabrina Speich, Mick Follows, Lee Karp-Boss, Emmanuel Boss, Hiroyuki Ogata, Stephane Pesant, Jean Weissenbach, Patrick Wincker, Silvia G. Acinas, Peer Bork, Daniele Iudicone, Matthew B. Sullivan, Jeroen Raes, Eric Karsenti, Chris Bowler, Gabriel Gorsky
article
Nature, 2016, 532, pp.465-470. ⟨10.1038/nature16942⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01275276/file/Mordret_2015_The_symbiotic_life.pdf BibTex
titre
Optical and X-ray early follow-up of ANTARES neutrino alerts
auteur
S. Adrián-Martínez, M. Ageron, A. Albert, Imen Al Samarai, M. André, G. Anton, M. Ardid, J. -J. Aubert, B. Baret, J. Barrios-Marti, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, C. Bogazzi, R. Bormuth, M. Bou-Cabo, M. C. Bouwhuis, R. Bruijnk, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, J. Carr, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, I. Dekeyser, Anne Deschamps, G. de Bonis, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, D. Drouhin, Alexis Dumas, T. Eberl, D. Elsasser, A. Enzenhöfer, K. Fehn, I. Feis, P. Fermani, F. Folger, L. A. Fusco, S. Galatà, P. Gay, S. Geisselsoder, K. Geyer, V. Giordano, A. Gleixner, R. Gracia-Ruiz, K. Graf, H. Van Haren, A. J. Heijboer, Y. Hello, J. J. Hernandez-Rey, A. Herrero, J. Hossl, J. Hofestadt, C. Hugon, C. W. James, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, U. Katz, D. Kiessling, P. Kooijman, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, G. Lambard, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, E. Leonora, S. Loucatos, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martinez-Mora, S. Martini, A. Mathieu, T. Michael, P. Piattelli, P. Migliozzi, A. Moussa, C. Mueller, M. Neff, E. Nezri, G. E. Pavalas, C. Pellegrino, C. Perrina, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, G. Riccobene, R. Richter, K. Roensch, A. Rostovtsev, M. Saldana, D. F. E. Samtleben, M. Sanguinetiz, P. Sapienza, J. Schmid, J. Schnabel, S. Schulte, F. Schüssler, T. Seitz, C. Sieger, M. Spurio, J. J. M. Steijger, Th. Stolarczyk, A. Sanchez-Losa, M. Taiuti, Christian Tamburini, A. Trovato, M. Tselengidou, C. Tonnis, D. Turpin, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, M. Vecchi, E. Visser, D. Vivolo, S. Wagner, J. Wilms, J. D. Zornoza, J. Zúñiga, A. Klotz, M. Boer, A. Le van Suu, C. Akerlof, W. Zheng, P. Evans, N. Gehrels, J. Kennea, J. P. Osborne, D. M. Coward, Antares Collaboration
article
Journal of Cosmology and Astroparticle Physics, 2016, 02 (2), pp.062. ⟨10.1088/1475-7516/2016/02/062⟩
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https://arxiv.org/pdf/1508.01180 BibTex
titre
Magnetotactic bacteria population in a pristine French Atlantic lagoon.
auteur
Nathalie Pradel, Maxime Fuduche, Bernard Ollivier
article
Environmental Science and Pollution Research, 2016, 23 (1), pp.691-7. ⟨10.1007/s11356-015-5322-9⟩
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BibTex
titre
Thermanaeromonas burensis sp nov., a thermophilic anaerobe isolated from a subterranean clay environment
auteur
Zouhaier Ben Ali Gam, Sylvie Daumas, Laurie Casalot, Manon Bartoli, Sophia Necib, Yannick Linard, Marc Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2016, 66, pp.445-449. ⟨10.1099/ijsem.0.000739⟩
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BibTex
titre
Bacterial community structure and functional arrA gene diversity associated with arsenic reduction and release in an industrially contaminated soil
auteur
Marianne Quéméneur, Françis Garrido, Patrick Billard, Dominique Breeze, Corinne Leyval, Michel Jauzein, Catherine Joulian
article
Geomicrobiology Journal, 2016, 33 (10), pp.839-849. ⟨10.1080/01490451.2015.1118167⟩
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BibTex
titre
Genomic Insights into a new Citrobacter koseri strain revealed gene exchanges with the virulence-associated Yersinia pestis pPCP1 plasmid
auteur
Fabrice Armougom, Idir Bitam, Olivier Croce, Vicky Merhej, Lina Barassi, Ti-Thien Nguyen, Bernard La Scola, Didier Raoult
article
Frontiers in Microbiology, 2016, 7, pp.340. ⟨10.3389/fmicb.2016.00340⟩
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https://hal.science/hal-01459560/file/fmicb-07-00340.pdf BibTex
titre
Increased Gut Redox and Depletion of Anaerobic and Methanogenic Prokaryotes in Severe Acute Malnutrition
auteur
Matthieu Million, Maryam Tidjani Alou, Saber Khelaifia, Dipankar Bachar, Jean-Christophe J.-C. Lagier, Niokhor Dione, Souleymane Brah, Perrine Hugon, Vincent Lombard, Fabrice Armougom, Julien Fromonot, Catherine Robert, Caroline Michelle, Aldiouma Diallo, Alexandre Fabre, Régis Guieu, Cheikh Sokhna, Bernard Henrissat, Philippe Parola, Didier Raoult
article
Scientific Reports, 2016, 6 (1), pp.26051. ⟨10.1038/srep26051⟩
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https://hal.science/hal-01439070/file/srep26051.pdf BibTex
titre
First direct observation of coseismic slip and seafloor rupture along a submarine normal fault and implications for fault slip history
auteur
Javier Escartin, Frédérique E Leclerc, Jean-Arthur J Olive, Catherine Mevel, Mathilde Cannat, Sven E Petersen, Nico E Augustin, Nathalie Feuillet, Christine Deplus, Antoine Bézos, Diane Bonnemains, Valérie E Chavagnac, Yujin Choi, Marguerite Godard, Kristian A Haaga, Cédric Hamelin, Benoit Ildefonse, John W Jamieson, Barbara J John, Thomas E Leleu, Christopher J Macleod, Miquel Campos, Paraskevi A Nomikou, Marine Paquet, Céline J Rommevaux-Jestin, Marcel E Rothenbeck, Anja E Steinführer, Masako A Tominaga, Lars E Triebe, Ricard Campos, Nuno Gracias, Rafael Garcia, Muriel A Andreani, Géraud Vilaseca
article
Earth and Planetary Science Letters, 2016, 450, pp.96-107. ⟨10.1016/j.epsl.2016.06.024⟩
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https://insu.hal.science/insu-01557932/file/EPSL-2006-escartin.pdf BibTex
titre
Cyanobacterial symbionts diverged in the late Cretaceous towards lineage-specific nitrogen fixation factories in single-celled phytoplankton
auteur
Francisco M. Cornejo-Castillo, Ana M. Cabello, Guillem Salazar, Patricia Sánchez-Baracaldo, Gipsi Lima-Mendez, Pascal Hingamp, Adriana A. Alberti, Shinichi Sunagawa, Peer Bork, Colomban de Vargas, Jeroen Raes, Chris Bowler, Patrick Wincker, Jonathan P. Zehr, Josep M. Gasol, Ramon Massana, Silvia G. Acinas
article
Nature Communications, 2016, 7, pp.11071. ⟨10.1038/ncomms11071⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01295207/file/ncomms11071.pdf BibTex
titre
Survey of the green picoalga Bathycoccus genomes in the global ocean
auteur
Thomas Vannier, Jade Leconte, Yoann Seeleuthner, Samuel Mondy, Eric Pelletier, Jean-Marc Aury, Colomban de Vargas, Michael Sieracki, Daniel Iudicone, Daniel Vaulot, Patrick Wincker, Olivier Jaillon
article
Scientific Reports, 2016, 6, pp.37900. ⟨10.1038/srep37900⟩
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titre
Molecular microbiology methods for environmental diagnosis
auteur
Théodore Bouchez, A. L. Blieux, Samuel S. Dequiedt, Isabelle Domaizon, Alexis Dufresne, Stephanie Ferreira, Jean-Jacques Godon, Jennifer Hellal, Catherine Joulian, Achim Quaiser, Fabrice Martin-Laurent, A. Mauffret, Jean-Michel Monier, P. Peyret, P. Schmitt-Koplin, Olivier Sibourg, E. d'Oiron, Antonio Bispo, I. Deportes, C. Grand, Philippe Cuny, Pierre-Alain Maron, Lionel Ranjard
article
Environmental Chemistry Letters, 2016, 14 (4), pp.423--441. ⟨10.1007/s10311-016-0581-3⟩
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titre
Metagenomic and PCR-Based Diversity Surveys of [FeFe]-Hydrogenases Combined with Isolation of Alkaliphilic Hydrogen-Producing Bacteria from the Serpentinite-Hosted Prony Hydrothermal Field, New Caledonia
auteur
Nan Mei, Anne R Postec, Christophe Monnin, Bernard R Pelletier, Claude Payri, Bénédicte R Ménez, Eléonore E Frouin, Bernard Ollivier, Gaël Erauso, Marianne Quéméneur
article
Frontiers in Microbiology, 2016, 7, pp.1301. ⟨10.3389/fmicb.2016.01301⟩
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titre
Chemical multi-contamination drives benthic prokaryotic diversity in the anthropized Toulon Bay
auteur
Benjamin Misson, Cédric Garnier, Béatrice Lauga, Duc Huy Dang, Jean-François Ghiglione, Jean-Ulrich Mullot, Robert Duran, Olivier Pringault
article
Science of the Total Environment, 2016, 556, pp.319 - 329. ⟨10.1016/j.scitotenv.2016.02.038⟩
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https://univ-tln.hal.science/hal-01826037/file/STOTEN-D-15-04720R1_short.pdf BibTex

Conference papers

titre
Fate and Impact of Oil in Mangrove Ecosystem PRISME Experiment
auteur
Ronan Jézéquel, Karine Duboscq, Lea Sylvi, Emma Michaud, Lise Millera Ferriz, Robert Duran, Cristiana Cravo-Laureau, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Gilbert Franck, Marc Tedetti, Cécile Militon, Philippe Cuny
article
AMOP Technical Seminar, Environment and Climate Change Canada, Ottawa, ON, 2016., Jun 2016, Halifax, Canada
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BibTex
titre
Microbiology of shallow subsurface aquifer and carbonate rocks studied by culture-dependent and culture-independent methods. Preliminary results on an underground laboratory, the LSBB, Rustrel, France
auteur
Gregoire Gales, Gaël Erauso, Jean-Luc Cayol, David Navarro, Daniel Boyer, Gilles Micolau
article
6. International Conference on Inter-Disciplinary Underground Science and Technology (-DUST), Jun 2016, Avignon, France. pp.5, ⟨10.1051/e3sconf/20161205002⟩
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https://hal.science/hal-01594526/file/e3sconf-idust2016-05002.pdf BibTex
titre
Life in deep subsurface
auteur
Gregoire Gales, Gaël Erauso
article
I-DUST 2016 - INTER-DISCIPLINARY UNDERGROUND SCIENCE & TECHNOLOGY, 2016, Unknown, Unknown Region. ⟨10.1051/e3sconf/20161205001⟩
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Book sections

titre
Le fait religieux à Ougarit : objets de culte et materia magica
auteur
Valérie Matoïan, Aurélie Carbillet, Guillaume Blanc
article
V. Matoïan; T. Römer. Ougarit, entre Orient et Occident, Collège de France, pp.32-33, 2016
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Books

titre
La microbiologie moléculaire au service du diagnostic environnemental. Synthèse de Recherche. Contrat n°1406C0050. Projet de recherche coordonné par : "Observatoire des sols vivants
auteur
Théodore Bouchez, Anne Laure Blieux, Samuel S. Dequiedt, Isabelle Domaizon, Alexis Dufresne, Stéphanie Ferreira, Jean-Jacques Godon, Jennifer Hellal, Catherine Joulian, Achim Quaiser, Fabrice Martin-Laurent, Aourell Mauffret, Jean Marie Monier, Pierre Peyret, Philippe Schmitt-Koplin, Olivier Sibourg, Elisabeth D’oiron Verame, Antonio Bispo, Isabelle Deportes, Cécile Grand, Philippe Cuny, Pierre-Alain Maron, Lionel Ranjard
article
ADEME Agence de l'Environnement et de la Maitrise de l'Energie, 34 p., 2016
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https://hal.science/hal-01608851/file/BOUCHEZ%202016-316_1.pdf BibTex

2015

Journal articles

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H4K44 Acetylation Facilitates Chromatin Accessibility during Meiosis
auteur
Matthieu Legendre, Audrey Lartigue, Lionel Bertaux, Sandra Jeudy, Julia Bartoli, Magali Lescot, Jean-Marie Alempic, Claire Ramus, Christophe Bruley, Karine Labadie, Lyubov Shmakova, Elizaveta Rivkina, Yohann Coute, Chantal Abergel, Jean-Michel Claverie
article
Cell Reports, 2015, 13 (9), pp.1772-1780. ⟨10.1016/j.celrep.2015.10.070⟩
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Single-Cell Analysis of Growth and Cell Division of the Anaerobe Desulfovibrio vulgaris Hildenborough
auteur
Anouchka Fievet, Adrien Ducret, Tam Mignot, Odile Valette, Lydia Robert, Romain Pardoux, Alain R. Dolla, Corinne Aubert
article
Frontiers in Microbiology, 2015, 6, pp.1-11. ⟨10.3389/fmicb.2015.01378⟩
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https://hal.science/hal-01452066/file/fmicb-06-01378.pdf BibTex
titre
Evidence for host specificity among dominant bacterial symbionts in temperate gorgonian corals
auteur
Marie La Rivière, Joaquim Garrabou, Marc Bally
article
Coral Reefs, 2015, 34 (4), pp.1087-1098. ⟨10.1007/s00338-015-1334-7⟩
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EMI4_12345_supp-0001-Supporting_information_figures_clerissi_et_al_EMIR.pdf
titre
Deep sequencing of amplified Prasinovirus and host green algal genes from an Indian Ocean transect reveals interacting trophic dependencies and new genotypes
auteur
Camille Clerissi, Yves Desdevises, Sarah Romac, Stéphane Audic, Colomban de Vargas, Silvia G Acinas, Raffaela Casotti, Julie Poulain, Patrick Wincker, Pascal Hingamp, Hiroyuki Ogata, Nigel Grimsley
article
Environmental Microbiology Reports, 2015, 7 (6), pp.979-989. ⟨10.1111/1758-2229.12345⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01246259/file/Clerissi_2015_Deep_sequencing_of.pdf BibTex
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Reverse transcriptase genes are highly abundant and transcriptionally active in marine plankton assemblages
auteur
Magali Lescot, Pascal Hingamp, Kenji K Kojima, Emilie Villar, Sarah Romac, Alaguraj Veluchamy, Martine Boccara, Olivier Jaillon, Daniele Iudicone, Chris Bowler, Patrick Wincker, Jean-Michel Claverie, Hiroyuki Ogata
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2015, 10 (5), pp.1134-1146. ⟨10.1038/ismej.2015.192⟩
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https://hal.science/hal-01258212/file/ismej2015192a.pdf BibTex
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Fusibacter fontis sp. nov., a sulfur-reducing, anaerobic bacterium isolated from a mesothermic Tunisian spring
auteur
Khaled Fadhlaoui, Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Guy Fauque, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2015, 65 (Pt_10), pp.3501-3506. ⟨10.1099/ijsem.0.000445⟩
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https://uca.hal.science/hal-04283782/file/Fusibacter%20fontis%203501_ijsem000445.pdf BibTex
titre
Biogeographical distribution of Rimicaris exoculata resident gut epibiont communities along the Mid-Atlantic Ridge hydrothermal vent sites
auteur
Lucile Durand, Marie Roumagnac, Valérie Cueff-Gauchard, Cyrielle Jan, Mathieu Guri, Claire Tessier, Marine Haond, Philippe Crassous, Magali Zbinden, Sophie Arnaud-Haond, Marie-Anne Cambon-Bonavita
article
FEMS Microbiology Ecology, 2015, 91 (10), ⟨10.1093/femsec/fiv101⟩
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Oil spill effects on macrofaunal communities and bioturbation of pristine marine sediments (Caleta Valdés, Patagonia, Argentina): experimental evidence of low resistance capacities of benthic systems without history of pollution
auteur
Agustina Ferrando, Emilia Gonzalez, Marcos Franco, Marta Commendatore, Marina Nievas, Cécile Militon, Georges Stora, Franck Gilbert, José Luis Esteves, Philippe Cuny
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, vol. 22 (n° 20), pp. 15294-15306. ⟨10.1007/s11356-015-4167-6⟩
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https://hal.science/hal-01223400/file/ferrando_14424.pdf BibTex
titre
In-depth study of Mollivirus sibericum , a new 30,000-y-old giant virus infecting Acanthamoeba
auteur
Matthieu Legendre, Audrey Lartigue, Lionel Bertaux, Sandra Jeudy, Julia Bartoli, Magali Lescot, Jean-Marie Alempic, Claire Ramus, Christophe Bruley, Karine Labadie, Lyubov Shmakova, Elizaveta Rivkina, Yohann Coute, Chantal Abergel, Jean-Michel Claverie
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2015, 112, pp.E5327 - E5335. ⟨10.1073/pnas.1510795112⟩
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titre
Microbial ecology of hydrocarbon-polluted coastal sediments.
auteur
Robert Duran, Philippe Cuny, Patricia Bonin, Cristiana Cravo-Laureau
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, 22 (20), pp.15195 - 15199. ⟨10.1007/s11356-015-5373-y⟩
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https://hal.science/hal-01208482/file/s11356-015-5373-y.pdf BibTex
titre
A Metagenomic Investigation of the Duodenal Microbiota Reveals Links with Obesity
auteur
Emmanouil Angelakis, F. Armougom, Frédéric Carrière, Dipankar Bachar, René Laugier, Jean-Christophe J.-C. Lagier, Catherine Robert, Caroline Michelle, Bernard Henrissat, Didier Raoult
article
PLoS ONE, 2015, 10 (e0137784), ⟨10.1371/journal.pone.0137784⟩
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https://amu.hal.science/hal-01237967/file/fetchObject.pdf BibTex
titre
Crassaminicella profunda gen. nov., sp. nov., an anaerobic marine bacterium isolated from deep-sea sediments
auteur
Marie-Laure Fardeau, Raja Lakhal, Bernard Ollivier, Anne Godfroy, Anne R Postec, Jean-Luc Cayol, Grégoire Galès, Nathalie Pradel
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2015, 65 (9), pp.3097-3102. ⟨10.1099/ijsem.0.000386⟩
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titre
Molecular and biochemical characterization of mannitol-1-phosphate dehydrogenase from the model brown alga Ectocarpus sp.
auteur
Patricia Bonin, Agnès Groisillier, Alice Raimbault, Anaïs Guibert, Catherine Boyen, Thierry Tonon
article
Phytochemistry, 2015, 117, pp.509-520. ⟨10.1016/j.phytochem.2015.07.015⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01200617/file/Bonin_2015_Molecular_and.pdf BibTex
titre
Dynamic of bacterial communities attached to lightened phytodetritus
auteur
Morgan Petit, Patricia Bonin, Remi Amiraux, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Joshua Armitano, Cécile Jourlin-Castelli, Frederic Vaultier, Vincent Méjean, Jean-Francois Rontani
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, 22 (18), pp.13681-92. ⟨10.1007/s11356-015-4209-0⟩
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Environmental microbiology as a mosaic of explored ecosystems and issues
auteur
Denis Faure, Patricia Bonin, Robert Duran, Pierre Amato, Florence Arsene-Ploetze, Jean-Christophe Auguet, Bernard Legrand, Philippe N. Bertin, Yvan Bettarel, Aurélie Bigot-Clivot, Nicolas Blot, Manuel Blouin, Myriam Bormans, Marc Bouvy, Odile Bruneel, Aurélie Cébron, Urania Christaki, Ivan Couée, Cristiana Cravo-Laureau, Michael Danger, Julien de Lorgeril, Yves Desdevises, Yves Dessaux, Delphine Destoumieux-Garzon, Élodie Duprat, Gaël Erauso, Feth El Zahar Haichar, Éric Fouilland, Andre-Jean Francez, Nathalie Fromin, Alain Geffard, Jean-François Ghiglione, Arnaud Huguet, Vincent Grossi, Katell Guizien, Ludwig Jardillier, Pascal Jouquet, Fabien Joux, Aurore Kaisermann, Oliver Kaltz, Jean-Christophe Lata, Antoine Lecerf, Corinne Leyval, Patricia Luis, Estelle Masseret, Audrey Niboyet, Philippe Normand, Frédéric Plewniak, Franck Poly, Soizic Prado, Achim Quaiser, Pascal Ratet, Agnès Richaume, Jean-Luc Rolland, Jean-Luc Rols, Jf Rontani, Francesca Rossi, Sophie Sablé, P Sivadon, Philippe Soudant, Christian Tamburini, Aline Tribollet, Claire Valiente Moro, France van Wambeke, Philippe Vandenkoornhuyse, Stéphane Vuilleumier, Philippe Vandenkoornhuyse
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, 22 (18), pp.13577-13598. ⟨10.1007/s11356-015-5164-5⟩
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https://hal.science/hal-01247096/file/Faure-EC2CO-2015-EnvironSciPollutRes-Environmental-MANUSCRIT.pdf BibTex
titre
Environmental microbiology reveals the Earth secret life
auteur
Denis Faure, Patricia Bonin, Robert Duran
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, 22 (18), pp.13573-6. ⟨10.1007/s11356-015-4968-7⟩
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titre
Microbial diversity in a submarine carbonate edifice from the serpentinizing hydrothermal system of the Prony Bay (New Caledonia) over a 6-year period
auteur
Anne Postec, Marianne Quéméneur, Méline Bes, Nan Mei, Fatma Ben Aissa-Fennira, Claude Payri, Bernard Pelletier, Christophe Monnin, Linda Guentas-Dombrowsky, Bernard Ollivier, Emmanuelle Gérard, Céline Pisapia, Martine Gérard, Bénédicte Ménez, Gaël Erauso
article
Frontiers in Microbiology, 2015, 6, pp.857. ⟨10.3389/fmicb.2015.00857⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01221183/file/fmicb-06-00857.pdf BibTex
titre
Draft-genome sequence of Shewanella algae strain C6G3
auteur
Axel Aigle, Valerie Michotey, Patricia Bonin
article
Standards in Genomic Sciences, 2015, 43 (10), pp.10.1186/s40793-015-0022-0. ⟨10.1186/s40793-015-0022-0⟩
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https://hal.science/hal-01194459/file/s40793-015-0022-0.pdf BibTex
titre
Ecological significance of Synergistetes in the biological treatment of tuna cooking wastewater by an anaerobic sequencing batch reactor.
auteur
Cécile Militon, Olfa Hamdi, Valerie Michotey, Marie-Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Hassib Bouallagui, Moktar Hamdi, Patricia Bonin
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, pp.2015 Jul 22. ⟨10.1007/s11356-015-4973-x⟩
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titre
Use of dispersant in mudflat oil-contaminated sediment: behavior and effects of dispersed oil on micro- and macrobenthos.
auteur
Philippe Cuny, Franck Gilbert, Cécile Militon, Georges Stora, Patricia Bonin, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Karine Duboscq, Christine Cagnon, Ronan Jézéquel, Cristiana Cravo-Laureau, Robert Duran
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, 22 (20), pp.15370-15376. ⟨10.1007/s11356-015-4800-4⟩
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Environmental characteristics of Agulhas rings affect interocean plankton transport
auteur
Emilie Villar, Gregory Farrant, Michael Follows, Laurence Garczarek, Sabrina Speich, Stéphane Audic, Lucie Bittner, Bruno Blanke, Jennifer R. Brum, Christophe Brunet, Raffaella Casotti, Alison Chase, John R. Dolan, F. d'Ortenzio, Jean-Pierre Gattuso, N. Grima, Lionel Guidi, Christopher N. Hill, Olivier Jahn, Jean-Louis Jamet, Hervé Le Goff, Cyrille Lepoivre, Shruti Malviya, Éric Pelletier, Jean-Baptiste Romagnan, S. Roux, Sébastien Santini, Eleonora Scalco, Sarah M. Schwenck, Pierre Testor, Atsuko Tanaka, Thomas Vannier, Flora Vincent, Adriana Zingone, Céline Dimier, Marc Picheral, Sarah Searson, Stefanie Kandels-Lewis, Silvia Acinas, Peer Bork, Emmanuel Boss, Colomban de Vargas, Gabriel Gorsky, Hiroyuki Ogata, Stephan Pesant, Matthew Sullivan, Shinichi Sunagawa, Patrick Wincker, Eric Karsenti, Chris Bowler, Fabrice Not, P. Hingamp, Daniele Iudicone
article
Science, 2015, 348 (6237), pp.1261447 - 1261447. ⟨10.1126/science.1261447⟩
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Patterns and ecological drivers of ocean viral communities
auteur
Jennifer Brum, J Cesar Ignacio-Espinoza, Simon Roux, Guilhem Doulcier, Silvia G. Acinas, Adriana A. Alberti, Samuel Chaffron, Corinne Cruaud, Colomban de Vargas, Josep Gasol, Gabriel Gorsky, Ann Gregory, Lionel Guidi, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Stéphane Pesant, Bonnie Poulos, Sarah Schwenck, Sabrina Speich, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Sarah Searson, Peer Bork, Chris Bowler, Shinichi Sunagawa, Patrick Wincker, Eric Karsenti, Matthew Sullivan, C. Ignacio-Espinoza, M. Gasol, C. Gregory, M. Schwenck
article
Science, 2015, 348 (6237), pp.1261498. ⟨10.1126/science.1261498⟩
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https://amu.hal.science/hal-01768331/file/Brum_et_al_2015_preprint.pdf BibTex
titre
Acetoanaerobium pronyense sp. nov., an anaerobic alkaliphilic bacterium isolated from the Prony alkaline Hydrothermal Field in New Caledonia.
auteur
Meline Bes, Mériem Merrouch, Manon Bartoli, Marianne Quemeneur, Claude Payri, Bernard Pelletier, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau, Gaël Erauso, Anne Postec
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2015, pp.10.1099/ijs.0.000307. ⟨10.1099/ijs.0.000307⟩
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titre
Draft genome sequence of Mesotoga strain PhosAC3, a mesophilic member of the bacterial order Thermotogales, isolated from a digestor treating phosphogypsum in Tunisia
auteur
Wajdi Ben Hania, Khaled Fadhlaoui, Céline Brochier-Armanet, Cecile Persillon, Anne Postec, Moktar Hamdi, Alain Dolla, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau, Jean Le Mer, Gaël Erauso
article
Standards in Genomic Sciences, 2015, 10, ⟨10.1186/1944-3277-10-12⟩
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https://hal.science/hal-01452069/file/1944-3277-10-12.pdf BibTex
titre
Structure and function of the global ocean microbiome
auteur
Shinichi Sunagawa, Luis Pedro Coelho, Samuel Chaffron, Jens Roat Kultima, Karine Labadie, Guillem Salazar, Bardya Djahanschiri, Georg Zeller, Daniel R. Mende, Adriana A. Alberti, Francisco M. Cornejo-Castillo, Paul I. Costea, Corinne Cruaud, Francesco d'Ovidio, Stefan Engelen, Isabel Ferrera, Josep M. Gasol, Lionel Guidi, Falk Hildebrand, Florian Kokoszka, Cyrille Lepoivre, Gipsi Lima-Mendez, Julie Poulain, Bonnie T. Poulos, Marta Royo-Llonch, Hugo Sarmento, Sara Vieira-Silva, Céline Dimier, Marc Picheral, Sarah Searson, Stefanie Kandels-Lewis, (team) Tara Oceans Coordinators, Chris Bowler, Colomban de Vargas, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Stéphane Pesant, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Matthew B. Sullivan, Jean Weissenbach, Patrick Wincker, Eric Karsenti, Jeroen Raes, Silvia G. Acinas, Peer Bork
article
Science, 2015, 348 (6237), pp.1261359. ⟨10.1126/science.1261359⟩
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https://hal.science/hal-01233742/file/Sunagawa_et_al_2015_preprint.pdf BibTex
titre
Biogeochemical insights into microbe–mineral–fluid interactions in hydrothermal chimneys using enrichment culture
auteur
Nolwenn Callac, Olivier J. Rouxel, Françoise Lesongeur, Céline C. Liorzou, Claire Bollinger, Patricia Pignet, Sandrine Chéron, Yves Fouquet, Céline Rommevaux-Jestin, Anne Godfroy
article
Extremophiles, 2015, 19 (3), pp.597-617. ⟨10.1007/s00792-015-0742-5⟩
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titre
Thermodesulfobacterium
auteur
Claude Hatchikian, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01267⟩
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titre
Aminobacterium
auteur
Sandra Baena, Jean-Louis Garcia, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01253⟩
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BibTex
titre
Mahella
auteur
M Bonillas-Salinas, Bernard Ollivier, Bkc Patel, Jean-Luc Cayol
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00758⟩
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BibTex
titre
Aminomonas
auteur
Sandra Baena, Jean-Louis Garcia, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01251⟩
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BibTex
titre
Halothermothrix
auteur
Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier, Jean-Louis Garcia
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00735⟩
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BibTex
titre
Caldanaerobacter
auteur
Marie-Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Jean-Luc Cayol
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00745⟩
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titre
Thermohalobacter
auteur
Jean-Luc Cayol, Jean-Louis Garcia, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00624⟩
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titre
Effect of physical sediments reworking on hydrocarbon degradation and bacterial community structure in marine coastal sediments.
auteur
Robert Duran, Patricia Bonin, Ronan Jezequel, Karine Dubosc, Claire Gassie, Fanny Terrisse, Justine Abella, Christine Cagnon, Cécile Militon, Valerie Michotey, Franck Gilbert, Philippe Cuny, Cristiana Cravo-Laureau
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, 22 (20), pp.15248-15259. ⟨10.1007/s11356-015-4373-2⟩
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titre
Growth of the Obligate Anaerobe Desulfovibrio vulgaris Hildenborough under Continuous Low Oxygen Concentration Sparging: Impact of the Membrane-Bound Oxygen Reductases
auteur
Fanny Ramel, Gael Brasseur, Laetitia Pieulle, Odile Valette, Agnès Hirschler-Réa, Marie Laure Fardeau, Alain Dolla
article
PLoS ONE, 2015, 10, pp.e0123455. ⟨10.1371/journal.pone.0123455⟩
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https://amu.hal.science/hal-01216176/file/fetchObject.pdf BibTex
titre
Characterization of Desulfovibrio biadhensis sp. nov., isolated from a thermal spring
auteur
Khaled Fadhlaoui, Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Guy Fauque, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2015, 65 (Pt_4), pp.1256-1261. ⟨10.1099/ijs.0.000088⟩
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https://uca.hal.science/hal-04283774/file/1256_ijs000088.pdf BibTex
titre
Diversity of magnetotactic bacteria from a French pristine Mediterranean area.
auteur
Maxime Fuduche, Anne Postec, Sylvain Davidson, Jean-Paul Chauvin, Grégoire Galès, Agnès Hirschler-Réa, Bernard Ollivier, Long-Fei Wu, Nathalie Pradel
article
Current Microbiology, 2015, 70 (4), pp.499-505. ⟨10.1007/s00284-014-0745-y⟩
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titre
Anaerobic nitrification-denitrification mediated by Mn-oxides in meso-tidal sediments: Implications for N-2 and N2O production
auteur
Sheryl Fernandes, Cedric Javanaud, Axel Aigle, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Jonathan Deborde, Bruno Deflandre, Pierre Anschutz, Patricia Bonin
article
Journal of Marine Systems, 2015, 144, pp.1-8. ⟨10.1016/j.jmarsys.2014.11.011⟩
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titre
[NiFe]-hydrogenases revisited: nickel-carboxamido bond formation in a variant with accrued O2-tolerance and a tentative re-interpretation of Ni-SI states.
auteur
Anne Volbeda, Lydie Martin, Pierre-Pol Liebgott, Antonio L de Lacey, Juan-Carlos Fontecilla-Camps
article
Metallomics, 2015, 7 (4), pp.710-8
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titre
Genetic diversity along the life cycle of the cyanobacterium M icrocystis : highlight on the complexity of benthic and planktonic interactions
auteur
Marion Sabart, Benjamin Misson, Marlène M. Jobard, Gisèle Bronner, Florence Donnadieu-Bernard, Emilie Duffaud, Marie-José Salençon, Christian Amblard, Delphine Latour
article
Environmental Microbiology, 2015, 17 (3), pp.901 - 911. ⟨10.1111/1462-2920.12555⟩
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titre
Aminobacterium thunnarium sp. nov., a mesophilic, amino acid-degrading bacterium isolated from an anaerobic sludge digester, pertaining to the phylum Synergistetes.
auteur
Olfa Hamdi, Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Hassib Bouallagui, Moktar Hamdi, Patricia Bonin, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2015, 65 (Pt 2), pp.609-14. ⟨10.1099/ijs.0.068965-0⟩
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titre
Endolithic microbial communities in carbonate precipitates from serpentinite-hosted hyperalkaline springs of the Voltri Massif (Ligurian Alps, Northern Italy).
auteur
Marianne Quemeneur, Alexandra Palvadeau, Anne Postec, Christophe Monnin, Valérie Chavagnac, Bernard Ollivier, Gaël Erauso
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, pp.10.1007/s11356-015-4113-7. ⟨10.1007/s11356-015-4113-7⟩
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BibTex
titre
Substrates specialization in lipid compounds and hydrocarbons of Marinobacter genus.
auteur
Patricia Bonin, Christophe Vieira, Régis Grimaud, Cécile Militon, Philippe Cuny, Oscar Lima, Sophie Guasco, Corina P D Brussaard, Valerie Michotey
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, 22 (20), pp.15347-15359. ⟨10.1007/s11356-014-4009-y⟩
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https://hal.science/hal-01201711/file/Fichier%20Hal_Bonin%26al2015ESPR-D-14-03278-revised.pdf BibTex
titre
Characterization of Alkaliphilus hydrothermalis sp. nov., a novel alkaliphilic anaerobic bacterium, isolated from a carbonaceous chimney of the Prony hydrothermal field, New Caledonia,
auteur
F. Ben Aissa, Anne Postec, Gaël Erauso, C. Payri, B. Pelletier, M. Hamdi, M-Laure Fardeau, B. Ollivier
article
Extremophiles, 2015, 19 (1), pp.183-188. ⟨10.1007/s00792-014-0697-y⟩
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titre
Crystallographic studies of [NiFe]-hydrogenase mutants: towards consensus structures for the elusive unready oxidized states.
auteur
Anne Volbeda, Lydie Martin, Elodie Barbier, Oscar Gutiérrez-Sanz, Antonio L de Lacey, Pierre-Pol Liebgott, Sébastien Dementin, Marc Rousset, Juan-Carlos Fontecilla-Camps
article
Journal of Biological Inorganic Chemistry, 2015, 20 (1), pp.11-22. ⟨10.1007/s00775-014-1203-9⟩
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titre
In vitro adhesion properties of shiga toxin-producing Escherichia coli isolated from cattle, food, and humans
auteur
Nathalie Pradel, Lucie Etienne Mesmin, Jonathan Thevenot, Charlotte Cordonnier, Stephanie Blanquet Diot, Valérie Livrelli
article
Frontiers in Microbiology, 2015, 6, ⟨10.3389/fmicb.2015.00156⟩
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https://hal.inrae.fr/hal-02636431/file/2015_Pradel_Frontiers%20in%20Microbiology_1.pdf BibTex
titre
Thermodesulfobacteria class. nov.
auteur
Claude Hatchikian, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, ⟨10.1002/9781118960608.cbm00049⟩
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titre
Sporanaerobacter
auteur
Hernandez-Eugenio G, Marie Laure Fardeau, Jean-Louis Garcia, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00720⟩
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titre
Open science resources for the discovery and analysis of Tara Oceans data
auteur
Stéphane Pesant, Fabrice Not, Marc Picheral, Stefanie Kandels-Lewis, Noan Le Bescot, Gabriel Gorsky, Daniele Iudicone, Eric Karsenti, Sabrina Speich, Romain Troublé, Céline Dimier, Sarah Searson, Silvia G. Acinas, Peer Bork, Emmanuel Boss, Chris Bowler, Colomban de Vargas, Michael Follows, Nigel Grimsley, Pascal Hingamp, Olivier Jaillon, Lee Karp-Boss, Uros Krzic, Hiroyuki Ogata, Jeroen Raes, Emmanuel G. Reynaud, Christian Sardet, Mike Sieracki, Lars Stemmann, Matthew B. Sullivan, Shinichi Sunagawa, Didier Velayoudon, Jean Weissenbach, Patrick Wincker
article
Scientific Data , 2015, 2, pp.150023. ⟨10.1038/sdata.2015.23⟩
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https://hal.science/hal-01253984/file/sdata201523.pdf BibTex
titre
Eukaryotic plankton diversity in the sunlit ocean
auteur
Noan Le Bescot, Ian Probert, Margaux Carmichael, Julie Poulain, Sarah Romac, Sebastien Colin, Jean-Marc Aury, Lucie Bittner, Samuel Chaffron, Micah Dunthorn, Stefan Engelen, Olga Flegontova, Lionel Guidi, Ales Horák, Olivier Jaillon, Gipsi Lima-Mendez, Julius Lukes, Shruti Malviya, Raphaël Morard, Matthieu Mulot, Eleonora Scalco, Raffaele Siano, Flora Vincent, Adriana Zingone, Celine Dimier, Marc Picheral, Sarah Searson, Stefanie Kandels-Lewis, Silvia G. Acinas, Peer Bork, Chris Bowler, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Stephane Pesant, Jeroen Raes, Michael E. Sieracki, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Shinichi Sunagawa, Jean Weissenbach, Patrick Wincker, Eric Karsenti, Tara Oceans Coordinators, Stéphane Audic, Nicolas Henry, Johan Decelle, Frédéric Mahé, Ramiro Logares, Enrique Lara, Cédric Berney
article
Science, 2015, 348 (6237), pp.1261605. ⟨10.1126/science.1261605⟩
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https://hal.science/hal-01253979/file/37217.pdf BibTex
titre
Structural Iron (II) of Basaltic Glass as an Energy Source for Zetaproteobacteria in an Abyssal Plain Environment, Off the Mid Atlantic Ridge
auteur
Pauline A Henri, Céline A Rommevaux-Jestin, Françoise A Lesongeur, Adam A Mumford, David A Emerson, Anne A Godfroy, Bénédicte Ménez
article
Frontiers in Microbiology, 2015, 6, pp.1518. ⟨10.3389/fmicb.2015.01518⟩
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https://insu.hal.science/insu-01472806/file/fmicb-06-01518-henri.pdf BibTex
titre
Complete genome sequence of a new member of the Marseilleviridae recovered from the Brackish submarine spring in the Cassis Port-Miou Calanque, France
auteur
Gabriel Doutre, Bruno Arfib, Pierre Rochette, Jean-Michel Claverie, Patricia Bonin, Chantal Abergel
article
Genome Announcements, 2015, 3 (6), pp.e01148--15. ⟨10.1128/genomeA.01148-15⟩
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https://hal.science/hal-01457497/file/DoutreArfibetal_GenomePortMiouVirus_Nov2015.pdf BibTex
titre
The primary pathway for lactate oxidation in Desulfovibrio vulgaris
auteur
Nicolas Vita, Odile Valette, Gael Brasseur, Sabrina Lignon, Yann Denis, Mireille Ansaldi, Alain Dolla, Laetitia Pieulle
article
Frontiers in Microbiology, 2015, 6, pp.606. ⟨10.3389/fmicb.2015.00606⟩
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https://hal.science/hal-01452061/file/fmicb-06-00606.pdf BibTex
titre
Application of a nisin Z-producing Lactococcus lactis subsp. lactis KT2W2L isolated from brackish water for biopreservation in cooked, peeled and ionized tropical shrimps during storage at 8 °C under modified atmosphere packaging
auteur
Noraphat Hwanhlem, Emmanuel Jaffres, Xavier X. Dousset, Guillaume Pillot, Yvan Choiset, Thomas Haertlé, Aran H-Hittikun, Jean-Marc Chobert
article
European Food Research and Technology, 2015, 240 (6), pp.1259-1269. ⟨10.1007/s00217-015-2428-8⟩
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titre
Sporobacter
auteur
Isabelle Grech-Mora, Marie Laure Fardeau, Jean-Louis Garcia, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00679⟩
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titre
Garciella
auteur
Miranda-Tello E., Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Didier Alazard
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00630⟩
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titre
Bacteriocin-producing Enterococcus faecalis KT2W2G isolated from mangrove forests in southern Thailand: Purification, characterization and safety evaluation
auteur
Aran H-Hittikun, Vanessa Biscola, S. El-Ghaish, Emmanuel Jaffres, Xavier X. Dousset, Guillaume Pillot, Thomas Haertlé, Jean-Marc Chobert, Noraphat Hwanhlem
article
Food Control, 2015, 54, pp.126-134. ⟨10.1016/j.foodcont.2014.12.037⟩
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titre
Life-cycle modification in open oceans accounts for genome variability in a cosmopolitan phytoplankton
auteur
Peter von Dassow, Uwe John, Hiroyuki Ogata, Ian Probert, El Mahdi Bendif, Jessica U Kegel, Stéphane Audic, Patrick Wincker, Corinne da Silva, Jean-Michel Claverie, Scott Doney, David M Glover, Daniella Mella-Flores, Yeritza Herrera, Magali Lescot, Marie-José Garet-Delmas, Colomban de Vargas
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2015, 9 (6), pp.1365-1377. ⟨10.1038/ismej.2014.221⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01245155/file/ismej2014221a.pdf BibTex
titre
Thermodesulfobacteriaceae fam. nov.
auteur
Claude Hatchikian, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, ⟨10.1002/9781118960608.fbm00251⟩
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titre
Thermodesulfobacteriales ord. nov.
auteur
Claude Hatchikian, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, ⟨10.1002/9781118960608.obm00113⟩
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titre
Fusibacter
auteur
Gilles Ravot, Michel Magot, Jean-Louis Garcia, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00723⟩
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titre
Functional response of an adapted subtidal macrobenthic community to an oil spill: macrobenthic structure and bioturbation activity over time throughout an 18-month field experiment
auteur
Franck Gilbert, Georges Stora, Philippe Cuny
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, 22 (20), pp.15285-15293. ⟨10.1007/s11356-014-3906-4⟩
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https://hal.science/hal-03518977/file/14419_Gilbert.pdf BibTex
titre
Dynamics of bacterial assemblages and removal of polycyclic aromatic hydrocarbons in oil-contaminated coastal marine sediments subjected to contrasted oxygen regimes
auteur
Cécile Militon, Ronan Jezequel, Franck Gilbert, Yannick Corsellis, Léa Sylvi, Cristiana Cravo-Laureau, Robert Duran, Philippe Cuny
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, 22 (20), pp.15260-15272. ⟨10.1007/s11356-015-4510-y⟩
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https://hal.science/hal-01233392/file/militon_14472.pdf BibTex

Book sections

titre
Contributions of Descriptive and Functional Genomics to Microbial Ecology
auteur
Philippe Bertin, Valerie Michotey, Philippe Normand
article
Jean-Claude Bertrand; Pierre Caumette; Philippe Lebaron; Robert Matheron; Philippe Normand; Télesphore Sime-Ngando. Environmental Microbiology: Fundamentals and Applications, Springer Netherlands, pp.831-846, 2015, ⟨10.1007/978-94-017-9118-2_18⟩
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titre
Biogeochemical Cycles
auteur
Jean-Claude Bertrand, Patricia Bonin, Pierre Caumette, Jean-Pierre Gattuso, Gérald Grégori, Remy Guyoneaud, Xavier Le Roux, Robert Matheron, Franck Poly
article
Jean-Claude Bertrand; Pierre Caumette; Philippe Lebaron; Robert Matheron; Philippe Normand; Télesphore Sime-Ngando. Environmental Microbiology: Fundamentals and Applications, Springer Netherlands, pp.511-617, 2015, 978-94-017-9118-2. ⟨10.1007/978-94-017-9118-2_14⟩
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titre
Antares Neutrino telescope and Deap Sea Observatory,
auteur
V. Bertin, J. Brunner, J. Carr, P. Coyle, C. Curtil, J. Destelle, A. Deschamps, S. Escoffier, K. Graf, C. Gojak, J. Hössl, R. Lahmann, Dominique Lefèvre, C. Lévèque, Christian Tamburini, P. Schuller, H. van Haren
article
Seafloor Observatories - A New Vision of the Earth from the Abyss, 12, Springer Berlin Heidelberg, pp.369-414, 2015
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titre
Mudflat Benthic Spill Simulations
auteur
Cristiana Cravo-Laureau, Ronan Jézéquel, Franck Gilbert, Philippe Cuny, Robert Duran
article
McGenity, Terry J., Timmis, Kenneth N., Fernandez, Balbina Nogales. Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols. Meso- and Microcosms, Springer Protocols Handbooks, pp.79-89, 2015, 978-3-662-45179-3. ⟨10.1007/8623_2015_52⟩
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2014

Journal articles

titre
Fermentative hydrogen production by a new alkaliphilic Clostridium sp (strain PROH2) isolated from a shallow submarine hydrothermal chimney in Prony Bay, New Caledonia
auteur
Nan Mei, Nesrine Zergane, Anne Postec, Gaël Erauso, Angelique Oilier, Claude Payri, Bernard Pelletier, Marie-Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Marianne Quemeneur
article
International Journal of Hydrogen Energy, 2014, 39 (34), pp.19465-19473. ⟨10.1016/j.ijhydene.2014.09.111⟩
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titre
Soil surface colonization by phototrophic indigenous organisms, in two contrasted soils treated by formulated maize herbicide mixtures
auteur
Pierre Joly, Benjamin Misson, Fanny Perrière, Frédérique Bonnemoy, Muriel Joly, Florence Donnadieu-Bernard, Jean-Pierre Aguer, Jacques Bohatier, Clarisse Mallet
article
Ecotoxicology, 2014, 23 (9), pp.1648 - 1658. ⟨10.1007/s10646-014-1304-9⟩
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titre
QDD version 3.1: a user-friendly computer program for microsatellite selection and primer design revisited: experimental validation of variables determining genotyping success rate
auteur
Emese Meglécz, Nicolas Pech, André Gilles, Vincent Dubut, Pascal Hingamp, Aurélie Trilles, Rémi Grenier, Jean-François Martin
article
Molecular Ecology Resources, 2014, 14 (6), pp.1302-1313. ⟨10.1111/1755-0998.12271⟩
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titre
Constraining the neutrino emission of gravitationally lensed Flat-Spectrum Radio Quasars with ANTARES data
auteur
S. Adrián-Martínez, A. Albert, M. Andre, G. Anton, M. Ardid, J. J. Aubert, B. Baret, J. Barrios-Marti, S. Basa, V. Bertin, S. Biagii, C. Bogazzi, R. Bormuth, M. Bou-Cabo, M. C. Bouwhuis, R. Bruijn, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, J. Carr, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, L. Core, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, G. de Rosa, I. Dekeyser, A. Deschamps, G. de Bonis, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, A. Dumas, T. Eberl, D. Elsaesser, A. Enzenhoefer, S. Escoffier, K. Fehn, I. Fells, P. Fermani, F. Folger, L. A. Fusco, S. Galata, P. Gay, S. Geisselsoeder, K. Geyer, V. Giordano, A. Gleixner, J. P. Gomez-Gonzalez, K. Graf, G. Guillard, H. Van Haren, A. J. Heijboer, Y. Hello, J. J. Hernandez-Rey, B. Herold, A. Herrero, J. Hoessl, J. Hofestaedt, C. Hugon, C. W. James, M. De Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, D. Kiessling, P. Kooijman, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, E. Lambard, G. Lambard, Dominique Lefèvre, E. Leonora, H. Loehner, S. Loucatos, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martinez-Mora, S. Martini, A. Mathieu, T. Michael, P. Migliozzi, C. Mueller, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G. E. Pavalas, C. Perrina, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, G. Riccobene, R. Richter, K. Roensch, A. Rostovtsev, M. Saldana, D. F. E. Samtleben, A. Sanchez-Losa, M. Sanguineti, J. Schmid, J. Schnabel, S. Schulte, F. Schuessler, T. Seitz, C. Sieger, A. Spies, M. Spurioi, J. J. M. Steijger, Th. Stolarczyk, M. Taiuti, Christian Tamburini, Y. Tayalati, A. Trovato, M. Tselengidou, C. Toennis, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, E. Visser, D. Vivolo, S. Wagner, J. Wilms, E. Wolf, K. Yatkin, H. Yepes, J. D. Zornoza, J. Zúñiga, E. E. Falco, Antares Collaboration
article
JOURNAL OF COSMOLOGY AND ASTROPARTICLE PHYSICS, 2014, 11, ⟨10.1088/1475-7516/2014/11/017⟩
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https://arxiv.org/pdf/1407.8525 BibTex
titre
Do furanic and phenolic compounds of lignocellulosic and algae biomass hydrolyzate inhibit anaerobic mixed cultures? A comprehensive review
auteur
F. Monlau, C. Sambusiti, Abdellatif Barakat, Marianne Quemeneur, Eric Trably, Jean-Philippe Steyer, Hélène Carrère
article
Biotechnology Advances, 2014, 32 (5), pp.934 - 951. ⟨10.1016/j.biotechadv.2014.04.007⟩
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https://amu.hal.science/hal-01809612/file/OA_2014.MONLAU_96_review_inhibitors.pdf BibTex
titre
Metagenomic 16S rDNA Illumina tags are a powerful alternative to amplicon sequencing to explore diversity and structure of microbial communities
auteur
Ramiro Logares, Shinichi Sunagawa, Guillem Salazar, Francisco M. Cornejo-Castillo, Isabel Ferrera, Hugo Sarmento, Pascal Hingamp, Hiroyuki Ogata, Colomban de Vargas, Gipsi Lima-Mendez, Jeroen Raes, Julie Poulain, Olivier Jaillon, Patrick Wincker, Stefanie Kandels-Lewis, Eric Karsenti, Peer Bork, Silvia G. Acinas
article
Environmental Microbiology, 2014, 16 (9, SI), pp.2659-2671. ⟨10.1111/1462-2920.12250⟩
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https://hal.science/hal-01258219/file/Logares2014.pdf BibTex
titre
Relation between deep bioluminescence and oceanographic variables: A statistical analysis using time–frequency decompositions
auteur
S. Martini, David Nerini, Christian Tamburini
article
Progress in Oceanography, 2014, 127, pp.117-128. ⟨10.1016/j.pocean.2014.07.003⟩
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https://hal.science/hal-01076992/file/Martini_etal_2014_draft.pdf BibTex
titre
Identification of Bacterial Strains Isolated from the Mediterranean Sea Exhibiting Different Abilities of Biofilm Formation
auteur
Florence Brian-Jaisson, Annick Ortalo-Magné, Linda Guentas-Dombrowsky, Fabrice Armougom, Yves Blache, Maëlle Molmeret
article
Microbial ecology, 2014, 68 (1), pp.94--110. ⟨10.1007/s00248-013-0342-9⟩
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titre
Anaerobic oxidation of long-chain n-alkanes by the hyperthermophilic sulfate-reducing archaeon, Archaeoglobus fulgidus.
auteur
Nadia Khelifi, Oulfat Amin Ali, Philippe Roche, Vincent Grossi, Céline Brochier-Armanet, Odile Valette, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Agnès Hirschler-Réa
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2014, pp.18. ⟨10.1038/ismej.2014.58⟩
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titre
Vallitalea pronyensis sp. nov., isolated from a marine alkaline hydrothermal chimney
auteur
F. Ben Aissa, Anne Postec, Gaël Erauso, C. Payri, B. Pelletier, M. Hamdi, B. Ollivier, M.-L. Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2014, 64 (Pt 4), pp.1160 - 1165. ⟨10.1099/ijs.0.055756-0⟩
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titre
Comparative genomic analysis provides insights into the evolution and niche adaptation of marine Magnetospira sp. QH-2 strain
auteur
Boyang Ji, Sheng-Da Zhang, Pascal Arnoux, Zoe Rouy, François Alberto, Nadège Philippe, Dorothée Murat, Wei-Jia Zhang, Jean-Baptiste Rioux, Nicolas Ginet, Monique Sabaty, Sophie Mangenot, Nathalie Pradel, Jiesheng Tian, Jing Yang, Lichen Zhang, Wenyan Zhang, Hongmiao Pan, Bernard Henrissat, Pedro M Coutinho, Ying Li, Tian Xiao, Claudine Médigue, Valérie Barbe, David Pignol, Emmanuel Talla, Long-Fei Wu
article
Environmental Microbiology, 2014, 16 (2), pp.525-544. ⟨10.1111/1462-2920.12180⟩
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titre
Mannitol metabolism in brown algae involves a new phosphatase family.
auteur
Agnès Groisillier, Zhanru Shao, Gurvan Michel, Sophie Goulitquer, Patricia Bonin, Stefan Krahulec, Bernd Nidetzky, Delin Duan, Catherine Boyen, Thierry Tonon
article
Journal of Experimental Botany, 2014, 65 (2), pp.559-70. ⟨10.1093/jxb/ert405⟩
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titre
Desulfatiferula berrensis sp. nov., a n-alkene-degrading sulfate-reducing bacterium isolated from estuarine sediments.
auteur
Florence Hakil, Oulfat Amin, Agnès Hirschler-Réa, Damien Mollex, Vincent Grossi, Robert Duran, Robert Matheron, Cristiana Cravo-Laureau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2014, 64 (Pt 2), pp.540-4. ⟨10.1099/ijs.0.057174-0⟩
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titre
Halomonas olivaria sp. nov., a moderately halophilic bacterium isolated from olive-processing effluents
auteur
A. Amouric, Pierre-Pol Liebgott, M. Joseph, Céline Brochier-Armanet, J. Lorquin
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2014, 64 (Pt 1), pp.46 - 54. ⟨10.1099/ijs.0.049007-0⟩
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titre
Transcriptomics Reveal Several Gene Expression Patterns in the Piezophile Desulfovibrio hydrothermalis in Response to Hydrostatic Pressure
auteur
Amira Amrani, Aurélie Bergon, Hélène Holota, Christian Tamburini, Marc Garel, Bernard Ollivier, Jean Imbert, Alain Dolla, Nathalie Pradel
article
PLoS ONE, 2014, 9 (9), pp.e106831. ⟨10.1371/journal.pone.0106831⟩
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https://amu.hal.science/hal-01628348/file/journal.pone.0106831.PDF BibTex
titre
IHF is required for the transcriptional regulation of the Desulfovibrio vulgaris Hildenborough orp operons
auteur
Anouchka Fiévet, E. Cascales, Odile Valette, Alain Dolla, Corinne Aubert
article
PLoS ONE, 2014, 9 (1), pp.e86507. ⟨10.1371/journal.pone.0086507⟩
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https://hal.science/hal-01458204/file/journal.pone.0086507.PDF BibTex
titre
Spatial distribution of microbial communities in the shallow submarine alkaline hydrothermal field of the Prony Bay, New Caledonia
auteur
Marianne Quéméneur, Méline Bes, Anne Postec, Nan Mei, Jérôme Hamelin, Christophe Monnin, Valérie Chavagnac, Claude Payri, Bernard Pelletier, Linda Guentas-Dombrowsky, Martine Gérard, Céline Pisapia, Emmanuelle Gérard, Bénédicte Ménez, Bernard Ollivier, Gaël Erauso
article
Environmental Microbiology Reports, 2014, 6 (2014), pp.665-674. ⟨10.1111/1758-2229.12184⟩
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titre
A search for time dependent neutrino emission from microquasars with the ANTARES telescope
auteur
S. Adrián-Martínez, A. Albert, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, M. Ardid, T. Astraatmadja, J.-J. Aubert, B. Baret, J. Barrios, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, B. Bouhou, M. C. Bouwhuis, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, C. Cârloganu, J. Carr, S. Cecchini, P. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, L. Core, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, G. de Rosa, I. Dekeyser, Anne Deschamps, G. de Bonis, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, A. Dumas, T. Eberl, D. Elsässer, U. Emanuele, A. Enzenhöfer, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, K. Fehn, I. Felis, P. Fermani, F. Folger, L.A. Fusco, S. Galatà, Pascal Gay, S. Geisselsöder, K. Geyer, V. Giordano, A. Gleixner, J. P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, H. van Haren, A. J. Heijboer, Y. Hello, J.J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hössl, J. Hofestädt, C. W. James, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, P. Kooijman, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, E. Lambard, G. Lambard, G. Larosa, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, E. Leonora, H. Loehner, S. Loucatos, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martínez-Mora, S. Martini, A. Mathieu, T. Michael, P. Migliozzi, T. Montaruli, C. Müller, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G. E. Păvălaş, C. Perrina, P. Piattelli, V. Popa, Thierry Pradier, C. Racca, G. Riccobene, R. Richter, C. Rivière, A. Robert, K. Roensch, A. Rostovtsev, M. Salda\na, D. F. E. Samtleben, A. Sánchez-Losa, M. Sanguineti, P. Sapienza, J. Schmid, J. Schnabel, S. Schulte, F. Schüssler, T. Seitz, C. Sieger, A. Spies, M. Spurio, J.J. M. Steijger, T. Stolarczyk, M. Taiuti, Christian Tamburini, Y. Tayalati, A. Trovato, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, P. Vernin, Eelco Visser, D. Vivolo, S. Wagner, J. Wilms, E. de Wolf, K. Yatkin, H. Yepes, J. D. Zornoza, J. Zúñiga
article
Journal of High Energy Astrophysics, 2014, 3-4, pp.9-17. ⟨10.1016/j.jheap.2014.06.002⟩
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https://arxiv.org/pdf/1402.1600 BibTex
titre
Fluid chemistry of the low temperature hyperalkaline hydrothermal system of Prony Bay (New Caledonia)
auteur
C. Monnin, V. Chavagnac, C. Boulart, B. Menez, M. Gerard, E. Gerard, C. Pisapia, Marianne Quemeneur, Gaël Erauso, Anne Postec, L. Guentas-Dombrowski, C. Payri, B. Pelletier
article
Biogeosciences, 2014, 11 (20), pp.5687-5706. ⟨10.5194/bg-11-5687-2014⟩
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https://hal.science/hal-01178210/file/bg-11-5687-2014.pdf BibTex
titre
Polyphasic analysis of a middle ages coprolite microbiota, Belgium
auteur
Sandra Appelt, Fabrice Armougom, Matthieu Le Bailly, Catherine Robert, Michel Drancourt
article
PLoS ONE, 2014, 9 (2), pp.e88376. ⟨10.1371/journal.pone.0088376⟩
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https://hal.science/hal-00958070/file/journal.pone.0088376.PDF BibTex
titre
Reconciliation of the carbon budget in the ocean’s twilight zone
auteur
Sarah L. C. Giering, Richard Sanders, Richard S. Lampitt, Thomas R. Anderson, Christian Tamburini, Mehdi Boutrif, Mikhail V. Zubkov, Chris M. Marsay, Stephanie A. Henson, Kevin Saw, Kathryn Cook, Daniel J. Mayor
article
Nature, 2014, 507 (7493), pp.480-483. ⟨10.1038/nature13123⟩
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BibTex
titre
Bacterial diversity in relatively pristine and anthropogenically-influenced mangrove ecosystems (Goa, India).
auteur
Sheryl Fernandes, David L Kirchman, Valerie Michotey, Patricia Bonin, P A Lokabharathi
article
Brazilian Journal of Microbiology, 2014, 45 (4), pp.1161-71. ⟨10.1590/S1517-83822014000400006⟩
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Conference papers

titre
Influence of the structure and processing of almond on lipid digestibility
auteur
Myriam M.-L. Grundy, Hélène Gaussier, Frédéric Carrière, Peter Butterworth, Peter R Ellis
article
28. EFFoST International conference, Nov 2014, Uppsala, Sweden
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titre
COMMET: comparing and combining multiple metagenomic datasets
auteur
Nicolas Maillet, Guillaume Collet, Thomas Vannier, Dominique Lavenier, Pierre Peterlongo
article
IEEE BIBM 2014, Nov 2014, Belfast, United Kingdom
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https://inria.hal.science/hal-01080050/file/commet_camera_ready.pdf BibTex
titre
Enhanced fermentative hydrogen production from wheat straw by enzyme mixture addition
auteur
Marianne Quemeneur, Marine Bittel, Eric Trably, Claire Dumas, Laurent Fourage, Gilles Ravot, Jean-Philippe Steyer, Hélène Carrère
article
Conférence internationale DERBI 2014, Pôle de compétitivité DERBI. Perpignan, FRA., Jul 2014, Perpignan, France
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titre
Production d’hydrogène dans les systèmes hydrothermaux hyperalcalins des ophiolites (Oman, Ligurie, Nouvelle Calédonie)
auteur
C. Monnin, V. Chavagnac, C. Boulart, G. Ceuleneer, Guilhem Hoareau, B. Ménez, E. Gérard, M. Gérard, M. Quéméneur, Gaël Erauso, Anne Postec, L. Guentas-Dombrowski, C. Payri, B. Pelletier
article
24ème Réunion des Sciences de la Terre : RST 2014, Pau, France, Oct 2014, 2014, Unknown, Unknown Region
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Book sections

titre
Methods for Studying Microorganisms in the Environment
auteur
Fabien Joux, Jean Claude Bertrand, Rutger de Wit, Vincent Grossi, Laurent Intertaglia, Philippe Lebaron, Valerie Michotey, Philippe Normand, Pierre P. Peyret, Patrick Raimbault, Christian Tamburini, Laurent Urios
article
Environmental Microbiology: Fundamentals and Applications, Springer Netherlands, pp.757-829, 2014, 978-94-017-9117-5. ⟨10.1007/978-94-017-9118-2_17⟩
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titre
Petroleum: from formation to microbiology.
auteur
Bernard Ollivier, Jean Borgomano, Philippe Oger
article
Microbial life in the deep biosphere, De Gruyter, pp.161 -185, 2014
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titre
Engineering Hydrogenases for H2 Production: Bolts and Goals
auteur
Marc Rousset, Pierre-Pol Liebgott
article
Advances in Photosynthesis and Respiration, pp.43-77, 2014
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titre
Members of the order Thermotogales: from microbiology to hydrogen production.
auteur
Martina Cappelletti, Davide Zannoni, Anne Postec, Bernard Ollivier
article
Davide Zannoni, Roberto De Philippis. Microbial BioEnergy: Hydrogen Production, Springer, pp.197-224, 2014, Advances in Photosynthesis and Respiration, 978-94-017-8553-2. ⟨10.1007/978-94-017-8554-9_9⟩
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Poster communications

titre
Soil photosynthetic microbial communities as bioindicators for pesticide stress assessment
auteur
Olivier Crouzet, Pierre Joly, Christelle Marrauld, Frédéric Rimet, Benjamin Misson, Annette A. Berard, Clarisse Mallet
article
1. Global Soil Biodiversity Initiative Conference (GSBI), Dec 2014, Dijon, France. 702 p., 2014, The First Global Soil Biodiversity Conference, december 2-5, 2014, Dijon, France : book of abstracts
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https://hal.inrae.fr/hal-02738907/file/2014_Crouzet_1st_GSBI_Conference_Book_of_Abstracts_p_395_1.pdf BibTex
titre
Dynamique de l’holobionte corallien et plasticité transcriptomique : variabilité interspécifique, interpopulationnelle et interindividuelle
auteur
Kelly Brener, Jeremie Vidal-Dupiol, Mehdi Adjeroud, Pascal Romans, Julien Loubet, Rémi Pillot, D. Aurelle, Marine Pratlong, Anne Haguenauer, Pierre Pontaroti, Pascal Mirleau, Marc Bally, Eve Toulza, Guillaume Mitta
article
Journée de doctoriales Aragoyennes, Apr 2014, Banyuls sur Mer, France
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https://hal.science/hal-01134460/file/Brener-poster-doctoriales-Arago2014.pdf BibTex

Reports

titre
Atelier de réflexion prospective MERMED : adaptation aux changements globaux en mer Méditerranée : rapport final
auteur
B. Hubert, M. Broin, F. Boulier, V. Chagué, T. Changeux, D. Lacroix, Christian Chaboud, Philippe Charvis, Philippe Cury, Florence Galletti, François Guilhaumon, François Le Loc'h, Christophe Leboulanger, Bernard Moizo, Bernard Ollivier, Olivier Pringault
article
[Rapport de recherche] Agropolis International. 2014, 156 p
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Theses

titre
Study of mannitol metabolism in the model brown algae Ectocarpus siliculosus : characterization of the key enzyme mannitol-1-phosphate dehydrogenase.
auteur
Patricia Bonin
article
Biochimie, Biologie Moléculaire. Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2014. Français. ⟨NNT : 2014PA066618⟩
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https://theses.hal.science/tel-01147231/file/2014PA066618.pdf BibTex

2013

Journal articles

titre
Biochemical, Transcriptional and Translational Evidences of the Phenol-meta-Degradation Pathway by the Hyperthermophilic Sulfolobus solfataricus 98/2
auteur
Alexia Comte, Pierre Christen, Sylvain Davidson, Matthieu Pophillat, Jean Lorquin, Richard Auria, Gwenola Simon, Laurie Casalot
article
PLoS ONE, 2013, 8 (12), pp.e82397. ⟨10.1371/journal.pone.0082397⟩
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https://hal.science/hal-00999455/file/journal.pone.0082397.pdf BibTex
titre
Membrane-bound oxygen reductases of the anaerobic sulfate-reducing Desulfovibrio vulgaris Hildenborough: roles in oxygen defense and electron link with the periplasmic hydrogen oxidation.
auteur
F. Ramel, A. Amrani, L. Pieulle, O. Lamrabet, G. Voordouw, Nabila Seddiki, Daniel Brèthes, M. Company, A. Dolla, G. Brasseur
article
Microbiology, 2013, epub ahead of print. ⟨10.1099/mic.0.071282-0⟩
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titre
Denitrification activity is closely linked to the total ambient Fe concentration in mangrove sediments of Goa, India
auteur
S Fernandes, M Gonsalves, Valerie Michotey, Patricia Bonin, P Lokabharathi
article
Estuarine, Coastal and Shelf Science, 2013, 131, pp.64-74. ⟨10.1016/j.ecss.2013.08.008⟩
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titre
Exploring nucleo-cytoplasmic large DNA viruses in Tara Oceans microbial metagenomes
auteur
Pascal Hingamp, Nigel Grimsley, Silvia G Acinas, Camille Clerissi, Lucie Subirana, Julie Poulain, Isabel Ferrera, Hugo Sarmento, Emilie Villar, Gipsi Lima-Mendez, Karoline Faust, Shinichi Sunagawa, Jean-Michel Claverie, Hervé Moreau, Yves Desdevises, Peer Bork, Jeroen Raes, Colomban de Vargas, Eric Karsenti, Stefanie Kandels-Lewis, Olivier Jaillon, Fabrice Not, Stéphane Pesant, Patrick Wincker, Hiroyuki Ogata
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2013, 7 (9), pp.1678-1695. ⟨10.1038/ismej.2013.59⟩
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https://hal.science/hal-01258223/file/ismej201359a.pdf BibTex
titre
Search for a correlation between ANTARES neutrinos and Pierre Auger Observatory UHECRs arrival directions
auteur
S. Adrian-Martinez, Imen Al Samarai, A. Albert, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, T. Astraatmadja, J.-J. Aubert, B. Baret, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiarin, M. Bou-Cabo, B. Bouhou, M.C. Bouwhuis, J. Brunner, F. Camarena, A. Capone, C. Cârloganu, G. Carminati, S. Cecchini, Z. Charif, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, L. Core, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, C. Curtil, G.De Bonis, M.P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorostiw, D. Drouhinc, T. Eberlf, A. Enzenhöfer, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, K. Fehn, M. Ferri, S. Ferry, V. Flaminio, F. Folger, U. Fritsch, S. Galatà, Pascal Gay, K. Geyer, G. Giacomelli, V. Giordano, J.P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, H.Van Haren, J. Hartman, A.J. Heijboer, Y. Hello, J.J. Hernandez-Rey, B. Heroldf, J. Hösslf, C.C. Hsu, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, U. Katz, O. Kavatsyuk, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, G. Larosa, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, G. Lim, D. Lo, H. Loehner, S. Loucatos, F. Louis, S. Mangano, A. Margiotta, J.A. Martinez-Mora, A. Melif, T. Montaruli, N. Morganti, L. Moscoso, H. Motzf, M. Neff, E. Nezrij, G.E. Păvălaş, K. Payet, P. Payre, J. Petrovic, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, C. Reed, G. Riccobene, C. Richardt, R. Richter, C. Rivière, A. Robert, A. Rostovtsev, J. Ruiz-Rivas, M. Rujoiu, G.V. Russo, D.F.E. Samtleben, A. Sanchez-Losa, P. Sapienza, F. Schöck, J.-P. Schuller, F. Schüssler, T. Seitz, R. Shanidze, F. Simeone, M. Spurio, J.J.M. Steijger, Th. Stolarczyk, M. Taiuti, S. Toscano, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, M. Vecchi, P. Vernin, Eelco Visser, S. Wagner, G. Wijnker, E. de Wolf, H. Yepesn, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zúñiga, J.-L. Fuda, Christian Tamburini, G. Vanoni
article
The Astrophysical Journal, 2013, 774, pp.19. ⟨10.1088/0004-637X/774/1/19⟩
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https://arxiv.org/pdf/1202.6661 BibTex
titre
Mesotoga infera sp. nov., a mesophilic member of the order Thermotogales, isolated from an underground gas storage aquifer.
auteur
Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Thomas Aüllo, Anthony Ranchou-Peyruse, Gaël Erauso, Céline Brochier-Armanet, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Stéphanie Saint-Laurent, Michel Magot, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2013, 63 (Pt 8), pp.3003-8. ⟨10.1099/ijs.0.047993-0⟩
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titre
Vallitalea guaymasensis gen. nov., sp. nov., isolated from marine sediment.
auteur
Raja Lakhal, Nathalie Pradel, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Anne Godfroy, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2013, 63 (Pt 8), pp.3019-23. ⟨10.1099/ijs.0.045708-0⟩
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titre
Isolation of Thermovenabulum gondwanense from a French hot spring and emended description of the species
auteur
Nathalie Pradel, Manon Bartoli, Alain Bernadac, Gregory Gimenez, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
Antonie van Leeuwenhoek, 2013, 104 (2), pp.271-279. ⟨10.1007/s10482-013-9947-8⟩
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titre
Measurement of the atmospheric $\nu_\mu$ energy spectrum from 100 GeV to 200 TeV with the ANTARES telescope
auteur
S. Adrián-Martínez, A. Albert, Imen Al Samarai, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, T. Astraatmadja, J-J. Aubert, B. Baret, J. Barrios-Martí, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, B. Bouhou, M. C. Bouwhuis, R. Bruijn, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, C. Carloganu, J. Carr, S. Cecchini, Z. Charif, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, F. Classen, L. Core, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, C. Curtil, I. Dekeyser, Anne Deschamps, G. de Bonis, M. P. Decowski, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, A. Dumas, T. Eberl, U. Emanuele, A. Enzenhöfer, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, K. Fehn, P. Fermani, V. Flaminio, F. Folger, U. Fritsch, L. A. Fusco, S. Galatà, Pascal Gay, S. Geisselsöder, K. Geyer, G. Giacomelli, V. Giordano, A. Gleixner, J. P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, H. van Haren, A. J. Heijboer, Y. Hello, J. J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hössl, C. W. James, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, P. Kooijman, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, E. Lambard, G. Lambard, G. Larosa, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, E. Leonora, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Louis, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martínez-Mora, S. Martini, T. Michael, T. Montaruli, M. Morganti, H. Motz, C. Mueller, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G. E. Pavalas, C. Perrina, P. Piattelli, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, R. Richter, C. Rivière, A. Robert, K. Roensch, A. Rostovtsev, D. F. E. Samtleben, M. Sanguineti, P. Sapienza, J. Schmid, J. Schnabel, S. Schulte, F. Schüssler, T. Seitz, R. Shanidze, C. Sieger, F. Simeone, A. Spies, M. Spurio, J. J. M. Steijger, Th. Stolarczyk, A. Sánchez-Losa, M. Taiuti, Christian Tamburini, Y. Tayalati, A. Trovato, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, P. Vernin, Eelco Visser, S. Wagner, J. Wilms, E. de Wolf, K. Yatkin, H. Yepes, J.D. Zornoza, J. Zúñiga
article
European Physical Journal C: Particles and Fields, 2013, 73, pp.2606. ⟨10.1140/epjc/s10052-013-2606-4⟩
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https://arxiv.org/pdf/1308.1599 BibTex
titre
The importance of small colonies in sustaining Microcystis population exposed to mixing conditions: an exploration through colony size, genotypic composition and toxic potential
auteur
Benjamin Misson, Marion Sabart, Aurélie Descroix, Emilie Duffaud, Bruno Combourieu, Marie-José Salençon, Delphine Latour
article
Environmental Microbiology Reports, 2013, pp.n/a - n/a. ⟨10.1111/1758-2229.12077⟩
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titre
Evidence for surfactant production by the haloarchaeon Haloferax sp. MSNC14 in hydrocarbon-containing media
auteur
Ikram Djeridi, Cécile Militon, Vincent Grossi, Philippe Cuny
article
Extremophiles, 2013, 17 (4), pp.669-675. ⟨10.1007/s00792-013-0550-8⟩
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titre
Evidence of the megavirome in humans
auteur
Philippe Colson, Laura Fancello, Gregory Gimenez, Fabrice Armougom, Christelle Desnues, Ghislain Fournous, Niyaz Yoosuf, Matthieu Million, Bernard La Scola, Didier Raoult
article
Journal of Clinical Virology, 2013, 57 (3), pp.191-200
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BibTex
titre
Genome of Phaeocystis globosa virus PgV-16T highlights the common ancestry of the largest known DNA viruses infecting eukaryotes
auteur
S. Santini, J. Bartoli, O. Poirot, Magali Lescot, C. Abergel, Valérie Barbe, K. Wommack, A. Noordeloos, C. Brussaard, J.-M. Claverie
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2013, 110 (26), pp.10800-10805. ⟨10.1073/pnas.1303251110⟩
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BibTex
titre
Effects of Hydrostatic Pressure on Growth and Luminescence of a Moderately-Piezophilic Luminous Bacteria Photobacterium phosphoreum ANT-2200
auteur
Severine Martini, Badr Al Ali, Marc Garel, David Nerini, Vincent Grossi, Muriel Pacton, Laurence Casalot, Philippe Cuny, Christian Tamburini
article
PLoS ONE, 2013, 8 (6), pp.e66580. ⟨10.1371/journal.pone.0066580⟩
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https://hal.science/hal-01988033/file/Martini_etal_2013_PLoSONE.pdf BibTex
titre
A First Search for coincident Gravitational Waves and High Energy Neutrinos using LIGO, Virgo and ANTARES data from 2007
auteur
S. Adrián-Martínez, Imen Al Samarai, A. Albert, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, T. Astraatmadja, J.-J. Aubert, B. Baret, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, M. Bou-Cabo, B. Bouhou, M. C. Bouwhuis, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, C. Cârloganu, J. Carr, S. Cecchini, Z. Charif, Philippe Charvis, M. Circella, R. Coniglione, L. Core, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, C. Curtil, G. de Bonis, M. P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, A. Enzenhöfer, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, K. Fehn, P. Fermani, M. Ferri, S. Ferry, V. Flaminio, F. Folger, U. Fritsch, J.-L. Fuda, S. Galatà, Pascal Gay, K. Geyer, G. Giacomelli, V. Giordano, J. P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, G. Hallewell, M. Hamal, H. van Haren, A. J. Heijboer, Y. Hello, J. J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hössl, C. C. Hsu, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, O. Kavatsyuk, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, G. Lambard, G. Larosa, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Louis, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martínez-Mora, A. Meli, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, H. Motz, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G. E. Păvălaş, K. Payet, J. Petrovic, P. Piattelli, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, C. Reed, G. Riccobene, C. Richardt, R. Richter, C. Rivière, A. Robert, K. Roensch, A. Rostovtsev, J. Ruiz-Rivas, M. Rujoiu, G. V. Russo, D. F. E. Samtleben, A. Sánchez-Losa, P. Sapienza, J. Schmid, J. Schnabel, F. Schöck, J.-P. Schuller, F. Schüssler, T. Seitz, R. Shanidze, F. Simeone, A. Spies, M. Spurio, J. J. M. Steijger, Th. Stolarczyk, M. Taiuti, Christian Tamburini, A. Trovato, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, M. Vecchi, P. Vernin, Eelco Visser, S. Wagner, G. Wijnker, J. Wilms, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zúñiga, J. Aasi, J. Abadie, B. P. Abbott, R. Abbott, T. D. Abbott, M. Abernathy, T. Accadia, F. Acernese, C. Adams, T. Adams, P. Addesso, R. Adhikari, C. Affeldt, M. Agathos, K. Agatsuma, P. Ajith, B. Allen, A. Allocca, E. Amador Ceron, D. Amariutei, S. B. Anderson, W. G. Anderson, K. Arai, M. C. Araya, S. Ast, S. M. Aston, P. Astone, D. Atkinson, P. Aufmuth, C. Aulbert, B. E. Aylott, S. Babak, P. Baker, G. Ballardin, S. Ballmer, Y. Bao, J. C. B. Barayoga, D. Barker, F. Barone, B. Barr, L. Barsotti, M. Barsuglia, M. A. Barton, I. Bartos, R. Bassiri, M. Bastarrika, A. Basti, J. Batch, J. Bauchrowitz, Th. S. Bauer, M. Bebronne, D. Beck, B. Behnke, M. Bejger, M. G. Beker, A. S. Bell, C. Bell, I. Belopolski, M. Benacquista, J. M. Berliner, A. Bertolini, J. Betzwieser, N. Beveridge, P. T. Beyersdorf, T. Bhadbade, I. A. Bilenko, G. Billingsley, J. Birch, R. Biswas, M. Bitossi, M. A. Bizouard, E. Black, J. K. Blackburn, L. Blackburn, D. Blair, B. Bland, M. Blom, O. Bock, T. P. Bodiya, C. Bogan, C. Bond, R. Bondarescu, François Bondu, L. Bonelli, R. Bonnand, R. Bork, M. Born, V. Boschi, S. Bose, L. Bosi, S. Braccini, C. Bradaschia, P. R. Brady, V. B. Braginsky, M. Branchesi, J. E. Brau, J. Breyer, T. Briant, D. O. Bridges, A. Brillet, M. Brinkmann, V. Brisson, M. Britzger, A. F. Brooks, D. A. Brown, T. Bulik, H. J. Bulten, A. Buonanno, J. Burguet--Castell, D. Buskulic, C. Buy, R. L. Byer, L. Cadonati, G. Cagnoli, E. Calloni, J. B. Camp, P. Campsie, K. Cannon, B. Canuel, J. Cao, C. D. Capano, F. Carbognani, L. Carbone, S. Caride, S. Caudill, M. Cavaglià, F. Cavalier, R. Cavalieri, G. Cella, C. Cepeda, E. Cesarini, T. Chalermsongsak, P. Charlton, E. Chassande-Mottin, W. Chen, X. Chen, Y. Chen, A. Chincarini, A. Chiummo, H. S. Cho, J. Chow, N. Christensen, S. S. Y. Chua, C. T. Y. Chung, S. Chung, G. Ciani, F. Clara, D. E. Clark, John A. Clark, J. H. Clayton, F. Cleva, E. Coccia, P.-F. Cohadon, C. N. Colacino, A. Colla, M. Colombini, A. Conte, R. Conte, D. Cook, T. R. Corbitt, M. Cordier, N. Cornish, A. Corsi, C. A. Costa, M. Coughlin, J.-P. Coulon, P. Couvares, D. M. Coward, M. Cowart, D. C. Coyne, J. D. E. Creighton, T. D. Creighton, A. M. Cruise, A. Cumming, L. Cunningham, E. Cuoco, R. M. Cutler, K. Dahl, M. Damjanic, S. L. Danilishin, S. d'Antonio, K. Danzmann, V. Dattilo, B. Daudert, H. Daveloza, M. Davier, E. J. Daw, R. Day, T. Dayanga, R. de Rosa, D. Debra, G. Debreczeni, J. Degallaix, W. del Pozzo, T. Dent, V. Dergachev, R. Derosa, S. Dhurandhar, L. Di Fiore, A. Di Lieto, I. Di Palma, M. Di Paolo Emilio, A. Di Virgilio, M. Díaz, A. Dietz, F. Donovan, K. L. Dooley, S. Doravari, S. Dorsher, M. Drago, R. W. P. Drever, J. C. Driggers, Z. Du, J.-C. Dumas, S. Dwyer, T. Eberle, M. Edgar, M. Edwards, A. Effler, P. Ehrens, G. Endrőczi, R. Engel, T. Etzel, K. Evans, M. Evans, T. Evans, M. Factourovich, V. Fafone, S. Fairhurst, B. F. Farr, M. Favata, D. Fazi, H. Fehrmann, D. Feldbaum, I. Ferrante, F. Ferrini, F. Fidecaro, L. S. Finn, I. Fiori, R. P. Fisher, R. Flaminio, S. Foley, E. Forsi, L. A. Forte, N. Fotopoulos, J.-D. Fournier, J. Franc, S. Franco, S. Frasca, F. Frasconi, M. Frede, M. A. Frei, Z. Frei, A. Freise, R. Frey, T. T. Fricke, D. Friedrich, P. Fritschel, V. V. Frolov, M.-K. Fujimoto, P. J. Fulda, M. Fyffe, J. Gair, M. Galimberti, L. Gammaitoni, J. Garcia, F. Garufi, M. E. Gáspár, G. Gelencser, G. Gemme, E. Genin, A. Gennai, L. Á. Gergely, S. Ghosh, J. A. Giaime, S. Giampanis, K. D. Giardina, A. Giazotto, S. Gil-Casanova, C. Gill, J. Gleason, E. Goetz, G. González, M. L. Gorodetsky, S. Gossler, R. Gouaty, C. Graef, P. B. Graff, M. Granata, A. Grant, C. Gray, R. J. S. Greenhalgh, A. M. Gretarsson, C. Griffo, H. Grote, K. Grover, S. Grunewald, G. M. Guidi, C. Guido, Rajiv Gupta, E. K. Gustafson, R. Gustafson, J. M. Hallam, D. Hammer, G. Hammond, J. Hanks, C. Hanna, J. Hanson, J. Harms, G. M. Harry, I. W. Harry, E. D. Harstad, M. T. Hartman, K. Haughian, K. Hayama, J.-F. Hayau, J. Heefner, A. Heidmann, M. C. Heintze, H. Heitmann, P. Hello, G. Hemming, M. A. Hendry, I. S. Heng, A. W. Heptonstall, V. Herrera, M. Heurs, M. Hewitson, S. Hild, D. Hoak, K. A. Hodge, K. Holt, M. Holtrop, T. Hong, S. Hooper, J. Hough, E. J. Howell, B. Hughey, S. Husa, S. H. Huttner, T. Huynh-Dinh, D. R. Ingram, R. Inta, T. Isogai, A. Ivanov, K. Izumi, M. Jacobson, E. James, Y. J. Jang, P. Jaranowski, E. Jesse, W. W. Johnson, D. I. Jones, R. Jones, R. J. G. Jonker, L. Ju, P. Kalmus, V. Kalogera, S. Kandhasamy, G. Kang, J. B. Kanner, M. Kasprzack, R. Kasturi, E. Katsavounidis, W. Katzman, H. Kaufer, K. Kaufman, K. Kawabe, S. Kawamura, F. Kawazoe, D. Keitel, D. Kelley, W. Kells, D. G. Keppel, Z. Keresztes, A. Khalaidovski, F. Y. Khalili, E. A. Khazanov, B. K. Kim, C. Kim, H. Kim, K. Kim, N. Kim, Y. M. Kim, P. J. King, D. L. Kinzel, J. S. Kissel, S. Klimenko, J. Kline, K. Kokeyama, V. Kondrashov, S. Koranda, W. Z. Korth, I. Kowalska, D. Kozak, V. Kringel, B. Krishnan, A. Królak, G. Kuehn, P. Kumar, R. Kumar, R. Kurdyumov, P. Kwee, P. K. Lam, M. Landry, A. Langley, B. Lantz, N. Lastzka, C. Lawrie, A. Lazzarini, A. Le Roux, P. Leaci, C. H. Lee, H. K. Lee, H. M. Lee, J. R. Leong, I. Leonor, N. Leroy, N. Letendre, V. Lhuillier, J. Li, T. G. F. Li, P. E. Lindquist, V. Litvine, Yehan Liu, Z. Liu, N. A. Lockerbie, D. Lodhia, J. Logue, M. Lorenzini, V. Loriette, M. Lormand, G. Losurdo, J. Lough, M. Lubinski, H. Lück, A. P. Lundgren, J. Macarthur, E. Macdonald, B. Machenschalk, M. Macinnis, D. M. Macleod, M. Mageswaran, K. Mailand, E. Majorana, I. Maksimovic, V. Malvezzi, N. Man, I. Mandel, V. Mandic, M. Mantovani, F. Marchesoni, F. Marion, S. Márka, Z. Márka, A. Markosyan, E. Maros, J. Marque, F. Martelli, I. W. Martin, R. M. Martin, J. N. Marx, K. Mason, A. Masserot, F. Matichard, L. Matone, R. A. Matzner, N. Mavalvala, G. Mazzolo, R. Mccarthy, D. E. Mcclelland, S. C. Mcguire, G. Mcintyre, J. Mciver, G. D. Meadors, M. Mehmet, T. Meier, A. Melatos, A. C. Melissinos, G. Mendell, D. F. Menéndez, R. A. Mercer, S. Meshkov, C. Messenger, M. S. Meyer, H. Miao, C. Michel, L. Milano, J. Miller, Y. Minenkov, C. M. F. Mingarelli, V. P. Mitrofanov, G. Mitselmakher, R. Mittleman, B. Moe, M. Mohan, S. R. P. Mohapatra, D. Moraru, G. Moreno, N. Morgado, A. Morgia, T. Mori, S. R. Morriss, S. Mosca, K. Mossavi, B. Mours, C. M. Mow--Lowry, C. L. Mueller, G. Mueller, S. Mukherjee, A. Mullavey, H. Müller-Ebhardt, J. Munch, D. Murphy, P. G. Murray, A. Mytidis, T. Nash, L. Naticchioni, V. Necula, J. Nelson, I. Neri, G. Newton, T. Nguyen, A. Nishizawa, A. Nitz, F. Nocera, D. Nolting, M. E. Normandin, L. Nuttall, E. Ochsner, J. O'Dell, E. Oelker, G. H. Ogin, J. J. Oh, S. H. Oh, R. G. Oldenberg, B. O'Reilly, R. O'Shaughnessy, C. Osthelder, C. D. Ott, D. J. Ottaway, R. S. Ottens, H. Overmier, B. J. Owen, A. Page, L. Palladino, C. Palomba, Y. Pan, C. Pankow, F. Paoletti, R. Paoletti, M. A. Papa, M. Parisi, A. Pasqualetti, R. Passaquieti, D. Passuello, M. Pedraza, S. Penn, A. Perreca, G. Persichetti, M. Phelps, M. Pichot, M. Pickenpack, F. Piergiovanni, V. Pierro, M. Pihlaja, L. Pinard, I. M. Pinto, M. Pitkin, H. J. Pletsch, M. V. Plissi, R. Poggiani, J. Pöld, F. Postiglione, C. Poux, M. Prato, V. Predoi, T. Prestegard, L. R. Price, M. Prijatelj, M. Principe, S. Privitera, R. Prix, G. A. Prodi, L. G. Prokhorov, O. Puncken, M. Punturo, P. Puppo, V. Quetschke, R. Quitzow-James, F. J. Raab, D. S. Rabeling, I. Rácz, H. Radkins, P. Raffai, M. Rakhmanov, C. Ramet, B. Rankins, P. Rapagnani, V. Raymond, V. Re, C. M. Reed, T. Reed, T. Regimbau, S. Reid, D. H. Reitze, F. Ricci, R. Riesen, K. Riles, M. Roberts, N. A. Robertson, F. Robinet, C. Robinson, E. L. Robinson, A. Rocchi, S. Roddy, C. Rodriguez, M. Rodruck, L. Rolland, J. G. Rollins, J. D. Romano, R. Romano, J. H. Romie, D. Rosińska, C. Röver, S. Rowan, A. Rüdiger, P. Ruggi, K. Ryan, F. Salemi, L. Sammut, V. Sandberg, S. Sankar, V. Sannibale, L. Santamaría, I. Santiago-Prieto, G. Santostasi, E. Saracco, B. Sassolas, B. S. Sathyaprakash, P. R. 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Torres, C. I. Torrie, E. Tournefier, F. Travasso, G. Traylor, M. Tse, D. Ugolini, H. Vahlbruch, G. Vajente, J. F. J. van den Brand, C. van den Broeck, S. van Der Putten, A. A. van Veggel, S. Vass, M. Vasuth, R. Vaulin, M. Vavoulidis, A. Vecchio, G. Vedovato, J. Veitch, P. J. Veitch, K. Venkateswara, D. Verkindt, F. Vetrano, A. Viceré, A. E. Villar, J.-Y. Vinet, S. Vitale, H. Vocca, C. Vorvick, S. P. Vyatchanin, A. Wade, L. Wade, M. Wade, S. J. Waldman, L. Wallace, Y. Wan, M. Wang, X. Wang, A. Wanner, R.L. Ward, M. Was, M. Weinert, A. J. Weinstein, R. Weiss, T. Welborn, L. Wen, P. Wessels, M. West, T. Westphal, K. Wette, J. T. Whelan, S. E. Whitcomb, D. J. White, B. F. Whiting, K. Wiesner, C. Wilkinson, P. A. Willems, L. Williams, R. Williams, B. Willke, M. Wimmer, L. Winkelmann, W. Winkler, C. C. Wipf, A. G. Wiseman, H. Wittel, G. Woan, R. Wooley, J. Worden, J. Yablon, I. Yakushin, H. Yamamoto, K. Yamamoto, C. C. Yancey, H. Yang, D. Yeaton-Massey, S. Yoshida, M. Yvert, A. Zadroźny, M. Zanolin, J.-P. Zendri, F. Zhang, L. Zhang, C. Zhao, N. Zotov, M. E. Zucker, J. Zweizig
article
Journal of Cosmology and Astroparticle Physics, 2013, 06, pp.008. ⟨10.1088/1475-7516/2013/06/008⟩
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https://arxiv.org/pdf/1205.3018 BibTex
titre
Desulfotomaculum peckii sp. nov., a moderately thermophilic member of the genus Desulfotomaculum, isolated from an upflow anaerobic filter treating abattoir wastewaters.
auteur
Linda Jabari, Hana Gannoun, Jean Luc Cayol, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Guy Fauque, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2013, 63 (Pt 6), pp.2082-7. ⟨10.1099/ijs.0.043893-0⟩
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titre
Prokaryotic responses to hydrostatic pressure in the ocean - a review
auteur
Christian Tamburini, Mehdi Boutrif, Marc Garel, Rita Colwell, Jody W. Deming
article
Environmental Microbiology, 2013, 15 (5), pp.1262-1274. ⟨10.1111/1462-2920.12084⟩
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https://hal.science/hal-01988054/file/Tamburini_etal_EMI_draft.pdf BibTex
titre
Trends in salinity and inorganic nitrogen compounds in the Berre lagoon (1994-2011) bacterial activities and nitrogen budgets
auteur
Imen Zaghmouri, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Patrick Raimbault, Nicole Garcia, Guillaume Bernard, Patricia Bonin
article
Marine Pollution Bulletin, 2013, 67, pp.55-65. ⟨10.1016/j.marpolbul.2012.11.046⟩
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titre
Characterization of Vallitalea guaymasensis gen. nov., sp. nov., a novel marine bacterium, isolated from sediments of Guaymas basin
auteur
R Lakhal, Nathalie Pradel, Anne Postec, M Hamdi, Bernard Ollivier, Anne Godfroy, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2013, pp.doi:10.1099/ijs.0.045708-0
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titre
Desulfosporosinus burensis sp. nov., a spore-forming, mesophilic, sulfate-reducing bacterium isolated from a deep clay environment.
auteur
Bruno Mayeux, Marie Laure Fardeau, Manon Bartoli, Laurie Casalot, Agnes Vinsot, Marc Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2013, 63 (Pt 2), pp.593-8. ⟨10.1099/ijs.0.035238-0⟩
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titre
O2-independent formation of the inactive states of NiFe hydrogenase
auteur
Abbas Abou Hamdan, Bénédicte Burlat, Oscar Gutiérrez-Sanz, Pierre-Pol Liebgott, Carole Baffert, Antonio L de Lacey, Marc Rousset, Bruno Guigliarelli, Christophe Léger, Sébastien Dementin
article
Nature Chemical Biology, 2013, 9 (1), pp.15-17
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titre
Genome Sequence of the Sulfate-Reducing Bacterium Desulfotomaculum hydrothermale Lam5(T).
auteur
Oulfat Amin, Marie-Laure Fardeau, Odile Valette, Agnès Hirschler-Réa, Valérie Barbe, Claudine Médigue, Benoit Vacherie, Bernard Ollivier, Philippe N Bertin, Alain Dolla
article
Genome Announcements, 2013, 1 (1), epub ahead of print. ⟨10.1128/genomeA.00114-12⟩
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https://hal.science/hal-00807485/file/e00114-12.pdf BibTex
titre
Complete Genome Sequence of the Piezophilic, Mesophilic, Sulfate-Reducing Bacterium Desulfovibrio hydrothermalis AM13(T.).
auteur
Boyang Ji, Gregory Gimenez, Valérie Barbe, Benoit Vacherie, Zoé Rouy, Amira Amrani, Marie-Laure Fardeau, Philippe Bertin, Didier Alazard, Sabine Leroy, Emmanuel Talla, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Nathalie Pradel
article
Genome Announcements, 2013, 1 (1), epub ahead of print. ⟨10.1128/genomeA.00226-12⟩
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https://hal.science/hal-00809071/file/e00226-12.pdf BibTex
titre
O2-independent formation of the inactive states of NiFe hydrogenase
auteur
Abbas Abou Hamdan, Benedicte Burlat, Oscar Gutierrez-Sanz, Pierre-Pol Liebgott, Carole Baffert, Antonio L de Lacey, Marc Rousset, Bruno Guigliarelli, Christophe Léger, Sebastien Dementin
article
Nature Chemical Biology, 2013, 9 (1), pp.15 - 17. ⟨10.1038/nchembio.1110⟩
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BibTex
titre
Microbial colonization of basaltic glasses in hydrothermal organic-rich sediments at Guaymas Basin.
auteur
Nolwenn Callac, Céline Rommevaux-Jestin, Olivier J. Rouxel, Françoise Lesongeur, Céline C. Liorzou, Claire Bollinger, Antony Ferrant, Anne Godfroy
article
Frontiers in Microbiology, 2013, 4, pp.250. ⟨10.3389/fmicb.2013.00250⟩
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https://insu.hal.science/insu-00933493/file/Callac_FrontiersMicrobio13.pdf BibTex
titre
The First Genomic and Proteomic Characterization of a Deep-Sea Sulfate Reducer: Insights into the Piezophilic Lifestyle of Desulfovibrio piezophilus
auteur
Nathalie Pradel, Boyang Ji, G Gimenez, E Talla, P Lenoble, Marc Garel, Christian Tamburini, Patrick Fourquet, Régine Lebrun, Philippe Bertin, Yann Denis, Matthieu Pophillat, Valérie Barbe, Bernard Ollivier, Alain Dolla
article
PLoS ONE, 2013, 8 (1), pp.e55130. ⟨10.1371/journal.pone.0055130⟩
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https://hal.science/hal-00787201/file/journal.pone.0055130.PDF BibTex
titre
Culturomics identified 11 new bacterial species from a single anorexia nervosa stool sample
auteur
A. A. Pfleiderer, J.-C. J.-C. Lagier, Fabrice Armougom, C. C. Robert, B. B. Vialettes, Didier Raoult
article
European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2013, 32 (11), pp.1471-1481. ⟨10.1007/s10096-013-1900-2⟩
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titre
Transient Shifts in Bacterial Communities Associated with the Temperate Gorgonian Paramuricea clavata in the Northwestern Mediterranean Sea
auteur
Marie La Rivière, Marie Roumagnac, Joaquim Garrabou, M. Bally
article
PLoS ONE, 2013, 8 (2), pp.e57385. ⟨10.1371/journal.pone.0057385⟩
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https://hal.science/hal-00790768/file/journal.pone.0057385.PDF BibTex
titre
Pandoraviruses: Amoeba Viruses with Genomes Up to 2.5 Mb Reaching That of Parasitic Eukaryotes
auteur
Nadège Philippe, Matthieu Legendre, Gabriel Doutre, Yohann Couté, Olivier Poirot, Magali Lescot, Defne Arslan, Virginie Seltzer, Lionel Bertaux, Christophe Bruley, Jérome Garin, Jean-Michel Claverie, Chantal Abergel
article
Science, 2013, 341 (6143), pp.281-286. ⟨10.1126/science.1239181⟩
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https://cea.hal.science/cea-00862677/file/phi.pdf BibTex
titre
Long-term monitoring programme of the hydrological variability in the Mediterranean Sea: a first overview of the HYDROCHANGES network
auteur
K. Schroeder, C. Millot, L. Bengara, S. Ben Ismail, M. Bensi, M. Borghini, G. Budillon, V. Cardin, L. Coppola, C. Curtil, A. Drago, B. El Moumni, J. Font, Jean-Luc Fuda, J. García-Lafuente, G. Gasparini, H. Kontoyiannis, Dominique Lefevre, P. Puig, Patrick Raimbault, G. Rougier, J. Salat, C. Sammari, J. Sánchez Garrido, A. Sanchez-Roman, S. Sparnocchia, Christian Tamburini, I. Taupier-Letage, A. Theocharis, M. Vargas-Yáñez, A. Vetrano
article
Ocean Science, 2013, 9 (2), pp.301-324. ⟨10.5194/os-9-301-2013⟩
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https://hal.science/hal-03191372/file/os-9-301-2013.pdf BibTex
titre
DNA Self-Assembly: From Chirality to Evolution
auteur
Y. Timsit
article
International Journal of Molecular Sciences, 2013, 14 (4), pp.8252-8270. ⟨10.3390/ijms14048252⟩
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https://hal.science/hal-01816598/file/ijms-14-08252.pdf BibTex
titre
Impact of oil on bacterial community structure in bioturbated sediments
auteur
Magali Stauffert, Cristiana Cravo-Laureau, Ronan Jezequel, Sandra Barantal, Philippe Cuny, Franck Gilbert, Christine Cagnon, Cécile Militon, David Amouroux, Fatima Mahdaoui, Brice Bouyssière, Georges Stora, François-Xavier Merlin, Robert Duran
article
PLoS ONE, 2013, vol. 8, pp. 1-15. ⟨10.1371/journal.pone.0065347⟩
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https://hal.science/hal-00867612/file/Gilbert_9564.pdf BibTex
titre
Development and Validation of a Microarray for the Investigation of the CAZymes Encoded by the Human Gut Microbiome
auteur
Abdessamad El Kaoutari, Fabrice Armougom, Quentin Leroy, Bernard Vialettes, Matthieu Million, Didier Raoult, Bernard Henrissat
article
PLoS ONE, 2013, 8 (12), pp.e84033. ⟨10.1371/journal.pone.0084033⟩
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https://amu.hal.science/hal-01769722/file/journal.pone.0084033.PDF BibTex
titre
Anaerobic bacterial degradation of pristenes and phytenes in marine sediments does not lead to pristane and phytane during early diagenesis
auteur
Jean-Francois Rontani, Patricia Bonin, Sophie Guasco, Frederic Vaultier, John K. Volkman
article
Organic Geochemistry, 2013, 58, pp.43-55
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BibTex
titre
Insights into dynamics of mobile genetic elements in hyperthermophilic environments from five new thermococcus plasmids.
auteur
Mart Krupovic, Mathieu Gonnet, Wajdi Ben Hania, Patrick Forterre, Gaël Erauso
article
PLoS ONE, 2013, 8 (1), pp.e49044. ⟨10.1371/journal.pone.0049044⟩
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https://hal.science/hal-00748527/file/journal.pone.0049044.pdf BibTex
titre
Vertical Heterogeneity of Genotypic Structure and Toxic Potential within Populations of the Harmful Cyanobacterium Microcystis aeruginosa
auteur
Benjamin Misson, Delphine Latour
article
Advances in Microbiology, 2013
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titre
Deep-Sea Bioluminescence Blooms after Dense Water Formation at the Ocean Surface
auteur
Christian Tamburini, Miquel Canals, Xavier Durrieu de Madron, Loïc Houpert, Dominique Lefèvre, Séverine Martini, Fabrizio d'Ortenzio, Anne Robert, Pierre Testor, Juan Antonio Aguilar, Imen Al Samarai, Arnaud Albert, Michel André, Marco Anghinolfi, Gisela Anton, Shebli Anvar, Miguel Ardid, Ana Carolina Assis Jesus, Tri L. Astraatmadja, Jean-Jacques Aubert, Bruny Baret, Stéphane Basa, Vincent Bertin, Simone Biagi, Armando Bigi, Ciro Bigongiari, Claudio Bogazzi, Manuel Bou-Cabo, Boutayeb Bouhou, Mieke C. Bouwhuis, Jurgen Brunner, José Busto, Francisco Camarena, Antonio Capone, Christina Cârloganu, Giada Carminati, John Carr, Stefano Cecchini, Ziad Charif, Philippe Charvis, Tommaso Chiarusi, Marco Circella, Rosa Coniglione, Heide Costantini, Paschal Coyle, Christian Curtil, Patrick Decowski, Ivan Dekeyser, Anne Deschamps, Corinne Donzaud, Damien Dornic, Hasankiadeh Q. Dorosti, Doriane Drouhin, Thomas Eberl, Umberto Emanuele, Jean-Pierre Ernenwein, Stéphanie Escoffier, Paolo Fermani, Marcelino Ferri, Vincenzo Flaminio, Florian Folger, Ulf Fritsch, Jean-Luc Fuda, Salvatore Galatà, Pascal Gay, Giorgio Giacomelli, Valentina Giordano, Juan-Pablo Gómez-González, Kay Graf, Goulven Guillard, Garadeb Halladjian, Gregory Hallewell, Hans van Haren, Joris Hartman, Aart J. Heijboer, Yann Hello, Juan Jose Hernández-Rey, Bjoern Herold, Jurgen Hössl, Ching-Cheng Hsu, Marteen de Jong, Matthias Kadler, Oleg Kalekin, Alexander Kappes, Uli Katz, Oksana Kavatsyuk, Paul Kooijman, Claudio Kopper, Antoine Kouchner, Ingo Kreykenbohm, Vladimir Kulikovskiy, Robert Lahmann, Patrick Lamare, Giuseppina Larosa, Dario Lattuada, Gordon Lim, Domenico Lo Presti, Herbert Loehner, Sotiris Loucatos, Salvatore Mangano, Michel Marcelin, Annarita Margiotta, Juan Antonio Martinez-Mora, Athina Meli, Teresa Montaruli, Luciano Moscoso, Holger Motz, Max Neff, Emma Nuel Nezri, Dimitris Palioselitis, Gabriela E. Păvălaş, Kevin Payet, Patrice Payre, Jelena Petrovic, Paolo Piattelli, Nicolas Picot-Clemente, Vlad Popa, Thierry Pradier, Eleonora Presani, Chantal Racca, Corey Reed, Giorgio Riccobene, Carsten Richardt, Roland Richter, Colas Rivière, Kathrin Roensch, Andrei Rostovtsev, Joaquin Ruiz-Rivas, Marius Rujoiu, Valerio G. Russo, Francisco Salesa, Augustin Sánchez-Losa, Piera Sapienza, Friederike Schöck, Jean-Pierre Schuller, Fabian Schussler, Rezo Shanidze, Francesco Simeone, Andreas Spies, Maurizio Spurio, Jos J. M. Steijger, Thierry Stolarczyk, Mauro G. F. Taiuti, Simona Toscano, Bertrand Vallage, Véronique van Elewyck, Giulia Vannoni, Manuela Vecchi, Pascal Vernin, Guus Wijnker, Jorn Wilms, Els de Wolf, Harold Yepes, Dmitry Zaborov, Juan de Dios Zornoza, Juan Zúñiga
article
PLoS ONE, 2013, 8 (7), pp.e67523. ⟨10.1371/JOURNAL.PONE.0067523⟩
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https://hal.science/hal-01012135/file/journal.pone.0067523.PDF BibTex

Conference papers

titre
Do by-products of thermochemical treatment of lignocellulosic materials inhibit anaerobic mixed cultures? Overview of recent findings
auteur
Florian Monlau, Eric Trably, Abdellatif Barakat, Marianne Quéméneur, Jean-Philippe Steyer, Hélène Carrère
article
13. World Congress on Anaerobic Digestion: Recovering (bio) Resources for the World. AD13, International Water Association (IWA). IWA Anaerobic Digestion Specialist Group, INT., Jun 2013, Santiago de Compostela, Spain. 171 p
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Other publications

titre
Des Microoganismes très convoités
auteur
Bernard Ollivier
article
2013, pp.n°70
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Poster communications

titre
Distribution spatiale des communautés microbiennes du système hydrothermal alcalin de la baie de Prony, Nouvelle Calédonie
auteur
Marianne Quemeneur, Méline Bes, Anne Postec, Nan Mei, Jérôme Hamelin, Claude Payri, Bernard Pelletier, Bernard Ollivier, Gaël Erauso
article
VI. Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM) "Microbiologie Environnementale : du Gène à l’Ecosystème", Oct 2013, Parent, France. 2013
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Reports

titre
Technical Design Report of the MEUST Infrastructure
auteur
M. Ageron, K. Bernardet, V. Bertin, S. Beurthey, M. Billault, J. Brunner, L. Caillat, A. Cosquer, P. Coyle, J.J. Destelle, D. Dornic, C. Gojak, Z. Hafidi, S. Henry, P. Keller, P. Lamare, Dominique Lefèvre, Y. Lenault, K. Mahiouz, J. Royon, M. Solazzo, Christian Tamburini, D. Tézier, S. Théraube, Corentin Vallée
article
2013
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titre
Evaluation and Selection of the MEUST Submarine Site
auteur
V. Bertin, M. Billault, P. Coyle, C. Curtil, S. Deguero, J.-J. Destelle, D. Dornic, F. Gallo, S. Henry, P. Keller, P. Lamare, Dominique Lefèvre, F. Léon, S. Martini, Christian Tamburini, Corentin Vallée
article
2013, pp.1-15
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2012

Journal articles

titre
Relation between anaerobic inactivation and oxygen tolerance in a large series of NiFe hydrogenase mutants
auteur
A. Abou Hamdan, Pierre-Pol Liebgott, V. Fourmond, O. Gutierrez-Sanz, A. de Lacey, P. Infossi, Monique Rousset, S. Dementin, C. Leger
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2012, 109 (49), pp.19916 - 19921. ⟨10.1073/pnas.1212258109⟩
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titre
Search for Cosmic Neutrino Point Sources with Four Year Data of the ANTARES Telescope
auteur
S. Adrián-Martínez, Imen Al Samarai, A. Albert, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, T. Astraatmadja, J. Aubert, B. Baret, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, M. Bou-Cabo, B. Bouhou, M. Bouwhuis, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, C. Carloganu, J. Carr, S. Cecchini, Z. Charif, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, L. Core, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, C. Curtil, G. de Bonis, P. Decowski, I. Dekeyser, A. Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, A. Enzenhöfer, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, K. Fehn, P. Fermani, M. Ferri, S. Ferry, V. Flaminio, F. Folger, U. Fritsch, J.-L. Fuda, S. Galatà, P. Gay, K. Geyer, G. Giacomelli, V. Giordano, A. Gleixner, J. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, G. Hallewell, M. Hamal, H. van Haren, J. Heijboer, Y. Hello, J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hössl, C. Hsu, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, O. Kavatsyuk, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, G. Lambard, G. Larosa, D. Lattuada, E. Leonora, Dominique Lefèvre, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Louis, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. Martínez-Mora, Albano C Meli, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, H. Motz, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, E. Păvălaş, K. Payet, J. Petrovic, P. Piattelli, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, C. Reed, G. Riccobene, C. Richardt, R. Richter, C. Riviere, A. Robert, K. Roensch, A. Rostovtsev, J. Ruiz-Rivas, M. Rujoiu, G. Russo, D. Samtleben, A. Sanchez-Losa, P. Sapienza, J. Schmid, J. Schnabel, F. Schöck, J.-P. Schuller, F. Schussler, T. Seitz, R. Shanidze, F. Simeone, A. Spies, M. Spurio, J. Steijger, Th. Stolarczyk, M. Taiuti, Christian Tamburini, A. Trovato, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, M. Vecchi, P. Vernin, E. Visser, S. Wagner, G. Wijnker, J. Wilms, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J. Zornoza, J. Zúñiga
article
The Astrophysical Journal, 2012, 760, pp.53. ⟨10.1088/0004-637x/760/1/53⟩
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https://arxiv.org/pdf/1207.3105 BibTex
titre
Methanogenic octadecene degradation by syntrophic enrichment culture from brackish sediments
auteur
Agnès Hirschler-Réa, Cristiana Cravo-Laureau, Laurie Casalot, Robert Matheron
article
Current Microbiology, 2012, 65 (5), pp.561-7. ⟨10.1007/s00284-012-0195-3⟩
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titre
Analysis of Structure-Function Relationships in the Colibactin-Maturating Enzyme ClbP.
auteur
A Cougnoux, L Gibold, F Robin, D Dubois, Nathalie Pradel, A Darfeuille-Michaud, G Dalmasso, J Delmas, R Bonnet
article
Journal of Molecular Biology, 2012, 424 (3-4), in press. ⟨10.1016/j.jmb.2012.09.017⟩
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titre
Spatio-temporal diversity of free-living and particle-attached prokaryotes in the tropical lagoon of Ahe atoll (Tuamotu Archipelago) and its surrounding oceanic waters
auteur
Valerie Michotey, Sophie Guasco, Dominique Boeuf, Nicola Morezzi, Brice Durieu, Loïc Charpy, Patricia Bonin
article
Marine Pollution Bulletin, 2012, 65 (10), pp.525-537. ⟨10.1016/j.marpolbul.2012.01.009⟩
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titre
Macellibacteroides fermentans gen. nov., sp. nov., a member of the family Porphyromonadaceae isolated from an upflow anaerobic filter treating abattoir wastewaters.
auteur
L Jabari, H Gannoun, Jean Luc Cayol, A Hedi, M Sakamoto, E Falsen, M Ohkuma, M Hamdi, Guy Fauque, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2012, 62 (Pt 10), pp.2522-7. ⟨10.1099/ijs.0.032508-0⟩
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titre
DNA-Directed Base Pair Opening
auteur
Y. Timsit
article
Molecules, 2012, 17 (10), pp.11947-11964. ⟨10.3390/molecules171011947⟩
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https://hal.science/hal-02008045/file/molecules-17-11947.pdf BibTex
titre
Isolation and characterization of Fonticella tunisiensis gen nov., sp. nov., a novel bacterium isolated from a Tunisian hot spring.
auteur
Belkis Fraj, Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2012, pp.10.1099/ijs.0.041947-0. ⟨10.1099/ijs.0.041947-0⟩
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titre
Innovative CO2 pretreatment for enhancing biohydrogen production from the organic fraction of municipal solid waste (OFMSW)
auteur
Kathy Bru, Vincent Blazy, Catherine Joulian, Eric Trably, E. Latrille, Marianne Quéméneur, Marie Christine Dictor
article
International Journal of Hydrogen Energy, 2012, 37 (19), pp.14062-14071. ⟨10.1016/j.ijhydene.2012.06.111⟩
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https://brgm.hal.science/hal-00731267/file/OA_IJHE_Bru_et_al_manuscript_updated.pdf BibTex
titre
Methanomassiliicoccus luminyensis gen. nov., sp. nov., a methanogenic archaeon isolated from human faeces.
auteur
B Dribi, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Didier Raoult, Michel Drancourt
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2012, 62 (Pt 8), pp.1902-7. ⟨10.1099/ijs.0.033712-0⟩
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titre
The Positioning System of the ANTARES Neutrino Telescope
auteur
S. Adrián-Martínez, J.A. Aguilar, Imen Al Samarai, A. Albert, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, A.C. Assis Jesus, T. Astraatmadja, J.-J. Aubert, B. Baret, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, M. Bou-Cabo, B. Bouhou, M.C. Bouwhuis, J. Brunner, J. Busto, F. Camarena, A. Capone, C. Cârloganu, G. Carminati, J. Carr, S. Cecchini, Z. Charif, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, H. Costantini, P. Coyle, C. Curtil, M.P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, A. Enzenhöfer, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, P. Fermani, M. Ferri, V. Flaminio, F. Folger, U. Fritsch, J.-L. Fuda, S. Galatà, Pascal Gay, G. Giacomelli, V. Giordano, J.P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, H. van Haren, J. Hartman, A.J. Heijboer, Y. Hello, J.J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hössl, C.C. Hsu, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, O. Kavatsyuk, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, P. Lamare, G. Larosa, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J.A. Martínez-Mora, A. Meli, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, H. Motz, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G.E. Păvălaş, K. Payet, P. Payre, J. Petrovic, P. Piattelli, N. Picot-Clemente, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, C. Reed, G. Riccobene, C. Richardt, R. Richter, C. Rivière, A. Robert, K. Roensch, A. Rostovtsev, J. Ruiz-Rivas, M. Rujoiu, G.V. Russo, F. Salesa, P. Sapienza, F. Schöck, J.-P. Schuller, F. Schüssler, T. Seitz, R. Shanidze, F. Simeone, A. Spies, M. Spurio, J.J.M. Steijger, Th. Stolarczyk, A. Sánchez-Losa, M. Taiuti, Christian Tamburini, S. Toscano, B. Vallage, V. van Elewyck, G. Vannoni, M. Vecchi, P. Vernin, S. Wagner, G. Wijnker, J. Wilms, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zúñiga, M. Ageron, P. Keller, A. Le van Suu, V. Niess
article
Journal of Instrumentation, 2012, 7, pp.T08002. ⟨10.1088/1748-0221/7/08/T08002⟩
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https://arxiv.org/pdf/1202.3894 BibTex
titre
Measurement of Atmospheric Neutrino Oscillations with the ANTARES Neutrino Telescope
auteur
S. Adrian-Martinez, Imen Al Samarai, A. Albert, M. Andre, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, T. Astraatmadja, J.-J. Aubert, B. Baret, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, M. Bou-Cabo, B. Bouhou, M. C. Bouwhuis, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, C. Carloganu, J. Carr, S. Cecchini, Z. Charif, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, L. Core, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, C. Curtil, G. de Bonis, M. P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, A. Enzenhoefer, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, K. Fehn, P. Fermani, M. Ferri, S. Ferry, V. Flaminio, F. Folger, U. Fritsch, J.-L. Fuda, S. Galata, Pascal Gay, K. Geyer, G. Giacomelli, V. Giordano, A. Gleixner, J. P. Gomez-Gonzalez, K. Graf, G. Guillard, G. Hallewell, M. Hamal, H. van Haren, A. J. Heijboer, Y. Hello, J. J. Hernandez-Rey, B. Herold, J. Hoessl, C. C. Hsu, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, O. Kavatsyuk, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, G. Lambard, G. Larosa, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Louis, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martinez-Mora, A. Meli, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, H. Motz, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G. E. Pavalas, K. Payet, J. Petrovic, P. Piattelli, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, C. Reed, G. Riccobene, C. Richardt, R. Richter, C. Riviere, A. Robert, K. Roensch, A. Rostovtsev, J. Ruiz-Rivas, M. Rujoiu, G. V. Russo, D. F. E. Samtleben, A. Sanchez-Losa, P. Sapienza, J. Schmid, J. Schnabel, F. Schoeck, J.-P. Schuller, F. Schuessler, T. Seitz, R. Shanidze, F. Simeone, A. Spies, M. Spurio, J. J. M. Steijger, Th. Stolarczyk, M. Taiuti, Christian Tamburini, A. Trovato, B. Vallage, C. Vallee, V. van Elewyck, M. Vecchi, P. Vernin, Eelco Visser, S. Wagner, G. Wijnker, J. Wilms, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zuniga
article
Physics Letters B, 2012, 714, pp.224-230. ⟨10.1016/j.physletb.2012.07.002⟩
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https://arxiv.org/pdf/1206.0645 BibTex
titre
Halanaerobacter jeridensis sp. nov., isolated from a hypersaline lake.
auteur
M Mezghani, Didier Alazard, F Karray, Jean Luc Cayol, Manon Bartoli, Anne Postec, Marie Laure Fardeau, Jean-Luc Tholozan, S Sayadi
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2012, 62 (Pt 8), pp.1970-3. ⟨10.1099/ijs.0.036301-0⟩
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BibTex
titre
Effect of enzyme addition on fermentative hydrogen production from wheat straw
auteur
Marianne Quéméneur, Marine Bittel, Eric Trably, Claire Dumas, Laurent Fourage, Gilles Ravot, Jean-Philippe Steyer, Hélène Carrère
article
International Journal of Hydrogen Energy, 2012, 37 (14), pp.10639 - 10647. ⟨10.1016/j.ijhydene.2012.04.083⟩
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https://amu.hal.science/hal-01809613/file/OA_Quemeneur_etal_revisedV2_HE_D12-00291-R1.pdf BibTex
titre
Fusibacter tunisiensis sp. nov., isolated from an anaerobic reactor used to treat olive-mill wastewater.
auteur
Wajdi Ben Hania, Belkis Fraj, Anne Postec, Khaled Fadhlaoui, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2012, 62 (Pt 6), pp.1365-8. ⟨10.1099/ijs.0.034603-0⟩
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BibTex
titre
Defluviitoga tunisiensis gen. nov., sp. nov., a thermophilic bacterium isolated from a mesothermic and anaerobic whey digester.
auteur
Wajdi Ben Hania, Ramzi Ghodbane, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2012, 62 (Pt 6), pp.1377-82. ⟨10.1099/ijs.0.033720-0⟩
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BibTex
titre
Understanding and tuning the catalytic bias of hydrogenase.
auteur
Abbas Abou Hamdan, Sébastien Dementin, Pierre-Pol Liebgott, Oscar Gutierrez-Sanz, Pierre Richaud, Antonio de Lacey, Marc Rousset, Patrick Bertrand, Laurent Cournac, Christophe Léger
article
Journal of the American Chemical Society, 2012, 134 (20), pp.8368-71. ⟨10.1021/ja301802r⟩
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BibTex
titre
Understanding and Tuning the Catalytic Bias of Hydrogenase
auteur
Abbas Abou Hamdan, Sébastien Dementin, Pierre-Pol Liebgott, Oscar Gutiérrez-Sanz, Pierre Richaud, Antonio L de Lacey, Marc Rousset, Patrick Bertrand, Laurent Cournac, Christophe Léger
article
Journal of the American Chemical Society, 2012, 134 (20), pp.8368-8371. ⟨10.1021/ja301802r⟩
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https://hal.science/hal-01977597/file/leger.pdf BibTex
titre
Short- and long-term dynamics of the toxic potential and genotypic structure in benthic populations of Microcystis.
auteur
Benjamin Misson, Florence Donnadieu-Bernard, Jean-Jacques Godon, Christian Amblard, Delphine Latour
article
Water Research, 2012, 46 (5), pp.1438-46. ⟨10.1016/j.watres.2011.11.011⟩
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BibTex
titre
Measurement of the Group Velocity of Light in Sea Water at the ANTARES Site
auteur
S. Adrián-Martínez, Imen Al Samarai, A. Albert, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, A.C. Assis Jesus, T. Astraatmadja, J.-J. Aubert, B. Baret, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, A. Bigi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, M. Bou-Cabo, B. Bouhou, M.C. Bouwhuis, J. Brunner, J. Busto, F. Camarena, A. Capone, C. Cârloganu, G. Carminati, J. Carr, S. Cecchini, Z. Charif, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, H. Costantini, P. Coyle, C. Curtil, G. de Bonis, M.P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, A. Enzenhöfer, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, P. Fermani, M. Ferri, V. Flaminio, F. Folger, U. Fritsch, J.-L. Fuda, S. Galatà, Pascal Gay, K. Geyer, G. Giacomelli, V. Giordano, J.P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, H. van Haren, J. Hartman, A.J. Heijboer, Y. Hello, J.J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hössl, C.C. Hsu, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, O. Kavatsyuk, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, P. Lamare, G. Larosa, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J.A. Martínez-Mora, J.E. Mcmillan, A. Meli, T. Montaruli, L. Moscoso, H. Motz, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G.E. Păvălaş, K. Payet, P. Payre, J. Petrovic, P. Piattelli, N. Picot-Clemente, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, C. Reed, G. Riccobene, C. Richardt, R. Richter, C. Rivière, A. Robert, K. Roensch, A. Rostovtsev, J. Ruiz-Rivas, M. Rujoiu, G.V. Russo, F. Salesa, D.F.E. Samtleben, P. Sapienza, F. Schöck, J.-P. Schuller, F. Schüssler, T. Seitz, R. Shanidze, F. Simeone, A. Spies, M. Spurio, J.J.M. Steijger, Th. Stolarczyk, A. Sánchez-Losa, M. Taiuti, Christian Tamburini, L.F. Thompson, S. Toscano, B. Vallage, V. van Elewyck, G. Vannoni, M. Vecchi, P. Vernin, S. Wagner, G. Wijnker, J. Wilms, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zúñiga
article
Astroparticle Physics, 2012, 35, pp.552-557. ⟨10.1016/j.astropartphys.2011.12.003⟩
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https://arxiv.org/pdf/1110.5184 BibTex
titre
Characterization of Defluviitalea saccharophila gen. nov., sp. nov., a thermophilic bacterium isolated from an upflow anaerobic filter treating abattoir wastewaters, and proposal of Defluviitaleaceae fam. nov.
auteur
Linda Jabari, Hana Gannoun, Jean Luc Cayol, Moktar Hamdi, Guy Fauque, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2012, 62 (Pt 3), pp.550-5. ⟨10.1099/ijs.0.030700-0⟩
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BibTex
titre
Inhibition of fermentative hydrogen production by lignocellulose-derived compounds in mixed cultures
auteur
Marianne Quéméneur, Jérôme Hamelin, Abdellatif Barakat, Jean-Philippe Steyer, Hélène Carrère, Eric Trably
article
International Journal of Hydrogen Energy, 2012, 37 (4), pp.3150 - 3159. ⟨10.1016/j.ijhydene.2011.11.033⟩
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https://amu.hal.science/hal-01809614/file/OA_Qu%C3%A9m%C3%A9neur_et_al_inhib_H2_IJHE_HED-D-11-02147R1.pdf BibTex
titre
Influence of light, sediment mixing, temperature and duration of the benthic life phase on the benthic recruitment of Microcystis
auteur
Benjamin Misson, D. Latour
article
Journal of Plankton Research, 2012, 34 (2), pp.113 - 119. ⟨10.1093/plankt/fbr093⟩
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BibTex
titre
Spatial oxygen heterogeneity in a Hediste diversicolor irrigated burrow
auteur
Laura Pischedda, Philippe Cuny, Josã© Luis Esteves, Jean-Christophe Poggiale, Franck Gilbert
article
Hydrobiologia, 2012, vol. 680, pp.109-124. ⟨10.1007/s10750-011-0907-x⟩
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https://hal.science/hal-00780258/file/Pischedda_6080.pdf BibTex
titre
Benthic survival of Microcystis: Long-term viability and ability to transcribe microcystin genes
auteur
Benjamin Misson, Marion Sabart, Christian Amblard, Delphine Latour
article
Harmful Algae, 2012, 13, pp.20 - 25. ⟨10.1016/j.hal.2011.09.010⟩
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BibTex
titre
Aga1, the first alpha-Galactosidase from the human bacteria Ruminococcus gnavus E1, efficiently transcribed in gut conditions
auteur
Margarita Aguilera, Harivony Rakotoarivonina, Alexandre Brutus, Thierry Giardina, Gwenola Simon, Michel Fons
article
Research in Microbiology, 2012, 163 (1), pp.14-21. ⟨10.1016/j.resmic.2011.10.005⟩
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BibTex
titre
DNA-DNA Recognition: From Tight Contact to Fatal Attraction
auteur
Y. Timsit
article
InTech, 2012
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https://hal.science/hal-02008304/file/30530.pdf BibTex
titre
Genome sequence of the marine bacterium Marinobacter hydrocarbonoclasticus SP17, which forms biofilms on hydrophobic organic compounds
auteur
R. Grimaud, J.-F. Ghiglione, Christine Cagnon, Béatrice Lauga, P.-J. Vaysse, A. Rodriguez-Blanco, S. Mangenot, S. Cruveiller, Valérie Barbe, Robert Duran, L.-F. Wu, E. Talla, Patricia Bonin, Valerie Michotey
article
Journal of Bacteriology, 2012, 194 (13), pp.3539-3540. ⟨10.1128/JB.00500-12⟩
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https://hal.science/hal-01643936/file/Grimaud_JBacteriol2012.pdf BibTex
titre
Desulfosoma profundi sp nov., a thermophilic sulfate-reducing bacterium isolated from a deep terrestrial geothermal spring in France
auteur
Patrick Gregoire, Marie Laure Fardeau, Sophie Guasco, Joel Lagiere, Jean Cambar, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Bernard Ollivier
article
Antonie van Leeuwenhoek, 2012, 101, pp.595-602. ⟨10.1007/s10482-011-9675-x⟩
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BibTex
titre
Search for Relativistic Magnetic Monopoles with the ANTARES Neutrino Telescope
auteur
S. Adrián-Martínez, J.A. Aguilar, Imen Al Samarai, A. Albert, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, A.C. Assis Jesus, T. Astraatmadja, J.-J. Aubert, B. Baret, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, M. Bou-Cabo, B. Bouhou, M.C. Bouwhuis, J. Brunner, J. Busto, F. Camarena, A. Capone, C. Cârloganu, G. Carminati, J. Carr, S. Cecchini, Z. Charif, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, H. Costantini, P. Coyle, C. Curtil, M.P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, A. Enzenhöfer, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, P. Fermani, M. Ferri, V. Flaminio, F. Folger, U. Fritsch, J.-L. Fuda, S. Galatà, Pascal Gay, G. Giacomelli, V. Giordano, J.P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, H. van Haren, J. Hartman, A.J. Heijboer, Y. Hello, J.J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hössl, C.C. Hsu, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, O. Kavatsyuk, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, P. Lamare, G. Larosa, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J.A. Martínez-Mora, A. Meli, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, H. Motz, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G.E. Păvălaş, K. Payet, P. Payre, J. Petrovic, P. Piattelli, N. Picot-Clemente, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, C. Reed, G. Riccobene, C. Richardt, R. Richter, C. Rivière, A. Robert, K. Roensch, A. Rostovtsev, J. Ruiz-Rivas, M. Rujoiu, G.V. Russo, F. Salesa, P. Sapienza, F. Schöck, J.-P. Schuller, F. Schüssler, T. Seitz, R. Shanidze, F. Simeone, A. Spies, M. Spurio, J.J.M. Steijger, Th. Stolarczyk, A. Sánchez-Losa, M. Taiuti, Christian Tamburini, S. Toscano, B. Vallage, V. van Elewyck, G. Vannoni, M. Vecchi, P. Vernin, S. Wagner, G. Wijnker, J. Wilms, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zúñiga
article
Astroparticle Physics, 2012, 35, pp.634-640. ⟨10.1016/j.astropartphys.2012.02.007⟩
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https://arxiv.org/pdf/1110.2656 BibTex
titre
Magmato-Tectonic Cyclicity at the Ultra-Slow Spreading Southwest Indian Ridge: Evidence from Variations of Axial Volcanic Ridge Morphology and Abyssal Hills Pattern.
auteur
Véronique Mendel, Daniel Sauter, Céline Rommevaux-Jestin, Philippe Patriat, Fabrice Lefebvre, Lindsay M. Parson
article
Translated World Seismology, 2012, 3, pp.59-80
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BibTex
titre
A method for detection of muon induced electromagnetic showers with the ANTARES detector
auteur
J. A. Aguilar, Imen Al Samarai, A. Albert, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, A. C. Assis Jesus, T. Astraatmadja, J. J. Aubert, B. Baret, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, A. Bigi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, M. Bou-Cabo, B. Bouhou, M. C. Bouwhuis, J. Brunner, J. Busto, F. Camarena, A. Capone, C. Carloganu, G. Carminati, J. Carr, S. Cecchini, Z. Charif, P. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, H. Costantini, P. Coyle, C. Curtil, M. P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, A. Enzenhöfer, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, P. Fermani, M. Ferri, V. Flaminio, F. Folger, U. Fritsch, J.-L. Fuda, S. Galatà, Pascal Gay, G. Giacomelli, V. Giordano, J. P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, H. van Haren, J. Hartman, A. J. Heijboer, Y. Hello, J. J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hössl, C. C. Hsu, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, O. Kavatsyuk, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, P. Lamare, G. Larosa, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martinez-Mora, A. Meli, T. Montaruli, L. Moscoso, H. Motz, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G. E. P\uav\uala\cs, K. Payet, P. Payre, J. Petrovic, P. Piattelli, N. Picot-Clemente, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, C. Reed, C. Richardt, R. Richter, C. Rivière, A. Robert, K. Roensch, A. Rostovtsev, J. Ruiz-Rivas, M. Rujoiu, G. V. Russo, F. Salesa, P. Sapienza, F. Schöck, J. P. Schuller, F. Schüssler, R. Shanidze, F. Simeone, A. Spies, M. Spurio, J. J. M. Steijger, T. Stolarczyk, A. Sánchez-Losa, M. Taiuti, Christian Tamburini, S. Toscano, B. Vallage, V. van Elewyck, G. Vannoni, M. Vecchi, P. Vernin, G. Wijnker, J. Wilms, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zúñiga
article
Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section A: Accelerators, Spectrometers, Detectors and Associated Equipment, 2012, 675, pp.56-62. ⟨10.1016/j.nima.2012.01.060⟩
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https://arxiv.org/pdf/1106.0426 BibTex
titre
Search for Neutrino Emission from Gamma-Ray Flaring Blazars with the ANTARES Telescope
auteur
S. Adrián-Martínez, Imen Al Samarai, A. Albert, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, T. Astraatmadja, J.-J. Aubert, B. Baret, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, M. Bou-Cabo, B. Bouhou, M.C. Bouwhuis, J. Brunner, J. Busto, F. Camarena, A. Capone, C. Cârloganu, G. Carminati, J. Carr, S. Cecchini, Z. Charif, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, L. Core, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, C. Curtil, G. de Bonis, M.P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, A. Enzenhöfer, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, K. Fehn, P. Fermani, M. Ferri, S. Ferry, V. Flaminio, F. Folger, U. Fritsch, J.-L. Fuda, S. Galatà, Pascal Gay, K. Geyer, G. Giacomelli, V. Giordano, J.P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, H. van Haren, J. Hartman, A.J. Heijboer, Y. Hello, J.J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hössl, C.C. Hsu, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, O. Kavatsyuk, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, G. Lambard, G. Larosa, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Louis, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiott, J.A. Martínez-Mora, A. Meli, T. Montaruli, N. Morganti, L. Moscoso, H. Motz, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G.E. Păvălaş, K. Payet, P. Payre, J. Petrovic, P. Piattelli, N. Picot-Clemente, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, C. Reed, G. Riccobene, C. Richardt, R. Richter, C. Rivière, A. Robert, K. Roensch, A. Rostovtsev, J. Ruiz-Rivas, M. Rujoiu, G.V. Russo, F. Salesa, D.F.E. Samtleben, P. Sapienza, F. Schöck, J.-P. Schuller, F. Schüssler, T. Seitz, R. Shanidze, F. Simeone, A. Spies, M. Spurio, J.J.M. Steijger, Th. Stolarczyk, A. Sánchez-Losa, M. Taiuti, Christian Tamburini, S. Toscano, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, G. Vannoni, M. Vecchi, P. Vernin, Eelco Visser, S. Wagner, G. Wijnker, J. Wilms, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zúñiga
article
Astroparticle Physics, 2012, 36, pp.204-210. ⟨10.1016/j.astropartphys.2012.06.001⟩
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https://arxiv.org/pdf/1111.3473 BibTex
titre
Magnetotactic Bacteria in Microcosms Originating from the French Mediterranean Coast Subjected to Oil Industry Activities
auteur
Anne Postec, Nicolas Tapia, Alain Bernadac, Manon Bartoli, Sylvain Davidson, Long-Fei Wu, Bernard Ollivier, Nathalie Pradel
article
Microbial ecology, 2012, 63, pp.1-11. ⟨10.1007/s00248-011-9910-z⟩
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BibTex
titre
Microbial culturomics: paradigm shift in the human gut microbiome study
auteur
C. Lagier, Fabrice Armougom, M. Million, P. Hugon, I. Pagnier, Cédric Robert Robert, F. Bittar, G. Fournous, G. Gimenez, M. Maraninchi, J.-F. Trape, E.V. Koonin, B. La Scola, Didier Raoult
article
Clinical Microbiology and Infection, 2012, 18 (12), pp.1185 - 1193. ⟨10.1111/1469-0691.12023⟩
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titre
Tungsten-enhanced growth of Methanosphaera stadtmanae
auteur
Bédis Dridi, Saber Khelaifia, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Michel Drancourt
article
BMC Research Notes, 2012, 5, pp.238. ⟨10.1186/1756-0500-5-238⟩
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https://hal.science/hal-00746580/file/document%289%29.pdf BibTex
titre
Microbial culturomics: paradigm shift in the human gut microbiome study
auteur
Fabrice Armougom, Matthieu Million, P. P. Hugon, I. I. Pagnier, C. C. Robert, F. F. Bittar, G. G. Fournous, G. G. Gimenez, Marie M. Maraninchi, Jean-François Trape, E. V. E. V. Koonin, B. B. La Scola, Didier Raoult, Jean-Christophe Lagier
article
Clinical Microbiology and Infection, 2012, 18 (12), pp.1185 - 1193. ⟨10.1111/1469-0691.12023⟩
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titre
Nitrogen-limited mangrove ecosystems conserve N through dissimilatory nitrate reduction to ammonium
auteur
Sheryl Fernandes, Patricia Bonin, Valerie Michotey, Nicole Garcia, P. A. Lokabharathi
article
Scientific Reports, 2012, 2, pp.419. ⟨10.1038/srep00419⟩
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https://hal.science/hal-00714213/file/srep00419-1.pdf BibTex
titre
The ANTARES Telescope Neutrino Alert System
auteur
M. Ageron, J. A. Aguilar, Imen Al Samarai, A. Albert, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, A. C. Assis Jesus, T. Astraatmadja, J-J. Aubert, B. Baret, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, A. Bigi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, M. Bou-Cabo, B. Bouhou, M. C. Bouwhuis, J. Brunner, J. Busto, F. Camarena, A. Capone, C. Cârloganu, G. Carminati, J. Carr, S. Cecchini, Z. Charif, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, H. Costantini, P. Coyle, C. Curtil, M. P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, A. Enzenöfer, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, P. Fermani, M. Ferri, V. Flaminio, F. Folger, U. Fritsch, J.-L. Fuda, S. Galatà, Pascal Gay, G. Giacomelli, V. Giordano, J. Gòmez-González, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, H. van Haren, J. Hartman, A. J. Heijboer, Y. Hello, J. J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hössl, C. C. Hsu, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, O. Kavatsyuk, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, P. Lamar, G. Larosa, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martínez-Mora, A. Meli, T. Montaruli, L. Moscoso, H. Motz, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G. E. Păvălaş, K. Payet, P. Payre, J. Petrovic, P. Piattelli, N. Picot-Clemente, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, C. Reed, C. Richardt, R. Richter, C. Rivière, A. Robert, K. Roensch, A. Rostovtsev, J. Ruiz-Rivas, M. Rujoiu, G. V. Russo, F. Salesa, P. Sapienza, F. Schöck, J-P. Schuller, F. Schüssler, R. Shanidze, F. Simeone, A. Spies, M. Spuriol, J. J. M. Steijger, Th. Stolarczyk, A. Sànchez-Losa, M. Taiuti, Christian Tamburini, S. Toscano, B. Vallage, V. van Elewyck, G. Vannoni, M. Vecchi, P. Vernin, G. Wijnker, J. Wilms, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zùñiga
article
Astroparticle Physics, 2012, 35, pp.530-536. ⟨10.1016/j.astropartphys.2011.11.011⟩
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https://arxiv.org/pdf/1103.4477 BibTex
titre
Denitrification prevails over anammox in tropical mangrove sediments (Goa, India)
auteur
Sheryl Fernandes, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Patricia Bonin, P. A. Loka Bharathi
article
Marine Environmental Research, 2012, 74, pp.9-19. ⟨10.1016/j.marenvres.2011.11.008⟩
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BibTex
titre
Mimicking floodplain reconnection and disconnection using 15N mesocosm incubations
auteur
N. Welti, E. Bondar-Kunze, M. Mair, Patricia Bonin, W. Wanek, Gilles Pinay, T. Hein
article
Biogeosciences, 2012, 9 (11), pp.4263-4278. ⟨10.5194/bg-9-4263-2012⟩
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https://univ-rennes.hal.science/hal-01097829/file/bg-9-4263-2012.pdf BibTex
titre
Comparative meta-analysis of the effect of Lactobacillus species on weight gain in humans and animals
auteur
Matthieu Million, Emmanouil Angelakis, Mical Paul, Fabrice Armougom, Leonard Leibovici, Didier Raoult
article
Microbial Pathogenesis, 2012, 53 (2), pp.100-108. ⟨10.1016/j.micpath.2012.05.007⟩
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https://amu.hal.science/hal-01773004/file/1-s2.0-S0882401012001106-main.pdf BibTex
titre
How to analyse bioluminescence time series from in situ observatories? Example from high frequency records and real time data at the ANTARES site
auteur
Severine Martini, David Nerini, Christian Tamburini
article
Luminescence, 2012, 27 (2), pp.139-140
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BibTex
titre
Kinetics of aerobic phenol biodegradation by the acidophilic and hyperthermophilic archaeon Sulfolobus solfataricus 98/2
auteur
Pierre Christen, Armando Vega, Laurie Casalot, Gwenola Simon, Richard Auria
article
Biochemical Engineering Journal, 2012, 62, pp.56-61. ⟨10.1016/j.bej.2011.12.012⟩
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Conference papers

titre
Utilisation d’enzymes pour intensifier la production de biohydrogène par fermentation à partir de résidus lignocellulosiques
auteur
Hélène Carrère, Marianne Quéméneur, Marine Bittel, Eric Trably, Claire Dumas, Jean-Philippe Steyer
article
Pollutec 2012, Nov 2012, Lyon, France
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titre
Effects of pressure, temperature and salinity on metabolic activity of anaerobic strains
auteur
Vanessa Barsotti, Sébastien Dupraz, Catherine Joulian, Fabienne Battaglia-Brunet, Claire Sergeant, Bernard Ollivier, Françis Garrido
article
7th International Conference on High Pressure Bioscience and Biotechnology (HPBB2012), Oct 2012, Kyoto, Japan
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titre
Identification des liens entre communautés associées au cycle de l'azote par méthode d'enrichissement isotopique: Application aux zones d'interfaces aérobie/anaérobie des sédiments marins
auteur
Valerie Michotey
article
Identification des liens entre communautés associées au cycle de l'azote par méthode d'enrichissemen, Oct 2012, Clermont Ferrand, France
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titre
Diversity of gorgonian-associated bacterial communities in Northwestern Mediterranean Sea
auteur
Marie La Riviere, Marie Roumagnac, Joaquim Garrabou, M. Bally
article
The 14th International Symposium on Microbial Ecology (ISME), Aug 2012, Copenhague, Denmark
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titre
Hydrogen production from wheat straw by dark fermentation : Impact of enzymatic pretreatment and enzyme addition
auteur
Claire Dumas, Marianne Quemeneur, Marine Bittel, Eric Trably, Laurent Fourage, Gilles Ravot, Jean-Philippe Steyer, Hélène Carrère
article
8.International Conference on Renewable Resources and Biorefineries (RRB-8), Université de Toulouse. FRA., Jun 2012, Toulouse, France
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titre
Use of biotic factors to stabilize or improve the fermentative hydrogen production in mixed cultures
auteur
Yan Rafrafi, Marianne Quemeneur, Eric Trably, Eric Latrille, Jérôme J. Hamelin, Jean-Philippe Steyer, Marie-Thérèse Giudici-Orticoni, Isabelle Meynial-Salles
article
19. World Hydrogen Energy Conference - WHEC 2012, Canadian Hydrogen and Fuel Cell Association. CAN., Jun 2012, Toronto, Canada
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titre
Enhanced fermentative hydrogen production from wheat straw by enzyme mixture addition
auteur
Marianne Quemeneur, Marine Bittel, Eric Trably, Claire Dumas, Laurent Fourage, Gilles Ravot, Jean-Philippe Steyer, Hélène Carrère
article
19. World Hydrogen Energy Conference - WHEC 2012, Canadian Hydrogen and Fuel Cell Association. CAN., Jun 2012, Toronto, Canada
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titre
How to analyse bioluminescence time series from in situ observatories ? Example from high frequency records and real time data at the ANTARES site.
auteur
Severine Martini, Christian Tamburini, David Nerini
article
International symposium on bioluminescence and chemiluminescence (17th), May 2012, Guelph, Canada
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titre
Systems biology approaches at cellular level in the model organism Ectocarpus siliculosus to better understand brown algal physiology
auteur
Thierry Tonon, Patricia Bonin, Sylvain Prigent, Z. Shao, Agnès Groisillier, Sylvie Rousvoal, Sophie Goulitquer, Jérémie Bourdon, Damien Eveillard, Catherine Boyen, Anne Siegel
article
Esil 2012: algal post-genomics, Apr 2012, Roscoff, France
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Book sections

titre
Les cycles biogéochimiques.
auteur
J.C. Bertrand, P. Bonin, Pierre Caumette, Jean-Pierre Gattuso, Georges Gregorio, Remy Guyoneaud, Xavier Leroux, Robert Matheron, Franck Poly
article
Ecologie Microbienne : Microbiologie des milieux naturels anthropisés, Presses de l'Université de Pau et des Pays de l'Adour, pp.545-657, 2012, 978-2-35311-022-3
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titre
Les conditions de vie extrêmes sur la planète et exobiologie
auteur
Jean Luc Cayol, Bernard Ollivier, Didier Alazard, Ricardo Amils, Anne Godfroy, Florence Piette, Daniel Prieur
article
Ecologie microbienne, Presses Universitaires de Pau et des Pays de l'Adour, pp.363-408, 2012
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Other publications

titre
Bactéries de l'extrême.
auteur
Bernard Ollivier, Patrick Gregoire
article
2012, pp.63
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titre
Les micro-rois du pétrole
auteur
Bernard Ollivier
article
2012
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Patents

titre
Culture et detection d'une Archaea méthanogène.
auteur
B Dridi, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Didier Raoult, Michel Drancourt
article
France, N° de brevet: N° H52 888 cas 8 PCT/MD. MIO:12-093. 2012
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Poster communications

titre
Microbial communities associated with alkaline hydrothermal systems of Prony Bay, New Caledonia
auteur
Gaël Erauso, Anne Postec, Marianne Quemeneur, Fatma Benaïssa, Jérôme Hamelin, Benedicte Menez, Emmanuelle Gérard, Martine Gérard, Bernard Pelletier, Claude Payri, Marie-Laure Fardeau, Bernard Ollivier
article
14. International Symposium on Microbial Ecology (ISME14) "The Power of the Small", Aug 2012, Copenhague, Denmark. 2012
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titre
Interspecies interactions for triggering the hydrogen fermentative metabolism in mixed cultures: biotic factors can stabilize or improve production
auteur
Jérôme Hamelin, Yan Rafrafi, Marianne Quéméneur, Eric Latrille, Isabelle Meynial-Salles, Jean-Philippe Steyer, Marie-Thérèse Guidici-Orticoni, Eric Trably
article
14. International Symposium on Microbial Ecology (ISME14) "The Power of the Small", Aug 2012, Copenhague, Denmark. 2012
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2011

Journal articles

titre
Anaerobic oxidation of n-alkenes by sulphate-reducing bacteria from the genus Desulfatiferula: n-Ketones as potential metabolites
auteur
Vincent Grossi, Cristiana Cravo-Laureau, Jean-Francois Rontani, Magali Cros, Agnès Hirschler-Réa
article
Research in Microbiology, 2011, 162 (9), pp.915-922. ⟨10.1016/j.resmic.2011.07.004⟩
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BibTex
titre
Isolation and characterization of Thermanaerothrix daxensis gen. nov., sp. nov., a thermophilic anaerobic bacterium pertaining to the phylum "Chloroflexi", isolated from a deep hot aquifer in the Aquitaine Basin.
auteur
Patrick Gregoire, Marie Laure Fardeau, Manon Joseph, Sophie Guasco, F Hamaide, S Biasutti, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Bernard Ollivier
article
Systematic and Applied Microbiology, 2011, 34 (7), pp.494-7
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BibTex
titre
Desulfovibrio piezophilus sp. nov., a piezophilic, sulfate-reducing bacterium isolated from wood falls in the Mediterranean Sea.
auteur
Saber Khelaifia, Marie Laure Fardeau, Nathalie Pradel, Clement Aussignargues, Marc Garel, Christian Tamburini, Jean Luc Cayol, Sylvie Gaudron, Françoise Gaill, Bernard Ollivier
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2011, 61 (Pt 11), pp.2706-11. ⟨10.1099/ijs.0.028670-0⟩
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BibTex
titre
Local sensing of global DNA topology: from crossover geometry to type II topoisomerase processivity
auteur
Y. Timsit
article
Nucleic Acids Research, 2011, 39 (20), pp.8665-8676
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BibTex
titre
ClbP is a prototype of a peptidase subgroup involved in biosynthesis of nonribosomal peptides.
auteur
D Dubois, O Baron, A Cougnoux, J Delmas, Nathalie Pradel, M Boury, B Bouchon, M Bringer, J Nougayrède, E Oswald, R Bonnet
article
Journal of Biological Chemistry, 2011, 286 (41), pp.35562-70. ⟨10.1074/jbc.M111.221960⟩
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https://hal.science/hal-00748957/file/2011_dubois_j.biol.chem_1.pdf BibTex
titre
ClbP Is a Prototype of a Peptidase Subgroup Involved in Biosynthesis of Nonribosomal Peptides
auteur
Damien Dubois, Olivier Baron, Antony Cougnoux, Julien Delmas, Nathalie Pradel, Michèle Boury, Bernadette Bouchon, Marie-Agnès Bringer, Jean-Philippe Nougayrède, Eric Oswald, Richard Bonnet
article
Journal of Biological Chemistry, 2011, 286 (41), pp.35562-35570. ⟨10.1074/jbc.M111.221960⟩
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BibTex
titre
Towards engineering O2-tolerance in NiFe Hydrogenases
auteur
Pierre-Pol Liebgott, Sébastien Dementin, Christophe Léger, Marc Rousset
article
Energy and Environment, 2011, 4, pp.33-41
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BibTex
titre
Original design of an oxygen-tolerant [NiFe] Hydrogenase : Major effect of a valine-to-cysteine mutation near the active site.
auteur
Pierre-Pol Liebgott, A. de Lacey, Bénédicte Burlat, Laurent Cournac, P. Richaud, Myriam Brugna, V.M. Fernandez, Bruno Guigliarelli, Marc Rousset, Christophe Léger, Sébastien Dementin
article
Journal of the American Chemical Society, 2011, 133, pp.986-987
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BibTex
titre
Changes in hydrogenase genetic diversity and proteomic patterns in mixed culture dark fermentation of mono-, di- and tri-saccharides
auteur
Marianne Quéméneur, Jérôme Hamelin, Saida Benomar, Marie-Thérèse Guidici-Orticoni, Eric Latrille, Jean-Philippe Steyer, Eric Trably
article
International Journal of Hydrogen Energy, 2011, 36 (18), pp.11654-11665. ⟨10.1016/j.ijhydene.2011.06.010⟩
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https://hal.science/hal-00677381/file/OA_Quemeneur_sacch_IJHE-D-11-00980R1_07%20%281%29.pdf BibTex
titre
Oxygen reduction in the strict anaerobe Desulfovibrio vulgaris Hildenborough: characterization of two membrane-bound oxygen reductases
auteur
O. Lamrabet, L. Pieulle, C. Aubert, F. Mouhamar, P. Stocker, A. Dolla, G. Brasseur
article
Microbiology-Sgm, 2011, 157, pp.2720--2732. ⟨10.1099/mic.0.049171-0⟩
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Assimilation of marine extracellular polymeric substances by deep-sea prokaryotes in the NW Mediterranean Sea
auteur
Mehdi Boutrif, Marc Garel, Matthew T. Cottrell, Christian Tamburini
article
Environmental Microbiology Reports, 2011, 3 (6), pp.705-709. ⟨10.1111/j.1758-2229.2011.00285.x⟩
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https://hal.science/hal-00746979/file/Boutrif_etal_2011.pdf BibTex
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Rates of intra and intermolecular electron transfers in hydrogenase deduced from steady-state activity measurements
auteur
Sébastien Dementin, Bénédicte Burlat, Vincent Fourmond, Fanny Leroux, Pierre-Pol Liebgott, Abbas Abou Hamdan, Christophe Léger, Marc Rousset, Bruno Guigliarelli, Patrick Bertrand
article
Journal of the American Chemical Society, 2011, 133 (26), pp.10211-10221. ⟨10.1021/ja202615a⟩
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Rates of Intra- and Intermolecular Electron Transfers in Hydrogenase Deduced from Steady-State Activity Measurements
auteur
Sébastien Dementin, Bénédicte Burlat, Vincent Fourmond, Fanny Leroux, Pierre-Pol Liebgott, Abbas Abou Hamdan, Christophe Léger, Marc Rousset, Bruno Guigliarelli, Patrick Bertrand
article
Journal of the American Chemical Society, 2011, 133 (26), pp.10211-10221
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The genome sequence of Brucella pinnipedialis B2/94 sheds light on the evolutionary history of the genus Brucella
auteur
Stéphane Audic, Magali Lescot, Jean-Michel Claverie, Axel Cloeckaert, Michel S. Zygmunt
article
BMC Evolutionary Biology, 2011, 11, pp.200. ⟨10.1186/1471-2148-11-200⟩
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https://hal.science/hal-01258246/file/art_10.1186_1471-2148-11-200.pdf BibTex
titre
The anaerobe-specific orange protein complex of Desulfovibrio vulgaris hildenborough is encoded by two divergent operons coregulated by ?54 and a cognate transcriptional regulator.
auteur
Anouchka Fiévet, Laetitia My, E. Cascales, Mireille Ansaldi, Sofia R Pauleta, Isabel Moura, Zorah Dermoun, Christophe S Bernard, Alain Dolla, Corinne Aubert
article
Journal of Bacteriology, 2011, 193 (13), pp.3207--19. ⟨10.1128/JB.00044-11⟩
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Oxygen uptake rates in the hyperthermophilic anaerobe Thermotoga maritima grown in a bioreactor under controlled oxygen exposure: clues to its defence strategy against oxidative stress.
auteur
Raja Lakhal, Richard Auria, Sylvain Davidson, Bernard Ollivier, Marie-Claire Durand, Alain Dolla, M Hamdi, Yannick Combet-Blanc
article
Archives of Microbiology, 2011, 193 (6), pp.429-38. ⟨10.1007/s00203-011-0687-8⟩
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Emerging concepts on microbial processes in the bathypelagic ocean-ecology, biogeochemistry, and genomics
auteur
Toshi Nagata, Christian Tamburini, Javier Arístegui, Federico Baltar, Alexander B. Bochdansky, Serena Fonda-Umani, Hideki Fukuda, Alexandra Gogou, Dennis A. Hansell, Roberto Hansman, Gerhard J. Herndl, Christos Panagiotopoulos, Thomas Reinthaler, Rumi Sohrin, Pedro Verdugo, Namiha Yamada, Youhei Yamashita, Taichi Yokokawa, Douglas H. Barlett
article
Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, 2011, 57 (16), pp.1519-1536. ⟨10.1016/j.dsr2.2010.02.019⟩
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https://hal.science/hal-00591525/file/Nagata%20et%20al.%202010.pdf BibTex
titre
Caldicoprobacter algeriensis sp. nov. a new thermophilic anaerobic, xylanolytic bacterium isolated from an Algerian hot spring.
auteur
Amel Bouanane-Darenfed, Marie Laure Fardeau, Patrick Gregoire, Manon Joseph, Salima Kebbouche-Gana, Tahar Benayad, Hocine Hacene, Jean Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Current Microbiology, 2011, 62 (3), pp.826-32. ⟨10.1007/s00284-010-9789-9⟩
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pAMT11, a novel plasmid isolated from a Thermococcus sp. strain closely related to the virus-like integrated element TKV1 of the Thermococcus kodakaraensis genome.
auteur
Mathieu Gonnet, Gaël Erauso, Daniel Prieur, Marc Le Romancer
article
Research in Microbiology, 2011, 162 (2), pp.132-143. ⟨10.1016/j.resmic.2010.11.003⟩
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Cytosine, the double helix and DNA self-assembly
auteur
Y. Timsit, Peter Varnai
article
Journal of Molecular Recognition, 2011, 24 (2), pp.137-138
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Study of the Thiol/Disulfide Redox Systems of the Anaerobe Desulfovibrio vulgaris Points Out Pyruvate:Ferredoxin Oxidoreductase as a New Target for Thioredoxin 1
auteur
Laetitia Pieulle, Pierre Stocker, Manon Vinay, Matthieu Nouailler, Nicolas Vita, Gaël Brasseur, Edwige Garcin, Corinne Sebban-Kreuzer, Alain Dolla
article
Journal of Biological Chemistry, 2011, 286 (10), pp.7812--7821. ⟨10.1074/jbc.M110.197988⟩
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Functional versus phylogenetic fingerprint analyses for monitoring hydrogen-producing bacterial populations in dark fermentation cultures
auteur
Marianne Quéméneur, Jérôme Hamelin, Eric Latrille, Jean-Philippe Steyer, Eric Trably
article
International Journal of Hydrogen Energy, 2011, 36 (6), pp.3870 - 3879. ⟨10.1016/j.ijhydene.2010.12.100⟩
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https://amu.hal.science/hal-01809618/file/OA_Quemeneur_IJHE_HE-D-10-02531_33.pdf BibTex
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Effect of reactive oxygen and carbonyl species on crucial cellular antioxidant enzymes
auteur
Jean-François Lesgards, Cyrielle Gauthier, Juan Iovanna, Nicolas Nvidal@mnhn.Fr Vidal, Alain Dolla, Pierre Stocker
article
Chemico-Biological Interactions, 2011, 190 (1), pp.28--34. ⟨10.1016/j.cbi.2010.12.028⟩
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titre
Time Calibration of the ANTARES Neutrino Telescope
auteur
J.A. Aguilar, Imen Al Samarai, A. Albert, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, A.C. Assis Jesus, T. Astraatmadja, J.J. Aubert, R. Auer, B. Baret, S. Basa, M. Bazzotti, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, M. Bou-Cabo, M.C. Bouwhuis, A.M. Brown, J. Brunner, J. Busto, F. Camarena, A. Capone, C. Cârloganu, G. Carminati, J. Carr, S. Cecchini, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, H. Costantini, N. Cottini, P. Coyle, C. Curtil, M.P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, F. Fehr, V. Flaminio, U. Fritsch, J.-L. Fuda, S. Galata, Pascal Gay, G. Giacomelli, J.P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, H. van Haren, A.J. Heijboer, Y. Hello, J.J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hössl, C.C. Hsu, M. de Jong, M. Kadler, N. Kalantar-Nayestanaki, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, P. Lamare, G. Larosa, Dominique Lefèvre, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Lucarelli, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J.A. Martinez-Mora, A. Mazure, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, H. Motz, C. Naumann, M. Neff, D. Palioselitis, G.E. Păvălaş, P. Payre, J. Petrovic, P. Piattelli, N. Picot-Clemente, C. Picq, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, C. Reed, G. Riccobene, C. Richardt, M. Rujoiu, G.V. Russo, F. Salesa, P. Sapienza, F. Schöck, J.P. Schuller, R. Shanidze, F. Simeone, A. Spies, M. Spurio, J.J.M. Steijger, Th. Stolarczyk, M. Taiuti, Christian Tamburini, L. Tasca, S. Toscano, B. Vallage, V. van Elewyck, G. Vannoni, M. Vecchi, P. Vernin, G. Wijnker, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zúñiga
article
Astroparticle Physics, 2011, 34 (7), pp.539-549. ⟨10.1016/j.astropartphys.2010.12.004⟩
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https://hal.science/hal-00722474/file/PEER_stage2_10.1016%252Fj.astropartphys.2010.12.004.pdf BibTex
titre
Original Design of an Oxygen-Tolerant [NiFe] Hydrogenase: Major Effect of a Valine-to-Cysteine Mutation near the Active Site
auteur
Pierre-Pol Liebgott, Antonio L de Lacey, Bénédicte Burlat, Laurent Cournac, Pierre Richaud, Myriam Brugna, Victor Fernandez, Bruno Guigliarelli, Marc Rousset, Christophe Léger, Sébastien Dementin
article
Journal of the American Chemical Society, 2011, 133 (4), pp.986-997. ⟨10.1021/ja108787s⟩
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titre
INVOLVEMENT OF MICROCYSTINS AND COLONY SIZE IN THE BENTHIC RECRUITMENT OF THE CYANOBACTERIUM MICROCYSTIS (CYANOPHYCEAE)1
auteur
Benjamin Misson, Marion Sabart, Christian Amblard, Delphine Latour
article
European Journal of Phycology, 2011, 47 (1), pp.42 - 51. ⟨10.1111/j.1529-8817.2010.00943.x⟩
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titre
Proposal that the arsenite-oxidizing organisms, Thiomonas cuprina and "Thiomonas arsenivorans" be reclassified as strains of Thiomonas delicata
auteur
Fabienne Battaglia-Brunet, Hafida El Achbouni, Marianne Quéméneur, Kevin B. Hallberg, Donovan P. Kelly, Catherine Joulian
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2011, 61 (décembre 2011), pp.2816-2821. ⟨10.1099/ijs.0.023408-0⟩
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titre
Search for a diffuse flux of high-energy νμ with the ANTARES neutrino telescope
auteur
J.A. Aguilar, Imen Al Samarai, A. Albert, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, A.C. Assis Jesus, T. Astraatmadja, J.-J. Aubert, R. Auer, B. Baret, S. Basa, M. Bazzotti, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, M. Bou-Cabo, M.C. Bouwhuis, A.M. Brown, J. Brunner, J. Busto, F. Camarena, A. Capone, C. Cârloganu, G. Carminati, J. Carr, S. Cecchini, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, H. Costantini, N. Cottini, P. Coyle, C. Curtil, M.P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, F. Fehr, V. Flaminio, F. Folger, U. Fritsch, J.-L. Fuda, S. Galata, Pascal Gay, G. Giacomelli, J.P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, H. van Haren, A.J. Heijboer, Y. Hello, J.J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hössl, C.C. Hsu, M. de Jong, M. Kadler, N. Kalantar-Nayestanaki, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, P. Lamare, G. Larosa, Dominique Lefèvre, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Lucarelli, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J.A. Martinez-Mora, A. Mazure, A. Meli, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, H. Motz, C. Naumann, M. Neff, D. Palioselitis, G.E. Păvălaş, P. Payre, J. Petrovic, P. Piattelli, N. Picot-Clemente, C. Picq, V. Popa, Thierry Pradier, E. Presani, C. Racca, C. Reed, G. Riccobene, C. Richardt, K. Roensch, A. Rostovtsev, M. Rujoiu, G.V. Russo, F. Salesa, P. Sapienza, F. Schöck, J.-P. Schuller, R. Shanidze, F. Simeone, A. Spies, M. Spurio, J.J.M. Steijger, Th. Stolarczyk, M. Taiuti, Christian Tamburini, L. Tasca, S. Toscano, B. Vallage, V. van Elewyck, G. Vannoni, M. Vecchi, P. Vernin, G. Wijnker, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zúñiga
article
Nuclear Physics B, 2011, 696 (1-2), pp.16-22. ⟨10.1016/j.physletb.2010.11.070⟩
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https://arxiv.org/pdf/1011.3772 BibTex
titre
Acoustic and optical variations during rapid downward motion episodes in the deep north-western Mediterranean Sea
auteur
H. van Haren, I. Taupier-Letage, J.A. Aguilar, A. Albert, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, A.C. Assis Jesus, T. Astraatmadja, J.-J. Aubert, R. Auer, B. Baret, S. Basa, M. Bazzotti, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, M. Bou-Cabo, M.C. Bouwhuis, A. Brown, J. Brunner, J. Busto, F. Camarena, A. Capone, G. Carminati, J. Carr, D. Castel, E. Castorina, V. Cavasinni, S. Cecchini, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, H. Costantini, N. Cottini, P. Coyle, C. Curtil, G. de Bonis, M.P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, F. Fehr, V. Flaminio, K. Fratini, U. Fritsch, J.-L. Fuda, G. Giacomelli, J.P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, A.J. Heijboer, Y. Hello, J.J. Hernández-Rey, J. Hössl, M. de Jong, N. Kalantar-Nayestanaki, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, W. Kretschmer, R. Lahmann, P. Lamare, G. Lambard, G. Larosa, H. Laschinsky, Dominique Lefèvre, G. Lelaizant, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Lucarelli, K. Lyons, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J.A. Martinez-Mora, G. Maurin, A. Mazure, M. Melissas, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, H. Motz, C. Naumann, M. Neff, R. Ostasch, G. Palioselitis, G.E. Păvălaş, P. Payre, J. Petrovic, P. Piattelli, N. Picot-Clemente, C. Picq, R. Pillet, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, A. Radu, C. Reed, G. Riccobene, C. Richardt, M. Rujoiu, G.V. Russo, F. Salesa, F. Schoeck, J.-P. Schuller, R. Shanidze, F. Simeone, M. Spurio, J.J.M. Steijger, Th. Stolarczyk, Christian Tamburini, L. Tasca, S. Toscano, B. Vallage, V. van Elewyck, M. Vecchi, P. Vernin, G. Wijnker, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zúñiga, M. Anghinolfi
article
Deep Sea Research Part I: Oceanographic Research Papers, 2011, 58, pp.875-884. ⟨10.1016/j.dsr.2011.06.006⟩
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https://arxiv.org/pdf/1111.6482 BibTex
titre
An oxygen reduction chain in the hyperthermophilic anaerobe Thermotoga maritima highlights horizontal gene transfer between Thermococcales and Thermotogales
auteur
C. Le Fourn, G. Brasseur, Céline Brochier-Armanet, L. Pieulle, A. Brioukhanov, B. Ollivier, A. Dolla
article
Environmental Microbiology, 2011, 13, pp.2132-45. ⟨10.1111/j.1462-2920.2011.02439.x⟩
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BibTex
titre
Characterization of specificity of bacterial community structure within the burrow environment of the marine polychaete Hediste (Nereis) diversicolor
auteur
Laura Pischedda, Cécile Militon, Franck Gilbert, Philippe Cuny
article
Research in Microbiology, 2011, 162, pp.1033-1042. ⟨10.1016/j.resmic.2011.07.008⟩
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https://hal.science/hal-00704691/file/Pischedda_6079.pdf BibTex
titre
Characterization of Halanaerocella petrolearia gen. nov., sp. nov., a new anaerobic moderately halophilic fermentative bacterium isolated from a deep subsurface hypersaline oil reservoir New taxa: Firmicutes (Class Clostridia, Order Halanaerobiales, Halobacteroidaceae, Halobacteroides)
auteur
G. Gales, N. Chehider, Catherine Joulian, Fabienne Battaglia-Brunet, Jean-Luc Cayol, Anne Postec, J. Borgomano, I. Neria-Gonzales, B.P. Lomans, Bernard Ollivier
article
Extremophiles, 2011, 15 (5), pp.565-571. ⟨10.1007/s00792-011-0387-y⟩
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titre
Anaerobic ammonium oxidation mediated by Mn-oxides: from sediment to strain level
auteur
Cedric Javanaud, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Nicole Garcia, Pierre Anschutz, Mathieu Canton, Patricia Bonin
article
Research in Microbiology, 2011, 162, pp.848-857. ⟨10.1016/j.resmic.2011.01.011⟩
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BibTex
titre
Evidence for the role of horizontal transfer in generating pVT1, a large mosaic conjugative plasmid from the clam pathogen, Vibrio tapetis.
auteur
Gaël Erauso, Fatma Lakhal, Adeline Bidault-Toffin, Patrick Le Chevalier, Philippe Bouloc, Christine Paillard, Annick Jacq
article
PLoS ONE, 2011, 6 (2), pp.e16759. ⟨10.1371/journal.pone.0016759⟩
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BibTex
titre
Interactions with M cells and macrophages as key steps in the pathogenesis of enterohemorrhagic Escherichia coli infections
auteur
L Etienne-Mesmin, B Chassaing, P Sauvanet, J Denizot, S Blanquet-Diot, A Darfeuille-Michaud, Nathalie Pradel, V Livrelli
article
PLoS ONE, 2011, 6 (8), pp.e23594. ⟨10.1371/journal.pone.0023594⟩
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https://hal.science/hal-00748909/file/journal.pone.0023594.PDF BibTex
titre
Involvement of microcystins and colony size in the benthic recruitment of the cyanobacterium Microcystis (Cyanophyceae).
auteur
Benjamin Misson, Marion Sabart, Christian Amblard, Delphine Latour
article
Journal of Phycology, 2011, 47 (1), pp.42-51
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BibTex
titre
Cultivation of the first mesophilic representative ("mesotoga") within the order Thermotogales
auteur
Wajdi Ben Hania, Ramzi Ghodbane, Anne Postec, Celine Brochier-Armanet, Moktar Hamdi, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier
article
Systematic and Applied Microbiology, 2011, 34, pp.581-585. ⟨10.1016/j.syapm.2011.04.001⟩
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BibTex
titre
ANTARES: the first undersea neutrino telescope
auteur
M. Ageron, J.A. Aguilar, Imen Al Samarai, A. Albert, F. Ameli, M. Andre, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, K. Arnaud, E. Aslanides, A.C. Assis Jesus, T. Astraatmadja, J.-J. Aubert, R. Auer, E. Barbarito, B. Baret, S. Basa, M. Bazzotti, Y. Becherini, J. Beltramelli, A. Bersani, V. Bertin, S. Beurthey, S. Biagi, C. Bigongiari, M. Billault, R. Blaes, C. Bogazzi, N. de Botton, M. Bou-Cabo, B. Boudahef, M.C. Bouwhuis, A.M. Brown, J. Brunner, J. Busto, L. Caillat, A. Calzas, F. Camarena, A. Capone, L. Caponetto, C. Cârloganu, G. Carminati, E. Carmona, J. Carr, P.H. Carton, B. Cassano, E. Castorina, S. Cecchini, A. Ceres, Th. Chaleilh, Ph. Charvis, P. Chauchotw, T. Chiarusio, M. Circellak, C. Compere, R. Coniglione, X. Coppolani, A. Cosquer, H. Cosantini, N. Cottini, P. Coyle, S. Cuneo, C. Curtil, C. d'Amato, G. Damy, R. van Dantzig, G. de Bonis, G. Decock, M.P. Decowski, I. Dekeyser, E. Delagnes, F. Desages-Ardellier, Anne Deschamps, J.-J. Destelle, F. Di Maria, B. Dinkespiler, C. Distefano, J.-L. Dominique, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, J.-F. Drogou, D. Drouhin, F. Druillole, D. Durand, R. Durand, T. Eberl, U. Emanuele, J.J. Engelen, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, E. Falchini, S. Favard, F. Fehr, F. Feinstein, M. Ferri, S. Ferry, C. Fiorello, V. Flaminio, F. Folger, U. Fritsch, J.-L. Fuda, S. Galata, S. Galeotti, Pascal Gay, Ph. Goret, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, H. van Haren, B. Hartmann, A.J. Heijboer, E. Heine, Y. Hello, S. Henry, J.J. Hernandez-Rey, B. Herold, J. Hol, J. Hogenbirk, C.C. Hsu, J.R. Hubbard, M. Jaquet, M. Jaspers, M. de Jong, D. Jourde, M. Kadler, N. Kalantar-Nayestanaki, O. Kalekin, A. Kappes, T. Karg, S. Karkar, M. Karolak, U. Katz, P. Keller, P. Kestener, E. Kok, H. Kok, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, W. Kretschmer, A. Kruijer, S. Kuch, V. Kulikovskiy, D. Lachartre, H. Lafoux, P. Lagier, R. Lahmann, C. Lahonde-Hamdoun, P. Lamare, G. Lambard, J.-C. Languillat, G. Larosa, J. Lavalle, Y. Le Guen, H. Le Provosth, A. Levansuu, Dominique Lefèvre, T. Legou, G. Lelaizant, C. Leveque, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Louis, F. Lucarelli, V. Lyashuk, P. Magnierh, S. Mangano, A. Marcel, M. Marcelin, A. Margiotta, J.A. Martinez-Mora, R. Masullor, F. Mazeas, A. Mazure, A. Meli, M. Melissas, E. Migneco, M. Mongelli, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, H. Motz, M. Musumeci, C. Naumann, M. Naumann-Godo, M. Ne, V. Niess, G.J.L. Nooren, J.E.J. Oberski, C. Olivetto, N. Palanque-Delabrouille, D. Palioselitis, R. Papaleo, G.E. Pavalas, K. Payet, P. Payre, H. Peek, J. Petrovic, P. Piattelli, N. Picot-Clemente, C. Picq, Y. Piret, J. Poinsignon, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, G. Prono, C. Racca, G. Raia, J. van Randwijk, D. Real, C. Reed, F. Rethore, P. Rewiersma, G. Riccobene, C. Richardt, R. Richter, J.S. Ricol, V. Rigaud, V. Roca, K. Roensch, J.-F. Rolin, A. Rostovtsev, A. Rottura, J. Roux, M. Rujoiu, M. Ruppi, G.V. Russo, F. Salesa, K. Salomon, P. Sapienza, F. Schmitt, F. Schock, J.-P. Schuller, F. Schussler, D. Sciliberto, R. Shanidze, E. Shirokov, F. Simeone, A. Sottoriva, A. Spies, T. Spona, M. Spurio, J.J.M. Steijger, Th. Stolarczyk, K. Streeb, L. Sulak, M. Taiuti, Christian Tamburini, C. Tao, L. Tasca, G. Terreni, D. Tezier, S. Toscano, F. Urbano, P. Valdy, B. Vallage, V. van Elewyck, G. Vannoni, M. Vecchi, G. Venekamp, B. Verlaat, P. Vernin, E. Virique, G. de Vries, R. van Wijk, G. Wobbe, E. de Wolf, Y. Yakovenko, H. Yepes, D. Zaborov, H. Zaccone, J.D. Zornoza, J. Zuniga, F. Gensolen, C. Gojak, G. Wijnker
article
Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section A: Accelerators, Spectrometers, Detectors and Associated Equipment, 2011, 656, pp.11-38. ⟨10.1016/j.nima.2011.06.103⟩
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https://arxiv.org/pdf/1104.1607 BibTex
titre
Caldilinea tarbellica sp nov., a filamentous, thermophilic, anaerobic bacterium isolated from a deep hot aquifer in the Aquitaine Basin
auteur
Patrick Gregoire, Malek Bohli, Jean Luc Cayol, Manon Bartoli, Sophie Guasco, Karine Dubourg, Jean Cambar, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2011, 61 (Part6), pp.1436-1441. ⟨10.1099/ijs.0.025676-0⟩
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titre
A Holistic Approach to Marine Eco-Systems Biology
auteur
Eric Karsenti, Silvia G. Acinas, Peer Bork, Chris Bowler, Colomban de Vargas, Jeroen Raes, Matthew Sullivan, Detlev Arendt, Francesca Benzoni, Jean-Michel Claverie, Mick Follows, Gaby Gorsky, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Stefanie Kandels-Lewis, Uros Krzic, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Stéphane Pesant, Emmanuel Georges Reynaud, Christian Sardet, Michael E. Sieracki, Sabrina Speich, Didier Velayoudon, Jean Weissenbach, Patrick Wincker
article
PLoS Biology, 2011, 9 (10), pp.e1001177. ⟨10.1371/journal.pbio.1001177⟩
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https://hal.science/hal-01893669/file/journal.pbio.1001177.PDF BibTex
titre
First Search for Point Sources of High Energy Cosmic Neutrinos with the ANTARES Neutrino Telescope
auteur
S. Adrián-Martínez, J. A. Aguilar, Imen Al Samarai, A. Albert, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, A. C. Assis Jesus, T. Astraatmadja, J-J. Aubert, B. Baret, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, A. Bigi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, M. Bou-Cabo, B. Bouhou, M. C. Bouwhuis, J. Brunner, J. Busto, F. Camarena, A. Capone, C. Carloganu, G. Carminati, J. Carr, S. Cecchini, Z. Charif, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, H. Costantini, P. Coyle, C. Curtil, M. P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, A. Enzenhöfer, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, P. Fermani, M. Ferri, V. Flaminio, F. Folger, U. Fritsch, J.-L. Fuda, S. Galatà, Pascal Gay, G. Giacomelli, V. Giordano, J. P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, H. van Haren, J. Hartman, A. J. Heijboer, Y. Hello, J. J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hössl, C. C. Hsu, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, O. Kavatsyuk, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, P. Lamare, G. Larosa, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martínez-Mora, A. Meli, T. Montaruli, L. Moscoso, H. Motz, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G. E. Pavalas, K. Payet, P. Payre, J. Petrovic, P. Piattelli, N. Picot-Clemente, V. Popa, Thierry Pradier, E. Presani, C. Racca, C. Reed, C. Richardt, R. Richter, C. Rivière, A. Robert, K. Roensch, A. Rostovtsev, J. Ruiz-Rivas, M. Rujoiu, G. V. Russo, F. Salesa, D. F. E. Samtleben, P. Sapienza, F. Schöck, J-P. Schuller, F. Schüssler, T. Seitz, R. Shanidze, F. Simeone, A. Spies, M. Spurio, J. J. M. Steijger, Th. Stolarczyk, A. Sánchez-Losa, M. Taiuti, Christian Tamburini, S. Toscano, B. Vallage, V. van Elewyck, G. Vannoni, M. Vecchi, P. Vernin, S. Wagner, G. Wijnker, J. Wilms, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zúñiga
article
The Astrophysical Journal Letters, 2011, 743, pp.L14. ⟨10.1088/2041-8205/743/1/L14⟩
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https://arxiv.org/pdf/1108.0292 BibTex
titre
Genomotyping of Coxiella burnetii using microarrays reveals a conserved genomotype for hard tick isolates
auteur
Quentin Leroy, Fabrice Armougom, Pascal Barbry, Didier Raoult
article
PLoS ONE, 2011, 6 (10), pp.e25781. ⟨10.1371/journal.pone.0025781⟩
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https://hal.science/hal-00724260/file/journal.pone.0025781.PDF BibTex
titre
Towards engineering O 2 -tolerance in [Ni–Fe] hydrogenases
auteur
Pierre-Pol Liebgott, Sébastien Dementin, Christophe Léger, Marc Rousset
article
Energy & Environmental Science, 2011, 4 (1), pp.33-41
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titre
The chemical-in-mu well: a high-throughput technique for identifying solutes eliciting a chemotactic response in motile bacteria
auteur
Joshua Armitano, Claudine Baraquet, Valerie Michotey, Vincent Mejean, Cecile Jourlin-Castelli
article
Research in Microbiology, 2011, 162, pp.934-938. ⟨10.1016/j.resmic.2011.03.001⟩
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titre
Isolation and characterization of Thermanaerothrix daxensis gen. nov., sp nov., a thermophilic anaerobic bacterium pertaining to the phylum "Chloroflexi", isolated from a deep hot aquifer in the Aquitaine Basin
auteur
Patrick Gregoire, Marie Laure Fardeau, Manon Bartoli, Sophie Guasco, Francette Hamaide, Sandra Biasutti, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Bernard Ollivier
article
Systematic and Applied Microbiology, 2011, 34, pp.494-497. ⟨10.1016/j.syapm.2011.02.004⟩
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Conference papers

titre
Biodiversité dans différents compartiments du Trias traversés par le forage ANDRA à 2000 mètres dans le Mésozoïque du Bassin de Paris
auteur
Vanessa Barsotti, Catherine Joulian, Claire Sergeant, Bernard Ollivier, Bénédicte Ménez, Claire Le Marrec, Marie-Laure Fardeau, Françis Garrido
article
13e congrès français de sédimentologie, Nov 2011, Dijon, France
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titre
Bacteria associated with the Mediterreanean gorgonian Paramuricea clavata: a spatio-temporal characterization
auteur
Marie La Riviere, Joaquim Garrabou, M. Bally
article
"Microorganisms facing their environment" International Microorganism Conference, Oct 2011, paris, France
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titre
Effects of lignocellulose-derived compounds on fermentative hydrogen-producing mixed cultures
auteur
Marianne Quéméneur, Abdellatif Barakat, Eric Trably, Jérôme J. Hamelin, Jean-Philippe Steyer, Hélène Carrère
article
1. International Conference on Biogas Microbiology, Sep 2011, Leipzig, Germany
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titre
Contributions to the 32nd International Cosmic Ray Conference (ICRC 2011) by the ANTARES collaboration
auteur
S. Adrián-Martínez, J. A. Aguilar, Imen Al Samarai, A. Albert, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, A. C. Assis Jesus, T. Astraatmadja, J-J. Aubert, B. Baret, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, A. Bigi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, M. Bou-Cabo, B. Bouhou, M. C. Bouwhuis, J. Brunner, J. Busto, F. Camarena, A. Capone, C. Carloganu, G. Carminati, J. Carr, S. Cecchini, Z. Charif, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusto, C. Curtil, G. de Bonis, M. P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, A. Enzenhöfer, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, P. Fermani, M. Ferri, V. Flaminio, F. Folger, U. Fritsch, J.-L. Fuda, S. Galatà, Pascal Gay, G. Giacomelli, V. Giordano, J. P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, H. van Haren, J. Hartman, A. J. Heijboer, Y. Hello, J. J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hössl, C. C. Hsu, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, O. Kavatsyuk, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, P. Lamare, G. Larosa, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martínez-Mora, A. Meli, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, H. Motz, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G. E. Pavalas, K. Payet, P. Payre, J. Petrovic, P. Piattelli, N. Picot-Clemente, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, C. Reed, G. Riccobene, C. Richardt, R. Richter, C. Rivière, A. Robert, K. Roensch, A. Rostovtsev, J. Ruiz-Rivas, M. Rujoiu, G. V. Russo, F. Salesa, P. Sapienza, F. Schöck, J-P. Schuller, F. Schüssler, T. Seitz, R. Shanidze, F. Simeone, A. Spies, M. Spurio, J. J. M. Steijger, Th. Stolarczyk, A. Sánchez-Losa, M. Taiuti, Christian Tamburini, S. Toscano, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, G. Vannoni, M. Vecchi, P. Vernin, S. Wagner, G. Wijnker, J. Wilms, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zúñiga
article
32nd International Cosmic Ray Conference (ICRC 2011), Aug 2011, Beijing, China
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https://arxiv.org/pdf/1112.0478 BibTex
titre
Quantification des activités du cycle de l'azote dans des sédiments soumis à des apports d'eau douce: impact sur l'état d'eutrophisation de l'écosystème
auteur
Imen Zaghmouri, Patricia Bonin, Valerie Michotey
article
Lagun'R, Mar 2011, Aix en Provence, France. pp.178-182
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Book sections

titre
Apports de la génomique descriptive et fonctionnelle en écologie microbienne. Chapitre 18
auteur
Philippe Bertin, Valerie Michotey, Philippe Normand
article
Ecologie Microbienne : Microbiologie des milieux naturels et anthropisés, Presses Universitaires de Pau et des Pays de l'Adour, 1004 p., 2011, 2-35311-022-3 9782353110223
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titre
Hydrocarbon degradation in coastal muddy areas and anoxic ecosystems (DHYVA project): Role of bacterial mechanisms and bioturbation effects on the biodisponibility of organic pollutants
auteur
Magalie Stauffert, Lionel Huang, Isabelle Vitte, Ronan Jézéquel, Cristiana Cravo-Laureau, Georges Stora, Christophe Pécheyran, Christine Cagnon, Franck Gilbert, Marisol Goñi, François-Xavier Merlin, David Amouroux, Philippe Cuny, Robert Duran
article
Ceccaldi, H.-J., Dekeyser, I., Girault, M., Stora, G. Global Change: Mankind-Marine Environment Interactions, Springer, pp.393-395, 2011, ISBN 978-90-481-8630-3
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titre
Biodegradation of Hydrocarbons in Bioturbated Marine Sediments
auteur
Philippe Cuny, Cristiana Cravo-Laureau, Vincent Grossi, Franck Gilbert, Cécile Militon
article
Koukkou, Anna-Irini. MICROBIAL BIOREMEDIATION OF NON-METALS: CURRENT RESEARCH, Caister Academic Press, pp.55-92, 2011
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titre
Méthodes d'études des micro-organismes dans l'environnement. Chapitre 17
auteur
Fabien Joux, Jean-Claude Bertrand, Rutger de Wit, Vincent Grossi, Laurent Intertaglia, Philippe Lebaron, Valerie Michotey, Philippe Normand, Pierre Peyret, Patrick Raimbault, Christian Tamburini, Laurent Urios
article
Ecologie Microbienne : Microbiologie des milieux naturels et anthropisés, Presses Universitaires de Pau et des Pays de l'Adour, 1004 p., 2011, 2-35311-022-3 9782353110223
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titre
Les cycles géochimiques. Chapitre 14
auteur
Jean-Claude Bertrand, Patricia Bonin, Pierre Caumette, Jean-Pierre Gattuso, Gérald Grégori, Remy Guyoneaud, Xavier Le Roux, Robert Matheron, Franck Poly
article
Ecologie Microbienne : Microbiologie des milieux naturels et anthropisés, Presses Universitaires de Pau et des Pays de l'Adour, 1004 p., 2011, 2-35311-022-3 9782353110223
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Theses

titre
Toxic potential and genetic structure in populations of Microcystis along its life cycle
auteur
Benjamin Misson
article
Sciences agricoles. Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2011. Français. ⟨NNT : 2011CLF22168⟩
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https://theses.hal.science/tel-00678587/file/2011CLF22168-Misson.pdf BibTex

2010

Journal articles

titre
Isolation of alkane-degrading bacteria from deep-sea Mediterranean sediments
auteur
Yosmina Tapilatu, Monique Acquaviva, Catherine Guigue, Gilles Miralles, Jean Claude Bertrand, Philippe Cuny
article
Letters in Applied Microbiology, 2010, 50, pp.234-236. ⟨10.1111/j.1472-765X.2009.02788.x⟩
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BibTex
titre
Development and application of a functional CE-SSCP fingerprinting method based on [Fe–Fe]-hydrogenase genes for monitoring hydrogen-producing Clostridium in mixed cultures
auteur
Marianne Quéméneur, Jérôme Hamelin, Eric Latrille, Jean-Philippe Steyer, Eric Trably
article
International Journal of Hydrogen Energy, 2010, 35 (24), pp.13158 - 13167. ⟨10.1016/j.ijhydene.2010.07.076⟩
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https://amu.hal.science/hal-01809619/file/OA_Quemeneur_funcSSCP_HE-10-01532_29.pdf BibTex
titre
Is engineering O2 tolerant hydrogenase just a matter of reproducing the active site of O2-resistant enzymes ?
auteur
Fanny Leroux, Pierre-Pol Liebgott, Laurent Cournac, P. Richaud, Arlette Kpebe, Bénédicte Burlat, Bruno Guigliarelli, Marc Rousset, Sébastien Dementin
article
INT. J. HYDR. EN., 2010, 35 (19), pp.10770-10777
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BibTex
titre
Is engineering O2-tolerant hydrogenases just a matter of reproducing the active sites of the naturally occurring O2-resistant enzymes?
auteur
Fanny Leroux, Pierre-Pol Liebgott, Laurent Cournac, Pierre Richaud, Arlette Kpebe, Bénédicte Burlat, Bruno Guigliarelli, Patrick Bertrand, Christophe Léger, Marc Rousset
article
International Journal of Hydrogen Energy, 2010, 35 (19), pp.10770-10777. ⟨10.1016/j.ijhydene.2010.02.071⟩
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BibTex
titre
Zenith distribution and flux of atmospheric muons measured with the 5-line ANTARES detector
auteur
J.A. Aguilar, A. Albert, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, A.C. Assis Jesus, T. Astraatmadja, J-J. Aubert, R. Auer, B. Baret, S. Basa, M. Bazzotti, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, M. Bou-Cabo, M.C. Bouwhuis, A.M. Brown, J. Brunner, J. Busto, F. Camarena, A. Capone, G. Carminati, J. Carr, D. Castel, E. Castorina, V. Cavasinni, S. Cecchini, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, H. Costantini, N. Cottini, P. Coyle, C. Curtil, G. de Bonis, M.P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, F. Fehr, V. Flaminio, K. Fratini, U. Fritsch, J.-L. Fuda, G. Giacomelli, J.P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, H. van Haren, A.J. Heijboer, Y. Hello, J.J. Hernández-Rey, J. Hössl, M. de Jong, N. Kalantar-Nayestanaki, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, W. Kretschmer, R. Lahmann, P. Lamare, G. Lambard, G. Larosa, H. Laschinsky, Dominique Lefèvre, G. Lelaizant, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Lucarelli, K. Lyons, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J.A. Martinez-Mora, G. Maurin, A. Mazure, M. Melissas, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, H. Motz, C. Naumann, M. Neff, R. Ostasch, D. Palioselitis, G.E. Păvălaş, P. Payre, J. Petrovic, P. Piattelli, N. Picot-Clemente, C. Picq, R. Pillet, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, A. Radu, C. Reed, C. Richardt, M. Rujoiu, G.V. Russo, F. Salesa, P. Sapienza, F. Schöck, J-P. Schuller, R. Shanidze, F. Simeone, M. Spurio, J.J.M. Steijger, Th. Stolarczyk, M. Taiuti, Christian Tamburini, L. Tasca, S. Toscano, B. Vallage, V. van Elewyck, M. Vecchi, P. Vernin, G. Wijnker, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zúñiga
article
Astroparticle Physics, 2010, 34 (3), pp.179-184. ⟨10.1016/j.astropartphys.2010.07.001⟩
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https://hal.science/hal-00671849/file/PEER_stage2_10.1016%252Fj.astropartphys.2010.07.001.pdf BibTex
titre
Assessing the apparent imbalance between geochemical and biochemical indicators of meso- and bathypelagic biological activity: What the @$#! is wrong with present calculations of carbon budgets?
auteur
Adrian B. Burd, Dennis A. Hansell, Deborah K. Steinberg, Thomas R. Anderson, Javier Aristegui, Federico Baltar, Steven R. Beaupre, Ken O. Buesseler, Frank Dehairs, George A. Jackson, David C. Kadko, Rolf Koppelmann, Richard S. Lampitt, Toshi Nagata, Thomas Reinthaler, Carol Robinson, Bruce H. Robison, Christian Tamburini, Tsuneo Tanaka
article
Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, 2010, 57 (16), pp.1557-1571. ⟨10.1016/j.dsr2.2010.02.022⟩
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BibTex
titre
Marinitoga litoralis sp. nov., a thermophilic, heterotrophic bacterium isolated from a coastal thermal spring on Ile Saint-Paul, Southern Indian Ocean.
auteur
Anne Postec, Maria Ciobanu, Jean-Louis Birrien, Nadège Bienvenu, Daniel Prieur, Marc Le Romancer
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2010, 60 (Pt 8), pp.1778-1782. ⟨10.1099/ijs.0.017574-0⟩
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BibTex
titre
Hydrostatic pressure affects membrane and storage lipid compositions of the piezotolerant hydrocarbon-degrading Marinobacter hydrocarbonoclasticus strain #5
auteur
Vincent Grossi, Michail M. Yakimov, Badr Al Ali, Yosmina Tapilatu, Philippe Cuny, Madeleine Goutx, Violetta La Cono, Laura Giuliano, Christian Tamburini
article
Environmental Microbiology, 2010, 12 (7), pp.2020-2033. ⟨10.1111/j.1462-2920.2010.02213.x⟩
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BibTex
titre
Hydrostatic pressure effects membrane and storage lipid compositions of the piezotolerant hydrocarbon-degrading Marinobacter hydrocarbonoclasticus strain #5
auteur
Vincent Grossi, Michail M. Yakimov, Badr Al Ali, Yosmina Tapilatu, Philippe Cuny, Madeleine Goutx, Violetta La Cono, Laura Giuliano, Christian Tamburini
article
Environmental Microbiology, 2010, 12(7), pp.2020-2033. ⟨10.1111/j.1462-2920.2010.02213.x⟩
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BibTex
titre
Differential stability of DNA crossovers in solution mediated by divalent cations
auteur
Péter Várnai, Y. Timsit
article
Nucleic Acids Research, 2010, 38 (12), pp.4163-4172
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BibTex
titre
Identification of different alkane hydroxylase systems in Rhodococcus ruber strain SP2B, an hexane-degrading actinomycete
auteur
A. Amouric, Marianne Quéméneur, Vincent Grossi, Pierre-Pol Liebgott, R. Auria, Laurie Casalot
article
Journal of Applied Microbiology, 2010, 108 (6), pp.1903-1916. ⟨10.1111/j.1365-2672.2009.04592.x⟩
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https://insu.hal.science/insu-00686901/file/j.1365-2672.2009.04592.x.pdf BibTex
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Denitrification : An important Pathway for Nitrous Oxide Production in Tropical Mangrove Sediments (Goa, India)
auteur
Sheryl Oliveira Fernandes, P.A. Loka Bharathi, Patricia Bonin, Valerie Michotey
article
Journal of Environmental Quality, 2010, 39, pp.1507-1516. ⟨10.2134/jeq2009.0477⟩
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titre
Potential alteration of UK37 paleothermometer due to selective degradation of alkenones by marine bacteria isolated from the haptophyte Emiliania huxleyi
auteur
Nathalie Zabeti, Patricia Bonin, John Kingston Volkmann, Ian D. Jameson, Sophie Guasco, Jean-Francois Rontani
article
FEMS Microbiology Ecology, 2010, 73, pp.83-94. ⟨10.1111/j.1574-6941.2010.00885.x⟩
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titre
Fatty acids as biomarkers to indicate main carbon sources of four major invertebrate families in a large River (the Allier, France)
auteur
Aurélie Descroix, Alexandre Bec, Gilles Bourdier, Denis Sargos, Jeremy Sauvanet, Benjamin Misson, Christian Desvilettes
article
Fundamental and Applied Limnology, 2010, 177 (1), pp.39 - 55. ⟨10.1127/1863-9135/2010/0177-0039⟩
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titre
Anaerobic Oxidation of Fatty Acids and Alkenes by the Hyperthermophilic Sulfate-Reducing Archaeon Archaeoglobus fulgidus
auteur
Nadia Khélifi, Vincent Grossi, Moktar Hamdi, Alain Dolla, Jean-Luc Tholozan, Bernard Ollivier, Agnès Hirschler-Réa
article
Applied and Environmental Microbiology, 2010, 76 (9), pp.3057-3060. ⟨10.1128/AEM.02810-09⟩
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titre
Desulfosporosinus acidiphilus sp. nov.: a moderately acidophilic sulfate-reducing bacterium isolated from acid mining drainage sediments : New taxa: Firmicutes (Class Clostridia, Order Clostridiales, Family Peptococcaceae).
auteur
Didier Alazard, Manon Bartoli, Fabienne Battaglia-Brunet, Jean Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Extremophiles, 2010, 14 (3), pp.305-12. ⟨10.1007/s00792-010-0309-4⟩
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titre
Fatty acid composition of bacterial strains associated with living cells of the haptophyte Emiliania huxleyi
auteur
Nathalie Zabeti, Patricia Bonin, John K. Volkman, Sophie Guasco, Jean-Francois Rontani
article
Organic Geochemistry, 2010, 41, pp.627-636. ⟨10.1016/j.orggeochem.2010.04.009⟩
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titre
mRNA deep sequencing reveals 75 new genes and a complex transcriptional landscape in Mimivirus
auteur
Matthieu Legendre, Stéphane Audic, Olivier Poirot, Pascal Hingamp, Virginie Seltzer, Deborah Byrne, Audrey Lartigue, Magali Lescot, Alain Bernadac, Julie Poulain, Chantal Abergel, Jean-Michel Claverie
article
Genome Research, 2010, 20 (5), pp.664 - 674. ⟨10.1101/gr.102582.109⟩
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https://hal.science/hal-03894299/file/Genome%20Res.-2010-Legendre-664-74.pdf BibTex
titre
First evidence of aerobic biodegradation of BTEX compounds by pure cultures of Marinobacter.
auteur
Sabrina Berlendis, Jean Luc Cayol, Frederic Verhe, Sophie Laveau, Jean-Luc Tholozan, Bernard Ollivier, Richard Auria
article
Applied Biochemistry and Biotechnology, 2010, 160 (7), pp.1992-9. ⟨10.1007/s12010-009-8746-1⟩
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titre
Measurement of the atmospheric muon flux with a 4 GeV threshold in the ANTARES neutrino telescope
auteur
J. A. Aguilar, Imen Al Samarai, A. Albert, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, A. C. Assis Jesus, T. Astraatmadja, J. -J. Aubert, R. Auer, B. Baret, S. Basa, M. Bazzotti, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, M. Bou-Cabo, M. C. Bouwhuis, A. Brown, J. Brunner, J. Busto, F. Camarena, A. Capone, C. Cârloganu, G. Carminati, J. Carr, E. Castorina, V. Cavasinni, S. Cecchini, Ph. Charvis, T. Chiarusi, N. Chon Sen, M. Circella, R. Coniglione, H. Costantini, N. Cottini, P. Coyle, C. Curtil, G. de Bonis, M. P. Decowski, I. Dekeyser, A. Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, F. Fehr, V. Flaminio, K. Fratini, U. Fritsch, J.-L. Fuda, P. Gay, G. Giacomelli, J. P. Gomez-Gonzalez, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, H. Van Haren, A. J. Heijboer, Y. Hello, J. J. Hernandez-Rey, B. Herold, J. Hoessl, M. De Jong, N. Kalantar-Nayestanaki, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, W. Kretschmer, R. Lahmann, P. Lamare, G. Lambard, G. Larosa, H. Laschinsky, Dominique Lefèvre, G. Lelaizant, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Lucarelli, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martinez-Mora, A. Mazure, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, H. Motz, C. Naumann, M. Neff, R. Ostasch, G. Palioselitis, G. E. Pavalas, P. Payre, J. Petrovic, P. Piattelli, N. Picot-Clemente, C. Picq, R. Pillet, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, A. Radu, C. Reed, C. Richardt, M. Rujoiu, V. Russo, F. Salesa, P. Sapienza, F. Schoeck, J. -P. Schuller, R. Shanidze, F. Simeone, M. Spurio, J. J. M. Steijger, Th. Stolarczyk, Christian Tamburini, L. Tasca, S. Toscano, B. Vallage, V. van Elewyck, M. Vecchi, P. Vernin, G. Wijnker, E. De Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J. D. Zornoza, J. Zúñiga
article
Astroparticle Physics, 2010, 33 (2), pp.86--90. ⟨10.1016/j.astropartphys.2009.12.002⟩
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titre
Isolation of hydrocarbon-degrading extremely halophilic archaea from an uncontaminated hypersaline pond (Camargue, France)
auteur
Yosmina Tapilatu, Vincent Grossi, Monique Acquaviva, Cécile Militon, Jean Claude Bertrand, Philippe Cuny
article
Extremophiles, 2010, 14 (2), pp.225-231. ⟨10.1007/s00792-010-0301-z⟩
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titre
Luminous bacteria in the deep-sea waters near the ANTARES underwater neutrino telescope (Mediterraean Sea)
auteur
Badr Al Ali, Marc Garel, Philippe Cuny, Juan Carlos Miquel, Tarik Toubal, Anne Robert, Christian Tamburini
article
Chemistry and Ecology, 2010, 26 (1), pp.57-72. ⟨10.1080/02757540903513766⟩
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titre
Caldinitratiruptor microaerophilus, gen.nov., sp. nov. isolated from a French hot spring (Chaudes-Aigues, Massif Central) : a novel cultivated facultative microaerophilic anaerobic thermophile pertaining to the Symbiobacterium branch within the Firmicutes
auteur
Marie-Laure Fardeau, Vanessa Barsotti, Jean-Luc Cayol, Sophie Guasco, Valerie Michotey, Manon Joseph, Patricia Bonin, Bernard Ollivier
article
Extremophiles, 2010, 14, pp.241-247. ⟨10.1007/s00792-010-0302-y⟩
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titre
Luminous bacteria in the deep-sea waters near the ANTARES underwater neutrino telescope (Mediterranean Sea)
auteur
Badr Al Ali, Marc Garel, Philippe Cuny, Juan Carlos Miquel, Tarik Toubal, Anne Robert, Christian Tamburini
article
Chemistry and Ecology, 2010, 26 (1), pp.57-72. ⟨10.1080/02757540903513766⟩
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titre
Thermodesulfatator atlanticus sp. nov., a thermophilic, chemolithoautotrophic, sulfate-reducing bacterium isolated from a Mid-Atlantic Ridge hydrothermal vent.
auteur
Karine Alain, Anne Postec, Elodie Grinsard, Françoise Lesongeur, Daniel Prieur, Anne Godfroy
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2010, 60 (Pt 1), pp.33-8. ⟨10.1099/ijs.0.009449-0⟩
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https://hal.univ-brest.fr/hal-00609631/file/Alain_et_al_thermodesulfatator_atlanticus_sp_nov_revised_complet.pdf BibTex
titre
Relating diffusion along the substrate tunnel and oxygen sensitivity in hydrogenase
auteur
Pierre-Pol Liebgott, Fanny Leroux, Bénédicte Burlat, Sébastien Dementin, Carole Baffert, Thomas Lautier, Vincent Fourmond, Pierre Ceccaldi, Christine Cavazza, Isabelle Meynial Salles, Philippe Soucaille, Juan Carlos Fontecilla-Camps, Bruno Guigliarelli, Patrick Bertrand, Marc Rousset, Christophe Léger
article
Nature Chemical Biology, 2010, 6 (1), pp.63-70. ⟨10.1038/nchembio.276⟩
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titre
Thalassobaculum salexigens sp. nov., a new member of the family Rhodospirillaceae from the NW Mediterranean Sea, and emended description of the genus Thalassobaculum
auteur
Laurent Urios, Valerie Michotey, Laurent Intertaglia, Françoise Lesongeur, Philippe Lebaron
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2010, 60 (Pt 1), pp.209-213. ⟨10.1099/ijs.0.011460-0⟩
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titre
AMADEUS - The Acoustic Neutrino Detection Test System of the Deep-Sea ANTARES Neutrino Telescope
auteur
J.A. Aguilar, Imen Al Samarai, A. Albert, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, A.C. Assis Jesus, T. Astraatmadja, J.-J. Aubert, R. Auer, E. Barbarito, B. Baret, S. Basa, M. Bazzotti, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, M. Bou-Cabo, M.C. Bouwhuis, A. Brown, J. Brunner, J. Busto, F. Camarena, A. Capone, G. Carminati, J. Carr, B. Cassano, E. Castorina, V. Cavasinni, S. Cecchini, A. Ceres, Ph. Charvis, T. Chiarusi, N. Chon Sen, M. Circella, R. Coniglione, H. Costantini, N. Cottini, P. Coyle, C. Curtil, G. de Bonis, M.P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, F. Fehr, V. Flaminio, U. Fritsch, J.-L. Fuda, Pascal Gay, G. Giacomelli, J.P. G'Omez-Gonz'Alez, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, H. van Haren, A.J. Heijboer, E. Heine, Y. Hello, J.J. Hern'Andez-Rey, B. Herold, J. H¨ossl, M. de Jong, N. Kalantar-Nayestanaki, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, P. Keller, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, W. Kretschmer, R. Lahmann, P. Lamare, G. Lambard, G. Larosa, H. Laschinsky E, H. Le Provost, Dominique Lefèvre, G. Lelaizant, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Louis, F. Lucarelli, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J.A. Martinez-Mora, A. Mazure, M. Mongelli, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, H. Motz, C. Naumann, M. Neff, R. Ostasch, D. Palioselitis, P. Payre, J. Petrovic, N. Picot Clémente, C. Picq, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, A. Radu, C. Reed, G. Riccobene, C. Richardt, M. Rujoiu, M. Ruppi, G.V. Russo, F. Salesa, P. Sapienza, F. Schoeck, J.-P. Schuller, R. Shanidze, F. Simeone, M. Spurio, J.J.M. Steijger, Th. Stolarczyk, M. Taiuti, Christian Tamburini, L. Tasca, S. Toscano, B. Vallage, V. van Elewyck, G. Vannoni, M. Vecchi, P. Vernin, G. Wijnker, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Z'U˜niga, C. Cârloganu
article
Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section A: Accelerators, Spectrometers, Detectors and Associated Equipment, 2010, 626-627, pp.128-143. ⟨10.1016/j.nima.2010.09.053⟩
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https://in2p3.hal.science/in2p3-00474914/file/amadeus_NIM_PC_v4-1.pdf BibTex
titre
Helical Chirality: a Link between Local Interactions and Global Topology in DNA
auteur
Y. Timsit, Péter Várnai
article
PLoS ONE, 2010, 5 (2), pp.e9326. ⟨10.1371/journal.pone.0009326⟩
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https://hal.science/hal-02008080/file/journal.pone.0009326.PDF BibTex
titre
Mesopelagic zone ecology and biogeochemistry - a synthesis
auteur
Carol Robinson, Deborah K. Steinberg, Thomas R. Anderson, Javier Aristegui, Craig A. Carlson, Jessica R. Frost, Jean-Francois Ghiglione, Santiago Hernandez-Leon, George A. Jackson, Rolf Koppelmann, Bernard Queguiner, Olivier Ragueneau, Fereidoun Rassoulzadegan, Bruce H. Robison, Christian Tamburini, Tsuneo Tanaka, Karen F. Wishner, Jing Zhang
article
Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, 2010, 57, pp.1504-1518. ⟨10.1016/j.dsr2.2010.02.018⟩
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BibTex
titre
Population Structure and Abundance of Arsenite-Oxidizing Bacteria along an Arsenic Pollution Gradient in Waters of the Upper Isle River Basin, France
auteur
Marianne Quéméneur, Aurélie Cébron, Patrick Billard, Fabienne Battaglia-Brunet, Françis Garrido, Corinne Leyval, Catherine Joulian
article
Applied and Environmental Microbiology, 2010, 76 (13), p. 4566-4570. ⟨10.1128/AEM.03104-09⟩
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BibTex
titre
Coxiella burnetii transcriptional analysis reveals serendipity clusters of regulation in intracellular bacteria
auteur
Quentin Leroy, Kevin Lebrigand, Fabrice Armougom, Pascal Barbry, Richard Thiéry, Didier Raoult
article
PLoS ONE, 2010, 5 (12), pp.e15321. ⟨10.1371/journal.pone.0015321⟩
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https://hal.science/hal-00626159/file/journal.pone.0015321.PDF BibTex
titre
Segment-scale and intrasegment lithospheric thickness and melt variations near the Andrew Bain megatransform fault and Marion hot spot: Southwest Indian Ridge, 25.5°E-35°E
auteur
Christopher Takeuchi, John Sclater, Nancy Grindlay, John Madsen, Céline Rommevaux-Jestin
article
Geochemistry, Geophysics, Geosystems, 2010, 11 (7), ⟨10.1029/2010GC003054⟩
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https://insu.hal.science/insu-01777854/file/2010GC003054.pdf BibTex
titre
Effect of Oxygen and Redox Potential on Glucose Fermentation in Thermotoga maritima under Controlled Physicochemical Conditions
auteur
Raja Lakhal, Richard Auria, Sylvain Davidson, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Moktar Hamdi, Yannick Combet-Blanc
article
International Journal of Microbiology, 2010, 2010, pp.1 - 10 / 896510. ⟨10.1155/2010/896510⟩
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https://hal.science/hal-01888723/file/896510.pdf BibTex
titre
Response of an archaeal community from anoxic coastal marine sediments to experimental petroleum contamination
auteur
Gilles Miralles, Monique Acquaviva, Jean Claude Bertrand, Philippe Cuny
article
Aquatic Microbial Ecology, 2010, 59, pp.25-31. ⟨10.3354/ame01379⟩
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https://hal.science/hal-00692399/file/a059p025.pdf BibTex
titre
Performance of the Front-End Electronics of the ANTARES Neutrino Telescope
auteur
J.A. Aguilar, Imen Al Samarai, A. Albert, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, A.C. Assis Jesus, T. Astraatmadja, J.-J. Aubert, R. Auer, B. Baret, S. Basa, M. Bazzotti, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, M. Bou-Cabo, M.C. Bouwhuis, A. Brown, J. Brunner, J. Busto, F. Camarena, A. Capone, L. Caponettoa, G. Carminati, J. Carr, E. Castorina, V. Cavasinni, S. Cecchini, Th. Chaleil, Ph. Charvis, T. Chiarusi, N. Chon Sen, M. Circella, H. Costantini, N. Cottini, P. Coyle, C. Curtil, G. de Bonis, N. de Botton, I. Dekeyser, E. Delagnes, Anne Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, C. Drouhin, F. Druillole, T. Eberl, U. Emanuele, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, E. Falchini, F. Fehr, F. Feinstein, V. Flaminio, J. Fopma, K. Fratini, U. Fritsch, J.-L. Fuda, Pascal Gay, G. Giacomelli, J.P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, C. Hoffmann, H. van Haren, A.J. Heijboer, Y. Hello, J.J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hössl, M. de Jong, N. Kalantar-Nayestanaki, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, W. Kretschmer, D. Lachartre, H. Lafoux, R. Lahmann, P. Lamare, G. Lambard, G. Larosa, H. Laschinsky, H. Le Provost, A. Le van Suu, Dominique Lefèvre, T. Legou, G. Lelaizant, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Lucarelli, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J.A. Martinez-Mora, A. Mazure, E. Monmarthe, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, H. Motz, C. Naumann, M. Neff, C. Olivetto, R. Ostasch, D. Palioselitis, P. Payre, J. Petrovic, P. Piattelli, N. Picot-Clemente, C. Picq, J.-P. Pineau, J. Poinsignon, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, A. Radu, C. Reed, F. Réthoré, G. Riccobene, C. Richardt, M. Rujoiu, G.V. Russo, F. Salesa, P. Sapienza, F. Schöck, J. P. Schuller, R. Shanidze, F. Simeone, M. Spurio, J.J.M. Steijger, Th. Stolarczyk, Christian Tamburini, L. Tasca, S. Toscano, B. Vallage, V. van Elewyck, G. Vannoni, M. Vecchi, P. Vernin, G. Wijnker, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zúñiga, C. Cârloganu
article
Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section A: Accelerators, Spectrometers, Detectors and Associated Equipment, 2010, 622, pp.59-73. ⟨10.1016/j.nima.2010.06.225⟩
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https://arxiv.org/pdf/1007.2549 BibTex
titre
Characterization of Microaerobacter geothermalis gen. nov., sp nov., a novel microaerophilic, nitrate- and nitrite-reducing thermophilic bacterium isolated from a terrestrial hot spring in Tunisia
auteur
Nadia Khelifi, Emna Ben Romdhane, Abdeljabbar Hedi, Anne Postec, Marie Laure Fardeau, Moktar Hamdi, Jean-Luc Tholozan, Bernard Ollivier, Agnès Hirschler-Réa
article
Extremophiles, 2010, 14, pp.297-304. ⟨10.1007/s00792-010-0308-5⟩
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Conference papers

titre
Spatial and temporal analysis of microbial diversity associated with the Mediterranean gorgonian Paramuricea clavata
auteur
Marie La Riviere, Joaquim Garrabou, M. Bally
article
The 13th International Symposium on Microbial Ecology (ISME), Aug 2010, Seattle, United States
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titre
Spatial and temporal analysis of bacterial diversity associated with the Mediterranean gorgonian Paramuricea clavata
auteur
Marie La Riviere, M. Bally, Joaquim Garrabou
article
39th Congress of CIESM, May 2010, Venise, Italy. pp.769
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Book sections

titre
Thermophilic Methanoarchaea Inhabiting Hot Ecosystems
auteur
Bernard Ollivier, Jean Luc Cayol
article
Timmis. Handbook of Hydrocarbon and Lipid Microbiology, Springer-Verlag, pp.682-690, 2010
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2009

Journal articles

titre
Hydroxytyrosol from tyrosol using hydroxyphenylacetic acid-induced bacterial cultures and evidence of the role of 4-HPA 3-hydroxylase
auteur
Pierre-Pol Liebgott, Agnès Amouric, Alexia Comte, Jean Tholozan, Jean Lorquin
article
Research in Microbiology, 2009, 160 (10), pp.757 - 766. ⟨10.1016/j.resmic.2009.09.015⟩
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titre
Effect of O 2 concentrations on Sulfolobus solfataricus P2
auteur
Gwenola Simon, Jasper Walther, Nathalie Zabeti, Yannick Combet-Blanc, Richard Auria, John van Der Oost, Laurence Casalot
article
FEMS Microbiology Letters, 2009, 299 (2), pp.255 - 260. ⟨10.1111/j.1574-6968.2009.01759.x⟩
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https://hal.science/hal-01888710/file/299-2-255.pdf BibTex
titre
Formation of pristane from a-tocopherol under simulated anoxic sedimentary conditions : A combination of biotic and abiotic degradative processes
auteur
Jean-Francois Rontani, Mina Nassiry, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Patricia Bonin
article
Geochimica et Cosmochimica Acta, 2009, 74, pp.252-263. ⟨10.1016/j.gca.2009.09.028⟩
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BibTex
titre
Spatial mode estimation for functional random fields with application to bioturbation problem
auteur
Sophie Dabo-Niang, Anne-Françoise Yao, Laura Pischedda, Philippe Cuny, Franck Gilbert
article
Stochastic Environmental Research and Risk Assessment, 2009, 24, pp.487-497. ⟨10.1007/s00477-009-0339-6⟩
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titre
Cultivation-independent assessment of the bathypelagic archaeal diversity of Thyrrhenian Sea : comparative study of rDNA and rRNA-derived libraries and influence of sample decompression.
auteur
Violetta La Cono, Christian Tamburini, Lucrezia Genovese, Gina La Spada, Renata Denaro, Michail M. Yakimov
article
Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, 2009, 56, pp.768-773. ⟨10.1016/j.dsr2.2008.07.025⟩
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BibTex
titre
Seasonal variation in di-nitrogen fluxes and associated processes (denitrification, anammox and nitrogen fixation) in sediment subject to shellfish farming influences
auteur
Laura Minjeaud, Valerie Michotey, Nicole Garcia, Patricia Bonin
article
Aquatic Sciences - Research Across Boundaries, 2009, pp.1-11. ⟨10.1007/s00027-009-0100-8⟩
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BibTex
titre
Correcting for Electrocatalyst Desorption and Inactivation in Chronoamperometry Experiments
auteur
Vincent Fourmond, Thomas Lautier, Carole Baffert, Fanny Leroux, Pierre-Pol Liebgott, Sébastien Dementin, Marc Rousset, Pascal Arnoux, David Pignol, Isabelle Meynial Salles, Phillippe Soucaille, Patrick Bertrand, Christophe Léger
article
Analytical Chemistry, 2009, 81 (8), pp.2962 - 2968. ⟨10.1021/ac8025702⟩
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https://hal.science/hal-01825488/file/43864_20110413083807350_1.pdf BibTex
titre
Influence of Chironomus riparius (Diptera, Chironomidae) and Tubifex tubifex (Annelida, Oligochaeta) on oxygen uptake by sediments. Consequences of uranium contamination
auteur
S. Lagauzère, Laura Pischedda, Philippe Cuny, Franck Gilbert, Georges Stora, J.M. Bonzom
article
Environmental Pollution, 2009, 157 (4), pp.1234-1242. ⟨10.1016/j.envpol.2008.12.004⟩
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https://hal.science/hal-00390300/file/Gilbert_6085.pdf BibTex
titre
The Role of Disordered Ribosomal Protein Extensions in the Early Steps of Eubacterial 50 S Ribosomal Subunit Assembly
auteur
Y. Timsit, Zahir Acosta, Frédéric Allemand, Claude Chiaruttini, Mathias Springer
article
International Journal of Molecular Sciences, 2009, 10 (3), pp.817-834. ⟨10.3390/ijms10030817⟩
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https://hal.science/hal-02008085/file/ijms-10-00817.pdf BibTex
titre
Molybdenum induces the expression of a protein containing a new heterometallic Mo-Fe cluster in Desulfovibrio alaskensis.
auteur
Maria G Rivas, Marta S P Carepo, Cristiano S Mota, Malgorzata Korbas, Marie-Claire Durand, Ana T Lopes, Carlos D Brondino, Alice S Pereira, Graham N George, Alain Dolla, José J G Moura, Isabel Moura
article
Biochemistry, 2009, 48 (5), pp.873-82. ⟨10.1021/bi801773t⟩
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titre
Effects of hydrostatic pressure on microbil alteration of sinking fecal pellets
auteur
Christian Tamburini, Madeleine Goutx, Catherine Guigue, Marc Garel, Dominique Lefèvre, Bruno Charrìère, Richard Sempere, Stephane Pepa, Michael L. Peterson, Stuart G. Wakeham, Cindy Lee
article
Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, 2009, 56, pp.1533-1546. ⟨10.1016/j.dsr2.2008.12.035⟩
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titre
Fermentative and sulphate reducing bacteria associated with treatment of an industrial dye effluent in an up-flow anaerobic fixed bed bioreactor
auteur
Eltaief Khelifi, Hassib Bouallagui, Marie-Laure Fardeau, Youssef Touhami, Jean-Jacques Godon, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier, Moktar Hamdi
article
Biochemical Engineering Journal, 2009, 45 (2), pp.136-144. ⟨10.1016/j.bej.2009.03.006⟩
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titre
Mass mortality in Northwestern Mediterranean rocky benthic communities : effects of the 2003 heat wave
auteur
Joaquim Garrabou, R. Coma, Nathaniel Bensoussan, Marc Bally, Pierre Chevaldonné, M. Cigliano, D. Diaz, Jean-Georges Harmelin, M.C. Gambi, D.K. Kersting, J. Ledoux, C. Lejeusne, T. Pérez, M. Ribes, Jean-Claude Romano, E. Serrano, C. Linares, C. Marschal, N. Teixido, O. Torrents, M. Zabala, F. Zuberer, C. Cerrano
article
Global Change Biology, 2009, 15 (5), pp.1090-1103
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titre
Archaeoglobus fulgidus and Thermotoga elfii, Thermophilic Isolates from Deep Geothermal Water of the Paris Basin
auteur
Marie-Laure Fardeau, Florence Goulhen, Mireille Bruschi, Nadia Khélifi, Jean-Luc Cayol, Ioannis Ignatiadis, François Guyot, Bernard Ollivier
article
Geomicrobiology Journal, 2009, 26 (2), p. 119-130. ⟨10.1080/01490450802674970⟩
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titre
Performance of the First ANTARES Detector Line
auteur
M. Ageron, J.A. Aguilar, A. Albert, F. Ameli, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, J.-J. Aubert, J. Aublin, R. Auer, S. Basa, M. Bazzotti, Y. Becherini, V. Bertin, S. Biagi, A. Bigi, C. Bigongiari, M. Bou-Cabo, M.C. Bouwhuis, R. Bruijn, J. Brunner, G.F. Burgio, J. Busto, F. Camarena, A. Capone, G. Carminati, J. Carr, D. Castel, E. Castorina, V. Cavasinni, S. Cecchini, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, C. Colnard, R. Coniglione, H. Costantini, N. Cottini, P. Coyle, G. de Bonis, P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Donzaud, D. Dornic, D. Drouhin, F. Druillole, T. Eberl, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, E. Falchini, F. Fehr, V. Flaminio, K. Fratini, J.-L. Fuda, G. Giacomelli, K. Graf, G. Guillard, G. Hallewell, Y. Hello, J.J. Hernández-Rey, J. Höβl, M. de Jong, N. Kalantar-Nayestanaki, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, W. Kretschmer, S. Kuch, R. Lahmann, P. Lamare, G. Lambard, H. Laschinsky, J. Lavalle, H. Leiprovost, Dominique Lefèvre, G. Lelaizant, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Louis, F. Lucarelli, K. Lyons, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J.A. Martinez-Mora, G. Maurin, A. Mazure, M. Melissas, E. Migneco, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, H. Motz, C. Naumann, R. Ostasch, G.E. Ipăvălaş, P. Payre, J. Petrovic, C. Petta, P. Piattelli, C. Picq, R. Pillet, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, A. Radu, C. Reed, C. Richardt, M. Rujoiu, M. Ruppi, G.V. Russo, F. Salesa, P. Sapienza, F. Ischoeck, J.-P. Schuller, R. Ishanidze, F. Simeone, M. Spurio, G. van Der Steenhoven, Christian Tamburini, L. Tasca, S. Toscano, M. Vecchi, P. Vernin, G. Wijnker, E. de Wolf, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zúñiga
article
Astroparticle Physics, 2009, 31, pp.277-283. ⟨10.1016/j.astropartphys.2009.02.008⟩
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https://in2p3.hal.science/in2p3-00365372/file/PEER_stage2_10.1016%252Fj.astropartphys.2009.02.008.pdf BibTex
titre
Methanogens diversity and distribution in sediments of the Hakon Mosby Mud volcano
auteur
Stéphane L'Haridon, Marie Roumagnac, Virginie Estebanez, Patricia Pignet, Morgane Chalopin, Laurent Toffin
article
Geochimica et Cosmochimica Acta, 2009, 73 (13), pp.A711
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titre
Mass mortality in Northwestern Mediterranean rocky benthic communities: effects of the 2003 heat wave
auteur
J. Garrabou, R. Coma, N. Bensoussan, M. Bally, P. Chevaldonne, M. Cigliano, D. Diaz, Jean Georges Harmelin, M. C. Gambi, D. K. Kersting, Jean-Baptiste Ledoux, C. Lejeusne, C. Linares, C. Marschal, T. Perez, M. Ribes, J. C. Romano, E. Serrano, N. Teixido, O. Torrents, M. Zabala, Frederic Zuberer, C. Cerrano
article
Global Change Biology, 2009, 15, pp.1090-1103. ⟨10.1111/j.1365-2486.2008.01823.x⟩
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titre
Microbial diversity in the sputum of a cystic fibrosis patient studied with 16S rDNA pyrosequencing
auteur
Fabrice Armougom, F. Bittar, N. Stremler, J. Rolain, Cédric Robert Robert, J. Dubus, J. Sarles, Didier Raoult, B. Scola
article
European Journal of Clinical Microbiology and Infectious Diseases, 2009, 28 (9), pp.1151 - 1154. ⟨10.1007/s10096-009-0749-x⟩
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Conference papers

titre
Insights into the genome of Musa (banana), a giant herb bearing fleshy fruits
auteur
Angélique d'Hont, Pietro Piffanelli, Magali Lescot, Chris Town, Jim Leebens-Mack, Guillaume Blanc, Manoel Souza, Giorgio Pappas, Takuji Sasaki, Nicolas Roux
article
17. Conference Plant & Animal Genomes, Jan 2009, San Diego, United States
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titre
Bacterial communities asociated with the mediterranean gorgonian Paramuricea clavata
auteur
M. Bally, Marie La Riviere, Marie Roumagnac, Joaquim Garrabou
article
ASLO Aquatic Sciences Meeting, Jan 2009, Nice, France
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titre
BACTERIAL COMMUNITIES ASSOCIATED WITH THE MEDITERRANEAN GORGONIAN PARAMURICEA CLAVATA
auteur
M. Bally, Marie La Riviere, Marie Roumagnac, Joaquim Garrabou
article
ASLO Aquatic Sciences Meeting, Jan 2009, Nice, France
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titre
SI-OC Interactions during degradation of the diatom Skeletonema marinoï
auteur
Brivaëla Moriceau, Madeleine Goutx, Cindy Lee, A. Robert Armstrong, Catherine Guigue, Christian Tamburini, Marie Duflos, Olivier Ragueneau
article
ASLO, 2009, Nice, France
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Book sections

titre
The genus Thermohalobacter
auteur
Jean Luc Cayol, Jean-Louis Garcia, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Springer-Verlag, pp.Vol 3: 848-850, 2009
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titre
The genus Mahella
auteur
M Bonillas-Salinas, Bernard Ollivier, Bharat Patel, Jean Luc Cayol
article
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Springer-Verlag, pp.Vol 3 : 1296-1298., 2009
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titre
The genus Halothermothrix
auteur
Jean Luc Cayol, Bernard Ollivier, Jean-Louis Garcia
article
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Springer-Verlag, pp.Vol 3 : 1202-1205, 2009
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titre
The Genus Aminobacterium
auteur
Sandra Baena, Jean-Louis Garcia, Jean Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Springer-Verlag, pp.Vol 3 1165-1167, 2009
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titre
The genus Caldanaerobacter
auteur
Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Jean Luc Cayol
article
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Springer-Verlag, pp.Vol 3: 1241-1244, 2009
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BibTex
titre
The genus Aminomonas
auteur
Sandra Baena, Jean-Louis Garcia, Jean Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, Springer-Verlag, pp.Vol 3 : 1167-1170, 2009
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Poster communications

titre
Particle flux : control and processes affecting POM degradation
auteur
Madeleine Goutx, Brivaëla Moriceau, Catherine Guigue, Marc Garel, Christian Tamburini, Cindy Lee
article
ASLO Meeting, 2009, Nice, France
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2008

Journal articles

titre
Tyrosol degradation via the homogentisic acid pathway in a newly isolated Halomonas strain from olive processing effluents
auteur
Pierre-Pol Liebgott, M. Labat, A. Amouric, J. Tholozan, J. Lorquin
article
Journal of Applied Microbiology, 2008, 105 (6), pp.2084 - 2095. ⟨10.1111/j.1365-2672.2008.03925.x⟩
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titre
Insights into the Musa genome: Syntenic relationships to rice and between Musa species
auteur
Magali Lescot, Pietro Piffanelli, Ana Ciampi, Manuel Ruiz, Guillaume Blanc, Jim Leebens-Mack, Felipe da Silva, Candice Mr Santos, Angélique d'Hont, Olivier Garsmeur, Alberto Vilarinhos, Hiroyuki Kanamori, Takashi Matsumoto, Catherine Ronning, Foo Cheung, Brian Haas, Ryan Althoff, Tammy Arbogast, Erin Hine, Georgios Pappas, Takuji Sasaki, Manoel Souza, Robert Ng Miller, Jean-Christophe Glaszmann, Christopher Town
article
BMC Genomics, 2008, 9 (1), ⟨10.1186/1471-2164-9-58⟩
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https://hal.science/hal-02978134/file/1471-2164-9-58.pdf BibTex
titre
Si–C interactions during degradation of the diatom Skeletonema marinoi
auteur
Brivaëla Moriceau, Madeleine Goutx, Catherine Guigue, Cindy Lee, Robert Armstrong, Marie Duflos, Christian Tamburini, Bruno Charrìère, Olivier Ragueneau
article
Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, 2008, pp.1381-1395. ⟨10.1016/j.dsr2.2008.11.026⟩
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https://hal.univ-brest.fr/hal-00381507/file/Moriceau_et_al._DSRII.pdf BibTex
titre
Distribution and activity of Bacteria and Archaea in the different water masses of the Tyrrhenian Sea
auteur
Christian Tamburini, Marc Garel, Badr Al Ali, Bastien Mérigot, Pascal Kriwy, Bruno Charrìère, Giorgio Budillon
article
Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, 2008, 56, pp.700-712. ⟨10.1016/j.dsr2.2008.07.021⟩
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titre
Nisaea denitrificans gen. nov., sp. nov. and Nisaea nitritireducens sp. nov., two novel members of the class Alphaproteobacteria from the Mediterranean Sea
auteur
Laurent Urios, Valerie Michotey, Laurent Intertaglia, Françoise Lesongeur, Philippe Lebaron
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2008, 58 (Pt 10), pp.2336-2341. ⟨10.1099/ijs.0.64592-0⟩
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titre
Nitrogen fluxes from marine sediments : quantification of the associated co-occurring bacterial processes
auteur
Laura Minjeaud, Patricia Bonin, Valerie Michotey
article
Biogeochemistry, 2008, 90, pp.141-157. ⟨10.1007/s10533-008-9241-4⟩
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titre
The Genome of Borrelia recurrentis, the Agent of Deadly Louse-Borne Relapsing Fever, Is a Degraded Subset of Tick-Borne Borrelia duttonii
auteur
Magali Lescot, Stephane Audic, Catherine Robert, Thi Tien Nguyen, Guillaume Blanc, Sally Cutler, Patrick Wincker, Arnaud Couloux, Jean-Michel Claverie, Didier Raoult, Michel Drancourt
article
PLoS Genetics, 2008, 4 (9), pp.e1000185. ⟨10.1371/journal.pgen.1000185⟩
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titre
Nisaea denitrificans gen.nov., sp.nov. and Nisaea nitrireducens sp. nov., two novel members of the class Alphaproteobacteria from the Mediterranean Sea
auteur
Laurent Urios, Valerie Michotey, Laurent Intertaglia, Françoise Lesongeur, Philippe Lebaron
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2008, 58, pp.2336-2341. ⟨10.1099/ijs.0.64592-0⟩
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titre
Major viral impact on the functioning of benthic deep-sea ecosytems
auteur
Roberto Danovaro, Antonio Dell'Anno, Cinzia Corinaldesi, Mirko Magagnini, Rachel Noble, Christian Tamburini, Markus G Weinbauer
article
Nature, 2008, 454, pp.1084-1109. ⟨10.1038/nature07268⟩
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titre
Metabolism of n-alkanes and n-alkenes by anaerobic bacteria: A summary
auteur
Vincent Grossi, Cristiana Cravo-Laureau, Remy Guyoneaud, Anthony Ranchou-Peyruse, Agnès Hirschler-Réa
article
Organic Geochemistry, 2008, 39 (8), pp.1197 - 1203. ⟨10.1016/j.orggeochem.2008.02.010⟩
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BibTex
titre
A Single Banana Streak Virus Integration Event in the Banana Genome as the Origin of Infectious Endogenous Pararetrovirus
auteur
Philippe Gayral, Juan-Carlos Noa-Carrazana, Magali Lescot, Fabrice Lheureux, Benham Lockhart, Takashi Matsumoto, Pietro Piffanelli, Marie-Line Iskra-Caruana
article
Journal of Virology, 2008, 82 (13), pp.6697-6710. ⟨10.1128/JVI.00212-08⟩
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BibTex
titre
Diversity surveys and evolutionary relationships of aoxB genes in aerobic arsenite-oxidizing bacteria.
auteur
Marianne Quéméneur, Audrey Heinrich-Salmeron, Daniel Muller, Didier Lièvremont, Michel Jauzein, Philippe N Bertin, Françis Garrido, Catherine Joulian
article
Applied and Environmental Microbiology, 2008, 74 (14), pp.4567-73. ⟨10.1128/AEM.02851-07⟩
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BibTex
titre
Phylogeny.fr: robust phylogenetic analysis for the non-specialist
auteur
Alexis Dereeper, Valentin Guignon, Guillaume Blanc, Stéphane Audic, Sylvain Buffet, Jean-François Dufayard, Stéphane Guindon, Vincent Lefort, Magali Lescot, Jean-Michel Claverie, Olivier Gascuel, François Chevenet
article
Nucleic Acids Research, 2008, 36 (Web Server), pp.W465-W469. ⟨10.1093/nar/gkn180⟩
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https://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-00324099/file/Phylogeny.fr_NAR_2008.pdf BibTex
titre
Aerobic metabolism of vitamin E by marine bacteria : interaction with free radical oxidation (autoxidation) processes
auteur
Jean-Francois Rontani, Mina Nassiry, Sophie Guasco, Abdelkrim Mouzdahir, Patricia Bonin
article
Organic Geochemistry, 2008, 39, pp.676-688. ⟨10.1016/J.orggeochem.2008.02.018⟩
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BibTex
titre
Thermodesulfovibrio hydrogeniphilus sp. nov., a new thermophilic sulphate-reducing bacterium isolated from a Tunisian hot spring.
auteur
Olfa Haouari, Marie Laure Fardeau, Jean Luc Cayol, Guy Fauque, Corinne Casiot, Francoise Elbaz-Poulichet, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier
article
Systematic and Applied Microbiology, 2008, 31 (1), pp.38-42. ⟨10.1016/j.syapm.2007.12.002⟩
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BibTex
titre
Imaging Oxygen Distribution in Marine Sediments. The Importance of Bioturbation and Sediment Heterogeneity
auteur
Laura Pischedda, Jean-Christophe Poggiale, Philippe Cuny, Franck Gilbert
article
Acta Biotheoretica, 2008, 56 (1-2), pp.123-135. ⟨10.1007/s10441-008-9033-1⟩
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https://hal.science/hal-00256326/file/Pischedda_6086.pdf BibTex
titre
Disulfide bond-dependent mechanism of protection against oxidative stress in pyruvate-ferredoxin oxidoreductase of anaerobic Desulfovibrio bacteria.
auteur
Nicolas Vita, E Claude Hatchikian, Matthieu Nouailler, Alain Dolla, Laetitia Pieulle
article
Biochemistry, 2008, 47 (3), pp.957-64. ⟨10.1021/bi7014713⟩
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BibTex
titre
Clostridiisalibacter paucivorans gen. nov., sp. nov., a novel moderatly halophilic bacterium isolated from olive mill wastewater
auteur
Pierre-Pol Liebgott, Manon Bartoli, Marie Laure Fardeau, Jean Luc Cayol, Enevold Falsen, Fatima Chamkh, Abdel-Illah Qatibi, Marc Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2008, 58, pp.61-67. ⟨10.1099/ijs.0.65182-0⟩
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BibTex
titre
Metagenome Annotation Using a Distributed Grid of Undergraduate Students
auteur
P. Hingamp, Céline Brochier-Armanet, E. Talla, D. Gautheret, D. Thieffry, C. Herrmann
article
PLoS Biology, 2008, 6, pp.239-241
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BibTex
titre
Comparative secretome analyses of two Trichoderma reesei RUT-C30 and CL847 hypersecretory strains.
auteur
Isabelle Herpoël-Gimbert, Antoine Margeot, Alain Dolla, Gwénaël Jan, Daniel Mollé, Sabrina Lignon, Hughes Mathis, Jean-Claude Sigoillot, Frédéric Monot, Marcel Asther
article
Biotechnol Biofuels, 2008, 1 (1), pp.18. ⟨10.1186/1754-6834-1-18⟩
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https://hal.science/hal-00473787/file/2008_Herpo%C3%ABl-Gi_Biotechnology%20for%20Biofuels_1.pdf BibTex
titre
Optimized conditions for the synthesis of vanillic acid under hypersaline conditions by Halomonas elongata DSM 2581(T) resting cells
auteur
Slim Abdelkafi, Marc Labat, Zouhaier Ben Ali Gam, Jean Lorquin, Laurie Casalot, Sami Sayadi
article
World Journal of Microbiology and Biotechnology, 2008, 24, pp.675-680. ⟨10.1007/s11274-007-9523-3⟩
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BibTex
titre
Degradation of alkenones by aerobic heterotrophic bacteria : Selective or not ?
auteur
Jean-Francois Rontani, Ranjita Harji, Sophie Guasco, F.G. Prahl, John K. Volkman, Narayan B. Bhosle, Patricia Bonin
article
Organic Geochemistry, 2008, 39, pp.34-51. ⟨10.1016/j.orgageochem.2007.10.003⟩
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BibTex
titre
The hyperthermophilic anaerobe Thermotoga Maritima is able to cope with limited amount of oxygen: insights into its defence strategies
auteur
C. Le Fourn, M.-L. Fardeau, B. Ollivier, E. Lojou, A. Dolla
article
Environmental Microbiology, 2008, 7, pp.1877-1887
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BibTex

Theses

titre
Biogeochemical processes involved in arsenic mobility : research of bioindicators
auteur
Marianne Quemeneur
article
Sciences de la Terre. Université Henri Poincaré - Nancy 1, 2008. Français. ⟨NNT : 2008NAN10088⟩
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https://hal.univ-lorraine.fr/tel-01748420/file/SCD_T_2008_0088_QUEMENEUR.pdf BibTex

2007

Journal articles

titre
Bioconversion of tyrosol into hydroxytyrosol and 3,4-dihydroxyphenylacetic acid under hypersaline conditions by the new Halomonas sp. strain HTB24
auteur
Pierre-Pol Liebgott, Marc Labat, Laurence Casalot, Agnès Amouric, Jean Lorquin
article
FEMS Microbiology Letters, 2007, 276 (1), pp.26 - 33. ⟨10.1111/j.1574-6968.2007.00896.x⟩
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https://hal.science/hal-01825490/file/276-1-26.pdf BibTex
titre
Desulfatiferula olefinivorans gen. nov., sp. nov., a long-chain n-alkene-degrading, sulfate-reducing bacterium.
auteur
Cristiana Cravo-Laureau, Cindy Labat, Catherine Julian, Robert Matheron, Agnès Hirschler-Réa
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2007, 57, pp.2699-702. ⟨10.1099/ijs.0.65240-0⟩
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BibTex
titre
The 1.3 A resolution structure of the RNA tridecamer r(GCGUUUGAAACGC): Metal ion binding correlates with base unstacking and groove contraction
auteur
Y. Timsit, Sophie Bombard
article
RNA, 2007, 13 (12), pp.2098-2107
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BibTex
titre
Crystal structure of the 16 heme cytochrome from Desulfovibrio gigas: a glycosylated protein in a sulphate-reducing bacterium.
auteur
Teresa Santos-Silva, João Miguel Dias, Alain Dolla, Marie-Claire Durand, Luísa L Gonçalves, Jorge Lampreia, Isabel Moura, Maria João Romão
article
Journal of Molecular Biology, 2007, 370 (4), pp.659-73. ⟨10.1016/j.jmb.2007.04.055⟩
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BibTex
titre
Coexistence of two protein folding states in the crystal structure of ribosomal protein L20.
auteur
Y. Timsit, F. Allemand, C. Chiaruttini, M. Springer
article
EMBO Reports, 2007, 7, pp.1013-1018
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BibTex
titre
Analysis of the first genome of a hyperthermophilic marine virus-like particle, PAV1, isolated from Pyrococcus abyssi
auteur
Claire Geslin, Mélusine Gaillard, Didier Flament, K. Rouault, Marc Le Romancer, Daniel Prieur, Gaël Erauso
article
Journal of Bacteriology, 2007, 189 (12), pp.4510-4519. ⟨10.1128/JB.01896-06⟩
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BibTex
titre
Seasonal and diel distributions of denitrifying and bacterial communities in a hypersaline microbial mat (Camargue, France)
auteur
Christelle Desnues, Valerie Michotey, Andrea Wieland, Cui Zhizang, Aude Fourçans, Robert Duran, Patricia Bonin
article
Water Research, 2007, 41, pp.3407-3419
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BibTex
titre
Effects of spilled Oil on Bacterial Communities of mediterranean Coastal Anoxic Chronically Subjected to oil Hydrocarbon Contamination
auteur
Gilles Miralles, David Nerini, Claude Manté, Monique Acquaviva, Pierre Doumenq, Valerie Michotey, Sylvie Nazaret, Jean Claude Bertrand, Philippe Cuny
article
Microbial ecology, 2007, pp.1-16. ⟨10.1007/s00248-007-9221-6⟩
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BibTex
titre
Continuous enrichment cultures: insights into prokaryotic diversity and metabolic interactions in deep-sea vent chimneys
auteur
Anne Postec, Françoise Lesongeur, Patricia Pignet, Bernard Ollivier, Joël Querellou, Anne Godfroy
article
Extremophiles, 2007, 11, pp.747-757. ⟨10.1007/s00792-007-0092-z⟩
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https://hal.univ-brest.fr/hal-00617484/file/publication-3885.pdf BibTex
titre
Influence of bioturbation by the polychaete Nereis diversicolor on the structure of bacterial communities in oil contamined coastal sediments
auteur
Philippe Cuny, Gilles Miralles, Veronique Cornet, Monique Acquaviva, Georges Stora, Vincent Grossi, Franck Gilbert
article
Marine Pollution Bulletin, 2007, 54, pp.452-459
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BibTex
titre
Alkane biodegradation and dynamics of phylogenetic subgroups of sulfate-reducing bacteria in an anoxic coastal marine sediment artificially contaminated with oil
auteur
Gilles Miralles, Vincent Grossi, Monique Acquaviva, Robert Duran, Jean Claude Bertrand, Philippe Cuny
article
Chemosphere, 2007, 68, pp.1327-1334. ⟨10.1016/j.chemosphere.2007.01.033⟩
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BibTex
titre
Influence of bioturbation by the polychaete Nereis diversicolor on the structure of bacterial communities in oil contaminated coastal sediments
auteur
Philippe Cuny, Gilles Miralles, Veronique Cornet, Monique Acquaviva, Georges Stora, Vincent Grossi, Franck Gilbert
article
Marine Pollution Bulletin, 2007, 54, pp.452-459. ⟨10.1016/j.marpolbul.2006.12.008⟩
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https://hal.science/hal-00171096/file/Cuny_6089.pdf BibTex
titre
Role of ethanol on growth, laccase production and protease activity in Pycnoporus cinnabarinus ss3
auteur
Juan Carlos Meza, Richard Auria, Anne Lomascolo, Jean-Claude Sigoillot, Laurence Casalot
article
Enzyme and Microbial Technology, 2007, 41 (1-2), pp.162-168. ⟨10.1016/j.enzmictec.2006.12.018⟩
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titre
Effects of spilled oil on bacterial communities of Mediterranean coastal anoxic sediments chronically subjected to oil hydrocarbon contamination
auteur
G. Miralles, David Nerini, C. Manté, M. Acquaviva, P. Doumenq, Valerie Michotey, Sylvie Nazaret, J. C. Bertrand, Philippe Cuny
article
Microbial ecology, 2007, 54 (4), pp.646-661. ⟨10.1007/s00248-007-9221-6⟩
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titre
The data acquisition system for the ANTARES neutrino telescope
auteur
J.A. Aguilar, A. Albert, F. Ameli, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, E. Aslanides, J.J. Aubert, E. Barbarito, S. Basa, M. Battaglieri, Y. Becherini, R. Bellotti, J. Beltramelli, V. Bertin, A. Bigi, M. Billault, R. Blaes, N. de Botton, M. C. Bouwhuis, S. M. Bradbury, R. Bruijn, J. Brunner, G. F. Burgio, J. Busto, F. Cafagna, L. Caillat, A. Calzas, A. Capone, L. Caponetto, E. Carmona, J. Carr, S. L. Cartwright, D. Castel, E. Castorina, V. Cavasinni, S. Cecchini, A. Ceres, P. Charvis, P. Chauchot, T. Chiarusi, M. Circella, C. Colnard, C. Compere, R. Coniglione, N. Cottini, P. Coyle, S. Cuneo, A. S. Cussatlegras, G. Damy, R. van Dantzig, C. de Marzo, I. Dekeyser, E. Delagnes, D. Denans, Anne Deschamps, F. Dessages-Ardellier, J. J. Destelle, B. Dinkespieler, C. Distefano, C. Donzaud, J. F. Drogou, F. Druillole, D. Durand, J. P. Ernenwein, S. Escoffier, E. Falchini, S. Favard, F. Feinstein, S. Ferry, D. Festy, C. Fiorello, V. Flaminio, S. Galeotti, J. M. Gallone, G. Giacomelli, Nicolas Girard, C. Gojak, P. Goret, K. Graf, G. Hallewell, M. N. Harakeh, B. Hartmann, A. Heijboer, E. Heine, Y. Hello, J.J. Hernández-Rey, J. Hossl, C. Hoffman, J. Hogenbirk, J. R. Hubbard, M. Jaquet, M. Jaspers, M. de Jong, F. Jouvenot, N. Kalantar-Nayestanaki, A. Kappes, T. Karg, S. Karkar, U. Katz, P. Keller, H. Kok, P. Kooijman, C. Kopper, E. V. Korolkova, A. Kouchner, W. Kretschmer, A. Kruijer, S. Kuch, V. A. Kudryavtsev, D. Lachartre, H. Lafoux, P. Lagier, R. Lahmann, G. Lamanna, P. Lamare, J. C. Languillat, H. Laschinsky, Y. Leguen, H. Le Provost, A. Levan Suu, T. Legou, G. Lim, L. Lo Nigro, D. Lo Presti, H. Löhner, S. Loucatos, F. Louis, F. Lucarelli, V. Lyashuk, M. Marcelin, A. Margiotta, R. Masullo, F. Mazéas, A. Mazure, J. E. Mcmillan, R. Megna, M. Melissas, E. Migneco, A. Milovanovic, M. Mongelli, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, M. Musumeci, C. Naumann, M. Naumann-Godo, V. Niess, C. Olivetto, R. Ostasch, N. Palanque-Delabrouille, P. Payre, H. Peek, C. Petta, P. Piattelli, J. P. Pineau, J. Poinsignon, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, N. Randazzo, J. van Randwijk, D. Real, B. van Rens, F. Rethore, P. Rewiersma, G. Riccobene, V. Rigaud, M. Ripani, V. Roca, C. Roda, J. F. Rolin, M. Romita, H. J. Rose, A. Rostovtsev, J. Roux, M. Ruppi, G. V. Russo, F. Salesa, K. Salomon, P. Sapienza, F. Schmitt, J. P. Schuller, R. Shadnize, I. Sokalski, T. Spona, M. Spurio, G. van Der Steenhoven, T. Stolarczyk, K. Streeb, D. Stubert, L. Sulak, M. Taiuti, Christian Tamburini, C. Tao, G. Terreni, L. F. Thompson, P. Valdy, V. Valente, B. Vallage, G. Venekamp, B. Verlaat, P. Vernin, R. de Vita, G. de Vries, R. F. van Wijk, P. K. A. de Witt-Huberts, G. Wobbe, E. de Wolf, A. F. Yao, D. Zaborov, H. Zaccone, J. D. Zornoza, J. Zúñiga
article
Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section A: Accelerators, Spectrometers, Detectors and Associated Equipment, 2007, 570, pp.107-116. ⟨10.1016/j.nima.2006.09.098⟩
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https://arxiv.org/pdf/astro-ph/0610029 BibTex
titre
Detection and phylogenetic identification of labeled prokaryotic cells on mineral surfaces using Scanning X-ray Microscopy
auteur
Bénédicte Ménez, Céline Rommevaux-Jestin, Murielle Salomé, Yuheng Wang, Pascal Philippot, Alain Bonneville, Emmanuelle Gérard
article
Chemical Geology, 2007, 240 (1-2), pp.182-192. ⟨10.1016/j.chemgeo.2007.02.009⟩
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titre
Anaerobic 1-Alkene Metabolism by the Alkane- and Alkene-Degrading Sulfate Reducer Desulfatibacillum aliphaticivorans Strain CV2803T▼_
auteur
Vincent Grossi, Cristiana Cravo-Laureau, Alain Méou, Danielle Raphel, Frédéric Garzino, Agnès Hirschler-Réa
article
Applied and Environmental Microbiology, 2007, 73 (24), pp.7882-7890. ⟨10.1128/AEM.01097-07⟩
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titre
The ANTARES Optical Beacon System
auteur
M. Ageron, J.A. Aguilar, A. Albert, F. Ameli, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, F. Ardellier-Desages, E. Aslanides, J.-J. Aubert, R. Auer, E. Barbarito, S. Basa, M. Battaglieri, Y. Becherini, J. Beltramelli, V. Bertin, A. Bigi, M. Billault, R. Blaes, N. de Botton, M.C. Bouwhuis, S.M. Bradbury, R. Bruijn, J. Brunner, G.F. Burgio, J. Busto, F. Cafagna, L. Caillat, A. Calzas, A. Capone, L. Caponetto, E. Carmona, J. Carr, S.L. Cartwright, D. Castel, E. Castorina, V. Cavasinni, S. Cecchini, A. Ceres, P. Charvis, P. Chauchot, T. Chiarusi, M. Circella, C. Colnard, C. Compère, R. Coniglione, N. Cottini, P. Coyle, S. Cuneo, A.-S. Cussatlegras, G. Damy, R. van Dantzig, G. de Bonis, C. de Marzo, R. de Vita, I. Dekeyser, E. Delagnes, D. Denans, Anne Deschamps, J.-J. Destelle, B. Dinkespieler, C. Distefano, C. Donzaud, J.-F. Drogou, F. Druillole, D. Durand, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, E. Falchini, S. Favard, F. Fehr, F. Feinstein, S. Ferry, C. Fiorello, V. Flaminio, K. Fratini, J.-L. Fuda, S. Galeotti, J.-M. Gallone, G. Giacomelli, Nicolas Girard, C. Gojak, Ph. Goret, K. Graf, G. Hallewell, M.N. Harakeh, B. Hartmann, A. Heijboer, E. Heine, Y. Hello, J.J. Hernandez-Rey, J. Hossl, C. Hoffman, J. Hogenbirk, J.R. Hubbard, M. Jaquet, M. Jaspers, M. de Jong, F. Jouvenot, N. Kalantar-Nayestanaki, A. Kappes, T. Karg, U. Katz, P. Keller, E. Kok, H. Kok, P. Kooijman, C. Kopper, E.V. Korolkova, A. Kouchner, W. Kretschmer, A. Kruijer, S. Kuch, V.A. Kudryavstev, P. Lagier, R. Lahmann, G. Lamanna, P. Lamare, G. Lambard, J.-C. Languillat, H. Laschinsky, J. Lavalle, Y. Le Guen, H. Le Provost, A. Le van Suu, Dominique Lefèvre, T. Legou, G. Lelaizant, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Louis, F. Lucarelli, V. Lyashuk, M. Marcelin, A. Margiotta, R. Masullo, F. Mazeas, A. Mazure, J.E. Mcmillan, R. Megna, M. Melissas, E. Migneco, A. Milovanovic, M. Mongelli, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, M. Musumecis, M. Naumann-Godog, C. Naumanng, V. Niess, T. Noble, C. Olivetto, R. Ostasch, N. Palanque-Delabrouille, P. Payre, H. Peek, A. Perez, C. Petta, P. Piattelli, R. Pillet, J.-P. Pineau, J. Poinsignon, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, N. Randazzo, J. van Randwijk, D. Real, B. van Rens, F. Rethore, P. Rewiersma, G. Riccobene, V. Rigaud, M. Ripani, V. Roca, C. Roda, J.F. Rolin, H.J. Rose, A. Rostovtsev, J. Roux, M. Ruppi, G.V. Russo, G. Rusydi, F. Salesa, K. Salomon, P. Sapienza, F. Schmitt, J.-P. Schuller, R. Shanidze, I. Sokalski, T. Spona, M. Spurio, G. van Der Steenhoven, T. Stolarczyk, K. Streeb, L. Sulak, M. Taiuti, Christian Tamburini, C. Tao, G. Terreni, L.F. Thompson, F. Urbano, P. Valdy, V. Valente, B. Vallage, G. Vaudaine, G. Venekamp, B. Verlaat, P. Vernin, G. de Vries-Uiterweerd, R. van Wijk, G. Wijnker, P. de Witt Huberts, G. Wobbe, E. de Wolf, A.-F. Yao, D. Zaborov, H. Zaccone, J.D. Zornoza, J. Zuniga
article
Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section A: Accelerators, Spectrometers, Detectors and Associated Equipment, 2007, 578, pp.498-509. ⟨10.1016/j.nima.2007.05.325⟩
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https://arxiv.org/pdf/astro-ph/0703355 BibTex

Conference papers

titre
Metabolism of n-alkanes and n-alkeries by anaerobic bacteria: A summary
auteur
Vincent Grossi, Cristiana Cravo-Laureau, Remy Guyoneaud, Anthony Ranchou-Peyruse, Agnès Hirschler-Réa
article
23rd International Meeting on Organic Geochemistry, Sep 2007, Torquay (ENGLAND), France. pp.1197-1203
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Book sections

titre
Sulphate-reducing bacteria from oil fields environments and deep-sea hydrothermal vents
auteur
Bernard Ollivier, Jean Luc Cayol, Guy Fauque
article
Sulpate-Reducing Bacteria : Environmental and Engineered Systems, Cambridge University Press, pp.10, 305-328, 2007
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titre
In Situ X-Ray Microscopy at High Temperature and Pressure
auteur
B. Ménez, H. Bureau, J. Cauzid, Valérie Malavergne, A. Somogyi, A. Simionovici, Manuel Munoz, L. Avoscan, C. Rommevaux-Jestin, B. Gouget
article
A. Méndez-Vilas, J. Díaz. Modern Research and Educational Topics in Microscopy, Formatex, pp.976 à 988, 2007
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titre
Impact of the deep biosphere on CO2 storage performance
auteur
Bénédicte Ménez, Sébastien Dupraz, Emmanuelle Gérard, François Guyot, Céline Rommevaux, Maximilien Libert, Fabian Delorme, Christian Michel, Fabienne Battaglia-Brunet, Bruno Garcia, Denis Blanchet, Alain-Yves Huc, F. Haeseler, Phil M. Oger, Gilles Dromart, Bernard Ollivier, Michel Magot
article
Geotechnologien Science Reports, 9, pp.150-163, 2007, French-German Symposium on Geological storage of CO2
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2006

Journal articles

titre
Marinobacter vinifirmus sp. nov., a moderately halophilic bacterium isolated from a wine-barrel-decalcification wastewater
auteur
Pierre-Pol Liebgott, L. Casalot, S. Paillard, J. Lorquin, Marc Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2006, 56 (11), pp.2511 - 2516. ⟨10.1099/ijs.0.64368-0⟩
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titre
Oxygen defense in sulfate-reducing bacteria.
auteur
Alain Dolla, Marjorie Fournier, Zorah Dermoun
article
Journal of Biotechnology, 2006, 126 (1), pp.87-100. ⟨10.1016/j.jbiotec.2006.03.041⟩
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titre
Coexistence of two protein folding states in the crystal structure of ribosomal protein L20
auteur
Y. Timsit, Frédéric Allemand, Claude Chiaruttini, Mathias Springer
article
EMBO Reports, 2006, 7 (10), pp.1013-1018. ⟨10.1038/sj.embor.7400803⟩
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titre
Pressure effects on surface Mediterranean prokaryotes and biogenic silica dissolution during a diatom sinking experiment
auteur
Christian Tamburini, J. Garcin, G. Gregori, Karine Leblanc, P. Rimmelin, L. Kirchman D.
article
Aquatic Microbial Ecology, 2006, 43, pp.267-276. ⟨10.3354/ame043267⟩
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https://hal.science/hal-00702531/file/Tamburini_2006.pdf BibTex
titre
Response of the anaerobe Desulfovibrio vulgaris Hildenborough to oxidative conditions: proteome and transcript analysis.
auteur
Marjorie Fournier, Corinne Aubert, Zorah Dermoun, Marie-Claire Durand, Danielle Moinier, Alain Dolla
article
Biochimie, 2006, 88 (1), pp.85-94. ⟨10.1016/j.biochi.2005.06.012⟩
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titre
Bioconversion of ferulic acid to vanillic acid by Halomonas elongata isolated from table-olive fermentation
auteur
Slim Abdelkafi, Sami Sayadi, Zouhaier Ben Ali Gam, Laurie Casalot, Marc Labat
article
FEMS Microbiology Letters, 2006, 262, pp.115-120. ⟨10.1111/j.1574-6968.2006.00381.x⟩
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titre
Biochemical and spectroscopic characterization of an aldehyde oxidoreductase isolated from Desulfovibrio aminophilus
auteur
Anders Thapper, Maria G. Rivas, Carlos D. Brondino, Bernard Ollivier, Guy Fauque, Isabel Moura, José J.G. Moura
article
Journal of Inorganic Biochemistry, 2006, 100, pp.44-50
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titre
Impact of feeding by Arenicola marina (L.) and ageing of faecal material on fatty acid distribution and bacterial community structure in marine sediments: An experimental approach
auteur
Vincent Grossi, Philippe Cuny, Sarah Caradec, David Nerini, Richard Pancost, Franck Gilbert
article
Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 2006, 336, pp.54-64. ⟨10.1016/j.jembe.2006.04.003⟩
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https://hal.science/hal-00148497/file/Grossi_6095.pdf BibTex
titre
Impact of feeding by Arenicola marina (L.) and ageing of faecal material on fatty acid distribution and baterial community structure in marine sediments : an experimental approach
auteur
Vincent Grossi, Philippe Cuny, Sarah Caradec, David Nerini, Richard Pancost
article
Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 2006, 336, pp.54-64
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BibTex
titre
Life under pressure
auteur
Christian Tamburini
article
Microbial ecology, 2006, 10, pp.1-17
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titre
Stratified prokaryote network in the oxic-anoxic transition of a deep-sea halocline
auteur
Daniele Daffonchio, Sara Borin, Tullio Brusa, Lorenzo Brusetti, Paul van der Wielen, Henk Bolhuis, Michail Yakimov, Giuseppe d'Auria, Laura Giuliano, Danielle Marty, Christian Tamburini, Terry Mcgenity, John Hallsworth, Andrea Sass, Kenneth Timmis, Anastasios Tselepides, Gert de Lange, Andreas Hübner, John Thomson, Soterios Varnavas, Francesco Gasparoni, Hans Gerber, Elisa Malinverno, Cesare Corselli
article
Nature, 2006, 440 (7081), pp.203-207. ⟨10.1038/nature04418⟩
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titre
Coexistence of two protein folding states in the crystal structure of ribosomal protein L20
auteur
Y. Timsit, F. Allemand, C. Chiaruttini, M. Springer
article
EMBO Reports, 2006, 7, pp.1013-1018
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titre
Nitrogen budget in a microbial mat of Camargue (South of France)
auteur
Patricia Bonin, Valerie Michotey
article
Marine Ecology Progress Series, 2006, XXX, pp.XX Xx
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titre
First results of the Instrumentation Line for the deep-sea ANTARES neutrino telescope
auteur
J.A. Aguilar, A. Albert, F. Ameli, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, E. Aslanides, J.J. Aubert, E. Barbarito, S. Basa, M. Battaglieri, Y. Becherini, R. Bellotti, J. Beltramelli, V. Bertin, A. Bigi, M. Billault, R. Blaes, N. de Botton, M. C. Bouwhuis, S. M. Bradbury, R. Bruijn, J. Brunner, G. F. Burgio, J. Busto, F. Cafagna, L. Caillat, A. Calzas, A. Capone, L. Caponetto, E. Carmona, J. Carr, S. L. Cartwright, D. Castel, E. Castorina, V. Cavasinni, S. Cecchini, A. Ceres, P. Charvis, P. Chauchot, T. Chiarusi, M. Circella, C. Colnard, C. Compere, R. Coniglione, N. Cottini, P. Coyle, S. Cuneo, A. S. Cussatlegras, G. Damy, R. van Dantzig, C. de Marzo, I. Dekeyser, E. Delagnes, D. Denans, Anne Deschamps, F. Dessages-Ardellier, J. J. Destelle, B. Dinkespieler, C. Distefano, C. Donzaud, J. F. Drogou, F. Druillole, D. Durand, J. P. Ernenwein, S. Escoffier, E. Falchini, S. Favard, F. Feinstein, S. Ferry, D. Festy, C. Fiorello, V. Flaminio, S. Galeotti, J. M. Gallone, G. Giacomelli, Nicolas Girard, C. Gojak, P. Goret, K. Graf, G. Hallewell, M. N. Harakeh, B. Hartmann, A. Heijboer, E. Heine, Y. Hello, J.J. Hernández-Rey, J. Hossl, C. Hoffman, J. Hogenbirk, J. R. Hubbard, M. Jaquet, M. Jaspers, M. de Jong, F. Jouvenot, N. Kalantar-Nayestanaki, A. Kappes, T. Karg, S. Karkar, U. Katz, P. Keller, H. Kok, P. Kooijman, C. Kopper, E. V. Korolkova, A. Kouchner, W. Kretschmer, A. Kruijer, S. Kuch, V. A. Kudryavtsev, D. Lachartre, H. Lafoux, P. Lagier, R. Lahmann, G. Lamanna, P. Lamare, J. C. Languillat, H. Laschinsky, Y. Leguen, H. Le Provost, A. Levan Suu, T. Legou, G. Lim, L. Lo Nigro, D. Lo Presti, H. Löhner, S. Loucatos, F. Louis, F. Lucarelli, V. Lyashuk, M. Marcelin, A. Margiotta, R. Masullo, F. Mazéas, A. Mazure, J. E. Mcmillan, R. Megna, M. Melissas, E. Migneco, A. Milovanovic, M. Mongelli, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, M. Musumeci, C. Naumann, M. Naumann-Godo, V. Niess, C. Olivetto, R. Ostasch, N. Palanque-Delabrouille, P. Payre, H. Peek, C. Petta, P. Piattelli, J. P. Pineau, J. Poinsignon, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, N. Randazzo, J. van Randwijk, D. Real, B. van Rens, F. Rethore, P. Rewiersma, G. Riccobene, V. Rigaud, M. Ripani, V. Roca, C. Roda, J. F. Rolin, M. Romita, H. J. Rose, A. Rostovtsev, J. Roux, M. Ruppi, G. V. Russo, F. Salesa, K. Salomon, P. Sapienza, F. Schmitt, J. P. Schuller, R. Shadnize, I. Sokalski, T. Spona, M. Spurio, G. van Der Steenhoven, T. Stolarczyk, K. Streeb, D. Stubert, L. Sulak, M. Taiuti, Christian Tamburini, C. Tao, G. Terreni, L. F. Thompson, P. Valdy, V. Valente, B. Vallage, G. Venekamp, B. Verlaat, P. Vernin, R. de Vita, G. de Vries, R. F. van Wijk, P. K. A. de Witt-Huberts, G. Wobbe, E. de Wolf, A. F. Yao, D. Zaborov, H. Zaccone, J. D. Zornoza, J. Zúñiga
article
Astroparticle Physics, 2006, 26, pp.314-324. ⟨10.1016/j.astropartphys.2006.07.004⟩
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https://arxiv.org/pdf/astro-ph/0606229 BibTex
titre
Cloning and characterization of a tyrosinase gene from the white-rot fungus Pycnoporus sanguineus, and overproduction of the recombinant protein in Aspergillus niger
auteur
Sonia Halaouli, Eric Record, Laurence Casalot, Moktar Hamdi, Jean-Claude Sigoillot, Anne Lomascolo, Marcel M. Asther
article
Applied Microbiology and Biotechnology, 2006, 70 (5), pp.580-589. ⟨10.1007/s00253-005-0109-4⟩
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BibTex
titre
Experimental and field evidence for thiyl radical-induced stereomutation of alkenones and other lipids in sediments and seawater
auteur
Jean-Francois Rontani, Patricia Bonin, F.G. Prahl, Ian D. Jameson, John K. Volkman
article
Organic Geochemistry, 2006, xxx, pp.1-16
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BibTex
titre
Purification and Preliminary Characterization of Tetraheme Cytochrome C3 and Adenylylsulfate Reductase from the Peptidolytic Sulfate-Reducing bacterium Desulfovibrio aminophilus DSM 12254
auteur
Alejandro Lopez-Cortes, Sergey Bursakov, Angelo Figueiredo, Anders Thapper, Smilja Todorovic, José J.G. Moura, Bernard Ollivier, Isabel Moura, Guy Fauque
article
Bioorganic Chemistry, 2006, xxx, pp.1-11
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Book sections

titre
Growth of hyperthermophilic microorganisms fo physiological and nutritional studies
auteur
Anne Godfroy, Anne Postec, N. Raven
article
Extremophiles, Elsevier, pp.93-107, 2006, Methods in Microbiology ; 35
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BibTex
titre
Deep-sea Thermococcales and their Genetic Elements: Plasmids and Viruses
auteur
Daniel Prieur, Gaël Erauso, Didier Flament, Mélusine Gaillard, Claire Geslin, Mathieu Gonnet, Marc Le Romancer, Soizick Lucas, Patrick Forterre
article
Extremophiles, Elsevier, pp.253-272, 2006, Methods in Microbiology ; 35, ⟨10.1016/S0580-9517(08)70014-X⟩
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titre
Growth of hyperthermophilic microorganisms for physiological and nutritional studies
auteur
Anne Godfroy, Anne Postec, Neil Raven
article
Methods in Microbiology, Extremophiles, Elsevier, pp.VOLUME 35, 93-108, 2006, ⟨10.1016/S0580-9517(08)70007-2⟩
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Poster communications

titre
Si-C interactions during degradation of the diatom Skeletonema costatum
auteur
Brivaëla Moriceau, Madeleine Goutx, Catherine Guigue, Cindy Lee, Marie Duflos, A. Robert Armstrong, Christian Tamburini, Bruno Charrìère
article
AGU conference, 2006, San Francisco, United States
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2005

Journal articles

titre
Rickettsia conorii and R. Promazekii Proteome analysis by 2DE-MS : A step toward functional analysis of Rickettsial genomes
auteur
P. Renesto, S. Azza, A. Dolla, P. Fourquet, G. Vestris, J.P. Gorvel, Didier Raoult
article
Annals of the New York Academy of Sciences, 2005, 1063, pp.90-3. ⟨10.1196/annals.1355.014⟩
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titre
Tectonic interpretation of the Andrew Bain transform fault: Southwest Indian Ocean
auteur
John G Sclater, Nancy R Grindlay, John A Madsen, Céline Rommevaux-Jestin
article
Geochemistry, Geophysics, Geosystems, 2005, 6 (9), pp.n/a - n/a. ⟨10.1029/2005GC000951⟩
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https://insu.hal.science/insu-01777716/file/Sclater_et_al-2005-Geochemistry%2C_Geophysics%2C_Geosystems.pdf BibTex
titre
Anaerobic n-alkane metabolism by a sulfate-reducing bacterium, Desulfatibacillum aliphaticivorans strain CV2803T.
auteur
Cristiana Cravo-Laureau, Vincent Grossi, Danielle Raphel, Robert Matheron, Agnès Hirschler-Réa
article
Applied and Environmental Microbiology, 2005, 71 (7), pp.3458-67. ⟨10.1128/AEM.71.7.3458-3467.2005⟩
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BibTex
titre
Marinitoga hydrogenitolerans sp. nov., a novel member of the order Thermotogales isolated from a black smoker chimney on the Mid-Atlantic Ridge.
auteur
Anne Postec, Claire Le Breton, Marie Laure Fardeau, Françoise Lesongeur, Patricia Pignet, Joël Querellou, Bernard Ollivier, Anne Godfroy
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2005, 55 (Pt 3), pp.1217-21. ⟨10.1099/ijs.0.63550-0⟩
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BibTex
titre
Proteome analysis of Rickettsia conorii by two-dimensional gel electrophoresis coupled with mass spectrometry.
auteur
Patricia Renesto, Saïd Azza, Alain Dolla, Patrick Fourquet, Guy Vestris, Jean-Pierre Gorvel, Didier Raoult
article
FEMS Microbiology Letters, 2005, 245 (2), pp.231-8. ⟨10.1016/j.femsle.2005.03.004⟩
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BibTex
titre
Continuous enrichment culture and molecular monitoring to investigate the microbial diversity of thermophiles inhabiting deep-sea hydrothermal ecosystems.
auteur
Anne Postec, Laurent Urios, Françoise Lesongeur, Bernard Ollivier, Joël Querellou, Anne Godfroy
article
Current Microbiology, 2005, 50 (3), pp.138-44. ⟨10.1007/s00284-004-4443-z⟩
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titre
Molecular, Biochemical, and Physiological Approaches for Understanding the Ecology of Denitrification
auteur
Christelle Goréguès, Valerie Michotey, Patricia Bonin
article
Microbial ecology, 2005, 49 (2), pp.198-208
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titre
Optimisation of growth conditions for continuous culture of the hyperthermophilic archaeon Thermococcus hydrothermalis and development of sulphur-free defined and minimal media.
auteur
Anne Postec, Patricia Pignet, Valérie Cueff, Anne Schmitt, Joël Querellou, Anne Godfroy
article
Research in Microbiology, 2005, 156 (1), pp.82-7. ⟨10.1016/j.resmic.2004.08.001⟩
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titre
Laccase production by Pycnoporus cinnabarinus grown on sugar-cane bagasse: Influence of ethanol vapors as inducer
auteur
Juan Carlos Meza, Anne Lomascolo, Laurence Casalot, Jean-Claude J.-C. Sigoillot, Richard Auria
article
Process Biochemistry, 2005, 40 (10), pp.3365-3371. ⟨10.1016/j.procbio.2005.03.004⟩
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titre
Molecular, Biochemical and Physiological Approaches for Understanding the Ecology of Denitrification
auteur
Christèle Goregues, Valerie Michotey, Patricia Bonin
article
Microbial ecology, 2005, 49, pp.198-208
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Patents

titre
Use of bacterium strains for the preparation of metallic biocatalysts, in particular for the preparation of palladium biocatalysts
auteur
Marc Rousset, Laurence Casalot, Pascale de Philip, A. Belaich, L. E. Macaskie, I. Mykheenko
article
France, Patent n° : 05 290 387.9. 2005
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2004

Journal articles

titre
Isolation of hydrocarbonoclastic denitrifying bacteria from berre microbial mats
auteur
Christelle Goréguès, Valerie Michotey, Patricia Bonin
article
Ophelia, 2004, 58 (3), pp.263-270
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titre
Thermosipho atlanticus sp. nov., a novel member of the Thermotogales isolated from a Mid-Atlantic Ridge hydrothermal vent.
auteur
Laurent Urios, Valérie Cueff, Patricia Pignet, Anne Postec, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Georges Barbier
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2004, 54 (Pt 6), pp.1953-7. ⟨10.1099/ijs.0.63069-0⟩
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titre
Desulfatibacillum alkenivorans sp. nov., a novel n-alkene-degrading, sulfate-reducing bacterium, and emended description of the genus Desulfatibacillum
auteur
Cristiana Cravo-Laureau, Robert Matheron, Catherine Julian, Jean-Luc Cayol, Agnès Hirschler-Réa
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2004, 54, pp.1639-42. ⟨10.1099/ijs.0.63104-0⟩
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titre
Growth and cellular fatty-acid composition of a sulphate-reducing bacterium, Desulfatibacillum aliphaticivorans strain CV2803T, grown on n-alkenes
auteur
Cristiana Cravo-Laureau, Agnès Hirschler-Réa, Robert Matheron, Vincent Grossi
article
Comptes Rendus. Biologies, 2004, 327 (7), pp.687-94
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titre
Feature extraction and signal processing for nylon DNA microarrays.
auteur
Fabrice Lopez, Jacques Rougemont, Béatrice Loriod, Aude Bourgeois, Laurence Loï, François Bertucci, Pascal Hingamp, Rémi Houlgatte, Samuel Granjeaud
article
BMC Genomics, 2004, 5 (1), pp.38. ⟨10.1186/1471-2164-5-38⟩
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https://inserm.hal.science/inserm-00112016/file/1471-2164-5-38.pdf BibTex
titre
Annotation of a 95-kb Populus deltoides genomic sequence reveals a disease resistance gene cluster and novel class I and class II transposable elements
auteur
Magali Lescot, S. Rombauts, J. Zhang, S. Aubourg, C. Mathé, S. Jansson, P. Rouzé, W. Boerjan
article
TAG Theoretical and Applied Genetics, 2004, 109 (1), pp.10-22. ⟨10.1007/s00122-004-1621-0⟩
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titre
Desulfatibacillum aliphaticivorans gen. nov., sp. nov., an n-alkane- and n-alkene-degrading, sulfate-reducing bacterium
auteur
Cristiana Cravo-Laureau, Robert Matheron, Jean-Luc Cayol, Catherine Julian, Agnès Hirschler-Réa
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2004, 54, pp.77-83
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titre
A simple and highly reproducible technique to extract the 14CO2 resulting from respiration of 14C-labeled seawater samples
auteur
C. Tamburini, Marc Tedetti
article
Hydrobiologia, 2004, 523, pp.1-7
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titre
Isolation of hydrocarbonoclastic denitrifying bacteria from berre microbial mats
auteur
C Goregues, Valerie Michotey, Patricia Bonin
article
Ophelia, 2004, 58, pp.263-270
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titre
Les bactéries sulfato-réductrices : aspects environnementaux et métaboliques
auteur
Guy Fauque, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bulletin de la Société Française Microbiologie, 2004, 19, pp.85-91
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titre
Focused Magmatism versus Amagmatic spreading along the ultraslow-spreading Southwest Indian Ridge. Evidence from TOBI side scan sonar imagery
auteur
Daniel Sauter, Véronique Mendel, Céline Rommevaux-Jestin, Lindsay M. Parson, Hiromi Fujimoto, Catherine Mével, Mathilde Cannat, Kensaku Tamaki
article
Geochemistry, Geophysics, Geosystems, 2004, 5, pp.20. ⟨10.1029/2004GC000738⟩
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https://hal.science/hal-00104253/file/Sauter_et_al-2004-Geochemistry%2C_Geophysics%2C_Geosystems.pdf BibTex
titre
The anaerobic hydrocarbon biodegrading bacteria: An overview
auteur
Patricia Bonin, Valerie Michotey, Cristiana Cravo-Laureau, Agnès Hirschler-Réa
article
Ophelia, 2004, 58 (3), pp.243-254. ⟨10.1080/00785236.2004.10410232⟩
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titre
Ridge segmentation and the magnetic structure of the Southwest Indian Ridge (at 50°30'E, 55°30'E and 66°20'E): Implications for magmatic processes at ultraslow-spreading centers.
auteur
Daniel Sauter, Hélène Carton, Véronique Mendel, Marc Munschy, Céline Rommevaux-Jestin, Jean-Jacques Schott, Hubert Whitechurch
article
Geochemistry, Geophysics, Geosystems, 2004, 5, pp.1-25. ⟨10.1029/2003GC000581⟩
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https://hal.science/hal-00104257/file/2003GC000581.pdf BibTex
titre
Anaerobes : the sulfate-Reducing Bacteria as an Example of Metbolic Diversity
auteur
Guy Fauque, Bernard Ollivier
article
Microbial Diversity and Bioprospecting, 2004, 17, pp.169-176
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Conference papers

titre
Navigating mobile robots using the viusal memory concept
auteur
Guillaume Blanc, Youcef Mezouar, Philippe Martinet
article
1st French-Korean Workshop on Dependable Robotic Navigation, SAFEMOVE'04, Oct 2004, Suwon, South Korea
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2003

Journal articles

titre
DNA microarray data and contextual analysis of correlation graphs.
auteur
Jacques Rougemont, Pascal Hingamp
article
BMC Bioinformatics, 2003, 4, pp.15. ⟨10.1186/1471-2105-4-15⟩
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titre
Glucose Fermentation by Propionibacterium microaerophilum : Effect of pH on Metabolism and Bioenergetic
auteur
Marina Koussémon, Yannick Combet-Blanc, Bernard Ollivier
article
Current Microbiology, 2003, 46 (2), pp.141 - 145. ⟨10.1007/s00284-002-3839-x⟩
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titre
Melt supply variations to a magma-poor ultra-slow spreading ridge (Southwest Indian Ridge 61° to 69°E)
auteur
Mathilde Cannat, Céline A Rommevaux-Jestin, Hiromi Fujimoto
article
Geochemistry, Geophysics, Geosystems, 2003, 4 (8), ⟨10.1029/2002GC000480⟩
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titre
Magmato-Tectonic Cyclicity at the Ultra-Slow Spreading Southwest Indian Ridge: Evidence from Variations of Axial Volcanic Ridge Morphology and Abyssal Hills Pattern
auteur
Véronique Mendel, Daniel Sauter, Céline Rommevaux-Jestin, Philippe Patriat, Fabrice Lefebvre, Lindsay M. Parson
article
Geochemistry, Geophysics, Geosystems, 2003, 4 (5), ⟨10.1029/2002GC000417⟩
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https://hal.science/hal-00104244/file/Mendel_et_al-2003-Geochemistry%2C_Geophysics%2C_Geosystems%20%281%29.pdf BibTex

2002

Journal articles

titre
Aerobic and anaerobic metabolism of squalene by a denitrifying bacterium isolated from marine sediment
auteur
Abdelkrim Mouzdahir, Jean-Francois Rontani, Valerie Michotey, Patricia Bonin
article
Archives of Microbiology, 2002, 178 (4), pp.279-287. ⟨10.1007/s00203-002-0457-8⟩
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titre
Inducibility by pathogen attack and developmental regulation of the rice Ltp1 gene
auteur
Emmanuel Guiderdoni, Maria José Cordero, Florence Vignols, José Manuel Garcia-Garrido, Magali Lescot, Didier Tharreau, Donaldo Meynard, Nicole Ferrière, Jean-Loup Notteghem, Michel Delseny
article
Plant Molecular Biology, 2002, 49 (6), pp.679-695. ⟨10.1023/a:1015595100145⟩
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https://hal.science/hal-02978251/file/Guiderdoni%202002%20promotetr%20Ltp1%20in%20transgenic%20rice.pdf BibTex
titre
Effect of auxin, cytokinin, and sucrose on cell cycle gene expression in Arabidopsis thaliana cell suspension cultures
auteur
Caroline Richard, Magali Lescot, Dirk Inzé, Lieven de Veylder
article
Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 2002, 69 (2), pp.167-176. ⟨10.1023/a:1015241709145⟩
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titre
A Gibbs Sampling Method to Detect Overrepresented Motifs in the Upstream Regions of Coexpressed Genes
auteur
Gert Thijs, Kathleen Marchal, Magali Lescot, Stephane Rombauts, Bart de Moor, Pierre Rouzé, Yves Moreau
article
Journal of Computational Biology, 2002, 9 (2), pp.447-464. ⟨10.1089/10665270252935566⟩
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https://hal.science/hal-02978260/file/3207614.pdf BibTex
titre
PlantCARE, a database of plant cis-acting regulatory elements and a portal to tools for in silico analysis of promoter sequences
auteur
Magali Lescot, Patrice Dehais, G. Thijs, K. Marchal, Y. Moreau, Y. van de Peer, P. Rouzé, S. Rombauts
article
Nucleic Acids Research, 2002, 30 (1), pp.325-327. ⟨10.1093/nar/30.1.325⟩
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https://hal.science/hal-02978179/file/gkf036.pdf BibTex
titre
EMBL-Align: a new public nucleotide and amino acid multiple sequence alignment database
auteur
V. Lombard, E.B. Camon, H.E. Parkinson, P. Hingamp, G. Stoesser, N. Redaschi
article
Bioinformatics, 2002, 18, pp.763-764
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titre
Characterization of three spiral-shaped purple nonsulfur bacteria isolated from coastal lagoon sediments, saline sulfur springs, and microbial mats: Emended description of the genus Roseospira and description of Roseospira marina sp. nov., Roseospira navarrensis sp. nov., and Roseospira thiosulfatophila sp. nov.
auteur
Remy Guyoneaud, S. Mouné, C. Eatock, V. Bothorel, Agnès Hirschler-Réa, J. Willison, Robert Duran, W. Liesack, R. Herbert, R. Matheron, Pierre Caumette
article
Archives of Microbiology, 2002, 178 (5), pp.315-324. ⟨10.1007/s00203-002-0454-y⟩
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titre
One-year seasonal survey of the chlorophyll photodegradation process in the northwestern Mediterranean Sea
auteur
Philippe Cuny, Jc Marty, J Chiaverini, I Vescovali, D Raphel, Jf Rontani
article
Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, 2002, 49 (11), pp.1987-2005. ⟨10.1016/S0967-0645(02)00023-1⟩
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titre
Biopolymer hydrolysis and bacterial production under ambient hydrostatic pressure through a 2000 m water column in the NW Mediterranean
auteur
Christian Tamburini, Jean Garcin, Michel Ragot, Armand Bianchi
article
Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, 2002, 49, pp.2109-2123. ⟨10.1016/S0967-0645(02)00030-9⟩
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titre
TOBI Sidescan Sonar Imagery of the Very Slow-Spreading Southwest Indian Ridge: Evidence for Along-Axis Magma Distribution.
auteur
Daniel Sauter, Lindsay M. Parson, Véronique Mendel, Céline Rommevaux-Jestin, Olga Gomez, Anne Briais, Catherine Mével, Kensaku Tamaki, The Fuji Scientific Team
article
Earth and Planetary Science Letters, 2002, 199, pp.81-95
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Book sections

titre
Prognosis of breast cancer and gene expression profiling using DNA arrays
auteur
F Bertucci, R Houlgatte, S Granjeaud, V Nasser, Béatrice B. Loriod, E Beaudoing, P. Hingamp, J Jacquemier, P Viens, D Birnbaum, C Nguyen
article
Microarrays, Immune Responses and Vaccines, 975, pp.217-231, 2002, 0077-8923;1-57331-446-3. ⟨10.1111/j.1749-6632.2002.tb05954.x⟩
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2001

Journal articles

titre
A higher-order background model improves the detection of promoter regulatory elements by Gibbs sampling
auteur
G. Thijs, Magali Lescot, K. Marchal, S. Rombauts, B. de Moor, P. Rouze, Y. Moreau
article
Bioinformatics, 2001, 17 (12), pp.1113-1122. ⟨10.1093/bioinformatics/17.12.1113⟩
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titre
Convergent Evolution of MutS and Topoisomerase II for Clamping DNA crossovers and stacked Holliday junctions
auteur
Y. Timsit
article
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 2001, 19 (2), pp.215-218. ⟨10.1080/07391102.2001.10506733⟩
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BibTex
titre
Propionibacterium microaerophilum sp. nov., a microaerophilic bacterium isolated from olive mill wastewater
auteur
Yannick Combet-Blanc, Pierre Thomas, Bernard Ollivier, Marina Koussémon, Jean-Luc Cayol, Jean-Louis Garcia, Bharat Patel
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2001, 51 (4), pp.1373 - 1382. ⟨10.1099/00207713-51-4-1373⟩
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BibTex
titre
Hydration and structural alterations of A-DNA. Implications for the accuracy of DNA replication.
auteur
C Mayer, Y. Timsit
article
Cellular and Molecular Biology, 2001, 47 (5), pp.815-22
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BibTex
titre
Focused volcanism and growth of a slow spreading segment (Mid-Atlantic Ridge, 35°N)
auteur
Aline Rabain, Mathilde Cannat, Javier Escartin, Gaud Pouliquen, Christine Deplus, Céline A Rommevaux-Jestin
article
Earth and Planetary Science Letters, 2001, 185 (1-2), pp.211-224. ⟨10.1016/S0012-821X(00)00371-X⟩
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titre
The Southwest Indian Ridge between 49°15'E and 57°E: focused accretion and magma redistribution.
auteur
Daniel Sauter, Philippe Patriat, Céline Rommevaux-Jestin, Mathilde Cannat, Anne Briais, The Gallieni Shipboard Scientific Party
article
Earth and Planetary Science Letters, 2001, 192, pp.303-317
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2000

Journal articles

titre
Divergent N-terminal sequences target an inducible testis deubiquitinating enzyme to distinct subcellular structures.
auteur
L. Lin, Anne Keriel, C. Morales, N Bedard, Q. Zhao, P. Hingamp, S Lefrançois, L Combaret, S. Wing
article
Molecular and Cellular Biology, 2000, 20 (17), pp.6568-78
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titre
DNA Structure and Polymerase Fidelity: A New Role for A-DNA
auteur
Y. Timsit
article
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 2000, 17 (sup1), pp.169-176. ⟨10.1080/07391102.2000.10506617⟩
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titre
Divergent N-terminal sequences target an inducible testis deubiquitinating enzyme to distinct subcellular structures
auteur
H. Lin, A. Keriel, C.R. Morales, N. Bedard, Q. Zhao, Pascal Hingamp, Lydie Combaret, S.S. Wing
article
Molecular and Cellular Biology, 2000, 20 (17), pp.6568-6578
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1999

Journal articles

titre
DNA structure and polymerase fidelity 1 1Edited by T. Richmond
auteur
Y. Timsit
article
Journal of Molecular Biology, 1999, 293 (4), pp.835-853. ⟨10.1006/jmbi.1999.3199⟩
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BibTex
titre
Left-handed DNA Crossovers. Implications for DNA-DNA Recognition and Structural Alterations
auteur
Y. Timsit, Michal Shatzky-Schwartz, Zippora Shakked
article
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 1999, 16 (4), pp.775-785. ⟨10.1080/07391102.1999.10508292⟩
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BibTex
titre
Assembly of XcpR in the Cytoplasmic Membrane Is Required for Extracellular Protein Secretion in Pseudomonas aeruginosa
auteur
Genevieve Ball, Virginie Chapon, Sophie Bleves, Gérard Michel, Marc Bally
article
Journal of Bacteriology, 1999, 181 (2), pp.382-388
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https://amu.hal.science/hal-01560898/file/Ball-1999.pdf BibTex
titre
The influence of nitrate and carbon inputs on the end products of bacterial nitrate dissimilation in marine sediment
auteur
P. Bonin, P. Omnes, A. Chalamet
article
Toxicological and Environmental Chemistry, 1999, 73 (1-2), pp.67-79. ⟨10.1080/02772249909358848⟩
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titre
Formation of the axial relief at the very slow spreading Southwest Indian Ridge (49° to 69°E)
auteur
Mathilde Cannat, Celine Rommevaux-Jestin, Daniel Sauter, Christine Deplus, Véronique Mendel
article
Journal of Geophysical Research : Solid Earth, 1999, 104 (B10), pp.22,825-22,843. ⟨10.1029/1999JB900195⟩
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https://insu.hal.science/insu-01586126/file/Cannat_et_al-1999-Journal_of_Geophysical_Research__Solid_Earth_%281978-2012%29.pdf BibTex
titre
RpoS-dependent stress tolerance in Pseudomonas aeruginosa
auteur
Frieda Jorgensen, Marc Bally, Virginie Chapon, Gérard Michel, Andree Lazdunski, Paul Williams, Gordon S a B Stewart
article
Microbiology, 1999, 145, pp.835 - 844. ⟨10.1099/13500872-145-4-835⟩
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titre
Key role of phenylalanine 20 in cytochrome c3: structure, stability, and function studies.
auteur
A. Dolla, P. Arnoux, I. Protasevich, V. Lobachov, M. Brugna, Mt Giudici-Orticoni, R. Haser, M. Czjzek, A. Makarov, M. Bruschi
article
Biochemistry, 1999, 38, pp.33-41
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1998

Journal articles

titre
Symmetry and chirality in topoisomerase II-DNA crossover recognition 1 1Edited by T. Richmond
auteur
B Timsit, Bertrand Duplantier, J Jannink, Jean-Louis Sikorav, Y. Timsit, Gérard Jannink
article
Journal of Molecular Biology, 1998, 284 (5), pp.1289-1299. ⟨10.1006/jmbi.1998.2281⟩
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BibTex
titre
DNA crossovers and type II DNA topoisomerases: a thermodynamical study 1 1Edited by T. Richmond
auteur
Y Sikorav, Bertrand Duplantier, Gérard Jannink, Y. Timsit, Jean-Louis Sikorav
article
Journal of Molecular Biology, 1998, 284 (5), pp.1279-1287. ⟨10.1006/jmbi.1998.2280⟩
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BibTex
titre
Hydration and recognition of methylated CpG steps in DNA
auteur
C. Mayer-Jung, D. Moras, Y. Timsit
article
EMBO Journal, 1998, 17 (9), pp.2709-2718. ⟨10.1093/emboj/17.9.2709⟩
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titre
Bacterial flora in the gut of Helix aspersa (Gastropoda Pulmonata): evidence for a permanent population with a dominant homolactic intestinal bacterium, Enterococcus casseliflavus
auteur
Maryvonne Charrier, Yannick Combet-Blanc, Bernard Ollivier
article
Canadian Journal of Microbiology, 1998, 44 (1), pp.20 - 27. ⟨10.1139/w97-120⟩
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BibTex
titre
Structural and kinetic studies of the Y73E mutant of octaheme cytochrome c3 (Mr = 26 000) from Desulfovibrio desulfuricans Norway.
auteur
C. Aubert, Mt Giudici-Orticoni, M. Czjzek, R. Haser, M. Bruschi, A. Dolla
article
Biochemistry, 1998, 37, pp.2120-2130
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BibTex
titre
Simultaneous occurrence of denitrification and nitrate ammonification in sediments of the French Mediterranean Coast
auteur
P. Bonin, P. Omnes, Alain Chalamet
article
Hydrobiologia, 1998, 389 (1), pp.169-182. ⟨10.1023/A:1003585115481⟩
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titre
Evidence and quantification of thiosulfate reducers unable to reduce sulfate in ricefield soils
auteur
S Escoffier, Bernard Ollivier, Jean Le Mer, J Garcin, P Roger
article
European Journal of Soil Biology, 1998, 34 (2), pp.69-74. ⟨10.1016/S1164-5563(99)90003-1⟩
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1997

Journal articles

titre
Mantle Bouguer Anomaly Along an Ultra Slow-Spreading Ridge: Implications for Accretionary Processes and Comparison with Results from Central Mid-Atlantic Ridge
auteur
Céline A Rommevaux-Jestin, Christine Deplus, Philippe Patriat
article
Marine Geophysical Research, 1997, 19 (6), pp.481 - 503. ⟨10.1023/a:1004269003009⟩
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titre
Effect of cytosine methylation on DNA-DNA recognition at CpG steps
auteur
Claudine Mayer-Jung, Dino Moras, Y. Timsit
article
Journal of Molecular Biology, 1997, 270 (3), pp.328-335. ⟨10.1006/jmbi.1997.1137⟩
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titre
Hydrocarbon influence on denitrification in bioturbated Mediterranean coastal sediments
auteur
Franck Gilbert, Georges Stora, Patricia Bonin, Yveline Ledréau, Gilbert Mille, Jean-Claude Bertrand
article
Hydrobiologia, 1997, vol. 345, pp. 67-77. ⟨10.1023/A:1002931432250⟩
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titre
Regulation of the xcp secretion pathway by multiple quorum-sensing modulons in Pseudomonas aeruginosa
auteur
Virginie Chapon, Mohammed Akrim, Amel Latifi, Paul Williams, André E Lazdunski, Marc Bally
article
Molecular Microbiology, 1997, 24, pp.1169-1178. ⟨10.1046/j.1365-2958.1997.4271794.x⟩
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https://amu.hal.science/hal-01560879/file/Chapon-Herv%C3%A9-1997.pdf BibTex
titre
Isolation and characterization of a marine bacterium capable of utilizing 2-methylphenanthrene
auteur
M Gilewicz, N Nihmatuzaron, T Nadalig, H Budzinski, Pierre Doumenq, Valerie Michotey, Jean Claude Bertrand
article
Applied Microbiology and Biotechnology, 1997, 48, pp.528-533
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BibTex
titre
Evidence for anaerobic bacterial processes in the water column: denitrification and dissimilatory nitrate ammonification in the northwestern Mediterranean Sea
auteur
Valerie Michotey, Patricia Bonin
article
Marine Ecology Progress Series, 1997, 160, pp.47-56
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https://hal.science/hal-00708672/file/m160p047.pdf BibTex
titre
Aerobic and anaerobic metabolism of 6,10,14-trimethylpentadecan-2-one by a denitrifying bacterium isolated from marine sediments
auteur
Jean-Francois Rontani, Mj Gilewicz, Valerie Michotey, Tl Zheng, Patricia Bonin, Jean Claude Bertrand
article
Applied and Environmental Microbiology, 1997, 63, pp.636-643
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1996

Journal articles

titre
Cruciform structures and functions.
auteur
Youri Timsit, Dino Moras
article
Quarterly Reviews of Biophysics, 1996, 29 (4), pp.279-307
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titre
Anoxygenic phototrophic bacteria in eutrophic coastal lagoons of the French Mediterranean and Atlantic coasts (Prévost Lagoon, Arcachon Bay, Certes fishponds)
auteur
Remy Guyoneaud, R. Matheron, R. Baulaigue, K. Podeur, Agnès Hirschler-Réa, Pierre Caumette
article
Hydrobiologia, 1996, 329 (1-3), pp.33-43. ⟨10.1007/BF00034545⟩
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titre
Characterisation of the mcpA and mcpB genes capable of encoding methyl-accepting type chemoreceptors in Rhodobacter capsulatus
auteur
Valerie Michotey, B Toussaint, P Richaud, Pm Vignais
article
Gene, 1996, 170, pp.73-76
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1995

Journal articles

titre
Multiple N-acyl-L-homoserine lactone signal molecules regulate production of virulence determinants and secondary metabolites in Pseudomonas aeruginosa
auteur
Michael W Winson, Miguel Camara, Amel Latifi, Maryline Foglino, Ram Siri Chhabrat, Mavis Daykin, Marc Bally, Virginie Chapon, George P. C. Salmond, Barrie W Bycroft, Andree Lazdunski, Paul Williams, Gordon S a B Stewart
article
Microbiology, 1995, 92 (20), pp.9427 - 9431
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https://amu.hal.science/hal-01560869/file/Winson-1995.pdf BibTex
titre
Temporal and spatial variations in crustal accretion along the Mid-Atlantic Ridge (29°-31°30′N) over the last 10 m.y.: Implications from a three-dimensional gravity study
auteur
Janet Pariso, Jean-Christophe Sempéré, Céline Rommevaux
article
Journal of Geophysical Research, 1995, 100 (B9), pp.17781 - 17794. ⟨10.1029/95jb01146⟩
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https://insu.hal.science/insu-01928122/file/95JB01146.pdf BibTex
titre
Self-fitting and Self-modifying Properties of theB-DNA Molecule
auteur
Y. Timsit, Dino Moras
article
Journal of Molecular Biology, 1995, 251 (5), pp.629-647. ⟨10.1006/jmbi.1995.0461⟩
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titre
Interfacial properties of the polyheme cytochrome c3 superfamily from Desulfovibrio.
auteur
L. Florens, M. Ivanova, A. Dolla, M. Czjzek, R. Haser, R. Verger, M. Bruschi
article
Biochemistry, 1995, 34, pp.11327-11334
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titre
NOVEL PROTEINS OF THE PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM ENCODED WITHIN THE RPON OPERON OF ESCHERICHIA-COLI - ENZYME IIA(NTR) AFFECTS GROWTH ON ORGANIC NITROGEN AND THE CONDITIONAL LETHALITY OF AN ERA(TS) MUTANT
auteur
Bs Powell, Dl Court, T Inada, Y Nakamura, Valerie Michotey, Xw Cui, A Reizer, Mh Saier, J Reizer
article
Journal of Biological Chemistry, 1995, 270, pp.4822-4839
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titre
THE GLOBAL REGULATORY PROTEIN FRUR MODULATES THE DIRECTION OF CARBON FLOW IN ESCHERICHIA-COLI
auteur
Tm Ramseier, S Bledig, Valerie Michotey, R Feghali, Mh Saier
article
Molecular Microbiology, 1995, 16, pp.1157-1169
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BibTex
titre
EFFECT OF THE FRUR REGULATOR ON TRANSCRIPTION OF THE PTS OPERON IN ESCHERICHIA-COLI
auteur
S Ryu, Tm Ramseier, Valerie Michotey, Mh Saier, S Garges
article
Journal of Biological Chemistry, 1995, 270, pp.2489-2496
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Book sections

titre
DNA self-fitting
auteur
Y. Timsit
article
Proceeding of the eleventh conversation, state university of New York, Albany, eds R. Sarma and M. Sarma, Adenine press., 1995
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1994

Journal articles

titre
PHI-AAU2, A TEMPERATE BACTERIOPHAGE SPECIFIC FOR ARTHROBACTER-AUREUS, WHOSE INTEGRATIVE FUNCTIONS WORK IN OTHER CORYNEBACTERIA
auteur
Lemarrec, C, Valerie Michotey, Blanco, C, Annie Trautwetter
article
MICROBIOLOGY-UK, 1994, 140 (11), pp.3071-3077
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titre
DNA self-fitting: the double helix directs the geometry of its supramolecular assembly.
auteur
Y. Timsit, D. Moras
article
EMBO Journal, 1994, 13 (12), pp.2737-46
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titre
NOVEL PHOSPHOTRANSFERASE SYSTEM GENES REVEALED BY BACTERIAL GENOME ANALYSIS - UNIQUE, PUTATIVE FRUCTOSE-SPECIFIC AND GLUCOSIDE-SPECIFIC SYSTEMS
auteur
Jonathan Reizer, Valerie Michotey, A Reizer, Mh Saier
article
Protein Science, 1994, 3 (3), pp.440-450
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titre
Ocean crust formation processes at very slow spreading centers: A model for the Mohns Ridge, near 72°N, based on magnetic, gravity, and seismic data
auteur
Louis Géli, Vincent Renard, Céline Rommevaux
article
Journal of Geophysical Research : Solid Earth, 1994, 99 (B2), pp.2995-3013. ⟨10.1029/93jb02966⟩
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https://insu.hal.science/insu-01928126/file/93JB02966%254010.1002%252F%2528ISSN%25292169-9356.OCRUST1.pdf BibTex

1992

Journal articles

titre
Marinobacter hydrocarbonoclasticus gen. nov., sp. nov., a new, extremely halotolerant, hydrocarbon-degrading marine bacterium.
auteur
Michel J. Gauthier, Bénédicte Lafay, Richard Christen, Luis Fernandez, M. Acquaviva, Patricia Bonin, Jean-Claude Bertrand
article
International Journal of Systematic Bacteriology, 1992, 42 (4), pp.568-76
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titre
Crystallization of DNA.
auteur
Y. Timsit, D. Moras
article
Methods in Enzymology, 1992, 211, pp.409-29
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titre
Site-directed mutagenesis of tetraheme cytochrome c3. Modification of oxidoreduction potentials after heme axial ligand replacement.
auteur
I. Mus-Veteau, A. Dolla, F. Guerlesquin, F. Payan, M. Czjzek, R. Haser, P. Bianco, J. Haladjian, Bj Rapp-Giles, Jd Wall
article
Journal of Biological Chemistry, 1992, 267, pp.16851-16858
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titre
Nucleotide sequence of dcrA, a Desulfovibrio vulgaris Hildenborough chemoreceptor gene, and its expression in Escherichia coli.
auteur
A. Dolla, R. Fu, J. Brumlik, G. Voordoum
article
Journal of Bacteriology, 1992, 174, pp.1726
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titre
Site directed mutagenesis of tetraheme cytochrome c3: modification of redox potentials after heme axial ligand replacement
auteur
I. Mus-Veteau, A. Dolla, Françoise Guerlesquin, F. Payan, M. Czjzek, R. Haser, P. Bianco, J. Haladjian, B. Rapp-Giles, B. Wall, G. Voordoum, Mireille Bruschi
article
Journal of Biological Chemistry, 1992, 267, pp.16851
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1991

Journal articles

titre
Base-pairing shift in the major groove of (CA)n tracts by B-DNA crystal structures
auteur
Y. Timsit, Eric Vilbois, Dino Moras
article
Nature, 1991, 354 (6349), pp.167-170. ⟨10.1038/354167a0⟩
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titre
Groove-backbone interaction in B-DNA. Implication for DNA condensation and recombination.
auteur
Y. Timsit, D. Moras
article
Journal of Molecular Biology, 1991, 221 (3), pp.919-40
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titre
Ferredoxin electron transfer site on cytochrome c3. Structural hypothesis of an intramolecular electron transfer pathway within a tetra-heme cytochrome.
auteur
A. Dolla, F. Guerlesquin, M. Bruschi, R. Haser
article
J Mol Recognit, 1991, 4, pp.27-33
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titre
Ferredoxin electron transfer site on cytochrome c3. Structural hypothesis of an intramolecular electron transfer pathway within a tetra-heme cytochrome
auteur
A. Dolla, Françoise Guerlesquin, Mireille Bruschi, R. Haser
article
Journal of Molecular Recognition, 1991, 4, pp.27
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titre
Identification of the site of interaction between cytochrome c3 and ferredoxin using peptide mapping of the cross-linked complex
auteur
A. Dolla, Gisèle Leroy, Françoise Guerlesquin, Mireille Bruschi
article
BBA - Biochimica et Biophysica Acta, 1991, 1058, pp.171
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1990

Book sections

titre
Interaction studies between redox proteins, cytochrome c3 , ferredoxin and hydrogenase from sulfate reducing bacteria.
auteur
A. Dolla, Françoise Guerlesquin, Mireille Bruschi, R. Haser
article
Springer US. Microbiology and Biochemistry of Strict Anaerobes Involved in Interspecies Hydrogen Transfer, 54 (1), Springer US, pp.249, 1990, F.E.M.S. Symposium Series, 978-1-4613-0613-9. ⟨10.1007/978-1-4613-0613-9⟩
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1989

Journal articles

titre
Unusual helical packing in crystals of DNA bearing a mutation hot spot
auteur
R Timsit, Eric Westhof, Robert P Fuchs, Dino Moras, Y. Timsit
article
Nature, 1989, 341 (6241), pp.459-462. ⟨10.1038/341459a0⟩
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titre
Cytochrome c3-ferredoxin I covalent complex: evidence for an intramolecular electron exchange in cytochrome c3.
auteur
A. Dolla, Françoise Guerlesquin, Mireille Bruschi, Bruno Guigliarelli, Marcel Asso, Patrick Bertrand, J.P. Gayda
article
BBA - Biochimica et Biophysica Acta, 1989, 975, pp.395
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1988

Journal articles

titre
Characterization of the cytochrome c3-ferredoxin electron transfer domain through cross-linking studies.
auteur
A. Dolla, Françoise Guerlesquin, Mireille Bruschi
article
Journal of Protein Chemistry, 1988, pp.217
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BibTex
titre
The cytochrome c3-ferredoxin electron transfer complex: cross-linking studies.
auteur
A. Dolla, Mireille Bruschi
article
BBA - Biochimica et Biophysica Acta, 1988, 932, pp.26
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1987

Journal articles

titre
Chemical modification of arginine 73 of cytochrome c3 from Desulfovibrio desulfuricans Norway.
auteur
A. Dolla, Françoise Guerlesquin, M. Noailly, Mireille Bruschi
article
Biochem. (Life Sci. Adv.),, 1987, 6, pp.253
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titre
Structural assignment of the heme potentials of cytochrome c3 using a specifically modified arginine.
auteur
A. Dolla, Christian Cambillau, Pierre Bianco, Jean Haladjian, Mireille Bruschi
article
Biochemical and Biophysical Research Communications, 1987, 147, pp.818
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