Publications HAL de la structure 191652

2024

Journal articles

titre
Predominant heterotrophic diazotrophic bacteria are involved in Sargassum proliferation in the great Atlantic Sargassum Belt
auteur
M Léger-Pigout, E Navarro, F Menard, S Ruitton, F Le Loc’h, S Guasco, J-M Munaron, D Thibault, T Changeux, S Connan, V Stiger-Pouvreau, T Thibaut, V Michotey
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2024, ⟨10.1093/ismejo/wrad026⟩
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https://amu.hal.science/hal-04421726/file/wrad026.pdf BibTex
titre
Linking Zetaproteobacterial diversity and substratum type in iron-rich microbial mats from the Lucky Strike hydrothermal field (EMSO-Azores observatory)
auteur
Aina Astorch-Cardona, Giliane P Odin, Valérie Chavagnac, Alain Dolla, Hélène Gaussier, Céline Rommevaux
article
Applied and Environmental Microbiology, 2024, ⟨10.1128/aem.02041-23⟩
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https://hal.science/hal-04383660/file/astorch-cardona-et-al-2024-linking-zetaproteobacterial-diversity-and-substratum-type-in-iron-rich-microbial-mats-from.pdf BibTex
titre
Algal‐ and soil‐derived dissolved organic matter shapes bacteria‐phytoplankton interactions in a high‐altitude lake
auteur
Flavia Dory, Laurent Cavalli, Evelyne Franquet, France van Wambeke, Benjamin Misson, Stéphane Mounier, Christian Martino, Benjamin Oursel, Thierry Tatoni, Céline Bertrand
article
Freshwater Biology, In press, ⟨10.1111/fwb.14225⟩
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https://hal.science/hal-04453583/file/Freshwater%20Biology%20-%202024%20-%20Dory%20-%20Algal%E2%80%90%20and%20soil%E2%80%90derived%20dissolved%20organic%20matter%20shapes%20bacteria%E2%80%90phytoplankton.pdf BibTex
titre
What happens to biomass burning-emitted particles in the ocean? A laboratory experimental approach based on their tracers
auteur
Juan Miguel González-Sánchez, Christos Panagiotopoulos, Candice Antich, Laure Papillon, Nicole Garcia, France van Wambeke, Benjamin Misson
article
Science of the Total Environment, 2024, 907, pp.167770. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.167770⟩
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https://hal.science/hal-04268856/file/Gonzalez%20et%20al.%202024.pdf BibTex
titre
A novel method to sample individual marine snow particles for downstream molecular analyses
auteur
Chloé M.J. Baumas, Fatima‐ezzahra Ababou, Marc Garel, Mina Bizic, Danny Ionescu, Arthur Puzenat, Frederic A.C. Le Moigne, Hans-Peter Grossart, Christian Tamburini
article
Limnology and Oceanography: Methods, 2024, 22, pp.34-46. ⟨10.1002/lom3.10590⟩
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https://hal.science/hal-04285160/file/Limnology%20Ocean%20Methods%20-%202023%20-%20Baumas%20-%20A%20novel%20method%20to%20sample%20individual%20marine%20snow%20particles%20for%20downstream.pdf BibTex

2023

Journal articles

titre
Assessing the diversity of plankton-associated prokaryotes along a size-fraction gradient: A methodological evaluation
auteur
Léa Cabrol, Mélanie Delleuze, Arthur Szylit, Guillaume Schwob, Marianne Quemeneur, Benjamin Misson
article
Marine Pollution Bulletin, 2023, 197, pp.115688. ⟨10.1016/j.marpolbul.2023.115688⟩
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https://hal.science/hal-04383437/file/Cabrol%202023_plankton%20microbiome_methodo_without%20marks.pdf BibTex
titre
Multi-objective Optimization of Thermophilic Biohydrogen Production
auteur
Khadija Blaiech,, Juan Acosta-Pavas, Davidsond, Sylvain, Lamia Ben Gaïda, Gannoun, Hanna, Pierre-Pol Liebgott, César Arturo Aceves-Lara
article
Chemical Engineering Transactions, 2023, 105, pp.31-36
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BibTex
titre
Assessing the bioavailability of black carbon-derived dissolved organic matter for marine heterotrophic prokaryotes
auteur
Pauline Martinot, Catherine Guigue, Sandrine Chifflet, Philippe Cuny, Aude Barani, Morgane Didry, Clara Dignan, Léa Guyomarc'h, Nathalie Pradel, Olivier Pringault, France van Wambeke, Cam Tu Vu, Xavier Mari, Marc Tedetti
article
Science of the Total Environment, 2023, 901, pp.165802. ⟨10.1016/j.scitotenv.2023.165802⟩
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https://hal.science/hal-04248922/file/HAL_Martinot_2023_STOTEN.pdf BibTex
titre
An Effect-Based Method to Evaluate Spatio-Temporal Variations of Coastal Marine DOM Properties
auteur
Clara Dignan, Véronique Lenoble, Olivier Pringault, Benjamin Misson
article
Journal of Marine Science and Engineering, 2023, 11 (10), pp.1841. ⟨10.3390/jmse11101841⟩
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https://hal.science/hal-04254404/file/39.An%20effect-based%20method%20to%20evaluate%20Spatio-temporal%20variations%20of%20coastal%20marine%20DOM%20properties_Dignan%20et%20al.%202023.pdf BibTex
titre
Biological mechanisms underlying priming of vascular plant material in the presence of diatoms
auteur
Patricia Bonin, Aurélie Portas, Julie Hardy, Sophie Guasco, Ts Bianchi, Nd Ward, Jf Rontani
article
Aquatic Microbial Ecology, 2023, 89, pp.99-117. ⟨10.3354/ame01999⟩
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https://hal.science/hal-04286759/file/download-mm_ame-373-Bonin.pdf BibTex
titre
Metabolic challenges and key players in serpentinite-hosted microbial ecosystems
auteur
Rabja Maria Popall, Anne Postec, Aurélien Lecoeuvre, Marianne Quéméneur, Gaël Erauso
article
Frontiers in Microbiology, 2023, 14, ⟨10.3389/fmicb.2023.1197823⟩
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https://amu.hal.science/hal-04172274/file/fmicb-14-1197823.pdf BibTex
titre
Microbial taxa related to natural hydrogen and methane emissions in serpentinite-hosted hyperalkaline springs of New Caledonia
auteur
Marianne Quéméneur, Nan Mei, Christophe Monnin, Anne Postec, Sophie Guasco, Julie Jeanpert, Pierre Maurizot, Bernard Pelletier, Gaël Erauso
article
Frontiers in Microbiology, 2023, 14, ⟨10.3389/fmicb.2023.1196516⟩
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https://amu.hal.science/hal-04153312/file/Qu%C3%A9m%C3%A9neur_2023_Frontiers.pdf BibTex
titre
Cellular Damage of Bacteria Attached to Senescent Phytoplankton Cells as a Result of the Transfer of Photochemically Produced Singlet Oxygen: A Review
auteur
Jean-François Rontani, Patricia Bonin
article
Microorganisms, 2023, 11 (6), pp.1565. ⟨10.3390/microorganisms11061565⟩
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https://hal.science/hal-04286728/file/microorganisms-11-01565%20%281%29.pdf BibTex
titre
Prokaryotic Responses to Estuarine Coalescence Contribute to Planktonic Community Assembly in a Mediterranean Nutrient-Rich Estuary
auteur
Elisabeth Navarro, Chiara Santinelli, Simona Retelletti Brogi, Gaël Durrieu, Olivier Radakovitch, Cédric Garnier, Benjamin Misson
article
Journal of Marine Science and Engineering, 2023, 11 (5), pp.933. ⟨10.3390/jmse11050933⟩
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https://hal.science/hal-04254398/file/38.%20Prokaryotic%20Responses%20to%20Estuarine%20Coalescence%20Contribute%20to%20Planktonic%20Community%20Assembly_Navarro%20et%20al.%202023.pdf BibTex
titre
Contamination of planktonic food webs in the Mediterranean Sea: Setting the frame for the MERITE-HIPPOCAMPE oceanographic cruise (spring 2019)
auteur
Marc Tedetti, Jacek Tronczynski, François Carlotti, Marc Pagano, Sana Ben Ismail, Cherif Sammari, Malika Bel Hassen, Karine Desboeufs, Charlotte Poindron, Amel Bellaaj Zouari, Moufida Abdennadher, Sirine Amri, Daniela Bănaru, Lotfi Ben Abdallah, Nagib Bhairy, Ismail Boudriga, Aude Bourin, Christophe Brach-Papa, Nicolas Briant, Léa Cabrol, Cristele Chevalier, Sandrine Chifflet, Lassaad Chouba, Sylvain Coudray, Mohamed Nejib Daly Yahia, Thibault de Garidel-Thoron, Aurélie Dufour, Jean-Claude Dutay, Boris Espinasse, Pamela Fierro-González, Michel Fornier, Nicole Garcia, Stéphanie Jacquet, Catherine Guigue, Franck Giner, Loic Guilloux, Asma Hamza, Lars-Eric Heimbürger-Boavida, Joel Knoery, Rim Lajnef, Nouha Makhlouf Belkahia, Deny Malengros, Pauline Martinot, Anthony Bosse, Jean-Charles Mazur, Marouan Meddeb, Benjamin Misson, Olivier Pringault, Marianne Quemeneur, Olivier Radakovitch, Patrick Raimbault, Christophe Ravel, Javier Angel Tesán-Onrubia, Vincent Rossi, Bastien Thomas, Chaimaa Rwawi, Asma Sakka Hlaili, Melilotus Thyssen, Noureddine Zaaboub
article
Marine Pollution Bulletin, 2023, 189, pp.114765. ⟨10.1016/j.marpolbul.2023.114765⟩
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https://hal.science/hal-04033259/file/Tedetti%20et%20al_2023.pdf BibTex
titre
Bacterial diversity of an acid mine drainage beside the Xichú River (Mexico) accessed by culture-dependent and culture-independent approaches
auteur
Elcia Margareth Souza Brito, Remy Guyoneaud, César Augusto Caretta, Manon Joseph, Marisol Goñi-Urriza, Bernard Ollivier, Agnès Hirschler-Réa
article
Extremophiles, 2023, 27 (1), pp.5. ⟨10.1007/s00792-023-01291-6⟩
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BibTex
titre
Adaptation Strategies to High Hydrostatic Pressures in Pseudothermotoga species Revealed by Transcriptional Analyses
auteur
Romain Fenouil, Nathalie Pradel, Hassiba Belahbib, Marie Roumagnac, Manon Bartoli, Wajdi Ben Hania, Yann Denis, Marc Garel, C. Tamburini, Bernard Ollivier, Zarath Summers, Fabrice Armougom, Alain Dolla
article
Microorganisms, 2023, 11 (3), pp.773. ⟨10.3390/microorganisms11030773⟩
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https://hal.science/hal-04037893/file/microorganisms-11-00773.pdf BibTex
titre
Aminithiophilus ramosus gen. nov., sp. nov., a sulphur-reducing bacterium isolated from a pyrite-forming enrichment culture, and taxonomic revision of the family Synergistaceae
auteur
Nathalie Pradel, Marie-Laure Fardeau, Boyke Bunk, Cathrin Spröer, Christian Boedeker, Jacqueline Wolf, Meina Neumann-Schaal, Michael Pester, Stefan Spring
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2023, 73 (2), ⟨10.1099/ijsem.0.005691⟩
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https://amu.hal.science/hal-04455059/file/IJSEM_Manuscript_11042022.pdf BibTex
titre
Prokaryotic Diversity and Dynamics during Dinoflagellate Bloom Decays in Coastal Tunisian Waters
auteur
Rim Lajnef, Marianne Quéméneur, Moufida Abdennadher, Lamia Dammak Walha, Asma Hamza, Malika Belhassen, Amel Bellaaj Zouari
article
Diversity, 2023, 15 (2), pp.273. ⟨10.3390/d15020273⟩
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https://amu.hal.science/hal-04114131/file/diversity-15-00273.pdf BibTex
titre
Thermospira aquatica gen. nov., sp. nov., a novel thermophilic spirochete isolated from a Tunisian hot spring, and description of the novel family Thermospiraceae
auteur
Zouhaier Ben Ali Gam, Abdoulaye Thioye, Jean-Luc Cayol, Anne Postec, Manon Bartoli-Joseph, Céline Vandecasteele, Gaël Erauso, Marc Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2023, 73 (1), ⟨10.1099/ijsem.0.005690⟩
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https://hal.science/hal-04417428/file/22-FINAL-OK%20IJSEM%20F1F22-text%20%26Tables%26Fig.Legends-1.pdf BibTex
titre
Planktonic shift with dissolved organic matter properties: a functional perspective for sentinel lakes
auteur
Flavia Dory, Laurent Cavalli, Evelyne Franquet, Stéphane Mounier, Patrick Höhener, Benjamin Misson, Mathieu Martin, Quentin Arnault, Thierry Tatoni, Céline Bertrand
article
Journal of Ecology, 2023, 111 (1), pp.45-61. ⟨10.1111/1365-2745.14013⟩
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https://hal.science/hal-03816119/file/MAIN%20DOCUMENT_DORY2022.pdf BibTex
titre
Karenia selliformis bloom dynamics and growth rate estimation in the Sfax harbour (Tunisia), by using automated flow cytometry equipped with image in flow, during autumn 2019
auteur
Ismail Boudriga, Moufida Abdennadher, Yosra Khammeri, Mabrouka Mahfoudi, Marianne Quéméneur, Asma Hamza, Nader Bel Haj Hmida, Amel Bellaaj Zouari, Malika Bel Hassen
article
Harmful Algae, 2023, 121, pp.102366. ⟨10.1016/j.hal.2022.102366⟩
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BibTex
titre
Phage-Host Prediction Using a Computational Tool Coupled with 16S rRNA Gene Amplicon Sequencing
auteur
Harilanto Felana Andrianjakarivony, Yvan Bettarel, Fabrice Armougom, Christelle Desnues
article
Viruses, 2023, 15 (1), pp.76. ⟨10.3390/v15010076⟩
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https://hal.umontpellier.fr/hal-04032690/file/viruses-15-00076-v2.pdf BibTex
titre
Marinitoga aeolica sp. nov., a novel thermophilic anaerobic heterotroph isolated from a shallow hydrothermal field of Panarea Island in the Aeolian archipelago, Italy
auteur
Anne Postec, Grégoire Galès, Anne-Hélène Prime, Manon Bartoli, Roy E Price, Céline Vandecasteele, Gaël Erauso
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2023, 73 (11), pp.006186. ⟨10.1099/ijsem.0.006186⟩
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https://hal.science/hal-04338849/file/Postec-et-al-IJSEM_BP5C20A_hal.pdf BibTex
titre
Reconstructing the ocean's mesopelagic zone carbon budget: sensitivity and estimation of parameters associated with prokaryotic remineralization
auteur
Chloé Baumas, Robin Fuchs, Marc Garel, Jean-Christophe Poggiale, Laurent Memery, Frédéric A. C. Le Moigne, Christian Tamburini
article
Biogeosciences, 2023, 20 (19), pp.4165-4182. ⟨10.5194/BG-20-4165-2023⟩
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https://hal.science/hal-04245254/file/bg-20-4165-2023.pdf BibTex
titre
Singlet oxygen‐induced alteration of bacteria associated with phytodetritus: Effect of irradiance
auteur
Christopher Burot, Patricia Bonin, Gwénola Simon, Laurie Casalot, Jean‐françois Rontani
article
Journal of Phycology, 2023, 59 (5), pp.980-988. ⟨10.1111/jpy.13376⟩
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https://hal.science/hal-04286500/file/JPY-22-138-ART.R2_Proof_hi.pdf BibTex

Reports

titre
Prospective océan-atmosphère 2023-2028
auteur
Jean-Francois Doussin, Thibault de Garidel-Thoron, P. Lherminier, S. Bony, Sébastien Payan, Cyrille Flamant, Xavier Capet, P. Chazette, C. Delon, Fleur Couvreux, G. Durand, E. Freney, Kathy S. Law, R. Morrow, E. Sanchez-Gomez, J. Riédi, N. Savoye Riédi, F. d'Ortenzio, F. Lohou, Paola Formenti, G. Forêt, G. Uzu, J. F. Léon, Samuel Morin, Philippe Bousquet, M. Cirtog, Virginie Marécal, J. Savarino, Gaelle Dufour, Thibaut Wagener, Stephane Sauvage, Eric Villenave, Joël E Savarino, Christian Tamburini, Fabrizio d'Ortenzio, Urania Christaki
article
Institut National des Sciences de l'Univers. 2023
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https://hal.science/hal-04334125/file/Prospective%2520Oc%25C3%25A9an-Atmosph%25C3%25A8re_light.pdf BibTex
titre
Des microalgues produisent des eaux colorées dangereuses pour la santé
auteur
Isabelle C. Biegala, Louise Rigaud, Manoella Sibat, Thierry Jauffrais, Jean Lorquin, Nina Brunet, Vincent Dumontet, Muriel Hagen, Tepoerau Mai, Rachelle Lanceleur
article
CRESICA. 2023
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BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
kmindex and ORA: indexing and real-time user-friendly queries in terabyte-sized complex genomic datasets
auteur
Téo Lemane, Nolan Lezzoche, Julien Lecubin, Eric Pelletier, Magali Lescot, Rayan Chikhi, Pierre Peterlongo
article
2023
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BibTex
titre
Equatorial to Polar genomic variability of the microalgae Bathycoccus prasinos
auteur
Jade Leconte, Youri Timsit, Tom O Delmont, Magali Lescot, Gwenael Piganeau, Patrick Wincker, Olivier Jaillon
article
2023
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BibTex
titre
Singlet oxygen-induced alteration of bacteria associated with phytodetritus: effect of bacterial pigments
auteur
Gwénola Simon, Laurie Casalot, Corinne Valette, Christopher Burot, Jean-François Rontani, Patricia Bonin
article
2023
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https://hal.science/hal-04286634/file/v1_covered_160c3a0a-981c-4d2a-9aa9-eed070497a3e.pdf BibTex
titre
“Quasigenus” amongPhycodnaviridae: A diversity of chlorophyte-infecting viruses in response to a dense algal culture in a high-rate algal pond
auteur
Emily E Chase, Thomas M Pitot, Sonia Monteil-Bouchard, Christelle Desnues, Guillaume Blanc
article
2023
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https://hal.science/hal-04281548/file/2022.12.26.521929v1.full.pdf BibTex

2022

Journal articles

titre
Isotopic compositions of copper and zinc in plankton from the Mediterranean Sea (MERITE-HIPPOCAMPE campaign): Tracing trophic transfer and geogenic inputs
auteur
Sandrine Chifflet, Nicolas Briant, Rémi Freydier, Daniel Araùjo, Marianne Quéméneur, Hana Zouch, Amel Bellaaj-Zouari, François Carlotti, Marc Tedetti
article
Marine Pollution Bulletin, 2022, 185 (Part A), pp.114315. ⟨10.1016/j.marpolbul.2022.114315⟩
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https://hal.science/hal-03865956/file/Chifflet%20et%20al_Cu-Zn_manuscript%20accepted.pdf BibTex
titre
Effective degradation of organophosphate ester flame retardants and plasticizers in coastal sediments under high urban pressure
auteur
Javier Castro-Jimenez, Philippe Cuny, Cécile Militon, Lea Sylvi, F Royer, L Papillon, Richard Sempere
article
Scientific Reports, 2022, ⟨10.1038/s41598-022-24685-6⟩
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https://amu.hal.science/hal-03869637/file/Castro-et-al-2022%20Sci-reports.pdf BibTex
titre
Screening for Hyperthermophilic Electrotrophs for the Microbial Electrosynthesis of Organic Compounds
auteur
Rabja Maria Popall, Alenica Heussner, Sven Kerzenmacher, Pierre-Pol Liebgott, Guillaume Pillot
article
Microorganisms, 2022, 10 (11), pp.2249. ⟨10.3390/microorganisms10112249⟩
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https://amu.hal.science/hal-03993315/file/AI_2022_Tsirintanis_etal.pdf BibTex
titre
A RUpture‐Based detection method for the Active mesopeLagIc Zone (RUBALIZ): A crucial step toward rigorous carbon budget assessments
auteur
Robin Fuchs, Chloé M J Baumas, Marc Garel, David Nerini, Frédéric a C Le Moigne, Christian Tamburini
article
Limnology and Oceanography: Methods, 2022, ⟨10.1002/lom3.10520⟩
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https://hal.science/hal-03833918/file/Fuchs%20et%20al_A%20RUpture-Based%20detection%20method%20for%20the%20Active%20mesopeLagIc%20Zone%20%28RUBALIZ%29.pdf BibTex
titre
Methanobacterium alkalithermotolerans sp. nov., a novel alkaliphilic and hydrogen-utilizing methanogen isolated from an alkaline geothermal spring (La Crouen, New Caledonia)
auteur
Nan Mei, Anne Postec, Manon Bartoli, Céline Vandecasteele, Laura Wils, Lisa Gil, Christophe Monnin, Bernard Pelletier, Gael Erauso, Marianne Quéméneur
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2022, 72 (10), ⟨10.1099/ijsem.0.005554⟩
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https://amu.hal.science/hal-04114150/file/Article_CAN_revised_5_unmarked_2.pdf BibTex
titre
Comparative Metagenomics Highlight a Widespread Pathway Involved in Catabolism of Phosphonates in Marine and Terrestrial Serpentinizing Ecosystems
auteur
Eléonore Frouin, Aurélien Lecoeuvre, Fabrice Armougom, Matthew Schrenk, Gaël Erauso
article
mSystems, 2022, 7 (4), ⟨10.1128/msystems.00328-22⟩
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https://amu.hal.science/hal-03993290/file/msystems.00328-22.pdf BibTex
titre
Genomic evidence for global ocean plankton biogeography shaped by large-scale current systems
auteur
Daniel Richter, Romain Watteaux, Thomas Vannier, Jade Leconte, Paul Frémont, Gabriel Reygondeau, Nicolas Maillet, Nicolas Henry, Gaëtan Benoit, Antonio Fernandez-Guerra, Samir Suweis, Romain Narci, Cédric Berney, Damien Eveillard, Frédérick Gavory, Lionel Guidi, Karine Labadie, Eric Mahieu, Julie Poulain, Sarah Romac, Simon Roux, Céline Dimier, Stefanie Kandels, Marc Picheral, Sarah Searson, Stéphane Pesant, Jean-Marc Aury, Jennifer Brum, Claire Lemaitre, Eric Pelletier, Peer Bork, Shinichi Sunagawa, Lee Karp-Boss, Chris Bowler, Matthew Sullivan, Eric Karsenti, Mahendra Mariadassou, Ian Probert, Pierre Peterlongo, Patrick Wincker, Colomban de Vargas, Maurizio Ribera d'Alcalà, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Tom O. Delmont
article
eLife, 2022, 11, pp.e78129. ⟨10.7554/eLife.78129⟩
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https://inria.hal.science/hal-02399723/file/867739.full.pdf BibTex
titre
Temporal trends of two iconic Mediterranean gorgonians (Paramuricea clavata and Eunicella cavolini) in the climate change context
auteur
L. Iborra, M. Leduc, L. Fullgrabe, P. Cuny, S. Gobert
article
Journal of Sea Research (JSR), 2022, 186, pp.102241. ⟨10.1016/j.seares.2022.102241⟩
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https://hal.science/hal-03706571/file/1-s2.0-S138511012200079X-main.pdf BibTex
titre
Complete Genome Sequence of Tepidibacter sp. Strain 8C15b, Isolated from Bank Sediments of Haiphong Bay, Vietnam
auteur
Stéphanie Fouteau, Vuong Bui Van, Zoé Rouy, Mélanie Beraud, Corinne Cruaud, Jean-Luc Cayol, Sandrine Chifflet, Thuoc Chu Van, Thu Pham The, David Vallenet, Pedro Oliveira, Xavier Mari, Nathalie Pradel
article
Microbiology Resource Announcements, 2022, 11 (7), ⟨10.1128/mra.00132-22⟩
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https://hal.science/hal-03778996/file/mra.00132-22.pdf BibTex
titre
Integrated viral elements suggest the dual lifestyle of Tetraselmis spp. Polinton-like viruses
auteur
Emily Chase, Christelle Desnues, Guillaume Blanc
article
Virus Evolution, 2022, 8 (2), ⟨10.1093/ve/veac068⟩
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https://hal.science/hal-03799220/file/veac068%20%281%29.pdf BibTex
titre
Cd transfers during marine sediment resuspension over short and long-term period: Associated risk for coastal water quality
auteur
Nicolas Layglon, Véronique Lenoble, Longo Louis, Sébastien d'Onofrio, Stéphane Mounier, Jean-Ulrich Mullot, Davide Sartori, Dario Omanović, Cédric Garnier, Benjamin Misson
article
Marine Pollution Bulletin, 2022, 180, pp.113771. ⟨10.1016/j.marpolbul.2022.113771⟩
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https://hal.science/hal-03678347/file/HAL_Version_MPB-Revised%20Draft_Layglon%20et%20al..pdf BibTex
titre
The Ocean Gene Atlas v2.0: online exploration of the biogeography and phylogeny of plankton genes
auteur
Caroline Vernette, Julien Lecubin, Pablo Sánchez, (team) Tara Oceans Coordinators, Shinichi Sunagawa, Tom O. Delmont, Silvia G Acinas, Eric Pelletier, Pascal Hingamp, Magali Lescot
article
Nucleic Acids Research, 2022, 11, ⟨10.1093/nar/gkac420⟩
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https://hal.science/hal-03696136/file/gkac420.pdf BibTex
titre
Seasonal composition and activity of the intertidal macrobenthic community of Caleta Valdés (Patagonia, Argentina) applying in situ and ex situ experimental protocols
auteur
Agustina Ferrando, Julieta Sturla Lompré, Emilia Gonzalez, Marcos Franco, Marta Commendatore, Marina Nievas, Cécile Militon, Georges Stora, José Luis Esteves, Philippe Cuny, Franck Gilbert
article
Regional Studies in Marine Science, 2022, 53, pp.102444. ⟨10.1016/j.rsma.2022.102444⟩
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https://hal.science/hal-03700824/file/MS_Ferrando_etal_2203.pdf BibTex
titre
Living on an ever-changing coast: French Guiana populations facing coastal mobility
auteur
Marianne Palisse, Gérard Collomb, Dennis Lamaison, Valérie Morel, Philippe Cuny, Morgane Jolivet, Jean-Jacques Marquisar, Bettie Laplanche, Antoine Gardel
article
GeoJournal, 2022, ⟨10.1007/s10708-022-10694-5⟩
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https://cnrs.hal.science/hal-03861784/file/Palisse-et-al-Living-on-a-mobile-coastline_Geojournal_manuscrit-auteur.pdf BibTex
titre
Dry-Wet Cycles Affect Nitrous Oxide Emissions Across Aquatic-Terrestrial Interfaces: A Mesocosms Study
auteur
Renata Pinto, Gabriele Weigelhofer, Matthias Pucher, Rebecca Clare Hood-Nowotny, Patricia Bonin, António Guerreiro Brito, Thomas Hein
article
Frontiers in Soil Science, 2022, 2, ⟨10.3389/fsoil.2022.849210⟩
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https://amu.hal.science/hal-03844523/file/pinto.pdf BibTex
titre
Genome sequence and Carbohydrate Active Enzymes (CAZymes) repertoire of the thermophilic Caldicoprobacter algeriensis TH7C1T
auteur
Rihab Ameri, José Luis García, Amel Bouanane Derenfed, Nathalie Pradel, Sawssan Neifar, Sonia Mhiri, Monia Mezghanni, Nadia Zaraî Jaouadi, Jorge Barriuso, Samir Bejar
article
Microbial Cell Factories, 2022, 21 (1), pp.91. ⟨10.1186/s12934-022-01818-0⟩
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https://hal.science/hal-03675034/file/s12934-022-01818-0.pdf BibTex
titre
Diversity of Giant Viruses Infecting Vermamoeba vermiformis
auteur
Khalil Geballa-Koukoulas, Bernard La Scola, Guillaume Blanc, Julien Andreani
article
Frontiers in Microbiology, 2022, 13, ⟨10.3389/fmicb.2022.808499⟩
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https://hal.science/hal-03665826/file/fmicb-13-808499.pdf BibTex
titre
Mangrove microbiota along the urban-to-rural gradient of the Cayenne estuary (French Guiana, South America): Drivers and potential bioindicators
auteur
Maud Fiard, Philippe Cuny, Léa Sylvi, Cédric Hubas, Ronan Jézéquel, Dominique Lamy, Romain Walcker, Amonda El Houssainy, Lars-Eric Heimbürger-Boavida, Tony Robinet, Isabelle Bihannic, Franck Gilbert, Emma Michaud, Guillaume Dirberg, Cécile Militon
article
Science of the Total Environment, 2022, 807, pp.150667. ⟨10.1016/j.scitotenv.2021.150667⟩
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https://hal.science/hal-03576061/file/Fiard_etal_HAL.pdf BibTex
titre
Surface Characteristics Together With Environmental Conditions Shape Marine Biofilm Dynamics in Coastal NW Mediterranean Locations
auteur
Jean-François Briand, Thomas Pollet, Benjamin Misson, Cédric Garnier, Marlene Lejars, Marine Maintenay, Raphaëlle Barry-Martinet, Aurélie Portas, Jean-François Ghiglione, Christine Bressy
article
Frontiers in Marine Science, 2022, 8, ⟨10.3389/fmars.2021.746383⟩
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https://hal.science/hal-03608643/file/33.%20surface%20characteristics%20and%20environmental%20conditions%20shape%20marine%20biofilms%20dynamics_briand%20et%20al.%202022.pdf BibTex
titre
The role of coupled DNRA-Anammox during nitrate removal in a highly saline lake
auteur
N. Valiente, F. Jirsa, T. Hein, W. Wanek, J. Prommer, P. Bonin, J.J. Gómez-Alday
article
Science of the Total Environment, 2022, 806, pp.150726. ⟨10.1016/j.scitotenv.2021.150726⟩
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https://hal.science/hal-03427431/file/1-s2.0-S0048969721058046-main.pdf BibTex
titre
Biodiversity, climate change, and adaptation in the Mediterranean
auteur
D. Aurelle, Séverine Thomas, Cécile H. Albert, Marc Bally, Alberte Bondeau, Charles-François Boudouresque, Abigail E. Cahill, François Carlotti, Anne Chenuil, Wolfgang Cramer, Hendrik Davi, Aurélien De Jode, Alexander Ereskovsky, Anne Marie Farnet da Silva, Catherine Fernandez, Thierry Gauquelin, Pascal Mirleau, Anne-Christine Monnet, Bernard Prévosto, Vincent Rossi, Stéphane Sartoretto, France van Wambeke, Bruno Fady
article
Ecosphere, 2022, 13 (4), pp.2-23. ⟨10.1002/ecs2.3915⟩
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https://amu.hal.science/hal-03670020/file/Ecosphere%20-%202022%20-%20Aurelle%20-%20Biodiversity%20climate%20change%20and%20adaptation%20in%20the%20Mediterranean.pdf BibTex
titre
Summer dynamics drive the microbial response to carbon and nutrient additions in a high‐altitude lake
auteur
Flavia Dory, Laurent Cavalli, Evelyne Franquet, Magalie Claeys-Bruno, Benjamin Misson, Thierry Tatoni, Céline Bertrand
article
Limnology and Oceanography, 2022, 67 (5), pp.1142-1156. ⟨10.1002/lno.12062⟩
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https://hal.science/hal-03818173/file/DORY_Summer%20dynamics_FINAL.pdf BibTex

Conference papers

titre
Holobiont diversity in heterogeneous and anthropized marine environments
auteur
D. Aurelle, Christelle Desnues, Stephane Sartoretto, Emma Rozis, Sonia Bouchard, Dorian Guillemain, Laurine Moirand, Sandrine Chenesseau, Pierre Pontarotti, Alessandra Accornero, Jean-Christophe Poggiale, Lamya Chaoui, M. Hichem Kara, Nur Eda Topçu, Sarah Samadi, Marc Bally
article
Ecology and Evolution: New perspectives and societal challenges, SFE² GfÖ EEF Joint meeting, International Conference on Ecological Sciences, Nov 2022, Metz, France
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BibTex

2021

Journal articles

titre
Use of Stress Signals of Their Attached Bacteria to Monitor Sympagic Algae Preservation in Canadian Arctic Sediments
auteur
Rémi Amiraux, Patricia Bonin, Burot Christopher, Jean-Francois Rontani
article
Microorganisms, 2021, 9 (12), pp.2626. ⟨10.3390/microorganisms9122626⟩
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https://hal.science/hal-03525505/file/manuscript.v8.pdf BibTex
titre
Macroscale patterns of oceanic zooplankton composition and size structure
auteur
Manoela Brandão, Fabio Benedetti, Séverine Martini, Yawouvi Dodji Soviadan, Jean-Olivier Irisson, Jean-Baptiste Romagnan, Amanda Elineau, Corinne Desnos, Laëtitia Jalabert, Andrea Freire, Marc Picheral, Nicolas Henry, Silvia Acinas, Marcel Babin, Peer Bork, Emmanuel Boss, Chris Bowler, Guy Cochrane, Colomban de Vargas, Gabriel Gorsky, Lionel Guidi, Nigel Grimsley, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Stefanie Kandels, Lee Karp-Boss, Eric Karsenti, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Nicole Poulton, Stephane Pesant, Jeroen Raes, Christian Sardet, Sabrina Speich, Matthew Sullivan, Shinichi Sunagawa, Patrick Wincker, Lars Stemmann, Fabien Lombard
article
Scientific Reports, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-94615-5⟩
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https://hal.science/hal-03318806/file/s41598-021-94615-5.pdf BibTex
titre
Hydrothermal plumes as hotspots for deep-ocean heterotrophic microbial biomass production
auteur
Cécile Cathalot, Erwan Roussel, Antoine Perhirin, Vanessa Creff, Jean-Pierre Donval, Vivien Guyader, Guillaume Roullet, Jonathan Gula, Christian Tamburini, Marc Garel, Anne Godfroy, Pierre-Marie Sarradin
article
Nature Communications, 2021, 12 (1), ⟨10.1038/s41467-021-26877-6⟩
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https://amu.hal.science/hal-03456814/file/s41467-021-26877-6.pdf BibTex
titre
Evolution of Thermophilic Microbial Communities from a Deep-Sea Hydrothermal Chimney under Electrolithoautotrophic Conditions with Nitrate
auteur
Guillaume Pillot, Oulfat Amin Ali, Sylvain Davidson, Laetitia Shintu, Yannick Combet-Blanc, Anne Godfroy, Patricia Bonin, Pierre-Pol Liebgott
article
Microorganisms, 2021, 9 (12), pp.2475. ⟨10.3390/microorganisms9122475⟩
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https://hal.science/hal-03563636/file/89976.pdf BibTex
titre
Integration of spatio-temporal variations of surface metabolomes and epibacterial communities highlights the importance of copper stress as a major factor shaping host-microbiota interactions within a Mediterranean seaweed holobiont
auteur
Benoît Paix, Nicolas Layglon, Christophe Le Poupon, Sébastien D’onofrio, Benjamin Misson, Cédric Garnier, Gérald Culioli, Jean-François Briand
article
Microbiome, 2021, 9 (1), ⟨10.1186/s40168-021-01124-8⟩
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https://univ-tln.hal.science/hal-03426129/file/32.%20copper%20stress%20as%20a%20major%20factor%20shaping%20host-microbiota%20interactions%20within%20a%20Mediterranean%20seaweed%20holobiont_Paix%20et%20al.%202021.pdf BibTex
titre
Identification of enriched hyperthermophilic microbial communities from a deep-sea hydrothermal vent chimney under electrolithoautotrophic culture conditions
auteur
Guillaume Pillot, Oulfat Amin Ali, Sylvain Davidson, Laetitia Shintu, Anne Godfroy, Yannick Combet-Blanc, Patricia Bonin, Pierre-Pol Liebgott
article
Scientific Reports, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-021-94135-2⟩
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https://hal.science/hal-03427430/file/s41598-021-94135-2.pdf BibTex
titre
Deep ocean metagenomes provide insight into the metabolic architecture of bathypelagic microbial communities
auteur
Silvia Acinas, Pablo Sánchez, Guillem Salazar, Francisco Cornejo-Castillo, Marta Sebastián, Ramiro Logares, Marta Royo-Llonch, Lucas Paoli, Shinichi Sunagawa, Pascal Hingamp, Hiroyuki Ogata, Gipsi Lima-Mendez, Simon Roux, José González, Jesús Arrieta, Intikhab Alam, Allan Kamau, Chris Bowler, Jeroen Raes, Stéphane Pesant, Peer Bork, Susana Agustí, Takashi Gojobori, Dolors Vaqué, Matthew Sullivan, Carlos Pedrós-Alió, Ramon Massana, Carlos Duarte, Josep Gasol
article
Communications Biology, 2021, 4 (1), ⟨10.1038/s42003-021-02112-2⟩
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https://hal.science/hal-03238997/file/s42003-021-02112-2.pdf BibTex
titre
Towards the Idea of Molecular Brains
auteur
Y. Timsit, Grégoire Sergeant-Perthuis
article
International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (21), pp.11868. ⟨10.3390/ijms222111868⟩
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https://hal.univ-lorraine.fr/hal-03430257/file/ijms-22-11868.pdf BibTex
titre
Bioluminescence and Photoreception in Unicellular Organisms: Light-Signalling in a Bio-Communication Perspective
auteur
Youri Timsit, Magali Lescot, Martha Valiadi, Fabrice Not
article
International Journal of Molecular Sciences, 2021, 22 (21), pp.11311. ⟨10.3390/ijms222111311⟩
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https://hal.science/hal-03402318/file/ijms-22-11311-v3.pdf BibTex
titre
Similar Methanogenic Shift but Divergent Syntrophic Partners in Anaerobic Digesters Exposed to Direct versus Successive Ammonium Additions
auteur
Julie Hardy, Patricia Bonin, Adele Lazuka, Estelle Gonidec, Sophie Guasco, Corinne Valette, Sébastien Lacroix, Léa Cabrol
article
Microbiology Spectrum, 2021, 9 (2), ⟨10.1128/Spectrum.00805-21⟩
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https://hal.science/hal-03435672/file/Spectrum.00805-21.pdf BibTex
titre
Pacmanvirus S19, the Second Pacmanvirus Isolated from Sewage Waters in Oran, Algeria
auteur
Guillaume Blanc, Khalil Geballa-Koukoulas, Souhila Abdi, Bernard La Scola, Julien Andreani
article
Microbiology Resource Announcements, 2021, 10 (42), ⟨10.1128/MRA.00693-21⟩
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https://hal.science/hal-03394563/file/MRA.00693-21.pdf BibTex
titre
Increasing Hydrostatic Pressure Impacts the Prokaryotic Diversity during Emiliania huxleyi Aggregates Degradation
auteur
Christian Tamburini, Marc Garel, Aude Barani, Dominique Boeuf, Patricia Bonin, Nagib Bhairy, Sophie Guasco, Stéphanie Jacquet, Frédéric A.C. Le Moigne, Christos Panagiotopoulos, Virginie Riou, Sandrine Veloso, Chiara Santinelli, Fabrice Armougom
article
Water, 2021, 13 (19), pp.2616. ⟨10.3390/w13192616⟩
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https://hal.science/hal-03356668/file/water-13-02616-v2.pdf BibTex
titre
Synergistic effects of temperature and light affect the relationship between Taonia atomaria and its epibacterial community: a controlled conditions study
auteur
Benoit Paix, Philippe Potin, Gaëtan Schires, Christophe Le Poupon, B. Misson, Catherine Leblanc, Gérald Culioli, Jean‐françois Briand
article
Environmental Microbiology, 2021, 23 (11), pp.6777-6797. ⟨10.1111/1462-2920.15758⟩
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https://amu.hal.science/hal-03400714/file/Paix%20et%20al_21_HAL.pdf BibTex
titre
Benthic oxygen dynamics and implication for the maintenance of chronic hypoxia and ecosystem degradation in the Berre lagoon (France)
auteur
Sylvain Rigaud, Bruno Deflandre, Christian Grenz, Florian Cesbron, Lara Pozzato, Baptiste Voltz, Antoine Grémare, Alicia Romero-Ramirez, Pascal Mirleau, Samuel Meulé, Vincent Faure, Nicolas Mayot, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Ludovic Pascal, Marie-Ange Cordier, Bastien Lamarque, Márcio Tenório, Olivier Radakovitch
article
Estuarine, Coastal and Shelf Science, 2021, 258, pp.107437. ⟨10.1016/j.ecss.2021.107437⟩
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https://hal.science/hal-03249104/file/RigaudS_EstCoastShelf_dep_2021.pdf BibTex
titre
Sediment reworking by the burrowing polychaete Hediste diversicolor modulated by environmental and biological factors across the temperate North Atlantic. A tribute to Gaston Desrosiers
auteur
Franck Gilbert, Erik Kristensen, Robert Aller, Gary Banta, Philippe Archambault, Rénald Belley, Luca Bellucci, Lois Calder, Philippe Cuny, Xavier de Montaudouin, Susanne Eriksson, Stefan Forster, Patrick Gillet, Jasmin Godbold, Ronnie Glud, Jonas Gunnarsson, Stefan Hulth, Stina Lindqvist, Anthony Maire, Emma Michaud, Karl Norling, Judith Renz, Martin Solan, Michael Townsend, Nils Volkenborn, Stephen Widdicombe, Georges Stora
article
Journal of Experimental Marine Biology and Ecology, 2021, 541, pp.151588. ⟨10.1016/j.jembe.2021.151588⟩
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https://hal.science/hal-03233589/file/gilbert_27951.pdf BibTex
titre
Rapid Spread of the Invasive Brown Alga Rugulopteryx okamurae in a National Park in Provence (France, Mediterranean Sea)
auteur
Sandrine Ruitton, Aurelie Blanfuné, Charles F. Boudouresque, Dorian Guillemain, Valerie Michotey, Sylvain Roblet, Delphine Thibault, Thierry Thibaut, Marc Verlaque
article
Water, 2021, 13 (16), pp.2306. ⟨10.3390/w13162306⟩
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https://hal.science/hal-03342562/file/water-13-02306-v2.pdf BibTex
titre
Organic additive release from plastic to seawater is lower under deep-sea conditions
auteur
Vincent Fauvelle, Marc Garel, Christian Tamburini, D. Nerini, Javier Castro-Jiménez, Natascha Schmidt, Andrea Paluselli, Armand Fahs, Laure Papillon, Andy M Booth, Richard Sempere
article
Nature Communications, 2021, 12 (1), ⟨10.1038/s41467-021-24738-w⟩
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https://amu.hal.science/hal-03293644/file/Fauvelle-et-al-2021.pdf BibTex
titre
Procaryotic Diversity and Hydrogenotrophic Methanogenesis in an Alkaline Spring (La Crouen, New Caledonia)
auteur
Marianne Quéméneur, Nan Mei, Christophe Monnin, Anne Postec, Laura Wils, Manon Bartoli, Sophie Guasco, Bernard Pelletier, Gael Erauso
article
Microorganisms, 2021, 9 (7), pp.1360. ⟨10.3390/microorganisms9071360⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://amu.hal.science/hal-03279565/file/microorganisms-09-01360.pdf BibTex
titre
Forensic genetic identification of sharks involved in human attacks
auteur
Nicolas Oury, Sébastien Jaquemet, Gwenola Simon, Laurie Casalot, Géry Vangrevelynghe, Fanch Landron, Hélène Magalon
article
Forensic Science International: Genetics , 2021, pp.102558. ⟨10.1016/j.fsigen.2021.102558⟩
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https://hal.univ-reunion.fr/hal-03273193/file/88658.pdf BibTex
titre
Microbial consortia in an ice‐covered high‐altitude lake impacted by additions of dissolved organic carbon and nutrients
auteur
Flavia Dory, Laurent Cavalli, Evelyne Franquet, B. Misson, Thierry Tatoni, Céline Bertrand, Magalie Claeys-Bruno
article
Freshwater Biology, 2021, 66 (8), pp.1648-1662. ⟨10.1111/fwb.13781⟩
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https://amu.hal.science/hal-03375780/file/Article%20Magalie.pdf BibTex
titre
A global metagenomic map of urban microbiomes and antimicrobial resistance
auteur
David Danko, Daniela Bezdan, Evan Afshin, Sofia Ahsanuddin, Chandrima Bhattacharya, Daniel Butler, Kern Rei Chng, Daisy Donnellan, Jochen Hecht, Katelyn Jackson, Katerina Kuchin, Mikhail Karasikov, Abigail Lyons, Lauren Mak, Dmitry Meleshko, Harun Mustafa, Beth Mutai, Russell Neches, Amanda Ng, Olga Nikolayeva, Tatyana Nikolayeva, Eileen Png, Krista Ryon, Jorge Sanchez, Heba Shaaban, Maria Sierra, Dominique Thomas, Ben Young, Omar Abudayyeh, Josue Alicea, Malay Bhattacharyya, Ran Blekhman, Eduardo Castro-Nallar, Ana Cañas, Aspassia Chatziefthimiou, Robert Crawford, Francesca de Filippis, Youping Deng, Christelle Desnues, Emmanuel Dias-Neto, Marius Dybwad, Eran Elhaik, Danilo Ercolini, Alina Frolova, Dennis Gankin, Jonathan Gootenberg, Alexandra Graf, David Green, Iman Hajirasouliha, Jaden J.A. Hastings, Mark Hernandez, Gregorio Iraola, Soojin Jang, Andre Kahles, Frank Kelly, Kaymisha Knights, Nikos Kyrpides, Paweł Łabaj, Patrick K.H. Lee, Marcus H.Y. Leung, Per Ljungdahl, Gabriella Mason-Buck, Ken Mcgrath, Cem Meydan, Emmanuel Mongodin, Milton Ozorio Moraes, Niranjan Nagarajan, Marina Nieto-Caballero, Houtan Noushmehr, Manuela Oliveira, Stephan Ossowski, Olayinka Osuolale, Orhan Özcan, David Paez-Espino, Nicolás Rascovan, Hugues Richard, Gunnar Rätsch, Lynn Schriml, Torsten Semmler, Osman Sezerman, Leming Shi, Tieliu Shi, Rania Siam, Le Huu Song, Haruo Suzuki, Denise Syndercombe Court, Scott Tighe, Xinzhao Tong, Klas Udekwu, Juan Ugalde, Brandon Valentine, Dimitar Vassilev, Elena Vayndorf, Thirumalaisamy Velavan, Jun Wu, María Zambrano, Jifeng Zhu, Sibo Zhu, Christopher Mason, Gabriela Albuquerque, Alex Alexiev, Kalyn Ali, Lucia Alvarado-Arnez, Sarh Aly, Jennifer Amachee, Maria Amorim, Majelia Ampadu, Muhammad Al-Fath Amran, Nala An, Watson Andrew, Harilanto Andrianjakarivony, Michael Angelov, Verónica Antelo, Catharine Aquino, Álvaro Aranguren, Luiza Araujo, Hitler Francois Vasquez Arevalo, Jenny Arevalo, Carme Arnan, Lucia Elena Alvarado Arnez, Fernanda Arredondo, Matthew Arthur, Freddy Asenjo, Thomas Saw Aung, Juliette Auvinet, Nuria Aventin, Sadaf Ayaz, Silva Baburyan, Abd-Manaaf Bakere, Katrin Bakhl, Thais Bartelli, Erdenetsetseg Batdelger, François Baudon, Kevin Becher, Carla Bello, Médine Benchouaia, Hannah Benisty, Anne-Sophie Benoiston, Joseph Benson, Diego Benítez, Juliana Bernardes, Denis Bertrand, Silvia Beurmann, Tristan Bitard-Feildel, Lucie Bittner, Christina Black, Guillaume Blanc, Brittany Blyther, Toni Bode, Julia Boeri, Bazartseren Boldgiv, Kevin Bolzli, Alexia Bordigoni, Ciro Borrelli, Sonia Bouchard, Jean-Pierre Bouly, Alicia Boyd, Gabriela Branco, Alessandra Breschi, Björn Brindefalk, Christian Brion, Alan Briones, Paulina Buczansla, Catherine Burke, Aszia Burrell, Alina Butova, Irvind Buttar, Jalia Bynoe, Sven Bönigk, Kari Bøifot, Hiram Caballero, Xiao Wen Cai, Dayana Calderon, Angela Cantillo, Miguel Carbajo, Alessandra Carbone, Anais Cardenas, Katerine Carrillo, Laurie Casalot, Sofia Castro, Ana Castro, Astred Castro, Ana Valeria B. Castro, Simone Cawthorne, Jonathan Cedillo, Salama Chaker, Jasna Chalangal, Allison Chan, Anastasia Chasapi, Starr Chatziefthimiou, Sreya Ray Chaudhuri, Akash Keluth Chavan, Francisco Chavez, Gregory Chem, Xiaoqing Chen, Michelle Chen, Jenn-Wei Chen, Ariel Chernomoretz, Allaeddine Chettouh, Daisy Cheung, Diana Chicas, Shirley Chiu, Hira Choudhry, Carl Chrispin, Kianna Ciaramella, Erika Cifuentes, Jake Cohen, David Coil, Sylvie Collin, Colleen Conger, Romain Conte, Flavia Corsi, Cecilia Cossio, Ana Costa, Delisia Cuebas, Bruno D’alessandro, Katherine Dahlhausen, Aaron Darling, Pujita Das, Lucinda Davenport, Laurent David, Natalie Davidson, Gargi Dayama, Stéphane Delmas, Chris Deng, Chloé Dequeker, Alexandre Desert, Monika Devi, Felipe Dezem, Clara Dias, Timothy Ryan Donahoe, Sonia Dorado, Lashonda Dorsey, Valeriia Dotsenko, Steven Du, Alexandra Dutan, Naya Eady, Jonathan Eisen, Miar Elaskandrany, Lennard Epping, Juan Escalera-Antezana, Cassie Ettinger, Iqra Faiz, Luice Fan, Nadine Farhat, Emile Faure, Fazlina Fauzi, Charlie Feigin, Skye Felice, Laís Pereira Ferreira, Gabriel Figueroa, Aubin Fleiss, Denisse Flores, Jhovana Velasco Flores, Marcos A.S. Fonseca, Jonathan Foox, Juan Carlos Forero, Aaishah Francis, Kelly French, Pablo Fresia, Jacob Friedman, Jaime Fuentes, Josephine Galipon, Mathilde Garcia, Laura Garcia, Catalina García, Annie Geiger, Samuel Gerner, Sonia Ghose, Dao Phuong Giang, Matías Giménez, Donato Giovannelli, Dedan Githae, Spyridon Gkotzis, Liliana Godoy, Samantha Goldman, Gaston Gonnet, Juana Gonzalez, Andrea Gonzalez, Camila Gonzalez-Poblete, Andrew Gray, Tranette Gregory, Charlotte Greselle, Sophie Guasco, Juan Guerra, Nika Gurianova, Wolfgang Haehr, Sebastien Halary, Felix Hartkopf, Arya Hawkins-Zafarnia, Nur Hazlin Hazrin-Chong, Eric Helfrich, Eva Hell, Tamera Henry, Samuel Hernandez, Pilar Lopez Hernandez, David Hess-Homeier, Lauren Hittle, Nghiem Xuan Hoan, Aliaksei Holik, Chiaki Homma, Irene Hoxie, Michael Huber, Elizabeth Humphries, Stephanie Hyland, Andrea Hässig, Roland Häusler, Nathalie Hüsser, Robert Petit, Badamnyambuu Iderzorig, Mizuki Igarashi, Shaikh Iqbal, Shino Ishikawa, Sakura Ishizuka, Sharah Islam, Riham Islam, Kohei Ito, Sota Ito, Takayuki Ito, Tomislav Ivankovic, Tomoki Iwashiro, Sarah Jackson, Joann Jacobs, Marisano James, Marianne Jaubert, Marie-Laure Jerier, Esmeralda Jiminez, Ayantu Jinfessa, Ymke de Jong, Hyun Woo Joo, Guilllaume Jospin, Takema Kajita, Affifah Saadah Ahmad Kassim, Nao Kato, Amrit Kaur, Inderjit Kaur, Fernanda de Souza Gomes Kehdy, Vedbar Khadka, Shaira Khan, Mahshid Khavari, Michelle Ki, Gina Kim, Hyung Jun Kim, Sangwan Kim, Ryan King, Giuseppe Kolomonaco, Ellen Koag, Nadezhda Kobko-Litskevitch, Maryna Korshevniuk, Michael Kozhar, Jonas Krebs, Nanami Kubota, Andrii Kuklin, Sheelta Kumar, Rachel Kwong, Lawrence Kwong, Ingrid Lafontaine, Juliana Lago, Tsoi Ying Lai, Elodie Laine, Manolo Laiola, Olha Lakhneko, Isha Lamba, Gerardo de Lamotte, Romain Lannes, Eleonora de Lazzari, Madeline Leahy, Hyunjung Lee, Yunmi Lee, Lucy Lee, Vincent Lemaire, Emily Leong, Dagmara Lewandowska, Chenhao Li, Weijun Liang, Moses Lin, Priscilla Lisboa, Anna Litskevitch, Eric Minwei Liu, Tracy Liu, Mayra Arauco Livia, Yui Him Lo, Sonia Losim, Manon Loubens, Jennifer Lu, Olexandr Lykhenko, Simona Lysakova, Salah Mahmoud, Sara Abdul Majid, Natalka Makogon, Denisse Maldonado, Krizzy Mallari, Tathiane Malta, Maliha Mamun, Dimitri Manoir, German Marchandon, Natalia Marciniak, Sonia Marinovic, Brunna Marques, Nicole Mathews, Yuri Matsuzaki, Vincent Matthys, Madelyn May, Elias Mccomb, Annabelle Meagher, Adiell Melamed, Wayne Menary, Katterinne Mendez, Ambar Mendez, Irène Mauricette Mendy, Irene Meng, Ajay Menon, Mark Menor, Roy Meoded, Nancy Merino, Karishma Miah, Mathilde Mignotte, Tanja Miketic, Wilson Miranda, Athena Mitsios, Ryusei Miura, Kunihiko Miyake, Maria Moccia, Natasha Mohan, Mohammed Mohsin, Karobi Moitra, Mauricio Moldes, Laura Molina, Jennifer Molinet, Orgil-Erdene Molomjamts, Eftar Moniruzzaman, Sookwon Moon, Isabelle de Oliveira Moraes, Mario Moreno, Maritza Mosella, Josef Moser, Christopher Mozsary, Amanda Muehlbauer, Oasima Muner, Muntaha Munia, Naimah Munim, Maureen Muscat, Tatjana Mustac, Cristina Muñoz, Francesca Nadalin, Areeg Naeem, Dorottya Nagy-Szakal, Mayuko Nakagawa, Ashanti Narce, Masaki Nasu, Irene González Navarrete, Hiba Naveed, Bryan Nazario, Narasimha Rao Nedunuri, Thomas Neff, Aida Nesimi, Wan Chiew Ng, Synti Ng, Gloria Nguyen, Elsy Ngwa, Agier Nicolas, Pierre Nicolas, Abdollahi Nika, Hosna Noorzi, Avigdor Nosrati, Diana Nunes, Kathryn O’brien, Niamh O’hara, Gabriella Oken, Rantimi Olawoyin, Javier Quilez Oliete, Kiara Olmeda, Tolulope Oluwadare, Itunu Oluwadare, Nils Ordioni, Jenessa Orpilla, Jacqueline Orrego, Melissa Ortega, Princess Osma, Israel Osuolale, Oluwatosin Osuolale, Mitsuki Ota, Francesco Oteri, Yuya Oto, Rachid Ounit, Christos Ouzounis, Subhamitra Pakrashi, Rachel Paras, Coral Pardo-Este, Young-Ja Park, Paulina Pastuszek, Suraj Patel, Jananan Pathmanathan, Andrea Patrignani, Manuel Perez, Ante Peros, Sabrina Persaud, Anisia Peters, Adam Phillips, Lisbeth Pineda, Melissa Pizzi, Alma Plaku, Alketa Plaku, Brianna Pompa-Hogan, María Gabriela Portilla, Leonardo Posada, Max Priestman, Bharath Prithiviraj, Sambhawa Priya, Phanthira Pugdeethosal, Catherine Pugh, Benjamin Pulatov, Angelika Pupiec, Kyrylo Pyrshev, Tao Qing, Saher Rahiel, Savlatjon Rahmatulloev, Kannan Rajendran, Aneisa Ramcharan, Adan Ramirez-Rojas, Shahryar Rana, Prashanthi Ratnanandan, Timothy Read, Hubert Rehrauer, Renee Richer, Alexis Rivera, Michelle Rivera, Alessandro Robertiello, Courtney Robinson, Paula Rodríguez, Nayra Aguilar Rojas, Paul Roldán, Anyelic Rosario, Sandra Roth, Maria Ruiz, Stephen Eduard Boja Ruiz, Kaitlan Russell, Mariia Rybak, Thais Sabedot, Mahfuza Sabina, Ikuto Saito, Yoshitaka Saito, Gustavo Adolfo Malca Salas, Cecilia Salazar, Kaung Myat San, Khaliun Sanchir, Ryan Sankar, Paulo Thiago de Souza Santos, Zulena Saravi, Kai Sasaki, Yuma Sato, Masaki Sato, Seisuke Sato, Ryo Sato, Kaisei Sato, Nowshin Sayara, Steffen Schaaf, Oli Schacher, Anna-Lena Schinke, Ralph Schlapbach, Christian Schori, Jason Schriml, Felipe Segato, Felipe Sepulveda, Marianna Serpa, Paola de Sessions, Juan Severyn, Maheen Shakil, Sarah Shalaby, Aliyah Shari, Hyenah Shim, Hikaru Shirahata, Yuh Shiwa, Ophélie da Silva, Jordana Silva, Gwenola Simon, Shaleni Singh, Kasia Sluzek, Rebecca Smith, Eunice So, Núria Andreu Somavilla, Yuya Sonohara, Nuno Rufino de Sousa, Camila Souza, Jason Sperry, Nicolas Sprinsky, Stefan Stark, Antonietta La Storia, Kiyoshi Suganuma, Hamood Suliman, Jill Sullivan, Arif Asyraf Md Supie, Chisato Suzuki, Sora Takagi, Fumie Takahara, Naoya Takahashi, Kou Takahashi, Tomoki Takeda, Isabella Takenaka, Soma Tanaka, Anyi Tang, Yuk Man Tang, Emilio Tarcitano, Andrea Tassinari, Mahdi Taye, Alexis Terrero, Eunice Thambiraja, Antonin Thiébaut, Sade Thomas, Andrew Thomas, Yuto Togashi, Takumi Togashi, Anna Tomaselli, Masaru Tomita, Itsuki Tomita, Oliver Toth, Nora Toussaint, Jennifer Tran, Catalina Truong, Stefan Tsonev, Kazutoshi Tsuda, Takafumi Tsurumaki, Michelle Tuz, Yelyzaveta Tymoshenko, Carmen Urgiles, Mariko Usui, Sophie Vacant, Laura Vann, Fabienne Velter, Valeria Ventorino, Patricia Vera-Wolf, Riccardo Vicedomini, Michael Suarez-Villamil, Sierra Vincent, Renee Vivancos-Koopman, Andrew Wan, Cindy Wang, Tomoro Warashina, Ayuki Watanabe, Samuel Weekes, Johannes Werner, David Westfall, Lothar Wieler, Michelle Williams, Silver Wolf, Brian Wong, Yan Ling Wong, Tyler Wong, Rasheena Wright, Tina Wunderlin, Ryota Yamanaka, Jingcheng Yang, Hirokazu Yano, George Yeh, Olena Yemets, Tetiana Yeskova, Shusei Yoshikawa, Laraib Zafar, Yang Zhang, Shu Zhang, Amy Zhang, Yuanting Zheng, Stas Zubenko, Natasha Abdullah, Marcos Abraao, Adel Ait-Hamlat, Muhammad Afaq, Faisal Al-Quaddoomi, Ireen Alam
article
Cell, 2021, 184 (13), pp.3376-3393.e17. ⟨10.1016/j.cell.2021.05.002⟩
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https://amu.hal.science/hal-03357730/file/1-s2.0-S0092867421005857-main.pdf BibTex
titre
The chemistry of hyperalkaline springs in serpentinizing environments: 1. the composition of free gases in New Caledonia compared to other springs worldwide
auteur
Christophe Monnin, Marianne Quemeneur, Roy Price, Julie Jeanpert, Pierre Maurizot, Cédric Boulart, Jean-Pierre Donval, Bernard Pelletier
article
Journal of Geophysical Research: Biogeosciences, In press, 9 (126), pp.e2021JG006243. ⟨10.1029/2021JG006243⟩
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https://hal.science/hal-03242378/file/Manuscript_free_gas_revised_version_May24_2021.pdf BibTex
titre
Alkalicella caledoniensis gen. nov., sp. nov., a novel alkaliphilic anaerobic bacterium isolated from ‘La Crouen’ alkaline thermal spring, New Caledonia
auteur
Marianne Quéméneur, Gaël Erauso, Manon Bartoli, Céline Vandecasteele, Laura Wils, Lisa Gil, Christophe Monnin, Bernard Pelletier, Anne Postec
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2021, 71 (5), pp.004810. ⟨10.1099/ijsem.0.004810⟩
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https://amu.hal.science/hal-03231234/file/Article_LB2_revised3_unmarked.pdf BibTex
titre
Viability and stress state of bacteria associated with primary production or zooplankton-derived suspended particulate matter in summer along a transect in Baffin Bay (Arctic Ocean)
auteur
Christopher Burot, Rémi Amiraux, Patricia Bonin, Sophie Guasco, Marcel Babin, Fabien Joux, Dominique Marie, Laure Vilgrain, Hermann Heipieper, Jean-Francois Rontani
article
Science of the Total Environment, 2021, 770, pp.145252. ⟨10.1016/j.scitotenv.2021.145252⟩
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https://hal.science/hal-03154542/file/1-s2.0-S0048969721003181-main.pdf BibTex
titre
Metal-containing PAS/GAF domains in bacterial sensors
auteur
Romain Pardoux, Alain Dolla, Corinne Aubert
article
Coordination Chemistry Reviews, 2021, 442, pp.214000. ⟨10.1016/j.ccr.2021.214000⟩
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https://hal.science/hal-03249747/file/pas-gaf%20review%202021.pdf BibTex
titre
Contrasting degradation rates of natural dissolved organic carbon by deep-sea prokaryotes under stratified water masses and deep-water convection conditions in the NW Mediterranean Sea
auteur
Marc Garel, Christos Panagiotopoulos, Mehdi Boutrif, Daniel Repeta, Richard Sempere, Chiara Santinelli, Bruno Charrière, David Nerini, Jean-Christophe Poggiale, Christian Tamburini
article
Marine Chemistry, 2021, 231, pp.103932. ⟨10.1016/j.marchem.2021.103932⟩
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https://amu.hal.science/hal-03159104/file/Garel_etal_pre-proof.pdf BibTex
titre
Limited influence of marine sediment lyophilization on prokaryotic community structure assessed via amplicon sequencing: an example from environmentally contrasted sediment layers in Toulon harbor (France)
auteur
Benjamin Misson, Cédric Garnier, Alexandre J Poulain
article
PeerJ, 2021, 9, pp.e11075. ⟨10.7717/peerj.11075⟩
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https://hal.science/hal-03191488/file/28.limited%20influence%20of%20sediment%20lyophilization_misson%20et%20al.%202021.pdf BibTex
titre
Elutriate preparation affects embryo development test with Paracentrotus lividus: An in-depth study on the differences between two protocols and three different sediment/water mixing times
auteur
Davide Sartori, Simona Macchia, Nicolas Layglon, Sébastien d'Onofrio, Benjamin Misson, Maria Elena Piccione, Rosa Maria Bertolotto, Alice Scuderi, Fabiano Pilato, Silvia Giuliani, David Pellegrini, Andrea Gaion
article
Ecotoxicology and Environmental Safety, 2021, ⟨10.1016/j.ecoenv.2021.112010⟩
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https://hal.science/hal-03148212/file/25.elutriate%20preparation%20and%20ecotox%20urchins_Sartori%20et%20al.%202021.pdf BibTex
titre
First Assessment of the Benthic Meiofauna Sensitivity to Low Human-Impacted Mangroves in French Guiana
auteur
Claire Michelet, Daniela Zeppilli, Cédric Hubas, Elisa Baldrighi, Philippe Cuny, Guillaume Dirberg, Cécile Militon, Romain Walcker, Dominique Lamy, Ronan Jézéquel, Justine Receveur, Gilbert Franck, Amonda El Houssainy, Aurélie Dufour, Lars-Eric Heimbürger-Boavida, Isabelle Bihannic, Lea Sylvi, Baptiste Vivier, Emma Michaud
article
Forests, 2021, 12 (3), pp.338. ⟨10.3390/f12030338⟩
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https://hal.science/hal-03168449/file/forests-12-00338.pdf BibTex
titre
Ecosystem maturity modulates greenhouse gases fluxes from artificial lakes
auteur
Fanny Colas, Jean-Marc Baudoin, Patricia Bonin, Léa Cabrol, Martin Daufresne, Rémy Lassus, Julien Cucherousset
article
Science of the Total Environment, 2021, 760, pp.144046. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.144046⟩
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https://hal.science/hal-03110280/file/publi%20complete.pdf BibTex
titre
OrpR is a σ 54 ‐dependent activator using an iron‐sulfur cluster for redox sensing in Desulfovibrio vulgaris Hildenborough
auteur
Anouchka Fiévet, Meriem Merrouch, Gaël Brasseur, Danaé Eve, Emanuele Biondi, Odile Valette, Sofia Pauleta, Alain Dolla, Zorah Dermoun, Bénédicte Burlat, Corinne Aubert
article
Molecular Microbiology, 2021, 116 (1), ⟨10.1111/mmi.14705⟩
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https://hal.science/hal-03204123/file/mmi.14705.pdf BibTex
titre
DOM Biological Lability in an Estuarine System in Two Contrasting Periods
auteur
Simona Retelletti Brogi, Raffaella Casotti, Benjamin Misson, Cecilia Balestra, Margherita Gonnelli, Stefano Vestri, Chiara Santinelli
article
Journal of Marine Science and Engineering, 2021, ⟨10.3390/jmse9020172⟩
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https://hal.science/hal-03148207/file/26.DOM%20biological%20lability%20Arno%20estuary_Retelletti%20Brogi%20et%20al.%202021.pdf BibTex
titre
The Kaumoebavirus LCC10 Genome Reveals a Unique Gene Strand Bias among “Extended Asfarviridae”
auteur
Khalil Geballa-Koukoulas, Julien Andreani, Bernard La Scola, Guillaume Blanc
article
Viruses, 2021, 13 (2), pp.148. ⟨10.3390/v13020148⟩
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https://hal.science/hal-03118634/file/viruses-13-00148-v2.pdf BibTex
titre
Mesopelagic microbial carbon production correlates with diversity across different marine particle fractions
auteur
Chloé Baumas, Frédéric Le Moigne, Marc Garel, Nagib Bhairy, Sophie Guasco, Virginie Riou, Fabrice Armougom, Hans-Peter Grossart, Christian Tamburini
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2021, ⟨10.1038/s41396-020-00880-z⟩
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https://hal.science/hal-03113293/file/s41396-020-00880-z.pdf BibTex
titre
The Ocean Barcode Atlas: a web service to explore the biodiversity and biogeography of marine organisms.
auteur
Caroline Vernette, Nicolas Henry, Julien Lecubin, Colomban de Vargas, Pascal Hingamp, Magali Lescot
article
Molecular Ecology Resources, 2021, ⟨10.1111/1755-0998.13322⟩
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titre
Phylogenomic fingerprinting of tempo and functions of horizontal gene transfer within ochrophytes
auteur
Richard G Dorrell, Adrien Villain, Benoît Perez-Lamarque, Guillemette Audren de Kerdrel, Giselle Mccallum, Andrew K Watson, Ouardia Ait-Mohamed, Adriana Alberti, Erwann Corre, Kyle R Frischkorn, Juan J Pierella Karlusich, Eric Pelletier, Hélène Morlon, Chris Bowler, Guillaume Blanc
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2021, 118 (4), ⟨10.1073/pnas.2009974118/-/DCSupplemental⟩
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https://mnhn.hal.science/mnhn-03969507/file/pnas.2009974118.pdf BibTex
titre
Phylogenomic fingerprinting of tempo and functions of horizontal gene transfer within ochrophytes
auteur
Richard Dorrell, Adrien Villain, Benoît Perez-Lamarque, Guillemette Audren de Kerdrel, Giselle Mccallum, Andrew Watson, Ouardia Ait-Mohamed, Adriana Alberti, Erwann Corre, Kyle Frischkorn, Juan Pierella Karlusich, Eric Pelletier, Hélène Morlon, Chris Bowler, Guillaume Blanc
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2021, 118 (4), ⟨10.1073/pnas.2009974118⟩
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titre
Efficiency of benthic diatom-associated bacteria in the removal of benzo(a)pyrene and fluoranthene
auteur
Oumayma Kahla, Sondes Melliti Ben Garali, Fatma Karray, Manel Ben Abdallah, Najwa Kallel, Najla Mhiri, Hatem Zaghden, Badreddine Barhoumi, Olivier Pringault, Marianne Quemeneur, Marc Tedetti, Sami Sayadi, Asma Sakka Hlaili
article
Science of the Total Environment, 2021, 751, pp.141399. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.141399⟩
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https://hal.science/hal-02925530/file/Kahla%20et%20al.%202021%20%28Stoten%29.pdf BibTex
titre
Metal resistance genes enrichment in marine biofilm communities selected by biocide-containing surfaces in temperate and tropical coastal environments
auteur
Elisa C.P. Catao, Nicolas Gallois, Fabienne Fay, Benjamin Misson, Jean-François Briand
article
Environmental Pollution, 2021, 268, pp.115835. ⟨10.1016/j.envpol.2020.115835⟩
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https://hal.science/hal-03027551/file/Catao%20et%20al_HAL.pdf BibTex
titre
Glutamate optimizes enzymatic activity under high hydrostatic pressure in Desulfovibrio species: effects on the ubiquitous thioredoxin system
auteur
Hélène Gaussier, M. Nouailler, Edouard Champaud, Edwige Garcin, Sebban -Kreuzer, Olivier Bornet, Marc Garel, Christian Tamburini, Laetitia Pieulle, Alain Dolla, Nathalie Pradel
article
Extremophiles, 2021, 25, pp.385-392. ⟨10.1007/s00792-021-01236-x⟩
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https://hal.science/hal-03272295/file/version%20accepte-hal.pdf BibTex
titre
RadA, a MSCRAMM Adhesin of the Dominant Symbiote Ruminococcus gnavus E1, Binds Human Immunoglobulins and Intestinal Mucins
auteur
Marc Maresca, Radia Alatou, Ange Pujol, Cendrine Nicoletti, Josette Perrier, Thierry Giardina, Gwenola Simon, Vincent Méjean, Michel Fons
article
Biomolecules, 2021, 11 (11), pp.1613. ⟨10.3390/biom11111613⟩
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https://hal.science/hal-03455626/file/biomolecules-11-01613.pdf BibTex
titre
Trace Metal Contamination Impacts Predicted Functions More Than Structure of Marine Prokaryotic Biofilm Communities in an Anthropized Coastal Area
auteur
Clément Coclet, Cédric Garnier, Sébastien d'Onofrio, Gaël Durrieu, Emilie Pasero, Christophe Le Poupon, Dario Omanović, Jean-Ulrich Mullot, Benjamin Misson, Jean-François Briand
article
Frontiers in Microbiology, 2021, 12, pp.589948. ⟨10.3389/fmicb.2021.589948⟩
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https://hal.science/hal-03148203/file/27.Biofilm%20Communities%20in%20an%20Anthropized%20Coastal%20Area_Coclet%20et%20al.%202021.pdf BibTex
titre
Rapid Spread of the Invasive Brown Alga Rugulopteryx okamurae in a National Park in Provence (France, Mediterranean Sea)
auteur
Sandrine Ruitton, A. Blanfuné, Charles F. Boudouresque, Dorian Guillemain, Valerie Michotey, Sylvain Roblet, Delphine Thibault, Thierry Thibaut, Marc Verlaque
article
Water, 2021, 13 (16), pp.2306. ⟨10.3390/w13162306⟩
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https://hal.science/hal-03342953/file/water-13-02306-v2.pdf BibTex
titre
Evolution of ribosomal protein network architectures
auteur
Y. Timsit, Grégoire Sergeant-Perthuis, Daniel Bennequin
article
Scientific Reports, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-020-80194-4⟩
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https://hal.science/hal-03120751/file/s41598-020-80194-4.pdf BibTex
titre
On the barium–oxygen consumption relationship in the Mediterranean Sea: implications for mesopelagic marine snow remineralization
auteur
Stéphanie Jacquet, Dominique Lefèvre, Christian Tamburini, Marc Garel, Frédéric A.C. Le Moigne, Nagib Bhairy, Sophie Guasco
article
Biogeosciences, 2021, 18 (6), pp.2205-2212. ⟨10.5194/bg-18-2205-2021⟩
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https://hal.science/hal-03357294/file/bg-18-2205-2021.pdf BibTex
titre
A high rate algal pond hosting a dynamic community of RNA viruses
auteur
Emily E Chase, Sonia Monteil-Bouchard, Angélique Gobet, Felana H Andrianjakarivony, Christelle Desnues, Guillaume Blanc
article
Viruses, 2021, 13 (11), pp.2163. ⟨10.3390/v13112163⟩
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https://hal.science/hal-03394586/file/viruses-13-02163.pdf BibTex
titre
Bacterial diversity and lipid biomarkers in sea ice and sinking particulate organic material during the melt season in the Canadian Arctic
auteur
Rémi Amiraux, Jean-Francois Rontani, Fabrice Armougom, Eléonore Frouin, Marcel Babin, Lise Artigue, Patricia Bonin
article
Elementa: Science of the Anthropocene, 2021, 9 (1), ⟨10.1525/elementa.2019.040⟩
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https://hal.science/hal-03424293/file/elementa.2021.040.pdf BibTex
titre
Alkaliphilus serpentinus sp. nov. and Alkaliphilus pronyensis sp. nov., two novel anaerobic alkaliphilic species isolated from the serpentinite-hosted Prony Bay Hydrothermal Field (New Caledonia)
auteur
Anne Postec, Marianne Quemeneur, Aurélien Lecoeuvre, Nicolas Chabert, Manon Joseph, Gaël Erauso
article
Systematic and Applied Microbiology, 2021, 44 (2), pp.126175. ⟨10.1016/j.syapm.2020.126175⟩
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https://hal.science/hal-03107003/file/Postec-et-al_SAM-hal.pdf BibTex
titre
Negligible microbial heterotrophic quantitative contribution onto trace metals remobilization during marine sediment resuspension - insights from a Mediterranean urbanized bay
auteur
Nicolas Layglon, B. Misson, Nicolas Gallois, Sébastien d'Onofrio, V Lenoble, Stéphane Mounier, Dario Omanović, Cédric Garnier
article
Marine Chemistry, In press, ⟨10.1016/j.marchem.2021.103981⟩
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https://hal.science/hal-03229764/file/Abiotic%20control%20on%20metals%20transfers_Hal.pdf BibTex
titre
Spatial patterns of ectoenzymatic kinetics in relation to biogeochemical properties in the Mediterranean Sea and the concentration of the fluorogenic substrate used
auteur
France van Wambeke, Elvira Pulido-Villena, Philippe Catala, Julie Dinasquet, Kahina Djaoudi, Anja Engel, Marc Garel, Sophie Guasco, Barbara Marie, Sandra Nunige, Vincent Taillandier, Birthe Zäncker, Christian Tamburini
article
Biogeosciences, 2021, 18 (7), pp.2301-2323. ⟨10.5194/bg-18-2301-2021⟩
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https://amu.hal.science/hal-03195714/file/bg-18-2301-2021.pdf BibTex

Conference papers

titre
NEW INSIGHTS INTO MICROBIAL WAX ESTER BIOSYNTHESIS, NATURAL OCCURRENCE AND ADAPTIVE ROLE
auteur
Vincent Grossi, Ingrid Antheaume, Daniel Ariztegui, Guillaume Borrel, Cristiana Cravo-Laureau, Philippe Cuny, Mylène Hugoni, Cécile Militon, David Sala, Lea Sylvi, Camille Thomas
article
30th International Meeting on Organic Geochemistry (IMOG), Sep 2021, Montpellier (on line due to pandemic situation), France
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https://hal.science/hal-03761878/file/Abstract%20IMOG2021_Grossi.pdf BibTex
titre
The REINFORCE Project: Inviting Citizen Scientists to analyse KM3NeT data
auteur
Rémy Le Breton, Vincent Bertin, Paschal Coyle, Gwenhaël de Wasseige, Hervé Glotin, Carlo Guidi, Feifei Huang, Séverine Martini, Antoine Kouchner, Christian Tamburini, Veronique van Elewyck
article
37th International Cosmic Ray Conference, Jul 2021, Berlin, Germany. pp.1392, ⟨10.22323/1.395.1392⟩
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https://hal.science/hal-03373316/file/ICRC2021_1392.pdf BibTex

Book sections

titre
Serpentinicella
auteur
Marianne Quemeneur, Nan Mei, Anne Postec, Gaël Erauso
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria, 1, Wiley, 2021, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01817⟩
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BibTex

Preprints, Working Papers, ...

titre
Thriving of hyperthermophilic microbial communities from a deep-sea sulfidic hydrothermal chimney under electrolithoautotrophic conditions with nitrate as electron acceptor
auteur
G. Pillot, S. Davidson, L. Shintu, L. Tanet, Y. Combet-Blanc, A. Godfroy, Patricia Bonin, Pierre-Pol Liebgott
article
2021
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BibTex

2020

Journal articles

titre
Responses to the Hydrostatic Pressure of Surface and Subsurface Strains of Pseudothermotoga elfii Revealing the Piezophilic Nature of the Strain Originating From an Oil-Producing Well
auteur
Marie Roumagnac, Nathalie Pradel, Manon Bartoli, Marc Garel, Aaron Jones, Fabrice Armougom, Romain Fenouil, Christian Tamburini, Bernard Ollivier, Zarath Summers, Alain Dolla
article
Frontiers in Microbiology, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.588771⟩
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https://hal.science/hal-03152104/file/fmicb-11-588771.pdf BibTex
titre
Prokaryotic Diversity and Distribution Along Physical and Nutrient Gradients in the Tunisian Coastal Waters (South Mediterranean Sea)
auteur
Marianne Quemeneur, Malika Bel Hassen, Fabrice Armougom, Yosra Khammeri, Rim Lajnef, Amel Bellaaj-Zouari
article
Frontiers in Microbiology, 2020, 11, ⟨10.3389/fmicb.2020.593540⟩
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https://hal.science/hal-03033038/file/fmicb-11-593540.pdf BibTex
titre
In situ observations and modelling revealed environmental factors favouring occurrence of Vibrio in microbiome of the pelagic Sargassum responsible for strandings
auteur
Valerie Michotey, Aurelie Blanfuné, Cristele Chevalier, Marc Garel, Frédéric Diaz, Léo Berline, Louis Le Grand, Fabrice Armougom, Sophie Guasco, Sandrine Ruitton, T. Changeux, Bruno Belloni, Jean Blanchot, Frédéric Ménard, Thierry Thibaut
article
Science of the Total Environment, 2020, 748, pp.141216. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.141216⟩
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https://hal.science/hal-02933822/file/Michotey%20et%20al-J-Tot%20Env%20-hal.pdf BibTex
titre
Stress factors resulting from the Arctic vernal sea-ice melt
auteur
Rémi Amiraux, Christopher Burot, Patricia Bonin, Guillaume Massé, Sophie Guasco, Marcel Babin, Frederic Vaultier, Jean-Francois Rontani
article
Elementa: Science of the Anthropocene, 2020, 8 (1), ⟨10.1525/elementa.076⟩
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https://hal.science/hal-03458308/file/elementa.076.pdf BibTex
titre
A novel Thermotoga strain TFO isolated from a Californian petroleum reservoir phylogenetically related to Thermotoga petrophila and T. naphthophila, two thermophilic anaerobic isolates from a Japanese reservoir: Taxonomic and genomic considerations
auteur
Zara M Summers, Hassiba Belahbib, Nathalie Pradel, Manon Bartoli, Pooja Mishra, Christian Tamburini, Alain Dolla, Bernard Ollivier, Fabrice Armougom
article
Systematic and Applied Microbiology, 2020, 43 (6), pp.126132. ⟨10.1016/j.syapm.2020.126132⟩
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https://hal.science/hal-03007670/file/SYAPM-D-20-00093_R1.pdf BibTex
titre
Long-read only assembly of Drechmeria coniospora genomes reveals widespread chromosome plasticity and illustrates the limitations of current nanopore methods
auteur
Damien Courtine, Jan Provaznik, Jerome Reboul, Guillaume Blanc, Vladimir Benes, Jonathan J Ewbank
article
GigaScience, 2020, 9 (9), pp.1 - 11. ⟨10.1093/gigascience/giaa099⟩
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https://hal.science/hal-02964511/file/giaa099.pdf BibTex
titre
Meta-omics Provides Insights into the Impact of Hydrocarbon Contamination on Microbial Mat Functioning
auteur
Johanne Aubé, Pavel Senin, Patricia Bonin, Olivier Pringault, Céline Jeziorski, Olivier Bouchez, Christophe C. Klopp, Remy Guyoneaud, Marisol Goñi
article
Microbial ecology, 2020, 80 (2), pp.286-295. ⟨10.1007/s00248-020-01493-x⟩
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https://hal.science/hal-03065790/file/Aube_etal_MicEco_revised.pdf BibTex
titre
Impact of cigarette butts on microbial diversity and dissolved trace metals in coastal marine sediment
auteur
Marianne Quemeneur, Sandrine Chifflet, Fourat Akrout, Amel Bellaaj-Zouari, Malika Belhassen
article
Estuarine, Coastal and Shelf Science, 2020, 240, pp.106785. ⟨10.1016/j.ecss.2020.106785⟩
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https://hal.science/hal-02881380/file/Quemeneur_ECSS-2020-1.pdf BibTex
titre
Long-term monitoring emphasizes impacts of the dredging on dissolved Cu and Pb contamination along with ultraplankton distribution and structure in Toulon Bay (NW Mediterranean Sea, France)
auteur
N. Layglon, Benjamin Misson, Gaël Durieu, Clément Coclet, Sébastien d'Onofrio, Duc Huy Dang, David François, Jean-Ulrich Mullot, Stéphane Mounier, Véronique Lenoble, Dario Omanović, Cédric Garnier
article
Marine Pollution Bulletin, 2020, 156, pp.111196. ⟨10.1016/j.marpolbul.2020.111196⟩
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https://hal.science/hal-02571468/file/MPB-D-19-01045R2_preprint.pdf BibTex
titre
Impacts of copper and lead exposure on prokaryotic communities from contaminated contrasted coastal seawaters: the influence of previous metal exposure
auteur
Clément Coclet, Cédric Garnier, Gaël Durrieu, Sébastien d'Onofrio, Nicolas Layglon, Jean-François Briand, Benjamin Misson
article
FEMS Microbiology Ecology, 2020, 96 (6), ⟨10.1093/femsec/fiaa048⟩
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https://hal.science/hal-03027561/file/Coclet_et_al_Research_Paper_preprint.pdf BibTex
titre
Diversity and evolution of bacterial bioluminescence genes in the global ocean
auteur
Thomas Vannier, Pascal Hingamp, Floriane Turrel, Lisa Tanet, Magali Lescot, Y. Timsit
article
NAR Genomics and Bioinformatics, 2020, 2 (2), ⟨10.1093/nargab/lqaa018⟩
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https://hal.science/hal-02514159/file/lqaa018.pdf BibTex
titre
Archaea, specific genetic traits, and development of improved bacterial live biotherapeutic products: another face of next-generation probiotics
auteur
Khaled Fadhlaoui, Marie-Edith Arnal, Matthieu Martineau, Paméla Camponova, Bernard Ollivier, Paul O’toole, Jean-François Brugere
article
Applied Microbiology and Biotechnology, 2020, 104 (11), pp.4705-4716. ⟨10.1007/s00253-020-10599-8⟩
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https://hal.science/hal-02996543/file/2020_AMaB_Archaea-enhancedLBPs.pdf BibTex
titre
Dissolved organic matter controls of arsenic bioavailability to bacteria
auteur
Martin Pothier, Véronique Lenoble, Cédric Garnier, Benjamin Misson, Charlotte Rentmeister, Alexandre Poulain
article
Science of the Total Environment, 2020, 716, pp.137118. ⟨10.1016/j.scitotenv.2020.137118⟩
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https://hal.science/hal-03027565/file/Pothier_MS_2020.pdf BibTex
titre
A Multi-Omics Analysis Suggests Links Between the Differentiated Surface Metabolome and Epiphytic Microbiota Along the Thallus of a Mediterranean Seaweed Holobiont
auteur
Benoît Paix, Nathan Carriot, Raphaëlle Barry-Martinet, Stephane Greff, Benjamin Misson, Jean-François Briand, Gérald Culioli
article
Frontiers in Microbiology, 2020, 11, pp.494. ⟨10.3389/fmicb.2020.00494⟩
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https://amu.hal.science/hal-02519482/file/fmicb-11-00494.pdf BibTex
titre
Oil spill response in mangroves: why a specific ecosystem-based management is required? The case of French Guiana – a mini-review
auteur
Philippe Cuny, Ronan Jezequel, Emma Michaud, Léa Sylvi, Franck Gilbert, Maud Fiard, C. Chevalier, Valérie Morel, Cécile Militon
article
Vie et Milieu / Life & Environment, 2020, 70 (3-4), pp.69-76
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https://hal.science/hal-03425384/file/Cuny_28108.pdf BibTex
titre
Oxygen and light determine the pathways of nitrate reduction in a highly saline lake
auteur
Nicolás Valiente, Franz Jirsa, Thomas Hein, Wolfgang Wanek, Patricia Bonin, Juan José Gómez-Alday
article
Biogeosciences, 2020, ⟨10.5194/bg-2020-20⟩
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https://amu.hal.science/hal-03022672/file/bg-2020-20.pdf BibTex
titre
Production of Current by Syntrophy Between Exoelectrogenic and Fermentative Hyperthermophilic Microorganisms in Heterotrophic Biofilm from a Deep-Sea Hydrothermal Chimney
auteur
Guillaume Pillot, Sylvain Davidson, Richard Auria, Yannick Combet-Blanc, Anne Godfroy, Pierre-Pol Liebgott
article
Microbial ecology, 2020, 79 (1), pp.38-49. ⟨10.1007/s00248-019-01381-z⟩
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https://hal.science/hal-02962527/file/Pillot%20et%20al.%202020%20preprint%20ME.pdf BibTex
titre
Stress factors resulting from the Arctic vernal sea-ice melt: Impact on the viability of bacterial communities associated with sympagic algae
auteur
Rémi Amiraux, Christopher Burot, Patricia Bonin, Guillaume Massé, Sophie Guasco, Marcel Babin, Frederic Vaultier, Jean-Francois Rontani
article
Elementa: Science of the Anthropocene, In press, 8, ⟨10.1525/elementa.076⟩
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https://hal.science/hal-03020051/file/Elementa190076.pdf BibTex
titre
Have decades of abiotic studies in sediments been misinterpreted?
auteur
N. Layglon, Benjamin Misson, Stéphane Mounier, Véronique Lenoble, Dario Omanović, Cédric Garnier
article
Science of the Total Environment, 2020, 707, pp.135949. ⟨10.1016/j.scitotenv.2019.135949⟩
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https://hal.science/hal-02409414/file/Layglon_Azide_Hal.pdf BibTex
titre
Desulfobotulus mexicanus sp. nov., a novel sulfate-reducing bacterium isolated from the sediment of an alkaline crater lake in Mexico
auteur
Maria Fernanda Pérez-Bernal, Elcia Margareth Souza Brito, Manon Bartoli, Johanne Aubé, Bernard Ollivier, Remy Guyoneaud, Agnès Hirschler-Réa
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2020, 70 (5), pp.3219-3225. ⟨10.1099/ijsem.0.004159⟩
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titre
Towards the development of ecosystem-based indicators of mangroves functioning state in the context of the EU water framework directive
auteur
Guillaume Dirberg, Geneviève Barnaud, Olivier Brivois, Pierre Caessteker, Marie-Christine Cormier-Salem, Philippe Cuny, Maud Fiard, François Fromard, Franck Gilbert, Sandrine Grouard, Daniel Guiral, Cédric Hubas, Daniel Imbert, Dominique Lamy, Tarik Meziane, Emma Michaud, Claire Michelet, Cécile Militon, Alain Pibot, Christophe Proisy, Tony Robinet, Thomas Stieglitz, Léa Sylvi, F Taureau, Hélène Udo, Romain Walcker, Daniela Zeppilli, Olivier Monnier
article
Vie et Milieu / Life & Environment, 2020, 70 (3-4), pp.303-310
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https://hal.science/hal-03495716/file/Dirberg_28161.pdf BibTex
titre
Anaerohalosphaera lusitana gen. nov., sp. nov., and Limihaloglobus sulfuriphilus gen. nov., sp. nov., isolated from solar saltern sediments, and proposal of Anaerohalosphaeraceae fam. nov. within the order Sedimentisphaerales
auteur
Nathalie Pradel, Marie-Laure Fardeau, Brian Tindall, Stefan Spring
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, In press, ⟨10.1099/ijsem.0.003919⟩
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titre
Reviews and syntheses: Bacterial bioluminescence – ecology and impact in the biological carbon pump
auteur
Lisa Tanet, Severine Martini, Laurie Casalot, Christian Tamburini
article
Biogeosciences, 2020, 17 (14), pp.3757-3778. ⟨10.5194/bg-17-3757-2020⟩
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https://hal.science/hal-02901948/file/bg-17-3757-2020.pdf BibTex
titre
Iron corrosion induced by the hyperthermophilic sulfate-reducing archaeon Archaeoglobus fulgidus at 70°C
auteur
Oulfat Amin Ali, Emmanuel Aragon, Armand Fahs, Sylvain Davidson, Bernard Ollivier, Agnès Hirschler-Réa
article
International Biodeterioration and Biodegradation, 2020, 154, pp.105056. ⟨10.1016/j.ibiod.2020.105056⟩
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https://hal.science/hal-03181343/file/Amin%20Ali%20et%20al%202020.pdf BibTex
titre
Comparative Genomics Unveils Regionalized Evolution of the Faustovirus Genomes
auteur
Khalil Geballa-Koukoulas, Hadjer Boudjemaa, Julien Andreani, Bernard Scola, Guillaume Blanc
article
Viruses, 2020, 12 (5), pp.577. ⟨10.3390/v12050577⟩
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https://hal.science/hal-02639526/file/viruses-12-00577-v2.pdf BibTex

Conference papers

titre
Oil Spill response in mangroves: why a specific Ecosystem-based Management is required?
auteur
Philippe Cuny, Ronan Jézéquel, Emma Michaud, Lea Sylvi, Cécile Militon
article
International Workshop on Ecosystem-based Management, Feb 2020, Marseille, France
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Book sections

titre
Un risque littoral avéré non représenté : la pollution par les hydrocarbures pétroliers
auteur
Cristele Chevalier, Philippe Cuny, Valérie Morel
article
Atlas critique de la Guyane, , pp.302-303, 2020, 978-2-271-13213-0
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Preprints, Working Papers, ...

titre
Electrotrophy as potential primary metabolism for colonization of conductive surfaces in deep-sea hydrothermal chimneys
auteur
Guillaume Pillot, Sylvain Davidson, Laetitia Shintu, Oulfat Amin, Anne Godfroy, Yannick Combet-Blanc, Patricia Bonin, Pierre-Pol Liebgott
article
2020
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https://amu.hal.science/hal-03022667/file/2020.11.11.377697.full.pdf BibTex
titre
On the barium-oxygen consumption relationship in the Mediterranean Sea: implications for mesopelagic marine snow remineralisation
auteur
Stéphanie Jacquet, Dominique Lefèvre, Christian Tamburini, Marc Garel, Frédéric A.C. Le Moigne, Nagib Bhairy, Marie Roumagnac, Sophie Guasco
article
2020
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titre
Particulate biogenic barium tracer of mesopelagic carbon remineralization in the Mediterranean Sea (PEACETIME project)
auteur
Stéphanie Jacquet, Christian Tamburini, Marc Garel, Aurélie Dufour, France van Wambeke, Frédéric A.C. Le Moigne, Nagib Bhairy, Sophie Guasco
article
2020
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2019

Journal articles

titre
The lichen symbiosis re-viewed through the genomes of Cladonia grayi and its algal partner Asterochloris glomerata
auteur
Daniele Armaleo, Olaf Müller, François Lutzoni, Guillaume Blanc, Helge B Bode, Frank R Collart, Francesco Dal Grande, Fred Dietrich, Igor V Grigoriev, Suzanne Joneson, Alan Kuo, Peter Gorm Larsen, John M Logsdon, David López, Francis Martin, Susan P May, Tami R Mcdonald, Sabeeha S Merchant, Vivian Miao, Emmanuelle Morin, Ryoko Oono, Matteo Pellegrini, Nimrod Rubinstein, Maria Virginia Sanchez-Puerta, Elizabeth Savelkoul, Imke Schmitt, Jason C Slot, Darren Soanes, Péter Szövényi, Nicholas J Talbot, Claire Veneault-Fourrey, Basil B Xavier
article
BMC Genomics, 2019, 20 (1), pp.605. ⟨10.1186/s12864-019-5629-x⟩
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https://hal.science/hal-02192633/file/Armaleo_et_al-2019-BMC_Genomics.pdf BibTex
titre
Microbial abundance, activity and population genomic profiling with mOTUs2
auteur
Alessio Milanese, Daniel Mende, Lucas Paoli, Guillem Salazar, Hans-Joachim Ruscheweyh, Miguelangel Cuenca, Pascal Hingamp, Renato Alves, Paul Costea, Luis Pedro Coelho, Thomas Schmidt, Alexandre Almeida, Alex Mitchell, Robert Finn, Jaime Huerta-Cepas, Peer Bork, Georg Zeller, Shinichi Sunagawa
article
Nature Communications, 2019, 10 (1), ⟨10.1038/s41467-019-08844-4⟩
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https://hal.science/hal-02281129/file/s41467-019-08844-4.pdf BibTex
titre
Metabolomic and proteomic changes induced by growth inhibitory concentrations of copper in the biofilm-forming marine bacterium Pseudoalteromonas lipolytica
auteur
Laurie Favre, Annick Ortalo-Magné, Lionel Kerloch, Carole Pichereaux, Benjamin Misson, Jean-François Briand, Cédric Garnier, Gérald Culioli
article
Metallomics, 2019, 11 (11), pp.1887-1899. ⟨10.1039/C9MT00184K⟩
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https://univ-tln.hal.science/hal-02435001/file/preprint.pdf.pdf BibTex
titre
Gene Expression Changes and Community Turnover Differentially Shape the Global Ocean Metatranscriptome
auteur
Guillem Salazar, Lucas Paoli, Adriana A. Alberti, Jaime Huerta-Cepas, Hans-Joachim Ruscheweyh, Miguelangel Cuenca, Christopher Field, Luis Pedro Coelho, Corinne Cruaud, Stefan Engelen, Ann Gregory, Karine Labadie, Claudie Marec, Eric Pelletier, Marta Royo-Llonch, Simon Roux, Pablo Sánchez, Hideya Uehara, Ahmed Zayed, Georg Zeller, Margaux Carmichael, Céline Dimier, Joannie Ferland, Stefanie Kandels, Marc Picheral, Sergey Pisarev, Julie Poulain, Silvia Acinas, Marcel Babin, Peer Bork, Emmanuel Boss, Chris Bowler, Guy Cochrane, Colomban de Vargas, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Lionel Guidi, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Olivier Jaillon, Stefanie Kandels-Lewis, Lee Karp-Boss, Eric Karsenti, Fabrice Not, Hiroyuki Ogata, Stephane Pesant, Nicole Poulton, Jeroen Raes, Christian Sardet, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Matthew Sullivan, Shinichi Sunagawa, Patrick Wincker
article
Cell, 2019, 179 (5), pp.1068-1083.e21. ⟨10.1016/j.cell.2019.10.014⟩
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BibTex
titre
Direct and indirect impact of the bacterial strain Pseudomonas aeruginosa on the dissolution of synthetic Fe(III)- and Fe(II)-bearing basaltic glasses
auteur
Anne Perez, Stéphanie Rossano, Nicolas Trcera, Aurélie Verney-Carron, Céline Rommevaux, Chloé Fourdrin, Ana Carolina Agnello, David Huguenot, François Guyot
article
Chemical Geology, 2019, 523, pp.9-18. ⟨10.1016/j.chemgeo.2019.05.033⟩
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https://hal.science/hal-02359923/file/Perezetal_ChemGeol2019.pdf BibTex
titre
Shear Stress as a Major Driver of Marine Biofilm Communities in the NW Mediterranean Sea
auteur
Elisa C P Catão, Thomas Pollet, Benjamin Misson, Cédric Garnier, Jean-François Ghiglione, Raphaëlle Barry-Martinet, Marine Maintenay, Christine Bressy, Jean-François Briand
article
Frontiers in Microbiology, 2019, ⟨10.3389/fmicb.2019.01768⟩
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https://univ-tln.hal.science/hal-02269986/file/17.Shear%20stress%20as%20a%20major%20driver%20of%20marine%20biofilm%20communities..._Catao%20et%20al.%202019.pdf BibTex
titre
Effects of catchment area and nutrient deposition regime on phytoplankton functionality in alpine lakes
auteur
Coralie Jacquemin, Céline Bertrand, Evelyne Franquet, Stéphane Mounier, Benjamin Misson, Benjamin Oursel, Laurent Cavalli
article
Science of the Total Environment, 2019, 674, pp.114-127. ⟨10.1016/j.scitotenv.2019.04.117⟩
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https://hal.science/hal-02176058/file/Jacquemin_2019_Main_text%20%281%29.pdf BibTex
titre
Nervous-Like Circuits in the Ribosome Facts, Hypotheses and Perspectives
auteur
Y. Timsit, Daniel Bennequin
article
International Journal of Molecular Sciences, 2019, ⟨10.3390/ijms20122911⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02390099/file/ijms-20-02911.pdf BibTex
titre
Prokaryote Communities at Active Chimney and In-Situ Colonization Devices after a Magmatic Degassing Event (37°N MAR, EMSO-Azores Deep-Sea Observatory)
auteur
Céline Rommevaux, Pauline A Henri, Jefferson Degboe, Valérie Chavagnac, Françoise A Lesongeur, Anne A Godfroy, Cédric Boulart, Christine Destrigneville, Alain Castillo
article
Geochemistry, Geophysics, Geosystems, 2019, ⟨10.1029/2018GC008107⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://amu.hal.science/hal-02142449/file/Rommevaux_G3_2019.pdf BibTex
titre
New High-Tech Flexible Networks for the Monitoring of Deep-Sea Ecosystems
auteur
Jacopo Aguzzi, Damianos Chatzievangelou, Simone Marini, Emanuela Fanelli, Roberto Danovaro, Sascha Flögel, Nadine Lebris, Francis Juanes, Fabio de Leo, Joaquin del Rio, Laurenz Thomsen, Corrado Costa, Giorgio Riccobene, Christian Tamburini, Dominique Lefèvre, Carl Gojak, Pierre-Marie Poulain, Paolo Favali, Annalisa Griffa, Autun Purser, Danelle Cline, Duane Edgington, Joan Navarro, Sergio Stefanni, Steve D’hondt, Imants Priede, Rodney Rountree, Joan Company
article
Environmental Science and Technology, 2019, 53 (12), pp.6616-6631. ⟨10.1021/acs.est.9b00409⟩
Accès au bibtex
https://arxiv.org/pdf/2201.05644 BibTex
titre
Seasonal and plant-part isotopic and biochemical variation in Posidonia oceanica
auteur
Pierre Cresson, Charles-François Boudouresque, Sandrine Ruitton, Laurie Casalot, Marc Verlaque, Mireille Harmelin-Vivien
article
Mediterranean Marine Science, 2019, 20 (2), pp.357. ⟨10.12681/mms.18660⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://amu.hal.science/hal-02458445/file/Cresson%20et%20al-2019-Med%20Mar%20Sc-Posidonia%20IS%20Bioch.pdf BibTex
titre
Dissecting the membrane lipid binding properties and lipase activity of Mycobacterium tuberculosis LipY domains
auteur
Pierre Santucci, Nabil Smichi, Sadia Diomandé, Isabelle Poncin, Vanessa Point, Hélène Gaussier, Jean-François Cavalier, Laurent Kremer, Stéphane Canaan
article
FEBS Journal, 2019, ⟨10.1111/febs.14864⟩
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https://amu.hal.science/hal-02137694/file/Santucci%20et%20al.%20FEBS-HAL.pdf BibTex
titre
Impact of sterilization methods on dissolved trace metals concentrations in complex natural samples: optimization of UV irradiation
auteur
Sandrine Chifflet, Marianne Quemeneur, Aude Barani, Bernard Angeletti, Morgane Didry, Gérald Grégori, Nathalie Pradel
article
MethodsX, 2019, 6, pp.1133-1146. ⟨10.1016/j.mex.2019.04.020⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://amu.hal.science/hal-02128494/file/Chifflet_all_2019.pdf BibTex
titre
Community‐Level Responses to Iron Availability in Open Ocean Plankton Ecosystems
auteur
Luigi Caputi, Quentin Carradec, Damien Eveillard, Amos Kirilovsky, Eric Pelletier, Juan Pierella Karlusich, Fabio Rocha Jimenez Vieira, Emilie Villar, Samuel Chaffron, Shruti Malviya, Eleonora Scalco, Silvia G Acinas, Adriana A. Alberti, Jean Marc Aury, Anne-Sophie Benoiston, Alexis Bertrand, Tristan Biard, Lucie Bittner, Martine Boccara, Jennifer R. Brum, Christophe Brunet, Greta Busseni, Anna Carratalà, Hervé Claustre, Luis Pedro Coelho, Sébastien Colin, Salvatore d'Aniello, Corinne da Silva, Marianna del Core, Hugo Doré, Stéphane Gasparini, Florian Kokoszka, Jean-Louis Jamet, Christophe D Lejeusne, Cyrille Lepoivre, Magali Lescot, Gipsi Lima-Mendez, Fabien Lombard, Julius Lukeš, Nicolas Maillet, Mohammed-Amin Madoui, Elodie Martinez, Maria Grazia Mazzocchi, Mario B Néou, Javier Paz-Yepes, Julie Poulain, Simon Ramondenc, Jean-Baptiste Romagnan, Simon Roux, Daniela Salvagio Manta, Remo Sanges, Sabrina Speich, Mario Sprovieri, Shinichi Sunagawa, Vincent Taillandier, Atsuko Tanaka, Leila Tirichine, Camille Trottier, Julia Uitz, Alaguraj Veluchamy, Jana Veselá, Flora Vincent, Sheree Yau, Stefanie Kandels-Lewis, Sarah Searson, Céline Dimier, Marc Picheral, Peer Bork, Emmanuel Boss, Colomban de Vargas, Michael Follows, Nigel Grimsley, Lionel Guidi, Pascal Hingamp, Eric Karsenti, Paolo Sordino, Lars Stemmann, Matthew B. Sullivan, Alessandro Tagliabue, Adriana Zingone, Laurence Garczarek, Fabrizio d'Ortenzio, Pierre Testor, Fabrice Not, Maurizio Ribera d'Alcalà, Patrick Wincker, Gabriel Gorsky, Olivier Jaillon, Lee Karp-Boss, Uros Krzic, Hiroyuki Ogata, Stéphane Pesant, Jeroen Raes, Emmanuel G Reynaud, Christian Sardet, Mike Sieracki, Didier Velayoudon, Jean Weissenbach, Chris Bowler, Daniele Iudicone
article
Global Biogeochemical Cycles, 2019, 33 (3), pp.391-419. ⟨10.1029/2018GB006022⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02999805/file/2018GB006022.pdf BibTex
titre
Bacterial Bioluminescence: Light Emission in Photobacterium phosphoreum Is Not Under Quorum-Sensing Control
auteur
Lisa Tanet, Christian Tamburini, Chloé Baumas, Marc Garel, Gwenola Simon, Laurie Casalot
article
Frontiers in Microbiology, 2019, 10, ⟨10.3389/fmicb.2019.00365⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02055577/file/fmicb-10-00365.pdf BibTex
titre
Changes in Bacterioplankton Communities Resulting From Direct and Indirect Interactions With Trace Metal Gradients in an Urbanized Marine Coastal Area
auteur
Clément Coclet, Cédric Garnier, Gaël Durrieu, Dario Omanović, Sébastien d'Onofrio, Christophe Le Poupon, Jean-Ulrich Mullot, Jean-François Briand, Benjamin Misson
article
Frontiers in Microbiology, 2019, 10, ⟨10.3389/fmicb.2019.00257⟩
Accès au texte intégral et bibtex
https://hal.science/hal-02049263/file/fmicb-10-00257.pdf BibTex
titre
The bacterial MrpORP is a novel Mrp/NBP35 protein involved in iron-sulfur biogenesis
auteur
Romain Pardoux, Anouchka Fiévet, Cíntia Carreira, Céline Brochier-Armanet, Odile Valette, Zorah Dermoun, Beatrice Py, Alain Dolla, Sofia Pauleta, Corinne Aubert
article
Scientific Reports, 2019, 9 (1), pp.360-373. ⟨10.1038/s41598-018-37021-8⟩
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https://amu.hal.science/hal-02186929/file/pardoux_scirep.pdf BibTex
titre
Growth of an anaerobic sulfate-reducing bacterium sustained by oxygen respiratory energy conservation after O 2 -driven experimental evolution
auteur
Marine Schoeffler, Anne-Laure Gaudin, Fanny Ramel, Odile Valette, Yann Denis, Wagdi Ben Hania, Agnès Hirschler-Réa, Alain Dolla
article
Environmental Microbiology, 2019, ⟨10.1111/1462-2920.14466⟩
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https://hal.science/hal-01976026/file/Schoeffler_et_al-2018-Environmental_Microbiology-hal.pdf BibTex
titre
Genus Paludifilum
auteur
Marie-Laure Fardeau, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2019, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01628⟩
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https://hal.science/hal-02883924/file/Paludifilum-gbm01628.pdf BibTex
titre
Minimum Information about an Uncultivated Virus Genome (MIUViG)
auteur
Simon Roux, Evelien M. Adriaenssens, Bas E. Dutilh, Eugene V. Koonin, Andrew M. Kropinski, Mart Krupovic, Jens H. Kuhn, Rob Lavigne, J. Rodney Brister, Arvind Varsani, Clara Amid, Ramy K. Aziz, Seth R. Bordenstein, Peer Bork, Mya Breitbart, Guy R. Cochrane, Rebecca A. Daly, Christelle Desnues, Melissa B. Duhaime, Joanne B. Emerson, François Enault, Jed A. Fuhrman, Pascal Hingamp, Philip Hugenholtz, Bonnie L. Hurwitz, Natalia N. Ivanova, Jessica M. Labonté, Kyung-Bum Lee, Rex R. Malmstrom, Manuel Martinez-Garcia, Ilene Karsch Mizrachi, Hiroyuki Ogata, David Páez-Espino, Marie-Agnès Petit, Catherine Putonti, Thomas Rattei, Alejandro Reyes, Francisco Rodriguez-Valera, Karyna Rosario, Lynn Schriml, Frederik Schulz, Grieg F. Steward, Matthew B. Sullivan, Shinichi Sunagawa, Curtis A. Suttle, Ben Temperton, Susannah G. Tringe, Rebecca Vega Thurber, Nicole S. Webster, Katrine L. Whiteson, Steven W. Wilhelm, K. Eric Wommack, Tanja Woyke, Kelly C. Wrighton, Pelin Yilmaz, Takashi Yoshida, Mark J. Young, Natalya Yutin, Lisa Zeigler Allen, Nikos C. Kyrpides, Emiley A. Eloe-Fadrosh
article
Nature Biotechnology, 2019, 37 (1), pp.29-37. ⟨10.1038/nbt.4306⟩
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https://pasteur.hal.science/pasteur-01977322/file/nbt.4306.pdf BibTex
titre
Modicisalibacter
auteur
Ben-Ali-Gam Zouhair, Laurie Casalot, Marc Labat
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2019, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01717⟩
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titre
Dynamics of trace metals in a shallow coastal ecosystem : insights from the Gulf of Gabès (southern Mediterranean Sea)
auteur
Sandrine Chifflet, Marc Tedetti, Hana Zouch, Rania Fourati, Hatem Zaghden, Boubaker Elleuch, Marianne Quemeneur, Fatma Karray, Sami Sayadi
article
Aims Environmental Science, 2019, 6 (4), pp.277-297. ⟨10.3934/environsci.2019.4.277⟩
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https://hal.science/hal-02184270/file/Chifflet%20et%20al%202019%20-%20AIMS.pdf BibTex
titre
Evidence of high N2 fixation rates in the temperate northeast Atlantic
auteur
Debany Fonseca-Batista, Xuefeng Li, Virginie Riou, Valerie Michotey, Florian Deman, François Fripiat, Sophie Guasco, Natacha Brion, Nolwenn Lemaitre, Manon Tonnard, Morgane Gallinari, Hélène Planquette, Frédéric Planchon, Géraldine Sarthou, Marc Elskens, Julie Laroche, Lei Chou, Frank Dehairs
article
Biogeosciences, 2019, 16 (5), pp.999-1017. ⟨10.5194/bg-16-999-2019⟩
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https://amu.hal.science/hal-02066554/file/bg-16-999-2019.pdf BibTex
titre
Methanocalculus
auteur
Marie-Laure Fardeau, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2019, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00512.pub2⟩
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https://hal.science/hal-02883889/file/Methanocalculus-gbm00512.pdf BibTex
titre
Hydrostatic Pressure Helps to Cultivate an Original Anaerobic Bacterium From the Atlantis Massif Subseafloor (IODP Expedition 357): Petrocella atlantisensis gen. nov. sp. nov.
auteur
Marianne Quéméneur, Gaël Erauso, Eléonore E Frouin, Emna Zeghal, Céline Vandecasteele, Bernard Ollivier, Christian Tamburini, Marc Garel, Bénédicte Ménez, Anne Postec
article
Frontiers in Microbiology, 2019, 10, pp.1497. ⟨10.3389/fmicb.2019.01497⟩
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https://hal.science/hal-02297216/file/fmicb-10-01497.pdf BibTex
titre
Microbial and chemical investigation of 2000 m deep Triassic rock (Meuse/Haute Marne, France)
auteur
Vanessa Leblanc, Jennifer Hellal, Marie Laure Fardeau, Saber Khelaifia, Claire Sergeant, Françis Garrido, Bernard Ollivier, Catherine Joulian
article
Geosciences, 2019, 9 (1), pp.3. ⟨10.3390/geosciences9010003⟩
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https://hal.in2p3.fr/in2p3-02362139/file/geosciences-09-00003.pdf BibTex
titre
Fonticella
auteur
Marie Laure Fardeau, Anne Postec, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2019, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01633⟩
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BibTex
titre
Anaerosalibacter
auteur
Marie Laure Fardeau, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2019, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01397⟩
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titre
Towards Integrating Evolution, Metabolism, and Climate Change Studies of Marine Ecosystems
auteur
Federico Baltar, Barbara Bayer, Nina Bednarsek, Stacy Deppeler, Ruben Escribano, Carolina Gonzalez, Roberta Hansman, Rajani Kanta Mishra, Mary Ann Moran, Daniel Repeta, Carol Robinson, Eva Sintes, Christian Tamburini, Luis Valentin, Gerhard Herndl
article
Trends in Ecology & Evolution, 2019, 34 (11), pp.1022-1033. ⟨10.1016/J.TREE.2019.07.003⟩
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https://hal.science/hal-02989907/file/1-s2.0-S0169534719301934-main.pdf BibTex
titre
Pressure-Retaining Sampler and High-Pressure Systems to Study Deep-Sea Microbes Under in situ Conditions
auteur
Marc Garel, Patricia Bonin, Severine Martini, Sophie Guasco, Marie Roumagnac, Nagib Bhairy, Fabrice Armougom, Christian Tamburini
article
Frontiers in Microbiology, 2019, 10, pp.453. ⟨10.3389/fmicb.2019.00453⟩
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https://hal.science/hal-02094373/file/Garel_etal_2019.pdf BibTex
titre
Enhancement of biotic degradation of terrestrial particulate organic matter in an estuarine salinity gradient: Interactive effects of organic matter pools and changes of bacterial communities.
auteur
Patricia Bonin, Anne-Hélène Prime, Mairie-Aimée Galeron, Sophie Guasco, Jean-Francois Rontani
article
Aquatic Microbial Ecology, 2019, 83, pp.147 - 159. ⟨10.3354/ame01908⟩
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https://hal.science/hal-03019979/file/depot%20hal.pdf BibTex
titre
Crassaminicella
auteur
Gregoire Gales, Anne Postec, Jean Luc Cayol
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2019, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01636⟩
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Conference papers

titre
Ecological gradients as an evolutionary opportunity for Mediterranean biodiversity
auteur
Bruno Fady, Marc Bally, Alberte Bondeau, Francois Carlotti, Anne Chenuil, Wolfgang Cramer, Jean-Pierre Féral, Thierry Gauquelin, Anne-Christine Monnet, Séverine Thomas, France van Wambeke, D. Aurelle
article
OTMED Final Conference - What kind of environmental transition for the mediterranean region?, Oct 2019, Marseille, France
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Book sections

titre
Eau et Santé
auteur
Isabelle C. Biegala, Yann Barguil, Chollet Stéphane, Bétrancourt Jérôme, Saume, Karine
article
Au Fil de l'eau CRESICA, 2019
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https://ird.hal.science/ird-03759278/file/Biegala%20et%20al.%202019%20Eau%20et%20Sant%C3%A9%20Chp%20Book%20in%20Au%20fil%20de%20l%27eau%20CRESICA%20PUNC.pdf BibTex
titre
Prendre les cyanobactéries sur le fait
auteur
Isabelle C. Biegala
article
Sabrié, Marie-Lise (dir.), Mourier, Thomas (dir.), Lavagne, Corinne (dir.). Science et développement durable : 75 ans de recherche au Sud, IRD, pp.115, 2019
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https://ird.hal.science/ird-03759273/file/Biegala%20et%20al.%202019%20Prendre%20les%20cyanobact%C3%A9ries%20sur%20le%20fait%3B%20in%20Science%20et%20d%C3%A9veloppement%20durable%2C%2075%20ans%20de%20recherche%20au%20sud.pdf BibTex

Books

titre
Science et développement durable : 75 ans de recherche au Sud
auteur
Isabelle Guérin, François Roubaud, Christophe Z. Guilmoto, Mireille Razafindrakoto, Marc Pilon, Isabelle Léglise, Pierre-Yves Le Meur, Fatoumata Ouattara, Christian Seignobos, Pierre Chauveau, Eric Léonard, Dominique Guillaud, Alain Froment, Nelly Robin, Michel Agier, Sophie Bava, Annabel Desgrées Du Loû, Flore Gubert, Eric Delaporte, Gonzague Jourdain, Alexandre Dumont, Serge S. Trèche, Jacques Berger, Pierre Traissac, Valérie Delaunay, Vincent Robert, Frédéric Darriet, Cheikh Sokhna, Michel Cot, Martine Peeters, Eric M. Leroy, Alice Desclaux, Marc Hougard, Didier Paugy, Michel Boussinesq, Philippe Solano, Dorothée Missé, Louis-Clément Gouagna, Jean Lemesre, Anne-Laure Bañuls, Christophe E. Menkès, Morgan Mangeas, Benjamin Sultan, Thomas Condom, Marie Gosset, Serge Janicot, Jean Nocquet, Luc Le Pennec, Sébastien Hardy, Philippe Charvis, Yann Hello, Emmanuel Bonnet, Emilie Strady, David E Point, Bernard Ollivier, Isabelle C. Biegala, Christian Feller, Christian Valentin, Eric Giraud, Eric Blanchart, Pierre Montoroi, Philippe Cecchi, Jean Albergel, Jean-Michel Vouillamoz, Vincent Simonneaux, Gil Boulet, Thierry Ruf, Geneviève Michon, Jean-Baptiste Boutrais, Laure Emperaire, Robin Duponnois, Philippe Boulanger, Eugénie Hébrard, Valerie Verdier, Boris Szurek, Bruno Le Ru, Paul-André Calatayud, Olivier O. Dangles, Frédérique Aberlenc, Sevastianos Roussos, Gauthier G. Dobigny, Marc Legendre, Daniel Gaertner, Pierre Chavance, Pascal Bach, Arnaud Bertrand, Jérôme Vialard, Jacques Merle, Bruno Voituriez, Bernard Bourlès, Pierrick Penven, Gil Mahe, Thierry Lebel, Luc Descroix, Pierre Chevallier, Stéphane Calmant, Bruno Turcq, Adrien Favreau, Jean-Louis Rajot, Raphaël Pelissier, Philippe Cury, Riccardo Rodolfo-Metalpa, Hervé De Tricornot, Frédéric Simard, Jean-François Etard, Bernard Taverne, Florence Fournet, Alexis Drogoul, Marc Souris, Monique Simier, Marie Bonnin, Alain Ghesquière, Serge Hamon, Yves Vigouroux, Sophie Gonzalez, Jean-François Molino, Geneviève Bourdy, Christian Moretti, Pierre Ottino Garanger, Francisco Valdez, Benoît Antheaume, Nicolas Gratiot, Philippe Lavigne Delville, Yves Goudineau, Marie-Lise Sabrié, Thomas Mourier, Lavagne, Corinne, Viviane Thivent
article
IRD, pp.224, 2019, 978-2-7099-2737-6
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2018

Journal articles

titre
Effect of acidic industrial efluent release on microbial diversity and trace metal dynamics during resuspension of coastal sediment
auteur
Hana Zouch, Léa Cabrol, Marc Tedetti, Sandrine Chifflet, Fatma Karray, Hatem Zaghden, Sami Sayadi, Marianne Quemeneur
article
Frontiers in Microbiology, 2018, 9, ⟨10.3389/fmicb.2018.03103⟩
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https://hal.science/hal-01976501/file/Zouch_Frontiers_2018.pdf BibTex
titre
Pleomorphochaeta naphthae sp. nov., a new anaerobic fermentative bacterium isolated from an oil field
auteur
Boussad Arroua, Régis Grimaud, Agnès Hirschler-Réa, Patrick Bouriat, Michel Magot, Laurent Urios, Anthony Ranchou-Peyruse
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2018, 68 (12), pp.3747-3753. ⟨10.1099/ijsem.0.003048⟩
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titre
Single-cell genomics of multiple uncultured stramenopiles reveals underestimated functional diversity across oceans
auteur
Yoann Seeleuthner, Samuel Mondy, Vincent Lombard, Quentin Carradec, Eric Pelletier, Marc Wessner, Jade Leconte, Jean-François Mangot, Julie Poulain, Karine Labadie, Ramiro Logares, Shinichi Sunagawa, Véronique de Berardinis, Marcel Salanoubat, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Sarah Searson, Stéphane Pesant, Nicole Poulton, Ramunas Stepanauskas, Peer Bork, Chris Bowler, Pascal Hingamp, Matthew B. Sullivan, Daniele Iudicone, Ramon Massana, Jean-Marc Aury, Bernard Henrissat, Eric Karsenti, Olivier Jaillon, Mike Sieracki, Colomban de Vargas, Patrick Wincker, Silvia G. Acinas, Emmanuel Boss, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Nigel Grimsley, Lee Karp-Boss, Uros Krzic, Fabrice Not, Jeroen Raes, Emmanuel G. Reynaud, Christian Sardet, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Jean Weissenbach, Didier Velayoudon
article
Nature Communications, 2018, 9, pp.310. ⟨10.1038/s41467-017-02235-3⟩
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https://hal.science/hal-01771839/file/2018_%20Seeleuthner_Nature%20Communications_1.pdf BibTex
titre
A global ocean atlas of eukaryotic genes
auteur
Quentin Carradec, Eric Pelletier, Corinne da Silva, Adriana A. Alberti, Yoann Seeleuthner, Romain Blanc-Mathieu, Gipsi Lima-Mendez, Fabio Rocha, Leila Tirichine, Karine Labadie, Amos Kirilovsky, Alexis Bertrand, Stefan Engelen, Mohammed-Amin Madoui, Raphaël Méheust, Julie Poulain, Sarah Romac, Daniel Richter, Genki Yoshikawa, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Sarah Searson, Olivier Jaillon, Jean-Marc Aury, Eric Karsenti, Matthew Sullivan, Shinichi Sunagawa, Peer Bork, Fabrice Not, Pascal Hingamp, Jeroen J. Raes, Lionel Guidi, Hiroyuki Ogata, Colomban de Vargas, Daniele Iudicone, Chris Bowler, Patrick Wincker, Jean Weissenbach
article
Nature Communications, 2018, 9 (1), pp.373. ⟨10.1038/s41467-017-02342-1⟩
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https://cea.hal.science/cea-01874711/file/1471.pdf BibTex
titre
Magmatism, serpentinization and life: Insights through drilling the Atlantis Massif (IODP Expedition 357)
auteur
Gretchen Früh-Green, Beth Orcutt, Stéphane Rouméjon, Marvin Lilley, Yuki Morono, Carol Cotterill, Sophie Green, Javier Escartin, Barbara John, Andrew Mccaig, Mathilde Cannat, Bénédicte Ménez, Esther Schwarzenbach, Morgan Williams, Morgan Morgan, Susan Lang, Matthew Schrenk, William Brazelton, Norikatsu Akizawa, Chiara Boschi, Kristina G Dunkel, Marianne Quemeneur, Scott Whattam, Lisa Mayhew, Michelle Harris, Gaye Bayrakci, Jan-Hinrich Behrmann, Emilio Herrero-Bervera, Kirsten Hesse, Hai-Quan Liu, Amila Sandaruwan Ratnayake, Katrina Twing, Dominique Weis, Rui Zhao, Laura Bilenker
article
Lithos, 2018, 323, pp.137-155. ⟨10.1016/j.lithos.2018.09.012⟩
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https://amu.hal.science/hal-02024193/file/LITHOS7055_Revised_1.pdf BibTex
titre
Sporosalibacterium
auteur
Marie Laure Fardeau, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2018, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01447⟩
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BibTex
titre
Bacterial diversity obtained by culturable approaches in the gut of Glossina pallidipes population from a non sleeping sickness focus in Tanzania: preliminary results
auteur
Imna Malele, Hamis Nyingilili, Eugen Lyaruu, Marc Tauzin, Bernard Ollivier, Jean-Luc Cayol, Marie-Laure Fardeau, Anne Geiger
article
BMC Microbiology, 2018, 18 (S1), pp.811-823. ⟨10.1186/s12866-018-1288-3⟩
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https://hal.science/hal-02053582/file/12866_2018_Article_1288.pdf BibTex
titre
Towards a congruent reclassification and nomenclature of the thermophilic species of the genus Pseudothermotoga within the order Thermotogales
auteur
Hassiba Belahbib, Zarath Summers, Marie-Laure Fardeau, Manon Joseph, Christian Tamburini, Alain Dolla, Bernard Ollivier, Fabrice Armougom
article
Systematic and Applied Microbiology, 2018, 41 (6), pp.555-563. ⟨10.1016/J.SYAPM.2018.04.007⟩
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https://hal.science/hal-01975970/file/hassiba-1et%20al%202018.pdf BibTex
titre
Fate of petroleum hydrocarbons in bioturbated pristine sediments from Caleta Valdés (Patagonia Argentina): An ex situ bioassay
auteur
Julieta Sturla Lompré, Marina Nievas, Marcos Franco, Vincent Grossi, Agustina Ferrando, Cécile Militon, Franck Gilbert, Philippe Cuny, Georges Stora, Marcela Sepúlveda, José Luis Esteves, Marta Commendatore
article
Ecotoxicology and Environmental Safety, 2018, 162, pp.673-682. ⟨10.1016/j.ecoenv.2018.06.069⟩
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https://hal.science/hal-02095651/file/SturlaLompre_23645.pdf BibTex
titre
Degenerate PCR Primers to Reveal the Diversity of Giant Viruses in Coastal Waters
auteur
Yanze Li, Pascal Hingamp, Hiroyasu Watai, Hisashi Endo, Takashi Yoshida, Hiroyuki Ogata
article
Viruses, 2018, 10 (9), pp.496. ⟨10.3390/v10090496⟩
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https://hal.science/hal-01874850/file/viruses-10-00496-v2.pdf BibTex
titre
Abundance and diversity of prokaryotes in ephemeral hypersaline lake Chott El Jerid using Illumina Miseq sequencing, DGGE and qPCR assays
auteur
Manel Ben Abdallah, Fatma Karray, Najwa Kallel, Fabrice Armougom, Najla Mhiri, Marianne Quemeneur, Jean-Luc Cayol, Gaël Erauso, Sami Sayadi
article
Extremophiles, 2018, 22 (5), pp.811-823. ⟨10.1007/s00792-018-1040-9⟩
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BibTex
titre
Exploring the microbiome of the “star” freshwater diatom Asterionella formosa in a laboratory context
auteur
Kojadinovic-Sirinelli Mila, Villain Adrien, Puppo Carine, Fon Sing Sophie, Prioretti Laura, Hubert Pierre, Gérald Grégori, Zhang Yizhi, Sassi Jean-François, Jean-Michel Claverie, Guillaume Blanc, Brigitte Gontero
article
Environmental Microbiology, 2018, 20 (10), pp.3601-3615. ⟨10.1111/1462-2920.14337⟩
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BibTex
titre
The nature of electron acceptor (MnIV/NO3) triggers differential expression of genes associated with stress and ammonium limitation responses in Shewanella algae C6G3
auteur
Axel Aigle, Patricia Bonin, Nicolas Fernandez -Nunez, Béatrice B. Loriod, Sophie Guasco, Aurélie Bergon, Fabrice Armougom, Chantal Iobbi-Nivol, Jean Imbert, Valerie Michotey
article
FEMS Microbiology Letters, In press, ⟨10.1093/femsle/fny068⟩
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https://amu.hal.science/hal-01766209/file/Aigle%20et%20al%20Fems%202018.pdf BibTex
titre
Specific enrichment of hyperthermophilic electroactive Archaea from deep-sea hydrothermal vent on electrically conductive support
auteur
Guillaume Pillot, Eléonore E Frouin, Emilie Pasero, Anne Godfroy, Yannick Combet-Blanc, Sylvain Davidson, Pierre-Pol Liebgott
article
Bioresource Technology, 2018, 259, pp.304-311. ⟨10.1016/j.biortech.2018.03.053⟩
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https://amu.hal.science/hal-02049432/file/10.1016%2540j.biortech.2018.03.053.pdf BibTex
titre
Prokaryotic community successions and interactions in marine biofilms: the key role of Flavobacteriia
auteur
Thomas Pollet, Lyria Berdjeb, Cédric Garnier, Gaël Durrieu, Christophe Le Poupon, Benjamin Misson, Jean-François Briand
article
FEMS Microbiology Ecology, 2018, 94 (6), ⟨10.1093/femsec/fiy083⟩
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https://amu.hal.science/hal-02024255/file/Pollet%20et%20al_preprint_HAL.pdf BibTex
titre
Salinity shifts in marine sediment: Importance of number of fluctuation rather than their intensities on bacterial denitrifying community
auteur
Imen Zaghmouri, Valerie Michotey, Fabrice Armougom, Sophie Guasco, Patricia Bonin
article
Marine Pollution Bulletin, 2018, 130, pp.76 - 83. ⟨10.1016/j.marpolbul.2018.03.020⟩
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https://amu.hal.science/hal-01735881/file/Zaghmouri%20et%20al-pagination.pdf BibTex
titre
Trace metal contamination as a toxic and structuring factor impacting ultraphytoplankton communities in a multicontaminated Mediterranean coastal area
auteur
Clément Coclet, Cédric Garnier, Floriane Delpy, Dominique Jamet, Gaël Durrieu, Christophe Le Poupon, Marie Mayer, Benjamin Misson
article
Progress in Oceanography, 2018, 163, pp.196 - 213. ⟨10.1016/j.pocean.2017.06.006⟩
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BibTex
titre
Biodegradation of Emiliania huxleyi aggregates by a natural Mediterranean prokaryotic community under increasing hydrostatic pressure
auteur
Virginie Riou, Julien Para, Marc Garel, Catherine Guigue, Badr Al Ali, Chiara Santinelli, Dominique Lefèvre, Jean-Pierre Gattuso, Madeleine Goutx, Stephanie Jacquet, Frédéric A.C. Le Moigne, K. Tachikawa, Christian Tamburini
article
Progress in Oceanography, 2018, 163, pp.271-281. ⟨10.1016/j.pocean.2017.01.005⟩
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https://hal.science/hal-01975994/file/Riou_etal_2017_Proof.pdf BibTex
titre
Characterization of Desulfovibrio salinus sp. nov., a slightly halophilic sulfate-reducing bacterium isolated from a saline lake in Tunisia
auteur
Zouhaier Ben Ali Gam, Abdoulaye Thioye, Jean-Luc Cayol, Manon Bartoli, Guy Fauque, Marc Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2018, 68 (3), pp.715-720. ⟨10.1099/ijsem.0.002567⟩
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https://amu.hal.science/hal-01981629/file/715_ijsem002567.pdf BibTex
titre
IR spectroscopy analysis of pancreatic lipase-related protein 2 interaction with phospholipids: 2. Discriminative recognition of various micellar systems and characterization of PLRP2-DPPC-bile salt complexes
auteur
Eduardo Mateos-Diaz, Priscila Sutto-Ortiz, Moulay Sahaka, Deborah Byrne, Hélène Gaussier, Frédéric Carrière
article
Chemistry and Physics of Lipids, 2018, 211, pp.66-76. ⟨10.1016/j.chemphyslip.2017.11.012⟩
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BibTex
titre
IR spectroscopy analysis of pancreatic lipase-related protein 2 interaction with phospholipids: 1. Discriminative recognition of mixed micelles versus liposomes
auteur
Eduardo Mateos-Diaz, Jean-Claude Bakala N’goma, Deborah Byrne, Sylvie Robert, Frédéric Carrière, Hélène Gaussier
article
Chemistry and Physics of Lipids, 2018, 211, pp.52-65. ⟨10.1016/j.chemphyslip.2017.02.005⟩
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BibTex
titre
Diversity of rare and abundant prokaryotic phylotypes in the Prony hydrothermal field and comparison with other serpentinite-hosted ecosystems
auteur
Eléonore E Frouin, Méline Bes, Bernard Ollivier, Marianne Quéméneur, Anne Postec, Didier Debroas, Fabrice Armougom, Gaël Erauso
article
Frontiers in Microbiology, 2018, 9, ⟨10.3389/fmicb.2018.00102⟩
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https://hal.science/hal-01734508/file/fmicb-09-00102.pdf BibTex
titre
The Physcomitrella patens chromosome-scale assembly reveals moss genome structure and evolution
auteur
Daniel Lang, Kristian Ullrich, Florent Murat, Jörg Fuchs, Jerry Jenkins, Fabian Haas, Carl Li, Guillaume Blanc, Heidrun H. Gundlach, Michiel van Bel, Rabea Meyberg, Cristina Vives, Jordi Morata, Aikaterini Symeonidi, Manuel Hiss, Wellington Muchero, Lee Kamisugi, Omar A. Saleh, Eva Decker, Nico van Gessel, Jane Grimwood, Richard Hayes, Sean Graham, Lee Gunter, Daniel Mcdaniel, Sebastian N.W. Hoernstein, Anders Larsson, Fay-Wei Li, Pierre-François Perroud, Jeremy Phillips, Priya Ranjan, Daniel Rokshar, Carl Rothfels, Lucas Schneider, Shengqiang Shu, Dennis Stevenson, Fritz Thümmler, Michael Tillich, Juan Villarreal Aguilar, Thomas Widiez, Gane Ka-Shu Wong, Ann Wymore, Yong Zhang, Andreas Zimmer, Ralph Quatrano, Klaus F.X. Mayer, David Goodstein, Josep Casacuberta, Klaas Vandepoele, Ralf Reski, Andrew Cuming, Gerald Tuskan, Florian Maumus, Jérôme Salse, Jeremy Schmutz, Stefan Rensing
article
Plant Journal, 2018, 93 (3), pp.515 - 533. ⟨10.1111/tpj.13801⟩
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BibTex
titre
A simple gas pressure manometer for measuring hydrogen production by hydrogenogenic cultures in serum bottles
auteur
Hana Gannoun, Lamia Ben Gaida, Rafika Saidi, Baligh Miladi, Moktar Hamdi, Hassib Bouallagui, Pierre-Pol Liebgott, Richard Auria
article
Process Biochemistry, 2018, 65, pp.157-163. ⟨10.1016/j.procbio.2017.10.011⟩
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https://amu.hal.science/hal-01629103/file/Gannoun%20et%20al.%202018%20Article%20HAL.pdf BibTex
titre
Locality and diel cycling of viral production revealed by a 24 h time course cross-omics analysis in a coastal region of Japan
auteur
Takashi Yoshida, Yosuke Nishimura, Hiroyasu Watai, Nana Haruki, Daichi Morimoto, Hiroto Kaneko, Takashi Honda, Keigo Yamamoto, Pascal Hingamp, Yoshihiko Sako, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2018, ⟨10.1038/s41396-018-0052-x⟩
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https://hal.science/hal-01771838/file/s41396-018-0052-x.pdf BibTex
titre
Biohydrogen production from hyperthermophilic anaerobic digestion of fruit and vegetable wastes in seawater: Simplification of the culture medium of Thermotoga maritima
auteur
Rafika Saidi, Pierre-Pol Liebgott, Hana Gannoun, Lamia Ben Gaïda, Baligh Miladi, Moktar Hamdi, Hassib Bouallagui, Richard Auria
article
Waste Management, 2018, 71, pp.474 - 484. ⟨10.1016/j.wasman.2017.09.042⟩
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https://amu.hal.science/hal-01728309/file/Saidi%20et%20al%202018%20article%20HAL.pdf BibTex
titre
Obligate sugar oxidation in Mesotoga spp., phylum Thermotogae , in the presence of either elemental sulfur or hydrogenotrophic sulfate-reducers as electron acceptor
auteur
Khaled Fadhlaoui, Wagdi Ben Hania, Fabrice Armougom, Manon Joseph, Marie-Laure Fardeau, Gaël Erauso, Gael Brasseur, Corinne Aubert, Moktar Hamdi, Céline Brochier-Armanet, Alain Dolla, Bernard Ollivier
article
Environmental Microbiology, 2018, 20 (1), pp.281-292. ⟨10.1111/1462-2920.13995⟩
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https://hal.science/hal-01976008/file/Fadhlaoui_et_al-2018-Environmental_Microbiology-2018.pdf BibTex
titre
Functional characterization and FTIR-based 3D modeling of full length and truncated forms of Scorpio maurus venom phospholipase A 2
auteur
Najeh Krayem, Goetz Parsiegla, Hélène Gaussier, Hanen Louati, Raida Jallouli, Pascal Mansuelle, Frédéric Carrière, Youssef Gargouri
article
Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects, 2018, 1862 (5), pp.1247-1261. ⟨10.1016/j.bbagen.2018.02.004⟩
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https://amu.hal.science/hal-01739569/file/Krayem-BBA-2018-1862-1247-1261_PREPRINT.pdf BibTex
titre
Archaea: Microbial Candidates in Next-generation Probiotics Development
auteur
Jean-François Brugère, Wajdi Ben Hania, Marie-Edith Arnal, Céline Ribière, Nathalie Ballet, Pascal Vandeckerkove, Bernard Ollivier, Paul O’toole
article
Journal of Clinical Gastroenterology, 2018, 52, pp.S71-S73. ⟨10.1097/MCG.0000000000001043⟩
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titre
Enhancement of fermentative hydrogen production by Thermotoga maritima through hyperthermophilic anaerobic co-digestion of fruit-vegetable and fish wastes
auteur
Rafika Saidi, Pierre-Pol Liebgott, Moktar Hamdi, Richard Auria, Hassib Bouallagui
article
International Journal of Hydrogen Energy, 2018, 43 (52), pp.23168-23177. ⟨10.1016/j.ijhydene.2018.10.208⟩
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https://hal.science/hal-01976197/file/Saidi%20et%20al%202019%20article%20HAL.pdf BibTex
titre
Taxon Richness of “Megaviridae” Exceeds those of Bacteria and Archaea in the Ocean
auteur
Tomoko Mihara, Hitoshi Koyano, Pascal Hingamp, Nigel Grimsley, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata
article
Microbes and environments / JSME, 2018, 33 (2), pp.162-171. ⟨10.1264/jsme2.me17203⟩
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https://hal.science/hal-01978927/file/33_ME17203.pdf BibTex
titre
The Ocean Gene Atlas: exploring the biogeography of plankton genes online
auteur
Emilie Villar, Thomas Vannier, Caroline Vernette, Magali Lescot, Miguelangel Cuenca, Aurélien Alexandre, Paul Bachelerie, Thomas Rosnet, Eric Pelletier, Shinichi Sunagawa, Pascal Hingamp
article
Nucleic Acids Research, 2018, 46 (W1), pp.gky376. ⟨10.1093/nar/gky376⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01803597/file/gky376.pdf BibTex

Conference papers

titre
Role of microorganisms in marine mercury cycling: current knowledge and future directions
auteur
Andrea Garcia Bravo, Claudia Cosio, Léa Cabrol, Benjamin Misson, Cynthia Gilmour, Marisol Goñi, Remy Guyoneaud, Marianne Quemeneur, Lars-Eric Heimbürger-Boavida, Silvia G Acinas, Alexandre J. Poulain
article
MISTRALS Contamination & Pollution workshop, Nov 2018, Marseille, France
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titre
Climate change and the evolutionary challenge of Mediterranean biodiversity
auteur
Bruno Fady, Marc Bally, Alberte Bondeau, Francois Carlotti, Anne Chenuil, Wolfgang Cramer, J.P. Féral, Thierry Gauquelin, Anne-Christine Monnet, Séverine Thomas, France van Wambeke, D. Aurelle
article
ESEB 2018 Evolution conference Montpellier, Aug 2018, Montpellier, France. ⟨10.13140/RG.2.2.35257.62565⟩
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Book sections

titre
Importance of Prokaryotes in the Functioning and Evolution of the Present and Past Geosphere and Biosphere
auteur
Bernard Ollivier, Nina Zeyen, Grégoire Galès, Keyron Hickman-Lewis, Frédéric Gaboyer, Karim Benzerara, Frances Westall
article
Prokaryotes and Evolution, Springer International Publishing, pp.57-129, 2018, 978-3-319-99782-7. ⟨10.1007/978-3-319-99784-1_3⟩
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titre
Evolutionary success of prokaryotes
auteur
J.C. Bertrand, P. Bonin, Bernard Ollivier, K. Alain, A. Godfroy, Nathalie Pradel, P. Normand
article
Bertrand, J.C. (ed.); Normand, P. (ed.); Ollivier, Bernard (ed.); Sime-Ngando, T. (ed.). Prokaryotes and evolution, Springer, pp.131-240, 2018, 978-3-319-99782-7. ⟨10.1007/978-3-319-99784-1_4⟩
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titre
The evolution of living beings started with prokaryotes and in interaction with prokaryotes
auteur
T. Sime-Ngando, J.C. Bertrand, Didier Bogusz, J.F. Brugère, Claudine Franche, Marie-Laure Fardeau, Emilie Froussart, Anne Geiger, Maria Soledad Goñi Urriza, Bernard Ollivier, P. O'Toole
article
Bertrand, J.C. (ed.); Normand, P. (ed.); Ollivier, Bernard (ed.); Sime-Ngando (ed.). Prokaryotes and evolution, Springer, p. 241-338, 2018, 978-3-319-99782-7
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titre
Recherche à long terme, outils et formations pour structurer la recherche
auteur
Suzie Beaurune, Veronique Berteaux-Lecellier, Isabelle C. Biegala
article
Livre blanc de la recherche en appui au développement de la province des îles Loyauté, , 2018
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https://ird.hal.science/ird-03759286/file/Beaurune%20et%20al.%202018%20Book%20Chp%20in%20Livre%20blanc%20de%20la%20recherche%20en%20appui%20au%20d%C3%A9veloppement%20de%20la%20province%20des%20%C3%AEles%20Loyaut%C3%A9.pdf BibTex
titre
Gestion de l'environnement
auteur
Abdelghani Moulay, Veronique Berteaux-Lecellier, Isabelle C. Biegala, Philippe Birnbaum, Fabrice Colin
article
Livre blanc de la recherche, en appui au développement de la province des îles Loyauté : synthèses issues du séminaire « Quelles recherches pour le développement en province des îles Loyauté ? » organisé à Lifou (11 au 13 octobre 2017), 2018
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https://ird.hal.science/ird-03759290/file/Moulay%20et%20al.%202018%20Book%20Chp%20in%20Livre%20blanc%20de%20la%20recherche%20en%20appui%20au%20d%C3%A9veloppement%20de%20la%20province%20des%20%C3%AEles%20Loyaut%C3%A9.pdf BibTex
titre
Prokaryote/eukaryote dichotomy and bacteria/archaea/eukarya domains : two inseparable concepts
auteur
Jean-Claude Bertrand, Pierre Caumette, P. Normand, Bernard Ollivier, T. Sime-Ngando
article
Bertrand, J.C. (ed.); Normand, P. (ed.); Ollivier, Bernard (ed.); Sime-Ngando, T. (ed.). Prokaryotes and evolution, Springer, p. 1-21, 2018, 978-3-319-99782-7. ⟨10.1007/978-3-319-99784-1_1⟩
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Books

titre
Prokaryotes and evolution
auteur
J.C. Bertrand, P. Normand, Bernard Ollivier, T. Sime Ngando
article
Springer, 396 p., 2018, 978-3-319-99782-7. ⟨10.1007/978-3-319-99784-1⟩
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Poster communications

titre
Climate change and the evolutionary challenge of Mediterranean biodiversity
auteur
Bruno Fady, Alberte Bondeau, Marc Bally, Wolfgang Cramer, Thierry Gauquelin, Jean-Pierre Féral, Anne-Christine Monnet, Séverine Thomas, France van Wambeke, Anne Chenuil, Didier Aurelle
article
2. Joint Congress on Evolutionary Biology (EVOLUTION 2018), Aug 2018, Montpellier, France. 2018
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https://hal.inrae.fr/hal-02737804/file/2018_Fady_EvolMontp2018_Climate_Change_Mediterranean_Gradients_1.pdf BibTex

2017

Journal articles

titre
Genome Sequence of Piezophilic Bacterium Desulfovibrio profundus Strain 500-1, Isolated from a Deep Sediment Layer in the Japan Sea
auteur
Stéphanie Fouteau, Thomas Guerin, Ghislaine Magdelenat, Marie Roumagnac, Manon Bartoli, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Valérie Barbe, Nathalie Pradel
article
Genome Announcements, 2017, 5 (44), ⟨10.1128/genomeA.01181-17⟩
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https://amu.hal.science/hal-01728313/file/Genome%20Announc.-2017-Fouteau-.pdf BibTex
titre
Desulfovibrio senegalensis sp. nov., a mesophilic sulfate reducer isolated from marine sediment
auteur
Abdoulaye Thioye, Zouhaier Ben Ali Gam, Malick Mbengue, Jean-Luc Cayol, Manon Bartoli, Coumba Touré-Kane, Marc Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2017, 67 (9), pp.3162 - 3166. ⟨10.1099/ijsem.0.001997⟩
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titre
Microbial Diversity in Sulfate-Reducing Marine Sediment Enrichment Cultures Associated with Anaerobic Biotransformation of Coastal Stockpiled Phosphogypsum (Sfax, Tunisia)
auteur
Hana Zouch, Fatma Karray, Fabrice Armougom, Sandrine Chifflet, Agnès Hirschler-Réa, Hanen Kharrat, Lotfi Kamoun, Wajdi Ben Hania, Bernard Ollivier, Sami Sayadi, Marianne Quéméneur
article
Frontiers in Microbiology, 2017, 8, pp.1583 ⟨10.3389/fmicb.2017.01583⟩
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https://amu.hal.science/hal-01622007/file/fmicb-08-01583.pdf BibTex
titre
Viral to metazoan marine plankton nucleotide sequences from the Tara Oceans expedition
auteur
Adriana A. Alberti, Julie Poulain, Stefan Engelen, Karine Labadie, Sarah Romac, Isabel Ferrera, Guillaume Albini, Jean-Marc Aury, Caroline Belser, Alexis Bertrand, Corinne Cruaud, Corinne da Silva, Carole Dossat, Frédérick F. Gavory, Shahinaz Gas, Guy Guy, Maud Haquelle, E'Krame Jacoby, Olivier Jaillon, Arnaud Lemainque, Eric Pelletier, Gaëlle Samson, Mark Wessner, Pascal Bazire, Odette Beluche, Laurie Bertrand, Marielle Besnard-Gonnet, Isabelle Bordelais, Magali Boutard, Maria Dubois, Corinne Dumont, Evelyne Ettedgui, Patricia Fernandez, Espérance Garcia, Nathalie Aiach, Thomas Guerin, Chadia Hamon, Élodie Brun, Sandrine Lebled, Patricia Lenoble, Claudine Louesse, Eric Mahieu, Barbara Mairey, Nathalie Martins, Catherine Megret, Claire Milani, Jacqueline Muanga, Céline Orvain, Emilie Payen, Peggy Perroud, Emmanuel Petit, Dominique Robert, Murielle Ronsin, Benoit Vacherie, Silvia G. Acinas, Marta Royo-Llonch, Francisco Cornejo-Castillo, Ramiro Logares, Beatriz Fernández-Gómez, Chris Bowler, Guy Cochrane, Clara Amid, Petra Ten Hoopen, Colomban de Vargas, Nigel Grimsley, Elodie Desgranges, Stefanie Kandels-Lewis, Hiroyuki Ogata, Nicole Poulton, Michael E. Sieracki, Ramunas Stepanauskas, Matthew Sullivan, Jennifer Brum, Melissa Duhaime, Bonnie Poulos, Bonnie Hurwitz, Peer Bork, Emmanuel Boss, Michael Follows, Gabriel Gorsky, Pascal Hingamp, Daniele Iudicone, Lee Karp-Boss, Eric Karsenti, Fabrice Not, Stéphane Pesant, Jeroen Raes, Christian Sardet, Sabrina Speich, Lars Stemmann, Shinichi Sunagawa, Patrick Wincker
article
Scientific Data , 2017, 4, ⟨10.1038/sdata.2017.93⟩
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https://hal.science/hal-01771844/file/sdata201793.pdf BibTex
titre
Monitoring photo-oxidative and salinity-induced bacterial stress in the Canadian Arctic using specific lipid tracers
auteur
Remi Amiraux, Simon Belt, Frederic Vaultier, Virginie Galindo, Michel Gosselin, Patricia Bonin, Jean-Francois Rontani
article
Marine Chemistry, 2017, 194, pp.89-99. ⟨10.1016/j.marchem.2017.05.006⟩
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BibTex
titre
Rapid Characterization of Microcystin-Producing Cyanobacteria in Freshwater Lakes by TSA-FISH (Tyramid Signal Amplification-Fluorescent In Situ Hybridization)
auteur
Luc Brient, Nihel Ben Gamra, Marine Periot, Marie Roumagnac, Perrine Zeller, Myriam Bormans, Annick Mejean, Olivier Ploux, Isabelle C. Biegala
article
Frontiers in Environmental Science, 2017, 5, pp.43. ⟨10.3389/fenvs.2017.00043⟩
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https://univ-rennes.hal.science/hal-01580363/file/Brient%20-%20Rapid%20Characterization.pdf BibTex
titre
Regional and local environmental conditions do not shape the response to warming of a marine habitat-forming species
auteur
Carolina Crisci, J. -B. Ledoux, K. Mokhtar-Jamai, Marc Bally, N. Bensoussan, D. Aurelle, E. Cebrian, R. Coma, Jean-Pierre Féral, Marie La Riviere, C. Linares, P. Lopez-Sendino, C. Marschal, M. Ribes, N. Teixido, Frederic Zuberer, J. Garrabou
article
Scientific Reports, 2017, 7 (1), pp.5069. ⟨10.1038/s41598-017-05220-4⟩
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https://hal.science/hal-01591643/file/s41598-017-05220-4.pdf BibTex
titre
Comparative Genomics of Chrysochromulina Ericina Virus and Other Microalga-Infecting Large DNA Viruses Highlights Their Intricate Evolutionary Relationship with the Established Mimiviridae Family
auteur
Lucie Gallot-Lavallée, Guillaume Blanc, Jean-Michel Claverie
article
Journal of Virology, 2017, 91 (14), pp.230 - 247. ⟨10.1128/JVI.00230-17⟩
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https://amu.hal.science/hal-01622036/file/J.%20Virol.-2017-Gallot-Lavall%C3%A9e-.pdf BibTex
titre
Transfer of Pseudomonas pictorum Gray and Thornton 1928 to genus Stenotrophomonas as Stenotrophomonas pictorum comb. nov., and emended description of the genus Stenotrophomonas
auteur
Aboubakar Sidiki Ouattara, Jean Le Mer, Manon Joseph, Hervé Macarie
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2017, 67 (6), pp.1894 - 1900. ⟨10.1099/ijsem.0.001880⟩
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https://ird.hal.science/ird-01563113/file/Stenotrophomonas%20pictorum%20-%20Ouattara%20et%20al.%202016%20full%20paper%20for%20HAL%20with%20SI.pdf BibTex
titre
Specificity Re-evaluation of Oligonucleotide Probes for the Detection of Marine Picoplankton by Tyramide Signal Amplification-Fluorescent In Situ Hybridization
auteur
Virginie Riou, Marine Periot, Isabelle C. Biegala
article
Frontiers in Microbiology, 2017, 8, pp.854 ⟨10.3389/fmicb.2017.00854⟩
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https://amu.hal.science/hal-01621990/file/fmicb-08-00854.pdf BibTex
titre
Characterization of recombinant Trypanosoma brucei gambiense Translationally Controlled Tumor Protein (r Tbg TCTP) and its interaction with Glossina midgut bacteria
auteur
Géraldine Bossard, Manon Bartoli, Marie-Laure Fardeau, Philippe P. Holzmuller, Bernard Ollivier, Anne Geiger
article
Gut microbes, 2017, 8 (5), pp.413 - 427. ⟨10.1080/19490976.2017.1331833⟩
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https://amu.hal.science/hal-01621726/file/bossard_gutmicrobes_2018_1.pdf BibTex
titre
Desulfobulbus aggregans sp. nov., a Novel Sulfate Reducing Bacterium Isolated from Marine Sediment from the Gulf of Gabes
auteur
Hanen Kharrat, Fatma Karray, Manon Bartoli, Wajdi Ben Hania, Najla Mhiri, Marie-Laure Fardeau, Feten Bennour, Lotfi Kamoun, Didier Alazard, Sami Sayadi
article
Current Microbiology, 2017, 74 (4), pp.449 - 454. ⟨10.1007/s00284-017-1211-4⟩
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BibTex
titre
Physiological and transcriptional approaches reveal connection between nitrogen and manganese cycles in Shewanella algae C6G3
auteur
Axel Aigle, Patricia Bonin, Chantal Iobbi-Nivol, Vincent Méjean, Valerie Michotey
article
Scientific Reports, 2017, Scientific Reports 7, 7, ⟨10.1038/srep44725⟩
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https://amu.hal.science/hal-01493279/file/01493279%20srep44725.pdf BibTex
titre
Environmental Viral Genomes Shed New Light on Virus-Host Interactions in the Ocean
auteur
Yosuke Nishimura, Hiroyasu Watai, Takashi Honda, Tomoko Mihara, Kimiho Omae, Simon Roux, Romain Blanc-Mathieu, Keigo Yamamoto, Pascal Hingamp, Yoshihiko Sako, Matthew Sullivan, Susumu Goto, Hiroyuki Ogata, Takashi Yoshida
article
MSphere, 2017, 2 (2), ⟨10.1128/mSphere.00359-16⟩
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https://hal.science/hal-01771841/file/e00359-16.full.pdf BibTex
titre
Characterization of the first cultured representative of a Bacteroidetes clade specialized on the scavenging of cyanobacteria
auteur
Wajdi Ben Hania, Manon Bartoli, Boyke Bunk, Cathrin Sproer, Hans-Peter Klenk, Marie-Laure Fardeau, Stefan Spring
article
Environmental Microbiology, 2017, 19 (3), pp.1134 - 1148. ⟨10.1111/1462-2920.13639⟩
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https://amu.hal.science/hal-01621708/file/1462-2920.13639.pdf BibTex
titre
Complete mitochondrial genome sequence of the freshwater diatom Asterionella formosa
auteur
Adrien Villain, Mila Kojadinovic, Carine Puppo, Laura Prioretti, Pierre Hubert, Gérald Grégori, Alain Roulet, Céline Roques, Jean-Michel Claverie, Brigitte Gontero, Guillaume Blanc, Yizhi Zhang
article
Mitochondrial DNA Part B Resources, 2017, 2 (1), pp.97 - 98. ⟨10.1080/23802359.2017.1285210⟩
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https://amu.hal.science/hal-01760365/file/01534501Complete%20mitochondrial.pdf BibTex
titre
Inhibitory effects of sodium azide on microbial growth in experimental resuspension of marine sediment
auteur
Léa Cabrol, Marianne Quemeneur, Benjamin Misson
article
Journal of Microbiological Methods, 2017, 133, pp.62 - 65. ⟨10.1016/j.mimet.2016.12.021⟩
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https://ird.hal.science/ird-01647866/file/12.Inhibitory%20effects%20of%20sodium%20azide_Cabrol%20et%20al.%202017.pdf BibTex
titre
Mineralizing Filamentous Bacteria from the Prony Bay Hydrothermal Field Give New Insights into the Functioning of Serpentinization-Based Subseafloor Ecosystems
auteur
Céline E Pisapia, Emmanuelle E Gérard, Martine Gérard, Léna Lecourt, Susan Q. Lang, Bernard E Pelletier, Claude Payri, Christophe Monnin, Linda Guentas, Anne Postec, Marianne Q Quéméneur, Gaël Erauso, Bénédicte Ménez
article
Frontiers in Microbiology, 2017, 8, pp.57. ⟨10.3389/fmicb.2017.00057⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01484419/file/fmicb-08-00057.pdf BibTex
titre
Stacked search for time shifted high energy neutrinos from gamma ray bursts with the Antares neutrino telescope
auteur
S. Adrián-Martínez, A. Albert, M. Andre, M. Anghinolfi, G. Anton, M. Ardid, J. Aubert, B. Baret, J. Barrios-Marti, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, R. Bormuth, C. Bouwhuis, R. Bruijn, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, J. Carr, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, I. Dekeyser, A. Deschamps, G. de Bonis, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, D. Drouhin, A. Dumas, T. Eberl, D. Elsässer, A. Enzenhöfer, K. Fehn, I. Felis, P. Fermani, F. Folger, A. Fusco, S. Galatà, P. Gay, S. Geisselsöder, K. Geyer, V. Giordano, A. Gleixner, R. Gracia-Ruiz, K. Graf, S. Hallmann, H. van Haren, J. Heijboer, Y. Hello, J. Hernández-Rey, J. Hössl, J. Hofestädt, C. Hugon, C. James, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, U. Katz, D. Kiessling, P. Kooijman, A. Kouchner, M. Kreter, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, Dominique Lefèvre, E. Leonora, S. Loucatos, M. Marcelin, A. Margiotta, A. Marinelli, J. Martínez-Mora, A. Mathieu, T. Michael, P. Migliozzi, A. Moussa, C. Müller, E. Nezri, E. Păvălaş, C. Pellegrino, C. Perrina, P. Piattelli, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, G. Riccobene, R. Richter, K. Roensch, M. Saldaña, D. Samtleben, A. Sanchez-Losa, M. Sanguineti, P. Sapienza, J. Schmid, J. Schnabel, F. Schüssler, T. Seitz, C. Sieger, M. Spurio, J. Steijger, Th. Stolarczyk, M. Taiuti, Christian Tamburini, A. Trovato, M. Tselengidou, C. Tönnis, B. Vallage, C. Vallee, V. van Elewyck, E. Visser, D. Vivolo, S. Wagner, J. Wilms, J. Zornoza, J. Zúñiga
article
European Physical Journal C: Particles and Fields, 2017, C77 (1), pp.20. ⟨10.1140/epjc/s10052-016-4496-8⟩
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https://amu.hal.science/hal-01621701/file/1608.08840.pdf BibTex
titre
A Glimpse of Nucleo-Cytoplasmic Large DNA Virus Biodiversity through the Eukaryotic Genomics Window
auteur
Lucie Gallot-Lavallée, Guillaume Blanc
article
Viruses, 2017, 9 (1), ⟨10.3390/v9010017⟩
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https://amu.hal.science/hal-01622035/file/viruses-09-00017.pdf BibTex
titre
Objection to the proposition of the new genus Abyssivirga
auteur
Anne Postec, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2017, 67 (1), pp.174. ⟨10.1099/ijsem.0.001601⟩
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https://amu.hal.science/hal-01622044/file/174_ijsem001601.pdf BibTex
titre
Defluviitalea
auteur
Marie Laure Fardeau, Anne Postec, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2017, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01386⟩
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BibTex
titre
Defluviitaleaceae
auteur
Marie-Laure Fardeau, Anne Postec, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2017, ⟨10.1002/9781118960608.fbm00280⟩
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https://hal.science/hal-02884206/file/Family%20Defluviitaleaceae%20%281%29.pdf BibTex
titre
Desulfonatronum parangueonense sp. nov., a sulfate-reducing bacterium isolated from sediment of an alkaline crater lake
auteur
M.F. Pérez Bernal, Elcia Margareth Souza Brito, Manon Bartoli, Johanne Aubé, Marie-Laure Fardeau, G.C. Rodriguez, B. Ollivier, Remy Guyoneaud, Agnès Hirschler-Réa
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2017, 67 (12), pp.4999-5005. ⟨10.1099/ijsem.0.002399⟩
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BibTex
titre
Deep sediment resuspension and thick nepheloid layer generation by open-ocean convection
auteur
Xavier Durrieu de Madron, S. Ramondenc, L. Berline, Loïc Houpert, Anthony Bosse, S. Martini, L. Guidi, Pascal Conan, C. Curtil, N. Delsaut, S. Kunesch, J.F. Ghiglione, Patrick Marsaleix, M. Pujo-Pay, T. Séverin, Pierre Testor, Christian Tamburini
article
J.Geophys.Res.Oceans, 2017, 122 (3), pp.2291-2318. ⟨10.1002/2016jc012062⟩
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https://hal.in2p3.fr/in2p3-01489691/file/2016JC012062.pdf BibTex

Conference papers

titre
Assessment of oil weathering and impact in mangrove ecosystem: PRISME Experiment.
auteur
Ronan Jézéquel, Karine Duboscq, Léa Sylvi, Emma Michaud, Lise Millera Ferriz, Enora Roic, Robert Duran, Cristiana Cravo-Laureau, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Franck Gilbert, Marc Tedetti, Cécile Militon, Philippe Cuny
article
International Oil Spill Conference Proceedings 2017, May 2017, Long Beach, United States. pp.634-656, ⟨10.7901/2169-3358-2017.1.634⟩
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BibTex

Book sections

titre
Protocols for Subtidal and Deep-Sea Benthic Oil Spill Simulations
auteur
Philippe Cuny, Vincent Grossi, Cécile Militon, Christian Tamburini, Georges Stora, Franck Gilbert
article
McGenity, Terry J., Timmis, Kenneth N., Nogales Fernández, Balbina. Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols. Meso- and Microcosms, , pp.91-102, 2017, 978-3-662-53108-2
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Other publications

titre
Specificity re-evaluation of oligonucleotidic probes for the detection of marine picoplankton by Tyramide Signal Amplification-Fluorescent in situ Hybridization
auteur
Riou Virginie, Périot Marine, Isabelle C Biegala
article
2017
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https://ird.hal.science/ird-03759311/file/Riou%20et%20al.%202017%20Suppl.pdf BibTex

2016

Journal articles

titre
Hydrogen production by the hyperthermophilic bacterium Thermotoga maritima Part II: modeling and experimental approaches for hydrogen production
auteur
Richard Auria, Céline Boileau, Sylvain Davidson, Laurence Casalot, Pierre Christen, Pierre-Pol Liebgott, Yannick Combet-Blanc
article
Biotechnology for Biofuels, 2016, 9 (1), pp.268. ⟨10.1186/s13068-016-0681-0⟩
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titre
Impact of an intense water column mixing (0-1500 m) on prokaryotic diversity and activities during an open-ocean convection event in the NW Mediterranean Sea
auteur
Tatiana Severin, Caroline Sauret, Mehdi Boutrif, Thomas Duhaut, Fayçal Kessouri, Louise Oriol, Jocelyne Caparros, Mireille Pujo-Pay, Xavier Durrieu de Madron, Marc Garel, Christian Tamburini, Pascal Conan, Jean-François Ghiglione
article
Environmental Microbiology, 2016, 18 (12), pp.4378 - 4390. ⟨10.1111/1462-2920.13324⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01480373/file/emi13324.pdf BibTex
titre
Hydrogen production by the hyperthermophilic bacterium Thermotoga maritima part I: effects of sulfured nutriments, with thiosulfate as model, on hydrogen production and growth
auteur
Celine Boileau, Richard Auria, Sylvain Davidson, Laurence Casalot, Pierre Christen, Pierre-Pol Liebgott, Yannick Combet-Blanc
article
Biotechnology for Biofuels, 2016, 9, ⟨10.1186/s13068-016-0678-8⟩
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https://hal.science/hal-01443237/file/13068_2016_Article_678.pdf BibTex
titre
The chimeric nature of the genomes of marine magnetotactic coccoid-ovoid bacteria defines a novel group of Proteobacteria.
auteur
Boyang Ji, Sheng-Da Zhang, Wei-Jia Zhang, Zoe Rouy, François Alberto, Claire-Lise Santini, Sophie Mangenot, Séverine Gagnot, Nadège Philippe, Nathalie Pradel, Lichen Zhang, Sébastien Tempel, Ying Li, Claudine Médigue, Bernard Henrissat, Pedro M Coutinho, Valérie Barbe, Emmanuel Talla, Long-Fei Wu
article
Environmental Microbiology, 2016, pp.doi: 10.1111/1462-2920.13637. ⟨10.1111/1462-2920.13637⟩
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titre
Desulfotomaculum aquiferis sp nov and Desulfotomaculum profundi sp nov., isolated from a deep natural gas storage aquifer
auteur
Sabrina Berlendis, Magali Ranchou-Peyruse, Marie-Laure Fardeau, Jean-Francois Lascourreges, Manon Joseph, Bernard Ollivier, Thomas Auello, David Dequidt, Michel Magot, Anthony Ranchou-Peyruse
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2016, 66 (11), pp.4329-4338. ⟨10.1099/ijsem.0.001352⟩
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titre
Serpentinicella alkaliphila gen. nov., sp. nov., a novel alkaliphilic anaerobic bacterium isolated from the serpentinite-hosted Prony hydrothermal field, New Caledonia.
auteur
Nan Mei, Anne Postec, Gaël Erauso, Manon Bartoli, Bernard Pelletier, Claude Payri, Bernard Ollivier, Marianne Quemeneur
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2016, 66 (11), pp.4464-4470. ⟨10.1099/ijsem.0.001375⟩
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titre
Balneicella halophila gen. nov., sp nov., an anaerobic bacterium, isolated from a thermal spring and description of Balneicellaceae fam. nov.
auteur
Khaled Fadhlaoui, Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2016, 66 (11), pp.4692-4696. ⟨10.1099/ijsem.0.001412⟩
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titre
Fluorescence insitu hybridization of Microcystis strains producing microcystin using specific mRNA probes
auteur
P. Zeller, A. Mejean, Isabelle C. Biegala, V. Contremoulins, O. Ploux
article
Letters in Applied Microbiology, 2016, 63 (5), pp.376-383. ⟨10.1111/lam.12634⟩
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titre
The impact of long-term hydrocarbon exposure on the structure, activity, and biogeochemical functioning of microbial mats
auteur
Johanne Aubé, Pavel Senin, Olivier Pringault, Patricia Bonin, Bruno Deflandre, Olivier Bouchez, Noëlle Bru, Edurne Biritxinaga-Etchart, Christophe C. Klopp, Remy Guyoneaud, Marisol Goñi
article
Marine Pollution Bulletin, 2016, 111 (1-2), pp.115-125. ⟨10.1016/j.marpolbul.2016.07.023⟩
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Bacteria as part of bioluminescence emission at the deep ANTARES station (North-Western Mediterranean Sea) during a one-year survey
auteur
Severine Martini, Valerie Michotey, Laurie Casalot, Patricia Bonin, Sophie Guasco, Marc Garel, Christian Tamburini
article
Deep Sea Research, 2016, 116, pp.33-40. ⟨10.1016/j.dsr.2016.07.014⟩
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titre
Localization of endobacteria in the gastrodermis of a Mediterranean gorgonian coral, Paramuricea clavata, using fluorescence in situ hybridization
auteur
Marie La Rivière, Marc Garel, Marc Bally
article
Marine Biology, 2016, 163, ⟨10.1007/s00227-016-2975-y⟩
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titre
Denitrification activity in mangrove sediments varies with associated vegetation
auteur
Sheryl Oliveira Fernandes, Pinky Dutta, Maria-Judith Gonsalves, Patricia Bonin, P. A. Lokabharathi
article
Ecological Engineering, 2016, 95, pp.671-681. ⟨10.1016/j.ecoleng.2016.06.102⟩
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titre
Metatranscriptomes of oil-contaminated marine coastal sediment affected by oil addition and/or by the bioturbating activity of the marine polychaete Hediste diversicolor: Who are the microbial players?
auteur
Cécile Militon, Alexandre Atkinson, Valerie Michotey, Celine Jeziorski, Cristiana Cravo-Laureau, Robert Duran, Patricia Bonin, Philippe Cuny
article
Marine Genomics, 2016, 29, pp.55-59. ⟨10.1016/j.margen.2016.06.006⟩
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titre
Coupling of bacterial nitrification with denitrification and anammox supports N removal in intertidal sediments (Arcachon Bay, France)
auteur
Sheryl Fernandes, Cedric Javanaud, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Pierre Anschutz, Patricia Bonin
article
Estuarine, Coastal and Shelf Science, 2016, 179, pp.39-50. ⟨10.1016/j.ecss.2015.10.009⟩
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titre
Neuron-Like Networks Between Ribosomal Proteins Within the Ribosome
auteur
Olivier Poirot, Y. Timsit
article
Scientific Reports, 2016, 6 (1), ⟨10.1038/srep26485⟩
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https://hal.science/hal-01816591/file/srep26485.pdf BibTex
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Deciphering the adaptation strategies of Desulfovibrio piezophilus to hydrostatic pressure through metabolic and transcriptional analyses.
auteur
Amira Amrani, Jacques van Helden, Aurélie Bergon, Aicha Aouane, Wajdi Ben Hania, Christian Tamburini, Béatrice Loriod, Jean Imbert, Bernard Ollivier, Nathalie Pradel, Alain Dolla
article
Environmental Microbiology Reports, 2016, 8 (4), pp.520-6. ⟨10.1111/1758-2229.12427⟩
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Genomic and physiological analysis reveals versatile metabolic capacity of deep-sea Photobacterium phosphoreum ANT-2200.
auteur
Sheng-Da Zhang, Claire-Lise Santini, Wei-Jia Zhang, Valérie Barbe, Sophie Mangenot, Charlotte Guyomar, Marc Garel, Hai-Tao Chen, Xue-Gong Li, Qun-Jian Yin, Yuan Zhao, J. Armengaud, Jean-Charles Gaillard, Severine Martini, Nathalie Pradel, Claude Vidaud, François Alberto, Claudine Médigue, Christian Tamburini, Long-Fei Wu
article
Extremophiles life under extreme conditions, 2016, 20 (3), pp.301-10. ⟨10.1007/s00792-016-0822-1⟩
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titre
Novel serine keratinase from Caldicoprobacter algeriensis exhibiting outstanding hide dehairing abilities.
auteur
Khelifa Bouacem, Amel Bouanane-Darenfed, Nadia Zaraî Jaouadi, Manon Bartoli, Hocine Hacene, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau, Samir Bejar, Bassem Jaouadi
article
International Journal of Biological Macromolecules, 2016, 86, pp.321-8. ⟨10.1016/j.ijbiomac.2016.01.074⟩
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titre
Novel species and expanded distribution of ellipsoidal multicellular magnetotactic prokaryotes
auteur
Yi-Ran Chen, Wen-Yan Zhang, Ke Zhou, Hong-Miao Pan, Hai-Jian Du, Cong Xu, Jian-Hong Xu, Nathalie Pradel, Claire-Lise Santini, Jin-Hua Li, Hui Huang, Yong-Xin Pan, Tian Xiao, Long-Fei Wu
article
Environmental Microbiology Reports, 2016, 8 (2), pp.218--226. ⟨10.1111/1758-2229.12371⟩
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titre
Oil removal and effects of spilled oil on active microbial communities in close to salt-saturation brines.
auteur
Yannick Corsellis, Marc M Krasovec, Lea Sylvi, Philippe Cuny, Cécile Militon
article
Extremophiles, 2016, pp.26955981. ⟨10.1007/s00792-016-0818-x⟩
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titre
Preservation of ancestral Cretaceous microflora recovered from a hypersaline oil reservoir
auteur
Gregoire Gales, Nicolas Tsesmetzis, Isabel Neria, Didier Alazard, Stéphanie Coulon, Bart P. Lomans, Dominique Morin, Bernard Ollivier, Jean Borgomano, Catherine Joulian
article
Scientific Reports, 2016, 6, ⟨10.1038/srep22960⟩
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https://hal.science/hal-01443597/file/srep22960.pdf BibTex
titre
Reclassification of Anaerobaculum mobile, Anaerobaculum thermoterrenum, Anaerobaculum hydrogeniformans as Acetomicrobium mobile comb. nov., Acetomicrobium thermoterrenum comb. nov and Acetomicrobium hydrogeniformans comb. nov., respectively, and emendation of the genus Acetomicrobium
auteur
Wajdi Ben Hania, Amel Bouanane-Darenfed, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2016, 66, pp.1506-1509. ⟨10.1099/ijsem.0.000910⟩
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titre
Analysis of a population of magnetotactic bacteria of the Gulf of Gabes, Tunisia
auteur
Nathalie Pradel, Jean-Luc Cayol, Marie-Laure Fardeau, Fatma Karray, Sami Sayadi, Didier Alazard, Bernard Ollivier
article
Environmental Science and Pollution Research, 2016, 23 (5), pp.4046-4053. ⟨10.1007/s11356-015-4314-0⟩
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titre
Prokaryotic diversity in a Tunisian hypersaline lake, Chott El Jerid
auteur
Manel Ben Abdallah, Fatma Karray, Najla Mhiri, Nan Mei, Marianne Quemeneur, Jean-Luc Cayol, Gaël Erauso, Jean-Luc Tholozan, Didier Alazard, Sami Sayadi
article
Extremophiles, 2016, 20 (2), pp.125-138. ⟨10.1007/s00792-015-0805-7⟩
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Mobilisporobacter senegalensis gen. nov., sp nov., an anaerobic bacterium isolated from tropical shea cake
auteur
Malick Mbengue, Abdoulaye Thioye, Marc Labat, Laurie Casalot, Manon Bartoli, Abdoulaye Samb, Zouhaier Ben Ali Gam
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2016, 66, pp.1383-1388. ⟨10.1099/ijsem.0.000889⟩
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titre
Plankton networks driving carbon export in the oligotrophic ocean
auteur
Lionel Guidi, Samuel Chaffron, Lucie Bittner, Damien Eveillard, Abdelhalim Larhlimi, Simon Roux, Youssef Darzi, Stéphane Audic, L. Berline, Jennifer R. Brum, Luis Pedro Coelho, Julio Cesar Ignacio Espinoza, Shruti Malviya, Shinichi Sunagawa, Céline Dimier, Stefanie Kandels-Lewis, Marc Picheral, Julie Poulain, Sarah Searson, Lars Stemmann, Fabrice Not, Pascal Hingamp, Sabrina Speich, Mick Follows, Lee Karp-Boss, Emmanuel Boss, Hiroyuki Ogata, Stephane Pesant, Jean Weissenbach, Patrick Wincker, Silvia G. Acinas, Peer Bork, Daniele Iudicone, Matthew B. Sullivan, Jeroen Raes, Eric Karsenti, Chris Bowler, Gabriel Gorsky
article
Nature, 2016, 532, pp.465-470. ⟨10.1038/nature16942⟩
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titre
Optical and X-ray early follow-up of ANTARES neutrino alerts
auteur
S. Adrián-Martínez, M. Ageron, A. Albert, Imen Al Samarai, M. André, G. Anton, M. Ardid, J. -J. Aubert, B. Baret, J. Barrios-Marti, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, C. Bogazzi, R. Bormuth, M. Bou-Cabo, M. C. Bouwhuis, R. Bruijnk, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, J. Carr, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, I. Dekeyser, Anne Deschamps, G. de Bonis, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, D. Drouhin, Alexis Dumas, T. Eberl, D. Elsasser, A. Enzenhöfer, K. Fehn, I. Feis, P. Fermani, F. Folger, L. A. Fusco, S. Galatà, P. Gay, S. Geisselsoder, K. Geyer, V. Giordano, A. Gleixner, R. Gracia-Ruiz, K. Graf, H. Van Haren, A. J. Heijboer, Y. Hello, J. J. Hernandez-Rey, A. Herrero, J. Hossl, J. Hofestadt, C. Hugon, C. W. James, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, U. Katz, D. Kiessling, P. Kooijman, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, G. Lambard, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, E. Leonora, S. Loucatos, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martinez-Mora, S. Martini, A. Mathieu, T. Michael, P. Piattelli, P. Migliozzi, A. Moussa, C. Mueller, M. Neff, E. Nezri, G. E. Pavalas, C. Pellegrino, C. Perrina, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, G. Riccobene, R. Richter, K. Roensch, A. Rostovtsev, M. Saldana, D. F. E. Samtleben, M. Sanguinetiz, P. Sapienza, J. Schmid, J. Schnabel, S. Schulte, F. Schüssler, T. Seitz, C. Sieger, M. Spurio, J. J. M. Steijger, Th. Stolarczyk, A. Sanchez-Losa, M. Taiuti, Christian Tamburini, A. Trovato, M. Tselengidou, C. Tonnis, D. Turpin, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, M. Vecchi, E. Visser, D. Vivolo, S. Wagner, J. Wilms, J. D. Zornoza, J. Zúñiga, A. Klotz, M. Boer, A. Le van Suu, C. Akerlof, W. Zheng, P. Evans, N. Gehrels, J. Kennea, J. P. Osborne, D. M. Coward, Antares Collaboration
article
Journal of Cosmology and Astroparticle Physics, 2016, 02 (2), pp.062. ⟨10.1088/1475-7516/2016/02/062⟩
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https://arxiv.org/pdf/1508.01180 BibTex
titre
Magnetotactic bacteria population in a pristine French Atlantic lagoon.
auteur
Nathalie Pradel, Maxime Fuduche, Bernard Ollivier
article
Environmental Science and Pollution Research, 2016, 23 (1), pp.691-7. ⟨10.1007/s11356-015-5322-9⟩
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titre
Thermanaeromonas burensis sp nov., a thermophilic anaerobe isolated from a subterranean clay environment
auteur
Zouhaier Ben Ali Gam, Sylvie Daumas, Laurie Casalot, Manon Bartoli, Sophia Necib, Yannick Linard, Marc Labatt
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2016, 66, pp.445-449. ⟨10.1099/ijsem.0.000739⟩
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titre
Metagenomic and PCR-Based Diversity Surveys of [FeFe]-Hydrogenases Combined with Isolation of Alkaliphilic Hydrogen-Producing Bacteria from the Serpentinite-Hosted Prony Hydrothermal Field, New Caledonia
auteur
Nan Mei, Anne R Postec, Christophe Monnin, Bernard R Pelletier, Claude Payri, Bénédicte R Ménez, Eléonore E Frouin, Bernard Ollivier, Gaël Erauso, Marianne Quéméneur
article
Frontiers in Microbiology, 2016, 7, pp.1301. ⟨10.3389/fmicb.2016.01301⟩
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https://insu.hal.science/insu-01473338/file/fmicb-07-01301-mei.pdf BibTex
titre
Genomic Insights into a new Citrobacter koseri strain revealed gene exchanges with the virulence-associated Yersinia pestis pPCP1 plasmid
auteur
Fabrice Armougom, Idir Bitam, Olivier Croce, Vicky Merhej, Lina Barassi, Ti-Thien Nguyen, Bernard La Scola, Didier Raoult
article
Frontiers in Microbiology, 2016, 7, pp.340. ⟨10.3389/fmicb.2016.00340⟩
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https://hal.science/hal-01459560/file/fmicb-07-00340.pdf BibTex
titre
Desulfotomaculum aquiferis sp. nov. and Desulfotomaculum profundi sp. nov., isolated from a deep natural gas storage aquifer
auteur
Sabrina Berlendis, Magali Ranchou-Peyruse, Marie-Laure Fardeau, Jean-François Lascourrèges, Manon Joseph, Bernard Ollivier, Thomas Aüllo, David Dequidt, Michel Magot, Anthony Ranchou-Peyruse
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2016, 66, pp.4329 - 4338. ⟨10.1099/ijsem.0.001352⟩
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titre
Bacterial community structure and functional arrA gene diversity associated with arsenic reduction and release in an industrially contaminated soil
auteur
Marianne Quéméneur, Françis Garrido, Patrick Billard, Dominique Breeze, Corinne Leyval, Michel Jauzein, Catherine Joulian
article
Geomicrobiology Journal, 2016, 33 (10), pp.839-849. ⟨10.1080/01490451.2015.1118167⟩
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BibTex
titre
Molecular microbiology methods for environmental diagnosis
auteur
Théodore Bouchez, A. L. Blieux, Samuel S. Dequiedt, Isabelle Domaizon, Alexis Dufresne, Stephanie Ferreira, Jean-Jacques Godon, Jennifer Hellal, Catherine Joulian, Achim Quaiser, Fabrice Martin-Laurent, A. Mauffret, Jean-Michel Monier, P. Peyret, P. Schmitt-Koplin, Olivier Sibourg, E. d'Oiron, Antonio Bispo, I. Deportes, C. Grand, Philippe Cuny, Pierre-Alain Maron, Lionel Ranjard
article
Environmental Chemistry Letters, 2016, 14 (4), pp.423--441. ⟨10.1007/s10311-016-0581-3⟩
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titre
Importance of N2-Fixation on the Productivity at the North-Western Azores Current/Front System, and the Abundance of Diazotrophic Unicellular Cyanobacteria
auteur
Virginie Riou, Debany Fonseca-Batista, Arnout Roukaerts, Isabelle C. Biegala, Shree Ram Prakya, Clara Magalhães Loureiro, Mariana Santos, Angel Muniz-Piniella, Mara Schmiing, Marc Elskens, Natacha Brion, M. Ana Martins, Frank Dehairs
article
PLoS ONE, 2016, 11 (3), pp.015082. ⟨10.1371/journal.pone.0150827⟩
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Conference papers

titre
Fate and Impact of Oil in Mangrove Ecosystem PRISME Experiment
auteur
Ronan Jézéquel, Karine Duboscq, Lea Sylvi, Emma Michaud, Lise Millera Ferriz, Robert Duran, Cristiana Cravo-Laureau, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Gilbert Franck, Marc Tedetti, Cécile Militon, Philippe Cuny
article
AMOP Technical Seminar, Environment and Climate Change Canada, Ottawa, ON, 2016., Jun 2016, Halifax, Canada
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titre
Microbiology of shallow subsurface aquifer and carbonate rocks studied by culture-dependent and culture-independent methods. Preliminary results on an underground laboratory, the LSBB, Rustrel, France
auteur
Gregoire Gales, Gaël Erauso, Jean-Luc Cayol, David Navarro, Daniel Boyer, Gilles Micolau
article
6. International Conference on Inter-Disciplinary Underground Science and Technology (-DUST), Jun 2016, Avignon, France. pp.5, ⟨10.1051/e3sconf/20161205002⟩
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titre
Life in deep subsurface
auteur
Gregoire Gales, Gaël Erauso
article
I-DUST 2016 - INTER-DISCIPLINARY UNDERGROUND SCIENCE & TECHNOLOGY, 2016, Unknown, Unknown Region. ⟨10.1051/e3sconf/20161205001⟩
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Poster communications

titre
Contribution of Chlorophyta and non-chlorophyta to the picoeukaryotic community in the Gulf of Gabès (Eastern Mediterranean Sea)
auteur
Amel Bellaaj, Mariem Borchani, Ismail Sabeur Hamza, Isabelle C. Biegala, Malika Bel
article
EMBL-16, Jan 2016, Heidelberg, Germany
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2015

Journal articles

titre
Evidence for host specificity among dominant bacterial symbionts in temperate gorgonian corals
auteur
Marie La Riviere, Joaquim Garrabou, Marc Bally
article
Coral Reefs, 2015, 34 (4), pp.1087. ⟨10.1007/s00338-015-1334-7⟩
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titre
Draft genome sequence of Mesotoga strain PhosAC3, a mesophilic member of the bacterial order Thermotogales, isolated from a digestor treating phosphogypsum in Tunisia
auteur
Wajdi Ben Hania, Khaled Fadhlaoui, Céline Brochier-Armanet, Cécile Persillon, Anne Postec, Moktar Hamdi, Alain Dolla, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau, Jean Le Mer, Gaël Erauso
article
Standards in Genomic Sciences, 2015, 10 (1), pp.12. ⟨10.1186/1944-3277-10-12⟩
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https://uca.hal.science/hal-04283787/file/1944-3277-10-12.pdf BibTex
titre
Evidence for host specificity among dominant bacterial symbionts in temperate gorgonian corals
auteur
Marie La Rivière, Joaquim Garrabou, Marc Bally
article
Coral Reefs, 2015, 34 (4), pp.1087-1098. ⟨10.1007/s00338-015-1334-7⟩
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titre
Oil spill effects on macrofaunal communities and bioturbation of pristine marine sediments (Caleta Valdés, Patagonia, Argentina): experimental evidence of low resistance capacities of benthic systems without history of pollution
auteur
Agustina Ferrando, Emilia Gonzalez, Marcos Franco, Marta Commendatore, Marina Nievas, Cécile Militon, Georges Stora, Franck Gilbert, José Luis Esteves, Philippe Cuny
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, vol. 22 (n° 20), pp. 15294-15306. ⟨10.1007/s11356-015-4167-6⟩
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titre
Microbial ecology of hydrocarbon-polluted coastal sediments.
auteur
Robert Duran, Philippe Cuny, Patricia Bonin, Cristiana Cravo-Laureau
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, 22 (20), pp.15195 - 15199. ⟨10.1007/s11356-015-5373-y⟩
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titre
Crassaminicella profunda gen. nov., sp. nov., an anaerobic marine bacterium isolated from deep-sea sediments
auteur
Marie-Laure Fardeau, Raja Lakhal, Bernard Ollivier, Anne Godfroy, Anne R Postec, Jean-Luc Cayol, Grégoire Galès, Nathalie Pradel
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2015, 65 (9), pp.3097-3102. ⟨10.1099/ijsem.0.000386⟩
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titre
Dynamic of bacterial communities attached to lightened phytodetritus
auteur
Morgan Petit, Patricia Bonin, Remi Amiraux, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Joshua Armitano, Cécile Jourlin-Castelli, Frederic Vaultier, Vincent Méjean, Jean-Francois Rontani
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, 22 (18), pp.13681-92. ⟨10.1007/s11356-015-4209-0⟩
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BibTex
titre
Environmental microbiology as a mosaic of explored ecosystems and issues
auteur
Denis Faure, Patricia Bonin, Robert Duran, Pierre Amato, Florence Arsene-Ploetze, Jean-Christophe Auguet, Bernard Legrand, Philippe N. Bertin, Yvan Bettarel, Aurélie Bigot-Clivot, Nicolas Blot, Manuel Blouin, Myriam Bormans, Marc Bouvy, O Bruneel, Aurélie Cébron, Urania Christaki, Ivan Couée, Cristiana Cravo-Laureau, Michael Danger, Julien de Lorgeril, Yves Desdevises, Yves Dessaux, D Destoumieux-Garzón, Élodie Duprat, Gaël Erauso, Feth El Zahar Haichar, Éric Fouilland, Andre-Jean Francez, Nathalie Fromin, Alain Geffard, Jean-François Ghiglione, Arnaud Huguet, Vincent Grossi, Katell Guizien, Ludwig Jardillier, Pascal Jouquet, Fabien Joux, Aurore Kaisermann, Oliver Kaltz, Jean-Christophe Lata, Antoine Lecerf, Corinne Leyval, Patricia Luis, Estelle Masseret, Audrey Niboyet, Philippe Normand, Frédéric Plewniak, Franck Poly, Soizic Prado, Achim Quaiser, Pascal Ratet, Agnès Richaume, Jean-Luc Rolland, Jean-Luc Rols, Jf Rontani, Francesca Rossi, Sophie Sablé, P Sivadon, Philippe Soudant, Christian Tamburini, Aline Tribollet, Claire Valiente Moro, France van Wambeke, Philippe Vandenkoornhuyse, Stéphane Vuilleumier, Philippe Vandenkoornhuyse
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, 22 (18), pp.13577-13598. ⟨10.1007/s11356-015-5164-5⟩
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https://hal.science/hal-01247096/file/Faure-EC2CO-2015-EnvironSciPollutRes-Environmental-MANUSCRIT.pdf BibTex
titre
Microbial diversity in a submarine carbonate edifice from the serpentinizing hydrothermal system of the Prony Bay (New Caledonia) over a 6-year period
auteur
Anne Postec, Marianne Quéméneur, Méline Bes, Nan Mei, Fatma Ben Aissa-Fennira, Claude Payri, Bernard Pelletier, Christophe Monnin, Linda Guentas-Dombrowsky, Bernard Ollivier, Emmanuelle Gérard, Céline Pisapia, Martine Gérard, Bénédicte Ménez, Gaël Erauso
article
Frontiers in Microbiology, 2015, 6, pp.857. ⟨10.3389/fmicb.2015.00857⟩
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https://hal.sorbonne-universite.fr/hal-01221183/file/fmicb-06-00857.pdf BibTex
titre
Draft-genome sequence of Shewanella algae strain C6G3
auteur
Axel Aigle, Valerie Michotey, Patricia Bonin
article
Standards in Genomic Sciences, 2015, 43 (10), pp.10.1186/s40793-015-0022-0. ⟨10.1186/s40793-015-0022-0⟩
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https://hal.science/hal-01194459/file/s40793-015-0022-0.pdf BibTex
titre
Ecological significance of Synergistetes in the biological treatment of tuna cooking wastewater by an anaerobic sequencing batch reactor.
auteur
Cécile Militon, Olfa Hamdi, Valerie Michotey, Marie-Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Hassib Bouallagui, Moktar Hamdi, Patricia Bonin
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, pp.2015 Jul 22. ⟨10.1007/s11356-015-4973-x⟩
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titre
Use of dispersant in mudflat oil-contaminated sediment: behavior and effects of dispersed oil on micro- and macrobenthos.
auteur
Philippe Cuny, Franck Gilbert, Cécile Militon, Georges Stora, Patricia Bonin, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Karine Duboscq, Christine Cagnon, Ronan Jézéquel, Cristiana Cravo-Laureau, Robert Duran
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, 22 (20), pp.15370-15376. ⟨10.1007/s11356-015-4800-4⟩
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titre
Acetoanaerobium pronyense sp. nov., an anaerobic alkaliphilic bacterium isolated from the Prony alkaline Hydrothermal Field in New Caledonia.
auteur
Meline Bes, Mériem Merrouch, Manon Bartoli, Marianne Quemeneur, Claude Payri, Bernard Pelletier, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau, Gaël Erauso, Anne Postec
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2015, pp.10.1099/ijs.0.000307. ⟨10.1099/ijs.0.000307⟩
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titre
Draft genome sequence of Mesotoga strain PhosAC3, a mesophilic member of the bacterial order Thermotogales, isolated from a digestor treating phosphogypsum in Tunisia
auteur
Wajdi Ben Hania, Khaled Fadhlaoui, Céline Brochier-Armanet, Cecile Persillon, Anne Postec, Moktar Hamdi, Alain Dolla, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau, Jean Le Mer, Gaël Erauso
article
Standards in Genomic Sciences, 2015, 10, ⟨10.1186/1944-3277-10-12⟩
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https://hal.science/hal-01452069/file/1944-3277-10-12.pdf BibTex
titre
Caldanaerobacter
auteur
Marie-Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Jean-Luc Cayol
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00745⟩
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titre
Halothermothrix
auteur
Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier, Jean-Louis Garcia
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00735⟩
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titre
Thermodesulfobacterium
auteur
Claude Hatchikian, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01267⟩
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titre
Aminobacterium
auteur
Sandra Baena, Jean-Louis Garcia, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01253⟩
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titre
Mahella
auteur
M Bonillas-Salinas, Bernard Ollivier, Bkc Patel, Jean-Luc Cayol
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00758⟩
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BibTex
titre
Aminomonas
auteur
Sandra Baena, Jean-Louis Garcia, Jean-Luc Cayol, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm01251⟩
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titre
Thermohalobacter
auteur
Jean-Luc Cayol, Jean-Louis Garcia, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, 1, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00624⟩
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titre
Effect of physical sediments reworking on hydrocarbon degradation and bacterial community structure in marine coastal sediments.
auteur
Robert Duran, Patricia Bonin, Ronan Jezequel, Karine Dubosc, Claire Gassie, Fanny Terrisse, Justine Abella, Christine Cagnon, Cécile Militon, Valerie Michotey, Franck Gilbert, Philippe Cuny, Cristiana Cravo-Laureau
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, 22 (20), pp.15248-15259. ⟨10.1007/s11356-015-4373-2⟩
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titre
Growth of the Obligate Anaerobe Desulfovibrio vulgaris Hildenborough under Continuous Low Oxygen Concentration Sparging: Impact of the Membrane-Bound Oxygen Reductases
auteur
Fanny Ramel, Gael Brasseur, Laetitia Pieulle, Odile Valette, Agnès Hirschler-Réa, Marie Laure Fardeau, Alain Dolla
article
PLoS ONE, 2015, 10, pp.e0123455. ⟨10.1371/journal.pone.0123455⟩
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titre
Anaerobic nitrification-denitrification mediated by Mn-oxides in meso-tidal sediments: Implications for N-2 and N2O production
auteur
Sheryl Fernandes, Cedric Javanaud, Axel Aigle, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Jonathan Deborde, Bruno Deflandre, Pierre Anschutz, Patricia Bonin
article
Journal of Marine Systems, 2015, 144, pp.1-8. ⟨10.1016/j.jmarsys.2014.11.011⟩
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titre
Diversity of magnetotactic bacteria from a French pristine Mediterranean area.
auteur
Maxime Fuduche, Anne Postec, Sylvain Davidson, Jean-Paul Chauvin, Grégoire Galès, Agnès Hirschler-Réa, Bernard Ollivier, Long-Fei Wu, Nathalie Pradel
article
Current Microbiology, 2015, 70 (4), pp.499-505. ⟨10.1007/s00284-014-0745-y⟩
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titre
Aminobacterium thunnarium sp. nov., a mesophilic, amino acid-degrading bacterium isolated from an anaerobic sludge digester, pertaining to the phylum Synergistetes.
auteur
Olfa Hamdi, Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Hassib Bouallagui, Moktar Hamdi, Patricia Bonin, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2015, 65 (Pt 2), pp.609-14. ⟨10.1099/ijs.0.068965-0⟩
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titre
Endolithic microbial communities in carbonate precipitates from serpentinite-hosted hyperalkaline springs of the Voltri Massif (Ligurian Alps, Northern Italy).
auteur
Marianne Quemeneur, Alexandra Palvadeau, Anne Postec, Christophe Monnin, Valérie Chavagnac, Bernard Ollivier, Gaël Erauso
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, pp.10.1007/s11356-015-4113-7. ⟨10.1007/s11356-015-4113-7⟩
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titre
Substrates specialization in lipid compounds and hydrocarbons of Marinobacter genus.
auteur
Patricia Bonin, Christophe Vieira, Régis Grimaud, Cécile Militon, Philippe Cuny, Oscar Lima, Sophie Guasco, Corina P D Brussaard, Valerie Michotey
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, 22 (20), pp.15347-15359. ⟨10.1007/s11356-014-4009-y⟩
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titre
Characterization of Alkaliphilus hydrothermalis sp. nov., a novel alkaliphilic anaerobic bacterium, isolated from a carbonaceous chimney of the Prony hydrothermal field, New Caledonia,
auteur
F. Ben Aissa, Anne Postec, Gaël Erauso, C. Payri, B. Pelletier, M. Hamdi, M-Laure Fardeau, B. Ollivier
article
Extremophiles, 2015, 19 (1), pp.183-188. ⟨10.1007/s00792-014-0697-y⟩
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titre
Crystallographic studies of [NiFe]-hydrogenase mutants: towards consensus structures for the elusive unready oxidized states.
auteur
Anne Volbeda, Lydie Martin, Elodie Barbier, Oscar Gutiérrez-Sanz, Antonio L de Lacey, Pierre-Pol Liebgott, Sébastien Dementin, Marc Rousset, Juan-Carlos Fontecilla-Camps
article
Journal of Biological Inorganic Chemistry, 2015, 20 (1), pp.11-22. ⟨10.1007/s00775-014-1203-9⟩
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BibTex
titre
Complete genome sequence of a new member of the Marseilleviridae recovered from the Brackish submarine spring in the Cassis Port-Miou Calanque, France
auteur
Gabriel Doutre, Bruno Arfib, Pierre Rochette, Jean-Michel Claverie, Patricia Bonin, Chantal Abergel
article
Genome Announcements, 2015, 3 (6), pp.e01148--15. ⟨10.1128/genomeA.01148-15⟩
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https://hal.science/hal-01457497/file/DoutreArfibetal_GenomePortMiouVirus_Nov2015.pdf BibTex
titre
Thermodesulfobacteria class. nov.
auteur
Claude Hatchikian, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, ⟨10.1002/9781118960608.cbm00049⟩
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BibTex
titre
Sporanaerobacter
auteur
Hernandez-Eugenio G, Marie Laure Fardeau, Jean-Louis Garcia, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00720⟩
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BibTex
titre
Sporobacter
auteur
Isabelle Grech-Mora, Marie Laure Fardeau, Jean-Louis Garcia, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00679⟩
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BibTex
titre
Garciella
auteur
Miranda-Tello E., Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Didier Alazard
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, ⟨10.1002/9781118960608.gbm00630⟩
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titre
Thermodesulfobacteriales ord. nov.
auteur
Claude Hatchikian, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, ⟨10.1002/9781118960608.obm00113⟩
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BibTex
titre
Thermodesulfobacteriaceae fam. nov.
auteur
Claude Hatchikian, Bernard Ollivier
article
Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB), 2015, ⟨10.1002/9781118960608.fbm00251⟩
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titre
Functional response of an adapted subtidal macrobenthic community to an oil spill: macrobenthic structure and bioturbation activity over time throughout an 18-month field experiment
auteur
Franck Gilbert, Georges Stora, Philippe Cuny
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, 22 (20), pp.15285-15293. ⟨10.1007/s11356-014-3906-4⟩
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https://hal.science/hal-03518977/file/14419_Gilbert.pdf BibTex
titre
Dynamics of bacterial assemblages and removal of polycyclic aromatic hydrocarbons in oil-contaminated coastal marine sediments subjected to contrasted oxygen regimes
auteur
Cécile Militon, Ronan Jezequel, Franck Gilbert, Yannick Corsellis, Léa Sylvi, Cristiana Cravo-Laureau, Robert Duran, Philippe Cuny
article
Environmental Science and Pollution Research, 2015, 22 (20), pp.15260-15272. ⟨10.1007/s11356-015-4510-y⟩
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https://hal.science/hal-01233392/file/militon_14472.pdf BibTex

Book sections

titre
Contributions of Descriptive and Functional Genomics to Microbial Ecology
auteur
Philippe Bertin, Valerie Michotey, Philippe Normand
article
Jean-Claude Bertrand; Pierre Caumette; Philippe Lebaron; Robert Matheron; Philippe Normand; Télesphore Sime-Ngando. Environmental Microbiology: Fundamentals and Applications, Springer Netherlands, pp.831-846, 2015, ⟨10.1007/978-94-017-9118-2_18⟩
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BibTex
titre
Biogeochemical Cycles
auteur
Jean-Claude Bertrand, Patricia Bonin, Pierre Caumette, Jean-Pierre Gattuso, Gérald Grégori, Remy Guyoneaud, Xavier Le Roux, Robert Matheron, Franck Poly
article
Jean-Claude Bertrand; Pierre Caumette; Philippe Lebaron; Robert Matheron; Philippe Normand; Télesphore Sime-Ngando. Environmental Microbiology: Fundamentals and Applications, Springer Netherlands, pp.511-617, 2015, 978-94-017-9118-2. ⟨10.1007/978-94-017-9118-2_14⟩
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titre
A l'origine du vivant
auteur
Isabelle C. Biegala
article
Les écosystèmes marins dans la régulation du climat, , 2015
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https://ird.hal.science/ird-03759291/file/Biegala%202015%20Book%20Chp%20in%20Les%20%C3%A9cosyt%C3%A8me%20marins%20dans%20la%20r%C3%A9gulation%20du%20climat.pdf BibTex
titre
Antares Neutrino telescope and Deap Sea Observatory,
auteur
V. Bertin, J. Brunner, J. Carr, P. Coyle, C. Curtil, J. Destelle, A. Deschamps, S. Escoffier, K. Graf, C. Gojak, J. Hössl, R. Lahmann, Dominique Lefèvre, C. Lévèque, Christian Tamburini, P. Schuller, H. van Haren
article
Seafloor Observatories - A New Vision of the Earth from the Abyss, 12, Springer Berlin Heidelberg, pp.369-414, 2015
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BibTex
titre
Mudflat Benthic Spill Simulations
auteur
Cristiana Cravo-Laureau, Ronan Jézéquel, Franck Gilbert, Philippe Cuny, Robert Duran
article
McGenity, Terry J., Timmis, Kenneth N., Fernandez, Balbina Nogales. Hydrocarbon and Lipid Microbiology Protocols. Meso- and Microcosms, Springer Protocols Handbooks, pp.79-89, 2015, 978-3-662-45179-3. ⟨10.1007/8623_2015_52⟩
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2014

Journal articles

titre
Fermentative hydrogen production by a new alkaliphilic Clostridium sp (strain PROH2) isolated from a shallow submarine hydrothermal chimney in Prony Bay, New Caledonia
auteur
Nan Mei, Nesrine Zergane, Anne Postec, Gaël Erauso, Angelique Oilier, Claude Payri, Bernard Pelletier, Marie-Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Marianne Quemeneur
article
International Journal of Hydrogen Energy, 2014, 39 (34), pp.19465-19473. ⟨10.1016/j.ijhydene.2014.09.111⟩
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titre
Constraining the neutrino emission of gravitationally lensed Flat-Spectrum Radio Quasars with ANTARES data
auteur
S. Adrián-Martínez, A. Albert, M. Andre, G. Anton, M. Ardid, J. J. Aubert, B. Baret, J. Barrios-Marti, S. Basa, V. Bertin, S. Biagii, C. Bogazzi, R. Bormuth, M. Bou-Cabo, M. C. Bouwhuis, R. Bruijn, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, J. Carr, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, L. Core, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, G. de Rosa, I. Dekeyser, A. Deschamps, G. de Bonis, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, A. Dumas, T. Eberl, D. Elsaesser, A. Enzenhoefer, S. Escoffier, K. Fehn, I. Fells, P. Fermani, F. Folger, L. A. Fusco, S. Galata, P. Gay, S. Geisselsoeder, K. Geyer, V. Giordano, A. Gleixner, J. P. Gomez-Gonzalez, K. Graf, G. Guillard, H. Van Haren, A. J. Heijboer, Y. Hello, J. J. Hernandez-Rey, B. Herold, A. Herrero, J. Hoessl, J. Hofestaedt, C. Hugon, C. W. James, M. De Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, D. Kiessling, P. Kooijman, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, E. Lambard, G. Lambard, Dominique Lefèvre, E. Leonora, H. Loehner, S. Loucatos, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martinez-Mora, S. Martini, A. Mathieu, T. Michael, P. Migliozzi, C. Mueller, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G. E. Pavalas, C. Perrina, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, G. Riccobene, R. Richter, K. Roensch, A. Rostovtsev, M. Saldana, D. F. E. Samtleben, A. Sanchez-Losa, M. Sanguineti, J. Schmid, J. Schnabel, S. Schulte, F. Schuessler, T. Seitz, C. Sieger, A. Spies, M. Spurioi, J. J. M. Steijger, Th. Stolarczyk, M. Taiuti, Christian Tamburini, Y. Tayalati, A. Trovato, M. Tselengidou, C. Toennis, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, E. Visser, D. Vivolo, S. Wagner, J. Wilms, E. Wolf, K. Yatkin, H. Yepes, J. D. Zornoza, J. Zúñiga, E. E. Falco, Antares Collaboration
article
JOURNAL OF COSMOLOGY AND ASTROPARTICLE PHYSICS, 2014, 11, ⟨10.1088/1475-7516/2014/11/017⟩
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https://arxiv.org/pdf/1407.8525 BibTex
titre
Do furanic and phenolic compounds of lignocellulosic and algae biomass hydrolyzate inhibit anaerobic mixed cultures? A comprehensive review
auteur
F. Monlau, C. Sambusiti, Abdellatif Barakat, Marianne Quemeneur, Eric Trably, Jean-Philippe Steyer, Hélène Carrère
article
Biotechnology Advances, 2014, 32 (5), pp.934 - 951. ⟨10.1016/j.biotechadv.2014.04.007⟩
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https://amu.hal.science/hal-01809612/file/OA_2014.MONLAU_96_review_inhibitors.pdf BibTex
titre
Relation between deep bioluminescence and oceanographic variables: A statistical analysis using time–frequency decompositions
auteur
S. Martini, David Nerini, Christian Tamburini
article
Progress in Oceanography, 2014, 127, pp.117-128. ⟨10.1016/j.pocean.2014.07.003⟩
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https://hal.science/hal-01076992/file/Martini_etal_2014_draft.pdf BibTex
titre
Anaerobic oxidation of long-chain n-alkanes by the hyperthermophilic sulfate-reducing archaeon, Archaeoglobus fulgidus.
auteur
Nadia Khelifi, Oulfat Amin Ali, Philippe Roche, Vincent Grossi, Céline Brochier-Armanet, Odile Valette, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Agnès Hirschler-Réa
article
The International Society of Microbiologial Ecology Journal, 2014, pp.18. ⟨10.1038/ismej.2014.58⟩
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BibTex
titre
Vallitalea pronyensis sp. nov., isolated from a marine alkaline hydrothermal chimney
auteur
F. Ben Aissa, Anne Postec, Gaël Erauso, C. Payri, B. Pelletier, M. Hamdi, B. Ollivier, M.-L. Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2014, 64 (Pt 4), pp.1160 - 1165. ⟨10.1099/ijs.0.055756-0⟩
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BibTex
titre
Desulfatiferula berrensis sp. nov., a n-alkene-degrading sulfate-reducing bacterium isolated from estuarine sediments.
auteur
Florence Hakil, Oulfat Amin, Agnès Hirschler-Réa, Damien Mollex, Vincent Grossi, Robert Duran, Robert Matheron, Cristiana Cravo-Laureau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2014, 64 (Pt 2), pp.540-4. ⟨10.1099/ijs.0.057174-0⟩
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BibTex
titre
Comparative genomic analysis provides insights into the evolution and niche adaptation of marine Magnetospira sp. QH-2 strain
auteur
Boyang Ji, Sheng-Da Zhang, Pascal Arnoux, Zoe Rouy, François Alberto, Nadège Philippe, Dorothée Murat, Wei-Jia Zhang, Jean-Baptiste Rioux, Nicolas Ginet, Monique Sabaty, Sophie Mangenot, Nathalie Pradel, Jiesheng Tian, Jing Yang, Lichen Zhang, Wenyan Zhang, Hongmiao Pan, Bernard Henrissat, Pedro M Coutinho, Ying Li, Tian Xiao, Claudine Médigue, Valérie Barbe, David Pignol, Emmanuel Talla, Long-Fei Wu
article
Environmental Microbiology, 2014, 16 (2), pp.525-544. ⟨10.1111/1462-2920.12180⟩
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titre
Mannitol metabolism in brown algae involves a new phosphatase family.
auteur
Agnès Groisillier, Zhanru Shao, Gurvan Michel, Sophie Goulitquer, Patricia Bonin, Stefan Krahulec, Bernd Nidetzky, Delin Duan, Catherine Boyen, Thierry Tonon
article
Journal of Experimental Botany, 2014, 65 (2), pp.559-70. ⟨10.1093/jxb/ert405⟩
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BibTex
titre
Bacterial diversity in relatively pristine and anthropogenically-influenced mangrove ecosystems (Goa, India).
auteur
Sheryl Fernandes, David L Kirchman, Valerie Michotey, Patricia Bonin, P A Lokabharathi
article
Brazilian Journal of Microbiology, 2014, 45 (4), pp.1161-71. ⟨10.1590/S1517-83822014000400006⟩
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BibTex
titre
Reconciliation of the carbon budget in the ocean’s twilight zone
auteur
Sarah L. C. Giering, Richard Sanders, Richard S. Lampitt, Thomas R. Anderson, Christian Tamburini, Mehdi Boutrif, Mikhail V. Zubkov, Chris M. Marsay, Stephanie A. Henson, Kevin Saw, Kathryn Cook, Daniel J. Mayor
article
Nature, 2014, 507 (7493), pp.480-483. ⟨10.1038/nature13123⟩
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titre
Transcriptomics Reveal Several Gene Expression Patterns in the Piezophile Desulfovibrio hydrothermalis in Response to Hydrostatic Pressure
auteur
Amira Amrani, Aurélie Bergon, Hélène Holota, Christian Tamburini, Marc Garel, Bernard Ollivier, Jean Imbert, Alain Dolla, Nathalie Pradel
article
PLoS ONE, 2014, 9 (9), pp.e106831. ⟨10.1371/journal.pone.0106831⟩
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https://amu.hal.science/hal-01628348/file/journal.pone.0106831.PDF BibTex
titre
A search for time dependent neutrino emission from microquasars with the ANTARES telescope
auteur
S. Adrián-Martínez, A. Albert, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, M. Ardid, T. Astraatmadja, J.-J. Aubert, B. Baret, J. Barrios, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, B. Bouhou, M. C. Bouwhuis, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, C. Cârloganu, J. Carr, S. Cecchini, P. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, L. Core, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, G. de Rosa, I. Dekeyser, Anne Deschamps, G. de Bonis, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, A. Dumas, T. Eberl, D. Elsässer, U. Emanuele, A. Enzenhöfer, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, K. Fehn, I. Felis, P. Fermani, F. Folger, L.A. Fusco, S. Galatà, Pascal Gay, S. Geisselsöder, K. Geyer, V. Giordano, A. Gleixner, J. P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, H. van Haren, A. J. Heijboer, Y. Hello, J.J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hössl, J. Hofestädt, C. W. James, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, P. Kooijman, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, E. Lambard, G. Lambard, G. Larosa, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, E. Leonora, H. Loehner, S. Loucatos, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martínez-Mora, S. Martini, A. Mathieu, T. Michael, P. Migliozzi, T. Montaruli, C. Müller, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G. E. Păvălaş, C. Perrina, P. Piattelli, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, G. Riccobene, R. Richter, C. Rivière, A. Robert, K. Roensch, A. Rostovtsev, M. Salda\na, D. F. E. Samtleben, A. Sánchez-Losa, M. Sanguineti, P. Sapienza, J. Schmid, J. Schnabel, S. Schulte, F. Schüssler, T. Seitz, C. Sieger, A. Spies, M. Spurio, J.J. M. Steijger, T. Stolarczyk, M. Taiuti, Christian Tamburini, Y. Tayalati, A. Trovato, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, P. Vernin, Eelco Visser, D. Vivolo, S. Wagner, J. Wilms, E. de Wolf, K. Yatkin, H. Yepes, J. D. Zornoza, J. Zúñiga
article
Journal of High Energy Astrophysics, 2014, 3-4, pp.9-17. ⟨10.1016/j.jheap.2014.06.002⟩
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https://arxiv.org/pdf/1402.1600 BibTex
titre
Spatial distribution of microbial communities in the shallow submarine alkaline hydrothermal field of the Prony Bay, New Caledonia
auteur
Marianne Quéméneur, Méline Bes, Anne Postec, Nan Mei, Jérôme Hamelin, Christophe Monnin, Valérie Chavagnac, Claude Payri, Bernard Pelletier, Linda Guentas-Dombrowsky, Martine Gérard, Céline Pisapia, Emmanuelle Gérard, Bénédicte Ménez, Bernard Ollivier, Gaël Erauso
article
Environmental Microbiology Reports, 2014, 6 (2014), pp.665-674. ⟨10.1111/1758-2229.12184⟩
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titre
Fluid chemistry of the low temperature hyperalkaline hydrothermal system of Prony Bay (New Caledonia)
auteur
C. Monnin, V. Chavagnac, C. Boulart, B. Menez, M. Gerard, E. Gerard, C. Pisapia, Marianne Quemeneur, Gaël Erauso, Anne Postec, L. Guentas-Dombrowski, C. Payri, B. Pelletier
article
Biogeosciences, 2014, 11 (20), pp.5687-5706. ⟨10.5194/bg-11-5687-2014⟩
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https://hal.science/hal-01178210/file/bg-11-5687-2014.pdf BibTex

Conference papers

titre
Production d’hydrogène dans les systèmes hydrothermaux hyperalcalins des ophiolites (Oman, Ligurie, Nouvelle Calédonie)
auteur
C. Monnin, V. Chavagnac, C. Boulart, G. Ceuleneer, Guilhem Hoareau, B. Ménez, E. Gérard, M. Gérard, M. Quéméneur, Gaël Erauso, Anne Postec, L. Guentas-Dombrowski, C. Payri, B. Pelletier
article
24ème Réunion des Sciences de la Terre : RST 2014, Pau, France, Oct 2014, 2014, Unknown, Unknown Region
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Book sections

titre
Methods for Studying Microorganisms in the Environment
auteur
Fabien Joux, Jean Claude Bertrand, Rutger de Wit, Vincent Grossi, Laurent Intertaglia, Philippe Lebaron, Valerie Michotey, Philippe Normand, Pierre P. Peyret, Patrick Raimbault, Christian Tamburini, Laurent Urios
article
Environmental Microbiology: Fundamentals and Applications, Springer Netherlands, pp.757-829, 2014, 978-94-017-9117-5. ⟨10.1007/978-94-017-9118-2_17⟩
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titre
Petroleum: from formation to microbiology.
auteur
Bernard Ollivier, Jean Borgomano, Philippe Oger
article
Microbial life in the deep biosphere, De Gruyter, pp.161 -185, 2014
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titre
Members of the order Thermotogales: from microbiology to hydrogen production.
auteur
Martina Cappelletti, Davide Zannoni, Anne Postec, Bernard Ollivier
article
Davide Zannoni, Roberto De Philippis. Microbial BioEnergy: Hydrogen Production, Springer, pp.197-224, 2014, Advances in Photosynthesis and Respiration, 978-94-017-8553-2. ⟨10.1007/978-94-017-8554-9_9⟩
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Poster communications

titre
Dynamique de l’holobionte corallien et plasticité transcriptomique : variabilité interspécifique, interpopulationnelle et interindividuelle
auteur
Kelly Brener, Jeremie Vidal-Dupiol, Mehdi Adjeroud, Pascal Romans, Julien Loubet, Rémi Pillot, D. Aurelle, Marine Pratlong, Anne Haguenauer, Pierre Pontaroti, Pascal Mirleau, Marc Bally, Eve Toulza, Guillaume Mitta
article
Journée de doctoriales Aragoyennes, Apr 2014, Banyuls sur Mer, France
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https://hal.science/hal-01134460/file/Brener-poster-doctoriales-Arago2014.pdf BibTex

Reports

titre
Atelier de réflexion prospective MERMED : adaptation aux changements globaux en mer Méditerranée : rapport final
auteur
B. Hubert, M. Broin, F. Boulier, V. Chagué, T. Changeux, D. Lacroix, Christian Chaboud, Philippe Charvis, Philippe Cury, Florence Galletti, François Guilhaumon, François Le Loc'h, Christophe Leboulanger, Bernard Moizo, Bernard Ollivier, Olivier Pringault
article
[Rapport de recherche] Agropolis International. 2014, 156 p
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2013

Journal articles

titre
Biochemical, Transcriptional and Translational Evidences of the Phenol-meta-Degradation Pathway by the Hyperthermophilic Sulfolobus solfataricus 98/2
auteur
Alexia Comte, Pierre Christen, Sylvain Davidson, Matthieu Pophillat, Jean Lorquin, Richard Auria, Gwenola Simon, Laurie Casalot
article
PLoS ONE, 2013, 8 (12), pp.e82397. ⟨10.1371/journal.pone.0082397⟩
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https://hal.science/hal-00999455/file/journal.pone.0082397.pdf BibTex
titre
Denitrification activity is closely linked to the total ambient Fe concentration in mangrove sediments of Goa, India
auteur
S Fernandes, M Gonsalves, Valerie Michotey, Patricia Bonin, P Lokabharathi
article
Estuarine, Coastal and Shelf Science, 2013, 131, pp.64-74. ⟨10.1016/j.ecss.2013.08.008⟩
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titre
Mesotoga infera sp. nov., a mesophilic member of the order Thermotogales, isolated from an underground gas storage aquifer.
auteur
Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Thomas Aüllo, Anthony Ranchou-Peyruse, Gaël Erauso, Céline Brochier-Armanet, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Stéphanie Saint-Laurent, Michel Magot, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2013, 63 (Pt 8), pp.3003-8. ⟨10.1099/ijs.0.047993-0⟩
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titre
Vallitalea guaymasensis gen. nov., sp. nov., isolated from marine sediment.
auteur
Raja Lakhal, Nathalie Pradel, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Anne Godfroy, Marie-Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2013, 63 (Pt 8), pp.3019-23. ⟨10.1099/ijs.0.045708-0⟩
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titre
Isolation of Thermovenabulum gondwanense from a French hot spring and emended description of the species
auteur
Nathalie Pradel, Manon Bartoli, Alain Bernadac, Gregory Gimenez, Bernard Ollivier, Marie-Laure Fardeau
article
Antonie van Leeuwenhoek, 2013, 104 (2), pp.271-279. ⟨10.1007/s10482-013-9947-8⟩
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BibTex
titre
Measurement of the atmospheric $\nu_\mu$ energy spectrum from 100 GeV to 200 TeV with the ANTARES telescope
auteur
S. Adrián-Martínez, A. Albert, Imen Al Samarai, M. André, M. Anghinolfi, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, T. Astraatmadja, J-J. Aubert, B. Baret, J. Barrios-Martí, S. Basa, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, C. Bogazzi, B. Bouhou, M. C. Bouwhuis, R. Bruijn, J. Brunner, J. Busto, A. Capone, L. Caramete, C. Carloganu, J. Carr, S. Cecchini, Z. Charif, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, F. Classen, L. Core, H. Costantini, P. Coyle, A. Creusot, C. Curtil, I. Dekeyser, Anne Deschamps, G. de Bonis, M. P. Decowski, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, Q. Dorosti, D. Drouhin, A. Dumas, T. Eberl, U. Emanuele, A. Enzenhöfer, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, K. Fehn, P. Fermani, V. Flaminio, F. Folger, U. Fritsch, L. A. Fusco, S. Galatà, Pascal Gay, S. Geisselsöder, K. Geyer, G. Giacomelli, V. Giordano, A. Gleixner, J. P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, H. van Haren, A. J. Heijboer, Y. Hello, J. J. Hernández-Rey, B. Herold, J. Hössl, C. W. James, M. de Jong, M. Kadler, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, P. Kooijman, A. Kouchner, I. Kreykenbohm, V. Kulikovskiy, R. Lahmann, E. Lambard, G. Lambard, G. Larosa, D. Lattuada, Dominique Lefèvre, E. Leonora, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Louis, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J. A. Martínez-Mora, S. Martini, T. Michael, T. Montaruli, M. Morganti, H. Motz, C. Mueller, M. Neff, E. Nezri, D. Palioselitis, G. E. Pavalas, C. Perrina, P. Piattelli, V. Popa, T. Pradier, C. Racca, R. Richter, C. Rivière, A. Robert, K. Roensch, A. Rostovtsev, D. F. E. Samtleben, M. Sanguineti, P. Sapienza, J. Schmid, J. Schnabel, S. Schulte, F. Schüssler, T. Seitz, R. Shanidze, C. Sieger, F. Simeone, A. Spies, M. Spurio, J. J. M. Steijger, Th. Stolarczyk, A. Sánchez-Losa, M. Taiuti, Christian Tamburini, Y. Tayalati, A. Trovato, B. Vallage, Corentin Vallée, V. van Elewyck, P. Vernin, Eelco Visser, S. Wagner, J. Wilms, E. de Wolf, K. Yatkin, H. Yepes, J.D. Zornoza, J. Zúñiga
article
European Physical Journal C: Particles and Fields, 2013, 73, pp.2606. ⟨10.1140/epjc/s10052-013-2606-4⟩
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https://arxiv.org/pdf/1308.1599 BibTex
titre
Evidence for surfactant production by the haloarchaeon Haloferax sp. MSNC14 in hydrocarbon-containing media
auteur
Ikram Djeridi, Cécile Militon, Vincent Grossi, Philippe Cuny
article
Extremophiles, 2013, 17 (4), pp.669-675. ⟨10.1007/s00792-013-0550-8⟩
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BibTex
titre
Genome of Phaeocystis globosa virus PgV-16T highlights the common ancestry of the largest known DNA viruses infecting eukaryotes
auteur
S. Santini, J. Bartoli, O. Poirot, Magali Lescot, C. Abergel, Valérie Barbe, K. Wommack, A. Noordeloos, C. Brussaard, J.-M. Claverie
article
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2013, 110 (26), pp.10800-10805. ⟨10.1073/pnas.1303251110⟩
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BibTex
titre
Effects of Hydrostatic Pressure on Growth and Luminescence of a Moderately-Piezophilic Luminous Bacteria Photobacterium phosphoreum ANT-2200
auteur
Severine Martini, Badr Al Ali, Marc Garel, David Nerini, Vincent Grossi, Muriel Pacton, Laurence Casalot, Philippe Cuny, Christian Tamburini
article
PLoS ONE, 2013, 8 (6), pp.e66580. ⟨10.1371/journal.pone.0066580⟩
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https://hal.science/hal-01988033/file/Martini_etal_2013_PLoSONE.pdf BibTex
titre
Desulfotomaculum peckii sp. nov., a moderately thermophilic member of the genus Desulfotomaculum, isolated from an upflow anaerobic filter treating abattoir wastewaters.
auteur
Linda Jabari, Hana Gannoun, Jean Luc Cayol, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Guy Fauque, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2013, 63 (Pt 6), pp.2082-7. ⟨10.1099/ijs.0.043893-0⟩
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BibTex
titre
Prokaryotic responses to hydrostatic pressure in the ocean - a review
auteur
Christian Tamburini, Mehdi Boutrif, Marc Garel, Rita Colwell, Jody W. Deming
article
Environmental Microbiology, 2013, 15 (5), pp.1262-1274. ⟨10.1111/1462-2920.12084⟩
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https://hal.science/hal-01988054/file/Tamburini_etal_EMI_draft.pdf BibTex
titre
Trends in salinity and inorganic nitrogen compounds in the Berre lagoon (1994-2011) bacterial activities and nitrogen budgets
auteur
Imen Zaghmouri, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Patrick Raimbault, Nicole Garcia, Guillaume Bernard, Patricia Bonin
article
Marine Pollution Bulletin, 2013, 67, pp.55-65. ⟨10.1016/j.marpolbul.2012.11.046⟩
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BibTex
titre
Characterization of Vallitalea guaymasensis gen. nov., sp. nov., a novel marine bacterium, isolated from sediments of Guaymas basin
auteur
R Lakhal, Nathalie Pradel, Anne Postec, M Hamdi, Bernard Ollivier, Anne Godfroy, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2013, pp.doi:10.1099/ijs.0.045708-0
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BibTex
titre
Desulfosporosinus burensis sp. nov., a spore-forming, mesophilic, sulfate-reducing bacterium isolated from a deep clay environment.
auteur
Bruno Mayeux, Marie Laure Fardeau, Manon Bartoli, Laurie Casalot, Agnes Vinsot, Marc Labat
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2013, 63 (Pt 2), pp.593-8. ⟨10.1099/ijs.0.035238-0⟩
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BibTex
titre
Genome Sequence of the Sulfate-Reducing Bacterium Desulfotomaculum hydrothermale Lam5(T).
auteur
Oulfat Amin, Marie-Laure Fardeau, Odile Valette, Agnès Hirschler-Réa, Valérie Barbe, Claudine Médigue, Benoit Vacherie, Bernard Ollivier, Philippe N Bertin, Alain Dolla
article
Genome Announcements , 2013, 1 (1), epub ahead of print. ⟨10.1128/genomeA.00114-12⟩
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https://hal.science/hal-00807485/file/e00114-12.pdf BibTex
titre
Complete Genome Sequence of the Piezophilic, Mesophilic, Sulfate-Reducing Bacterium Desulfovibrio hydrothermalis AM13(T.).
auteur
Boyang Ji, Gregory Gimenez, Valérie Barbe, Benoit Vacherie, Zoé Rouy, Amira Amrani, Marie-Laure Fardeau, Philippe Bertin, Didier Alazard, Sabine Leroy, Emmanuel Talla, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Nathalie Pradel
article
Genome Announc, 2013, 1 (1), epub ahead of print. ⟨10.1128/genomeA.00226-12⟩
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https://hal.science/hal-00809071/file/e00226-12.pdf BibTex
titre
Deep-Sea Bioluminescence Blooms after Dense Water Formation at the Ocean Surface
auteur
Christian Tamburini, Miquel Canals, Xavier Durrieu de Madron, Loïc Houpert, Dominique Lefèvre, Séverine Martini, Fabrizio d'Ortenzio, Anne Robert, Pierre Testor, Juan Antonio Aguilar, Imen Al Samarai, Arnaud Albert, Michel André, Marco Anghinolfi, Gisela Anton, Shebli Anvar, Miguel Ardid, Ana Carolina Assis Jesus, Tri L. Astraatmadja, Jean-Jacques Aubert, Bruny Baret, Stéphane Basa, Vincent Bertin, Simone Biagi, Armando Bigi, Ciro Bigongiari, Claudio Bogazzi, Manuel Bou-Cabo, Boutayeb Bouhou, Mieke C. Bouwhuis, Jurgen Brunner, José Busto, Francisco Camarena, Antonio Capone, Christina Cârloganu, Giada Carminati, John Carr, Stefano Cecchini, Ziad Charif, Philippe Charvis, Tommaso Chiarusi, Marco Circella, Rosa Coniglione, Heide Costantini, Paschal Coyle, Christian Curtil, Patrick Decowski, Ivan Dekeyser, Anne Deschamps, Corinne Donzaud, Damien Dornic, Hasankiadeh Q. Dorosti, Doriane Drouhin, Thomas Eberl, Umberto Emanuele, Jean-Pierre Ernenwein, Stéphanie Escoffier, Paolo Fermani, Marcelino Ferri, Vincenzo Flaminio, Florian Folger, Ulf Fritsch, Jean-Luc Fuda, Salvatore Galatà, Pascal Gay, Giorgio Giacomelli, Valentina Giordano, Juan-Pablo Gómez-González, Kay Graf, Goulven Guillard, Garadeb Halladjian, Gregory Hallewell, Hans van Haren, Joris Hartman, Aart J. Heijboer, Yann Hello, Juan Jose Hernández-Rey, Bjoern Herold, Jurgen Hössl, Ching-Cheng Hsu, Marteen de Jong, Matthias Kadler, Oleg Kalekin, Alexander Kappes, Uli Katz, Oksana Kavatsyuk, Paul Kooijman, Claudio Kopper, Antoine Kouchner, Ingo Kreykenbohm, Vladimir Kulikovskiy, Robert Lahmann, Patrick Lamare, Giuseppina Larosa, Dario Lattuada, Gordon Lim, Domenico Lo Presti, Herbert Loehner, Sotiris Loucatos, Salvatore Mangano, Michel Marcelin, Annarita Margiotta, Juan Antonio Martinez-Mora, Athina Meli, Teresa Montaruli, Luciano Moscoso, Holger Motz, Max Neff, Emma Nuel Nezri, Dimitris Palioselitis, Gabriela E. Păvălaş, Kevin Payet, Patrice Payre, Jelena Petrovic, Paolo Piattelli, Nicolas Picot-Clemente, Vlad Popa, Thierry Pradier, Eleonora Presani, Chantal Racca, Corey Reed, Giorgio Riccobene, Carsten Richardt, Roland Richter, Colas Rivière, Kathrin Roensch, Andrei Rostovtsev, Joaquin Ruiz-Rivas, Marius Rujoiu, Valerio G. Russo, Francisco Salesa, Augustin Sánchez-Losa, Piera Sapienza, Friederike Schöck, Jean-Pierre Schuller, Fabian Schussler, Rezo Shanidze, Francesco Simeone, Andreas Spies, Maurizio Spurio, Jos J. M. Steijger, Thierry Stolarczyk, Mauro G. F. Taiuti, Simona Toscano, Bertrand Vallage, Véronique van Elewyck, Giulia Vannoni, Manuela Vecchi, Pascal Vernin, Guus Wijnker, Jorn Wilms, Els de Wolf, Harold Yepes, Dmitry Zaborov, Juan de Dios Zornoza, Juan Zúñiga
article
PLoS ONE, 2013, 8 (7), pp.e67523. ⟨10.1371/JOURNAL.PONE.0067523⟩
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https://hal.science/hal-01012135/file/journal.pone.0067523.PDF BibTex
titre
The First Genomic and Proteomic Characterization of a Deep-Sea Sulfate Reducer: Insights into the Piezophilic Lifestyle of Desulfovibrio piezophilus
auteur
Nathalie Pradel, Boyang Ji, G Gimenez, E Talla, P Lenoble, Marc Garel, Christian Tamburini, Patrick Fourquet, Régine Lebrun, Philippe Bertin, Yann Denis, Matthieu Pophillat, Valérie Barbe, Bernard Ollivier, Alain Dolla
article
PLoS ONE, 2013, 8 (1), pp.e55130. ⟨10.1371/journal.pone.0055130⟩
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https://hal.science/hal-00787201/file/journal.pone.0055130.PDF BibTex
titre
DNA Self-Assembly: From Chirality to Evolution
auteur
Y. Timsit
article
International Journal of Molecular Sciences, 2013, 14 (4), pp.8252-8270. ⟨10.3390/ijms14048252⟩
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https://hal.science/hal-01816598/file/ijms-14-08252.pdf BibTex
titre
Long-term monitoring programme of the hydrological variability in the Mediterranean Sea: a first overview of the HYDROCHANGES network
auteur
K. Schroeder, C. Millot, L. Bengara, S. Ben Ismail, M. Bensi, M. Borghini, G. Budillon, V. Cardin, L. Coppola, C. Curtil, A. Drago, B. El Moumni, J. Font, Jean-Luc Fuda, J. García-Lafuente, G. Gasparini, H. Kontoyiannis, Dominique Lefevre, P. Puig, Patrick Raimbault, G. Rougier, J. Salat, C. Sammari, J. Sánchez Garrido, A. Sanchez-Roman, S. Sparnocchia, Christian Tamburini, I. Taupier-Letage, A. Theocharis, M. Vargas-Yáñez, A. Vetrano
article
Ocean Science, 2013, 9 (2), pp.301-324. ⟨10.5194/os-9-301-2013⟩
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https://hal.science/hal-03191372/file/os-9-301-2013.pdf BibTex
titre
Transient Shifts in Bacterial Communities Associated with the Temperate Gorgonian Paramuricea clavata in the Northwestern Mediterranean Sea
auteur
Marie La Rivière, Marie Roumagnac, Joaquim Garrabou, M. Bally
article
PLoS ONE, 2013, 8 (2), pp.e57385. ⟨10.1371/journal.pone.0057385⟩
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https://hal.science/hal-00790768/file/journal.pone.0057385.PDF BibTex
titre
Anaerobic bacterial degradation of pristenes and phytenes in marine sediments does not lead to pristane and phytane during early diagenesis
auteur
Jean-Francois Rontani, Patricia Bonin, Sophie Guasco, Frederic Vaultier, John K. Volkman
article
Organic Geochemistry, 2013, 58, pp.43-55
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BibTex
titre
Impact of oil on bacterial community structure in bioturbated sediments
auteur
Magali Stauffert, Cristiana Cravo-Laureau, Ronan Jezequel, Sandra Barantal, Philippe Cuny, Franck Gilbert, Christine Cagnon, Cécile Militon, David Amouroux, Fatima Mahdaoui, Brice Bouyssière, Georges Stora, François-Xavier Merlin, Robert Duran
article
PLoS ONE, 2013, vol. 8, pp. 1-15. ⟨10.1371/journal.pone.0065347⟩
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https://hal.science/hal-00867612/file/Gilbert_9564.pdf BibTex
titre
Insights into dynamics of mobile genetic elements in hyperthermophilic environments from five new thermococcus plasmids.
auteur
Mart Krupovic, Mathieu Gonnet, Wajdi Ben Hania, Patrick Forterre, Gaël Erauso
article
PLoS ONE, 2013, 8 (1), pp.e49044. ⟨10.1371/journal.pone.0049044⟩
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https://hal.science/hal-00748527/file/journal.pone.0049044.pdf BibTex

Conference papers

titre
INTRIGUING DIVERSITY AMONG DIAZOTROPHIC PICOPLANKTON ALONG A MEDITERRANEAN TRANSECT: A DOMINANCE OF RHIZOBIA
auteur
Morgane Le Moal, Hélène Collin, Isabelle C. Biegala
article
ASLO-13, Feb 2013, New Orleans, United States
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Other publications

titre
Des Microoganismes très convoités
auteur
Bernard Ollivier
article
2013, pp.n°70
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Poster communications

titre
Distribution spatiale des communautés microbiennes du système hydrothermal alcalin de la baie de Prony, Nouvelle Calédonie
auteur
Marianne Quemeneur, Méline Bes, Anne Postec, Nan Mei, Jérôme Hamelin, Claude Payri, Bernard Pelletier, Bernard Ollivier, Gaël Erauso
article
VI. Colloque de l'Association Francophone d'Ecologie Microbienne (AFEM) "Microbiologie Environnementale : du Gène à l’Ecosystème", Oct 2013, Parent, France. 2013
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Reports

titre
Evaluation and Selection of the MEUST Submarine Site
auteur
V. Bertin, M. Billault, P. Coyle, C. Curtil, S. Deguero, J.-J. Destelle, D. Dornic, F. Gallo, S. Henry, P. Keller, P. Lamare, Dominique Lefèvre, F. Léon, S. Martini, Christian Tamburini, Corentin Vallée
article
2013, pp.1-15
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titre
Technical Design Report of the MEUST Infrastructure
auteur
M. Ageron, K. Bernardet, V. Bertin, S. Beurthey, M. Billault, J. Brunner, L. Caillat, A. Cosquer, P. Coyle, J.J. Destelle, D. Dornic, C. Gojak, Z. Hafidi, S. Henry, P. Keller, P. Lamare, Dominique Lefèvre, Y. Lenault, K. Mahiouz, J. Royon, M. Solazzo, Christian Tamburini, D. Tézier, S. Théraube, Corentin Vallée
article
2013
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2012

Journal articles

titre
Methanogenic octadecene degradation by syntrophic enrichment culture from brackish sediments
auteur
Agnès Hirschler-Réa, Cristiana Cravo-Laureau, Laurie Casalot, Robert Matheron
article
Current Microbiology, 2012, 65 (5), pp.561-7. ⟨10.1007/s00284-012-0195-3⟩
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titre
Analysis of Structure-Function Relationships in the Colibactin-Maturating Enzyme ClbP.
auteur
A Cougnoux, L Gibold, F Robin, D Dubois, Nathalie Pradel, A Darfeuille-Michaud, G Dalmasso, J Delmas, R Bonnet
article
Journal of Molecular Biology, 2012, 424 (3-4), in press. ⟨10.1016/j.jmb.2012.09.017⟩
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titre
Spatio-temporal diversity of free-living and particle-attached prokaryotes in the tropical lagoon of Ahe atoll (Tuamotu Archipelago) and its surrounding oceanic waters
auteur
Valerie Michotey, Sophie Guasco, Dominique Boeuf, Nicola Morezzi, Brice Durieu, Loïc Charpy, Patricia Bonin
article
Marine Pollution Bulletin, 2012, 65 (10), pp.525-537. ⟨10.1016/j.marpolbul.2012.01.009⟩
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titre
DNA-Directed Base Pair Opening
auteur
Y. Timsit
article
Molecules, 2012, 17 (10), pp.11947-11964. ⟨10.3390/molecules171011947⟩
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https://hal.science/hal-02008045/file/molecules-17-11947.pdf BibTex
titre
Macellibacteroides fermentans gen. nov., sp. nov., a member of the family Porphyromonadaceae isolated from an upflow anaerobic filter treating abattoir wastewaters.
auteur
L Jabari, H Gannoun, Jean Luc Cayol, A Hedi, M Sakamoto, E Falsen, M Ohkuma, M Hamdi, Guy Fauque, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2012, 62 (Pt 10), pp.2522-7. ⟨10.1099/ijs.0.032508-0⟩
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titre
Isolation and characterization of Fonticella tunisiensis gen nov., sp. nov., a novel bacterium isolated from a Tunisian hot spring.
auteur
Belkis Fraj, Wajdi Ben Hania, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2012, pp.10.1099/ijs.0.041947-0. ⟨10.1099/ijs.0.041947-0⟩
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titre
Methanomassiliicoccus luminyensis gen. nov., sp. nov., a methanogenic archaeon isolated from human faeces.
auteur
B Dribi, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Didier Raoult, Michel Drancourt
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2012, 62 (Pt 8), pp.1902-7. ⟨10.1099/ijs.0.033712-0⟩
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titre
Halanaerobacter jeridensis sp. nov., isolated from a hypersaline lake.
auteur
M Mezghani, Didier Alazard, F Karray, Jean Luc Cayol, Manon Bartoli, Anne Postec, Marie Laure Fardeau, Jean-Luc Tholozan, S Sayadi
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2012, 62 (Pt 8), pp.1970-3. ⟨10.1099/ijs.0.036301-0⟩
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titre
Effect of enzyme addition on fermentative hydrogen production from wheat straw
auteur
Marianne Quéméneur, Marine Bittel, Eric Trably, Claire Dumas, Laurent Fourage, Gilles Ravot, Jean-Philippe Steyer, Hélène Carrère
article
International Journal of Hydrogen Energy, 2012, 37 (14), pp.10639 - 10647. ⟨10.1016/j.ijhydene.2012.04.083⟩
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https://amu.hal.science/hal-01809613/file/OA_Quemeneur_etal_revisedV2_HE_D12-00291-R1.pdf BibTex
titre
Defluviitoga tunisiensis gen. nov., sp. nov., a thermophilic bacterium isolated from a mesothermic and anaerobic whey digester.
auteur
Wajdi Ben Hania, Ramzi Ghodbane, Anne Postec, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2012, 62 (Pt 6), pp.1377-82. ⟨10.1099/ijs.0.033720-0⟩
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titre
Fusibacter tunisiensis sp. nov., isolated from an anaerobic reactor used to treat olive-mill wastewater.
auteur
Wajdi Ben Hania, Belkis Fraj, Anne Postec, Khaled Fadhlaoui, Moktar Hamdi, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2012, 62 (Pt 6), pp.1365-8. ⟨10.1099/ijs.0.034603-0⟩
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titre
Understanding and tuning the catalytic bias of hydrogenase.
auteur
Abbas Abou Hamdan, Sébastien Dementin, Pierre-Pol Liebgott, Oscar Gutierrez-Sanz, Pierre Richaud, Antonio de Lacey, Marc Rousset, Patrick Bertrand, Laurent Cournac, Christophe Léger
article
Journal of the American Chemical Society, 2012, 134 (20), pp.8368-71. ⟨10.1021/ja301802r⟩
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titre
Characterization of Defluviitalea saccharophila gen. nov., sp. nov., a thermophilic bacterium isolated from an upflow anaerobic filter treating abattoir wastewaters, and proposal of Defluviitaleaceae fam. nov.
auteur
Linda Jabari, Hana Gannoun, Jean Luc Cayol, Moktar Hamdi, Guy Fauque, Bernard Ollivier, Marie Laure Fardeau
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2012, 62 (Pt 3), pp.550-5. ⟨10.1099/ijs.0.030700-0⟩
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titre
Inhibition of fermentative hydrogen production by lignocellulose-derived compounds in mixed cultures
auteur
Marianne Quéméneur, Jérôme Hamelin, Abdellatif Barakat, Jean-Philippe Steyer, Hélène Carrère, Eric Trably
article
International Journal of Hydrogen Energy, 2012, 37 (4), pp.3150 - 3159. ⟨10.1016/j.ijhydene.2011.11.033⟩
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https://amu.hal.science/hal-01809614/file/OA_Qu%C3%A9m%C3%A9neur_et_al_inhib_H2_IJHE_HED-D-11-02147R1.pdf BibTex
titre
How to analyse bioluminescence time series from in situ observatories? Example from high frequency records and real time data at the ANTARES site
auteur
Severine Martini, David Nerini, Christian Tamburini
article
Luminescence, 2012, 27 (2), pp.139-140
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titre
Kinetics of aerobic phenol biodegradation by the acidophilic and hyperthermophilic archaeon Sulfolobus solfataricus 98/2
auteur
Pierre Christen, Armando Vega, Laurie Casalot, Gwenola Simon, Richard Auria
article
Biochemical Engineering Journal, 2012, 62, pp.56-61. ⟨10.1016/j.bej.2011.12.012⟩
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titre
Mimicking floodplain reconnection and disconnection using 15N mesocosm incubations
auteur
N. Welti, E. Bondar-Kunze, M. Mair, Patricia Bonin, W. Wanek, Gilles Pinay, T. Hein
article
Biogeosciences, 2012, 9 (11), pp.4263-4278. ⟨10.5194/bg-9-4263-2012⟩
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https://univ-rennes.hal.science/hal-01097829/file/bg-9-4263-2012.pdf BibTex
titre
Magnetotactic Bacteria in Microcosms Originating from the French Mediterranean Coast Subjected to Oil Industry Activities
auteur
Anne Postec, Nicolas Tapia, Alain Bernadac, Manon Bartoli, Sylvain Davidson, Long-Fei Wu, Bernard Ollivier, Nathalie Pradel
article
Microbial ecology, 2012, 63, pp.1-11. ⟨10.1007/s00248-011-9910-z⟩
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titre
DNA-DNA Recognition: From Tight Contact to Fatal Attraction
auteur
Y. Timsit
article
InTech, 2012
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https://hal.science/hal-02008304/file/30530.pdf BibTex
titre
Desulfosoma profundi sp nov., a thermophilic sulfate-reducing bacterium isolated from a deep terrestrial geothermal spring in France
auteur
Patrick Gregoire, Marie Laure Fardeau, Sophie Guasco, Joel Lagiere, Jean Cambar, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Bernard Ollivier
article
Antonie van Leeuwenhoek, 2012, 101, pp.595-602. ⟨10.1007/s10482-011-9675-x⟩
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titre
Tungsten-enhanced growth of Methanosphaera stadtmanae
auteur
Bédis Dridi, Saber Khelaifia, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Michel Drancourt
article
BMC Research Notes, 2012, 5, pp.238. ⟨10.1186/1756-0500-5-238⟩
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https://hal.science/hal-00746580/file/document%289%29.pdf BibTex
titre
Nitrogen-limited mangrove ecosystems conserve N through dissimilatory nitrate reduction to ammonium
auteur
Sheryl Fernandes, Patricia Bonin, Valerie Michotey, Nicole Garcia, P. A. Lokabharathi
article
Scientific Reports, 2012, 2, pp.419. ⟨10.1038/srep00419⟩
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https://hal.science/hal-00714213/file/srep00419-1.pdf BibTex
titre
Denitrification prevails over anammox in tropical mangrove sediments (Goa, India)
auteur
Sheryl Fernandes, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Patricia Bonin, P. A. Loka Bharathi
article
Marine Environmental Research, 2012, 74, pp.9-19. ⟨10.1016/j.marenvres.2011.11.008⟩
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Conference papers

titre
Effects of pressure, temperature and salinity on metabolic activity of anaerobic strains
auteur
Vanessa Barsotti, Sébastien Dupraz, Catherine Joulian, Fabienne Battaglia-Brunet, Claire Sergeant, Bernard Ollivier, Françis Garrido
article
7th International Conference on High Pressure Bioscience and Biotechnology (HPBB2012), Oct 2012, Kyoto, Japan
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titre
Identification des liens entre communautés associées au cycle de l'azote par méthode d'enrichissement isotopique: Application aux zones d'interfaces aérobie/anaérobie des sédiments marins
auteur
Valerie Michotey
article
Identification des liens entre communautés associées au cycle de l'azote par méthode d'enrichissemen, Oct 2012, Clermont Ferrand, France
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titre
Diversity of gorgonian-associated bacterial communities in Northwestern Mediterranean Sea
auteur
Marie La Riviere, Marie Roumagnac, Joaquim Garrabou, M. Bally
article
The 14th International Symposium on Microbial Ecology (ISME), Aug 2012, Copenhague, Denmark
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BibTex
titre
How to analyse bioluminescence time series from in situ observatories ? Example from high frequency records and real time data at the ANTARES site.
auteur
Severine Martini, Christian Tamburini, David Nerini
article
International symposium on bioluminescence and chemiluminescence (17th), May 2012, Guelph, Canada
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Book sections

titre
Les conditions de vie extrêmes sur la planète et exobiologie
auteur
Jean Luc Cayol, Bernard Ollivier, Didier Alazard, Ricardo Amils, Anne Godfroy, Florence Piette, Daniel Prieur
article
Ecologie microbienne, Presses Universitaires de Pau et des Pays de l'Adour, pp.363-408, 2012
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Other publications

titre
Bactéries de l'extrême.
auteur
Bernard Ollivier, Patrick Gregoire
article
2012, pp.63
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titre
Les micro-rois du pétrole
auteur
Bernard Ollivier
article
2012
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Patents

titre
Culture et detection d'une Archaea méthanogène.
auteur
B Dridi, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier, Didier Raoult, Michel Drancourt
article
France, N° de brevet: N° H52 888 cas 8 PCT/MD. MIO:12-093. 2012
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2011

Journal articles

titre
Local sensing of global DNA topology: from crossover geometry to type II topoisomerase processivity
auteur
Y. Timsit
article
Nucleic Acids Research, 2011, 39 (20), pp.8665-8676
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titre
Cytosine, the double helix and DNA self-assembly
auteur
Y. Timsit, Peter Varnai
article
Journal of Molecular Recognition, 2011, 24 (2), pp.137-138
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titre
Functional versus phylogenetic fingerprint analyses for monitoring hydrogen-producing bacterial populations in dark fermentation cultures
auteur
Marianne Quéméneur, Jérôme Hamelin, Eric Latrille, Jean-Philippe Steyer, Eric Trably
article
International Journal of Hydrogen Energy, 2011, 36 (6), pp.3870 - 3879. ⟨10.1016/j.ijhydene.2010.12.100⟩
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https://amu.hal.science/hal-01809618/file/OA_Quemeneur_IJHE_HE-D-10-02531_33.pdf BibTex
titre
Isolation and characterization of Thermanaerothrix daxensis gen. nov., sp nov., a thermophilic anaerobic bacterium pertaining to the phylum "Chloroflexi", isolated from a deep hot aquifer in the Aquitaine Basin
auteur
Patrick Gregoire, Marie Laure Fardeau, Manon Bartoli, Sophie Guasco, Francette Hamaide, Sandra Biasutti, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Bernard Ollivier
article
Systematic and Applied Microbiology, 2011, 34, pp.494-497. ⟨10.1016/j.syapm.2011.02.004⟩
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titre
The chemical-in-mu well: a high-throughput technique for identifying solutes eliciting a chemotactic response in motile bacteria
auteur
Joshua Armitano, Claudine Baraquet, Valerie Michotey, Vincent Mejean, Cecile Jourlin-Castelli
article
Research in Microbiology, 2011, 162, pp.934-938. ⟨10.1016/j.resmic.2011.03.001⟩
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titre
Anaerobic ammonium oxidation mediated by Mn-oxides: from sediment to strain level
auteur
Cedric Javanaud, Valerie Michotey, Sophie Guasco, Nicole Garcia, Pierre Anschutz, Mathieu Canton, Patricia Bonin
article
Research in Microbiology, 2011, 162, pp.848-857. ⟨10.1016/j.resmic.2011.01.011⟩
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titre
Acoustic and optical variations during rapid downward motion episodes in the deep north-western Mediterranean Sea
auteur
H. van Haren, I. Taupier-Letage, J.A. Aguilar, A. Albert, G. Anton, S. Anvar, M. Ardid, A.C. Assis Jesus, T. Astraatmadja, J.-J. Aubert, R. Auer, B. Baret, S. Basa, M. Bazzotti, V. Bertin, S. Biagi, C. Bigongiari, M. Bou-Cabo, M.C. Bouwhuis, A. Brown, J. Brunner, J. Busto, F. Camarena, A. Capone, G. Carminati, J. Carr, D. Castel, E. Castorina, V. Cavasinni, S. Cecchini, Ph. Charvis, T. Chiarusi, M. Circella, R. Coniglione, H. Costantini, N. Cottini, P. Coyle, C. Curtil, G. de Bonis, M.P. Decowski, I. Dekeyser, Anne Deschamps, C. Distefano, C. Donzaud, D. Dornic, D. Drouhin, T. Eberl, U. Emanuele, J.-P. Ernenwein, S. Escoffier, F. Fehr, V. Flaminio, K. Fratini, U. Fritsch, J.-L. Fuda, G. Giacomelli, J.P. Gómez-González, K. Graf, G. Guillard, G. Halladjian, G. Hallewell, A.J. Heijboer, Y. Hello, J.J. Hernández-Rey, J. Hössl, M. de Jong, N. Kalantar-Nayestanaki, O. Kalekin, A. Kappes, U. Katz, P. Kooijman, C. Kopper, A. Kouchner, W. Kretschmer, R. Lahmann, P. Lamare, G. Lambard, G. Larosa, H. Laschinsky, Dominique Lefèvre, G. Lelaizant, G. Lim, D. Lo Presti, H. Loehner, S. Loucatos, F. Lucarelli, K. Lyons, S. Mangano, M. Marcelin, A. Margiotta, J.A. Martinez-Mora, G. Maurin, A. Mazure, M. Melissas, T. Montaruli, M. Morganti, L. Moscoso, H. Motz, C. Naumann, M. Neff, R. Ostasch, G. Palioselitis, G.E. Păvălaş, P. Payre, J. Petrovic, P. Piattelli, N. Picot-Clemente, C. Picq, R. Pillet, V. Popa, T. Pradier, E. Presani, C. Racca, A. Radu, C. Reed, G. Riccobene, C. Richardt, M. Rujoiu, G.V. Russo, F. Salesa, F. Schoeck, J.-P. Schuller, R. Shanidze, F. Simeone, M. Spurio, J.J.M. Steijger, Th. Stolarczyk, Christian Tamburini, L. Tasca, S. Toscano, B. Vallage, V. van Elewyck, M. Vecchi, P. Vernin, G. Wijnker, E. de Wolf, H. Yepes, D. Zaborov, J.D. Zornoza, J. Zúñiga, M. Anghinolfi
article
Deep Sea Research Part I: Oceanographic Research Papers, 2011, 58, pp.875-884. ⟨10.1016/j.dsr.2011.06.006⟩
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https://arxiv.org/pdf/1111.6482 BibTex
titre
Caldilinea tarbellica sp nov., a filamentous, thermophilic, anaerobic bacterium isolated from a deep hot aquifer in the Aquitaine Basin
auteur
Patrick Gregoire, Malek Bohli, Jean Luc Cayol, Manon Bartoli, Sophie Guasco, Karine Dubourg, Jean Cambar, Valerie Michotey, Patricia Bonin, Marie Laure Fardeau, Bernard Ollivier
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2011, 61 (Part6), pp.1436-1441. ⟨10.1099/ijs.0.025676-0⟩
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Conference papers

titre
Quantification des activités du cycle de l'azote dans des sédiments soumis à des apports d'eau douce: impact sur l'état d'eutrophisation de l'écosystème
auteur
Imen Zaghmouri, Patricia Bonin, Valerie Michotey
article
Lagun'R, Mar 2011, Aix en Provence, France. pp.178-182
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Book sections

titre
Apports de la génomique descriptive et fonctionnelle en écologie microbienne. Chapitre 18
auteur
Philippe Bertin, Valerie Michotey, Philippe Normand
article
Ecologie Microbienne : Microbiologie des milieux naturels et anthropisés, Presses Universitaires de Pau et des Pays de l'Adour, 1004 p., 2011, 2-35311-022-3 9782353110223
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titre
Hydrocarbon degradation in coastal muddy areas and anoxic ecosystems (DHYVA project): Role of bacterial mechanisms and bioturbation effects on the biodisponibility of organic pollutants
auteur
Magalie Stauffert, Lionel Huang, Isabelle Vitte, Ronan Jézéquel, Cristiana Cravo-Laureau, Georges Stora, Christophe Pécheyran, Christine Cagnon, Franck Gilbert, Marisol Goñi, François-Xavier Merlin, David Amouroux, Philippe Cuny, Robert Duran
article
Ceccaldi, H.-J., Dekeyser, I., Girault, M., Stora, G. Global Change: Mankind-Marine Environment Interactions, Springer, pp.393-395, 2011, ISBN 978-90-481-8630-3
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titre
Méthodes d'études des micro-organismes dans l'environnement. Chapitre 17
auteur
Fabien Joux, Jean-Claude Bertrand, Rutger de Wit, Vincent Grossi, Laurent Intertaglia, Philippe Lebaron, Valerie Michotey, Philippe Normand, Pierre Peyret, Patrick Raimbault, Christian Tamburini, Laurent Urios
article
Ecologie Microbienne : Microbiologie des milieux naturels et anthropisés, Presses Universitaires de Pau et des Pays de l'Adour, 1004 p., 2011, 2-35311-022-3 9782353110223
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titre
Les cycles géochimiques. Chapitre 14
auteur
Jean-Claude Bertrand, Patricia Bonin, Pierre Caumette, Jean-Pierre Gattuso, Gérald Grégori, Remy Guyoneaud, Xavier Le Roux, Robert Matheron, Franck Poly
article
Ecologie Microbienne : Microbiologie des milieux naturels et anthropisés, Presses Universitaires de Pau et des Pays de l'Adour, 1004 p., 2011, 2-35311-022-3 9782353110223
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2010

Journal articles

titre
Development and application of a functional CE-SSCP fingerprinting method based on [Fe–Fe]-hydrogenase genes for monitoring hydrogen-producing Clostridium in mixed cultures
auteur
Marianne Quéméneur, Jérôme Hamelin, Eric Latrille, Jean-Philippe Steyer, Eric Trably
article
International Journal of Hydrogen Energy, 2010, 35 (24), pp.13158 - 13167. ⟨10.1016/j.ijhydene.2010.07.076⟩
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https://amu.hal.science/hal-01809619/file/OA_Quemeneur_funcSSCP_HE-10-01532_29.pdf BibTex
titre
Differential stability of DNA crossovers in solution mediated by divalent cations
auteur
Péter Várnai, Y. Timsit
article
Nucleic Acids Research, 2010, 38 (12), pp.4163-4172
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titre
Fatty acids as biomarkers to indicate main carbon sources of four major invertebrate families in a large River (the Allier, France)
auteur
Aurélie Descroix, Alexandre Bec, Gilles Bourdier, Denis Sargos, Jeremy Sauvanet, Benjamin Misson, Christian Desvilettes
article
Fundamental and Applied Limnology, 2010, 177 (1), pp.39 - 55. ⟨10.1127/1863-9135/2010/0177-0039⟩
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titre
Mesopelagic zone ecology and biogeochemistry - a synthesis
auteur
Carol Robinson, Deborah K. Steinberg, Thomas R. Anderson, Javier Aristegui, Craig A. Carlson, Jessica R. Frost, Jean-Francois Ghiglione, Santiago Hernandez-Leon, George A. Jackson, Rolf Koppelmann, Bernard Queguiner, Olivier Ragueneau, Fereidoun Rassoulzadegan, Bruce H. Robison, Christian Tamburini, Tsuneo Tanaka, Karen F. Wishner, Jing Zhang
article
Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, 2010, 57, pp.1504-1518. ⟨10.1016/j.dsr2.2010.02.018⟩
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titre
Effect of Oxygen and Redox Potential on Glucose Fermentation in Thermotoga maritima under Controlled Physicochemical Conditions
auteur
Raja Lakhal, Richard Auria, Sylvain Davidson, Bernard Ollivier, Alain Dolla, Moktar Hamdi, Yannick Combet-Blanc
article
International Journal of Microbiology, 2010, 2010, pp.1 - 10 / 896510. ⟨10.1155/2010/896510⟩
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https://hal.science/hal-01888723/file/896510.pdf BibTex
titre
Response of an archaeal community from anoxic coastal marine sediments to experimental petroleum contamination
auteur
Gilles Miralles, Monique Acquaviva, Jean Claude Bertrand, Philippe Cuny
article
Aquatic Microbial Ecology, 2010, 59, pp.25-31. ⟨10.3354/ame01379⟩
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https://hal.science/hal-00692399/file/a059p025.pdf BibTex

2009

Journal articles

titre
Hydroxytyrosol from tyrosol using hydroxyphenylacetic acid-induced bacterial cultures and evidence of the role of 4-HPA 3-hydroxylase
auteur
Pierre-Pol Liebgott, Agnès Amouric, Alexia Comte, Jean Tholozan, Jean Lorquin
article
Research in Microbiology, 2009, 160 (10), pp.757 - 766. ⟨10.1016/j.resmic.2009.09.015⟩
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titre
Effect of O 2 concentrations on Sulfolobus solfataricus P2
auteur
Gwenola Simon, Jasper Walther, Nathalie Zabeti, Yannick Combet-Blanc, Richard Auria, John van Der Oost, Laurence Casalot
article
FEMS Microbiology Letters, 2009, 299 (2), pp.255 - 260. ⟨10.1111/j.1574-6968.2009.01759.x⟩
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titre
Nitrogen fixation in the western equatorial Pacific: Rates, diazotrophic cyanobacterial size class distribution, and biogeochemical significance
auteur
Sophie Bonnet, Isabelle C. Biegala, Pierre Dutrieux, Lia Slemons, Douglas Capone
article
Global Biogeochemical Cycles, 2009, 23 (3), pp.n/a - n/a. ⟨10.1029/2008GB003439⟩
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https://hal.science/hal-01829155/file/2008GB003439.pdf BibTex
titre
The Role of Disordered Ribosomal Protein Extensions in the Early Steps of Eubacterial 50 S Ribosomal Subunit Assembly
auteur
Y. Timsit, Zahir Acosta, Frédéric Allemand, Claude Chiaruttini, Mathias Springer
article
International Journal of Molecular Sciences, 2009, 10 (3), pp.817-834. ⟨10.3390/ijms10030817⟩
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https://hal.science/hal-02008085/file/ijms-10-00817.pdf BibTex
titre
Mass mortality in Northwestern Mediterranean rocky benthic communities: effects of the 2003 heat wave
auteur
J. Garrabou, R. Coma, N. Bensoussan, M. Bally, P. Chevaldonne, M. Cigliano, D. Diaz, Jean Georges Harmelin, M. C. Gambi, D. K. Kersting, Jean-Baptiste Ledoux, C. Lejeusne, C. Linares, C. Marschal, T. Perez, M. Ribes, J. C. Romano, E. Serrano, N. Teixido, O. Torrents, M. Zabala, Frederic Zuberer, C. Cerrano
article
Global Change Biology, 2009, 15, pp.1090-1103. ⟨10.1111/j.1365-2486.2008.01823.x⟩
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Conference papers

titre
SI-OC Interactions during degradation of the diatom Skeletonema marinoï
auteur
Brivaëla Moriceau, Madeleine Goutx, Cindy Lee, A. Robert Armstrong, Catherine Guigue, Christian Tamburini, Marie Duflos, Olivier Ragueneau
article
ASLO, 2009, Nice, France
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Poster communications

titre
Particle flux : control and processes affecting POM degradation
auteur
Madeleine Goutx, Brivaëla Moriceau, Catherine Guigue, Marc Garel, Christian Tamburini, Cindy Lee
article
ASLO Meeting, 2009, Nice, France
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2008

Journal articles

titre
Insights into the Musa genome: Syntenic relationships to rice and between Musa species
auteur
Magali Lescot, Pietro Piffanelli, Ana Ciampi, Manuel Ruiz, Guillaume Blanc, Jim Leebens-Mack, Felipe da Silva, Candice Mr Santos, Angélique d'Hont, Olivier Garsmeur, Alberto Vilarinhos, Hiroyuki Kanamori, Takashi Matsumoto, Catherine Ronning, Foo Cheung, Brian Haas, Ryan Althoff, Tammy Arbogast, Erin Hine, Georgios Pappas, Takuji Sasaki, Manoel Souza, Robert Ng Miller, Jean-Christophe Glaszmann, Christopher Town
article
BMC Genomics, 2008, 9 (1), ⟨10.1186/1471-2164-9-58⟩
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https://hal.science/hal-02978134/file/1471-2164-9-58.pdf BibTex
titre
The Genome of Borrelia recurrentis, the Agent of Deadly Louse-Borne Relapsing Fever, Is a Degraded Subset of Tick-Borne Borrelia duttonii
auteur
Magali Lescot, Stephane Audic, Catherine Robert, Thi Tien Nguyen, Guillaume Blanc, Sally Cutler, Patrick Wincker, Arnaud Couloux, Jean-Michel Claverie, Didier Raoult, Michel Drancourt
article
PLoS Genetics, 2008, 4 (9), pp.e1000185. ⟨10.1371/journal.pgen.1000185⟩
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titre
Metabolism of n-alkanes and n-alkenes by anaerobic bacteria: A summary
auteur
Vincent Grossi, Cristiana Cravo-Laureau, Remy Guyoneaud, Anthony Ranchou-Peyruse, Agnès Hirschler-Réa
article
Organic Geochemistry, 2008, 39 (8), pp.1197 - 1203. ⟨10.1016/j.orggeochem.2008.02.010⟩
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titre
A Single Banana Streak Virus Integration Event in the Banana Genome as the Origin of Infectious Endogenous Pararetrovirus
auteur
Philippe Gayral, Juan-Carlos Noa-Carrazana, Magali Lescot, Fabrice Lheureux, Benham Lockhart, Takashi Matsumoto, Pietro Piffanelli, Marie-Line Iskra-Caruana
article
Journal of Virology, 2008, 82 (13), pp.6697-6710. ⟨10.1128/JVI.00212-08⟩
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2007

Journal articles

titre
Bioconversion of tyrosol into hydroxytyrosol and 3,4-dihydroxyphenylacetic acid under hypersaline conditions by the new Halomonas sp. strain HTB24
auteur
Pierre-Pol Liebgott, Marc Labat, Laurence Casalot, Agnã¨s Amouric, Jean Lorquin
article
FEMS Microbiology Letters, 2007, 276 (1), pp.26 - 33. ⟨10.1111/j.1574-6968.2007.00896.x⟩
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titre
The 1.3 A resolution structure of the RNA tridecamer r(GCGUUUGAAACGC): Metal ion binding correlates with base unstacking and groove contraction
auteur
Y. Timsit, Sophie Bombard
article
RNA, 2007, 13 (12), pp.2098-2107
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Book sections

titre
Impact of the deep biosphere on CO2 storage performance
auteur
Bénédicte Ménez, Sébastien Dupraz, Emmanuelle Gérard, François Guyot, Céline Rommevaux, Maximilien Libert, Fabian Delorme, Christian Michel, Fabienne Battaglia-Brunet, Bruno Garcia, Denis Blanchet, Alain-Yves Huc, F. Haeseler, Phil M. Oger, Gilles Dromart, Bernard Ollivier, Michel Magot
article
Geotechnologien Science Reports, 9, pp.150-163, 2007, French-German Symposium on Geological storage of CO2
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2006

Journal articles

titre
Coexistence of two protein folding states in the crystal structure of ribosomal protein L20
auteur
Y. Timsit, Frédéric Allemand, Claude Chiaruttini, Mathias Springer
article
EMBO Reports, 2006, 7 (10), pp.1013-1018. ⟨10.1038/sj.embor.7400803⟩
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titre
Seasonal dynamics of bacterioplankton community structure at a coastal station in the western English Channel
auteur
I Mary, D G Cummings, P H Burkill, S D Archer, M V Zubkov, Isabelle C. Biegala
article
Aquatic Microbial Ecology, 2006, 42, pp.119-126. ⟨10.3354/ame042119⟩
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Poster communications

titre
Si-C interactions during degradation of the diatom Skeletonema costatum
auteur
Brivaëla Moriceau, Madeleine Goutx, Catherine Guigue, Cindy Lee, Marie Duflos, A. Robert Armstrong, Christian Tamburini, Bruno Charrìère
article
AGU conference, 2006, San Francisco, United States
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2005

Journal articles

titre
Molecular, Biochemical, and Physiological Approaches for Understanding the Ecology of Denitrification
auteur
Christelle Goréguès, Valerie Michotey, Patricia Bonin
article
Microbial ecology, 2005, 49 (2), pp.198-208
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titre
Hybridisation of picoeukaryotes by eubacterial probes is widespread in the marine environment
auteur
Isabelle C. Biegala, M Cuttle, M Mary, M. Zubkov
article
Aquatic Microbial Ecology, 2005, 41, pp.293 - 297. ⟨10.3354/ame041293⟩
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https://hal.science/hal-01829178/file/a041p293.pdf BibTex

Patents

titre
Use of bacterium strains for the preparation of metallic biocatalysts, in particular for the preparation of palladium biocatalysts
auteur
Marc Rousset, Laurence Casalot, Pascale de Philip, A. Belaich, L. E. Macaskie, I. Mykheenko
article
France, Patent n° : 05 290 387.9. 2005
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2004

Journal articles

titre
Isolation of hydrocarbonoclastic denitrifying bacteria from berre microbial mats
auteur
Christelle Goréguès, Valerie Michotey, Patricia Bonin
article
Ophelia, 2004, 58 (3), pp.263-270
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titre
Annotation of a 95-kb Populus deltoides genomic sequence reveals a disease resistance gene cluster and novel class I and class II transposable elements
auteur
Magali Lescot, S. Rombauts, J. Zhang, S. Aubourg, C. Mathé, S. Jansson, P. Rouzé, W. Boerjan
article
TAG Theoretical and Applied Genetics, 2004, 109 (1), pp.10-22. ⟨10.1007/s00122-004-1621-0⟩
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2003

Journal articles

titre
Quantitative assessment of picoeukaryotes in the natural environment by using taxon-specific oligonucleotide probes in association with tyramide signal amplification-fluorescence in situ hybridization and flow cytometry.
auteur
Isabelle C. Biegala, Fabrice Not, Daniel Vaulot, Nathalie Simon
article
Applied and Environmental Microbiology, 2003
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titre
Glucose Fermentation by Propionibacterium microaerophilum : Effect of pH on Metabolism and Bioenergetic
auteur
Marina Koussémon, Yannick Combet-Blanc, Bernard Ollivier
article
Current Microbiology, 2003, 46 (2), pp.141 - 145. ⟨10.1007/s00284-002-3839-x⟩
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2002

Journal articles

titre
Aerobic and anaerobic metabolism of squalene by a denitrifying bacterium isolated from marine sediment
auteur
Abdelkrim Mouzdahir, Jean-Francois Rontani, Valerie Michotey, Patricia Bonin
article
Archives of Microbiology, 2002, 178 (4), pp.279-287. ⟨10.1007/s00203-002-0457-8⟩
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titre
Inducibility by pathogen attack and developmental regulation of the rice Ltp1 gene
auteur
Emmanuel Guiderdoni, Maria José Cordero, Florence Vignols, José Manuel Garcia-Garrido, Magali Lescot, Didier Tharreau, Donaldo Meynard, Nicole Ferrière, Jean-Loup Notteghem, Michel Delseny
article
Plant Molecular Biology, 2002, 49 (6), pp.679-695. ⟨10.1023/a:1015595100145⟩
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https://hal.science/hal-02978251/file/Guiderdoni%202002%20promotetr%20Ltp1%20in%20transgenic%20rice.pdf BibTex
titre
Effect of auxin, cytokinin, and sucrose on cell cycle gene expression in Arabidopsis thaliana cell suspension cultures
auteur
Caroline Richard, Magali Lescot, Dirk Inzé, Lieven de Veylder
article
Plant Cell, Tissue and Organ Culture, 2002, 69 (2), pp.167-176. ⟨10.1023/a:1015241709145⟩
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titre
A Gibbs Sampling Method to Detect Overrepresented Motifs in the Upstream Regions of Coexpressed Genes
auteur
Gert Thijs, Kathleen Marchal, Magali Lescot, Stephane Rombauts, Bart de Moor, Pierre Rouzé, Yves Moreau
article
Journal of Computational Biology, 2002, 9 (2), pp.447-464. ⟨10.1089/10665270252935566⟩
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https://hal.science/hal-02978260/file/3207614.pdf BibTex
titre
PlantCARE, a database of plant cis-acting regulatory elements and a portal to tools for in silico analysis of promoter sequences
auteur
Magali Lescot, Patrice Dehais, G. Thijs, K. Marchal, Y. Moreau, Y. van de Peer, P. Rouzé, S. Rombauts
article
Nucleic Acids Research, 2002, 30 (1), pp.325-327. ⟨10.1093/nar/30.1.325⟩
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https://hal.science/hal-02978179/file/gkf036.pdf BibTex
titre
Characterization of three spiral-shaped purple nonsulfur bacteria isolated from coastal lagoon sediments, saline sulfur springs, and microbial mats: Emended description of the genus Roseospira and description of Roseospira marina sp. nov., Roseospira navarrensis sp. nov., and Roseospira thiosulfatophila sp. nov.
auteur
Remy Guyoneaud, S. Mouné, C. Eatock, V. Bothorel, Agnès Hirschler-Réa, J. Willison, Robert Duran, W. Liesack, R. Herbert, R. Matheron, Pierre Caumette
article
Archives of Microbiology, 2002, 178 (5), pp.315-324. ⟨10.1007/s00203-002-0454-y⟩
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BibTex
titre
One-year seasonal survey of the chlorophyll photodegradation process in the northwestern Mediterranean Sea
auteur
Philippe Cuny, Jc Marty, J Chiaverini, I Vescovali, D Raphel, Jf Rontani
article
Deep Sea Research Part II: Topical Studies in Oceanography, 2002, 49 (11), pp.1987-2005. ⟨10.1016/S0967-0645(02)00023-1⟩
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2001

Journal articles

titre
A higher-order background model improves the detection of promoter regulatory elements by Gibbs sampling
auteur
G. Thijs, Magali Lescot, K. Marchal, S. Rombauts, B. de Moor, P. Rouze, Y. Moreau
article
Bioinformatics, 2001, 17 (12), pp.1113-1122. ⟨10.1093/bioinformatics/17.12.1113⟩
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titre
Convergent Evolution of MutS and Topoisomerase II for Clamping DNA crossovers and stacked Holliday junctions
auteur
Y. Timsit
article
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 2001, 19 (2), pp.215-218. ⟨10.1080/07391102.2001.10506733⟩
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titre
Propionibacterium microaerophilum sp. nov., a microaerophilic bacterium isolated from olive mill wastewater
auteur
Yannick Combet-Blanc, Pierre Thomas, Bernard Ollivier, Marina Koussémon, Jean-Luc Cayol, Jean-Louis Garcia, Bharat Patel
article
International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 2001, 51 (4), pp.1373 - 1382. ⟨10.1099/00207713-51-4-1373⟩
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titre
Hydration and structural alterations of A-DNA. Implications for the accuracy of DNA replication.
auteur
C Mayer, Y. Timsit
article
Cellular and Molecular Biology, 2001, 47 (5), pp.815-22
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2000

Journal articles

titre
DNA Structure and Polymerase Fidelity: A New Role for A-DNA
auteur
Y. Timsit
article
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 2000, 17 (sup1), pp.169-176. ⟨10.1080/07391102.2000.10506617⟩
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1999

Journal articles

titre
DNA structure and polymerase fidelity 1 1Edited by T. Richmond
auteur
Y. Timsit
article
Journal of Molecular Biology, 1999, 293 (4), pp.835-853. ⟨10.1006/jmbi.1999.3199⟩
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titre
ATCase activity, RNA:DNA ratio, gonad development stage, and egg production in the female copepod Calanus helgolandicus
auteur
Isabelle C. Biegala, R. Harris, J. Bergeron
article
Marine Biology, 1999, 135 (1), pp.1 - 10. ⟨10.1007/s002270050595⟩
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titre
Left-handed DNA Crossovers. Implications for DNA-DNA Recognition and Structural Alterations
auteur
Y. Timsit, Michal Shatzky-Schwartz, Zippora Shakked
article
Journal of Biomolecular Structure and Dynamics, 1999, 16 (4), pp.775-785. ⟨10.1080/07391102.1999.10508292⟩
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1998

Journal articles

titre
Symmetry and chirality in topoisomerase II-DNA crossover recognition 1 1Edited by T. Richmond
auteur
B Timsit, Bertrand Duplantier, J Jannink, Jean-Louis Sikorav, Y. Timsit, Gérard Jannink
article
Journal of Molecular Biology, 1998, 284 (5), pp.1289-1299. ⟨10.1006/jmbi.1998.2281⟩
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titre
DNA crossovers and type II DNA topoisomerases: a thermodynamical study 1 1Edited by T. Richmond
auteur
Y Sikorav, Bertrand Duplantier, Gérard Jannink, Y. Timsit, Jean-Louis Sikorav
article
Journal of Molecular Biology, 1998, 284 (5), pp.1279-1287. ⟨10.1006/jmbi.1998.2280⟩
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titre
Hydration and recognition of methylated CpG steps in DNA
auteur
C. Mayer-Jung, D. Moras, Y. Timsit
article
EMBO Journal, 1998, 17 (9), pp.2709-2718. ⟨10.1093/emboj/17.9.2709⟩
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titre
Bacterial flora in the gut of Helix aspersa (Gastropoda Pulmonata): evidence for a permanent population with a dominant homolactic intestinal bacterium, Enterococcus casseliflavus
auteur
Maryvonne Charrier, Yannick Combet-Blanc, Bernard Ollivier
article
Canadian Journal of Microbiology, 1998, 44 (1), pp.20 - 27. ⟨10.1139/w97-120⟩
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1997

Journal articles

titre
Effect of cytosine methylation on DNA-DNA recognition at CpG steps
auteur
Claudine Mayer-Jung, Dino Moras, Y. Timsit
article
Journal of Molecular Biology, 1997, 270 (3), pp.328-335. ⟨10.1006/jmbi.1997.1137⟩
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1996

Journal articles

titre
Cruciform structures and functions.
auteur
Y. Timsit, D. Moras
article
Quarterly Reviews of Biophysics, 1996, 29 (4), pp.279-307
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1995

Journal articles

titre
Self-fitting and Self-modifying Properties of theB-DNA Molecule
auteur
Y. Timsit, Dino Moras
article
Journal of Molecular Biology, 1995, 251 (5), pp.629-647. ⟨10.1006/jmbi.1995.0461⟩
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Book sections

titre
DNA self-fitting
auteur
Y. Timsit
article
Proceeding of the eleventh conversation, state university of New York, Albany, eds R. Sarma and M. Sarma, Adenine press., 1995
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1994

Journal articles

titre
DNA self-fitting: the double helix directs the geometry of its supramolecular assembly.
auteur
Y. Timsit, D. Moras
article
EMBO Journal, 1994, 13 (12), pp.2737-46
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1992

Journal articles

titre
Crystallization of DNA.
auteur
Y. Timsit, D. Moras
article
Methods in Enzymology, 1992, 211, pp.409-29
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1991

Journal articles

titre
Base-pairing shift in the major groove of (CA)n tracts by B-DNA crystal structures
auteur
Y. Timsit, Eric Vilbois, Dino Moras
article
Nature, 1991, 354 (6349), pp.167-170. ⟨10.1038/354167a0⟩
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titre
Groove-backbone interaction in B-DNA. Implication for DNA condensation and recombination.
auteur
Y. Timsit, D. Moras
article
Journal of Molecular Biology, 1991, 221 (3), pp.919-40
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1989

Journal articles

titre
Unusual helical packing in crystals of DNA bearing a mutation hot spot
auteur
R Timsit, Eric Westhof, Robert P Fuchs, Dino Moras, Y. Timsit
article
Nature, 1989, 341 (6241), pp.459-462. ⟨10.1038/341459a0⟩
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